Mercurial > repos > artbio > mutational_patterns

comparison test-data/EGF037F.vcf @ 0:924c527fb379 draft

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author artbio
date Sun, 13 Sep 2020 18:40:29 +0000
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-1:000000000000 0:924c527fb379
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30 ##filter="SOMATIC"
31 ##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL">
32 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases">
33 ##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation">
34 ##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)">
35 ##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value">
36 ##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls">
37 ##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls">
38 ##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
39 ##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position">
40 ##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads">
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49 ##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90">
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52 ##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15">
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55 ##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50">
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60 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code">
61 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality">
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63 ##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele">
64 ##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand">
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66 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR
67 chr1 184576 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.019075;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:6,3:30,6
68 chr1 269371 . A G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.01875;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:21,3:19,5
69 chr1 283183 . C G 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.0053658;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:21,8:22,2
70 chr1 738332 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.043011;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:33,8:3,1
71 chr1 738586 . G A 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=9.9539e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:57,13:25,5:32,8
72 chr1 738733 . T C 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.016466;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:20,5:25,3
73 chr1 1028545 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.043159;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,2:5,1
74 chr1 1573439 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,2:0,1:0,1
75 chr1 2071063 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.011351;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:10,1:4,5
76 chr1 2342857 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.044297;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:6,2:12,3
77 chr1 2671870 . C A 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.00012417;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2
78 chr1 2672087 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0012127;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,2:8,3
79 chr1 3927491 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,6:4,3:4,3
80 chr1 4079275 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.6102e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:13,9:8,6
81 chr1 4173876 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0022746;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:11,8:10,2
82 chr1 4318436 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:8,1:6,3
83 chr1 4530714 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:5,2:2,1:3,1
84 chr1 5796213 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.084408;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:8,2:8,1
85 chr1 6641377 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,7:7,6:7,1
86 chr1 6926438 . C CTCTTTCTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,7:1,1:11,6
87 chr1 7913728 . GTT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033483;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,1:5,3
88 chr1 8574368 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:1,1:5,7
89 chr1 8852528 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0087276;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,5:7,4
90 chr1 11854533 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:1,1:3,1
91 chr1 12897156 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0
92 chr1 12939075 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:5,1:9,6
93 chr1 13046693 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,1:5,3
94 chr1 13150128 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,2:3,2
95 chr1 13155510 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:3,2:7,5
96 chr1 13369851 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.018596;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:18,4:9,3
97 chr1 16164067 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020191;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,10:8,5:8,5
98 chr1 16536071 . G A 0 PASS DP=384;GPV=1;SPV=0.044443;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:148,19:78,12:70,7
99 chr1 16550749 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.044689;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:22,6:15,6
100 chr1 16560810 . C T 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.048505;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:96,16:48,9:48,7
101 chr1 16564382 . G C 0 PASS DP=354;GPV=1;SPV=0.030816;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:140,16:104,6:36,10
102 chr1 16571744 . C T 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.018301;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:86,17:47,8:39,9
103 chr1 16571771 . G A 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.045999;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:92,17:45,9:47,8
104 chr1 16576444 . G C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.031308;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:80,15:31,3:49,12
105 chr1 16577822 . T C 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.025445;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:24,5:36,9
106 chr1 16599312 . C T 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.037127;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:50,5:37,11
107 chr1 16601408 . T C 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.042617;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:79,18:31,4:48,14
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116 chr1 16756749 . A G 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.045414;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:89,15:43,9:46,6
117 chr1 16795485 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:7,2:0,5
118 chr1 17257031 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:8,5:0,1
119 chr1 18014818 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.016282;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:19,2:9,4
120 chr1 19019158 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.2113e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,19:5,11:11,8
121 chr1 19410476 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=6.5658e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,3:7,6
122 chr1 19611469 . A ATTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,4:7,3:4,1
123 chr1 22555088 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13043;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,2:2,1:5,1
124 chr1 22992252 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1
125 chr1 23826355 . TTGG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2
126 chr1 23881611 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00061448;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,3:3,3
127 chr1 23979057 . G GT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,9:3,8:4,1
128 chr1 24049441 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,2:3,1:4,1
129 chr1 24196805 . T G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:1,3:1,4
130 chr1 25464338 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:1,3:4,1
131 chr1 27454650 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00011345;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,4:5,5
132 chr1 28262621 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0
133 chr1 28540810 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0055741;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,6:3,1
134 chr1 30054513 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.043924;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,4:8,2
135 chr1 30480962 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0059154;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:4,5:0,1
136 chr1 31255828 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.07563;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,1:10,3
137 chr1 36962640 . A AAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00074257;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,5:3,4
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139 chr1 40922013 . G GT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.223e-06;SS=2;SSC=59;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,6:8,6
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141 chr1 42355597 . A AAAAAAAAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,7:2,2:5,5
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145 chr1 43461485 . C CTCTCTTTCTCTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0077055;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,4:5,2
146 chr1 43817407 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.086154;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:0,1:6,1
147 chr1 45774703 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017094;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1
148 chr1 47097820 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035434;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,3:7,1
149 chr1 48980718 . AATATATATATATATATATATATATATATATAT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0077399;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,2:1,4
150 chr1 49370145 . TTA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0080525;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,5:10,4
151 chr1 49972516 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.9869e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:11,10:10,6
152 chr1 50729058 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:8,2:5,6
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154 chr1 52093630 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.035721;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1
155 chr1 52266405 . TAAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010883;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:2,2:1,3
156 chr1 52964214 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,5:8,3
157 chr1 55273567 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029433;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2
158 chr1 56723946 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00051333;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,3:8,5
159 chr1 57768175 . T TAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,5:1,4:0,1
160 chr1 68047321 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0011582;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,6:9,2
161 chr1 68213451 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:12,3:5,2
162 chr1 68982123 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=6.6326e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,2:6,7
163 chr1 70297287 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1
164 chr1 70647900 . TAC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2
165 chr1 70981312 . CTTCCTTTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:2,2:14,2
166 chr1 71155378 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00022877;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:11,6:13,5
167 chr1 75302112 . G GTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:6,3:0,1
168 chr1 76669544 . T TTTTTTTTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00012488;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:5,6:7,4
169 chr1 77304407 . TTTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,3:14,1
170 chr1 78238004 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1
171 chr1 78690904 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,10:1,6:2,4
172 chr1 79201821 . A AGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:4,3:6,1
173 chr1 79959408 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.6582e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:10,7:10,7
174 chr1 83303544 . C CAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,6:0,3:1,3
175 chr1 83359203 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:1,2:2,1
176 chr1 84311332 . T TAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:6,5:4,1
177 chr1 85296311 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,3:1,3
178 chr1 85536978 . TATATATAC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020557;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,2:5,4
179 chr1 86200361 . C CAAAAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,4:0,0
180 chr1 88097222 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0007761;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:3,2:10,5
181 chr1 89653369 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.4236e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:13,6:3,10
182 chr1 90406935 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.065063;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:17,6:12,3
183 chr1 91144703 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=5.0341e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:7,9:7,9
184 chr1 91364001 . T TATGGAGGGGAACACATTGGGAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013155;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3
185 chr1 92507111 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1
186 chr1 92814250 . A ATT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,4:5,3
187 chr1 93998713 . A ATTTAT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.019226;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,7:8,2
188 chr1 94295709 . A ATC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:7,3:5,1
189 chr1 95074345 . TC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016596;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:2,3:9,1
190 chr1 96005255 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,3:4,2:1,1
191 chr1 96140608 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.040043;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:1,4:0,1
192 chr1 97362616 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0003089;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:12,5:13,7
193 chr1 97904795 . G GTAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00019093;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,5:6,5
194 chr1 98348089 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,3:3,2
195 chr1 100159600 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2
196 chr1 100358293 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.1031e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:11,4:8,7
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200 chr1 105746932 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00065827;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:12,7:8,5
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202 chr1 106812711 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00076161;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:4,6:4,5
203 chr1 107049529 . GGTT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:1,3:7,2
204 chr1 108523875 . TATATATATG T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:3,1:6,3
205 chr1 108771460 . AATAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1
206 chr1 108772352 . A ATATC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015732;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1
207 chr1 108954010 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.014656;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:7,6:6,2
208 chr1 109852477 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00073537;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,5:8,2
209 chr1 111062544 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=5.5082e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,4:4,5
210 chr1 111227411 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.037551;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,4:10,1
211 chr1 111615829 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010926;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,4:4,3
212 chr1 111908435 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.1845e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:10,10:7,6
213 chr1 112474079 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011868;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:2,3:5,8
214 chr1 112484222 . T TATATATACAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,5:7,2:2,3
215 chr1 113509914 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0005553;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:12,8:4,1
216 chr1 113584966 . C CAATTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2
217 chr1 114205271 . ATATATGTGAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15966;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:5,2:12,1
218 chr1 115791931 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00012315;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:4,2:9,6
219 chr1 115792300 . GTAGTA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.020719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:4,1:4,5
220 chr1 116770414 . G GGAGAGAGA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:11,4:6,1
221 chr1 117127034 . T TC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.022163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:1,1:10,6
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253 chr1 145259810 . C CAACATCA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.018191;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,2:8,4
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258 chr1 148560207 . C G 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.023176;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:37,6:21,2
259 chr1 148838480 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
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261 chr1 150453034 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010243;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:9,6:4,2
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263 chr1 152234093 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,1:7,3
264 chr1 152234095 . AGT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3
265 chr1 153917795 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0068571;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,3:9,3
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267 chr1 154032950 . GAAGAAAAGAA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:1,4:1,3
268 chr1 155348913 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,3:2,2:2,1
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270 chr1 156930100 . T TC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:2,7:4,2
271 chr1 157349714 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:0,1:8,4
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279 chr1 161569065 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3
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284 chr1 167200851 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,2:2,2
285 chr1 168110527 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1
286 chr1 168110531 . AG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1
287 chr1 168933831 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1
288 chr1 169075433 . A AATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1
289 chr1 169342576 . GTA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034205;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2
290 chr1 170854867 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.5032e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:9,7:4,6
291 chr1 171100237 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0001432;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:7,10:8,2
292 chr1 171577770 . C CATA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:7,6:0,2
293 chr1 173340323 . TAC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,10:4,8:1,2
294 chr1 173834744 . T TC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,2:1,3
295 chr1 174069508 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1
296 chr1 174349588 . AC A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13514;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:11,2:6,1
297 chr1 174634305 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:4,5:12,4
298 chr1 175547605 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:9,3:4,1
299 chr1 176122139 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,5:3,2
300 chr1 177110790 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=7.8832e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:8,8:12,3
301 chr1 177402840 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13137;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:17,1:14,4
302 chr1 178006272 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.08111;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,2:8,2
303 chr1 178076750 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011728;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:7,7:6,3
304 chr1 178574225 . C CTGTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3
305 chr1 178695883 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,4:10,1:7,3
306 chr1 178975705 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3
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349 chr1 232271499 . A ATCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3
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360 chr1 240479086 . TA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,6:2,5:1,1
361 chr1 240812437 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016795;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:7,6:4,1
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372 chr1 247837462 . AAAAAG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021798;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,4:9,3
373 chr1 248354980 . GAATT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010107;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2
374 chr10 862256 . T TAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0090299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:2,2:1,2
375 chr10 940012 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013021;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,2:6,3
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380 chr10 1992884 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.0714e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,8:7,3
381 chr10 2029107 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015873;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4
382 chr10 2350964 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.038561;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,3:12,1
383 chr10 2510784 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032518;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3
384 chr10 2511571 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,4:6,6
385 chr10 2511572 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00534;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:6,4:6,6
386 chr10 2536476 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,2:9,2
387 chr10 2561419 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.7015e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:9,8:5,10
388 chr10 3252001 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1
389 chr10 3457411 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,1:2,5
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391 chr10 4209012 . C CAGAGAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:2,5:2,1
392 chr10 4665375 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,13:3,11:1,2
393 chr10 4738997 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:2,2:1,1:1,1
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395 chr10 6093178 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.016464;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:6,3:14,3
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415 chr10 24449324 . AT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.042266;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:14,3:7,2
416 chr10 24924710 . G GA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023752;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1
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418 chr10 27685443 . ATTTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:2,5:4,1
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422 chr10 28902067 . ATATT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.01858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6
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430 chr10 35587354 . GTCTCTCTCTCTCTCTCTC G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0056638;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,8:5,6:4,2
431 chr10 35652253 . CCCTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,0:9,4
432 chr10 37030816 . ATTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1
433 chr10 37641011 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=5.8393e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:5,6:5,5
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436 chr10 38270480 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034379;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:4,3:14,3
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444 chr10 39276187 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0013091;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:7,4:10,3
445 chr10 41311337 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.015183;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:10,2:14,8
446 chr10 41498724 . A G 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.0055633;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:71,10:60,8:11,2
447 chr10 41498775 . G T 0 PASS DP=263;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:106,12:77,7:29,5
448 chr10 41584224 . A T 0 PASS DP=477;GPV=1;SPV=0.0064468;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:229:199,30:145,22:54,8
449 chr10 41588208 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.026691;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,2:8,4
450 chr10 41589576 . C T 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.041092;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:4,4:46,3
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452 chr10 41904677 . TTGGAA T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.004862;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:57,16:25,5:32,11
453 chr10 41913976 . C A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.02271;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:86,18:33,14:53,4
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455 chr10 42130201 . C G 0 PASS DP=467;GPV=1;SPV=0.01108;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:208,25:74,8:134,17
456 chr10 42157887 . G A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.043444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:50,11:32,7:18,4
457 chr10 42157986 . CAT C 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.048686;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:91,16:57,12:34,4
458 chr10 42315581 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,3:0,1:0,2
459 chr10 42772046 . GGC G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=1.4316e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:7,9:0,4
460 chr10 42968800 . TCAAAGACTATGATCATTTTTAAG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0022404;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:12,4:5,2
461 chr10 42968825 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0023621;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,4:9,2
462 chr10 45836143 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.02714;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,7:14,1
463 chr10 46363734 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1
464 chr10 46601432 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,4:10,1
465 chr10 46786273 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.060295;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,1:13,3
466 chr10 46786415 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0053319;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,11:14,6:12,5
467 chr10 48300206 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10989;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,2:2,1:1,1
468 chr10 48920722 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00030577;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,6:11,4
469 chr10 48953335 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:15,4:4,1
470 chr10 49104962 . CAG C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:4,8:3,2
471 chr10 49682597 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0001999;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:3,4:2,5
472 chr10 50116473 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:11,3:3,2
473 chr10 50164442 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3
474 chr10 50748900 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.036288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3
475 chr10 51156323 . A ACACACACACACACACACC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0053105;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1
476 chr10 52939279 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025045;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2
477 chr10 55084458 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1
478 chr10 55192730 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031156;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,3:8,1
479 chr10 55418614 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,6:8,6
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530 chr10 95041787 . CAAAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,7:3,1
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539 chr10 101429504 . T TC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4
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541 chr10 102476051 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00014085;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,13:5,6:5,7
542 chr10 102476052 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=9.186e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,16:5,8:4,8
543 chr10 103265250 . AAAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0027776;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,4:4,5
544 chr10 105454819 . C CTA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:4,2:0,0
545 chr10 105672567 . C CTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,6:2,4:0,2
546 chr10 105782821 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1
547 chr10 105825981 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.5102e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:5,6:1,4
548 chr10 106774426 . A AGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018761;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,2:13,4
549 chr10 106994063 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:9,6:1,1
550 chr10 108584901 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00045891;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:8,6:12,5
551 chr10 109346489 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0336;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:8,3:12,1
552 chr10 109533268 . T TAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,10:2,7:4,3
553 chr10 109742465 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:9,7:7,1
554 chr10 111192642 . G GA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,5:2,3
555 chr10 111342364 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.0246e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:8,7:9,12
556 chr10 112744459 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,3:6,6
557 chr10 115000596 . A AAGAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:13,1:4,3
558 chr10 115515318 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:0,5:3,3
559 chr10 115661890 . G T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4
560 chr10 118879687 . A AAGAAAGAAAGAAAGAG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:0,5:0,2:0,3
561 chr10 118924791 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026941;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,2:12,4
562 chr10 120990546 . G GTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,3:2,2
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564 chr10 121385846 . C CAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,5:1,4:1,1
565 chr10 123094546 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=4.2836e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,6:4,6
566 chr10 124912341 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,2:2,2
567 chr10 125889586 . G C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0019405;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:54,9:43,8:11,1
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580 chr10 133658890 . C T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.010381;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:81,19:48,11:33,8
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585 chr11 3204328 . G GCAGGCACC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027558;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:12,5:8,2
586 chr11 3702326 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,6:2,2:5,4
587 chr11 4229359 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0053956;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:10,4:5,7
588 chr11 4318596 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.031452;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:21,2:24,13
589 chr11 4322328 . G T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.043254;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:21,7:23,1
590 chr11 4360623 . G GA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,2:12,2
591 chr11 4453530 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,2:5,2
592 chr11 6989150 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:6,4:4,1
593 chr11 7745587 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:33:1,3:0,0:1,3
594 chr11 8979905 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012102;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,3:7,4
595 chr11 12608045 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,7:3,1
596 chr11 13020278 . C CAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.077477;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:4,5:4,1
597 chr11 15814860 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=7.0087e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:7,7:3,5
598 chr11 16177623 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,2:2,1:3,1
599 chr11 17317974 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,2:5,3
600 chr11 18076632 . AAAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.047343;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:3,2:3,2
601 chr11 19036353 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0022441;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:8,7:7,9
602 chr11 19709546 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:4,4:3,2
603 chr11 19861261 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01632;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,1:14,5
604 chr11 21185293 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:2,2:1,2
605 chr11 22978993 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3
606 chr11 23077020 . TAGATATGAAACATCTGTACACTGAATAGTATAAAACA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,3:13,1
607 chr11 23723103 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,4:2,3:3,1
608 chr11 24122300 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,3:10,1
609 chr11 25136860 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00011229;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:16,10:14,4
610 chr11 25635713 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016747;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,4:11,6
611 chr11 25642808 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00048101;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,18:5,9:4,9
612 chr11 27463067 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00387;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,6:1,5:3,1
613 chr11 28236433 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00052187;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,5:6,4
614 chr11 28287156 . ATG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:3,6:0,1
615 chr11 29179215 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0013136;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3
616 chr11 29506307 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.8916e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:9,5:8,8
617 chr11 31283971 . C CCT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0059539;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,14:3,7:5,7
618 chr11 31840982 . CCTTTCTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:1,1:7,4
619 chr11 32421397 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=9.8512e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:11,6:7,8
620 chr11 32522513 . T TCTTA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:0,0:5,4
621 chr11 32581434 . C CGT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:2,6:2,3
622 chr11 33186819 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1
623 chr11 34520272 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037022;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:8,5:10,3
624 chr11 34520276 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031869;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:5,5:12,3
625 chr11 34926224 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00048775;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4
626 chr11 36209353 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1
627 chr11 36797793 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,4:6,1
628 chr11 37022094 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,1:14,4
629 chr11 37035328 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:0,7:0,6:0,1
630 chr11 37347904 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029433;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1
631 chr11 37347998 . ATG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2
632 chr11 37744880 . A G 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.034292;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:66,13:36,7:30,6
633 chr11 37941477 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,4:2,3:0,1
634 chr11 39296506 . A AT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.1371e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:13,11:4,7
635 chr11 39574955 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1
636 chr11 40476116 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.000837;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,4:9,6
637 chr11 40978118 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=6.3944e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:8,8:6,5
638 chr11 41523661 . CATTG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0068131;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:5,5:11,6
639 chr11 41561930 . T TAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,4:5,1
640 chr11 43157285 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.4482e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,6:8,6
641 chr11 43831167 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.3876e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:7,7:12,11
642 chr11 44509830 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1
643 chr11 45105884 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00061695;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:8,2:21,10
644 chr11 45813586 . G GTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1
645 chr11 46630568 . C CTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,4:2,1
646 chr11 46765599 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1
647 chr11 47824052 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,3:4,2:3,1
648 chr11 49885748 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.038682;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:13,2:7,7
649 chr11 50171655 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.4617e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:7,9:13,3
650 chr11 51252751 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.064347;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:3,1:27,3
651 chr11 51253776 . G T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.036743;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:36,3:13,3
652 chr11 51598715 . T C 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.020114;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:84,14:33,6:51,8
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654 chr11 52497199 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,4:2,0
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676 chr11 63483785 . ATATATATATATATATGTATATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,7:2,4:3,3
677 chr11 63526790 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.1878e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:5,8:13,4
678 chr11 63734734 . A AACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0097821;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,1:6,6
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688 chr11 73943269 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,3:1,2
689 chr11 74987890 . TTTTTTTTC T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:1,4:2,4
690 chr11 77171385 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.8905e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:8,5:11,8
691 chr11 79616351 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.9618e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,8:7,7
692 chr11 82112555 . C CTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030499;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:7,3:4,3
693 chr11 82588774 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,3:4,1
694 chr11 82651015 . TAGAGAATCCAAACTGCAACACATCTCAGGCAGCAAATGAGA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2
695 chr11 83511087 . G GACACACACACACACAC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:6,2:2,2
696 chr11 84106954 . AAGAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.078947;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:2,1:2,1
697 chr11 85787701 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,4:8,4
698 chr11 88174640 . AAC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.025437;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,5:8,1
699 chr11 88657202 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=3.5161e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,9:7,6
700 chr11 89316563 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028792;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,1:2,5
701 chr11 89515369 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=7.554e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,7:4,5
702 chr11 89667996 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.003388;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:13,6:15,1
703 chr11 89716988 . C CTA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0035849;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:6,11:10,3
704 chr11 89899896 . T A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=3.8932e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,13:20,11:18,2
705 chr11 90186730 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00058349;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:4,3:4,9
706 chr11 90568520 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,6:5,3:4,3
707 chr11 90616126 . TGGTTGGCA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025519;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,4:3,2
708 chr11 90616137 . A ACCCT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2
709 chr11 91336805 . CATATATATAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:5,2:1,3
710 chr11 92223783 . CCTCTCT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.043019;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2
711 chr11 93490106 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0068571;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:9,3:10,3
712 chr11 94237566 . G A 0 PASS DP=516;GPV=1;SPV=0.032943;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:255:216,39:107,23:109,16
713 chr11 94330670 . TC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022078;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,2:6,4
714 chr11 94330675 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:10,3:3,3
715 chr11 94612316 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:2,2:1,1:1,1
716 chr11 94753306 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2
717 chr11 96558489 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00014072;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:15,6:8,7
718 chr11 96585172 . A AT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1
719 chr11 97596417 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00039828;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,3:6,6
720 chr11 98107766 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.1926e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,6:7,4
721 chr11 98248416 . GTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,9:2,7:3,2
722 chr11 98761483 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0064996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:1,5:3,4
723 chr11 99185885 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0011156;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,5:5,4
724 chr11 101263877 . GTATATA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:17,2:9,2
725 chr11 101263885 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,2:8,2
726 chr11 101263887 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,2:8,2
727 chr11 101283303 . A ATTAAC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:10,4:14,4
728 chr11 101283304 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054466;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:9,5:13,4
729 chr11 101283308 . T TTG 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:10,4:14,4
730 chr11 101374333 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.028437;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,3:10,6
731 chr11 101600388 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0036217;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:9,4:15,5
732 chr11 101865140 . A AACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,7:5,4:1,3
733 chr11 103188222 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.9366e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:8,4:3,11
734 chr11 103842758 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,7:10,6:10,1
735 chr11 104811359 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027005;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,8:7,7:8,1
736 chr11 105161948 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,1:1,3
737 chr11 105491173 . TTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:1,2:2,2
738 chr11 105516595 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,2:4,1:2,1
739 chr11 105965792 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00049183;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:2,6:19,4
740 chr11 107837525 . T TAAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,7:6,1
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813 chr12 31741127 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,7:4,4
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815 chr12 32005286 . A ATATG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:3,5:8,2
816 chr12 32659204 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.8035e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:16,6:8,10
817 chr12 33360524 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0041497;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4
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819 chr12 33836693 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0018489;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,1:8,6
820 chr12 34334877 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.019962;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:8,1:16,4
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825 chr12 35078228 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.02537;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:20,7:6,2
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844 chr12 39325498 . A ATTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,2:6,4
845 chr12 39925030 . A ATTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:0,5:3,1
846 chr12 40630542 . TTTCTTTC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,6:7,5:4,1
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848 chr12 41571376 . TCACA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:5,1:1,5
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850 chr12 43741568 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0054545;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,2:11,4
851 chr12 43958795 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.029609;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,4:8,6
852 chr12 44311797 . G GTA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,2:5,2
853 chr12 45435714 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:1,1:0,1
854 chr12 47354714 . T TATAG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,10:1,4:2,6
855 chr12 48912437 . C CAAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:8,5:7,1
856 chr12 49036478 . AT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,2:4,2
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860 chr12 55067453 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015459;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,6:9,2
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862 chr12 58054993 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.01458;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,5:3,4
863 chr12 58378552 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00057702;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:7,6:9,5
864 chr12 58696750 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.3275e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:11,10:10,10
865 chr12 58856895 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.173e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:9,8:11,9
866 chr12 59883789 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.3208e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:6,10:5,3
867 chr12 60869682 . TTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.051138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:7,1:11,4
868 chr12 60869725 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5
869 chr12 63674050 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.9341e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,6:7,6
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871 chr12 64366214 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1
872 chr12 64676467 . CTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:1,3:6,1
873 chr12 65738517 . T TTCTCTC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,4:4,1
874 chr12 66497260 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00053433;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3
875 chr12 67380425 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018404;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,2:5,3
876 chr12 67380512 . TA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,6:3,4
877 chr12 67678215 . A AAAAAAAAAAAAGTTCTC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0058074;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:10,3:4,7
878 chr12 68632146 . G T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,2:4,1:1,1
879 chr12 69995387 . GTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1
880 chr12 70564842 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:4,6:7,1
881 chr12 71216197 . C CACACACAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00017491;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:10,8:3,2
882 chr12 76723001 . GTATATA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,2:2,2
883 chr12 77043362 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,6:9,5
884 chr12 79179028 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:2,1:5,1
885 chr12 81007094 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025729;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:18,3:5,2
886 chr12 81007095 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.02531;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:17,2:4,3
887 chr12 81954178 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.062e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:2,5:7,9
888 chr12 83586957 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.048357;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:12,7:10,1
889 chr12 83837218 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.013982;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:7,4:16,1
890 chr12 85354446 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00027927;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:13,5:4,3
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892 chr12 93365275 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0098985;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,4:4,2
893 chr12 93463255 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:1,8:5,1
894 chr12 93492513 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00020271;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:10,8:12,8
895 chr12 94040342 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,5:2,1:4,4
896 chr12 94986642 . AC A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,4:6,4
897 chr12 95101681 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2
898 chr12 95654770 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,3:6,1
899 chr12 96453881 . GATATATATATATATATATATAT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,7:1,6:1,1
900 chr12 97335973 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:2,3:4,3
901 chr12 97598862 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.244e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,10:6,6
902 chr12 98257900 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.017995;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,4:11,1
903 chr12 99761065 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,4:3,4
904 chr12 99864079 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,3:0,1
905 chr12 100364047 . C CAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:8,5:2,1
906 chr12 101948762 . T TACACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:7,3:1,3
907 chr12 102476410 . T TGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,6:2,2
908 chr12 103085541 . AT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.2309e-07;SS=2;SSC=66;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,17:8,8:5,9
909 chr12 103166076 . A AGAAGGAAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:13,3:3,5
910 chr12 103619755 . CG C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,2:7,4
911 chr12 103974988 . AAAAAAG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.017042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,7:8,3
912 chr12 104001705 . A AT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.051834;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3
913 chr12 104267707 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2
914 chr12 104454404 . AAC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.055981;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3
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963 chr13 18545200 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.019855;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:10,8:16,2
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965 chr13 19048992 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.8359e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:8,10:13,7
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967 chr13 20148253 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:2,4:2,1
968 chr13 21050147 . G GATAGATAGATAGATACATACATAC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:7,3:8,3
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976 chr13 25751273 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0003248;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:9,6:9,7
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979 chr13 28034119 . A ATCATAT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0033296;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,5:7,2
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982 chr13 28085343 . CAAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:4,7:2,1
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984 chr13 28931190 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.031154;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,1:18,4
985 chr13 30523150 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.3691e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,6:8,7
986 chr13 31817645 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.3103e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:6,5:6,7
987 chr13 32541676 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,5:4,2
988 chr13 32637218 . A AATAAGGGT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,5:0,2:0,3
989 chr13 33181267 . T TACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021709;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,11:2,6:0,5
990 chr13 33209457 . C CTTTTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0005812;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,9:7,2
991 chr13 34971819 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00071076;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,6:8,2
992 chr13 35813730 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.013043;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,5:3,1
993 chr13 35967635 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0013435;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:8,3:11,5
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997 chr13 37309075 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1
998 chr13 37753581 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012033;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,4:5,2
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1000 chr13 41076269 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:10,3:7,2
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1020 chr13 57693315 . C CAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,5:4,2
1021 chr13 57983872 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4
1022 chr13 58418567 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00010896;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,6:7,5
1023 chr13 58624833 . CAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1
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1032 chr13 69412498 . ATTT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0022624;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:1,1:1,5
1033 chr13 69863387 . C CAAAAGAGGATCCTAGAAGAAGACTAGGCACCAGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:10,3:8,1
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1037 chr13 72358634 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,2:4,7
1038 chr13 72990213 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1
1039 chr13 73108638 . A ATC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.068908;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:12,2:16,2
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1045 chr13 78665322 . A C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,2:0,1:1,1
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1047 chr13 82169368 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.022727;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,2:3,3
1048 chr13 82458884 . T TA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0016308;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:12,6:4,2
1049 chr13 85227345 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010272;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,4:7,6
1050 chr13 85333993 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0026298;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:3,4:9,2
1051 chr13 85922076 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00013428;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,5:5,5
1052 chr13 86063548 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00070165;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,5:5,4
1053 chr13 86498492 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.093333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1
1054 chr13 87124262 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0067244;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,3:3,3
1055 chr13 88200508 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2
1056 chr13 91746505 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.060769;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:19,3:14,2
1057 chr13 92930628 . TATATATTCCAGATATAA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0043101;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:8,3:6,4
1058 chr13 93376776 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00056132;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,6:6,3
1059 chr13 93667735 . G GTTTTTTTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:11,4:7,1
1060 chr13 93905097 . A AG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0025519;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,10:2,7:2,3
1061 chr13 94088595 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,2:0,2:0,0
1062 chr13 94288946 . GATAGATAT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1
1063 chr13 94585799 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0051416;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,6:5,4
1064 chr13 96105006 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,4:6,3:4,1
1065 chr13 97790091 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00030733;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,4:8,4
1066 chr13 97852692 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:8,2:7,2
1067 chr13 97860642 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,7:3,6:1,1
1068 chr13 99414007 . T TACACACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011679;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:4,5:7,3
1069 chr13 100463335 . GGT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0080645;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:3,3:4,1
1070 chr13 101362815 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.0663e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,3:6,8
1071 chr13 102189022 . GAAGA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,4:8,3:6,1
1072 chr13 103563902 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6063e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:10,9:9,6
1073 chr13 104490654 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=3.0818e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:8,5:3,7
1074 chr13 105089164 . ATATATTTATATATATGTGTATACATATATGTATATATT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,5:4,2:4,3
1075 chr13 105684597 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,3:13,1
1076 chr13 105788377 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.3475e-10;SS=2;SSC=94;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,21:3,5:8,16
1077 chr13 106472885 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.029272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,3:12,1
1078 chr13 107911166 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00091327;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,6:9,2
1079 chr13 108348447 . CTCTCTCTG C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0033365;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:6,6:8,5
1080 chr13 108425575 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.001961;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:14,7:15,5
1081 chr13 109330635 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0004259;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:15,7:7,3
1082 chr13 110497503 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0094538;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3
1083 chr13 110894963 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=4.2116e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:9,8:5,5
1084 chr13 112333425 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.2072e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:13,11:7,9
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1118 chr14 27961347 . C CT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.056405;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,3:12,1
1119 chr14 28674553 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0029061;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,7:8,4
1120 chr14 30361142 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00047821;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,6:9,4
1121 chr14 30532663 . CTTTT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:2,4:1,1
1122 chr14 31937328 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2
1123 chr14 32462901 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0
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1125 chr14 33087171 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:5,1:13,3
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1127 chr14 35240294 . C CTTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:3,2:0,0
1128 chr14 36798902 . A AAG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018018;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:4,6:5,1
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1131 chr14 41175901 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.9448e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:7,3:10,9
1132 chr14 41243449 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00010136;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,5:6,6
1133 chr14 41808408 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:4,2:0,0
1134 chr14 42051447 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.009581;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:2,6:9,2
1135 chr14 42070911 . TTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0055972;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,9:3,6:4,3
1136 chr14 42159445 . C CTTTCTTTCT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.055556;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1
1137 chr14 45416861 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.002243;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,2:3,3
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1141 chr14 52656711 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,4:3,4
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1143 chr14 54862379 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,2:4,2:0,0
1144 chr14 56705573 . C CAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0024876;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,13:8,11:4,2
1145 chr14 56935197 . TTCTTTTCTTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0025247;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:4,6:15,10
1146 chr14 58962926 . C CTA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.26049;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:12,2:9,1
1147 chr14 59175182 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0069576;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:11,4:9,5
1148 chr14 61746397 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019737;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:8,3:2,5
1149 chr14 61938026 . A AACACACACACACACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:4,6:2,2
1150 chr14 62908782 . AT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:4,2:1,2
1151 chr14 64428107 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,1:3,4
1152 chr14 64657457 . TG T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:1,1:3,6
1153 chr14 64785351 . GAA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2
1154 chr14 65123077 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,5:3,1
1155 chr14 65810255 . ATTTGGCTCCC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,3:6,4
1156 chr14 66154886 . G GATAGAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.027296;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,4:6,3
1157 chr14 69102591 . G GACACACACACACACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:3,3:1,3
1158 chr14 69776603 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.056596;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,3:12,1
1159 chr14 70860105 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:1,4:6,2
1160 chr14 71263275 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:1,4:6,5
1161 chr14 71590042 . AAAATATAT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,3:4,2
1162 chr14 72990689 . CTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,1:2,3
1163 chr14 73045353 . AT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0049438;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:3,3:0,3
1164 chr14 76333418 . TATC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:9,5:0,1
1165 chr14 76333425 . T TG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00054683;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:8,5:0,3
1166 chr14 76799906 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:5,7:4,1
1167 chr14 78550538 . AAAC A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.0239e-06;SS=2;SSC=59;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:7,5:4,9
1168 chr14 79064707 . TATTTTTCATAATTACCC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0092138;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,1:4,6
1169 chr14 79064727 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0092138;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,2:4,5
1170 chr14 79064735 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012068;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,2:4,4
1171 chr14 79064737 . ATG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,2:4,5
1172 chr14 80996590 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021791;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,2:12,2
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1174 chr14 81593003 . TTCTC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045025;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2
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1188 chr14 91519138 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.083004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:5,1:0,1
1189 chr14 91915686 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1
1190 chr14 92767689 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,3:4,1
1191 chr14 93234186 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0017181;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,8:2,7:0,1
1192 chr14 93452375 . ATT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:9,2:4,2
1193 chr14 94540842 . T TTCTC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:1,4:2,2
1194 chr14 94648586 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:3,3:1,1
1195 chr14 94897018 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0042869;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,6:12,3
1196 chr14 95610788 . AAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:5,1:3,4
1197 chr14 95766412 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0012644;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,4:5,3
1198 chr14 98014124 . CCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:0,0:14,4
1199 chr14 98115803 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014742;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,5:7,2
1200 chr14 98155143 . TATAGAG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:3,7:8,2
1201 chr14 98234881 . TGATAGATAGATGATAGATA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.043209;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,8:9,4:9,4
1202 chr14 98234915 . TA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0052029;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,12:8,7:7,5
1203 chr14 99410862 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=9.9525e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,5:4,7
1204 chr14 99826105 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,3:4,1
1205 chr14 100198742 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:3,4:4,1
1206 chr14 100931842 . TATATATA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:1,3:0,2:1,1
1207 chr14 104204478 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0032734;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,7:1,2:2,5
1208 chr14 105654000 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.013714;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,5:8,4
1209 chr14 105736712 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:2,2:12,4
1210 chr14 105736981 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.037012;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:13,5:6,2
1211 chr14 105749983 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.047874;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:21,5:7,3
1212 chr14 105755579 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.047169;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,2:16,7
1213 chr14 106327993 . C G 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.0082929;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:72,17:39,13:33,4
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1215 chr15 18366043 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,1:9,3
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1217 chr15 19222180 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0
1218 chr15 19563637 . T C 0 PASS DP=872;GPV=1;SPV=0.00095602;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:413:366,46:182,40:184,6
1219 chr15 19835775 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=2.6922e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,11:1,3:0,8
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1221 chr15 19925830 . C A 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.022371;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:64,15:17,6:47,9
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1223 chr15 20119707 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.035271;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:10,3:22,3
1224 chr15 20120551 . ACAAG A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.03948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:29,5:12,1
1225 chr15 20256614 . C T 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.01383;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:74,20:30,12:44,8
1226 chr15 20272696 . C A 0 PASS DP=254;GPV=1;SPV=0.001875;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:100,25:58,10:42,15
1227 chr15 20284725 . T A 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.023429;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:73,18:35,13:38,5
1228 chr15 20289416 . T C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.020621;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:77,17:35,8:42,9
1229 chr15 20290883 . G C 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.035787;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:92,21:39,7:53,14
1230 chr15 20291056 . A G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.045569;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:71,15:38,7:33,8
1231 chr15 20295526 . C A 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.0046454;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:106,19:46,6:60,13
1232 chr15 20304167 . C A 0 PASS DP=314;GPV=1;SPV=0.047629;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:126,21:59,14:67,7
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1234 chr15 20309922 . TGATGA T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.020878;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:54,13:28,8:26,5
1235 chr15 20338110 . A G 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.046849;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:66,15:29,12:37,3
1236 chr15 20357686 . G A 0 PASS DP=281;GPV=1;SPV=0.036447;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:105,20:65,11:40,9
1237 chr15 20370348 . AATTGAGTTCTC A 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.036478;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:80,16:39,7:41,9
1238 chr15 20372213 . C T 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.019044;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:71,16:45,7:26,9
1239 chr15 20393186 . A AT 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.025654;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:38,4:32,6
1240 chr15 20415832 . T C 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.0087716;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:64,16:28,8:36,8
1241 chr15 20555222 . GTATATGTGTAAATA G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.029438;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:21,5:13,4
1242 chr15 20586743 . C CT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.034134;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,6:13,4
1243 chr15 20644036 . A G 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.047122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:73,14:42,8:31,6
1244 chr15 20665834 . C CAA 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.0028234;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:71,19:34,9:37,10
1245 chr15 20741316 . C CAAAAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1
1246 chr15 21248951 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.047338;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:3,4:22,2
1247 chr15 21278485 . A G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.033668;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:69,17:38,10:31,7
1248 chr15 21285805 . C T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.045959;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:72,16:40,7:32,9
1249 chr15 21291652 . G A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0045101;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:62,21:27,9:35,12
1250 chr15 21465543 . A G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.016976;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:29,7:18,3
1251 chr15 21516684 . GC G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.031256;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:19,6:14,4
1252 chr15 21540209 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1
1253 chr15 21577313 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,2:5,2
1254 chr15 21620069 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,5:10,1
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1311 chr15 59592718 . GTTT G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:6,3:3,1
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1318 chr15 62282875 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=7.0453e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:8,4:8,6
1319 chr15 63932164 . T TAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2
1320 chr15 64002916 . CTGTG C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,7:3,6:2,1
1321 chr15 65160621 . TCTCA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:2,3:8,5
1322 chr15 66596799 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,2:4,2
1323 chr15 68235593 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.125;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:4,2:0,0
1324 chr15 68402842 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.1392e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,7:4,3
1325 chr15 69260252 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2
1326 chr15 69810400 . AACACAC A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00036978;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:7,7:1,6
1327 chr15 69993318 . GAAAGAGAC G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2
1328 chr15 70364401 . A AT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3
1329 chr15 72482839 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015907;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:2,5:8,2
1330 chr15 72660853 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,4:0,1
1331 chr15 74303679 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=3.5745e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:19,9:11,4
1332 chr15 74939066 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.036707;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,2:5,2
1333 chr15 75266350 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:0,0:19,4
1334 chr15 75376695 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,2:1,1:6,1
1335 chr15 75481742 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0
1336 chr15 75491402 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.019042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:12,6:2,4
1337 chr15 75528695 . AT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0053554;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,15:4,7:3,8
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1339 chr15 75782577 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,2:10,2
1340 chr15 76249435 . A ATC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,4:4,7
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1388 chr16 13622488 . CTG C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:11,1:4,3
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1399 chr16 16829613 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:4,3:1,4
1400 chr16 17204966 . CAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025944;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2
1401 chr16 17643997 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,4:3,2:6,2
1402 chr16 17916004 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.5771e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:9,9:13,5
1403 chr16 18181093 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.041596;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,3:18,1
1404 chr16 18237898 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.037749;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:18,4:9,2
1405 chr16 18963513 . ATG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011088;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,5:10,2
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1407 chr16 20138748 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.013124;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:2,5:5,3
1408 chr16 21155621 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:3,4:3,2
1409 chr16 21675063 . GTCTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00047718;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,11:2,4:3,7
1410 chr16 22681401 . CA C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.010119;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,6:16,4:11,2
1411 chr16 22824558 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040656;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:4,3:11,3
1412 chr16 23020660 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0011576;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:3,13:0,7:3,6
1413 chr16 25746742 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0010337;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:9,7:6,7
1414 chr16 25993949 . CGTGTGT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0038647;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,6:4,1
1415 chr16 26005732 . GA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00054483;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,8:7,4
1416 chr16 26238514 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,4:1,2:5,2
1417 chr16 26417291 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0779;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:7,5:10,3
1418 chr16 26464372 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00022959;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,2:8,6
1419 chr16 26653957 . C CTTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:3,4:0,1
1420 chr16 27000580 . CTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:9,3:2,1
1421 chr16 28361764 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,15:0,4:4,11
1422 chr16 28424469 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2
1423 chr16 28738180 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.016411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,6:5,2
1424 chr16 28739478 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,0:9,4
1425 chr16 29054144 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031533;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:20,3:6,3
1426 chr16 29445775 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
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1491 chr16 68811396 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.02882;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,4:3,2
1492 chr16 69005788 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0027337;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:8,6:2,5
1493 chr16 70120931 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:0,2:4,2
1494 chr16 70174691 . G C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.046823;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:16,7:18,3
1495 chr16 71736551 . ATTATTTAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037055;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,3:6,2
1496 chr16 72554038 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,3:6,2
1497 chr16 72822795 . GT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:2,7:2,2
1498 chr16 73233108 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,10:2,8:4,2
1499 chr16 73890254 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3
1500 chr16 74395530 . CT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.022661;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,7:13,6:8,1
1501 chr16 74838044 . ATATATATG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.014712;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,4:2,4
1502 chr16 75050776 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00022655;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,13:1,3:5,10
1503 chr16 75354641 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.7137e-11;SS=2;SSC=107;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:11,25:7,12:4,13
1504 chr16 76589820 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00037668;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,8:7,1
1505 chr16 77100673 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.13182;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:15,2:11,1
1506 chr16 77153592 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.001026;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:13,7:11,3
1507 chr16 77420002 . T TAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:3,2:8,3
1508 chr16 78301290 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.6735e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:9,8:11,8
1509 chr16 79655414 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015417;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:1,3:8,1
1510 chr16 79995164 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0024526;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,7:2,4:2,3
1511 chr16 81191374 . A ATT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:1,4:11,4
1512 chr16 81414860 . A AGTGTGT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3
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1514 chr16 82899775 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.087902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,1:16,3
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1534 chr17 1328160 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011294;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,5:7,2
1535 chr17 1328161 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011088;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,5:8,2
1536 chr17 1656561 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0092196;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:10,7:13,2
1537 chr17 2090184 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,2:1,1:2,1
1538 chr17 2487323 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00056474;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:10,6:12,5
1539 chr17 3327672 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,4:5,2
1540 chr17 3645859 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014023;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,7:4,3
1541 chr17 3756220 . TG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:1,3:5,2
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1543 chr17 4570600 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,2:3,3
1544 chr17 4578810 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.3211e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:9,6:11,9
1545 chr17 5240636 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1
1546 chr17 5420125 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=6.1831e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:12,10:8,4
1547 chr17 5552084 . CTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:1,2:2,2
1548 chr17 6662001 . ATATTT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034418;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:2,3:10,3
1549 chr17 9106467 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,5:2,2:2,3
1550 chr17 9195209 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:0,3:9,2
1551 chr17 10153519 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:4,4:1,2
1552 chr17 10323784 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:1,1:3,1
1553 chr17 11366816 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.010971;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,3:14,3
1554 chr17 11422051 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.7248e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,20:11,12:5,8
1555 chr17 11762306 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.019518;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:18,3:12,3
1556 chr17 11845265 . TTG T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,2:6,4
1557 chr17 14375018 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0031185;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,4:9,3
1558 chr17 16328600 . ATATATATATAT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,2:0,0:0,2
1559 chr17 16422760 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0017851;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:9,3:15,4
1560 chr17 17708429 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,4:7,3:7,1
1561 chr17 18492068 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0017458;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:2,4:0,2
1562 chr17 18862802 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016311;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,2:6,4
1563 chr17 19565577 . CT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1
1564 chr17 20330767 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.039686;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:8,1:21,4
1565 chr17 20470693 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2
1566 chr17 20815219 . A ATT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,8:3,5:1,3
1567 chr17 21048746 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00041746;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:1,10:9,5
1568 chr17 21648749 . A AT 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0028141;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:16,8:15,6
1569 chr17 21712856 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.04855;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,9:13,1
1570 chr17 21723268 . C A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.019206;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:23,8:14,3
1571 chr17 21740034 . A G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=1.3924e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:57,18:25,11:32,7
1572 chr17 22198061 . AT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:10,8:5,3
1573 chr17 22217042 . AAACAAG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0204;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,6:5,4
1574 chr17 22384676 . G T 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.043277;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,14:8,1:47,13
1575 chr17 22391591 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.024109;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,3:6,1
1576 chr17 26717800 . C G 0 PASS DP=555;GPV=1;SPV=0.033702;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:261:234,27:109,14:125,13
1577 chr17 26722452 . G A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.011266;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:73,12:45,8:28,4
1578 chr17 26763941 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.015084;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,8:21,4:17,4
1579 chr17 26767603 . A C 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.020548;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:88,18:56,14:32,4
1580 chr17 26951309 . T C 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.014823;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:98,13:63,11:35,2
1581 chr17 26955229 . G A 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.042553;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:72,17:28,4:44,13
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1584 chr17 27162354 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1
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1586 chr17 28118620 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=9.4646e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:5,8:9,10
1587 chr17 28225289 . T TAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.069102;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:13,5:5,1
1588 chr17 29970637 . G GACACACAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,3:7,2
1589 chr17 30015759 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025944;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,6:4,1
1590 chr17 31675970 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018499;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,2:5,3
1591 chr17 31675974 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0086957;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3
1592 chr17 32248071 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023079;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:3,1:1,4
1593 chr17 33464540 . C CTCTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:3,1:7,3
1594 chr17 33634710 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0035698;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,7:2,6:4,1
1595 chr17 34120743 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015182;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:5,1:0,4
1596 chr17 35437787 . TGCTTGCA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00068054;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,14:6,9:4,5
1597 chr17 36185264 . A G 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.0029013;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:82,18:41,8:41,10
1598 chr17 36238037 . CA C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.047806;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,11:29,7:21,4
1599 chr17 36887234 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:6,6:12,6
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1601 chr17 37022153 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,6:7,2:8,4
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1624 chr17 54401303 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0010255;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,4:10,6
1625 chr17 54576215 . T TTGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:5,2:8,3
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1627 chr17 54891017 . A AACACACACACACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,10:3,6:0,4
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1633 chr17 61535757 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:1,8:2,1
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1635 chr17 62039586 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:6,6:1,1
1636 chr17 62342287 . GT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:7,5:4,1
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1638 chr17 66407338 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00088893;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:7,6:12,6
1639 chr17 67329141 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3
1640 chr17 68379421 . A ATT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1
1641 chr17 68499368 . A AAG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,9:0,7:2,2
1642 chr17 71468127 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0067708;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:14,5:9,2
1643 chr17 71608301 . C CTATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,1:2,3
1644 chr17 77048303 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0014835;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:4,2:10,6
1645 chr17 77647415 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020538;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3
1646 chr17 79463487 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.042892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,3:3,1:1,2
1647 chr17 79463493 . G GCCACCT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:4,1:1,1
1648 chr17 80416714 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,2:0,1:7,1
1649 chr17 82122432 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.030827;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:12,4:15,4
1650 chr17 82212393 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036419;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:6,3:6,2
1651 chr18 113178 . A AAAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:4,5:1,1
1652 chr18 178004 . G GTGTT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00071601;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:7,9:7,5
1653 chr18 700916 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,5:4,1
1654 chr18 889514 . CAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0023953;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:7,5:3,4
1655 chr18 915781 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0072464;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,4:2,3
1656 chr18 2384404 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:0,5:7,8
1657 chr18 2621263 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.027438;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,4:4,1
1658 chr18 2621264 . A AG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023764;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,4:4,1
1659 chr18 3343041 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16126;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,5:9,4:4,1
1660 chr18 3923133 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:6,7:2,1
1661 chr18 4066348 . A AAAAT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0001352;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:5,4:8,5
1662 chr18 4548393 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,3:2,2
1663 chr18 4781352 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0019836;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,11:6,9:3,2
1664 chr18 5324617 . A ACAACAT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.006391;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2
1665 chr18 5949713 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.02027;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,3:9,4
1666 chr18 6446370 . GAC G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021903;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,5:4,1
1667 chr18 7236433 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0036999;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,6:1,1
1668 chr18 8725790 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,5:0,1:0,4
1669 chr18 8838752 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.8089e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,20:7,8:8,12
1670 chr18 9480414 . A AT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4
1671 chr18 10604917 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4
1672 chr18 10757193 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:4,8:2,2
1673 chr18 11646123 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:21,3:10,4
1674 chr18 11646124 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:21,3:12,3
1675 chr18 11813263 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,2:5,3
1676 chr18 12214347 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.022419;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,1:9,7
1677 chr18 13591434 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.041596;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:13,1:15,3
1678 chr18 13904655 . A AACAGGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.023962;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:11,3:6,4
1679 chr18 13904663 . C CCAAAACAGTAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.019247;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:11,4:8,5
1680 chr18 14547291 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.038345;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:10,2:18,4
1681 chr18 15174876 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.057873;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:14,2:26,3
1682 chr18 15371534 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.1439e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,5:13,7
1683 chr18 15406854 . C A 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.023607;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:72,11:50,6:22,5
1684 chr18 15406877 . T C 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.03962;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:93,11:67,5:26,6
1685 chr18 15410625 . C T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0062788;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:43,15:8,3:35,12
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1722 chr18 27860667 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0045249;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,6:1,3:2,3
1723 chr18 28271054 . G GTTATTGTATTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017056;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:3,2:7,5
1724 chr18 28271056 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.018018;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:3,1:6,6
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1759 chr18 50552615 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00029607;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,3:9,8
1760 chr18 51296831 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0016775;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:15,5:6,3
1761 chr18 52012995 . A ATGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011037;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:3,4:2,2
1762 chr18 52753534 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0011694;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,4:14,6
1763 chr18 53699817 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2
1764 chr18 57035014 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.8903e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:5,3:11,7
1765 chr18 57549425 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.021315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:15,6:7,3
1766 chr18 58920735 . CGTGT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,4:2,2
1767 chr18 59390178 . A ATATATTATATTATAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:5,2:1,2
1768 chr18 59882953 . C CATTTATTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,8:3,4:10,4
1769 chr18 62581837 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,3:4,1
1770 chr18 62924678 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1
1771 chr18 63839578 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,7:4,2:7,5
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1848 chr19 37290068 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.074163;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:0,0:27,4
1849 chr19 37493362 . TA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0022813;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:6,5:12,4
1850 chr19 38258689 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3
1851 chr19 38450773 . C CAATAAATAAATA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0088972;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2
1852 chr19 40158875 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00069047;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,4:7,3
1853 chr19 40773433 . CA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1
1854 chr19 41457272 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0066591;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,3:4,6
1855 chr19 45594061 . AAAAT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:3,2:6,2
1856 chr19 46047138 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=1.9406e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:3,5:6,4
1857 chr19 46877250 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,2:1,1:4,1
1858 chr19 47338275 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,2:7,2
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1899 chr2 6253208 . A ATATATACACG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,3:6,3
1900 chr2 6270012 . CAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:8,4:5,11
1901 chr2 9113395 . C CAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.069135;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:11,2:16,2
1902 chr2 9254236 . AAT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017292;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,4:7,3
1903 chr2 9828022 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:0,1:14,3
1904 chr2 10607750 . T TTTATTATTATTATTATTATTATTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.061437;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:8,5:12,4
1905 chr2 11142713 . A ATT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,7:0,5:2,2
1906 chr2 11334510 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.014047;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:14,10:4,3
1907 chr2 11607637 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12591;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,3:15,1
1908 chr2 11814512 . A ATG 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0079023;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,12:20,10:10,2
1909 chr2 11902372 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0031331;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3
1910 chr2 12814596 . A AAAAAAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,9:0,4:3,5
1911 chr2 13826601 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.083915;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,3:14,1
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1913 chr2 14253010 . CTGTGTGTGTGTGTGTGTG C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0040496;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:3,3:4,6
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1915 chr2 14686910 . GAC G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.001935;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,11:2,8:2,3
1916 chr2 15857076 . C CAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034476;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,12:13,8:7,4
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1918 chr2 16884742 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,1:10,3
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1921 chr2 17778199 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.003803;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:5,7:7,5
1922 chr2 18289119 . A AAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,7:7,6:2,1
1923 chr2 18970585 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0068026;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:4,14:2,9:2,5
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1926 chr2 20710610 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03942;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,7:8,1
1927 chr2 20971929 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,4:16,3:5,1
1928 chr2 21437292 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0021615;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:16,6:18,3
1929 chr2 22532172 . T TTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,6:3,3:5,3
1930 chr2 22743862 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:6,4:3,3
1931 chr2 24155524 . TATATATA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:0,0:2,2
1932 chr2 24443841 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=8.275e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,20:5,11:4,9
1933 chr2 24939079 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2
1934 chr2 25496842 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0039984;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:6,6:5,4
1935 chr2 25672203 . CAAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,7:2,6:5,1
1936 chr2 26654811 . TGA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,1:12,4
1937 chr2 26906186 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.073366;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:11,5:8,3
1938 chr2 28076473 . T TTTAG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,14:13,8:11,6
1939 chr2 28258615 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,1:4,3
1940 chr2 28373407 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,3:4,5
1941 chr2 28541184 . AT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.12341;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,3:17,1
1942 chr2 29085657 . TAAA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:2,3:9,2
1943 chr2 30319656 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0010154;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:4,5:7,9
1944 chr2 31725693 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00027662;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:15,10:17,3
1945 chr2 31803289 . TAA T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0034858;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:15,16:6,3
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2018 chr2 85408338 . T TCACACACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0044859;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,2:5,5
2019 chr2 85686432 . CA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023721;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:10,2:14,3
2020 chr2 87430689 . AAGCC A 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.038661;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:56,14:29,10:27,4
2021 chr2 87563860 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,3:7,2
2022 chr2 87599153 . CGTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:1,3:8,3
2023 chr2 88044863 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,8:1,3:3,5
2024 chr2 88463363 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
2025 chr2 89094821 . CA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:4,3:0,1
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2029 chr2 89775125 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.13783;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,2:18,3
2030 chr2 90321280 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.013504;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:18,1:12,4
2031 chr2 90336867 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4
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2101 chr2 121706815 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1
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2104 chr2 126407992 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,8:7,7:1,1
2105 chr2 126677527 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0094148;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,7:2,3
2106 chr2 127829056 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.7627e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:13,8:6,8
2107 chr2 128268025 . G GT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.047789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:8,2:18,4
2108 chr2 128511430 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.9236e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:6,6:6,12
2109 chr2 130590444 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1
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2111 chr2 130896509 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.3518e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:9,8:2,6
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2117 chr2 132221353 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.15556;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:7,1:5,2
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2186 chr2 197440209 . A ATGTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0036697;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,5:3,3
2187 chr2 199788419 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.6711e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,6:7,5
2188 chr2 201805450 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,4:6,4:0,0
2189 chr2 201947222 . G GTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012719;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:8,5:1,2
2190 chr2 201959350 . C CCACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,6:5,4
2191 chr2 201962210 . CAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:3,4:0,0
2192 chr2 204986101 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0014993;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:6,7:1,1
2193 chr2 205842354 . CTCTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.003612;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:0,1:3,4
2194 chr2 205912237 . A AGATGGATG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=9.294e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:1,2:5,8
2195 chr2 208772093 . C CTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.002331;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:0,7:0,5:0,2
2196 chr2 213276117 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.2748e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,20:5,10:4,10
2197 chr2 213643067 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:0,1:2,1
2198 chr2 213852516 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0016986;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,6:6,2
2199 chr2 213876321 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,3:1,1:5,2
2200 chr2 215677637 . AC A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.083916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:2,3:3,2
2201 chr2 216577470 . TTC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01828;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,5:5,3
2202 chr2 219934644 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,1:6,3
2203 chr2 220020588 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,2:9,2
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2250 chr20 14176992 . A AG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01551;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1
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2252 chr20 17161170 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,7:7,2
2253 chr20 19024244 . A AAAAG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:2,3:3,1
2254 chr20 19920825 . AC A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=8.5276e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2
2255 chr20 19923129 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.4821e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:16,10:7,6
2256 chr20 19958531 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0001635;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,3:7,6
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2258 chr20 21721607 . CATAT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,4:1,1
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2262 chr20 23864601 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0311;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:16,3:9,2
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2265 chr20 26450344 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,3:1,1
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2272 chr20 28178113 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
2273 chr20 28613576 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.029814;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:23,4:27,3
2274 chr20 28624728 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.032947;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:18,4:25,1
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2276 chr20 28808514 . T C 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.029038;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:80,11:33,7:47,4
2277 chr20 28819540 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3
2278 chr20 28823977 . A G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.035515;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:52,15:27,10:25,5
2279 chr20 28868737 . T G 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.04665;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:143,24:99,21:44,3
2280 chr20 28900698 . A T 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.017497;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:84,12:50,8:34,4
2281 chr20 28910124 . A G 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.044993;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:89,19:53,17:36,2
2282 chr20 28946744 . G A 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.028607;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:52,9:31,5:21,4
2283 chr20 28956255 . C A 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.025065;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:66,16:32,9:34,7
2284 chr20 29058370 . TC T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.009142;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:65,20:28,12:37,8
2285 chr20 29072135 . TAAAAG T 0 PASS DP=277;GPV=1;SPV=0.025898;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:116,19:52,4:64,15
2286 chr20 29083045 . C T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.023393;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:82,21:67,16:15,5
2287 chr20 29227596 . CTGAG C 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.012619;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:50,14:22,8:28,6
2288 chr20 29227616 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.016958;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:26,9:29,6
2289 chr20 29310538 . CTT C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.028273;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2
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2361 chr21 7951615 . ACATTC A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.018574;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:24,6:34,5
2362 chr21 7987132 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0047325;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,5:6,2
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2365 chr21 8527624 . A T 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.013578;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:84,14:49,8:35,6
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2367 chr21 8548926 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,2:3,2
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2507 chr21 43704220 . C CAAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:10,4:1,0
2508 chr21 44925422 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,3:3,2:0,1
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2512 chr22 10692496 . G A 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.022732;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:92,21:37,8:55,13
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2524 chr22 10780500 . G A 0 PASS DP=389;GPV=1;SPV=0.046874;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:169,28:73,12:96,16
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2526 chr22 11024987 . T C 0 PASS DP=338;GPV=1;SPV=0.0014037;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:153,21:109,16:44,5
2527 chr22 11025062 . C T 0 PASS DP=399;GPV=1;SPV=0.00012916;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:179,33:112,23:67,10
2528 chr22 11036904 . T A 0 PASS DP=460;GPV=1;SPV=0.006115;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:202,28:119,18:83,10
2529 chr22 11040365 . C T 0 PASS DP=349;GPV=1;SPV=0.015116;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:152,21:69,15:83,6
2530 chr22 11047471 . T A 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.025476;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:128,17:64,9:64,8
2531 chr22 11066917 . G A 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.032266;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:74,16:35,7:39,9
2532 chr22 11287400 . A G 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.037475;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:64,17:35,9:29,8
2533 chr22 11364835 . A G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.02202;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:16,6:19,6
2534 chr22 11495194 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.005134;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,16:13,9:23,7
2535 chr22 11621493 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.037288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:20,6:13,5
2536 chr22 11714661 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.021226;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:14,5:24,5
2537 chr22 11823982 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013266;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:7,3:9,2
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2539 chr22 11862800 . G T 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.038968;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:93,16:50,9:43,7
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2541 chr22 11871637 . T C 0 PASS DP=580;GPV=1;SPV=0.012813;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:275:246,29:141,17:105,12
2542 chr22 11904955 . T G 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.044719;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:55,8:28,1:27,7
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2703 chr3 35985014 . G GT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0023186;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,7:9,2
2704 chr3 36699022 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.6443e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:10,4:9,9
2705 chr3 37305094 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.018191;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:14,2:11,4
2706 chr3 39232485 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,2:10,2
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2708 chr3 40462373 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:3,2:5,2
2709 chr3 41012356 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,4:3,2
2710 chr3 42412362 . GA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013803;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:11,5:1,1
2711 chr3 42483212 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091334;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:5,4:3,3
2712 chr3 42655741 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=6.8268e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:13,6:6,12
2713 chr3 43322951 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:2,2:3,2
2714 chr3 44846771 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,5:3,1
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2792 chr3 103451785 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.21888;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,3:17,1
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2801 chr3 113887096 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,4:6,1:3,3
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2865 chr3 173195760 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.4859e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:8,6:10,9
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2871 chr3 185548381 . G GA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.008646;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,2:6,6
2872 chr3 188220216 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00011781;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,3:8,6
2873 chr3 188625479 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.01057;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,3:8,3
2874 chr3 189523985 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.5161e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,4:4,8
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2876 chr3 190660288 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0049228;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,3:7,5
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2879 chr3 192861597 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.010997;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,2:11,3
2880 chr3 194014156 . AC A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,2:4,2
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2882 chr3 195481549 . C A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.048466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:74,10:35,6:39,4
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2885 chr3 195487825 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:2,0:19,4
2886 chr3 195499116 . CTGTA C 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.045963;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:66,10:40,6:26,4
2887 chr3 195499282 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.03119;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:66,11:28,6:38,5
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2959 chr4 43271980 . AAGATAGAT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.02677;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,6:6,2
2960 chr4 44045765 . G GA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0034446;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,4:6,2
2961 chr4 44989685 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00042977;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,1:7,8
2962 chr4 45692158 . TAA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022977;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,8:0,4:1,4
2963 chr4 45740364 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00020684;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,3:9,8
2964 chr4 46152997 . T TCAAGGTTACACAGGTACTAAATGGCAAAGC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0074932;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,3:3,4
2965 chr4 47195444 . ATGATAGATAGAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:8,2:2,3
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2967 chr4 49155725 . GATTCTGTTCCATTCCATTCCATTCCATTCC G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.042001;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:7,2:6,4
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2972 chr4 49209561 . CTTCT C 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.028794;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:177,24:128,19:49,5
2973 chr4 49235636 . T C 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.049948;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:71,15:33,9:38,6
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3047 chr4 95087265 . CTTCTAATCAATT C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.018519;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,1:11,3
3048 chr4 95890247 . TTA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,4:4,3
3049 chr4 96292651 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1124;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:12,1:14,2
3050 chr4 98754508 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0072285;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:21,6:11,2
3051 chr4 100568361 . C CAAAAAAAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:2,4:0,0
3052 chr4 100836100 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=1.4836e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,14:5,2:2,12
3053 chr4 102908195 . CTT C 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.033882;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,13:32,5:24,8
3054 chr4 104464362 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.016858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,5:2,1
3055 chr4 105099523 . G GAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0010365;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:6,3:3,6
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3058 chr4 109430064 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:1,4:0,1:1,3
3059 chr4 111078136 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=2.2678e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:5,5:9,9
3060 chr4 112224517 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:1,1:3,1
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3133 chr4 178673782 . A ATGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1
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3135 chr4 178822384 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:9,3:12,3
3136 chr4 179450058 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.033794;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2
3137 chr4 179538614 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021744;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,1:13,4
3138 chr4 181791460 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=4.0902e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:10,9:6,7
3139 chr4 181803954 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:2,1:3,1
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3144 chr4 186929943 . C CAAAAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.029503;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,7:12,5:3,2
3145 chr4 187027218 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:9,5:9,1
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3198 chr5 32330471 . C CGTGTGCATGTGTGCACAT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0036088;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:7,2:12,9
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3221 chr5 50143548 . A T 0 PASS DP=435;GPV=1;SPV=0.038728;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:170,31:72,18:98,13
3222 chr5 51103574 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=6.5361e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:13,9:5,4
3223 chr5 52439551 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.037381;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,2:14,2
3224 chr5 53598043 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,3:10,1
3225 chr5 53601186 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0027946;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,4:10,5
3226 chr5 53658784 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:8,4:3,1
3227 chr5 56135351 . CTTTCT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,1:4,5
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3233 chr5 58625856 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,5:6,4
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3260 chr5 82473017 . TATATATTATC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,2:4,2
3261 chr5 82473099 . TTATAA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0078894;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:4,2:9,3
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3272 chr5 102138395 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.04308;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,3:4,2
3273 chr5 103865661 . G GGTGTGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2
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3275 chr5 109202422 . ATG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.042283;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:7,1:6,2
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3281 chr5 116688375 . G GTATC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:0,0:4,2
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3292 chr5 126954199 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091635;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:11,6:6,2
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3295 chr5 129816647 . A ACG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.019748;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:6,8:11,3
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3302 chr5 136048771 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00091602;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,5:9,2
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3306 chr5 138195699 . G GTA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.040316;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,2:4,2
3307 chr5 141792627 . C CAAAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,5:7,4:4,1
3308 chr5 144278485 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:2,7:6,1
3309 chr5 145152125 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0217;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,4:6,2
3310 chr5 146271565 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00029342;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:5,5:12,4
3311 chr5 146271566 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.1801e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:4,4:11,6
3312 chr5 146989276 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1
3313 chr5 147027634 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0054348;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,7:5,4:3,3
3314 chr5 147249908 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,4:2,1
3315 chr5 147604800 . TTTA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,9:3,4:10,5
3316 chr5 149809275 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:10,3:6,3
3317 chr5 151238956 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,1:14,3
3318 chr5 151384249 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0040413;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,4:13,3
3319 chr5 152714933 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=7.4643e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:8,8:5,4
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3392 chr6 29317941 . G GTA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:12,5:2,1
3393 chr6 30022323 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,1:4,3
3394 chr6 30135216 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,8:1,6:1,2
3395 chr6 30373939 . CTTCT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:1,1:6,4
3396 chr6 31619069 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,1:6,3
3397 chr6 32392502 . A AG 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1
3398 chr6 33556655 . T TTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,2:5,2
3399 chr6 34840391 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.015182;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2
3400 chr6 34850013 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0034865;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,4:7,4
3401 chr6 34991735 . TATATATAC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,3:4,1
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3403 chr6 36933211 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.003791;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:10,4:12,5
3404 chr6 38830634 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.004902;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,2:2,2
3405 chr6 38873770 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,6:1,3:4,3
3406 chr6 39979558 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=7.8332e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:8,8:1,5
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3480 chr6 102572805 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00041713;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:3,5:2,1
3481 chr6 102720122 . A AT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.8311e-06;SS=2;SSC=53;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:7,3:5,8
3482 chr6 103955036 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=4.0733e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:6,7:4,5
3483 chr6 105521621 . A AT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.8197e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:8,6:14,7
3484 chr6 107499161 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0035067;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:12,2:8,6
3485 chr6 107863971 . CGT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,5:1,1
3486 chr6 107931487 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:0,1:1,1
3487 chr6 108718547 . C CTCTCGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0072348;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,6:2,3:2,3
3488 chr6 109409579 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,5:2,2:8,3
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3491 chr6 109822797 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:2,5:1,3
3492 chr6 110350762 . CAAAAT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00038136;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,6:3,2
3493 chr6 113069811 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.066e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,16:2,9:5,7
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3569 chr6 163917572 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.0747e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:11,4:10,11
3570 chr6 164777257 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.979e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:6,6:11,6
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3572 chr6 166942058 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,5:1,1
3573 chr6 167175552 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.043127;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:21,3:9,2
3574 chr6 167178468 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0078321;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,6:11,7
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3578 chr6 168088144 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00033054;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,2:10,8
3579 chr6 168610977 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.01301;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,2:2,4
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3739 chr7 101427660 . T TAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0016432;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:8,6:3,7
3740 chr7 101740758 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.02882;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,6:8,5:6,1
3741 chr7 102497912 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3
3742 chr7 102520100 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
3743 chr7 102580842 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:11,4:0,0
3744 chr7 102630085 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
3745 chr7 103603023 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.025988;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:13,1:4,3
3746 chr7 103817937 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.022239;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:8,3:4,2
3747 chr7 105247527 . CATAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2
3748 chr7 105645640 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,9:3,3:1,6
3749 chr7 107249690 . TTGTG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:1,4:1,3
3750 chr7 109508052 . AAAG A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00076672;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:4,5:7,7
3751 chr7 113086195 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.042105;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,3:2,2:3,1
3752 chr7 114051547 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
3753 chr7 115399375 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00013159;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:6,3:1,5
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3755 chr7 115974451 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:1,2:2,3
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3778 chr7 145629802 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=8.6732e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:4,9:7,7
3779 chr7 145806346 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00017259;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,3:7,6
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3782 chr7 147547712 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00044867;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,8:8,2
3783 chr7 147575107 . A ATATG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,2:10,3
3784 chr7 147659905 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.4178e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,20:9,10:7,10
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3787 chr7 148598763 . TAGAGAG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,2:0,1:0,1
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3789 chr7 149215195 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,3:8,1
3790 chr7 149979189 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0095351;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,1:18,5
3791 chr7 150072489 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,6:3,2
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3793 chr7 150774725 . C CAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:2,4:4,1
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3802 chr7 155348793 . CACATAG C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:11,4:1,2
3803 chr7 155348801 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,4:2,2
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3805 chr7 155348831 . TAGAGCACTCATAGAG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:9,5:0,2
3806 chr7 155919078 . C CGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,10:2,9:1,1
3807 chr7 156400721 . C CTTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.12821;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:1,1:2,1
3808 chr7 156610722 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00015824;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:10,5:9,7
3809 chr7 157954709 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00014422;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:5,6:12,5
3810 chr7 157995006 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1
3811 chr7 158045866 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1
3812 chr8 1081796 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.0163e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:6,11:5,5
3813 chr8 1283033 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,4:1,3
3814 chr8 1456851 . T TGTGCCAGGCC 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0154;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:15,4:7,5
3815 chr8 1609424 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,4:7,1
3816 chr8 2211434 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0012045;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:2,8:8,1
3817 chr8 2470759 . A T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1
3818 chr8 2623407 . GAGAGCGCTGAGCGCCA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0072729;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,1:9,6
3819 chr8 3175483 . TCCTGCCTG T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:1,1:5,9
3820 chr8 3249798 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=9.7202e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:10,8:4,8
3821 chr8 3720621 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,4:9,4
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3823 chr8 5246465 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027668;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1
3824 chr8 5308824 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.1846e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,9:9,6
3825 chr8 5766212 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.043511;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,2:9,7
3826 chr8 7294087 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1
3827 chr8 7423063 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.026525;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:22,6:9,5
3828 chr8 7469467 . C A 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.030329;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:64,17:32,8:32,9
3829 chr8 7885678 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,2:5,3
3830 chr8 8066110 . T G 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.021565;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:73,11:29,9:44,2
3831 chr8 11627296 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.042832;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,3:8,4
3832 chr8 11641293 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0021522;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,3:6,3
3833 chr8 12176130 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:4,1:27,6
3834 chr8 12191738 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.013049;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:11,2:12,6
3835 chr8 12415019 . T C 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0093436;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:50,18:35,12:15,6
3836 chr8 12504775 . G T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.025272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:66,8:31,7:35,1
3837 chr8 12524232 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.045253;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:12,1:11,7
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3839 chr8 12551039 . G A 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.020361;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:92,22:42,13:50,9
3840 chr8 12563407 . T C 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.029034;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:114,20:47,8:67,12
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3917 chr8 70493053 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0012176;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:8,3:6,9
3918 chr8 71790704 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2
3919 chr8 72151514 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02002;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,4:4,5
3920 chr8 72182016 . T TAGATAGATGATA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,10:3,5:1,5
3921 chr8 72197763 . CAT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2
3922 chr8 74401141 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,2:10,2
3923 chr8 75102759 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:1,1:4,1
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3925 chr8 77785927 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00162;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,1:6,4
3926 chr8 77824395 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:4,3:13,1
3927 chr8 78843814 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0432;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,3:13,1
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4084 chr9 41496373 . G GAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,4:7,2:7,2
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4091 chr9 41668787 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.020101;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:16,4:12,6
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4098 chr9 43260114 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:16,3:18,2
4099 chr9 43303518 . T C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0077665;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:85,24:40,14:45,10
4100 chr9 43303907 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0083637;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:13,3:18,3
4101 chr9 43385608 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.049878;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:19,5:18,2
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4176 chr9 80885401 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.050713;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:15,3:8,3
4177 chr9 83144326 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:14,2:6,3
4178 chr9 83568955 . GATAC G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.042668;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,3:8,4
4179 chr9 85471484 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00048402;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:5,8:7,4
4180 chr9 87251215 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:4,3:1,2
4181 chr9 88063283 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.3691e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,6:8,7
4182 chr9 88136328 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.03057;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:13,6:23,2
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4187 chr9 91037509 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=8.0594e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:15,8:13,8
4188 chr9 94080988 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1
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4264 chrX 55647611 . C CTGTGTGTGTG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0061703;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,7:1,6:2,1
4265 chrX 62965197 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1
4266 chrX 62965210 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1
4267 chrX 64894658 . G GT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=1.6438e-12;SS=2;SSC=117;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:0,25:0,10:0,15
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4270 chrX 77254632 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,7:1,6:1,1
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4274 chrX 87737067 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,1:2,4
4275 chrX 94877881 . GT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=3.4022e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,9:0,4:1,5
4276 chrX 99460022 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=5.9538e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,10:0,5:1,5
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4315 chrY 11170829 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02607;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1
4316 chrY 11179197 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0030496;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:15,8:11,1
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4326 chrY 24688602 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,2:6,2:0,0
4327 chrY 56714262 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1
4328 chrY 56721070 . G C 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.041206;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:90,11:47,4:43,7
4329 chrY 56860161 . A T 0 PASS DP=584;GPV=1;SPV=0.012228;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:284:245,39:142,20:103,19
4330 chrY 56884320 . TCAAAAAA T 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.025188;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:52,14:24,4:28,10
4331 chrY 56885135 . C G 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.017498;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:145,22:63,15:82,7