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#
# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
# Contact: [e-mail], [e-mail]
# This software is distributed under the terms of the GNU General
# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007. 

#!/bin/bash

REG="NA"
CONTROLFILE="NA"
BOOTSTRAP=1

while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:h:d:x:y:p:b:" optionName; do
case "$optionName" in

f) CHIPFILE="$OPTARG";;
c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
l) LEFTPROM="$OPTARG";;
r) RIGHTPROM="$OPTARG";;
o) OUTPUT="$OPTARG";;
u) OUTSTAT="$OPTARG";;
v) GENOME="$OPTARG";;
e) REG="$OPTARG";;
h) ENH="$OPTARG";;
d) DOWNGENE="$OPTARG";;
x) CONTROLSTAT="$OPTARG";;
y) LOG="$OPTARG";;
p) PDF="$OPTARG";;
b) BOOTSTRAP="$OPTARG";;
esac
done

LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`

echo "ChIP:" >$LOG

if [ -r $REG ]; then
  perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -selG $REG -o $OUTSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>>/dev/null
 else
  perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -o $OUTSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>>/dev/null
fi



if [ -r $CONTROLFILE ]; then
echo "" >>$LOG
echo "Control:" >>$LOG
  #create a subset of control peaks (highest peaks, the same number as in the sample) 
   perl $LOCAL_DIR/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o $CONTROLFILE.tmp -n $BOOTSTRAP >>$LOGTMP 2>>$LOGTMP
  if [ -r $REG ]; then
    perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp -selG $REG -o $CONTROLSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>>/dev/null
	for (( i=2; i<=$BOOTSTRAP; i++ ))
	do
           perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp$i -selG $REG -o $CONTROLSTAT$i  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>>/dev/null
	done
  else
    perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp -o $CONTROLSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>>/dev/null
    for (( i=2; i<=$BOOTSTRAP; i++ ))
     do
        perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp$i -o $CONTROLSTAT$i  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>>/dev/null
    done

  fi
  cat $LOCAL_DIR/geneDist.R | R --slave --args $OUTSTAT $OUTPUT $LOG $CONTROLSTAT $PDF $BOOTSTRAP 2>>/dev/null >>/dev/null
else
  cat $LOCAL_DIR/geneDist.R | R --slave --args $OUTSTAT $OUTPUT $LOG $PDF 2>>/dev/null >>/dev/null
fi

if [ -r $OUTPUT.annotated ]; then
  rm $OUTPUT.annotated*
fi


if [ -r $CONTROLFILE.tmp ]; then
  rm $CONTROLFILE.tmp*
fi