changeset 0:924c527fb379 draft

"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/mutational_patterns commit e1f3ca871f13569401f41a5af9d0e281bf372540"
author artbio
date Sun, 13 Sep 2020 18:40:29 +0000
parents
children 921c1f55481d
files mutational_patterns.R mutational_patterns.xml test-data/EGF037F.vcf test-data/EGF089.vcf test-data/EGF167.vcf test-data/levels.tab test-data/output.pdf
diffstat 7 files changed, 13411 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/mutational_patterns.R	Sun Sep 13 18:40:29 2020 +0000
@@ -0,0 +1,126 @@
+# load packages that are provided in the conda env
+options( show.error.messages=F,
+       error = function () { cat( geterrmessage(), file=stderr() ); q( "no", 1, F ) } )
+loc <- Sys.setlocale("LC_MESSAGES", "en_US.UTF-8")
+warnings()
+library(optparse)
+library(rjson)
+library(MutationalPatterns)
+library(ggplot2)
+
+# Arguments
+option_list = list(
+  make_option(
+    "--inputs",
+    default = NA,
+    type = 'character',
+    help = "json formatted dictionary of datasets and their paths"
+  ),
+  make_option(
+    "--genome",
+    default = NA,
+    type = 'character',
+    help = "genome name in the BSgenome bioconductor package"
+  ),
+  make_option(
+    "--levels",
+    default = NA,
+    type = 'character',
+    help = "path to the tab separated file describing the levels in function of datasets"
+  ),
+  make_option(
+    "--signum",
+    default = 2,
+    type = 'integer',
+    help = "selects the N most significant signatures in samples to express mutational patterns"
+  ),
+  make_option(
+    "--output",
+    default = NA,
+    type = 'character',
+    help = "path to output dataset"
+  )
+)
+
+opt = parse_args(OptionParser(option_list = option_list),
+                 args = commandArgs(trailingOnly = TRUE))
+
+json_dict <- opt$inputs
+parser <- newJSONParser()
+parser$addData(json_dict)
+fileslist <- parser$getObject()
+vcf_files <- attr(fileslist, "names")
+sample_names <- unname(unlist(fileslist))
+pdf(opt$output, paper = "special", width = 11.69, height = 11.69)
+ref_genome <- opt$genome
+library(ref_genome, character.only = TRUE)
+
+# Load the VCF files into a GRangesList:
+vcfs <- read_vcfs_as_granges(vcf_files, sample_names, ref_genome)
+levels_table  <- read.delim(opt$levels, header=FALSE, col.names=c("sample_name","level"))
+vcf_table <- data.frame(path=vcf_files, sample_name=sample_names)
+metadata_table <- merge(vcf_table, levels_table, by.x=2, by.y=1)
+levels <- metadata_table$level
+muts = mutations_from_vcf(vcfs[[1]])
+types = mut_type(vcfs[[1]])
+context = mut_context(vcfs[[1]], ref_genome)
+type_context = type_context(vcfs[[1]], ref_genome)
+type_occurrences <- mut_type_occurrences(vcfs, ref_genome)
+# p1 <- plot_spectrum(type_occurrences)
+# p2 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT = TRUE)
+# p3 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT = TRUE, legend = FALSE)
+# 
+# plot(p2)
+# p4 <- plot_spectrum(type_occurrences, by = levels, CT = TRUE, legend = TRUE)
+# palette <- c("pink", "orange", "blue", "lightblue", "green", "red", "purple")
+# p5 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT=TRUE, legend=TRUE, colors=palette)
+# 
+# plot(p4)
+mut_mat <- mut_matrix(vcf_list = vcfs, ref_genome = ref_genome)
+# plot_96_profile(mut_mat[,1:length(as.data.frame(mut_mat))], condensed = TRUE)
+mut_mat <- mut_mat + 0.0001
+# library("NMF")
+# estimate <- nmf(mut_mat, rank=2:5, method="brunet", nrun=100, seed=123456)
+# plot(estimate)
+# nmf_res <- extract_signatures(mut_mat, rank = 4, nrun = 100)
+# colnames(nmf_res$signatures) <- c("Signature A", "Signature B", "Signature C", "Signature D")
+# rownames(nmf_res$contribution) <- c("Signature A", "Signature B", "Signature C", "Signature D")
+# plot_96_profile(nmf_res$signatures, condensed = TRUE)
+sp_url <- paste("https://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/assets/", "signatures_probabilities.txt", sep = "")
+cancer_signatures = read.table(sp_url, sep = "\t", header = TRUE)
+new_order = match(row.names(mut_mat), cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type)
+cancer_signatures = cancer_signatures[as.vector(new_order),]
+row.names(cancer_signatures) = cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type
+cancer_signatures = as.matrix(cancer_signatures[,4:33])
+# plot_96_profile(cancer_signatures, condensed = TRUE, ymax = 0.3)
+hclust_cosmic = cluster_signatures(cancer_signatures, method = "average")
+cosmic_order = colnames(cancer_signatures)[hclust_cosmic$order]
+# plot(hclust_cosmic)
+cos_sim(mut_mat[,1], cancer_signatures[,1])
+cos_sim_samples_signatures = cos_sim_matrix(mut_mat, cancer_signatures)
+plot_cosine_heatmap(cos_sim_samples_signatures, col_order = cosmic_order, cluster_rows = TRUE)
+fit_res <- fit_to_signatures(mut_mat, cancer_signatures)
+threshold <- tail(sort(unlist(rowSums(fit_res$contribution), use.names = FALSE)), opt$signum)[1]
+select <- which(rowSums(fit_res$contribution) >= threshold) # ensure opt$signum best signatures in samples are retained, the others discarded
+plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "absolute")
+plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "relative")
+plot_contribution_heatmap(fit_res$contribution, cluster_samples = TRUE, method = "complete")
+
+
+sig5data <- as.data.frame(t(head(fit_res$contribution[select,])))
+colnames(sig5data) <- gsub("nature", "", colnames(sig5data))
+sig5data_percents <- sig5data / (apply(sig5data,1,sum)) * 100
+sig5data_percents$sample <- rownames(sig5data_percents)
+library(reshape2)
+melted_sig5data_percents <-melt(data=sig5data_percents)
+melted_sig5data_percents$label <- sub("Sig.", "", melted_sig5data_percents$variable)
+melted_sig5data_percents$pos <- cumsum(melted_sig5data_percents$value) - melted_sig5data_percents$value/2
+ggplot(melted_sig5data_percents, aes(x="", y=value, group=variable, fill=variable)) +
+  geom_bar(width = 1, stat = "identity") +
+  geom_text(aes(label = label), position = position_stack(vjust = 0.5), color="black", size=3) +
+  coord_polar("y", start=0) + facet_wrap(~ sample) +
+  labs(x="", y="Samples", fill = "Signatures (Cosmic_v2,March 2015)") +
+    theme(axis.text = element_blank(),
+        axis.ticks = element_blank(),
+        panel.grid  = element_blank())
+dev.off()
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/mutational_patterns.xml	Sun Sep 13 18:40:29 2020 +0000
@@ -0,0 +1,106 @@
+<tool id="mutational_patterns" name="Analyse Mutational Patters/Signatures" version="2.0.0_galaxy_1">
+    <description>from genomic variations in vcf files</description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="2.0.0=r40_0">bioconductor-mutationalpatterns</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.6.6=r40h6115d3f_1">r-optparse</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.2.20=r40h0357c0b_1002">r-rjson</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.21.0=r40h0357c0b_1004">r-nmf</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.4.3=r40_0">bioconductor-bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.99.1=r40_4">bioconductor-bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.4.3=r40_0">bioconductor-bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.3.1000=r40_4">bioconductor-bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38</requirement>
+        <!-- install bioconda genomes
+        bioconductor-bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9
+        bioconductor-bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10   -->                    
+    </requirements>
+    <stdio>
+        <exit_code range="1:" level="fatal" description="Tool exception" />
+    </stdio>
+
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ 
+#import json
+#import os
+Rscript $__tool_directory__/mutational_patterns.R 
+    --inputs
+    #set $filename_to_element_identifiers = {}
+    #for $sample in $vcfs:
+        $filename_to_element_identifiers.__setitem__(str($sample),  $sample.element_identifier)
+    #end for
+    '#echo json.dumps(filename_to_element_identifiers)#'
+    --genome '$genome'
+    --levels '$levels'
+    --signum '$signum'
+    --output '$output'
+            
+]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="vcfs" type="data_collection" format="vcf" label="VCF file(s) collection" multiple="true"/>
+        <param name="genome" type="select" label="Reference Genome">
+            <option value="BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5">BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5</option>
+            <option value="BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38">BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38</option>
+            <option value="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19">BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19</option>
+            <option value="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38" selected="true">BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38</option>
+            <!--<option value="BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10">BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10</option>
+            <option value="BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9">BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9</option>-->
+        </param>
+        <param name="levels" type="data" format="tabular"
+               label="A two-column tab-separated file describing levels attributed to each sample name"
+               help="Tip: the sample name list in the vcf collection can be obtained using
+               the IUC Galaxy tool 'Extract element identifiers of a list collection' &lt;br&gt;
+               example:&lt;br&gt;
+               sample1 female&lt;br&gt;
+               sample2 female&lt;br&gt;
+               sample3 male&lt;br&gt;
+               sample4 female&lt;br&gt;
+               sample5 male&lt;br&gt;
+               sample5 male" />
+        <param name="signum" type="integer" value="2" min="2" max="30"
+               label="selects the N most significant signatures in samples to express mutational patterns"
+               help="an integer between 2 and 30 signature types from cosmic"/>
+
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output" format="pdf" label="Mutational Patterns/Signatures" />
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="vcfs">
+                <collection type="list">
+                    <element name="1" value="EGF167.vcf"/>
+                    <element name="2" value="EGF089.vcf"/>
+                    <element name="3" value="EGF037F.vcf"/>
+                </collection>
+            </param>
+            <param name="genome" value="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"/>
+            <param name="levels" value="levels.tab" ftype="tabular"/>
+            <param name="signum" value="3" />
+            <output name="output" file="output.pdf" compare="sim_size" ftype="pdf"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+
+**What it does**
+
+Takes as inputs
+
+* a collection of n vcf files corresponding to n samples.
+* a tabular table describing the correspondance of sample names to levels (tissues, ages, sexes, etc.)
+* the number of cosmic signatures to decompose mutational patterns of samples
+
+
+This tool returns a pdf file with the visualisation :
+
+* the Cosine similarity of samples when decomposed over the 30 signatures of cosmic
+* the absolute contribution of the n most contributing cosmic signatures in the samples mutational patterns (to be set by the user, between 2 and 30)
+* the relative contribution of the n most contributing cosmic signatures in the samples mutational patterns  (to be set by the user, between 2 and 30)
+* a clustering of the samples with respect to the relative contribution of their cosmic signatures
+* pie charts of the samples displaying for each sample the relative contribution of the n most contributing cosmic signatures in their mutational pattern
+
+
+    </help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.18129/B9.bioc.MutationalPatterns</citation>
+        <citation type="doi">10.1186/s13073-018-0539-0</citation>
+        <citation type="doi">10.1038/nature12477</citation>
+    </citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/EGF037F.vcf	Sun Sep 13 18:40:29 2020 +0000
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+##fileformat=VCFv4.2
+##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
+##reference=hg38
+##source=varscan.py
+##contig=<ID=chr1,length=248956422>
+##contig=<ID=chr10,length=133797422>
+##contig=<ID=chr11,length=135086622>
+##contig=<ID=chr12,length=133275309>
+##contig=<ID=chr13,length=114364328>
+##contig=<ID=chr14,length=107043718>
+##contig=<ID=chr15,length=101991189>
+##contig=<ID=chr16,length=90338345>
+##contig=<ID=chr17,length=83257441>
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+##contig=<ID=chr2,length=242193529>
+##contig=<ID=chr20,length=64444167>
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+##filter="SOMATIC"
+##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases">
+##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation">
+##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)">
+##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value">
+##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls">
+##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls">
+##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
+##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position">
+##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads">
+##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05">
+##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90">
+##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1">
+##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1">
+##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100">
+##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15">
+##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15">
+##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01">
+##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90">
+##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1">
+##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1">
+##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15">
+##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15">
+##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100">
+##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50">
+##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50">
+##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50">
+##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50">
+##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele">
+##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand">
+##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	TUMOR
+chr1	184576	.	G	A	0	PASS	DP=93;GPV=1;SPV=0.019075;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:45:36,9:6,3:30,6
+chr1	269371	.	A	G	0	PASS	DP=109;GPV=1;SPV=0.01875;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:48:40,8:21,3:19,5
+chr1	283183	.	C	G	0	PASS	DP=118;GPV=1;SPV=0.0053658;SS=2;SSC=22;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:53:43,10:21,8:22,2
+chr1	738332	.	C	T	0	PASS	DP=104;GPV=1;SPV=0.043011;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:45:36,9:33,8:3,1
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+chr1	1573439	.	A	G	0	PASS	DP=31;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:14:0,2:0,1:0,1
+chr1	2071063	.	C	T	0	PASS	DP=72;GPV=1;SPV=0.011351;SS=2;SSC=19;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:14,6:10,1:4,5
+chr1	2342857	.	AT	A	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.044297;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:18,5:6,2:12,3
+chr1	2671870	.	C	A	0	PASS	DP=196;GPV=1;SPV=0.00012417;SS=2;SSC=39;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:15,5:10,3:5,2
+chr1	2672087	.	G	A	0	PASS	DP=97;GPV=1;SPV=0.0012127;SS=2;SSC=29;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:11,5:3,2:8,3
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