Mercurial > repos > artbio > mutational_patterns
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"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/mutational_patterns commit cd8f633245d53cf47eaf860a4e0ae8d806c34419"
| author | artbio |
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| date | Wed, 16 Sep 2020 22:58:28 +0000 |
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--- a/mutational_patterns.R Sun Sep 13 22:27:03 2020 +0000 +++ b/mutational_patterns.R Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -5,8 +5,8 @@ warnings() library(optparse) library(rjson) -library(MutationalPatterns) -library(ggplot2) +library(grid) +library(gridExtra) # Arguments option_list = list( @@ -35,7 +35,38 @@ help = "selects the N most significant signatures in samples to express mutational patterns" ), make_option( - "--output", + "--nrun", + default = 2, + type = 'integer', + help = "Number of runs to fit signatures" + ), + make_option( + "--rank", + default = 2, + type = 'integer', + help = "number of ranks to display for parameter optimization" + ), + make_option( + "--newsignum", + default = 2, + type = 'integer', + help = "Number of new signatures to be captured" + ), + + make_option( + "--output_spectrum", + default = NA, + type = 'character', + help = "path to output dataset" + ), + make_option( + "--output_denovo", + default = NA, + type = 'character', + help = "path to output dataset" + ), + make_option( + "--output_cosmic", default = NA, type = 'character', help = "path to output dataset" @@ -45,82 +76,214 @@ opt = parse_args(OptionParser(option_list = option_list), args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)) +################ Manage input data #################### json_dict <- opt$inputs parser <- newJSONParser() parser$addData(json_dict) fileslist <- parser$getObject() vcf_files <- attr(fileslist, "names") sample_names <- unname(unlist(fileslist)) -pdf(opt$output, paper = "special", width = 11.69, height = 11.69) ref_genome <- opt$genome +vcf_table <- data.frame(sample_name=sample_names, path=vcf_files) + +library(MutationalPatterns) library(ref_genome, character.only = TRUE) # Load the VCF files into a GRangesList: vcfs <- read_vcfs_as_granges(vcf_files, sample_names, ref_genome) -levels_table <- read.delim(opt$levels, header=FALSE, col.names=c("sample_name","level")) -vcf_table <- data.frame(path=vcf_files, sample_name=sample_names) -metadata_table <- merge(vcf_table, levels_table, by.x=2, by.y=1) -levels <- metadata_table$level -muts = mutations_from_vcf(vcfs[[1]]) -types = mut_type(vcfs[[1]]) -context = mut_context(vcfs[[1]], ref_genome) -type_context = type_context(vcfs[[1]], ref_genome) -type_occurrences <- mut_type_occurrences(vcfs, ref_genome) -# p1 <- plot_spectrum(type_occurrences) -# p2 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT = TRUE) -# p3 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT = TRUE, legend = FALSE) -# -# plot(p2) -# p4 <- plot_spectrum(type_occurrences, by = levels, CT = TRUE, legend = TRUE) -# palette <- c("pink", "orange", "blue", "lightblue", "green", "red", "purple") -# p5 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT=TRUE, legend=TRUE, colors=palette) -# -# plot(p4) +if (!is.na(opt$levels)[1]) { # manage levels if there are + levels_table <- read.delim(opt$levels, header=FALSE, col.names=c("sample_name","level")) + library(dplyr) + metadata_table <- left_join(vcf_table, levels_table, by = "sample_name") +# detach("package:dplyr", unload=TRUE) + tissue <- metadata_table$level +} + +##### This is done for any section ###### mut_mat <- mut_matrix(vcf_list = vcfs, ref_genome = ref_genome) -# plot_96_profile(mut_mat[,1:length(as.data.frame(mut_mat))], condensed = TRUE) -mut_mat <- mut_mat + 0.0001 -# library("NMF") -# estimate <- nmf(mut_mat, rank=2:5, method="brunet", nrun=100, seed=123456) -# plot(estimate) -# nmf_res <- extract_signatures(mut_mat, rank = 4, nrun = 100) -# colnames(nmf_res$signatures) <- c("Signature A", "Signature B", "Signature C", "Signature D") -# rownames(nmf_res$contribution) <- c("Signature A", "Signature B", "Signature C", "Signature D") -# plot_96_profile(nmf_res$signatures, condensed = TRUE) -sp_url <- paste("https://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/assets/", "signatures_probabilities.txt", sep = "") -cancer_signatures = read.table(sp_url, sep = "\t", header = TRUE) -new_order = match(row.names(mut_mat), cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type) -cancer_signatures = cancer_signatures[as.vector(new_order),] -row.names(cancer_signatures) = cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type -cancer_signatures = as.matrix(cancer_signatures[,4:33]) -# plot_96_profile(cancer_signatures, condensed = TRUE, ymax = 0.3) -hclust_cosmic = cluster_signatures(cancer_signatures, method = "average") -cosmic_order = colnames(cancer_signatures)[hclust_cosmic$order] -# plot(hclust_cosmic) -cos_sim(mut_mat[,1], cancer_signatures[,1]) -cos_sim_samples_signatures = cos_sim_matrix(mut_mat, cancer_signatures) -plot_cosine_heatmap(cos_sim_samples_signatures, col_order = cosmic_order, cluster_rows = TRUE) -fit_res <- fit_to_signatures(mut_mat, cancer_signatures) -threshold <- tail(sort(unlist(rowSums(fit_res$contribution), use.names = FALSE)), opt$signum)[1] -select <- which(rowSums(fit_res$contribution) >= threshold) # ensure opt$signum best signatures in samples are retained, the others discarded -plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "absolute") -plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "relative") -plot_contribution_heatmap(fit_res$contribution, cluster_samples = TRUE, method = "complete") -sig5data <- as.data.frame(t(head(fit_res$contribution[select,]))) -colnames(sig5data) <- gsub("nature", "", colnames(sig5data)) -sig5data_percents <- sig5data / (apply(sig5data,1,sum)) * 100 -sig5data_percents$sample <- rownames(sig5data_percents) -library(reshape2) -melted_sig5data_percents <-melt(data=sig5data_percents) -melted_sig5data_percents$label <- sub("Sig.", "", melted_sig5data_percents$variable) -melted_sig5data_percents$pos <- cumsum(melted_sig5data_percents$value) - melted_sig5data_percents$value/2 -ggplot(melted_sig5data_percents, aes(x="", y=value, group=variable, fill=variable)) + - geom_bar(width = 1, stat = "identity") + - geom_text(aes(label = label), position = position_stack(vjust = 0.5), color="black", size=3) + - coord_polar("y", start=0) + facet_wrap(~ sample) + - labs(x="", y="Samples", fill = "Signatures (Cosmic_v2,March 2015)") + - theme(axis.text = element_blank(), - axis.ticks = element_blank(), - panel.grid = element_blank()) -dev.off() +###### Section 1 Mutation characteristics and spectrums ############# +if (!is.na(opt$output_spectrum)[1]) { + pdf(opt$output_spectrum, paper = "special", width = 11.69, height = 11.69) + type_occurrences <- mut_type_occurrences(vcfs, ref_genome) + + # mutation spectrum, total or by sample + + if (is.na(opt$levels)[1]) { + p1 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT = TRUE, legend=TRUE) + plot(p1) + } else { + p2 <- plot_spectrum(type_occurrences, by = tissue, CT=TRUE, legend=TRUE) # by sample + p3 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT=TRUE, legend=TRUE) # total + grid.arrange(p2, p3, ncol=2, widths=c(4,2.3), heights=c(4,1)) + } + plot_96_profile(mut_mat, condensed = TRUE) + dev.off() +} + +###### Section 2: De novo mutational signature extraction using NMF ####### +if (!is.na(opt$output_denovo)[1]) { + mut_mat <- mut_mat + 0.0001 # First add a small psuedocount to the mutation count matrix + # Use the NMF package to generate an estimate rank plot + library("NMF") + estimate <- nmf(mut_mat, rank=1:opt$rank+1, method="brunet", nrun=opt$nrun, seed=123456) + # And plot it + pdf(opt$output_denovo, paper = "special", width = 11.69, height = 11.69) + p.trans <- plot(estimate) + grid.arrange(p.trans) + # Extract 4 (PARAMETIZE) mutational signatures from the mutation count matrix with extract_signatures + # (For larger datasets it is wise to perform more iterations by changing the nrun parameter + # to achieve stability and avoid local minima) + nmf_res <- extract_signatures(mut_mat, rank=opt$rank, nrun=opt$nrun) + # Assign signature names + colnames(nmf_res$signatures) <- paste0("NewSig_", 1:opt$rank) + rownames(nmf_res$contribution) <- paste0("NewSig_", 1:opt$rank) + # Plot the 96-profile of the signatures: + p.trans <- plot_96_profile(nmf_res$signatures, condensed = TRUE) + grid.arrange(p.trans) + # Visualize the contribution of the signatures in a barplot + pc1 <- plot_contribution(nmf_res$contribution, nmf_res$signature, mode="relative", coord_flip = TRUE) + # Visualize the contribution of the signatures in absolute number of mutations + pc2 <- plot_contribution(nmf_res$contribution, nmf_res$signature, mode="absolute", coord_flip = TRUE) + # Combine the two plots: + grid.arrange(pc1, pc2) + + # The relative contribution of each signature for each sample can also be plotted as a heatmap with + # plot_contribution_heatmap, which might be easier to interpret and compare than stacked barplots. + # The samples can be hierarchically clustered based on their euclidean dis- tance. The signatures + # can be plotted in a user-specified order. + # Plot signature contribution as a heatmap with sample clustering dendrogram and a specified signature order: + pch1 <- plot_contribution_heatmap(nmf_res$contribution, + sig_order = paste0("NewSig_", 1:opt$rank)) + # Plot signature contribution as a heatmap without sample clustering: + pch2 <- plot_contribution_heatmap(nmf_res$contribution, cluster_samples=FALSE) + #Combine the plots into one figure: + grid.arrange(pch1, pch2, ncol = 2, widths = c(2,1.6)) + + # Compare the reconstructed mutational profile with the original mutational profile: + plot_compare_profiles(mut_mat[,1], + nmf_res$reconstructed[,1], + profile_names = c("Original", "Reconstructed"), + condensed = TRUE) + dev.off() +} +##### Section 3: Find optimal contribution of known signatures: COSMIC mutational signatures #### + +if (!is.na(opt$output_cosmic)[1]) { + pdf(opt$output_cosmic, paper = "special", width = 11.69, height = 11.69) + sp_url <- paste("https://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/assets/", "signatures_probabilities.txt", sep = "") + cancer_signatures = read.table(sp_url, sep = "\t", header = TRUE) + mut_mat <- mut_mat + 0.0001 # First add a small psuedocount to the mutation count matrix + new_order = match(row.names(mut_mat), cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type) + cancer_signatures = cancer_signatures[as.vector(new_order),] + row.names(cancer_signatures) = cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type + cancer_signatures = as.matrix(cancer_signatures[,4:33]) + + # Plot mutational profiles of the COSMIC signatures + colnames(cancer_signatures) <- gsub("Signature.", "", colnames(cancer_signatures)) # shorten signature labels + p.trans <- plot_96_profile(cancer_signatures, condensed = TRUE, ymax = 0.3) + grid.arrange(p.trans, top = textGrob("COSMIC signature profiles",gp=gpar(fontsize=12,font=3))) + + # Hierarchically cluster the COSMIC signatures based on their similarity with average linkage + # hclust_cosmic = cluster_signatures(cancer_signatures, method = "average") + # store signatures in new order + # cosmic_order = colnames(cancer_signatures)[hclust_cosmic$order] + # plot(hclust_cosmic) + + # Similarity between mutational profiles and COSMIC signatures + + + # The similarity between each mutational profile and each COSMIC signature, can be calculated + # with cos_sim_matrix, and visualized with plot_cosine_heatmap. The cosine similarity reflects + # how well each mutational profile can be explained by each signature individually. The advantage + # of this heatmap representation is that it shows in a glance the similarity in mutational + # profiles between samples, while at the same time providing information on which signatures + # are most prominent. The samples can be hierarchically clustered in plot_cosine_heatmap. + # The cosine similarity between two mutational profiles/signatures can be calculated with cos_sim : + # cos_sim(mut_mat[,1], cancer_signatures[,1]) + + # Calculate pairwise cosine similarity between mutational profiles and COSMIC signatures + + # cos_sim_samples_signatures = cos_sim_matrix(mut_mat, cancer_signatures) + # Plot heatmap with specified signature order + # p.trans <- plot_cosine_heatmap(cos_sim_samples_signatures, col_order = cosmic_order, cluster_rows = TRUE) + # grid.arrange(p.trans) + + # Find optimal contribution of COSMIC signatures to reconstruct 96 mutational profiles + fit_res <- fit_to_signatures(mut_mat, cancer_signatures) + + # Select signatures with some contribution (above a threshold) + threshold <- tail(sort(unlist(rowSums(fit_res$contribution), use.names = FALSE)), opt$signum)[1] + select <- which(rowSums(fit_res$contribution) >= threshold) # ensure opt$signum best signatures in samples are retained, the others discarded + # Plot contribution barplots + pc1 <- plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "absolute") + pc2 <- plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "relative") + # Combine the two plots: + grid.arrange(pc1, pc2) + ## pie charts of comic signatures contributions in samples + + sig_data_pie <- as.data.frame(t(head(fit_res$contribution[select,]))) + colnames(sig_data_pie) <- gsub("nature", "", colnames(sig_data_pie)) + sig_data_pie_percents <- sig_data_pie / (apply(sig_data_pie,1,sum)) * 100 + sig_data_pie_percents$sample <- rownames(sig_data_pie_percents) + library(reshape2) + melted_sig_data_pie_percents <-melt(data=sig_data_pie_percents) + melted_sig_data_pie_percents$label <- sub("Sig.", "", melted_sig_data_pie_percents$variable) + melted_sig_data_pie_percents$pos <- cumsum(melted_sig_data_pie_percents$value) - melted_sig_data_pie_percents$value/2 + library(ggplot2) + p.trans <- ggplot(melted_sig_data_pie_percents, aes(x="", y=value, group=variable, fill=variable)) + + geom_bar(width = 1, stat = "identity") + + geom_text(aes(label = label), position = position_stack(vjust = 0.5), color="black", size=3) + + coord_polar("y", start=0) + facet_wrap(~ sample) + + labs(x="", y="Samples", fill = "Signatures (Cosmic_v2,March 2015)") + + theme(axis.text = element_blank(), + axis.ticks = element_blank(), + panel.grid = element_blank()) + grid.arrange(p.trans) + + # Plot relative contribution of the cancer signatures in each sample as a heatmap with sample clustering + p.trans <- plot_contribution_heatmap(fit_res$contribution, cluster_samples = TRUE, method = "complete") + grid.arrange(p.trans) + + # Compare the reconstructed mutational profile of sample 1 with its original mutational profile + # plot_compare_profiles(mut_mat[,1], fit_res$reconstructed[,1], + # profile_names = c("Original", "Reconstructed"), + # condensed = TRUE) + + # Calculate the cosine similarity between all original and reconstructed mutational profiles with + # `cos_sim_matrix` + + # calculate all pairwise cosine similarities + cos_sim_ori_rec <- cos_sim_matrix(mut_mat, fit_res$reconstructed) + # extract cosine similarities per sample between original and reconstructed + cos_sim_ori_rec <- as.data.frame(diag(cos_sim_ori_rec)) + + # We can use ggplot to make a barplot of the cosine similarities between the original and + # reconstructed mutational profile of each sample. This clearly shows how well each mutational + # profile can be reconstructed with the COSMIC mutational signatures. Two identical profiles + # have a cosine similarity of 1. The lower the cosine similarity between original and + # reconstructed, the less well the original mutational profile can be reconstructed with + # the COSMIC signatures. You could use, for example, cosine similarity of 0.95 as a cutoff. + + # Adjust data frame for plotting with gpplot + colnames(cos_sim_ori_rec) = "cos_sim" + cos_sim_ori_rec$sample = row.names(cos_sim_ori_rec) + # Make barplot + p.trans <- ggplot(cos_sim_ori_rec, aes(y=cos_sim, x=sample)) + + geom_bar(stat="identity", fill = "skyblue4") + + coord_cartesian(ylim=c(0.8, 1)) + + # coord_flip(ylim=c(0.8,1)) + + ylab("Cosine similarity\n original VS reconstructed") + + xlab("") + + # Reverse order of the samples such that first is up + # xlim(rev(levels(factor(cos_sim_ori_rec$sample)))) + + theme_bw() + + theme(panel.grid.minor.y=element_blank(), + panel.grid.major.y=element_blank()) + + # Add cut.off line + geom_hline(aes(yintercept=.95)) + grid.arrange(p.trans, top = textGrob("Similarity between true and reconstructed profiles (with all Cosmic sig.)",gp=gpar(fontsize=12,font=3))) + + dev.off() +}
--- a/mutational_patterns.xml Sun Sep 13 22:27:03 2020 +0000 +++ b/mutational_patterns.xml Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -1,10 +1,11 @@ -<tool id="mutational_patterns" name="Analyse Mutational Patters/Signatures" version="2.0.0_galaxy_2"> +<tool id="mutational_patterns" name="Analyse Mutational Patters/Signatures" version="2.0.0+galaxy3"> <description>from genomic variations in vcf files</description> <requirements> <requirement type="package" version="2.0.0=r40_0">bioconductor-mutationalpatterns</requirement> <requirement type="package" version="1.6.6=r40h6115d3f_1">r-optparse</requirement> <requirement type="package" version="0.2.20=r40h0357c0b_1002">r-rjson</requirement> <requirement type="package" version="0.21.0=r40h0357c0b_1004">r-nmf</requirement> + <requirement type="package" version="2.3=r40h6115d3f_1003">r-gridextra</requirement> <requirement type="package" version="1.4.3=r40_0">bioconductor-bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38</requirement> <requirement type="package" version="0.99.1=r40_4">bioconductor-bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5</requirement> <requirement type="package" version="1.4.3=r40_0">bioconductor-bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19</requirement> @@ -28,9 +29,26 @@ #end for '#echo json.dumps(filename_to_element_identifiers)#' --genome '$genome' - --levels '$levels' - --signum '$signum' - --output '$output' + + #if $set_levels.choices == 'yes': + --levels '$set_levels.levels' + #end if + + #if $set_spectrum.choices == 'yes': + --output_spectrum $spectrum + #end if + + #if $set_denovo.choices == 'yes': + --nrun $set_denovo.nrun + --rank $set_denovo.rank + --newsignum $set_denovo.newsignum + --output_denovo $denovo + #end if + + #if $set_cosmic.choices == 'yes': + --signum '$set_cosmic.signum' + --output_cosmic $cosmic + #end if ]]></command> <inputs> @@ -43,38 +61,143 @@ <!--<option value="BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10">BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10</option> <option value="BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9">BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9</option>--> </param> - <param name="levels" type="data" format="tabular" - label="A two-column tab-separated file describing levels attributed to each sample name" - help="Tip: the sample name list in the vcf collection can be obtained using - the IUC Galaxy tool 'Extract element identifiers of a list collection' <br> - example:<br> - sample1 female<br> - sample2 female<br> - sample3 male<br> - sample4 female<br> - sample5 male<br> - sample5 male" /> - <param name="signum" type="integer" value="2" min="2" max="30" - label="selects the N most significant signatures in samples to express mutational patterns" - help="an integer between 2 and 30 signature types from cosmic"/> + <conditional name="set_levels"> + <param name="choices" type="select" label="samples have levels/labels for grouping them in the analysis" display="radio" + help="for instance, female/male or genotype-1/genotype-2/genotype-3, etc."> + <option value="no" selected="true">No</option> + <option value="yes">Yes</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="levels" type="data" format="tabular" + label="A two-column tab-separated file describing levels attributed to each sample name" + help="Tip: the sample name list in the vcf collection can be obtained using + the IUC Galaxy tool 'Extract element identifiers of a list collection' <br> + example:<br> + sample1 female<br> + sample2 female<br> + sample3 male<br> + sample4 female<br> + sample5 male<br> + sample5 male" /> + </when> + <when value="no" /> + </conditional> + <conditional name="set_spectrum"> + <param name="choices" type="select" label="Analyse Mutational Spectrum" display="radio"> + <option value="yes" selected="true">Yes</option> + <option value="no">No</option> + </param> + <when value="yes" /> + <when value="no" /> + </conditional> + <conditional name="set_denovo"> + <param name="choices" type="select" label="Extract de novo signatures with MutationalPatterns" display="radio"> + <option value="yes" selected="true">Yes</option> + <option value="no">No</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="nrun" type="integer" value="10" min="10" max="200" + label="Number of cycles to find best fitting of signatures" + help="High values extend the computational time"/> + <param name="rank" type="integer" value="4" min="3" max="30" + label="Number of ranks to be displayed for control of optimal number of signature" + help="High values extend the computational time"/> + <param name="newsignum" type="integer" value="4" min="2" max="30" + label="Number of de novo signatures to capture" + help="High values extend the computational time"/> + </when> + <when value="no" /> + </conditional> + <conditional name="set_cosmic"> + <param name="choices" type="select" label="Decompose with Cosmic signature v2" display="radio"> + <option value="yes" selected="true">Yes</option> + <option value="no">No</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="signum" type="integer" value="3" min="2" max="30" + label="selects the N most significant signatures in samples to express mutational patterns" + help="an integer between 2 and 30 signature types from cosmic"/> + </when> + <when value="no" /> + </conditional> </inputs> <outputs> - <data name="output" format="pdf" label="Mutational Patterns/Signatures" /> + <data name="spectrum" format="pdf" label="Mutational Spectrum"> + <filter>set_spectrum['choices'] == "yes"</filter> + </data> + <data name="denovo" format="pdf" label="De novo signatures"> + <filter>set_denovo['choices'] == "yes"</filter> + </data> + <data name="cosmic" format="pdf" label="Cosmic signatures"> + <filter>set_cosmic['choices'] == "yes"</filter> + </data> </outputs> <tests> <test> <param name="vcfs"> <collection type="list"> - <element name="1" value="EGF167.vcf"/> - <element name="2" value="EGF089.vcf"/> - <element name="3" value="EGF037F.vcf"/> + <element name="1" ftype="vcf" value="G.vcf"/> + <element name="2" ftype="vcf" value="H.vcf"/> + </collection> + </param> + <param name="genome" value="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"/> + <param name="levels" value="GH_levels.tab" ftype="tabular"/> + <conditional name="set_spectrum"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <conditional name="set_denovo"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <conditional name="set_cosmic"> + <param name="choices" value="yes"/> + </conditional> + <param name="signum" value="3" /> + <output name="cosmic" file="cosmic_output1.pdf" compare="sim_size" ftype="pdf"/> + </test> + <test> + <param name="vcfs"> + <collection type="list"> + <element name="6" value="F.vcf"/> + <element name="7" value="G.vcf"/> + <element name="8" value="H.vcf"/> + <element name="9" value="I.vcf"/> </collection> </param> <param name="genome" value="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"/> - <param name="levels" value="levels.tab" ftype="tabular"/> - <param name="signum" value="3" /> - <output name="output" file="output.pdf" compare="sim_size" ftype="pdf"/> + <conditional name="set_spectrum"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <conditional name="set_denovo"> + <param name="choices" value="yes"/> + </conditional> + <conditional name="set_cosmic"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <output name="denovo" file="denovo_output1.pdf" compare="sim_size" ftype="pdf"/> + </test> + <test> + <param name="vcfs"> + <collection type="list"> + <element name="1" ftype="vcf" value="G.vcf"/> + <element name="2" ftype="vcf" value="H.vcf"/> + </collection> + </param> + <param name="genome" value="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"/> + <conditional name="set_levels"> + <param name="choices" value="yes"/> + </conditional> + <param name="levels" value="GH_levels.tab" ftype="tabular"/> + <conditional name="set_spectrum"> + <param name="choices" value="yes"/> + </conditional> + <conditional name="set_denovo"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <conditional name="set_cosmic"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <output name="spectrum" file="spectrum_output1.pdf" compare="sim_size" ftype="pdf"/> </test> </tests> <help>
--- a/test-data/EGF037F.vcf Sun Sep 13 22:27:03 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4331 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> -##reference=hg38 -##source=varscan.py -##contig=<ID=chr1,length=248956422> -##contig=<ID=chr10,length=133797422> -##contig=<ID=chr11,length=135086622> -##contig=<ID=chr12,length=133275309> -##contig=<ID=chr13,length=114364328> -##contig=<ID=chr14,length=107043718> -##contig=<ID=chr15,length=101991189> -##contig=<ID=chr16,length=90338345> -##contig=<ID=chr17,length=83257441> -##contig=<ID=chr18,length=80373285> -##contig=<ID=chr19,length=58617616> -##contig=<ID=chr2,length=242193529> -##contig=<ID=chr20,length=64444167> -##contig=<ID=chr21,length=46709983> -##contig=<ID=chr22,length=50818468> -##contig=<ID=chr3,length=198295559> -##contig=<ID=chr4,length=190214555> -##contig=<ID=chr5,length=181538259> -##contig=<ID=chr6,length=170805979> -##contig=<ID=chr7,length=159345973> -##contig=<ID=chr8,length=145138636> -##contig=<ID=chr9,length=138394717> -##contig=<ID=chrM,length=16569> -##contig=<ID=chrX,length=156040895> -##contig=<ID=chrY,length=57227415> -##filter="SOMATIC" -##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> -##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> -##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> -##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> -##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> -##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> -##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> -##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> -##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> -##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> -##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> -##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> -##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> -##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> -##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> -##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> -##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> -##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> -##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> -##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> -##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> -##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> -##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR -chr1 184576 . 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A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:5,2:2,1:3,1 -chr1 5796213 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.084408;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:8,2:8,1 -chr1 6641377 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,7:7,6:7,1 -chr1 6926438 . C CTCTTTCTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,7:1,1:11,6 -chr1 7913728 . GTT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033483;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,1:5,3 -chr1 8574368 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:1,1:5,7 -chr1 8852528 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0087276;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,5:7,4 -chr1 11854533 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:1,1:3,1 -chr1 12897156 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 -chr1 12939075 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:5,1:9,6 -chr1 13046693 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,1:5,3 -chr1 13150128 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,2:3,2 -chr1 13155510 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:3,2:7,5 -chr1 13369851 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.018596;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:18,4:9,3 -chr1 16164067 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020191;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,10:8,5:8,5 -chr1 16536071 . G A 0 PASS DP=384;GPV=1;SPV=0.044443;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:148,19:78,12:70,7 -chr1 16550749 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.044689;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:22,6:15,6 -chr1 16560810 . C T 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.048505;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:96,16:48,9:48,7 -chr1 16564382 . G C 0 PASS DP=354;GPV=1;SPV=0.030816;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:140,16:104,6:36,10 -chr1 16571744 . C T 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.018301;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:86,17:47,8:39,9 -chr1 16571771 . G A 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.045999;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:92,17:45,9:47,8 -chr1 16576444 . G C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.031308;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:80,15:31,3:49,12 -chr1 16577822 . T C 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.025445;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:24,5:36,9 -chr1 16599312 . C T 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.037127;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:50,5:37,11 -chr1 16601408 . T C 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.042617;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:79,18:31,4:48,14 -chr1 16603496 . C T 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.037802;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:85,15:47,8:38,7 -chr1 16618314 . G C 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.014024;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:86,16:38,6:48,10 -chr1 16624325 . G A 0 PASS DP=354;GPV=1;SPV=0.023677;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:126,26:59,14:67,12 -chr1 16628633 . A G 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.042221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:95,20:51,10:44,10 -chr1 16656288 . G C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.007124;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:64,19:31,13:33,6 -chr1 16674958 . A G 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.014272;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:71,10:39,9:32,1 -chr1 16708815 . C G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0043049;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:12,11:17,5 -chr1 16733054 . 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G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13043;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,2:2,1:5,1 -chr1 22992252 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1 -chr1 23826355 . TTGG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2 -chr1 23881611 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00061448;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,3:3,3 -chr1 23979057 . G GT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,9:3,8:4,1 -chr1 24049441 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,2:3,1:4,1 -chr1 24196805 . T G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:1,3:1,4 -chr1 25464338 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:1,3:4,1 -chr1 27454650 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00011345;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,4:5,5 -chr1 28262621 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 -chr1 28540810 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0055741;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,6:3,1 -chr1 30054513 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.043924;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,4:8,2 -chr1 30480962 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0059154;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:4,5:0,1 -chr1 31255828 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.07563;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,1:10,3 -chr1 36962640 . A AAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00074257;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,5:3,4 -chr1 37702951 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.022117;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,5:8,3 -chr1 40922013 . G GT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.223e-06;SS=2;SSC=59;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,6:8,6 -chr1 40998789 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.2959e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:4,3:9,10 -chr1 42355597 . A AAAAAAAAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,7:2,2:5,5 -chr1 42819170 . C CGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026067;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,3:2,2 -chr1 42922001 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,2:4,1:3,1 -chr1 43117234 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.030658;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,3:15,1 -chr1 43461485 . C CTCTCTTTCTCTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0077055;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,4:5,2 -chr1 43817407 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.086154;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:0,1:6,1 -chr1 45774703 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017094;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1 -chr1 47097820 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035434;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,3:7,1 -chr1 48980718 . AATATATATATATATATATATATATATATATAT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0077399;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,2:1,4 -chr1 49370145 . TTA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0080525;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,5:10,4 -chr1 49972516 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.9869e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:11,10:10,6 -chr1 50729058 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:8,2:5,6 -chr1 51081004 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 -chr1 52093630 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.035721;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 -chr1 52266405 . TAAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010883;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:2,2:1,3 -chr1 52964214 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,5:8,3 -chr1 55273567 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029433;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2 -chr1 56723946 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00051333;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,3:8,5 -chr1 57768175 . T TAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,5:1,4:0,1 -chr1 68047321 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0011582;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,6:9,2 -chr1 68213451 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:12,3:5,2 -chr1 68982123 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=6.6326e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,2:6,7 -chr1 70297287 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chr1 70647900 . TAC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 -chr1 70981312 . CTTCCTTTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:2,2:14,2 -chr1 71155378 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00022877;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:11,6:13,5 -chr1 75302112 . G GTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:6,3:0,1 -chr1 76669544 . T TTTTTTTTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00012488;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:5,6:7,4 -chr1 77304407 . TTTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,3:14,1 -chr1 78238004 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1 -chr1 78690904 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,10:1,6:2,4 -chr1 79201821 . A AGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:4,3:6,1 -chr1 79959408 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.6582e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:10,7:10,7 -chr1 83303544 . C CAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,6:0,3:1,3 -chr1 83359203 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:1,2:2,1 -chr1 84311332 . T TAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:6,5:4,1 -chr1 85296311 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,3:1,3 -chr1 85536978 . TATATATAC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020557;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,2:5,4 -chr1 86200361 . C CAAAAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,4:0,0 -chr1 88097222 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0007761;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:3,2:10,5 -chr1 89653369 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.4236e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:13,6:3,10 -chr1 90406935 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.065063;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:17,6:12,3 -chr1 91144703 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=5.0341e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:7,9:7,9 -chr1 91364001 . T TATGGAGGGGAACACATTGGGAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013155;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 -chr1 92507111 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 -chr1 92814250 . A ATT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,4:5,3 -chr1 93998713 . A ATTTAT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.019226;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,7:8,2 -chr1 94295709 . A ATC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:7,3:5,1 -chr1 95074345 . TC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016596;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:2,3:9,1 -chr1 96005255 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,3:4,2:1,1 -chr1 96140608 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.040043;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:1,4:0,1 -chr1 97362616 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0003089;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:12,5:13,7 -chr1 97904795 . G GTAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00019093;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,5:6,5 -chr1 98348089 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,3:3,2 -chr1 100159600 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 -chr1 100358293 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.1031e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:11,4:8,7 -chr1 102966708 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:4,2:6,2 -chr1 104873363 . GGAAAA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:2,4:2,1 -chr1 105426794 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.049127;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,3:11,1 -chr1 105746932 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00065827;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:12,7:8,5 -chr1 106712000 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,2:6,3 -chr1 106812711 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00076161;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:4,6:4,5 -chr1 107049529 . GGTT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:1,3:7,2 -chr1 108523875 . TATATATATG T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:3,1:6,3 -chr1 108771460 . AATAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 -chr1 108772352 . A ATATC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015732;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr1 108954010 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.014656;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:7,6:6,2 -chr1 109852477 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00073537;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,5:8,2 -chr1 111062544 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=5.5082e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,4:4,5 -chr1 111227411 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.037551;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,4:10,1 -chr1 111615829 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010926;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,4:4,3 -chr1 111908435 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.1845e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:10,10:7,6 -chr1 112474079 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011868;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:2,3:5,8 -chr1 112484222 . T TATATATACAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,5:7,2:2,3 -chr1 113509914 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0005553;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:12,8:4,1 -chr1 113584966 . C CAATTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2 -chr1 114205271 . ATATATGTGAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15966;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:5,2:12,1 -chr1 115791931 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00012315;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:4,2:9,6 -chr1 115792300 . GTAGTA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.020719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:4,1:4,5 -chr1 116770414 . G GGAGAGAGA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:11,4:6,1 -chr1 117127034 . T TC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.022163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:1,1:10,6 -chr1 118576067 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013155;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,1:3,5 -chr1 119265512 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011129;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1 -chr1 119500265 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011012;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,6:4,1 -chr1 120187664 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,3:6,4 -chr1 120456434 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0039871;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:8,3:6,9 -chr1 120458978 . C G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 -chr1 120999034 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,1:6,3 -chr1 121016463 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036704;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,1:16,3 -chr1 121049803 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.057887;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,1:14,4 -chr1 121447300 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=1.0919e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:7,8:5,5 -chr1 121741553 . G C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,2:3,5 -chr1 122138830 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 -chr1 122284147 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.001014;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:9,2:17,11 -chr1 122333339 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.03926;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:19,6:11,2 -chr1 122382656 . C G 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.03683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:109,20:37,2:72,18 -chr1 122404413 . G T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.035811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:47,5:4,1 -chr1 123755350 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03024;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:19,4:0,0 -chr1 124819577 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,2:6,4 -chr1 124862955 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,1:4,4 -chr1 124924067 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,3:5,2:2,1 -chr1 124935455 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 -chr1 125141871 . TTTC T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.018195;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:15,4:17,8 -chr1 143194701 . C T 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.042501;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:85,13:31,11:54,2 -chr1 143234677 . G A 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.0080857;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:7,2:67,7 -chr1 143262456 . G A 0 PASS DP=5138;GPV=1;SPV=0.049301;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2584:2270,265:755,71:1515,194 -chr1 143393078 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.013894;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 -chr1 144031996 . GTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051826;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:6,3:11,3 -chr1 144500177 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 -chr1 144569911 . CTGTGTG C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0049438;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,6:2,2:1,4 -chr1 144772388 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020233;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:4,4:12,4 -chr1 145129856 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.728e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,5:9,10 -chr1 145259810 . C CAACATCA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.018191;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,2:8,4 -chr1 145986946 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:4,15:2,13:2,2 -chr1 146136588 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,1:8,4 -chr1 146740554 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0052707;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,2:5,6 -chr1 147608330 . C CTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 -chr1 148560207 . C G 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.023176;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:37,6:21,2 -chr1 148838480 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr1 149080154 . C G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.045884;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:54,10:22,1:32,9 -chr1 150453034 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010243;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:9,6:4,2 -chr1 152234092 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,1:7,3 -chr1 152234093 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,1:7,3 -chr1 152234095 . AGT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3 -chr1 153917795 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0068571;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,3:9,3 -chr1 154024688 . A AT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,8:0,3:2,5 -chr1 154032950 . GAAGAAAAGAA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:1,4:1,3 -chr1 155348913 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,3:2,2:2,1 -chr1 155422303 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,4:6,4 -chr1 156930100 . T TC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:2,7:4,2 -chr1 157349714 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:0,1:8,4 -chr1 157618389 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0044113;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:9,4:14,5 -chr1 157712211 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:4,5:2,1 -chr1 159075613 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,3:8,1 -chr1 160735894 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:3,5:5,5 -chr1 160918153 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,2:13,3 -chr1 161064827 . GAAAGAGAA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.048962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,2:2,3 -chr1 161423322 . TG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.13793;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:6,2:7,1 -chr1 161569065 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3 -chr1 161600163 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,3:2,3 -chr1 161658875 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.038053;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:19,8:14,1 -chr1 164065177 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.049522;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,1:15,3 -chr1 165581230 . A ACACATG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013457;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:17,7:8,5 -chr1 167200851 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,2:2,2 -chr1 168110527 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1 -chr1 168110531 . AG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr1 168933831 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 -chr1 169075433 . A AATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 -chr1 169342576 . GTA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034205;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 -chr1 170854867 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.5032e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:9,7:4,6 -chr1 171100237 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0001432;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:7,10:8,2 -chr1 171577770 . C CATA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:7,6:0,2 -chr1 173340323 . TAC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,10:4,8:1,2 -chr1 173834744 . T TC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,2:1,3 -chr1 174069508 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1 -chr1 174349588 . AC A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13514;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:11,2:6,1 -chr1 174634305 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:4,5:12,4 -chr1 175547605 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:9,3:4,1 -chr1 176122139 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,5:3,2 -chr1 177110790 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=7.8832e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:8,8:12,3 -chr1 177402840 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13137;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:17,1:14,4 -chr1 178006272 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.08111;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,2:8,2 -chr1 178076750 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011728;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:7,7:6,3 -chr1 178574225 . C CTGTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 -chr1 178695883 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,4:10,1:7,3 -chr1 178975705 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 -chr1 179335015 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,6:4,5:0,1 -chr1 179462679 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=3.5908e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,6:10,7 -chr1 180350023 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,3:3,1:0,2 -chr1 180613394 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,4:7,6 -chr1 183773015 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,4:2,2 -chr1 184275120 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010777;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,2:6,4 -chr1 187288570 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.5724e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:9,6:10,9 -chr1 188474530 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0074494;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:6,5:5,2 -chr1 188886337 . CTCTT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.009828;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,8:4,2:8,6 -chr1 189686809 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,4:9,1:6,3 -chr1 191617509 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.10313;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,3:14,1 -chr1 194698876 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,5:4,3 -chr1 194895616 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,4:3,2:3,2 -chr1 195451267 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.019281;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,4:12,1 -chr1 195742125 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,4:4,2 -chr1 196759540 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,3:9,1 -chr1 197793654 . AAG A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 -chr1 198440146 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,5:7,1:6,4 -chr1 201800444 . T TA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.0913e-06;SS=2;SSC=59;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:10,8:9,9 -chr1 204146286 . A AAGCTC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0024076;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,2:8,5 -chr1 205193870 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:12,4:4,1 -chr1 207796693 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,7:4,2:2,5 -chr1 208200577 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:1,4:2,2 -chr1 210799575 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0027818;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:7,3:10,3 -chr1 211196099 . C CAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,4:6,2 -chr1 211496361 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 -chr1 211622573 . CT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,4:6,2:3,2 -chr1 212248907 . GA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,9:3,1 -chr1 215463441 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.1679e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:2,2:8,8 -chr1 216245470 . T TGAGAGAGA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:5,2:1,4 -chr1 217141024 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.064844;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,3:13,2 -chr1 218798280 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,4:2,3 -chr1 219409446 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2 -chr1 219589948 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0049862;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,4:12,3 -chr1 222488807 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.044218;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:21,6:17,3 -chr1 222595802 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0036482;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,9:3,1:3,8 -chr1 223050053 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00072464;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,9:4,7:2,2 -chr1 223439757 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,5:3,3:6,2 -chr1 224102822 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.024795;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,3:8,1 -chr1 227315955 . C CAAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.016809;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:9,5:2,1 -chr1 230038404 . A AAAGAAAG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,4:13,1:11,3 -chr1 230156233 . A AAG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,3:3,2 -chr1 232271499 . A ATCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3 -chr1 232759266 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,7:6,2:4,5 -chr1 234780250 . T C 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.0024028;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:70,20:39,8:31,12 -chr1 235217432 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.025971;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,4:9,3 -chr1 235217437 . C CATATACATACATACACTCACAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0022188;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,7:3,5:6,2 -chr1 235220795 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0015078;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:8,3:11,4 -chr1 235924960 . CACACACAT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:3,2:1,2 -chr1 236390941 . G GTTATTATTATTATTATTA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.004257;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,9:3,5:1,4 -chr1 238891518 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.028362;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:8,2:16,3 -chr1 239249557 . T TTTTATTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.002122;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,3:1,2 -chr1 239933754 . GAAAGAAAGAAAGAA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:6,5:0,1 -chr1 240479086 . TA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,6:2,5:1,1 -chr1 240812437 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016795;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:7,6:4,1 -chr1 241235918 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.071698;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,2:10,3 -chr1 241705558 . TA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 -chr1 241960337 . A AT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.024029;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:9,6:10,4 -chr1 243854312 . GTTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,1:6,4 -chr1 243972195 . T TC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:2,4:5,2 -chr1 245103006 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.016411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,1:7,7 -chr1 245192248 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0025268;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,4:6,2 -chr1 245299320 . GTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:8,2:2,2 -chr1 246535521 . A ATTTTCTTTTTTTTTTTC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,4:6,2 -chr1 246619881 . ACT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.07108;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:4,1:11,2 -chr1 247837462 . AAAAAG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021798;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,4:9,3 -chr1 248354980 . GAATT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010107;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2 -chr10 862256 . T TAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0090299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:2,2:1,2 -chr10 940012 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013021;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,2:6,3 -chr10 1010151 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.041156;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:10,1:14,6 -chr10 1015706 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.032107;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,3:2,2 -chr10 1015709 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,3:2,2 -chr10 1015710 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,3:1,2 -chr10 1992884 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.0714e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,8:7,3 -chr10 2029107 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015873;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4 -chr10 2350964 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.038561;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,3:12,1 -chr10 2510784 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032518;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3 -chr10 2511571 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,4:6,6 -chr10 2511572 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00534;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:6,4:6,6 -chr10 2536476 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,2:9,2 -chr10 2561419 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.7015e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:9,8:5,10 -chr10 3252001 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr10 3457411 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,1:2,5 -chr10 3771027 . TTC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:10,3:4,7 -chr10 4209012 . C CAGAGAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:2,5:2,1 -chr10 4665375 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,13:3,11:1,2 -chr10 4738997 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:2,2:1,1:1,1 -chr10 5304010 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.078413;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2 -chr10 6093178 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.016464;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:6,3:14,3 -chr10 8332995 . CCTCTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,2:3,3 -chr10 11497411 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01463;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,8:7,6:4,2 -chr10 11711365 . AAAATAAATAAAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010062;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:2,3:4,4 -chr10 12281275 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,2:9,2 -chr10 14008162 . C CTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,4:3,3:2,1 -chr10 15329629 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:0,1:1,1 -chr10 16546145 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=5.4215e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:6,7:8,12 -chr10 17223725 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.5134e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:4,4:11,12 -chr10 17628955 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0063217;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,1:7,8 -chr10 18634768 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037605;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,1:7,5 -chr10 19088536 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0019118;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,5:4,2 -chr10 19237572 . ATATAATTATAATTATATAATTATATAAT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 -chr10 19292894 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,3:3,1:3,2 -chr10 19447041 . AACACACACACACACACACACATACACAGACAC A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,4:6,2 -chr10 20072481 . CAAAG C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,7:2,1 -chr10 21316823 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091635;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:8,6:9,2 -chr10 21968504 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0033467;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,5:8,3 -chr10 22716451 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.042832;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:12,3:6,4 -chr10 23212778 . T TGA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,9:3,7:4,2 -chr10 24449324 . AT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.042266;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:14,3:7,2 -chr10 24924710 . G GA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023752;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr10 25303385 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0088503;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,4:11,3 -chr10 27685443 . ATTTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:2,5:4,1 -chr10 27923993 . A AGG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020833;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,6:6,2 -chr10 28325998 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0046299;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:0,2:7,9 -chr10 28325999 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0033618;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:1,4:6,9 -chr10 28902067 . ATATT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.01858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6 -chr10 29268495 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0098662;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:17,3:8,4 -chr10 29902732 . T TTATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:1,2:2,3 -chr10 31562426 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0041401;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,3:9,5 -chr10 32828458 . AGAAGAAGAG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 -chr10 33077355 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,3:3,2:2,1 -chr10 34383705 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.082759;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,2:4,1:3,1 -chr10 34573738 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.012097;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:3,1:5,3 -chr10 35587354 . GTCTCTCTCTCTCTCTCTC G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0056638;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,8:5,6:4,2 -chr10 35652253 . CCCTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,0:9,4 -chr10 37030816 . ATTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1 -chr10 37641011 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=5.8393e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:5,6:5,5 -chr10 38129304 . T TAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013906;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,11:8,9:5,2 -chr10 38177616 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00028986;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:3,4:2,5 -chr10 38270480 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034379;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:4,3:14,3 -chr10 38460833 . GT G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.031786;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:12,6:16,2 -chr10 38528482 . T A 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.02621;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:57,8:23,4:34,4 -chr10 38636396 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.079426;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:18,3:18,1 -chr10 38661131 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.019409;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:29,10:11,5 -chr10 38679100 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0033618;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,10:3,8:4,2 -chr10 38869089 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.037959;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,4:7,3:4,1 -chr10 38969052 . A ATAATT 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.035742;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,5:13,2:21,3 -chr10 39276187 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0013091;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:7,4:10,3 -chr10 41311337 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.015183;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:10,2:14,8 -chr10 41498724 . A G 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.0055633;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:71,10:60,8:11,2 -chr10 41498775 . G T 0 PASS DP=263;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:106,12:77,7:29,5 -chr10 41584224 . A T 0 PASS DP=477;GPV=1;SPV=0.0064468;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:229:199,30:145,22:54,8 -chr10 41588208 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.026691;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,2:8,4 -chr10 41589576 . C T 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.041092;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:4,4:46,3 -chr10 41883926 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.006408;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:15,1:7,7 -chr10 41904677 . TTGGAA T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.004862;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:57,16:25,5:32,11 -chr10 41913976 . C A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.02271;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:86,18:33,14:53,4 -chr10 42070560 . C T 0 PASS DP=7830;GPV=1;SPV=0.025336;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:3811:3377,416:3054,375:323,41 -chr10 42130201 . C G 0 PASS DP=467;GPV=1;SPV=0.01108;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:208,25:74,8:134,17 -chr10 42157887 . G A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.043444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:50,11:32,7:18,4 -chr10 42157986 . CAT C 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.048686;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:91,16:57,12:34,4 -chr10 42315581 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,3:0,1:0,2 -chr10 42772046 . GGC G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=1.4316e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:7,9:0,4 -chr10 42968800 . TCAAAGACTATGATCATTTTTAAG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0022404;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:12,4:5,2 -chr10 42968825 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0023621;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,4:9,2 -chr10 45836143 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.02714;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,7:14,1 -chr10 46363734 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1 -chr10 46601432 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,4:10,1 -chr10 46786273 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.060295;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,1:13,3 -chr10 46786415 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0053319;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,11:14,6:12,5 -chr10 48300206 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10989;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,2:2,1:1,1 -chr10 48920722 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00030577;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,6:11,4 -chr10 48953335 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:15,4:4,1 -chr10 49104962 . CAG C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:4,8:3,2 -chr10 49682597 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0001999;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:3,4:2,5 -chr10 50116473 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:11,3:3,2 -chr10 50164442 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 -chr10 50748900 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.036288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3 -chr10 51156323 . A ACACACACACACACACACC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0053105;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1 -chr10 52939279 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025045;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2 -chr10 55084458 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 -chr10 55192730 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031156;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,3:8,1 -chr10 55418614 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,6:8,6 -chr10 55537439 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.017193;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:19,3:8,5 -chr10 55894485 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00063544;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:9,8:12,4 -chr10 56911826 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=7.2622e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,7:8,7 -chr10 57270463 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017674;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:8,3:2,2 -chr10 57509335 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,6:0,3:0,3 -chr10 58946152 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.049659;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,2:14,3 -chr10 59748091 . G GT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015939;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:13,6:3,1 -chr10 61048481 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00034257;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:13,5:8,10 -chr10 62430253 . GT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,3:3,2 -chr10 63031554 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00026061;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:7,5:5,5 -chr10 63314956 . G GT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:9,6:1,1 -chr10 63742380 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:17,3:4,3 -chr10 64077470 . T G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr10 64530430 . A ATG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,6:4,1 -chr10 65555929 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:4,5:4,1 -chr10 66157510 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.19426;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,5:12,4:16,1 -chr10 66346234 . TATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAG T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,4:1,1 -chr10 66767456 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,7:4,1 -chr10 67420280 . AT A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00036759;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:11,7:16,5 -chr10 67762186 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,2:1,1:2,1 -chr10 69539382 . A AGAAGAGGAAGAG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,2:0,2 -chr10 71926124 . T TTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:2,2:9,2 -chr10 72448151 . C G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 -chr10 74011165 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:6,4:1,1 -chr10 74961333 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00043265;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,6:5,4 -chr10 76077992 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:7,3:5,3 -chr10 76627257 . AGTGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,4:2,3:4,1 -chr10 77171402 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.2364;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,1:6,4 -chr10 77324940 . ACTCTCTCTCT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:10,3:3,2 -chr10 78148347 . T TC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0013435;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:9,1:10,7 -chr10 78759385 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,2:6,2:0,0 -chr10 79700446 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.048408;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:14,6:10,3 -chr10 79773554 . AT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:3,1:9,3 -chr10 80032868 . T TAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,2:3,1:0,1 -chr10 80041722 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0047619;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,6:0,2:0,4 -chr10 80534827 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,3:1,1 -chr10 81510195 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:4,5:6,3 -chr10 82109581 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.041502;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,3:4,2:2,1 -chr10 83040096 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00042856;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,4:3,3 -chr10 84157895 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,2:5,6 -chr10 85120251 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:5,2:4,2 -chr10 86340312 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00014662;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,5:8,4 -chr10 87203329 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0084306;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:7,8:2,1 -chr10 87239603 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 -chr10 87592174 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.035604;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,2:9,4 -chr10 92098160 . TAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,3:6,1 -chr10 92966287 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,1:8,4 -chr10 93188392 . TG T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0036233;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:8,6:7,6 -chr10 93693518 . TATATATATACACC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 -chr10 94530854 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010883;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,3:1,2 -chr10 95041787 . CAAAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,7:3,1 -chr10 97700201 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.085385;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,3:18,1 -chr10 97700202 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.056634;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:17,2:20,3 -chr10 97700203 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.051231;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:15,2:19,3 -chr10 99198067 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,8:6,2 -chr10 99401166 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=2.4155e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:6,7:6,5 -chr10 99600898 . TC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,3:13,1 -chr10 99825071 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.046347;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,1:9,5 -chr10 100694253 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=3.2757e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,7:6,5 -chr10 101429504 . T TC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 -chr10 102476042 . G GTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:8,4:6,1 -chr10 102476051 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00014085;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,13:5,6:5,7 -chr10 102476052 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=9.186e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,16:5,8:4,8 -chr10 103265250 . AAAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0027776;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,4:4,5 -chr10 105454819 . C CTA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:4,2:0,0 -chr10 105672567 . C CTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,6:2,4:0,2 -chr10 105782821 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 -chr10 105825981 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.5102e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:5,6:1,4 -chr10 106774426 . A AGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018761;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,2:13,4 -chr10 106994063 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:9,6:1,1 -chr10 108584901 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00045891;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:8,6:12,5 -chr10 109346489 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0336;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:8,3:12,1 -chr10 109533268 . T TAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,10:2,7:4,3 -chr10 109742465 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:9,7:7,1 -chr10 111192642 . G GA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,5:2,3 -chr10 111342364 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.0246e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:8,7:9,12 -chr10 112744459 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,3:6,6 -chr10 115000596 . A AAGAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:13,1:4,3 -chr10 115515318 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:0,5:3,3 -chr10 115661890 . G T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 -chr10 118879687 . A AAGAAAGAAAGAAAGAG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:0,5:0,2:0,3 -chr10 118924791 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026941;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,2:12,4 -chr10 120990546 . G GTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,3:2,2 -chr10 121200757 . T TA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00544;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,9:7,2 -chr10 121385846 . C CAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,5:1,4:1,1 -chr10 123094546 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=4.2836e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,6:4,6 -chr10 124912341 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,2:2,2 -chr10 125889586 . G C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0019405;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:54,9:43,8:11,1 -chr10 128205910 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.5174e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,5:5,5 -chr10 128219388 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,2:4,2 -chr10 128430438 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.8089e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:13,11:10,6 -chr10 128924462 . C CTATCATCTATCT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,8:4,2:2,6 -chr10 129736461 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.004671;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:4,6:9,3 -chr10 129736462 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0054795;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:5,7:10,3 -chr10 129736463 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0068797;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:5,7:10,3 -chr10 130655022 . CAG C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,3:2,2 -chr10 132218551 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.033939;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:15,4:11,1 -chr10 132268768 . CCTGT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010572;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:5,5:1,1 -chr10 132548792 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 -chr10 133011539 . AGTGTGTGATGTGTGTTAGC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,2:10,2 -chr10 133658890 . C T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.010381;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:81,19:48,11:33,8 -chr11 194825 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:3,3:9,1 -chr11 1681722 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:3,5:8,1 -chr11 1681723 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.015843;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,5:6,1 -chr11 1874014 . G C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,2:2,3 -chr11 3204328 . G GCAGGCACC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027558;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:12,5:8,2 -chr11 3702326 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,6:2,2:5,4 -chr11 4229359 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0053956;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:10,4:5,7 -chr11 4318596 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.031452;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:21,2:24,13 -chr11 4322328 . G T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.043254;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:21,7:23,1 -chr11 4360623 . G GA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,2:12,2 -chr11 4453530 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,2:5,2 -chr11 6989150 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:6,4:4,1 -chr11 7745587 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:33:1,3:0,0:1,3 -chr11 8979905 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012102;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,3:7,4 -chr11 12608045 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,7:3,1 -chr11 13020278 . C CAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.077477;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:4,5:4,1 -chr11 15814860 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=7.0087e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:7,7:3,5 -chr11 16177623 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,2:2,1:3,1 -chr11 17317974 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,2:5,3 -chr11 18076632 . AAAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.047343;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:3,2:3,2 -chr11 19036353 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0022441;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:8,7:7,9 -chr11 19709546 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:4,4:3,2 -chr11 19861261 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01632;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,1:14,5 -chr11 21185293 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:2,2:1,2 -chr11 22978993 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 -chr11 23077020 . TAGATATGAAACATCTGTACACTGAATAGTATAAAACA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,3:13,1 -chr11 23723103 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,4:2,3:3,1 -chr11 24122300 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,3:10,1 -chr11 25136860 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00011229;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:16,10:14,4 -chr11 25635713 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016747;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,4:11,6 -chr11 25642808 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00048101;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,18:5,9:4,9 -chr11 27463067 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00387;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,6:1,5:3,1 -chr11 28236433 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00052187;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,5:6,4 -chr11 28287156 . ATG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:3,6:0,1 -chr11 29179215 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0013136;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 -chr11 29506307 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.8916e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:9,5:8,8 -chr11 31283971 . C CCT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0059539;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,14:3,7:5,7 -chr11 31840982 . CCTTTCTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:1,1:7,4 -chr11 32421397 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=9.8512e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:11,6:7,8 -chr11 32522513 . T TCTTA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:0,0:5,4 -chr11 32581434 . C CGT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:2,6:2,3 -chr11 33186819 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr11 34520272 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037022;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:8,5:10,3 -chr11 34520276 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031869;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:5,5:12,3 -chr11 34926224 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00048775;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4 -chr11 36209353 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 -chr11 36797793 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,4:6,1 -chr11 37022094 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,1:14,4 -chr11 37035328 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:0,7:0,6:0,1 -chr11 37347904 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029433;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 -chr11 37347998 . ATG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2 -chr11 37744880 . A G 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.034292;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:66,13:36,7:30,6 -chr11 37941477 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,4:2,3:0,1 -chr11 39296506 . A AT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.1371e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:13,11:4,7 -chr11 39574955 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 -chr11 40476116 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.000837;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,4:9,6 -chr11 40978118 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=6.3944e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:8,8:6,5 -chr11 41523661 . CATTG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0068131;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:5,5:11,6 -chr11 41561930 . T TAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,4:5,1 -chr11 43157285 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.4482e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,6:8,6 -chr11 43831167 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.3876e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:7,7:12,11 -chr11 44509830 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr11 45105884 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00061695;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:8,2:21,10 -chr11 45813586 . G GTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1 -chr11 46630568 . C CTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,4:2,1 -chr11 46765599 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 -chr11 47824052 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,3:4,2:3,1 -chr11 49885748 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.038682;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:13,2:7,7 -chr11 50171655 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.4617e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:7,9:13,3 -chr11 51252751 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.064347;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:3,1:27,3 -chr11 51253776 . G T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.036743;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:36,3:13,3 -chr11 51598715 . T C 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.020114;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:84,14:33,6:51,8 -chr11 51920154 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.040748;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:19,6:7,1 -chr11 52497199 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,4:2,0 -chr11 53000384 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.038206;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:16,5:11,1 -chr11 53000388 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.063676;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:20,1:7,4 -chr11 53300757 . C G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.024789;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:17,1:20,7 -chr11 53594324 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.013782;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:15,4:6,4 -chr11 53598678 . G T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0015682;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:39,18:19,8:20,10 -chr11 54400380 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.01321;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:51,7:21,5:30,2 -chr11 54400735 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr11 54400754 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr11 54401959 . TG T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.030542;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:34,4:12,2 -chr11 54418755 . A G 0 PASS DP=465;GPV=1;SPV=0.049731;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:215:190,25:89,15:101,10 -chr11 54528315 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.089706;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:11,3:24,1 -chr11 55549822 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.2662e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:7,5:10,6 -chr11 55978381 . TAAAAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:3,3:5,3 -chr11 57121117 . G GT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0036768;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:9,4:5,1 -chr11 58010671 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033264;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,1:5,5 -chr11 58427783 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00018235;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:14,7:13,7 -chr11 58436136 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:3,4:3,1 -chr11 59106681 . G GCCGCCAGCGCGCGGCTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 -chr11 60865847 . TTTTC T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,2:3,6 -chr11 62279222 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 -chr11 63191686 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0025127;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:12,7:9,12 -chr11 63483785 . ATATATATATATATATGTATATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,7:2,4:3,3 -chr11 63526790 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.1878e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:5,8:13,4 -chr11 63734734 . A AACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0097821;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,1:6,6 -chr11 64271296 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,6:0,4:0,2 -chr11 65513703 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=3.2742e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:2,4:3,7 -chr11 65762828 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.019226;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,4:7,5 -chr11 67923129 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.019344;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:17,7:16,1 -chr11 68490423 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=9.3592e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,6:7,5 -chr11 68861507 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.012958;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:16,3:8,4 -chr11 71673775 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010572;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,3:5,3 -chr11 71755076 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,4:12,1 -chr11 72049585 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,1:3,3 -chr11 73943269 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,3:1,2 -chr11 74987890 . TTTTTTTTC T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:1,4:2,4 -chr11 77171385 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.8905e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:8,5:11,8 -chr11 79616351 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.9618e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,8:7,7 -chr11 82112555 . C CTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030499;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:7,3:4,3 -chr11 82588774 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,3:4,1 -chr11 82651015 . TAGAGAATCCAAACTGCAACACATCTCAGGCAGCAAATGAGA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2 -chr11 83511087 . G GACACACACACACACAC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:6,2:2,2 -chr11 84106954 . AAGAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.078947;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:2,1:2,1 -chr11 85787701 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,4:8,4 -chr11 88174640 . AAC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.025437;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,5:8,1 -chr11 88657202 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=3.5161e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,9:7,6 -chr11 89316563 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028792;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,1:2,5 -chr11 89515369 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=7.554e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,7:4,5 -chr11 89667996 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.003388;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:13,6:15,1 -chr11 89716988 . C CTA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0035849;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:6,11:10,3 -chr11 89899896 . T A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=3.8932e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,13:20,11:18,2 -chr11 90186730 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00058349;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:4,3:4,9 -chr11 90568520 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,6:5,3:4,3 -chr11 90616126 . TGGTTGGCA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025519;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,4:3,2 -chr11 90616137 . A ACCCT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr11 91336805 . CATATATATAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:5,2:1,3 -chr11 92223783 . CCTCTCT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.043019;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 -chr11 93490106 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0068571;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:9,3:10,3 -chr11 94237566 . G A 0 PASS DP=516;GPV=1;SPV=0.032943;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:255:216,39:107,23:109,16 -chr11 94330670 . TC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022078;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,2:6,4 -chr11 94330675 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:10,3:3,3 -chr11 94612316 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:2,2:1,1:1,1 -chr11 94753306 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 -chr11 96558489 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00014072;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:15,6:8,7 -chr11 96585172 . A AT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 -chr11 97596417 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00039828;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,3:6,6 -chr11 98107766 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.1926e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,6:7,4 -chr11 98248416 . GTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,9:2,7:3,2 -chr11 98761483 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0064996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:1,5:3,4 -chr11 99185885 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0011156;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,5:5,4 -chr11 101263877 . GTATATA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:17,2:9,2 -chr11 101263885 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,2:8,2 -chr11 101263887 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,2:8,2 -chr11 101283303 . A ATTAAC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:10,4:14,4 -chr11 101283304 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054466;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:9,5:13,4 -chr11 101283308 . T TTG 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:10,4:14,4 -chr11 101374333 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.028437;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,3:10,6 -chr11 101600388 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0036217;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:9,4:15,5 -chr11 101865140 . A AACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,7:5,4:1,3 -chr11 103188222 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.9366e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:8,4:3,11 -chr11 103842758 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,7:10,6:10,1 -chr11 104811359 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027005;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,8:7,7:8,1 -chr11 105161948 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,1:1,3 -chr11 105491173 . TTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:1,2:2,2 -chr11 105516595 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,2:4,1:2,1 -chr11 105965792 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00049183;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:2,6:19,4 -chr11 107837525 . T TAAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,7:6,1 -chr11 111005139 . A ATGTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:3,4:0,0 -chr11 111696514 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00013202;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:13,5:4,4 -chr11 112273035 . TTTCCTTC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.026676;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,2:8,3 -chr11 112645955 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:6,4:2,1 -chr11 113195495 . ATT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:4,1:3,3 -chr11 113507905 . GCTCT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00074848;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:3,8:0,1 -chr11 113973294 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,10:3,5:3,5 -chr11 114557652 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.39286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,3:5,1:4,2 -chr11 115080381 . ACAC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.16035;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:23,3:14,2:9,1 -chr11 116969289 . CA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:1,7:2,1 -chr11 117264897 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.0511e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,17:5,6:10,11 -chr11 119657739 . A AAATAATAAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,3:4,1:3,2 -chr11 120328678 . A AGTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,3:1,2:3,1 -chr11 122859629 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00034731;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:14,4:3,5 -chr11 124433397 . ATG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0071396;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,7:4,5:3,2 -chr11 125189421 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,3:3,2:1,1 -chr11 125866611 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,2:2,3 -chr11 126707783 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.8326e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,19:3,10:6,9 -chr11 129693712 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,3:1,3:0,0 -chr11 130641107 . CTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:4,5:1,3 -chr11 131680604 . C T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.014972;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,5:15,4:20,1 -chr11 131733467 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.17314;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:9,2:19,3 -chr11 132521000 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0093079;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:12,1:10,5 -chr12 707613 . TTC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.05461;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 -chr12 1440600 . TTGTGTG T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,2:4,2 -chr12 1516164 . C CTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:5,3:4,1 -chr12 2545212 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,8:3,5:0,3 -chr12 2883075 . A AAAAAAAAACAAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:3,2:3,5 -chr12 3666358 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,6:7,5:8,1 -chr12 6156091 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0059828;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:8,4:0,2 -chr12 6591707 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.5948e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:4,3:10,11 -chr12 6617994 . G GACACACACAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.027154;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,5:8,1:8,4 -chr12 7483843 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,1:6,3 -chr12 7682835 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,5:0,4:0,1 -chr12 7883267 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:4,1:2,5 -chr12 9301106 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.048396;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:23,7:14,1 -chr12 9428531 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028561;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,1:12,4 -chr12 9431081 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0094549;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,3:9,4 -chr12 9442266 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.16084;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,4:13,1 -chr12 9444361 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.017231;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,4:5,3 -chr12 9463271 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr12 11302137 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 -chr12 11302264 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.045508;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 -chr12 14280488 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:2,5:4,1 -chr12 14481935 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.037091;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 -chr12 14481936 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.04;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 -chr12 14949106 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0051219;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:7,9:5,4 -chr12 15681305 . G GTAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0079383;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,5:5,3 -chr12 15901861 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,2:0,1:1,1 -chr12 17997427 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=9.1903e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,20:7,4:6,16 -chr12 18517031 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.02677;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4 -chr12 19084009 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=1.1033e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:5,9:7,6 -chr12 21396055 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=3.1465e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:6,8:7,7 -chr12 21926363 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=8.6637e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:12,2:6,8 -chr12 21982167 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.06037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:8,2:20,2 -chr12 22432849 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010774;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:6,4:12,4 -chr12 22432855 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,8:6,5:10,3 -chr12 24075277 . T TA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 -chr12 25224183 . TA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,5:3,3 -chr12 25225290 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,4:1,3:0,1 -chr12 25271961 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0032306;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,11:4,8:1,3 -chr12 26232934 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:3,7:0,2 -chr12 26568011 . T TATATA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:2,1:0,1 -chr12 26591083 . A C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:1,1:4,1 -chr12 28605811 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00028966;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,4:7,4 -chr12 28932263 . AAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0058287;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:4,3:7,2 -chr12 28980001 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=5.6087e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:1,10:0,6:1,4 -chr12 29081657 . GGTGTGT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:1,5:5,4 -chr12 30658876 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,4:2,2 -chr12 30790062 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028751;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:12,6:6,3 -chr12 31070300 . A ATTTTTTTTTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013669;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:1,2:13,3 -chr12 31183168 . A AAATG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,4:6,2 -chr12 31741127 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,7:4,4 -chr12 31890534 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,3:11,1 -chr12 32005286 . A ATATG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:3,5:8,2 -chr12 32659204 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.8035e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:16,6:8,10 -chr12 33360524 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0041497;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4 -chr12 33412362 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0026972;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:10,7:8,7 -chr12 33836693 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0018489;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,1:8,6 -chr12 34334877 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.019962;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:8,1:16,4 -chr12 34778762 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.022623;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:3,1:13,5 -chr12 34897599 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.024618;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:38,10:0,1 -chr12 34899863 . T G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.029889;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:0,0:26,4 -chr12 34945692 . G C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.026239;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:8,4:26,6 -chr12 35078228 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.02537;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:20,7:6,2 -chr12 35186013 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:1,2:8,4 -chr12 35346780 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:26,4:0,0 -chr12 35780582 . T A 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.029253;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:63,9:35,8:28,1 -chr12 35780597 . A T 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.0032527;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:45,19:26,11:19,8 -chr12 36311802 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,3:13,2 -chr12 36311803 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2 -chr12 36464687 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr12 36721677 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.068908;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:26,4:2,0 -chr12 36885604 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:16,4:0,0 -chr12 36941010 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.017934;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:25,8:7,2 -chr12 36941239 . A G 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.015193;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:27,4:27,2 -chr12 36991443 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,3:2,1 -chr12 37247184 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,4:3,6 -chr12 37263826 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=5.5832e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:3,5:4,5 -chr12 37263827 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=2.299e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,5:3,5 -chr12 37441936 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.016312;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:11,8:18,3 -chr12 38561510 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.014985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,8:0,3:2,5 -chr12 38894658 . ACTCTCTCTCTCTCT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,7:2,5:3,2 -chr12 39325498 . A ATTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,2:6,4 -chr12 39925030 . A ATTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:0,5:3,1 -chr12 40630542 . TTTCTTTC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,6:7,5:4,1 -chr12 40706002 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.026404;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,4:18,2 -chr12 41571376 . TCACA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:5,1:1,5 -chr12 43615239 . G GTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,8:1,5:1,3 -chr12 43741568 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0054545;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,2:11,4 -chr12 43958795 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.029609;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,4:8,6 -chr12 44311797 . G GTA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,2:5,2 -chr12 45435714 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:1,1:0,1 -chr12 47354714 . T TATAG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,10:1,4:2,6 -chr12 48912437 . C CAAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:8,5:7,1 -chr12 49036478 . AT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,2:4,2 -chr12 49787094 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019118;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,3:6,1 -chr12 51424037 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:2,4:0,1 -chr12 53162338 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024686;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:6,7:13,8 -chr12 55067453 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015459;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,6:9,2 -chr12 55898651 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030651;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,3:8,2 -chr12 58054993 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.01458;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,5:3,4 -chr12 58378552 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00057702;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:7,6:9,5 -chr12 58696750 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.3275e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:11,10:10,10 -chr12 58856895 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.173e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:9,8:11,9 -chr12 59883789 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.3208e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:6,10:5,3 -chr12 60869682 . TTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.051138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:7,1:11,4 -chr12 60869725 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5 -chr12 63674050 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.9341e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,6:7,6 -chr12 64040804 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0020355;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,4:9,3 -chr12 64366214 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1 -chr12 64676467 . CTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:1,3:6,1 -chr12 65738517 . T TTCTCTC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,4:4,1 -chr12 66497260 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00053433;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3 -chr12 67380425 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018404;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,2:5,3 -chr12 67380512 . TA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,6:3,4 -chr12 67678215 . A AAAAAAAAAAAAGTTCTC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0058074;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:10,3:4,7 -chr12 68632146 . G T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,2:4,1:1,1 -chr12 69995387 . GTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 -chr12 70564842 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:4,6:7,1 -chr12 71216197 . C CACACACAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00017491;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:10,8:3,2 -chr12 76723001 . GTATATA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,2:2,2 -chr12 77043362 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,6:9,5 -chr12 79179028 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:2,1:5,1 -chr12 81007094 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025729;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:18,3:5,2 -chr12 81007095 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.02531;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:17,2:4,3 -chr12 81954178 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.062e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:2,5:7,9 -chr12 83586957 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.048357;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:12,7:10,1 -chr12 83837218 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.013982;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:7,4:16,1 -chr12 85354446 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00027927;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:13,5:4,3 -chr12 92151443 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00518;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,7:4,4 -chr12 93365275 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0098985;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,4:4,2 -chr12 93463255 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:1,8:5,1 -chr12 93492513 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00020271;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:10,8:12,8 -chr12 94040342 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,5:2,1:4,4 -chr12 94986642 . AC A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,4:6,4 -chr12 95101681 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2 -chr12 95654770 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,3:6,1 -chr12 96453881 . GATATATATATATATATATATAT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,7:1,6:1,1 -chr12 97335973 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:2,3:4,3 -chr12 97598862 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.244e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,10:6,6 -chr12 98257900 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.017995;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,4:11,1 -chr12 99761065 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,4:3,4 -chr12 99864079 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,3:0,1 -chr12 100364047 . C CAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:8,5:2,1 -chr12 101948762 . T TACACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:7,3:1,3 -chr12 102476410 . T TGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,6:2,2 -chr12 103085541 . AT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.2309e-07;SS=2;SSC=66;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,17:8,8:5,9 -chr12 103166076 . A AGAAGGAAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:13,3:3,5 -chr12 103619755 . CG C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,2:7,4 -chr12 103974988 . AAAAAAG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.017042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,7:8,3 -chr12 104001705 . A AT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.051834;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 -chr12 104267707 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr12 104454404 . AAC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.055981;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3 -chr12 104454411 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.055981;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,2:14,2 -chr12 105100364 . CTCTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:4,1:12,5 -chr12 106054475 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00086916;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:3,4:11,3 -chr12 107205546 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0076174;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,9:0,7:1,2 -chr12 107944897 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.016363;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:11,1:13,5 -chr12 108096721 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=8.1433e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,18:11,8:4,10 -chr12 109572411 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,5:6,1 -chr12 113488953 . CCTTTCTTTCTTTCTTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.020128;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:0,2:10,5 -chr12 113785755 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00017884;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:13,5:8,5 -chr12 115281918 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034112;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:15,5:12,1 -chr12 115394477 . A AATGG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.070897;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,5:7,3:13,2 -chr12 116566616 . T TAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:5,4:8,2 -chr12 117041342 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0079418;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,2:8,4 -chr12 117629414 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.4873e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:9,5:8,6 -chr12 118888779 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.032688;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:11,2:11,5 -chr12 119317335 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:6,5:9,1 -chr12 121966423 . G T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,2:2,3 -chr12 122016764 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0011083;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:14,5:7,3 -chr12 122427208 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1 -chr12 122427209 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:6,3:1,1 -chr12 123756307 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,9:2,1 -chr12 125617344 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01707;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,3:3,2 -chr12 125656013 . G GA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029893;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:13,4:10,2 -chr12 127444530 . A AAT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030984;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,2:8,3 -chr12 127736409 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 -chr12 128090909 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016493;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,3:11,3 -chr12 128295003 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011145;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:9,2:10,4 -chr12 128988629 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,4:1,1:0,3 -chr12 129187809 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.9059e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:12,12:12,7 -chr12 129521915 . AT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0030216;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,4:10,4 -chr12 129525226 . GT G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 -chr12 129877174 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,1:12,4 -chr12 130050276 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:3,1:11,6 -chr12 130441414 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,3:7,1 -chr12 131150300 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.083787;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:8,1:14,5 -chr12 131419456 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.2359e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:2,10:10,8 -chr12 132381475 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 -chr12 132391135 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0010975;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:15,3:6,4 -chr12 132919379 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,1:5,3 -chr13 18172309 . TAGAATGAA T 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.029173;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:102,13:48,4:54,9 -chr13 18172325 . T A 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.011983;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:93,13:39,4:54,9 -chr13 18172326 . A T 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.024745;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:97,12:43,3:54,9 -chr13 18172327 . T A 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.022597;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:89,13:42,4:47,9 -chr13 18172333 . T TTTTCATTC 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.041149;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:93,12:37,3:56,9 -chr13 18197090 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,3:7,1 -chr13 18206038 . CAA C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.032687;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,8:13,7:7,1 -chr13 18271449 . G C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,5:2,1 -chr13 18531171 . AGCAAACACCCCACAGCATGG A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.029793;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,4:9,5 -chr13 18545200 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.019855;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:10,8:16,2 -chr13 18808933 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.043261;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,4:13,1 -chr13 19048992 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.8359e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:8,10:13,7 -chr13 19290200 . A AT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0029061;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,11:14,4:6,7 -chr13 20148253 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:2,4:2,1 -chr13 21050147 . G GATAGATAGATAGATACATACATAC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:7,3:8,3 -chr13 21853573 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,3:1,2:1,1 -chr13 22478011 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00027241;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,5:9,5 -chr13 22512021 . C CAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,5:5,1 -chr13 22713588 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0317;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 -chr13 24697639 . CAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,5:3,3:4,2 -chr13 25160257 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0085545;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,8:6,1 -chr13 25717440 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,8:2,6:4,2 -chr13 25751273 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0003248;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:9,6:9,7 -chr13 26485192 . AG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0084353;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,3:2,3 -chr13 26907752 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.006277;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:19,3:10,4 -chr13 28034119 . A ATCATAT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0033296;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,5:7,2 -chr13 28034406 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0016051;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:9,2:11,5 -chr13 28037847 . CG C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00086768;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,5:9,3 -chr13 28085343 . CAAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:4,7:2,1 -chr13 28745358 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00077001;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,6:6,2 -chr13 28931190 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.031154;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,1:18,4 -chr13 30523150 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.3691e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,6:8,7 -chr13 31817645 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.3103e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:6,5:6,7 -chr13 32541676 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,5:4,2 -chr13 32637218 . A AATAAGGGT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,5:0,2:0,3 -chr13 33181267 . T TACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021709;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,11:2,6:0,5 -chr13 33209457 . C CTTTTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0005812;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,9:7,2 -chr13 34971819 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00071076;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,6:8,2 -chr13 35813730 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.013043;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,5:3,1 -chr13 35967635 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0013435;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:8,3:11,5 -chr13 37153528 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026299;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:5,1:12,5 -chr13 37153529 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.027859;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:3,1:12,5 -chr13 37301190 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 -chr13 37309075 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1 -chr13 37753581 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012033;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,4:5,2 -chr13 37989356 . T TAGATAGATAGATAGATAGATAGAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.004158;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:6,2:8,6 -chr13 41076269 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:10,3:7,2 -chr13 42206975 . T TTTTCTTTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,3:14,2 -chr13 42881605 . C CTGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,2:6,5 -chr13 43690259 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:1,2:0,0:1,2 -chr13 45211673 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.024817;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,2:10,5 -chr13 46788054 . G GT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016895;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:9,2:15,3 -chr13 48847500 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0082418;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:0,3:2,1 -chr13 52256869 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00019163;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:14,8:2,4 -chr13 52519790 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.046691;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:19,3:12,2 -chr13 53000431 . C CT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.056049;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,4:10,1 -chr13 53177159 . CA C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.5151e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:11,12:9,5 -chr13 53232170 . ATCTC A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.014585;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,3:9,1 -chr13 54011938 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0004157;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,5:7,5 -chr13 55704368 . GTA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,4:5,2 -chr13 55704462 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:2,2:3,3 -chr13 56885075 . TTATATA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 -chr13 57140339 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.021978;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:29,13:11,2 -chr13 57218442 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0029833;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:8,5:18,4 -chr13 57395150 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,4:1,3:5,1 -chr13 57612097 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12484;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:11,1:11,2 -chr13 57693315 . C CAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,5:4,2 -chr13 57983872 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4 -chr13 58418567 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00010896;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,6:7,5 -chr13 58624833 . CAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 -chr13 60084015 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,4:3,3:4,1 -chr13 60941018 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,2:12,2 -chr13 62814203 . A AGT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010053;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,4:5,5 -chr13 64231639 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=2.7919e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:3,13:1,10:2,3 -chr13 68338318 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0004629;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:14,6:8,5 -chr13 68610689 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.002076;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,4:8,4 -chr13 69149741 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0084306;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:7,8:2,1 -chr13 69157963 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=3.1e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:8,4:4,14 -chr13 69412498 . ATTT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0022624;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:1,1:1,5 -chr13 69863387 . C CAAAAGAGGATCCTAGAAGAAGACTAGGCACCAGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:10,3:8,1 -chr13 70218558 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.4722e-08;SS=2;SSC=76;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,16:4,9:4,7 -chr13 71783965 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:1,3:1,2:0,1 -chr13 72153116 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.172e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:9,12:4,4 -chr13 72358634 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,2:4,7 -chr13 72990213 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 -chr13 73108638 . A ATC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.068908;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:12,2:16,2 -chr13 73915307 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.5491e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,19:8,11:5,8 -chr13 74436978 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.383;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,4:10,3:6,1 -chr13 75687821 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0013031;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:5,10:7,5 -chr13 76942709 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00017947;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:7,7:10,4 -chr13 77704093 . A C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.033883;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:55,11:29,7:26,4 -chr13 78665322 . A C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,2:0,1:1,1 -chr13 81904389 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:6,1:11,3 -chr13 82169368 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.022727;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,2:3,3 -chr13 82458884 . T TA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0016308;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:12,6:4,2 -chr13 85227345 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010272;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,4:7,6 -chr13 85333993 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0026298;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:3,4:9,2 -chr13 85922076 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00013428;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,5:5,5 -chr13 86063548 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00070165;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,5:5,4 -chr13 86498492 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.093333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr13 87124262 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0067244;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,3:3,3 -chr13 88200508 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 -chr13 91746505 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.060769;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:19,3:14,2 -chr13 92930628 . TATATATTCCAGATATAA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0043101;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:8,3:6,4 -chr13 93376776 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00056132;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,6:6,3 -chr13 93667735 . G GTTTTTTTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:11,4:7,1 -chr13 93905097 . A AG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0025519;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,10:2,7:2,3 -chr13 94088595 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,2:0,2:0,0 -chr13 94288946 . GATAGATAT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1 -chr13 94585799 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0051416;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,6:5,4 -chr13 96105006 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,4:6,3:4,1 -chr13 97790091 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00030733;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,4:8,4 -chr13 97852692 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:8,2:7,2 -chr13 97860642 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,7:3,6:1,1 -chr13 99414007 . T TACACACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011679;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:4,5:7,3 -chr13 100463335 . GGT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0080645;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:3,3:4,1 -chr13 101362815 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.0663e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,3:6,8 -chr13 102189022 . GAAGA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,4:8,3:6,1 -chr13 103563902 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6063e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:10,9:9,6 -chr13 104490654 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=3.0818e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:8,5:3,7 -chr13 105089164 . ATATATTTATATATATGTGTATACATATATGTATATATT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,5:4,2:4,3 -chr13 105684597 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,3:13,1 -chr13 105788377 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.3475e-10;SS=2;SSC=94;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,21:3,5:8,16 -chr13 106472885 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.029272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,3:12,1 -chr13 107911166 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00091327;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,6:9,2 -chr13 108348447 . CTCTCTCTG C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0033365;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:6,6:8,5 -chr13 108425575 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.001961;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:14,7:15,5 -chr13 109330635 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0004259;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:15,7:7,3 -chr13 110497503 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0094538;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 -chr13 110894963 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=4.2116e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:9,8:5,5 -chr13 112333425 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.2072e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:13,11:7,9 -chr13 113547177 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0018932;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,4:14,5 -chr13 113940556 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.086687;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:1,1:5,2 -chr14 18275552 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0010797;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,4:7,7 -chr14 18659364 . T A 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.025834;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:52,14:32,8:20,6 -chr14 18661329 . C T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.031534;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:67,19:22,5:45,14 -chr14 18927932 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 -chr14 19002747 . C T 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.029561;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:87,18:40,10:47,8 -chr14 19058704 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02706;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:12,3:20,2 -chr14 19058850 . C A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.037114;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:15,4:26,4 -chr14 19059168 . T A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.042542;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:36,8:17,3 -chr14 19074202 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.064347;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,2:12,2 -chr14 19126082 . T G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.041077;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:19,8:18,3 -chr14 19161348 . AG A 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.033162;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:68,16:31,9:37,7 -chr14 19170300 . C CTCTA 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0043066;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:60,9:25,7:35,2 -chr14 19176820 . T G 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.0055223;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:58,16:30,8:28,8 -chr14 19241644 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.014214;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:21,4:23,1 -chr14 19267795 . C T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.00055263;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:29,5:22,5 -chr14 19276455 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.032961;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:20,4:12,2 -chr14 19363580 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042412;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2 -chr14 19371982 . T C 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.012376;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:70,17:33,6:37,11 -chr14 19380912 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.049837;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:22,7:18,6 -chr14 19391950 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.054545;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr14 19433678 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0088061;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,5:2,2 -chr14 19475827 . T TA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,2:7,2 -chr14 19666234 . C T 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.043643;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:62,13:31,10:31,3 -chr14 19678523 . T C 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.03683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:26,3:28,3 -chr14 19716664 . CTTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,3:1,1 -chr14 19780669 . C T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.0093558;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:19,4:24,9 -chr14 20352568 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:4,3:2,2 -chr14 23422586 . TCTTTCTTTCTCTC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,3:7,2 -chr14 24088803 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017469;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,2:6,6 -chr14 24206345 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.0256e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:11,10:8,8 -chr14 25232587 . T TCTCC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,1:3,3 -chr14 27961347 . C CT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.056405;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,3:12,1 -chr14 28674553 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0029061;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,7:8,4 -chr14 30361142 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00047821;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,6:9,4 -chr14 30532663 . CTTTT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:2,4:1,1 -chr14 31937328 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2 -chr14 32462901 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 -chr14 32687408 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,2:3,1:4,1 -chr14 33087171 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:5,1:13,3 -chr14 34643055 . AT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:1,1:3,1 -chr14 35240294 . C CTTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:3,2:0,0 -chr14 36798902 . A AAG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018018;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:4,6:5,1 -chr14 40019808 . T TCACACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,5:6,4 -chr14 41167237 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0018182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,4:7,3 -chr14 41175901 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.9448e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:7,3:10,9 -chr14 41243449 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00010136;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,5:6,6 -chr14 41808408 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:4,2:0,0 -chr14 42051447 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.009581;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:2,6:9,2 -chr14 42070911 . TTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0055972;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,9:3,6:4,3 -chr14 42159445 . C CTTTCTTTCT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.055556;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1 -chr14 45416861 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.002243;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,2:3,3 -chr14 48315922 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0001844;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,8:8,1 -chr14 50122391 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,5:2,1 -chr14 51144228 . C CAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:3,1:1,1 -chr14 52656711 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,4:3,4 -chr14 52786059 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0062713;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:2,4:0,2 -chr14 54862379 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,2:4,2:0,0 -chr14 56705573 . C CAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0024876;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,13:8,11:4,2 -chr14 56935197 . TTCTTTTCTTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0025247;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:4,6:15,10 -chr14 58962926 . C CTA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.26049;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:12,2:9,1 -chr14 59175182 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0069576;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:11,4:9,5 -chr14 61746397 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019737;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:8,3:2,5 -chr14 61938026 . A AACACACACACACACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:4,6:2,2 -chr14 62908782 . AT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:4,2:1,2 -chr14 64428107 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,1:3,4 -chr14 64657457 . TG T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:1,1:3,6 -chr14 64785351 . GAA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr14 65123077 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,5:3,1 -chr14 65810255 . ATTTGGCTCCC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,3:6,4 -chr14 66154886 . G GATAGAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.027296;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,4:6,3 -chr14 69102591 . G GACACACACACACACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:3,3:1,3 -chr14 69776603 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.056596;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,3:12,1 -chr14 70860105 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:1,4:6,2 -chr14 71263275 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:1,4:6,5 -chr14 71590042 . AAAATATAT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,3:4,2 -chr14 72990689 . CTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,1:2,3 -chr14 73045353 . AT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0049438;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:3,3:0,3 -chr14 76333418 . TATC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:9,5:0,1 -chr14 76333425 . T TG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00054683;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:8,5:0,3 -chr14 76799906 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:5,7:4,1 -chr14 78550538 . AAAC A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.0239e-06;SS=2;SSC=59;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:7,5:4,9 -chr14 79064707 . TATTTTTCATAATTACCC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0092138;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,1:4,6 -chr14 79064727 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0092138;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,2:4,5 -chr14 79064735 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012068;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,2:4,4 -chr14 79064737 . ATG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,2:4,5 -chr14 80996590 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021791;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,2:12,2 -chr14 81265647 . G GTAATAATAATAATAATAATAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.008413;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,7:3,5:1,2 -chr14 81593003 . TTCTC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045025;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2 -chr14 81599517 . G GTTTTTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0001418;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,3:3,4 -chr14 81645964 . ATT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,6:1,1 -chr14 83882802 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.018159;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 -chr14 84641209 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0041266;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,11:8,2:8,9 -chr14 84814695 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:0,0:4,3 -chr14 84870460 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0036228;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:13,6:3,3 -chr14 85361378 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=3.2748e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,7:6,4 -chr14 87516712 . GC G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.5057e-06;SS=2;SSC=54;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:13,8:5,10 -chr14 87606497 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.5334e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:17,21:11,8:6,13 -chr14 87781407 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1265e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:7,8:9,9 -chr14 88755840 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.9493e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,12:8,5:5,7 -chr14 90126531 . CTTG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037638;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,4:8,5 -chr14 91318917 . C CAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:4,5:4,1 -chr14 91519138 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.083004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:5,1:0,1 -chr14 91915686 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 -chr14 92767689 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,3:4,1 -chr14 93234186 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0017181;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,8:2,7:0,1 -chr14 93452375 . ATT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:9,2:4,2 -chr14 94540842 . T TTCTC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:1,4:2,2 -chr14 94648586 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:3,3:1,1 -chr14 94897018 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0042869;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,6:12,3 -chr14 95610788 . AAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:5,1:3,4 -chr14 95766412 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0012644;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,4:5,3 -chr14 98014124 . CCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:0,0:14,4 -chr14 98115803 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014742;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,5:7,2 -chr14 98155143 . TATAGAG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:3,7:8,2 -chr14 98234881 . TGATAGATAGATGATAGATA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.043209;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,8:9,4:9,4 -chr14 98234915 . TA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0052029;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,12:8,7:7,5 -chr14 99410862 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=9.9525e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,5:4,7 -chr14 99826105 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,3:4,1 -chr14 100198742 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:3,4:4,1 -chr14 100931842 . TATATATA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:1,3:0,2:1,1 -chr14 104204478 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0032734;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,7:1,2:2,5 -chr14 105654000 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.013714;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,5:8,4 -chr14 105736712 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:2,2:12,4 -chr14 105736981 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.037012;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:13,5:6,2 -chr14 105749983 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.047874;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:21,5:7,3 -chr14 105755579 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.047169;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,2:16,7 -chr14 106327993 . C G 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.0082929;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:72,17:39,13:33,4 -chr14 106351142 . CT C 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.013419;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:68,18:39,7:29,11 -chr15 18366043 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,1:9,3 -chr15 18566117 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:27,4:0,0 -chr15 19222180 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 -chr15 19563637 . T C 0 PASS DP=872;GPV=1;SPV=0.00095602;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:413:366,46:182,40:184,6 -chr15 19835775 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=2.6922e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,11:1,3:0,8 -chr15 19902524 . A C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.038854;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,8:10,1:28,7 -chr15 19925830 . C A 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.022371;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:64,15:17,6:47,9 -chr15 20115657 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.03557;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,6:15,4 -chr15 20119707 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.035271;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:10,3:22,3 -chr15 20120551 . ACAAG A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.03948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:29,5:12,1 -chr15 20256614 . C T 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.01383;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:74,20:30,12:44,8 -chr15 20272696 . C A 0 PASS DP=254;GPV=1;SPV=0.001875;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:100,25:58,10:42,15 -chr15 20284725 . T A 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.023429;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:73,18:35,13:38,5 -chr15 20289416 . T C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.020621;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:77,17:35,8:42,9 -chr15 20290883 . G C 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.035787;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:92,21:39,7:53,14 -chr15 20291056 . A G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.045569;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:71,15:38,7:33,8 -chr15 20295526 . C A 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.0046454;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:106,19:46,6:60,13 -chr15 20304167 . C A 0 PASS DP=314;GPV=1;SPV=0.047629;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:126,21:59,14:67,7 -chr15 20309845 . TGAG T 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.026602;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:36,5:36,5 -chr15 20309922 . TGATGA T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.020878;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:54,13:28,8:26,5 -chr15 20338110 . A G 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.046849;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:66,15:29,12:37,3 -chr15 20357686 . G A 0 PASS DP=281;GPV=1;SPV=0.036447;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:105,20:65,11:40,9 -chr15 20370348 . AATTGAGTTCTC A 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.036478;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:80,16:39,7:41,9 -chr15 20372213 . C T 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.019044;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:71,16:45,7:26,9 -chr15 20393186 . A AT 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.025654;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:38,4:32,6 -chr15 20415832 . T C 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.0087716;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:64,16:28,8:36,8 -chr15 20555222 . GTATATGTGTAAATA G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.029438;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:21,5:13,4 -chr15 20586743 . C CT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.034134;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,6:13,4 -chr15 20644036 . A G 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.047122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:73,14:42,8:31,6 -chr15 20665834 . C CAA 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.0028234;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:71,19:34,9:37,10 -chr15 20741316 . C CAAAAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1 -chr15 21248951 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.047338;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:3,4:22,2 -chr15 21278485 . A G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.033668;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:69,17:38,10:31,7 -chr15 21285805 . C T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.045959;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:72,16:40,7:32,9 -chr15 21291652 . G A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0045101;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:62,21:27,9:35,12 -chr15 21465543 . A G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.016976;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:29,7:18,3 -chr15 21516684 . GC G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.031256;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:19,6:14,4 -chr15 21540209 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 -chr15 21577313 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,2:5,2 -chr15 21620069 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,5:10,1 -chr15 21835845 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0057417;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:6,7:1,1 -chr15 21944626 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.008578;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:15,6:20,7 -chr15 22286257 . G GTAGGAATTATGTATTCTGT 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.046919;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:49,8:25,6:24,2 -chr15 22361138 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.03461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:10,3:15,7 -chr15 22422114 . T G 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.047443;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:60,9:29,6:31,3 -chr15 22443264 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.047789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:8,3:18,3 -chr15 23196478 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0029389;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:27,5:18,3 -chr15 23356879 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:14,5:2,1 -chr15 23440678 . ATCT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031844;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:14,2:6,7 -chr15 23487784 . A AAC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:3,3:0,2 -chr15 23864016 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.038206;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:15,5:12,1 -chr15 24264280 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=2.0129e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:9,10:4,3 -chr15 24509453 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031149;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:17,4:14,1 -chr15 25999667 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:0,2:4,2 -chr15 27138743 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.7114e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:3,9:15,11 -chr15 27918089 . AT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:5,3:5,3 -chr15 28377531 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,4:3,1 -chr15 28488115 . AAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14691;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:6,2:21,3 -chr15 28518992 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 -chr15 28545571 . T TGG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 -chr15 28589129 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.040413;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:12,6:16,3 -chr15 28589899 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037062;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:16,4:12,2 -chr15 28598282 . A T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 -chr15 29294729 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.8821e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,4:7,9 -chr15 29527891 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00022196;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,5:7,5 -chr15 29587138 . CGT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr15 30442318 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.013504;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:11,2:19,3 -chr15 30998088 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0091688;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,8:1,7:2,1 -chr15 32562048 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,6:4,3 -chr15 32848149 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.004102;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,5:13,3 -chr15 33224691 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,4:8,2 -chr15 33317307 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=2.4108e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,14:3,9:4,5 -chr15 35397859 . T TTATA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:8,2:8,3 -chr15 35727930 . G GCGTGCGCGCGCGCACACA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.011637;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:8,8:9,6 -chr15 35971864 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00047821;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:8,8:12,2 -chr15 36930202 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:11,3:9,5 -chr15 37695262 . T TTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:5,2:1,2 -chr15 37893878 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.706e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,17:9,7:5,10 -chr15 38282343 . ATG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,4:5,1:7,3 -chr15 39744820 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0059696;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,2:4,6 -chr15 40573020 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 -chr15 41960670 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0010995;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1 -chr15 43117519 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.6255e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,13:5,5:5,8 -chr15 43628891 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.001514;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:8,11:8,2 -chr15 44962347 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15499;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:10,2:7,3 -chr15 47772357 . C CGT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,5:1,3:3,2 -chr15 49616645 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0023473;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,3:4,6 -chr15 50629859 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0012626;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,7:0,4:0,3 -chr15 50762735 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.014912;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 -chr15 53729496 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,3:10,1 -chr15 55210195 . G GTATA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013455;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,1:4,4 -chr15 55210208 . C CAT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 -chr15 55262545 . G GA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.014569;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,6:1,3:0,3 -chr15 55822490 . ACT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,4:5,3 -chr15 56484874 . T TG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0077143;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,4:11,2 -chr15 57123996 . TC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,1:6,3 -chr15 59592718 . GTTT G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:6,3:3,1 -chr15 59658155 . CAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:3,3:2,1 -chr15 59740539 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.048504;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,3:7,3 -chr15 60037718 . G GACACAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,9:4,7:1,2 -chr15 60668964 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022618;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,4:10,1 -chr15 61008651 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=4.363e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:11,6:9,7 -chr15 61778569 . AAAGGAAGGAAGG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0017499;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,8:4,4:1,4 -chr15 62282875 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=7.0453e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:8,4:8,6 -chr15 63932164 . T TAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2 -chr15 64002916 . CTGTG C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,7:3,6:2,1 -chr15 65160621 . TCTCA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:2,3:8,5 -chr15 66596799 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,2:4,2 -chr15 68235593 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.125;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:4,2:0,0 -chr15 68402842 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.1392e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,7:4,3 -chr15 69260252 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 -chr15 69810400 . AACACAC A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00036978;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:7,7:1,6 -chr15 69993318 . GAAAGAGAC G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2 -chr15 70364401 . A AT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 -chr15 72482839 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015907;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:2,5:8,2 -chr15 72660853 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,4:0,1 -chr15 74303679 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=3.5745e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:19,9:11,4 -chr15 74939066 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.036707;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,2:5,2 -chr15 75266350 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:0,0:19,4 -chr15 75376695 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,2:1,1:6,1 -chr15 75481742 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 -chr15 75491402 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.019042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:12,6:2,4 -chr15 75528695 . AT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0053554;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,15:4,7:3,8 -chr15 75615594 . A AT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,4:4,1 -chr15 75782577 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,2:10,2 -chr15 76249435 . A ATC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,4:4,7 -chr15 77277556 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.8785e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:10,7:6,7 -chr15 77497684 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,7:1,4:0,3 -chr15 77528920 . G GT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.007251;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,7:8,2 -chr15 78386955 . G GTTTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0020026;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:7,9:3,3 -chr15 78877113 . ATTTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:5,5:1,2 -chr15 79847669 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,9:4,8:2,1 -chr15 80832324 . G C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 -chr15 81356253 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.7201e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:7,9:4,4 -chr15 81878296 . T TCTCTCTCTCTCC 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:1,1:2,4 -chr15 82383908 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025565;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,2:5,3 -chr15 82483047 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.018356;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,1:6,6 -chr15 82497785 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0018936;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,6:4,5:3,1 -chr15 83393258 . CT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.014488;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:15,5:5,1 -chr15 84765535 . G GT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.029874;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:6,4:11,1 -chr15 85251985 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.031261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,3:7,3 -chr15 85252017 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027592;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,3:11,3 -chr15 85841979 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:1,7:5,1 -chr15 85844597 . CAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:2,3:3,3 -chr15 85989649 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.03094;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,5:7,1 -chr15 86553517 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=4.8252e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:12,6:9,11 -chr15 88474552 . T TC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.03699;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:13,4:7,3 -chr15 88923804 . C CAAAAACA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.042412;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,4:7,2:8,2 -chr15 88966785 . T TTGTTTTATTTTTTGTTTG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0045015;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,3:6,5 -chr15 89944102 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0026087;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,5:3,2 -chr15 90496306 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 -chr15 91337841 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.012821;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:1,3:2,2 -chr15 91871753 . TG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0067841;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:3,6:5,5 -chr15 93100836 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:3,4:0,0 -chr15 93978594 . TTC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0099161;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:0,3:7,4 -chr15 96477154 . T TATTATATATATATATATATATAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,2:7,3 -chr15 96554807 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,4:0,0:1,4 -chr15 98381629 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.01454;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,2:9,4 -chr15 100467152 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024548;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,1:6,4 -chr15 101860790 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00032976;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:13,5:12,8 -chr15 101954372 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0020073;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:4,5:13,8 -chr16 1250930 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0074932;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:8,6:4,1 -chr16 4774608 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013362;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,3:6,3 -chr16 6416298 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.018505;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:16,2:6,4 -chr16 6664339 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012279;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:14,6:13,2 -chr16 6798990 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.018514;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,2:10,3 -chr16 7112644 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,6:7,1 -chr16 7120821 . ATG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,2:12,2 -chr16 7203667 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:13,2:6,8 -chr16 9830480 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00088417;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 -chr16 10380850 . CT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.036143;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,1:13,5 -chr16 10439049 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,5:2,3:2,2 -chr16 12062377 . A AAAAT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011613;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:5,7:12,3 -chr16 13622488 . CTG C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:11,1:4,3 -chr16 14928709 . G C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr16 14982188 . T G 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.022391;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:60,7:38,3:22,4 -chr16 15103660 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013238;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,1:5,7 -chr16 15202829 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.007006;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:6,4:12,5 -chr16 16134625 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 -chr16 16160628 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:4,4:2,1 -chr16 16444695 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0033619;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,3:8,6 -chr16 16447974 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.046007;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,3:15,1 -chr16 16550592 . A ATTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0025265;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,2:7,7 -chr16 16720265 . T TTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0062751;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,7:7,4 -chr16 16829613 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:4,3:1,4 -chr16 17204966 . CAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025944;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 -chr16 17643997 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,4:3,2:6,2 -chr16 17916004 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.5771e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:9,9:13,5 -chr16 18181093 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.041596;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,3:18,1 -chr16 18237898 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.037749;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:18,4:9,2 -chr16 18963513 . ATG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011088;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,5:10,2 -chr16 18963517 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0072303;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,5:6,1 -chr16 20138748 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.013124;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:2,5:5,3 -chr16 21155621 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:3,4:3,2 -chr16 21675063 . GTCTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00047718;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,11:2,4:3,7 -chr16 22681401 . CA C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.010119;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,6:16,4:11,2 -chr16 22824558 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040656;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:4,3:11,3 -chr16 23020660 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0011576;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:3,13:0,7:3,6 -chr16 25746742 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0010337;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:9,7:6,7 -chr16 25993949 . CGTGTGT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0038647;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,6:4,1 -chr16 26005732 . GA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00054483;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,8:7,4 -chr16 26238514 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,4:1,2:5,2 -chr16 26417291 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0779;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:7,5:10,3 -chr16 26464372 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00022959;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,2:8,6 -chr16 26653957 . C CTTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:3,4:0,1 -chr16 27000580 . CTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:9,3:2,1 -chr16 28361764 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,15:0,4:4,11 -chr16 28424469 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr16 28738180 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.016411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,6:5,2 -chr16 28739478 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,0:9,4 -chr16 29054144 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031533;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:20,3:6,3 -chr16 29445775 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr16 30016057 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1 -chr16 30267081 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 -chr16 30466462 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,4:2,2 -chr16 30789230 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:9,3:3,1 -chr16 30817175 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,4:5,3 -chr16 31013407 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,2:0,1:1,1 -chr16 31149092 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=6.8881e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:5,15:3,11:2,4 -chr16 31247659 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.012394;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,3:9,3 -chr16 31382130 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=3.1132e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:8,6:7,6 -chr16 31757826 . ATAGG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0073773;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,2:7,7 -chr16 32096815 . T A 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.0057363;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:55,19:15,6:40,13 -chr16 32107256 . G A 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.0095044;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:75,14:17,10:58,4 -chr16 32107271 . C A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0068574;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:71,13:15,9:56,4 -chr16 32159292 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2 -chr16 32217275 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0034214;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:11,7:3,3 -chr16 32258018 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.010674;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,1:8,3 -chr16 32298407 . A G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.014476;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:23,11:19,5 -chr16 32328266 . C A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.039273;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:19,5:14,6 -chr16 32812945 . C A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.03082;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:24,3:15,3 -chr16 32829994 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.020896;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:24,2:21,6 -chr16 32830026 . G C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.019883;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:23,4:26,6 -chr16 32837836 . G C 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.0063265;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:95,23:68,20:27,3 -chr16 32891234 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0032243;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,4:3,2 -chr16 33026241 . C T 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.038966;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:65,10:43,8:22,2 -chr16 33029546 . G A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.0042381;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:18,2:27,4 -chr16 33581695 . C CT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.040599;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,4:10,5 -chr16 33591570 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.012155;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:12,6:21,6 -chr16 33728041 . A ATTAAT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.020116;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:12,8:14,1 -chr16 34586236 . T C 0 PASS DP=1574;GPV=1;SPV=0.018905;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:794:688,106:55,9:633,97 -chr16 34591720 . T TC 0 PASS DP=868;GPV=1;SPV=0.017863;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:408:121,24:64,12:57,12 -chr16 35979167 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.9714e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,16:4,5:5,11 -chr16 36241585 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=4.9557e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:13,9:10,5 -chr16 36515521 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012544;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:15,5:3,2 -chr16 36671635 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:6,4:0,0 -chr16 37862493 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0058227;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:9,10:11,2 -chr16 38129102 . T A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.041058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:25,3:11,1 -chr16 46456668 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041383;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:16,3:8,2 -chr16 46468062 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.5767e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:9,9:6,4 -chr16 48316323 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:4,5:2,1 -chr16 48527040 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.035909;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,4:17,2 -chr16 48579679 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015379;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,4:8,1 -chr16 48927307 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00039851;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:8,4:12,6 -chr16 49688095 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:0,1:1,1 -chr16 51046768 . CAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.002838;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,6:2,1 -chr16 52105557 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00065661;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:13,1:6,7 -chr16 54410785 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:1,1:0,1 -chr16 54833298 . G GACACACACAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.002331;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,6:0,3:0,3 -chr16 55426518 . G GCTCTCTCT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:6,5:3,1 -chr16 57362879 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.033939;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:10,2:16,3 -chr16 57877100 . T TA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,5:2,1 -chr16 59738855 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:16,3:4,1 -chr16 60446188 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 -chr16 60506800 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0052479;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:15,5:16,2 -chr16 60819181 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.022389;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,2:14,4 -chr16 60866253 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,6:6,1 -chr16 63238833 . AAAGG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 -chr16 63342623 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=3.4337e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,7:4,3 -chr16 63831399 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,4:6,3 -chr16 64104330 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 -chr16 64721892 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00016168;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,5:11,5 -chr16 65555993 . G C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1 -chr16 65687577 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.1154e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,18:10,9:3,9 -chr16 68283590 . AAG A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,3:17,1 -chr16 68735645 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:1,1:2,2 -chr16 68811396 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.02882;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,4:3,2 -chr16 69005788 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0027337;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:8,6:2,5 -chr16 70120931 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:0,2:4,2 -chr16 70174691 . G C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.046823;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:16,7:18,3 -chr16 71736551 . ATTATTTAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037055;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,3:6,2 -chr16 72554038 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,3:6,2 -chr16 72822795 . GT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:2,7:2,2 -chr16 73233108 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,10:2,8:4,2 -chr16 73890254 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3 -chr16 74395530 . CT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.022661;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,7:13,6:8,1 -chr16 74838044 . ATATATATG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.014712;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,4:2,4 -chr16 75050776 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00022655;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,13:1,3:5,10 -chr16 75354641 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.7137e-11;SS=2;SSC=107;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:11,25:7,12:4,13 -chr16 76589820 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00037668;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,8:7,1 -chr16 77100673 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.13182;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:15,2:11,1 -chr16 77153592 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.001026;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:13,7:11,3 -chr16 77420002 . T TAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:3,2:8,3 -chr16 78301290 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.6735e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:9,8:11,8 -chr16 79655414 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015417;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:1,3:8,1 -chr16 79995164 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0024526;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,7:2,4:2,3 -chr16 81191374 . A ATT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:1,4:11,4 -chr16 81414860 . A AGTGTGT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 -chr16 81568039 . G GTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,7:3,5:0,2 -chr16 82899775 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.087902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,1:16,3 -chr16 83007824 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,3:6,2 -chr16 83971093 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027339;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:8,2:6,2 -chr16 84697678 . TATATATATATATATATATATATATATATATG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 -chr16 84787898 . T TA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028534;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:9,7:4,1 -chr16 85100004 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:11,7:6,7 -chr16 87187298 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:9,1:6,4 -chr16 88115662 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,3:1,1 -chr16 88314100 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0054356;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,7:5,1 -chr16 88521081 . GATTA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:4,2:0,0 -chr16 88521088 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.10989;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,2:3,2:0,0 -chr16 88677238 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,3:9,5 -chr16 90136987 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 -chr16 90209815 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,1:3,3 -chr17 321603 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,5:15,3:9,2 -chr17 548434 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.032347;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:14,2:10,6 -chr17 643543 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,1:5,3 -chr17 662873 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.013487;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:7,5:3,1 -chr17 942786 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,3:4,1 -chr17 1164351 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,4:2,3 -chr17 1328160 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011294;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,5:7,2 -chr17 1328161 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011088;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,5:8,2 -chr17 1656561 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0092196;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:10,7:13,2 -chr17 2090184 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,2:1,1:2,1 -chr17 2487323 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00056474;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:10,6:12,5 -chr17 3327672 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,4:5,2 -chr17 3645859 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014023;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,7:4,3 -chr17 3756220 . TG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:1,3:5,2 -chr17 4394807 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.13043;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,2:1,1:6,1 -chr17 4570600 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,2:3,3 -chr17 4578810 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.3211e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:9,6:11,9 -chr17 5240636 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 -chr17 5420125 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=6.1831e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:12,10:8,4 -chr17 5552084 . CTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:1,2:2,2 -chr17 6662001 . ATATTT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034418;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:2,3:10,3 -chr17 9106467 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,5:2,2:2,3 -chr17 9195209 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:0,3:9,2 -chr17 10153519 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:4,4:1,2 -chr17 10323784 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:1,1:3,1 -chr17 11366816 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.010971;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,3:14,3 -chr17 11422051 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.7248e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,20:11,12:5,8 -chr17 11762306 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.019518;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:18,3:12,3 -chr17 11845265 . TTG T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,2:6,4 -chr17 14375018 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0031185;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,4:9,3 -chr17 16328600 . ATATATATATAT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,2:0,0:0,2 -chr17 16422760 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0017851;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:9,3:15,4 -chr17 17708429 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,4:7,3:7,1 -chr17 18492068 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0017458;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:2,4:0,2 -chr17 18862802 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016311;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,2:6,4 -chr17 19565577 . CT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr17 20330767 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.039686;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:8,1:21,4 -chr17 20470693 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 -chr17 20815219 . A ATT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,8:3,5:1,3 -chr17 21048746 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00041746;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:1,10:9,5 -chr17 21648749 . A AT 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0028141;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:16,8:15,6 -chr17 21712856 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.04855;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,9:13,1 -chr17 21723268 . C A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.019206;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:23,8:14,3 -chr17 21740034 . A G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=1.3924e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:57,18:25,11:32,7 -chr17 22198061 . AT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:10,8:5,3 -chr17 22217042 . AAACAAG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0204;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,6:5,4 -chr17 22384676 . G T 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.043277;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,14:8,1:47,13 -chr17 22391591 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.024109;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,3:6,1 -chr17 26717800 . C G 0 PASS DP=555;GPV=1;SPV=0.033702;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:261:234,27:109,14:125,13 -chr17 26722452 . G A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.011266;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:73,12:45,8:28,4 -chr17 26763941 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.015084;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,8:21,4:17,4 -chr17 26767603 . A C 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.020548;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:88,18:56,14:32,4 -chr17 26951309 . T C 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.014823;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:98,13:63,11:35,2 -chr17 26955229 . G A 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.042553;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:72,17:28,4:44,13 -chr17 26959916 . T G 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.03106;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:65,8:31,5:34,3 -chr17 26983562 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.073744;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 -chr17 27162354 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1 -chr17 27470016 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046386;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,4:12,1 -chr17 28118620 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=9.4646e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:5,8:9,10 -chr17 28225289 . T TAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.069102;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:13,5:5,1 -chr17 29970637 . G GACACACAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,3:7,2 -chr17 30015759 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025944;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,6:4,1 -chr17 31675970 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018499;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,2:5,3 -chr17 31675974 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0086957;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 -chr17 32248071 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023079;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:3,1:1,4 -chr17 33464540 . C CTCTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:3,1:7,3 -chr17 33634710 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0035698;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,7:2,6:4,1 -chr17 34120743 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015182;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:5,1:0,4 -chr17 35437787 . TGCTTGCA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00068054;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,14:6,9:4,5 -chr17 36185264 . A G 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.0029013;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:82,18:41,8:41,10 -chr17 36238037 . CA C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.047806;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,11:29,7:21,4 -chr17 36887234 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:6,6:12,6 -chr17 36912504 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,2:7,2 -chr17 37022153 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,6:7,2:8,4 -chr17 37766921 . TCACACACACACACA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:3,7:1,2 -chr17 37766937 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 -chr17 38258518 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.024863;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,8:11,2 -chr17 38832576 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,4:4,5 -chr17 40275261 . AC A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0045549;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,4:6,2 -chr17 40837042 . GT G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,7:1,5:1,2 -chr17 43569855 . T TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:0,2:7,2 -chr17 45609919 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.04235;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:10,3:18,6 -chr17 45625576 . T TC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4 -chr17 46495135 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.04252;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:7,1:17,7 -chr17 46844305 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:1,3:0,2 -chr17 49173863 . TGAGCTTTATG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011868;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:5,5:2,6 -chr17 49232226 . G GA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,3:0,1 -chr17 50030081 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,4:3,1 -chr17 50083723 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,2:4,4 -chr17 50360571 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.016023;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,10:9,9:4,1 -chr17 50524739 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.12928;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 -chr17 51080260 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00020919;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,2:4,6 -chr17 52816391 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020833;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:7,6:8,2 -chr17 53327791 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,1:5,4 -chr17 54246168 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0062691;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:3,5:10,5 -chr17 54246177 . T TGTG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0033479;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:3,4:8,6 -chr17 54401303 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0010255;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,4:10,6 -chr17 54576215 . T TTGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:5,2:8,3 -chr17 54576700 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0035488;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:7,6:7,6 -chr17 54891017 . A AACACACACACACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,10:3,6:0,4 -chr17 58026563 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.4524e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:4,7:7,8 -chr17 58710500 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.049766;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,4:4,1 -chr17 59250613 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.019548;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,7:5,4:5,3 -chr17 60019439 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.013871;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:14,2:20,3 -chr17 60244029 . G GT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:2,1:3,1 -chr17 61535757 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:1,8:2,1 -chr17 61577447 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,2:4,5 -chr17 62039586 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:6,6:1,1 -chr17 62342287 . GT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:7,5:4,1 -chr17 65341016 . A AAAAAACAAAAAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031815;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:12,5:4,2 -chr17 66407338 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00088893;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:7,6:12,6 -chr17 67329141 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 -chr17 68379421 . A ATT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr17 68499368 . A AAG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,9:0,7:2,2 -chr17 71468127 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0067708;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:14,5:9,2 -chr17 71608301 . C CTATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,1:2,3 -chr17 77048303 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0014835;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:4,2:10,6 -chr17 77647415 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020538;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3 -chr17 79463487 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.042892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,3:3,1:1,2 -chr17 79463493 . G GCCACCT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:4,1:1,1 -chr17 80416714 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,2:0,1:7,1 -chr17 82122432 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.030827;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:12,4:15,4 -chr17 82212393 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036419;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:6,3:6,2 -chr18 113178 . A AAAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:4,5:1,1 -chr18 178004 . G GTGTT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00071601;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:7,9:7,5 -chr18 700916 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,5:4,1 -chr18 889514 . CAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0023953;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:7,5:3,4 -chr18 915781 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0072464;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,4:2,3 -chr18 2384404 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:0,5:7,8 -chr18 2621263 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.027438;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,4:4,1 -chr18 2621264 . A AG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023764;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,4:4,1 -chr18 3343041 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16126;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,5:9,4:4,1 -chr18 3923133 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:6,7:2,1 -chr18 4066348 . A AAAAT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0001352;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:5,4:8,5 -chr18 4548393 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,3:2,2 -chr18 4781352 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0019836;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,11:6,9:3,2 -chr18 5324617 . A ACAACAT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.006391;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2 -chr18 5949713 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.02027;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,3:9,4 -chr18 6446370 . GAC G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021903;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,5:4,1 -chr18 7236433 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0036999;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,6:1,1 -chr18 8725790 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,5:0,1:0,4 -chr18 8838752 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.8089e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,20:7,8:8,12 -chr18 9480414 . A AT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4 -chr18 10604917 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 -chr18 10757193 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:4,8:2,2 -chr18 11646123 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:21,3:10,4 -chr18 11646124 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:21,3:12,3 -chr18 11813263 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,2:5,3 -chr18 12214347 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.022419;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,1:9,7 -chr18 13591434 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.041596;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:13,1:15,3 -chr18 13904655 . A AACAGGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.023962;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:11,3:6,4 -chr18 13904663 . C CCAAAACAGTAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.019247;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:11,4:8,5 -chr18 14547291 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.038345;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:10,2:18,4 -chr18 15174876 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.057873;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:14,2:26,3 -chr18 15371534 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.1439e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,5:13,7 -chr18 15406854 . C A 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.023607;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:72,11:50,6:22,5 -chr18 15406877 . T C 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.03962;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:93,11:67,5:26,6 -chr18 15410625 . C T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0062788;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:43,15:8,3:35,12 -chr18 15467492 . C T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0066392;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:21,2:35,9 -chr18 15482975 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.043831;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,6:7,2:26,4 -chr18 15492794 . T G 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.049961;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:64,11:57,9:7,2 -chr18 15492959 . C G 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:123,18:68,8:55,10 -chr18 15513931 . A T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr18 15534382 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0053311;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:2,4:19,2 -chr18 15551751 . T C 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.0022736;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:95,23:59,13:36,10 -chr18 15551816 . C T 0 PASS DP=378;GPV=1;SPV=0.049575;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:155,25:58,21:97,4 -chr18 15585070 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011783;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:1,3:8,2 -chr18 15625476 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.045508;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:0,0:19,4 -chr18 15654737 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.04252;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:8,7:16,1 -chr18 15776941 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.035565;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:21,9:22,4 -chr18 15872075 . T G 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.018432;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:50,10:10,1:40,9 -chr18 15968013 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr18 16465131 . C A 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.026665;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:48,9:39,7:9,2 -chr18 16524963 . C G 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.040632;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:18,7:25,5 -chr18 16645020 . C T 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.022836;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:71,14:32,9:39,5 -chr18 17355884 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 -chr18 18949466 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.060779;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:23,3:12,1 -chr18 19117525 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.032677;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:11,8:19,1 -chr18 19257442 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0019155;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 -chr18 19288468 . T A 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.040476;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:84,16:48,7:36,9 -chr18 19397234 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.043004;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:3,2:31,5 -chr18 20810329 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.035721;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 -chr18 21030198 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.199e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:10,7:5,8 -chr18 21613854 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:5,5:5,2 -chr18 21983286 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:4,3:7,5 -chr18 22232356 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.054545;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:20,2:14,2 -chr18 22243972 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:5,4:13,8 -chr18 23616122 . CCGTA C 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.022833;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:23,7:20,4 -chr18 24748641 . TTTCC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:0,1:6,5 -chr18 26007125 . A ATTTTGCTTATACTTCTCAGT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.026903;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,5:9,2 -chr18 26256819 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:2,13:0,5:2,8 -chr18 26365002 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0060573;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,6:1,1 -chr18 27155104 . AAAG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0029007;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,3:6,3 -chr18 27219843 . CATATATAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:1,1:3,1 -chr18 27860667 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0045249;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,6:1,3:2,3 -chr18 28271054 . G GTTATTGTATTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017056;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:3,2:7,5 -chr18 28271056 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.018018;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:3,1:6,6 -chr18 29512143 . ATATT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.024638;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,5:10,4 -chr18 29512159 . T TATTA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.021619;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,5:11,3 -chr18 29910419 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=6.1797e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,9:9,3 -chr18 30478041 . AGTG A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.019244;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,3:5,3 -chr18 30854728 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0029895;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:10,5:7,2 -chr18 31290492 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.011302;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,6:10,3 -chr18 32153722 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:6,4:0,0 -chr18 32904389 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.017995;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:7,1:16,4 -chr18 33306606 . T TTA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.010488;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:11,4:6,8 -chr18 33926231 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=5.0681e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:6,3:5,9 -chr18 36132817 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.041011;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,2:7,2 -chr18 36264616 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00064637;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,5:8,5 -chr18 36270711 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,4:2,1 -chr18 37709472 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,1:4,3 -chr18 39135912 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.6575e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:11,10:10,3 -chr18 39324724 . C CAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0069323;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,8:2,4:2,4 -chr18 39379704 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.046464;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,1:9,3 -chr18 40557893 . CTTT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:3,1:1,1 -chr18 40844667 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.079534;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:28,2:10,3 -chr18 41863748 . T TGA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,6:1,5:0,1 -chr18 43949741 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00028843;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,4:7,6 -chr18 43970339 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,2:6,2 -chr18 44214083 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0074932;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,7:9,5:3,2 -chr18 45422642 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00057266;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,2:5,4 -chr18 47076820 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,2:11,2 -chr18 47419530 . T TA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0005667;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:4,5:6,4 -chr18 48510744 . C CAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 -chr18 49292592 . GAAAAAAAAAAAAAA G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr18 49463562 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 -chr18 49508668 . C CAAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:10,4:0,0 -chr18 49592974 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,1:3,5 -chr18 50180234 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00042047;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:10,4:10,4 -chr18 50361668 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011795;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,1:7,6 -chr18 50531157 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00012397;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:5,3:9,7 -chr18 50552615 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00029607;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,3:9,8 -chr18 51296831 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0016775;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:15,5:6,3 -chr18 52012995 . A ATGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011037;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:3,4:2,2 -chr18 52753534 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0011694;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,4:14,6 -chr18 53699817 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 -chr18 57035014 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.8903e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:5,3:11,7 -chr18 57549425 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.021315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:15,6:7,3 -chr18 58920735 . CGTGT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,4:2,2 -chr18 59390178 . A ATATATTATATTATAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:5,2:1,2 -chr18 59882953 . C CATTTATTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,8:3,4:10,4 -chr18 62581837 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,3:4,1 -chr18 62924678 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr18 63839578 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,7:4,2:7,5 -chr18 64680435 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,3:2,2:2,1 -chr18 64709340 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10773;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,3:13,2 -chr18 65283293 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,5:1,1:6,4 -chr18 65573943 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,3:9,1 -chr18 67365587 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,5:6,4:2,1 -chr18 67990258 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.009946;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,3:10,4 -chr18 68096305 . T TTTTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00026221;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,12:3,4:4,8 -chr18 69606759 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,2:4,1:1,1 -chr18 70391030 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,1:3,3 -chr18 71415223 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0060362;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,5:5,2 -chr18 71568521 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031008;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,3:8,2 -chr18 72700416 . C CTCTATATA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:2,2:4,2 -chr18 73201687 . T TC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0037594;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:3,4:0,4 -chr18 73206219 . G GACACATGC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0030514;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,8:5,1 -chr18 74195852 . ATATATATATGTG A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,2:0,0:3,2 -chr18 74514554 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,4:3,1 -chr18 76312063 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.4018e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,6:11,4 -chr18 76377715 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2 -chr18 77234747 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00020046;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:14,8:9,2 -chr18 78513550 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0050014;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:10,1:19,5 -chr18 78695069 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,3:4,1:1,2 -chr18 79341508 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 -chr18 79820402 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=5.1966e-11;SS=2;SSC=102;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:5,18:3,11:2,7 -chr19 161053 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,3:3,1 -chr19 376227 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.1572e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,19:5,11:6,8 -chr19 513703 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chr19 844020 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.001393;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:10,8:7,7 -chr19 1164423 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:1,1:4,1 -chr19 1164524 . CAGG C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:1,2:2,3 -chr19 3475636 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 -chr19 3651055 . G GTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.013514;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:12,5:3,2 -chr19 3674167 . A ACT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0063654;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:14,5:10,3 -chr19 4753332 . G GA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:5,4:0,1 -chr19 5265174 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=8.8195e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:5,2:7,9 -chr19 5357533 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.4214e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:4,7:7,5 -chr19 5518389 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:11,4:10,2:1,2 -chr19 7458296 . T TA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,3:11,1 -chr19 8440982 . GTTTTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,3:2,1 -chr19 8720253 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,3:1,1:5,2 -chr19 8977752 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0041454;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,1:11,5 -chr19 9014031 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=1.4124e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:4,7:5,3 -chr19 10075340 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.012138;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:4,2:5,2 -chr19 10589212 . AT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00011933;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,6:7,5 -chr19 12278316 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00029659;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,4:6,5 -chr19 13416277 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0081556;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,6:7,3 -chr19 13443338 . ATTTTAT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0042025;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,9:8,3 -chr19 13747881 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.9635e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:15,6:14,8 -chr19 14730455 . CCTCT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.03094;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:5,3:12,3 -chr19 15038635 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037847;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,1:9,3 -chr19 16450477 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,3:2,2 -chr19 16472433 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.018925;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,2:9,2 -chr19 19398485 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0015417;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:1,2:7,4 -chr19 21307163 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.014432;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,6:13,5:6,1 -chr19 21611259 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,1:5,7 -chr19 22445435 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.454e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:8,8:9,10 -chr19 22448089 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037062;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:23,3:5,3 -chr19 22698657 . CTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,5:4,2 -chr19 23964406 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015726;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:4,3:10,1 -chr19 24389137 . C A 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0064764;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:52,6:23,4:29,2 -chr19 24437013 . A T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.020145;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:44,10:31,4:13,6 -chr19 27958087 . T TGATA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:15,4:6,2 -chr19 29095436 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,3:0,1:6,2 -chr19 29494823 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0 -chr19 29901399 . A T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr19 31009586 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=4.7869e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:10,7:10,7 -chr19 32128553 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3 -chr19 32318146 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0017334;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:6,5:3,9 -chr19 32318147 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00097094;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:4,5:3,7 -chr19 32351419 . C CTG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.011696;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,3:0,1 -chr19 32940266 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018485;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:0,3:10,8 -chr19 33023784 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:4,3:1,1 -chr19 34101461 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,1:6,3 -chr19 36190991 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,5:4,1 -chr19 36268999 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chr19 36301999 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,3:6,3:0,0 -chr19 37268114 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0036749;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:8,3:11,8 -chr19 37290068 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.074163;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:0,0:27,4 -chr19 37493362 . TA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0022813;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:6,5:12,4 -chr19 38258689 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3 -chr19 38450773 . C CAATAAATAAATA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0088972;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2 -chr19 40158875 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00069047;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,4:7,3 -chr19 40773433 . CA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 -chr19 41457272 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0066591;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,3:4,6 -chr19 45594061 . AAAAT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:3,2:6,2 -chr19 46047138 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=1.9406e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:3,5:6,4 -chr19 46877250 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,2:1,1:4,1 -chr19 47338275 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,2:7,2 -chr19 47922878 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr19 48582961 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,1:6,5 -chr19 49182090 . ATCTG A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 -chr19 50074720 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:16,1:8,7 -chr19 50099771 . G A 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.038131;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:91,13:40,5:51,8 -chr19 50528408 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.115;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:16,3:18,2 -chr19 50907404 . CTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,2:3,3 -chr19 51425068 . CA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,6:1,4:1,2 -chr19 51782180 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.032881;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:7,2:10,4 -chr19 52761920 . G GAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:6,4:0,0 -chr19 52954040 . C CAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:4,9:3,1 -chr19 53286939 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0059828;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,4:5,1 -chr19 53366094 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00012488;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:2,7:10,3 -chr19 53674343 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0010146;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:11,7:15,5 -chr19 53946591 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:2,1:5,1 -chr19 54246406 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:3,1:4,1 -chr19 54986556 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02545;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,7:9,5:3,2 -chr19 55409461 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:0,2:0,0:0,2 -chr19 55983465 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:2,1:2,1 -chr19 56962067 . CACAGACACACAG C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0016986;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:7,8:3,3 -chr2 389235 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15966;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:9,2:8,1 -chr2 442407 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,2:5,2 -chr2 442420 . C CGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,6:6,2:8,4 -chr2 570393 . G GAAGAAGA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0038106;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,12:8,9:3,3 -chr2 582563 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0032805;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:8,15:6,4 -chr2 582950 . A AGGC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:14,1:9,4 -chr2 582951 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084231;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:15,2:11,6 -chr2 1072531 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0011582;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,4:9,4 -chr2 1139826 . CAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:6,6:2,1 -chr2 1244695 . CAAAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,8:7,7:4,1 -chr2 1255895 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 -chr2 1272706 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 -chr2 3269281 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0040496;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:0,3:7,6 -chr2 3530806 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 -chr2 3590439 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0249;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:2,2:14,2 -chr2 4318394 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.1953e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:16,7:11,7 -chr2 5198986 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.1463;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:19,5:12,1 -chr2 5895511 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.057534;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:13,3:21,1 -chr2 6063499 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0022018;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:16,7:11,2 -chr2 6078180 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010614;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:18,5:9,3 -chr2 6253208 . A ATATATACACG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,3:6,3 -chr2 6270012 . CAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:8,4:5,11 -chr2 9113395 . C CAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.069135;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:11,2:16,2 -chr2 9254236 . AAT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017292;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,4:7,3 -chr2 9828022 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:0,1:14,3 -chr2 10607750 . T TTTATTATTATTATTATTATTATTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.061437;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:8,5:12,4 -chr2 11142713 . A ATT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,7:0,5:2,2 -chr2 11334510 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.014047;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:14,10:4,3 -chr2 11607637 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12591;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,3:15,1 -chr2 11814512 . A ATG 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0079023;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,12:20,10:10,2 -chr2 11902372 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0031331;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3 -chr2 12814596 . A AAAAAAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,9:0,4:3,5 -chr2 13826601 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.083915;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,3:14,1 -chr2 14070832 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.012658;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:20,5:13,5 -chr2 14253010 . CTGTGTGTGTGTGTGTGTG C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0040496;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:3,3:4,6 -chr2 14516681 . TAAAAAAA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018839;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 -chr2 14686910 . GAC G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.001935;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,11:2,8:2,3 -chr2 15857076 . C CAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034476;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,12:13,8:7,4 -chr2 16039566 . T TTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.012821;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,5:0,1:3,4 -chr2 16884742 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,1:10,3 -chr2 17018732 . C CAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,11:7,8:5,3 -chr2 17138814 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.029832;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:11,8:4,4:7,4 -chr2 17778199 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.003803;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:5,7:7,5 -chr2 18289119 . A AAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,7:7,6:2,1 -chr2 18970585 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0068026;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:4,14:2,9:2,5 -chr2 19548692 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.057027;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:14,5:12,1 -chr2 20374483 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.077118;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,13:10,10:11,3 -chr2 20710610 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03942;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,7:8,1 -chr2 20971929 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,4:16,3:5,1 -chr2 21437292 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0021615;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:16,6:18,3 -chr2 22532172 . T TTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,6:3,3:5,3 -chr2 22743862 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:6,4:3,3 -chr2 24155524 . TATATATA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:0,0:2,2 -chr2 24443841 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=8.275e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,20:5,11:4,9 -chr2 24939079 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2 -chr2 25496842 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0039984;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:6,6:5,4 -chr2 25672203 . CAAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,7:2,6:5,1 -chr2 26654811 . TGA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,1:12,4 -chr2 26906186 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.073366;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:11,5:8,3 -chr2 28076473 . T TTTAG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,14:13,8:11,6 -chr2 28258615 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,1:4,3 -chr2 28373407 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,3:4,5 -chr2 28541184 . AT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.12341;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,3:17,1 -chr2 29085657 . TAAA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:2,3:9,2 -chr2 30319656 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0010154;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:4,5:7,9 -chr2 31725693 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00027662;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:15,10:17,3 -chr2 31803289 . TAA T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0034858;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:15,16:6,3 -chr2 32555914 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.02531;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,11:13,9:3,2 -chr2 34028109 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.033799;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:26,5:18,1 -chr2 34109266 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,2:6,2 -chr2 34741971 . T TA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.025434;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:13,3:15,4 -chr2 34741975 . A AT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.026092;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,7:10,3:11,4 -chr2 35499194 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0077613;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:24,5:12,2 -chr2 36342606 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0030514;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:4,5:7,5 -chr2 36546763 . ATTT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,11:1,9:6,2 -chr2 36609232 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0098951;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:3,11:4,4 -chr2 37309848 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,2:5,1:1,1 -chr2 37396940 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011309;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:10,5:10,1 -chr2 39226477 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.25968;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,3:12,1 -chr2 39686963 . ATGTGTGTGTG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0096894;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,6:2,5:5,1 -chr2 39721985 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:8,8:2,1 -chr2 39773575 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,5:11,3:6,2 -chr2 40252939 . G GTACATA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011671;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:3,5:10,1 -chr2 40997315 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.069027;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,5:14,3:17,2 -chr2 41045911 . C CGAATGAATGAAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.063369;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:11,2:20,3 -chr2 41171427 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:14,6:8,5:6,1 -chr2 42009802 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00059684;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:19,7:12,3 -chr2 44063689 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.15826;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:11,3:6,2:5,1 -chr2 44301738 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,6:10,5:1,1 -chr2 44310681 . AGTT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0005858;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:1,5:7,6 -chr2 44315653 . C CAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:1,4:1,2 -chr2 44437838 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 -chr2 45310277 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 -chr2 46340130 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00011639;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:9,4:8,7 -chr2 46427374 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr2 48089443 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:4,3:5,1 -chr2 48878004 . A ATTCTTTCTTTCT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.037594;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,4:7,2:11,2 -chr2 49309311 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=5.6253e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,8:4,4 -chr2 49753142 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0020146;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:12,3:5,5 -chr2 50596863 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:0,3:4,1 -chr2 50601071 . C CA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00034047;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:14,5:5,4 -chr2 51458304 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0050687;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,4:10,5 -chr2 51924536 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=4.0043e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:9,9:5,10 -chr2 53870320 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0027568;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,3:6,6 -chr2 54682411 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.027634;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:0,2:2,2 -chr2 56864191 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.4255e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:13,12:4,2 -chr2 57006910 . TATATATATATATATATAAACCTGTTATATATATAAAAC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:4,4:8,4 -chr2 57063466 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=5.7929e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:5,5:6,9 -chr2 57547942 . A AAAAG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032107;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:6,4:0,1 -chr2 57732451 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,1:9,3 -chr2 59848883 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 -chr2 61007769 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0027397;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,10:4,9:5,1 -chr2 63615727 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0017612;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,5:5,4 -chr2 64550677 . GCACACACACACACACA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:8,5:1,2 -chr2 65552580 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,4:1,3:1,1 -chr2 66410622 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,2:9,2 -chr2 66575383 . CTCTG C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01121;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1 -chr2 67473955 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:3,3:2,3 -chr2 67773641 . C A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:4,1:0,4 -chr2 68802407 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,8:4,7:1,1 -chr2 70361237 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,5:3,2 -chr2 71094258 . ATT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:5,4:1,3 -chr2 71540059 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00063642;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,5:7,4 -chr2 72881088 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0062317;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,6:4,2 -chr2 77526486 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0013098;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,9:3,8:0,1 -chr2 78176814 . G GA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00049333;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:4,6:11,4 -chr2 78289265 . ATTTTATTATTATTATTATTTT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:5,3:13,4 -chr2 78400872 . CAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.054945;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,8:1,7:2,1 -chr2 79072702 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=4.6927e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:7,9:5,4 -chr2 79411292 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0024076;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:8,4:13,3 -chr2 79589914 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0014731;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,6:6,1 -chr2 80813512 . G GT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.9105e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:13,13:6,5 -chr2 80953114 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=6.2645e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,4:7,6 -chr2 81926246 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=8.4415e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,7:5,2 -chr2 83190122 . G GTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0033;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,5:5,4 -chr2 83341502 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:5,6:1,4 -chr2 84334411 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0041541;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:12,5:3,3 -chr2 85000311 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00034177;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,19:4,11:11,8 -chr2 85041762 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017168;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,3:2,1 -chr2 85408338 . T TCACACACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0044859;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,2:5,5 -chr2 85686432 . CA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023721;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:10,2:14,3 -chr2 87430689 . AAGCC A 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.038661;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:56,14:29,10:27,4 -chr2 87563860 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,3:7,2 -chr2 87599153 . CGTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:1,3:8,3 -chr2 88044863 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,8:1,3:3,5 -chr2 88463363 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr2 89094821 . CA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:4,3:0,1 -chr2 89532659 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,3:2,4 -chr2 89540417 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 -chr2 89667558 . T A 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.016207;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,11:21,7:29,4 -chr2 89775125 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.13783;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,2:18,3 -chr2 90321280 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.013504;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:18,1:12,4 -chr2 90336867 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 -chr2 90372920 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0096525;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:12,9:15,5 -chr2 91442904 . ATTTTTCCCGCCGCGGC A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.01202;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:3,2:12,4 -chr2 91504286 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.003665;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:11,1:5,5 -chr2 91521743 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.093588;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,3:10,1 -chr2 91527918 . G GC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.040114;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:10,3:10,3 -chr2 91638781 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.020164;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:3,2:35,10 -chr2 91884370 . A C 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.015979;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:47,13:25,10:22,3 -chr2 91892630 . T C 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.027012;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:93,20:40,10:53,10 -chr2 91964214 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.044775;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,5:8,2 -chr2 92057665 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.013788;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:26,5:21,3 -chr2 92097267 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,1:14,3 -chr2 92198924 . G C 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.0079465;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:58,13:47,10:11,3 -chr2 92294266 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:3,2:27,3 -chr2 92353052 . G T 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0084739;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:67,17:56,11:11,6 -chr2 92353193 . T A 0 PASS DP=325;GPV=1;SPV=0.015908;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:111,25:40,8:71,17 -chr2 92353271 . A G 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.014112;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:83,17:25,6:58,11 -chr2 92402812 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044429;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:16,3:7,1 -chr2 92480710 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.05493;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:5,3:31,1 -chr2 92624123 . T A 0 PASS DP=512;GPV=1;SPV=0.015203;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:224:201,23:113,19:88,4 -chr2 92629390 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15115;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:0,0:29,4 -chr2 92637488 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.03743;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:21,3:15,1 -chr2 92673300 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042336;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:14,4:8,1 -chr2 92686008 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0218;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:13,7:19,2 -chr2 92830576 . G T 0 PASS DP=274;GPV=1;SPV=0.030827;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:107,24:89,20:18,4 -chr2 92864893 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 -chr2 92912300 . C G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.044421;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:45,7:36,6:9,1 -chr2 93006447 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,1:16,3 -chr2 93009734 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.042059;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,6:3,1 -chr2 93026707 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 -chr2 93138864 . T A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.035811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:13,1:38,5 -chr2 93312713 . C A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.012965;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:34,12:3,2 -chr2 93395646 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr2 93473993 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.046916;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:0,0:28,4 -chr2 93510620 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.041814;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:36,3:19,12 -chr2 93678439 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.045658;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:24,8:14,2 -chr2 93700638 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0023241;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:12,7:4,3 -chr2 93996189 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030897;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 -chr2 94143190 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.012732;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,2:9,5 -chr2 94271787 . T G 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.00074329;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:68,22:39,17:29,5 -chr2 94743299 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.4739e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:4,2:7,8 -chr2 97250532 . AG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:3,1:9,3 -chr2 97260377 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,1:6,4 -chr2 100552186 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.001548;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:3,10:0,4:3,6 -chr2 101530358 . CATATATACCCATACATATATACACATACAT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 -chr2 102563794 . TGA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0023462;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:2,4:5,5 -chr2 103963608 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 -chr2 104278393 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.9498e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:11,7:8,8 -chr2 105562853 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:5,5:1,2 -chr2 106422542 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0092954;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,5:8,2 -chr2 106467439 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.02609;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,1:6,3 -chr2 107447361 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:1,1:0,1 -chr2 107852252 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,2:2,1:1,1 -chr2 108275816 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.012719;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,3:3,3 -chr2 108508724 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.042059;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,4:4,3 -chr2 110361374 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046858;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:8,4:16,2 -chr2 110623400 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.027025;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:15,3:14,8 -chr2 111180004 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1 -chr2 111613863 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2 -chr2 112184685 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:4,3:12,1 -chr2 114364103 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00048241;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:9,7:7,6 -chr2 114396545 . TTTC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:4,1:6,3 -chr2 115391550 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.065377;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:10,3:16,2 -chr2 115698085 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=6.1268e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:10,6:8,8 -chr2 116917336 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0081305;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2 -chr2 118188323 . G GCACACACA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,7:5,4:0,3 -chr2 118302808 . ATATATG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,3:13,1 -chr2 118964887 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.04394;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:4,4:4,1 -chr2 119557958 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:5,7:0,2 -chr2 121122457 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.010459;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:10,5:9,2 -chr2 121706815 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1 -chr2 122421266 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00019952;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:10,5:9,7 -chr2 122432981 . G GTGTGTGTGTGTC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,8:9,5:7,3 -chr2 126407992 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,8:7,7:1,1 -chr2 126677527 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0094148;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,7:2,3 -chr2 127829056 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.7627e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:13,8:6,8 -chr2 128268025 . G GT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.047789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:8,2:18,4 -chr2 128511430 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.9236e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:6,6:6,12 -chr2 130590444 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 -chr2 130627652 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,3:11,1 -chr2 130896509 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.3518e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:9,8:2,6 -chr2 131174999 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,3:14,1 -chr2 131776392 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.072031;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,3:21,1 -chr2 131895749 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0040793;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:0,6:0,4:0,2 -chr2 132048949 . GTTTCTTTCTTTCTTTC G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 -chr2 132100118 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.03112;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:11,3:16,2 -chr2 132221353 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.15556;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:7,1:5,2 -chr2 132363166 . G A 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.0023838;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:81,15:32,7:49,8 -chr2 132925561 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0083426;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,7:1,1 -chr2 133139482 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.06044;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,3:14,1 -chr2 133461101 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=3.4067e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:5,4:4,10 -chr2 134381383 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2 -chr2 135496384 . TA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 -chr2 136689368 . AAT A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1019;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:21,3:9,1 -chr2 137566490 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.7548e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,17:8,10:5,7 -chr2 138807016 . T TATTATTGA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=9.3853e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,11:6,2 -chr2 139150839 . G GGAGA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:10,4:0,0 -chr2 139366710 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,5:6,4 -chr2 140228126 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0075865;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,2:5,3 -chr2 140228127 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.047794;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,3:5,2:5,1 -chr2 140303012 . C CAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:5,6:0,2 -chr2 142411798 . ATATATG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3 -chr2 143166001 . A AGAAAGAAAGAAGGAAG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:3,3:4,1 -chr2 143270022 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.5037e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:11,5:8,7 -chr2 143421802 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,4:3,2:6,2 -chr2 143430177 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0006993;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,8:0,3:1,5 -chr2 143861440 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.079204;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:16,3:11,3 -chr2 144522848 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0037466;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:13,3:4,2 -chr2 148308484 . GTTCT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.056741;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:6,5:6,2 -chr2 148345476 . T TAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023109;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:4,3:3,1 -chr2 148816631 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.025076;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:13,2:7,3 -chr2 149328067 . CAAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 -chr2 150278593 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,2:0,1:1,1 -chr2 151113079 . CA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,2:12,2 -chr2 151498891 . T TAAAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:7,7:12,6 -chr2 152146271 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 -chr2 153357566 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.5438e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:10,10:5,5 -chr2 155917648 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0030549;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:16,5:10,6 -chr2 156917624 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.077483;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,3:14,2 -chr2 157442473 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:24:0,2:0,1:0,1 -chr2 157500730 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,5:5,4:6,1 -chr2 160349553 . A AAG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,5:3,1 -chr2 161109807 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,2:20,2 -chr2 163323047 . GT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0023627;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:5,7:7,2 -chr2 163518074 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:1,3:1,1:0,2 -chr2 163994673 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,2:1,3 -chr2 165735010 . C G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0019452;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 -chr2 165788466 . GGTGT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024328;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,4:4,2 -chr2 166287394 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0061831;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:10,3:5,8 -chr2 167492810 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00076774;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,5:11,4 -chr2 167899291 . C CAAAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023173;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:10,3:1,1 -chr2 168004732 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0038917;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,8:3,1 -chr2 169099120 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=3.3787e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:6,9:9,4 -chr2 169826106 . C CAAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14559;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,4:6,1 -chr2 171477453 . A ATT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0040779;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,10:8,8:14,2 -chr2 174807446 . CTGTGTGTG C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.049486;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,3:5,2 -chr2 179521353 . G GTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:3,4:3,2 -chr2 180451237 . AT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.9986e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,5:7,5 -chr2 181490456 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:0,2:0,0:0,2 -chr2 183029460 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:14,2:6,2 -chr2 183454423 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=6.0898e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:8,7:10,7 -chr2 184798006 . A ATG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,6:6,4:6,2 -chr2 185010375 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011595;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,2:12,3 -chr2 185865358 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.052629;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,4:13,1 -chr2 185865552 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0063654;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:10,5:14,3 -chr2 188055136 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.031681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,9:4,2 -chr2 188093579 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.1777e-10;SS=2;SSC=94;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,20:3,6:4,14 -chr2 188333244 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0065287;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,5:9,2 -chr2 188353549 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00081536;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,4:8,3 -chr2 190040492 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0060836;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:10,1:15,6 -chr2 191383494 . G GTATATA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 -chr2 191517028 . G C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054114;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:6,5:14,3 -chr2 192882338 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.8646e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:13,8:8,5 -chr2 194369635 . C CTATATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.00029138;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:0,7:0,6:0,1 -chr2 196622718 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.7298e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:8,9:9,5 -chr2 197440209 . A ATGTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0036697;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,5:3,3 -chr2 199788419 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.6711e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,6:7,5 -chr2 201805450 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,4:6,4:0,0 -chr2 201947222 . G GTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012719;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:8,5:1,2 -chr2 201959350 . C CCACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,6:5,4 -chr2 201962210 . CAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:3,4:0,0 -chr2 204986101 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0014993;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:6,7:1,1 -chr2 205842354 . CTCTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.003612;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:0,1:3,4 -chr2 205912237 . A AGATGGATG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=9.294e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:1,2:5,8 -chr2 208772093 . C CTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.002331;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:0,7:0,5:0,2 -chr2 213276117 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.2748e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,20:5,10:4,10 -chr2 213643067 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:0,1:2,1 -chr2 213852516 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0016986;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,6:6,2 -chr2 213876321 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,3:1,1:5,2 -chr2 215677637 . AC A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.083916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:2,3:3,2 -chr2 216577470 . TTC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01828;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,5:5,3 -chr2 219934644 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,1:6,3 -chr2 220020588 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,2:9,2 -chr2 220861515 . GCACA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,8:8,6:1,2 -chr2 223931690 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.044913;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:12,2:2,4 -chr2 224137290 . ATGCC A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0050177;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,3:6,5 -chr2 225181939 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr2 226214446 . C CTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,12:5,8:4,4 -chr2 227073870 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.6376e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:8,8:8,9 -chr2 227728521 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.002854;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,4:8,3 -chr2 228955072 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0038981;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,2:5,5 -chr2 229125972 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077856;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2 -chr2 229904416 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:7,1:1,3 -chr2 231829139 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 -chr2 231838616 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,1:0,1 -chr2 231842471 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.03845;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:1,0:18,4 -chr2 232438095 . T TA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00077529;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:9,6:10,9 -chr2 232836391 . T TATAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:3,4:0,1 -chr2 233562326 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046858;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:14,5:10,1 -chr2 233597605 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00021015;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:9,5:17,8 -chr2 234183880 . AAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:6,4:0,2 -chr2 235032595 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.0078e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,18:7,6:9,12 -chr2 235878221 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0022131;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:13,2:9,4 -chr2 236120317 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.5438e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:6,6:8,6 -chr2 237771302 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:7,7:4,1 -chr2 238110240 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.033846;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:9,2:12,3 -chr2 238745493 . GCAGTGAGGAACC G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=2.0845e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,5:6,4 -chr2 239121000 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0021594;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:5,9:3,2 -chr2 239865914 . CACACAGAT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,4:7,1:13,3 -chr2 241993180 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00011443;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,11:3,8:3,3 -chr2 241993185 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00020869;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,8:4,3 -chr2 242088472 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.059274;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 -chr2 242183069 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr20 1504776 . C CGTGTGTGT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.025784;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:11,5:7,2 -chr20 5026045 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,6:3,2 -chr20 6109902 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,10:3,8:3,2 -chr20 7194105 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.0613e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:8,8:6,5 -chr20 7273506 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0010258;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,6:9,4 -chr20 7647654 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0011821;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:17,5:8,6 -chr20 7773988 . AT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025088;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:13,4:6,2 -chr20 7909383 . A ATG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:7,4:1,1 -chr20 8744616 . T TAAATA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:5,1:2,5 -chr20 9824389 . TA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0015015;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,4:9,4 -chr20 10028303 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,4:10,2:7,2 -chr20 11374566 . TTA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.042738;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,2:4,3 -chr20 11769171 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,6:3,3:0,3 -chr20 13305200 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,2:6,1:0,1 -chr20 14095330 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=8.3837e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:7,11:9,3 -chr20 14130552 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0002515;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,7:8,3 -chr20 14176992 . A AG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01551;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr20 14222821 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0021008;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,4:1,4:0,0 -chr20 17161170 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,7:7,2 -chr20 19024244 . A AAAAG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:2,3:3,1 -chr20 19920825 . AC A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=8.5276e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2 -chr20 19923129 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.4821e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:16,10:7,6 -chr20 19958531 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0001635;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,3:7,6 -chr20 21166148 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0057786;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:2,6:9,5 -chr20 21721607 . CATAT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,4:1,1 -chr20 22082360 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045025;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:2,3:12,2 -chr20 22743815 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.032371;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:12,4:4,2 -chr20 23277049 . G GCACACACACA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.004671;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,4:5,5 -chr20 23864601 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0311;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:16,3:9,2 -chr20 24432255 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3 -chr20 25427869 . A AT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,4:5,5 -chr20 26450344 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,3:1,1 -chr20 26483655 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0066919;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:9,4:10,8 -chr20 26489609 . A T 0 PASS DP=292;GPV=1;SPV=0.042754;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:112,23:93,21:19,2 -chr20 26523728 . G A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.040347;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:65,9:0,1:65,8 -chr20 26523764 . A T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.028719;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:0,2:50,5 -chr20 26523770 . AC A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.018897;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:52,6:1,1:51,5 -chr20 27161450 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.056596;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:8,1:20,3 -chr20 28178113 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr20 28613576 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.029814;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:23,4:27,3 -chr20 28624728 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.032947;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:18,4:25,1 -chr20 28804568 . A G 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.022182;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:65,15:43,13:22,2 -chr20 28808514 . T C 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.029038;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:80,11:33,7:47,4 -chr20 28819540 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 -chr20 28823977 . A G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.035515;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:52,15:27,10:25,5 -chr20 28868737 . T G 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.04665;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:143,24:99,21:44,3 -chr20 28900698 . A T 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.017497;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:84,12:50,8:34,4 -chr20 28910124 . A G 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.044993;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:89,19:53,17:36,2 -chr20 28946744 . G A 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.028607;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:52,9:31,5:21,4 -chr20 28956255 . C A 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.025065;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:66,16:32,9:34,7 -chr20 29058370 . TC T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.009142;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:65,20:28,12:37,8 -chr20 29072135 . TAAAAG T 0 PASS DP=277;GPV=1;SPV=0.025898;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:116,19:52,4:64,15 -chr20 29083045 . C T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.023393;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:82,21:67,16:15,5 -chr20 29227596 . CTGAG C 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.012619;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:50,14:22,8:28,6 -chr20 29227616 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.016958;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:26,9:29,6 -chr20 29310538 . CTT C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.028273;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2 -chr20 29330052 . G A 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.027918;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:110,23:61,13:49,10 -chr20 29447351 . TG T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.011252;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:15,8:8,5 -chr20 29512679 . C T 0 PASS DP=309;GPV=1;SPV=0.017757;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:115,23:46,8:69,15 -chr20 29521390 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.014524;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:41,11:26,5:15,6 -chr20 29657971 . T TGAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.005254;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,3:5,5 -chr20 29657980 . G GGTGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 -chr20 29796452 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.7307e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,9:7,6 -chr20 29942876 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr20 29956722 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:22,3:1,1 -chr20 30355851 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0018664;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:20,8:12,9 -chr20 30521954 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.5568e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,17:5,11:6,6 -chr20 30558895 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00012852;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,6:6,3 -chr20 30819569 . G GC 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.049223;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:70,13:36,10:34,3 -chr20 30862731 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.027838;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:10,3:17,4 -chr20 30862734 . T TC 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.036975;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:9,2:16,4 -chr20 31057307 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.032208;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:26,10:9,2 -chr20 31059449 . T C 0 PASS DP=295;GPV=1;SPV=0.019784;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:131,18:70,11:61,7 -chr20 31060603 . C T 0 PASS DP=771;GPV=1;SPV=0.0020092;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:371:309,62:178,25:131,37 -chr20 31064183 . T C 0 PASS DP=579;GPV=1;SPV=0.019464;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:260:224,36:117,14:107,22 -chr20 31068166 . G C 0 PASS DP=739;GPV=1;SPV=0.007789;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:344:264,52:155,29:109,23 -chr20 31074440 . G T 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.010299;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:70,13:37,10:33,3 -chr20 31187381 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.058895;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:7,1:15,4 -chr20 31187382 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.074732;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:9,1:16,4 -chr20 31229983 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.13884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:17,2:15,2 -chr20 31369385 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:7,7:2,1 -chr20 32295854 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:5,9:2,1 -chr20 32656863 . C CAAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.039653;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:7,5:7,1 -chr20 32666762 . CAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0038647;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,2:3,5 -chr20 34461711 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:3,1:2,1 -chr20 34691039 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0079853;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 -chr20 36726914 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 -chr20 37480580 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 -chr20 38659921 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.022389;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,1:11,5 -chr20 38906292 . T G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.001548;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,3:1,4 -chr20 39462972 . GA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.018752;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 -chr20 39802656 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.9493e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:6,4:9,8 -chr20 42312802 . CTTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.004816;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,2:0,3 -chr20 42704431 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00039082;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:8,5:2,5 -chr20 42755572 . AT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:17,2:9,4 -chr20 44764203 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:2,3:4,1 -chr20 46200369 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.028003;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,3:11,2 -chr20 48153175 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:14,7:4,5 -chr20 48520368 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.028362;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,1:11,4 -chr20 51130153 . T TAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.031992;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:2,14:2,7:0,7 -chr20 52691582 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.010106;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:7,6:4,2 -chr20 53562726 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,4:3,3 -chr20 54481024 . CATCT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2 -chr20 55022494 . T TTC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,2:1,1:2,1 -chr20 55304872 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.2662e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:6,7:11,4 -chr20 56281649 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0079051;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 -chr20 57833936 . T G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr20 59050074 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.015231;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:5,4:10,5 -chr20 59300486 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.02006;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:19,2:16,3 -chr20 59474855 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 -chr20 59815714 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00061565;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:16,6:22,5 -chr20 60919897 . T TC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:5,1:5,4 -chr20 61424818 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.035975;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3 -chr20 62070424 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00056194;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,1:6,6 -chr20 62322090 . C A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.017013;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:18,3:14,2 -chr20 62331213 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:1,3:5,1 -chr20 63879699 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10145;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr20 64173717 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,1:5,3 -chr21 5223281 . G T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.021828;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:74,12:33,6:41,6 -chr21 5247110 . T C 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.0057805;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:51,17:20,5:31,12 -chr21 5250830 . T G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0022313;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:46,17:22,7:24,10 -chr21 5313675 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.029623;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:10,3:35,2 -chr21 6365950 . C T 0 PASS DP=281;GPV=1;SPV=0.038596;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:111,16:52,8:59,8 -chr21 6371936 . A G 0 PASS DP=272;GPV=1;SPV=0.0069071;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:110,20:65,6:45,14 -chr21 7314841 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.018316;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2 -chr21 7316307 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.065471;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:4,3:9,5 -chr21 7944360 . G GCCATTCAATTCCTTT 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.039942;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:29,11:31,3 -chr21 7951615 . ACATTC A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.018574;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:24,6:34,5 -chr21 7987132 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0047325;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,5:6,2 -chr21 8033313 . T A 0 PASS DP=348;GPV=1;SPV=0.044691;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:143,16:49,9:94,7 -chr21 8037914 . C T 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.00043659;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:48,23:37,12:11,11 -chr21 8527624 . A T 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.013578;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:84,14:49,8:35,6 -chr21 8528646 . C T 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.037617;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:103,19:52,11:51,8 -chr21 8548926 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,2:3,2 -chr21 8758126 . TGATG T 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.028705;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:61,12:30,2:31,10 -chr21 8759880 . C T 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.038112;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:34,6:27,2 -chr21 8771265 . CT C 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.039069;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:90,13:46,8:44,5 -chr21 8825156 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.031333;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:70,12:26,9:44,3 -chr21 8825344 . C T 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.011963;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:60,15:34,9:26,6 -chr21 8863068 . C T 0 PASS DP=475;GPV=1;SPV=0.042033;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:241:215,26:116,9:99,17 -chr21 8877179 . G GA 0 PASS DP=483;GPV=1;SPV=0.034022;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:242:205,36:105,19:100,17 -chr21 9044754 . T A 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.031633;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:94,14:50,10:44,4 -chr21 9060251 . C T 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.031958;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:78,12:34,3:44,9 -chr21 9067120 . G C 0 PASS DP=242;GPV=1;SPV=0.034011;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:91,17:41,3:50,14 -chr21 9089597 . A G 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.028141;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:44,9:16,7 -chr21 9097650 . C A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.011943;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:35,8:12,2 -chr21 9098286 . G T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.018613;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:89,14:54,2:35,12 -chr21 9104927 . A AC 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.018989;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:94,15:51,8:43,7 -chr21 9108830 . A C 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.035405;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:139,16:60,11:79,5 -chr21 9109157 . T C 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.049584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:116,13:66,7:50,6 -chr21 9109513 . A G 0 PASS DP=485;GPV=1;SPV=0.0049984;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:223:198,25:95,13:103,12 -chr21 9114105 . A T 0 PASS DP=574;GPV=1;SPV=0.0060011;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:273:231,42:115,26:116,16 -chr21 9125433 . G T 0 PASS DP=451;GPV=1;SPV=0.022258;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:182,35:101,17:81,18 -chr21 9138358 . G A 0 PASS DP=418;GPV=1;SPV=0.014354;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:194:170,24:78,11:92,13 -chr21 9138911 . G T 0 PASS DP=513;GPV=1;SPV=0.0048611;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:193,35:103,17:90,18 -chr21 9140540 . G A 0 PASS DP=451;GPV=1;SPV=0.023884;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:183,29:87,11:96,18 -chr21 9141528 . C T 0 PASS DP=435;GPV=1;SPV=0.0021362;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:181,40:83,20:98,20 -chr21 9143132 . T A 0 PASS DP=442;GPV=1;SPV=0.03027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:183,34:97,17:86,17 -chr21 9147618 . C A 0 PASS DP=641;GPV=1;SPV=0.033085;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:291:256,35:148,13:108,22 -chr21 9158498 . G GA 0 PASS DP=444;GPV=1;SPV=0.0065601;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:202,28:105,10:97,18 -chr21 9166301 . C T 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.008751;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:129,17:68,8:61,9 -chr21 9166896 . C A 0 PASS DP=428;GPV=1;SPV=0.0047644;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:189:169,20:89,12:80,8 -chr21 9183824 . C T 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=7.1277e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:130,20:66,11:64,9 -chr21 9186372 . T C 0 PASS DP=357;GPV=1;SPV=0.035248;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:141,25:74,14:67,11 -chr21 9248472 . A G 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.0098761;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:87,13:43,9:44,4 -chr21 9252637 . T G 0 PASS DP=554;GPV=1;SPV=0.0015313;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:277:244,33:101,14:143,19 -chr21 9254213 . C G 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.0079825;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:62,21:3,14:59,7 -chr21 9256336 . C T 0 PASS DP=718;GPV=1;SPV=0.013224;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:351:303,44:171,26:132,18 -chr21 9256341 . A C 0 PASS DP=685;GPV=1;SPV=0.011669;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:338:294,44:174,12:120,32 -chr21 9274592 . C T 0 PASS DP=383;GPV=1;SPV=0.045665;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:170,26:105,19:65,7 -chr21 9299283 . C T 0 PASS DP=354;GPV=1;SPV=0.038165;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:156,27:66,13:90,14 -chr21 9305926 . G T 0 PASS DP=342;GPV=1;SPV=0.020347;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:134,27:57,8:77,19 -chr21 9326950 . C A 0 PASS DP=446;GPV=1;SPV=0.045654;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:194,32:84,13:110,19 -chr21 9328944 . G A 0 PASS DP=630;GPV=1;SPV=0.015144;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:329:291,38:148,20:143,18 -chr21 9329037 . AG A 0 PASS DP=631;GPV=1;SPV=0.040879;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:306:270,36:128,15:142,21 -chr21 9329691 . C T 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.025244;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:158,28:74,16:84,12 -chr21 9331823 . G A 0 PASS DP=418;GPV=1;SPV=0.0054958;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:172,38:88,14:84,24 -chr21 9334167 . T A 0 PASS DP=329;GPV=1;SPV=0.013871;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:135,21:79,11:56,10 -chr21 9337628 . TG T 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.0087426;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:153,21:83,8:70,13 -chr21 9347197 . G C 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.013814;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:161,19:77,12:84,7 -chr21 9347982 . C T 0 PASS DP=368;GPV=1;SPV=0.0052863;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:163:142,21:76,13:66,8 -chr21 9353281 . G A 0 PASS DP=377;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:167,24:80,14:87,10 -chr21 9368462 . C G 0 PASS DP=694;GPV=1;SPV=0.001108;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:317:280,37:144,21:136,16 -chr21 9552040 . T TTC 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0053894;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,15:13,6:31,9 -chr21 9574912 . G A 0 PASS DP=249;GPV=1;SPV=0.028127;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:94,19:42,13:52,6 -chr21 9620953 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017591;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,2:5,5 -chr21 9639066 . G C 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.005646;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:20,6:28,7 -chr21 9644737 . C T 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.049145;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:61,15:26,9:35,6 -chr21 9678565 . G T 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.012575;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:53,16:20,14:33,2 -chr21 9694517 . A G 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.028118;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:71,12:42,5:29,7 -chr21 9711556 . T G 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.010944;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:54,18:30,11:24,7 -chr21 9827735 . C CAT 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.014449;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:67,11:47,6:20,5 -chr21 9827822 . G A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.0068055;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:34,6:10,5 -chr21 9979543 . C A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.023385;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:49,15:27,8:22,7 -chr21 9981274 . TTCTC T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02706;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:19,3:13,2 -chr21 10036655 . A G 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.047815;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:63,15:35,7:28,8 -chr21 10040830 . A AT 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0044758;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:47,16:22,7:25,9 -chr21 10040832 . A T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0036917;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:33,18:16,8:17,10 -chr21 10124321 . C T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.0029053;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:37,17:23,8:14,9 -chr21 10164711 . T A 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.00069468;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:58,22:29,11:29,11 -chr21 10168682 . T G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.043117;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:15,3:30,3 -chr21 10271285 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:6,2:6,1 -chr21 10330122 . T C 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.021272;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:118,19:68,10:50,9 -chr21 10330762 . T A 0 PASS DP=292;GPV=1;SPV=0.03222;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:120,16:56,8:64,8 -chr21 10333904 . C T 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.045039;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:106,12:41,6:65,6 -chr21 10342450 . G A 0 PASS DP=416;GPV=1;SPV=0.0081112;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:194,23:97,12:97,11 -chr21 10344221 . C CA 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.023036;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:94,23:58,18:36,5 -chr21 10350705 . G GC 0 PASS DP=297;GPV=1;SPV=0.023804;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:117,20:50,8:67,12 -chr21 10357137 . A T 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.011177;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:123,20:56,16:67,4 -chr21 10361539 . T A 0 PASS DP=550;GPV=1;SPV=0.046728;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:246:220,26:118,17:102,9 -chr21 10366440 . G C 0 PASS DP=277;GPV=1;SPV=0.040595;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:116,13:44,9:72,4 -chr21 10394018 . G C 0 PASS DP=360;GPV=1;SPV=0.0077177;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:146,32:73,19:73,13 -chr21 10397708 . C A 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=4.322e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:76,17:38,7:38,10 -chr21 10419634 . G C 0 PASS DP=476;GPV=1;SPV=0.044991;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:197,36:90,13:107,23 -chr21 10449909 . C A 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.016547;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:110,22:53,12:57,10 -chr21 10462375 . A G 0 PASS DP=366;GPV=1;SPV=0.037829;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:150,19:83,11:67,8 -chr21 10462629 . C T 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.0016381;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:171,20:83,9:88,11 -chr21 10465468 . G A 0 PASS DP=421;GPV=1;SPV=0.046754;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:198,23:114,15:84,8 -chr21 10474414 . C A 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.023699;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:122,15:64,12:58,3 -chr21 10482852 . T C 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.031234;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:26,5:34,9 -chr21 10482853 . C A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.023558;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:63,13:27,4:36,9 -chr21 10482863 . C A 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.023992;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:58,12:21,3:37,9 -chr21 10488869 . C T 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.030335;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:147,18:74,5:73,13 -chr21 10751454 . A C 0 PASS DP=248;GPV=1;SPV=0.046581;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:96,14:49,8:47,6 -chr21 10771684 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.047441;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:26,4:19,5 -chr21 10807251 . T A 0 PASS DP=402;GPV=1;SPV=0.015793;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:149,17:71,12:78,5 -chr21 13044380 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015516;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,5:7,2 -chr21 13191770 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.037288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,6:9,3 -chr21 13437082 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.04497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:14,1:13,6 -chr21 16679952 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0069146;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,4:6,8 -chr21 17174287 . A AT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:2,2:3,2 -chr21 17730218 . C G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,1:4,4 -chr21 18447439 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,7:4,6:0,1 -chr21 18895938 . TA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:2,4:3,2 -chr21 20226487 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02842;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:11,4:1,1 -chr21 20522459 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00019558;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,1:5,7 -chr21 20988674 . AAG A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:17,2:3,2 -chr21 20988682 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:13,2:1,2 -chr21 21626186 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.019909;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,2:6,2 -chr21 21717527 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.011427;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:7,4:10,5 -chr21 21871317 . G GATTATT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.010144;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:11,7:9,6 -chr21 22534971 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2 -chr21 23733973 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr21 26379249 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0043505;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,3:5,4 -chr21 26456629 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=9.7241e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:7,7:8,8 -chr21 26708933 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10909;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:0,1:2,1 -chr21 27001299 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.029816;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,1:12,3 -chr21 28136090 . G GGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00756;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,4:6,3 -chr21 28300178 . TTATG T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021726;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,4:9,5 -chr21 28381248 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.0536e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,6:7,5 -chr21 29614402 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.027772;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,3:3,2 -chr21 30807295 . GAA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:12,2:4,2 -chr21 30877015 . T TTTA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.032025;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,1:9,3 -chr21 31112171 . GTA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.04242;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,4:7,2 -chr21 31871338 . GTT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:2,1:4,5 -chr21 32361159 . A AG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,5:3,4:3,1 -chr21 33222900 . GTTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,3:0,1 -chr21 34239300 . CAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0030029;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,7:0,4:1,3 -chr21 34716857 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,3:5,2 -chr21 34716859 . CTA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,3:4,3 -chr21 34716862 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:1,3:0,2 -chr21 35851420 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:6,3:2,1:4,2 -chr21 35894301 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0018592;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,8:7,5:3,3 -chr21 36253637 . C CAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,8:2,5:3,3 -chr21 37207080 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:24:0,2:0,1:0,1 -chr21 37859532 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr21 38194194 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=7.8688e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:3,7:9,3 -chr21 38548833 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,4:1,2 -chr21 38793515 . C CTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:8,2:1,2 -chr21 39799261 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.1561e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:11,4:5,6 -chr21 41041820 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,2:1,2 -chr21 41840442 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,3:1,1 -chr21 42346244 . ATACACACACCCATACATGGG A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.037555;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:16,2:10,6 -chr21 43704220 . C CAAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:10,4:1,0 -chr21 44925422 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,3:3,2:0,1 -chr22 10637080 . G A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.010072;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:41,16:8,3:33,13 -chr22 10641564 . G GAA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021777;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,5:8,4 -chr22 10641581 . TGA T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010612;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:7,4:13,1 -chr22 10692496 . G A 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.022732;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:92,21:37,8:55,13 -chr22 10704261 . A AAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr22 10704718 . GTA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011954;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,4:5,4 -chr22 10704757 . TAG T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.014881;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,2:6,3 -chr22 10725297 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.036569;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,3:15,6 -chr22 10733494 . C T 0 PASS DP=654;GPV=1;SPV=0.0082194;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:310:269,41:128,23:141,18 -chr22 10738815 . T TTTATTTAAC 0 PASS DP=301;GPV=1;SPV=0.035028;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:45,11:19,7:26,4 -chr22 10742869 . T C 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.046361;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:120,14:56,5:64,9 -chr22 10745438 . A T 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.015051;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:90,25:29,5:61,20 -chr22 10757234 . T G 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.033479;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:95,11:36,6:59,5 -chr22 10768778 . G A 0 PASS DP=346;GPV=1;SPV=0.038236;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:162,19:78,12:84,7 -chr22 10768787 . A G 0 PASS DP=366;GPV=1;SPV=0.026932;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:167,19:79,9:88,10 -chr22 10780500 . G A 0 PASS DP=389;GPV=1;SPV=0.046874;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:169,28:73,12:96,16 -chr22 10936194 . C CAGAGT 0 PASS DP=450;GPV=1;SPV=0.013438;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:186,26:106,14:80,12 -chr22 11024987 . T C 0 PASS DP=338;GPV=1;SPV=0.0014037;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:153,21:109,16:44,5 -chr22 11025062 . C T 0 PASS DP=399;GPV=1;SPV=0.00012916;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:179,33:112,23:67,10 -chr22 11036904 . T A 0 PASS DP=460;GPV=1;SPV=0.006115;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:202,28:119,18:83,10 -chr22 11040365 . C T 0 PASS DP=349;GPV=1;SPV=0.015116;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:152,21:69,15:83,6 -chr22 11047471 . T A 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.025476;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:128,17:64,9:64,8 -chr22 11066917 . G A 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.032266;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:74,16:35,7:39,9 -chr22 11287400 . A G 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.037475;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:64,17:35,9:29,8 -chr22 11364835 . A G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.02202;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:16,6:19,6 -chr22 11495194 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.005134;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,16:13,9:23,7 -chr22 11621493 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.037288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:20,6:13,5 -chr22 11714661 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.021226;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:14,5:24,5 -chr22 11823982 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013266;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:7,3:9,2 -chr22 11855605 . G T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.043506;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:76,16:51,13:25,3 -chr22 11862800 . G T 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.038968;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:93,16:50,9:43,7 -chr22 11862849 . C T 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.041357;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:66,10:29,5:37,5 -chr22 11871637 . T C 0 PASS DP=580;GPV=1;SPV=0.012813;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:275:246,29:141,17:105,12 -chr22 11904955 . T G 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.044719;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:55,8:28,1:27,7 -chr22 11906013 . C A 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.042615;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:141,28:32,3:109,25 -chr22 11916341 . G A 0 PASS DP=474;GPV=1;SPV=0.010093;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:239:205,34:118,20:87,14 -chr22 11926837 . C T 0 PASS DP=410;GPV=1;SPV=0.031884;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:163,29:38,3:125,26 -chr22 11929811 . T C 0 PASS DP=551;GPV=1;SPV=0.021314;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:261:221,40:107,18:114,22 -chr22 11935421 . G A 0 PASS DP=275;GPV=1;SPV=0.0017406;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:112,14:73,11:39,3 -chr22 11946538 . G GAA 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.026942;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,9:30,8:5,1 -chr22 11949347 . C T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.036639;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:77,17:46,11:31,6 -chr22 11973396 . G A 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.043449;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:69,14:48,9:21,5 -chr22 11975335 . G A 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.00066233;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:77,21:36,10:41,11 -chr22 11976021 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.024323;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:20,2:16,6 -chr22 12042814 . C A 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.045055;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:66,11:22,4:44,7 -chr22 12053499 . C T 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.025521;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:155,18:95,8:60,10 -chr22 12054125 . C T 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.042478;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:75,14:40,6:35,8 -chr22 12055223 . A T 0 PASS DP=291;GPV=1;SPV=0.0081715;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:106,22:57,19:49,3 -chr22 12070159 . G T 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.0082858;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:122,21:67,7:55,14 -chr22 12118918 . A C 0 PASS DP=374;GPV=1;SPV=0.00066572;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:145,28:76,11:69,17 -chr22 12126384 . G GT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.046917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,7:9,4:16,3 -chr22 12138060 . G T 0 PASS DP=285;GPV=1;SPV=0.0057945;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:126,24:67,13:59,11 -chr22 12150001 . G T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.033633;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:78,12:62,4:16,8 -chr22 12152289 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.025903;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:10,6:9,1 -chr22 12159672 . A C 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.014775;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:116,13:72,10:44,3 -chr22 12182241 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 -chr22 12193370 . G A 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:94,23:53,9:41,14 -chr22 12208767 . A C 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.015315;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:59,10:32,3:27,7 -chr22 12217959 . G A 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.0076748;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:49,6:23,4 -chr22 12293433 . CTCTCTT C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.038142;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:5,1:19,4 -chr22 12338166 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.026058;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:15,7:7,3 -chr22 12338858 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.036132;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,2:8,6 -chr22 12352720 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.027873;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:10,9:11,1 -chr22 12431738 . C G 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.013069;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:58,15:33,10:25,5 -chr22 12541176 . T C 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.030792;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:50,13:30,7:20,6 -chr22 12551706 . T A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.043922;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:73,15:38,7:35,8 -chr22 12576500 . GA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:2,1:10,4 -chr22 12621083 . TA T 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.009217;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:109,13:45,3:64,10 -chr22 12637618 . A AAGAGGGAAGGAAGGAG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:5,6:2,2 -chr22 12722614 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042412;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr22 12726017 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,0:10,4 -chr22 12885931 . G C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0083841;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:13,6:21,5 -chr22 12891801 . C T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.024305;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:17,2:33,5 -chr22 15238437 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:9,3:0,2 -chr22 15479128 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:3,2:11,2 -chr22 15554780 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 -chr22 15599675 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,3:4,1 -chr22 15668211 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020691;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:13,4:10,2 -chr22 15669498 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.0061689;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:63,18:42,12:21,6 -chr22 15721882 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:7,4:10,1 -chr22 15724410 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030104;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 -chr22 15775220 . A AGC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014318;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:7,5:6,4 -chr22 15824122 . T TAAAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.010876;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,5:2,1 -chr22 15833634 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.015588;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:11,4:15,4 -chr22 15854667 . A G 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.033997;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:105,15:44,7:61,8 -chr22 15859621 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr22 15880756 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025213;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,3:7,3 -chr22 15941337 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.03636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:15,7:5,1 -chr22 15941749 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,5:4,4 -chr22 16396135 . C CAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.012544;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,7:10,2:8,5 -chr22 16420748 . G T 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.0014424;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:63,12:26,3:37,9 -chr22 16437552 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.049303;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:23,3:23,7 -chr22 17292166 . G GT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,2:1,2 -chr22 17399416 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,8:4,2 -chr22 17717380 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,3:2,1:2,2 -chr22 17721492 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:5,6:2,2 -chr22 17982716 . A AT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0052744;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,2:10,7 -chr22 18373376 . A C 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.036466;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:51,13:32,7:19,6 -chr22 18538824 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.018501;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,2:4,3 -chr22 18551267 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020061;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:13,2:6,3 -chr22 18736176 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.083787;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:3,1:19,5 -chr22 18846304 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0268;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:10,4:22,6 -chr22 19959866 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0086203;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,3:7,3 -chr22 20330019 . A G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.035027;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:26,7:20,1 -chr22 20518070 . T TGACATTGACGTGAGGGACTGCCATAATGCGTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.038176;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:4,3:5,1 -chr22 21114146 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 -chr22 21128721 . GC G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.024966;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:16,5:2,3 -chr22 21128840 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.043201;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:1,2:17,4 -chr22 21149908 . T TC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.064403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:10,1:19,3 -chr22 21166157 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,1:7,6 -chr22 21254316 . A AT 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.03249;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:49,10:14,1:35,9 -chr22 21274874 . C G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0033913;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:38,17:30,13:8,4 -chr22 21275550 . C T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.0065321;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:25,4:28,9 -chr22 21278152 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 -chr22 21289816 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.033362;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:10,4:21,6 -chr22 21307922 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.025948;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,8:14,2 -chr22 21319485 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:15,3:2,1 -chr22 21319702 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.034805;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:10,1:17,7 -chr22 21354436 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.020715;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:9,3:0,3 -chr22 21842359 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:3,2:4,6 -chr22 24651910 . TC T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0061914;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,9:44,7:13,2 -chr22 24670041 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.036165;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:12,4:19,1 -chr22 25547404 . T TAC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.005974;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:8,6:2,3 -chr22 26457209 . A AC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,2:7,4 -chr22 31114516 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0077765;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,4:3,3 -chr22 31402505 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,7:1,6:1,1 -chr22 32368193 . C CAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.038233;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,4:8,3 -chr22 32447607 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,6:2,2 -chr22 33661217 . A ATT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.014712;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,7:1,1 -chr22 33774546 . G C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3 -chr22 33836842 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=9.9789e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:7,6:8,6 -chr22 34331129 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.6305e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:5,10:6,6 -chr22 35428023 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,7:5,2 -chr22 36860650 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=8.6742e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:16,22:5,8:11,14 -chr22 37098038 . C CG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.010062;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,3:2,3 -chr22 38067307 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,5:5,1 -chr22 39121584 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012526;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:11,4:8,4 -chr22 39341345 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0042541;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,7:6,6 -chr22 41637962 . T TAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:2,4:2,1 -chr22 41649160 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,3:6,2 -chr22 42731960 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.01174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,4:4,6 -chr22 43087837 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.040508;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:9,6:7,2 -chr22 43905254 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.038866;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,1:13,7 -chr22 44767339 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00035142;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,4:7,5 -chr22 45222632 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,1:13,3 -chr22 45929864 . C CCATTCATA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0075035;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:4,4:6,4 -chr22 45929922 . TCCCATCCA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030216;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 -chr22 47414863 . ATTTT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,4:3,3:5,1 -chr22 47765875 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0054908;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,4:7,2 -chr22 48788140 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030571;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,1:6,4 -chr22 48950976 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00037903;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,5:11,8 -chr22 49167163 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.54545;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:0,0:7,2 -chr22 49489523 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:3,5:7,1 -chr22 49686911 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,3:8,1 -chr22 49728793 . GGAGAGCCGGACACCCGGGAGAGCCGGACACCCGA G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037309;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,1:6,4 -chr22 49973519 . ATGTGTGGTG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 -chr22 50029417 . A C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1 -chr3 599741 . AT A 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.034435;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:13,4:31,7 -chr3 1753287 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0015793;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,3:8,4 -chr3 3699388 . CAAAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:8,6:2,1 -chr3 4258814 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028271;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,1:4,5 -chr3 4843074 . G GT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr3 5247207 . A C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,2:0,1:0,1 -chr3 5304516 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.078413;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,4:15,1:14,3 -chr3 6341515 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.021877;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:12,4:16,2 -chr3 6341516 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.054568;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:12,4:18,1 -chr3 6814474 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00018629;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:9,5:10,5 -chr3 7566110 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:0,0:1,2 -chr3 7566111 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:0,0:1,2 -chr3 8238775 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:3,2:2,3 -chr3 9406607 . C CAAAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0057147;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:9,9:4,2 -chr3 9479221 . CAAAAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,5:4,1 -chr3 9498203 . CTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:2,6:1,1 -chr3 10968336 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.040704;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,1:12,3 -chr3 11183855 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 -chr3 11404125 . AT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 -chr3 12778813 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:0,3:3,2 -chr3 14665263 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.014744;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,9:9,7:8,2 -chr3 17775993 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.043201;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,4:6,2 -chr3 20738988 . T TACACACAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:3,2:2,3 -chr3 20954140 . A ATTTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:2,2:3,4 -chr3 22686547 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,2:3,1:1,1 -chr3 23988023 . C CTCCTTCCTTCCTTCCT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:2,1:8,3 -chr3 25053747 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0009678;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:9,5:12,4 -chr3 26591051 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0001095;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:8,6:7,6 -chr3 26826129 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0044376;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,5:1,1 -chr3 26963139 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0065711;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:4,8:9,4 -chr3 26987052 . C CAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,6:4,1 -chr3 27063816 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.7872e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:6,7:6,11 -chr3 32300976 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.01494;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:12,8:3,5:9,3 -chr3 32573362 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 -chr3 32787355 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:2,4:5,2 -chr3 33296682 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.3134e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,7:6,6 -chr3 35443151 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=5.7929e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:7,8:4,6 -chr3 35985014 . G GT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0023186;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,7:9,2 -chr3 36699022 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.6443e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:10,4:9,9 -chr3 37305094 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.018191;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:14,2:11,4 -chr3 39232485 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,2:10,2 -chr3 39560325 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.4901e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:7,10:13,9 -chr3 40462373 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:3,2:5,2 -chr3 41012356 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,4:3,2 -chr3 42412362 . GA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013803;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:11,5:1,1 -chr3 42483212 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091334;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:5,4:3,3 -chr3 42655741 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=6.8268e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:13,6:6,12 -chr3 43322951 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:2,2:3,2 -chr3 44846771 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,5:3,1 -chr3 44966036 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,2:12,2 -chr3 45350184 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.294e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:8,6:9,6 -chr3 46654156 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:0,6:0,4:0,2 -chr3 47529887 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010021;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,2:6,3 -chr3 50142006 . T TTTTC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:1,3:7,2 -chr3 50190920 . G GAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.022476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:9,5:0,3 -chr3 51774593 . TAGAG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:2,3:0,2 -chr3 53520894 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0016587;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:1,3:5,4 -chr3 53520902 . TTC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.012102;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:6,3:5,4 -chr3 54318693 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.013124;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:6,5:1,3 -chr3 54660143 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0012644;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,4:5,3 -chr3 55388463 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.025058;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,5:0,1:1,4 -chr3 58228101 . CAAATAAAT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:4,6:9,4 -chr3 58990754 . G GGTGTGT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.083787;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:15,3:7,3 -chr3 59166836 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.055981;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,2:13,2 -chr3 60483824 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00029085;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:10,9:13,6 -chr3 63198755 . G GTATA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,4:8,2:7,2 -chr3 64128743 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,8:2,7:1,1 -chr3 64456467 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023915;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:8,11:10,7 -chr3 64791797 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0098124;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 -chr3 64899720 . T TATACATATATATATATAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:1,3:6,1 -chr3 65621917 . T TCACACACACACACACA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024789;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2 -chr3 66882631 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 -chr3 67782427 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,2:3,2 -chr3 69366062 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12281;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,2:3,1:2,1 -chr3 71147019 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00061107;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,3:10,7 -chr3 71632297 . A AACACACACACAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.084679;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,5:8,3:11,2 -chr3 72908239 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.4009e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:8,12:10,4 -chr3 73205094 . AAG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:4,4:0,2 -chr3 73241254 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,4:5,3:8,1 -chr3 73424541 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1 -chr3 75186856 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043132;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,3:14,1 -chr3 75358988 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,5:9,2 -chr3 75580890 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015698;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,2:6,3 -chr3 75775340 . TTAAAG T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.027384;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:13,7:32,6 -chr3 75854035 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.027169;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:23,2:10,3 -chr3 76028843 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.5134e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,5:8,4 -chr3 76579786 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0022624;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:2,9:1,7:1,2 -chr3 76834020 . T TTCTC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.013481;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:11,1:11,6 -chr3 77112487 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00013223;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:12,7:7,3 -chr3 77565112 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.053727;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:13,2:13,3 -chr3 77787423 . G GTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,4:4,3:3,1 -chr3 79953852 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00012013;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:10,9:11,2 -chr3 80399093 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.3529e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,6:7,5 -chr3 81149010 . A AT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,3:2,3 -chr3 81604286 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,3:3,1:1,2 -chr3 81813389 . AAAATAAATAAAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02545;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,3:7,4 -chr3 82905562 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,3:12,1 -chr3 83640202 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0005553;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,5:7,4 -chr3 86420996 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,2:1,1:2,1 -chr3 89218869 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0086203;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,3:6,3 -chr3 90542825 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.45e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:7,5:8,8 -chr3 90821830 . C T 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.029015;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:115,20:59,10:56,10 -chr3 90844475 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 -chr3 90874407 . A G 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0072124;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:6,3:30,4 -chr3 90889587 . G C 0 PASS DP=248;GPV=1;SPV=0.012149;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:91,12:34,4:57,8 -chr3 90904737 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr3 90916593 . C A 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.010902;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:113,15:8,1:105,14 -chr3 91018055 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13598;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:30,4:0,0 -chr3 91081678 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:21,4:0,0 -chr3 91161022 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.043019;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 -chr3 91185920 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.19203;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:19,3:4,1 -chr3 91189955 . C G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0 -chr3 91257470 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.045541;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:13,1:25,6 -chr3 91740897 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.086154;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr3 92488894 . A T 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.043273;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:67,17:51,13:16,4 -chr3 94791475 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00042492;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:3,4:11,4 -chr3 95459522 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.9559e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,5:7,8 -chr3 96621733 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 -chr3 96994734 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr3 96994736 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 -chr3 98305488 . C CTTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.14093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:5,4:15,1 -chr3 98743000 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,4:1,2 -chr3 98838182 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.011145;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:9,2:10,4 -chr3 98948536 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0021725;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,6:4,1 -chr3 99135180 . A ATGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,2:6,3 -chr3 102971951 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0004122;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:10,9:15,4 -chr3 103451785 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.21888;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,3:17,1 -chr3 103701026 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.8239e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:6,9:11,4 -chr3 104124799 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=7.0073e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,21:8,11:3,10 -chr3 109426843 . TTTATGTTATGTTATGTTATG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:6,4:6,4 -chr3 109666693 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.048707;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3 -chr3 110636095 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,1:14,3 -chr3 111834081 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.046888;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:9,3:8,4 -chr3 111960171 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0046174;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,6:13,2 -chr3 113687229 . T TCA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,8:2,5:1,3 -chr3 113887096 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,4:6,1:3,3 -chr3 114188210 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 -chr3 114901265 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.028936;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:8,3:5,1 -chr3 116009264 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031156;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,1:11,3 -chr3 118566043 . TGTATATAC T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.014357;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:9,5:10,5 -chr3 118717750 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:6,4:15,2 -chr3 119495392 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0081121;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,2:5,7 -chr3 119662181 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013462;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:3,2:1,1 -chr3 120262175 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0099771;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,7:4,6:1,1 -chr3 120849637 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0022747;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,5:6,3 -chr3 121160238 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=6.9497e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:3,4:8,7 -chr3 121337439 . T TA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0055395;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,4:2,2 -chr3 124602945 . T TG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.029987;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,4:6,3 -chr3 124643006 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021089;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,8:9,3 -chr3 125198780 . AT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00028624;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:12,13:6,3 -chr3 125768878 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.021683;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:7,3:9,2 -chr3 125866707 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=5.4866e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,4:4,5 -chr3 129752683 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00014234;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:6,3:11,10 -chr3 130198260 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.043405;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:9,5:20,2 -chr3 132150603 . C CTGTGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:1,2:9,3 -chr3 135266599 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.0875e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:7,6:5,4 -chr3 136376016 . C CAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:4,3:3,2 -chr3 136769449 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:5,5:3,1 -chr3 138848087 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024875;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:6,5:9,5 -chr3 138925482 . C CTTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.018165;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:9,7:6,2 -chr3 139689042 . AAC A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.056596;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,1:12,3 -chr3 139842941 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0034822;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,3:8,3 -chr3 142575468 . CAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:7,5:2,2 -chr3 145109442 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.4769e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:12,22:4,12:8,10 -chr3 145963953 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,4:4,3 -chr3 146283181 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=4.818e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:6,6:3,4 -chr3 147816087 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=6.2767e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:13,9:12,4 -chr3 148411385 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:8,3:5,1 -chr3 148542106 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,3:3,2:2,1 -chr3 148542139 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:2,1:2,3 -chr3 150717139 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.039412;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:5,4:4,2 -chr3 151237366 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.004995;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,4:0,1:1,3 -chr3 151993951 . T TA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.009324;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,2:1,4 -chr3 152249646 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00073638;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:15,6:12,8 -chr3 152989471 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0091398;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:3,4:3,3 -chr3 153642273 . G GGAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,3:6,4 -chr3 154579355 . GA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0036547;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,3:2,4 -chr3 155772772 . C CTGTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:4,3:0,2 -chr3 158194690 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.012217;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:1,5:1,2 -chr3 160681400 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.024803;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:6,3:13,4 -chr3 161038233 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,5:3,4:2,1 -chr3 162307799 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,3:1,2 -chr3 162939987 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,3:2,3 -chr3 163161129 . T TTTGTA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,1:6,3 -chr3 163425777 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:3,1:2,1 -chr3 163650440 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=5.9166e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:10,8:11,4 -chr3 163770821 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.7123e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,4:6,5 -chr3 164942602 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 -chr3 165084198 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.019456;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,1:8,3 -chr3 165134330 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,3:0,1 -chr3 165187211 . A AGTGT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.015677;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:12,6:3,2 -chr3 166465218 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.088868;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:12,2:18,2 -chr3 167300610 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,4:8,1:2,3 -chr3 167894972 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,2:13,2 -chr3 169237636 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.35217;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:8,2:3,2 -chr3 170424039 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,4:4,1:4,3 -chr3 170775875 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.8276e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,22:8,8:10,14 -chr3 171656156 . T TTTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0065287;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:6,6:12,1 -chr3 173123601 . AT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,3:4,2 -chr3 173195760 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.4859e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:8,6:10,9 -chr3 173390373 . A AAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0024535;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:12,5:6,3 -chr3 173392472 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00083396;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:10,9:2,2 -chr3 174688478 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:1,2:0,1:1,1 -chr3 177078588 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:9,4:2,3 -chr3 181450618 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00031835;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:10,7:13,3 -chr3 185548381 . G GA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.008646;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,2:6,6 -chr3 188220216 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00011781;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,3:8,6 -chr3 188625479 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.01057;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,3:8,3 -chr3 189523985 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.5161e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,4:4,8 -chr3 190379985 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,1:4,3 -chr3 190660288 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0049228;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,3:7,5 -chr3 190825850 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,4:1,3:3,1 -chr3 190883811 . G GTTTTATTTTATTTTA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,7:3,4:3,3 -chr3 192861597 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.010997;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,2:11,3 -chr3 194014156 . AC A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,2:4,2 -chr3 195481361 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.026778;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:23,6:8,4 -chr3 195481549 . C A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.048466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:74,10:35,6:39,4 -chr3 195484873 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.035906;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:7,6:14,3 -chr3 195486323 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.018361;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:20,3:20,4 -chr3 195487825 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:2,0:19,4 -chr3 195499116 . CTGTA C 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.045963;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:66,10:40,6:26,4 -chr3 195499282 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.03119;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:66,11:28,6:38,5 -chr3 195669138 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.048496;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:20,6:12,3 -chr3 195689548 . G T 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.03424;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:60,7:35,3:25,4 -chr3 196015564 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.1254e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:13,10:5,8 -chr3 197665144 . C T 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.0051126;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,14:39,4:16,10 -chr3 198013820 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.01373;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,1:3,4 -chr3 198103562 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr4 25558 . T C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0026406;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:5,1:36,6 -chr4 27296 . C A 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.021392;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:115,18:46,10:69,8 -chr4 28635 . G T 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.017318;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:115,27:68,17:47,10 -chr4 29099 . G C 0 PASS DP=333;GPV=1;SPV=0.02492;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:128,16:63,8:65,8 -chr4 39539 . G A 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=0.0050242;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:133,22:64,9:69,13 -chr4 40433 . T C 0 PASS DP=289;GPV=1;SPV=0.015862;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:120,20:47,10:73,10 -chr4 48672 . C T 0 PASS DP=284;GPV=1;SPV=0.042966;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:126,23:73,14:53,9 -chr4 1493999 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.051194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:15,2:17,2 -chr4 1767413 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 -chr4 3973437 . G GGAGA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:7,6:5,1 -chr4 5176438 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0016312;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:4,6:0,2 -chr4 6569717 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11029;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:4,2:0,0 -chr4 6977075 . C CCCT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:3,4:2,5 -chr4 7165318 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,2:4,1:2,1 -chr4 7739206 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.004688;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,4:12,4 -chr4 7817635 . T TG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013669;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:4,4:10,1 -chr4 9040909 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:10,6:1,1 -chr4 10136329 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:1,3:1,1:0,2 -chr4 11886330 . C CAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0076913;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,5:13,2 -chr4 13007575 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=3.0378e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:6,7:1,6 -chr4 13515440 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=7.6487e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,17:9,12:6,5 -chr4 16910536 . TC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,2:1,1:2,1 -chr4 17000537 . T TCC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040508;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:7,2:9,6 -chr4 18105962 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,9:1,7:1,2 -chr4 18358266 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00056426;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,7:9,1 -chr4 19012460 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0011064;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:11,6:4,1 -chr4 19135688 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,4:10,3:2,1 -chr4 19799201 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.0205e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:7,11:9,5 -chr4 20261340 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.4482e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:11,6:5,6 -chr4 20303009 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012328;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,5:5,2:7,3 -chr4 20362937 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00025782;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,3:9,4 -chr4 20803470 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1 -chr4 20837623 . G GAT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0052884;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,5:5,4 -chr4 21200339 . CAT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 -chr4 21200348 . ATGTGTG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.05132;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 -chr4 21519732 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.093333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr4 22777492 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:4,2:7,4 -chr4 24159206 . C CTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr4 24229843 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,10:11,6:1,4 -chr4 24387764 . GAGAGAA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,3:3,1 -chr4 24430255 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1 -chr4 27702962 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0001763;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:4,4:8,7 -chr4 27832897 . G GTA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 -chr4 28368863 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0010998;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:6,9:2,3 -chr4 28599638 . AT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10577;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:3,4:3,1 -chr4 28780849 . G GA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,2:8,2 -chr4 29036293 . T TAGAGAGAG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,5:7,3:2,2 -chr4 30251742 . G GT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042595;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,2:6,2 -chr4 31794502 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021615;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:15,3:14,4 -chr4 31949442 . T TCTGTGAATGCCCAAGTC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,4:7,7 -chr4 31998540 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,2:13,2 -chr4 32328479 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.9527e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:17,23:5,14:12,9 -chr4 32415428 . AGTTAGCT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0029033;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:3,7:7,3 -chr4 32419738 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.8683e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:11,6:12,7 -chr4 33608707 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.8161e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,8:3,2 -chr4 34188552 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00048983;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:13,4:9,8 -chr4 36555442 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:5,5:2,1 -chr4 38135874 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.04966;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,2:13,4 -chr4 40216136 . A AT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0020738;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:10,8:3,2 -chr4 40642727 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:2,1:2,1 -chr4 41460395 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,1:5,8 -chr4 41515324 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0035372;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,3:8,2 -chr4 42257822 . GTATT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0054438;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,8:5,2:6,6 -chr4 42936026 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0011989;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,16:2,4:5,12 -chr4 43101703 . ATGTGTGTGTGTG A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,2:1,2:0,0 -chr4 43271980 . AAGATAGAT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.02677;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,6:6,2 -chr4 44045765 . G GA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0034446;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,4:6,2 -chr4 44989685 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00042977;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,1:7,8 -chr4 45692158 . TAA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022977;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,8:0,4:1,4 -chr4 45740364 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00020684;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,3:9,8 -chr4 46152997 . T TCAAGGTTACACAGGTACTAAATGGCAAAGC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0074932;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,3:3,4 -chr4 47195444 . ATGATAGATAGAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:8,2:2,3 -chr4 49034001 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=7.3475e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:12,9:12,7 -chr4 49155725 . GATTCTGTTCCATTCCATTCCATTCCATTCC G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.042001;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:7,2:6,4 -chr4 49158126 . A G 0 PASS DP=261;GPV=1;SPV=0.00047133;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:105,14:40,10:65,4 -chr4 49159598 . A T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.023819;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:65,19:31,12:34,7 -chr4 49188826 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.029893;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:40,9:19,2:21,7 -chr4 49195988 . C T 0 PASS DP=233;GPV=1;SPV=0.0187;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:76,13:37,9:39,4 -chr4 49209561 . CTTCT C 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.028794;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:177,24:128,19:49,5 -chr4 49235636 . T C 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.049948;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:71,15:33,9:38,6 -chr4 49268131 . C T 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.014656;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:100,18:56,9:44,9 -chr4 49292167 . T TGGG 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.045585;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:34,2:18,8 -chr4 49298009 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.028693;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:9,1:14,7 -chr4 49504533 . G A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.032041;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:19,6:26,4 -chr4 49521658 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.029111;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:59,11:35,9:24,2 -chr4 49538737 . C T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.027785;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:72,11:39,4:33,7 -chr4 49539297 . G A 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.030851;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:91,17:60,11:31,6 -chr4 49546529 . C G 0 PASS DP=388;GPV=1;SPV=0.043726;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:174,27:61,11:113,16 -chr4 49580423 . C G 0 PASS DP=466;GPV=1;SPV=0.036691;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:193,24:83,11:110,13 -chr4 49623761 . G C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.017246;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:23,3:18,3 -chr4 49893743 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.040622;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:6,1:29,3 -chr4 50431596 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 -chr4 50600013 . C T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 -chr4 50644126 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.30924;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:19,3:2,0 -chr4 51059315 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.013215;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,8:8,1 -chr4 51574080 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr4 51895201 . TA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010272;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,3:11,7 -chr4 55629615 . CAAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:2,4:4,1 -chr4 56545718 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:4,3:3,1 -chr4 56548991 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,2:3,3 -chr4 57021485 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,4:2,4:0,0 -chr4 58752969 . ATT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,3:7,3 -chr4 59130721 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0014606;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,14:5,8:7,6 -chr4 60066131 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,4:3,1 -chr4 60220865 . G GTGTATATATA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.021263;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 -chr4 60696202 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0020609;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:17,8:13,3 -chr4 61893112 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,4:1,1:6,3 -chr4 62980752 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.3946e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:6,8:9,4 -chr4 63086068 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0064344;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:4,2:12,3 -chr4 63351189 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.6179e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,17:5,6:9,11 -chr4 63535392 . C G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 -chr4 63536748 . GACAA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:5,2:9,2 -chr4 64155422 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,3:0,1:0,2 -chr4 64351087 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1 -chr4 64610087 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00042022;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:15,6:12,4 -chr4 64880892 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0012514;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,2:4,3 -chr4 65045263 . T TAAGAAGAAGAAGAAG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,5:14,3:8,2 -chr4 65317488 . A AT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,2:11,2 -chr4 65681947 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.5244e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,6:7,3 -chr4 66516477 . G GTA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,5:3,4 -chr4 67371441 . G GTGTGTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.065489;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:10,1:7,3 -chr4 67604809 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=4.5525e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:6,9:16,7 -chr4 68041060 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0025253;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,2:4,8 -chr4 69526108 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:4,4:3,1 -chr4 70837563 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,4:0,2:4,2 -chr4 72007650 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.5329e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:6,10:5,4 -chr4 73644879 . GGT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:5,4:2,1 -chr4 74917072 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:0,4:2,1 -chr4 75187112 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:2,1:8,3 -chr4 76091679 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:2,5:1,1 -chr4 76336181 . CAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.018485;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:7,9:3,2 -chr4 76646225 . A AATAAATATAT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:9,7:5,1 -chr4 76918351 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.011197;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:17,4:23,4 -chr4 78872303 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 -chr4 79303076 . TTATATATATATATA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:4,3:0,1 -chr4 80060190 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00018954;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,7:6,2 -chr4 80868907 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.031591;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,4:10,1 -chr4 81366582 . A AAAACCGACC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.053727;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,2:15,3 -chr4 83521118 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.021691;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:1,1:10,4 -chr4 85875093 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,4:2,2 -chr4 87022662 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.33319;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,2:14,2 -chr4 87197952 . G GTAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.013933;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,8:7,1 -chr4 90007095 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0080725;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:13,7:6,3 -chr4 90796417 . TTA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.020897;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,10:8,7:8,3 -chr4 91766222 . C CTA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,7:3,5:6,2 -chr4 91782584 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chr4 92073528 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.8161e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:2,5:10,5 -chr4 92708101 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0044785;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,4:11,3 -chr4 92958866 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.3655e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:9,4:5,8 -chr4 93371741 . C CT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 -chr4 94418545 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00015299;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:9,5:5,6 -chr4 94524368 . CAAAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:2,4:0,1 -chr4 95087259 . CATAT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.015001;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,1:10,3 -chr4 95087265 . CTTCTAATCAATT C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.018519;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,1:11,3 -chr4 95890247 . TTA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,4:4,3 -chr4 96292651 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1124;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:12,1:14,2 -chr4 98754508 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0072285;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:21,6:11,2 -chr4 100568361 . C CAAAAAAAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:2,4:0,0 -chr4 100836100 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=1.4836e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,14:5,2:2,12 -chr4 102908195 . CTT C 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.033882;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,13:32,5:24,8 -chr4 104464362 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.016858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,5:2,1 -chr4 105099523 . G GAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0010365;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:6,3:3,6 -chr4 107234720 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0073297;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,5:3,2 -chr4 108230622 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.02902;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:18,3:14,2 -chr4 109430064 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:1,4:0,1:1,3 -chr4 111078136 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=2.2678e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:5,5:9,9 -chr4 112224517 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:1,1:3,1 -chr4 113205235 . C CAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:2,5:3,1 -chr4 113856891 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.010227;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:12,4:9,3 -chr4 117227836 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0012555;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:8,4:12,6 -chr4 117610365 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,4:2,2:2,2 -chr4 118451984 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0063218;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:4,3:4,3 -chr4 119835931 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.01246;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,5:6,2 -chr4 120099655 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0001095;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:9,6:6,6 -chr4 120560931 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,2:4,1:2,1 -chr4 121124888 . AGG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:15,3:5,1 -chr4 121145979 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0012203;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:12,3:5,5 -chr4 121162601 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.7819e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:8,3:6,11 -chr4 121427233 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.014324;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,2:9,3 -chr4 125180690 . AAG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:7,3:1,1 -chr4 130548221 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:16,2:2,2 -chr4 131741404 . A G 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.015965;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:74,10:42,3:32,7 -chr4 132151879 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0024544;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,2:9,5 -chr4 132956792 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01208;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 -chr4 133766670 . G GA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:21,3:6,1 -chr4 134154324 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=5.0667e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,18:6,9:3,9 -chr4 134230518 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0018725;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:13,5:15,6 -chr4 134599757 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.1146e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:10,5:8,10 -chr4 134628423 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.028003;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:9,2:12,3 -chr4 135232343 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.1173e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,5:7,6 -chr4 135424024 . A ATTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0003147;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,10:0,6:1,4 -chr4 136353407 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0023953;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:9,6:1,3 -chr4 137294181 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,3:2,1:1,2 -chr4 137486932 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,3:11,1 -chr4 137728455 . AT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.1199e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:8,17:6,13:2,4 -chr4 140764434 . GAAA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.050152;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,2:9,2 -chr4 141070820 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0044568;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:4,3:11,2 -chr4 141070845 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0032451;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,3:9,2 -chr4 142571089 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0035559;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:6,7:2,3 -chr4 143147103 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0018182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,6:9,1 -chr4 145488476 . TTG T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0023616;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:7,10:9,5 -chr4 145740240 . CAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 -chr4 147060358 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.004949;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,8:6,3 -chr4 148104340 . T TGTTTTGGTTTG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,2:8,2 -chr4 148589700 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.7714e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:15,6:6,6 -chr4 148749498 . GA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,6:6,5:2,1 -chr4 149703913 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00076774;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,4:8,5 -chr4 149861290 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00010405;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,3:5,6 -chr4 149995142 . A AAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,1:9,3 -chr4 150108246 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.6371e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:8,7:11,7 -chr4 150733578 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,5:8,3:2,2 -chr4 155825297 . T TAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=3.507e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,12:2,9:2,3 -chr4 157525468 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0010012;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:14,4:5,4 -chr4 158429863 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,2:8,2 -chr4 159198271 . CTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:0,1:7,4 -chr4 159340667 . CCA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016809;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,2:4,4 -chr4 162333631 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0012565;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:14,5:9,6 -chr4 162717143 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,4:4,2:6,2 -chr4 163590057 . G GGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:5,5:5,1 -chr4 163812152 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.002657;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,6:12,6 -chr4 164354726 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.079656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 -chr4 164541450 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.4158e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:8,6:6,5 -chr4 164939267 . CAAA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0092274;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:11,26:5,17:6,9 -chr4 165690124 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:0,2:1,2 -chr4 166578529 . TA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05848;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,2:3,2:0,0 -chr4 168959565 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,2:3,2 -chr4 169892545 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0027776;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:7,4:2,5 -chr4 170222811 . G GGTGT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010538;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,10:6,8:1,2 -chr4 170486385 . A ATG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,4:1,2:2,2 -chr4 172069553 . A ATG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0046252;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,2:3,3 -chr4 173497650 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0034325;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:3,5:2,1 -chr4 173868968 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=5.9337e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:12,9:11,11 -chr4 174110292 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=3.79e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,7:6,2 -chr4 174609558 . C CTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:6,3:3,1 -chr4 175490507 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0022052;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,5:4,3 -chr4 175953008 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=1.298e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,17:4,10:6,7 -chr4 177184945 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,5:4,4:1,1 -chr4 177184947 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,4:5,3:2,1 -chr4 178472657 . T TAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019346;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:7,5:6,3 -chr4 178673782 . A ATGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1 -chr4 178822382 . GA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0031364;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,3:9,8 -chr4 178822384 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:9,3:12,3 -chr4 179450058 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.033794;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2 -chr4 179538614 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021744;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,1:13,4 -chr4 181791460 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=4.0902e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:10,9:6,7 -chr4 181803954 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:2,1:3,1 -chr4 185076265 . TA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,2:0,1:3,1 -chr4 185093140 . CTTT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 -chr4 185239771 . TTTC T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.004102;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,3:12,5 -chr4 185239776 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.034496;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,2:9,3 -chr4 186929943 . C CAAAAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.029503;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,7:12,5:3,2 -chr4 187027218 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:9,5:9,1 -chr4 188130754 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0040588;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2 -chr4 189197004 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0060655;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:10,3:14,6 -chr4 189693572 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,3:2,2 -chr4 190097105 . C T 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.016545;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:82,15:30,8:52,7 -chr4 190108463 . C A 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.017876;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:121,17:65,7:56,10 -chr4 190117450 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.05337;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,2:12,4 -chr4 190203701 . C T 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.044094;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:57,12:21,4:36,8 -chr5 786736 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.025784;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:13,5:5,2 -chr5 787732 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.042625;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:27,4:20,6 -chr5 801057 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.017545;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:16,5:6,5 -chr5 834381 . C T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.031495;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:32,5:26,6 -chr5 1291685 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,4:1,2 -chr5 2925045 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=4.4743e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:14,7:9,8 -chr5 3067337 . TTTTC T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5 -chr5 3281558 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:14,2:13,3 -chr5 3660148 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 -chr5 4075662 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:4,3:6,8 -chr5 4111044 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=7.9674e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:12,20:6,11:6,9 -chr5 4295528 . AC A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0002482;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:9,4:5,8 -chr5 4435548 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=8.1326e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,13:3,5:7,8 -chr5 7995134 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=9.3592e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:9,6:5,5 -chr5 8994427 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.9341e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:5,7:11,5 -chr5 9035959 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,7:1,6:1,1 -chr5 9724344 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0065088;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,11:5,7:4,4 -chr5 11736626 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.021989;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:10,6:18,5 -chr5 13300269 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0067708;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:7,4:16,3 -chr5 13421330 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr5 13554519 . CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0018511;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,7:0,1:1,6 -chr5 15904349 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.4125e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:6,5:6,6 -chr5 17065219 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=4.7807e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:7,5:6,5 -chr5 17067679 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,5:0,2:0,3 -chr5 18035622 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.088868;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,1:19,3 -chr5 18311530 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00010063;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:9,7:13,8 -chr5 19382649 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:1,1:2,4 -chr5 20463302 . GA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00058624;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:6,4:5,7 -chr5 20646319 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0127;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:5,1:10,7 -chr5 21488938 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.015769;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:16,4:11,3 -chr5 21875683 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,3:7,1 -chr5 22523981 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011783;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,4:2,1 -chr5 24198074 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,4:6,4 -chr5 24913764 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,3:13,1 -chr5 25117122 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1 -chr5 25848929 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00081542;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,5:8,4 -chr5 29310817 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00029784;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,7:6,2 -chr5 30426114 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.032225;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,3:8,1 -chr5 30426139 . AG A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.018352;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,4:11,1 -chr5 30474110 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02066;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,4:2,1 -chr5 30756258 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0004914;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:7,2:10,7 -chr5 30978445 . G GTGTGTATATATATATA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:2,1:10,4 -chr5 31577922 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0074736;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,1:11,5 -chr5 31684563 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00084538;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:5,6:5,5 -chr5 31794393 . CTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:1,5:4,1 -chr5 32330471 . C CGTGTGCATGTGTGCACAT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0036088;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:7,2:12,9 -chr5 32994567 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:9,4:1,1 -chr5 34188039 . C T 0 PASS DP=449;GPV=1;SPV=0.0034144;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:237:197,40:101,16:96,24 -chr5 35337023 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011736;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:10,4:13,2 -chr5 35714680 . T TTTTA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00062385;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:7,10:6,4 -chr5 36663380 . A ATTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,2:6,2 -chr5 37392177 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=1.3766e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,11:3,8:4,3 -chr5 39971756 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,4:8,3 -chr5 40790526 . T TC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.062457;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:7,3:13,2 -chr5 41496627 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02002;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:10,8:2,1 -chr5 42735836 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.036877;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,1:11,7 -chr5 42925502 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,3:2,1:1,2 -chr5 43731181 . C CTCT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,2:3,3 -chr5 43938390 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=3.26e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:4,13:2,8:2,5 -chr5 46173991 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.1324e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:3,6:10,5 -chr5 46384061 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.5801e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:8,11:7,2 -chr5 46625466 . T A 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.031626;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:204:175,29:80,13:95,16 -chr5 47119184 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.038786;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:11,3:21,2 -chr5 47119442 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011316;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,4:4,5 -chr5 47141678 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 -chr5 50132477 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr5 50141734 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:15,3:1,3 -chr5 50142658 . C G 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.0086507;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:102,18:63,13:39,5 -chr5 50143548 . A T 0 PASS DP=435;GPV=1;SPV=0.038728;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:170,31:72,18:98,13 -chr5 51103574 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=6.5361e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:13,9:5,4 -chr5 52439551 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.037381;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,2:14,2 -chr5 53598043 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,3:10,1 -chr5 53601186 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0027946;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,4:10,5 -chr5 53658784 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:8,4:3,1 -chr5 56135351 . CTTTCT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,1:4,5 -chr5 56341091 . G GT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 -chr5 57138557 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,1:0,3 -chr5 57458000 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:1,3:9,6 -chr5 57719698 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.035343;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:11,2:5,3 -chr5 58088476 . AAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2 -chr5 58625856 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,5:6,4 -chr5 62636219 . GT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:4,4:0,2 -chr5 63267550 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,5:8,3:7,2 -chr5 65223801 . A ATT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:15,3:2,1 -chr5 65321738 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0070913;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,4:3,6 -chr5 66259639 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,4:7,3 -chr5 66648034 . ATGTGTGTGTGTGTGTG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:8,3:3,1 -chr5 68527167 . AT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025729;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,3:12,2 -chr5 69151114 . T TAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0079853;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,6:6,5:6,1 -chr5 69673590 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr5 70081412 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr5 72704906 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00026317;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,2:4,6 -chr5 73938160 . C CCACACACACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,10:6,6:1,4 -chr5 74503607 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035604;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:10,2:5,4 -chr5 74748880 . TA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020407;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:2,3:10,3 -chr5 74914922 . TGTG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,5:3,3 -chr5 75750741 . C CATTCATCTATCTATCT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.031169;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,4:10,6 -chr5 76778462 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,3:1,2:1,1 -chr5 77225848 . G GCA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0054795;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,5:5,5 -chr5 77794886 . GC G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0014231;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,3:1,2 -chr5 78768352 . C CTTTTTTTTTTTCT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.024462;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:4,2:6,2 -chr5 80178537 . A ATT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:1,3:2,1 -chr5 80182555 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 -chr5 80738651 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0015905;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,4:6,3 -chr5 81618308 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,1:4,4 -chr5 81798603 . G GCA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:7,3:4,1 -chr5 82186593 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:0,0:1,2 -chr5 82473017 . TATATATTATC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,2:4,2 -chr5 82473099 . TTATAA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0078894;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:4,2:9,3 -chr5 82979395 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,2:7,2:0,0 -chr5 85103160 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,5:3,4:4,1 -chr5 85555745 . C CTATATATATA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:2,3:2,1 -chr5 85980904 . C CAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:2,4:3,1 -chr5 86041764 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 -chr5 94847684 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11053;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:1,1:4,1 -chr5 96954713 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,1:6,3 -chr5 98280732 . G GGATAGATAGATA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:6,3:3,3 -chr5 98911146 . A AATATATAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:3,2:2,2 -chr5 98996250 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=4.4713e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:6,6:9,8 -chr5 102138395 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.04308;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,3:4,2 -chr5 103865661 . G GGTGTGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2 -chr5 107659496 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0012716;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,11:2,6:4,5 -chr5 109202422 . ATG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.042283;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:7,1:6,2 -chr5 109342265 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr5 110524408 . AAAG A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,5:9,2:4,3 -chr5 112889829 . A ATT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,8:1,4:3,4 -chr5 114236398 . T TAATTCAATTAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018956;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 -chr5 114891042 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.7528e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:9,12:8,6 -chr5 116688375 . G GTATC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:0,0:4,2 -chr5 117585075 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.004119;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:4,7:3,1 -chr5 117638790 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.098039;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,2:2,1:2,1 -chr5 118850309 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=2.8354e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:2,8:3,1 -chr5 119894971 . G GGTGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0079383;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:6,4:3,4 -chr5 120518564 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.016617;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:6,5:5,6 -chr5 121493096 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.020557;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,6:5,4:5,2 -chr5 122461669 . GT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00027871;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,7:2,4:2,3 -chr5 125196155 . C G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.024679;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,3:5,3 -chr5 125276936 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0013275;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 -chr5 126517357 . A ATT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0016018;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,10:3,8:1,2 -chr5 126954199 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091635;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:11,6:6,2 -chr5 127921100 . A AAGGAAAGGAGAAAGGAG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,3:9,1 -chr5 129498798 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 -chr5 129816647 . A ACG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.019748;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:6,8:11,3 -chr5 130083941 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.02651;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,2:12,5 -chr5 132123273 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1 -chr5 134544329 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.2583e-10;SS=2;SSC=92;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,20:3,9:10,11 -chr5 134594308 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:1,2:7,5 -chr5 135093687 . T TTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:6,7:7,1 -chr5 136046402 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0019282;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:9,6:10,1 -chr5 136048771 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00091602;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,5:9,2 -chr5 136723206 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,3:3,1:2,2 -chr5 137065227 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.36264;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:3,3:5,1 -chr5 137473356 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00073711;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:12,5:6,4 -chr5 138195699 . G GTA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.040316;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,2:4,2 -chr5 141792627 . C CAAAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,5:7,4:4,1 -chr5 144278485 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:2,7:6,1 -chr5 145152125 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0217;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,4:6,2 -chr5 146271565 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00029342;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:5,5:12,4 -chr5 146271566 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.1801e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:4,4:11,6 -chr5 146989276 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 -chr5 147027634 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0054348;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,7:5,4:3,3 -chr5 147249908 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,4:2,1 -chr5 147604800 . TTTA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,9:3,4:10,5 -chr5 149809275 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:10,3:6,3 -chr5 151238956 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,1:14,3 -chr5 151384249 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0040413;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,4:13,3 -chr5 152714933 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=7.4643e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:8,8:5,4 -chr5 153648838 . A AC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.039018;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,1:4,9 -chr5 155108106 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.5408e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:7,5:14,12 -chr5 156631460 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,6:4,1 -chr5 157064339 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.019016;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:9,4:4,2 -chr5 157448096 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr5 158502028 . GTA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.033472;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:7,2:8,6 -chr5 158586147 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,2:1,1:4,1 -chr5 160063966 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.004662;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,5:0,4:0,1 -chr5 160075805 . TA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:3,4:3,2 -chr5 160249765 . AAAATAAATAAATAAATAAAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0093762;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,3:6,5 -chr5 161177701 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00048277;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,3:8,5 -chr5 161700455 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:14,2:19,4 -chr5 163329002 . ACACACACACACACACACACATC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr5 164428259 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00116;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:16,5:9,3 -chr5 165866760 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=7.4709e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,4:8,10 -chr5 166426334 . ATTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,4:1,4 -chr5 167070107 . A ATATTTATTTATT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,7:1,4:2,3 -chr5 168334430 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0022813;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,6:7,3 -chr5 169328955 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016081;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,5:12,2 -chr5 170918403 . T TACACACACAC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016633;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,6:7,3 -chr5 171276918 . TAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:3,5:2,1 -chr5 171339649 . AT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00024587;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:4,2:11,7 -chr5 172223586 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1 -chr5 172610316 . G GCACACACACACACA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0033988;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,5:5,2 -chr5 174382247 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,4:6,4 -chr5 174818008 . G GGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:6,3:7,1 -chr5 175874420 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.0986e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:7,7:3,8 -chr5 175999344 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,5:5,1 -chr5 176628407 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.6996e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,6:4,6 -chr5 177854131 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.025973;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:6,5:16,1 -chr5 178530930 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.044629;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,3:15,1 -chr5 178804228 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0083519;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,8:4,1 -chr5 178823181 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0012285;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,6:2,2 -chr5 179156359 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023692;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:7,6:4,4 -chr5 179510765 . C CA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:0,3:4,1 -chr5 180360305 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0094281;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,1:11,4 -chr5 180617169 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.093333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr6 2326994 . TATATA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.39766;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,4:7,3:6,1 -chr6 5007386 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024548;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,3:8,2 -chr6 5176066 . A AGT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0028726;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,15:10,11:9,4 -chr6 7021565 . TTG T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,3:5,3 -chr6 7021611 . A AC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,3:6,3 -chr6 7933569 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027836;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 -chr6 8567024 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016203;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,1:7,7 -chr6 9525052 . AAAAAAC A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 -chr6 9676581 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00097732;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,1:8,7 -chr6 13409149 . G GAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.014666;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:4,1:0,4 -chr6 13409930 . AAAAAAAAAAAG A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:4,1:0,7 -chr6 14858616 . T A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,3:2,1:3,2 -chr6 14989974 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.041509;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,6:11,4 -chr6 15980662 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:3,1:2,1 -chr6 17493775 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0094843;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,11:6,7:3,4 -chr6 18887884 . TGG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,2:1,1:2,1 -chr6 18929526 . G GTACATATACATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.035015;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,1:5,4 -chr6 19174803 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0029252;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:3,7:6,5 -chr6 19613513 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00019519;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:11,4:8,7 -chr6 19787417 . A ATT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,4:4,1 -chr6 19810897 . TTA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:17,3:16,1 -chr6 21114247 . CAAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,1:2,3 -chr6 22371326 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00034904;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,8:7,3 -chr6 22608659 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042577;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:18,4:12,1 -chr6 22849274 . A ATGTGTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,5:6,2 -chr6 22980709 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=9.2147e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:8,8:6,6 -chr6 23288756 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,3:2,2:4,1 -chr6 23288758 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,3:2,2:4,1 -chr6 26440809 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.07563;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:9,2:15,2 -chr6 27485579 . CG C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 -chr6 27567279 . T TAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:7,3:4,1 -chr6 27718696 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,1:8,3 -chr6 27764016 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2 -chr6 28808465 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,3:7,8 -chr6 29123667 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.020274;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:10,3:15,2 -chr6 29317941 . G GTA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:12,5:2,1 -chr6 30022323 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,1:4,3 -chr6 30135216 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,8:1,6:1,2 -chr6 30373939 . CTTCT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:1,1:6,4 -chr6 31619069 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,1:6,3 -chr6 32392502 . A AG 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 -chr6 33556655 . T TTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,2:5,2 -chr6 34840391 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.015182;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 -chr6 34850013 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0034865;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,4:7,4 -chr6 34991735 . TATATATAC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,3:4,1 -chr6 35273722 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,8:3,1 -chr6 36933211 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.003791;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:10,4:12,5 -chr6 38830634 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.004902;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,2:2,2 -chr6 38873770 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,6:1,3:4,3 -chr6 39979558 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=7.8332e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:8,8:1,5 -chr6 41440255 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:4,3:3,2 -chr6 41568407 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.1994e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:9,23:6,12:3,11 -chr6 41650573 . C CTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:2,3:3,4 -chr6 44642499 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00037668;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:8,3:3,6 -chr6 45302467 . C CAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:1,4:3,2 -chr6 46072236 . GA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.00021109;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:2,6:0,1 -chr6 46332313 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:2,3:10,2 -chr6 48366126 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,3:14,1 -chr6 48897335 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.049719;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:21,2:11,4 -chr6 50424202 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.1474e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:9,7:9,5 -chr6 50810018 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,3:7,3 -chr6 51101673 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033473;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,5:8,1 -chr6 54317392 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044429;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:12,3:11,1 -chr6 54809924 . C CAAGAAAGA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:6,4:5,1 -chr6 57845096 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=3.4748e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:4,6:7,6 -chr6 58216143 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00034756;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:5,10:2,2 -chr6 58236748 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0018544;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:5,7:11,2 -chr6 58406214 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034441;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,1:9,3 -chr6 58407963 . T TTTTATTTATTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0079853;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:5,4:7,2 -chr6 60275841 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.03973;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:7,5:12,2 -chr6 61316474 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=4.3478e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:10,3:7,11 -chr6 63259044 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.065934;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:1,1:1,1 -chr6 63600781 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0079864;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,4:3,3 -chr6 63834638 . C G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.074026;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,3:11,1 -chr6 63863664 . TTTTCTTTTTTC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:3,3:4,1 -chr6 65649137 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,4:3,2 -chr6 66722997 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:2,1:3,1 -chr6 66761648 . CATACAT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:6,2:6,6 -chr6 67787159 . G C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:2,5:0,1 -chr6 67827667 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.9702e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,5:10,8 -chr6 67947687 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=3.1551e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:10,11:7,6 -chr6 68956303 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.013165;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:6,5:16,4 -chr6 70234303 . AC A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 -chr6 70637218 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.03818;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:8,4:5,1 -chr6 71020944 . G GCGCA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,5:6,3:14,2 -chr6 72411671 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.010126;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:15,2:7,5 -chr6 73124976 . TATATACACAC T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:0,1:2,3 -chr6 74276896 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.041988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 -chr6 75326112 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,2:8,2 -chr6 75735448 . C CTCTCTCTCTATATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:4,2:12,2 -chr6 76386785 . C CAAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0020034;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,12:8,8:5,4 -chr6 77097105 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=2.8475e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,16:5,8:4,8 -chr6 77520751 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:6,6:1,3 -chr6 78788156 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,3:0,2:0,1 -chr6 79739208 . TGTGTTA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,8:4,4:7,4 -chr6 81387847 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0031585;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,1:5,5 -chr6 82559691 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:2,5:6,4 -chr6 82723481 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,2:10,2 -chr6 84350069 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00012326;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,5:5,4 -chr6 84630361 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,1:7,5 -chr6 85263223 . T TATACACATATACATATATAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,4:1,1:4,3 -chr6 85799173 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.018226;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,4:4,1 -chr6 85918931 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.7286e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,5:8,6 -chr6 86617490 . TATATATATATAG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,1:5,3 -chr6 86743844 . TG T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.018478;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,2:3,3 -chr6 89242667 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.030475;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,3:6,3 -chr6 90213726 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0015295;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:8,6:11,6 -chr6 91843111 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.03297;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:9,4:15,2 -chr6 92250287 . ATG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,5:4,3:5,2 -chr6 92413584 . AT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00024826;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,9:3,6:3,3 -chr6 92643495 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00012488;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,4:6,6 -chr6 93624766 . A AGG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,6:4,1 -chr6 94088690 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.027862;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:15,4:5,1 -chr6 94711582 . G T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,3:5,1 -chr6 95601716 . ATTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:1,2:4,3 -chr6 96315368 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0003269;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:12,6:5,6 -chr6 96711141 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,4:5,3:2,1 -chr6 97660619 . T TTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0001711;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,13:4,10:4,3 -chr6 98939075 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,4:0,0 -chr6 99095148 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,2:4,1:3,1 -chr6 101109446 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,2:1,1:0,1 -chr6 101109450 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,2:3,1:1,1 -chr6 101133838 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.3997e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,21:7,12:7,9 -chr6 102572805 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00041713;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:3,5:2,1 -chr6 102720122 . A AT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.8311e-06;SS=2;SSC=53;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:7,3:5,8 -chr6 103955036 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=4.0733e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:6,7:4,5 -chr6 105521621 . A AT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.8197e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:8,6:14,7 -chr6 107499161 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0035067;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:12,2:8,6 -chr6 107863971 . CGT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,5:1,1 -chr6 107931487 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:0,1:1,1 -chr6 108718547 . C CTCTCGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0072348;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,6:2,3:2,3 -chr6 109409579 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,5:2,2:8,3 -chr6 109417385 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:0,0:1,2 -chr6 109437548 . CTTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0048077;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:1,3:1,2 -chr6 109822797 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:2,5:1,3 -chr6 110350762 . CAAAAT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00038136;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,6:3,2 -chr6 113069811 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.066e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,16:2,9:5,7 -chr6 113589996 . AG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,2:4,3 -chr6 114750491 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.054945;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:0,4:3,4 -chr6 115825428 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,4:0,1 -chr6 118827497 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0065856;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:11,5:8,2 -chr6 120460510 . GTTATTTTATTTTATTTTATTTTATT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.010538;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:1,6:6,4 -chr6 120532901 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:5,5:3,1 -chr6 121355893 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016422;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:11,7:5,2 -chr6 122846726 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:2,2:2,2:0,0 -chr6 123445642 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,1:5,6 -chr6 125029781 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.7317e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:8,22:6,9:2,13 -chr6 125788698 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0012917;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,3:4,3 -chr6 126816648 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,1:5,2 -chr6 127501003 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0018182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,4:8,3 -chr6 128493560 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:15,1:5,3 -chr6 128637917 . GTTTTTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:3,2:3,2 -chr6 130504622 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0015456;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,13:9,10:1,3 -chr6 130680465 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,5:1,1:2,4 -chr6 131727555 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,6:3,1 -chr6 132442627 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0012081;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,1:5,6 -chr6 132489200 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:4,5:4,2 -chr6 132505739 . T TAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,10:3,8:6,2 -chr6 132757997 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,5:3,4 -chr6 133394291 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:4,2:1,2 -chr6 133792776 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0082071;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:5,3:8,4 -chr6 133948660 . A AAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0039459;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1 -chr6 134180871 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0052761;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,8:2,2 -chr6 134232429 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,8:8,2:0,6 -chr6 134497927 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:5,4:0,0 -chr6 135173464 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,2:11,3 -chr6 136744502 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=3.1333e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:3,8:7,4 -chr6 137898140 . C CA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=8.1928e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,5:7,8 -chr6 138437361 . TATATATATATACAC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,2:6,3 -chr6 138873898 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,3:9,2 -chr6 139243492 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,4:5,5 -chr6 139845378 . C CTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0065492;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:3,5:1,3 -chr6 140361223 . TTGTGTGTGTG T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:1,3:3,4 -chr6 141571986 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.001096;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,4:2,3 -chr6 141644789 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,3:3,1:1,2 -chr6 141919119 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0070234;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,1:3,4 -chr6 142067416 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.2584e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:7,6:6,9 -chr6 142801413 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,3:3,2 -chr6 144290752 . CTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,3:2,2 -chr6 144635138 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:5,8:2,1 -chr6 145242149 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,4:0,2:0,2 -chr6 146818579 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1 -chr6 147666774 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.1994e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:9,23:6,12:3,11 -chr6 148308274 . G GCC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.020196;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:9,1:5,4 -chr6 149253958 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0010096;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,11:2,5:2,6 -chr6 149476819 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.04522;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,2:9,4 -chr6 150483588 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0016865;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,8:1,3:0,5 -chr6 150483601 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 -chr6 150688939 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0073497;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:14,4:6,5 -chr6 150700933 . ATAGCTTGTAT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,4:7,4 -chr6 150700945 . GCTTTATTTCCCATATTTGGGTTA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,4:4,4 -chr6 150968807 . GC G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=1.8763e-06;SS=2;SSC=57;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:3,13:0,5:3,8 -chr6 151605903 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,2:2,1:0,1 -chr6 151852639 . G GTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.016983;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,9:1,5:0,4 -chr6 152364686 . G GAGGA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,4:11,3:4,1 -chr6 153185637 . C CTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.004995;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:1,3:0,1 -chr6 153963149 . TTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTTC T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0045767;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,4:0,2 -chr6 154003721 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,7:1,5:1,2 -chr6 154740625 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.027751;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,2:5,3 -chr6 155742675 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.035158;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,7:8,1 -chr6 157122423 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0047599;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,3:9,3 -chr6 157263058 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.881e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:5,6:7,9 -chr6 157730215 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,3:1,2:2,1 -chr6 158978725 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.9545e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,16:3,7:5,9 -chr6 159547211 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,1:5,5 -chr6 159654588 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018966;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,6:5,5:6,1 -chr6 160576410 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,3:0,1:0,2 -chr6 160932467 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:17,1:10,3 -chr6 161443896 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0015405;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,4:10,5 -chr6 161568972 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0035931;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:9,3:9,4 -chr6 162650315 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01064;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,2:10,3 -chr6 163846289 . GTT G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:5,6:1,2 -chr6 163917572 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.0747e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:11,4:10,11 -chr6 164777257 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.979e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:6,6:11,6 -chr6 165890076 . A C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr6 166942058 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,5:1,1 -chr6 167175552 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.043127;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:21,3:9,2 -chr6 167178468 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0078321;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,6:11,7 -chr6 167390528 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 -chr6 167660804 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00035539;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,4:6,5 -chr6 167785661 . CAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr6 168088144 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00033054;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,2:10,8 -chr6 168610977 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.01301;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,2:2,4 -chr6 169900320 . GA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 -chr6 170394572 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.029105;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:8,7:14,1 -chr6 170708298 . T G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,1:4,4 -chr7 35473 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:6,3:9,2 -chr7 133047 . CTGT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,2:8,2 -chr7 1327470 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.019243;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:10,4:7,2 -chr7 1996232 . T TC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.047956;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:4,4:9,1 -chr7 2867457 . CCTCT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0029185;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,10:5,9:4,1 -chr7 2943771 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chr7 3213222 . CAAAAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 -chr7 3269884 . G GGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:3,4:6,1 -chr7 3299677 . A AGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.003311;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:3,2:8,7 -chr7 3992327 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,1:21,3 -chr7 4965431 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:6,5:3,2 -chr7 5905902 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 -chr7 6731469 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,4:2,1 -chr7 6743760 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.055494;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,2:8,2 -chr7 8078208 . T TAAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,4:2,1 -chr7 8787468 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.049645;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,3:12,1 -chr7 9006021 . T TCACACACACACACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016311;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,3:7,3 -chr7 9586159 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,6:2,3:4,3 -chr7 11643605 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.096304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,3:18,1 -chr7 15564057 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1 -chr7 16056810 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040008;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:12,4:4,5 -chr7 16478728 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0083111;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:13,5:5,4 -chr7 21178080 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00050723;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:6,9:5,4 -chr7 22526566 . TAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 -chr7 22732290 . TGTGTATATATA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016761;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,3:6,3 -chr7 24215816 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,2:3,2 -chr7 24500287 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,8:1,4:2,4 -chr7 24953942 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00019158;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,17:7,7:6,10 -chr7 25581638 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0074546;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:7,6:8,4 -chr7 26353459 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,2:1,3 -chr7 27705391 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0075692;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,1:7,7 -chr7 28232988 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=9.3485e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,20:5,10:5,10 -chr7 28912826 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,2:2,1:4,1 -chr7 29002866 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,6:3,1 -chr7 29688843 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.15352;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1 -chr7 30486877 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:0,0:12,4 -chr7 31212749 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,4:7,3:6,1 -chr7 32084709 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.040404;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 -chr7 32112846 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:1,2:8,3 -chr7 32511548 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.6068e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:8,9:6,6 -chr7 33048178 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,2:5,1:1,1 -chr7 33196467 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.2409e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:5,6:9,9 -chr7 34327969 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0098662;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:13,6:12,1 -chr7 34652637 . T TTAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,2:11,2 -chr7 36126869 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.7296e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:6,8:8,4 -chr7 37794892 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:4,3:4,1 -chr7 38498811 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.7873e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:4,8:4,5 -chr7 39050234 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.017618;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,3:9,2 -chr7 39559112 . C CTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.013615;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,3:2,4 -chr7 40953503 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0087781;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,6:11,1 -chr7 43898788 . AATTT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0072753;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,13:8,10:7,3 -chr7 43963446 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 -chr7 46616809 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00090437;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:5,6:14,5 -chr7 47766843 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,8:0,2:2,6 -chr7 48051347 . A ATTTTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,5:1,2:0,3 -chr7 48309033 . G GCACACACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0030514;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,5:2,5 -chr7 49379798 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0023233;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:8,8:4,5 -chr7 51943328 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=8.0475e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:4,9:11,3 -chr7 52260968 . G GT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00012013;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,3:12,8 -chr7 52260971 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.3095e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:8,4:13,8 -chr7 54494984 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.13498;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:21,2:15,2 -chr7 54640948 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.045571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:13,4:3,3 -chr7 56526422 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.024581;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:14,3:13,3 -chr7 56596547 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0045549;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,4:4,2 -chr7 56621678 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.8683e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:10,6:13,7 -chr7 56801360 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.079656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,1:12,3 -chr7 56814006 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046683;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:4,2:12,3 -chr7 56883052 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 -chr7 57108080 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:3,3:7,3 -chr7 58074443 . T A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.026749;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:27,3:18,2 -chr7 59230501 . T C 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.034532;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:52,11:30,7:22,4 -chr7 59235792 . C A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.023086;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,4:19,3:6,1 -chr7 60949959 . C T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:58,16:37,11:21,5 -chr7 60996788 . GAGATGAAA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.077337;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:19,2:12,2 -chr7 61158914 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.041502;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 -chr7 61221694 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:13,4:0,0 -chr7 61384046 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0077283;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:4,1:23,10 -chr7 61426250 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:0,0:16,4 -chr7 61458723 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:0,2:5,3 -chr7 61488423 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.030987;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:23,4:2,0 -chr7 61491458 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0071446;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,1:14,4 -chr7 62171994 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.3156e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:4,7:9,6 -chr7 62266337 . C A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.038175;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:15,4:29,7 -chr7 62382114 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.045347;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,7:20,4:15,3 -chr7 63037940 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.1506e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:7,7:9,6 -chr7 63111811 . A ATTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:2,3:5,3 -chr7 63624963 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023051;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:7,5:15,2 -chr7 63627813 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031709;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2 -chr7 63628250 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0063301;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:13,4:16,10 -chr7 63647439 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.035255;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,5:7,2 -chr7 63797093 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,8:0,7:5,1 -chr7 64323008 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00015969;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:4,7:7,7 -chr7 65327229 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=5.5291e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,4:4,5 -chr7 65505802 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,2:6,2 -chr7 66612768 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:1,4:4,4 -chr7 67204543 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:2,2:14,2 -chr7 67501558 . GT G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,3:3,3 -chr7 67734055 . CCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,3:6,1 -chr7 67849899 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:4,3:0,2 -chr7 68320392 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=3.1278e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,13:4,4:6,9 -chr7 68799109 . C G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 -chr7 68848491 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0034541;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,7:12,5 -chr7 69039796 . GT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:2,5:5,1 -chr7 69339334 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011726;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,1:9,4 -chr7 70043547 . CCCTTCCTTCCTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,7:5,3:3,4 -chr7 70992281 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:2,3:10,6 -chr7 72013247 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:10,7:0,1 -chr7 72941450 . T TCGAAG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=6.1321e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:6,5:4,6 -chr7 73123782 . T TCTCTCTCC 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.026801;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:13,1:21,5 -chr7 73265004 . CCTCT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,1:3,4 -chr7 74167335 . C CTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,3:3,3 -chr7 74221410 . CAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0098951;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:5,4:2,3 -chr7 74918935 . TTGTGTGTG T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0063025;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:1,3:1,1 -chr7 75457572 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:19,3:1,1 -chr7 75597739 . C CAAAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,1:3,3 -chr7 76136938 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.021511;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:6,3:5,3 -chr7 77057397 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:16,2:19,2 -chr7 77391125 . C CAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,5:2,4:1,1 -chr7 79136026 . AAG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043486;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:17,4:3,1 -chr7 79200445 . TA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00011224;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,4:7,5 -chr7 81343269 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,6:3,1 -chr7 81360549 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0087227;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:14,3:15,5 -chr7 81498637 . CT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=8.5672e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:8,8:5,3 -chr7 82288424 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:7,2:5,1:2,1 -chr7 82637666 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.584e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:6,8:7,5 -chr7 83246471 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00018019;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:8,8:14,3 -chr7 84826063 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.039412;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,1:6,5 -chr7 84924519 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0010395;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:5,4:12,4 -chr7 85404044 . G GAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.018627;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,13:1,9:0,4 -chr7 85954185 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=5.8193e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:6,8:11,4 -chr7 86322822 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.9498e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:9,6:9,9 -chr7 86427667 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.030104;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,4:6,1:3,3 -chr7 88519600 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0011403;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:8,2:12,5 -chr7 90250187 . GGA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:6,4:3,2 -chr7 91290943 . C CATATATATATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,2:3,2 -chr7 91614359 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=2.0286e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:5,6:2,3 -chr7 92104194 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.008837;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,2:2,4 -chr7 93456882 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00096298;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,2:6,5 -chr7 94025917 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.041455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 -chr7 94518090 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00035634;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:15,6:17,5 -chr7 95267489 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.5161e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,7:6,5 -chr7 95580042 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,3:1,2:0,1 -chr7 96128939 . G GCTCTCT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,5:8,4:6,1 -chr7 96943707 . T TAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:1,1:3,1 -chr7 97467641 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.6688e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:12,7:2,7 -chr7 97897657 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0022599;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:15,7:5,2 -chr7 97973032 . T G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:2,3:2,2 -chr7 99205417 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,2:3,1:0,1 -chr7 99640436 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.6068e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:8,5:6,10 -chr7 100524058 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0054478;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:12,5:16,4 -chr7 100524383 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.030584;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 -chr7 100745033 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=4.5165e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,17:6,8:4,9 -chr7 100975659 . G GGAGCTTAGGGCTGGAGGGGCACAGAGA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.019266;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:14,4:13,4 -chr7 101035091 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.02281;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:13,5:9,5 -chr7 101329607 . A AT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,3:2,3 -chr7 101391892 . T TC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 -chr7 101427660 . T TAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0016432;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:8,6:3,7 -chr7 101740758 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.02882;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,6:8,5:6,1 -chr7 102497912 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 -chr7 102520100 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr7 102580842 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:11,4:0,0 -chr7 102630085 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr7 103603023 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.025988;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:13,1:4,3 -chr7 103817937 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.022239;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:8,3:4,2 -chr7 105247527 . CATAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 -chr7 105645640 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,9:3,3:1,6 -chr7 107249690 . TTGTG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:1,4:1,3 -chr7 109508052 . AAAG A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00076672;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:4,5:7,7 -chr7 113086195 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.042105;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,3:2,2:3,1 -chr7 114051547 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr7 115399375 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00013159;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:6,3:1,5 -chr7 115439497 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:1,2:2,3 -chr7 115974451 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:1,2:2,3 -chr7 117027518 . G GTA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047173;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:6,4:9,1 -chr7 119382397 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00031989;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,5:6,3 -chr7 120503385 . T TGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.032166;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:10,6:8,1 -chr7 121867378 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.537e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:16,11:6,8 -chr7 121892679 . CATATATAT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:3,2:4,3 -chr7 124387962 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,4:4,1 -chr7 125127127 . TAC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0028678;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:2,3:7,8 -chr7 125366962 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.5692e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,6:3,6 -chr7 127214689 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.029272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 -chr7 127579933 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.944e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,6:7,9 -chr7 130451025 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041502;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,3:6,2:0,1 -chr7 130545175 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,2:4,1:1,1 -chr7 134147434 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.024337;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,9:7,4:5,5 -chr7 135791446 . G GTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.25826;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,3:5,2 -chr7 137126173 . TAAAAAAA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 -chr7 137280871 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,6:3,1 -chr7 138700714 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.096616;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:13,2:13,1 -chr7 139385311 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:6,8:1,2 -chr7 141330084 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00094404;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:5,5:8,3 -chr7 141454604 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,1:5,5 -chr7 143572908 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 -chr7 144237581 . A C 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.0069741;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:65,18:25,6:40,12 -chr7 145629802 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=8.6732e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:4,9:7,7 -chr7 145806346 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00017259;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,3:7,6 -chr7 146358022 . T TTTTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0082728;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:7,7:6,3 -chr7 146572264 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:3,8:1,1 -chr7 147547712 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00044867;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,8:8,2 -chr7 147575107 . A ATATG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,2:10,3 -chr7 147659905 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.4178e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,20:9,10:7,10 -chr7 148141034 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.022533;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:9,1:18,4 -chr7 148247629 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0041892;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 -chr7 148598763 . TAGAGAG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,2:0,1:0,1 -chr7 148751563 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:1,7:4,2 -chr7 149215195 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,3:8,1 -chr7 149979189 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0095351;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,1:18,5 -chr7 150072489 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,6:3,2 -chr7 150165496 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0014508;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:1,4:6,5 -chr7 150774725 . C CAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:2,4:4,1 -chr7 151738278 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 -chr7 152693656 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.040169;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,2:8,2 -chr7 153303161 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,4:7,1 -chr7 153705837 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029503;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:8,5:7,2 -chr7 153730136 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,4:10,1 -chr7 154096293 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:13,1:4,4 -chr7 155180011 . TAAAAA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 -chr7 155348782 . TAG T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,4:2,2 -chr7 155348793 . CACATAG C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:11,4:1,2 -chr7 155348801 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,4:2,2 -chr7 155348826 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:10,5:1,2 -chr7 155348831 . TAGAGCACTCATAGAG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:9,5:0,2 -chr7 155919078 . C CGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,10:2,9:1,1 -chr7 156400721 . C CTTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.12821;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:1,1:2,1 -chr7 156610722 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00015824;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:10,5:9,7 -chr7 157954709 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00014422;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:5,6:12,5 -chr7 157995006 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 -chr7 158045866 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chr8 1081796 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.0163e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:6,11:5,5 -chr8 1283033 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,4:1,3 -chr8 1456851 . T TGTGCCAGGCC 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0154;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:15,4:7,5 -chr8 1609424 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,4:7,1 -chr8 2211434 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0012045;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:2,8:8,1 -chr8 2470759 . A T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1 -chr8 2623407 . GAGAGCGCTGAGCGCCA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0072729;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,1:9,6 -chr8 3175483 . TCCTGCCTG T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:1,1:5,9 -chr8 3249798 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=9.7202e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:10,8:4,8 -chr8 3720621 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,4:9,4 -chr8 3819560 . A T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013669;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,2:7,3 -chr8 5246465 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027668;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1 -chr8 5308824 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.1846e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,9:9,6 -chr8 5766212 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.043511;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,2:9,7 -chr8 7294087 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 -chr8 7423063 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.026525;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:22,6:9,5 -chr8 7469467 . C A 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.030329;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:64,17:32,8:32,9 -chr8 7885678 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,2:5,3 -chr8 8066110 . T G 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.021565;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:73,11:29,9:44,2 -chr8 11627296 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.042832;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,3:8,4 -chr8 11641293 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0021522;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,3:6,3 -chr8 12176130 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:4,1:27,6 -chr8 12191738 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.013049;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:11,2:12,6 -chr8 12415019 . T C 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0093436;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:50,18:35,12:15,6 -chr8 12504775 . G T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.025272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:66,8:31,7:35,1 -chr8 12524232 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.045253;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:12,1:11,7 -chr8 12550602 . C A 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.021273;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:85,21:41,11:44,10 -chr8 12551039 . G A 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.020361;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:92,22:42,13:50,9 -chr8 12563407 . T C 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.029034;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:114,20:47,8:67,12 -chr8 12596345 . C T 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.045664;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:104,17:64,12:40,5 -chr8 12596504 . C A 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.00016521;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:94,30:47,14:47,16 -chr8 13248244 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0016044;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:10,5:12,4 -chr8 14408969 . GTGCA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,3:14,1 -chr8 14519067 . TA T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.057027;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:11,2:15,4 -chr8 14575913 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015718;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:4,6:1,1 -chr8 14762624 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.7819e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:6,6:8,8 -chr8 15292481 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00048101;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,9:4,3 -chr8 15443336 . T TTG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:6,2:3,3 -chr8 16803010 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:1,3:1,1:0,2 -chr8 16944916 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.01047;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,2:8,5 -chr8 17322942 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.01132;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr8 17439426 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,4:11,1:6,3 -chr8 21095590 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=7.4135e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:4,7:8,4 -chr8 21529509 . A AGT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.022922;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:3,3:18,2 -chr8 21533378 . GAA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:9,4:1,2 -chr8 21772682 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00032906;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:4,2:8,9 -chr8 23480847 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00011387;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,6:8,5 -chr8 24218765 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=6.4776e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:5,7:7,8 -chr8 24548351 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0068026;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:4,5:0,1 -chr8 25912466 . G GCACACACACA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:4,5:1,1 -chr8 26680339 . CTCTCTCTTTCTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:4,1:14,3 -chr8 26691587 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,6:2,3:7,3 -chr8 27200594 . GCA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022413;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,3:6,5 -chr8 27251900 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.01219;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:13,2:14,4 -chr8 27257459 . AACACACAC A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:1,3:5,5 -chr8 28022157 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,2:1,2 -chr8 28293162 . TA T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.059571;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,6:7,2 -chr8 28320096 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:2,1:4,1 -chr8 30375913 . G GAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00074811;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,9:4,5:2,4 -chr8 30661150 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0029095;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:14,4:14,5 -chr8 31096744 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00021796;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:4,3:6,7 -chr8 32132185 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.3453e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:11,8:7,5 -chr8 32662515 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.8159e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:11,8:9,10 -chr8 33195381 . A ATG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:4,4:4,3 -chr8 33519082 . TC T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:17,2:8,3 -chr8 34484897 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.006844;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:12,3:13,4 -chr8 34728271 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0056882;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,3:9,3 -chr8 35474387 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00020504;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:14,8:16,6 -chr8 36156511 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.02969;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,1:8,3 -chr8 36599288 . AATATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:1,5:3,1 -chr8 43520908 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.016248;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:19,4:11,2 -chr8 43844204 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.2649e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:10,4:9,12 -chr8 43850604 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2 -chr8 44080375 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr8 44316208 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 -chr8 44523758 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr8 45339224 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:9,5:0,1 -chr8 46226517 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0042664;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,3:8,1 -chr8 47066875 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:7,8:2,1 -chr8 48017378 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011495;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,6:11,1 -chr8 50660426 . GAAGA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,4:0,4:0,0 -chr8 51217130 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=3.8791e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:3,10:9,5 -chr8 51356497 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00014733;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,14:2,11:6,3 -chr8 51397755 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0009828;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,3:5,5 -chr8 53451451 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,1:11,3 -chr8 53468932 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00084928;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,4:9,5 -chr8 53706295 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.548e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:12,10:7,8 -chr8 54216289 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018761;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,3:13,3 -chr8 55552407 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.8916e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:8,3:9,10 -chr8 55746317 . C CAAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0055944;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,8:0,7:1,1 -chr8 56082376 . T TTTTG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.032696;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,7:5,1:7,6 -chr8 56137576 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,4:8,2:6,2 -chr8 56837298 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.054928;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,3:9,1 -chr8 58078547 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 -chr8 60192939 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:1,4:1,3:0,1 -chr8 60293496 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.0635e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:9,5:8,10 -chr8 60391531 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:7,3:7,2 -chr8 63551197 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.20221;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,7:4,5:4,2 -chr8 64075846 . C CT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.019655;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,7:14,6:10,1 -chr8 64621734 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0041541;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,4:5,4 -chr8 64689465 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077856;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:17,3:13,1 -chr8 66285220 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,2:5,1:2,1 -chr8 66677212 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=5.9904e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:4,6:9,9 -chr8 69729446 . CAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:2,3:2,2 -chr8 70442097 . G GA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 -chr8 70493053 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0012176;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:8,3:6,9 -chr8 71790704 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 -chr8 72151514 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02002;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,4:4,5 -chr8 72182016 . T TAGATAGATGATA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,10:3,5:1,5 -chr8 72197763 . CAT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2 -chr8 74401141 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,2:10,2 -chr8 75102759 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:1,1:4,1 -chr8 75105266 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,1:5,3 -chr8 77785927 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00162;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,1:6,4 -chr8 77824395 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:4,3:13,1 -chr8 78843814 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0432;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,3:13,1 -chr8 79688530 . TA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016731;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,1:7,4 -chr8 81726706 . C CTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0037707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:3,6:0,1 -chr8 82384510 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=5.2411e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:5,7:6,6 -chr8 85567765 . CAT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.047273;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,2:8,2 -chr8 85575297 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=8.756e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:5,7:11,4 -chr8 85650554 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1 -chr8 85653042 . C G 0 PASS DP=482;GPV=1;SPV=0.03412;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:202,26:84,12:118,14 -chr8 85769882 . C T 0 PASS DP=329;GPV=1;SPV=0.03173;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:133,24:4,1:129,23 -chr8 85774081 . G T 0 PASS DP=1398;GPV=1;SPV=0.037656;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:682:608,73:284,20:324,53 -chr8 85774470 . A T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.0052014;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:67,14:6,6:61,8 -chr8 85963127 . A AGTGTGT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0027697;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,5:2,5 -chr8 87753303 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,5:1,2 -chr8 88578361 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.3986e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:8,11:11,10 -chr8 88647557 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02791;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:13,2:13,4 -chr8 90416172 . A AAAAAAAACAAAAAC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:7,1:6,3 -chr8 90721358 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00014106;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:11,8:8,6 -chr8 93394841 . C CG 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0011596;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:9,5:13,3 -chr8 93453316 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.01454;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,2:10,4 -chr8 96854555 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.025565;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,2:3,3 -chr8 97998519 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,10:2,8:2,2 -chr8 98133049 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 -chr8 98224755 . C CTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,6:0,4:0,2 -chr8 99772206 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:3,4:8,5 -chr8 101025452 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016601;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,3:3,1 -chr8 101196244 . T TATGG 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.047969;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,4:6,2 -chr8 101515176 . G GCACACACACA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03733;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,5:2,1 -chr8 102396661 . CACACATAT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,10:8,5:6,5 -chr8 103059898 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.011905;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,3:0,2:0,1 -chr8 103081487 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015475;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,6:5,3 -chr8 104118370 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.01322;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:7,5:5,3 -chr8 105330625 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:3,2:3,3 -chr8 108098163 . G GGAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027634;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:2,4:0,0 -chr8 108608315 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,5:0,3:5,2 -chr8 111208276 . CAT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,6:2,4:0,2 -chr8 111492590 . G GT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00024776;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:9,8:12,2 -chr8 111934396 . TA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.016282;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:15,2:13,4 -chr8 113327769 . TA T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.01107;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:17,5:17,6 -chr8 113984641 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,5:0,1:2,4 -chr8 116508940 . T TTGTGTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,7:5,5:4,2 -chr8 116756383 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.023708;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:13,3:9,3 -chr8 117052992 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.2234e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:13,9:9,8 -chr8 119498425 . TATATATATATGGGAAG T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,2:5,7 -chr8 119498452 . CAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0055997;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:3,2:4,7 -chr8 122382785 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=2.9161e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:7,9:8,6 -chr8 122394427 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0064629;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:8,10:6,5 -chr8 122591787 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.026826;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,8:10,2 -chr8 124399901 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,3:3,5 -chr8 124399913 . TCTTA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,2:4,8 -chr8 126682726 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.049272;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:14,2:7,3 -chr8 126682727 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.018191;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:13,3:7,3 -chr8 127984837 . TTTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.032371;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:3,3:13,3 -chr8 127985196 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00049976;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,5:6,5 -chr8 128710036 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,3:3,2 -chr8 132242402 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.5408e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:9,5:12,12 -chr8 132409460 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:8,5:7,2 -chr8 133977912 . A AGTGTGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:6,4:6,3 -chr8 135402902 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.6444e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,3:4,6 -chr8 135691606 . TA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0015637;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,6:7,1 -chr8 135769197 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020376;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,3:7,4 -chr8 136020188 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00014106;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:8,11:11,3 -chr8 136702035 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,2:4,1:3,1 -chr8 136891951 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1868e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,22:8,7:5,15 -chr8 137247376 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=4.0261e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,11:8,3 -chr8 137618002 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0051097;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:10,2:10,4 -chr8 137962213 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=7.1707e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,8:6,8 -chr8 138066493 . ATATATATATATATT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,3:2,3 -chr8 138281099 . GA G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.022285;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:12,2:14,3 -chr8 138309986 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.0935e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:9,3:7,11 -chr8 140502381 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00706;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:8,5:11,3 -chr8 141497158 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr8 141813792 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 -chr8 142222102 . C CATT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,5:0,3:0,2 -chr8 142483734 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr8 142589725 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:6,2:0,0 -chr8 143728958 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.15e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,4:7,7 -chr9 141308 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0098105;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,1:4,4 -chr9 448271 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0088091;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:5,2:13,3 -chr9 2686086 . C CATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 -chr9 6176302 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,4:4,3:3,1 -chr9 6820714 . CTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,4:5,3 -chr9 8483801 . CAA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:26:1,7:1,2:0,5 -chr9 9352327 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016809;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,6:10,3:1,3 -chr9 10643562 . CT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,1:12,3 -chr9 10962039 . A AC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0057228;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,5:0,2:6,3 -chr9 11220595 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0062893;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:4,3:13,2 -chr9 12587153 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:9,5:9,9 -chr9 12677964 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,4:8,1:6,3 -chr9 12677966 . A AATAAAAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:8,1:6,3 -chr9 13418779 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03024;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,1:6,3 -chr9 13629642 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00077986;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,3:8,5 -chr9 14417774 . G GT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:10,7:0,2 -chr9 15494565 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:2,6:2,1 -chr9 15569846 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,3:0,0:2,3 -chr9 17764719 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01205;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:0,1:9,6 -chr9 18626916 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,1:4,4 -chr9 19794596 . T TAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014448;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,12:1,9:3,3 -chr9 19812178 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.014039;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:17,2:9,3 -chr9 20679121 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,4:8,3:3,1 -chr9 20778345 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00056446;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:3,5:4,10 -chr9 23936282 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=1.259e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:1,3:8,8 -chr9 23951283 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011461;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:14,3:7,3 -chr9 24577022 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.010223;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,5:9,3 -chr9 25055019 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 -chr9 25388030 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.011486;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,3:13,2 -chr9 25574963 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0057228;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,16:2,12:4,4 -chr9 26083642 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:5,5:2,4 -chr9 30749255 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 -chr9 31238476 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=9.6614e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,5:3,4 -chr9 31379009 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.045513;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3 -chr9 32584663 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.044088;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 -chr9 33713898 . T TA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:2,8:0,1:2,7 -chr9 33856888 . CTTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:3,3:1,2 -chr9 34166012 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:4,5:4,1 -chr9 35030581 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,9:2,4:6,5 -chr9 35228740 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,1:9,3 -chr9 38261077 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:2,1:8,4 -chr9 38838402 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:12,4:3,1 -chr9 38991273 . C T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.027492;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:62,17:31,8:31,9 -chr9 38993510 . G A 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.0021265;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:82,25:43,11:39,14 -chr9 38998991 . T C 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.047895;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:28,7:32,7 -chr9 39013407 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.015148;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:75,16:34,3:41,13 -chr9 39045534 . T G 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.00056973;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:56,18:26,13:30,5 -chr9 39051047 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.021208;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,6:13,3 -chr9 39113991 . TACAC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 -chr9 39179286 . T TACACACAC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,3:4,1 -chr9 39499487 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1 -chr9 39517006 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr9 39520803 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1 -chr9 39557320 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,3:1,2:4,1 -chr9 39626787 . C G 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.035593;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:26,8:29,7 -chr9 39817326 . AT A 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.045271;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:16,9:20,1 -chr9 40016751 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,1:2,3 -chr9 40164578 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:2,2:8,5 -chr9 40316090 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr9 40325426 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 -chr9 40379276 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.045291;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,2:12,6 -chr9 40383552 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:2,1:10,3 -chr9 40389076 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0062875;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:13,6:15,9 -chr9 40390275 . G C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028009;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,2:5,6 -chr9 40412716 . T TA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 -chr9 40577105 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.019692;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,3:9,4 -chr9 40706905 . CTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010883;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:0,3:3,2 -chr9 40810927 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0030131;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:12,5:3,1 -chr9 40907626 . C T 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.030133;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:58,12:28,3:30,9 -chr9 40911723 . G A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0072137;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:15,7:26,8 -chr9 40913616 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.032141;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:71,19:35,6:36,13 -chr9 40957130 . A G 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.0063211;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:94,23:45,12:49,11 -chr9 40986021 . A AT 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.029076;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:15,3:21,8 -chr9 40992886 . C A 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.045651;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:49,9:21,5:28,4 -chr9 40993289 . C CA 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.010922;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:48,15:21,5:27,10 -chr9 41043749 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00090839;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:7,5:20,12 -chr9 41051859 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.036533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:14,2:21,9 -chr9 41119368 . C T 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.030612;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:29,5:20,1 -chr9 41209773 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:5,3:9,3 -chr9 41262200 . C G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.023539;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:27,5:45,5 -chr9 41291398 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 -chr9 41496373 . G GAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,4:7,2:7,2 -chr9 41506780 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.14256;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:17,1:14,3 -chr9 41543621 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.034946;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,1:5,4 -chr9 41573276 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028928;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:13,6:18,1 -chr9 41575110 . C T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0018877;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:15,7:33,4 -chr9 41627594 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033473;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:16,5:5,1 -chr9 41668607 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.046205;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:16,4:23,4 -chr9 41668787 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.020101;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:16,4:12,6 -chr9 41681322 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr9 41850150 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,1:5,9 -chr9 41922394 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.00035723;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,10:2,5:0,5 -chr9 42370600 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.04187;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,7:15,4:9,3 -chr9 42897072 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.028033;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:15,2:13,7 -chr9 43026155 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:1,2:3,5 -chr9 43260114 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:16,3:18,2 -chr9 43303518 . T C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0077665;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:85,24:40,14:45,10 -chr9 43303907 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0083637;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:13,3:18,3 -chr9 43385608 . 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A G 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.013537;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:74,19:41,10:33,9 -chr9 44579928 . G T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.011122;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:62,14:55,13:7,1 -chr9 44897587 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr9 60577250 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 -chr9 60608908 . T A 0 PASS DP=700;GPV=1;SPV=0.021051;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:320:282,38:264,37:18,1 -chr9 60608959 . G A 0 PASS DP=849;GPV=1;SPV=0.0043538;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:389:347,42:254,28:93,14 -chr9 60921369 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0092021;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,2:2,4 -chr9 61155501 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,3:2,1 -chr9 61217953 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.019772;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:10,5:11,4 -chr9 62817309 . T G 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.032022;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:51,14:30,10:21,4 -chr9 63285253 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr9 63294249 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:5,4:0,3 -chr9 63552393 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0060154;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:15,8:12,1 -chr9 63607657 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=2.6077e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:8,4:5,7 -chr9 63756011 . A T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.034004;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:52,13:31,6:21,7 -chr9 63757580 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.028815;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:20,4:17,3 -chr9 63770649 . T C 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.011638;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:54,15:24,7:30,8 -chr9 63777515 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.013181;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:13,4:16,1 -chr9 63880093 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,3:15,2 -chr9 63990199 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,1:1,3 -chr9 64007863 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,4:10,3 -chr9 64340344 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020195;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,8:10,2 -chr9 64377602 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.049827;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,4:11,5 -chr9 64379465 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr9 64485419 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027357;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,3:8,2 -chr9 64788946 . A G 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.04678;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:85,13:68,7:17,6 -chr9 64977584 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:16,3:9,1 -chr9 65286138 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0017867;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:5,2:7,8 -chr9 65400707 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=4.0177e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:9,8:7,8 -chr9 65516350 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2 -chr9 65517345 . ATT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:5,3:6,1 -chr9 65539927 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=6.8069e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:12,7:6,4 -chr9 65577304 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.016295;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 -chr9 65646095 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.032025;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,1:8,3 -chr9 65654536 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.028165;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:6,3:15,6 -chr9 66042320 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.22913;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,3:15,1 -chr9 66058307 . AC A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0085545;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:2,1:8,8 -chr9 66066707 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:5,3:4,5 -chr9 66153735 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044429;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,2:14,2 -chr9 66386854 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.02969;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,1:9,3 -chr9 66628778 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.020817;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:6,3:11,4 -chr9 66746618 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.086687;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:5,1:1,2 -chr9 66803794 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.026881;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:12,4:12,6 -chr9 66833505 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.049123;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 -chr9 67168091 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,3:7,1 -chr9 67363023 . G T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3 -chr9 67388219 . TAAC T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.020257;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:18,7:17,5 -chr9 67587707 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,2:7,2 -chr9 67766314 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 -chr9 67877848 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:8,2:12,6 -chr9 68336611 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.027436;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:26,9:9,1 -chr9 68648213 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:8,4:0,4 -chr9 69367680 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083817;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 -chr9 70101358 . G GA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0021946;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:6,6:4,4 -chr9 70505606 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06057;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,2:11,3 -chr9 71122950 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0077271;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:11,5:12,1 -chr9 71282102 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:6,4:7,1 -chr9 72378593 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.04247;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:11,3:6,2 -chr9 72388243 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:1,3:0,1:1,2 -chr9 72841870 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0081572;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:16,5:5,1 -chr9 73594095 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.026676;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,1:6,4 -chr9 74769141 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.013481;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:11,4:11,3 -chr9 75996815 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,9:3,6:5,3 -chr9 76593952 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020061;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,1:8,4 -chr9 76593953 . AG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049096;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,1:7,3 -chr9 77962892 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,3:3,2 -chr9 78608846 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00019835;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,6:9,4 -chr9 80885401 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.050713;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:15,3:8,3 -chr9 83144326 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:14,2:6,3 -chr9 83568955 . GATAC G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.042668;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,3:8,4 -chr9 85471484 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00048402;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:5,8:7,4 -chr9 87251215 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:4,3:1,2 -chr9 88063283 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.3691e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,6:8,7 -chr9 88136328 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.03057;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:13,6:23,2 -chr9 88625472 . T TCTCTCCCTCTCC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011726;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:14,4:4,1 -chr9 88625522 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.032477;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,2:3,4 -chr9 89182522 . AAAAATAAAATAAAATAAAAT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025931;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,3:3,3 -chr9 89589617 . A AAAG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.5201e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,11:9,5:6,6 -chr9 91037509 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=8.0594e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:15,8:13,8 -chr9 94080988 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 -chr9 94267862 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:1,3:2,1 -chr9 95510348 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0057488;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,10:7,2 -chr9 95514885 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0072188;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:6,3:11,3 -chr9 98517892 . AGGGAGTCAGAGGACCAGTGAGAGCCTAGC A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,4:4,2 -chr9 98648114 . T TAGATAGATA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,3:5,4 -chr9 101780957 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=1.587e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:4,6:4,5 -chr9 102198903 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:10,2:6,2 -chr9 102921881 . A AAT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,2:2,2 -chr9 103351270 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=7.0929e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:6,9:11,5 -chr9 103879939 . C CAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:5,1:4,4 -chr9 104021349 . C CTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011586;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,3:8,2 -chr9 107603936 . T TTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,5:1,1 -chr9 108051587 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.6336e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,5:7,7 -chr9 109218126 . C CT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,7:0,5:0,2 -chr9 109767959 . AAAG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018961;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,5:8,3 -chr9 110206331 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:12,2:15,3 -chr9 110286333 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 -chr9 110342020 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0015792;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:3,7:2,1 -chr9 110587698 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,8:9,2:8,6 -chr9 112051428 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,2:4,1:3,1 -chr9 112948023 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.012757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:10,6:0,5 -chr9 113139456 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.2046e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:11,5:5,12 -chr9 114134176 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.014275;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,5:4,3 -chr9 114263662 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023347;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,2:8,2 -chr9 114536637 . ATTTTTTTTTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,1:0,3 -chr9 114673471 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:6,4:2,1 -chr9 114674602 . TTTCCTTCC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:1,2:7,2 -chr9 114676620 . C CTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0020202;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:0,8:0,6:0,2 -chr9 115237473 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=5.8478e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:8,3:6,8 -chr9 116502775 . G GAAGA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:2,5:3,1 -chr9 116768315 . CCA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:27:1,3:0,2:1,1 -chr9 116790954 . GA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,5:2,3 -chr9 117533058 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00026967;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,3:8,6 -chr9 120906184 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2 -chr9 121838781 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:11,3:9,2 -chr9 125542054 . A ATC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:4,1:8,6 -chr9 125712706 . AAAAATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,4:2,1:3,3 -chr9 126488366 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,2:2,1:5,1 -chr9 126590106 . G GTATATA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,2:0,2:0,0 -chr9 126898606 . T TCACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0021645;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,5:0,2:0,3 -chr9 127188056 . CTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:0,2:3,3 -chr9 130007239 . C CAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,4:3,1 -chr9 131045228 . A AACAAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,5:8,5 -chr9 131516045 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:8,2:4,1:4,1 -chr9 132792212 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=1.6547e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:4,3:5,8 -chr9 133016718 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.042547;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:4,3:9,2 -chr9 134254139 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,3:1,1:5,2 -chr9 134873908 . TG T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:0,2:0,1:0,1 -chr9 135612181 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,2:5,1:2,1 -chr9 135838112 . CAG C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0099771;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,2:2,5 -chr9 137039700 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.024173;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,3:12,2 -chr9 137496141 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,3:7,3 -chrM 1664 . G A 0 PASS DP=14766;GPV=1;SPV=0;SS=2;SSC=255;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7327:6522,805:3321,393:3201,412 -chrX 2973355 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.005418;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,5:1,1 -chrX 3155718 . A ATC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:3,3:2,2:1,1 -chrX 3155754 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,3:6,1 -chrX 8280848 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,1:4,3 -chrX 13713458 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 -chrX 15427695 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.022239;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,2:7,3 -chrX 20818746 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031621;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:3,2:2,1 -chrX 23610373 . A AGGAAGGAAGGAAAAAG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:5,2:2,3 -chrX 26106457 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,2:2,1:1,1 -chrX 26353521 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=5.7608e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,8:1,6:0,2 -chrX 27322232 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,3:8,1 -chrX 27766301 . T TAGAG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 -chrX 32690279 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0063218;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,2:4,4 -chrX 38032389 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=4.8074e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,11:0,4:1,7 -chrX 43673185 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 -chrX 44810964 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,2:3,2 -chrX 45068823 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:5,1:0,4 -chrX 45302126 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,2:3,2 -chrX 48643102 . G GTATAT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.014448;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,2:0,2 -chrX 48659242 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.072581;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 -chrX 53786753 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=5.6565e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:1,14:0,11:1,3 -chrX 54099013 . CT C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0050505;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,7:0,6:1,1 -chrX 55647611 . C CTGTGTGTGTG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0061703;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,7:1,6:2,1 -chrX 62965197 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chrX 62965210 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chrX 64894658 . G GT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=1.6438e-12;SS=2;SSC=117;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:0,25:0,10:0,15 -chrX 70800693 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 -chrX 74744921 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chrX 77254632 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,7:1,6:1,1 -chrX 82026565 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.00050167;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:1,2:3,5 -chrX 82724604 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=7.2702e-06;SS=2;SSC=51;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:3,9:2,2 -chrX 86997609 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00050744;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,3:2,4 -chrX 87737067 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,1:2,4 -chrX 94877881 . GT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=3.4022e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,9:0,4:1,5 -chrX 99460022 . 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--- a/test-data/EGF089.vcf Sun Sep 13 22:27:03 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4413 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> -##reference=hg38 -##source=varscan.py -##contig=<ID=chr1,length=248956422> -##contig=<ID=chr10,length=133797422> -##contig=<ID=chr11,length=135086622> -##contig=<ID=chr12,length=133275309> -##contig=<ID=chr13,length=114364328> -##contig=<ID=chr14,length=107043718> -##contig=<ID=chr15,length=101991189> -##contig=<ID=chr16,length=90338345> -##contig=<ID=chr17,length=83257441> -##contig=<ID=chr18,length=80373285> -##contig=<ID=chr19,length=58617616> -##contig=<ID=chr2,length=242193529> -##contig=<ID=chr20,length=64444167> -##contig=<ID=chr21,length=46709983> -##contig=<ID=chr22,length=50818468> -##contig=<ID=chr3,length=198295559> -##contig=<ID=chr4,length=190214555> -##contig=<ID=chr5,length=181538259> -##contig=<ID=chr6,length=170805979> -##contig=<ID=chr7,length=159345973> -##contig=<ID=chr8,length=145138636> -##contig=<ID=chr9,length=138394717> -##contig=<ID=chrM,length=16569> -##contig=<ID=chrX,length=156040895> -##contig=<ID=chrY,length=57227415> -##filter="SOMATIC" -##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> -##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> -##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> -##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> -##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> -##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> -##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> -##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> -##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> -##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> -##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> -##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> -##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> -##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> -##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> -##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> -##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> -##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> -##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> -##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> -##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> -##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> -##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR -chr1 109575 . 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A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027709;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,4:14,1 -chr1 7219542 . T TAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:6,3:3,1 -chr1 7310714 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 -chr1 8276928 . C A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 -chr1 8366917 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:3,2:3,2:0,0 -chr1 8501943 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,2:4,1:3,1 -chr1 10014390 . C CT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014256;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:15,3:17,4 -chr1 11718315 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.021848;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:4,4:1,1 -chr1 11997879 . C CTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,4:7,1 -chr1 13242734 . TTACAAAGAACCTTCTTAAGGGTGGGGGAGAC T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0045646;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:29,4:30,3 -chr1 15904478 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:3,2:5,5 -chr1 15904479 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:3,2:9,5 -chr1 16112755 . T C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00022955;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:20,8:24,6 -chr1 16512652 . C A 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.031459;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:115,19:78,16:37,3 -chr1 16516845 . T G 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.02177;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:85,19:26,7:59,12 -chr1 16535787 . G A 0 PASS DP=509;GPV=1;SPV=0.030136;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:293:262,31:136,23:126,8 -chr1 16550749 . C A 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.019915;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:92,20:51,8:41,12 -chr1 16594434 . T C 0 PASS DP=474;GPV=1;SPV=0.00152;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:259:226,33:111,16:115,17 -chr1 16595518 . C T 0 PASS DP=358;GPV=1;SPV=0.049846;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:194:164,30:84,14:80,16 -chr1 16606649 . A G 0 PASS DP=488;GPV=1;SPV=0.01332;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:265:227,38:123,21:104,17 -chr1 16611797 . G A 0 PASS DP=458;GPV=1;SPV=0.022882;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:201,32:99,15:102,17 -chr1 16623756 . AG A 0 PASS DP=541;GPV=1;SPV=0.026576;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:272:241,31:141,22:100,9 -chr1 16626425 . G A 0 PASS DP=463;GPV=1;SPV=0.046149;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:247:216,31:98,18:118,13 -chr1 16628965 . G A 0 PASS DP=423;GPV=1;SPV=0.028487;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:247:215,32:107,17:108,15 -chr1 16652640 . 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CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:3,3:5,3 -chr1 26803792 . A AC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,1:12,3 -chr1 27277036 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.068062;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:23,3:19,2 -chr1 28303493 . CT C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,3:12,1 -chr1 29365423 . T TCTCTCC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,4:7,2:9,2 -chr1 29554795 . A ATGTGCTGTGGTGTGGCATGGTGTGTGTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0054024;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,7:11,4:5,3 -chr1 29723904 . TACC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.00072598;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,10:5,5:1,5 -chr1 31154909 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.001715;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:19,5:16,6 -chr1 33404286 . T G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00013825;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:24,4:8,7 -chr1 35116835 . A ATTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:2,4:4,2 -chr1 35238703 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr1 35705018 . AAGAAAGAGAGAGAGAGAG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.28542;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,6:23,4:8,2 -chr1 36449835 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 -chr1 37414047 . CTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,7:5,5:5,2 -chr1 37980841 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.012681;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:6,9:5,4 -chr1 39138072 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.029963;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,10:9,9:6,1 -chr1 39505985 . C CAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.022251;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,8:15,4:4,4 -chr1 40558252 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.083965;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,2:19,2 -chr1 40670574 . T TTATATATATATATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 -chr1 43875897 . CTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031499;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,11:6,2:13,9 -chr1 44046539 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0063642;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:16,9:9,6:7,3 -chr1 44415506 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0058868;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:19,6:18,4 -chr1 45520723 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.034818;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,8:10,7:11,1 -chr1 45727494 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:0,0:29,4 -chr1 45762019 . A G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=2.2816e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:21,4:11,8 -chr1 46101980 . C CTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.034857;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,10:12,2 -chr1 46272025 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,3:7,1 -chr1 47588411 . T G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.011956;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:19,14:13,8:6,6 -chr1 47653083 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1 -chr1 48827995 . T TACAC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.043618;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,7:11,4:5,3 -chr1 50692241 . CTGTG C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.011329;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,9:9,7:6,2 -chr1 54704793 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.007971;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 -chr1 54780507 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0014835;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:14,8:5,5:9,3 -chr1 56647364 . T C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=2.1555e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:18,9:25,7 -chr1 57555025 . ATTTT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,3:6,3 -chr1 57735609 . GTT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0095308;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:10,3:2,3 -chr1 58473549 . T A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.011682;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:28,15:12,8:16,7 -chr1 59955307 . C CATAT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.18741;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:20,2:16,2 -chr1 61347165 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,6:4,3:9,3 -chr1 62838780 . C CA 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0011955;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,9:21,8:11,1 -chr1 65375282 . A G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00037424;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:15,5:26,7 -chr1 66187579 . A G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.045403;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:28,9:24,1 -chr1 67259965 . G GA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:9,7:5,1 -chr1 67482066 . G GTTTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.29549;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,3:10,1 -chr1 68737235 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023889;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:14,5:15,1 -chr1 70237513 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=2.9469e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:47,15:27,8:20,7 -chr1 72895693 . G GTT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:5,5:3,2:2,3 -chr1 73747985 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0079864;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:9,7:2,3:7,4 -chr1 74224724 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0013656;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:18,5:20,6 -chr1 74722610 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.039635;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:17,5:14,3 -chr1 75886415 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0088091;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,4:8,1 -chr1 75886416 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0082105;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,4:8,1 -chr1 77367763 . A ATGTAAT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,2:0,1:4,1 -chr1 77475382 . ATATATG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,3:6,1 -chr1 78838429 . ATTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.030781;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,9:11,5:10,4 -chr1 78840128 . T G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0015624;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:49,14:25,5:24,9 -chr1 79559217 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0022144;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:14,1:21,9 -chr1 80455065 . GTTTT G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.084679;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,5:15,4:4,1 -chr1 84245172 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011783;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:6,4:3,1 -chr1 85409396 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=4.1341e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:24,9:19,7 -chr1 85914304 . A ATG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,10:3,7:5,3 -chr1 88623526 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:3,3:3,1:0,2 -chr1 90311030 . T TTTCCTTCCTTCC 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0042046;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,9:11,5:20,4 -chr1 90499440 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.010217;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:20,5:26,3 -chr1 92412374 . C CTTT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.19282;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,4:12,1:15,3 -chr1 93053223 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:4,2:15,2 -chr1 93126159 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:1,2:0,1:1,1 -chr1 94591266 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,4:16,3:10,1 -chr1 94881184 . C G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.00080381;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:49,11:27,4:22,7 -chr1 97529514 . T C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.9106e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:38,18:18,9:20,9 -chr1 99708626 . ATAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,4:2,3:1,1 -chr1 100028321 . GTT G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.022644;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:28,2:14,4 -chr1 101750012 . T G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.1832e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,18:18,8:14,10 -chr1 102118219 . GCAA G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.013188;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:37,6:18,3 -chr1 103195970 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02905;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:4,1:15,5 -chr1 103196013 . TTC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0071858;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:2,1:9,7 -chr1 103320217 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.015638;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:14,2:17,5 -chr1 105071539 . A ACTCTCTCTCTCTCTCT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,6:6,5:8,1 -chr1 105075289 . T TATAC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018761;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:15,2:5,4 -chr1 105176574 . C G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=7.3001e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:17,6:25,8 -chr1 106711994 . T TGA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.056165;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,5:13,2:20,3 -chr1 108227490 . A C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 -chr1 108241901 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:0,0:17,4 -chr1 108489196 . G GT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.027875;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,2:16,2 -chr1 108489197 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.033417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,5:15,3:18,2 -chr1 108523875 . TATATATATG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,4:16,2:13,2 -chr1 109469827 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0065559;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:8,6:1,1 -chr1 113423259 . T TG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00387;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:10,9:0,1 -chr1 114024625 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:5,8:2,2 -chr1 114784814 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.046785;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,8:8,1 -chr1 116830698 . T TTCTC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,9:2,8:6,1 -chr1 117137454 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.022846;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:21,2:15,3 -chr1 118312815 . GC G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,3:5,3 -chr1 120061685 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.039481;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:7,10:22,2 -chr1 120118304 . T C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.0081296;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:30,11:15,2 -chr1 120120057 . T G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.024659;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:26,6:26,1 -chr1 120122567 . T C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.036338;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,13:27,10:29,3 -chr1 120124322 . G C 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.012563;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:52,12:26,8:26,4 -chr1 120147514 . CT C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.042357;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:57,13:29,2:28,11 -chr1 120199379 . C CCTCT 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0027718;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:30,18:13,6:17,12 -chr1 120511371 . G A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.045519;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:75,21:30,9:45,12 -chr1 120865334 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 -chr1 120920945 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.083411;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:24,4:15,1 -chr1 121006911 . C G 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.014857;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:60,20:21,17:39,3 -chr1 121017426 . A G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0489;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:50,12:29,10:21,2 -chr1 121035524 . C G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.0051375;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:58,10:32,5:26,5 -chr1 121070056 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.096448;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2 -chr1 121123014 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.028548;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:15,7:9,4 -chr1 121123034 . G C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0030354;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:18,9:11,5 -chr1 121295036 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14592;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:21,3:8,2 -chr1 121312943 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.025682;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:21,3:14,2 -chr1 121375318 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,7:6,4:6,3 -chr1 121398942 . G A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0053111;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:12,10:27,6 -chr1 121655844 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.057792;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 -chr1 121662952 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.02099;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:18,2:28,5 -chr1 121769292 . T C 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.0098206;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:29,7:45,2 -chr1 121918780 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031046;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:19,1:2,4 -chr1 121938737 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.039155;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:18,4:24,1 -chr1 121951935 . G C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:17,2:8,3 -chr1 121952283 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.010627;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:15,7:10,7 -chr1 122122886 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:16,3:1,1 -chr1 122164394 . T C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.015096;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:24,4:20,2 -chr1 122164557 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:3,1:12,6 -chr1 122290901 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.060567;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:27,1:4,3 -chr1 123692217 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.057784;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:36,4:0,0 -chr1 123845299 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:6,1:19,3 -chr1 124786953 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031149;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:22,3:9,2 -chr1 124788615 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,5:0,1 -chr1 124804266 . T A 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.010263;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:64,12:45,9:19,3 -chr1 124819244 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.036822;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:17,3:15,3 -chr1 124832181 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0079695;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,6:4,2 -chr1 124833991 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.039036;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:19,3:12,2 -chr1 124866881 . T A 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.023164;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:114,17:76,11:38,6 -chr1 125135958 . C G 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.00014152;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:86,29:34,5:52,24 -chr1 125135961 . A T 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.00031663;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:93,28:34,5:59,23 -chr1 125170319 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.082408;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:1,3:30,1 -chr1 125178301 . A C 0 PASS DP=13569;GPV=1;SPV=9.8163e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:6911:6057,728:633,39:5424,689 -chr1 125182272 . G A 0 PASS DP=12697;GPV=1;SPV=0.0060736;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:6772:6000,739:5014,473:986,266 -chr1 143185845 . C T 0 PASS DP=548;GPV=1;SPV=0.00057945;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:359:289,68:177,52:112,16 -chr1 143187209 . A C 0 PASS DP=1386;GPV=1;SPV=0.0018903;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:813:721,90:227,40:494,50 -chr1 143194773 . 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G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 -chr1 143505908 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.3167;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:22,4:6,1 -chr1 143743001 . ATGTG A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.014985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,12:21,9:11,3 -chr1 143769128 . T C 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.025318;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:75,18:44,9:31,9 -chr1 143791240 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.21414;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:17,4:5,1 -chr1 143816122 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.1349e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,22:5,10:8,12 -chr1 143876753 . C CTA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0094722;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,8:19,5:7,3 -chr1 143908474 . G T 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.041053;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:97,18:45,2:52,16 -chr1 144103951 . G A 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.037815;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:86,16:46,13:40,3 -chr1 144484369 . C CA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.048523;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,7:32,6:14,1 -chr1 144592574 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.058582;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:16,5:12,1 -chr1 144592578 . G GA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.086254;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,7:14,6:6,1 -chr1 144827138 . A G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.041942;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:73,15:27,2:46,13 -chr1 144827697 . A AATG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.053126;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:4,1:19,6 -chr1 144827768 . TTAAA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.26796;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:2,1:34,3 -chr1 144988999 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:5,8:9,4 -chr1 145136580 . A G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.019561;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:63,12:37,10:26,2 -chr1 145162688 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.02761;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:16,5:7,6 -chr1 145411387 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,17:6,11:11,6 -chr1 145445127 . C CT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.035929;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:10,9:13,3 -chr1 146333614 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0097372;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:11,6:9,6 -chr1 146397990 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.7941e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:13,8:16,10 -chr1 146443480 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0037023;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:8,1:15,8 -chr1 146717129 . CTTTTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:7,6:4,1 -chr1 147090778 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.18565;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:26,2:11,3 -chr1 148239596 . CT C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.023047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:48,18:28,12:20,6 -chr1 148471265 . T TACACAC 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.045222;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,11:18,5:15,6 -chr1 148474192 . GTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.37843;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:19,3:4,1 -chr1 149058110 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021975;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,5:11,3 -chr1 149157370 . T C 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.02174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:73,18:49,5:24,13 -chr1 149176407 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.029779;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:17,7:11,7 -chr1 149398307 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00019831;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:26,34:12,13:14,21 -chr1 149424393 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0010994;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:11,5:12,12 -chr1 149475128 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.017006;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,5:9,5 -chr1 149528005 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023166;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,1:5,4 -chr1 149569833 . C T 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.040363;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:86,18:38,12:48,6 -chr1 149583520 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.15137;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,4:27,1:7,3 -chr1 149602017 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.016573;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:18,1:12,6 -chr1 149609586 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0040088;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:18,9:10,2 -chr1 149634139 . GCCCCCACCGA G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.024131;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,6:15,4 -chr1 149644757 . AC A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.016341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,6:15,4:10,2 -chr1 149685676 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,4:10,1 -chr1 149771820 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13128;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,2:14,3 -chr1 149789393 . A AAATAATAATAATAATAAT 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.00012454;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:53,17:26,13:27,4 -chr1 150020956 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=1.3844e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:52,21:24,11:28,10 -chr1 150724165 . C CTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045954;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,10:8,8:9,2 -chr1 150775822 . ATTT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,6:13,3:4,3 -chr1 151999734 . G A 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.00016247;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:67,22:30,10:37,12 -chr1 153558554 . G T 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.018547;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:44,6:30,3 -chr1 154113157 . TA T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.02492;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:70,9:29,3:41,6 -chr1 154593135 . C CAAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.040919;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,16:12,14:7,2 -chr1 154714319 . G GGTGTGTGTGGGGT 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.074687;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,6:22,4:30,2 -chr1 155065700 . CTTTATTTATTTA C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0036289;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:15,5:24,10 -chr1 155584670 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.20137;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:27,3:3,1 -chr1 156617351 . C CTT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.010745;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,16:15,13:7,3 -chr1 156756793 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.052073;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,6:19,5:9,1 -chr1 156787448 . TTG T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.008238;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:8,8:6,7:2,1 -chr1 156979361 . C CTT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010186;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,14:16,12:13,2 -chr1 157035934 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1019;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,3:15,1 -chr1 157274173 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:5,2:7,2 -chr1 158084688 . T C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0029786;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:63,11:25,3:38,8 -chr1 160569542 . G A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.092902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:25,5:8,3:17,2 -chr1 160973841 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1532;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:6,5:7,1 -chr1 161097738 . G C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.012533;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:16,9:6,7:10,2 -chr1 161443332 . G A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.011182;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:88,10:30,2:58,8 -chr1 161513933 . G A 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.024873;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:81,15:43,4:38,11 -chr1 161629853 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.32052;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:32,2:2,2 -chr1 161981444 . C A 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0009232;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:73,14:23,2:50,12 -chr1 162403503 . AAAAAAAAAATATATATATATAT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.20823;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:16,1:19,3 -chr1 164776899 . TTGTGTG T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01792;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,13:16,9:7,4 -chr1 164793872 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.11976;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,4:10,1 -chr1 165117026 . C T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=1.6016e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:58,22:30,13:28,9 -chr1 165591334 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,1:14,3 -chr1 165695487 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0083313;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,7:5,2 -chr1 167111513 . TACAC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,4:2,1:5,3 -chr1 168153906 . CAA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0093016;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,15:12,12:9,3 -chr1 168466949 . C T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.003938;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:76,13:43,9:33,4 -chr1 169997884 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.031247;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,12:13,10:9,2 -chr1 170166140 . C CT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:5,6:1,2:4,4 -chr1 170331019 . A AT 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.0030735;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:65,14:33,4:32,10 -chr1 171694664 . G GAA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.11157;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,5:19,3:18,2 -chr1 174795790 . G T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.00059571;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:81,20:46,13:35,7 -chr1 174973979 . GTTTTT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,5:16,4:4,1 -chr1 175085874 . C CAA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.013604;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:33,20:26,17:7,3 -chr1 175122455 . TTGCTAACAAAGGACTGAAGAAGAGCCAGTGAGTTAGGAAAATCAAGGGAGTA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.022351;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:19,10:20,6 -chr1 179410300 . G A 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=5.0817e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:52,24:30,16:22,8 -chr1 181727163 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=2.1332e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:56,36:31,18:25,18 -chr1 182141378 . CTTTCTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:7,2:7,2 -chr1 183364655 . A ATTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0089603;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,15:17,2:19,13 -chr1 183441072 . G A 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.0010762;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:64,13:37,5:27,8 -chr1 184811511 . T TGTTTTTTTTTG 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.054778;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:45,9:14,7:31,2 -chr1 185858586 . ATTTTTTTTTT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.2649;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:14,2:14,2 -chr1 186163946 . A T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.01109;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:79,10:37,7:42,3 -chr1 189139638 . C A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.0037905;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:69,8:43,3:26,5 -chr1 190277113 . A ATATATATATATATATATT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:1,1:3,4 -chr1 190280208 . A C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.00043432;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,14:31,6:24,8 -chr1 190408019 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,10:6,9:3,1 -chr1 191089426 . TATATATTTGTGTGTATACATGTGTATGTATACGCAC T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.16867;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:16,2:19,2 -chr1 191581492 . G GTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.064856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,9:7,7:8,2 -chr1 191806131 . GAAT G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:29,4:11,3:18,1 -chr1 192048740 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.01311;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,8:26,6:3,2 -chr1 192550559 . G A 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=9.5454e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:68,20:30,4:38,16 -chr1 192606029 . A AAGAG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.14384;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:29,2:7,2 -chr1 193177358 . C CAAAA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.01273;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,16:24,15:3,1 -chr1 193564348 . TTATA T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.024837;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:71,13:36,8:35,5 -chr1 193988983 . A T 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.0017076;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:69,14:39,6:30,8 -chr1 194673631 . G GTTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01018;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,11:11,8:7,3 -chr1 194834203 . T A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.01342;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:25,8:11,3:14,5 -chr1 195543282 . GGTGT G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.10026;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:26,4:7,1 -chr1 196235161 . T C 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.0015681;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:62,19:29,8:33,11 -chr1 198404753 . A C 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=3.3498e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:60,30:30,14:30,16 -chr1 198977744 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.28876;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,4:12,2:13,2 -chr1 199200439 . C CT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00036531;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:14,11:9,9 -chr1 200073268 . T TTATA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,9:5,5:5,4 -chr1 200736164 . CTTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.26519;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,3:11,1:5,2 -chr1 200919962 . C CT 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.15872;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:33,5:13,2:20,3 -chr1 201765404 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.023939;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:5,5:28,2 -chr1 201901513 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0011846;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:5,17:1,12:4,5 -chr1 202065074 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.043306;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,13:13,11:11,2 -chr1 202721205 . C CTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.040398;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:12,10:6,9:6,1 -chr1 203315362 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.021e-10;SS=2;SSC=99;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:25,32:23,23:2,9 -chr1 203315363 . G T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=2.3122e-10;SS=2;SSC=96;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:27,32:23,23:4,9 -chr1 203918573 . A T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.023333;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:23,6:9,1:14,5 -chr1 204099424 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011427;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,9:13,8:4,1 -chr1 205314328 . T G 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=4.0037e-17;SS=2;SSC=163;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:36,56:17,18:19,38 -chr1 205898579 . T TTGTGTGTGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,2:6,3 -chr1 205956552 . C A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.0001101;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:78,19:38,10:40,9 -chr1 206118843 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.066379;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,8:9,4:9,4 -chr1 206322898 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.053126;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:6,2:17,5 -chr1 206345228 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0072004;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:4,4:9,5 -chr1 207118198 . A G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.018568;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:57,14:27,3:30,11 -chr1 211214809 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.050308;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:20,4:23,2 -chr1 211440639 . CA C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00017113;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:30,27:15,17:15,10 -chr1 211535137 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0024246;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:26,16:10,3:16,13 -chr1 212116319 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0043177;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,10:11,8:10,2 -chr1 212806847 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.018872;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:14,9:22,4 -chr1 212865485 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.011608;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,8:15,7:2,1 -chr1 212896856 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.018479;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:6,17:4,9:2,8 -chr1 213355745 . C T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.0061895;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:64,10:44,7:20,3 -chr1 213714274 . T A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.012157;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:61,7:35,3:26,4 -chr1 213728937 . G GTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.012914;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,11:9,7:2,4 -chr1 215732544 . CTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:4,8:3,4 -chr1 216880304 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.019316;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:12,9:6,1 -chr1 216912226 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,2:7,2:0,0 -chr1 217958962 . C T 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=7.2352e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:81,27:41,12:40,15 -chr1 218230928 . CTTTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.012102;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:9,5:2,2 -chr1 218991845 . G A 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=1.7265e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:65,29:24,12:41,17 -chr1 219165731 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0038232;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:15,14:8,5:7,9 -chr1 219927678 . CAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:6,3:3,5 -chr1 221297986 . C CTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,9:5,6:4,3 -chr1 221524306 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,4:4,3:2,1 -chr1 223065455 . CTTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.097821;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:8,3:11,4 -chr1 223268044 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:6,3:10,3 -chr1 223656676 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.016951;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:14,5:5,2 -chr1 224011834 . GGACAT G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,4:16,2:7,2 -chr1 224342475 . ATCTC A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.018933;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,11:9,7:10,4 -chr1 226844839 . TAAAA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 -chr1 228817691 . A T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.00021864;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:29,9:19,4 -chr1 229069432 . T TA 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.017657;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:12,2:20,9 -chr1 229116825 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.076651;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,5:3,3:9,2 -chr1 229550525 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0052123;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:15,9:3,3 -chr1 229870926 . A ACACAC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,2:4,1:1,1 -chr1 231169368 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:8,4:5,1 -chr1 232368199 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15645;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,2:15,3 -chr1 233120164 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.030612;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,7:20,6:4,1 -chr1 233729406 . TGGC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.01817;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,2:13,5 -chr1 234108657 . TTA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.069262;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:22,3:15,4 -chr1 235080879 . G GA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0047012;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,11:9,9:3,2 -chr1 235926950 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.032608;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,10:14,9:3,1 -chr1 237594886 . GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024462;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:5,2:5,2 -chr1 237827936 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,5:9,1 -chr1 237884033 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0024202;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,15:6,6:9,9 -chr1 240248861 . T A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00027224;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:47,16:29,3:18,13 -chr1 240277525 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:5,4:3,1 -chr1 240364499 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00013601;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:26,8:14,5 -chr1 241571864 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.028117;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:7,8:12,2 -chr1 242512288 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0010162;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:17,3:13,5 -chr1 243079412 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00081679;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:24,6:16,4 -chr1 245006970 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.034441;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,4:9,1:12,3 -chr1 245781338 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00022306;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:25,4:11,7 -chr1 246267930 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=3.0204e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:50,20:33,9:17,11 -chr1 246273153 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,3:12,1 -chr1 246408663 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,4:2,2 -chr1 247852884 . GACACACACAC G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.018096;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:20,4:14,4 -chr1 247958619 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00015449;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:17,9:26,4 -chr1 248475596 . TTAAA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033483;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 -chr1 248938433 . T C 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.022333;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,7:21,3:32,4 -chr1 248945547 . GGAGGGT G 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.028385;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:65,10:25,3:40,7 -chr1 248945740 . TA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,1:1,3 -chr10 51939 . T A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0093264;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:51,8:24,6:27,2 -chr10 260402 . C CAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013043;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,3:2,3 -chr10 685159 . AAAATATATATATATATATATATATATACATAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:4,1:10,6 -chr10 794158 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.022194;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:15,8:6,2 -chr10 1542823 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.031109;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:12,3:1,4 -chr10 2205050 . CA C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.8981e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:37,16:15,9:22,7 -chr10 2583951 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02706;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:18,2:14,3 -chr10 4117550 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,3:1,2 -chr10 4169431 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:15,8:4,2 -chr10 4929666 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.008578;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:21,7:21,3 -chr10 5370687 . A ATG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0046642;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:6,5:0,3 -chr10 8613475 . CTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025795;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,8:7,6:6,2 -chr10 9058088 . C CTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,5:6,4:3,1 -chr10 9133448 . T TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.048301;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:15,8:15,3 -chr10 9321021 . C CTT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.1519;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:11,2:21,3 -chr10 9776111 . C CAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.040415;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,8:16,7:4,1 -chr10 10127847 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:20,4:14,2:6,2 -chr10 10383234 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:23,5:11,3:12,2 -chr10 10621243 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0087248;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,10:8,8:5,2 -chr10 10652124 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.004796;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:8,3:13,10 -chr10 11197070 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:5,1:0,1 -chr10 11645046 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010514;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,11:16,9:6,2 -chr10 11662229 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.12928;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 -chr10 12131682 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:5,1:6,5 -chr10 12256163 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03895;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:13,8:3,1 -chr10 12330744 . CTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:8,3:1,2 -chr10 12385739 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,13:5,9:2,4 -chr10 14191806 . TC T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.024274;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:17,3:19,2 -chr10 14374865 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022357;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:15,2:3,6 -chr10 14628112 . G GTTTTTTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,4:6,1:8,3 -chr10 15379603 . G GTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,5:5,4:4,1 -chr10 15390270 . A AT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.02262;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,8:13,6:14,2 -chr10 15930344 . G A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0023029;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:51,8:27,2:24,6 -chr10 17520917 . GA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.11029;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,2:4,2:0,0 -chr10 18426955 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0070913;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,10:2,4:4,6 -chr10 18563165 . AATGGAATGGAATGGAGAATGGT A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.027747;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:13,3:19,7 -chr10 19023687 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0047508;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:24,6:13,3 -chr10 19885779 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.032911;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:27,4:17,1 -chr10 20682249 . T TA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,9:8,8:5,1 -chr10 21664944 . C CTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:5,6:5,3 -chr10 22298888 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0029478;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:16,6:16,2 -chr10 23051201 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.032391;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:16,5:20,4 -chr10 25200869 . T G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,6:11,3:9,3 -chr10 25211071 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.00067164;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:21,7:23,4 -chr10 25713463 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.014855;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,10:9,8:9,2 -chr10 25753378 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:10,4:3,2 -chr10 25908233 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,4:10,1:11,3 -chr10 27404164 . A C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.005129;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:20,4:17,3 -chr10 27446902 . CTTTTCT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0084291;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,6:5,1:4,5 -chr10 27656879 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,10:2,2:5,8 -chr10 27948779 . A ATT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,4:14,3:5,1 -chr10 28465570 . C CA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.010573;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,10:10,7:10,3 -chr10 28521937 . G A 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.00011299;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:25,6:19,6 -chr10 29481168 . T G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.11468;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:13,3:32,2 -chr10 29507556 . CAT C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.033939;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:15,2:11,3 -chr10 30073685 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036876;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:10,4:16,7 -chr10 31312481 . G C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0064153;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:23,4:26,4 -chr10 31889619 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:12,2:3,2 -chr10 31920449 . C CAAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.20433;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,6:17,5:6,1 -chr10 31922180 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,9:3,6:4,3 -chr10 33897211 . G T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.079813;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:32,5:19,3:13,2 -chr10 34371514 . AAAAAAAAAAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,4:5,1 -chr10 35262257 . C CAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,7:3,6:5,1 -chr10 36383345 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00022873;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:29,6:15,7 -chr10 38071302 . C CAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.016961;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:9,7:7,2 -chr10 38215937 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:12,5:1,1 -chr10 38600954 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,1:4,6 -chr10 38651226 . A C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.026174;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:27,6:18,3 -chr10 38953450 . T C 0 PASS DP=414;GPV=1;SPV=0.023922;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:238:210,28:107,18:103,10 -chr10 39720018 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0032962;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:28,6:5,2 -chr10 39986132 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11839;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:33,4:0,0 -chr10 39998840 . G A 0 PASS DP=513;GPV=1;SPV=0.001616;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:277:243,34:143,25:100,9 -chr10 40278008 . T TA 0 PASS DP=415;GPV=1;SPV=0.0062425;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:236:195,39:157,31:38,8 -chr10 40421309 . C T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.03755;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:66,9:33,5:33,4 -chr10 40477143 . A T 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.00059398;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:67,29:50,22:17,7 -chr10 40701121 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.32006;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:17,1:7,2 -chr10 40792873 . A G 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.014753;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:87,21:42,4:45,17 -chr10 41066625 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.076205;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:8,1:15,3 -chr10 41072437 . G A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.041395;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:93,20:53,10:40,10 -chr10 41413507 . C G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.020165;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:19,1:40,6 -chr10 41550741 . A G 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0090706;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:96,18:34,8:62,10 -chr10 41559853 . T A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.034486;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:110,26:87,10:23,16 -chr10 41584224 . A T 0 PASS DP=330;GPV=1;SPV=0.041571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:169,23:112,19:57,4 -chr10 41587208 . G T 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.041845;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:79,11:13,6:66,5 -chr10 41592961 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.012992;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:0,9:17,1 -chr10 41874905 . G GGAATGGAATGCAACA 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0073197;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:33,10:22,3:11,7 -chr10 41882526 . C T 0 PASS DP=484;GPV=1;SPV=0.0071833;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:254:215,39:112,24:103,15 -chr10 41899853 . C CGAATGGAATG 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.024355;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:37,11:18,4:19,7 -chr10 41912099 . T A 0 PASS DP=410;GPV=1;SPV=0.02222;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:235:205,30:108,20:97,10 -chr10 42073671 . T A 0 PASS DP=3712;GPV=1;SPV=0.016542;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2025:1788,237:832,129:956,108 -chr10 42079479 . C T 0 PASS DP=4454;GPV=1;SPV=0.022841;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2370:2099,271:1599,238:500,33 -chr10 42085585 . G C 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.038256;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:90,11:18,3:72,8 -chr10 42085807 . G A 0 PASS DP=473;GPV=1;SPV=0.0037187;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:278:249,29:133,13:116,16 -chr10 42130126 . T C 0 PASS DP=692;GPV=1;SPV=0.024327;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:380:325,55:159,30:166,25 -chr10 42130137 . G C 0 PASS DP=728;GPV=1;SPV=0.034664;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:398:345,53:170,16:175,37 -chr10 42766332 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.20063;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:26,4:8,1 -chr10 42831180 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.0058807;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:31,5:19,3 -chr10 42891280 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00010642;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:15,5:12,7 -chr10 44382770 . A C 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=4.5383e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:46,21:21,15:25,6 -chr10 45741650 . C T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.014179;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:29,6:28,1 -chr10 45836673 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033449;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:12,7:4,4 -chr10 46323835 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0080848;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:24,6:20,2 -chr10 46484868 . A T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.014737;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:29,8:22,2 -chr10 46525521 . CAT C 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.016073;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:69,18:31,8:38,10 -chr10 47520838 . TA T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.021295;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,10:13,6:11,4 -chr10 48051799 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.017584;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:11,10:16,2 -chr10 48140522 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,3:17,1 -chr10 50028240 . GTTTT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,3:2,1 -chr10 50748900 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.038215;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,9:18,4:23,5 -chr10 51091344 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00062159;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:20,5:23,11 -chr10 51285968 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.04872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:20,4:18,1 -chr10 52036899 . G C 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.041079;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,11:34,6:16,5 -chr10 52380498 . T C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0010177;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:27,5:11,5 -chr10 53164463 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=2.6315e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:20,8:19,8 -chr10 53729877 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.013778;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:13,7:19,4 -chr10 55582628 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:5,2:4,3 -chr10 56175687 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,3:5,2:1,1 -chr10 56684222 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.8184e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:14,7:13,6 -chr10 57620739 . C CATATATATATATATAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.022727;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,3:6,2 -chr10 57811028 . T C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=1.2729e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:38,18:19,5:19,13 -chr10 61120281 . G GTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:6,2:7,2 -chr10 61680578 . T TATA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0088769;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,7:6,2 -chr10 62977815 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018244;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:6,5:0,1 -chr10 64460856 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,7:2,1 -chr10 65470642 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0026067;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:22,6:14,5 -chr10 66380758 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0019257;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:22,4:13,5 -chr10 66421834 . CAAAA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.046847;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,4:2,2 -chr10 66976334 . T C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=3.5233e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:13,6:17,8 -chr10 68821532 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.050822;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:13,2:27,3 -chr10 70045898 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.016941;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:14,1:23,8 -chr10 70311222 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.02977;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:14,8:10,5 -chr10 71590884 . AAAC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.035289;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:8,4:11,2 -chr10 72319091 . C CT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.043948;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,5:14,3:13,2 -chr10 73724908 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1 -chr10 74018177 . G GATATATATATAT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.014286;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,4:0,0 -chr10 74602105 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:13,7:1,1 -chr10 75109823 . G T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0075351;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:30,5:19,3 -chr10 78459622 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0017333;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:26,8:11,1 -chr10 80032868 . T TAAA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:5,4:2,2:3,2 -chr10 80383621 . G GTATACGTATATATATATATATA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:13,3:15,1 -chr10 84047174 . C A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0039955;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:26,5:22,8 -chr10 84437150 . C G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:4,6:1,5:3,1 -chr10 84922885 . T TGTAAGAGGTTG 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.025097;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:16,3:23,3 -chr10 86600343 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0036889;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:17,3:20,5 -chr10 86625377 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011299;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:9,7:2,2 -chr10 87219963 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2 -chr10 87351605 . A G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.018263;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:19,5:23,5 -chr10 87985763 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 -chr10 88613770 . G GTATA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0024902;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,8:1,6:2,2 -chr10 90289883 . T TACACACACAC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:24,2:8,2 -chr10 92582076 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.048675;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:28,1:16,4 -chr10 93644896 . ATATAG A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,1:16,3 -chr10 93693480 . GTGTATA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.020192;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:12,3:7,7 -chr10 93693509 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.010436;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:8,2:9,8 -chr10 93693514 . TATATATATATATACACC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035132;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:8,1:12,7 -chr10 96025192 . AAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:10,2:9,2 -chr10 96794402 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.017686;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:15,2:17,5 -chr10 97166543 . GA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.016354;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:13,2:6,3 -chr10 97449861 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 -chr10 99321534 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:26,4:21,3 -chr10 99321537 . AAGAACC A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.073758;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:48,6:26,5:22,1 -chr10 99922502 . GTT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19804;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,4:9,1 -chr10 99929440 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00011756;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:16,6:14,4 -chr10 102663393 . A AAAT 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,4:21,3:9,1 -chr10 103728043 . C A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=4.2495e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:50,16:28,8:22,8 -chr10 103776395 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.022854;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:8,5:8,3 -chr10 104293563 . A AT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0061419;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,6:18,4:7,2 -chr10 104306020 . G GGTGT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00048357;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:14,15:11,12:3,3 -chr10 104534704 . TTCTTTC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.020689;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,5:2,3:13,2 -chr10 105512880 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.407e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,11:10,3 -chr10 106125874 . A AAG 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.012602;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,10:13,6:17,4 -chr10 108123939 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=6.9523e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:18,5:21,12 -chr10 109500156 . GTGTGGGCTGAATTCTGAGCACTACACATCA G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.03317;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:38,16:22,9:16,7 -chr10 111375645 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.020244;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,7:5,3:10,4 -chr10 113073503 . CA C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.043711;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:16,5:7,3 -chr10 113156115 . C CT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00077751;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,10:7,9:6,1 -chr10 113348938 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00080682;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:13,5:24,6 -chr10 114083902 . AATATTATATATAAAT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:1,3:7,3 -chr10 118600042 . G A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.00026184;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:26,8:27,5 -chr10 119636647 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.020593;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:25,4:25,4 -chr10 119717299 . A AT 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00018434;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:23,6:10,5 -chr10 121080935 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.00036241;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:18,6:27,6 -chr10 121421866 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=2.2741e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,14:22,4:17,10 -chr10 121455813 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:1,3:3,2 -chr10 121650820 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.006961;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:19,3:8,5 -chr10 123068657 . CACAT C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0091599;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:21,5:18,2 -chr10 123211730 . G GTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.013574;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:13,6:5,3 -chr10 125826996 . T TAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0082486;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,10:10,6:8,4 -chr10 125864929 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0045249;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1 -chr10 125894099 . AAT A 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.028118;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:100,16:33,4:67,12 -chr10 127755343 . C G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=7.5652e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:16,8:19,7 -chr10 130347228 . G GT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0092633;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:7,3:3,6 -chr10 131350780 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0010195;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:21,4:14,6 -chr10 131746881 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0052114;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,6:6,2:12,4 -chr10 132816830 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=2.593e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:34,21:19,9:15,12 -chr10 133011316 . T TTA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.023176;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,2:3,3 -chr10 133430349 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.015108;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:24,3:21,3 -chr10 133625834 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0086278;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:23,3:21,11 -chr10 133657822 . A T 0 PASS DP=389;GPV=1;SPV=0.02169;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:211:175,36:91,22:84,14 -chr11 123174 . AAAAC A 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.035374;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:68,10:39,6:29,4 -chr11 349700 . C CAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,1:8,3 -chr11 897146 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:20,5:3,2 -chr11 1096112 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.01598;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:21,5:11,2 -chr11 2917012 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.029749;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:20,8:13,3 -chr11 3754941 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,6:11,3:10,3 -chr11 4046059 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.30935;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,5:10,3:6,2 -chr11 4174497 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00096207;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:7,8:12,9 -chr11 4233598 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,1:9,3 -chr11 4244066 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.040748;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:11,5:15,2 -chr11 4297902 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.031471;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,1:15,3 -chr11 4308516 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.065183;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:17,1:21,6 -chr11 4353566 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.036854;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:14,3:8,4 -chr11 4819566 . ATTTT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 -chr11 5692793 . C CAAAAA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.026055;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,8:10,7:9,1 -chr11 8854016 . AT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:9,1:5,3 -chr11 9719093 . C CAAAAA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0079779;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:17,9:7,3 -chr11 10108515 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.19203;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:14,3:9,1 -chr11 12155973 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=2.1165e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:42,19:16,11:26,8 -chr11 12306140 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00010265;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,13:18,6:21,7 -chr11 12330900 . A AGAGT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.18393;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,4:18,3:8,1 -chr11 12837681 . T TTTCTCCTTTCTCCC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:12,2:16,6 -chr11 15283720 . C CT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0012048;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:15,8:11,2 -chr11 18274075 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.3037e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:34,19:22,10:12,9 -chr11 18598411 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,3:5,1 -chr11 22334110 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,10:7,7:6,3 -chr11 22339167 . TATATATATATG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,2:14,2 -chr11 23228372 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,5:6,2:2,3 -chr11 25219930 . CAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015942;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:6,4:2,1 -chr11 25650319 . C G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.012311;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:21,8:16,2 -chr11 25650327 . GTATA G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.013578;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,9:17,7:15,2 -chr11 25849885 . T TA 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00014302;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,14:23,5:14,9 -chr11 25857940 . C CTTATTATTATTATTATTA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0093999;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:14,4:15,5 -chr11 29143731 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,9:4,1 -chr11 29504566 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,7:1,2:2,5 -chr11 30888060 . AAG A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,5:12,4:5,1 -chr11 30888104 . AAG A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023578;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,9:14,7:10,2 -chr11 32855211 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=5e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:17,11:25,5 -chr11 33310270 . G GTCTATCTTATCTATCTA 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.071484;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:18,3:17,1 -chr11 34237276 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:20,4:1,0 -chr11 35887994 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.022257;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:19,5:20,2 -chr11 36793927 . TATATATATA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,5:2,2:2,3 -chr11 37315818 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=2.1193e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:33,19:15,10:18,9 -chr11 38943261 . T G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=4.7395e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:24,10:17,3 -chr11 39326384 . T A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=2.3519e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:36,17:17,10:19,7 -chr11 40906706 . C CTG 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.027169;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,3:16,2 -chr11 41303775 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,1:9,4 -chr11 43888382 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,2:2,4 -chr11 45337328 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.045915;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,9:9,1 -chr11 47545867 . CTGCGTG C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,4:8,1:11,3 -chr11 47862750 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.011497;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:17,3:25,4 -chr11 52225432 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:1,0:21,4 -chr11 52599572 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1041;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:25,4:7,1 -chr11 52599777 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.092724;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:6,4:44,2 -chr11 52737767 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:21,4:0,0 -chr11 53072080 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:3,3:16,2 -chr11 53300818 . C A 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.01649;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:115,13:43,4:72,9 -chr11 53535337 . T A 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.01123;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:98,22:45,10:53,12 -chr11 53616452 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr11 54256182 . G A 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.0093624;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:94,23:37,10:57,13 -chr11 54351934 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,3:1,1 -chr11 54353579 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,1:8,3 -chr11 54362637 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,1:10,3 -chr11 54382746 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.060731;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,1:20,3 -chr11 54393362 . C T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.012341;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:89,19:1,1:88,18 -chr11 54421961 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.04394;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 -chr11 54530924 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr11 54536160 . T G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.029289;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:68,17:35,14:33,3 -chr11 55317589 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0058707;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:26,2:14,6 -chr11 55568525 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.7247e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,8:10,6 -chr11 55608897 . C CTATATATA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,7:5,4:3,3 -chr11 55993111 . A T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.038888;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:22,8:15,2:7,6 -chr11 56498551 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0003709;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:14,5:16,4 -chr11 56974177 . A AATAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:6,4:1,1 -chr11 58320076 . GT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035323;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:10,4:5,4 -chr11 58697156 . G C 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.048805;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:57,10:35,8:22,2 -chr11 59905247 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,10:3,9:2,1 -chr11 61376652 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00062737;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:17,6:18,4 -chr11 61657599 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,8:8,4:6,4 -chr11 62098145 . T TACACAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.016315;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,11:14,6:8,5 -chr11 62184483 . A G 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=4.0571e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,16:19,7:25,9 -chr11 63145562 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0035559;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:2,4:6,6 -chr11 63177835 . ATGTG A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012629;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,4:8,4 -chr11 64170679 . A ATTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:3,3:6,4 -chr11 64582112 . T TCACCAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.25362;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,3:7,1:10,2 -chr11 66270245 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:13,5:7,3:6,2 -chr11 67670248 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:17,3:6,1 -chr11 68511463 . A AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.010126;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,7:9,6:13,1 -chr11 69715028 . AAGAGAGAGAG A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0092391;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,14:11,10:8,4 -chr11 70678532 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:4,4:2,1 -chr11 71931566 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00024808;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:21,7:20,8 -chr11 72907599 . G GTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.029887;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,12:10,8:9,4 -chr11 73735920 . T TAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014318;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,6:4,3 -chr11 73762590 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0048917;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,4:11,2 -chr11 74353860 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0028145;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:1,4:3,2 -chr11 76076802 . G GTATTTATTTATT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.032545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,10:10,5:20,5 -chr11 77920226 . TACATAC T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0078411;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,8:18,7:22,1 -chr11 78535632 . C CT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.060679;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,4:23,3:10,1 -chr11 78942108 . TA T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.006277;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:14,5:15,2 -chr11 79124893 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.20154;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,9:17,4:9,5 -chr11 80326049 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0037001;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:18,7:21,1 -chr11 85598630 . A T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00022326;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:40,12:30,3:10,9 -chr11 85753760 . CT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,4:23,3:9,1 -chr11 86939405 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 -chr11 87189098 . CG C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.068696;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:9,2:20,2 -chr11 88080857 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.25926;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,4:15,4:0,0 -chr11 89060285 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.076205;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:23,4:12,2:11,2 -chr11 89157084 . T TATAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,3:3,1 -chr11 89422795 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0023788;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,9:7,8:4,1 -chr11 89757187 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,8:7,7:2,1 -chr11 89861631 . C T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.018449;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:25,6:26,4 -chr11 90552211 . GT G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0032719;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:9,9:6,4 -chr11 91670125 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,2:2,1:2,1 -chr11 92010898 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0011397;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:11,2:28,8 -chr11 92293064 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.031089;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:15,4:9,1 -chr11 92712942 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.013703;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:22,1:19,6 -chr11 93591583 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015718;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:2,1:3,6 -chr11 95337512 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.051974;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:26,2:7,3 -chr11 96232615 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00032416;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:12,8:28,5 -chr11 96932088 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,10:5,7:4,3 -chr11 97579453 . ACACACACACACACC A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0073017;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,9:10,5 -chr11 97899853 . GACATATTAAAATAAATTCTTCAGAGAGAACCA G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0048961;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:17,6:8,4 -chr11 98135976 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.059972;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,6:17,2:18,4 -chr11 98316306 . TA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,2:1,1:3,1 -chr11 98697052 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,3:4,1:2,2 -chr11 98859045 . C CTATATATATA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1226;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,6:7,5:4,1 -chr11 99727378 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.013425;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:13,11:16,4 -chr11 101046292 . ATTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 -chr11 101622377 . G GAAAGAAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,4:6,3:7,1 -chr11 101629982 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033473;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,2:11,4 -chr11 102149977 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,2:3,2 -chr11 103125366 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0001763;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,14:7,12:3,2 -chr11 103487799 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,9:5,5:11,4 -chr11 103526491 . ATTTTTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,6:7,1 -chr11 105365792 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=8.9306e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:22,6:17,7 -chr11 106000360 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:1,4:0,2:1,2 -chr11 106855905 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0014228;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:16,18:7,12:9,6 -chr11 107512304 . T G 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.046944;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:52,13:23,10:29,3 -chr11 107540628 . A C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.038009;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:59,9:33,5:26,4 -chr11 108856170 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.5282e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:19,10:16,4 -chr11 111276453 . A AAATATAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:8,9:7,7:1,2 -chr11 112102806 . T C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.656e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:10,8:22,9 -chr11 112255078 . TG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,4:3,2:1,2 -chr11 112677726 . C CTTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.035511;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:14,8:4,1 -chr11 113210775 . A AACAC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.016244;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,10:14,7:3,3 -chr11 116818311 . AT A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.057736;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,6:20,1:16,5 -chr11 118504565 . A G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=3.0753e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:42,19:21,13:21,6 -chr11 118609315 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.027862;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:9,1:11,4 -chr11 118802450 . T TATATATATATATA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,6:6,4:4,2 -chr11 118831563 . A ATTTATTTTTATT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.021689;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,11:8,3:21,8 -chr11 119818978 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.022061;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,8:8,5:13,3 -chr11 121120793 . G A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=5.6929e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:25,9:14,3 -chr11 121147059 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.7558e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,7:8,5 -chr11 121765653 . TTCTC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.010021;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:3,1:8,4 -chr11 121765659 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,1:6,4 -chr11 122558020 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,5:10,2 -chr11 123368271 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.098694;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:11,2:20,3 -chr11 123403451 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.029506;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:22,5:13,4 -chr11 123614151 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=6.0843e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:13,7:20,4 -chr11 123709175 . CT C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:15,2:20,2 -chr11 123750349 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00017791;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:19,4:23,10 -chr11 124337155 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.007251;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:5,6:7,3 -chr11 125623068 . CAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0050719;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:13,7:3,1 -chr11 126417787 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.047777;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:16,2:26,4 -chr11 126923098 . TCTTCTC T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:3,2:23,2 -chr11 126956487 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0012263;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:19,5:15,4 -chr11 127617757 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1671;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:9,4:9,1 -chr11 127992652 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,1:6,3 -chr11 128985860 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.06037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 -chr11 129043381 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr11 130091047 . A C 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.0011005;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:45,20:20,10:25,10 -chr11 131680469 . C CTG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0083484;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:10,5:7,7 -chr11 132069996 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02791;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,2:14,4 -chr11 132217352 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.094058;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:18,2:18,2 -chr11 132599386 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.049096;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,4:9,1:9,3 -chr11 134896512 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00036516;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:23,6:21,6 -chr12 43841 . T C 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.016532;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:91,11:66,9:25,2 -chr12 422048 . AC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:15,1:7,2 -chr12 1501253 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,1:11,3 -chr12 1604830 . A AGT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 -chr12 1933007 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.026239;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:24,8:17,2 -chr12 3072183 . C CTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,8:2,2:7,6 -chr12 5133551 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0003312;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:20,8:19,5 -chr12 5658624 . A G 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.031023;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:47,16:25,13:22,3 -chr12 5932324 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.025884;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:38,15:19,9:19,6 -chr12 5998499 . ATAT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,6:2,4:0,2 -chr12 6400481 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0078411;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:18,4:22,4 -chr12 7197123 . A AT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.071698;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:10,3:13,2 -chr12 7197197 . T A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0031015;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:16,6:16,9 -chr12 7197198 . A AT 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.036143;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:17,4:21,6 -chr12 7300180 . AG A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:14,3:7,1 -chr12 7421606 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,7:4,3:2,4 -chr12 7874783 . A ACG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.057887;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,5:12,2:15,3 -chr12 8983395 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.025395;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:7,2:6,5 -chr12 9284446 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.045574;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:14,4:11,5 -chr12 9440307 . A G 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.021699;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:61,10:20,1:41,9 -chr12 9445081 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.029989;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:34,4:27,4 -chr12 9775802 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0040214;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:12,12:6,2 -chr12 10229652 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.047343;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:6,4:0,0 -chr12 10860794 . GGGAAA G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 -chr12 11301199 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.21758;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,1:14,3 -chr12 12433348 . A AAT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.015123;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,12:8,9:4,3 -chr12 14586637 . CAT C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.095143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,2:16,2 -chr12 14684586 . TTCCTTCC T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0011312;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,7:0,3:2,4 -chr12 16157109 . CTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021442;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,3:8,3 -chr12 16523882 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.00035725;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:22,7:25,5 -chr12 17001438 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.2854e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:12,3:21,13 -chr12 17429190 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0037716;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:21,5:23,4 -chr12 17437782 . A C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:10,4:4,3:6,1 -chr12 17535764 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0075589;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:17,3:19,5 -chr12 18650700 . GTGTGTATATATCTATATATATATATATATATATATATATATATATA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:4,6:2,3 -chr12 20195673 . A T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00062967;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:49,15:25,6:24,9 -chr12 20386122 . AAT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020906;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:13,2:10,6 -chr12 21579349 . CTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018977;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,12:7,9:6,3 -chr12 22651683 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.12521;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,8:17,6:9,2 -chr12 22655358 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0019815;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,17:13,10:12,7 -chr12 23184603 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:6,3:3,1 -chr12 24965737 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00021938;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:17,9:17,3 -chr12 26182586 . T TC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:3,1:7,3 -chr12 29076043 . GAA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,4:3,1 -chr12 29588287 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0013642;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:26,2:20,8 -chr12 30698745 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,3:0,1:2,2 -chr12 31256208 . CTTTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,2:0,0:4,2 -chr12 31600148 . TAA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:5,3:6,3 -chr12 32118087 . A AT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,2:18,2 -chr12 34396603 . G T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.00018046;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:24,4:22,8 -chr12 34809155 . C T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.048332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:58,15:26,7:32,8 -chr12 34897693 . C A 0 PASS DP=412;GPV=1;SPV=0.044198;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:247:213,34:190,29:23,5