annotate test-data/F.vcf @ 23:83f8c93c34b4 draft

"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/mutational_patterns commit 3c4d96db0a3c54ed68bf782f08b89b6959255d58"

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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	TUMOR
chr1	167967	.	G	A	0	PASS	DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
chr1	271578	.	A	AT	0	PASS	DP=69;GPV=1;SPV=0.012429;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:17,5:7,2:10,3
chr1	636494	.	A	G	0	PASS	DP=113;GPV=1;SPV=0.031633;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:60:47,13:24,9:23,4
chr1	996625	.	A	G	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.083867;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:22,5:19,2:3,3
chr1	1644921	.	A	G	0	PASS	DP=75;GPV=1;SPV=0.045371;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:29,10:16,5:13,5
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chr1	1976870	.	C	CAG	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.00016042;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:9,16:2,6:7,10
chr1	2142262	.	A	C	0	PASS	DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:9:7,2:5,1:2,1
chr1	2913844	.	C	G	0	PASS	DP=75;GPV=1;SPV=4.1392e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:40:26,14:14,6:12,8
chr1	3181193	.	C	T	0	PASS	DP=50;GPV=1;SPV=0.024399;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:18,7:5,5:13,2
chr1	4251782	.	A	ATTTTTTT	0	PASS	DP=33;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:14,4:9,3:5,1
chr1	5606389	.	A	AATATATATATATAT	0	PASS	DP=27;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:15:3,7:2,6:1,1
chr1	5732600	.	A	AG	0	PASS	DP=31;GPV=1;SPV=0.0043505;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:9,7:6,3:3,4
chr1	7051663	.	C	CTGCCAGGACAGACTCATCCCTGTT	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.031156;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:24:20,4:11,1:9,3
chr1	8167511	.	GCACA	G	0	PASS	DP=26;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:14:7,5:4,3:3,2
chr1	8233826	.	A	ATATATTTT	0	PASS	DP=16;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:8:3,2:1,1:2,1
chr1	8501213	.	G	A	0	PASS	DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:21:17,4:3,2:14,2
chr1	8647643	.	G	A	0	PASS	DP=51;GPV=1;SPV=0.048962;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:11,5:8,4:3,1
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chr1	13341194	.	G	A	0	PASS	DP=90;GPV=1;SPV=0.0036109;SS=2;SSC=24;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:42:35,7:21,6:14,1
chr1	13926652	.	T	TA	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.00036335;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:10,7:6,3:4,4
chr1	14528362	.	G	A	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.057503;SS=2;SSC=12;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:31:19,8:6,3:13,5
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chr1	24266066	.	T	TTGGA	0	PASS	DP=39;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:21:12,8:7,4:5,4
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chr1	26214945	.	A	C	0	PASS	DP=42;GPV=1;SPV=0.21465;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:11,5:5,3:6,2
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chr1	28923111	.	C	T	0	PASS	DP=35;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:5,3:3,1:2,2
chr1	33493334	.	G	T	0	PASS	DP=58;GPV=1;SPV=4.8916e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:30:17,13:8,4:9,9
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chr1	34128594	.	G	A	0	PASS	DP=66;GPV=1;SPV=0.001651;SS=2;SSC=27;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:27,10:12,4:15,6
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chr1	35207403	.	AT	A	0	PASS	DP=30;GPV=1;SPV=0.0014564;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:18:8,10:6,8:2,2
chr1	36806360	.	G	A	0	PASS	DP=62;GPV=1;SPV=2.6735e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:20,16:9,6:11,10
chr1	37427639	.	G	GAAGAAAGAAAGAAAGA	0	PASS	DP=23;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:12:2,4:2,4:0,0
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