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comparison [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/FindPeaks/findPeaks_wrapper.sh @ 0:2ec3ba0e9e70 draft
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author | alermine |
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date | Thu, 25 Oct 2012 08:18:25 -0400 |
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51 # | |
52 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie | |
53 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012 | |
54 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr | |
55 # This software is distributed under the terms of the GNU General | |
56 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007. | |
57 | |
58 #!/bin/bash | |
59 | |
60 | |
61 while getopts "r:p:w:a:m:h:l:i:k:s:y:e:x:" optionName; do | |
62 case "$optionName" in | |
63 | |
64 r) OLOG="$OPTARG";; | |
65 p) OPEAKS="$OPTARG";; | |
66 w) OWIG="$OPTARG";; | |
67 a) ALIGNER="$OPTARG";; | |
68 m) MED="$OPTARG";; | |
69 h) HIGH="$OPTARG";; | |
70 l) LOW="$OPTARG";; | |
71 i) INPUT="$OPTARG";; | |
72 k) MIN="$OPTARG";; | |
73 s) SUBPEAKS="$OPTARG";; | |
74 y) WIGSTEP="$OPTARG";; | |
75 e) PREPEND="$OPTARG";; | |
76 x) SHARED_PATH="$OPTARG";; | |
77 | |
78 esac | |
79 done | |
80 | |
81 FINDPEAKS_BIN_DIR=$SHARED_PATH/shared/jars/FindPeaks | |
82 | |
83 PREPS=" -prepend chr" | |
84 | |
85 if [[ $PREPEND == "No" ]] | |
86 then | |
87 PREPS="" | |
88 fi | |
89 | |
90 | |
91 OUTDIR=`dirname $OPEAKS` | |
92 NAME=`basename $OPEAKS .dat` | |
93 | |
94 | |
95 if [[ $ALIGNER == "sam" || $ALIGNER == "maq" || $ALIGNER == "sam-filter" || $ALIGNER == "sam-ignore-deletion" || $ALIGNER == "mapview" ]] | |
96 then | |
97 | |
98 FORMAT=$ALIGNER | |
99 FILE=$INPUT | |
100 | |
101 file $INPUT| grep -c gzip >$INPUT.tmp.tmp.txt | |
102 | |
103 IFBAM=( $( cat $INPUT.tmp.tmp.txt)) | |
104 | |
105 if [ -r $INPUT.tmp.tmp.txt ]; then | |
106 rm $INPUT.tmp.tmp.txt | |
107 fi | |
108 | |
109 if [[ $ALIGNER == "sam" && $IFBAM == 0 ]]; then | |
110 samtools view -S -h $INPUT -b | $SAMTOOLS_BIN_DIR/samtools sort -m 4000000000 -o - $INPUT.sorted | /bioinfo/local/samtools/samtools view -h - >$INPUT.tmp.sam 2>> $OLOG | |
111 fi | |
112 | |
113 if [[ $ALIGNER == "sam" && $IFBAM == 1 ]]; then | |
114 samtools sort -m 14000000000 -o $INPUT $INPUT.sorted | samtools view -h - >$INPUT.tmp.sam 2>> $OLOG | |
115 FILE=$INPUT.tmp.sam | |
116 fi | |
117 | |
118 | |
119 java -Xmx20G -jar $FINDPEAKS_BIN_DIR/FindPeaks.jar -aligner $FORMAT -duplicatefilter -no_peaks_header$PREPS -dist_type 1 $MED $HIGH $LOW -input $FILE -minimum $MIN -name $NAME -output $OUTDIR -subpeaks $SUBPEAKS -wig_step_size $WIGSTEP 2>> $OLOG >> $OLOG | |
120 | |
121 | |
122 if [ -r $INPUT.tmp.sam ]; then | |
123 rm $INPUT.tmp.sam | |
124 fi | |
125 | |
126 if [ -r $INPUT.sorted ]; then | |
127 rm $INPUT.sorted | |
128 fi | |
129 | |
130 mv $OUTDIR/$NAME\_triangle_subpeaks.peaks $OPEAKS | |
131 mv $OUTDIR/$NAME\_triangle_subpeaks.wig.gz $OWIG | |
132 | |
133 | |
134 else | |
135 echo "Use SAM format.." | |
136 fi |