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comparison [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/FilterControlPeaks/FilterControlPeaks.sh @ 0:2ec3ba0e9e70 draft
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author | alermine |
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date | Thu, 25 Oct 2012 08:18:25 -0400 |
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51 # | |
52 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie | |
53 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012 | |
54 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr | |
55 # This software is distributed under the terms of the GNU General | |
56 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007. | |
57 | |
58 #!/bin/bash | |
59 | |
60 nameBed=" " | |
61 | |
62 while getopts "f:c:t:v:o:m:w:n:q:l:" optionName; do | |
63 case "$optionName" in | |
64 | |
65 f) inputfile="$OPTARG";; | |
66 c) controlfile="$OPTARG";; | |
67 t) minHeight="$OPTARG";; | |
68 v) minRatio="$OPTARG";; | |
69 o) output="$OPTARG";; | |
70 m) minHeightControl="$OPTARG";; | |
71 w) outputControl="$OPTARG";; | |
72 n) nameBed="$OPTARG";; | |
73 q) nameBedControl="$OPTARG";; | |
74 l) lenfile="$OPTARG";; | |
75 esac | |
76 done | |
77 | |
78 LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)` | |
79 | |
80 java -classpath $LOCAL_PATH/ -Xmx6g FilterPeaks -f $inputfile -c $controlfile -t $minHeight -v $minRatio -o $output >/dev/null | |
81 java -classpath $LOCAL_PATH/ -Xmx6g FilterPeaks -c $inputfile -f $controlfile -t $minHeightControl -v $minRatio -o $outputControl >/dev/null | |
82 | |
83 if [ ! "$nameBed" == " " ]; then | |
84 perl $LOCAL_PATH/peak2bed.pl -f $output -t 0 -o $output.tmp -g $lenfile -n $nameBed >/dev/null | |
85 perl $LOCAL_PATH/peak2bed.pl -f $outputControl -t 0 -o $outputControl.tmp -g $lenfile -n $nameBedControl >/dev/null | |
86 cp $output.tmp $output | |
87 rm $output.tmp | |
88 cp $outputControl.tmp $outputControl | |
89 rm $outputControl.tmp | |
90 fi | |
91 |