Mercurial > repos > artbio > mutational_patterns
view test-data/EGF167.vcf @ 0:924c527fb379 draft
"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/mutational_patterns commit e1f3ca871f13569401f41a5af9d0e281bf372540"
| author | artbio |
|---|---|
| date | Sun, 13 Sep 2020 18:40:29 +0000 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line source
##fileformat=VCFv4.2 ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> ##reference=hg38 ##source=varscan.py ##contig=<ID=chr1,length=248956422> ##contig=<ID=chr10,length=133797422> ##contig=<ID=chr11,length=135086622> ##contig=<ID=chr12,length=133275309> ##contig=<ID=chr13,length=114364328> ##contig=<ID=chr14,length=107043718> ##contig=<ID=chr15,length=101991189> ##contig=<ID=chr16,length=90338345> ##contig=<ID=chr17,length=83257441> ##contig=<ID=chr18,length=80373285> ##contig=<ID=chr19,length=58617616> ##contig=<ID=chr2,length=242193529> ##contig=<ID=chr20,length=64444167> ##contig=<ID=chr21,length=46709983> ##contig=<ID=chr22,length=50818468> ##contig=<ID=chr3,length=198295559> ##contig=<ID=chr4,length=190214555> ##contig=<ID=chr5,length=181538259> ##contig=<ID=chr6,length=170805979> ##contig=<ID=chr7,length=159345973> ##contig=<ID=chr8,length=145138636> ##contig=<ID=chr9,length=138394717> ##contig=<ID=chrM,length=16569> ##contig=<ID=chrX,length=156040895> ##contig=<ID=chrY,length=57227415> ##filter="SOMATIC" ##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> ##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> ##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> ##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> ##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> ##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> ##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> ##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> ##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> ##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> ##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> ##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> ##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> ##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> ##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> ##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> ##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> ##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> ##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> ##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> ##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> ##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> ##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> ##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> ##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> ##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> ##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> ##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> ##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> ##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> ##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR chr1 64976 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.045103;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,1:9,7 chr1 103756 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.032644;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:16,5:6,2 chr1 185034 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00088719;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:15,3:19,6 chr1 186728 . A T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.018661;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:61,15:31,5:30,10 chr1 739365 . G A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.043949;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:27,3:32,4 chr1 790461 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.047347;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:17,4:14,4 chr1 1290925 . G A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=2.0989e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:38,21:20,12:18,9 chr1 1749629 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,3:4,2 chr1 2687442 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045135;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:19,4:13,1 chr1 3934011 . C CTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.004222;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:6,6:3,3 chr1 5673561 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00023464;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:12,8:13,3 chr1 5750713 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00053311;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,5:16,4 chr1 6160432 . GAGA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:18,4:1,0 chr1 6662128 . G GT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.039538;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,9:13,5:10,4 chr1 7083961 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00097732;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:7,4:9,4 chr1 7572902 . T C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=2.2819e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:39,26:18,16:21,10 chr1 8007444 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.026369;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:11,4:7,4 chr1 8263331 . ACG A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.037745;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:22,3:15,2 chr1 8781356 . C CAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.004796;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:11,9:9,3 chr1 10273740 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:8,5:5,2:3,3 chr1 10538613 . T TTC 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00068981;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:24,5:16,6 chr1 11631652 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.0105e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,5:7,4 chr1 12043425 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13907;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:16,3:10,2 chr1 12876485 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 chr1 12879513 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.01756;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:19,9:20,4 chr1 12887164 . A T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.022406;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:18,3:26,6 chr1 12936058 . G T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=4.5404e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:65,15:49,8:16,7 chr1 13251355 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1 chr1 14124658 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=8.4105e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:14,13:13,3 chr1 15251295 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:17,5:6,4:11,1 chr1 15971571 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 chr1 16200383 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=6.2138e-11;SS=2;SSC=102;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:26,31:21,15:5,16 chr1 16508168 . C T 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.032064;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:103,12:52,3:51,9 chr1 16553056 . T G 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.045458;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:59,15:26,12:33,3 chr1 16561095 . C A 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.0093043;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:156,28:85,16:71,12 chr1 16575059 . C T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.048526;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:75,12:35,5:40,7 chr1 16578491 . T C 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.032164;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:118,25:48,12:70,13 chr1 16596571 . G A 0 PASS DP=339;GPV=1;SPV=0.032119;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:160,24:80,16:80,8 chr1 16610160 . C T 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.031944;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:195:170,25:88,14:82,11 chr1 16613024 . G T 0 PASS DP=390;GPV=1;SPV=0.017709;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:186,35:94,15:92,20 chr1 16632466 . C G 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.025558;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:122,27:68,10:54,17 chr1 16653179 . T C 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.03937;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:63,16:36,8:27,8 chr1 16692440 . G A 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.008973;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:60,20:34,16:26,4 chr1 16701425 . G A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.048492;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:66,8:36,5:30,3 chr1 16731644 . T C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.027018;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:54,9:29,2:25,7 chr1 16756272 . A T 0 PASS DP=398;GPV=1;SPV=0.036166;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:171,30:86,11:85,19 chr1 16774088 . T C 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.00059662;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:65,21:29,12:36,9 chr1 16882059 . TAA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.020314;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,8:9,2:9,6 chr1 16896455 . C G 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.03107;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:100,18:34,7:66,11 chr1 16902883 . G A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.048236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:20,6:27,3 chr1 17175906 . CTA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0065492;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,5:2,2 chr1 17487165 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.8454e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:22,7:9,8 chr1 19683758 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0074891;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:3,4:2,1 chr1 20651805 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.029828;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:10,3:17,8 chr1 21387063 . CG C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1 chr1 21945968 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,8:4,5:1,3 chr1 24901173 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=8.7093e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:12,12:10,11 chr1 25098735 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.3507e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:13,10:19,10 chr1 25764475 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.2544e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:12,11:12,9 chr1 26037226 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,3:7,2 chr1 26095828 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.9557e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:35,16:18,10:17,6 chr1 26407725 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,5:6,11 chr1 26593918 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.03809;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,7:13,6:5,1 chr1 26818069 . T TG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 chr1 28236460 . T A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.8875e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:16,6:14,9 chr1 29873254 . T TA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.035132;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,7:7,1 chr1 31186395 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,4:2,3:2,1 chr1 31850450 . GT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.030558;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:13,8:8,6 chr1 34362437 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.6106e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:34,25:16,11:18,14 chr1 34371742 . T TA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00054583;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:2,10:1,2:1,8 chr1 34512079 . T C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=1.245e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,23:9,12:16,11 chr1 35705066 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011795;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,6:4,1 chr1 36213962 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,7:11,5:3,2 chr1 37078451 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,2:3,1:3,1 chr1 37359811 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00099533;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:11,4:13,3 chr1 39194317 . ATTTCTTTTCT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:6,2:23,2 chr1 39940663 . A C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=3.7619e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:39,27:27,13:12,14 chr1 41545371 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0020332;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:6,5:3,5 chr1 42057169 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0021337;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:13,4:6,4 chr1 42921136 . C CTTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0034225;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:9,10:2,1 chr1 44065405 . GTT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,7:6,1 chr1 44091635 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.016023;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:9,9:4,1 chr1 44259924 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.022447;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:30,7:10,4 chr1 44386736 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=8.408e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:24,25:9,9:15,16 chr1 46232818 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.01117;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:24,15:14,6:10,9 chr1 47550338 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:4,5:4,2 chr1 54476217 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.14664;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:4,2:26,2 chr1 55047134 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.8594e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:4,3:14,7 chr1 56322079 . C CAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.021839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,12:8,9:4,3 chr1 57924627 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.046726;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2 chr1 58387722 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,3:6,3:0,0 chr1 59846599 . TC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,1:7,3 chr1 60376642 . A ACAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:3,6:1,2:2,4 chr1 61952253 . T TGAGAGAGA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0020298;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:13,12:13,4 chr1 64603266 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.2204e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:13,10:6,9 chr1 65708676 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.00087413;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,6:0,5:1,1 chr1 66434631 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.21414;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,3:10,2 chr1 67953866 . T TCTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,2:2,5 chr1 68354547 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:6,1:3,4 chr1 69004827 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.1895e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:13,11:18,8 chr1 70658070 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 chr1 71597432 . G C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:3,2:2,1 chr1 72088796 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:6,6:2,1 chr1 74056251 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.1076e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:16,15:11,4 chr1 77449659 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04342;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:17,2:19,3 chr1 79571375 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,2:12,2 chr1 79649737 . C CTCTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.022632;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:5,7:12,2 chr1 82541637 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.3414e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:9,7:15,9 chr1 83487712 . T G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.019975;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:19,2:20,8 chr1 84498559 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.028003;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,3:11,2 chr1 86738252 . G GT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.027342;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:18,7:13,4 chr1 86768048 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.5366e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:12,9:16,9 chr1 87891193 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,8:10,7:3,1 chr1 88047083 . GAA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,4:9,3:4,1 chr1 89502764 . T TCACACACACA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.047956;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:5,3:8,2 chr1 89776380 . TA T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.077619;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:22,3:17,2 chr1 89776412 . T TA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,10:10,7:9,3 chr1 96825934 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0054311;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:5,5:8,5 chr1 100327770 . G GTGTGT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,14:6,8:11,6 chr1 100327773 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.01147;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,13:8,7:9,6 chr1 100550598 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.17898;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,5:6,2:30,3 chr1 101258579 . GTCTTTCTT G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,5:6,3:15,2 chr1 101855904 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=5.197e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:16,6:14,9 chr1 102769692 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.1765e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:12,3:14,12 chr1 105154315 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:46:1,3:1,1:0,2 chr1 105171195 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,4:2,1 chr1 108658099 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,4:8,3:8,1 chr1 108865213 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,6:13,3:1,3 chr1 109171951 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0019813;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:18,6:21,9 chr1 111005120 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.040965;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,4:12,1 chr1 111502084 . AAT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0025292;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:6,4:9,9 chr1 111502097 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0020721;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:7,4:8,10 chr1 111502124 . A ATAGG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0019759;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:7,3:12,9 chr1 111502125 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0025754;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,3:9,9 chr1 112337596 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:5,6:2,2 chr1 113069477 . C CA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,7:1,1:1,6 chr1 113070430 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:21,4:2,0 chr1 113938941 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,6:2,3:4,3 chr1 114660139 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.1203e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:9,11:18,7 chr1 114789069 . C CTTTCTTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:6,1:7,3 chr1 115079137 . C CCACA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0041929;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:7,4:7,6 chr1 115415941 . G GATATATATATATATATAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:10,3:12,1 chr1 115910145 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0017056;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:11,6:6,1 chr1 116253903 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00092166;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:11,2:19,6 chr1 117134134 . G GTGTACGTA 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.01036;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,7:14,5:19,2 chr1 118139338 . A G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0025423;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:27,2:19,8 chr1 118784421 . C CATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:2,6:3,2 chr1 120168801 . T TCA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2 chr1 120169213 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.051443;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:21,4:18,1 chr1 120345124 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.031399;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,4:12,3 chr1 120446150 . A T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.006307;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:24,11:20,4 chr1 120860952 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:2,6:6,1 chr1 121537706 . C A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.03412;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:53,16:29,13:24,3 chr1 121537819 . C G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.0057897;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:42,18:26,7:16,11 chr1 121673339 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 chr1 121692848 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:1,1:7,3 chr1 121817176 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,3:16,1 chr1 121817303 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.045506;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:19,2:12,2 chr1 121817879 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.048616;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:17,3:11,3 chr1 121908948 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.026058;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:1,2:21,8 chr1 121919722 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.018729;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,5:6,2 chr1 122070636 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:2,3:3,6 chr1 122382529 . T C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.047399;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:40,8:15,1 chr1 123243045 . T G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 chr1 124797823 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0051201;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:20,7:11,7 chr1 124804084 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.045229;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:54,7:30,6:24,1 chr1 124820032 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.13227;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:4,3:25,3 chr1 124846536 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.079011;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:26,3:2,1 chr1 124847040 . T C 0 PASS DP=277;GPV=1;SPV=0.0091812;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:121,22:21,10:100,12 chr1 124847056 . A T 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.0069251;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:100,20:15,11:85,9 chr1 124861830 . T G 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.019611;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:80,16:71,15:9,1 chr1 124864475 . G C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.071484;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:29,3:6,1 chr1 124881542 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19365;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:1,0:32,4 chr1 124895211 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,3:9,2 chr1 124919453 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.018505;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:11,1:11,5 chr1 125141867 . T G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.036077;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:16,5:26,2 chr1 125174130 . G T 0 PASS DP=304;GPV=1;SPV=0.0015423;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:128,37:90,32:38,5 chr1 143210830 . A T 0 PASS DP=697;GPV=1;SPV=0.030353;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:360:312,48:298,24:14,24 chr1 143210881 . C T 0 PASS DP=780;GPV=1;SPV=0.010966;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:407:357,49:338,25:19,24 chr1 143258960 . A C 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.015095;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:84,23:23,5:61,18 chr1 143287623 . TA T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.073933;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:25,4:13,1 chr1 143287625 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.060799;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:25,4:12,1 chr1 143287626 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.034354;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:26,5:13,1 chr1 143306655 . TA T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.036552;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:34,4:13,4 chr1 143306705 . T A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.0049119;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:38,6:11,4 chr1 143341813 . TA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0054348;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:7,5:1,2 chr1 144106291 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0081121;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:6,3:2,6 chr1 144422041 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041838;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,4:15,1 chr1 144926620 . G T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0043757;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:25,8:18,2 chr1 144956439 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 chr1 146040573 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,4:8,1 chr1 146122266 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 chr1 146186479 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.044985;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:23,9:25,4 chr1 146670550 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00042668;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,18:6,13:4,5 chr1 146911184 . T C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.010436;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:26,2:32,6 chr1 147202313 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.046544;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,6:5,3 chr1 148156731 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.019962;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:0,3:24,2 chr1 148418215 . G T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.027816;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:54,8:26,4:28,4 chr1 148702391 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.032289;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:13,4:25,2 chr1 148941544 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024462;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 chr1 148952750 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.059933;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,4:8,3:15,1 chr1 149075897 . TA T 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.01295;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:67,16:30,7:37,9 chr1 149137986 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.059933;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 chr1 150318976 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.020934;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:14,1:16,6 chr1 150885343 . CAAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,7:4,6:3,1 chr1 151450023 . A ATT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,6:11,4:3,2 chr1 151517853 . C CTT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00072083;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,20:9,17:11,3 chr1 151629586 . A AT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.009128;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,9:17,6:19,3 chr1 151692406 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:2,2:5,2 chr1 152644015 . TCACA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023594;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:16,9:9,2 chr1 152964062 . A AC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.17382;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,5:30,2:10,3 chr1 153112676 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.00027577;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:59,20:29,13:30,7 chr1 153406780 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0015324;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:25,5:19,6 chr1 153987515 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,4:10,3:14,1 chr1 154490794 . G GT 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0084221;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,10:19,7:23,3 chr1 154868936 . CAA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.18741;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:13,1:23,3 chr1 155436491 . C CTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,4:13,3:12,1 chr1 155729884 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.001145;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:57,14:27,9:30,5 chr1 156310037 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,12:8,11:1,1 chr1 156313363 . AG A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.13544;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:13,1:20,3 chr1 156578259 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:6,5:19,7 chr1 157180917 . A ACTCTCTCTCTCTCT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0020002;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,12:8,3:6,9 chr1 159483237 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.007626;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:23,4:16,7 chr1 159932249 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.2441e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:42,19:25,12:17,7 chr1 160112965 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.033188;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:20,7:11,2 chr1 160751856 . CTCTCTCTATATATATA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:5,4:15,5 chr1 160853782 . TA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,8:7,7:14,1 chr1 161471866 . G C 0 PASS DP=297;GPV=1;SPV=0.048391;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:147,19:71,5:76,14 chr1 161559730 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.039102;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:26,4:21,5 chr1 161641777 . T A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.051843;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:29,4:24,2 chr1 161646609 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0037074;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:54,16:25,10:29,6 chr1 162403488 . GAAAAAAAAA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,4:15,2:9,2 chr1 163548254 . GTTTTTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0089185;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,4:7,5 chr1 163794200 . T C 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.021113;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:27,8:26,3 chr1 164927646 . C CTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0098611;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,10:5,9:7,1 chr1 165622729 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0063951;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:23,5:8,4 chr1 165820486 . T TAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,2:8,2 chr1 166677437 . G GTATATATATA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.028036;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:14,10:10,2 chr1 167061586 . GT G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.034541;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:17,8:5,2 chr1 167985210 . T G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0023257;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:15,2:30,8 chr1 168639090 . TTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.047306;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,10:5,5:18,5 chr1 169620795 . T TTGTGTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,8:0,3:7,5 chr1 169778636 . TG T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.24396;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,4:16,2:17,2 chr1 169810834 . ATTTTTT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,2:5,2 chr1 169847313 . TAAAAA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,12:8,9:1,3 chr1 170226562 . T TCCTCCCTCCCTCCCTCCCTC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:0,0:13,4 chr1 170585727 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2201;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:16,5:5,1 chr1 170667312 . A G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:11,5:8,2:3,3 chr1 171353802 . CT C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.01601;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:25,5:13,4 chr1 171944377 . A G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0034588;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:22,5:21,4 chr1 172694443 . C CAT 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.025491;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,7:22,2:35,5 chr1 172758534 . C CTTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0034427;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,12:7,9:8,3 chr1 174136219 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:9,2:20,2 chr1 174265544 . G GA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,8:6,6:6,2 chr1 174378863 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0011386;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,1:10,8 chr1 174378864 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0018974;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:12,1:11,8 chr1 175125703 . CTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.34557;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,4:0,2:14,2 chr1 175403206 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=3.1057e-13;SS=2;SSC=125;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:19,34:9,14:10,20 chr1 176041345 . CT C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.10224;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:26,5:22,2 chr1 176178338 . CAA C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.12076;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:51,6:35,3:16,3 chr1 177734589 . GCTT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.068571;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:8,2:17,4 chr1 178696324 . AGAT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.04073;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,3:13,4 chr1 179597332 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,8:7,1 chr1 180980206 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:9,4:5,1 chr1 181894088 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.0132e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:29,41:17,23:12,18 chr1 182341376 . CT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11921;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:18,4:13,1 chr1 183438201 . G GAA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.051443;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,5:26,2:13,3 chr1 184884215 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,2:2,4 chr1 185652665 . A T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0013673;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:51,12:21,7:30,5 chr1 185927910 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00015783;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:18,6:21,9 chr1 186631576 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,6:9,4:5,2 chr1 186868071 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.018671;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:8,7:5,1 chr1 186966119 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,4:13,2:15,2 chr1 187686787 . A C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=3.8302e-12;SS=2;SSC=114;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:30,45:13,23:17,22 chr1 189117603 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:7,4:7,1 chr1 189161360 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0014886;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,20:3,9:4,11 chr1 190018670 . G GAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:1,4:2,2 chr1 190195804 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00048878;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:16,6:21,8 chr1 190365808 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.26877;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,6:7,4:6,2 chr1 191299707 . C CTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.064151;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:11,5:8,1 chr1 191349460 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0073497;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,9:11,7:9,2 chr1 191907551 . TTC T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.039036;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:8,2:23,3 chr1 192799509 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.049128;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:16,4:8,3 chr1 192857317 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 chr1 193550723 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.8037e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:31,21:16,13:15,8 chr1 194098959 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,6:6,10 chr1 194280332 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,2:1,2 chr1 194303668 . TATAA T 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.042129;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:101,22:58,9:43,13 chr1 194398803 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:6,6:4,2:2,4 chr1 194578836 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0037205;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:17,3:23,7 chr1 195886836 . C A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0032849;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:51,12:31,7:20,5 chr1 195990833 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.21542;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:12,3:24,2 chr1 196820506 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0043846;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,5:8,7 chr1 198524124 . T A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.54715;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:16,4:5,1:11,3 chr1 200127708 . AAATAT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,2:8,2 chr1 200383093 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:16,2:3,2 chr1 200509269 . C CTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,9:2,8:2,1 chr1 200581761 . CT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.003052;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,7:9,8 chr1 200686036 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.057386;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,10:8,9:8,1 chr1 200774073 . G T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=3.62e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:51,16:30,7:21,9 chr1 200774074 . T C 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.00029843;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:52,13:30,6:22,7 chr1 202149367 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.984e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,20:14,10:16,10 chr1 202401361 . A AT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,2:3,3 chr1 202786166 . A AT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,12:4,10:2,2 chr1 202938064 . AAAAG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,7:8,3 chr1 203479706 . CAA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.060553;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,9:19,8:9,1 chr1 204158411 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,8:6,7:4,1 chr1 204452288 . C CTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,6:3,2:10,4 chr1 204811028 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,4:3,1 chr1 206267113 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.021607;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:30,3:25,4 chr1 206523350 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.035283;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:4,1:15,6 chr1 207617691 . CCTTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:5,11:8,5 chr1 208086990 . TGAGA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.004662;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:1,7:0,5:1,2 chr1 208221381 . GTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.039921;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,7:12,6:3,1 chr1 208844667 . GAAAGGA G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0091986;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,7:11,1 chr1 208845676 . AATAG A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=9.3443e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:14,11:9,8 chr1 209698180 . TAGA T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.040883;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:25,6:12,2:13,4 chr1 210109590 . AG A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.057106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:12,1:19,3 chr1 210867364 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.1569;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:39,7:19,3:20,4 chr1 211029334 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,6:10,7 chr1 212168573 . A ATATTTTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023342;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:10,3:5,3 chr1 212481402 . T TAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.15614;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,4:14,2:14,2 chr1 212633936 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.027364;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:19,4:8,2 chr1 212851790 . TA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00096505;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:19,13:2,1 chr1 213363772 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0045767;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 chr1 214350707 . A ATTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032805;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,10:7,6:4,4 chr1 216039333 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0018064;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:47,11:21,8:26,3 chr1 216098427 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0032764;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:27,6:17,5 chr1 216377791 . GAGAAGGAAAGAAATAA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:9,3:7,1 chr1 217080671 . GTT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.25926;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,4:9,3:6,1 chr1 217188193 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028508;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,6:15,1:10,5 chr1 217694010 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03781;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:14,9:11,5 chr1 217795362 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.087294;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:6,6:7,1 chr1 220032243 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:6,3:3,1:3,2 chr1 220835311 . GA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.027649;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:20,5:3,2 chr1 220883332 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.0121e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:20,31:10,13:10,18 chr1 220952530 . C CTA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.058243;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:16,5:20,2 chr1 220971720 . A AAT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.027829;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:14,2:21,5 chr1 221983183 . C CGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027219;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,12:8,9:6,3 chr1 222039722 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.012061;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:10,1:10,6 chr1 222138220 . GTA G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0014895;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:15,4:19,8 chr1 222154901 . AAAAAAC A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.017042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:12,9:4,1 chr1 222480540 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.091614;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:15,1:7,3 chr1 223439672 . T TCTC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.20063;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:12,2:22,3 chr1 223675743 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10445;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,7:22,3:3,4 chr1 223682908 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,2:2,2 chr1 223930244 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0024349;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:7,9:18,1 chr1 224209064 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.049315;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:25,9:18,6:7,3 chr1 224443682 . GATATCT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,4:8,1 chr1 224452781 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,15:8,13:6,2 chr1 225831560 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.031932;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:26,7:5,1:21,6 chr1 226064434 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.031822;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:23,5:19,3 chr1 226504641 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0073028;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:33,6:12,6 chr1 227126468 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,4:14,2:15,2 chr1 227156121 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:11,7:7,4:4,3 chr1 227196338 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:3,5:3,3 chr1 227380955 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,3:20,1 chr1 228819196 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=5.8392e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:26,38:17,19:9,19 chr1 229590256 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.024751;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:12,7:4,1:8,6 chr1 230319848 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0031524;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:6,9:4,2 chr1 231615380 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.026121;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,12:11,6:16,6 chr1 232123741 . C T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0057052;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:46,19:18,6:28,13 chr1 232568977 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=5.4628e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:27,6:14,9 chr1 232656016 . A ATTTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011272;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:10,14:6,10:4,4 chr1 233918822 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:11,7:5,1:6,6 chr1 233922486 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0023473;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:13,17:9,7:4,10 chr1 234143288 . C CT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:21,3:8,1 chr1 234446633 . A AAATTATATAATTTCTTAATATAT 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.014645;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:23,4:17,10 chr1 234779794 . C T 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.009407;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:118,30:62,18:56,12 chr1 234946032 . AAAAAAATATATATATAT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.018593;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:4,6:4,3 chr1 236842784 . G GTATATATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,10:5,6:4,4 chr1 237565157 . C CTT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.015259;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,12:1,3:24,9 chr1 237952151 . TATATATATATATA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,1:5,4 chr1 237952166 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,4:4,1:0,3 chr1 238153670 . TTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.021719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,13:5,7:12,6 chr1 238188360 . CCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,4:1,0:19,4 chr1 240178447 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0055469;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:10,8:8,3:2,5 chr1 240742610 . CTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 chr1 240919005 . G T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=9.1325e-14;SS=2;SSC=130;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:19,46:9,18:10,28 chr1 241017411 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.0643e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:21,30:8,11:13,19 chr1 241068203 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0020554;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,3:13,9 chr1 241744410 . T C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0032559;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:19,5:27,7 chr1 242207878 . TTATATA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022676;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:8,5:13,9 chr1 242337258 . T TCATGAGGCAGTAGATTGTATTTTAAAGATGAC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.003144;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,13:7,10:18,3 chr1 242490879 . A G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00025984;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:17,7:23,8 chr1 243583193 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,1:11,4 chr1 245045757 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.10542;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:34,5:20,1:14,4 chr1 245857516 . T TGCATAGGTCTGGTCCTGGATTCTCCCTCTGCTTC 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.034415;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:34,14:16,6:18,8 chr1 246362764 . G C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.023364;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:84,20:46,15:38,5 chr1 246892301 . CTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:2,2:8,2 chr1 247219140 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.011658;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:16,9:27,4 chr1 247852918 . CAGAGAGAGAGAGAGAG C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:3,5:2,2:1,3 chr1 247907113 . TTTTTTC T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.073271;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:5,1:27,4 chr1 248168028 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.012992;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:8,3:9,7 chr1 248306538 . CG C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046615;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:3,4:12,4 chr1 248452271 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.064856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:13,2:2,5 chr1 248943908 . C G 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0028471;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:76,24:42,12:34,12 chr10 1265691 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:10,3:16,1 chr10 3818912 . T TC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.001984;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,13:7,5:1,8 chr10 4149533 . G C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.027754;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:28,4:27,3 chr10 6155205 . C CTTTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,5:13,4:6,1 chr10 6170702 . AGG A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,4:10,2:11,2 chr10 6932014 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,12:6,8:4,4 chr10 7220830 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:12,1:17,5 chr10 8026028 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,5:4,4 chr10 8280630 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.015156;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:10,3:19,7 chr10 8422085 . C CTTTCTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 chr10 8545427 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,4:2,1:4,3 chr10 9358808 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1265e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:9,11:7,6 chr10 10296730 . C CTCTTTTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1 chr10 14209718 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0030692;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,7:12,2 chr10 15469418 . C G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0030239;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:24,3:12,6 chr10 16841910 . C CAAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.30409;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,4:6,3:6,1 chr10 18600978 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.25826;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:8,1:2,3 chr10 19064769 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0086203;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,5:5,1 chr10 19467802 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:41:1,3:0,2:1,1 chr10 19955074 . A ATT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031815;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,7:12,6:4,1 chr10 21343903 . AAAAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.14559;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:7,4:5,1 chr10 21704329 . T TTCTC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:10,2:8,3 chr10 21881844 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:11,6:5,2 chr10 23457003 . T TGTGTGTGCGC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.011437;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,6:6,3:6,3 chr10 23818343 . TATA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,3:10,1 chr10 24895253 . C CTTTTTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:1,2:2,1 chr10 24972517 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.9991e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:10,4:16,11 chr10 25639028 . ATTTC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:6,2:17,2 chr10 28836271 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,4:1,0:9,4 chr10 29776765 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,5:3,1:14,4 chr10 30410480 . A G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=9.1412e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:23,9:13,6 chr10 30890083 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1 chr10 32438069 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=9.6275e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:13,8:6,13 chr10 33028330 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12337;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:8,2:16,3 chr10 33121193 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=4.2988e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:17,7:12,7 chr10 33671715 . A ATATGAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,4:4,1 chr10 33671725 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0047431;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:0,4:5,1 chr10 33671731 . A ATATATATATGAC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0072239;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,4:2,3:1,1 chr10 34645186 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.019307;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:17,4:20,3 chr10 35745310 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.001927;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:20,5:16,4 chr10 36050368 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0056445;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:18,3:17,6 chr10 36322330 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.015e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:11,10:10,10 chr10 36480667 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.013537;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:14,10:11,6 chr10 37113363 . T C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.014496;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:47,11:19,8:28,3 chr10 38327263 . T TTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0074752;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,9:4,4:2,5 chr10 38496005 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.033228;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:13,2:15,4 chr10 38496006 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.027512;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,9:11,6:13,3 chr10 38576386 . AAATGG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:5,3:2,1 chr10 38651476 . CAT C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,1:18,3 chr10 38652470 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.04533;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,3:13,5 chr10 38689754 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.00022978;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:76,13:42,6:34,7 chr10 38923521 . T C 0 PASS DP=336;GPV=1;SPV=0.0033879;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:157,20:87,10:70,10 chr10 39835327 . A T 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.041879;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:135,15:74,6:61,9 chr10 40287592 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:6,3:23,3 chr10 40300954 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.034849;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:9,1:22,3 chr10 40691595 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.041896;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:17,6:15,5 chr10 40761927 . A C 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.014577;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:69,9:27,1:42,8 chr10 40857299 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.039341;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,0:4,4 chr10 40884373 . G C 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.0030742;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:67,19:12,5:55,14 chr10 40892303 . G A 0 PASS DP=588;GPV=1;SPV=0.025852;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:310:261,39:147,23:114,16 chr10 40920706 . C G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.06379;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:14,3:2,2:12,1 chr10 40963788 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.054928;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,1:14,3 chr10 40965940 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0005505;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:17,9:9,1 chr10 41104823 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:22,4:1,0 chr10 41494604 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:24,4:2,0 chr10 41527518 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.059209;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,3:15,2 chr10 41584168 . C T 0 PASS DP=669;GPV=1;SPV=0.022969;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:351:303,48:227,41:76,7 chr10 41881947 . CGAGTGTAATT C 0 PASS DP=310;GPV=1;SPV=0.030017;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:144,20:112,14:32,6 chr10 41882734 . T C 0 PASS DP=371;GPV=1;SPV=0.033617;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:208:176,32:93,21:83,11 chr10 41891344 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.031173;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:21,4:15,1 chr10 41892391 . A T 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.042405;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:54,7:29,2:25,5 chr10 41896230 . G GGAATGGAATC 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.018345;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:77,9:46,5:31,4 chr10 41900107 . A T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.0011011;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:53,10:30,1:23,9 chr10 41906114 . C CAATGG 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.026485;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,7:22,4:12,3 chr10 41912903 . T A 0 PASS DP=251;GPV=1;SPV=0.031646;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:111,19:47,15:64,4 chr10 41914068 . G A 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.0015108;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:84,29:39,17:45,12 chr10 42080954 . C T 0 PASS DP=1854;GPV=1;SPV=0.0032918;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:979:878,99:59,15:819,84 chr10 42130201 . C G 0 PASS DP=604;GPV=1;SPV=0.010879;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:328:286,42:114,11:172,31 chr10 42152600 . GTATATC G 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.042771;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:61,16:24,3:37,13 chr10 42182059 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.16534;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:23,2:3,1 chr10 42213791 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.038396;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:17,1:4,6 chr10 42213848 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.028463;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:14,1:5,4 chr10 42281418 . A G 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.029327;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:65,18:29,3:36,15 chr10 42299381 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.11288;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,4:20,2:12,2 chr10 44878064 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19205;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:15,5:9,2:6,3 chr10 45391072 . CCACGG C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,5:5,2 chr10 45749836 . A AAAAAAAATATATAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.05321;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,8:15,1:10,7 chr10 45823138 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017469;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,3:5,5 chr10 45889994 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,2:5,5 chr10 45890429 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0035718;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:15,1:9,7 chr10 46408881 . T G 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.0042791;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:59,8:33,3:26,5 chr10 46660447 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:15,4:0,0 chr10 46768125 . G A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.019877;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:25,10:18,3 chr10 46935640 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.046112;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:23,7:8,3 chr10 46979530 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.046521;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:14,3:22,2 chr10 47235996 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.3434e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:13,14:14,3 chr10 47938554 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.034525;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:17,4:1,0 chr10 47987548 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.042061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:23,4:15,3 chr10 48080905 . A C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.013329;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:20,6:21,3 chr10 48928398 . T G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,2:16,2 chr10 49891621 . ATATTTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:2,2:2,2 chr10 49962894 . C CT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046334;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:11,5:14,1 chr10 50109548 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.03763;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:19,8:15,2 chr10 51464890 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.014937;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:11,8:8,2 chr10 54853422 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.011736;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,6:19,3:4,3 chr10 55235906 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,8:3,7:5,1 chr10 55602627 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.072974;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:16,1:29,4 chr10 55609015 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.01056;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:18,2:13,9 chr10 55830519 . GA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0029888;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:15,5:8,6 chr10 55953998 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:17,2:2,2 chr10 56858096 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=6.9536e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:15,10:12,10 chr10 57420264 . CTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,4:3,1 chr10 58009272 . CAAAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0073773;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 chr10 59037349 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00022306;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:19,6:17,5 chr10 59681738 . TATG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:5,2:5,2 chr10 60158685 . C CTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.014013;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:9,7:8,1 chr10 61263235 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.3195e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,18:8,14:8,4 chr10 63606263 . T TTTTCTTTCTTTCTTTTTC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.028555;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:6,3:12,5 chr10 63861106 . C CGCGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0057417;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,7:5,1:3,6 chr10 65087396 . TAC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.37283;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,4:2,1:17,3 chr10 67833444 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.060665;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,5:10,4:15,1 chr10 68059870 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.014395;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:12,8:8,2 chr10 68923937 . CTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:2,4:8,1 chr10 72283779 . CAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.016233;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,7:8,2 chr10 72454784 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,2:1,1:2,1 chr10 73250711 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.1858e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:8,7:14,11 chr10 73756899 . AT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:5,1:8,5 chr10 73833909 . G GT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2419;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,4:8,2:6,2 chr10 74128124 . AGGAAAAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.22807;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,4:3,2:8,2 chr10 74201684 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,6:12,2:14,4 chr10 74760868 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,7:3,1 chr10 75856489 . C CAAGT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00014322;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:12,6:17,5 chr10 76084364 . ATTTT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.010792;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 chr10 76379161 . T TTGTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0068919;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:8,2:12,6 chr10 79183824 . TCC T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0010762;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,5:12,3 chr10 81167688 . C CT 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0051557;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,10:11,7:14,3 chr10 81693963 . GAT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:2,2:6,4 chr10 82031071 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.2667e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:14,10:9,9 chr10 83081279 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=4.0149e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:10,7:19,12 chr10 84007300 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:9,2:3,2 chr10 84018271 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:14,4:7,2:7,2 chr10 84884296 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0011799;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:12,5:18,5 chr10 85854248 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00061273;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:22,5:17,6 chr10 86939833 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.053518;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,7:12,3:13,4 chr10 87354692 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.012964;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:20,5:22,11 chr10 87389196 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0076335;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:48,8:24,7:24,1 chr10 87390198 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0043761;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:15,6:31,2 chr10 87418174 . TTATA T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.013809;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:17,5:17,1 chr10 87523518 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:3,3:2,1:1,2 chr10 87701339 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10738;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,4:18,2:13,2 chr10 89576802 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.9339e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:19,24:10,12:9,12 chr10 90976006 . A AAAAAAAAAAAAG 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0010173;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,17:12,11:11,6 chr10 92199392 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,2:1,1:3,1 chr10 92948573 . C CACTACTACTACTACT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,5:14,3:2,2 chr10 94883510 . C CA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00064847;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:17,8:8,5 chr10 96817689 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:2,4:4,3 chr10 97657811 . ACTGTCACCACCATCCATCTCCAGAGCTCTTTTTGTTGTTGTTGAGACCGAGTCTTGCT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:19,3:11,1 chr10 98386546 . C CTTTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00024277;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:6,10:6,4 chr10 103265049 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,10:8,5:3,5 chr10 103278903 . G GCACACACACACA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.047515;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,9:7,1 chr10 104534877 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:11,3:3,2 chr10 105771010 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=5.8491e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:8,10:11,5 chr10 106899591 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:8,4:6,2 chr10 109059631 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0001197;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:17,3:11,8 chr10 109208025 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.015273;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4 chr10 111119516 . GCT G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.032855;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:15,9:6,1 chr10 112966194 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,4:8,4 chr10 113803008 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,4:10,1:11,3 chr10 113948684 . TATATATATATATATATATATACACAC T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,3:0,2 chr10 114066524 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0021577;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:15,3:17,5 chr10 114202173 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.8111e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:11,12:20,6 chr10 115383511 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0045408;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:13,5:20,3 chr10 118949359 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.020734;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:2,3:1,1 chr10 119411842 . CTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:2,1:3,1 chr10 119955275 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0003337;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,10:3,8:5,2 chr10 120368900 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.0775e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:11,11:15,2 chr10 121636873 . C CTTTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.022531;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,14:15,10:8,4 chr10 121667273 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.088975;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:19,1:15,4 chr10 122423110 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.026993;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:15,9:8,3:7,6 chr10 122681334 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,2:3,4 chr10 123181855 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,2:4,4 chr10 123653723 . AG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,4:5,5 chr10 123738268 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.065402;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:20,4:20,2 chr10 124158737 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.033359;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:14,3:20,2 chr10 125892689 . G A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.027462;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:75,15:23,2:52,13 chr10 127045200 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.008238;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,8:7,6:1,2 chr10 127093202 . C CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:1,1:11,3 chr10 129841050 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0006809;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:15,7:16,3 chr10 130530431 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.002853;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:17,6:7,6 chr10 131675469 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.2497e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:15,10:16,12 chr10 133423970 . A AGGAGCGCCGCGGTG 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0019513;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:16,6:4,9 chr10 133464329 . G GC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.050579;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,3:12,1 chr11 180483 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.019748;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:9,9:8,2 chr11 287677 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:13,1:3,3 chr11 1087343 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:4,3:9,2 chr11 1116392 . CGGGCTGTTCCCTGAGTGTGCTGGGCT C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.030923;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:23,4:12,4 chr11 1417831 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 chr11 1597972 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.1671;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:8,4:10,1 chr11 3111965 . GTGTGCATATGTGTGCGCGCA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.012858;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,8:16,1 chr11 3782570 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0045225;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,13:17,8:5,5 chr11 3920129 . T A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:6,2:2,1:4,1 chr11 4045762 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,2:3,2 chr11 4327773 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.1287e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:19,6:8,10 chr11 4895219 . AAATTCTTTATATACATCATTAC A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0033007;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:18,12:14,7 chr11 4898833 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:9,6:4,2:5,4 chr11 5838847 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.3989e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:11,6:12,10 chr11 5870589 . ACC A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,2:6,3 chr11 6301244 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=7.7872e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:36,19:19,8:17,11 chr11 6578652 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.056165;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:14,1:19,4 chr11 8314484 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,4:8,3:3,1 chr11 8462402 . C CAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.010978;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,8:9,4:6,4 chr11 9375041 . C CAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0204;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:11,8:6,2 chr11 10504138 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.040341;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,4:14,2 chr11 10731941 . A ATG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038709;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:16,4:7,2 chr11 11463225 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0095002;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:10,5:15,3 chr11 13363127 . CATATATAT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,10:2,6:5,4 chr11 13534505 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.1462e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:30,21:12,13:18,8 chr11 14841349 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0025048;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:7,2:12,6 chr11 15651738 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0067861;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:4,1:7,8 chr11 15998454 . TG T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.042668;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,5:9,2 chr11 16196830 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:8,2:4,2 chr11 16994530 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.8991e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:13,10:7,10 chr11 18622101 . A AAAAAAAAAAAC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,4:2,1:0,3 chr11 23317106 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.019285;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,3:9,1 chr11 24328584 . T C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.034902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:23,2:19,3 chr11 24649978 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.023995;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:15,3:14,5 chr11 24918965 . T C 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.0072049;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:87,14:41,3:46,11 chr11 27496001 . A AAC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0006722;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:14,5:12,7 chr11 28310962 . GTGGGT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:18,4:0,0 chr11 30103519 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00031821;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:6,8:0,2 chr11 31142102 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0058719;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:19,3:13,3 chr11 31204428 . GA G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00013297;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:11,6:10,6 chr11 32201444 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=7.7194e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:10,6:13,10 chr11 35894837 . C CTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,3:2,1 chr11 36054840 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,7:3,2:6,5 chr11 37881192 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:1,1:0,1 chr11 39220874 . AGAAG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,5:3,3:3,2 chr11 40665325 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,3:0,2:0,1 chr11 40851180 . GA G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00070074;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:14,2:20,8 chr11 41182848 . TAA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0038457;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:21,12:11,7:10,5 chr11 41460454 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.1624e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:8,7:11,10 chr11 41655087 . T TCTC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:1,1:9,4 chr11 43619164 . G GAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0041629;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,3:4,6 chr11 43619215 . A AAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016422;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,3:7,6 chr11 44379144 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,4:4,2 chr11 46271364 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.9715e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:10,6:15,6 chr11 47046665 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,4:9,2 chr11 48500539 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=7.0452e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:28,20:17,14:11,6 chr11 49002488 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13663;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,2:15,2 chr11 49926902 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00010628;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:21,7:13,7 chr11 50023502 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.036467;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:18,1:14,6 chr11 51572510 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.091638;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:3,0:30,4 chr11 51664424 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:5,1:21,3 chr11 52107622 . T C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.029527;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:95,14:37,8:58,6 chr11 52129259 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.033358;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:13,1:21,9 chr11 53175444 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.048962;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,2:7,3 chr11 53602042 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 chr11 54234630 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 chr11 54270934 . C A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 chr11 54334166 . A C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 chr11 54382388 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.043161;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:49,7:38,4:11,3 chr11 54382389 . G T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.038418;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:36,4:11,3 chr11 54392352 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.074501;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,5:3,2 chr11 54416246 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.045941;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:5,2:39,3 chr11 55873506 . C A 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=3.0487e-10;SS=2;SSC=95;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:38,34:20,23:18,11 chr11 56157088 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.5006e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:7,10:14,4 chr11 56267744 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00092696;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,8:5,6:3,2 chr11 57185270 . CTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0059696;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:5,7:3,1 chr11 59554905 . A AAG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.064336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:12,6:5,1 chr11 59554927 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.056428;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:17,5:4,1 chr11 60832412 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00075779;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:9,7:14,2 chr11 64022867 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:4,4:7,2 chr11 64196395 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022431;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,8:16,7:6,1 chr11 64310536 . GT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 chr11 65734436 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:6,5:2,2 chr11 66311088 . AC A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:2,2:2,2:0,0 chr11 68219436 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,4:10,1:6,3 chr11 69274380 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=6.8415e-10;SS=2;SSC=91;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:19,28:9,16:10,12 chr11 71168031 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.038682;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:14,7:6,2 chr11 72201585 . T TAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,1:10,3 chr11 73253497 . C CATAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0057971;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:5,5:2,1 chr11 75757189 . AAAAG A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.031686;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,9:8,4:10,5 chr11 77314398 . A ATATATATATATAT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10909;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,2:0,0:2,2 chr11 79643065 . GGGAA G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,4:3,3 chr11 79696275 . C CATAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.014848;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:12,5:12,2 chr11 83148729 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.3326e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:14,7:10,6 chr11 84313641 . A AAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,4:0,3:0,1 chr11 84483430 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:8,5:8,3 chr11 84990342 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0019129;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,4:15,5 chr11 85232357 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.1719e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:27,25:9,9:18,16 chr11 85630075 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.9752e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:10,7:9,11 chr11 85816915 . C CAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:6,5:3,2 chr11 86110351 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047306;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:10,8:14,3 chr11 86319242 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.01623;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:0,6:6,3 chr11 86328929 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:1,1:0,1 chr11 87080165 . A AGT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00012649;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:3,7:8,7 chr11 87675968 . A AT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.3064e-06;SS=2;SSC=54;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:11,9:14,6 chr11 88928484 . GTATATATGTA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.07299;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,4:9,2:21,2 chr11 89751342 . G GACTA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.045385;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,3:8,4 chr11 91053193 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.03148;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,9:7,4:9,5 chr11 91525961 . AATT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.056777;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,1:15,3 chr11 92478948 . C CTTTCT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:4,5:16,3 chr11 92754700 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 chr11 96522974 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,2:1,1:6,1 chr11 96585172 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 chr11 96800198 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:40:0,2:0,1:0,1 chr11 98636046 . AT A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.3143e-07;SS=2;SSC=62;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:30,23:21,11:9,12 chr11 104119230 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,4:4,1 chr11 105172422 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.017391;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,7:2,3:7,4 chr11 106272580 . ATATAT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.050554;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:16,2:8,3 chr11 106272616 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.047988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,5:9,2:12,3 chr11 108241742 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0037594;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,8:2,3:1,5 chr11 110215369 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,7:4,3:10,4 chr11 112084799 . C CTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016961;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:8,4:8,5 chr11 112095884 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.050152;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,3:15,1 chr11 112273033 . TCTTTCCTTCTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0094722;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,1:13,7 chr11 113894392 . C CAAAAAAAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020274;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,8:7,1 chr11 115134000 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.02121;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:14,9:6,2:8,7 chr11 115257841 . GCAT G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.3324e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,14:15,7:12,7 chr11 116818336 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.036166;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:12,4:13,2 chr11 117329839 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012248;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,4:6,5 chr11 117769222 . TTGTATATATTATATATTTTATATA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,3:6,1 chr11 120943107 . T TACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,9:7,6:5,3 chr11 122167018 . C CAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,11:3,8:3,3 chr11 123318282 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:21,5:12,1 chr11 123704349 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.6295e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:10,8:13,4 chr11 124317257 . TTG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0084125;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,7:7,4 chr11 125401768 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.026556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:16,5:36,2 chr11 125665869 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,2:7,4 chr11 126131217 . A ATGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025685;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:5,5:9,4 chr11 126683357 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6465e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:11,9:11,11 chr11 127323554 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10283;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,7:9,5:8,2 chr11 127799896 . TTG T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01106;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:11,2:5,7 chr11 129095191 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.0506e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:15,10:8,8 chr11 129564218 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.019156;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,4:9,4 chr11 130090969 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:16,1:17,3 chr11 130294538 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,4:2,0 chr11 130590053 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.032575;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,2:12,5 chr11 131003590 . GTGTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,4:2,1 chr11 131265322 . GAT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:9,3:10,2 chr11 131265436 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,3:8,3 chr11 131577151 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.768e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:13,8:19,9 chr11 131680400 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0972;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:10,4:14,1 chr11 133766032 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.6e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:19,7:12,10 chr11 134284924 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,9:6,6:4,3 chr11 134840333 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11818;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:25,3:13,2:12,1 chr12 44285 . T C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.042124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:21,1:17,6 chr12 748212 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:4,1:7,3 chr12 4874098 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:11,4:5,2:6,2 chr12 5489833 . G T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.9282e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:14,12:18,8 chr12 9284447 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.017823;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:48,12:22,6:26,6 chr12 9308117 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.016746;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:24,1:22,8 chr12 9607334 . TC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:8,2:13,4 chr12 9869858 . CAA C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.033575;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:19,1:17,5 chr12 11938175 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0054163;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 chr12 13016392 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016493;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:12,5:7,1 chr12 13445435 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.6036e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,20:9,10:10,10 chr12 13776177 . C G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.5071e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:25,25:9,12:16,13 chr12 14235266 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=2.606e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:15,8:18,9 chr12 14323950 . G C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,1:0,2 chr12 14481935 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.044629;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,3:17,1 chr12 17161030 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00029978;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:13,7:13,7 chr12 17237002 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11628;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:14,1:5,2 chr12 19280036 . GT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,5:4,1 chr12 19896768 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.04058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,2:12,3 chr12 21555502 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.5408e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:11,7:11,6 chr12 22303848 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:7,2:5,1:2,1 chr12 22895817 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.1151e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:13,8:13,12 chr12 26617691 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,3:1,1 chr12 30915287 . C T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.014385;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:52,6:25,3:27,3 chr12 31685810 . AG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:1,4:12,1 chr12 31685815 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,3:4,1 chr12 32061587 . CTATATATATATA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:2,3:5,1 chr12 32148032 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0013413;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,4:14,6 chr12 33153456 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0021888;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:13,3:16,6 chr12 33475345 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=6.7478e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:7,4:13,12 chr12 34836788 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.011343;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:12,7:2,3 chr12 34915929 . T A 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.012968;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:190:169,21:150,20:19,1 chr12 35245095 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.00069823;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:68,15:38,10:30,5 chr12 36205455 . G C 0 PASS DP=364;GPV=1;SPV=0.024344;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:204:181,23:118,5:63,18 chr12 36239917 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 chr12 36247818 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 chr12 36381030 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:11,4:8,1 chr12 38468208 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.4106e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:13,6:10,10 chr12 40113195 . A C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.2636e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:15,7:14,8 chr12 40602940 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,4:2,2:3,2 chr12 40760042 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0086626;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,4:8,1 chr12 41458994 . TGAGGAATTAGGTTTGAGATCAGAGTTCAAAG T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0047364;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:9,7:14,4 chr12 41673678 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0096038;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:16,2:5,8 chr12 43161497 . G GTTTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,10:4,7:4,3 chr12 44447451 . TA T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.020567;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:21,3:21,8 chr12 44862859 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00013315;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:14,12:15,7 chr12 45554574 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,3:14,2 chr12 45561590 . TTTCC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.033476;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,8:6,4:7,4 chr12 46089097 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:6,1:11,4 chr12 47232905 . TTTTA T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.002519;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:7,12:15,3 chr12 47634583 . T C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:2,1:1,1 chr12 48186521 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,2:8,2 chr12 48186530 . TGTATATGTGC T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:13,2:21,2 chr12 48207769 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:1,3:2,3 chr12 48540100 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,9:9,8:2,1 chr12 48635402 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,5:0,2:7,3 chr12 49004813 . CTGTG C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00012936;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,17:8,9:9,8 chr12 49880551 . CGT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,1:10,3 chr12 50754334 . T TC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0042405;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:10,8:7,5 chr12 50872860 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.080441;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:14,1:9,4 chr12 50872864 . C CG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031932;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:17,1:9,6 chr12 50949526 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,5:4,1 chr12 52745107 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 chr12 52938136 . C CTATA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1 chr12 55100164 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013049;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:4,6:11,5 chr12 55411261 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.1253;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:20,3:12,2 chr12 56363209 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.055746;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,4:17,1:7,3 chr12 58373220 . C A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=3.9106e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:11,8:17,13 chr12 59013656 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=6.2842e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:29,26:8,19:21,7 chr12 59486352 . G GTATA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027005;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,4:7,6 chr12 60694394 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.4229e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:18,4:10,12 chr12 62507315 . C CTT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.020181;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:7,3:14,6 chr12 62939616 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,7:5,5:0,2 chr12 63538702 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.02161;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:26,7:20,2 chr12 64258945 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:5,2:5,2 chr12 64288489 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016203;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:12,4:3,4 chr12 65639747 . T TCTCTCTGACACA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00052506;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:6,7:4,4 chr12 65639748 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00096036;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,7:3,5 chr12 68277320 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048259;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,3:7,1 chr12 68417459 . G GAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.064826;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:19,1:4,3 chr12 68450327 . T TTA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0037707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,3:1,4 chr12 68528198 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,4:2,3:0,1 chr12 68937641 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.277e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:16,10:12,9 chr12 69357532 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:8,2:8,2 chr12 69817653 . T TACACACACACACAC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:10,11:5,7:5,4 chr12 70018140 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 chr12 71468709 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0069996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:4,6:2,1 chr12 73061526 . AAT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0051416;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,6:7,4 chr12 73488896 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.6127e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:11,8:8,8 chr12 76077980 . C CAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0073947;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,9:4,1 chr12 77946260 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.049645;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:19,4:11,1:8,3 chr12 80962382 . AC A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.047571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:26,1:8,4 chr12 81145358 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.9952e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:13,11:15,11 chr12 81498080 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.6776e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:28,23:15,10:13,13 chr12 81562574 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00082339;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:21,8:21,4 chr12 82993260 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0013338;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:15,7:24,4 chr12 84352437 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012731;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,7:12,4:13,3 chr12 84554009 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,5:4,2 chr12 85201243 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0093112;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:11,6:5,3 chr12 85860503 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,2:3,1:4,1 chr12 86433743 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.1287e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:15,8:12,8 chr12 87549406 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.086687;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,3:6,3:0,0 chr12 88548425 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.4893e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:11,13:11,7 chr12 88664963 . A ATGTGTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,10:5,7:6,3 chr12 89412848 . T TTCCTTCCTTTCC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.017166;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:5,1:14,6 chr12 91240357 . A T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=5.8593e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:34,18:17,8:17,10 chr12 92680235 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.040413;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:19,1:9,8 chr12 92761625 . AG A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:14,6:9,4:5,2 chr12 93548022 . CCCTTCCTTCCTTCCTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,8:6,3:8,5 chr12 94692459 . G GTATATATAATA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.1056;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,5:19,4:8,1 chr12 95216669 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,4:7,3:3,1 chr12 96086880 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:8,3:2,1 chr12 96190492 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 chr12 97144381 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0056092;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:14,4:20,4 chr12 97595809 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0019055;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:12,7:24,3 chr12 100515057 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=4.2346e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:12,8:18,7 chr12 101185906 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.2848e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:12,6:12,12 chr12 101212484 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:5,9:3,2 chr12 101591837 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0154;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:6,3:16,6 chr12 101614325 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.053518;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:25,7:7,4:18,3 chr12 101661915 . A AAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,2:9,3 chr12 106908276 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,3:1,2 chr12 107196356 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:6,1:13,3 chr12 107999325 . G GTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.040159;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,5:3,1 chr12 108212615 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.01641;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:12,3:10,3 chr12 108347833 . T TTTTGTAAATATATA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10313;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,4:14,2:11,2 chr12 108425213 . TTTTTGTTTTG T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0018135;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:2,6:15,8 chr12 108490233 . T TAAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.25822;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,5:15,3:11,2 chr12 108712570 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049781;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:15,9:5,1 chr12 109046092 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,7:3,1 chr12 110392092 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.071485;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,7:15,2:3,5 chr12 110867438 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,3:8,1 chr12 111616957 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,2:4,1:0,1 chr12 113976473 . A AAAG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.043024;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,9:7,2:13,7 chr12 114367244 . ACAAAAAAG A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.16219;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:22,3:12,1 chr12 114580338 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0032151;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,10:1,9:1,1 chr12 114589716 . C CAAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 chr12 116120479 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027836;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,4:7,2:3,2 chr12 118179207 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00035448;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:22,3:7,6 chr12 118362317 . T TAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.025088;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:14,3:5,3 chr12 118777194 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.6323e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:22,21:12,12:10,9 chr12 119160301 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.049315;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:25,9:7,5:18,4 chr12 119234527 . CATATATATATAT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:5,5:1,1 chr12 119456064 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.033449;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,11:7,7:9,4 chr12 120952465 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:5,7:8,2 chr12 120960569 . G GA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00018161;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:9,9:7,1 chr12 122336415 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:5,2:2,1:3,1 chr12 122701007 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0092671;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,5:11,8 chr12 122712596 . C CAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.006529;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,9:11,6:6,3 chr12 123693376 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:3,3:11,3 chr12 124134997 . C CTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:8,2:9,2 chr12 124602540 . C CTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0078247;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:4,7:3,2 chr12 125885746 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.2952e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:14,9:14,6 chr12 126289622 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=6.5336e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:9,6:10,9 chr12 127304833 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:8,2:17,2 chr12 128236113 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.4921e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:13,8:9,4 chr12 128841485 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0077765;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,7:4,2:3,5 chr12 128965732 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,7:11,2:6,5 chr12 129241850 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00064966;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:16,5:13,6 chr12 129514986 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.9327e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:27,26:12,14:15,12 chr12 129586993 . T A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.6403e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:11,13:13,7 chr12 129877174 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.11988;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,1:16,4 chr12 130015247 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 chr12 131579543 . CTCTCTGTACTGTGTCTG C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0053893;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:13,2:7,12 chr12 132267812 . C CAT 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.01279;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:14,7:18,7 chr12 133237285 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.036709;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,5:9,4 chr13 18339332 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.049645;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:18,4:1,0 chr13 19710163 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0084761;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:19,3:17,4 chr13 20283337 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.2226e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:37,22:20,12:17,10 chr13 21447930 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.043206;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:13,6:4,1 chr13 21743410 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 chr13 22215066 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:5,3:3,1:2,2 chr13 22625441 . C CATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.043512;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,5:2,2:1,3 chr13 22781019 . T TTG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00023992;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,6:9,5 chr13 22868769 . TATA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,3:10,2 chr13 24318682 . T C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.030381;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:24,6:21,4 chr13 26178591 . C CGTGTGTGTGT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11053;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0 chr13 28493115 . C CA 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=4.1567e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:34,16:16,5:18,11 chr13 28819747 . A AGCTGGG 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.010181;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:25,9:8,3 chr13 30928825 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=6.8293e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:20,2:17,10 chr13 32405892 . CTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,6:9,3:8,3 chr13 32436785 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,5:6,4:3,1 chr13 32631118 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:9,7:8,3:1,4 chr13 34885994 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.043479;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:14,7:5,2 chr13 35010753 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,4:6,1 chr13 36009672 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.29987;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:14,2:12,2 chr13 36869777 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.1223e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:10,8:10,4 chr13 37259431 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0063578;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:10,3:4,3 chr13 38646241 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0011256;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:15,4:13,5 chr13 38866667 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00043265;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:12,9:5,1 chr13 39114436 . T G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=3.6897e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:30,22:20,11:10,11 chr13 39490095 . CAA C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.057534;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:21,3:13,1 chr13 39562603 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.025505;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,8:14,4:7,4 chr13 39562605 . TAC T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.036217;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,8:16,3:9,5 chr13 41447470 . A AT 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.00010853;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:50,24:24,8:26,16 chr13 43940571 . TTTC T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.03601;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:8,4:15,4 chr13 44717446 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0098053;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:15,4:16,2 chr13 45103866 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:7,7:5,5 chr13 45938615 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.542e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:12,7:11,8 chr13 46635467 . C CTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:4,3:10,3 chr13 46876399 . TATATA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,3:8,3 chr13 48834704 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.22206;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:26,4:18,3:8,1 chr13 49620861 . TA T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,4:15,3:10,1 chr13 51371263 . C G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.5378e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:14,11:14,8 chr13 54456982 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:8,1:17,3 chr13 54822460 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0030923;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:15,5:19,4 chr13 54978196 . T TCTG 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0031698;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,9:15,4:17,5 chr13 54978198 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0047817;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:0,4:15,5 chr13 55939310 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0059497;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:3,7:4,1 chr13 56047122 . G GAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,4:10,2:4,2 chr13 56059202 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=1.7034e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:10,8:2,4 chr13 56673893 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.068138;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:12,2:20,2 chr13 56886793 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0057679;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:18,5:24,3 chr13 59366827 . A AAAAAAAAAAAAAGAAAAAAG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01134;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:3,3:11,5 chr13 60567892 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,2:3,1:3,1 chr13 62709373 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2.6125e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:9,12:12,10 chr13 63651229 . CAAAA C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.016883;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:12,7:6,3 chr13 64029473 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.0665e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:12,9:12,6 chr13 65030733 . CTTTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,12:4,6:6,6 chr13 65287935 . TTA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015215;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,3:6,5 chr13 65550403 . A AT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014256;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:15,5:17,2 chr13 65937905 . CTCTCTCAGTGTG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.030107;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,2:9,5 chr13 67280322 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.3034e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:15,6:9,8 chr13 67861113 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:4,4:3,9 chr13 68341888 . C G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=1.1616e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,24:14,11:12,13 chr13 68520918 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.043461;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:20,6:17,3 chr13 69231759 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1 chr13 71477108 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:6,5:8,1 chr13 71864180 . T TACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:1,5:6,2 chr13 72628285 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.467e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:18,12:14,7 chr13 72809132 . C CTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,8:3,6:3,2 chr13 75106360 . AC A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.1173e-06;SS=2;SSC=56;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:12,8:19,11 chr13 75391036 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,2:1,1:1,1 chr13 75687265 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=9.9664e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:23,5:10,11 chr13 76031962 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,2:12,2 chr13 76259937 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00079043;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,10:2,8:12,2 chr13 79438248 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 chr13 79619710 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0007273;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:14,2:12,7 chr13 79669998 . A AACACACACAC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 chr13 80106247 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,1:9,3 chr13 80648002 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:10,1:16,3 chr13 80648035 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,4:3,2:4,2 chr13 80803021 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.22704;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:9,7:7,4:2,3 chr13 82684632 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.029693;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:8,6:18,3 chr13 84745270 . G GA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:6,3:8,1 chr13 85437319 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.027663;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:17,4:15,2 chr13 85437344 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.027663;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:18,2:14,4 chr13 85560807 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.721e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:12,13:5,4 chr13 86078171 . TACAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,1:5,5 chr13 86078187 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4 chr13 86538288 . G GTGTA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:1,3:1,1:0,2 chr13 86655220 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 chr13 88224501 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,4:2,3:1,1 chr13 88930417 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.095238;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,2:3,1:0,1 chr13 89441265 . A AATGGATGG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0095925;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4 chr13 90249759 . A AGAAAG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 chr13 90372376 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.11845;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:23,3:6,2 chr13 91398650 . GGGCGGCGGAGGCGGC G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0060488;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:20,2:19,4 chr13 93491145 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,1:18,3 chr13 95025502 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.00054667;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,9:1,8:0,1 chr13 96468477 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.010062;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:6,9:3,8:3,1 chr13 96499030 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:7,2:5,1:2,1 chr13 97001186 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04045;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:22,5:17,1 chr13 97001187 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,8:19,6:15,2 chr13 97320261 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,6:6,2 chr13 97696568 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=2.8389e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:14,12:14,7 chr13 98559002 . TAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,10:4,7:5,3 chr13 99637962 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0059157;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:5,5:6,2 chr13 100043996 . A ATT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:2,1:5,4 chr13 100505843 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,2:0,1:1,1 chr13 101346089 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.092902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,3:14,2 chr13 101346091 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 chr13 102245264 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.9604e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:15,6:18,8 chr13 103445508 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0017218;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:26,5:9,4 chr13 104097476 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.015935;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:19,5:18,2 chr13 104302092 . A T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.13598;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:30,4:18,1:12,3 chr13 104325344 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.071484;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:13,2:22,2 chr13 104512774 . T A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00037812;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:46,13:24,7:22,6 chr13 107279043 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,2:5,4 chr13 108699076 . GTC G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0016383;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:12,8:13,10 chr13 108873751 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0023885;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:4,3:7,8 chr13 109228451 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00028692;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:38,15:21,5:17,10 chr13 109346813 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,3:11,1 chr13 112195638 . C CCCTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.04242;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:4,1:13,5 chr13 112297897 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036642;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,1:9,5 chr13 114195916 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0015389;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:9,12:5,2 chr14 18275569 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.040392;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:16,3:12,4 chr14 18277913 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:0,1:3,4 chr14 18293396 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.027835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:24,8:4,5 chr14 18348735 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.03876;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,2:9,3 chr14 18600029 . A G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.03782;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:34,7:10,2 chr14 18623916 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.048554;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:31,12:6,1 chr14 18675772 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0018642;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:26,15:13,11:13,4 chr14 18701161 . C CA 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.0075688;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:27,15:12,2 chr14 18883954 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:8,1:15,3 chr14 18903501 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.023213;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:1,4:32,6 chr14 18930867 . G T 0 PASS DP=268;GPV=1;SPV=0.0090992;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:116,24:72,14:44,10 chr14 18967593 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,2:0,1 chr14 19008500 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:8,1:26,3 chr14 19009534 . G T 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.04659;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:61,15:21,8:40,7 chr14 19023336 . TTCTTTTTCCTTCC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,3:18,1 chr14 19075816 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0071887;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:15,4:9,2 chr14 19080792 . C T 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.021872;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:65,11:45,7:20,4 chr14 19130715 . T C 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.028804;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:66,17:39,9:27,8 chr14 19132173 . T C 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.036884;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:63,10:30,7:33,3 chr14 19157089 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.039124;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:35,7:14,1 chr14 19158466 . C G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.0074315;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:27,9:24,1 chr14 19167784 . T G 0 PASS DP=302;GPV=1;SPV=0.0051068;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:162:132,30:63,10:69,20 chr14 19182046 . C T 0 PASS DP=289;GPV=1;SPV=0.025097;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:131,22:59,18:72,4 chr14 19203458 . C A 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.025927;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:84,18:45,7:39,11 chr14 19209070 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,3:14,1 chr14 19267820 . C T 0 PASS DP=379;GPV=1;SPV=0.02757;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:206:183,23:91,15:92,8 chr14 19296488 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27277;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:21,4:0,0 chr14 19296490 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 chr14 19303656 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0023146;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:16,8:16,5 chr14 19331110 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 chr14 19340923 . C A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.04753;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:59,8:52,5:7,3 chr14 19367032 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 chr14 19436243 . C G 0 PASS DP=296;GPV=1;SPV=0.0055829;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:129,23:80,6:49,17 chr14 19487998 . C T 0 PASS DP=325;GPV=1;SPV=0.012617;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:172:153,19:91,10:62,9 chr14 19498454 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,2:0,2 chr14 19507184 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.024122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,6:8,2:13,4 chr14 19716664 . CTTTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:10,3:7,1 chr14 19724259 . G T 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.013119;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:66,9:34,8:32,1 chr14 19724585 . C G 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.0079005;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:51,19:25,11:26,8 chr14 20275448 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0048847;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:27,4:14,5 chr14 20638971 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,5:4,1:2,4 chr14 21255222 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.2576e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:13,7:14,12 chr14 21302865 . G GT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034996;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:12,4:2,2 chr14 23858347 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.057784;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:24,3:12,1 chr14 25206151 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.038164;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:25,5:16,4 chr14 25866235 . CTATA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,9:1,5:2,4 chr14 26452982 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.052515;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,2:15,2 chr14 26624273 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0034956;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:24,6:10,3 chr14 26975883 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=7.5582e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:12,9:20,5 chr14 27030195 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:7,6:2,2 chr14 27069381 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0013223;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:15,5:7,3 chr14 27420828 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=8.4049e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:10,6:20,6 chr14 28242328 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.8111e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:18,8:13,10 chr14 28370799 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.8466e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:9,8:16,7 chr14 29722786 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=5.3456e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:10,9:10,7 chr14 30003083 . CT C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0086439;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,4:17,2 chr14 30084265 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.2077e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:13,11:12,10 chr14 31650291 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.044578;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:21,6:6,2 chr14 31831518 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.040005;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:21,5:11,5 chr14 31831522 . CT C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.011327;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:22,3:12,4 chr14 32068460 . C CATACATACATAGATAG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0051214;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:11,5:7,6 chr14 32532619 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.5483e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:14,11:14,8 chr14 32800165 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042367;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:19,5:10,3 chr14 32967914 . T A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:3,3:1,2:2,1 chr14 33165234 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=3.0434e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:18,8:13,14 chr14 34341564 . G GTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12591;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:18,2:9,2 chr14 34442955 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0088608;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:4,6:10,2 chr14 34477676 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00016626;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:9,8:14,7 chr14 35314744 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,4:10,1:9,3 chr14 36913491 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0014226;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:19,4:24,10 chr14 37144786 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,2:0,1:0,1 chr14 37200900 . ATT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,5:3,2:4,3 chr14 38020623 . G GGAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:2,2:1,1:1,1 chr14 40079351 . C G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.4501e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:18,23:11,13:7,10 chr14 40327825 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027884;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:18,2:4,7 chr14 44939478 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=8.2732e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:13,8:12,6 chr14 47328511 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.3827e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:7,10:12,9 chr14 48092117 . CT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0016295;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:19,7:5,2 chr14 48117599 . T G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.9462e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,19:11,8:9,11 chr14 48297784 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=2.3127e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:18,7:15,9 chr14 48623342 . CAAT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.01186;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:11,3:13,3 chr14 48838104 . A AGTATAT 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0016268;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:22,11:26,2 chr14 48864561 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.1187e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:11,6:9,8 chr14 50298241 . C CA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0028764;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,9:14,6:15,3 chr14 50592913 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0090305;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,8:6,3:4,5 chr14 50706587 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,7:6,1:5,6 chr14 50804024 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00013722;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:17,5:18,8 chr14 52114937 . T TTTCCTTCCTTCC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0090318;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,7:6,2:11,5 chr14 53220706 . C CT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.015262;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:22,1:12,6 chr14 56952731 . A AATTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0033813;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,8:9,5:6,3 chr14 59706254 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.1021e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:14,16:8,7 chr14 60150195 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.041463;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,3:14,3 chr14 62069460 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0022758;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:19,4:21,6 chr14 65242028 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.016958;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,13:13,10:6,3 chr14 67239659 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.4636e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:18,9:15,7 chr14 67610681 . T G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.1251e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:13,6:18,8 chr14 70612062 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.046393;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,2:14,4 chr14 71462760 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=2.4736e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:10,9:19,6 chr14 71741826 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.6327e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:6,10:12,9 chr14 72825700 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,2:0,0:3,2 chr14 73404927 . A G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.6657e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:23,25:9,15:14,10 chr14 73537688 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.07266;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:15,3:27,2 chr14 78500814 . AC A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=8.6e-07;SS=2;SSC=60;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:32,21:14,12:18,9 chr14 78500816 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.1886e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,20:13,12:17,8 chr14 79958641 . C G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.1457e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:18,12:6,7 chr14 81593003 . TTCTC T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.01488;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:12,3:19,3 chr14 82675517 . C CCT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,3:12,1 chr14 82675520 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.14145;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,4:16,3:18,1 chr14 82745894 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.026013;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:21,5:16,2 chr14 83518393 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013612;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,11:8,2 chr14 83643358 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.079949;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,1:16,3 chr14 83643359 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,1:16,3 chr14 84975142 . A ATTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.037117;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,10:9,7:12,3 chr14 85700546 . T TGTATATATATATATACAC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041607;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,5:9,4 chr14 85757078 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00011418;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:13,4:17,8 chr14 86443404 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,3:6,1 chr14 86443424 . T TATTA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2 chr14 86443426 . A AT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:4,2:7,2 chr14 86443457 . ATAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,3:3,2 chr14 87053919 . C CAT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.031137;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,11:17,4:19,7 chr14 87298808 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0042046;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,4:16,5 chr14 87592377 . TACATATATATAC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.025112;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:0,2:3,2 chr14 87625150 . G GGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0047438;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:6,7:12,6 chr14 87690858 . C CAAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:10,7:4,1 chr14 87754364 . TAA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:7,4:3,1 chr14 87997375 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:15,3:2,1 chr14 88279364 . CGT C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.016381;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:27,4:7,6 chr14 89246542 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 chr14 89446196 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,5:0,2:3,3 chr14 90126442 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.03614;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:19,4:24,5 chr14 90142313 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:6,4:4,1 chr14 90235234 . G T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=9.4293e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:33,24:19,13:14,11 chr14 90793611 . TTC T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.047211;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:20,4:21,1 chr14 91235478 . TA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.017694;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,6:7,5:5,1 chr14 91967135 . CTTTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:14,8:6,3 chr14 92661723 . T TCACACACACACACA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.011835;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:9,8:12,4 chr14 93758594 . CA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0021328;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:10,13:7,3 chr14 94577597 . A AATGGATGGATGGATGG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:7,6:8,2 chr14 94577713 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,6:7,3:9,3 chr14 95565365 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0012204;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:3,6:1,3 chr14 95731012 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:17,4:3,1 chr14 96288807 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,5:17,1:1,4 chr14 96340090 . ATATGC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0063215;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,5:10,2 chr14 96340102 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0041611;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,6:8,2 chr14 96340103 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016908;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:3,4:6,2 chr14 96402185 . G GCA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.040001;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,11:15,9:9,2 chr14 96923926 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.14923;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:15,2:9,1 chr14 97788393 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024094;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,7:8,3 chr14 99040695 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=4.9392e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:18,5:7,10 chr14 99090775 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.5041e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:11,8:14,8 chr14 101724124 . C CTATA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0075746;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,3:6,2 chr14 101724481 . A ATG 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019978;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:9,3:11,3 chr14 102534417 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.033617;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,6:5,1 chr14 102919147 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:2,3:3,2 chr14 103455725 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0039567;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,12:7,9:4,3 chr14 104618695 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.016099;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:15,3:27,3 chr14 104941075 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.6174e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:15,10:15,6 chr14 105117430 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.9216e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:14,10:13,8 chr14 105578997 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,4:3,3 chr14 106336406 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0066012;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:44,17:23,5:21,12 chr14 106364035 . A C 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.023607;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:76,15:46,9:30,6 chr14 106616599 . AT A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.015078;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,10:17,3:7,7 chr14 106718552 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0042611;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:7,4:8,6 chr14 106742478 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,3:10,1 chr15 17043584 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.036099;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,6:11,5:18,1 chr15 17071844 . T TAATAA 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.0075974;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:62,21:32,13:30,8 chr15 17745355 . C A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1 chr15 19940628 . A G 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.01412;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:73,16:21,2:52,14 chr15 19947231 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.04413;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:17,4:24,2 chr15 19970462 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=5.014e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:11,10:12,9 chr15 20046046 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 chr15 20297628 . A ATGTGTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.074732;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:17,3:8,2 chr15 20338480 . C T 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.034269;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:62,7:32,1:30,6 chr15 20446348 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,2:2,2 chr15 20447359 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.015935;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:19,6:18,1 chr15 20514557 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,3:7,1 chr15 20550996 . AT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,4:12,3:9,1 chr15 20761447 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.039629;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,6:10,3 chr15 20792295 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,1:9,7 chr15 21109547 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 chr15 21109799 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.019651;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:13,2:16,4 chr15 21130291 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,1:7,3 chr15 21390562 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,3:12,1 chr15 21600826 . TTC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13742;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,4:10,1:14,3 chr15 21611434 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,5:2,3 chr15 22597817 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.05944;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,2:13,3 chr15 22671885 . G C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,5:5,3 chr15 23175822 . C G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.0021754;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:52,8:29,7:23,1 chr15 23187645 . CT C 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.00038121;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:109,19:49,13:60,6 chr15 23223334 . A C 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.01981;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:59,10:33,2:26,8 chr15 23226593 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.081933;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:0,0:24,4 chr15 23788490 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=8.5877e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:13,10:15,7 chr15 24104211 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00033318;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,7:9,3 chr15 24381735 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00011781;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:17,7:20,6 chr15 24918765 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,4:6,1:7,3 chr15 25977620 . TTGTG T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,7:7,4:3,3 chr15 26037581 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.2745e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:8,5:11,8 chr15 27997863 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0025754;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:12,6:3,6 chr15 28313192 . A ATT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00039787;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,12:15,9:6,3 chr15 28340529 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016632;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:15,5:0,1 chr15 28488252 . C G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.034622;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:29,7:18,1 chr15 30211882 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.022897;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:24,3:13,6 chr15 30524903 . G A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.034072;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:51,14:31,6:20,8 chr15 30747226 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=7.1199e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:17,8:8,8 chr15 31019495 . G A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=5.3546e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:19,6:16,5 chr15 31704792 . T G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.015927;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:22,9:12,5 chr15 32737928 . C CAAAAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.46076;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,5:8,4:7,1 chr15 32777904 . C CATTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:2,2:15,2 chr15 32994212 . C CCTCTCTCT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.043916;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,11:9,7:13,4 chr15 33933524 . CAGAGAGAGAG C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:7,7:6,4:1,3 chr15 34424470 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.023399;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,4:10,6 chr15 34685910 . TTG T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:7,5:4,2:3,3 chr15 35083633 . G GGCTTCTATCAATGTTGTCCTTA 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.079262;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,6:18,3:28,3 chr15 35732877 . C CAA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00083319;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,16:14,10:7,6 chr15 36743179 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.843e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:29,23:14,13:15,10 chr15 37695262 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.012757;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:4,4:6,7 chr15 38266651 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.042491;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,7:9,1:10,6 chr15 38269024 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=9.2124e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:16,9:10,8 chr15 40839018 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.02675;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:27,3:13,3 chr15 43537708 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.54545;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:2,1:5,1 chr15 43628891 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039873;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,3:13,1 chr15 44540265 . ATATT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,2:9,4 chr15 44772919 . G GTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,10:4,8:1,2 chr15 45070502 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.012262;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:32,5:29,3 chr15 45082496 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0087902;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:13,1:16,9 chr15 46625108 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=5.2105e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:39,24:23,15:16,9 chr15 47025527 . CAA C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0037333;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,11:14,8:3,3 chr15 47903612 . A T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=1.2618e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:41,29:19,18:22,11 chr15 47989175 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 chr15 50085959 . ATATT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,4:9,3 chr15 51353734 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.00033652;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,8:1,6:2,2 chr15 52964525 . GTTT G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,6:5,5:2,1 chr15 53187110 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.6047e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:13,9:10,12 chr15 53650893 . G GTTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,8:9,7:5,1 chr15 55089869 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.6867e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:13,9:14,12 chr15 55363799 . C CTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1 chr15 55627492 . GT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0094148;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:8,9:3,1 chr15 56103129 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:8,5:1,1 chr15 58269300 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.2691e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:13,3:8,8 chr15 58274244 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,8:4,1 chr15 58787140 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,4:8,3 chr15 59072450 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.017591;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:6,6:2,1 chr15 60011899 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=8.3139e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:13,10:6,8 chr15 61293962 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:12,3:10,1 chr15 61650775 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:9,3:2,4 chr15 61856687 . CTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.038233;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,5:5,2 chr15 62710720 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:1,3:7,2 chr15 64343208 . A AACACACACACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:3,2:5,2 chr15 64510205 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.046544;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,9:9,6:8,3 chr15 65706489 . CACACACAT C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.032215;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,9:18,5:10,4 chr15 65831632 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.8683e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:12,9:11,4 chr15 66993354 . GGAAGGAAGGAAGGAAA G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.019687;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:19,9:6,3 chr15 68050470 . T TATATAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,1:14,3 chr15 68050503 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,5:8,2:11,3 chr15 68263213 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,2:4,2 chr15 69078432 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,6:3,5:3,1 chr15 69993326 . CAGAG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,4:11,3:1,1 chr15 70398548 . G GGTGT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0012942;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:14,10:11,4 chr15 71243781 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.014712;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,6:2,2 chr15 72003703 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.022587;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,7:7,6:6,1 chr15 72397082 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10033;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:25,3:6,1 chr15 74743217 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.024827;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:17,3:4,7 chr15 74914348 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.040005;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:19,3:13,7 chr15 75287685 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,3:2,1 chr15 75822868 . A ACACACACACACGCACG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:10,2:7,3 chr15 76466419 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:0,3:5,1 chr15 82321103 . G A 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=4.3683e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:59,20:24,6:35,14 chr15 82345109 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.029553;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:11,4:32,1 chr15 82367236 . C CAT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10169;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:18,2:17,3 chr15 82382507 . C CGT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02121;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,9:8,4:6,5 chr15 84409726 . G A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.044392;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:28,4:27,5 chr15 85458138 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.017221;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,4:8,1 chr15 85841139 . A ATTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0003221;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,11:0,5:2,6 chr15 86475330 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00014151;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:7,3:15,6 chr15 86597882 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.0618e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:16,11:6,7 chr15 86838941 . T TAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,5:5,3:6,2 chr15 86940060 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 chr15 87000260 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026042;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 chr15 87724250 . C CA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0019458;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:14,5:13,5 chr15 92047592 . TA T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,2:1,1:0,1 chr15 92511469 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.4759e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:9,12:14,5 chr15 93460381 . G GT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:9,5:5,2 chr15 93790249 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.1342e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:16,5:15,10 chr15 96682798 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.9663e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:12,12:13,8 chr15 97626677 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0012673;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,1:3,8 chr15 97911574 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.031275;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,9:13,4:12,5 chr15 98437651 . A AATGGATGGATGG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,1:5,7 chr15 99153623 . A C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.7259e-10;SS=2;SSC=91;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:7,12:11,7 chr15 99602653 . G GGTGTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023079;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:0,4:4,1 chr15 100292452 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.1564e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:8,11:5,3 chr15 100658178 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0047133;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:4,3:10,8 chr15 100909498 . C CTTCG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:10,4:2,1 chr15 101920402 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,2:11,2 chr15 101961023 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 chr16 494909 . G T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.00042394;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:72,27:36,20:36,7 chr16 900681 . ATG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.012681;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:5,9:6,1 chr16 3378992 . C CTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,2:3,4 chr16 4232516 . AT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.010719;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:16,4:13,3 chr16 4998004 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075102;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 chr16 5180418 . CA C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:17,1:17,4 chr16 5202775 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024176;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,1:3,3 chr16 6077684 . T TTTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.04992;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,7:13,4:14,3 chr16 6315386 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0059873;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,6:9,2 chr16 6637411 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:7,2:0,0 chr16 6985832 . T TAAAAAAAAAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:10,7:10,1 chr16 7165410 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,3:8,1 chr16 7567242 . C CCTAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.030984;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,5:9,2:9,3 chr16 8056147 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.308e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:29,20:13,7:16,13 chr16 8111775 . TATATATAC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,3:7,2 chr16 9028587 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00080108;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:3,9:8,5 chr16 9264919 . T TATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:2,2:4,3 chr16 9744591 . AT A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=6.589e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6 chr16 9894592 . ATGGAC A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.060567;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,1:18,3 chr16 10372566 . A ATCTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:0,0:7,4 chr16 10730016 . T TAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.077477;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:5,4:3,2 chr16 11251294 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.9061e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:18,10:15,8 chr16 11515850 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:0,3:9,1 chr16 11637880 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 chr16 12063366 . CTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0059497;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:5,7:2,1 chr16 13052959 . C CTTTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:5,2:6,2 chr16 13469407 . AAG A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.046654;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:20,2:4,3 chr16 14766859 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.012947;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,2:6,3 chr16 15114927 . AT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.029887;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,12:10,7:9,5 chr16 15292837 . A ATATTAT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042577;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,1:14,4 chr16 15379440 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0036034;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:13,8:17,10 chr16 16156942 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,10:4,9:2,1 chr16 16427345 . C G 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.022435;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:51,17:26,8:25,9 chr16 16439040 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,3:11,2 chr16 16629946 . CTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.20218;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,3:9,1 chr16 16808114 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,5:17,3:3,2 chr16 16836537 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0058774;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:3,6:9,5 chr16 17536361 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.5551e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:15,10:16,6 chr16 18075713 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,3:19,1 chr16 18201427 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.050895;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:12,1:19,3 chr16 18528014 . T G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.022438;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:12,5:15,2 chr16 18963503 . G GTA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.16992;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:28,2:9,3 chr16 19141438 . A ATATATATATATATTTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.024869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:7,3:6,2 chr16 19438407 . AAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010948;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:3,7:9,4 chr16 19623817 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:3,3:4,1 chr16 22534576 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,3:8,2 chr16 22562538 . G A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.0039917;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:46,18:18,6:28,12 chr16 22584112 . AAGAG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024122;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,6:15,3:6,3 chr16 22868405 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031408;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 chr16 23257175 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,4:6,2:2,2 chr16 23783168 . AT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:12,3:6,1 chr16 24168715 . TA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021576;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,4:5,5 chr16 24237363 . C CTTTCT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0031469;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:0,4:2,3 chr16 24380998 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,8:3,7:2,1 chr16 25756154 . GCACA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,5:3,3:1,2 chr16 28866800 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0002546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:14,6:17,6 chr16 29053135 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:1,0:23,4 chr16 29254389 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00014241;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,6:10,4 chr16 29713576 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:13,3:1,1 chr16 29961904 . T G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=2.5409e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:34,18:24,10:10,8 chr16 30032642 . GT G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.028437;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,9:14,5:8,4 chr16 30169000 . T TG 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.018965;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:18,4:17,2 chr16 30250297 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1 chr16 30297471 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0033983;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,9:5,7:4,2 chr16 31959233 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.034474;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:22,4:29,2 chr16 32014442 . T TA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0001118;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,10:9,3:12,7 chr16 32071960 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.011057;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,1:10,4 chr16 32082635 . G A 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.012801;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:62,11:52,10:10,1 chr16 32094230 . C T 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.032481;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:86,12:51,3:35,9 chr16 32154617 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.046104;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:16,3:12,6 chr16 32293572 . TTTTTTA T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.026445;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:54,9:24,4:30,5 chr16 32298678 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.025505;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:6,4:15,4 chr16 32805762 . TCTTTC T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.012815;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:55,17:27,4:28,13 chr16 32838152 . G T 0 PASS DP=561;GPV=1;SPV=0.036478;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:281:245,36:96,14:149,22 chr16 32839423 . T C 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.048544;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:95,17:34,7:61,10 chr16 32840065 . G A 0 PASS DP=504;GPV=1;SPV=0.0021163;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:269:222,47:111,28:111,19 chr16 33021244 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.012566;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:19,7:20,3 chr16 33029848 . A C 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.014739;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:53,17:31,6:22,11 chr16 33035433 . T A 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.023528;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:109,21:71,14:38,7 chr16 33040372 . T G 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.045845;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:74,17:30,6:44,11 chr16 33042087 . T C 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.035068;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:67,19:40,13:27,6 chr16 33602215 . C CTAG 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.034984;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:94,21:55,17:39,4 chr16 33718663 . CAAT C 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.013983;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:59,18:34,7:25,11 chr16 34133309 . G GA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0018044;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:15,9:2,3 chr16 34575351 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3 chr16 34790316 . A T 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.011042;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:58,9:30,6:28,3 chr16 35307190 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.2853e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:29,24:13,16:16,8 chr16 35619905 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=4.8556e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:15,7:10,11 chr16 36094020 . C A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.01117;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:68,14:27,5:41,9 chr16 36098635 . C T 0 PASS DP=413;GPV=1;SPV=0.04071;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:180,30:106,19:74,11 chr16 36382885 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:13,6:1,1 chr16 36470976 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,4:0,0 chr16 37816259 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,2:2,2 chr16 47538848 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.1236e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,23:9,9:18,14 chr16 50126791 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.4085e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:15,10:8,6 chr16 51301860 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=5.7568e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:11,8:17,7 chr16 52536627 . C CTA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 chr16 52700844 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.2987e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,8:12,7 chr16 52837994 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.286e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:11,13:13,6 chr16 52929139 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.443e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:6,11:8,8 chr16 53017812 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,4:15,1:6,3 chr16 54127403 . GGTT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,10:7,8:0,2 chr16 54681096 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:14,2:6,3 chr16 55721867 . GT G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.041747;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:20,7:17,3 chr16 56568213 . GAGAAAGAAAGAAAGAA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:7,6:3,1 chr16 56740769 . G A 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.0026422;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:69,23:39,8:30,15 chr16 57230005 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 chr16 57832990 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=7.7207e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:9,6:17,10 chr16 58817716 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:7,2:4,2 chr16 59697172 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.015836;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,3:11,5 chr16 60296883 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,4:5,3:7,1 chr16 60739479 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0037019;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:15,8:17,7 chr16 61460072 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0126;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:22,4:19,3 chr16 61760283 . T TTTTA 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0073467;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,18:25,10:10,8 chr16 63658223 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,4:7,1 chr16 64432980 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:6,5:2,1 chr16 64520362 . GT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.016106;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2 chr16 65283797 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,4:13,3:6,1 chr16 65576409 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=5.225e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:12,16:11,7 chr16 65690709 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042336;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:11,2:11,3 chr16 68020873 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,3:7,3 chr16 68201820 . CGATGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGGCATAGGAGA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,3:7,1 chr16 68283590 . AAG A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.02764;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:19,1:19,4 chr16 68745593 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12189;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,2:8,3 chr16 69738629 . GT G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.020833;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:15,8:12,3:3,5 chr16 70853896 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.045291;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:16,2:10,6 chr16 71030715 . G C 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.0025201;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:48,18:27,7:21,11 chr16 71048938 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.026582;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:17,7:16,3 chr16 71061490 . G A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.041014;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:50,12:29,6:21,6 chr16 71124265 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.4803e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:11,11:11,8 chr16 71286445 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:16,5:11,3:5,2 chr16 71380292 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.025058;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,6:1,5:0,1 chr16 71768500 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10482;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,6:6,4:6,2 chr16 72009509 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:2,4:7,1 chr16 73447373 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:25,1:17,5 chr16 73826292 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.015276;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:11,6:12,1 chr16 74084559 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0014624;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:9,3:28,7 chr16 74181019 . GAA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:19,2:4,2 chr16 74181028 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:20,2:6,2 chr16 74358404 . CA C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.039873;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,1:8,3 chr16 74408435 . C T 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.023961;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:64,14:37,6:27,8 chr16 74412400 . G T 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.0014102;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:106,33:48,15:58,18 chr16 74425829 . TA T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.025351;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,13:20,3:18,10 chr16 75137461 . C CTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,9:3,8:1,1 chr16 75929766 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.068336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:13,4:8,1 chr16 76916277 . GTGTA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4 chr16 76929939 . A ATT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0013175;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:2,15:2,8:0,7 chr16 77349524 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011322;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,4:6,5 chr16 78490133 . A AT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,2:13,2 chr16 78723554 . CTTCTT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0061323;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,9:6,5:22,4 chr16 80089327 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014502;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,3:4,5 chr16 82594630 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.7747e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:10,8:15,11 chr16 82761021 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0012781;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:4,11:4,2 chr16 82931506 . T TC 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0010847;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,12:18,8:11,4 chr16 83132455 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,0:2,4 chr16 83400122 . G GT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=9.4663e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:10,7:13,4 chr16 83564413 . TTTG T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.091638;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,1:21,3 chr16 84536779 . T TTTTTTTTTTTG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,11:1,3:7,8 chr16 87038636 . GGGAGGGAGGGAGGGAAGGAA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 chr16 88236683 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.038032;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:28,1:21,5 chr16 88501640 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.021613;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,1:14,4 chr16 89325473 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.063124;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:13,4:22,1 chr16 90180905 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:4,3:7,7 chr17 307247 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:4,2:2,1 chr17 672109 . G GACACACACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01623;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,9:4,7:2,2 chr17 768795 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:11,3:1,1 chr17 963214 . G GAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.5053e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,7:11,6 chr17 1427030 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:8,3:5,1 chr17 1775825 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.8106e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:13,8:10,14 chr17 2623261 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035742;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,4:9,4 chr17 3031324 . G GT 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.001535;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:52,18:22,6:30,12 chr17 3061221 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025708;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,4:6,1 chr17 4027594 . C CTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 chr17 4280336 . CTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:8,3:3,1 chr17 4414140 . AATGTGT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,3:8,7 chr17 4567821 . CTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:1,4:2,5 chr17 4667996 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.015695;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:18,6:16,5 chr17 5910630 . CAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:6,5:6,1 chr17 6015119 . TA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.18206;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:19,4:15,1 chr17 6516563 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.011374;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,10:4,7:1,3 chr17 6987008 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 chr17 7302655 . T TG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024337;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:12,8:0,1 chr17 7609931 . T TATAC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.075568;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,2:13,2 chr17 8585286 . G GTATATATATATATATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,1:4,3 chr17 8685358 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1 chr17 10428686 . C CA 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.9497e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,13:15,5:13,8 chr17 10432289 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=2.0936e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:15,9:18,7 chr17 11277284 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:5,5:1,3:4,2 chr17 11459218 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0042808;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:11,13:6,2 chr17 11954769 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.085668;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,2:12,2 chr17 12351263 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:4,1:3,1 chr17 12410555 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 chr17 12828028 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:6,5:4,1 chr17 13045725 . GA G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00055029;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:16,6:15,5 chr17 13396788 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.7231e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:5,8:14,5 chr17 14186986 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:4,3:2,2:2,1 chr17 15585912 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.041058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:20,2:16,2 chr17 15730704 . T TGTGCGCGC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.052652;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,6:11,5:14,1 chr17 17375416 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.0418e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:9,8:12,9 chr17 17386164 . A AGAGAGAGAG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.085668;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:11,2:16,2 chr17 18305475 . A AACACACATAC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0023163;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,17:8,10:11,7 chr17 19820053 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.082705;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,5:16,2:12,3 chr17 20470600 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.014154;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,3:6,5 chr17 20555213 . T C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.019395;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:24,2:22,8 chr17 20608791 . C CTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:10,2:9,8 chr17 21056611 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.058259;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:11,2:20,3 chr17 21344228 . C T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.029956;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:51,15:26,12:25,3 chr17 21410094 . G T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.016322;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:21,3:23,2 chr17 21512963 . GCTGTCCCTGGCCTAGGGCGCTCCTCCCCAAATTTTCCAAGGCTTCTTTTGGCTGCCAGGGAT G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.045726;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:11,5:14,2 chr17 21582606 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.053387;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:16,1:13,3 chr17 21682302 . C A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0059749;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:23,5:25,2 chr17 21730180 . C CTTT 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.035679;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:14,3:20,9 chr17 21839938 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.035224;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:27,2:18,4 chr17 22133455 . A C 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.038188;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:133,17:67,7:66,10 chr17 22834926 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 chr17 22839887 . G C 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.044058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:82,17:37,7:45,10 chr17 22869952 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.017284;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:23,3:17,3 chr17 22881965 . G C 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.011784;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:61,11:45,4:16,7 chr17 22919047 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:15,4:1,0 chr17 22948887 . C G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 chr17 22957215 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.045335;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:11,4:17,5 chr17 23070454 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:1,3:6,2 chr17 23090370 . C A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 chr17 26625487 . A G 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.017973;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:72,9:33,2:39,7 chr17 26742703 . T C 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.0038604;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:85,15:41,10:44,5 chr17 26752099 . A G 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=0.044761;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:159,27:34,7:125,20 chr17 26777277 . A G 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.036831;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:64,9:30,3:34,6 chr17 26777345 . GT G 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.030216;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:86,16:42,5:44,11 chr17 26777377 . G A 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.031422;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:102,21:44,8:58,13 chr17 27001136 . C CCTT 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.03904;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:41,11:22,5:19,6 chr17 27055172 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025784;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,7:14,6:4,1 chr17 29380622 . A C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:4,3:0,2:4,1 chr17 30980186 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 chr17 31563409 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,1:3,6 chr17 32094600 . GA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.082705;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:19,3:9,2 chr17 32697643 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:44:0,3:0,1:0,2 chr17 34508057 . AGAGAGAGAAAGGAAAG A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.12341;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:27,3:4,1 chr17 36714264 . C CTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.19543;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,6:13,3:6,3 chr17 37100630 . C CA 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.001025;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,10:17,9:9,1 chr17 37902894 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 chr17 39025970 . AG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,2:8,2 chr17 39802221 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,3:6,1 chr17 39842058 . AAC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,9:3,5:8,4 chr17 39885207 . G GT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0074853;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,11:15,5:5,6 chr17 42438009 . T TG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0025185;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:6,7:4,5 chr17 43696346 . TC T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=4.7646e-09;SS=2;SSC=83;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:30,29:21,13:9,16 chr17 45218112 . TTGTTTTTG T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020557;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,2:6,4 chr17 45598064 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,6:8,5:5,1 chr17 45612517 . CTTT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.012526;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,8:10,7:9,1 chr17 46230687 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.027339;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:11,7:11,5 chr17 46257213 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.033172;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:58,9:28,4:30,5 chr17 46259199 . CAACA C 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.018868;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:51,15:40,6:11,9 chr17 46688854 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0096894;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:6,5:1,1 chr17 47000062 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.019067;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,6:8,4:10,2 chr17 47169645 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.035086;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:12,2:10,4 chr17 47751895 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=4.6734e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,23:13,9:11,14 chr17 47889622 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,7:6,1 chr17 49083686 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00077962;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,9:8,5:7,4 chr17 49154021 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0024191;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:17,7:18,2 chr17 49635632 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0012607;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:6,8:3,1 chr17 50108261 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.00025621;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:17,6:20,5 chr17 51010568 . GA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.01018;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,11:7,9:11,2 chr17 51983874 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.6283e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:11,8:10,9 chr17 52079849 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2.2039e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:18,10:10,12 chr17 52307276 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.7879e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:14,12:11,9 chr17 52941175 . T G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.3599e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:33,19:17,10:16,9 chr17 53736331 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.002624;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:17,6:14,2 chr17 57062212 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:2,3:17,7 chr17 57884192 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,5:2,2 chr17 58502158 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:7,4:6,3:1,1 chr17 59999606 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.037566;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:7,2:11,6 chr17 62021134 . C A 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.018274;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:34,3:19,5 chr17 62316628 . C CAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:5,5:7,1 chr17 62457987 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.027098;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:16,6:22,1 chr17 64048951 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=8.6716e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:14,5:15,9 chr17 64888377 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.039749;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:17,3:16,9 chr17 64916942 . CAA C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:26,8:6,3 chr17 65346040 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.008934;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,7:16,2:3,5 chr17 65639836 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1 chr17 67300355 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.075976;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:28,2:15,3 chr17 67300610 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=8.6693e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:9,10:12,9 chr17 69177955 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1 chr17 69361949 . CCCTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:1,3:7,2 chr17 69422124 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:12,6:1,3 chr17 69562661 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:1,5:2,1 chr17 69622108 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=7.0937e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,24:15,14:11,10 chr17 70408174 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.021074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:45,7:19,1:26,6 chr17 70858401 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.12392;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,4:24,3:10,1 chr17 71150579 . C CT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.008646;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,8:7,6:6,2 chr17 71338884 . C G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0094041;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,2:8,3 chr17 71338888 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020689;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:5,2:10,3 chr17 71338895 . T TC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0091605;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,2:9,4 chr17 71365860 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,7:4,4:6,3 chr17 71584822 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.012101;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:4,4:10,8 chr17 71720755 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0084993;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:18,4:23,4 chr17 73296419 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:7,2:3,1:4,1 chr17 73635627 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00274;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:16,3:18,6 chr17 73749472 . TGAA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.047242;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:13,4:12,4 chr17 74600273 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.013139;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,5:15,1:6,4 chr17 74733466 . GGA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,4:5,3 chr17 74818759 . G T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=4.7009e-10;SS=2;SSC=93;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:37,32:18,15:19,17 chr17 75269548 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:9,2:4,2 chr17 75674711 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 chr17 75687919 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.2874e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,22:7,12:11,10 chr17 76388585 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:1,1:7,4 chr17 77238107 . G GTT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00041739;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:16,12:7,4 chr17 77334421 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,7:13,3 chr17 77376672 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.016064;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:26,4:20,2 chr17 78551146 . C G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=7.2955e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:15,11:18,5 chr17 79746195 . TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:4,5:6,1 chr17 80024394 . GAC G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04045;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:16,3:23,3 chr17 80889970 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0077803;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,4:5,5 chr17 81425680 . G GGTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:8,2:7,2 chr17 82905817 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.036355;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:24,5:12,2 chr17 82958958 . GT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.075059;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:8,1:9,5 chr18 83504 . G C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.049419;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:23,5:18,1 chr18 83870 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.02166;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:40,9:24,3:16,6 chr18 1377693 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.074732;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,4:14,1 chr18 1962813 . A ATAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,2:5,7 chr18 2596677 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.9778e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:34,24:16,11:18,13 chr18 3461843 . A ATTTTTTTTT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.031844;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:8,3:12,6 chr18 3680788 . C CAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.012955;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,11:10,9:7,2 chr18 4004943 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.046334;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,6:12,1:13,5 chr18 4548656 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0017478;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,7:17,3 chr18 4869281 . A C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.542e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:13,8:10,7 chr18 6090790 . A ATT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.010994;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,3:5,7 chr18 6634495 . A T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.3115e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:18,9:7,10 chr18 7297782 . GTTGAACAGCC G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.6769e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:17,10:14,4 chr18 7446124 . A ATTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.01473;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,9:5,6:6,3 chr18 7960482 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.033247;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,5:6,1:5,4 chr18 8875363 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,1:9,4 chr18 9369140 . TA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:5,4:0,2:5,2 chr18 9645519 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.7753e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:14,7:6,9 chr18 10567305 . C CTTTTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,1:2,3 chr18 10607078 . T A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0057987;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:30,4:16,6 chr18 10995082 . A AAAAAAAAAAGAAAG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023702;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,9:9,6:8,3 chr18 11018382 . CGTGT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0075692;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,8:10,7:1,1 chr18 12270894 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:5,3:3,1 chr18 12788432 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:3,4:3,2 chr18 13046829 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0041493;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:6,5:8,6 chr18 14674558 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.027169;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:16,4:17,1 chr18 15393853 . TA T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0382;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:15,2:15,5 chr18 15405554 . C T 0 PASS DP=289;GPV=1;SPV=0.0068706;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:133,16:46,5:87,11 chr18 15407537 . C G 0 PASS DP=640;GPV=1;SPV=0.0073785;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:347:299,48:143,22:156,26 chr18 15407609 . T C 0 PASS DP=598;GPV=1;SPV=0.023319;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:310:266,44:134,18:132,26 chr18 15476491 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.017632;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:4,1:30,7 chr18 15482160 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,4:7,1 chr18 15490420 . G A 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0062772;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:20,4:33,2 chr18 15492464 . T C 0 PASS DP=210;GPV=1;SPV=0.0048146;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:101,14:47,7:54,7 chr18 15499116 . G A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.023519;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:46,15:40,13:6,2 chr18 15516659 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 chr18 15528075 . G C 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.030672;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:96,18:28,6:68,12 chr18 15529602 . TC T 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.012138;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:67,16:19,7:48,9 chr18 15584624 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11411;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:7,4:25,1 chr18 15590084 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027592;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,4:11,2 chr18 15595349 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:2,3:7,2 chr18 15601574 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.049775;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:10,5:18,6 chr18 15647625 . C A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 chr18 15659226 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.054264;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 chr18 15659867 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.019899;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,4:7,2 chr18 15689453 . GC G 0 PASS DP=282;GPV=1;SPV=0.016853;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:140,16:35,12:105,4 chr18 15707448 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 chr18 15731936 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:0,4:16,1 chr18 15761508 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:28,4:2,0 chr18 16047156 . C G 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.025835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,13:35,9:20,4 chr18 16855255 . T C 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.033504;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:74,14:31,2:43,12 chr18 17261111 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 chr18 17415801 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.030376;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:14,5:22,7 chr18 17638914 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 chr18 18127189 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031062;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,1:12,4 chr18 18558206 . C G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 chr18 18582541 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023562;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:12,4:3,1 chr18 19054139 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:3,4:7,4 chr18 19293697 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:11,3:2,1 chr18 19375972 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.047106;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:2,1:20,6 chr18 20343782 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:4,2:12,2 chr18 20759837 . G T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.03415;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:64,9:25,8:39,1 chr18 22010504 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:4,8:1,3:3,5 chr18 22964628 . AAT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.054119;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,3:14,1 chr18 25487439 . A AAAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:6,4:3,1 chr18 30817403 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.001488;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:19,7:21,4 chr18 31353073 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.026101;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:19,4:23,2 chr18 32662915 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.9826e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,17:12,4:13,13 chr18 34046607 . C CATATATAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:6,3:0,1 chr18 34436623 . CTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:4,3:8,1 chr18 34549507 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0001464;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:16,8:11,6 chr18 35825421 . TTA T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.042775;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:13,4:11,2 chr18 35830911 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.068133;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:26,2:9,3 chr18 36720699 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.12189;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,5:9,4:11,1 chr18 37052182 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00017146;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:38,17:18,9:20,8 chr18 38726232 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.047035;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,2:4,2 chr18 40562185 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,7:8,5 chr18 41653016 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.002256;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:16,6:19,2 chr18 43115119 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00032813;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:11,5:17,5 chr18 43242078 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.4752e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:8,4:12,9 chr18 48043953 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00064879;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:17,8:15,6 chr18 49292351 . GACAGACAC G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.020482;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,6:14,4:10,2 chr18 49454907 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0079921;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:8,9:5,2 chr18 50250236 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.073628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:14,3:21,2 chr18 52318204 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=6.642e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:28,24:11,14:17,10 chr18 52330027 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.0254e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:35,23:20,10:15,13 chr18 52765199 . A ATTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030925;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4 chr18 52984585 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.267e-10;SS=2;SSC=98;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:17,22:5,8:12,14 chr18 53663093 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.02021;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2 chr18 55511329 . T TAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,6:13,5:4,1 chr18 55866048 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=8.8861e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:8,10:15,4 chr18 56379548 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:1,8:3,1 chr18 60265967 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:2,3:6,1 chr18 60756331 . AGG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0012994;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:5,6:10,2 chr18 60756348 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040169;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:4,3:13,1 chr18 61780003 . A ACACC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,3:0,1:2,2 chr18 61971779 . A ATT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.046785;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,5:11,4 chr18 62951812 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,7:13,3 chr18 62993737 . G GGTGT 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0046122;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:18,8:9,7 chr18 63050845 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:9,4:8,2:1,2 chr18 63758467 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.8955e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,22:13,9:9,13 chr18 64955064 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.4977e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:33,20:16,7:17,13 chr18 65277414 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.020648;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,2:18,3 chr18 65782057 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 chr18 65829775 . A AGTGTGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:8,6:4,2 chr18 66019160 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.075568;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:14,1:21,3 chr18 66111606 . AG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0098105;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,1:2,4 chr18 66476437 . G GTTTTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:3,4:2,2 chr18 67746907 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0017074;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,5:6,2 chr18 67773429 . TA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:3,1:10,3 chr18 70211408 . A ATAAAAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.019439;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,6:12,3:4,3 chr18 70211419 . AC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.041527;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:19,4:3,2 chr18 70211425 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.016051;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:15,5:2,3 chr18 71425609 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00079179;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,3:11,5 chr18 73245252 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.043835;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,1:8,3 chr18 74229041 . CAA C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0096376;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:15,11:10,5 chr18 74276528 . G GCACA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0090069;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,9:11,6:2,3 chr18 74616946 . ACCACACG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.06407;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,2:15,3 chr18 75406241 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.9474e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:8,10:23,6 chr18 76764892 . GT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 chr18 79340984 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.034849;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:9,1:22,3 chr18 79479582 . G T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=3.6015e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:40,20:19,8:21,12 chr18 79687173 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,2:7,2 chr18 79807965 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,1:11,3 chr19 236375 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0076814;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,6:8,1 chr19 351062 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.26815;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:8,2:10,1 chr19 718514 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00102;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:17,4:19,5 chr19 735177 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 chr19 1780973 . T TAAAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,3:7,5 chr19 2349302 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,1:9,3 chr19 2707883 . A C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.2804e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:12,13:6,7 chr19 3078048 . GAAGA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:19,2:7,2 chr19 3078056 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:22,2:11,2 chr19 3815759 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0004679;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:9,9:12,6 chr19 3885109 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:12,4:5,1 chr19 3977414 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0055282;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:29,3:17,4 chr19 4737346 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:0,0:4,2 chr19 5409321 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.012883;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:13,6:9,5 chr19 5477430 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,3:5,1:0,2 chr19 5982652 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15091;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,4:8,1 chr19 7061145 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049275;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,5:6,1 chr19 7599423 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 chr19 8326631 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0028145;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,12:1,9:3,3 chr19 8510286 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.017591;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,7:5,5:3,2 chr19 8768742 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.028342;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:73,12:54,8:19,4 chr19 8774970 . G C 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.015225;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:137,20:60,12:77,8 chr19 8890533 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.015262;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:16,4:18,3 chr19 8969621 . GAA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.012947;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:18,4:0,1 chr19 10028368 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.049793;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,8:12,4:6,4 chr19 10262018 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00094537;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:25,8:17,4 chr19 10577423 . CTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,6:5,3:7,3 chr19 10665615 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.023332;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:9,4:15,8 chr19 11587555 . GGA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036089;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:6,4:1,1 chr19 12308693 . A AATAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:8,3:2,3 chr19 12402416 . C CTT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045087;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,10:20,9:4,1 chr19 12981782 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:10,3:7,1 chr19 14762629 . AT A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.020491;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:18,5:10,6 chr19 15533591 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0035559;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,10:4,9:4,1 chr19 15688367 . CA C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00058715;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:19,7:12,5 chr19 15834007 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.000105;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:20,5:13,7 chr19 16063511 . GGAAAGAAA G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:5,2:0,0 chr19 16295080 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.018518;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:11,8:4,1 chr19 16790643 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.033332;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:13,5:17,2 chr19 17607489 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:6,7:0,1 chr19 17656852 . CAAAAAA C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,8:6,5:4,3 chr19 18885523 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13907;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:17,3:9,2 chr19 20008074 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.019259;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:47,6:21,5:26,1 chr19 20063524 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.004958;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,4:3,3 chr19 20342244 . CA C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,2:15,2 chr19 21074205 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0035182;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:14,8:11,2 chr19 21112816 . A AT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,3:1,2 chr19 22396955 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=6.7474e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:12,6:14,12 chr19 22414244 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,2:5,1:1,1 chr19 22984571 . AAAAAATAC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:14,4:9,3 chr19 23373346 . TTA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 chr19 23373387 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,5:6,1:8,4 chr19 23472408 . TTA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.02409;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:12,4:13,3 chr19 25143274 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065489;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:17,4:0,0 chr19 26158860 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 chr19 27498371 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.2351e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:30,24:17,9:13,15 chr19 27860475 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.4339e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,21:11,10:9,11 chr19 30808091 . CT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0011108;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,9:2,6:4,3 chr19 31893176 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0083484;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:15,10:2,2 chr19 32902046 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:3,2:16,2 chr19 33223309 . GAAA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.033617;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:11,6:6,1 chr19 34201113 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.5018e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:9,6:11,9 chr19 34658808 . AACAAC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.057027;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,5:11,1 chr19 35105578 . CCACCATCACCATCATCAT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021894;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,5:12,6 chr19 36163532 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021189;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,9:10,8:4,1 chr19 36501143 . GTT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,3:8,1 chr19 36786266 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,5:3,2 chr19 37273558 . A G 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.022957;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:81,11:36,5:45,6 chr19 37278500 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.20188;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:26,4:0,0 chr19 37730225 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0032919;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:13,7:7,2 chr19 37900560 . C CAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033617;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,6:5,1 chr19 38673657 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:26:0,4:0,1:0,3 chr19 39098275 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,6:4,1 chr19 39430213 . C CTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10134;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,6:8,4:8,2 chr19 40164027 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,2:10,2 chr19 40287856 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,5:5,1 chr19 40885953 . G GT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0037259;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:5,7:9,7 chr19 41188848 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.048951;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:2,3:1,1 chr19 41723946 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.012459;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:17,8:5,2 chr19 41880481 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,7:5,1 chr19 42087595 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,4:0,0:8,4 chr19 42199199 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00047993;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:20,7:23,4 chr19 43985541 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.001936;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:34,15:28,4:6,11 chr19 44688183 . C G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.011495;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:23,7:10,1:13,6 chr19 44721406 . G GA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,4:2,1 chr19 44946191 . C CTGTG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0063756;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,8:4,7:11,1 chr19 46562814 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=2.7228e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:18,12:13,10 chr19 46863942 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00054148;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,6:17,4 chr19 47064721 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0025984;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:7,5:11,8 chr19 47300513 . T TTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,1:11,3 chr19 47707784 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00025886;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,16:6,13:4,3 chr19 47840703 . C CTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,2:6,5 chr19 47841571 . A AT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,2:11,2 chr19 47953157 . A C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.043478;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:15,4:15,6 chr19 48153773 . C CACACACACACTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,7:3,1:7,6 chr19 48521892 . G GTCTCTCTC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:1,2:14,2 chr19 48648203 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:11,9:4,2 chr19 48664051 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.4081e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:25,26:15,17:10,9 chr19 48710414 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015942;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,4:0,1 chr19 50452504 . G GTATCTATC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.031844;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,9:9,6:11,3 chr19 50967511 . C CCACACACACACA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.064666;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,4:15,3:10,1 chr19 52090654 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0020828;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,10:7,5:2,5 chr19 52376496 . GCC G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,3:0,0:1,3 chr19 53423658 . T A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,2:0,2 chr19 53809517 . C CAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,9:8,8:5,1 chr19 54825943 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.011999;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:19,3:27,4 chr19 54926205 . G GGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0025413;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,10:10,5:5,5 chr19 55472169 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047937;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:6,1:12,9 chr19 56067747 . T TAAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.020191;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:6,8:10,2 chr19 57110398 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.02531;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,3:9,2 chr19 57330913 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.019426;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,3:8,4 chr19 57690459 . GTATA G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.046608;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,7:11,2:12,5 chr19 58241180 . T TATA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.054264;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,2:11,2 chr19 58427387 . TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:1,3:9,6 chr2 932430 . CCT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,1:5,3 chr2 932433 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038102;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:17,2:5,3 chr2 1975247 . T TGCCAGATCCCACCGCCAGATCCCACC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0079397;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,6:7,3 chr2 2122837 . A ATG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.020413;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:13,5:6,2 chr2 2236812 . TTC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,3:0,2:1,1 chr2 3057938 . G GGTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11486;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:13,2:3,1 chr2 5032952 . A C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:4,3:2,2:2,1 chr2 5158655 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00011485;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:16,5:11,6 chr2 6157462 . CT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.021836;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:13,2:12,5 chr2 6169264 . TTC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18558;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,1:19,3 chr2 6376099 . C CTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,4:5,2:2,2 chr2 7170701 . CCTCT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0094549;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:7,6:4,1 chr2 7189371 . GAA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:6,3:11,1 chr2 7240623 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,2:9,2 chr2 7240625 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.19804;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:8,2:10,3 chr2 7924897 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=6.2097e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:15,15:8,8 chr2 8620963 . T TTGTG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.022211;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,11:13,5:13,6 chr2 9125436 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:5,3:6,2 chr2 10916609 . AT A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.7203e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:14,8:15,5 chr2 11035152 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0052761;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,8:4,2 chr2 11090929 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 chr2 13841761 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.2056e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:10,10:17,3 chr2 15098024 . AAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:2,3:3,5 chr2 15648603 . GA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0088769;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:10,8:2,1 chr2 16787052 . C G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.5724e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:18,7:9,13 chr2 16787478 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.218e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:12,7:14,9 chr2 17129427 . T TAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,9:1,6:3,3 chr2 17477942 . A AAAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,2:5,2 chr2 22238326 . TTATATA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,7:2,5:5,2 chr2 22415345 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=4.619e-10;SS=2;SSC=93;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,24:18,15:7,9 chr2 22654476 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=4.3081e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:38,20:16,8:22,12 chr2 22918431 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.6127e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:15,7:16,8 chr2 23074655 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0001575;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:16,5:16,6 chr2 23203690 . CAA C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,4:15,2:4,2 chr2 23711346 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:3,1:0,2 chr2 23839131 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.3992e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:18,7:9,10 chr2 24331068 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:4,4:9,2 chr2 24642037 . T TGTGTGTGCGC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0072439;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,10:10,5:13,5 chr2 25193025 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.048408;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:8,2:16,7 chr2 25526390 . TATA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0019379;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,10:5,5:3,5 chr2 25963673 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.036457;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,7:9,2:7,5 chr2 26892756 . T TGAGAGAGA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.04277;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:16,3:10,4 chr2 27539957 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:10,5:3,1 chr2 27699820 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,3:1,2:0,1 chr2 30989659 . TATATATATTAGTATATATAAAAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 chr2 32019835 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.27198;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:8,4:5,2:3,2 chr2 32157941 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0091441;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,2:3,5 chr2 32762276 . AGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:4,3:3,5 chr2 33227799 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:7,4:2,1 chr2 34144808 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=5.02e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:11,6:12,11 chr2 35144715 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.9834e-09;SS=2;SSC=87;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:11,12:7,7 chr2 35418817 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 chr2 35496703 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:24,4:15,1:9,3 chr2 43012620 . ATTTTTTTTTT A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 chr2 43775854 . A ATT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:3,3:8,1 chr2 43904701 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045519;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,5:8,3:4,2 chr2 44066335 . A ATT 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,4:11,3:12,1 chr2 44354474 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.2502e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:16,8:14,8 chr2 44805528 . G GC 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=4.6364e-06;SS=2;SSC=53;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:14,7:17,8 chr2 45414714 . GTATA G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.060943;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,6:27,3:15,3 chr2 45418677 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:1,4:1,2:0,2 chr2 45877089 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.25496;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,4:17,1:10,3 chr2 46004180 . C G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=5.3433e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,2:12,9 chr2 46607781 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.2598e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:17,14:6,9 chr2 46944430 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0001796;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:9,6:12,7 chr2 47900609 . C CACACGT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:1,3:8,2 chr2 48059603 . A ATTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026073;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,5:7,3:5,2 chr2 50026859 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 chr2 50606606 . C CAATAATAATAATAAT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.035226;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:18,7:14,4 chr2 51966739 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.5197e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:12,8:6,10 chr2 54087912 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,3:0,1:0,2 chr2 54753664 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:6,2:2,1:4,1 chr2 56922408 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.032909;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:21,3:16,3 chr2 57529639 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0024898;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:17,6:13,3 chr2 60435528 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03378;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 chr2 61417735 . TTTTCTTTTC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022116;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:7,6:8,2 chr2 61933771 . TC T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.10571;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:20,2:16,2 chr2 61963159 . C CA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0053061;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:16,6:16,1 chr2 61975118 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:1,1:4,3 chr2 62315376 . C CAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017292;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,7:4,6:10,1 chr2 63909413 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:2,4:4,2 chr2 64170709 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0041611;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,7:5,1 chr2 66091570 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.01699;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:21,5:9,5 chr2 67461581 . ATATATATATGTGTG A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,4:5,1:8,3 chr2 68413223 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0067079;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:1,5:2,2 chr2 69651830 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,3:0,3:0,0 chr2 70917151 . C CAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,8:3,7:5,1 chr2 73630958 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.038305;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:25,2:20,4 chr2 73871565 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.20158;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,5:2,3:11,2 chr2 74742473 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.02121;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,7:3,2 chr2 75251101 . AGG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,5:2,2:3,3 chr2 75905250 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=2.4155e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:4,7:8,5 chr2 76692291 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00012116;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:23,7:10,5 chr2 76913543 . A ATTTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.32176;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,4:16,3:9,1 chr2 77103647 . G GTATATA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.013236;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,8:8,7:10,1 chr2 77479101 . G T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.011919;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:19,3:28,6 chr2 77686348 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.011394;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,1:8,6 chr2 77931828 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.3654e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:15,9:6,9 chr2 78549115 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0006295;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:16,8:14,5 chr2 79845172 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,7:5,5:2,2 chr2 80057175 . G GT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0061655;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:15,6:11,2 chr2 80589903 . T TGTGTGTGC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.031686;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,9:10,5:8,4 chr2 80641753 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.0312e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:8,5:14,11 chr2 80984528 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.3937e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:16,13:7,9 chr2 81700693 . T A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=9.7046e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:26,7:17,9 chr2 81701068 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,11:8,3 chr2 81720931 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.7347e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:32,21:10,8:22,13 chr2 82109248 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,3:3,2 chr2 82135167 . T G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.018182;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,8:0,1:0,7 chr2 82176577 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00031835;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:10,4:13,6 chr2 82468469 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.20188;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,4:21,2:5,2 chr2 83232224 . G GTATATATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:4,3:2,1 chr2 83429897 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.5223e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:11,8:13,7 chr2 84276435 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.26374;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,5:4,4:3,1 chr2 85425230 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.8808e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:12,7:12,7 chr2 86569318 . A AT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:5,1:3,3 chr2 87107818 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.023702;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,5:9,4 chr2 87192569 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:8,1:13,6 chr2 87228717 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.026424;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:47,15:24,4:23,11 chr2 87361097 . A T 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.025783;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:101,14:63,12:38,2 chr2 87361322 . T C 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.027614;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,12:17,5:39,7 chr2 87378763 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.098694;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:20,4:11,1 chr2 87424878 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0018749;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,11:11,7:8,4 chr2 87884055 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.029613;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:13,6:25,6 chr2 87885399 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.011249;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:20,3:17,3 chr2 89534390 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.020062;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,7:14,1 chr2 90263274 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010783;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:5,1:19,9 chr2 90317559 . AG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:4,3:14,1 chr2 90327067 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020644;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,1:7,8 chr2 90356868 . AGCATT A 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.038484;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:46,7:34,6:12,1 chr2 91467591 . T C 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.0058698;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:78,12:28,3:50,9 chr2 91473716 . G C 0 PASS DP=315;GPV=1;SPV=0.044973;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:140,24:68,13:72,11 chr2 91475304 . C T 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.036902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:51,15:23,2:28,13 chr2 91512064 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.093588;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:0,0:26,4 chr2 91590867 . A C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:47,13:18,7:29,6 chr2 92109426 . G C 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.02189;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:101,17:47,8:54,9 chr2 92244933 . A C 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.0031124;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:121,23:45,11:76,12 chr2 92300353 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,2:15,2 chr2 92308722 . A G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.035968;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:33,7:17,1 chr2 92317187 . G A 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.036464;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:48,2:9,5 chr2 92384123 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,2:1,2 chr2 92401141 . T A 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.0017431;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:77,10:4,2:73,8 chr2 92403422 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.088868;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:1,0:29,4 chr2 92417092 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0066147;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:6,10:24,3 chr2 92551166 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:7,1:17,3 chr2 92557382 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,4:2,0 chr2 92637920 . C T 0 PASS DP=417;GPV=1;SPV=0.017433;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:202,23:122,13:80,10 chr2 92641309 . C A 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.00067309;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:85,16:30,7:55,9 chr2 92815545 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:1,0:19,4 chr2 92815587 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:1,0:24,4 chr2 92817406 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.050318;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:7,3:19,3 chr2 92839007 . G T 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.0022779;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:82,24:51,12:31,12 chr2 92956270 . T C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.037798;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:50,5:3,1 chr2 93026762 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.15427;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,3:6,2:14,1 chr2 93044283 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.045335;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:6,2:22,7 chr2 93107130 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.035875;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:7,2:26,3 chr2 93158796 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14851;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:2,0:25,4 chr2 93179369 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:5,1:16,3 chr2 93219004 . T C 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.019646;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:108,19:36,8:72,11 chr2 93259672 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0097246;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:11,4:15,4 chr2 93311255 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 chr2 93346162 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,5:1,1 chr2 93454506 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13793;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:3,2:10,1 chr2 93465530 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.28079;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:11,2:6,1 chr2 93653271 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0012238;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:14,8:1,5 chr2 93753410 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:1,0:28,4 chr2 93807122 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016795;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,2:9,5 chr2 93889142 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.064915;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:21,4:1,0 chr2 93889691 . T A 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.042961;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:79,10:35,6:44,4 chr2 93962263 . C T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.038189;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:53,9:26,2:27,7 chr2 94005337 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0063358;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:22,4:1,2 chr2 94155150 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,4:0,0 chr2 94156095 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.023677;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:21,5:14,8 chr2 95650859 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0047322;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:15,7:21,7 chr2 95858004 . C G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.019345;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:22,2:17,5 chr2 97583326 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:3,4:7,1 chr2 98036209 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 chr2 99867003 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:8,9:5,2:3,7 chr2 103705075 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,4:8,4 chr2 105055493 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:5,6:0,1 chr2 105211096 . ACC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.16209;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:15,2:7,1 chr2 105388668 . C CA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.043884;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,4:14,2 chr2 106394427 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010459;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:11,3:8,4 chr2 106823442 . A AACACACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:10,2:4,2 chr2 106917333 . C CAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:11,6:4,1 chr2 110306649 . CA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 chr2 111369841 . C G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.00080463;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:53,14:29,4:24,10 chr2 111369856 . GCAGGCTGCA G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.022382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:57,11:32,3:25,8 chr2 111387092 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.03119;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:14,7:11,3 chr2 111574482 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 chr2 111642192 . CAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.051826;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:10,5:7,1 chr2 111978449 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0087027;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:24,9:10,5:14,4 chr2 112047086 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013155;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:6,5:0,1 chr2 113484023 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0072523;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:6,3:18,6 chr2 115985368 . TC T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0036217;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,9:10,1:14,8 chr2 116200289 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.1439e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:9,5:13,10 chr2 116976996 . G GTATATATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0072004;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4 chr2 117074818 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014116;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:18,5:16,3 chr2 118695940 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,5:0,1 chr2 120973017 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=5.5881e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:11,9:19,8 chr2 122335347 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.4872e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:34,18:16,11:18,7 chr2 123234970 . A AT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:1,1:3,1 chr2 123356747 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:1,1:3,1 chr2 123414026 . G GAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,2:4,2:0,0 chr2 124419896 . T TTTTC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.035975;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:6,4:23,5 chr2 125734514 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:4,1:0,6 chr2 125776549 . A ATTTATTTATTTATTTG 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.029853;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:16,9:11,1 chr2 127252159 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1 chr2 128816521 . ATATATAATATG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083396;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:10,3:10,3 chr2 129272202 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,2:1,1:1,1 chr2 130031192 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00021386;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:14,7:14,5 chr2 131270314 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0091489;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:19,6:17,3 chr2 131318005 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=5.7314e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:16,9:10,10 chr2 131357474 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.022225;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,6:8,3 chr2 131945583 . A G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.037818;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:48,10:34,8:14,2 chr2 132016825 . TACA T 0 PASS DP=368;GPV=1;SPV=0.023337;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:199:165,34:84,24:81,10 chr2 132404802 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,4:2,2:13,2 chr2 132514068 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.1043e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:14,11:8,4 chr2 133177183 . T TATATATATAC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,4:11,3:11,1 chr2 134869706 . G GTA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.015231;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,6:6,3 chr2 135619021 . C CAA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.026092;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,7:9,6:12,1 chr2 135975753 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0044346;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,9:10,8:2,1 chr2 136760923 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=4.0612e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:11,5:13,14 chr2 139139937 . C CAAAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,5:5,4:8,1 chr2 140228200 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,5:13,1:5,4 chr2 140228202 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,5:14,1:4,4 chr2 140228204 . T TATATATTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,4:13,1:5,3 chr2 140228419 . AATAT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.013346;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,10:8,3 chr2 142111478 . A C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.889e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:15,7:14,11 chr2 144394989 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,3:1,1 chr2 144663035 . GTTTATGAAGATGCAAAGTCACATGGCAAATTATCAATATTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,4:6,3 chr2 146287171 . C CT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.4395e-06;SS=2;SSC=56;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:8,7:10,7 chr2 146566577 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:16,2:18,4 chr2 147035532 . GAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,6:8,5:1,1 chr2 147611680 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=6.7474e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:14,12:12,6 chr2 148294505 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,2:6,4 chr2 150205885 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,5:7,4:6,1 chr2 151133461 . AGAAAGAAG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,4:15,2:7,2 chr2 152719764 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.072331;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,2:18,2 chr2 152923482 . A ATTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,1:2,3 chr2 153089504 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0039417;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:16,4:25,5 chr2 154939176 . A ATATATT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,1:1,3 chr2 154939185 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,1:2,4 chr2 155754615 . T TAAATAAAATA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0090863;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,16:13,10:16,6 chr2 156352879 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.035679;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:23,10:11,2 chr2 157611849 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.0975e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:15,5:18,13 chr2 158000067 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.057534;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:24,3:10,1 chr2 159324625 . TAC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,5:8,2:5,3 chr2 161660592 . C CT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.027649;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,7:3,5:20,2 chr2 162558175 . CT C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.9786e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:14,7:9,6 chr2 162954239 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.0094e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:7,11:11,6 chr2 165923743 . G GTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.01607;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,8:11,1 chr2 166312986 . AATT A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.027465;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:18,1:18,4 chr2 168867808 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.014044;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:14,6:29,4 chr2 168867850 . A G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.019385;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:16,9:24,4 chr2 168975468 . GATAAATAT G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.023608;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,8:14,2:18,6 chr2 169277193 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,10:3,9:2,1 chr2 170519972 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0083519;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,9:4,8:5,1 chr2 170543495 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.6518e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:10,6:13,8 chr2 171081852 . TTG T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.8083e-07;SS=2;SSC=64;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:9,8:15,9 chr2 171851511 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,5:6,3:14,2 chr2 172109645 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.083965;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,1:20,3 chr2 172568327 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.033264;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,6:8,5:5,1 chr2 172914319 . ATTT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:9,2:6,2 chr2 173192079 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0062765;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:25,10:14,5:11,5 chr2 174423777 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3 chr2 175313335 . A G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0014181;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:22,6:20,5 chr2 177592339 . T G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.8928e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:17,10:10,9 chr2 177631599 . A ATG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,2:2,3 chr2 180164419 . C CTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0025987;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,9:3,6:3,3 chr2 180329767 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.2691e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:13,3:8,8 chr2 184134307 . G GTT 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.012316;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:33,16:19,8:14,8 chr2 185526322 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.1162e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:15,9:11,7 chr2 186851520 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.35897;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:6,2:3,1:3,1 chr2 187406187 . C CAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.01206;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:14,8:12,6 chr2 190314330 . T TAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 chr2 190665678 . C G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00013696;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:19,9:17,4 chr2 192188507 . T A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=3.3802e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:31,29:12,11:19,18 chr2 192682970 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.053387;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,3:17,1 chr2 192682971 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.064462;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,3:17,1 chr2 195740603 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:9,1:3,3 chr2 195848382 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=8.9593e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:38,22:15,8:23,14 chr2 197072046 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0078247;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,9:4,2:3,7 chr2 200522366 . TTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:8,1:17,3 chr2 200683642 . C CCA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.065739;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:8,1:11,2 chr2 201101362 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023137;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:7,8:8,2 chr2 201694608 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:2,2:5,4 chr2 202675445 . C CAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:3,4:2,1 chr2 203482018 . AC A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.054338;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,3:14,1 chr2 205730824 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.9377e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:9,14:13,6 chr2 206249562 . ATT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.003241;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,12:12,10:8,2 chr2 206315513 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00039944;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,16:7,9:4,7 chr2 208176963 . A ATC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,8:9,3:3,5 chr2 208237764 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0093762;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:6,5:5,3 chr2 208818593 . CTGCT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:0,1:2,1 chr2 209091906 . GAT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 chr2 209925100 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00029281;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:9,3:12,7 chr2 210978778 . C CTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:0,3:7,3 chr2 211401493 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0014707;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:16,5:9,3 chr2 212204816 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10288;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,4:3,2 chr2 212510205 . G GTATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:4,3:1,1 chr2 213980478 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.010483;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:9,3:14,5 chr2 216031691 . G GAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:12,2:1,2 chr2 218684106 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:3,5:3,2 chr2 219043934 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,7:7,6:4,1 chr2 219262643 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.6565e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,23:13,14:11,9 chr2 219822906 . C CTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,10:1,5:3,5 chr2 220013230 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0093841;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:2,3:13,7 chr2 220013251 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,9:4,2:6,7 chr2 220400875 . G GTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1 chr2 223654163 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:11,3:3,1 chr2 223789835 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016427;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,9:5,1 chr2 223866479 . C CTTCT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.007794;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,11:2,3:10,8 chr2 224166291 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00017003;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:12,12:20,5 chr2 225126009 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,10:3,9:1,1 chr2 225758347 . CGTGGTGGCGGG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00082087;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:18,8:6,3 chr2 226041206 . C A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0038251;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:13,3:30,6 chr2 227730181 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.034157;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:28,2:9,9 chr2 227745978 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:0,2:0,1:0,1 chr2 227762536 . T TCTTTC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:0,1:1,1 chr2 228092463 . TGTGCC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,1:5,4 chr2 228271845 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.2648e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:12,11:13,8 chr2 228501735 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:3,3:6,7 chr2 228505700 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.6974e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:15,11:12,2 chr2 228867416 . C CT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0015605;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:18,7:13,3 chr2 229762700 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.7847e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:38,19:25,5:13,14 chr2 229938845 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:17,2:12,2 chr2 231692705 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019794;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:19,3:9,3 chr2 231848489 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,4:9,1 chr2 233321986 . TACACACACACACACACACACAC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0046784;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,11:3,9:3,2 chr2 234297597 . C CCCTTTCTTTCTTTCTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.020443;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:6,2:14,3 chr2 235358886 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:3,2:1,1:2,1 chr2 235746377 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:2,6:5,1 chr2 236416721 . TTATA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:4,2:1,2 chr2 236808656 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00021594;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:12,6:18,6 chr2 237578900 . A AAC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.001961;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:18,9:11,3 chr2 239185034 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:4,2:4,2:0,0 chr2 239253765 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.6295e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:13,6:10,6 chr2 240672171 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=1.0492e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:33,25:21,12:12,13 chr2 241392949 . G GA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.043687;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,14:4,9:15,5 chr2 242169565 . T TG 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.011252;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:17,3:20,7 chr20 1421653 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00021937;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:17,8:17,6 chr20 1668219 . C CTTTTTCTTTTCT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.31002;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,4:11,2:13,2 chr20 2854238 . T TACACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.042868;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,3:7,3 chr20 2910020 . TCTATC T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,4:7,1:13,3 chr20 3597071 . T TATATATATATATATATATAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:7,3:9,5 chr20 3648606 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=7.5915e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,22:13,7:16,15 chr20 3724489 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:7,4:8,2 chr20 3724490 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1 chr20 4032934 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:2,1:12,3 chr20 4055300 . C CAAAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.01279;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,8:13,7:1,1 chr20 5213537 . AGTGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,11:0,9:6,2 chr20 5266921 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15115;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:19,3:10,1 chr20 5266924 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,3:13,1 chr20 5672704 . ATTTTATT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064915;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:7,3:15,1 chr20 5959690 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0023297;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,6:6,1 chr20 6318106 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.084986;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:10,1:20,4 chr20 7022334 . CA C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,4:18,2:6,2 chr20 10479355 . T TTTTC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0055953;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:15,8:7,4 chr20 11065849 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=6.9242e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:38,18:16,5:22,13 chr20 11507909 . TATATACAC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,2:6,5 chr20 12364160 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.9635e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:16,9:13,5 chr20 12755372 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.018628;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,3:11,3 chr20 13159970 . CT C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.033108;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:26,4:13,1 chr20 13627733 . T TAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,3:11,1 chr20 13934341 . T TC 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.052565;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,6:10,4:26,2 chr20 14083122 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:3,2:2,1:1,1 chr20 14190702 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,2:0,1:1,1 chr20 16410036 . C CAT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1 chr20 16671238 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,2:0,1:7,1 chr20 17294499 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.0237e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:12,8:13,5 chr20 19844619 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10103;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:5,2:23,3 chr20 19984000 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.043779;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,2:9,5 chr20 21721607 . CATAT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,6:4,1 chr20 21748369 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0003586;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:8,3:13,5 chr20 23526154 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=6.589e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,7:8,4 chr20 23683258 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.035082;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:15,3:25,2 chr20 24508218 . A ATT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.012749;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:5,5:2,1 chr20 25388787 . C CTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,10:4,7:8,3 chr20 25792739 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 chr20 26237768 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.03936;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:22,2:19,3 chr20 26894806 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,1:4,4 chr20 27057752 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 chr20 27213207 . G A 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=9.5044e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:94,15:32,4:62,11 chr20 27213245 . T C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.011213;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:84,16:33,3:51,13 chr20 28531506 . G A 0 PASS DP=540;GPV=1;SPV=0.031934;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:315:266,33:107,13:159,20 chr20 28601114 . C T 0 PASS DP=274;GPV=1;SPV=0.012392;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:106,27:39,3:67,24 chr20 28624166 . C T 0 PASS DP=444;GPV=1;SPV=0.022899;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:194,32:120,14:74,18 chr20 28639014 . A C 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.01847;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:89,18:36,7:53,11 chr20 28839977 . GT G 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.046076;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:92,18:35,7:57,11 chr20 28889768 . C CCATTCCATTT 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.0080696;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:66,10:32,6:34,4 chr20 29091576 . ATCAT A 0 PASS DP=371;GPV=1;SPV=0.02386;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:160,31:84,14:76,17 chr20 29114498 . C T 0 PASS DP=328;GPV=1;SPV=0.034198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:139,26:63,13:76,13 chr20 29124918 . G A 0 PASS DP=378;GPV=1;SPV=0.021382;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:205:169,36:94,19:75,17 chr20 29504644 . AAAATT A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0059872;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:17,3:16,6 chr20 29515438 . G A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.006436;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:57,8:32,5:25,3 chr20 29898556 . G A 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.015448;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:150,24:77,17:73,7 chr20 29920296 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:16,4:0,0 chr20 29972768 . T A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0032969;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:13,9:18,6 chr20 30415770 . A T 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.029803;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:67,10:32,2:35,8 chr20 30864416 . A G 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.030834;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:103,17:43,9:60,8 chr20 30907965 . ATTCT A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,5:3,2:14,3 chr20 31055102 . C T 0 PASS DP=255;GPV=1;SPV=0.044983;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:120,18:58,11:62,7 chr20 31070023 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.0041726;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:26,10:17,6 chr20 31070181 . G T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.0078692;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:56,15:29,7:27,8 chr20 31090625 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012456;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,2:6,6 chr20 31580080 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,4:8,4 chr20 33699579 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.025586;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,6:5,3 chr20 33764545 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:6,4:0,1 chr20 33793413 . G C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00018052;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:25,6:15,7 chr20 34305122 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.013828;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:21,5:7,4 chr20 34385222 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:5,2:3,2 chr20 34584504 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:11,4:5,1 chr20 37507861 . G GGTGTGTGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13094;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,7:7,6:7,1 chr20 37603317 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:0,0:20,4 chr20 37747378 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,3:5,1 chr20 37965858 . G GTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,3:9,2 chr20 38020327 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,4:8,1 chr20 38600200 . CACCT C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.064069;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:21,2:15,2 chr20 41689410 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.7194e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:11,6:11,11 chr20 43176217 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:9,2:1,3 chr20 43668194 . CTTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:6,5:5,1 chr20 44745427 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.01087;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,4:1,1 chr20 45369596 . CTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 chr20 45742354 . C CTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:7,6:7,2 chr20 45863169 . G GT 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.031655;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,1:17,3 chr20 46124751 . GTTTTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,6:11,3:6,3 chr20 46163323 . A C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.7714e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:15,8:16,8 chr20 46273335 . G C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=3.1409e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,18:20,10:15,8 chr20 47890440 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.060943;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:21,4:21,2 chr20 48220906 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,14:5,12:5,2 chr20 48222211 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,2:2,2 chr20 48505407 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:9,3:17,1 chr20 48933905 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.2638e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:36,22:23,11:13,11 chr20 49129280 . A ATT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:8,1:4,3 chr20 52314969 . CTCTCTCTCTCTCTG C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,3:0,1:0,2 chr20 52383847 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,2:1,2:0,0 chr20 52900213 . T TTTTCTTTC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.040748;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,7:14,2:12,5 chr20 53845411 . G GTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.011401;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:6,5:0,2 chr20 54842880 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.040883;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,6:10,1:15,5 chr20 55314528 . CA C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0077416;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:15,2:15,5 chr20 55514525 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.10265;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,4:13,1 chr20 55514526 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.064844;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,4:13,1 chr20 57669142 . C CATTTATTTATTTATTT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.076076;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,6:20,4:12,2 chr20 58473712 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00069954;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:23,6:13,7 chr20 58660713 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.00387;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,1:2,3 chr20 58979628 . A AC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041383;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:22,2:2,3 chr20 60507281 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,4:9,1:9,3 chr20 62341039 . AAAATAAATAAATAAAT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.025865;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:17,3:4,6 chr20 63068602 . C G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.031417;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,9:36,1:21,8 chr20 64195401 . C CTTTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:0,3:4,2 chr21 5220172 . T G 0 PASS DP=419;GPV=1;SPV=0.01533;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:179,31:89,18:90,13 chr21 5232760 . G A 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.011403;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:133,21:69,13:64,8 chr21 5270148 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.01767;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:21,6:22,8 chr21 6361949 . C T 0 PASS DP=490;GPV=1;SPV=0.0088782;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:275:247,28:118,14:129,14 chr21 7218911 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.040797;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:21,7:4,3 chr21 7246044 . G A 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.038198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:131,16:73,9:58,7 chr21 7252722 . C A 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.010036;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:50,16:35,11:15,5 chr21 7281326 . T C 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.040746;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:98,15:48,11:50,4 chr21 7315101 . A G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.031233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:74,20:39,7:35,13 chr21 7318116 . T C 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.028389;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:85,21:48,11:37,10 chr21 7916759 . A G 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.015515;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:95,24:51,14:44,10 chr21 7928708 . TC T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.02013;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:93,20:45,10:48,10 chr21 7942110 . C T 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=7.5651e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:104,14:52,3:52,11 chr21 7946994 . C G 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.011018;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:91,23:49,10:42,13 chr21 7947020 . C T 0 PASS DP=235;GPV=1;SPV=0.018736;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:96,22:48,11:48,11 chr21 7948925 . C T 0 PASS DP=256;GPV=1;SPV=0.016707;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:114,26:62,20:52,6 chr21 7950849 . TC T 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.0099971;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:80,23:41,11:39,12 chr21 7950853 . TTCCA T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.0099623;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:65,20:39,9:26,11 chr21 7957223 . T A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.038297;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:36,12:14,5:22,7 chr21 7958453 . C T 0 PASS DP=444;GPV=1;SPV=0.014015;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:256:217,39:120,22:97,17 chr21 8021953 . C T 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.010888;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:72,23:59,11:13,12 chr21 8033537 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.022245;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:7,2:13,5 chr21 8036516 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.016292;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:23,1:12,9 chr21 8575932 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:0,0:23,4 chr21 8615202 . G A 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.018379;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:71,18:40,9:31,9 chr21 8766338 . C T 0 PASS DP=421;GPV=1;SPV=0.01124;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:204:175,29:73,13:102,16 chr21 8766772 . C A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.00013834;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:62,12:47,5:15,7 chr21 8783934 . G T 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.0071481;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:174,23:68,9:106,14 chr21 8786423 . TTCC T 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.037144;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:118,21:70,9:48,12 chr21 8827093 . T G 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.041463;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:88,16:54,12:34,4 chr21 8837938 . G A 0 PASS DP=422;GPV=1;SPV=0.048908;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:240:215,25:139,19:76,6 chr21 8840952 . G A 0 PASS DP=392;GPV=1;SPV=0.035916;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:166,31:66,8:100,23 chr21 8845647 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.035906;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,7:8,2 chr21 8850770 . G C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.039474;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:53,12:10,2:43,10 chr21 8858565 . G C 0 PASS DP=554;GPV=1;SPV=0.006701;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:300:263,37:162,24:101,13 chr21 8861884 . T C 0 PASS DP=317;GPV=1;SPV=0.01295;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:175:151,24:49,15:102,9 chr21 8881102 . AC A 0 PASS DP=367;GPV=1;SPV=0.0046877;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:195:170,25:118,17:52,8 chr21 9000317 . A T 0 PASS DP=382;GPV=1;SPV=0.022287;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:202:178,24:94,15:84,9 chr21 9000360 . C T 0 PASS DP=451;GPV=1;SPV=0.036817;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:256:225,31:121,17:104,14 chr21 9000802 . C A 0 PASS DP=384;GPV=1;SPV=0.025601;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:174,24:91,8:83,16 chr21 9000994 . CTGGGAAAACTGGCT C 0 PASS DP=371;GPV=1;SPV=0.0061423;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:171,26:75,6:96,20 chr21 9001046 . A G 0 PASS DP=364;GPV=1;SPV=0.033603;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:174,22:73,4:101,18 chr21 9011684 . C T 0 PASS DP=484;GPV=1;SPV=0.033479;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:252:224,28:120,17:104,11 chr21 9011923 . C T 0 PASS DP=411;GPV=1;SPV=0.0084415;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:207:181,26:82,13:99,13 chr21 9019913 . C T 0 PASS DP=407;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:186,24:90,11:96,13 chr21 9033212 . G A 0 PASS DP=434;GPV=1;SPV=0.0085647;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:204,23:102,15:102,8 chr21 9043378 . G A 0 PASS DP=498;GPV=1;SPV=0.0059937;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:253:217,36:106,20:111,16 chr21 9084596 . G GTGTGTGTGTGTGTT 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.028334;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:68,17:20,6:48,11 chr21 9092235 . A C 0 PASS DP=461;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:225:198,27:89,7:109,20 chr21 9096011 . T C 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.0057924;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:107,23:53,11:54,12 chr21 9102967 . T C 0 PASS DP=480;GPV=1;SPV=0.027549;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:229:202,27:120,21:82,6 chr21 9124467 . G T 0 PASS DP=625;GPV=1;SPV=0.049959;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:304:272,32:153,18:119,14 chr21 9136435 . G A 0 PASS DP=491;GPV=1;SPV=0.011234;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:245:220,25:127,16:93,9 chr21 9154575 . C T 0 PASS DP=678;GPV=1;SPV=0.019822;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:360:316,44:153,19:163,25 chr21 9157822 . C G 0 PASS DP=409;GPV=1;SPV=0.01118;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:177,21:100,15:77,6 chr21 9177607 . A G 0 PASS DP=493;GPV=1;SPV=0.0076654;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:197,33:89,16:108,17 chr21 9184712 . C A 0 PASS DP=446;GPV=1;SPV=0.027931;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:246:219,27:107,13:112,14 chr21 9253945 . T G 0 PASS DP=709;GPV=1;SPV=0.028605;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:394:352,42:122,21:230,21 chr21 9268439 . C A 0 PASS DP=593;GPV=1;SPV=0.027544;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:318:269,49:123,29:146,20 chr21 9270905 . T A 0 PASS DP=382;GPV=1;SPV=0.021248;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:190:163,27:59,14:104,13 chr21 9272226 . C G 0 PASS DP=316;GPV=1;SPV=0.0044996;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:137,21:57,3:80,18 chr21 9272460 . A G 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.046025;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:124,24:64,4:60,20 chr21 9309037 . G A 0 PASS DP=496;GPV=1;SPV=0.04638;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:266:239,27:124,16:115,11 chr21 9317266 . A T 0 PASS DP=466;GPV=1;SPV=0.010295;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:245:219,26:131,19:88,7 chr21 9323107 . G A 0 PASS DP=648;GPV=1;SPV=0.014018;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:341:291,50:139,33:152,17 chr21 9324423 . G A 0 PASS DP=496;GPV=1;SPV=0.01913;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:267:240,27:152,19:88,8 chr21 9334862 . C T 0 PASS DP=469;GPV=1;SPV=0.026473;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:205,23:88,7:117,16 chr21 9347264 . G T 0 PASS DP=523;GPV=1;SPV=0.0085766;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:285:250,35:119,17:131,18 chr21 9351081 . C A 0 PASS DP=508;GPV=1;SPV=0.016554;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:292:259,33:144,16:115,17 chr21 9357060 . T A 0 PASS DP=531;GPV=1;SPV=0.012241;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:278:248,30:134,16:114,14 chr21 9367890 . C T 0 PASS DP=713;GPV=1;SPV=0.024546;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:355:309,42:137,14:172,28 chr21 9369275 . G A 0 PASS DP=918;GPV=1;SPV=0.031693;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:495:440,55:201,22:239,33 chr21 9373504 . G GAGAT 0 PASS DP=473;GPV=1;SPV=0.048323;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:262:235,27:109,4:126,23 chr21 9564852 . A T 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0036247;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:75,23:35,13:40,10 chr21 9574243 . C A 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.0017606;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:75,20:41,14:34,6 chr21 9576700 . G A 0 PASS DP=286;GPV=1;SPV=0.014616;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:135,17:66,8:69,9 chr21 9581253 . T C 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.044808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:54,7:30,5:24,2 chr21 9591067 . A ATAGACACAAGGTTTCACTATAT 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.038826;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,8:20,5:27,3 chr21 9606696 . A G 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.015765;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:84,20:40,9:44,11 chr21 9673062 . T C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.017581;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:77,21:35,12:42,9 chr21 9715188 . G A 0 PASS DP=219;GPV=1;SPV=8.7935e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:83,35:41,12:42,23 chr21 9765769 . T G 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.010687;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:61,19:46,16:15,3 chr21 9819014 . G C 0 PASS DP=1593;GPV=1;SPV=0.041702;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:856:766,90:347,37:419,53 chr21 9854292 . G A 0 PASS DP=204;GPV=1;SPV=0.038086;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:90,22:51,14:39,8 chr21 9857848 . G A 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.016928;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:91,25:39,7:52,18 chr21 9883337 . G A 0 PASS DP=210;GPV=1;SPV=0.0094936;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:91,24:41,12:50,12 chr21 9895530 . A T 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.0054636;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:84,22:29,8:55,14 chr21 9910990 . A G 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.011682;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:69,22:38,10:31,12 chr21 9923103 . T C 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.0042647;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:80,24:32,13:48,11 chr21 9929347 . A C 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.0051875;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:83,27:42,10:41,17 chr21 9973003 . C T 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.023625;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:97,25:36,17:61,8 chr21 9981102 . CTTTCTT C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.048675;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:5,1:39,4 chr21 10122235 . C T 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.012779;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:73,22:38,13:35,9 chr21 10137758 . C T 0 PASS DP=242;GPV=1;SPV=0.041384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:106,24:39,9:67,15 chr21 10139215 . C T 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.049177;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:107,12:60,10:47,2 chr21 10325690 . C T 0 PASS DP=308;GPV=1;SPV=0.038903;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:140,24:70,13:70,11 chr21 10331097 . A G 0 PASS DP=452;GPV=1;SPV=0.026031;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:243:211,32:96,13:115,19 chr21 10333449 . TCTC T 0 PASS DP=408;GPV=1;SPV=0.028843;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:206,27:112,13:94,14 chr21 10370486 . T TTATC 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.045325;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,10:9,8:19,2 chr21 10372845 . A AAAAAGAAAAGAAAAG 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.024544;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:72,9:47,8:25,1 chr21 10374957 . G C 0 PASS DP=278;GPV=1;SPV=0.0063768;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:122,28:52,4:70,24 chr21 10410279 . C A 0 PASS DP=280;GPV=1;SPV=0.032388;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:135,22:61,11:74,11 chr21 10440223 . A G 0 PASS DP=494;GPV=1;SPV=0.049025;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:282:250,32:101,16:149,16 chr21 10453718 . G A 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.031111;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:206,24:107,14:99,10 chr21 10675252 . C G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0012943;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:19,8:18,2 chr21 10691179 . A T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.0042448;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:70,21:31,10:39,11 chr21 10733585 . CCATTCCATTCCATTCCAT C 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.02107;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:77,17:41,5:36,12 chr21 10756286 . G C 0 PASS DP=401;GPV=1;SPV=0.021145;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:197,29:104,9:93,20 chr21 13016291 . A AG 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.0027062;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,9:27,7:23,2 chr21 13109689 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.21541;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:18,1:18,3 chr21 13178547 . A G 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.048782;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:57,10:39,9:18,1 chr21 13370830 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.040848;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:18,2:17,3 chr21 13507129 . T TATGC 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.062923;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:22,4:17,1 chr21 13507133 . TG T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014256;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:20,4:12,3 chr21 13507148 . C CATATCCATAT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.019777;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:21,4:15,3 chr21 15220771 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.040295;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:11,1:26,4 chr21 15220773 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.048187;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:13,1:26,4 chr21 15939487 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036677;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,4:13,1 chr21 16546313 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=9.186e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,16:5,14:4,2 chr21 16689769 . C CAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030207;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:6,4:2,1 chr21 18365632 . T TTC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:4,1:10,3 chr21 20508556 . TG T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.054119;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:11,1:21,3 chr21 21720242 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,4:9,1:5,3 chr21 23147147 . G C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0084455;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:20,5:18,2 chr21 23785046 . A AG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,4:0,0 chr21 24248367 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.2488;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:6,2:6,2 chr21 25177275 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.000113;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:9,4:14,9 chr21 25831247 . A AAAAAAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.020644;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,9:6,7:7,2 chr21 25917261 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,5:13,4:9,1 chr21 26395875 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,1:9,3 chr21 29100700 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.030792;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,3:5,2 chr21 30580160 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0032828;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:19,7:21,3 chr21 31064060 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.19298;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:9,8:6,7:3,1 chr21 31564155 . ATTTTTT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0087912;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:0,11:0,4:0,7 chr21 31785300 . T TCACCACCACCAC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,5:0,4:0,1 chr21 33242728 . C CAAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,2:2,2 chr21 33275152 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00052122;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:10,7:2,2 chr21 33985104 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.017549;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,5:11,5 chr21 34079602 . ATT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0032051;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:4,4:6,7 chr21 34563754 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.32712;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:5,2:5,2 chr21 34563796 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:2,1:6,5 chr21 34859485 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.0094e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,17:13,10:5,7 chr21 35985942 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:0,5:0,2:0,3 chr21 36115398 . AT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:5,5:1,1 chr21 36458485 . A T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.9266e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:19,7:14,5 chr21 36489333 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0031363;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:38,16:22,9:16,7 chr21 41655990 . AAC A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040214;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,2:6,5 chr21 41781015 . A AAGGAAGGGAGGG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:13,4:0,0 chr21 42795970 . C CAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:2,5:6,1 chr21 42840043 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,1:13,3 chr21 42840044 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,1:12,3 chr21 42952795 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0042194;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,9:7,2 chr21 44828163 . C CAAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.049781;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,10:14,9:6,1 chr21 44973001 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.032506;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:20,6:26,3 chr21 46005922 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.079663;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:14,4:21,1 chr21 46209576 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.7127e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:14,9:13,12 chr21 46502437 . AT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,3:3,2 chr22 10515468 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0026385;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,4:3,4 chr22 10527435 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:1,0:17,4 chr22 10532777 . C A 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.028811;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:93,21:45,5:48,16 chr22 10558134 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:0,0:35,4 chr22 10595912 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015249;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:12,8:4,3 chr22 10619665 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.027107;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:29,7:13,4 chr22 10687725 . G T 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.028858;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:131,17:64,7:67,10 chr22 10688005 . G A 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.01099;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:35,9:52,7 chr22 10689266 . TTA T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.013255;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:47,11:18,4:29,7 chr22 10710438 . T G 0 PASS DP=477;GPV=1;SPV=7.9607e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:271:237,34:116,16:121,18 chr22 10713037 . A C 0 PASS DP=488;GPV=1;SPV=0.049445;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:237:211,26:118,15:93,11 chr22 10713116 . T C 0 PASS DP=486;GPV=1;SPV=0.031031;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:250:221,29:125,11:96,18 chr22 10715443 . G C 0 PASS DP=398;GPV=1;SPV=0.035464;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:193,24:78,10:115,14 chr22 10735435 . G A 0 PASS DP=591;GPV=1;SPV=0.025866;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:251,28:104,14:147,14 chr22 10740709 . T C 0 PASS DP=745;GPV=1;SPV=0.027163;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:400:345,55:187,30:158,25 chr22 10774323 . C G 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.047186;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:112,18:43,7:69,11 chr22 10783174 . C G 0 PASS DP=537;GPV=1;SPV=0.0073097;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:300:268,32:153,20:115,12 chr22 11025039 . C T 0 PASS DP=536;GPV=1;SPV=0.046535;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:244,35:161,25:83,10 chr22 11025413 . A C 0 PASS DP=356;GPV=1;SPV=0.00050264;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:200:161,39:73,12:88,27 chr22 11032829 . C G 0 PASS DP=340;GPV=1;SPV=0.024978;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:187:160,27:85,12:75,15 chr22 11037145 . G T 0 PASS DP=580;GPV=1;SPV=0.030083;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:302:268,34:108,13:160,21 chr22 11051002 . A AT 0 PASS DP=339;GPV=1;SPV=0.0056207;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:123,25:79,15:44,10 chr22 11051392 . C CTT 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.0010608;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:83,33:48,14:35,19 chr22 11052377 . G A 0 PASS DP=284;GPV=1;SPV=0.021315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:132,24:60,14:72,10 chr22 11053495 . G A 0 PASS DP=524;GPV=1;SPV=0.03049;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:269:240,29:147,13:93,16 chr22 11067683 . G T 0 PASS DP=502;GPV=1;SPV=0.016094;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:280:239,41:117,19:122,22 chr22 11704828 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.039473;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,4:11,2 chr22 11706815 . C A 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.029311;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:85,19:43,12:42,7 chr22 11716434 . G A 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.033757;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:26,4:30,7 chr22 11789821 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.035057;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:11,5:27,1 chr22 11792484 . C A 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.003997;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:70,23:29,9:41,14 chr22 11800116 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 chr22 11808139 . A G 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.021598;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:107,15:37,6:70,9 chr22 11824968 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.039036;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:17,4:14,1 chr22 11849927 . T A 0 PASS DP=280;GPV=1;SPV=0.015956;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:108,24:39,8:69,16 chr22 11851137 . C T 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.0478;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:72,12:9,6:63,6 chr22 11862800 . G T 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.0023027;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:138,26:75,6:63,20 chr22 11862849 . C T 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.0099818;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:91,17:37,5:54,12 chr22 11863886 . T C 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.021636;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:87,17:24,3:63,14 chr22 11872739 . G A 0 PASS DP=598;GPV=1;SPV=0.037931;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:321:276,45:67,26:209,19 chr22 11880183 . C A 0 PASS DP=758;GPV=1;SPV=0.029906;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:424:380,44:182,25:198,19 chr22 11884747 . T C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.022025;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:61,17:33,10:28,7 chr22 11891373 . G A 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.0083297;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:140,25:61,6:79,19 chr22 11910029 . T C 0 PASS DP=534;GPV=1;SPV=0.0017436;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:298:253,45:117,18:136,27 chr22 11910052 . ATT A 0 PASS DP=588;GPV=1;SPV=0.0077303;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:317:276,41:121,16:155,25 chr22 11910108 . C T 0 PASS DP=508;GPV=1;SPV=0.044125;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:249,30:105,14:144,16 chr22 11919665 . G A 0 PASS DP=689;GPV=1;SPV=0.044565;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:365:319,46:163,26:156,20 chr22 11949405 . A T 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.023767;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,9:33,8:20,1 chr22 11965872 . A AT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:14,5:13,6 chr22 12041709 . T C 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.027322;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:194:166,28:85,12:81,16 chr22 12059080 . T C 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.031253;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:10,1:41,9 chr22 12117801 . CTTT C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.030243;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,9:23,4:32,5 chr22 12141119 . T C 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.0016122;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:112,14:41,6:71,8 chr22 12141913 . T A 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.035797;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:90,11:37,8:53,3 chr22 12150278 . A T 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.03149;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:107,14:36,6:71,8 chr22 12204530 . A G 0 PASS DP=377;GPV=1;SPV=0.030182;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:168,30:78,11:90,19 chr22 12217824 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.011982;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:72,21:47,16:25,5 chr22 12297999 . G C 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.041699;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:85,20:27,7:58,13 chr22 12379640 . A T 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.0093892;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:75,20:44,5:31,15 chr22 12395058 . C T 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.020863;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:107,25:59,17:48,8 chr22 12494373 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.012821;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:28,9:2,1 chr22 12621814 . C T 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.031921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:170:150,20:75,13:75,7 chr22 12621815 . A G 0 PASS DP=327;GPV=1;SPV=0.0045834;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:153,24:75,16:78,8 chr22 12628383 . T G 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.0056617;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:147,18:91,15:56,3 chr22 12720595 . C T 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.04159;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:71,11:41,9:30,2 chr22 12791545 . T G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.008703;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:24,7:21,1 chr22 12807142 . G A 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.0090814;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:100,16:48,9:52,7 chr22 12873772 . C T 0 PASS DP=728;GPV=1;SPV=0.017611;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:393:350,43:189,14:161,29 chr22 15251751 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.010876;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,4:5,2 chr22 15544861 . CT C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.014087;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:26,1:15,5 chr22 15557613 . A T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.032489;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:75,15:41,8:34,7 chr22 15564283 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0074047;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,2:11,6 chr22 15565713 . G A 0 PASS DP=236;GPV=1;SPV=0.016353;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:100,18:58,8:42,10 chr22 15569125 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 chr22 15578215 . G A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.022403;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:57,16:27,6:30,10 chr22 15679673 . C G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.031468;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:21,7:19,7 chr22 15737058 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.036388;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:16,4:10,8 chr22 15737153 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 chr22 15755684 . C A 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.0010651;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:59,11:30,4:29,7 chr22 15803926 . CA C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.030404;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:22,2:14,6 chr22 15803932 . A C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.033733;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:22,2:10,6 chr22 15817353 . C A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.033127;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:33,9:27,7 chr22 16451898 . T C 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.023234;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:32,2:40,8 chr22 16677660 . CT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 chr22 17680215 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01398;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,8:5,1 chr22 18491271 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.025398;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:10,2:15,4 chr22 18526584 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.045802;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:8,3:14,3 chr22 18631998 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.040114;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:9,5:11,1 chr22 18748951 . T C 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.0042912;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:51,19:22,8:29,11 chr22 19589749 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:7,1:8,3 chr22 19647482 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:5,2:2,1:3,1 chr22 21167912 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 chr22 21171889 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.049568;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:12,3:9,4 chr22 21283575 . G A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.0052909;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:54,13:48,9:6,4 chr22 21327287 . ATATTTAATG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041126;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,1:5,4 chr22 21789901 . TA T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.035754;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:24,3:13,5 chr22 22336932 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.035811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,5:16,4 chr22 22634572 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.011338;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:7,2:31,4 chr22 22636857 . A C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.074196;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:20,2:21,3 chr22 22638606 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.023491;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:14,1:24,5 chr22 23156145 . G GAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:7,2:8,2 chr22 23718138 . CAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,6:5,4:2,2 chr22 23917756 . C CAAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.015459;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:13,6:1,2 chr22 23951068 . TC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:5,1:14,3 chr22 24261891 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.028928;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,9:29,8:28,1 chr22 24643645 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04342;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:16,1:20,4 chr22 25497868 . CAAA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0012088;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:11,14:2,2 chr22 26416397 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2.1596e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:15,12:7,7 chr22 27036071 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.032284;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:8,5:4,2 chr22 27041284 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=8.6693e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:13,9:8,10 chr22 27130166 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,5:3,1 chr22 30454606 . ATAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1396;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:5,2:19,3 chr22 31129542 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:4,3:5,3 chr22 31377200 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028009;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,8:5,6:5,2 chr22 31795065 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.030178;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:15,8:3,2 chr22 32559832 . C CA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.016203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,6:17,4:16,2 chr22 33139537 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.1736e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:16,9:16,11 chr22 33220224 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.4311e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:10,11:20,8 chr22 33574686 . TTGTGTGTGTGTG T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,10:4,4:4,6 chr22 33805508 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.6689e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:13,9:12,5 chr22 33805761 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0080302;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:12,8:3,5:9,3 chr22 34168569 . C A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00018622;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:19,6:21,8 chr22 34437204 . GA G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.0526e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:11,8:10,7 chr22 34664854 . A AT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00025582;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,10:8,8:7,2 chr22 35875607 . GGTGT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:5,3:6,2 chr22 36210011 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.4115e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,7:10,7 chr22 36251070 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.019126;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,8:17,7:4,1 chr22 36354956 . A AACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.11312;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:14,4:16,1 chr22 37711592 . AC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.010299;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,8:7,6:12,2 chr22 37728262 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,2:2,1:3,1 chr22 38478534 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0093932;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,10:4,4:7,6 chr22 39620766 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.16591;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,4:13,2:11,2 chr22 40145067 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:9,7:11,1 chr22 41033338 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.013602;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:16,5:12,8 chr22 41066798 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.8289e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:14,12:7,10 chr22 41357774 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=6.1491e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:16,8:21,6 chr22 41457120 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012882;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,6:3,1 chr22 41864324 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011216;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:3,3:3,2 chr22 41864326 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01192;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:5,6:4,2 chr22 42666228 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,13:11,11:5,2 chr22 43165890 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:12,3:2,1 chr22 44629323 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.048243;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,7:11,5:9,2 chr22 45063002 . AATTTT A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.023653;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:7,8:19,2 chr22 47667517 . GTTTTT G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,2:2,2 chr22 48726557 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.031171;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:13,5:27,1 chr22 48726583 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.048775;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:12,2:20,3 chr22 48726597 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,3:17,1 chr22 48956408 . A AC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0030462;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:4,3:7,6 chr22 49066953 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.11845;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:13,2:16,3 chr22 49433501 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:8,3:5,1 chr22 49693705 . T G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00011692;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:16,3:17,10 chr3 4566604 . G GCACACACA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019985;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,10:6,8:3,2 chr3 5111167 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,0:13,4 chr3 6429035 . C G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2 chr3 6799365 . G GA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0020146;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:13,5:4,3 chr3 8612658 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.026298;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:5,5:9,1 chr3 8742375 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.030897;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:4,3:8,1 chr3 9511350 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0034707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:14,5:7,2 chr3 11841073 . ATTT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.025708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:9,3:2,2 chr3 18305569 . C CTCTCTCT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,4:2,1:0,3 chr3 18324800 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.04073;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:6,2:16,5 chr3 18553747 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.0994e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:14,9:12,4 chr3 20755436 . T TTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,8:3,5:5,3 chr3 20856087 . CCAGAGT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023613;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,5:3,1 chr3 20856104 . C CCAGAGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,7:6,5:1,2 chr3 20988867 . CTT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,8:8,4:6,4 chr3 21682728 . CT C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=9.7753e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:15,7:15,8 chr3 21689130 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.013927;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,8:8,2 chr3 22530753 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 chr3 22546163 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017286;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:9,4:5,7 chr3 23113226 . C CAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:0,4:3,1 chr3 23290889 . T TAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0079695;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,7:5,1 chr3 23752505 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,4:5,5 chr3 24787864 . TATACAC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.041843;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:13,6:10,5 chr3 24913402 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:3,9:3,4:0,5 chr3 25133963 . T TAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.014127;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,9:8,5:12,4 chr3 27587474 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.7952e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:5,9:12,4 chr3 28015880 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,1:5,3 chr3 29435973 . C CAA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00034388;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,18:12,15:18,3 chr3 30186088 . T TTAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.088833;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,1:19,3 chr3 33434289 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,1:2,3 chr3 34654288 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:0,0:18,4 chr3 36918610 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1 chr3 38033298 . A ATTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:2,4:10,3 chr3 38259441 . CAT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:5,4:3,1 chr3 38759067 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0035502;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:16,5:17,4 chr3 39512143 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0027042;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:27,4:16,6 chr3 42271566 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.6217e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:11,10:6,8 chr3 42427757 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0059941;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,9:8,7:6,2 chr3 44191534 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,4:8,2:4,2 chr3 45205918 . CATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 chr3 46699060 . A ATT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0037707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,7:2,5:1,2 chr3 47316564 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3 chr3 47539503 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10559;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:19,2:13,2 chr3 47650304 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 chr3 47708086 . T TTTTTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 chr3 47769210 . C CCA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:2,4:6,1 chr3 48100231 . A ATTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0012432;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,7:0,4:1,3 chr3 48825028 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,5:4,2 chr3 49145119 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:3,4:10,1 chr3 49564269 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.295e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:17,11:9,10 chr3 50729353 . TTA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.053325;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:24,3:17,3 chr3 51515929 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0737;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,5:5,1 chr3 51527671 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.013574;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:12,6:6,3 chr3 51777374 . A AACACAC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.032319;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,10:13,6:10,4 chr3 52793297 . A AT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.013344;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,8:15,4:10,4 chr3 53316596 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,10:3,5:3,5 chr3 53555439 . T TGG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,4:14,2:7,2 chr3 55589215 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:12,3:7,1 chr3 57649530 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0026369;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:9,6:8,7 chr3 59646497 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,4:3,1 chr3 64193563 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.0579e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:13,6:13,6 chr3 66941692 . TCTAG T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.017873;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,6:10,4:4,2 chr3 67679793 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,7:3,6:3,1 chr3 68148279 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.8779e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:13,12:12,9 chr3 69656637 . TGTGCAACA T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=3.2589e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:12,4:11,9 chr3 73162166 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0034955;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,14:7,9:9,5 chr3 74233543 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=5.8154e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:6,7:11,7 chr3 75443072 . CATATATAT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.056191;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,7:5,3:5,4 chr3 75466093 . TTCTCTC T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049667;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,7:9,6:4,1 chr3 75544518 . T TA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,3:4,5 chr3 75630855 . T C 0 PASS DP=432;GPV=1;SPV=0.0086559;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:193,34:89,14:104,20 chr3 75636215 . TTTACA T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.00073785;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:34,18:23,7:11,11 chr3 75799240 . G A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.043876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:65,8:37,6:28,2 chr3 76160831 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00040665;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:15,4:18,8 chr3 76603332 . CAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:6,3:6,1 chr3 76941714 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=3.6992e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:14,10:10,8 chr3 77437661 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.4652e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:15,11:11,8 chr3 78712038 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,2:5,3 chr3 82029772 . A C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=8.5764e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:15,6:21,6 chr3 82731343 . T TCA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.045958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,9:13,3:8,6 chr3 83829507 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0018636;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:23,7:14,4 chr3 84560279 . T TA 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0019283;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:13,2:24,7 chr3 84817008 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=6.8751e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:8,7:12,5 chr3 85175919 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,4:5,1 chr3 85327554 . C CCACACACA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,3:6,2 chr3 85769360 . GTA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.036961;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:15,7:8,3 chr3 85776336 . T TACACAC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048633;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,8:8,1 chr3 86455500 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=4.5883e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:23,6:13,8 chr3 86819647 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.25076;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:11,1:18,3 chr3 86843970 . T TAAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,3:5,2 chr3 86934470 . CTA C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.13232;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:19,1:15,3 chr3 87168932 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,3:11,1 chr3 88600837 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6063e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:7,7:12,8 chr3 89415467 . A AATATATATATATATAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:15,1:6,3 chr3 89570143 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032087;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,12:17,7:4,5 chr3 90078631 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=9.0699e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:19,5:13,9 chr3 90709652 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=7.1674e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:3,17:1,6:2,11 chr3 90793933 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041838;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:10,2:13,3 chr3 90798273 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.019069;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:1,1:22,8 chr3 90819203 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.13808;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:34,4:1,0 chr3 90820754 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0075937;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:26,4:11,5 chr3 90940738 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.03083;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:18,4:24,6 chr3 90946971 . A C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:1,1:4,7 chr3 90960127 . T C 0 PASS DP=427;GPV=1;SPV=0.017457;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:202,25:43,5:159,20 chr3 90960336 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.049167;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:25,3:18,2 chr3 90964893 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:21,4:1,0 chr3 90972114 . T A 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.046319;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:118,20:8,1:110,19 chr3 91033421 . C G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.22913;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:17,3:3,1 chr3 91114091 . C G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:0,1:4,5 chr3 91136381 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 chr3 91155170 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 chr3 91168881 . T A 0 PASS DP=270;GPV=1;SPV=0.039095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:127,20:46,5:81,15 chr3 91185986 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.071233;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:14,1:22,3 chr3 91257575 . A T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.023;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:11,6:22,6 chr3 91734902 . T G 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.020773;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:74,14:52,10:22,4 chr3 92895933 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.11326;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:17,4:24,1 chr3 93231826 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0097821;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,5:7,2 chr3 93628962 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 chr3 95045306 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.2804e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:8,10:10,10 chr3 95799926 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=2.1763e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:13,13:17,6 chr3 97179717 . G GTCTCTCTC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.047969;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:11,5:12,4 chr3 97516006 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00016135;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:14,8:6,4 chr3 97669261 . G GT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0012641;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:13,5:14,4 chr3 98689394 . T TATACATGGAAACATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,2:3,2 chr3 98761022 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00030829;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:22,5:13,8 chr3 102475930 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.6232e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:18,10:13,9 chr3 103575380 . A G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=5.1599e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:7,8:12,8 chr3 104230578 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:2,5:8,1 chr3 104405069 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:3,3:8,1 chr3 105280352 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1019;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,2:17,2 chr3 106155491 . GCA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.015187;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:13,11:8,2 chr3 107251876 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00055017;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:16,6:18,6 chr3 107829977 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,5:5,1 chr3 108704397 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,4:7,2:6,2 chr3 108780415 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.7129e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:14,7:15,12 chr3 109355488 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:12,7:2,1 chr3 109421528 . T TC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0090069;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,8:4,1 chr3 111869715 . G T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.048716;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:12,2:16,3 chr3 112483140 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,6:5,1 chr3 113087776 . A AGT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0064207;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:15,11:12,6:3,5 chr3 113113781 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,11:1,8:6,3 chr3 113683464 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:5,2:6,2 chr3 115111003 . TAA T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.013855;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:17,4:18,2 chr3 118309745 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.2466e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:6,5:10,12 chr3 119504434 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=7.4019e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:25,25:13,15:12,10 chr3 119662233 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0033075;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:12,6:1,2 chr3 120377256 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0018544;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:10,1:6,8 chr3 121486895 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:5,3:2,2:3,1 chr3 123152111 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024337;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:3,8:9,1 chr3 124437274 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.030818;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:16,6:17,1 chr3 126807268 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.0613e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:10,8:4,5 chr3 133107455 . G GGT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0033467;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,8:9,4:5,4 chr3 135035840 . A C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.8928e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:13,10:14,9 chr3 135277886 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,2:0,1:1,1 chr3 135588978 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024419;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:11,7:6,3 chr3 137401062 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=9.5596e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:18,7:17,5 chr3 138005386 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033449;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:2,2:14,10 chr3 138100978 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.6652e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:16,9:12,13 chr3 141458365 . T TTATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.005394;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:9,8:4,2 chr3 142496280 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,5:0,4:0,1 chr3 142528879 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0625;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:2,1:2,2 chr3 142919712 . CTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:7,3:4,2 chr3 143854335 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=5.0272e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:8,8:14,9 chr3 143929350 . TAG T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.021372;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:13,4:16,1 chr3 143967825 . AC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2 chr3 147567553 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:14,4:7,1 chr3 147669410 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=3.684e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:40,16:14,8:26,8 chr3 148190448 . A AACACACACACACACACAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.020817;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:8,4:9,3 chr3 148565382 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021135;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,4:9,1 chr3 150111994 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:6,3:2,1 chr3 151071977 . T TTGTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.04952;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,3:6,5 chr3 152727690 . AAGAGAGAGAGAGAGAG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.011438;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,4:3,2:0,2 chr3 152988157 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.040975;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:9,4:22,6 chr3 153038706 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.062923;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:20,3:19,2 chr3 153264487 . A AAC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.037551;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:15,4:9,1 chr3 154187380 . A ATT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00044676;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:9,7:6,5 chr3 154667490 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,4:8,1 chr3 157202415 . C A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.040969;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:14,6:21,2 chr3 158518150 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,1:4,4 chr3 161289048 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:14,3:7,1 chr3 163096266 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.020382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,7:14,5:9,2 chr3 163902659 . T TAATA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,9:9,6:5,3 chr3 165738521 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,11:5,8:4,3 chr3 167775225 . T TTTA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0034869;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,5:12,6 chr3 169550820 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,8:4,2:7,6 chr3 169772316 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.21107;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:10,3:9,2 chr3 170158927 . G GA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.028751;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,9:8,7:10,2 chr3 170700348 . C CT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00014726;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:15,9:11,3 chr3 171478467 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.8834e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:11,11:10,11 chr3 171639566 . TA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1671;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,5:9,4:9,1 chr3 172156801 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.031443;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:18,6:25,1 chr3 175242572 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.1486e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:15,8:16,14 chr3 177090517 . T TAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046659;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:16,3:5,5 chr3 178908086 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.1049e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:7,15:15,8 chr3 179023713 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,7:2,3:2,4 chr3 179624571 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,4:18,1:4,3 chr3 179679794 . GT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:8,3:1,1 chr3 179847051 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0028187;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:10,6:16,4 chr3 180010267 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:2,3:12,1 chr3 180276865 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00082467;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:10,5:15,8 chr3 180877568 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=3.8427e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:14,12:13,12 chr3 181725038 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0062713;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,6:1,5:1,1 chr3 182762165 . C CAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010647;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,11:10,7:9,4 chr3 184075552 . A AACACACACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0086792;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,7:4,3 chr3 184542153 . A ACGACGAGACCCAGCTCACAATGGGAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,1:14,4 chr3 184640882 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 chr3 186625004 . T G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.064931;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:18,1:23,4 chr3 188294056 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:16,4:1,0 chr3 189881272 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0072131;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:31,1:8,7 chr3 191528605 . TA T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,2:13,2 chr3 191528613 . T TA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.060505;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,2:16,2 chr3 191528616 . TA T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.076851;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:16,2:16,2 chr3 192190468 . C CTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,4:2,1 chr3 194092184 . GGTTTT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.35217;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:9,3:2,1 chr3 195045214 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,3:4,3 chr3 195185100 . AG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,5:2,3:2,2 chr3 195498776 . G A 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.046033;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:86,10:62,8:24,2 chr3 195499154 . C A 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.025408;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:84,12:46,4:38,8 chr3 195649841 . CAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAAG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.024221;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:22,2:6,4 chr3 195730099 . CAAAAAAA C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.043916;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,11:17,9:5,2 chr3 195857983 . CAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:4,5:2,3 chr3 195872023 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.039859;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:16,9:12,2 chr3 196025207 . ACGC A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,3:16,2 chr3 196766931 . C CGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.046544;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,9:14,6:3,3 chr3 196769817 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.010302;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,10:8,3:11,7 chr3 197652901 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.017918;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:20,1:7,4 chr3 197664611 . A G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.049555;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:25,9:19,4 chr3 197665269 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.028535;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:5,2:36,13 chr3 198103423 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018146;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,3:4,4 chr4 21086 . TA T 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.038694;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:76,18:34,10:42,8 chr4 21124 . C T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.019434;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:57,15:16,6:41,9 chr4 28967 . C T 0 PASS DP=500;GPV=1;SPV=0.020359;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:267:236,31:115,17:121,14 chr4 30599 . C T 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.030157;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:110,15:57,6:53,9 chr4 47344 . G T 0 PASS DP=430;GPV=1;SPV=0.032683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:235:209,26:108,11:101,15 chr4 1152938 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:3,5:6,1 chr4 1357096 . C G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.04248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:17,5:25,6 chr4 1424134 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:11,6:1,2 chr4 1615502 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00012864;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:6,9:1,2 chr4 4076282 . G GTATGTA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.13283;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:28,4:14,1:14,3 chr4 4857672 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.023724;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:18,5:21,2 chr4 5740470 . CAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023166;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,2:7,3 chr4 6067677 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.037705;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:7,3:15,3 chr4 7362923 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,4:5,2:11,2 chr4 7525810 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,1:4,3 chr4 7862415 . C G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,2:6,2:0,0 chr4 8823593 . CAAAAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:2,5:7,1 chr4 8842317 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.002173;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:2,4:1,5 chr4 9249263 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.086687;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 chr4 9710191 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=2.0186e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,23:12,16:15,7 chr4 10778181 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.079656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,3:15,1 chr4 10953112 . ATCTTTCTTTCTTTCTT A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0023163;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,7:4,2:11,5 chr4 14436315 . C CAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,7:13,4:3,3 chr4 15790424 . G A 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.0084712;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:63,8:35,4:28,4 chr4 16004829 . T TTCTTTCTTTTTTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:4,1:17,4 chr4 16094108 . GGAGAGAGAGAGAGAGA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:12,3:6,1 chr4 16179788 . T TTATATATATATATATATGTGTATA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.040844;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,3:10,3 chr4 16312513 . CT C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.017433;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:18,7:6,2 chr4 17182251 . TTG T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.044315;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:15,2:14,5 chr4 17440806 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0047587;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:11,3:3,3 chr4 17703014 . C G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=7.4469e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:29,24:14,11:15,13 chr4 19226220 . AAT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:3,2:7,7 chr4 19543854 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.7594e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:14,10:12,8 chr4 19683119 . C A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0011232;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:13,5:21,6 chr4 20748560 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,4:0,2:1,2 chr4 22316714 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.092709;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,2:14,2 chr4 22389501 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0014573;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:6,11:10,6 chr4 23724299 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.018169;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:17,5:29,1 chr4 23727998 . T TAAAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,11:5,7:3,4 chr4 24049324 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 chr4 26210662 . T TC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2 chr4 26210686 . C CTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:0,1:4,1 chr4 26793722 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:7,7:7,1 chr4 27175793 . CTTTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0059543;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,6:1,1:9,5 chr4 27218850 . A AT 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0011791;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:25,7:6,2 chr4 27808133 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,8:5,2 chr4 28359297 . A G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00079295;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:18,6:16,4 chr4 29872258 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=4.1611e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:14,11:6,6 chr4 31720292 . G GT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:1,2:3,2 chr4 31798786 . C CGTGTGT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0062769;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,13:12,10:10,3 chr4 31861304 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0029048;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:17,7:20,4 chr4 32090979 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=6.109e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:41,16:25,9:16,7 chr4 32185674 . A T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.002307;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:24,4:23,5 chr4 32201646 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 chr4 32703978 . C CA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0014364;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,3:10,7 chr4 33791174 . G C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00019843;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:20,8:22,4 chr4 35203275 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:9,2:4,4 chr4 36161793 . CAAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:5,3:4,2 chr4 38733519 . GTGTTGGTGT G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.046608;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,5:11,2 chr4 39621686 . CTTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011976;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,8:10,7:2,1 chr4 40579423 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:5,2:4,4 chr4 40862856 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.021719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,12:15,11:2,1 chr4 43758090 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,2:14,2 chr4 44556770 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,3:13,2 chr4 45867458 . G GTGTATATATATATATA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:3,2:4,2 chr4 46289907 . ATT A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:22,3:12,2 chr4 48054636 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,1:12,4 chr4 48328708 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0087456;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,4:10,3 chr4 48525196 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,4:7,6 chr4 49092498 . C CTCCAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,4:3,2:2,2 chr4 49158430 . C A 0 PASS DP=304;GPV=1;SPV=0.031269;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:141,24:84,16:57,8 chr4 49160935 . CA C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.017397;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:19,6:20,9 chr4 49165571 . G T 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.018516;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:88,17:56,9:32,8 chr4 49165572 . G A 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.042337;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:88,15:56,7:32,8 chr4 49166740 . A T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.020034;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:56,16:20,9:36,7 chr4 49172846 . C T 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.038903;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:95,11:59,6:36,5 chr4 49203841 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0047291;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:48,14:24,9:24,5 chr4 49265404 . G A 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.011339;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:107,18:56,10:51,8 chr4 49303883 . A C 0 PASS DP=403;GPV=1;SPV=0.049703;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:183,34:57,17:126,17 chr4 49322686 . A C 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.028229;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:80,19:50,10:30,9 chr4 49487962 . T C 0 PASS DP=484;GPV=1;SPV=0.028327;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:254:214,40:132,28:82,12 chr4 49489739 . TA T 0 PASS DP=258;GPV=1;SPV=0.037715;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:109,22:77,18:32,4 chr4 49496839 . C T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.033017;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:62,14:33,8:29,6 chr4 49519551 . CT C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.011027;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:59,8:31,2:28,6 chr4 49527442 . G A 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.010246;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:63,20:39,15:24,5 chr4 49529342 . G C 0 PASS DP=592;GPV=1;SPV=0.0055449;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:317:277,40:165,24:112,16 chr4 49533523 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.046806;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:61,11:41,5:20,6 chr4 49537433 . C G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.019956;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:46,16:22,12:24,4 chr4 49542539 . G A 0 PASS DP=427;GPV=1;SPV=0.0057894;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:173,28:108,19:65,9 chr4 49555640 . AG A 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.022795;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:86,18:50,14:36,4 chr4 49575288 . T C 0 PASS DP=830;GPV=1;SPV=0.0027971;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:443:393,50:222,14:171,36 chr4 49586916 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.068062;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:22,1:20,4 chr4 49850379 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.037462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,6:13,4 chr4 49851921 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0094549;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,5:6,2 chr4 49939383 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.14664;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:30,4:0,0 chr4 50038969 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.033201;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:17,3:20,2 chr4 50184328 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.022285;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:7,1:19,4 chr4 50313315 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 chr4 50463062 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 chr4 51200019 . T C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,2:0,1 chr4 51366296 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.010902;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:21,7:1,1 chr4 51482938 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 chr4 55112523 . ATT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02825;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:15,6:5,4 chr4 55599562 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=9.2297e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:11,8:9,6 chr4 57004352 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0038335;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:7,3:1,4 chr4 57745313 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.6766e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:11,9:22,8 chr4 62365096 . A AAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00062679;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,12:2,6:12,6 chr4 62386861 . TAATTA T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.047782;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,4:11,2:12,2 chr4 62461367 . G GTA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:6,4:3,1 chr4 63196055 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047649;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,2:12,5 chr4 65150951 . CTCTTTCTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:1,1:3,1 chr4 65879955 . G T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=5.7369e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,15:19,6:18,9 chr4 67908105 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.2487e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:12,11:16,6 chr4 68430719 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.7488e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:9,10:10,6 chr4 71724273 . G GT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:6,3:2,1 chr4 72041131 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=6.0035e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:12,6:17,6 chr4 74589660 . A AAAGAAAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.023057;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,11:14,7:12,4 chr4 75109844 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,2:2,1:1,1 chr4 75132082 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.025792;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:17,3:24,4 chr4 75648366 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:5,2:3,1:2,1 chr4 76916700 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0097756;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:18,5:13,9 chr4 76918370 . C G 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.042657;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:80,13:29,7:51,6 chr4 77797102 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.043236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:5,5:5,1 chr4 78930885 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,11:11,4:7,7 chr4 80729592 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,5:3,2 chr4 83466706 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0011564;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:23,7:13,5 chr4 83578938 . T TTTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:2,1:21,3 chr4 84635633 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10299;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:2,1:35,4 chr4 84784885 . TATATATAC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,2:2,5 chr4 85570379 . T TTTC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,4:7,2:8,2 chr4 86932059 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,5:4,1:1,4 chr4 87505725 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.056777;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:11,1:18,3 chr4 88231894 . C CTCTCTCTCTCTGTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021064;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,11:8,3:4,8 chr4 91138278 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:5,2:0,5 chr4 91879966 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.0683e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:7,7:18,9 chr4 94087635 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.035616;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:14,2:21,3 chr4 95130728 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.036816;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:10,2:7,5 chr4 98021197 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.014547;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:14,5:6,5 chr4 98308297 . C CTATATATATATATA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1 chr4 98651864 . CTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:1,3:2,2 chr4 98809849 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,4:7,3:7,1 chr4 99506685 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.098889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:12,1:20,3 chr4 99580151 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.6764e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,4:7,7 chr4 99879928 . CCTA C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011404;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,12:12,3 chr4 100244880 . T A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0077364;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:19,4:12,2 chr4 100394409 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.036308;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:14,5:17,3 chr4 100864149 . T TCTGTTTTGGTACCAAAACCATG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11667;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:10,2:10,1 chr4 102104244 . A AT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0060915;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,8:10,1 chr4 102864425 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030178;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,7:8,3 chr4 104192187 . AGTGTGTGT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00042498;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,16:13,12:10,4 chr4 104844854 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.3642e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:14,15:14,6 chr4 105621869 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.8323e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:11,6:16,8 chr4 108175384 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.044595;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:19,5:1,1 chr4 109239396 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:10,4:6,1:4,3 chr4 109600286 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.0945e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:11,13:11,7 chr4 110333607 . CT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.049659;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,3:12,2 chr4 111158096 . A T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.4098e-13;SS=2;SSC=128;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:17,29:9,14:8,15 chr4 116499744 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.081098;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:18,1:15,3 chr4 118645727 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0092391;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:7,3:12,11 chr4 122130051 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.6286e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:35,19:20,7:15,12 chr4 122811152 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.075047;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,5:16,4:12,1 chr4 122811153 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.065377;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,5:15,4:11,1 chr4 122918612 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=8.7554e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:14,10:9,3 chr4 124870777 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0092505;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:2,2:8,3 chr4 125372363 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00052629;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:4,8:6,4 chr4 125416368 . AT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054114;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:14,5:6,3 chr4 125814620 . T TAC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.030258;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:16,7:10,3 chr4 126826572 . G GTATA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,8:6,7:0,1 chr4 126826600 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:3,1:2,1 chr4 128112466 . A AT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 chr4 128166964 . CTCTCTCTA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0070686;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:3,4:10,2 chr4 128569414 . G GTC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.026923;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:15,6:11,5 chr4 130205019 . C A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.7469e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:31,26:16,13:15,13 chr4 130270827 . G GT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:1,4:7,1 chr4 130854009 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00013424;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:17,11:16,4 chr4 131135835 . G GCACACA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.045915;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,10:10,8:11,2 chr4 131740266 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.004483;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:2,2:9,4 chr4 132831138 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00029821;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:18,6:14,6 chr4 132902637 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,4:5,1 chr4 133496249 . TATATAC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037594;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 chr4 134641189 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.010272;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,7:10,3 chr4 134956521 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,1:12,3 chr4 137022669 . G GA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.040564;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:21,5:6,2 chr4 138854401 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.22535;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:11,2:15,1 chr4 138923840 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11029;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:4,2:2,1:2,1 chr4 140614921 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0095364;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:11,6:2,3 chr4 140983742 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0014575;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,4:10,4 chr4 141119050 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.013909;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:6,1:14,4 chr4 145215419 . G GTTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:5,3:8,1 chr4 146765921 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=7.0418e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:35,17:20,8:15,9 chr4 147798761 . CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:2,6:0,3:2,3 chr4 147867863 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:2,5:3,1 chr4 149267825 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.862e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:9,12:16,6 chr4 150086512 . T A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0064693;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,5:12,6 chr4 150754542 . AG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,3:7,2 chr4 153163495 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,8:2,2:2,6 chr4 153456166 . G GAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.11527;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:24,2:21,4 chr4 153895592 . G GTTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:5,2:0,0 chr4 155173126 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.031711;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:19,2:20,4 chr4 155982067 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=4.2063e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:13,10:18,5 chr4 157669914 . T A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.0479e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:34,17:14,8:20,9 chr4 158916630 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,5:8,4:13,1 chr4 158916631 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.074336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,5:8,4:14,1 chr4 159005221 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,6:5,1 chr4 159430345 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00029985;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,5:8,5 chr4 160360770 . C CTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0025584;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,5:3,5 chr4 161052263 . C CTCTCTCTA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,2:2,1:1,1 chr4 161186214 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.3642e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:18,6:14,10 chr4 161342541 . TTTATGTTATGTTATG T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.043779;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,3:8,4 chr4 162351929 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,1:2,3 chr4 162485398 . GA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0014491;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,3:3,6 chr4 162657510 . AGAC A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.056049;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:16,4:8,1 chr4 162915733 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00047367;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:22,5:9,6 chr4 163199042 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.4696e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:10,8:15,8 chr4 163223224 . C CA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.031154;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:22,2:10,3 chr4 164497765 . G GAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0037259;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,14:8,11:6,3 chr4 165014989 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,5:4,3:8,2 chr4 166363782 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=9.0495e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:12,10:10,8 chr4 166665954 . A AATATATATG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:3,8:0,6:3,2 chr4 166666013 . T TA 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.1172;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:20,3:20,2 chr4 166666014 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.10871;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:21,3:19,2 chr4 167109021 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021089;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:3,2:12,11 chr4 167975896 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=9.4913e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:9,9:9,9 chr4 171518253 . CT C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.017274;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:15,3:14,2 chr4 171518255 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0069114;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:13,3:13,3 chr4 171656936 . G GTA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:5,4:0,1 chr4 173754359 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0033601;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:25,7:10,7 chr4 174859389 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013587;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:7,3:7,5 chr4 174862643 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.021726;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:11,7:4,2 chr4 176076213 . TA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,4:8,3:4,1 chr4 176421497 . A AT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.6461e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:10,9:18,6 chr4 177498550 . G GATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,2:2,2 chr4 177885341 . C CAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,9:4,6:0,3 chr4 179122135 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0032257;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:15,5:14,3 chr4 179566552 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0067977;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,2:5,4 chr4 180439431 . T TTA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,2:1,1:3,1 chr4 183407768 . CTT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0097931;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:7,5:11,9 chr4 183874991 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:4,3:1,3 chr4 184133165 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.011528;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:13,7:10,6:3,1 chr4 185584163 . GC G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,9:5,1 chr4 185874841 . G GC 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.024131;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:14,4:18,6 chr4 185874842 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.012735;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,4:10,6 chr4 185985229 . TTTTC T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045915;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,10:6,1:15,9 chr4 186540733 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.051203;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:8,3:12,3 chr4 187466874 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.079813;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,5:19,3:13,2 chr4 187652621 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014141;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,8:6,1 chr4 187901083 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00012624;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:10,4:12,7 chr4 188246179 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.46e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:16,10:14,5 chr4 188270840 . A AGCC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,5:10,1:6,4 chr4 188659313 . G A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=9.4727e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:42,26:20,9:22,17 chr4 188765953 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0031851;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:12,10:6,2 chr5 110378 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,4:7,1 chr5 302652 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.007417;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:13,11:5,4 chr5 727404 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.009628;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:5,6:5,4 chr5 1047356 . ATGAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0033308;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,4:6,9 chr5 1238415 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,2:9,2 chr5 2124221 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=6.3214e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:9,9:26,5 chr5 2406565 . CT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0062506;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,2:7,3 chr5 3961564 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.0255e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:11,10:19,4 chr5 4064997 . A C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:36:0,2:0,2:0,0 chr5 5610645 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.16368;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:4,1:23,2 chr5 5816583 . ATG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:6,2:2,8 chr5 7372251 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.083867;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,4:14,1 chr5 8775499 . CTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:1,4:7,2 chr5 9186029 . T G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.4522e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:14,8:16,11 chr5 9581458 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.4522e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:10,4:16,11 chr5 9761414 . GA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021052;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:20,5:6,2 chr5 10733208 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012681;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,10:2,3:9,7 chr5 13816555 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0023514;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,9:10,1 chr5 14609621 . ATTTTTTTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:6,4:1,3 chr5 14878438 . ATTT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0014893;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,11:7,9:6,2 chr5 15089076 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00062483;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:16,6:13,3 chr5 16242555 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0015751;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:17,7:3,2 chr5 16411124 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=2.1466e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:14,7:22,6 chr5 16818410 . G GTATATATATATA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,2:0,0:2,2 chr5 16942100 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 chr5 17113048 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.035372;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,5:4,1 chr5 19743921 . CAAAAAA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,7:7,6:6,1 chr5 20356751 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027967;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,7:14,1 chr5 20734951 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.020776;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:21,6:29,2 chr5 20838145 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,2:1,1:1,1 chr5 21222942 . T TTTTC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.023954;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,5:8,3:17,2 chr5 21265262 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00076085;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:17,7:11,3 chr5 21478808 . A G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.0016094;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:48,23:26,20:22,3 chr5 21735669 . A ATTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.046549;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:9,4:6,2 chr5 22460713 . A ATTTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:3,1:3,4 chr5 22470415 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016905;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:9,8:17,1 chr5 25997143 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.012627;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:20,5:10,3 chr5 26058682 . A ATT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011327;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:11,5:5,4 chr5 26442455 . T TGATAGATA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0067906;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:8,7:13,9 chr5 27790901 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,2:5,4 chr5 27835934 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12281;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:3,1:2,1 chr5 28251874 . GAAAGAAAA G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00011781;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,9:12,8:4,1 chr5 28251886 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0057854;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,9:10,8:3,1 chr5 30358840 . GAA G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,5:2,4:0,1 chr5 30922728 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:6,2:2,1:4,1 chr5 31199458 . GTA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10502;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,3:5,2:10,1 chr5 32158132 . T TACACACAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,6:2,5:0,1 chr5 34189559 . C T 0 PASS DP=445;GPV=1;SPV=0.035198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:224:189,35:127,20:62,15 chr5 38395421 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=7.3814e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:15,8:11,11 chr5 42069239 . T TTTC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.049793;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,8:9,3:9,5 chr5 42579149 . GAT G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.015826;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,9:8,3:12,6 chr5 42728250 . TTCTCTCTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:5,5:6,2 chr5 44685791 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,4:9,2:9,2 chr5 46663721 . G C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.015572;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:10,2:25,9 chr5 46972870 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,3:10,1 chr5 46985293 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.081731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:32,4:0,0 chr5 47002249 . T A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.044762;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:34,6:7,1 chr5 47073942 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 chr5 47103778 . A T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=7.8805e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:64,15:31,6:33,9 chr5 48226543 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 chr5 50140189 . G T 0 PASS DP=419;GPV=1;SPV=0.0033206;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:167,34:99,30:68,4 chr5 50143487 . G T 0 PASS DP=692;GPV=1;SPV=0.043168;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:379:333,42:181,23:152,19 chr5 50414528 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:10,3:3,1 chr5 51895903 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00022582;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:18,6:17,9 chr5 52891262 . C CTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.025265;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,9:8,7:5,2 chr5 53271173 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.3788e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:29,26:19,13:10,13 chr5 53492812 . ATTATATATATAATATATGTATATAATT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.030757;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:8,4:10,2 chr5 53993046 . C CA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.022271;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:13,3:20,2 chr5 54935204 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.010099;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:6,2:10,5 chr5 56166165 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016993;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 chr5 58350170 . A ATG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:4,4:8,1 chr5 60863625 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=5.5913e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:14,10:14,3 chr5 61569371 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.1442e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:10,11:10,5 chr5 62470816 . CTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.00043849;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,10:3,8:4,2 chr5 63823958 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.048842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:17,3:9,2 chr5 64606043 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:5,4:11,2 chr5 64878470 . TA T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,4:1,1 chr5 65004936 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0036482;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,13:1,6:5,7 chr5 65321708 . CTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5 chr5 66522544 . TA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.02849;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:18,1:13,9 chr5 69631390 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 chr5 69911442 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.049167;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:42,4:1,1 chr5 70339524 . C T 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.019787;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:44,1:30,8 chr5 70378692 . G C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0049019;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:15,7:10,6 chr5 70778416 . T G 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.03043;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:76,16:38,7:38,9 chr5 71116274 . CA C 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.00018069;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:33,20:27,17:6,3 chr5 71175667 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 chr5 71618544 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065489;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,3:12,1 chr5 71721271 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.03726;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:15,7:6,5:9,2 chr5 72102894 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.37564;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,4:3,1:9,3 chr5 77378046 . AC A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,4:9,1:9,3 chr5 80692235 . CAT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,3:4,1 chr5 80693224 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 chr5 81293248 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035434;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 chr5 82929000 . C CTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.043209;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,7:8,1 chr5 83350869 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.023022;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:15,1:22,4 chr5 83650632 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:11,7:2,1 chr5 83737041 . T TAGAGAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:5,2:7,2 chr5 83764973 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.8066e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:8,13:15,6 chr5 84522919 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0019161;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:14,5:16,2 chr5 85396299 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=3.295e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:14,3:11,10 chr5 85425650 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.6e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:13,10:18,7 chr5 89176455 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.4111e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:11,6:11,9 chr5 89187090 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.011977;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:13,2:12,4 chr5 89414231 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00059141;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:19,8:17,7 chr5 95078039 . C CATGTATCTGTCT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2 chr5 97577406 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.9514e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:17,5:13,11 chr5 97629863 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.060295;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:16,3:11,1 chr5 97629864 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:19,3:11,1 chr5 98138582 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0094148;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,4:5,6 chr5 98756790 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=7.6074e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:16,14:11,5 chr5 98864517 . CAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.034767;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:10,7:3,1 chr5 99225249 . G GC 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.010345;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:25,3:16,5 chr5 99402438 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00039484;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:11,10:9,6 chr5 99642003 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.2141e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:33,27:22,17:11,10 chr5 100493024 . AAT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:6,3:5,1 chr5 101547616 . GTA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:6,3:2,2 chr5 102779886 . C CATAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,4:2,1 chr5 103370179 . C CTATA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0095459;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:2,11:2,5:0,6 chr5 103820598 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034961;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:12,9:6,2 chr5 104223378 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:5,2:4,2 chr5 104667584 . C G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,4:8,1:1,3 chr5 105902354 . G GT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0048071;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,8:10,4:12,4 chr5 106555754 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 chr5 107763997 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.4899e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:9,8:9,12 chr5 113187754 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,10:5,9:2,1 chr5 113346636 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,5:13,1:11,4 chr5 113735616 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.039775;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,3:15,1 chr5 113786209 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0071396;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,4:4,3 chr5 114504168 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.049835;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:16,4:20,7 chr5 115793449 . CGTGT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0062699;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,11:2,7:8,4 chr5 116327605 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14672;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,3:10,1:7,2 chr5 116883195 . G GA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,2:5,1:1,1 chr5 117149034 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00020455;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:13,2:13,9 chr5 118934272 . T TA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:7,4:6,1 chr5 120516423 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,2:3,2 chr5 121294570 . TG T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.16084;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,5:9,2:13,3 chr5 121496862 . T TAC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0039721;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,12:17,10:9,2 chr5 122362993 . A AT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0026611;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,4:8,5 chr5 122783083 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00090199;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,4:12,5 chr5 125728450 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0059787;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:12,4:15,2 chr5 128539884 . T TCA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,2:0,2:0,0 chr5 128568884 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0023815;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,9:1,8:2,1 chr5 128760745 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.017137;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:15,9:6,5 chr5 128863776 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:11,1:15,5 chr5 131179474 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,2:4,1:3,1 chr5 132433778 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.003085;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:11,8:3,2 chr5 135530280 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=3.256e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:30,23:13,16:17,7 chr5 136936478 . T TTA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.034629;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,3:9,1 chr5 137951209 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023812;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,7:10,6:6,1 chr5 138309734 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13283;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,3:14,1 chr5 138693351 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.044156;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:2,1:17,4 chr5 139068673 . AAG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.010266;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,5:7,6 chr5 140960717 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,4:11,2:11,2 chr5 141271696 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.9441e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:16,9:15,6 chr5 141315300 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0066622;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,6:6,3:9,3 chr5 141455860 . ATTAT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0051599;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:11,10:10,2 chr5 142608583 . TACAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,3:0,1:3,2 chr5 144047478 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:11,13:13,4 chr5 145421522 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.11998;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,1:16,3 chr5 146086024 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.16752;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:18,3:7,2 chr5 146131496 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.029826;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:17,9:11,3 chr5 146438006 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,2:4,2 chr5 146708356 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011315;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,10:11,6:5,4 chr5 146875502 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.6503e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:6,8:13,11 chr5 147949033 . GATGTAAATATATATACATTATATATACA G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0065453;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,2:13,8 chr5 148979723 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.0446e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:10,11:13,4 chr5 149900375 . G GTATATATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:3,2:3,3 chr5 149920938 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.022541;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:12,3:2,1 chr5 152298973 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00040366;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:13,8:16,3 chr5 154219834 . T TCACACACACACACACA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.056428;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,2:9,4 chr5 156239399 . C CAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:2,4:3,1 chr5 157111969 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:3,3:0,2:3,1 chr5 157182105 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.799e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:16,8:12,9 chr5 157219113 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:9,5:6,2 chr5 157476166 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.2498e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:14,9:8,7 chr5 158956754 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,5:2,1 chr5 159227875 . CTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030593;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:1,1:18,7 chr5 161336814 . C CAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0013479;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,11:12,8:9,3 chr5 161509760 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.1149e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:11,9:10,10 chr5 161829603 . AAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:8,4:12,1 chr5 164130085 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:1,6:3,3 chr5 164995450 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.042605;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:8,5:13,4 chr5 165021986 . AATAT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,4:3,1 chr5 166028483 . CT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0014035;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:6,9:18,3 chr5 167872316 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,2:0,1:0,1 chr5 168703226 . T TTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:7,2:7,2 chr5 168714743 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.2297e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:12,9:16,8 chr5 169137303 . CAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:4,1:0,1 chr5 169189527 . GATATATATATATAT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:8,3:3,1 chr5 171562612 . T TATATAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01393;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,3:7,3 chr5 171562655 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:1,3:3,5 chr5 171690066 . C CATAG 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.05944;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,5:16,2:14,3 chr5 172525610 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.2257e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:25,23:17,10:8,13 chr5 172804549 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16126;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:8,4:5,1 chr5 174722840 . G GT 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00019233;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,8:10,2 chr5 175386375 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=8.6921e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:32,24:19,8:13,16 chr5 175510173 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0049761;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:22,5:13,4 chr5 176014838 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:1,0:17,4 chr5 177499487 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,14:6,10:6,4 chr5 177872471 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.033452;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:16,2:15,9 chr5 177874892 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0050863;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,1:15,9 chr5 177967786 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:1,1:9,4 chr5 178041678 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.5449e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:15,9:9,5 chr5 178821674 . C CTTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:7,6:12,7 chr5 179441206 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0012784;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:20,3:11,5 chr6 310904 . T A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=1.9531e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:52,21:25,13:27,8 chr6 1905414 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.01696;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:1,4:10,2 chr6 2920154 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0045877;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,7:3,6:2,1 chr6 3234823 . G GTTCT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.044773;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:8,3:7,2 chr6 3925951 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.039892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:15,2:9,7 chr6 4432917 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,0:0,4 chr6 5444515 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.044118;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,2:1,1:1,1 chr6 5897460 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0019985;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:3,1:3,7 chr6 6304860 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00022182;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,16:7,13:3,3 chr6 8595870 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.018687;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,3:4,1:2,2 chr6 8853701 . G C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0044376;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,6:1,5:1,1 chr6 9013037 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0035042;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:0,2:3,7 chr6 10047852 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.004794;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,5:0,3:3,2 chr6 10474352 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00079857;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,6:2,2:2,4 chr6 14582704 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0026065;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,2:8,4 chr6 15415603 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,4:7,2 chr6 18670753 . T TCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,0:0,4 chr6 19182361 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.2061e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:3,7:4,8 chr6 21784591 . ATATATAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,2:2,1:1,1 chr6 26453583 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:2,3:1,2:1,1 chr6 26884833 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00090694;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,4:4,3 chr6 26884873 . T TCCC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.019122;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3 chr6 27208925 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.005895;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:2,4:6,1 chr6 27676094 . G GT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.006706;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,2:2,2 chr6 27959755 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=4.0518e-10;SS=2;SSC=93;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:4,17:3,8:1,9 chr6 29980519 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,3:1,1:4,2 chr6 32067094 . AATG A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.095186;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:24,2:13,3 chr6 32242530 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:10,2:9,2 chr6 32415088 . TA T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.03684;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:48,8:23,1:25,7 chr6 33526158 . TA T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10242;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:27,3:7,1 chr6 35802004 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.2053e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:15,6:10,9 chr6 37402786 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:3,3:0,2:3,1 chr6 38289261 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.6033e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:34,19:18,7:16,12 chr6 40113950 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12713;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:23,3:15,3 chr6 40113951 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11483;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:24,3:14,3 chr6 42716612 . G GT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,3:5,1 chr6 48953532 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0032221;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,4:2,3 chr6 50560396 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,7:6,6:4,1 chr6 51058706 . AT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01188;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:4,2:10,4 chr6 51330108 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0023062;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:5,6:14,3 chr6 52838757 . A G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=9.5945e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:10,13:13,10 chr6 53226342 . TTTTATA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22398;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:3,3:10,1 chr6 54142918 . C CA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0034605;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,9:10,5:18,4 chr6 54533007 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.9748e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,21:11,6:9,15 chr6 55043370 . T TG 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.018314;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:13,2:22,5 chr6 55220155 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=5.1525e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:15,10:13,11 chr6 55567296 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.3189e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:30,23:13,9:17,14 chr6 56872833 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 chr6 57371143 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.070922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:3,3:18,1 chr6 57439404 . GTTT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:6,3:3,1 chr6 57722372 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.01724;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:32,6:15,2 chr6 58233071 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,2:9,4 chr6 58450569 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.22913;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,4:0,0 chr6 58555199 . T A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.03374;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:80,12:27,2:53,10 chr6 59563748 . G A 0 PASS DP=464;GPV=1;SPV=0.013039;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:255:229,26:51,9:178,17 chr6 59623233 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 chr6 59781933 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:28,2:2,2 chr6 60287954 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,5:2,1:2,4 chr6 61245245 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0017223;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:15,5:19,5 chr6 63242386 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.022078;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,6:11,4:7,2 chr6 65492336 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.011201;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:19,5:12,4 chr6 65730800 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.053889;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,2:15,2 chr6 65737373 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035086;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,6:11,3:11,3 chr6 65737415 . T TATAC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:12,2:16,2 chr6 67213948 . GATAT G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.060034;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,4:9,2:15,2 chr6 68471407 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.065934;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:2,1:0,1 chr6 70113842 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.066203;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,5:3,2 chr6 70831938 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00070294;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:21,4:8,5 chr6 72549326 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0084228;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:18,4:18,4 chr6 72941373 . TTTCCTCC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:0,0:4,2 chr6 73034859 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,3:11,1 chr6 73573302 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.6753e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:9,11:14,7 chr6 75046689 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,2:2,1:3,1 chr6 76557631 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.051748;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,1:18,3 chr6 77485738 . ATC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,1:10,3 chr6 78462066 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.0868e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:15,8:6,3 chr6 80055046 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.6056e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:12,10:11,12 chr6 84111838 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.8323e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:15,8:12,6 chr6 84553785 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=6.2178e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:13,12:12,8 chr6 85139497 . TA T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.012113;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:24,6:22,4 chr6 86079873 . TG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 chr6 86084768 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00022479;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:18,10:16,3 chr6 86919045 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.407e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:9,5:15,9 chr6 89898209 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,4:0,2:5,2 chr6 89898210 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,4:0,2:5,2 chr6 92600290 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.4665e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:12,10:17,6 chr6 92865613 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.006558;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:20,4:17,3 chr6 93868128 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.0101e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:11,6:5,9 chr6 94020487 . C CTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:1,5:2,2 chr6 94693792 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.029299;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:17,3:20,2 chr6 94877715 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.7628e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:19,6:8,11 chr6 95761800 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.057784;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,3:20,1 chr6 96014087 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.4866e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:34,20:20,11:14,9 chr6 96606824 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0018869;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:10,3:13,4 chr6 102982459 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0014491;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:15,5:23,5 chr6 103661442 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0004646;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:9,8:14,3 chr6 104029816 . A AT 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=3.0489e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:17,5:14,13 chr6 105100608 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.015574;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,2:11,9 chr6 109266216 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=4.8252e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:11,9:10,8 chr6 111552074 . TCTGTAAGATAACACACCTGCTCGGTGCC T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=9.7235e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:15,9:14,3 chr6 115737485 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.016865;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:19,9:9,1 chr6 115845939 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.1232e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:17,10:14,7 chr6 116865987 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:9,2:13,2 chr6 117043420 . A T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=4.0601e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,15:21,9:16,6 chr6 117204895 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=2.509e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:11,8:14,11 chr6 117327934 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.406e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:7,8:17,4 chr6 120492825 . G GT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,7:6,5:2,2 chr6 122939368 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.5438e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:2,5:12,7 chr6 125115312 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.2777e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,23:11,5:16,18 chr6 125388817 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037585;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,6:8,3 chr6 127107190 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:18,7:13,4 chr6 127400962 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,2:9,3 chr6 128108069 . A AAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.041933;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,6:12,3:9,3 chr6 128995167 . A T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=7.3375e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:15,7:14,7 chr6 129256765 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,4:5,1 chr6 129718386 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.30847;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:16,2:8,1:8,1 chr6 131887554 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 chr6 132188514 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0079864;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:8,6:1,1 chr6 132812197 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.010225;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,9:6,2 chr6 135134361 . C G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=7.7318e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:21,11:12,3 chr6 137563806 . T TAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:19,3:2,1 chr6 137869337 . A AGATG 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.016315;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:47,19:29,10:18,9 chr6 138793970 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0038641;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,10:4,2 chr6 139193824 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,1:8,4 chr6 140483649 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=3.9692e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:33,20:18,10:15,10 chr6 140605492 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19369;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,5:5,4:5,1 chr6 141678628 . T TG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,1:8,4 chr6 143935212 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00010084;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:14,8:15,7 chr6 145235631 . T A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.004662;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,7:0,5:0,2 chr6 145276229 . AT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026073;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,5:9,3:3,2 chr6 147579454 . ATT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,3:6,4 chr6 147797074 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,3:5,2 chr6 148504588 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.4436e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:19,5:17,9 chr6 149234864 . G GA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.034441;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,8:12,7:2,1 chr6 150582652 . C CTGTGTGTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.01623;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:3,6:3,3 chr6 152988793 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,1:6,1 chr6 153664278 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=9.559e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:15,8:11,7 chr6 153851624 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015475;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,4:5,5 chr6 154331369 . AG A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.052565;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:19,3:17,3 chr6 154525428 . CATATAT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:3,2:21,2 chr6 154721214 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0039984;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,7:5,3 chr6 154955391 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:14,3:6,1 chr6 155094546 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.32712;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:7,3:3,1 chr6 156440895 . G GAAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.051834;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:20,1:4,3 chr6 157060630 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00078745;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,11:0,7:3,4 chr6 158020219 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031408;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:6,3:9,1 chr6 158380894 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027218;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:6,3:2,1 chr6 161516848 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.23684;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:8,2:3,1:5,1 chr6 162840075 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,1:8,7 chr6 163269971 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:20,4:0,0 chr6 164431026 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0044903;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:12,3:21,4 chr6 164931741 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.04741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,6:5,2 chr6 164998919 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00019233;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:11,4:14,6 chr6 165128078 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.01188;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,6:12,3:2,3 chr6 166021090 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16591;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,3:13,1 chr6 167169069 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.039749;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:12,8:21,4 chr6 168058269 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:6,1:15,3 chr6 169006874 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:4,3:3,2:1,1 chr6 169222817 . GA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,5:7,4:3,1 chr6 170220841 . G GAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.013906;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:11,9:2,2 chr6 170466290 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:7,3:16,2 chr7 125989 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:8,5:3,1 chr7 742841 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,5:14,2:7,3 chr7 900880 . CGAA C 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.012058;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:48,6:20,2:28,4 chr7 1784983 . T TTTCA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.16556;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,4:21,3:10,1 chr7 1785213 . CGTTCTTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043486;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4 chr7 1786165 . T TC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.027438;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,5:1,4:5,1 chr7 2283028 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.032677;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:19,2:12,5 chr7 2365625 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0062705;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:7,5:20,6 chr7 2499632 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0024716;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:52,11:23,5:29,6 chr7 2708118 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=8.388e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:16,4:16,9 chr7 3700286 . A C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00012616;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:8,5:19,5 chr7 4283561 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.030925;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,5:10,4:6,1 chr7 4945185 . T TTTCTTCTTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:2,3:11,1 chr7 5242710 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:18,3:7,1 chr7 6207086 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,2:3,2 chr7 6641248 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=4.4921e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:19,5:20,11 chr7 6885994 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1 chr7 7723348 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=3.5101e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:11,9:20,10 chr7 7784756 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,7:3,5:3,2 chr7 7964089 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.1287e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:15,7:12,9 chr7 8339959 . C CCT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:1,3:7,2 chr7 8995723 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:8,5:1,1 chr7 9154860 . T TA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0026989;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,4:7,4 chr7 9307186 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,2:0,0:4,2 chr7 9522092 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.023032;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:15,8:3,1 chr7 10335426 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=6.8006e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,22:15,12:11,10 chr7 11076567 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0036151;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:9,6:1,1 chr7 11917838 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.3877e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:14,9:11,7 chr7 12276954 . A G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.153e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:14,11:13,8 chr7 14260855 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00029634;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:20,6:19,5 chr7 14723024 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.077337;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,2:17,2 chr7 16731927 . A AT 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.03699;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,7:6,6:14,1 chr7 18098177 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0027963;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:14,2:14,5 chr7 19219807 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,5:5,3:13,2 chr7 19299685 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0033096;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:15,5:23,4 chr7 21828760 . G GT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0027946;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:9,6:9,3 chr7 21956238 . A AT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 chr7 21971073 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.067927;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,7:9,3:17,4 chr7 23364547 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 chr7 24215811 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13094;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,7:10,3:4,4 chr7 24388530 . C CTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.069102;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:9,3:9,3 chr7 24428043 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.010479;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:12,9:5,5:7,4 chr7 25085914 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024176;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:6,3:2,1 chr7 25749249 . T G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:14,3:6,1 chr7 27613172 . TAA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:4,3:3,2 chr7 29538789 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=6.2994e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:18,6:11,8 chr7 30056742 . AGTGT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012749;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:2,5:5,1 chr7 30126166 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0012929;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:5,4:8,8 chr7 30126168 . C CAGGCTTGTGTGAAGGCCCTGA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.018715;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,2:9,7 chr7 31859456 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:1,3:0,1:1,2 chr7 32572431 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.071749;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,2:17,2 chr7 34805479 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0036984;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,7:3,1 chr7 37270883 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.032477;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:10,6:3,3:7,3 chr7 37292568 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:5,2:14,2 chr7 39071654 . AACACAC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027751;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:7,3:2,2 chr7 41793616 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:12,1:1,3 chr7 41829126 . A AATTTCCCTTAGGC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00429;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:17,8:7,6 chr7 43101336 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:0,0:1,4 chr7 43710371 . A AAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 chr7 43910382 . ATTT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:7,2:7,6 chr7 43974178 . T TC 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.049981;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,7:12,6:11,1 chr7 44687091 . A AT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048875;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,8:4,4:11,4 chr7 44914984 . G GTAAAATAAAATAAAATAAAA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046858;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:8,4:16,2 chr7 45933631 . G GTGTGTATATATATATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:1,2:2,2 chr7 46322435 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.029113;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:12,7:6,3 chr7 46494124 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0041535;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,8:8,7:1,1 chr7 46854685 . AAG A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0054249;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:8,3:16,3 chr7 48685289 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.2446e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:16,11:14,7 chr7 48779323 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0040452;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,5:12,2 chr7 50125285 . CACAT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.23279;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:13,2:9,1 chr7 50125311 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22793;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:14,2:6,1 chr7 52119708 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,4:21,1:3,3 chr7 52960966 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 chr7 53352375 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.9877e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:29,30:17,16:12,14 chr7 53511530 . C CT 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.6174e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,12:11,8:14,4 chr7 53725863 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.6173e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:20,7:12,7 chr7 54140025 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.4436e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:21,10:15,4 chr7 54464390 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.6047e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:8,14:15,7 chr7 55783389 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0054024;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,7:8,5:8,2 chr7 56127231 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0011989;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,10:4,7:3,3 chr7 56461566 . T G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.001598;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:25,4:7,4 chr7 56638434 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.2896e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:7,13:11,4 chr7 56836506 . T A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.038534;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:21,4:16,4 chr7 58080955 . G A 0 PASS DP=316;GPV=1;SPV=0.032754;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:158,23:92,16:66,7 chr7 59230222 . C T 0 PASS DP=616;GPV=1;SPV=0.02511;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:343:302,41:188,22:114,19 chr7 59570491 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.20823;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:29,3:6,1 chr7 60036939 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0067216;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:22,10:6,2 chr7 60039753 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021448;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 chr7 60949959 . C T 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.0071561;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:98,19:63,14:35,5 chr7 60955048 . G C 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.034864;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:138,16:56,6:82,10 chr7 60996619 . TGA T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.048603;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:24,2:29,4 chr7 61385398 . TA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13598;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:19,2:11,2 chr7 61488604 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.021997;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:25,4:7,3 chr7 61506551 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.021309;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:1,1:42,9 chr7 61724133 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.045334;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,1:18,5 chr7 61803165 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.022093;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:14,5:18,2 chr7 62106160 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.054634;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,3:5,5 chr7 62256928 . C T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.039915;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:68,13:22,5:46,8 chr7 62266780 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=1.7776e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:12,8:15,10 chr7 62277206 . C G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.012901;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:11,6:47,5 chr7 63448596 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,2:0,0:3,2 chr7 63553934 . CT C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.012389;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,8:10,2 chr7 63598391 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:24,3:5,1 chr7 63632179 . T TA 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.029668;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:39,11:22,8:17,3 chr7 63752221 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:19,3:10,1 chr7 63757713 . A C 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.0065609;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:92,13:38,7:54,6 chr7 63944244 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0010226;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:14,7:16,3 chr7 64222086 . T TA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.033688;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,5:10,3:19,2 chr7 64666914 . AAGGTGGAAATTTTCTGGTCACGTAATCAGAGCTTAATTGGCAGTTCATGGTTGATTAAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,5:5,2 chr7 65519244 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.03902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:20,4:17,2 chr7 65847313 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0041408;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,4:3,4 chr7 66096249 . C CA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00021148;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,12:17,6:9,6 chr7 66328888 . A C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:4,1:2,2 chr7 66337299 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:11,7:2,4 chr7 68320052 . TTATATAAAATGATATAATCATTA T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0061323;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:16,7:12,2 chr7 68392265 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0027973;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:5,7:2,1 chr7 68749044 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0019458;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:11,6:16,4 chr7 68799621 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:15,7:1,1 chr7 68803172 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00087424;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:13,7:13,3 chr7 69092754 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.7788e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:14,9:15,9 chr7 69459100 . A ATATG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 chr7 69459102 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 chr7 70716636 . CAAAAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033806;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,6:2,1 chr7 71090756 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:5,5:2,4 chr7 71431210 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:4,3:5,4 chr7 71901426 . C CA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00029659;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,9:5,4:8,5 chr7 72620481 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.021372;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:16,3:13,2 chr7 73836515 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0018031;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,8:4,1 chr7 75103559 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.048878;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:22,2:17,4 chr7 75151114 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.025775;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:18,2:18,7 chr7 75663980 . A ATG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:2,1:8,3 chr7 75740366 . C CGTGTGTGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00329;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:12,7:3,4 chr7 76640861 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,1:4,7 chr7 76855720 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.8637e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:15,12:13,9 chr7 77983435 . C CTCTCCCTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:0,0:4,2 chr7 80284488 . TATACAC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,3:0,2:2,1 chr7 87720542 . ATG A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0065837;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:8,5:13,9 chr7 89430318 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0001214;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:14,7:16,8 chr7 91290943 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037765;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,5:13,1 chr7 92125953 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0019211;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:24,3:8,6 chr7 92712882 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.037048;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:27,2:16,4 chr7 94859942 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,5:6,4 chr7 96588397 . C CGAGAGA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10773;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,5:8,4:14,1 chr7 97016257 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 chr7 98453806 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023342;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:10,5:5,1 chr7 98558737 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,5:5,2:6,3 chr7 98811329 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 chr7 99122772 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015549;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,18:6,4:12,14 chr7 99181145 . CTCTCCGTCTGTG C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 chr7 99209704 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 chr7 99909732 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.02798;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,5:7,2 chr7 100001262 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 chr7 100911939 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.048243;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:16,6:4,1 chr7 101070347 . C CAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,4:8,3:6,1 chr7 101329607 . A ATTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:8,1:5,4 chr7 101630135 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0086957;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:5,15:3,13:2,2 chr7 101790096 . CAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 chr7 102345852 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.045941;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:21,1:23,4 chr7 102776713 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.01162;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:13,3:17,5 chr7 103063712 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.026248;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,4:5,3 chr7 103518350 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.076651;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,5:8,2:4,3 chr7 104860178 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:12,6:7,4:5,2 chr7 107260075 . G GATATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 chr7 108164196 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.083394;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:12,1:0,2 chr7 108335434 . CTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 chr7 108696762 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.007164;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:20,4:19,3 chr7 109510329 . T TA 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0012714;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:20,5:20,5 chr7 111031406 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.019517;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,11:8,2:16,9 chr7 114043333 . ATATT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3 chr7 115946417 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.065336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:21,2:16,3 chr7 116968289 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,3:0,0:1,3 chr7 116968293 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,2:0,0:1,2 chr7 117027498 . T TAAAGTA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.019211;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:9,1:8,4 chr7 117027518 . G GTA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,1:5,4 chr7 117161593 . T TTC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.002293;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,9:4,5:13,4 chr7 117368531 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.6779e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:15,8:15,8 chr7 119352975 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=7.3373e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:19,5:15,8 chr7 119470828 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.2626e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,5:13,7 chr7 119563108 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=3.0044e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:1,5:10,8 chr7 119683798 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.0223e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:9,8:14,14 chr7 120832936 . A C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.5865e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:18,9:13,9 chr7 122817966 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0010673;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:3,5:9,3 chr7 124273969 . C T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=6.8612e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:21,5:18,11 chr7 125376962 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.9284e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,22:19,14:10,8 chr7 126270448 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00010787;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:11,9:16,6 chr7 126819275 . T TACACACACACACACAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.016864;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:13,10:11,2 chr7 128110674 . A ATGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:12,3:9,1 chr7 130138858 . T TG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0076433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,4:8,3 chr7 130537779 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.03237;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:17,3:18,5 chr7 131634569 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:0,4:3,1 chr7 131828699 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.042901;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:1,1:10,4 chr7 132469136 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.090036;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:14,1:17,4 chr7 133110986 . A AT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.009828;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,5:7,3 chr7 134728845 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,3:1,3 chr7 135778671 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00042894;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:14,6:14,8 chr7 136216482 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00069152;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:12,6:10,5 chr7 137153236 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:5,3:8,1 chr7 142027018 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.9039e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:18,6:14,8 chr7 142504164 . C CA 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.011694;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:18,4:20,10 chr7 143414019 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.708e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,17:2,3:11,14 chr7 143969350 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,2:0,1:5,1 chr7 144189461 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027836;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 chr7 144245406 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4 chr7 144276614 . G C 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.017212;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:58,14:30,3:28,11 chr7 144960605 . CTT C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:2,3:0,1:2,2 chr7 146031126 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.5721e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:12,10:18,9 chr7 148369181 . CTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,1:3,3 chr7 148502355 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,4:1,3:2,1 chr7 149220929 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:19,1:8,3 chr7 151437550 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.7714e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:12,4:19,12 chr7 151874357 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11923;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:26,2:10,2 chr7 151874429 . TATG T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0972;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:18,2:6,3 chr7 151874450 . TATG T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.041933;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:17,2:4,4 chr7 152411361 . C CT 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0077049;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:14,4:19,7 chr7 152411367 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.029255;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:15,2:24,5 chr7 152770419 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.050539;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:21,4:14,1 chr7 154157139 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.021727;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:31,2:22,11 chr7 154800711 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00091233;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:14,6:27,4 chr7 155337547 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=6.0843e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:17,4:16,7 chr7 155615496 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.25167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:13,1:9,2 chr7 155616708 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:1,2:5,1 chr7 156321270 . C CTTCT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0097922;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,7:8,2:18,5 chr7 156548362 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0016791;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:17,4:12,5 chr7 157648761 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:6,3:11,1 chr7 158165133 . CAAAG C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0081402;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,3:10,7 chr8 94650 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:3,4:12,1 chr8 299056 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.046182;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:12,1:19,5 chr8 625246 . A T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0020209;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:27,7:18,8 chr8 3266604 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,8:4,7:3,1 chr8 5057443 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.040404;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,4:12,3:1,1 chr8 6059536 . A AAAAAAAAAAAAAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:0,8:0,4:0,4 chr8 7219935 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0017323;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:16,6:14,5 chr8 7411399 . C G 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.047881;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:87,13:41,3:46,10 chr8 7413090 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:21,4:0,0 chr8 7413451 . T C 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.030614;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:74,17:34,8:40,9 chr8 7444971 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00045133;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:24,9:7,5 chr8 7584732 . C G 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.033917;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:66,15:32,3:34,12 chr8 7603062 . G A 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.039121;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:42,4:32,5 chr8 7615899 . T A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.036261;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:22,1:18,6 chr8 7774759 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.9545e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,16:1,9:7,7 chr8 7807920 . ATC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.013574;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:15,7:3,2 chr8 8017431 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0049791;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:8,2:28,11 chr8 8073044 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0071032;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:1,7:6,4 chr8 8153779 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02362;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 chr8 8169112 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.044315;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:25,6:4,1 chr8 8170515 . C G 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.017921;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:106,19:57,9:49,10 chr8 8170820 . C T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.00073289;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:64,15:37,9:27,6 chr8 8204394 . T A 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.034513;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:72,19:36,13:36,6 chr8 11969487 . A ATTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:7,1:14,3 chr8 12117723 . G C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.012991;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:44,17:24,5:20,12 chr8 12176643 . A G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.037547;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:30,6:18,5 chr8 12419722 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:2,2:18,2 chr8 12448115 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:0,5:15,1 chr8 12546522 . C CAA 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.037025;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:79,15:53,8:26,7 chr8 12554173 . T C 0 PASS DP=256;GPV=1;SPV=0.036908;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:110,21:69,12:41,9 chr8 12559473 . C A 0 PASS DP=254;GPV=1;SPV=0.016787;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:118,29:44,12:74,17 chr8 12560294 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,5:21,2:20,3 chr8 12570721 . C T 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.029464;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:127,25:63,14:64,11 chr8 12579161 . C T 0 PASS DP=293;GPV=1;SPV=0.019813;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:133,25:65,11:68,14 chr8 12584069 . A C 0 PASS DP=268;GPV=1;SPV=0.029589;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:126,29:60,16:66,13 chr8 13143846 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.033467;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,8:13,6:6,2 chr8 13699577 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.51128;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:6,3:8,1 chr8 15719516 . CCACACACA C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:7,4:5,2:2,2 chr8 16708195 . TAC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.11976;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,5:5,2:11,3 chr8 17763014 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=7.814e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:8,15:16,5 chr8 19655561 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.043229;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:14,5:16,1 chr8 20030870 . C CTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027424;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:7,3:10,4 chr8 20865118 . TATATATAAAA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:10,4:0,1 chr8 20875100 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.3971e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:12,15:10,5 chr8 22079301 . T TATATATATATATATA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1 chr8 22079303 . A AG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,2:6,3 chr8 22245096 . C T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=2.2221e-10;SS=2;SSC=96;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:42,26:20,20:22,6 chr8 22401543 . C CTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:3,2:7,2 chr8 22611406 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:5,3:12,2 chr8 24440959 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00070294;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:13,6:16,3 chr8 25169760 . T TAC 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0076361;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,13:12,9:10,4 chr8 25410976 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,2:1,1:3,1 chr8 26012319 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.1392e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:11,12:15,2 chr8 26113292 . GAA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0041486;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:6,9:4,2 chr8 26257535 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0033619;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,9:10,3:9,6 chr8 26917157 . C CA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.044908;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:18,3:14,3 chr8 28881794 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023889;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:19,5:10,1 chr8 29666136 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.035386;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:13,3:24,2 chr8 30030807 . AAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,2:1,1:0,1 chr8 31927439 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:9,2:6,2 chr8 33245631 . GT G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0059264;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:19,3:20,5 chr8 33537950 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:25,4:12,1:13,3 chr8 34824884 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,2:1,1:3,1 chr8 35149090 . C A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:2,5:4,1 chr8 35404880 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.0708e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,6:12,6 chr8 35428346 . A ATT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:5,3:8,2 chr8 36134356 . AT A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00015539;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:7,8:26,6 chr8 36215626 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=9.7816e-11;SS=2;SSC=100;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:16,22:8,8:8,14 chr8 36260946 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.2115e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:11,9:14,3 chr8 36278286 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.008786;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:15,3:24,3 chr8 36525243 . GA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:16,3:4,2 chr8 39594793 . GTT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,8:6,4:3,4 chr8 40117166 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:6,2:2,3 chr8 41887242 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:1,8:8,2 chr8 42225690 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=3.7295e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:15,8:17,6 chr8 44962509 . C A 0 PASS DP=472;GPV=1;SPV=0.0034572;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:239:199,40:90,19:109,21 chr8 45929132 . G C 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.047932;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:115,19:81,11:34,8 chr8 47037598 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.2436e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:13,8:12,11 chr8 47764017 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:11,1:2,3 chr8 47764018 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,1:3,3 chr8 47999362 . C CT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0042057;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:13,3:16,4 chr8 49876663 . G T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.701e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:17,6:13,11 chr8 50053623 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033467;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,8:10,2:9,6 chr8 50693392 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=2.9903e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:5,4:18,13 chr8 52535677 . TA T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0025434;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:15,4:12,5 chr8 52978238 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,4:8,3:11,1 chr8 52989291 . CTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0084306;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:8,5:1,4 chr8 55855177 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00065599;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:18,3:5,6 chr8 57210828 . G C 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.0021333;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:159,24:105,18:54,6 chr8 58518952 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 chr8 58716687 . T TAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011528;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:9,5:4,2 chr8 60219929 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:3,4:4,4 chr8 60917314 . C CT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041383;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:5,3:19,2 chr8 60928420 . GAA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0016018;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,10:4,8:0,2 chr8 60971071 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:2,2:8,5 chr8 65516206 . AT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.038786;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:15,2:17,3 chr8 66355392 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=6.9149e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:15,4:15,9 chr8 66521790 . GGAGAGAGAGAGA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.062714;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:6,5:6,1 chr8 66987287 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,5:6,1 chr8 67583820 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.015386;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:15,2:7,2 chr8 67975694 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,4:6,1 chr8 68268026 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,10:2,3:5,7 chr8 69258254 . T G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:3,2:3,1 chr8 69853653 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.029803;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:13,7:16,4 chr8 69873267 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:12,4:3,2:9,2 chr8 71305668 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048875;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,7:9,1 chr8 71328691 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.3366e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:12,9:15,5 chr8 71712677 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,2:4,2 chr8 73007093 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0039926;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,4:5,3 chr8 73996368 . CATTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024823;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,1:14,4 chr8 74872603 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00035827;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:17,8:14,2 chr8 76922395 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024348;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,1:4,2 chr8 77520698 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,2:3,1:4,1 chr8 77691448 . T TATATATATATAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:6,1:7,4 chr8 78459433 . T TAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:2,1:2,1 chr8 80296492 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,2:3,1:3,1 chr8 81908285 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.3703e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:15,9:12,7 chr8 82217222 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,6:5,1:11,5 chr8 83384842 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 chr8 83614431 . C CTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.29515;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,6:2,1:8,5 chr8 84047207 . TA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,2:0,0:1,2 chr8 84112667 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.1518e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:13,9:14,7 chr8 84379753 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.2075e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:16,5:4,8 chr8 84732683 . T TATATATATATATATATATATACACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.062277;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:8,3:16,2 chr8 85190497 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:3,3:4,2 chr8 85805171 . TC T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.028654;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:20,5:18,1 chr8 86145349 . AGAAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 chr8 87707682 . TA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:11,2:5,3 chr8 88479820 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.0752e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,22:9,8:13,14 chr8 88491755 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.057106;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1 chr8 88701673 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0021594;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:8,14:4,5:4,9 chr8 89201130 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.016119;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:16,4:24,2 chr8 89359069 . T A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,5:6,3:17,2 chr8 91743919 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:16,3:4,2 chr8 91761495 . GTTT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.023126;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:11,8:8,1 chr8 92005985 . T TACACACACACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00084741;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:6,4:8,4 chr8 95092578 . CTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015172;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,4:3,2 chr8 96375594 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:5,2:4,1:1,1 chr8 96663978 . A G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=5.135e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:12,8:15,13 chr8 99906834 . T TTTTC 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.049775;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:13,4:15,7 chr8 101338458 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,5:8,2 chr8 102830650 . CA C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.17271;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,4:20,2:12,2 chr8 102868226 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0035224;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:12,7:5,7 chr8 105514307 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:3,2:1,2 chr8 105998895 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:12,7:5,1 chr8 106864978 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0219;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,5:3,2 chr8 106953979 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,4:0,1:1,3 chr8 108098097 . A AAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.043422;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:15,4:2,2 chr8 109311561 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,2:9,3 chr8 111010596 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.020124;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,4:4,3 chr8 112279013 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,5:9,3:8,2 chr8 112755352 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0307;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:15,4:17,3 chr8 114171555 . C CT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:24,4:10,1 chr8 116277942 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=5.6774e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:12,10:6,7 chr8 116366086 . A AG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,4:2,1:0,3 chr8 116813168 . T TA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.009828;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:4,6:8,2 chr8 117384014 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:2,4:1,2:1,2 chr8 119162057 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,1:9,3 chr8 120055647 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0056039;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,5:6,4 chr8 120919173 . C CTATA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0011313;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:7,11:10,5 chr8 121268067 . A T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00043374;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:18,6:16,4 chr8 121843518 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=8.3852e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:24,27:17,19:7,8 chr8 124296254 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0025397;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:12,9:5,3 chr8 124409811 . CAAAAAAAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:3,4:5,1 chr8 125502794 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:4,1:10,4 chr8 126824610 . TTTTG T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:1,1:2,4 chr8 127267109 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.002513;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:18,8:6,2 chr8 127528139 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037605;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,1:7,5 chr8 129014802 . A AACAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0075692;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,8:7,5:4,3 chr8 129877663 . GGT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.39286;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,4:2,2:7,2 chr8 130041968 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0055944;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:37:2,7:1,3:1,4 chr8 131369290 . T A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.0665e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:13,7:11,8 chr8 131377354 . G GTTTTTTTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:11,3:6,1 chr8 131731718 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:12,3:9,1 chr8 132155056 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.1019e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:12,12:14,5 chr8 132498035 . T TCACACACA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,9:5,5:1,4 chr8 132853447 . GTT G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.082408;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,1:16,3 chr8 133067867 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,3:2,3 chr8 136066837 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036365;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:16,6:5,2 chr8 136080861 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.8161e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:9,10:18,9 chr8 137797438 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=2.0159e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:8,11:13,5 chr8 140646440 . C CAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0085309;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,9:18,8:3,1 chr8 140877025 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:3,2:3,2 chr8 141777461 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00011358;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:18,3:19,9 chr8 141955673 . T TAC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.044156;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,4:10,3:18,1 chr8 142222500 . TCATC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1 chr8 143816728 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=3.4274e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:30,23:15,7:15,16 chr8 143865501 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,3:11,1 chr8 144297901 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=1.6512e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:29,21:14,5:15,16 chr8 144953029 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:4,2:3,1:1,1 chr9 117800 . G T 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0164;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:30,2:28,6 chr9 374453 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,2:1,4 chr9 954556 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.7838e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:7,11:11,8 chr9 1660092 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=4.8849e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:11,7:18,4 chr9 5080892 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0061493;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,10:7,7:3,3 chr9 5131435 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.066061;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:17,4:11,2 chr9 10065141 . T TAGAAAGAAAGAAAGAAAGAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.012389;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,8:12,4:11,4 chr9 10908115 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.1076e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:18,10:9,9 chr9 11546252 . GT G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=3.0028e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:18,9:21,8 chr9 12257671 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:39:1,3:1,2:0,1 chr9 12745528 . CTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1 chr9 13981005 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.13232;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,1:20,3 chr9 14825488 . CAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.005418;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,1:2,5 chr9 17996165 . AT A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.9651e-09;SS=2;SSC=80;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:13,24:11,12:2,12 chr9 18626806 . TTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.01552;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:6,2:14,5 chr9 19226767 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 chr9 20097720 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 chr9 22101703 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.029148;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,8:4,4:10,4 chr9 22552406 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00010628;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:23,7:11,7 chr9 24347063 . A T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=3.4048e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:15,7:17,9 chr9 25152059 . T TAC 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013373;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,8:9,5:7,3 chr9 25191113 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=8.3077e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:16,5:12,10 chr9 25686026 . C CGTGT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015574;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,11:13,5:7,6 chr9 25786770 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,4:2,3:2,1 chr9 26037639 . G GCACACACA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.013487;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:10,14:8,9:2,5 chr9 26296673 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:0,6:3,1 chr9 30751042 . T TTA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:4,4:3,3 chr9 30885030 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.043511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:14,8:4,1 chr9 30960417 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=7.5529e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,6:7,6 chr9 31513934 . A ATT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.033472;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:7,3:8,5 chr9 32224004 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:4,4:0,2:4,2 chr9 32324105 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.028693;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:10,4:15,6 chr9 32750824 . AG A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.038941;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:22,1:8,6 chr9 34005434 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.016449;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,11:16,8:2,3 chr9 34725072 . T A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.032223;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:18,4:15,5 chr9 36512491 . A AAAATATATATG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,6:4,2:7,4 chr9 36512530 . A ATATATG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,10:1,3:5,7 chr9 37593507 . C CTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:5,6:1,1 chr9 37985881 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=8.8749e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:7,5:18,16 chr9 39062770 . T G 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.024377;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:79,13:37,5:42,8 chr9 39077977 . G C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.031136;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:22,5:14,2 chr9 39078499 . A T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.027105;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:72,19:33,10:39,9 chr9 39082641 . C T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.0033577;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:61,13:40,8:21,5 chr9 39447377 . C G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.031831;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:51,11:26,8:25,3 chr9 39471618 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.022424;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,4:13,5 chr9 39802183 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 chr9 39817969 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:2,0:20,4 chr9 39822306 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.023254;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:3,1:16,5 chr9 39856617 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 chr9 39892865 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,1:0,1 chr9 40199857 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0028381;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:25,13:7,2 chr9 40285602 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 chr9 40335822 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 chr9 40353883 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,4:1,0 chr9 40649247 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 chr9 40721745 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.02489;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:21,7:22,4 chr9 40781006 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.049128;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:13,2:21,2 chr9 40829629 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00042879;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:7,5:17,8 chr9 40863176 . C CTT 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0457;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:17,9:23,1 chr9 40957019 . C T 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.0041396;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:120,24:64,14:56,10 chr9 40957044 . C G 0 PASS DP=274;GPV=1;SPV=0.0025752;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:133,27:65,19:68,8 chr9 40994477 . G A 0 PASS DP=245;GPV=1;SPV=0.049069;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:105,22:46,9:59,13 chr9 40996429 . C A 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.0079392;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:97,27:35,7:62,20 chr9 41009910 . T C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.0011165;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:86,10:40,7:46,3 chr9 41092878 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.0037018;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:23,10:19,6 chr9 41219934 . A G 0 PASS DP=227;GPV=1;SPV=0.012217;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:91,23:65,16:26,7 chr9 41260339 . C G 0 PASS DP=159;GPV=1;SPV=0.027233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:60,17:35,10:25,7 chr9 41295625 . G T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.046353;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:65,18:30,5:35,13 chr9 41456106 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0033365;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,9:7,2 chr9 41524691 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.03962;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:24,9:18,3 chr9 41543438 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.01079;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,5:10,2 chr9 41619182 . CA C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.023987;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:45,11:26,9:19,2 chr9 41629752 . G A 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.011889;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:85,21:49,14:36,7 chr9 41654836 . G T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.01466;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:22,4:22,11 chr9 41754427 . C A 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.00039703;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:73,31:38,17:35,14 chr9 41758406 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.015213;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,7:10,2 chr9 41781296 . A C 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.026722;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:78,10:46,6:32,4 chr9 41850515 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:0,0:20,4 chr9 41861347 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 chr9 42030750 . C CAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:9,4:0,0 chr9 42334258 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.046134;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:16,1:20,6 chr9 42930756 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.017302;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:24,4:23,3 chr9 43299406 . A T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.0099979;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:64,18:45,13:19,5 chr9 43399857 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13663;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:1,0:26,4 chr9 43620725 . A T 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.045298;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:129,20:81,8:48,12 chr9 43698558 . C G 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.037934;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:81,12:58,8:23,4 chr9 43804025 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:28,4:0,0 chr9 43804413 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.032961;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:12,4:16,7 chr9 43804414 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.018813;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:13,4:15,8 chr9 43842933 . A T 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.010739;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:79,17:24,4:55,13 chr9 44305562 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:19,4:1,0 chr9 44305563 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:20,4:1,0 chr9 44521259 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 chr9 44521710 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.012087;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:11,3:15,3 chr9 44556710 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:3,1:0,7 chr9 44579928 . G T 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:54,9:16,1 chr9 44737074 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:8,5:0,1 chr9 45123818 . T G 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.034022;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:90,10:49,4:41,6 chr9 45502833 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:23,4:1,0 chr9 60569052 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066077;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,3:14,2 chr9 60638466 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:18,4:1,0 chr9 60653336 . G C 0 PASS DP=432;GPV=1;SPV=0.044742;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:219:192,27:8,1:184,26 chr9 61869465 . TC T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.033522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:19,5:14,1 chr9 62801044 . G C 0 PASS DP=391;GPV=1;SPV=0.0059915;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:202:177,25:87,12:90,13 chr9 62813372 . A G 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.018566;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:103,20:56,8:47,12 chr9 62813624 . T C 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.0082734;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:111,16:66,12:45,4 chr9 62821722 . A T 0 PASS DP=221;GPV=1;SPV=0.033791;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:91,17:41,10:50,7 chr9 62830190 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.021689;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:8,5:21,6 chr9 62837642 . G T 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.045816;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:100,20:50,8:50,12 chr9 62883872 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0083664;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:37,7:8,2 chr9 62893729 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1356;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:9,1:23,5 chr9 62903251 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.034686;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:53,12:27,6:26,6 chr9 63398809 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,2:4,2 chr9 63701977 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02072;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:13,3:21,3 chr9 63756111 . G T 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.03921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:69,13:44,7:25,6 chr9 63759339 . G A 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.038714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:86,13:32,2:54,11 chr9 63868480 . G A 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.019296;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,13:46,9:10,4 chr9 64025479 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.012169;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:23,10:9,4 chr9 64119933 . T A 0 PASS DP=336;GPV=1;SPV=0.0001077;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:140,26:50,9:90,17 chr9 64416413 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048123;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:22,4:8,2 chr9 64436111 . T G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.048085;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:8,4:32,9 chr9 64513266 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0097768;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,2:6,6 chr9 64598624 . G GTATA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.13232;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,4:15,2:19,2 chr9 64768679 . G T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,2:3,5 chr9 64788946 . A G 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.044279;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:96,18:70,12:26,6 chr9 64907503 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2 chr9 64910453 . CTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,2:3,2 chr9 65187717 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 chr9 65276523 . AT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.075692;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:28,4:9,1 chr9 65276529 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:28,3:7,1 chr9 65276582 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075047;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:26,4:2,1 chr9 65293096 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.047135;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:10,1:19,6 chr9 65306269 . G C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,3:10,2 chr9 65379043 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.045034;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,9:14,1 chr9 65573606 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.054338;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,1:14,3 chr9 65967880 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012629;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:5,1:16,7 chr9 65967881 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.017466;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:4,1:16,6 chr9 66076158 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1 chr9 66079607 . C T 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.03446;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:91,18:44,8:47,10 chr9 66158767 . G C 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.047289;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:20,2:38,9 chr9 66160804 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:21,4:2,0 chr9 66161100 . C T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0012909;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:51,24:32,17:19,7 chr9 66170499 . C A 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.016945;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:87,21:52,10:35,11 chr9 66182996 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.031008;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:21,2:10,4 chr9 66197438 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0048003;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:22,9:21,1 chr9 66257253 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.003096;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,1:1,5 chr9 66274253 . T C 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.012396;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:65,9:37,3:28,6 chr9 66697103 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.025558;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:17,5:17,6 chr9 66705158 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.09062;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:6,2:11,2 chr9 66705530 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063158;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 chr9 66737443 . C T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.019877;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:14,5:29,8 chr9 66740151 . AAC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0143;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,5:6,1 chr9 66961920 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00021015;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:15,6:11,7 chr9 67008709 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:19,4:0,0 chr9 67010407 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:2,2:9,6 chr9 67109278 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=7.6789e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:4,4:7,10 chr9 67168505 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,1:4,3 chr9 67604241 . G A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=8.5423e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:56,16:17,9:39,7 chr9 67645801 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:1,1:11,7 chr9 67687829 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:1,3:12,3 chr9 67910316 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013816;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:18,5:2,2 chr9 67916278 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 chr9 70301415 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.279e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:26,25:11,14:15,11 chr9 70517355 . TTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTG T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,2:0,0:4,2 chr9 72606947 . A ATATGTATG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.025544;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:13,8:11,3 chr9 73490320 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=4.219e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:7,9:12,8 chr9 75495712 . TC T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:3,2:1,1:2,1 chr9 77840230 . T C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.0023e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:10,8:13,14 chr9 79855857 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.013657;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:10,4:1,2 chr9 80644179 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.018479;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,5:4,3:2,2 chr9 81254683 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,5:4,3 chr9 82847149 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.020423;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:16,5:20,1 chr9 83160690 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.7558e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:16,9:8,6 chr9 83372369 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0066382;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,5:5,2:6,3 chr9 84192814 . CTT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.064826;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:14,2:9,2 chr9 85680513 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=5.765e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:9,4:14,11 chr9 86176985 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=5.6241e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:17,11:13,3 chr9 86405912 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.1007e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:8,7:12,5 chr9 87430255 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:6,4:2,5 chr9 87540183 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,6:2,1 chr9 87831691 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.038906;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,6:19,4:11,2 chr9 87853699 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.030612;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,7:14,3:10,4 chr9 88011352 . C CTTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,9:0,6:3,3 chr9 88150465 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.4701e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:10,7:13,13 chr9 88589008 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.1205e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:8,8:16,6 chr9 89182535 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0092996;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:11,5:9,6 chr9 96502595 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,2:3,1:1,1 chr9 97772414 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=3.4237e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:37,16:20,8:17,8 chr9 100932673 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,5:6,3 chr9 102410335 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0018783;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:17,4:8,4 chr9 102966026 . A ATTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,4:3,3:1,1 chr9 104059407 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13206;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,7:11,3:9,4 chr9 104659686 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:11,6:1,2 chr9 104995718 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,2:7,2 chr9 105485533 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:8,4:9,1 chr9 108466081 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.068133;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:24,2:11,3 chr9 109021507 . G GT 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.03863;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:22,4:19,2 chr9 109073856 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0018191;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:9,6:4,3 chr9 109260410 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:10,2:3,2 chr9 110745259 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.011348;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:18,3:19,6 chr9 111641320 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15761;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:24,3:11,1 chr9 115449416 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,1:6,6 chr9 116048961 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=9.1856e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:11,9:8,3 chr9 116088504 . C CAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.44608;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:10,4:1,0 chr9 116656682 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0087022;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,3:3,2 chr9 118714270 . C CT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.093615;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:7,1:28,4 chr9 118759933 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016518;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:16,5:8,3 chr9 118846936 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:22,4:11,2:11,2 chr9 118948756 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=5.3601e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:13,9:7,8 chr9 119140426 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,2:8,2 chr9 119172303 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=7.0959e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:13,4:12,11 chr9 119412506 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0011745;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:10,4:21,6 chr9 119999714 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,3:3,1:2,2 chr9 121228422 . ATATTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 chr9 121333566 . T TA 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=6.5058e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:15,4:21,9 chr9 124366088 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00040604;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:19,5:12,5 chr9 126202168 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0063642;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:4,5:12,4 chr9 126736711 . A ATATATG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:11,2:3,3 chr9 126960219 . C CCCTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:0,0:13,4 chr9 128818108 . C CAAAAAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0027222;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:15,8:5,1 chr9 128954419 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,2:6,2 chr9 129393660 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.20979;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,4:1,3:5,1 chr9 129410444 . T TCAC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.021073;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:1,4:9,1 chr9 130062095 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.019651;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:15,1:14,5 chr9 130071035 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0072239;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:0,4:2,1 chr9 130114029 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:4,7:1,1 chr9 130753428 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.011329;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 chr9 131587223 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,2:3,2:0,0 chr9 131964347 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 chr9 132333394 . AAAAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,2:9,2 chr9 132396675 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,4:2,2:5,2 chr9 132930587 . C CAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,4:11,3:1,1 chr9 134025267 . C CAG 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,4:4,1 chr9 134513183 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:4,3:2,2 chr9 135208007 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.13122;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,5:13,3:12,2 chr9 136573344 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.5034e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,5:10,9 chr9 137517239 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14706;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,3:1,1:6,2 chr9 138207134 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,1:9,3 chr9 138228081 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026333;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:16,6:4,2 chrM 12283 . G A 0 PASS DP=14647;GPV=1;SPV=0;SS=2;SSC=255;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7264:4867,2396:1986,1012:2881,1384 chrX 2846056 . T TATATATATA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,1:2,3 chrX 3116325 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.044988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,2:7,2 chrX 3152301 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00011765;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:10,4:14,8 chrX 3598596 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,2:4,3 chrX 3600513 . G GTGTAAAGTTTCAGTCA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0006993;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,8:0,5:0,3 chrX 3685264 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046139;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:6,1:13,5 chrX 3688872 . TA T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0042329;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,5:10,2 chrX 3788573 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:5,2:1,1:4,1 chrX 3827170 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00062132;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:8,6:7,10 chrX 4293487 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.034373;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,3:11,1 chrX 4383022 . CTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:2,3:5,1 chrX 4942192 . AG A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.07597;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,2:20,2 chrX 4942199 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.07597;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,2:18,2 chrX 5809652 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=7.7888e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:12,9:14,6 chrX 5832883 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,9:0,4:11,5 chrX 5847352 . T TAG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:4,4:9,1 chrX 6055094 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00011108;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:17,5:16,6 chrX 6510956 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=6.7349e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,7:11,6 chrX 6900575 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.048243;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:7,6:13,1 chrX 7275929 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0033651;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:9,8:9,5 chrX 7279325 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:4,1:3,1 chrX 8388917 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3 chrX 9411334 . T G 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.031284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:119,19:56,12:63,7 chrX 9792178 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03024;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 chrX 11320766 . T TAC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.025477;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,5:9,5 chrX 11323811 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.2794e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,21:13,9:7,12 chrX 12773205 . C A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.0504e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:14,8:18,8 chrX 14223751 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0009678;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,2:8,7 chrX 14422840 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,5:7,4:9,1 chrX 14823079 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010021;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,4:4,1 chrX 14839432 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.7594e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:12,7:9,8 chrX 17059920 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.019179;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:16,8:9,3 chrX 17977306 . CT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00057277;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:11,8:7,3 chrX 18844332 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.062923;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:19,3:20,2 chrX 19284527 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00012972;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:36,18:22,9:14,9 chrX 21339631 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.4808e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:13,12:20,5 chrX 21995667 . T TTTTC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0099161;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:0,4:7,3 chrX 22501795 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.4647e-10;SS=2;SSC=98;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:22,25:8,13:14,12 chrX 22898755 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01707;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,4:7,1 chrX 22898764 . A ATTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.009828;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,4:6,2 chrX 22983526 . CTA C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.01617;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:17,6:19,6 chrX 23400309 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.5419e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:11,9:16,7 chrX 24709584 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.045829;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:11,2:26,5 chrX 25045430 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037307;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:14,3:11,2 chrX 25061948 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022127;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 chrX 27705060 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.046007;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,3:15,1 chrX 27756805 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.9644e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:14,7:8,7 chrX 27991343 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00029953;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:9,6:22,6 chrX 28839659 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.1149e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:15,12:11,9 chrX 29142698 . A ATT 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00038469;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:30,14:12,9:18,5 chrX 30652124 . GA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,1:3,3 chrX 30729345 . C G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.022084;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:20,2:19,3 chrX 31816796 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,3:4,2 chrX 32885829 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,3:11,1 chrX 33009102 . GTA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:1,4:7,1 chrX 33060837 . CA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.03159;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,8:6,1 chrX 33432973 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 chrX 34250198 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,1:3,5 chrX 34834603 . AAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:8,6:5,3 chrX 35692244 . ATT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.23279;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:5,1:17,2 chrX 38811924 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=5.287e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:13,6:13,6 chrX 40631256 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.095238;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,2:1,1:2,1 chrX 41181436 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0098934;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,7:4,3 chrX 41299167 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3 chrX 42419349 . AT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=7.7636e-06;SS=2;SSC=51;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:9,11:12,3 chrX 44602073 . GTATGTATA G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,3:8,1 chrX 47353997 . C CTTTTCTTTTCT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:2,3:17,1 chrX 47369156 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.045694;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,6:5,2:8,4 chrX 48284148 . T G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:9,2:2,2 chrX 48643108 . CTA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040656;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,4:4,2 chrX 49344146 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:27,4:0,0 chrX 49885042 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,9:3,8:2,1 chrX 51541752 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=4.3002e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,22:14,10:11,12 chrX 52799679 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:1,2:6,8 chrX 55389535 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=9.7647e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:14,12:13,7 chrX 55442043 . T A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00037848;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:15,4:13,5 chrX 58002624 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=5.3456e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:9,7:11,9 chrX 58271215 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,1:5,5 chrX 60450576 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 chrX 63780880 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031966;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:16,3:21,4 chrX 65956050 . T C 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.037547;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:22,9:26,2 chrX 66569122 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.1863e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,17:16,8:9,9 chrX 67300206 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.0955e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:30,21:14,7:16,14 chrX 70619816 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0094403;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:15,8:7,2 chrX 70647683 . A T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=4.4308e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,20:19,11:11,9 chrX 70971461 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:10,1:2,3 chrX 71230854 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 chrX 72453464 . T TAAAG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0069343;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:6,6:8,4 chrX 72710825 . A AT 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.033817;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:23,4:18,3 chrX 73577343 . T A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=8.5797e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:16,10:15,7 chrX 73842797 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.68e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:9,8:11,10 chrX 74960268 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00010649;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:15,10:13,7 chrX 76209416 . TATATATATCTAC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,5:6,2 chrX 76549620 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.12799;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:3,2:4,3 chrX 77073861 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=7.0297e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:15,4:5,5 chrX 78548854 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0017066;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,5:13,3 chrX 79841717 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00066603;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:18,3:11,7 chrX 79915565 . CATATATATAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:1,4:5,1 chrX 80000132 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00058486;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:3,5:9,6 chrX 80753589 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.033295;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:44,7:21,4:23,3 chrX 80845891 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=3.1065e-10;SS=2;SSC=95;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:30,25:15,16:15,9 chrX 81067614 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:26:1,3:0,1:1,2 chrX 83187133 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.1572e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,19:7,2:4,17 chrX 83517110 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00058357;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:12,5:15,4 chrX 84659249 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.5319e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:25,23:8,7:17,16 chrX 86689156 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.218e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:9,5:11,14 chrX 87233876 . T TAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.059999;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,6:12,2:13,4 chrX 87234360 . TACATATATATTATATATAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,2:4,3 chrX 87379839 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15761;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:21,2:14,2 chrX 88703648 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010344;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:12,5:3,1 chrX 88880465 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.3311e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:14,5:14,8 chrX 89836645 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.014208;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:14,2:12,5 chrX 89895899 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:4,3:9,2 chrX 90257641 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.040635;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:20,4:14,3 chrX 90269467 . T TTATA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,4:7,2:13,2 chrX 90901597 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0044132;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:19,8:14,6 chrX 91065127 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.035066;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,6:12,5:6,1 chrX 91224128 . A AAATAATAAT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.04524;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:13,5:12,6 chrX 91251493 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.016812;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:10,4:13,5 chrX 91828120 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030178;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:13,9:5,1 chrX 91896087 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00023423;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,4:10,5 chrX 91953315 . C A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.1224e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:19,7:17,7 chrX 92078122 . T TA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.7081e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:13,8:9,7 chrX 92566592 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0049255;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:9,8:16,1 chrX 92576041 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00011056;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:5,7:6,3 chrX 92743454 . GA G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.007358;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:19,6:12,2 chrX 93419812 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.4423e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:13,6:14,8 chrX 94795827 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,3:5,2 chrX 96067419 . A C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00021276;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:17,9:18,5 chrX 96434670 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.5666e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:12,8:15,16 chrX 96837435 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,8:5,3:7,5 chrX 98001253 . C A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=4.7997e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:15,9:13,9 chrX 98325244 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=7.2254e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:16,10:11,10 chrX 98827187 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.0663e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:11,6:5,5 chrX 99552903 . A AATATAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018634;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,1:2,4 chrX 99869226 . A T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.3324e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:13,6:14,8 chrX 101792604 . CGTGT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,5:5,3:9,2 chrX 106200872 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=6.5488e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:13,10:14,3 chrX 106510355 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.459e-10;SS=2;SSC=92;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:20,24:12,10:8,14 chrX 107557797 . CTATATA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:1,4:3,2 chrX 107754072 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=5.967e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:9,13:17,8 chrX 108343134 . AAT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022121;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:19,3:2,4 chrX 108874131 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=4.5693e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:10,9:11,11 chrX 109753999 . C CAAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.023496;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:17,9:5,1 chrX 109882816 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,4:8,1 chrX 110084379 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,3:3,2:3,1 chrX 110689604 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020719;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:4,4:4,2 chrX 110689606 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.063462;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,3:5,2:3,1 chrX 113097201 . C CTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,3:9,1 chrX 113206719 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.3703e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:9,10:18,6 chrX 113671430 . CAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:8,4:2,4 chrX 115458659 . CAAGCAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041892;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,5:11,2 chrX 115888354 . G A 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.048847;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:150,18:79,5:71,13 chrX 116895479 . TC T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,1:10,3 chrX 117369732 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.46e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:18,7:12,8 chrX 118231918 . AAAGAAGAAG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.026224;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:0,5:4,1 chrX 118323949 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.057503;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,7:7,1 chrX 118438797 . G GTTTTTTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:11,3:8,1 chrX 119156971 . CTATATATATATATA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:3,3:5,1 chrX 120068061 . AC A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2 chrX 121458402 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.8347e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:27,22:12,13:15,9 chrX 122945234 . TC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.011012;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,7:4,3:4,4 chrX 123288134 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.010112;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:15,6:18,2 chrX 123849603 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0041602;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,8:5,7:5,1 chrX 123864455 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:7,3:4,2 chrX 123926466 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:6,3:4,1 chrX 124436936 . CTT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,8:9,4:5,4 chrX 125516959 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.5419e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:14,5:13,11 chrX 126154797 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.454e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:14,10:14,7 chrX 126758503 . G C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.2088e-10;SS=2;SSC=94;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:16,26:7,10:9,16 chrX 126765903 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00034023;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:21,6:16,8 chrX 127180258 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.032967;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:40:1,10:0,2:1,8 chrX 127905933 . T TATATATATATATATATATATATATAG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,4:5,3:4,1 chrX 129053010 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0007826;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:13,9:20,3 chrX 129469054 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00019866;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:14,3:17,11 chrX 129599286 . C CT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0029501;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:11,4:8,4 chrX 130087798 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00029546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:9,3:16,7 chrX 130335457 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:12,3:3,1 chrX 130489927 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.046841;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:15,5:19,3 chrX 130786650 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0056253;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:10,3:12,5 chrX 130864313 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.0798e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:29,17:9,8:20,9 chrX 131117619 . A ATT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:8,4:0,1 chrX 132138750 . T TAATA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0075277;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,13:12,9:9,4 chrX 133148474 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.5518e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:12,7:16,15 chrX 134950870 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0073947;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:8,5:3,5 chrX 137105225 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.6974e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:12,5:15,8 chrX 137492843 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,3:5,1 chrX 137523728 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.5625e-10;SS=2;SSC=95;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:17,23:10,13:7,10 chrX 139523037 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00025079;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:12,4:7,5 chrX 141098121 . GTGTATATATATATATATA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.024419;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,10:12,5:5,5 chrX 142287597 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.9669e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:19,22:12,9:7,13 chrX 142551074 . A ATATG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2 chrX 143600240 . C CA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00047367;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:13,5:18,6 chrX 143631629 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=8.729e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:9,7:11,6 chrX 144171912 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.036342;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,2:11,4 chrX 144847540 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0043057;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:18,5:18,4 chrX 144848827 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.3393e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:11,7:12,7 chrX 144878667 . C CT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0057228;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:6,16:1,12:5,4 chrX 145173170 . AAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047988;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,3:11,2 chrX 145612584 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0017437;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:20,3:19,6 chrX 145938390 . A ATGTGTG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.015839;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:16,8:6,3 chrX 146835816 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:13,2:4,2 chrX 146972101 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.03614;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:26,1:17,8 chrX 147512886 . TTACACATTGTAATACACATTGCAATACAA T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.036707;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,2:16,2 chrX 147982851 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00049033;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:13,6:12,9 chrX 148430035 . TATATAATATATAAATATATTATATATTATATAA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.094639;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,4:11,1 chrX 150398367 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031602;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,5:8,1 chrX 151073038 . ATATG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:6,3:4,1 chrX 151781807 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.5203e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:14,9:14,6 chrX 152074475 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:35:0,2:0,0:0,2 chrX 152127579 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.9813e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:14,8:10,12 chrX 152296703 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.018989;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:13,10:8,3 chrX 152808054 . T G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=3.3869e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:29,20:18,10:11,10 chrX 153012235 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0010185;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:14,5:9,4 chrX 153091352 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.2506e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:18,9:11,7 chrX 153569113 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=6.8562e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:11,10:15,10 chrX 153619138 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:7,1:3,5 chrX 154191398 . G T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,2:1,3 chrY 11137800 . CA C 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.011245;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:136,20:67,12:69,8 chrY 11147115 . A G 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.049806;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:75,13:30,9:45,4 chrY 11177613 . G A 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.017287;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:61,12:44,8:17,4 chrY 11198115 . A T 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.035283;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:41,12:14,4:27,8 chrY 11199942 . T A 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.036234;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:83,17:70,12:13,5 chrY 11236902 . T G 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.019653;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:61,13:36,7:25,6 chrY 11403141 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:12,3:15,4 chrY 11479240 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1 chrY 56827498 . A G 0 PASS DP=301;GPV=1;SPV=0.0040244;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:132,22:54,7:78,15 chrY 56864133 . A G 0 PASS DP=616;GPV=1;SPV=0.0023512;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:342:293,49:163,26:130,23 chrY 56881916 . T C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.043553;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:81,11:35,6:46,5