diff [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/FindPeaks/findPeaks_wrapper.sh @ 0:2ec3ba0e9e70 draft

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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/[APliBio]Nebula tools suite/Nebula/FindPeaks/findPeaks_wrapper.sh	Thu Oct 25 08:18:25 2012 -0400
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+#
+# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
+# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
+# Contact: [e-mail], [e-mail]
+# This software is distributed under the terms of the GNU General
+# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
+
+#!/bin/bash
+
+
+while getopts "r:p:w:a:m:h:l:i:k:s:y:e:x:" optionName; do
+case "$optionName" in
+
+r) OLOG="$OPTARG";;
+p) OPEAKS="$OPTARG";;
+w) OWIG="$OPTARG";;
+a) ALIGNER="$OPTARG";;
+m) MED="$OPTARG";;
+h) HIGH="$OPTARG";;
+l) LOW="$OPTARG";;
+i) INPUT="$OPTARG";;
+k) MIN="$OPTARG";;
+s) SUBPEAKS="$OPTARG";;
+y) WIGSTEP="$OPTARG";;
+e) PREPEND="$OPTARG";;
+x) SHARED_PATH="$OPTARG";;
+
+esac
+done
+
+FINDPEAKS_BIN_DIR=$SHARED_PATH/shared/jars/FindPeaks
+
+PREPS=" -prepend chr"
+
+if [[ $PREPEND == "No" ]]
+ then
+   PREPS=""
+fi
+
+
+OUTDIR=`dirname $OPEAKS`
+NAME=`basename $OPEAKS .dat`
+
+
+if [[ $ALIGNER == "sam" || $ALIGNER == "maq" ||  $ALIGNER == "sam-filter" || $ALIGNER == "sam-ignore-deletion"  || $ALIGNER == "mapview" ]]
+ then
+  
+    FORMAT=$ALIGNER
+    FILE=$INPUT
+
+    file $INPUT| grep -c gzip >$INPUT.tmp.tmp.txt
+
+    IFBAM=( $( cat $INPUT.tmp.tmp.txt))
+
+    if [ -r $INPUT.tmp.tmp.txt ]; then
+       rm $INPUT.tmp.tmp.txt
+    fi
+
+    if [[ $ALIGNER == "sam" && $IFBAM == 0 ]]; then
+       samtools view -S -h $INPUT -b |  $SAMTOOLS_BIN_DIR/samtools sort -m 4000000000 -o - $INPUT.sorted | /bioinfo/local/samtools/samtools view -h - >$INPUT.tmp.sam 2>> $OLOG
+    fi
+
+    if [[ $ALIGNER == "sam" && $IFBAM == 1 ]]; then
+       samtools sort -m 14000000000 -o $INPUT $INPUT.sorted | samtools view -h - >$INPUT.tmp.sam 2>> $OLOG
+       FILE=$INPUT.tmp.sam
+    fi
+
+ 
+    java -Xmx20G -jar $FINDPEAKS_BIN_DIR/FindPeaks.jar -aligner $FORMAT -duplicatefilter -no_peaks_header$PREPS -dist_type 1 $MED $HIGH $LOW -input $FILE -minimum $MIN -name $NAME -output $OUTDIR -subpeaks $SUBPEAKS -wig_step_size $WIGSTEP 2>> $OLOG >> $OLOG
+
+ 
+    if [ -r $INPUT.tmp.sam ]; then
+       rm $INPUT.tmp.sam
+    fi
+
+    if [ -r $INPUT.sorted ]; then
+       rm $INPUT.sorted
+    fi
+
+    mv $OUTDIR/$NAME\_triangle_subpeaks.peaks $OPEAKS
+    mv $OUTDIR/$NAME\_triangle_subpeaks.wig.gz $OWIG
+
+
+ else 
+        echo "Use SAM format.."
+fi