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"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/cherry_pick_fasta commit f527add7e7bace30b8bc67524ff1da1bf920ec29"
author artbio
date Wed, 09 Oct 2019 18:48:17 -0400
parents e3aee4ba49c6
children 321cad0eb507
files cherry_pick_fasta.py cherry_pick_fasta.xml test-data/input.fa test-data/output_termlist.fa test-data/output_termlist_without.fa test-data/output_without.fa test-data/termlist.txt
diffstat 7 files changed, 18147 insertions(+), 55800 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/cherry_pick_fasta.py	Sun Oct 15 13:26:45 2017 -0400
+++ b/cherry_pick_fasta.py	Wed Oct 09 18:48:17 2019 -0400
@@ -12,27 +12,78 @@
         description="Cherry pick fasta sequences")
     the_parser.add_argument('--input', action="store", type=str,
                             help="input fasta file")
+    the_parser.add_argument('--searchfor', action="store", type=str,
+                            help="with, without, or withlist, withoutlist")
     the_parser.add_argument('--query-string', dest="query_string",
                             action="store", type=str,
-                            help="header containing the string will be\
-                                  extracted as well as the corresponding\
-                                  sequence")
+                            help="headers containing the string will be \
+                                  extracted or excluded as well as the \
+                                  corresponding sequence")
+    the_parser.add_argument('--query-file', dest="query_file",
+                            action="store", type=str,
+                            help="headers containing any of the strings provided in the \
+                                  text file (1 string per line) will be \
+                                  extracted or excluded as well as the \
+                                  corresponding sequence")
+
     the_parser.add_argument(
         '--output', action="store", type=str, help="output fasta file")
     args = the_parser.parse_args()
     return args
 
 
+def parse_fasta_with(query, FastaListe):
+    if not isinstance(query, list):
+        query = [query]
+    accumulator = []
+    for sequence in FastaListe:
+        for string in query:
+            if string in sequence:
+                accumulator.append(sequence)
+                continue
+    return accumulator
+
+
+def complement_fasta(fullfasta, subfasta):
+    return list(set(fullfasta) - set(subfasta))
+
+
+def getquerylist(file):
+    querylist = []
+    for line in open(file, 'r'):
+        querylist.append(line.rstrip())
+    return querylist
+
+
 def __main__():
     """ main function """
     args = Parser()
-    search_term = args.query_string
+    searchterm = args.query_string
     CrudeFasta = open(args.input, "r").read()
     Output = open(args.output, "w")
-    FastaListe = CrudeFasta.split(">")
-    for sequence in FastaListe:
-        if search_term in sequence:
-            Output.write(">%s\n" % sequence.rstrip())
+    FastaListe = CrudeFasta.split(">")[1:]
+    if args.query_string:
+        if args.searchfor == 'with':
+            contList = parse_fasta_with(searchterm, FastaListe)
+            contFasta = ">%s" % ">".join(contList)
+            Output.write(contFasta)
+        elif args.searchfor == 'without':
+            notcontList = complement_fasta(FastaListe,
+                                           parse_fasta_with(searchterm,
+                                                            FastaListe))
+            notcontFasta = ">%s" % ">".join(notcontList)
+            Output.write(notcontFasta)
+    if args.query_file:
+        searchlist = getquerylist(args.query_file)
+        if args.searchfor == 'with':
+            contList = parse_fasta_with(searchlist, FastaListe)
+            contFasta = ">%s" % ">".join(contList)
+            Output.write(contFasta)
+        elif args.searchfor == 'without':
+            notcontList = complement_fasta(FastaListe, parse_fasta_with(
+                                           searchlist, FastaListe))
+            notcontFasta = ">%s" % ">".join(notcontList)
+            Output.write(notcontFasta)
     Output.close()
 
 
--- a/cherry_pick_fasta.xml	Sun Oct 15 13:26:45 2017 -0400
+++ b/cherry_pick_fasta.xml	Wed Oct 09 18:48:17 2019 -0400
@@ -1,44 +1,94 @@
-<tool id="cherry_pick_fasta" name="Pick Fasta sequences" version="1.0.0">
-  <description>with header satisfying a query string</description>
+<tool id="cherry_pick_fasta" name="Pick Fasta sequences" version="2.0.0">
+  <description>with header satisfying a string query</description>
   <command interpreter="python">cherry_pick_fasta.py
                                    --input $input
-                                   --query-string "$query"
+                                   --searchfor '$search.searchfor'
+                                   #if $search.options_selector == 'single':
+                                       --query-string '$search.query'
+                                   #else:
+                                       --query-file '$search.query'
+                                   #end if
                                    --output $output
   </command>
 
   <inputs>
-    <param name="query" type="text" size="30" value="" label="Select sequences with this string in their header" help="exemple: gi|40557596">
-    <sanitizer>
-        <valid initial="string.printable">
-          <remove value="&quot;"/>
-          <remove value="\"/>
-        </valid>
-        <mapping initial="none">
-          <add source="&quot;" target="\&quot;"/>
-          <add source="\" target="\\"/>
-        </mapping>
-      </sanitizer>
-    </param>
-    <param format="fasta" label="Source file" name="input" type="data" />
+    <param name="input" type="data" format="fasta" label="Source file" help="Fasta file to parse" />
+
+    <conditional name="search">
+        <param name="options_selector" type="select" display="radio" label="by single term or file of terms">
+            <option value="single" selected="True">single term</option>
+            <option value="textdataset">terms in a text dataset</option>
+        </param>
+        <when value="single">
+            <param name="query" type="text" size="30" value="" label="Search string" help="exemple: gi|40557596">
+                <sanitizer>
+                    <valid initial="string.printable">
+                        <remove value="&quot;"/>
+                        <remove value="\"/>
+                    </valid>
+                    <mapping initial="none">
+                        <add source="&quot;" target="\&quot;"/>
+                        <add source="\" target="\\"/>
+                    </mapping>
+                </sanitizer>
+            </param>
+            <param name="searchfor" type="select" label="retrieve sequences whose headers contain or do not contain the search string">
+                <option value="with" selected="true">contain</option>
+                <option value="without">do not contain</option>
+            </param>
+        </when>
+        <when value="textdataset">
+            <param name="query" type="data" format="txt" label="term dataset" help="a list of term to search for, one term per line" />
+            <param name="searchfor" type="select" label="retrieve sequences whose headers contain or do not contain the search list">
+                <option value="with" selected="true">contain</option>
+                <option value="without">do not contain</option>
+            </param>
+        </when>
+    </conditional>
   </inputs>
   <outputs>
-    <data name="output" format="fasta" label="${tool.name} on ${on_string} including '${query.value}' in header" />
+    <data name="output" format="fasta" label="Fasta sequences ${search.searchfor.value} ${search.options_selector} term(s) in header" />
   </outputs>
   <tests>
     <test>
         <param ftype="fasta" name="input" value="input.fa" />
+        <!-- <param name="options_selector" value="textdataset" /> -->
         <param name="query" value="gi|81971654" />
+        <param name="searchfor" value="with" />
         <output name="output" ftype="fasta" file="output.fa" />
     </test>
+    <test>
+        <param ftype="fasta" name="input" value="input.fa" />
+        <!-- <param name="options_selector" value="textdataset" /> -->
+        <param name="query" value="RNA" />
+        <param name="searchfor" value="without" />
+        <output name="output" ftype="fasta" file="output_without.fa" />
+    </test>
+    <test>
+        <param ftype="fasta" name="input" value="input.fa" />
+        <param name="options_selector" value="textdataset" />
+        <param name="query" ftype="txt" value="termlist.txt" />
+        <param name="searchfor" value="without" />
+        <output name="output" ftype="fasta" file="output_termlist.fa" />
+    </test>
+    <test>
+        <param ftype="fasta" name="input" value="input.fa" />
+        <param name="options_selector" value="textdataset" />
+        <param name="query" ftype="txt" value="termlist.txt" />
+        <param name="searchfor" value="without" />
+        <output name="output" ftype="fasta" file="output_termlist_without.fa" />
+    </test>
   </tests>
+
   <help>
 **What it does**
 
-This tool retrieves nucleotide/peptide sequences from a fasta file whose headers match a given query string.
+This tool retrieves nucleotide/peptide sequences from a fasta file whose headers match
+or do not match a given string.
 
-It is Copyright © 2015 `CNRS and University Pierre et Marie Curie`_ and is released under the `MIT license`_.
+It is Copyright © 2019 `CNRS and Sorbonne-Université`_ and is released under the `MIT license`_.
 
-.. _CNRS and University Pierre et Marie Curie: http://www.upmc.fr/en/index.html
+.. _CNRS and  Sorbonne-Université: http://www.sorbonne-universite.fr/en
 .. _MIT license: http://opensource.org/licenses/MIT
 
   </help>
--- a/test-data/input.fa	Sun Oct 15 13:26:45 2017 -0400
+++ b/test-data/input.fa	Wed Oct 09 18:48:17 2019 -0400
@@ -107,7 +107,6 @@
 ACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAGGATCAACCGGCAATAAGCAG
 TATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATCGATCTCGATGTGTACGAATTCGTG
 CGC
-
 >gi|21321709|ref|NP_647481.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_65_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_1324_hit1_IdMatch=43.5,AligLength=446,E-val=1e-119
 CTTGAGGATACTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGCTCGTAGCACAAAATACATCC
 GCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAATGCTTTGCATTGTTTTGATT
@@ -217,7 +216,6 @@
 GGAGATTGTGGTGCCTTGCTGGTAGCACAAAATCATGCAATTGTGAGGAAAATATTTGCA
 ATGCATATAGCAGGTGCGGAAGAAAATGGCTATGCTTGTCCAATCAATCAGGAAATGTTA
 G
-
 >gi|8895507|gb|AAF80998.1|_nonstructural_polyprotein__cricket_paralysis_virus--Locus_65_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_1324_hit1_IdMatch=43.5,AligLength=446,E-val=1e-119
 CTTGAGGATACTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGCTCGTAGCACAAAATACATCC
 GCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAATGCTTTGCATTGTTTTGATT
@@ -327,7 +325,6 @@
 GGAGATTGTGGTGCCTTGCTGGTAGCACAAAATCATGCAATTGTGAGGAAAATATTTGCA
 ATGCATATAGCAGGTGCGGAAGAAAATGGCTATGCTTGTCCAATCAATCAGGAAATGTTA
 G
-
 >gi|798547303|gb|AKA63265.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_63_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_343_hit1_IdMatch=53.45,AligLength=116,E-val=4e-32
 ACACAGTCCACAGTCCGAAGACCAAAGCGTTGGATAGGACACGAATACACAGATGAAACG
 AAAACAGGCGAGGCTGCGCCCTATCGGACATTGGAAGAAGTCCGTTTCCTTAAAAGAGGG
@@ -385,21931 +382,117 @@
 TGGAAGAAGTCCGTTTCCTTAAAAGAGGGTTCAGAATGGATCACCTCTTGTGTCGGTGGG
 TAGCTCCTTTGAAGAAGGATGTCATCTACGAAATGCTTAATTGGACGCGCAAAGGGATTA
 ACCCAGATGATGTGACGATGATGATCATTGATACAGCATTTAGGGAGATCTCTTATCACG
-GAAGGGAAGCTTTCGAGAAGCTGCGAGGGCAGATACTTGAGCAGCGGGATGTGTTGGTTG
-AATATCCTCAA
->gi|798547303|gb|AKA63265.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_50_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_1442_hit1_IdMatch=25.51,AligLength=537,E-val=1e-49
-GAATTCGTGCGCATGCAAAGAATAAATGACCACCCTTCGGGTTGGAAAGCTACGGATGAA
-GTATATGGCTATGCAGAGTTCTCGAAACTAATGTGTGCTGAATGGAAGAGAAGGAAGACA
-GAACATCAGAATACTGTTGACTTCCTTAAGAAGTATGCAGAGCGACCCTTCGAGACCAAC
-CCCGGACCAGTGGAGGATATCCCAATAAGACACGATGATGTCGAGCAGGGGGTAGAAGCG
-CAGATGGGTCGAGATGCAGATTGGTTTAACAATGACATAGCGGAACGTATAGCGCGTGGA
-CAGGATATTACTGATATCTTGTATGAGTATGCTGAAGATGACGAGTTGCATGAGGATTAC
-ATGGCTTACAAGAAACAGCAGGCCCAGCCTAGTAAGTGGGACAAATACGCGCGCCGTCTC
-GAAAGTGCAATTACGGAAGGAAAGAATTTCCTTGCCCGTGTGGTTTCAAAAATAGCCAGC
-GTCATTCGGGAGAACCCATATTTGACCATGATGGCAACTGTGGGGAGCGTTCTCGCTCTG
-TATGGAGCTATGCGTTGGTTTTCGAAAGGAGTAACGGAGACTTTTGACGCTGAAGAAGTT
-ACTATTCCCAACGAAACCAAGGTAGAGAACGTTGTGCGTACGGAGGGTTTTGAATCTTAC
-GACCATCGGACTCCGCGCGCTCATCGAGCCAACAGGCAATATGTGCGAGCTGAGGCGATG
-ATAGATGAAACAGGGTACCTGGTAGCCAACAACAAAGTCACTGGCAACACGTATCGAATG
-TGTATCAAGAGGGATCCTGATGATTTGGTCGTTGGAAACGCTGTGTTTATCACAGGGTGG
-ACGCTCCTCATACCGTACCACTTCGTTTGTGGACTGGCGGGACGGAGAATAGCTGCTGAT
-TCCATCGTGACTTTGTCAAAGCCAGGCTTGGATAAGATTATTGAATTCCCGTTGTCACGA
-ATCTTCCGATACGATACCTCACCAGATGGTTTTACCACTAGTGAGTATTGTGCTCGAATG
-GAACATGAAGATGGAGAATTGGTTGATGCCATCCTGGTAAACCTGCATGGTTTGGGAGTG
-CGAATCCATCCTGACCTCCGGGGAAAAATTGTGACGGTACGAGACCAAGCGCACCTGAGT
-ACGACATTTCATGCGATTCTCACAACGATGTCCAGGAAGCCACCACTAACAACGTCACAA
-CAAGTGGTAAAAGGGGTCAAGCCAATGGATAAAATCCTGCACATCAATTTACCAGTTGGG
-GACAAAACAACGCAATACACCCAACGTGACTGTTACAAGTATTATTCCGTAACGGTCGTT
-GGAGATTGTGGTGCCTTGCTGGTAGCACAAAATCATGCAATTGTGAGGAAAATATTTGCA
-ATGCATATAGCAGGTGCGGAAGAAAATGGCTATGCTTGTCCAATCAATCAGGAAATGTTA
-G
->gi|798547303|gb|AKA63265.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=43.68,AligLength=451,E-val=2e-123
-TAGATAAGGTTTGCTCATTTCTTGAGGATGCTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGC
-TCGTAGCACAAAATACATCCGCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAA
-TGCTTTGCATTGTTTTGATTTGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCG
-CGGTACTTATAGTGGTTGCTCTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAG
-CTATGGACATGTATCGCGTAATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCG
-TTTTCCATCCGTGGTTGAACACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGT
-GTCTCAAGAAATTACCAGGAAAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCT
-TACCCAAAGCTGTTAAGGGTGCGACACAACTACATGAATGGGTGTCAAAATACTTCGATC
-TCTCTTTGGATCACGTCAAGGCGATGATTGTTGGTAAATCTTGTGCCGAAATGAAGAAGG
-CTGAATCATCAAGCGCCAAAGTTTTGGCTTGGGCCGCTAGAGTTCAAGATTTCGTCAGAT
-TGGAACAACGAAGTAAAATCGATAGTGATATCGCTGTCGCCAACGAGGCTGAAGCCTTGT
-ATCACACTGGATTGCAATTTGCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCG
-TGAACAGTGCGCTAAGACCAGCCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAA
-AAGGAGGGAGTCGTAAGATGAGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTG
-GGAAAACCTCTATGGTGGATCCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGG
-GACCTGAACATCTCCACTCGTTGGTGTATGGCCGCCAAGTTGAGACGGAGTACTGGGATG
-GTTACAAAGCCCACAAGATAGTGATCTATGATGATGCTTTTCAGCTGAAAGATGATGCTG
-TGAACAGGAATTTGGAGGTATTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACC
-TTCATATGGCTTGTCTCTCGGATAAAAACACTTTTTCAGTAGCGGAAGTGTACATCTACA
-CTACCAACGAAATGAATGTCAAACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACC
-GCATGAGTGAAAACGCGTTCACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAG
-GATCAACCGGCAATAAGCAGTATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATCGATC
-TCGATGTGTACGAATTCGTGCGC
-
->gi|798547250|gb|AKA63263.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=43.68,AligLength=451,E-val=2e-123
-TAGATAAGGTTTGCTCATTTCTTGAGGATGCTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGC
-TCGTAGCACAAAATACATCCGCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAA
-TGCTTTGCATTGTTTTGATTTGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCG
-CGGTACTTATAGTGGTTGCTCTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAG
-CTATGGACATGTATCGCGTAATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCG
-TTTTCCATCCGTGGTTGAACACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGT
-GTCTCAAGAAATTACCAGGAAAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCT
-TACCCAAAGCTGTTAAGGGTGCGACACAACTACATGAATGGGTGTCAAAATACTTCGATC
-TCTCTTTGGATCACGTCAAGGCGATGATTGTTGGTAAATCTTGTGCCGAAATGAAGAAGG
-CTGAATCATCAAGCGCCAAAGTTTTGGCTTGGGCCGCTAGAGTTCAAGATTTCGTCAGAT
-TGGAACAACGAAGTAAAATCGATAGTGATATCGCTGTCGCCAACGAGGCTGAAGCCTTGT
-ATCACACTGGATTGCAATTTGCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCG
-TGAACAGTGCGCTAAGACCAGCCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAA
-AAGGAGGGAGTCGTAAGATGAGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTG
-GGAAAACCTCTATGGTGGATCCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGG
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-GTTACAAAGCCCACAAGATAGTGATCTATGATGATGCTTTTCAGCTGAAAGATGATGCTG
-TGAACAGGAATTTGGAGGTATTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACC
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-GCATGAGTGAAAACGCGTTCACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAG
-GATCAACCGGCAATAAGCAGTATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATCGATC
-TCGATGTGTACGAATTCGTGCGC
->gi|798547250|gb|AKA63263.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_63_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_343_hit1_IdMatch=53.45,AligLength=116,E-val=4e-32
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-AAAAGTTCGCTCTTTTGGAGGCTAGAATCACAGCTCAGATGAGTTTTGAGGCACCGAAGG
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-TGAACAGGAATTTGGAGGTATTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACC
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-
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-C
-
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-
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-GTCGTAAGATGAGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTGGGAAAACCT
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-ACGAATTC
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+GCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCGTGAACAGTGCGCTAAGACCA
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+CTAGAATCACAGCTCAGATGAGTTTTGAGGCACCGAAGGACGCAATTGAAGGACCGTGTC
 AAACCCCGGAAGGATTGTTCGCCCCTATTGGCAAAGCGCCGATAGGCGTAGGGATGTCCA
 CCAAGACGGCTATACGACCTTCACGCTTGTATGGAAGAATAACTAAACCGACAACTGCAC
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@@ -22370,262 +568,43 @@
 GGATAGGACACGAATACACAGATGAAACGAAAACAGGCGAGGCTGCGCCCTATCGGACAT
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 TAGCTCCTTTGAAGAAGGATGTCATCTACGAAATGCTTAATTGGACGCGCAAAGGGATTA
-ACCCAGATGATGTGACG
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-TTTTGCGCTAGAACCGAAAGTGAGGTTTTAGGAACCGTTGGTACAGACATGTACAATGCA
-GTTTTAGGCATCATACGTGTAGAGGTACTCAATCAACTTGTTGCCTCTAACAGTGTCACT
-CAATCCATTGACGTTTTGGTTGAAGTTAATGGAGGACCTGATCTCACATTTGCAGGCCCA
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-
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-
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-TATAGGGC
->gi|723440467|gb|AIX94679.1|_polyprotein__Laodelphax_striatellus_picorna-like_virus_2--Locus_63_Transcript_1/2_Confidence_0.333_Length_1607_hit1_IdMatch=26.18,AligLength=531,E-val=1e-40
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-GCCAATATGTTCGCATATTGGCGTGGTTCGCTGGTTTACACTTTCAAATTTGTTAAAACC
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-
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-
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-CTACCAACGAAATGAATGTCAAACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACC
-GCATGAGTGAAAACGCGTTCACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAG
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+TAGGACACGAATACACAGATGAAACGAAAACAGGCGAGGCTGCGCCCTATCGGACATTGG
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+CTAACAACGTCACAACAAGTGGTAAAAGGGGTCAAGCCAATGGATAAAATCCTGCACATC
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+TCCGTAACGGTCGTTGGAGATTGTGGTGCCTTGCTGGTAGCACAAAATCATGCAATTGTG
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+AATCAGGAAATGTTAG
+>gi|2388673|gb|AAC58807.1|_replicase_polyprotein__Drosophila_C_virus--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=46.44,AligLength=450,E-val=8e-138
+TAGATAAGGTTTGCTCATTTCTTGAGGATGCTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGC
+TCGTAGCACAAAATACATCCGCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAA
+TGCTTTGCATTGTTTTGATTTGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCG
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+CTATGGACATGTATCGCGTAATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCG
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+GTCTCAAGAAATTACCAGGAAAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCT
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+TCTCTTTGGATCACGTCAAGGCGATGATTGTTGGTAAATCTTGTGCCGAAATGAAGAAGG
+CTGAATCATCAAGCGCCAAAGTTTTGGCTTGGGCCGCTAGAGTTCAAGATTTCGTCAGAT
+TGGAACAACGAAGTAAAATCGATAGTGATATCGCTGTCGCCAACGAGGCTGAAGCCTTGT
+ATCACACTGGATTGCAATTTGCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCG
+TGAACAGTGCGCTAAGACCAGCCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAA
 AAGGAGGGAGTCGTAAGATGAGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTG
 GGAAAACCTCTATGGTGGATCCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGG
 GACCTGAACATCTCCACTCGTTGGTGTATGGCCGCCAAGTTGAGACGGAGTACTGGGATG
@@ -22634,6794 +613,97 @@
 TTCATATGGCTTGTCTCTCGGATAAAAACACTTTTTCAGTAGCGGAAGTGTACATCTACA
 CTACCAACGAAATGAATGTCAAACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACC
 GCATGAGTGAAAACGCGTTCACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAG
-GATCAACCGGCAATAAGCAGTATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATC
->gi|190643464|ref|YP_001976147.1|_polyprotein__Tomato_marchitez_virus--Locus_63_Transcript_1/2_Confidence_0.333_Length_1607_hit1_IdMatch=27.83,AligLength=503,E-val=1e-26
-CCACCAAGACGGCTATACGACCTTCACGCTTGTATGGAAGAATAACTAAACCGACAACTG
-CACCATCATACTTGGGTAAAGACGCGCTTTATCGTGGATTGACCAAGTGTGGTGTTCGCA
-CAGTTAATATTCAACCAGAATACATAGACGCAGCGGCGAATGACGTCGCACGCTATGTGT
-TAAACCAGCATGTTGGTCACGTGGATAGGGAACGATACACACGTATATTGTCGTACGAGG
-AGGCTGTTAAGGGCGTGCCGTACGATGATTTCATGAAGTCAGTGACTCGAGTCACTTCCC
-CTGGTTACCCCTATTGCTTGGATACTGGAAACATGCCAGGGAAAAGCAAATGGATGGGGC
-TCGAACAAGATTTCGATATGACAAGTCCAGCTGCTTTGGCTTTGAGGAAAGATGTTGAAA
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-AGGATGAAAGGCGCGAGCTGATAAAGGTGGAAGCAAAGAAGACTCGAGTCTTTTCTGCTG
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-TGCATAACAGAATCGAAAACGAAGTAGCCGTTGGAACAAACCCCTTCTCAATGGATTGGC
-ACAACATTGCTGTGCGTATGCGTAGTAAAGGGAGACACATTATTGCTGGAGATTTTAGCA
-ATTTTGATGGATCCCTCAACGCCCAAGTTCTCTGGACAATATTTTGGAAGATATTTGTCC
-CGTGGCTTAATGATATTGAACCACTTGGTACACCCAAGAATGAGGAGAATCTGCGGGTCT
-GCACGAGTCTATGGACGCACTTGGTGCACTCCGTGCACATTTGTGGAGATAACTTGTACA
-TGTGGACACATTCTCAACCATCGGGCAATCCCTTCACGGTGATAATCAATAGTTTGTATA
-ACTCAGTTATCATGCGTGTCGTGTGGCAATACATAATGGCGAAAGAAGAACCTAAGTTAC
-GCACAATGAACCATTTCAATCAACATGTTGCTATGGTTTCATATGGTGATGACAATCTAC
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-TTAACCCAGATGATGTGACGATGATGATCATTGATACAGCATTTAGGGAGATCTCTTATC
-ACGGAAGGGAAGCTTTCGAGAAGCTG
-
->gi|697739511|gb|AIT59085.1|_polyprotein__Motherwort_yellow_mottle_virus--Locus_65_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_1324_hit1_IdMatch=29.84,AligLength=124,E-val=1e-04
-AAGGAGGGAGTCGTAAGATGAGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTG
-GGAAAACCTCTATGGTGGATCCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGG
-GACCTGAACATCTCCACTCGTTGGTGTATGGCCGCCAAGTTGAGACGGAGTACTGGGATG
-GTTACAAAGCCCACAAGATAGTGATCTATGATGATGCTTTTCAGCTGAAAGATGATGCTG
-TGAACAGGAATTTGGAGGTATTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACC
-TTCATATGGCTTGTCTCTCGGATAAAAACACTTTTTCAGTAGCGGAAGTGTACATCTACA
-CTACCAACGAAATG
->gi|697739511|gb|AIT59085.1|_polyprotein__Motherwort_yellow_mottle_virus--Locus_63_Transcript_1/2_Confidence_0.333_Length_1607_hit1_IdMatch=26.5,AligLength=551,E-val=1e-30
-AGGCACCGAAGGACGCAATTGAAGGACCGTGTCAAACCCCGGAAGGATTGTTCGCCCCTA
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-ATCGTGGATTGACCAAGTGTGGTGTTCGCACAGTTAATATTCAACCAGAATACATAGACG
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-CTGCTTTGGCTTTGAGGAAAGATGTTGAAAGTTTGTTGGAAGATTGCAAAAATGGCTTAG
-TCCGTGATGTGGTGTTTGTCGACACTCTCAAGGATGAAAGGCGCGAGCTGATAAAGGTGG
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-TCTGGACAATATTTTGGAAGATATTTGTCCCGTGGCTTAATGATATTGAACCACTTGGTA
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-
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-ATCACGGAAGGGAAGCTTTCGAGAAGCTGCGAGGGCAGATA
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@@ -29445,8130 +727,85 @@
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-
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-ATTCAGACAGTTCCTGGTTTGTCAGGTTCTAAAGTGGATGAGATGGATCTTAATGTTATC
-GCATCCATTCCCAATTATTGGTCGCAATTTTCATGGTCGGTGACTGATTCCACAAATAAA
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-CCACGTTTTGTCTGTACCTTTTTGGGTTTTCTAGCCAATATGTTCGCATATTGGCGTGGT
-TCGCTGGTTTACACTTTCAAATTTGTTAAAACCAATTTCCATTCGGGTCGTCTGCAAATA
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-GCTCAACGTATTATTGTTGATTTGCGCACAGCTACAGAGGTTTCTTTCACAGTGCCTTAT
-GTATCTTCGCGACCCTGGATGTTTTGCGCTAGAACCGAAAGTGAGGTTTTAGGAACCGTT
-GGTACAGACATGTACAATGCAGTTTTAGGCATCATACGTGTAGAGGTACTCAATCAACTT
-GTTGCCTCTAACAGTGTCACTCAATCCATTGACGTTTTGGTTGAAGTTAATGGAGGACCT
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-ACTGAGCAAGCTAAGACGAATGAAGTCAAGAAAGAAGAAGCGTCGGCACAGATGATGGGT
-GATAACGAACAAACACCAAGAAATGAAGCTCAGTTGGGTGCACACTCGGAATCAATAGAT
-ACTCATCCTATACAGAGCAACTGGTCACCAGAAGCTTTGTGCATAGGGGAGAAAATCACC
-AGTGTGCGTCAACTCATCAAGCGACATGGTTTACTTGCACGTAAAATCACTCTAAATCAG
-GCCAATCCTACTTTGTTCTTGGCACCATTTGCGTTTCGCAATCCGCCATCGGCTACACTA
-GCCACGTCGTCTCCGACGTCGTTGTTAGAGTACTTCCACGATATATACGCTTTCTATCGT
-GGTGGGATACGCCACAAAATTGTAGC
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-
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-TATCAACCTTTTCCAGTTTACCCATCCTGGGACCTTACTTGCGAGCGCCAGCTTGGTTGT
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-
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-AAGATGTGGACATCCAATACCCAACTGGAGCAAATGTTTACACTGGAAGTGCTCCCAATC
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-CCAAGGCTGCCTCCAACGTAGCAATGCACTTGGGGTTTTCA
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-GCTAATTTCAATGGTGTTGATTCCTCCTACCAATTGGGGTTGTCTGCGTCCAATGAAATT
-CAGACAGTTCCTGGTTTGTCAGGTTCTAAAGTGGATGAGATGGATCTTAATGTTATCGCA
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-
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-
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-ATTGCAAAAATGGCTTAGTCCGTGATGTGGTGTTTGTCGACACTCTCAAGGATGAAAGGC
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-TTGTCTGCGTCCAATGAAATTCAGACAGTTCCTGGTTTGTCAGGTTCTAAAGTGGATGAG
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-
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-CAGATACTT
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-CCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAAAAGGAGGGAGTCGTAAGATGA
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-CCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAAAAGGAGGGAGTCGTAAGATGA
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-AACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACCGC
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-CACGTATATTGTCGTACGAGGAGGCTGTTAAGGGCGTGCCGTACGATGATTTCATGAAGT
-CAGTGACTCGAGTCACTTCCCCTGGTTACCCCTATTGCTTGGATACTGGAAACATGCCAG
-GGAAAAGCAAATGGATGGGGCTCGAACAAGATTTCGATATGACAAGTCCAGCTGCTTTGG
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-TTCCATTCTCTGCCTGGGTCATGCATAACAGAATCGAAAACGAAGTAGCCGTTGGAACAA
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-TGATAATCAATAGTTTGTATAACTCAGTTATCATGCGTGTCGTGTGGCAATACATAATGG
-CGAAAGAAGAACCTAAGTTACGCACAATGAACCATTTCAATCAACATGTTGCTATGGTTT
-CATATGGTGATGACAATCTACTTAACATCTCGGAAGGGGTAATTGATATCTTCAACCAAC
-TTACCATCTCGGAAGCCATGCGTTGGATAGGACACGAATACACAGATGAAACGAAAACAG
-GCGAGGCTGCGCCCTATCGGACATTGGAAGAAGTCCGTTTCCTTAAAAGAGGGTTCAGAA
-TGGATCACCTCTTGTGTCGGTGGGTAGCTCCTTTGAAGAAGGATGTCATCTACGAAATGC
-TTAATTGGACGCGCAAAGGGATTAACCCAGATGATGTGACGATGATGATCATTGATACAG
-CATTTAGGGAGATCTCTTATCACGGAAGGGAAGCTTTCGAGAAGCTGCGAGGGCAGATAC
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-
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-
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+>gi|81920773|sp|O36966.1|POLN_DCVEB_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_50_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_1442_hit2_IdMatch=27.44,AligLength=277,E-val=3e-21
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->gi|303274628|gb|ADM07451.1|_minor_capsid_protein__Antheraea_mylitta_cypovirus_4--Locus_13_Transcript_5/14_Confidence_0.267_Length_2434_hit1_IdMatch=24.34,AligLength=419,E-val=1e-20
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->gi|303274628|gb|ADM07451.1|_minor_capsid_protein__Antheraea_mylitta_cypovirus_4--Locus_13_Transcript_12/14_Confidence_0.267_Length_3689_hit1_IdMatch=24.34,AligLength=419,E-val=3e-20
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-ACTCGCATCTTGACAGTGGATATACTGATGCTGATGTTAAGAATCTGTTTACTACACTAT
-TCGTTGACGAACGTAAAAATTTAGCTAATGTGATGACAACGGAAGAGATGTGGGATGTAA
-TTAGCAGTGAAGTGAGCAAGAAGATTAATAATTCTAACCTTGTTCATCACGCTTATGTTC
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-ATCGCACAATTTCTCGTCCGATAGTT
->gi|303274628|gb|ADM07451.1|_minor_capsid_protein__Antheraea_mylitta_cypovirus_4--Locus_13_Transcript_7/14_Confidence_0.200_Length_528_hit1_IdMatch=34.69,AligLength=98,E-val=8e-12
-ACAGTGGATATACTGATGCTGATGTTAAGAATCTGTTTACTACACTATTCGTTGACGAAC
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-TGAGCAAGAAGATTAATAATTCTAACCTTGTTCATCACGCTTATGTTCCAGACACTTCAA
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->gi|303274628|gb|ADM07451.1|_minor_capsid_protein__Antheraea_mylitta_cypovirus_4--Locus_13_Transcript_6/14_Confidence_0.200_Length_2421_hit1_IdMatch=24.34,AligLength=419,E-val=1e-20
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->gi|310947550|gb|ADP44691.1|_polyprotein__Hepatitis_A_virus--Locus_52_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_1261_hit1_IdMatch=25.32,AligLength=308,E-val=2e-10
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