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41 #:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz::
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42 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt
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43 #:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt
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44 #::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@
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45 #::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@
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47 #:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
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50 #::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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51 #
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52 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
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53 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
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54 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
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55 # This software is distributed under the terms of the GNU General
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56 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
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57
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58 #!/bin/bash
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59
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60 nameBed=" "
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61
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62 while getopts "f:c:t:v:o:m:w:n:q:l:" optionName; do
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63 case "$optionName" in
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64
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65 f) inputfile="$OPTARG";;
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66 c) controlfile="$OPTARG";;
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67 t) minHeight="$OPTARG";;
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68 v) minRatio="$OPTARG";;
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69 o) output="$OPTARG";;
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70 m) minHeightControl="$OPTARG";;
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71 w) outputControl="$OPTARG";;
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72 n) nameBed="$OPTARG";;
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73 q) nameBedControl="$OPTARG";;
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74 l) lenfile="$OPTARG";;
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75 esac
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76 done
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77
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78 LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
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80 java -classpath $LOCAL_PATH/ -Xmx6g FilterPeaks -f $inputfile -c $controlfile -t $minHeight -v $minRatio -o $output >/dev/null
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81 java -classpath $LOCAL_PATH/ -Xmx6g FilterPeaks -c $inputfile -f $controlfile -t $minHeightControl -v $minRatio -o $outputControl >/dev/null
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82
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83 if [ ! "$nameBed" == " " ]; then
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84 perl $LOCAL_PATH/peak2bed.pl -f $output -t 0 -o $output.tmp -g $lenfile -n $nameBed >/dev/null
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85 perl $LOCAL_PATH/peak2bed.pl -f $outputControl -t 0 -o $outputControl.tmp -g $lenfile -n $nameBedControl >/dev/null
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86 cp $output.tmp $output
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87 rm $output.tmp
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88 cp $outputControl.tmp $outputControl
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89 rm $outputControl.tmp
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90 fi
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91
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