Mercurial > repos > artbio > mutational_patterns
changeset 2:aea952be68cb draft
"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/mutational_patterns commit cd8f633245d53cf47eaf860a4e0ae8d806c34419"
| author | artbio |
|---|---|
| date | Wed, 16 Sep 2020 22:58:28 +0000 |
| parents | 921c1f55481d |
| children | e332cf9dfa06 |
| files | mutational_patterns.R mutational_patterns.xml test-data/EGF037F.vcf test-data/EGF089.vcf test-data/EGF167.vcf test-data/F.vcf test-data/FGHI_levels.tab test-data/G.vcf test-data/GH_levels.tab test-data/H.vcf test-data/I.vcf test-data/cosmic_output1.pdf test-data/denovo_output1.pdf test-data/levels.tab test-data/output.pdf test-data/spectrum_output1.pdf |
| diffstat | 16 files changed, 21066 insertions(+), 13272 deletions(-) [+] |
line wrap: on
line diff
--- a/mutational_patterns.R Sun Sep 13 22:27:03 2020 +0000 +++ b/mutational_patterns.R Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -5,8 +5,8 @@ warnings() library(optparse) library(rjson) -library(MutationalPatterns) -library(ggplot2) +library(grid) +library(gridExtra) # Arguments option_list = list( @@ -35,7 +35,38 @@ help = "selects the N most significant signatures in samples to express mutational patterns" ), make_option( - "--output", + "--nrun", + default = 2, + type = 'integer', + help = "Number of runs to fit signatures" + ), + make_option( + "--rank", + default = 2, + type = 'integer', + help = "number of ranks to display for parameter optimization" + ), + make_option( + "--newsignum", + default = 2, + type = 'integer', + help = "Number of new signatures to be captured" + ), + + make_option( + "--output_spectrum", + default = NA, + type = 'character', + help = "path to output dataset" + ), + make_option( + "--output_denovo", + default = NA, + type = 'character', + help = "path to output dataset" + ), + make_option( + "--output_cosmic", default = NA, type = 'character', help = "path to output dataset" @@ -45,82 +76,214 @@ opt = parse_args(OptionParser(option_list = option_list), args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)) +################ Manage input data #################### json_dict <- opt$inputs parser <- newJSONParser() parser$addData(json_dict) fileslist <- parser$getObject() vcf_files <- attr(fileslist, "names") sample_names <- unname(unlist(fileslist)) -pdf(opt$output, paper = "special", width = 11.69, height = 11.69) ref_genome <- opt$genome +vcf_table <- data.frame(sample_name=sample_names, path=vcf_files) + +library(MutationalPatterns) library(ref_genome, character.only = TRUE) # Load the VCF files into a GRangesList: vcfs <- read_vcfs_as_granges(vcf_files, sample_names, ref_genome) -levels_table <- read.delim(opt$levels, header=FALSE, col.names=c("sample_name","level")) -vcf_table <- data.frame(path=vcf_files, sample_name=sample_names) -metadata_table <- merge(vcf_table, levels_table, by.x=2, by.y=1) -levels <- metadata_table$level -muts = mutations_from_vcf(vcfs[[1]]) -types = mut_type(vcfs[[1]]) -context = mut_context(vcfs[[1]], ref_genome) -type_context = type_context(vcfs[[1]], ref_genome) -type_occurrences <- mut_type_occurrences(vcfs, ref_genome) -# p1 <- plot_spectrum(type_occurrences) -# p2 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT = TRUE) -# p3 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT = TRUE, legend = FALSE) -# -# plot(p2) -# p4 <- plot_spectrum(type_occurrences, by = levels, CT = TRUE, legend = TRUE) -# palette <- c("pink", "orange", "blue", "lightblue", "green", "red", "purple") -# p5 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT=TRUE, legend=TRUE, colors=palette) -# -# plot(p4) +if (!is.na(opt$levels)[1]) { # manage levels if there are + levels_table <- read.delim(opt$levels, header=FALSE, col.names=c("sample_name","level")) + library(dplyr) + metadata_table <- left_join(vcf_table, levels_table, by = "sample_name") +# detach("package:dplyr", unload=TRUE) + tissue <- metadata_table$level +} + +##### This is done for any section ###### mut_mat <- mut_matrix(vcf_list = vcfs, ref_genome = ref_genome) -# plot_96_profile(mut_mat[,1:length(as.data.frame(mut_mat))], condensed = TRUE) -mut_mat <- mut_mat + 0.0001 -# library("NMF") -# estimate <- nmf(mut_mat, rank=2:5, method="brunet", nrun=100, seed=123456) -# plot(estimate) -# nmf_res <- extract_signatures(mut_mat, rank = 4, nrun = 100) -# colnames(nmf_res$signatures) <- c("Signature A", "Signature B", "Signature C", "Signature D") -# rownames(nmf_res$contribution) <- c("Signature A", "Signature B", "Signature C", "Signature D") -# plot_96_profile(nmf_res$signatures, condensed = TRUE) -sp_url <- paste("https://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/assets/", "signatures_probabilities.txt", sep = "") -cancer_signatures = read.table(sp_url, sep = "\t", header = TRUE) -new_order = match(row.names(mut_mat), cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type) -cancer_signatures = cancer_signatures[as.vector(new_order),] -row.names(cancer_signatures) = cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type -cancer_signatures = as.matrix(cancer_signatures[,4:33]) -# plot_96_profile(cancer_signatures, condensed = TRUE, ymax = 0.3) -hclust_cosmic = cluster_signatures(cancer_signatures, method = "average") -cosmic_order = colnames(cancer_signatures)[hclust_cosmic$order] -# plot(hclust_cosmic) -cos_sim(mut_mat[,1], cancer_signatures[,1]) -cos_sim_samples_signatures = cos_sim_matrix(mut_mat, cancer_signatures) -plot_cosine_heatmap(cos_sim_samples_signatures, col_order = cosmic_order, cluster_rows = TRUE) -fit_res <- fit_to_signatures(mut_mat, cancer_signatures) -threshold <- tail(sort(unlist(rowSums(fit_res$contribution), use.names = FALSE)), opt$signum)[1] -select <- which(rowSums(fit_res$contribution) >= threshold) # ensure opt$signum best signatures in samples are retained, the others discarded -plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "absolute") -plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "relative") -plot_contribution_heatmap(fit_res$contribution, cluster_samples = TRUE, method = "complete") -sig5data <- as.data.frame(t(head(fit_res$contribution[select,]))) -colnames(sig5data) <- gsub("nature", "", colnames(sig5data)) -sig5data_percents <- sig5data / (apply(sig5data,1,sum)) * 100 -sig5data_percents$sample <- rownames(sig5data_percents) -library(reshape2) -melted_sig5data_percents <-melt(data=sig5data_percents) -melted_sig5data_percents$label <- sub("Sig.", "", melted_sig5data_percents$variable) -melted_sig5data_percents$pos <- cumsum(melted_sig5data_percents$value) - melted_sig5data_percents$value/2 -ggplot(melted_sig5data_percents, aes(x="", y=value, group=variable, fill=variable)) + - geom_bar(width = 1, stat = "identity") + - geom_text(aes(label = label), position = position_stack(vjust = 0.5), color="black", size=3) + - coord_polar("y", start=0) + facet_wrap(~ sample) + - labs(x="", y="Samples", fill = "Signatures (Cosmic_v2,March 2015)") + - theme(axis.text = element_blank(), - axis.ticks = element_blank(), - panel.grid = element_blank()) -dev.off() +###### Section 1 Mutation characteristics and spectrums ############# +if (!is.na(opt$output_spectrum)[1]) { + pdf(opt$output_spectrum, paper = "special", width = 11.69, height = 11.69) + type_occurrences <- mut_type_occurrences(vcfs, ref_genome) + + # mutation spectrum, total or by sample + + if (is.na(opt$levels)[1]) { + p1 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT = TRUE, legend=TRUE) + plot(p1) + } else { + p2 <- plot_spectrum(type_occurrences, by = tissue, CT=TRUE, legend=TRUE) # by sample + p3 <- plot_spectrum(type_occurrences, CT=TRUE, legend=TRUE) # total + grid.arrange(p2, p3, ncol=2, widths=c(4,2.3), heights=c(4,1)) + } + plot_96_profile(mut_mat, condensed = TRUE) + dev.off() +} + +###### Section 2: De novo mutational signature extraction using NMF ####### +if (!is.na(opt$output_denovo)[1]) { + mut_mat <- mut_mat + 0.0001 # First add a small psuedocount to the mutation count matrix + # Use the NMF package to generate an estimate rank plot + library("NMF") + estimate <- nmf(mut_mat, rank=1:opt$rank+1, method="brunet", nrun=opt$nrun, seed=123456) + # And plot it + pdf(opt$output_denovo, paper = "special", width = 11.69, height = 11.69) + p.trans <- plot(estimate) + grid.arrange(p.trans) + # Extract 4 (PARAMETIZE) mutational signatures from the mutation count matrix with extract_signatures + # (For larger datasets it is wise to perform more iterations by changing the nrun parameter + # to achieve stability and avoid local minima) + nmf_res <- extract_signatures(mut_mat, rank=opt$rank, nrun=opt$nrun) + # Assign signature names + colnames(nmf_res$signatures) <- paste0("NewSig_", 1:opt$rank) + rownames(nmf_res$contribution) <- paste0("NewSig_", 1:opt$rank) + # Plot the 96-profile of the signatures: + p.trans <- plot_96_profile(nmf_res$signatures, condensed = TRUE) + grid.arrange(p.trans) + # Visualize the contribution of the signatures in a barplot + pc1 <- plot_contribution(nmf_res$contribution, nmf_res$signature, mode="relative", coord_flip = TRUE) + # Visualize the contribution of the signatures in absolute number of mutations + pc2 <- plot_contribution(nmf_res$contribution, nmf_res$signature, mode="absolute", coord_flip = TRUE) + # Combine the two plots: + grid.arrange(pc1, pc2) + + # The relative contribution of each signature for each sample can also be plotted as a heatmap with + # plot_contribution_heatmap, which might be easier to interpret and compare than stacked barplots. + # The samples can be hierarchically clustered based on their euclidean dis- tance. The signatures + # can be plotted in a user-specified order. + # Plot signature contribution as a heatmap with sample clustering dendrogram and a specified signature order: + pch1 <- plot_contribution_heatmap(nmf_res$contribution, + sig_order = paste0("NewSig_", 1:opt$rank)) + # Plot signature contribution as a heatmap without sample clustering: + pch2 <- plot_contribution_heatmap(nmf_res$contribution, cluster_samples=FALSE) + #Combine the plots into one figure: + grid.arrange(pch1, pch2, ncol = 2, widths = c(2,1.6)) + + # Compare the reconstructed mutational profile with the original mutational profile: + plot_compare_profiles(mut_mat[,1], + nmf_res$reconstructed[,1], + profile_names = c("Original", "Reconstructed"), + condensed = TRUE) + dev.off() +} +##### Section 3: Find optimal contribution of known signatures: COSMIC mutational signatures #### + +if (!is.na(opt$output_cosmic)[1]) { + pdf(opt$output_cosmic, paper = "special", width = 11.69, height = 11.69) + sp_url <- paste("https://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/assets/", "signatures_probabilities.txt", sep = "") + cancer_signatures = read.table(sp_url, sep = "\t", header = TRUE) + mut_mat <- mut_mat + 0.0001 # First add a small psuedocount to the mutation count matrix + new_order = match(row.names(mut_mat), cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type) + cancer_signatures = cancer_signatures[as.vector(new_order),] + row.names(cancer_signatures) = cancer_signatures$Somatic.Mutation.Type + cancer_signatures = as.matrix(cancer_signatures[,4:33]) + + # Plot mutational profiles of the COSMIC signatures + colnames(cancer_signatures) <- gsub("Signature.", "", colnames(cancer_signatures)) # shorten signature labels + p.trans <- plot_96_profile(cancer_signatures, condensed = TRUE, ymax = 0.3) + grid.arrange(p.trans, top = textGrob("COSMIC signature profiles",gp=gpar(fontsize=12,font=3))) + + # Hierarchically cluster the COSMIC signatures based on their similarity with average linkage + # hclust_cosmic = cluster_signatures(cancer_signatures, method = "average") + # store signatures in new order + # cosmic_order = colnames(cancer_signatures)[hclust_cosmic$order] + # plot(hclust_cosmic) + + # Similarity between mutational profiles and COSMIC signatures + + + # The similarity between each mutational profile and each COSMIC signature, can be calculated + # with cos_sim_matrix, and visualized with plot_cosine_heatmap. The cosine similarity reflects + # how well each mutational profile can be explained by each signature individually. The advantage + # of this heatmap representation is that it shows in a glance the similarity in mutational + # profiles between samples, while at the same time providing information on which signatures + # are most prominent. The samples can be hierarchically clustered in plot_cosine_heatmap. + # The cosine similarity between two mutational profiles/signatures can be calculated with cos_sim : + # cos_sim(mut_mat[,1], cancer_signatures[,1]) + + # Calculate pairwise cosine similarity between mutational profiles and COSMIC signatures + + # cos_sim_samples_signatures = cos_sim_matrix(mut_mat, cancer_signatures) + # Plot heatmap with specified signature order + # p.trans <- plot_cosine_heatmap(cos_sim_samples_signatures, col_order = cosmic_order, cluster_rows = TRUE) + # grid.arrange(p.trans) + + # Find optimal contribution of COSMIC signatures to reconstruct 96 mutational profiles + fit_res <- fit_to_signatures(mut_mat, cancer_signatures) + + # Select signatures with some contribution (above a threshold) + threshold <- tail(sort(unlist(rowSums(fit_res$contribution), use.names = FALSE)), opt$signum)[1] + select <- which(rowSums(fit_res$contribution) >= threshold) # ensure opt$signum best signatures in samples are retained, the others discarded + # Plot contribution barplots + pc1 <- plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "absolute") + pc2 <- plot_contribution(fit_res$contribution[select,], cancer_signatures[,select], coord_flip = T, mode = "relative") + # Combine the two plots: + grid.arrange(pc1, pc2) + ## pie charts of comic signatures contributions in samples + + sig_data_pie <- as.data.frame(t(head(fit_res$contribution[select,]))) + colnames(sig_data_pie) <- gsub("nature", "", colnames(sig_data_pie)) + sig_data_pie_percents <- sig_data_pie / (apply(sig_data_pie,1,sum)) * 100 + sig_data_pie_percents$sample <- rownames(sig_data_pie_percents) + library(reshape2) + melted_sig_data_pie_percents <-melt(data=sig_data_pie_percents) + melted_sig_data_pie_percents$label <- sub("Sig.", "", melted_sig_data_pie_percents$variable) + melted_sig_data_pie_percents$pos <- cumsum(melted_sig_data_pie_percents$value) - melted_sig_data_pie_percents$value/2 + library(ggplot2) + p.trans <- ggplot(melted_sig_data_pie_percents, aes(x="", y=value, group=variable, fill=variable)) + + geom_bar(width = 1, stat = "identity") + + geom_text(aes(label = label), position = position_stack(vjust = 0.5), color="black", size=3) + + coord_polar("y", start=0) + facet_wrap(~ sample) + + labs(x="", y="Samples", fill = "Signatures (Cosmic_v2,March 2015)") + + theme(axis.text = element_blank(), + axis.ticks = element_blank(), + panel.grid = element_blank()) + grid.arrange(p.trans) + + # Plot relative contribution of the cancer signatures in each sample as a heatmap with sample clustering + p.trans <- plot_contribution_heatmap(fit_res$contribution, cluster_samples = TRUE, method = "complete") + grid.arrange(p.trans) + + # Compare the reconstructed mutational profile of sample 1 with its original mutational profile + # plot_compare_profiles(mut_mat[,1], fit_res$reconstructed[,1], + # profile_names = c("Original", "Reconstructed"), + # condensed = TRUE) + + # Calculate the cosine similarity between all original and reconstructed mutational profiles with + # `cos_sim_matrix` + + # calculate all pairwise cosine similarities + cos_sim_ori_rec <- cos_sim_matrix(mut_mat, fit_res$reconstructed) + # extract cosine similarities per sample between original and reconstructed + cos_sim_ori_rec <- as.data.frame(diag(cos_sim_ori_rec)) + + # We can use ggplot to make a barplot of the cosine similarities between the original and + # reconstructed mutational profile of each sample. This clearly shows how well each mutational + # profile can be reconstructed with the COSMIC mutational signatures. Two identical profiles + # have a cosine similarity of 1. The lower the cosine similarity between original and + # reconstructed, the less well the original mutational profile can be reconstructed with + # the COSMIC signatures. You could use, for example, cosine similarity of 0.95 as a cutoff. + + # Adjust data frame for plotting with gpplot + colnames(cos_sim_ori_rec) = "cos_sim" + cos_sim_ori_rec$sample = row.names(cos_sim_ori_rec) + # Make barplot + p.trans <- ggplot(cos_sim_ori_rec, aes(y=cos_sim, x=sample)) + + geom_bar(stat="identity", fill = "skyblue4") + + coord_cartesian(ylim=c(0.8, 1)) + + # coord_flip(ylim=c(0.8,1)) + + ylab("Cosine similarity\n original VS reconstructed") + + xlab("") + + # Reverse order of the samples such that first is up + # xlim(rev(levels(factor(cos_sim_ori_rec$sample)))) + + theme_bw() + + theme(panel.grid.minor.y=element_blank(), + panel.grid.major.y=element_blank()) + + # Add cut.off line + geom_hline(aes(yintercept=.95)) + grid.arrange(p.trans, top = textGrob("Similarity between true and reconstructed profiles (with all Cosmic sig.)",gp=gpar(fontsize=12,font=3))) + + dev.off() +}
--- a/mutational_patterns.xml Sun Sep 13 22:27:03 2020 +0000 +++ b/mutational_patterns.xml Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -1,10 +1,11 @@ -<tool id="mutational_patterns" name="Analyse Mutational Patters/Signatures" version="2.0.0_galaxy_2"> +<tool id="mutational_patterns" name="Analyse Mutational Patters/Signatures" version="2.0.0+galaxy3"> <description>from genomic variations in vcf files</description> <requirements> <requirement type="package" version="2.0.0=r40_0">bioconductor-mutationalpatterns</requirement> <requirement type="package" version="1.6.6=r40h6115d3f_1">r-optparse</requirement> <requirement type="package" version="0.2.20=r40h0357c0b_1002">r-rjson</requirement> <requirement type="package" version="0.21.0=r40h0357c0b_1004">r-nmf</requirement> + <requirement type="package" version="2.3=r40h6115d3f_1003">r-gridextra</requirement> <requirement type="package" version="1.4.3=r40_0">bioconductor-bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38</requirement> <requirement type="package" version="0.99.1=r40_4">bioconductor-bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5</requirement> <requirement type="package" version="1.4.3=r40_0">bioconductor-bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19</requirement> @@ -28,9 +29,26 @@ #end for '#echo json.dumps(filename_to_element_identifiers)#' --genome '$genome' - --levels '$levels' - --signum '$signum' - --output '$output' + + #if $set_levels.choices == 'yes': + --levels '$set_levels.levels' + #end if + + #if $set_spectrum.choices == 'yes': + --output_spectrum $spectrum + #end if + + #if $set_denovo.choices == 'yes': + --nrun $set_denovo.nrun + --rank $set_denovo.rank + --newsignum $set_denovo.newsignum + --output_denovo $denovo + #end if + + #if $set_cosmic.choices == 'yes': + --signum '$set_cosmic.signum' + --output_cosmic $cosmic + #end if ]]></command> <inputs> @@ -43,38 +61,143 @@ <!--<option value="BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10">BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10</option> <option value="BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9">BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9</option>--> </param> - <param name="levels" type="data" format="tabular" - label="A two-column tab-separated file describing levels attributed to each sample name" - help="Tip: the sample name list in the vcf collection can be obtained using - the IUC Galaxy tool 'Extract element identifiers of a list collection' <br> - example:<br> - sample1 female<br> - sample2 female<br> - sample3 male<br> - sample4 female<br> - sample5 male<br> - sample5 male" /> - <param name="signum" type="integer" value="2" min="2" max="30" - label="selects the N most significant signatures in samples to express mutational patterns" - help="an integer between 2 and 30 signature types from cosmic"/> + <conditional name="set_levels"> + <param name="choices" type="select" label="samples have levels/labels for grouping them in the analysis" display="radio" + help="for instance, female/male or genotype-1/genotype-2/genotype-3, etc."> + <option value="no" selected="true">No</option> + <option value="yes">Yes</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="levels" type="data" format="tabular" + label="A two-column tab-separated file describing levels attributed to each sample name" + help="Tip: the sample name list in the vcf collection can be obtained using + the IUC Galaxy tool 'Extract element identifiers of a list collection' <br> + example:<br> + sample1 female<br> + sample2 female<br> + sample3 male<br> + sample4 female<br> + sample5 male<br> + sample5 male" /> + </when> + <when value="no" /> + </conditional> + <conditional name="set_spectrum"> + <param name="choices" type="select" label="Analyse Mutational Spectrum" display="radio"> + <option value="yes" selected="true">Yes</option> + <option value="no">No</option> + </param> + <when value="yes" /> + <when value="no" /> + </conditional> + <conditional name="set_denovo"> + <param name="choices" type="select" label="Extract de novo signatures with MutationalPatterns" display="radio"> + <option value="yes" selected="true">Yes</option> + <option value="no">No</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="nrun" type="integer" value="10" min="10" max="200" + label="Number of cycles to find best fitting of signatures" + help="High values extend the computational time"/> + <param name="rank" type="integer" value="4" min="3" max="30" + label="Number of ranks to be displayed for control of optimal number of signature" + help="High values extend the computational time"/> + <param name="newsignum" type="integer" value="4" min="2" max="30" + label="Number of de novo signatures to capture" + help="High values extend the computational time"/> + </when> + <when value="no" /> + </conditional> + <conditional name="set_cosmic"> + <param name="choices" type="select" label="Decompose with Cosmic signature v2" display="radio"> + <option value="yes" selected="true">Yes</option> + <option value="no">No</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="signum" type="integer" value="3" min="2" max="30" + label="selects the N most significant signatures in samples to express mutational patterns" + help="an integer between 2 and 30 signature types from cosmic"/> + </when> + <when value="no" /> + </conditional> </inputs> <outputs> - <data name="output" format="pdf" label="Mutational Patterns/Signatures" /> + <data name="spectrum" format="pdf" label="Mutational Spectrum"> + <filter>set_spectrum['choices'] == "yes"</filter> + </data> + <data name="denovo" format="pdf" label="De novo signatures"> + <filter>set_denovo['choices'] == "yes"</filter> + </data> + <data name="cosmic" format="pdf" label="Cosmic signatures"> + <filter>set_cosmic['choices'] == "yes"</filter> + </data> </outputs> <tests> <test> <param name="vcfs"> <collection type="list"> - <element name="1" value="EGF167.vcf"/> - <element name="2" value="EGF089.vcf"/> - <element name="3" value="EGF037F.vcf"/> + <element name="1" ftype="vcf" value="G.vcf"/> + <element name="2" ftype="vcf" value="H.vcf"/> + </collection> + </param> + <param name="genome" value="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"/> + <param name="levels" value="GH_levels.tab" ftype="tabular"/> + <conditional name="set_spectrum"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <conditional name="set_denovo"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <conditional name="set_cosmic"> + <param name="choices" value="yes"/> + </conditional> + <param name="signum" value="3" /> + <output name="cosmic" file="cosmic_output1.pdf" compare="sim_size" ftype="pdf"/> + </test> + <test> + <param name="vcfs"> + <collection type="list"> + <element name="6" value="F.vcf"/> + <element name="7" value="G.vcf"/> + <element name="8" value="H.vcf"/> + <element name="9" value="I.vcf"/> </collection> </param> <param name="genome" value="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"/> - <param name="levels" value="levels.tab" ftype="tabular"/> - <param name="signum" value="3" /> - <output name="output" file="output.pdf" compare="sim_size" ftype="pdf"/> + <conditional name="set_spectrum"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <conditional name="set_denovo"> + <param name="choices" value="yes"/> + </conditional> + <conditional name="set_cosmic"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <output name="denovo" file="denovo_output1.pdf" compare="sim_size" ftype="pdf"/> + </test> + <test> + <param name="vcfs"> + <collection type="list"> + <element name="1" ftype="vcf" value="G.vcf"/> + <element name="2" ftype="vcf" value="H.vcf"/> + </collection> + </param> + <param name="genome" value="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"/> + <conditional name="set_levels"> + <param name="choices" value="yes"/> + </conditional> + <param name="levels" value="GH_levels.tab" ftype="tabular"/> + <conditional name="set_spectrum"> + <param name="choices" value="yes"/> + </conditional> + <conditional name="set_denovo"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <conditional name="set_cosmic"> + <param name="choices" value="no"/> + </conditional> + <output name="spectrum" file="spectrum_output1.pdf" compare="sim_size" ftype="pdf"/> </test> </tests> <help>
--- a/test-data/EGF037F.vcf Sun Sep 13 22:27:03 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4331 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> -##reference=hg38 -##source=varscan.py -##contig=<ID=chr1,length=248956422> -##contig=<ID=chr10,length=133797422> -##contig=<ID=chr11,length=135086622> -##contig=<ID=chr12,length=133275309> -##contig=<ID=chr13,length=114364328> -##contig=<ID=chr14,length=107043718> -##contig=<ID=chr15,length=101991189> -##contig=<ID=chr16,length=90338345> -##contig=<ID=chr17,length=83257441> -##contig=<ID=chr18,length=80373285> -##contig=<ID=chr19,length=58617616> -##contig=<ID=chr2,length=242193529> -##contig=<ID=chr20,length=64444167> -##contig=<ID=chr21,length=46709983> -##contig=<ID=chr22,length=50818468> -##contig=<ID=chr3,length=198295559> -##contig=<ID=chr4,length=190214555> -##contig=<ID=chr5,length=181538259> -##contig=<ID=chr6,length=170805979> -##contig=<ID=chr7,length=159345973> -##contig=<ID=chr8,length=145138636> -##contig=<ID=chr9,length=138394717> -##contig=<ID=chrM,length=16569> -##contig=<ID=chrX,length=156040895> -##contig=<ID=chrY,length=57227415> -##filter="SOMATIC" -##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> -##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> -##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> -##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> -##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> -##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> -##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> -##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> -##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> -##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> -##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> -##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> -##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> -##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> -##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> -##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> -##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> -##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> -##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> -##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> -##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> -##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> -##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR -chr1 184576 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.019075;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:6,3:30,6 -chr1 269371 . A G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.01875;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:21,3:19,5 -chr1 283183 . C G 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.0053658;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:21,8:22,2 -chr1 738332 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.043011;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:33,8:3,1 -chr1 738586 . G A 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=9.9539e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:57,13:25,5:32,8 -chr1 738733 . T C 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.016466;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:20,5:25,3 -chr1 1028545 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.043159;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,2:5,1 -chr1 1573439 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,2:0,1:0,1 -chr1 2071063 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.011351;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:10,1:4,5 -chr1 2342857 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.044297;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:6,2:12,3 -chr1 2671870 . C A 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.00012417;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2 -chr1 2672087 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0012127;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,2:8,3 -chr1 3927491 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,6:4,3:4,3 -chr1 4079275 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.6102e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:13,9:8,6 -chr1 4173876 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0022746;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:11,8:10,2 -chr1 4318436 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:8,1:6,3 -chr1 4530714 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:5,2:2,1:3,1 -chr1 5796213 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.084408;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:8,2:8,1 -chr1 6641377 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,7:7,6:7,1 -chr1 6926438 . C CTCTTTCTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,7:1,1:11,6 -chr1 7913728 . GTT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033483;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,1:5,3 -chr1 8574368 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:1,1:5,7 -chr1 8852528 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0087276;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,5:7,4 -chr1 11854533 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:1,1:3,1 -chr1 12897156 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 -chr1 12939075 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:5,1:9,6 -chr1 13046693 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,1:5,3 -chr1 13150128 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,2:3,2 -chr1 13155510 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:3,2:7,5 -chr1 13369851 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.018596;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:18,4:9,3 -chr1 16164067 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020191;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,10:8,5:8,5 -chr1 16536071 . G A 0 PASS DP=384;GPV=1;SPV=0.044443;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:148,19:78,12:70,7 -chr1 16550749 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.044689;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:22,6:15,6 -chr1 16560810 . C T 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.048505;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:96,16:48,9:48,7 -chr1 16564382 . G C 0 PASS DP=354;GPV=1;SPV=0.030816;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:140,16:104,6:36,10 -chr1 16571744 . C T 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.018301;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:86,17:47,8:39,9 -chr1 16571771 . G A 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.045999;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:92,17:45,9:47,8 -chr1 16576444 . G C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.031308;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:80,15:31,3:49,12 -chr1 16577822 . T C 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.025445;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:24,5:36,9 -chr1 16599312 . C T 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.037127;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:50,5:37,11 -chr1 16601408 . T C 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.042617;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:79,18:31,4:48,14 -chr1 16603496 . C T 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.037802;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:85,15:47,8:38,7 -chr1 16618314 . G C 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.014024;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:86,16:38,6:48,10 -chr1 16624325 . G A 0 PASS DP=354;GPV=1;SPV=0.023677;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:126,26:59,14:67,12 -chr1 16628633 . A G 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.042221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:95,20:51,10:44,10 -chr1 16656288 . G C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.007124;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:64,19:31,13:33,6 -chr1 16674958 . A G 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.014272;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:71,10:39,9:32,1 -chr1 16708815 . C G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0043049;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:12,11:17,5 -chr1 16733054 . C T 0 PASS DP=269;GPV=1;SPV=0.039538;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:108,18:44,8:64,10 -chr1 16756749 . A G 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.045414;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:89,15:43,9:46,6 -chr1 16795485 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:7,2:0,5 -chr1 17257031 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:8,5:0,1 -chr1 18014818 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.016282;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:19,2:9,4 -chr1 19019158 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.2113e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,19:5,11:11,8 -chr1 19410476 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=6.5658e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,3:7,6 -chr1 19611469 . A ATTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,4:7,3:4,1 -chr1 22555088 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13043;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,2:2,1:5,1 -chr1 22992252 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1 -chr1 23826355 . TTGG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2 -chr1 23881611 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00061448;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,3:3,3 -chr1 23979057 . G GT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,9:3,8:4,1 -chr1 24049441 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,2:3,1:4,1 -chr1 24196805 . T G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:1,3:1,4 -chr1 25464338 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:1,3:4,1 -chr1 27454650 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00011345;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,4:5,5 -chr1 28262621 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 -chr1 28540810 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0055741;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,6:3,1 -chr1 30054513 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.043924;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,4:8,2 -chr1 30480962 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0059154;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:4,5:0,1 -chr1 31255828 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.07563;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,1:10,3 -chr1 36962640 . A AAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00074257;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,5:3,4 -chr1 37702951 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.022117;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,5:8,3 -chr1 40922013 . G GT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.223e-06;SS=2;SSC=59;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,6:8,6 -chr1 40998789 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.2959e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:4,3:9,10 -chr1 42355597 . A AAAAAAAAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,7:2,2:5,5 -chr1 42819170 . C CGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026067;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,3:2,2 -chr1 42922001 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,2:4,1:3,1 -chr1 43117234 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.030658;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,3:15,1 -chr1 43461485 . C CTCTCTTTCTCTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0077055;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,4:5,2 -chr1 43817407 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.086154;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:0,1:6,1 -chr1 45774703 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017094;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1 -chr1 47097820 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035434;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,3:7,1 -chr1 48980718 . AATATATATATATATATATATATATATATATAT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0077399;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,2:1,4 -chr1 49370145 . TTA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0080525;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,5:10,4 -chr1 49972516 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.9869e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:11,10:10,6 -chr1 50729058 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:8,2:5,6 -chr1 51081004 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 -chr1 52093630 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.035721;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 -chr1 52266405 . TAAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010883;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:2,2:1,3 -chr1 52964214 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,5:8,3 -chr1 55273567 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029433;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2 -chr1 56723946 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00051333;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,3:8,5 -chr1 57768175 . T TAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,5:1,4:0,1 -chr1 68047321 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0011582;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,6:9,2 -chr1 68213451 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:12,3:5,2 -chr1 68982123 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=6.6326e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,2:6,7 -chr1 70297287 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chr1 70647900 . TAC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 -chr1 70981312 . CTTCCTTTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:2,2:14,2 -chr1 71155378 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00022877;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:11,6:13,5 -chr1 75302112 . G GTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:6,3:0,1 -chr1 76669544 . T TTTTTTTTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00012488;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:5,6:7,4 -chr1 77304407 . TTTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,3:14,1 -chr1 78238004 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1 -chr1 78690904 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,10:1,6:2,4 -chr1 79201821 . A AGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:4,3:6,1 -chr1 79959408 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.6582e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:10,7:10,7 -chr1 83303544 . C CAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,6:0,3:1,3 -chr1 83359203 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:1,2:2,1 -chr1 84311332 . T TAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:6,5:4,1 -chr1 85296311 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,3:1,3 -chr1 85536978 . TATATATAC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020557;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,2:5,4 -chr1 86200361 . C CAAAAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,4:0,0 -chr1 88097222 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0007761;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:3,2:10,5 -chr1 89653369 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.4236e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:13,6:3,10 -chr1 90406935 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.065063;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:17,6:12,3 -chr1 91144703 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=5.0341e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:7,9:7,9 -chr1 91364001 . T TATGGAGGGGAACACATTGGGAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013155;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 -chr1 92507111 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 -chr1 92814250 . A ATT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,4:5,3 -chr1 93998713 . A ATTTAT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.019226;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,7:8,2 -chr1 94295709 . A ATC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:7,3:5,1 -chr1 95074345 . TC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016596;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:2,3:9,1 -chr1 96005255 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,3:4,2:1,1 -chr1 96140608 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.040043;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:1,4:0,1 -chr1 97362616 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0003089;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:12,5:13,7 -chr1 97904795 . G GTAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00019093;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,5:6,5 -chr1 98348089 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,3:3,2 -chr1 100159600 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 -chr1 100358293 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.1031e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:11,4:8,7 -chr1 102966708 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:4,2:6,2 -chr1 104873363 . GGAAAA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:2,4:2,1 -chr1 105426794 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.049127;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,3:11,1 -chr1 105746932 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00065827;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:12,7:8,5 -chr1 106712000 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,2:6,3 -chr1 106812711 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00076161;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:4,6:4,5 -chr1 107049529 . GGTT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:1,3:7,2 -chr1 108523875 . TATATATATG T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:3,1:6,3 -chr1 108771460 . AATAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 -chr1 108772352 . A ATATC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015732;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr1 108954010 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.014656;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:7,6:6,2 -chr1 109852477 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00073537;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,5:8,2 -chr1 111062544 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=5.5082e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,4:4,5 -chr1 111227411 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.037551;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,4:10,1 -chr1 111615829 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010926;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,4:4,3 -chr1 111908435 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.1845e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:10,10:7,6 -chr1 112474079 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011868;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:2,3:5,8 -chr1 112484222 . T TATATATACAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,5:7,2:2,3 -chr1 113509914 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0005553;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:12,8:4,1 -chr1 113584966 . C CAATTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2 -chr1 114205271 . ATATATGTGAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15966;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:5,2:12,1 -chr1 115791931 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00012315;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:4,2:9,6 -chr1 115792300 . GTAGTA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.020719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:4,1:4,5 -chr1 116770414 . G GGAGAGAGA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:11,4:6,1 -chr1 117127034 . T TC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.022163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:1,1:10,6 -chr1 118576067 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013155;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,1:3,5 -chr1 119265512 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011129;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1 -chr1 119500265 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011012;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,6:4,1 -chr1 120187664 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,3:6,4 -chr1 120456434 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0039871;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:8,3:6,9 -chr1 120458978 . C G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 -chr1 120999034 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,1:6,3 -chr1 121016463 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036704;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,1:16,3 -chr1 121049803 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.057887;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,1:14,4 -chr1 121447300 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=1.0919e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:7,8:5,5 -chr1 121741553 . G C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,2:3,5 -chr1 122138830 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 -chr1 122284147 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.001014;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:9,2:17,11 -chr1 122333339 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.03926;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:19,6:11,2 -chr1 122382656 . C G 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.03683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:109,20:37,2:72,18 -chr1 122404413 . G T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.035811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:47,5:4,1 -chr1 123755350 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03024;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:19,4:0,0 -chr1 124819577 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,2:6,4 -chr1 124862955 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,1:4,4 -chr1 124924067 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,3:5,2:2,1 -chr1 124935455 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 -chr1 125141871 . TTTC T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.018195;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:15,4:17,8 -chr1 143194701 . C T 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.042501;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:85,13:31,11:54,2 -chr1 143234677 . G A 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.0080857;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:7,2:67,7 -chr1 143262456 . G A 0 PASS DP=5138;GPV=1;SPV=0.049301;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2584:2270,265:755,71:1515,194 -chr1 143393078 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.013894;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 -chr1 144031996 . GTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051826;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:6,3:11,3 -chr1 144500177 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 -chr1 144569911 . CTGTGTG C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0049438;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,6:2,2:1,4 -chr1 144772388 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020233;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:4,4:12,4 -chr1 145129856 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.728e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,5:9,10 -chr1 145259810 . C CAACATCA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.018191;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,2:8,4 -chr1 145986946 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:4,15:2,13:2,2 -chr1 146136588 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,1:8,4 -chr1 146740554 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0052707;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,2:5,6 -chr1 147608330 . C CTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 -chr1 148560207 . C G 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.023176;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:37,6:21,2 -chr1 148838480 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr1 149080154 . C G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.045884;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:54,10:22,1:32,9 -chr1 150453034 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010243;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:9,6:4,2 -chr1 152234092 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,1:7,3 -chr1 152234093 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,1:7,3 -chr1 152234095 . AGT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3 -chr1 153917795 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0068571;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,3:9,3 -chr1 154024688 . A AT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,8:0,3:2,5 -chr1 154032950 . GAAGAAAAGAA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:1,4:1,3 -chr1 155348913 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,3:2,2:2,1 -chr1 155422303 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,4:6,4 -chr1 156930100 . T TC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:2,7:4,2 -chr1 157349714 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:0,1:8,4 -chr1 157618389 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0044113;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:9,4:14,5 -chr1 157712211 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:4,5:2,1 -chr1 159075613 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,3:8,1 -chr1 160735894 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:3,5:5,5 -chr1 160918153 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,2:13,3 -chr1 161064827 . GAAAGAGAA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.048962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,2:2,3 -chr1 161423322 . TG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.13793;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:6,2:7,1 -chr1 161569065 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3 -chr1 161600163 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,3:2,3 -chr1 161658875 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.038053;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:19,8:14,1 -chr1 164065177 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.049522;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,1:15,3 -chr1 165581230 . A ACACATG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013457;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:17,7:8,5 -chr1 167200851 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,2:2,2 -chr1 168110527 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1 -chr1 168110531 . AG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr1 168933831 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 -chr1 169075433 . A AATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 -chr1 169342576 . GTA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034205;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 -chr1 170854867 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.5032e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:9,7:4,6 -chr1 171100237 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0001432;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:7,10:8,2 -chr1 171577770 . C CATA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:7,6:0,2 -chr1 173340323 . TAC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,10:4,8:1,2 -chr1 173834744 . T TC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,2:1,3 -chr1 174069508 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1 -chr1 174349588 . AC A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13514;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:11,2:6,1 -chr1 174634305 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:4,5:12,4 -chr1 175547605 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:9,3:4,1 -chr1 176122139 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,5:3,2 -chr1 177110790 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=7.8832e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:8,8:12,3 -chr1 177402840 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13137;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:17,1:14,4 -chr1 178006272 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.08111;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,2:8,2 -chr1 178076750 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011728;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:7,7:6,3 -chr1 178574225 . C CTGTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 -chr1 178695883 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,4:10,1:7,3 -chr1 178975705 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 -chr1 179335015 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,6:4,5:0,1 -chr1 179462679 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=3.5908e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,6:10,7 -chr1 180350023 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,3:3,1:0,2 -chr1 180613394 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,4:7,6 -chr1 183773015 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,4:2,2 -chr1 184275120 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010777;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,2:6,4 -chr1 187288570 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.5724e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:9,6:10,9 -chr1 188474530 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0074494;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:6,5:5,2 -chr1 188886337 . CTCTT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.009828;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,8:4,2:8,6 -chr1 189686809 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,4:9,1:6,3 -chr1 191617509 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.10313;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,3:14,1 -chr1 194698876 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,5:4,3 -chr1 194895616 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,4:3,2:3,2 -chr1 195451267 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.019281;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,4:12,1 -chr1 195742125 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,4:4,2 -chr1 196759540 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,3:9,1 -chr1 197793654 . AAG A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 -chr1 198440146 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,5:7,1:6,4 -chr1 201800444 . T TA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.0913e-06;SS=2;SSC=59;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:10,8:9,9 -chr1 204146286 . A AAGCTC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0024076;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,2:8,5 -chr1 205193870 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:12,4:4,1 -chr1 207796693 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,7:4,2:2,5 -chr1 208200577 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:1,4:2,2 -chr1 210799575 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0027818;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:7,3:10,3 -chr1 211196099 . C CAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,4:6,2 -chr1 211496361 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 -chr1 211622573 . CT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,4:6,2:3,2 -chr1 212248907 . GA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,9:3,1 -chr1 215463441 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.1679e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:2,2:8,8 -chr1 216245470 . T TGAGAGAGA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:5,2:1,4 -chr1 217141024 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.064844;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,3:13,2 -chr1 218798280 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,4:2,3 -chr1 219409446 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2 -chr1 219589948 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0049862;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,4:12,3 -chr1 222488807 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.044218;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:21,6:17,3 -chr1 222595802 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0036482;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,9:3,1:3,8 -chr1 223050053 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00072464;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,9:4,7:2,2 -chr1 223439757 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,5:3,3:6,2 -chr1 224102822 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.024795;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,3:8,1 -chr1 227315955 . C CAAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.016809;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:9,5:2,1 -chr1 230038404 . A AAAGAAAG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,4:13,1:11,3 -chr1 230156233 . A AAG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,3:3,2 -chr1 232271499 . A ATCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3 -chr1 232759266 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,7:6,2:4,5 -chr1 234780250 . T C 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.0024028;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:70,20:39,8:31,12 -chr1 235217432 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.025971;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,4:9,3 -chr1 235217437 . C CATATACATACATACACTCACAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0022188;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,7:3,5:6,2 -chr1 235220795 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0015078;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:8,3:11,4 -chr1 235924960 . CACACACAT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:3,2:1,2 -chr1 236390941 . G GTTATTATTATTATTATTA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.004257;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,9:3,5:1,4 -chr1 238891518 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.028362;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:8,2:16,3 -chr1 239249557 . T TTTTATTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.002122;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,3:1,2 -chr1 239933754 . GAAAGAAAGAAAGAA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:6,5:0,1 -chr1 240479086 . TA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,6:2,5:1,1 -chr1 240812437 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016795;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:7,6:4,1 -chr1 241235918 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.071698;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,2:10,3 -chr1 241705558 . TA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 -chr1 241960337 . A AT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.024029;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:9,6:10,4 -chr1 243854312 . GTTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,1:6,4 -chr1 243972195 . T TC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:2,4:5,2 -chr1 245103006 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.016411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,1:7,7 -chr1 245192248 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0025268;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,4:6,2 -chr1 245299320 . GTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:8,2:2,2 -chr1 246535521 . A ATTTTCTTTTTTTTTTTC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,4:6,2 -chr1 246619881 . ACT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.07108;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:4,1:11,2 -chr1 247837462 . AAAAAG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021798;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,4:9,3 -chr1 248354980 . GAATT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010107;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2 -chr10 862256 . T TAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0090299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:2,2:1,2 -chr10 940012 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013021;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,2:6,3 -chr10 1010151 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.041156;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:10,1:14,6 -chr10 1015706 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.032107;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,3:2,2 -chr10 1015709 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,3:2,2 -chr10 1015710 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,3:1,2 -chr10 1992884 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.0714e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,8:7,3 -chr10 2029107 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015873;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4 -chr10 2350964 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.038561;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,3:12,1 -chr10 2510784 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032518;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3 -chr10 2511571 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,4:6,6 -chr10 2511572 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00534;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:6,4:6,6 -chr10 2536476 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,2:9,2 -chr10 2561419 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.7015e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:9,8:5,10 -chr10 3252001 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr10 3457411 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,1:2,5 -chr10 3771027 . TTC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:10,3:4,7 -chr10 4209012 . C CAGAGAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:2,5:2,1 -chr10 4665375 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,13:3,11:1,2 -chr10 4738997 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:2,2:1,1:1,1 -chr10 5304010 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.078413;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2 -chr10 6093178 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.016464;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:6,3:14,3 -chr10 8332995 . CCTCTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,2:3,3 -chr10 11497411 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01463;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,8:7,6:4,2 -chr10 11711365 . AAAATAAATAAAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010062;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:2,3:4,4 -chr10 12281275 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,2:9,2 -chr10 14008162 . C CTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,4:3,3:2,1 -chr10 15329629 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:0,1:1,1 -chr10 16546145 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=5.4215e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:6,7:8,12 -chr10 17223725 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.5134e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:4,4:11,12 -chr10 17628955 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0063217;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,1:7,8 -chr10 18634768 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037605;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,1:7,5 -chr10 19088536 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0019118;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,5:4,2 -chr10 19237572 . ATATAATTATAATTATATAATTATATAAT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 -chr10 19292894 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,3:3,1:3,2 -chr10 19447041 . AACACACACACACACACACACATACACAGACAC A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,4:6,2 -chr10 20072481 . CAAAG C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,7:2,1 -chr10 21316823 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091635;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:8,6:9,2 -chr10 21968504 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0033467;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,5:8,3 -chr10 22716451 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.042832;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:12,3:6,4 -chr10 23212778 . T TGA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,9:3,7:4,2 -chr10 24449324 . AT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.042266;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:14,3:7,2 -chr10 24924710 . G GA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023752;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr10 25303385 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0088503;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,4:11,3 -chr10 27685443 . ATTTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:2,5:4,1 -chr10 27923993 . A AGG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020833;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,6:6,2 -chr10 28325998 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0046299;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:0,2:7,9 -chr10 28325999 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0033618;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:1,4:6,9 -chr10 28902067 . ATATT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.01858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6 -chr10 29268495 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0098662;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:17,3:8,4 -chr10 29902732 . T TTATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:1,2:2,3 -chr10 31562426 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0041401;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,3:9,5 -chr10 32828458 . AGAAGAAGAG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 -chr10 33077355 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,3:3,2:2,1 -chr10 34383705 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.082759;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,2:4,1:3,1 -chr10 34573738 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.012097;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:3,1:5,3 -chr10 35587354 . GTCTCTCTCTCTCTCTCTC G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0056638;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,8:5,6:4,2 -chr10 35652253 . CCCTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,0:9,4 -chr10 37030816 . ATTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1 -chr10 37641011 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=5.8393e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:5,6:5,5 -chr10 38129304 . T TAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013906;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,11:8,9:5,2 -chr10 38177616 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00028986;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:3,4:2,5 -chr10 38270480 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034379;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:4,3:14,3 -chr10 38460833 . GT G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.031786;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:12,6:16,2 -chr10 38528482 . T A 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.02621;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:57,8:23,4:34,4 -chr10 38636396 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.079426;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:18,3:18,1 -chr10 38661131 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.019409;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:29,10:11,5 -chr10 38679100 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0033618;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,10:3,8:4,2 -chr10 38869089 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.037959;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,4:7,3:4,1 -chr10 38969052 . A ATAATT 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.035742;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,5:13,2:21,3 -chr10 39276187 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0013091;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:7,4:10,3 -chr10 41311337 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.015183;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:10,2:14,8 -chr10 41498724 . A G 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.0055633;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:71,10:60,8:11,2 -chr10 41498775 . G T 0 PASS DP=263;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:106,12:77,7:29,5 -chr10 41584224 . A T 0 PASS DP=477;GPV=1;SPV=0.0064468;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:229:199,30:145,22:54,8 -chr10 41588208 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.026691;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,2:8,4 -chr10 41589576 . C T 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.041092;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:4,4:46,3 -chr10 41883926 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.006408;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:15,1:7,7 -chr10 41904677 . TTGGAA T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.004862;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:57,16:25,5:32,11 -chr10 41913976 . C A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.02271;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:86,18:33,14:53,4 -chr10 42070560 . C T 0 PASS DP=7830;GPV=1;SPV=0.025336;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:3811:3377,416:3054,375:323,41 -chr10 42130201 . C G 0 PASS DP=467;GPV=1;SPV=0.01108;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:208,25:74,8:134,17 -chr10 42157887 . G A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.043444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:50,11:32,7:18,4 -chr10 42157986 . CAT C 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.048686;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:91,16:57,12:34,4 -chr10 42315581 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,3:0,1:0,2 -chr10 42772046 . GGC G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=1.4316e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:7,9:0,4 -chr10 42968800 . TCAAAGACTATGATCATTTTTAAG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0022404;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:12,4:5,2 -chr10 42968825 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0023621;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,4:9,2 -chr10 45836143 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.02714;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,7:14,1 -chr10 46363734 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1 -chr10 46601432 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,4:10,1 -chr10 46786273 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.060295;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,1:13,3 -chr10 46786415 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0053319;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,11:14,6:12,5 -chr10 48300206 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10989;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,2:2,1:1,1 -chr10 48920722 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00030577;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,6:11,4 -chr10 48953335 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:15,4:4,1 -chr10 49104962 . CAG C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:4,8:3,2 -chr10 49682597 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0001999;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:3,4:2,5 -chr10 50116473 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:11,3:3,2 -chr10 50164442 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 -chr10 50748900 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.036288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3 -chr10 51156323 . A ACACACACACACACACACC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0053105;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1 -chr10 52939279 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025045;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2 -chr10 55084458 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 -chr10 55192730 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031156;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,3:8,1 -chr10 55418614 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,6:8,6 -chr10 55537439 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.017193;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:19,3:8,5 -chr10 55894485 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00063544;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:9,8:12,4 -chr10 56911826 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=7.2622e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,7:8,7 -chr10 57270463 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017674;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:8,3:2,2 -chr10 57509335 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,6:0,3:0,3 -chr10 58946152 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.049659;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,2:14,3 -chr10 59748091 . G GT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015939;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:13,6:3,1 -chr10 61048481 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00034257;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:13,5:8,10 -chr10 62430253 . GT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,3:3,2 -chr10 63031554 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00026061;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:7,5:5,5 -chr10 63314956 . G GT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:9,6:1,1 -chr10 63742380 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:17,3:4,3 -chr10 64077470 . T G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr10 64530430 . A ATG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,6:4,1 -chr10 65555929 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:4,5:4,1 -chr10 66157510 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.19426;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,5:12,4:16,1 -chr10 66346234 . TATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAG T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,4:1,1 -chr10 66767456 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,7:4,1 -chr10 67420280 . AT A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00036759;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:11,7:16,5 -chr10 67762186 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,2:1,1:2,1 -chr10 69539382 . A AGAAGAGGAAGAG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,2:0,2 -chr10 71926124 . T TTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:2,2:9,2 -chr10 72448151 . C G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 -chr10 74011165 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:6,4:1,1 -chr10 74961333 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00043265;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,6:5,4 -chr10 76077992 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:7,3:5,3 -chr10 76627257 . AGTGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,4:2,3:4,1 -chr10 77171402 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.2364;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,1:6,4 -chr10 77324940 . ACTCTCTCTCT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:10,3:3,2 -chr10 78148347 . T TC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0013435;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:9,1:10,7 -chr10 78759385 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,2:6,2:0,0 -chr10 79700446 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.048408;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:14,6:10,3 -chr10 79773554 . AT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:3,1:9,3 -chr10 80032868 . T TAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,2:3,1:0,1 -chr10 80041722 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0047619;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,6:0,2:0,4 -chr10 80534827 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,3:1,1 -chr10 81510195 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:4,5:6,3 -chr10 82109581 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.041502;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,3:4,2:2,1 -chr10 83040096 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00042856;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,4:3,3 -chr10 84157895 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,2:5,6 -chr10 85120251 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:5,2:4,2 -chr10 86340312 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00014662;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,5:8,4 -chr10 87203329 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0084306;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:7,8:2,1 -chr10 87239603 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 -chr10 87592174 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.035604;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,2:9,4 -chr10 92098160 . TAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,3:6,1 -chr10 92966287 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,1:8,4 -chr10 93188392 . TG T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0036233;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:8,6:7,6 -chr10 93693518 . TATATATATACACC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 -chr10 94530854 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010883;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,3:1,2 -chr10 95041787 . CAAAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,7:3,1 -chr10 97700201 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.085385;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,3:18,1 -chr10 97700202 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.056634;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:17,2:20,3 -chr10 97700203 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.051231;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:15,2:19,3 -chr10 99198067 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,8:6,2 -chr10 99401166 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=2.4155e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:6,7:6,5 -chr10 99600898 . TC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,3:13,1 -chr10 99825071 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.046347;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,1:9,5 -chr10 100694253 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=3.2757e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,7:6,5 -chr10 101429504 . T TC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 -chr10 102476042 . G GTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:8,4:6,1 -chr10 102476051 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00014085;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,13:5,6:5,7 -chr10 102476052 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=9.186e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,16:5,8:4,8 -chr10 103265250 . AAAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0027776;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,4:4,5 -chr10 105454819 . C CTA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:4,2:0,0 -chr10 105672567 . C CTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,6:2,4:0,2 -chr10 105782821 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 -chr10 105825981 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.5102e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:5,6:1,4 -chr10 106774426 . A AGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018761;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,2:13,4 -chr10 106994063 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:9,6:1,1 -chr10 108584901 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00045891;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:8,6:12,5 -chr10 109346489 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0336;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:8,3:12,1 -chr10 109533268 . T TAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,10:2,7:4,3 -chr10 109742465 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:9,7:7,1 -chr10 111192642 . G GA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,5:2,3 -chr10 111342364 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.0246e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:8,7:9,12 -chr10 112744459 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,3:6,6 -chr10 115000596 . A AAGAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:13,1:4,3 -chr10 115515318 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:0,5:3,3 -chr10 115661890 . G T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 -chr10 118879687 . A AAGAAAGAAAGAAAGAG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:0,5:0,2:0,3 -chr10 118924791 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026941;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,2:12,4 -chr10 120990546 . G GTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,3:2,2 -chr10 121200757 . T TA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00544;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,9:7,2 -chr10 121385846 . C CAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,5:1,4:1,1 -chr10 123094546 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=4.2836e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,6:4,6 -chr10 124912341 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,2:2,2 -chr10 125889586 . G C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0019405;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:54,9:43,8:11,1 -chr10 128205910 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.5174e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,5:5,5 -chr10 128219388 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,2:4,2 -chr10 128430438 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.8089e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:13,11:10,6 -chr10 128924462 . C CTATCATCTATCT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,8:4,2:2,6 -chr10 129736461 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.004671;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:4,6:9,3 -chr10 129736462 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0054795;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:5,7:10,3 -chr10 129736463 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0068797;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:5,7:10,3 -chr10 130655022 . CAG C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,3:2,2 -chr10 132218551 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.033939;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:15,4:11,1 -chr10 132268768 . CCTGT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010572;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:5,5:1,1 -chr10 132548792 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 -chr10 133011539 . AGTGTGTGATGTGTGTTAGC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,2:10,2 -chr10 133658890 . C T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.010381;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:81,19:48,11:33,8 -chr11 194825 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:3,3:9,1 -chr11 1681722 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:3,5:8,1 -chr11 1681723 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.015843;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,5:6,1 -chr11 1874014 . G C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,2:2,3 -chr11 3204328 . G GCAGGCACC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027558;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:12,5:8,2 -chr11 3702326 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,6:2,2:5,4 -chr11 4229359 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0053956;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:10,4:5,7 -chr11 4318596 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.031452;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:21,2:24,13 -chr11 4322328 . G T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.043254;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:21,7:23,1 -chr11 4360623 . G GA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,2:12,2 -chr11 4453530 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,2:5,2 -chr11 6989150 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:6,4:4,1 -chr11 7745587 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:33:1,3:0,0:1,3 -chr11 8979905 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012102;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,3:7,4 -chr11 12608045 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,7:3,1 -chr11 13020278 . C CAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.077477;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:4,5:4,1 -chr11 15814860 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=7.0087e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:7,7:3,5 -chr11 16177623 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,2:2,1:3,1 -chr11 17317974 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,2:5,3 -chr11 18076632 . AAAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.047343;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:3,2:3,2 -chr11 19036353 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0022441;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:8,7:7,9 -chr11 19709546 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:4,4:3,2 -chr11 19861261 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01632;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,1:14,5 -chr11 21185293 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:2,2:1,2 -chr11 22978993 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 -chr11 23077020 . TAGATATGAAACATCTGTACACTGAATAGTATAAAACA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,3:13,1 -chr11 23723103 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,4:2,3:3,1 -chr11 24122300 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,3:10,1 -chr11 25136860 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00011229;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:16,10:14,4 -chr11 25635713 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016747;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,4:11,6 -chr11 25642808 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00048101;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,18:5,9:4,9 -chr11 27463067 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00387;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,6:1,5:3,1 -chr11 28236433 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00052187;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,5:6,4 -chr11 28287156 . ATG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:3,6:0,1 -chr11 29179215 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0013136;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 -chr11 29506307 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.8916e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:9,5:8,8 -chr11 31283971 . C CCT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0059539;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,14:3,7:5,7 -chr11 31840982 . CCTTTCTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:1,1:7,4 -chr11 32421397 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=9.8512e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:11,6:7,8 -chr11 32522513 . T TCTTA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:0,0:5,4 -chr11 32581434 . C CGT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:2,6:2,3 -chr11 33186819 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr11 34520272 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037022;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:8,5:10,3 -chr11 34520276 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031869;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:5,5:12,3 -chr11 34926224 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00048775;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4 -chr11 36209353 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 -chr11 36797793 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,4:6,1 -chr11 37022094 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,1:14,4 -chr11 37035328 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:0,7:0,6:0,1 -chr11 37347904 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029433;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 -chr11 37347998 . ATG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2 -chr11 37744880 . A G 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.034292;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:66,13:36,7:30,6 -chr11 37941477 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,4:2,3:0,1 -chr11 39296506 . A AT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.1371e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:13,11:4,7 -chr11 39574955 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 -chr11 40476116 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.000837;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,4:9,6 -chr11 40978118 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=6.3944e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:8,8:6,5 -chr11 41523661 . CATTG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0068131;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:5,5:11,6 -chr11 41561930 . T TAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,4:5,1 -chr11 43157285 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.4482e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,6:8,6 -chr11 43831167 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.3876e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:7,7:12,11 -chr11 44509830 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr11 45105884 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00061695;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:8,2:21,10 -chr11 45813586 . G GTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1 -chr11 46630568 . C CTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,4:2,1 -chr11 46765599 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 -chr11 47824052 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,3:4,2:3,1 -chr11 49885748 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.038682;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:13,2:7,7 -chr11 50171655 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.4617e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:7,9:13,3 -chr11 51252751 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.064347;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:3,1:27,3 -chr11 51253776 . G T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.036743;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:36,3:13,3 -chr11 51598715 . T C 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.020114;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:84,14:33,6:51,8 -chr11 51920154 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.040748;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:19,6:7,1 -chr11 52497199 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,4:2,0 -chr11 53000384 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.038206;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:16,5:11,1 -chr11 53000388 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.063676;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:20,1:7,4 -chr11 53300757 . C G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.024789;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:17,1:20,7 -chr11 53594324 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.013782;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:15,4:6,4 -chr11 53598678 . G T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0015682;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:39,18:19,8:20,10 -chr11 54400380 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.01321;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:51,7:21,5:30,2 -chr11 54400735 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr11 54400754 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr11 54401959 . TG T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.030542;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:34,4:12,2 -chr11 54418755 . A G 0 PASS DP=465;GPV=1;SPV=0.049731;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:215:190,25:89,15:101,10 -chr11 54528315 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.089706;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:11,3:24,1 -chr11 55549822 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.2662e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:7,5:10,6 -chr11 55978381 . TAAAAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:3,3:5,3 -chr11 57121117 . G GT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0036768;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:9,4:5,1 -chr11 58010671 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033264;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,1:5,5 -chr11 58427783 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00018235;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:14,7:13,7 -chr11 58436136 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:3,4:3,1 -chr11 59106681 . G GCCGCCAGCGCGCGGCTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 -chr11 60865847 . TTTTC T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,2:3,6 -chr11 62279222 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 -chr11 63191686 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0025127;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:12,7:9,12 -chr11 63483785 . ATATATATATATATATGTATATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,7:2,4:3,3 -chr11 63526790 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.1878e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:5,8:13,4 -chr11 63734734 . A AACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0097821;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,1:6,6 -chr11 64271296 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,6:0,4:0,2 -chr11 65513703 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=3.2742e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:2,4:3,7 -chr11 65762828 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.019226;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,4:7,5 -chr11 67923129 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.019344;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:17,7:16,1 -chr11 68490423 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=9.3592e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,6:7,5 -chr11 68861507 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.012958;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:16,3:8,4 -chr11 71673775 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010572;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,3:5,3 -chr11 71755076 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,4:12,1 -chr11 72049585 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,1:3,3 -chr11 73943269 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,3:1,2 -chr11 74987890 . TTTTTTTTC T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:1,4:2,4 -chr11 77171385 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.8905e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:8,5:11,8 -chr11 79616351 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.9618e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,8:7,7 -chr11 82112555 . C CTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030499;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:7,3:4,3 -chr11 82588774 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,3:4,1 -chr11 82651015 . TAGAGAATCCAAACTGCAACACATCTCAGGCAGCAAATGAGA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2 -chr11 83511087 . G GACACACACACACACAC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:6,2:2,2 -chr11 84106954 . AAGAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.078947;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:2,1:2,1 -chr11 85787701 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,4:8,4 -chr11 88174640 . AAC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.025437;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,5:8,1 -chr11 88657202 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=3.5161e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,9:7,6 -chr11 89316563 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028792;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,1:2,5 -chr11 89515369 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=7.554e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,7:4,5 -chr11 89667996 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.003388;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:13,6:15,1 -chr11 89716988 . C CTA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0035849;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:6,11:10,3 -chr11 89899896 . T A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=3.8932e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,13:20,11:18,2 -chr11 90186730 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00058349;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:4,3:4,9 -chr11 90568520 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,6:5,3:4,3 -chr11 90616126 . TGGTTGGCA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025519;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,4:3,2 -chr11 90616137 . A ACCCT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr11 91336805 . CATATATATAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:5,2:1,3 -chr11 92223783 . CCTCTCT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.043019;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 -chr11 93490106 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0068571;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:9,3:10,3 -chr11 94237566 . G A 0 PASS DP=516;GPV=1;SPV=0.032943;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:255:216,39:107,23:109,16 -chr11 94330670 . TC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022078;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,2:6,4 -chr11 94330675 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:10,3:3,3 -chr11 94612316 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:2,2:1,1:1,1 -chr11 94753306 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 -chr11 96558489 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00014072;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:15,6:8,7 -chr11 96585172 . A AT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 -chr11 97596417 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00039828;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,3:6,6 -chr11 98107766 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.1926e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,6:7,4 -chr11 98248416 . GTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,9:2,7:3,2 -chr11 98761483 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0064996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:1,5:3,4 -chr11 99185885 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0011156;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,5:5,4 -chr11 101263877 . GTATATA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:17,2:9,2 -chr11 101263885 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,2:8,2 -chr11 101263887 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,2:8,2 -chr11 101283303 . A ATTAAC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:10,4:14,4 -chr11 101283304 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054466;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:9,5:13,4 -chr11 101283308 . T TTG 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:10,4:14,4 -chr11 101374333 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.028437;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,3:10,6 -chr11 101600388 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0036217;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:9,4:15,5 -chr11 101865140 . A AACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,7:5,4:1,3 -chr11 103188222 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.9366e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:8,4:3,11 -chr11 103842758 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,7:10,6:10,1 -chr11 104811359 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027005;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,8:7,7:8,1 -chr11 105161948 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,1:1,3 -chr11 105491173 . TTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:1,2:2,2 -chr11 105516595 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,2:4,1:2,1 -chr11 105965792 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00049183;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:2,6:19,4 -chr11 107837525 . T TAAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,7:6,1 -chr11 111005139 . A ATGTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:3,4:0,0 -chr11 111696514 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00013202;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:13,5:4,4 -chr11 112273035 . TTTCCTTC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.026676;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,2:8,3 -chr11 112645955 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:6,4:2,1 -chr11 113195495 . ATT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:4,1:3,3 -chr11 113507905 . GCTCT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00074848;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:3,8:0,1 -chr11 113973294 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,10:3,5:3,5 -chr11 114557652 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.39286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,3:5,1:4,2 -chr11 115080381 . ACAC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.16035;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:23,3:14,2:9,1 -chr11 116969289 . CA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:1,7:2,1 -chr11 117264897 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.0511e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,17:5,6:10,11 -chr11 119657739 . A AAATAATAAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,3:4,1:3,2 -chr11 120328678 . A AGTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,3:1,2:3,1 -chr11 122859629 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00034731;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:14,4:3,5 -chr11 124433397 . ATG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0071396;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,7:4,5:3,2 -chr11 125189421 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,3:3,2:1,1 -chr11 125866611 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,2:2,3 -chr11 126707783 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.8326e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,19:3,10:6,9 -chr11 129693712 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,3:1,3:0,0 -chr11 130641107 . CTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:4,5:1,3 -chr11 131680604 . C T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.014972;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,5:15,4:20,1 -chr11 131733467 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.17314;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:9,2:19,3 -chr11 132521000 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0093079;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:12,1:10,5 -chr12 707613 . TTC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.05461;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 -chr12 1440600 . TTGTGTG T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,2:4,2 -chr12 1516164 . C CTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:5,3:4,1 -chr12 2545212 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,8:3,5:0,3 -chr12 2883075 . A AAAAAAAAACAAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:3,2:3,5 -chr12 3666358 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,6:7,5:8,1 -chr12 6156091 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0059828;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:8,4:0,2 -chr12 6591707 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.5948e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:4,3:10,11 -chr12 6617994 . G GACACACACAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.027154;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,5:8,1:8,4 -chr12 7483843 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,1:6,3 -chr12 7682835 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,5:0,4:0,1 -chr12 7883267 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:4,1:2,5 -chr12 9301106 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.048396;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:23,7:14,1 -chr12 9428531 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028561;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,1:12,4 -chr12 9431081 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0094549;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,3:9,4 -chr12 9442266 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.16084;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,4:13,1 -chr12 9444361 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.017231;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,4:5,3 -chr12 9463271 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr12 11302137 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 -chr12 11302264 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.045508;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 -chr12 14280488 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:2,5:4,1 -chr12 14481935 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.037091;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 -chr12 14481936 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.04;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 -chr12 14949106 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0051219;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:7,9:5,4 -chr12 15681305 . G GTAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0079383;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,5:5,3 -chr12 15901861 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,2:0,1:1,1 -chr12 17997427 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=9.1903e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,20:7,4:6,16 -chr12 18517031 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.02677;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4 -chr12 19084009 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=1.1033e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:5,9:7,6 -chr12 21396055 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=3.1465e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:6,8:7,7 -chr12 21926363 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=8.6637e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:12,2:6,8 -chr12 21982167 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.06037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:8,2:20,2 -chr12 22432849 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010774;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:6,4:12,4 -chr12 22432855 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,8:6,5:10,3 -chr12 24075277 . T TA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 -chr12 25224183 . TA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,5:3,3 -chr12 25225290 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,4:1,3:0,1 -chr12 25271961 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0032306;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,11:4,8:1,3 -chr12 26232934 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:3,7:0,2 -chr12 26568011 . T TATATA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:2,1:0,1 -chr12 26591083 . A C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:1,1:4,1 -chr12 28605811 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00028966;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,4:7,4 -chr12 28932263 . AAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0058287;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:4,3:7,2 -chr12 28980001 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=5.6087e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:1,10:0,6:1,4 -chr12 29081657 . GGTGTGT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:1,5:5,4 -chr12 30658876 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,4:2,2 -chr12 30790062 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028751;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:12,6:6,3 -chr12 31070300 . A ATTTTTTTTTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013669;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:1,2:13,3 -chr12 31183168 . A AAATG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,4:6,2 -chr12 31741127 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,7:4,4 -chr12 31890534 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,3:11,1 -chr12 32005286 . A ATATG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:3,5:8,2 -chr12 32659204 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.8035e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:16,6:8,10 -chr12 33360524 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0041497;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4 -chr12 33412362 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0026972;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:10,7:8,7 -chr12 33836693 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0018489;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,1:8,6 -chr12 34334877 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.019962;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:8,1:16,4 -chr12 34778762 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.022623;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:3,1:13,5 -chr12 34897599 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.024618;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:38,10:0,1 -chr12 34899863 . T G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.029889;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:0,0:26,4 -chr12 34945692 . G C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.026239;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:8,4:26,6 -chr12 35078228 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.02537;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:20,7:6,2 -chr12 35186013 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:1,2:8,4 -chr12 35346780 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:26,4:0,0 -chr12 35780582 . T A 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.029253;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:63,9:35,8:28,1 -chr12 35780597 . A T 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.0032527;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:45,19:26,11:19,8 -chr12 36311802 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,3:13,2 -chr12 36311803 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2 -chr12 36464687 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr12 36721677 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.068908;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:26,4:2,0 -chr12 36885604 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:16,4:0,0 -chr12 36941010 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.017934;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:25,8:7,2 -chr12 36941239 . A G 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.015193;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:27,4:27,2 -chr12 36991443 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,3:2,1 -chr12 37247184 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,4:3,6 -chr12 37263826 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=5.5832e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:3,5:4,5 -chr12 37263827 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=2.299e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,5:3,5 -chr12 37441936 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.016312;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:11,8:18,3 -chr12 38561510 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.014985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,8:0,3:2,5 -chr12 38894658 . ACTCTCTCTCTCTCT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,7:2,5:3,2 -chr12 39325498 . A ATTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,2:6,4 -chr12 39925030 . A ATTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:0,5:3,1 -chr12 40630542 . TTTCTTTC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,6:7,5:4,1 -chr12 40706002 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.026404;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,4:18,2 -chr12 41571376 . TCACA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:5,1:1,5 -chr12 43615239 . G GTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,8:1,5:1,3 -chr12 43741568 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0054545;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,2:11,4 -chr12 43958795 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.029609;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,4:8,6 -chr12 44311797 . G GTA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,2:5,2 -chr12 45435714 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:1,1:0,1 -chr12 47354714 . T TATAG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,10:1,4:2,6 -chr12 48912437 . C CAAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:8,5:7,1 -chr12 49036478 . AT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,2:4,2 -chr12 49787094 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019118;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,3:6,1 -chr12 51424037 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:2,4:0,1 -chr12 53162338 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024686;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:6,7:13,8 -chr12 55067453 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015459;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,6:9,2 -chr12 55898651 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030651;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,3:8,2 -chr12 58054993 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.01458;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,5:3,4 -chr12 58378552 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00057702;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:7,6:9,5 -chr12 58696750 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.3275e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:11,10:10,10 -chr12 58856895 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.173e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:9,8:11,9 -chr12 59883789 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.3208e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:6,10:5,3 -chr12 60869682 . TTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.051138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:7,1:11,4 -chr12 60869725 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5 -chr12 63674050 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.9341e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,6:7,6 -chr12 64040804 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0020355;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,4:9,3 -chr12 64366214 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1 -chr12 64676467 . CTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:1,3:6,1 -chr12 65738517 . T TTCTCTC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,4:4,1 -chr12 66497260 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00053433;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3 -chr12 67380425 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018404;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,2:5,3 -chr12 67380512 . TA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,6:3,4 -chr12 67678215 . A AAAAAAAAAAAAGTTCTC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0058074;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:10,3:4,7 -chr12 68632146 . G T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,2:4,1:1,1 -chr12 69995387 . GTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 -chr12 70564842 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:4,6:7,1 -chr12 71216197 . C CACACACAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00017491;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:10,8:3,2 -chr12 76723001 . GTATATA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,2:2,2 -chr12 77043362 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,6:9,5 -chr12 79179028 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:2,1:5,1 -chr12 81007094 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025729;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:18,3:5,2 -chr12 81007095 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.02531;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:17,2:4,3 -chr12 81954178 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.062e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:2,5:7,9 -chr12 83586957 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.048357;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:12,7:10,1 -chr12 83837218 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.013982;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:7,4:16,1 -chr12 85354446 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00027927;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:13,5:4,3 -chr12 92151443 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00518;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,7:4,4 -chr12 93365275 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0098985;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,4:4,2 -chr12 93463255 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:1,8:5,1 -chr12 93492513 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00020271;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:10,8:12,8 -chr12 94040342 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,5:2,1:4,4 -chr12 94986642 . AC A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,4:6,4 -chr12 95101681 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2 -chr12 95654770 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,3:6,1 -chr12 96453881 . GATATATATATATATATATATAT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,7:1,6:1,1 -chr12 97335973 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:2,3:4,3 -chr12 97598862 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.244e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,10:6,6 -chr12 98257900 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.017995;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,4:11,1 -chr12 99761065 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,4:3,4 -chr12 99864079 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,3:0,1 -chr12 100364047 . C CAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:8,5:2,1 -chr12 101948762 . T TACACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:7,3:1,3 -chr12 102476410 . T TGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,6:2,2 -chr12 103085541 . AT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.2309e-07;SS=2;SSC=66;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,17:8,8:5,9 -chr12 103166076 . A AGAAGGAAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:13,3:3,5 -chr12 103619755 . CG C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,2:7,4 -chr12 103974988 . AAAAAAG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.017042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,7:8,3 -chr12 104001705 . A AT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.051834;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 -chr12 104267707 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr12 104454404 . AAC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.055981;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3 -chr12 104454411 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.055981;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,2:14,2 -chr12 105100364 . CTCTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:4,1:12,5 -chr12 106054475 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00086916;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:3,4:11,3 -chr12 107205546 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0076174;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,9:0,7:1,2 -chr12 107944897 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.016363;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:11,1:13,5 -chr12 108096721 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=8.1433e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,18:11,8:4,10 -chr12 109572411 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,5:6,1 -chr12 113488953 . CCTTTCTTTCTTTCTTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.020128;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:0,2:10,5 -chr12 113785755 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00017884;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:13,5:8,5 -chr12 115281918 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034112;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:15,5:12,1 -chr12 115394477 . A AATGG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.070897;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,5:7,3:13,2 -chr12 116566616 . T TAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:5,4:8,2 -chr12 117041342 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0079418;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,2:8,4 -chr12 117629414 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.4873e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:9,5:8,6 -chr12 118888779 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.032688;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:11,2:11,5 -chr12 119317335 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:6,5:9,1 -chr12 121966423 . G T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,2:2,3 -chr12 122016764 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0011083;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:14,5:7,3 -chr12 122427208 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1 -chr12 122427209 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:6,3:1,1 -chr12 123756307 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,9:2,1 -chr12 125617344 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01707;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,3:3,2 -chr12 125656013 . G GA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029893;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:13,4:10,2 -chr12 127444530 . A AAT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030984;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,2:8,3 -chr12 127736409 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 -chr12 128090909 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016493;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,3:11,3 -chr12 128295003 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011145;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:9,2:10,4 -chr12 128988629 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,4:1,1:0,3 -chr12 129187809 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.9059e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:12,12:12,7 -chr12 129521915 . AT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0030216;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,4:10,4 -chr12 129525226 . GT G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 -chr12 129877174 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,1:12,4 -chr12 130050276 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:3,1:11,6 -chr12 130441414 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,3:7,1 -chr12 131150300 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.083787;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:8,1:14,5 -chr12 131419456 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.2359e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:2,10:10,8 -chr12 132381475 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 -chr12 132391135 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0010975;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:15,3:6,4 -chr12 132919379 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,1:5,3 -chr13 18172309 . TAGAATGAA T 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.029173;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:102,13:48,4:54,9 -chr13 18172325 . T A 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.011983;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:93,13:39,4:54,9 -chr13 18172326 . A T 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.024745;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:97,12:43,3:54,9 -chr13 18172327 . T A 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.022597;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:89,13:42,4:47,9 -chr13 18172333 . T TTTTCATTC 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.041149;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:93,12:37,3:56,9 -chr13 18197090 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,3:7,1 -chr13 18206038 . CAA C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.032687;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,8:13,7:7,1 -chr13 18271449 . G C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,5:2,1 -chr13 18531171 . AGCAAACACCCCACAGCATGG A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.029793;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,4:9,5 -chr13 18545200 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.019855;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:10,8:16,2 -chr13 18808933 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.043261;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,4:13,1 -chr13 19048992 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.8359e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:8,10:13,7 -chr13 19290200 . A AT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0029061;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,11:14,4:6,7 -chr13 20148253 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:2,4:2,1 -chr13 21050147 . G GATAGATAGATAGATACATACATAC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:7,3:8,3 -chr13 21853573 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,3:1,2:1,1 -chr13 22478011 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00027241;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,5:9,5 -chr13 22512021 . C CAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,5:5,1 -chr13 22713588 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0317;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 -chr13 24697639 . CAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,5:3,3:4,2 -chr13 25160257 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0085545;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,8:6,1 -chr13 25717440 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,8:2,6:4,2 -chr13 25751273 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0003248;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:9,6:9,7 -chr13 26485192 . AG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0084353;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,3:2,3 -chr13 26907752 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.006277;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:19,3:10,4 -chr13 28034119 . A ATCATAT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0033296;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,5:7,2 -chr13 28034406 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0016051;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:9,2:11,5 -chr13 28037847 . CG C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00086768;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,5:9,3 -chr13 28085343 . CAAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:4,7:2,1 -chr13 28745358 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00077001;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,6:6,2 -chr13 28931190 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.031154;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,1:18,4 -chr13 30523150 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.3691e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,6:8,7 -chr13 31817645 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.3103e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:6,5:6,7 -chr13 32541676 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,5:4,2 -chr13 32637218 . A AATAAGGGT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,5:0,2:0,3 -chr13 33181267 . T TACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021709;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,11:2,6:0,5 -chr13 33209457 . C CTTTTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0005812;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,9:7,2 -chr13 34971819 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00071076;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,6:8,2 -chr13 35813730 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.013043;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,5:3,1 -chr13 35967635 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0013435;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:8,3:11,5 -chr13 37153528 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026299;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:5,1:12,5 -chr13 37153529 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.027859;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:3,1:12,5 -chr13 37301190 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 -chr13 37309075 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1 -chr13 37753581 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012033;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,4:5,2 -chr13 37989356 . T TAGATAGATAGATAGATAGATAGAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.004158;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:6,2:8,6 -chr13 41076269 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:10,3:7,2 -chr13 42206975 . T TTTTCTTTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,3:14,2 -chr13 42881605 . C CTGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,2:6,5 -chr13 43690259 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:1,2:0,0:1,2 -chr13 45211673 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.024817;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,2:10,5 -chr13 46788054 . G GT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016895;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:9,2:15,3 -chr13 48847500 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0082418;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:0,3:2,1 -chr13 52256869 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00019163;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:14,8:2,4 -chr13 52519790 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.046691;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:19,3:12,2 -chr13 53000431 . C CT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.056049;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,4:10,1 -chr13 53177159 . CA C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.5151e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:11,12:9,5 -chr13 53232170 . ATCTC A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.014585;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,3:9,1 -chr13 54011938 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0004157;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,5:7,5 -chr13 55704368 . GTA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,4:5,2 -chr13 55704462 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:2,2:3,3 -chr13 56885075 . TTATATA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 -chr13 57140339 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.021978;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:29,13:11,2 -chr13 57218442 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0029833;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:8,5:18,4 -chr13 57395150 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,4:1,3:5,1 -chr13 57612097 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12484;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:11,1:11,2 -chr13 57693315 . C CAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,5:4,2 -chr13 57983872 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4 -chr13 58418567 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00010896;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,6:7,5 -chr13 58624833 . CAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 -chr13 60084015 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,4:3,3:4,1 -chr13 60941018 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,2:12,2 -chr13 62814203 . A AGT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010053;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,4:5,5 -chr13 64231639 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=2.7919e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:3,13:1,10:2,3 -chr13 68338318 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0004629;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:14,6:8,5 -chr13 68610689 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.002076;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,4:8,4 -chr13 69149741 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0084306;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:7,8:2,1 -chr13 69157963 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=3.1e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:8,4:4,14 -chr13 69412498 . ATTT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0022624;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:1,1:1,5 -chr13 69863387 . C CAAAAGAGGATCCTAGAAGAAGACTAGGCACCAGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:10,3:8,1 -chr13 70218558 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.4722e-08;SS=2;SSC=76;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,16:4,9:4,7 -chr13 71783965 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:1,3:1,2:0,1 -chr13 72153116 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.172e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:9,12:4,4 -chr13 72358634 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,2:4,7 -chr13 72990213 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 -chr13 73108638 . A ATC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.068908;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:12,2:16,2 -chr13 73915307 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.5491e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,19:8,11:5,8 -chr13 74436978 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.383;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,4:10,3:6,1 -chr13 75687821 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0013031;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:5,10:7,5 -chr13 76942709 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00017947;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:7,7:10,4 -chr13 77704093 . A C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.033883;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:55,11:29,7:26,4 -chr13 78665322 . A C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,2:0,1:1,1 -chr13 81904389 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:6,1:11,3 -chr13 82169368 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.022727;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,2:3,3 -chr13 82458884 . T TA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0016308;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:12,6:4,2 -chr13 85227345 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010272;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,4:7,6 -chr13 85333993 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0026298;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:3,4:9,2 -chr13 85922076 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00013428;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,5:5,5 -chr13 86063548 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00070165;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,5:5,4 -chr13 86498492 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.093333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr13 87124262 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0067244;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,3:3,3 -chr13 88200508 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 -chr13 91746505 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.060769;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:19,3:14,2 -chr13 92930628 . TATATATTCCAGATATAA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0043101;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:8,3:6,4 -chr13 93376776 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00056132;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,6:6,3 -chr13 93667735 . G GTTTTTTTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:11,4:7,1 -chr13 93905097 . A AG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0025519;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,10:2,7:2,3 -chr13 94088595 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,2:0,2:0,0 -chr13 94288946 . GATAGATAT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1 -chr13 94585799 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0051416;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,6:5,4 -chr13 96105006 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,4:6,3:4,1 -chr13 97790091 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00030733;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,4:8,4 -chr13 97852692 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:8,2:7,2 -chr13 97860642 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,7:3,6:1,1 -chr13 99414007 . T TACACACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011679;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:4,5:7,3 -chr13 100463335 . GGT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0080645;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:3,3:4,1 -chr13 101362815 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.0663e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,3:6,8 -chr13 102189022 . GAAGA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,4:8,3:6,1 -chr13 103563902 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6063e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:10,9:9,6 -chr13 104490654 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=3.0818e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:8,5:3,7 -chr13 105089164 . ATATATTTATATATATGTGTATACATATATGTATATATT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,5:4,2:4,3 -chr13 105684597 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,3:13,1 -chr13 105788377 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.3475e-10;SS=2;SSC=94;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,21:3,5:8,16 -chr13 106472885 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.029272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,3:12,1 -chr13 107911166 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00091327;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,6:9,2 -chr13 108348447 . CTCTCTCTG C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0033365;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:6,6:8,5 -chr13 108425575 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.001961;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:14,7:15,5 -chr13 109330635 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0004259;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:15,7:7,3 -chr13 110497503 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0094538;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 -chr13 110894963 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=4.2116e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:9,8:5,5 -chr13 112333425 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.2072e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:13,11:7,9 -chr13 113547177 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0018932;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,4:14,5 -chr13 113940556 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.086687;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:1,1:5,2 -chr14 18275552 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0010797;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,4:7,7 -chr14 18659364 . T A 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.025834;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:52,14:32,8:20,6 -chr14 18661329 . C T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.031534;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:67,19:22,5:45,14 -chr14 18927932 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 -chr14 19002747 . C T 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.029561;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:87,18:40,10:47,8 -chr14 19058704 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02706;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:12,3:20,2 -chr14 19058850 . C A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.037114;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:15,4:26,4 -chr14 19059168 . T A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.042542;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:36,8:17,3 -chr14 19074202 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.064347;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,2:12,2 -chr14 19126082 . T G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.041077;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:19,8:18,3 -chr14 19161348 . AG A 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.033162;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:68,16:31,9:37,7 -chr14 19170300 . C CTCTA 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0043066;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:60,9:25,7:35,2 -chr14 19176820 . T G 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.0055223;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:58,16:30,8:28,8 -chr14 19241644 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.014214;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:21,4:23,1 -chr14 19267795 . C T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.00055263;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:29,5:22,5 -chr14 19276455 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.032961;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:20,4:12,2 -chr14 19363580 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042412;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2 -chr14 19371982 . T C 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.012376;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:70,17:33,6:37,11 -chr14 19380912 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.049837;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:22,7:18,6 -chr14 19391950 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.054545;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr14 19433678 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0088061;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,5:2,2 -chr14 19475827 . T TA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,2:7,2 -chr14 19666234 . C T 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.043643;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:62,13:31,10:31,3 -chr14 19678523 . T C 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.03683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:26,3:28,3 -chr14 19716664 . CTTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,3:1,1 -chr14 19780669 . C T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.0093558;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:19,4:24,9 -chr14 20352568 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:4,3:2,2 -chr14 23422586 . TCTTTCTTTCTCTC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,3:7,2 -chr14 24088803 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017469;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,2:6,6 -chr14 24206345 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.0256e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:11,10:8,8 -chr14 25232587 . T TCTCC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,1:3,3 -chr14 27961347 . C CT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.056405;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,3:12,1 -chr14 28674553 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0029061;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,7:8,4 -chr14 30361142 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00047821;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,6:9,4 -chr14 30532663 . CTTTT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:2,4:1,1 -chr14 31937328 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2 -chr14 32462901 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 -chr14 32687408 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,2:3,1:4,1 -chr14 33087171 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:5,1:13,3 -chr14 34643055 . AT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:1,1:3,1 -chr14 35240294 . C CTTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:3,2:0,0 -chr14 36798902 . A AAG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018018;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:4,6:5,1 -chr14 40019808 . T TCACACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,5:6,4 -chr14 41167237 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0018182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,4:7,3 -chr14 41175901 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.9448e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:7,3:10,9 -chr14 41243449 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00010136;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,5:6,6 -chr14 41808408 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:4,2:0,0 -chr14 42051447 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.009581;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:2,6:9,2 -chr14 42070911 . TTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0055972;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,9:3,6:4,3 -chr14 42159445 . C CTTTCTTTCT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.055556;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1 -chr14 45416861 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.002243;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,2:3,3 -chr14 48315922 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0001844;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,8:8,1 -chr14 50122391 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,5:2,1 -chr14 51144228 . C CAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:3,1:1,1 -chr14 52656711 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,4:3,4 -chr14 52786059 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0062713;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:2,4:0,2 -chr14 54862379 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,2:4,2:0,0 -chr14 56705573 . C CAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0024876;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,13:8,11:4,2 -chr14 56935197 . TTCTTTTCTTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0025247;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:4,6:15,10 -chr14 58962926 . C CTA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.26049;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:12,2:9,1 -chr14 59175182 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0069576;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:11,4:9,5 -chr14 61746397 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019737;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:8,3:2,5 -chr14 61938026 . A AACACACACACACACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:4,6:2,2 -chr14 62908782 . AT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:4,2:1,2 -chr14 64428107 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,1:3,4 -chr14 64657457 . TG T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:1,1:3,6 -chr14 64785351 . GAA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr14 65123077 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,5:3,1 -chr14 65810255 . ATTTGGCTCCC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,3:6,4 -chr14 66154886 . G GATAGAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.027296;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,4:6,3 -chr14 69102591 . G GACACACACACACACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:3,3:1,3 -chr14 69776603 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.056596;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,3:12,1 -chr14 70860105 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:1,4:6,2 -chr14 71263275 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:1,4:6,5 -chr14 71590042 . AAAATATAT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,3:4,2 -chr14 72990689 . CTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,1:2,3 -chr14 73045353 . AT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0049438;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:3,3:0,3 -chr14 76333418 . TATC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:9,5:0,1 -chr14 76333425 . T TG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00054683;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:8,5:0,3 -chr14 76799906 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:5,7:4,1 -chr14 78550538 . AAAC A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.0239e-06;SS=2;SSC=59;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:7,5:4,9 -chr14 79064707 . TATTTTTCATAATTACCC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0092138;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,1:4,6 -chr14 79064727 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0092138;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,2:4,5 -chr14 79064735 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012068;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,2:4,4 -chr14 79064737 . ATG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,2:4,5 -chr14 80996590 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021791;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,2:12,2 -chr14 81265647 . G GTAATAATAATAATAATAATAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.008413;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,7:3,5:1,2 -chr14 81593003 . TTCTC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045025;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2 -chr14 81599517 . G GTTTTTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0001418;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,3:3,4 -chr14 81645964 . ATT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,6:1,1 -chr14 83882802 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.018159;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 -chr14 84641209 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0041266;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,11:8,2:8,9 -chr14 84814695 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:0,0:4,3 -chr14 84870460 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0036228;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:13,6:3,3 -chr14 85361378 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=3.2748e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,7:6,4 -chr14 87516712 . GC G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.5057e-06;SS=2;SSC=54;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:13,8:5,10 -chr14 87606497 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.5334e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:17,21:11,8:6,13 -chr14 87781407 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1265e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:7,8:9,9 -chr14 88755840 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.9493e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,12:8,5:5,7 -chr14 90126531 . CTTG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037638;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,4:8,5 -chr14 91318917 . C CAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:4,5:4,1 -chr14 91519138 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.083004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:5,1:0,1 -chr14 91915686 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 -chr14 92767689 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,3:4,1 -chr14 93234186 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0017181;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,8:2,7:0,1 -chr14 93452375 . ATT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:9,2:4,2 -chr14 94540842 . T TTCTC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:1,4:2,2 -chr14 94648586 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:3,3:1,1 -chr14 94897018 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0042869;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,6:12,3 -chr14 95610788 . AAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:5,1:3,4 -chr14 95766412 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0012644;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,4:5,3 -chr14 98014124 . CCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:0,0:14,4 -chr14 98115803 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014742;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,5:7,2 -chr14 98155143 . TATAGAG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:3,7:8,2 -chr14 98234881 . TGATAGATAGATGATAGATA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.043209;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,8:9,4:9,4 -chr14 98234915 . TA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0052029;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,12:8,7:7,5 -chr14 99410862 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=9.9525e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,5:4,7 -chr14 99826105 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,3:4,1 -chr14 100198742 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:3,4:4,1 -chr14 100931842 . TATATATA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:1,3:0,2:1,1 -chr14 104204478 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0032734;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,7:1,2:2,5 -chr14 105654000 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.013714;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,5:8,4 -chr14 105736712 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:2,2:12,4 -chr14 105736981 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.037012;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:13,5:6,2 -chr14 105749983 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.047874;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:21,5:7,3 -chr14 105755579 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.047169;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,2:16,7 -chr14 106327993 . C G 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.0082929;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:72,17:39,13:33,4 -chr14 106351142 . CT C 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.013419;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:68,18:39,7:29,11 -chr15 18366043 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,1:9,3 -chr15 18566117 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:27,4:0,0 -chr15 19222180 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 -chr15 19563637 . T C 0 PASS DP=872;GPV=1;SPV=0.00095602;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:413:366,46:182,40:184,6 -chr15 19835775 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=2.6922e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,11:1,3:0,8 -chr15 19902524 . A C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.038854;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,8:10,1:28,7 -chr15 19925830 . C A 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.022371;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:64,15:17,6:47,9 -chr15 20115657 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.03557;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,6:15,4 -chr15 20119707 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.035271;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:10,3:22,3 -chr15 20120551 . ACAAG A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.03948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:29,5:12,1 -chr15 20256614 . C T 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.01383;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:74,20:30,12:44,8 -chr15 20272696 . C A 0 PASS DP=254;GPV=1;SPV=0.001875;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:100,25:58,10:42,15 -chr15 20284725 . T A 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.023429;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:73,18:35,13:38,5 -chr15 20289416 . T C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.020621;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:77,17:35,8:42,9 -chr15 20290883 . G C 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.035787;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:92,21:39,7:53,14 -chr15 20291056 . A G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.045569;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:71,15:38,7:33,8 -chr15 20295526 . C A 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.0046454;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:106,19:46,6:60,13 -chr15 20304167 . C A 0 PASS DP=314;GPV=1;SPV=0.047629;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:126,21:59,14:67,7 -chr15 20309845 . TGAG T 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.026602;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:36,5:36,5 -chr15 20309922 . TGATGA T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.020878;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:54,13:28,8:26,5 -chr15 20338110 . A G 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.046849;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:66,15:29,12:37,3 -chr15 20357686 . G A 0 PASS DP=281;GPV=1;SPV=0.036447;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:105,20:65,11:40,9 -chr15 20370348 . AATTGAGTTCTC A 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.036478;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:80,16:39,7:41,9 -chr15 20372213 . C T 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.019044;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:71,16:45,7:26,9 -chr15 20393186 . A AT 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.025654;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:38,4:32,6 -chr15 20415832 . T C 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.0087716;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:64,16:28,8:36,8 -chr15 20555222 . GTATATGTGTAAATA G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.029438;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:21,5:13,4 -chr15 20586743 . C CT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.034134;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,6:13,4 -chr15 20644036 . A G 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.047122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:73,14:42,8:31,6 -chr15 20665834 . C CAA 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.0028234;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:71,19:34,9:37,10 -chr15 20741316 . C CAAAAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1 -chr15 21248951 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.047338;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:3,4:22,2 -chr15 21278485 . A G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.033668;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:69,17:38,10:31,7 -chr15 21285805 . C T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.045959;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:72,16:40,7:32,9 -chr15 21291652 . G A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0045101;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:62,21:27,9:35,12 -chr15 21465543 . A G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.016976;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:29,7:18,3 -chr15 21516684 . GC G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.031256;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:19,6:14,4 -chr15 21540209 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 -chr15 21577313 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,2:5,2 -chr15 21620069 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,5:10,1 -chr15 21835845 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0057417;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:6,7:1,1 -chr15 21944626 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.008578;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:15,6:20,7 -chr15 22286257 . G GTAGGAATTATGTATTCTGT 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.046919;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:49,8:25,6:24,2 -chr15 22361138 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.03461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:10,3:15,7 -chr15 22422114 . T G 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.047443;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:60,9:29,6:31,3 -chr15 22443264 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.047789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:8,3:18,3 -chr15 23196478 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0029389;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:27,5:18,3 -chr15 23356879 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:14,5:2,1 -chr15 23440678 . ATCT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031844;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:14,2:6,7 -chr15 23487784 . A AAC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:3,3:0,2 -chr15 23864016 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.038206;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:15,5:12,1 -chr15 24264280 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=2.0129e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:9,10:4,3 -chr15 24509453 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031149;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:17,4:14,1 -chr15 25999667 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:0,2:4,2 -chr15 27138743 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.7114e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:3,9:15,11 -chr15 27918089 . AT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:5,3:5,3 -chr15 28377531 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,4:3,1 -chr15 28488115 . AAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14691;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:6,2:21,3 -chr15 28518992 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 -chr15 28545571 . T TGG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 -chr15 28589129 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.040413;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:12,6:16,3 -chr15 28589899 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037062;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:16,4:12,2 -chr15 28598282 . A T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 -chr15 29294729 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.8821e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,4:7,9 -chr15 29527891 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00022196;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,5:7,5 -chr15 29587138 . CGT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr15 30442318 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.013504;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:11,2:19,3 -chr15 30998088 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0091688;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,8:1,7:2,1 -chr15 32562048 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,6:4,3 -chr15 32848149 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.004102;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,5:13,3 -chr15 33224691 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,4:8,2 -chr15 33317307 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=2.4108e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,14:3,9:4,5 -chr15 35397859 . T TTATA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:8,2:8,3 -chr15 35727930 . G GCGTGCGCGCGCGCACACA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.011637;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:8,8:9,6 -chr15 35971864 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00047821;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:8,8:12,2 -chr15 36930202 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:11,3:9,5 -chr15 37695262 . T TTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:5,2:1,2 -chr15 37893878 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.706e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,17:9,7:5,10 -chr15 38282343 . ATG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,4:5,1:7,3 -chr15 39744820 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0059696;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,2:4,6 -chr15 40573020 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 -chr15 41960670 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0010995;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1 -chr15 43117519 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.6255e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,13:5,5:5,8 -chr15 43628891 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.001514;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:8,11:8,2 -chr15 44962347 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15499;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:10,2:7,3 -chr15 47772357 . C CGT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,5:1,3:3,2 -chr15 49616645 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0023473;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,3:4,6 -chr15 50629859 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0012626;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,7:0,4:0,3 -chr15 50762735 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.014912;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 -chr15 53729496 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,3:10,1 -chr15 55210195 . G GTATA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013455;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,1:4,4 -chr15 55210208 . C CAT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 -chr15 55262545 . G GA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.014569;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,6:1,3:0,3 -chr15 55822490 . ACT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,4:5,3 -chr15 56484874 . T TG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0077143;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,4:11,2 -chr15 57123996 . TC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,1:6,3 -chr15 59592718 . GTTT G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:6,3:3,1 -chr15 59658155 . CAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:3,3:2,1 -chr15 59740539 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.048504;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,3:7,3 -chr15 60037718 . G GACACAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,9:4,7:1,2 -chr15 60668964 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022618;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,4:10,1 -chr15 61008651 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=4.363e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:11,6:9,7 -chr15 61778569 . AAAGGAAGGAAGG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0017499;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,8:4,4:1,4 -chr15 62282875 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=7.0453e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:8,4:8,6 -chr15 63932164 . T TAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2 -chr15 64002916 . CTGTG C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,7:3,6:2,1 -chr15 65160621 . TCTCA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:2,3:8,5 -chr15 66596799 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,2:4,2 -chr15 68235593 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.125;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:4,2:0,0 -chr15 68402842 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.1392e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,7:4,3 -chr15 69260252 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 -chr15 69810400 . AACACAC A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00036978;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:7,7:1,6 -chr15 69993318 . GAAAGAGAC G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2 -chr15 70364401 . A AT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 -chr15 72482839 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015907;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:2,5:8,2 -chr15 72660853 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,4:0,1 -chr15 74303679 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=3.5745e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:19,9:11,4 -chr15 74939066 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.036707;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,2:5,2 -chr15 75266350 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:0,0:19,4 -chr15 75376695 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,2:1,1:6,1 -chr15 75481742 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 -chr15 75491402 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.019042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:12,6:2,4 -chr15 75528695 . AT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0053554;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,15:4,7:3,8 -chr15 75615594 . A AT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,4:4,1 -chr15 75782577 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,2:10,2 -chr15 76249435 . A ATC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,4:4,7 -chr15 77277556 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.8785e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:10,7:6,7 -chr15 77497684 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,7:1,4:0,3 -chr15 77528920 . G GT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.007251;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,7:8,2 -chr15 78386955 . G GTTTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0020026;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:7,9:3,3 -chr15 78877113 . ATTTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:5,5:1,2 -chr15 79847669 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,9:4,8:2,1 -chr15 80832324 . G C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 -chr15 81356253 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.7201e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:7,9:4,4 -chr15 81878296 . T TCTCTCTCTCTCC 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:1,1:2,4 -chr15 82383908 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025565;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,2:5,3 -chr15 82483047 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.018356;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,1:6,6 -chr15 82497785 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0018936;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,6:4,5:3,1 -chr15 83393258 . CT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.014488;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:15,5:5,1 -chr15 84765535 . G GT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.029874;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:6,4:11,1 -chr15 85251985 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.031261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,3:7,3 -chr15 85252017 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027592;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,3:11,3 -chr15 85841979 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:1,7:5,1 -chr15 85844597 . CAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:2,3:3,3 -chr15 85989649 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.03094;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,5:7,1 -chr15 86553517 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=4.8252e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:12,6:9,11 -chr15 88474552 . T TC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.03699;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:13,4:7,3 -chr15 88923804 . C CAAAAACA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.042412;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,4:7,2:8,2 -chr15 88966785 . T TTGTTTTATTTTTTGTTTG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0045015;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,3:6,5 -chr15 89944102 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0026087;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,5:3,2 -chr15 90496306 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 -chr15 91337841 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.012821;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:1,3:2,2 -chr15 91871753 . TG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0067841;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:3,6:5,5 -chr15 93100836 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:3,4:0,0 -chr15 93978594 . TTC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0099161;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:0,3:7,4 -chr15 96477154 . T TATTATATATATATATATATATAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,2:7,3 -chr15 96554807 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,4:0,0:1,4 -chr15 98381629 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.01454;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,2:9,4 -chr15 100467152 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024548;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,1:6,4 -chr15 101860790 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00032976;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:13,5:12,8 -chr15 101954372 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0020073;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:4,5:13,8 -chr16 1250930 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0074932;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:8,6:4,1 -chr16 4774608 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013362;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,3:6,3 -chr16 6416298 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.018505;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:16,2:6,4 -chr16 6664339 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012279;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:14,6:13,2 -chr16 6798990 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.018514;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,2:10,3 -chr16 7112644 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,6:7,1 -chr16 7120821 . ATG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,2:12,2 -chr16 7203667 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:13,2:6,8 -chr16 9830480 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00088417;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 -chr16 10380850 . CT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.036143;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,1:13,5 -chr16 10439049 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,5:2,3:2,2 -chr16 12062377 . A AAAAT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011613;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:5,7:12,3 -chr16 13622488 . CTG C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:11,1:4,3 -chr16 14928709 . G C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr16 14982188 . T G 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.022391;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:60,7:38,3:22,4 -chr16 15103660 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013238;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,1:5,7 -chr16 15202829 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.007006;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:6,4:12,5 -chr16 16134625 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 -chr16 16160628 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:4,4:2,1 -chr16 16444695 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0033619;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,3:8,6 -chr16 16447974 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.046007;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,3:15,1 -chr16 16550592 . A ATTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0025265;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,2:7,7 -chr16 16720265 . T TTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0062751;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,7:7,4 -chr16 16829613 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:4,3:1,4 -chr16 17204966 . CAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025944;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 -chr16 17643997 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,4:3,2:6,2 -chr16 17916004 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.5771e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:9,9:13,5 -chr16 18181093 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.041596;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,3:18,1 -chr16 18237898 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.037749;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:18,4:9,2 -chr16 18963513 . ATG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011088;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,5:10,2 -chr16 18963517 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0072303;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,5:6,1 -chr16 20138748 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.013124;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:2,5:5,3 -chr16 21155621 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:3,4:3,2 -chr16 21675063 . GTCTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00047718;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,11:2,4:3,7 -chr16 22681401 . CA C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.010119;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,6:16,4:11,2 -chr16 22824558 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040656;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:4,3:11,3 -chr16 23020660 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0011576;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:3,13:0,7:3,6 -chr16 25746742 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0010337;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:9,7:6,7 -chr16 25993949 . CGTGTGT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0038647;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,6:4,1 -chr16 26005732 . GA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00054483;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,8:7,4 -chr16 26238514 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,4:1,2:5,2 -chr16 26417291 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0779;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:7,5:10,3 -chr16 26464372 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00022959;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,2:8,6 -chr16 26653957 . C CTTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:3,4:0,1 -chr16 27000580 . CTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:9,3:2,1 -chr16 28361764 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,15:0,4:4,11 -chr16 28424469 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr16 28738180 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.016411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,6:5,2 -chr16 28739478 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,0:9,4 -chr16 29054144 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031533;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:20,3:6,3 -chr16 29445775 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr16 30016057 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1 -chr16 30267081 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 -chr16 30466462 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,4:2,2 -chr16 30789230 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:9,3:3,1 -chr16 30817175 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,4:5,3 -chr16 31013407 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,2:0,1:1,1 -chr16 31149092 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=6.8881e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:5,15:3,11:2,4 -chr16 31247659 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.012394;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,3:9,3 -chr16 31382130 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=3.1132e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:8,6:7,6 -chr16 31757826 . ATAGG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0073773;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,2:7,7 -chr16 32096815 . T A 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.0057363;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:55,19:15,6:40,13 -chr16 32107256 . G A 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.0095044;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:75,14:17,10:58,4 -chr16 32107271 . C A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0068574;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:71,13:15,9:56,4 -chr16 32159292 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2 -chr16 32217275 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0034214;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:11,7:3,3 -chr16 32258018 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.010674;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,1:8,3 -chr16 32298407 . A G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.014476;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:23,11:19,5 -chr16 32328266 . C A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.039273;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:19,5:14,6 -chr16 32812945 . C A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.03082;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:24,3:15,3 -chr16 32829994 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.020896;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:24,2:21,6 -chr16 32830026 . G C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.019883;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:23,4:26,6 -chr16 32837836 . G C 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.0063265;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:95,23:68,20:27,3 -chr16 32891234 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0032243;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,4:3,2 -chr16 33026241 . C T 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.038966;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:65,10:43,8:22,2 -chr16 33029546 . G A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.0042381;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:18,2:27,4 -chr16 33581695 . C CT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.040599;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,4:10,5 -chr16 33591570 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.012155;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:12,6:21,6 -chr16 33728041 . A ATTAAT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.020116;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:12,8:14,1 -chr16 34586236 . T C 0 PASS DP=1574;GPV=1;SPV=0.018905;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:794:688,106:55,9:633,97 -chr16 34591720 . T TC 0 PASS DP=868;GPV=1;SPV=0.017863;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:408:121,24:64,12:57,12 -chr16 35979167 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.9714e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,16:4,5:5,11 -chr16 36241585 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=4.9557e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:13,9:10,5 -chr16 36515521 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012544;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:15,5:3,2 -chr16 36671635 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:6,4:0,0 -chr16 37862493 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0058227;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:9,10:11,2 -chr16 38129102 . T A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.041058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:25,3:11,1 -chr16 46456668 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041383;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:16,3:8,2 -chr16 46468062 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.5767e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:9,9:6,4 -chr16 48316323 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:4,5:2,1 -chr16 48527040 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.035909;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,4:17,2 -chr16 48579679 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015379;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,4:8,1 -chr16 48927307 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00039851;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:8,4:12,6 -chr16 49688095 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:0,1:1,1 -chr16 51046768 . CAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.002838;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,6:2,1 -chr16 52105557 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00065661;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:13,1:6,7 -chr16 54410785 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:1,1:0,1 -chr16 54833298 . G GACACACACAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.002331;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,6:0,3:0,3 -chr16 55426518 . G GCTCTCTCT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:6,5:3,1 -chr16 57362879 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.033939;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:10,2:16,3 -chr16 57877100 . T TA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,5:2,1 -chr16 59738855 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:16,3:4,1 -chr16 60446188 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 -chr16 60506800 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0052479;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:15,5:16,2 -chr16 60819181 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.022389;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,2:14,4 -chr16 60866253 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,6:6,1 -chr16 63238833 . AAAGG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 -chr16 63342623 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=3.4337e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,7:4,3 -chr16 63831399 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,4:6,3 -chr16 64104330 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 -chr16 64721892 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00016168;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,5:11,5 -chr16 65555993 . G C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1 -chr16 65687577 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.1154e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,18:10,9:3,9 -chr16 68283590 . AAG A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,3:17,1 -chr16 68735645 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:1,1:2,2 -chr16 68811396 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.02882;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,4:3,2 -chr16 69005788 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0027337;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:8,6:2,5 -chr16 70120931 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:0,2:4,2 -chr16 70174691 . G C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.046823;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:16,7:18,3 -chr16 71736551 . ATTATTTAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037055;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,3:6,2 -chr16 72554038 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,3:6,2 -chr16 72822795 . GT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:2,7:2,2 -chr16 73233108 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,10:2,8:4,2 -chr16 73890254 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3 -chr16 74395530 . CT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.022661;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,7:13,6:8,1 -chr16 74838044 . ATATATATG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.014712;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,4:2,4 -chr16 75050776 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00022655;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,13:1,3:5,10 -chr16 75354641 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.7137e-11;SS=2;SSC=107;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:11,25:7,12:4,13 -chr16 76589820 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00037668;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,8:7,1 -chr16 77100673 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.13182;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:15,2:11,1 -chr16 77153592 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.001026;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:13,7:11,3 -chr16 77420002 . T TAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:3,2:8,3 -chr16 78301290 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.6735e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:9,8:11,8 -chr16 79655414 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015417;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:1,3:8,1 -chr16 79995164 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0024526;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,7:2,4:2,3 -chr16 81191374 . A ATT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:1,4:11,4 -chr16 81414860 . A AGTGTGT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 -chr16 81568039 . G GTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,7:3,5:0,2 -chr16 82899775 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.087902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,1:16,3 -chr16 83007824 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,3:6,2 -chr16 83971093 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027339;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:8,2:6,2 -chr16 84697678 . TATATATATATATATATATATATATATATATG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 -chr16 84787898 . T TA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028534;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:9,7:4,1 -chr16 85100004 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:11,7:6,7 -chr16 87187298 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:9,1:6,4 -chr16 88115662 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,3:1,1 -chr16 88314100 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0054356;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,7:5,1 -chr16 88521081 . GATTA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:4,2:0,0 -chr16 88521088 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.10989;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,2:3,2:0,0 -chr16 88677238 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,3:9,5 -chr16 90136987 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 -chr16 90209815 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,1:3,3 -chr17 321603 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,5:15,3:9,2 -chr17 548434 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.032347;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:14,2:10,6 -chr17 643543 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,1:5,3 -chr17 662873 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.013487;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:7,5:3,1 -chr17 942786 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,3:4,1 -chr17 1164351 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,4:2,3 -chr17 1328160 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011294;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,5:7,2 -chr17 1328161 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011088;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,5:8,2 -chr17 1656561 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0092196;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:10,7:13,2 -chr17 2090184 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,2:1,1:2,1 -chr17 2487323 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00056474;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:10,6:12,5 -chr17 3327672 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,4:5,2 -chr17 3645859 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014023;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,7:4,3 -chr17 3756220 . TG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:1,3:5,2 -chr17 4394807 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.13043;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,2:1,1:6,1 -chr17 4570600 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,2:3,3 -chr17 4578810 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.3211e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:9,6:11,9 -chr17 5240636 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 -chr17 5420125 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=6.1831e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:12,10:8,4 -chr17 5552084 . CTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:1,2:2,2 -chr17 6662001 . ATATTT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034418;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:2,3:10,3 -chr17 9106467 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,5:2,2:2,3 -chr17 9195209 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:0,3:9,2 -chr17 10153519 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:4,4:1,2 -chr17 10323784 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:1,1:3,1 -chr17 11366816 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.010971;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,3:14,3 -chr17 11422051 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.7248e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,20:11,12:5,8 -chr17 11762306 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.019518;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:18,3:12,3 -chr17 11845265 . TTG T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,2:6,4 -chr17 14375018 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0031185;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,4:9,3 -chr17 16328600 . ATATATATATAT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,2:0,0:0,2 -chr17 16422760 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0017851;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:9,3:15,4 -chr17 17708429 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,4:7,3:7,1 -chr17 18492068 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0017458;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:2,4:0,2 -chr17 18862802 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016311;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,2:6,4 -chr17 19565577 . CT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr17 20330767 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.039686;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:8,1:21,4 -chr17 20470693 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 -chr17 20815219 . A ATT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,8:3,5:1,3 -chr17 21048746 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00041746;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:1,10:9,5 -chr17 21648749 . A AT 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0028141;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:16,8:15,6 -chr17 21712856 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.04855;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,9:13,1 -chr17 21723268 . C A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.019206;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:23,8:14,3 -chr17 21740034 . A G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=1.3924e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:57,18:25,11:32,7 -chr17 22198061 . AT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:10,8:5,3 -chr17 22217042 . AAACAAG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0204;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,6:5,4 -chr17 22384676 . G T 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.043277;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,14:8,1:47,13 -chr17 22391591 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.024109;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,3:6,1 -chr17 26717800 . C G 0 PASS DP=555;GPV=1;SPV=0.033702;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:261:234,27:109,14:125,13 -chr17 26722452 . G A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.011266;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:73,12:45,8:28,4 -chr17 26763941 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.015084;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,8:21,4:17,4 -chr17 26767603 . A C 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.020548;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:88,18:56,14:32,4 -chr17 26951309 . T C 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.014823;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:98,13:63,11:35,2 -chr17 26955229 . G A 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.042553;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:72,17:28,4:44,13 -chr17 26959916 . T G 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.03106;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:65,8:31,5:34,3 -chr17 26983562 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.073744;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 -chr17 27162354 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1 -chr17 27470016 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046386;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,4:12,1 -chr17 28118620 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=9.4646e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:5,8:9,10 -chr17 28225289 . T TAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.069102;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:13,5:5,1 -chr17 29970637 . G GACACACAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,3:7,2 -chr17 30015759 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025944;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,6:4,1 -chr17 31675970 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018499;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,2:5,3 -chr17 31675974 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0086957;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 -chr17 32248071 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023079;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:3,1:1,4 -chr17 33464540 . C CTCTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:3,1:7,3 -chr17 33634710 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0035698;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,7:2,6:4,1 -chr17 34120743 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015182;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:5,1:0,4 -chr17 35437787 . TGCTTGCA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00068054;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,14:6,9:4,5 -chr17 36185264 . A G 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.0029013;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:82,18:41,8:41,10 -chr17 36238037 . CA C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.047806;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,11:29,7:21,4 -chr17 36887234 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:6,6:12,6 -chr17 36912504 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,2:7,2 -chr17 37022153 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,6:7,2:8,4 -chr17 37766921 . TCACACACACACACA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:3,7:1,2 -chr17 37766937 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 -chr17 38258518 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.024863;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,8:11,2 -chr17 38832576 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,4:4,5 -chr17 40275261 . AC A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0045549;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,4:6,2 -chr17 40837042 . GT G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,7:1,5:1,2 -chr17 43569855 . T TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:0,2:7,2 -chr17 45609919 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.04235;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:10,3:18,6 -chr17 45625576 . T TC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4 -chr17 46495135 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.04252;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:7,1:17,7 -chr17 46844305 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:1,3:0,2 -chr17 49173863 . TGAGCTTTATG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011868;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:5,5:2,6 -chr17 49232226 . G GA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,3:0,1 -chr17 50030081 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,4:3,1 -chr17 50083723 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,2:4,4 -chr17 50360571 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.016023;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,10:9,9:4,1 -chr17 50524739 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.12928;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 -chr17 51080260 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00020919;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,2:4,6 -chr17 52816391 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020833;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:7,6:8,2 -chr17 53327791 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,1:5,4 -chr17 54246168 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0062691;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:3,5:10,5 -chr17 54246177 . T TGTG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0033479;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:3,4:8,6 -chr17 54401303 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0010255;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,4:10,6 -chr17 54576215 . T TTGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:5,2:8,3 -chr17 54576700 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0035488;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:7,6:7,6 -chr17 54891017 . A AACACACACACACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,10:3,6:0,4 -chr17 58026563 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.4524e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:4,7:7,8 -chr17 58710500 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.049766;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,4:4,1 -chr17 59250613 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.019548;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,7:5,4:5,3 -chr17 60019439 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.013871;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:14,2:20,3 -chr17 60244029 . G GT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:2,1:3,1 -chr17 61535757 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:1,8:2,1 -chr17 61577447 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,2:4,5 -chr17 62039586 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:6,6:1,1 -chr17 62342287 . GT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:7,5:4,1 -chr17 65341016 . A AAAAAACAAAAAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031815;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:12,5:4,2 -chr17 66407338 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00088893;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:7,6:12,6 -chr17 67329141 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 -chr17 68379421 . A ATT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr17 68499368 . A AAG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,9:0,7:2,2 -chr17 71468127 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0067708;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:14,5:9,2 -chr17 71608301 . C CTATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,1:2,3 -chr17 77048303 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0014835;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:4,2:10,6 -chr17 77647415 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020538;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3 -chr17 79463487 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.042892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,3:3,1:1,2 -chr17 79463493 . G GCCACCT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:4,1:1,1 -chr17 80416714 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,2:0,1:7,1 -chr17 82122432 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.030827;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:12,4:15,4 -chr17 82212393 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036419;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:6,3:6,2 -chr18 113178 . A AAAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:4,5:1,1 -chr18 178004 . G GTGTT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00071601;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:7,9:7,5 -chr18 700916 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,5:4,1 -chr18 889514 . CAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0023953;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:7,5:3,4 -chr18 915781 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0072464;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,4:2,3 -chr18 2384404 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:0,5:7,8 -chr18 2621263 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.027438;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,4:4,1 -chr18 2621264 . A AG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023764;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,4:4,1 -chr18 3343041 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16126;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,5:9,4:4,1 -chr18 3923133 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:6,7:2,1 -chr18 4066348 . A AAAAT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0001352;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:5,4:8,5 -chr18 4548393 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,3:2,2 -chr18 4781352 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0019836;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,11:6,9:3,2 -chr18 5324617 . A ACAACAT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.006391;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2 -chr18 5949713 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.02027;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,3:9,4 -chr18 6446370 . GAC G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021903;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,5:4,1 -chr18 7236433 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0036999;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,6:1,1 -chr18 8725790 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,5:0,1:0,4 -chr18 8838752 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.8089e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,20:7,8:8,12 -chr18 9480414 . A AT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4 -chr18 10604917 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 -chr18 10757193 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:4,8:2,2 -chr18 11646123 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:21,3:10,4 -chr18 11646124 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:21,3:12,3 -chr18 11813263 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,2:5,3 -chr18 12214347 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.022419;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,1:9,7 -chr18 13591434 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.041596;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:13,1:15,3 -chr18 13904655 . A AACAGGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.023962;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:11,3:6,4 -chr18 13904663 . C CCAAAACAGTAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.019247;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:11,4:8,5 -chr18 14547291 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.038345;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:10,2:18,4 -chr18 15174876 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.057873;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:14,2:26,3 -chr18 15371534 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.1439e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,5:13,7 -chr18 15406854 . C A 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.023607;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:72,11:50,6:22,5 -chr18 15406877 . T C 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.03962;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:93,11:67,5:26,6 -chr18 15410625 . C T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0062788;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:43,15:8,3:35,12 -chr18 15467492 . C T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0066392;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:21,2:35,9 -chr18 15482975 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.043831;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,6:7,2:26,4 -chr18 15492794 . T G 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.049961;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:64,11:57,9:7,2 -chr18 15492959 . C G 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:123,18:68,8:55,10 -chr18 15513931 . A T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr18 15534382 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0053311;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:2,4:19,2 -chr18 15551751 . T C 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.0022736;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:95,23:59,13:36,10 -chr18 15551816 . C T 0 PASS DP=378;GPV=1;SPV=0.049575;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:155,25:58,21:97,4 -chr18 15585070 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011783;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:1,3:8,2 -chr18 15625476 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.045508;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:0,0:19,4 -chr18 15654737 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.04252;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:8,7:16,1 -chr18 15776941 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.035565;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:21,9:22,4 -chr18 15872075 . T G 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.018432;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:50,10:10,1:40,9 -chr18 15968013 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr18 16465131 . C A 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.026665;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:48,9:39,7:9,2 -chr18 16524963 . C G 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.040632;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:18,7:25,5 -chr18 16645020 . C T 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.022836;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:71,14:32,9:39,5 -chr18 17355884 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 -chr18 18949466 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.060779;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:23,3:12,1 -chr18 19117525 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.032677;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:11,8:19,1 -chr18 19257442 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0019155;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 -chr18 19288468 . T A 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.040476;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:84,16:48,7:36,9 -chr18 19397234 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.043004;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:3,2:31,5 -chr18 20810329 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.035721;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 -chr18 21030198 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.199e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:10,7:5,8 -chr18 21613854 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:5,5:5,2 -chr18 21983286 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:4,3:7,5 -chr18 22232356 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.054545;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:20,2:14,2 -chr18 22243972 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:5,4:13,8 -chr18 23616122 . CCGTA C 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.022833;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:23,7:20,4 -chr18 24748641 . TTTCC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:0,1:6,5 -chr18 26007125 . A ATTTTGCTTATACTTCTCAGT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.026903;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,5:9,2 -chr18 26256819 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:2,13:0,5:2,8 -chr18 26365002 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0060573;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,6:1,1 -chr18 27155104 . AAAG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0029007;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,3:6,3 -chr18 27219843 . CATATATAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:1,1:3,1 -chr18 27860667 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0045249;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,6:1,3:2,3 -chr18 28271054 . G GTTATTGTATTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017056;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:3,2:7,5 -chr18 28271056 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.018018;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:3,1:6,6 -chr18 29512143 . ATATT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.024638;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,5:10,4 -chr18 29512159 . T TATTA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.021619;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,5:11,3 -chr18 29910419 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=6.1797e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,9:9,3 -chr18 30478041 . AGTG A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.019244;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,3:5,3 -chr18 30854728 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0029895;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:10,5:7,2 -chr18 31290492 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.011302;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,6:10,3 -chr18 32153722 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:6,4:0,0 -chr18 32904389 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.017995;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:7,1:16,4 -chr18 33306606 . T TTA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.010488;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:11,4:6,8 -chr18 33926231 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=5.0681e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:6,3:5,9 -chr18 36132817 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.041011;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,2:7,2 -chr18 36264616 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00064637;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,5:8,5 -chr18 36270711 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,4:2,1 -chr18 37709472 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,1:4,3 -chr18 39135912 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.6575e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:11,10:10,3 -chr18 39324724 . C CAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0069323;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,8:2,4:2,4 -chr18 39379704 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.046464;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,1:9,3 -chr18 40557893 . CTTT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:3,1:1,1 -chr18 40844667 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.079534;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:28,2:10,3 -chr18 41863748 . T TGA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,6:1,5:0,1 -chr18 43949741 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00028843;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,4:7,6 -chr18 43970339 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,2:6,2 -chr18 44214083 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0074932;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,7:9,5:3,2 -chr18 45422642 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00057266;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,2:5,4 -chr18 47076820 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,2:11,2 -chr18 47419530 . T TA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0005667;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:4,5:6,4 -chr18 48510744 . C CAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 -chr18 49292592 . GAAAAAAAAAAAAAA G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr18 49463562 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 -chr18 49508668 . C CAAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:10,4:0,0 -chr18 49592974 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,1:3,5 -chr18 50180234 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00042047;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:10,4:10,4 -chr18 50361668 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011795;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,1:7,6 -chr18 50531157 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00012397;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:5,3:9,7 -chr18 50552615 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00029607;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,3:9,8 -chr18 51296831 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0016775;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:15,5:6,3 -chr18 52012995 . A ATGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011037;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:3,4:2,2 -chr18 52753534 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0011694;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,4:14,6 -chr18 53699817 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 -chr18 57035014 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.8903e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:5,3:11,7 -chr18 57549425 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.021315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:15,6:7,3 -chr18 58920735 . CGTGT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,4:2,2 -chr18 59390178 . A ATATATTATATTATAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:5,2:1,2 -chr18 59882953 . C CATTTATTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,8:3,4:10,4 -chr18 62581837 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,3:4,1 -chr18 62924678 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr18 63839578 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,7:4,2:7,5 -chr18 64680435 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,3:2,2:2,1 -chr18 64709340 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10773;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,3:13,2 -chr18 65283293 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,5:1,1:6,4 -chr18 65573943 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,3:9,1 -chr18 67365587 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,5:6,4:2,1 -chr18 67990258 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.009946;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,3:10,4 -chr18 68096305 . T TTTTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00026221;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,12:3,4:4,8 -chr18 69606759 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,2:4,1:1,1 -chr18 70391030 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,1:3,3 -chr18 71415223 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0060362;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,5:5,2 -chr18 71568521 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031008;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,3:8,2 -chr18 72700416 . C CTCTATATA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:2,2:4,2 -chr18 73201687 . T TC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0037594;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:3,4:0,4 -chr18 73206219 . G GACACATGC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0030514;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,8:5,1 -chr18 74195852 . ATATATATATGTG A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,2:0,0:3,2 -chr18 74514554 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,4:3,1 -chr18 76312063 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.4018e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,6:11,4 -chr18 76377715 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2 -chr18 77234747 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00020046;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:14,8:9,2 -chr18 78513550 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0050014;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:10,1:19,5 -chr18 78695069 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,3:4,1:1,2 -chr18 79341508 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 -chr18 79820402 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=5.1966e-11;SS=2;SSC=102;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:5,18:3,11:2,7 -chr19 161053 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,3:3,1 -chr19 376227 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.1572e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,19:5,11:6,8 -chr19 513703 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chr19 844020 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.001393;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:10,8:7,7 -chr19 1164423 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:1,1:4,1 -chr19 1164524 . CAGG C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:1,2:2,3 -chr19 3475636 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 -chr19 3651055 . G GTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.013514;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:12,5:3,2 -chr19 3674167 . A ACT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0063654;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:14,5:10,3 -chr19 4753332 . G GA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:5,4:0,1 -chr19 5265174 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=8.8195e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:5,2:7,9 -chr19 5357533 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.4214e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:4,7:7,5 -chr19 5518389 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:11,4:10,2:1,2 -chr19 7458296 . T TA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,3:11,1 -chr19 8440982 . GTTTTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,3:2,1 -chr19 8720253 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,3:1,1:5,2 -chr19 8977752 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0041454;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,1:11,5 -chr19 9014031 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=1.4124e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:4,7:5,3 -chr19 10075340 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.012138;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:4,2:5,2 -chr19 10589212 . AT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00011933;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,6:7,5 -chr19 12278316 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00029659;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,4:6,5 -chr19 13416277 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0081556;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,6:7,3 -chr19 13443338 . ATTTTAT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0042025;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,9:8,3 -chr19 13747881 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.9635e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:15,6:14,8 -chr19 14730455 . CCTCT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.03094;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:5,3:12,3 -chr19 15038635 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037847;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,1:9,3 -chr19 16450477 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,3:2,2 -chr19 16472433 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.018925;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,2:9,2 -chr19 19398485 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0015417;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:1,2:7,4 -chr19 21307163 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.014432;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,6:13,5:6,1 -chr19 21611259 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,1:5,7 -chr19 22445435 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.454e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:8,8:9,10 -chr19 22448089 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037062;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:23,3:5,3 -chr19 22698657 . CTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,5:4,2 -chr19 23964406 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015726;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:4,3:10,1 -chr19 24389137 . C A 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0064764;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:52,6:23,4:29,2 -chr19 24437013 . A T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.020145;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:44,10:31,4:13,6 -chr19 27958087 . T TGATA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:15,4:6,2 -chr19 29095436 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,3:0,1:6,2 -chr19 29494823 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0 -chr19 29901399 . A T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr19 31009586 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=4.7869e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:10,7:10,7 -chr19 32128553 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3 -chr19 32318146 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0017334;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:6,5:3,9 -chr19 32318147 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00097094;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:4,5:3,7 -chr19 32351419 . C CTG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.011696;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,3:0,1 -chr19 32940266 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018485;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:0,3:10,8 -chr19 33023784 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:4,3:1,1 -chr19 34101461 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,1:6,3 -chr19 36190991 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,5:4,1 -chr19 36268999 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chr19 36301999 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,3:6,3:0,0 -chr19 37268114 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0036749;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:8,3:11,8 -chr19 37290068 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.074163;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:0,0:27,4 -chr19 37493362 . TA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0022813;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:6,5:12,4 -chr19 38258689 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3 -chr19 38450773 . C CAATAAATAAATA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0088972;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2 -chr19 40158875 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00069047;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,4:7,3 -chr19 40773433 . CA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 -chr19 41457272 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0066591;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,3:4,6 -chr19 45594061 . AAAAT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:3,2:6,2 -chr19 46047138 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=1.9406e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:3,5:6,4 -chr19 46877250 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,2:1,1:4,1 -chr19 47338275 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,2:7,2 -chr19 47922878 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr19 48582961 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,1:6,5 -chr19 49182090 . ATCTG A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 -chr19 50074720 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:16,1:8,7 -chr19 50099771 . G A 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.038131;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:91,13:40,5:51,8 -chr19 50528408 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.115;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:16,3:18,2 -chr19 50907404 . CTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,2:3,3 -chr19 51425068 . CA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,6:1,4:1,2 -chr19 51782180 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.032881;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:7,2:10,4 -chr19 52761920 . G GAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:6,4:0,0 -chr19 52954040 . C CAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:4,9:3,1 -chr19 53286939 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0059828;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,4:5,1 -chr19 53366094 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00012488;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:2,7:10,3 -chr19 53674343 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0010146;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:11,7:15,5 -chr19 53946591 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:2,1:5,1 -chr19 54246406 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:3,1:4,1 -chr19 54986556 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02545;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,7:9,5:3,2 -chr19 55409461 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:0,2:0,0:0,2 -chr19 55983465 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:2,1:2,1 -chr19 56962067 . CACAGACACACAG C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0016986;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:7,8:3,3 -chr2 389235 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15966;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:9,2:8,1 -chr2 442407 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,2:5,2 -chr2 442420 . C CGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,6:6,2:8,4 -chr2 570393 . G GAAGAAGA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0038106;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,12:8,9:3,3 -chr2 582563 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0032805;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:8,15:6,4 -chr2 582950 . A AGGC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:14,1:9,4 -chr2 582951 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084231;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:15,2:11,6 -chr2 1072531 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0011582;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,4:9,4 -chr2 1139826 . CAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:6,6:2,1 -chr2 1244695 . CAAAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,8:7,7:4,1 -chr2 1255895 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 -chr2 1272706 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 -chr2 3269281 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0040496;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:0,3:7,6 -chr2 3530806 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 -chr2 3590439 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0249;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:2,2:14,2 -chr2 4318394 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.1953e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:16,7:11,7 -chr2 5198986 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.1463;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:19,5:12,1 -chr2 5895511 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.057534;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:13,3:21,1 -chr2 6063499 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0022018;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:16,7:11,2 -chr2 6078180 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010614;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:18,5:9,3 -chr2 6253208 . A ATATATACACG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,3:6,3 -chr2 6270012 . CAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:8,4:5,11 -chr2 9113395 . C CAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.069135;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:11,2:16,2 -chr2 9254236 . AAT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017292;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,4:7,3 -chr2 9828022 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:0,1:14,3 -chr2 10607750 . T TTTATTATTATTATTATTATTATTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.061437;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:8,5:12,4 -chr2 11142713 . A ATT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,7:0,5:2,2 -chr2 11334510 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.014047;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:14,10:4,3 -chr2 11607637 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12591;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,3:15,1 -chr2 11814512 . A ATG 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0079023;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,12:20,10:10,2 -chr2 11902372 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0031331;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3 -chr2 12814596 . A AAAAAAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,9:0,4:3,5 -chr2 13826601 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.083915;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,3:14,1 -chr2 14070832 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.012658;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:20,5:13,5 -chr2 14253010 . CTGTGTGTGTGTGTGTGTG C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0040496;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:3,3:4,6 -chr2 14516681 . TAAAAAAA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018839;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 -chr2 14686910 . GAC G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.001935;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,11:2,8:2,3 -chr2 15857076 . C CAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034476;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,12:13,8:7,4 -chr2 16039566 . T TTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.012821;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,5:0,1:3,4 -chr2 16884742 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,1:10,3 -chr2 17018732 . C CAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,11:7,8:5,3 -chr2 17138814 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.029832;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:11,8:4,4:7,4 -chr2 17778199 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.003803;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:5,7:7,5 -chr2 18289119 . A AAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,7:7,6:2,1 -chr2 18970585 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0068026;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:4,14:2,9:2,5 -chr2 19548692 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.057027;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:14,5:12,1 -chr2 20374483 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.077118;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,13:10,10:11,3 -chr2 20710610 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03942;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,7:8,1 -chr2 20971929 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,4:16,3:5,1 -chr2 21437292 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0021615;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:16,6:18,3 -chr2 22532172 . T TTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,6:3,3:5,3 -chr2 22743862 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:6,4:3,3 -chr2 24155524 . TATATATA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:0,0:2,2 -chr2 24443841 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=8.275e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,20:5,11:4,9 -chr2 24939079 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2 -chr2 25496842 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0039984;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:6,6:5,4 -chr2 25672203 . CAAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,7:2,6:5,1 -chr2 26654811 . TGA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,1:12,4 -chr2 26906186 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.073366;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:11,5:8,3 -chr2 28076473 . T TTTAG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,14:13,8:11,6 -chr2 28258615 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,1:4,3 -chr2 28373407 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,3:4,5 -chr2 28541184 . AT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.12341;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,3:17,1 -chr2 29085657 . TAAA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:2,3:9,2 -chr2 30319656 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0010154;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:4,5:7,9 -chr2 31725693 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00027662;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:15,10:17,3 -chr2 31803289 . TAA T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0034858;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:15,16:6,3 -chr2 32555914 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.02531;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,11:13,9:3,2 -chr2 34028109 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.033799;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:26,5:18,1 -chr2 34109266 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,2:6,2 -chr2 34741971 . T TA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.025434;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:13,3:15,4 -chr2 34741975 . A AT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.026092;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,7:10,3:11,4 -chr2 35499194 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0077613;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:24,5:12,2 -chr2 36342606 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0030514;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:4,5:7,5 -chr2 36546763 . ATTT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,11:1,9:6,2 -chr2 36609232 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0098951;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:3,11:4,4 -chr2 37309848 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,2:5,1:1,1 -chr2 37396940 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011309;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:10,5:10,1 -chr2 39226477 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.25968;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,3:12,1 -chr2 39686963 . ATGTGTGTGTG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0096894;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,6:2,5:5,1 -chr2 39721985 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:8,8:2,1 -chr2 39773575 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,5:11,3:6,2 -chr2 40252939 . G GTACATA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011671;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:3,5:10,1 -chr2 40997315 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.069027;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,5:14,3:17,2 -chr2 41045911 . C CGAATGAATGAAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.063369;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:11,2:20,3 -chr2 41171427 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:14,6:8,5:6,1 -chr2 42009802 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00059684;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:19,7:12,3 -chr2 44063689 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.15826;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:11,3:6,2:5,1 -chr2 44301738 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,6:10,5:1,1 -chr2 44310681 . AGTT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0005858;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:1,5:7,6 -chr2 44315653 . C CAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:1,4:1,2 -chr2 44437838 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 -chr2 45310277 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 -chr2 46340130 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00011639;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:9,4:8,7 -chr2 46427374 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr2 48089443 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:4,3:5,1 -chr2 48878004 . A ATTCTTTCTTTCT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.037594;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,4:7,2:11,2 -chr2 49309311 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=5.6253e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,8:4,4 -chr2 49753142 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0020146;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:12,3:5,5 -chr2 50596863 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:0,3:4,1 -chr2 50601071 . C CA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00034047;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:14,5:5,4 -chr2 51458304 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0050687;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,4:10,5 -chr2 51924536 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=4.0043e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:9,9:5,10 -chr2 53870320 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0027568;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,3:6,6 -chr2 54682411 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.027634;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:0,2:2,2 -chr2 56864191 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.4255e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:13,12:4,2 -chr2 57006910 . TATATATATATATATATAAACCTGTTATATATATAAAAC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:4,4:8,4 -chr2 57063466 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=5.7929e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:5,5:6,9 -chr2 57547942 . A AAAAG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032107;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:6,4:0,1 -chr2 57732451 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,1:9,3 -chr2 59848883 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 -chr2 61007769 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0027397;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,10:4,9:5,1 -chr2 63615727 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0017612;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,5:5,4 -chr2 64550677 . GCACACACACACACACA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:8,5:1,2 -chr2 65552580 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,4:1,3:1,1 -chr2 66410622 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,2:9,2 -chr2 66575383 . CTCTG C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01121;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1 -chr2 67473955 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:3,3:2,3 -chr2 67773641 . C A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:4,1:0,4 -chr2 68802407 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,8:4,7:1,1 -chr2 70361237 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,5:3,2 -chr2 71094258 . ATT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:5,4:1,3 -chr2 71540059 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00063642;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,5:7,4 -chr2 72881088 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0062317;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,6:4,2 -chr2 77526486 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0013098;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,9:3,8:0,1 -chr2 78176814 . G GA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00049333;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:4,6:11,4 -chr2 78289265 . ATTTTATTATTATTATTATTTT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:5,3:13,4 -chr2 78400872 . CAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.054945;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,8:1,7:2,1 -chr2 79072702 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=4.6927e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:7,9:5,4 -chr2 79411292 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0024076;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:8,4:13,3 -chr2 79589914 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0014731;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,6:6,1 -chr2 80813512 . G GT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.9105e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:13,13:6,5 -chr2 80953114 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=6.2645e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,4:7,6 -chr2 81926246 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=8.4415e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,7:5,2 -chr2 83190122 . G GTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0033;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,5:5,4 -chr2 83341502 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:5,6:1,4 -chr2 84334411 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0041541;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:12,5:3,3 -chr2 85000311 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00034177;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,19:4,11:11,8 -chr2 85041762 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017168;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,3:2,1 -chr2 85408338 . T TCACACACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0044859;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,2:5,5 -chr2 85686432 . CA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023721;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:10,2:14,3 -chr2 87430689 . AAGCC A 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.038661;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:56,14:29,10:27,4 -chr2 87563860 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,3:7,2 -chr2 87599153 . CGTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:1,3:8,3 -chr2 88044863 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,8:1,3:3,5 -chr2 88463363 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr2 89094821 . CA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:4,3:0,1 -chr2 89532659 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,3:2,4 -chr2 89540417 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 -chr2 89667558 . T A 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.016207;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,11:21,7:29,4 -chr2 89775125 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.13783;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,2:18,3 -chr2 90321280 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.013504;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:18,1:12,4 -chr2 90336867 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 -chr2 90372920 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0096525;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:12,9:15,5 -chr2 91442904 . ATTTTTCCCGCCGCGGC A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.01202;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:3,2:12,4 -chr2 91504286 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.003665;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:11,1:5,5 -chr2 91521743 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.093588;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,3:10,1 -chr2 91527918 . G GC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.040114;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:10,3:10,3 -chr2 91638781 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.020164;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:3,2:35,10 -chr2 91884370 . A C 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.015979;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:47,13:25,10:22,3 -chr2 91892630 . T C 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.027012;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:93,20:40,10:53,10 -chr2 91964214 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.044775;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,5:8,2 -chr2 92057665 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.013788;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:26,5:21,3 -chr2 92097267 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,1:14,3 -chr2 92198924 . G C 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.0079465;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:58,13:47,10:11,3 -chr2 92294266 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:3,2:27,3 -chr2 92353052 . G T 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0084739;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:67,17:56,11:11,6 -chr2 92353193 . T A 0 PASS DP=325;GPV=1;SPV=0.015908;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:111,25:40,8:71,17 -chr2 92353271 . A G 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.014112;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:83,17:25,6:58,11 -chr2 92402812 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044429;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:16,3:7,1 -chr2 92480710 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.05493;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:5,3:31,1 -chr2 92624123 . T A 0 PASS DP=512;GPV=1;SPV=0.015203;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:224:201,23:113,19:88,4 -chr2 92629390 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15115;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:0,0:29,4 -chr2 92637488 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.03743;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:21,3:15,1 -chr2 92673300 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042336;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:14,4:8,1 -chr2 92686008 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0218;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:13,7:19,2 -chr2 92830576 . G T 0 PASS DP=274;GPV=1;SPV=0.030827;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:107,24:89,20:18,4 -chr2 92864893 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 -chr2 92912300 . C G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.044421;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:45,7:36,6:9,1 -chr2 93006447 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,1:16,3 -chr2 93009734 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.042059;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,6:3,1 -chr2 93026707 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 -chr2 93138864 . T A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.035811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:13,1:38,5 -chr2 93312713 . C A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.012965;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:34,12:3,2 -chr2 93395646 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr2 93473993 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.046916;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:0,0:28,4 -chr2 93510620 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.041814;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:36,3:19,12 -chr2 93678439 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.045658;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:24,8:14,2 -chr2 93700638 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0023241;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:12,7:4,3 -chr2 93996189 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030897;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 -chr2 94143190 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.012732;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,2:9,5 -chr2 94271787 . T G 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.00074329;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:68,22:39,17:29,5 -chr2 94743299 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.4739e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:4,2:7,8 -chr2 97250532 . AG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:3,1:9,3 -chr2 97260377 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,1:6,4 -chr2 100552186 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.001548;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:3,10:0,4:3,6 -chr2 101530358 . CATATATACCCATACATATATACACATACAT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 -chr2 102563794 . TGA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0023462;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:2,4:5,5 -chr2 103963608 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 -chr2 104278393 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.9498e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:11,7:8,8 -chr2 105562853 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:5,5:1,2 -chr2 106422542 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0092954;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,5:8,2 -chr2 106467439 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.02609;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,1:6,3 -chr2 107447361 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:1,1:0,1 -chr2 107852252 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,2:2,1:1,1 -chr2 108275816 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.012719;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,3:3,3 -chr2 108508724 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.042059;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,4:4,3 -chr2 110361374 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046858;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:8,4:16,2 -chr2 110623400 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.027025;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:15,3:14,8 -chr2 111180004 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1 -chr2 111613863 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2 -chr2 112184685 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:4,3:12,1 -chr2 114364103 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00048241;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:9,7:7,6 -chr2 114396545 . TTTC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:4,1:6,3 -chr2 115391550 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.065377;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:10,3:16,2 -chr2 115698085 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=6.1268e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:10,6:8,8 -chr2 116917336 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0081305;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2 -chr2 118188323 . G GCACACACA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,7:5,4:0,3 -chr2 118302808 . ATATATG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,3:13,1 -chr2 118964887 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.04394;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:4,4:4,1 -chr2 119557958 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:5,7:0,2 -chr2 121122457 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.010459;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:10,5:9,2 -chr2 121706815 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1 -chr2 122421266 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00019952;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:10,5:9,7 -chr2 122432981 . G GTGTGTGTGTGTC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,8:9,5:7,3 -chr2 126407992 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,8:7,7:1,1 -chr2 126677527 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0094148;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,7:2,3 -chr2 127829056 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.7627e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:13,8:6,8 -chr2 128268025 . G GT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.047789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:8,2:18,4 -chr2 128511430 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.9236e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:6,6:6,12 -chr2 130590444 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 -chr2 130627652 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,3:11,1 -chr2 130896509 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.3518e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:9,8:2,6 -chr2 131174999 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,3:14,1 -chr2 131776392 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.072031;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,3:21,1 -chr2 131895749 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0040793;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:0,6:0,4:0,2 -chr2 132048949 . GTTTCTTTCTTTCTTTC G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 -chr2 132100118 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.03112;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:11,3:16,2 -chr2 132221353 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.15556;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:7,1:5,2 -chr2 132363166 . G A 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.0023838;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:81,15:32,7:49,8 -chr2 132925561 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0083426;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,7:1,1 -chr2 133139482 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.06044;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,3:14,1 -chr2 133461101 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=3.4067e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:5,4:4,10 -chr2 134381383 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2 -chr2 135496384 . TA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 -chr2 136689368 . AAT A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1019;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:21,3:9,1 -chr2 137566490 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.7548e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,17:8,10:5,7 -chr2 138807016 . T TATTATTGA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=9.3853e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,11:6,2 -chr2 139150839 . G GGAGA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:10,4:0,0 -chr2 139366710 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,5:6,4 -chr2 140228126 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0075865;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,2:5,3 -chr2 140228127 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.047794;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,3:5,2:5,1 -chr2 140303012 . C CAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:5,6:0,2 -chr2 142411798 . ATATATG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3 -chr2 143166001 . A AGAAAGAAAGAAGGAAG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:3,3:4,1 -chr2 143270022 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.5037e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:11,5:8,7 -chr2 143421802 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,4:3,2:6,2 -chr2 143430177 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0006993;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,8:0,3:1,5 -chr2 143861440 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.079204;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:16,3:11,3 -chr2 144522848 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0037466;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:13,3:4,2 -chr2 148308484 . GTTCT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.056741;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:6,5:6,2 -chr2 148345476 . T TAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023109;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:4,3:3,1 -chr2 148816631 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.025076;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:13,2:7,3 -chr2 149328067 . CAAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 -chr2 150278593 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,2:0,1:1,1 -chr2 151113079 . CA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,2:12,2 -chr2 151498891 . T TAAAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:7,7:12,6 -chr2 152146271 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 -chr2 153357566 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.5438e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:10,10:5,5 -chr2 155917648 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0030549;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:16,5:10,6 -chr2 156917624 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.077483;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,3:14,2 -chr2 157442473 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:24:0,2:0,1:0,1 -chr2 157500730 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,5:5,4:6,1 -chr2 160349553 . A AAG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,5:3,1 -chr2 161109807 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,2:20,2 -chr2 163323047 . GT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0023627;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:5,7:7,2 -chr2 163518074 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:1,3:1,1:0,2 -chr2 163994673 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,2:1,3 -chr2 165735010 . C G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0019452;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 -chr2 165788466 . GGTGT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024328;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,4:4,2 -chr2 166287394 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0061831;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:10,3:5,8 -chr2 167492810 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00076774;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,5:11,4 -chr2 167899291 . C CAAAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023173;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:10,3:1,1 -chr2 168004732 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0038917;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,8:3,1 -chr2 169099120 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=3.3787e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:6,9:9,4 -chr2 169826106 . C CAAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14559;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,4:6,1 -chr2 171477453 . A ATT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0040779;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,10:8,8:14,2 -chr2 174807446 . CTGTGTGTG C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.049486;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,3:5,2 -chr2 179521353 . G GTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:3,4:3,2 -chr2 180451237 . AT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.9986e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,5:7,5 -chr2 181490456 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:0,2:0,0:0,2 -chr2 183029460 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:14,2:6,2 -chr2 183454423 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=6.0898e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:8,7:10,7 -chr2 184798006 . A ATG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,6:6,4:6,2 -chr2 185010375 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011595;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,2:12,3 -chr2 185865358 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.052629;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,4:13,1 -chr2 185865552 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0063654;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:10,5:14,3 -chr2 188055136 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.031681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,9:4,2 -chr2 188093579 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.1777e-10;SS=2;SSC=94;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,20:3,6:4,14 -chr2 188333244 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0065287;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,5:9,2 -chr2 188353549 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00081536;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,4:8,3 -chr2 190040492 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0060836;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:10,1:15,6 -chr2 191383494 . G GTATATA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 -chr2 191517028 . G C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054114;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:6,5:14,3 -chr2 192882338 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.8646e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:13,8:8,5 -chr2 194369635 . C CTATATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.00029138;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:0,7:0,6:0,1 -chr2 196622718 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.7298e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:8,9:9,5 -chr2 197440209 . A ATGTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0036697;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,5:3,3 -chr2 199788419 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.6711e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,6:7,5 -chr2 201805450 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,4:6,4:0,0 -chr2 201947222 . G GTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012719;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:8,5:1,2 -chr2 201959350 . C CCACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,6:5,4 -chr2 201962210 . CAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:3,4:0,0 -chr2 204986101 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0014993;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:6,7:1,1 -chr2 205842354 . CTCTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.003612;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:0,1:3,4 -chr2 205912237 . A AGATGGATG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=9.294e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:1,2:5,8 -chr2 208772093 . C CTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.002331;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:0,7:0,5:0,2 -chr2 213276117 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.2748e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,20:5,10:4,10 -chr2 213643067 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:0,1:2,1 -chr2 213852516 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0016986;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,6:6,2 -chr2 213876321 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,3:1,1:5,2 -chr2 215677637 . AC A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.083916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:2,3:3,2 -chr2 216577470 . TTC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01828;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,5:5,3 -chr2 219934644 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,1:6,3 -chr2 220020588 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,2:9,2 -chr2 220861515 . GCACA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,8:8,6:1,2 -chr2 223931690 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.044913;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:12,2:2,4 -chr2 224137290 . ATGCC A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0050177;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,3:6,5 -chr2 225181939 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr2 226214446 . C CTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,12:5,8:4,4 -chr2 227073870 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.6376e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:8,8:8,9 -chr2 227728521 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.002854;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,4:8,3 -chr2 228955072 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0038981;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,2:5,5 -chr2 229125972 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077856;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2 -chr2 229904416 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:7,1:1,3 -chr2 231829139 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 -chr2 231838616 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,1:0,1 -chr2 231842471 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.03845;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:1,0:18,4 -chr2 232438095 . T TA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00077529;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:9,6:10,9 -chr2 232836391 . T TATAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:3,4:0,1 -chr2 233562326 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046858;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:14,5:10,1 -chr2 233597605 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00021015;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:9,5:17,8 -chr2 234183880 . AAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:6,4:0,2 -chr2 235032595 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.0078e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,18:7,6:9,12 -chr2 235878221 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0022131;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:13,2:9,4 -chr2 236120317 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.5438e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:6,6:8,6 -chr2 237771302 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:7,7:4,1 -chr2 238110240 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.033846;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:9,2:12,3 -chr2 238745493 . GCAGTGAGGAACC G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=2.0845e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,5:6,4 -chr2 239121000 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0021594;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:5,9:3,2 -chr2 239865914 . CACACAGAT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,4:7,1:13,3 -chr2 241993180 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00011443;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,11:3,8:3,3 -chr2 241993185 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00020869;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,8:4,3 -chr2 242088472 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.059274;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 -chr2 242183069 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr20 1504776 . C CGTGTGTGT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.025784;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:11,5:7,2 -chr20 5026045 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,6:3,2 -chr20 6109902 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,10:3,8:3,2 -chr20 7194105 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.0613e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:8,8:6,5 -chr20 7273506 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0010258;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,6:9,4 -chr20 7647654 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0011821;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:17,5:8,6 -chr20 7773988 . AT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025088;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:13,4:6,2 -chr20 7909383 . A ATG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:7,4:1,1 -chr20 8744616 . T TAAATA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:5,1:2,5 -chr20 9824389 . TA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0015015;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,4:9,4 -chr20 10028303 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,4:10,2:7,2 -chr20 11374566 . TTA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.042738;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,2:4,3 -chr20 11769171 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,6:3,3:0,3 -chr20 13305200 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,2:6,1:0,1 -chr20 14095330 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=8.3837e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:7,11:9,3 -chr20 14130552 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0002515;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,7:8,3 -chr20 14176992 . A AG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01551;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr20 14222821 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0021008;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,4:1,4:0,0 -chr20 17161170 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,7:7,2 -chr20 19024244 . A AAAAG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:2,3:3,1 -chr20 19920825 . AC A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=8.5276e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2 -chr20 19923129 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.4821e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:16,10:7,6 -chr20 19958531 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0001635;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,3:7,6 -chr20 21166148 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0057786;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:2,6:9,5 -chr20 21721607 . CATAT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,4:1,1 -chr20 22082360 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045025;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:2,3:12,2 -chr20 22743815 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.032371;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:12,4:4,2 -chr20 23277049 . G GCACACACACA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.004671;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,4:5,5 -chr20 23864601 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0311;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:16,3:9,2 -chr20 24432255 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3 -chr20 25427869 . A AT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,4:5,5 -chr20 26450344 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,3:1,1 -chr20 26483655 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0066919;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:9,4:10,8 -chr20 26489609 . A T 0 PASS DP=292;GPV=1;SPV=0.042754;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:112,23:93,21:19,2 -chr20 26523728 . G A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.040347;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:65,9:0,1:65,8 -chr20 26523764 . A T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.028719;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:0,2:50,5 -chr20 26523770 . AC A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.018897;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:52,6:1,1:51,5 -chr20 27161450 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.056596;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:8,1:20,3 -chr20 28178113 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr20 28613576 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.029814;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:23,4:27,3 -chr20 28624728 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.032947;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:18,4:25,1 -chr20 28804568 . A G 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.022182;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:65,15:43,13:22,2 -chr20 28808514 . T C 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.029038;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:80,11:33,7:47,4 -chr20 28819540 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 -chr20 28823977 . A G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.035515;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:52,15:27,10:25,5 -chr20 28868737 . T G 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.04665;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:143,24:99,21:44,3 -chr20 28900698 . A T 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.017497;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:84,12:50,8:34,4 -chr20 28910124 . A G 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.044993;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:89,19:53,17:36,2 -chr20 28946744 . G A 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.028607;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:52,9:31,5:21,4 -chr20 28956255 . C A 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.025065;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:66,16:32,9:34,7 -chr20 29058370 . TC T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.009142;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:65,20:28,12:37,8 -chr20 29072135 . TAAAAG T 0 PASS DP=277;GPV=1;SPV=0.025898;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:116,19:52,4:64,15 -chr20 29083045 . C T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.023393;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:82,21:67,16:15,5 -chr20 29227596 . CTGAG C 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.012619;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:50,14:22,8:28,6 -chr20 29227616 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.016958;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:26,9:29,6 -chr20 29310538 . CTT C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.028273;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2 -chr20 29330052 . G A 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.027918;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:110,23:61,13:49,10 -chr20 29447351 . TG T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.011252;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:15,8:8,5 -chr20 29512679 . C T 0 PASS DP=309;GPV=1;SPV=0.017757;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:115,23:46,8:69,15 -chr20 29521390 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.014524;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:41,11:26,5:15,6 -chr20 29657971 . T TGAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.005254;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,3:5,5 -chr20 29657980 . G GGTGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 -chr20 29796452 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.7307e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,9:7,6 -chr20 29942876 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr20 29956722 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:22,3:1,1 -chr20 30355851 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0018664;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:20,8:12,9 -chr20 30521954 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.5568e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,17:5,11:6,6 -chr20 30558895 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00012852;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,6:6,3 -chr20 30819569 . G GC 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.049223;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:70,13:36,10:34,3 -chr20 30862731 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.027838;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:10,3:17,4 -chr20 30862734 . T TC 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.036975;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:9,2:16,4 -chr20 31057307 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.032208;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:26,10:9,2 -chr20 31059449 . T C 0 PASS DP=295;GPV=1;SPV=0.019784;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:131,18:70,11:61,7 -chr20 31060603 . C T 0 PASS DP=771;GPV=1;SPV=0.0020092;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:371:309,62:178,25:131,37 -chr20 31064183 . T C 0 PASS DP=579;GPV=1;SPV=0.019464;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:260:224,36:117,14:107,22 -chr20 31068166 . G C 0 PASS DP=739;GPV=1;SPV=0.007789;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:344:264,52:155,29:109,23 -chr20 31074440 . G T 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.010299;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:70,13:37,10:33,3 -chr20 31187381 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.058895;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:7,1:15,4 -chr20 31187382 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.074732;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:9,1:16,4 -chr20 31229983 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.13884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:17,2:15,2 -chr20 31369385 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:7,7:2,1 -chr20 32295854 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:5,9:2,1 -chr20 32656863 . C CAAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.039653;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:7,5:7,1 -chr20 32666762 . CAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0038647;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,2:3,5 -chr20 34461711 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:3,1:2,1 -chr20 34691039 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0079853;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 -chr20 36726914 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 -chr20 37480580 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 -chr20 38659921 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.022389;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,1:11,5 -chr20 38906292 . T G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.001548;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,3:1,4 -chr20 39462972 . GA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.018752;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 -chr20 39802656 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.9493e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:6,4:9,8 -chr20 42312802 . CTTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.004816;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,2:0,3 -chr20 42704431 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00039082;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:8,5:2,5 -chr20 42755572 . AT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:17,2:9,4 -chr20 44764203 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:2,3:4,1 -chr20 46200369 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.028003;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,3:11,2 -chr20 48153175 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:14,7:4,5 -chr20 48520368 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.028362;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,1:11,4 -chr20 51130153 . T TAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.031992;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:2,14:2,7:0,7 -chr20 52691582 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.010106;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:7,6:4,2 -chr20 53562726 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,4:3,3 -chr20 54481024 . CATCT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2 -chr20 55022494 . T TTC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,2:1,1:2,1 -chr20 55304872 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.2662e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:6,7:11,4 -chr20 56281649 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0079051;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 -chr20 57833936 . T G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr20 59050074 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.015231;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:5,4:10,5 -chr20 59300486 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.02006;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:19,2:16,3 -chr20 59474855 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 -chr20 59815714 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00061565;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:16,6:22,5 -chr20 60919897 . T TC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:5,1:5,4 -chr20 61424818 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.035975;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3 -chr20 62070424 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00056194;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,1:6,6 -chr20 62322090 . C A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.017013;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:18,3:14,2 -chr20 62331213 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:1,3:5,1 -chr20 63879699 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10145;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr20 64173717 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,1:5,3 -chr21 5223281 . G T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.021828;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:74,12:33,6:41,6 -chr21 5247110 . T C 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.0057805;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:51,17:20,5:31,12 -chr21 5250830 . T G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0022313;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:46,17:22,7:24,10 -chr21 5313675 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.029623;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:10,3:35,2 -chr21 6365950 . C T 0 PASS DP=281;GPV=1;SPV=0.038596;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:111,16:52,8:59,8 -chr21 6371936 . A G 0 PASS DP=272;GPV=1;SPV=0.0069071;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:110,20:65,6:45,14 -chr21 7314841 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.018316;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2 -chr21 7316307 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.065471;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:4,3:9,5 -chr21 7944360 . G GCCATTCAATTCCTTT 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.039942;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:29,11:31,3 -chr21 7951615 . ACATTC A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.018574;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:24,6:34,5 -chr21 7987132 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0047325;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,5:6,2 -chr21 8033313 . T A 0 PASS DP=348;GPV=1;SPV=0.044691;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:143,16:49,9:94,7 -chr21 8037914 . C T 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.00043659;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:48,23:37,12:11,11 -chr21 8527624 . A T 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.013578;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:84,14:49,8:35,6 -chr21 8528646 . C T 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.037617;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:103,19:52,11:51,8 -chr21 8548926 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,2:3,2 -chr21 8758126 . TGATG T 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.028705;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:61,12:30,2:31,10 -chr21 8759880 . C T 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.038112;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:34,6:27,2 -chr21 8771265 . CT C 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.039069;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:90,13:46,8:44,5 -chr21 8825156 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.031333;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:70,12:26,9:44,3 -chr21 8825344 . C T 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.011963;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:60,15:34,9:26,6 -chr21 8863068 . C T 0 PASS DP=475;GPV=1;SPV=0.042033;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:241:215,26:116,9:99,17 -chr21 8877179 . G GA 0 PASS DP=483;GPV=1;SPV=0.034022;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:242:205,36:105,19:100,17 -chr21 9044754 . T A 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.031633;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:94,14:50,10:44,4 -chr21 9060251 . C T 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.031958;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:78,12:34,3:44,9 -chr21 9067120 . G C 0 PASS DP=242;GPV=1;SPV=0.034011;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:91,17:41,3:50,14 -chr21 9089597 . A G 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.028141;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:44,9:16,7 -chr21 9097650 . C A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.011943;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:35,8:12,2 -chr21 9098286 . G T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.018613;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:89,14:54,2:35,12 -chr21 9104927 . A AC 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.018989;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:94,15:51,8:43,7 -chr21 9108830 . A C 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.035405;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:139,16:60,11:79,5 -chr21 9109157 . T C 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.049584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:116,13:66,7:50,6 -chr21 9109513 . A G 0 PASS DP=485;GPV=1;SPV=0.0049984;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:223:198,25:95,13:103,12 -chr21 9114105 . A T 0 PASS DP=574;GPV=1;SPV=0.0060011;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:273:231,42:115,26:116,16 -chr21 9125433 . G T 0 PASS DP=451;GPV=1;SPV=0.022258;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:182,35:101,17:81,18 -chr21 9138358 . G A 0 PASS DP=418;GPV=1;SPV=0.014354;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:194:170,24:78,11:92,13 -chr21 9138911 . G T 0 PASS DP=513;GPV=1;SPV=0.0048611;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:193,35:103,17:90,18 -chr21 9140540 . G A 0 PASS DP=451;GPV=1;SPV=0.023884;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:183,29:87,11:96,18 -chr21 9141528 . C T 0 PASS DP=435;GPV=1;SPV=0.0021362;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:181,40:83,20:98,20 -chr21 9143132 . T A 0 PASS DP=442;GPV=1;SPV=0.03027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:183,34:97,17:86,17 -chr21 9147618 . C A 0 PASS DP=641;GPV=1;SPV=0.033085;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:291:256,35:148,13:108,22 -chr21 9158498 . G GA 0 PASS DP=444;GPV=1;SPV=0.0065601;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:202,28:105,10:97,18 -chr21 9166301 . C T 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.008751;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:129,17:68,8:61,9 -chr21 9166896 . C A 0 PASS DP=428;GPV=1;SPV=0.0047644;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:189:169,20:89,12:80,8 -chr21 9183824 . C T 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=7.1277e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:130,20:66,11:64,9 -chr21 9186372 . T C 0 PASS DP=357;GPV=1;SPV=0.035248;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:141,25:74,14:67,11 -chr21 9248472 . A G 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.0098761;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:87,13:43,9:44,4 -chr21 9252637 . T G 0 PASS DP=554;GPV=1;SPV=0.0015313;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:277:244,33:101,14:143,19 -chr21 9254213 . C G 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.0079825;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:62,21:3,14:59,7 -chr21 9256336 . C T 0 PASS DP=718;GPV=1;SPV=0.013224;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:351:303,44:171,26:132,18 -chr21 9256341 . A C 0 PASS DP=685;GPV=1;SPV=0.011669;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:338:294,44:174,12:120,32 -chr21 9274592 . C T 0 PASS DP=383;GPV=1;SPV=0.045665;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:170,26:105,19:65,7 -chr21 9299283 . C T 0 PASS DP=354;GPV=1;SPV=0.038165;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:156,27:66,13:90,14 -chr21 9305926 . G T 0 PASS DP=342;GPV=1;SPV=0.020347;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:134,27:57,8:77,19 -chr21 9326950 . C A 0 PASS DP=446;GPV=1;SPV=0.045654;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:194,32:84,13:110,19 -chr21 9328944 . G A 0 PASS DP=630;GPV=1;SPV=0.015144;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:329:291,38:148,20:143,18 -chr21 9329037 . AG A 0 PASS DP=631;GPV=1;SPV=0.040879;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:306:270,36:128,15:142,21 -chr21 9329691 . C T 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.025244;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:158,28:74,16:84,12 -chr21 9331823 . G A 0 PASS DP=418;GPV=1;SPV=0.0054958;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:172,38:88,14:84,24 -chr21 9334167 . T A 0 PASS DP=329;GPV=1;SPV=0.013871;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:135,21:79,11:56,10 -chr21 9337628 . TG T 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.0087426;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:153,21:83,8:70,13 -chr21 9347197 . G C 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.013814;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:161,19:77,12:84,7 -chr21 9347982 . C T 0 PASS DP=368;GPV=1;SPV=0.0052863;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:163:142,21:76,13:66,8 -chr21 9353281 . G A 0 PASS DP=377;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:167,24:80,14:87,10 -chr21 9368462 . C G 0 PASS DP=694;GPV=1;SPV=0.001108;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:317:280,37:144,21:136,16 -chr21 9552040 . T TTC 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0053894;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,15:13,6:31,9 -chr21 9574912 . G A 0 PASS DP=249;GPV=1;SPV=0.028127;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:94,19:42,13:52,6 -chr21 9620953 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017591;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,2:5,5 -chr21 9639066 . G C 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.005646;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:20,6:28,7 -chr21 9644737 . C T 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.049145;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:61,15:26,9:35,6 -chr21 9678565 . G T 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.012575;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:53,16:20,14:33,2 -chr21 9694517 . A G 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.028118;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:71,12:42,5:29,7 -chr21 9711556 . T G 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.010944;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:54,18:30,11:24,7 -chr21 9827735 . C CAT 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.014449;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:67,11:47,6:20,5 -chr21 9827822 . G A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.0068055;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:34,6:10,5 -chr21 9979543 . C A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.023385;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:49,15:27,8:22,7 -chr21 9981274 . TTCTC T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02706;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:19,3:13,2 -chr21 10036655 . A G 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.047815;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:63,15:35,7:28,8 -chr21 10040830 . A AT 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0044758;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:47,16:22,7:25,9 -chr21 10040832 . A T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0036917;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:33,18:16,8:17,10 -chr21 10124321 . C T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.0029053;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:37,17:23,8:14,9 -chr21 10164711 . T A 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.00069468;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:58,22:29,11:29,11 -chr21 10168682 . T G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.043117;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:15,3:30,3 -chr21 10271285 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:6,2:6,1 -chr21 10330122 . T C 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.021272;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:118,19:68,10:50,9 -chr21 10330762 . T A 0 PASS DP=292;GPV=1;SPV=0.03222;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:120,16:56,8:64,8 -chr21 10333904 . C T 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.045039;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:106,12:41,6:65,6 -chr21 10342450 . G A 0 PASS DP=416;GPV=1;SPV=0.0081112;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:194,23:97,12:97,11 -chr21 10344221 . C CA 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.023036;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:94,23:58,18:36,5 -chr21 10350705 . G GC 0 PASS DP=297;GPV=1;SPV=0.023804;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:117,20:50,8:67,12 -chr21 10357137 . A T 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.011177;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:123,20:56,16:67,4 -chr21 10361539 . T A 0 PASS DP=550;GPV=1;SPV=0.046728;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:246:220,26:118,17:102,9 -chr21 10366440 . G C 0 PASS DP=277;GPV=1;SPV=0.040595;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:116,13:44,9:72,4 -chr21 10394018 . G C 0 PASS DP=360;GPV=1;SPV=0.0077177;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:146,32:73,19:73,13 -chr21 10397708 . C A 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=4.322e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:76,17:38,7:38,10 -chr21 10419634 . G C 0 PASS DP=476;GPV=1;SPV=0.044991;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:197,36:90,13:107,23 -chr21 10449909 . C A 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.016547;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:110,22:53,12:57,10 -chr21 10462375 . A G 0 PASS DP=366;GPV=1;SPV=0.037829;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:150,19:83,11:67,8 -chr21 10462629 . C T 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.0016381;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:171,20:83,9:88,11 -chr21 10465468 . G A 0 PASS DP=421;GPV=1;SPV=0.046754;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:198,23:114,15:84,8 -chr21 10474414 . C A 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.023699;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:122,15:64,12:58,3 -chr21 10482852 . T C 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.031234;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:26,5:34,9 -chr21 10482853 . C A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.023558;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:63,13:27,4:36,9 -chr21 10482863 . C A 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.023992;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:58,12:21,3:37,9 -chr21 10488869 . C T 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.030335;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:147,18:74,5:73,13 -chr21 10751454 . A C 0 PASS DP=248;GPV=1;SPV=0.046581;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:96,14:49,8:47,6 -chr21 10771684 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.047441;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:26,4:19,5 -chr21 10807251 . T A 0 PASS DP=402;GPV=1;SPV=0.015793;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:149,17:71,12:78,5 -chr21 13044380 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015516;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,5:7,2 -chr21 13191770 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.037288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,6:9,3 -chr21 13437082 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.04497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:14,1:13,6 -chr21 16679952 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0069146;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,4:6,8 -chr21 17174287 . A AT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:2,2:3,2 -chr21 17730218 . C G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,1:4,4 -chr21 18447439 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,7:4,6:0,1 -chr21 18895938 . TA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:2,4:3,2 -chr21 20226487 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02842;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:11,4:1,1 -chr21 20522459 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00019558;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,1:5,7 -chr21 20988674 . AAG A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:17,2:3,2 -chr21 20988682 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:13,2:1,2 -chr21 21626186 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.019909;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,2:6,2 -chr21 21717527 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.011427;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:7,4:10,5 -chr21 21871317 . G GATTATT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.010144;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:11,7:9,6 -chr21 22534971 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2 -chr21 23733973 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr21 26379249 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0043505;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,3:5,4 -chr21 26456629 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=9.7241e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:7,7:8,8 -chr21 26708933 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10909;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:0,1:2,1 -chr21 27001299 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.029816;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,1:12,3 -chr21 28136090 . G GGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00756;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,4:6,3 -chr21 28300178 . TTATG T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021726;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,4:9,5 -chr21 28381248 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.0536e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,6:7,5 -chr21 29614402 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.027772;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,3:3,2 -chr21 30807295 . GAA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:12,2:4,2 -chr21 30877015 . T TTTA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.032025;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,1:9,3 -chr21 31112171 . GTA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.04242;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,4:7,2 -chr21 31871338 . GTT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:2,1:4,5 -chr21 32361159 . A AG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,5:3,4:3,1 -chr21 33222900 . GTTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,3:0,1 -chr21 34239300 . CAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0030029;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,7:0,4:1,3 -chr21 34716857 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,3:5,2 -chr21 34716859 . CTA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,3:4,3 -chr21 34716862 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:1,3:0,2 -chr21 35851420 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:6,3:2,1:4,2 -chr21 35894301 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0018592;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,8:7,5:3,3 -chr21 36253637 . C CAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,8:2,5:3,3 -chr21 37207080 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:24:0,2:0,1:0,1 -chr21 37859532 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr21 38194194 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=7.8688e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:3,7:9,3 -chr21 38548833 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,4:1,2 -chr21 38793515 . C CTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:8,2:1,2 -chr21 39799261 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.1561e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:11,4:5,6 -chr21 41041820 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,2:1,2 -chr21 41840442 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,3:1,1 -chr21 42346244 . ATACACACACCCATACATGGG A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.037555;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:16,2:10,6 -chr21 43704220 . C CAAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:10,4:1,0 -chr21 44925422 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,3:3,2:0,1 -chr22 10637080 . G A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.010072;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:41,16:8,3:33,13 -chr22 10641564 . G GAA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021777;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,5:8,4 -chr22 10641581 . TGA T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010612;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:7,4:13,1 -chr22 10692496 . G A 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.022732;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:92,21:37,8:55,13 -chr22 10704261 . A AAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr22 10704718 . GTA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011954;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,4:5,4 -chr22 10704757 . TAG T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.014881;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,2:6,3 -chr22 10725297 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.036569;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,3:15,6 -chr22 10733494 . C T 0 PASS DP=654;GPV=1;SPV=0.0082194;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:310:269,41:128,23:141,18 -chr22 10738815 . T TTTATTTAAC 0 PASS DP=301;GPV=1;SPV=0.035028;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:45,11:19,7:26,4 -chr22 10742869 . T C 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.046361;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:120,14:56,5:64,9 -chr22 10745438 . A T 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.015051;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:90,25:29,5:61,20 -chr22 10757234 . T G 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.033479;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:95,11:36,6:59,5 -chr22 10768778 . G A 0 PASS DP=346;GPV=1;SPV=0.038236;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:162,19:78,12:84,7 -chr22 10768787 . A G 0 PASS DP=366;GPV=1;SPV=0.026932;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:167,19:79,9:88,10 -chr22 10780500 . G A 0 PASS DP=389;GPV=1;SPV=0.046874;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:169,28:73,12:96,16 -chr22 10936194 . C CAGAGT 0 PASS DP=450;GPV=1;SPV=0.013438;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:186,26:106,14:80,12 -chr22 11024987 . T C 0 PASS DP=338;GPV=1;SPV=0.0014037;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:153,21:109,16:44,5 -chr22 11025062 . C T 0 PASS DP=399;GPV=1;SPV=0.00012916;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:179,33:112,23:67,10 -chr22 11036904 . T A 0 PASS DP=460;GPV=1;SPV=0.006115;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:202,28:119,18:83,10 -chr22 11040365 . C T 0 PASS DP=349;GPV=1;SPV=0.015116;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:152,21:69,15:83,6 -chr22 11047471 . T A 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.025476;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:128,17:64,9:64,8 -chr22 11066917 . G A 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.032266;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:74,16:35,7:39,9 -chr22 11287400 . A G 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.037475;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:64,17:35,9:29,8 -chr22 11364835 . A G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.02202;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:16,6:19,6 -chr22 11495194 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.005134;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,16:13,9:23,7 -chr22 11621493 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.037288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:20,6:13,5 -chr22 11714661 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.021226;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:14,5:24,5 -chr22 11823982 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013266;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:7,3:9,2 -chr22 11855605 . G T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.043506;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:76,16:51,13:25,3 -chr22 11862800 . G T 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.038968;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:93,16:50,9:43,7 -chr22 11862849 . C T 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.041357;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:66,10:29,5:37,5 -chr22 11871637 . T C 0 PASS DP=580;GPV=1;SPV=0.012813;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:275:246,29:141,17:105,12 -chr22 11904955 . T G 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.044719;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:55,8:28,1:27,7 -chr22 11906013 . C A 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.042615;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:141,28:32,3:109,25 -chr22 11916341 . G A 0 PASS DP=474;GPV=1;SPV=0.010093;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:239:205,34:118,20:87,14 -chr22 11926837 . C T 0 PASS DP=410;GPV=1;SPV=0.031884;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:163,29:38,3:125,26 -chr22 11929811 . T C 0 PASS DP=551;GPV=1;SPV=0.021314;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:261:221,40:107,18:114,22 -chr22 11935421 . G A 0 PASS DP=275;GPV=1;SPV=0.0017406;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:112,14:73,11:39,3 -chr22 11946538 . G GAA 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.026942;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,9:30,8:5,1 -chr22 11949347 . C T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.036639;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:77,17:46,11:31,6 -chr22 11973396 . G A 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.043449;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:69,14:48,9:21,5 -chr22 11975335 . G A 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.00066233;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:77,21:36,10:41,11 -chr22 11976021 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.024323;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:20,2:16,6 -chr22 12042814 . C A 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.045055;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:66,11:22,4:44,7 -chr22 12053499 . C T 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.025521;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:155,18:95,8:60,10 -chr22 12054125 . C T 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.042478;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:75,14:40,6:35,8 -chr22 12055223 . A T 0 PASS DP=291;GPV=1;SPV=0.0081715;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:106,22:57,19:49,3 -chr22 12070159 . G T 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.0082858;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:122,21:67,7:55,14 -chr22 12118918 . A C 0 PASS DP=374;GPV=1;SPV=0.00066572;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:145,28:76,11:69,17 -chr22 12126384 . G GT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.046917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,7:9,4:16,3 -chr22 12138060 . G T 0 PASS DP=285;GPV=1;SPV=0.0057945;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:126,24:67,13:59,11 -chr22 12150001 . G T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.033633;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:78,12:62,4:16,8 -chr22 12152289 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.025903;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:10,6:9,1 -chr22 12159672 . A C 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.014775;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:116,13:72,10:44,3 -chr22 12182241 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 -chr22 12193370 . G A 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:94,23:53,9:41,14 -chr22 12208767 . A C 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.015315;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:59,10:32,3:27,7 -chr22 12217959 . G A 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.0076748;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:49,6:23,4 -chr22 12293433 . CTCTCTT C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.038142;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:5,1:19,4 -chr22 12338166 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.026058;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:15,7:7,3 -chr22 12338858 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.036132;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,2:8,6 -chr22 12352720 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.027873;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:10,9:11,1 -chr22 12431738 . C G 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.013069;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:58,15:33,10:25,5 -chr22 12541176 . T C 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.030792;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:50,13:30,7:20,6 -chr22 12551706 . T A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.043922;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:73,15:38,7:35,8 -chr22 12576500 . GA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:2,1:10,4 -chr22 12621083 . TA T 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.009217;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:109,13:45,3:64,10 -chr22 12637618 . A AAGAGGGAAGGAAGGAG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:5,6:2,2 -chr22 12722614 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042412;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr22 12726017 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,0:10,4 -chr22 12885931 . G C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0083841;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:13,6:21,5 -chr22 12891801 . C T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.024305;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:17,2:33,5 -chr22 15238437 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:9,3:0,2 -chr22 15479128 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:3,2:11,2 -chr22 15554780 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 -chr22 15599675 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,3:4,1 -chr22 15668211 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020691;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:13,4:10,2 -chr22 15669498 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.0061689;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:63,18:42,12:21,6 -chr22 15721882 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:7,4:10,1 -chr22 15724410 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030104;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 -chr22 15775220 . A AGC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014318;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:7,5:6,4 -chr22 15824122 . T TAAAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.010876;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,5:2,1 -chr22 15833634 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.015588;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:11,4:15,4 -chr22 15854667 . A G 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.033997;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:105,15:44,7:61,8 -chr22 15859621 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr22 15880756 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025213;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,3:7,3 -chr22 15941337 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.03636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:15,7:5,1 -chr22 15941749 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,5:4,4 -chr22 16396135 . C CAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.012544;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,7:10,2:8,5 -chr22 16420748 . G T 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.0014424;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:63,12:26,3:37,9 -chr22 16437552 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.049303;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:23,3:23,7 -chr22 17292166 . G GT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,2:1,2 -chr22 17399416 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,8:4,2 -chr22 17717380 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,3:2,1:2,2 -chr22 17721492 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:5,6:2,2 -chr22 17982716 . A AT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0052744;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,2:10,7 -chr22 18373376 . A C 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.036466;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:51,13:32,7:19,6 -chr22 18538824 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.018501;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,2:4,3 -chr22 18551267 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020061;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:13,2:6,3 -chr22 18736176 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.083787;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:3,1:19,5 -chr22 18846304 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0268;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:10,4:22,6 -chr22 19959866 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0086203;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,3:7,3 -chr22 20330019 . A G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.035027;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:26,7:20,1 -chr22 20518070 . T TGACATTGACGTGAGGGACTGCCATAATGCGTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.038176;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:4,3:5,1 -chr22 21114146 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 -chr22 21128721 . GC G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.024966;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:16,5:2,3 -chr22 21128840 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.043201;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:1,2:17,4 -chr22 21149908 . T TC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.064403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:10,1:19,3 -chr22 21166157 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,1:7,6 -chr22 21254316 . A AT 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.03249;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:49,10:14,1:35,9 -chr22 21274874 . C G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0033913;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:38,17:30,13:8,4 -chr22 21275550 . C T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.0065321;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:25,4:28,9 -chr22 21278152 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 -chr22 21289816 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.033362;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:10,4:21,6 -chr22 21307922 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.025948;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,8:14,2 -chr22 21319485 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:15,3:2,1 -chr22 21319702 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.034805;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:10,1:17,7 -chr22 21354436 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.020715;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:9,3:0,3 -chr22 21842359 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:3,2:4,6 -chr22 24651910 . TC T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0061914;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,9:44,7:13,2 -chr22 24670041 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.036165;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:12,4:19,1 -chr22 25547404 . T TAC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.005974;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:8,6:2,3 -chr22 26457209 . A AC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,2:7,4 -chr22 31114516 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0077765;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,4:3,3 -chr22 31402505 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,7:1,6:1,1 -chr22 32368193 . C CAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.038233;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,4:8,3 -chr22 32447607 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,6:2,2 -chr22 33661217 . A ATT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.014712;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,7:1,1 -chr22 33774546 . G C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3 -chr22 33836842 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=9.9789e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:7,6:8,6 -chr22 34331129 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.6305e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:5,10:6,6 -chr22 35428023 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,7:5,2 -chr22 36860650 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=8.6742e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:16,22:5,8:11,14 -chr22 37098038 . C CG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.010062;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,3:2,3 -chr22 38067307 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,5:5,1 -chr22 39121584 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012526;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:11,4:8,4 -chr22 39341345 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0042541;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,7:6,6 -chr22 41637962 . T TAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:2,4:2,1 -chr22 41649160 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,3:6,2 -chr22 42731960 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.01174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,4:4,6 -chr22 43087837 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.040508;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:9,6:7,2 -chr22 43905254 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.038866;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,1:13,7 -chr22 44767339 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00035142;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,4:7,5 -chr22 45222632 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,1:13,3 -chr22 45929864 . C CCATTCATA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0075035;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:4,4:6,4 -chr22 45929922 . TCCCATCCA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030216;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 -chr22 47414863 . ATTTT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,4:3,3:5,1 -chr22 47765875 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0054908;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,4:7,2 -chr22 48788140 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030571;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,1:6,4 -chr22 48950976 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00037903;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,5:11,8 -chr22 49167163 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.54545;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:0,0:7,2 -chr22 49489523 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:3,5:7,1 -chr22 49686911 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,3:8,1 -chr22 49728793 . GGAGAGCCGGACACCCGGGAGAGCCGGACACCCGA G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037309;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,1:6,4 -chr22 49973519 . ATGTGTGGTG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 -chr22 50029417 . A C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1 -chr3 599741 . AT A 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.034435;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:13,4:31,7 -chr3 1753287 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0015793;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,3:8,4 -chr3 3699388 . CAAAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:8,6:2,1 -chr3 4258814 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028271;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,1:4,5 -chr3 4843074 . G GT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr3 5247207 . A C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,2:0,1:0,1 -chr3 5304516 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.078413;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,4:15,1:14,3 -chr3 6341515 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.021877;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:12,4:16,2 -chr3 6341516 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.054568;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:12,4:18,1 -chr3 6814474 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00018629;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:9,5:10,5 -chr3 7566110 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:0,0:1,2 -chr3 7566111 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:0,0:1,2 -chr3 8238775 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:3,2:2,3 -chr3 9406607 . C CAAAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0057147;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:9,9:4,2 -chr3 9479221 . CAAAAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,5:4,1 -chr3 9498203 . CTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:2,6:1,1 -chr3 10968336 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.040704;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,1:12,3 -chr3 11183855 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 -chr3 11404125 . AT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 -chr3 12778813 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:0,3:3,2 -chr3 14665263 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.014744;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,9:9,7:8,2 -chr3 17775993 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.043201;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,4:6,2 -chr3 20738988 . T TACACACAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:3,2:2,3 -chr3 20954140 . A ATTTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:2,2:3,4 -chr3 22686547 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,2:3,1:1,1 -chr3 23988023 . C CTCCTTCCTTCCTTCCT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:2,1:8,3 -chr3 25053747 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0009678;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:9,5:12,4 -chr3 26591051 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0001095;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:8,6:7,6 -chr3 26826129 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0044376;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,5:1,1 -chr3 26963139 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0065711;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:4,8:9,4 -chr3 26987052 . C CAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,6:4,1 -chr3 27063816 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.7872e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:6,7:6,11 -chr3 32300976 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.01494;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:12,8:3,5:9,3 -chr3 32573362 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 -chr3 32787355 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:2,4:5,2 -chr3 33296682 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.3134e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,7:6,6 -chr3 35443151 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=5.7929e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:7,8:4,6 -chr3 35985014 . G GT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0023186;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,7:9,2 -chr3 36699022 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.6443e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:10,4:9,9 -chr3 37305094 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.018191;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:14,2:11,4 -chr3 39232485 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,2:10,2 -chr3 39560325 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.4901e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:7,10:13,9 -chr3 40462373 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:3,2:5,2 -chr3 41012356 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,4:3,2 -chr3 42412362 . GA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013803;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:11,5:1,1 -chr3 42483212 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091334;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:5,4:3,3 -chr3 42655741 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=6.8268e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:13,6:6,12 -chr3 43322951 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:2,2:3,2 -chr3 44846771 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,5:3,1 -chr3 44966036 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,2:12,2 -chr3 45350184 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.294e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:8,6:9,6 -chr3 46654156 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:0,6:0,4:0,2 -chr3 47529887 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010021;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,2:6,3 -chr3 50142006 . T TTTTC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:1,3:7,2 -chr3 50190920 . G GAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.022476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:9,5:0,3 -chr3 51774593 . TAGAG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:2,3:0,2 -chr3 53520894 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0016587;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:1,3:5,4 -chr3 53520902 . TTC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.012102;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:6,3:5,4 -chr3 54318693 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.013124;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:6,5:1,3 -chr3 54660143 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0012644;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,4:5,3 -chr3 55388463 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.025058;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,5:0,1:1,4 -chr3 58228101 . CAAATAAAT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:4,6:9,4 -chr3 58990754 . G GGTGTGT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.083787;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:15,3:7,3 -chr3 59166836 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.055981;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,2:13,2 -chr3 60483824 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00029085;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:10,9:13,6 -chr3 63198755 . G GTATA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,4:8,2:7,2 -chr3 64128743 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,8:2,7:1,1 -chr3 64456467 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023915;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:8,11:10,7 -chr3 64791797 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0098124;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 -chr3 64899720 . T TATACATATATATATATAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:1,3:6,1 -chr3 65621917 . T TCACACACACACACACA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024789;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2 -chr3 66882631 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 -chr3 67782427 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,2:3,2 -chr3 69366062 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12281;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,2:3,1:2,1 -chr3 71147019 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00061107;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,3:10,7 -chr3 71632297 . A AACACACACACAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.084679;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,5:8,3:11,2 -chr3 72908239 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.4009e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:8,12:10,4 -chr3 73205094 . AAG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:4,4:0,2 -chr3 73241254 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,4:5,3:8,1 -chr3 73424541 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1 -chr3 75186856 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043132;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,3:14,1 -chr3 75358988 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,5:9,2 -chr3 75580890 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015698;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,2:6,3 -chr3 75775340 . TTAAAG T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.027384;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:13,7:32,6 -chr3 75854035 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.027169;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:23,2:10,3 -chr3 76028843 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.5134e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,5:8,4 -chr3 76579786 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0022624;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:2,9:1,7:1,2 -chr3 76834020 . T TTCTC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.013481;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:11,1:11,6 -chr3 77112487 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00013223;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:12,7:7,3 -chr3 77565112 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.053727;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:13,2:13,3 -chr3 77787423 . G GTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,4:4,3:3,1 -chr3 79953852 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00012013;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:10,9:11,2 -chr3 80399093 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.3529e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,6:7,5 -chr3 81149010 . A AT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,3:2,3 -chr3 81604286 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,3:3,1:1,2 -chr3 81813389 . AAAATAAATAAAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02545;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,3:7,4 -chr3 82905562 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,3:12,1 -chr3 83640202 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0005553;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,5:7,4 -chr3 86420996 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,2:1,1:2,1 -chr3 89218869 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0086203;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,3:6,3 -chr3 90542825 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.45e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:7,5:8,8 -chr3 90821830 . C T 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.029015;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:115,20:59,10:56,10 -chr3 90844475 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 -chr3 90874407 . A G 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0072124;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:6,3:30,4 -chr3 90889587 . G C 0 PASS DP=248;GPV=1;SPV=0.012149;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:91,12:34,4:57,8 -chr3 90904737 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr3 90916593 . C A 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.010902;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:113,15:8,1:105,14 -chr3 91018055 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13598;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:30,4:0,0 -chr3 91081678 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:21,4:0,0 -chr3 91161022 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.043019;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 -chr3 91185920 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.19203;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:19,3:4,1 -chr3 91189955 . C G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0 -chr3 91257470 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.045541;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:13,1:25,6 -chr3 91740897 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.086154;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr3 92488894 . A T 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.043273;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:67,17:51,13:16,4 -chr3 94791475 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00042492;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:3,4:11,4 -chr3 95459522 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.9559e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,5:7,8 -chr3 96621733 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 -chr3 96994734 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr3 96994736 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 -chr3 98305488 . C CTTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.14093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:5,4:15,1 -chr3 98743000 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,4:1,2 -chr3 98838182 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.011145;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:9,2:10,4 -chr3 98948536 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0021725;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,6:4,1 -chr3 99135180 . A ATGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,2:6,3 -chr3 102971951 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0004122;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:10,9:15,4 -chr3 103451785 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.21888;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,3:17,1 -chr3 103701026 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.8239e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:6,9:11,4 -chr3 104124799 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=7.0073e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,21:8,11:3,10 -chr3 109426843 . TTTATGTTATGTTATGTTATG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:6,4:6,4 -chr3 109666693 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.048707;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3 -chr3 110636095 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,1:14,3 -chr3 111834081 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.046888;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:9,3:8,4 -chr3 111960171 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0046174;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,6:13,2 -chr3 113687229 . T TCA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,8:2,5:1,3 -chr3 113887096 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,4:6,1:3,3 -chr3 114188210 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 -chr3 114901265 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.028936;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:8,3:5,1 -chr3 116009264 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031156;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,1:11,3 -chr3 118566043 . TGTATATAC T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.014357;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:9,5:10,5 -chr3 118717750 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:6,4:15,2 -chr3 119495392 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0081121;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,2:5,7 -chr3 119662181 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013462;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:3,2:1,1 -chr3 120262175 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0099771;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,7:4,6:1,1 -chr3 120849637 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0022747;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,5:6,3 -chr3 121160238 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=6.9497e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:3,4:8,7 -chr3 121337439 . T TA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0055395;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,4:2,2 -chr3 124602945 . T TG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.029987;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,4:6,3 -chr3 124643006 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021089;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,8:9,3 -chr3 125198780 . AT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00028624;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:12,13:6,3 -chr3 125768878 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.021683;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:7,3:9,2 -chr3 125866707 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=5.4866e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,4:4,5 -chr3 129752683 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00014234;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:6,3:11,10 -chr3 130198260 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.043405;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:9,5:20,2 -chr3 132150603 . C CTGTGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:1,2:9,3 -chr3 135266599 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.0875e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:7,6:5,4 -chr3 136376016 . C CAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:4,3:3,2 -chr3 136769449 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:5,5:3,1 -chr3 138848087 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024875;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:6,5:9,5 -chr3 138925482 . C CTTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.018165;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:9,7:6,2 -chr3 139689042 . AAC A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.056596;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,1:12,3 -chr3 139842941 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0034822;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,3:8,3 -chr3 142575468 . CAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:7,5:2,2 -chr3 145109442 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.4769e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:12,22:4,12:8,10 -chr3 145963953 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,4:4,3 -chr3 146283181 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=4.818e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:6,6:3,4 -chr3 147816087 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=6.2767e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:13,9:12,4 -chr3 148411385 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:8,3:5,1 -chr3 148542106 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,3:3,2:2,1 -chr3 148542139 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:2,1:2,3 -chr3 150717139 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.039412;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:5,4:4,2 -chr3 151237366 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.004995;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,4:0,1:1,3 -chr3 151993951 . T TA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.009324;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,2:1,4 -chr3 152249646 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00073638;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:15,6:12,8 -chr3 152989471 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0091398;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:3,4:3,3 -chr3 153642273 . G GGAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,3:6,4 -chr3 154579355 . GA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0036547;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,3:2,4 -chr3 155772772 . C CTGTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:4,3:0,2 -chr3 158194690 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.012217;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:1,5:1,2 -chr3 160681400 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.024803;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:6,3:13,4 -chr3 161038233 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,5:3,4:2,1 -chr3 162307799 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,3:1,2 -chr3 162939987 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,3:2,3 -chr3 163161129 . T TTTGTA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,1:6,3 -chr3 163425777 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:3,1:2,1 -chr3 163650440 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=5.9166e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:10,8:11,4 -chr3 163770821 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.7123e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,4:6,5 -chr3 164942602 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 -chr3 165084198 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.019456;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,1:8,3 -chr3 165134330 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,3:0,1 -chr3 165187211 . A AGTGT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.015677;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:12,6:3,2 -chr3 166465218 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.088868;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:12,2:18,2 -chr3 167300610 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,4:8,1:2,3 -chr3 167894972 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,2:13,2 -chr3 169237636 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.35217;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:8,2:3,2 -chr3 170424039 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,4:4,1:4,3 -chr3 170775875 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.8276e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,22:8,8:10,14 -chr3 171656156 . T TTTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0065287;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:6,6:12,1 -chr3 173123601 . AT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,3:4,2 -chr3 173195760 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.4859e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:8,6:10,9 -chr3 173390373 . A AAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0024535;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:12,5:6,3 -chr3 173392472 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00083396;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:10,9:2,2 -chr3 174688478 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:1,2:0,1:1,1 -chr3 177078588 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:9,4:2,3 -chr3 181450618 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00031835;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:10,7:13,3 -chr3 185548381 . G GA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.008646;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,2:6,6 -chr3 188220216 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00011781;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,3:8,6 -chr3 188625479 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.01057;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,3:8,3 -chr3 189523985 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.5161e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,4:4,8 -chr3 190379985 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,1:4,3 -chr3 190660288 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0049228;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,3:7,5 -chr3 190825850 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,4:1,3:3,1 -chr3 190883811 . G GTTTTATTTTATTTTA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,7:3,4:3,3 -chr3 192861597 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.010997;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,2:11,3 -chr3 194014156 . AC A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,2:4,2 -chr3 195481361 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.026778;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:23,6:8,4 -chr3 195481549 . C A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.048466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:74,10:35,6:39,4 -chr3 195484873 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.035906;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:7,6:14,3 -chr3 195486323 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.018361;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:20,3:20,4 -chr3 195487825 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:2,0:19,4 -chr3 195499116 . CTGTA C 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.045963;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:66,10:40,6:26,4 -chr3 195499282 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.03119;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:66,11:28,6:38,5 -chr3 195669138 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.048496;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:20,6:12,3 -chr3 195689548 . G T 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.03424;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:60,7:35,3:25,4 -chr3 196015564 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.1254e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:13,10:5,8 -chr3 197665144 . C T 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.0051126;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,14:39,4:16,10 -chr3 198013820 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.01373;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,1:3,4 -chr3 198103562 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr4 25558 . T C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0026406;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:5,1:36,6 -chr4 27296 . C A 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.021392;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:115,18:46,10:69,8 -chr4 28635 . G T 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.017318;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:115,27:68,17:47,10 -chr4 29099 . G C 0 PASS DP=333;GPV=1;SPV=0.02492;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:128,16:63,8:65,8 -chr4 39539 . G A 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=0.0050242;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:133,22:64,9:69,13 -chr4 40433 . T C 0 PASS DP=289;GPV=1;SPV=0.015862;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:120,20:47,10:73,10 -chr4 48672 . C T 0 PASS DP=284;GPV=1;SPV=0.042966;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:126,23:73,14:53,9 -chr4 1493999 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.051194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:15,2:17,2 -chr4 1767413 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 -chr4 3973437 . G GGAGA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:7,6:5,1 -chr4 5176438 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0016312;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:4,6:0,2 -chr4 6569717 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11029;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:4,2:0,0 -chr4 6977075 . C CCCT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:3,4:2,5 -chr4 7165318 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,2:4,1:2,1 -chr4 7739206 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.004688;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,4:12,4 -chr4 7817635 . T TG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013669;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:4,4:10,1 -chr4 9040909 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:10,6:1,1 -chr4 10136329 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:1,3:1,1:0,2 -chr4 11886330 . C CAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0076913;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,5:13,2 -chr4 13007575 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=3.0378e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:6,7:1,6 -chr4 13515440 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=7.6487e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,17:9,12:6,5 -chr4 16910536 . TC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,2:1,1:2,1 -chr4 17000537 . T TCC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040508;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:7,2:9,6 -chr4 18105962 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,9:1,7:1,2 -chr4 18358266 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00056426;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,7:9,1 -chr4 19012460 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0011064;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:11,6:4,1 -chr4 19135688 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,4:10,3:2,1 -chr4 19799201 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.0205e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:7,11:9,5 -chr4 20261340 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.4482e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:11,6:5,6 -chr4 20303009 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012328;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,5:5,2:7,3 -chr4 20362937 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00025782;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,3:9,4 -chr4 20803470 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1 -chr4 20837623 . G GAT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0052884;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,5:5,4 -chr4 21200339 . CAT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 -chr4 21200348 . ATGTGTG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.05132;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 -chr4 21519732 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.093333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr4 22777492 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:4,2:7,4 -chr4 24159206 . C CTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr4 24229843 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,10:11,6:1,4 -chr4 24387764 . GAGAGAA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,3:3,1 -chr4 24430255 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1 -chr4 27702962 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0001763;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:4,4:8,7 -chr4 27832897 . G GTA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 -chr4 28368863 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0010998;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:6,9:2,3 -chr4 28599638 . AT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10577;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:3,4:3,1 -chr4 28780849 . G GA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,2:8,2 -chr4 29036293 . T TAGAGAGAG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,5:7,3:2,2 -chr4 30251742 . G GT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042595;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,2:6,2 -chr4 31794502 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021615;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:15,3:14,4 -chr4 31949442 . T TCTGTGAATGCCCAAGTC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,4:7,7 -chr4 31998540 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,2:13,2 -chr4 32328479 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.9527e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:17,23:5,14:12,9 -chr4 32415428 . AGTTAGCT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0029033;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:3,7:7,3 -chr4 32419738 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.8683e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:11,6:12,7 -chr4 33608707 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.8161e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,8:3,2 -chr4 34188552 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00048983;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:13,4:9,8 -chr4 36555442 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:5,5:2,1 -chr4 38135874 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.04966;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,2:13,4 -chr4 40216136 . A AT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0020738;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:10,8:3,2 -chr4 40642727 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:2,1:2,1 -chr4 41460395 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,1:5,8 -chr4 41515324 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0035372;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,3:8,2 -chr4 42257822 . GTATT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0054438;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,8:5,2:6,6 -chr4 42936026 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0011989;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,16:2,4:5,12 -chr4 43101703 . ATGTGTGTGTGTG A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,2:1,2:0,0 -chr4 43271980 . AAGATAGAT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.02677;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,6:6,2 -chr4 44045765 . G GA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0034446;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,4:6,2 -chr4 44989685 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00042977;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,1:7,8 -chr4 45692158 . TAA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022977;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,8:0,4:1,4 -chr4 45740364 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00020684;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,3:9,8 -chr4 46152997 . T TCAAGGTTACACAGGTACTAAATGGCAAAGC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0074932;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,3:3,4 -chr4 47195444 . ATGATAGATAGAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:8,2:2,3 -chr4 49034001 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=7.3475e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:12,9:12,7 -chr4 49155725 . GATTCTGTTCCATTCCATTCCATTCCATTCC G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.042001;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:7,2:6,4 -chr4 49158126 . A G 0 PASS DP=261;GPV=1;SPV=0.00047133;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:105,14:40,10:65,4 -chr4 49159598 . A T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.023819;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:65,19:31,12:34,7 -chr4 49188826 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.029893;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:40,9:19,2:21,7 -chr4 49195988 . C T 0 PASS DP=233;GPV=1;SPV=0.0187;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:76,13:37,9:39,4 -chr4 49209561 . CTTCT C 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.028794;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:177,24:128,19:49,5 -chr4 49235636 . T C 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.049948;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:71,15:33,9:38,6 -chr4 49268131 . C T 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.014656;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:100,18:56,9:44,9 -chr4 49292167 . T TGGG 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.045585;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:34,2:18,8 -chr4 49298009 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.028693;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:9,1:14,7 -chr4 49504533 . G A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.032041;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:19,6:26,4 -chr4 49521658 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.029111;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:59,11:35,9:24,2 -chr4 49538737 . C T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.027785;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:72,11:39,4:33,7 -chr4 49539297 . G A 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.030851;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:91,17:60,11:31,6 -chr4 49546529 . C G 0 PASS DP=388;GPV=1;SPV=0.043726;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:174,27:61,11:113,16 -chr4 49580423 . C G 0 PASS DP=466;GPV=1;SPV=0.036691;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:193,24:83,11:110,13 -chr4 49623761 . G C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.017246;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:23,3:18,3 -chr4 49893743 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.040622;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:6,1:29,3 -chr4 50431596 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 -chr4 50600013 . C T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 -chr4 50644126 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.30924;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:19,3:2,0 -chr4 51059315 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.013215;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,8:8,1 -chr4 51574080 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr4 51895201 . TA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010272;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,3:11,7 -chr4 55629615 . CAAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:2,4:4,1 -chr4 56545718 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:4,3:3,1 -chr4 56548991 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,2:3,3 -chr4 57021485 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,4:2,4:0,0 -chr4 58752969 . ATT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,3:7,3 -chr4 59130721 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0014606;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,14:5,8:7,6 -chr4 60066131 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,4:3,1 -chr4 60220865 . G GTGTATATATA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.021263;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 -chr4 60696202 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0020609;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:17,8:13,3 -chr4 61893112 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,4:1,1:6,3 -chr4 62980752 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.3946e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:6,8:9,4 -chr4 63086068 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0064344;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:4,2:12,3 -chr4 63351189 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.6179e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,17:5,6:9,11 -chr4 63535392 . C G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 -chr4 63536748 . GACAA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:5,2:9,2 -chr4 64155422 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,3:0,1:0,2 -chr4 64351087 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1 -chr4 64610087 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00042022;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:15,6:12,4 -chr4 64880892 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0012514;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,2:4,3 -chr4 65045263 . T TAAGAAGAAGAAGAAG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,5:14,3:8,2 -chr4 65317488 . A AT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,2:11,2 -chr4 65681947 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.5244e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,6:7,3 -chr4 66516477 . G GTA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,5:3,4 -chr4 67371441 . G GTGTGTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.065489;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:10,1:7,3 -chr4 67604809 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=4.5525e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:6,9:16,7 -chr4 68041060 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0025253;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,2:4,8 -chr4 69526108 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:4,4:3,1 -chr4 70837563 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,4:0,2:4,2 -chr4 72007650 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.5329e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:6,10:5,4 -chr4 73644879 . GGT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:5,4:2,1 -chr4 74917072 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:0,4:2,1 -chr4 75187112 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:2,1:8,3 -chr4 76091679 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:2,5:1,1 -chr4 76336181 . CAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.018485;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:7,9:3,2 -chr4 76646225 . A AATAAATATAT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:9,7:5,1 -chr4 76918351 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.011197;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:17,4:23,4 -chr4 78872303 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 -chr4 79303076 . TTATATATATATATA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:4,3:0,1 -chr4 80060190 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00018954;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,7:6,2 -chr4 80868907 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.031591;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,4:10,1 -chr4 81366582 . A AAAACCGACC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.053727;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,2:15,3 -chr4 83521118 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.021691;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:1,1:10,4 -chr4 85875093 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,4:2,2 -chr4 87022662 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.33319;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,2:14,2 -chr4 87197952 . G GTAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.013933;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,8:7,1 -chr4 90007095 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0080725;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:13,7:6,3 -chr4 90796417 . TTA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.020897;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,10:8,7:8,3 -chr4 91766222 . C CTA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,7:3,5:6,2 -chr4 91782584 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chr4 92073528 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.8161e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:2,5:10,5 -chr4 92708101 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0044785;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,4:11,3 -chr4 92958866 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.3655e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:9,4:5,8 -chr4 93371741 . C CT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 -chr4 94418545 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00015299;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:9,5:5,6 -chr4 94524368 . CAAAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:2,4:0,1 -chr4 95087259 . CATAT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.015001;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,1:10,3 -chr4 95087265 . CTTCTAATCAATT C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.018519;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,1:11,3 -chr4 95890247 . TTA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,4:4,3 -chr4 96292651 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1124;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:12,1:14,2 -chr4 98754508 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0072285;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:21,6:11,2 -chr4 100568361 . C CAAAAAAAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:2,4:0,0 -chr4 100836100 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=1.4836e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,14:5,2:2,12 -chr4 102908195 . CTT C 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.033882;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,13:32,5:24,8 -chr4 104464362 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.016858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,5:2,1 -chr4 105099523 . G GAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0010365;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:6,3:3,6 -chr4 107234720 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0073297;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,5:3,2 -chr4 108230622 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.02902;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:18,3:14,2 -chr4 109430064 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:1,4:0,1:1,3 -chr4 111078136 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=2.2678e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:5,5:9,9 -chr4 112224517 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:1,1:3,1 -chr4 113205235 . C CAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:2,5:3,1 -chr4 113856891 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.010227;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:12,4:9,3 -chr4 117227836 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0012555;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:8,4:12,6 -chr4 117610365 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,4:2,2:2,2 -chr4 118451984 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0063218;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:4,3:4,3 -chr4 119835931 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.01246;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,5:6,2 -chr4 120099655 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0001095;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:9,6:6,6 -chr4 120560931 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,2:4,1:2,1 -chr4 121124888 . AGG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:15,3:5,1 -chr4 121145979 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0012203;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:12,3:5,5 -chr4 121162601 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.7819e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:8,3:6,11 -chr4 121427233 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.014324;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,2:9,3 -chr4 125180690 . AAG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:7,3:1,1 -chr4 130548221 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:16,2:2,2 -chr4 131741404 . A G 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.015965;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:74,10:42,3:32,7 -chr4 132151879 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0024544;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,2:9,5 -chr4 132956792 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01208;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 -chr4 133766670 . G GA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:21,3:6,1 -chr4 134154324 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=5.0667e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,18:6,9:3,9 -chr4 134230518 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0018725;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:13,5:15,6 -chr4 134599757 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.1146e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:10,5:8,10 -chr4 134628423 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.028003;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:9,2:12,3 -chr4 135232343 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.1173e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,5:7,6 -chr4 135424024 . A ATTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0003147;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,10:0,6:1,4 -chr4 136353407 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0023953;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:9,6:1,3 -chr4 137294181 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,3:2,1:1,2 -chr4 137486932 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,3:11,1 -chr4 137728455 . AT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.1199e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:8,17:6,13:2,4 -chr4 140764434 . GAAA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.050152;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,2:9,2 -chr4 141070820 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0044568;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:4,3:11,2 -chr4 141070845 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0032451;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,3:9,2 -chr4 142571089 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0035559;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:6,7:2,3 -chr4 143147103 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0018182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,6:9,1 -chr4 145488476 . TTG T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0023616;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:7,10:9,5 -chr4 145740240 . CAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 -chr4 147060358 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.004949;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,8:6,3 -chr4 148104340 . T TGTTTTGGTTTG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,2:8,2 -chr4 148589700 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.7714e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:15,6:6,6 -chr4 148749498 . GA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,6:6,5:2,1 -chr4 149703913 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00076774;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,4:8,5 -chr4 149861290 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00010405;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,3:5,6 -chr4 149995142 . A AAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,1:9,3 -chr4 150108246 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.6371e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:8,7:11,7 -chr4 150733578 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,5:8,3:2,2 -chr4 155825297 . T TAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=3.507e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,12:2,9:2,3 -chr4 157525468 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0010012;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:14,4:5,4 -chr4 158429863 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,2:8,2 -chr4 159198271 . CTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:0,1:7,4 -chr4 159340667 . CCA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016809;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,2:4,4 -chr4 162333631 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0012565;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:14,5:9,6 -chr4 162717143 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,4:4,2:6,2 -chr4 163590057 . G GGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:5,5:5,1 -chr4 163812152 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.002657;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,6:12,6 -chr4 164354726 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.079656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 -chr4 164541450 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.4158e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:8,6:6,5 -chr4 164939267 . CAAA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0092274;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:11,26:5,17:6,9 -chr4 165690124 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:0,2:1,2 -chr4 166578529 . TA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05848;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,2:3,2:0,0 -chr4 168959565 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,2:3,2 -chr4 169892545 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0027776;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:7,4:2,5 -chr4 170222811 . G GGTGT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010538;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,10:6,8:1,2 -chr4 170486385 . A ATG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,4:1,2:2,2 -chr4 172069553 . A ATG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0046252;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,2:3,3 -chr4 173497650 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0034325;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:3,5:2,1 -chr4 173868968 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=5.9337e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:12,9:11,11 -chr4 174110292 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=3.79e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,7:6,2 -chr4 174609558 . C CTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:6,3:3,1 -chr4 175490507 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0022052;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,5:4,3 -chr4 175953008 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=1.298e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,17:4,10:6,7 -chr4 177184945 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,5:4,4:1,1 -chr4 177184947 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,4:5,3:2,1 -chr4 178472657 . T TAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019346;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:7,5:6,3 -chr4 178673782 . A ATGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1 -chr4 178822382 . GA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0031364;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,3:9,8 -chr4 178822384 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:9,3:12,3 -chr4 179450058 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.033794;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,3:5,2 -chr4 179538614 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021744;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,1:13,4 -chr4 181791460 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=4.0902e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:10,9:6,7 -chr4 181803954 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:2,1:3,1 -chr4 185076265 . TA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,2:0,1:3,1 -chr4 185093140 . CTTT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 -chr4 185239771 . TTTC T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.004102;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,3:12,5 -chr4 185239776 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.034496;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,2:9,3 -chr4 186929943 . C CAAAAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.029503;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,7:12,5:3,2 -chr4 187027218 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:9,5:9,1 -chr4 188130754 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0040588;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2 -chr4 189197004 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0060655;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:10,3:14,6 -chr4 189693572 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,3:2,2 -chr4 190097105 . C T 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.016545;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:82,15:30,8:52,7 -chr4 190108463 . C A 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.017876;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:121,17:65,7:56,10 -chr4 190117450 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.05337;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,2:12,4 -chr4 190203701 . C T 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.044094;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:57,12:21,4:36,8 -chr5 786736 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.025784;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:13,5:5,2 -chr5 787732 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.042625;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:27,4:20,6 -chr5 801057 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.017545;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:16,5:6,5 -chr5 834381 . C T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.031495;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:32,5:26,6 -chr5 1291685 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,4:1,2 -chr5 2925045 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=4.4743e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:14,7:9,8 -chr5 3067337 . TTTTC T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5 -chr5 3281558 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:14,2:13,3 -chr5 3660148 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 -chr5 4075662 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:4,3:6,8 -chr5 4111044 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=7.9674e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:12,20:6,11:6,9 -chr5 4295528 . AC A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0002482;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:9,4:5,8 -chr5 4435548 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=8.1326e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,13:3,5:7,8 -chr5 7995134 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=9.3592e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:9,6:5,5 -chr5 8994427 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.9341e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:5,7:11,5 -chr5 9035959 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,7:1,6:1,1 -chr5 9724344 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0065088;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,11:5,7:4,4 -chr5 11736626 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.021989;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:10,6:18,5 -chr5 13300269 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0067708;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:7,4:16,3 -chr5 13421330 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr5 13554519 . CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0018511;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,7:0,1:1,6 -chr5 15904349 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.4125e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:6,5:6,6 -chr5 17065219 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=4.7807e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:7,5:6,5 -chr5 17067679 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,5:0,2:0,3 -chr5 18035622 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.088868;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,1:19,3 -chr5 18311530 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00010063;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:9,7:13,8 -chr5 19382649 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:1,1:2,4 -chr5 20463302 . GA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00058624;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:6,4:5,7 -chr5 20646319 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0127;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:5,1:10,7 -chr5 21488938 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.015769;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:16,4:11,3 -chr5 21875683 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,3:7,1 -chr5 22523981 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011783;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,4:2,1 -chr5 24198074 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,4:6,4 -chr5 24913764 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,3:13,1 -chr5 25117122 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1 -chr5 25848929 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00081542;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,5:8,4 -chr5 29310817 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00029784;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,7:6,2 -chr5 30426114 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.032225;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,3:8,1 -chr5 30426139 . AG A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.018352;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,4:11,1 -chr5 30474110 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02066;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,4:2,1 -chr5 30756258 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0004914;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:7,2:10,7 -chr5 30978445 . G GTGTGTATATATATATA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:2,1:10,4 -chr5 31577922 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0074736;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,1:11,5 -chr5 31684563 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00084538;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:5,6:5,5 -chr5 31794393 . CTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:1,5:4,1 -chr5 32330471 . C CGTGTGCATGTGTGCACAT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0036088;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:7,2:12,9 -chr5 32994567 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:9,4:1,1 -chr5 34188039 . C T 0 PASS DP=449;GPV=1;SPV=0.0034144;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:237:197,40:101,16:96,24 -chr5 35337023 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011736;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:10,4:13,2 -chr5 35714680 . T TTTTA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00062385;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:7,10:6,4 -chr5 36663380 . A ATTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,2:6,2 -chr5 37392177 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=1.3766e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,11:3,8:4,3 -chr5 39971756 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,4:8,3 -chr5 40790526 . T TC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.062457;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:7,3:13,2 -chr5 41496627 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02002;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:10,8:2,1 -chr5 42735836 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.036877;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,1:11,7 -chr5 42925502 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,3:2,1:1,2 -chr5 43731181 . C CTCT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,2:3,3 -chr5 43938390 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=3.26e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:4,13:2,8:2,5 -chr5 46173991 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.1324e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:3,6:10,5 -chr5 46384061 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.5801e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:8,11:7,2 -chr5 46625466 . T A 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.031626;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:204:175,29:80,13:95,16 -chr5 47119184 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.038786;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:11,3:21,2 -chr5 47119442 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011316;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,4:4,5 -chr5 47141678 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 -chr5 50132477 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr5 50141734 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:15,3:1,3 -chr5 50142658 . C G 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.0086507;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:102,18:63,13:39,5 -chr5 50143548 . A T 0 PASS DP=435;GPV=1;SPV=0.038728;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:170,31:72,18:98,13 -chr5 51103574 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=6.5361e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:13,9:5,4 -chr5 52439551 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.037381;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,2:14,2 -chr5 53598043 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,3:10,1 -chr5 53601186 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0027946;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,4:10,5 -chr5 53658784 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:8,4:3,1 -chr5 56135351 . CTTTCT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,1:4,5 -chr5 56341091 . G GT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 -chr5 57138557 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,1:0,3 -chr5 57458000 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:1,3:9,6 -chr5 57719698 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.035343;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:11,2:5,3 -chr5 58088476 . AAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2 -chr5 58625856 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,5:6,4 -chr5 62636219 . GT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:4,4:0,2 -chr5 63267550 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,5:8,3:7,2 -chr5 65223801 . A ATT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:15,3:2,1 -chr5 65321738 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0070913;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,4:3,6 -chr5 66259639 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,4:7,3 -chr5 66648034 . ATGTGTGTGTGTGTGTG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:8,3:3,1 -chr5 68527167 . AT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025729;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,3:12,2 -chr5 69151114 . T TAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0079853;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,6:6,5:6,1 -chr5 69673590 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr5 70081412 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr5 72704906 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00026317;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,2:4,6 -chr5 73938160 . C CCACACACACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,10:6,6:1,4 -chr5 74503607 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035604;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:10,2:5,4 -chr5 74748880 . TA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020407;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:2,3:10,3 -chr5 74914922 . TGTG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,5:3,3 -chr5 75750741 . C CATTCATCTATCTATCT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.031169;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,4:10,6 -chr5 76778462 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,3:1,2:1,1 -chr5 77225848 . G GCA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0054795;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,5:5,5 -chr5 77794886 . GC G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0014231;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,3:1,2 -chr5 78768352 . C CTTTTTTTTTTTCT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.024462;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:4,2:6,2 -chr5 80178537 . A ATT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:1,3:2,1 -chr5 80182555 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 -chr5 80738651 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0015905;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,4:6,3 -chr5 81618308 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,1:4,4 -chr5 81798603 . G GCA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:7,3:4,1 -chr5 82186593 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:0,0:1,2 -chr5 82473017 . TATATATTATC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,2:4,2 -chr5 82473099 . TTATAA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0078894;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:4,2:9,3 -chr5 82979395 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,2:7,2:0,0 -chr5 85103160 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,5:3,4:4,1 -chr5 85555745 . C CTATATATATA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:2,3:2,1 -chr5 85980904 . C CAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:2,4:3,1 -chr5 86041764 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 -chr5 94847684 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11053;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:1,1:4,1 -chr5 96954713 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,1:6,3 -chr5 98280732 . G GGATAGATAGATA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:6,3:3,3 -chr5 98911146 . A AATATATAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:3,2:2,2 -chr5 98996250 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=4.4713e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:6,6:9,8 -chr5 102138395 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.04308;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,3:4,2 -chr5 103865661 . G GGTGTGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2 -chr5 107659496 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0012716;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,11:2,6:4,5 -chr5 109202422 . ATG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.042283;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:7,1:6,2 -chr5 109342265 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 -chr5 110524408 . AAAG A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,5:9,2:4,3 -chr5 112889829 . A ATT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,8:1,4:3,4 -chr5 114236398 . T TAATTCAATTAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018956;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 -chr5 114891042 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.7528e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:9,12:8,6 -chr5 116688375 . G GTATC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:0,0:4,2 -chr5 117585075 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.004119;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:4,7:3,1 -chr5 117638790 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.098039;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,2:2,1:2,1 -chr5 118850309 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=2.8354e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:2,8:3,1 -chr5 119894971 . G GGTGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0079383;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:6,4:3,4 -chr5 120518564 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.016617;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:6,5:5,6 -chr5 121493096 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.020557;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,6:5,4:5,2 -chr5 122461669 . GT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00027871;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,7:2,4:2,3 -chr5 125196155 . C G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.024679;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,3:5,3 -chr5 125276936 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0013275;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 -chr5 126517357 . A ATT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0016018;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,10:3,8:1,2 -chr5 126954199 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091635;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:11,6:6,2 -chr5 127921100 . A AAGGAAAGGAGAAAGGAG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,3:9,1 -chr5 129498798 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 -chr5 129816647 . A ACG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.019748;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:6,8:11,3 -chr5 130083941 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.02651;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,2:12,5 -chr5 132123273 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1 -chr5 134544329 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.2583e-10;SS=2;SSC=92;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,20:3,9:10,11 -chr5 134594308 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:1,2:7,5 -chr5 135093687 . T TTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:6,7:7,1 -chr5 136046402 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0019282;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:9,6:10,1 -chr5 136048771 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00091602;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,5:9,2 -chr5 136723206 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,3:3,1:2,2 -chr5 137065227 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.36264;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:3,3:5,1 -chr5 137473356 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00073711;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:12,5:6,4 -chr5 138195699 . G GTA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.040316;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,2:4,2 -chr5 141792627 . C CAAAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,5:7,4:4,1 -chr5 144278485 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:2,7:6,1 -chr5 145152125 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0217;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,4:6,2 -chr5 146271565 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00029342;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:5,5:12,4 -chr5 146271566 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.1801e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:4,4:11,6 -chr5 146989276 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 -chr5 147027634 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0054348;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,7:5,4:3,3 -chr5 147249908 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,4:2,1 -chr5 147604800 . TTTA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,9:3,4:10,5 -chr5 149809275 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:10,3:6,3 -chr5 151238956 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,1:14,3 -chr5 151384249 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0040413;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,4:13,3 -chr5 152714933 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=7.4643e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:8,8:5,4 -chr5 153648838 . A AC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.039018;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,1:4,9 -chr5 155108106 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.5408e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:7,5:14,12 -chr5 156631460 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,6:4,1 -chr5 157064339 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.019016;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:9,4:4,2 -chr5 157448096 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr5 158502028 . GTA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.033472;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:7,2:8,6 -chr5 158586147 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,2:1,1:4,1 -chr5 160063966 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.004662;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,5:0,4:0,1 -chr5 160075805 . TA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:3,4:3,2 -chr5 160249765 . AAAATAAATAAATAAATAAAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0093762;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,3:6,5 -chr5 161177701 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00048277;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,3:8,5 -chr5 161700455 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:14,2:19,4 -chr5 163329002 . ACACACACACACACACACACATC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr5 164428259 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00116;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:16,5:9,3 -chr5 165866760 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=7.4709e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,4:8,10 -chr5 166426334 . ATTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,4:1,4 -chr5 167070107 . A ATATTTATTTATT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,7:1,4:2,3 -chr5 168334430 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0022813;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,6:7,3 -chr5 169328955 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016081;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,5:12,2 -chr5 170918403 . T TACACACACAC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016633;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,6:7,3 -chr5 171276918 . TAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:3,5:2,1 -chr5 171339649 . AT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00024587;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:4,2:11,7 -chr5 172223586 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1 -chr5 172610316 . G GCACACACACACACA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0033988;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,5:5,2 -chr5 174382247 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,4:6,4 -chr5 174818008 . G GGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:6,3:7,1 -chr5 175874420 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.0986e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:7,7:3,8 -chr5 175999344 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,5:5,1 -chr5 176628407 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.6996e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,6:4,6 -chr5 177854131 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.025973;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:6,5:16,1 -chr5 178530930 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.044629;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,3:15,1 -chr5 178804228 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0083519;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,8:4,1 -chr5 178823181 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0012285;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,6:2,2 -chr5 179156359 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023692;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:7,6:4,4 -chr5 179510765 . C CA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:0,3:4,1 -chr5 180360305 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0094281;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,1:11,4 -chr5 180617169 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.093333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr6 2326994 . TATATA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.39766;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,4:7,3:6,1 -chr6 5007386 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024548;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,3:8,2 -chr6 5176066 . A AGT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0028726;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,15:10,11:9,4 -chr6 7021565 . TTG T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,3:5,3 -chr6 7021611 . A AC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,3:6,3 -chr6 7933569 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027836;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 -chr6 8567024 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016203;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,1:7,7 -chr6 9525052 . AAAAAAC A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 -chr6 9676581 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00097732;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,1:8,7 -chr6 13409149 . G GAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.014666;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:4,1:0,4 -chr6 13409930 . AAAAAAAAAAAG A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:4,1:0,7 -chr6 14858616 . T A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,3:2,1:3,2 -chr6 14989974 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.041509;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,6:11,4 -chr6 15980662 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:3,1:2,1 -chr6 17493775 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0094843;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,11:6,7:3,4 -chr6 18887884 . TGG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,2:1,1:2,1 -chr6 18929526 . G GTACATATACATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.035015;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,1:5,4 -chr6 19174803 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0029252;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:3,7:6,5 -chr6 19613513 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00019519;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:11,4:8,7 -chr6 19787417 . A ATT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,4:4,1 -chr6 19810897 . TTA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:17,3:16,1 -chr6 21114247 . CAAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,1:2,3 -chr6 22371326 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00034904;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,8:7,3 -chr6 22608659 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042577;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:18,4:12,1 -chr6 22849274 . A ATGTGTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,5:6,2 -chr6 22980709 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=9.2147e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:8,8:6,6 -chr6 23288756 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,3:2,2:4,1 -chr6 23288758 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,3:2,2:4,1 -chr6 26440809 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.07563;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:9,2:15,2 -chr6 27485579 . CG C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 -chr6 27567279 . T TAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:7,3:4,1 -chr6 27718696 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,1:8,3 -chr6 27764016 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2 -chr6 28808465 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,3:7,8 -chr6 29123667 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.020274;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:10,3:15,2 -chr6 29317941 . G GTA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:12,5:2,1 -chr6 30022323 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,1:4,3 -chr6 30135216 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,8:1,6:1,2 -chr6 30373939 . CTTCT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:1,1:6,4 -chr6 31619069 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,1:6,3 -chr6 32392502 . A AG 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 -chr6 33556655 . T TTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,2:5,2 -chr6 34840391 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.015182;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 -chr6 34850013 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0034865;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,4:7,4 -chr6 34991735 . TATATATAC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,3:4,1 -chr6 35273722 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,8:3,1 -chr6 36933211 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.003791;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:10,4:12,5 -chr6 38830634 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.004902;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,2:2,2 -chr6 38873770 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,6:1,3:4,3 -chr6 39979558 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=7.8332e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:8,8:1,5 -chr6 41440255 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:4,3:3,2 -chr6 41568407 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.1994e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:9,23:6,12:3,11 -chr6 41650573 . C CTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:2,3:3,4 -chr6 44642499 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00037668;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:8,3:3,6 -chr6 45302467 . C CAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:1,4:3,2 -chr6 46072236 . GA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.00021109;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:2,6:0,1 -chr6 46332313 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:2,3:10,2 -chr6 48366126 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,3:14,1 -chr6 48897335 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.049719;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:21,2:11,4 -chr6 50424202 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.1474e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:9,7:9,5 -chr6 50810018 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,3:7,3 -chr6 51101673 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033473;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,5:8,1 -chr6 54317392 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044429;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:12,3:11,1 -chr6 54809924 . C CAAGAAAGA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:6,4:5,1 -chr6 57845096 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=3.4748e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:4,6:7,6 -chr6 58216143 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00034756;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:5,10:2,2 -chr6 58236748 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0018544;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:5,7:11,2 -chr6 58406214 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034441;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,1:9,3 -chr6 58407963 . T TTTTATTTATTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0079853;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:5,4:7,2 -chr6 60275841 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.03973;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:7,5:12,2 -chr6 61316474 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=4.3478e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:10,3:7,11 -chr6 63259044 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.065934;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:1,1:1,1 -chr6 63600781 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0079864;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,4:3,3 -chr6 63834638 . C G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.074026;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,3:11,1 -chr6 63863664 . TTTTCTTTTTTC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:3,3:4,1 -chr6 65649137 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,4:3,2 -chr6 66722997 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:2,1:3,1 -chr6 66761648 . CATACAT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:6,2:6,6 -chr6 67787159 . G C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:2,5:0,1 -chr6 67827667 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.9702e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,5:10,8 -chr6 67947687 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=3.1551e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:10,11:7,6 -chr6 68956303 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.013165;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:6,5:16,4 -chr6 70234303 . AC A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 -chr6 70637218 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.03818;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:8,4:5,1 -chr6 71020944 . G GCGCA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,5:6,3:14,2 -chr6 72411671 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.010126;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:15,2:7,5 -chr6 73124976 . TATATACACAC T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:0,1:2,3 -chr6 74276896 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.041988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 -chr6 75326112 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,2:8,2 -chr6 75735448 . C CTCTCTCTCTATATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:4,2:12,2 -chr6 76386785 . C CAAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0020034;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,12:8,8:5,4 -chr6 77097105 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=2.8475e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,16:5,8:4,8 -chr6 77520751 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:6,6:1,3 -chr6 78788156 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,3:0,2:0,1 -chr6 79739208 . TGTGTTA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,8:4,4:7,4 -chr6 81387847 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0031585;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,1:5,5 -chr6 82559691 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:2,5:6,4 -chr6 82723481 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,2:10,2 -chr6 84350069 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00012326;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,5:5,4 -chr6 84630361 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,1:7,5 -chr6 85263223 . T TATACACATATACATATATAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,4:1,1:4,3 -chr6 85799173 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.018226;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,4:4,1 -chr6 85918931 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.7286e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,5:8,6 -chr6 86617490 . TATATATATATAG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,1:5,3 -chr6 86743844 . TG T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.018478;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,2:3,3 -chr6 89242667 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.030475;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,3:6,3 -chr6 90213726 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0015295;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:8,6:11,6 -chr6 91843111 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.03297;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:9,4:15,2 -chr6 92250287 . ATG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,5:4,3:5,2 -chr6 92413584 . AT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00024826;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,9:3,6:3,3 -chr6 92643495 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00012488;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,4:6,6 -chr6 93624766 . A AGG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,6:4,1 -chr6 94088690 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.027862;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:15,4:5,1 -chr6 94711582 . G T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,3:5,1 -chr6 95601716 . ATTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:1,2:4,3 -chr6 96315368 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0003269;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:12,6:5,6 -chr6 96711141 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,4:5,3:2,1 -chr6 97660619 . T TTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0001711;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,13:4,10:4,3 -chr6 98939075 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.011858;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,4:0,0 -chr6 99095148 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,2:4,1:3,1 -chr6 101109446 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,2:1,1:0,1 -chr6 101109450 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,2:3,1:1,1 -chr6 101133838 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.3997e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,21:7,12:7,9 -chr6 102572805 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00041713;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:3,5:2,1 -chr6 102720122 . A AT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.8311e-06;SS=2;SSC=53;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:7,3:5,8 -chr6 103955036 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=4.0733e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:6,7:4,5 -chr6 105521621 . A AT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.8197e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:8,6:14,7 -chr6 107499161 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0035067;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:12,2:8,6 -chr6 107863971 . CGT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,5:1,1 -chr6 107931487 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:0,1:1,1 -chr6 108718547 . C CTCTCGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0072348;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,6:2,3:2,3 -chr6 109409579 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,5:2,2:8,3 -chr6 109417385 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:0,0:1,2 -chr6 109437548 . CTTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0048077;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:1,3:1,2 -chr6 109822797 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:2,5:1,3 -chr6 110350762 . CAAAAT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00038136;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,6:3,2 -chr6 113069811 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.066e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,16:2,9:5,7 -chr6 113589996 . AG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,2:4,3 -chr6 114750491 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.054945;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:0,4:3,4 -chr6 115825428 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,4:0,1 -chr6 118827497 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0065856;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:11,5:8,2 -chr6 120460510 . GTTATTTTATTTTATTTTATTTTATT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.010538;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:1,6:6,4 -chr6 120532901 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:5,5:3,1 -chr6 121355893 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016422;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:11,7:5,2 -chr6 122846726 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:2,2:2,2:0,0 -chr6 123445642 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,1:5,6 -chr6 125029781 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.7317e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:8,22:6,9:2,13 -chr6 125788698 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0012917;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,3:4,3 -chr6 126816648 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,1:5,2 -chr6 127501003 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0018182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,4:8,3 -chr6 128493560 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:15,1:5,3 -chr6 128637917 . GTTTTTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:3,2:3,2 -chr6 130504622 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0015456;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,13:9,10:1,3 -chr6 130680465 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,5:1,1:2,4 -chr6 131727555 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,6:3,1 -chr6 132442627 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0012081;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,1:5,6 -chr6 132489200 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:4,5:4,2 -chr6 132505739 . T TAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,10:3,8:6,2 -chr6 132757997 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,5:3,4 -chr6 133394291 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:4,2:1,2 -chr6 133792776 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0082071;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:5,3:8,4 -chr6 133948660 . A AAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0039459;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1 -chr6 134180871 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0052761;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,8:2,2 -chr6 134232429 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,8:8,2:0,6 -chr6 134497927 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:5,4:0,0 -chr6 135173464 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,2:11,3 -chr6 136744502 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=3.1333e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:3,8:7,4 -chr6 137898140 . C CA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=8.1928e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,5:7,8 -chr6 138437361 . TATATATATATACAC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,2:6,3 -chr6 138873898 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,3:9,2 -chr6 139243492 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,4:5,5 -chr6 139845378 . C CTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0065492;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:3,5:1,3 -chr6 140361223 . TTGTGTGTGTG T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:1,3:3,4 -chr6 141571986 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.001096;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,4:2,3 -chr6 141644789 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,3:3,1:1,2 -chr6 141919119 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0070234;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,1:3,4 -chr6 142067416 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.2584e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:7,6:6,9 -chr6 142801413 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,3:3,2 -chr6 144290752 . CTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,3:2,2 -chr6 144635138 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:5,8:2,1 -chr6 145242149 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,4:0,2:0,2 -chr6 146818579 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1 -chr6 147666774 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.1994e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:9,23:6,12:3,11 -chr6 148308274 . G GCC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.020196;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:9,1:5,4 -chr6 149253958 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0010096;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,11:2,5:2,6 -chr6 149476819 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.04522;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,2:9,4 -chr6 150483588 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0016865;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,8:1,3:0,5 -chr6 150483601 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 -chr6 150688939 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0073497;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:14,4:6,5 -chr6 150700933 . ATAGCTTGTAT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,4:7,4 -chr6 150700945 . GCTTTATTTCCCATATTTGGGTTA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,4:4,4 -chr6 150968807 . GC G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=1.8763e-06;SS=2;SSC=57;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:3,13:0,5:3,8 -chr6 151605903 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,2:2,1:0,1 -chr6 151852639 . G GTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.016983;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,9:1,5:0,4 -chr6 152364686 . G GAGGA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,4:11,3:4,1 -chr6 153185637 . C CTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.004995;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:1,3:0,1 -chr6 153963149 . TTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTTC T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0045767;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,4:0,2 -chr6 154003721 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,7:1,5:1,2 -chr6 154740625 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.027751;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,2:5,3 -chr6 155742675 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.035158;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,7:8,1 -chr6 157122423 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0047599;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,3:9,3 -chr6 157263058 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.881e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:5,6:7,9 -chr6 157730215 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,3:1,2:2,1 -chr6 158978725 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.9545e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,16:3,7:5,9 -chr6 159547211 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,1:5,5 -chr6 159654588 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018966;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,6:5,5:6,1 -chr6 160576410 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,3:0,1:0,2 -chr6 160932467 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:17,1:10,3 -chr6 161443896 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0015405;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,4:10,5 -chr6 161568972 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0035931;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:9,3:9,4 -chr6 162650315 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01064;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,2:10,3 -chr6 163846289 . GTT G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:5,6:1,2 -chr6 163917572 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.0747e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:11,4:10,11 -chr6 164777257 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.979e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:6,6:11,6 -chr6 165890076 . A C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr6 166942058 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,5:1,1 -chr6 167175552 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.043127;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:21,3:9,2 -chr6 167178468 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0078321;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,6:11,7 -chr6 167390528 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 -chr6 167660804 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00035539;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,4:6,5 -chr6 167785661 . CAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr6 168088144 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00033054;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,2:10,8 -chr6 168610977 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.01301;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,2:2,4 -chr6 169900320 . GA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 -chr6 170394572 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.029105;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:8,7:14,1 -chr6 170708298 . T G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,1:4,4 -chr7 35473 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:6,3:9,2 -chr7 133047 . CTGT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,2:8,2 -chr7 1327470 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.019243;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:10,4:7,2 -chr7 1996232 . T TC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.047956;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:4,4:9,1 -chr7 2867457 . CCTCT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0029185;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,10:5,9:4,1 -chr7 2943771 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chr7 3213222 . CAAAAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 -chr7 3269884 . G GGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:3,4:6,1 -chr7 3299677 . A AGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.003311;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:3,2:8,7 -chr7 3992327 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,1:21,3 -chr7 4965431 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:6,5:3,2 -chr7 5905902 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 -chr7 6731469 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,4:2,1 -chr7 6743760 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.055494;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,2:8,2 -chr7 8078208 . T TAAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,4:2,1 -chr7 8787468 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.049645;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,3:12,1 -chr7 9006021 . T TCACACACACACACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016311;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,3:7,3 -chr7 9586159 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,6:2,3:4,3 -chr7 11643605 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.096304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,3:18,1 -chr7 15564057 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1 -chr7 16056810 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040008;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:12,4:4,5 -chr7 16478728 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0083111;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:13,5:5,4 -chr7 21178080 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00050723;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:6,9:5,4 -chr7 22526566 . TAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 -chr7 22732290 . TGTGTATATATA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016761;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,3:6,3 -chr7 24215816 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,2:3,2 -chr7 24500287 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,8:1,4:2,4 -chr7 24953942 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00019158;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,17:7,7:6,10 -chr7 25581638 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0074546;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:7,6:8,4 -chr7 26353459 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,2:1,3 -chr7 27705391 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0075692;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,1:7,7 -chr7 28232988 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=9.3485e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,20:5,10:5,10 -chr7 28912826 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,2:2,1:4,1 -chr7 29002866 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,6:3,1 -chr7 29688843 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.15352;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1 -chr7 30486877 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:0,0:12,4 -chr7 31212749 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,4:7,3:6,1 -chr7 32084709 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.040404;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 -chr7 32112846 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:1,2:8,3 -chr7 32511548 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.6068e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:8,9:6,6 -chr7 33048178 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,2:5,1:1,1 -chr7 33196467 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.2409e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:5,6:9,9 -chr7 34327969 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0098662;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:13,6:12,1 -chr7 34652637 . T TTAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,2:11,2 -chr7 36126869 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.7296e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:6,8:8,4 -chr7 37794892 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:4,3:4,1 -chr7 38498811 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.7873e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:4,8:4,5 -chr7 39050234 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.017618;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,3:9,2 -chr7 39559112 . C CTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.013615;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,3:2,4 -chr7 40953503 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0087781;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,6:11,1 -chr7 43898788 . AATTT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0072753;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,13:8,10:7,3 -chr7 43963446 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 -chr7 46616809 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00090437;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:5,6:14,5 -chr7 47766843 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,8:0,2:2,6 -chr7 48051347 . A ATTTTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,5:1,2:0,3 -chr7 48309033 . G GCACACACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0030514;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,5:2,5 -chr7 49379798 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0023233;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:8,8:4,5 -chr7 51943328 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=8.0475e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:4,9:11,3 -chr7 52260968 . G GT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00012013;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,3:12,8 -chr7 52260971 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.3095e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:8,4:13,8 -chr7 54494984 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.13498;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:21,2:15,2 -chr7 54640948 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.045571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:13,4:3,3 -chr7 56526422 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.024581;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:14,3:13,3 -chr7 56596547 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0045549;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,4:4,2 -chr7 56621678 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.8683e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:10,6:13,7 -chr7 56801360 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.079656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,1:12,3 -chr7 56814006 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046683;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:4,2:12,3 -chr7 56883052 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 -chr7 57108080 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:3,3:7,3 -chr7 58074443 . T A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.026749;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:27,3:18,2 -chr7 59230501 . T C 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.034532;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:52,11:30,7:22,4 -chr7 59235792 . C A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.023086;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,4:19,3:6,1 -chr7 60949959 . C T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:58,16:37,11:21,5 -chr7 60996788 . GAGATGAAA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.077337;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:19,2:12,2 -chr7 61158914 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.041502;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 -chr7 61221694 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:13,4:0,0 -chr7 61384046 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0077283;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:4,1:23,10 -chr7 61426250 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:0,0:16,4 -chr7 61458723 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:0,2:5,3 -chr7 61488423 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.030987;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:23,4:2,0 -chr7 61491458 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0071446;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,1:14,4 -chr7 62171994 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.3156e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:4,7:9,6 -chr7 62266337 . C A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.038175;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:15,4:29,7 -chr7 62382114 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.045347;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,7:20,4:15,3 -chr7 63037940 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.1506e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:7,7:9,6 -chr7 63111811 . A ATTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:2,3:5,3 -chr7 63624963 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023051;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:7,5:15,2 -chr7 63627813 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031709;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2 -chr7 63628250 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0063301;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:13,4:16,10 -chr7 63647439 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.035255;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,5:7,2 -chr7 63797093 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,8:0,7:5,1 -chr7 64323008 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00015969;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:4,7:7,7 -chr7 65327229 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=5.5291e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,4:4,5 -chr7 65505802 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,2:6,2 -chr7 66612768 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:1,4:4,4 -chr7 67204543 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:2,2:14,2 -chr7 67501558 . GT G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,3:3,3 -chr7 67734055 . CCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,3:6,1 -chr7 67849899 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:4,3:0,2 -chr7 68320392 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=3.1278e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,13:4,4:6,9 -chr7 68799109 . C G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 -chr7 68848491 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0034541;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,7:12,5 -chr7 69039796 . GT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:2,5:5,1 -chr7 69339334 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011726;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,1:9,4 -chr7 70043547 . CCCTTCCTTCCTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,7:5,3:3,4 -chr7 70992281 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:2,3:10,6 -chr7 72013247 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:10,7:0,1 -chr7 72941450 . T TCGAAG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=6.1321e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:6,5:4,6 -chr7 73123782 . T TCTCTCTCC 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.026801;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:13,1:21,5 -chr7 73265004 . CCTCT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,1:3,4 -chr7 74167335 . C CTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,3:3,3 -chr7 74221410 . CAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0098951;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:5,4:2,3 -chr7 74918935 . TTGTGTGTG T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0063025;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:1,3:1,1 -chr7 75457572 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:19,3:1,1 -chr7 75597739 . C CAAAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,1:3,3 -chr7 76136938 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.021511;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:6,3:5,3 -chr7 77057397 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:16,2:19,2 -chr7 77391125 . C CAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,5:2,4:1,1 -chr7 79136026 . AAG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043486;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:17,4:3,1 -chr7 79200445 . TA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00011224;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,4:7,5 -chr7 81343269 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,6:3,1 -chr7 81360549 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0087227;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:14,3:15,5 -chr7 81498637 . CT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=8.5672e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:8,8:5,3 -chr7 82288424 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:7,2:5,1:2,1 -chr7 82637666 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.584e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:6,8:7,5 -chr7 83246471 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00018019;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:8,8:14,3 -chr7 84826063 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.039412;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,1:6,5 -chr7 84924519 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0010395;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:5,4:12,4 -chr7 85404044 . G GAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.018627;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,13:1,9:0,4 -chr7 85954185 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=5.8193e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:6,8:11,4 -chr7 86322822 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.9498e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:9,6:9,9 -chr7 86427667 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.030104;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,4:6,1:3,3 -chr7 88519600 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0011403;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:8,2:12,5 -chr7 90250187 . GGA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:6,4:3,2 -chr7 91290943 . C CATATATATATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,2:3,2 -chr7 91614359 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=2.0286e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:5,6:2,3 -chr7 92104194 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.008837;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,2:2,4 -chr7 93456882 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00096298;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,2:6,5 -chr7 94025917 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.041455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 -chr7 94518090 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00035634;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:15,6:17,5 -chr7 95267489 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=1.5161e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,7:6,5 -chr7 95580042 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,3:1,2:0,1 -chr7 96128939 . G GCTCTCT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,5:8,4:6,1 -chr7 96943707 . T TAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:1,1:3,1 -chr7 97467641 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.6688e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:12,7:2,7 -chr7 97897657 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0022599;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:15,7:5,2 -chr7 97973032 . T G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:2,3:2,2 -chr7 99205417 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,2:3,1:0,1 -chr7 99640436 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.6068e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:8,5:6,10 -chr7 100524058 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0054478;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:12,5:16,4 -chr7 100524383 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.030584;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 -chr7 100745033 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=4.5165e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,17:6,8:4,9 -chr7 100975659 . G GGAGCTTAGGGCTGGAGGGGCACAGAGA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.019266;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:14,4:13,4 -chr7 101035091 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.02281;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:13,5:9,5 -chr7 101329607 . A AT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,3:2,3 -chr7 101391892 . T TC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 -chr7 101427660 . T TAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0016432;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:8,6:3,7 -chr7 101740758 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.02882;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,6:8,5:6,1 -chr7 102497912 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 -chr7 102520100 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr7 102580842 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:11,4:0,0 -chr7 102630085 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr7 103603023 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.025988;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:13,1:4,3 -chr7 103817937 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.022239;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:8,3:4,2 -chr7 105247527 . CATAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 -chr7 105645640 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,9:3,3:1,6 -chr7 107249690 . TTGTG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:1,4:1,3 -chr7 109508052 . AAAG A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00076672;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:4,5:7,7 -chr7 113086195 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.042105;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,3:2,2:3,1 -chr7 114051547 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr7 115399375 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00013159;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:6,3:1,5 -chr7 115439497 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:1,2:2,3 -chr7 115974451 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:1,2:2,3 -chr7 117027518 . G GTA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047173;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:6,4:9,1 -chr7 119382397 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00031989;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,5:6,3 -chr7 120503385 . T TGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.032166;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:10,6:8,1 -chr7 121867378 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.537e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:16,11:6,8 -chr7 121892679 . CATATATAT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:3,2:4,3 -chr7 124387962 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,4:4,1 -chr7 125127127 . TAC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0028678;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:2,3:7,8 -chr7 125366962 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.5692e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,6:3,6 -chr7 127214689 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.029272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 -chr7 127579933 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.944e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,6:7,9 -chr7 130451025 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041502;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,3:6,2:0,1 -chr7 130545175 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,2:4,1:1,1 -chr7 134147434 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.024337;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,9:7,4:5,5 -chr7 135791446 . G GTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.25826;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,3:5,2 -chr7 137126173 . TAAAAAAA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 -chr7 137280871 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,6:3,1 -chr7 138700714 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.096616;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:13,2:13,1 -chr7 139385311 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:6,8:1,2 -chr7 141330084 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00094404;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:5,5:8,3 -chr7 141454604 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,1:5,5 -chr7 143572908 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 -chr7 144237581 . A C 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.0069741;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:65,18:25,6:40,12 -chr7 145629802 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=8.6732e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:4,9:7,7 -chr7 145806346 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00017259;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,3:7,6 -chr7 146358022 . T TTTTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0082728;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:7,7:6,3 -chr7 146572264 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:3,8:1,1 -chr7 147547712 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00044867;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,8:8,2 -chr7 147575107 . A ATATG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,2:10,3 -chr7 147659905 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.4178e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,20:9,10:7,10 -chr7 148141034 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.022533;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:9,1:18,4 -chr7 148247629 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0041892;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 -chr7 148598763 . TAGAGAG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,2:0,1:0,1 -chr7 148751563 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:1,7:4,2 -chr7 149215195 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,3:8,1 -chr7 149979189 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0095351;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,1:18,5 -chr7 150072489 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,6:3,2 -chr7 150165496 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0014508;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:1,4:6,5 -chr7 150774725 . C CAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:2,4:4,1 -chr7 151738278 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 -chr7 152693656 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.040169;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,2:8,2 -chr7 153303161 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,4:7,1 -chr7 153705837 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029503;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:8,5:7,2 -chr7 153730136 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,4:10,1 -chr7 154096293 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:13,1:4,4 -chr7 155180011 . TAAAAA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 -chr7 155348782 . TAG T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,4:2,2 -chr7 155348793 . CACATAG C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:11,4:1,2 -chr7 155348801 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,4:2,2 -chr7 155348826 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:10,5:1,2 -chr7 155348831 . TAGAGCACTCATAGAG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:9,5:0,2 -chr7 155919078 . C CGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,10:2,9:1,1 -chr7 156400721 . C CTTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.12821;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:1,1:2,1 -chr7 156610722 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00015824;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:10,5:9,7 -chr7 157954709 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00014422;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:5,6:12,5 -chr7 157995006 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 -chr7 158045866 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chr8 1081796 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=2.0163e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:6,11:5,5 -chr8 1283033 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,4:1,3 -chr8 1456851 . T TGTGCCAGGCC 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0154;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:15,4:7,5 -chr8 1609424 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,4:7,1 -chr8 2211434 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0012045;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:2,8:8,1 -chr8 2470759 . A T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1 -chr8 2623407 . GAGAGCGCTGAGCGCCA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0072729;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,1:9,6 -chr8 3175483 . TCCTGCCTG T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:1,1:5,9 -chr8 3249798 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=9.7202e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:10,8:4,8 -chr8 3720621 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,4:9,4 -chr8 3819560 . A T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013669;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,2:7,3 -chr8 5246465 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027668;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1 -chr8 5308824 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.1846e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,9:9,6 -chr8 5766212 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.043511;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,2:9,7 -chr8 7294087 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 -chr8 7423063 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.026525;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:22,6:9,5 -chr8 7469467 . C A 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.030329;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:64,17:32,8:32,9 -chr8 7885678 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,2:5,3 -chr8 8066110 . T G 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.021565;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:73,11:29,9:44,2 -chr8 11627296 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.042832;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,3:8,4 -chr8 11641293 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0021522;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,3:6,3 -chr8 12176130 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:4,1:27,6 -chr8 12191738 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.013049;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:11,2:12,6 -chr8 12415019 . T C 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0093436;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:50,18:35,12:15,6 -chr8 12504775 . G T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.025272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:66,8:31,7:35,1 -chr8 12524232 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.045253;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:12,1:11,7 -chr8 12550602 . C A 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.021273;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:85,21:41,11:44,10 -chr8 12551039 . G A 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.020361;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:92,22:42,13:50,9 -chr8 12563407 . T C 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.029034;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:114,20:47,8:67,12 -chr8 12596345 . C T 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.045664;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:104,17:64,12:40,5 -chr8 12596504 . C A 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.00016521;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:94,30:47,14:47,16 -chr8 13248244 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0016044;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:10,5:12,4 -chr8 14408969 . GTGCA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,3:14,1 -chr8 14519067 . TA T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.057027;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:11,2:15,4 -chr8 14575913 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015718;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:4,6:1,1 -chr8 14762624 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.7819e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:6,6:8,8 -chr8 15292481 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00048101;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,9:4,3 -chr8 15443336 . T TTG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:6,2:3,3 -chr8 16803010 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:1,3:1,1:0,2 -chr8 16944916 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.01047;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,2:8,5 -chr8 17322942 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.01132;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr8 17439426 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,4:11,1:6,3 -chr8 21095590 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=7.4135e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:4,7:8,4 -chr8 21529509 . A AGT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.022922;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:3,3:18,2 -chr8 21533378 . GAA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:9,4:1,2 -chr8 21772682 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00032906;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:4,2:8,9 -chr8 23480847 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00011387;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,6:8,5 -chr8 24218765 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=6.4776e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:5,7:7,8 -chr8 24548351 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0068026;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:4,5:0,1 -chr8 25912466 . G GCACACACACA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:4,5:1,1 -chr8 26680339 . CTCTCTCTTTCTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:4,1:14,3 -chr8 26691587 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,6:2,3:7,3 -chr8 27200594 . GCA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022413;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,3:6,5 -chr8 27251900 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.01219;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:13,2:14,4 -chr8 27257459 . AACACACAC A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:1,3:5,5 -chr8 28022157 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,2:1,2 -chr8 28293162 . TA T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.059571;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,6:7,2 -chr8 28320096 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:2,1:4,1 -chr8 30375913 . G GAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00074811;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,9:4,5:2,4 -chr8 30661150 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0029095;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:14,4:14,5 -chr8 31096744 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00021796;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:4,3:6,7 -chr8 32132185 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.3453e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:11,8:7,5 -chr8 32662515 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.8159e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:11,8:9,10 -chr8 33195381 . A ATG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:4,4:4,3 -chr8 33519082 . TC T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:17,2:8,3 -chr8 34484897 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.006844;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:12,3:13,4 -chr8 34728271 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0056882;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,3:9,3 -chr8 35474387 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00020504;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:14,8:16,6 -chr8 36156511 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.02969;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,1:8,3 -chr8 36599288 . AATATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:1,5:3,1 -chr8 43520908 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.016248;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:19,4:11,2 -chr8 43844204 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.2649e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:10,4:9,12 -chr8 43850604 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03925;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2 -chr8 44080375 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr8 44316208 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 -chr8 44523758 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr8 45339224 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:9,5:0,1 -chr8 46226517 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0042664;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,3:8,1 -chr8 47066875 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:7,8:2,1 -chr8 48017378 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011495;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,6:11,1 -chr8 50660426 . GAAGA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,4:0,4:0,0 -chr8 51217130 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=3.8791e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:3,10:9,5 -chr8 51356497 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00014733;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,14:2,11:6,3 -chr8 51397755 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0009828;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,3:5,5 -chr8 53451451 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,1:11,3 -chr8 53468932 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00084928;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,4:9,5 -chr8 53706295 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.548e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:12,10:7,8 -chr8 54216289 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018761;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,3:13,3 -chr8 55552407 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.8916e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:8,3:9,10 -chr8 55746317 . C CAAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0055944;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,8:0,7:1,1 -chr8 56082376 . T TTTTG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.032696;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,7:5,1:7,6 -chr8 56137576 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,4:8,2:6,2 -chr8 56837298 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.054928;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,3:9,1 -chr8 58078547 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 -chr8 60192939 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:1,4:1,3:0,1 -chr8 60293496 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.0635e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:9,5:8,10 -chr8 60391531 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:7,3:7,2 -chr8 63551197 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.20221;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,7:4,5:4,2 -chr8 64075846 . C CT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.019655;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,7:14,6:10,1 -chr8 64621734 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0041541;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,4:5,4 -chr8 64689465 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077856;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:17,3:13,1 -chr8 66285220 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,2:5,1:2,1 -chr8 66677212 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=5.9904e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:4,6:9,9 -chr8 69729446 . CAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:2,3:2,2 -chr8 70442097 . G GA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 -chr8 70493053 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0012176;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:8,3:6,9 -chr8 71790704 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 -chr8 72151514 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02002;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,4:4,5 -chr8 72182016 . T TAGATAGATGATA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,10:3,5:1,5 -chr8 72197763 . CAT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2 -chr8 74401141 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,2:10,2 -chr8 75102759 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,2:1,1:4,1 -chr8 75105266 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,1:5,3 -chr8 77785927 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00162;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,1:6,4 -chr8 77824395 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:4,3:13,1 -chr8 78843814 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0432;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,3:13,1 -chr8 79688530 . TA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016731;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,1:7,4 -chr8 81726706 . C CTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0037707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:3,6:0,1 -chr8 82384510 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=5.2411e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:5,7:6,6 -chr8 85567765 . CAT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.047273;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,2:8,2 -chr8 85575297 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=8.756e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:5,7:11,4 -chr8 85650554 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1 -chr8 85653042 . C G 0 PASS DP=482;GPV=1;SPV=0.03412;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:202,26:84,12:118,14 -chr8 85769882 . C T 0 PASS DP=329;GPV=1;SPV=0.03173;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:133,24:4,1:129,23 -chr8 85774081 . G T 0 PASS DP=1398;GPV=1;SPV=0.037656;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:682:608,73:284,20:324,53 -chr8 85774470 . A T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.0052014;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:67,14:6,6:61,8 -chr8 85963127 . A AGTGTGT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0027697;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,5:2,5 -chr8 87753303 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,5:1,2 -chr8 88578361 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.3986e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:8,11:11,10 -chr8 88647557 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02791;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:13,2:13,4 -chr8 90416172 . A AAAAAAAACAAAAAC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:7,1:6,3 -chr8 90721358 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00014106;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:11,8:8,6 -chr8 93394841 . C CG 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0011596;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:9,5:13,3 -chr8 93453316 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.01454;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,2:10,4 -chr8 96854555 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.025565;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,2:3,3 -chr8 97998519 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,10:2,8:2,2 -chr8 98133049 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 -chr8 98224755 . C CTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,6:0,4:0,2 -chr8 99772206 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:3,4:8,5 -chr8 101025452 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016601;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,3:3,1 -chr8 101196244 . T TATGG 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.047969;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,4:6,2 -chr8 101515176 . G GCACACACACA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03733;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,5:2,1 -chr8 102396661 . CACACATAT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,10:8,5:6,5 -chr8 103059898 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.011905;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,3:0,2:0,1 -chr8 103081487 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015475;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,6:5,3 -chr8 104118370 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.01322;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:7,5:5,3 -chr8 105330625 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:3,2:3,3 -chr8 108098163 . G GGAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027634;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:2,4:0,0 -chr8 108608315 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,5:0,3:5,2 -chr8 111208276 . CAT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,6:2,4:0,2 -chr8 111492590 . G GT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00024776;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:9,8:12,2 -chr8 111934396 . TA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.016282;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:15,2:13,4 -chr8 113327769 . TA T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.01107;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:17,5:17,6 -chr8 113984641 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,5:0,1:2,4 -chr8 116508940 . T TTGTGTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,7:5,5:4,2 -chr8 116756383 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.023708;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:13,3:9,3 -chr8 117052992 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.2234e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:13,9:9,8 -chr8 119498425 . TATATATATATGGGAAG T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,2:5,7 -chr8 119498452 . CAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0055997;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:3,2:4,7 -chr8 122382785 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=2.9161e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:7,9:8,6 -chr8 122394427 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0064629;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:8,10:6,5 -chr8 122591787 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.026826;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,8:10,2 -chr8 124399901 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,3:3,5 -chr8 124399913 . TCTTA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,2:4,8 -chr8 126682726 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.049272;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:14,2:7,3 -chr8 126682727 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.018191;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:13,3:7,3 -chr8 127984837 . TTTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.032371;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:3,3:13,3 -chr8 127985196 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00049976;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,5:6,5 -chr8 128710036 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,3:3,2 -chr8 132242402 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.5408e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:9,5:12,12 -chr8 132409460 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:8,5:7,2 -chr8 133977912 . A AGTGTGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:6,4:6,3 -chr8 135402902 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.6444e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,3:4,6 -chr8 135691606 . TA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0015637;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,6:7,1 -chr8 135769197 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020376;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,3:7,4 -chr8 136020188 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00014106;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:8,11:11,3 -chr8 136702035 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,2:4,1:3,1 -chr8 136891951 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1868e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,22:8,7:5,15 -chr8 137247376 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=4.0261e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,11:8,3 -chr8 137618002 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0051097;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:10,2:10,4 -chr8 137962213 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=7.1707e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,8:6,8 -chr8 138066493 . ATATATATATATATT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,3:2,3 -chr8 138281099 . GA G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.022285;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:12,2:14,3 -chr8 138309986 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.0935e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:9,3:7,11 -chr8 140502381 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00706;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:8,5:11,3 -chr8 141497158 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 -chr8 141813792 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 -chr8 142222102 . C CATT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,5:0,3:0,2 -chr8 142483734 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr8 142589725 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:6,2:0,0 -chr8 143728958 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.15e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,4:7,7 -chr9 141308 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0098105;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,1:4,4 -chr9 448271 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0088091;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:5,2:13,3 -chr9 2686086 . C CATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 -chr9 6176302 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,4:4,3:3,1 -chr9 6820714 . CTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,4:5,3 -chr9 8483801 . CAA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:26:1,7:1,2:0,5 -chr9 9352327 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016809;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,6:10,3:1,3 -chr9 10643562 . CT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,1:12,3 -chr9 10962039 . A AC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0057228;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,5:0,2:6,3 -chr9 11220595 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0062893;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:4,3:13,2 -chr9 12587153 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:9,5:9,9 -chr9 12677964 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,4:8,1:6,3 -chr9 12677966 . A AATAAAAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:8,1:6,3 -chr9 13418779 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03024;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,1:6,3 -chr9 13629642 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00077986;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,3:8,5 -chr9 14417774 . G GT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:10,7:0,2 -chr9 15494565 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:2,6:2,1 -chr9 15569846 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,3:0,0:2,3 -chr9 17764719 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01205;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:0,1:9,6 -chr9 18626916 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,1:4,4 -chr9 19794596 . T TAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014448;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,12:1,9:3,3 -chr9 19812178 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.014039;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:17,2:9,3 -chr9 20679121 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,4:8,3:3,1 -chr9 20778345 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00056446;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:3,5:4,10 -chr9 23936282 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=1.259e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:1,3:8,8 -chr9 23951283 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011461;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:14,3:7,3 -chr9 24577022 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.010223;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,5:9,3 -chr9 25055019 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 -chr9 25388030 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.011486;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,3:13,2 -chr9 25574963 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0057228;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,16:2,12:4,4 -chr9 26083642 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:5,5:2,4 -chr9 30749255 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 -chr9 31238476 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=9.6614e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,5:3,4 -chr9 31379009 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.045513;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3 -chr9 32584663 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.044088;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 -chr9 33713898 . T TA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:2,8:0,1:2,7 -chr9 33856888 . CTTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:3,3:1,2 -chr9 34166012 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:4,5:4,1 -chr9 35030581 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,9:2,4:6,5 -chr9 35228740 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,1:9,3 -chr9 38261077 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:2,1:8,4 -chr9 38838402 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:12,4:3,1 -chr9 38991273 . C T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.027492;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:62,17:31,8:31,9 -chr9 38993510 . G A 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.0021265;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:82,25:43,11:39,14 -chr9 38998991 . T C 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.047895;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:28,7:32,7 -chr9 39013407 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.015148;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:75,16:34,3:41,13 -chr9 39045534 . T G 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.00056973;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:56,18:26,13:30,5 -chr9 39051047 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.021208;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,6:13,3 -chr9 39113991 . TACAC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 -chr9 39179286 . T TACACACAC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,3:4,1 -chr9 39499487 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1 -chr9 39517006 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr9 39520803 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1 -chr9 39557320 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,3:1,2:4,1 -chr9 39626787 . C G 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.035593;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:26,8:29,7 -chr9 39817326 . AT A 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.045271;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:16,9:20,1 -chr9 40016751 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,1:2,3 -chr9 40164578 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:2,2:8,5 -chr9 40316090 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr9 40325426 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 -chr9 40379276 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.045291;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,2:12,6 -chr9 40383552 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:2,1:10,3 -chr9 40389076 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0062875;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:13,6:15,9 -chr9 40390275 . G C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028009;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,2:5,6 -chr9 40412716 . T TA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 -chr9 40577105 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.019692;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,3:9,4 -chr9 40706905 . CTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010883;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:0,3:3,2 -chr9 40810927 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0030131;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:12,5:3,1 -chr9 40907626 . C T 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.030133;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:58,12:28,3:30,9 -chr9 40911723 . G A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0072137;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:15,7:26,8 -chr9 40913616 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.032141;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:71,19:35,6:36,13 -chr9 40957130 . A G 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.0063211;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:94,23:45,12:49,11 -chr9 40986021 . A AT 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.029076;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:15,3:21,8 -chr9 40992886 . C A 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.045651;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:49,9:21,5:28,4 -chr9 40993289 . C CA 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.010922;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:48,15:21,5:27,10 -chr9 41043749 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00090839;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:7,5:20,12 -chr9 41051859 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.036533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:14,2:21,9 -chr9 41119368 . C T 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.030612;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:29,5:20,1 -chr9 41209773 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:5,3:9,3 -chr9 41262200 . C G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.023539;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:27,5:45,5 -chr9 41291398 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 -chr9 41496373 . G GAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,4:7,2:7,2 -chr9 41506780 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.14256;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:17,1:14,3 -chr9 41543621 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.034946;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,1:5,4 -chr9 41573276 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028928;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:13,6:18,1 -chr9 41575110 . C T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0018877;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:15,7:33,4 -chr9 41627594 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033473;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:16,5:5,1 -chr9 41668607 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.046205;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:16,4:23,4 -chr9 41668787 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.020101;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:16,4:12,6 -chr9 41681322 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr9 41850150 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,1:5,9 -chr9 41922394 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.00035723;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,10:2,5:0,5 -chr9 42370600 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.04187;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,7:15,4:9,3 -chr9 42897072 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.028033;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:15,2:13,7 -chr9 43026155 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:1,2:3,5 -chr9 43260114 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:16,3:18,2 -chr9 43303518 . T C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0077665;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:85,24:40,14:45,10 -chr9 43303907 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0083637;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:13,3:18,3 -chr9 43385608 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.049878;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:19,5:18,2 -chr9 43385794 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.052629;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:7,1:15,4 -chr9 43385818 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:6,1:14,4 -chr9 43689454 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0030816;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:0,7:9,1 -chr9 43964692 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.047669;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:8,2:21,6 -chr9 44013050 . T C 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.013579;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:52,9:10,8:42,1 -chr9 44060709 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.048804;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:33,4:0,0 -chr9 44240310 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0076953;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:17,5:12,3 -chr9 44377131 . A G 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.013537;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:74,19:41,10:33,9 -chr9 44579928 . G T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.011122;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:62,14:55,13:7,1 -chr9 44897587 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr9 60577250 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 -chr9 60608908 . T A 0 PASS DP=700;GPV=1;SPV=0.021051;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:320:282,38:264,37:18,1 -chr9 60608959 . G A 0 PASS DP=849;GPV=1;SPV=0.0043538;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:389:347,42:254,28:93,14 -chr9 60921369 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0092021;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,2:2,4 -chr9 61155501 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,3:2,1 -chr9 61217953 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.019772;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:10,5:11,4 -chr9 62817309 . T G 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.032022;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:51,14:30,10:21,4 -chr9 63285253 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr9 63294249 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:5,4:0,3 -chr9 63552393 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0060154;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:15,8:12,1 -chr9 63607657 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=2.6077e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:8,4:5,7 -chr9 63756011 . A T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.034004;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:52,13:31,6:21,7 -chr9 63757580 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.028815;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:20,4:17,3 -chr9 63770649 . T C 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.011638;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:54,15:24,7:30,8 -chr9 63777515 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.013181;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:13,4:16,1 -chr9 63880093 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,3:15,2 -chr9 63990199 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,1:1,3 -chr9 64007863 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,4:10,3 -chr9 64340344 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020195;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,8:10,2 -chr9 64377602 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.049827;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,4:11,5 -chr9 64379465 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr9 64485419 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027357;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,3:8,2 -chr9 64788946 . A G 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.04678;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:85,13:68,7:17,6 -chr9 64977584 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:16,3:9,1 -chr9 65286138 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0017867;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:5,2:7,8 -chr9 65400707 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=4.0177e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:9,8:7,8 -chr9 65516350 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2 -chr9 65517345 . ATT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:5,3:6,1 -chr9 65539927 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=6.8069e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:12,7:6,4 -chr9 65577304 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.016295;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 -chr9 65646095 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.032025;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,1:8,3 -chr9 65654536 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.028165;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:6,3:15,6 -chr9 66042320 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.22913;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,3:15,1 -chr9 66058307 . AC A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0085545;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:2,1:8,8 -chr9 66066707 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:5,3:4,5 -chr9 66153735 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044429;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,2:14,2 -chr9 66386854 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.02969;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,1:9,3 -chr9 66628778 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.020817;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:6,3:11,4 -chr9 66746618 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.086687;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:5,1:1,2 -chr9 66803794 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.026881;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:12,4:12,6 -chr9 66833505 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.049123;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 -chr9 67168091 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,3:7,1 -chr9 67363023 . G T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3 -chr9 67388219 . TAAC T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.020257;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:18,7:17,5 -chr9 67587707 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,2:7,2 -chr9 67766314 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 -chr9 67877848 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:8,2:12,6 -chr9 68336611 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.027436;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:26,9:9,1 -chr9 68648213 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:8,4:0,4 -chr9 69367680 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083817;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 -chr9 70101358 . G GA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0021946;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:6,6:4,4 -chr9 70505606 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06057;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,2:11,3 -chr9 71122950 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0077271;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:11,5:12,1 -chr9 71282102 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:6,4:7,1 -chr9 72378593 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.04247;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:11,3:6,2 -chr9 72388243 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:1,3:0,1:1,2 -chr9 72841870 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0081572;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:16,5:5,1 -chr9 73594095 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.026676;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,1:6,4 -chr9 74769141 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.013481;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:11,4:11,3 -chr9 75996815 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,9:3,6:5,3 -chr9 76593952 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020061;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,1:8,4 -chr9 76593953 . AG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049096;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,1:7,3 -chr9 77962892 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,3:3,2 -chr9 78608846 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00019835;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,6:9,4 -chr9 80885401 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.050713;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:15,3:8,3 -chr9 83144326 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:14,2:6,3 -chr9 83568955 . GATAC G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.042668;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,3:8,4 -chr9 85471484 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00048402;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:5,8:7,4 -chr9 87251215 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:4,3:1,2 -chr9 88063283 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.3691e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,6:8,7 -chr9 88136328 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.03057;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:13,6:23,2 -chr9 88625472 . T TCTCTCCCTCTCC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011726;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:14,4:4,1 -chr9 88625522 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.032477;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,2:3,4 -chr9 89182522 . AAAAATAAAATAAAATAAAAT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025931;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,3:3,3 -chr9 89589617 . A AAAG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.5201e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,11:9,5:6,6 -chr9 91037509 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=8.0594e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:15,8:13,8 -chr9 94080988 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 -chr9 94267862 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:1,3:2,1 -chr9 95510348 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0057488;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,10:7,2 -chr9 95514885 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0072188;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:6,3:11,3 -chr9 98517892 . AGGGAGTCAGAGGACCAGTGAGAGCCTAGC A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,4:4,2 -chr9 98648114 . T TAGATAGATA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,3:5,4 -chr9 101780957 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=1.587e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:4,6:4,5 -chr9 102198903 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:10,2:6,2 -chr9 102921881 . A AAT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,2:2,2 -chr9 103351270 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=7.0929e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:6,9:11,5 -chr9 103879939 . C CAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:5,1:4,4 -chr9 104021349 . C CTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011586;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,3:8,2 -chr9 107603936 . T TTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,5:1,1 -chr9 108051587 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.6336e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,5:7,7 -chr9 109218126 . C CT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,7:0,5:0,2 -chr9 109767959 . AAAG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018961;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,5:8,3 -chr9 110206331 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:12,2:15,3 -chr9 110286333 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 -chr9 110342020 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0015792;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:3,7:2,1 -chr9 110587698 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,8:9,2:8,6 -chr9 112051428 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,2:4,1:3,1 -chr9 112948023 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.012757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:10,6:0,5 -chr9 113139456 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.2046e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:11,5:5,12 -chr9 114134176 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.014275;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,5:4,3 -chr9 114263662 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023347;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,2:8,2 -chr9 114536637 . ATTTTTTTTTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,1:0,3 -chr9 114673471 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:6,4:2,1 -chr9 114674602 . TTTCCTTCC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:1,2:7,2 -chr9 114676620 . C CTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0020202;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:0,8:0,6:0,2 -chr9 115237473 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=5.8478e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:8,3:6,8 -chr9 116502775 . G GAAGA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:2,5:3,1 -chr9 116768315 . CCA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:27:1,3:0,2:1,1 -chr9 116790954 . GA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,5:2,3 -chr9 117533058 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00026967;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,3:8,6 -chr9 120906184 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2 -chr9 121838781 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:11,3:9,2 -chr9 125542054 . A ATC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:4,1:8,6 -chr9 125712706 . AAAAATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,4:2,1:3,3 -chr9 126488366 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,2:2,1:5,1 -chr9 126590106 . G GTATATA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,2:0,2:0,0 -chr9 126898606 . T TCACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0021645;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,5:0,2:0,3 -chr9 127188056 . CTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:0,2:3,3 -chr9 130007239 . C CAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,4:3,1 -chr9 131045228 . A AACAAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,5:8,5 -chr9 131516045 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:8,2:4,1:4,1 -chr9 132792212 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=1.6547e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:4,3:5,8 -chr9 133016718 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.042547;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:4,3:9,2 -chr9 134254139 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,3:1,1:5,2 -chr9 134873908 . TG T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:0,2:0,1:0,1 -chr9 135612181 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,2:5,1:2,1 -chr9 135838112 . CAG C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0099771;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,2:2,5 -chr9 137039700 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.024173;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,3:12,2 -chr9 137496141 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,3:7,3 -chrM 1664 . G A 0 PASS DP=14766;GPV=1;SPV=0;SS=2;SSC=255;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7327:6522,805:3321,393:3201,412 -chrX 2973355 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.005418;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,5:1,1 -chrX 3155718 . A ATC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:3,3:2,2:1,1 -chrX 3155754 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,3:6,1 -chrX 8280848 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,1:4,3 -chrX 13713458 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 -chrX 15427695 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.022239;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,2:7,3 -chrX 20818746 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031621;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:3,2:2,1 -chrX 23610373 . A AGGAAGGAAGGAAAAAG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:5,2:2,3 -chrX 26106457 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,2:2,1:1,1 -chrX 26353521 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=5.7608e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,8:1,6:0,2 -chrX 27322232 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,3:8,1 -chrX 27766301 . T TAGAG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 -chrX 32690279 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0063218;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,2:4,4 -chrX 38032389 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=4.8074e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,11:0,4:1,7 -chrX 43673185 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 -chrX 44810964 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,2:3,2 -chrX 45068823 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:5,1:0,4 -chrX 45302126 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,2:3,2 -chrX 48643102 . G GTATAT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.014448;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,2:0,2 -chrX 48659242 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.072581;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 -chrX 53786753 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=5.6565e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:1,14:0,11:1,3 -chrX 54099013 . CT C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0050505;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,7:0,6:1,1 -chrX 55647611 . C CTGTGTGTGTG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0061703;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,7:1,6:2,1 -chrX 62965197 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chrX 62965210 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chrX 64894658 . G GT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=1.6438e-12;SS=2;SSC=117;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:0,25:0,10:0,15 -chrX 70800693 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 -chrX 74744921 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chrX 77254632 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,7:1,6:1,1 -chrX 82026565 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.00050167;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:1,2:3,5 -chrX 82724604 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=7.2702e-06;SS=2;SSC=51;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:3,9:2,2 -chrX 86997609 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00050744;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,3:2,4 -chrX 87737067 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,1:2,4 -chrX 94877881 . GT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=3.4022e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,9:0,4:1,5 -chrX 99460022 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=5.9538e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,10:0,5:1,5 -chrX 100286017 . TA T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0011258;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,4:1,2 -chrX 103534879 . C A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,4:3,2 -chrX 104311165 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:1,5:2,1 -chrX 105204934 . T G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=2.7282e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:2,20:0,7:2,13 -chrX 106315848 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.017857;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,3:0,3:0,0 -chrX 108607350 . C CA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,6:0,5:0,1 -chrX 108862017 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=1.2237e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,9:0,2:0,7 -chrX 109511092 . T TA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=3.4022e-06;SS=2;SSC=54;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,9:0,3:0,6 -chrX 111316086 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:9,4:1,1 -chrX 116966675 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:5,3:9,2 -chrX 118885370 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,2:6,2 -chrX 125063861 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=3.2871e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,12:0,6:0,6 -chrX 127570537 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,2:0,1:1,1 -chrX 127876849 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,2:1,2 -chrX 128786380 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,1:9,3 -chrX 128786384 . AG A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,1:10,3 -chrX 129574322 . T G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=8.0605e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:4,14:3,7:1,7 -chrX 131132819 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=9.2039e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,15:0,7:1,8 -chrX 131144086 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=3.3652e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:1,14:0,6:1,8 -chrX 133295076 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0088413;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:1,2:3,4 -chrX 141695017 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0067977;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,3:3,3 -chrX 142355886 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00012759;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,3:3,5 -chrX 142569108 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=5.4125e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,10:0,4:0,6 -chrX 142966123 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=4.9975e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,10:1,6:3,4 -chrX 145887442 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=3.2174e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:0,20:0,11:0,9 -chrX 147183945 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037203;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chrX 149418257 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=1.8826e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,10:0,2:0,8 -chrX 151449442 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chrX 151718110 . GAGGA G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,3:3,4 -chrY 6605656 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=3.6639e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:1,20:1,6:0,14 -chrY 8733140 . C G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=3.8442e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:2,9:1,5:1,4 -chrY 8843676 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=7.6201e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,10:0,3:0,7 -chrY 10154028 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:6,1:1,4 -chrY 10823428 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=4.6568e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,11:0,5:0,6 -chrY 11096116 . CAGAT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.044194;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:4,1:8,5 -chrY 11101976 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.028024;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:6,1:19,6 -chrY 11114766 . G C 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.022997;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:85,16:36,6:49,10 -chrY 11167265 . C T 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.04954;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:91,14:65,9:26,5 -chrY 11170829 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02607;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 -chrY 11179197 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0030496;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:15,8:11,1 -chrY 11200714 . T C 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.02431;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:64,13:39,7:25,6 -chrY 11218441 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.036947;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,6:13,1:8,5 -chrY 11237773 . A ATTTT 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.025539;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:53,11:24,5:29,6 -chrY 11565379 . T A 0 PASS DP=378;GPV=1;SPV=0.0071414;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:185:152,33:71,12:81,21 -chrY 14137338 . GA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.00034998;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:2,5:2,4 -chrY 14935493 . C A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=8.3212e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,8:1,3:0,5 -chrY 17397837 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=5.3237e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,15:0,6:1,9 -chrY 20279911 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0013381;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:8,3:3,7 -chrY 21298142 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.074074;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chrY 24688602 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,2:6,2:0,0 -chrY 56714262 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chrY 56721070 . G C 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.041206;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:90,11:47,4:43,7 -chrY 56860161 . A T 0 PASS DP=584;GPV=1;SPV=0.012228;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:284:245,39:142,20:103,19 -chrY 56884320 . TCAAAAAA T 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.025188;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:52,14:24,4:28,10 -chrY 56885135 . C G 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.017498;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:145,22:63,15:82,7
--- a/test-data/EGF089.vcf Sun Sep 13 22:27:03 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4413 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> -##reference=hg38 -##source=varscan.py -##contig=<ID=chr1,length=248956422> -##contig=<ID=chr10,length=133797422> -##contig=<ID=chr11,length=135086622> -##contig=<ID=chr12,length=133275309> -##contig=<ID=chr13,length=114364328> -##contig=<ID=chr14,length=107043718> -##contig=<ID=chr15,length=101991189> -##contig=<ID=chr16,length=90338345> -##contig=<ID=chr17,length=83257441> -##contig=<ID=chr18,length=80373285> -##contig=<ID=chr19,length=58617616> -##contig=<ID=chr2,length=242193529> -##contig=<ID=chr20,length=64444167> -##contig=<ID=chr21,length=46709983> -##contig=<ID=chr22,length=50818468> -##contig=<ID=chr3,length=198295559> -##contig=<ID=chr4,length=190214555> -##contig=<ID=chr5,length=181538259> -##contig=<ID=chr6,length=170805979> -##contig=<ID=chr7,length=159345973> -##contig=<ID=chr8,length=145138636> -##contig=<ID=chr9,length=138394717> -##contig=<ID=chrM,length=16569> -##contig=<ID=chrX,length=156040895> -##contig=<ID=chrY,length=57227415> -##filter="SOMATIC" -##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> -##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> -##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> -##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> -##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> -##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> -##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> -##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> -##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> -##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> -##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> -##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> -##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> -##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> -##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> -##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> -##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> -##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> -##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> -##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> -##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> -##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> -##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR -chr1 109575 . CGTGT C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.035881;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,10:10,5:17,5 -chr1 109580 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0062666;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:13,7:22,4 -chr1 136733 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.072331;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:13,4:13,1 -chr1 183800 . C G 0 PASS DP=506;GPV=1;SPV=0.0068358;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:288:251,37:120,16:131,21 -chr1 188062 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.041617;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:21,6:5,2 -chr1 464057 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.019428;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:7,5:12,6 -chr1 608256 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,3:2,1 -chr1 857687 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 -chr1 1030397 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.33518;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 -chr1 1134829 . GA G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.016677;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:42,17:21,10:21,7 -chr1 2432621 . G A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=8.6397e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:25,8:20,7 -chr1 2671789 . A T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.044752;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:91,12:71,10:20,2 -chr1 3066327 . C T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=7.263e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:47,17:26,7:21,10 -chr1 3868678 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.025178;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,7:16,2:4,5 -chr1 4644163 . A C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0011965;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:8,3:24,5 -chr1 6516868 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020689;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:5,4:10,1 -chr1 6516870 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027709;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,4:14,1 -chr1 7219542 . T TAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:6,3:3,1 -chr1 7310714 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 -chr1 8276928 . C A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 -chr1 8366917 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:3,2:3,2:0,0 -chr1 8501943 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,2:4,1:3,1 -chr1 10014390 . C CT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014256;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:15,3:17,4 -chr1 11718315 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.021848;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:4,4:1,1 -chr1 11997879 . C CTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,4:7,1 -chr1 13242734 . TTACAAAGAACCTTCTTAAGGGTGGGGGAGAC T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0045646;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:29,4:30,3 -chr1 15904478 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:3,2:5,5 -chr1 15904479 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:3,2:9,5 -chr1 16112755 . T C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00022955;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:20,8:24,6 -chr1 16512652 . C A 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.031459;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:115,19:78,16:37,3 -chr1 16516845 . T G 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.02177;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:85,19:26,7:59,12 -chr1 16535787 . G A 0 PASS DP=509;GPV=1;SPV=0.030136;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:293:262,31:136,23:126,8 -chr1 16550749 . C A 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.019915;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:92,20:51,8:41,12 -chr1 16594434 . T C 0 PASS DP=474;GPV=1;SPV=0.00152;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:259:226,33:111,16:115,17 -chr1 16595518 . C T 0 PASS DP=358;GPV=1;SPV=0.049846;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:194:164,30:84,14:80,16 -chr1 16606649 . A G 0 PASS DP=488;GPV=1;SPV=0.01332;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:265:227,38:123,21:104,17 -chr1 16611797 . G A 0 PASS DP=458;GPV=1;SPV=0.022882;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:201,32:99,15:102,17 -chr1 16623756 . AG A 0 PASS DP=541;GPV=1;SPV=0.026576;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:272:241,31:141,22:100,9 -chr1 16626425 . G A 0 PASS DP=463;GPV=1;SPV=0.046149;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:247:216,31:98,18:118,13 -chr1 16628965 . G A 0 PASS DP=423;GPV=1;SPV=0.028487;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:247:215,32:107,17:108,15 -chr1 16652640 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.0084969;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:71,19:40,16:31,3 -chr1 16735009 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.059933;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:23,4:0,0 -chr1 16874574 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0048994;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:34,16:20,11:14,5 -chr1 17367486 . G GTCTTTTGTGTGGGAGTCGACTTTCCCAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.023323;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:12,6:18,3 -chr1 17658621 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=8.648e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:15,7:16,5 -chr1 17683340 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0055436;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,9:7,1 -chr1 18286956 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00073529;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:22,5:19,7 -chr1 18296624 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00039485;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:19,5:16,5 -chr1 18611271 . G GAGGAAGGA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.064666;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:21,3:4,1 -chr1 20011131 . C CA 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.042596;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:24,5:26,1 -chr1 20647466 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,8:14,6:2,2 -chr1 23487144 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023812;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:9,4:7,3 -chr1 23703868 . AATAT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.085668;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,2:11,2 -chr1 24189141 . T TTCTC 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.040489;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:9,4:11,4 -chr1 25875571 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=4.2157e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:21,10:21,6 -chr1 26158356 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=2.4863e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:45,16:25,12:20,4 -chr1 26435430 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:3,3:5,3 -chr1 26803792 . A AC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,1:12,3 -chr1 27277036 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.068062;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:23,3:19,2 -chr1 28303493 . CT C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,3:12,1 -chr1 29365423 . T TCTCTCC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,4:7,2:9,2 -chr1 29554795 . A ATGTGCTGTGGTGTGGCATGGTGTGTGTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0054024;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,7:11,4:5,3 -chr1 29723904 . TACC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.00072598;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,10:5,5:1,5 -chr1 31154909 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.001715;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:19,5:16,6 -chr1 33404286 . T G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00013825;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:24,4:8,7 -chr1 35116835 . A ATTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:2,4:4,2 -chr1 35238703 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr1 35705018 . AAGAAAGAGAGAGAGAGAG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.28542;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,6:23,4:8,2 -chr1 36449835 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 -chr1 37414047 . CTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,7:5,5:5,2 -chr1 37980841 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.012681;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:6,9:5,4 -chr1 39138072 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.029963;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,10:9,9:6,1 -chr1 39505985 . C CAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.022251;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,8:15,4:4,4 -chr1 40558252 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.083965;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,2:19,2 -chr1 40670574 . T TTATATATATATATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 -chr1 43875897 . CTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031499;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,11:6,2:13,9 -chr1 44046539 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0063642;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:16,9:9,6:7,3 -chr1 44415506 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0058868;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:19,6:18,4 -chr1 45520723 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.034818;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,8:10,7:11,1 -chr1 45727494 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:0,0:29,4 -chr1 45762019 . A G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=2.2816e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:21,4:11,8 -chr1 46101980 . C CTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.034857;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,10:12,2 -chr1 46272025 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,3:7,1 -chr1 47588411 . T G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.011956;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:19,14:13,8:6,6 -chr1 47653083 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1 -chr1 48827995 . T TACAC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.043618;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,7:11,4:5,3 -chr1 50692241 . CTGTG C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.011329;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,9:9,7:6,2 -chr1 54704793 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.007971;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 -chr1 54780507 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0014835;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:14,8:5,5:9,3 -chr1 56647364 . T C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=2.1555e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:18,9:25,7 -chr1 57555025 . ATTTT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,3:6,3 -chr1 57735609 . GTT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0095308;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:10,3:2,3 -chr1 58473549 . T A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.011682;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:28,15:12,8:16,7 -chr1 59955307 . C CATAT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.18741;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:20,2:16,2 -chr1 61347165 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,6:4,3:9,3 -chr1 62838780 . C CA 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0011955;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,9:21,8:11,1 -chr1 65375282 . A G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00037424;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:15,5:26,7 -chr1 66187579 . A G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.045403;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:28,9:24,1 -chr1 67259965 . G GA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:9,7:5,1 -chr1 67482066 . G GTTTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.29549;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,3:10,1 -chr1 68737235 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023889;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:14,5:15,1 -chr1 70237513 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=2.9469e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:47,15:27,8:20,7 -chr1 72895693 . G GTT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:5,5:3,2:2,3 -chr1 73747985 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0079864;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:9,7:2,3:7,4 -chr1 74224724 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0013656;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:18,5:20,6 -chr1 74722610 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.039635;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:17,5:14,3 -chr1 75886415 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0088091;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,4:8,1 -chr1 75886416 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0082105;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,4:8,1 -chr1 77367763 . A ATGTAAT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,2:0,1:4,1 -chr1 77475382 . ATATATG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,3:6,1 -chr1 78838429 . ATTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.030781;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,9:11,5:10,4 -chr1 78840128 . T G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0015624;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:49,14:25,5:24,9 -chr1 79559217 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0022144;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:14,1:21,9 -chr1 80455065 . GTTTT G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.084679;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,5:15,4:4,1 -chr1 84245172 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011783;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:6,4:3,1 -chr1 85409396 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=4.1341e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:24,9:19,7 -chr1 85914304 . A ATG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,10:3,7:5,3 -chr1 88623526 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:3,3:3,1:0,2 -chr1 90311030 . T TTTCCTTCCTTCC 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0042046;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,9:11,5:20,4 -chr1 90499440 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.010217;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:20,5:26,3 -chr1 92412374 . C CTTT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.19282;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,4:12,1:15,3 -chr1 93053223 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:4,2:15,2 -chr1 93126159 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:1,2:0,1:1,1 -chr1 94591266 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,4:16,3:10,1 -chr1 94881184 . C G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.00080381;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:49,11:27,4:22,7 -chr1 97529514 . T C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.9106e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:38,18:18,9:20,9 -chr1 99708626 . ATAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,4:2,3:1,1 -chr1 100028321 . GTT G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.022644;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:28,2:14,4 -chr1 101750012 . T G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.1832e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,18:18,8:14,10 -chr1 102118219 . GCAA G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.013188;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:37,6:18,3 -chr1 103195970 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02905;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:4,1:15,5 -chr1 103196013 . TTC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0071858;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:2,1:9,7 -chr1 103320217 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.015638;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:14,2:17,5 -chr1 105071539 . A ACTCTCTCTCTCTCTCT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,6:6,5:8,1 -chr1 105075289 . T TATAC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018761;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:15,2:5,4 -chr1 105176574 . C G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=7.3001e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:17,6:25,8 -chr1 106711994 . T TGA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.056165;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,5:13,2:20,3 -chr1 108227490 . A C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 -chr1 108241901 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:0,0:17,4 -chr1 108489196 . G GT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.027875;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,2:16,2 -chr1 108489197 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.033417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,5:15,3:18,2 -chr1 108523875 . TATATATATG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,4:16,2:13,2 -chr1 109469827 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0065559;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:8,6:1,1 -chr1 113423259 . T TG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00387;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:10,9:0,1 -chr1 114024625 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:5,8:2,2 -chr1 114784814 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.046785;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,8:8,1 -chr1 116830698 . T TTCTC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,9:2,8:6,1 -chr1 117137454 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.022846;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:21,2:15,3 -chr1 118312815 . GC G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,3:5,3 -chr1 120061685 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.039481;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:7,10:22,2 -chr1 120118304 . T C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.0081296;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:30,11:15,2 -chr1 120120057 . T G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.024659;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:26,6:26,1 -chr1 120122567 . T C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.036338;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,13:27,10:29,3 -chr1 120124322 . G C 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.012563;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:52,12:26,8:26,4 -chr1 120147514 . CT C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.042357;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:57,13:29,2:28,11 -chr1 120199379 . C CCTCT 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0027718;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:30,18:13,6:17,12 -chr1 120511371 . G A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.045519;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:75,21:30,9:45,12 -chr1 120865334 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 -chr1 120920945 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.083411;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:24,4:15,1 -chr1 121006911 . C G 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.014857;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:60,20:21,17:39,3 -chr1 121017426 . A G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0489;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:50,12:29,10:21,2 -chr1 121035524 . C G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.0051375;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:58,10:32,5:26,5 -chr1 121070056 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.096448;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2 -chr1 121123014 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.028548;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:15,7:9,4 -chr1 121123034 . G C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0030354;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:18,9:11,5 -chr1 121295036 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14592;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:21,3:8,2 -chr1 121312943 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.025682;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:21,3:14,2 -chr1 121375318 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,7:6,4:6,3 -chr1 121398942 . G A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0053111;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:12,10:27,6 -chr1 121655844 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.057792;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 -chr1 121662952 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.02099;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:18,2:28,5 -chr1 121769292 . T C 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.0098206;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:29,7:45,2 -chr1 121918780 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031046;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:19,1:2,4 -chr1 121938737 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.039155;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:18,4:24,1 -chr1 121951935 . G C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:17,2:8,3 -chr1 121952283 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.010627;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:15,7:10,7 -chr1 122122886 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:16,3:1,1 -chr1 122164394 . T C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.015096;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:24,4:20,2 -chr1 122164557 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:3,1:12,6 -chr1 122290901 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.060567;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:27,1:4,3 -chr1 123692217 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.057784;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:36,4:0,0 -chr1 123845299 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:6,1:19,3 -chr1 124786953 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031149;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:22,3:9,2 -chr1 124788615 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,5:0,1 -chr1 124804266 . T A 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.010263;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:64,12:45,9:19,3 -chr1 124819244 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.036822;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:17,3:15,3 -chr1 124832181 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0079695;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,6:4,2 -chr1 124833991 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.039036;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:19,3:12,2 -chr1 124866881 . T A 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.023164;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:114,17:76,11:38,6 -chr1 125135958 . C G 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.00014152;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:86,29:34,5:52,24 -chr1 125135961 . A T 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.00031663;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:93,28:34,5:59,23 -chr1 125170319 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.082408;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:1,3:30,1 -chr1 125178301 . A C 0 PASS DP=13569;GPV=1;SPV=9.8163e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:6911:6057,728:633,39:5424,689 -chr1 125182272 . G A 0 PASS DP=12697;GPV=1;SPV=0.0060736;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:6772:6000,739:5014,473:986,266 -chr1 143185845 . C T 0 PASS DP=548;GPV=1;SPV=0.00057945;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:359:289,68:177,52:112,16 -chr1 143187209 . A C 0 PASS DP=1386;GPV=1;SPV=0.0018903;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:813:721,90:227,40:494,50 -chr1 143194773 . A T 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.031672;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:77,14:31,3:46,11 -chr1 143201663 . G A 0 PASS DP=638;GPV=1;SPV=0.01979;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:396:346,47:107,19:239,28 -chr1 143210881 . C T 0 PASS DP=1180;GPV=1;SPV=0.0011506;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:732:648,79:617,41:31,38 -chr1 143214275 . A G 0 PASS DP=8966;GPV=1;SPV=0.0034751;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:5453:4819,619:4117,404:702,215 -chr1 143214277 . C G 0 PASS DP=9389;GPV=1;SPV=0.0017894;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:5732:5012,625:4106,424:906,201 -chr1 143237848 . T A 0 PASS DP=3596;GPV=1;SPV=0.036833;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2154:1930,219:1400,145:530,74 -chr1 143245469 . A G 0 PASS DP=1075;GPV=1;SPV=0.022884;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:641:554,79:532,74:22,5 -chr1 143324676 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 -chr1 143505908 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.3167;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:22,4:6,1 -chr1 143743001 . ATGTG A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.014985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,12:21,9:11,3 -chr1 143769128 . T C 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.025318;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:75,18:44,9:31,9 -chr1 143791240 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.21414;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:17,4:5,1 -chr1 143816122 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.1349e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,22:5,10:8,12 -chr1 143876753 . C CTA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0094722;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,8:19,5:7,3 -chr1 143908474 . G T 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.041053;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:97,18:45,2:52,16 -chr1 144103951 . G A 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.037815;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:86,16:46,13:40,3 -chr1 144484369 . C CA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.048523;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,7:32,6:14,1 -chr1 144592574 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.058582;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:16,5:12,1 -chr1 144592578 . G GA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.086254;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,7:14,6:6,1 -chr1 144827138 . A G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.041942;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:73,15:27,2:46,13 -chr1 144827697 . A AATG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.053126;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:4,1:19,6 -chr1 144827768 . TTAAA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.26796;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:2,1:34,3 -chr1 144988999 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:5,8:9,4 -chr1 145136580 . A G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.019561;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:63,12:37,10:26,2 -chr1 145162688 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.02761;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:16,5:7,6 -chr1 145411387 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,17:6,11:11,6 -chr1 145445127 . C CT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.035929;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:10,9:13,3 -chr1 146333614 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0097372;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:11,6:9,6 -chr1 146397990 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.7941e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:13,8:16,10 -chr1 146443480 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0037023;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:8,1:15,8 -chr1 146717129 . CTTTTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:7,6:4,1 -chr1 147090778 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.18565;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:26,2:11,3 -chr1 148239596 . CT C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.023047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:48,18:28,12:20,6 -chr1 148471265 . T TACACAC 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.045222;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,11:18,5:15,6 -chr1 148474192 . GTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.37843;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:19,3:4,1 -chr1 149058110 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021975;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,5:11,3 -chr1 149157370 . T C 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.02174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:73,18:49,5:24,13 -chr1 149176407 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.029779;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:17,7:11,7 -chr1 149398307 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00019831;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:26,34:12,13:14,21 -chr1 149424393 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0010994;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:11,5:12,12 -chr1 149475128 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.017006;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,5:9,5 -chr1 149528005 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023166;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,1:5,4 -chr1 149569833 . C T 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.040363;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:86,18:38,12:48,6 -chr1 149583520 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.15137;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,4:27,1:7,3 -chr1 149602017 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.016573;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:18,1:12,6 -chr1 149609586 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0040088;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:18,9:10,2 -chr1 149634139 . GCCCCCACCGA G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.024131;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,6:15,4 -chr1 149644757 . AC A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.016341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,6:15,4:10,2 -chr1 149685676 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,4:10,1 -chr1 149771820 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13128;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,2:14,3 -chr1 149789393 . A AAATAATAATAATAATAAT 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.00012454;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:53,17:26,13:27,4 -chr1 150020956 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=1.3844e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:52,21:24,11:28,10 -chr1 150724165 . C CTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045954;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,10:8,8:9,2 -chr1 150775822 . ATTT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,6:13,3:4,3 -chr1 151999734 . G A 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.00016247;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:67,22:30,10:37,12 -chr1 153558554 . G T 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.018547;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:44,6:30,3 -chr1 154113157 . TA T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.02492;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:70,9:29,3:41,6 -chr1 154593135 . C CAAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.040919;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,16:12,14:7,2 -chr1 154714319 . G GGTGTGTGTGGGGT 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.074687;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,6:22,4:30,2 -chr1 155065700 . CTTTATTTATTTA C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0036289;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:15,5:24,10 -chr1 155584670 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.20137;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:27,3:3,1 -chr1 156617351 . C CTT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.010745;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,16:15,13:7,3 -chr1 156756793 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.052073;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,6:19,5:9,1 -chr1 156787448 . TTG T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.008238;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:8,8:6,7:2,1 -chr1 156979361 . C CTT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010186;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,14:16,12:13,2 -chr1 157035934 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1019;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,3:15,1 -chr1 157274173 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:5,2:7,2 -chr1 158084688 . T C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0029786;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:63,11:25,3:38,8 -chr1 160569542 . G A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.092902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:25,5:8,3:17,2 -chr1 160973841 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1532;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:6,5:7,1 -chr1 161097738 . G C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.012533;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:16,9:6,7:10,2 -chr1 161443332 . G A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.011182;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:88,10:30,2:58,8 -chr1 161513933 . G A 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.024873;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:81,15:43,4:38,11 -chr1 161629853 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.32052;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:32,2:2,2 -chr1 161981444 . C A 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0009232;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:73,14:23,2:50,12 -chr1 162403503 . AAAAAAAAAATATATATATATAT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.20823;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:16,1:19,3 -chr1 164776899 . TTGTGTG T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01792;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,13:16,9:7,4 -chr1 164793872 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.11976;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,4:10,1 -chr1 165117026 . C T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=1.6016e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:58,22:30,13:28,9 -chr1 165591334 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,1:14,3 -chr1 165695487 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0083313;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,7:5,2 -chr1 167111513 . TACAC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,4:2,1:5,3 -chr1 168153906 . CAA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0093016;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,15:12,12:9,3 -chr1 168466949 . C T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.003938;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:76,13:43,9:33,4 -chr1 169997884 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.031247;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,12:13,10:9,2 -chr1 170166140 . C CT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:5,6:1,2:4,4 -chr1 170331019 . A AT 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.0030735;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:65,14:33,4:32,10 -chr1 171694664 . G GAA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.11157;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,5:19,3:18,2 -chr1 174795790 . G T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.00059571;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:81,20:46,13:35,7 -chr1 174973979 . GTTTTT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,5:16,4:4,1 -chr1 175085874 . C CAA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.013604;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:33,20:26,17:7,3 -chr1 175122455 . TTGCTAACAAAGGACTGAAGAAGAGCCAGTGAGTTAGGAAAATCAAGGGAGTA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.022351;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:19,10:20,6 -chr1 179410300 . G A 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=5.0817e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:52,24:30,16:22,8 -chr1 181727163 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=2.1332e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:56,36:31,18:25,18 -chr1 182141378 . CTTTCTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:7,2:7,2 -chr1 183364655 . A ATTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0089603;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,15:17,2:19,13 -chr1 183441072 . G A 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.0010762;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:64,13:37,5:27,8 -chr1 184811511 . T TGTTTTTTTTTG 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.054778;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:45,9:14,7:31,2 -chr1 185858586 . ATTTTTTTTTT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.2649;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:14,2:14,2 -chr1 186163946 . A T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.01109;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:79,10:37,7:42,3 -chr1 189139638 . C A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.0037905;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:69,8:43,3:26,5 -chr1 190277113 . A ATATATATATATATATATT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:1,1:3,4 -chr1 190280208 . A C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.00043432;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,14:31,6:24,8 -chr1 190408019 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,10:6,9:3,1 -chr1 191089426 . TATATATTTGTGTGTATACATGTGTATGTATACGCAC T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.16867;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:16,2:19,2 -chr1 191581492 . G GTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.064856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,9:7,7:8,2 -chr1 191806131 . GAAT G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:29,4:11,3:18,1 -chr1 192048740 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.01311;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,8:26,6:3,2 -chr1 192550559 . G A 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=9.5454e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:68,20:30,4:38,16 -chr1 192606029 . A AAGAG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.14384;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:29,2:7,2 -chr1 193177358 . C CAAAA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.01273;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,16:24,15:3,1 -chr1 193564348 . TTATA T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.024837;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:71,13:36,8:35,5 -chr1 193988983 . A T 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.0017076;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:69,14:39,6:30,8 -chr1 194673631 . G GTTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01018;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,11:11,8:7,3 -chr1 194834203 . T A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.01342;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:25,8:11,3:14,5 -chr1 195543282 . GGTGT G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.10026;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:26,4:7,1 -chr1 196235161 . T C 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.0015681;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:62,19:29,8:33,11 -chr1 198404753 . A C 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=3.3498e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:60,30:30,14:30,16 -chr1 198977744 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.28876;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,4:12,2:13,2 -chr1 199200439 . C CT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00036531;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:14,11:9,9 -chr1 200073268 . T TTATA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,9:5,5:5,4 -chr1 200736164 . CTTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.26519;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,3:11,1:5,2 -chr1 200919962 . C CT 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.15872;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:33,5:13,2:20,3 -chr1 201765404 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.023939;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:5,5:28,2 -chr1 201901513 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0011846;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:5,17:1,12:4,5 -chr1 202065074 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.043306;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,13:13,11:11,2 -chr1 202721205 . C CTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.040398;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:12,10:6,9:6,1 -chr1 203315362 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.021e-10;SS=2;SSC=99;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:25,32:23,23:2,9 -chr1 203315363 . G T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=2.3122e-10;SS=2;SSC=96;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:27,32:23,23:4,9 -chr1 203918573 . A T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.023333;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:23,6:9,1:14,5 -chr1 204099424 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011427;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,9:13,8:4,1 -chr1 205314328 . T G 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=4.0037e-17;SS=2;SSC=163;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:36,56:17,18:19,38 -chr1 205898579 . T TTGTGTGTGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,2:6,3 -chr1 205956552 . C A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.0001101;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:78,19:38,10:40,9 -chr1 206118843 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.066379;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,8:9,4:9,4 -chr1 206322898 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.053126;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:6,2:17,5 -chr1 206345228 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0072004;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:4,4:9,5 -chr1 207118198 . A G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.018568;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:57,14:27,3:30,11 -chr1 211214809 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.050308;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:20,4:23,2 -chr1 211440639 . CA C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00017113;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:30,27:15,17:15,10 -chr1 211535137 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0024246;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:26,16:10,3:16,13 -chr1 212116319 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0043177;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,10:11,8:10,2 -chr1 212806847 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.018872;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:14,9:22,4 -chr1 212865485 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.011608;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,8:15,7:2,1 -chr1 212896856 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.018479;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:6,17:4,9:2,8 -chr1 213355745 . C T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.0061895;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:64,10:44,7:20,3 -chr1 213714274 . T A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.012157;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:61,7:35,3:26,4 -chr1 213728937 . G GTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.012914;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,11:9,7:2,4 -chr1 215732544 . CTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:4,8:3,4 -chr1 216880304 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.019316;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:12,9:6,1 -chr1 216912226 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,2:7,2:0,0 -chr1 217958962 . C T 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=7.2352e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:81,27:41,12:40,15 -chr1 218230928 . CTTTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.012102;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:9,5:2,2 -chr1 218991845 . G A 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=1.7265e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:65,29:24,12:41,17 -chr1 219165731 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0038232;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:15,14:8,5:7,9 -chr1 219927678 . CAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:6,3:3,5 -chr1 221297986 . C CTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,9:5,6:4,3 -chr1 221524306 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,4:4,3:2,1 -chr1 223065455 . CTTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.097821;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:8,3:11,4 -chr1 223268044 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:6,3:10,3 -chr1 223656676 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.016951;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:14,5:5,2 -chr1 224011834 . GGACAT G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,4:16,2:7,2 -chr1 224342475 . ATCTC A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.018933;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,11:9,7:10,4 -chr1 226844839 . TAAAA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 -chr1 228817691 . A T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.00021864;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:29,9:19,4 -chr1 229069432 . T TA 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.017657;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:12,2:20,9 -chr1 229116825 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.076651;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,5:3,3:9,2 -chr1 229550525 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0052123;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:15,9:3,3 -chr1 229870926 . A ACACAC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,2:4,1:1,1 -chr1 231169368 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:8,4:5,1 -chr1 232368199 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15645;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,2:15,3 -chr1 233120164 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.030612;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,7:20,6:4,1 -chr1 233729406 . TGGC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.01817;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,2:13,5 -chr1 234108657 . TTA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.069262;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:22,3:15,4 -chr1 235080879 . G GA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0047012;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,11:9,9:3,2 -chr1 235926950 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.032608;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,10:14,9:3,1 -chr1 237594886 . GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024462;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:5,2:5,2 -chr1 237827936 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,5:9,1 -chr1 237884033 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0024202;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,15:6,6:9,9 -chr1 240248861 . T A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00027224;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:47,16:29,3:18,13 -chr1 240277525 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:5,4:3,1 -chr1 240364499 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00013601;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:26,8:14,5 -chr1 241571864 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.028117;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:7,8:12,2 -chr1 242512288 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0010162;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:17,3:13,5 -chr1 243079412 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00081679;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:24,6:16,4 -chr1 245006970 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.034441;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,4:9,1:12,3 -chr1 245781338 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00022306;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:25,4:11,7 -chr1 246267930 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=3.0204e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:50,20:33,9:17,11 -chr1 246273153 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,3:12,1 -chr1 246408663 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,4:2,2 -chr1 247852884 . GACACACACAC G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.018096;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:20,4:14,4 -chr1 247958619 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00015449;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:17,9:26,4 -chr1 248475596 . TTAAA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033483;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 -chr1 248938433 . T C 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.022333;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,7:21,3:32,4 -chr1 248945547 . GGAGGGT G 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.028385;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:65,10:25,3:40,7 -chr1 248945740 . TA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,1:1,3 -chr10 51939 . T A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0093264;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:51,8:24,6:27,2 -chr10 260402 . C CAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013043;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,3:2,3 -chr10 685159 . AAAATATATATATATATATATATATATACATAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:4,1:10,6 -chr10 794158 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.022194;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:15,8:6,2 -chr10 1542823 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.031109;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:12,3:1,4 -chr10 2205050 . CA C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.8981e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:37,16:15,9:22,7 -chr10 2583951 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02706;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:18,2:14,3 -chr10 4117550 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,3:1,2 -chr10 4169431 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:15,8:4,2 -chr10 4929666 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.008578;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:21,7:21,3 -chr10 5370687 . A ATG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0046642;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:6,5:0,3 -chr10 8613475 . CTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025795;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,8:7,6:6,2 -chr10 9058088 . C CTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,5:6,4:3,1 -chr10 9133448 . T TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.048301;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:15,8:15,3 -chr10 9321021 . C CTT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.1519;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:11,2:21,3 -chr10 9776111 . C CAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.040415;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,8:16,7:4,1 -chr10 10127847 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:20,4:14,2:6,2 -chr10 10383234 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:23,5:11,3:12,2 -chr10 10621243 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0087248;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,10:8,8:5,2 -chr10 10652124 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.004796;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:8,3:13,10 -chr10 11197070 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:5,1:0,1 -chr10 11645046 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010514;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,11:16,9:6,2 -chr10 11662229 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.12928;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 -chr10 12131682 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:5,1:6,5 -chr10 12256163 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03895;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:13,8:3,1 -chr10 12330744 . CTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:8,3:1,2 -chr10 12385739 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,13:5,9:2,4 -chr10 14191806 . TC T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.024274;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:17,3:19,2 -chr10 14374865 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022357;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:15,2:3,6 -chr10 14628112 . G GTTTTTTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,4:6,1:8,3 -chr10 15379603 . G GTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,5:5,4:4,1 -chr10 15390270 . A AT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.02262;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,8:13,6:14,2 -chr10 15930344 . G A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0023029;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:51,8:27,2:24,6 -chr10 17520917 . GA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.11029;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,2:4,2:0,0 -chr10 18426955 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0070913;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,10:2,4:4,6 -chr10 18563165 . AATGGAATGGAATGGAGAATGGT A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.027747;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:13,3:19,7 -chr10 19023687 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0047508;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:24,6:13,3 -chr10 19885779 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.032911;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:27,4:17,1 -chr10 20682249 . T TA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,9:8,8:5,1 -chr10 21664944 . C CTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:5,6:5,3 -chr10 22298888 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0029478;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:16,6:16,2 -chr10 23051201 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.032391;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:16,5:20,4 -chr10 25200869 . T G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,6:11,3:9,3 -chr10 25211071 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.00067164;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:21,7:23,4 -chr10 25713463 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.014855;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,10:9,8:9,2 -chr10 25753378 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:10,4:3,2 -chr10 25908233 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,4:10,1:11,3 -chr10 27404164 . A C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.005129;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:20,4:17,3 -chr10 27446902 . CTTTTCT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0084291;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,6:5,1:4,5 -chr10 27656879 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,10:2,2:5,8 -chr10 27948779 . A ATT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,4:14,3:5,1 -chr10 28465570 . C CA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.010573;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,10:10,7:10,3 -chr10 28521937 . G A 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.00011299;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:25,6:19,6 -chr10 29481168 . T G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.11468;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:13,3:32,2 -chr10 29507556 . CAT C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.033939;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:15,2:11,3 -chr10 30073685 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036876;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:10,4:16,7 -chr10 31312481 . G C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0064153;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:23,4:26,4 -chr10 31889619 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:12,2:3,2 -chr10 31920449 . C CAAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.20433;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,6:17,5:6,1 -chr10 31922180 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,9:3,6:4,3 -chr10 33897211 . G T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.079813;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:32,5:19,3:13,2 -chr10 34371514 . AAAAAAAAAAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,4:5,1 -chr10 35262257 . C CAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,7:3,6:5,1 -chr10 36383345 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00022873;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:29,6:15,7 -chr10 38071302 . C CAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.016961;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:9,7:7,2 -chr10 38215937 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:12,5:1,1 -chr10 38600954 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,1:4,6 -chr10 38651226 . A C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.026174;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:27,6:18,3 -chr10 38953450 . T C 0 PASS DP=414;GPV=1;SPV=0.023922;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:238:210,28:107,18:103,10 -chr10 39720018 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0032962;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:28,6:5,2 -chr10 39986132 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11839;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:33,4:0,0 -chr10 39998840 . G A 0 PASS DP=513;GPV=1;SPV=0.001616;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:277:243,34:143,25:100,9 -chr10 40278008 . T TA 0 PASS DP=415;GPV=1;SPV=0.0062425;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:236:195,39:157,31:38,8 -chr10 40421309 . C T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.03755;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:66,9:33,5:33,4 -chr10 40477143 . A T 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.00059398;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:67,29:50,22:17,7 -chr10 40701121 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.32006;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:17,1:7,2 -chr10 40792873 . A G 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.014753;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:87,21:42,4:45,17 -chr10 41066625 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.076205;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:8,1:15,3 -chr10 41072437 . G A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.041395;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:93,20:53,10:40,10 -chr10 41413507 . C G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.020165;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:19,1:40,6 -chr10 41550741 . A G 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0090706;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:96,18:34,8:62,10 -chr10 41559853 . T A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.034486;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:110,26:87,10:23,16 -chr10 41584224 . A T 0 PASS DP=330;GPV=1;SPV=0.041571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:169,23:112,19:57,4 -chr10 41587208 . G T 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.041845;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:79,11:13,6:66,5 -chr10 41592961 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.012992;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:0,9:17,1 -chr10 41874905 . G GGAATGGAATGCAACA 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0073197;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:33,10:22,3:11,7 -chr10 41882526 . C T 0 PASS DP=484;GPV=1;SPV=0.0071833;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:254:215,39:112,24:103,15 -chr10 41899853 . C CGAATGGAATG 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.024355;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:37,11:18,4:19,7 -chr10 41912099 . T A 0 PASS DP=410;GPV=1;SPV=0.02222;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:235:205,30:108,20:97,10 -chr10 42073671 . T A 0 PASS DP=3712;GPV=1;SPV=0.016542;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2025:1788,237:832,129:956,108 -chr10 42079479 . C T 0 PASS DP=4454;GPV=1;SPV=0.022841;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2370:2099,271:1599,238:500,33 -chr10 42085585 . G C 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.038256;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:90,11:18,3:72,8 -chr10 42085807 . G A 0 PASS DP=473;GPV=1;SPV=0.0037187;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:278:249,29:133,13:116,16 -chr10 42130126 . T C 0 PASS DP=692;GPV=1;SPV=0.024327;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:380:325,55:159,30:166,25 -chr10 42130137 . G C 0 PASS DP=728;GPV=1;SPV=0.034664;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:398:345,53:170,16:175,37 -chr10 42766332 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.20063;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:26,4:8,1 -chr10 42831180 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.0058807;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:31,5:19,3 -chr10 42891280 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00010642;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:15,5:12,7 -chr10 44382770 . A C 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=4.5383e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:46,21:21,15:25,6 -chr10 45741650 . C T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.014179;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:29,6:28,1 -chr10 45836673 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033449;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:12,7:4,4 -chr10 46323835 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0080848;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:24,6:20,2 -chr10 46484868 . A T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.014737;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:29,8:22,2 -chr10 46525521 . CAT C 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.016073;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:69,18:31,8:38,10 -chr10 47520838 . TA T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.021295;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,10:13,6:11,4 -chr10 48051799 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.017584;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:11,10:16,2 -chr10 48140522 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,3:17,1 -chr10 50028240 . GTTTT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,3:2,1 -chr10 50748900 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.038215;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,9:18,4:23,5 -chr10 51091344 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00062159;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:20,5:23,11 -chr10 51285968 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.04872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:20,4:18,1 -chr10 52036899 . G C 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.041079;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,11:34,6:16,5 -chr10 52380498 . T C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0010177;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:27,5:11,5 -chr10 53164463 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=2.6315e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:20,8:19,8 -chr10 53729877 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.013778;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:13,7:19,4 -chr10 55582628 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:5,2:4,3 -chr10 56175687 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,3:5,2:1,1 -chr10 56684222 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.8184e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:14,7:13,6 -chr10 57620739 . C CATATATATATATATAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.022727;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,3:6,2 -chr10 57811028 . T C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=1.2729e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:38,18:19,5:19,13 -chr10 61120281 . G GTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:6,2:7,2 -chr10 61680578 . T TATA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0088769;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,7:6,2 -chr10 62977815 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018244;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:6,5:0,1 -chr10 64460856 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,7:2,1 -chr10 65470642 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0026067;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:22,6:14,5 -chr10 66380758 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0019257;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:22,4:13,5 -chr10 66421834 . CAAAA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.046847;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,4:2,2 -chr10 66976334 . T C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=3.5233e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:13,6:17,8 -chr10 68821532 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.050822;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:13,2:27,3 -chr10 70045898 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.016941;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:14,1:23,8 -chr10 70311222 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.02977;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:14,8:10,5 -chr10 71590884 . AAAC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.035289;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:8,4:11,2 -chr10 72319091 . C CT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.043948;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,5:14,3:13,2 -chr10 73724908 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1 -chr10 74018177 . G GATATATATATAT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.014286;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,4:0,0 -chr10 74602105 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:13,7:1,1 -chr10 75109823 . G T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0075351;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:30,5:19,3 -chr10 78459622 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0017333;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:26,8:11,1 -chr10 80032868 . T TAAA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:5,4:2,2:3,2 -chr10 80383621 . G GTATACGTATATATATATATATA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:13,3:15,1 -chr10 84047174 . C A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0039955;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:26,5:22,8 -chr10 84437150 . C G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:4,6:1,5:3,1 -chr10 84922885 . T TGTAAGAGGTTG 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.025097;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:16,3:23,3 -chr10 86600343 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0036889;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:17,3:20,5 -chr10 86625377 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011299;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:9,7:2,2 -chr10 87219963 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2 -chr10 87351605 . A G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.018263;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:19,5:23,5 -chr10 87985763 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 -chr10 88613770 . G GTATA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0024902;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,8:1,6:2,2 -chr10 90289883 . T TACACACACAC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:24,2:8,2 -chr10 92582076 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.048675;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:28,1:16,4 -chr10 93644896 . ATATAG A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,1:16,3 -chr10 93693480 . GTGTATA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.020192;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:12,3:7,7 -chr10 93693509 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.010436;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:8,2:9,8 -chr10 93693514 . TATATATATATATACACC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035132;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:8,1:12,7 -chr10 96025192 . AAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:10,2:9,2 -chr10 96794402 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.017686;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:15,2:17,5 -chr10 97166543 . GA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.016354;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:13,2:6,3 -chr10 97449861 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 -chr10 99321534 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:26,4:21,3 -chr10 99321537 . AAGAACC A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.073758;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:48,6:26,5:22,1 -chr10 99922502 . GTT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19804;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,4:9,1 -chr10 99929440 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00011756;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:16,6:14,4 -chr10 102663393 . A AAAT 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,4:21,3:9,1 -chr10 103728043 . C A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=4.2495e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:50,16:28,8:22,8 -chr10 103776395 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.022854;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:8,5:8,3 -chr10 104293563 . A AT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0061419;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,6:18,4:7,2 -chr10 104306020 . G GGTGT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00048357;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:14,15:11,12:3,3 -chr10 104534704 . TTCTTTC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.020689;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,5:2,3:13,2 -chr10 105512880 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.407e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,11:10,3 -chr10 106125874 . A AAG 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.012602;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,10:13,6:17,4 -chr10 108123939 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=6.9523e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:18,5:21,12 -chr10 109500156 . GTGTGGGCTGAATTCTGAGCACTACACATCA G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.03317;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:38,16:22,9:16,7 -chr10 111375645 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.020244;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,7:5,3:10,4 -chr10 113073503 . CA C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.043711;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:16,5:7,3 -chr10 113156115 . C CT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00077751;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,10:7,9:6,1 -chr10 113348938 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00080682;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:13,5:24,6 -chr10 114083902 . AATATTATATATAAAT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:1,3:7,3 -chr10 118600042 . G A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.00026184;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:26,8:27,5 -chr10 119636647 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.020593;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:25,4:25,4 -chr10 119717299 . A AT 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00018434;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:23,6:10,5 -chr10 121080935 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.00036241;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:18,6:27,6 -chr10 121421866 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=2.2741e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,14:22,4:17,10 -chr10 121455813 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:1,3:3,2 -chr10 121650820 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.006961;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:19,3:8,5 -chr10 123068657 . CACAT C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0091599;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:21,5:18,2 -chr10 123211730 . G GTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.013574;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:13,6:5,3 -chr10 125826996 . T TAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0082486;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,10:10,6:8,4 -chr10 125864929 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0045249;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1 -chr10 125894099 . AAT A 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.028118;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:100,16:33,4:67,12 -chr10 127755343 . C G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=7.5652e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:16,8:19,7 -chr10 130347228 . G GT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0092633;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:7,3:3,6 -chr10 131350780 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0010195;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:21,4:14,6 -chr10 131746881 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0052114;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,6:6,2:12,4 -chr10 132816830 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=2.593e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:34,21:19,9:15,12 -chr10 133011316 . T TTA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.023176;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,2:3,3 -chr10 133430349 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.015108;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:24,3:21,3 -chr10 133625834 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0086278;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:23,3:21,11 -chr10 133657822 . A T 0 PASS DP=389;GPV=1;SPV=0.02169;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:211:175,36:91,22:84,14 -chr11 123174 . AAAAC A 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.035374;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:68,10:39,6:29,4 -chr11 349700 . C CAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,1:8,3 -chr11 897146 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:20,5:3,2 -chr11 1096112 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.01598;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:21,5:11,2 -chr11 2917012 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.029749;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:20,8:13,3 -chr11 3754941 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,6:11,3:10,3 -chr11 4046059 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.30935;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,5:10,3:6,2 -chr11 4174497 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00096207;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:7,8:12,9 -chr11 4233598 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,1:9,3 -chr11 4244066 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.040748;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:11,5:15,2 -chr11 4297902 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.031471;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,1:15,3 -chr11 4308516 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.065183;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:17,1:21,6 -chr11 4353566 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.036854;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:14,3:8,4 -chr11 4819566 . ATTTT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 -chr11 5692793 . C CAAAAA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.026055;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,8:10,7:9,1 -chr11 8854016 . AT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:9,1:5,3 -chr11 9719093 . C CAAAAA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0079779;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:17,9:7,3 -chr11 10108515 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.19203;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:14,3:9,1 -chr11 12155973 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=2.1165e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:42,19:16,11:26,8 -chr11 12306140 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00010265;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,13:18,6:21,7 -chr11 12330900 . A AGAGT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.18393;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,4:18,3:8,1 -chr11 12837681 . T TTTCTCCTTTCTCCC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:12,2:16,6 -chr11 15283720 . C CT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0012048;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:15,8:11,2 -chr11 18274075 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.3037e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:34,19:22,10:12,9 -chr11 18598411 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,3:5,1 -chr11 22334110 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,10:7,7:6,3 -chr11 22339167 . TATATATATATG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,2:14,2 -chr11 23228372 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,5:6,2:2,3 -chr11 25219930 . CAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015942;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:6,4:2,1 -chr11 25650319 . C G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.012311;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:21,8:16,2 -chr11 25650327 . GTATA G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.013578;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,9:17,7:15,2 -chr11 25849885 . T TA 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00014302;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,14:23,5:14,9 -chr11 25857940 . C CTTATTATTATTATTATTA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0093999;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:14,4:15,5 -chr11 29143731 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,9:4,1 -chr11 29504566 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,7:1,2:2,5 -chr11 30888060 . AAG A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,5:12,4:5,1 -chr11 30888104 . AAG A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023578;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,9:14,7:10,2 -chr11 32855211 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=5e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:17,11:25,5 -chr11 33310270 . G GTCTATCTTATCTATCTA 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.071484;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:18,3:17,1 -chr11 34237276 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:20,4:1,0 -chr11 35887994 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.022257;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:19,5:20,2 -chr11 36793927 . TATATATATA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,5:2,2:2,3 -chr11 37315818 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=2.1193e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:33,19:15,10:18,9 -chr11 38943261 . T G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=4.7395e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:24,10:17,3 -chr11 39326384 . T A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=2.3519e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:36,17:17,10:19,7 -chr11 40906706 . C CTG 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.027169;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,3:16,2 -chr11 41303775 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,1:9,4 -chr11 43888382 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,2:2,4 -chr11 45337328 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.045915;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,9:9,1 -chr11 47545867 . CTGCGTG C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,4:8,1:11,3 -chr11 47862750 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.011497;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:17,3:25,4 -chr11 52225432 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:1,0:21,4 -chr11 52599572 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1041;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:25,4:7,1 -chr11 52599777 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.092724;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:6,4:44,2 -chr11 52737767 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:21,4:0,0 -chr11 53072080 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:3,3:16,2 -chr11 53300818 . C A 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.01649;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:115,13:43,4:72,9 -chr11 53535337 . T A 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.01123;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:98,22:45,10:53,12 -chr11 53616452 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr11 54256182 . G A 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.0093624;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:94,23:37,10:57,13 -chr11 54351934 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,3:1,1 -chr11 54353579 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,1:8,3 -chr11 54362637 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,1:10,3 -chr11 54382746 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.060731;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,1:20,3 -chr11 54393362 . C T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.012341;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:89,19:1,1:88,18 -chr11 54421961 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.04394;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 -chr11 54530924 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr11 54536160 . T G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.029289;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:68,17:35,14:33,3 -chr11 55317589 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0058707;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:26,2:14,6 -chr11 55568525 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.7247e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,8:10,6 -chr11 55608897 . C CTATATATA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,7:5,4:3,3 -chr11 55993111 . A T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.038888;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:22,8:15,2:7,6 -chr11 56498551 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0003709;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:14,5:16,4 -chr11 56974177 . A AATAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:6,4:1,1 -chr11 58320076 . GT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035323;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:10,4:5,4 -chr11 58697156 . G C 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.048805;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:57,10:35,8:22,2 -chr11 59905247 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,10:3,9:2,1 -chr11 61376652 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00062737;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:17,6:18,4 -chr11 61657599 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,8:8,4:6,4 -chr11 62098145 . T TACACAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.016315;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,11:14,6:8,5 -chr11 62184483 . A G 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=4.0571e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,16:19,7:25,9 -chr11 63145562 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0035559;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:2,4:6,6 -chr11 63177835 . ATGTG A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012629;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,4:8,4 -chr11 64170679 . A ATTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:3,3:6,4 -chr11 64582112 . T TCACCAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.25362;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,3:7,1:10,2 -chr11 66270245 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:13,5:7,3:6,2 -chr11 67670248 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:17,3:6,1 -chr11 68511463 . A AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.010126;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,7:9,6:13,1 -chr11 69715028 . AAGAGAGAGAG A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0092391;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,14:11,10:8,4 -chr11 70678532 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:4,4:2,1 -chr11 71931566 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00024808;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:21,7:20,8 -chr11 72907599 . G GTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.029887;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,12:10,8:9,4 -chr11 73735920 . T TAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014318;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,6:4,3 -chr11 73762590 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0048917;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,4:11,2 -chr11 74353860 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0028145;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:1,4:3,2 -chr11 76076802 . G GTATTTATTTATT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.032545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,10:10,5:20,5 -chr11 77920226 . TACATAC T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0078411;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,8:18,7:22,1 -chr11 78535632 . C CT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.060679;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,4:23,3:10,1 -chr11 78942108 . TA T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.006277;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:14,5:15,2 -chr11 79124893 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.20154;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,9:17,4:9,5 -chr11 80326049 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0037001;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:18,7:21,1 -chr11 85598630 . A T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00022326;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:40,12:30,3:10,9 -chr11 85753760 . CT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,4:23,3:9,1 -chr11 86939405 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 -chr11 87189098 . CG C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.068696;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:9,2:20,2 -chr11 88080857 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.25926;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,4:15,4:0,0 -chr11 89060285 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.076205;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:23,4:12,2:11,2 -chr11 89157084 . T TATAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,3:3,1 -chr11 89422795 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0023788;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,9:7,8:4,1 -chr11 89757187 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,8:7,7:2,1 -chr11 89861631 . C T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.018449;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:25,6:26,4 -chr11 90552211 . GT G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0032719;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:9,9:6,4 -chr11 91670125 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,2:2,1:2,1 -chr11 92010898 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0011397;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:11,2:28,8 -chr11 92293064 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.031089;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:15,4:9,1 -chr11 92712942 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.013703;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:22,1:19,6 -chr11 93591583 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015718;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:2,1:3,6 -chr11 95337512 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.051974;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:26,2:7,3 -chr11 96232615 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00032416;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:12,8:28,5 -chr11 96932088 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,10:5,7:4,3 -chr11 97579453 . ACACACACACACACC A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0073017;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,9:10,5 -chr11 97899853 . GACATATTAAAATAAATTCTTCAGAGAGAACCA G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0048961;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:17,6:8,4 -chr11 98135976 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.059972;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,6:17,2:18,4 -chr11 98316306 . TA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,2:1,1:3,1 -chr11 98697052 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,3:4,1:2,2 -chr11 98859045 . C CTATATATATA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1226;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,6:7,5:4,1 -chr11 99727378 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.013425;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:13,11:16,4 -chr11 101046292 . ATTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 -chr11 101622377 . G GAAAGAAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,4:6,3:7,1 -chr11 101629982 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033473;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,2:11,4 -chr11 102149977 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,2:3,2 -chr11 103125366 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0001763;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,14:7,12:3,2 -chr11 103487799 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,9:5,5:11,4 -chr11 103526491 . ATTTTTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,6:7,1 -chr11 105365792 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=8.9306e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:22,6:17,7 -chr11 106000360 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:1,4:0,2:1,2 -chr11 106855905 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0014228;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:16,18:7,12:9,6 -chr11 107512304 . T G 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.046944;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:52,13:23,10:29,3 -chr11 107540628 . A C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.038009;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:59,9:33,5:26,4 -chr11 108856170 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.5282e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:19,10:16,4 -chr11 111276453 . A AAATATAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:8,9:7,7:1,2 -chr11 112102806 . T C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.656e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:10,8:22,9 -chr11 112255078 . TG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,4:3,2:1,2 -chr11 112677726 . C CTTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.035511;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:14,8:4,1 -chr11 113210775 . A AACAC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.016244;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,10:14,7:3,3 -chr11 116818311 . AT A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.057736;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,6:20,1:16,5 -chr11 118504565 . A G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=3.0753e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:42,19:21,13:21,6 -chr11 118609315 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.027862;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:9,1:11,4 -chr11 118802450 . T TATATATATATATA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,6:6,4:4,2 -chr11 118831563 . A ATTTATTTTTATT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.021689;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,11:8,3:21,8 -chr11 119818978 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.022061;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,8:8,5:13,3 -chr11 121120793 . G A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=5.6929e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:25,9:14,3 -chr11 121147059 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.7558e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,7:8,5 -chr11 121765653 . TTCTC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.010021;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:3,1:8,4 -chr11 121765659 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,1:6,4 -chr11 122558020 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,5:10,2 -chr11 123368271 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.098694;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:11,2:20,3 -chr11 123403451 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.029506;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:22,5:13,4 -chr11 123614151 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=6.0843e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:13,7:20,4 -chr11 123709175 . CT C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:15,2:20,2 -chr11 123750349 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00017791;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:19,4:23,10 -chr11 124337155 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.007251;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:5,6:7,3 -chr11 125623068 . CAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0050719;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:13,7:3,1 -chr11 126417787 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.047777;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:16,2:26,4 -chr11 126923098 . TCTTCTC T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:3,2:23,2 -chr11 126956487 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0012263;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:19,5:15,4 -chr11 127617757 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1671;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:9,4:9,1 -chr11 127992652 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,1:6,3 -chr11 128985860 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.06037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 -chr11 129043381 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr11 130091047 . A C 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.0011005;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:45,20:20,10:25,10 -chr11 131680469 . C CTG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0083484;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:10,5:7,7 -chr11 132069996 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02791;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,2:14,4 -chr11 132217352 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.094058;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:18,2:18,2 -chr11 132599386 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.049096;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,4:9,1:9,3 -chr11 134896512 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00036516;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:23,6:21,6 -chr12 43841 . T C 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.016532;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:91,11:66,9:25,2 -chr12 422048 . AC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:15,1:7,2 -chr12 1501253 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,1:11,3 -chr12 1604830 . A AGT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 -chr12 1933007 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.026239;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:24,8:17,2 -chr12 3072183 . C CTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,8:2,2:7,6 -chr12 5133551 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0003312;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:20,8:19,5 -chr12 5658624 . A G 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.031023;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:47,16:25,13:22,3 -chr12 5932324 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.025884;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:38,15:19,9:19,6 -chr12 5998499 . ATAT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,6:2,4:0,2 -chr12 6400481 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0078411;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:18,4:22,4 -chr12 7197123 . A AT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.071698;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:10,3:13,2 -chr12 7197197 . T A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0031015;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:16,6:16,9 -chr12 7197198 . A AT 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.036143;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:17,4:21,6 -chr12 7300180 . AG A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:14,3:7,1 -chr12 7421606 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,7:4,3:2,4 -chr12 7874783 . A ACG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.057887;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,5:12,2:15,3 -chr12 8983395 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.025395;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:7,2:6,5 -chr12 9284446 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.045574;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:14,4:11,5 -chr12 9440307 . A G 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.021699;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:61,10:20,1:41,9 -chr12 9445081 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.029989;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:34,4:27,4 -chr12 9775802 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0040214;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:12,12:6,2 -chr12 10229652 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.047343;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:6,4:0,0 -chr12 10860794 . GGGAAA G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 -chr12 11301199 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.21758;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,1:14,3 -chr12 12433348 . A AAT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.015123;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,12:8,9:4,3 -chr12 14586637 . CAT C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.095143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,2:16,2 -chr12 14684586 . TTCCTTCC T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0011312;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,7:0,3:2,4 -chr12 16157109 . CTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021442;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,3:8,3 -chr12 16523882 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.00035725;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:22,7:25,5 -chr12 17001438 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.2854e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:12,3:21,13 -chr12 17429190 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0037716;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:21,5:23,4 -chr12 17437782 . A C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:10,4:4,3:6,1 -chr12 17535764 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0075589;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:17,3:19,5 -chr12 18650700 . GTGTGTATATATCTATATATATATATATATATATATATATATATATA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:4,6:2,3 -chr12 20195673 . A T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00062967;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:49,15:25,6:24,9 -chr12 20386122 . AAT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020906;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:13,2:10,6 -chr12 21579349 . CTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018977;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,12:7,9:6,3 -chr12 22651683 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.12521;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,8:17,6:9,2 -chr12 22655358 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0019815;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,17:13,10:12,7 -chr12 23184603 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:6,3:3,1 -chr12 24965737 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00021938;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:17,9:17,3 -chr12 26182586 . T TC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:3,1:7,3 -chr12 29076043 . GAA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,4:3,1 -chr12 29588287 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0013642;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:26,2:20,8 -chr12 30698745 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,3:0,1:2,2 -chr12 31256208 . CTTTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,2:0,0:4,2 -chr12 31600148 . TAA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:5,3:6,3 -chr12 32118087 . A AT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,2:18,2 -chr12 34396603 . G T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.00018046;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:24,4:22,8 -chr12 34809155 . C T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.048332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:58,15:26,7:32,8 -chr12 34897693 . C A 0 PASS DP=412;GPV=1;SPV=0.044198;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:247:213,34:190,29:23,5 -chr12 34900136 . G C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.028877;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:52,16:16,9:36,7 -chr12 34907389 . C G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,1:5,3 -chr12 35119500 . G C 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.047506;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:63,18:38,14:25,4 -chr12 35131522 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.3107;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:0,0:27,4 -chr12 35346166 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr12 35410170 . C A 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.019872;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:64,17:19,5:45,12 -chr12 35536409 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.029251;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:14,4:18,5 -chr12 35732599 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.33518;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:23,4:0,0 -chr12 36077545 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0048798;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:1,1:20,10 -chr12 36081326 . G A 0 PASS DP=494;GPV=1;SPV=0.037777;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:289:249,40:112,13:137,27 -chr12 36345295 . G A 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.026669;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:141,20:48,9:93,11 -chr12 36354434 . A T 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.021426;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:111,23:56,15:55,8 -chr12 36440145 . G C 0 PASS DP=284;GPV=1;SPV=0.028831;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:141,19:72,10:69,9 -chr12 36512617 . G A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.018096;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:61,11:57,3:4,8 -chr12 36687647 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,1:18,3 -chr12 36941561 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr12 37065138 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr12 37109804 . AC A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.09755;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:24,1:9,3 -chr12 37109806 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10242;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:25,1:9,3 -chr12 37235869 . C T 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.024763;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:76,12:21,3:55,9 -chr12 37239433 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.040852;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:20,4:13,3 -chr12 37239914 . T G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:25,3:16,2 -chr12 37570739 . T G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0060738;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:19,4:19,3 -chr12 39534883 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.022431;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,8:16,5:6,3 -chr12 39653558 . T TTC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.030984;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,5:11,3:7,2 -chr12 41270326 . CTGTG C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:20,4:11,2:9,2 -chr12 41713007 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 -chr12 41744307 . T TTTTTC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.027873;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,10:12,4:9,6 -chr12 41950085 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr12 42485239 . GTTTTTT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,5:12,4:5,1 -chr12 45376368 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.024372;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:12,4:19,10 -chr12 46874014 . TTC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.014083;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:8,5:11,3 -chr12 48055293 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00012694;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:18,8:16,6 -chr12 48271915 . C CTTT 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.046436;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,6:24,5:7,1 -chr12 48879131 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0070569;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:19,4:14,3 -chr12 49313495 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0074524;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,13:8,9:4,4 -chr12 49385862 . TG T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.030617;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:21,5:20,2 -chr12 49548096 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.029376;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:29,10:12,3:17,7 -chr12 51721081 . T TTATATA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,4:11,1:11,3 -chr12 52374729 . A G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00024819;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:20,4:15,7 -chr12 52423554 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=4.8427e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:43,17:23,9:20,8 -chr12 52943056 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=2.468e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:18,7:18,7 -chr12 55098653 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.034248;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,3:10,2 -chr12 55928676 . CAAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.027524;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,7:6,1 -chr12 56690308 . T TAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.045694;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,6:7,5:6,1 -chr12 57970676 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:7,2:17,2 -chr12 60537210 . A G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00030968;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:17,5:15,6 -chr12 61400232 . ATTTAAGAATATTTAAATAAAGAATTAGTATATTC A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0062315;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:20,5:18,7 -chr12 61461169 . GA G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0051771;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:22,3:23,5 -chr12 63011208 . A C 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.00026049;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:50,14:32,8:18,6 -chr12 63839163 . A AAAAC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.032183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:9,5:14,3 -chr12 66390272 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0024615;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:15,7:27,3 -chr12 67184674 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,4:5,4 -chr12 69200826 . TGAGG T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:16,3:3,1 -chr12 69299620 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,3:3,3 -chr12 69357532 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:11,2:12,2 -chr12 69840286 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.00010162;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:49,15:25,9:24,6 -chr12 69960686 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0082862;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,6:7,6 -chr12 70596519 . T TA 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.025619;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:26,1:24,5 -chr12 71901930 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00015233;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:23,10:17,5 -chr12 72551787 . A G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=8.2952e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:15,8:17,5 -chr12 75429935 . T TTTTC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.016397;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,4:11,5 -chr12 75669850 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,4:1,1:2,3 -chr12 76019229 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0094835;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,9:7,6:6,3 -chr12 78274684 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:9,5:7,1 -chr12 79179243 . G GAT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.023972;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,1:10,8 -chr12 79632300 . TATATATACATAC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015215;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:11,7:2,1 -chr12 79632312 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,2:4,1:1,1 -chr12 80431621 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0017568;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:11,9:1,4 -chr12 80552643 . AATTATATAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:3,1:1,3 -chr12 82227812 . A AATGTTTATT 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.020631;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:19,5:27,2 -chr12 82227814 . A T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.023704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:21,5:26,2 -chr12 82227815 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.037567;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:20,4:26,2 -chr12 84155582 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.00068089;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:24,9:29,4 -chr12 85993908 . C T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.016475;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:66,9:38,7:28,2 -chr12 86595999 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00082226;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:18,8:22,5 -chr12 86612739 . CA C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00042315;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:12,5:8,4 -chr12 87202646 . A T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00049606;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:22,4:10,5 -chr12 87747203 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.010857;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:11,2:13,11 -chr12 88522481 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=3.2868e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,16:12,8:24,8 -chr12 90093214 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1 -chr12 90866407 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.24135;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:20,3:8,1 -chr12 93401164 . A G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.037663;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:52,8:16,1:36,7 -chr12 93614404 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012068;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:2,1:13,5 -chr12 96220382 . A AT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0062647;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,12:20,9:8,3 -chr12 96291628 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:5,7:4,1 -chr12 96909176 . C CA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0082862;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,12:12,9:6,3 -chr12 101437951 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0048847;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:28,3:13,6 -chr12 101810432 . T TAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:10,3:2,1 -chr12 102829664 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0032271;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,5:9,5 -chr12 102831578 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.044568;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:28,1:23,5 -chr12 103039964 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0098054;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:25,4:17,3 -chr12 103224524 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.030671;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:22,1:22,7 -chr12 103259056 . T G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=6.1657e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:49,19:18,10:31,9 -chr12 103831770 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0047817;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,6:7,3 -chr12 104323684 . A C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.022711;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:19,3:10,7 -chr12 105036516 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:4,1:1,1 -chr12 105598715 . A ATGTGTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02761;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,11:15,8:8,3 -chr12 106109555 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.021089;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,11:13,9:2,2 -chr12 106115736 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=9.0588e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:20,7:21,6 -chr12 107069643 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0070569;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:22,3:11,4 -chr12 112655563 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:4,4:6,1 -chr12 113432209 . CTTCTTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,5:3,1:14,4 -chr12 113642131 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,10:3,1:6,9 -chr12 113941612 . A T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.031957;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:32,10:20,4:12,6 -chr12 114207721 . A ATT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.045384;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,10:15,6:11,4 -chr12 114912242 . C A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.0073381;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:49,12:28,4:21,8 -chr12 115083989 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00025208;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:46,14:27,9:19,5 -chr12 115909594 . A G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=1.0227e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:41,22:22,10:19,12 -chr12 116385440 . C CTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:7,5:6,1 -chr12 117285531 . GA G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:26,3:7,1 -chr12 117321992 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 -chr12 118003891 . C CA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.019651;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,6:17,5:12,1 -chr12 118709094 . T TTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0046784;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,10:1,4:5,6 -chr12 118757668 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:5,2:6,5 -chr12 119075452 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,3:11,1 -chr12 119377254 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0087645;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:13,10:3,1 -chr12 120441974 . ATTAT A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 -chr12 122156931 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00047755;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:14,7:16,7 -chr12 122696119 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chr12 125390634 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00089506;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:27,6:12,6 -chr12 126225669 . CT C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0086452;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,9:11,4:15,5 -chr12 126697301 . G T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0023465;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:28,5:14,4 -chr12 127103899 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,5:6,4:4,1 -chr12 127341272 . C CAAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.14279;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,5:10,4:6,1 -chr12 127480647 . C G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2 -chr12 127747591 . T TTTCC 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.043618;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,7:7,3:9,4 -chr12 128016648 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,2:4,1:2,1 -chr12 128701903 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.054119;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:21,2:11,2 -chr12 129043525 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0012547;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:19,4:17,5 -chr12 130533037 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.018505;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:14,4:8,2 -chr12 131539486 . ATGGTGATGG A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.031797;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:13,6:12,2 -chr12 132165171 . TATA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0054438;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,2:7,6 -chr12 132463893 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,4:8,1:8,3 -chr12 132758936 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.037005;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:11,4:7,4 -chr13 18318089 . TTTTA T 0 PASS DP=252;GPV=1;SPV=0.049683;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:84,11:40,8:44,3 -chr13 21393699 . CAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0 -chr13 21853434 . T TA 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.010252;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:44,10:26,2:18,8 -chr13 22379938 . C G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=5.5065e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:22,3:21,11 -chr13 22701443 . GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042547;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:8,3:5,2 -chr13 23059875 . TTC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.010151;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:4,1:15,4 -chr13 23101730 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11553;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:19,2:4,3 -chr13 23318367 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00018163;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:19,6:21,9 -chr13 24406427 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,2:15,2 -chr13 24584653 . T A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00014015;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:41,17:22,7:19,10 -chr13 24587447 . T C 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.049596;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:85,19:24,10:61,9 -chr13 24764890 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:40:1,6:1,4:0,2 -chr13 24961756 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.030258;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:11,9:15,1 -chr13 25399397 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:2,5:2,1 -chr13 25888068 . A ACCCC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:1,0:10,4 -chr13 25953522 . T TA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.064424;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,5:21,4:13,1 -chr13 26982961 . A AAAG 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,4:20,1:7,3 -chr13 27466530 . T C 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.00043273;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:46,13:26,6:20,7 -chr13 28059974 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:4,3:2,1:2,2 -chr13 28099048 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.00091067;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:24,5:16,5 -chr13 29566785 . T C 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.00076988;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:26,7:20,2 -chr13 31999431 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,1:15,3 -chr13 33178023 . G GA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0085139;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:2,5:3,1 -chr13 34013843 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0084455;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:16,4:22,3 -chr13 34136234 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0033188;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:44,10:15,5:29,5 -chr13 34362913 . CAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:3,5:6,1 -chr13 35809161 . A T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0005101;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:22,6:23,7 -chr13 38207779 . GAGAGA G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.092709;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:20,2:12,2 -chr13 38988367 . T TAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10735;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:14,2:13,1 -chr13 39566731 . T TAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:11,3:3,1 -chr13 42836567 . ATATATATAT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.011905;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,6:0,1:0,5 -chr13 43100205 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:9,2:2,3 -chr13 45019034 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.060034;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2 -chr13 46625631 . G GT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029113;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:7,6:11,4 -chr13 47144838 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=8.3622e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:19,8:25,7 -chr13 48174576 . A AT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0081878;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,8:10,7:16,1 -chr13 49378723 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,3:9,1 -chr13 49775153 . ACT A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.017354;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:9,8:15,6 -chr13 51604796 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00039728;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:23,9:16,6 -chr13 52078073 . C CA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.080505;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:19,2:15,2 -chr13 54177183 . T A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=1.9766e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,14:14,9:25,5 -chr13 54874289 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.019164;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:55,8:31,4:24,4 -chr13 55556250 . C CTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.026086;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,14:7,4:15,10 -chr13 55614797 . A C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0254;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:24,3:17,4 -chr13 56654601 . C A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=5.6815e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:22,6:17,11 -chr13 56804533 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0011362;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:26,8:14,2 -chr13 57884182 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0096294;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:25,2:21,5 -chr13 58781479 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.020516;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:24,11:18,2:6,9 -chr13 58866893 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,1:17,3 -chr13 59749444 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.01483;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:23,3:6,3 -chr13 63260054 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.010704;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:10,7:6,2:4,5 -chr13 63429909 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.04872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:25,2:13,3 -chr13 63864907 . C CTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1852;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,5:7,2:15,3 -chr13 64509325 . C A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00023731;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:19,6:14,4 -chr13 67019188 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046683;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,5:9,3:7,2 -chr13 67174318 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.041983;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:12,4:17,2 -chr13 68412521 . A G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=1.9489e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:44,17:27,9:17,8 -chr13 70292136 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,9:8,8:6,1 -chr13 70382679 . G GATATATAT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022595;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:4,2:5,4 -chr13 71118149 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.052643;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:12,2:2,4 -chr13 71700588 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,3:1,1:3,2 -chr13 72949960 . A G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00025924;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:45,14:28,9:17,5 -chr13 74429226 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:7,2:18,2 -chr13 75771542 . T TTTTAA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.05421;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:18,2:22,3 -chr13 75771545 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.061918;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,5:13,2:23,3 -chr13 75940903 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:5,5:3,1 -chr13 76835153 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:26,4:9,2:17,2 -chr13 76835645 . G GAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.18687;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:31,3:3,1 -chr13 76964894 . G GTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.092279;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:13,4:7,1 -chr13 77748398 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:9,5:1,2 -chr13 78078379 . T TAC 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=7.4607e-06;SS=2;SSC=51;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:11,8:14,7 -chr13 79116653 . TAC T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.049204;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:19,4:18,7 -chr13 80627712 . TTCTCTCTC T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,4:6,1 -chr13 80848572 . A ATTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0094722;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,8:4,2:22,6 -chr13 81849772 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0078067;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,10:9,7:7,3 -chr13 82981586 . TAGATA T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.019438;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:14,4:12,5 -chr13 83763729 . G T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00099218;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:27,6:18,6 -chr13 84580274 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00025429;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:15,5:22,7 -chr13 85395893 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.091614;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,3:12,1 -chr13 87074528 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0064982;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,6:15,4 -chr13 89441315 . T TAGATAGATAGAC 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.044315;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,7:14,2:15,5 -chr13 89463802 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.034805;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:12,4:15,4 -chr13 91073961 . C CTG 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.020856;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:21,9:15,5 -chr13 91093399 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020447;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:10,8:5,4 -chr13 91432209 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:13,10:8,5:5,5 -chr13 93649934 . G A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=3.0999e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:41,19:17,9:24,10 -chr13 95126885 . A ATATATT 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.013635;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,11:24,5:12,6 -chr13 96348818 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00037553;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:14,5:25,6 -chr13 96589619 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00069515;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:42,15:25,9:17,6 -chr13 96754757 . T A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.017808;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:18,2:17,3 -chr13 96943450 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0219;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,6:3,1 -chr13 97105084 . TA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,3:1,2 -chr13 98391600 . T G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0012787;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:17,4:22,6 -chr13 100232351 . C CGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.12943;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,4:21,3:11,1 -chr13 100232357 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.029506;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:16,5:19,4 -chr13 101332397 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:11,5:1,3 -chr13 102974309 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.021263;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,6:17,1:24,5 -chr13 103047630 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.003331;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:12,5:19,6 -chr13 105065149 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.028679;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:14,4:13,5 -chr13 105467729 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0027647;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,15:12,12:6,3 -chr13 106216651 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.045253;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:19,7:4,1 -chr13 106867015 . CAA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2 -chr13 107565384 . C CAAA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.01458;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:12,10:5,7:7,3 -chr13 107668673 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0059563;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:20,3:15,4 -chr13 108046191 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.9162e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:17,9:16,4 -chr13 108543460 . C G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0050209;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:22,5:13,2 -chr13 108761545 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.7586e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:17,13:13,6 -chr13 109336084 . G C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00019321;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:20,6:17,6 -chr13 110219664 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,5:11,1:9,4 -chr13 110506255 . CCA C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.056634;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:21,2:16,3 -chr13 111281181 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:6,3:4,3 -chr13 111859149 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:16,4:6,1:10,3 -chr13 112383157 . G GA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:15,2:4,2 -chr13 112863429 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,2:12,2 -chr13 112961104 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.021818;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:34,12:11,6:23,6 -chr13 113055459 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,4:3,2 -chr14 18270100 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.040969;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:16,2:19,6 -chr14 18379672 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.021229;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:22,8:0,1 -chr14 18520206 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr14 18938656 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:0,0:19,4 -chr14 18952842 . C A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.047824;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:44,10:23,9:21,1 -chr14 18999953 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,2:7,2 -chr14 19013983 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:6,4:1,2 -chr14 19014505 . G C 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.036063;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:51,7:37,5:14,2 -chr14 19014583 . A T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.04103;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:25,5:12,7 -chr14 19212342 . G C 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.036428;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:77,19:33,13:44,6 -chr14 19237864 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20218;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,3:13,1 -chr14 19276115 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 -chr14 19289034 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.012161;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:54,19:17,5:37,14 -chr14 19291750 . C T 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.0064441;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:72,22:41,16:31,6 -chr14 19293378 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,3:1,3 -chr14 19318253 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.030482;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:42,15:19,4:23,11 -chr14 19335869 . T TG 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023594;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:2,4:23,7 -chr14 19351441 . C T 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.0042191;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:67,17:29,10:38,7 -chr14 19377333 . T TA 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.01768;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:118,14:69,2:49,12 -chr14 19377338 . C T 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.012506;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:111,15:63,2:48,13 -chr14 19449258 . G C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.064826;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:0,0:23,4 -chr14 19488364 . G A 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.03486;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:141,25:74,16:67,9 -chr14 19506468 . C CTTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:11,3:9,1 -chr14 19507331 . C A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0067016;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:6,6:31,2 -chr14 19642736 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.04729;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:12,3:24,8 -chr14 19645109 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.24396;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:13,3:20,1 -chr14 19685723 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:25,4:0,0 -chr14 19686710 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:16,2:2,2 -chr14 19891409 . T TTTC 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.049892;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,5:27,3:9,2 -chr14 19900360 . C A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=1.3363e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:85,22:39,9:46,13 -chr14 20179034 . CGT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1713;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,3:14,1 -chr14 23002451 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.016015;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,13:18,10:2,3 -chr14 23234622 . T C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.00010394;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:42,13:22,7:20,6 -chr14 25124162 . C CAA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0096904;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,9:18,8:4,1 -chr14 25745394 . A AG 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0029353;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:17,3:22,6 -chr14 26345632 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00018429;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:15,6:20,4 -chr14 26732225 . T TTTC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010741;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,7:4,2:13,5 -chr14 27841292 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:6,2:4,1:2,1 -chr14 27873697 . G GT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.04422;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,7:9,6:5,1 -chr14 30724072 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.039561;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:13,3:8,7 -chr14 33517594 . T G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0007833;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:23,4:21,8 -chr14 34159596 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0036508;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,6:1,2:0,4 -chr14 34709787 . C CAAAA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.028662;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,10:15,8:4,2 -chr14 34735162 . C CACAG 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.047026;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,1:16,3 -chr14 36468370 . A T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0010064;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:21,6:19,5 -chr14 37186587 . TA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,8:6,7:3,1 -chr14 37348983 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013587;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,8:12,6:2,2 -chr14 37351986 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0069797;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,16:2,4:10,12 -chr14 38100237 . A AT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:13,1:8,3 -chr14 38603160 . A AAGAGAG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16749;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,3:11,2:3,1 -chr14 40192069 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00067686;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:41,14:21,4:20,10 -chr14 45045543 . GTATATATATATATA G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.027862;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,2:10,3 -chr14 45045559 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.027541;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,2:9,3 -chr14 45306696 . C G 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=4.8407e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:48,20:28,14:20,6 -chr14 46149252 . G T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.023395;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:54,8:24,3:30,5 -chr14 50016709 . CTTTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,7:2,1 -chr14 52197581 . A C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.00026888;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:51,13:27,9:24,4 -chr14 52402875 . T A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.00054005;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:25,6:15,5 -chr14 52697647 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,1:10,3 -chr14 54131908 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0018745;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:16,6:14,2 -chr14 54267301 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0012111;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:20,9:27,3 -chr14 55445592 . GAAAAA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034759;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:11,3:1,1 -chr14 56596794 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,4:17,3:18,1 -chr14 56669459 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,1:11,3 -chr14 56875540 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.013266;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,5:10,4:6,1 -chr14 56922104 . CACATAT C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.046164;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:15,3:11,5 -chr14 57880034 . GAGGAAGGAAGGAAGGA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.032;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,7:11,6:6,1 -chr14 60741658 . G GTTTT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0089005;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,8:11,5:12,3 -chr14 60898142 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.044529;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:21,8:6,1:15,7 -chr14 61002392 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=4.8132e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:38,19:14,9:24,10 -chr14 63003516 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11664;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:7,1:18,4 -chr14 63126362 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.4158e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:16,8:10,5 -chr14 63959287 . CTTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.24868;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,4:12,1 -chr14 64253610 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.005945;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:5,4:15,1 -chr14 64380668 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,6:3,3 -chr14 64869619 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.024141;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:19,3:9,5 -chr14 66921444 . G GT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00091899;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,11:16,8:12,3 -chr14 67466994 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,7:5,6:0,1 -chr14 67643852 . TAA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.01393;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,7:8,4:6,3 -chr14 69397452 . G GAAA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.022951;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:18,7:7,5 -chr14 69842784 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.093588;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,4:18,3:8,1 -chr14 70654587 . CAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,7:4,2 -chr14 73440263 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.041596;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,1:16,3 -chr14 73689026 . GTT G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.026706;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,9:13,5:4,4 -chr14 73772839 . TG T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034091;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,11:10,6:13,5 -chr14 74092315 . GT G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:18,4:11,2:7,2 -chr14 74320563 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,3:7,2 -chr14 74340528 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.00016256;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:19,6:18,4 -chr14 76503172 . TC T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:20,2:8,2 -chr14 77513016 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,4:3,2:12,2 -chr14 77905633 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0001383;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:16,11:15,2 -chr14 79790615 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.14936;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:18,4:5,1 -chr14 80184516 . TA T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0012479;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:19,5:10,8 -chr14 81303059 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.033219;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,11:20,8:13,3 -chr14 81966199 . CA C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0084152;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,9:19,7:9,2 -chr14 82862874 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.046549;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,6:12,4:3,2 -chr14 83590209 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.030468;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:16,8:14,2 -chr14 85917277 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.040784;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:13,3:16,6 -chr14 86279901 . C A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.2862e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:17,8:14,5 -chr14 86287051 . AGGAAG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034547;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:6,5:8,2 -chr14 89613116 . CAAAAA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.011012;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,7:6,5:2,2 -chr14 91108526 . T TGTGAGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:1,2:3,3 -chr14 92448345 . T TACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.089356;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,7:12,6:6,1 -chr14 92911791 . G C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.02785;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:57,8:37,2:20,6 -chr14 94088499 . C CTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.024419;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,7:8,3 -chr14 94815455 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=1.056e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:43,20:29,8:14,12 -chr14 96340130 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,4:5,3:10,1 -chr14 96340131 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,4:4,3:9,1 -chr14 96621139 . TC T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0057212;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:20,2:12,6 -chr14 97376058 . G T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0021438;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:18,6:20,3 -chr14 98401101 . G GAGAAAGAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:3,3:2,1 -chr14 99903784 . C CTT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.01976;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:15,10:9,3 -chr14 99959377 . CCT C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.01339;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,8:16,2:16,6 -chr14 99959385 . C CT 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.023261;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,6:23,2:16,4 -chr14 101089548 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.040631;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:32,6:21,1:11,5 -chr14 101607561 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.21337;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:2,0:21,4 -chr14 103908165 . C CAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.021719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,13:13,9:4,4 -chr14 104225631 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.047547;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,7:13,3:19,4 -chr14 105594814 . T C 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.029663;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:59,17:43,13:16,4 -chr14 105665211 . GTT G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:6,6:0,1 -chr14 105759956 . CT C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.0052291;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:18,3:21,7 -chr15 17063205 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0068563;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:16,3:17,6 -chr15 19872473 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:5,5:4,1 -chr15 20001506 . TAGAG T 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.036939;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:71,12:52,7:19,5 -chr15 20053156 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:22,5:4,1 -chr15 20104346 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 -chr15 20332701 . TAC T 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.009197;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:58,17:26,15:32,2 -chr15 20332717 . C G 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.032853;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:80,16:35,14:45,2 -chr15 20427539 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.059617;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:13,4:21,1 -chr15 20457729 . A T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.048603;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:25,2:28,4 -chr15 20537493 . C A 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.0067746;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:58,13:37,7:21,6 -chr15 20573432 . G GT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.26796;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:0,0:36,4 -chr15 20640595 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.023456;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:20,2:26,8 -chr15 20651177 . G T 0 PASS DP=317;GPV=1;SPV=0.0032421;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:170:134,36:63,17:71,19 -chr15 20737194 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:3,6:6,2 -chr15 20957725 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.067259;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:10,3:15,2 -chr15 21053699 . G A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.0058709;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:57,13:43,8:14,5 -chr15 21135521 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 -chr15 21253620 . A G 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.033925;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:112,15:71,2:41,13 -chr15 21346492 . C CTCTT 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.0065235;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:69,17:18,3:51,14 -chr15 21549180 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2 -chr15 21554146 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,1:11,4 -chr15 21554908 . TGAAG T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.076205;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:16,3:7,1 -chr15 22440026 . C G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0068284;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:49,7:21,3:28,4 -chr15 23041097 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.20486;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:12,2:9,1 -chr15 23195795 . A T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.028972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:66,16:46,6:20,10 -chr15 23363256 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.024221;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:17,5:11,1 -chr15 24262448 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.015035;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,5:4,2 -chr15 24353047 . G C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.014016;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:15,1:24,5 -chr15 24395903 . C CATATATATACAT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,3:3,1 -chr15 25170183 . T G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00011182;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:13,6:30,8 -chr15 25786617 . CTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:8,3:5,3 -chr15 25845332 . G T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.042088;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:20,3:19,5 -chr15 25854517 . G C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00020622;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:23,9:18,4 -chr15 26142377 . T TTC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.049645;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,4:3,2:16,2 -chr15 27257538 . T A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.00038112;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:24,12:14,8:10,4 -chr15 28151020 . T C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00012153;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:40,17:19,7:21,10 -chr15 28378480 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 -chr15 28453922 . G C 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.0010594;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:43,19:23,7:20,12 -chr15 29534106 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:7,3:2,3 -chr15 30344256 . T A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.027562;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:47,11:26,4:21,7 -chr15 31921025 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=7.9372e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:20,5:21,8 -chr15 32234382 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:22,4:0,0 -chr15 32306060 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.033079;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:16,6:14,2 -chr15 32329566 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0086319;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:17,3:8,11 -chr15 32813042 . T C 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0097526;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:59,9:29,3:30,6 -chr15 33419056 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.033251;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:20,2:16,3 -chr15 34062554 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0063215;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,7:10,1:5,6 -chr15 34310771 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,2:3,1:1,1 -chr15 35074963 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00081325;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:22,6:17,4 -chr15 35733612 . T C 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=7.5848e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:24,8:17,4 -chr15 35971475 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.036822;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:8,4:24,2 -chr15 36991779 . TTTTC T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,3:6,4 -chr15 38681355 . C CTCT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0065499;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,12:8,3:15,9 -chr15 38846873 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,3:4,1 -chr15 38903984 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.029588;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,11:7,9:5,2 -chr15 38965037 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:4,3:3,1:1,2 -chr15 38989442 . CCTATGCTATGCTATGCTATGCTATGCTATGCTATGCTATG C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.027296;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,6:9,1 -chr15 43697631 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.00089389;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:28,7:16,5 -chr15 43964997 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0017697;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:21,5:24,4 -chr15 44824992 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0001703;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:24,5:14,7 -chr15 44875797 . C G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=1.4002e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:44,27:22,16:22,11 -chr15 45798088 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0033421;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:9,10:6,4 -chr15 46169548 . A ATT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.036581;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,11:17,9:5,2 -chr15 46954340 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0049996;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:27,4:18,5 -chr15 47384814 . GTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,3:4,1 -chr15 47657719 . CTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 -chr15 50393532 . A ATATATATGTG 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:3,2:1,1:2,1 -chr15 50585050 . A ATT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.025116;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,11:9,9:8,2 -chr15 50629859 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0048312;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:5,5:5,4 -chr15 50644797 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,5:16,4:8,1 -chr15 51194251 . CTT C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.049052;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:8,3:20,5 -chr15 51353714 . TA T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.15343;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:24,3:12,1 -chr15 53495192 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,1:3,3 -chr15 54249209 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0059483;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:20,6:18,5 -chr15 54687307 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:33:0,5:0,3:0,2 -chr15 55210213 . A ATG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0019705;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,12:12,9:8,3 -chr15 60065017 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:5,7:4,1 -chr15 63466031 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,3:10,5 -chr15 64277781 . ATATAT A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.038165;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:19,3:21,7 -chr15 64715925 . TAC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.089726;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:25,4:10,3 -chr15 66551345 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0036895;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,10:7,9:4,1 -chr15 66616079 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.00015443;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:52,16:19,8:33,8 -chr15 67353366 . T A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.007321;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,8:27,5:11,3 -chr15 68269598 . CAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01391;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:5,6:6,1 -chr15 69534230 . A ATTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.01494;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,8:5,4:7,4 -chr15 72163112 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.00072854;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:21,6:18,4 -chr15 72725059 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043517;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:18,2:15,4 -chr15 73238271 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,7:5,4:4,3 -chr15 73661242 . AAAAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012052;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:7,9:8,2 -chr15 73898880 . A AAAAAAAAAAT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,5:3,4:0,1 -chr15 74939066 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,7:3,6:3,1 -chr15 75432685 . C CA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.017254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,12:13,10:9,2 -chr15 75503490 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.050822;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:16,3:24,2 -chr15 75503628 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.10359;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,2:16,2 -chr15 75830581 . C CA 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=6.1657e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:49,19:23,9:26,10 -chr15 77408156 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.021295;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:24,10:10,6:14,4 -chr15 77992856 . C CCCACT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,2:0,0:5,2 -chr15 80089259 . G GTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02247;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,8:8,7:9,1 -chr15 81258773 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00081654;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:16,4:21,8 -chr15 82337538 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0096214;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:17,2:17,9 -chr15 82341038 . G T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.024526;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:11,7:32,6 -chr15 82524026 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033483;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,2:2,2 -chr15 83340285 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.065677;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:18,3:26,2 -chr15 83384284 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.1625;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:10,1:19,4 -chr15 83450759 . C CTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,3:0,1:3,2 -chr15 84520959 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,1:14,3 -chr15 84700593 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 -chr15 84777696 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0011108;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:13,8:7,3 -chr15 84796237 . AAAATATATATATATATATATATATATATTTTATATATATAT A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:2,5:0,1 -chr15 84885731 . C CAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0082261;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,6:10,5:7,1 -chr15 85245352 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020407;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:1,2:11,4 -chr15 85270641 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr15 86104945 . C A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=6.3166e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:18,11:15,3 -chr15 87417776 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.03701;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,13:19,8:19,5 -chr15 88540969 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.12341;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:20,1:11,3 -chr15 88552759 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,2:10,2 -chr15 88966789 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.038586;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:22,2:17,6 -chr15 90129213 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.014644;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:13,4:13,8 -chr15 90173939 . A ATTTT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.017079;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:13,7:15,5 -chr15 90328484 . C CTTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0085654;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:16,8:6,3 -chr15 90331980 . AGG A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.033614;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:15,2:15,3 -chr15 90331984 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.024272;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:17,2:18,4 -chr15 90331991 . AAG A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.064197;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,4:21,1:12,3 -chr15 90392748 . C CTTTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,3:4,2 -chr15 91196879 . G A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=5.473e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:42,13:29,6:13,7 -chr15 93131667 . T TA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,1:20,3 -chr15 94162147 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.064462;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,3:17,1 -chr15 94868218 . C CT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.026312;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,9:12,2 -chr15 95581318 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0012733;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:18,7:17,4 -chr15 95948056 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0002546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:18,8:13,4 -chr15 96357729 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.071891;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:6,2:30,3 -chr15 96470894 . C T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.006601;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:54,9:29,5:25,4 -chr15 96707509 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0027396;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:48,9:23,4:25,5 -chr15 100377498 . AT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.033697;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:18,5:15,2 -chr15 101920402 . G A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.0086553;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:44,17:24,6:20,11 -chr15 101928520 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.034006;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,11:21,4:25,7 -chr16 579814 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.041011;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:14,1:4,3 -chr16 1011197 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,2:2,1:4,1 -chr16 1466923 . CAA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011302;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,9:13,8:7,1 -chr16 1593399 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0016018;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:16,8:27,4 -chr16 2343751 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.1436;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:16,2:19,3 -chr16 2441937 . T TTATA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:4,5:1,1 -chr16 3657602 . T C 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=6.3106e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:52,16:33,9:19,7 -chr16 4621368 . A T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.049419;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:28,4:13,2 -chr16 5183258 . C T 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=8.6019e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:58,15:28,8:30,7 -chr16 5827911 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.018191;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:4,1:21,5 -chr16 5895759 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=9.8817e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:12,10:20,3 -chr16 6170796 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00014469;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:14,6:11,6 -chr16 6442611 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00025381;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:24,10:19,2 -chr16 6487690 . AAAAAAAAAAAATATATAT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:4,1:0,1 -chr16 6694859 . A G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=3.4067e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:14,5:27,10 -chr16 6955677 . TTAGGTATGTATG T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.11312;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,5:12,1:18,4 -chr16 7165410 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,2:11,2 -chr16 7810991 . T TATGTGTGTGG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047515;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,6:7,4 -chr16 8382337 . G T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0073566;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:19,4:17,2 -chr16 8660816 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:8,5:0,2 -chr16 8999575 . CTTAT C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0060651;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:35,17:17,9:18,8 -chr16 9292581 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.049919;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:14,3:29,3 -chr16 9437492 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00071257;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:18,5:18,5 -chr16 9597697 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,6:4,1 -chr16 9970635 . T TA 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0051091;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:48,12:24,7:24,5 -chr16 10268417 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.059274;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 -chr16 10568780 . C CTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.017079;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,5:2,1 -chr16 12243985 . G C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00014785;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:46,15:30,8:16,7 -chr16 13216133 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00026114;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:19,8:16,5 -chr16 13746557 . CT C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00025924;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:45,14:24,9:21,5 -chr16 14785942 . T A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.04208;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:18,2:22,3 -chr16 15308471 . G C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.036166;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:13,5:12,1 -chr16 16470372 . T TCTTCCTTCCTTC 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.013337;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:46,14:11,2:35,12 -chr16 16701811 . C CT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.034293;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:19,1:16,5 -chr16 16717740 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.057792;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 -chr16 16959714 . TTTTTTTTAATTTAAAAAAAC T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.018681;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:7,5:15,4 -chr16 17603381 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014137;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,3:5,3 -chr16 18151399 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,8:11,6:9,2 -chr16 18238291 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.030078;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:25,8:12,4 -chr16 18246717 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:1,1:7,4 -chr16 21026700 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011322;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,9:9,8:8,1 -chr16 21155621 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0029033;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,10:5,8:5,2 -chr16 21177619 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.008557;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:12,11:2,1 -chr16 21613168 . CTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00028986;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,14:2,11:3,3 -chr16 22173903 . G GTATATATATA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:7,1:16,3 -chr16 22627936 . CAA C 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.043079;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:45,12:29,6:16,6 -chr16 23207170 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=3.4959e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:38,17:23,13:15,4 -chr16 23374573 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.043779;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:11,5:4,2 -chr16 23902732 . C CCCTCCCTCCCTCCCTCCCTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:0,0:10,4 -chr16 24432837 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.029998;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:20,3:9,5 -chr16 24579241 . G GTTTTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.015771;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:13,9:5,2 -chr16 24588697 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,4:13,1:3,3 -chr16 24627697 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02835;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:5,6:9,3 -chr16 25059861 . C CT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.01597;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:9,5:8,6 -chr16 26177870 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.038233;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:6,5:6,2 -chr16 26766064 . AGAT A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.023442;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:23,3:11,3 -chr16 26770730 . T TTAGA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.01641;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:19,3:3,3 -chr16 26958789 . ATATATTTT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:13,11:8,4:5,7 -chr16 27265161 . C CTTTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:2,2:2,3 -chr16 28464022 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.10662;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:29,2:7,3 -chr16 28662310 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048554;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:7,2:14,4 -chr16 28810791 . T C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.025834;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:57,15:16,10:41,5 -chr16 29504437 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.041011;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,3:9,1 -chr16 29504509 . AAT A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.025941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,7:15,1:17,6 -chr16 30499712 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,5:7,1 -chr16 30499730 . TA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 -chr16 31104840 . G A 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.019899;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:79,15:38,11:41,4 -chr16 31220456 . G GT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:3,3:6,1 -chr16 31989663 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.028667;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:13,1:17,5 -chr16 32083617 . C A 0 PASS DP=233;GPV=1;SPV=0.040993;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:110,19:43,3:67,16 -chr16 32143910 . A G 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.0078097;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:92,19:48,17:44,2 -chr16 32288934 . A C 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.013189;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:68,8:36,6:32,2 -chr16 32300620 . T TTAAAA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.048123;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,6:20,5:10,1 -chr16 32383739 . G A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.04495;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:54,8:29,3:25,5 -chr16 32441647 . C A 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.020195;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:88,19:45,4:43,15 -chr16 32441648 . CTT C 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.045156;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:42,3:45,13 -chr16 32545620 . T TAA 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.023547;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:64,22:31,18:33,4 -chr16 32802161 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 -chr16 32812264 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.018772;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:31,5:23,1 -chr16 32862141 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.069027;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:16,3:15,2 -chr16 32982841 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:14,4:1,1 -chr16 33018909 . G C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.039534;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:20,10:23,4 -chr16 33057658 . T A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.039144;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:15,1:36,5 -chr16 33777396 . TTG T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.03143;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:14,9:28,3 -chr16 34258608 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0016161;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:24,7:15,3 -chr16 35857796 . A T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=4.8866e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:11,5:25,8 -chr16 35905106 . A T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00014322;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,3:12,8 -chr16 37737580 . G A 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.020107;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:11,4:49,10 -chr16 46386931 . T C 0 PASS DP=13529;GPV=1;SPV=0.014552;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7486:6666,807:4068,379:2598,428 -chr16 46391132 . T C 0 PASS DP=15299;GPV=1;SPV=0.0021004;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7644:6746,838:2104,221:4642,617 -chr16 46446274 . T G 0 PASS DP=469;GPV=1;SPV=0.037765;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:261:225,36:106,15:119,21 -chr16 47074889 . C CA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.003791;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,9:14,8:8,1 -chr16 48482430 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.044124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:14,5:6,3 -chr16 51719029 . CAA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.004738;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,10:7,9:9,1 -chr16 52992519 . AAG A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.038102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,5:17,3:5,2 -chr16 53742793 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00022082;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:21,4:15,8 -chr16 55078551 . G GA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:42:1,3:0,0:1,3 -chr16 56277776 . TACACACACACACACACACACAC T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0019985;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:4,7:2,1 -chr16 56596519 . AG A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.11061;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:11,2:24,3 -chr16 56825205 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 -chr16 56930231 . G T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.038859;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:23,5:18,2 -chr16 57006413 . C CTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:6,4:5,2 -chr16 57327670 . CAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,5:3,1 -chr16 57414410 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.023692;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,11:9,8:2,3 -chr16 58675346 . G GA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.020195;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,10:13,9:5,1 -chr16 60011342 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.020403;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:15,15:6,4 -chr16 60527880 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.042807;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:13,4:14,2 -chr16 61167057 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00020665;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:17,11:19,3 -chr16 61466756 . G T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=7.3327e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:10,6:13,7 -chr16 61634118 . GT G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.044109;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:28,5:16,4 -chr16 61812854 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0013605;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:20,5:16,7 -chr16 62057788 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0014811;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:22,5:23,7 -chr16 62126380 . G GTA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.074336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,5:14,1:8,4 -chr16 62946969 . T C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00013409;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:21,7:23,8 -chr16 63084008 . G T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0037159;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:19,6:17,4 -chr16 63084012 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.049892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:18,4:18,1 -chr16 63509414 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0042232;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:22,3:18,7 -chr16 64257783 . A C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00057799;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:27,6:14,7 -chr16 64560021 . TTC T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.060214;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:14,2:12,2 -chr16 65012026 . A G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=1.8341e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,16:20,9:24,7 -chr16 65463338 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=5.3308e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:35,16:15,7:20,9 -chr16 65893148 . AT A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.042684;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:12,4:17,4 -chr16 66861190 . AAAG A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0051799;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:18,11:11,3 -chr16 68010049 . TTTCC T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.017879;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:6,6:20,7 -chr16 68753212 . C CAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.043206;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,7:11,5:6,2 -chr16 68928298 . A ATTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.047286;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:6,3:10,3 -chr16 68980437 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,11:5,6:4,5 -chr16 70039712 . C T 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.0007532;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:57,12:30,6:27,6 -chr16 70052158 . C CGG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020186;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:16,9:4,1 -chr16 70825625 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020691;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:12,1:11,5 -chr16 70941764 . T C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.032479;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:19,4:24,5 -chr16 71134600 . G C 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.016085;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:33,1:24,6 -chr16 71148368 . A G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.004694;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:29,7:20,1 -chr16 71163030 . T C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.030587;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:58,7:30,1:28,6 -chr16 72545153 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=4.6265e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:19,12:13,8 -chr16 74082162 . GTT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.028182;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:19,3:7,6 -chr16 74494403 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:3,5:2,2 -chr16 75873770 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=8.0875e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:11,8:20,14 -chr16 76098933 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14279;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,5:8,4:8,1 -chr16 76937902 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.060034;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 -chr16 77469657 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0019982;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:23,3:16,5 -chr16 78002391 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.057396;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,5:11,1:12,4 -chr16 79289867 . T TTTTTTTTTTTTTC 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.041497;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,8:9,3:6,5 -chr16 80010206 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:7,4:5,3:2,1 -chr16 80142912 . C T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.0055347;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:29,5:14,1 -chr16 83659785 . CT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0041408;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,12:5,7:3,5 -chr16 84697711 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:2,6:5,1 -chr16 85855426 . CATAT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.046683;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,5:12,4:4,1 -chr16 86791022 . C A 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.00039387;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,13:28,8:28,5 -chr16 87174641 . TTTGTTTTTTTTTTG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:4,2:4,2 -chr16 87193365 . TAC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,8:1,7:2,1 -chr16 87928756 . CTTTGTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:3,3:3,3 -chr16 88371972 . C CCAT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.17398;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,4:13,2:21,2 -chr16 88545320 . G GT 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.00024453;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:49,13:25,7:24,6 -chr16 88862588 . C G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.039374;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:13,6:14,2 -chr16 88988070 . C CTT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.032244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:2,4:27,5 -chr16 89215991 . G C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=8.7205e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:43,19:22,11:21,8 -chr16 89411921 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.024173;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:6,4:20,1 -chr16 89536520 . C CAGGTGAGGCAGGTG 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.053676;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,6:16,4:14,2 -chr16 89634091 . C CTTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,4:0,3:3,1 -chr16 89688077 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018492;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,4:1,1 -chr16 89812652 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.037909;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:17,5:16,2 -chr17 244209 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.046149;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,7:18,4:6,3 -chr17 314822 . T C 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.038495;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:91,18:50,8:41,10 -chr17 402995 . C G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:4,1:11,4 -chr17 415383 . TTG T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.16171;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:8,3:19,1 -chr17 672169 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,1:5,3 -chr17 942611 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2 -chr17 1256435 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:13,4:5,3 -chr17 2356376 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2 -chr17 2730521 . T TTGTG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.011346;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:10,9:6,1 -chr17 2772859 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.021388;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:11,3:13,4 -chr17 3320546 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.046548;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,4:11,1 -chr17 3635245 . G GGAAGGAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:16,3:0,1 -chr17 3641384 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,3:2,2:1,1 -chr17 6941618 . T TCTCACTCTCA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:5,1:12,3 -chr17 7073723 . CA C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.020195;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,10:13,8:5,2 -chr17 7274080 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031608;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,7:10,5:5,2 -chr17 7277976 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.011316;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,9:8,8:4,1 -chr17 7378264 . AGAG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030792;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:3,4:10,1 -chr17 8363861 . ATT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,4:3,1:14,3 -chr17 10881914 . GACAA G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.038125;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:18,3:17,2 -chr17 11509020 . C CCAGCTGATTATAAAAT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.03973;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:9,5:10,2 -chr17 11707959 . CCACACACACACACACA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.076205;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,4:16,3:7,1 -chr17 12452680 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0019875;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:10,1:12,7 -chr17 12630428 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0094429;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:16,2:18,4 -chr17 13082355 . ATG A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,3:13,1 -chr17 13687794 . T C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0014365;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:19,4:20,6 -chr17 14186097 . G A 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.039231;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:51,11:27,9:24,2 -chr17 14346247 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,4:1,3:2,1 -chr17 16161240 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.082705;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,5:17,4:11,1 -chr17 18395786 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020274;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:1,2:16,7 -chr17 18926236 . A ATTAT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.009672;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:9,1:11,6 -chr17 19700763 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0071869;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:10,7:4,2 -chr17 20099511 . C CA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.015677;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,8:12,7:3,1 -chr17 20309815 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:5,2:7,6 -chr17 20554552 . C T 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.016944;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:48,14:26,12:22,2 -chr17 21347012 . T C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.019345;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:24,6:15,1 -chr17 21429100 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.041253;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:20,3:23,2 -chr17 21618605 . C G 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.0017091;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:65,12:31,7:34,5 -chr17 21638255 . C CT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.052808;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:15,1:22,4 -chr17 21745153 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0079024;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:9,8:8,6 -chr17 21906166 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.13808;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:35,4:19,2:16,2 -chr17 23165463 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 -chr17 26522412 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.074026;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:12,2:3,2 -chr17 26578810 . C A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.04645;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:16,4:17,4 -chr17 26601793 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.059274;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:1,1:17,3 -chr17 26630320 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.10922;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:14,1:6,2 -chr17 26742711 . A G 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.0036329;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:80,26:33,18:47,8 -chr17 26743898 . G T 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.0407;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:128,27:69,17:59,10 -chr17 26955510 . ATAT A 0 PASS DP=159;GPV=1;SPV=0.0079553;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:72,18:37,15:35,3 -chr17 28488776 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.00010626;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:47,15:34,7:13,8 -chr17 28894616 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,4:8,3 -chr17 29691498 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.013018;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:40,8:21,4:19,4 -chr17 30466795 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=2.3687e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:13,8:19,7 -chr17 30846409 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0054479;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:12,5:9,6 -chr17 32072443 . A AC 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.020415;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:15,7:14,2 -chr17 32653607 . CAA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00076786;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:11,13:3,5 -chr17 33436853 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,4:1,2:4,2 -chr17 35561745 . AAAAAAAAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,6:4,4 -chr17 37260301 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:3,2:1,1 -chr17 38202136 . G GATATATATATATAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:16,3:5,2 -chr17 38944848 . A ATGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,8:8,7:4,1 -chr17 39170524 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:8,5:4,3 -chr17 39355855 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.012394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,6:13,5:4,1 -chr17 39498513 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.2992e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:15,9:18,8 -chr17 40679936 . T A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=2.607e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:14,7:12,9 -chr17 41094456 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0002133;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,13:27,3:11,10 -chr17 41151528 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00017414;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:22,8:21,6 -chr17 41330198 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,2:3,1:2,1 -chr17 41633660 . GGT G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.039014;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,9:19,6:16,3 -chr17 42048377 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:5,2:3,1:2,1 -chr17 42356541 . T A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0010854;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:21,4:22,7 -chr17 44181155 . G GGGT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.050247;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:21,2:8,2 -chr17 44640699 . TA T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.30655;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:27,3:15,2:12,1 -chr17 44954088 . C A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.00046201;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:55,12:32,8:23,4 -chr17 44985119 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023036;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:15,2:11,8 -chr17 45603026 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.033857;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:33,6:6,6 -chr17 45791854 . A T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.020048;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:16,5:15,3 -chr17 46125081 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,2:6,2:0,0 -chr17 46213288 . T TTTG 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.026147;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:65,19:40,12:25,7 -chr17 46228676 . T TTTG 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.0079248;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:40,16:27,11:13,5 -chr17 46232324 . G C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.015123;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:52,12:27,10:25,2 -chr17 46256885 . T TG 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.029088;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:63,16:30,13:33,3 -chr17 46688553 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031197;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:5,4:13,4 -chr17 47000064 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.078605;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:17,3:8,3 -chr17 47724490 . A T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0002844;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:18,5:21,8 -chr17 48224071 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1 -chr17 48541816 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.013977;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:2,1:22,7 -chr17 49395490 . T TTTC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.03973;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:6,2:13,5 -chr17 49504773 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0029007;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,1:3,5 -chr17 51854780 . C T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.00094598;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:28,5:25,6 -chr17 52712033 . G C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0234;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:21,11:18,4 -chr17 52783194 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.031171;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:20,2:20,4 -chr17 53021068 . G GT 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00098386;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:49,14:33,7:16,7 -chr17 53627705 . ACAACT A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.064931;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:27,3:14,2 -chr17 53855532 . C CA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0040897;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,5:13,3 -chr17 53909895 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00047197;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:18,5:11,6 -chr17 54139013 . ATT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022502;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:8,4:9,3 -chr17 55506816 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:3,2:3,1 -chr17 59219059 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.27897;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:5,1:10,2 -chr17 59673100 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:50:1,3:0,2:1,1 -chr17 63742930 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.051469;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:8,5:9,2 -chr17 64082704 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.4092e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:20,6:10,7 -chr17 65147587 . C CTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.057853;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,7:12,5:10,2 -chr17 65460125 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=8.9175e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:22,9:12,5 -chr17 65838091 . T TA 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0054114;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:15,3:31,6 -chr17 65870065 . G GA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.038888;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,8:20,6:2,2 -chr17 66482098 . CA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0030632;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,11:4,9:3,2 -chr17 66746154 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.082922;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,3:6,3 -chr17 67089668 . T TATATATAGAGAGAGAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,4:6,2:7,2 -chr17 67309496 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.6e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:14,6:17,11 -chr17 67767795 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.057887;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:14,2:13,3 -chr17 67894880 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.7841e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:19,8:14,9 -chr17 69197027 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.098288;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:23,4:13,1 -chr17 71295236 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:8,6:3,1 -chr17 72147114 . A AAGG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.068336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,5:16,4:5,1 -chr17 72504634 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,6:8,2 -chr17 72754041 . TATATACACATAC T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0054956;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,10:10,3:5,7 -chr17 73026187 . G GAGAGAAGAGAAGAGA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.020644;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,9:4,8:9,1 -chr17 73224840 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.059053;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:48,6:30,3:18,3 -chr17 73855711 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=5.5727e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:41,19:19,8:22,11 -chr17 74423357 . TTG T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0065856;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:19,7:5,3:14,4 -chr17 74423362 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0051054;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:21,7:7,3:14,4 -chr17 74791357 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.038854;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:21,1:15,8 -chr17 75269548 . CTTTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.075059;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:14,4:3,2 -chr17 75560802 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:10,2:2,4 -chr17 76031286 . A ATTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,2:3,1:1,1 -chr17 76297870 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0024201;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:11,8:2,2 -chr17 77638792 . T G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18039;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,2:0,2 -chr17 77665949 . T TCATG 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.045096;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:32,2:12,4 -chr17 77905259 . T A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.00010709;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:47,14:28,4:19,10 -chr17 78635453 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.019428;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,11:16,8:3,3 -chr17 79283954 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0040253;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:36,19:21,7:15,12 -chr17 79656702 . AAGGAAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,2:3,1:3,1 -chr17 80148544 . CT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,6:10,5:8,1 -chr17 80915773 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.019011;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,5:8,3 -chr17 81048476 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.0010149;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:22,5:21,5 -chr17 81339604 . A G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:4,6:3,2:1,4 -chr17 82746093 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.011327;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,9:12,8:4,1 -chr17 82856751 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.094974;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:9,1:10,2 -chr17 83032028 . AC A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.039321;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:54,8:24,5:30,3 -chr18 147641 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.021189;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:7,8:7,2 -chr18 696206 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.040316;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,4:2,2:3,2 -chr18 731966 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.032417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,8:8,7:4,1 -chr18 2986548 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.039801;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:12,6:20,1 -chr18 3926773 . GAGCACCTAT G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00040227;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:42,15:23,10:19,5 -chr18 3927940 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.00037832;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:14,6:29,4 -chr18 4306464 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.17449;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:21,5:8,4:13,1 -chr18 4510780 . T TGTG 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.073744;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,4:13,2:15,2 -chr18 4510905 . G GA 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.0034365;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:85,11:41,2:44,9 -chr18 4524842 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=6.0755e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:51,18:28,12:23,6 -chr18 6432242 . T TGCGCGC 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.027616;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,8:21,5:16,3 -chr18 8472568 . G GAAGAAAGAAAGA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.033806;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:10,6:9,3 -chr18 9641349 . T TAGAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.034112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,6:11,4:16,2 -chr18 11644947 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04287;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,6:9,3 -chr18 12022528 . A AAATATATATATATATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:4,1:0,3 -chr18 12874140 . C A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.00020345;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:48,12:28,9:20,3 -chr18 14451784 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.048762;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:19,5:16,2 -chr18 15152436 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:22,4:8,2:14,2 -chr18 15406802 . A T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.031533;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:92,11:57,6:35,5 -chr18 15471993 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.021795;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:5,1:37,9 -chr18 15484444 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr18 15494057 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.064403;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:8,1:21,3 -chr18 15517248 . G T 0 PASS DP=358;GPV=1;SPV=0.022723;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:194:169,25:102,13:67,12 -chr18 15520846 . T C 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.0080062;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:93,26:25,7:68,19 -chr18 15528080 . T C 0 PASS DP=271;GPV=1;SPV=0.028874;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:115,21:34,14:81,7 -chr18 15534382 . G C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0042842;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:5,6:28,9 -chr18 15540233 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.023885;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:26,12:3,1 -chr18 15555357 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:2,1:14,5 -chr18 15573280 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr18 15580200 . G C 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.02679;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:93,17:26,3:67,14 -chr18 15582785 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:16,3:4,1 -chr18 15588637 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.049445;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:2,1:29,4 -chr18 15684083 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 -chr18 15713707 . G C 0 PASS DP=386;GPV=1;SPV=0.012311;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:191,35:94,24:97,11 -chr18 15727235 . G C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.022784;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:57,19:49,17:8,2 -chr18 15727935 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:1,0:16,4 -chr18 16442072 . T C 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0061782;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:50,16:2,2:48,14 -chr18 16913119 . A C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 -chr18 16959666 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.048633;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:20,1:2,8 -chr18 17065706 . G T 0 PASS DP=473;GPV=1;SPV=0.022877;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:242:207,35:30,9:177,26 -chr18 17300370 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0007759;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:22,12:4,1 -chr18 17638914 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 -chr18 17676479 . C A 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.046569;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:68,14:51,11:17,3 -chr18 17732441 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.051054;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:0,0:22,4 -chr18 18040886 . G T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.01615;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:33,6:20,2 -chr18 18231134 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.019616;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:43,11:5,2 -chr18 19053810 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.013809;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:13,2:21,4 -chr18 19869150 . T A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.049403;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:49,9:11,3:38,6 -chr18 20445267 . C A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,3:3,2 -chr18 20582385 . T G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.027025;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:26,7:14,4 -chr18 20786158 . C G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 -chr18 20923340 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 -chr18 21640623 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,6:3,5:7,1 -chr18 21899266 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.045915;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:10,7:11,3 -chr18 22079428 . G GT 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0006601;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:24,6:22,6 -chr18 25960005 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.044045;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:17,2:25,3 -chr18 27501014 . C A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.017025;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:23,5:25,2 -chr18 27702207 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.3702e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:11,7:17,11 -chr18 28772839 . T G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.027339;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:14,4:6,2:8,2 -chr18 28873679 . G C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0013442;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:16,6:27,7 -chr18 29311057 . C CAAAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.062626;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,7:16,6:11,1 -chr18 30454417 . C T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.011449;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:28,4:24,3 -chr18 31308385 . AT A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00020572;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,15:16,5:21,10 -chr18 33610413 . C G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.018132;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:19,3:13,2 -chr18 35214060 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.37564;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,4:8,2:4,2 -chr18 35445026 . G GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.022451;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,6:6,3:11,3 -chr18 36133897 . GTTTTTT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.090553;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,7:11,2:12,5 -chr18 37382878 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=5.077e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:15,8:18,7 -chr18 37727602 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0061213;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:25,3:20,6 -chr18 38567748 . G C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00015275;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:23,5:19,9 -chr18 39706587 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.10577;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,5:4,3:2,2 -chr18 39863531 . GCACGCACACACACACA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014604;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,7:7,2 -chr18 40192263 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0095308;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,1:3,5 -chr18 40241814 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00012515;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:15,4:20,11 -chr18 42054126 . GTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,6:7,3:4,3 -chr18 42278307 . C CAAA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.010276;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,8:18,4:10,4 -chr18 42922557 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00046557;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:19,9:19,5 -chr18 43745787 . A AATCT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0054715;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:17,15:7,7:10,8 -chr18 45346968 . AAAATAAAAATAAAAAT A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.040632;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,12:16,3:17,9 -chr18 45615840 . A T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.022208;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:30,4:23,4 -chr18 45830583 . C CTTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:12,3:3,2 -chr18 46330410 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=1.8341e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,16:24,8:20,8 -chr18 47982777 . A AGAGAGG 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0 -chr18 48281933 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0084605;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:13,5:18,11 -chr18 51977546 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0019724;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:30,7:19,3 -chr18 53598647 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=8.1726e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,15:17,8:20,7 -chr18 54771591 . A AGT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.011272;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,9:5,5:5,4 -chr18 54980069 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0098204;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:13,3:12,3 -chr18 55711294 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.045694;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:8,5:5,1 -chr18 56158489 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00013409;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:18,8:26,7 -chr18 56736924 . A G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.00018926;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:45,18:15,8:30,10 -chr18 56738798 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,2:7,2 -chr18 56900082 . GTATA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:2,2:2,1:0,1 -chr18 59882954 . ATT A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.049546;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:25,3:17,7 -chr18 61010065 . C A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.5622e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:16,7:15,7 -chr18 62189275 . G GT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.031485;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,11:11,5:15,6 -chr18 63174820 . CA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.049356;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:14,7:7,2 -chr18 65891839 . A G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0013864;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:20,7:23,4 -chr18 67394999 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr18 72173274 . T G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=5.8144e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:36,20:18,11:18,9 -chr18 72528962 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,5:3,2 -chr18 72690942 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=3.0143e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:46,21:16,7:30,14 -chr18 73899710 . C A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=3.4355e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:16,7:19,8 -chr18 74737392 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00045086;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:21,5:15,5 -chr18 76028583 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.076e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:36,18:14,10:22,8 -chr18 76458795 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0044583;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:5,8:11,2 -chr18 77708903 . G A 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=3.6562e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:47,25:23,10:24,15 -chr18 77958179 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.020648;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:21,1:11,4 -chr18 78042031 . GTT G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0007185;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,12:14,7:10,5 -chr18 78513404 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12395;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:12,4:14,1 -chr18 78840321 . TGA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:11,6:3,2 -chr18 79618653 . A C 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.035863;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:70,13:31,9:39,4 -chr19 106852 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.052666;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:0,1:21,6 -chr19 160592 . G T 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.028659;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:91,12:41,6:50,6 -chr19 190040 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,1:4,3 -chr19 350618 . CAT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012598;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:4,3:11,4 -chr19 481425 . AGAAGGATGATGGG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:12,2:4,2 -chr19 492581 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,2:6,3 -chr19 714358 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:5,3:10,2 -chr19 1035181 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.044401;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:26,4:15,1 -chr19 1877185 . C T 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.022449;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:21,6:25,6 -chr19 2725749 . C A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=7.7806e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:48,15:32,11:16,4 -chr19 2864729 . GAAAGAAAAAGAAAA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01828;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:3,1:7,7 -chr19 3528158 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.00073223;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:14,5:25,4 -chr19 3972314 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:2,5:5,4 -chr19 4068661 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.046571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:52,6:29,4:23,2 -chr19 4232769 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.049454;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,10:18,6:15,4 -chr19 4334836 . C CTGTCCA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,2:2,3 -chr19 4952393 . C CTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11785;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,7:8,5:5,2 -chr19 5463442 . TTCC T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.031089;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,1:11,4 -chr19 5516651 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:13,10:8,6:5,4 -chr19 6162566 . C CAAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.037576;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,9:18,8:9,1 -chr19 6287882 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=4.2775e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:18,10:14,9 -chr19 6455720 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:2,2:2,1:0,1 -chr19 6614552 . G GTTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,7:9,6:3,1 -chr19 6994039 . T TAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAC 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0037845;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,11:13,6:11,5 -chr19 8063855 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075102;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:10,3:15,1 -chr19 8423985 . C CA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.035556;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:33,14:20,11:13,3 -chr19 8541425 . GT G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.028446;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:15,8:7,2 -chr19 8785481 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,4:0,0 -chr19 8853515 . A C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.049592;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:23,6:14,1 -chr19 8959981 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.015072;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:20,4:22,2 -chr19 9428062 . A C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00032403;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:21,7:15,4 -chr19 9970015 . T TG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0021563;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,11:3,4:6,7 -chr19 10196339 . C T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=4.7992e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:30,4:13,10 -chr19 10307347 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,4:1,3:3,1 -chr19 11159637 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.05;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:54:0,3:0,2:0,1 -chr19 11974110 . TTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.016686;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:8,4:25,8 -chr19 13291633 . T TA 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00011777;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,21:16,14:6,7 -chr19 16341517 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=9.1667e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,16:14,7:22,9 -chr19 18072946 . CAAAA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.019247;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:12,8:7,1 -chr19 18159144 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016908;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:2,4:7,2 -chr19 18201263 . A AAAAGAAAG 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.023995;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,8:15,6:14,2 -chr19 19744153 . CTT C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10771;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:9,2:29,3 -chr19 20890454 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.046474;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:9,2:18,2 -chr19 21709169 . C CAA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0097243;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,12:14,8:8,4 -chr19 22655736 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.01458;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,3:3,6 -chr19 23417434 . GTATATA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,4:1,1 -chr19 24346300 . T C 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.017291;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:86,11:46,6:40,5 -chr19 25408284 . G T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.13636;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:2,1:13,2 -chr19 26019887 . T G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr19 27414078 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0013497;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:40,12:20,6:20,6 -chr19 27437536 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2.1314e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,18:18,5:17,13 -chr19 28819963 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.022285;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:26,2:18,4 -chr19 29548626 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0007833;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:23,7:21,5 -chr19 29782829 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.041455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:13,4:1,0 -chr19 29874253 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:1,2:1,2:0,0 -chr19 29900314 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:3,1:3,4 -chr19 32019290 . GAGAGAGAGAA G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046683;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,5:7,4:9,1 -chr19 32667832 . C CAAA 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.006922;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,15:18,11:15,4 -chr19 33961138 . C CTTT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0040779;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:11,4:11,6 -chr19 34451536 . GT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049275;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,4:6,2 -chr19 36428649 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.03385;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:22,4:5,1 -chr19 36975136 . A ATTTC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.027342;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:11,4:20,7 -chr19 37184356 . AAAAGAAAGAAAG A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.032887;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,7:12,3:12,4 -chr19 37283037 . G C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.013084;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:20,3:21,9 -chr19 37551835 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.010281;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:17,5:18,1 -chr19 38422132 . G A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=8.3659e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:58,18:30,8:28,10 -chr19 43765527 . G GAC 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00034173;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:15,3:20,9 -chr19 44338836 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.00035589;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:51,15:30,10:21,5 -chr19 45372147 . T TGTGTGTGTGTGTGCGC 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00033727;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,15:6,5:13,10 -chr19 45903858 . C CAA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.019414;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,12:18,10:6,2 -chr19 46157787 . A C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00027053;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:17,6:11,3 -chr19 47051770 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:8,1:18,3 -chr19 47747779 . CTTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0084717;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,5:3,3 -chr19 47895696 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,6:6,4:5,2 -chr19 48153637 . A AACAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:8,3:2,3 -chr19 48331200 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,2:8,3 -chr19 48829635 . C CTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11275;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:12,4:7,1 -chr19 48958345 . AT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:14,2:2,3 -chr19 49182467 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,4:13,2:6,2 -chr19 49544708 . CAG C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.047358;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:10,2:14,7 -chr19 50346024 . AT A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.101;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:12,3:23,1 -chr19 50618106 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.015393;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:26,3:13,4 -chr19 50738867 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,4:6,1:16,3 -chr19 51393559 . T TTTTA 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.038138;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:20,8:22,6 -chr19 52997685 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=8.2016e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:10,9:13,12 -chr19 53470160 . T TCCTTCCTTCCTTCCTTCC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.028482;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,9:13,2:10,7 -chr19 53470177 . C CT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0069242;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:14,5:8,10 -chr19 53821031 . CTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.1039;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,3:10,2:4,1 -chr19 53921585 . GT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.19536;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:6,2:10,1 -chr19 53923820 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,3:4,5 -chr19 53954418 . A ATCTT 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.027602;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:36,14:14,4:22,10 -chr19 54413375 . GGTGT G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00073139;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,13:12,9:6,4 -chr19 54492716 . C T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.0087887;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:61,15:23,8:38,7 -chr19 54636053 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014985;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:19,2:13,10 -chr19 54862802 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0068111;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,7:4,5:1,2 -chr19 55319433 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 -chr19 55864705 . T C 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0015871;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:14,4:26,4 -chr19 55990079 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,3:2,1 -chr19 56696976 . T TATATGTGTATAC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.02769;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,8:11,6:6,2 -chr19 57165803 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.02761;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,11:16,9:7,2 -chr19 57281556 . A AT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.049356;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:15,4:6,5 -chr19 57457933 . A AGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:4,3:9,1 -chr19 58232766 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.014077;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:11,6:3,3:8,3 -chr19 58390426 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,3:2,1 -chr2 913213 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.24396;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:17,2:16,2 -chr2 923366 . A ATT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,2:11,2 -chr2 1281225 . GTTTATGTGGTGTGGT G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043132;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,1:13,3 -chr2 1547975 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:1,2:0,0:1,2 -chr2 1719834 . TTGTG T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:6,2:13,8 -chr2 3180664 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.040535;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,4:8,4 -chr2 3669728 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00016747;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:21,2:18,9 -chr2 4405526 . C CAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.044964;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,12:17,10:3,2 -chr2 4522520 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.7203e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:8,5:21,8 -chr2 5333727 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0023465;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:22,5:20,4 -chr2 5600394 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.035066;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,6:14,5:4,1 -chr2 6134131 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0042725;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:22,9:22,2 -chr2 6862573 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00044152;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:19,10:24,4 -chr2 9118194 . TTCTC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0053523;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,4:7,4 -chr2 10554207 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0082048;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:20,7:14,3 -chr2 10554273 . G GA 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.014217;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:16,9:20,3 -chr2 10690415 . C CAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0064663;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:13,6:4,1 -chr2 10727051 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020274;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:0,1:17,8 -chr2 12199778 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034767;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,6:5,3 -chr2 13280936 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0013781;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:22,4:25,8 -chr2 13484441 . ATGTGTGTGTG A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.038795;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,8:9,6:11,2 -chr2 14757402 . A G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00053467;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:16,5:24,5 -chr2 15846446 . G A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=5.5211e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:22,9:22,5 -chr2 16092284 . GT G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,8:12,6:4,2 -chr2 16299765 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:21,4:11,3:10,1 -chr2 17707999 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:17,5:10,2:7,3 -chr2 17921915 . G GTA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.029349;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,4:2,4 -chr2 18029352 . ATTT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,4:6,2 -chr2 18296634 . A AGT 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.015651;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:69,22:31,18:38,4 -chr2 18530290 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,3:5,2 -chr2 19263268 . G A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=1.2759e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:46,19:25,9:21,10 -chr2 22738315 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0036201;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:25,6:20,4 -chr2 23581828 . C CAAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.052666;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,7:15,6:6,1 -chr2 23918202 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.014414;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:17,10:3,1 -chr2 24621432 . ATTTTTTTTT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04422;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,4:4,3 -chr2 25901727 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030792;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,4:6,1 -chr2 26668091 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00061273;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:19,6:20,5 -chr2 27539702 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10694;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:6,1:11,2 -chr2 28258632 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 -chr2 28443199 . AT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00094846;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,15:9,9:4,6 -chr2 28939057 . T G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11275;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,3:14,2 -chr2 30193879 . AT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0041629;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,6:4,2 -chr2 30886989 . T C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.003441;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:19,7:26,1 -chr2 31243452 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,4:8,2:2,2 -chr2 31245545 . ATATATATATT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0055032;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:12,4:5,3 -chr2 31881495 . TA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:7,5:7,3 -chr2 32030629 . C CAA 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.015555;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,14:21,12:9,2 -chr2 32343478 . T TA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028534;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:6,6:7,2 -chr2 32446738 . G GT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,3:8,1 -chr2 33654935 . GA G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0057212;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:19,3:13,5 -chr2 34123925 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0012005;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:25,9:14,4 -chr2 34314362 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,3:10,2 -chr2 35214857 . A AT 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.046149;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:24,7:14,4:10,3 -chr2 35541650 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.022366;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,9:5,2:9,7 -chr2 35610856 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0001474;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:22,7:22,7 -chr2 37519556 . AATATATATGT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,2:5,2 -chr2 37519805 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.044512;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:14,4:12,2 -chr2 39978827 . CTA C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.05702;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:32,2:9,3 -chr2 41452723 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2 -chr2 42121772 . G GA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013378;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:12,6:6,3 -chr2 42403477 . G GTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 -chr2 42451204 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.032622;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,8:12,7:4,1 -chr2 42525516 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.091638;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:5,1:28,3 -chr2 42628772 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.026638;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:19,5:6,4 -chr2 44588374 . G C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:1,1:8,6 -chr2 44666612 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.22913;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:15,3:5,1 -chr2 45064398 . G GT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0028422;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:17,6:14,8 -chr2 45716732 . AAAGT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.14853;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,6:16,5:2,1 -chr2 45868214 . CTT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0013974;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,12:8,8:2,4 -chr2 46299246 . G GCGAAT 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.00018801;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:58,16:28,11:30,5 -chr2 46299254 . C G 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.00012803;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:57,16:27,10:30,6 -chr2 47259984 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00010638;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:34,15:17,11:17,4 -chr2 49358589 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0014915;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:19,1:18,7 -chr2 51939045 . G GT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,7:1,4:1,3 -chr2 53439035 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00029953;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:19,5:12,7 -chr2 54930953 . C CTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.092279;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,5:13,4:7,1 -chr2 55425116 . A AAG 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=7.7172e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:12,4:15,6 -chr2 57376462 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:9,5:3,3:6,2 -chr2 57912417 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00010821;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:42,17:20,10:22,7 -chr2 60166802 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00071811;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:20,5:17,5 -chr2 61054725 . ATG A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.031169;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,6:10,4 -chr2 61623897 . TAATAAAATAAAATAA T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.016656;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:12,4:11,7 -chr2 61676192 . GT G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.03601;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:15,4:8,4 -chr2 61715319 . C CTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.024419;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:9,6:8,4 -chr2 62629617 . CTCTCCCTCTCCCCACGG C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,4:16,3:8,1 -chr2 63455439 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.052103;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:21,2:17,3 -chr2 65220216 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0065088;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,11:4,9:5,2 -chr2 65699924 . G C 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00019326;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:45,14:27,9:18,5 -chr2 67945849 . C CTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034996;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:7,4:7,2 -chr2 69662992 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0090729;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,7:4,1 -chr2 70219738 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.017733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:16,10:1,1 -chr2 70396496 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.013912;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,10:13,9:8,1 -chr2 71161823 . G T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=8.8589e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:40,22:20,11:20,11 -chr2 75186371 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.043206;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,7:11,6:6,1 -chr2 76300327 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048573;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:6,3:12,3 -chr2 77509384 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00017939;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:45,16:19,9:26,7 -chr2 78858407 . C A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0015983;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:18,5:22,5 -chr2 79187261 . TTTTC T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.057027;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:14,3:12,3 -chr2 79283033 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.035066;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,3:6,3 -chr2 79395157 . C T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=4.2848e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:46,14:32,7:14,7 -chr2 79851737 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.05132;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,1:7,3 -chr2 79982253 . TACAC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.031354;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:4,2:11,7 -chr2 80375562 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:8,4:3,1 -chr2 80932071 . C CATAT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.017571;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,9:9,4:5,5 -chr2 86902578 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00064447;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,23:10,10:17,13 -chr2 87116473 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.015567;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:12,3:7,7 -chr2 87178306 . T TG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.028693;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,10:9,4:16,6 -chr2 87201007 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 -chr2 87247722 . A G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.012017;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:15,8:26,5 -chr2 87345906 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:4,2:21,2 -chr2 87388545 . C G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0030596;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,18:24,9:11,9 -chr2 87398126 . CGCCA C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.079421;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:20,4:21,1 -chr2 87420984 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,2:4,2 -chr2 87706027 . T C 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.043168;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:52,14:30,9:22,5 -chr2 89534524 . G GTGAT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.16149;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:10,3:1,0:9,3 -chr2 89597075 . A G 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=2.2566e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:45,23:28,10:17,13 -chr2 89767663 . GT G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.040655;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:29,4:20,2 -chr2 89837671 . T A 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.021811;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:49,14:25,7:24,7 -chr2 90247912 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.0064228;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:58,19:32,12:26,7 -chr2 90249171 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.048023;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:50,13:35,6:15,7 -chr2 90311614 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0018363;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,18:23,11:9,7 -chr2 90323215 . C G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.038293;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:49,7:15,3:34,4 -chr2 90324502 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:6,2:1,5 -chr2 90326314 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 -chr2 90350028 . A T 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.0092286;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:72,19:42,11:30,8 -chr2 90401619 . G A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.019783;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:79,18:45,15:34,3 -chr2 91472627 . C T 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.0025124;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:113,22:54,12:59,10 -chr2 91476732 . T C 0 PASS DP=270;GPV=1;SPV=0.0036469;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:121,24:51,5:70,19 -chr2 91546596 . A G 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.00060653;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:71,21:36,7:35,14 -chr2 91601565 . C CTTTT 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.027931;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,10:13,5:20,5 -chr2 91711048 . G T 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.0012651;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:12,7:33,6 -chr2 91711082 . C T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.048471;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:55,12:12,8:43,4 -chr2 91895156 . G GCT 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.023718;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:104,14:49,10:55,4 -chr2 91911069 . A C 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.0052731;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:84,10:35,8:49,2 -chr2 91932523 . T G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.018291;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:30,3:27,4 -chr2 92198813 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.20884;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,4:30,4:3,0 -chr2 92204805 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:2,0:19,4 -chr2 92208558 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.20116;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:0,0:32,4 -chr2 92218555 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.079426;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:34,4:2,0 -chr2 92295228 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 -chr2 92332611 . G C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.023569;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:54,10:28,2:26,8 -chr2 92366760 . T G 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.023461;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:132,23:2,9:130,14 -chr2 92386741 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,3:10,1 -chr2 92392766 . C T 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.0050942;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:88,25:40,15:48,10 -chr2 92418824 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,4:0,0 -chr2 92485165 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.12943;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,4:3,0:29,4 -chr2 92491173 . T G 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.026545;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:68,9:42,6:26,3 -chr2 92511077 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.022365;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:9,6:19,1 -chr2 92564394 . T A 0 PASS DP=244;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:113,20:61,5:52,15 -chr2 92674209 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.044237;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:76,10:62,5:14,5 -chr2 92684703 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.080505;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:2,0:32,4 -chr2 92746667 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.026152;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:12,5:28,2 -chr2 92746668 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.049115;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,6:11,5:30,1 -chr2 92763497 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011977;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:19,11:4,1 -chr2 92828797 . T A 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.0079688;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:171:153,18:1,1:152,17 -chr2 92856348 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,1:5,8 -chr2 92909528 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.022996;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:14,1:10,8 -chr2 92956450 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10169;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:0,1:35,4 -chr2 92992587 . T A 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.01794;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:75,19:35,13:40,6 -chr2 93070152 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011208;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,7:5,1 -chr2 93077499 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,5:5,3 -chr2 93100041 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.16867;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:35,4:0,0 -chr2 93114949 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11923;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:11,3:25,1 -chr2 93164279 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:17,1:9,3 -chr2 93215666 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.043236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:17,2:16,5 -chr2 93233897 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:8,1:23,5 -chr2 93249883 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 -chr2 93432710 . C T 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.031747;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:66,12:26,7:40,5 -chr2 93459900 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:0,3:25,1 -chr2 93551914 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:0,5:6,4 -chr2 93575342 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.023393;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:30,7:9,1 -chr2 93596222 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.025703;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:41,6:6,1 -chr2 93672880 . C G 0 PASS DP=339;GPV=1;SPV=0.017673;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:189,23:62,12:127,11 -chr2 93683512 . A T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 -chr2 93690772 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.25968;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,1:7,3 -chr2 93864295 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0066847;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,5:11,5 -chr2 93958145 . A G 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.0012808;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:119,21:98,18:21,3 -chr2 94073421 . GAA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.23474;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:18,2:9,1 -chr2 94084064 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.29538;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:20,3:14,1 -chr2 94084147 . G T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 -chr2 94084897 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14592;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:11,3:18,2 -chr2 94286187 . A G 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.011597;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:100,27:56,12:44,15 -chr2 94287837 . G T 0 PASS DP=388;GPV=1;SPV=0.0017827;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:198,28:75,3:123,25 -chr2 94851909 . G GTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,4:16,3:3,1 -chr2 95484068 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.012518;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:12,9:11,3 -chr2 95936776 . C A 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:102,20:70,16:32,4 -chr2 95987605 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0047325;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:5,3:6,4 -chr2 96009000 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=6.3244e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:15,6:22,8 -chr2 96023181 . G A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:21,4:29,2 -chr2 96462406 . C T 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.015623;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:65,10:35,8:30,2 -chr2 97060632 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0034588;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:25,5:18,4 -chr2 100014783 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2 -chr2 102487178 . G GGT 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0025178;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:20,3:25,5 -chr2 102818770 . C G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.043302;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:26,3:20,3 -chr2 103496471 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.4306e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:22,7:14,8 -chr2 103705085 . TATATATAA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.02121;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,7:5,2 -chr2 105522330 . AAG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,4:3,2:7,2 -chr2 106287921 . AAAC A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.077531;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:10,1:20,4 -chr2 106394211 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.015335;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:13,5:12,8 -chr2 106464556 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0044711;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:14,5:29,1 -chr2 107904796 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.003233;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,14:14,11:25,3 -chr2 109606672 . CTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036089;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:6,3:1,2 -chr2 110175315 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00037706;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,4:17,6 -chr2 111551691 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0021846;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:2,2:6,9 -chr2 111812295 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,3:8,2 -chr2 113236228 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,3:7,1 -chr2 113394909 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0097821;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:0,1:9,6 -chr2 113561824 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15115;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,3:16,1 -chr2 113594232 . AG A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.046454;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:58,7:30,2:28,5 -chr2 114026437 . G A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.000332;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:51,14:22,3:29,11 -chr2 116900074 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:12,4:9,1:3,3 -chr2 116900753 . TC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011003;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:10,5:11,6 -chr2 117042252 . T TTA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.042657;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:19,7:10,3 -chr2 117736666 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00015203;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:18,6:10,6 -chr2 118030701 . T A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=1.0575e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:46,19:25,12:21,7 -chr2 118200387 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.13742;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,4:9,3:15,1 -chr2 118200397 . TATATACAC T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:21,5:7,3:14,2 -chr2 118563884 . AAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,7:8,5:4,2 -chr2 119529550 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013393;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,13:7,11:1,2 -chr2 121235579 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0026133;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:7,5:9,6 -chr2 123358800 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,4:2,1 -chr2 124237077 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.00019654;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:46,13:22,5:24,8 -chr2 125013436 . T TA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,4:2,1 -chr2 125032097 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0029706;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:21,2:12,6 -chr2 125894961 . CAT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:5,1:4,5 -chr2 128606445 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0068293;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:17,8:20,1 -chr2 129435058 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017739;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:5,8:9,1 -chr2 130226771 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.029035;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:20,1:20,9 -chr2 130637244 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0082085;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:20,6:13,12 -chr2 130680549 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,3:9,1 -chr2 131275700 . C T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr2 132012048 . TA T 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.023941;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:100,18:36,6:64,12 -chr2 132052015 . A C 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.034853;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:90,13:47,3:43,10 -chr2 132723140 . A AT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020153;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,7:14,5:7,2 -chr2 133302829 . C G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=1.6041e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:45,19:24,8:21,11 -chr2 133960430 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037959;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:9,2:2,2 -chr2 134465189 . T TAAAA 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.077652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:18,3:27,2 -chr2 137781367 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=4.3552e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:34,16:19,9:15,7 -chr2 137911418 . ATTTTTTTT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0079921;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,11:9,8:4,3 -chr2 138984952 . TCTTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.07563;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:7,2:17,2 -chr2 139200479 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00022098;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:17,3:11,7 -chr2 139975755 . C A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0012829;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:48,16:27,13:21,3 -chr2 140743990 . AAGT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00059538;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,10:1,4:0,6 -chr2 141645469 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:9,5:1,1 -chr2 141962869 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0010228;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:20,5:19,6 -chr2 142353850 . C G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019548;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,2:5,5 -chr2 143090910 . C A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0011295;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:15,3:27,7 -chr2 145080448 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.15966;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:17,3:8,1:9,2 -chr2 146135294 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0047012;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:7,9:5,2 -chr2 148411512 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,4:10,1 -chr2 149675021 . A ATCTATCTATCTATCTATCTATC 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.04668;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:28,8:8,6:20,2 -chr2 149988264 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0083921;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:21,5:21,2 -chr2 150184369 . A AACACAC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.03053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:18,8:4,3 -chr2 150304967 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00048032;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:22,9:15,4 -chr2 150653021 . C A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=2.3536e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:41,24:17,8:24,16 -chr2 153069708 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=8.0829e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:21,7:22,6 -chr2 153345635 . TTTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.009702;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,9:1,6:15,3 -chr2 153414478 . A AT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.010719;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:21,6:8,1 -chr2 154118282 . C CTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.032462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,16:10,7:10,9 -chr2 154417282 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.023489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,7:12,5:4,2 -chr2 154620996 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11785;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:3,2:10,4 -chr2 155613561 . T G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:5,8:3,5:2,3 -chr2 156462454 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,4:5,1:13,3 -chr2 156617063 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,4:10,3:13,1 -chr2 156773425 . T G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0066107;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:19,6:27,3 -chr2 162285325 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.032385;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:28,5:23,1 -chr2 164259174 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0013605;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:15,5:21,7 -chr2 164584147 . AT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:4,3:5,1 -chr2 165520782 . AT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.32712;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,4:9,3:1,1 -chr2 165766678 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.038035;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:17,6:6,1 -chr2 165927223 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,2:5,2 -chr2 167683806 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.1162e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:12,6:14,10 -chr2 169079881 . GAA G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,3:6,2 -chr2 169284256 . C CTCT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,4:5,1 -chr2 169466445 . TATAAAC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13115;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:17,1:6,4 -chr2 169591920 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0095308;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,6:10,2:2,4 -chr2 169969548 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0011242;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,12:10,9:3,3 -chr2 170230336 . A ATTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.040008;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,9:8,4:8,5 -chr2 171496400 . A C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,4:16,1:8,3 -chr2 171508528 . C A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=4.7992e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:24,7:19,7 -chr2 172744982 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=7.0728e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:17,9:25,7 -chr2 172857881 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:6,3:7,1 -chr2 172911758 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,1:10,3 -chr2 173844256 . C CGTGTGT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0032844;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:13,14:9,8:4,6 -chr2 174110302 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0023112;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:9,15:5,12:4,3 -chr2 174540463 . C CAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,8:4,7:6,1 -chr2 177853678 . ATATGTG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,4:1,2:7,2 -chr2 177855903 . AACAC A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0023233;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:12,13:8,10:4,3 -chr2 179027646 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:4,3:9,1 -chr2 181301902 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0089356;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:20,5:23,4 -chr2 181418864 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,1:4,4 -chr2 183242462 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0090729;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,8:4,3:8,5 -chr2 183265413 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:6,5:8,1 -chr2 183283860 . TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.085684;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:16,3:26,3 -chr2 186406821 . A T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.045381;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:20,2:24,4 -chr2 187243808 . T TACACACACAC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.034248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,5:15,3:8,2 -chr2 189835906 . C CAAA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.015597;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,10:19,9:4,1 -chr2 191524061 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,4:8,2:4,2 -chr2 194519854 . A AT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.024221;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:16,4:12,2 -chr2 194623176 . TTG T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.011999;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,7:25,4:21,3 -chr2 196613582 . T TA 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00015878;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:22,9:18,5 -chr2 196626026 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0039984;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,8:5,2 -chr2 197240374 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0078195;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,13:12,11:6,2 -chr2 197695447 . T TA 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.036723;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:25,2:26,4 -chr2 197853604 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00037553;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:19,4:20,7 -chr2 198253112 . G T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0064775;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:48,8:21,6:27,2 -chr2 199290797 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=3.1445e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:26,9:13,8 -chr2 199701299 . TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,7:6,6:4,1 -chr2 203271080 . ATATTTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:4,4:3,2 -chr2 203512621 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.019226;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,7:8,2 -chr2 204362490 . A AGATAGATAGATAGATG 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0049095;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,13:11,10:8,3 -chr2 206180734 . C CATTATTATT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:16,13:5,7:11,6 -chr2 207820890 . CTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:4,4:4,1 -chr2 208173120 . CAA C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0031524;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,11:7,9:3,2 -chr2 209510211 . G GT 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0066158;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:24,6:18,3 -chr2 211317921 . CG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.044904;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,8:15,5:7,3 -chr2 212949823 . GTTT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:7,6:4,3 -chr2 214595549 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.03415;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:11,6:15,5 -chr2 214608659 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.041404;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:18,4:16,2 -chr2 215246625 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.076205;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,4:7,3:16,1 -chr2 216187470 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,2:4,1:2,1 -chr2 217150072 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00022563;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:25,8:5,3 -chr2 217229439 . CTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,4:9,2:5,2 -chr2 217293693 . A G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=2.52e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:20,6:17,8 -chr2 217809576 . GATAGGTGC G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.02182;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,8:9,3:15,5 -chr2 218321623 . CT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0062802;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:17,7:5,3 -chr2 218588588 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:4,1:3,5 -chr2 219159526 . C CAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,4:12,2:5,2 -chr2 220791974 . AT A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:4,1:1,1 -chr2 220833442 . T TACACACAC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.010567;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,15:15,13:8,2 -chr2 221405710 . T TTTTGTTTTTTTTTTTTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013894;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,4:3,1:4,3 -chr2 221868009 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=8.0829e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:19,7:24,6 -chr2 222323434 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,9:1,4:3,5 -chr2 222816602 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.18154;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:4,1:11,2 -chr2 223321343 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.8214e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,15:24,8:13,7 -chr2 223547202 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:26,4:13,2:13,2 -chr2 223626106 . G GGAA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.022123;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,6:22,5:5,1 -chr2 223626112 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.023915;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:18,9:11,6:7,3 -chr2 227045783 . CAT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.052629;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,1:12,4 -chr2 227377124 . T A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:1,2:0,1:1,1 -chr2 227427984 . C CTCTTTTCTTTCTTT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.038786;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,5:8,2:24,3 -chr2 228055142 . C CAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:3,2:3,2:0,0 -chr2 228139910 . T TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.21504;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,3:2,2:8,1 -chr2 228393427 . T TATAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.05461;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:10,2:10,2 -chr2 228403532 . A G 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0020126;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:63,12:36,6:27,6 -chr2 230222840 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:15,2:7,2 -chr2 230782817 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,1:12,3 -chr2 231852022 . TC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,5:2,3:4,2 -chr2 232886127 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.05558;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:29,5:12,2:17,3 -chr2 233253340 . G T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0070941;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,5:3,5 -chr2 233258016 . AATATCTAT A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0024809;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:13,3:14,12 -chr2 234561655 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=8.9917e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:17,9:16,5 -chr2 234747587 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0030816;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,14:5,8:4,6 -chr2 235090896 . CTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.033381;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,12:13,4:22,8 -chr2 236024021 . G GT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.069135;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,2:16,2 -chr2 238162785 . G A 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.0029955;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:28,7:44,3 -chr2 239094421 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.883e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:18,8:9,9 -chr2 241848563 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:1,2:7,5 -chr2 242178601 . T G 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.017245;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:89,16:49,9:40,7 -chr20 227692 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.052186;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 -chr20 508437 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=6.7435e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:13,9:15,3 -chr20 1948736 . AAAAAAG A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.034215;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,6:16,3:15,3 -chr20 4103854 . C CAA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.018271;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,9:15,8:6,1 -chr20 4768812 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.12821;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:3,2:2,1:1,1 -chr20 5763290 . C CA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0049095;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,13:17,11:2,2 -chr20 6530251 . C T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=8.189e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:48,16:24,8:24,8 -chr20 6606159 . CTT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:3,1:23,4 -chr20 7810723 . CT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.045061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,4:12,1 -chr20 8031760 . GATGTATGTGTGTATGTATGATGT G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.046772;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,5:13,4:16,1 -chr20 8123251 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.072687;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:21,3:23,3 -chr20 9189274 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:14,3:6,1 -chr20 9191345 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,2:5,2 -chr20 10118020 . A AAT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:6,6:1,2 -chr20 10336200 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00038475;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:16,4:7,7 -chr20 12341282 . T TG 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.045641;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:20,3:21,5 -chr20 13960126 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.8386e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:37,17:22,11:15,6 -chr20 14008889 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00041767;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:20,6:23,6 -chr20 15294120 . T TAAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.011404;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,15:10,11:12,4 -chr20 18118892 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.44608;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,4:3,2:8,2 -chr20 18464667 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,3:5,1 -chr20 20411129 . C T 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=6.1367e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:55,17:28,9:27,8 -chr20 20937991 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00030699;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:28,9:14,7 -chr20 21463989 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.00089328;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:20,6:19,2 -chr20 21944595 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00011575;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:23,6:20,10 -chr20 22082620 . G GTATATATGA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.12945;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,3:18,1 -chr20 25027351 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.00017575;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:18,5:24,7 -chr20 26514233 . G T 0 PASS DP=257;GPV=1;SPV=0.019443;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:124,15:105,6:19,9 -chr20 26534544 . T A 0 PASS DP=248;GPV=1;SPV=0.0069962;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:122,16:122,13:0,3 -chr20 27540217 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 -chr20 28518449 . T A 0 PASS DP=1270;GPV=1;SPV=0.039135;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:738:660,78:195,25:465,53 -chr20 28521867 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.064294;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:23,2:8,2 -chr20 28547142 . T G 0 PASS DP=547;GPV=1;SPV=0.027317;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:305:273,31:215,23:58,8 -chr20 28614307 . TTC T 0 PASS DP=395;GPV=1;SPV=0.043453;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:223:198,25:112,13:86,12 -chr20 28623285 . C T 0 PASS DP=318;GPV=1;SPV=0.012606;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:185:149,36:105,20:44,16 -chr20 28640875 . C T 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.026665;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:99,11:54,9:45,2 -chr20 28645448 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027524;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,5:5,3 -chr20 28861781 . AC A 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.031078;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:70,13:42,8:28,5 -chr20 28890149 . C CA 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.012413;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:96,17:29,4:67,13 -chr20 29073075 . TA T 0 PASS DP=407;GPV=1;SPV=0.03738;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:207:178,29:72,4:106,25 -chr20 29073097 . C T 0 PASS DP=384;GPV=1;SPV=0.048485;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:206:175,31:61,8:114,23 -chr20 29119431 . T C 0 PASS DP=311;GPV=1;SPV=0.028171;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:140,19:63,6:77,13 -chr20 29248974 . C CA 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.026235;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:256:229,27:131,17:98,10 -chr20 29321156 . CA C 0 PASS DP=296;GPV=1;SPV=0.0019801;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:171:132,39:69,11:63,28 -chr20 29503185 . A G 0 PASS DP=436;GPV=1;SPV=0.014857;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:248:212,36:109,11:103,25 -chr20 29504586 . AT A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.0088583;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:61,19:25,6:36,13 -chr20 29662251 . T C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.042124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:20,6:18,1 -chr20 29738863 . A G 0 PASS DP=301;GPV=1;SPV=0.043134;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:143,24:63,6:80,18 -chr20 29821788 . T C 0 PASS DP=255;GPV=1;SPV=0.0047543;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:118,20:48,15:70,5 -chr20 29880455 . G A 0 PASS DP=928;GPV=1;SPV=0.0029875;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:501:450,51:251,31:199,20 -chr20 29880516 . G A 0 PASS DP=828;GPV=1;SPV=0.01893;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:438:387,51:204,35:183,16 -chr20 29897157 . G T 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.046093;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:144,25:68,14:76,11 -chr20 30154381 . C A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0012895;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:49,12:21,7:28,5 -chr20 30727455 . CACACACACACGT C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.024635;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,8:17,6:12,2 -chr20 30727526 . C T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.017892;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:54,11:33,8:21,3 -chr20 31054776 . T A 0 PASS DP=671;GPV=1;SPV=0.033557;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:343:300,43:145,20:155,23 -chr20 31060810 . G C 0 PASS DP=1686;GPV=1;SPV=0.011049;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:995:882,100:445,75:437,25 -chr20 31069228 . T A 0 PASS DP=1178;GPV=1;SPV=0.001115;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:699:588,111:204,27:384,84 -chr20 31072178 . T TGGAAA 0 PASS DP=1113;GPV=1;SPV=0.040867;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:663:553,70:251,41:302,29 -chr20 31171448 . G GAAT 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.045288;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:15,5:26,1 -chr20 34650694 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.077531;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:12,2:18,3 -chr20 35578117 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:1,4:4,2 -chr20 35926362 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042577;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:15,4:15,1 -chr20 36317223 . TTTTC T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0045492;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,9:5,3:17,6 -chr20 37073705 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,10:4,4:4,6 -chr20 37480592 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,5:0,3:3,2 -chr20 37519404 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011194;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:22,6:3,1 -chr20 38468121 . C T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.00055593;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:49,12:28,5:21,7 -chr20 38662745 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.041365;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,3:8,1 -chr20 39636426 . G A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.018013;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:28,4:21,2 -chr20 39700651 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00075349;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:40,12:26,10:14,2 -chr20 40094345 . CTTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:9,3:10,1 -chr20 41555257 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.027859;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,5:7,1 -chr20 41848464 . AT A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0069091;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:18,6:17,4 -chr20 42363270 . TTATATATATATATA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:16,3:7,1 -chr20 42423178 . T TAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:11,6:7,4 -chr20 42655416 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0011693;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:26,5:18,7 -chr20 45942278 . C CT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.055772;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:20,4:18,1 -chr20 46568401 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.011308;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,7:8,2 -chr20 47039835 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0012546;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,13:3,11:2,2 -chr20 48515196 . C G 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.0065333;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:15,4:40,3 -chr20 54481002 . C CT 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.037368;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:49,11:29,4:20,7 -chr20 55587924 . G C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00018355;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:48,18:25,4:23,14 -chr20 56114844 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00029833;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:20,4:13,6 -chr20 57350881 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr20 58736472 . C CAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.14971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,7:17,5:8,2 -chr20 59491334 . ATTTT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0041352;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,8:13,5:6,3 -chr20 60018702 . CTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 -chr20 61126462 . T TA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.03212;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:13,7:19,5 -chr20 61329895 . G GTCCATCTGT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0053893;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,14:2,3:18,11 -chr20 61329897 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011956;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:2,3:17,11 -chr20 62226743 . G A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=9.3901e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:47,13:23,5:24,8 -chr20 63221510 . CGGACTGCAGGGATTGCAG C 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.008266;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:61,10:30,8:31,2 -chr20 63626400 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045056;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:21,5:14,1 -chr20 64131416 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.26796;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,1:19,3 -chr21 5377310 . G GA 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.019526;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:16,8:17,1 -chr21 5377321 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0090348;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:13,10:16,2 -chr21 7234619 . C A 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.019047;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:61,17:35,11:26,6 -chr21 7284211 . G A 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.034032;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:62,8:33,3:29,5 -chr21 7311054 . C G 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.0082281;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:56,15:17,4:39,11 -chr21 7947593 . C T 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.012346;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:139,27:61,10:78,17 -chr21 7956671 . T G 0 PASS DP=261;GPV=1;SPV=0.04126;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:111,15:52,5:59,10 -chr21 8032662 . G T 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.037103;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:75,11:38,6:37,5 -chr21 8043442 . T C 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.024791;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:102,25:39,10:63,15 -chr21 8530938 . G T 0 PASS DP=310;GPV=1;SPV=0.049839;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:146,27:68,10:78,17 -chr21 8545244 . C T 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.026785;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:88,16:43,6:45,10 -chr21 8549900 . ACGCGGCTTTTTGCGCCCACCGC A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,2:14,2 -chr21 8671742 . A C 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.0027686;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:65,24:40,13:25,11 -chr21 8702759 . C CAT 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.011216;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:101,25:58,9:43,16 -chr21 8763455 . G T 0 PASS DP=366;GPV=1;SPV=0.0029205;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:190:157,33:86,17:71,16 -chr21 8763673 . G T 0 PASS DP=363;GPV=1;SPV=0.043572;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:177,24:90,14:87,10 -chr21 8771691 . T A 0 PASS DP=325;GPV=1;SPV=0.049824;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:172:149,23:74,17:75,6 -chr21 8778000 . G A 0 PASS DP=450;GPV=1;SPV=0.032269;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:247:216,31:112,15:104,16 -chr21 8779650 . T A 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.016695;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:207:176,31:91,20:85,11 -chr21 8797707 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.022054;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:4,1:26,7 -chr21 8806422 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.028409;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,1:16,3 -chr21 8806745 . G C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.04515;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:96,13:61,8:35,5 -chr21 8815758 . C T 0 PASS DP=587;GPV=1;SPV=0.034858;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:321:276,44:96,18:180,26 -chr21 8816612 . A G 0 PASS DP=292;GPV=1;SPV=0.043024;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:132,28:114,21:18,7 -chr21 8819382 . C A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.046688;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:24,3:17,3 -chr21 8823242 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,3:12,2 -chr21 8825121 . C T 0 PASS DP=440;GPV=1;SPV=0.047395;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:202,25:102,11:100,14 -chr21 8839785 . C T 0 PASS DP=357;GPV=1;SPV=0.029043;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:188:168,20:114,9:54,11 -chr21 8878700 . T C 0 PASS DP=841;GPV=1;SPV=0.047098;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:463:412,51:229,31:183,20 -chr21 8987900 . A G 0 PASS DP=2146;GPV=1;SPV=0.0050428;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:1153:1002,143:844,72:158,71 -chr21 8993706 . C T 0 PASS DP=447;GPV=1;SPV=0.04647;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:245:220,25:108,13:112,12 -chr21 9008657 . T C 0 PASS DP=404;GPV=1;SPV=0.018758;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:232:207,25:85,7:122,18 -chr21 9013374 . A G 0 PASS DP=350;GPV=1;SPV=0.0048849;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:148,35:82,23:66,12 -chr21 9013554 . C CT 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=0.043271;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:141,28:78,11:63,17 -chr21 9013741 . G A 0 PASS DP=367;GPV=1;SPV=0.046477;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:218:185,33:96,16:89,17 -chr21 9015952 . A G 0 PASS DP=522;GPV=1;SPV=0.046044;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:282:243,39:125,20:118,19 -chr21 9020764 . G A 0 PASS DP=500;GPV=1;SPV=0.012366;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:289:251,38:135,19:116,19 -chr21 9024027 . C A 0 PASS DP=529;GPV=1;SPV=0.021783;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:281:249,32:132,16:117,16 -chr21 9024957 . A C 0 PASS DP=476;GPV=1;SPV=0.038402;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:251:220,31:97,16:123,15 -chr21 9032118 . G A 0 PASS DP=544;GPV=1;SPV=0.029411;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:286:257,29:143,20:114,9 -chr21 9033231 . G A 0 PASS DP=511;GPV=1;SPV=0.0026081;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:262:229,33:118,14:111,19 -chr21 9041943 . G A 0 PASS DP=341;GPV=1;SPV=0.042496;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:149,18:81,9:68,9 -chr21 9056372 . A T 0 PASS DP=428;GPV=1;SPV=0.036967;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:203,30:131,22:72,8 -chr21 9059642 . A T 0 PASS DP=388;GPV=1;SPV=0.036616;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:222:194,28:121,19:73,9 -chr21 9070128 . G A 0 PASS DP=575;GPV=1;SPV=0.039435;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:285:256,29:133,23:123,6 -chr21 9102690 . T G 0 PASS DP=495;GPV=1;SPV=0.038667;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:272:231,41:151,14:80,27 -chr21 9106027 . C T 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.037169;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:135,21:72,12:63,9 -chr21 9110896 . T C 0 PASS DP=780;GPV=1;SPV=0.011975;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:451:383,68:172,26:211,42 -chr21 9120170 . T C 0 PASS DP=497;GPV=1;SPV=0.040604;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:278:245,33:123,17:122,16 -chr21 9123976 . C A 0 PASS DP=852;GPV=1;SPV=0.022951;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:474:417,57:223,31:194,26 -chr21 9131132 . C T 0 PASS DP=874;GPV=1;SPV=0.04638;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:456:396,60:206,28:190,32 -chr21 9150722 . A C 0 PASS DP=750;GPV=1;SPV=0.032696;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:402:348,54:179,29:169,25 -chr21 9155364 . C T 0 PASS DP=467;GPV=1;SPV=0.030253;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:262:231,31:168,23:63,8 -chr21 9166199 . C CTTTT 0 PASS DP=272;GPV=1;SPV=0.037934;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:85,21:38,18:47,3 -chr21 9169532 . T A 0 PASS DP=733;GPV=1;SPV=0.02235;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:418:371,47:179,16:192,31 -chr21 9172451 . A T 0 PASS DP=524;GPV=1;SPV=0.038483;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:297:258,39:143,17:115,22 -chr21 9177169 . C T 0 PASS DP=605;GPV=1;SPV=0.0073745;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:339:298,41:176,19:122,22 -chr21 9192936 . G GA 0 PASS DP=457;GPV=1;SPV=0.038651;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:256:215,41:104,12:111,29 -chr21 9255491 . G A 0 PASS DP=952;GPV=1;SPV=0.0017834;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:530:470,54:204,18:266,36 -chr21 9264019 . T A 0 PASS DP=415;GPV=1;SPV=0.021377;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:189,32:99,24:90,8 -chr21 9265282 . AG A 0 PASS DP=325;GPV=1;SPV=0.0071758;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:185:156,29:104,19:52,10 -chr21 9286058 . T G 0 PASS DP=270;GPV=1;SPV=0.040609;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:133,20:105,12:28,8 -chr21 9292979 . GT G 0 PASS DP=374;GPV=1;SPV=0.021292;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:176,36:44,4:132,32 -chr21 9321336 . GT G 0 PASS DP=571;GPV=1;SPV=0.01829;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:308:264,44:132,23:132,21 -chr21 9334566 . A G 0 PASS DP=487;GPV=1;SPV=0.0040494;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:260:211,48:106,20:105,28 -chr21 9348069 . T G 0 PASS DP=669;GPV=1;SPV=0.00026859;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:363:295,68:130,28:165,40 -chr21 9362795 . C T 0 PASS DP=473;GPV=1;SPV=0.00051641;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:264:225,39:123,11:102,28 -chr21 9368395 . C T 0 PASS DP=1221;GPV=1;SPV=0.0091982;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:635:565,70:290,46:275,24 -chr21 9374811 . G T 0 PASS DP=861;GPV=1;SPV=0.040834;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:462:402,60:179,37:223,23 -chr21 9568119 . GATA G 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.021101;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:81,19:45,7:36,12 -chr21 9579930 . G C 0 PASS DP=297;GPV=1;SPV=0.00087408;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:122,35:57,19:65,16 -chr21 9604525 . C CAA 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.0084205;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:66,15:43,10:23,5 -chr21 9619052 . C T 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.011468;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:78,22:54,17:24,5 -chr21 9689135 . C T 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.026206;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:122,26:65,10:57,16 -chr21 9721868 . C T 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.033766;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:96,21:57,11:39,10 -chr21 9820722 . G T 0 PASS DP=588;GPV=1;SPV=0.021097;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:313:272,41:139,27:133,14 -chr21 9820972 . G A 0 PASS DP=797;GPV=1;SPV=0.0025079;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:426:371,55:144,25:227,30 -chr21 9858418 . A C 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:104,26:49,17:55,9 -chr21 9880504 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.0052311;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:45,16:23,8:22,8 -chr21 9942462 . C A 0 PASS DP=308;GPV=1;SPV=0.030683;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:171:145,25:67,11:78,14 -chr21 10024042 . G T 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.047615;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:74,20:43,14:31,6 -chr21 10087051 . A G 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.00063389;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:102,29:53,17:49,12 -chr21 10325231 . TATATA T 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.046502;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:69,9:43,8:26,1 -chr21 10333904 . C T 0 PASS DP=480;GPV=1;SPV=0.0018907;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:264:233,31:84,13:149,18 -chr21 10366189 . T C 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.040644;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:119,22:54,11:65,11 -chr21 10423803 . T A 0 PASS DP=544;GPV=1;SPV=0.010678;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:235,43:134,22:101,21 -chr21 10467542 . A G 0 PASS DP=502;GPV=1;SPV=0.029368;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:269:239,30:120,16:119,14 -chr21 10469473 . G A 0 PASS DP=532;GPV=1;SPV=0.024453;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:291:247,44:120,20:127,24 -chr21 10472512 . GAAC G 0 PASS DP=520;GPV=1;SPV=0.0031242;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:269:220,49:120,27:100,22 -chr21 10480244 . T C 0 PASS DP=509;GPV=1;SPV=0.0024418;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:282:237,45:123,28:114,17 -chr21 10480245 . G A 0 PASS DP=518;GPV=1;SPV=0.0042244;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:287:242,45:129,28:113,17 -chr21 10485910 . C T 0 PASS DP=277;GPV=1;SPV=0.011841;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:162:137,25:70,13:67,12 -chr21 10679026 . ATTCCG A 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.016439;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:89,20:48,12:41,8 -chr21 10785034 . A G 0 PASS DP=270;GPV=1;SPV=0.0013993;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:139,30:56,10:83,20 -chr21 10798374 . G A 0 PASS DP=581;GPV=1;SPV=0.015273;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:361:315,46:170,26:145,20 -chr21 13137513 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.046561;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:43,8:9,7:34,1 -chr21 13144811 . C A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.047696;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:30,2:24,4 -chr21 13379484 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013587;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,5:9,3 -chr21 13641624 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.032295;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:18,1:13,8 -chr21 13907540 . G A 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.03431;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:60,9:35,6:25,3 -chr21 16854693 . TTTC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022726;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:7,2:8,6 -chr21 17483379 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,4:7,1:8,3 -chr21 17973417 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.020011;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,6:5,2 -chr21 18982554 . A C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0067604;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:26,3:18,5 -chr21 19463992 . C CATACATATATATATAT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.05384;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,5:12,4:9,1 -chr21 19628116 . C CAAAA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.068138;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,4:21,3:11,1 -chr21 22232667 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.052643;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:6,4:8,2 -chr21 23590599 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.015395;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:13,6:4,1 -chr21 23697931 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.025013;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:21,9:9,1:12,8 -chr21 24846151 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,2:5,2:0,0 -chr21 24948990 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0052229;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:13,4:16,4 -chr21 25615142 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:11,5:4,2:7,3 -chr21 27298891 . G GTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015718;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:4,5:1,2 -chr21 27347967 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.1174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,4:15,2:15,2 -chr21 27354565 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0037211;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:26,4:19,5 -chr21 27416163 . TG T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:7,4:4,1 -chr21 27814389 . CACACACACACACACACACACATACACACACACACATATAT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.018505;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:9,3:13,3 -chr21 28617212 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0040373;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:20,5:27,3 -chr21 28877054 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 -chr21 31944841 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0030877;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:19,5:20,3 -chr21 31947865 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=2.1435e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:17,3:22,14 -chr21 32258875 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0097766;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:19,2:20,6 -chr21 33443898 . T TG 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.41384;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:34,4:17,2:17,2 -chr21 33577660 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,3:5,3 -chr21 34886880 . T G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=2.4883e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:37,16:20,10:17,6 -chr21 35224837 . TAAAAA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00060756;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,13:3,11:7,2 -chr21 36401545 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,2:10,2 -chr21 36679792 . G GA 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.03324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,7:26,3:10,4 -chr21 37715702 . G C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=3.2932e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:44,17:21,7:23,10 -chr21 38080849 . G T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.00015222;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:17,5:27,6 -chr21 38247073 . GATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGC G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:15,2:18,2 -chr21 38823821 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00014004;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:10,5:23,7 -chr21 40856359 . A T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:22,4:9,1:13,3 -chr21 42726623 . TA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,4:3,2:3,2 -chr21 43285797 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11553;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:5,1:18,4 -chr21 43285798 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.23453;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:5,1:20,3 -chr21 45798200 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.064069;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:24,2:12,2 -chr21 46011608 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.034481;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:6,2:8,4 -chr21 46135606 . C CCCCCTCACAAATGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.045809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,5:8,5 -chr21 46290029 . T TCG 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.0010541;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:63,17:37,6:26,11 -chr22 10689007 . G C 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.0079376;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:133,27:55,10:78,17 -chr22 10700391 . G C 0 PASS DP=523;GPV=1;SPV=0.033443;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:298:268,30:126,16:142,14 -chr22 10714537 . G A 0 PASS DP=513;GPV=1;SPV=0.036131;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:283:252,31:148,18:104,13 -chr22 10733494 . C T 0 PASS DP=981;GPV=1;SPV=0.043216;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:518:460,58:232,33:228,25 -chr22 10736687 . T C 0 PASS DP=893;GPV=1;SPV=0.013435;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:485:424,61:222,32:202,29 -chr22 10747965 . T TAA 0 PASS DP=527;GPV=1;SPV=0.0026073;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:240,38:123,4:117,34 -chr22 10750862 . C A 0 PASS DP=456;GPV=1;SPV=0.039077;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:265:238,27:134,14:104,13 -chr22 10751852 . G T 0 PASS DP=304;GPV=1;SPV=0.035037;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:171:144,27:57,20:87,7 -chr22 10769175 . C T 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.023598;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:110,26:42,11:68,15 -chr22 10770017 . C T 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.023772;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:15,2:38,9 -chr22 10859372 . G C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 -chr22 11037850 . CATGGTCTATCCACCAGAAGCTCCACT C 0 PASS DP=409;GPV=1;SPV=0.016737;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:192,25:116,11:76,14 -chr22 11045266 . A G 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.049948;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:105,12:62,3:43,9 -chr22 11450271 . C G 0 PASS DP=403;GPV=1;SPV=0.048218;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:189,28:69,18:120,10 -chr22 11461986 . C T 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.04756;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:132,26:86,14:46,12 -chr22 11581793 . T A 0 PASS DP=242;GPV=1;SPV=0.0010021;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:108,33:54,17:54,16 -chr22 11681871 . AT A 0 PASS DP=318;GPV=1;SPV=0.035282;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:129,24:61,8:68,16 -chr22 11723034 . C T 0 PASS DP=327;GPV=1;SPV=0.045514;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:199:170,29:63,9:107,20 -chr22 11786618 . A G 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.043844;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:58,9:24,3:34,6 -chr22 11792346 . CTA C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00031414;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:15,9:5,4 -chr22 11794198 . G A 0 PASS DP=362;GPV=1;SPV=0.0037187;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:176,21:79,10:97,11 -chr22 11863677 . C T 0 PASS DP=398;GPV=1;SPV=0.0072569;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:213:187,26:103,15:84,11 -chr22 11879766 . T A 0 PASS DP=976;GPV=1;SPV=0.036518;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:541:469,72:283,42:186,30 -chr22 11903218 . ATATAT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,4:5,3:2,1 -chr22 11909680 . A T 0 PASS DP=352;GPV=1;SPV=0.0010556;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:200:164,36:101,15:63,21 -chr22 11929057 . C T 0 PASS DP=969;GPV=1;SPV=0.022939;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:522:467,55:249,31:218,24 -chr22 11930912 . A C 0 PASS DP=951;GPV=1;SPV=0.044041;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:513:454,59:233,29:221,30 -chr22 11932496 . T C 0 PASS DP=676;GPV=1;SPV=0.044802;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:360:319,41:130,17:189,24 -chr22 11932569 . G A 0 PASS DP=625;GPV=1;SPV=0.031177;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:317:277,40:124,23:153,17 -chr22 11936610 . G A 0 PASS DP=405;GPV=1;SPV=0.027745;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:229:199,30:77,7:122,23 -chr22 11937738 . C T 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.0085398;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:94,26:37,4:57,22 -chr22 11942202 . C T 0 PASS DP=445;GPV=1;SPV=0.039894;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:239:210,29:82,20:128,9 -chr22 11946259 . T C 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.0058279;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:66,10:33,4:33,6 -chr22 11946261 . C T 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.0040059;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:69,11:31,5:38,6 -chr22 11976519 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.019883;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:28,9:21,1 -chr22 11976540 . C T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.008073;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:51,13:33,11:18,2 -chr22 12033461 . A C 0 PASS DP=614;GPV=1;SPV=0.029847;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:334:300,34:150,21:150,13 -chr22 12050597 . A T 0 PASS DP=544;GPV=1;SPV=0.016893;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:322:285,37:127,19:158,18 -chr22 12055207 . T G 0 PASS DP=357;GPV=1;SPV=0.036506;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:165,26:80,15:85,11 -chr22 12061675 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,0:10,4 -chr22 12088780 . CTT C 0 PASS DP=319;GPV=1;SPV=0.022509;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:171:153,18:83,10:70,8 -chr22 12142166 . A T 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.025642;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:91,13:37,6:54,7 -chr22 12152516 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.045548;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:49,12:28,7:21,5 -chr22 12166049 . G A 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.021333;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:32,6:11,4 -chr22 12185462 . G T 0 PASS DP=462;GPV=1;SPV=0.038331;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:250:216,34:112,17:104,17 -chr22 12195493 . A C 0 PASS DP=335;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:187:168,19:73,15:95,4 -chr22 12203053 . A C 0 PASS DP=440;GPV=1;SPV=0.011802;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:259:214,45:139,13:75,32 -chr22 12208373 . T C 0 PASS DP=263;GPV=1;SPV=0.02796;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:115,27:40,9:75,18 -chr22 12220167 . T C 0 PASS DP=442;GPV=1;SPV=0.047508;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:207,26:121,14:86,12 -chr22 12308408 . G T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.04336;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:18,1:29,8 -chr22 12309863 . G T 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.02033;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:103,13:61,11:42,2 -chr22 12318474 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0012208;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:7,6:9,9 -chr22 12367917 . C T 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.00052148;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:74,27:30,11:44,16 -chr22 12414131 . T G 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.0080936;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:106,29:44,15:62,14 -chr22 12414141 . T C 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.0039034;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:108,32:44,15:64,17 -chr22 12621815 . A G 0 PASS DP=432;GPV=1;SPV=0.012537;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:242:217,25:105,18:112,7 -chr22 12622715 . CAT C 0 PASS DP=269;GPV=1;SPV=0.01243;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:125,15:58,6:67,9 -chr22 12704191 . A C 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.018695;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:114,28:48,14:66,14 -chr22 12717397 . T A 0 PASS DP=417;GPV=1;SPV=0.029457;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:199,30:91,4:108,26 -chr22 12721141 . G A 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.0064155;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:101,28:36,18:65,10 -chr22 12721329 . C T 0 PASS DP=344;GPV=1;SPV=0.020704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:163,33:104,17:59,16 -chr22 12725414 . T A 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.030986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:83,20:49,13:34,7 -chr22 12783586 . A G 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.041242;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:76,15:34,5:42,10 -chr22 12807090 . G T 0 PASS DP=311;GPV=1;SPV=0.006667;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:172:149,22:75,10:74,12 -chr22 12811984 . A C 0 PASS DP=238;GPV=1;SPV=0.039103;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:117,16:54,10:63,6 -chr22 12874391 . C T 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.018876;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:116,14:1,1:115,13 -chr22 12899067 . A AAG 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0096207;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:80,22:9,2:71,20 -chr22 12899086 . C T 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.016357;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:79,23:10,2:69,21 -chr22 15246055 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.010276;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:18,3:10,5 -chr22 15328198 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.044843;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,11:26,6:20,5 -chr22 15362633 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0054483;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:30,4:11,5 -chr22 15375380 . A G 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.015007;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:59,9:32,8:27,1 -chr22 15493116 . TTTTATTTA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01404;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:6,1:8,5 -chr22 15522715 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.037221;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:21,8:13,3 -chr22 15541395 . T C 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.030268;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:98,19:51,9:47,10 -chr22 15561011 . A G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.037527;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:52,15:23,2:29,13 -chr22 15646529 . GA G 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.0033681;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:67,18:43,10:24,8 -chr22 15724758 . C T 0 PASS DP=327;GPV=1;SPV=0.047029;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:175:147,28:85,15:62,13 -chr22 15781692 . C T 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.0032617;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:69,11:38,7:31,4 -chr22 15792412 . C A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:2,1:10,3 -chr22 15811856 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.031652;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:14,1:9,8 -chr22 15813627 . A T 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.038366;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:49,8:23,2 -chr22 15851023 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 -chr22 15890034 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.014047;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1 -chr22 15941887 . C G 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.019626;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:65,18:59,17:6,1 -chr22 15941905 . C G 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.014796;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:69,19:64,18:5,1 -chr22 15948114 . T C 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.0090593;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:97,27:52,14:45,13 -chr22 16071022 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,2:2,5 -chr22 16149178 . G T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=2.8187e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:43,17:20,8:23,9 -chr22 16255232 . C A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.00049344;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:41,21:25,15:16,6 -chr22 16358075 . C CTGGAATGGAATGGAATGGAA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023399;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:12,7:11,3 -chr22 16451280 . C T 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.036095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:148,18:101,14:47,4 -chr22 16545715 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.048152;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:21,4:12,1 -chr22 16558256 . G GGCCAGCCAA 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.012849;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,14:14,4:15,10 -chr22 16772010 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,14:5,12:2,2 -chr22 17710067 . T TAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.03177;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:12,5:7,4 -chr22 18172991 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.018829;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:41,14:18,7:23,7 -chr22 18357235 . C A 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.043095;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:79,14:34,8:45,6 -chr22 18501462 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027524;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,6:9,2 -chr22 18551852 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.01699;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:10,2:16,9 -chr22 18775887 . G A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.01;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:37,1:21,7 -chr22 18856566 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.015096;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:20,1:24,5 -chr22 18864091 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.014772;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:13,5:23,4 -chr22 20201442 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,3:0,0:2,3 -chr22 21023436 . C T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.0078472;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:21,4:23,2 -chr22 21123786 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.048804;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:18,3:15,1 -chr22 21129361 . G C 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.038397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:108,26:66,14:42,12 -chr22 21160939 . C CA 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0069435;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,13:22,10:5,3 -chr22 21183055 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17496;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:23,4:2,0 -chr22 21194980 . T C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.0095288;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:49,9:29,8:20,1 -chr22 21199929 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.040092;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:19,2:23,6 -chr22 21256321 . A G 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.020495;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:52,11:32,6:20,5 -chr22 21276374 . G A 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.0032688;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:79,19:30,7:49,12 -chr22 21281758 . C CAA 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.038365;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:68,16:41,11:27,5 -chr22 21282567 . G A 0 PASS DP=159;GPV=1;SPV=0.037464;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:76,12:37,2:39,10 -chr22 22906108 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0089808;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:13,4:20,4 -chr22 23916807 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.017646;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:17,3:1,2 -chr22 23937746 . A T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,2:7,3 -chr22 23937765 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,1:10,3 -chr22 23951323 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.047026;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:26,1:9,3 -chr22 25085783 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:24,3:1,1 -chr22 26294892 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.025639;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:11,3:12,5 -chr22 26773211 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.031743;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:23,9:13,2 -chr22 27506065 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,6:5,1 -chr22 27769552 . A ATTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.28173;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:3,3:8,1 -chr22 29159129 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:15,2:9,5 -chr22 31913686 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1 -chr22 32213647 . TATAC T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0342;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,7:6,4:12,3 -chr22 32409823 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:17,4:6,2:11,2 -chr22 34423171 . C CT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.015231;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,9:5,4:10,5 -chr22 34440931 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00013624;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:22,10:17,3 -chr22 34729243 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00041682;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:16,5:19,6 -chr22 35002572 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:12,8:1,2 -chr22 36074155 . ATATATG A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.087004;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,4:19,1:13,3 -chr22 37152929 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:4,4:6,1 -chr22 37325753 . CTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:2,5:3,1 -chr22 38550946 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.10359;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:18,2:11,2 -chr22 39057005 . G GTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:4,4:4,2 -chr22 39110577 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.019973;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:12,2:19,5 -chr22 40075154 . A ATT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:11,3:8,1 -chr22 40164779 . GTT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00098508;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:1,9:0,6:1,3 -chr22 40586903 . GTGC G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.018872;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:20,3:16,3 -chr22 41039446 . TA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.031685;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:11,4:19,2 -chr22 41187130 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,8:4,7:7,1 -chr22 41649139 . A AAAAAAAATATATATATATATAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.041455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,1:7,3 -chr22 41649160 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0054797;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:10,5:12,4 -chr22 42982888 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045968;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:5,3:11,3 -chr22 43281460 . C CTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,4:8,2:6,2 -chr22 43281461 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:7,4:6,2 -chr22 43344508 . G GCA 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.029194;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,9:18,8:4,1 -chr22 45321847 . C G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0059888;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:29,4:18,6 -chr22 45670438 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047956;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,1:4,4 -chr22 46628577 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042462;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:20,4:4,2 -chr22 47425042 . A ATCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.015968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,8:1,3:11,5 -chr22 47822489 . T A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.00016147;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:28,2:18,10 -chr22 48414872 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.013151;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:14,6:19,6 -chr22 48493497 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=4.2021e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:22,7:11,11 -chr22 48661949 . T TG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.115;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:20,4:14,1 -chr22 48736261 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0032318;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:8,8:3,3 -chr22 48926645 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:0,1:6,4 -chr22 48942477 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.038776;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:20,2:24,3 -chr22 49071003 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,4:2,1:4,3 -chr22 49981606 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.13742;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,4:18,2:6,2 -chr22 50397790 . T TCC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027557;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:11,4:1,0 -chr3 539552 . C A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=2.9334e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:46,14:26,11:20,3 -chr3 594638 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=8.3492e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:35,21:19,9:16,12 -chr3 760398 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.047242;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:12,2:13,6 -chr3 2798074 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.089726;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:18,2:19,4 -chr3 4456773 . C CGTGTAT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.026963;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,7:10,3:16,4 -chr3 4457038 . GTATATATATATACGTGTGTGTATATATATATATATACGTGTGTGTA G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.12945;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:18,3:17,1 -chr3 7928613 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.011853;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:15,4:8,10 -chr3 7928614 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.015065;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:11,4:9,8 -chr3 9556782 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.040958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:17,7:13,5 -chr3 12095535 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,3:9,1 -chr3 13682097 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0223;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:12,8:19,2 -chr3 15446818 . C CAAAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.062192;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,6:9,5:8,1 -chr3 17943713 . C A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=2.4942e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:22,7:18,8 -chr3 18853399 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=4.4921e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:19,10:20,6 -chr3 21143522 . T TATATAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 -chr3 22541399 . C CATATACACACATATGTGTACAT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.039984;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,10:14,6:12,4 -chr3 23328661 . TC T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.055024;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:28,4:12,2 -chr3 23921570 . GT G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00098502;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:12,13:8,2 -chr3 23921574 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0022239;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:8,13:14,3 -chr3 25849097 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.3678e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,18:20,11:15,7 -chr3 27902453 . AT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:11,2:6,3 -chr3 27916234 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.048274;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:17,5:16,2 -chr3 28865466 . CCT C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10299;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:14,1:23,4 -chr3 30172443 . TGA T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,4:10,2:18,2 -chr3 30509594 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.002901;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:15,2:25,8 -chr3 32938730 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.012825;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,10:15,2:7,8 -chr3 33113157 . G GA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0091169;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:18,4:3,2 -chr3 34543707 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00010498;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:18,11:17,3 -chr3 34705068 . A ATAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.022424;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:9,8:11,1 -chr3 34705070 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.014937;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:9,8:10,2 -chr3 36398591 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,4:5,1 -chr3 37004861 . A G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00029634;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:18,4:21,7 -chr3 38161250 . ATATATTTCATG A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.029223;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:54,11:26,7:28,4 -chr3 38949519 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=5.5261e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:23,5:17,10 -chr3 39169713 . AGAAG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,5:5,4:2,1 -chr3 41123103 . C A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=7.7811e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:20,6:19,7 -chr3 42272301 . C T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=2.6976e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:40,18:18,9:22,9 -chr3 43016925 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016558;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:18,3:17,4 -chr3 43580142 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.036288;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:15,2:5,2 -chr3 44405951 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.014318;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,9:10,7:3,2 -chr3 46161710 . A AT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.090728;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,6:11,2:10,4 -chr3 49790111 . TTCTCTCTC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.038306;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,6:4,3:12,3 -chr3 50016829 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.089909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,4:13,3:16,1 -chr3 50946094 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:5,4:4,2 -chr3 50975454 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.024549;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:12,10:15,2 -chr3 51016122 . G GAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,4:4,1 -chr3 51760324 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0046387;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:18,4:11,3 -chr3 54547672 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0033618;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,10:6,3:1,7 -chr3 54918336 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020817;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:11,6:6,1 -chr3 55003739 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0037149;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:19,4:23,4 -chr3 55368311 . CCACA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024638;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:13,8:3,2 -chr3 55651038 . T TG 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0041072;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,11:9,2:9,9 -chr3 57959637 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.019611;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:23,3:20,3 -chr3 58386290 . C CTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:3,4:3,2 -chr3 59082428 . TATA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:3,2:6,4 -chr3 60058130 . GT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,1:4,3 -chr3 60206152 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.049205;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:17,5:20,2 -chr3 60418374 . GTGTATATA G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.014569;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,6:1,5:0,1 -chr3 60418426 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.013387;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:1,1:7,6 -chr3 60859723 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:9,3:4,1 -chr3 60860722 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.020146;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,3:10,6 -chr3 62005690 . CTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,6:5,2 -chr3 62750353 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,8:5,7:4,1 -chr3 62847576 . A C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:0,1:4,7 -chr3 62855091 . A ATTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:6,1:5,3 -chr3 64475229 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=3.9759e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:35,17:17,9:18,8 -chr3 65929402 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0012029;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:25,7:19,4 -chr3 66095020 . T TC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.25926;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,4:9,2:6,2 -chr3 67265479 . T A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.018065;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:22,1:23,7 -chr3 67838857 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=3.0224e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:16,12:14,6 -chr3 67911386 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0044491;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:23,4:23,5 -chr3 68076855 . C T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.04767;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:32,1:18,7 -chr3 68444771 . A AATAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0056039;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,9:7,3:5,6 -chr3 68760215 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00061221;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:18,3:17,10 -chr3 68760216 . A T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0016391;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:22,3:17,9 -chr3 69263817 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:2,2:3,2 -chr3 69477359 . A AT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0027151;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:9,3:12,12 -chr3 69560415 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 -chr3 70154530 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00083722;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:12,5:22,6 -chr3 72045562 . CTATAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.035372;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,5:5,1 -chr3 72857229 . C CA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11923;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:25,3:11,1 -chr3 73600335 . A ACTCT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,5:2,1:9,4 -chr3 73734013 . C T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=3.9089e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:42,23:18,16:24,7 -chr3 74210363 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.0504e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:21,6:11,10 -chr3 75155073 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0010228;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:22,7:17,4 -chr3 75697563 . TG T 0 PASS DP=346;GPV=1;SPV=0.032276;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:150,27:71,15:79,12 -chr3 75880014 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=2.017e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:34,15:20,7:14,8 -chr3 76273403 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00045564;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:20,5:16,7 -chr3 76682685 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=2.8766e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:49,19:18,6:31,13 -chr3 76760920 . C CT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.01062;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:15,4:15,3 -chr3 78673605 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:4,1:4,3 -chr3 79023696 . GTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:13,1:2,4 -chr3 79024828 . C A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=2.6242e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:46,17:24,7:22,10 -chr3 84324433 . G T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00023502;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:18,6:21,5 -chr3 85568473 . C CTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,4:0,3:5,1 -chr3 86405125 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018485;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:7,6:3,5 -chr3 86596078 . G A 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.0011685;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:63,19:32,15:31,4 -chr3 86843970 . T TAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:3,8:8,1 -chr3 86859807 . A AAT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.24893;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,4:11,3:13,1 -chr3 86859822 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.13783;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,5:12,4:20,1 -chr3 87794982 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,4:3,1 -chr3 90798808 . C G 0 PASS DP=281;GPV=1;SPV=0.0046815;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:137,19:4,1:133,18 -chr3 90805489 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:1,3:6,1 -chr3 90831428 . A G 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.045123;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:64,11:53,10:11,1 -chr3 90851104 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27277;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:1,0:20,4 -chr3 90886829 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.073744;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:27,3:1,1 -chr3 90903284 . A C 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.0022767;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:64,8:19,7:45,1 -chr3 90903489 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15115;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:18,1:11,3 -chr3 90905544 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.017926;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:9,4:25,3 -chr3 90939262 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0027092;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:11,6:3,2 -chr3 90948816 . T A 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.049765;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:90,14:39,12:51,2 -chr3 90954559 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.13255;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:0,1:31,3 -chr3 90984477 . T A 0 PASS DP=363;GPV=1;SPV=0.0024643;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:209:187,22:117,16:70,6 -chr3 90997507 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:0,3:17,1 -chr3 91002253 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.15567;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,4:28,1:5,3 -chr3 91014694 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.053889;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:1,0:30,4 -chr3 91018076 . G A 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.0016556;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:141,19:107,17:34,2 -chr3 91018090 . C A 0 PASS DP=273;GPV=1;SPV=0.0016843;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:133,19:97,17:36,2 -chr3 91018462 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.10571;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:1,0:35,4 -chr3 91027672 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0074891;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,1:1,4 -chr3 91048782 . C T 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.0011912;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:88,22:76,20:12,2 -chr3 91069464 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:17,1:0,3 -chr3 91090520 . G C 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.031628;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:73,11:50,6:23,5 -chr3 91090645 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.051203;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,3:13,3 -chr3 91149523 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.087004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:0,3:32,1 -chr3 91152348 . T G 0 PASS DP=481;GPV=1;SPV=0.005532;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:244:218,26:55,4:163,22 -chr3 91177444 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:30,4:0,0 -chr3 91283350 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045135;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:26,4:6,1 -chr3 91932493 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 -chr3 92156121 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.05384;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:3,2:18,3 -chr3 95131785 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,4:6,3:6,1 -chr3 96994759 . A AGAGAGC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.041509;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,10:9,5:8,5 -chr3 99263623 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,3:1,1:0,2 -chr3 100135438 . ATGTG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016961;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:11,5:5,4 -chr3 100956214 . AACACACACACAC A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.019569;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,7:12,6:8,1 -chr3 101616345 . CCTTTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014604;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,7:7,2 -chr3 102517213 . C CAAAAA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.022089;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,15:16,13:12,2 -chr3 103099702 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063158;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:2,1:4,2 -chr3 103235162 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:3,2:12,2 -chr3 103490639 . CTTTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,4:9,1 -chr3 103750097 . C T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.00017007;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:57,18:32,10:25,8 -chr3 104465360 . T C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00082723;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,11:20,5:26,6 -chr3 105266608 . T A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:21,4:9,2:12,2 -chr3 105529504 . A T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=2.1899e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:38,17:16,7:22,10 -chr3 106707337 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10396;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,5:11,2:14,3 -chr3 108795945 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0053746;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,10:4,9:6,1 -chr3 109321582 . GT G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.019606;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:13,8:10,4 -chr3 109527907 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:19,4:8,2:11,2 -chr3 109906974 . GATAT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:12,3:3,1 -chr3 109930083 . C CCCTTCCCTCCTTCCCTCCTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.27439;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,3:7,2:17,1 -chr3 110172450 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00070127;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:21,7:16,5 -chr3 110648326 . C CT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0097737;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,4:10,1 -chr3 112012215 . G C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,13:1,1:9,12 -chr3 112562096 . C A 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0003713;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:28,5:28,6 -chr3 115537067 . TATAG T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,2:6,3 -chr3 115776408 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0034116;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:32,6:10,2 -chr3 116421443 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=9.7046e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:18,6:25,10 -chr3 116664364 . TAAC T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0083333;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:31:0,7:0,5:0,2 -chr3 117131025 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0097133;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:44,7:20,4:24,3 -chr3 118133343 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.023519;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:25,4:12,3 -chr3 119623721 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.047696;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:5,3:10,3 -chr3 119845421 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=2.5707e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:20,6:18,8 -chr3 120169863 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0049041;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:26,4:20,5 -chr3 122430515 . A AGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:11,3:6,1 -chr3 123724139 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1 -chr3 124144641 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.013761;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:18,4:15,2 -chr3 124853407 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.7206e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:17,6:18,9 -chr3 131181745 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0084599;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,8:5,7:8,1 -chr3 132355509 . AT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041513;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,5:5,2 -chr3 134701428 . A ATG 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.099673;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:19,1:17,3 -chr3 134860174 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.064086;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:16,3:22,2 -chr3 135738067 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.17024;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,5:11,2:19,3 -chr3 136227187 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.017643;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:16,5:14,9 -chr3 136447596 . ATTTT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,9:14,5:2,4 -chr3 136702123 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.037023;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,8:11,3:13,5 -chr3 138397587 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.00048225;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:20,5:20,5 -chr3 138890387 . CTCTCGCTCGCTT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.039259;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:2,2:14,2 -chr3 139860290 . T G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=5.7843e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:19,9:24,7 -chr3 139955112 . C CTATATATATATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:4,3:2,1 -chr3 140518474 . G C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=8.0627e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:17,6:20,8 -chr3 141636481 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0095308;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:12,6:8,3:4,3 -chr3 142920596 . G GTGTTTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.019247;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:10,6:9,3 -chr3 143920646 . T TAC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.01326;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:16,4:9,2 -chr3 143920676 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.017377;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,7:6,2 -chr3 143976584 . G GAGAGAGAGAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.030474;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,9:9,4:8,5 -chr3 144568320 . C CAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0094148;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:7,9:4,1 -chr3 145631060 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:6,2:0,1:6,1 -chr3 147818553 . GA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:14,3:3,1 -chr3 147936619 . G A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=1.9997e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:49,15:17,10:32,5 -chr3 149417090 . G A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=4.8957e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:47,14:18,7:29,7 -chr3 151525002 . CTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0098105;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 -chr3 152644923 . T TATAGAG 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:2,6:2,2:0,4 -chr3 153206221 . C A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,4:17,1:11,3 -chr3 153350196 . C CTCTCTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0034381;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,11:9,4:9,7 -chr3 153711346 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0035757;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:18,2:15,8 -chr3 154646137 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,4:6,3:6,1 -chr3 155140410 . CTT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.033476;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:6,2:7,6 -chr3 155237763 . C CTTTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0026248;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,10:3,8:2,2 -chr3 155928019 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:3,3:1,1 -chr3 157963976 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:17,4:6,1:11,3 -chr3 159691416 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0071396;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,4:2,3 -chr3 160674106 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.045175;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:18,3:21,2 -chr3 160771543 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:14,3:4,1 -chr3 160976605 . G T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=7.3373e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:18,9:16,4 -chr3 161369286 . TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.051138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,4:7,1 -chr3 161605235 . T TTTTATATATATATATATATATA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,4:3,2:3,2 -chr3 162603638 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:3,5:6,1 -chr3 163040250 . TATATAG T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.029248;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:17,6:14,3 -chr3 163784956 . GT G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.7096e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:16,17:13,12:3,5 -chr3 164011343 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.09921;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:21,1:22,4 -chr3 164765099 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,3:7,1 -chr3 165488881 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:6,2:4,2 -chr3 165983125 . C G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0045735;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:50,9:33,3:17,6 -chr3 166880502 . AATATATATT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:9,3:10,1 -chr3 168568422 . G GTGTGTGTGTGTGTGGTGT 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=9.1446e-07;SS=2;SSC=60;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:16,20:13,9:3,11 -chr3 170285078 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0014958;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,19:8,17:5,2 -chr3 171562565 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:5,2:15,3 -chr3 171586739 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.035373;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:25,6:15,5 -chr3 171710872 . C CT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.036439;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,18:18,16:6,2 -chr3 172623989 . A G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=3.4682e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:40,31:23,13:17,18 -chr3 173978835 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,4:4,2:8,2 -chr3 175174789 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.15567;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:33,4:19,3:14,1 -chr3 175656897 . T A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=2.561e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:40,35:21,17:19,18 -chr3 177805499 . T TAAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0041408;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:8,12:2,9:6,3 -chr3 180244709 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,2:10,2 -chr3 180592693 . CTTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.27607;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,2:6,2 -chr3 181702070 . CCA C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.069705;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:22,2:12,3 -chr3 181957214 . A T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.038206;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:27,6:15,1:12,5 -chr3 181976434 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.075059;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,6:11,5:6,1 -chr3 182665652 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0026749;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:36,2:17,9 -chr3 183167172 . C CTTTT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.028809;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,7:4,4:17,3 -chr3 183234707 . T TTTTTTTA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.013385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,15:20,4:12,11 -chr3 183609768 . TA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,1:8,3 -chr3 184617634 . GAGA G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.098102;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:21,1:20,5 -chr3 185091968 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:5,3:4,1 -chr3 185454379 . GATATATGAGAT G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.029627;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,13:16,2:11,11 -chr3 185454601 . TGA T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00065651;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:14,4:12,9 -chr3 185454626 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0082759;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:13,5:14,8 -chr3 185455148 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,4:19,2:10,2 -chr3 185455151 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10033;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,4:19,2:12,2 -chr3 185638985 . CAA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.17119;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,8:13,6:7,2 -chr3 186786051 . T G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.2601e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:33,25:10,14:23,11 -chr3 187856602 . G GT 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=2.4148e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:42,17:25,14:17,3 -chr3 188142523 . GAAGA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00082127;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,9:8,1 -chr3 188524881 . TTCCTTCCTTCCGTCCG T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0084177;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:2,5:15,5 -chr3 188638313 . AG A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.014646;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:15,5:7,3 -chr3 188770347 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.020196;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:7,2:7,3 -chr3 189966137 . AAG A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:26,6:12,1 -chr3 191632973 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.0011102;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:27,9:22,1 -chr3 191875373 . CTT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.026352;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,10:9,5:11,5 -chr3 193596361 . CTTAA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.15731;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:25,3:8,1:17,2 -chr3 195290848 . A T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.03708;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:51,17:33,15:18,2 -chr3 195482567 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.069135;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:19,2:8,2 -chr3 195487256 . C G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.038826;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:46,15:33,13:13,2 -chr3 195487534 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10169;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:17,4:18,1 -chr3 195489437 . T A 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.011845;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:82,22:34,3:48,19 -chr3 195622600 . C A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.013931;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:42,8:7,2 -chr3 195698193 . C T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.02706;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:65,15:33,9:32,6 -chr3 195719427 . CTTT C 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.0099771;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:5,7:1,4:4,3 -chr3 195816817 . T TGCCCA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,4:8,1:16,3 -chr3 195978090 . C T 0 PASS DP=275;GPV=1;SPV=0.0068093;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:135,21:71,11:64,10 -chr3 196037653 . C CAAAAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,7:9,6:6,1 -chr3 196052292 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10722;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,4:10,2 -chr3 196346919 . C CTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,4:13,3:5,1 -chr3 196910335 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:6,3:1,1 -chr3 196949037 . T TC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,1:4,3 -chr3 197459525 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:2,1:4,1 -chr3 197624815 . C T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.010631;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:62,11:29,3:33,8 -chr4 15464 . G C 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.018837;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:89,21:62,9:27,12 -chr4 20957 . T C 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.033085;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:100,19:72,14:28,5 -chr4 24734 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 -chr4 34973 . A T 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.032843;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:103,18:52,11:51,7 -chr4 450958 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:3,4:2,3:1,1 -chr4 1906654 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,3:3,2 -chr4 3198215 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:13,5:2,5 -chr4 3788247 . C T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=3.9178e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:40,25:25,12:15,13 -chr4 4082660 . T TCACACACACACACACACACACACA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.029276;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:9,4:14,2 -chr4 4606615 . ATTT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,1:9,6 -chr4 7115598 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,4:18,3:9,1 -chr4 7566015 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,3:9,2 -chr4 8263816 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.051471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:4,3:2,2:2,1 -chr4 8630136 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18039;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:19,4:1,0 -chr4 8652924 . C T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=5.454e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:54,17:31,9:23,8 -chr4 8692329 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.027874;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:24,4:17,1 -chr4 9090052 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.025971;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:11,6:4,1 -chr4 9140304 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0062652;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,4:4,3 -chr4 9981256 . T G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:1,1:6,7 -chr4 11565730 . AC A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,2:0,1:5,1 -chr4 12428449 . C CTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0076326;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,11:7,7:6,4 -chr4 14834044 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.018064;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:16,6:19,8 -chr4 15664550 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,1:11,4 -chr4 16816407 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045366;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:12,9:6,2 -chr4 17035717 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00041767;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:26,5:17,7 -chr4 17154514 . G GTTCTTT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0051634;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,15:10,11:8,4 -chr4 17392769 . GA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.17641;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:20,3:7,1 -chr4 17696172 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0005289;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:11,5:28,8 -chr4 18160746 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022726;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,6:7,2 -chr4 18207818 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0011693;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:21,5:23,7 -chr4 18277327 . C CAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,10:7,8:1,2 -chr4 19259011 . C A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.9322e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:19,11:9,5 -chr4 20211807 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.044785;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:18,6:18,2 -chr4 20716612 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.9388e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,5:11,8 -chr4 22084117 . G T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0010978;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:22,6:24,6 -chr4 22815365 . ATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:1,3:2,2 -chr4 23603769 . TTG T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.091638;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:13,2:20,2 -chr4 24726335 . C CTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0029195;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,11:11,10:2,1 -chr4 25444486 . G GTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.017473;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 -chr4 26316502 . TATATATTC T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.041596;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:19,3:9,1 -chr4 27501814 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00047924;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:20,6:13,4 -chr4 27781760 . T A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=4.7366e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:18,8:21,7 -chr4 27837405 . G T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00074812;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:19,8:27,4 -chr4 28397577 . G GT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.047026;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,1:13,3 -chr4 28725976 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.022472;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,5:16,1:18,4 -chr4 28933105 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,6:7,5:5,1 -chr4 29036293 . T TAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.030558;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:13,10:8,4 -chr4 29055438 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0030877;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:16,5:23,3 -chr4 29514900 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00011761;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,14:18,5:21,9 -chr4 31368449 . C CCTCTCTCTCT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21504;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,3:3,2:7,1 -chr4 32154568 . CTTTTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,9:9,8:2,1 -chr4 32793744 . C CAAAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.048633;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,9:14,8:8,1 -chr4 32856257 . CTTT C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.037745;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,5:20,3:17,2 -chr4 32862019 . ATTTT A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.034373;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,4:13,2:11,2 -chr4 35953472 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:7,2:4,1:3,1 -chr4 36713372 . C CTT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.026985;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:12,8:6,1 -chr4 37348581 . CTTTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:1,6:5,2 -chr4 37774975 . G C 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.011371;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:53,7:30,4:23,3 -chr4 37777168 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.079011;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,2:17,2 -chr4 39297302 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,3:12,1 -chr4 39793488 . TCCTTTC T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.036334;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:19,2:20,5 -chr4 39793511 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0028438;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:20,5:16,7 -chr4 40045853 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026993;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,9:10,8:5,1 -chr4 40405377 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=7.4138e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:42,15:18,6:24,9 -chr4 43384910 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:10,3:4,3 -chr4 44282396 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0007003;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:25,4:13,7 -chr4 46348939 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.011661;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:32,6:10,3 -chr4 47195456 . T TAGA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:36:0,2:0,1:0,1 -chr4 48092553 . TGGACACATTTTTCCAAAAGTGTGACTTACAAGAGCAATGTGTAAAGGGAGAAAGAGTTAGGGCAGCA T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.064593;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,2:14,2 -chr4 49102880 . A ATTCCT 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.021398;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,6:24,2:26,4 -chr4 49117668 . ACCATT A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.048559;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,6:27,2:21,4 -chr4 49161694 . C T 0 PASS DP=278;GPV=1;SPV=0.018289;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:122,24:53,13:69,11 -chr4 49173848 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.0098093;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:71,9:41,1:30,8 -chr4 49235503 . T C 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.049851;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:77,18:43,13:34,5 -chr4 49237120 . G C 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.024925;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:83,20:33,8:50,12 -chr4 49237791 . CACTTAAA C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.037423;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:48,9:27,2:21,7 -chr4 49246131 . C A 0 PASS DP=402;GPV=1;SPV=0.0056713;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:229:201,28:145,19:56,9 -chr4 49249561 . C T 0 PASS DP=366;GPV=1;SPV=0.032859;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:200:168,32:94,23:74,9 -chr4 49252795 . C T 0 PASS DP=577;GPV=1;SPV=0.04704;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:292:260,32:152,21:108,11 -chr4 49256477 . T A 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.0033633;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:178,37:91,25:87,12 -chr4 49257937 . T A 0 PASS DP=413;GPV=1;SPV=0.023553;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:192,29:86,15:106,14 -chr4 49264667 . GTGTT G 0 PASS DP=614;GPV=1;SPV=0.0099073;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:342:243,46:159,17:84,29 -chr4 49266327 . AT A 0 PASS DP=712;GPV=1;SPV=0.0051943;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:406:349,54:165,15:184,39 -chr4 49292267 . G A 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.0096171;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:124,19:69,6:55,13 -chr4 49498308 . T C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.045686;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:19,1:27,5 -chr4 49519369 . C T 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.028218;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:94,13:54,8:40,5 -chr4 49519466 . TA T 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.035166;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:65,17:42,9:23,8 -chr4 49554189 . C CA 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.0068684;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:118,16:58,7:60,9 -chr4 49556231 . G T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.029547;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:49,11:30,8:19,3 -chr4 49558512 . T C 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.012898;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:53,20:26,9:27,11 -chr4 49579191 . C T 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.034495;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:108,22:27,7:81,15 -chr4 49591746 . G A 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.0043003;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:172:140,32:94,21:46,11 -chr4 49591755 . G C 0 PASS DP=317;GPV=1;SPV=0.009297;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:146,36:100,23:46,13 -chr4 49610504 . A G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.014844;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:17,2:32,6 -chr4 49636085 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0002515;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:7,9:11,1 -chr4 49647349 . G A 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.044924;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:77,9:48,8:29,1 -chr4 49788517 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,4:7,1 -chr4 49893276 . C A 0 PASS DP=645;GPV=1;SPV=0.011987;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:362:311,51:144,24:167,27 -chr4 50045157 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.022376;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:30,3:4,7 -chr4 50531544 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr4 50752559 . T C 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.045908;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:57,10:57,3:0,7 -chr4 51099347 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr4 51567766 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.016282;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:22,4:6,2 -chr4 51717602 . G C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 -chr4 52424285 . G GAAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.036581;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,11:14,9:8,2 -chr4 54622537 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,4:10,2:25,2 -chr4 55117039 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0077737;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:21,3:21,4 -chr4 55344846 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,7:5,6:4,1 -chr4 55542385 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:26:0,6:0,1:0,5 -chr4 55761622 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.026414;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,6:19,3:16,3 -chr4 56619681 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.01722;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:27,4:23,4 -chr4 56651878 . G GTGTGTT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.17898;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,5:11,3:25,2 -chr4 56901844 . GT G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0063671;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,12:11,9:7,3 -chr4 57103659 . TC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.022451;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,5:8,1 -chr4 57429325 . T TC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:5,3:6,1 -chr4 58216382 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0057881;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:18,4:25,5 -chr4 58877410 . CTATA C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.05753;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:26,5:20,4 -chr4 59158894 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=3.3036e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:22,4:13,10 -chr4 60170060 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,8:6,1 -chr4 60338297 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,1:3,3 -chr4 61930175 . CA C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=5.5762e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:23,12:8,4 -chr4 62079954 . C CA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.042605;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:17,8:4,1 -chr4 63417628 . T TACAC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,7:9,5:5,2 -chr4 63422490 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00095274;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:19,4:16,7 -chr4 63509573 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=8.9306e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:18,7:21,6 -chr4 63535392 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.038888;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:10,3:12,5 -chr4 63535460 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037131;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:10,5:7,2 -chr4 64653798 . A AAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAGAAAAGAAAAG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041838;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,2:12,3 -chr4 65334585 . C A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.00025319;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:50,12:26,5:24,7 -chr4 66317249 . A G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00034554;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:41,14:18,8:23,6 -chr4 66681806 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=2.344e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:51,20:21,13:30,7 -chr4 67342257 . C CAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,8:5,7:3,1 -chr4 67540341 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0037102;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:21,6:20,2 -chr4 68714842 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,4:10,2:10,2 -chr4 68977991 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.050238;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:17,3:24,2 -chr4 69335373 . GTA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.062133;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,3:13,2 -chr4 69472099 . TACAAAA T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0063865;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:30,17:16,7:14,10 -chr4 73349484 . TA T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.028888;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,4:20,2:14,2 -chr4 74561269 . A AAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034045;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,5:4,3 -chr4 75665626 . AAC A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.023939;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:18,3:15,4 -chr4 76167671 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 -chr4 76889847 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,7:6,1 -chr4 76917675 . G A 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.044051;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:57,9:47,8:10,1 -chr4 76918224 . C T 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.0047068;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:81,22:57,14:24,8 -chr4 80750416 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0017641;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:14,5:18,3 -chr4 82248742 . CGT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.033476;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,8:7,6:6,2 -chr4 84242410 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0030266;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,11:25,5:21,6 -chr4 86799825 . CTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,1:2,3 -chr4 87113590 . T G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0007893;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:15,5:24,6 -chr4 87746818 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.034759;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:12,4:14,6 -chr4 88098645 . G GAGATAGAT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.018938;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,11:13,6:9,5 -chr4 88887530 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,4:3,2 -chr4 90865779 . C A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0019678;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:21,5:17,3 -chr4 92149762 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0001398;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:17,6:12,8 -chr4 93244513 . C CTATTATA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020413;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:10,4:9,3 -chr4 93612825 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037023;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:16,7:8,1 -chr4 96513383 . G A 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=1.6916e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:45,21:32,9:13,12 -chr4 100104827 . A ATATGTATATATG 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.094058;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,4:18,2:18,2 -chr4 100226787 . GTT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027005;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:8,9:5,1 -chr4 101470541 . CAT C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.041296;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,4:18,3:14,1 -chr4 101470555 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.045506;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,3:15,1 -chr4 102798279 . A AATATATATATATAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.017962;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,11:12,8:10,3 -chr4 102926038 . A C 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.042888;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:56,10:38,5:18,5 -chr4 103732723 . C CCGTATATATGCA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0072137;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,13:19,7:6,6 -chr4 104220900 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,4:6,3:12,1 -chr4 105284064 . ACGTG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.14093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:9,3:11,2 -chr4 105914373 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00034907;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:3,6:7,6 -chr4 107719187 . G GTTTTTT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0024737;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,16:17,13:6,3 -chr4 109753059 . TATA T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0136;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,6:14,2:16,4 -chr4 109753065 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.036679;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:13,2:17,4 -chr4 113804741 . A T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=7.1737e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,18:13,8:22,10 -chr4 115118961 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.016274;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,15:14,8:23,7 -chr4 117192020 . ATG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,10:9,9:4,1 -chr4 118501329 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.017739;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,8:5,1 -chr4 118810137 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.016929;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,9:4,2:9,7 -chr4 118876667 . CTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.012898;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,11:0,2:14,9 -chr4 119418794 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.014047;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 -chr4 119479109 . T TGATTACCTCTGTAAAATCA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.023273;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,10:6,5:22,5 -chr4 119531060 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00432;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:26,4:17,6 -chr4 119576953 . A T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:26,4:13,1:13,3 -chr4 119734507 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00037553;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:27,6:12,5 -chr4 121405687 . A ATAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,2:4,2 -chr4 124026110 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.019772;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,6:10,3 -chr4 125814698 . G GGA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0095885;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,16:11,12:12,4 -chr4 128662542 . C CT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.047358;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,9:16,5:8,4 -chr4 128807055 . C G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=5.3794e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:42,20:21,7:21,13 -chr4 129956700 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00010382;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:21,6:18,6 -chr4 130350139 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:0,0:25,4 -chr4 131278724 . C CT 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.024074;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:22,1:22,4 -chr4 132783622 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00029292;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:22,7:16,4 -chr4 132999967 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0042441;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:17,7:27,5 -chr4 133456730 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0031698;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:9,3:23,6 -chr4 135272246 . GT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0012088;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,16:5,13:8,3 -chr4 136925000 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.00040855;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:22,5:20,5 -chr4 139092416 . C A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.036354;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:23,4:14,4 -chr4 139092417 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.026881;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:24,4:12,3 -chr4 139092418 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.006996;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:21,4:13,4 -chr4 139989902 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.060769;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:11,3:22,2 -chr4 140800462 . A ATATT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,4:17,2:5,2 -chr4 141580080 . TTC T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:24,4:9,3:15,1 -chr4 143948795 . C T 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.00029442;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:27,8:33,6 -chr4 144292744 . C A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.024171;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:63,7:30,5:33,2 -chr4 144562388 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=9.7059e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:41,16:16,6:25,10 -chr4 146542376 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 -chr4 148324367 . T G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.052629;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:22,5:14,3:8,2 -chr4 148492842 . AGTATCCTCTATACATAGTATTTTATATATATC A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,2:1,2:0,0 -chr4 149102144 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:11,3:6,2 -chr4 150380982 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,7:2,1 -chr4 150647352 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:1,3:0,1 -chr4 150780633 . A ATATATATACGTGTATATATATACATATATATACACG 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.055746;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,4:8,3:16,1 -chr4 150970557 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,6:8,3:6,3 -chr4 151008397 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0015215;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:14,4:19,5 -chr4 151222669 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12189;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,2:10,3 -chr4 152701645 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00040756;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:41,14:23,7:18,7 -chr4 153399890 . ATT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,3:4,2 -chr4 153566329 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.6594e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:13,8:18,4 -chr4 154176775 . C CT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041383;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,3:13,2 -chr4 154385557 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=3.8419e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:7,12:21,7 -chr4 154433395 . C CCTTTTTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:0,0:5,4 -chr4 154751761 . A AAG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:3,2:3,2 -chr4 157599693 . C G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0021288;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:23,4:19,5 -chr4 158255594 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:18,3:15,3 -chr4 158492068 . T TTTTC 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0066451;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:19,14:10,6:9,8 -chr4 160555509 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.00024258;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:25,8:17,6 -chr4 161887403 . CT C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.067189;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,6:15,4:15,2 -chr4 162657480 . ATATAGTATAGAC A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0077271;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,6:7,5:16,1 -chr4 164864400 . A AGAG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1 -chr4 164892111 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00013794;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,14:13,9:26,5 -chr4 165235571 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.016048;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:48,6:23,3:25,3 -chr4 166473672 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00048809;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:17,6:24,6 -chr4 167327273 . C CAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0074763;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,8:8,7:2,1 -chr4 169103086 . ATT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.040008;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,9:8,7:8,2 -chr4 172552837 . T TAAAAAAAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:1,3:2,1 -chr4 176418256 . C CT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.001413;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,23:10,10:14,13 -chr4 176809676 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0012733;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:20,5:15,6 -chr4 177205827 . CA C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.016636;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:10,3:23,5 -chr4 177511398 . AT A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.0010149;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:23,7:20,3 -chr4 177919881 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.02825;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:13,6:7,4 -chr4 178098024 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.043916;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:30,2:19,8 -chr4 180436765 . C CAA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036153;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:14,9:13,2 -chr4 181411099 . A AG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0062613;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:10,5:15,3 -chr4 181825425 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,7:4,3:6,4 -chr4 181844536 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00013137;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:20,6:22,8 -chr4 182049097 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.02185;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:48,9:23,3:25,6 -chr4 184308769 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:5,5:3,2 -chr4 184607094 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00075514;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:16,2:16,6 -chr4 184928147 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034441;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,8:6,6:8,2 -chr4 185443342 . A ATATATATTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.27198;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:7,1:1,3 -chr4 186478194 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 -chr4 186970880 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,4:5,5 -chr4 186981764 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:12,2:16,2 -chr4 187078357 . T TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.047407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:10,9:15,1 -chr4 187298453 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0011232;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:15,3:19,8 -chr4 187639769 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,3:3,2 -chr4 187943519 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0066158;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:17,4:25,5 -chr4 188443382 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.084679;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:9,4:10,1 -chr4 188698800 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=1.959e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:20,6:17,7 -chr4 188974431 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14474;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:8,3:2,2:6,1 -chr4 189205947 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.057396;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,5:11,2:12,3 -chr4 189447454 . A C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0086439;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,6:18,4:15,2 -chr4 189447455 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.032947;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,5:18,3:25,2 -chr4 189685393 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.019428;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,11:13,9:6,2 -chr4 189757141 . G GT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.015407;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,13:10,3:15,10 -chr4 190050837 . C T 0 PASS DP=293;GPV=1;SPV=0.049845;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:138,21:65,14:73,7 -chr4 190116123 . T C 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.029934;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:117,18:58,9:59,9 -chr5 100875 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.16035;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:23,3:13,2:10,1 -chr5 502907 . C T 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.025674;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:79,13:35,11:44,2 -chr5 649065 . TG T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.062133;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:18,3:10,2 -chr5 649720 . CCG C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,2:2,2 -chr5 682627 . C G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.020165;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:32,2:27,5 -chr5 700911 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.027715;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:15,3:11,4 -chr5 700916 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048244;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:16,3:11,3 -chr5 714493 . AT A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.031765;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:6,3:30,7 -chr5 847849 . T G 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.041895;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:58,7:23,2:35,5 -chr5 1238415 . G GA 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.035178;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,5:18,1:21,4 -chr5 2580850 . CCTTCCTTTCTTT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,5:2,1:6,4 -chr5 2594305 . TGCACAGAGATACACACAGACACACAGAGATACACAGGCACAGACAGAC T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.071484;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,3:13,1 -chr5 4040418 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,5:8,1:9,4 -chr5 4506713 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.014858;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:20,2:27,5 -chr5 4559105 . A G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.01722;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:25,5:25,3 -chr5 5816146 . GAT G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10008;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,6:2,1:16,5 -chr5 6260056 . A T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00057272;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:17,5:20,5 -chr5 6313801 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.011847;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,6:7,4 -chr5 6995984 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.2479e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:37,17:15,10:22,7 -chr5 7288807 . TTCTTCTTC T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016301;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:12,3:15,3 -chr5 7776193 . T TA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0051328;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:16,16:7,14:9,2 -chr5 8454942 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.03854;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:18,2:16,8 -chr5 9021991 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=4.3022e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:41,16:16,7:25,9 -chr5 9674709 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00043374;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:22,7:12,3 -chr5 9766290 . T C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=1.3389e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:35,17:21,6:14,11 -chr5 9954291 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0032629;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:22,5:12,2 -chr5 10285688 . C CTCTCTCTT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.03878;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,11:14,6:13,5 -chr5 10352719 . T G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.00039347;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:50,14:20,8:30,6 -chr5 10864421 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,3:9,5 -chr5 11228353 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036457;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,7:10,5:6,2 -chr5 12099554 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0059953;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,8:16,3:12,5 -chr5 13029343 . A AGGG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.083916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:5,3:0,2 -chr5 13149494 . CAGATAGAT C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.011623;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:35,17:18,8:17,9 -chr5 15033020 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.083787;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:16,5:6,1 -chr5 15265506 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.068062;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:20,1:22,4 -chr5 15379417 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00076695;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:13,5:16,5 -chr5 16142884 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,5:1,1 -chr5 16232857 . A T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0021309;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:40,12:26,7:14,5 -chr5 17217075 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.060567;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:8,1:23,3 -chr5 17343355 . A AAATAATAAT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0042467;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,13:8,8:8,5 -chr5 17595177 . G A 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.040357;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:65,11:65,7:0,4 -chr5 18369049 . A ATGG 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.024981;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,4:13,1:5,3 -chr5 18780674 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,8:1,4:5,4 -chr5 19382635 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.020403;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,10:13,4:8,6 -chr5 20095323 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,2:4,1:1,1 -chr5 21970839 . CAAAA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0082418;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:2,4:0,0 -chr5 22466525 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.022062;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:15,3:17,2 -chr5 25382046 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.011784;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:13,7:17,4 -chr5 26121258 . A G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0016467;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,11:24,3:22,8 -chr5 26803072 . A G 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.00058548;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:54,13:30,8:24,5 -chr5 27949409 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:3,3:5,1 -chr5 29877631 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.06407;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,4:11,1 -chr5 29947445 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.000239;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:18,7:19,7 -chr5 30771958 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=5.3599e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:43,19:29,12:14,7 -chr5 33178032 . CCA C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00021757;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:8,3:10,16 -chr5 33881564 . C CT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.023403;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:21,2:10,3 -chr5 33911832 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00064041;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:18,8:23,4 -chr5 34665043 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 -chr5 35880888 . A G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.00011099;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:52,17:34,9:18,8 -chr5 39028201 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:7,3:20,1 -chr5 39371299 . G A 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=1.7232e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:47,15:29,7:18,8 -chr5 40294210 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=2.9026e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:38,15:21,9:17,6 -chr5 40546086 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0065197;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:11,2:16,11 -chr5 41426844 . A AT 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=1.7371e-06;SS=2;SSC=57;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,16:19,10:17,6 -chr5 42917957 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00047993;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:20,4:23,7 -chr5 43645657 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,1:6,8 -chr5 44748860 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.035343;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:16,5:6,1:10,4 -chr5 45807187 . ATGTG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.030792;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:11,3:2,2 -chr5 46663683 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.017166;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:7,2:12,5 -chr5 46665462 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:1,1:34,12 -chr5 46665464 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0093922;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:1,1:31,13 -chr5 46756249 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.013393;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,4:2,4 -chr5 46783409 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.011463;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:54,11:16,2:38,9 -chr5 47112438 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.062847;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:7,3:22,3 -chr5 47112440 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.071601;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:8,3:23,3 -chr5 47116274 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.28678;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:4,2:29,2 -chr5 47116995 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.10478;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:29,4:7,2 -chr5 47297581 . G A 0 PASS DP=260;GPV=1;SPV=0.039095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:127,20:78,9:49,11 -chr5 50141951 . C A 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.025998;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:21,8:66,8 -chr5 50145036 . T G 0 PASS DP=460;GPV=1;SPV=0.020017;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:248:221,27:69,8:152,19 -chr5 50628618 . T A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0033793;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:31,5:14,4 -chr5 50655431 . C CTT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.021615;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,7:3,1:11,6 -chr5 51500712 . C CCTCT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,5:6,4:4,1 -chr5 51567438 . G GTA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.044074;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,8:11,4:7,4 -chr5 51609127 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020314;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:12,7:6,1 -chr5 51879386 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:11,3:7,1 -chr5 52103502 . G GATTTT 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00077065;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:12,8:16,11 -chr5 54798863 . A AAGAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,5:2,3:4,2 -chr5 58817454 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0095669;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:19,5:21,3 -chr5 60668159 . T TTTTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0098611;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,10:5,5:7,5 -chr5 60874986 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=1.3278e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:44,18:28,10:16,8 -chr5 61638540 . T C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.2598e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:36,17:15,10:21,7 -chr5 62238968 . A AT 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.028602;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:43,8:24,7:19,1 -chr5 62238999 . T TG 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.039663;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:48,8:28,7:20,1 -chr5 64463583 . G T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.019795;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:20,5:23,7 -chr5 65007626 . CTTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0045748;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,12:6,7:2,5 -chr5 66389037 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0040054;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:40,9:20,4:20,5 -chr5 66522574 . T A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0047446;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:15,6:31,2 -chr5 67398893 . A ATTATTTATTTATTTATTTAT 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.031786;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,8:8,4:20,4 -chr5 67508890 . G GTATATA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:7,3:5,1 -chr5 68217627 . G GGTGTGTGT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.028582;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:20,14:13,3 -chr5 73682418 . C CT 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.011394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,18:20,13:15,5 -chr5 76829263 . CTT C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:22,4:14,2:8,2 -chr5 77443876 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,4:4,3 -chr5 79567406 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.062905;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:12,9:11,1 -chr5 80066094 . CA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.048297;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,5:7,2 -chr5 80338707 . T G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0090267;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:48,8:18,7:30,1 -chr5 80600615 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:8,2:9,3 -chr5 80612791 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,5:11,4:3,1 -chr5 80617029 . CTATATATATA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,4:17,2:5,2 -chr5 80762778 . T TTTTTA 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.029694;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,11:16,7:21,4 -chr5 82050839 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.038556;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 -chr5 82472884 . ATATAT A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.042665;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:37,9:3,1 -chr5 82505422 . C A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.027702;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:26,2:28,4 -chr5 84238665 . G GTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0074891;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:1,4:4,1 -chr5 84359577 . C T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=8.5136e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:23,7:18,5 -chr5 85392531 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.010345;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:25,4:16,4 -chr5 85392541 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.015734;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:24,3:19,4 -chr5 85392546 . CA C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.043084;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:25,3:20,2 -chr5 85420733 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.031527;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:17,4:23,4 -chr5 85420734 . TTA T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.022898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:17,4:25,4 -chr5 86218528 . A T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=3.9621e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:20,11:17,3 -chr5 89121849 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.031077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,3:10,2 -chr5 89480700 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=5.7039e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:13,8:11,4 -chr5 91035846 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,2:3,2 -chr5 91150009 . CTTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015726;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr5 93142335 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.7484e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:37,19:22,10:15,9 -chr5 93341444 . C CTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0092864;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,7:8,6:5,1 -chr5 93351645 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00053646;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:25,8:19,3 -chr5 96680383 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,2:1,1:6,1 -chr5 97634997 . G GT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.015665;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,8:15,7:10,1 -chr5 98071411 . A AAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.15021;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:6,3:2,2 -chr5 98851539 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:15,4:1,0 -chr5 99954797 . C CA 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00080682;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,11:14,6:23,5 -chr5 101381937 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.11371;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,4:13,3:15,1 -chr5 102050841 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,1:5,5 -chr5 102414907 . GTAAA G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.029668;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:14,9:20,5 -chr5 107827145 . GA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:14,3:3,1 -chr5 108558362 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.35897;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:6,2:2,1:4,1 -chr5 109780510 . CTG C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0024346;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:31,20:18,14:13,6 -chr5 109932957 . T TTG 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.049775;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,11:14,6:14,5 -chr5 111098300 . C G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00075282;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:18,9:26,2 -chr5 111964873 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026042;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,1:5,3 -chr5 112035948 . ATGTTTAGTTCTCACTTATAAGTGAGAGCATACAGTATTTGGTTTTC A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.018989;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:12,9:9,4 -chr5 112377215 . G GA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0082887;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:15,9:9,1 -chr5 113418689 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.024912;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:18,4:16,2 -chr5 113424132 . T TACACACACACAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0037215;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:7,2:2,4 -chr5 113942875 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:4,4:4,1 -chr5 114385521 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.065336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:16,4:21,1 -chr5 115547937 . G GTGTGTGTGTGTGTATA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.25926;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,2:4,2 -chr5 118300419 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.00035702;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:54,18:31,9:23,9 -chr5 119089293 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,1:2,4 -chr5 119259999 . TAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.025988;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,7:6,4:7,3 -chr5 119503076 . T TTG 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.030283;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:21,4:6,8 -chr5 120048971 . T G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027654;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:6,5:11,2 -chr5 121758050 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00033668;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:42,15:21,7:21,8 -chr5 121946774 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:52:1,3:1,2:0,1 -chr5 122768581 . GAAGAAGAAGAAA G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.040341;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:20,4:6,2 -chr5 125385480 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0046299;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,11:3,4:4,7 -chr5 126209194 . C CGACACTTATGACCTCACTTAATCTTAACTACT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.044908;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:10,4:22,2 -chr5 126301689 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.020196;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:10,3:4,2 -chr5 127674413 . T TC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0023514;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,10:12,5:8,5 -chr5 128479998 . A C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.14706;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,3:5,1:2,2 -chr5 128818607 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02607;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:9,2:2,2 -chr5 128818611 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01707;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,2:3,3 -chr5 128862735 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00054719;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,13:19,7:19,6 -chr5 133040733 . T TTGTGTG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02825;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:17,4:3,6 -chr5 133132133 . A AT 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.038534;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:16,2:21,6 -chr5 133132135 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.04432;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:15,1:15,6 -chr5 133625816 . TC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11664;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:14,3:11,2 -chr5 133625871 . CCATAT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:14,2:4,2 -chr5 133625903 . CCAT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037203;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 -chr5 134581621 . C A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.012341;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:14,4:29,3 -chr5 135465724 . C CA 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=2.2194e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:22,6:23,9 -chr5 135886603 . AT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.048951;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,4:3,1:0,3 -chr5 135886606 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,2:1,1:0,1 -chr5 137160497 . C CTA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.020124;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:0,2:7,5 -chr5 137916478 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.043214;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:20,5:14,4 -chr5 138719109 . C CA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0072028;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:17,10:1,1 -chr5 138947465 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0001115;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:21,9:24,6 -chr5 139003676 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=8.4049e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:12,7:18,5 -chr5 140286600 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,3:1,2:0,1 -chr5 140467115 . TTG T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.018474;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:27,4:25,3 -chr5 142188590 . A G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.024367;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:23,5:11,2 -chr5 142683857 . AATCCTTT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:11,4:3,4 -chr5 144465779 . C CTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.028042;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,5:5,2 -chr5 145502843 . G GT 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0034956;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:12,5:22,4 -chr5 147260167 . C CTG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:2,1:3,1 -chr5 147651165 . T TTTATCATTACTATAAGAAAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.014541;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:14,7:11,5 -chr5 148212537 . T TATATA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,2:8,3 -chr5 151474176 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.071753;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,2:10,2 -chr5 151474178 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024248;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:9,2:8,3 -chr5 152278458 . G GTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:3,2:4,2 -chr5 153189298 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00097618;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:27,8:15,3 -chr5 153217085 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0032114;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,4:8,4 -chr5 153428652 . AG A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.046412;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:21,8:12,2 -chr5 154464170 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0014109;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:56,15:21,4:35,11 -chr5 155032165 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:13,2:14,2 -chr5 155033235 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13283;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:23,3:5,1 -chr5 156660289 . C T 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.010351;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:51,17:31,10:20,7 -chr5 157890366 . AT A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.028779;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:35,6:17,2:18,4 -chr5 158567730 . C CTTTCTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.097821;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,7:6,4:13,3 -chr5 160354597 . AG A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:9,10:4,2:5,8 -chr5 161809637 . TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.020223;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,11:3,2:13,9 -chr5 162681843 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:5,3:3,2:2,1 -chr5 162685313 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00035338;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:1,13:0,9:1,4 -chr5 162688688 . G T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0040464;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:43,8:22,4:21,4 -chr5 162688689 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0040417;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:23,4:22,4 -chr5 163626366 . ACT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0072753;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:8,7:7,6 -chr5 165884152 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0071318;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:22,3:15,4 -chr5 167181504 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:7,3:17,1 -chr5 168502386 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.052808;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:23,1:14,4 -chr5 168539872 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.015377;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,11:14,6:12,5 -chr5 168908214 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.9266e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:19,9:14,3 -chr5 170264978 . CTTTTTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.016233;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,6:3,3 -chr5 170503711 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.016386;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:16,4:7,2 -chr5 170731693 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.068336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:16,3:5,2 -chr5 172052164 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0030721;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:18,6:27,3 -chr5 172725544 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0039154;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:16,3:19,4 -chr5 172857589 . C G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:0,1:1,1 -chr5 173289783 . CCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:0,0:11,4 -chr5 173516978 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:8,4:10,2 -chr5 174061909 . CT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:17,7:5,3 -chr5 175918325 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.039973;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:8,5:13,3 -chr5 178018091 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.011798;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:27,2:21,5 -chr5 178027845 . T G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.006972;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:22,8:22,1 -chr5 178027971 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.021516;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:59,9:30,1:29,8 -chr5 179013776 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.051054;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,1:9,3 -chr5 179397489 . GTATATATATATATA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 -chr5 179429980 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.027835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:16,9:12,4 -chr5 179594547 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0021594;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,14:1,2:7,12 -chr5 180300049 . G A 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.018747;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:78,10:44,1:34,9 -chr5 180530909 . C G 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.032217;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:58,12:24,2:34,10 -chr5 181032233 . AG A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,2:3,1:2,1 -chr5 181032238 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:3,2:1,1:2,1 -chr6 1111770 . C G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.727e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:16,7:13,7 -chr6 1512694 . AAAAG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0068176;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,4:8,6 -chr6 2828420 . G GA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:5,3:1,3 -chr6 2940604 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.02519;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:13,7:19,2 -chr6 4867772 . G GT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.043808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,5:14,4:21,1 -chr6 5292829 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.022916;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:33,5:19,2 -chr6 6332752 . TA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:7,8:3,4:4,4 -chr6 6817878 . C CTTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:9,3:7,1 -chr6 7117388 . GTTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0097821;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,5:4,2 -chr6 7449715 . A ATT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,6:13,3:8,3 -chr6 7659339 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,10:5,6:3,4 -chr6 7957018 . A AGTGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0066622;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:11,4:4,2 -chr6 8041312 . C CTTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.028628;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,7:11,4 -chr6 8901169 . T TAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,11:5,8:1,3 -chr6 9204743 . T C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0014733;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:51,11:23,4:28,7 -chr6 9494455 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10909;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,2:2,1:0,1 -chr6 12337054 . C A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00065809;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:48,14:33,9:15,5 -chr6 13732406 . C A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0071789;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:18,5:22,2 -chr6 14448843 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.041422;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,6:11,3:17,3 -chr6 14684389 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0011599;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:17,7:17,3 -chr6 15277795 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.15091;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:21,5:6,1:15,4 -chr6 16443208 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,4:0,1 -chr6 18570841 . C G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.048187;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:17,3:22,2 -chr6 19941221 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.040102;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:19,2:10,4 -chr6 20021488 . A AAAATAAAT 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.02282;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:17,7:19,8 -chr6 20273024 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04287;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:11,5:4,4 -chr6 20371541 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.017517;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:13,8:6,4 -chr6 21156424 . C CAAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0020034;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:8,9:5,3 -chr6 21965351 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,0:13,4 -chr6 22162978 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.038803;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:15,3:6,7 -chr6 22162980 . AGT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011696;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:16,4:8,7 -chr6 22163000 . ATAGATAGT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.002513;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:13,4:11,6 -chr6 23731309 . ATT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:2,4:1,3:1,1 -chr6 26137737 . CATATATATATATATATATATAT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:7,4:0,3 -chr6 26315902 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,4:10,2:6,2 -chr6 26382666 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.011098;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,6:12,4:15,2 -chr6 26522893 . A T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0027576;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:24,4:23,4 -chr6 26605221 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0048714;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:16,2:10,8 -chr6 27100546 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3 -chr6 27217046 . A AAAAACAAAACAAAAC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.049992;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,6:14,4:15,2 -chr6 27217081 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0026559;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:10,8:4,10 -chr6 27235620 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,4:2,1:5,3 -chr6 27748895 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00037553;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:21,5:18,6 -chr6 29238947 . TTATA T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:26,4:11,3:15,1 -chr6 29932035 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.01269;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:9,3:6,2 -chr6 30467010 . ATTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016525;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:6,1:12,5 -chr6 31487417 . CA C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.0038365;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:64,11:41,3:23,8 -chr6 31487481 . G T 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.028495;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:69,19:45,6:24,13 -chr6 32979047 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:8,2:10,2 -chr6 32993949 . TTTTTTTTTTTTTGG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,8:6,7:4,1 -chr6 33361461 . G C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00079781;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:22,6:16,5 -chr6 34212002 . CAAAAAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,10:3,8:5,2 -chr6 34258748 . A ATATTTTTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:2,3:5,2 -chr6 35543076 . T A 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.00017103;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:31,10:17,3 -chr6 35652253 . A G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.040434;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:51,7:33,6:18,1 -chr6 35791058 . AG A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.030144;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:62,19:19,9:43,10 -chr6 36153472 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00026004;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:24,4:14,7 -chr6 37262032 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,4:5,2:3,2 -chr6 38228351 . C CCA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:5,1:3,3 -chr6 38772971 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.021064;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:5,9:7,2 -chr6 39058671 . C T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.012167;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:48,15:25,6:23,9 -chr6 41802025 . G GT 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0081641;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,6:19,2:15,4 -chr6 41985304 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:7,8:1,1 -chr6 42138850 . A AACACACACACACACACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,9:4,5:6,4 -chr6 42494445 . T TC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:6,3:4,3 -chr6 43570311 . CAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:9,4:0,2 -chr6 44271370 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:24,2:11,2 -chr6 45100541 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031247;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,7:13,5 -chr6 45399773 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.12269;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,3:9,2 -chr6 45891633 . C CA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.020186;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:11,8:9,2 -chr6 46877227 . C CTTTCTTTCTTTCTTTCT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.033698;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,7:8,2:17,5 -chr6 48304249 . T G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00047744;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:14,7:23,4 -chr6 53157950 . AAAG A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.034034;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,3:14,2 -chr6 54675034 . A G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.018053;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:49,7:28,4:21,3 -chr6 55962557 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.048018;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:12,2:21,4 -chr6 57539658 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,4:8,3:15,1 -chr6 57913549 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=5.9634e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:40,21:21,10:19,11 -chr6 58755015 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr6 59422846 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031141;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:6,5:10,2 -chr6 63148838 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.040965;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:19,4:6,1 -chr6 63458066 . TTA T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.079949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,2:18,2 -chr6 67659586 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.024816;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:24,3:16,3 -chr6 68904069 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,3:0,1 -chr6 69533355 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.027692;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:21,3:22,3 -chr6 69921531 . C CAT 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.0048013;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:20,8:18,6 -chr6 72074925 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0018753;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:20,10:24,4 -chr6 74438585 . AT A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.046916;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,2:11,2 -chr6 75137886 . A T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00022955;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:24,10:20,4 -chr6 75456565 . C CT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00056917;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:19,6:4,3 -chr6 75536160 . A T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,4:0,1:0,3 -chr6 76272024 . CTT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0056817;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:1,3:18,4 -chr6 77270294 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0009357;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:12,5:11,7 -chr6 77561686 . G C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00032937;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:17,3:15,6 -chr6 79373616 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=6.6836e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:18,10:18,5 -chr6 80318686 . T TA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.027805;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:10,8:15,5 -chr6 80806606 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.057784;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,2:20,2 -chr6 81559728 . C A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0055147;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:18,3:18,4 -chr6 81612427 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0054566;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:13,8:15,10 -chr6 82422987 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00070597;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:14,6:23,5 -chr6 85872303 . TTC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,9:4,2:14,7 -chr6 86090284 . CTT C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.039205;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:12,2:20,2 -chr6 86167786 . A T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=8.9917e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:16,3:17,11 -chr6 86743844 . TG T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,2:13,2 -chr6 89845243 . ATG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,10:5,9:2,1 -chr6 90473373 . C CTG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.043685;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:10,6:9,2 -chr6 90964127 . TATATACTAC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:2,2:11,2 -chr6 91841142 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.045802;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:7,2:15,4 -chr6 93015866 . TCCTCTGTAAAGAG T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0028658;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:22,5:19,3 -chr6 94917868 . C CA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.027604;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:13,2:11,4 -chr6 95121561 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0054024;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,3:7,4 -chr6 95323596 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0014181;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:28,6:14,5 -chr6 95601716 . ATT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:7,2:6,2 -chr6 96136242 . T A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=4.1533e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:16,6:17,9 -chr6 96411350 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00019202;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:14,3:22,9 -chr6 96594227 . TTATATATATATA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.20757;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,11:6,8:8,3 -chr6 97091981 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.05132;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,4:9,2:4,2 -chr6 98623447 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00047803;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:17,4:15,9 -chr6 100497438 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00069443;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:17,3:16,7 -chr6 100659197 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00035126;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:45,17:25,6:20,11 -chr6 102463894 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0083313;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:5,7:6,4 -chr6 102757247 . A C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0025743;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:18,6:25,3 -chr6 103465401 . C G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=7.238e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:16,5:17,8 -chr6 103999545 . C A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=8.6514e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:20,5:10,6 -chr6 104020542 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.032802;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:13,5:17,3 -chr6 105542764 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.049667;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,7:7,6:6,1 -chr6 110270837 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018907;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:12,5:7,1 -chr6 111058932 . C CTT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0015829;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,12:11,7:8,5 -chr6 113582269 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.056492;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:16,2:18,4 -chr6 114320954 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.5866e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:9,6:11,6 -chr6 114913348 . T A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:5,4:3,3:2,1 -chr6 117069620 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0057488;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:8,7:8,10 -chr6 117738740 . TA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,6:6,1 -chr6 118519466 . GTGTGT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:5,5:1,1 -chr6 118760105 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00073099;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:14,11:21,2 -chr6 122228508 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0017182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:49,11:22,8:27,3 -chr6 122353620 . A T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00029045;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:21,5:18,7 -chr6 124139079 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,10:4,7:4,3 -chr6 124658961 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.020406;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:14,2:17,3 -chr6 124687519 . TAC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,6:8,1 -chr6 128291921 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0034056;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:19,2:21,5 -chr6 129055186 . TTA T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.080505;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,4:17,1:17,3 -chr6 130728750 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.010573;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:13,9:7,1 -chr6 131499479 . G GT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,4:5,1:1,3 -chr6 131559893 . C CT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0060843;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,13:13,6:11,7 -chr6 133394282 . GTGTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,7:5,6:1,1 -chr6 133644593 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00076721;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:19,6:9,6 -chr6 136369356 . T C 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.00015018;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:50,12:30,7:20,5 -chr6 138853256 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00015449;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:14,7:29,6 -chr6 139341552 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0013696;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,9:10,5:24,4 -chr6 141441319 . T G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.032222;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:14,3:16,8 -chr6 142818711 . G GA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043486;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:15,3:5,2 -chr6 142818723 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,3:6,1 -chr6 142908854 . C CAAA 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0010314;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:13,16:10,13:3,3 -chr6 145301406 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0012682;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:20,5:17,4 -chr6 148326414 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0098884;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:4,5:4,1 -chr6 148482688 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.044564;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,9:16,5:11,4 -chr6 149915078 . C CCTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10911;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:16,2:3,4 -chr6 150833044 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:7,2:5,1:2,1 -chr6 153349342 . CA C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.01339;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:24,3:8,5 -chr6 153496288 . C A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00014589;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:22,10:14,2 -chr6 154331405 . A AAGAAAGAAAGAAAGAAAGAG 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.049488;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,6:27,2:8,4 -chr6 154687498 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.058895;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,3:12,2 -chr6 154812292 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029349;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:8,7:4,1 -chr6 156003552 . A G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0017721;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:19,4:22,6 -chr6 157279320 . A AAG 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.018965;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:19,3:23,4 -chr6 157522730 . CTCCTCCCTCCCTCCCTTTCT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:1,2:8,3 -chr6 158761301 . C CTTTTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.099229;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,5:18,4:8,1 -chr6 159010200 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.040224;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:6,1:21,4 -chr6 159133753 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.04992;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,7:9,1:18,6 -chr6 160872501 . C CTTTTCT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.019162;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,3:8,4 -chr6 162021463 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,4:9,3:5,1 -chr6 162418613 . A AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046347;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,6:14,4:9,2 -chr6 162612597 . CAAAAA C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0073681;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:16,11:5,4 -chr6 162658671 . AAAG A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00483;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:36,21:13,7:23,14 -chr6 164370462 . TA T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00012362;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,11:6,3:12,8 -chr6 164513819 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045025;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 -chr6 164848823 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00016948;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:16,4:13,5 -chr6 165136817 . C G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.075844;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:25,2:15,3 -chr6 166164374 . C G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=9.7731e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:18,9:18,3 -chr6 167376005 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.020267;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:11,8:16,3 -chr6 167941643 . A AG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,4:2,1 -chr6 168001615 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00074754;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,12:7,3:9,9 -chr6 168560884 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr6 168589727 . G GCC 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.047311;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:28,3:17,6 -chr6 168589730 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.036692;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:24,5:15,8 -chr6 168911467 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,4:10,2:5,2 -chr6 170039884 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,5:15,2:4,3 -chr6 170736435 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.21163;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:24,1:6,4 -chr7 1190285 . G GAGTC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.064462;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,1:11,3 -chr7 1408585 . A G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0012326;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:19,6:14,2 -chr7 2452593 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4 -chr7 2859404 . C CAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,10:1,7:7,3 -chr7 2895183 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:9,5:3,1 -chr7 3280111 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.012883;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:11,4:11,7 -chr7 4083708 . T TGCTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:0,1:15,7 -chr7 4598967 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033483;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 -chr7 6457972 . CT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2 -chr7 6745558 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,4:5,3:10,1 -chr7 6757889 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.047407;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:13,4:15,1 -chr7 9045935 . A ATT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:10,1:5,3 -chr7 9143957 . A ATATATAAACATATATATATAAATATATG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047035;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:4,1:5,3 -chr7 9203198 . ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:7,1:5,3 -chr7 10723665 . C G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.012866;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:19,11:10,7:9,4 -chr7 11179957 . TATATATAATGTATATATACATAATATATA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:3,1:20,4 -chr7 13148829 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,1:14,4 -chr7 13587394 . G GTT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0012561;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,17:11,8:9,9 -chr7 14259379 . TTCTC T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.017938;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:13,4:15,2 -chr7 14418390 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021894;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:10,4:11,7 -chr7 15014868 . C CTTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0088578;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,7:0,5:1,2 -chr7 15406281 . CAT C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.03714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:15,5:27,4 -chr7 15735093 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.017694;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,6:9,5:3,1 -chr7 16415707 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0029154;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:14,6:16,4 -chr7 16990931 . C CTGTG 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.033577;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,11:16,9:14,2 -chr7 17752194 . G GT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0013728;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:14,9:18,3 -chr7 18706160 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.082337;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:7,4:9,2 -chr7 19302139 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.041838;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,5:14,4:9,1 -chr7 20661540 . C CTT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,6:13,4:13,2 -chr7 20668664 . C A 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.035422;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:73,14:25,7:48,7 -chr7 22114012 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.016586;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:7,3:18,4 -chr7 23046402 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0037629;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:15,11:4,3 -chr7 23637163 . AG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 -chr7 23690199 . A ATATATATAT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.04287;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,9:4,4:11,5 -chr7 24355915 . CTA C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10169;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:17,2:18,3 -chr7 24430732 . ATATATATAAATG A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.064403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,3:15,1 -chr7 25253506 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0021281;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:21,3:12,4 -chr7 26083654 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=1.5421e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:41,22:23,12:18,10 -chr7 26962990 . TAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.051628;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:7,7:11,1 -chr7 28057410 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=6.763e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:42,18:21,9:21,9 -chr7 28725645 . T TTAAA 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.047268;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,12:25,7:12,5 -chr7 29123628 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 -chr7 29784970 . A C 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.00038558;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:59,15:26,9:33,6 -chr7 29986717 . AT A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.034293;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,12:24,4:13,8 -chr7 30766197 . A T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:29,4:21,2:8,2 -chr7 32374118 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:19,4:1,0 -chr7 32954414 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:4,2:6,2 -chr7 33695812 . T TTATATATATATATA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:2,5:4,2 -chr7 34128086 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=3.0233e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,14:16,7:23,7 -chr7 34953728 . A G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.047669;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:29,8:12,5:17,3 -chr7 36517204 . TTC T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02403;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:3,4:12,4 -chr7 37882605 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,5:11,3:4,2 -chr7 39015837 . A ATT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,3:1,2:1,1 -chr7 39015991 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:14,4:5,1 -chr7 39015997 . T TTATATATATTATATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.18039;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:14,3:6,1 -chr7 43983807 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.03116;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:20,1:13,4 -chr7 44032112 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.023029;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:23,3:9,3 -chr7 45841359 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=4.0373e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:14,6:16,6 -chr7 46010128 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.1599;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,8:7,3:12,5 -chr7 46843617 . TA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.025986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,10:3,9:7,1 -chr7 48550265 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0040597;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:9,10:15,2 -chr7 48913634 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.047959;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,7:16,1:15,6 -chr7 48922573 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0031611;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,4:13,4 -chr7 49014897 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=1.4291e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:41,18:28,9:13,9 -chr7 49032613 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00054309;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:21,5:16,6 -chr7 52476780 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.067259;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,5:11,3:14,2 -chr7 52562752 . C CAAA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.045845;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,8:20,7:6,1 -chr7 53458023 . G C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.00010387;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:57,21:29,12:28,9 -chr7 53700155 . A T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=6.5776e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:14,9:16,9 -chr7 53761057 . G T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00048809;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:23,6:18,6 -chr7 54397052 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.06127;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:17,4:15,2 -chr7 54397100 . T TA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.026658;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:12,5:18,2 -chr7 54397143 . T TA 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0071548;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:11,6:21,7 -chr7 54416638 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.062192;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,6:10,2:7,4 -chr7 55323229 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.052719;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,5:14,2:13,3 -chr7 56736408 . A C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.028989;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:17,2:20,5 -chr7 56736546 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:17,1:19,8 -chr7 56802275 . T C 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.021192;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:65,16:38,6:27,10 -chr7 56870984 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.043084;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:20,3:25,2 -chr7 56972510 . G T 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.02467;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:54,16:31,11:23,5 -chr7 57389185 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=5.8494e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:21,7:15,7 -chr7 59452090 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.13255;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:0,0:31,4 -chr7 60996788 . GAGATGAAA G 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.0069242;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:91,11:58,9:33,2 -chr7 61247396 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.4574e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:13,8:14,5 -chr7 61381733 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.011433;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:16,7:20,3 -chr7 63759651 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.043658;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:0,1:27,3 -chr7 64254999 . C CAAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0013639;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:8,10:3,9:5,1 -chr7 65123873 . T C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.035299;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:23,1:35,7 -chr7 65622845 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.016132;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:24,13:12,9:12,4 -chr7 66421225 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.010685;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,12:10,10:6,2 -chr7 66562091 . AG A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.048716;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,1:13,4 -chr7 66598828 . T TCTGCTGCTGCTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0027565;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,13:6,9:4,4 -chr7 67180423 . TA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,3:14,1 -chr7 67252893 . C CAAAT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.1103e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:26,26:12,17:14,9 -chr7 67409850 . TTC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.036036;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:1,0:12,4 -chr7 67435937 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00015256;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:3,14:1,11:2,3 -chr7 67548523 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0073893;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:22,3:22,5 -chr7 67903888 . T TA 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.036173;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:21,9:10,1 -chr7 67989694 . T TAAAAAAAAAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12446;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,5:15,4:13,1 -chr7 68600503 . C CT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.041607;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,9:10,5:12,4 -chr7 70084077 . C CA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.4423e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:14,6:13,8 -chr7 71290347 . G A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=9.1458e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:50,18:30,11:20,7 -chr7 72299689 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0095364;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:6,8:7,1 -chr7 72593820 . TAAA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020128;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,6:3,1 -chr7 72756201 . T TTTTTATTTTA 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.037443;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:30,14:7,10:23,4 -chr7 72876661 . C CAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:3,3:4,1 -chr7 73211608 . C CTT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.035907;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:16,6:6,1 -chr7 74016494 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 -chr7 74671079 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,4:3,1 -chr7 74861501 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,9:4,8:4,1 -chr7 74955968 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043618;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,1:9,6 -chr7 74960683 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.037117;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,10:10,7:11,3 -chr7 76046341 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:3,4:4,5 -chr7 76088684 . CA C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.069135;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,4:15,3:12,1 -chr7 76262840 . GA G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.079534;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:28,4:10,1 -chr7 76460515 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.19282;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,3:14,1 -chr7 76500368 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.031994;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:10,1:15,8 -chr7 76622297 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.016746;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:25,1:21,8 -chr7 76641285 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:9,2:15,2 -chr7 76969216 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.010634;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:2,6:12,3 -chr7 76970542 . C T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.023497;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:51,9:25,3:26,6 -chr7 78070630 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.054119;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:24,1:8,3 -chr7 78430240 . C CTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.036419;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:6,3:6,2 -chr7 79625141 . T TATATA 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.044663;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:13,3:20,2 -chr7 79767092 . G A 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=4.326e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:49,16:24,9:25,7 -chr7 80152558 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026716;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:14,6:3,2 -chr7 80964594 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:4,5:2,3:2,2 -chr7 81736894 . G GGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.018698;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,6:10,4 -chr7 82322451 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.019737;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,8:8,7:2,1 -chr7 82512544 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=1.8109e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:37,20:18,10:19,10 -chr7 84736856 . A T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.12591;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:27,4:19,1:8,3 -chr7 84750620 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=8.6302e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:17,6:15,13 -chr7 85481067 . A ATGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0020696;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,6:11,4 -chr7 85717463 . CT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0096405;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,9:11,8:5,1 -chr7 87350028 . T C 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=2.9752e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:23,6:20,10 -chr7 87766872 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.017595;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:21,5:25,2 -chr7 88604328 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00034961;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:18,8:12,3 -chr7 91922242 . AAAAAAAC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0050167;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:7,4:10,7 -chr7 93405435 . T G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:13,4:20,2 -chr7 96868173 . A ATTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:5,5:6,1 -chr7 96898974 . T TTTATTATTATTATTATTATTA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0063671;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:7,6:11,6 -chr7 97712859 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.9538e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:36,19:20,10:16,9 -chr7 98420585 . G GTA 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.036437;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:14,5:19,2 -chr7 99180901 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 -chr7 100457801 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027751;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:5,3:4,2 -chr7 100998245 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 -chr7 101140194 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:4,2:12,2 -chr7 101140236 . GAA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,1:0,3 -chr7 101146056 . C A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0017227;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:48,12:28,7:20,5 -chr7 101241637 . C CTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.027296;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:13,6:3,1 -chr7 102547818 . GAA G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 -chr7 102554519 . G A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.0040935;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:104,22:24,12:80,10 -chr7 102570134 . GA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.034481;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:4,2:10,4 -chr7 102572592 . T C 0 PASS DP=588;GPV=1;SPV=0.044139;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:304:264,40:139,20:125,20 -chr7 102665519 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:5,1:19,3 -chr7 102668693 . G A 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.037009;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:84,19:39,10:45,9 -chr7 105071580 . GTGTATATATATATA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:5,3:8,1 -chr7 105455567 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,3:13,1 -chr7 105727777 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.072836;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,7:7,4:9,3 -chr7 107065336 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,3:3,2:3,1 -chr7 107158258 . TAGAA T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.01609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:25,2:18,4 -chr7 107158264 . G C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.011583;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:24,2:17,4 -chr7 107909839 . CT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.035511;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,9:12,6:6,3 -chr7 108549354 . T G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.0010134;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:20,7:26,3 -chr7 108891130 . GTTTTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1371;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:13,5:4,1 -chr7 109038790 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,3:4,1 -chr7 109751577 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:6,3:1,1 -chr7 111537527 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0037321;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,8:5,1 -chr7 116562964 . A AAAG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:20,3:7,1 -chr7 116562978 . GGA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:22,3:6,1 -chr7 117529217 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:4,4:16,1 -chr7 119646481 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00014726;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:15,4:11,8 -chr7 119654833 . G GA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0057229;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:19,7:20,2 -chr7 120050531 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.028465;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:9,3:16,2 -chr7 120167623 . G A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=2.0285e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:46,14:28,7:18,7 -chr7 120265704 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.039155;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:22,3:20,2 -chr7 121380733 . T TTATATATATATATATATATATA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:17,2:9,2 -chr7 121395252 . G GATAC 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.031169;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,5:21,3:14,2 -chr7 123990564 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0018214;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:16,1:17,6 -chr7 124784842 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,3:3,1 -chr7 124991025 . G A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.00024999;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:58,16:33,4:25,12 -chr7 125143216 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:6,5:4,2 -chr7 125289405 . G GATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0055944;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,8:1,7:0,1 -chr7 126763472 . TACACAC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:4,2:3,1:1,1 -chr7 127029006 . A C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00047793;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:23,5:15,6 -chr7 127125765 . A AACACACACACAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0015492;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,9:4,6:1,3 -chr7 129114664 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=8.8849e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:18,4:14,8 -chr7 129659073 . C CTTTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016464;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:17,3:3,3 -chr7 129696084 . A AAAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.032005;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:8,2:1,3 -chr7 129790556 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:10,5:3,1:7,4 -chr7 129884416 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036457;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:8,6:8,1 -chr7 130257636 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,4:0,0:3,4 -chr7 131189547 . C A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.083225;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:25,5:11,2:14,3 -chr7 131227477 . C CTT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.086167;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,2:21,2 -chr7 131227493 . TTC T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.069705;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,5:12,3:22,2 -chr7 132217179 . A T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.0002238;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:22,5:19,7 -chr7 132615927 . A ATCTCTCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.25076;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,4:8,1:21,3 -chr7 133247882 . AT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.034541;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:14,7:8,3 -chr7 133737909 . C CTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.27368;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:2,5:9,2 -chr7 135309610 . C CTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:5,5:7,3 -chr7 135819017 . T C 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=4.4906e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:50,18:26,7:24,11 -chr7 136191578 . C A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.047407;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:25,10:14,5:11,5 -chr7 137792282 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0071224;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:29,6:18,3 -chr7 138636470 . A AT 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0019055;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:18,5:18,5 -chr7 138745963 . AT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18039;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,2:13,2 -chr7 139905057 . T TTCTTTCTTTC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.025917;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:14,1:10,4 -chr7 140266059 . A ATT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.024063;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:14,7:7,2 -chr7 140961346 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047956;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,1:10,4 -chr7 141432146 . CTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,5:5,1 -chr7 142378361 . G GTT 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.033108;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:17,2:22,3 -chr7 142814163 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0053554;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:2,6:5,2 -chr7 144318748 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0068026;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:0,3:4,3 -chr7 145673910 . C CAAAAAAAAAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.022623;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:11,5:5,1 -chr7 146901870 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0068445;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:4,6:14,4 -chr7 147033176 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,4:3,1:3,3 -chr7 147239929 . G C 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.00041262;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:31,10:17,3 -chr7 148598765 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,8:4,3:0,5 -chr7 149542686 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0042972;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,12:14,11:3,1 -chr7 150007999 . C G 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.028806;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:55,9:29,1:26,8 -chr7 150797514 . G A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=6.6865e-10;SS=2;SSC=91;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:30,27:17,18:13,9 -chr7 152238768 . T C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.03511;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:47,14:23,7:24,7 -chr7 152480647 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.012115;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:21,3:14,5 -chr7 152511786 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024638;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:13,8:3,2 -chr7 152874515 . G GC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.16482;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:2,2:25,3 -chr7 152938560 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=8.7178e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:20,4:16,9 -chr7 153762484 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0056915;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:18,4:22,3 -chr7 153845294 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.001855;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,11:27,5:19,6 -chr7 154776250 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.047725;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:41,11:32,4:9,7 -chr7 155050527 . T TACACAC 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.038903;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,12:20,10:11,2 -chr7 155111533 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:2,5:7,1 -chr7 155539625 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=3.4257e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,15:21,7:16,8 -chr7 156024264 . C A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.00017676;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:56,16:27,9:29,7 -chr7 156389357 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.010436;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:28,2:30,6 -chr7 157498375 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037307;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:10,3:15,2 -chr7 157982292 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,2:6,4 -chr7 158089591 . A T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.018729;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:27,4:14,5 -chr7 158166518 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.039387;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:13,5:6,1 -chr7 158320111 . ACACACACACAGCCTCCCT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:17,1:0,3 -chr8 283011 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.26049;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:18,1:3,2 -chr8 403891 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,1:16,3 -chr8 1017526 . C CTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2 -chr8 1104182 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=8.0217e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:20,10:13,6 -chr8 1275848 . T TAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:7,3:18,1 -chr8 1275920 . AAT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031602;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,1:10,5 -chr8 2120675 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:0,2:4,3 -chr8 2516725 . T A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=6.5335e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:33,21:17,8:16,13 -chr8 3068584 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00020622;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:26,7:15,6 -chr8 3390899 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=6.289e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:40,16:26,8:14,8 -chr8 3906261 . G T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0010064;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:14,7:26,4 -chr8 4409642 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,8:2,7:2,1 -chr8 5269651 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0049996;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:21,8:24,1 -chr8 5624850 . T TAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,4:12,3:7,1 -chr8 5655618 . A C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0012714;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:20,3:20,7 -chr8 6113421 . TACTATATACAGTGTATATACACTATAGAC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.32127;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,2:12,2 -chr8 6261270 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.014917;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:18,2:23,5 -chr8 6768735 . GAA G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.029045;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,7:14,5:8,2 -chr8 7207095 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0093016;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:8,10:13,5 -chr8 7376048 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,3:11,1 -chr8 7376049 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.098182;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:12,2:10,1 -chr8 7482193 . A G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.016522;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:56,18:31,5:25,13 -chr8 7583423 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:17,4:0,0 -chr8 7801383 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00038792;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:23,14:5,4 -chr8 7818239 . T G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:11,5:1,1 -chr8 8057148 . A C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 -chr8 8067091 . G A 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.024755;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:92,14:54,4:38,10 -chr8 8142268 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 -chr8 8183755 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.077596;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:16,4:20,1 -chr8 8313737 . T A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.4277e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:13,9:20,5 -chr8 8436016 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 -chr8 8447410 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,5:9,1:6,4 -chr8 8558379 . C A 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=4.326e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:49,16:13,5:36,11 -chr8 8879564 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=8.3554e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:25,5:11,10 -chr8 9973961 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.040392;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:16,5:12,2 -chr8 10048938 . GT G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.00070234;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:23,9:20,3 -chr8 11700075 . T C 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.00053331;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:24,8:24,3 -chr8 12001900 . C CTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:3,4:0,3:3,1 -chr8 12209513 . C G 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.040163;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:60,15:28,9:32,6 -chr8 12286375 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,3:5,1 -chr8 12442343 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.040934;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:14,2:12,7 -chr8 12522519 . CTCT C 0 PASS DP=187;GPV=1;SPV=0.028869;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:89,20:35,10:54,10 -chr8 12555537 . C A 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.049651;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:118,25:41,9:77,16 -chr8 12556968 . G A 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.036536;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:117,23:67,10:50,13 -chr8 12559343 . G A 0 PASS DP=281;GPV=1;SPV=0.010149;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:125,32:59,14:66,18 -chr8 12566962 . C G 0 PASS DP=290;GPV=1;SPV=0.040469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:131,24:64,8:67,16 -chr8 12590428 . G A 0 PASS DP=309;GPV=1;SPV=0.044471;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:134,23:58,12:76,11 -chr8 12591444 . G A 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.011397;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:94,26:40,11:54,15 -chr8 12774582 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.042981;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,5:8,2 -chr8 14948879 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.019247;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:19,9:14,4:5,5 -chr8 15648068 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=7.0149e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:34,17:20,7:14,10 -chr8 15782334 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=1.8338e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:51,19:26,9:25,10 -chr8 16122843 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014951;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:11,9:4,4 -chr8 16707079 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,2:2,1:4,1 -chr8 16947855 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.079663;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:24,4:11,1 -chr8 18509669 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.8323e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:11,7:16,7 -chr8 21813654 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.046916;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,2:16,2 -chr8 22592057 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.12341;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:10,2:21,2 -chr8 22860188 . ATATG A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.020178;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:21,1:16,6 -chr8 23374399 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.010763;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:26,4:18,5 -chr8 23652544 . CCTTCCTTCCTTTCTTT C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.017837;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,3:13,6 -chr8 25903607 . G T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.00089077;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:21,6:24,3 -chr8 26731248 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.095044;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,5:23,4:4,1 -chr8 28881475 . GA G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.048964;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:28,2:16,4 -chr8 30046474 . TAAAAAAA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:7,2:9,2 -chr8 30089770 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.032967;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:1,2:0,0:1,2 -chr8 30173970 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.016248;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:14,5:16,1 -chr8 30692495 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,7:4,5:4,2 -chr8 32389771 . T A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0030396;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:14,2:17,5 -chr8 32412421 . TAC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.34673;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,3:13,1:11,2 -chr8 35523578 . CT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.023028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:24,9:5,3 -chr8 38574646 . T G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.019217;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:58,7:37,3:21,4 -chr8 39749587 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.036723;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:31,4:20,2 -chr8 40067256 . TTC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.089038;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:5,1:14,2 -chr8 40332741 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:14,4:6,1 -chr8 40680701 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:15,4:5,3:10,1 -chr8 42203992 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.01549;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,9:8,1:11,8 -chr8 44933113 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:5,2:1,1 -chr8 48746954 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00018197;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:18,9:21,4 -chr8 49787630 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00012803;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:22,4:18,11 -chr8 51349171 . GT G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.092709;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:32,4:16,3:16,1 -chr8 54478540 . C CTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.010436;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,7:10,3 -chr8 55750541 . C CTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0033813;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,7:6,1 -chr8 56633257 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:5,5:4,1 -chr8 61166136 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.027483;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:14,3:24,3 -chr8 61262000 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.026618;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:21,3:25,7 -chr8 61752495 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.021168;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:7,4:14,2 -chr8 61752509 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.05461;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,3:15,1 -chr8 63017600 . C A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00028775;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:23,6:19,6 -chr8 63166003 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.2412e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:38,17:16,4:22,13 -chr8 63819075 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00071194;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:15,8:21,3 -chr8 64040802 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=7.4953e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:34,20:17,11:17,9 -chr8 64549678 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,6:5,2 -chr8 65596309 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016761;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,6:5,1:7,5 -chr8 66851018 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0080832;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:53,9:22,4:31,5 -chr8 67403755 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chr8 67468972 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00017122;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:19,5:9,5 -chr8 67475817 . CCTTTCT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,6:2,2:12,4 -chr8 68095500 . AATAC A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:14,3:17,5 -chr8 68095521 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.016986;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:10,4:17,8 -chr8 68268006 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:2,2:7,3 -chr8 68525956 . C CTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:12,3:8,1 -chr8 70643527 . T A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=4.5526e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:17,9:18,5 -chr8 72152181 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.014234;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:16,6:14,5 -chr8 73090922 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00024465;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:24,6:15,7 -chr8 74802578 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0015192;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:15,3:19,8 -chr8 75287608 . AAT A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.093588;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:26,4:10,3:16,1 -chr8 75584552 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00019435;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:17,6:11,4 -chr8 75644593 . A T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=5.4584e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:11,8:23,4 -chr8 76731856 . C CATTATT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0060061;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:12,8:13,3 -chr8 77133292 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:8,4:4,1 -chr8 77473407 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:7,2:3,1:4,1 -chr8 77486236 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:10,3:13,2 -chr8 79683371 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,6:3,1 -chr8 80086101 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,6:4,1 -chr8 81980963 . TATATATA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:4,3:7,4 -chr8 84151550 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.00027199;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:54,15:36,8:18,7 -chr8 85180511 . CATATATATATATATAT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0044521;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,10:3,7:2,3 -chr8 85654505 . G C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:18,3:5,1 -chr8 85657690 . A G 0 PASS DP=733;GPV=1;SPV=0.037764;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:378:331,47:95,18:236,29 -chr8 85741876 . C G 0 PASS DP=812;GPV=1;SPV=0.020207;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:452:399,53:195,28:204,25 -chr8 86162635 . T TTA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:4,4:2,1 -chr8 86162674 . A ATAATATATAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,4:2,1 -chr8 86162689 . T TTA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:11,3:3,1 -chr8 86600776 . ATTTTTT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.039565;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,9:8,5:15,4 -chr8 88749707 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0014381;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:20,3:8,5 -chr8 88830408 . ATATATGTACTATATATGCATGTATGCATC A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.024749;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:17,8:22,5 -chr8 88867842 . ATATATATAGT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,2:4,2 -chr8 89753827 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.053564;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:26,3:24,4 -chr8 89753830 . ATATT A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.058382;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:29,3:23,4 -chr8 90202884 . CTTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020644;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:11,8:2,1 -chr8 92631352 . A AGT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.036061;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,12:22,9:10,3 -chr8 95553955 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.098694;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:19,4:12,1 -chr8 95581559 . G A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=6.5448e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:18,2:26,10 -chr8 95625128 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0020227;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:18,5:25,6 -chr8 98105121 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,2:2,1:5,1 -chr8 98115388 . CAAA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031197;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:6,6:12,2 -chr8 98421016 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0035237;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:25,6:21,4 -chr8 98680981 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.008898;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:5,9:5,2 -chr8 98858323 . T TATAGAG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:3,5:2,1 -chr8 101049459 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:0,2:19,3 -chr8 101592100 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,5:1,1:2,4 -chr8 102371275 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,5:8,4:5,1 -chr8 103059898 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:5,3:1,2:4,1 -chr8 103684539 . TTTTTATTTTATTTTATTTTA T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042981;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,7:6,4:12,3 -chr8 104549400 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.010488;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:9,7:8,5 -chr8 106161086 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0048593;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:18,5:18,4 -chr8 106704393 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:3,3:6,2 -chr8 106984409 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=4.5526e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:15,5:20,9 -chr8 107033169 . A AAAAAAAAAAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,7:7,4:7,3 -chr8 108097991 . AGAAGGAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:13,3:6,1 -chr8 108098147 . AGAAGGAAGGAAGGAAG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,4:20,1:1,3 -chr8 108614685 . A G 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=4.1184e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:41,14:18,5:23,9 -chr8 109608824 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00011817;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:21,10:18,3 -chr8 110152082 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,2:7,4 -chr8 113537715 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.002391;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:18,4:14,4 -chr8 116366082 . GGGAAGGAAGGAAGGAA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.044074;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,6:8,2 -chr8 116752665 . GAAGAAAGAAAGA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.039029;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,3:8,2 -chr8 117920671 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00018514;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:17,5:14,7 -chr8 120078337 . CAA C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0049412;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,12:17,8:8,4 -chr8 120920575 . TTATA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.080441;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:16,1:7,4 -chr8 121112767 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.8286e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:17,10:16,8 -chr8 123702459 . A G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=1.0881e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:15,7:18,6 -chr8 125540475 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00083722;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:18,5:16,6 -chr8 126196445 . A G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.613e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:40,19:16,13:24,6 -chr8 127817460 . AAT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 -chr8 129449402 . G C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:6,2:0,0 -chr8 132409076 . T A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=9.7521e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:41,18:20,14:21,4 -chr8 133578440 . AAGAAAAAG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 -chr8 134113457 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0034446;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:24,6:11,3 -chr8 134190431 . GGTTGT G 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.048023;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:50,13:32,11:18,2 -chr8 134214861 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.024674;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,5:4,4 -chr8 135515365 . TAAAAAAAA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:8,4:7,1 -chr8 135645992 . ATTT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,4:11,2:6,2 -chr8 135782500 . C A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=6.0337e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:17,5:20,7 -chr8 137237914 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,3:14,1 -chr8 137433570 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.0011997;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:19,5:22,4 -chr8 137569743 . T A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00084558;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:22,8:19,4 -chr8 140033660 . T TTTTTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:6,1:15,4 -chr8 140902036 . T A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:6,3:3,1:3,2 -chr8 141540940 . C CACAG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10033;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,3:18,1 -chr8 142760623 . C A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:4,2:1,1 -chr8 142887418 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.038264;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:17,6:7,1 -chr8 143908400 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00031571;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:21,3:14,7 -chr8 144188449 . ATTTTT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:1,0:12,4 -chr9 400004 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 -chr9 528469 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 -chr9 932654 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.001805;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:18,6:20,5 -chr9 1551518 . C CT 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=1.467e-06;SS=2;SSC=58;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:17,5:14,10 -chr9 4465756 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0096404;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:13,3:25,8 -chr9 4857407 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0017262;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:14,5:17,3 -chr9 5919543 . A AACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,6:8,4:2,2 -chr9 6179458 . T C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.01818;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:53,7:35,5:18,2 -chr9 9034725 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0016349;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:16,4:22,6 -chr9 9158600 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0040567;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:26,4:13,4 -chr9 11399613 . A G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0040654;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:19,6:17,2 -chr9 12019965 . G A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=5.0519e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:49,15:29,4:20,11 -chr9 12038241 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=7.9911e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:19,3:9,10 -chr9 12386854 . CATATAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.25826;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:8,2:2,2 -chr9 14768275 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:42:1,4:0,0:1,4 -chr9 15345467 . C A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.054832;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,5:13,2:12,3 -chr9 15363370 . CAT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,7:5,1 -chr9 15534643 . T A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0002546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:21,3:10,9 -chr9 16367422 . A ATT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:6,2:5,2 -chr9 17608147 . C CTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:2,4:5,4 -chr9 18283607 . T TAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,4:3,2 -chr9 22361749 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0022864;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:15,3:21,5 -chr9 22753409 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00071247;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:16,11:2,1 -chr9 22830913 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.10313;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,4:18,3:7,1 -chr9 22905412 . AT A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=8.9917e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:21,11:12,3 -chr9 23159451 . C G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,2:6,4 -chr9 23228610 . G GA 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.017057;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,16:20,12:10,4 -chr9 23289832 . CAA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.115;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:24,4:10,1 -chr9 23627441 . GTATATATATATATA G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0045822;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:5,9:5,3 -chr9 24471382 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.6702e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:16,6:18,7 -chr9 24609154 . A AT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0048907;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:11,9:17,2 -chr9 25012710 . A T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.8151e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:18,6:18,9 -chr9 25460823 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.035008;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,10:21,9:12,1 -chr9 25552600 . T A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00018501;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:18,10:17,5 -chr9 26003300 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=7.3924e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:22,7:16,7 -chr9 26121984 . C A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=1.5702e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:41,16:19,9:22,7 -chr9 27875868 . AAC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0049255;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:13,5:12,4 -chr9 27880014 . G A 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=7.2274e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:52,16:30,8:22,8 -chr9 28848160 . ATATAGT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:8,2:4,1 -chr9 29024836 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.9604e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:18,6:15,8 -chr9 29085281 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.33771;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:14,3:6,1 -chr9 32165011 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00041078;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:17,7:15,4 -chr9 32601670 . T A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.0001031;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:18,4:22,9 -chr9 34416213 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029588;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:8,9:4,1 -chr9 35333964 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.036676;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:17,4:12,2:5,2 -chr9 36156385 . TAA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.044451;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:12,8:4,3 -chr9 36792753 . CCA C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.028317;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:24,5:12,1 -chr9 38460772 . CTTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 -chr9 38989371 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.051196;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:18,3:16,3 -chr9 39054976 . C T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.042295;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:60,10:32,7:28,3 -chr9 39584585 . A AAAAAAAG 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.02264;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:68,8:36,4:32,4 -chr9 39796987 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.054403;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:11,1:16,5 -chr9 40040894 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.041933;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:16,4:5,2 -chr9 40068507 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.039226;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:24,5:13,2 -chr9 40200174 . GTTTT G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,16:24,10:20,6 -chr9 40516774 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.039259;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,3:9,1 -chr9 40731686 . A AT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.025396;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,6:15,1:23,5 -chr9 40804756 . C CCTTT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.015839;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,11:8,3:14,8 -chr9 40851579 . A G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.012703;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:47,6:18,3:29,3 -chr9 40960658 . A T 0 PASS DP=240;GPV=1;SPV=0.037876;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:115,25:58,18:57,7 -chr9 40973717 . G A 0 PASS DP=316;GPV=1;SPV=0.029368;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:155,18:76,13:79,5 -chr9 40979805 . TAA T 0 PASS DP=386;GPV=1;SPV=0.047842;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:202,25:114,13:88,12 -chr9 40995624 . G C 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.0046679;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:76,9:57,8:19,1 -chr9 41075176 . TGTGTAC T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.029296;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,13:13,3:24,10 -chr9 41112893 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.036359;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:10,8:15,1 -chr9 41203255 . G A 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.042316;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:70,9:29,3:41,6 -chr9 41204487 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,3:8,2 -chr9 41221222 . G A 0 PASS DP=393;GPV=1;SPV=0.010139;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:203:172,31:104,19:68,12 -chr9 41253107 . G C 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.0010047;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:99,16:47,7:52,9 -chr9 41275062 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0041548;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:7,7:24,7 -chr9 41275865 . C T 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.008596;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:144,22:59,6:85,16 -chr9 41326243 . A C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.018267;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:17,3:13,11 -chr9 41338692 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0096193;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:20,10:12,3 -chr9 41460901 . G T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.041853;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:15,1:25,6 -chr9 41460991 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0016204;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:4,2:20,10 -chr9 41482510 . T A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.033965;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:53,9:20,3:33,6 -chr9 41501442 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.026137;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:11,6:16,4 -chr9 41717094 . A AT 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.022536;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:58,13:37,5:21,8 -chr9 41920840 . G A 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.0053225;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:97,28:60,18:37,10 -chr9 41932622 . C T 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.0060414;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:79,25:41,9:38,16 -chr9 42187574 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.026125;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:18,2:9,6 -chr9 42189883 . T C 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.021814;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:59,17:33,9:26,8 -chr9 43005960 . A T 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.02464;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:76,16:50,5:26,11 -chr9 43034421 . G A 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.04063;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:72,8:33,2:39,6 -chr9 43040612 . T C 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.017696;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:29,11:15,3 -chr9 43319585 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0013404;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:27,5:17,7 -chr9 43435546 . T G 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.03335;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:70,13:62,11:8,2 -chr9 43497226 . T G 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.019473;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:63,8:42,3:21,5 -chr9 43555952 . C T 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.046991;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:122,23:93,19:29,4 -chr9 43657784 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,1:6,4 -chr9 43737971 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr9 44129620 . G A 0 PASS DP=387;GPV=1;SPV=0.028788;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:191,26:132,23:59,3 -chr9 44310318 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr9 44414745 . T C 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.019624;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:90,14:23,3:67,11 -chr9 44843023 . A G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.016542;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:62,19:56,2:6,17 -chr9 44895497 . G C 0 PASS DP=467;GPV=1;SPV=0.010463;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:255:219,36:140,29:79,7 -chr9 44934534 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,2:11,2 -chr9 45123799 . G C 0 PASS DP=455;GPV=1;SPV=0.006184;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:239:215,24:123,12:92,12 -chr9 45374360 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.064347;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:29,4:1,0 -chr9 45419343 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025685;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:2,8:12,1 -chr9 60610139 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:1,0:22,4 -chr9 61161872 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091926;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,9:9,2 -chr9 61915782 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.017906;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:45,7:19,1:26,6 -chr9 62099604 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0011775;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,10:0,2:1,8 -chr9 62800114 . C T 0 PASS DP=487;GPV=1;SPV=0.031305;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:240,39:124,15:116,24 -chr9 62802278 . C T 0 PASS DP=480;GPV=1;SPV=0.043145;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:254:215,39:100,14:115,25 -chr9 62811764 . T C 0 PASS DP=310;GPV=1;SPV=0.025293;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:139,25:62,13:77,12 -chr9 62826395 . G C 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.02156;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:127,16:69,2:58,14 -chr9 62835638 . G C 0 PASS DP=296;GPV=1;SPV=0.01712;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:150,19:79,6:71,13 -chr9 62840770 . G C 0 PASS DP=341;GPV=1;SPV=0.0035057;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:190:164,26:39,6:125,20 -chr9 62841157 . A T 0 PASS DP=258;GPV=1;SPV=0.033344;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:110,21:55,5:55,16 -chr9 62885216 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0432;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:14,3:26,8 -chr9 62904052 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.023646;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:19,8:9,1 -chr9 62905632 . TC T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.064294;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:31,4:0,0 -chr9 63345898 . T G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.01398;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:43,15:16,7:27,8 -chr9 63757194 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.00082552;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:51,13:32,9:19,4 -chr9 63812339 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.032541;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:51,9:28,4:23,5 -chr9 63819760 . G T 0 PASS DP=567;GPV=1;SPV=0.014374;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:300:261,39:120,23:141,16 -chr9 63861709 . C A 0 PASS DP=263;GPV=1;SPV=0.015469;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:112,28:35,7:77,21 -chr9 63861710 . A G 0 PASS DP=260;GPV=1;SPV=0.023576;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:112,27:39,7:73,20 -chr9 63870056 . A G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.020167;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:51,12:33,7:18,5 -chr9 63870158 . G A 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.021202;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:57,10:31,3:26,7 -chr9 63870195 . CT C 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.014363;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,6:29,1:22,5 -chr9 64077123 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.03931;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,12:16,10:3,2 -chr9 64107800 . C A 0 PASS DP=400;GPV=1;SPV=0.046046;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:209:182,27:90,18:92,9 -chr9 64375598 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:8,4:11,9 -chr9 64386168 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:17,4:3,1 -chr9 64469826 . C CTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,4:4,1:3,3 -chr9 64492136 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.041089;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:10,7:17,2 -chr9 64493849 . T C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.041004;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:36,2:8,3 -chr9 64682117 . G T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:0,5:3,1 -chr9 65256879 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015873;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:0,1:16,7 -chr9 65269468 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.3426;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:16,2:3,1 -chr9 65287393 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0019324;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,4:4,3 -chr9 65653714 . T G 0 PASS DP=247;GPV=1;SPV=0.017356;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:109,19:62,13:47,6 -chr9 65936253 . A C 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.049277;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:65,13:30,7:35,6 -chr9 65967821 . G T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.03329;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:53,12:23,5:30,7 -chr9 66031944 . T C 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.0014401;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:71,23:40,12:31,11 -chr9 66042285 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:3,3:7,2 -chr9 66171597 . T C 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.049508;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:75,16:38,9:37,7 -chr9 66171811 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.018795;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:52,16:26,9:26,7 -chr9 66176323 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.027751;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,1:2,4 -chr9 66220831 . C T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.031662;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:79,16:42,9:37,7 -chr9 66354771 . AAAGG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.26573;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:1,0:22,4 -chr9 66356240 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016558;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:11,1:6,5 -chr9 66738566 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.024045;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:21,8:19,2 -chr9 66886167 . A ATT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.038251;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:12,4:9,7 -chr9 67126309 . A C 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.00032488;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:61,13:34,8:27,5 -chr9 67505891 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,8:3,1 -chr9 67616303 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023721;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:6,2:18,3 -chr9 67749642 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 -chr9 67778907 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.028868;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:6,3:28,4 -chr9 67810124 . A T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.020503;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:73,9:35,7:38,2 -chr9 67897767 . G GT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.064244;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:15,1:17,3 -chr9 68235379 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.047588;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,10:16,6:19,4 -chr9 68257015 . GGTTTTTT G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:2,1:2,1 -chr9 68263305 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 -chr9 68293018 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.13808;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:34,4:1,0 -chr9 68302441 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.02545;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,5:3,2 -chr9 68331415 . C T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.027329;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:60,7:28,5:32,2 -chr9 68331508 . A G 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.03356;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:65,9:21,2:44,7 -chr9 68356290 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.044109;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:26,7:18,2 -chr9 70505606 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.011214;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:18,1:19,9 -chr9 70505607 . CT C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.11654;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:15,1:23,4 -chr9 71928186 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.026533;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:6,15:3,13:3,2 -chr9 74549551 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,3:5,3:0,0 -chr9 74847168 . T G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00019647;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:40,12:21,6:19,6 -chr9 76351610 . GA G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.028362;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:18,2:6,3 -chr9 77431748 . G A 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=3.6348e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:44,19:21,10:23,9 -chr9 77951092 . C CTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,5:6,4:6,1 -chr9 79516885 . C CA 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.064152;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:19,2:15,2 -chr9 79516891 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.024282;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:15,6:9,3:6,3 -chr9 79845036 . C A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00017085;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:17,5:18,6 -chr9 80682810 . G GTGTGTACATA 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0012204;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,17:15,7:10,10 -chr9 80758140 . CACAT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 -chr9 81017974 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00035994;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:15,5:14,7 -chr9 81082749 . TTC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.020884;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:6,1:10,8 -chr9 82276208 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.013935;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:15,6:15,6 -chr9 83158653 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.10931;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,4:17,2:13,2 -chr9 83378261 . G GT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.014733;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,15:4,11:12,4 -chr9 84773759 . A C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00042036;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:21,4:16,7 -chr9 84797611 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,2:0,0:6,2 -chr9 84924229 . TAGAAAGAA T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0010569;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:13,10:9,6 -chr9 85219269 . T A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0052387;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:43,8:18,3:25,5 -chr9 85259866 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021798;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,1:7,6 -chr9 87183343 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.00025363;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:20,6:25,6 -chr9 88136022 . C G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.020238;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:58,17:31,7:27,10 -chr9 88178055 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.039403;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,10:6,2:17,8 -chr9 88423726 . AT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0034815;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,14:17,10:12,4 -chr9 90352561 . A T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=1.2761e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:33,21:18,12:15,9 -chr9 91372933 . T TTTG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,4:3,1:9,3 -chr9 92156756 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.03611;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:16,2:14,8 -chr9 96165262 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.014087;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:23,3:18,3 -chr9 96456759 . CAAAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,3:2,1 -chr9 97946938 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=2.6269e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:43,19:20,13:23,6 -chr9 98246667 . TC T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00032303;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:19,9:25,3 -chr9 98729589 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0056752;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:19,5:25,3 -chr9 100973502 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,2:0,0:0,2 -chr9 102747129 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=7.4988e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:21,9:13,5 -chr9 102910576 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0001091;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:14,8:18,6 -chr9 103157090 . AT A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.6127e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:14,7:17,8 -chr9 103157095 . A T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.0255e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:13,6:17,8 -chr9 103168002 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.007985;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:50,9:22,7:28,2 -chr9 103739609 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:2,1:11,3 -chr9 109332155 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.033265;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,6:8,3:5,3 -chr9 109510558 . TAAAA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.059209;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,5:11,1:15,4 -chr9 110245653 . TA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,3:1,1:0,2 -chr9 111153004 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0022504;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,13:10,10:2,3 -chr9 111985797 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00032727;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:21,8:16,3 -chr9 112161821 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:7,4:5,1:2,3 -chr9 112290707 . T TACACACACAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011333;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,11:5,4:11,7 -chr9 112477701 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:22,5:17,6 -chr9 112775542 . T TTGTGTGTGTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,3:5,2 -chr9 113248462 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.032107;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:3,4:3,1 -chr9 114496542 . A C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.020919;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,6:8,5:14,1 -chr9 114949683 . C CTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.080194;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,5:5,2:21,3 -chr9 114949709 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.020314;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:1,3:17,5 -chr9 115298062 . CAAA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,5:12,1:9,4 -chr9 116141871 . T TGGAAGGAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:7,4:7,1 -chr9 119043947 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,4:13,1:13,3 -chr9 121002240 . ATATGTATATATATG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.012978;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:12,3:10,5 -chr9 122391368 . T TAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2 -chr9 123848228 . TAA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,3:5,1 -chr9 123946971 . AT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 -chr9 125126591 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.025527;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:16,4:6,1 -chr9 125368651 . TTA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024893;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:7,5:7,5 -chr9 126043190 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00025457;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:17,5:15,7 -chr9 126720734 . T TA 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.013592;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:18,2:17,5 -chr9 128830632 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0036482;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:5,2:1,7 -chr9 129493970 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0091766;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:14,4:3,1 -chr9 130334549 . G GTT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:10,11:6,9:4,2 -chr9 130955308 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:0,5:3,1 -chr9 131462836 . T TAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040316;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:4,2:1,2 -chr9 132313931 . T G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.11505;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:31,4:22,2:9,2 -chr9 132708087 . AAGAAAG A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027472;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,9:10,3:10,6 -chr9 132964743 . CT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0036125;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,6:4,2:3,4 -chr9 134679626 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr9 135125996 . GT G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.043084;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:16,1:29,4 -chr9 136452449 . CAAAAA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027664;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:11,9:5,1 -chr9 136802875 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,4:4,3:23,1 -chr9 137323590 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.022631;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:24,10:3,2 -chr9 137379006 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:4,1:12,3 -chr9 138218119 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.046765;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:58,7:35,6:23,1 -chrM 4201 . G A 0 PASS DP=14053;GPV=1;SPV=0;SS=2;SSC=255;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7031:5235,1795:2022,765:3213,1030 -chrX 3092212 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.029045;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:8,4:14,3 -chrX 3309177 . A AAT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00068379;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:10,8:9,4 -chrX 3659728 . TG T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10909;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,2:0,1:2,1 -chrX 4121774 . T TCTC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,1:10,3 -chrX 7992178 . T TTCTC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:0,4:3,1 -chrX 9313051 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,4:0,4:0,0 -chrX 9411434 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:12,3:18,1 -chrX 13675572 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,2:10,2 -chrX 14545758 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=1.7034e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:6,7:6,5 -chrX 18214152 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=4.9037e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:7,7:4,8 -chrX 21331652 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00017618;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:6,8:6,7 -chrX 22690043 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=2.9309e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:5,7:8,6 -chrX 26425516 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00012264;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:6,3:5,8 -chrX 27042819 . TA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=9.7816e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:6,6:5,7 -chrX 27096437 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:0,2:0,0:0,2 -chrX 28945905 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.068336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,2:10,3 -chrX 33412878 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037062;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,4:14,2 -chrX 34032854 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00010021;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:4,7:5,4 -chrX 38518516 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.064151;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:12,5:7,1 -chrX 44125010 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 -chrX 44616563 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,2:3,2:0,0 -chrX 45302124 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.19342;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:14,3:8,3 -chrX 46037998 . GATATATAT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:4,3:3,9 -chrX 46917834 . C CCTCT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,5:2,3:0,2 -chrX 48779797 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.5999e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,17:6,8:0,9 -chrX 51692739 . A ACGCG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:7,3:1,5 -chrX 53078022 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:1,4:1,3:0,1 -chrX 53463626 . T TTCTTCTTTCTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:8,1:12,3 -chrX 55940070 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0033075;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,6:5,2 -chrX 59031791 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0050575;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 -chrX 61711362 . G C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4 -chrX 72049295 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.8084e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:6,7:10,8 -chrX 79631705 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0010246;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:6,5:9,5 -chrX 80453521 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.00053602;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:7,7:2,5 -chrX 82060681 . C CTCT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.13462;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:6,2:12,1 -chrX 82593914 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.095675;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:18,2:12,4 -chrX 83754213 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.063124;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:19,2:16,3 -chrX 87257915 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.003412;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:7,3:9,5 -chrX 87796085 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00013922;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,5:5,5 -chrX 88491057 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01393;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,1:7,5 -chrX 88811126 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=2.0919e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,15:3,9:6,6 -chrX 90203941 . C CTCTTTCTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:2,2:4,4 -chrX 91286984 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=7.3793e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:8,3:6,8 -chrX 91807176 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:13,4:3,1 -chrX 91893509 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=8.5672e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,5:6,6 -chrX 93083071 . ATTTTAT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.051203;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:13,1:7,5 -chrX 93083081 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02299;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:14,1:10,5 -chrX 97016615 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=1.3047e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:3,6:8,8 -chrX 100214822 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:0,1:1,1 -chrX 100501914 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.26154;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:14,3:10,1:4,2 -chrX 107347815 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0071858;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,4:8,4 -chrX 107623602 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.035315;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:4,3:11,5 -chrX 110091519 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=3.3228e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,12:3,7:3,5 -chrX 110912416 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,2:5,1:1,1 -chrX 111269239 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.001265;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:9,5:7,9 -chrX 111766846 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0014461;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:8,5:2,3 -chrX 116312761 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,3:12,1 -chrX 117350431 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,2:9,4 -chrX 117350432 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041126;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:6,2:9,3 -chrX 118009278 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1 -chrX 123694621 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,2:0,1:0,1 -chrX 123916752 . AAGTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0098105;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,2:3,3 -chrX 124536737 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=8.1543e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,17:4,8:3,9 -chrX 126872642 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0023473;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:3,4:10,5 -chrX 126945081 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1839;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,5:3,2:9,3 -chrX 126945083 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,4:2,2:8,2 -chrX 127531176 . TGTA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0041657;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:4,3:6,8 -chrX 127921041 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:1,4:1,1:0,3 -chrX 128936893 . GTA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12821;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,2:3,1:0,1 -chrX 129599558 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=1.5459e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:2,5:7,9 -chrX 130732698 . T TCA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.09062;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,2:9,2 -chrX 139415082 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=5.8711e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:4,5:9,9 -chrX 147897926 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,1:7,3 -chrX 152244389 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=8.2699e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:7,6:8,8 -chrX 153679546 . T TTTTTC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:2,2:9,2 -chrX 154888408 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,4:8,2:8,2 -chrX 155051710 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0042541;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,5:7,4 -chrY 3056481 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,2:14,2 -chrY 3309359 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.091905;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,1:16,4 -chrY 3773083 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:0,1:6,1 -chrY 3795271 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.073354;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2 -chrY 3809249 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=4.3264e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:9,10:4,5 -chrY 4571151 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=5.6034e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,20:9,10:6,10 -chrY 4616746 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.070174;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:14,2:13,3 -chrY 4631875 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.073845;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:14,1:12,5 -chrY 5682239 . GTTTTT G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:4,1:1,1 -chrY 6718333 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.023207;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,1:12,4 -chrY 8465534 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 -chrY 9196507 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0004971;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:5,4:4,4 -chrY 9462573 . G C 0 PASS DP=305;GPV=1;SPV=0.040288;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:133,17:52,5:81,12 -chrY 9469163 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:1,0:10,4 -chrY 10065090 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=5.941e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:4,6:10,8 -chrY 10669371 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.23636;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,3:8,2:3,1 -chrY 11123549 . CT C 0 PASS DP=258;GPV=1;SPV=0.0092257;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:96,25:54,13:42,12 -chrY 11161812 . T A 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.028338;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:73,12:41,9:32,3 -chrY 11193193 . C A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.045127;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:77,14:35,5:42,9 -chrY 11222315 . T C 0 PASS DP=618;GPV=1;SPV=0.012111;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:324:285,39:156,20:129,19 -chrY 11240134 . T C 0 PASS DP=820;GPV=1;SPV=0.018731;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:432:380,52:202,25:178,27 -chrY 11250509 . C T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0094467;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:51,11:26,4:25,7 -chrY 11259114 . T A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.04336;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,9:28,7:19,2 -chrY 11266802 . G C 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.011379;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:92,20:52,12:40,8 -chrY 11280375 . T C 0 PASS DP=499;GPV=1;SPV=0.017248;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:274:244,30:105,11:139,19 -chrY 11299445 . T TTTCCA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.020935;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,9:11,4:14,5 -chrY 11548439 . T TATGGAATGGAATGGA 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.014981;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:36,6:22,5:14,1 -chrY 12093051 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:3,3:4,1 -chrY 13654970 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00026317;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,5:3,3 -chrY 15682277 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,1:9,3 -chrY 20082265 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.033133;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:16,2:11,5 -chrY 20087972 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:14,7:6,1 -chrY 22241393 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:5,7:5,1 -chrY 22241422 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:10,4:2,4 -chrY 26671555 . T A 0 PASS DP=1600;GPV=1;SPV=0.041367;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:888:797,89:312,39:485,50 -chrY 56728619 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:0,0:22,4 -chrY 56752448 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.083915;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,4:0,0:29,4 -chrY 56828396 . T G 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.00081136;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:105,16:55,12:50,4 -chrY 56834375 . CTCTAT C 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.01997;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:205:173,28:94,15:79,13 -chrY 56854458 . C G 0 PASS DP=422;GPV=1;SPV=0.046799;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:218:185,33:108,18:77,15 -chrY 56871363 . G T 0 PASS DP=934;GPV=1;SPV=0.037494;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:499:435,64:207,37:228,27 -chrY 56878387 . A G 0 PASS DP=839;GPV=1;SPV=0.048414;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:458:408,50:204,23:204,27 -chrY 56879897 . T C 0 PASS DP=317;GPV=1;SPV=0.028389;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:129,25:77,14:52,11 -chrY 56883281 . G A 0 PASS DP=251;GPV=1;SPV=0.035565;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:124,14:55,8:69,6
--- a/test-data/EGF167.vcf Sun Sep 13 22:27:03 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4432 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> -##reference=hg38 -##source=varscan.py -##contig=<ID=chr1,length=248956422> -##contig=<ID=chr10,length=133797422> -##contig=<ID=chr11,length=135086622> -##contig=<ID=chr12,length=133275309> -##contig=<ID=chr13,length=114364328> -##contig=<ID=chr14,length=107043718> -##contig=<ID=chr15,length=101991189> -##contig=<ID=chr16,length=90338345> -##contig=<ID=chr17,length=83257441> -##contig=<ID=chr18,length=80373285> -##contig=<ID=chr19,length=58617616> -##contig=<ID=chr2,length=242193529> -##contig=<ID=chr20,length=64444167> -##contig=<ID=chr21,length=46709983> -##contig=<ID=chr22,length=50818468> -##contig=<ID=chr3,length=198295559> -##contig=<ID=chr4,length=190214555> -##contig=<ID=chr5,length=181538259> -##contig=<ID=chr6,length=170805979> -##contig=<ID=chr7,length=159345973> -##contig=<ID=chr8,length=145138636> -##contig=<ID=chr9,length=138394717> -##contig=<ID=chrM,length=16569> -##contig=<ID=chrX,length=156040895> -##contig=<ID=chrY,length=57227415> -##filter="SOMATIC" -##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> -##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> -##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> -##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> -##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> -##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> -##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> -##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> -##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> -##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> -##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> -##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> -##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> -##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> -##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> -##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> -##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> -##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> -##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> -##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> -##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> -##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> -##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> -##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> -##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> -##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> -##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> -##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR -chr1 64976 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.045103;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,1:9,7 -chr1 103756 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.032644;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:16,5:6,2 -chr1 185034 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00088719;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:15,3:19,6 -chr1 186728 . A T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.018661;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:61,15:31,5:30,10 -chr1 739365 . G A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.043949;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:27,3:32,4 -chr1 790461 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.047347;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:17,4:14,4 -chr1 1290925 . G A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=2.0989e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:38,21:20,12:18,9 -chr1 1749629 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,3:4,2 -chr1 2687442 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045135;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:19,4:13,1 -chr1 3934011 . C CTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.004222;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:6,6:3,3 -chr1 5673561 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00023464;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:12,8:13,3 -chr1 5750713 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00053311;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,5:16,4 -chr1 6160432 . GAGA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:18,4:1,0 -chr1 6662128 . G GT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.039538;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,9:13,5:10,4 -chr1 7083961 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00097732;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:7,4:9,4 -chr1 7572902 . T C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=2.2819e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:39,26:18,16:21,10 -chr1 8007444 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.026369;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:11,4:7,4 -chr1 8263331 . ACG A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.037745;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:22,3:15,2 -chr1 8781356 . C CAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.004796;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:11,9:9,3 -chr1 10273740 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:8,5:5,2:3,3 -chr1 10538613 . T TTC 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00068981;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:24,5:16,6 -chr1 11631652 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.0105e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,5:7,4 -chr1 12043425 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13907;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:16,3:10,2 -chr1 12876485 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 -chr1 12879513 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.01756;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:19,9:20,4 -chr1 12887164 . A T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.022406;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:18,3:26,6 -chr1 12936058 . G T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=4.5404e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:65,15:49,8:16,7 -chr1 13251355 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1 -chr1 14124658 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=8.4105e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:14,13:13,3 -chr1 15251295 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:17,5:6,4:11,1 -chr1 15971571 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 -chr1 16200383 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=6.2138e-11;SS=2;SSC=102;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:26,31:21,15:5,16 -chr1 16508168 . C T 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.032064;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:103,12:52,3:51,9 -chr1 16553056 . T G 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.045458;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:59,15:26,12:33,3 -chr1 16561095 . C A 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.0093043;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:156,28:85,16:71,12 -chr1 16575059 . C T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.048526;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:75,12:35,5:40,7 -chr1 16578491 . T C 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.032164;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:118,25:48,12:70,13 -chr1 16596571 . G A 0 PASS DP=339;GPV=1;SPV=0.032119;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:160,24:80,16:80,8 -chr1 16610160 . C T 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.031944;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:195:170,25:88,14:82,11 -chr1 16613024 . G T 0 PASS DP=390;GPV=1;SPV=0.017709;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:186,35:94,15:92,20 -chr1 16632466 . C G 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.025558;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:122,27:68,10:54,17 -chr1 16653179 . T C 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.03937;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:63,16:36,8:27,8 -chr1 16692440 . G A 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.008973;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:60,20:34,16:26,4 -chr1 16701425 . G A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.048492;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:66,8:36,5:30,3 -chr1 16731644 . T C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.027018;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:54,9:29,2:25,7 -chr1 16756272 . A T 0 PASS DP=398;GPV=1;SPV=0.036166;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:171,30:86,11:85,19 -chr1 16774088 . T C 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.00059662;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:65,21:29,12:36,9 -chr1 16882059 . TAA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.020314;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,8:9,2:9,6 -chr1 16896455 . C G 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.03107;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:100,18:34,7:66,11 -chr1 16902883 . G A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.048236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:20,6:27,3 -chr1 17175906 . CTA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0065492;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,5:2,2 -chr1 17487165 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.8454e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:22,7:9,8 -chr1 19683758 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0074891;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:3,4:2,1 -chr1 20651805 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.029828;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:10,3:17,8 -chr1 21387063 . CG C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1 -chr1 21945968 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,8:4,5:1,3 -chr1 24901173 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=8.7093e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:12,12:10,11 -chr1 25098735 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.3507e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:13,10:19,10 -chr1 25764475 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.2544e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:12,11:12,9 -chr1 26037226 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,3:7,2 -chr1 26095828 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.9557e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:35,16:18,10:17,6 -chr1 26407725 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,5:6,11 -chr1 26593918 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.03809;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,7:13,6:5,1 -chr1 26818069 . T TG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 -chr1 28236460 . T A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.8875e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:16,6:14,9 -chr1 29873254 . T TA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.035132;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,7:7,1 -chr1 31186395 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,4:2,3:2,1 -chr1 31850450 . GT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.030558;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:13,8:8,6 -chr1 34362437 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.6106e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:34,25:16,11:18,14 -chr1 34371742 . T TA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00054583;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:2,10:1,2:1,8 -chr1 34512079 . T C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=1.245e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,23:9,12:16,11 -chr1 35705066 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011795;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,6:4,1 -chr1 36213962 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,7:11,5:3,2 -chr1 37078451 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,2:3,1:3,1 -chr1 37359811 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00099533;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:11,4:13,3 -chr1 39194317 . ATTTCTTTTCT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:6,2:23,2 -chr1 39940663 . A C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=3.7619e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:39,27:27,13:12,14 -chr1 41545371 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0020332;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:6,5:3,5 -chr1 42057169 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0021337;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:13,4:6,4 -chr1 42921136 . C CTTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0034225;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:9,10:2,1 -chr1 44065405 . GTT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,7:6,1 -chr1 44091635 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.016023;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:9,9:4,1 -chr1 44259924 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.022447;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:30,7:10,4 -chr1 44386736 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=8.408e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:24,25:9,9:15,16 -chr1 46232818 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.01117;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:24,15:14,6:10,9 -chr1 47550338 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:4,5:4,2 -chr1 54476217 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.14664;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:4,2:26,2 -chr1 55047134 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.8594e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:4,3:14,7 -chr1 56322079 . C CAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.021839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,12:8,9:4,3 -chr1 57924627 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.046726;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2 -chr1 58387722 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,3:6,3:0,0 -chr1 59846599 . TC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,1:7,3 -chr1 60376642 . A ACAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:3,6:1,2:2,4 -chr1 61952253 . T TGAGAGAGA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0020298;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:13,12:13,4 -chr1 64603266 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.2204e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:13,10:6,9 -chr1 65708676 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.00087413;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,6:0,5:1,1 -chr1 66434631 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.21414;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,3:10,2 -chr1 67953866 . T TCTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,2:2,5 -chr1 68354547 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:6,1:3,4 -chr1 69004827 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.1895e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:13,11:18,8 -chr1 70658070 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 -chr1 71597432 . G C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:3,2:2,1 -chr1 72088796 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:6,6:2,1 -chr1 74056251 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.1076e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:16,15:11,4 -chr1 77449659 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04342;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:17,2:19,3 -chr1 79571375 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,2:12,2 -chr1 79649737 . C CTCTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.022632;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:5,7:12,2 -chr1 82541637 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.3414e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:9,7:15,9 -chr1 83487712 . T G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.019975;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:19,2:20,8 -chr1 84498559 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.028003;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,3:11,2 -chr1 86738252 . G GT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.027342;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:18,7:13,4 -chr1 86768048 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.5366e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:12,9:16,9 -chr1 87891193 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,8:10,7:3,1 -chr1 88047083 . GAA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,4:9,3:4,1 -chr1 89502764 . T TCACACACACA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.047956;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:5,3:8,2 -chr1 89776380 . TA T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.077619;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:22,3:17,2 -chr1 89776412 . T TA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,10:10,7:9,3 -chr1 96825934 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0054311;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:5,5:8,5 -chr1 100327770 . G GTGTGT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,14:6,8:11,6 -chr1 100327773 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.01147;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,13:8,7:9,6 -chr1 100550598 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.17898;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,5:6,2:30,3 -chr1 101258579 . GTCTTTCTT G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,5:6,3:15,2 -chr1 101855904 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=5.197e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:16,6:14,9 -chr1 102769692 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.1765e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:12,3:14,12 -chr1 105154315 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:46:1,3:1,1:0,2 -chr1 105171195 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,4:2,1 -chr1 108658099 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,4:8,3:8,1 -chr1 108865213 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,6:13,3:1,3 -chr1 109171951 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0019813;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:18,6:21,9 -chr1 111005120 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.040965;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,4:12,1 -chr1 111502084 . AAT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0025292;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:6,4:9,9 -chr1 111502097 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0020721;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:7,4:8,10 -chr1 111502124 . A ATAGG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0019759;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:7,3:12,9 -chr1 111502125 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0025754;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,3:9,9 -chr1 112337596 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:5,6:2,2 -chr1 113069477 . C CA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,7:1,1:1,6 -chr1 113070430 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:21,4:2,0 -chr1 113938941 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,6:2,3:4,3 -chr1 114660139 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.1203e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:9,11:18,7 -chr1 114789069 . C CTTTCTTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:6,1:7,3 -chr1 115079137 . C CCACA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0041929;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:7,4:7,6 -chr1 115415941 . G GATATATATATATATATAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:10,3:12,1 -chr1 115910145 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0017056;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:11,6:6,1 -chr1 116253903 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00092166;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:11,2:19,6 -chr1 117134134 . G GTGTACGTA 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.01036;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,7:14,5:19,2 -chr1 118139338 . A G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0025423;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:27,2:19,8 -chr1 118784421 . C CATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:2,6:3,2 -chr1 120168801 . T TCA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2 -chr1 120169213 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.051443;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:21,4:18,1 -chr1 120345124 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.031399;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,4:12,3 -chr1 120446150 . A T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.006307;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:24,11:20,4 -chr1 120860952 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:2,6:6,1 -chr1 121537706 . C A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.03412;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:53,16:29,13:24,3 -chr1 121537819 . C G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.0057897;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:42,18:26,7:16,11 -chr1 121673339 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr1 121692848 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:1,1:7,3 -chr1 121817176 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,3:16,1 -chr1 121817303 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.045506;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:19,2:12,2 -chr1 121817879 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.048616;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:17,3:11,3 -chr1 121908948 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.026058;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:1,2:21,8 -chr1 121919722 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.018729;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,5:6,2 -chr1 122070636 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:2,3:3,6 -chr1 122382529 . T C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.047399;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:40,8:15,1 -chr1 123243045 . T G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr1 124797823 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0051201;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:20,7:11,7 -chr1 124804084 . T A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.045229;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:54,7:30,6:24,1 -chr1 124820032 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.13227;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:4,3:25,3 -chr1 124846536 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.079011;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:26,3:2,1 -chr1 124847040 . T C 0 PASS DP=277;GPV=1;SPV=0.0091812;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:121,22:21,10:100,12 -chr1 124847056 . A T 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.0069251;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:100,20:15,11:85,9 -chr1 124861830 . T G 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.019611;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:80,16:71,15:9,1 -chr1 124864475 . G C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.071484;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:29,3:6,1 -chr1 124881542 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19365;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:1,0:32,4 -chr1 124895211 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,3:9,2 -chr1 124919453 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.018505;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:11,1:11,5 -chr1 125141867 . T G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.036077;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:16,5:26,2 -chr1 125174130 . G T 0 PASS DP=304;GPV=1;SPV=0.0015423;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:128,37:90,32:38,5 -chr1 143210830 . A T 0 PASS DP=697;GPV=1;SPV=0.030353;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:360:312,48:298,24:14,24 -chr1 143210881 . C T 0 PASS DP=780;GPV=1;SPV=0.010966;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:407:357,49:338,25:19,24 -chr1 143258960 . A C 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.015095;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:84,23:23,5:61,18 -chr1 143287623 . TA T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.073933;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:25,4:13,1 -chr1 143287625 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.060799;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:25,4:12,1 -chr1 143287626 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.034354;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:26,5:13,1 -chr1 143306655 . TA T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.036552;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:34,4:13,4 -chr1 143306705 . T A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.0049119;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:38,6:11,4 -chr1 143341813 . TA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0054348;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:7,5:1,2 -chr1 144106291 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0081121;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:6,3:2,6 -chr1 144422041 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041838;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,4:15,1 -chr1 144926620 . G T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0043757;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:25,8:18,2 -chr1 144956439 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 -chr1 146040573 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,4:8,1 -chr1 146122266 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 -chr1 146186479 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.044985;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:23,9:25,4 -chr1 146670550 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00042668;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,18:6,13:4,5 -chr1 146911184 . T C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.010436;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:26,2:32,6 -chr1 147202313 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.046544;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,6:5,3 -chr1 148156731 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.019962;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:0,3:24,2 -chr1 148418215 . G T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.027816;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:54,8:26,4:28,4 -chr1 148702391 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.032289;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:13,4:25,2 -chr1 148941544 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024462;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 -chr1 148952750 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.059933;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,4:8,3:15,1 -chr1 149075897 . TA T 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.01295;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:67,16:30,7:37,9 -chr1 149137986 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.059933;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 -chr1 150318976 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.020934;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:14,1:16,6 -chr1 150885343 . CAAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,7:4,6:3,1 -chr1 151450023 . A ATT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,6:11,4:3,2 -chr1 151517853 . C CTT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00072083;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,20:9,17:11,3 -chr1 151629586 . A AT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.009128;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,9:17,6:19,3 -chr1 151692406 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:2,2:5,2 -chr1 152644015 . TCACA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023594;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:16,9:9,2 -chr1 152964062 . A AC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.17382;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,5:30,2:10,3 -chr1 153112676 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.00027577;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:59,20:29,13:30,7 -chr1 153406780 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0015324;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:25,5:19,6 -chr1 153987515 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,4:10,3:14,1 -chr1 154490794 . G GT 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0084221;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,10:19,7:23,3 -chr1 154868936 . CAA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.18741;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:13,1:23,3 -chr1 155436491 . C CTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,4:13,3:12,1 -chr1 155729884 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.001145;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:57,14:27,9:30,5 -chr1 156310037 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,12:8,11:1,1 -chr1 156313363 . AG A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.13544;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:13,1:20,3 -chr1 156578259 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:6,5:19,7 -chr1 157180917 . A ACTCTCTCTCTCTCT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0020002;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,12:8,3:6,9 -chr1 159483237 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.007626;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:23,4:16,7 -chr1 159932249 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.2441e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:42,19:25,12:17,7 -chr1 160112965 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.033188;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:20,7:11,2 -chr1 160751856 . CTCTCTCTATATATATA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:5,4:15,5 -chr1 160853782 . TA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,8:7,7:14,1 -chr1 161471866 . G C 0 PASS DP=297;GPV=1;SPV=0.048391;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:147,19:71,5:76,14 -chr1 161559730 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.039102;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:26,4:21,5 -chr1 161641777 . T A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.051843;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:29,4:24,2 -chr1 161646609 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0037074;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:54,16:25,10:29,6 -chr1 162403488 . GAAAAAAAAA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,4:15,2:9,2 -chr1 163548254 . GTTTTTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0089185;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,4:7,5 -chr1 163794200 . T C 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.021113;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:27,8:26,3 -chr1 164927646 . C CTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0098611;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,10:5,9:7,1 -chr1 165622729 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0063951;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:23,5:8,4 -chr1 165820486 . T TAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,2:8,2 -chr1 166677437 . G GTATATATATA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.028036;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:14,10:10,2 -chr1 167061586 . GT G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.034541;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:17,8:5,2 -chr1 167985210 . T G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0023257;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:15,2:30,8 -chr1 168639090 . TTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.047306;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,10:5,5:18,5 -chr1 169620795 . T TTGTGTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,8:0,3:7,5 -chr1 169778636 . TG T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.24396;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,4:16,2:17,2 -chr1 169810834 . ATTTTTT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,2:5,2 -chr1 169847313 . TAAAAA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,12:8,9:1,3 -chr1 170226562 . T TCCTCCCTCCCTCCCTCCCTC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:0,0:13,4 -chr1 170585727 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2201;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:16,5:5,1 -chr1 170667312 . A G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:11,5:8,2:3,3 -chr1 171353802 . CT C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.01601;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:25,5:13,4 -chr1 171944377 . A G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0034588;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:22,5:21,4 -chr1 172694443 . C CAT 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.025491;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,7:22,2:35,5 -chr1 172758534 . C CTTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0034427;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,12:7,9:8,3 -chr1 174136219 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:9,2:20,2 -chr1 174265544 . G GA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,8:6,6:6,2 -chr1 174378863 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0011386;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,1:10,8 -chr1 174378864 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0018974;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:12,1:11,8 -chr1 175125703 . CTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.34557;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,4:0,2:14,2 -chr1 175403206 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=3.1057e-13;SS=2;SSC=125;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:19,34:9,14:10,20 -chr1 176041345 . CT C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.10224;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:26,5:22,2 -chr1 176178338 . CAA C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.12076;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:51,6:35,3:16,3 -chr1 177734589 . GCTT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.068571;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:8,2:17,4 -chr1 178696324 . AGAT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.04073;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,3:13,4 -chr1 179597332 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,8:7,1 -chr1 180980206 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:9,4:5,1 -chr1 181894088 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.0132e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:29,41:17,23:12,18 -chr1 182341376 . CT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11921;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:18,4:13,1 -chr1 183438201 . G GAA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.051443;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,5:26,2:13,3 -chr1 184884215 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,2:2,4 -chr1 185652665 . A T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0013673;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:51,12:21,7:30,5 -chr1 185927910 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00015783;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:18,6:21,9 -chr1 186631576 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,6:9,4:5,2 -chr1 186868071 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.018671;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:8,7:5,1 -chr1 186966119 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,4:13,2:15,2 -chr1 187686787 . A C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=3.8302e-12;SS=2;SSC=114;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:30,45:13,23:17,22 -chr1 189117603 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:7,4:7,1 -chr1 189161360 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0014886;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,20:3,9:4,11 -chr1 190018670 . G GAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:1,4:2,2 -chr1 190195804 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00048878;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:16,6:21,8 -chr1 190365808 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.26877;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,6:7,4:6,2 -chr1 191299707 . C CTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.064151;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:11,5:8,1 -chr1 191349460 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0073497;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,9:11,7:9,2 -chr1 191907551 . TTC T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.039036;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:8,2:23,3 -chr1 192799509 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.049128;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:16,4:8,3 -chr1 192857317 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr1 193550723 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.8037e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:31,21:16,13:15,8 -chr1 194098959 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,6:6,10 -chr1 194280332 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,2:1,2 -chr1 194303668 . TATAA T 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.042129;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:101,22:58,9:43,13 -chr1 194398803 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:6,6:4,2:2,4 -chr1 194578836 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0037205;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:17,3:23,7 -chr1 195886836 . C A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0032849;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:51,12:31,7:20,5 -chr1 195990833 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.21542;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:12,3:24,2 -chr1 196820506 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0043846;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,5:8,7 -chr1 198524124 . T A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.54715;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:16,4:5,1:11,3 -chr1 200127708 . AAATAT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,2:8,2 -chr1 200383093 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:16,2:3,2 -chr1 200509269 . C CTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,9:2,8:2,1 -chr1 200581761 . CT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.003052;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,7:9,8 -chr1 200686036 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.057386;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,10:8,9:8,1 -chr1 200774073 . G T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=3.62e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:51,16:30,7:21,9 -chr1 200774074 . T C 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.00029843;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:52,13:30,6:22,7 -chr1 202149367 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.984e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,20:14,10:16,10 -chr1 202401361 . A AT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,2:3,3 -chr1 202786166 . A AT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,12:4,10:2,2 -chr1 202938064 . AAAAG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,7:8,3 -chr1 203479706 . CAA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.060553;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,9:19,8:9,1 -chr1 204158411 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,8:6,7:4,1 -chr1 204452288 . C CTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,6:3,2:10,4 -chr1 204811028 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,4:3,1 -chr1 206267113 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.021607;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:30,3:25,4 -chr1 206523350 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.035283;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:4,1:15,6 -chr1 207617691 . CCTTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:5,11:8,5 -chr1 208086990 . TGAGA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.004662;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:1,7:0,5:1,2 -chr1 208221381 . GTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.039921;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,7:12,6:3,1 -chr1 208844667 . GAAAGGA G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0091986;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,7:11,1 -chr1 208845676 . AATAG A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=9.3443e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:14,11:9,8 -chr1 209698180 . TAGA T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.040883;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:25,6:12,2:13,4 -chr1 210109590 . AG A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.057106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:12,1:19,3 -chr1 210867364 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.1569;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:39,7:19,3:20,4 -chr1 211029334 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,6:10,7 -chr1 212168573 . A ATATTTTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023342;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:10,3:5,3 -chr1 212481402 . T TAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.15614;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,4:14,2:14,2 -chr1 212633936 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.027364;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:19,4:8,2 -chr1 212851790 . TA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00096505;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:19,13:2,1 -chr1 213363772 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0045767;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3 -chr1 214350707 . A ATTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032805;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,10:7,6:4,4 -chr1 216039333 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0018064;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:47,11:21,8:26,3 -chr1 216098427 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0032764;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:44,11:27,6:17,5 -chr1 216377791 . GAGAAGGAAAGAAATAA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:9,3:7,1 -chr1 217080671 . GTT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.25926;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,4:9,3:6,1 -chr1 217188193 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028508;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,6:15,1:10,5 -chr1 217694010 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03781;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:14,9:11,5 -chr1 217795362 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.087294;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:6,6:7,1 -chr1 220032243 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:6,3:3,1:3,2 -chr1 220835311 . GA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.027649;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:20,5:3,2 -chr1 220883332 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.0121e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:20,31:10,13:10,18 -chr1 220952530 . C CTA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.058243;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:16,5:20,2 -chr1 220971720 . A AAT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.027829;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:14,2:21,5 -chr1 221983183 . C CGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027219;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,12:8,9:6,3 -chr1 222039722 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.012061;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:10,1:10,6 -chr1 222138220 . GTA G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0014895;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:15,4:19,8 -chr1 222154901 . AAAAAAC A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.017042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:12,9:4,1 -chr1 222480540 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.091614;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:15,1:7,3 -chr1 223439672 . T TCTC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.20063;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:12,2:22,3 -chr1 223675743 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10445;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,7:22,3:3,4 -chr1 223682908 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,2:2,2 -chr1 223930244 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0024349;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:7,9:18,1 -chr1 224209064 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.049315;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:25,9:18,6:7,3 -chr1 224443682 . GATATCT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,4:8,1 -chr1 224452781 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,15:8,13:6,2 -chr1 225831560 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.031932;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:26,7:5,1:21,6 -chr1 226064434 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.031822;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:23,5:19,3 -chr1 226504641 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0073028;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:33,6:12,6 -chr1 227126468 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,4:14,2:15,2 -chr1 227156121 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:11,7:7,4:4,3 -chr1 227196338 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:3,5:3,3 -chr1 227380955 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,3:20,1 -chr1 228819196 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=5.8392e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:26,38:17,19:9,19 -chr1 229590256 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.024751;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:12,7:4,1:8,6 -chr1 230319848 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0031524;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:6,9:4,2 -chr1 231615380 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.026121;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,12:11,6:16,6 -chr1 232123741 . C T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0057052;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:46,19:18,6:28,13 -chr1 232568977 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=5.4628e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:27,6:14,9 -chr1 232656016 . A ATTTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011272;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:10,14:6,10:4,4 -chr1 233918822 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:11,7:5,1:6,6 -chr1 233922486 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0023473;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:13,17:9,7:4,10 -chr1 234143288 . C CT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:21,3:8,1 -chr1 234446633 . A AAATTATATAATTTCTTAATATAT 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.014645;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:23,4:17,10 -chr1 234779794 . C T 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.009407;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:118,30:62,18:56,12 -chr1 234946032 . AAAAAAATATATATATAT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.018593;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:4,6:4,3 -chr1 236842784 . G GTATATATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,10:5,6:4,4 -chr1 237565157 . C CTT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.015259;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,12:1,3:24,9 -chr1 237952151 . TATATATATATATA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,1:5,4 -chr1 237952166 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,4:4,1:0,3 -chr1 238153670 . TTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.021719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,13:5,7:12,6 -chr1 238188360 . CCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,4:1,0:19,4 -chr1 240178447 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0055469;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:10,8:8,3:2,5 -chr1 240742610 . CTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 -chr1 240919005 . G T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=9.1325e-14;SS=2;SSC=130;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:19,46:9,18:10,28 -chr1 241017411 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.0643e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:21,30:8,11:13,19 -chr1 241068203 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0020554;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,3:13,9 -chr1 241744410 . T C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0032559;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:19,5:27,7 -chr1 242207878 . TTATATA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022676;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:8,5:13,9 -chr1 242337258 . T TCATGAGGCAGTAGATTGTATTTTAAAGATGAC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.003144;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,13:7,10:18,3 -chr1 242490879 . A G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00025984;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:17,7:23,8 -chr1 243583193 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,1:11,4 -chr1 245045757 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.10542;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:34,5:20,1:14,4 -chr1 245857516 . T TGCATAGGTCTGGTCCTGGATTCTCCCTCTGCTTC 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.034415;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:34,14:16,6:18,8 -chr1 246362764 . G C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.023364;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:84,20:46,15:38,5 -chr1 246892301 . CTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:2,2:8,2 -chr1 247219140 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.011658;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:16,9:27,4 -chr1 247852918 . CAGAGAGAGAGAGAGAG C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:3,5:2,2:1,3 -chr1 247907113 . TTTTTTC T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.073271;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:5,1:27,4 -chr1 248168028 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.012992;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:8,3:9,7 -chr1 248306538 . CG C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046615;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:3,4:12,4 -chr1 248452271 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.064856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:13,2:2,5 -chr1 248943908 . C G 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0028471;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:76,24:42,12:34,12 -chr10 1265691 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:10,3:16,1 -chr10 3818912 . T TC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.001984;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,13:7,5:1,8 -chr10 4149533 . G C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.027754;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:28,4:27,3 -chr10 6155205 . C CTTTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,5:13,4:6,1 -chr10 6170702 . AGG A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,4:10,2:11,2 -chr10 6932014 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,12:6,8:4,4 -chr10 7220830 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:12,1:17,5 -chr10 8026028 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,5:4,4 -chr10 8280630 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.015156;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:10,3:19,7 -chr10 8422085 . C CTTTCTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 -chr10 8545427 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,4:2,1:4,3 -chr10 9358808 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1265e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:9,11:7,6 -chr10 10296730 . C CTCTTTTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1 -chr10 14209718 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0030692;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,7:12,2 -chr10 15469418 . C G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0030239;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:24,3:12,6 -chr10 16841910 . C CAAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.30409;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,4:6,3:6,1 -chr10 18600978 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.25826;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:8,1:2,3 -chr10 19064769 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0086203;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,5:5,1 -chr10 19467802 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:41:1,3:0,2:1,1 -chr10 19955074 . A ATT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031815;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,7:12,6:4,1 -chr10 21343903 . AAAAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.14559;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:7,4:5,1 -chr10 21704329 . T TTCTC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:10,2:8,3 -chr10 21881844 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:11,6:5,2 -chr10 23457003 . T TGTGTGTGCGC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.011437;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,6:6,3:6,3 -chr10 23818343 . TATA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,3:10,1 -chr10 24895253 . C CTTTTTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:1,2:2,1 -chr10 24972517 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.9991e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:10,4:16,11 -chr10 25639028 . ATTTC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:6,2:17,2 -chr10 28836271 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,4:1,0:9,4 -chr10 29776765 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,5:3,1:14,4 -chr10 30410480 . A G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=9.1412e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:23,9:13,6 -chr10 30890083 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1 -chr10 32438069 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=9.6275e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:13,8:6,13 -chr10 33028330 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12337;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:8,2:16,3 -chr10 33121193 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=4.2988e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:17,7:12,7 -chr10 33671715 . A ATATGAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,4:4,1 -chr10 33671725 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0047431;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:0,4:5,1 -chr10 33671731 . A ATATATATATGAC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0072239;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,4:2,3:1,1 -chr10 34645186 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.019307;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:17,4:20,3 -chr10 35745310 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.001927;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:20,5:16,4 -chr10 36050368 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0056445;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:18,3:17,6 -chr10 36322330 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.015e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:11,10:10,10 -chr10 36480667 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.013537;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:14,10:11,6 -chr10 37113363 . T C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.014496;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:47,11:19,8:28,3 -chr10 38327263 . T TTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0074752;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,9:4,4:2,5 -chr10 38496005 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.033228;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:13,2:15,4 -chr10 38496006 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.027512;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,9:11,6:13,3 -chr10 38576386 . AAATGG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:5,3:2,1 -chr10 38651476 . CAT C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,1:18,3 -chr10 38652470 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.04533;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,3:13,5 -chr10 38689754 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.00022978;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:76,13:42,6:34,7 -chr10 38923521 . T C 0 PASS DP=336;GPV=1;SPV=0.0033879;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:157,20:87,10:70,10 -chr10 39835327 . A T 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.041879;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:135,15:74,6:61,9 -chr10 40287592 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:6,3:23,3 -chr10 40300954 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.034849;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:9,1:22,3 -chr10 40691595 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.041896;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:17,6:15,5 -chr10 40761927 . A C 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.014577;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:69,9:27,1:42,8 -chr10 40857299 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.039341;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,0:4,4 -chr10 40884373 . G C 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.0030742;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:67,19:12,5:55,14 -chr10 40892303 . G A 0 PASS DP=588;GPV=1;SPV=0.025852;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:310:261,39:147,23:114,16 -chr10 40920706 . C G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.06379;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:14,3:2,2:12,1 -chr10 40963788 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.054928;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,1:14,3 -chr10 40965940 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0005505;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:17,9:9,1 -chr10 41104823 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:22,4:1,0 -chr10 41494604 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:24,4:2,0 -chr10 41527518 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.059209;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,3:15,2 -chr10 41584168 . C T 0 PASS DP=669;GPV=1;SPV=0.022969;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:351:303,48:227,41:76,7 -chr10 41881947 . CGAGTGTAATT C 0 PASS DP=310;GPV=1;SPV=0.030017;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:144,20:112,14:32,6 -chr10 41882734 . T C 0 PASS DP=371;GPV=1;SPV=0.033617;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:208:176,32:93,21:83,11 -chr10 41891344 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.031173;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:21,4:15,1 -chr10 41892391 . A T 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.042405;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:54,7:29,2:25,5 -chr10 41896230 . G GGAATGGAATC 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.018345;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:77,9:46,5:31,4 -chr10 41900107 . A T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.0011011;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:53,10:30,1:23,9 -chr10 41906114 . C CAATGG 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.026485;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,7:22,4:12,3 -chr10 41912903 . T A 0 PASS DP=251;GPV=1;SPV=0.031646;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:111,19:47,15:64,4 -chr10 41914068 . G A 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.0015108;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:84,29:39,17:45,12 -chr10 42080954 . C T 0 PASS DP=1854;GPV=1;SPV=0.0032918;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:979:878,99:59,15:819,84 -chr10 42130201 . C G 0 PASS DP=604;GPV=1;SPV=0.010879;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:328:286,42:114,11:172,31 -chr10 42152600 . GTATATC G 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.042771;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:61,16:24,3:37,13 -chr10 42182059 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.16534;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:23,2:3,1 -chr10 42213791 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.038396;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:17,1:4,6 -chr10 42213848 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.028463;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:14,1:5,4 -chr10 42281418 . A G 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.029327;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:65,18:29,3:36,15 -chr10 42299381 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.11288;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,4:20,2:12,2 -chr10 44878064 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19205;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:15,5:9,2:6,3 -chr10 45391072 . CCACGG C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,5:5,2 -chr10 45749836 . A AAAAAAAATATATAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.05321;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,8:15,1:10,7 -chr10 45823138 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017469;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,3:5,5 -chr10 45889994 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,2:5,5 -chr10 45890429 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0035718;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:15,1:9,7 -chr10 46408881 . T G 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.0042791;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:59,8:33,3:26,5 -chr10 46660447 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:15,4:0,0 -chr10 46768125 . G A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.019877;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:25,10:18,3 -chr10 46935640 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.046112;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:23,7:8,3 -chr10 46979530 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.046521;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:14,3:22,2 -chr10 47235996 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.3434e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:13,14:14,3 -chr10 47938554 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.034525;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:17,4:1,0 -chr10 47987548 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.042061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:23,4:15,3 -chr10 48080905 . A C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.013329;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:20,6:21,3 -chr10 48928398 . T G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,2:16,2 -chr10 49891621 . ATATTTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:2,2:2,2 -chr10 49962894 . C CT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046334;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:11,5:14,1 -chr10 50109548 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.03763;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:19,8:15,2 -chr10 51464890 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.014937;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:11,8:8,2 -chr10 54853422 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.011736;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,6:19,3:4,3 -chr10 55235906 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,8:3,7:5,1 -chr10 55602627 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.072974;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:16,1:29,4 -chr10 55609015 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.01056;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:18,2:13,9 -chr10 55830519 . GA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0029888;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:15,5:8,6 -chr10 55953998 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:17,2:2,2 -chr10 56858096 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=6.9536e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:15,10:12,10 -chr10 57420264 . CTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,4:3,1 -chr10 58009272 . CAAAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0073773;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 -chr10 59037349 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00022306;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:19,6:17,5 -chr10 59681738 . TATG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:5,2:5,2 -chr10 60158685 . C CTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.014013;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:9,7:8,1 -chr10 61263235 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.3195e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,18:8,14:8,4 -chr10 63606263 . T TTTTCTTTCTTTCTTTTTC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.028555;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:6,3:12,5 -chr10 63861106 . C CGCGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0057417;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,7:5,1:3,6 -chr10 65087396 . TAC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.37283;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,4:2,1:17,3 -chr10 67833444 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.060665;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,5:10,4:15,1 -chr10 68059870 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.014395;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:12,8:8,2 -chr10 68923937 . CTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:2,4:8,1 -chr10 72283779 . CAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.016233;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,7:8,2 -chr10 72454784 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,2:1,1:2,1 -chr10 73250711 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.1858e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:8,7:14,11 -chr10 73756899 . AT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:5,1:8,5 -chr10 73833909 . G GT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2419;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,4:8,2:6,2 -chr10 74128124 . AGGAAAAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.22807;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,4:3,2:8,2 -chr10 74201684 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,6:12,2:14,4 -chr10 74760868 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,7:3,1 -chr10 75856489 . C CAAGT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00014322;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:12,6:17,5 -chr10 76084364 . ATTTT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.010792;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 -chr10 76379161 . T TTGTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0068919;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:8,2:12,6 -chr10 79183824 . TCC T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0010762;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,5:12,3 -chr10 81167688 . C CT 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0051557;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,10:11,7:14,3 -chr10 81693963 . GAT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:2,2:6,4 -chr10 82031071 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.2667e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:14,10:9,9 -chr10 83081279 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=4.0149e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:10,7:19,12 -chr10 84007300 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:9,2:3,2 -chr10 84018271 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:14,4:7,2:7,2 -chr10 84884296 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0011799;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:12,5:18,5 -chr10 85854248 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00061273;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:22,5:17,6 -chr10 86939833 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.053518;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,7:12,3:13,4 -chr10 87354692 . C T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.012964;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:20,5:22,11 -chr10 87389196 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0076335;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:48,8:24,7:24,1 -chr10 87390198 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0043761;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:15,6:31,2 -chr10 87418174 . TTATA T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.013809;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:17,5:17,1 -chr10 87523518 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:3,3:2,1:1,2 -chr10 87701339 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10738;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,4:18,2:13,2 -chr10 89576802 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.9339e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:19,24:10,12:9,12 -chr10 90976006 . A AAAAAAAAAAAAG 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0010173;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,17:12,11:11,6 -chr10 92199392 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,2:1,1:3,1 -chr10 92948573 . C CACTACTACTACTACT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,5:14,3:2,2 -chr10 94883510 . C CA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00064847;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:17,8:8,5 -chr10 96817689 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:2,4:4,3 -chr10 97657811 . ACTGTCACCACCATCCATCTCCAGAGCTCTTTTTGTTGTTGTTGAGACCGAGTCTTGCT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:19,3:11,1 -chr10 98386546 . C CTTTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00024277;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:6,10:6,4 -chr10 103265049 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,10:8,5:3,5 -chr10 103278903 . G GCACACACACACA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.047515;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,9:7,1 -chr10 104534877 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:11,3:3,2 -chr10 105771010 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=5.8491e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:8,10:11,5 -chr10 106899591 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:8,4:6,2 -chr10 109059631 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0001197;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:17,3:11,8 -chr10 109208025 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.015273;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4 -chr10 111119516 . GCT G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.032855;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:15,9:6,1 -chr10 112966194 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,4:8,4 -chr10 113803008 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,4:10,1:11,3 -chr10 113948684 . TATATATATATATATATATATACACAC T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,3:0,2 -chr10 114066524 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0021577;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:15,3:17,5 -chr10 114202173 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.8111e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:11,12:20,6 -chr10 115383511 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0045408;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:13,5:20,3 -chr10 118949359 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.020734;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:2,3:1,1 -chr10 119411842 . CTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:2,1:3,1 -chr10 119955275 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0003337;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,10:3,8:5,2 -chr10 120368900 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.0775e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:11,11:15,2 -chr10 121636873 . C CTTTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.022531;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,14:15,10:8,4 -chr10 121667273 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.088975;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:19,1:15,4 -chr10 122423110 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.026993;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:15,9:8,3:7,6 -chr10 122681334 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,2:3,4 -chr10 123181855 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,2:4,4 -chr10 123653723 . AG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,4:5,5 -chr10 123738268 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.065402;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:20,4:20,2 -chr10 124158737 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.033359;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:14,3:20,2 -chr10 125892689 . G A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.027462;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:75,15:23,2:52,13 -chr10 127045200 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.008238;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,8:7,6:1,2 -chr10 127093202 . C CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:1,1:11,3 -chr10 129841050 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0006809;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:15,7:16,3 -chr10 130530431 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.002853;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:17,6:7,6 -chr10 131675469 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.2497e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:15,10:16,12 -chr10 133423970 . A AGGAGCGCCGCGGTG 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0019513;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:16,6:4,9 -chr10 133464329 . G GC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.050579;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,3:12,1 -chr11 180483 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.019748;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:9,9:8,2 -chr11 287677 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:13,1:3,3 -chr11 1087343 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:4,3:9,2 -chr11 1116392 . CGGGCTGTTCCCTGAGTGTGCTGGGCT C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.030923;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:23,4:12,4 -chr11 1417831 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 -chr11 1597972 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.1671;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:8,4:10,1 -chr11 3111965 . GTGTGCATATGTGTGCGCGCA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.012858;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,8:16,1 -chr11 3782570 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0045225;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,13:17,8:5,5 -chr11 3920129 . T A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:6,2:2,1:4,1 -chr11 4045762 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,2:3,2 -chr11 4327773 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.1287e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:19,6:8,10 -chr11 4895219 . AAATTCTTTATATACATCATTAC A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0033007;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:18,12:14,7 -chr11 4898833 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:9,6:4,2:5,4 -chr11 5838847 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.3989e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:11,6:12,10 -chr11 5870589 . ACC A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,2:6,3 -chr11 6301244 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=7.7872e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:36,19:19,8:17,11 -chr11 6578652 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.056165;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:14,1:19,4 -chr11 8314484 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,4:8,3:3,1 -chr11 8462402 . C CAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.010978;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,8:9,4:6,4 -chr11 9375041 . C CAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0204;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:11,8:6,2 -chr11 10504138 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.040341;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,4:14,2 -chr11 10731941 . A ATG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038709;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:16,4:7,2 -chr11 11463225 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0095002;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:10,5:15,3 -chr11 13363127 . CATATATAT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,10:2,6:5,4 -chr11 13534505 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.1462e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:30,21:12,13:18,8 -chr11 14841349 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0025048;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:7,2:12,6 -chr11 15651738 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0067861;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:4,1:7,8 -chr11 15998454 . TG T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.042668;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,5:9,2 -chr11 16196830 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:8,2:4,2 -chr11 16994530 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.8991e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:13,10:7,10 -chr11 18622101 . A AAAAAAAAAAAC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,4:2,1:0,3 -chr11 23317106 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.019285;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,3:9,1 -chr11 24328584 . T C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.034902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:23,2:19,3 -chr11 24649978 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.023995;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:15,3:14,5 -chr11 24918965 . T C 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.0072049;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:87,14:41,3:46,11 -chr11 27496001 . A AAC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0006722;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:14,5:12,7 -chr11 28310962 . GTGGGT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:18,4:0,0 -chr11 30103519 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00031821;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:6,8:0,2 -chr11 31142102 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0058719;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:19,3:13,3 -chr11 31204428 . GA G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00013297;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:11,6:10,6 -chr11 32201444 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=7.7194e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:10,6:13,10 -chr11 35894837 . C CTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,3:2,1 -chr11 36054840 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,7:3,2:6,5 -chr11 37881192 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:1,1:0,1 -chr11 39220874 . AGAAG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,5:3,3:3,2 -chr11 40665325 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,3:0,2:0,1 -chr11 40851180 . GA G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00070074;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:14,2:20,8 -chr11 41182848 . TAA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0038457;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:21,12:11,7:10,5 -chr11 41460454 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.1624e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:8,7:11,10 -chr11 41655087 . T TCTC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:1,1:9,4 -chr11 43619164 . G GAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0041629;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,3:4,6 -chr11 43619215 . A AAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016422;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,3:7,6 -chr11 44379144 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,4:4,2 -chr11 46271364 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.9715e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:10,6:15,6 -chr11 47046665 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,4:9,2 -chr11 48500539 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=7.0452e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:28,20:17,14:11,6 -chr11 49002488 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13663;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,2:15,2 -chr11 49926902 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00010628;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:21,7:13,7 -chr11 50023502 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.036467;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:18,1:14,6 -chr11 51572510 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.091638;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:3,0:30,4 -chr11 51664424 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:5,1:21,3 -chr11 52107622 . T C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.029527;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:95,14:37,8:58,6 -chr11 52129259 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.033358;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:13,1:21,9 -chr11 53175444 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.048962;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,2:7,3 -chr11 53602042 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 -chr11 54234630 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 -chr11 54270934 . C A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 -chr11 54334166 . A C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr11 54382388 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.043161;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:49,7:38,4:11,3 -chr11 54382389 . G T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.038418;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:36,4:11,3 -chr11 54392352 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.074501;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,5:3,2 -chr11 54416246 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.045941;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:5,2:39,3 -chr11 55873506 . C A 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=3.0487e-10;SS=2;SSC=95;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:38,34:20,23:18,11 -chr11 56157088 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.5006e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:7,10:14,4 -chr11 56267744 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00092696;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,8:5,6:3,2 -chr11 57185270 . CTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0059696;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:5,7:3,1 -chr11 59554905 . A AAG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.064336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:12,6:5,1 -chr11 59554927 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.056428;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:17,5:4,1 -chr11 60832412 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00075779;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:9,7:14,2 -chr11 64022867 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:4,4:7,2 -chr11 64196395 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022431;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,8:16,7:6,1 -chr11 64310536 . GT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 -chr11 65734436 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:6,5:2,2 -chr11 66311088 . AC A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:2,2:2,2:0,0 -chr11 68219436 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,4:10,1:6,3 -chr11 69274380 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=6.8415e-10;SS=2;SSC=91;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:19,28:9,16:10,12 -chr11 71168031 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.038682;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:14,7:6,2 -chr11 72201585 . T TAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,1:10,3 -chr11 73253497 . C CATAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0057971;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:5,5:2,1 -chr11 75757189 . AAAAG A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.031686;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,9:8,4:10,5 -chr11 77314398 . A ATATATATATATAT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10909;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,2:0,0:2,2 -chr11 79643065 . GGGAA G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,4:3,3 -chr11 79696275 . C CATAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.014848;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:12,5:12,2 -chr11 83148729 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.3326e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:14,7:10,6 -chr11 84313641 . A AAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,4:0,3:0,1 -chr11 84483430 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:8,5:8,3 -chr11 84990342 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0019129;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,4:15,5 -chr11 85232357 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.1719e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:27,25:9,9:18,16 -chr11 85630075 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.9752e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:10,7:9,11 -chr11 85816915 . C CAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:6,5:3,2 -chr11 86110351 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047306;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:10,8:14,3 -chr11 86319242 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.01623;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:0,6:6,3 -chr11 86328929 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:1,1:0,1 -chr11 87080165 . A AGT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00012649;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:3,7:8,7 -chr11 87675968 . A AT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.3064e-06;SS=2;SSC=54;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:11,9:14,6 -chr11 88928484 . GTATATATGTA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.07299;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,4:9,2:21,2 -chr11 89751342 . G GACTA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.045385;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,3:8,4 -chr11 91053193 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.03148;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,9:7,4:9,5 -chr11 91525961 . AATT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.056777;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,1:15,3 -chr11 92478948 . C CTTTCT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:4,5:16,3 -chr11 92754700 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 -chr11 96522974 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,2:1,1:6,1 -chr11 96585172 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 -chr11 96800198 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:40:0,2:0,1:0,1 -chr11 98636046 . AT A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.3143e-07;SS=2;SSC=62;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:30,23:21,11:9,12 -chr11 104119230 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,4:4,1 -chr11 105172422 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.017391;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,7:2,3:7,4 -chr11 106272580 . ATATAT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.050554;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:16,2:8,3 -chr11 106272616 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.047988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,5:9,2:12,3 -chr11 108241742 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0037594;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,8:2,3:1,5 -chr11 110215369 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,7:4,3:10,4 -chr11 112084799 . C CTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016961;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:8,4:8,5 -chr11 112095884 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.050152;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,3:15,1 -chr11 112273033 . TCTTTCCTTCTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0094722;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,1:13,7 -chr11 113894392 . C CAAAAAAAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020274;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,8:7,1 -chr11 115134000 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.02121;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:14,9:6,2:8,7 -chr11 115257841 . GCAT G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.3324e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,14:15,7:12,7 -chr11 116818336 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.036166;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:12,4:13,2 -chr11 117329839 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012248;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,4:6,5 -chr11 117769222 . TTGTATATATTATATATTTTATATA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,3:6,1 -chr11 120943107 . T TACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,9:7,6:5,3 -chr11 122167018 . C CAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,11:3,8:3,3 -chr11 123318282 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:21,5:12,1 -chr11 123704349 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.6295e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:10,8:13,4 -chr11 124317257 . TTG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0084125;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,7:7,4 -chr11 125401768 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.026556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:16,5:36,2 -chr11 125665869 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,2:7,4 -chr11 126131217 . A ATGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025685;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:5,5:9,4 -chr11 126683357 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6465e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:11,9:11,11 -chr11 127323554 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10283;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,7:9,5:8,2 -chr11 127799896 . TTG T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01106;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:11,2:5,7 -chr11 129095191 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.0506e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:15,10:8,8 -chr11 129564218 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.019156;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,4:9,4 -chr11 130090969 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:16,1:17,3 -chr11 130294538 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,4:2,0 -chr11 130590053 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.032575;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,2:12,5 -chr11 131003590 . GTGTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,4:2,1 -chr11 131265322 . GAT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:9,3:10,2 -chr11 131265436 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,3:8,3 -chr11 131577151 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.768e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:13,8:19,9 -chr11 131680400 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0972;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:10,4:14,1 -chr11 133766032 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.6e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:19,7:12,10 -chr11 134284924 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,9:6,6:4,3 -chr11 134840333 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11818;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:25,3:13,2:12,1 -chr12 44285 . T C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.042124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:21,1:17,6 -chr12 748212 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:4,1:7,3 -chr12 4874098 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:11,4:5,2:6,2 -chr12 5489833 . G T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.9282e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:14,12:18,8 -chr12 9284447 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.017823;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:48,12:22,6:26,6 -chr12 9308117 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.016746;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:24,1:22,8 -chr12 9607334 . TC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:8,2:13,4 -chr12 9869858 . CAA C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.033575;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:19,1:17,5 -chr12 11938175 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0054163;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 -chr12 13016392 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016493;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:12,5:7,1 -chr12 13445435 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.6036e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,20:9,10:10,10 -chr12 13776177 . C G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.5071e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:25,25:9,12:16,13 -chr12 14235266 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=2.606e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:15,8:18,9 -chr12 14323950 . G C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,1:0,2 -chr12 14481935 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.044629;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,3:17,1 -chr12 17161030 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00029978;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:13,7:13,7 -chr12 17237002 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11628;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:14,1:5,2 -chr12 19280036 . GT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,5:4,1 -chr12 19896768 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.04058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,2:12,3 -chr12 21555502 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.5408e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:11,7:11,6 -chr12 22303848 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:7,2:5,1:2,1 -chr12 22895817 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.1151e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:13,8:13,12 -chr12 26617691 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,3:1,1 -chr12 30915287 . C T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.014385;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:52,6:25,3:27,3 -chr12 31685810 . AG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:1,4:12,1 -chr12 31685815 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,3:4,1 -chr12 32061587 . CTATATATATATA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:2,3:5,1 -chr12 32148032 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0013413;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,4:14,6 -chr12 33153456 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0021888;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:13,3:16,6 -chr12 33475345 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=6.7478e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:7,4:13,12 -chr12 34836788 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.011343;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:12,7:2,3 -chr12 34915929 . T A 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.012968;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:190:169,21:150,20:19,1 -chr12 35245095 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.00069823;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:68,15:38,10:30,5 -chr12 36205455 . G C 0 PASS DP=364;GPV=1;SPV=0.024344;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:204:181,23:118,5:63,18 -chr12 36239917 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr12 36247818 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 -chr12 36381030 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:11,4:8,1 -chr12 38468208 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.4106e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:13,6:10,10 -chr12 40113195 . A C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.2636e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:15,7:14,8 -chr12 40602940 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,4:2,2:3,2 -chr12 40760042 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0086626;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,4:8,1 -chr12 41458994 . TGAGGAATTAGGTTTGAGATCAGAGTTCAAAG T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0047364;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:9,7:14,4 -chr12 41673678 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0096038;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:16,2:5,8 -chr12 43161497 . G GTTTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,10:4,7:4,3 -chr12 44447451 . TA T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.020567;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:21,3:21,8 -chr12 44862859 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00013315;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:14,12:15,7 -chr12 45554574 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,3:14,2 -chr12 45561590 . TTTCC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.033476;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,8:6,4:7,4 -chr12 46089097 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:6,1:11,4 -chr12 47232905 . TTTTA T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.002519;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:7,12:15,3 -chr12 47634583 . T C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:2,1:1,1 -chr12 48186521 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,2:8,2 -chr12 48186530 . TGTATATGTGC T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:13,2:21,2 -chr12 48207769 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:1,3:2,3 -chr12 48540100 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,9:9,8:2,1 -chr12 48635402 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,5:0,2:7,3 -chr12 49004813 . CTGTG C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00012936;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,17:8,9:9,8 -chr12 49880551 . CGT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,1:10,3 -chr12 50754334 . T TC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0042405;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:10,8:7,5 -chr12 50872860 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.080441;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:14,1:9,4 -chr12 50872864 . C CG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031932;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:17,1:9,6 -chr12 50949526 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,5:4,1 -chr12 52745107 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 -chr12 52938136 . C CTATA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1 -chr12 55100164 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013049;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:4,6:11,5 -chr12 55411261 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.1253;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:20,3:12,2 -chr12 56363209 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.055746;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,4:17,1:7,3 -chr12 58373220 . C A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=3.9106e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:11,8:17,13 -chr12 59013656 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=6.2842e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:29,26:8,19:21,7 -chr12 59486352 . G GTATA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027005;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,4:7,6 -chr12 60694394 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.4229e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:18,4:10,12 -chr12 62507315 . C CTT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.020181;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:7,3:14,6 -chr12 62939616 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,7:5,5:0,2 -chr12 63538702 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.02161;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:26,7:20,2 -chr12 64258945 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:5,2:5,2 -chr12 64288489 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016203;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:12,4:3,4 -chr12 65639747 . T TCTCTCTGACACA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00052506;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:6,7:4,4 -chr12 65639748 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00096036;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,7:3,5 -chr12 68277320 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048259;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,3:7,1 -chr12 68417459 . G GAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.064826;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:19,1:4,3 -chr12 68450327 . T TTA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0037707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,3:1,4 -chr12 68528198 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,4:2,3:0,1 -chr12 68937641 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.277e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:16,10:12,9 -chr12 69357532 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:8,2:8,2 -chr12 69817653 . T TACACACACACACAC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:10,11:5,7:5,4 -chr12 70018140 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 -chr12 71468709 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0069996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:4,6:2,1 -chr12 73061526 . AAT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0051416;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,6:7,4 -chr12 73488896 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.6127e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:11,8:8,8 -chr12 76077980 . C CAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0073947;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,9:4,1 -chr12 77946260 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.049645;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:19,4:11,1:8,3 -chr12 80962382 . AC A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.047571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:26,1:8,4 -chr12 81145358 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.9952e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:13,11:15,11 -chr12 81498080 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.6776e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:28,23:15,10:13,13 -chr12 81562574 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00082339;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:21,8:21,4 -chr12 82993260 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0013338;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:15,7:24,4 -chr12 84352437 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012731;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,7:12,4:13,3 -chr12 84554009 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,5:4,2 -chr12 85201243 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0093112;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:11,6:5,3 -chr12 85860503 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,2:3,1:4,1 -chr12 86433743 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.1287e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:15,8:12,8 -chr12 87549406 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.086687;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,3:6,3:0,0 -chr12 88548425 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.4893e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:11,13:11,7 -chr12 88664963 . A ATGTGTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,10:5,7:6,3 -chr12 89412848 . T TTCCTTCCTTTCC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.017166;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:5,1:14,6 -chr12 91240357 . A T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=5.8593e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:34,18:17,8:17,10 -chr12 92680235 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.040413;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:19,1:9,8 -chr12 92761625 . AG A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:14,6:9,4:5,2 -chr12 93548022 . CCCTTCCTTCCTTCCTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,8:6,3:8,5 -chr12 94692459 . G GTATATATAATA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.1056;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,5:19,4:8,1 -chr12 95216669 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,4:7,3:3,1 -chr12 96086880 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:8,3:2,1 -chr12 96190492 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 -chr12 97144381 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0056092;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:14,4:20,4 -chr12 97595809 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0019055;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:12,7:24,3 -chr12 100515057 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=4.2346e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:12,8:18,7 -chr12 101185906 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.2848e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:12,6:12,12 -chr12 101212484 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:5,9:3,2 -chr12 101591837 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0154;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:6,3:16,6 -chr12 101614325 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.053518;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:25,7:7,4:18,3 -chr12 101661915 . A AAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,2:9,3 -chr12 106908276 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,3:1,2 -chr12 107196356 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:6,1:13,3 -chr12 107999325 . G GTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.040159;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,5:3,1 -chr12 108212615 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.01641;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:12,3:10,3 -chr12 108347833 . T TTTTGTAAATATATA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10313;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,4:14,2:11,2 -chr12 108425213 . TTTTTGTTTTG T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0018135;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:2,6:15,8 -chr12 108490233 . T TAAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.25822;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,5:15,3:11,2 -chr12 108712570 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049781;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:15,9:5,1 -chr12 109046092 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,7:3,1 -chr12 110392092 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.071485;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,7:15,2:3,5 -chr12 110867438 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,3:8,1 -chr12 111616957 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,2:4,1:0,1 -chr12 113976473 . A AAAG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.043024;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,9:7,2:13,7 -chr12 114367244 . ACAAAAAAG A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.16219;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:22,3:12,1 -chr12 114580338 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0032151;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,10:1,9:1,1 -chr12 114589716 . C CAAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 -chr12 116120479 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027836;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,4:7,2:3,2 -chr12 118179207 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00035448;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:22,3:7,6 -chr12 118362317 . T TAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.025088;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:14,3:5,3 -chr12 118777194 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.6323e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:22,21:12,12:10,9 -chr12 119160301 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.049315;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:25,9:7,5:18,4 -chr12 119234527 . CATATATATATAT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:5,5:1,1 -chr12 119456064 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.033449;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,11:7,7:9,4 -chr12 120952465 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:5,7:8,2 -chr12 120960569 . G GA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00018161;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:9,9:7,1 -chr12 122336415 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:5,2:2,1:3,1 -chr12 122701007 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0092671;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,5:11,8 -chr12 122712596 . C CAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.006529;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,9:11,6:6,3 -chr12 123693376 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:3,3:11,3 -chr12 124134997 . C CTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:8,2:9,2 -chr12 124602540 . C CTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0078247;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:4,7:3,2 -chr12 125885746 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.2952e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:14,9:14,6 -chr12 126289622 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=6.5336e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:9,6:10,9 -chr12 127304833 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:8,2:17,2 -chr12 128236113 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.4921e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:13,8:9,4 -chr12 128841485 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0077765;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,7:4,2:3,5 -chr12 128965732 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,7:11,2:6,5 -chr12 129241850 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00064966;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:16,5:13,6 -chr12 129514986 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.9327e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:27,26:12,14:15,12 -chr12 129586993 . T A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.6403e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:11,13:13,7 -chr12 129877174 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.11988;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,1:16,4 -chr12 130015247 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 -chr12 131579543 . CTCTCTGTACTGTGTCTG C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0053893;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:13,2:7,12 -chr12 132267812 . C CAT 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.01279;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:14,7:18,7 -chr12 133237285 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.036709;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,5:9,4 -chr13 18339332 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.049645;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:18,4:1,0 -chr13 19710163 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0084761;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:19,3:17,4 -chr13 20283337 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.2226e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:37,22:20,12:17,10 -chr13 21447930 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.043206;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:13,6:4,1 -chr13 21743410 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 -chr13 22215066 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:5,3:3,1:2,2 -chr13 22625441 . C CATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.043512;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,5:2,2:1,3 -chr13 22781019 . T TTG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00023992;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,6:9,5 -chr13 22868769 . TATA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,3:10,2 -chr13 24318682 . T C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.030381;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:24,6:21,4 -chr13 26178591 . C CGTGTGTGTGT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11053;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0 -chr13 28493115 . C CA 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=4.1567e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:34,16:16,5:18,11 -chr13 28819747 . A AGCTGGG 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.010181;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:25,9:8,3 -chr13 30928825 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=6.8293e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:20,2:17,10 -chr13 32405892 . CTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,6:9,3:8,3 -chr13 32436785 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,5:6,4:3,1 -chr13 32631118 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:9,7:8,3:1,4 -chr13 34885994 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.043479;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:14,7:5,2 -chr13 35010753 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,4:6,1 -chr13 36009672 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.29987;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:14,2:12,2 -chr13 36869777 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.1223e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:10,8:10,4 -chr13 37259431 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0063578;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:10,3:4,3 -chr13 38646241 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0011256;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:15,4:13,5 -chr13 38866667 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00043265;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:12,9:5,1 -chr13 39114436 . T G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=3.6897e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:30,22:20,11:10,11 -chr13 39490095 . CAA C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.057534;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:21,3:13,1 -chr13 39562603 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.025505;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,8:14,4:7,4 -chr13 39562605 . TAC T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.036217;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,8:16,3:9,5 -chr13 41447470 . A AT 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.00010853;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:50,24:24,8:26,16 -chr13 43940571 . TTTC T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.03601;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:8,4:15,4 -chr13 44717446 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0098053;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:15,4:16,2 -chr13 45103866 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:7,7:5,5 -chr13 45938615 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.542e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:12,7:11,8 -chr13 46635467 . C CTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:4,3:10,3 -chr13 46876399 . TATATA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,3:8,3 -chr13 48834704 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.22206;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:26,4:18,3:8,1 -chr13 49620861 . TA T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,4:15,3:10,1 -chr13 51371263 . C G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.5378e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:14,11:14,8 -chr13 54456982 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:8,1:17,3 -chr13 54822460 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0030923;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:15,5:19,4 -chr13 54978196 . T TCTG 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0031698;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,9:15,4:17,5 -chr13 54978198 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0047817;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:0,4:15,5 -chr13 55939310 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0059497;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:3,7:4,1 -chr13 56047122 . G GAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,4:10,2:4,2 -chr13 56059202 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=1.7034e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:10,8:2,4 -chr13 56673893 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.068138;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:12,2:20,2 -chr13 56886793 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0057679;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:18,5:24,3 -chr13 59366827 . A AAAAAAAAAAAAAGAAAAAAG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01134;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:3,3:11,5 -chr13 60567892 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,2:3,1:3,1 -chr13 62709373 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2.6125e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:9,12:12,10 -chr13 63651229 . CAAAA C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.016883;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:12,7:6,3 -chr13 64029473 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.0665e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:12,9:12,6 -chr13 65030733 . CTTTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,12:4,6:6,6 -chr13 65287935 . TTA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015215;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,3:6,5 -chr13 65550403 . A AT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014256;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:15,5:17,2 -chr13 65937905 . CTCTCTCAGTGTG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.030107;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,2:9,5 -chr13 67280322 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.3034e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:15,6:9,8 -chr13 67861113 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:4,4:3,9 -chr13 68341888 . C G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=1.1616e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,24:14,11:12,13 -chr13 68520918 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.043461;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:20,6:17,3 -chr13 69231759 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1 -chr13 71477108 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:6,5:8,1 -chr13 71864180 . T TACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:1,5:6,2 -chr13 72628285 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.467e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:18,12:14,7 -chr13 72809132 . C CTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,8:3,6:3,2 -chr13 75106360 . AC A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.1173e-06;SS=2;SSC=56;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:12,8:19,11 -chr13 75391036 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,2:1,1:1,1 -chr13 75687265 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=9.9664e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:23,5:10,11 -chr13 76031962 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,2:12,2 -chr13 76259937 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00079043;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,10:2,8:12,2 -chr13 79438248 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 -chr13 79619710 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0007273;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:14,2:12,7 -chr13 79669998 . A AACACACACAC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 -chr13 80106247 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,1:9,3 -chr13 80648002 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:10,1:16,3 -chr13 80648035 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,4:3,2:4,2 -chr13 80803021 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.22704;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:9,7:7,4:2,3 -chr13 82684632 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.029693;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:8,6:18,3 -chr13 84745270 . G GA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:6,3:8,1 -chr13 85437319 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.027663;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:17,4:15,2 -chr13 85437344 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.027663;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:18,2:14,4 -chr13 85560807 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.721e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:12,13:5,4 -chr13 86078171 . TACAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,1:5,5 -chr13 86078187 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4 -chr13 86538288 . G GTGTA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:1,3:1,1:0,2 -chr13 86655220 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 -chr13 88224501 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,4:2,3:1,1 -chr13 88930417 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.095238;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,2:3,1:0,1 -chr13 89441265 . A AATGGATGG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0095925;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4 -chr13 90249759 . A AGAAAG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 -chr13 90372376 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.11845;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:23,3:6,2 -chr13 91398650 . GGGCGGCGGAGGCGGC G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0060488;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:20,2:19,4 -chr13 93491145 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,1:18,3 -chr13 95025502 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.00054667;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,9:1,8:0,1 -chr13 96468477 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.010062;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:6,9:3,8:3,1 -chr13 96499030 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:7,2:5,1:2,1 -chr13 97001186 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04045;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:22,5:17,1 -chr13 97001187 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,8:19,6:15,2 -chr13 97320261 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,6:6,2 -chr13 97696568 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=2.8389e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:14,12:14,7 -chr13 98559002 . TAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,10:4,7:5,3 -chr13 99637962 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0059157;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:5,5:6,2 -chr13 100043996 . A ATT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:2,1:5,4 -chr13 100505843 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,2:0,1:1,1 -chr13 101346089 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.092902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,3:14,2 -chr13 101346091 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 -chr13 102245264 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.9604e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:15,6:18,8 -chr13 103445508 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0017218;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:26,5:9,4 -chr13 104097476 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.015935;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:19,5:18,2 -chr13 104302092 . A T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.13598;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:30,4:18,1:12,3 -chr13 104325344 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.071484;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:13,2:22,2 -chr13 104512774 . T A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00037812;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:46,13:24,7:22,6 -chr13 107279043 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,2:5,4 -chr13 108699076 . GTC G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0016383;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:12,8:13,10 -chr13 108873751 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0023885;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:4,3:7,8 -chr13 109228451 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00028692;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:38,15:21,5:17,10 -chr13 109346813 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,3:11,1 -chr13 112195638 . C CCCTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.04242;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:4,1:13,5 -chr13 112297897 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036642;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,1:9,5 -chr13 114195916 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0015389;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:9,12:5,2 -chr14 18275569 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.040392;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:16,3:12,4 -chr14 18277913 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:0,1:3,4 -chr14 18293396 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.027835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:24,8:4,5 -chr14 18348735 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.03876;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,2:9,3 -chr14 18600029 . A G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.03782;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:34,7:10,2 -chr14 18623916 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.048554;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:31,12:6,1 -chr14 18675772 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0018642;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:26,15:13,11:13,4 -chr14 18701161 . C CA 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.0075688;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:27,15:12,2 -chr14 18883954 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:8,1:15,3 -chr14 18903501 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.023213;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:1,4:32,6 -chr14 18930867 . G T 0 PASS DP=268;GPV=1;SPV=0.0090992;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:116,24:72,14:44,10 -chr14 18967593 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,2:0,1 -chr14 19008500 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:8,1:26,3 -chr14 19009534 . G T 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.04659;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:61,15:21,8:40,7 -chr14 19023336 . TTCTTTTTCCTTCC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,3:18,1 -chr14 19075816 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0071887;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:15,4:9,2 -chr14 19080792 . C T 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.021872;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:65,11:45,7:20,4 -chr14 19130715 . T C 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.028804;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:66,17:39,9:27,8 -chr14 19132173 . T C 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.036884;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:63,10:30,7:33,3 -chr14 19157089 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.039124;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:35,7:14,1 -chr14 19158466 . C G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.0074315;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:27,9:24,1 -chr14 19167784 . T G 0 PASS DP=302;GPV=1;SPV=0.0051068;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:162:132,30:63,10:69,20 -chr14 19182046 . C T 0 PASS DP=289;GPV=1;SPV=0.025097;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:131,22:59,18:72,4 -chr14 19203458 . C A 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.025927;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:84,18:45,7:39,11 -chr14 19209070 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,3:14,1 -chr14 19267820 . C T 0 PASS DP=379;GPV=1;SPV=0.02757;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:206:183,23:91,15:92,8 -chr14 19296488 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27277;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:21,4:0,0 -chr14 19296490 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 -chr14 19303656 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0023146;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:16,8:16,5 -chr14 19331110 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 -chr14 19340923 . C A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.04753;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:59,8:52,5:7,3 -chr14 19367032 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 -chr14 19436243 . C G 0 PASS DP=296;GPV=1;SPV=0.0055829;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:129,23:80,6:49,17 -chr14 19487998 . C T 0 PASS DP=325;GPV=1;SPV=0.012617;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:172:153,19:91,10:62,9 -chr14 19498454 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,2:0,2 -chr14 19507184 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.024122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,6:8,2:13,4 -chr14 19716664 . CTTTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:10,3:7,1 -chr14 19724259 . G T 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.013119;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:66,9:34,8:32,1 -chr14 19724585 . C G 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.0079005;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:51,19:25,11:26,8 -chr14 20275448 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0048847;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:27,4:14,5 -chr14 20638971 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,5:4,1:2,4 -chr14 21255222 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.2576e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:13,7:14,12 -chr14 21302865 . G GT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034996;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:12,4:2,2 -chr14 23858347 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.057784;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:24,3:12,1 -chr14 25206151 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.038164;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:25,5:16,4 -chr14 25866235 . CTATA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,9:1,5:2,4 -chr14 26452982 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.052515;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,2:15,2 -chr14 26624273 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0034956;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:24,6:10,3 -chr14 26975883 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=7.5582e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:12,9:20,5 -chr14 27030195 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:7,6:2,2 -chr14 27069381 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0013223;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:15,5:7,3 -chr14 27420828 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=8.4049e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:10,6:20,6 -chr14 28242328 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.8111e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:18,8:13,10 -chr14 28370799 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.8466e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:9,8:16,7 -chr14 29722786 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=5.3456e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:10,9:10,7 -chr14 30003083 . CT C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0086439;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,4:17,2 -chr14 30084265 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.2077e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:13,11:12,10 -chr14 31650291 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.044578;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:21,6:6,2 -chr14 31831518 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.040005;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:21,5:11,5 -chr14 31831522 . CT C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.011327;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:22,3:12,4 -chr14 32068460 . C CATACATACATAGATAG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0051214;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:11,5:7,6 -chr14 32532619 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.5483e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:14,11:14,8 -chr14 32800165 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042367;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:19,5:10,3 -chr14 32967914 . T A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:3,3:1,2:2,1 -chr14 33165234 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=3.0434e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:18,8:13,14 -chr14 34341564 . G GTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12591;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:18,2:9,2 -chr14 34442955 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0088608;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:4,6:10,2 -chr14 34477676 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00016626;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:9,8:14,7 -chr14 35314744 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,4:10,1:9,3 -chr14 36913491 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0014226;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:19,4:24,10 -chr14 37144786 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,2:0,1:0,1 -chr14 37200900 . ATT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,5:3,2:4,3 -chr14 38020623 . G GGAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:2,2:1,1:1,1 -chr14 40079351 . C G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.4501e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:18,23:11,13:7,10 -chr14 40327825 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027884;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:18,2:4,7 -chr14 44939478 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=8.2732e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:13,8:12,6 -chr14 47328511 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.3827e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:7,10:12,9 -chr14 48092117 . CT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0016295;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:19,7:5,2 -chr14 48117599 . T G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.9462e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,19:11,8:9,11 -chr14 48297784 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=2.3127e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:18,7:15,9 -chr14 48623342 . CAAT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.01186;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:11,3:13,3 -chr14 48838104 . A AGTATAT 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0016268;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:22,11:26,2 -chr14 48864561 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.1187e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:11,6:9,8 -chr14 50298241 . C CA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0028764;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,9:14,6:15,3 -chr14 50592913 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0090305;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,8:6,3:4,5 -chr14 50706587 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,7:6,1:5,6 -chr14 50804024 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00013722;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:17,5:18,8 -chr14 52114937 . T TTTCCTTCCTTCC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0090318;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,7:6,2:11,5 -chr14 53220706 . C CT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.015262;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:22,1:12,6 -chr14 56952731 . A AATTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0033813;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,8:9,5:6,3 -chr14 59706254 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.1021e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:14,16:8,7 -chr14 60150195 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.041463;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,3:14,3 -chr14 62069460 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0022758;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:19,4:21,6 -chr14 65242028 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.016958;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,13:13,10:6,3 -chr14 67239659 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.4636e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:18,9:15,7 -chr14 67610681 . T G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.1251e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:13,6:18,8 -chr14 70612062 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.046393;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,2:14,4 -chr14 71462760 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=2.4736e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:10,9:19,6 -chr14 71741826 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.6327e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:6,10:12,9 -chr14 72825700 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,2:0,0:3,2 -chr14 73404927 . A G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.6657e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:23,25:9,15:14,10 -chr14 73537688 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.07266;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:15,3:27,2 -chr14 78500814 . AC A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=8.6e-07;SS=2;SSC=60;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:32,21:14,12:18,9 -chr14 78500816 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.1886e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,20:13,12:17,8 -chr14 79958641 . C G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.1457e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:18,12:6,7 -chr14 81593003 . TTCTC T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.01488;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:12,3:19,3 -chr14 82675517 . C CCT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,3:12,1 -chr14 82675520 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.14145;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,4:16,3:18,1 -chr14 82745894 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.026013;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:21,5:16,2 -chr14 83518393 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013612;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,11:8,2 -chr14 83643358 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.079949;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,1:16,3 -chr14 83643359 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,1:16,3 -chr14 84975142 . A ATTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.037117;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,10:9,7:12,3 -chr14 85700546 . T TGTATATATATATATACAC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041607;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,5:9,4 -chr14 85757078 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00011418;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:13,4:17,8 -chr14 86443404 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,3:6,1 -chr14 86443424 . T TATTA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2 -chr14 86443426 . A AT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:4,2:7,2 -chr14 86443457 . ATAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,3:3,2 -chr14 87053919 . C CAT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.031137;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,11:17,4:19,7 -chr14 87298808 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0042046;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,4:16,5 -chr14 87592377 . TACATATATATAC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.025112;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:0,2:3,2 -chr14 87625150 . G GGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0047438;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:6,7:12,6 -chr14 87690858 . C CAAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:10,7:4,1 -chr14 87754364 . TAA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:7,4:3,1 -chr14 87997375 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:15,3:2,1 -chr14 88279364 . CGT C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.016381;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:27,4:7,6 -chr14 89246542 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 -chr14 89446196 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,5:0,2:3,3 -chr14 90126442 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.03614;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:19,4:24,5 -chr14 90142313 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:6,4:4,1 -chr14 90235234 . G T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=9.4293e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:33,24:19,13:14,11 -chr14 90793611 . TTC T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.047211;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:20,4:21,1 -chr14 91235478 . TA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.017694;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,6:7,5:5,1 -chr14 91967135 . CTTTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:14,8:6,3 -chr14 92661723 . T TCACACACACACACA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.011835;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:9,8:12,4 -chr14 93758594 . CA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0021328;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:10,13:7,3 -chr14 94577597 . A AATGGATGGATGGATGG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:7,6:8,2 -chr14 94577713 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,6:7,3:9,3 -chr14 95565365 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0012204;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:3,6:1,3 -chr14 95731012 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:17,4:3,1 -chr14 96288807 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,5:17,1:1,4 -chr14 96340090 . ATATGC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0063215;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,5:10,2 -chr14 96340102 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0041611;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,6:8,2 -chr14 96340103 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016908;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:3,4:6,2 -chr14 96402185 . G GCA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.040001;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,11:15,9:9,2 -chr14 96923926 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.14923;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:15,2:9,1 -chr14 97788393 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024094;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,7:8,3 -chr14 99040695 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=4.9392e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:18,5:7,10 -chr14 99090775 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.5041e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:11,8:14,8 -chr14 101724124 . C CTATA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0075746;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,3:6,2 -chr14 101724481 . A ATG 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019978;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:9,3:11,3 -chr14 102534417 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.033617;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,6:5,1 -chr14 102919147 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:2,3:3,2 -chr14 103455725 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0039567;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,12:7,9:4,3 -chr14 104618695 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.016099;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:15,3:27,3 -chr14 104941075 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.6174e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:15,10:15,6 -chr14 105117430 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.9216e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:14,10:13,8 -chr14 105578997 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,4:3,3 -chr14 106336406 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0066012;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:44,17:23,5:21,12 -chr14 106364035 . A C 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.023607;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:76,15:46,9:30,6 -chr14 106616599 . AT A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.015078;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,10:17,3:7,7 -chr14 106718552 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0042611;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:7,4:8,6 -chr14 106742478 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,3:10,1 -chr15 17043584 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.036099;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,6:11,5:18,1 -chr15 17071844 . T TAATAA 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.0075974;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:62,21:32,13:30,8 -chr15 17745355 . C A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1 -chr15 19940628 . A G 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.01412;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:73,16:21,2:52,14 -chr15 19947231 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.04413;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:17,4:24,2 -chr15 19970462 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=5.014e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:11,10:12,9 -chr15 20046046 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr15 20297628 . A ATGTGTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.074732;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:17,3:8,2 -chr15 20338480 . C T 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.034269;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:62,7:32,1:30,6 -chr15 20446348 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,2:2,2 -chr15 20447359 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.015935;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:19,6:18,1 -chr15 20514557 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,3:7,1 -chr15 20550996 . AT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,4:12,3:9,1 -chr15 20761447 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.039629;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,6:10,3 -chr15 20792295 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,1:9,7 -chr15 21109547 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 -chr15 21109799 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.019651;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:13,2:16,4 -chr15 21130291 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,1:7,3 -chr15 21390562 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,3:12,1 -chr15 21600826 . TTC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13742;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,4:10,1:14,3 -chr15 21611434 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,5:2,3 -chr15 22597817 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.05944;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,2:13,3 -chr15 22671885 . G C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,5:5,3 -chr15 23175822 . C G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.0021754;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:52,8:29,7:23,1 -chr15 23187645 . CT C 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.00038121;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:109,19:49,13:60,6 -chr15 23223334 . A C 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.01981;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:59,10:33,2:26,8 -chr15 23226593 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.081933;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:0,0:24,4 -chr15 23788490 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=8.5877e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:13,10:15,7 -chr15 24104211 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00033318;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,7:9,3 -chr15 24381735 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00011781;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:17,7:20,6 -chr15 24918765 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,4:6,1:7,3 -chr15 25977620 . TTGTG T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,7:7,4:3,3 -chr15 26037581 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.2745e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:8,5:11,8 -chr15 27997863 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0025754;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:12,6:3,6 -chr15 28313192 . A ATT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00039787;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,12:15,9:6,3 -chr15 28340529 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016632;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:15,5:0,1 -chr15 28488252 . C G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.034622;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:29,7:18,1 -chr15 30211882 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.022897;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:24,3:13,6 -chr15 30524903 . G A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.034072;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:51,14:31,6:20,8 -chr15 30747226 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=7.1199e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:17,8:8,8 -chr15 31019495 . G A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=5.3546e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:19,6:16,5 -chr15 31704792 . T G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.015927;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:22,9:12,5 -chr15 32737928 . C CAAAAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.46076;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,5:8,4:7,1 -chr15 32777904 . C CATTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:2,2:15,2 -chr15 32994212 . C CCTCTCTCT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.043916;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,11:9,7:13,4 -chr15 33933524 . CAGAGAGAGAG C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:7,7:6,4:1,3 -chr15 34424470 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.023399;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,4:10,6 -chr15 34685910 . TTG T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:7,5:4,2:3,3 -chr15 35083633 . G GGCTTCTATCAATGTTGTCCTTA 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.079262;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,6:18,3:28,3 -chr15 35732877 . C CAA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00083319;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,16:14,10:7,6 -chr15 36743179 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.843e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:29,23:14,13:15,10 -chr15 37695262 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.012757;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:4,4:6,7 -chr15 38266651 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.042491;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,7:9,1:10,6 -chr15 38269024 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=9.2124e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:16,9:10,8 -chr15 40839018 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.02675;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:27,3:13,3 -chr15 43537708 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.54545;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:2,1:5,1 -chr15 43628891 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039873;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,3:13,1 -chr15 44540265 . ATATT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,2:9,4 -chr15 44772919 . G GTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,10:4,8:1,2 -chr15 45070502 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.012262;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:32,5:29,3 -chr15 45082496 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0087902;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:13,1:16,9 -chr15 46625108 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=5.2105e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:39,24:23,15:16,9 -chr15 47025527 . CAA C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0037333;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,11:14,8:3,3 -chr15 47903612 . A T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=1.2618e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:41,29:19,18:22,11 -chr15 47989175 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 -chr15 50085959 . ATATT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,4:9,3 -chr15 51353734 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.00033652;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,8:1,6:2,2 -chr15 52964525 . GTTT G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,6:5,5:2,1 -chr15 53187110 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.6047e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:13,9:10,12 -chr15 53650893 . G GTTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,8:9,7:5,1 -chr15 55089869 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.6867e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:13,9:14,12 -chr15 55363799 . C CTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1 -chr15 55627492 . GT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0094148;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:8,9:3,1 -chr15 56103129 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:8,5:1,1 -chr15 58269300 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.2691e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:13,3:8,8 -chr15 58274244 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,8:4,1 -chr15 58787140 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,4:8,3 -chr15 59072450 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.017591;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:6,6:2,1 -chr15 60011899 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=8.3139e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:13,10:6,8 -chr15 61293962 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:12,3:10,1 -chr15 61650775 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:9,3:2,4 -chr15 61856687 . CTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.038233;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,5:5,2 -chr15 62710720 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:1,3:7,2 -chr15 64343208 . A AACACACACACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:3,2:5,2 -chr15 64510205 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.046544;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,9:9,6:8,3 -chr15 65706489 . CACACACAT C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.032215;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,9:18,5:10,4 -chr15 65831632 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.8683e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:12,9:11,4 -chr15 66993354 . GGAAGGAAGGAAGGAAA G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.019687;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:19,9:6,3 -chr15 68050470 . T TATATAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,1:14,3 -chr15 68050503 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,5:8,2:11,3 -chr15 68263213 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,2:4,2 -chr15 69078432 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,6:3,5:3,1 -chr15 69993326 . CAGAG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,4:11,3:1,1 -chr15 70398548 . G GGTGT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0012942;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:14,10:11,4 -chr15 71243781 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.014712;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,6:2,2 -chr15 72003703 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.022587;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,7:7,6:6,1 -chr15 72397082 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10033;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:25,3:6,1 -chr15 74743217 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.024827;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:17,3:4,7 -chr15 74914348 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.040005;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:19,3:13,7 -chr15 75287685 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,3:2,1 -chr15 75822868 . A ACACACACACACGCACG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:10,2:7,3 -chr15 76466419 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:0,3:5,1 -chr15 82321103 . G A 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=4.3683e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:59,20:24,6:35,14 -chr15 82345109 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.029553;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:11,4:32,1 -chr15 82367236 . C CAT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10169;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:18,2:17,3 -chr15 82382507 . C CGT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02121;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,9:8,4:6,5 -chr15 84409726 . G A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.044392;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:28,4:27,5 -chr15 85458138 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.017221;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,4:8,1 -chr15 85841139 . A ATTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0003221;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,11:0,5:2,6 -chr15 86475330 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00014151;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:7,3:15,6 -chr15 86597882 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.0618e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:16,11:6,7 -chr15 86838941 . T TAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,5:5,3:6,2 -chr15 86940060 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 -chr15 87000260 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026042;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 -chr15 87724250 . C CA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0019458;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:14,5:13,5 -chr15 92047592 . TA T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,2:1,1:0,1 -chr15 92511469 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.4759e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:9,12:14,5 -chr15 93460381 . G GT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:9,5:5,2 -chr15 93790249 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.1342e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:16,5:15,10 -chr15 96682798 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.9663e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:12,12:13,8 -chr15 97626677 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0012673;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,1:3,8 -chr15 97911574 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.031275;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,9:13,4:12,5 -chr15 98437651 . A AATGGATGGATGG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,1:5,7 -chr15 99153623 . A C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.7259e-10;SS=2;SSC=91;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:7,12:11,7 -chr15 99602653 . G GGTGTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023079;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:0,4:4,1 -chr15 100292452 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.1564e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:8,11:5,3 -chr15 100658178 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0047133;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:4,3:10,8 -chr15 100909498 . C CTTCG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:10,4:2,1 -chr15 101920402 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,2:11,2 -chr15 101961023 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 -chr16 494909 . G T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.00042394;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:72,27:36,20:36,7 -chr16 900681 . ATG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.012681;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:5,9:6,1 -chr16 3378992 . C CTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,2:3,4 -chr16 4232516 . AT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.010719;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:16,4:13,3 -chr16 4998004 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075102;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 -chr16 5180418 . CA C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:17,1:17,4 -chr16 5202775 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024176;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,1:3,3 -chr16 6077684 . T TTTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.04992;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,7:13,4:14,3 -chr16 6315386 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0059873;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,6:9,2 -chr16 6637411 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:7,2:0,0 -chr16 6985832 . T TAAAAAAAAAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:10,7:10,1 -chr16 7165410 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,3:8,1 -chr16 7567242 . C CCTAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.030984;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,5:9,2:9,3 -chr16 8056147 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.308e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:29,20:13,7:16,13 -chr16 8111775 . TATATATAC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,3:7,2 -chr16 9028587 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00080108;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:3,9:8,5 -chr16 9264919 . T TATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:2,2:4,3 -chr16 9744591 . AT A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=6.589e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6 -chr16 9894592 . ATGGAC A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.060567;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,1:18,3 -chr16 10372566 . A ATCTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:0,0:7,4 -chr16 10730016 . T TAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.077477;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:5,4:3,2 -chr16 11251294 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.9061e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:18,10:15,8 -chr16 11515850 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:0,3:9,1 -chr16 11637880 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 -chr16 12063366 . CTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0059497;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:5,7:2,1 -chr16 13052959 . C CTTTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:5,2:6,2 -chr16 13469407 . AAG A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.046654;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:20,2:4,3 -chr16 14766859 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.012947;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,2:6,3 -chr16 15114927 . AT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.029887;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,12:10,7:9,5 -chr16 15292837 . A ATATTAT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042577;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,1:14,4 -chr16 15379440 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0036034;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:13,8:17,10 -chr16 16156942 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,10:4,9:2,1 -chr16 16427345 . C G 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.022435;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:51,17:26,8:25,9 -chr16 16439040 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,3:11,2 -chr16 16629946 . CTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.20218;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,3:9,1 -chr16 16808114 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,5:17,3:3,2 -chr16 16836537 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0058774;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:3,6:9,5 -chr16 17536361 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.5551e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:15,10:16,6 -chr16 18075713 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,3:19,1 -chr16 18201427 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.050895;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:12,1:19,3 -chr16 18528014 . T G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.022438;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:12,5:15,2 -chr16 18963503 . G GTA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.16992;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:28,2:9,3 -chr16 19141438 . A ATATATATATATATTTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.024869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:7,3:6,2 -chr16 19438407 . AAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010948;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:3,7:9,4 -chr16 19623817 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:3,3:4,1 -chr16 22534576 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,3:8,2 -chr16 22562538 . G A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.0039917;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:46,18:18,6:28,12 -chr16 22584112 . AAGAG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024122;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,6:15,3:6,3 -chr16 22868405 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031408;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr16 23257175 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,4:6,2:2,2 -chr16 23783168 . AT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:12,3:6,1 -chr16 24168715 . TA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021576;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,4:5,5 -chr16 24237363 . C CTTTCT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0031469;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:0,4:2,3 -chr16 24380998 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,8:3,7:2,1 -chr16 25756154 . GCACA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,5:3,3:1,2 -chr16 28866800 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0002546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:14,6:17,6 -chr16 29053135 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:1,0:23,4 -chr16 29254389 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00014241;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,6:10,4 -chr16 29713576 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:13,3:1,1 -chr16 29961904 . T G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=2.5409e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:34,18:24,10:10,8 -chr16 30032642 . GT G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.028437;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,9:14,5:8,4 -chr16 30169000 . T TG 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.018965;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:18,4:17,2 -chr16 30250297 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1 -chr16 30297471 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0033983;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,9:5,7:4,2 -chr16 31959233 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.034474;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:22,4:29,2 -chr16 32014442 . T TA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0001118;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,10:9,3:12,7 -chr16 32071960 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.011057;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,1:10,4 -chr16 32082635 . G A 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.012801;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:62,11:52,10:10,1 -chr16 32094230 . C T 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.032481;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:86,12:51,3:35,9 -chr16 32154617 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.046104;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:16,3:12,6 -chr16 32293572 . TTTTTTA T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.026445;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:54,9:24,4:30,5 -chr16 32298678 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.025505;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:6,4:15,4 -chr16 32805762 . TCTTTC T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.012815;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:55,17:27,4:28,13 -chr16 32838152 . G T 0 PASS DP=561;GPV=1;SPV=0.036478;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:281:245,36:96,14:149,22 -chr16 32839423 . T C 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.048544;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:95,17:34,7:61,10 -chr16 32840065 . G A 0 PASS DP=504;GPV=1;SPV=0.0021163;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:269:222,47:111,28:111,19 -chr16 33021244 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.012566;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:19,7:20,3 -chr16 33029848 . A C 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.014739;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:53,17:31,6:22,11 -chr16 33035433 . T A 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.023528;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:109,21:71,14:38,7 -chr16 33040372 . T G 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.045845;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:74,17:30,6:44,11 -chr16 33042087 . T C 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.035068;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:67,19:40,13:27,6 -chr16 33602215 . C CTAG 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.034984;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:94,21:55,17:39,4 -chr16 33718663 . CAAT C 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.013983;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:59,18:34,7:25,11 -chr16 34133309 . G GA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0018044;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:15,9:2,3 -chr16 34575351 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3 -chr16 34790316 . A T 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.011042;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:58,9:30,6:28,3 -chr16 35307190 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.2853e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:29,24:13,16:16,8 -chr16 35619905 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=4.8556e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:15,7:10,11 -chr16 36094020 . C A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.01117;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:68,14:27,5:41,9 -chr16 36098635 . C T 0 PASS DP=413;GPV=1;SPV=0.04071;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:180,30:106,19:74,11 -chr16 36382885 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:13,6:1,1 -chr16 36470976 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,4:0,0 -chr16 37816259 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,2:2,2 -chr16 47538848 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.1236e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,23:9,9:18,14 -chr16 50126791 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.4085e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:15,10:8,6 -chr16 51301860 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=5.7568e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:11,8:17,7 -chr16 52536627 . C CTA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 -chr16 52700844 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.2987e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,8:12,7 -chr16 52837994 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.286e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:11,13:13,6 -chr16 52929139 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.443e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:6,11:8,8 -chr16 53017812 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,4:15,1:6,3 -chr16 54127403 . GGTT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,10:7,8:0,2 -chr16 54681096 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:14,2:6,3 -chr16 55721867 . GT G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.041747;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:20,7:17,3 -chr16 56568213 . GAGAAAGAAAGAAAGAA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:7,6:3,1 -chr16 56740769 . G A 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.0026422;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:69,23:39,8:30,15 -chr16 57230005 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 -chr16 57832990 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=7.7207e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:9,6:17,10 -chr16 58817716 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:7,2:4,2 -chr16 59697172 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.015836;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,3:11,5 -chr16 60296883 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,4:5,3:7,1 -chr16 60739479 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0037019;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:15,8:17,7 -chr16 61460072 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0126;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:22,4:19,3 -chr16 61760283 . T TTTTA 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0073467;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,18:25,10:10,8 -chr16 63658223 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,4:7,1 -chr16 64432980 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:6,5:2,1 -chr16 64520362 . GT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.016106;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2 -chr16 65283797 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,4:13,3:6,1 -chr16 65576409 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=5.225e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:12,16:11,7 -chr16 65690709 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042336;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:11,2:11,3 -chr16 68020873 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,3:7,3 -chr16 68201820 . CGATGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGGCATAGGAGA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,3:7,1 -chr16 68283590 . AAG A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.02764;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:19,1:19,4 -chr16 68745593 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12189;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,2:8,3 -chr16 69738629 . GT G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.020833;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:15,8:12,3:3,5 -chr16 70853896 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.045291;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:16,2:10,6 -chr16 71030715 . G C 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.0025201;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:48,18:27,7:21,11 -chr16 71048938 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.026582;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:17,7:16,3 -chr16 71061490 . G A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.041014;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:50,12:29,6:21,6 -chr16 71124265 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.4803e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:11,11:11,8 -chr16 71286445 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:16,5:11,3:5,2 -chr16 71380292 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.025058;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,6:1,5:0,1 -chr16 71768500 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10482;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,6:6,4:6,2 -chr16 72009509 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:2,4:7,1 -chr16 73447373 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:25,1:17,5 -chr16 73826292 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.015276;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:11,6:12,1 -chr16 74084559 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0014624;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:9,3:28,7 -chr16 74181019 . GAA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:19,2:4,2 -chr16 74181028 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:20,2:6,2 -chr16 74358404 . CA C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.039873;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,1:8,3 -chr16 74408435 . C T 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.023961;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:64,14:37,6:27,8 -chr16 74412400 . G T 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.0014102;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:106,33:48,15:58,18 -chr16 74425829 . TA T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.025351;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,13:20,3:18,10 -chr16 75137461 . C CTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,9:3,8:1,1 -chr16 75929766 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.068336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:13,4:8,1 -chr16 76916277 . GTGTA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4 -chr16 76929939 . A ATT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0013175;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:2,15:2,8:0,7 -chr16 77349524 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011322;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,4:6,5 -chr16 78490133 . A AT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,2:13,2 -chr16 78723554 . CTTCTT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0061323;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,9:6,5:22,4 -chr16 80089327 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014502;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,3:4,5 -chr16 82594630 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.7747e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:10,8:15,11 -chr16 82761021 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0012781;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:4,11:4,2 -chr16 82931506 . T TC 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0010847;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,12:18,8:11,4 -chr16 83132455 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,0:2,4 -chr16 83400122 . G GT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=9.4663e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:10,7:13,4 -chr16 83564413 . TTTG T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.091638;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,1:21,3 -chr16 84536779 . T TTTTTTTTTTTG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,11:1,3:7,8 -chr16 87038636 . GGGAGGGAGGGAGGGAAGGAA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 -chr16 88236683 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.038032;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:28,1:21,5 -chr16 88501640 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.021613;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,1:14,4 -chr16 89325473 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.063124;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:13,4:22,1 -chr16 90180905 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:4,3:7,7 -chr17 307247 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:4,2:2,1 -chr17 672109 . G GACACACACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01623;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,9:4,7:2,2 -chr17 768795 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:11,3:1,1 -chr17 963214 . G GAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.5053e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,7:11,6 -chr17 1427030 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:8,3:5,1 -chr17 1775825 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.8106e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:13,8:10,14 -chr17 2623261 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035742;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,4:9,4 -chr17 3031324 . G GT 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.001535;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:52,18:22,6:30,12 -chr17 3061221 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025708;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,4:6,1 -chr17 4027594 . C CTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 -chr17 4280336 . CTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:8,3:3,1 -chr17 4414140 . AATGTGT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,3:8,7 -chr17 4567821 . CTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:1,4:2,5 -chr17 4667996 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.015695;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:18,6:16,5 -chr17 5910630 . CAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:6,5:6,1 -chr17 6015119 . TA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.18206;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:19,4:15,1 -chr17 6516563 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.011374;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,10:4,7:1,3 -chr17 6987008 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 -chr17 7302655 . T TG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024337;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:12,8:0,1 -chr17 7609931 . T TATAC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.075568;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,2:13,2 -chr17 8585286 . G GTATATATATATATATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,1:4,3 -chr17 8685358 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1 -chr17 10428686 . C CA 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.9497e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,13:15,5:13,8 -chr17 10432289 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=2.0936e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:15,9:18,7 -chr17 11277284 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:5,5:1,3:4,2 -chr17 11459218 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0042808;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:11,13:6,2 -chr17 11954769 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.085668;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,2:12,2 -chr17 12351263 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:4,1:3,1 -chr17 12410555 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 -chr17 12828028 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:6,5:4,1 -chr17 13045725 . GA G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00055029;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:16,6:15,5 -chr17 13396788 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.7231e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:5,8:14,5 -chr17 14186986 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:4,3:2,2:2,1 -chr17 15585912 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.041058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:20,2:16,2 -chr17 15730704 . T TGTGCGCGC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.052652;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,6:11,5:14,1 -chr17 17375416 . T C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.0418e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:9,8:12,9 -chr17 17386164 . A AGAGAGAGAG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.085668;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:11,2:16,2 -chr17 18305475 . A AACACACATAC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0023163;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,17:8,10:11,7 -chr17 19820053 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.082705;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,5:16,2:12,3 -chr17 20470600 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.014154;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,3:6,5 -chr17 20555213 . T C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.019395;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:24,2:22,8 -chr17 20608791 . C CTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:10,2:9,8 -chr17 21056611 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.058259;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:11,2:20,3 -chr17 21344228 . C T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.029956;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:51,15:26,12:25,3 -chr17 21410094 . G T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.016322;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:21,3:23,2 -chr17 21512963 . GCTGTCCCTGGCCTAGGGCGCTCCTCCCCAAATTTTCCAAGGCTTCTTTTGGCTGCCAGGGAT G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.045726;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:11,5:14,2 -chr17 21582606 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.053387;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:16,1:13,3 -chr17 21682302 . C A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0059749;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:23,5:25,2 -chr17 21730180 . C CTTT 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.035679;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:14,3:20,9 -chr17 21839938 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.035224;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:27,2:18,4 -chr17 22133455 . A C 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.038188;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:133,17:67,7:66,10 -chr17 22834926 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 -chr17 22839887 . G C 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.044058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:82,17:37,7:45,10 -chr17 22869952 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.017284;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:23,3:17,3 -chr17 22881965 . G C 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.011784;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:61,11:45,4:16,7 -chr17 22919047 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:15,4:1,0 -chr17 22948887 . C G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr17 22957215 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.045335;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:11,4:17,5 -chr17 23070454 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:1,3:6,2 -chr17 23090370 . C A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 -chr17 26625487 . A G 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.017973;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:72,9:33,2:39,7 -chr17 26742703 . T C 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.0038604;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:85,15:41,10:44,5 -chr17 26752099 . A G 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=0.044761;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:159,27:34,7:125,20 -chr17 26777277 . A G 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.036831;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:64,9:30,3:34,6 -chr17 26777345 . GT G 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.030216;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:86,16:42,5:44,11 -chr17 26777377 . G A 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.031422;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:102,21:44,8:58,13 -chr17 27001136 . C CCTT 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.03904;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:41,11:22,5:19,6 -chr17 27055172 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025784;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,7:14,6:4,1 -chr17 29380622 . A C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:4,3:0,2:4,1 -chr17 30980186 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 -chr17 31563409 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,1:3,6 -chr17 32094600 . GA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.082705;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:19,3:9,2 -chr17 32697643 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:44:0,3:0,1:0,2 -chr17 34508057 . AGAGAGAGAAAGGAAAG A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.12341;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:27,3:4,1 -chr17 36714264 . C CTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.19543;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,6:13,3:6,3 -chr17 37100630 . C CA 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.001025;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,10:17,9:9,1 -chr17 37902894 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 -chr17 39025970 . AG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,2:8,2 -chr17 39802221 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,3:6,1 -chr17 39842058 . AAC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,9:3,5:8,4 -chr17 39885207 . G GT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0074853;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,11:15,5:5,6 -chr17 42438009 . T TG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0025185;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:6,7:4,5 -chr17 43696346 . TC T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=4.7646e-09;SS=2;SSC=83;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:30,29:21,13:9,16 -chr17 45218112 . TTGTTTTTG T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020557;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,2:6,4 -chr17 45598064 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,6:8,5:5,1 -chr17 45612517 . CTTT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.012526;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,8:10,7:9,1 -chr17 46230687 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.027339;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:11,7:11,5 -chr17 46257213 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.033172;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:58,9:28,4:30,5 -chr17 46259199 . CAACA C 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.018868;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:51,15:40,6:11,9 -chr17 46688854 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0096894;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:6,5:1,1 -chr17 47000062 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.019067;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,6:8,4:10,2 -chr17 47169645 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.035086;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:12,2:10,4 -chr17 47751895 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=4.6734e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,23:13,9:11,14 -chr17 47889622 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,7:6,1 -chr17 49083686 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00077962;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,9:8,5:7,4 -chr17 49154021 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0024191;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:17,7:18,2 -chr17 49635632 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0012607;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:6,8:3,1 -chr17 50108261 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.00025621;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:17,6:20,5 -chr17 51010568 . GA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.01018;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,11:7,9:11,2 -chr17 51983874 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.6283e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:11,8:10,9 -chr17 52079849 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2.2039e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:18,10:10,12 -chr17 52307276 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.7879e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:14,12:11,9 -chr17 52941175 . T G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.3599e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:33,19:17,10:16,9 -chr17 53736331 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.002624;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:17,6:14,2 -chr17 57062212 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:2,3:17,7 -chr17 57884192 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,5:2,2 -chr17 58502158 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:7,4:6,3:1,1 -chr17 59999606 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.037566;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:7,2:11,6 -chr17 62021134 . C A 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.018274;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:34,3:19,5 -chr17 62316628 . C CAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:5,5:7,1 -chr17 62457987 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.027098;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:16,6:22,1 -chr17 64048951 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=8.6716e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:14,5:15,9 -chr17 64888377 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.039749;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:17,3:16,9 -chr17 64916942 . CAA C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:26,8:6,3 -chr17 65346040 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.008934;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,7:16,2:3,5 -chr17 65639836 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1 -chr17 67300355 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.075976;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:28,2:15,3 -chr17 67300610 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=8.6693e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:9,10:12,9 -chr17 69177955 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1 -chr17 69361949 . CCCTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:1,3:7,2 -chr17 69422124 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:12,6:1,3 -chr17 69562661 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:1,5:2,1 -chr17 69622108 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=7.0937e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,24:15,14:11,10 -chr17 70408174 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.021074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:45,7:19,1:26,6 -chr17 70858401 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.12392;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,4:24,3:10,1 -chr17 71150579 . C CT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.008646;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,8:7,6:6,2 -chr17 71338884 . C G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0094041;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,2:8,3 -chr17 71338888 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020689;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:5,2:10,3 -chr17 71338895 . T TC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0091605;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,2:9,4 -chr17 71365860 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,7:4,4:6,3 -chr17 71584822 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.012101;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:4,4:10,8 -chr17 71720755 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0084993;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:18,4:23,4 -chr17 73296419 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:7,2:3,1:4,1 -chr17 73635627 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00274;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:16,3:18,6 -chr17 73749472 . TGAA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.047242;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:13,4:12,4 -chr17 74600273 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.013139;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,5:15,1:6,4 -chr17 74733466 . GGA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,4:5,3 -chr17 74818759 . G T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=4.7009e-10;SS=2;SSC=93;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:37,32:18,15:19,17 -chr17 75269548 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:9,2:4,2 -chr17 75674711 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 -chr17 75687919 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.2874e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,22:7,12:11,10 -chr17 76388585 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:1,1:7,4 -chr17 77238107 . G GTT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00041739;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:16,12:7,4 -chr17 77334421 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,7:13,3 -chr17 77376672 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.016064;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:26,4:20,2 -chr17 78551146 . C G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=7.2955e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:15,11:18,5 -chr17 79746195 . TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:4,5:6,1 -chr17 80024394 . GAC G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04045;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:16,3:23,3 -chr17 80889970 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0077803;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,4:5,5 -chr17 81425680 . G GGTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:8,2:7,2 -chr17 82905817 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.036355;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:24,5:12,2 -chr17 82958958 . GT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.075059;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:8,1:9,5 -chr18 83504 . G C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.049419;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:23,5:18,1 -chr18 83870 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.02166;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:40,9:24,3:16,6 -chr18 1377693 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.074732;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,4:14,1 -chr18 1962813 . A ATAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,2:5,7 -chr18 2596677 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.9778e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:34,24:16,11:18,13 -chr18 3461843 . A ATTTTTTTTT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.031844;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:8,3:12,6 -chr18 3680788 . C CAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.012955;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,11:10,9:7,2 -chr18 4004943 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.046334;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,6:12,1:13,5 -chr18 4548656 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0017478;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,7:17,3 -chr18 4869281 . A C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.542e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:13,8:10,7 -chr18 6090790 . A ATT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.010994;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,3:5,7 -chr18 6634495 . A T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.3115e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:18,9:7,10 -chr18 7297782 . GTTGAACAGCC G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.6769e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:17,10:14,4 -chr18 7446124 . A ATTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.01473;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,9:5,6:6,3 -chr18 7960482 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.033247;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,5:6,1:5,4 -chr18 8875363 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,1:9,4 -chr18 9369140 . TA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:5,4:0,2:5,2 -chr18 9645519 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.7753e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:14,7:6,9 -chr18 10567305 . C CTTTTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,1:2,3 -chr18 10607078 . T A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0057987;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:30,4:16,6 -chr18 10995082 . A AAAAAAAAAAGAAAG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.023702;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,9:9,6:8,3 -chr18 11018382 . CGTGT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0075692;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,8:10,7:1,1 -chr18 12270894 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:5,3:3,1 -chr18 12788432 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:3,4:3,2 -chr18 13046829 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0041493;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:6,5:8,6 -chr18 14674558 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.027169;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:16,4:17,1 -chr18 15393853 . TA T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0382;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:15,2:15,5 -chr18 15405554 . C T 0 PASS DP=289;GPV=1;SPV=0.0068706;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:133,16:46,5:87,11 -chr18 15407537 . C G 0 PASS DP=640;GPV=1;SPV=0.0073785;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:347:299,48:143,22:156,26 -chr18 15407609 . T C 0 PASS DP=598;GPV=1;SPV=0.023319;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:310:266,44:134,18:132,26 -chr18 15476491 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.017632;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:4,1:30,7 -chr18 15482160 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,4:7,1 -chr18 15490420 . G A 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0062772;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:20,4:33,2 -chr18 15492464 . T C 0 PASS DP=210;GPV=1;SPV=0.0048146;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:101,14:47,7:54,7 -chr18 15499116 . G A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.023519;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:46,15:40,13:6,2 -chr18 15516659 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 -chr18 15528075 . G C 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.030672;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:96,18:28,6:68,12 -chr18 15529602 . TC T 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.012138;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:67,16:19,7:48,9 -chr18 15584624 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11411;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:7,4:25,1 -chr18 15590084 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027592;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,4:11,2 -chr18 15595349 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:2,3:7,2 -chr18 15601574 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.049775;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:10,5:18,6 -chr18 15647625 . C A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 -chr18 15659226 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.054264;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 -chr18 15659867 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.019899;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,4:7,2 -chr18 15689453 . GC G 0 PASS DP=282;GPV=1;SPV=0.016853;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:140,16:35,12:105,4 -chr18 15707448 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 -chr18 15731936 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:0,4:16,1 -chr18 15761508 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:28,4:2,0 -chr18 16047156 . C G 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.025835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,13:35,9:20,4 -chr18 16855255 . T C 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.033504;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:74,14:31,2:43,12 -chr18 17261111 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 -chr18 17415801 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.030376;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:14,5:22,7 -chr18 17638914 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr18 18127189 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031062;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,1:12,4 -chr18 18558206 . C G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 -chr18 18582541 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023562;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:12,4:3,1 -chr18 19054139 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:3,4:7,4 -chr18 19293697 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:11,3:2,1 -chr18 19375972 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.047106;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:2,1:20,6 -chr18 20343782 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:4,2:12,2 -chr18 20759837 . G T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.03415;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:64,9:25,8:39,1 -chr18 22010504 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:4,8:1,3:3,5 -chr18 22964628 . AAT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.054119;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,3:14,1 -chr18 25487439 . A AAAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:6,4:3,1 -chr18 30817403 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.001488;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:19,7:21,4 -chr18 31353073 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.026101;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:19,4:23,2 -chr18 32662915 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.9826e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,17:12,4:13,13 -chr18 34046607 . C CATATATAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:6,3:0,1 -chr18 34436623 . CTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:4,3:8,1 -chr18 34549507 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0001464;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:16,8:11,6 -chr18 35825421 . TTA T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.042775;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:13,4:11,2 -chr18 35830911 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.068133;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:26,2:9,3 -chr18 36720699 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.12189;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,5:9,4:11,1 -chr18 37052182 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00017146;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:38,17:18,9:20,8 -chr18 38726232 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.047035;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,2:4,2 -chr18 40562185 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,7:8,5 -chr18 41653016 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.002256;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:16,6:19,2 -chr18 43115119 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00032813;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:11,5:17,5 -chr18 43242078 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.4752e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:8,4:12,9 -chr18 48043953 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00064879;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:17,8:15,6 -chr18 49292351 . GACAGACAC G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.020482;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,6:14,4:10,2 -chr18 49454907 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0079921;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:8,9:5,2 -chr18 50250236 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.073628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:14,3:21,2 -chr18 52318204 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=6.642e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:28,24:11,14:17,10 -chr18 52330027 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.0254e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:35,23:20,10:15,13 -chr18 52765199 . A ATTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030925;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4 -chr18 52984585 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.267e-10;SS=2;SSC=98;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:17,22:5,8:12,14 -chr18 53663093 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.02021;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2 -chr18 55511329 . T TAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,6:13,5:4,1 -chr18 55866048 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=8.8861e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:8,10:15,4 -chr18 56379548 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:1,8:3,1 -chr18 60265967 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:2,3:6,1 -chr18 60756331 . AGG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0012994;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:5,6:10,2 -chr18 60756348 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040169;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:4,3:13,1 -chr18 61780003 . A ACACC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,3:0,1:2,2 -chr18 61971779 . A ATT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.046785;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,5:11,4 -chr18 62951812 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,7:13,3 -chr18 62993737 . G GGTGT 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0046122;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:18,8:9,7 -chr18 63050845 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:9,4:8,2:1,2 -chr18 63758467 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.8955e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,22:13,9:9,13 -chr18 64955064 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.4977e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:33,20:16,7:17,13 -chr18 65277414 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.020648;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,2:18,3 -chr18 65782057 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr18 65829775 . A AGTGTGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:8,6:4,2 -chr18 66019160 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.075568;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:14,1:21,3 -chr18 66111606 . AG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0098105;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,1:2,4 -chr18 66476437 . G GTTTTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:3,4:2,2 -chr18 67746907 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0017074;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,5:6,2 -chr18 67773429 . TA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:3,1:10,3 -chr18 70211408 . A ATAAAAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.019439;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,6:12,3:4,3 -chr18 70211419 . AC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.041527;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:19,4:3,2 -chr18 70211425 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.016051;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:15,5:2,3 -chr18 71425609 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00079179;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,3:11,5 -chr18 73245252 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.043835;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,1:8,3 -chr18 74229041 . CAA C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0096376;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:15,11:10,5 -chr18 74276528 . G GCACA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0090069;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,9:11,6:2,3 -chr18 74616946 . ACCACACG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.06407;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,2:15,3 -chr18 75406241 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.9474e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:8,10:23,6 -chr18 76764892 . GT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 -chr18 79340984 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.034849;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:9,1:22,3 -chr18 79479582 . G T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=3.6015e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:40,20:19,8:21,12 -chr18 79687173 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,2:7,2 -chr18 79807965 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,1:11,3 -chr19 236375 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0076814;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,6:8,1 -chr19 351062 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.26815;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:8,2:10,1 -chr19 718514 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00102;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:17,4:19,5 -chr19 735177 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 -chr19 1780973 . T TAAAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,3:7,5 -chr19 2349302 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,1:9,3 -chr19 2707883 . A C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.2804e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:12,13:6,7 -chr19 3078048 . GAAGA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:19,2:7,2 -chr19 3078056 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:22,2:11,2 -chr19 3815759 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0004679;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:9,9:12,6 -chr19 3885109 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:12,4:5,1 -chr19 3977414 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0055282;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:29,3:17,4 -chr19 4737346 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:0,0:4,2 -chr19 5409321 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.012883;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:13,6:9,5 -chr19 5477430 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,3:5,1:0,2 -chr19 5982652 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15091;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,4:8,1 -chr19 7061145 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049275;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,5:6,1 -chr19 7599423 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr19 8326631 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0028145;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,12:1,9:3,3 -chr19 8510286 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.017591;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,7:5,5:3,2 -chr19 8768742 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.028342;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:73,12:54,8:19,4 -chr19 8774970 . G C 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.015225;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:137,20:60,12:77,8 -chr19 8890533 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.015262;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:16,4:18,3 -chr19 8969621 . GAA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.012947;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:18,4:0,1 -chr19 10028368 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.049793;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,8:12,4:6,4 -chr19 10262018 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00094537;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:25,8:17,4 -chr19 10577423 . CTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,6:5,3:7,3 -chr19 10665615 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.023332;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:9,4:15,8 -chr19 11587555 . GGA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036089;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:6,4:1,1 -chr19 12308693 . A AATAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:8,3:2,3 -chr19 12402416 . C CTT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045087;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,10:20,9:4,1 -chr19 12981782 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:10,3:7,1 -chr19 14762629 . AT A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.020491;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:18,5:10,6 -chr19 15533591 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0035559;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,10:4,9:4,1 -chr19 15688367 . CA C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00058715;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:19,7:12,5 -chr19 15834007 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.000105;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:20,5:13,7 -chr19 16063511 . GGAAAGAAA G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:5,2:0,0 -chr19 16295080 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.018518;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:11,8:4,1 -chr19 16790643 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.033332;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:13,5:17,2 -chr19 17607489 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:6,7:0,1 -chr19 17656852 . CAAAAAA C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,8:6,5:4,3 -chr19 18885523 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13907;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:17,3:9,2 -chr19 20008074 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.019259;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:47,6:21,5:26,1 -chr19 20063524 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.004958;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,4:3,3 -chr19 20342244 . CA C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,2:15,2 -chr19 21074205 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0035182;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:14,8:11,2 -chr19 21112816 . A AT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,3:1,2 -chr19 22396955 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=6.7474e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:12,6:14,12 -chr19 22414244 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,2:5,1:1,1 -chr19 22984571 . AAAAAATAC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:14,4:9,3 -chr19 23373346 . TTA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 -chr19 23373387 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,5:6,1:8,4 -chr19 23472408 . TTA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.02409;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:12,4:13,3 -chr19 25143274 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065489;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:17,4:0,0 -chr19 26158860 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 -chr19 27498371 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.2351e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:30,24:17,9:13,15 -chr19 27860475 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.4339e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,21:11,10:9,11 -chr19 30808091 . CT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0011108;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,9:2,6:4,3 -chr19 31893176 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0083484;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:15,10:2,2 -chr19 32902046 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:3,2:16,2 -chr19 33223309 . GAAA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.033617;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:11,6:6,1 -chr19 34201113 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.5018e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:9,6:11,9 -chr19 34658808 . AACAAC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.057027;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,5:11,1 -chr19 35105578 . CCACCATCACCATCATCAT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021894;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,5:12,6 -chr19 36163532 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021189;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,9:10,8:4,1 -chr19 36501143 . GTT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,3:8,1 -chr19 36786266 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,5:3,2 -chr19 37273558 . A G 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.022957;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:81,11:36,5:45,6 -chr19 37278500 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.20188;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:26,4:0,0 -chr19 37730225 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0032919;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:13,7:7,2 -chr19 37900560 . C CAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033617;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,6:5,1 -chr19 38673657 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:26:0,4:0,1:0,3 -chr19 39098275 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,6:4,1 -chr19 39430213 . C CTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10134;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,6:8,4:8,2 -chr19 40164027 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,2:10,2 -chr19 40287856 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,5:5,1 -chr19 40885953 . G GT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0037259;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:5,7:9,7 -chr19 41188848 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.048951;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:2,3:1,1 -chr19 41723946 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.012459;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:17,8:5,2 -chr19 41880481 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,7:5,1 -chr19 42087595 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,4:0,0:8,4 -chr19 42199199 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.00047993;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:20,7:23,4 -chr19 43985541 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.001936;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:34,15:28,4:6,11 -chr19 44688183 . C G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.011495;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:23,7:10,1:13,6 -chr19 44721406 . G GA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,4:2,1 -chr19 44946191 . C CTGTG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0063756;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,8:4,7:11,1 -chr19 46562814 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=2.7228e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:18,12:13,10 -chr19 46863942 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00054148;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,6:17,4 -chr19 47064721 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0025984;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:7,5:11,8 -chr19 47300513 . T TTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,1:11,3 -chr19 47707784 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00025886;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,16:6,13:4,3 -chr19 47840703 . C CTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,2:6,5 -chr19 47841571 . A AT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,2:11,2 -chr19 47953157 . A C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.043478;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:15,4:15,6 -chr19 48153773 . C CACACACACACTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,7:3,1:7,6 -chr19 48521892 . G GTCTCTCTC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:1,2:14,2 -chr19 48648203 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:11,9:4,2 -chr19 48664051 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.4081e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:25,26:15,17:10,9 -chr19 48710414 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015942;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,4:0,1 -chr19 50452504 . G GTATCTATC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.031844;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,9:9,6:11,3 -chr19 50967511 . C CCACACACACACA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.064666;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,4:15,3:10,1 -chr19 52090654 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0020828;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,10:7,5:2,5 -chr19 52376496 . GCC G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,3:0,0:1,3 -chr19 53423658 . T A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,2:0,2 -chr19 53809517 . C CAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,9:8,8:5,1 -chr19 54825943 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.011999;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:19,3:27,4 -chr19 54926205 . G GGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0025413;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,10:10,5:5,5 -chr19 55472169 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047937;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:6,1:12,9 -chr19 56067747 . T TAAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.020191;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:6,8:10,2 -chr19 57110398 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.02531;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,3:9,2 -chr19 57330913 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.019426;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,3:8,4 -chr19 57690459 . GTATA G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.046608;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,7:11,2:12,5 -chr19 58241180 . T TATA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.054264;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,2:11,2 -chr19 58427387 . TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:1,3:9,6 -chr2 932430 . CCT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,1:5,3 -chr2 932433 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038102;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:17,2:5,3 -chr2 1975247 . T TGCCAGATCCCACCGCCAGATCCCACC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0079397;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,6:7,3 -chr2 2122837 . A ATG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.020413;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:13,5:6,2 -chr2 2236812 . TTC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,3:0,2:1,1 -chr2 3057938 . G GGTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11486;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:13,2:3,1 -chr2 5032952 . A C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:4,3:2,2:2,1 -chr2 5158655 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00011485;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:16,5:11,6 -chr2 6157462 . CT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.021836;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:13,2:12,5 -chr2 6169264 . TTC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18558;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,1:19,3 -chr2 6376099 . C CTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,4:5,2:2,2 -chr2 7170701 . CCTCT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0094549;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:7,6:4,1 -chr2 7189371 . GAA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:6,3:11,1 -chr2 7240623 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,2:9,2 -chr2 7240625 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.19804;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:8,2:10,3 -chr2 7924897 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=6.2097e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:15,15:8,8 -chr2 8620963 . T TTGTG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.022211;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,11:13,5:13,6 -chr2 9125436 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:5,3:6,2 -chr2 10916609 . AT A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.7203e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:14,8:15,5 -chr2 11035152 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0052761;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,8:4,2 -chr2 11090929 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 -chr2 13841761 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.2056e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:10,10:17,3 -chr2 15098024 . AAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:2,3:3,5 -chr2 15648603 . GA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0088769;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:10,8:2,1 -chr2 16787052 . C G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.5724e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:18,7:9,13 -chr2 16787478 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.218e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:12,7:14,9 -chr2 17129427 . T TAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,9:1,6:3,3 -chr2 17477942 . A AAAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,2:5,2 -chr2 22238326 . TTATATA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,7:2,5:5,2 -chr2 22415345 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=4.619e-10;SS=2;SSC=93;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,24:18,15:7,9 -chr2 22654476 . G T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=4.3081e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:38,20:16,8:22,12 -chr2 22918431 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.6127e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:15,7:16,8 -chr2 23074655 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0001575;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:16,5:16,6 -chr2 23203690 . CAA C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,4:15,2:4,2 -chr2 23711346 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:3,1:0,2 -chr2 23839131 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.3992e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:18,7:9,10 -chr2 24331068 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:4,4:9,2 -chr2 24642037 . T TGTGTGTGCGC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0072439;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,10:10,5:13,5 -chr2 25193025 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.048408;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:8,2:16,7 -chr2 25526390 . TATA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0019379;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,10:5,5:3,5 -chr2 25963673 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.036457;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,7:9,2:7,5 -chr2 26892756 . T TGAGAGAGA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.04277;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:16,3:10,4 -chr2 27539957 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:10,5:3,1 -chr2 27699820 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,3:1,2:0,1 -chr2 30989659 . TATATATATTAGTATATATAAAAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 -chr2 32019835 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.27198;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:8,4:5,2:3,2 -chr2 32157941 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0091441;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,2:3,5 -chr2 32762276 . AGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:4,3:3,5 -chr2 33227799 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:7,4:2,1 -chr2 34144808 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=5.02e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:11,6:12,11 -chr2 35144715 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.9834e-09;SS=2;SSC=87;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:11,12:7,7 -chr2 35418817 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 -chr2 35496703 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:24,4:15,1:9,3 -chr2 43012620 . ATTTTTTTTTT A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 -chr2 43775854 . A ATT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:3,3:8,1 -chr2 43904701 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045519;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,5:8,3:4,2 -chr2 44066335 . A ATT 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,4:11,3:12,1 -chr2 44354474 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.2502e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:16,8:14,8 -chr2 44805528 . G GC 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=4.6364e-06;SS=2;SSC=53;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:14,7:17,8 -chr2 45414714 . GTATA G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.060943;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,6:27,3:15,3 -chr2 45418677 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:1,4:1,2:0,2 -chr2 45877089 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.25496;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,4:17,1:10,3 -chr2 46004180 . C G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=5.3433e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,2:12,9 -chr2 46607781 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.2598e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:17,14:6,9 -chr2 46944430 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0001796;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:9,6:12,7 -chr2 47900609 . C CACACGT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:1,3:8,2 -chr2 48059603 . A ATTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026073;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,5:7,3:5,2 -chr2 50026859 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 -chr2 50606606 . C CAATAATAATAATAAT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.035226;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:18,7:14,4 -chr2 51966739 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.5197e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:12,8:6,10 -chr2 54087912 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,3:0,1:0,2 -chr2 54753664 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:6,2:2,1:4,1 -chr2 56922408 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.032909;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:21,3:16,3 -chr2 57529639 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0024898;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:17,6:13,3 -chr2 60435528 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03378;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 -chr2 61417735 . TTTTCTTTTC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022116;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:7,6:8,2 -chr2 61933771 . TC T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.10571;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:20,2:16,2 -chr2 61963159 . C CA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0053061;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:16,6:16,1 -chr2 61975118 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:1,1:4,3 -chr2 62315376 . C CAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017292;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,7:4,6:10,1 -chr2 63909413 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:2,4:4,2 -chr2 64170709 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0041611;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,7:5,1 -chr2 66091570 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.01699;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:21,5:9,5 -chr2 67461581 . ATATATATATGTGTG A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,4:5,1:8,3 -chr2 68413223 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0067079;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:1,5:2,2 -chr2 69651830 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,3:0,3:0,0 -chr2 70917151 . C CAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,8:3,7:5,1 -chr2 73630958 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.038305;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:25,2:20,4 -chr2 73871565 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.20158;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,5:2,3:11,2 -chr2 74742473 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.02121;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,7:3,2 -chr2 75251101 . AGG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,5:2,2:3,3 -chr2 75905250 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=2.4155e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:4,7:8,5 -chr2 76692291 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00012116;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:23,7:10,5 -chr2 76913543 . A ATTTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.32176;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,4:16,3:9,1 -chr2 77103647 . G GTATATA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.013236;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,8:8,7:10,1 -chr2 77479101 . G T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.011919;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:19,3:28,6 -chr2 77686348 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.011394;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,1:8,6 -chr2 77931828 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.3654e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:15,9:6,9 -chr2 78549115 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0006295;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:16,8:14,5 -chr2 79845172 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,7:5,5:2,2 -chr2 80057175 . G GT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0061655;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:15,6:11,2 -chr2 80589903 . T TGTGTGTGC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.031686;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,9:10,5:8,4 -chr2 80641753 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.0312e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:8,5:14,11 -chr2 80984528 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.3937e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:16,13:7,9 -chr2 81700693 . T A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=9.7046e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:26,7:17,9 -chr2 81701068 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,11:8,3 -chr2 81720931 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.7347e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:32,21:10,8:22,13 -chr2 82109248 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,3:3,2 -chr2 82135167 . T G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.018182;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,8:0,1:0,7 -chr2 82176577 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00031835;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:10,4:13,6 -chr2 82468469 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.20188;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,4:21,2:5,2 -chr2 83232224 . G GTATATATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:4,3:2,1 -chr2 83429897 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.5223e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:11,8:13,7 -chr2 84276435 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.26374;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,5:4,4:3,1 -chr2 85425230 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.8808e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:12,7:12,7 -chr2 86569318 . A AT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:5,1:3,3 -chr2 87107818 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.023702;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,5:9,4 -chr2 87192569 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:8,1:13,6 -chr2 87228717 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.026424;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:47,15:24,4:23,11 -chr2 87361097 . A T 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.025783;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:101,14:63,12:38,2 -chr2 87361322 . T C 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.027614;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,12:17,5:39,7 -chr2 87378763 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.098694;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:20,4:11,1 -chr2 87424878 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0018749;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,11:11,7:8,4 -chr2 87884055 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.029613;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:13,6:25,6 -chr2 87885399 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.011249;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:20,3:17,3 -chr2 89534390 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.020062;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,7:14,1 -chr2 90263274 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010783;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:5,1:19,9 -chr2 90317559 . AG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:4,3:14,1 -chr2 90327067 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020644;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,1:7,8 -chr2 90356868 . AGCATT A 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.038484;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:46,7:34,6:12,1 -chr2 91467591 . T C 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.0058698;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:78,12:28,3:50,9 -chr2 91473716 . G C 0 PASS DP=315;GPV=1;SPV=0.044973;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:140,24:68,13:72,11 -chr2 91475304 . C T 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.036902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:51,15:23,2:28,13 -chr2 91512064 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.093588;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:0,0:26,4 -chr2 91590867 . A C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:47,13:18,7:29,6 -chr2 92109426 . G C 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.02189;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:101,17:47,8:54,9 -chr2 92244933 . A C 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.0031124;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:121,23:45,11:76,12 -chr2 92300353 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,2:15,2 -chr2 92308722 . A G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.035968;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:33,7:17,1 -chr2 92317187 . G A 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.036464;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:48,2:9,5 -chr2 92384123 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,2:1,2 -chr2 92401141 . T A 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.0017431;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:77,10:4,2:73,8 -chr2 92403422 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.088868;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:1,0:29,4 -chr2 92417092 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0066147;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:6,10:24,3 -chr2 92551166 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:7,1:17,3 -chr2 92557382 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,4:2,0 -chr2 92637920 . C T 0 PASS DP=417;GPV=1;SPV=0.017433;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:202,23:122,13:80,10 -chr2 92641309 . C A 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.00067309;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:85,16:30,7:55,9 -chr2 92815545 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:1,0:19,4 -chr2 92815587 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:1,0:24,4 -chr2 92817406 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.050318;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:7,3:19,3 -chr2 92839007 . G T 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.0022779;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:82,24:51,12:31,12 -chr2 92956270 . T C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.037798;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:50,5:3,1 -chr2 93026762 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.15427;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,3:6,2:14,1 -chr2 93044283 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.045335;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:6,2:22,7 -chr2 93107130 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.035875;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:7,2:26,3 -chr2 93158796 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14851;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:2,0:25,4 -chr2 93179369 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:5,1:16,3 -chr2 93219004 . T C 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.019646;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:108,19:36,8:72,11 -chr2 93259672 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0097246;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:11,4:15,4 -chr2 93311255 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 -chr2 93346162 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,5:1,1 -chr2 93454506 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13793;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:3,2:10,1 -chr2 93465530 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.28079;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:11,2:6,1 -chr2 93653271 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0012238;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:14,8:1,5 -chr2 93753410 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:1,0:28,4 -chr2 93807122 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016795;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,2:9,5 -chr2 93889142 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.064915;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:21,4:1,0 -chr2 93889691 . T A 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.042961;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:79,10:35,6:44,4 -chr2 93962263 . C T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.038189;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:53,9:26,2:27,7 -chr2 94005337 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0063358;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:22,4:1,2 -chr2 94155150 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,4:0,0 -chr2 94156095 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.023677;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:21,5:14,8 -chr2 95650859 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.0047322;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:15,7:21,7 -chr2 95858004 . C G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.019345;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:22,2:17,5 -chr2 97583326 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:3,4:7,1 -chr2 98036209 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 -chr2 99867003 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:8,9:5,2:3,7 -chr2 103705075 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,4:8,4 -chr2 105055493 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:5,6:0,1 -chr2 105211096 . ACC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.16209;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:15,2:7,1 -chr2 105388668 . C CA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.043884;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,4:14,2 -chr2 106394427 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010459;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:11,3:8,4 -chr2 106823442 . A AACACACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:10,2:4,2 -chr2 106917333 . C CAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:11,6:4,1 -chr2 110306649 . CA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 -chr2 111369841 . C G 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.00080463;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:53,14:29,4:24,10 -chr2 111369856 . GCAGGCTGCA G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.022382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:57,11:32,3:25,8 -chr2 111387092 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.03119;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:14,7:11,3 -chr2 111574482 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 -chr2 111642192 . CAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.051826;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:10,5:7,1 -chr2 111978449 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0087027;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:24,9:10,5:14,4 -chr2 112047086 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013155;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:6,5:0,1 -chr2 113484023 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0072523;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:6,3:18,6 -chr2 115985368 . TC T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0036217;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,9:10,1:14,8 -chr2 116200289 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.1439e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:9,5:13,10 -chr2 116976996 . G GTATATATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0072004;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4 -chr2 117074818 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014116;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:18,5:16,3 -chr2 118695940 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,5:0,1 -chr2 120973017 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=5.5881e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:11,9:19,8 -chr2 122335347 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.4872e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:34,18:16,11:18,7 -chr2 123234970 . A AT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:1,1:3,1 -chr2 123356747 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:1,1:3,1 -chr2 123414026 . G GAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,2:4,2:0,0 -chr2 124419896 . T TTTTC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.035975;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:6,4:23,5 -chr2 125734514 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:4,1:0,6 -chr2 125776549 . A ATTTATTTATTTATTTG 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.029853;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:16,9:11,1 -chr2 127252159 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1 -chr2 128816521 . ATATATAATATG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083396;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:10,3:10,3 -chr2 129272202 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,2:1,1:1,1 -chr2 130031192 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00021386;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:14,7:14,5 -chr2 131270314 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0091489;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:19,6:17,3 -chr2 131318005 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=5.7314e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:16,9:10,10 -chr2 131357474 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.022225;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,6:8,3 -chr2 131945583 . A G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.037818;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:48,10:34,8:14,2 -chr2 132016825 . TACA T 0 PASS DP=368;GPV=1;SPV=0.023337;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:199:165,34:84,24:81,10 -chr2 132404802 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,4:2,2:13,2 -chr2 132514068 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.1043e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:14,11:8,4 -chr2 133177183 . T TATATATATAC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,4:11,3:11,1 -chr2 134869706 . G GTA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.015231;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,6:6,3 -chr2 135619021 . C CAA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.026092;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,7:9,6:12,1 -chr2 135975753 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0044346;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,9:10,8:2,1 -chr2 136760923 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=4.0612e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:11,5:13,14 -chr2 139139937 . C CAAAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,5:5,4:8,1 -chr2 140228200 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,5:13,1:5,4 -chr2 140228202 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,5:14,1:4,4 -chr2 140228204 . T TATATATTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,4:13,1:5,3 -chr2 140228419 . AATAT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.013346;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,10:8,3 -chr2 142111478 . A C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.889e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:15,7:14,11 -chr2 144394989 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,3:1,1 -chr2 144663035 . GTTTATGAAGATGCAAAGTCACATGGCAAATTATCAATATTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,4:6,3 -chr2 146287171 . C CT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.4395e-06;SS=2;SSC=56;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:8,7:10,7 -chr2 146566577 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:16,2:18,4 -chr2 147035532 . GAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,6:8,5:1,1 -chr2 147611680 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=6.7474e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:14,12:12,6 -chr2 148294505 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,2:6,4 -chr2 150205885 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,5:7,4:6,1 -chr2 151133461 . AGAAAGAAG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,4:15,2:7,2 -chr2 152719764 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.072331;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,2:18,2 -chr2 152923482 . A ATTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,1:2,3 -chr2 153089504 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0039417;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:16,4:25,5 -chr2 154939176 . A ATATATT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,1:1,3 -chr2 154939185 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,1:2,4 -chr2 155754615 . T TAAATAAAATA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0090863;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,16:13,10:16,6 -chr2 156352879 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.035679;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:23,10:11,2 -chr2 157611849 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.0975e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:15,5:18,13 -chr2 158000067 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.057534;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:24,3:10,1 -chr2 159324625 . TAC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,5:8,2:5,3 -chr2 161660592 . C CT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.027649;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,7:3,5:20,2 -chr2 162558175 . CT C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.9786e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:14,7:9,6 -chr2 162954239 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.0094e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:7,11:11,6 -chr2 165923743 . G GTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.01607;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,8:11,1 -chr2 166312986 . AATT A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.027465;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:18,1:18,4 -chr2 168867808 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.014044;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:14,6:29,4 -chr2 168867850 . A G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.019385;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:16,9:24,4 -chr2 168975468 . GATAAATAT G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.023608;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,8:14,2:18,6 -chr2 169277193 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,10:3,9:2,1 -chr2 170519972 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0083519;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,9:4,8:5,1 -chr2 170543495 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.6518e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:10,6:13,8 -chr2 171081852 . TTG T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.8083e-07;SS=2;SSC=64;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:9,8:15,9 -chr2 171851511 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,5:6,3:14,2 -chr2 172109645 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.083965;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,1:20,3 -chr2 172568327 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.033264;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,6:8,5:5,1 -chr2 172914319 . ATTT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:9,2:6,2 -chr2 173192079 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0062765;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:25,10:14,5:11,5 -chr2 174423777 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3 -chr2 175313335 . A G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0014181;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:22,6:20,5 -chr2 177592339 . T G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.8928e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:17,10:10,9 -chr2 177631599 . A ATG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,2:2,3 -chr2 180164419 . C CTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0025987;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,9:3,6:3,3 -chr2 180329767 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.2691e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:13,3:8,8 -chr2 184134307 . G GTT 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.012316;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:33,16:19,8:14,8 -chr2 185526322 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.1162e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:15,9:11,7 -chr2 186851520 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.35897;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:6,2:3,1:3,1 -chr2 187406187 . C CAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.01206;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:14,8:12,6 -chr2 190314330 . T TAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 -chr2 190665678 . C G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00013696;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:19,9:17,4 -chr2 192188507 . T A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=3.3802e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:31,29:12,11:19,18 -chr2 192682970 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.053387;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,3:17,1 -chr2 192682971 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.064462;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,3:17,1 -chr2 195740603 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:9,1:3,3 -chr2 195848382 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=8.9593e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:38,22:15,8:23,14 -chr2 197072046 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0078247;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,9:4,2:3,7 -chr2 200522366 . TTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:8,1:17,3 -chr2 200683642 . C CCA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.065739;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:8,1:11,2 -chr2 201101362 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023137;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:7,8:8,2 -chr2 201694608 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:2,2:5,4 -chr2 202675445 . C CAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:3,4:2,1 -chr2 203482018 . AC A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.054338;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,3:14,1 -chr2 205730824 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.9377e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:9,14:13,6 -chr2 206249562 . ATT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.003241;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,12:12,10:8,2 -chr2 206315513 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00039944;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,16:7,9:4,7 -chr2 208176963 . A ATC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,8:9,3:3,5 -chr2 208237764 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0093762;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:6,5:5,3 -chr2 208818593 . CTGCT C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:0,1:2,1 -chr2 209091906 . GAT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 -chr2 209925100 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00029281;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:9,3:12,7 -chr2 210978778 . C CTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:0,3:7,3 -chr2 211401493 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0014707;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:16,5:9,3 -chr2 212204816 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10288;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,4:3,2 -chr2 212510205 . G GTATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:4,3:1,1 -chr2 213980478 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.010483;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:9,3:14,5 -chr2 216031691 . G GAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:12,2:1,2 -chr2 218684106 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:3,5:3,2 -chr2 219043934 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,7:7,6:4,1 -chr2 219262643 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.6565e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,23:13,14:11,9 -chr2 219822906 . C CTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,10:1,5:3,5 -chr2 220013230 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0093841;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:2,3:13,7 -chr2 220013251 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,9:4,2:6,7 -chr2 220400875 . G GTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1 -chr2 223654163 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:11,3:3,1 -chr2 223789835 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016427;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,9:5,1 -chr2 223866479 . C CTTCT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.007794;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,11:2,3:10,8 -chr2 224166291 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00017003;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:12,12:20,5 -chr2 225126009 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,10:3,9:1,1 -chr2 225758347 . CGTGGTGGCGGG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00082087;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:18,8:6,3 -chr2 226041206 . C A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0038251;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:13,3:30,6 -chr2 227730181 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.034157;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:28,2:9,9 -chr2 227745978 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:0,2:0,1:0,1 -chr2 227762536 . T TCTTTC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:0,1:1,1 -chr2 228092463 . TGTGCC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,1:5,4 -chr2 228271845 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.2648e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:12,11:13,8 -chr2 228501735 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:3,3:6,7 -chr2 228505700 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.6974e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:15,11:12,2 -chr2 228867416 . C CT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0015605;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:18,7:13,3 -chr2 229762700 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.7847e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:38,19:25,5:13,14 -chr2 229938845 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:17,2:12,2 -chr2 231692705 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019794;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:19,3:9,3 -chr2 231848489 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,4:9,1 -chr2 233321986 . TACACACACACACACACACACAC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0046784;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,11:3,9:3,2 -chr2 234297597 . C CCCTTTCTTTCTTTCTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.020443;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:6,2:14,3 -chr2 235358886 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:3,2:1,1:2,1 -chr2 235746377 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:2,6:5,1 -chr2 236416721 . TTATA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:4,2:1,2 -chr2 236808656 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00021594;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:12,6:18,6 -chr2 237578900 . A AAC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.001961;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:18,9:11,3 -chr2 239185034 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:4,2:4,2:0,0 -chr2 239253765 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.6295e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:13,6:10,6 -chr2 240672171 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=1.0492e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:33,25:21,12:12,13 -chr2 241392949 . G GA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.043687;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,14:4,9:15,5 -chr2 242169565 . T TG 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.011252;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:17,3:20,7 -chr20 1421653 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00021937;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:17,8:17,6 -chr20 1668219 . C CTTTTTCTTTTCT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.31002;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,4:11,2:13,2 -chr20 2854238 . T TACACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.042868;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,3:7,3 -chr20 2910020 . TCTATC T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,4:7,1:13,3 -chr20 3597071 . T TATATATATATATATATATAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:7,3:9,5 -chr20 3648606 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=7.5915e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,22:13,7:16,15 -chr20 3724489 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:7,4:8,2 -chr20 3724490 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1 -chr20 4032934 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:2,1:12,3 -chr20 4055300 . C CAAAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.01279;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,8:13,7:1,1 -chr20 5213537 . AGTGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,11:0,9:6,2 -chr20 5266921 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15115;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:19,3:10,1 -chr20 5266924 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,3:13,1 -chr20 5672704 . ATTTTATT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064915;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:7,3:15,1 -chr20 5959690 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0023297;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,6:6,1 -chr20 6318106 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.084986;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:10,1:20,4 -chr20 7022334 . CA C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,4:18,2:6,2 -chr20 10479355 . T TTTTC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0055953;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:15,8:7,4 -chr20 11065849 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=6.9242e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:38,18:16,5:22,13 -chr20 11507909 . TATATACAC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,2:6,5 -chr20 12364160 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.9635e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:16,9:13,5 -chr20 12755372 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.018628;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,3:11,3 -chr20 13159970 . CT C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.033108;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:26,4:13,1 -chr20 13627733 . T TAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,3:11,1 -chr20 13934341 . T TC 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.052565;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,6:10,4:26,2 -chr20 14083122 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:3,2:2,1:1,1 -chr20 14190702 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,2:0,1:1,1 -chr20 16410036 . C CAT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1 -chr20 16671238 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,2:0,1:7,1 -chr20 17294499 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.0237e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:12,8:13,5 -chr20 19844619 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10103;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:5,2:23,3 -chr20 19984000 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.043779;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,2:9,5 -chr20 21721607 . CATAT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,6:4,1 -chr20 21748369 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0003586;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:8,3:13,5 -chr20 23526154 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=6.589e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,7:8,4 -chr20 23683258 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.035082;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:15,3:25,2 -chr20 24508218 . A ATT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.012749;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:5,5:2,1 -chr20 25388787 . C CTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,10:4,7:8,3 -chr20 25792739 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr20 26237768 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.03936;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:22,2:19,3 -chr20 26894806 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,1:4,4 -chr20 27057752 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 -chr20 27213207 . G A 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=9.5044e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:94,15:32,4:62,11 -chr20 27213245 . T C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.011213;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:84,16:33,3:51,13 -chr20 28531506 . G A 0 PASS DP=540;GPV=1;SPV=0.031934;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:315:266,33:107,13:159,20 -chr20 28601114 . C T 0 PASS DP=274;GPV=1;SPV=0.012392;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:106,27:39,3:67,24 -chr20 28624166 . C T 0 PASS DP=444;GPV=1;SPV=0.022899;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:194,32:120,14:74,18 -chr20 28639014 . A C 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.01847;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:89,18:36,7:53,11 -chr20 28839977 . GT G 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.046076;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:92,18:35,7:57,11 -chr20 28889768 . C CCATTCCATTT 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.0080696;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:66,10:32,6:34,4 -chr20 29091576 . ATCAT A 0 PASS DP=371;GPV=1;SPV=0.02386;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:160,31:84,14:76,17 -chr20 29114498 . C T 0 PASS DP=328;GPV=1;SPV=0.034198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:139,26:63,13:76,13 -chr20 29124918 . G A 0 PASS DP=378;GPV=1;SPV=0.021382;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:205:169,36:94,19:75,17 -chr20 29504644 . AAAATT A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0059872;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:17,3:16,6 -chr20 29515438 . G A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.006436;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:57,8:32,5:25,3 -chr20 29898556 . G A 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.015448;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:150,24:77,17:73,7 -chr20 29920296 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:16,4:0,0 -chr20 29972768 . T A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0032969;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:13,9:18,6 -chr20 30415770 . A T 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.029803;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:67,10:32,2:35,8 -chr20 30864416 . A G 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.030834;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:103,17:43,9:60,8 -chr20 30907965 . ATTCT A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,5:3,2:14,3 -chr20 31055102 . C T 0 PASS DP=255;GPV=1;SPV=0.044983;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:120,18:58,11:62,7 -chr20 31070023 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.0041726;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:26,10:17,6 -chr20 31070181 . G T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.0078692;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:56,15:29,7:27,8 -chr20 31090625 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012456;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,2:6,6 -chr20 31580080 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,4:8,4 -chr20 33699579 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.025586;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,6:5,3 -chr20 33764545 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:6,4:0,1 -chr20 33793413 . G C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00018052;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:25,6:15,7 -chr20 34305122 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.013828;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:21,5:7,4 -chr20 34385222 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:5,2:3,2 -chr20 34584504 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:11,4:5,1 -chr20 37507861 . G GGTGTGTGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13094;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,7:7,6:7,1 -chr20 37603317 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:0,0:20,4 -chr20 37747378 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,3:5,1 -chr20 37965858 . G GTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,3:9,2 -chr20 38020327 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,4:8,1 -chr20 38600200 . CACCT C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.064069;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:21,2:15,2 -chr20 41689410 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.7194e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:11,6:11,11 -chr20 43176217 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:9,2:1,3 -chr20 43668194 . CTTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:6,5:5,1 -chr20 44745427 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.01087;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,4:1,1 -chr20 45369596 . CTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 -chr20 45742354 . C CTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:7,6:7,2 -chr20 45863169 . G GT 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.031655;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,1:17,3 -chr20 46124751 . GTTTTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,6:11,3:6,3 -chr20 46163323 . A C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.7714e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:15,8:16,8 -chr20 46273335 . G C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=3.1409e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:35,18:20,10:15,8 -chr20 47890440 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.060943;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:21,4:21,2 -chr20 48220906 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,14:5,12:5,2 -chr20 48222211 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,2:2,2 -chr20 48505407 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:9,3:17,1 -chr20 48933905 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.2638e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:36,22:23,11:13,11 -chr20 49129280 . A ATT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:8,1:4,3 -chr20 52314969 . CTCTCTCTCTCTCTG C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,3:0,1:0,2 -chr20 52383847 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,2:1,2:0,0 -chr20 52900213 . T TTTTCTTTC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.040748;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,7:14,2:12,5 -chr20 53845411 . G GTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.011401;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:6,5:0,2 -chr20 54842880 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.040883;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,6:10,1:15,5 -chr20 55314528 . CA C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0077416;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:15,2:15,5 -chr20 55514525 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.10265;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,4:13,1 -chr20 55514526 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.064844;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,4:13,1 -chr20 57669142 . C CATTTATTTATTTATTT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.076076;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,6:20,4:12,2 -chr20 58473712 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00069954;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:23,6:13,7 -chr20 58660713 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.00387;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,1:2,3 -chr20 58979628 . A AC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041383;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:22,2:2,3 -chr20 60507281 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,4:9,1:9,3 -chr20 62341039 . AAAATAAATAAATAAAT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.025865;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:17,3:4,6 -chr20 63068602 . C G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.031417;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,9:36,1:21,8 -chr20 64195401 . C CTTTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:0,3:4,2 -chr21 5220172 . T G 0 PASS DP=419;GPV=1;SPV=0.01533;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:179,31:89,18:90,13 -chr21 5232760 . G A 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.011403;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:133,21:69,13:64,8 -chr21 5270148 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.01767;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:21,6:22,8 -chr21 6361949 . C T 0 PASS DP=490;GPV=1;SPV=0.0088782;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:275:247,28:118,14:129,14 -chr21 7218911 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.040797;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:21,7:4,3 -chr21 7246044 . G A 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.038198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:131,16:73,9:58,7 -chr21 7252722 . C A 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.010036;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:50,16:35,11:15,5 -chr21 7281326 . T C 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.040746;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:98,15:48,11:50,4 -chr21 7315101 . A G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.031233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:74,20:39,7:35,13 -chr21 7318116 . T C 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.028389;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:85,21:48,11:37,10 -chr21 7916759 . A G 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.015515;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:95,24:51,14:44,10 -chr21 7928708 . TC T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.02013;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:93,20:45,10:48,10 -chr21 7942110 . C T 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=7.5651e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:104,14:52,3:52,11 -chr21 7946994 . C G 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.011018;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:91,23:49,10:42,13 -chr21 7947020 . C T 0 PASS DP=235;GPV=1;SPV=0.018736;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:96,22:48,11:48,11 -chr21 7948925 . C T 0 PASS DP=256;GPV=1;SPV=0.016707;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:114,26:62,20:52,6 -chr21 7950849 . TC T 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.0099971;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:80,23:41,11:39,12 -chr21 7950853 . TTCCA T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.0099623;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:65,20:39,9:26,11 -chr21 7957223 . T A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.038297;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:36,12:14,5:22,7 -chr21 7958453 . C T 0 PASS DP=444;GPV=1;SPV=0.014015;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:256:217,39:120,22:97,17 -chr21 8021953 . C T 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.010888;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:72,23:59,11:13,12 -chr21 8033537 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.022245;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:7,2:13,5 -chr21 8036516 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.016292;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:23,1:12,9 -chr21 8575932 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:0,0:23,4 -chr21 8615202 . G A 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.018379;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:71,18:40,9:31,9 -chr21 8766338 . C T 0 PASS DP=421;GPV=1;SPV=0.01124;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:204:175,29:73,13:102,16 -chr21 8766772 . C A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.00013834;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:62,12:47,5:15,7 -chr21 8783934 . G T 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.0071481;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:174,23:68,9:106,14 -chr21 8786423 . TTCC T 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.037144;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:118,21:70,9:48,12 -chr21 8827093 . T G 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.041463;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:88,16:54,12:34,4 -chr21 8837938 . G A 0 PASS DP=422;GPV=1;SPV=0.048908;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:240:215,25:139,19:76,6 -chr21 8840952 . G A 0 PASS DP=392;GPV=1;SPV=0.035916;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:166,31:66,8:100,23 -chr21 8845647 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.035906;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,7:8,2 -chr21 8850770 . G C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.039474;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:53,12:10,2:43,10 -chr21 8858565 . G C 0 PASS DP=554;GPV=1;SPV=0.006701;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:300:263,37:162,24:101,13 -chr21 8861884 . T C 0 PASS DP=317;GPV=1;SPV=0.01295;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:175:151,24:49,15:102,9 -chr21 8881102 . AC A 0 PASS DP=367;GPV=1;SPV=0.0046877;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:195:170,25:118,17:52,8 -chr21 9000317 . A T 0 PASS DP=382;GPV=1;SPV=0.022287;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:202:178,24:94,15:84,9 -chr21 9000360 . C T 0 PASS DP=451;GPV=1;SPV=0.036817;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:256:225,31:121,17:104,14 -chr21 9000802 . C A 0 PASS DP=384;GPV=1;SPV=0.025601;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:174,24:91,8:83,16 -chr21 9000994 . CTGGGAAAACTGGCT C 0 PASS DP=371;GPV=1;SPV=0.0061423;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:171,26:75,6:96,20 -chr21 9001046 . A G 0 PASS DP=364;GPV=1;SPV=0.033603;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:174,22:73,4:101,18 -chr21 9011684 . C T 0 PASS DP=484;GPV=1;SPV=0.033479;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:252:224,28:120,17:104,11 -chr21 9011923 . C T 0 PASS DP=411;GPV=1;SPV=0.0084415;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:207:181,26:82,13:99,13 -chr21 9019913 . C T 0 PASS DP=407;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:186,24:90,11:96,13 -chr21 9033212 . G A 0 PASS DP=434;GPV=1;SPV=0.0085647;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:204,23:102,15:102,8 -chr21 9043378 . G A 0 PASS DP=498;GPV=1;SPV=0.0059937;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:253:217,36:106,20:111,16 -chr21 9084596 . G GTGTGTGTGTGTGTT 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.028334;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:68,17:20,6:48,11 -chr21 9092235 . A C 0 PASS DP=461;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:225:198,27:89,7:109,20 -chr21 9096011 . T C 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.0057924;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:107,23:53,11:54,12 -chr21 9102967 . T C 0 PASS DP=480;GPV=1;SPV=0.027549;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:229:202,27:120,21:82,6 -chr21 9124467 . G T 0 PASS DP=625;GPV=1;SPV=0.049959;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:304:272,32:153,18:119,14 -chr21 9136435 . G A 0 PASS DP=491;GPV=1;SPV=0.011234;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:245:220,25:127,16:93,9 -chr21 9154575 . C T 0 PASS DP=678;GPV=1;SPV=0.019822;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:360:316,44:153,19:163,25 -chr21 9157822 . C G 0 PASS DP=409;GPV=1;SPV=0.01118;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:177,21:100,15:77,6 -chr21 9177607 . A G 0 PASS DP=493;GPV=1;SPV=0.0076654;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:197,33:89,16:108,17 -chr21 9184712 . C A 0 PASS DP=446;GPV=1;SPV=0.027931;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:246:219,27:107,13:112,14 -chr21 9253945 . T G 0 PASS DP=709;GPV=1;SPV=0.028605;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:394:352,42:122,21:230,21 -chr21 9268439 . C A 0 PASS DP=593;GPV=1;SPV=0.027544;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:318:269,49:123,29:146,20 -chr21 9270905 . T A 0 PASS DP=382;GPV=1;SPV=0.021248;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:190:163,27:59,14:104,13 -chr21 9272226 . C G 0 PASS DP=316;GPV=1;SPV=0.0044996;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:137,21:57,3:80,18 -chr21 9272460 . A G 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.046025;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:124,24:64,4:60,20 -chr21 9309037 . G A 0 PASS DP=496;GPV=1;SPV=0.04638;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:266:239,27:124,16:115,11 -chr21 9317266 . A T 0 PASS DP=466;GPV=1;SPV=0.010295;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:245:219,26:131,19:88,7 -chr21 9323107 . G A 0 PASS DP=648;GPV=1;SPV=0.014018;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:341:291,50:139,33:152,17 -chr21 9324423 . G A 0 PASS DP=496;GPV=1;SPV=0.01913;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:267:240,27:152,19:88,8 -chr21 9334862 . C T 0 PASS DP=469;GPV=1;SPV=0.026473;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:205,23:88,7:117,16 -chr21 9347264 . G T 0 PASS DP=523;GPV=1;SPV=0.0085766;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:285:250,35:119,17:131,18 -chr21 9351081 . C A 0 PASS DP=508;GPV=1;SPV=0.016554;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:292:259,33:144,16:115,17 -chr21 9357060 . T A 0 PASS DP=531;GPV=1;SPV=0.012241;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:278:248,30:134,16:114,14 -chr21 9367890 . C T 0 PASS DP=713;GPV=1;SPV=0.024546;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:355:309,42:137,14:172,28 -chr21 9369275 . G A 0 PASS DP=918;GPV=1;SPV=0.031693;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:495:440,55:201,22:239,33 -chr21 9373504 . G GAGAT 0 PASS DP=473;GPV=1;SPV=0.048323;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:262:235,27:109,4:126,23 -chr21 9564852 . A T 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0036247;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:75,23:35,13:40,10 -chr21 9574243 . C A 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.0017606;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:75,20:41,14:34,6 -chr21 9576700 . G A 0 PASS DP=286;GPV=1;SPV=0.014616;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:135,17:66,8:69,9 -chr21 9581253 . T C 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.044808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:54,7:30,5:24,2 -chr21 9591067 . A ATAGACACAAGGTTTCACTATAT 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.038826;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,8:20,5:27,3 -chr21 9606696 . A G 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.015765;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:84,20:40,9:44,11 -chr21 9673062 . T C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.017581;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:77,21:35,12:42,9 -chr21 9715188 . G A 0 PASS DP=219;GPV=1;SPV=8.7935e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:83,35:41,12:42,23 -chr21 9765769 . T G 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.010687;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:61,19:46,16:15,3 -chr21 9819014 . G C 0 PASS DP=1593;GPV=1;SPV=0.041702;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:856:766,90:347,37:419,53 -chr21 9854292 . G A 0 PASS DP=204;GPV=1;SPV=0.038086;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:90,22:51,14:39,8 -chr21 9857848 . G A 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.016928;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:91,25:39,7:52,18 -chr21 9883337 . G A 0 PASS DP=210;GPV=1;SPV=0.0094936;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:91,24:41,12:50,12 -chr21 9895530 . A T 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.0054636;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:84,22:29,8:55,14 -chr21 9910990 . A G 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.011682;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:69,22:38,10:31,12 -chr21 9923103 . T C 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.0042647;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:80,24:32,13:48,11 -chr21 9929347 . A C 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.0051875;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:83,27:42,10:41,17 -chr21 9973003 . C T 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.023625;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:97,25:36,17:61,8 -chr21 9981102 . CTTTCTT C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.048675;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:5,1:39,4 -chr21 10122235 . C T 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.012779;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:73,22:38,13:35,9 -chr21 10137758 . C T 0 PASS DP=242;GPV=1;SPV=0.041384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:106,24:39,9:67,15 -chr21 10139215 . C T 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.049177;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:107,12:60,10:47,2 -chr21 10325690 . C T 0 PASS DP=308;GPV=1;SPV=0.038903;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:140,24:70,13:70,11 -chr21 10331097 . A G 0 PASS DP=452;GPV=1;SPV=0.026031;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:243:211,32:96,13:115,19 -chr21 10333449 . TCTC T 0 PASS DP=408;GPV=1;SPV=0.028843;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:206,27:112,13:94,14 -chr21 10370486 . T TTATC 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.045325;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,10:9,8:19,2 -chr21 10372845 . A AAAAAGAAAAGAAAAG 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.024544;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:72,9:47,8:25,1 -chr21 10374957 . G C 0 PASS DP=278;GPV=1;SPV=0.0063768;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:122,28:52,4:70,24 -chr21 10410279 . C A 0 PASS DP=280;GPV=1;SPV=0.032388;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:135,22:61,11:74,11 -chr21 10440223 . A G 0 PASS DP=494;GPV=1;SPV=0.049025;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:282:250,32:101,16:149,16 -chr21 10453718 . G A 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.031111;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:230:206,24:107,14:99,10 -chr21 10675252 . C G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0012943;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:19,8:18,2 -chr21 10691179 . A T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.0042448;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:70,21:31,10:39,11 -chr21 10733585 . CCATTCCATTCCATTCCAT C 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.02107;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:77,17:41,5:36,12 -chr21 10756286 . G C 0 PASS DP=401;GPV=1;SPV=0.021145;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:197,29:104,9:93,20 -chr21 13016291 . A AG 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.0027062;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,9:27,7:23,2 -chr21 13109689 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.21541;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:18,1:18,3 -chr21 13178547 . A G 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.048782;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:57,10:39,9:18,1 -chr21 13370830 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.040848;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:18,2:17,3 -chr21 13507129 . T TATGC 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.062923;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:22,4:17,1 -chr21 13507133 . TG T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014256;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:20,4:12,3 -chr21 13507148 . C CATATCCATAT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.019777;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:21,4:15,3 -chr21 15220771 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.040295;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:11,1:26,4 -chr21 15220773 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.048187;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:13,1:26,4 -chr21 15939487 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036677;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,4:13,1 -chr21 16546313 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=9.186e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,16:5,14:4,2 -chr21 16689769 . C CAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030207;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:6,4:2,1 -chr21 18365632 . T TTC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:4,1:10,3 -chr21 20508556 . TG T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.054119;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:11,1:21,3 -chr21 21720242 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,4:9,1:5,3 -chr21 23147147 . G C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0084455;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:20,5:18,2 -chr21 23785046 . A AG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,4:0,0 -chr21 24248367 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.2488;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:6,2:6,2 -chr21 25177275 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.000113;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:9,4:14,9 -chr21 25831247 . A AAAAAAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.020644;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,9:6,7:7,2 -chr21 25917261 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,5:13,4:9,1 -chr21 26395875 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,1:9,3 -chr21 29100700 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.030792;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,3:5,2 -chr21 30580160 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0032828;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:19,7:21,3 -chr21 31064060 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.19298;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:9,8:6,7:3,1 -chr21 31564155 . ATTTTTT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0087912;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:0,11:0,4:0,7 -chr21 31785300 . T TCACCACCACCAC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,5:0,4:0,1 -chr21 33242728 . C CAAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,2:2,2 -chr21 33275152 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00052122;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:10,7:2,2 -chr21 33985104 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.017549;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,5:11,5 -chr21 34079602 . ATT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0032051;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:4,4:6,7 -chr21 34563754 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.32712;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:5,2:5,2 -chr21 34563796 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:2,1:6,5 -chr21 34859485 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.0094e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,17:13,10:5,7 -chr21 35985942 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:0,5:0,2:0,3 -chr21 36115398 . AT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:5,5:1,1 -chr21 36458485 . A T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.9266e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:19,7:14,5 -chr21 36489333 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0031363;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:38,16:22,9:16,7 -chr21 41655990 . AAC A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040214;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,2:6,5 -chr21 41781015 . A AAGGAAGGGAGGG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:13,4:0,0 -chr21 42795970 . C CAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:2,5:6,1 -chr21 42840043 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,1:13,3 -chr21 42840044 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,1:12,3 -chr21 42952795 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0042194;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,9:7,2 -chr21 44828163 . C CAAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.049781;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,10:14,9:6,1 -chr21 44973001 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.032506;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:20,6:26,3 -chr21 46005922 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.079663;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:14,4:21,1 -chr21 46209576 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.7127e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:14,9:13,12 -chr21 46502437 . AT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,3:3,2 -chr22 10515468 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0026385;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,4:3,4 -chr22 10527435 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:1,0:17,4 -chr22 10532777 . C A 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.028811;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:93,21:45,5:48,16 -chr22 10558134 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:0,0:35,4 -chr22 10595912 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015249;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:12,8:4,3 -chr22 10619665 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.027107;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:29,7:13,4 -chr22 10687725 . G T 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.028858;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:131,17:64,7:67,10 -chr22 10688005 . G A 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.01099;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:35,9:52,7 -chr22 10689266 . TTA T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.013255;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:47,11:18,4:29,7 -chr22 10710438 . T G 0 PASS DP=477;GPV=1;SPV=7.9607e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:271:237,34:116,16:121,18 -chr22 10713037 . A C 0 PASS DP=488;GPV=1;SPV=0.049445;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:237:211,26:118,15:93,11 -chr22 10713116 . T C 0 PASS DP=486;GPV=1;SPV=0.031031;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:250:221,29:125,11:96,18 -chr22 10715443 . G C 0 PASS DP=398;GPV=1;SPV=0.035464;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:193,24:78,10:115,14 -chr22 10735435 . G A 0 PASS DP=591;GPV=1;SPV=0.025866;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:251,28:104,14:147,14 -chr22 10740709 . T C 0 PASS DP=745;GPV=1;SPV=0.027163;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:400:345,55:187,30:158,25 -chr22 10774323 . C G 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.047186;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:112,18:43,7:69,11 -chr22 10783174 . C G 0 PASS DP=537;GPV=1;SPV=0.0073097;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:300:268,32:153,20:115,12 -chr22 11025039 . C T 0 PASS DP=536;GPV=1;SPV=0.046535;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:244,35:161,25:83,10 -chr22 11025413 . A C 0 PASS DP=356;GPV=1;SPV=0.00050264;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:200:161,39:73,12:88,27 -chr22 11032829 . C G 0 PASS DP=340;GPV=1;SPV=0.024978;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:187:160,27:85,12:75,15 -chr22 11037145 . G T 0 PASS DP=580;GPV=1;SPV=0.030083;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:302:268,34:108,13:160,21 -chr22 11051002 . A AT 0 PASS DP=339;GPV=1;SPV=0.0056207;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:123,25:79,15:44,10 -chr22 11051392 . C CTT 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.0010608;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:83,33:48,14:35,19 -chr22 11052377 . G A 0 PASS DP=284;GPV=1;SPV=0.021315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:132,24:60,14:72,10 -chr22 11053495 . G A 0 PASS DP=524;GPV=1;SPV=0.03049;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:269:240,29:147,13:93,16 -chr22 11067683 . G T 0 PASS DP=502;GPV=1;SPV=0.016094;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:280:239,41:117,19:122,22 -chr22 11704828 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.039473;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,4:11,2 -chr22 11706815 . C A 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.029311;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:85,19:43,12:42,7 -chr22 11716434 . G A 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.033757;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:26,4:30,7 -chr22 11789821 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.035057;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:11,5:27,1 -chr22 11792484 . C A 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.003997;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:70,23:29,9:41,14 -chr22 11800116 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 -chr22 11808139 . A G 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.021598;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:107,15:37,6:70,9 -chr22 11824968 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.039036;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:17,4:14,1 -chr22 11849927 . T A 0 PASS DP=280;GPV=1;SPV=0.015956;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:108,24:39,8:69,16 -chr22 11851137 . C T 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.0478;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:72,12:9,6:63,6 -chr22 11862800 . G T 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.0023027;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:138,26:75,6:63,20 -chr22 11862849 . C T 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.0099818;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:91,17:37,5:54,12 -chr22 11863886 . T C 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.021636;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:87,17:24,3:63,14 -chr22 11872739 . G A 0 PASS DP=598;GPV=1;SPV=0.037931;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:321:276,45:67,26:209,19 -chr22 11880183 . C A 0 PASS DP=758;GPV=1;SPV=0.029906;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:424:380,44:182,25:198,19 -chr22 11884747 . T C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.022025;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:61,17:33,10:28,7 -chr22 11891373 . G A 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.0083297;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:140,25:61,6:79,19 -chr22 11910029 . T C 0 PASS DP=534;GPV=1;SPV=0.0017436;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:298:253,45:117,18:136,27 -chr22 11910052 . ATT A 0 PASS DP=588;GPV=1;SPV=0.0077303;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:317:276,41:121,16:155,25 -chr22 11910108 . C T 0 PASS DP=508;GPV=1;SPV=0.044125;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:249,30:105,14:144,16 -chr22 11919665 . G A 0 PASS DP=689;GPV=1;SPV=0.044565;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:365:319,46:163,26:156,20 -chr22 11949405 . A T 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.023767;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,9:33,8:20,1 -chr22 11965872 . A AT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:14,5:13,6 -chr22 12041709 . T C 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.027322;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:194:166,28:85,12:81,16 -chr22 12059080 . T C 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.031253;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:10,1:41,9 -chr22 12117801 . CTTT C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.030243;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,9:23,4:32,5 -chr22 12141119 . T C 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.0016122;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:112,14:41,6:71,8 -chr22 12141913 . T A 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.035797;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:90,11:37,8:53,3 -chr22 12150278 . A T 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.03149;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:107,14:36,6:71,8 -chr22 12204530 . A G 0 PASS DP=377;GPV=1;SPV=0.030182;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:168,30:78,11:90,19 -chr22 12217824 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.011982;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:72,21:47,16:25,5 -chr22 12297999 . G C 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.041699;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:85,20:27,7:58,13 -chr22 12379640 . A T 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.0093892;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:75,20:44,5:31,15 -chr22 12395058 . C T 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.020863;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:107,25:59,17:48,8 -chr22 12494373 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.012821;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:28,9:2,1 -chr22 12621814 . C T 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.031921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:170:150,20:75,13:75,7 -chr22 12621815 . A G 0 PASS DP=327;GPV=1;SPV=0.0045834;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:153,24:75,16:78,8 -chr22 12628383 . T G 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.0056617;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:147,18:91,15:56,3 -chr22 12720595 . C T 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.04159;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:71,11:41,9:30,2 -chr22 12791545 . T G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.008703;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:24,7:21,1 -chr22 12807142 . G A 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.0090814;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:100,16:48,9:52,7 -chr22 12873772 . C T 0 PASS DP=728;GPV=1;SPV=0.017611;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:393:350,43:189,14:161,29 -chr22 15251751 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.010876;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,4:5,2 -chr22 15544861 . CT C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.014087;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:26,1:15,5 -chr22 15557613 . A T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.032489;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:75,15:41,8:34,7 -chr22 15564283 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0074047;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,2:11,6 -chr22 15565713 . G A 0 PASS DP=236;GPV=1;SPV=0.016353;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:100,18:58,8:42,10 -chr22 15569125 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr22 15578215 . G A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.022403;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:57,16:27,6:30,10 -chr22 15679673 . C G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.031468;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:21,7:19,7 -chr22 15737058 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.036388;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:16,4:10,8 -chr22 15737153 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 -chr22 15755684 . C A 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.0010651;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:59,11:30,4:29,7 -chr22 15803926 . CA C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.030404;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:22,2:14,6 -chr22 15803932 . A C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.033733;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:22,2:10,6 -chr22 15817353 . C A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.033127;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:33,9:27,7 -chr22 16451898 . T C 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.023234;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:72,10:32,2:40,8 -chr22 16677660 . CT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 -chr22 17680215 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01398;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,8:5,1 -chr22 18491271 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.025398;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:10,2:15,4 -chr22 18526584 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.045802;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:8,3:14,3 -chr22 18631998 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.040114;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:9,5:11,1 -chr22 18748951 . T C 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.0042912;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:51,19:22,8:29,11 -chr22 19589749 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:7,1:8,3 -chr22 19647482 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:5,2:2,1:3,1 -chr22 21167912 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr22 21171889 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.049568;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:12,3:9,4 -chr22 21283575 . G A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.0052909;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:54,13:48,9:6,4 -chr22 21327287 . ATATTTAATG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041126;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,1:5,4 -chr22 21789901 . TA T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.035754;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:24,3:13,5 -chr22 22336932 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.035811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,5:16,4 -chr22 22634572 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.011338;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:7,2:31,4 -chr22 22636857 . A C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.074196;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:20,2:21,3 -chr22 22638606 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.023491;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:14,1:24,5 -chr22 23156145 . G GAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:7,2:8,2 -chr22 23718138 . CAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,6:5,4:2,2 -chr22 23917756 . C CAAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.015459;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:13,6:1,2 -chr22 23951068 . TC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:5,1:14,3 -chr22 24261891 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.028928;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,9:29,8:28,1 -chr22 24643645 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04342;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:16,1:20,4 -chr22 25497868 . CAAA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0012088;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:11,14:2,2 -chr22 26416397 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2.1596e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:15,12:7,7 -chr22 27036071 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.032284;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:8,5:4,2 -chr22 27041284 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=8.6693e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:13,9:8,10 -chr22 27130166 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,5:3,1 -chr22 30454606 . ATAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1396;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:5,2:19,3 -chr22 31129542 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:4,3:5,3 -chr22 31377200 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028009;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,8:5,6:5,2 -chr22 31795065 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.030178;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:15,8:3,2 -chr22 32559832 . C CA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.016203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,6:17,4:16,2 -chr22 33139537 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.1736e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:16,9:16,11 -chr22 33220224 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.4311e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:10,11:20,8 -chr22 33574686 . TTGTGTGTGTGTG T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,10:4,4:4,6 -chr22 33805508 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.6689e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:13,9:12,5 -chr22 33805761 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0080302;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:12,8:3,5:9,3 -chr22 34168569 . C A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00018622;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:19,6:21,8 -chr22 34437204 . GA G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.0526e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:11,8:10,7 -chr22 34664854 . A AT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00025582;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,10:8,8:7,2 -chr22 35875607 . GGTGT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:5,3:6,2 -chr22 36210011 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.4115e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,7:10,7 -chr22 36251070 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.019126;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,8:17,7:4,1 -chr22 36354956 . A AACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.11312;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:14,4:16,1 -chr22 37711592 . AC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.010299;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,8:7,6:12,2 -chr22 37728262 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,2:2,1:3,1 -chr22 38478534 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0093932;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,10:4,4:7,6 -chr22 39620766 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.16591;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,4:13,2:11,2 -chr22 40145067 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:9,7:11,1 -chr22 41033338 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.013602;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:16,5:12,8 -chr22 41066798 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.8289e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:14,12:7,10 -chr22 41357774 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=6.1491e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:16,8:21,6 -chr22 41457120 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012882;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,6:3,1 -chr22 41864324 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011216;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:3,3:3,2 -chr22 41864326 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01192;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:5,6:4,2 -chr22 42666228 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,13:11,11:5,2 -chr22 43165890 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:12,3:2,1 -chr22 44629323 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.048243;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,7:11,5:9,2 -chr22 45063002 . AATTTT A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.023653;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:7,8:19,2 -chr22 47667517 . GTTTTT G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,2:2,2 -chr22 48726557 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.031171;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:13,5:27,1 -chr22 48726583 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.048775;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:12,2:20,3 -chr22 48726597 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,3:17,1 -chr22 48956408 . A AC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0030462;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:4,3:7,6 -chr22 49066953 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.11845;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:13,2:16,3 -chr22 49433501 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:8,3:5,1 -chr22 49693705 . T G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00011692;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:16,3:17,10 -chr3 4566604 . G GCACACACA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019985;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,10:6,8:3,2 -chr3 5111167 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,0:13,4 -chr3 6429035 . C G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2 -chr3 6799365 . G GA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0020146;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:13,5:4,3 -chr3 8612658 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.026298;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:5,5:9,1 -chr3 8742375 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.030897;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:4,3:8,1 -chr3 9511350 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0034707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:14,5:7,2 -chr3 11841073 . ATTT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.025708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:9,3:2,2 -chr3 18305569 . C CTCTCTCT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,4:2,1:0,3 -chr3 18324800 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.04073;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:6,2:16,5 -chr3 18553747 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.0994e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:14,9:12,4 -chr3 20755436 . T TTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,8:3,5:5,3 -chr3 20856087 . CCAGAGT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023613;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,5:3,1 -chr3 20856104 . C CCAGAGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,7:6,5:1,2 -chr3 20988867 . CTT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,8:8,4:6,4 -chr3 21682728 . CT C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=9.7753e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:15,7:15,8 -chr3 21689130 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.013927;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,8:8,2 -chr3 22530753 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 -chr3 22546163 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017286;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:9,4:5,7 -chr3 23113226 . C CAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:0,4:3,1 -chr3 23290889 . T TAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0079695;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,7:5,1 -chr3 23752505 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,4:5,5 -chr3 24787864 . TATACAC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.041843;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:13,6:10,5 -chr3 24913402 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:3,9:3,4:0,5 -chr3 25133963 . T TAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.014127;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,9:8,5:12,4 -chr3 27587474 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.7952e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:5,9:12,4 -chr3 28015880 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,1:5,3 -chr3 29435973 . C CAA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00034388;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,18:12,15:18,3 -chr3 30186088 . T TTAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.088833;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,1:19,3 -chr3 33434289 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,1:2,3 -chr3 34654288 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:0,0:18,4 -chr3 36918610 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1 -chr3 38033298 . A ATTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:2,4:10,3 -chr3 38259441 . CAT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:5,4:3,1 -chr3 38759067 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0035502;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:16,5:17,4 -chr3 39512143 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0027042;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:27,4:16,6 -chr3 42271566 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.6217e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:11,10:6,8 -chr3 42427757 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0059941;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,9:8,7:6,2 -chr3 44191534 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,4:8,2:4,2 -chr3 45205918 . CATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 -chr3 46699060 . A ATT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0037707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,7:2,5:1,2 -chr3 47316564 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3 -chr3 47539503 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10559;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:19,2:13,2 -chr3 47650304 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 -chr3 47708086 . T TTTTTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 -chr3 47769210 . C CCA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:2,4:6,1 -chr3 48100231 . A ATTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0012432;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,7:0,4:1,3 -chr3 48825028 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,5:4,2 -chr3 49145119 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:3,4:10,1 -chr3 49564269 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.295e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:17,11:9,10 -chr3 50729353 . TTA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.053325;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:24,3:17,3 -chr3 51515929 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0737;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,5:5,1 -chr3 51527671 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.013574;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:12,6:6,3 -chr3 51777374 . A AACACAC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.032319;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,10:13,6:10,4 -chr3 52793297 . A AT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.013344;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,8:15,4:10,4 -chr3 53316596 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,10:3,5:3,5 -chr3 53555439 . T TGG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,4:14,2:7,2 -chr3 55589215 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:12,3:7,1 -chr3 57649530 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0026369;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:9,6:8,7 -chr3 59646497 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,4:3,1 -chr3 64193563 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.0579e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:13,6:13,6 -chr3 66941692 . TCTAG T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.017873;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,6:10,4:4,2 -chr3 67679793 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,7:3,6:3,1 -chr3 68148279 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.8779e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:13,12:12,9 -chr3 69656637 . TGTGCAACA T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=3.2589e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:12,4:11,9 -chr3 73162166 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0034955;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,14:7,9:9,5 -chr3 74233543 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=5.8154e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:6,7:11,7 -chr3 75443072 . CATATATAT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.056191;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,7:5,3:5,4 -chr3 75466093 . TTCTCTC T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049667;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,7:9,6:4,1 -chr3 75544518 . T TA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,3:4,5 -chr3 75630855 . T C 0 PASS DP=432;GPV=1;SPV=0.0086559;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:193,34:89,14:104,20 -chr3 75636215 . TTTACA T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.00073785;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:34,18:23,7:11,11 -chr3 75799240 . G A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.043876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:65,8:37,6:28,2 -chr3 76160831 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00040665;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:15,4:18,8 -chr3 76603332 . CAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:6,3:6,1 -chr3 76941714 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=3.6992e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:14,10:10,8 -chr3 77437661 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.4652e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:15,11:11,8 -chr3 78712038 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,2:5,3 -chr3 82029772 . A C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=8.5764e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:15,6:21,6 -chr3 82731343 . T TCA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.045958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,9:13,3:8,6 -chr3 83829507 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0018636;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:23,7:14,4 -chr3 84560279 . T TA 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0019283;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:13,2:24,7 -chr3 84817008 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=6.8751e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:8,7:12,5 -chr3 85175919 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,4:5,1 -chr3 85327554 . C CCACACACA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,3:6,2 -chr3 85769360 . GTA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.036961;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:15,7:8,3 -chr3 85776336 . T TACACAC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048633;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,8:8,1 -chr3 86455500 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=4.5883e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:23,6:13,8 -chr3 86819647 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.25076;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:11,1:18,3 -chr3 86843970 . T TAAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,3:5,2 -chr3 86934470 . CTA C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.13232;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:19,1:15,3 -chr3 87168932 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,3:11,1 -chr3 88600837 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6063e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:7,7:12,8 -chr3 89415467 . A AATATATATATATATAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:15,1:6,3 -chr3 89570143 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032087;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,12:17,7:4,5 -chr3 90078631 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=9.0699e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:19,5:13,9 -chr3 90709652 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=7.1674e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:3,17:1,6:2,11 -chr3 90793933 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041838;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:10,2:13,3 -chr3 90798273 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.019069;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:1,1:22,8 -chr3 90819203 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.13808;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:34,4:1,0 -chr3 90820754 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0075937;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:26,4:11,5 -chr3 90940738 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.03083;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:18,4:24,6 -chr3 90946971 . A C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:1,1:4,7 -chr3 90960127 . T C 0 PASS DP=427;GPV=1;SPV=0.017457;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:202,25:43,5:159,20 -chr3 90960336 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.049167;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:25,3:18,2 -chr3 90964893 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:21,4:1,0 -chr3 90972114 . T A 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.046319;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:118,20:8,1:110,19 -chr3 91033421 . C G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.22913;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:17,3:3,1 -chr3 91114091 . C G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:0,1:4,5 -chr3 91136381 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 -chr3 91155170 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 -chr3 91168881 . T A 0 PASS DP=270;GPV=1;SPV=0.039095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:127,20:46,5:81,15 -chr3 91185986 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.071233;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:14,1:22,3 -chr3 91257575 . A T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.023;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:11,6:22,6 -chr3 91734902 . T G 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.020773;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:74,14:52,10:22,4 -chr3 92895933 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.11326;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:17,4:24,1 -chr3 93231826 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0097821;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,5:7,2 -chr3 93628962 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 -chr3 95045306 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.2804e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:8,10:10,10 -chr3 95799926 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=2.1763e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:13,13:17,6 -chr3 97179717 . G GTCTCTCTC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.047969;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:11,5:12,4 -chr3 97516006 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00016135;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:14,8:6,4 -chr3 97669261 . G GT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0012641;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:13,5:14,4 -chr3 98689394 . T TATACATGGAAACATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,2:3,2 -chr3 98761022 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00030829;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:22,5:13,8 -chr3 102475930 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.6232e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:18,10:13,9 -chr3 103575380 . A G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=5.1599e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:7,8:12,8 -chr3 104230578 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:2,5:8,1 -chr3 104405069 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:3,3:8,1 -chr3 105280352 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1019;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,2:17,2 -chr3 106155491 . GCA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.015187;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:13,11:8,2 -chr3 107251876 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00055017;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:16,6:18,6 -chr3 107829977 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,5:5,1 -chr3 108704397 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,4:7,2:6,2 -chr3 108780415 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.7129e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:14,7:15,12 -chr3 109355488 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:12,7:2,1 -chr3 109421528 . T TC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0090069;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,8:4,1 -chr3 111869715 . G T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.048716;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:12,2:16,3 -chr3 112483140 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,6:5,1 -chr3 113087776 . A AGT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0064207;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:15,11:12,6:3,5 -chr3 113113781 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,11:1,8:6,3 -chr3 113683464 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:5,2:6,2 -chr3 115111003 . TAA T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.013855;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:17,4:18,2 -chr3 118309745 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.2466e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:6,5:10,12 -chr3 119504434 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=7.4019e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:25,25:13,15:12,10 -chr3 119662233 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0033075;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:12,6:1,2 -chr3 120377256 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0018544;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:10,1:6,8 -chr3 121486895 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:5,3:2,2:3,1 -chr3 123152111 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024337;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:3,8:9,1 -chr3 124437274 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.030818;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:16,6:17,1 -chr3 126807268 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.0613e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:10,8:4,5 -chr3 133107455 . G GGT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0033467;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,8:9,4:5,4 -chr3 135035840 . A C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.8928e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:13,10:14,9 -chr3 135277886 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,2:0,1:1,1 -chr3 135588978 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024419;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:11,7:6,3 -chr3 137401062 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=9.5596e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:18,7:17,5 -chr3 138005386 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033449;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:2,2:14,10 -chr3 138100978 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.6652e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:16,9:12,13 -chr3 141458365 . T TTATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.005394;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:9,8:4,2 -chr3 142496280 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,5:0,4:0,1 -chr3 142528879 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0625;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:2,1:2,2 -chr3 142919712 . CTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:7,3:4,2 -chr3 143854335 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=5.0272e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:8,8:14,9 -chr3 143929350 . TAG T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.021372;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:13,4:16,1 -chr3 143967825 . AC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2 -chr3 147567553 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:14,4:7,1 -chr3 147669410 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=3.684e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:40,16:14,8:26,8 -chr3 148190448 . A AACACACACACACACACAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.020817;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:8,4:9,3 -chr3 148565382 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021135;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,4:9,1 -chr3 150111994 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:6,3:2,1 -chr3 151071977 . T TTGTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.04952;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,3:6,5 -chr3 152727690 . AAGAGAGAGAGAGAGAG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.011438;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,4:3,2:0,2 -chr3 152988157 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.040975;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:9,4:22,6 -chr3 153038706 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.062923;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:20,3:19,2 -chr3 153264487 . A AAC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.037551;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:15,4:9,1 -chr3 154187380 . A ATT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00044676;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:9,7:6,5 -chr3 154667490 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,4:8,1 -chr3 157202415 . C A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.040969;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:14,6:21,2 -chr3 158518150 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,1:4,4 -chr3 161289048 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:14,3:7,1 -chr3 163096266 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.020382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,7:14,5:9,2 -chr3 163902659 . T TAATA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,9:9,6:5,3 -chr3 165738521 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,11:5,8:4,3 -chr3 167775225 . T TTTA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0034869;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,5:12,6 -chr3 169550820 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,8:4,2:7,6 -chr3 169772316 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.21107;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:10,3:9,2 -chr3 170158927 . G GA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.028751;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,9:8,7:10,2 -chr3 170700348 . C CT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00014726;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:15,9:11,3 -chr3 171478467 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.8834e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:11,11:10,11 -chr3 171639566 . TA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1671;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,5:9,4:9,1 -chr3 172156801 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.031443;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:18,6:25,1 -chr3 175242572 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.1486e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:15,8:16,14 -chr3 177090517 . T TAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046659;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:16,3:5,5 -chr3 178908086 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.1049e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:7,15:15,8 -chr3 179023713 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,7:2,3:2,4 -chr3 179624571 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,4:18,1:4,3 -chr3 179679794 . GT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:8,3:1,1 -chr3 179847051 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0028187;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:10,6:16,4 -chr3 180010267 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:2,3:12,1 -chr3 180276865 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00082467;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:10,5:15,8 -chr3 180877568 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=3.8427e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:14,12:13,12 -chr3 181725038 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0062713;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,6:1,5:1,1 -chr3 182762165 . C CAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010647;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,11:10,7:9,4 -chr3 184075552 . A AACACACACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0086792;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,7:4,3 -chr3 184542153 . A ACGACGAGACCCAGCTCACAATGGGAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,1:14,4 -chr3 184640882 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 -chr3 186625004 . T G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.064931;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:18,1:23,4 -chr3 188294056 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:16,4:1,0 -chr3 189881272 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0072131;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:31,1:8,7 -chr3 191528605 . TA T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,2:13,2 -chr3 191528613 . T TA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.060505;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,2:16,2 -chr3 191528616 . TA T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.076851;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:16,2:16,2 -chr3 192190468 . C CTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,4:2,1 -chr3 194092184 . GGTTTT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.35217;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:9,3:2,1 -chr3 195045214 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,3:4,3 -chr3 195185100 . AG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,5:2,3:2,2 -chr3 195498776 . G A 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.046033;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:86,10:62,8:24,2 -chr3 195499154 . C A 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.025408;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:84,12:46,4:38,8 -chr3 195649841 . CAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAAG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.024221;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:22,2:6,4 -chr3 195730099 . CAAAAAAA C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.043916;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,11:17,9:5,2 -chr3 195857983 . CAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:4,5:2,3 -chr3 195872023 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.039859;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:16,9:12,2 -chr3 196025207 . ACGC A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,3:16,2 -chr3 196766931 . C CGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.046544;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,9:14,6:3,3 -chr3 196769817 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.010302;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,10:8,3:11,7 -chr3 197652901 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.017918;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:20,1:7,4 -chr3 197664611 . A G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.049555;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:25,9:19,4 -chr3 197665269 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.028535;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:5,2:36,13 -chr3 198103423 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018146;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,3:4,4 -chr4 21086 . TA T 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.038694;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:76,18:34,10:42,8 -chr4 21124 . C T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.019434;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:57,15:16,6:41,9 -chr4 28967 . C T 0 PASS DP=500;GPV=1;SPV=0.020359;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:267:236,31:115,17:121,14 -chr4 30599 . C T 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.030157;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:110,15:57,6:53,9 -chr4 47344 . G T 0 PASS DP=430;GPV=1;SPV=0.032683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:235:209,26:108,11:101,15 -chr4 1152938 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:3,5:6,1 -chr4 1357096 . C G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.04248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:17,5:25,6 -chr4 1424134 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:11,6:1,2 -chr4 1615502 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00012864;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:6,9:1,2 -chr4 4076282 . G GTATGTA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.13283;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:28,4:14,1:14,3 -chr4 4857672 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.023724;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:18,5:21,2 -chr4 5740470 . CAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023166;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,2:7,3 -chr4 6067677 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.037705;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:7,3:15,3 -chr4 7362923 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,4:5,2:11,2 -chr4 7525810 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,1:4,3 -chr4 7862415 . C G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,2:6,2:0,0 -chr4 8823593 . CAAAAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:2,5:7,1 -chr4 8842317 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.002173;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:2,4:1,5 -chr4 9249263 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.086687;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr4 9710191 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=2.0186e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,23:12,16:15,7 -chr4 10778181 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.079656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,3:15,1 -chr4 10953112 . ATCTTTCTTTCTTTCTT A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0023163;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,7:4,2:11,5 -chr4 14436315 . C CAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,7:13,4:3,3 -chr4 15790424 . G A 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.0084712;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:63,8:35,4:28,4 -chr4 16004829 . T TTCTTTCTTTTTTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:4,1:17,4 -chr4 16094108 . GGAGAGAGAGAGAGAGA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:12,3:6,1 -chr4 16179788 . T TTATATATATATATATATGTGTATA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.040844;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,3:10,3 -chr4 16312513 . CT C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.017433;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:18,7:6,2 -chr4 17182251 . TTG T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.044315;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:15,2:14,5 -chr4 17440806 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0047587;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:11,3:3,3 -chr4 17703014 . C G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=7.4469e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:29,24:14,11:15,13 -chr4 19226220 . AAT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:3,2:7,7 -chr4 19543854 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.7594e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:14,10:12,8 -chr4 19683119 . C A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0011232;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:13,5:21,6 -chr4 20748560 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,4:0,2:1,2 -chr4 22316714 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.092709;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,2:14,2 -chr4 22389501 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0014573;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:6,11:10,6 -chr4 23724299 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.018169;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:17,5:29,1 -chr4 23727998 . T TAAAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,11:5,7:3,4 -chr4 24049324 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 -chr4 26210662 . T TC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2 -chr4 26210686 . C CTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:0,1:4,1 -chr4 26793722 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:7,7:7,1 -chr4 27175793 . CTTTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0059543;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,6:1,1:9,5 -chr4 27218850 . A AT 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0011791;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:25,7:6,2 -chr4 27808133 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,8:5,2 -chr4 28359297 . A G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00079295;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:18,6:16,4 -chr4 29872258 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=4.1611e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:14,11:6,6 -chr4 31720292 . G GT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:1,2:3,2 -chr4 31798786 . C CGTGTGT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0062769;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,13:12,10:10,3 -chr4 31861304 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0029048;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:17,7:20,4 -chr4 32090979 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=6.109e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:41,16:25,9:16,7 -chr4 32185674 . A T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.002307;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:24,4:23,5 -chr4 32201646 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 -chr4 32703978 . C CA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0014364;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,3:10,7 -chr4 33791174 . G C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.00019843;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:20,8:22,4 -chr4 35203275 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:9,2:4,4 -chr4 36161793 . CAAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:5,3:4,2 -chr4 38733519 . GTGTTGGTGT G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.046608;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,5:11,2 -chr4 39621686 . CTTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011976;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,8:10,7:2,1 -chr4 40579423 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:5,2:4,4 -chr4 40862856 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.021719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,12:15,11:2,1 -chr4 43758090 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,2:14,2 -chr4 44556770 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,3:13,2 -chr4 45867458 . G GTGTATATATATATATA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:3,2:4,2 -chr4 46289907 . ATT A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:22,3:12,2 -chr4 48054636 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,1:12,4 -chr4 48328708 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0087456;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,4:10,3 -chr4 48525196 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,4:7,6 -chr4 49092498 . C CTCCAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,4:3,2:2,2 -chr4 49158430 . C A 0 PASS DP=304;GPV=1;SPV=0.031269;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:141,24:84,16:57,8 -chr4 49160935 . CA C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.017397;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:19,6:20,9 -chr4 49165571 . G T 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.018516;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:88,17:56,9:32,8 -chr4 49165572 . G A 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.042337;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:88,15:56,7:32,8 -chr4 49166740 . A T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.020034;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:56,16:20,9:36,7 -chr4 49172846 . C T 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.038903;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:95,11:59,6:36,5 -chr4 49203841 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0047291;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:48,14:24,9:24,5 -chr4 49265404 . G A 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.011339;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:107,18:56,10:51,8 -chr4 49303883 . A C 0 PASS DP=403;GPV=1;SPV=0.049703;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:183,34:57,17:126,17 -chr4 49322686 . A C 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.028229;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:80,19:50,10:30,9 -chr4 49487962 . T C 0 PASS DP=484;GPV=1;SPV=0.028327;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:254:214,40:132,28:82,12 -chr4 49489739 . TA T 0 PASS DP=258;GPV=1;SPV=0.037715;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:109,22:77,18:32,4 -chr4 49496839 . C T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.033017;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:62,14:33,8:29,6 -chr4 49519551 . CT C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.011027;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:59,8:31,2:28,6 -chr4 49527442 . G A 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.010246;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:63,20:39,15:24,5 -chr4 49529342 . G C 0 PASS DP=592;GPV=1;SPV=0.0055449;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:317:277,40:165,24:112,16 -chr4 49533523 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.046806;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:61,11:41,5:20,6 -chr4 49537433 . C G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.019956;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:46,16:22,12:24,4 -chr4 49542539 . G A 0 PASS DP=427;GPV=1;SPV=0.0057894;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:173,28:108,19:65,9 -chr4 49555640 . AG A 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.022795;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:86,18:50,14:36,4 -chr4 49575288 . T C 0 PASS DP=830;GPV=1;SPV=0.0027971;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:443:393,50:222,14:171,36 -chr4 49586916 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.068062;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:22,1:20,4 -chr4 49850379 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.037462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,6:13,4 -chr4 49851921 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0094549;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,5:6,2 -chr4 49939383 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.14664;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:30,4:0,0 -chr4 50038969 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.033201;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:17,3:20,2 -chr4 50184328 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.022285;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:7,1:19,4 -chr4 50313315 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr4 50463062 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 -chr4 51200019 . T C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,2:0,1 -chr4 51366296 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.010902;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:21,7:1,1 -chr4 51482938 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 -chr4 55112523 . ATT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02825;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:15,6:5,4 -chr4 55599562 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=9.2297e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:11,8:9,6 -chr4 57004352 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0038335;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:7,3:1,4 -chr4 57745313 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.6766e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:11,9:22,8 -chr4 62365096 . A AAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00062679;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,12:2,6:12,6 -chr4 62386861 . TAATTA T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.047782;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,4:11,2:12,2 -chr4 62461367 . G GTA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:6,4:3,1 -chr4 63196055 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047649;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,2:12,5 -chr4 65150951 . CTCTTTCTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:1,1:3,1 -chr4 65879955 . G T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=5.7369e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,15:19,6:18,9 -chr4 67908105 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.2487e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:12,11:16,6 -chr4 68430719 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.7488e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:9,10:10,6 -chr4 71724273 . G GT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:6,3:2,1 -chr4 72041131 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=6.0035e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:12,6:17,6 -chr4 74589660 . A AAAGAAAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.023057;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,11:14,7:12,4 -chr4 75109844 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,2:2,1:1,1 -chr4 75132082 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.025792;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:17,3:24,4 -chr4 75648366 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:5,2:3,1:2,1 -chr4 76916700 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0097756;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:18,5:13,9 -chr4 76918370 . C G 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.042657;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:80,13:29,7:51,6 -chr4 77797102 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.043236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:5,5:5,1 -chr4 78930885 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,11:11,4:7,7 -chr4 80729592 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,5:3,2 -chr4 83466706 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0011564;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:23,7:13,5 -chr4 83578938 . T TTTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:2,1:21,3 -chr4 84635633 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10299;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:2,1:35,4 -chr4 84784885 . TATATATAC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,2:2,5 -chr4 85570379 . T TTTC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,4:7,2:8,2 -chr4 86932059 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,5:4,1:1,4 -chr4 87505725 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.056777;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:11,1:18,3 -chr4 88231894 . C CTCTCTCTCTCTGTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021064;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,11:8,3:4,8 -chr4 91138278 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:5,2:0,5 -chr4 91879966 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.0683e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:7,7:18,9 -chr4 94087635 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.035616;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:14,2:21,3 -chr4 95130728 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.036816;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:10,2:7,5 -chr4 98021197 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.014547;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:14,5:6,5 -chr4 98308297 . C CTATATATATATATA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1 -chr4 98651864 . CTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:1,3:2,2 -chr4 98809849 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,4:7,3:7,1 -chr4 99506685 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.098889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:12,1:20,3 -chr4 99580151 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.6764e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,4:7,7 -chr4 99879928 . CCTA C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011404;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,12:12,3 -chr4 100244880 . T A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0077364;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:19,4:12,2 -chr4 100394409 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.036308;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:14,5:17,3 -chr4 100864149 . T TCTGTTTTGGTACCAAAACCATG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11667;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:10,2:10,1 -chr4 102104244 . A AT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0060915;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,8:10,1 -chr4 102864425 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030178;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,7:8,3 -chr4 104192187 . AGTGTGTGT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00042498;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,16:13,12:10,4 -chr4 104844854 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.3642e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:14,15:14,6 -chr4 105621869 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.8323e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:11,6:16,8 -chr4 108175384 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.044595;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:19,5:1,1 -chr4 109239396 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:10,4:6,1:4,3 -chr4 109600286 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.0945e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:11,13:11,7 -chr4 110333607 . CT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.049659;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,3:12,2 -chr4 111158096 . A T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.4098e-13;SS=2;SSC=128;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:17,29:9,14:8,15 -chr4 116499744 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.081098;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:18,1:15,3 -chr4 118645727 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0092391;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:7,3:12,11 -chr4 122130051 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.6286e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:35,19:20,7:15,12 -chr4 122811152 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.075047;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,5:16,4:12,1 -chr4 122811153 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.065377;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,5:15,4:11,1 -chr4 122918612 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=8.7554e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:14,10:9,3 -chr4 124870777 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0092505;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:2,2:8,3 -chr4 125372363 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00052629;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:4,8:6,4 -chr4 125416368 . AT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054114;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:14,5:6,3 -chr4 125814620 . T TAC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.030258;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:16,7:10,3 -chr4 126826572 . G GTATA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,8:6,7:0,1 -chr4 126826600 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:3,1:2,1 -chr4 128112466 . A AT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 -chr4 128166964 . CTCTCTCTA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0070686;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:3,4:10,2 -chr4 128569414 . G GTC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.026923;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:15,6:11,5 -chr4 130205019 . C A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.7469e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:31,26:16,13:15,13 -chr4 130270827 . G GT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:1,4:7,1 -chr4 130854009 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00013424;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:17,11:16,4 -chr4 131135835 . G GCACACA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.045915;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,10:10,8:11,2 -chr4 131740266 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.004483;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:2,2:9,4 -chr4 132831138 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00029821;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:18,6:14,6 -chr4 132902637 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,4:5,1 -chr4 133496249 . TATATAC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037594;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 -chr4 134641189 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.010272;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,7:10,3 -chr4 134956521 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,1:12,3 -chr4 137022669 . G GA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.040564;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:21,5:6,2 -chr4 138854401 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.22535;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:11,2:15,1 -chr4 138923840 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11029;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:4,2:2,1:2,1 -chr4 140614921 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0095364;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:11,6:2,3 -chr4 140983742 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0014575;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,4:10,4 -chr4 141119050 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.013909;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:6,1:14,4 -chr4 145215419 . G GTTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:5,3:8,1 -chr4 146765921 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=7.0418e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:35,17:20,8:15,9 -chr4 147798761 . CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:2,6:0,3:2,3 -chr4 147867863 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:2,5:3,1 -chr4 149267825 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.862e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:9,12:16,6 -chr4 150086512 . T A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0064693;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,5:12,6 -chr4 150754542 . AG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,3:7,2 -chr4 153163495 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,8:2,2:2,6 -chr4 153456166 . G GAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.11527;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:24,2:21,4 -chr4 153895592 . G GTTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:5,2:0,0 -chr4 155173126 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.031711;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:19,2:20,4 -chr4 155982067 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=4.2063e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:13,10:18,5 -chr4 157669914 . T A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.0479e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:34,17:14,8:20,9 -chr4 158916630 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,5:8,4:13,1 -chr4 158916631 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.074336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,5:8,4:14,1 -chr4 159005221 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,6:5,1 -chr4 159430345 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00029985;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,5:8,5 -chr4 160360770 . C CTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0025584;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,5:3,5 -chr4 161052263 . C CTCTCTCTA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,2:2,1:1,1 -chr4 161186214 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.3642e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:18,6:14,10 -chr4 161342541 . TTTATGTTATGTTATG T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.043779;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,3:8,4 -chr4 162351929 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,1:2,3 -chr4 162485398 . GA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0014491;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,3:3,6 -chr4 162657510 . AGAC A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.056049;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:16,4:8,1 -chr4 162915733 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00047367;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:22,5:9,6 -chr4 163199042 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.4696e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:10,8:15,8 -chr4 163223224 . C CA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.031154;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:22,2:10,3 -chr4 164497765 . G GAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0037259;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,14:8,11:6,3 -chr4 165014989 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,5:4,3:8,2 -chr4 166363782 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=9.0495e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:12,10:10,8 -chr4 166665954 . A AATATATATG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:3,8:0,6:3,2 -chr4 166666013 . T TA 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.1172;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:20,3:20,2 -chr4 166666014 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.10871;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:21,3:19,2 -chr4 167109021 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021089;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:3,2:12,11 -chr4 167975896 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=9.4913e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:9,9:9,9 -chr4 171518253 . CT C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.017274;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:15,3:14,2 -chr4 171518255 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0069114;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:13,3:13,3 -chr4 171656936 . G GTA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:5,4:0,1 -chr4 173754359 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0033601;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:25,7:10,7 -chr4 174859389 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013587;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:7,3:7,5 -chr4 174862643 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.021726;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:11,7:4,2 -chr4 176076213 . TA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,4:8,3:4,1 -chr4 176421497 . A AT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.6461e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:10,9:18,6 -chr4 177498550 . G GATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,2:2,2 -chr4 177885341 . C CAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,9:4,6:0,3 -chr4 179122135 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0032257;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:15,5:14,3 -chr4 179566552 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0067977;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,2:5,4 -chr4 180439431 . T TTA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,2:1,1:3,1 -chr4 183407768 . CTT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0097931;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:7,5:11,9 -chr4 183874991 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:4,3:1,3 -chr4 184133165 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.011528;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:13,7:10,6:3,1 -chr4 185584163 . GC G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,9:5,1 -chr4 185874841 . G GC 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.024131;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:14,4:18,6 -chr4 185874842 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.012735;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,4:10,6 -chr4 185985229 . TTTTC T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045915;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,10:6,1:15,9 -chr4 186540733 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.051203;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:8,3:12,3 -chr4 187466874 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.079813;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,5:19,3:13,2 -chr4 187652621 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014141;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,8:6,1 -chr4 187901083 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00012624;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:10,4:12,7 -chr4 188246179 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.46e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:16,10:14,5 -chr4 188270840 . A AGCC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,5:10,1:6,4 -chr4 188659313 . G A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=9.4727e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:42,26:20,9:22,17 -chr4 188765953 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0031851;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:12,10:6,2 -chr5 110378 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,4:7,1 -chr5 302652 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.007417;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:13,11:5,4 -chr5 727404 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.009628;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:5,6:5,4 -chr5 1047356 . ATGAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0033308;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,4:6,9 -chr5 1238415 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,2:9,2 -chr5 2124221 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=6.3214e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:9,9:26,5 -chr5 2406565 . CT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0062506;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,2:7,3 -chr5 3961564 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.0255e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:11,10:19,4 -chr5 4064997 . A C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:36:0,2:0,2:0,0 -chr5 5610645 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.16368;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:4,1:23,2 -chr5 5816583 . ATG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:6,2:2,8 -chr5 7372251 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.083867;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,4:14,1 -chr5 8775499 . CTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:1,4:7,2 -chr5 9186029 . T G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.4522e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:14,8:16,11 -chr5 9581458 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.4522e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:10,4:16,11 -chr5 9761414 . GA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021052;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:20,5:6,2 -chr5 10733208 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012681;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,10:2,3:9,7 -chr5 13816555 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0023514;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,9:10,1 -chr5 14609621 . ATTTTTTTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:6,4:1,3 -chr5 14878438 . ATTT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0014893;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,11:7,9:6,2 -chr5 15089076 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00062483;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:16,6:13,3 -chr5 16242555 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0015751;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:17,7:3,2 -chr5 16411124 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=2.1466e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:14,7:22,6 -chr5 16818410 . G GTATATATATATA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,2:0,0:2,2 -chr5 16942100 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 -chr5 17113048 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.035372;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,5:4,1 -chr5 19743921 . CAAAAAA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,7:7,6:6,1 -chr5 20356751 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027967;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,7:14,1 -chr5 20734951 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.020776;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:21,6:29,2 -chr5 20838145 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,2:1,1:1,1 -chr5 21222942 . T TTTTC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.023954;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,5:8,3:17,2 -chr5 21265262 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00076085;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:17,7:11,3 -chr5 21478808 . A G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.0016094;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:48,23:26,20:22,3 -chr5 21735669 . A ATTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.046549;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:9,4:6,2 -chr5 22460713 . A ATTTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:3,1:3,4 -chr5 22470415 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016905;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:9,8:17,1 -chr5 25997143 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.012627;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:20,5:10,3 -chr5 26058682 . A ATT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011327;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:11,5:5,4 -chr5 26442455 . T TGATAGATA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0067906;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:8,7:13,9 -chr5 27790901 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,2:5,4 -chr5 27835934 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12281;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:3,1:2,1 -chr5 28251874 . GAAAGAAAA G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00011781;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,9:12,8:4,1 -chr5 28251886 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0057854;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,9:10,8:3,1 -chr5 30358840 . GAA G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,5:2,4:0,1 -chr5 30922728 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:6,2:2,1:4,1 -chr5 31199458 . GTA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10502;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,3:5,2:10,1 -chr5 32158132 . T TACACACAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,6:2,5:0,1 -chr5 34189559 . C T 0 PASS DP=445;GPV=1;SPV=0.035198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:224:189,35:127,20:62,15 -chr5 38395421 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=7.3814e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:15,8:11,11 -chr5 42069239 . T TTTC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.049793;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,8:9,3:9,5 -chr5 42579149 . GAT G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.015826;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,9:8,3:12,6 -chr5 42728250 . TTCTCTCTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:5,5:6,2 -chr5 44685791 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,4:9,2:9,2 -chr5 46663721 . G C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.015572;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:10,2:25,9 -chr5 46972870 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,3:10,1 -chr5 46985293 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.081731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:32,4:0,0 -chr5 47002249 . T A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.044762;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:34,6:7,1 -chr5 47073942 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 -chr5 47103778 . A T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=7.8805e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:64,15:31,6:33,9 -chr5 48226543 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr5 50140189 . G T 0 PASS DP=419;GPV=1;SPV=0.0033206;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:167,34:99,30:68,4 -chr5 50143487 . G T 0 PASS DP=692;GPV=1;SPV=0.043168;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:379:333,42:181,23:152,19 -chr5 50414528 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:10,3:3,1 -chr5 51895903 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00022582;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:18,6:17,9 -chr5 52891262 . C CTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.025265;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,9:8,7:5,2 -chr5 53271173 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.3788e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:29,26:19,13:10,13 -chr5 53492812 . ATTATATATATAATATATGTATATAATT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.030757;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:8,4:10,2 -chr5 53993046 . C CA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.022271;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:13,3:20,2 -chr5 54935204 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.010099;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:6,2:10,5 -chr5 56166165 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016993;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 -chr5 58350170 . A ATG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:4,4:8,1 -chr5 60863625 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=5.5913e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:14,10:14,3 -chr5 61569371 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.1442e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:10,11:10,5 -chr5 62470816 . CTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.00043849;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,10:3,8:4,2 -chr5 63823958 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.048842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:17,3:9,2 -chr5 64606043 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:5,4:11,2 -chr5 64878470 . TA T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,4:1,1 -chr5 65004936 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0036482;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,13:1,6:5,7 -chr5 65321708 . CTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5 -chr5 66522544 . TA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.02849;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:18,1:13,9 -chr5 69631390 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 -chr5 69911442 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.049167;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:42,4:1,1 -chr5 70339524 . C T 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.019787;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:44,1:30,8 -chr5 70378692 . G C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0049019;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:15,7:10,6 -chr5 70778416 . T G 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.03043;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:76,16:38,7:38,9 -chr5 71116274 . CA C 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.00018069;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:33,20:27,17:6,3 -chr5 71175667 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 -chr5 71618544 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065489;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,3:12,1 -chr5 71721271 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.03726;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:15,7:6,5:9,2 -chr5 72102894 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.37564;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,4:3,1:9,3 -chr5 77378046 . AC A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,4:9,1:9,3 -chr5 80692235 . CAT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,3:4,1 -chr5 80693224 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 -chr5 81293248 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035434;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 -chr5 82929000 . C CTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.043209;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,7:8,1 -chr5 83350869 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.023022;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:15,1:22,4 -chr5 83650632 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:11,7:2,1 -chr5 83737041 . T TAGAGAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:5,2:7,2 -chr5 83764973 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.8066e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:8,13:15,6 -chr5 84522919 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0019161;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:14,5:16,2 -chr5 85396299 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=3.295e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:14,3:11,10 -chr5 85425650 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.6e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:13,10:18,7 -chr5 89176455 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.4111e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:11,6:11,9 -chr5 89187090 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.011977;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:13,2:12,4 -chr5 89414231 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00059141;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:19,8:17,7 -chr5 95078039 . C CATGTATCTGTCT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2 -chr5 97577406 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.9514e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:17,5:13,11 -chr5 97629863 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.060295;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:16,3:11,1 -chr5 97629864 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:19,3:11,1 -chr5 98138582 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0094148;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,4:5,6 -chr5 98756790 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=7.6074e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:16,14:11,5 -chr5 98864517 . CAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.034767;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:10,7:3,1 -chr5 99225249 . G GC 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.010345;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:25,3:16,5 -chr5 99402438 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00039484;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:11,10:9,6 -chr5 99642003 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.2141e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:33,27:22,17:11,10 -chr5 100493024 . AAT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:6,3:5,1 -chr5 101547616 . GTA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:6,3:2,2 -chr5 102779886 . C CATAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,4:2,1 -chr5 103370179 . C CTATA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0095459;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:2,11:2,5:0,6 -chr5 103820598 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034961;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:12,9:6,2 -chr5 104223378 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:5,2:4,2 -chr5 104667584 . C G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,4:8,1:1,3 -chr5 105902354 . G GT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0048071;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,8:10,4:12,4 -chr5 106555754 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 -chr5 107763997 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.4899e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:9,8:9,12 -chr5 113187754 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,10:5,9:2,1 -chr5 113346636 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,5:13,1:11,4 -chr5 113735616 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.039775;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,3:15,1 -chr5 113786209 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0071396;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,4:4,3 -chr5 114504168 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.049835;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:16,4:20,7 -chr5 115793449 . CGTGT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0062699;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,11:2,7:8,4 -chr5 116327605 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14672;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,3:10,1:7,2 -chr5 116883195 . G GA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,2:5,1:1,1 -chr5 117149034 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00020455;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:13,2:13,9 -chr5 118934272 . T TA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:7,4:6,1 -chr5 120516423 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,2:3,2 -chr5 121294570 . TG T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.16084;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,5:9,2:13,3 -chr5 121496862 . T TAC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0039721;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,12:17,10:9,2 -chr5 122362993 . A AT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0026611;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,4:8,5 -chr5 122783083 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00090199;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,4:12,5 -chr5 125728450 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0059787;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:12,4:15,2 -chr5 128539884 . T TCA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,2:0,2:0,0 -chr5 128568884 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0023815;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,9:1,8:2,1 -chr5 128760745 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.017137;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:15,9:6,5 -chr5 128863776 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:11,1:15,5 -chr5 131179474 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,2:4,1:3,1 -chr5 132433778 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.003085;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:11,8:3,2 -chr5 135530280 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=3.256e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:30,23:13,16:17,7 -chr5 136936478 . T TTA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.034629;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,3:9,1 -chr5 137951209 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023812;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,7:10,6:6,1 -chr5 138309734 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13283;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,3:14,1 -chr5 138693351 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.044156;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:2,1:17,4 -chr5 139068673 . AAG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.010266;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,5:7,6 -chr5 140960717 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,4:11,2:11,2 -chr5 141271696 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.9441e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:16,9:15,6 -chr5 141315300 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0066622;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,6:6,3:9,3 -chr5 141455860 . ATTAT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0051599;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:11,10:10,2 -chr5 142608583 . TACAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,3:0,1:3,2 -chr5 144047478 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:11,13:13,4 -chr5 145421522 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.11998;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,1:16,3 -chr5 146086024 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.16752;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:18,3:7,2 -chr5 146131496 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.029826;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:17,9:11,3 -chr5 146438006 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,2:4,2 -chr5 146708356 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011315;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,10:11,6:5,4 -chr5 146875502 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.6503e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:6,8:13,11 -chr5 147949033 . GATGTAAATATATATACATTATATATACA G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0065453;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,2:13,8 -chr5 148979723 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.0446e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:10,11:13,4 -chr5 149900375 . G GTATATATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:3,2:3,3 -chr5 149920938 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.022541;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:12,3:2,1 -chr5 152298973 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00040366;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:13,8:16,3 -chr5 154219834 . T TCACACACACACACACA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.056428;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,2:9,4 -chr5 156239399 . C CAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:2,4:3,1 -chr5 157111969 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:3,3:0,2:3,1 -chr5 157182105 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.799e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:16,8:12,9 -chr5 157219113 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:9,5:6,2 -chr5 157476166 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.2498e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:14,9:8,7 -chr5 158956754 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,5:2,1 -chr5 159227875 . CTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030593;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:1,1:18,7 -chr5 161336814 . C CAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0013479;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,11:12,8:9,3 -chr5 161509760 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.1149e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:11,9:10,10 -chr5 161829603 . AAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:8,4:12,1 -chr5 164130085 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:1,6:3,3 -chr5 164995450 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.042605;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:8,5:13,4 -chr5 165021986 . AATAT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,4:3,1 -chr5 166028483 . CT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0014035;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:6,9:18,3 -chr5 167872316 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,2:0,1:0,1 -chr5 168703226 . T TTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:7,2:7,2 -chr5 168714743 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.2297e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:12,9:16,8 -chr5 169137303 . CAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:4,1:0,1 -chr5 169189527 . GATATATATATATAT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:8,3:3,1 -chr5 171562612 . T TATATAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01393;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,3:7,3 -chr5 171562655 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:1,3:3,5 -chr5 171690066 . C CATAG 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.05944;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,5:16,2:14,3 -chr5 172525610 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.2257e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:25,23:17,10:8,13 -chr5 172804549 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16126;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:8,4:5,1 -chr5 174722840 . G GT 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00019233;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,8:10,2 -chr5 175386375 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=8.6921e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:32,24:19,8:13,16 -chr5 175510173 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0049761;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:22,5:13,4 -chr5 176014838 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:1,0:17,4 -chr5 177499487 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,14:6,10:6,4 -chr5 177872471 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.033452;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:16,2:15,9 -chr5 177874892 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0050863;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,1:15,9 -chr5 177967786 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:1,1:9,4 -chr5 178041678 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.5449e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:15,9:9,5 -chr5 178821674 . C CTTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:7,6:12,7 -chr5 179441206 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0012784;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:20,3:11,5 -chr6 310904 . T A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=1.9531e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:52,21:25,13:27,8 -chr6 1905414 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.01696;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:1,4:10,2 -chr6 2920154 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0045877;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,7:3,6:2,1 -chr6 3234823 . G GTTCT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.044773;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:8,3:7,2 -chr6 3925951 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.039892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:15,2:9,7 -chr6 4432917 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,0:0,4 -chr6 5444515 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.044118;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,2:1,1:1,1 -chr6 5897460 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0019985;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:3,1:3,7 -chr6 6304860 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00022182;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,16:7,13:3,3 -chr6 8595870 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.018687;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,3:4,1:2,2 -chr6 8853701 . G C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0044376;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,6:1,5:1,1 -chr6 9013037 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0035042;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:0,2:3,7 -chr6 10047852 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.004794;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,5:0,3:3,2 -chr6 10474352 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00079857;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,6:2,2:2,4 -chr6 14582704 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0026065;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,2:8,4 -chr6 15415603 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,4:7,2 -chr6 18670753 . T TCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,0:0,4 -chr6 19182361 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.2061e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:3,7:4,8 -chr6 21784591 . ATATATAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,2:2,1:1,1 -chr6 26453583 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:2,3:1,2:1,1 -chr6 26884833 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00090694;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,4:4,3 -chr6 26884873 . T TCCC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.019122;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3 -chr6 27208925 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.005895;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:2,4:6,1 -chr6 27676094 . G GT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.006706;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,2:2,2 -chr6 27959755 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=4.0518e-10;SS=2;SSC=93;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:4,17:3,8:1,9 -chr6 29980519 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,3:1,1:4,2 -chr6 32067094 . AATG A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.095186;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:24,2:13,3 -chr6 32242530 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:10,2:9,2 -chr6 32415088 . TA T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.03684;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:48,8:23,1:25,7 -chr6 33526158 . TA T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10242;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:27,3:7,1 -chr6 35802004 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.2053e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:15,6:10,9 -chr6 37402786 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:3,3:0,2:3,1 -chr6 38289261 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.6033e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:34,19:18,7:16,12 -chr6 40113950 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12713;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:23,3:15,3 -chr6 40113951 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11483;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:24,3:14,3 -chr6 42716612 . G GT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,3:5,1 -chr6 48953532 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0032221;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,4:2,3 -chr6 50560396 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,7:6,6:4,1 -chr6 51058706 . AT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01188;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:4,2:10,4 -chr6 51330108 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0023062;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:5,6:14,3 -chr6 52838757 . A G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=9.5945e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:10,13:13,10 -chr6 53226342 . TTTTATA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22398;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:3,3:10,1 -chr6 54142918 . C CA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0034605;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,9:10,5:18,4 -chr6 54533007 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.9748e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,21:11,6:9,15 -chr6 55043370 . T TG 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.018314;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:13,2:22,5 -chr6 55220155 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=5.1525e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:15,10:13,11 -chr6 55567296 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.3189e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:30,23:13,9:17,14 -chr6 56872833 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr6 57371143 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.070922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:3,3:18,1 -chr6 57439404 . GTTT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:6,3:3,1 -chr6 57722372 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.01724;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:32,6:15,2 -chr6 58233071 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,2:9,4 -chr6 58450569 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.22913;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,4:0,0 -chr6 58555199 . T A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.03374;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:80,12:27,2:53,10 -chr6 59563748 . G A 0 PASS DP=464;GPV=1;SPV=0.013039;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:255:229,26:51,9:178,17 -chr6 59623233 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 -chr6 59781933 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:28,2:2,2 -chr6 60287954 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,5:2,1:2,4 -chr6 61245245 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0017223;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:15,5:19,5 -chr6 63242386 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.022078;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,6:11,4:7,2 -chr6 65492336 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.011201;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:19,5:12,4 -chr6 65730800 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.053889;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,2:15,2 -chr6 65737373 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035086;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,6:11,3:11,3 -chr6 65737415 . T TATAC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:12,2:16,2 -chr6 67213948 . GATAT G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.060034;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,4:9,2:15,2 -chr6 68471407 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.065934;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:2,1:0,1 -chr6 70113842 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.066203;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,5:3,2 -chr6 70831938 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00070294;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:21,4:8,5 -chr6 72549326 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0084228;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:18,4:18,4 -chr6 72941373 . TTTCCTCC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:0,0:4,2 -chr6 73034859 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,3:11,1 -chr6 73573302 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.6753e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:9,11:14,7 -chr6 75046689 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,2:2,1:3,1 -chr6 76557631 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.051748;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,1:18,3 -chr6 77485738 . ATC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,1:10,3 -chr6 78462066 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.0868e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:15,8:6,3 -chr6 80055046 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.6056e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:12,10:11,12 -chr6 84111838 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.8323e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:15,8:12,6 -chr6 84553785 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=6.2178e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:13,12:12,8 -chr6 85139497 . TA T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.012113;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:24,6:22,4 -chr6 86079873 . TG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 -chr6 86084768 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00022479;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:18,10:16,3 -chr6 86919045 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.407e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:9,5:15,9 -chr6 89898209 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,4:0,2:5,2 -chr6 89898210 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,4:0,2:5,2 -chr6 92600290 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.4665e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:12,10:17,6 -chr6 92865613 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.006558;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:20,4:17,3 -chr6 93868128 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.0101e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:11,6:5,9 -chr6 94020487 . C CTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:1,5:2,2 -chr6 94693792 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.029299;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:17,3:20,2 -chr6 94877715 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.7628e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:19,6:8,11 -chr6 95761800 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.057784;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,3:20,1 -chr6 96014087 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.4866e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:34,20:20,11:14,9 -chr6 96606824 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0018869;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:10,3:13,4 -chr6 102982459 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0014491;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:15,5:23,5 -chr6 103661442 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0004646;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:9,8:14,3 -chr6 104029816 . A AT 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=3.0489e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:17,5:14,13 -chr6 105100608 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.015574;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,2:11,9 -chr6 109266216 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=4.8252e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:11,9:10,8 -chr6 111552074 . TCTGTAAGATAACACACCTGCTCGGTGCC T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=9.7235e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:15,9:14,3 -chr6 115737485 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.016865;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:19,9:9,1 -chr6 115845939 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.1232e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:17,10:14,7 -chr6 116865987 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:9,2:13,2 -chr6 117043420 . A T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=4.0601e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:37,15:21,9:16,6 -chr6 117204895 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=2.509e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:11,8:14,11 -chr6 117327934 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.406e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:7,8:17,4 -chr6 120492825 . G GT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,7:6,5:2,2 -chr6 122939368 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.5438e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:2,5:12,7 -chr6 125115312 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.2777e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,23:11,5:16,18 -chr6 125388817 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037585;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,6:8,3 -chr6 127107190 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00026518;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:18,7:13,4 -chr6 127400962 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,2:9,3 -chr6 128108069 . A AAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.041933;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,6:12,3:9,3 -chr6 128995167 . A T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=7.3375e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:15,7:14,7 -chr6 129256765 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,4:5,1 -chr6 129718386 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.30847;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:16,2:8,1:8,1 -chr6 131887554 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 -chr6 132188514 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0079864;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:8,6:1,1 -chr6 132812197 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.010225;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,9:6,2 -chr6 135134361 . C G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=7.7318e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:21,11:12,3 -chr6 137563806 . T TAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:19,3:2,1 -chr6 137869337 . A AGATG 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.016315;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:47,19:29,10:18,9 -chr6 138793970 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0038641;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,10:4,2 -chr6 139193824 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,1:8,4 -chr6 140483649 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=3.9692e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:33,20:18,10:15,10 -chr6 140605492 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19369;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,5:5,4:5,1 -chr6 141678628 . T TG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,1:8,4 -chr6 143935212 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00010084;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:14,8:15,7 -chr6 145235631 . T A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.004662;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,7:0,5:0,2 -chr6 145276229 . AT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026073;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,5:9,3:3,2 -chr6 147579454 . ATT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,3:6,4 -chr6 147797074 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,3:5,2 -chr6 148504588 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.4436e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:19,5:17,9 -chr6 149234864 . G GA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.034441;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,8:12,7:2,1 -chr6 150582652 . C CTGTGTGTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.01623;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:3,6:3,3 -chr6 152988793 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,1:6,1 -chr6 153664278 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=9.559e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:15,8:11,7 -chr6 153851624 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015475;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,4:5,5 -chr6 154331369 . AG A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.052565;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:19,3:17,3 -chr6 154525428 . CATATAT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:3,2:21,2 -chr6 154721214 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0039984;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,7:5,3 -chr6 154955391 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:14,3:6,1 -chr6 155094546 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.32712;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:7,3:3,1 -chr6 156440895 . G GAAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.051834;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:20,1:4,3 -chr6 157060630 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00078745;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,11:0,7:3,4 -chr6 158020219 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031408;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:6,3:9,1 -chr6 158380894 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027218;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:6,3:2,1 -chr6 161516848 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.23684;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:8,2:3,1:5,1 -chr6 162840075 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,1:8,7 -chr6 163269971 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:20,4:0,0 -chr6 164431026 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0044903;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:12,3:21,4 -chr6 164931741 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.04741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,6:5,2 -chr6 164998919 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00019233;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:11,4:14,6 -chr6 165128078 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.01188;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,6:12,3:2,3 -chr6 166021090 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16591;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,3:13,1 -chr6 167169069 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.039749;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:12,8:21,4 -chr6 168058269 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:6,1:15,3 -chr6 169006874 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:4,3:3,2:1,1 -chr6 169222817 . GA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,5:7,4:3,1 -chr6 170220841 . G GAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.013906;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:11,9:2,2 -chr6 170466290 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:7,3:16,2 -chr7 125989 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:8,5:3,1 -chr7 742841 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,5:14,2:7,3 -chr7 900880 . CGAA C 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.012058;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:48,6:20,2:28,4 -chr7 1784983 . T TTTCA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.16556;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,4:21,3:10,1 -chr7 1785213 . CGTTCTTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043486;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4 -chr7 1786165 . T TC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.027438;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,5:1,4:5,1 -chr7 2283028 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.032677;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:19,2:12,5 -chr7 2365625 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0062705;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:7,5:20,6 -chr7 2499632 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0024716;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:52,11:23,5:29,6 -chr7 2708118 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=8.388e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:16,4:16,9 -chr7 3700286 . A C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00012616;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:8,5:19,5 -chr7 4283561 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.030925;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,5:10,4:6,1 -chr7 4945185 . T TTTCTTCTTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:2,3:11,1 -chr7 5242710 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:18,3:7,1 -chr7 6207086 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,2:3,2 -chr7 6641248 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=4.4921e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:19,5:20,11 -chr7 6885994 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1 -chr7 7723348 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=3.5101e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:11,9:20,10 -chr7 7784756 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,7:3,5:3,2 -chr7 7964089 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.1287e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:15,7:12,9 -chr7 8339959 . C CCT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:1,3:7,2 -chr7 8995723 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:8,5:1,1 -chr7 9154860 . T TA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0026989;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,4:7,4 -chr7 9307186 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,2:0,0:4,2 -chr7 9522092 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.023032;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:15,8:3,1 -chr7 10335426 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=6.8006e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,22:15,12:11,10 -chr7 11076567 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0036151;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:9,6:1,1 -chr7 11917838 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.3877e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:14,9:11,7 -chr7 12276954 . A G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.153e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:14,11:13,8 -chr7 14260855 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.00029634;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:20,6:19,5 -chr7 14723024 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.077337;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,2:17,2 -chr7 16731927 . A AT 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.03699;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,7:6,6:14,1 -chr7 18098177 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0027963;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:14,2:14,5 -chr7 19219807 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,5:5,3:13,2 -chr7 19299685 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0033096;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:15,5:23,4 -chr7 21828760 . G GT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0027946;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:9,6:9,3 -chr7 21956238 . A AT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 -chr7 21971073 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.067927;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,7:9,3:17,4 -chr7 23364547 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 -chr7 24215811 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13094;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,7:10,3:4,4 -chr7 24388530 . C CTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.069102;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:9,3:9,3 -chr7 24428043 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.010479;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:12,9:5,5:7,4 -chr7 25085914 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024176;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:6,3:2,1 -chr7 25749249 . T G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:14,3:6,1 -chr7 27613172 . TAA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:4,3:3,2 -chr7 29538789 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=6.2994e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:18,6:11,8 -chr7 30056742 . AGTGT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012749;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:2,5:5,1 -chr7 30126166 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0012929;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:5,4:8,8 -chr7 30126168 . C CAGGCTTGTGTGAAGGCCCTGA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.018715;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,2:9,7 -chr7 31859456 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:1,3:0,1:1,2 -chr7 32572431 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.071749;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,2:17,2 -chr7 34805479 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0036984;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,7:3,1 -chr7 37270883 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.032477;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:10,6:3,3:7,3 -chr7 37292568 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:5,2:14,2 -chr7 39071654 . AACACAC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027751;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:7,3:2,2 -chr7 41793616 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:12,1:1,3 -chr7 41829126 . A AATTTCCCTTAGGC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00429;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:17,8:7,6 -chr7 43101336 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:0,0:1,4 -chr7 43710371 . A AAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 -chr7 43910382 . ATTT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:7,2:7,6 -chr7 43974178 . T TC 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.049981;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,7:12,6:11,1 -chr7 44687091 . A AT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048875;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,8:4,4:11,4 -chr7 44914984 . G GTAAAATAAAATAAAATAAAA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046858;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:8,4:16,2 -chr7 45933631 . G GTGTGTATATATATATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:1,2:2,2 -chr7 46322435 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.029113;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:12,7:6,3 -chr7 46494124 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0041535;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,8:8,7:1,1 -chr7 46854685 . AAG A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0054249;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:8,3:16,3 -chr7 48685289 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.2446e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:16,11:14,7 -chr7 48779323 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0040452;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,5:12,2 -chr7 50125285 . CACAT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.23279;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:13,2:9,1 -chr7 50125311 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22793;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:14,2:6,1 -chr7 52119708 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,4:21,1:3,3 -chr7 52960966 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 -chr7 53352375 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.9877e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:29,30:17,16:12,14 -chr7 53511530 . C CT 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.6174e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,12:11,8:14,4 -chr7 53725863 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.6173e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:20,7:12,7 -chr7 54140025 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.4436e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:21,10:15,4 -chr7 54464390 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.6047e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:8,14:15,7 -chr7 55783389 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0054024;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,7:8,5:8,2 -chr7 56127231 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0011989;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,10:4,7:3,3 -chr7 56461566 . T G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.001598;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:25,4:7,4 -chr7 56638434 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.2896e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:7,13:11,4 -chr7 56836506 . T A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.038534;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:21,4:16,4 -chr7 58080955 . G A 0 PASS DP=316;GPV=1;SPV=0.032754;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:158,23:92,16:66,7 -chr7 59230222 . C T 0 PASS DP=616;GPV=1;SPV=0.02511;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:343:302,41:188,22:114,19 -chr7 59570491 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.20823;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:29,3:6,1 -chr7 60036939 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0067216;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:22,10:6,2 -chr7 60039753 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021448;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 -chr7 60949959 . C T 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.0071561;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:98,19:63,14:35,5 -chr7 60955048 . G C 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.034864;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:138,16:56,6:82,10 -chr7 60996619 . TGA T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.048603;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:24,2:29,4 -chr7 61385398 . TA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13598;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:19,2:11,2 -chr7 61488604 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.021997;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:25,4:7,3 -chr7 61506551 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.021309;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:1,1:42,9 -chr7 61724133 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.045334;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,1:18,5 -chr7 61803165 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.022093;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:14,5:18,2 -chr7 62106160 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.054634;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,3:5,5 -chr7 62256928 . C T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.039915;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:68,13:22,5:46,8 -chr7 62266780 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=1.7776e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:12,8:15,10 -chr7 62277206 . C G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.012901;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:11,6:47,5 -chr7 63448596 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,2:0,0:3,2 -chr7 63553934 . CT C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.012389;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,8:10,2 -chr7 63598391 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:24,3:5,1 -chr7 63632179 . T TA 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.029668;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:39,11:22,8:17,3 -chr7 63752221 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:19,3:10,1 -chr7 63757713 . A C 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.0065609;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:92,13:38,7:54,6 -chr7 63944244 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0010226;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:14,7:16,3 -chr7 64222086 . T TA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.033688;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,5:10,3:19,2 -chr7 64666914 . AAGGTGGAAATTTTCTGGTCACGTAATCAGAGCTTAATTGGCAGTTCATGGTTGATTAAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,5:5,2 -chr7 65519244 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.03902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:20,4:17,2 -chr7 65847313 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0041408;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,4:3,4 -chr7 66096249 . C CA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00021148;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,12:17,6:9,6 -chr7 66328888 . A C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:4,1:2,2 -chr7 66337299 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:11,7:2,4 -chr7 68320052 . TTATATAAAATGATATAATCATTA T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0061323;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:16,7:12,2 -chr7 68392265 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0027973;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:5,7:2,1 -chr7 68749044 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0019458;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:11,6:16,4 -chr7 68799621 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:15,7:1,1 -chr7 68803172 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00087424;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:13,7:13,3 -chr7 69092754 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.7788e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:14,9:15,9 -chr7 69459100 . A ATATG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 -chr7 69459102 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 -chr7 70716636 . CAAAAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033806;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,6:2,1 -chr7 71090756 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:5,5:2,4 -chr7 71431210 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:4,3:5,4 -chr7 71901426 . C CA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00029659;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,9:5,4:8,5 -chr7 72620481 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.021372;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:16,3:13,2 -chr7 73836515 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0018031;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,8:4,1 -chr7 75103559 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.048878;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:22,2:17,4 -chr7 75151114 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.025775;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:18,2:18,7 -chr7 75663980 . A ATG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:2,1:8,3 -chr7 75740366 . C CGTGTGTGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00329;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:12,7:3,4 -chr7 76640861 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,1:4,7 -chr7 76855720 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.8637e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:15,12:13,9 -chr7 77983435 . C CTCTCCCTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:0,0:4,2 -chr7 80284488 . TATACAC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,3:0,2:2,1 -chr7 87720542 . ATG A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0065837;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:8,5:13,9 -chr7 89430318 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0001214;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:14,7:16,8 -chr7 91290943 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037765;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,5:13,1 -chr7 92125953 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0019211;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:24,3:8,6 -chr7 92712882 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.037048;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:27,2:16,4 -chr7 94859942 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,5:6,4 -chr7 96588397 . C CGAGAGA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10773;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,5:8,4:14,1 -chr7 97016257 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 -chr7 98453806 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023342;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:10,5:5,1 -chr7 98558737 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,5:5,2:6,3 -chr7 98811329 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 -chr7 99122772 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015549;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,18:6,4:12,14 -chr7 99181145 . CTCTCCGTCTGTG C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 -chr7 99209704 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 -chr7 99909732 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.02798;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,5:7,2 -chr7 100001262 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 -chr7 100911939 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.048243;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:16,6:4,1 -chr7 101070347 . C CAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,4:8,3:6,1 -chr7 101329607 . A ATTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:8,1:5,4 -chr7 101630135 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0086957;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:5,15:3,13:2,2 -chr7 101790096 . CAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 -chr7 102345852 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.045941;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:21,1:23,4 -chr7 102776713 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.01162;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:13,3:17,5 -chr7 103063712 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.026248;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,4:5,3 -chr7 103518350 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.076651;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,5:8,2:4,3 -chr7 104860178 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:12,6:7,4:5,2 -chr7 107260075 . G GATATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 -chr7 108164196 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.083394;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:12,1:0,2 -chr7 108335434 . CTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 -chr7 108696762 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.007164;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:20,4:19,3 -chr7 109510329 . T TA 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0012714;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:20,5:20,5 -chr7 111031406 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.019517;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,11:8,2:16,9 -chr7 114043333 . ATATT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3 -chr7 115946417 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.065336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:21,2:16,3 -chr7 116968289 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,3:0,0:1,3 -chr7 116968293 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,2:0,0:1,2 -chr7 117027498 . T TAAAGTA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.019211;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:9,1:8,4 -chr7 117027518 . G GTA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,1:5,4 -chr7 117161593 . T TTC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.002293;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,9:4,5:13,4 -chr7 117368531 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.6779e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:15,8:15,8 -chr7 119352975 . A G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=7.3373e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:19,5:15,8 -chr7 119470828 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.2626e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,5:13,7 -chr7 119563108 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=3.0044e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:1,5:10,8 -chr7 119683798 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.0223e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:9,8:14,14 -chr7 120832936 . A C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.5865e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:18,9:13,9 -chr7 122817966 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0010673;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:3,5:9,3 -chr7 124273969 . C T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=6.8612e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:21,5:18,11 -chr7 125376962 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.9284e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,22:19,14:10,8 -chr7 126270448 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00010787;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:11,9:16,6 -chr7 126819275 . T TACACACACACACACAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.016864;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:13,10:11,2 -chr7 128110674 . A ATGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:12,3:9,1 -chr7 130138858 . T TG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0076433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,4:8,3 -chr7 130537779 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.03237;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:17,3:18,5 -chr7 131634569 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:0,4:3,1 -chr7 131828699 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.042901;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:1,1:10,4 -chr7 132469136 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.090036;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:14,1:17,4 -chr7 133110986 . A AT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.009828;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,5:7,3 -chr7 134728845 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,3:1,3 -chr7 135778671 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00042894;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:14,6:14,8 -chr7 136216482 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00069152;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:12,6:10,5 -chr7 137153236 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:5,3:8,1 -chr7 142027018 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.9039e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:18,6:14,8 -chr7 142504164 . C CA 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.011694;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:18,4:20,10 -chr7 143414019 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.708e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,17:2,3:11,14 -chr7 143969350 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,2:0,1:5,1 -chr7 144189461 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027836;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 -chr7 144245406 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4 -chr7 144276614 . G C 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.017212;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:58,14:30,3:28,11 -chr7 144960605 . CTT C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:2,3:0,1:2,2 -chr7 146031126 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.5721e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:12,10:18,9 -chr7 148369181 . CTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,1:3,3 -chr7 148502355 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,4:1,3:2,1 -chr7 149220929 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:19,1:8,3 -chr7 151437550 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.7714e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:12,4:19,12 -chr7 151874357 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11923;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:26,2:10,2 -chr7 151874429 . TATG T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0972;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:18,2:6,3 -chr7 151874450 . TATG T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.041933;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:17,2:4,4 -chr7 152411361 . C CT 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0077049;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:14,4:19,7 -chr7 152411367 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.029255;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:15,2:24,5 -chr7 152770419 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.050539;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:21,4:14,1 -chr7 154157139 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.021727;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:31,2:22,11 -chr7 154800711 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00091233;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:14,6:27,4 -chr7 155337547 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=6.0843e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:17,4:16,7 -chr7 155615496 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.25167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:13,1:9,2 -chr7 155616708 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:1,2:5,1 -chr7 156321270 . C CTTCT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0097922;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,7:8,2:18,5 -chr7 156548362 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0016791;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:17,4:12,5 -chr7 157648761 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:6,3:11,1 -chr7 158165133 . CAAAG C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0081402;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,3:10,7 -chr8 94650 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:3,4:12,1 -chr8 299056 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.046182;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:12,1:19,5 -chr8 625246 . A T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0020209;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:27,7:18,8 -chr8 3266604 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,8:4,7:3,1 -chr8 5057443 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.040404;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,4:12,3:1,1 -chr8 6059536 . A AAAAAAAAAAAAAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:0,8:0,4:0,4 -chr8 7219935 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0017323;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:16,6:14,5 -chr8 7411399 . C G 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.047881;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:87,13:41,3:46,10 -chr8 7413090 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:21,4:0,0 -chr8 7413451 . T C 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.030614;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:74,17:34,8:40,9 -chr8 7444971 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00045133;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:24,9:7,5 -chr8 7584732 . C G 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.033917;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:66,15:32,3:34,12 -chr8 7603062 . G A 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.039121;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:42,4:32,5 -chr8 7615899 . T A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.036261;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:22,1:18,6 -chr8 7774759 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.9545e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,16:1,9:7,7 -chr8 7807920 . ATC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.013574;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:15,7:3,2 -chr8 8017431 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0049791;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:8,2:28,11 -chr8 8073044 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0071032;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:1,7:6,4 -chr8 8153779 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02362;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 -chr8 8169112 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.044315;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:25,6:4,1 -chr8 8170515 . C G 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.017921;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:106,19:57,9:49,10 -chr8 8170820 . C T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.00073289;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:64,15:37,9:27,6 -chr8 8204394 . T A 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.034513;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:72,19:36,13:36,6 -chr8 11969487 . A ATTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:7,1:14,3 -chr8 12117723 . G C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.012991;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:44,17:24,5:20,12 -chr8 12176643 . A G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.037547;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:30,6:18,5 -chr8 12419722 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:2,2:18,2 -chr8 12448115 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:0,5:15,1 -chr8 12546522 . C CAA 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.037025;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:79,15:53,8:26,7 -chr8 12554173 . T C 0 PASS DP=256;GPV=1;SPV=0.036908;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:110,21:69,12:41,9 -chr8 12559473 . C A 0 PASS DP=254;GPV=1;SPV=0.016787;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:118,29:44,12:74,17 -chr8 12560294 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,5:21,2:20,3 -chr8 12570721 . C T 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.029464;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:127,25:63,14:64,11 -chr8 12579161 . C T 0 PASS DP=293;GPV=1;SPV=0.019813;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:133,25:65,11:68,14 -chr8 12584069 . A C 0 PASS DP=268;GPV=1;SPV=0.029589;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:126,29:60,16:66,13 -chr8 13143846 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.033467;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,8:13,6:6,2 -chr8 13699577 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.51128;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:6,3:8,1 -chr8 15719516 . CCACACACA C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:7,4:5,2:2,2 -chr8 16708195 . TAC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.11976;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,5:5,2:11,3 -chr8 17763014 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=7.814e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:8,15:16,5 -chr8 19655561 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.043229;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:14,5:16,1 -chr8 20030870 . C CTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027424;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:7,3:10,4 -chr8 20865118 . TATATATAAAA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:10,4:0,1 -chr8 20875100 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.3971e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:12,15:10,5 -chr8 22079301 . T TATATATATATATATA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1 -chr8 22079303 . A AG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,2:6,3 -chr8 22245096 . C T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=2.2221e-10;SS=2;SSC=96;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:42,26:20,20:22,6 -chr8 22401543 . C CTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:3,2:7,2 -chr8 22611406 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:5,3:12,2 -chr8 24440959 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00070294;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:13,6:16,3 -chr8 25169760 . T TAC 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0076361;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,13:12,9:10,4 -chr8 25410976 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,2:1,1:3,1 -chr8 26012319 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.1392e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:11,12:15,2 -chr8 26113292 . GAA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0041486;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:6,9:4,2 -chr8 26257535 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0033619;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,9:10,3:9,6 -chr8 26917157 . C CA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.044908;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:18,3:14,3 -chr8 28881794 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023889;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:19,5:10,1 -chr8 29666136 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.035386;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:13,3:24,2 -chr8 30030807 . AAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,2:1,1:0,1 -chr8 31927439 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:9,2:6,2 -chr8 33245631 . GT G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0059264;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:19,3:20,5 -chr8 33537950 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:25,4:12,1:13,3 -chr8 34824884 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,2:1,1:3,1 -chr8 35149090 . C A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:2,5:4,1 -chr8 35404880 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.0708e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,6:12,6 -chr8 35428346 . A ATT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:5,3:8,2 -chr8 36134356 . AT A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00015539;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:7,8:26,6 -chr8 36215626 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=9.7816e-11;SS=2;SSC=100;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:16,22:8,8:8,14 -chr8 36260946 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.2115e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:11,9:14,3 -chr8 36278286 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.008786;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:15,3:24,3 -chr8 36525243 . GA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:16,3:4,2 -chr8 39594793 . GTT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,8:6,4:3,4 -chr8 40117166 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:6,2:2,3 -chr8 41887242 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:1,8:8,2 -chr8 42225690 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=3.7295e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:15,8:17,6 -chr8 44962509 . C A 0 PASS DP=472;GPV=1;SPV=0.0034572;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:239:199,40:90,19:109,21 -chr8 45929132 . G C 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.047932;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:115,19:81,11:34,8 -chr8 47037598 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.2436e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:13,8:12,11 -chr8 47764017 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:11,1:2,3 -chr8 47764018 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,1:3,3 -chr8 47999362 . C CT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0042057;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:13,3:16,4 -chr8 49876663 . G T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.701e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:17,6:13,11 -chr8 50053623 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033467;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,8:10,2:9,6 -chr8 50693392 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=2.9903e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:5,4:18,13 -chr8 52535677 . TA T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0025434;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:15,4:12,5 -chr8 52978238 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,4:8,3:11,1 -chr8 52989291 . CTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0084306;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:8,5:1,4 -chr8 55855177 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00065599;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:18,3:5,6 -chr8 57210828 . G C 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.0021333;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:159,24:105,18:54,6 -chr8 58518952 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 -chr8 58716687 . T TAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011528;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:9,5:4,2 -chr8 60219929 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:3,4:4,4 -chr8 60917314 . C CT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041383;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:5,3:19,2 -chr8 60928420 . GAA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0016018;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,10:4,8:0,2 -chr8 60971071 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:2,2:8,5 -chr8 65516206 . AT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.038786;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:15,2:17,3 -chr8 66355392 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=6.9149e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:15,4:15,9 -chr8 66521790 . GGAGAGAGAGAGA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.062714;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:6,5:6,1 -chr8 66987287 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,5:6,1 -chr8 67583820 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.015386;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:15,2:7,2 -chr8 67975694 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,4:6,1 -chr8 68268026 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,10:2,3:5,7 -chr8 69258254 . T G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:3,2:3,1 -chr8 69853653 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.029803;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:13,7:16,4 -chr8 69873267 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:12,4:3,2:9,2 -chr8 71305668 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048875;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,7:9,1 -chr8 71328691 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.3366e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:12,9:15,5 -chr8 71712677 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,2:4,2 -chr8 73007093 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0039926;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,4:5,3 -chr8 73996368 . CATTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024823;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,1:14,4 -chr8 74872603 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00035827;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:17,8:14,2 -chr8 76922395 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024348;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,1:4,2 -chr8 77520698 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,2:3,1:4,1 -chr8 77691448 . T TATATATATATAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:6,1:7,4 -chr8 78459433 . T TAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:2,1:2,1 -chr8 80296492 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,2:3,1:3,1 -chr8 81908285 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.3703e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:15,9:12,7 -chr8 82217222 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,6:5,1:11,5 -chr8 83384842 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 -chr8 83614431 . C CTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.29515;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,6:2,1:8,5 -chr8 84047207 . TA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,2:0,0:1,2 -chr8 84112667 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.1518e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:13,9:14,7 -chr8 84379753 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.2075e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:16,5:4,8 -chr8 84732683 . T TATATATATATATATATATATACACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.062277;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:8,3:16,2 -chr8 85190497 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:3,3:4,2 -chr8 85805171 . TC T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.028654;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:20,5:18,1 -chr8 86145349 . AGAAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 -chr8 87707682 . TA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:11,2:5,3 -chr8 88479820 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.0752e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,22:9,8:13,14 -chr8 88491755 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.057106;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1 -chr8 88701673 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0021594;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:8,14:4,5:4,9 -chr8 89201130 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.016119;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:16,4:24,2 -chr8 89359069 . T A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,5:6,3:17,2 -chr8 91743919 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:16,3:4,2 -chr8 91761495 . GTTT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.023126;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:11,8:8,1 -chr8 92005985 . T TACACACACACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00084741;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:6,4:8,4 -chr8 95092578 . CTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015172;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,4:3,2 -chr8 96375594 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:5,2:4,1:1,1 -chr8 96663978 . A G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=5.135e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:12,8:15,13 -chr8 99906834 . T TTTTC 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.049775;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:13,4:15,7 -chr8 101338458 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,5:8,2 -chr8 102830650 . CA C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.17271;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,4:20,2:12,2 -chr8 102868226 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0035224;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:12,7:5,7 -chr8 105514307 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:3,2:1,2 -chr8 105998895 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:12,7:5,1 -chr8 106864978 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0219;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,5:3,2 -chr8 106953979 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,4:0,1:1,3 -chr8 108098097 . A AAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.043422;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:15,4:2,2 -chr8 109311561 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,2:9,3 -chr8 111010596 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.020124;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,4:4,3 -chr8 112279013 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,5:9,3:8,2 -chr8 112755352 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0307;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:15,4:17,3 -chr8 114171555 . C CT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:24,4:10,1 -chr8 116277942 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=5.6774e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:12,10:6,7 -chr8 116366086 . A AG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,4:2,1:0,3 -chr8 116813168 . T TA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.009828;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:4,6:8,2 -chr8 117384014 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:2,4:1,2:1,2 -chr8 119162057 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,1:9,3 -chr8 120055647 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0056039;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,5:6,4 -chr8 120919173 . C CTATA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0011313;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:7,11:10,5 -chr8 121268067 . A T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00043374;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:18,6:16,4 -chr8 121843518 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=8.3852e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:24,27:17,19:7,8 -chr8 124296254 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0025397;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:12,9:5,3 -chr8 124409811 . CAAAAAAAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:3,4:5,1 -chr8 125502794 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:4,1:10,4 -chr8 126824610 . TTTTG T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:1,1:2,4 -chr8 127267109 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.002513;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:18,8:6,2 -chr8 127528139 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037605;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,1:7,5 -chr8 129014802 . A AACAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0075692;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,8:7,5:4,3 -chr8 129877663 . GGT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.39286;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,4:2,2:7,2 -chr8 130041968 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0055944;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:37:2,7:1,3:1,4 -chr8 131369290 . T A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.0665e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:13,7:11,8 -chr8 131377354 . G GTTTTTTTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:11,3:6,1 -chr8 131731718 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:12,3:9,1 -chr8 132155056 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.1019e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:12,12:14,5 -chr8 132498035 . T TCACACACA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,9:5,5:1,4 -chr8 132853447 . GTT G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.082408;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,1:16,3 -chr8 133067867 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,3:2,3 -chr8 136066837 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036365;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:16,6:5,2 -chr8 136080861 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.8161e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:9,10:18,9 -chr8 137797438 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=2.0159e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:8,11:13,5 -chr8 140646440 . C CAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0085309;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,9:18,8:3,1 -chr8 140877025 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:3,2:3,2 -chr8 141777461 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00011358;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:18,3:19,9 -chr8 141955673 . T TAC 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.044156;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,4:10,3:18,1 -chr8 142222500 . TCATC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1 -chr8 143816728 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=3.4274e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:30,23:15,7:15,16 -chr8 143865501 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,3:11,1 -chr8 144297901 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=1.6512e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:29,21:14,5:15,16 -chr8 144953029 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:4,2:3,1:1,1 -chr9 117800 . G T 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0164;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:30,2:28,6 -chr9 374453 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,2:1,4 -chr9 954556 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.7838e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:7,11:11,8 -chr9 1660092 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=4.8849e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:11,7:18,4 -chr9 5080892 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0061493;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,10:7,7:3,3 -chr9 5131435 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.066061;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:17,4:11,2 -chr9 10065141 . T TAGAAAGAAAGAAAGAAAGAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.012389;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,8:12,4:11,4 -chr9 10908115 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.1076e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:18,10:9,9 -chr9 11546252 . GT G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=3.0028e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:18,9:21,8 -chr9 12257671 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:39:1,3:1,2:0,1 -chr9 12745528 . CTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1 -chr9 13981005 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.13232;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,1:20,3 -chr9 14825488 . CAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.005418;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,1:2,5 -chr9 17996165 . AT A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.9651e-09;SS=2;SSC=80;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:13,24:11,12:2,12 -chr9 18626806 . TTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.01552;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:6,2:14,5 -chr9 19226767 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 -chr9 20097720 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 -chr9 22101703 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.029148;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,8:4,4:10,4 -chr9 22552406 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00010628;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:23,7:11,7 -chr9 24347063 . A T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=3.4048e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:15,7:17,9 -chr9 25152059 . T TAC 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013373;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,8:9,5:7,3 -chr9 25191113 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=8.3077e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:16,5:12,10 -chr9 25686026 . C CGTGT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015574;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,11:13,5:7,6 -chr9 25786770 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,4:2,3:2,1 -chr9 26037639 . G GCACACACA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.013487;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:10,14:8,9:2,5 -chr9 26296673 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:0,6:3,1 -chr9 30751042 . T TTA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:4,4:3,3 -chr9 30885030 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.043511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:14,8:4,1 -chr9 30960417 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=7.5529e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,6:7,6 -chr9 31513934 . A ATT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.033472;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:7,3:8,5 -chr9 32224004 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:4,4:0,2:4,2 -chr9 32324105 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.028693;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:10,4:15,6 -chr9 32750824 . AG A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.038941;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:22,1:8,6 -chr9 34005434 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.016449;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,11:16,8:2,3 -chr9 34725072 . T A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.032223;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:18,4:15,5 -chr9 36512491 . A AAAATATATATG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,6:4,2:7,4 -chr9 36512530 . A ATATATG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,10:1,3:5,7 -chr9 37593507 . C CTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:5,6:1,1 -chr9 37985881 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=8.8749e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:7,5:18,16 -chr9 39062770 . T G 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.024377;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:79,13:37,5:42,8 -chr9 39077977 . G C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.031136;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:22,5:14,2 -chr9 39078499 . A T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.027105;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:72,19:33,10:39,9 -chr9 39082641 . C T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.0033577;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:61,13:40,8:21,5 -chr9 39447377 . C G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.031831;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:51,11:26,8:25,3 -chr9 39471618 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.022424;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,4:13,5 -chr9 39802183 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 -chr9 39817969 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:2,0:20,4 -chr9 39822306 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.023254;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:3,1:16,5 -chr9 39856617 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 -chr9 39892865 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,1:0,1 -chr9 40199857 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0028381;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:25,13:7,2 -chr9 40285602 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 -chr9 40335822 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 -chr9 40353883 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,4:1,0 -chr9 40649247 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 -chr9 40721745 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.02489;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:21,7:22,4 -chr9 40781006 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.049128;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:13,2:21,2 -chr9 40829629 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00042879;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:7,5:17,8 -chr9 40863176 . C CTT 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0457;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:17,9:23,1 -chr9 40957019 . C T 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.0041396;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:120,24:64,14:56,10 -chr9 40957044 . C G 0 PASS DP=274;GPV=1;SPV=0.0025752;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:133,27:65,19:68,8 -chr9 40994477 . G A 0 PASS DP=245;GPV=1;SPV=0.049069;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:105,22:46,9:59,13 -chr9 40996429 . C A 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.0079392;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:97,27:35,7:62,20 -chr9 41009910 . T C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.0011165;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:86,10:40,7:46,3 -chr9 41092878 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.0037018;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:23,10:19,6 -chr9 41219934 . A G 0 PASS DP=227;GPV=1;SPV=0.012217;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:91,23:65,16:26,7 -chr9 41260339 . C G 0 PASS DP=159;GPV=1;SPV=0.027233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:60,17:35,10:25,7 -chr9 41295625 . G T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.046353;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:65,18:30,5:35,13 -chr9 41456106 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0033365;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,9:7,2 -chr9 41524691 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.03962;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:24,9:18,3 -chr9 41543438 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.01079;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,5:10,2 -chr9 41619182 . CA C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.023987;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:45,11:26,9:19,2 -chr9 41629752 . G A 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.011889;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:85,21:49,14:36,7 -chr9 41654836 . G T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.01466;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:22,4:22,11 -chr9 41754427 . C A 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.00039703;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:73,31:38,17:35,14 -chr9 41758406 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.015213;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,7:10,2 -chr9 41781296 . A C 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.026722;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:78,10:46,6:32,4 -chr9 41850515 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:0,0:20,4 -chr9 41861347 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 -chr9 42030750 . C CAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:9,4:0,0 -chr9 42334258 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.046134;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:16,1:20,6 -chr9 42930756 . G T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.017302;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:24,4:23,3 -chr9 43299406 . A T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.0099979;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:64,18:45,13:19,5 -chr9 43399857 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13663;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:1,0:26,4 -chr9 43620725 . A T 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.045298;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:129,20:81,8:48,12 -chr9 43698558 . C G 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.037934;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:81,12:58,8:23,4 -chr9 43804025 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:28,4:0,0 -chr9 43804413 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.032961;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:12,4:16,7 -chr9 43804414 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.018813;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:13,4:15,8 -chr9 43842933 . A T 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.010739;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:79,17:24,4:55,13 -chr9 44305562 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:19,4:1,0 -chr9 44305563 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:20,4:1,0 -chr9 44521259 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 -chr9 44521710 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.012087;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:11,3:15,3 -chr9 44556710 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:3,1:0,7 -chr9 44579928 . G T 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:54,9:16,1 -chr9 44737074 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:8,5:0,1 -chr9 45123818 . T G 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.034022;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:90,10:49,4:41,6 -chr9 45502833 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:23,4:1,0 -chr9 60569052 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066077;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,3:14,2 -chr9 60638466 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:18,4:1,0 -chr9 60653336 . G C 0 PASS DP=432;GPV=1;SPV=0.044742;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:219:192,27:8,1:184,26 -chr9 61869465 . TC T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.033522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:19,5:14,1 -chr9 62801044 . G C 0 PASS DP=391;GPV=1;SPV=0.0059915;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:202:177,25:87,12:90,13 -chr9 62813372 . A G 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.018566;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:103,20:56,8:47,12 -chr9 62813624 . T C 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.0082734;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:111,16:66,12:45,4 -chr9 62821722 . A T 0 PASS DP=221;GPV=1;SPV=0.033791;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:91,17:41,10:50,7 -chr9 62830190 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.021689;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:8,5:21,6 -chr9 62837642 . G T 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.045816;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:100,20:50,8:50,12 -chr9 62883872 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0083664;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:37,7:8,2 -chr9 62893729 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1356;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:9,1:23,5 -chr9 62903251 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.034686;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:53,12:27,6:26,6 -chr9 63398809 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,2:4,2 -chr9 63701977 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02072;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:13,3:21,3 -chr9 63756111 . G T 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.03921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:69,13:44,7:25,6 -chr9 63759339 . G A 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.038714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:86,13:32,2:54,11 -chr9 63868480 . G A 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.019296;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:56,13:46,9:10,4 -chr9 64025479 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.012169;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:23,10:9,4 -chr9 64119933 . T A 0 PASS DP=336;GPV=1;SPV=0.0001077;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:140,26:50,9:90,17 -chr9 64416413 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048123;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:22,4:8,2 -chr9 64436111 . T G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.048085;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:8,4:32,9 -chr9 64513266 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0097768;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,2:6,6 -chr9 64598624 . G GTATA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.13232;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,4:15,2:19,2 -chr9 64768679 . G T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,2:3,5 -chr9 64788946 . A G 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.044279;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:96,18:70,12:26,6 -chr9 64907503 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2 -chr9 64910453 . CTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,2:3,2 -chr9 65187717 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 -chr9 65276523 . AT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.075692;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:28,4:9,1 -chr9 65276529 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:28,3:7,1 -chr9 65276582 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075047;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:26,4:2,1 -chr9 65293096 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.047135;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:10,1:19,6 -chr9 65306269 . G C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,3:10,2 -chr9 65379043 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.045034;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,9:14,1 -chr9 65573606 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.054338;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,1:14,3 -chr9 65967880 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012629;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:5,1:16,7 -chr9 65967881 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.017466;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:4,1:16,6 -chr9 66076158 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1 -chr9 66079607 . C T 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.03446;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:91,18:44,8:47,10 -chr9 66158767 . G C 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.047289;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:20,2:38,9 -chr9 66160804 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:21,4:2,0 -chr9 66161100 . C T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0012909;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:51,24:32,17:19,7 -chr9 66170499 . C A 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.016945;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:87,21:52,10:35,11 -chr9 66182996 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.031008;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:21,2:10,4 -chr9 66197438 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0048003;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:22,9:21,1 -chr9 66257253 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.003096;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,1:1,5 -chr9 66274253 . T C 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.012396;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:65,9:37,3:28,6 -chr9 66697103 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.025558;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:17,5:17,6 -chr9 66705158 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.09062;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:6,2:11,2 -chr9 66705530 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063158;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 -chr9 66737443 . C T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.019877;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:14,5:29,8 -chr9 66740151 . AAC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0143;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,5:6,1 -chr9 66961920 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00021015;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:15,6:11,7 -chr9 67008709 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:19,4:0,0 -chr9 67010407 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:2,2:9,6 -chr9 67109278 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=7.6789e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:4,4:7,10 -chr9 67168505 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,1:4,3 -chr9 67604241 . G A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=8.5423e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:56,16:17,9:39,7 -chr9 67645801 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:1,1:11,7 -chr9 67687829 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:1,3:12,3 -chr9 67910316 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013816;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:18,5:2,2 -chr9 67916278 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 -chr9 70301415 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.279e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:26,25:11,14:15,11 -chr9 70517355 . TTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTG T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,2:0,0:4,2 -chr9 72606947 . A ATATGTATG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.025544;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:13,8:11,3 -chr9 73490320 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=4.219e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:7,9:12,8 -chr9 75495712 . TC T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:3,2:1,1:2,1 -chr9 77840230 . T C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.0023e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:10,8:13,14 -chr9 79855857 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.013657;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:10,4:1,2 -chr9 80644179 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.018479;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,5:4,3:2,2 -chr9 81254683 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,5:4,3 -chr9 82847149 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.020423;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:16,5:20,1 -chr9 83160690 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.7558e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:16,9:8,6 -chr9 83372369 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0066382;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,5:5,2:6,3 -chr9 84192814 . CTT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.064826;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:14,2:9,2 -chr9 85680513 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=5.765e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:9,4:14,11 -chr9 86176985 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=5.6241e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:17,11:13,3 -chr9 86405912 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.1007e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:8,7:12,5 -chr9 87430255 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:6,4:2,5 -chr9 87540183 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,6:2,1 -chr9 87831691 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.038906;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,6:19,4:11,2 -chr9 87853699 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.030612;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,7:14,3:10,4 -chr9 88011352 . C CTTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,9:0,6:3,3 -chr9 88150465 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.4701e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:10,7:13,13 -chr9 88589008 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.1205e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:8,8:16,6 -chr9 89182535 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0092996;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:11,5:9,6 -chr9 96502595 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,2:3,1:1,1 -chr9 97772414 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=3.4237e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:37,16:20,8:17,8 -chr9 100932673 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,5:6,3 -chr9 102410335 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0018783;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:17,4:8,4 -chr9 102966026 . A ATTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,4:3,3:1,1 -chr9 104059407 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13206;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,7:11,3:9,4 -chr9 104659686 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:11,6:1,2 -chr9 104995718 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,2:7,2 -chr9 105485533 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:8,4:9,1 -chr9 108466081 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.068133;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:24,2:11,3 -chr9 109021507 . G GT 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.03863;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:22,4:19,2 -chr9 109073856 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0018191;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:9,6:4,3 -chr9 109260410 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:10,2:3,2 -chr9 110745259 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.011348;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:18,3:19,6 -chr9 111641320 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15761;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:24,3:11,1 -chr9 115449416 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,1:6,6 -chr9 116048961 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=9.1856e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:11,9:8,3 -chr9 116088504 . C CAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.44608;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:10,4:1,0 -chr9 116656682 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0087022;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,3:3,2 -chr9 118714270 . C CT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.093615;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:7,1:28,4 -chr9 118759933 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016518;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:16,5:8,3 -chr9 118846936 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:22,4:11,2:11,2 -chr9 118948756 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=5.3601e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:13,9:7,8 -chr9 119140426 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,2:8,2 -chr9 119172303 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=7.0959e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:13,4:12,11 -chr9 119412506 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0011745;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:10,4:21,6 -chr9 119999714 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,3:3,1:2,2 -chr9 121228422 . ATATTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 -chr9 121333566 . T TA 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=6.5058e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:15,4:21,9 -chr9 124366088 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00040604;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:19,5:12,5 -chr9 126202168 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0063642;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:4,5:12,4 -chr9 126736711 . A ATATATG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:11,2:3,3 -chr9 126960219 . C CCCTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:0,0:13,4 -chr9 128818108 . C CAAAAAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0027222;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:15,8:5,1 -chr9 128954419 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,2:6,2 -chr9 129393660 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.20979;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,4:1,3:5,1 -chr9 129410444 . T TCAC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.021073;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:1,4:9,1 -chr9 130062095 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.019651;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:15,1:14,5 -chr9 130071035 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0072239;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:0,4:2,1 -chr9 130114029 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:4,7:1,1 -chr9 130753428 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.011329;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 -chr9 131587223 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,2:3,2:0,0 -chr9 131964347 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 -chr9 132333394 . AAAAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,2:9,2 -chr9 132396675 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,4:2,2:5,2 -chr9 132930587 . C CAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,4:11,3:1,1 -chr9 134025267 . C CAG 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,4:4,1 -chr9 134513183 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:4,3:2,2 -chr9 135208007 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.13122;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,5:13,3:12,2 -chr9 136573344 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.5034e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,5:10,9 -chr9 137517239 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14706;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,3:1,1:6,2 -chr9 138207134 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,1:9,3 -chr9 138228081 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026333;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:16,6:4,2 -chrM 12283 . G A 0 PASS DP=14647;GPV=1;SPV=0;SS=2;SSC=255;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7264:4867,2396:1986,1012:2881,1384 -chrX 2846056 . T TATATATATA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,1:2,3 -chrX 3116325 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.044988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,2:7,2 -chrX 3152301 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00011765;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:10,4:14,8 -chrX 3598596 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,2:4,3 -chrX 3600513 . G GTGTAAAGTTTCAGTCA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0006993;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,8:0,5:0,3 -chrX 3685264 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046139;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:6,1:13,5 -chrX 3688872 . TA T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0042329;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,5:10,2 -chrX 3788573 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:5,2:1,1:4,1 -chrX 3827170 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00062132;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:8,6:7,10 -chrX 4293487 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.034373;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,3:11,1 -chrX 4383022 . CTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:2,3:5,1 -chrX 4942192 . AG A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.07597;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,2:20,2 -chrX 4942199 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.07597;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,2:18,2 -chrX 5809652 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=7.7888e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:12,9:14,6 -chrX 5832883 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,9:0,4:11,5 -chrX 5847352 . T TAG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:4,4:9,1 -chrX 6055094 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00011108;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:17,5:16,6 -chrX 6510956 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=6.7349e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,7:11,6 -chrX 6900575 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.048243;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:7,6:13,1 -chrX 7275929 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0033651;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:9,8:9,5 -chrX 7279325 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:4,1:3,1 -chrX 8388917 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3 -chrX 9411334 . T G 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.031284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:119,19:56,12:63,7 -chrX 9792178 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03024;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 -chrX 11320766 . T TAC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.025477;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,5:9,5 -chrX 11323811 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.2794e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,21:13,9:7,12 -chrX 12773205 . C A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.0504e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:14,8:18,8 -chrX 14223751 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0009678;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,2:8,7 -chrX 14422840 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,5:7,4:9,1 -chrX 14823079 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010021;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,4:4,1 -chrX 14839432 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.7594e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:12,7:9,8 -chrX 17059920 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.019179;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:16,8:9,3 -chrX 17977306 . CT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00057277;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:11,8:7,3 -chrX 18844332 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.062923;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:19,3:20,2 -chrX 19284527 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00012972;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:36,18:22,9:14,9 -chrX 21339631 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.4808e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:13,12:20,5 -chrX 21995667 . T TTTTC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0099161;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:0,4:7,3 -chrX 22501795 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.4647e-10;SS=2;SSC=98;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:22,25:8,13:14,12 -chrX 22898755 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01707;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,4:7,1 -chrX 22898764 . A ATTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.009828;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,4:6,2 -chrX 22983526 . CTA C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.01617;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:17,6:19,6 -chrX 23400309 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.5419e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:11,9:16,7 -chrX 24709584 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.045829;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:11,2:26,5 -chrX 25045430 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037307;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:14,3:11,2 -chrX 25061948 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022127;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 -chrX 27705060 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.046007;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,3:15,1 -chrX 27756805 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.9644e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:14,7:8,7 -chrX 27991343 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00029953;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:9,6:22,6 -chrX 28839659 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.1149e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:15,12:11,9 -chrX 29142698 . A ATT 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00038469;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:30,14:12,9:18,5 -chrX 30652124 . GA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,1:3,3 -chrX 30729345 . C G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.022084;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:20,2:19,3 -chrX 31816796 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,3:4,2 -chrX 32885829 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,3:11,1 -chrX 33009102 . GTA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:1,4:7,1 -chrX 33060837 . CA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.03159;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,8:6,1 -chrX 33432973 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 -chrX 34250198 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,1:3,5 -chrX 34834603 . AAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:8,6:5,3 -chrX 35692244 . ATT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.23279;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:5,1:17,2 -chrX 38811924 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=5.287e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:13,6:13,6 -chrX 40631256 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.095238;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,2:1,1:2,1 -chrX 41181436 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0098934;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,7:4,3 -chrX 41299167 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3 -chrX 42419349 . AT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=7.7636e-06;SS=2;SSC=51;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:9,11:12,3 -chrX 44602073 . GTATGTATA G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,3:8,1 -chrX 47353997 . C CTTTTCTTTTCT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:2,3:17,1 -chrX 47369156 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.045694;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,6:5,2:8,4 -chrX 48284148 . T G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:9,2:2,2 -chrX 48643108 . CTA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040656;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,4:4,2 -chrX 49344146 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:27,4:0,0 -chrX 49885042 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,9:3,8:2,1 -chrX 51541752 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=4.3002e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,22:14,10:11,12 -chrX 52799679 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:1,2:6,8 -chrX 55389535 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=9.7647e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:14,12:13,7 -chrX 55442043 . T A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00037848;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:15,4:13,5 -chrX 58002624 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=5.3456e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:9,7:11,9 -chrX 58271215 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,1:5,5 -chrX 60450576 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 -chrX 63780880 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031966;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:16,3:21,4 -chrX 65956050 . T C 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.037547;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:22,9:26,2 -chrX 66569122 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.1863e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,17:16,8:9,9 -chrX 67300206 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.0955e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:30,21:14,7:16,14 -chrX 70619816 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0094403;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:15,8:7,2 -chrX 70647683 . A T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=4.4308e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,20:19,11:11,9 -chrX 70971461 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:10,1:2,3 -chrX 71230854 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 -chrX 72453464 . T TAAAG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0069343;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:6,6:8,4 -chrX 72710825 . A AT 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.033817;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:23,4:18,3 -chrX 73577343 . T A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=8.5797e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:16,10:15,7 -chrX 73842797 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.68e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:9,8:11,10 -chrX 74960268 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00010649;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:15,10:13,7 -chrX 76209416 . TATATATATCTAC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,5:6,2 -chrX 76549620 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.12799;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:3,2:4,3 -chrX 77073861 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=7.0297e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:15,4:5,5 -chrX 78548854 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0017066;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,5:13,3 -chrX 79841717 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00066603;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:18,3:11,7 -chrX 79915565 . CATATATATAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:1,4:5,1 -chrX 80000132 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00058486;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:3,5:9,6 -chrX 80753589 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.033295;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:44,7:21,4:23,3 -chrX 80845891 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=3.1065e-10;SS=2;SSC=95;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:30,25:15,16:15,9 -chrX 81067614 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:26:1,3:0,1:1,2 -chrX 83187133 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.1572e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,19:7,2:4,17 -chrX 83517110 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00058357;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:12,5:15,4 -chrX 84659249 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.5319e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:25,23:8,7:17,16 -chrX 86689156 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.218e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:9,5:11,14 -chrX 87233876 . T TAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.059999;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,6:12,2:13,4 -chrX 87234360 . TACATATATATTATATATAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,2:4,3 -chrX 87379839 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15761;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:21,2:14,2 -chrX 88703648 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010344;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:12,5:3,1 -chrX 88880465 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.3311e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:14,5:14,8 -chrX 89836645 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.014208;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:14,2:12,5 -chrX 89895899 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:4,3:9,2 -chrX 90257641 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.040635;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:20,4:14,3 -chrX 90269467 . T TTATA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,4:7,2:13,2 -chrX 90901597 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0044132;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:19,8:14,6 -chrX 91065127 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.035066;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,6:12,5:6,1 -chrX 91224128 . A AAATAATAAT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.04524;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:13,5:12,6 -chrX 91251493 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.016812;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:10,4:13,5 -chrX 91828120 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030178;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:13,9:5,1 -chrX 91896087 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00023423;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,4:10,5 -chrX 91953315 . C A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.1224e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:19,7:17,7 -chrX 92078122 . T TA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.7081e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:13,8:9,7 -chrX 92566592 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0049255;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:9,8:16,1 -chrX 92576041 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00011056;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:5,7:6,3 -chrX 92743454 . GA G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.007358;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:19,6:12,2 -chrX 93419812 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.4423e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:13,6:14,8 -chrX 94795827 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,3:5,2 -chrX 96067419 . A C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00021276;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:17,9:18,5 -chrX 96434670 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.5666e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:12,8:15,16 -chrX 96837435 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,8:5,3:7,5 -chrX 98001253 . C A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=4.7997e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:15,9:13,9 -chrX 98325244 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=7.2254e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:16,10:11,10 -chrX 98827187 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.0663e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:11,6:5,5 -chrX 99552903 . A AATATAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018634;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,1:2,4 -chrX 99869226 . A T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.3324e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:13,6:14,8 -chrX 101792604 . CGTGT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,5:5,3:9,2 -chrX 106200872 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=6.5488e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:13,10:14,3 -chrX 106510355 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.459e-10;SS=2;SSC=92;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:20,24:12,10:8,14 -chrX 107557797 . CTATATA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:1,4:3,2 -chrX 107754072 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=5.967e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:9,13:17,8 -chrX 108343134 . AAT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022121;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:19,3:2,4 -chrX 108874131 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=4.5693e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:10,9:11,11 -chrX 109753999 . C CAAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.023496;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:17,9:5,1 -chrX 109882816 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,4:8,1 -chrX 110084379 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,3:3,2:3,1 -chrX 110689604 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020719;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:4,4:4,2 -chrX 110689606 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.063462;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,3:5,2:3,1 -chrX 113097201 . C CTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,3:9,1 -chrX 113206719 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.3703e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:9,10:18,6 -chrX 113671430 . CAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:8,4:2,4 -chrX 115458659 . CAAGCAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041892;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,5:11,2 -chrX 115888354 . G A 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.048847;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:150,18:79,5:71,13 -chrX 116895479 . TC T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,1:10,3 -chrX 117369732 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.46e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:18,7:12,8 -chrX 118231918 . AAAGAAGAAG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.026224;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:0,5:4,1 -chrX 118323949 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.057503;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,7:7,1 -chrX 118438797 . G GTTTTTTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:11,3:8,1 -chrX 119156971 . CTATATATATATATA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:3,3:5,1 -chrX 120068061 . AC A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2 -chrX 121458402 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.8347e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:27,22:12,13:15,9 -chrX 122945234 . TC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.011012;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,7:4,3:4,4 -chrX 123288134 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.010112;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:15,6:18,2 -chrX 123849603 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0041602;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,8:5,7:5,1 -chrX 123864455 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:7,3:4,2 -chrX 123926466 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:6,3:4,1 -chrX 124436936 . CTT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,8:9,4:5,4 -chrX 125516959 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.5419e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:14,5:13,11 -chrX 126154797 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.454e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:14,10:14,7 -chrX 126758503 . G C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.2088e-10;SS=2;SSC=94;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:16,26:7,10:9,16 -chrX 126765903 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00034023;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:21,6:16,8 -chrX 127180258 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.032967;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:40:1,10:0,2:1,8 -chrX 127905933 . T TATATATATATATATATATATATATAG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,4:5,3:4,1 -chrX 129053010 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0007826;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:13,9:20,3 -chrX 129469054 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00019866;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:14,3:17,11 -chrX 129599286 . C CT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0029501;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:11,4:8,4 -chrX 130087798 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00029546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:9,3:16,7 -chrX 130335457 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:12,3:3,1 -chrX 130489927 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.046841;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:15,5:19,3 -chrX 130786650 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0056253;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:10,3:12,5 -chrX 130864313 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.0798e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:29,17:9,8:20,9 -chrX 131117619 . A ATT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:8,4:0,1 -chrX 132138750 . T TAATA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0075277;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,13:12,9:9,4 -chrX 133148474 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.5518e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:12,7:16,15 -chrX 134950870 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0073947;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:8,5:3,5 -chrX 137105225 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.6974e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:12,5:15,8 -chrX 137492843 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,3:5,1 -chrX 137523728 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.5625e-10;SS=2;SSC=95;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:17,23:10,13:7,10 -chrX 139523037 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00025079;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:12,4:7,5 -chrX 141098121 . GTGTATATATATATATATA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.024419;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,10:12,5:5,5 -chrX 142287597 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.9669e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:19,22:12,9:7,13 -chrX 142551074 . A ATATG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2 -chrX 143600240 . C CA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00047367;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:13,5:18,6 -chrX 143631629 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=8.729e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:9,7:11,6 -chrX 144171912 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.036342;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,2:11,4 -chrX 144847540 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0043057;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:18,5:18,4 -chrX 144848827 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.3393e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:11,7:12,7 -chrX 144878667 . C CT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0057228;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:6,16:1,12:5,4 -chrX 145173170 . AAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047988;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,3:11,2 -chrX 145612584 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0017437;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:20,3:19,6 -chrX 145938390 . A ATGTGTG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.015839;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:16,8:6,3 -chrX 146835816 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:13,2:4,2 -chrX 146972101 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.03614;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:26,1:17,8 -chrX 147512886 . TTACACATTGTAATACACATTGCAATACAA T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.036707;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,2:16,2 -chrX 147982851 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00049033;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:13,6:12,9 -chrX 148430035 . TATATAATATATAAATATATTATATATTATATAA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.094639;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,4:11,1 -chrX 150398367 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031602;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,5:8,1 -chrX 151073038 . ATATG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:6,3:4,1 -chrX 151781807 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.5203e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:14,9:14,6 -chrX 152074475 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:35:0,2:0,0:0,2 -chrX 152127579 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.9813e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:14,8:10,12 -chrX 152296703 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.018989;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:13,10:8,3 -chrX 152808054 . T G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=3.3869e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:29,20:18,10:11,10 -chrX 153012235 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0010185;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:14,5:9,4 -chrX 153091352 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.2506e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:18,9:11,7 -chrX 153569113 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=6.8562e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:11,10:15,10 -chrX 153619138 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:7,1:3,5 -chrX 154191398 . G T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,2:1,3 -chrY 11137800 . CA C 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.011245;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:136,20:67,12:69,8 -chrY 11147115 . A G 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.049806;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:75,13:30,9:45,4 -chrY 11177613 . G A 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.017287;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:61,12:44,8:17,4 -chrY 11198115 . A T 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.035283;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:41,12:14,4:27,8 -chrY 11199942 . T A 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.036234;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:83,17:70,12:13,5 -chrY 11236902 . T G 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.019653;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:61,13:36,7:25,6 -chrY 11403141 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0272;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:12,3:15,4 -chrY 11479240 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1 -chrY 56827498 . A G 0 PASS DP=301;GPV=1;SPV=0.0040244;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:132,22:54,7:78,15 -chrY 56864133 . A G 0 PASS DP=616;GPV=1;SPV=0.0023512;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:342:293,49:163,26:130,23 -chrY 56881916 . T C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.043553;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:81,11:35,6:46,5
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/F.vcf Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -0,0 +1,4089 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> +##reference=hg38 +##source=varscan.py +##contig=<ID=chr1,length=248956422> +##contig=<ID=chr10,length=133797422> +##contig=<ID=chr11,length=135086622> +##contig=<ID=chr12,length=133275309> +##contig=<ID=chr13,length=114364328> +##contig=<ID=chr14,length=107043718> +##contig=<ID=chr15,length=101991189> +##contig=<ID=chr16,length=90338345> +##contig=<ID=chr17,length=83257441> +##contig=<ID=chr18,length=80373285> +##contig=<ID=chr19,length=58617616> +##contig=<ID=chr2,length=242193529> +##contig=<ID=chr20,length=64444167> +##contig=<ID=chr21,length=46709983> +##contig=<ID=chr22,length=50818468> +##contig=<ID=chr3,length=198295559> +##contig=<ID=chr4,length=190214555> +##contig=<ID=chr5,length=181538259> +##contig=<ID=chr6,length=170805979> +##contig=<ID=chr7,length=159345973> +##contig=<ID=chr8,length=145138636> +##contig=<ID=chr9,length=138394717> +##contig=<ID=chrM,length=16569> +##contig=<ID=chrX,length=156040895> +##contig=<ID=chrY,length=57227415> +##filter="SOMATIC" +##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> +##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> +##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> +##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> +##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> +##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> +##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> +##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> +##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> +##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> +##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> +##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> +##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> +##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> +##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> +##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> +##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> +##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> +##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> +##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> +##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> +##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> +##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> +##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> +##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> +##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> +##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> +##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> +##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> +##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR +chr1 167967 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr1 271578 . A AT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.012429;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,5:7,2:10,3 +chr1 636494 . A G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.031633;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:47,13:24,9:23,4 +chr1 996625 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.083867;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:19,2:3,3 +chr1 1644921 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.045371;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,5:13,5 +chr1 1864314 . C CAAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,6:2,1 +chr1 1976870 . C CAG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00016042;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,16:2,6:7,10 +chr1 2142262 . A C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 +chr1 2913844 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.1392e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:14,6:12,8 +chr1 3181193 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.024399;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:5,5:13,2 +chr1 4251782 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:9,3:5,1 +chr1 5606389 . A AATATATATATATAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,7:2,6:1,1 +chr1 5732600 . A AG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0043505;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,3:3,4 +chr1 7051663 . C CTGCCAGGACAGACTCATCCCTGTT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031156;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3 +chr1 8167511 . GCACA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,3:3,2 +chr1 8233826 . A ATATATTTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:1,1:2,1 +chr1 8501213 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:3,2:14,2 +chr1 8647643 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.048962;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,5:8,4:3,1 +chr1 9647481 . A AATTATTATT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0046297;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:3,5:8,5 +chr1 9916882 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 +chr1 10583224 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022127;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 +chr1 10616234 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.9275e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:7,10:12,8 +chr1 11045998 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00030325;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:10,6:18,7 +chr1 11771345 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.4859e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:13,9:5,6 +chr1 12381912 . C CTTTCT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.022593;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:1,4:15,4 +chr1 12871201 . C CT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.018007;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,3:9,7 +chr1 12881560 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.013032;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,3:11,3 +chr1 12947985 . CTACAAAAA C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0010116;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:9,3:15,7 +chr1 13040570 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,3:7,1 +chr1 13168970 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.020006;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,1:1,3 +chr1 13198698 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024875;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,4:4,6 +chr1 13199161 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.03148;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,6:7,3 +chr1 13217209 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1 +chr1 13341194 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0036109;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:21,6:14,1 +chr1 13926652 . T TA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00036335;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,3:4,4 +chr1 14528362 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.057503;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,8:6,3:13,5 +chr1 15194917 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0074752;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,11:5,8:1,3 +chr1 15293726 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.024383;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:9,3:10,4 +chr1 16311503 . A AATAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.083772;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:9,3:6,4 +chr1 16631115 . G A 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.0019297;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:81,24:42,14:39,10 +chr1 16656105 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:11,6:2,1 +chr1 16690451 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0079357;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,12:8,3:17,9 +chr1 16732665 . A G 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.011554;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:60,10:37,8:23,2 +chr1 16733940 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr1 16746403 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.018572;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:8,5:12,7 +chr1 16755063 . G A 0 PASS DP=227;GPV=1;SPV=6.2457e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:98,13:53,5:45,8 +chr1 16849895 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.019869;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:17,8:17,6 +chr1 16860384 . C G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0059855;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:19,3:20,9 +chr1 16896326 . A C 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.0087261;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:16,3:24,4 +chr1 17296935 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0067299;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,4:10,3 +chr1 17822187 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0017389;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:8,2:13,4 +chr1 18611271 . GAGGA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:6,3:0,1 +chr1 21699192 . AT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr1 21977914 . GC G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0028915;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:5,2:7,9 +chr1 24266066 . T TTGGA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:7,4:5,4 +chr1 24407443 . A AT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0010171;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,10:6,8:6,2 +chr1 26214945 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.21465;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,5:5,3:6,2 +chr1 27824672 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,4:5,1 +chr1 28923111 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,3:3,1:2,2 +chr1 33493334 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=4.8916e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:8,4:9,9 +chr1 33510173 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr1 33890232 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0081527;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:9,8:6,4 +chr1 34128594 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.001651;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:12,4:15,6 +chr1 34959242 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,3:5,1 +chr1 35207403 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0014564;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:6,8:2,2 +chr1 36806360 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.6735e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:9,6:11,10 +chr1 37427639 . G GAAGAAAGAAAGAAAGA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,4:2,4:0,0 +chr1 38514430 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:5,3:3,2 +chr1 39021177 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,3:0,0:5,3 +chr1 39021181 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,2:0,0:5,2 +chr1 39045665 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:3,1:7,6 +chr1 41260924 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06057;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,1:10,4 +chr1 42131047 . CAAAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.035721;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:3,3:3,1 +chr1 43813905 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:1,2:0,0:1,2 +chr1 43882975 . A AT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:9,5:11,2 +chr1 44006586 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:12,3:4,1 +chr1 45539020 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.064803;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,6:10,3:16,3 +chr1 46212281 . A AT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0093079;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,6:13,4:9,2 +chr1 46242260 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:11,7:1,0 +chr1 46700982 . A AGT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,3:6,3 +chr1 48192907 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010572;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,2:2,4 +chr1 51933945 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=8.4086e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:9,8:9,6 +chr1 52783985 . C CGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:12,6:8,3 +chr1 54985221 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:4,4:4,4:0,0 +chr1 55030784 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.079204;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:12,4:15,2 +chr1 55941187 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018827;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,3:11,4 +chr1 56227866 . T TACAC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017469;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,4:4,4 +chr1 57139968 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00037187;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:11,5:9,6 +chr1 59805102 . A ATG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0041795;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:12,9:4,2 +chr1 59860777 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022366;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,4:8,5 +chr1 60301295 . T TTGTGTG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.026533;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,3:2,2 +chr1 63283765 . A AAG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:5,3:5,3 +chr1 63817884 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.4829e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:8,7:12,6 +chr1 64268120 . A AAAAAAAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.012328;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:4,2:8,3 +chr1 64398280 . AAG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:7,4:2,2 +chr1 65038938 . T TTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.046888;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:9,4:8,3 +chr1 65518871 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:2,1:10,3 +chr1 65731219 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0045987;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:9,5:11,1 +chr1 65736482 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00020766;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,2:8,7 +chr1 68406582 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.040021;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,5:7,2:10,3 +chr1 71928161 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,8:3,5:2,3 +chr1 74111090 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0044219;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:7,3:8,3 +chr1 74448376 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0047587;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,4:3,2 +chr1 77533509 . CAAAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,7:6,5:1,2 +chr1 77765735 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,3:2,3 +chr1 77793626 . AT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.2759;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:13,2:13,1 +chr1 78005365 . CT C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.028465;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:15,4:10,1 +chr1 79202929 . AC A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.026676;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:5,1:9,4 +chr1 80497577 . TA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.8738e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:10,11:18,5 +chr1 81825657 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0096686;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:3,1:1,4 +chr1 82627810 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,2:1,1:3,1 +chr1 83241791 . C CATAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:16,3:3,1 +chr1 83248504 . A AT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0060587;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:18,12:11,2 +chr1 83390671 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.011442;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:12,6:21,1 +chr1 83716701 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.4826e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:12,9:10,9 +chr1 84418338 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,1:9,3 +chr1 86985509 . CAT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016414;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:3,4:9,1 +chr1 88567358 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,7:5,6:2,1 +chr1 91040277 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:4,6:2,4 +chr1 95681557 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.7162e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:6,6:7,6 +chr1 96650554 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031354;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,1:9,8 +chr1 98112422 . TAA T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:2,4:0,0 +chr1 99227734 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00036745;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:15,5:12,12 +chr1 99822926 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.017056;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,7:5,1:5,6 +chr1 100283934 . AG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,3:5,2 +chr1 100394111 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14851;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,3:14,1 +chr1 101306166 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,8:4,1 +chr1 101529118 . G GAC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00010085;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:11,5:8,7 +chr1 102577728 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=7.6466e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:7,10:8,4 +chr1 102810163 . C CAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 +chr1 103792409 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0010691;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:7,8:11,5 +chr1 104883863 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00044723;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:16,5:7,8 +chr1 105455897 . AT A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=6.0123e-06;SS=2;SSC=52;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,8:6,3 +chr1 106599829 . C CTCTCTCTCTA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:3,1:3,3 +chr1 108164778 . T TTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026993;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,4:7,5 +chr1 110808911 . T A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0089783;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:1,5:2,1 +chr1 111632921 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11976;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,5:14,3:2,2 +chr1 112383177 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,8:6,7:3,1 +chr1 112918065 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00086701;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:7,5:10,10 +chr1 114716126 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00056474;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:6,5:16,6 +chr1 115766865 . TGATA T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0020828;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,10:3,6:6,4 +chr1 118287981 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:10,5:6,4:4,1 +chr1 118682202 . ATG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,8:2,6:5,2 +chr1 121753005 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:6,3:21,2 +chr1 121773480 . TC T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.038637;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:9,2:18,2 +chr1 122138561 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.013215;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,7:4,2 +chr1 122258262 . G C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr1 124704670 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,4:8,1 +chr1 124798780 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065489;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:17,4:0,0 +chr1 124872883 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.010192;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:1,1:26,4 +chr1 124906269 . A T 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.0092839;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:76,21:41,6:35,15 +chr1 124921389 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.14706;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,3:2,1:5,2 +chr1 124924096 . G T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:8,3:6,2:2,1 +chr1 125094391 . T C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.016143;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:83,17:45,7:38,10 +chr1 143217456 . T A 0 PASS DP=14662;GPV=1;SPV=0.048859;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7342:6526,739:1761,246:4765,493 +chr1 143217457 . C A 0 PASS DP=13749;GPV=1;SPV=0.0086744;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:6854:6080,740:1673,258:4407,482 +chr1 143241404 . A G 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.0089788;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:62,19:58,18:4,1 +chr1 143256117 . A T 0 PASS DP=1640;GPV=1;SPV=0.03986;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:847:755,92:200,20:555,72 +chr1 143334185 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr1 143388651 . ATAT A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.0036516;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:28,9:10,5 +chr1 143509985 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0045966;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:4,1:26,7 +chr1 143729574 . A C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,4:3,3 +chr1 143739631 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017469;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,1:4,7 +chr1 144104657 . C T 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.037546;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:74,13:34,5:40,8 +chr1 144105904 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.03525;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:14,8:15,1 +chr1 144517710 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,1:6,8 +chr1 144529624 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018956;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,6:7,1 +chr1 144549585 . TA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 +chr1 145227356 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:1,2:1,2:0,0 +chr1 145257749 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,1:13,3 +chr1 145602319 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,12:3,4:5,8 +chr1 146129855 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=2.3666e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,2:4,7 +chr1 146626712 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.029248;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:20,3:11,6 +chr1 148067460 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0018071;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,5:3,3 +chr1 148106039 . GA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.093588;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:14,3:12,1 +chr1 148556832 . C CCCTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 +chr1 148869643 . C G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,1:4,3 +chr1 148893065 . C CTGTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,6:0,5:0,1 +chr1 148906381 . G C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.020124;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:1,2:6,5 +chr1 149801515 . GAAGT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023812;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,4:9,3 +chr1 150088434 . A AATATATAT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,5:4,2 +chr1 150241670 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034961;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:8,5:10,6 +chr1 150312297 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.020244;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:13,5:7,2 +chr1 150741885 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.19203;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,4:15,1:8,3 +chr1 153202842 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021442;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:8,5:12,1 +chr1 153877887 . TA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.024795;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,2:2,2 +chr1 154304368 . GT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:4,5:1,1 +chr1 157035978 . AAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,4:5,1 +chr1 158444953 . CTCTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,5:7,2 +chr1 158984028 . G GT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0036613;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,10:3,7:4,3 +chr1 159126648 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,8:3,7:7,1 +chr1 160335883 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:1,4:2,2 +chr1 160948627 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010552;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,6:4,2 +chr1 161142085 . T TAAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,3:2,2 +chr1 161543514 . T C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.044015;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:16,6:30,3 +chr1 161594229 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2 +chr1 161746600 . C CTCTCTCTCTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.015516;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:5,1:9,4 +chr1 162467966 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0057228;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,4:1,1 +chr1 162693713 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00024212;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:5,5:8,4 +chr1 163328474 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00037903;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,6:11,7 +chr1 165020483 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.015907;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,3:4,4 +chr1 166896635 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.005305;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 +chr1 167558484 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0028678;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:6,7:3,4 +chr1 168009472 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,1:13,3 +chr1 168440410 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,4:5,4 +chr1 170282189 . T TA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.018904;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,6:10,2 +chr1 170933516 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,2:2,2 +chr1 171045482 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00039944;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:3,6:8,10 +chr1 171681188 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020212;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,1:3,3 +chr1 171694664 . G GAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,4:13,2:6,2 +chr1 171906127 . AT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00011732;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,6:3,3 +chr1 172872876 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr1 174136273 . T TTA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027859;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,6:9,3:6,3 +chr1 174607239 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0022162;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:16,5:9,4 +chr1 174946916 . AAAT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,2:4,3 +chr1 175417011 . AAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11424;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,1:9,5 +chr1 176042270 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,9:7,6:5,3 +chr1 176406395 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010863;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:6,3:13,6 +chr1 178695925 . TA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.030658;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,2:10,2 +chr1 182650202 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.9131e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,3:11,8 +chr1 183166550 . C CAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:10,4:2,1 +chr1 185077375 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.005596;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:4,1:14,6 +chr1 185454785 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00025863;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:9,7:15,7 +chr1 185655759 . ATG A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,2:14,2 +chr1 186628414 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.9826e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:17,7:9,13 +chr1 187637839 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.014488;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:10,3:10,3 +chr1 187827169 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.026923;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,11:1,2:0,9 +chr1 188473743 . A AG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,13:5,2:2,11 +chr1 188805737 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.5288e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:7,11:10,3 +chr1 188848105 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,2:6,3 +chr1 191806127 . ATTTG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,2:1,1:2,1 +chr1 192627568 . TAA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,8:2,5:2,3 +chr1 194088881 . T TTATCTATCTATC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.008542;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:5,6:9,3 +chr1 194698706 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00026263;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,6:9,2 +chr1 195004485 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00017262;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:12,5:11,5 +chr1 196806094 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0057417;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,6:5,1 +chr1 196904226 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00011139;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,4:12,8 +chr1 197365625 . TC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,2:14,2 +chr1 199367532 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0028686;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:4,6:1,4 +chr1 200443192 . A ATT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00057632;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,11:5,5:1,6 +chr1 200942179 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.016908;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:7,5:2,1 +chr1 202847186 . A ATTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.074026;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,2:8,2 +chr1 202928823 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,6:7,5:5,1 +chr1 203330817 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024751;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:3,4:9,3 +chr1 204195269 . CACAT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,4:6,2 +chr1 204195292 . A ACATATACG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018404;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,3:8,2 +chr1 205884539 . CAT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,1:5,3 +chr1 207213830 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,3:0,1:1,2 +chr1 207729251 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,7:5,6:4,1 +chr1 208845734 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016895;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,1:13,4 +chr1 210798040 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048497;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 +chr1 212210694 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,1:3,3 +chr1 212224368 . C CAG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048094;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:9,2:18,3 +chr1 213812952 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0056882;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:5,3:15,3 +chr1 214398606 . CCTG C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,2:8,3 +chr1 216165808 . G GT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0041486;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:10,9:0,2 +chr1 218395611 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:2,2:3,4 +chr1 218482328 . A AT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,7:3,2:4,5 +chr1 218788920 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00076774;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:12,2:7,7 +chr1 222192151 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00057068;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:14,5:5,6 +chr1 222488201 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0043971;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:13,4:4,2 +chr1 222936762 . TAA T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:2,4:3,2 +chr1 224260699 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 +chr1 224711794 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,4:6,3:3,1 +chr1 226114622 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0053554;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,3:3,5 +chr1 226252318 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10544;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,1:14,3 +chr1 226732102 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,10:3,8:3,2 +chr1 226795555 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:0,3:1,1 +chr1 226886041 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0069488;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:4,5:12,1 +chr1 227726185 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.013278;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:6,8:4,2 +chr1 228903868 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.6453e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:11,8:3,11 +chr1 232424065 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0058348;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:14,4:7,3 +chr1 232496560 . C CAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.021659;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:8,8:8,2 +chr1 232849287 . CTT C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 +chr1 234623890 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:4,2:0,0 +chr1 234786202 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,2:10,2 +chr1 236464427 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,3:4,2 +chr1 238605947 . CAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,4:5,1 +chr1 238739107 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0014624;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:12,6:7,5 +chr1 240729885 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:8,2:1,5 +chr1 241235918 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,3:2,3 +chr1 241327129 . A AG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr1 241428779 . C CTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:2,1:3,1 +chr1 242091832 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,1:3,4 +chr1 242207816 . T TTA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,6:0,2:1,4 +chr1 242831901 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23569;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,5:10,3:5,2 +chr1 245443291 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,6:5,2 +chr1 245612107 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,2:10,2 +chr1 246232920 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.23453;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 +chr1 247428109 . C CTG 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0093304;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:21,5:11,7 +chr1 248658775 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.023086;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3 +chr1 248942173 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.02714;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:21,7:4,1 +chr10 201585 . T TACACACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:5,4:0,3 +chr10 347891 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:0,2:1,3 +chr10 348012 . C CCCCACACTCA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:23,2:3,2 +chr10 467539 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:33:0,2:0,1:0,1 +chr10 2430663 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,3:0,1 +chr10 2571322 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,3:2,2:3,1 +chr10 2967703 . C CGT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,7:6,5:3,2 +chr10 3323486 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:5,4:1,1 +chr10 5370005 . G GTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.27607;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,4:4,1:12,3 +chr10 5398439 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,2:9,2 +chr10 5610441 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:2,2:0,0:2,2 +chr10 5692149 . C CAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,9:8,8:4,1 +chr10 5707654 . T TTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:0,4:4,2 +chr10 5998631 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0022186;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:7,10:12,9 +chr10 6402371 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:8,5:0,1 +chr10 6517588 . CTTTTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:3,4:1,1 +chr10 6876594 . T TCTCA 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.000999;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:0,10:0,6:0,4 +chr10 8216268 . CTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.033794;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:1,2:7,3 +chr10 8696501 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2 +chr10 10743101 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00016735;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,7:10,3 +chr10 10857649 . G GTA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,4:3,1 +chr10 12056441 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00071703;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:1,7:4,3 +chr10 12226655 . GAT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.017674;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,5:5,2:5,3 +chr10 12574497 . T TTTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:4,3:9,1 +chr10 13789769 . ATG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:6,3:3,1 +chr10 14417553 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.3691e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:13,7:6,6 +chr10 15600251 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.9244e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:8,8:10,10 +chr10 15728097 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=4.9403e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,2:7,8 +chr10 16324158 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1 +chr10 16652392 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:11,4:1,1 +chr10 21770395 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,3:4,2 +chr10 24369179 . A ATGTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0088484;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:3,4:7,3 +chr10 24436757 . CAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:5,3:1,1 +chr10 24456706 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.003276;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,5:3,2 +chr10 25983935 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0017823;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:8,3:15,5 +chr10 26721425 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.005667;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,2:4,6 +chr10 27572311 . AT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0025759;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:6,5:6,3 +chr10 29329657 . ATCTC A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,6:6,2:11,4 +chr10 29445342 . GAGAGAA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr10 34724899 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0058421;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:19,4:14,8 +chr10 35196895 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.018501;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,1:4,5 +chr10 37327549 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=7.0959e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:16,10:9,5 +chr10 38621941 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.016232;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:17,2:14,4 +chr10 38745197 . GATGAAATGAA G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028648;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:15,3:7,1 +chr10 38930473 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.018934;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:20,6:25,6 +chr10 38957246 . C T 0 PASS DP=356;GPV=1;SPV=0.047562;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:176:158,18:95,3:63,15 +chr10 38966360 . C T 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.0056063;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:113,23:64,11:49,12 +chr10 38966727 . T C 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.033863;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:20,5:34,1 +chr10 39997897 . G T 0 PASS DP=309;GPV=1;SPV=0.0061832;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:123,16:52,4:71,12 +chr10 40000624 . C A 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.030441;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:103,20:55,16:48,4 +chr10 40608677 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:2,2:9,3 +chr10 40706691 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046847;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,3:7,3 +chr10 40864302 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr10 40920571 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.033517;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,6:11,1:18,5 +chr10 40975414 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.012197;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:23,2:13,5 +chr10 41135564 . T A 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.04186;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:64,12:57,11:7,1 +chr10 41150961 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.032688;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,4:10,3 +chr10 41202411 . C A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0087417;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:9,1:27,6 +chr10 41232580 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:7,5:0,2 +chr10 41425591 . A T 0 PASS DP=289;GPV=1;SPV=0.0047975;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:124,15:11,3:113,12 +chr10 41552857 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.023472;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,3:10,2 +chr10 41552862 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.044988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 +chr10 41562381 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0034912;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:7,10:12,2 +chr10 41562631 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.010634;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,2:8,7 +chr10 41564142 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:19,4:24,2 +chr10 41576755 . C G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.032789;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:17,6:19,2 +chr10 41713561 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0042869;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:8,3:16,6 +chr10 41864307 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,5:6,3 +chr10 41912091 . G C 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.014084;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:66,17:29,11:37,6 +chr10 42073656 . C G 0 PASS DP=654;GPV=1;SPV=0.012143;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:347:299,40:129,22:170,18 +chr10 42073671 . T A 0 PASS DP=648;GPV=1;SPV=0.013281;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:334:287,47:131,26:156,21 +chr10 42080556 . G T 0 PASS DP=821;GPV=1;SPV=0.04623;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:411:359,52:199,26:160,26 +chr10 42103837 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011867;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:15,5:9,3 +chr10 42130049 . A T 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.0077328;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:151,17:105,13:46,4 +chr10 42190895 . GAT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.014047;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:3,3:3,1 +chr10 42227104 . C CTCA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.049555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,2:14,7 +chr10 42271021 . C G 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.0039034;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:58,16:26,7:32,9 +chr10 43330621 . TA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,4:5,2 +chr10 43729991 . AAG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.24625;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,4:12,2:7,2 +chr10 44338700 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=2.3557e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,16:5,6:5,10 +chr10 45507811 . G GA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03378;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:5,5:4,1 +chr10 45695659 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037203;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,2:4,2 +chr10 45775775 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0090384;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,3:6,7 +chr10 46391919 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.053635;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:20,3:11,2 +chr10 46411570 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.033847;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:12,6:19,4 +chr10 46455528 . C A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2 +chr10 46541273 . GT G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.02442;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:8,1:26,8 +chr10 46541275 . C CAG 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:8,1:28,8 +chr10 47584258 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,3:11,1 +chr10 47606142 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.017732;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:11,3:12,6 +chr10 47995404 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.016464;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:13,3:7,3 +chr10 48806215 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=4.3619e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:7,8:10,11 +chr10 51621007 . G GTATATATATA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,6:1,2:1,4 +chr10 52866670 . C CAAAAAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:3,4:4,1 +chr10 53604670 . C CTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 +chr10 54105277 . GATATAT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:3,3:3,6 +chr10 54146887 . TGTGTATAC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:9,1:8,2 +chr10 54221600 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.029984;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,5:3,1 +chr10 54503225 . A ATATGTG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.018374;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,10:13,7:6,3 +chr10 54873697 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030897;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,2:8,2 +chr10 55253253 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.074732;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:9,4:16,1 +chr10 55781207 . GA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:5,3:3,2 +chr10 56390120 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,2:1,1:1,1 +chr10 56546403 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0011625;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,3:14,6 +chr10 57379700 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0004914;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,6:5,3 +chr10 57813753 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=6.8987e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:10,7:10,6 +chr10 58038377 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.017938;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:15,2:13,4 +chr10 58136758 . G GTA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.012821;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:1,2:2,3 +chr10 59162436 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.004102;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,3:12,5 +chr10 60822450 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.5971e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,3:11,10 +chr10 63556634 . GTT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,4:1,2:0,2 +chr10 63652988 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,2:8,2 +chr10 63733760 . TAGATCTATATCTAC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=3.7518e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,19:3,7:4,12 +chr10 64509039 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:1,2:5,1 +chr10 67057674 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.030658;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,2:9,2 +chr10 70248478 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:1,1:4,1 +chr10 71642393 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:4,1:5,3 +chr10 74302101 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,3:1,1:4,2 +chr10 75884245 . T TTGTGTGTGTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:1,2:5,4 +chr10 76535243 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0028662;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:7,5:10,3 +chr10 77324971 . C CTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,6:0,2:3,4 +chr10 78266694 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,10:2,9:5,1 +chr10 79787227 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016895;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:12,4:12,1 +chr10 80061163 . C G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,2:4,1:3,1 +chr10 80158813 . G C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00057068;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:9,7:10,4 +chr10 80990997 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,5:4,2:9,3 +chr10 82170653 . G GGT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1 +chr10 84174493 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01205;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,4:3,3 +chr10 84319447 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:4,2:4,2 +chr10 84394385 . A ATGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,5:4,4:2,1 +chr10 88478570 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=3.9238e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:4,9:5,2 +chr10 90037498 . G GA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.013387;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:6,3:2,4 +chr10 90102009 . C CAGAGAGAGAG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016238;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,7:11,6:3,1 +chr10 90604983 . GAGAT G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:13,5:9,5 +chr10 91153473 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00034236;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,3:10,7 +chr10 91664097 . G GGGAT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.057396;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:12,3:11,2 +chr10 92675142 . AC A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01921;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,3:4,4 +chr10 92983490 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:1,7:4,4 +chr10 93982563 . C CCTCT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.01018;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:7,5:11,6 +chr10 97282839 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0070941;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,8:4,2 +chr10 97819830 . G GT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:0,5:0,4:0,1 +chr10 100676628 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.043486;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:11,3:9,2 +chr10 102520212 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:9,3:6,2 +chr10 102894439 . TAA T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.16089;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,4:10,1:10,3 +chr10 103639625 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,4:4,1:8,3 +chr10 104620423 . T TTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.066203;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,7:8,5:3,2 +chr10 104696666 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.20979;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,4:4,3:2,1 +chr10 105411722 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00018161;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,5:9,5 +chr10 106291175 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=7.0793e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,3:4,7 +chr10 106779547 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,6:8,2:4,4 +chr10 107171514 . C CTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,7:1,5:3,2 +chr10 108936941 . CTG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 +chr10 109850929 . CAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,10:4,9:4,1 +chr10 112251080 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=7.2935e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:9,5:14,11 +chr10 113118664 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,3:1,2:5,1 +chr10 113658881 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:3,1:4,3 +chr10 116267948 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.10989;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,2:2,1:1,1 +chr10 116628774 . C A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,2:5,1:1,1 +chr10 117146974 . ATT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,6:3,5:6,1 +chr10 118438311 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:4,3:4,1 +chr10 118944739 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2 +chr10 119001107 . ATG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,5:6,3 +chr10 119567417 . AT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr10 119666547 . T TGTGCTCAGCGAGATGCATGAG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046549;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:9,3:6,3 +chr10 121167304 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=9.9495e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,5:6,3 +chr10 121955444 . AT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,7:2,3:0,4 +chr10 123078525 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1 +chr10 124580721 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,4:0,0:4,4 +chr10 124587024 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,2:3,3 +chr10 124949522 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:4,1:0,1 +chr10 125486448 . T TAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.003311;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:3,5:8,4 +chr10 126558020 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00161;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:10,3:12,4 +chr10 126651080 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=5.0681e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:8,6:7,6 +chr10 129343960 . A ATT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:10,5:0,3 +chr10 130705325 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.57e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,4:10,9 +chr10 133645068 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0040096;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,9:14,7:23,2 +chr10 133657809 . A G 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.029166;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:124,15:66,8:58,7 +chr11 179314 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.014318;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:17,2:10,10 +chr11 350146 . A C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,4:2,1 +chr11 350151 . C CACA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr11 2178862 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00056474;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:14,6:8,5 +chr11 3257577 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,6:6,1 +chr11 4160122 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,4:9,3:6,1 +chr11 4228378 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.038913;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:12,1:17,5 +chr11 4276958 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,1:4,5 +chr11 4335202 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,4:8,1 +chr11 6385445 . A AAAGGAAGG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:3,2:5,2 +chr11 7282591 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00088456;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,5:11,6 +chr11 7407360 . ATTTTTT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:10,2:5,2 +chr11 7889212 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0030692;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:14,4:10,5 +chr11 8862322 . CTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0032575;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:4,12:3,9:1,3 +chr11 9671357 . TAAATA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0041408;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:2,1:6,7 +chr11 10901712 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,2:1,1:1,1 +chr11 14781161 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0028662;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,6:9,2 +chr11 15298915 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,3:0,0:5,3 +chr11 15298919 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,3:0,0:6,3 +chr11 15502822 . G GCA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,4:8,3:4,1 +chr11 16149796 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=6.7064e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:5,8:11,7 +chr11 17756520 . AACACACAC A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,9:3,5:1,4 +chr11 18377215 . G GTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,6:6,5:2,1 +chr11 19234145 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.013278;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,12:9,10:1,2 +chr11 20289136 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,4:7,2:12,2 +chr11 20549262 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,2:10,2 +chr11 21251540 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0041203;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:15,5:7,3 +chr11 21697973 . A AATT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 +chr11 21697974 . T G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:1,5:3,1 +chr11 22659898 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,2:1,2:0,0 +chr11 24926388 . TAC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,1:13,3 +chr11 25300473 . C CTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,8:3,7:2,1 +chr11 25475491 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=6.2951e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:4,4:8,6 +chr11 26447206 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,5:7,4:1,1 +chr11 26726156 . TCTTCCTTC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,8:4,3:2,5 +chr11 28433172 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.074026;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,4:8,2:7,2 +chr11 29820724 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=6.6326e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,5:4,4 +chr11 30235108 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=9.1194e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:3,5:14,9 +chr11 30790121 . GA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:14,2:3,2 +chr11 31148210 . T TAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:7,3:7,1 +chr11 31163795 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=7.0087e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:4,7:6,5 +chr11 32503846 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:2,1:3,1 +chr11 34424259 . C CAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:3,3:1,1 +chr11 37194539 . CTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:3,4:5,2 +chr11 37216846 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=9.263e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,3:8,9 +chr11 40578140 . GGTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022967;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,4:1,3 +chr11 40834919 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,3:14,1 +chr11 40851076 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=4.316e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:6,5:9,7 +chr11 41083294 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00014258;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:11,7:4,6 +chr11 41304529 . T G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr11 41938396 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047696;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:9,3:6,3 +chr11 42125346 . AC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:27:1,7:0,1:1,6 +chr11 43810371 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:0,5:0,2:0,3 +chr11 45923985 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.004257;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:4,5:0,2 +chr11 45989490 . T TAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:3,6:4,3 +chr11 46816787 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,3:3,2:2,1 +chr11 49035339 . ATTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,1:4,3 +chr11 49212688 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=9.3552e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,6:7,4 +chr11 49857032 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00029985;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:7,5:7,5 +chr11 51289722 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.073744;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:6,2:22,2 +chr11 51622370 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020274;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:1,2:16,7 +chr11 51850532 . C G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr11 52142061 . A C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 +chr11 52304615 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.064197;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:2,0:31,4 +chr11 52482834 . A T 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.024396;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:74,10:30,3:44,7 +chr11 52556895 . T C 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.016892;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:53,14:9,7:44,7 +chr11 53372519 . T G 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.025298;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:172:150,22:81,3:69,19 +chr11 53604369 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0085098;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:14,5:20,2 +chr11 53628092 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.031193;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:14,10:20,2 +chr11 53698751 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032518;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:0,0:16,4 +chr11 54372015 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036365;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:8,2:13,6 +chr11 54384523 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,3:5,1 +chr11 54533839 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024656;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,1:8,3 +chr11 55775691 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034379;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:10,4:8,2 +chr11 56166092 . GA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0055032;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,5:5,2 +chr11 60451481 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.039341;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,3:2,1 +chr11 62899037 . C CAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:7,3:3,1 +chr11 64236716 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:2,3:4,2 +chr11 64733395 . AACAC A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:4,5:2,1 +chr11 66213902 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=6.4422e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:12,9:15,7 +chr11 68426423 . C CTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:13,3:4,1 +chr11 68954772 . A AAAG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:1,1:4,3 +chr11 69026145 . CAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0012058;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:6,7:2,2 +chr11 70157979 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:9,4:3,1 +chr11 71133346 . A ATGGCTGGCTGGC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,2:3,2 +chr11 71658720 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.057396;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:15,2:8,3 +chr11 74636665 . C CT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00052897;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:10,8:9,4 +chr11 74656744 . G GT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0033983;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,9:8,7:1,2 +chr11 76236832 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0034541;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:12,7:9,4 +chr11 76494720 . TTCC T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.12281;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:1,1:4,1 +chr11 83008989 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0069488;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,3:9,3 +chr11 83467810 . T TACAC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:3,1:1,3 +chr11 83848124 . CTT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:11,2:6,5 +chr11 86602116 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11792;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:12,1:12,2 +chr11 87419191 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00039192;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,17:8,11:6,6 +chr11 88052933 . T TG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,2:2,1:1,1 +chr11 88570571 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,4:4,2:2,2 +chr11 89749670 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011696;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,7:12,4 +chr11 89772506 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.019233;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:16,1:14,8 +chr11 89883593 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0143;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:2,3:15,3 +chr11 89960943 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024176;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr11 90971910 . G C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,1:3,3 +chr11 92315479 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1 +chr11 92950475 . TCTCCCTCCCTCCCTTCCTTCCTTCCTTCTTTC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.23636;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:11,3:1,0:10,3 +chr11 93243149 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,4:7,4 +chr11 93420517 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0051564;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:3,2:11,4 +chr11 94810793 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0010673;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,4:5,4 +chr11 95403130 . AT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:2,4:2,1 +chr11 95654621 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,2:15,2 +chr11 98275560 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01707;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,1:7,4 +chr11 98977220 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.026047;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,2:2,4 +chr11 99080980 . GT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.044901;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,4:7,1 +chr11 99151211 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.061499;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:10,4:17,2 +chr11 99724327 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0035931;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,3:10,4 +chr11 100194603 . GA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00078184;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:10,10:6,2 +chr11 101263877 . GTATA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.012394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:15,3:2,3 +chr11 101263883 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.034629;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:13,2:2,2 +chr11 104194686 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:3,4:2,4 +chr11 105161856 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0089783;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,1:1,5 +chr11 107523052 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:5,2:1,1:4,1 +chr11 107572651 . A AT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0060836;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:17,4:8,3 +chr11 109323949 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00034172;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,14:5,9:3,5 +chr11 109757896 . TTCTCTCTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,1:4,3 +chr11 111005139 . A ATG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:5,5:3,1 +chr11 111177973 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,5:4,4:5,1 +chr11 111768842 . C CGTGTGT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:5,2:0,4 +chr11 112108914 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.027541;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:15,3:3,2 +chr11 114468134 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:1,2:0,1:1,1 +chr11 115169206 . A ATTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:5,3:3,2 +chr11 116818336 . TA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,2:9,2 +chr11 117514578 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032696;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,1:5,6 +chr11 118419127 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.4113e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,4:8,8 +chr11 118852964 . A AT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.019318;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,5:13,3:14,2 +chr11 119022957 . G GT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:2,3:4,1 +chr11 119763937 . TTTTTC T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,2:5,2 +chr11 123102279 . G GTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:4,4:3,1 +chr11 123565202 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:10,8:1,1 +chr11 126863356 . A AGTGTGTGTTTGAGTGCGT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:13,2:13,2 +chr11 127364704 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.026693;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:16,2:13,3 +chr11 127553387 . C CAAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.048514;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:11,6:3,1 +chr11 129585183 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:7,4:6,2 +chr11 129585356 . G GT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.041497;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,8:5,7:10,1 +chr11 129688629 . CAAA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.052323;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:15,3:6,6 +chr11 130037592 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.024807;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,2:7,7 +chr11 130596877 . C CGGATGGAT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02564;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:5,6:6,2 +chr11 131137267 . C CACACATACACACAT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.04269;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,8:12,4:5,4 +chr11 131265696 . A ATCT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,2:3,3 +chr11 131325631 . C CTG 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00011829;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,12:8,8:9,4 +chr11 131578609 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.9881e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:6,8:14,7 +chr11 132161395 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010538;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,10:3,4:4,6 +chr11 133437271 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0011582;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:5,5:14,3 +chr11 135047060 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,8:6,1 +chr12 544240 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11667;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:17,1:3,2 +chr12 1122125 . G C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.26316;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:8,2:5,1:3,1 +chr12 1522170 . A AAAAAAAATAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,6:7,1 +chr12 1522184 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,5:6,1 +chr12 3496214 . A ATATT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:8,6:1,1 +chr12 3919773 . GTTTT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,3:2,1 +chr12 4512508 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.030096;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:15,3:14,8 +chr12 6820855 . TGAGA T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,5:1,1:0,4 +chr12 8215041 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.01931;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:14,2:16,6 +chr12 8455116 . G GATTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:9,5:3,1 +chr12 9216233 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00072423;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:11,3:12,7 +chr12 9284109 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.034629;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1 +chr12 10239540 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013043;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:1,1:7,5 +chr12 10526141 . CACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,6:2,4:0,2 +chr12 11160485 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,5:5,1:3,4 +chr12 11524456 . CTTAG C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.1809e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:7,8:11,4 +chr12 12909937 . T TAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:4,4:7,1 +chr12 13698823 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00076774;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:12,5:7,4 +chr12 13880506 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0054908;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,2:7,4 +chr12 15143335 . T TA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0084034;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,4:5,2:3,2 +chr12 15166540 . GGTA G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.10731;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,2:18,2 +chr12 15610657 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.025398;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:12,5:13,1 +chr12 16235270 . ATG A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.053645;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2 +chr12 17722701 . GA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,4:3,2:9,2 +chr12 18255252 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,4:10,1:9,3 +chr12 18516261 . G GTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=3.7614e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:4,6:3,7 +chr12 18524479 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=6.7124e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:6,6:8,9 +chr12 19439669 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.08867;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,2:3,1:4,1 +chr12 21181585 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=7.8463e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,5:8,5 +chr12 21419847 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028152;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,2:7,9 +chr12 23379875 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,5:2,4:0,1 +chr12 23726118 . CGAGA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.30409;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:8,3:4,1 +chr12 23907746 . CAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.069923;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,8:7,5:9,3 +chr12 28183993 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00019854;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:11,5:2,4 +chr12 29299213 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:6,5:3,1 +chr12 30362495 . ATATATATATGTATATATATATATATATATATG A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,2:0,2:0,0 +chr12 31048468 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077856;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:9,2:21,2 +chr12 31108896 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012102;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,6:7,1 +chr12 32676648 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00010246;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,3:4,4 +chr12 32742129 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0066191;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:8,5:12,8 +chr12 33459924 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02299;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:12,2:12,4 +chr12 33962526 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00051786;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:16,3:8,6 +chr12 34349437 . G GT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,3:2,1 +chr12 34796338 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0054096;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,6:2,1 +chr12 34907117 . G T 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.0066075;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:179:156,23:75,19:81,4 +chr12 34916097 . T C 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.031211;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:62,7:28,1:34,6 +chr12 35037606 . A C 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.033931;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:18,2:28,4 +chr12 35208597 . C G 0 PASS DP=422;GPV=1;SPV=0.022837;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:169,32:74,16:95,16 +chr12 35302590 . T C 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.024674;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:75,17:33,7:42,10 +chr12 36508012 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chr12 36854572 . G C 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.027728;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:103,14:94,12:9,2 +chr12 36965324 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,1:7,1 +chr12 37433992 . G GTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,5:1,1 +chr12 37948223 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.18371;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:16,1:11,2 +chr12 46415122 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,4:2,2 +chr12 46716673 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:1,2:1,1:0,1 +chr12 48078370 . CAT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.026533;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 +chr12 50172552 . A ATT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:11,3:2,1 +chr12 51199139 . GATGGAACCAAGTGGTCAAGGCCCCGCAGAGGCTA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,1:13,3 +chr12 53788018 . G GTA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:3,8:2,2 +chr12 54026966 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,5:9,4:9,1 +chr12 54412066 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.025527;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,2:13,3 +chr12 56691319 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,4:3,1 +chr12 56876294 . C CTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:1,3:2,2 +chr12 57658719 . CAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,4:1,3:0,1 +chr12 58023731 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0069323;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:3,7:1,1 +chr12 58261437 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00013297;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:12,6:9,6 +chr12 61299907 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13128;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:16,2:11,3 +chr12 61518665 . A AAAG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:7,6:2,3 +chr12 62059139 . A ATGTGTGTGTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.023489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:7,6:9,1 +chr12 64288489 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0070131;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:10,7:1,3 +chr12 64328700 . AAAAAAAATATATATATATAT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,5:2,2 +chr12 66000736 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,4:2,2:8,2 +chr12 66815848 . CTT C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043132;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,3:14,1 +chr12 67634086 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,5:2,2:0,3 +chr12 68683283 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,9:5,7:1,2 +chr12 69200310 . ATAAGAAAGAGATAAGAGATAAGAGG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.042832;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,3:9,4 +chr12 69491505 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:7,5:3,2 +chr12 70103509 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0016986;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,5:9,3 +chr12 72373657 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.1266e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:9,7:8,5 +chr12 73319208 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:5,3:9,2 +chr12 75435052 . G GTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.092234;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:7,4:2,2 +chr12 76122077 . TATATA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:8,1:2,3 +chr12 76122145 . TA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:14,1:3,3 +chr12 76122149 . AT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,1:2,3 +chr12 77090322 . TTCCTTCCTTCCC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,0:9,4 +chr12 79486998 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,2:1,3 +chr12 79563504 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=3.9623e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:9,9:6,3 +chr12 79890901 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:3,1:3,2 +chr12 80355229 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,3:5,2:0,1 +chr12 80504030 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.004138;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:5,3:9,3 +chr12 81922880 . A AT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034479;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 +chr12 83409601 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,3:4,2:2,1 +chr12 84275060 . T TATATATAAAATATATTTTATATATATATA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:5,3:6,1 +chr12 85464656 . TACAC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:8,1:0,4 +chr12 85488282 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.002853;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:11,5:13,7 +chr12 86376844 . CAGAG C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,6:6,5:3,1 +chr12 86502767 . ATG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.45333;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:15,2:4,1:11,1 +chr12 88745578 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:9,5:1,1 +chr12 89677954 . TTATA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:6,7:4,2 +chr12 89862508 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,4:6,2:8,2 +chr12 90181091 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:2,2:2,1 +chr12 91180314 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0432;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,2:8,2 +chr12 92079801 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:1,1:3,1 +chr12 92537344 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.02229;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:9,2:10,3 +chr12 92632819 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.2072e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:8,9:12,11 +chr12 92998044 . G GAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030474;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,7:6,2 +chr12 94014289 . C CT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:0,1:2,3 +chr12 95055952 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.023452;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1 +chr12 95347547 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.19298;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,3:4,1:5,2 +chr12 95424716 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,4:5,5 +chr12 95641273 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.045693;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,2:11,3 +chr12 96561704 . TACACACAC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0093665;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:8,4:4,3 +chr12 96591717 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00022263;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:9,4:14,7 +chr12 96868430 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0094148;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:6,8:5,2 +chr12 97614646 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:9,1:7,3 +chr12 98037742 . G GGGAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.008898;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,11:8,6:2,5 +chr12 99151541 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.001665;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,6:7,4 +chr12 99322275 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.011127;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,1:8,4 +chr12 99693781 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,3:11,2 +chr12 102337565 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00056917;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:16,4:7,5 +chr12 105088569 . A AAACAACAACAAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.026636;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,12:5,6:1,6 +chr12 106200353 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 +chr12 107124459 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:14,4:0,0 +chr12 107987959 . T TACACACACACACAC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0085139;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,10:3,6:2,4 +chr12 110311733 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.05;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:0,3:0,1:0,2 +chr12 113061450 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00065454;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4 +chr12 114219607 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:8,4:3,4 +chr12 114556107 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.048e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:11,5:14,9 +chr12 114617380 . G GTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,5:10,3:1,2 +chr12 114698158 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,6:6,1:9,5 +chr12 114783555 . TA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00070128;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,3:4,4 +chr12 115353202 . TC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=6.5361e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,8:10,5 +chr12 115441818 . CTCTATA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:1,2:8,2 +chr12 115627826 . TAA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.009628;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:7,6:3,4 +chr12 116356029 . C CAAAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,5:2,4:4,1 +chr12 116800812 . T TTAAAATAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,4:5,3:10,1 +chr12 117135743 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.022967;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,7:1,5:2,2 +chr12 117283855 . C CAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:16,3:2,1 +chr12 117632218 . CTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:2,2:6,2 +chr12 117734745 . C CATGGATGGATGGATGGATGG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,4:4,3 +chr12 117833965 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0054096;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,4:5,3 +chr12 118345748 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00077493;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:8,4:6,7 +chr12 118701939 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016233;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,9:9,6:3,3 +chr12 118938845 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.0928e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,17:6,8:7,9 +chr12 119731475 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0078215;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:6,6:3,2 +chr12 120201481 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0016572;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:3,3:0,4 +chr12 121530227 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:9,5:2,1 +chr12 122124584 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0019379;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,8:3,2 +chr12 122458532 . A ATTTAAT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,5:7,3 +chr12 123273990 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00041286;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:10,8:9,5 +chr12 123733313 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0014958;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,10:4,2 +chr12 125696500 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00083898;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:12,9:6,3:6,6 +chr12 125708010 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.8667e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:12,11:11,6 +chr12 126612632 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:3,2:6,2 +chr12 127036284 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0001362;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:8,5:8,6 +chr12 127136130 . G C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=8.543e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:12,9:8,7 +chr12 127592713 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=6.605e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:6,7:7,8 +chr12 128462101 . GT G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10033;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,1:18,3 +chr12 129297613 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0076814;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:8,3:13,4 +chr12 129588746 . TTC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,3:1,2:2,1 +chr12 130532162 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:2,3:6,7 +chr12 131278535 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0044741;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1 +chr12 132054452 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00018612;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,7:10,6 +chr12 132380926 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.016594;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,3:8,3 +chr12 132692796 . G C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0074932;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,4:3,3 +chr12 132895660 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,2:4,4 +chr12 132965438 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr13 18178573 . A G 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=0.027138;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:140,19:67,12:73,7 +chr13 18194779 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.01173;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:10,4:12,4 +chr13 18336400 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.01598;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:12,2:8,6 +chr13 18747015 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.023954;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:9,4:16,1 +chr13 19779877 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.015217;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:16,5:7,2 +chr13 20851711 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,5:3,4:3,1 +chr13 21884018 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,1:11,3 +chr13 22402137 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:0,4:6,4 +chr13 24421478 . G C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.035001;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:30,8:15,1 +chr13 25159298 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,3:12,1 +chr13 25159308 . A AAT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.025437;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:7,4:9,2 +chr13 25310519 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:4,4:3,2 +chr13 25740308 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0031242;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:6,9:2,2 +chr13 26723699 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0093762;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:2,3:9,5 +chr13 26805525 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00058707;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:4,6:6,5 +chr13 26897028 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.4106e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:12,11:7,7 +chr13 28646352 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0031516;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,8:6,4:4,4 +chr13 28737290 . A AAGT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,1:6,3 +chr13 29168888 . C CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:2,4:4,2 +chr13 29181857 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00033748;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:4,5:13,8 +chr13 31038665 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13742;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2 +chr13 34362939 . AAAAG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,3:6,1 +chr13 34368386 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0016883;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,3:5,3 +chr13 34802492 . T TA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.014855;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:12,2:18,4 +chr13 34992238 . G GTATA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,6:3,4:1,2 +chr13 36142687 . AC A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:3,3:5,3 +chr13 37335480 . A ATTTACCCCAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.043236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:5,4:5,2 +chr13 37844797 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00043265;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,6:10,4 +chr13 42841090 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,1:8,3 +chr13 43434943 . T G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0089783;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:0,5:3,1 +chr13 43879836 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:6,3:7,1 +chr13 44066175 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.011037;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:2,4:3,2 +chr13 47559950 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 +chr13 47702279 . A T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,6:5,5:1,1 +chr13 48636013 . T TACATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.015417;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:5,1:4,3 +chr13 48641363 . C CAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010106;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:5,6:6,2 +chr13 51479845 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.12281;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1 +chr13 51963736 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.027836;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:9,4:1,0 +chr13 52223586 . A T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:5,1:3,4 +chr13 52281163 . TGTGTGTGTGC T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.045903;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:52,15:22,5:30,10 +chr13 52333747 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.039673;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:17,6:16,1 +chr13 52504583 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019548;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:3,5:7,2 +chr13 54672674 . GGT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:2,3:3,1 +chr13 56018887 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.011027;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:15,5:14,4 +chr13 56024786 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00094048;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,6:10,3 +chr13 56089113 . TA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.011057;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,3:10,2 +chr13 56277723 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.022727;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,3:5,2 +chr13 56368797 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0041064;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:15,5:10,3 +chr13 58582543 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.054928;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,4:13,1:8,3 +chr13 59443228 . T TAAAAAAAAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:2,4:4,3 +chr13 60014969 . T TTTTTGTTTTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.011765;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,12:3,5:8,7 +chr13 60321660 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0059289;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,4:2,1 +chr13 60662347 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,3:2,4 +chr13 60859020 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=7.8995e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:18,8:10,4 +chr13 61015496 . C CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010905;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,7:12,5:4,2 +chr13 64416401 . CATCTATCT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.026352;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,5:10,5 +chr13 65280394 . A AGTGTGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00066757;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,13:9,5:4,8 +chr13 65288043 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,2:9,2 +chr13 65513553 . TAAAA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:4,8:1,3 +chr13 66114842 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,2:5,3 +chr13 66687365 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0028364;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:9,4:10,3 +chr13 66756542 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014137;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,6:5,3:10,3 +chr13 66820549 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00070506;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:4,5:13,4 +chr13 69784882 . A AT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,3:3,3 +chr13 70753162 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017168;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,3:2,1 +chr13 71864164 . AGCGC A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,2:3,3 +chr13 77377562 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:14,2:5,3 +chr13 79219049 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,2:0,1:5,1 +chr13 81088696 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.2865e-09;SS=2;SSC=88;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:12,24:6,10:6,14 +chr13 81658352 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.25826;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,4:5,2:5,2 +chr13 82684636 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.060625;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:13,2:19,2 +chr13 86756239 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.2416;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,4:6,3:15,1 +chr13 87090543 . C CT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0092175;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:9,4:7,9 +chr13 87331654 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.001382;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,6:11,1 +chr13 87837249 . T TTCTCTCTCTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:3,4:10,1 +chr13 88347891 . A AG 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0 +chr13 89527562 . C CTTTTCTTTTCT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0018592;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,8:5,6:5,2 +chr13 90344571 . C CATATAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.04308;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,4:3,1 +chr13 92064310 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.8865e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:16,10:6,7 +chr13 93459617 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=8.3669e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:10,9:9,5 +chr13 93495622 . TTTCTG T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,3:4,2 +chr13 94214796 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00046384;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:8,8:11,2 +chr13 94455381 . T TAG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035323;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:7,3:8,5 +chr13 94738966 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=5.0918e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:6,4:10,7 +chr13 96074548 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018018;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,5:7,2 +chr13 97852827 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0063975;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,5:9,2 +chr13 98064640 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:5,4:5,1 +chr13 98078917 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=2.3919e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:4,6:5,8 +chr13 98705202 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,7:1,1:1,6 +chr13 101092811 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0001513;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:6,4:11,8 +chr13 101693624 . G GTCTGTCTA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:3,5:8,2 +chr13 102728046 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,8:4,4:5,4 +chr13 104498343 . ATATATTTT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0027765;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:1,4:5,4 +chr13 106245764 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,2:6,2 +chr13 106763047 . ACCCTCTCTCTCTCT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,4:6,2:4,2 +chr13 107176318 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010674;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:5,3:3,1 +chr13 109147175 . GA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,4:5,1 +chr13 109765530 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,1:8,3 +chr13 110960659 . GT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.057396;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:15,4:8,1 +chr13 111622955 . C G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,3:1,2 +chr13 112640591 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,4:0,1:1,3 +chr13 112787108 . C CG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.031421;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,5:7,1 +chr13 113512592 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.016558;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,3:9,3 +chr13 113593081 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.016935;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,3:4,1:2,2 +chr13 113804730 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.019346;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,5:8,3 +chr14 16085235 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:4,4:1,4 +chr14 18276446 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chr14 18288630 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.044297;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:14,4:4,1 +chr14 18293945 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:10,5:15,8 +chr14 18426424 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.03636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:7,2:13,6 +chr14 18529582 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013155;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,3:2,3 +chr14 18700193 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.022061;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:12,6:9,2 +chr14 18939956 . CCTGA C 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.00027128;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:60,21:28,7:32,14 +chr14 18969317 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.036102;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,7:8,6:3,1 +chr14 18969319 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.009659;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:12,6:16,1 +chr14 18974856 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.57e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:7,4:8,12 +chr14 18979682 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13043;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr14 19108286 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0086983;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:16,4:12,1 +chr14 19232448 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,3:8,2 +chr14 19298439 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:2,3:1,1 +chr14 19301996 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:13,4:7,1 +chr14 19372235 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.016655;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:7,3:9,2 +chr14 19390940 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033806;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,3:2,4 +chr14 19475066 . T G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 +chr14 19667110 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040303;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,1:7,4 +chr14 19817651 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.5681e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,20:4,9:4,11 +chr14 21222040 . CAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:5,3:1,1 +chr14 21696025 . GTT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.050152;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2 +chr14 22034527 . A ATTTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,3:4,2 +chr14 22637442 . A C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1 +chr14 23962302 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.026928;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:12,4:3,1 +chr14 24719632 . ATG A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0089783;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,1:1,5 +chr14 25523801 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.026533;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 +chr14 26813631 . GT G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:4,2:0,0 +chr14 29466327 . TA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037605;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:5,3:12,3 +chr14 29826544 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:4,2:7,2 +chr14 30445162 . GA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00058755;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,7:7,2 +chr14 31052934 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,5:4,3 +chr14 31933233 . ATT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.006192;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,3:1,2 +chr14 32475678 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:5,3:3,1 +chr14 34702539 . AT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2 +chr14 34840768 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,2:0,1:6,1 +chr14 35007749 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10544;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,2:13,2 +chr14 36122153 . A ATT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,9:2,5:4,4 +chr14 37200850 . ATG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.001204;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,7:0,6:5,1 +chr14 39187659 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.025265;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,4:5,5 +chr14 39300937 . TATATAC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.019016;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,2:5,4 +chr14 39300953 . CAT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.047286;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:10,2:6,4 +chr14 39300963 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.046549;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,6:10,2:5,4 +chr14 42051617 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:4,4:5,2 +chr14 42624923 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=7.799e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:8,8:9,8 +chr14 43213467 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.148e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:9,11:13,7 +chr14 43528639 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.537e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:12,6:10,13 +chr14 45692176 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037585;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:11,6:6,9 +chr14 45887569 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0076872;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:5,3:10,3 +chr14 48767763 . A AT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.043843;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:10,7:12,3 +chr14 49960412 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,3:3,2 +chr14 50224327 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,3:6,1 +chr14 50236734 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,3:3,1:3,2 +chr14 50479008 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,2:3,1:1,1 +chr14 50811544 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:5,2:1,2 +chr14 56444101 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:2,4:8,3 +chr14 56922072 . C CAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,5:6,1 +chr14 57323176 . CAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,7:2,5:2,2 +chr14 60667650 . A AATAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:6,1:2,3 +chr14 63439356 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.030658;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,3:13,1 +chr14 63846582 . T TTTCTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:6,2:7,3 +chr14 64492119 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,2:1,1:5,1 +chr14 64583073 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0027027;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,5:8,2 +chr14 64949722 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:4,7:4,2 +chr14 65247931 . C CACACAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.006031;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,12:5,7:5,5 +chr14 65266406 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,4:1,3:1,1 +chr14 66516183 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00016223;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,2:9,9 +chr14 67780754 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=8.1801e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,19:6,13:7,6 +chr14 67803228 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 +chr14 69654792 . T G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,2:1,1:0,1 +chr14 69745994 . T TACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.020719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:5,3:3,3 +chr14 70710663 . CTTTCT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:1,2:12,2 +chr14 70710706 . TTC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:1,2:10,2 +chr14 71906790 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0081121;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:7,5:1,4 +chr14 71906791 . G GAAAAGCATATGCTGAAAAGCATAATACTTTTTA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0020704;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:6,5:1,3 +chr14 73536516 . T TA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014845;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,4:6,1 +chr14 74014389 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.14744;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:24,2:11,2 +chr14 74520801 . AAATG A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0079392;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:11,6:8,6 +chr14 74868313 . TTATA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:3,3:1,1 +chr14 75153777 . C CTTTTTTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045968;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:6,3:10,3 +chr14 75257469 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00012491;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:13,8:11,6 +chr14 79233666 . C CTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0036809;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,7:5,2 +chr14 79233730 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0041486;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:7,4:3,7 +chr14 79343870 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.537e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:13,9:10,5 +chr14 80195814 . TA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00021796;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:8,9:2,1 +chr14 81572276 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.060215;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 +chr14 82823662 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00063642;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,3:7,6 +chr14 83327150 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0016044;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:7,5:15,4 +chr14 83577812 . G GAT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,4:3,4 +chr14 83936135 . AAG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.029654;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:3,2:2,2 +chr14 84703045 . GATATAT G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.019067;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:10,2:8,4 +chr14 85440994 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:6,5:0,1 +chr14 85470210 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=1.7795e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:6,23:2,14:4,9 +chr14 87551018 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:2,2:1,1:1,1 +chr14 88484211 . CTAT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.033935;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,4:7,5 +chr14 88716732 . AAC A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00049132;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,12:3,8:0,4 +chr14 90237501 . A AAGG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0043369;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,12:3,5:6,7 +chr14 90983813 . C CTCTCTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.035372;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:7,2:1,4 +chr14 91572426 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,4:3,5 +chr14 91661524 . C CAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0015312;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,9:4,6:1,3 +chr14 92808663 . G GT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00024986;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,7:3,5 +chr14 92808701 . G GA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0011741;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,11:8,5:3,6 +chr14 93357775 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:0,2:5,4 +chr14 94533813 . TAA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,6:10,3:6,3 +chr14 95476466 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0024931;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,4:11,4 +chr14 97068412 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:3,2:9,2 +chr14 97154203 . TTTCCTTCCTTCC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:0,1:12,3 +chr14 97193720 . A AT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00067301;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:8,7:10,3 +chr14 99130508 . GAA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:7,7:0,1 +chr14 99811184 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=9.8865e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:5,5:7,5 +chr14 99846281 . A ATTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.010024;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:11,9:1,1 +chr14 101397815 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0078215;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,4:1,4 +chr14 101397817 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,3:2,2 +chr14 101674930 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031763;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:12,2:6,2 +chr14 101942512 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0025217;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,5:5,2 +chr14 102202372 . GT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 +chr14 104097956 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:2,2:3,7 +chr14 105598771 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.016371;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,8:6,1 +chr14 105927535 . AGG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,2:9,2 +chr14 106419214 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0065876;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:3,3:1,1 +chr14 106459602 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.054945;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,8:1,6:2,2 +chr15 17745729 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040316;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1 +chr15 18358341 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031815;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,3:9,4 +chr15 18749305 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr15 19910197 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=6.3405e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:9,10:10,7 +chr15 20170452 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.036717;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:13,7:19,1 +chr15 20247398 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.036143;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:10,3:28,7 +chr15 20336424 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0036197;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:6,7:10,3 +chr15 20336442 . G GTTTTTTGTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0073947;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:6,7:5,3 +chr15 20347933 . G A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.020231;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:21,5:16,8 +chr15 20355877 . C CTTTCTTTCTTTTTTTT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,4:15,1:13,3 +chr15 20550951 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04308;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,4:4,1 +chr15 20582882 . T C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.049331;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:40,12:17,9:23,3 +chr15 20670150 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 +chr15 21254323 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.014276;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,4:8,1 +chr15 22422812 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.024399;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,6:10,1 +chr15 22444687 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.016949;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:16,9:10,3 +chr15 22949262 . TGCCTAAGCCTAAAGCGGGGACCAGGCGGGCCGGAAGGCGGGCACAATGC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:12,2:4,2 +chr15 23217430 . ATTT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,5:10,3:6,2 +chr15 24080017 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.7719e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,3:10,10 +chr15 24334109 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.085094;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:19,1:22,4 +chr15 25132879 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,7:5,2 +chr15 26251855 . A T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr15 28422218 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.059274;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:2,2:16,2 +chr15 28493416 . T C 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.032621;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:110,13:66,7:44,6 +chr15 29057406 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=7.6729e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:5,4:12,7 +chr15 30524903 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.020062;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:13,5:12,3 +chr15 30691517 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.025964;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 +chr15 31165579 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1 +chr15 31567594 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00058845;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:19,10:8,3 +chr15 32044253 . C CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,5:5,3:5,2 +chr15 32162135 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011004;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:13,6:2,4 +chr15 32181183 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 +chr15 32580639 . C G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,3:4,3 +chr15 33343334 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.022e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:11,13:9,7 +chr15 33889981 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.4224e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:8,7:12,7 +chr15 34053319 . A AATAT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:2,1:1,1 +chr15 34423155 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.1208;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:19,2:13,2 +chr15 34543009 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,2:4,4 +chr15 34949276 . A ATGAGCCACTACACTGGGCC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,5:5,1 +chr15 35482218 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.4893e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:12,5:10,10 +chr15 36178301 . A AT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00085567;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,7:13,3 +chr15 36278095 . CATAT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,2:7,2 +chr15 36286610 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0090312;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,4:5,1 +chr15 36471641 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10134;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:11,5:5,1 +chr15 36722985 . G GTGTGTGTGTGTT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.10396;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,5:11,3:14,2 +chr15 40504337 . G GTGTATATA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.035289;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,6:9,1:10,5 +chr15 40951605 . A C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,2:0,0:1,2 +chr15 41179528 . A AAAGGAAGGAAGGAAGG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:4,3:4,4 +chr15 42789854 . T TACACACACACAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00026695;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:8,7:4,5 +chr15 45934450 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00070687;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,5:6,3 +chr15 48314237 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 +chr15 48435768 . GTA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,5:2,2:0,3 +chr15 50874129 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0074524;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:3,4:9,8 +chr15 51583106 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 +chr15 51747017 . T TA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 +chr15 51912441 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.08867;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:5,1:2,1 +chr15 52462280 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.034205;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,4:2,1:3,3 +chr15 55518897 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,4:6,2:7,2 +chr15 55778195 . C CTCTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,2:9,3 +chr15 56312269 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:4,5:9,5 +chr15 57007764 . TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTC T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.059289;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:0,0:4,2 +chr15 57223643 . GTTT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.1532;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:9,4:4,2 +chr15 57336148 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:3,5:0,1 +chr15 59093361 . T TC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:3,1:3,4 +chr15 59359330 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0023112;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,4:3,4 +chr15 59719506 . CAAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,4:3,1 +chr15 60009125 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:35:0,2:0,1:0,1 +chr15 60132343 . GGGA G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,2:3,1:0,1 +chr15 60993644 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0099161;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,10:3,9:4,1 +chr15 61451616 . T TTTTTTC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:2,1:3,4 +chr15 62096613 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00077001;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,5:4,3 +chr15 64718753 . G GGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034996;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:8,2:6,4 +chr15 66432959 . A AGTGTGT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:6,5:2,1 +chr15 67055971 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:7,5:4,2 +chr15 68741633 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.026636;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:5,5:1,1 +chr15 69078387 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0072477;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:7,2:11,6 +chr15 72665570 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010436;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,3:8,7 +chr15 74073767 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.049123;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chr15 76330727 . T TTA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,6:1,5:2,1 +chr15 76572915 . T TCACACA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,9:2,3:2,6 +chr15 77024962 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.4083e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,8:7,4 +chr15 77343482 . CTTTT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:2,3:9,3 +chr15 77509555 . CGTGTGT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027772;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:4,4:1,1 +chr15 77883340 . C G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,5:2,2 +chr15 78215763 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:17,2:7,3 +chr15 78877117 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:4,1:1,1 +chr15 80339873 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0014199;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:12,4:14,6 +chr15 80382911 . C CAATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027154;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,4:10,1 +chr15 81179982 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,3:5,3 +chr15 82383908 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,4:6,2 +chr15 82427338 . CTCTT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:6,1:17,3 +chr15 82523942 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 +chr15 82916807 . A AT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.011338;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:13,3:11,4 +chr15 83417902 . T TA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,10:5,8:4,2 +chr15 83822769 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.1474e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:8,7:10,5 +chr15 84419727 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0219;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:10,7:4,3:6,4 +chr15 84425290 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.014936;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:10,5:7,2 +chr15 85151765 . CAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:4,4:4,1 +chr15 85504515 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr15 85841139 . A ATTTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 +chr15 86380935 . A AGTGTGT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0010872;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 +chr15 86703427 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=8.1679e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,4:5,6 +chr15 86826036 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0076326;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,15:8,9:5,6 +chr15 87055660 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.3351e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:12,8:9,4 +chr15 89354401 . CTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.043512;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,5:2,2:1,3 +chr15 89952550 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,4:5,1 +chr15 90175683 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0015067;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,7:4,2 +chr15 90407221 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0005505;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:16,3:10,7 +chr15 90651919 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:5,3:3,2 +chr15 90735236 . AAT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,12:2,9:1,3 +chr15 91420126 . CTG C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 +chr15 92587513 . C CAAAAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.013891;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,7:9,6:5,1 +chr15 92767870 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.017924;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,2:8,5 +chr15 92999083 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015182;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1 +chr15 93677756 . A T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.027339;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2 +chr15 93940288 . AAAAG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:2,4:8,3 +chr15 94162144 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,4:7,2 +chr15 96447738 . TATC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.013865;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:8,4:10,4 +chr15 96857600 . C CAAAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,8:4,1 +chr15 96865316 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.1208;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:15,2:17,2 +chr15 99085857 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:7,2:4,1:3,1 +chr15 100759176 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.3625e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:10,8:6,7 +chr15 101258008 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.039412;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:7,2:2,4 +chr15 101743927 . C CTCTT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04982;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:15,1:13,6 +chr16 1833555 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.064336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:11,4:6,3 +chr16 2542624 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.028132;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,4:12,1 +chr16 3329169 . G GACACAC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,6:1,5:1,1 +chr16 3889002 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00013223;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:6,2:13,8 +chr16 5801341 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020486;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,4:4,2 +chr16 6134683 . A ATTTTTTTTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,4:6,2 +chr16 6220657 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013378;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,5:7,4 +chr16 6367254 . G GTTTTGT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0019606;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:15,17:6,9:9,8 +chr16 6562757 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0043971;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,1:8,5 +chr16 8563144 . AG A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.024978;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:13,5:6,3 +chr16 9019654 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,2:8,2 +chr16 9199895 . GTCCT G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,5:2,2:0,3 +chr16 10612629 . A AG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:9,2:10,3 +chr16 11067187 . TTG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13514;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:9,2:8,1 +chr16 11505470 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,2:3,5 +chr16 11712929 . A AACACACACACACAC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,2:4,2 +chr16 12105223 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10145;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr16 12380394 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr16 12817263 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,3:4,3 +chr16 14360253 . C CCA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00026837;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,11:3,8:2,3 +chr16 14978118 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.049005;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:28,7:14,1 +chr16 15164208 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:1,1:3,4 +chr16 15175445 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.039721;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:13,7:22,5 +chr16 15857202 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.022078;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,6:14,4:4,2 +chr16 15861496 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:5,3:4,2 +chr16 16139611 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,7:4,6:4,1 +chr16 16274259 . T TTGGA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.038169;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,3:10,4 +chr16 16462130 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0070044;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,7:5,2 +chr16 16464052 . G GTGTGTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015379;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:4,2:13,3 +chr16 16602352 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=8.1261e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:8,10:2,5 +chr16 16918059 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.3463e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:8,7:5,9 +chr16 17044323 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,3:6,1 +chr16 18121796 . GGTTT G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.037048;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:22,5:21,1 +chr16 18130476 . TAAAAAA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018634;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:2,2:5,3 +chr16 18144826 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3 +chr16 19101995 . CTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,5:3,3:0,2 +chr16 19162689 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02313;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,1:8,3 +chr16 20195336 . A AATTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01192;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:3,3:6,5 +chr16 20295279 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,8:1,7:1,1 +chr16 20489820 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.028251;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,2:12,3 +chr16 20545378 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0022994;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:15,4:5,3 +chr16 20596673 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.085094;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:26,1:15,4 +chr16 21269193 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010026;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 +chr16 21307622 . GTATATA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0055997;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,9:2,4:5,5 +chr16 21354148 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.011503;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:12,1:9,6 +chr16 22469165 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022366;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,4:7,5 +chr16 22553505 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.023251;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:18,3:9,1 +chr16 22632007 . CTATA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,9:5,6:6,3 +chr16 23875759 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.021895;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:9,6:14,2 +chr16 24479358 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13043;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 +chr16 24579241 . G GTTTTTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19016;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,5:20,3:5,2 +chr16 26887122 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:6,1:0,1 +chr16 28162560 . A AT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.085726;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:17,2:10,3 +chr16 29482918 . T G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 +chr16 29648003 . T TTG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:2,2:3,2 +chr16 30032642 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,3:3,3 +chr16 30342200 . A AT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 +chr16 32125849 . GT G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0053747;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:15,4:12,4 +chr16 32176170 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr16 32465038 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.021299;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:15,3:15,8 +chr16 32837836 . G C 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.021664;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:106,23:69,20:37,3 +chr16 32838865 . A G 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.024159;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:146,19:81,14:65,5 +chr16 32839745 . G A 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.0027228;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:80,15:47,9:33,6 +chr16 33049073 . GA G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.18393;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:21,1:5,3 +chr16 33506889 . TAAAAAA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.038556;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 +chr16 33543309 . C G 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:53,12:21,8:32,4 +chr16 33912493 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.013578;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:17,1:15,8 +chr16 34585666 . C A 0 PASS DP=7755;GPV=1;SPV=0.025427;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:3857:3455,402:2115,221:1340,181 +chr16 34811099 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0003763;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:13,4:12,8 +chr16 35340267 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.1874e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,6:7,5 +chr16 37852470 . G T 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.029413;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:99,17:30,5:69,12 +chr16 37878930 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 +chr16 46460582 . A G 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.023263;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:52,15:25,12:27,3 +chr16 48416181 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:0,2:0,2:0,0 +chr16 49058614 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.27198;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,2:4,2 +chr16 49702923 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.064294;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:9,2:22,2 +chr16 50938942 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.0799e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:14,6:11,8 +chr16 51663775 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.9786e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:7,3:16,10 +chr16 52826730 . AGT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:2,3:3,2 +chr16 53403333 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0021291;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,2:6,3 +chr16 53551675 . CAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:2,7:5,1 +chr16 54680831 . A ATACATGTATGTG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:3,2:8,4 +chr16 55472560 . TAAAAAAAAA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1 +chr16 56300008 . C CGTGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:7,4:8,4 +chr16 57002644 . TG T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,1:7,3 +chr16 58085568 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:9,2:7,2 +chr16 59312571 . T TTC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:2,1:8,4 +chr16 59312572 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,0:9,4 +chr16 59858527 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.7587e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,5:8,5 +chr16 60311989 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00078689;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,14:13,6:7,8 +chr16 61428604 . CTTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,2:2,1:2,1 +chr16 62079731 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0078215;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,6:1,2 +chr16 62486857 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,3:4,1:2,2 +chr16 62658786 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.1853e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:8,6:5,6 +chr16 63024573 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=6.6009e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,3:10,7 +chr16 64370054 . G GCACACACA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.021468;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,8:10,2 +chr16 64398295 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00016426;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:15,5:6,7 +chr16 69944708 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.04269;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,3:7,5 +chr16 70050982 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:3,1:16,2 +chr16 71022770 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.028482;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,4:10,5 +chr16 71832216 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.057792;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,2:0,1 +chr16 74423310 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.051458;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 +chr16 74495106 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.016783;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:3,5:0,1 +chr16 74502722 . GT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0077399;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,9:2,4:2,5 +chr16 74821501 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00011781;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:10,3:6,6 +chr16 75180991 . A AAAG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0067977;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:3,1:6,5 +chr16 75732085 . CAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:2,3:1,1 +chr16 75939212 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.001906;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:12,4:9,3 +chr16 78078648 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.032417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,3:7,5 +chr16 80672318 . T TACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,2:8,2 +chr16 81280320 . CACAG C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:1,1:2,4 +chr16 81376465 . ATGTG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:4,5:0,1 +chr16 84013729 . CT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016727;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:8,9:9,3 +chr16 84940732 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0056634;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:16,6:17,2 +chr16 86197778 . G GTGTGTGTGT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0023232;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,11:3,3:7,8 +chr16 87013968 . TTCCCTCATTCAC T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,7:5,2 +chr16 87562669 . A ATTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,8:4,6:6,2 +chr16 87564563 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:24:0,2:0,1:0,1 +chr16 88728472 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:3,1:16,2 +chr16 89426529 . T TCACA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0065388;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:8,6:6,2 +chr16 90207896 . A AG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043842;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1 +chr17 243024 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr17 515956 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,3:0,1 +chr17 579185 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,4:4,2 +chr17 605741 . G T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0037594;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:3,10:3,9:0,1 +chr17 1417665 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:7,4:1,1 +chr17 2509676 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.7714e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:13,8:8,4 +chr17 2760947 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.09062;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:4,2:13,2 +chr17 2872213 . C CA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 +chr17 2979460 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,3:4,1 +chr17 4215925 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0097246;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:12,4:14,4 +chr17 4747337 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0050388;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:9,3:1,6 +chr17 7676333 . CCTCCAGGT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.048951;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,4:1,3:2,1 +chr17 7714124 . C CGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,9:5,8:3,1 +chr17 8299542 . T TA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00756;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:5,2:9,5 +chr17 8401335 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,7:5,2:4,5 +chr17 9754279 . CT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.055494;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,3:12,1 +chr17 9773741 . T TC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0018566;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,9:3,1:3,8 +chr17 10363315 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:5,7:3,1 +chr17 11543910 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.021576;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,5:3,2 +chr17 12020110 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.001198;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:15,5:12,5 +chr17 12676253 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036102;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 +chr17 13235142 . AGTGTGTGT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 +chr17 13595847 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,4:5,3:4,1 +chr17 14694438 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,5:7,1:5,4 +chr17 14876514 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0039329;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,5:5,1:2,4 +chr17 15264253 . GAT G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.15598;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:17,1:9,2 +chr17 15264255 . T TAG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.021691;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,5:6,4:5,1 +chr17 15810688 . T TAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.059274;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:12,2:6,2 +chr17 15810734 . CATGTGTGT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.10577;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,5:2,2:4,3 +chr17 15826095 . G GT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:5,4:2,2 +chr17 16161240 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,2:3,1:2,1 +chr17 16812494 . G GCTGCTGGAGGAGTTCCCATCCCTGCAGGTGT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,2:4,5 +chr17 18436242 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.038781;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:7,5:12,3 +chr17 19638169 . TACAC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,11:3,7:3,4 +chr17 20393023 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.038786;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:18,4:14,1 +chr17 20490397 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023562;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,3:4,2 +chr17 20579254 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.028543;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:16,5:11,5 +chr17 21569888 . G GTGTGTGTGTGTGTA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:0,10:0,6:0,4 +chr17 21665064 . A G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.026358;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:21,7:20,5 +chr17 21987851 . AAG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:8,6:12,2 +chr17 22823512 . G A 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.020573;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:78,13:21,5:57,8 +chr17 22868198 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046053;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:5,1:7,2 +chr17 22912586 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,3:7,1 +chr17 22953324 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,3:7,1 +chr17 26738747 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.032184;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:19,8:8,1 +chr17 26750226 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.011419;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:11,1:50,7 +chr17 26750553 . TA T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.014972;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:15,4:20,1 +chr17 26750627 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.044441;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:18,4:11,1 +chr17 26756863 . G A 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.01171;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:49,18:18,9:31,9 +chr17 26777173 . C A 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.045845;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:74,17:35,9:39,8 +chr17 26846954 . C G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.048755;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:8,3:10,3 +chr17 26953277 . A G 0 PASS DP=311;GPV=1;SPV=0.0092;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:130,18:49,6:81,12 +chr17 26958286 . G A 0 PASS DP=275;GPV=1;SPV=0.046035;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:131,16:61,4:70,12 +chr17 26958523 . A T 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.009667;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:56,9:28,3:28,6 +chr17 29424436 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:9,4:1,0 +chr17 29743907 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:4,2:4,2 +chr17 31537633 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0031736;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,5:10,2 +chr17 31675974 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.023188;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,1:4,5 +chr17 31866887 . C CAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:2,4:2,1 +chr17 34754836 . GCTTAC G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,1:17,3 +chr17 35530512 . GA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:13,3:1,1 +chr17 35581299 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:1,1:1,1 +chr17 35871916 . AT A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,2:3,3 +chr17 36270978 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:24,4:2,0 +chr17 36536524 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:5,8:2,1 +chr17 37439942 . A AT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,4:6,2:4,2 +chr17 39153334 . G GGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.092234;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,6:4,3:5,3 +chr17 40728399 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0079051;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 +chr17 40815568 . TA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,2:15,2 +chr17 41225342 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.004375;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,18:7,11:9,7 +chr17 41226775 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.033503;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:4,3:21,3 +chr17 41733052 . T TTTTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03835;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,1:4,3 +chr17 41928852 . T TAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0074142;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,13:2,10:3,3 +chr17 42973190 . T TG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:5,3:2,5 +chr17 43177572 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,4:10,1:4,3 +chr17 45250258 . TAC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0042363;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,7:4,5:1,2 +chr17 45757480 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:5,3:1,2 +chr17 47890931 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0057417;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,8:4,4:3,4 +chr17 48985838 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,4:7,2 +chr17 49553043 . CCACA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.025565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:5,3:2,2 +chr17 51849183 . GTA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:2,2:0,5 +chr17 53025193 . T TTC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0038647;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,13:2,5:5,8 +chr17 53334019 . T TAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:3,11:3,7:0,4 +chr17 53702004 . AT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.039412;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,4:6,2 +chr17 54593370 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.4873e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:9,7:14,8 +chr17 55277235 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0012432;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,7:0,3:0,4 +chr17 55336527 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.7815e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:10,10:5,4 +chr17 55402087 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,5:2,3 +chr17 56303851 . A ATTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:13,1:4,4 +chr17 57030254 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0041286;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:2,3:10,3 +chr17 57860372 . ATTTT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:2,2:1,3 +chr17 61311903 . CAT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0017321;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:6,5:13,11 +chr17 63086771 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:6,2:3,3 +chr17 63629362 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00013375;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:10,7:11,7 +chr17 65286372 . T TAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:8,6:11,4 +chr17 65989245 . AAAAAAAG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010569;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,12:6,6:6,6 +chr17 67579625 . T TC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:5,9:7,1 +chr17 67952084 . C G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0017509;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:2,4:7,4 +chr17 68163538 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,4:3,3:2,1 +chr17 68172141 . A AG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.046007;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:10,1:16,3 +chr17 70417232 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:9,3:3,1 +chr17 70494004 . T G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.22036;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:17,2:11,2 +chr17 70602851 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:15,3:5,1 +chr17 71032587 . G GT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:3,3:4,1 +chr17 71338895 . T TC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 +chr17 71608515 . A ATC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,5:5,1 +chr17 72117696 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00020424;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:12,4:16,9 +chr17 73569199 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:6,3:3,1 +chr17 74176320 . T TAAAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:6,5:6,2 +chr17 74285976 . G T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,3:7,4 +chr17 74867306 . CAAAAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,4:5,1 +chr17 75358914 . T TATATAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,3:7,2 +chr17 75938864 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,3:4,4 +chr17 76238085 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.019243;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:12,4:5,2 +chr17 76935870 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033472;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:4,3:11,5 +chr17 77145095 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,6:6,1:5,5 +chr17 77413954 . TTTTC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.051458;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 +chr17 77718749 . G GTGTGTGTCTGTGTGTGCACATGCA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095044;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:12,3:15,2 +chr17 77876975 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,3:5,1 +chr17 80024355 . A ACAC 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:1,2:25,3 +chr17 80024394 . GAC G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.04522;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:5,3:16,3 +chr17 81661858 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:7,5:2,1 +chr18 77738 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.055746;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,1:12,3 +chr18 105445 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:1,3:3,1 +chr18 1629634 . ATATGTGAATG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.042059;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,3:6,4 +chr18 1632822 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.015123;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:9,8:3,4 +chr18 1748634 . ATT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,1:6,3 +chr18 2826171 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.01057;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,2:8,4 +chr18 3378878 . C CAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0045767;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,5:2,1 +chr18 3382688 . G GA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:5,5:1,2 +chr18 3782035 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,2:2,1:2,1 +chr18 3827062 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00026567;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,5:9,5 +chr18 3992328 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0025527;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:9,5:11,3 +chr18 4080891 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,4:4,2:5,2 +chr18 7842889 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 +chr18 10208596 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0013375;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:10,4:9,3 +chr18 11133872 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0017532;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:14,5:11,6 +chr18 12521336 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.036744;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:15,4:6,3 +chr18 12792282 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,6:3,3 +chr18 13275039 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00048831;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,16:6,11:6,5 +chr18 13443709 . T TCTCCTCCTCCTCCTC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0062699;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,13:7,7:3,6 +chr18 14467281 . C CTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,9:3,8:2,1 +chr18 14716165 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2 +chr18 15197059 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00028843;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:8,2:9,8 +chr18 15410300 . C A 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.022939;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:73,18:32,8:41,10 +chr18 15467183 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.033038;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:27,4:1,0 +chr18 15552815 . G T 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.045507;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:57,13:45,7:12,6 +chr18 15603964 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.060505;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:12,2:18,2 +chr18 15622831 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.053885;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:4,2:14,2 +chr18 15651172 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:0,0:17,4 +chr18 15699753 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0079853;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:3,1:9,5 +chr18 16959351 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.021073;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:9,4:1,1 +chr18 17368130 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 +chr18 17377058 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0029264;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:13,5:5,3 +chr18 17837660 . G C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr18 18293571 . C T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.029181;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:58,14:17,6:41,8 +chr18 18629431 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:18,3:3,1 +chr18 19039313 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.041455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,0:13,4 +chr18 19502295 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 +chr18 20557981 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:1,0:16,4 +chr18 20815525 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0011434;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,2:8,4 +chr18 20838526 . TC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0048875;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:3,4:6,6 +chr18 20838540 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,2:8,5 +chr18 20956155 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.038561;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:12,3:11,1 +chr18 22232505 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0016259;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:13,1:15,9 +chr18 22232528 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.010404;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,1:8,7 +chr18 23414331 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.020274;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,9:13,7:4,2 +chr18 24729487 . CT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.004662;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,7:0,4:0,3 +chr18 27137977 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0038981;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,4:6,3 +chr18 27567221 . T TAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:3,5:3,1 +chr18 28518417 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.01229;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:6,3:13,4 +chr18 30059360 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.9583e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,7:11,6 +chr18 30706535 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.3012e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:12,6:4,6 +chr18 31001091 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0091169;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,6:9,2 +chr18 32086355 . G GT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:6,4:2,5 +chr18 32567283 . CA C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.02299;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,6:17,4:7,2 +chr18 33093675 . AT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0028364;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:12,6:7,1 +chr18 33109832 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=5.4595e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:7,8:5,6 +chr18 33768234 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0086905;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:11,5:7,12 +chr18 34440623 . AG A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0015629;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:10,2:9,6 +chr18 34691046 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0018974;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:14,4:9,5 +chr18 35885155 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0045189;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:7,5:2,1 +chr18 36206244 . C CT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:1,4:2,1 +chr18 36463387 . AAAAT A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.063808;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:42,5:17,3:25,2 +chr18 36720277 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:4,1:10,4 +chr18 36869541 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00090261;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:6,3:14,10 +chr18 36984904 . CAA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,7:3,5:5,2 +chr18 37462794 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:8,4:3,1:5,3 +chr18 37857488 . CTTTCTTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,3:11,2 +chr18 40601560 . C CTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.046888;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:2,2:15,5 +chr18 42825432 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00014918;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:10,6:6,4 +chr18 43425274 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.4904e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:6,5:14,8 +chr18 45209180 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0047407;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:8,8:1,1 +chr18 50852319 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.028977;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:3,1:9,3 +chr18 50913860 . T TATACACACACACACAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013177;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 +chr18 51131287 . TAC T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.026055;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:5,5:14,3 +chr18 51384788 . TATATATATATA T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,3:0,0:2,3 +chr18 51844934 . GT G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031008;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,2:7,3 +chr18 53407528 . G GATATATAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12799;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,5:4,4:3,1 +chr18 53499957 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0038679;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:12,3:11,7 +chr18 57390047 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0035421;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,4:11,4 +chr18 57527638 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.11998;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:21,3:8,1 +chr18 58646138 . AG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.089104;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:13,1:13,4 +chr18 58920735 . CGTGTGTGTGT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010876;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,6:10,5:0,1 +chr18 59237459 . C CA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 +chr18 59522993 . C CAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:2,4:0,1 +chr18 62850074 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,2:2,1:4,1 +chr18 63878575 . G GAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0083111;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,8:11,1 +chr18 64062944 . C CTA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016993;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 +chr18 64062989 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017591;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,4:5,3 +chr18 65420400 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0026788;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:13,4:10,4 +chr18 66760271 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.5142e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:11,9:10,7 +chr18 67402010 . A AG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:5,1:3,4 +chr18 68026237 . T TA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,4:12,1 +chr18 68504776 . G GAGGAAGGAAGGA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:4,4:0,2 +chr18 69214371 . CTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.016783;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,6:1,3:2,3 +chr18 71156912 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.02564;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,1:8,7 +chr18 71205760 . C CTCCA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,6:3,4:7,2 +chr18 71210783 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,2:6,3 +chr18 71420401 . G GTATATATATATATATA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,3:2,3 +chr18 72625698 . C CTA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.00030146;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:3,4:4,6 +chr18 73094559 . AAAC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,3:10,2 +chr18 73983993 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.033472;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:11,6:4,2 +chr18 74174891 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00070165;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,9:7,6:6,3 +chr18 76126690 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=1.7815e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:6,8:9,6 +chr18 77796251 . CT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.010905;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,7:7,4:9,3 +chr18 78012529 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00023235;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:9,6:9,5 +chr18 78109088 . TTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049275;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,3:7,3 +chr18 79017137 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015156;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 +chr18 79505741 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.33824;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:15,1:6,2 +chr18 79732475 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022281;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 +chr19 103817 . TAC T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0030733;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:20,11:7,3 +chr19 319605 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10008;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:11,5:7,1 +chr19 785067 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0053746;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:4,6:6,4 +chr19 2155498 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0021594;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:6,8:2,3 +chr19 2990703 . A ACAT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0023444;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,10:7,7:4,3 +chr19 3313188 . T TGTTGGAGACCATGAAGGGAGGCC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.024638;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,5:7,5 +chr19 3789721 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1 +chr19 5433796 . C CAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:1,4:3,1 +chr19 5465489 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.9702e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:14,8:4,5 +chr19 7355068 . TCACACACACACACACACACA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,3:3,5 +chr19 7692107 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 +chr19 8771295 . G T 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.046443;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:103,23:76,19:27,4 +chr19 8775174 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.036961;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:0,2:23,8 +chr19 8987807 . ATTGTT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:3,6:9,4 +chr19 9820707 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,3:0,0:2,3 +chr19 9908464 . ATTTTT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:0,3:2,3 +chr19 10301799 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,1:13,3 +chr19 10724339 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.2849e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:8,6:4,7 +chr19 12308695 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,5:0,2:3,3 +chr19 13572639 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0015405;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,4:10,5 +chr19 13903673 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.038355;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:16,8:9,3 +chr19 14318078 . ATATATATAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,2:3,3 +chr19 15650803 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,1:5,3 +chr19 16790642 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045025;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 +chr19 17681069 . C CTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,3:2,1 +chr19 18159144 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:2,1:4,3 +chr19 18345725 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,3:1,1 +chr19 18621422 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,4:6,1:13,3 +chr19 18983363 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,5:3,3 +chr19 19318113 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.042892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,3:1,1:3,2 +chr19 19440986 . TTTCCTTCCC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0074534;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:3,3:4,3 +chr19 19691395 . C G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0014993;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:2,2:5,6 +chr19 19984567 . C CA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 +chr19 20770110 . AG A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.028958;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:10,1:22,7 +chr19 20770112 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.036531;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:11,1:19,6 +chr19 21565265 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1 +chr19 22489382 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.9123e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:13,9:5,9 +chr19 22885732 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.1758e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:16,7:8,8 +chr19 23478513 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:0,0:2,2 +chr19 24355432 . G GAAAT 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.044976;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:50,15:26,2:24,13 +chr19 24372163 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.00041668;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:40,21:23,10:17,11 +chr19 24395330 . C T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=2.0682e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:50,17:20,6:30,11 +chr19 24441180 . C A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.038827;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:31,9:6,1 +chr19 25425602 . T G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr19 25963563 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr19 26161162 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 +chr19 28819965 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.016072;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,1:9,3 +chr19 29901079 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0 +chr19 30333181 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:11,3:18,1 +chr19 30881294 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,3:2,2 +chr19 32421647 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,7:3,4:4,3 +chr19 35624102 . G GTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,3:2,3 +chr19 36771535 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:2,4:6,2 +chr19 36956601 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.01246;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,7:5,5:5,2 +chr19 37229616 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:6,1:13,2 +chr19 37355397 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0001676;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,4:6,4 +chr19 37375315 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:4,1:10,6 +chr19 37537911 . AT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024176;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:1,1:7,3 +chr19 39633991 . T TC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,4:6,4 +chr19 41645411 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,0:13,4 +chr19 43303650 . ATGTGTGTGTGTGTGTG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:4,6:2,1 +chr19 44167314 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0022121;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:4,6:1,3 +chr19 44532565 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,7:3,2:5,5 +chr19 44587574 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:11,3:1,1 +chr19 45626380 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:3,4:3,1 +chr19 46200507 . TTC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 +chr19 46399136 . TG T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,5:9,5 +chr19 46793102 . T TAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 +chr19 46941876 . T TAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:6,3:4,1 +chr19 47420910 . T TCTCACA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015156;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,3:7,1 +chr19 47908463 . T A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr19 47915101 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr19 47920306 . A C 0 PASS DP=327;GPV=1;SPV=0.024939;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:137,20:71,14:66,6 +chr19 47939926 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 +chr19 48016456 . TTTTCTTTCCTTC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:2,1:11,5 +chr19 48559006 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.014432;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:7,3:12,3 +chr19 48655202 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.095238;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:3,2:0,0 +chr19 49321321 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:0,1:1,1 +chr19 51362170 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,5:16,3:2,2 +chr19 51608754 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,4:3,3:7,1 +chr19 51995567 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,1:5,3 +chr19 52865470 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11077;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,2:6,1:1,1 +chr19 52865924 . TATG T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,3:7,3 +chr19 52865936 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.03094;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,3:6,3 +chr19 53007064 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:9,4:5,3 +chr19 53125130 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.7463e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,9:9,3 +chr19 53127875 . C CAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,5:4,4:9,1 +chr19 53309270 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.016233;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:10,8:2,1 +chr19 53820691 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0016476;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,13:3,9:2,4 +chr19 54221926 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.048616;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,3:14,3 +chr19 54286038 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.031211;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,1:12,5 +chr19 54353176 . AG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022451;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:6,4:11,2 +chr19 54779651 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0076246;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:3,4:8,2 +chr19 55335498 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0050719;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4 +chr19 55734371 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.54545;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,2:2,1:5,1 +chr19 56745414 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.025744;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:13,2:18,6 +chr2 736402 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.072331;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:16,2:10,3 +chr2 802134 . C G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0067841;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:3,4:5,7 +chr2 869219 . C G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,3:3,2 +chr2 1235444 . GC G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,3:7,2 +chr2 1262695 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0092864;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,4:5,3 +chr2 1342708 . C G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 +chr2 1861649 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:2,1:7,4 +chr2 3199807 . G GGA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:5,1:11,3 +chr2 6151090 . C CTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011088;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,6:5,1 +chr2 6169093 . TTTTC T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:2,1:5,5 +chr2 6677975 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,2:1,2:0,0 +chr2 6677977 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,2:1,2:0,0 +chr2 6896532 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0028986;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,8:3,6:2,2 +chr2 7480506 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00099636;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,19:10,7:6,12 +chr2 8995590 . A AT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00088132;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,8:8,1 +chr2 10554207 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,2:8,2 +chr2 12825828 . TA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0023186;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:7,5:8,4 +chr2 12878380 . GTATATATATATGTGTATATATATATATATA G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.027296;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,4:9,3 +chr2 14735748 . AAAAG A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,2:2,2 +chr2 16006439 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.2354e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,4:6,4 +chr2 17447149 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.003465;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:9,2:8,5 +chr2 17503990 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:6,5:3,1 +chr2 21572766 . TA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.021701;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,5:7,4 +chr2 22395978 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0044459;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:16,7:16,6 +chr2 23910651 . T TGAGGTCA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0089978;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:12,9:1,1 +chr2 24109152 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,7:10,5:0,2 +chr2 24116876 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.050152;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:10,3:10,1 +chr2 24773141 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,2:3,1:4,1 +chr2 27642960 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 +chr2 31618478 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0033467;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,5:9,3 +chr2 31737876 . G GACAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:9,3:5,1 +chr2 32461047 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,1:5,4 +chr2 33341729 . A AAAATATATATAT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,7:6,3:8,4 +chr2 34243744 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0065359;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,10:2,9:1,1 +chr2 34787738 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:7,3:3,1 +chr2 35521833 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0056979;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,1:5,4 +chr2 35701204 . TAA T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.053387;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,1:15,3 +chr2 35974670 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10733;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:9,2:1,4 +chr2 38482904 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,1:12,4 +chr2 38482905 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039873;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3 +chr2 39207517 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.6127e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:9,14:10,2 +chr2 39619216 . A AT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,6:5,3 +chr2 40972280 . T TAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0088578;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,6:1,5:0,1 +chr2 41324684 . T TTCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.056191;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:3,4:7,3 +chr2 42347307 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011229;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:5,5:4,4 +chr2 43636340 . A AGAT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040214;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,4:9,3 +chr2 44346784 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.3707e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:7,10:13,9 +chr2 44400928 . GTGTA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,1:1,3 +chr2 46769584 . G GA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0041286;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,4:6,2 +chr2 47009888 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.11053;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,2:3,1:2,1 +chr2 47344111 . TAA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0069071;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:6,3:4,7 +chr2 47950544 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0034325;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,1:2,5 +chr2 48288282 . A AGAGT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0058369;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,7:5,3 +chr2 48288283 . CTTTTAT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0066039;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:7,7:7,5 +chr2 50951963 . A ATATTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:10,4:7,3 +chr2 51413347 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.002854;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:8,2:8,5 +chr2 51834653 . ATCTATATATCTATATATATATATATCTCTCTCTCTCTCTCTCTC A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022366;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,4:5,5 +chr2 52111307 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.028335;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:5,5:5,2 +chr2 52305046 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.9001e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:5,7:6,6 +chr2 55726018 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.884e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:7,4:9,11 +chr2 56693547 . T TATATATATATATATATACAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011671;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:5,5:8,1 +chr2 56889637 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,5:6,4:3,1 +chr2 57595116 . T TGC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:6,4:6,4 +chr2 60251438 . T TTAGA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0061654;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,6:10,5 +chr2 60560194 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.3518e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:5,6:6,8 +chr2 60625053 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.013909;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,5:9,1 +chr2 61596396 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,1:7,3 +chr2 65125864 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:0,1:1,3 +chr2 65234600 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0047587;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:6,3:8,3 +chr2 65444840 . TTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.016237;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:4,4:10,6 +chr2 65647998 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0033311;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:5,5:8,1 +chr2 66130391 . T G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,5:4,2:3,3 +chr2 71245513 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,5:3,3 +chr2 71635766 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:2,1:2,1 +chr2 71635770 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,2:5,1:2,1 +chr2 74182834 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0015405;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:6,3:12,6 +chr2 74473763 . AT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021189;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 +chr2 77603466 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,1:0,1 +chr2 78518329 . CT C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.012115;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:22,3:13,5 +chr2 78543274 . G GTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0001029;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,13:5,10:1,3 +chr2 79046766 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00024707;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,3:8,8 +chr2 80881318 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=8.5672e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:3,4:10,7 +chr2 81963292 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:11,13:5,2 +chr2 82186972 . GTA G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.032848;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,3:9,1 +chr2 82477666 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00064337;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:10,8:11,7 +chr2 83212156 . A AT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15761;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:18,2:17,2 +chr2 84141454 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0084701;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:6,3:12,3 +chr2 84480962 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024656;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2 +chr2 85194385 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=4.8428e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:8,4:4,8 +chr2 86226632 . C CTTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,3:6,2 +chr2 86716902 . A AAAAAAAAAACAAAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,3:8,2 +chr2 87080887 . GAACT G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.072031;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:16,3:17,1 +chr2 87140408 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.013126;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:7,5:16,4 +chr2 87175658 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.11077;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 +chr2 87348767 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034192;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,3:9,4 +chr2 87361291 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.016609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:19,5:19,4 +chr2 87364750 . TGATGA T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.023935;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:48,8:28,2:20,6 +chr2 87368746 . TA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.071412;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:14,1:19,4 +chr2 87417936 . CA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:2,1:3,1 +chr2 87425940 . CAAGCCAGCCACCCAGCA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:9,1:6,3 +chr2 87472920 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.002173;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:2,5:1,4 +chr2 87597072 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.02064;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,3:3,2:0,1 +chr2 87656421 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 +chr2 87721053 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 +chr2 87879624 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:0,2:8,7 +chr2 89315609 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.010747;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,4:4,3 +chr2 89538074 . T C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.030096;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:59,19:24,10:35,9 +chr2 89552645 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,3:2,1 +chr2 89559108 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,0:10,4 +chr2 89593824 . A T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.048552;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:25,6:8,3 +chr2 90022764 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016895;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,4:10,1 +chr2 90058484 . C T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,1:4,3 +chr2 90133849 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.013278;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:7,8:3,4 +chr2 90254023 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.04931;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:1,1:30,4 +chr2 90287226 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.042693;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:21,6:19,1 +chr2 90371425 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.037418;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,10:7,4:26,6 +chr2 90371859 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:13,2:3,2 +chr2 91427568 . C G 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.0079957;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:71,9:37,1:34,8 +chr2 91432684 . G C 0 PASS DP=236;GPV=1;SPV=0.033118;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:115,14:58,5:57,9 +chr2 91451180 . T C 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.018932;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:93,18:46,10:47,8 +chr2 91472185 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.035165;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,10:24,7:12,3 +chr2 91473716 . G C 0 PASS DP=271;GPV=1;SPV=0.017556;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:113,22:55,17:58,5 +chr2 91499851 . TTGGCTGGC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01539;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,5:6,1 +chr2 91649254 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.026147;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:6,1:19,5 +chr2 91669627 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:2,3:11,1 +chr2 91727840 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,0:10,4 +chr2 91892509 . C T 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.026338;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:68,10:21,3:47,7 +chr2 92057127 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr2 92057166 . T A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr2 92197366 . G T 0 PASS DP=449;GPV=1;SPV=0.002724;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:198,29:117,17:81,12 +chr2 92358452 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:13,1:11,6 +chr2 92376082 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018165;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:2,1:13,8 +chr2 92380957 . T A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.027334;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:60,13:5,1:55,12 +chr2 92416953 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.049645;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:12,1:7,3 +chr2 92436292 . T G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.022694;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:18,8:19,2 +chr2 92595112 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr2 92667798 . T G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0087838;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:24,6:15,2 +chr2 92687005 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.043165;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:13,5:21,4 +chr2 92705371 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.021326;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,1:7,6 +chr2 92795746 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.028929;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,9:23,8:6,1 +chr2 93249851 . T G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.033687;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:1,0:34,4 +chr2 93253263 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:10,2:17,2 +chr2 93263138 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0084925;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:33,7:2,0 +chr2 93455444 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 +chr2 93485871 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030104;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr2 93580446 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.068312;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:28,2:3,2 +chr2 93674089 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr2 93824475 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:1,1:16,3 +chr2 93857398 . C A 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.02357;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:88,19:87,18:1,1 +chr2 93879854 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18803;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:10,2:2,1:8,1 +chr2 93883067 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.036878;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,4:14,5 +chr2 93946886 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr2 94219398 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.010246;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:16,7:9,7 +chr2 94739855 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.026412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:15,4:12,1 +chr2 95639887 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:3,4:14,3 +chr2 95885787 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0074736;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,2:6,4 +chr2 97166079 . A ATGG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.031714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:5,1:14,5 +chr2 97514685 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.035343;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:5,1:11,4 +chr2 97667268 . A T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:7,2:3,2 +chr2 98635988 . A AAAAAT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018694;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,2:2,4 +chr2 102260258 . AG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.026903;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,4:6,3 +chr2 102958716 . G GT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00021623;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:16,8:6,3 +chr2 103359765 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.1901e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:8,8:11,6 +chr2 104375468 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0084306;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:3,6:6,3 +chr2 105996608 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.1294e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:12,8:12,5 +chr2 107095278 . GA G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00019854;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:10,5:3,4 +chr2 107904832 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.019667;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:9,7:19,2 +chr2 108122467 . AAAAAAAAAATATATATATATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,4:2,1 +chr2 108292393 . AACAC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0026559;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,12:12,6:2,6 +chr2 110049908 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0075507;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:39,18:19,11:20,7 +chr2 110226308 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00024036;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,3:6,5 +chr2 111506131 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0081354;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:14,5:9,4 +chr2 111593055 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.04437;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:18,3:17,5 +chr2 112338859 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,4:1,1:0,3 +chr2 112373873 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:2,2:8,2 +chr2 113077537 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,7:3,4:5,3 +chr2 113589594 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.020182;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:18,2:19,11 +chr2 114426588 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00024866;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,1:9,8 +chr2 114812583 . G GACAC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.065377;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,5:12,4:14,1 +chr2 116463887 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0018182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:7,2:11,5 +chr2 117407919 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.12281;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:0,0:5,2 +chr2 119114640 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00051776;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,6:8,2 +chr2 119922218 . TAA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,6:4,1 +chr2 120142114 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:1,2:0,0 +chr2 120142116 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:0,2:0,2:0,0 +chr2 121151724 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:2,2:0,1:2,1 +chr2 121672921 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0015417;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2 +chr2 121891029 . C CAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:6,3:2,2 +chr2 124655937 . G GAGAAAGAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021691;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:7,3:4,2 +chr2 125894961 . CAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:1,2:3,2 +chr2 129549054 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.9426e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:16,5:11,11 +chr2 130074871 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0017104;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:11,4:7,7 +chr2 131534031 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.584e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:17,6:10,13 +chr2 131709276 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00057068;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:4,6:15,5 +chr2 132362152 . CAT C 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.043085;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:57,11:32,6:25,5 +chr2 132362164 . G GC 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.03724;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:30,6:26,5 +chr2 133482871 . CTTTT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.4874e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:9,11:10,6 +chr2 134145214 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00135;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:13,8:9,8 +chr2 134193675 . T TTGTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,6:2,5:1,1 +chr2 134516780 . C CATATATATATGCATATATATGAATAT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.14279;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:7,2:9,3 +chr2 135699053 . TA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.092902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:16,2:9,3 +chr2 139873820 . ATAT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0071795;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 +chr2 140228179 . AAT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,4:2,3:2,1 +chr2 141088021 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.1154e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,9:8,4 +chr2 142448453 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:8,6:4,4 +chr2 143680030 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:3,1:1,1 +chr2 144484185 . T TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,8:3,6:4,2 +chr2 145541243 . AT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,4:4,2:6,2 +chr2 145893425 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,5:7,1 +chr2 146979198 . AT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0078215;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,11:5,7:4,4 +chr2 147397397 . AACATT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.025662;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:11,4:20,3 +chr2 147398202 . CAAA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0031585;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:9,4:5,2 +chr2 149720221 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0004122;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:9,6:16,7 +chr2 150284846 . CTT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr2 151285589 . G GA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,7:5,6:3,1 +chr2 153390112 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.0912e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:9,7:8,7 +chr2 154216802 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 +chr2 155721753 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:3,4:2,1 +chr2 155815260 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=2.7022e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:7,5:5,5 +chr2 156256911 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.023554;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:14,2:8,3 +chr2 156256938 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.037167;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 +chr2 158962657 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0033296;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,3:6,4 +chr2 159874193 . TATTGTAA T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038501;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,5:11,1 +chr2 159874209 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.02545;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,7:5,4:7,3 +chr2 160324880 . G GTATATA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,4:3,1 +chr2 162820209 . T TTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.022136;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,7:1,3:5,4 +chr2 162908321 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.053885;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1 +chr2 163934847 . TA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,5:4,1:4,4 +chr2 164142977 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,1:9,3 +chr2 166100056 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021726;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,5:6,4 +chr2 166414462 . GATAT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,4:3,2 +chr2 167590345 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,11:4,7:1,4 +chr2 168897560 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.28347;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:9,1:12,2 +chr2 169327154 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 +chr2 169466284 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,1:1,3 +chr2 170149646 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0015602;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,3:1,3 +chr2 170681049 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,13:5,5:2,8 +chr2 171048626 . GAAACCC G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.022974;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,4:6,3 +chr2 171048633 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016311;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,4:5,2 +chr2 171496401 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13598;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:19,3:11,1 +chr2 172117902 . T TATATATATATATACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0056039;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,9:7,5:5,4 +chr2 172203335 . C CAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,3:2,2 +chr2 175787160 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0027568;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:7,4:12,5 +chr2 176542107 . GA G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:3,3:3,1 +chr2 176656424 . T TTTCCTTCCTTCC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14559;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:11,3:1,2 +chr2 177019690 . T TATATATATATATATACACAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028555;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,7:12,2:8,5 +chr2 179663713 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.021073;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,4:3,1 +chr2 184229750 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0060802;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,5:9,1 +chr2 184448586 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.01309;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:12,3:11,3 +chr2 186242677 . C CT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0050505;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,7:1,6:0,1 +chr2 188800494 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.020719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,5:3,1 +chr2 189931387 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=4.6765e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,7:6,6 +chr2 190270282 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00042977;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,4:6,5 +chr2 192947802 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=5.1236e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:14,6:9,13 +chr2 194450607 . AAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATAT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,3:6,3 +chr2 196922577 . G GACAC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:8,6:1,1 +chr2 197103228 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,2:3,1:2,1 +chr2 198158230 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.3187e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,7:10,6 +chr2 201561893 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.016233;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,5:6,4 +chr2 203216011 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,2:2,1:1,1 +chr2 207423566 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:7,2:4,4 +chr2 207462764 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.26692;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:14,3:4,1 +chr2 207818542 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:7,6:8,5 +chr2 208157628 . GTT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:2,3:0,0:2,3 +chr2 208856067 . C CTGATGGTCCTTTAACTGCAGTGTACTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,4:6,4 +chr2 209081372 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.21538;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:8,1:5,2 +chr2 210330336 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0031353;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,10:3,7:3,3 +chr2 212145727 . TAAAAAAAA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:4,1:2,5 +chr2 212864383 . TTA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.083654;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:7,2:19,1 +chr2 213030812 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.012393;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:8,4:4,3 +chr2 213322357 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,5:0,3:0,2 +chr2 213608771 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=9.863e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:11,10:8,6 +chr2 213800335 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,2:0,0:5,2 +chr2 214037864 . G GGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:4,4:1,1 +chr2 214977880 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0006592;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:5,4:7,5 +chr2 215786411 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.7296e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:10,5:4,7 +chr2 219933255 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:11,5:3,5 +chr2 220257285 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,2:0,2:0,0 +chr2 224305397 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,7:3,1 +chr2 224357093 . CAAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:6,3:4,1 +chr2 224458590 . GTT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,10:1,5:3,5 +chr2 225204941 . C CTTTCTTTCT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:7,3:4,3 +chr2 225655885 . T TACACAC 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 +chr2 225764030 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,7:2,1 +chr2 226318398 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0088417;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,2:1,2 +chr2 226354884 . G GT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.055746;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2 +chr2 227656624 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.025922;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 +chr2 228501713 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,4:1,3:0,1 +chr2 228808589 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00014325;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,5:8,3 +chr2 230119123 . A AT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.18018;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:14,2:9,1:5,1 +chr2 231725370 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016206;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:1,3:0,2:1,1 +chr2 231801630 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:6,4:9,1 +chr2 235278477 . C CTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,5:0,3:2,2 +chr2 235831185 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,3:2,2:3,1 +chr2 237307233 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12281;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,2:3,1:2,1 +chr2 238086708 . T TAAAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.025058;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,5:0,2:1,3 +chr2 238110553 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1 +chr2 240308866 . GTGTCTC G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.077856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,4:12,3:18,1 +chr2 240411015 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,5:3,2 +chr2 240976465 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.034164;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,1:7,7 +chr2 241338719 . ATATAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,1:3,6 +chr2 241648688 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.034034;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,3:12,2 +chr2 241774683 . TC T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.039485;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,4:13,1 +chr2 241819955 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:2,2:3,1 +chr2 242006800 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,1:7,6 +chr2 242183243 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.017865;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:13,2:16,4 +chr20 149164 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.017268;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:15,1:13,7 +chr20 3635363 . T TAATAAATAAATA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:4,6:6,2 +chr20 4231083 . T TC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.09062;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:6,1:11,3 +chr20 4747645 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0070897;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:7,3:9,10 +chr20 4985134 . TC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,1:11,3 +chr20 5005000 . A AAAAT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.006682;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:5,5:13,4 +chr20 5250006 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0002157;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,4:5,5 +chr20 6425084 . A AAAAAAGAG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,8:7,1:7,7 +chr20 6690801 . CAAAAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,5:4,1 +chr20 7535830 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=9.0835e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,5:7,4 +chr20 7680055 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011112;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 +chr20 7815911 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.1927e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:12,6:11,10 +chr20 8556656 . GGT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0073495;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:4,6:6,1 +chr20 8633101 . TACACACACAC T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00045491;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:14,7:2,7 +chr20 8896268 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,7:8,6:1,1 +chr20 9879554 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:5,4:1,2 +chr20 10082287 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:10,7:2,1 +chr20 10891617 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:3,3:3,1 +chr20 11374566 . TTA T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.049139;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,1:11,5 +chr20 11854879 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0018815;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:3,5:2,5 +chr20 11859724 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:9,6:4,1 +chr20 12342744 . GA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,1:13,3 +chr20 12681880 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.03842;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,4:9,2 +chr20 13612491 . A AACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0024835;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,5:3,5 +chr20 14071695 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=4.2509e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:15,5:4,6 +chr20 17479809 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,12:2,4:4,8 +chr20 17504905 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0028667;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,5:8,4 +chr20 20000330 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0028364;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:12,4:7,3 +chr20 20000533 . AC A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0012459;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,3:16,6 +chr20 21353266 . C A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,2:1,1:4,1 +chr20 22762349 . TAGAGAC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,5:1,3:3,2 +chr20 22904023 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:7,4:7,4 +chr20 24913641 . TG T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.019011;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:8,2:10,6 +chr20 25472324 . GATATAT G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.039341;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,2:0,2 +chr20 25594374 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0056638;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,7:5,1 +chr20 25611226 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.026832;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:7,4:3,1 +chr20 26220241 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.058134;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:24,1:20,4 +chr20 26478052 . C A 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.047425;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:75,11:26,8:49,3 +chr20 26568343 . GT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:13,4:0,0 +chr20 26568349 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.29565;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:14,3:14,3:0,0 +chr20 26697336 . G A 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.032344;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:89,19:39,10:50,9 +chr20 27291338 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr20 28299891 . A C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.048496;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:15,3:17,6 +chr20 28546561 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:3,1:7,4 +chr20 28636613 . C G 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.012643;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:32,9:11,2 +chr20 28638505 . GCCTTGGT G 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.0032755;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:64,18:40,8:24,10 +chr20 28804568 . A G 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.03277;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:91,19:72,15:19,4 +chr20 29076856 . TG T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.014499;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,4:12,7 +chr20 29105731 . AAT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.015946;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,5:10,3:15,2 +chr20 29312353 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:6,6:7,2 +chr20 29312389 . AG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0005304;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,10:6,5:4,5 +chr20 29312393 . AAAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.018356;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:8,3:5,4 +chr20 29312487 . AAGGG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035323;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:14,5:1,3 +chr20 29513081 . G A 0 PASS DP=314;GPV=1;SPV=0.016919;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:134,17:88,13:46,4 +chr20 29877931 . G A 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.043172;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:130,19:55,12:75,7 +chr20 29880455 . G A 0 PASS DP=461;GPV=1;SPV=0.028207;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:193,33:106,16:87,17 +chr20 30185432 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.027227;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:17,3:12,6 +chr20 30198474 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:5,3:3,1 +chr20 30217154 . A G 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.043773;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:58,10:32,6:26,4 +chr20 30217160 . A C 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.028517;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:52,11:30,7:22,4 +chr20 30296138 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.048995;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:13,2:16,4 +chr20 30358649 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.024141;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:16,9:18,4 +chr20 30401783 . TTTCTA T 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.026485;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:28,3:26,3 +chr20 30638478 . T C 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.03661;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:57,14:24,2:33,12 +chr20 30674344 . TA T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.039831;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:77,16:37,8:40,8 +chr20 30756951 . G GT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.048775;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,1:18,4 +chr20 30815445 . C T 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.024294;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:113,20:50,7:63,13 +chr20 30820376 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.017537;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:17,2:21,3 +chr20 30839004 . G T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.01741;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:54,15:32,5:22,10 +chr20 31056505 . TTGGAA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:11,4:7,1 +chr20 31058549 . T A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.037815;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:42,13:24,7:18,6 +chr20 31059753 . C A 0 PASS DP=204;GPV=1;SPV=0.033896;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:82,14:40,7:42,7 +chr20 31061380 . GAATGGAATGT G 0 PASS DP=863;GPV=1;SPV=0.0043696;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:415:368,44:168,18:200,26 +chr20 31063668 . A AGGAAT 0 PASS DP=219;GPV=1;SPV=0.0067066;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:80,13:52,7:28,6 +chr20 31064863 . T A 0 PASS DP=257;GPV=1;SPV=0.019901;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:102,15:45,8:57,7 +chr20 31069987 . T G 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.0013934;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:56,12:38,7:18,5 +chr20 31082413 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015968;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:9,2:3,9 +chr20 31186507 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025853;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,3:13,4 +chr20 33329513 . TC T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=6.0153e-06;SS=2;SSC=52;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:11,9:7,7 +chr20 33329515 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.001032;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:31:0,16:0,8:0,8 +chr20 36406397 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.039259;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,3:2,1 +chr20 37480584 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,5:0,1:0,4 +chr20 37614567 . ATATATTTTT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,6:4,4 +chr20 38209339 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=4.435e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:10,5:14,10 +chr20 38379407 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:17,1:6,3 +chr20 39238316 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.011004;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,12:8,7:7,5 +chr20 41000645 . G GAAAATAAAATAAAATAAAAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,12:4,7:3,5 +chr20 41918191 . TTTCC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,6:0,4:0,2 +chr20 42516774 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00011008;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:12,5:7,8 +chr20 47184413 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:7,6:4,9 +chr20 47255746 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,1:1,4 +chr20 48160689 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.1812e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:20,25:8,12:12,13 +chr20 48280400 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0038123;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:7,4:4,3 +chr20 48514859 . C G 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.01884;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:25,7:19,7 +chr20 49132759 . CCAAAA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.035929;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:8,7:15,5 +chr20 49722846 . A AATAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.05132;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:9,3:4,1 +chr20 49972568 . TA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0044123;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,3:3,6 +chr20 50162720 . G GACAC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.051458;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2 +chr20 52881023 . T TTC 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.053561;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:20,2:16,3 +chr20 52913480 . C CCTCTCTCT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:6,4:3,1 +chr20 53179221 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0017056;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:7,3:10,4 +chr20 54311908 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.2211e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:6,4:12,7 +chr20 55408731 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00035994;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:16,3:13,9 +chr20 55734036 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.01291;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:8,6:10,5 +chr20 56705597 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00062884;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:18,9:16,2 +chr20 58386147 . A ATTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0082573;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,3:5,2 +chr20 60875644 . T TCTTTCTTTCTTTCTTTCTTC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.053977;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,5:6,3:10,2 +chr20 61202206 . T TG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,3:10,1:7,2 +chr20 61214659 . A ATGTGTGTGTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.076601;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:5,5:7,2 +chr20 61340589 . CT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0028186;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,6:6,2 +chr20 61868708 . G GTGTCCCCCCACACTGGGCGGA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.015604;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,9:6,3:15,6 +chr20 62313988 . AGT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:1,4:2,2 +chr21 5216824 . A T 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.033361;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:118,15:66,9:52,6 +chr21 5222177 . T A 0 PASS DP=233;GPV=1;SPV=0.0064634;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:81,18:28,8:53,10 +chr21 5235224 . T G 0 PASS DP=454;GPV=1;SPV=0.0030909;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:239:215,24:88,15:127,9 +chr21 5314304 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,2:4,3 +chr21 5367797 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.012914;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:8,4:3,4 +chr21 6373962 . T A 0 PASS DP=285;GPV=1;SPV=0.019912;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:117,19:73,8:44,11 +chr21 6375346 . T C 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=0.039471;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:176:156,20:77,4:79,16 +chr21 7209105 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0026385;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:0,1:9,7 +chr21 7222022 . A G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.021295;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:17,2:18,10 +chr21 7225469 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.021579;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:21,3:18,3 +chr21 7284211 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.019625;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:16,1:19,6 +chr21 7307621 . G C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0019938;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:17,5:21,2 +chr21 7921289 . T C 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.028675;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:50,13:24,7:26,6 +chr21 7930121 . A G 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.046157;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:86,17:45,9:41,8 +chr21 8229974 . C CCT 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.017801;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:113,14:19,4:94,10 +chr21 8401672 . A G 0 PASS DP=1680;GPV=1;SPV=0.00098206;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:675:599,76:379,45:220,31 +chr21 8434180 . T C 0 PASS DP=11481;GPV=1;SPV=0.0010525;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:5295:4745,549:2821,341:1924,208 +chr21 8443332 . CT C 0 PASS DP=4328;GPV=1;SPV=0.0030189;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:1924:1731,193:144,4:1587,189 +chr21 8447275 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,2:0,0:6,2 +chr21 8465033 . G A 0 PASS DP=1572;GPV=1;SPV=0.0013903;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:536:461,67:211,42:250,25 +chr21 8540814 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:20,4:0,0 +chr21 8554165 . G GATGAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:2,4:0,0 +chr21 8584900 . AAAAG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037765;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:6,3:14,3 +chr21 8600030 . AATCATCATC A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,2:1,2:0,0 +chr21 8760950 . TATA T 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.038391;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:118,18:59,2:59,16 +chr21 8762801 . C T 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.035066;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:67,14:34,9:33,5 +chr21 8766588 . G T 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.0076057;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:86,20:35,9:51,11 +chr21 8786330 . T TTA 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.01398;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:163:135,17:65,12:70,5 +chr21 8793237 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.025634;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:15,9:21,2 +chr21 8800254 . C T 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.033041;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:70,14:37,10:33,4 +chr21 8806881 . CGCGT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:5,3:11,5 +chr21 8839468 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.014375;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:8,5:18,5 +chr21 8839785 . C T 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.044078;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:68,10:52,6:16,4 +chr21 8840921 . C T 0 PASS DP=319;GPV=1;SPV=0.017205;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:136,19:46,2:90,17 +chr21 8842183 . AC A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.036589;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:17,8:21,4 +chr21 8845410 . A C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.038644;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:10,4:24,4 +chr21 8848326 . G T 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.027845;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:102,15:51,4:51,11 +chr21 8851808 . T G 0 PASS DP=369;GPV=1;SPV=0.002886;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:193:158,35:73,16:85,19 +chr21 8854791 . G A 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.0017759;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:11,8:33,7 +chr21 8858689 . T A 0 PASS DP=338;GPV=1;SPV=0.024747;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:153,29:86,9:67,20 +chr21 8879134 . T G 0 PASS DP=448;GPV=1;SPV=0.012621;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:220:196,24:111,11:85,13 +chr21 8880786 . T G 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.008366;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:106,15:41,3:65,12 +chr21 8999488 . A T 0 PASS DP=318;GPV=1;SPV=0.031407;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:138,19:76,7:62,12 +chr21 9004659 . A T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.0011357;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:53,16:29,8:24,8 +chr21 9016088 . G C 0 PASS DP=309;GPV=1;SPV=0.017335;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:134,21:73,16:61,5 +chr21 9016237 . A G 0 PASS DP=369;GPV=1;SPV=0.0115;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:153,28:76,15:77,13 +chr21 9026251 . G A 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.016619;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:130,23:62,17:68,6 +chr21 9026268 . T C 0 PASS DP=327;GPV=1;SPV=0.013028;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:137,22:65,17:72,5 +chr21 9032681 . C T 0 PASS DP=332;GPV=1;SPV=0.04664;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:146,18:69,11:77,7 +chr21 9050202 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.04952;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:46,14:23,6:23,8 +chr21 9064459 . G A 0 PASS DP=273;GPV=1;SPV=0.036768;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:127,16:68,6:59,10 +chr21 9086619 . C T 0 PASS DP=335;GPV=1;SPV=0.026265;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:132,22:73,11:59,11 +chr21 9102967 . T C 0 PASS DP=332;GPV=1;SPV=0.0097214;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:144,17:73,14:71,3 +chr21 9108624 . G A 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.031242;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:84,11:46,5:38,6 +chr21 9118263 . G A 0 PASS DP=367;GPV=1;SPV=0.012376;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:156,35:91,23:65,12 +chr21 9118901 . G A 0 PASS DP=406;GPV=1;SPV=0.014637;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:202:170,32:97,18:73,14 +chr21 9121545 . A T 0 PASS DP=263;GPV=1;SPV=0.00068551;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:109,23:50,14:59,9 +chr21 9121963 . C T 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.033951;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:92,17:55,10:37,7 +chr21 9131132 . C T 0 PASS DP=454;GPV=1;SPV=0.036715;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:222:196,26:98,9:98,17 +chr21 9132966 . G C 0 PASS DP=412;GPV=1;SPV=0.024501;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:165,26:84,9:81,17 +chr21 9142219 . T A 0 PASS DP=508;GPV=1;SPV=0.024478;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:251:217,34:112,16:105,18 +chr21 9165984 . A G 0 PASS DP=377;GPV=1;SPV=0.0079952;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:190:111,23:56,13:55,10 +chr21 9167416 . A G 0 PASS DP=357;GPV=1;SPV=0.044098;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:189:167,22:103,4:64,18 +chr21 9172802 . A G 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.013747;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:161,22:100,11:61,11 +chr21 9173280 . T A 0 PASS DP=390;GPV=1;SPV=0.013109;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:199:168,31:72,11:96,20 +chr21 9174974 . G T 0 PASS DP=258;GPV=1;SPV=0.031092;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:114,17:43,7:71,10 +chr21 9189404 . C T 0 PASS DP=417;GPV=1;SPV=0.043995;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:203:179,24:85,13:94,11 +chr21 9248111 . G T 0 PASS DP=432;GPV=1;SPV=0.033383;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:216:190,26:89,10:101,16 +chr21 9248375 . CAGTGG C 0 PASS DP=350;GPV=1;SPV=0.0208;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:115,25:67,21:48,4 +chr21 9251567 . T C 0 PASS DP=1009;GPV=1;SPV=0.00015531;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:529:455,74:218,39:237,35 +chr21 9254687 . A G 0 PASS DP=489;GPV=1;SPV=0.0030471;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:234:201,33:105,19:96,14 +chr21 9262060 . CTT C 0 PASS DP=248;GPV=1;SPV=0.026434;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:116,14:63,10:53,4 +chr21 9265351 . G GT 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.0053784;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:200:166,33:87,19:79,14 +chr21 9272355 . A G 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.022441;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:90,10:37,7:53,3 +chr21 9274547 . A C 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.047456;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:144,26:110,15:34,11 +chr21 9292728 . C A 0 PASS DP=490;GPV=1;SPV=0.0051027;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:237:196,41:102,22:94,19 +chr21 9296111 . T C 0 PASS DP=282;GPV=1;SPV=0.0071273;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:125,17:43,7:82,10 +chr21 9296276 . G C 0 PASS DP=399;GPV=1;SPV=0.0094903;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:209:180,29:108,16:72,13 +chr21 9303023 . C T 0 PASS DP=413;GPV=1;SPV=0.031045;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:207:182,25:96,9:86,16 +chr21 9310548 . A G 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.046618;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:141,19:70,9:71,10 +chr21 9324691 . A C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.049403;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,9:23,3:26,6 +chr21 9330352 . G A 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.011472;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:112,13:57,7:55,6 +chr21 9331411 . G A 0 PASS DP=363;GPV=1;SPV=0.040762;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:154,23:68,11:86,12 +chr21 9342123 . C T 0 PASS DP=415;GPV=1;SPV=0.018889;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:206:180,26:86,9:94,17 +chr21 9345074 . C T 0 PASS DP=428;GPV=1;SPV=0.00093647;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:201,32:111,23:90,9 +chr21 9348919 . G T 0 PASS DP=335;GPV=1;SPV=0.0015484;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:187:161,26:80,18:81,8 +chr21 9361283 . G A 0 PASS DP=650;GPV=1;SPV=0.013952;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:333:296,37:135,19:161,18 +chr21 9365190 . T C 0 PASS DP=618;GPV=1;SPV=0.0045248;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:320:269,51:137,36:132,15 +chr21 9365624 . G T 0 PASS DP=588;GPV=1;SPV=0.024203;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:298:261,37:92,17:169,20 +chr21 9556399 . A G 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0091486;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:57,21:29,7:28,14 +chr21 9606113 . G A 0 PASS DP=159;GPV=1;SPV=0.031226;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:68,19:24,6:44,13 +chr21 9628172 . T G 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.0069375;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:52,18:26,13:26,5 +chr21 9638268 . G A 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=8.9074e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:52,15:27,13:25,2 +chr21 9765488 . A AGTGTAGTGAATGATGGGACAGT 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.0041422;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:42,19:21,13:21,6 +chr21 9821495 . G C 0 PASS DP=1275;GPV=1;SPV=0.046842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:607:499,67:285,26:214,41 +chr21 9850023 . A G 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.018431;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:27,3:34,5 +chr21 9881159 . T C 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.0019529;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:57,22:27,8:30,14 +chr21 9919461 . C A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.039548;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:52,13:28,9:24,4 +chr21 9990371 . A C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.020704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:53,14:24,4:29,10 +chr21 10021470 . C G 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.0040553;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:48,18:16,6:32,12 +chr21 10080386 . A T 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.040884;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:65,17:41,7:24,10 +chr21 10086175 . C T 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.0010453;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:54,24:30,14:24,10 +chr21 10097757 . T A 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.0084706;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:45,16:29,12:16,4 +chr21 10151268 . T C 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.049348;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:59,13:35,8:24,5 +chr21 10272847 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00045089;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,5:7,6 +chr21 10324728 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.039697;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:14,3:19,1 +chr21 10329291 . C T 0 PASS DP=323;GPV=1;SPV=0.016545;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:125,23:53,8:72,15 +chr21 10342477 . C A 0 PASS DP=372;GPV=1;SPV=0.046158;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:189:166,23:87,8:79,15 +chr21 10361114 . C G 0 PASS DP=593;GPV=1;SPV=0.024432;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:293:254,39:133,18:121,21 +chr21 10365143 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.013531;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:23,4:19,3 +chr21 10392780 . C T 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.028575;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:73,14:22,4:51,10 +chr21 10406244 . C T 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.0021767;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:76,9:17,2:59,7 +chr21 10415521 . G T 0 PASS DP=381;GPV=1;SPV=0.00088859;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:146,37:72,16:74,21 +chr21 10415652 . G A 0 PASS DP=418;GPV=1;SPV=0.010425;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:195:163,32:102,22:61,10 +chr21 10417512 . G A 0 PASS DP=629;GPV=1;SPV=0.018643;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:323:275,48:164,25:111,23 +chr21 10419095 . G A 0 PASS DP=598;GPV=1;SPV=0.020884;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:296:260,36:116,20:144,16 +chr21 10420063 . G T 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.0094397;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:98,25:40,12:58,13 +chr21 10422931 . G GT 0 PASS DP=263;GPV=1;SPV=0.049712;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:105,13:71,9:34,4 +chr21 10425535 . G A 0 PASS DP=585;GPV=1;SPV=0.025935;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:302:264,38:133,18:131,20 +chr21 10429776 . A G 0 PASS DP=602;GPV=1;SPV=0.049364;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:300:263,37:128,21:135,16 +chr21 10430637 . C T 0 PASS DP=471;GPV=1;SPV=0.005776;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:231:201,30:102,15:99,15 +chr21 10437112 . A G 0 PASS DP=393;GPV=1;SPV=0.046443;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:200:173,27:68,8:105,19 +chr21 10445465 . T A 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.048543;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:61,9:29,7:32,2 +chr21 10449982 . C G 0 PASS DP=302;GPV=1;SPV=0.018207;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:115,24:59,7:56,17 +chr21 10449987 . TATTTC T 0 PASS DP=316;GPV=1;SPV=0.037054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:127,19:68,5:59,14 +chr21 10451024 . A C 0 PASS DP=406;GPV=1;SPV=0.02949;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:161,25:73,8:88,17 +chr21 10461146 . T C 0 PASS DP=344;GPV=1;SPV=0.020052;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:143,25:75,14:68,11 +chr21 10462629 . C T 0 PASS DP=385;GPV=1;SPV=0.014232;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:193:158,35:74,16:84,19 +chr21 10464875 . G A 0 PASS DP=412;GPV=1;SPV=0.015602;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:215:179,36:80,20:99,16 +chr21 10467788 . C G 0 PASS DP=398;GPV=1;SPV=0.0066795;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:156,25:84,10:72,15 +chr21 10475546 . C T 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.025186;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:130,19:54,8:76,11 +chr21 10583185 . C A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=1.6182e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:54,16:32,10:22,6 +chr21 10665385 . A G 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.021267;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:51,15:26,7:25,8 +chr21 10693311 . C A 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.040129;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:20,7:25,5 +chr21 10744491 . C G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0060775;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:25,4:21,4 +chr21 10745524 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:25,3:0,1 +chr21 10806728 . G A 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.015258;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:161,19:79,9:82,10 +chr21 13282962 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:15,4:14,1 +chr21 13330523 . TTATCTATC T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:0,2:3,4 +chr21 13352710 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00012397;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:11,7:3,3 +chr21 13432290 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.029835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:12,5:14,2 +chr21 13524811 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.031128;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:14,1:14,4 +chr21 13530697 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.046744;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:14,5:15,4 +chr21 18194603 . TA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=9.7744e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,4:9,5 +chr21 19227218 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.047782;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2 +chr21 20508555 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.059274;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,1:8,3 +chr21 21994806 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,5:7,4:4,1 +chr21 23072541 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:3,3:1,1 +chr21 23219743 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.6336e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:13,2:5,10 +chr21 23685848 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.038906;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:15,5:15,1 +chr21 24811016 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0025828;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,8:12,3 +chr21 25655350 . A AT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.043842;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,3:5,3 +chr21 26062230 . A AAC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,4:3,1 +chr21 27240865 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00026636;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:12,7:11,4 +chr21 27257780 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00075779;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:11,5:12,4 +chr21 27940507 . CTGTG C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0092633;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,6:3,3 +chr21 28413998 . T TC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03733;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:2,1:3,5 +chr21 28831522 . AGAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030571;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,3:2,2 +chr21 30571058 . T G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.015937;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:14,3:15,5 +chr21 31941311 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:7,2:9,3 +chr21 32481509 . G GA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.004816;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,4:0,1 +chr21 33237082 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:5,3:9,4 +chr21 33337714 . TATAC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015793;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,3:7,3 +chr21 34671143 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,3:2,2:2,1 +chr21 34787254 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00019352;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:7,5:7,3 +chr21 35526972 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 +chr21 35704576 . GAGAA G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.012821;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:2,3:1,2 +chr21 35960240 . CTCTCTA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:6,2:13,2 +chr21 36176106 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,2:8,5 +chr21 37004264 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,2:3,2 +chr21 37033999 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013362;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3 +chr21 37389925 . G GT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021798;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,5:6,2 +chr21 39177130 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=6.2544e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:15,6:9,8 +chr21 39245602 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:4,2:2,1:2,1 +chr21 39378669 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:1,2:0,1:1,1 +chr21 39715048 . CT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:0,2:0,0:0,2 +chr21 39819608 . TCTATC T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,2:5,2 +chr21 39953826 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 +chr21 40898219 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0052114;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:11,3:7,3 +chr21 42840044 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021256;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,3:5,3 +chr21 44863127 . G GAC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.043229;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,6:16,5:14,1 +chr21 44972960 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.029276;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:11,4:12,2 +chr21 44973001 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0041395;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:11,5:12,2 +chr21 45902313 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0076628;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 +chr21 46294304 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.015045;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,2:2,4 +chr22 10547332 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.054545;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr22 10550830 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:17,4:0,0 +chr22 10709382 . CT C 0 PASS DP=366;GPV=1;SPV=0.023069;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:167,29:97,14:70,15 +chr22 10753801 . A G 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.04636;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:163:140,23:64,12:76,11 +chr22 10754578 . A G 0 PASS DP=386;GPV=1;SPV=0.04514;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:164,27:62,5:102,22 +chr22 10761243 . C CAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,8:6,4:4,4 +chr22 10765275 . G A 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.018029;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:18,9:42,7 +chr22 10780040 . A C 0 PASS DP=296;GPV=1;SPV=0.011605;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:120,27:71,14:49,13 +chr22 11027060 . A G 0 PASS DP=315;GPV=1;SPV=0.045494;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:135,19:86,9:49,10 +chr22 11338143 . C T 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.04179;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:103,22:55,13:48,9 +chr22 11348943 . A C 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.039295;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:70,12:29,7:41,5 +chr22 11477170 . C T 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.041719;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:66,15:33,9:33,6 +chr22 11696409 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00756;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:2,1:12,6 +chr22 11704981 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.03093;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,7:25,6:9,1 +chr22 11710948 . A G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.019466;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:53,15:36,11:17,4 +chr22 11801203 . C G 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.045184;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:58,15:37,9:21,6 +chr22 11808059 . T C 0 PASS DP=227;GPV=1;SPV=0.039916;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:96,19:56,10:40,9 +chr22 11854158 . TA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,2:5,6 +chr22 11863430 . G C 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.026088;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:16,3:24,8 +chr22 11870867 . T C 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.0070634;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:53,17:34,15:19,2 +chr22 11871871 . T A 0 PASS DP=685;GPV=1;SPV=0.032896;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:347:311,36:178,18:133,18 +chr22 11874817 . T C 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.025014;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:145,19:93,8:52,11 +chr22 11912157 . G T 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.034312;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:77,19:38,11:39,8 +chr22 11912224 . C T 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.042527;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:79,15:34,8:45,7 +chr22 11913684 . G A 0 PASS DP=363;GPV=1;SPV=0.035839;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:140,28:45,9:95,19 +chr22 11914787 . T C 0 PASS DP=411;GPV=1;SPV=0.046627;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:183,29:109,15:74,14 +chr22 11917800 . A G 0 PASS DP=585;GPV=1;SPV=0.029142;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:297:258,39:118,20:140,19 +chr22 11940484 . T C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.011798;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:26,2:22,5 +chr22 11942962 . CA C 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.0055173;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:47,12:33,10:14,2 +chr22 11972802 . G A 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.0050678;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:50,19:27,9:23,10 +chr22 11974475 . C A 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.037788;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:64,10:13,5:51,5 +chr22 12036085 . C A 0 PASS DP=334;GPV=1;SPV=0.0045758;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:141,18:61,11:80,7 +chr22 12060744 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.016594;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:2,2:14,4 +chr22 12112120 . G T 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.029151;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:58,16:28,6:30,10 +chr22 12119341 . A C 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.0067648;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:52,15:30,2:22,13 +chr22 12154648 . C A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.015096;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:22,2:22,4 +chr22 12166049 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.028904;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:14,5:4,2 +chr22 12193191 . G T 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.0023926;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:74,20:50,8:24,12 +chr22 12193684 . A G 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.047103;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:108,16:53,7:55,9 +chr22 12199201 . A C 0 PASS DP=333;GPV=1;SPV=0.015491;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:130,19:55,11:75,8 +chr22 12200388 . G A 0 PASS DP=344;GPV=1;SPV=0.014258;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:172:152,20:76,9:76,11 +chr22 12209191 . T G 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.0033214;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:55,17:30,8:25,9 +chr22 12218039 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.012776;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:25,5:15,9 +chr22 12218817 . TTATTTA T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.0064636;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:67,21:42,16:25,5 +chr22 12295505 . A G 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.033746;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:63,8:23,1:40,7 +chr22 12315376 . A AG 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0562;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,2:11,2 +chr22 12315438 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0096691;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:24,8:6,6 +chr22 12362977 . A G 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.04804;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:83,10:50,6:33,4 +chr22 12368037 . G A 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.038911;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:46,14:23,5:23,9 +chr22 12421244 . TA T 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.011472;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:39,4:31,6 +chr22 12559389 . TG T 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.047491;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:71,13:32,6:39,7 +chr22 12619844 . C T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.014369;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:63,14:32,10:31,4 +chr22 12637781 . TAAG T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.054264;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:19,4:0,0 +chr22 12703951 . G T 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.048991;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:83,18:50,12:33,6 +chr22 12709021 . A C 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.018392;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:94,11:55,6:39,5 +chr22 12720922 . C G 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.038263;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:75,14:31,9:44,5 +chr22 12721011 . A G 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.044359;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:105,21:41,9:64,12 +chr22 12787768 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.044641;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,4:10,1 +chr22 12804136 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.048003;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:15,4:10,1 +chr22 12811984 . A C 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.019622;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:66,19:28,10:38,9 +chr22 12871086 . C G 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.043857;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:78,14:51,7:27,7 +chr22 12875723 . T A 0 PASS DP=299;GPV=1;SPV=0.0087155;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:111,27:30,14:81,13 +chr22 12879835 . G A 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.01238;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:71,19:47,8:24,11 +chr22 12889651 . G A 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.047833;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:101,12:71,10:30,2 +chr22 12891489 . C T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.04238;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:73,10:42,6:31,4 +chr22 13533510 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr22 15220225 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,3:6,1 +chr22 15480387 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0083426;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,7:2,1 +chr22 15562148 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,3:0,1 +chr22 15748494 . C A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.042235;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:24,6:18,4 +chr22 15752140 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.044153;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,3:5,2 +chr22 15787648 . TTG T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.033621;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:43,14:14,5:29,9 +chr22 15815076 . C G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.049247;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:25,5:22,5 +chr22 15837952 . T TTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.026661;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,5:19,2:25,3 +chr22 15856012 . T C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.011448;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,13:22,6:16,7 +chr22 15881643 . G T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 +chr22 16164202 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0006592;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:10,6:2,3 +chr22 16416347 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.044716;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:11,3:13,4 +chr22 16431788 . A AT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0025099;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:11,11:13,6 +chr22 16434619 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.011955;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:18,5:14,3 +chr22 16450533 . C T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.038122;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:52,12:25,8:27,4 +chr22 17178722 . A AGAGTGAT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:5,3:3,4 +chr22 17343151 . G GT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0086626;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,3:7,2 +chr22 17605694 . T TC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:5,7:4,1 +chr22 17626325 . A AAAAG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,8:2,1:0,7 +chr22 18125513 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,4:2,1 +chr22 18188614 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:15,2:5,3 +chr22 18234348 . A C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.051478;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:15,1:18,3 +chr22 18363031 . G GA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.012473;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:13,4:20,5 +chr22 18846304 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,2:3,4 +chr22 18982721 . C CAAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.025058;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,5:0,4:1,1 +chr22 20164469 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.035289;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:13,3:6,3 +chr22 20341553 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1 +chr22 20343677 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0022919;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:44,17:21,10:23,7 +chr22 21135936 . G A 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.011147;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:30,3:23,3 +chr22 21166611 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 +chr22 21166864 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0017012;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,3:6,4 +chr22 21170330 . G C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,1:4,5 +chr22 21313803 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:12,4:1,0 +chr22 21335516 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.024638;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:12,6:11,3 +chr22 21789843 . T TATAACATAACATAACATAAC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.040169;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:8,1:9,3 +chr22 22517876 . T TAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.02002;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,7:5,2 +chr22 23331669 . A AATTATTATT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,7:0,4:5,3 +chr22 23855210 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.054545;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:2,2:4,1 +chr22 26451996 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,2:0,1:6,1 +chr22 29159124 . G GT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,3:6,1 +chr22 29402766 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012187;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:10,2:3,6 +chr22 29535261 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,6:2,1 +chr22 30076606 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.4205e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:15,6:11,7 +chr22 30308332 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.044913;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:14,8:15,1 +chr22 32505862 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0023186;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,4:7,5 +chr22 32799358 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0038291;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,4:9,3 +chr22 33201344 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,5:7,3:6,2 +chr22 33282639 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00017455;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:11,6:15,5 +chr22 33403962 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0014018;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:8,3:12,8 +chr22 35694644 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027592;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,4:11,2 +chr22 39018818 . CAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:10,5:3,1 +chr22 41132286 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,4:3,1 +chr22 41167560 . TTGTGTGTG T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,4:6,2 +chr22 41194019 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:6,2:1,4 +chr22 42666228 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,6:3,1 +chr22 44284901 . T G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.052629;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,3:14,2 +chr22 45182623 . G GT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0049438;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:3,5:0,1 +chr22 47493701 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.4873e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:8,7:9,4 +chr22 49072416 . A AAAAAGAAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,4:3,3:2,1 +chr22 50021649 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0099771;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,6:2,1 +chr3 1119322 . C CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:4,5:3,1 +chr3 1170236 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,6:3,1 +chr3 1210426 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.029963;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,10:12,5:3,5 +chr3 1348241 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:4,4:6,4 +chr3 2226518 . AATT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=7.6384e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:8,9:6,4 +chr3 2520259 . CTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:4,2:0,2 +chr3 3339466 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:2,4:2,1 +chr3 3762779 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:5,3:8,3 +chr3 5306469 . ATGTG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.02882;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,3:5,3 +chr3 8831343 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:3,4:0,1 +chr3 9972462 . GAAA G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:4,5:1,1 +chr3 11294017 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,5:3,2 +chr3 12221298 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,6:4,1 +chr3 14738817 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,5:7,2:4,3 +chr3 16633137 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0066141;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,6:1,4:2,2 +chr3 18846669 . G GT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,2:4,2 +chr3 19293817 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0040349;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:12,6:13,5 +chr3 20018690 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,2:10,2 +chr3 20312112 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,2:2,1:5,1 +chr3 20356709 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00069576;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:8,2:12,8 +chr3 20595413 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.2171e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:14,8:10,5 +chr3 21148171 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,3:3,1:1,2 +chr3 21193894 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0054797;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:9,6:13,3 +chr3 22380646 . G GGTGTGTGTGT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0068755;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,5:6,6 +chr3 22541727 . ATATATGTG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030792;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:7,4:6,1 +chr3 22541750 . CATATATATGTGTACAT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr3 22813731 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,4:1,3 +chr3 23196721 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:0,2:0,1:0,1 +chr3 23842245 . GT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,1:7,3 +chr3 25785136 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,2:0,1:0,1 +chr3 27204305 . T TTTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11053;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:0,0:5,2 +chr3 27884071 . GAT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13793;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:7,2:6,1 +chr3 28255241 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.011037;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:4,4:1,2 +chr3 28649287 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.017646;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,3:9,2 +chr3 29475379 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0033004;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:8,6:7,9 +chr3 30034589 . AAAGGAAGGAAGGAAGG A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 +chr3 32249030 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:1,2:1,2 +chr3 32721647 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:7,4:2,2 +chr3 35253133 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0033254;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:9,4:9,2 +chr3 35305121 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.030376;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:18,2:9,5 +chr3 36104907 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.020196;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 +chr3 36183915 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016738;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:10,10:4,2 +chr3 36346943 . AG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00077087;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,3:5,4 +chr3 36515975 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,4:2,3 +chr3 40846033 . C CAG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,5:8,2:6,3 +chr3 42349199 . T TTC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0070739;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:2,3:8,5 +chr3 42349200 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:2,4:10,6 +chr3 42743587 . T TTATATATATATATATATATATA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0084353;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:4,4:5,1 +chr3 44723874 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,5:1,2:2,3 +chr3 45415897 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,4:1,2:0,2 +chr3 45569952 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,2:7,2 +chr3 46372541 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.039302;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:15,3:15,2 +chr3 46441899 . CAGAGAG C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:10,2:7,2 +chr3 46507138 . C CATT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.035511;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,3:10,6 +chr3 50281670 . A AT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,3:2,1 +chr3 52718472 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:3,4:1,1 +chr3 53221115 . CTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:3,4:0,2 +chr3 54060178 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0070234;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:3,4:3,1 +chr3 54226312 . C CTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,4:2,1 +chr3 55222209 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.032887;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:7,4:17,3 +chr3 55675960 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0014155;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 +chr3 57054643 . AT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,2:4,3 +chr3 57427113 . ATATT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0052761;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:6,6:5,4 +chr3 57754987 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037959;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:7,3:4,1 +chr3 58003748 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015516;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,4:5,3 +chr3 60895665 . CCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:0,2:7,4 +chr3 61900879 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=9.0511e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:11,8:6,7 +chr3 62926096 . GAA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:14,3:7,1 +chr3 63112336 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.0035e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:11,6:9,8 +chr3 64451256 . C CAGAGAGAGAG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048951;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,6:2,3:1,3 +chr3 64670139 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,4:4,3:7,1 +chr3 65132927 . GA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.28173;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,4:4,2:7,2 +chr3 65346987 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=7.1534e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:11,9:12,7 +chr3 67350128 . G GTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00056247;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:8,9:9,3 +chr3 68021185 . C CAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:7,3:4,1 +chr3 68545006 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0007761;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,5:4,2 +chr3 70336814 . T TTGTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:3,4:3,1 +chr3 73203639 . TA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.03385;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:10,2:17,3 +chr3 74391557 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:5,5:2,1 +chr3 74711393 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0012182;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:13,3:3,6 +chr3 75446337 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.079329;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:8,5:2,1 +chr3 75646619 . G A 0 PASS DP=236;GPV=1;SPV=0.020742;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:109,16:54,7:55,9 +chr3 75825024 . G A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.042449;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:54,10:33,1:21,9 +chr3 76427003 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0039305;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,2:11,4 +chr3 77039673 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.0271e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,19:6,4:9,15 +chr3 77135567 . AT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00070906;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,6:4,2 +chr3 77323048 . ATATAATATAT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.068138;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:19,3:13,1 +chr3 78251357 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0010255;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,3:10,7 +chr3 78310783 . GA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:12,5:2,1 +chr3 78311905 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0034481;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,4:5,3 +chr3 78941630 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.000461;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:4,4:12,5 +chr3 79519628 . C CAAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:3,3:4,1 +chr3 79675075 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.095104;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,2:17,2 +chr3 79675076 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,2:15,2 +chr3 80594472 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.9796e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:11,5:6,10 +chr3 82214511 . CGT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,2:16,2 +chr3 82915520 . A AAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,3:3,2 +chr3 83084765 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00081261;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:7,8:3,7 +chr3 83418140 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00011093;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:10,6:10,7 +chr3 83907471 . ATTTTT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:1,2:2,4 +chr3 83919255 . AT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:9,1:7,3 +chr3 84517268 . TTATATATATATATATATATATATATATA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:2,2:2,3 +chr3 84949434 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012068;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,4:9,2 +chr3 85269986 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00021136;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,7:8,2 +chr3 85515617 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,2:4,2 +chr3 85651984 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.025795;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:8,7:5,1 +chr3 89136384 . G GA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:2,2:2,3 +chr3 89316505 . A AATAT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,5:2,4:0,1 +chr3 89411165 . CT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0040439;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,3:7,2 +chr3 89778644 . GTT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.07827;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:10,3:7,1:3,2 +chr3 90555751 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0059828;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,1:2,4 +chr3 90795678 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr3 90795679 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr3 90796078 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,2:0,2 +chr3 90798071 . G T 0 PASS DP=777;GPV=1;SPV=0.014721;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:366:321,42:193,22:128,20 +chr3 90806513 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16089;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:17,2:3,2 +chr3 90806570 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 +chr3 90824580 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.071233;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:36,4:0,0 +chr3 90880190 . C T 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.03135;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:47,13:32,10:15,3 +chr3 90892203 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0059289;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,3:3,2 +chr3 90946611 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.046434;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:6,1:27,10 +chr3 90979496 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.042576;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:1,0:24,4 +chr3 91022659 . C A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.047794;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:3,2:33,4 +chr3 91029637 . A G 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.038605;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:54,9:45,6:9,3 +chr3 91063281 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10145;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,1:0,1 +chr3 91091786 . G T 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.008448;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:6,4:44,2 +chr3 91141897 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0056194;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:1,1:8,6 +chr3 91177837 . T G 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.015911;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:94,13:89,12:5,1 +chr3 91205533 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.029092;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:0,0:32,4 +chr3 91218372 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.064197;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:6,1:27,3 +chr3 93591170 . G C 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.013747;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:104,13:100,12:4,1 +chr3 93591186 . CT C 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.028852;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:116,14:112,13:4,1 +chr3 94936374 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0011874;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:7,5:11,6 +chr3 95784347 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:5,4:0,1 +chr3 96171183 . GA G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.026257;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,3:12,2 +chr3 96518048 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00021015;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:12,7:14,6 +chr3 96983705 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.01412;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:8,5:12,2 +chr3 97879569 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.6767e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:7,9:9,4 +chr3 98427377 . TGTGAGA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.076651;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,3:3,2 +chr3 100854188 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012535;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:10,1:8,5 +chr3 101431508 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 +chr3 101440054 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020048;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,4:7,4 +chr3 101930935 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,4:7,3:7,1 +chr3 103975233 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00013031;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,8:3,1 +chr3 106534734 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0013735;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:12,5:11,3 +chr3 106542761 . TA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00026263;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,5:9,3 +chr3 106775348 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.057257;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,2:14,2 +chr3 106775349 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.029196;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:18,3:17,2 +chr3 108173766 . CTGTG C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,8:7,4:1,4 +chr3 108958612 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.7534e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:11,8:6,8 +chr3 109529342 . G GT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0059828;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:2,2:6,4 +chr3 109529360 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0052475;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,2:7,4 +chr3 109963081 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,3:7,3 +chr3 110129439 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00017742;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:11,7:6,8 +chr3 112261530 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=9.4663e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:7,6:16,5 +chr3 113826339 . TACAC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0011989;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,10:7,8:0,2 +chr3 113935487 . AAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.033476;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,6:8,2 +chr3 115698281 . AAATATAAT A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:3,1:1,1 +chr3 115698297 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 +chr3 115736864 . C CT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr3 115895057 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00029504;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,3:7,6 +chr3 116119672 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,6:9,5:5,1 +chr3 116350967 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00043396;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,6:7,5 +chr3 117315395 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.14505;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:21,4:10,1 +chr3 117979641 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.2822e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:14,7:6,7 +chr3 118392849 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.008555;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:13,3:10,3 +chr3 120118602 . TAAAAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.28173;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,4:5,3:6,1 +chr3 123183268 . TTC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032284;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:3,1:9,6 +chr3 123694091 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0029206;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,1:6,4 +chr3 124597073 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:27:1,3:0,1:1,2 +chr3 125030879 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.7719e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,13:7,4:9,9 +chr3 125214652 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00023483;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,15:5,9:4,6 +chr3 125712093 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00094346;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:14,4:9,4 +chr3 126891525 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00059303;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:14,3:10,6 +chr3 127244996 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:7,4:0,2 +chr3 130001138 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.046672;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:21,3:13,1 +chr3 130639103 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=4.4247e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,18:9,10:7,8 +chr3 130986903 . GT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,5:8,2:7,3 +chr3 131615891 . T A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,3:3,2:2,1 +chr3 131631897 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.21557;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:10,2:6,1 +chr3 133150342 . G GTTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:7,6:4,1 +chr3 133449949 . AAGAGAG A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,2:4,3 +chr3 134289297 . A ACAAAAAC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:5,3:10,5 +chr3 134582164 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00034194;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:5,3:10,8 +chr3 135541930 . GTA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.018356;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,7:7,5:6,2 +chr3 138050905 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,2:10,2 +chr3 147343399 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024176;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr3 147860263 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=4.2249e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,5:7,6 +chr3 148614914 . TGAGA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:6,2:5,2 +chr3 148811068 . A ATCT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0041352;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:7,1:12,7 +chr3 148811069 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0004646;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:9,2:14,9 +chr3 150723292 . TTCTTTCTTTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,5:1,3:15,2 +chr3 151174855 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00016103;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:11,8:10,8 +chr3 156590063 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00020424;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:15,10:13,3 +chr3 157005999 . AT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.013286;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:13,4:6,3 +chr3 157071796 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:1,2:0,0:1,2 +chr3 157304038 . T TATATATATATATATATATATAC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.031941;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:7,2:5,4 +chr3 157674912 . A ATTCTTTCT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0030816;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,8:1,3:8,5 +chr3 159626255 . G T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:2,1:3,1 +chr3 160137036 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,4:10,2:5,2 +chr3 167725256 . CAAAAAAGAAAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,5:3,1 +chr3 168886414 . TAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:4,3:4,2 +chr3 171813199 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00015824;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:9,5:10,7 +chr3 172712727 . CCTCTCTCT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,6:5,5:4,1 +chr3 173233574 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,6:6,3:3,3 +chr3 174348015 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,5:5,1 +chr3 174368155 . TAAA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0085139;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,5:0,1 +chr3 174703303 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0048875;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,5:4,5 +chr3 175016670 . AT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.5614e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:13,5:7,7 +chr3 175016675 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0002841;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,5:7,7 +chr3 175232234 . G GAAGAGGAAGAGGAAGAAGAAAGA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:4,3:2,2 +chr3 175384300 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=7.9253e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:7,4:8,10 +chr3 177540989 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,4:4,1:14,3 +chr3 177687164 . TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:4,3:4,3 +chr3 178283385 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 +chr3 180444297 . CT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0012555;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,5:7,5 +chr3 180755577 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.025784;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,5:7,2 +chr3 180864487 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:1,5:1,1 +chr3 181447069 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:4,6:5,2 +chr3 183657107 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.095104;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:21,2:9,2 +chr3 183725041 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0013736;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,5:0,3:0,2 +chr3 184617395 . GAA G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,2:2,3 +chr3 184658008 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0054348;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:5,5:3,2 +chr3 186259095 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.015379;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,5:7,1:10,4 +chr3 187137817 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00022958;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:5,9:5,6 +chr3 187137821 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.005394;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:5,8:8,2 +chr3 187303546 . CTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.019763;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,2:6,2 +chr3 187434294 . C CAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:6,1:8,4 +chr3 187434387 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037117;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:10,4:11,6 +chr3 187597736 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,7:3,4:4,3 +chr3 191463020 . C CTTTCTTTCTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:0,0:4,2 +chr3 192656320 . CAGAG C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,4:5,2:2,2 +chr3 192788183 . G GT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,3:1,2:2,1 +chr3 193264511 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0083293;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,11:10,6:5,5 +chr3 194011714 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012914;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:7,6:4,2 +chr3 194866663 . GTATATATATA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,4:1,2 +chr3 195728090 . T C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.042229;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:52,16:25,9:27,7 +chr3 195746888 . G T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.039792;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:48,10:24,7:24,3 +chr3 195983454 . A C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.028926;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:6,1:39,5 +chr3 197623223 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.03191;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,6:8,3 +chr3 197827646 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.711e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:10,6:9,8 +chr4 16009 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.021504;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:19,4:10,4 +chr4 41218 . T C 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.015504;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:98,13:43,6:55,7 +chr4 45414 . A C 0 PASS DP=304;GPV=1;SPV=0.028326;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:137,21:60,7:77,14 +chr4 49031 . G C 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.040434;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:84,13:43,7:41,6 +chr4 49132 . G C 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.046495;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:76,12:40,5:36,7 +chr4 59576 . A G 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.018653;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:116,18:64,7:52,11 +chr4 62314 . G C 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.0081263;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:97,17:40,12:57,5 +chr4 1283150 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,2:9,2 +chr4 1296586 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027154;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:7,1:9,4 +chr4 1860669 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 +chr4 3580444 . T TCATCCATCCATCCATC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:6,2:12,2 +chr4 4010099 . A ATTTTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0032628;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,7:3,1 +chr4 5441527 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0079024;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:8,7:9,7 +chr4 8409607 . T TGC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,3:8,2 +chr4 8626671 . G GT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:16,3:1,1 +chr4 10610050 . T G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,4:3,1 +chr4 10786561 . G GT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,3:2,1 +chr4 11305451 . TAAAA T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,3:1,3 +chr4 14012406 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.08867;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr4 14471731 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,3:12,1 +chr4 14548401 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00017105;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,8:6,3 +chr4 15722592 . A AT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:10,7:2,3 +chr4 17404560 . CAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:9,3:1,1 +chr4 17448183 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,7:2,5:1,2 +chr4 17925890 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,3:0,1:2,2 +chr4 18948670 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0015903;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:12,5:9,4 +chr4 19324347 . AT A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00012761;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:14,7:9,7 +chr4 20211809 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.095143;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,3:18,1 +chr4 22181677 . CATAG C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014502;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,4:5,3 +chr4 22872559 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:6,4:0,1 +chr4 24122385 . A ATG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0046348;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,6:3,2 +chr4 25046334 . TACACACAC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.008413;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,7:4,1:0,6 +chr4 25453947 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.014049;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,1:5,4 +chr4 25679119 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011461;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:15,3:6,3 +chr4 25808836 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,3:7,1 +chr4 26244317 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:4,2:10,2 +chr4 26590809 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024176;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,3:6,1 +chr4 27108120 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:4,7:5,3 +chr4 27792425 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,4:5,1 +chr4 27799164 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00059303;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,7:12,2 +chr4 29733016 . GTT G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.040563;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:22,2:14,3 +chr4 29965622 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00061478;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:7,7:7,3 +chr4 32641732 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=1.8212e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:1,10:6,5 +chr4 32671096 . AC A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0028593;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,4:3,5 +chr4 32717008 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0029614;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:1,6:6,3 +chr4 35152970 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,6:3,1:1,5 +chr4 35233969 . G GTA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0010229;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:8,4:6,6 +chr4 35312910 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=8.0398e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:11,5:12,6 +chr4 35468056 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022198;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:6,3:10,6 +chr4 38087862 . AG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.011037;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:0,4:5,2 +chr4 38438950 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.021719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:8,6:9,7 +chr4 38718049 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.974e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:11,10:12,7 +chr4 39179952 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.8896e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:7,4:9,10 +chr4 39789185 . G GA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0070165;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:8,7:5,1 +chr4 40481486 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0067079;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:0,3:3,4 +chr4 41343610 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00014652;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:7,7:3,8 +chr4 42555146 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 +chr4 43503790 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=5.6363e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:4,6:9,6 +chr4 43758095 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0021846;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,10:3,5:5,5 +chr4 43846701 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00057502;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:3,15:3,7:0,8 +chr4 44121593 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=5.8313e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,5:6,7 +chr4 44349071 . G GCCA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00025277;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,3:4,7 +chr4 44987638 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027592;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:14,2:7,4 +chr4 46100707 . G GA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,7:1,6:0,1 +chr4 48393386 . T TTGTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,7:3,4:3,3 +chr4 48823432 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.001147;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:7,5:12,6 +chr4 48943952 . TAA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:6,2:13,3 +chr4 49150033 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.042547;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,2:6,3 +chr4 49158494 . C T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.038593;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:77,14:40,7:37,7 +chr4 49159235 . G A 0 PASS DP=187;GPV=1;SPV=0.024688;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:78,10:24,1:54,9 +chr4 49184579 . A C 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.029498;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:24,6:20,7 +chr4 49195425 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.013575;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:34,4:21,3 +chr4 49226686 . C T 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.017843;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:82,17:46,14:36,3 +chr4 49241359 . G A 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.013299;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:63,12:35,6:28,6 +chr4 49241573 . G C 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.045618;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:51,13:21,9:30,4 +chr4 49246982 . C T 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.0048956;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:60,12:25,10:35,2 +chr4 49252716 . T A 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.011007;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:75,17:36,8:39,9 +chr4 49261767 . T A 0 PASS DP=323;GPV=1;SPV=0.028096;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:139,19:66,6:73,13 +chr4 49263781 . A C 0 PASS DP=236;GPV=1;SPV=0.0034993;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:107,13:59,6:48,7 +chr4 49273073 . A C 0 PASS DP=640;GPV=1;SPV=0.018305;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:295:254,41:130,20:124,21 +chr4 49490706 . G A 0 PASS DP=483;GPV=1;SPV=0.022536;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:244:211,33:118,15:93,18 +chr4 49497096 . G GAT 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.038776;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:22,4:22,1 +chr4 49520640 . TAGGGTTGGATTAGTGTGAGGGTG T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:21,4:1,0 +chr4 49543512 . C T 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.0083518;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:152,17:34,6:118,11 +chr4 49585249 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0048935;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:11,8:8,7 +chr4 49612408 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.031714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:14,10:18,2 +chr4 49714997 . C T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.0051851;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:33,1:14,8 +chr4 50007021 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:23,4:0,0 +chr4 50273970 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.037745;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:17,2:20,3 +chr4 50413448 . G T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr4 50463635 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.045508;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:4,3:15,1 +chr4 50481840 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.030747;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:2,1:17,4 +chr4 50723811 . C T 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.031484;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:52,14:23,10:29,4 +chr4 51016099 . C A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr4 51292859 . A T 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.0074367;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:50,16:26,6:24,10 +chr4 52528380 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,3:2,1:2,2 +chr4 52835837 . TA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0062713;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:2,6:1,4:1,2 +chr4 54654426 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.068312;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:18,2:13,2 +chr4 55170346 . TG T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.058895;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:11,3:11,2 +chr4 55375916 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.33939;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,3:5,3:0,0 +chr4 55604679 . A ATTTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:2,3:2,3 +chr4 55761557 . T TATATATATACAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,7:9,4:6,3 +chr4 56609050 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01473;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,4:6,5 +chr4 56721176 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,4:6,2:1,2 +chr4 56750279 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,5:2,3:6,2 +chr4 56898314 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.35897;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,2:4,1:2,1 +chr4 57672617 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0034711;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:10,7:11,3 +chr4 59362900 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=2.7606e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:10,4:5,7 +chr4 59604543 . CCTCTCT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:2,5:5,3 +chr4 61596005 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=4.8434e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:7,9:4,6 +chr4 63262848 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.002076;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:13,4:5,4 +chr4 63539399 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0027222;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:11,7:9,2 +chr4 64460069 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00012961;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:10,8:10,4 +chr4 64669447 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.014275;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,5:4,3 +chr4 65229314 . G GA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0054264;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:16,4:9,4 +chr4 66352614 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=9.6988e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:10,6:8,6 +chr4 66786246 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,2:0,2:0,0 +chr4 68764743 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.4752e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:8,5:12,8 +chr4 68870508 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,3:1,2 +chr4 70100946 . G GA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018436;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,8:7,5:4,3 +chr4 71577684 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.007849;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:8,5:4,5 +chr4 72532492 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,4:7,3:16,1 +chr4 73318657 . C CTCTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.043422;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:1,2:16,4 +chr4 73785611 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,9:2,7:4,2 +chr4 73861691 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0041113;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:8,3:2,3 +chr4 76316900 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,6:3,5:1,1 +chr4 76424292 . T TA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0073297;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,6:4,1 +chr4 77103258 . CATATAT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:3,7:1,2 +chr4 77753902 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:5,3:4,1:1,2 +chr4 78040335 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00079368;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:12,7:11,7 +chr4 78081067 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.5057e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:4,9:14,9 +chr4 78968710 . CTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12821;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,2:3,2:0,0 +chr4 81307689 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0024472;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,7:7,6:1,1 +chr4 81533599 . ATTTTT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:4,4:3,1 +chr4 82702130 . CTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,3:2,2 +chr4 82809422 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0060573;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:0,4:4,3 +chr4 82947233 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,4:1,3 +chr4 83182848 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016795;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,1:5,6 +chr4 83634132 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,3:7,1 +chr4 83893982 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,1:6,4 +chr4 84078144 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,4:12,1 +chr4 87542730 . TCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:4,1:10,6 +chr4 87616352 . CAGCAATGAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1039;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:14,3:11,2:3,1 +chr4 87774476 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.012656;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:19,4:14,3 +chr4 90083296 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:6,7:5,2 +chr4 90854409 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.001818;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,2:8,4 +chr4 90942828 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00011829;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:7,4:10,8 +chr4 91041659 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00013428;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,3:10,7 +chr4 92336954 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,4:4,3:3,1 +chr4 92588678 . CAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.032107;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 +chr4 92911766 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00012227;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:7,6:4,6 +chr4 95047250 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00039828;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:7,3:12,6 +chr4 96629329 . T TATTA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=3.2748e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:4,4:9,7 +chr4 97072239 . TAA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,6:5,2 +chr4 97589537 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.2409e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:11,7:3,8 +chr4 97793370 . T TAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.021576;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,4:3,3 +chr4 98437791 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:10,7:10,2 +chr4 99879799 . C CCTA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.025971;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,3:6,4 +chr4 99879808 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.014276;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,1:7,4 +chr4 100378940 . TTTTCC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,7:0,6:3,1 +chr4 100749881 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.4158e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:11,6:3,5 +chr4 100794963 . C CTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043956;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,9:0,4:3,5 +chr4 101582055 . G GAT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:6,5:7,2 +chr4 101748749 . A ATG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02825;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:8,4:12,6 +chr4 101748762 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,2:11,4 +chr4 104853700 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.3091e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:13,10:10,4 +chr4 105406114 . C CAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0028986;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:5,6:2,2 +chr4 108247355 . CATATATATATATATATAT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:6,2:1,2 +chr4 111402103 . TA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0021401;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:7,5:14,2 +chr4 112204072 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0011989;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:4,8:3,2 +chr4 114791514 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022078;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,3:11,3 +chr4 115463073 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.7718e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:14,20:9,13:5,7 +chr4 116204797 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,4:5,4 +chr4 118563314 . G GT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023838;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,6:3,1 +chr4 119769356 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0012565;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:12,5:11,6 +chr4 120224633 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.00058257;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,12:3,7:4,5 +chr4 120489546 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0048426;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:14,3:7,5 +chr4 120644181 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,3:15,1 +chr4 123373069 . T TAAAGAAAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:3,4:6,2 +chr4 125249246 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.8879e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:5,4:12,7 +chr4 128563468 . GTT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.036526;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,2:3,2 +chr4 128731300 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,2:2,2 +chr4 130360918 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=7.3464e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:5,4:14,7 +chr4 130720455 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:11,7:7,4:4,3 +chr4 131674287 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0053469;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:15,2:9,5 +chr4 131745978 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr4 132042003 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=2.4323e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:5,10:9,5 +chr4 132205992 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00068948;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:15,6:9,7 +chr4 132438919 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0086626;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,3:7,2 +chr4 133731278 . CAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,5:7,4:4,1 +chr4 134669019 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016117;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1 +chr4 134774594 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.9466e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:11,9:9,7 +chr4 135597776 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0014466;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,5:10,2 +chr4 136057133 . C CGT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,9:10,3:4,6 +chr4 139572216 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,2:10,2 +chr4 140901671 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0016174;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:10,4:13,5 +chr4 141101739 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.2414e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:13,5:5,7 +chr4 141956697 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.028465;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:10,4:15,1 +chr4 142579879 . G GTAGGTAGATAGA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,5:9,3:7,2 +chr4 143880094 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.026257;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,1:15,4 +chr4 144158703 . A ATTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,1:7,3 +chr4 144473366 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,8:9,4:3,4 +chr4 145706808 . A AT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048875;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,6:7,2 +chr4 145864420 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.025986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,10:8,8:2,2 +chr4 149102144 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:11,4:2,1 +chr4 150148381 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.032805;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:4,8:7,2 +chr4 150228159 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00038673;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:2,3:12,4 +chr4 150818532 . C CTG 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023594;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:15,6:10,5 +chr4 151074116 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00012852;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,4:7,5 +chr4 151328963 . CAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0037445;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 +chr4 151697953 . GTATATATA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12821;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,2:0,1:3,1 +chr4 151811965 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:1,2:3,4 +chr4 155015980 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:8,4:5,1 +chr4 156851930 . CAAAAAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0055469;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,7:5,1 +chr4 157277890 . GTA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.050152;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,1:12,3 +chr4 160193329 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0012507;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:3,5:6,7 +chr4 163883259 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027778;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:0,2:0,0:0,2 +chr4 163883260 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:0,2:0,0:0,2 +chr4 164754450 . ACT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043486;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2 +chr4 164854493 . AT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:7,3:11,2 +chr4 165254553 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.036638;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:13,2:14,5 +chr4 165289509 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0016314;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,5:3,3 +chr4 166666435 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.051138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,3:10,2 +chr4 167111783 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=3.2263e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:8,5:7,9 +chr4 168386575 . G GAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0060713;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:10,11:4,2 +chr4 169787292 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.040231;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:16,4:13,3 +chr4 169985113 . TATCTATCAATC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.025825;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,4:9,5 +chr4 175484848 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:3,1:1,1 +chr4 175706655 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.0101e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:8,8:8,7 +chr4 176056801 . C CAATA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.028555;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:5,2:13,6 +chr4 176204540 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022727;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:6,4:7,1 +chr4 176500213 . T TCACACA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.024154;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,2:3,3 +chr4 176570483 . C CTCTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,3:9,1 +chr4 176617441 . T TATTCCCATTTTAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.043842;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,6:4,3:8,3 +chr4 176617455 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:4,2:6,3 +chr4 177002018 . CTGTG C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:1,4:0,2:1,2 +chr4 177410391 . AT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010741;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:14,4:3,3 +chr4 178835888 . AT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012829;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:11,4:6,3 +chr4 179560034 . T TAAAAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00053043;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,14:5,9:3,5 +chr4 179974374 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:4,4:3,1 +chr4 180011122 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.702e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:12,8:6,7 +chr4 181253700 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.045508;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:12,3:7,1 +chr4 181789218 . A ATTTATTTTAT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.044727;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:11,4:15,5 +chr4 182125139 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,2:4,3 +chr4 182223783 . C CAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,5:4,3:4,2 +chr4 183374863 . AAT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.05832;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,3:9,3 +chr4 184005474 . A AAAAAAC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,4:9,6 +chr4 184814290 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.025944;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:6,6:3,1 +chr4 185453543 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,4:3,2 +chr4 186476636 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,3:14,1 +chr4 187427448 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:4,2:1,1:3,1 +chr4 187939899 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00057914;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,7:9,4 +chr4 187991036 . T TAAAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035323;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,3:4,5 +chr4 187996987 . GGGAGCATGGAGCATGGAGCGTGGAGCGT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,1:9,3 +chr4 188270847 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0015991;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,10:10,9:12,1 +chr4 188797423 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.513e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:9,9:14,4 +chr4 188801720 . T TTTTATTTATTTA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,9:7,7:7,2 +chr4 189686678 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.042825;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:9,3:2,1 +chr4 189691776 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.042478;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:14,1:16,5 +chr4 189787161 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.018404;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,5:4,4:7,1 +chr4 189808046 . CACACACACACACACACATACAT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.13236;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:15,3:8,4 +chr4 190053653 . T A 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.0093712;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:83,14:32,5:51,9 +chr5 710573 . C CTG 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.10169;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:18,3:17,2 +chr5 1076411 . C CATCCTGTGACCA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.020644;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,9:6,3:7,6 +chr5 2580934 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:0,0:7,4 +chr5 2907358 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,2:6,2 +chr5 4107442 . G GA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:18,5:7,1 +chr5 4258666 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,2:5,2:0,0 +chr5 4326862 . C CCT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.040404;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:5,1:8,3 +chr5 4479231 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00014249;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,6:10,7 +chr5 4825300 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=5.9839e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:7,4:5,7 +chr5 4912782 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,3:1,1 +chr5 5908876 . CTATTTTATTTTATTTTATTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.038556;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:5,4:8,2 +chr5 5925042 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,3:6,1 +chr5 6751444 . G GCTTTTCAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,3:5,4 +chr5 7207044 . T TTCC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:2,3:7,2 +chr5 11081086 . A ACACACACACACACACACACT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,4:14,1:6,3 +chr5 11441368 . ATTT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 +chr5 12166540 . A AAAAG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:8,3:3,2 +chr5 12348504 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,4:3,1 +chr5 13921475 . TCA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027424;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:5,1:12,6 +chr5 13921481 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0026248;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,8:1,2:4,6 +chr5 15255713 . G GA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0013843;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:14,4:2,3 +chr5 15993627 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.6656e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:19,6:9,8 +chr5 16905836 . C CA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.15e-06;SS=2;SSC=53;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:8,5:6,6 +chr5 16912802 . G GCA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:7,5:2,1 +chr5 16948192 . A ATT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,10:2,3:2,7 +chr5 17048058 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:32:0,4:0,2:0,2 +chr5 17517981 . A G 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.0039287;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:65,20:25,10:40,10 +chr5 17520616 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:3,0:32,4 +chr5 17520622 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.11412;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:3,0:32,4 +chr5 18898273 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.4825e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:10,6:8,7 +chr5 19142888 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.0255e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:15,8:15,6 +chr5 21880592 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:1,0:12,4 +chr5 22696370 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.04287;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,9:9,8:6,1 +chr5 22885764 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:17,2:10,2 +chr5 23093753 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.5256e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:10,11:6,4 +chr5 23715625 . ATATAATATATATATATATATAT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:6,1:0,3 +chr5 23818651 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.7558e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:11,9:13,6 +chr5 24362633 . G T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,2:3,1:2,1 +chr5 24449752 . GTATATATATATATATATATATATATA G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:4,3:2,3 +chr5 25931554 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,3:2,3 +chr5 26298904 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.36264;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,4:3,1:5,3 +chr5 26933496 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.9242e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:14,12:10,5 +chr5 27327781 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,7:5,4:4,3 +chr5 27560009 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:9,5:0,1 +chr5 27656828 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.5302e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:17,6:5,6 +chr5 28127451 . AG A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.1474e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:12,7:6,5 +chr5 28138339 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0016259;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:18,4:10,6 +chr5 28440136 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.3183e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:5,7:14,6 +chr5 29223416 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0011582;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:15,4:4,4 +chr5 30155111 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00043265;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,5:7,5 +chr5 30655965 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=8.6537e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:12,5:5,7 +chr5 31199444 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.03185;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:2,3:10,2 +chr5 33073496 . GTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,6:2,4:7,2 +chr5 34401085 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,1:6,6 +chr5 34530037 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0015209;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:7,6:10,3 +chr5 35294767 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:1,5:8,5 +chr5 37105334 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,5:6,4:7,1 +chr5 38134496 . AGAG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011437;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,4:6,2 +chr5 38272776 . GTC G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.10026;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:16,3:17,2 +chr5 39053890 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.028335;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:6,6:4,1 +chr5 39333595 . C CCCTTTCCATG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025519;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:2,4:6,2 +chr5 39478507 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.20035;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:12,1:10,2 +chr5 42448845 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0021725;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,3:6,4 +chr5 43088211 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036676;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:13,2:4,2 +chr5 43681259 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.020875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:6,7:3,2 +chr5 44209224 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0024409;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:6,8:1,1 +chr5 44868214 . AT A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.091905;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,1:16,4 +chr5 46627803 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.007849;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,6:6,4 +chr5 46693227 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,1:9,3 +chr5 46772267 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,2:3,2 +chr5 47048025 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.093168;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:8,3:6,1:2,2 +chr5 47183378 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045519;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,4:8,1 +chr5 50134813 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022618;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:5,2:15,3 +chr5 50140509 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:51,9:8,3:43,6 +chr5 50142018 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0083637;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:8,2:23,4 +chr5 50353017 . A AGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0737;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:9,5:6,1 +chr5 51703098 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=1.3217e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:5,4:2,6 +chr5 54275851 . A AT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031354;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:6,3:9,6 +chr5 54749468 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:5,6:2,2 +chr5 55249182 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,6:1,1 +chr5 61756494 . G GGTGTGTGTGT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:12,4:8,4 +chr5 64208956 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=7.064e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,5:11,8 +chr5 65559630 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.22807;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,4:8,1:3,3 +chr5 66113763 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:5,3:1,1 +chr5 67280831 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00024201;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:9,7:2,5 +chr5 67984149 . T TAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0057971;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:7,7:1,1 +chr5 68648681 . A ACATGGGTATTTTCGCAGCTTCC 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0081402;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:9,5:8,5 +chr5 69092095 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.042367;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,8:16,5:13,3 +chr5 71442703 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11839;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:18,3:15,1 +chr5 72008798 . GA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0018707;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,7:7,2 +chr5 73449741 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:6,4:2,1 +chr5 76182959 . CAGAG C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,2:0,1:1,1 +chr5 77335532 . G GGTGTGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.032417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,2:3,6 +chr5 77466806 . A ATT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.01322;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,6:4,2 +chr5 77694855 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=6.5361e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:11,4:7,9 +chr5 78904685 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,5:5,2 +chr5 79137077 . T TGAATATA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028936;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr5 79566669 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:15,2:7,2 +chr5 80224133 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,9:4,7:3,2 +chr5 80275747 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 +chr5 81296613 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,3:4,1 +chr5 82534451 . GT G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00019163;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:11,10:5,2 +chr5 82661949 . AAGAG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,7:3,3 +chr5 84374197 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=1.6358e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:5,7:0,3 +chr5 84934274 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:8,7:5,2 +chr5 85443188 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=4.3264e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:6,8:7,7 +chr5 85994895 . AT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,2:10,3 +chr5 88132228 . A ATAAACTAATTATACAATTAGTTTAT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.024679;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,5:6,1 +chr5 88464585 . GA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=1.784e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,5:4,4 +chr5 88904619 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.018514;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:15,1:5,4 +chr5 92309593 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.0254e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:13,10:7,4 +chr5 94954147 . C CAA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,1:1,3 +chr5 95009056 . AAGAGAG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:5,4:0,1 +chr5 95263507 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.015665;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:14,2:11,6 +chr5 98901749 . T TA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0050264;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:5,9:8,3 +chr5 99027283 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0002652;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:8,6:1,4 +chr5 99523029 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.025471;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:22,3:22,10 +chr5 101502647 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:1,2:0,0 +chr5 105295049 . TA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0027511;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,12:12,9:4,3 +chr5 105678880 . AT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00023971;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:5,3:6,7 +chr5 107194847 . CTTTTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0019836;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,11:8,8:1,3 +chr5 107649910 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00090534;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:6,8:6,4 +chr5 109353445 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1039;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:14,3:7,1:7,2 +chr5 110128036 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00010989;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:14,10:10,7 +chr5 110620577 . ATCTCTCTCTCTCTCTCTCTC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.2419;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:4,1:10,3 +chr5 117203277 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.057257;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,2:14,2 +chr5 117366735 . TTATATA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.26374;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,3:4,2:3,1 +chr5 118438718 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,1:3,3 +chr5 118543049 . GTGTATATGTATTAC G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:2,2:8,2 +chr5 118543768 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:4,6:2,4 +chr5 118577937 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,4:3,4 +chr5 120048898 . ATCCTATG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022127;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 +chr5 120048914 . CTA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.018737;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,4:6,1 +chr5 120048956 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,3:7,1 +chr5 120195278 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,2:3,7 +chr5 121343977 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,5:7,2:3,3 +chr5 121493096 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0092138;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,7:8,1:6,6 +chr5 122128378 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.022595;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,4:6,2 +chr5 124521954 . A AC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0067861;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:1,2:10,7 +chr5 125216989 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.014912;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:10,5:7,3:3,2 +chr5 126721755 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.1839;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,5:5,2:7,3 +chr5 127930227 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,4:10,2:10,2 +chr5 128915495 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00022655;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,13:3,7:3,6 +chr5 129436180 . C CT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00051949;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:9,2:12,7 +chr5 129816655 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.029646;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,6:11,3 +chr5 130538347 . G GA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03285;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,5:5,1 +chr5 130540752 . TACACAC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,8:3,2:1,6 +chr5 130765983 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.152e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:11,6:7,10 +chr5 132328823 . TTATATA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,2:4,3 +chr5 136513473 . GAA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 +chr5 137518612 . AAAGAAAG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00035367;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:4,4:0,2 +chr5 138267188 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:6,6:5,1 +chr5 138433114 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:2,4:3,2 +chr5 138772864 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.009553;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,2:4,5 +chr5 139717201 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0016927;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:12,6:9,5 +chr5 139826200 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0031706;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,4:11,5 +chr5 140707351 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00059971;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:5,5:9,4 +chr5 141395556 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.049216;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,5:10,3 +chr5 141989692 . CAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10526;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,10:4,9:3,1 +chr5 142306913 . C CAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.029368;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:9,6:7,1 +chr5 142311564 . TTTGTTGTTGTTGTTG T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00072806;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,11:3,7:2,4 +chr5 142392104 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:2,3:2,1 +chr5 142498760 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0017818;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,3:4,6 +chr5 144256615 . TTG T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00014241;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,6:10,4 +chr5 146174144 . TAA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0040793;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,6:0,5:0,1 +chr5 146239484 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,2:5,6 +chr5 148212480 . TTA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0033988;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,2:6,5 +chr5 148233325 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:9,3:11,2 +chr5 148547566 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,2:10,2 +chr5 148560205 . TA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:14,3:2,2 +chr5 148945971 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0089978;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:9,6:4,4 +chr5 149598777 . GAT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,2:1,1:1,1 +chr5 151764045 . TATATATA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,4:0,3:1,1 +chr5 151971915 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00084999;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:13,8:8,2 +chr5 153098547 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00016168;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,5:10,5 +chr5 154525165 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=8.2514e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:7,11:11,8 +chr5 154525791 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.00058707;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:0,5:9,6 +chr5 154574640 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,1:11,5 +chr5 155528491 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0046429;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,2:6,4 +chr5 156298576 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,5:1,1 +chr5 156307555 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:2,2:1,2 +chr5 156981160 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,5:5,2:7,3 +chr5 157490891 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,8:8,7:1,1 +chr5 157607172 . C CAAAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:4,4:1,1 +chr5 158310000 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr5 159241128 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.059824;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:6,2:16,2 +chr5 159579503 . G GTGTATATA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:2,6:1,1 +chr5 160009597 . C CATAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.020191;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:9,5:7,5 +chr5 162316689 . C G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.041563;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 +chr5 164834924 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.049123;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,3:1,1:4,2 +chr5 165595663 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0079657;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,4:7,2 +chr5 166085665 . TAGAAGAATCTAACTAGAG T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.01794;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,3:6,5 +chr5 167101939 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,6:6,1 +chr5 168374065 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,4:3,3:4,1 +chr5 168548035 . T TACACACACACAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0024977;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2 +chr5 169026345 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.5269e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:13,8:11,8 +chr5 170636716 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.8479e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:7,4:8,7 +chr5 173289783 . CCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,1:7,3 +chr5 174950954 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:10,4:1,0 +chr5 175929273 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.029194;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,7:11,2 +chr5 175955410 . G C 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.049555;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:28,6:16,7 +chr5 176072362 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.040785;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:12,8:23,3 +chr5 176076559 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0311;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:15,1:10,4 +chr5 176089142 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.092709;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:16,1:16,3 +chr5 176104048 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.011566;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:11,2:21,5 +chr5 176231512 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.029148;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,1:4,7 +chr5 176873132 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:11,3:2,1 +chr5 177838191 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11923;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:20,1:16,3 +chr5 177890659 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0026931;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:3,5:11,6 +chr5 178002192 . CCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,4:1,0:14,4 +chr5 178731336 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00044686;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,13:2,5:8,8 +chr5 178854098 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0005304;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:2,8:8,2 +chr5 179003538 . AT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.051834;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,1:10,3 +chr5 179077809 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0086957;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,4:2,3 +chr5 180233038 . A AACACACACACACACACAC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,5:5,3:2,2 +chr5 181169685 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.057399;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:20,2:13,2 +chr6 325357 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:2,2:11,3 +chr6 857841 . TCGATCCAC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 +chr6 1521364 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.08111;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2 +chr6 3298769 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.8219e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:7,12:11,6 +chr6 4756590 . G C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.19341;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,2:17,2 +chr6 5304618 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00021682;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:9,8:4,8 +chr6 6796626 . ATT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:9,2:3,2 +chr6 6855132 . C CAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0041602;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,8:6,5:4,3 +chr6 7418032 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00097732;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,4:10,4 +chr6 8567230 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.039341;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 +chr6 9159529 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,4:0,1:0,3 +chr6 11259935 . A AACACACACACACACAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.031608;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,4:6,3 +chr6 11776926 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0078236;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr6 11931079 . G GGAGA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.047842;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:7,2:9,2 +chr6 12001582 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,2:4,1:3,1 +chr6 13799827 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:3,5:2,1 +chr6 14947393 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,7:2,4:2,3 +chr6 15404519 . GCACA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:2,5:3,1 +chr6 16933294 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00026567;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:11,5:8,5 +chr6 17587129 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.017571;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,2:5,7 +chr6 18492372 . AAAC A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037638;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:12,6:4,3 +chr6 19618705 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00095695;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,3:4,4 +chr6 20472025 . A AACACACACAC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.20979;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:4,3:2,1 +chr6 20936241 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:7,5:0,1 +chr6 21909773 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,1:5,4 +chr6 21909776 . G T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,1:6,3 +chr6 24327451 . A AAGTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0017164;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:6,5:11,6 +chr6 24624012 . G GTTTTC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.11976;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,4:6,1 +chr6 24967909 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,5:2,3 +chr6 25853406 . GT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:7,4:2,1 +chr6 26913994 . G GAGAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038306;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:5,1:11,5 +chr6 27265641 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.01269;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,2:5,3 +chr6 27561063 . TC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,2:4,5 +chr6 27646781 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,1:7,3 +chr6 28063651 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,5:3,4:2,1 +chr6 30382634 . A AAATAATAATAATAATAAT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.073845;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:13,3:13,3 +chr6 31168238 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,2:5,6 +chr6 31428117 . TATTC T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:0,1:4,1 +chr6 31722845 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,8:8,7:2,1 +chr6 32044978 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.018384;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:12,5:15,5 +chr6 36496043 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,3:5,4 +chr6 36549329 . CTCT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,9:0,2:6,7 +chr6 36777773 . CA C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:0,1:3,4 +chr6 37464892 . CTGTG C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0019606;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:9,7:6,7 +chr6 39281122 . G GTT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.011209;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:23,2:7,7 +chr6 42640399 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0066302;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:11,7:4,5 +chr6 42974448 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021256;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:3,5:7,1 +chr6 43294524 . T TCAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:8,3:9,1 +chr6 43460695 . A ATT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0012227;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:15,9:8,4 +chr6 45958424 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,7:1,4:0,3 +chr6 46941470 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.028266;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:15,4:5,2 +chr6 49280081 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00056171;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:16,6:12,7 +chr6 49297543 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00036855;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:13,4:5,6 +chr6 52172643 . AAAGAAAGG A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0094161;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,3:5,4 +chr6 52880731 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.0412e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:9,6:7,8 +chr6 52945464 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0073133;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,3:10,3 +chr6 53323576 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.012217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,7:0,5:2,2 +chr6 53821879 . GT G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,5:5,4:2,1 +chr6 54210730 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,5:6,3:5,2 +chr6 54520748 . A AACAC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.026985;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:11,5:7,4 +chr6 54552173 . A C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:4,1:1,1 +chr6 56595997 . ACTTT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15115;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:9,1:20,3 +chr6 56706326 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,4:6,1:8,3 +chr6 57252437 . G GCCT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.0995e-06;SS=2;SSC=59;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:8,7:6,8 +chr6 58194425 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00060405;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,5:10,3 +chr6 58924430 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.074026;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,4:1,0 +chr6 60295723 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.5356e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:10,4:10,13 +chr6 60417585 . TAAAA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,2:4,2 +chr6 60944908 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.864e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:11,10:8,7 +chr6 61210112 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:3,3:4,3 +chr6 64697953 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.003938;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,7:7,2:14,5 +chr6 65293726 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.5502e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:11,10:8,7 +chr6 66148255 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.6321e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,9:9,6 +chr6 67293929 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.080441;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,5:8,3:15,2 +chr6 67293930 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.05384;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,5:9,3:12,2 +chr6 67293931 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,5:9,3:10,2 +chr6 67442154 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,2:8,7 +chr6 69219487 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:1,2:3,2 +chr6 69532257 . CTCTG C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,5:9,3 +chr6 69888777 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,6:6,4:3,2 +chr6 70271703 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=7.3475e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:12,7:12,9 +chr6 70652449 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0033618;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:5,8:2,2 +chr6 70873403 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00013918;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:12,7:16,6 +chr6 71315288 . T TATATATATATATATATCCA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.020875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:6,4:3,5 +chr6 72895114 . TA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:3,5:3,2 +chr6 73673929 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.00010562;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:2,2:1,6 +chr6 74031899 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=3.2589e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:10,7:13,6 +chr6 75944917 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:0,1:1,1 +chr6 76171460 . T TTTA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:1,2:0,2 +chr6 77706329 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00012791;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:7,5:8,6 +chr6 78087069 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.012665;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,3:8,3 +chr6 78117123 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.158e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:6,8:9,2 +chr6 79102143 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.013043;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,6:4,1:4,5 +chr6 81776487 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:6,7:0,1 +chr6 82919438 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.001632;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:4,3:5,8 +chr6 84249054 . T TTTTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0034481;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:5,2:8,5 +chr6 84402981 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,3:4,4 +chr6 84491047 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,8:1,5:1,3 +chr6 84995233 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.017466;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:8,1:12,6 +chr6 85023514 . T TAAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:6,2:4,2 +chr6 85654481 . CAA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:1,4:2,2 +chr6 87128727 . ATCATATG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:1,3:9,7 +chr6 90323992 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 +chr6 91172037 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,6:1,5:0,1 +chr6 91436194 . TTGTG T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,8:2,5:2,3 +chr6 93168016 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.037288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:12,7:6,2 +chr6 93556958 . A ATG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 +chr6 93699539 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:7,5:10,3 +chr6 94335781 . G GAGAT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,1:10,3 +chr6 96100250 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,2:5,1:2,1 +chr6 97976066 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00029607;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:13,7:6,4 +chr6 98359516 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1129;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,3:7,2:6,1 +chr6 99385976 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0063768;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,6:3,2 +chr6 100074033 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00050477;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:10,7:12,3 +chr6 102373125 . AAT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0039611;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,13:8,4:12,9 +chr6 102726156 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00013031;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,3:3,6 +chr6 102763104 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.9968e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:13,10:8,4 +chr6 102790516 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0010576;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:5,2:13,7 +chr6 104394911 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00069928;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,5:12,6 +chr6 105886762 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,5:7,2:2,3 +chr6 106517435 . C CACACATATATAT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.019715;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:13,5:6,4 +chr6 107177131 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,9:5,7:2,2 +chr6 108022016 . TA T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.101;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:18,1:17,3 +chr6 109655627 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.706e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,17:10,4:4,13 +chr6 110553287 . TA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.02002;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:7,8:5,1 +chr6 111163146 . ATT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015417;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 +chr6 113314517 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:11,3:6,1 +chr6 113611727 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.051054;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,2:15,2 +chr6 113666600 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:5,2:0,0 +chr6 114459985 . G GT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,4:3,2 +chr6 117398476 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00023992;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:7,7:12,4 +chr6 117452883 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00091926;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:10,3:10,5 +chr6 117609264 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,5:6,3 +chr6 118070992 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:3,1:5,5 +chr6 118989801 . C CATTTATTT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.03973;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:6,4:13,3 +chr6 122357957 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010883;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:3,13:0,8:3,5 +chr6 122799961 . C CTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:2,4:7,1 +chr6 123266483 . A AAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:2,1:3,3 +chr6 123799546 . CATATATAT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:2,4:2,1 +chr6 126147120 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0081185;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,3:3,4 +chr6 126287669 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=1.2131e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:5,20:2,10:3,10 +chr6 127263211 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00015537;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,5:3,2 +chr6 129048489 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:4,1:9,5 +chr6 130861874 . C CAAAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,3:7,1 +chr6 132589742 . CAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:1,4:1,1 +chr6 133394284 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,5:2,1:0,4 +chr6 134528947 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,2:1,1:1,1 +chr6 134754863 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:10,4:1,1 +chr6 134926822 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,7:8,1 +chr6 136381917 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.097397;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:15,2:9,4 +chr6 137377819 . CAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,6:2,1 +chr6 143042681 . TA T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0021;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:10,5:13,2 +chr6 145396551 . CTCAGGTACATAAACTTTGCAATGTCTGCCT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.045916;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:9,3:9,3 +chr6 147790792 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,3:1,2:5,1 +chr6 147863838 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:9,2:2,2 +chr6 148568676 . A ATATC 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:1,4:3,1 +chr6 150886435 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:12,4:1,1 +chr6 151208830 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=7.799e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:10,9:7,7 +chr6 151740285 . A ATT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,1:5,4 +chr6 152697504 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:7,6:7,2 +chr6 154331411 . GAGAA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,2:5,2 +chr6 154426346 . T TTTTATTTA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.017962;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:10,7:12,4 +chr6 155502665 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.5695e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,5:6,5 +chr6 155828878 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,5:3,4:2,1 +chr6 156433103 . ATATAT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,2:0,0:4,2 +chr6 156880739 . C CA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:5,3:4,1 +chr6 157507369 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00023911;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,16:6,5:3,11 +chr6 158029042 . C CCCTGCAGAGGGTGGGCCCTGGGTCT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3 +chr6 159269210 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.026061;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:3,3:12,6 +chr6 159269281 . TATCTATCTATCC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011795;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:3,3:9,4 +chr6 159408174 . T TA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 +chr6 160958101 . C CTATATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 +chr6 161453741 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr6 162279405 . AAAAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,3:4,2 +chr6 162667953 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.0465e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:12,15:11,7 +chr6 164719165 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00017983;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:15,23:11,14:4,9 +chr6 165202989 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.055233;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:20,2:14,3 +chr6 165306915 . T TTG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0077494;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:3,7:5,1 +chr6 165943346 . G GAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:7,6:4,1 +chr6 166304496 . G GGCTGAAATTACCAT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,3:7,1 +chr6 166650231 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00037902;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:6,4:7,4 +chr6 167490297 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12799;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,5:2,4:5,1 +chr6 168364594 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0069124;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:3,9:11,1 +chr6 168572298 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1 +chr6 168680341 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:0,3:0,1:0,2 +chr6 169514544 . GA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.028551;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:14,2:5,4 +chr6 169895224 . G GA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=8.0768e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:12,5:7,5 +chr7 31456 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.012958;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:11,1:15,7 +chr7 1693824 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.5955e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:6,7:9,7 +chr7 1903563 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:3,4:5,4 +chr7 4448610 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.018907;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,1:9,5 +chr7 4819072 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,2:3,4 +chr7 4973319 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.15021;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:6,4:2,1 +chr7 5484639 . A AT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.016023;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:5,6:8,4 +chr7 5857708 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.029938;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:5,5:12,6 +chr7 6313076 . ATT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047337;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:4,3:9,3 +chr7 6743832 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.027715;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:18,2:8,5 +chr7 7022753 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:16,1:3,3 +chr7 8410432 . TATATATATA T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0034965;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:0,3:2,3 +chr7 12538980 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0002515;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:9,4:9,6 +chr7 12608319 . ATG A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02313;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,1:9,3 +chr7 12621637 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,9:3,8:1,1 +chr7 13476115 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0036508;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,9:0,8:1,1 +chr7 14211317 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.054264;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,1:9,3 +chr7 16219670 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,4:6,2 +chr7 16352879 . GCACA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,5:2,3:0,2 +chr7 16551767 . TAA T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0034707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,3:8,4 +chr7 16556070 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00094545;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,5:8,3 +chr7 16556706 . GT G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=9.1018e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:13,5:11,5 +chr7 18799038 . AAGACACACACACACAC A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0031186;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,12:10,6:4,6 +chr7 18817299 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=8.0727e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:5,8:14,6 +chr7 21218988 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027772;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,5:4,2:1,3 +chr7 21570883 . TA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027654;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:8,5:9,2 +chr7 21619979 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.051054;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,2:15,2 +chr7 22491415 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00012013;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:11,6:10,5 +chr7 22592889 . TAGGAAAGAATGTTGCCCTGTAG T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00031586;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:4,4:8,7 +chr7 23618563 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,7:7,4:10,3 +chr7 23630505 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,1:11,3 +chr7 24117614 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00097732;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:7,4:9,4 +chr7 24152155 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0076269;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:10,5:7,2 +chr7 24377884 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,2:8,2 +chr7 25084082 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:4,3:3,1 +chr7 26284380 . GTATA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.031941;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:11,4:1,2 +chr7 26317659 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 +chr7 27309471 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.1295e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:8,8:12,6 +chr7 29541131 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,2:4,2 +chr7 30006116 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,8:3,6:2,2 +chr7 31192393 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,3:3,4 +chr7 33525617 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:17,2:13,2 +chr7 34400745 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:2,3:3,1 +chr7 34686960 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.029051;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:8,4:1,2 +chr7 35281894 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0027765;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,8:3,7:3,1 +chr7 36272519 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.063676;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:18,4:9,1 +chr7 38344493 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.13372;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:16,1:4,2 +chr7 38408752 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.39286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,4:2,2:7,2 +chr7 39930838 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11029;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,2:2,1:2,1 +chr7 40064817 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00042089;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:7,7:4,4 +chr7 43028716 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.1295e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:13,4:7,10 +chr7 43945776 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,5:4,3 +chr7 44872252 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=9.1148e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,22:9,15:9,7 +chr7 45782740 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,5:6,2:2,3 +chr7 45817605 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.022724;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,1:4,3 +chr7 46142778 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01921;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,5:3,2 +chr7 48759056 . A AACACACACACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037959;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:10,3:1,1 +chr7 50539850 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00032942;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:14,7:11,4 +chr7 51896176 . C CTTAAGCAA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0026395;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,8:8,2:14,6 +chr7 51896180 . T TGGATTAAGG 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.008813;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,7:9,1:13,6 +chr7 51896182 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0067299;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,7:8,2:14,5 +chr7 52353057 . A C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.6121e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,22:14,14:12,8 +chr7 54254829 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0014755;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,6:6,3 +chr7 56166301 . C CAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0064996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:1,8:3,1 +chr7 56768611 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:6,5:3,1 +chr7 56986716 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:1,5:6,3 +chr7 57034955 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,2:9,2 +chr7 58069949 . C T 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.0235;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:60,10:41,9:19,1 +chr7 58074607 . A G 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.024322;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:85,15:58,7:27,8 +chr7 58767509 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:0,0:7,2 +chr7 58894373 . A G 0 PASS DP=304;GPV=1;SPV=0.00010709;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:96,34:32,7:64,27 +chr7 60031408 . A T 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.015827;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:60,13:45,8:15,5 +chr7 60047386 . C G 0 PASS DP=453;GPV=1;SPV=0.020488;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:235:210,25:146,14:64,11 +chr7 60914309 . GATGATGATTCCTTTCGATATCATTTGATGATTCCATTCAATTCCATTCT G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.079011;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,3:16,1 +chr7 60966013 . G T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.0069542;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:62,11:26,4:36,7 +chr7 61419712 . CT C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.02424;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,2:12,2 +chr7 62273765 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.035271;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:14,3:18,3 +chr7 62331223 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0001759;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:11,3:12,10 +chr7 62431487 . G T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.039578;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:21,10:24,2 +chr7 63757346 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 +chr7 63759423 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.056405;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:19,2:8,2 +chr7 63759567 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.119;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:0,0:26,4 +chr7 64089741 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.7368e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:11,8:11,7 +chr7 64096569 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0028734;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:10,4:3,3 +chr7 65099169 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045858;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:16,3:8,4 +chr7 65101107 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:4,8:3,1 +chr7 65784392 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0092406;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:16,9:10,1 +chr7 66324807 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,2:1,1:1,1 +chr7 67225790 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011304;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:5,4:11,4 +chr7 67712804 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.045385;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,2:7,5 +chr7 67730877 . TAG T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:5,4:2,1 +chr7 67967899 . A ATTAT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,5:10,4:8,1 +chr7 68476999 . A ATG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027654;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:10,6:7,1 +chr7 69021853 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:12,1:11,3 +chr7 69073218 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:3,8:6,1 +chr7 69927186 . T TTATATA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.037194;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,4:5,3 +chr7 71447728 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=8.1411e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,15:10,8:10,7 +chr7 72588022 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030898;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:12,6:9,1 +chr7 72602750 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0061179;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:18,7:7,1 +chr7 72615348 . G GGA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.016937;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:17,3:7,5 +chr7 72713300 . CA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 +chr7 73156587 . GC G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,1:4,3 +chr7 73639000 . GA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00026967;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:5,8:11,1 +chr7 74336891 . T TTTG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,5:6,4:2,1 +chr7 74410895 . AGAGAGAAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0059157;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,5:7,2 +chr7 74460418 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=9.5049e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:14,8:13,5 +chr7 75715458 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,5:9,1:4,4 +chr7 75723951 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,4:6,3:1,1 +chr7 76514912 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.05;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:0,3:0,1:0,2 +chr7 76757277 . T TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0077399;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:1,5:3,1 +chr7 76882331 . G GAGAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18281;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,6:10,3:8,3 +chr7 76993485 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.044663;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:18,1:15,4 +chr7 79653897 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.8158e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:12,5:7,9 +chr7 83387850 . GT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,4:6,3:11,1 +chr7 83515293 . GA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011976;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,5:2,3 +chr7 86187771 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,2:4,2 +chr7 87999987 . TA T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0041611;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,5:6,3 +chr7 88127476 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.2075e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:11,8:9,5 +chr7 88266099 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.010479;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,4:7,7 +chr7 88814447 . A AAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,8:4,5:2,3 +chr7 89176587 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,3:5,2:1,1 +chr7 90331378 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=7.9892e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,5:5,4 +chr7 91729131 . G GGAAGGGA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,2:2,2:0,0 +chr7 94339211 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.003791;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:9,5:13,4 +chr7 94376048 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1 +chr7 95100844 . AT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:4,6:0,1 +chr7 95580039 . TTATATATATATATATATATA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10577;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 +chr7 98889555 . TA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015475;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,9:8,6:3,3 +chr7 98889557 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0088061;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,7:5,4:3,3 +chr7 101063702 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.083916;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,5:3,2:2,3 +chr7 101825753 . C CTGTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0054096;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:7,5:2,2 +chr7 102488756 . A G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.034205;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:22,6:24,4 +chr7 102490814 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.034752;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:17,4:18,4 +chr7 102502759 . C CA 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.0096458;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:50,10:28,6:22,4 +chr7 102592517 . C A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.014313;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:35,9:7,1 +chr7 102605663 . G A 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.0092848;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:71,14:48,8:23,6 +chr7 105492052 . CAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,7:5,6:4,1 +chr7 106628825 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0066141;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:1,3:2,3 +chr7 107722685 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0045822;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,9:6,4:4,5 +chr7 108024743 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,3:8,2 +chr7 108749132 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0011981;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:14,6:17,6 +chr7 108884387 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,7:8,4:1,3 +chr7 110802341 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,4:4,2:3,2 +chr7 110802349 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,4:2,3:4,1 +chr7 111217126 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,4:4,2:5,2 +chr7 111632668 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,5:4,1 +chr7 112445062 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,5:1,2 +chr7 113840324 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00028547;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:13,7:9,7 +chr7 114176298 . T TTC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,3:0,2:1,1 +chr7 116288619 . A ATTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,5:6,1 +chr7 118804763 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.294e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:9,7:8,5 +chr7 118952191 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=7.2318e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:10,4:3,6 +chr7 119014250 . G GTA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:4,3:5,1 +chr7 119221565 . A AT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,3:4,2 +chr7 119839161 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00019536;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,7:8,3 +chr7 120768774 . AAAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:6,2:5,4 +chr7 122150366 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:27:1,3:1,2:0,1 +chr7 125349432 . GTA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00057944;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,4:6,3 +chr7 126019610 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0015164;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,5:9,5 +chr7 127483685 . AATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:8,3:3,1 +chr7 128512979 . C CTTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0064613;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,4:4,3 +chr7 129033906 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:9,4:2,1 +chr7 130626708 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.237e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:11,3:8,11 +chr7 130940445 . CAAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,2:3,3 +chr7 131444745 . TAGTAGTAGTAGTAGA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011679;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:8,3:3,5 +chr7 131868548 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0044739;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:3,5:2,1 +chr7 132711346 . T TGAGAGAGAGA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,2:4,2 +chr7 133076058 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:6,9:3,1 +chr7 133397331 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.7738e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:5,7:7,4 +chr7 133649465 . T TTTTTTC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027357;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:8,2:9,3 +chr7 133745729 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.019985;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,1:4,9 +chr7 134527015 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:0,1:4,3 +chr7 136880046 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,4:4,1 +chr7 137023785 . T TGATA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.024656;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,4:5,3:7,1 +chr7 137324435 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,2:8,2 +chr7 137640006 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0143;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,5:8,1 +chr7 137696766 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00022263;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:7,9:16,2 +chr7 138654500 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:5,3:3,3 +chr7 139110664 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,7:4,6:7,1 +chr7 143767673 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.036975;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:17,5:8,1 +chr7 144204888 . C T 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.044454;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:81,15:46,8:35,7 +chr7 144362416 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 +chr7 144530700 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0012555;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:12,5:8,5 +chr7 145746199 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.016594;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,4:9,2 +chr7 146555527 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:22,2:12,2 +chr7 147198955 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:13,4:1,3 +chr7 148283259 . G GA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,3:1,2 +chr7 149906416 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,2:0,1:2,1 +chr7 149973119 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.049445;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:16,4:15,1 +chr7 150041507 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.049123;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,3:4,1:1,2 +chr7 150158985 . A AGG 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.056165;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:18,4:15,1 +chr7 150366215 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.944e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:7,7:7,8 +chr7 150987805 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.27198;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:8,4:2,1:6,3 +chr7 151443970 . A AT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,2:6,2 +chr7 152379913 . C G 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.0019945;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:75,13:42,5:33,8 +chr7 152796880 . T G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1 +chr7 153694853 . TAA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,5:2,1 +chr7 156205191 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 +chr7 156886047 . G GA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,8:0,7:2,1 +chr7 157648793 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,2:5,3 +chr7 158152191 . A AAAAAAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:6,3:3,6 +chr7 158720933 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,3:8,1 +chr7 158720943 . TA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016081;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,4:8,3 +chr7 159195589 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 +chr8 200941 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0041252;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,5:10,3 +chr8 933541 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr8 1690703 . C CAAAAAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:4,3:3,1 +chr8 2446587 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.033154;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:20,4:18,1 +chr8 3262190 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.023173;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 +chr8 3308731 . A AATTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:1,3:2,5 +chr8 3712438 . CAGACAGAG C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.11312;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,5:13,4:17,1 +chr8 4933931 . G C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011437;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:3,3:9,3 +chr8 5038381 . AT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0013537;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,5:5,2 +chr8 6592821 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:2,1:2,1 +chr8 6874118 . T TAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023613;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,3:6,3 +chr8 7280617 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0063539;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:3,3:8,3 +chr8 7388774 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.013586;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,4:11,3 +chr8 7445427 . A G 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.042142;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:23,8:23,2 +chr8 7590600 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,2:19,2 +chr8 7741855 . G A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.031602;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:83,19:28,9:55,10 +chr8 7765543 . C A 0 PASS DP=357;GPV=1;SPV=0.03449;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:143,16:58,4:85,12 +chr8 7767717 . T C 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.047471;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:7,1:35,6 +chr8 7894605 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:18,4:1,0 +chr8 7905079 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0069996;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,7:0,1:6,6 +chr8 7949368 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:4,1:1,7 +chr8 8023753 . T G 0 PASS DP=325;GPV=1;SPV=0.0016451;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:129,36:55,19:74,17 +chr8 8037828 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:3,2:12,2 +chr8 8068506 . G C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chr8 8074498 . A G 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.033059;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:22,1:27,7 +chr8 8161332 . C A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.032509;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:63,9:36,7:27,2 +chr8 9398157 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=8.543e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:9,8:11,8 +chr8 10219867 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.075059;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,4:6,2 +chr8 10991891 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0010554;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:7,3:13,5 +chr8 11180735 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0054457;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:8,6:10,10 +chr8 12189987 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030651;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,4:3,1 +chr8 12449811 . A ATG 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.03999;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:41,13:24,11:17,2 +chr8 12483538 . C A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.011673;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,14:22,9:17,5 +chr8 12495803 . C T 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.046457;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:49,13:27,10:22,3 +chr8 12497170 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:1,3:5,1 +chr8 12501192 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.057585;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,5:7,2 +chr8 12509931 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10145;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr8 12516289 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4 +chr8 12552262 . A G 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.033288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:86,18:44,14:42,4 +chr8 12577813 . T C 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.0068415;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:82,25:37,10:45,15 +chr8 12577823 . A G 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.0026385;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:88,20:36,13:52,7 +chr8 12584810 . G A 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.012888;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:84,19:44,12:40,7 +chr8 12588896 . T C 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.03851;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:90,17:42,9:48,8 +chr8 12594078 . A C 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.010693;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:70,18:41,9:29,9 +chr8 12596034 . TC T 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.016696;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:77,18:39,9:38,9 +chr8 12884712 . A AACACACACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0068111;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:3,5:2,2 +chr8 13753701 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00017105;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:2,6:14,5 +chr8 13935838 . A AT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,8:3,4:4,4 +chr8 15558792 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0094436;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:8,10:11,3 +chr8 15923495 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,3:4,1:1,2 +chr8 16926818 . A ATGTAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00387;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,4:1,3:1,1 +chr8 18271057 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0013228;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:11,7:8,10 +chr8 18991373 . T TACAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,5:0,3:2,2 +chr8 19666793 . AAGAAAGAAAGAAAGAAAGAGAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1 +chr8 20199604 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.012394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:14,3:3,3 +chr8 20516661 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,4:3,1:2,3 +chr8 20936544 . C CAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.014985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:2,4:0,0 +chr8 22106419 . CAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,6:3,1 +chr8 22649850 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0094041;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,5:9,1:3,4 +chr8 22765825 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 +chr8 23876294 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0055944;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,6:0,3:1,3 +chr8 24758151 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.3892e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:5,6:8,10 +chr8 24924432 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:0,2:0,0:0,2 +chr8 26618315 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.024638;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:5,2:11,8 +chr8 27021715 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:1,2:1,2:0,0 +chr8 32366679 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:2,3:3,1 +chr8 33433611 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011632;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:2,8:7,3 +chr8 34993484 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.6796e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:3,4:11,8 +chr8 35551220 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0029872;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,1:11,5 +chr8 35864646 . T TAC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,4:0,1:0,3 +chr8 36225747 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,3:2,1 +chr8 37657098 . TAC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,10:4,6:2,4 +chr8 38148813 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:0,2:0,2:0,0 +chr8 41504120 . T TAAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0093361;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,12:13,9:4,3 +chr8 43972750 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,0:10,4 +chr8 44142988 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:0,2:10,4 +chr8 44211094 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.10777;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:12,2:6,1 +chr8 45086951 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:1,6:6,1 +chr8 46208097 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=5.5231e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,7:11,4 +chr8 46279883 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0011018;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,3:7,4 +chr8 46673421 . T TA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=8.275e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:9,7:9,4 +chr8 47015050 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:5,5:2,2 +chr8 47648800 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.4255e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:10,7:7,7 +chr8 50961698 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:12,2:6,2 +chr8 52963543 . T TG 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0076838;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:11,9:13,3 +chr8 54239104 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00036687;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,7:9,4 +chr8 54547199 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.4566e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:11,8:5,3 +chr8 55755593 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:1,2:1,1:0,1 +chr8 55801582 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2 +chr8 56285203 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 +chr8 57159303 . T TGACA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15499;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,1:8,4 +chr8 57261742 . T TG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,6:1,1 +chr8 59389650 . A AACACAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.01441;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,7:7,5:6,2 +chr8 60425281 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0003586;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:14,6:7,2 +chr8 62385634 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0048347;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:12,1:13,6 +chr8 62465619 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=3.4904e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:8,7:12,8 +chr8 62870770 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.00041135;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,9:0,3:0,6 +chr8 63080732 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0095174;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:15,3:6,5 +chr8 63285041 . TTCC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.11761;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:4,2:23,3 +chr8 63937992 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:5,5:4,8 +chr8 64396808 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.018404;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,4:7,1 +chr8 65126348 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025213;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,4:7,2 +chr8 66867551 . AAAT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.033718;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,3:11,6 +chr8 67218207 . A AAATAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12799;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,5:2,1:5,4 +chr8 69444882 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14256;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,2:18,2 +chr8 69931130 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.3365e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,18:5,11:6,7 +chr8 70378743 . T TAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,3:4,3 +chr8 71208737 . GA G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0062663;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:7,7:9,7 +chr8 72249868 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,4:1,2:4,2 +chr8 73106573 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.2714e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:8,3:13,7 +chr8 73256869 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.35897;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,2:2,1:4,1 +chr8 73699451 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.3207e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,20:12,8:2,12 +chr8 74230754 . C CAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013657;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,6:5,5:6,1 +chr8 75916038 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:7,8:3,3:4,5 +chr8 76140882 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00025084;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:17,8:11,3 +chr8 77040107 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:6,2:16,2 +chr8 77040108 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,2:14,2 +chr8 78843814 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:12,1:7,4 +chr8 80127839 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,7:3,4:5,3 +chr8 80329468 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,4:5,1:6,3 +chr8 82396759 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.1081e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:10,9:9,7 +chr8 83820094 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00011224;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:5,5:8,4 +chr8 83945783 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,5:5,4:6,1 +chr8 83949234 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00070506;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,7:9,2 +chr8 83959734 . G GCA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.03809;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:16,6:2,1 +chr8 84903683 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0002546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:11,7:17,5 +chr8 85653042 . C G 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.0084042;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:127,31:62,12:65,19 +chr8 86362063 . C CAT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:3,2:1,7 +chr8 88456275 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.7463e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,9:8,3 +chr8 89751607 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.034681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,4:4,3 +chr8 90070865 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.14511;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,1:21,3 +chr8 90100331 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.002101;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:6,4:9,2 +chr8 90522683 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0011083;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:9,5:12,3 +chr8 92042938 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.5662e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:9,11:11,4 +chr8 92569374 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00024975;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:12,1:4,7 +chr8 92626183 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.025213;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:6,3:6,3 +chr8 93281553 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=8.1991e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:16,22:8,12:8,10 +chr8 97123152 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,3:13,2:6,1 +chr8 97347890 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.2542e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,5:5,3 +chr8 97621742 . TAAAAAA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1 +chr8 100093513 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00017406;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:9,4:9,6 +chr8 100100291 . AT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0053469;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:12,5:12,2 +chr8 100493756 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,4:9,2:6,2 +chr8 101124545 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,3:6,5 +chr8 102528666 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0066001;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,3:7,2 +chr8 103992278 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00014576;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,17:6,4:3,13 +chr8 107192192 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,1:9,3 +chr8 107551396 . G GTA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021576;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:7,3:8,6 +chr8 107551422 . G GTA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:10,2:7,3 +chr8 108466442 . ATTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029349;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:8,7:4,1 +chr8 109269251 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0020965;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,7:12,8 +chr8 110395508 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11923;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:13,1:23,3 +chr8 110764485 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,3:2,1:1,2 +chr8 110953462 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0052889;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:11,4:7,6 +chr8 111806622 . TC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.054945;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,3:2,1:1,2 +chr8 111833170 . T TTAGATAGATAGA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,5:4,4:4,1 +chr8 114796569 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=8.1682e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:7,5:9,8 +chr8 117558717 . C CTGTGTG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.015516;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 +chr8 117563233 . CAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:6,4:3,2 +chr8 117748531 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.2591e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:8,7:12,6 +chr8 118637996 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=7.3076e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:6,8:11,1 +chr8 118840904 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=5.4752e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:7,6:13,7 +chr8 122223529 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0014372;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,4:8,4 +chr8 123545013 . C CAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,3:2,1 +chr8 123671946 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00092217;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,5:8,4 +chr8 124302600 . AATAT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,5:4,2:6,3 +chr8 124302660 . AATAT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.22984;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:8,1:9,2 +chr8 125911787 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.8653e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:7,7:11,4 +chr8 127408101 . TATGG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,2:4,4 +chr8 127408113 . T G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,3:0,2:4,1 +chr8 128952445 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.261e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:13,5:5,9 +chr8 129184572 . AC A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0069381;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,6:7,2 +chr8 129610157 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:2,7:2,6:0,1 +chr8 130758196 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.006237;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,3:3,4 +chr8 132154192 . AGTTTTTT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:1,3:6,2 +chr8 132782895 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.3655e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:6,9:8,3 +chr8 133395213 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021372;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,1:3,4 +chr8 133928343 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00017351;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:13,5:8,6 +chr8 135058547 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00041251;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:9,4:12,6 +chr8 135117214 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,2:1,1:2,1 +chr8 137335629 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,3:4,2 +chr8 137446909 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00012301;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,5:8,5 +chr8 137610924 . A ATT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0053956;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,8:7,3 +chr8 137863580 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=4.9323e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:3,7:5,1 +chr8 137905012 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0014004;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:13,3:11,6 +chr8 138281212 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00010966;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:9,9:13,7 +chr8 138314693 . C CAATAAATAAATAAATAAATA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:2,4:2,1 +chr8 138795528 . G GACACACACACAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:13,3:7,1 +chr8 139068153 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,8:5,7:5,1 +chr8 139223325 . CT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00024036;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,5:2,3 +chr8 139390449 . A AT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:6,1:3,3 +chr8 140225168 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0027568;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:15,4:4,5 +chr8 140283294 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0045767;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,4:2,2 +chr8 140448153 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,3:11,1 +chr8 141345359 . T TA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015942;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 +chr8 142397036 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.087302;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:10,3:3,1:7,2 +chr8 143287678 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.014981;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:16,1:20,5 +chr8 143670217 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=4.8725e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:6,7:15,5 +chr9 13621 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,3:6,1 +chr9 55054 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,1:2,6 +chr9 56883 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,1:13,3 +chr9 60874 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0054804;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:16,6:17,7 +chr9 704992 . CAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:6,3:2,2 +chr9 4213079 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.3459e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:8,9:10,8 +chr9 4270925 . GTGTGTGTGTA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010459;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,1:4,6 +chr9 5080727 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.0511e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,17:2,14:13,3 +chr9 5626226 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00080386;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:3,6:8,5 +chr9 6542885 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,6:2,1 +chr9 10511947 . CGT C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,4:0,2:1,2 +chr9 10875971 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.364e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:11,10:6,6 +chr9 12799746 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00012301;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,7:8,3 +chr9 13925346 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00023686;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,4:10,5 +chr9 15664695 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,3:5,1:1,2 +chr9 16059502 . TTTC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:6,2:9,3 +chr9 16779114 . T TAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016673;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,4:6,2 +chr9 17668652 . A ATTTAT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.01932;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:12,8:6,3 +chr9 18238768 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.0388e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:11,9:7,10 +chr9 18894345 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:9,4:4,1 +chr9 20545096 . CAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.014049;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,4:5,1 +chr9 20974069 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00092488;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,4:4,8 +chr9 21565186 . C CAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037638;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,4:7,5 +chr9 23263748 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.4608e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:4,12:12,3 +chr9 25102456 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00072423;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:10,5:13,5 +chr9 25241546 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00042492;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,3:5,5 +chr9 25760556 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 +chr9 26233976 . GT G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.3574e-07;SS=2;SSC=68;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:11,13:9,6 +chr9 27211204 . A AAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.018628;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,2:8,4 +chr9 27380785 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0013149;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:2,3:10,4 +chr9 27635638 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 +chr9 27797636 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.018907;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,1:8,5 +chr9 28297829 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00049368;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,3:13,6 +chr9 28498477 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0028764;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:21,3:8,6 +chr9 30467575 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:24:1,3:1,2:0,1 +chr9 32360274 . A T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 +chr9 33157065 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.54545;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:1,1:6,1 +chr9 33437246 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0063848;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:6,4:11,9 +chr9 33579951 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,1:6,3 +chr9 35309222 . AGTGT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0069323;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,10:3,8:1,2 +chr9 36216327 . A ATGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:5,3:2,1 +chr9 38564762 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0069576;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:15,4:5,5 +chr9 38825196 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr9 38973013 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.040748;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:17,1:9,6 +chr9 39038729 . T C 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.04207;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:60,14:37,3:23,11 +chr9 39477841 . CAA C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.025745;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:14,2:5,4 +chr9 39790829 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.033111;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:1,8:33,3 +chr9 39806065 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.040794;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:18,4:6,4 +chr9 39811309 . T TA 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.03895;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:63,17:31,8:32,9 +chr9 39817917 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:0,1:16,3 +chr9 40141902 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10773;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:11,1:11,4 +chr9 40299040 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,3:2,5 +chr9 40887604 . C A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.002391;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:20,7:12,1 +chr9 40984387 . A G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.025831;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:51,7:26,5:25,2 +chr9 41055190 . AAGG A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.014823;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:10,2:8,4 +chr9 41124566 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0045001;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:17,7:5,6 +chr9 41149757 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.034482;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:10,7:18,2 +chr9 41294007 . G A 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.015832;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:69,14:29,3:40,11 +chr9 41390057 . AT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.02769;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,4:6,4 +chr9 41496485 . GAAAGGA G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.034215;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,6:28,4:3,2 +chr9 41527965 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.033733;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:17,5:15,3 +chr9 41661484 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.071753;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1 +chr9 41770012 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 +chr9 41830987 . C T 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.012325;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:80,16:38,6:42,10 +chr9 41940481 . A G 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.0032578;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:63,24:34,12:29,12 +chr9 42027461 . T A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,5:0,1 +chr9 42286662 . G A 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.0019358;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:64,8:34,6:30,2 +chr9 42534142 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.014968;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:15,4:19,9 +chr9 42564238 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.014448;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr9 42990597 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.073271;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:16,2:16,3 +chr9 43008955 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.099673;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:15,1:21,3 +chr9 43398652 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.051054;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:0,0:22,4 +chr9 43450256 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.03569;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,1:2,3 +chr9 43491159 . G T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 +chr9 43569176 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.033651;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:18,2:8,2 +chr9 44012425 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:4,2:7,2 +chr9 44081441 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.01244;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:19,8:6,1 +chr9 45015567 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,2:10,2 +chr9 45173488 . C A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.04859;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:38,5:0,1 +chr9 60560821 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037194;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:0,1:16,6 +chr9 60655675 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,2:4,4 +chr9 61534271 . A ATG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.04269;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,1:6,7 +chr9 61698971 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:12,4:1,0 +chr9 61972395 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.010479;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,4:8,5 +chr9 62578345 . C G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.033589;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:15,1:20,6 +chr9 62804228 . G C 0 PASS DP=299;GPV=1;SPV=0.019582;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:132,16:52,4:80,12 +chr9 62804246 . T C 0 PASS DP=310;GPV=1;SPV=0.010327;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:135,19:53,6:82,13 +chr9 62805547 . C T 0 PASS DP=289;GPV=1;SPV=0.014771;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:115,22:63,12:52,10 +chr9 62816131 . C G 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.014587;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:91,21:55,13:36,8 +chr9 62832112 . C T 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.041377;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:63,14:41,9:22,5 +chr9 62832215 . G T 0 PASS DP=284;GPV=1;SPV=0.033849;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:120,20:68,9:52,11 +chr9 62832227 . A G 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.021249;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:114,20:62,10:52,10 +chr9 62834514 . G A 0 PASS DP=350;GPV=1;SPV=0.027412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:176:156,20:79,7:77,13 +chr9 63271325 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0076269;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:9,3:8,4 +chr9 63367584 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,1:2,6 +chr9 63767558 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.049649;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:13,1:13,8 +chr9 63794610 . A G 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.028344;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:64,10:35,9:29,1 +chr9 63852085 . A G 0 PASS DP=244;GPV=1;SPV=0.033866;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:95,18:44,6:51,12 +chr9 63875499 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0026263;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:18,8:16,2 +chr9 64054984 . T A 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.0023845;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:55,8:23,3:32,5 +chr9 64364444 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0031054;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:15,6:7,3 +chr9 64375257 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.067818;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,1:17,3 +chr9 64475776 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 +chr9 64543521 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,1:8,3 +chr9 64724833 . AAAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:13,3:10,1 +chr9 65559995 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.035906;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:19,1:2,8 +chr9 66058425 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040008;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:5,2:11,7 +chr9 66058712 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:9,1:15,3 +chr9 66234321 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022983;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,4:7,7 +chr9 66246635 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.011389;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,2:12,9 +chr9 66343510 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.045253;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:5,6:18,2 +chr9 66374592 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.030284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:15,10:19,3 +chr9 66817730 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0088349;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:8,7:11,3 +chr9 66942755 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0082692;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,3:6,4 +chr9 66949045 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.064347;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,2:15,2 +chr9 66958756 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 +chr9 67103214 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0024876;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,13:6,2:6,11 +chr9 67165889 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,2:6,3 +chr9 67428816 . G GC 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.043261;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:22,3:6,2 +chr9 67563763 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,4:2,3 +chr9 67709320 . A C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr9 67737196 . A G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.010238;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:26,5:17,7 +chr9 68265354 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 +chr9 70008285 . A AGATAGATAGAT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.020584;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,9:14,5:9,4 +chr9 70792518 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.024248;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:7,3:10,2 +chr9 72205110 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0068111;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,9:2,8:3,1 +chr9 72273869 . C CTCTGTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:5,5:3,1 +chr9 77164452 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:7,6:4,1 +chr9 78715470 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,5:1,2:5,3 +chr9 79155809 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.6484e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,21:7,14:9,7 +chr9 79835821 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:3,3:5,2 +chr9 79891930 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.013673;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:14,4:14,3 +chr9 80561564 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.3459e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:10,10:8,7 +chr9 80678615 . CAAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0067079;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:3,10:2,8:1,2 +chr9 80914871 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00094384;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:12,4:11,9 +chr9 80949038 . T TAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:8,8:3,1 +chr9 81017936 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,4:6,1:10,3 +chr9 82212576 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=9.6434e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:7,8:2,3 +chr9 83350623 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011625;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:2,5:2,1 +chr9 85248479 . ATG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,5:5,3 +chr9 85612007 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.1184e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:5,6:11,5 +chr9 85691522 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020538;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,2:6,2 +chr9 86037438 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.029984;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,3:3,3 +chr9 86216454 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,6:4,1 +chr9 87387357 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.010876;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:6,5:4,1 +chr9 88264218 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:6,2:1,2 +chr9 89182522 . A AAAAAT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.035241;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,4:7,3 +chr9 90541817 . TA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0027337;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,11:5,4:5,7 +chr9 91562181 . AAAGGAAGG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024328;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,4:2,2 +chr9 94308754 . TCAAAAAAAA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 +chr9 94452715 . ATATATATATAATAGATATTATATATAAATATC A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,4:8,1 +chr9 96284215 . TAAAAA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00094923;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,11:3,6:3,5 +chr9 96371474 . CAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:1,7:4,1 +chr9 96429027 . T TAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.015843;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,4:4,2 +chr9 96603155 . G GAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011229;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:7,6:2,3 +chr9 97743548 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,1:8,4 +chr9 99195776 . AT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:5,4:2,1 +chr9 99500142 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.044512;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,5:11,1 +chr9 103728043 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=6.2544e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,2:10,12 +chr9 104045357 . A C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,3:0,1:2,2 +chr9 104690644 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1599;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:12,4:7,2 +chr9 104696115 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,3:3,1:3,2 +chr9 107242263 . A AAG 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 +chr9 107641702 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00033576;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,5:9,5 +chr9 108095796 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:6,3:1,2 +chr9 108996155 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0067968;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:9,5:8,6 +chr9 109249721 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0013464;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,4:7,2 +chr9 109357854 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,5:7,4:4,1 +chr9 110313480 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00037187;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:14,6:6,5 +chr9 112320312 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,1:9,3 +chr9 112448507 . TCTTTCTTTCTTTCCTC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.008898;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:3,5:7,6 +chr9 113000950 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0012203;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,3:7,5 +chr9 113050469 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:32:0,2:0,1:0,1 +chr9 113218379 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,5:3,4:3,1 +chr9 115355012 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00043396;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:4,9:9,2 +chr9 116389810 . GT G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.002854;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,3:7,4 +chr9 116882828 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.040404;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,4:7,2:6,2 +chr9 117005080 . A ATTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,2:2,2 +chr9 117134295 . TACACACACAC T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,2:3,1:0,1 +chr9 117187917 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.4083e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,6:8,6 +chr9 117362368 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=6.911e-06;SS=2;SSC=51;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:12,10:2,4 +chr9 118141002 . A ATT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.004773;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:10,6:4,6 +chr9 120004935 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00080119;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,3:4,4 +chr9 122606773 . ACCTAT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.19341;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,2:18,2 +chr9 123395472 . G C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:6,3:11,1 +chr9 126697837 . C CTGTTT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.020561;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:5,4:15,5 +chr9 128598272 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00068482;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:11,5:8,5 +chr9 129575015 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0053975;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:9,10:6,4 +chr9 129659598 . TTGTGTGTG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:7,2:4,2 +chr9 130121181 . T TCAAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,2:7,3 +chr9 130123533 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.03148;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:7,3:9,6 +chr9 131317261 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:10,5:3,1 +chr9 132172722 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,6:12,2:2,4 +chr9 132361988 . A AT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,1:7,3 +chr9 135730990 . T TAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0065226;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:2,5:7,3 +chr9 136236902 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012829;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:3,2:14,5 +chrX 2857148 . ATCTATCTATCTAGACCTAGATG A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.029045;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,2:10,5 +chrX 3417799 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00013223;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:15,6:4,4 +chrX 5706845 . CTA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.028248;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,1:7,3 +chrX 5740439 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.537e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:13,9:10,5 +chrX 6313965 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=4.316e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:6,10:9,2 +chrX 6352929 . CACACACACACATATATATAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 +chrX 7716394 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0018791;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,4:7,4 +chrX 8960822 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.0941e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:11,7:7,7 +chrX 9405116 . C G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.039026;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:23,6:12,3 +chrX 9413850 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.016724;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,3:13,1 +chrX 9976423 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0031242;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:8,13:0,0 +chrX 10691809 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.077531;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,3:13,2 +chrX 11656387 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00011173;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:12,6:11,5 +chrX 13128799 . G GTA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,4:9,1 +chrX 14487387 . TA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,3:2,2 +chrX 14604543 . AGTGTGT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,5:1,1 +chrX 14933447 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,5:4,3 +chrX 15397163 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.1811e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,17:3,9:12,8 +chrX 15675424 . TG T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.051974;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:15,3:18,2 +chrX 15742793 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.5776e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:10,8:8,6 +chrX 15975953 . TTC T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0087495;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,3:3,5 +chrX 18155664 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.031941;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 +chrX 18550063 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0025995;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:14,5:20,5 +chrX 19634031 . G GGTGT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.23867;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,3:12,2:4,1 +chrX 20141814 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=3.7627e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:8,9:14,8 +chrX 21235464 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0030624;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:11,5:8,5 +chrX 23065635 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=2.3891e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:3,6:4,6 +chrX 23350060 . TAAAAAA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.001482;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,11:5,6:2,5 +chrX 24741874 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=8.5672e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:9,4:4,7 +chrX 25466850 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=9.6055e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,7:9,3 +chrX 25998490 . G GCACACACACACACACACA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010459;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,7:6,6:6,1 +chrX 26792298 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,8:5,7:1,1 +chrX 26870981 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0022747;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:13,7:2,1 +chrX 29218352 . AT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00024436;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,2:11,6 +chrX 31588872 . GT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0009828;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,5:5,3 +chrX 31748518 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=5.2411e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:6,6:5,7 +chrX 32592107 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.2654e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:11,9:8,9 +chrX 32710937 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.3982e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,23:5,6:7,17 +chrX 33062862 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=6.5751e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:5,5:13,8 +chrX 33129325 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:1,4:3,2 +chrX 33908153 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=3.1587e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:9,9:5,4 +chrX 35405459 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0049024;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,2:8,3 +chrX 35678154 . AT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.003791;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:10,4:12,5 +chrX 39563033 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0060979;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,1:5,4 +chrX 39733942 . AGGAT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,4:6,4 +chrX 41648794 . CT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.1718e-05;SS=2;SSC=49;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:7,5:11,12 +chrX 42022824 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 +chrX 43589283 . TA T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 +chrX 44852267 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,2:6,2 +chrX 45220178 . T TA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:17,3:5,1 +chrX 47856048 . CAAAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:3,6:1,2 +chrX 48091469 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,3:8,5 +chrX 48096043 . G GAAA 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.026017;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:10,8:12,1 +chrX 49341543 . C T 0 PASS DP=331;GPV=1;SPV=0.018877;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:149,20:98,12:51,8 +chrX 50149916 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018761;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:9,1:11,5 +chrX 51225373 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0018697;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:19,8:10,2 +chrX 53010524 . A C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,2:3,4 +chrX 53181137 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0046664;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:10,4:13,3 +chrX 53507860 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,2:0,1:3,1 +chrX 53721402 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0014171;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:16,8:9,1 +chrX 55101106 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=5.9904e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:8,6:5,9 +chrX 55597620 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015939;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:7,6:9,1 +chrX 55614666 . A ATATATATATATCCTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030651;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,5:5,3:6,2 +chrX 57038082 . GA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022121;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:5,5:16,2 +chrX 57306724 . GTGTGTGTA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.025586;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:1,4:10,5 +chrX 63643360 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0037582;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:8,5:7,2 +chrX 65566646 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010777;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:12,3:5,3 +chrX 67184170 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.13094;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,7:7,6:7,1 +chrX 67415469 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,1:3,3 +chrX 67422657 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,2:9,4 +chrX 68650782 . C CAAACAAAACA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,6:9,4:6,2 +chrX 69898419 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0026031;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:12,4:8,3 +chrX 70338953 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.049645;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 +chrX 70577735 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=1.6121e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,11:2,8:2,3 +chrX 70632121 . G GAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.19805;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:12,5:4,1 +chrX 71364171 . G GA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.054928;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:14,3:7,1 +chrX 72057396 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0093175;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:18,3:15,3 +chrX 74070376 . TAAATA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,4:5,3 +chrX 74388455 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.0663e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:4,4:12,7 +chrX 75728930 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0066036;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,5:11,3 +chrX 76106112 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.2339e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:8,6:4,5 +chrX 77073595 . T A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.7225e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:20,25:14,14:6,11 +chrX 78965898 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:6,1:15,3 +chrX 82488047 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0006592;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,4:3,5 +chrX 84591550 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=5.8565e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:6,9:11,4 +chrX 85642275 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00010095;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:8,5:10,6 +chrX 86113285 . GATTT G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0432;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,2:10,2 +chrX 86140667 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011868;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:4,8:3,3 +chrX 87211070 . TTCCTTCCTTCC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:3,1:5,5 +chrX 87234171 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,6:6,5:8,1 +chrX 87912589 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00080253;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:11,5:9,3 +chrX 89202018 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00087495;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,9:2,7:2,2 +chrX 89202024 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0035042;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:3,9:1,7:2,2 +chrX 89597156 . CTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:2,2:3,2 +chrX 89900161 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12189;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4 +chrX 89900371 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.21337;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,3:13,1 +chrX 89905042 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0055336;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:0,1:3,4 +chrX 90159408 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0076872;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:9,1:6,5 +chrX 90179343 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0045549;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,3:6,3 +chrX 90315318 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.7786e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:11,9:10,8 +chrX 90824432 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0056817;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:9,4:10,3 +chrX 91215008 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:13,3:4,1 +chrX 91710886 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00012397;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,3:8,7 +chrX 92578105 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.016596;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:6,6:10,4 +chrX 93344490 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.010126;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:13,5:9,2 +chrX 96082566 . T G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chrX 96105973 . CAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,3:4,2 +chrX 97129145 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.049139;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:7,3:12,3 +chrX 97129146 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:2,4:9,1 +chrX 101318824 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.064935;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:2,1:2,1 +chrX 103136865 . AT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.040844;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,3:8,3 +chrX 104310937 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00021607;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,6:8,3 +chrX 104465952 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:4,6:6,6 +chrX 106356782 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.9388e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:8,8:16,5 +chrX 107235832 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.3992e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:8,6:9,5 +chrX 108656846 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.7952e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:10,10:7,3 +chrX 109064210 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:2,1:5,4 +chrX 109201859 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00034703;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:11,1:10,9 +chrX 109245103 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.4033e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:6,8:8,8 +chrX 112713503 . C CAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011437;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,4:6,2 +chrX 112740421 . A AAAG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:11,4:0,0 +chrX 112954507 . TC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.026636;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,2:5,4 +chrX 113025085 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 +chrX 113339159 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,3:3,5 +chrX 114387168 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:7,2:6,2 +chrX 114387169 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,4:6,2:4,2 +chrX 114387198 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:8,1:8,3 +chrX 115895510 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0078247;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:3,8:4,4 +chrX 116771502 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00014241;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:7,7:13,3 +chrX 117424521 . A ATG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,1:9,3 +chrX 117582261 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00052875;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:10,5:14,5 +chrX 118072252 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.041988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,1:10,3 +chrX 119058281 . CTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:3,3:3,1 +chrX 119615883 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00015402;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,8:7,1 +chrX 121762835 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.2826e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:12,7:8,9 +chrX 122588930 . AT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0030632;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:1,3:6,8 +chrX 122846270 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:1,4:4,1 +chrX 122937514 . A AT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.10077;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:25,3:14,1:11,2 +chrX 122945040 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=2.4323e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:5,6:9,9 +chrX 123874694 . AT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0032406;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:8,9:4,2 +chrX 123937999 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022502;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:8,3:9,4 +chrX 123938000 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.019711;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:9,3:19,4 +chrX 124025140 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00061059;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,6:8,2 +chrX 124088615 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 +chrX 124550761 . AT A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0026395;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:14,5:8,3 +chrX 124592434 . GT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,4:4,2 +chrX 126737139 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=5.1896e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:5,6:8,9 +chrX 127815860 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0040433;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:9,7:14,5 +chrX 129924283 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.016858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:3,5:7,1 +chrX 131499198 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0003269;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:13,4:4,8 +chrX 132811663 . A AACTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.027668;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,2:4,2 +chrX 132923062 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:10,4:8,2 +chrX 134161309 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021448;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,1:9,3 +chrX 134452113 . GGA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,8:4,7:4,1 +chrX 134503061 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0017056;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:11,6:6,1 +chrX 135760399 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.036255;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:75,11:56,5:19,6 +chrX 135975981 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11029;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:3,1:1,1 +chrX 138530197 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.218e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:12,8:8,11 +chrX 139667050 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00010405;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,5:6,4 +chrX 141171923 . T TA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0143;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,4:6,2 +chrX 141576665 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,1:4,4 +chrX 142607510 . TA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.014575;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:8,4:7,3 +chrX 143003764 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=1.2376e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:4,7:6,5 +chrX 143901303 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00080797;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:13,9:12,2 +chrX 144115647 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=9.3552e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,7:7,3 +chrX 144115648 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.7463e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:10,8:6,4 +chrX 144922972 . ATATATATT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.001935;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,4:1,3 +chrX 145116759 . A AAAAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.020181;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,4:6,6 +chrX 145944797 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0013091;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:5,4:12,3 +chrX 146120230 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.3183e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:6,4:13,9 +chrX 146175122 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.481e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,5:10,5 +chrX 146340931 . TCCTTTCC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024337;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:5,1:7,8 +chrX 146431808 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0009678;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,5:10,4 +chrX 147282283 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.023962;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,6:5,1 +chrX 147282284 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.026903;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,6:5,1 +chrX 148625000 . C CT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.023954;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:15,3:10,2 +chrX 151449467 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.091614;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,2:15,2 +chrX 151750280 . GA G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0010749;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,6:5,3 +chrX 152241307 . CTCAGGGG C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0088512;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,5:9,2 +chrX 152265933 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.0663e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,7:6,4 +chrX 152698051 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020486;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 +chrX 153030841 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0045929;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:16,2:17,7 +chrX 153664066 . A AAAAAAAAAAC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:4,3:2,1 +chrX 153860467 . T TTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,4:5,2:13,2 +chrX 153870995 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0008665;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:8,5:13,6 +chrX 155018031 . AT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.017896;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,3:5,1 +chrX 155077239 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.0279e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:14,9:8,8 +chrY 3749578 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 +chrY 11109189 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 +chrY 11136382 . T C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.0018526;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:5,2:31,8 +chrY 11186458 . A G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.016106;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:26,6:15,6 +chrY 11198115 . A T 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.010994;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:26,13:14,6:12,7 +chrY 11198341 . G A 0 PASS DP=341;GPV=1;SPV=0.0070645;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:158,22:78,7:80,15 +chrY 11200655 . G T 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.032837;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:77,14:44,7:33,7 +chrY 11226998 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 +chrY 11234720 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013362;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3 +chrY 11240233 . T G 0 PASS DP=295;GPV=1;SPV=0.006285;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:119,29:57,9:62,20 +chrY 11240847 . G A 0 PASS DP=255;GPV=1;SPV=0.027677;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:103,18:63,5:40,13 +chrY 11251840 . A T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.032756;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:20,8:14,2 +chrY 11261967 . C T 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.042588;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:126,19:69,11:57,8 +chrY 56837265 . G A 0 PASS DP=337;GPV=1;SPV=0.0027187;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:135,16:72,8:63,8 +chrY 56866220 . T C 0 PASS DP=255;GPV=1;SPV=0.029132;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:88,22:35,4:53,18
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/FGHI_levels.tab Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -0,0 +1,4 @@ +F.vcf lung +G.vcf lung +H.vcf ovary +I.vcf ovary
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/G.vcf Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -0,0 +1,5437 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> +##reference=hg38 +##source=varscan.py +##contig=<ID=chr1,length=248956422> +##contig=<ID=chr10,length=133797422> +##contig=<ID=chr11,length=135086622> +##contig=<ID=chr12,length=133275309> +##contig=<ID=chr13,length=114364328> +##contig=<ID=chr14,length=107043718> +##contig=<ID=chr15,length=101991189> +##contig=<ID=chr16,length=90338345> +##contig=<ID=chr17,length=83257441> +##contig=<ID=chr18,length=80373285> +##contig=<ID=chr19,length=58617616> +##contig=<ID=chr2,length=242193529> +##contig=<ID=chr20,length=64444167> +##contig=<ID=chr21,length=46709983> +##contig=<ID=chr22,length=50818468> +##contig=<ID=chr3,length=198295559> +##contig=<ID=chr4,length=190214555> +##contig=<ID=chr5,length=181538259> +##contig=<ID=chr6,length=170805979> +##contig=<ID=chr7,length=159345973> +##contig=<ID=chr8,length=145138636> +##contig=<ID=chr9,length=138394717> +##contig=<ID=chrM,length=16569> +##contig=<ID=chrX,length=156040895> +##contig=<ID=chrY,length=57227415> +##filter="SOMATIC" +##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> +##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> +##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> +##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> +##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> +##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> +##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> +##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> +##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> +##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> +##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> +##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> +##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> +##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> +##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> +##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> +##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> +##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> +##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> +##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> +##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> +##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> +##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> +##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> +##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> +##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> +##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> +##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> +##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> +##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR +chr1 38775 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr1 52058 . G C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.041853;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:18,4:22,3 +chr1 93819 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.076076;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:23,1:9,5 +chr1 136733 . G T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,2:6,2 +chr1 136764 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.32759;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:9,2:9,1 +chr1 181917 . G T 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.0094908;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:55,20:34,8:21,12 +chr1 188252 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.067805;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:22,2:21,5 +chr1 610844 . G A 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=9.8076e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:40,21:18,11:22,10 +chr1 692574 . T C 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.024095;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:84,10:49,1:35,9 +chr1 872970 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.17641;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:17,1:10,3 +chr1 2675066 . G A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.014863;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:79,14:63,12:16,2 +chr1 3287407 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,2:13,2 +chr1 3908420 . GTCTCTCTCTC G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:6,4:3,1 +chr1 4751034 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.0893e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:25,27:14,18:11,9 +chr1 6421408 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00012338;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:14,6:12,6 +chr1 6929498 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.5271e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:15,8:11,7 +chr1 6963302 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:2,3:11,1 +chr1 8366915 . AC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.015626;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:15,2:7,5 +chr1 8490999 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.6895e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,22:14,12:15,10 +chr1 9131231 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:7,2:7,1:0,1 +chr1 9845814 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00090577;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:6,10:2,2 +chr1 10332501 . ATT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,1:5,5 +chr1 11041404 . G GTGGATGGA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,4:2,1 +chr1 11771031 . ATG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,5:3,3:5,2 +chr1 12285929 . CTTCCT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,3:8,2 +chr1 12809352 . C CAAAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.041843;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,11:12,9:11,2 +chr1 12867528 . TTTCTTTC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:2,1:6,6 +chr1 12877779 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 +chr1 13048038 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,2:5,2 +chr1 13308308 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:5,2:29,2 +chr1 13320513 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=2.9276e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:22,12:6,10 +chr1 13391530 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.9796e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:13,3:11,8 +chr1 14497335 . TAAA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,8:5,7:3,1 +chr1 15448170 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.059571;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:7,6:10,3 +chr1 16513214 . C G 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.022218;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:73,12:49,6:24,6 +chr1 16533137 . A G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.012934;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:60,10:30,4:30,6 +chr1 16534573 . C T 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.021029;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:56,16:21,3:35,13 +chr1 16572153 . G A 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.018439;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:88,17:53,8:35,9 +chr1 16591685 . C T 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.018042;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:72,19:26,6:46,13 +chr1 16674332 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.043448;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:26,3:13,7 +chr1 16687956 . C CA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.012849;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:17,5:12,9 +chr1 16728743 . C T 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.028883;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:82,14:41,6:41,8 +chr1 16747651 . G C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 +chr1 16896032 . C T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0005299;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:39,9:14,2 +chr1 16969810 . C A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=7.827e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:29,31:17,12:12,19 +chr1 17352065 . GGTGGGAA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,1:10,3 +chr1 18700080 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.054436;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:19,3:16,3 +chr1 18795159 . CATAAAATAAAATAAA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.032529;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,8:15,3:5,5 +chr1 18940562 . C CGGAT 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0036346;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:14,7:13,10 +chr1 19874142 . C CCACCACCACCATCACCACCACCACCAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,4:12,3:14,1 +chr1 19965980 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,2:3,3 +chr1 20475026 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.4245e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:12,9:18,10 +chr1 20559688 . GGTGTGT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:7,3:1,2 +chr1 20580501 . C CAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:6,5:4,1 +chr1 20655174 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075416;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:13,4:17,2 +chr1 21435430 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.1499e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:15,10:11,7 +chr1 21576218 . T TGATG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.010902;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,8:10,5:12,3 +chr1 21576287 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.034034;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:18,4:7,1 +chr1 22898118 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.041509;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,13:10,10:7,3 +chr1 23837636 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1371;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:12,3:5,3 +chr1 26109124 . G GT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0058313;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:6,7:10,2 +chr1 27204812 . G GTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:8,2:5,2 +chr1 27680860 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,2:3,1:4,1 +chr1 27899512 . AG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,1:9,3 +chr1 28847055 . G GTCCCCTTTCCTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.010106;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,8:5,4:6,4 +chr1 29307749 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,2:8,3 +chr1 29503981 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.8811e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:15,11:12,10 +chr1 30465017 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr1 30468602 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00020157;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:15,9:14,4 +chr1 31038986 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.022357;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,8:10,3:8,5 +chr1 31254369 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,2:1,1:4,1 +chr1 31842010 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0098105;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:5,3:2,2 +chr1 31986380 . TAATAA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16049;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:14,4:17,1 +chr1 32648963 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,5:7,2 +chr1 32699153 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0015083;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,6:1,4:1,2 +chr1 32974597 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.059571;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:7,3:10,5 +chr1 32990704 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0052761;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:8,9:3,1 +chr1 33695543 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.2519e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:14,7:20,7 +chr1 33975486 . T TACACACACACACACAC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.037106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,8:14,4:15,4 +chr1 34254910 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0021249;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:12,6:4,7 +chr1 34922969 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.8239e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:6,5:11,8 +chr1 35050454 . C CTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:6,7:5,1 +chr1 35800326 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.043948;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,5:16,4:11,1 +chr1 37131785 . CCTTCCTTCCTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 +chr1 39579857 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,5:5,3:6,2 +chr1 39764267 . A AT 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.017728;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:37,18:20,12:17,6 +chr1 40291839 . C CTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0045803;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,4:5,3 +chr1 40730964 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00013412;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:17,5:14,9 +chr1 40934307 . A ATGTATTTATTTATTTG 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0018492;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,13:13,9:8,4 +chr1 41018828 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,5:4,4 +chr1 42545186 . A AAAAAAAT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,5:6,2:4,3 +chr1 42887127 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.0668e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:15,11:11,6 +chr1 43281408 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016716;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:11,5:2,1 +chr1 43686151 . G GT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,8:2,4:2,4 +chr1 44597468 . GCACACACACA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,12:3,7:2,5 +chr1 45611456 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:4,5:2,1 +chr1 46171705 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.1812e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:21,25:11,13:10,12 +chr1 46235123 . AT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.008898;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:8,4:2,7 +chr1 46290916 . G GTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,4:3,2:4,2 +chr1 49087734 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.8539e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:10,7:12,12 +chr1 50219767 . A ATG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:2,4:2,1:0,3 +chr1 51929784 . TG T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.3557e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:8,11:15,5 +chr1 53097955 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:17,3:5,1 +chr1 53203775 . CTT C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.079656;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,2:14,2 +chr1 53284251 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12563;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:19,5:9,2 +chr1 53378059 . C CAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.28876;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,4:16,3:9,1 +chr1 53462097 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.2621e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:12,10:8,9 +chr1 54561922 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020884;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:3,4:13,5 +chr1 54562373 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0024657;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:6,3:5,8 +chr1 54828365 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=8.5758e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:17,10:7,7 +chr1 55792004 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.09755;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:14,1:19,3 +chr1 55799118 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,1:2,3 +chr1 57606559 . ATATAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.029368;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,2:6,5 +chr1 59557756 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=2.1926e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:15,13:9,7 +chr1 61668090 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2 +chr1 63997844 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.059824;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,4:9,2:13,2 +chr1 65519152 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2 +chr1 65563555 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:14,4:7,1 +chr1 66631681 . TTCTCTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,6:2,1 +chr1 67164653 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.027873;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,4:9,6 +chr1 67786949 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010783;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:11,4:13,6 +chr1 68444324 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.5227e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:29,17:12,8:17,9 +chr1 69526605 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,5:3,1 +chr1 69916165 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.019285;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,2:5,2 +chr1 70669231 . GTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:6,2:1,2 +chr1 71310903 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:4,7:2,1 +chr1 71329711 . G GTTA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0071456;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:9,7:17,4 +chr1 71358681 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=6.3166e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:15,8:18,6 +chr1 72712614 . CAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:5,4:0,0 +chr1 72998125 . T TACAC 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0043853;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,12:13,4:14,8 +chr1 73996641 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.042547;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,5:9,1:4,4 +chr1 74471845 . G C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.774e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:30,24:13,10:17,14 +chr1 74978805 . TA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.6729e-07;SS=2;SSC=65;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:4,22:1,11:3,11 +chr1 75378068 . TG T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,1:9,3 +chr1 75710562 . TAAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:1,6:6,1 +chr1 76872068 . A AAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.011976;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:12,12:8,7:4,5 +chr1 80462558 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.8035e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:12,5:12,11 +chr1 80943296 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,1:4,3 +chr1 82381401 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0082862;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:9,7:9,5 +chr1 83103986 . ATGTACG A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.082408;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,2:17,2 +chr1 83446760 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0092573;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:18,4:16,6 +chr1 84601128 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.0081e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:29,23:15,13:14,10 +chr1 86828934 . CAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011272;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,7:6,2 +chr1 88874069 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00096111;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:15,5:17,7 +chr1 90643879 . T TTTCTTTC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.33319;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:6,1:20,3 +chr1 91951039 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,4:10,1:10,3 +chr1 91952819 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=2.7175e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,4:8,8 +chr1 91958124 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.5186e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:23,25:10,10:13,15 +chr1 92467452 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.8603e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:10,11:15,9 +chr1 93396901 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,6:12,3:9,3 +chr1 93777402 . T TTCCTCTTCC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.29549;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,4:8,2:12,2 +chr1 96364934 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=3.5118e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:8,13:12,5 +chr1 97525758 . T TAGAGAGAG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0054686;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:14,5:7,9 +chr1 97656966 . A AT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.036548;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,7:6,6:8,1 +chr1 100915256 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:9,1:15,3 +chr1 101846998 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.5507e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:9,8:11,7 +chr1 102648603 . A ACC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018839;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,2:6,6 +chr1 103199869 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011401;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:4,6:2,1 +chr1 104438856 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.1102e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:11,10:7,9 +chr1 104883578 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,1:14,3 +chr1 104964690 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0034427;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:4,6:11,6 +chr1 105395278 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,4:1,1 +chr1 105522363 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:21,3:7,1 +chr1 105939139 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=6.7637e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:29,21:6,7:23,14 +chr1 106912405 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.0704e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:18,21:8,12:10,9 +chr1 107049530 . GT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0054674;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,7:4,3 +chr1 107112163 . TA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01652;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,2:10,3 +chr1 107209895 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11839;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:13,2:20,2 +chr1 107968049 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,4:13,1:13,3 +chr1 108229759 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 +chr1 108458398 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr1 110213170 . T TAAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,4:8,3:2,1 +chr1 110374011 . A ATATATATATATATATATATCCTTAGTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.026055;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:11,3:8,5 +chr1 111594590 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.055299;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:17,5:7,1 +chr1 113129309 . C CAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,9:2,8:6,1 +chr1 114689570 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.2913e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:27,29:11,18:16,11 +chr1 115355591 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.030002;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:14,3:13,4 +chr1 115414865 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.1015e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:29,21:19,14:10,7 +chr1 116263076 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.3876e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:29,27:15,18:14,9 +chr1 116934531 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.8872e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:2,4:15,8 +chr1 117196403 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.6346e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:11,23:5,13:6,10 +chr1 117504330 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.085385;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,1:18,3 +chr1 118089354 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.37127;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:13,2:13,2 +chr1 118324442 . T TTC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:2,2:7,3 +chr1 119843465 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,7:1,5:4,2 +chr1 120379034 . C CTT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0071208;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:11,9:16,7 +chr1 120418603 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0037422;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:11,11:8,4 +chr1 120508455 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,5:2,1 +chr1 120560460 . C CAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.055494;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,3:13,1 +chr1 120563830 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,3:12,1 +chr1 120704427 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.052515;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:17,3:9,1 +chr1 121126844 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.016771;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:9,8:2,1 +chr1 121202431 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.025405;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,6:10,4 +chr1 121238011 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,1:8,3 +chr1 121341391 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,3:6,1 +chr1 121640231 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,3:2,2 +chr1 121731784 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,6:6,1 +chr1 121764804 . T A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.0015366;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:90,12:29,10:61,2 +chr1 121777230 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.094058;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:14,3:22,1 +chr1 121793875 . AG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,3:17,1 +chr1 121793879 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.25496;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:9,3:18,1 +chr1 121803036 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:13,3:15,5 +chr1 121814437 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.21541;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:0,1:36,3 +chr1 121841017 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.023578;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:15,5:9,4 +chr1 121925466 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.16752;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:9,3:16,2 +chr1 122043610 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13105;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:9,4:12,1 +chr1 122091755 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,1:6,1 +chr1 122181447 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr1 122282736 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0050701;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,14:2,1:20,13 +chr1 122293456 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,2:5,2 +chr1 122345629 . G T 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.022505;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:60,13:9,4:51,9 +chr1 122390092 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.05461;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 +chr1 124797823 . A T 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.040389;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:66,11:38,8:28,3 +chr1 124829379 . T G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.049793;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,6:8,2 +chr1 124843346 . GC G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:5,1:16,4 +chr1 124856963 . CT C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.083854;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:30,2:6,3 +chr1 124858310 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.090728;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:3,3:18,3 +chr1 124869470 . C T 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.0050296;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:110,20:90,16:20,4 +chr1 124877015 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.038459;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:18,5:10,6 +chr1 124893993 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.050238;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:18,3:23,2 +chr1 124901802 . AG A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.012137;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:59,10:36,6:23,4 +chr1 124901833 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0071318;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:25,4:12,3 +chr1 124926649 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0737;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:15,3:0,3 +chr1 124929931 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:3,2:9,5 +chr1 124929932 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.029984;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,2:5,4 +chr1 125124300 . G A 0 PASS DP=360;GPV=1;SPV=0.041751;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:181,31:100,12:81,19 +chr1 125147758 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.15614;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,4:15,1:13,3 +chr1 125183179 . G C 0 PASS DP=1545;GPV=1;SPV=8.5196e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:919:812,102:91,3:721,99 +chr1 143185074 . G C 0 PASS DP=2826;GPV=1;SPV=0.0075839;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:1512:1314,173:705,113:609,60 +chr1 143212534 . G A 0 PASS DP=14005;GPV=1;SPV=0.00031864;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7467:6550,830:2892,534:3658,296 +chr1 143216012 . A C 0 PASS DP=928;GPV=1;SPV=0.0030993;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:533:464,64:130,19:334,45 +chr1 143230867 . G C 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.035681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:130,27:79,16:51,11 +chr1 143239214 . T G 0 PASS DP=497;GPV=1;SPV=0.00014353;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:277:220,57:159,37:61,20 +chr1 143255660 . C G 0 PASS DP=7301;GPV=1;SPV=0.0048443;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:4112:3187,422:1670,104:1517,318 +chr1 143443500 . C T 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.046114;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:62,8:25,7:37,1 +chr1 143758803 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11275;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:10,4:9,1 +chr1 144103864 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.07667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:8,1:26,5 +chr1 144480297 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.043024;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:6,7:14,2 +chr1 145411387 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:2,5:9,5 +chr1 145780618 . T TA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024928;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:11,6:4,3 +chr1 146333876 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0062802;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:8,8:14,2 +chr1 146333962 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15847;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:10,1:14,4 +chr1 146337736 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:0,0:16,4 +chr1 146366233 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.037277;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:12,5:21,8 +chr1 148815547 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,5:8,4:9,1 +chr1 149046625 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.022117;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,4:8,4 +chr1 149046626 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025362;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:9,3:6,4 +chr1 149054280 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.020191;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,2:9,8 +chr1 149144781 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.014227;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:19,1:11,8 +chr1 149176408 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.04667;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:18,4:18,5 +chr1 149241005 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 +chr1 149393069 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.03685;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:8,4:5,2 +chr1 150229296 . T TTA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:15,1:15,4 +chr1 150423793 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:3,2:1,1:2,1 +chr1 150501293 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,7:4,1 +chr1 151497704 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:3,5:5,1 +chr1 151600822 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:7,6:7,2 +chr1 151637339 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.1014e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,22:17,11:12,11 +chr1 151932761 . TATATATATATATATATATATATATATACAC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0076326;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:10,8:3,3 +chr1 152228065 . AAT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:4,2:2,2 +chr1 152645481 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.1644e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:20,23:9,9:11,14 +chr1 153859914 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:8,6:7,1 +chr1 154676330 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00012241;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:14,4:11,10 +chr1 155876235 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,5:4,3:7,2 +chr1 157178895 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17001;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,6:10,3:7,3 +chr1 158123253 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.1971e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:36,18:16,6:20,12 +chr1 159021939 . CTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,2:4,6 +chr1 159755212 . TA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,3:13,1 +chr1 160732207 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.2259e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:29,25:15,11:14,14 +chr1 160984686 . A ATG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.18941;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:25,3:18,1:7,2 +chr1 161055905 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0050131;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,9:8,4:6,5 +chr1 161661251 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.01652;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,5:17,4:6,1 +chr1 161728460 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.014395;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:13,7:7,3 +chr1 162416406 . A AAGAG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.047734;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:22,6:9,1 +chr1 163656351 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.013096;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:5,7:9,4 +chr1 164229777 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=7.7636e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:9,10:12,4 +chr1 164435466 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.0563e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:31,24:13,10:18,14 +chr1 166285268 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.9014e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,19:5,9:7,10 +chr1 170585727 . T TAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0041408;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:3,5:5,3 +chr1 171225139 . TTATATATA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,9:5,3:2,6 +chr1 171835883 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.054634;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,8:9,7:5,1 +chr1 172304206 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,7:4,2 +chr1 172747690 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.012087;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,5:8,3 +chr1 172835631 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.2979e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:12,5:10,10 +chr1 172901636 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=6.6277e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,23:15,6:9,17 +chr1 173630818 . TA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:9,6:0,1 +chr1 175207798 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.5139e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:23,26:11,13:12,13 +chr1 176042270 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,5:1,4:1,1 +chr1 176275360 . CAAAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,9:8,7:3,2 +chr1 176300459 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.0582e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,20:11,7:8,13 +chr1 176836611 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.9689e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:11,9:6,10 +chr1 177075433 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.7744e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:7,12:11,8 +chr1 177402840 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0037194;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:43,8:24,1:19,7 +chr1 177594049 . TA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:7,2:10,3 +chr1 178030248 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.8231e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:13,7:11,11 +chr1 178164504 . T TGTGC 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,7:11,4:22,3 +chr1 178590468 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022983;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:8,4:9,7 +chr1 178650426 . CTTTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.039412;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,5:1,1 +chr1 178695591 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.034818;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,6:8,2 +chr1 178695713 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.26692;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,4:7,3:11,1 +chr1 179013365 . C CAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010901;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:9,8:6,4 +chr1 179295966 . ATTTTTT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:7,2:6,2 +chr1 180559644 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.0858e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:24,22:9,12:15,10 +chr1 180575130 . TTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.020561;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:5,3:15,6 +chr1 180588706 . G GTTTTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.059274;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:13,2:5,2 +chr1 180711722 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.3202e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:11,9:6,8 +chr1 181537106 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,4:8,2:3,2 +chr1 182109765 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:4,6:3,3 +chr1 183156625 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,5:2,1 +chr1 183624519 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.039341;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:4,4:2,1:2,3 +chr1 184024655 . C CTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.012912;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:13,8:5,3 +chr1 185494559 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1599;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:7,4:12,2 +chr1 186652267 . T TTTTC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033264;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:2,3:11,3 +chr1 187257763 . A ATGTG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.047467;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:14,5:10,6 +chr1 187303719 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0074752;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,9:4,2:2,7 +chr1 187303763 . CCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:3,1:11,4 +chr1 188985760 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.2273e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:20,24:7,6:13,18 +chr1 190260557 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00051706;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:14,5:9,5 +chr1 190706678 . TC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:9,11:4,5:5,6 +chr1 190959631 . GTA G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,5:13,3:8,2 +chr1 191433483 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:3,3:2,1 +chr1 191703593 . A AT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,5:5,3:5,2 +chr1 192223097 . GTGTA G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.048788;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,8:10,5:14,3 +chr1 192320520 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.048018;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:19,4:14,2 +chr1 193941137 . GTATATATATATA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:4,2:3,1:1,1 +chr1 194212699 . A AATATATAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:3,4:3,2 +chr1 194623934 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=5.4453e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:25,23:14,14:11,9 +chr1 194768659 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 +chr1 195632162 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025213;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1 +chr1 195990677 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:2,2:5,6 +chr1 196638281 . AAAAAG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1 +chr1 196714597 . ATG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,7:6,2 +chr1 197951046 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,8:2,6:2,2 +chr1 198660503 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.08973;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:19,1:20,4 +chr1 198660504 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.1268;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:15,1:21,3 +chr1 198983869 . C CTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0018037;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:4,12:3,10:1,2 +chr1 200164867 . GT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.056741;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,5:3,2 +chr1 200938862 . TAAAA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:5,3:3,1 +chr1 201007285 . CACAG C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.39535;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,2:14,2 +chr1 201178375 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,5:5,1 +chr1 201266373 . T TTTCC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:1,0:13,4 +chr1 202971255 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.086046;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:12,4:6,4 +chr1 203724118 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.4115e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:11,9:13,5 +chr1 204660581 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.013387;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:8,7:4,4:4,3 +chr1 206171646 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:3,5:0,2 +chr1 206255661 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.19282;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,3:14,1 +chr1 207057302 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.017537;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:15,7:5,1 +chr1 209084697 . CTCACATGTTGTGAAGCTACCT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.036961;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:9,6:14,4 +chr1 209215742 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=9.9977e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:28,27:19,15:9,12 +chr1 209827240 . CT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.4893;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,4:9,3:9,1 +chr1 212136772 . T TA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0036299;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,17:12,10:9,7 +chr1 212210698 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.016188;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:6,4:10,7 +chr1 212771611 . C CAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1 +chr1 212806856 . ATATG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0055835;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,8:2,7:3,1 +chr1 212886042 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:7,7:7,1 +chr1 213319312 . C CAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,8:1,7:4,1 +chr1 214741429 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.5451e-09;SS=2;SSC=88;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:13,24:8,10:5,14 +chr1 214796417 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:3,2:14,3 +chr1 215312157 . CATATAT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:1,3:1,2 +chr1 215764977 . T TA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.1405e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,21:13,14:13,7 +chr1 216084534 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00030969;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:13,9:17,7 +chr1 218720878 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,2:5,1 +chr1 219353072 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.1863e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,17:11,5:14,12 +chr1 219598196 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.013119;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:19,3:23,6 +chr1 219655529 . ATGATAGAT A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:9,4:3,2:6,2 +chr1 219747368 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 +chr1 220214946 . T TTATATATATA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:4,3:1,3 +chr1 220311319 . CTTCTTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.18323;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:23,3:6,2:17,1 +chr1 220965682 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.031574;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,7:9,4:20,3 +chr1 221279608 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:2,2:17,2 +chr1 221916527 . GAC G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.032095;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:16,6:8,4:8,2 +chr1 221920288 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,2:2,3 +chr1 222308853 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:7,8:5,2 +chr1 222480478 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0066111;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,4:11,5 +chr1 222754232 . CAAAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0021846;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,11:5,8:3,3 +chr1 223692817 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.6283e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:8,5:13,12 +chr1 223855748 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.059347;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:15,7:9,1 +chr1 223963079 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0013797;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,9:1,7:2,2 +chr1 224209064 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.013912;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,10:11,8:10,2 +chr1 226243695 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0015608;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,5:2,1 +chr1 226844827 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01473;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:5,8:6,6 +chr1 226845216 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.026716;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,8:10,7:7,1 +chr1 226960345 . G GTGGTGGTGCT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.18393;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,3:14,1 +chr1 226960383 . G GTGATGGTACT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 +chr1 230038337 . AGG A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.079426;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:26,3:10,1 +chr1 230626692 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.20263;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,5:11,2:10,3 +chr1 230986668 . ATTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,3:4,1 +chr1 232314349 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.016158;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:12,6:14,1 +chr1 233285686 . C A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.045641;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:31,5:19,2:12,3 +chr1 233400932 . C CA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.018721;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:12,11:13,2 +chr1 234181071 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.537e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:15,7:7,12 +chr1 234995695 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.032711;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,10:17,8:12,2 +chr1 235353791 . T TGTTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:7,4:12,1 +chr1 235924946 . T TACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:5,4:5,3 +chr1 235924960 . CACACACAT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,7:1,3:3,4 +chr1 235961336 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,7:7,1 +chr1 236106068 . G GT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00032973;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:6,7:10,5 +chr1 236279504 . C CAAAAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.043812;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,10:15,8:9,2 +chr1 237077437 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.031538;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,6:11,2 +chr1 237133924 . C CAAAAAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:8,9:6,8:2,1 +chr1 237536714 . C CAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.019247;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:14,7:5,2 +chr1 237795838 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.026412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:14,2:13,3 +chr1 237883979 . CACAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.076601;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,7:7,5:5,2 +chr1 239563916 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=5.9535e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:30,24:16,12:14,12 +chr1 240708216 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=2.0574e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:20,25:8,19:12,6 +chr1 240916109 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.020644;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:8,6:5,3 +chr1 241562906 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,2:5,1:2,1 +chr1 241771945 . CAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:2,8:2,1 +chr1 243317319 . A AT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.039035;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,13:17,6:14,7 +chr1 244479028 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:10,3:5,1 +chr1 245281529 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.027239;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,8:11,1 +chr1 246825912 . T TTGTG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.030728;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,5:8,1:8,4 +chr1 248170703 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.081098;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:14,1:19,3 +chr1 248383360 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 +chr1 248657457 . T TAC 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.034303;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:22,10:21,2 +chr1 248753485 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,4:4,2 +chr1 248753486 . CAT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,4:4,2 +chr10 53793 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0083305;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:11,6:9,3 +chr10 1159831 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.042775;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:13,2:11,4 +chr10 1499307 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=1.9296e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:3,14:2,10:1,4 +chr10 1777971 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:1,5:2,1 +chr10 2544339 . G T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.7128e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:18,8:12,11 +chr10 2562056 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.8465e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:12,6:12,8 +chr10 3179629 . T TGTGTC 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.029934;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:12,5:6,1 +chr10 3318475 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,2:10,2 +chr10 3440844 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.049115;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:22,5:19,1 +chr10 3545930 . G GTTATTA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.039741;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:7,2:10,6 +chr10 4513347 . A ATTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0023616;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:10,13:6,2 +chr10 5249117 . A C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.16149;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:10,3:6,1:4,2 +chr10 5428038 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0027337;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:10,11:5,4:5,7 +chr10 5428047 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,9:5,4:3,5 +chr10 6115875 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:8,4:8,2:0,2 +chr10 6161643 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.018989;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:13,7:8,6 +chr10 6206367 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,3:5,1 +chr10 6345669 . C CCATCCATCCATCCATG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:18,4:5,1 +chr10 6410976 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046544;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:14,8:3,1 +chr10 6819421 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0017612;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,5:4,4 +chr10 6819425 . CG C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0017841;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:7,5:4,4 +chr10 6911780 . CTT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17496;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2 +chr10 7113568 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,3:0,2 +chr10 8084592 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.048243;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,7:12,5:8,2 +chr10 10759296 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:3,6:3,1 +chr10 10988298 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.0959e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,15:16,10:9,5 +chr10 11426859 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:6,4:2,1 +chr10 11736399 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:13,3:3,1 +chr10 12007833 . AG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041563;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,4:3,1:4,3 +chr10 12267997 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00030073;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,13:2,5:4,8 +chr10 12307313 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:15,3:5,2 +chr10 12333229 . A AAAAAAAAAC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.030024;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,11:13,9:9,2 +chr10 12564155 . C CTGTCTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,6:10,3:8,3 +chr10 12644826 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.728e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:13,13:15,6 +chr10 13072859 . TTTTC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01441;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,2:7,5 +chr10 14039459 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:9,9:6,3:3,6 +chr10 14280982 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0094549;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,4:4,3 +chr10 14339933 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=2.3136e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:21,23:7,9:14,14 +chr10 14517750 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.087004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:16,2:16,2 +chr10 14690027 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:25,3:1,1 +chr10 15052729 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.032;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:13,6:4,1 +chr10 15287091 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037022;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,8:13,7:5,1 +chr10 17404064 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:4,9:4,2 +chr10 17507626 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.1396;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,5:12,3:12,2 +chr10 18107602 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=9.6406e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:17,7:9,7 +chr10 18137133 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,1:14,3 +chr10 18787462 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0091605;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,3:8,3 +chr10 19334119 . G GTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,7:3,3:6,4 +chr10 19695519 . CTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,13:6,8:4,5 +chr10 19876601 . CAAAAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,4:5,1 +chr10 20217596 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,8:2,7:2,1 +chr10 20914969 . A ATTTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029113;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:11,6:7,4 +chr10 21408723 . C CTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,9:8,7:1,2 +chr10 21813165 . TCTCTCTCTCC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:7,1:9,3 +chr10 23136121 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.048713;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,10:10,9:3,1 +chr10 24018556 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:7,2:0,1:7,1 +chr10 24656407 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:6,3:17,1 +chr10 24829333 . CTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12909;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:8,1:23,5 +chr10 25403110 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=7.0452e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:28,20:11,13:17,7 +chr10 26240731 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0086905;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,7:7,5 +chr10 26245250 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=2.174e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:11,5:5,7 +chr10 28155598 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022459;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:10,4:3,1 +chr10 28347052 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.034034;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:14,2:11,3 +chr10 29037896 . A ATTAT 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.015407;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,13:9,6:16,7 +chr10 30679362 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:24,3:11,1 +chr10 31670539 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.027747;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,7:15,3 +chr10 32061248 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,9:5,7:4,2 +chr10 32619910 . CTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,12:8,4:4,8 +chr10 33870971 . T TAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.20486;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,3:17,2:4,1 +chr10 34492615 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=5.8377e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:25,28:15,17:10,11 +chr10 34851877 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,8:5,2:5,6 +chr10 35497726 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022827;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,12:18,10:1,2 +chr10 35514075 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:8,3:1,1 +chr10 36768081 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.5203e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:10,7:18,8 +chr10 38112798 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0082728;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,10:5,6:8,4 +chr10 38633095 . C A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=1.6658e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:49,18:24,9:25,9 +chr10 38716636 . A AT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00099441;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:12,8:4,1 +chr10 38812968 . CCATTCCATTT C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.026083;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:18,7:8,6 +chr10 38891590 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:6,4:3,2 +chr10 38911635 . ACAGTGGAGTG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr10 38920914 . C G 0 PASS DP=269;GPV=1;SPV=0.0065695;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:121,30:68,13:53,17 +chr10 38932039 . A AG 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.022433;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:46,8:32,7:14,1 +chr10 38966310 . C CACAA 0 PASS DP=363;GPV=1;SPV=0.038776;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:172,25:93,14:79,11 +chr10 38969377 . C G 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.00080513;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:24,9:15,7 +chr10 38973239 . CT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00045089;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:7,8:10,3 +chr10 39691510 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.011374;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:3,6:2,4 +chr10 39719987 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.046828;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:28,4:7,5 +chr10 39845077 . C A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.049919;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:36,5:7,1 +chr10 40066085 . C T 0 PASS DP=451;GPV=1;SPV=0.028977;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:242:208,33:47,5:161,28 +chr10 40217971 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.040749;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:12,12:17,2 +chr10 40387974 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:19,1:2,3 +chr10 40408508 . C A 0 PASS DP=249;GPV=1;SPV=0.0081709;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:110,17:82,15:28,2 +chr10 40426686 . A G 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.0093405;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:66,8:18,4:48,4 +chr10 40484098 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.19282;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:10,3:17,1 +chr10 40541808 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:18,2:6,2 +chr10 40547140 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:0,0:16,4 +chr10 40854565 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr10 40895085 . A C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.046035;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:49,9:30,5:19,4 +chr10 40963846 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.01835;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:4,5:31,5 +chr10 41117922 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.062923;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:18,4:21,1 +chr10 41222386 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.054928;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:0,0:21,4 +chr10 41228173 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1 +chr10 41232714 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11839;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:10,2:23,2 +chr10 41360989 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.01483;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:2,1:27,5 +chr10 41425052 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.017441;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:24,9:3,2 +chr10 41425419 . T G 0 PASS DP=219;GPV=1;SPV=0.028155;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:89,19:77,16:12,3 +chr10 41498689 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.090326;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:42,2:2,3 +chr10 41506033 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr10 41509795 . G C 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.021029;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:27,1:25,6 +chr10 41527683 . G C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.035034;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:36,4:10,2 +chr10 41550590 . C T 0 PASS DP=219;GPV=1;SPV=0.0098271;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:98,13:40,4:58,9 +chr10 41563298 . G A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.010615;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:57,8:14,1:43,7 +chr10 41571058 . G T 0 PASS DP=329;GPV=1;SPV=0.038805;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:159,27:81,8:78,19 +chr10 41574180 . C G 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.028312;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:75,16:39,12:36,4 +chr10 41576085 . G A 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.00030758;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:83,29:39,22:44,7 +chr10 41705085 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0093079;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:12,4:10,2 +chr10 41893643 . G T 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.0083873;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:62,20:31,8:31,12 +chr10 41895333 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.028327;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,12:19,5:16,7 +chr10 41912745 . G C 0 PASS DP=485;GPV=1;SPV=0.01458;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:289:259,30:136,15:123,15 +chr10 42070501 . G T 0 PASS DP=3887;GPV=1;SPV=0.038722;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2243:1978,262:1920,253:58,9 +chr10 42072684 . G C 0 PASS DP=572;GPV=1;SPV=0.044586;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:324:284,40:22,2:262,38 +chr10 42077623 . T A 0 PASS DP=873;GPV=1;SPV=0.017567;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:471:422,49:185,34:237,15 +chr10 42077625 . A G 0 PASS DP=807;GPV=1;SPV=0.036286;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:440:383,57:156,28:227,29 +chr10 42078977 . C A 0 PASS DP=900;GPV=1;SPV=0.022287;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:500:446,54:387,29:59,25 +chr10 42130128 . T G 0 PASS DP=468;GPV=1;SPV=0.0011696;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:261:210,51:113,25:97,26 +chr10 42142848 . A T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.03082;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:50,16:29,4:21,12 +chr10 42146210 . C G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.043589;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:17,4:22,7 +chr10 42182059 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037023;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:23,7:1,1 +chr10 43493708 . AAATATATATATATAT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,7:4,4:4,3 +chr10 44202309 . TAAAAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:4,5:1,5 +chr10 45784310 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:5,2:0,6 +chr10 45794560 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.097509;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,5:10,1:9,4 +chr10 46726100 . T C 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=9.7584e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:70,29:29,13:41,16 +chr10 47230850 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.4139e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:19,25:11,10:8,15 +chr10 47526940 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:1,1:19,3 +chr10 47542263 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 +chr10 47623839 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.0822e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,18:9,11:6,7 +chr10 47743405 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:1,5:2,1 +chr10 49096622 . C CGT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.011404;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,15:11,9:11,6 +chr10 49212799 . A AAG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036419;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,5:9,4:3,1 +chr10 49968267 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.019572;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:40,9:21,6:19,3 +chr10 50006736 . C G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.032391;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:18,6:18,3 +chr10 50012825 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0037422;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:13,3:6,12 +chr10 50709797 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.038146;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,2:9,6 +chr10 50748900 . T G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.042021;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:19,2:20,5 +chr10 52244815 . A AAT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,2:9,3 +chr10 52244825 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,2:8,3 +chr10 52244830 . AC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,2:9,3 +chr10 52244836 . AT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,2:12,3 +chr10 53469806 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0030753;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,21:8,8:17,13 +chr10 53639326 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:0,0:6,2 +chr10 54155194 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00016659;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,4:11,7 +chr10 54655302 . GAC G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,3:5,1 +chr10 55330870 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.073064;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:8,3:19,4 +chr10 55538966 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,2:1,1:4,1 +chr10 55802444 . G GT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00015814;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:11,9:9,9 +chr10 56247968 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.068e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:12,6:9,13 +chr10 56373261 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.044964;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:12,10:8,2 +chr10 56402550 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=6.0445e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:11,9:13,9 +chr10 57173571 . T TAAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0027704;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,10:12,4:4,6 +chr10 59067922 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00030171;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:21,10:15,3 +chr10 59760440 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.2598e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:10,8:7,10 +chr10 60724209 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,6:8,1 +chr10 62311289 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10544;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:21,2:7,2 +chr10 62556385 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=3.0481e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:34,22:19,11:15,11 +chr10 62947004 . GTCCCTC G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.025825;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:3,4:13,5 +chr10 63031081 . CTTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,4:3,2 +chr10 63309494 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:9,7:5,1 +chr10 63500746 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0082708;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,14:10,7:16,7 +chr10 63828472 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,7:6,2 +chr10 65221068 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=5.6124e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,20:12,13:5,7 +chr10 66050424 . AT A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00037324;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:8,6:15,4 +chr10 66840364 . TCTCTCTCTCACACA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:9,2:11,3 +chr10 68018900 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032284;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,5:2,2 +chr10 68676257 . TATATATATATA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.05;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:0,3:0,1:0,2 +chr10 69434486 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=3.1322e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:21,23:11,13:10,10 +chr10 69804809 . CAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:10,7:1,2 +chr10 70248467 . G GT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.010217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,7:3,5:2,2 +chr10 70663953 . T TA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:9,6:2,1 +chr10 70768302 . CAA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0020704;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:4,6:3,2 +chr10 71689203 . TTGGTGGAGTCAGGGA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10008;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,6:11,3:7,3 +chr10 71759838 . CACACACACATAT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0070729;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,4:4,6 +chr10 72805099 . TTC T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.050167;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,5:4,1:26,4 +chr10 73188768 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.011153;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,4:6,3:6,1 +chr10 74052946 . A AT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0032284;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:14,4:7,5 +chr10 74136202 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.5725e-12;SS=2;SSC=113;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:12,33:6,15:6,18 +chr10 75048398 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010569;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:6,7:6,5 +chr10 75159063 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0729;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,6:11,5:13,1 +chr10 77025240 . G GTATATA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:4,4:2,2 +chr10 78138404 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.068312;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:18,2:13,2 +chr10 78276605 . A ATT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0057333;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,5:8,5 +chr10 79063602 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=7.241e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:10,16:12,7 +chr10 79212197 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=9.9383e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:23,24:14,13:9,11 +chr10 79533787 . A AAACAACAACAAC 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.046347;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:17,1:6,5 +chr10 79755284 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0089009;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,5:4,1 +chr10 79758480 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.39766;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:6,3:7,1 +chr10 80232305 . T TA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,7:5,5:1,2 +chr10 80930787 . CCTAAATGTAAGAG C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00073638;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:17,6:10,8 +chr10 81693944 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,1:7,3 +chr10 81693976 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr10 82968662 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046139;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:18,3:1,3 +chr10 83295063 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.9734e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:15,21:6,11:9,10 +chr10 83989626 . C CAGAAAGAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:12,4:8,1 +chr10 84600483 . CTT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,8:5,7:4,1 +chr10 85694558 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,3:3,2:0,1 +chr10 85745182 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 +chr10 86161139 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=4.8508e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:12,6:11,14 +chr10 86850612 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00016135;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:10,5:10,7 +chr10 87063069 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,4:6,2:9,2 +chr10 87234735 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.014185;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:20,3:6,7 +chr10 87964537 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.026092;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,7:10,3:11,4 +chr10 88546974 . A AC 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.6102e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:8,10:13,5 +chr10 90050470 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.029089;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:18,9:7,3:11,6 +chr10 90070613 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0038279;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,9:2,6:4,3 +chr10 91389230 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:8,7:3,1 +chr10 91400009 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.5306e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:27,22:17,14:10,8 +chr10 91573283 . G GAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.040021;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:14,4:3,1 +chr10 91898698 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:6,6:4,1 +chr10 92025810 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,8:5,7:2,1 +chr10 92580171 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.4794e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:12,11:6,6 +chr10 93141921 . A ATGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23612;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,4:10,1 +chr10 93369110 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:5,5:1,1 +chr10 95365173 . A ATGTGTGTGTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:4,2:9,2 +chr10 96142315 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0092066;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:15,6:10,9 +chr10 96629930 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,4:4,3:0,1 +chr10 96663627 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:6,6:3,1 +chr10 96676655 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:1,3:1,2:0,1 +chr10 99094551 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,7:1,4:4,3 +chr10 99669740 . G GT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:8,1:3,5 +chr10 100111300 . AG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.044862;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:6,6:17,1 +chr10 100368998 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.3898e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,20:15,13:15,7 +chr10 100698242 . C T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=6.3645e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:41,23:22,11:19,12 +chr10 101075616 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.31501;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,5:18,3:6,2 +chr10 101318994 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27607;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,4:10,1:6,3 +chr10 101343299 . A T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=6.3041e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:34,20:20,5:14,15 +chr10 102638179 . TA T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.024526;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:22,5:16,3 +chr10 103251002 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.20188;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,4:2,0:24,4 +chr10 105242432 . A ATATT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014077;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:1,1:10,5 +chr10 105242433 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014077;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,6:1,1:10,5 +chr10 106342384 . T TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2 +chr10 106764798 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.2829e-09;SS=2;SSC=88;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:22,31:13,19:9,12 +chr10 107220138 . A ACTCTCTCTCT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,7:3,4:4,3 +chr10 107333064 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr10 108073020 . A AACACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024928;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:14,6:1,4 +chr10 108244394 . C CTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037712;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,9:12,5:12,4 +chr10 108335624 . CT C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.135e-05;SS=2;SSC=49;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:13,9:9,8 +chr10 108335629 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=3.7627e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:12,9:10,8 +chr10 109514597 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.5408e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:7,10:14,7 +chr10 110360446 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,1:14,3 +chr10 111631182 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00024281;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:18,7:13,7 +chr10 111733716 . TATAG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0036085;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,5:6,2 +chr10 111747465 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.2731e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:16,10:13,9 +chr10 112207705 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=9.2378e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:19,13:11,4 +chr10 113077858 . CTTATTTATTTATTTATTTAT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.015787;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:16,4:12,4 +chr10 115148744 . G GTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.03285;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:4,5:7,1 +chr10 115310134 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.1571e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:14,8:12,13 +chr10 117305485 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,4:12,3:13,1 +chr10 124961033 . T A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.4168e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:23,26:13,14:10,12 +chr10 125282185 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.1528e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:15,10:10,10 +chr10 125570181 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2.4766e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:36,19:21,11:15,8 +chr10 125894933 . GC G 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.020645;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:70,21:34,11:36,10 +chr10 126645504 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00011008;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:12,5:7,8 +chr10 126659528 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=4.2071e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:33,19:16,16:17,3 +chr10 127508738 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,1:11,3 +chr10 128961543 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.8449e-09;SS=2;SSC=87;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:23,28:12,15:11,13 +chr10 130129930 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,4:10,2:12,2 +chr10 130786522 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.1154e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:10,2:9,11 +chr10 131176620 . AC A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.055387;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:69,8:37,2:32,6 +chr10 131346980 . CCTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:0,0:26,4 +chr10 131540385 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,3:6,3 +chr10 132622891 . A ACCGT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0065388;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:12,7:2,1 +chr10 133011515 . GTGTGTTAGTGTGTGA G 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.01692;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:58,7:33,2:25,5 +chr10 133042047 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,4:5,1 +chr10 133181833 . T TACACACACACACACAC 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.04979;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,13:18,7:12,6 +chr10 133431304 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr10 133658674 . C G 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.029612;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:69,14:51,9:18,5 +chr11 128855 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:18,1:6,3 +chr11 696767 . CAAAAA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010948;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,11:7,6:5,5 +chr11 2938092 . GGTGTGAATATGCTTT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.23776;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,3:13,1 +chr11 3206756 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.048018;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:14,2:19,4 +chr11 3556345 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.045597;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:19,2:19,3 +chr11 4287898 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:3,2:8,3 +chr11 4290799 . C T 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.0087657;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:114,27:61,18:53,9 +chr11 5175771 . TCCC T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.19282;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,2:16,2 +chr11 5537895 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0033931;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:11,10:12,4 +chr11 5693189 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:3,5:3,1 +chr11 6496505 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:4,4:2,2 +chr11 7694803 . C CTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.049827;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,9:10,7:9,2 +chr11 8434077 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=9.2295e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:19,25:11,18:8,7 +chr11 9229899 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:2,4:4,1 +chr11 9419560 . AT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.063176;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:7,4:16,3 +chr11 9868366 . A AG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:9,1:4,3 +chr11 10310651 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,4:10,1:8,3 +chr11 10680344 . GGAAA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 +chr11 12010756 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,4:6,3:19,1 +chr11 12289556 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,5:9,1:1,4 +chr11 13002884 . CTCTCTCTGTG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.013277;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:11,4:15,5 +chr11 14425512 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00042977;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,9:10,6:5,3 +chr11 14779766 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=6.0898e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:9,5:9,9 +chr11 15422225 . A AT 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.6e-06;SS=2;SSC=52;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:20,9:11,8 +chr11 16389969 . T TAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:7,2:12,2 +chr11 16480645 . A AC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014699;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:5,2:17,13 +chr11 18512723 . A ATTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.023137;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,10:10,8:5,2 +chr11 20275711 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00012961;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:9,6:11,6 +chr11 21269378 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0068563;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:14,5:19,4 +chr11 21501591 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.3315e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:13,8:11,8 +chr11 21697973 . A AATTGT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:2,5:1,2 +chr11 22269541 . AAAGG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:12,1:3,3 +chr11 24745610 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.6713e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:13,10:9,10 +chr11 25651441 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.014656;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,8:6,2:7,6 +chr11 25651442 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,8:7,2:7,6 +chr11 25680333 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.2783e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:22,25:9,14:13,11 +chr11 25902175 . CATATATACAT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.15556;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,3:11,1:1,2 +chr11 25902191 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.18154;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:11,1:4,2 +chr11 25902197 . CAT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:10,1:4,3 +chr11 26150425 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=5.242e-11;SS=2;SSC=102;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:12,27:5,20:7,7 +chr11 26406676 . AGT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,10:4,7:3,3 +chr11 26418714 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=4.9538e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:38,24:19,13:19,11 +chr11 29476007 . T A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.5765e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:14,13:13,11 +chr11 31294814 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,4:22,3:0,1 +chr11 31294820 . AAG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,4:17,3:1,1 +chr11 32755665 . A ATGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:3,2:14,2 +chr11 33844928 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.051974;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,5:20,4:13,1 +chr11 33854868 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.04269;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,8:7,5:10,3 +chr11 34734637 . AT A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.5134e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:7,4:15,12 +chr11 35100537 . C CAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,5:12,4:8,1 +chr11 36105240 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.13128;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:27,5:10,2:17,3 +chr11 36146773 . C CTTTATTTTATTTTATTTTAT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.040883;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:11,2:14,4 +chr11 36158525 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0625;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:2,1:2,2 +chr11 37001487 . CTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:4,6:2,2 +chr11 37190545 . AAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0060611;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:8,9:3,2 +chr11 37362759 . G GA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.020833;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:12,7:3,1 +chr11 37515803 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.091905;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:16,3:17,2 +chr11 37743824 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.18154;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:5,1:10,2 +chr11 37743835 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,2:10,3 +chr11 38560483 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,9:6,8:0,1 +chr11 40544332 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00019397;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:13,10:12,5 +chr11 40998503 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0012979;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:11,6:18,3 +chr11 41834706 . GTA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:4,3:4,5 +chr11 42844486 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,5:4,3:3,2 +chr11 43147196 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.6364e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:11,10:16,11 +chr11 43788690 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,2:2,1:1,1 +chr11 44348165 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.1322e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,21:6,10:10,11 +chr11 45448674 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=4.122e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:18,10:12,7 +chr11 46625279 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0092889;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:8,4:9,7 +chr11 47809759 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0015312;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,10:1,1:4,9 +chr11 48199359 . C CACACATATAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.024218;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,8:11,6:10,2 +chr11 49035339 . ATTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:10,5:2,1 +chr11 49743675 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:4,5:2,1 +chr11 51411656 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.17398;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:3,0:31,4 +chr11 51583228 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.064666;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:24,4:1,0 +chr11 51612622 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0030535;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:8,1:14,7 +chr11 51687436 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.031539;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:8,1:18,6 +chr11 51770980 . A G 0 PASS DP=349;GPV=1;SPV=0.020319;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:179:159,20:94,13:65,7 +chr11 52556390 . A G 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.0015334;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:139,20:54,8:85,12 +chr11 52673774 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.039259;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 +chr11 52721947 . G T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.012324;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:82,18:61,11:21,7 +chr11 52780877 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.28552;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 +chr11 53328021 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.036498;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:18,2:13,5 +chr11 53345622 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 +chr11 53411563 . A C 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.030597;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:59,10:51,9:8,1 +chr11 53602042 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.055746;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:23,4:1,0 +chr11 53704843 . C G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.010491;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:9,5:27,9 +chr11 53728797 . A T 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.02839;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:83,14:49,12:34,2 +chr11 54385190 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,2:6,4 +chr11 54406711 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:27,4:0,0 +chr11 54421856 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.045374;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:13,9:22,2 +chr11 54424282 . C G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 +chr11 54580932 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:2,2:1,1:1,1 +chr11 55299524 . G GATATAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:8,5:0,0 +chr11 55642650 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.5716e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,17:15,10:10,7 +chr11 55815761 . CTCTCTCTCTCTCTATATATATATA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:6,1:5,3 +chr11 55900224 . C CAAAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:4,3:5,1 +chr11 56049215 . TGCAC T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.026257;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,1:15,4 +chr11 57633376 . C CAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 +chr11 57790542 . C CTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,4:10,1 +chr11 58697156 . G C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.013898;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:19,4:17,2 +chr11 58774870 . C G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.1952e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:23,29:14,16:9,13 +chr11 59645024 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:3,4:12,6 +chr11 61642075 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.05702;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,5:23,2:18,3 +chr11 61853239 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,2:0,0:7,2 +chr11 62043126 . C CTATT 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.015202;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:15,6:24,7 +chr11 62090839 . G A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=2.1747e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:40,27:18,12:22,15 +chr11 62245854 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:8,1:3,3 +chr11 62697384 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,6:8,1:6,5 +chr11 63077873 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=7.8642e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:10,9:7,8 +chr11 63802379 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.019162;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,3:7,4 +chr11 64114356 . GA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.053977;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:10,1:6,4 +chr11 66009427 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0099771;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,12:3,9:2,3 +chr11 66704429 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.6577e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,22:10,8:12,14 +chr11 67583357 . A AAT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.073271;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,5:22,2:10,3 +chr11 67839931 . A ATTTTTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,7:0,1:2,6 +chr11 68639250 . TC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019168;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:2,4:15,8 +chr11 68855739 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=8.9862e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:11,11:17,10 +chr11 68888058 . CTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:2,5:4,1 +chr11 69071114 . A C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:0,2:0,1:0,1 +chr11 69153941 . GTTTT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,7:6,3:1,4 +chr11 70076964 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.05053;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:20,5:11,3 +chr11 70194328 . G GTGGA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.27357;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,5:7,3:7,2 +chr11 70196380 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:13,4:6,3:7,1 +chr11 70579739 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=7.4607e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:12,8:13,7 +chr11 70833124 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=2.1659e-11;SS=2;SSC=106;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:22,26:11,16:11,10 +chr11 71146373 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.030755;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:16,8:19,5 +chr11 71344357 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0076145;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:17,3:21,3 +chr11 71460622 . C G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=5.304e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:12,8:20,12 +chr11 71642221 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.048187;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:19,1:20,4 +chr11 71642222 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.035875;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:14,1:19,4 +chr11 72297636 . GGT G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.084115;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,6:13,3:11,3 +chr11 72475951 . A ATTT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0041742;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,9:12,4:13,5 +chr11 76110211 . C CATATATATATATATATAT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.20161;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:15,2:13,2 +chr11 76401773 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:8,6:3,1 +chr11 77005992 . T TA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022269;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:1,12:0,5:1,7 +chr11 77098510 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.32127;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,1:18,3 +chr11 77578002 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.10544;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:21,2:7,2 +chr11 79681739 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.2077e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:11,12:14,9 +chr11 79696275 . C CATAT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.072331;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,5:14,1:12,4 +chr11 79791527 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.308e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:10,7:15,7 +chr11 79831170 . G C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.6566e-09;SS=2;SSC=87;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:25,26:13,16:12,10 +chr11 80243161 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0014229;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:14,1:10,7 +chr11 80406888 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00024094;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,6:16,3 +chr11 80479358 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.030888;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,4:8,1 +chr11 82424826 . TA T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.3095e-06;SS=2;SSC=54;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:12,13:11,9 +chr11 82483317 . C CGTGTGT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,10:6,8:4,2 +chr11 83850123 . A AGTGT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.025519;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:7,3:1,3 +chr11 84058504 . T TAAAATAATAATAATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.19205;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,7:6,4:9,3 +chr11 85205140 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.15143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:24,4:21,1 +chr11 88253114 . C A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,4:1,3:3,1 +chr11 89005694 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.5248e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:14,11:10,7 +chr11 90611083 . TA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:5,3:0,2 +chr11 92765789 . A AG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037638;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:11,5:5,4 +chr11 93549615 . A ATTTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00015682;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:4,1:7,6 +chr11 93549627 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=9.3131e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:5,2:8,10 +chr11 93912142 . T TC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:6,2:12,3 +chr11 95704253 . CTGGATCTGCCCAG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=7.4864e-06;SS=2;SSC=51;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,20:13,13:6,7 +chr11 96199196 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,6:13,5:3,1 +chr11 96790885 . G GT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0030987;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:12,7:10,9 +chr11 96914325 . GTCTC G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0029007;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:5,4:5,2 +chr11 96949996 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=6.569e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:39,18:22,11:17,7 +chr11 98354556 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.060295;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,1:13,3 +chr11 98406759 . C CTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1 +chr11 98425657 . C CAAAAAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:4,6:4,1 +chr11 98832036 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.035811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:19,5:12,4 +chr11 99193908 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.4655e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:2,17:1,10:1,7 +chr11 99523668 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.26877;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,4:4,2:9,2 +chr11 99747460 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:4,5:3,1 +chr11 99819481 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.048301;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:27,10:3,1 +chr11 100176610 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=4.3946e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:5,8:6,6 +chr11 100502368 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=6.6438e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:10,4:10,9 +chr11 101041779 . G GA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=4.6765e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,13:8,10:8,3 +chr11 101144253 . TA T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=5.0774e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:5,8:14,8 +chr11 101785493 . TTTC T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00086088;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:8,2:15,8 +chr11 103025629 . ATACG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,4:10,3:11,1 +chr11 103025635 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,4:8,3:13,1 +chr11 103224749 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.2255e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:21,27:8,20:13,7 +chr11 103233875 . TGTGG T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,11:3,4:8,7 +chr11 104119550 . A AATAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.00387;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:4,3:0,3 +chr11 105472804 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27277;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:17,3:4,1 +chr11 106335502 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.012658;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,6:17,4 +chr11 106668985 . GATATAT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:17,3:9,1 +chr11 106671248 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:13,4:1,0 +chr11 107231861 . GAT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.075461;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:9,5:14,2 +chr11 107231878 . G GAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,5:12,4:8,1 +chr11 107231884 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.12376;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,5:9,1 +chr11 108922243 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:11,4:3,1 +chr11 111028911 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0060788;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,12:8,10:7,2 +chr11 111898788 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.6305e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,16:7,8:4,8 +chr11 112394177 . A C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.6597e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:25,29:15,18:10,11 +chr11 113485600 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0045179;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,13:6,11:3,2 +chr11 115111632 . G GACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031923;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,4:6,4 +chr11 115685919 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:2,3:14,1 +chr11 115831750 . ACCCT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:9,3:12,1 +chr11 116630100 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=9.9186e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:8,8:9,11 +chr11 117138905 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.14706;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:2,5:5,3 +chr11 118432823 . A AT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011333;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,7:7,4 +chr11 118763838 . TA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.040748;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:16,1:10,6 +chr11 119330536 . C CTTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:5,2:10,3 +chr11 119448941 . C CAAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.038233;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,5:3,2 +chr11 120174924 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:4,4:2,3:2,1 +chr11 120580196 . GTTCT G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00089081;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:21,15:10,6:11,9 +chr11 121919473 . ATTTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016809;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,2:4,4 +chr11 122761779 . CTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,2:9,2 +chr11 125584229 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:5,4:9,1 +chr11 126296217 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,10:2,8:4,2 +chr11 126302359 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,4:1,2 +chr11 126725332 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.5005e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:9,12:14,9 +chr11 127052937 . GTAGTAATAATAA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02692;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:12,7:9,5 +chr11 127306776 . TC T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,6:2,5:11,1 +chr11 127306787 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:5,5:15,1 +chr11 127497143 . A AT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:2,6:6,1 +chr11 128565061 . A T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.050822;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,5:20,2:20,3 +chr11 129642545 . A ATG 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.034045;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,13:15,10:7,3 +chr11 130057831 . A ATT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.01441;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,7:7,5:6,2 +chr11 132213730 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024674;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:10,8:3,1 +chr11 132716416 . A ATCTG 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,4:15,1:11,3 +chr11 132818615 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.24135;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:9,3:19,1 +chr11 132928109 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.6289e-11;SS=2;SSC=107;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:18,41:16,25:2,16 +chr11 133498490 . G A 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=9.3652e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:56,20:23,9:33,11 +chr11 134138202 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.35962;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 +chr11 134773486 . G GAGAA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.15576;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,5:22,3:15,2 +chr11 134813424 . G GTA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.02026;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,8:15,3:22,5 +chr11 134827657 . ATATG A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.082972;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:51,6:28,5:23,1 +chr11 135055865 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.087834;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:15,5:10,2 +chr12 16088 . AG A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.0090346;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:9,5:44,3 +chr12 16321 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0043285;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:11,3:16,11 +chr12 423473 . TTTTGTGTTTTTTTTTGTTTTG T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048951;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,4:0,0:3,4 +chr12 2850653 . TTTTTG T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0053439;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,8:10,5 +chr12 4620474 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0024499;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,10:3,9:3,1 +chr12 5375449 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.1217e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:24,22:15,14:9,8 +chr12 5636605 . TAC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.036735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:16,6:5,3 +chr12 5931794 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,3:15,1 +chr12 7137793 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0012364;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,10:9,5:13,5 +chr12 7197123 . A AT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.03797;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:14,3:14,4 +chr12 7389960 . T TTA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00072464;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,9:6,3:0,6 +chr12 7475097 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,8:7,7:1,1 +chr12 7924946 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.033043;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:23,10:12,4 +chr12 9513023 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:9,1:16,3 +chr12 9607313 . CTTCT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.27439;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:8,1:16,2 +chr12 9953386 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:1,7:2,2 +chr12 10239453 . C CCTTATT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.030593;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:2,2:17,6 +chr12 10239466 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.025768;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:4,1:16,7 +chr12 10239469 . C CCTTATT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.036024;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,8:3,1:16,7 +chr12 10603313 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.064856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,6:5,1 +chr12 10610576 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.25826;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,4:6,2:4,2 +chr12 10674873 . CCGCG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0013983;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:5,8:9,8 +chr12 11168404 . G GGA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:23,2:0,2 +chr12 12081456 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:9,7:4,1 +chr12 13457272 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,4:0,0:7,4 +chr12 14246866 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr12 14586568 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020486;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,3:7,3 +chr12 17413201 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,8:8,6:4,2 +chr12 17535950 . C CTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,2:9,2 +chr12 18163528 . A ATATATAT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 +chr12 18521510 . C A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=4.7205e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:34,23:11,15:23,8 +chr12 19400856 . A AT 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.043302;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:25,2:21,4 +chr12 19518218 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0070941;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,12:5,9:3,3 +chr12 20711810 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.8087e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:16,13:10,7 +chr12 21592165 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.062847;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:25,4:4,2 +chr12 22955726 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=5.0013e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:22,21:15,13:7,8 +chr12 23412257 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.097509;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,5:13,3:6,2 +chr12 23500259 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:7,1:1,5 +chr12 23577193 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:3,1:10,3 +chr12 23779814 . T TACAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0021316;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,10:7,5:0,5 +chr12 24505872 . TGC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.21758;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:11,3:21,1 +chr12 24948481 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.4368e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,24:18,17:7,7 +chr12 25077330 . T G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.070922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,3:8,1 +chr12 25488234 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 +chr12 27874093 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.005778;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,3:4,4 +chr12 28508610 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.0159e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:13,11:15,8 +chr12 30138549 . G GA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,10:4,9:1,1 +chr12 30399886 . G GA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027664;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:15,8:1,2 +chr12 30540173 . TTTGTTTG T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.057946;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:12,1:12,6 +chr12 31031571 . ACT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:1,2:10,3 +chr12 31613788 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.025551;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:18,12:20,2 +chr12 31840469 . G GAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,4:2,1 +chr12 32005190 . ATATATG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.019067;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:9,4:9,2 +chr12 32117709 . T TACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0044074;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,4:8,5 +chr12 32142467 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 +chr12 32300631 . AT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:12,3:4,1 +chr12 32673869 . AT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.12341;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1 +chr12 32959639 . A C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=7.8387e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:21,27:11,9:10,18 +chr12 34141907 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.02099;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:12,7:9,4 +chr12 34779934 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:4,6:1,2 +chr12 34880972 . C A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr12 34885476 . T A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.047933;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:33,9:8,4 +chr12 35012841 . C T 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.025566;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:63,14:26,8:37,6 +chr12 35058634 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.06044;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:29,4:0,0 +chr12 35324342 . C A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.046114;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:51,10:17,5:34,5 +chr12 35332845 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.014996;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:12,5:18,7 +chr12 35337682 . C A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.018943;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:78,22:39,11:39,11 +chr12 35473953 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16089;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,3:13,1 +chr12 35473959 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,3:14,1 +chr12 35473968 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,3:12,1 +chr12 35500729 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.026864;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:18,4:10,2 +chr12 35538803 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.04568;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:8,1:12,6 +chr12 35541957 . G C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.029881;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:8,4:35,5 +chr12 35544547 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.2649;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:2,0:26,4 +chr12 35689053 . T C 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.010005;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:120,15:95,8:25,7 +chr12 35735880 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:3,8:5,3 +chr12 35788169 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:18,4:2,0 +chr12 35858401 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0079898;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:8,1:21,4 +chr12 35974352 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.053889;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:29,4:2,0 +chr12 36704968 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.033449;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,5:11,3 +chr12 36704970 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035006;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:13,6:11,3 +chr12 36806763 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.022644;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:14,1:28,5 +chr12 36881419 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.025704;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:18,4:11,6 +chr12 36939834 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:14,3:12,1 +chr12 37007145 . A G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr12 37058953 . T G 0 PASS DP=275;GPV=1;SPV=0.017715;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:101,19:51,14:50,5 +chr12 37240035 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.037769;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:18,3:14,3 +chr12 37814669 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.032805;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:6,4:5,6 +chr12 39712017 . TATGTATATATAC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,2:8,2 +chr12 42514901 . CT C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.029043;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:13,6:17,3 +chr12 43421284 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042577;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:15,4:15,1 +chr12 43654565 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.1921e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:11,8:9,12 +chr12 43958795 . C CT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.026443;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,7:16,4:8,3 +chr12 44461624 . AAG A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:16,3:10,1 +chr12 44587284 . A AAAAAAAAATATAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:6,2:4,2 +chr12 44644623 . T TAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.38255;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:19,1:8,3 +chr12 44953896 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.009553;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,3:5,4 +chr12 44971251 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21886;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:8,4:6,1 +chr12 45022298 . G GTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 +chr12 45080147 . TAC T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,4:17,2:8,2 +chr12 45711984 . G GCCTCCAAGGTGCTAGGATTACAGGTGT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.015407;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,13:7,6:18,7 +chr12 48332596 . A ACC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.054417;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,7:9,1:22,6 +chr12 49376709 . AT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.031941;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:10,5:2,1 +chr12 49606486 . G GACAC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.055299;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,6:15,2:9,4 +chr12 49908462 . CAAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,6:1,1 +chr12 51046344 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:7,1:4,4 +chr12 51197147 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046819;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:17,1:12,8 +chr12 51400785 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:2,4:4,3 +chr12 52633627 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.020689;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,5:7,1:8,4 +chr12 52633628 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.013669;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,5:7,1:7,4 +chr12 53645358 . TA T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1 +chr12 53763982 . T TTATTTTATTTTTATA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0031185;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:14,4:4,3 +chr12 53763983 . TGAGGGGG T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0016215;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:16,4:4,4 +chr12 53763992 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0021337;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:15,4:4,4 +chr12 55052474 . TTTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11117;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,8:4,4:17,4 +chr12 55100164 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011216;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:12,5:10,9 +chr12 56001118 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:3,2:7,2 +chr12 56102806 . T TAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:4,4:2,2 +chr12 56429497 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.045694;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:9,3:4,3 +chr12 57003174 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=8.3573e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:19,10:14,5 +chr12 57423808 . TA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,8:3,6:1,2 +chr12 57722695 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.033061;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 +chr12 58032649 . CT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=3.4248e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:7,13:6,2 +chr12 58452126 . CTATCTAGATATATATGATA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.03159;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,8:7,1 +chr12 61279630 . C CAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,5:1,3:1,2 +chr12 62286937 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.025986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,10:9,8:1,2 +chr12 63737080 . A C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.02185;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:22,4:14,7 +chr12 63763961 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,4:4,4:0,0 +chr12 64203996 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.041043;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:21,4:17,5 +chr12 64204010 . CATTA C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.017109;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:17,6:17,5 +chr12 64380125 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:4,5:5,6 +chr12 64772237 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02948;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,7:9,6:4,1 +chr12 64947767 . C G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.2099e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:10,6:15,12 +chr12 65422388 . GTATATATATATATATATATATATATATATA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,11:4,6:1,5 +chr12 65661709 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.040809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:10,5:4,3 +chr12 65793271 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0084717;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,6:4,2 +chr12 66006908 . G GAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11371;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:22,2:6,2 +chr12 66006919 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.046186;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:23,2:7,3 +chr12 66173784 . C CTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,8:7,4:6,4 +chr12 66730701 . C CAAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:11,4:7,1 +chr12 67756548 . C CGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.030517;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,10:21,8:12,2 +chr12 67873271 . G GT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:5,2:2,2 +chr12 68101180 . AACACACACACAC A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,10:9,6:1,4 +chr12 69522190 . T TTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.016175;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:13,5:9,5 +chr12 70126484 . C CAAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:17,8:3,1 +chr12 71055549 . G GT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0028686;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:4,8:1,2 +chr12 71248746 . CTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,8:3,4:1,4 +chr12 72496234 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.5163e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:23,24:9,11:14,13 +chr12 72955677 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,4:6,1:14,3 +chr12 73557031 . T TAAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.015231;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,6:5,3 +chr12 74319765 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00010787;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:11,8:16,7 +chr12 74494246 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=6.152e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:8,11:7,5 +chr12 75490195 . T TCA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,11:5,2:1,9 +chr12 76661923 . GTGTGTGTATATATATA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:4,2:3,1:1,1 +chr12 76855015 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:10,4:8,1:2,3 +chr12 77279015 . C CTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025527;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:11,4:10,3 +chr12 77539752 . A C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.8544e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:11,9:12,10 +chr12 77976665 . TC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,1:5,4 +chr12 78651145 . C CCTCTCTCT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,5:11,4:6,1 +chr12 79204778 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:4,2:2,3 +chr12 79253483 . G GTCTCTC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030289;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,5:3,2:4,3 +chr12 79568594 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,5:7,1 +chr12 79841051 . T TA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035086;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:16,4:6,2 +chr12 81242708 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,3:3,4 +chr12 81412335 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0094835;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:11,8:2,1 +chr12 81927189 . TCATA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.042363;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:14,3:7,4 +chr12 81927217 . T TCATA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.048707;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 +chr12 83014769 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=6.3199e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,20:7,8:9,12 +chr12 83895039 . T TA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.036677;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,5:15,4:13,1 +chr12 84514468 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.2636e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:11,14:11,6 +chr12 85221285 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=4.8137e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:19,22:11,12:8,10 +chr12 85659476 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,5:3,4:4,1 +chr12 86426352 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=6.7524e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:17,11:8,9 +chr12 86502770 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036036;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,1:6,3 +chr12 86566317 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.002293;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,5:9,4 +chr12 87893158 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.06e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:23,7:9,10 +chr12 88595703 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:13,3:4,1 +chr12 88665001 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:8,2:17,2 +chr12 89887113 . G GTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,8:4,7:1,1 +chr12 91308224 . C CA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00046907;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:15,9:9,3 +chr12 91467146 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0011679;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:9,6:6,10 +chr12 92516137 . C CTGTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,4:5,1 +chr12 92921866 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:10,8:0,1 +chr12 92995012 . T TTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011272;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,14:8,11:2,3 +chr12 93291515 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.020137;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:10,9:15,1 +chr12 93514299 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.044908;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,6:16,3:16,3 +chr12 94516083 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.042547;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,5:7,2:6,3 +chr12 94904262 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.3844e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:8,11:7,3 +chr12 95053681 . GT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.014414;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:14,5:6,6 +chr12 95599688 . TTA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,4:9,2:6,2 +chr12 95702858 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.030583;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:2,3:9,4 +chr12 96190492 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.00070028;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,5:1,4:0,1 +chr12 96466181 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.3044e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:9,5:22,12 +chr12 96978485 . CTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,3:2,4 +chr12 97988353 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,2:1,2 +chr12 98334636 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=7.2341e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:12,7:6,10 +chr12 99532748 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.2103e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:8,13:11,8 +chr12 100012716 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.1661e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:8,8:14,5 +chr12 100385116 . C CTG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0052219;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:9,9:12,5 +chr12 100475124 . C CCTATCTATCTAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0094816;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,14:16,6:10,8 +chr12 100483066 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.4647e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:19,7:10,8 +chr12 101040124 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.8133e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:25,28:14,13:11,15 +chr12 101193291 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00031521;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:15,8:10,6 +chr12 101259836 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.0246e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,20:8,13:9,7 +chr12 101259878 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,5:11,4:4,1 +chr12 102036362 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,10:9,8:4,2 +chr12 102228465 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=9.3791e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:11,25:5,8:6,17 +chr12 103404920 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.6819e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:37,22:15,12:22,10 +chr12 103775010 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.013346;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,13:14,10:5,3 +chr12 104161217 . A AT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0075114;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,4:11,7 +chr12 104637392 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0010679;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,12:6,11:0,1 +chr12 105619178 . CAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0091688;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,8:2,7:1,1 +chr12 105631649 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0066111;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:14,6:4,3 +chr12 105865663 . CA C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.017221;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,4:6,1 +chr12 106477891 . CTTTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010876;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:7,4:3,2 +chr12 107482985 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,2:3,1:4,1 +chr12 107643752 . C CTTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.055718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:9,3:6,2 +chr12 108490233 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.005418;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:3,4:1,2 +chr12 108757194 . TACACAC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,6:9,5:0,1 +chr12 109349658 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.015123;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:6,9:6,3 +chr12 109354618 . T TTAAAAAAAAAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.033228;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,6:13,4:15,2 +chr12 109427316 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,6:5,3 +chr12 109443214 . GTA G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.115;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:15,4:19,1 +chr12 109443262 . GTA G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.048762;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:18,5:17,2 +chr12 110595211 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0089009;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:11,4:4,2 +chr12 112713051 . CCTTCTTCTTCTTCTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:0,3:5,1 +chr12 112739417 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=6.4011e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:15,16:10,5 +chr12 113491777 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.0232e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,23:13,9:11,14 +chr12 114357023 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0082398;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:15,3:20,6 +chr12 114576263 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:1,0:18,4 +chr12 114781830 . T TAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0044074;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,9:12,7:5,2 +chr12 115927160 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,5:2,1 +chr12 117011127 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.025784;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,3:8,4 +chr12 117088680 . C CAAAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.010905;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,7:10,4:6,3 +chr12 117215869 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,4:8,1 +chr12 117361858 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,3:2,2:4,1 +chr12 117893017 . AT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.5381e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:9,8:12,5 +chr12 117995993 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.034767;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:9,7:4,2 +chr12 118204255 . G GA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00054483;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,12:13,9:5,3 +chr12 118646576 . G GT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.22807;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,6:10,4:1,2 +chr12 119075497 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,2:17,2 +chr12 120528211 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:4,2:3,1:1,1 +chr12 120868474 . TTG T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.05717;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:16,1:16,4 +chr12 121644589 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0058024;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,8:11,2 +chr12 124901888 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0065088;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:9,12:6,10:3,2 +chr12 127042467 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.2186e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:21,24:12,12:9,12 +chr12 127089069 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.037462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:13,4:16,6 +chr12 127225612 . TTTTC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,3:5,2 +chr12 127475365 . A ATTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,8:2,5:2,3 +chr12 127590198 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.2826e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:8,3:12,13 +chr12 127697209 . GGTGATAGTGGTGATGATGGCA G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.042786;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:22,3:13,4 +chr12 127736409 . C CTTTCT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:3,3:3,2 +chr12 128060616 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,2:3,1:4,1 +chr12 128278750 . A ATG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.036024;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:14,5:5,3 +chr12 128874102 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,5:4,3:11,2 +chr12 129643513 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.0437e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:9,8:14,6 +chr12 130155274 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.037408;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:12,4:10,7 +chr12 130897372 . G GACACACACACACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,8:5,6:2,2 +chr12 131259917 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.034956;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:14,3:4,2 +chr12 131925532 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,2:2,4 +chr12 132243194 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.21888;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:20,2:10,2 +chr12 132321203 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0069983;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,7:7,4:11,3 +chr12 132692569 . T TA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.039528;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:22,2:15,5 +chr12 132742222 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.033476;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:13,8:9,5:4,3 +chr13 18174876 . T C 0 PASS DP=280;GPV=1;SPV=0.025123;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:144,16:72,6:72,10 +chr13 18194860 . C T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.027244;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:75,17:35,12:40,5 +chr13 18320625 . A T 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.0020701;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:81,25:42,14:39,11 +chr13 19311248 . C CAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,9:2,8:3,1 +chr13 19779663 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.26692;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:16,2:2,2 +chr13 19970600 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.009224;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,7:3,2 +chr13 20063841 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015942;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,2:6,3 +chr13 20218615 . C CCT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.01905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,8:6,1:10,7 +chr13 20394727 . C T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=1.0869e-10;SS=2;SSC=99;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:33,28:18,16:15,12 +chr13 20958455 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,10:2,7:2,3 +chr13 21081796 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:10,4:6,2 +chr13 21136300 . T G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=9.5177e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:14,6:11,10 +chr13 21377451 . G T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.0017334;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:52,20:27,3:25,17 +chr13 21946632 . C CTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03366;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:11,8:13,5 +chr13 22314271 . TTTTTTG T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0090872;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,4:7,3 +chr13 22562413 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=8.7616e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:11,9:10,7 +chr13 22570106 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00040437;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:7,8:13,4 +chr13 23065294 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.701e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:17,10:13,7 +chr13 23204617 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,1:13,3 +chr13 23387468 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.10662;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:15,2:21,3 +chr13 23774784 . CTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:7,3:1,1 +chr13 23775127 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0096412;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:7,5:14,4 +chr13 24163332 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.6678e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:23,25:14,9:9,16 +chr13 24424673 . C CTTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.013499;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,8:8,4 +chr13 24472891 . GTT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00037946;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,14:10,11:3,3 +chr13 24586838 . C G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.047734;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:25,6:17,1 +chr13 25004051 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,3:8,1 +chr13 25081463 . C CTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:9,2:2,3 +chr13 25100046 . GTTTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:8,5:2,4 +chr13 26901899 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.04668;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:6,6:14,3 +chr13 27751173 . C CGAGAGA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,5:11,4:9,1 +chr13 27990755 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10815;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:21,1:9,5 +chr13 29286668 . G GTCTATCTATCTATCTATCTATCTA 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.018147;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,10:16,4:12,6 +chr13 30146490 . TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,8:4,5:5,3 +chr13 30688026 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,2:1,1:1,1 +chr13 30764285 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.8308e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:34,26:12,18:22,8 +chr13 30842612 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.24625;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:6,3:13,1 +chr13 30966432 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,9:4,6:1,3 +chr13 31685958 . C CAAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,6:7,5:8,1 +chr13 32523390 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.011404;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:9,8:13,7 +chr13 32799312 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,7:2,6:2,1 +chr13 33296436 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.031483;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:21,7:12,1 +chr13 34713680 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0044505;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:8,5:5,1 +chr13 35853771 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.9123e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:5,10:12,7 +chr13 36010051 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00071247;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,6:7,6 +chr13 39497293 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.3844e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:8,13:15,10 +chr13 39576811 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.023921;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,5:6,2:10,3 +chr13 40201734 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010062;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,5:2,2 +chr13 40714439 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.031468;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:21,1:23,5 +chr13 41758392 . ACGCTAG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:3,1:1,1 +chr13 42171828 . C CTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,8:4,7:0,1 +chr13 45958652 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.34103;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,4:6,3:11,1 +chr13 46515602 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,2:2,2 +chr13 48080396 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0062663;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,8:7,2 +chr13 48110844 . GTATATATATATATATATATATATATATATATATATA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,10:1,5:2,5 +chr13 48110884 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.00059227;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:3,13:0,6:3,7 +chr13 50316876 . G GATAAATAAATAAATAAATAA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,11:10,5:18,6 +chr13 50743178 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,7:7,4:13,3 +chr13 51825636 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:6,3:4,2:2,1 +chr13 53374580 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=6.5235e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:11,10:12,10 +chr13 53824645 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=5.7991e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:18,23:10,14:8,9 +chr13 54392755 . T TAA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0082887;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:9,4:15,6 +chr13 54963344 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.064151;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,6:9,4:10,2 +chr13 55338258 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.037194;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:11,5:5,2 +chr13 55388469 . AAG A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.14744;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,3:18,1 +chr13 56933829 . C G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,4:5,4 +chr13 57959564 . T A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.0555e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:10,7:16,7 +chr13 58465615 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=9.0336e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,22:14,12:12,10 +chr13 58857633 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0011442;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:16,4:13,5 +chr13 59663665 . G GCACACACA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.024807;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,7:5,2 +chr13 60776126 . T TTTTATTTATTTA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.015078;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:17,7:7,3 +chr13 61260559 . T TAGAG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10927;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,7:8,3:7,4 +chr13 61864731 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0030535;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,3:9,5 +chr13 61864743 . A ATTTACTTAATGAGAAATTAACT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039588;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:15,3:14,2 +chr13 63445366 . ATATAGATGAG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,1:5,3 +chr13 63534837 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:3,1:2,1 +chr13 64354724 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:12,7:1,1 +chr13 64633674 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,4:9,3:2,1 +chr13 64922205 . C CAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:10,7:1,1 +chr13 66873940 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.02396;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:2,1:3,5 +chr13 67557953 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.2509e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:24,24:12,9:12,15 +chr13 68070422 . G GAGAGAAGAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0054674;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,10:7,3:4,7 +chr13 69542750 . A AT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.097509;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,3:8,2 +chr13 71291325 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,5:9,1 +chr13 71590875 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:3,3:6,1 +chr13 72945581 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.5309e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:10,10:10,8 +chr13 72966941 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0010086;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:2,7:8,5 +chr13 73934950 . ATTAT A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0056474;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:14,7:8,3 +chr13 74814335 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=2.9228e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,22:18,13:8,9 +chr13 75142489 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020376;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,7:6,3:5,4 +chr13 75157414 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=6.9612e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:8,15:12,5 +chr13 76318655 . C G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,4:5,2:5,2 +chr13 76318660 . A ATG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,4:5,2:5,2 +chr13 76457792 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,4:3,3:13,1 +chr13 82047149 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0001126;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:5,11:9,8 +chr13 82082276 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.8837e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:9,15:12,7 +chr13 82084148 . G GGT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.015511;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,8:15,4:7,4 +chr13 82392688 . TAAAAAAAAA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010683;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:8,7:6,4 +chr13 85510720 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=4.5153e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:9,10:20,9 +chr13 87433344 . CACTTGAAACTAACAATATTTTAAAAG C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.063556;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:10,4:10,4 +chr13 87860077 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:7,2:4,1:3,1 +chr13 89038023 . G GTA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.17207;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:13,5:10,1 +chr13 90271648 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,7:0,1:1,6 +chr13 90314350 . CACAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:10,2:15,2 +chr13 90314366 . TAC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:5,3:16,3 +chr13 90314394 . C CACT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12337;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,5:10,4:14,1 +chr13 90314398 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.051469;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,7:8,5:9,2 +chr13 90535531 . GT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:12,12:6,8:6,4 +chr13 93102644 . C CAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.069764;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,8:14,7:7,1 +chr13 93719694 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.9137e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,19:7,7:8,12 +chr13 93979319 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.031815;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:2,4:14,3 +chr13 95350698 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.04524;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:15,8:10,3 +chr13 96242577 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.21758;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:16,1:16,3 +chr13 96866641 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.042556;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,7:8,3:4,4 +chr13 96943450 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,1:3,4 +chr13 97745962 . TAA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=9.1959e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:7,21:4,10:3,11 +chr13 98372081 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013375;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:9,8:1,1 +chr13 98488160 . G GACAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0061246;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,8:3,7:3,1 +chr13 100067016 . G GTATA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,3:11,1 +chr13 100348890 . TTTCC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.1043;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:11,2:14,4 +chr13 100524374 . C CGTGTGTGTGT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.01504;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:5,3:18,7 +chr13 100609682 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.058759;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:13,4:20,2 +chr13 100812765 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=6.3369e-11;SS=2;SSC=101;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:19,30:12,17:7,13 +chr13 101256765 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,8:7,1 +chr13 104361264 . C CT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.3655e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,12:9,9:5,3 +chr13 104467288 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.1402e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:14,9:11,6 +chr13 104934498 . C A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=4.489e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:15,14:8,9 +chr13 105286843 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,3:7,8 +chr13 106169412 . T TAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0007996;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,14:5,9:2,5 +chr13 106281922 . AAAT A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,1:14,3 +chr13 106395375 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.5832e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,22:14,11:11,11 +chr13 109392632 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.23992;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:8,2:13,1 +chr13 109670435 . G GT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:2,4:1,2:1,2 +chr13 109765589 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:1,0:12,4 +chr13 110481218 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:5,4:13,1 +chr13 110516896 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045968;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:3,4:13,2 +chr13 110603307 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00017215;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,10:4,8:4,2 +chr13 111680082 . AAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:0,4:7,8 +chr13 112279249 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:15,1:4,3 +chr13 112292665 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.082314;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:23,4:19,4 +chr13 112300579 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,1:9,3 +chr13 112863264 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.028868;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,6:9,2 +chr13 113512746 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,2:3,2 +chr13 113600427 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,3:7,2 +chr13 113640819 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00023524;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:18,10:12,8 +chr13 114028232 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 +chr14 16032010 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.026087;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 +chr14 18254190 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048825;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,5:10,5 +chr14 18403011 . C A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,3:4,2 +chr14 18631061 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,3:10,1 +chr14 18679857 . TA T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.027603;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:24,9:17,6 +chr14 18951065 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0054626;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:5,3:12,9 +chr14 18953821 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.016516;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:20,2:30,5 +chr14 19115443 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:17,4:1,1 +chr14 19271533 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 +chr14 19339980 . T TC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.028508;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,6:12,3:13,3 +chr14 19340017 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:16,3:2,1 +chr14 19397645 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016895;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:10,1:14,4 +chr14 19475796 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:3,2:11,2 +chr14 19480483 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.047268;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:26,8:11,4 +chr14 19489756 . T G 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.03269;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:71,21:28,9:43,12 +chr14 19708740 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.14106;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:31,4:14,1 +chr14 19833665 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=6.6042e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:12,6:13,14 +chr14 20506338 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0070965;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,14:1,3:6,11 +chr14 21460585 . C CAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,7:3,2 +chr14 22782464 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.045689;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:22,3:21,4 +chr14 23016888 . AT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.092709;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,3:14,1 +chr14 23129127 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.0826e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:13,10:13,8 +chr14 23779038 . CTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,8:1,1:1,7 +chr14 24004269 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0048364;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:12,5:0,1 +chr14 25125164 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.059881;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:13,5:2,1 +chr14 26941188 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.5607e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:17,23:10,12:7,11 +chr14 27112425 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.0511e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,19:9,12:3,7 +chr14 28392771 . C CT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.3087e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:11,6:10,7 +chr14 28562095 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,1:14,3 +chr14 29466224 . TAAATATATAATATATAA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,5:6,3 +chr14 30434626 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:5,2:5,2 +chr14 32056469 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.025586;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,12:1,3:10,9 +chr14 33541098 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.038751;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:20,5:15,2 +chr14 34371073 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:13,5:4,1 +chr14 34784368 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,5:0,2:4,3 +chr14 34890002 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027664;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,10:6,8:10,2 +chr14 35259993 . G GT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:8,4:5,5 +chr14 35977406 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.21888;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,1:16,3 +chr14 37181064 . TTTTA T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:9,8:10,3 +chr14 37200892 . GTGTGTGTA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.049827;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,6:8,3 +chr14 37433616 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.7351e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:12,21:5,14:7,7 +chr14 38953429 . A AGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:4,5:2,1 +chr14 38989050 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0023054;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,9:8,3:8,6 +chr14 40464959 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=2.4234e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:14,12:9,10 +chr14 41051835 . C CATTATTATTATTATTATTATT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,10:4,5:3,5 +chr14 41494216 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.8335e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:21,23:9,14:12,9 +chr14 42157721 . TA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.070365;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:6,3:14,4 +chr14 44684892 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0049228;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:16,5:3,3 +chr14 45757259 . G GGCTTGCTTGCTTGCTTGCTT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0015921;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,12:8,4:12,8 +chr14 46266489 . CAAACA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,1:7,3 +chr14 46275141 . TAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,4:6,3:6,1 +chr14 47361207 . C CTA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0018885;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:12,7:9,2 +chr14 49799207 . C CAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.064856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,7:11,6:4,1 +chr14 50239185 . AAAG A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0023885;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,11:7,8:4,3 +chr14 50585894 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.4733e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:10,16:17,5 +chr14 51068346 . CAAA C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.035023;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:27,4:23,2 +chr14 51247352 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,7:4,5:2,2 +chr14 51646318 . CAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,4:3,1 +chr14 52107305 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:2,2:5,2 +chr14 52739632 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,5:4,1 +chr14 52762858 . TTTTC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,4:5,1 +chr14 52779724 . T TAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:1,5:4,1 +chr14 54208438 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00064075;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:10,6:16,4 +chr14 55099607 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,9:6,2:5,7 +chr14 55990192 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.069424;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:13,3:9,4 +chr14 56102549 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.004119;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:4,6:3,2 +chr14 56546913 . AT A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=9.0495e-07;SS=2;SSC=60;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:8,6:14,12 +chr14 56883287 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:4,3:3,1 +chr14 57381058 . A AGAAG 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.070174;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,5:10,4:17,1 +chr14 57381064 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.028751;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,9:9,7:9,2 +chr14 58743217 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.023494;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:18,4:15,4 +chr14 58954563 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.00014931;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:46,20:25,12:21,8 +chr14 59289767 . G GATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.018966;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:7,3:4,3 +chr14 59575505 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00096036;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,12:9,6:0,6 +chr14 59749420 . C CTA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:1,1:3,1 +chr14 60784179 . A ATTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,9:2,4:4,5 +chr14 61106104 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:31:0,6:0,3:0,3 +chr14 61607114 . G GGTGTGTGCGT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.047515;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,10:13,4:7,6 +chr14 62799573 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:5,4:2,2 +chr14 63074461 . TATGTCA T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.7204e-08;SS=2;SSC=74;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:13,6:4,11 +chr14 64716465 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,6:3,3:3,3 +chr14 65436630 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:5,2:1,1:4,1 +chr14 67179340 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.0979e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:22,27:11,13:11,14 +chr14 67323261 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.14256;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:20,3:11,1 +chr14 67389775 . C CT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00060405;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:12,4:4,4 +chr14 67655028 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,10:6,9:3,1 +chr14 68388076 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.093861;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:21,1:10,3 +chr14 68635709 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=3.2589e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:9,8:14,5 +chr14 70659134 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:15,5:16,2 +chr14 71708015 . GT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016908;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,5:5,1 +chr14 71845111 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0051416;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:7,2:8,8 +chr14 71845125 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,1:6,5 +chr14 71899692 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.637e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:10,13:9,3 +chr14 73258618 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,4:14,1:4,3 +chr14 73395037 . T TTG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.004257;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,7:4,5:0,2 +chr14 73401563 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.042832;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,4:9,3 +chr14 73834946 . A AGT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:2,3:3,3 +chr14 73844185 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,4:10,2:8,2 +chr14 74335740 . A AT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.034367;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:14,1:8,4 +chr14 76678199 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.0264e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:13,14:9,9 +chr14 77501593 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:5,5:5,1 +chr14 77642878 . ATAAATGTGTGT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,10:9,5:1,5 +chr14 77648612 . GAAAGGAAAGAAGA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.024217;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,7:8,3 +chr14 77657742 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:4,4:4,1 +chr14 78073537 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,3:8,4 +chr14 79284343 . CATATAT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,5:6,3:0,2 +chr14 79601040 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,11:1,9:7,2 +chr14 79921819 . T TTC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:0,2:0,0:0,2 +chr14 81807138 . TCAC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:5,6:15,2 +chr14 82885965 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.031249;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,8:14,7:2,1 +chr14 83298937 . G GT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,4:8,3 +chr14 83759808 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.9123e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:11,8:7,10 +chr14 84790356 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:1,1:0,1 +chr14 85109882 . ATACG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,1:12,3 +chr14 85109901 . C CG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1672;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,4:17,1:16,3 +chr14 85504440 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0099771;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,12:2,10:3,2 +chr14 85598916 . G GTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024638;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:14,8:2,2 +chr14 87349200 . GTTTT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:8,4:8,1 +chr14 88205542 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02564;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:8,4:3,4 +chr14 88212109 . A AATATATATATATATATATAT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:10,3:8,2 +chr14 88990751 . T TC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.045802;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,2:12,4 +chr14 89336250 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:4,4:15,1 +chr14 90046237 . CTT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:4,1:1,1 +chr14 90144495 . C CTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,8:2,5:3,3 +chr14 90515076 . CT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.021743;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:16,4:3,2 +chr14 90675064 . C CCGGTGGTT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.040958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,12:13,9:17,3 +chr14 90675068 . CCCCTA C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.017517;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,14:13,9:14,5 +chr14 90675076 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0067999;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,13:12,9:11,4 +chr14 90675077 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.012514;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:15,10:12,5 +chr14 91044346 . AGAAAGAAAGAAAGAAAGAGAAAGAAAGAAGGAAAGAAAGAAAGAAG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,2:5,2 +chr14 91586577 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,1:13,3 +chr14 91586581 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083817;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,2:15,2 +chr14 94598852 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=8.9063e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:13,13:14,11 +chr14 94701786 . G GA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.04269;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:10,3:7,5 +chr14 94740143 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.2394e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:29,23:19,14:10,9 +chr14 95578854 . CTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:4,6:2,1 +chr14 95817827 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.9774e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:10,10:8,7 +chr14 95845501 . T TCA 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00068033;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,20:13,5:12,15 +chr14 95943673 . A T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.1682e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:10,11:13,8 +chr14 98014407 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,3:5,2:1,1 +chr14 98090703 . CTTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0062751;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:8,8:4,2 +chr14 98247482 . A AT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,4:5,1 +chr14 98430947 . C CA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0045584;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,8:20,6:12,2 +chr14 98656998 . TA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0094013;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:13,3:4,3 +chr14 98667025 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.057792;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chr14 100100784 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.093821;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,7:11,6:10,1 +chr14 101724878 . CTA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.044153;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:12,4:13,4 +chr14 101765734 . AT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,1:7,3 +chr14 102198097 . CTTTATTTA C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.026923;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:9,4:17,7 +chr14 102202372 . GT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.27668;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:8,1:5,2 +chr14 102463416 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.048842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,5:21,1:5,4 +chr14 102692768 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:2,4:4,4 +chr14 103467674 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0729;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,6:16,5:8,1 +chr14 103683237 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=9.577e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:13,12:18,6 +chr14 105736712 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.041509;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:1,6:16,4 +chr14 105744265 . T A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.015261;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:48,8:24,5:24,3 +chr14 105763959 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.028667;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:22,5:8,1 +chr14 105992368 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.04073;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:5,1:17,6 +chr14 105992391 . T TCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.24625;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,4:9,2:10,2 +chr14 106330206 . T C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.04214;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:44,8:17,5:27,3 +chr15 17074312 . T A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.035564;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:51,8:27,3:24,5 +chr15 17949032 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:15,2:3,2 +chr15 19417458 . G A 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.042691;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:75,12:40,7:35,5 +chr15 19904285 . CT C 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0080542;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:64,10:27,2:37,8 +chr15 19925520 . G A 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.021921;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:95,15:54,5:41,10 +chr15 20034110 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.077637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:19,1:23,4 +chr15 20104979 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16049;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:13,4:18,1 +chr15 20123651 . TA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.021168;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:8,2:13,4 +chr15 20141272 . G T 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.0033445;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:64,20:45,12:19,8 +chr15 20239156 . T C 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.012734;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:36,4:19,3 +chr15 20251534 . C T 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.021476;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:83,21:36,10:47,11 +chr15 20274409 . T C 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.018172;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:72,22:38,8:34,14 +chr15 20309052 . TGATGA T 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.023365;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:58,7:39,1:19,6 +chr15 20427360 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048554;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,5:8,1 +chr15 20495787 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,4:3,4 +chr15 20542554 . C G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.001061;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:22,15:12,9:10,6 +chr15 20585598 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.012777;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:21,4:16,4 +chr15 20760843 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:7,2:0,0 +chr15 20940008 . A AGCGAGGCAAG 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.026673;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:62,14:33,7:29,7 +chr15 21112441 . TGGCTA T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.059112;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:31,2:22,4 +chr15 21275609 . C CA 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.029691;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:88,21:43,10:45,11 +chr15 21355190 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.075302;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:15,3:16,2 +chr15 21442268 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.015531;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:21,6:20,3 +chr15 21495301 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3 +chr15 21640770 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,6:8,1 +chr15 21642220 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.26383;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:5,2:15,3 +chr15 21917714 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.021811;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:49,14:19,10:30,4 +chr15 22421798 . A C 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.039392;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:62,17:26,9:36,8 +chr15 22597673 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00014569;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:11,5:10,15 +chr15 22821649 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,2:1,1:0,1 +chr15 23041964 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.082337;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,1:7,5 +chr15 23043520 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.26573;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:16,3:7,1 +chr15 23047926 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 +chr15 23149525 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.033582;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,6:5,1 +chr15 23347821 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.057558;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:24,1:12,4 +chr15 24262448 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0060315;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,6:4,3 +chr15 24369770 . AT A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.04773;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2 +chr15 25953441 . CTT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.086687;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,10:3,6:3,4 +chr15 25967006 . TTTATATATA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.020719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,2:3,4 +chr15 26355115 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.108e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:25,25:15,12:10,13 +chr15 26361251 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:4,2:9,2 +chr15 26665926 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.7527e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:8,8:11,9 +chr15 26760768 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0027222;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:14,5:6,4 +chr15 26946807 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.2987e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:12,7:10,8 +chr15 27001888 . G GTTTTTTTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,5:2,4:4,1 +chr15 27306943 . TATATA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.058021;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:13,3:13,4 +chr15 27307407 . A ATG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,4:11,3:13,1 +chr15 27602343 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.2072e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:6,11:14,9 +chr15 28472246 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.036691;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:24,4:20,1 +chr15 28488117 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,4:9,1:10,3 +chr15 28808374 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.011156;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:46,17:23,5:23,12 +chr15 29975228 . C CAAGA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,12:9,9:5,3 +chr15 30150979 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.028132;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:18,2:4,3 +chr15 30326364 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.19804;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,5:11,3:7,2 +chr15 30371006 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.036306;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:17,6:21,1 +chr15 30596779 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.033698;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:14,1:11,6 +chr15 30652848 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013375;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,2:6,7 +chr15 31199330 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 +chr15 32387887 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.027339;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:3,2:19,10 +chr15 32424950 . A T 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.01026;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:92,25:52,17:40,8 +chr15 32457303 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.042279;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:12,4:29,5 +chr15 32591731 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 +chr15 32738083 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028205;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:7,3:1,1 +chr15 33271983 . ATT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:1,2:0,0:1,2 +chr15 33572654 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13283;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:23,3:5,1 +chr15 34181727 . C CAT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,4:11,3:12,1 +chr15 34518917 . G GAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.03366;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,14:10,8:14,6 +chr15 34709673 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:4,2:7,7 +chr15 36521645 . AGAAAAGAAAG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0073297;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,7:8,4:1,3 +chr15 36521672 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,2:0,2 +chr15 37334425 . T TTATATA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0054438;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:8,7:3,1 +chr15 37402739 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.043422;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,1:8,5 +chr15 38112415 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:47:2,8:0,2:2,6 +chr15 38369233 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,4:3,1:1,3 +chr15 40073724 . CTTT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.035178;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:10,6:15,5 +chr15 40318685 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.04741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,8:7,7:6,1 +chr15 40377313 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0019978;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:8,9:10,4 +chr15 41615216 . A AT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.565e-06;SS=2;SSC=54;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:28,20:13,9:15,11 +chr15 42785115 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.019162;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:3,6:9,1 +chr15 43261074 . GTGT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,2:6,2 +chr15 43608459 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.071818;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:13,4:9,2 +chr15 44764928 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.7648e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:12,10:8,4 +chr15 46106874 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.03936;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:16,2:25,3 +chr15 46546000 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.3453e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:9,6:9,7 +chr15 47083875 . T TTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045213;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:13,7:9,4 +chr15 47133961 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0073228;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,9:4,2 +chr15 48568052 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,4:15,3:3,1 +chr15 50169282 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.12269;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:22,5:9,1:13,4 +chr15 50615163 . CAAAAAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17207;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:15,5:8,1 +chr15 50772849 . T G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:2,2:3,3 +chr15 51079855 . CAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0083426;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,5:2,3 +chr15 52697957 . ATTT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,3:7,1 +chr15 53135920 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.016315;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:16,9:6,2 +chr15 53703277 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00011889;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:17,8:10,12 +chr15 54280745 . TAC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,3:7,4 +chr15 54475281 . TTTATTATTATTATTA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0022329;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:8,20:5,9:3,11 +chr15 55119378 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.074336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,4:10,1 +chr15 55370885 . GAA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:13,8:1,2 +chr15 55428466 . TCTCA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0078215;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:5,4:4,7 +chr15 58726567 . C CA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,4:1,3:0,1 +chr15 60878343 . CAAA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,10:8,9:3,1 +chr15 61184986 . C CAAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:2,4:4,1 +chr15 61277734 . T TC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:9,8:6,2:3,6 +chr15 63158567 . ATT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0015492;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,14:0,11:5,3 +chr15 64577230 . AATAC A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029832;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,5:2,3 +chr15 65221802 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0022391;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:2,5:9,8 +chr15 65284337 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:10,3:4,3 +chr15 65986793 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:6,2:4,2 +chr15 66632730 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,9:5,6:5,3 +chr15 67244127 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.5575e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:13,12:10,7 +chr15 67875410 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,2:4,3 +chr15 68368877 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,2:11,2 +chr15 69808686 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,4:8,2:11,2 +chr15 71416711 . ATTTTG A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036162;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:13,6:11,4 +chr15 72151953 . TTTATTTA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.17271;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:15,1:17,3 +chr15 72436772 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.075e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:18,31:12,17:6,14 +chr15 72860754 . TATCTATCTATCTATCTATCTATCC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0307;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,6:14,3:8,3 +chr15 72948523 . T TAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04422;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:7,6:7,1 +chr15 74076151 . T G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.041086;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:14,3:26,10 +chr15 74170093 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.049242;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:17,6:18,2 +chr15 74894039 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.10909;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,2:2,2:0,0 +chr15 75184978 . CTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:3,9:6,1 +chr15 76475634 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.1043e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:11,6:11,9 +chr15 77378188 . T TTATATATATATA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.013807;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:13,8:10,5 +chr15 77746207 . CAAA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.006848;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,10:11,8:5,2 +chr15 78920737 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=8.3675e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3 +chr15 78968262 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.030276;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:22,3:15,3 +chr15 79273657 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27277;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:14,1:7,3 +chr15 80637342 . C CAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.032417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:11,7:1,1 +chr15 82108073 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,5:4,4:4,1 +chr15 82367272 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0050719;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:7,1:9,7 +chr15 82367273 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022726;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:7,1:8,7 +chr15 82367274 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.011329;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:7,2:8,7 +chr15 82520259 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.21758;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,3:18,1 +chr15 82526543 . ATTTATAGTTTAAATTTATTTGTGTTTCTAATTTATAG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.012459;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,10:12,5:10,5 +chr15 82902197 . A AT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00022489;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:14,15:8,11:6,4 +chr15 84426018 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.026626;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:24,7:17,6 +chr15 85293018 . ATT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:11,3:9,5 +chr15 85355163 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,7:1,4:10,3 +chr15 85359195 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029349;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,8:6,7:6,1 +chr15 85765636 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,4:3,1:4,3 +chr15 85896830 . G GTCTC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,4:2,1:5,3 +chr15 86160099 . GT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0028624;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:6,5:4,7 +chr15 86271043 . A ATTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,3:7,1 +chr15 86391640 . G GT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,1:6,3 +chr15 86724235 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,6:11,5:3,1 +chr15 89424577 . G GAATTAGAAAGGTTGCTTCTGCCACCCAGTCACTTCCCAAAGT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,2:10,2 +chr15 89424578 . T G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,2:10,2 +chr15 89541444 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00037187;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6 +chr15 91406849 . CAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,8:5,7:0,1 +chr15 93463490 . C CAAAAAAAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,4:6,3:3,1 +chr15 94744908 . AGGAG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 +chr15 95100648 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00022188;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:10,7:12,3 +chr15 95620717 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:8,5:3,3 +chr15 97186929 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=6.0344e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:16,26:6,11:10,15 +chr15 97466847 . GAA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,2:9,2 +chr15 98367147 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,3:3,1:1,2 +chr15 98489320 . G GTA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3 +chr15 98878663 . CAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:8,4:0,1 +chr15 99750660 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.012427;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:17,3:10,6 +chr15 100356520 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=7.0704e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:20,22:10,14:10,8 +chr15 100535801 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.031065;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,3:6,5 +chr15 101661101 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.090326;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:22,4:22,1 +chr15 101755793 . G C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3 +chr15 101759784 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.028059;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:25,3:17,3 +chr15 101944808 . C T 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.0027971;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:98,29:52,19:46,10 +chr15 101951124 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024579;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,4:9,2 +chr16 825460 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.1717e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:13,6:16,10 +chr16 858660 . G GC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14691;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,3:14,2 +chr16 1092432 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.28111;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:7,3:20,1 +chr16 1511927 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0012196;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:9,2:15,8 +chr16 2524524 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.1033e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:11,10:10,12 +chr16 2599069 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.0325e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:31,21:17,14:14,7 +chr16 3146294 . G GC 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00017382;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:10,4:10,14 +chr16 3944592 . AAAGAAGAAGAAG A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0020704;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:7,6:0,2 +chr16 4227064 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.017118;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:12,3:8,7 +chr16 4237956 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=4.0661e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:13,7:13,10 +chr16 5202753 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:10,1:5,4 +chr16 5488566 . TG T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:14,4:2,2 +chr16 6806836 . A ATATATATATATAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17217;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:5,1:4,4 +chr16 6861823 . G GTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,3:4,2 +chr16 6864991 . TTTTC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.062457;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,1:9,4 +chr16 7330510 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.013487;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,6:4,2:6,4 +chr16 7508622 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00037122;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:16,8:12,5 +chr16 8707353 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0087781;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,7:8,4:15,3 +chr16 8773105 . TACAC T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0051611;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:21,16:12,12:9,4 +chr16 8990182 . C CA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0026611;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,9:15,7:7,2 +chr16 9193261 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076832;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,1:14,3 +chr16 9193263 . CTTTCTGTCTCTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040021;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:4,1:13,4 +chr16 9965116 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=9.2748e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:14,6:13,8 +chr16 10986012 . ATTTTTTTTT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:7,1:6,5 +chr16 11486257 . AGATGGATGGATGGAGG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.18237;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:8,5:13,1 +chr16 11520664 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:8,5:7,1 +chr16 11855946 . GTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,9:7,6:4,3 +chr16 11893093 . G GT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=9.5714e-08;SS=2;SSC=70;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:14,11:8,8 +chr16 12101301 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:1,3:3,1 +chr16 12182189 . G GT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,10:5,9:3,1 +chr16 12441089 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.065489;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:11,3:6,1 +chr16 12619111 . GAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0039295;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,8:2,7:2,1 +chr16 12970351 . GTGTATATA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:2,2:1,3 +chr16 13107472 . G GAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0096894;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:6,5:1,1 +chr16 14435896 . T TCACA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.027067;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:18,14:18,12:0,2 +chr16 15263066 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.13506;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:23,2:19,4 +chr16 16324387 . C T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.041457;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:50,13:11,4:39,9 +chr16 16468806 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.064494;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:20,5:18,1 +chr16 16473782 . G C 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.026432;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:42,13:14,4:28,9 +chr16 16508138 . GA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15645;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,1:15,4 +chr16 16600714 . TC T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:13,4:9,3:4,1 +chr16 16607270 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0075808;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:10,3:14,9 +chr16 16663176 . T C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.024133;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:20,9:24,3 +chr16 16936582 . A ATAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,3:0,0:0,3 +chr16 18683772 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,2:1,2 +chr16 19093031 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:14,6:2,2:12,4 +chr16 19363464 . CAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,9:4,8:0,1 +chr16 20513554 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00016294;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:13,5:11,6 +chr16 21244072 . TA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,2:17,4 +chr16 21921367 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr16 22042437 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.0279e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:9,9:13,8 +chr16 22081064 . T TAA 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.036285;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:19,7:18,4 +chr16 22234877 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:6,7:1,1 +chr16 22955353 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0014133;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:24,9:21,4 +chr16 23875562 . C CAT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.040176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,9:19,7:10,2 +chr16 23875617 . CAT C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.031193;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:22,7:12,5 +chr16 24396302 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0010413;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,4:7,7 +chr16 24420042 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.2196e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:13,4:12,12 +chr16 24440766 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0056638;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,5:3,3 +chr16 24461423 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.00037161;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,7:3,3:1,4 +chr16 24482261 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:4,6:2,3 +chr16 24830828 . ATT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 +chr16 24888478 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,2:3,2:0,0 +chr16 25182809 . A C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:6,3:2,2:4,1 +chr16 26663859 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,1:11,3 +chr16 26737206 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,5:5,1:6,4 +chr16 27077403 . C CCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTCTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,4:4,1:15,3 +chr16 28819391 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,7:4,1 +chr16 29057728 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 +chr16 29495118 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.1625;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:16,3:13,2 +chr16 29677012 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.029832;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,8:6,6:5,2 +chr16 30219035 . AACACACACACACACAC A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,6:18,4:0,2 +chr16 30244853 . A AT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.024615;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,9:28,7:5,2 +chr16 30327682 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0022268;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:13,8:12,13 +chr16 31027172 . ATT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,2:5,4 +chr16 31660065 . T G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.4711e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:24,33:14,18:10,15 +chr16 32431415 . C CA 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.0046163;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:77,9:36,3:41,6 +chr16 32432148 . CTATTTT C 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.043374;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:57,14:22,2:35,12 +chr16 32742591 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011783;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,2:6,3 +chr16 32806184 . C A 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.037006;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:123,15:61,11:62,4 +chr16 32828383 . A G 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.0064393;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:79,18:33,11:46,7 +chr16 32840133 . T C 0 PASS DP=508;GPV=1;SPV=0.033921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:283:248,35:118,22:130,13 +chr16 32840428 . A G 0 PASS DP=331;GPV=1;SPV=0.0037718;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:149,32:56,7:93,25 +chr16 32924356 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,1:5,3 +chr16 33066992 . G C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.03297;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:11,2:13,4 +chr16 33336271 . G C 0 PASS DP=248;GPV=1;SPV=0.025434;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:133,22:74,15:59,7 +chr16 33337167 . T C 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.026253;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:91,13:43,5:48,8 +chr16 33573794 . C T 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=4.2437e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:48,26:24,15:24,11 +chr16 33733280 . AC A 0 PASS DP=349;GPV=1;SPV=0.015777;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:153,21:81,11:72,10 +chr16 33737560 . G T 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.025573;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:137,20:45,8:92,12 +chr16 33913297 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=7.4607e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:13,10:12,5 +chr16 34641277 . T TA 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.031989;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,7:31,2:16,5 +chr16 34641305 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.015177;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:52,6:30,2:22,4 +chr16 34790316 . A T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.046508;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:48,14:26,10:22,4 +chr16 34805509 . G A 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.0039048;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:83,13:61,9:22,4 +chr16 36108857 . A G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.046237;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:48,6:22,1:26,5 +chr16 36121348 . C G 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.039594;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:73,12:30,4:43,8 +chr16 36122861 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.0806e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:14,7:8,7 +chr16 37816259 . A T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,1:3,3 +chr16 37852203 . G C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.006543;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:17,7:30,1 +chr16 37852518 . C G 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.028777;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:94,14:13,5:81,9 +chr16 38280337 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0076646;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:3,4:30,8 +chr16 47102417 . A T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.0295e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:23,25:11,14:12,11 +chr16 48737570 . T TACAC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0088657;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,11:9,5:9,6 +chr16 48805638 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.026903;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,7:10,6:5,1 +chr16 50116900 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:9,4:4,2 +chr16 50761746 . A ATATCTATCTATCTATC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:9,7:10,3 +chr16 51523034 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.9184e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:5,9:7,6 +chr16 52660470 . TAAAAAAA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,4:5,3 +chr16 52804555 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=1.6121e-06;SS=2;SSC=57;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,13:2,6:2,7 +chr16 52991588 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.052719;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:17,3:10,2 +chr16 54702775 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.059571;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:13,6:4,2 +chr16 57030466 . GAAAA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:13,2:5,2 +chr16 57899327 . A T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.0528e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:25,27:15,18:10,9 +chr16 57973361 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015475;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,6:7,3 +chr16 58478403 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.020668;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,4:7,1:4,3 +chr16 59284332 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.107e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:11,10:12,12 +chr16 59666520 . T TAC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.01056;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:14,9:7,5 +chr16 60238853 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.2662e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,4:7,7 +chr16 62126371 . ATATATTCAG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,2:5,2 +chr16 62471538 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.1631e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:14,9:10,9 +chr16 63421692 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:38:0,2:0,0:0,2 +chr16 64312021 . TA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,4:6,1 +chr16 65648766 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:3,3:2,2:1,1 +chr16 65690848 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,4:8,1 +chr16 66861200 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.047776;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:22,6:4,5 +chr16 66970863 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=9.6406e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:12,9:14,5 +chr16 68532521 . CTGTGTGTGTGTG C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0038666;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:12,7:10,7 +chr16 68583454 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,8:0,7:3,1 +chr16 68922027 . TA T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.5648e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:15,7:14,7 +chr16 69511409 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10559;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:12,1:20,3 +chr16 69665646 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.098151;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:7,2:15,4 +chr16 70090016 . A C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04939;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:18,4:18,4 +chr16 70125552 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.050318;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,6:19,5:7,1 +chr16 70187410 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.048775;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,5:15,1:17,4 +chr16 70188113 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.022677;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:11,3:14,3 +chr16 70532357 . C CAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,7:9,4:15,3 +chr16 70902823 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,4:4,3:4,1 +chr16 70937669 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,8:5,2 +chr16 71031199 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.006391;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:3,4:5,1 +chr16 71092724 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017327;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,2:7,7 +chr16 71382155 . A AAGGAAGGAAGGAAGGAAG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,6:10,5:5,1 +chr16 72195980 . AATGTGTGTGT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.093861;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,1:16,3 +chr16 72323845 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.029259;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,7:13,6:6,1 +chr16 73155180 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:20,4:3,1 +chr16 73346634 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=4.699e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:19,26:12,16:7,10 +chr16 73534743 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.0995e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:7,9:8,7 +chr16 73606180 . TAAAAAAAAA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,2:5,2 +chr16 74109717 . ATTTAAT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075047;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,1:13,4 +chr16 74138987 . T TACAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,8:4,6:1,2 +chr16 74512160 . C CTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.028446;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:6,8:16,2 +chr16 74882807 . CAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:8,5:3,1 +chr16 75438992 . C CTT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.037457;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,9:13,8:4,1 +chr16 76056284 . CT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00084999;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:10,7:12,4 +chr16 76092653 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.4245e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:10,7:10,8 +chr16 76518615 . T TG 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,4:9,1:8,3 +chr16 76974053 . A AT 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=8.9816e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,19:20,11:7,8 +chr16 77910158 . A C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.6041e-09;SS=2;SSC=87;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:20,26:15,11:5,15 +chr16 78229508 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.005531;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:9,5:14,4 +chr16 78991600 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:7,9:4,1 +chr16 80723975 . G GAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.025116;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,9:10,5:7,4 +chr16 81159638 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.1066e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:31,28:21,19:10,9 +chr16 82901364 . GTGTC G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.040194;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:15,7:13,6 +chr16 83000574 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027005;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,5:5,5 +chr16 83191464 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,3:8,1 +chr16 83201744 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0017626;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:11,4:7,4 +chr16 83334363 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.19386;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,3:16,1 +chr16 83405655 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00046557;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:20,7:18,7 +chr16 83443717 . AAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATAT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,15:4,7:4,8 +chr16 83460982 . A AACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,8:7,6:1,2 +chr16 83843818 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:21,2:14,2 +chr16 85387996 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,5:1,4:5,1 +chr16 85443982 . C CTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.043512;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:1,3:2,2 +chr16 86040590 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,3:13,1 +chr16 86108465 . TTAC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06862;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:16,3:8,4 +chr16 86421862 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16205;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:15,5:7,1 +chr16 86470758 . CAAAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,9:7,8:3,1 +chr16 86720545 . T TCTCTCTCTCACACACACACACACACA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.031293;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,8:20,2:6,6 +chr16 87814170 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,5:1,1 +chr16 88590564 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,5:6,1 +chr16 89634087 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0055698;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:9,4:5,7 +chr17 118657 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.04316;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:21,2:14,12 +chr17 218207 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.035018;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,5:17,5 +chr17 232829 . CGTGT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,9:9,6:4,3 +chr17 234083 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:1,4:8,1 +chr17 242763 . A AC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15472;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:9,2:19,3 +chr17 489078 . T TG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:9,3:1,3 +chr17 643595 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0016056;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:19,12:0,6 +chr17 724675 . TA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,2:1,2:0,0 +chr17 790918 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,2:3,1:2,1 +chr17 994181 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:1,1:8,3 +chr17 1121543 . TC T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.033085;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:17,4:24,2 +chr17 1164351 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.03797;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:23,2:5,5 +chr17 1404055 . GAGAGGGC G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.01571;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,16:12,9:14,7 +chr17 1427030 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:7,3:5,3 +chr17 1563700 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00066955;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,10:1,7:3,3 +chr17 1961983 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0070131;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,10:8,8:3,2 +chr17 1964788 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.00011908;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,8:0,6:1,2 +chr17 2352775 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10008;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:6,4:12,2 +chr17 2778007 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:6,6:2,1 +chr17 2889889 . A ATATATATATTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,5:8,4:6,1 +chr17 3240047 . TAAAA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.018621;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:15,5:6,6 +chr17 3649451 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0056346;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:7,8:4,4 +chr17 3966363 . GTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,4:4,2 +chr17 4564645 . TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:2,1:10,4 +chr17 4715726 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.083573;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:16,5:13,2 +chr17 4999797 . G C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.0006e-10;SS=2;SSC=95;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:21,29:14,18:7,11 +chr17 5098508 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,2:10,3 +chr17 7005474 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,4:3,1 +chr17 7664407 . CT C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.041463;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:7,4:21,2 +chr17 8020089 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.22175;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,5:8,3:9,2 +chr17 8044105 . G GAGGAAGGA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:8,3:6,1 +chr17 9113937 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.884e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:8,10:10,6 +chr17 9887384 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=3.7963e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:32,22:18,16:14,6 +chr17 10162066 . C CAAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.18543;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,5:21,4:6,1 +chr17 10846696 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,3:7,1 +chr17 11200174 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.0799e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:12,10:13,4 +chr17 11435295 . A C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=9.1893e-11;SS=2;SSC=100;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:4,13:10,6 +chr17 12743486 . CTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,4:2,1 +chr17 12807119 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.0952e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:6,7:11,11 +chr17 13396594 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.22913;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,2:11,2 +chr17 14522470 . GA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,5:4,1 +chr17 14950148 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0029865;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,14:13,9:5,5 +chr17 15317992 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.022727;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:8,1:5,4 +chr17 18608787 . C A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.018744;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:47,18:24,7:23,11 +chr17 18687312 . T TC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:4,2:9,4 +chr17 18717186 . A ATG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,9:5,1:6,8 +chr17 19587866 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.1063;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:24,2:19,3 +chr17 19951263 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025931;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,5:5,1 +chr17 20144182 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022163;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1 +chr17 20780985 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.037131;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:17,7:11,2:6,5 +chr17 21324903 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.038797;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:19,6:23,5 +chr17 21356979 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00014725;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:8,4:12,11 +chr17 21694470 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.050308;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:22,5:21,1 +chr17 21754166 . A G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.043039;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:17,5:19,7 +chr17 21776339 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:4,2:2,1:2,1 +chr17 21987969 . GTAATGTAATA G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.013655;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,12:12,5:19,7 +chr17 22855727 . G A 0 PASS DP=273;GPV=1;SPV=0.041915;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:133,15:56,4:77,11 +chr17 22930425 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.068138;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:30,4:2,0 +chr17 22945311 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.044156;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:15,1:4,4 +chr17 23140593 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.10313;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:25,1:0,3 +chr17 23145205 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:1,0:14,4 +chr17 26578449 . A G 0 PASS DP=302;GPV=1;SPV=0.046444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:131,23:74,12:57,11 +chr17 26597652 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.028065;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:3,3:34,6 +chr17 26750493 . CA C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.035593;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:22,5:12,4 +chr17 26950327 . C A 0 PASS DP=344;GPV=1;SPV=0.010726;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:151,17:70,11:81,6 +chr17 26950336 . T C 0 PASS DP=349;GPV=1;SPV=0.03988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:170:147,23:72,11:75,12 +chr17 26950372 . G A 0 PASS DP=341;GPV=1;SPV=0.0004366;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:142,25:73,16:69,9 +chr17 26958530 . C A 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.029729;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:93,22:43,10:50,12 +chr17 26970947 . C T 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.041873;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:101,17:41,4:60,13 +chr17 27491304 . GGTGTGTGTGTGT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,8:6,7:5,1 +chr17 28503758 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,3:4,1 +chr17 28553186 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:13,4:1,0 +chr17 29602901 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=4.6208e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:10,12:10,6 +chr17 31200443 . C CA 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.5306e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,22:15,13:12,9 +chr17 31451458 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0039984;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:8,6:5,3 +chr17 32603522 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0066111;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,9:16,6:2,3 +chr17 32632586 . T TAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.023915;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,9:14,8:4,1 +chr17 32893334 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:14,4:7,3:7,1 +chr17 33233620 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=6.4811e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:16,24:7,11:9,13 +chr17 33768011 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0041183;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:12,6:7,3 +chr17 33857486 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.8997e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:21,27:11,16:10,11 +chr17 34659136 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=1.1879e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:29,26:19,16:10,10 +chr17 34912446 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:4,3:3,1 +chr17 36163680 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.010382;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:31,3:6,10 +chr17 36167665 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.016719;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:41,11:40,8:1,3 +chr17 36176137 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 +chr17 36208207 . T TTATATATA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034394;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,5:10,2 +chr17 36254409 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 +chr17 36337263 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.022245;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:18,6:2,1 +chr17 36350885 . C T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.005383;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:61,22:36,11:25,11 +chr17 36448257 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.6735e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:12,12:8,4 +chr17 36789051 . CTG C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016895;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,2:11,3 +chr17 36789063 . C CTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0088503;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:12,2:9,5 +chr17 36854288 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,8:6,6:2,2 +chr17 36877008 . A ATTTTTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.041497;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:7,5:8,3 +chr17 37403368 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.00028635;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:5,9:0,1 +chr17 37951297 . TAA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0011038;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,10:4,2:7,8 +chr17 38192668 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4 +chr17 39037193 . A AC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0019978;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:13,6:5,7 +chr17 41301085 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.015698;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:11,18:8,16:3,2 +chr17 41364916 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=2.876e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:29,30:13,20:16,10 +chr17 41561112 . T TAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,7:5,6:2,1 +chr17 43349954 . ATCC A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.0124e-05;SS=2;SSC=49;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:14,9:15,7 +chr17 43404625 . TA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039921;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,3:5,4 +chr17 44062221 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0061699;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,9:12,8:3,1 +chr17 45586178 . C T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.026276;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:67,11:24,3:43,8 +chr17 45587450 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:2,3:7,1 +chr17 45835683 . T A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=3.9119e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:35,35:17,13:18,22 +chr17 46096153 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.013354;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:5,3:15,6 +chr17 46198422 . TAAA T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.056363;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,8:19,7:9,1 +chr17 46245801 . AG A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.26796;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:29,3:7,1 +chr17 46298641 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,7:3,1 +chr17 46693693 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.04952;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:1,2:16,6 +chr17 46900162 . CATATACATATAT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.29464;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,5:3,3:5,2 +chr17 47340766 . AT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,2:8,4 +chr17 47653271 . A ATTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,4:9,4 +chr17 48069374 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=8.4582e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:10,11:12,12 +chr17 48976580 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.010284;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:18,4:16,3 +chr17 49163751 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00034194;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,9:9,2 +chr17 49288055 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.083772;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,7:10,6:5,1 +chr17 49347740 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,3:3,1:2,2 +chr17 50093976 . CAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.046847;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:9,5:2,1 +chr17 50645371 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:6,3:4,1 +chr17 50864056 . C CAAAAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:3,3:3,3 +chr17 50913604 . TTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1599;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:5,1:14,5 +chr17 51026674 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0013501;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,6:6,3 +chr17 52259764 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.079656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:6,3:21,1 +chr17 53556009 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.4432e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:9,8:7,8 +chr17 55515086 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 +chr17 57062208 . T TG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.064064;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:9,2:22,4 +chr17 57083097 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.033188;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:16,4:15,5 +chr17 57129427 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:12,7:1,1 +chr17 57767301 . T TTCTCTCTCTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:11,1:4,3 +chr17 58629217 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=5.2697e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:16,7:10,10 +chr17 60978906 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.030816;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:19,1:17,5 +chr17 61113793 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr17 61670595 . GAT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.034996;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,6:10,4:4,2 +chr17 61940990 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,5:3,3 +chr17 62094937 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,5:9,1:9,4 +chr17 62820819 . C CGTGTGT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:13,13:8,10:5,3 +chr17 63500193 . C CTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.029349;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:8,6:4,2 +chr17 63890018 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0086905;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:9,6:9,6 +chr17 64360582 . C CTGTGTGTGTG 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.030329;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:18,7:11,4 +chr17 64909760 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.0018344;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:50,24:25,14:25,10 +chr17 64932791 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.065677;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:18,4:26,1 +chr17 65503063 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00088893;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:9,6:10,6 +chr17 66554880 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:2,3:2,1 +chr17 67391149 . G GA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0073681;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,15:11,4:10,11 +chr17 68381243 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.5193e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:23,26:11,14:12,12 +chr17 68455361 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.001816;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,13:11,12:2,1 +chr17 68622246 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.024999;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:3,4:10,2 +chr17 69831580 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2 +chr17 70003024 . C CCTTCCTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.2416;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,4:5,2:16,2 +chr17 71469205 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.036342;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:10,4:11,2 +chr17 71610436 . CTA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:1,3:2,4 +chr17 71906247 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.015516;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:5,2:9,3 +chr17 72484836 . GA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16126;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:9,4:4,1 +chr17 72590124 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.038501;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:11,5:7,1 +chr17 72809202 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.043736;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:17,2:11,9 +chr17 73224263 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,9:3,5:5,4 +chr17 73963872 . T TAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,3:2,3 +chr17 75233385 . TTCTTTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.017005;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:7,3:15,14 +chr17 75497344 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr17 75527167 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0032719;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:10,8:5,5 +chr17 75532079 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:8,1:10,3 +chr17 75630844 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00032421;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,12:12,8:6,4 +chr17 76092335 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.6557e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,23:14,10:13,13 +chr17 76096511 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,8:10,6:3,2 +chr17 76600480 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.036e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:14,7:8,9 +chr17 77025779 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.472e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:19,24:8,13:11,11 +chr17 77485248 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.093318;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:22,4:8,1 +chr17 78382636 . G GT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1 +chr17 79030319 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.048447;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,11:15,7:12,4 +chr17 80024394 . GAC G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.022253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:19,5:25,4 +chr17 80634716 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,3:2,1 +chr17 80750079 . T A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.5245e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:32,27:11,15:21,12 +chr17 81125044 . GTGA G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:10,5:1,3:9,2 +chr17 81140904 . TGGGGCCGTG T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,4:14,3:7,1 +chr17 81339604 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.029105;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:22,8:13,6:9,2 +chr17 82969411 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:19,1:7,3 +chr18 918966 . C CT 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=6.5169e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:17,7:12,8 +chr18 1572078 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.096176;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:16,3:12,3 +chr18 3028219 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00022883;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,10:1,6:4,4 +chr18 3422679 . T TG 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,4:5,1 +chr18 4510860 . TA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1182;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,6:9,5:11,1 +chr18 4550743 . TC T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.067259;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,3:13,2 +chr18 5541252 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.01776;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,9:18,8:2,1 +chr18 6090593 . TACACACAC T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0029068;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:13,8:10,10 +chr18 6594714 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=7.6418e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:10,4:9,15 +chr18 6841208 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:0,0:7,2 +chr18 6937623 . A AAAATAAATAAAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.011208;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,7:6,3:7,4 +chr18 6991389 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,6:2,1 +chr18 7269333 . TAGAG T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,5:5,3 +chr18 8264794 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.23569;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,5:7,3:8,2 +chr18 8488955 . TTGAATTCTATAAAATGTTCATACCC T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020157;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:11,6:12,6 +chr18 9404353 . A T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:4,3:3,1:1,2 +chr18 9444134 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:0,5:0,1:0,4 +chr18 9468342 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.26795;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,6:13,5:4,1 +chr18 9912048 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.171e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:29,21:10,13:19,8 +chr18 9913971 . CG C 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=1.5311e-09;SS=2;SSC=88;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:29,27:15,13:14,14 +chr18 10150832 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10901;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,7:16,2:15,5 +chr18 11685540 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.097821;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:15,6:4,1 +chr18 12461571 . GTACATACA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.04952;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,3:7,5 +chr18 12525276 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,8:3,1 +chr18 12671637 . ACTTT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:8,8:9,3 +chr18 13505735 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0093359;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:14,5:11,6 +chr18 14672212 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,1:4,6 +chr18 14672475 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 +chr18 15392253 . A G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.018528;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:59,8:38,3:21,5 +chr18 15410300 . C A 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.023883;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:106,20:37,9:69,11 +chr18 15469770 . A C 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.024523;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:15,5:28,2 +chr18 15479572 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 +chr18 15483374 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027668;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1 +chr18 15520726 . A C 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.020742;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:77,10:43,5:34,5 +chr18 15580219 . G A 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.022036;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:71,10:17,2:54,8 +chr18 15584416 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10722;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:17,5:4,1 +chr18 15609223 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.044122;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:24,2:10,6 +chr18 15637983 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.20188;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:0,0:26,4 +chr18 15646675 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,1:6,3 +chr18 15649309 . G T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.037368;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:39,1:2,5 +chr18 15666055 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027357;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:5,4:12,1 +chr18 15675677 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.033861;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:29,8:9,1 +chr18 15703657 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr18 15727935 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,0:13,4 +chr18 15737152 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 +chr18 15737631 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 +chr18 16053308 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.021659;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,4:9,6 +chr18 16360743 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.032417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:1,1:11,7 +chr18 16697190 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 +chr18 18318482 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0048811;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:3,3:17,5 +chr18 18419373 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:20,7:12,2 +chr18 18730629 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,1:10,3 +chr18 18892542 . G C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,1:0,1 +chr18 19397249 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.029368;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,1:8,6 +chr18 20724838 . C G 0 PASS DP=273;GPV=1;SPV=0.028926;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:106,21:48,8:58,13 +chr18 20835814 . C T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.0060998;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:67,16:40,12:27,4 +chr18 22232784 . CCATA C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.074196;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,5:23,2:18,3 +chr18 22425547 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=2.2853e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:0,8:0,7:0,1 +chr18 22605099 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=4.8216e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,17:0,7:10,10 +chr18 23076959 . A ATT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:8,11:6,7:2,4 +chr18 23218612 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:6,3:11,1 +chr18 23371945 . T TG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,8:3,4:3,4 +chr18 23455398 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.028534;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:2,1:11,7 +chr18 24592034 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.005394;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:10,2:3,8 +chr18 26117056 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.8289e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:10,15:11,7 +chr18 26309245 . ATTTTTTTT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:6,2:4,2 +chr18 26715724 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:7,5:4,4 +chr18 27155106 . AG A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,2:3,1:2,1 +chr18 28947408 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.0855e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:20,24:6,13:14,11 +chr18 29511579 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.024272;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:13,5:22,1 +chr18 29511757 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0076703;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:12,3:8,4 +chr18 30549168 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.5589e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:12,9:9,6 +chr18 31121482 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,2:12,2 +chr18 31459826 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.4255e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:10,6:7,8 +chr18 31712287 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.038078;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,7:8,4:5,3 +chr18 31934960 . A AAATAAATT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.1216e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:18,14:8,7:10,7 +chr18 31989079 . A ATTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,9:3,5:2,4 +chr18 32482155 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,7:2,3:1,4 +chr18 32874122 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.4103e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:14,26:4,10:10,16 +chr18 33593258 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,4:8,1 +chr18 33719224 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.016636;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:18,3:15,5 +chr18 34400477 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.070897;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,2:9,3 +chr18 35931434 . G GA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0 +chr18 37385061 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.8286e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:8,6:13,9 +chr18 37515175 . A C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=2.9231e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:28,30:11,13:17,17 +chr18 39190202 . ATCTC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:17,4:4,1 +chr18 40103686 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:15,1:8,4 +chr18 40957409 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.951e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:12,11:11,7 +chr18 46574388 . T TACACACACACACACACAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.046254;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:13,3:9,3 +chr18 47967316 . CTTTCTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:4,5:9,1 +chr18 48635327 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,4:4,1 +chr18 50449675 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.022974;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:20,2:22,7 +chr18 50521728 . G GTA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:6,3:4,1 +chr18 51406764 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,10:1,6:0,4 +chr18 52738745 . G GT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=2.0088e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:12,12:6,4 +chr18 53762026 . C CTTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,8:6,7:3,1 +chr18 53810350 . G GTA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:7,4:2,2 +chr18 55278562 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.050563;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:23,3:17,3 +chr18 55387512 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.8608e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:23,25:8,13:15,12 +chr18 56754289 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,3:14,1 +chr18 57474702 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=6.3755e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:14,11:12,8 +chr18 57627205 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,9:3,6:8,3 +chr18 57761122 . A AAT 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,4:18,2:8,2 +chr18 59390195 . ATAT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:8,5:4,2:4,3 +chr18 59491827 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.049892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:19,4:17,1 +chr18 59758967 . T TACACACACACACACACAC 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.04108;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:16,6:4,1 +chr18 61136306 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.0159e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:11,10:17,9 +chr18 61629966 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.1361e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:26,25:16,17:10,8 +chr18 62640070 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:11,1:3,3 +chr18 63963071 . CTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0091926;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,11:1,3:14,8 +chr18 64148466 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.007e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:18,10:9,14 +chr18 65357014 . CAAAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:4,5:4,1 +chr18 65713628 . AGG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.017739;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:10,5:4,4 +chr18 66455795 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0066378;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:4,1:16,6 +chr18 68007627 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01632;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:13,3:13,3 +chr18 68199591 . CT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00029312;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,11:5,8:5,3 +chr18 68761432 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=7.8076e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:13,7:16,11 +chr18 70930266 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.025362;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:11,1:4,6 +chr18 71592609 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:3,5:2,1 +chr18 71650624 . T TCAACAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.030499;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:20,8:6,4 +chr18 72185919 . T TA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00094142;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,13:13,8:8,5 +chr18 72536935 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00070139;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:14,8:9,7 +chr18 73293503 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,10:4,9:2,1 +chr18 74569060 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.3533e-10;SS=2;SSC=96;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:17,25:8,9:9,16 +chr18 75999618 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=9.5082e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:12,14:11,4 +chr18 76611977 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.075;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:25,3:21,1:4,2 +chr18 76641242 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.047546;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:16,4:16,4 +chr18 76642774 . T TTTATTATTA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0059827;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,11:5,6:8,5 +chr18 77624277 . TAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,5:6,3:4,2 +chr18 78321767 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.0069e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:20,23:11,10:9,13 +chr18 78416496 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.011905;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,3:0,2:0,1 +chr18 78599589 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.8873e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:24,26:8,11:16,15 +chr18 78917262 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 +chr18 78953544 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.015361;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:16,5:19,3 +chr18 78953545 . A C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.043461;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:15,6:22,3 +chr18 78995311 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=3.1431e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:13,8:12,13 +chr18 79482090 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:0,5:4,3 +chr18 79828951 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0046784;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,11:4,6:2,5 +chr18 79831580 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0065388;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,6:4,2 +chr19 108091 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00060516;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:10,11:0,1 +chr19 720442 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0050929;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:15,3:6,12 +chr19 760364 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.065471;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,4:4,3 +chr19 1280915 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=3.4904e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:17,8:15,7 +chr19 1290639 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=3.4855e-12;SS=2;SSC=114;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:19,26:12,16:7,10 +chr19 1538695 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,5:3,3:2,2 +chr19 1727959 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0017573;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:14,13:17,6 +chr19 2683486 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.8646e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:7,9:14,4 +chr19 3169661 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,3:1,1 +chr19 3299611 . T TTTC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.021189;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,9:5,4:9,5 +chr19 3354209 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 +chr19 3385570 . GTTGT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0097821;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,6:5,1 +chr19 3719982 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0006045;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:6,2:15,7 +chr19 4043725 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,2:0,0:7,2 +chr19 5057705 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.0971e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,20:12,9:5,11 +chr19 5162315 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.7433e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:13,10:14,9 +chr19 6235148 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=9.3033e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:15,9:10,10 +chr19 6814667 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016212;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:6,2:12,6 +chr19 7060204 . T C 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.039151;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:94,19:44,9:50,10 +chr19 7202996 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,8:2,7:4,1 +chr19 7229324 . G GGATA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,6:6,4:1,2 +chr19 7457353 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04422;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,6:4,1 +chr19 8037374 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.03876;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,2:12,3 +chr19 8331980 . CTTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:8,3:4,3 +chr19 8767852 . C T 0 PASS DP=503;GPV=1;SPV=0.026761;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:285:243,42:131,22:112,20 +chr19 8777797 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.2538;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:1,0:21,4 +chr19 8781025 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:16,4:0,0 +chr19 8988006 . ATT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:6,3:10,2 +chr19 9938034 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,3:4,1 +chr19 10190765 . AAAAATAAAAT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.038795;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:9,4:11,4 +chr19 12845411 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.015249;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:12,9:4,1 +chr19 12981782 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.019439;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,2:7,4 +chr19 13198576 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,5:2,2:2,3 +chr19 13260331 . TA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.33319;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,4:11,2:15,2 +chr19 14314098 . A ACACACACAGTTTCACATTCACACCCCATACGCT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,3:5,4 +chr19 14759502 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,3:12,1 +chr19 14866670 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,10:11,9:1,1 +chr19 15011734 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0087248;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,11:14,9:4,2 +chr19 15595616 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.007e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:13,13:14,11 +chr19 16341955 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0060117;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,14:8,12:9,2 +chr19 16352764 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 +chr19 16432591 . TACAAATAC T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,4:8,2:7,2 +chr19 16474897 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0083443;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,13:11,9:8,4 +chr19 16767167 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:6,7:2,2 +chr19 16888396 . G GTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.071753;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 +chr19 16901298 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=5.3362e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:32,34:20,17:12,17 +chr19 17430632 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0069381;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:3,5:9,3 +chr19 17430636 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:8,3:10,3 +chr19 17584067 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.5999e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:15,10:7,6 +chr19 17918501 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,3:10,1 +chr19 18529091 . C CAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.013698;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,5:5,4 +chr19 18936313 . C CAAAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0040291;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,7:11,4:6,3 +chr19 18960837 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,5:3,3:6,2 +chr19 19687492 . AATATTTATCTATTACATTAATAT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.042521;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2 +chr19 19790844 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,2:1,1:2,1 +chr19 20743548 . A AATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:2,3:2,2 +chr19 20753022 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.6571e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:30,25:13,12:17,13 +chr19 21011659 . T TACACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00095261;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,9:1,6:1,3 +chr19 22040397 . G A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=3.3634e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:32,29:20,20:12,9 +chr19 22107631 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.29579;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:11,2:5,1 +chr19 22763927 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046664;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,3:7,4 +chr19 22881134 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.037585;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,9:6,4:11,5 +chr19 23004422 . T TAAAAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:8,3:7,2 +chr19 26881424 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,1:6,3 +chr19 27440028 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.6364e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:14,10:6,8 +chr19 27605591 . A C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=7.5907e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,20:15,9:15,11 +chr19 29059312 . TC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 +chr19 29646926 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 +chr19 29744609 . AC A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.04115;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:17,4:17,1 +chr19 30271299 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:7,3:6,2 +chr19 31226977 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:10,3:2,3 +chr19 31958446 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.086635;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,4:11,1 +chr19 32019272 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,4:10,2:5,2 +chr19 32190561 . G GTCTCTC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0089185;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,9:7,3:10,6 +chr19 32515023 . C CT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.035232;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:21,10:8,4 +chr19 33851187 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0024472;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,6:5,4 +chr19 35374030 . AGAAGGAAGGAAGGAAG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,6:8,3:4,3 +chr19 35973022 . AACACAC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10008;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,10:11,5:7,5 +chr19 36391473 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,5:9,3:4,2 +chr19 37269045 . T TC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,4:10,1 +chr19 37289000 . G C 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.016422;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:120,24:71,9:49,15 +chr19 37857275 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:37:1,4:0,2:1,2 +chr19 38138910 . A AAAAAAAAAAAAACAAAAAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,4:5,2:9,2 +chr19 38920950 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.097509;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,5:9,3:10,2 +chr19 39512009 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,3:5,1 +chr19 39775772 . C CAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,6:3,5:1,1 +chr19 40163148 . CGT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,3:5,3 +chr19 40692926 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=5.174e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:16,8:9,5 +chr19 40785791 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=6.3605e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:25,23:16,13:9,10 +chr19 40834261 . CCCAGCTACTCGGG C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0011495;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:14,7:13,6 +chr19 40834276 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00035192;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:14,7:9,6 +chr19 40834279 . TGAG T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00057944;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:14,7:10,5 +chr19 40845531 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.1529e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:11,10:13,10 +chr19 43155799 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040508;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,7:5,1 +chr19 43440230 . TA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:6,4:8,1 +chr19 44180086 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:3,6:9,1 +chr19 44532564 . GA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,7:4,5:0,2 +chr19 45021573 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:4,3:11,2 +chr19 45477031 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0016292;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,10:9,9:8,1 +chr19 46406261 . CTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.009224;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,10:6,5:4,5 +chr19 46668014 . CAAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0058774;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:8,9:4,2 +chr19 47265987 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 +chr19 47645942 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=6.6772e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:24,27:14,14:10,13 +chr19 47731785 . A AT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=8.0727e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,14:11,10:8,4 +chr19 47748446 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00041185;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:12,4:20,8 +chr19 47774924 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.019715;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:10,5:9,4 +chr19 47824990 . A ATT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10008;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,6:14,3:4,3 +chr19 47987760 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=4.9568e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,20:8,9:5,11 +chr19 48028497 . CTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:3,6:3,3 +chr19 49346182 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.062847;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:9,5:20,1 +chr19 49410486 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:8,8:2,4 +chr19 49885451 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,2:3,1:4,1 +chr19 50078405 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,2:2,1:5,1 +chr19 50182988 . T TTCCCTCCCTCCC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:0,0:8,4 +chr19 50520630 . G GA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0061831;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,11:10,8:5,3 +chr19 50816955 . T TAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.090923;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,3:8,3 +chr19 50937767 . CTCCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.036807;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:7,3:16,4 +chr19 51189641 . T TATATATATATATATATAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,4:7,2:5,2 +chr19 51714695 . T TAAAAAAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,5:3,3:0,2 +chr19 51795508 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,3:4,4 +chr19 53916342 . GGTACCAAGGCCCAGAATTGCATAGAGAGTTGCCCATAA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.033591;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:16,5:15,5 +chr19 53924195 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:3,7:5,6 +chr19 54002284 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.025884;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:13,4:7,9 +chr19 54012556 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=8.4872e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:9,9:4,7 +chr19 54848277 . G C 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.00012294;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:68,18:27,8:41,10 +chr19 54995148 . T TA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,7:4,3 +chr19 55033047 . CGTGTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.074501;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:3,4:11,3 +chr19 55547071 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:21,2:5,2 +chr19 55953792 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 +chr19 55962955 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.9149e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:16,12:11,8 +chr19 56216585 . CTTCCTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr19 56710871 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.5354e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:28,20:15,12:13,8 +chr19 57505106 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.040948;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:10,4:23,2 +chr19 58119844 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.011327;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:6,4:10,5 +chr2 837627 . G GTGTATATATATATA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.079204;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,6:13,4:14,2 +chr2 914985 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.011343;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:5,8:9,2 +chr2 1009653 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046139;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:13,2:6,4 +chr2 1009654 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:13,2:4,2 +chr2 1279081 . CCT C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.13146;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:20,2:17,3 +chr2 1279091 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.14299;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:20,2:17,3 +chr2 1387475 . T A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.046e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:28,20:12,8:16,12 +chr2 1480776 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048386;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:17,2:7,4 +chr2 2034291 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.21569;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:1,2:18,1 +chr2 2716686 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,3:12,1 +chr2 3032681 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.7895e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:29,17:12,4:17,13 +chr2 3075648 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.020447;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,12:11,10:4,2 +chr2 3531025 . G GTAT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.025567;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,11:19,8:9,3 +chr2 3550142 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.059881;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:8,2:7,4 +chr2 4260644 . TTA T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0087152;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:14,3:11,4 +chr2 4260661 . TTA T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,4:11,1:10,3 +chr2 4382243 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.2016e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:26,23:19,11:7,12 +chr2 4612518 . T TACACAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.069923;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,5:5,3 +chr2 5774635 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.7562e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,21:9,12:5,9 +chr2 5989357 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.9573e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:18,26:9,15:9,11 +chr2 7240598 . TTTTA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,4:2,1:6,3 +chr2 7937979 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.37283;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,4:8,2:11,2 +chr2 7937980 . TC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.30799;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,4:7,2:11,2 +chr2 9183583 . GA G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.24882;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:29,2:7,2 +chr2 9193871 . TTC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.013481;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:10,2:12,5 +chr2 10297146 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.092234;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,3:3,3 +chr2 11463263 . TTAC T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.2213e-05;SS=2;SSC=49;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:28,26:16,12:12,14 +chr2 13288665 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:8,10:5,4 +chr2 13891576 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 +chr2 14159206 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.969e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:2,11:12,5 +chr2 14686910 . G GAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0034481;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,5:4,2 +chr2 14843581 . CA C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.059869;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:28,3:14,2 +chr2 14852201 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:6,3:19,1 +chr2 15528880 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,2:2,1:4,1 +chr2 17622506 . AAAAGAAAGAAAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.35366;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:11,1:16,2 +chr2 21808890 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.3942e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,23:9,9:3,14 +chr2 21816173 . A ATTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0030632;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:4,7:3,5 +chr2 23120689 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0071577;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:18,10:13,8:5,2 +chr2 23881360 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,5:10,4:2,1 +chr2 25098831 . A ATT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.025988;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,1:7,6 +chr2 26935691 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,9:4,6:1,3 +chr2 26943540 . G C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=7.2192e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:10,9:22,10 +chr2 27866737 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.5018e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:11,4:9,11 +chr2 28100462 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.021382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,7:16,6:2,1 +chr2 28837742 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,9:4,2 +chr2 28880560 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011765;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:0,3:11,9 +chr2 29540592 . TAAA T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.12341;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,4:13,2:18,2 +chr2 30304930 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,3:3,4 +chr2 31190121 . C CTTTGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,4:9,4 +chr2 33064021 . T G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=9.2047e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:14,11:12,10 +chr2 34482612 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.6651e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:12,11:11,11 +chr2 35126335 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.002136;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:5,5:16,6 +chr2 35865373 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.012866;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:11,7:8,4 +chr2 36165831 . T TTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.03159;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,6:6,3 +chr2 36209313 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 +chr2 36715554 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=6.2617e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:9,8:12,12 +chr2 43189854 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:9,14:5,12:4,2 +chr2 43272623 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036457;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,5:6,2 +chr2 43617891 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0012136;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:7,11:4,2 +chr2 43635551 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.03453;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:4,3:19,7 +chr2 43971485 . T TAAAAAAAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:3,3:5,1 +chr2 44304813 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.20158;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,5:7,2:6,3 +chr2 44974693 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:1,7:5,1 +chr2 45689901 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,9:3,6:6,3 +chr2 45744576 . T TCC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0013497;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,10:6,3:7,7 +chr2 46203576 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.19804;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:14,3:4,2 +chr2 46285615 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0023325;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:5,4:9,5 +chr2 47393498 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00086667;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:18,8:10,6 +chr2 48800016 . A C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.3321e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:14,5:11,13 +chr2 49779401 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.6188e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:10,13:9,5 +chr2 49868843 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=2.6281e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:28,24:15,13:13,11 +chr2 50093473 . G GA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:5,6:3,3 +chr2 50516103 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.8015e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:10,9:15,12 +chr2 51495069 . ATGTG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.22807;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:10,4:1,0 +chr2 51716479 . GTATATA G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,1:3,3 +chr2 52782338 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00087744;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:12,2:11,7 +chr2 54406048 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=9.7905e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:24,21:12,15:12,6 +chr2 55597623 . A AAAACAAAC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.021526;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,13:12,8:14,5 +chr2 55619937 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:8,4:4,2 +chr2 56519661 . C CAT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.13128;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,5:13,3:14,2 +chr2 56976616 . AT A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.086e-06;SS=2;SSC=56;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:14,9:9,10 +chr2 57330546 . G T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028152;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,7:6,4 +chr2 59081779 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.028868;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:15,1:19,6 +chr2 59382419 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,4:6,1 +chr2 60208082 . TC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15115;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,1:15,3 +chr2 60851863 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.095238;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:3,2:2,1:1,1 +chr2 61515938 . C A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,5:1,3:2,2 +chr2 61515940 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,7:2,3:3,4 +chr2 61799695 . A AAAAAAAAT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,1:2,3 +chr2 62629632 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:8,3:2,1 +chr2 63204336 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,4:5,2 +chr2 63338569 . AATATAT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:0,1:4,1 +chr2 63686847 . AGTGCTGAAAAAACTGTATATCCATATTCAGATCCACATTCT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036677;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:12,3:16,2 +chr2 63951206 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035026;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,5:14,4 +chr2 64025689 . TTATATATATATATATATATATATA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0091605;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:5,4:11,2 +chr2 64191486 . CCTTTCTTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018961;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:3,5:14,3 +chr2 64273188 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.048554;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:21,6:11,4:10,2 +chr2 64376031 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.13783;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:19,1:13,4 +chr2 64376137 . T TACC 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.13649;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,5:18,4:24,1 +chr2 65119842 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,4:4,1:9,3 +chr2 65600861 . C A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,2:5,2 +chr2 66775102 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.022424;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:8,5:12,4 +chr2 67582657 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.030178;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,15:12,6:6,9 +chr2 68991108 . TAAAA T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,3:11,1 +chr2 68991113 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11371;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,3:13,1 +chr2 68998749 . AGAGATAGAGAGAGG A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0028455;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,10:10,7:5,3 +chr2 69433085 . GGTTGCAGTGAGCCGAGATC G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00053043;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,14:1,2:7,12 +chr2 69662992 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.014049;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,4:2,1 +chr2 69924748 . CT C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=5.5219e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:20,9:7,9 +chr2 69924750 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=4.2622e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:15,9:8,11 +chr2 69941863 . TAC T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.057534;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,2:20,2 +chr2 70056604 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:3,8:1,5:2,3 +chr2 70128634 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0057892;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:12,7:8,1 +chr2 70197453 . C CTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:6,2:8,2 +chr2 70338595 . ATATAT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:5,2:2,1:3,1 +chr2 71441110 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:3,3:5,1 +chr2 72542962 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.9601e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:9,10:12,5 +chr2 73047219 . TAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:2,3:10,1 +chr2 73978483 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.5589e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:8,6:13,9 +chr2 74474791 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=1.7519e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:32,26:17,9:15,17 +chr2 76332700 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr2 77721081 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.9327e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:27,26:13,14:14,12 +chr2 77866354 . TA T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00022812;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:16,3:17,10 +chr2 77955960 . ATCT A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.8089e-06;SS=2;SSC=57;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:13,8:10,9 +chr2 77955964 . A C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.6545e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:13,9:11,7 +chr2 80075621 . T TTATAAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.15021;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,5:3,1:5,4 +chr2 80123447 . G GA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0087276;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:10,8:1,1 +chr2 80192627 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00016426;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:13,7:8,5 +chr2 80192628 . GCGATTCTC G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00038475;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:15,6:8,5 +chr2 80832317 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,7:7,6:2,1 +chr2 80857039 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.6156e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:10,10:12,9 +chr2 81034978 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.405e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:24,22:16,7:8,15 +chr2 81962147 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:9,3:2,1 +chr2 82952571 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.5282e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:24,22:5,9:19,13 +chr2 83217571 . C CTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:5,8:3,3:2,5 +chr2 84598187 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:8,1:15,3 +chr2 85298191 . C CAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,4:0,0 +chr2 85329996 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.032284;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,7:7,6:5,1 +chr2 85364804 . C CAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:1,3:3,1 +chr2 86041192 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,5:6,1:8,4 +chr2 86217684 . T TTTTTTTTTTC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,4:11,1:12,3 +chr2 87345542 . G C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.019537;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:15,4:7,7 +chr2 87366406 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:13,3:4,2 +chr2 87386273 . T A 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.032113;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:99,24:43,14:56,10 +chr2 87395392 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.011049;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:15,3:15,5 +chr2 87405081 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0052983;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,13:19,9:23,4 +chr2 87414607 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.13285;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:23,3:9,4 +chr2 87415391 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10396;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:18,3:7,2 +chr2 87419569 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1713;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,1:15,3 +chr2 87515462 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.032693;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:17,4:16,2 +chr2 87551150 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.013346;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:9,5:10,8 +chr2 87650939 . T G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025213;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,4:6,2 +chr2 87737292 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.043188;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:6,3:17,7 +chr2 87865551 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.030755;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:10,3:14,7 +chr2 87960257 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0044438;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:8,7:13,8 +chr2 88463345 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:13,3:0,1 +chr2 88487414 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:13,7:5,2 +chr2 88625332 . TACAC T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0059827;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,11:5,4:8,7 +chr2 89760247 . C CTT 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.0026065;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:54,19:30,14:24,5 +chr2 89878508 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,3:13,1 +chr2 89878509 . T TTTAC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.028145;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:15,3:16,3 +chr2 90235961 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.065679;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:22,1:32,5 +chr2 90358675 . C G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.04667;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:17,2:19,7 +chr2 90392157 . T C 0 PASS DP=3014;GPV=1;SPV=0.034818;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:1677:1439,182:1214,142:225,40 +chr2 90397513 . G A 0 PASS DP=3904;GPV=1;SPV=0.018625;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2205:1942,262:1601,221:341,41 +chr2 90397514 . G A 0 PASS DP=4009;GPV=1;SPV=0.034286;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2234:1969,263:1596,229:373,34 +chr2 90397522 . T A 0 PASS DP=4450;GPV=1;SPV=0.0060816;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2458:2156,300:1717,251:439,49 +chr2 91472787 . TAAA T 0 PASS DP=291;GPV=1;SPV=0.031471;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:132,24:72,15:60,9 +chr2 91514668 . G T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.023535;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:57,13:21,5:36,8 +chr2 91518504 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.12575;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:19,2:26,4 +chr2 91548974 . A AAC 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0099619;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:57,17:23,9:34,8 +chr2 91659987 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.032622;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:25,2:30,7 +chr2 91675456 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0039629;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:16,5:16,9 +chr2 91776604 . ATG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,8:5,5:4,3 +chr2 91872488 . A T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.022683;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:14,10:18,2 +chr2 91988869 . GAA G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.046336;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,11:17,9:11,2 +chr2 92111507 . C A 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=2.5363e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:123,19:76,12:47,7 +chr2 92199111 . G T 0 PASS DP=334;GPV=1;SPV=0.013223;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:172,20:97,9:75,11 +chr2 92233793 . G C 0 PASS DP=355;GPV=1;SPV=0.0015939;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:156,28:34,3:122,25 +chr2 92272955 . T G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.15322;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:15,3:15,2 +chr2 92273398 . A G 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.017;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:89,10:52,9:37,1 +chr2 92308713 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.060821;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:28,1:13,4 +chr2 92396225 . G C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.045403;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:6,2:46,8 +chr2 92416782 . C A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0089064;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:51,9:29,8:22,1 +chr2 92421752 . T C 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.046042;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:134,16:117,13:17,3 +chr2 92426580 . C G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,3:7,1 +chr2 92443667 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.012509;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:16,4:19,5 +chr2 92545721 . G C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0080873;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:23,5:19,1 +chr2 92551876 . C A 0 PASS DP=464;GPV=1;SPV=0.0081141;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:263:215,48:189,43:26,5 +chr2 92588273 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.088876;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:36,2:6,3 +chr2 92619739 . C T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0016152;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:56,14:52,13:4,1 +chr2 92620212 . T C 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0070779;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:53,10:12,9:41,1 +chr2 92622459 . TC T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.18741;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:33,4:3,0 +chr2 92750551 . G C 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.043608;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:124,24:70,12:54,12 +chr2 92771321 . C G 0 PASS DP=329;GPV=1;SPV=0.0041606;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:152,26:19,5:133,21 +chr2 92822653 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.20161;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:25,3:3,1 +chr2 92866630 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:5,2:10,3 +chr2 92930378 . A G 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.046865;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:115,15:77,2:38,13 +chr2 92995470 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.011605;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:11,3:17,7 +chr2 93032963 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:1,4:23,2 +chr2 93039274 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0032719;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:6,11:9,2 +chr2 93100868 . A T 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:91,20:26,5:65,15 +chr2 93138680 . C A 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.01151;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:90,16:65,11:25,5 +chr2 93312547 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.051138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:2,4:16,1 +chr2 93641680 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:19,4:0,0 +chr2 93753399 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:0,0:35,4 +chr2 93753410 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:0,0:35,4 +chr2 93775972 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17496;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:2,0:23,4 +chr2 94087365 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.01322;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:6,4:31,3 +chr2 94145947 . T G 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.034765;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:97,19:48,2:49,17 +chr2 94271661 . G C 0 PASS DP=295;GPV=1;SPV=0.020189;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:139,18:61,14:78,4 +chr2 94287043 . A G 0 PASS DP=315;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:162:144,18:81,6:63,12 +chr2 94646732 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,3:8,1 +chr2 95791873 . G C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 +chr2 96096278 . T TA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:6,6:5,1 +chr2 97607287 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,1:6,5 +chr2 97923628 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,6:0,4:3,2 +chr2 98014637 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026716;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:9,11:8,8 +chr2 99074351 . C CGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:3,6:3,1 +chr2 99534592 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0071032;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,11:3,8:4,3 +chr2 100304790 . A ATTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.080441;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:10,4:13,1 +chr2 101600527 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=4.8188e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:10,9:11,6 +chr2 101608339 . TC T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.014944;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:7,5:32,3 +chr2 102958979 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0067079;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,10:3,6:0,4 +chr2 103589519 . A T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.0095e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:23,26:12,17:11,9 +chr2 103666547 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=3.7941e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:8,11:15,8 +chr2 104002968 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:2,4:2,2 +chr2 104916714 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=6.0898e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:13,7:5,7 +chr2 105110931 . TTTTC T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.015393;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:18,5:21,2 +chr2 106458682 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:17,3:5,1 +chr2 107159048 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.03809;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:11,1:7,6 +chr2 107171493 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,1:9,3 +chr2 107629681 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,5:4,4:3,1 +chr2 108313079 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.077419;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,2:2,1:5,1 +chr2 108509733 . A ATTTTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047632;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:13,3:7,4 +chr2 110068906 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 +chr2 111392237 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.068908;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,3:11,1 +chr2 111572997 . A AAGGG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:11,4:0,0 +chr2 111583445 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0076585;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:6,3:14,9 +chr2 111596205 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03285;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:11,4:0,2 +chr2 111755585 . GAC G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.060731;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:22,3:12,1 +chr2 112132043 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,5:3,4:6,1 +chr2 112753526 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:10,6:4,1 +chr2 113591192 . G C 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.043637;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:94,20:63,15:31,5 +chr2 113620330 . C CAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,2:3,5 +chr2 114371220 . A ATAAATATATATTTATATATATTTC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:0,2:0,2:0,0 +chr2 114497241 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021089;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:9,3:6,10 +chr2 114697749 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0098611;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:6,7:6,3 +chr2 115044355 . CT C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.7081e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:11,9:11,6 +chr2 115675665 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0040654;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:18,5:18,3 +chr2 115827343 . A ATG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042462;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:8,5:16,1 +chr2 116030269 . AT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00052096;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,5:8,4 +chr2 117508901 . T TATAG 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.049895;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:13,1:15,3 +chr2 117607686 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.6483e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:10,14:7,4 +chr2 118449070 . C A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.0714e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,22:11,16:11,6 +chr2 119876897 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.23776;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,3:8,1 +chr2 121278029 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12799;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,5:4,3:3,2 +chr2 121854393 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.031253;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,7:11,2:7,5 +chr2 123610163 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0011832;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:15,7:0,5 +chr2 123749949 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=7.7086e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,14:0,8:5,6 +chr2 124149403 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:6,8:1,1 +chr2 124320037 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=8.6457e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:30,24:19,14:11,10 +chr2 124857550 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.8454e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:15,8:16,7 +chr2 125354392 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.1663e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,22:19,14:7,8 +chr2 125595779 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,4:11,2:8,2 +chr2 125946992 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:2,1:8,3 +chr2 126264772 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 +chr2 126956722 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.2544e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:9,10:15,10 +chr2 127788709 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.044019;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:23,3:7,4 +chr2 127952452 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:4,2:2,1:2,1 +chr2 128766892 . C CTTCT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,4:2,1:14,3 +chr2 128861947 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15115;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2 +chr2 130064088 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.084679;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,4:12,1 +chr2 130090797 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12395;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,4:12,1 +chr2 130248523 . G C 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.032646;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:45,14:22,5:23,9 +chr2 130997863 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0020091;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:8,4:11,10 +chr2 131112156 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,1:10,3 +chr2 131253757 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0088303;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,3:5,7 +chr2 131531493 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.047994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:11,6:22,2 +chr2 132492612 . ATC A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20218;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,2:13,2 +chr2 133128945 . ATT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,5:5,3 +chr2 133518344 . A AT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:4,3:3,1 +chr2 134871678 . G GACAC 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0032857;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,12:13,8:9,4 +chr2 135837613 . T TAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,5:5,4:1,1 +chr2 136551498 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011208;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,2:5,6 +chr2 136964873 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=8.8207e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:22,24:10,14:12,10 +chr2 137200855 . AGATGGGGACTCCTATGTTGCCCAGACTG A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0072786;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:10,2:11,9 +chr2 138858850 . G GGTGTGTGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.069102;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:11,3:7,3 +chr2 139088395 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.6939e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:9,8:12,9 +chr2 139966003 . CATCT C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0068367;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,8:16,4:12,4 +chr2 139982211 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.090639;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,3:17,1 +chr2 139982216 . TAC T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.081098;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:17,2:16,2 +chr2 140228200 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:4,1:10,3 +chr2 140228419 . AATAT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026299;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:12,4:5,2 +chr2 141840257 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:7,4:1,1 +chr2 142162559 . GA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024305;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:13,7:3,1 +chr2 142418880 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,6:8,3:5,3 +chr2 144225024 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.3048e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:12,14:14,6 +chr2 147731214 . TA T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.030049;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:8,4:12,4 +chr2 148294509 . T TTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTGTTTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.094639;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,5:9,1:8,4 +chr2 148667293 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.9466e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:12,8:8,8 +chr2 149507574 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=2.2798e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:11,9:11,11 +chr2 150648952 . CACACACACAG C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.016864;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:11,9:13,3 +chr2 151010114 . TTTATTTTTA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:4,1:12,3 +chr2 152383273 . C CTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,10:2,8:2,2 +chr2 152811407 . G GT 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.5471e-07;SS=2;SSC=68;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:10,9:13,11 +chr2 154007180 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=7.6126e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:13,10:8,10 +chr2 155372561 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:9,3:3,1 +chr2 158508389 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,6:5,1:6,5 +chr2 158942780 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=7.3933e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:4,9:9,4 +chr2 159643876 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.01088;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:17,9:4,1 +chr2 160120731 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,4:4,6 +chr2 161661349 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=6.7963e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:22,25:14,12:8,13 +chr2 162345125 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.20321;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:15,1:3,2 +chr2 162689143 . C CTATTATTATTAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.049216;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:7,6:9,2 +chr2 163117432 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:5,3:6,2 +chr2 163812960 . T TCGCG 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.101;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,1:18,3 +chr2 164374846 . A ATT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:3,3:2,3 +chr2 165398055 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.012505;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:18,8:11,3 +chr2 166310918 . T TA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:2,2:10,2 +chr2 167680549 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021894;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:6,5:15,6 +chr2 168520598 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:3,1:6,4 +chr2 168739052 . A AT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.056741;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,7:7,3:5,4 +chr2 168888924 . CGTGTGT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016449;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:10,6:8,5 +chr2 169361352 . C CTCTCTCTG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0071736;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:5,3:23,6 +chr2 169463881 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0020358;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:17,4:8,6 +chr2 169548420 . T TA 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00094133;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:15,10:14,9 +chr2 170959821 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028152;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,8:7,3 +chr2 171973400 . C CAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0029985;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:8,13:6,9:2,4 +chr2 171992121 . G GA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.040919;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,9:15,8:4,1 +chr2 172107292 . ATTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,8:5,2:3,6 +chr2 172622674 . CATATATT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.22736;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,3:17,1 +chr2 172622723 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0058029;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:12,8:8,6 +chr2 173005520 . G GTTTTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:16,3:5,2 +chr2 173166910 . G GTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.018977;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,11:8,7:5,4 +chr2 173657640 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00028276;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:7,6:10,8 +chr2 176045337 . CAA C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0033584;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:13,13:6,3 +chr2 177351096 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,2:1,1:0,1 +chr2 177495917 . CAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0012916;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,10:2,8:1,2 +chr2 177622392 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=8.1411e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:11,5:9,10 +chr2 178747853 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=9.3895e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,22:12,13:13,9 +chr2 180013868 . G GTT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0039979;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,14:13,7:13,7 +chr2 181677112 . ATTTTTT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,1:2,3 +chr2 181948670 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,1:14,3 +chr2 182972246 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,3:2,2:3,1 +chr2 183144629 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.1861e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:16,22:10,10:6,12 +chr2 183283891 . CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCTTTCTTTCTCTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,5:0,2:4,3 +chr2 183644763 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.4703e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:9,9:9,6 +chr2 184213659 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,2:5,1:0,1 +chr2 184531464 . GAT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.013487;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:3,4:7,2 +chr2 186276309 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.2056e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:15,7:10,9 +chr2 187053684 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00027216;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:13,6:10,13 +chr2 187117005 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.02948;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,7:7,6:6,1 +chr2 187261193 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:5,9:4,4 +chr2 187358530 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23366;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,4:2,3:7,1 +chr2 188931860 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=6.3838e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:9,5:13,12 +chr2 189670190 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.019042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,9:5,1 +chr2 189714972 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,2:2,1:3,1 +chr2 190823113 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,1:11,3 +chr2 190972816 . G GGT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0042171;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,13:10,7:10,6 +chr2 191017618 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.056479;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,6:21,1:26,5 +chr2 192995417 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:4,2:2,1:2,1 +chr2 194048674 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.072536;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:16,4:8,4 +chr2 194491933 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2 +chr2 196991764 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:3,2:2,1:1,1 +chr2 197034050 . T TAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,11:8,8:3,3 +chr2 197145312 . TA T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.027216;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:17,2:16,4 +chr2 197608623 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011224;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,16:4,11:6,5 +chr2 197922935 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:9,4:4,3 +chr2 198732500 . AT A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00020368;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,12:13,6:8,6 +chr2 198811945 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 +chr2 199109602 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=9.3322e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:15,9:11,4 +chr2 199355348 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00077002;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:32:1,11:1,4:0,7 +chr2 199489596 . CTT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10396;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,2:14,3 +chr2 200803621 . T TACACACACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0030624;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:7,4:12,6 +chr2 201409279 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00051722;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:15,8:5,5 +chr2 202405687 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,9:4,7:4,2 +chr2 202803400 . CAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,8:2,7:6,1 +chr2 202836812 . TATAG T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.21643;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:20,1:14,3 +chr2 202836818 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.27503;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,5:17,2:14,3 +chr2 202885308 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=6.4027e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:12,7:9,10 +chr2 205017666 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.2813e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,22:12,13:13,9 +chr2 205037381 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036704;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,3:13,1 +chr2 205127296 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018809;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,8:13,6:6,2 +chr2 205188782 . TC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.16171;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:18,1:9,3 +chr2 205413674 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.1625e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:24,22:13,13:11,9 +chr2 205567304 . GTTTT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03285;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1 +chr2 207009049 . AGT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:13,14:7,8:6,6 +chr2 207409313 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:7,2:7,1:0,1 +chr2 207679413 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=4.1304e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:20,22:10,10:10,12 +chr2 208100923 . GTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:3,6:5,2 +chr2 208103138 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.014419;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:11,7:9,1 +chr2 209164458 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.025393;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,7:8,1 +chr2 210451039 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.9457e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:23,24:9,12:14,12 +chr2 210497893 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,10:2,9:2,1 +chr2 211856366 . C CTATTTATTTATT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.033424;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,13:17,7:11,6 +chr2 214511921 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,6:9,5:7,1 +chr2 215015169 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.03569;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,4:7,3:9,1 +chr2 217295628 . T TA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:4,4:2,2 +chr2 218202779 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0062663;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:11,8:5,2 +chr2 218408723 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:2,3:1,1:1,2 +chr2 220020588 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.024817;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:10,5:12,2 +chr2 220818415 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,4:4,2:9,2 +chr2 223426084 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,7:3,6:1,1 +chr2 223579690 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.5018e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:8,7:12,8 +chr2 223832135 . CTGTG C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.01205;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:9,17:4,10:5,7 +chr2 225053895 . A ATATATTTTT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.026055;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,8:9,4:10,4 +chr2 225204909 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,5:5,1:6,4 +chr2 227599021 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.067259;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,3:14,2 +chr2 227656632 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.024543;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:18,2:19,8 +chr2 228461502 . TTG T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00082127;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,4:11,6 +chr2 229668522 . GTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:1,4:6,2 +chr2 231451014 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,6:2,1:2,5 +chr2 231826069 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.19378;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:5,1:15,2 +chr2 231828108 . C G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 +chr2 231830216 . AG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.12376;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:16,1:7,5 +chr2 231847018 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.32176;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,1:12,3 +chr2 231940065 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00793;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:5,7:8,2 +chr2 232694003 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,7:6,1 +chr2 232734109 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,6:4,1 +chr2 233218804 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=8.6672e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:17,22:9,11:8,11 +chr2 233567231 . T G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.043553;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:65,16:29,9:36,7 +chr2 234408303 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,3:5,1 +chr2 236344992 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.069887;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:21,2:23,3 +chr2 238196072 . T G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,1:2,4 +chr2 240284281 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.2998e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:13,8:9,11 +chr2 240850366 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.037048;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:28,5:15,1 +chr2 240881091 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.9498e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:8,7:10,8 +chr2 241338945 . TTA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,3:1,2 +chr2 241338962 . A AT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 +chr2 241338967 . AAATAT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,3:4,2 +chr2 242181823 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.049592;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:20,6:17,1 +chr2 242182971 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,2:8,2 +chr20 833025 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03726;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,2:10,5 +chr20 1559135 . G GTATATATATATA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.062277;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:16,2:8,3 +chr20 3696133 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.10963;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:17,4:25,1 +chr20 3746301 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:3,3:5,1 +chr20 3818084 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.10288;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,8:8,6:6,2 +chr20 3887307 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.050247;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,1:17,3 +chr20 5479327 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=9.8644e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:12,7:8,6 +chr20 5542922 . AGT A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.063538;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:48,6:29,2:19,4 +chr20 5542926 . AT A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.045288;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:26,2:15,4 +chr20 5701011 . ACCTGGAATCATTCAACAGTGAAAACCTATGAACTTTATTTACT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.063391;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:6,1:18,5 +chr20 5871836 . GGAA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 +chr20 6198774 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.5855e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:11,5:9,13 +chr20 7224002 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14559;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,5:8,3:4,2 +chr20 8704984 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,10:1,9:3,1 +chr20 9203777 . GTTTTT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029588;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:8,6:4,4 +chr20 10453318 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.036717;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:18,3:14,5 +chr20 11100141 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=2.1422e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:36,21:23,13:13,8 +chr20 12653895 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.423e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:25,27:14,12:11,15 +chr20 12963109 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=5.0503e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:20,22:10,13:10,9 +chr20 13951296 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,3:13,1 +chr20 14210364 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.7288e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:15,9:9,6 +chr20 16200995 . ATTTT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:5,2:5,5 +chr20 16259183 . TC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:5,4:0,1 +chr20 16347575 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:19,4:9,1:10,3 +chr20 16514585 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,4:7,2:5,2 +chr20 17335857 . G GGTGTGT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00093746;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:14,6:4,6 +chr20 17347787 . CGAAAGAAAGAAAGAAA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,4:8,3:7,1 +chr20 17483028 . A ATTT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00016659;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,7:10,4 +chr20 17851390 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0061141;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:24,7:12,1 +chr20 17851402 . CT C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.090639;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,4:23,3:11,1 +chr20 18054782 . AG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,3:13,1 +chr20 18184062 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=8.9729e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:25,23:12,13:13,10 +chr20 18250697 . TAA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.060214;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:17,3:9,1 +chr20 18579211 . GTTTTTT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.079329;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,6:8,4:2,2 +chr20 19116484 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.03685;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,5:4,1 +chr20 19147598 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0737;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:13,5:2,1 +chr20 19187357 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00031092;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:16,4:14,10 +chr20 19322981 . C A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.8934e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,24:18,16:8,8 +chr20 19513736 . T TAAAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.045605;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:10,7:11,3 +chr20 19696971 . AAGGGAGGGAGGG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:8,5:1,2 +chr20 21012812 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=5.4427e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:31,27:11,11:20,16 +chr20 22836039 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.1617e-10;SS=2;SSC=96;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,20:3,5:10,15 +chr20 23803669 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:1,1:4,1 +chr20 26270392 . C CA 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:22,1:19,7 +chr20 26441655 . C A 0 PASS DP=708;GPV=1;SPV=0.013532;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:420:376,44:161,25:215,19 +chr20 26542186 . A T 0 PASS DP=1421;GPV=1;SPV=0.0048167;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:768:678,87:337,50:341,37 +chr20 26603057 . AG A 0 PASS DP=252;GPV=1;SPV=0.01924;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:117,23:29,5:88,18 +chr20 27655384 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0028871;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,9:25,3:4,6 +chr20 27765802 . C G 0 PASS DP=551;GPV=1;SPV=0.021477;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:314:264,50:219,45:45,5 +chr20 27962669 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.017734;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,4:7,6 +chr20 28514774 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.14022;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:2,3:20,2 +chr20 28516630 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083817;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:19,2:3,2 +chr20 28624228 . C T 0 PASS DP=341;GPV=1;SPV=0.028401;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:189:162,27:97,18:65,9 +chr20 28642942 . A AAT 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.040321;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:53,10:28,5:25,5 +chr20 28777653 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,2:5,3 +chr20 28839112 . G C 0 PASS DP=286;GPV=1;SPV=0.015773;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:163:145,17:139,15:6,2 +chr20 28900911 . C A 0 PASS DP=310;GPV=1;SPV=0.038337;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:151,26:68,14:83,12 +chr20 28959558 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.048243;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:25,1:11,7 +chr20 29030826 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=9.0569e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:11,8:13,11 +chr20 29072931 . G C 0 PASS DP=421;GPV=1;SPV=0.020403;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:201,27:85,14:116,13 +chr20 29222612 . G A 0 PASS DP=235;GPV=1;SPV=0.044307;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:110,23:56,14:54,9 +chr20 29242240 . CA C 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.037913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:179:155,24:82,7:73,17 +chr20 29242274 . A C 0 PASS DP=316;GPV=1;SPV=0.0092047;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:154,24:85,8:69,16 +chr20 29508233 . G A 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.027818;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:130,16:69,9:61,7 +chr20 29882272 . G A 0 PASS DP=622;GPV=1;SPV=0.023889;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:350:300,50:118,22:182,28 +chr20 29974817 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:8,4:0,5 +chr20 29988308 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037959;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:2,3:9,1 +chr20 30105925 . G C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.040005;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:21,2:11,8 +chr20 30105984 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.029347;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:22,3:32,3 +chr20 30114859 . TC T 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.028807;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:51,16:34,10:17,6 +chr20 30258827 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,3:7,1 +chr20 30258829 . T G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:0,3:5,1 +chr20 30356428 . A T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.049484;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:73,12:30,2:43,10 +chr20 30394669 . A G 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.027216;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:64,17:34,6:30,11 +chr20 30507298 . AAGAAAGAG A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.044305;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:11,5:13,4 +chr20 30861112 . C T 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.004446;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:104,27:57,20:47,7 +chr20 31055552 . G T 0 PASS DP=463;GPV=1;SPV=0.021878;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:269:240,29:135,13:105,16 +chr20 31063384 . G T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.095044;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:27,5:8,3:19,2 +chr20 31075736 . C A 0 PASS DP=907;GPV=1;SPV=0.043392;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:592:454,69:121,26:333,43 +chr20 31096487 . C CAATGG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12446;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:13,3:15,2 +chr20 31096524 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13133;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:16,3:13,2 +chr20 31346990 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,9:4,7:6,2 +chr20 31957819 . TATATATATATATATATATTCTGTA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,1:4,3 +chr20 32850549 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049275;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1 +chr20 33536358 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0054348;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:1,5:7,2 +chr20 33557004 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr20 33910437 . CTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:10,4:5,1 +chr20 34375696 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1 +chr20 35090180 . T TAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0021067;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:10,6:9,8 +chr20 35153833 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.17513;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,2:19,2 +chr20 35186566 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.015482;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:14,9:4,1 +chr20 35214688 . C CA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0053306;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,14:13,11:13,3 +chr20 36014118 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.3402e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,17:3,7:9,10 +chr20 36763885 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.069923;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,8:9,7:7,1 +chr20 37126314 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 +chr20 37908680 . G C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=3.085e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:31,33:18,18:13,15 +chr20 38379162 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 +chr20 38640174 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.13137;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,5:13,3:18,2 +chr20 38708430 . A AAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.011329;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,9:9,5:5,4 +chr20 39135065 . C CT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.012896;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,15:13,6:12,9 +chr20 39203388 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.1055e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:17,10:8,10 +chr20 40161346 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027664;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,6:7,4 +chr20 41019977 . T TTGTG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,12:5,7:2,5 +chr20 41227191 . T TG 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.9762e-07;SS=2;SSC=60;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:6,8:12,7 +chr20 41787546 . G GTTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 +chr20 41876054 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.009224;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,9:9,7:1,2 +chr20 42850389 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.1303e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:15,9:13,12 +chr20 43287842 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.9117e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,20:6,8:11,12 +chr20 44680826 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1672;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:16,2:17,2 +chr20 45697379 . A ATTT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:11,4:15,2 +chr20 45738910 . CTATATATAGTTA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 +chr20 47450571 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=3.2073e-10;SS=2;SSC=94;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:21,32:13,16:8,16 +chr20 47490809 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,2:2,1:4,1 +chr20 47593334 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:8,3:3,1 +chr20 48412456 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00098758;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:3,1:8,6 +chr20 48512118 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.27668;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:7,2:6,1 +chr20 50667286 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:5,4:2,2 +chr20 51241063 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0083603;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:11,10:6,4 +chr20 51472629 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,5:6,4:6,1 +chr20 51961764 . TA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.011401;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:2,5:4,2 +chr20 52077167 . CTTTTT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.019351;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:12,8:7,4 +chr20 52113592 . C CTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.013278;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,10:7,7:3,3 +chr20 52922077 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:2,3:2,1 +chr20 53096927 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.023594;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:20,2:12,3 +chr20 54564919 . C G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.6327e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:21,26:13,12:8,14 +chr20 56302246 . C CTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0058029;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,12:7,10:13,2 +chr20 58122733 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,7:5,1 +chr20 58466125 . C CAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.018356;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,7:10,6:3,1 +chr20 58798661 . C CTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0017432;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,17:2,7:1,10 +chr20 59443486 . TACACAC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.037674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,10:15,4:3,6 +chr20 60647654 . CTCTCTGTGTGTG C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.043024;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:13,6:7,3 +chr20 61071639 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.8402e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:15,13:12,11 +chr20 61383296 . ATG A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.030521;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:11,3:16,3 +chr20 61383377 . GGAT G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.008813;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:11,3:11,4 +chr20 61383394 . T TATG 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.019947;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,6:13,2:14,4 +chr20 62325123 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.18255;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:20,3:19,2 +chr20 62593036 . TGTGTGCATGTGTGA T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028542;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,9:15,2:11,7 +chr20 63101758 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:15,2:3,2 +chr20 63221532 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015574;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,11:11,7:9,4 +chr20 63257805 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.043618;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,7:16,4:0,3 +chr20 63257807 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022502;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,7:17,4:0,3 +chr20 63257808 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.030049;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,8:19,5:1,3 +chr20 63257828 . AGGACAGTGAT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.096448;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:23,2:6,2 +chr20 63492639 . ACAAT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.028934;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:13,8:3,1 +chr20 63609857 . CT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.16867;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:26,2:9,2 +chr20 63847301 . G GAGACACACACAGACACTGACACACAC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,7:4,6:7,1 +chr21 5225998 . A G 0 PASS DP=349;GPV=1;SPV=0.02483;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:188:162,26:68,14:94,12 +chr21 5226679 . T C 0 PASS DP=509;GPV=1;SPV=0.030746;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:274:238,36:116,13:122,23 +chr21 5231730 . C G 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.010705;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:90,21:38,9:52,12 +chr21 5251434 . T G 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.045679;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:103,21:36,8:67,13 +chr21 6376086 . G A 0 PASS DP=354;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:206:185,21:106,12:79,9 +chr21 7254538 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.024408;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:43,8:26,5:17,3 +chr21 7281326 . T C 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.0072587;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:86,25:55,15:31,10 +chr21 7958662 . T C 0 PASS DP=512;GPV=1;SPV=0.00091737;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:294:239,55:121,34:118,21 +chr21 7958780 . T A 0 PASS DP=487;GPV=1;SPV=0.022966;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:266:222,44:101,16:121,28 +chr21 7966316 . G C 0 PASS DP=274;GPV=1;SPV=0.0021228;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:117,28:57,15:60,13 +chr21 7995998 . A T 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.0018624;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:63,19:37,7:26,12 +chr21 8035866 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.12392;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:22,2:12,2 +chr21 8039154 . A T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.048393;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,12:24,8:12,4 +chr21 8419850 . A ACTGT 0 PASS DP=1226;GPV=1;SPV=0.011035;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:781:664,106:356,77:308,29 +chr21 8440697 . G A 0 PASS DP=3237;GPV=1;SPV=0.0067114;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2059:1834,224:1141,168:693,56 +chr21 8536809 . T C 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.035525;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:129,18:65,8:64,10 +chr21 8546996 . C T 0 PASS DP=242;GPV=1;SPV=0.028437;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:124,16:72,7:52,9 +chr21 8554722 . AATG A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.042156;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:37,12:18,2:19,10 +chr21 8625901 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0099066;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:43,8:6,2:37,6 +chr21 8660444 . G A 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.048236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:57,16:28,3:29,13 +chr21 8675401 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.036877;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:13,6:4,2 +chr21 8682330 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.024897;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:10,8:14,1 +chr21 8769953 . C T 0 PASS DP=235;GPV=1;SPV=0.046124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:110,14:49,8:61,6 +chr21 8779016 . C A 0 PASS DP=282;GPV=1;SPV=0.024803;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:137,21:63,16:74,5 +chr21 8787009 . TGTC T 0 PASS DP=284;GPV=1;SPV=0.015842;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:133,31:64,20:69,11 +chr21 8795779 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:25,4:0,0 +chr21 8799600 . A G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.020858;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:26,10:19,2 +chr21 8816612 . A G 0 PASS DP=204;GPV=1;SPV=0.012785;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:96,19:73,12:23,7 +chr21 8818460 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0059499;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:7,1:17,5 +chr21 8830956 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:18,4:2,0 +chr21 8832637 . G A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.028559;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:54,16:37,14:17,2 +chr21 8834266 . A C 0 PASS DP=523;GPV=1;SPV=0.026699;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:270:227,43:113,23:114,20 +chr21 8846751 . A G 0 PASS DP=646;GPV=1;SPV=0.010371;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:368:325,43:158,14:167,29 +chr21 8853664 . G A 0 PASS DP=583;GPV=1;SPV=0.0061804;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:305:267,38:128,13:139,25 +chr21 8857552 . A G 0 PASS DP=464;GPV=1;SPV=0.027757;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:248:221,27:79,7:142,20 +chr21 8863068 . C T 0 PASS DP=612;GPV=1;SPV=0.044801;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:340:297,43:161,20:136,23 +chr21 8865457 . A T 0 PASS DP=583;GPV=1;SPV=0.001813;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:318:280,38:175,27:105,11 +chr21 8885938 . G C 0 PASS DP=585;GPV=1;SPV=0.0065017;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:319:283,36:131,17:152,19 +chr21 9006958 . G C 0 PASS DP=378;GPV=1;SPV=0.046043;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:177,24:94,12:83,12 +chr21 9010439 . C T 0 PASS DP=356;GPV=1;SPV=0.027572;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:205:183,22:105,7:78,15 +chr21 9015907 . G A 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.019314;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:175,23:88,12:87,11 +chr21 9018769 . C T 0 PASS DP=362;GPV=1;SPV=0.0016674;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:159,37:81,23:78,14 +chr21 9030012 . T C 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.029096;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:150,24:69,13:81,11 +chr21 9030013 . G A 0 PASS DP=284;GPV=1;SPV=0.014282;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:145,23:68,13:77,10 +chr21 9058265 . T G 0 PASS DP=354;GPV=1;SPV=0.044755;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:182,30:86,18:96,12 +chr21 9059947 . G A 0 PASS DP=331;GPV=1;SPV=0.027458;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:161,22:72,11:89,11 +chr21 9070503 . G A 0 PASS DP=405;GPV=1;SPV=0.036246;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:223:197,26:94,12:103,14 +chr21 9073841 . C T 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.041439;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:170:150,20:59,5:91,15 +chr21 9076389 . A G 0 PASS DP=304;GPV=1;SPV=0.0013819;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:145,33:88,14:57,19 +chr21 9091122 . C T 0 PASS DP=405;GPV=1;SPV=0.010665;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:178,39:112,20:66,19 +chr21 9101789 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.045802;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,3:12,3 +chr21 9102555 . TTTTG T 0 PASS DP=256;GPV=1;SPV=0.0082606;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:124,15:70,10:54,5 +chr21 9110288 . A T 0 PASS DP=636;GPV=1;SPV=0.034218;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:346:308,38:180,18:128,20 +chr21 9110896 . T C 0 PASS DP=574;GPV=1;SPV=0.0023613;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:325:285,40:132,13:153,27 +chr21 9123920 . T A 0 PASS DP=521;GPV=1;SPV=0.016704;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:295:263,32:146,18:117,14 +chr21 9126698 . C G 0 PASS DP=553;GPV=1;SPV=0.029204;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:243,36:154,18:89,18 +chr21 9126790 . C T 0 PASS DP=604;GPV=1;SPV=0.007596;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:312:274,38:159,18:115,20 +chr21 9141392 . T A 0 PASS DP=580;GPV=1;SPV=0.026096;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:315:266,49:137,26:129,23 +chr21 9151734 . G T 0 PASS DP=452;GPV=1;SPV=0.043814;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:242:205,37:107,28:98,9 +chr21 9151776 . A G 0 PASS DP=435;GPV=1;SPV=0.031767;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:231:199,32:124,22:75,10 +chr21 9174854 . G A 0 PASS DP=391;GPV=1;SPV=0.0016586;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:182,28:97,12:85,16 +chr21 9175241 . A C 0 PASS DP=435;GPV=1;SPV=0.019887;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:191,35:124,19:67,16 +chr21 9183135 . C T 0 PASS DP=479;GPV=1;SPV=0.034094;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:268:225,43:110,24:115,19 +chr21 9186837 . G C 0 PASS DP=511;GPV=1;SPV=0.016891;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:280:233,47:104,19:129,28 +chr21 9186947 . A C 0 PASS DP=474;GPV=1;SPV=0.031342;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:268:240,28:123,18:117,10 +chr21 9194375 . G A 0 PASS DP=898;GPV=1;SPV=0.025909;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:483:433,50:246,39:187,11 +chr21 9259601 . G A 0 PASS DP=586;GPV=1;SPV=0.00027813;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:342:285,57:144,33:141,24 +chr21 9266003 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,1:6,4 +chr21 9274388 . G A 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.039332;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:67,16:64,13:3,3 +chr21 9297708 . G A 0 PASS DP=453;GPV=1;SPV=0.012951;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:250:224,26:103,10:121,16 +chr21 9304507 . G A 0 PASS DP=610;GPV=1;SPV=0.040493;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:355:319,36:153,12:166,24 +chr21 9309334 . C T 0 PASS DP=476;GPV=1;SPV=0.028189;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:244:219,25:129,18:90,7 +chr21 9315263 . T C 0 PASS DP=530;GPV=1;SPV=0.024312;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:298:266,32:133,15:133,17 +chr21 9333403 . A T 0 PASS DP=441;GPV=1;SPV=0.010601;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:259:231,28:116,14:115,14 +chr21 9340796 . T C 0 PASS DP=385;GPV=1;SPV=0.048947;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:213:191,22:136,12:55,10 +chr21 9340825 . T C 0 PASS DP=438;GPV=1;SPV=0.0060631;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:250:222,28:133,18:89,10 +chr21 9343680 . T G 0 PASS DP=416;GPV=1;SPV=0.046557;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:244:219,25:107,12:112,13 +chr21 9346068 . C G 0 PASS DP=615;GPV=1;SPV=0.049783;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:333:287,46:141,9:146,37 +chr21 9350207 . A AT 0 PASS DP=488;GPV=1;SPV=0.031053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:265:227,38:107,9:120,29 +chr21 9354669 . G C 0 PASS DP=399;GPV=1;SPV=0.0263;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:243:218,25:129,12:89,13 +chr21 9355187 . G T 0 PASS DP=560;GPV=1;SPV=0.023377;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:329:276,53:147,24:129,29 +chr21 9362484 . T G 0 PASS DP=384;GPV=1;SPV=0.040314;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:220:194,26:96,16:98,10 +chr21 9527333 . C T 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.018462;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:54,15:43,11:11,4 +chr21 9551000 . ACT A 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.022332;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:91,18:39,11:52,7 +chr21 9551005 . T TGAGGTCAGGA 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.023467;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:90,19:37,12:53,7 +chr21 9628624 . A G 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.00071048;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:78,30:41,13:37,17 +chr21 9657307 . C CAA 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.014457;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:22,13:14,10:8,3 +chr21 9664360 . C T 0 PASS DP=299;GPV=1;SPV=0.037377;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:139,28:67,11:72,17 +chr21 9675117 . G A 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.009354;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:106,19:51,11:55,8 +chr21 9676168 . C T 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.044993;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:97,21:42,5:55,16 +chr21 9680606 . G A 0 PASS DP=219;GPV=1;SPV=0.048526;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:103,21:49,13:54,8 +chr21 9687709 . G A 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.024684;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:103,19:62,8:41,11 +chr21 9694189 . G A 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.043687;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:107,21:50,11:57,10 +chr21 9705739 . G C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,1:6,3 +chr21 9817080 . G T 0 PASS DP=3580;GPV=1;SPV=0.014742;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2013:1779,234:674,75:1105,159 +chr21 9818669 . G A 0 PASS DP=790;GPV=1;SPV=0.020873;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:445:386,49:298,37:88,12 +chr21 9843165 . A G 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.0047134;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:84,24:47,15:37,9 +chr21 9908583 . C T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.018498;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:74,18:39,14:35,4 +chr21 9909302 . G A 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.007021;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:87,24:55,11:32,13 +chr21 9909505 . G T 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.04634;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:139,26:71,13:68,13 +chr21 9909534 . C T 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.033658;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:114,21:53,12:61,9 +chr21 9941161 . T C 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.01166;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:115,22:61,11:54,11 +chr21 9951540 . G A 0 PASS DP=242;GPV=1;SPV=0.010745;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:104,24:62,11:42,13 +chr21 9956562 . T C 0 PASS DP=204;GPV=1;SPV=0.036658;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:86,20:41,12:45,8 +chr21 9967057 . G C 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=2.8573e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:40,9:47,7 +chr21 10074081 . T A 0 PASS DP=252;GPV=1;SPV=0.0070661;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:108,30:57,11:51,19 +chr21 10163368 . G A 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.040113;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:105,25:53,14:52,11 +chr21 10343994 . C T 0 PASS DP=323;GPV=1;SPV=6.3894e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:174:152,22:67,6:85,16 +chr21 10358499 . C T 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.027824;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:146,23:68,15:78,8 +chr21 10359428 . G A 0 PASS DP=317;GPV=1;SPV=0.00076568;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:156,27:76,17:80,10 +chr21 10361076 . G C 0 PASS DP=623;GPV=1;SPV=0.020065;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:340:259,48:130,24:129,24 +chr21 10361114 . C G 0 PASS DP=698;GPV=1;SPV=0.0029897;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:366:308,58:165,24:143,34 +chr21 10403331 . C T 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.017765;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:133,22:47,3:86,19 +chr21 10422921 . G A 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.036589;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:119,15:83,11:36,4 +chr21 10460505 . T C 0 PASS DP=399;GPV=1;SPV=0.021557;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:224:197,27:108,13:89,14 +chr21 10469718 . G A 0 PASS DP=389;GPV=1;SPV=0.015551;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:218:185,33:109,21:76,12 +chr21 10473424 . C T 0 PASS DP=362;GPV=1;SPV=0.0071959;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:172,25:61,13:111,12 +chr21 10488409 . A G 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.018334;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:86,14:57,8:29,6 +chr21 10488554 . G T 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.012581;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:98,18:61,11:37,7 +chr21 10663986 . C T 0 PASS DP=233;GPV=1;SPV=0.0045943;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:109,31:51,18:58,13 +chr21 10716321 . T G 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.0050663;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:96,21:56,8:40,13 +chr21 10746406 . C T 0 PASS DP=475;GPV=1;SPV=0.025619;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:287:254,33:128,15:126,18 +chr21 10756286 . G C 0 PASS DP=414;GPV=1;SPV=0.015409;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:216:190,26:91,10:99,16 +chr21 10798012 . T A 0 PASS DP=606;GPV=1;SPV=0.041582;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:340:302,38:155,25:147,13 +chr21 10808909 . G A 0 PASS DP=290;GPV=1;SPV=0.042499;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:147,26:67,12:80,14 +chr21 12976028 . G T 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=7.0417e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:69,18:33,7:36,11 +chr21 13027223 . C CA 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.035746;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:45,15:22,2:23,13 +chr21 13100149 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.032357;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:24,5:10,4 +chr21 13139744 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.074336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,4:12,1 +chr21 13139745 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.062277;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:9,4:15,1 +chr21 13225211 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.005596;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,7:16,6:2,1 +chr21 13485001 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=4.6629e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:14,7:10,8 +chr21 13490606 . ATATATTT A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,2:1,1:1,1 +chr21 13550568 . A G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.045262;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:56,9:33,5:23,4 +chr21 13612108 . C CAT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.074732;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,2:14,3 +chr21 13810187 . AGGGG A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.083854;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,5:16,3:20,2 +chr21 14061959 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.004133;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,13:3,6:7,7 +chr21 15239757 . CTATA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:10,12:6,9:4,3 +chr21 16145996 . ATGTGAGCCAGCAAAGTAATGTGAGGAGTTGCCTTGGGCCTGGGAGAATC A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.022393;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:19,6:7,3 +chr21 16420345 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=6.9776e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,19:8,11:9,8 +chr21 17057769 . AGTAAAAGT A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00016727;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:12,6:18,8 +chr21 17530114 . A AT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.026224;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:2,3:2,3 +chr21 18070027 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr21 18174120 . GGT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,3:4,3 +chr21 19524779 . C CAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0021328;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,16:9,11:8,5 +chr21 20144940 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.21758;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:17,2:15,2 +chr21 20349991 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.6597e-09;SS=2;SSC=85;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:22,26:6,19:16,7 +chr21 22562732 . ATTTT A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,2:2,2 +chr21 25193617 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.6179e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:18,21:11,13:7,8 +chr21 25621758 . CTTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:1,6:5,2 +chr21 26226543 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=6.2936e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:6,6:9,8 +chr21 27627381 . T A 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.028841;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:77,15:33,5:44,10 +chr21 27879185 . A AT 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00074156;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:4,22:2,12:2,10 +chr21 30490177 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.9336e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:8,8:13,10 +chr21 30562390 . T TAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,2:2,1:1,1 +chr21 31473429 . CAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.19205;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,4:4,1 +chr21 31735263 . GAAAAAAAAAAAAAAAA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:3,7:2,1 +chr21 31770100 . GTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0027123;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:2,4:2,5 +chr21 32030655 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.22736;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,4:18,2:13,2 +chr21 32255498 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016338;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:5,2:13,7 +chr21 33876219 . T TTC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,1:10,3 +chr21 34135346 . G GT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,11:5,8:5,3 +chr21 35769468 . AATATAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0086957;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,7:3,4:3,3 +chr21 35793297 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,3:9,1 +chr21 36115398 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11424;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,5:9,1 +chr21 36436742 . C CAAAAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0081568;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,16:15,12:7,4 +chr21 37212564 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,6:3,2:5,4 +chr21 38201730 . GTCTA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:5,3:5,1 +chr21 38358110 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.16972;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:28,4:20,1:8,3 +chr21 39682186 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00057614;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:13,8:9,7 +chr21 40353480 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.2902e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:21,30:11,17:10,13 +chr21 40818102 . CAAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,9:4,8:5,1 +chr21 40875087 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.060214;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:18,2:8,2 +chr21 41311236 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:10,3:6,1 +chr21 41655939 . C CCACACACA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,10:7,7:2,3 +chr21 41671014 . C CT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.05944;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:8,1:22,4 +chr21 41726529 . C CTCT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.21337;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,4:12,2:11,2 +chr21 41733013 . T TACACACACACACACAC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034981;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,10:11,5:8,5 +chr21 41745315 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.1955e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:16,14:9,6 +chr21 42008571 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,2:2,1:4,1 +chr21 42212707 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,2:1,1:1,1 +chr21 42311322 . GGCAGGCAGCGCTCACAGGAGGCCCAA G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013462;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:18,6:7,5 +chr21 42362097 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.027692;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:17,2:26,4 +chr21 42883098 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0031186;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,12:10,10:4,2 +chr21 43337398 . C CCACCAT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0090365;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,11:7,8:8,3 +chr21 44257696 . ATAAAT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.026312;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:13,6:8,5 +chr21 44345311 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.0398e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:16,10:15,12 +chr21 44598534 . A C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.8098e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:28,24:11,11:17,13 +chr21 44789384 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:7,6:4,1 +chr21 45610068 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.637e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:9,9:10,7 +chr21 46321901 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.14279;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:13,4:3,1 +chr21 46446680 . G GTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.040363;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,8:13,4:9,4 +chr22 10527469 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.025076;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:3,1:17,4 +chr22 10531809 . TGA T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.010226;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:75,13:49,8:26,5 +chr22 10612761 . T C 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.015286;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:74,10:34,1:40,9 +chr22 10641581 . TGA T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.041309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,9:27,5:18,4 +chr22 10650005 . G GAA 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.00037634;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:73,18:47,12:26,6 +chr22 10690286 . T C 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.021635;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:92,16:32,2:60,14 +chr22 10698681 . A G 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.010064;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:98,14:62,9:36,5 +chr22 10733640 . G A 0 PASS DP=622;GPV=1;SPV=0.035246;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:356:319,37:157,19:162,18 +chr22 10737705 . A G 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.016527;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:219:191,28:91,13:100,15 +chr22 10760350 . G A 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.0066425;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:96,15:64,12:32,3 +chr22 10760366 . T TTA 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.0088568;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:100,12:73,10:27,2 +chr22 10760379 . T A 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:105,14:79,11:26,3 +chr22 10765864 . A G 0 PASS DP=269;GPV=1;SPV=0.0048919;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:111,28:43,11:68,17 +chr22 10767229 . C T 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.038719;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:101,17:56,8:45,9 +chr22 10771026 . C T 0 PASS DP=328;GPV=1;SPV=0.024823;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:152,31:79,14:73,17 +chr22 10951034 . C T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.041605;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:80,11:33,4:47,7 +chr22 11033002 . G A 0 PASS DP=361;GPV=1;SPV=0.048903;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:203:182,21:80,8:102,13 +chr22 11047586 . T TAC 0 PASS DP=333;GPV=1;SPV=0.029758;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:162:88,12:41,8:47,4 +chr22 11054290 . G A 0 PASS DP=470;GPV=1;SPV=0.038644;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:254:226,28:123,17:103,11 +chr22 11056829 . G T 0 PASS DP=350;GPV=1;SPV=0.032197;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:199:171,28:108,15:63,13 +chr22 11057590 . C A 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.016529;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:99,17:43,8:56,9 +chr22 11059377 . C T 0 PASS DP=286;GPV=1;SPV=0.034641;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:140,20:54,12:86,8 +chr22 11061247 . C T 0 PASS DP=333;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:162,20:93,12:69,8 +chr22 11062802 . G A 0 PASS DP=352;GPV=1;SPV=0.035925;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:162,24:80,13:82,11 +chr22 11064460 . C G 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.047192;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:123,19:41,10:82,9 +chr22 11337982 . T TTTA 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.0075827;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:146,17:86,10:60,7 +chr22 11358586 . T C 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.0025746;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:106,23:45,13:61,10 +chr22 11359091 . T C 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.001598;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:63,26:41,11:22,15 +chr22 11455564 . G C 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.011593;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:63,18:21,6:42,12 +chr22 11681998 . TA T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.014807;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:90,16:31,5:59,11 +chr22 11703850 . G T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.027799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:28,5:15,7 +chr22 11705259 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0092558;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:6,2:36,7 +chr22 11714754 . G T 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.020188;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:120,15:46,3:74,12 +chr22 11791237 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.084652;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:18,2:17,2 +chr22 11793951 . C T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.015938;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:66,10:61,8:5,2 +chr22 11797775 . G A 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.048875;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:123,19:59,15:64,4 +chr22 11832943 . A G 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.030878;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:67,15:41,6:26,9 +chr22 11833156 . T G 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.034567;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:95,21:37,15:58,6 +chr22 11834671 . T G 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.034547;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:105,13:20,5:85,8 +chr22 11841442 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:13,4:0,0 +chr22 11845146 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.00082342;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:63,12:35,6:28,6 +chr22 11865156 . G A 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.048415;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:83,15:47,9:36,6 +chr22 11871637 . T C 0 PASS DP=606;GPV=1;SPV=0.026301;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:350:306,44:200,29:106,15 +chr22 11884747 . T C 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.00064121;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:55,23:44,16:11,7 +chr22 11885181 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.048436;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:16,3:34,4 +chr22 11891373 . G A 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.015085;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:90,12:40,3:50,9 +chr22 11895984 . C A 0 PASS DP=521;GPV=1;SPV=0.010284;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:306:266,40:87,13:179,27 +chr22 11906163 . C T 0 PASS DP=260;GPV=1;SPV=0.045317;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:131,16:27,2:104,14 +chr22 11909971 . C T 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.00094504;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:123,18:66,14:57,4 +chr22 11923710 . C T 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.018527;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:75,12:57,10:18,2 +chr22 11935953 . C T 0 PASS DP=383;GPV=1;SPV=0.015369;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:215:187,28:119,24:68,4 +chr22 12033044 . A G 0 PASS DP=569;GPV=1;SPV=0.011073;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:308:271,37:126,8:145,29 +chr22 12039706 . T C 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.025824;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:123,27:56,9:67,18 +chr22 12043443 . G A 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.012671;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:80,19:46,11:34,8 +chr22 12069675 . T C 0 PASS DP=338;GPV=1;SPV=0.047797;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:177,21:118,7:59,14 +chr22 12088827 . A T 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.037554;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:96,17:52,10:44,7 +chr22 12118834 . G A 0 PASS DP=440;GPV=1;SPV=0.044889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:229:198,31:115,15:83,16 +chr22 12146047 . C A 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.0017936;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:64,26:38,23:26,3 +chr22 12149864 . AGAG A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.044501;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:92,15:50,12:42,3 +chr22 12156454 . G A 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.042675;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:92,15:36,5:56,10 +chr22 12195122 . T G 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.01993;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:98,24:66,14:32,10 +chr22 12219625 . A T 0 PASS DP=290;GPV=1;SPV=0.035918;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:135,24:64,14:71,10 +chr22 12220317 . A G 0 PASS DP=348;GPV=1;SPV=0.028848;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:193:166,27:72,11:94,16 +chr22 12297193 . A G 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.00066193;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:105,18:47,7:58,11 +chr22 12351292 . A C 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.038942;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:60,10:42,6:18,4 +chr22 12352794 . G A 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.049836;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:83,17:46,8:37,9 +chr22 12361039 . T A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,3:6,3:0,0 +chr22 12387088 . C T 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.0074262;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:90,24:42,16:48,8 +chr22 12427862 . T G 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.037363;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:73,17:35,10:38,7 +chr22 12525510 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.018465;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:21,2:18,5 +chr22 12575901 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,3:12,1 +chr22 12605667 . CT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,5:9,3:8,2 +chr22 12695078 . T A 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.0035609;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:95,18:50,5:45,13 +chr22 12696778 . T TG 0 PASS DP=235;GPV=1;SPV=0.017206;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:124,16:61,4:63,12 +chr22 12710410 . C T 0 PASS DP=204;GPV=1;SPV=0.021079;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:100,19:44,7:56,12 +chr22 12721426 . CACATAAAA C 0 PASS DP=455;GPV=1;SPV=0.020099;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:249:223,26:98,10:125,16 +chr22 12799629 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0094855;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:31,2:11,8 +chr22 12803331 . T A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0099003;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:22,7:15,4 +chr22 12805364 . T A 0 PASS DP=278;GPV=1;SPV=0.014734;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:123,19:67,9:56,10 +chr22 12817911 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.064294;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:0,0:31,4 +chr22 12882421 . G C 0 PASS DP=468;GPV=1;SPV=0.0005702;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:263:232,29:152,10:80,19 +chr22 12882822 . G A 0 PASS DP=573;GPV=1;SPV=0.035159;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:308:264,44:130,22:134,22 +chr22 12904103 . T A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.029313;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:14,4:22,8 +chr22 13409654 . G C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr22 13409657 . C A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr22 15238702 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,9:6,5:5,4 +chr22 15525972 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.032993;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:6,2:14,9 +chr22 15535592 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:14,1:19,3 +chr22 15554048 . G A 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.042965;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:115,20:42,4:73,16 +chr22 15567784 . T C 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.0096848;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:66,19:47,10:19,9 +chr22 15571833 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01441;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:7,6:6,1 +chr22 15575357 . G C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr22 15628399 . C T 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.004149;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:91,23:56,17:35,6 +chr22 15670174 . C T 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.04729;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:80,17:32,9:48,8 +chr22 15713197 . T C 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.04126;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:33,4:25,7 +chr22 15737153 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.31172;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,4:21,3:12,1 +chr22 15741615 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:3,5:3,4 +chr22 15745113 . CT C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.029717;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,6:27,1:21,5 +chr22 15747068 . C T 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.01536;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:59,18:30,10:29,8 +chr22 15787990 . A G 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.012601;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:52,12:27,8:25,4 +chr22 15790824 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0027222;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:9,3:11,6 +chr22 15821211 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.021168;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:47,13:26,4:21,9 +chr22 15829890 . G A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.025801;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:50,17:25,3:25,14 +chr22 15833829 . ATTTTC A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,1:6,3 +chr22 15880948 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,2:4,2 +chr22 15917376 . AAAAG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,2:6,2 +chr22 15940680 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.055772;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:16,4:22,1 +chr22 15940780 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.038714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:16,3:24,7 +chr22 16367520 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.057853;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,7:12,5:10,2 +chr22 16523138 . CAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,7:2,3:0,4 +chr22 16558307 . C CA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.1382;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:30,5:7,1:23,4 +chr22 16622614 . GACACAC G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.097821;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:18,5:1,2 +chr22 16887739 . TATATATATATATAG T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,3:13,1 +chr22 17756436 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.22398;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:6,1:7,3 +chr22 17757402 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0059497;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,8:4,5:3,3 +chr22 18226222 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,4:4,2 +chr22 18517964 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.036364;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 +chr22 18525675 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,3:5,1 +chr22 18570148 . A ATTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0021989;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,7:7,6:0,1 +chr22 18652609 . G A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.028852;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:25,2:36,6 +chr22 18656144 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:4,1:6,4 +chr22 18791976 . C T 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.035784;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:81,18:39,9:42,9 +chr22 18846493 . G T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.0098534;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:10,5:40,1 +chr22 18911395 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.025848;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:18,4:20,10 +chr22 19341452 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,2:2,1:3,1 +chr22 19586736 . AAAAAACAAAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0094582;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:17,10:13,8 +chr22 20333103 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.02099;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:11,9:10,8 +chr22 20357187 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.029113;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:6,6:12,4 +chr22 20358112 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.095133;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:12,6:10,2 +chr22 20360105 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.033698;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:16,4:9,3 +chr22 20689430 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.072303;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:11,4:28,1 +chr22 21164570 . CAG C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,1:14,3 +chr22 21164577 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:10,1:15,3 +chr22 21209601 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 +chr22 21216501 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:52,11:30,2:22,9 +chr22 21247741 . AT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:13,4:1,0 +chr22 21274288 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.03902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:25,4:12,2 +chr22 21283959 . C A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.048426;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:42,13:18,4:24,9 +chr22 21333348 . G A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.011133;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,16:23,9:21,7 +chr22 21690957 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10638;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:13,3:7,4 +chr22 21912604 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,2:3,2 +chr22 22543000 . A C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.9315e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:27,22:16,13:11,9 +chr22 23597502 . C CAAAAAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.027568;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,6:15,5:6,1 +chr22 23980515 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.027219;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,5:5,2 +chr22 23990220 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.02269;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:9,2:15,7 +chr22 23990273 . GA G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.011902;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:16,2:19,9 +chr22 24257335 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.033817;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:17,6:24,1 +chr22 24659196 . C G 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.048394;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:21,2:24,10 +chr22 24675083 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.041933;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,5:10,1 +chr22 25230922 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.7944e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,20:7,13:10,7 +chr22 25491699 . T TTC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,4:7,2:10,2 +chr22 25491711 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,4:8,2:6,2 +chr22 26047125 . A AT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00039513;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:13,4:13,7 +chr22 26542240 . T TA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0032973;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:7,6:9,5 +chr22 26634592 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.049619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:13,3:6,4 +chr22 26679647 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00019573;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:21,9:9,2 +chr22 26772544 . ACTT A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.058975;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:22,3:21,2 +chr22 27441102 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.2532e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:13,5:15,8 +chr22 27501803 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=1.2145e-10;SS=2;SSC=99;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:21,28:13,11:8,17 +chr22 28883207 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,8:7,6:7,2 +chr22 28883208 . G GA 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.025745;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,6:8,5:11,1 +chr22 28883210 . G GAA 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.029606;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:15,5:15,1 +chr22 29280862 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022726;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:8,5:7,3 +chr22 29437953 . A ATT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0018443;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,6:5,3 +chr22 30313550 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,5:9,3:3,2 +chr22 30497989 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.3065e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:10,8:12,8 +chr22 31145349 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.0538e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:15,7:18,10 +chr22 33203101 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.04108;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,6:16,5:19,1 +chr22 33309850 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=5.7731e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,22:11,6:7,16 +chr22 33661840 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.0577e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:10,7:9,7 +chr22 34073523 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.11785;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,7:7,3:6,4 +chr22 34155855 . C CTTTCTTTTCTTTTCT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.057946;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:6,1:18,6 +chr22 34357060 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,8:3,1 +chr22 35498150 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.974e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:7,10:16,7 +chr22 35977727 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:5,2:3,2 +chr22 36347820 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,4:7,1:9,3 +chr22 37138061 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.6194e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:22,21:15,15:7,6 +chr22 37894264 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,4:8,4 +chr22 38923747 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.090553;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:5,1:18,5 +chr22 40982177 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,3:4,1 +chr22 41063290 . AAG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1713;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:17,1:13,3 +chr22 41785906 . T TA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.010406;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,11:4,4:11,7 +chr22 42407903 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:13,4:5,1 +chr22 42839124 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.043976;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,9:4,7:14,2 +chr22 42863309 . CAAA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0047817;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:10,8:5,1 +chr22 42896400 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.23178;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:17,2:10,2 +chr22 43334660 . TCAC T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.14256;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,2:15,2 +chr22 43579419 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,2:9,2 +chr22 43579420 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,4:9,2 +chr22 43836404 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,5:3,3 +chr22 44066804 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0075858;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,2:8,5 +chr22 44763802 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.30409;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,5:8,2:4,3 +chr22 44774518 . A ATT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.076179;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:11,4:8,2 +chr22 45670438 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:3,2:4,4 +chr22 46940716 . A AC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.11976;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:7,2:9,3 +chr22 46940879 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,8:4,2 +chr22 47414330 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:1,3:6,3 +chr22 47467579 . G GT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00032526;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,15:12,9:6,6 +chr22 48636614 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.078605;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:7,3:18,3 +chr22 49091116 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.10738;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,2:17,2 +chr22 49149156 . G GAGCTCTGCTGGGTGCTGGTGAGTCGGGAGCCCTGACTC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,9:1,3:4,6 +chr22 50638443 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.035742;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:21,4:13,1 +chr22 50748762 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.017734;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:10,8:3,1 +chr3 996388 . GT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,4:5,1 +chr3 1210425 . GA G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.011976;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,8:8,5:4,3 +chr3 1997735 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:4,4:3,1 +chr3 2394784 . G GTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,10:6,8:0,2 +chr3 2920420 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00050514;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:6,11:7,4 +chr3 3270834 . AAAG A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.015065;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:9,3:11,9 +chr3 5353098 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0087495;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,8:3,6:4,2 +chr3 5914126 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.0802e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,20:10,12:7,8 +chr3 7385289 . ATTT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0018037;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,9:3,7:1,2 +chr3 7566111 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,4:4,1:5,3 +chr3 7634478 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,3:8,1 +chr3 8542002 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,3:5,1 +chr3 9824737 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,4:3,2 +chr3 10072523 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.3344e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:6,6:19,14 +chr3 11103903 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:1,4:4,6 +chr3 11171123 . C CTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011263;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,13:9,7:11,6 +chr3 11487352 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,2:5,4 +chr3 11649895 . ATTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGG A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.047106;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:11,4:11,3 +chr3 12221298 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04308;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:8,3:1,2 +chr3 13682077 . CACGCATGTGTGTGTGAGT C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.032693;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,6:20,1:13,5 +chr3 13682097 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.046535;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:28,1:15,5 +chr3 13907950 . ATTTTTT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3 +chr3 14062633 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=4.6832e-09;SS=2;SSC=83;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:19,23:7,11:12,12 +chr3 14965522 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,8:4,7:0,1 +chr3 16095206 . GTT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01162;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:7,4:3,5 +chr3 17263366 . CAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02776;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:15,8:3,2 +chr3 17705338 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.033902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,6:6,3 +chr3 18798204 . CTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:10,3:1,1 +chr3 20756723 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=6.934e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:9,10:13,8 +chr3 21512145 . C CAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:7,7:5,1 +chr3 21600115 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.2818e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:14,6:9,5 +chr3 21855465 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=7.0946e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:10,8:17,10 +chr3 22164216 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024799;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,2:4,3 +chr3 22181697 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.024928;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,6:9,3 +chr3 22329076 . C CAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.02761;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,11:18,9:5,2 +chr3 23179213 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:4,5:2,1 +chr3 24843900 . T TACACACAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.043967;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:14,8:7,1 +chr3 25210558 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:3,4:7,2 +chr3 26152563 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:4,2:3,1:1,1 +chr3 26512253 . C CCTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:6,3:5,1 +chr3 27407111 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:2,2:1,1:1,1 +chr3 27965073 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,4:4,1 +chr3 29498188 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=9.067e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:13,4:12,11 +chr3 29514650 . C CATATATATAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.048897;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:9,5:10,2 +chr3 30631621 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:4,4:6,1 +chr3 34214669 . C CATATGTGTGTGT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,5:7,4:8,1 +chr3 34417100 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=2.5198e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:6,10:7,2 +chr3 35635040 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:18,2:11,2 +chr3 36793773 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01472;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,8:8,3 +chr3 37407353 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.01132;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:13,6:4,2 +chr3 37518093 . C CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.029072;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:10,4:15,3 +chr3 39438589 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:8,4:2,1 +chr3 39441101 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.00086785;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:7,9:2,2 +chr3 39469386 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.030856;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,8:9,2:12,6 +chr3 39674718 . TAAA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:10,10:4,2 +chr3 40377077 . AAAGGG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:8,4:0,0 +chr3 42029324 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=2.679e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:19,25:11,13:8,12 +chr3 43508943 . T TA 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.6009e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:12,6:7,6 +chr3 44033758 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018593;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,7:8,3:0,4 +chr3 45427825 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.039341;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,13:0,8:4,5 +chr3 47049323 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,2:3,1:4,1 +chr3 48056114 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.011836;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:61,9:36,3:25,6 +chr3 48074676 . T TTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.01494;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,8:9,3:3,5 +chr3 49202495 . TTGTGTGTGTG T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.056741;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,7:7,2:5,5 +chr3 49243757 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:6,3:8,1 +chr3 50010900 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,9:5,8:5,1 +chr3 51599746 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:3,2:2,1:1,1 +chr3 52832750 . GT G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.046922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:11,4:10,3 +chr3 53898962 . G GTATATATATA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.03685;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:5,3:8,3 +chr3 54554870 . CTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.010266;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:9,8:4,3 +chr3 55388459 . TTTTG T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,6:7,1 +chr3 55876778 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.8531e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:13,10:7,9 +chr3 61172717 . TCTAAAATTCACTGACACTGGAGCTTAAATCCACGTGCCTAGAATGCTC T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037638;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,3:9,6 +chr3 61748425 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.016027;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:21,2:26,5 +chr3 62819407 . C CGT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0081996;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,10:14,6:5,4 +chr3 63245680 . TGAGA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:5,3:7,2 +chr3 63314068 . CATAT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:0,4:0,2:0,2 +chr3 65023977 . T TA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.018634;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,2:2,3 +chr3 65109719 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.036993;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:16,2:15,5 +chr3 65957520 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.029588;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,10:9,9:3,1 +chr3 67197014 . C G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.073242;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:21,3:25,3 +chr3 67782428 . T TTTTTTTG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:0,4:8,2 +chr3 68084950 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=8.7132e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:13,8:10,10 +chr3 68127751 . CGGT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 +chr3 68193747 . C CA 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.513e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:11,6:12,7 +chr3 68479229 . C CAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.014712;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:5,7:4,1 +chr3 68900083 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:9,7:4,3:5,4 +chr3 71343554 . A ATTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,11:4,8:1,3 +chr3 72183638 . CA C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.017354;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:17,7:7,7 +chr3 72183640 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0256;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:17,7:13,5 +chr3 75146049 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044901;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:7,2:11,3 +chr3 75637216 . A G 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.025503;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:115,17:50,8:65,9 +chr3 75645127 . G C 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.0146;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:66,21:34,12:32,9 +chr3 76910745 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.014569;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:1,6:0,2:1,4 +chr3 76962638 . C CAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.029259;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,7:16,6:3,1 +chr3 76977752 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.2353e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:14,11:13,5 +chr3 77126782 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 +chr3 77132923 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.6189e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:13,11:8,7 +chr3 79226543 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0024454;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,6:6,5 +chr3 79848847 . TCC T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10606;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:1,1:2,3 +chr3 81082161 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00020455;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:11,4:15,7 +chr3 81990993 . T TG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:3,3:7,3 +chr3 83025863 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=4.4433e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:8,9:14,11 +chr3 86171357 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:10,6:3,1 +chr3 88540939 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:38:0,2:0,2:0,0 +chr3 89415467 . A AATATATATATATATAT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:7,2:8,4 +chr3 89540948 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.01458;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,5:6,4 +chr3 90172561 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0015434;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:4,5:14,8 +chr3 90789318 . C A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.0053729;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:49,13:10,9:39,4 +chr3 90789415 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.25039;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:1,2:26,1 +chr3 90793448 . A T 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.043644;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:59,9:33,6:26,3 +chr3 90835792 . C T 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.0015408;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:88,22:80,21:8,1 +chr3 90836180 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.07265;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:19,2:12,2 +chr3 90888861 . T C 0 PASS DP=598;GPV=1;SPV=0.028125;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:315:280,35:4,1:276,34 +chr3 90900911 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.2364;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,1:9,4 +chr3 90938510 . A C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.017081;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:48,10:35,4:13,6 +chr3 90951588 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:12,6:1,0 +chr3 90992803 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.034293;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:28,4:9,8 +chr3 91000939 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.080441;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,1:15,4 +chr3 91007033 . G C 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.041014;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:66,8:53,6:13,2 +chr3 91074842 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.035048;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:4,1:19,5 +chr3 91094421 . C G 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.035994;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:56,7:33,2:23,5 +chr3 91094508 . G A 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.016038;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:62,9:21,7:41,2 +chr3 91141286 . C G 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.037488;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:86,14:51,8:35,6 +chr3 91146787 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:3,2:3,1 +chr3 91165899 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:7,3:10,2 +chr3 91165902 . GA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:6,3:10,4 +chr3 91195210 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 +chr3 91226160 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr3 91283652 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.026247;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:3,10:26,3 +chr3 91557056 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.036466;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:21,4:4,2 +chr3 91740664 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,4:4,1 +chr3 91764104 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:1,1:15,5 +chr3 91876564 . A T 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.037726;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:58,15:11,2:47,13 +chr3 91933099 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.034293;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:18,2:19,10 +chr3 92303938 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 +chr3 92777906 . A G 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.039121;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:74,9:38,7:36,2 +chr3 93117036 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.019617;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:27,4:8,4 +chr3 93342330 . A T 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.031855;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:76,10:58,9:18,1 +chr3 93647998 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.01904;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:7,3:28,7 +chr3 93925821 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0042621;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:6,6:8,5 +chr3 94553985 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,3:13,1 +chr3 94628188 . T TCTTC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0058824;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,13:0,2:0,11 +chr3 95317090 . T TGAGAGAGA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0089185;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,10:11,8:7,2 +chr3 96004721 . AT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,8:15,5:5,3 +chr3 96004740 . T TAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.20188;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,4:14,2:12,2 +chr3 96114203 . TAA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015259;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:16,6:9,6 +chr3 96580477 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:9,4:5,1 +chr3 97451743 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00018662;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:13,6:10,5 +chr3 98074420 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,5:3,3 +chr3 99696976 . AT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,4:15,2:3,2 +chr3 101843020 . TA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:15,3:3,2 +chr3 103756573 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.9336e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:11,10:10,8 +chr3 104653635 . GTGTGTGTA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.045954;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,10:7,5:10,5 +chr3 106707369 . T TA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.031077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,2:12,3 +chr3 107196510 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,4:0,1:5,3 +chr3 108955590 . TAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,4:5,1 +chr3 109137637 . G GTGTGTATATATATATATATA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:1,1:3,3 +chr3 109333349 . CAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,6:1,2 +chr3 109421529 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:16,1:1,3 +chr3 109529342 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.24135;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:15,1:13,3 +chr3 109552628 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.049781;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:15,9:5,1 +chr3 111149459 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1182;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,6:16,4:4,2 +chr3 113260686 . AC A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:9,4:12,2 +chr3 113504571 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,6:5,1 +chr3 113843049 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,5:4,1 +chr3 113849994 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.042976;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:7,5:18,11 +chr3 114426337 . CAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,8:4,5:1,3 +chr3 116086758 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.5592e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:22,21:4,9:18,12 +chr3 117163885 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,4:5,2:6,2 +chr3 118133474 . GAAAAAGAA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,4:21,2:4,2 +chr3 118917790 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.059869;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:18,4:24,1 +chr3 119837945 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:4,2:3,1:1,1 +chr3 120201184 . G GTTTTTTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,3:4,2 +chr3 120649139 . CTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.035343;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:11,2:5,3 +chr3 121395164 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=4.9772e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:12,9:9,9 +chr3 122281880 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:22,4:12,2:10,2 +chr3 122346941 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1671;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,4:8,1 +chr3 122773303 . GTT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0023953;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,9:7,8:3,1 +chr3 124347274 . C CTGTGTGTGTG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.050669;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,7:9,2:6,5 +chr3 125215920 . GTT G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:4,3:3,1 +chr3 125897872 . C G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.0095826;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:22,2:19,4 +chr3 126086407 . T TG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:1,6:8,3 +chr3 126086417 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:2,10:7,2 +chr3 126333527 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.041993;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:17,6:10,2 +chr3 126949585 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12446;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:14,2:14,3 +chr3 128600310 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0096036;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:8,8:5,4 +chr3 128639455 . G GA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:6,3:4,1 +chr3 129094505 . C CT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:2,1:3,1 +chr3 129400120 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,8:9,7:1,1 +chr3 130566811 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.1797e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:21,23:12,11:9,12 +chr3 130680060 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:9,8:5,3 +chr3 131653446 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.1423e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:12,10:10,9 +chr3 131717874 . TTTTC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,5:6,2:11,3 +chr3 131953239 . TAA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.1287e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:11,17:8,12:3,5 +chr3 132052774 . A C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.02327;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:22,7:15,7 +chr3 132812112 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,8:5,1 +chr3 134090006 . G T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=6.3104e-11;SS=2;SSC=101;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:27,33:14,15:13,18 +chr3 134204596 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:14,3:12,1 +chr3 134204597 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.06964;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,3:11,1 +chr3 134249918 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.077483;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,5:9,4:18,1 +chr3 134399017 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,1:15,4 +chr3 135099322 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.10359;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,4:17,1:12,3 +chr3 135599612 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:5,3:1,1 +chr3 135814821 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.070897;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,5:11,4:9,1 +chr3 136041250 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0019499;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:9,3:10,7 +chr3 136061920 . CTA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.024928;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:12,6:3,3 +chr3 136290671 . G GTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:4,2:6,2 +chr3 136447596 . AT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:10,5:1,2 +chr3 138051047 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10954;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:19,4:14,1 +chr3 138154119 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.065012;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:10,2:11,2 +chr3 138815162 . A AATAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,9:10,4:2,5 +chr3 139257745 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.8092e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:6,7:15,5 +chr3 140251584 . G GTTCCTTTCCT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0023885;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,11:5,4:6,7 +chr3 140367515 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:7,4:4,3:3,1 +chr3 141421278 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:10,4:2,2 +chr3 141973093 . G GTA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.017005;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,12:14,7:8,5 +chr3 142391750 . ATAT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,4:9,2:7,2 +chr3 143071596 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=4.8163e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:26,26:14,10:12,16 +chr3 143748692 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0033344;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:7,7:1,3 +chr3 144825127 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.034961;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:15,8:3,3 +chr3 145425313 . A ATTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,1:5,3 +chr3 146337911 . G GAAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:12,14:9,11:3,3 +chr3 146797543 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.0121e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:16,23:8,15:8,8 +chr3 146952504 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:21,3:5,1 +chr3 147156572 . C CAAAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01494;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,7:2,1 +chr3 148892856 . T TAGTCCCGGCTACTTGGGAGGCTG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.022983;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,11:7,5:10,6 +chr3 148964030 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.064935;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:4,1:0,1 +chr3 149380455 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.035909;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:25,4:8,2 +chr3 149625100 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:4,5:7,2 +chr3 149696112 . C CAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016771;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,9:8,8:3,1 +chr3 150028648 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.025979;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:17,3:13,3 +chr3 150428595 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:4,3:3,1:1,2 +chr3 151198345 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.077637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:19,3:23,2 +chr3 151423014 . A AATAT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0018554;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,13:8,10:8,3 +chr3 152880189 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.001166;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:10,5:20,8 +chr3 153175616 . G GT 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.9143e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:11,10:13,6 +chr3 154099718 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:9,9:4,1 +chr3 155119742 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1672;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:22,2:11,2 +chr3 155125444 . CT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.021468;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:9,4:11,6 +chr3 156982909 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.22668;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,6:5,4:13,2 +chr3 158330838 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.4608e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:10,7:6,8 +chr3 159553967 . CGT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.014604;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,9:6,6:8,3 +chr3 160008042 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.056741;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:10,5:2,3 +chr3 160018031 . A AAG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.19205;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,5:8,3:7,2 +chr3 161300205 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.012432;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:14,8:6,4 +chr3 161841078 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,5:9,2:12,3 +chr3 161969282 . AT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.022687;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,11:10,8:10,3 +chr3 163502251 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:5,9:1,7:4,2 +chr3 163945200 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0012277;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,7:10,3 +chr3 164574495 . AT A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.6008e-06;SS=2;SSC=57;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:11,9:14,11 +chr3 165422609 . ATATATATACATGTATATATATACATGTATATATACTG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 +chr3 165488881 . G GTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:4,1:0,1 +chr3 166231536 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0003763;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:8,7:17,5 +chr3 166826852 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0003327;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:8,10:7,2 +chr3 167726114 . GTTT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038682;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,17:15,9:5,8 +chr3 168037064 . A ATCTATGAATGCCCATTCATAGATGGGCATTTGT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.094604;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,7:23,4:23,3 +chr3 168515447 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.5475e-10;SS=2;SSC=98;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:18,37:7,13:11,24 +chr3 169663474 . GTCTCTCTCTCTCTC G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0088119;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:14,12:7,8:7,4 +chr3 170126525 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.23136;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:14,1:22,3 +chr3 171145090 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.083322;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:25,2:18,5 +chr3 171562723 . CCTTCTTCTTCTTCTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.3532;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,6:5,5:18,1 +chr3 171599827 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0048942;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,6:5,1 +chr3 171866586 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.21886;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,5:7,2:7,3 +chr3 172229084 . AAC A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0072008;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,17:17,12:4,5 +chr3 172701449 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10315;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:11,4:16,2 +chr3 174066516 . G GTC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.20188;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,4:21,3:5,1 +chr3 174234985 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:9,3:6,2 +chr3 174816415 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,4:14,2:11,2 +chr3 174989937 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00021276;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:15,11:20,3 +chr3 175013099 . T TATGTA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,14:4,4:7,10 +chr3 175013145 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0050131;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,1:6,8 +chr3 175173321 . T TA 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.010542;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:17,11:17,8:0,3 +chr3 176627669 . AAG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.032319;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:15,7:8,3 +chr3 176844403 . A AT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00081261;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:7,6:3,9 +chr3 177248298 . GC G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.25496;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:0,0:27,4 +chr3 179120075 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.9119e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:30,31:21,15:9,16 +chr3 179359596 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:7,5:7,3 +chr3 179457921 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.075976;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:22,4:21,1 +chr3 179836955 . T TG 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.00032758;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:46,15:22,8:24,7 +chr3 179836957 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=4.9433e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:43,19:20,10:23,9 +chr3 180010225 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00047641;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:13,8:14,10 +chr3 180062134 . C CTGTGTGTG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.028152;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,11:8,7:7,4 +chr3 180695723 . T TA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.098102;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:18,1:23,5 +chr3 180695725 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.055212;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:18,1:21,6 +chr3 181150490 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.075107;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:20,5:23,2 +chr3 181787646 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.049356;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:12,2:9,7 +chr3 181984974 . TTCTTTCTC T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.019606;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:23,17:8,7:15,10 +chr3 182099491 . C CAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0779;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:11,5:6,3 +chr3 182263268 . G GAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.23571;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,4:21,3:11,1 +chr3 182338370 . A AT 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=1.167e-05;SS=2;SSC=49;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:45,23:27,15:18,8 +chr3 182495384 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.00010432;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:56,28:23,15:33,13 +chr3 183608422 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.15023;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:23,5:22,1 +chr3 184067796 . T A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.00038454;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:62,18:33,10:29,8 +chr3 185256601 . T A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=1.6584e-12;SS=2;SSC=117;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:24,35:11,17:13,18 +chr3 185522636 . G GAGAGAAAGAA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.079204;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,6:22,5:5,1 +chr3 185522654 . G GA 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:15,7:12,5:3,2 +chr3 186353690 . ATATCTATATCTATAT A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.032726;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:22,4:8,9 +chr3 186353705 . T TCTA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:21,4:16,2:5,2 +chr3 186597603 . TTTTCTTTC T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0034102;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:24,20:5,4:19,16 +chr3 186836730 . GT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.029368;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,6:5,1 +chr3 186868037 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.026248;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,8:6,7:2,1 +chr3 187402484 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.047306;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,11:17,8:7,3 +chr3 187411083 . G A 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=7.827e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:29,36:17,22:12,14 +chr3 187845993 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,2:0,0:5,2 +chr3 190244160 . C CA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.020615;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,11:21,7:18,4 +chr3 190729296 . A T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=1.6289e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:46,21:18,11:28,10 +chr3 191661498 . TA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0074524;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,12:6,8:6,4 +chr3 192378026 . T TTTCTCTCTC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0069124;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,10:1,3:13,7 +chr3 193706986 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0053523;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,8:7,5:5,3 +chr3 194752055 . C CTTTTTT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.013927;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,14:12,9:12,5 +chr3 195487344 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.050324;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:32,6:11,1 +chr3 195487359 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.12651;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:31,4:9,1 +chr3 195489448 . T C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.033858;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:62,8:29,1:33,7 +chr3 195489724 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0172;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:12,6:19,9 +chr3 195498073 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.036993;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:13,4:18,3 +chr3 195505012 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.090326;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,5:18,1:26,4 +chr3 195598434 . C CTGTGTG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.03159;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,9:7,3:10,6 +chr3 195631851 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.26692;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,2:5,2 +chr3 195657804 . G C 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.026777;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:48,9:24,5:24,4 +chr3 195677199 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0034858;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:11,7:10,11 +chr3 195680645 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02191;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:18,8:15,1 +chr3 195682065 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.020173;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,11:31,4:19,7 +chr3 195775470 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13206;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:0,3:20,4 +chr3 195783015 . G C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12909;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:17,4:14,2 +chr3 195788323 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.057459;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:20,7:14,6 +chr3 195872007 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.01451;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:26,5:15,7 +chr3 195872008 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.012454;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,11:23,5:10,6 +chr3 195913045 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:7,5:4,2:3,3 +chr3 195969825 . T C 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.0048554;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:58,22:25,17:33,5 +chr3 196006432 . T C 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.04515;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:58,13:35,3:23,10 +chr3 196337050 . TC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.39982;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:15,1:11,2 +chr3 196531298 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.18393;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:2,0:24,4 +chr3 196768484 . T TTATG 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00031868;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:38,21:18,12:20,9 +chr3 196973207 . T G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.11021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:46,8:26,4:20,4 +chr3 197384162 . C T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.001321;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:72,19:27,12:45,7 +chr3 197623199 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.12257;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:16,4:14,2 +chr3 197897937 . A ATTTT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.094543;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:20,4:21,3 +chr4 36988 . C T 0 PASS DP=346;GPV=1;SPV=0.035617;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:156,25:84,13:72,12 +chr4 679239 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016027;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:17,5:9,4 +chr4 1350766 . T TA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0020039;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,15:9,10:12,5 +chr4 1590955 . CAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 +chr4 1687805 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0068111;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,7:1,6:4,1 +chr4 1951443 . TACACACACACACACACAC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.018839;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,8:9,6:6,2 +chr4 1951462 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.015939;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:13,6:3,1 +chr4 2728896 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0041535;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:6,7:3,1 +chr4 3310033 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.19941;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:9,2:18,5 +chr4 3673057 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.9248e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:13,7:16,9 +chr4 4266332 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.2558e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:11,11:17,8 +chr4 4581663 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,3:0,1 +chr4 5053994 . A AATAAATAAATAAATAAATAAAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.013256;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:14,7:7,2 +chr4 5358700 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.010572;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,6:5,3:1,3 +chr4 5602291 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,3:7,2 +chr4 6043111 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.0279e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:8,10:14,7 +chr4 6353413 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr4 6570167 . GAA G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0053947;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:18,6:4,3 +chr4 6742478 . AAACG A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.085385;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,1:18,3 +chr4 6742485 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,1:17,3 +chr4 6947661 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.031844;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,9:13,4:7,5 +chr4 7175997 . GTTT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.064151;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:12,2:7,4 +chr4 7178846 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0050388;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,6:3,3 +chr4 7373478 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.24265;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:4,4:4,2 +chr4 7803190 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.4682e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,20:12,12:7,8 +chr4 7900336 . TAGCACATTTAGCATTTAGCACATTTAG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.04524;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:14,2:11,9 +chr4 8608649 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0065243;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:13,4:8,7 +chr4 8632069 . G A 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.0064202;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:80,22:47,5:33,17 +chr4 8657494 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=8.9472e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:11,7:12,13 +chr4 8765599 . C CAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.039878;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,10:11,9:14,1 +chr4 8829432 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.6364e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:16,11:11,10 +chr4 9038283 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=6.1538e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:10,5:12,15 +chr4 9272438 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:0,0:26,4 +chr4 9416977 . GTTTT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:3,4:4,1 +chr4 11662604 . GA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00049102;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:5,8:16,5 +chr4 12327953 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.011e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,22:14,11:12,11 +chr4 12913820 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=9.0328e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:14,12:12,8 +chr4 14731562 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,6:2,5:3,1 +chr4 15471628 . C CA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.2848e-08;SS=2;SSC=78;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:3,20:3,17:0,3 +chr4 16522285 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.032545;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:17,5:13,5 +chr4 16919903 . G GTGTGTGTGTGTGTGTATATATA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.097509;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,5:13,2:6,3 +chr4 17696814 . A AAATG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0051175;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:9,2:15,10 +chr4 17751306 . CAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:11,6:5,2 +chr4 17751823 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.30409;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,4:10,1:2,3 +chr4 18534789 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,3:4,7 +chr4 18764359 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:1,2:0,1:1,1 +chr4 18883082 . G GTATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:4,5:2,1 +chr4 19400971 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.041455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,1:13,3 +chr4 19541224 . G GTA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0040779;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,10:11,7:11,3 +chr4 25315712 . GTT G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.032993;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,5:8,6 +chr4 26279785 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:6,3:0,4 +chr4 27253614 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.005919;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:18,3:11,6 +chr4 27348730 . A ATCTCTC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.065471;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:1,3:12,5 +chr4 31549953 . A ATTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0032809;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,6:3,2 +chr4 31784181 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00025582;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,6:5,4 +chr4 31967319 . C G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,2:11,3 +chr4 32399582 . TATATAC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,2:4,2 +chr4 32829767 . A ATTTATATATTAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:1,2:5,2 +chr4 33419054 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=9.4025e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:7,5:5,7 +chr4 34198775 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00046785;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,13:13,6:9,7 +chr4 34506607 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.6644e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,22:11,9:11,13 +chr4 36226988 . G C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=2.4234e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:14,9:9,13 +chr4 36804353 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00025351;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:9,5:18,8 +chr4 37604776 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:25,3:10,1 +chr4 39187419 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,10:9,8:3,2 +chr4 39208303 . AT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,13:10,9:3,4 +chr4 39693657 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:1,5:5,1 +chr4 40295271 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.11287;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:27,2:22,4 +chr4 40424981 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:1,2:1,2:0,0 +chr4 40900454 . G GT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,14:10,10:7,4 +chr4 41625846 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00019536;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,6:5,4 +chr4 41900589 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.1624e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:11,7:11,9 +chr4 41963752 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.27368;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,3:5,1:6,2 +chr4 42096568 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17677;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:10,3:4,2 +chr4 43996437 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,2:7,2 +chr4 44868702 . C CTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 +chr4 45102348 . G GGAAAGAAAGAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026299;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:15,3:2,3 +chr4 46439449 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.035509;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:6,7:10,3 +chr4 46853356 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0014413;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:20,7:9,8 +chr4 48651289 . C CTG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:6,2:3,3 +chr4 48969828 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.7047e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:6,8:11,8 +chr4 49077969 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.6435e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:9,13:15,7 +chr4 49166427 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:17,2:15,2 +chr4 49168066 . C A 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.043396;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:106,16:59,12:47,4 +chr4 49186951 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.040226;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:69,12:35,4:34,8 +chr4 49186952 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.017173;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:72,12:34,4:38,8 +chr4 49191933 . TTC T 0 PASS DP=292;GPV=1;SPV=0.048091;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:146,23:76,14:70,9 +chr4 49200136 . A C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.028346;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:25,10:7,2 +chr4 49237985 . T A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0067584;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:44,10:30,2:14,8 +chr4 49240739 . AC A 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.041341;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:110,17:67,10:43,7 +chr4 49261063 . T C 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.032451;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:212:185,27:71,14:114,13 +chr4 49272511 . T A 0 PASS DP=447;GPV=1;SPV=0.048344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:255:215,40:140,18:75,22 +chr4 49493061 . A AT 0 PASS DP=607;GPV=1;SPV=0.043452;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:316:278,38:110,20:168,18 +chr4 49496659 . A G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.042287;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:56,12:22,7:34,5 +chr4 49509541 . A T 0 PASS DP=518;GPV=1;SPV=0.0062804;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:269:226,43:160,30:66,13 +chr4 49523914 . G C 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.027531;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:83,19:47,4:36,15 +chr4 49529857 . C T 0 PASS DP=302;GPV=1;SPV=0.0063826;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:163,19:65,5:98,14 +chr4 49531294 . C T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.041135;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:48,13:25,11:23,2 +chr4 49535901 . T G 0 PASS DP=397;GPV=1;SPV=2.2475e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:220:167,53:87,27:80,26 +chr4 49555605 . T A 0 PASS DP=262;GPV=1;SPV=0.006048;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:132,17:77,8:55,9 +chr4 49563245 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.010338;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:10,5:10,2 +chr4 49569166 . T C 0 PASS DP=368;GPV=1;SPV=0.043105;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:223:200,23:108,13:92,10 +chr4 49570692 . C G 0 PASS DP=187;GPV=1;SPV=0.014016;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:81,14:26,2:55,12 +chr4 49573600 . C T 0 PASS DP=640;GPV=1;SPV=0.037546;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:376:325,51:174,32:151,19 +chr4 49575935 . G A 0 PASS DP=617;GPV=1;SPV=0.0064767;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:349:290,59:141,27:149,32 +chr4 49579650 . C A 0 PASS DP=374;GPV=1;SPV=0.022186;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:205:181,24:107,18:74,6 +chr4 49579667 . T C 0 PASS DP=423;GPV=1;SPV=0.021503;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:231:207,24:120,18:87,6 +chr4 49616846 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.044458;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:67,11:43,8:24,3 +chr4 49628414 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19313;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:9,3:20,1 +chr4 49643728 . G C 0 PASS DP=591;GPV=1;SPV=0.045671;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:343:296,47:178,25:118,22 +chr4 49807936 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,4:7,2 +chr4 49851921 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,5:5,1 +chr4 50599090 . T G 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.029897;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:57,14:48,13:9,1 +chr4 50660768 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.038371;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:18,1:32,6 +chr4 50839265 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,3:14,1 +chr4 50839266 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:7,4:14,1 +chr4 51247605 . T A 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.00038175;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:96,14:54,6:42,8 +chr4 51300765 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr4 51454069 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 +chr4 52465363 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.017846;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,4:5,6 +chr4 52820939 . C A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.029435;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:10,3:30,2 +chr4 53254030 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.7005e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:6,8:13,8 +chr4 53857209 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0099003;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:18,8:10,1 +chr4 54458417 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.01291;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:10,3:8,8 +chr4 55510630 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.015123;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:12,12:7,6:5,6 +chr4 55565973 . GTT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0023112;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:7,6:2,2 +chr4 56567442 . GT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:7,5:4,4 +chr4 59160279 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:21,4:10,2:11,2 +chr4 59396458 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.6435e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:11,10:13,10 +chr4 59594998 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,6:7,1 +chr4 60337595 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0060382;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:10,8:2,3 +chr4 60595364 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.041509;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,5:11,5 +chr4 62219080 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.037815;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,3:12,2 +chr4 62980196 . GA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00010467;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:11,10:3,2 +chr4 63096250 . TGAGAGA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:11,14:8,8:3,6 +chr4 63306618 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.2971e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:5,9:15,9 +chr4 64457238 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0001695;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:13,6:10,6 +chr4 64746293 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,2:3,1:2,1 +chr4 64888261 . TAAAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.013393;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:8,3:0,5 +chr4 65620108 . G GTATATATATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.016565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,7:7,6:8,1 +chr4 65640279 . T TTTTC 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0047357;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,12:11,4:12,8 +chr4 67336359 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.022078;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,6:7,5:11,1 +chr4 67584098 . GAA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:11,4:2,3 +chr4 67590745 . A ATTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.019045;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,4:5,3 +chr4 68115356 . CAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 +chr4 68531882 . G GTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:6,5:2,3 +chr4 68796080 . GA G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.020314;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:17,7:1,1 +chr4 69223356 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=6.9241e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:11,13:12,8 +chr4 69584226 . T TAAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,8:1,7:0,1 +chr4 69593977 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,4:14,2:9,2 +chr4 70363897 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.2034e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:14,9:15,10 +chr4 71011232 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,6:10,1 +chr4 71443116 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,4:6,2:6,2 +chr4 71812954 . TA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,11:1,8:3,3 +chr4 71867311 . ATGTGTGTGTGTGTGTGTG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:3,5:6,2 +chr4 73035627 . C CAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010538;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,10:1,8:6,2 +chr4 73378217 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.7348e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:7,9:10,7 +chr4 74782763 . T C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.2489e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:28,23:15,9:13,14 +chr4 75098906 . C CTT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00055962;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:19,25:7,13:12,12 +chr4 75487692 . CAT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,2:9,2 +chr4 75599548 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:8,7:3,1 +chr4 76552011 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.064336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:6,2:11,5 +chr4 76720151 . GT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,3:4,1 +chr4 76756417 . C CT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.001437;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,11:11,5:14,6 +chr4 77559921 . C CAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.014733;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,11:11,9:5,2 +chr4 79009542 . G GTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:5,3:2,1 +chr4 80390934 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.041156;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,7:13,3:11,4 +chr4 80447132 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.039556;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:6,3:12,2 +chr4 82375523 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0010246;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,10:10,9:5,1 +chr4 82730585 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,8:4,7:4,1 +chr4 83020773 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0079526;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,10:10,8:1,2 +chr4 84894947 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0079921;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,11:8,7:5,4 +chr4 85643234 . GTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:12,1:3,3 +chr4 87157514 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:1,3:1,2:0,1 +chr4 87306905 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:11,4:6,1 +chr4 89108575 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:12,1:16,3 +chr4 89600378 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=1.0522e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,18:1,8:6,10 +chr4 90870190 . C G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.2773e-09;SS=2;SSC=88;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:22,25:10,17:12,8 +chr4 92131666 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,6:2,1:11,5 +chr4 97078479 . CATATATAT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:5,4:1,1 +chr4 99237399 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,4:2,2 +chr4 99506397 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:2,1:20,4 +chr4 100648830 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=8.5814e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:7,10:14,8 +chr4 100702053 . A AC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,4:6,3:0,1 +chr4 101124725 . GAGAAAGAA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,7:10,6:1,1 +chr4 103329256 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.9835e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:38,21:19,11:19,10 +chr4 104745124 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=8.5538e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:15,13:7,4 +chr4 105756582 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.054281;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:19,6:6,1:13,5 +chr4 105898328 . GTCTC G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,5:10,4:7,1 +chr4 106412538 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=3.4463e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:9,5:8,9 +chr4 107447368 . G GT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.019168;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,4:9,5 +chr4 107478346 . T TAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0033619;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,9:13,6:6,3 +chr4 108694191 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=8.8825e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:15,9:10,9 +chr4 108781537 . A ATTTTTTTTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:4,2:4,4 +chr4 109569497 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,3:4,5 +chr4 110884300 . CAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.030702;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:1,1:2,3 +chr4 111127550 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.8683e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:30,27:16,11:14,16 +chr4 111253923 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:5,3:3,2 +chr4 113567168 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,4:5,3 +chr4 113605019 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=8.0013e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,22:9,9:9,13 +chr4 114754988 . G GT 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=6.8419e-08;SS=2;SSC=71;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:23,20:13,8:10,12 +chr4 114760198 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=7.4178e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,16:3,7:6,9 +chr4 118238155 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.042556;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,7:7,5:5,2 +chr4 118627860 . T A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.041297;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:30,9:14,6 +chr4 118701183 . G GTT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.012614;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,10:13,5:8,5 +chr4 118712619 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.013751;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:14,7:3,4 +chr4 119260950 . CTTTTTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,7:7,3:2,4 +chr4 119505921 . TCTC T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.883e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:13,6:14,11 +chr4 120075462 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.6543e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,9:12,6 +chr4 122444130 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.074501;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:12,6:2,2 +chr4 124351183 . C CTTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1 +chr4 125828134 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0053999;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:19,10:4,7 +chr4 127088245 . T TAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.01828;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,6:4,2 +chr4 127288170 . G GACACACACAC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.045253;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,8:10,4:13,4 +chr4 127895565 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.017316;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:9,4:12,11 +chr4 128166930 . TTCTCTCTC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.022587;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:5,5:8,2 +chr4 128264482 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=1.662e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:29,25:12,11:17,14 +chr4 128616674 . C CAAAAAAAAAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:5,4:1,1 +chr4 130999757 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0066141;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:0,4:3,2 +chr4 131155329 . C CACACACACACACACACACACAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.092279;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,5:12,3:8,2 +chr4 131980985 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00021002;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:9,5:14,9 +chr4 133214730 . CTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.20158;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,6:9,3:4,3 +chr4 134257697 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:14,7:9,4:5,3 +chr4 135352112 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013612;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:14,3:5,7 +chr4 135539116 . AT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0033813;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:12,6:3,2 +chr4 136752910 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00019465;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:14,6:12,10 +chr4 137904686 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=9.5082e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:11,7:12,11 +chr4 138368321 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=3.4968e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:7,5:13,14 +chr4 138582710 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.5042e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:9,11:14,7 +chr4 139114561 . T TCCAGTCTCACACACACACACA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.011519;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,12:13,4:8,8 +chr4 139579034 . CTTTCTTT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,4:6,3:7,1 +chr4 140083969 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,2:1,1:1,1 +chr4 140083971 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,2:1,1:1,1 +chr4 140835726 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.17513;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:25,1:11,3 +chr4 140852408 . TTTATTATTA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011004;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:7,1:8,9 +chr4 141539521 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=3.777e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:4,10:6,5 +chr4 143109062 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,3:7,5 +chr4 143335243 . C CTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03733;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:4,4:1,2 +chr4 144323307 . A AATTTGAGGATAATATCCTCAAATAT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.043916;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,11:13,4:9,7 +chr4 144473366 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016244;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,10:13,6:4,4 +chr4 144681421 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:2,6:4,3 +chr4 146172129 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,4:6,2:11,2 +chr4 146286200 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021517;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:16,6:13,3 +chr4 147358353 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.24893;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:9,3:15,1 +chr4 148457975 . AT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.4813e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,15:18,7:7,8 +chr4 148807689 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,4:12,3:1,1 +chr4 149331280 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,8:8,7:2,1 +chr4 150674297 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.6188e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:13,12:9,8 +chr4 154530741 . TA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.059881;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:14,5:1,1 +chr4 157202962 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.092234;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:7,5:2,1 +chr4 157248567 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:2,1:2,1 +chr4 157248568 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:2,1:2,1 +chr4 157274921 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048897;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:16,3:3,4 +chr4 157486670 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.012653;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:26,3:15,5 +chr4 157486679 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.047685;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:25,3:15,2 +chr4 158529245 . TTG T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016036;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:17,2:20,6 +chr4 158964157 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,4:15,1:7,3 +chr4 162223330 . C CA 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.004173;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,13:21,10:4,3 +chr4 164514816 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=8.0734e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:20,23:9,14:11,9 +chr4 164873353 . AG A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:4,1:0,1 +chr4 166195617 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=9.0569e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:14,9:10,10 +chr4 166665288 . A AT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:14,2:7,2 +chr4 166856811 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.053858;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:13,1:14,6 +chr4 166856812 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.053838;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:19,1:19,5 +chr4 168767542 . A AT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0087537;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:8,9:12,5 +chr4 168971437 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,2:2,1:3,1 +chr4 169428351 . G GATATATATATATATAT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.23453;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,4:12,3:13,1 +chr4 169720526 . T TTCTCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.064412;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,8:11,4:14,4 +chr4 170478430 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017818;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:12,3:6,4 +chr4 170478449 . TAG T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,1:6,4 +chr4 170478480 . G T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:9,1:7,3 +chr4 170581068 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.020124;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,8:4,5:3,3 +chr4 170915196 . A AAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,7:6,5:2,2 +chr4 173399546 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.079081;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:14,3:21,4 +chr4 174273323 . TA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0041286;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,2:4,4 +chr4 174909366 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11497;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:16,3:16,4 +chr4 175680388 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0059953;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:16,4:12,4 +chr4 178559825 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,4:2,1 +chr4 180245137 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016081;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:7,3:14,4 +chr4 180818931 . C CTTTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:2,3:5,1 +chr4 181605480 . GAGAAAGAAAGAAAGAA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,2:6,2 +chr4 181953298 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:12,7:6,5:6,2 +chr4 182030528 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.0729e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:19,10:11,7 +chr4 182098963 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0023306;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:6,1:1,5 +chr4 182220384 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:3,2:2,1:1,1 +chr4 182456905 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=9.9016e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:17,21:8,10:9,11 +chr4 183045502 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=7.6151e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:36,20:18,9:18,11 +chr4 183198789 . T TAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:4,8:3,4 +chr4 183341967 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,2:4,4 +chr4 185216513 . GT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01327;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,10:11,7:6,3 +chr4 185877871 . AAAC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.017166;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:9,4:10,3 +chr4 186446583 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.2952e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:11,6:17,9 +chr4 186475348 . GAA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.073845;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:20,5:6,1 +chr4 186478438 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:18,2:11,2 +chr4 186651039 . TTTA T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.058259;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:17,4:14,1 +chr4 187055034 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.064462;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,3:16,1 +chr4 187630481 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.0618e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:13,9:9,9 +chr4 188780081 . CAAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0050575;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:8,5:0,1 +chr4 188936870 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013649;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:10,3:11,5 +chr4 188974270 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1371;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:14,3:9,1:5,2 +chr4 189490834 . C G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.20894;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:9,2:8,1 +chr4 189743894 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.080505;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,1:18,3 +chr4 189836362 . ACACCAT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.16556;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,4:12,3:19,1 +chr4 189881455 . A C 0 PASS DP=476;GPV=1;SPV=0.014385;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:299:254,45:98,23:156,22 +chr4 190025179 . CAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,1:4,5 +chr4 190044812 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.031895;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:16,2:13,2 +chr4 190054909 . CCTGTA C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.027384;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,5:10,3 +chr4 190095436 . C G 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.0085394;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:96,13:47,6:49,7 +chr4 190118950 . G A 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.0039489;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:74,11:32,5:42,6 +chr5 59933 . TGTA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0052836;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,9:7,3:6,6 +chr5 328255 . A AT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:9,3:4,1 +chr5 436256 . GAGGGACCCACCACCCCT G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.03948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:17,1:24,5 +chr5 608766 . TGTGGGAGCGTGCGCTGGGATGGGGAGGGGTCACTGTGAGCACGGTGCGTC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:8,1:18,5 +chr5 629839 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 +chr5 629945 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027664;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,2:7,8 +chr5 710921 . T TGA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,1:9,4 +chr5 1042652 . GTGAGTTAGTGAA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.35726;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,4:9,2:9,2 +chr5 2794836 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=8.3106e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:3,6:16,10 +chr5 2798125 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.1412e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:21,23:9,10:12,13 +chr5 2940178 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.2005e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:7,5:14,9 +chr5 3324107 . T A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.044728;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:53,10:16,6:37,4 +chr5 3751219 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=8.063e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:10,8:8,8 +chr5 4009290 . TGATA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.10265;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:17,2:13,3 +chr5 4583580 . C T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.3648e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:32,22:13,14:19,8 +chr5 5305111 . CCACA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:6,3:7,1 +chr5 5305356 . C CAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.16972;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,3:10,1 +chr5 5817171 . TAGATAGATGATA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,4:12,3:8,1 +chr5 7016947 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.028009;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,8:7,6:3,2 +chr5 7112066 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.9746e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:17,8:14,10 +chr5 7989144 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.3827e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:16,11:10,6 +chr5 9704363 . GA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.4592e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:11,10:6,6 +chr5 9796721 . GA G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00086785;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:9,11:5,9:4,2 +chr5 10758417 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0076062;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:13,7:10,7 +chr5 12333595 . A ATATATG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0050975;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,9:10,4:5,5 +chr5 12628150 . T TA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,5:4,4:2,1 +chr5 13347332 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.027067;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:15,9:3,2 +chr5 13379088 . CAT C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.011905;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:35:0,6:0,2:0,4 +chr5 13422513 . T TA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17217;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:7,3:2,2 +chr5 14116340 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,2:4,2 +chr5 14793007 . A AAAAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.25926;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 +chr5 14975431 . C CTTTTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,6:7,2 +chr5 15188580 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.1848e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:10,10:8,10 +chr5 15662852 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=8.4091e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:7,10:10,7 +chr5 15664469 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:5,3:10,2 +chr5 15942324 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018839;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,5:4,3 +chr5 16299826 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.6639e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:11,7:13,11 +chr5 16792110 . TACAC T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.16556;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:21,3:10,1 +chr5 17137530 . C CT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00013176;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:7,8:15,9 +chr5 17583646 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 +chr5 17849095 . CTTCCTTCCTTCCTTCCTTCT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:0,1:2,4 +chr5 17899698 . TTATC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.057437;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:21,4:10,2 +chr5 17899720 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.070174;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:20,4:7,1 +chr5 18149172 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:38:0,2:0,0:0,2 +chr5 18507863 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.7295e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:22,21:8,12:14,9 +chr5 18976341 . ATG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.065377;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:9,1:17,4 +chr5 20056680 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,11:6,10:0,1 +chr5 20271560 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.0865e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:8,8:12,8 +chr5 20757924 . C A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.025831;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:21,3:22,6 +chr5 20881099 . G GTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0060573;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,2:1,5 +chr5 21489456 . TA T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.04801;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:55,9:33,5:22,4 +chr5 22036158 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=3.5059e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:17,28:10,9:7,19 +chr5 23521237 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.7585e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:10,6:13,10 +chr5 23965892 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.9236e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:13,8:5,7 +chr5 24563597 . C CAAAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,9:5,8:1,1 +chr5 24651517 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=3.9467e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:11,12:14,8 +chr5 25020096 . ATCCCTTAAAAAATGT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,4:6,2 +chr5 25235811 . CAT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.095104;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,2:17,2 +chr5 25576719 . CCTTT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00019727;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,11:8,2:6,9 +chr5 26606116 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.1801e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:15,13:9,4 +chr5 26955604 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.15343;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,1:20,3 +chr5 27968898 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00751;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:7,5:11,9 +chr5 28251892 . AAG A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:8,4:5,3:3,1 +chr5 28972704 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00058098;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,18:11,9:21,9 +chr5 29013269 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.6556e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:6,12:17,9 +chr5 29429312 . G GAAAAAAAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.013474;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,10:8,9:8,1 +chr5 29862401 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.1225e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:24,22:13,10:11,12 +chr5 30153936 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0005395;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:20,7:15,5 +chr5 30707695 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.074026;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:11,3:4,1 +chr5 31777926 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19365;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:20,2:13,2 +chr5 32281899 . C CAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.022955;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:11,8:9,4 +chr5 32499604 . T TTTCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.046405;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,8:19,3:11,5 +chr5 32551720 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.6375e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,18:10,10:3,8 +chr5 33097535 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=6.9536e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:18,9:9,11 +chr5 34087880 . G C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.033526;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:26,6:20,3 +chr5 35014452 . C CAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,8:6,7:3,1 +chr5 35433032 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=8.0199e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:9,10:8,5 +chr5 35824242 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.5343e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:9,8:15,8 +chr5 36322414 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0035678;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:10,7:8,9 +chr5 36738638 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.13122;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:15,1:10,4 +chr5 38333916 . GT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:5,3:3,2 +chr5 39781530 . C CAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00083905;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:4,14:3,12:1,2 +chr5 40023602 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,8:6,6:2,2 +chr5 42310527 . CT C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:4,1:0,1 +chr5 42579128 . TA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0432;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,1:11,3 +chr5 42650578 . C CATAT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00030514;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:11,18:7,11:4,7 +chr5 42739692 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0018511;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,9:1,4:0,5 +chr5 42900260 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.9862e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:18,24:2,14:16,10 +chr5 42902678 . ATTT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,6:5,1 +chr5 43198209 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.20154;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,6:3,4:23,2 +chr5 43560061 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.1439;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:13,2:15,2 +chr5 44060310 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=5.8369e-10;SS=2;SSC=92;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:18,23:12,11:6,12 +chr5 44451477 . TTG T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,6:3,1 +chr5 45890883 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:19,3:9,1 +chr5 46582296 . G A 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.027768;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:126,16:36,4:90,12 +chr5 46667716 . G T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,3:8,1 +chr5 46672473 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:0,0:18,4 +chr5 46721513 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.092709;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:4,3:28,1 +chr5 46746519 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,7:2,1 +chr5 47115870 . C A 0 PASS DP=248;GPV=1;SPV=0.033326;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:110,19:39,14:71,5 +chr5 47119711 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.017792;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:50,9:22,6:28,3 +chr5 47143865 . C A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.017331;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:48,15:37,11:11,4 +chr5 47210350 . T A 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.008825;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:74,20:55,11:19,9 +chr5 47210473 . T A 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.031909;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:92,21:42,4:50,17 +chr5 49661142 . C T 0 PASS DP=337;GPV=1;SPV=0.016263;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:159,37:77,19:82,18 +chr5 50621975 . A AAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.027664;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,10:12,9:4,1 +chr5 50905586 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.6642e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:31,23:19,15:12,8 +chr5 50913028 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.0101e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:6,8:10,7 +chr5 51991814 . T A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.0109e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:20,22:11,5:9,17 +chr5 54092047 . A AACACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022251;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:9,6:10,2 +chr5 54549504 . A G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.9279e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:10,9:14,7 +chr5 54925925 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:2,6:1,2 +chr5 55372892 . ATGTG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,10:5,9:4,1 +chr5 56173541 . CCTCT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0069996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,7:1,4:5,3 +chr5 57138557 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.094639;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:7,2:10,3 +chr5 59806844 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=5.5655e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,24:10,8:15,16 +chr5 61942589 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,3:0,3:0,0 +chr5 62236304 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.041472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:15,3:18,2 +chr5 62248035 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.022833;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:18,1:19,7 +chr5 64937921 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.062192;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,4:6,2 +chr5 65707395 . T TAC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.03548;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,8:17,4:9,4 +chr5 67049035 . A ACACG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,3:13,1 +chr5 67339629 . C CCTTTCTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTTCCTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,7:5,3:9,4 +chr5 68237131 . C T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.5429e-09;SS=2;SSC=88;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:24,25:11,18:13,7 +chr5 68240687 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.6883e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:7,8:14,10 +chr5 69377612 . TAC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:11,3:9,1 +chr5 69515608 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.13122;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,1:13,4 +chr5 69610330 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.20823;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,3:13,1 +chr5 69906805 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 +chr5 70503142 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.15614;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:0,0:28,4 +chr5 70678178 . G A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.046569;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:74,13:34,9:40,4 +chr5 70755720 . C CACAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 +chr5 72130276 . T A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.6452e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:28,25:12,14:16,11 +chr5 72522028 . TTATATA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,2:3,2 +chr5 74111166 . A AAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,2:3,4 +chr5 74702067 . CTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:4,3:3,2 +chr5 75200297 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:5,6:8,3 +chr5 76503174 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,5:2,2:4,3 +chr5 77945005 . A AG 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.051974;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:16,3:17,2 +chr5 77948482 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.039653;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:8,5:6,1 +chr5 78455041 . AT A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.052957;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:44,7:18,2:26,5 +chr5 78455090 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.044064;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:13,2:24,5 +chr5 78749499 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:0,0:1,2 +chr5 78753391 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.10395;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:18,1:15,3 +chr5 78848273 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:2,1:3,7 +chr5 79138859 . T TTATATATATA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0016175;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,11:9,7:13,4 +chr5 79456145 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,9:3,6:0,3 +chr5 79606106 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032529;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:18,6:2,2 +chr5 79782528 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.032095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,2:7,4 +chr5 79842655 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.467e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:11,11:21,8 +chr5 80388623 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010143;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,14:4,11:4,3 +chr5 80602612 . G GATATAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.013474;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:11,8:5,2 +chr5 80654917 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.10395;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:14,3:19,1 +chr5 81296613 . C CTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1 +chr5 82059664 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.042579;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:18,3:18,4 +chr5 82592361 . TCCTCC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:3,3:12,1 +chr5 83550887 . C CAAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,5:4,1 +chr5 83854054 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:6,3:1,2 +chr5 84160742 . TTTCTTTCCTTTCC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:4,3:5,3 +chr5 84340548 . A C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:4,1:3,1 +chr5 84800768 . A AGAAGGAAGGAAG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,3:1,1 +chr5 85167738 . GGTTT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,5:0,1 +chr5 86206231 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.024795;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:7,2:7,2 +chr5 86348377 . T TA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.043401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:15,5:17,1 +chr5 88079405 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.03619;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:14,3:20,4 +chr5 88215877 . T C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=7.5915e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,22:17,11:12,11 +chr5 88702983 . T TAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018961;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:16,6:1,2 +chr5 89568337 . ATT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,5:3,2 +chr5 90114719 . AAT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0031357;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:13,8:10,9 +chr5 90281470 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=8.5986e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:14,20:9,12:5,8 +chr5 91014136 . C CCACACACACACACACA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,6:10,5:6,1 +chr5 91179947 . A AG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:7,3:1,4 +chr5 92113985 . GTATATATA G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:2,2:2,2 +chr5 92346045 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,2:6,1:0,1 +chr5 92717487 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,1:10,3 +chr5 93040928 . CTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.10283;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,7:11,4:6,3 +chr5 93080862 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,4:3,2 +chr5 93123893 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.6554e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:9,12:13,6 +chr5 93793239 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,3:4,3 +chr5 95134992 . CAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:10,4:0,0 +chr5 95326965 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,3:7,1 +chr5 96579179 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.4707e-10;SS=2;SSC=98;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:16,26:8,12:8,14 +chr5 96648728 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.019526;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:20,7:13,2 +chr5 97614899 . CAG C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056191;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,3:5,4 +chr5 98103764 . T C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=2.915e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:32,31:12,13:20,18 +chr5 99470884 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.053387;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:16,3:13,1 +chr5 99523793 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.020202;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:19,7:13,2 +chr5 99535107 . C CTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.017445;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:2,5:8,1 +chr5 100006299 . TA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00018181;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:3,5:4,7 +chr5 103754429 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,8:0,6:4,2 +chr5 105144833 . AT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,1:1,3 +chr5 105331051 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.3543e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:9,9:8,10 +chr5 105366838 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 +chr5 106254272 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=7.0453e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:5,6:11,4 +chr5 107013991 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029515;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:4,5:3,2 +chr5 107097634 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016427;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,3:6,7 +chr5 107435315 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,4:3,3:3,1 +chr5 107766518 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,10:2,7:4,3 +chr5 110102154 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00046953;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:20,6:11,10 +chr5 111410285 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.9448e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:10,8:7,4 +chr5 111413801 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.0268e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:11,9:9,10 +chr5 113333838 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 +chr5 113776664 . G GA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.014951;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:10,9:14,7 +chr5 115725800 . C CT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.9869e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:15,10:6,6 +chr5 117993358 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.01943;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:14,4:17,8 +chr5 118087859 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00012866;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:15,8:9,8 +chr5 118438416 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17119;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:7,1:13,5 +chr5 119880334 . C CAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.086635;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:16,2:8,3 +chr5 120737307 . GTTTTTTT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.062714;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,6:7,5:5,1 +chr5 120829860 . CTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:6,3:5,1 +chr5 122329262 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.002076;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:11,3:7,5 +chr5 123053488 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,2:0,0:4,2 +chr5 124559310 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0080824;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:10,10:8,3 +chr5 125130486 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,2:0,1:1,1 +chr5 126163846 . CAT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17217;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:2,1:7,4 +chr5 126481221 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:7,2:10,2 +chr5 126536120 . CAA C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11839;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:24,2:9,2 +chr5 126688340 . G GT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.31269;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:14,5:6,1 +chr5 126973879 . ATTTTT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0082825;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,4:5,4 +chr5 127119095 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045968;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,6:12,4:4,2 +chr5 131523279 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,7:5,1 +chr5 131820074 . C CT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.025884;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:13,9:7,4 +chr5 137076608 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:5,3:4,1:1,2 +chr5 138756027 . CTTAT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.011669;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:14,6:11,6 +chr5 140052681 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=1.0101e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:6,9:10,6 +chr5 140636480 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00046416;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:21,20:10,10:11,10 +chr5 142075636 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:2,2:10,2 +chr5 143254319 . C CAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:13,3:1,1 +chr5 144590836 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=6.0795e-10;SS=2;SSC=92;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:21,26:11,11:10,15 +chr5 146496869 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.051469;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:14,6:3,1 +chr5 146509492 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00011224;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:4,5:9,4 +chr5 146580713 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.12392;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,2:17,2 +chr5 148588529 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,1:5,3 +chr5 149354836 . C CTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,4:5,1 +chr5 149784560 . CTTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:6,4:2,2 +chr5 150463069 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 +chr5 150493168 . A AT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:6,2:2,2 +chr5 152277161 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=8.5814e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:10,7:11,11 +chr5 152847763 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0019458;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:13,8:14,2 +chr5 153163069 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=8.605e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:8,8:8,9 +chr5 154003178 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015873;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,4:5,4 +chr5 154064160 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,6:3,1 +chr5 155443463 . C CTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.036581;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:10,3:12,8 +chr5 156009081 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.6252e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:10,6:17,13 +chr5 158226194 . ATATATATATATATATATTTTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,10:3,6:3,4 +chr5 160092013 . G GATATATATATATATAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,8:3,4:1,4 +chr5 160233880 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,4:6,2:11,2 +chr5 162160353 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.9315e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:27,22:9,12:18,10 +chr5 163131669 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,4:4,5 +chr5 163143077 . C CTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,5:3,4:3,1 +chr5 164790169 . GTA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:7,13:3,7:4,6 +chr5 166418120 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.9527e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:13,10:10,12 +chr5 166892730 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.006192;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:3,4:1,1 +chr5 167597162 . TTTC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00057702;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:8,8:8,3 +chr5 168777109 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.014656;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,8:6,2:7,6 +chr5 170316063 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0055835;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,12:1,4:4,8 +chr5 170860295 . TAA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:12,2:2,3 +chr5 171415713 . C CTTTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,10:4,7:5,3 +chr5 172348653 . TC T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.025658;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,6:9,5:9,1 +chr5 172978676 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:20,1:4,3 +chr5 173166560 . GATATATATAT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,8:7,4:1,4 +chr5 173302768 . A AGT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0016605;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:13,2:12,6 +chr5 173622113 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0070885;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,4:3,3 +chr5 174272340 . T A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.8504e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,24:16,13:11,11 +chr5 174426387 . G GCTCGCTCACTCA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.010954;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,12:15,9:11,3 +chr5 174837994 . A C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.9011e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:30,28:23,13:7,15 +chr5 175313714 . CCTCT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,3:3,2 +chr5 175650718 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.074196;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:14,1:27,4 +chr5 175650720 . TC T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.073933;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:11,1:27,4 +chr5 175958254 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0025282;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:13,2:15,6 +chr5 176048461 . A AG 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.008914;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:22,9:14,3 +chr5 177480969 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:6,3:5,7 +chr5 177672070 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028928;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:19,6:12,1 +chr5 177749020 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,3:8,1 +chr5 177767877 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.26573;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,3:10,1 +chr5 177885544 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011208;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,6:8,2 +chr5 177920547 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:6,8:4,2 +chr5 177988854 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.16401;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,3:8,1:13,2 +chr5 178025459 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.03318;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:16,5:14,7 +chr5 179004688 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.051469;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,7:12,5:5,2 +chr5 179376012 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr5 179479049 . CTTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,8:10,3:5,5 +chr5 179642093 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0076491;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:11,9:17,5 +chr5 179674561 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,3:5,1 +chr5 180015736 . GA G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.37843;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,4:19,3:4,1 +chr5 180174491 . C CGT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.046386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:18,2:5,3 +chr5 180228444 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:1,5:5,5 +chr6 1948483 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=7.8657e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,17:9,12:5,5 +chr6 4247407 . GT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:7,3:2,1 +chr6 4923902 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,2:3,1:4,1 +chr6 5493209 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0042621;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,7:4,4 +chr6 5503405 . CAGAGAG C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:5,4:2,1:3,3 +chr6 6046596 . A AAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 +chr6 6722660 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:5,3:1,1 +chr6 7000651 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:10,8:0,1 +chr6 7117388 . GTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,9:8,7:1,2 +chr6 7286916 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,9:9,6:4,3 +chr6 7838974 . G C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=8.258e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:4,3:14,17 +chr6 8853685 . CACACACACACACACAG C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,4:3,2:4,2 +chr6 9146089 . TATAG T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,1:11,3 +chr6 9303915 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:1,2:0,0:1,2 +chr6 10993857 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,8:6,7:6,1 +chr6 10994483 . A AAGAAAAG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.003663;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,10:0,6:1,4 +chr6 11501455 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.2608e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,20:10,10:6,10 +chr6 11855203 . T TTGTG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,6:4,3:1,3 +chr6 12348035 . CTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.062457;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:3,2:17,3 +chr6 13458757 . CAAAAAAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,13:14,11:1,2 +chr6 13507347 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,4:7,3:8,1 +chr6 13793125 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0044521;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,10:3,9:2,1 +chr6 13926792 . T TG 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00018595;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,16:10,9:13,7 +chr6 13926794 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00016529;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,17:11,10:12,7 +chr6 14754524 . ATTTTTTTT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,9:8,7:2,2 +chr6 14998417 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.001935;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,3:2,4 +chr6 15818956 . A AC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,6:0,2:2,4 +chr6 16391161 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,5:5,1 +chr6 18290629 . C CTTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.10026;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,1:16,4 +chr6 18749571 . G GCGCGCA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:16,3:6,1 +chr6 18769079 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,3:1,2:2,1 +chr6 18939913 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030216;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,1:5,3 +chr6 19567413 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.6453e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:6,12:8,7 +chr6 19894547 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.2173e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:13,9:14,12 +chr6 21889339 . C CT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:0,5:2,1 +chr6 23667897 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.002997;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,5:0,2:0,3 +chr6 23797596 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,3:2,2:0,1 +chr6 23971680 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.8775e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:10,9:6,7 +chr6 25031699 . TTATATATATATA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:3,2:4,2 +chr6 27105858 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=3.3508e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:10,9:11,11 +chr6 27777967 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,4:2,3 +chr6 29462079 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.5219e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:10,9:11,9 +chr6 31854578 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032284;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:3,4:9,3 +chr6 32027543 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 +chr6 32135286 . T TAAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:13,3:4,1 +chr6 32238597 . T TA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014604;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,3:3,6 +chr6 33154868 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:6,2:3,2 +chr6 33481609 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.22017;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:15,2:16,3 +chr6 34192501 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:2,5:5,3 +chr6 34416799 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011976;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,8:7,7:5,1 +chr6 34428911 . TA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:10,1:6,4 +chr6 38328564 . CGT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037585;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,6:6,3 +chr6 39149355 . TCACACACA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,6:11,2 +chr6 39149365 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027524;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,6:9,2 +chr6 39152883 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:1,2:0,0:1,2 +chr6 40113988 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,1:9,3 +chr6 40113989 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,1:9,3 +chr6 40491504 . G GTC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00058463;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:10,7:9,8 +chr6 40583202 . A ATATATACACTATATACATATATAG 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0030487;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,10:12,6:5,4 +chr6 41415989 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1672;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:17,2:16,2 +chr6 41730964 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=8.0594e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:12,7:16,9 +chr6 42636180 . TTG T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.043779;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,4:10,3 +chr6 42990699 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,4:6,2 +chr6 43870747 . T TTTCCTTCC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,4:3,3:4,1 +chr6 44182285 . C CCA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043302;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,13:22,7:5,6 +chr6 44492865 . C CTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,5:12,3:5,2 +chr6 45180518 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,4:15,3:7,1 +chr6 45831858 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.002743;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:21,27:9,11:12,16 +chr6 46263477 . G GTA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:7,7:2,5:5,2 +chr6 47056841 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0059539;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:6,8:2,1 +chr6 47582786 . TTTTG T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075102;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,1:10,3 +chr6 47775858 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.5416e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:32,24:19,11:13,13 +chr6 48261664 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.065169;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:15,5:18,1 +chr6 48993875 . G GATATATAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,3:8,1 +chr6 49073002 . A ACG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,6:9,3:2,3 +chr6 49349888 . CAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058443;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:17,3:1,2 +chr6 50609954 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010173;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:11,6:11,7 +chr6 51975626 . T TAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.035782;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,4:5,2 +chr6 52810109 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.3687e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:24,24:9,13:15,11 +chr6 53707006 . CTGTG C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.001804;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,15:9,6:5,9 +chr6 54414560 . GGTGTGT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.015549;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:8,6:10,4 +chr6 55539859 . G GAAGAAAGA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:9,3:2,1 +chr6 55853195 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,1:3,3 +chr6 56053862 . A AGT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15275;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,5:15,3:4,2 +chr6 56260876 . G GTGTGTGTGTGTGTGTA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:13,3:3,1 +chr6 59006644 . G C 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.00019944;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:26,7:29,8 +chr6 59643763 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.2008;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:10,2:26,2 +chr6 59707692 . T C 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.041603;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:64,10:11,1:53,9 +chr6 61309829 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.4806e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:6,5:12,14 +chr6 63505553 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.28142;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,3:7,1 +chr6 63973297 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.8722e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:13,9:13,9 +chr6 64085342 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:16,1:7,3 +chr6 64094733 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=5.7856e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,22:14,10:11,12 +chr6 64643112 . T TCC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.01327;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,10:8,5:9,5 +chr6 64758447 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.339e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:12,6:11,9 +chr6 65268336 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=8.8931e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:14,11:10,9 +chr6 66020600 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.0729e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:18,8:12,9 +chr6 67213948 . GATAT G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.038102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,5:9,4:13,1 +chr6 67291667 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=5.5655e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,24:15,19:10,5 +chr6 67368956 . C CAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0088608;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:11,8:1,1 +chr6 67432489 . CTATATATAGGT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:5,3:9,2 +chr6 68139482 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0065845;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:12,7:13,2 +chr6 68453959 . GATATATATATATATAT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,6:2,2:1,4 +chr6 68511146 . G GTATATATATATATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:7,4:0,0 +chr6 68643438 . C CTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.32759;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:8,1:10,2 +chr6 68903992 . G GA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:10,6:3,1 +chr6 71386851 . G GTTTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:3,5:6,1 +chr6 71788649 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=6.1955e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:15,10:13,6 +chr6 72500207 . AAG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.32898;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,3:23,2:4,1 +chr6 73197580 . TAC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,7:7,5:3,2 +chr6 73777119 . T TG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02457;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:4,8:12,4 +chr6 73839726 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.044913;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,3:5,3 +chr6 74207299 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.016983;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,4:1,4:0,0 +chr6 75620082 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.015238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,9:3,8:6,1 +chr6 75965626 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.09062;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:2,3:15,1 +chr6 77485758 . A ATC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10931;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,1:15,3 +chr6 77603242 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.19341;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,3:15,1 +chr6 78679138 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,8:11,6:4,2 +chr6 80625694 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0062662;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:6,8:3,1 +chr6 81549622 . CAAAAAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02948;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,7:9,6:4,1 +chr6 81622692 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.3613e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:15,6:12,12 +chr6 82560513 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.023055;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:9,1:20,6 +chr6 82727946 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.23366;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:4,3:5,1 +chr6 85837908 . G GCTCTCC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.057027;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,6:20,2:6,4 +chr6 87128528 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 +chr6 87576511 . C CAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066077;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,2:9,3 +chr6 87673155 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.36477;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,4:12,1:3,3 +chr6 88817749 . AT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,4:5,2 +chr6 89226316 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0083603;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:14,2:3,12 +chr6 90100726 . CAG C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.039826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:16,3:16,4 +chr6 90869070 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0022624;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:2,6:0,2:2,4 +chr6 92362251 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.2304e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:33,22:13,8:20,14 +chr6 93972375 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.8499e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:13,10:10,9 +chr6 93972376 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.4089e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:13,10:8,8 +chr6 94734298 . T TATA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:2,3:2,3 +chr6 95206300 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.2103;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,2:15,2 +chr6 95222683 . C CTTTATTTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.011012;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,7:1,4:7,3 +chr6 95486213 . CAT C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.033212;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:19,5:18,8 +chr6 95986165 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00023962;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,14:8,13:1,1 +chr6 97518133 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:27:1,5:0,1:1,4 +chr6 97752884 . GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0042363;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:5,15:2,9:3,6 +chr6 99194841 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.5862e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:19,26:8,12:11,14 +chr6 99536268 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,1:6,3 +chr6 99854166 . T TCTTTCTTTCTTG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18054;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,7:11,1:14,6 +chr6 100278030 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=6.7064e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:6,8:10,7 +chr6 101006187 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=7.6418e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:10,11:9,8 +chr6 101464501 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:4,3:0,2 +chr6 101478574 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.1349e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:16,23:7,6:9,17 +chr6 101920016 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.1925e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:13,8:11,11 +chr6 102592586 . TAC T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,2:2,2 +chr6 103119646 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.6846e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:29,21:17,11:12,10 +chr6 104416698 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=9.9525e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,6:6,6 +chr6 106471817 . GAA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.013986;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:0,3:0,2:0,1 +chr6 106542608 . CATTTTATTTT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.012393;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:2,4:10,3 +chr6 106946765 . AAT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0037028;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,1:8,4 +chr6 107464075 . T TTA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=7.6853e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,10:2,6:0,4 +chr6 108179492 . CTG C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.011625;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,12:2,6:2,6 +chr6 108194201 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.1416e-12;SS=2;SSC=119;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:2,20:1,9:1,11 +chr6 110963703 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00027326;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,9:3,7:0,2 +chr6 111100952 . TTCTCTCCC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:4,3:0,1 +chr6 111523087 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.01202;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:9,2:6,4 +chr6 111526908 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043286;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 +chr6 111532656 . G GTTTTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.015851;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,4:5,1 +chr6 112273188 . G GT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:2,3:1,2 +chr6 112340122 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0098578;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:1,4:1,3:0,1 +chr6 112815220 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=1.1468e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:4,12:1,6:3,6 +chr6 113143734 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00012036;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:1,3:4,3 +chr6 113647950 . CTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:1,6:3,2 +chr6 113855010 . CTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:0,5:3,1 +chr6 114744473 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.05;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:2,2:2,2:0,0 +chr6 114872481 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035975;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,1:8,3 +chr6 114957420 . ATCTCTC A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:1,5:3,4 +chr6 115030939 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00074646;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:2,7:2,3:0,4 +chr6 118540758 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:6,3:3,1:3,2 +chr6 118567249 . GTATATATATATATA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.05;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:0,3:0,1:0,2 +chr6 118638207 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00027194;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,4:3,3 +chr6 118746433 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00090356;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,4:3,3 +chr6 122703941 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030207;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,2:3,2 +chr6 122799961 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:1,5:3,1 +chr6 124716810 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0014706;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,3:0,1:0,2 +chr6 125140009 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.00019367;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:1,3:5,6 +chr6 125946953 . GTTTTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0024264;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,6:3,2 +chr6 127538842 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.000258;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:0,6:0,2:0,4 +chr6 127543935 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0001754;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,7:1,5:0,2 +chr6 128658432 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=6.0551e-13;SS=2;SSC=122;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:24:3,21:2,12:1,9 +chr6 129256763 . C CAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:5,3:1,1 +chr6 130154695 . GAAAAAAAA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,4:0,3:1,1 +chr6 131367234 . TA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00027385;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,3:3,7 +chr6 131669655 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0019985;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:2,7:4,1 +chr6 131701894 . A AAAAG 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.018284;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:48,13:32,4:16,9 +chr6 132717180 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.026298;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,2:6,4 +chr6 137107283 . TTTCCTTCC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:0,4:3,3 +chr6 137684774 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,2:0,1:6,1 +chr6 139152418 . A ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:3,5:0,1 +chr6 139391578 . A AATAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00055741;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:2,3:2,3 +chr6 139423756 . A ATT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0085588;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 +chr6 140681966 . TAC T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0032151;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:2,5:0,2 +chr6 141236493 . TC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=3.2572e-11;SS=2;SSC=104;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:3,16:1,6:2,10 +chr6 142862557 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.033752;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:10,6:13,3 +chr6 144030254 . CAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00027871;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:2,6:2,1 +chr6 144854279 . TG T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.012218;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,4:7,1 +chr6 145079334 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.017294;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:12,5:7,1 +chr6 145390563 . T TTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=1.6227e-06;SS=2;SSC=57;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,11:0,6:1,5 +chr6 147113553 . G GT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0063768;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:2,5:4,3 +chr6 148310424 . G GA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=8.7675e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,12:0,8:3,4 +chr6 148368774 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr6 148429385 . TAAA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.005418;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,10:4,8:0,2 +chr6 148482688 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028937;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,1:5,3 +chr6 148510995 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,11:3,8:2,3 +chr6 148537776 . CTGTGTGTGTGTGTG C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0012276;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:3,6:4,3 +chr6 149182971 . C CA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.6076e-11;SS=2;SSC=107;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:27:6,21:2,12:4,9 +chr6 149253940 . AAG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:5,1:5,3 +chr6 149498307 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.013155;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:4,4:2,2 +chr6 149711255 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00035303;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:32:1,5:0,1:1,4 +chr6 150494265 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.004329;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:33:0,2:0,1:0,1 +chr6 150547198 . T TGAAATAAAAGCAAACAGGCAGACTC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=7.4322e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:1,4:2,4 +chr6 150806223 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016601;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 +chr6 151374930 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00041113;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:2,7:3,1 +chr6 153229197 . C CTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=4.1725e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,13:6,8:2,5 +chr6 154572176 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:1,2:1,1:0,1 +chr6 154955391 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.020734;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:2,3:1,1 +chr6 155112125 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,4:3,3 +chr6 157010640 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:1,3:0,1:1,2 +chr6 157062708 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040303;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,2:8,3 +chr6 158260824 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.012255;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,3:2,1:0,2 +chr6 158365881 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,4:0,0:1,4 +chr6 158438604 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00037527;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:2,6:1,4:1,2 +chr6 158957669 . C CAA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:2,4:0,1 +chr6 159010668 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=9.8367e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,11:1,8:0,3 +chr6 160000728 . GTT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:5,3:1,2 +chr6 160399614 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.8199e-13;SS=2;SSC=125;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:5,23:2,10:3,13 +chr6 160584170 . TTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:2,2:7,6 +chr6 161859610 . C CAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:6,5:2,1 +chr6 163603806 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.018062;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 +chr6 165128078 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,5:3,2:0,3 +chr6 166005467 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.3223e-11;SS=2;SSC=108;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:4,16:3,7:1,9 +chr6 166449922 . C G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0017012;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,5:7,2 +chr6 166449945 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0032306;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:0,5:5,2 +chr6 167338868 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:1,0:9,4 +chr6 167671652 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.008228;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,1:6,5 +chr6 168309421 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.032849;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,4:4,1 +chr6 168311597 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023923;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,3:1,1:1,2 +chr6 168714925 . G T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,2:0,0:1,2 +chr6 169024831 . T TCGG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,2:0,0:2,2 +chr6 169032514 . GA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00084958;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:2,2:3,8 +chr6 169186616 . T TGCCATGAGCTCAATAAACCCCACTACGCCCTC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00048033;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:2,2:1,4 +chr6 169923874 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=2.8145e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,8:0,2:0,6 +chr6 170394572 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.014432;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:3,4:16,2 +chr6 170398819 . G T 0 PASS DP=255;GPV=1;SPV=0.004943;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:96,11:60,5:36,6 +chr6 170453100 . AGTGTAT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.018737;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:16,3:0,2 +chr6 170453117 . G GT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.034379;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:14,2:4,4 +chr6 170743352 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.076398;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:47,6:22,4:25,2 +chr7 1258930 . A ATTTTTTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,6:2,3:0,3 +chr7 1504780 . C CTAATAATAATAA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.035377;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:20,4:15,6 +chr7 2515047 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.022502;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,7:14,5:3,2 +chr7 2519556 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.7206e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:17,8:8,10 +chr7 3147626 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0025203;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:5,17:4,14:1,3 +chr7 3485683 . G GTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:6,2:1,3 +chr7 3655485 . ATATATATATATATATATATG A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 +chr7 5097841 . C G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1839;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:5,1:7,4 +chr7 5364459 . GA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.029599;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,8:13,5:8,3 +chr7 5886635 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018485;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:7,5:3,5 +chr7 5942560 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0064122;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:10,9:8,2 +chr7 6049645 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,5:3,1:3,4 +chr7 6174539 . G GTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,8:4,3:4,5 +chr7 6372792 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:9,5:4,2 +chr7 6807540 . A G 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.045587;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:49,15:24,7:25,8 +chr7 7649158 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,4:13,3:6,1 +chr7 7673310 . TAGCAGC T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.012896;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,15:17,7:8,8 +chr7 8739171 . TA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:8,2:5,3 +chr7 9322189 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00025134;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,10:9,5 +chr7 11248413 . GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0052504;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,15:9,10:17,5 +chr7 12946653 . ATTTTTTTTT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.087294;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:11,5:2,2 +chr7 13213807 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030651;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,5:5,1:6,4 +chr7 13778320 . CAAAAAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:3,5:5,1 +chr7 14265318 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:4,3:3,1 +chr7 14340159 . CTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,3:0,2 +chr7 15356953 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:11,11:1,1 +chr7 16342820 . C CATATATAG 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:4,2:1,2 +chr7 16732383 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:6,2:15,2 +chr7 17540920 . A ATT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,2:6,2 +chr7 17751092 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=4.6765e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:13,9:3,4 +chr7 18257118 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048962;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,5:4,2:7,3 +chr7 18783838 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.5134e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:14,8:8,8 +chr7 18980778 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15091;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,2:9,3 +chr7 21179338 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.6188e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:12,10:7,8 +chr7 22000749 . A AAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,4:4,1:0,3 +chr7 22615614 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.07e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:11,11:8,8 +chr7 23243947 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:9,3:6,1 +chr7 23382894 . C CAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:6,4:3,1 +chr7 23937962 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.5717e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,18:4,13:9,5 +chr7 24503296 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=9.863e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:13,6:6,10 +chr7 24599525 . T TTTTTTTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.098151;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,6:11,2:11,4 +chr7 25018615 . C G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.25735;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:8,2:11,1 +chr7 26252693 . GA G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11245;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:30,4:9,1 +chr7 27100382 . C CA 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00020455;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:10,5:16,6 +chr7 27288061 . C CAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0021594;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:8,11:2,9:6,2 +chr7 27613171 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.014917;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,4:9,3 +chr7 28608123 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:2,7:5,1 +chr7 28974605 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.097821;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,7:14,4:5,3 +chr7 30393033 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.076981;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:14,3:7,4 +chr7 31124226 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.091905;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:18,1:15,4 +chr7 34309486 . G GTTTT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.013646;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,8:17,2:11,6 +chr7 34427902 . GTA G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,6:2,3:1,3 +chr7 35115753 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.048842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:15,2:11,3 +chr7 35115757 . A AGAGAAAAG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,1:11,3 +chr7 35579561 . A AT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0036289;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:13,2:16,6 +chr7 36650136 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.012702;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:17,5:16,1 +chr7 36757915 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:3,6:4,6 +chr7 37449431 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.083916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:4,3:1,2 +chr7 37847824 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr7 38855210 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.017857;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,3:0,0:2,3 +chr7 38944891 . C CAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,4:2,3:1,1 +chr7 39057163 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.2151e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:20,24:11,15:9,9 +chr7 39820298 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.007794;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:9,8:3,3 +chr7 39871439 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.7292e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:10,6:13,9 +chr7 39939877 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029742;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,2:8,4 +chr7 40089725 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,4:5,1:5,3 +chr7 41260472 . G GTGTGTGTGTGTGTGTGTT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.025589;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,9:13,4:14,5 +chr7 41369105 . CTTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,2:13,2 +chr7 42114991 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.0851e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:18,24:8,8:10,16 +chr7 42166650 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,2:6,4 +chr7 43483547 . C CTTTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.2419;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:10,2:4,2 +chr7 45283429 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:9,5:3,2:6,3 +chr7 45283430 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0040786;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:8,6:3,4:5,2 +chr7 46926730 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,4:5,4:0,0 +chr7 47586408 . TC T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,4:10,2:9,2 +chr7 48001522 . G GT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:15,2:5,2 +chr7 49059558 . CAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.23366;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:3,2:6,2 +chr7 49588796 . ATATT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:8,4:1,2 +chr7 50843129 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0034446;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:6,5:4,1 +chr7 51566510 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.537e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:6,12:16,7 +chr7 52185078 . G T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.5863e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:16,12:10,8 +chr7 52299337 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:7,10:1,1 +chr7 52652664 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.2103e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:11,9:9,6 +chr7 53369483 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:0,1:1,1 +chr7 54761973 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,2:5,1:0,1 +chr7 56813424 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.031941;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:2,3:10,3 +chr7 56815916 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.025226;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:28,6:9,3 +chr7 56816060 . T A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.030972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:49,14:19,3:30,11 +chr7 56823993 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12337;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,3:13,2 +chr7 56826427 . C G 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.020375;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:97,14:20,2:77,12 +chr7 56881387 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.018549;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:14,4:26,2 +chr7 57078312 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:0,1:11,4 +chr7 57690906 . G GCTTT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.017404;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:19,5:11,3 +chr7 58057572 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.4146e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:11,9:12,8 +chr7 58093136 . A G 0 PASS DP=195;GPV=1;SPV=0.04915;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:102,19:45,11:57,8 +chr7 59144468 . G C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.034705;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,14:15,4:40,10 +chr7 60997686 . G T 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.0472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:95,22:57,15:38,7 +chr7 61383935 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.11838;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:19,1:25,4 +chr7 61420012 . G T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.031766;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:62,7:32,6:30,1 +chr7 61450357 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:2,0:31,4 +chr7 61458212 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 +chr7 61499553 . T A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 +chr7 61519323 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.038105;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:9,2:29,4 +chr7 62208143 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.05493;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:22,3:14,1 +chr7 62247650 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.4132e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:24,26:10,13:14,13 +chr7 63108831 . A AAAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00043157;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,12:5,7:0,5 +chr7 63125260 . G GTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,10:2,5:3,5 +chr7 63266483 . C CAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.042019;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:18,5:6,5 +chr7 63420340 . C CAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:8,1:3,3 +chr7 63493980 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 +chr7 63499197 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00024591;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,11:13,6:0,5 +chr7 63538726 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046254;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,1:12,5 +chr7 63635885 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.025864;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:13,3:11,3 +chr7 63764777 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 +chr7 64083704 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0005577;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:12,5:14,6 +chr7 64238898 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.8395e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:24,24:10,15:14,9 +chr7 64955977 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,6:7,5:4,1 +chr7 65123739 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.088082;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:19,1:18,4 +chr7 65536082 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:7,1:8,4 +chr7 65553140 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.092902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:20,4:5,1 +chr7 66109180 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:12,2:3,3 +chr7 66223987 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.3652e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:12,8:7,10 +chr7 66296676 . G GTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,5:5,4:0,1 +chr7 66687113 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 +chr7 66874154 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 +chr7 66983916 . A ATT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0737;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,6:10,4:5,2 +chr7 67853945 . C CAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0028986;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,8:4,7:1,1 +chr7 67938498 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:9,4:3,1:6,3 +chr7 68959639 . GAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:2,3:2,5 +chr7 69434282 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=7.0303e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:26,27:13,13:13,14 +chr7 70990521 . TTC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,1:15,3 +chr7 70990543 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:5,1:9,5 +chr7 71451878 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.9774e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:7,8:11,9 +chr7 72046709 . TA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,2:5,2 +chr7 73040521 . ATT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,9:2,3:5,6 +chr7 73369923 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.048713;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,10:6,6:7,4 +chr7 73588509 . T TA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 +chr7 73609236 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.057585;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,7:9,6:9,1 +chr7 73857461 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.028792;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:3,1:10,5 +chr7 74311933 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,4:3,2:6,2 +chr7 74792229 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0039384;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:34,16:17,10:17,6 +chr7 74960681 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.12042;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,7:13,4:3,3 +chr7 75616584 . G GGGAGGAGGA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.039954;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:14,6:16,3 +chr7 75798478 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.1775e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:14,12:18,8 +chr7 76005852 . GGAGGAGA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,4:12,2:9,2 +chr7 76445508 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:14,3:7,1 +chr7 76493649 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.087068;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:16,4:16,1 +chr7 76976851 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.026132;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:15,3:17,5 +chr7 76997644 . A ATG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:21,2:2,3 +chr7 77448829 . T TC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0788;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:12,4:7,3 +chr7 78355331 . C A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00069954;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:22,6:14,7 +chr7 79157945 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.2488;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,4:3,1:9,3 +chr7 79535993 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.022593;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:13,3:3,5 +chr7 80667754 . T TTTTTTTTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.038306;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,6:8,3:8,3 +chr7 80683350 . A ATATGTG 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.14744;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,4:18,1:17,3 +chr7 80683365 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.17398;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:20,2:14,2 +chr7 80683370 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.17881;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:18,1:13,3 +chr7 81785356 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.044239;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:13,5:10,1 +chr7 82710682 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=5.3499e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:15,8:4,13 +chr7 83533600 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.029609;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:17,10:8,5:9,5 +chr7 83533601 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.013002;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:16,11:7,5:9,6 +chr7 84987123 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,2:7,4 +chr7 85333008 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.051194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,2:14,2 +chr7 85445397 . A AT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:4,4:5,1 +chr7 85460245 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00094923;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:2,2:4,8 +chr7 86627732 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:4,6:2,3 +chr7 87552711 . G GA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:1,8:3,1 +chr7 88045888 . TTG T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:3,2:3,6 +chr7 92998049 . T TTTCC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:1,3:13,2 +chr7 93023328 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.023519;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:20,1:17,6 +chr7 94482669 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:7,3:4,1 +chr7 94541537 . GTTTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:6,3:3,3 +chr7 96991900 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12406;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,10:3,5:5,5 +chr7 97398988 . C A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.8752e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:10,11:15,9 +chr7 97973032 . T TAG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.003663;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:1,4:1,2:0,2 +chr7 98083223 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.043;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:20,2:9,3 +chr7 98573677 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,2:7,2:0,0 +chr7 98842400 . TATACAC T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.23571;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,4:14,1:18,3 +chr7 99146737 . AAAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.039412;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,4:7,2 +chr7 99181023 . G GTGTCTC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,7:0,5:2,2 +chr7 99187790 . CTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.17641;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:18,3:9,1 +chr7 99416717 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.024497;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:8,5:5,1 +chr7 100300585 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.012803;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:16,3:10,3 +chr7 100505916 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00074257;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,8:3,1 +chr7 100731172 . A ATTTCT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.17496;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,4:11,1:14,3 +chr7 100975659 . G GGAGCTTAGGGCTGGAGGGGCACAGAGA 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.020548;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:53,16:20,3:33,13 +chr7 100977050 . CAAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00086221;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,8:1,7:3,1 +chr7 101129670 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.34557;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:12,3:2,1 +chr7 101530566 . T TAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.021523;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,6:4,2 +chr7 102041666 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.016617;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:8,8:3,3 +chr7 102502679 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.22036;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,3:10,1 +chr7 102525408 . G GACCT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0040831;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:0,1:6,7 +chr7 102545789 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0070176;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,1:6,5 +chr7 102566497 . C A 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.012066;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:47,15:19,6:28,9 +chr7 102572315 . G A 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.0084663;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:88,23:54,13:34,10 +chr7 102737971 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.014866;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:2,1:8,5 +chr7 102775654 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.02254;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:11,1:11,6 +chr7 102778232 . C CA 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.029475;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,7:11,1 +chr7 104835764 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.04188;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:4,3:3,2:1,1 +chr7 105170953 . A AAG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.017286;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:1,3:1,1 +chr7 105258420 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065359;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,2:1,1:2,1 +chr7 105961488 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,7:2,6:2,1 +chr7 106947079 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:6,3:6,4 +chr7 106974638 . A ATTTTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:0,1:3,3 +chr7 109507335 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.2938e-11;SS=2;SSC=108;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:3,19:1,5:2,14 +chr7 109848658 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037662;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:2,3:2,1:0,2 +chr7 110136642 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:1,3:1,3:0,0 +chr7 110669024 . AGTATGTGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,5:4,2 +chr7 110873429 . C CAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:6,4:0,0 +chr7 111281166 . GAA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,2:6,2 +chr7 111702887 . A ATT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0064996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:4,5:0,4 +chr7 113294142 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0010878;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:0,4:8,2 +chr7 113615090 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.039216;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:2,2:1,1:1,1 +chr7 113712765 . CTA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.018073;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,3:6,4 +chr7 114929084 . G GATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.031805;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,3:2,2 +chr7 115934090 . A ATGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:2,3:0,2 +chr7 117883407 . GAA G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:2,4:0,2 +chr7 119513863 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030854;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,3:5,2 +chr7 119604986 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=5.0269e-15;SS=2;SSC=142;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:3,25:2,15:1,10 +chr7 121413715 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015738;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:1,3:0,2:1,1 +chr7 121635818 . AT A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.6852e-10;SS=2;SSC=94;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:24:3,19:1,14:2,5 +chr7 121824269 . CAAAAA C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 +chr7 122023777 . A AT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.010953;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr7 122023787 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013479;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 +chr7 122064553 . T TTTTG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.000258;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,6:0,1:0,5 +chr7 123108357 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=4.9735e-11;SS=2;SSC=103;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:27:4,23:2,14:2,9 +chr7 123623931 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.027634;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:1,2:1,2 +chr7 123648340 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:17,3:15,4 +chr7 124298019 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0002442;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,4:1,3:0,1 +chr7 124454122 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:0,2:0,1:0,1 +chr7 124537302 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0030303;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:0,7:0,4:0,3 +chr7 125742595 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=4.9042e-14;SS=2;SSC=133;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:2,19:1,8:1,11 +chr7 125758857 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=9.3817e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,6:1,4:0,2 +chr7 126456519 . T TA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.022967;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,7:2,6:1,1 +chr7 126869933 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0011576;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,8:2,7:1,1 +chr7 126995904 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.4479e-13;SS=2;SSC=128;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:2,18:1,13:1,5 +chr7 128258439 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:3,4:0,0 +chr7 130581224 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063158;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:3,1:3,2 +chr7 132493755 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0022942;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,5:3,3:3,2 +chr7 132621264 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,2:2,1:2,1 +chr7 133898745 . CAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,5:4,1 +chr7 133899745 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0024526;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:5,5:1,1 +chr7 135236276 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.016295;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,3:10,1 +chr7 135320002 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,4:2,1 +chr7 135526213 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00052709;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,10:1,5:4,5 +chr7 136094834 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027339;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:13,4:1,0 +chr7 136275026 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,2:0,0:2,2 +chr7 137811390 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0046977;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:6,2:0,6 +chr7 137905393 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:1,2:1,1:0,1 +chr7 137946786 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.00027737;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,3:1,3 +chr7 138309420 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,2:9,2 +chr7 138820771 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,3:5,4 +chr7 138846533 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,3:2,2 +chr7 138903792 . AGTGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,3:3,4 +chr7 139498140 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,2:0,2:0,0 +chr7 140647891 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,4:4,2 +chr7 140948253 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0054137;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,5:0,2:1,3 +chr7 141343525 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:2,2:2,6 +chr7 142447384 . C CAAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:7,4:0,1 +chr7 143750910 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0036482;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:3,3:3,6 +chr7 144153330 . TA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.036707;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:5,1:2,3 +chr7 144156150 . AAGAAAGAAAGAAAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0032938;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:3,2:0,2 +chr7 144156170 . AAAAAG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,3:4,2 +chr7 144180904 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,4:2,3 +chr7 144227383 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0050687;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,5:6,4 +chr7 144327328 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.096448;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:16,2:13,2 +chr7 144559994 . G GGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.009705;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:2,7:7,1 +chr7 147081583 . T TTGTG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:3,3:3,2 +chr7 147193952 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,4:3,1:2,3 +chr7 147949440 . G GTATATATATATATATATA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.029654;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:2,3:3,1 +chr7 148259179 . TA T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,5:4,1 +chr7 148429736 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.04741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:11,7:2,1 +chr7 148942840 . C CTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,8:3,7:1,1 +chr7 149526935 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.001677;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:1,5:0,1:1,4 +chr7 150001441 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0076579;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:14,3:5,6 +chr7 150359978 . A AC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:7,4:0,2 +chr7 150496012 . AATATAAATATAATTTATTTATATTATAAATAT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0070965;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:1,5:6,3 +chr7 151703845 . A AACAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,4:3,1 +chr7 152245691 . G T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.047874;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:13,5:15,3 +chr7 152247622 . AT A 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.0021227;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:54,22:35,16:19,6 +chr7 152279938 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.035613;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:15,5:18,6 +chr7 152403904 . TGGAGACTCAGAAGGTTGGGAGGCTGGGA T 0 PASS DP=244;GPV=1;SPV=0.010049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:117,32:62,15:55,17 +chr7 152789549 . ATTT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0035252;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,3:8,5 +chr7 153701292 . GACGA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.013973;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,6:8,3 +chr7 153857322 . T TTCTCTCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:2,3:4,1 +chr7 153988960 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.036156;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:16,7:11,2 +chr7 154301810 . TTTTG T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00024198;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,11:2,2:2,9 +chr7 154778820 . A AACACC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3 +chr7 155482634 . T TTCAGAACACGCTCAGAACATGC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.026533;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:4,3:2,2 +chr7 155724990 . TTG T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,15:3,9:6,6 +chr7 156049334 . A AAAG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.001677;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,5:0,4:1,1 +chr7 156594952 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.735e-11;SS=2;SSC=105;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:5,15:3,9:2,6 +chr7 158087988 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.076651;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,2:5,3 +chr7 158406094 . A C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:2,1:0,5 +chr7 158496193 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,3:1,1:0,2 +chr7 158496194 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040959;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,3:1,1:0,2 +chr8 299656 . C G 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.039905;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:49,10:26,2:23,8 +chr8 358395 . ATTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:10,2:1,2 +chr8 798487 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.085035;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:17,6:17,1 +chr8 811362 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.096304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:13,1:21,3 +chr8 1040226 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:5,8:2,3 +chr8 1874778 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043517;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:7,1:26,5 +chr8 2229155 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.9868e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:7,9:11,8 +chr8 2444748 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.047227;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:14,8:17,3 +chr8 2472888 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.015361;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:19,3:24,2 +chr8 3021702 . C CATCCAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.038682;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:6,3:14,6 +chr8 4524252 . C CA 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.4703e-09;SS=2;SSC=81;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,19:9,16:6,3 +chr8 5069234 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,4:13,1 +chr8 5464267 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=5.0234e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:24,24:12,14:12,10 +chr8 5560584 . TAA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049667;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,4:9,3 +chr8 5715391 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00010362;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:16,7:16,10 +chr8 5971516 . C CAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.061797;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:11,3:11,3 +chr8 6486262 . ATC A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,10:3,4:4,6 +chr8 6527899 . A ATTTTTTTTTTT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.049992;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:13,3:16,3 +chr8 6567257 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.28552;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,2:13,2 +chr8 6576046 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0047817;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,7:7,2 +chr8 7158841 . G A 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.0056646;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:84,28:44,12:40,16 +chr8 7394778 . T G 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.031998;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:68,13:39,8:29,5 +chr8 7412099 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.003625;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:8,5:22,7 +chr8 7413451 . T C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.04944;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:52,13:26,6:26,7 +chr8 7443791 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.021326;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:7,1:11,6 +chr8 7482816 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.077619;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:21,1:18,4 +chr8 7728128 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.032338;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:8,1:25,8 +chr8 7788059 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0012781;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:7,5:0,8 +chr8 7862559 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00063544;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:11,5:10,7 +chr8 7870447 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.022141;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:30,7:11,5 +chr8 7885678 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,3:11,1 +chr8 7933590 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:12,4:1,1 +chr8 8025448 . A G 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.036171;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:171:149,22:92,12:57,10 +chr8 8058875 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.034141;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:21,3:7,5 +chr8 8073671 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.017233;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:18,6:7,4 +chr8 8188444 . G T 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.047567;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:65,15:22,6:43,9 +chr8 9158542 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.0798e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:29,17:17,11:12,6 +chr8 9857271 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.2098e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:17,26:10,20:7,6 +chr8 9871654 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1 +chr8 10129761 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.7807e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:11,7:9,8 +chr8 12156549 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.03609;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:11,4:14,5 +chr8 12351193 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0063215;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:15,5:0,2 +chr8 12408339 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.021611;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:26,5:17,8 +chr8 12444059 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.002684;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:3,4:15,9 +chr8 12457388 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.02455;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,4:9,3 +chr8 12477051 . G A 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.038811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:108,23:43,11:65,12 +chr8 12481078 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030499;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,5:6,1 +chr8 12488765 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0057362;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:2,1:37,14 +chr8 12523396 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.038682;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:5,3:15,6 +chr8 12553640 . G A 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.019575;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:111,23:51,11:60,12 +chr8 12554999 . G C 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.011245;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:112,27:54,12:58,15 +chr8 12559174 . T G 0 PASS DP=305;GPV=1;SPV=0.041368;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:156,21:90,14:66,7 +chr8 12566578 . A T 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.034655;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:129,25:67,14:62,11 +chr8 12575468 . A T 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.027986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:111,18:47,11:64,7 +chr8 12575947 . C G 0 PASS DP=252;GPV=1;SPV=0.014876;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:122,30:62,15:60,15 +chr8 12578071 . G A 0 PASS DP=291;GPV=1;SPV=0.0094149;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:118,30:60,11:58,19 +chr8 12584053 . G A 0 PASS DP=269;GPV=1;SPV=0.0010457;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:114,33:58,16:56,17 +chr8 12591386 . C T 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.020299;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:104,21:48,10:56,11 +chr8 12592545 . C G 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.00095766;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:69,11:37,5:32,6 +chr8 12597860 . C T 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.029283;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:95,23:50,11:45,12 +chr8 12996992 . TTTA T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:3,2:14,2 +chr8 14207151 . A T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018501;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,2:5,3 +chr8 14479740 . TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.022269;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:1,12:1,9:0,3 +chr8 14920883 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.99e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:17,22:8,12:9,10 +chr8 15066315 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022413;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,5:3,3 +chr8 15578761 . T C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.025071;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:23,3:25,4 +chr8 16226991 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=6.6057e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:14,8:10,9 +chr8 16460723 . C CAGATAGAT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.007899;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:15,7:13,5 +chr8 17199545 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040021;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,1:9,4 +chr8 17547785 . A AGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0019317;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,11:5,7:1,4 +chr8 17657799 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0037289;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,12:7,10:5,2 +chr8 18727584 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.06964;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,3:14,1 +chr8 19906397 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 +chr8 20060686 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.015907;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,6:6,1 +chr8 21024149 . CTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0032306;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:3,6:2,5 +chr8 23526447 . G GGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.012732;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:7,2:11,5 +chr8 24336580 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,5:8,4:6,1 +chr8 24453702 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=9.2103e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:27,23:18,12:9,11 +chr8 26211161 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0077399;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:4,5:0,1 +chr8 26397641 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015459;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:7,1:7,7 +chr8 26459352 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,2:1,2:0,0 +chr8 26867416 . TTGTG T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.060625;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:18,3:14,1 +chr8 28198597 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010572;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,6:2,2:4,4 +chr8 28452937 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.077337;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:19,2:12,2 +chr8 28452938 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.038786;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:20,2:12,3 +chr8 28684958 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.013798;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:18,4:9,6 +chr8 28905295 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.3228e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:30,22:14,12:16,10 +chr8 31689385 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=8.063e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:7,8:11,8 +chr8 31702451 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0021265;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,14:2,7:1,7 +chr8 31987320 . A ATG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0088769;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,9:7,3:5,6 +chr8 32364957 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00022435;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,8:1,3:2,5 +chr8 32685308 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=5.8399e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:18,27:10,17:8,10 +chr8 33509979 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,7:2,1 +chr8 33519252 . CCTTTCTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:2,3:12,2 +chr8 33999608 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=8.3252e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:11,7:11,7 +chr8 34006849 . G C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.3912e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:15,7:13,7 +chr8 34529226 . A T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0023627;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,7:5,2 +chr8 34683207 . G GT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0010489;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:14,6:8,5 +chr8 35005401 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.5956e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:11,12:12,11 +chr8 35021243 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=6.234e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:15,7:11,5 +chr8 36201245 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.2833e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:12,8:16,14 +chr8 36846788 . G GAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,8:6,7:1,1 +chr8 37542086 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.23498;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,5:1,2:11,3 +chr8 38581989 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.026864;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:11,3:17,3 +chr8 39490853 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0050177;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,6:7,2 +chr8 43106509 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037131;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:13,6:4,1 +chr8 45507566 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.025658;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:12,4:6,2 +chr8 45928734 . G C 0 PASS DP=396;GPV=1;SPV=0.0078175;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:195,31:78,12:117,19 +chr8 46302903 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.2903e-09;SS=2;SSC=88;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:19,23:10,9:9,14 +chr8 47647651 . AGAGG A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.020348;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:14,3:13,4 +chr8 48475489 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.5771e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:13,7:9,7 +chr8 49316765 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.23136;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:22,3:14,1 +chr8 49995314 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.6906e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:8,8:10,10 +chr8 52849803 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.5103e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:19,28:11,17:8,11 +chr8 54483873 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,9:1,3:4,6 +chr8 54882775 . C CTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.030499;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:13,8:13,4 +chr8 55041021 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,3:10,1 +chr8 60406577 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1 +chr8 60462774 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,5:10,3:7,2 +chr8 61523320 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,5:7,1:1,4 +chr8 62595382 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,6:2,5:2,1 +chr8 63133416 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,6:6,3:10,3 +chr8 64939647 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.3884e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:9,7:8,9 +chr8 65268629 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:38:1,3:1,1:0,2 +chr8 66521790 . GGAGAGAGAGA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:6,5:3,1 +chr8 69230820 . GAT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,4:3,2:2,2 +chr8 69646938 . A ATTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:6,3:6,4 +chr8 69904302 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027524;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,4:7,4 +chr8 71041817 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.9669e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:19,22:8,12:11,10 +chr8 71790725 . A AGAAAGAAAG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0026087;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:3,1:2,5 +chr8 72732990 . T TA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.7941e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,18:18,9:11,9 +chr8 73605866 . CACACACACACAT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016096;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:21,6:6,4 +chr8 74188250 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.21337;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,1:12,3 +chr8 75838937 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,7:3,1 +chr8 76126828 . CAG C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0010258;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:13,8:3,2 +chr8 76444527 . GTATATA G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.27668;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:2,1:11,2 +chr8 78627039 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=2.9228e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,22:8,8:18,14 +chr8 79201310 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.444e-11;SS=2;SSC=108;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:16,32:8,12:8,20 +chr8 79233810 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00015011;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:8,5:18,9 +chr8 80362139 . A AG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.007794;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:5,4:7,7 +chr8 83012785 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:9,2:2,5 +chr8 83094532 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00010136;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:7,4:8,7 +chr8 83847711 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,2:11,2 +chr8 84235767 . C CTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.03809;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,7:12,6:6,1 +chr8 85805567 . C A 0 PASS DP=274;GPV=1;SPV=0.025007;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:152:135,17:77,12:58,5 +chr8 85811985 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.27738;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:0,0:24,4 +chr8 86248962 . TAG T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.084372;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:15,2:18,3 +chr8 86991392 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.487e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:12,7:15,8 +chr8 87297163 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.012217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:0,6:2,1 +chr8 87428135 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.07563;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,1:7,3 +chr8 88416538 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.3416e-10;SS=2;SSC=93;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:24,30:13,15:11,15 +chr8 88956317 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0050026;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:16,2:17,9 +chr8 89638936 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:11,4:6,1 +chr8 90370514 . AT A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.6848e-06;SS=2;SSC=53;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:7,4:15,9 +chr8 91755145 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:7,5:4,2:3,3 +chr8 91755147 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:7,4:3,2:4,2 +chr8 92247825 . CTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.04668;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,9:4,4:16,5 +chr8 92439776 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0095875;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,9:14,8:6,1 +chr8 93412693 . T TA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00014964;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:17,12:7,5 +chr8 93644645 . T TTATA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0044739;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,3:2,3 +chr8 94690276 . A ATT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.16556;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:19,3:12,1 +chr8 94705156 . CTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:8,3:3,2 +chr8 94708595 . CTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,3:4,3 +chr8 95245992 . C CT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.014795;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,9:15,7:7,2 +chr8 96309193 . GTTTT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:6,3:1,1 +chr8 97732895 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1114;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,6:14,2:3,4 +chr8 97900258 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=1.216e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:35,25:18,16:17,9 +chr8 99438034 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:6,6:1,1 +chr8 100925460 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=1.0869e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:11,11:17,6 +chr8 100935082 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=6.5574e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:12,11:9,7 +chr8 101656873 . G GACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.016341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,6:19,4:6,2 +chr8 102762274 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=4.9905e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:12,14:10,9 +chr8 102770856 . G GCTCAAGTGATTCTCCCGC 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.031137;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:13,4:23,7 +chr8 102955075 . CTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0049208;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,12:5,2:7,10 +chr8 103533661 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.020376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:8,6:3,1 +chr8 107282553 . C CAT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.12799;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:4,3:3,2 +chr8 107906379 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.20884;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:15,1:18,3 +chr8 108008782 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.025371;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,8:8,1 +chr8 108233836 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,12:6,11:0,1 +chr8 110181574 . G GT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,3:0,1 +chr8 110898449 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.2772e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:12,6:13,7 +chr8 111912027 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:6,2:7,2 +chr8 113954535 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.077418;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,5:12,3:12,2 +chr8 115691028 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.064462;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:8,1:20,3 +chr8 117284889 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=9.5575e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:10,6:9,12 +chr8 117409285 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.4245e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:12,4:8,11 +chr8 117968552 . TA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,1:5,3 +chr8 118132970 . GTGTATATATATATA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:5,3:0,2 +chr8 118165618 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,3:4,2:0,1 +chr8 118257784 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.8879e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:9,6:8,5 +chr8 119490725 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.6652e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:10,10:18,12 +chr8 122065748 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0029872;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:8,6:12,2 +chr8 123007749 . ATTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:4,3:7,4 +chr8 123936462 . G GTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.14559;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,5:7,4:5,1 +chr8 124717411 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.049892;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:20,4:16,1 +chr8 125316732 . T TTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:0,0:4,2 +chr8 125376818 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:1,5:5,1 +chr8 126443782 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0105;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,9:13,7:8,2 +chr8 126983830 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.038251;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,2:12,9 +chr8 129496996 . GTA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.28142;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,2:9,2 +chr8 129991943 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:11,3:2,1 +chr8 130920144 . T TAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0036197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:9,7:7,3 +chr8 131396100 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=7.0926e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,18:6,11:10,7 +chr8 133441437 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:0,1:9,5 +chr8 133880995 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=9.2295e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:19,28:8,14:11,14 +chr8 134215454 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016716;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,3:6,3 +chr8 135751485 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,3:11,1 +chr8 136094179 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:5,1:4,3 +chr8 138609088 . T G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.6989e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:29,23:16,8:13,15 +chr8 141252918 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031133;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:10,6:13,6 +chr8 141789461 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=1.0504e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:37,26:10,9:27,17 +chr8 141872048 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.14022;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:11,2:11,3 +chr8 142223287 . TAC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,3:8,1 +chr8 142223297 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,3:8,1 +chr8 143119856 . TAA T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.026101;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:20,2:22,4 +chr9 13542 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:8,5:11,5 +chr9 55850 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.032946;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:20,3:19,6 +chr9 671559 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.04886;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:15,7:17,4 +chr9 911470 . ATTTTTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0088119;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,12:6,7:8,5 +chr9 1837598 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=5.2009e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:16,6:10,10 +chr9 2488782 . ATATATATATATATTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,5:2,1 +chr9 3505365 . AT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02791;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:19,4:7,2 +chr9 3505482 . TA T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.081913;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:29,3:5,2 +chr9 4545189 . G GTCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.049793;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,8:9,5:9,3 +chr9 5113191 . CTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.012653;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:3,4:7,1 +chr9 6697718 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.008238;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,10:5,9:3,1 +chr9 7424942 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:20,4:11,1:9,3 +chr9 11665189 . CT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00018113;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:5,6:5,5 +chr9 12366212 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.3654e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:13,5:8,13 +chr9 12477580 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016311;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,2:7,4 +chr9 12541727 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.01961;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:14,2:14,3 +chr9 13330806 . C A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.9695e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:20,8:12,7 +chr9 13691837 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=5.02e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:12,11:11,6 +chr9 14886321 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.022446;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,2:10,9 +chr9 14976300 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,7:3,1:3,6 +chr9 15341116 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.048842;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:8,1:18,4 +chr9 17185771 . T TTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.018613;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,12:17,9:4,3 +chr9 17366310 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.073744;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,3:18,1 +chr9 17599600 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.015e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:11,13:10,7 +chr9 18267771 . AAAAC A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.075844;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:19,3:21,2 +chr9 18359827 . G C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:0,0:5,2 +chr9 18756076 . AATATATAT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1839;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:9,2:3,3 +chr9 19321788 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=4.6028e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:9,5:10,12 +chr9 19382844 . C CT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:9,5:9,6 +chr9 19540910 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.20161;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:13,1:15,3 +chr9 20573193 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.083854;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:21,3:15,2 +chr9 21209735 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.016144;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:43,8:18,3:25,5 +chr9 21355822 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.089571;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:23,4:18,2 +chr9 22126574 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12152;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:16,5:2,1 +chr9 23194075 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.6904e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:19,29:9,19:10,10 +chr9 24804384 . A AATATAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,7:6,3:0,4 +chr9 24872725 . GTGTGTGTGTA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.038035;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:8,4:15,3 +chr9 26123501 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0050173;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:8,9:5,3 +chr9 26334676 . G GCACACACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,9:8,4:1,5 +chr9 26434898 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=5.8963e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:7,6:8,7 +chr9 27532584 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:4,2:3,1:1,1 +chr9 28062576 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.10359;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:20,2:9,2 +chr9 32130820 . CAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:10,4:2,1 +chr9 32900610 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.19342;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:8,2:14,4 +chr9 32900627 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,1:12,4 +chr9 33554181 . A AAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,9:14,5:6,4 +chr9 34142503 . ATTTT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:9,2:4,3 +chr9 34593490 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=2.1109e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:18,9:10,10 +chr9 35030338 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.03499;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:23,4:18,1 +chr9 35897023 . T TTTATTATTA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.032315;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,7:11,5:8,2 +chr9 35950813 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:3,4:8,6 +chr9 36061393 . T TACACACACAC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0084717;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,8:7,4:1,4 +chr9 37379213 . TTA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,3:2,2 +chr9 38239622 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:1,0:13,4 +chr9 38419888 . C CCTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.012101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:14,12:6,3:8,9 +chr9 38816954 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.29549;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,3:11,1 +chr9 38969560 . C T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0051636;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:67,22:32,9:35,13 +chr9 38988871 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.044421;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,8:37,7:4,1 +chr9 39128880 . G T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,6:6,1 +chr9 39372028 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,4:2,4 +chr9 39400748 . T G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.041731;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:22,5:19,1 +chr9 39405589 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:11,4:4,3 +chr9 39509905 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06057;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,3:11,2 +chr9 39532000 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:6,3:13,1 +chr9 39595207 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.086635;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:17,3:7,2 +chr9 39667342 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr9 39745305 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.018809;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:11,3:8,5 +chr9 39820099 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:5,1:9,6 +chr9 40145659 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.042105;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chr9 40183672 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0013579;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:16,11:4,3 +chr9 40285600 . TA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11371;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:28,4:0,0 +chr9 40285614 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:22,4:0,0 +chr9 40298133 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.077483;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:20,3:7,2 +chr9 40299278 . A G 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00068097;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:20,7:25,8 +chr9 40306702 . G A 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.020139;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:189:168,21:77,12:91,9 +chr9 40335612 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:1,0:27,4 +chr9 40579635 . T C 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.043937;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:51,14:17,10:34,4 +chr9 40611077 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.020406;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:28,8:9,4 +chr9 40661826 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:4,3:4,2 +chr9 40697499 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00087959;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:16,6:19,8 +chr9 40960658 . A T 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.0098875;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:91,22:43,18:48,4 +chr9 40998632 . G T 0 PASS DP=356;GPV=1;SPV=0.03833;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:143,24:85,6:58,18 +chr9 41108289 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.054568;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:22,4:8,1 +chr9 41113935 . G A 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.016601;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:92,24:54,13:38,11 +chr9 41118301 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.01951;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:14,7:15,5 +chr9 41145993 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,2:10,2 +chr9 41146643 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr9 41242173 . T G 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0084226;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:24,2:34,6 +chr9 41242177 . T C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0073237;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:22,2:36,6 +chr9 41362484 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,3:11,1 +chr9 41630797 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:12,2:1,2 +chr9 41688986 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.029805;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,3:11,7 +chr9 41968416 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.072836;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,3:7,4 +chr9 42042742 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1 +chr9 42089151 . G GAGA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0070885;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:7,3:1,4 +chr9 42089154 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024846;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,3:3,4 +chr9 42103937 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 +chr9 42323965 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.056405;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,2:13,2 +chr9 42956074 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:5,2:2,4 +chr9 43039861 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.067362;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:16,1:16,4 +chr9 43297666 . T C 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.027641;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:65,9:31,6:34,3 +chr9 43497197 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.031187;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:23,2:17,3 +chr9 43620679 . G A 0 PASS DP=240;GPV=1;SPV=0.041516;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:120,14:78,10:42,4 +chr9 43668116 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015732;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 +chr9 43689780 . G T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:15,1:1,4 +chr9 43768939 . T A 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.020875;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:14,3:41,6 +chr9 43841173 . C G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.043968;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:13,1:26,5 +chr9 43916288 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 +chr9 44023533 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.021109;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,11:24,8:22,3 +chr9 44099639 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr9 44201242 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:5,2:1,1 +chr9 44338865 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.29601;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:2,1:20,2 +chr9 44440552 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:12,4:1,0 +chr9 44453150 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.027179;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:24,5:5,3 +chr9 44542024 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.088082;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:27,2:10,3 +chr9 44688356 . G T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.00097947;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:27,5:15,6 +chr9 45123859 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.13372;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:5,1:15,2 +chr9 45174115 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:0,0:16,4 +chr9 45294434 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,1:5,3 +chr9 45374637 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.037223;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:9,5:22,7 +chr9 45389007 . C G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr9 60680938 . A T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.042221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:64,16:39,11:25,5 +chr9 61224599 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.028374;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:19,2:22,7 +chr9 61837378 . AC A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.044803;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:27,6:21,1 +chr9 61931359 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 +chr9 61940002 . G GT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.035315;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,8:10,4:5,4 +chr9 62801828 . C T 0 PASS DP=315;GPV=1;SPV=0.031186;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:148,29:68,12:80,17 +chr9 62802684 . G A 0 PASS DP=452;GPV=1;SPV=0.043558;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:264:230,34:112,16:118,18 +chr9 62803933 . C G 0 PASS DP=445;GPV=1;SPV=0.014385;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:236:200,36:99,23:101,13 +chr9 62815266 . A T 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.0124;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:179:146,33:78,16:68,17 +chr9 62815267 . T C 0 PASS DP=362;GPV=1;SPV=0.014244;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:191:157,34:85,17:72,17 +chr9 62819905 . G T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.036683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:15,4:31,5 +chr9 62824658 . G A 0 PASS DP=290;GPV=1;SPV=0.00626;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:152,28:77,15:75,13 +chr9 62829944 . C A 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.012578;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:78,17:8,5:70,12 +chr9 62829977 . A C 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.00014198;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:59,19:1,1:58,18 +chr9 62832774 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.01087;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,1:4,4 +chr9 62836383 . A G 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.047996;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:87,15:32,11:55,4 +chr9 62899957 . C G 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.017492;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:64,16:34,10:30,6 +chr9 62917536 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.025934;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:22,2:15,3 +chr9 62917779 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:1,0:19,4 +chr9 62921641 . T C 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.04637;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:63,14:30,8:33,6 +chr9 63157556 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr9 63283693 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.1146;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:19,4:12,4 +chr9 63757391 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0022355;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:15,14:17,3 +chr9 63764445 . G A 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.019648;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:130,20:71,12:59,8 +chr9 63767998 . A T 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.023725;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:74,11:59,7:15,4 +chr9 63777282 . C A 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.014641;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:78,13:49,2:29,11 +chr9 63809392 . C G 0 PASS DP=416;GPV=1;SPV=0.028429;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:223:196,27:109,18:87,9 +chr9 63841203 . G GTTAA 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.0017596;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:63,13:36,2:27,11 +chr9 63872967 . TG T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0070763;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:43,18:24,7:19,11 +chr9 64329169 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.040505;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:20,5:11,3 +chr9 64330435 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.049831;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:31,7:9,4 +chr9 64365022 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:1,0:14,4 +chr9 64399530 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:4,2:14,2 +chr9 64435226 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.020146;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:6,1:13,8 +chr9 64789412 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10033;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,4:0,0:31,4 +chr9 64910453 . CTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1 +chr9 64918204 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,1:10,3 +chr9 65563407 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0045803;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:13,8:18,7 +chr9 65702685 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:1,1:12,10 +chr9 65742989 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.017241;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:12,7:13,2 +chr9 65822249 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 +chr9 65908897 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.05461;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2 +chr9 66014140 . G T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.029558;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:54,17:25,9:29,8 +chr9 66031656 . GTATAA G 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.014734;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:85,17:40,9:45,8 +chr9 66031662 . G C 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.0092019;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:83,18:38,10:45,8 +chr9 66176323 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 +chr9 66246819 . A G 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.018937;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:61,19:38,13:23,6 +chr9 66343510 . C G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.019321;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:6,9:28,3 +chr9 66384998 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:2,1:3,7 +chr9 66702087 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,3:12,1 +chr9 66740151 . AAC A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22398;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:11,2:2,2 +chr9 66810630 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016944;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:15,5:16,8 +chr9 66813660 . TTTTG T 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.0047712;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:38,11:17,4 +chr9 66831566 . G C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.038208;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:60,7:23,3:37,4 +chr9 66843453 . G A 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=9.6213e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:77,28:35,10:42,18 +chr9 67394112 . G C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:0,2:7,4 +chr9 67394154 . TG T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:0,1:6,4 +chr9 67428071 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:0,4:2,3 +chr9 67462701 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1 +chr9 67760386 . T A 0 PASS DP=221;GPV=1;SPV=0.029858;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:105,21:56,11:49,10 +chr9 67787556 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.024045;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:38,16:5,7:33,9 +chr9 67889140 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1041;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:8,1:24,4 +chr9 68272928 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:0,3:4,3 +chr9 68303202 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011954;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:1,5:15,3 +chr9 70570302 . GTT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,6:3,1 +chr9 71282430 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,4:13,2:4,2 +chr9 72662352 . AT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0074587;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,3:9,5 +chr9 73430930 . GTCTATTCTATTCTAT G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.015771;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,11:6,8:12,3 +chr9 73951254 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0002546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:15,4:16,8 +chr9 77054665 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,4:16,1:9,3 +chr9 77136184 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:8,3:1,5 +chr9 77761294 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00035596;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:2,4:3,6 +chr9 77853774 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:4,5:3,1 +chr9 77889410 . CAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:5,7:6,3 +chr9 78048583 . AAC A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0072464;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,6:2,1 +chr9 80147181 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.6753e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:13,7:10,11 +chr9 80259058 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.9053e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:14,26:5,16:9,10 +chr9 80545519 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01398;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:7,7:8,2 +chr9 81583255 . A AGAGAAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,6:9,2:7,4 +chr9 81739537 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0029219;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:11,5:14,5 +chr9 82274114 . TAG T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.7557e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:8,8:11,4 +chr9 83612064 . AGT A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.6034e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:12,13:8,3 +chr9 85132495 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.2378e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:27,26:16,19:11,7 +chr9 85245751 . CA C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.7762e-07;SS=2;SSC=65;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,21:7,9:6,12 +chr9 85454708 . ATG A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,4:8,2:14,2 +chr9 85795856 . G GT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:8,4:2,1 +chr9 86031449 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,5:7,4:7,1 +chr9 86462953 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.119;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:8,1:18,3 +chr9 86808629 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0050488;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:12,7:10,3 +chr9 86948027 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0085139;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5 +chr9 88873077 . G GGA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,7:5,5:2,2 +chr9 89709437 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.04473;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:5,1:24,5 +chr9 89709444 . C CTT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10395;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,4:12,1:21,3 +chr9 89763019 . A AACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:10,3:5,2 +chr9 90622276 . T TCATA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0016804;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,15:9,5:12,10 +chr9 91744213 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0069996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,10:2,6:4,4 +chr9 92939400 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=6.5439e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:12,7:11,10 +chr9 94529740 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23366;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:7,1:2,3 +chr9 95683965 . T TA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00022877;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,11:9,7:15,4 +chr9 97729466 . A ATTTTTTTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,4:4,3:7,1 +chr9 100762761 . T TACAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029832;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:8,4:3,4 +chr9 100879022 . G GAAAAA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:4,3:1,1 +chr9 101495140 . GATTTTATATATATTATAT G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,1:4,4 +chr9 103169408 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.6294e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,18:5,7:6,11 +chr9 103557358 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0088148;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:16,5:2,3 +chr9 107096076 . C CGTGT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.010144;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,13:15,9:5,4 +chr9 107256003 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,4:2,1 +chr9 107561912 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,9:5,5:5,4 +chr9 108416311 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00015298;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:16,23:8,14:8,9 +chr9 109066452 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0019577;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:7,6:4,2 +chr9 109657938 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.029588;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:12,10:6,8:6,2 +chr9 110422681 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.24135;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,3:14,1 +chr9 111209287 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,4:9,2:12,2 +chr9 111551400 . GTT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.035343;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:14,4:2,1 +chr9 111580755 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010105;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:12,8:3,1 +chr9 111642052 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.1172;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:12,1:28,4 +chr9 112077499 . CTTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:12,2:3,2 +chr9 113264864 . C CAA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.03376;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,6:14,3:5,3 +chr9 114528246 . T TA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031133;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:13,7:10,5 +chr9 115953384 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.0078e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,18:8,6:8,12 +chr9 117108438 . A AACACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,5:5,3:4,2 +chr9 117986268 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,10:8,6:2,4 +chr9 119202281 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.2897e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:10,11:12,8 +chr9 120033961 . TTGTGTGTGTG T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00042941;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,17:11,12:7,5 +chr9 120351269 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=6.2631e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:19,15:9,7 +chr9 120495863 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17496;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2 +chr9 121826153 . A AAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,6:4,1 +chr9 122833485 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2 +chr9 122859252 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:5,6:5,2 +chr9 122860405 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,9:3,7:0,2 +chr9 124093281 . C CTG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028506;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:17,7:9,7 +chr9 124292992 . C A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.5627e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:18,12:11,7 +chr9 124670216 . CA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.042069;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:12,6:10,4 +chr9 125401768 . A T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.034336;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,8:25,2:24,6 +chr9 126850541 . A AT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:0,1:4,5 +chr9 126894705 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0022883;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,12:3,10:2,2 +chr9 128124186 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.3687e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:24,24:5,18:19,6 +chr9 129454508 . G GTGGTGGAGA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:9,4:0,0 +chr9 130140524 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=6.7374e-10;SS=2;SSC=91;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:22,26:10,13:12,13 +chr9 130542924 . C CGAGCGAGAGAGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14804;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,5:9,2:16,3 +chr9 131335733 . CCTTTCT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.053977;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,4:6,1 +chr9 131363925 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,7:3,6:1,1 +chr9 131430510 . TATAGATAG T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0096647;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:9,5:7,5 +chr9 131435307 . G GA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0094835;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:12,8:1,1 +chr9 131760905 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,7:8,4:3,3 +chr9 132964743 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,7:3,4:6,3 +chr9 133682710 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0017035;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:3,5:6,7 +chr9 134089610 . A AAAAT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.049775;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,11:12,6:16,5 +chr9 134847041 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.064403;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:17,1:12,3 +chr9 134945705 . G GAGGGCAGAGGGCAGAGGGCAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.031259;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,6:10,2:16,4 +chr9 135041240 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.3531e-09;SS=2;SSC=84;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,17:6,7:4,10 +chr9 136174238 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,4:9,1:5,3 +chr9 137001013 . TGACCTCGGGGGCGGCGA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15645;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,5:21,3:5,2 +chr9 137329978 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:0,1:4,1 +chr9 137401152 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013393;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:5,4:3,4 +chr9 137693588 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:1,1:18,3 +chr9 137824174 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=9.9241e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:14,5:3,6 +chr9 137861559 . TTTTTC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:6,2:7,4 +chr9 138029609 . CTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,10:1,7:5,3 +chr9 138203561 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,5:10,2:11,3 +chrX 2932395 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016632;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,2:7,4 +chrX 4067377 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=5.9538e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,9:0,2:0,7 +chrX 4067401 . TC T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0045249;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:0,1:3,5 +chrX 5378042 . GT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0028986;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:5,5:2,7 +chrX 5847356 . T G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=9.6148e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,10:1,3:0,7 +chrX 7279309 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,2:6,3 +chrX 8407352 . CTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:8,5:1,1 +chrX 9082385 . AG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,2:2,2 +chrX 9276951 . TTTTG T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2 +chrX 9413118 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.040535;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,7:9,1 +chrX 9414048 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:15,7:5,2 +chrX 10685877 . T TAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,9:3,5:2,4 +chrX 11005587 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=9.592e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,11:2,6:4,5 +chrX 16716483 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=3.1646e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:4,14:2,8:2,6 +chrX 16964812 . CG C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:1,3:16,1 +chrX 19345572 . TA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,4:5,2 +chrX 20810590 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=1.0776e-08;SS=2;SSC=79;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:1,14:0,6:1,8 +chrX 24882684 . G GGTGTGTGT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:1,2:0,3 +chrX 26157137 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=5.9414e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:2,19:1,10:1,9 +chrX 26320245 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.32086;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:17,1:14,3 +chrX 26543486 . C G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=6.8795e-09;SS=2;SSC=81;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:2,20:1,13:1,7 +chrX 28969902 . AAC A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037959;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,3:4,1 +chrX 34715810 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 +chrX 36133730 . C G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=1.744e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,12:4,7:1,5 +chrX 36618496 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=1.3684e-10;SS=2;SSC=98;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:0,16:0,9:0,7 +chrX 40246808 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,11:2,9:2,2 +chrX 40380891 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=3.1782e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:3,25:0,11:3,14 +chrX 42053561 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.00067304;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:2,4:2,4 +chrX 44165536 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=8.169e-12;SS=2;SSC=110;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:2,20:0,10:2,10 +chrX 44797121 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 +chrX 46893247 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=8.3047e-07;SS=2;SSC=60;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:3,14:1,8:2,6 +chrX 49060427 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:2,5:6,7 +chrX 52553396 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=1.7328e-12;SS=2;SSC=117;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:1,28:0,19:1,9 +chrX 52792095 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=2.1862e-11;SS=2;SSC=106;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:1,20:0,13:1,7 +chrX 53098050 . C CA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.043512;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:1,4:2,1 +chrX 57865071 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=7.6201e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,10:0,9:0,1 +chrX 71412123 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,2:1,2:0,0 +chrX 73548458 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:6,5:3,4 +chrX 73627137 . C CAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,8:1,7:0,1 +chrX 73729834 . AGAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,3:7,1 +chrX 75239816 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=1.0931e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:3,19:1,15:2,4 +chrX 77956726 . C CCTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:4,4:10,1 +chrX 79119133 . T TTGTGTG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,3:2,2 +chrX 79957198 . AGAGAGAGATG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,5:3,4:0,1 +chrX 83349506 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=2.4562e-09;SS=2;SSC=86;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:1,22:0,14:1,8 +chrX 83520862 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=1.6595e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:2,20:1,7:1,13 +chrX 83981200 . AAG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 +chrX 85257415 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=4.2733e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,15:0,5:1,10 +chrX 89835746 . A ATTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:0,1:5,1 +chrX 92910966 . C A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=8.3212e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:1,16:0,10:1,6 +chrX 92953345 . TTATATATATATA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.22704;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,7:4,4:5,3 +chrX 93761563 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=5.0332e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:24:2,22:1,9:1,13 +chrX 94633618 . TCTA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:6,4:1,3 +chrX 95970112 . C CTAAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,10:2,7:2,3 +chrX 98286045 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=2.5916e-11;SS=2;SSC=105;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:3,22:1,11:2,11 +chrX 100853261 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.22398;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:4,2:9,2 +chrX 109217384 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1 +chrX 118044433 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,4:0,0:0,4 +chrX 118585845 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=1.96e-11;SS=2;SSC=107;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,22:0,10:0,12 +chrX 118929560 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,3:4,2 +chrX 123434487 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=2.9781e-11;SS=2;SSC=105;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:0,18:0,10:0,8 +chrX 125161039 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00026653;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,14:3,11:3,3 +chrX 128814913 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,4:1,3:6,1 +chrX 130510191 . A ATGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:4,12:3,6:1,6 +chrX 133403133 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=2.1967e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:1,18:1,10:0,8 +chrX 134621444 . CA C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1 +chrX 137555032 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,1:3,3 +chrX 137664250 . T TTC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:1,1:10,4 +chrX 145503667 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=6.3565e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,11:2,6:2,5 +chrX 145548273 . CAAA C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chrX 145727300 . G GA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=2.1794e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:3,10:2,8:1,2 +chrX 147574832 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=1.9463e-12;SS=2;SSC=117;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:0,20:0,12:0,8 +chrX 148486637 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=6.7878e-08;SS=2;SSC=71;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,17:1,8:0,9 +chrX 151078786 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=2.1967e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:2,18:0,11:2,7 +chrX 151457070 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00041408;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:5,15:4,12:1,3 +chrX 151530151 . G GT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=2.2344e-08;SS=2;SSC=76;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:3,19:1,14:2,5 +chrX 155077213 . T TA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=9.4736e-09;SS=2;SSC=80;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:5,20:2,6:3,14 +chrY 3024501 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,3:4,1 +chrY 3075729 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03726;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,3:5,4 +chrY 3092641 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,2:13,2 +chrY 3299174 . G GT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.033408;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,2:7,4 +chrY 3489132 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.090128;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:17,3:12,3 +chrY 4766472 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=2.5454e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:2,16:1,8:1,8 +chrY 5416744 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=6.2541e-10;SS=2;SSC=92;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:1,20:0,8:1,12 +chrY 5658242 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,1:13,4 +chrY 5972856 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.01597;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:8,5:9,6 +chrY 8767437 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=4.2409e-12;SS=2;SSC=113;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:31:1,30:0,11:1,19 +chrY 9523481 . A C 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.01659;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:61,11:23,3:38,8 +chrY 9533996 . CAT C 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.028931;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:49,12:33,10:16,2 +chrY 10654088 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,5:3,4:4,1 +chrY 10963506 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=1.9269e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,12:0,3:0,9 +chrY 11097921 . G A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.042491;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:63,15:31,11:32,4 +chrY 11105770 . A G 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.043833;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:94,12:44,5:50,7 +chrY 11142922 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.042579;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:15,1:21,6 +chrY 11144433 . C G 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.004369;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:53,9:28,1:25,8 +chrY 11175863 . GC G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.042644;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:28,10:14,2 +chrY 11193832 . AGG A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.019378;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:20,6:17,2 +chrY 11203339 . G A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.035038;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:9,5:35,8 +chrY 11220150 . ATTT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.032993;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,11:9,5:11,6 +chrY 11223744 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.037331;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:46,13:23,10:23,3 +chrY 11236585 . A T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0029706;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:22,7:11,1 +chrY 11272437 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.048788;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:11,1:13,7 +chrY 11284353 . T C 0 PASS DP=444;GPV=1;SPV=0.038976;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:237:205,26:54,18:151,8 +chrY 11303581 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:1,3:1,2:0,1 +chrY 11347753 . T C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.035943;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:52,11:29,6:23,5 +chrY 11565379 . T A 0 PASS DP=525;GPV=1;SPV=0.042965;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:290:246,44:102,12:144,32 +chrY 11567195 . T A 0 PASS DP=233;GPV=1;SPV=0.017981;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:116,14:66,8:50,6 +chrY 11853987 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0015076;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,7:3,3 +chrY 13193942 . AAAT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0085545;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:4,8:6,7 +chrY 15108020 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=7.4782e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:1,14:1,7:0,7 +chrY 15163095 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,7:3,4:0,3 +chrY 20122203 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.032417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:11,6:1,2 +chrY 20126331 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.039018;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,8:5,2 +chrY 20137261 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00020969;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:16,14:11,6 +chrY 20349541 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.23142;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:18,4:22,2 +chrY 26647432 . T A 0 PASS DP=295;GPV=1;SPV=0.017142;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:156,21:95,18:61,3 +chrY 26668102 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.085726;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:7,2:20,3 +chrY 26670121 . T A 0 PASS DP=1393;GPV=1;SPV=0.017933;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:791:697,94:407,45:290,49 +chrY 26672403 . G T 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.047949;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:57,14:31,10:26,4 +chrY 56677373 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.048559;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:48,6:1,1:47,5 +chrY 56745054 . A G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.046999;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:87,12:53,7:34,5 +chrY 56767649 . G A 0 PASS DP=601;GPV=1;SPV=0.0014573;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:345:282,63:33,3:249,60 +chrY 56828396 . T G 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.042377;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:79,12:54,6:25,6 +chrY 56835356 . TATTCCACTCCACTCCACTCCAGTAC T 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.0064908;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:105,28:59,18:46,10 +chrY 56835388 . C T 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.0035919;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:88,28:47,21:41,7 +chrY 56852614 . T G 0 PASS DP=323;GPV=1;SPV=0.0091544;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:141,25:80,13:61,12 +chrY 56871315 . AT A 0 PASS DP=575;GPV=1;SPV=0.027352;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:310:269,41:132,19:137,22 +chrY 56878251 . G GCACACACACA 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.048489;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:136,26:76,16:60,10 +chrY 56879311 . T C 0 PASS DP=491;GPV=1;SPV=0.033825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:267:234,32:124,17:110,15
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/GH_levels.tab Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -0,0 +1,2 @@ +G.vcf lung +H.vcf ovary
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/H.vcf Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -0,0 +1,5750 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> +##reference=hg38 +##source=varscan.py +##contig=<ID=chr1,length=248956422> +##contig=<ID=chr10,length=133797422> +##contig=<ID=chr11,length=135086622> +##contig=<ID=chr12,length=133275309> +##contig=<ID=chr13,length=114364328> +##contig=<ID=chr14,length=107043718> +##contig=<ID=chr15,length=101991189> +##contig=<ID=chr16,length=90338345> +##contig=<ID=chr17,length=83257441> +##contig=<ID=chr18,length=80373285> +##contig=<ID=chr19,length=58617616> +##contig=<ID=chr2,length=242193529> +##contig=<ID=chr20,length=64444167> +##contig=<ID=chr21,length=46709983> +##contig=<ID=chr22,length=50818468> +##contig=<ID=chr3,length=198295559> +##contig=<ID=chr4,length=190214555> +##contig=<ID=chr5,length=181538259> +##contig=<ID=chr6,length=170805979> +##contig=<ID=chr7,length=159345973> +##contig=<ID=chr8,length=145138636> +##contig=<ID=chr9,length=138394717> +##contig=<ID=chrM,length=16569> +##contig=<ID=chrX,length=156040895> +##contig=<ID=chrY,length=57227415> +##filter="SOMATIC" +##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> +##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> +##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> +##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> +##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> +##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> +##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> +##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> +##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> +##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> +##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> +##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> +##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> +##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> +##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> +##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> +##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> +##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> +##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> +##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> +##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> +##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> +##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> +##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> +##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> +##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> +##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> +##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> +##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> +##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR +chr1 101393 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.044769;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:25,2:5,7 +chr1 131552 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 +chr1 181481 . A AG 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0027902;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:20,15:13,12:7,3 +chr1 202670 . C G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr1 288242 . G C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,4:2,2 +chr1 992992 . GA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,4:6,2:12,2 +chr1 992995 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,2:15,2 +chr1 993003 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,2:14,2 +chr1 993004 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,2:12,2 +chr1 1124108 . CACACACCTGCGCACACCACTGCAT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,7:6,1 +chr1 1146234 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.9644e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:10,8:12,6 +chr1 1351361 . G C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr1 1641642 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.20263;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,1:8,4 +chr1 1985120 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00046276;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:6,5:19,5 +chr1 2617426 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,7:3,6:5,1 +chr1 2671975 . G A 0 PASS DP=321;GPV=1;SPV=0.026206;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:148,20:69,10:79,10 +chr1 2696836 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0094843;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:8,5:1,6 +chr1 2845230 . A AACAAAAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0016992;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,9:4,5:4,4 +chr1 3223178 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00072552;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,18:6,7:4,11 +chr1 3868659 . GCCACA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:7,4:4,3 +chr1 4398515 . C CGTGTGTGTGT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.019548;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,7:6,4:4,3 +chr1 5631298 . C CAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.042767;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,7:10,6:9,1 +chr1 6275712 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.015395;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:15,4:2,3 +chr1 6570444 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02776;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:16,7:2,3 +chr1 7139230 . ATATATATT A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.071412;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,5:18,3:15,2 +chr1 7492741 . A ACGTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:8,4:7,3 +chr1 8121082 . GTGGCATGAACACTGATTT G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00018017;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,4:9,5 +chr1 8239060 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:6,2:2,2 +chr1 8601626 . C CCACA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,6:4,4:1,2 +chr1 8861880 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.038543;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,13:13,6:10,7 +chr1 8901204 . T TTTTTA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,1:14,3 +chr1 9099655 . G GGCCAGTGCAGATCTGCAAGTCAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 +chr1 9379767 . GGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,5:12,2:3,3 +chr1 9634149 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,4:8,3:2,1 +chr1 10199513 . A AG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:7,4:11,1 +chr1 10228364 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:19,5:10,3:9,2 +chr1 10235862 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,8:0,7:4,1 +chr1 10918938 . ATTT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,12:5,7:1,5 +chr1 10987386 . A AAGAAAGAAAG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0056131;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,8:9,2 +chr1 11854533 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,4:3,2:6,2 +chr1 12174172 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.064803;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,6:7,1:19,5 +chr1 12888972 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:2,1:5,8 +chr1 13149557 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 +chr1 13169757 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,3:8,1 +chr1 13701438 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=3.4807e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:10,9:7,6 +chr1 14133379 . AAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.22807;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:5,2:6,2 +chr1 14348051 . A ATTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,13:2,9:4,4 +chr1 15580201 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,4:3,2 +chr1 15595170 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:16,1:10,4 +chr1 15971476 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,4:13,1:12,3 +chr1 16426583 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 +chr1 16509814 . G T 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.0081452;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:100,18:26,8:74,10 +chr1 16547745 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0026193;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,3:6,5 +chr1 16606288 . G C 0 PASS DP=311;GPV=1;SPV=0.0016457;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:175:141,34:81,12:60,22 +chr1 16622717 . C T 0 PASS DP=308;GPV=1;SPV=0.012902;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:153,24:73,16:80,8 +chr1 16624955 . A AAG 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.011056;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:75,14:33,5:42,9 +chr1 16633203 . G A 0 PASS DP=359;GPV=1;SPV=0.017651;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:182,28:101,17:81,11 +chr1 16634406 . TGTGTGTGTGTGC T 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.011244;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:102,12:49,4:53,8 +chr1 16644389 . T C 0 PASS DP=389;GPV=1;SPV=0.02049;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:195,26:127,14:68,12 +chr1 16650688 . C T 0 PASS DP=271;GPV=1;SPV=0.014354;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:127,24:65,12:62,12 +chr1 16681062 . T C 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:78,11:45,5:33,6 +chr1 16694826 . G A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.022123;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:103,21:46,11:57,10 +chr1 16698874 . T G 0 PASS DP=250;GPV=1;SPV=0.0018208;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:107,33:53,15:54,18 +chr1 16699684 . C G 0 PASS DP=280;GPV=1;SPV=0.046587;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:133,22:75,16:58,6 +chr1 16701595 . C T 0 PASS DP=272;GPV=1;SPV=0.049711;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:119,24:50,12:69,12 +chr1 16709200 . C T 0 PASS DP=251;GPV=1;SPV=0.00279;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:113,32:61,17:52,15 +chr1 16709246 . C T 0 PASS DP=240;GPV=1;SPV=0.039109;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:117,18:69,11:48,7 +chr1 16714068 . A G 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.047562;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:129,24:68,9:61,15 +chr1 16716376 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.030879;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:18,3:16,7 +chr1 16752059 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:20,4:1,0 +chr1 16760970 . G A 0 PASS DP=291;GPV=1;SPV=0.041885;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:129,21:72,9:57,12 +chr1 16874735 . CA C 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.013765;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:69,11:33,7:36,4 +chr1 16874979 . C T 0 PASS DP=393;GPV=1;SPV=0.040233;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:209:185,24:117,16:68,8 +chr1 17134599 . G GCACACA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.043639;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:9,5:18,6 +chr1 17359299 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.0564e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:4,3:9,9 +chr1 18304726 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.075302;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:14,3:17,2 +chr1 19132605 . T TAAAAAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,4:7,1 +chr1 19528188 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1 +chr1 19653115 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=4.9593e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:11,24:9,17:2,7 +chr1 20815669 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11664;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:6,1:19,4 +chr1 20831279 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.016096;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:15,4:12,6 +chr1 21406937 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.2103;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,2:15,2 +chr1 22336661 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0038123;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:10,2:1,5 +chr1 22790608 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00074026;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:10,7:15,3 +chr1 23256758 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020884;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,9:5,2:11,7 +chr1 23392474 . A AATAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,2:5,1:0,1 +chr1 23392494 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.057792;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,1:0,2 +chr1 23484632 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:2,3:8,7 +chr1 24975159 . A AGACGGAAGGAAGGAAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,5:4,2 +chr1 26552386 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,5:3,1 +chr1 27167737 . TC T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.095143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:22,1:13,3 +chr1 29493274 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00013472;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:13,9:14,9 +chr1 30780180 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:4,4:5,2 +chr1 31252104 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.031089;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,5:13,1:11,4 +chr1 31252107 . A ACAAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.074163;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,4:15,1:12,3 +chr1 31270360 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00071539;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:13,4:9,6 +chr1 31894583 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.015475;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:9,6:2,3 +chr1 32094117 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:5,4:4,1 +chr1 33598665 . GT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.043842;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:10,4:2,2 +chr1 33679199 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0022121;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,13:2,11:3,2 +chr1 33923868 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0019889;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:10,6:16,4 +chr1 35800326 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,4:11,3:14,1 +chr1 36158141 . CA C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.028132;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:15,1:7,4 +chr1 36403222 . TTA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,2:1,1:1,1 +chr1 36546905 . GAAAAAGAA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.28552;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,4:18,3:4,1 +chr1 37772399 . A AAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00061022;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,10:2,6:4,4 +chr1 37963872 . T TAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:1,2:4,3 +chr1 39530887 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0016908;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:10,12:1,1 +chr1 40393541 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:7,4:1,2 +chr1 40557103 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr1 41438047 . T TA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0011293;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:1,9:4,2 +chr1 42183978 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00045819;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:7,7:11,11 +chr1 42214496 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.038206;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:17,2:10,4 +chr1 42864327 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:11,4:1,0 +chr1 43112481 . TTTTTTTTG T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.009224;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,6:4,3 +chr1 43744652 . C CAATAAATAAATAAATAAATA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.31126;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,4:20,1:10,3 +chr1 44259924 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.10026;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:18,4:15,1 +chr1 45223857 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:19,1:8,3 +chr1 46177374 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036704;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,1:14,3 +chr1 46855143 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.045774;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:18,5:17,3 +chr1 53037879 . TAC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,5:4,3 +chr1 53136668 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,5:5,3:8,2 +chr1 53592384 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.022863;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:19,1:19,6 +chr1 54165021 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:4,3:2,2:2,1 +chr1 54382985 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,5:12,4:9,1 +chr1 54411478 . G GA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0081016;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,12:3,7:8,5 +chr1 54663700 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.10033;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,2:18,2 +chr1 54691803 . A AGTGT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0027765;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:1,2:5,6 +chr1 54819812 . TTTTC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:0,0:11,4 +chr1 55480421 . T G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=9.0495e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:22,18:7,9:15,9 +chr1 55910573 . ATAAGATGCATGTATT A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0013988;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:17,8:10,7 +chr1 56347475 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0026904;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:10,5:11,4 +chr1 58266064 . G C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0066857;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:8,2:13,5 +chr1 58323924 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0075295;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:10,6:3,1 +chr1 60409766 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.17449;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:8,1:13,4 +chr1 60637754 . A AGAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.10815;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,6:17,4:13,2 +chr1 61059586 . G GT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011765;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,12:5,9:6,3 +chr1 61432644 . C CACAT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 +chr1 61432652 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,1:6,3 +chr1 63402460 . A AT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:7,5:1,1 +chr1 64239080 . G GGAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:7,1:1,4 +chr1 64268661 . C CAAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.018299;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,9:9,5:13,4 +chr1 65571808 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,2:2,2 +chr1 67014670 . G GT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,8:3,7:4,1 +chr1 67252804 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037022;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,8:10,7:8,1 +chr1 68745664 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,6:3,1 +chr1 69094454 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01018;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:7,8:11,3 +chr1 69942897 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0040177;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:15,5:15,5 +chr1 73575232 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0026395;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:14,6:8,2 +chr1 75266318 . T TACACACACAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.02769;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,3:9,5 +chr1 75773098 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.5927e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,6:4,5 +chr1 75836453 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0005577;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:13,5:13,6 +chr1 78797746 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.014047;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:14,9:4,4 +chr1 79104840 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.088975;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:15,1:19,4 +chr1 79281755 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.0494e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:10,8:13,6 +chr1 79784600 . C CTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.20979;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,3:4,1 +chr1 80496447 . CA C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.04376;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:20,3:16,3 +chr1 81777283 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.085385;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,2:18,2 +chr1 82736650 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,12:2,4:6,8 +chr1 83390878 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.045034;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:16,2:16,8 +chr1 84993619 . CTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2 +chr1 84993787 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11923;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,3:20,1 +chr1 84993795 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.093615;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:13,3:22,2 +chr1 86216519 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:9,3:6,1 +chr1 86445356 . C CTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.029349;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,4:7,4 +chr1 87832685 . ATGTGTG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:3,3:3,1 +chr1 89312748 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00013643;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:14,6:10,9 +chr1 89379349 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:40:1,3:1,2:0,1 +chr1 89450419 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,4:10,2:18,2 +chr1 90643880 . T TTCTTTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,6:11,2:10,4 +chr1 91212539 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2 +chr1 91991991 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,12:7,11:1,1 +chr1 92395635 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,10:4,7:6,3 +chr1 93381633 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,4:4,2:8,2 +chr1 93753543 . TACAC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,10:4,6:3,4 +chr1 93920959 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.18182;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:3,2:3,1:0,1 +chr1 94538288 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.7596e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:12,11:11,6 +chr1 95033400 . TAC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:17,1:12,3 +chr1 95569922 . CTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:8,2:4,2 +chr1 95942371 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:5,8:8,4 +chr1 96265847 . T TAA 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.015722;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:17,4:15,5 +chr1 96265872 . T TAA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.048018;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:15,3:18,3 +chr1 96265897 . T TA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1672;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:15,1:18,3 +chr1 98202738 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.03094;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,6:8,3:9,3 +chr1 98219836 . G GTCTA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00021044;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,11:9,6:1,5 +chr1 98277222 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=8.6637e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,6:8,4 +chr1 99087969 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:13,2:7,3 +chr1 99088005 . GGAAGGAAA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083817;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 +chr1 100757864 . G GTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,5:5,4:6,1 +chr1 101132132 . CATAT C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,4:10,2:9,2 +chr1 101242014 . T G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,3:12,1 +chr1 101629378 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017056;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:2,4:8,3 +chr1 102336800 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0071577;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:8,3:10,7 +chr1 102336801 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0027895;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,3:11,7 +chr1 102774230 . A ACG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.16084;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:15,3:7,2 +chr1 103296396 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:17,2:9,2 +chr1 103296399 . CT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2 +chr1 103361403 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0018037;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,9:1,7:3,2 +chr1 103903581 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.14256;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1 +chr1 104507984 . G C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0028145;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:2,4:2,2 +chr1 108180627 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0063215;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,6:5,1 +chr1 108765591 . T TTTTTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.051628;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,10:10,2:8,8 +chr1 108956882 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.096154;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:4,3:0,0 +chr1 109799145 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0004629;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:12,7:10,4 +chr1 109865700 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.021438;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:19,5:11,1 +chr1 110680507 . GTTT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:2,2:6,2 +chr1 110710259 . G GA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0076326;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:8,8:5,3 +chr1 111010823 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,3:9,1 +chr1 112670362 . C CTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.056741;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,7:2,1 +chr1 113070496 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2 +chr1 114713908 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00088132;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:13,4:5,5 +chr1 116631317 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0023627;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:10,7:2,2 +chr1 116787614 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00027215;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:9,6:15,5 +chr1 116936521 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0018869;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:11,4:12,3 +chr1 117804204 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.022967;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,7:1,4:2,3 +chr1 119093474 . A ATACTAGATTATAGTGGGCTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.011304;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:9,6:9,6 +chr1 120388912 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:9,2:17,2 +chr1 120651747 . TTATATATATATA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:8,2:7,2 +chr1 120667417 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.29549;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,2:14,2 +chr1 120751114 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:0,2:5,6 +chr1 120875225 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0054352;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:17,13:10,4 +chr1 120894049 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.079656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:9,1:18,3 +chr1 121106049 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.041446;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:18,8:18,2 +chr1 121261263 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 +chr1 121540803 . GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 +chr1 121683492 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.01255;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:11,10:19,5 +chr1 121817841 . C A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0047429;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:34,16:21,11:13,5 +chr1 121818090 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.015065;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:13,7:7,5 +chr1 121841329 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.05132;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:1,0:12,4 +chr1 122073628 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr1 122130689 . C T 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.034173;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:48,14:9,4:39,10 +chr1 122140191 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 +chr1 122211581 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.026676;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:11,3:3,2 +chr1 122777707 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.15567;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:33,4:0,0 +chr1 122777712 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.15343;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:36,4:0,0 +chr1 123438511 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr1 123674920 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 +chr1 124805293 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1 +chr1 124805315 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,3:8,1 +chr1 124816173 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.019316;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,7:8,3 +chr1 124829525 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.010211;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:27,10:3,2 +chr1 124847703 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.40407;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,1:17,3 +chr1 124864436 . A G 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.015835;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:60,15:57,14:3,1 +chr1 124886925 . C A 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.0073143;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:91,14:55,11:36,3 +chr1 124904278 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.047927;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:2,2:34,4 +chr1 124937130 . T C 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:29,7:24,1 +chr1 143217372 . G A 0 PASS DP=12153;GPV=1;SPV=7.3112e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:6716:5967,679:2289,208:3678,471 +chr1 143219159 . T G 0 PASS DP=6082;GPV=1;SPV=0.0015091;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:3598:3201,394:848,79:2353,315 +chr1 143221432 . C G 0 PASS DP=2929;GPV=1;SPV=0.0058024;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:1839:1627,206:612,25:1015,181 +chr1 143238836 . A G 0 PASS DP=624;GPV=1;SPV=0.012636;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:379:312,39:185,33:127,6 +chr1 143286130 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:1,1:11,3 +chr1 143286145 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,1:10,3 +chr1 143341813 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.032618;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:14,2:6,4 +chr1 143548981 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0018005;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:8,4:11,9 +chr1 143712484 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:5,4:3,2:2,2 +chr1 144105070 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr1 144139172 . GTCATT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:15,4:0,1 +chr1 144140974 . CTCATCTCATT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 +chr1 144809977 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.036364;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 +chr1 144826218 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1 +chr1 144979925 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.053176;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:27,1:19,6 +chr1 145216558 . T TA 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.06166;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:30,3:19,3 +chr1 145259609 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.018299;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:16,8:14,5 +chr1 145459639 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:6,2:21,2 +chr1 145509861 . GC G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.03376;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:12,5:7,1 +chr1 145509867 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.041933;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:14,5:7,1 +chr1 146132649 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr1 146367117 . C CAAATAAAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,1:5,3 +chr1 146471895 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,2:4,1:2,1 +chr1 146814489 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:7,3:4,6 +chr1 146822050 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,7:0,5:4,2 +chr1 146898337 . GA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 +chr1 146978456 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.095044;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:11,4:16,1 +chr1 147059346 . GAGAA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0066512;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,8:7,4 +chr1 147314778 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0078195;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:13,10:5,3 +chr1 147820458 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.3888e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:16,12:9,9 +chr1 148102043 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.033201;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:9,1:28,4 +chr1 148109008 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:7,2:21,2 +chr1 148471265 . T TACACAC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,4:15,2:11,2 +chr1 148631544 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,1:5,3 +chr1 148950409 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.015249;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:56,12:21,5:35,7 +chr1 149080154 . C G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.0068761;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:11,2:31,14 +chr1 149370784 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0091476;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,7:7,5:8,2 +chr1 149564326 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.029368;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,2:7,5 +chr1 149653495 . A ATGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,3:9,1 +chr1 149676655 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.01473;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:10,9:14,1 +chr1 149709540 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0021542;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:14,6:15,8 +chr1 150023512 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.1624e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:10,9:12,7 +chr1 150260751 . G GAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:1,3:4,2 +chr1 150879491 . T TA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,3:2,1 +chr1 150898932 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.099229;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:16,1:10,4 +chr1 150898935 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,1:7,4 +chr1 151148183 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0021064;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:19,6:12,6 +chr1 151600630 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0369;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:8,1:18,6 +chr1 151725107 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:1,5:3,1 +chr1 151758506 . AAG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.039385;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:5,6:16,6 +chr1 151758508 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,5:3,1:14,4 +chr1 152289480 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.17398;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:19,2:15,2 +chr1 152774068 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=4.1835e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:8,9:11,6 +chr1 153169283 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00014469;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:9,5:16,7 +chr1 153709363 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.1506e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:9,7:7,6 +chr1 155204585 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.040363;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:7,8:12,3 +chr1 155517793 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 +chr1 155617244 . C CAGGCTCATGGAGGTTCCTGTCTGGGGT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.031538;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,2:9,6 +chr1 155858636 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:10,3:6,1 +chr1 156292376 . AGTGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0079921;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,11:6,7:7,4 +chr1 157165238 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,4:1,1:2,3 +chr1 157340218 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:3,4:4,1 +chr1 157665600 . C CTCTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0033296;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:4,3:12,4 +chr1 157984180 . TC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.22942;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,2:17,2 +chr1 159957140 . C CAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,4:0,3:0,1 +chr1 160318480 . AAAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:6,4:6,5 +chr1 160828888 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14559;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,5:9,1:3,4 +chr1 161055918 . A ATAT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:13,4:4,2 +chr1 161055927 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.059981;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,4:8,2 +chr1 161055929 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:14,4:8,2 +chr1 161055935 . T TATA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033935;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,7:6,2 +chr1 161187944 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,3:3,1 +chr1 161423322 . TG T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011679;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,7:7,1 +chr1 161558554 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.025171;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:19,2:13,11 +chr1 162124506 . TG T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.1916;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:25,3:18,2 +chr1 162485998 . A AT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.024807;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,6:8,3 +chr1 164978035 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:8,5:1,1 +chr1 165103400 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:2,1:5,7 +chr1 165350173 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0015905;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,9:1,8:1,1 +chr1 165596298 . ATT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10288;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:14,4:0,2 +chr1 166203242 . G GCT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037811;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:5,3:10,8 +chr1 167801285 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0088119;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,12:8,6:6,6 +chr1 168158595 . TA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0047847;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:1,3:3,2 +chr1 169478523 . ATT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,2:7,5 +chr1 169490735 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:9,5:1,1 +chr1 170244419 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.308e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:12,7:13,7 +chr1 174833402 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,2:6,2 +chr1 175030281 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0001697;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:13,8:14,5 +chr1 176454837 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0017779;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,5:11,6 +chr1 178695649 . T TA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.027239;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,9:11,4:8,5 +chr1 179040690 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0064207;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:11,3:4,9 +chr1 179287327 . T TAGAAAGAAAGAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,8:6,7:3,1 +chr1 180287409 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:8,3:4,2 +chr1 180514584 . GA G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,5:2,1 +chr1 180680357 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1182;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:13,2:7,4 +chr1 181210081 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0011498;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:15,6:11,5 +chr1 181893628 . A AGT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,11:8,6:2,5 +chr1 182174861 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0018511;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,8:0,6:2,2 +chr1 182868520 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,3:8,1 +chr1 182977144 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018873;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 +chr1 183229635 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.13206;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:17,5:7,1 +chr1 184414221 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00037035;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:16,7:19,7 +chr1 185225693 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.033417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:18,2:15,3 +chr1 186263030 . CATAATAATA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:12,3:1,3 +chr1 186750129 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00016884;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:7,6:18,5 +chr1 187827169 . G GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,10:8,7:3,3 +chr1 191414328 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.035498;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:16,2:20,3 +chr1 194082117 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.014019;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:15,5:18,2 +chr1 194151542 . CTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.008238;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,10:4,7:4,3 +chr1 194743209 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.083396;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:10,1:10,5 +chr1 194978296 . T G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00059684;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:11,6:20,4 +chr1 195243063 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.4904e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:8,8:13,7 +chr1 196714701 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:3,5:0,1 +chr1 196903286 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00035641;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:13,5:11,10 +chr1 199886021 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0002204;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,17:7,7:4,10 +chr1 199912436 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,4:11,1:5,3 +chr1 200014606 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.3618e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:10,10:16,5 +chr1 200094182 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.079987;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:15,2:14,3 +chr1 200587301 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0041401;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,4:9,4 +chr1 200689150 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.014419;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:5,2:15,6 +chr1 201269186 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00099051;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:14,4:14,5 +chr1 202231821 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0069077;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:13,5:14,2 +chr1 202986372 . CAAAA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,6:7,5:5,1 +chr1 203973992 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.028362;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,3:13,2 +chr1 204597995 . GT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:9,2:6,2 +chr1 204754578 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0035259;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,5:7,4 +chr1 205538068 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0045484;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,7:12,4 +chr1 207359516 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,10:1,7:4,3 +chr1 207515162 . CATATATAGGTATATACATATAT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039984;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:18,5:8,5 +chr1 207617598 . TATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2 +chr1 207796695 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,4:9,1:11,3 +chr1 209075904 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:0,4:0,4:0,0 +chr1 210450294 . T TG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0048875;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,5:4,5 +chr1 210502383 . C CAAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,5:3,3:3,2 +chr1 211462755 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,5:11,3 +chr1 211700176 . A AGAAG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,6:4,4:9,2 +chr1 212235662 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00034731;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,5:9,4 +chr1 212253698 . C CAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015677;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,8:9,7:6,1 +chr1 212891303 . TTGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAATC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0095284;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:7,4:12,5 +chr1 213702553 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0013541;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:12,8:19,6 +chr1 213798182 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0091975;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:14,5:18,3 +chr1 214569915 . TGATAGATA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:1,4:0,0:1,4 +chr1 214869483 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.29596;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:12,1:8,2 +chr1 214988039 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,10:5,3:8,7 +chr1 215037002 . C CTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0043848;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:5,6:10,4 +chr1 215510953 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00032467;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,6:12,5 +chr1 215740118 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=8.0199e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:5,5:12,10 +chr1 216586581 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:5,2:3,2 +chr1 216658848 . AAGAAGAGAAGAGAAG A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,7:5,3:7,4 +chr1 217611387 . GCTTCA G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00024118;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:17,15:6,8 +chr1 218026763 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.001482;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,11:3,9:4,2 +chr1 218643556 . A AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,5:3,5 +chr1 219698217 . TCGCGCGCG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:0,2:0,2:0,0 +chr1 219942272 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.065183;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:26,4:12,3 +chr1 221173349 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0079853;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,2:5,4 +chr1 221545261 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.4407e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,17:10,8:15,9 +chr1 221877823 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.010459;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,4:7,3 +chr1 222175243 . G GTTTATTTATTTA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.035881;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:12,8:15,2 +chr1 222464470 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11553;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:12,2:11,3 +chr1 222492235 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0099688;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,5:13,3 +chr1 223937919 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0070449;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:4,6:6,4 +chr1 224588968 . G GTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:11,3:6,1 +chr1 224735880 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.0437e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:9,6:14,8 +chr1 226176429 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:10,2:4,2 +chr1 227457651 . A ATTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,10:3,5:3,5 +chr1 229060485 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.087068;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:12,1:20,4 +chr1 230640922 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0053746;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:5,7:5,3 +chr1 230768045 . T TA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,4:13,1:8,3 +chr1 231024914 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:4,4:4,1 +chr1 231045947 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,2:0,1:1,1 +chr1 231532131 . AACACACACACACACACACACACACACAC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0087495;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:4,4:3,5 +chr1 231615387 . TTC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.038146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,4:8,4 +chr1 232386566 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00036492;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:9,6:18,4 +chr1 233318563 . C CTTTTTCTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 +chr1 234779794 . C T 0 PASS DP=286;GPV=1;SPV=0.036448;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:133,24:70,13:63,11 +chr1 235452548 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,2:4,1:3,1 +chr1 235619159 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:7,2:5,2 +chr1 235877855 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.051826;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:10,4:7,2 +chr1 236094275 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:5,5:1,1 +chr1 237070031 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.022366;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,9:9,7:5,2 +chr1 237623359 . G GTTTCTTTCTTTCTTTGTTTGTTTC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 +chr1 240993117 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.37564;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,4:12,4:0,0 +chr1 242394382 . G GTA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0011874;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:6,7:12,4 +chr1 242421072 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.033818;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:16,5:10,3 +chr1 242795319 . T TTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020884;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:11,1:5,8 +chr1 242807126 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0053235;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,5:7,1 +chr1 242945390 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:6,4:0,0 +chr1 243108698 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.04053;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,3:2,5 +chr1 243422206 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.5999e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:9,10:13,6 +chr1 243910533 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.014788;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:13,3:17,4 +chr1 244357228 . T TTACTTTCTAATGAGGGCAGGG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.029963;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,1:6,9 +chr1 244664020 . G GA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:6,6:4,1 +chr1 244962517 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.28876;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,4:16,2:9,2 +chr1 245244756 . T TCACACA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0026087;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,14:4,10:1,4 +chr1 245408349 . CTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.070365;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,3:9,4 +chr1 246137147 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=7.0323e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:7,8:8,7 +chr1 246233552 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,2:3,2 +chr1 246276021 . G GT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0073497;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,2:13,7 +chr1 246546312 . T TAAAAAAAGAAAAAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.041497;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:8,7:7,1 +chr1 247170154 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,6:4,1 +chr1 248445024 . CTT C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.075568;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:24,1:11,3 +chr1 248474970 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,3:11,1 +chr1 248553696 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:11,4:5,2:6,2 +chr1 248566888 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.024262;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:11,4:12,5 +chr1 248646853 . TATAA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:16,3:3,2 +chr1 248933423 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15761;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:23,1:12,3 +chr10 39740 . G C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,1:7,4 +chr10 264916 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 +chr10 384271 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:8,4:2,3 +chr10 1987672 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10396;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:9,2:16,3 +chr10 2164519 . T TA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.039018;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,6:4,4 +chr10 2252824 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0003089;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:7,6:18,6 +chr10 2354136 . CATAT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042556;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,3:7,4 +chr10 2423901 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0032719;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:4,5:11,8 +chr10 3062566 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,2:4,6 +chr10 3597990 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,6:0,4:6,2 +chr10 5842915 . C CAAAT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.011265;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,7:11,3 +chr10 5957593 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:4,4:4,1 +chr10 6302379 . T G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:1,3:6,1 +chr10 6960037 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00024732;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:12,4:13,10 +chr10 7228730 . TCTTTCCTTTC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:9,3:9,1 +chr10 7634088 . C CAAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011294;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:9,6:5,1 +chr10 7988572 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,3:4,1 +chr10 8268931 . T TA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:3,4:6,2 +chr10 8268957 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 +chr10 8471423 . G GTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0094549;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,7:3,5:8,2 +chr10 8536317 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,4:17,1:5,3 +chr10 11628933 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:10,3:2,1 +chr10 12056448 . A ATTTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.17217;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:4,3:5,2 +chr10 13136505 . C CAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,4:9,3:3,1 +chr10 13290115 . CAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:7,7:1,1 +chr10 13750073 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.14038;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:19,6:8,1 +chr10 13884103 . A AAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023137;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:7,8:8,2 +chr10 15037580 . C CAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.029599;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,8:8,6:13,2 +chr10 15135203 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031709;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:15,4:14,4 +chr10 15749660 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:11,2:5,3 +chr10 15827176 . TA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,10:5,8:3,2 +chr10 16955374 . CAAAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1 +chr10 17379320 . A AGAAGAGGAGAGGG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:15,8:3,2 +chr10 17474821 . G GT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0054674;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:5,9:6,1 +chr10 17762616 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,3:1,2:4,1 +chr10 18499807 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.04473;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:15,3:14,3 +chr10 19238757 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,5:2,3 +chr10 20333222 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,5:3,4:12,1 +chr10 20348042 . CCA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,10:5,5:0,5 +chr10 21382464 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:5,9:6,2 +chr10 22197222 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.029097;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,12:11,8:6,4 +chr10 22198049 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.025362;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,4:5,3 +chr10 23134573 . G GAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,4:6,3:10,1 +chr10 23817962 . CAT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:4,2:2,2 +chr10 25241316 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,1:12,3 +chr10 25450826 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0017392;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:12,5:12,5 +chr10 26333448 . CTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:9,4:4,1 +chr10 26432529 . A AAAAATAAAAT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.013387;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,7:1,4:7,3 +chr10 27442949 . ATATACATG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.021198;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:13,6:9,1 +chr10 27442960 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.014495;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,7:10,6:9,1 +chr10 28460077 . C CTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:3,2:3,4 +chr10 28541417 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:4,6:7,1 +chr10 28541419 . TG T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.083772;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:7,3:8,4 +chr10 29003220 . AT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0025933;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:7,6:11,5 +chr10 29003240 . TTA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.028014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:8,4:9,4 +chr10 29003243 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:6,4:9,3 +chr10 29702175 . C CAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:6,2:3,2 +chr10 30037934 . T TAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,5:5,4 +chr10 30230380 . G GT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,7:3,5:0,2 +chr10 30349279 . T TA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:4,5:3,1 +chr10 30431035 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.044393;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:14,4:16,3 +chr10 30431036 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025513;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:14,5:16,3 +chr10 30611566 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.016716;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:10,5:3,1 +chr10 30626969 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.049127;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,1:11,3 +chr10 30650858 . C CAAATAAATAAAT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00021441;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,11:0,4:5,7 +chr10 30661198 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011004;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,3:7,7 +chr10 30739448 . AAG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035509;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,10:15,7:1,3 +chr10 31675541 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0022464;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:17,6:15,5 +chr10 31980130 . TAGATAGGA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0035849;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:11,5:5,9 +chr10 32649442 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.6015e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:11,6:8,11 +chr10 33837987 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.001508;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:11,7:18,4 +chr10 33842853 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040465;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,8:10,3:8,5 +chr10 33864862 . TCA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.029588;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,11:10,9:2,2 +chr10 35861759 . C G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00014249;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:9,8:7,5 +chr10 37214540 . G GTA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014023;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,4:7,6 +chr10 37961857 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0036228;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,18:12,6:4,12 +chr10 38623792 . C CA 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.01031;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:22,5:13,5 +chr10 38646573 . T A 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.042626;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:74,16:40,8:34,8 +chr10 38655361 . AG A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.0077239;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,16:15,4:29,12 +chr10 38719714 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.052773;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:19,4:13,1 +chr10 38886532 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.037012;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:10,6:9,1 +chr10 38961421 . G A 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.027722;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:63,9:35,4:28,5 +chr10 39160804 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0014612;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:17,6:23,9 +chr10 39468920 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,4:5,1 +chr10 39576813 . C T 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.044303;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:100,20:54,11:46,9 +chr10 39999510 . T C 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.013792;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:113,13:66,4:47,9 +chr10 40412289 . T G 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.019829;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:97,21:60,7:37,14 +chr10 40483815 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.04926;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:30,10:0,1 +chr10 40545213 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048244;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:12,5:15,1 +chr10 40586508 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.011161;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:37,17:4,2:33,15 +chr10 40593167 . T TG 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.11654;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:13,1:25,4 +chr10 40595283 . T G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.013497;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:34,11:5,1 +chr10 40607366 . C G 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.025414;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:141:116,25:98,23:18,2 +chr10 41175698 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.014021;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:5,4:27,6 +chr10 41188899 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.19386;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:0,0:35,4 +chr10 41221965 . C G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:9,3:2,1 +chr10 41235509 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,1:9,3 +chr10 41330689 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.23474;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:5,2:22,1 +chr10 41502686 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.09755;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:25,3:8,1 +chr10 41530219 . T G 0 PASS DP=388;GPV=1;SPV=0.00092621;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:176,41:96,5:80,36 +chr10 41568363 . G C 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.034801;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:18,6:52,4 +chr10 41574820 . C A 0 PASS DP=371;GPV=1;SPV=0.032569;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:211:172,31:79,18:93,13 +chr10 41580002 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:21,3:4,1 +chr10 41590751 . G T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.030865;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:58,8:50,7:8,1 +chr10 41591877 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.036993;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:0,1:31,6 +chr10 41700179 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:16,4:0,0 +chr10 41873892 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0077412;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:11,8:18,8 +chr10 41876136 . A AATGGAATGGAATGGT 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.039452;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:55,11:26,4:29,7 +chr10 41882443 . G C 0 PASS DP=382;GPV=1;SPV=0.0082439;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:218:180,38:99,16:81,22 +chr10 41883355 . C A 0 PASS DP=340;GPV=1;SPV=0.021995;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:185:152,33:93,23:59,10 +chr10 41886095 . T C 0 PASS DP=446;GPV=1;SPV=0.017344;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:244:208,36:111,18:97,18 +chr10 41886098 . A T 0 PASS DP=483;GPV=1;SPV=0.035494;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:266:232,34:137,16:95,18 +chr10 41896476 . C A 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.048087;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:41,7:24,6:17,1 +chr10 41906794 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.010477;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:44,7:23,5:21,2 +chr10 41908349 . G A 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.040619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:90,15:40,8:50,7 +chr10 41912211 . C G 0 PASS DP=359;GPV=1;SPV=0.029288;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:219:185,33:96,18:89,15 +chr10 41914473 . G C 0 PASS DP=494;GPV=1;SPV=0.00070564;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:278:221,57:162,35:59,22 +chr10 41916118 . G GTGGAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.023496;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:3,1:19,9 +chr10 42070978 . G T 0 PASS DP=4375;GPV=1;SPV=0.046915;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2656:2378,277:805,82:1573,195 +chr10 42130126 . T C 0 PASS DP=485;GPV=1;SPV=0.0068565;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:244:205,39:98,20:107,19 +chr10 42130231 . T C 0 PASS DP=535;GPV=1;SPV=0.022795;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:280:249,31:75,17:174,14 +chr10 42130529 . T C 0 PASS DP=247;GPV=1;SPV=0.030266;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:117,25:38,12:79,13 +chr10 42232204 . C T 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.042091;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:98,16:62,13:36,3 +chr10 42257919 . T TG 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.036907;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:36,5:24,11 +chr10 42336689 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0051191;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:18,6:12,6 +chr10 43933103 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.011728;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:8,8:5,2 +chr10 44351318 . C CTT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.082275;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:9,4:22,1 +chr10 44387704 . A ATAAATAAATAAATAAATATG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.046798;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,9:9,5:17,4 +chr10 45040366 . G GGACACAGAGTTAATAACTCATA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0086905;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:9,7:9,5 +chr10 45040367 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028152;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:7,7:8,5 +chr10 46770659 . A AAACAAAACAAAAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.14282;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,6:9,1 +chr10 46788092 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031149;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:12,3:19,2 +chr10 46790389 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.042981;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,6:10,1 +chr10 47333220 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00010136;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:7,7:8,4 +chr10 47533218 . C CACAT 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.036306;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:26,2:12,5 +chr10 47743936 . C G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1 +chr10 47925390 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.12269;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:14,4:8,1 +chr10 47995880 . GT G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.040006;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:24,1:14,7 +chr10 48009476 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0066407;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:14,9:5,3 +chr10 48979576 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,4:6,1:14,3 +chr10 49148830 . A ATG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 +chr10 50153979 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021256;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:9,5:1,1 +chr10 50278329 . GT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,10:5,7:1,3 +chr10 50776052 . G A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.00090389;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:48,28:29,19:19,9 +chr10 52274536 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.10359;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,3:17,1 +chr10 53966068 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.036947;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:11,2:10,4 +chr10 53978658 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.025213;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,6:8,2:4,4 +chr10 54622852 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.00095261;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:2,9:2,7:0,2 +chr10 55247892 . G GA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,9:8,7:5,2 +chr10 57452880 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0018707;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,4:9,5 +chr10 58781647 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.7569e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:11,5:14,9 +chr10 63097696 . A AT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,2:7,2 +chr10 65373204 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0033085;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:13,3:9,7 +chr10 65653553 . C CAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,12:4,9:1,3 +chr10 65793818 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=6.8867e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:19,7:11,10 +chr10 66036862 . ATTTT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091209;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,5:3,4 +chr10 66082275 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0037028;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:4,2:11,3 +chr10 66745587 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,2:5,3 +chr10 66829854 . T TTTGTTGTTGTTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,8:3,3:6,5 +chr10 68485798 . A ATT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0033833;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:10,7:7,5 +chr10 68589662 . ATT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,3:3,4 +chr10 68929299 . CTCTCTCTCTCTCTCTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:2,1:11,4 +chr10 69233935 . G C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,4:3,6 +chr10 69251087 . CTTTTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,6:3,2 +chr10 70133098 . AAGAGAGAGAG A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.023137;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,10:11,6:4,4 +chr10 70149547 . A ATTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.023079;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:2,4:2,1 +chr10 71091725 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,1:4,5 +chr10 71420496 . GGTA G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:4,5:2,5 +chr10 71910482 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:8,11:5,9:3,2 +chr10 72421002 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:10,6:5,1 +chr10 72587464 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,10:9,9:4,1 +chr10 73736975 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:5,7:2,2 +chr10 74694147 . A ATT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,14:6,6:1,8 +chr10 74733234 . G GC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042069;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,2:11,8 +chr10 75330233 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.9498e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:9,5:9,10 +chr10 76485873 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00030588;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:18,9:8,6 +chr10 76562367 . C CAGAGAGAG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.011519;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:16,10:5,2 +chr10 76617883 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.10288;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,2:3,4 +chr10 77445367 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,4:7,3:11,1 +chr10 77937874 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011316;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,7:3,2 +chr10 78030446 . CTA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024751;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,5:2,2 +chr10 78924630 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.3144e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:8,7:16,12 +chr10 79424206 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010783;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:11,6:10,5 +chr10 80566090 . CAAAAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1 +chr10 82094896 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.5053e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:9,8:15,5 +chr10 82713119 . CAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.077477;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:4,5:4,1 +chr10 82892679 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.16171;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,1:13,3 +chr10 83829207 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.2772e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:12,9:13,4 +chr10 85225562 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.9493e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:6,7:7,5 +chr10 85810124 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20218;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:6,1:18,3 +chr10 87343048 . G GTCGCC 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.019585;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:29,7:15,7 +chr10 87349109 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00021594;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:16,7:14,5 +chr10 87592124 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,2:13,2 +chr10 87853117 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:5,4:3,5 +chr10 88672625 . AACACACAC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076651;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:9,3:3,2 +chr10 89196270 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.20218;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,4:15,3:9,1 +chr10 89534644 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:4,6:2,1 +chr10 90331440 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:4,4:3,1 +chr10 92015428 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00031133;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:7,10:20,3 +chr10 92295315 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,5:0,4:1,1 +chr10 92439486 . ACTCTCTCT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.1839;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,6:5,1:7,5 +chr10 92523701 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.033527;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:9,5:11,5 +chr10 93923837 . C CTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,3:5,2 +chr10 93994065 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,4:15,2:5,2 +chr10 94465670 . A ATATGTGTGTG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.012883;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,11:13,4:9,7 +chr10 94530160 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.025587;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:15,4:16,2 +chr10 96802771 . GTTTC G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00093161;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:6,6:22,6 +chr10 96802886 . T TTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:4,1:11,4 +chr10 97102439 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,4:3,1:3,3 +chr10 97626398 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:35:3,9:0,6:3,3 +chr10 97642838 . CCTTCCTTCCTTCCTTT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:5,1:16,3 +chr10 97919747 . A AG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017286;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,7:7,4 +chr10 97919771 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0052707;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:6,5:7,3 +chr10 98265338 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0065689;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,4:5,5 +chr10 98696292 . TA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044444;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,3:3,2 +chr10 100242673 . CAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.017042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,5:8,5 +chr10 100651274 . CTCCCACCACCTCCACTAG C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 +chr10 100728575 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.001881;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:10,4:10,4 +chr10 101277345 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.032693;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:22,5:11,1 +chr10 102543991 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=5.0407e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:9,9:3,9 +chr10 102571521 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.023972;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:12,5:8,4 +chr10 103265239 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.046615;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,8:12,1:3,7 +chr10 103482998 . A AG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:6,3:5,3 +chr10 104458568 . GTGTA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:5,2:8,2 +chr10 104749226 . GGT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.050519;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:7,4:13,4 +chr10 105856310 . T TATATGTA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,3:8,1 +chr10 107262183 . C CA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.019365;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,15:14,9:13,6 +chr10 107528169 . A ATT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,15:3,6:6,9 +chr10 107535345 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.08973;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:19,3:20,2 +chr10 108314869 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:1,6:3,2 +chr10 108359682 . A ATT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:6,6:6,2 +chr10 109242766 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:1,2:5,1 +chr10 111556874 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00036768;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:14,8:13,7 +chr10 111873917 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0051191;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:14,5:16,7 +chr10 112743571 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0036217;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:14,7:10,2 +chr10 112965619 . GTGTGTGTATA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.025787;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,2:7,6 +chr10 113539025 . A ACAAG 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.09755;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:25,3:8,1 +chr10 114583404 . AACACACACAC A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:16,3:3,1 +chr10 114884964 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00045655;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:8,5:11,6 +chr10 115446841 . AATTGTGGATCTCCG A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00011455;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:17,8:9,5 +chr10 115583563 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:6,8:3,1 +chr10 115632864 . T TTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,2:7,2 +chr10 115852033 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0094722;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:16,4:10,4 +chr10 120996872 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0027508;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:13,3:12,5 +chr10 121177924 . CTA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,1:9,3 +chr10 122136543 . G GTATATATATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.001638;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,6:4,2 +chr10 122176073 . TTCTCTC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:6,3:7,1 +chr10 122893058 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,4:9,1:3,3 +chr10 123068651 . T TAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0073135;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:10,5:15,7 +chr10 123068667 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016188;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:8,5:8,6 +chr10 124563313 . C CTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.054945;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,8:2,7:1,1 +chr10 125098657 . GGAGA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,4:2,1:0,3 +chr10 125098740 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.055746;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,1:9,3 +chr10 125636372 . A AT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,11:5,7:2,4 +chr10 125894836 . C T 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.010391;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:92,12:51,8:41,4 +chr10 125900074 . A T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.02342;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:45,7:23,6:22,1 +chr10 126002763 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.036102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:7,2:4,5 +chr10 126905003 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.6575e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:17,7:10,13 +chr10 128738180 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00033815;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:17,5:10,6 +chr10 129560954 . A AGT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0030632;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,12:4,10:3,2 +chr10 129629632 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:9,5:16,1 +chr10 131150240 . C CCCCCACGGTTCTATGCACACCAGTGATCTGGGCATAGCA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:1,3:1,1 +chr10 131777963 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.010707;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2 +chr10 132237175 . TGACTGTGCTCCCTG T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,3:8,2 +chr10 132824932 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18627;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:8,1:10,2 +chr10 132858997 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0021771;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:13,5:18,4 +chr10 133403341 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020875;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:8,7:1,2 +chr10 133536297 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.019608;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:15,4:10,7 +chr10 133650165 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.06388;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:16,5:32,2 +chr10 133765527 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:18,3:12,2 +chr11 133520 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.046808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:21,8:23,1 +chr11 148063 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0074853;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,4:10,7 +chr11 192716 . G C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.032095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,1:7,5 +chr11 2132055 . G GTA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,1:9,5 +chr11 3504395 . ATTT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00020889;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:17,23:8,17:9,6 +chr11 3754941 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.20787;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:11,5:9,1 +chr11 4349920 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020884;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:5,4:11,5 +chr11 6214034 . GA G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0 +chr11 7427021 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0092391;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:8,5:11,9 +chr11 8915356 . TTC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0737;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:5,1:10,5 +chr11 8952275 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:10,1:12,2 +chr11 10250636 . T G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00010692;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:13,10:14,6 +chr11 10336617 . TCGCCACACTGACTTC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0033085;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,5:11,5 +chr11 11110047 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,4:9,3:4,1 +chr11 11560150 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,4:3,2 +chr11 12168964 . GAAAA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,4:5,3:5,1 +chr11 12484504 . G GGTGTGT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0037237;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,10:5,6:4,4 +chr11 12606499 . C CTATATATA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:8,5:7,1 +chr11 12870983 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=7.7661e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:14,12:12,2 +chr11 13461930 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:9,8:2,1 +chr11 14415903 . TAAAA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.13094;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,6:7,4:7,2 +chr11 15116804 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:2,1:12,3 +chr11 15207646 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0026408;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:9,5:19,5 +chr11 16674189 . C CAAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:9,3:7,1 +chr11 17051564 . G C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.082922;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,6:12,2:6,4 +chr11 17180515 . C CA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043132;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,1:11,3 +chr11 17470732 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0011187;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,20:11,8:8,12 +chr11 19130795 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0016553;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:12,6:6,6 +chr11 19162412 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00020442;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,17:6,6:7,11 +chr11 20246180 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00078492;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:12,5:15,6 +chr11 20323826 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048573;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:11,3:7,3 +chr11 20525459 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,1:10,4 +chr11 20895504 . C CTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.00014247;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,10:3,9:1,1 +chr11 21805391 . TATAAAA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0077399;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:0,3:4,3 +chr11 22338812 . GGT G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.023047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:11,8:12,5 +chr11 24594750 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.27607;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,2:6,2 +chr11 24796491 . C CTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0082728;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:9,5:4,5 +chr11 25075242 . A AGAATTTAGAATTAGGTGGTT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00040909;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,9:10,3:12,6 +chr11 25075245 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0014004;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,9:12,3:12,6 +chr11 25413650 . G GA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,6:4,4 +chr11 25422012 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.7081e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,9:12,6 +chr11 25526201 . GAACCCT G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0027902;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:9,6:11,9 +chr11 25939239 . AC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,3:1,1:1,2 +chr11 27280562 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.030384;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:24,4:8,2 +chr11 29243445 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.002428;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:17,7:14,3 +chr11 29589997 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0064655;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:17,3:17,4 +chr11 29850687 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0026395;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:12,4:10,4 +chr11 29943767 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.4224e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:14,7:6,7 +chr11 30215486 . A AATAT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0058369;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,9:5,1 +chr11 31488181 . G GA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.2013e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:7,7:7,5 +chr11 32685005 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00096973;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:8,3:19,6 +chr11 32755691 . A ATG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0099605;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:3,1:2,3 +chr11 33615191 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=7.9328e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:10,8:12,6 +chr11 35244742 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00019519;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:8,2:11,9 +chr11 35466726 . C CAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.064336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:11,6:6,1 +chr11 39502414 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0055442;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:10,8:17,2 +chr11 40042470 . G GATGT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0079397;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,4:10,5 +chr11 40739007 . TTG T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0019977;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:12,7:11,11 +chr11 40739012 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.02308;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:13,4:13,10 +chr11 41314601 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0014171;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:12,4:13,5 +chr11 41754571 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.000113;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:13,10:10,3 +chr11 42281746 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00080797;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:14,6:11,5 +chr11 42682166 . GTA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.1041;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:20,2:12,3 +chr11 42791649 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.04277;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:11,6:15,1 +chr11 43588608 . AG A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.25578;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:20,1:12,3 +chr11 43668265 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00032166;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:14,6:5,6 +chr11 43673492 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.096154;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,7:2,4:2,3 +chr11 43873897 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00059631;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:14,7:9,5 +chr11 43999488 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0029195;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:9,5:4,8 +chr11 45990712 . G GT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:9,6:2,3 +chr11 47421249 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,3:4,1 +chr11 48268292 . CTTA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.015172;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,6:3,2:4,4 +chr11 49096715 . GTATATA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.010876;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:6,4:4,2 +chr11 49096717 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,6:2,4:4,2 +chr11 50212999 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,7:7,6:0,1 +chr11 50258764 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00043913;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:11,5:3,6 +chr11 50687286 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.048707;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2 +chr11 51203809 . G C 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.028967;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:79,15:3,1:76,14 +chr11 51268122 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.031805;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:12,5:25,9 +chr11 51584839 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,1:10,3 +chr11 51918829 . T G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.20097;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:34,4:0,0 +chr11 52454893 . C A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.022359;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:29,8:16,2 +chr11 52688785 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.015078;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,10:12,7:12,3 +chr11 53273209 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.031574;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:17,5:12,2 +chr11 53713343 . A T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.036103;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:27,6:18,4 +chr11 54346041 . G A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.039819;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:58,12:8,2:50,10 +chr11 54359415 . T C 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.030326;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:59,11:32,7:27,4 +chr11 54373339 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.047029;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,5:18,2:17,3 +chr11 54527614 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.023165;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:51,13:28,9:23,4 +chr11 54528337 . G A 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.045252;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:69,17:27,10:42,7 +chr11 54716696 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.7006e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,20:11,11:6,9 +chr11 54930773 . A T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.030304;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:46,13:20,8:26,5 +chr11 57403449 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,3:2,3 +chr11 57716572 . A ACCC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 +chr11 58053630 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:7,2:2,2 +chr11 59153703 . A ATTTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027664;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:11,6:5,4 +chr11 59570881 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:8,6:3,1 +chr11 59632729 . C CTATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 +chr11 59729119 . ACTTCCGTGTGGCCACCATCACCATCCCCTTC A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.027483;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:21,4:17,2 +chr11 61199053 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00020157;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:17,9:12,4 +chr11 61538352 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0025067;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,7:7,5 +chr11 61939559 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0015209;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:12,7:5,2 +chr11 62951703 . ATG A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0024326;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:1,2:3,6 +chr11 62951735 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.0067873;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:3,2:0,4 +chr11 63062558 . C CTTTTTTTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0030303;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,4:0,2:0,2 +chr11 64444240 . TTTTC T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.038078;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:4,4:9,3 +chr11 64549871 . C CAAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,5:3,4:3,1 +chr11 64595844 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 +chr11 64929914 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.032593;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:6,7:13,4 +chr11 65250286 . G GAGAGAAAGAAAGAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:7,3:6,1 +chr11 65637377 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0036482;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:3,5:3,4 +chr11 65732470 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,4:5,1 +chr11 65781006 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0011112;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:14,6:20,7 +chr11 68421686 . CTG C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0035533;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:6,12:6,2 +chr11 68511463 . A AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024823;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:10,3:9,2 +chr11 69009315 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.0256e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:8,9:11,9 +chr11 69020915 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00023464;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:10,4:15,7 +chr11 69020916 . G GC 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00027215;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:10,4:14,7 +chr11 69020917 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.000451;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:10,4:14,6 +chr11 69020918 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00065599;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:9,4:14,5 +chr11 70740115 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.020178;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:9,8:12,2 +chr11 71730993 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.1063;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:23,1:20,4 +chr11 71886995 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00084999;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:14,6:7,4 +chr11 71982335 . C CAAAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0041408;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:6,10:2,2 +chr11 72150044 . C CAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.001998;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,9:0,7:0,2 +chr11 72258983 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,1:6,3 +chr11 72346999 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10559;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:16,1:16,3 +chr11 73131931 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0010794;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:15,8:16,6 +chr11 76174508 . TCATC T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0036197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,5:9,5 +chr11 76303861 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=7.061e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:12,5:14,12 +chr11 77057058 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0001506;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:12,8:10,3 +chr11 77397245 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0025855;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:10,3:15,6 +chr11 77479602 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20979;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:5,3:1,1 +chr11 78108608 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.594e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:7,11:18,8 +chr11 79324390 . TA T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.017796;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:15,3:15,3 +chr11 79509907 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:9,6:3,1 +chr11 80100384 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.4794e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:8,8:10,9 +chr11 81523077 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.057396;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:14,3:9,2 +chr11 83508403 . A ATTTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.022727;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,3:6,2 +chr11 83510830 . G GTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:3,2:4,2 +chr11 85325809 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,2:10,2 +chr11 85536214 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:7,4:7,1 +chr11 88556319 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:14,3:3,2 +chr11 89210366 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.014776;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:9,7:9,5 +chr11 89210381 . TGAAATAAAGTAA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,5:9,4 +chr11 89262873 . C A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,2:0,0:4,2 +chr11 89935310 . AT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.003711;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:5,5:12,4 +chr11 91801131 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0035851;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:5,10:12,8 +chr11 93346145 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0015381;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:18,7:14,6 +chr11 93452906 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.2649e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:7,7:12,9 +chr11 94238696 . G A 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.039739;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:130,28:70,11:60,17 +chr11 95318308 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.6145e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:8,5:9,9 +chr11 95462565 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:3,1:11,3 +chr11 95724559 . G C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0012048;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:15,6:11,4 +chr11 95899636 . T TAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.044118;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:2,12:0,9:2,3 +chr11 97605010 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.3706e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:8,6:13,8 +chr11 97800296 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00095953;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:7,4:8,5 +chr11 99547003 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.02002;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,8:6,1 +chr11 100579989 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0009678;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,5:8,4 +chr11 100636542 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01236;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:10,7:3,3 +chr11 100796768 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021189;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:13,7:1,2 +chr11 101085525 . T TAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,7:2,5:5,2 +chr11 101548588 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0019763;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,21:4,13:10,8 +chr11 101626454 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0025527;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:11,4:9,4 +chr11 102490405 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.014223;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:7,5:9,1 +chr11 103526491 . ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2 +chr11 103627150 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,7:5,5:6,2 +chr11 103985078 . TATTTATTTAATATATTATATATTA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,4:12,3:13,1 +chr11 104675226 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0023332;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:10,1:13,7 +chr11 107859582 . T TAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,2:6,2 +chr11 107986890 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=7.2622e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:9,7:3,7 +chr11 108190312 . CAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,8:6,7:2,1 +chr11 108573200 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.25578;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:25,2:7,2 +chr11 109502297 . T TGG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.019439;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:6,2:10,4 +chr11 110212787 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.061686;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:29,3:8,4 +chr11 112138696 . G GT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:9,7:1,2 +chr11 112258281 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.013387;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,5:3,2 +chr11 112272994 . CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,8:1,4:8,4 +chr11 112359680 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,10:1,7:2,3 +chr11 114890146 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.4853e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:9,10:10,6 +chr11 115738577 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.13884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:15,1:17,3 +chr11 116128030 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0024076;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:7,4:14,3 +chr11 116815591 . TAAAA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:6,2:4,2 +chr11 119066564 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.049732;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:12,2:14,5 +chr11 119441391 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=8.8917e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,18:6,10:7,8 +chr11 121344692 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0075968;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:5,8:11,8 +chr11 121347807 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0017048;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,5:4,5 +chr11 121474639 . T G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0091933;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:23,4:14,4 +chr11 121830325 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.4315e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:12,6:11,6 +chr11 122017449 . TAC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.043924;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:18,4:1,2 +chr11 122367751 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04422;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,7:11,6:3,1 +chr11 122367757 . GAA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034045;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,8:10,7:1,1 +chr11 122374174 . C CTGTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,14:1,8:6,6 +chr11 122861418 . A T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,3:0,1:0,2 +chr11 123668120 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0025434;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,9:16,5:11,4 +chr11 124828284 . AATTTATTT A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.032794;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,5:11,3 +chr11 124857970 . ATATATATAT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,2:3,1:0,1 +chr11 124968725 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0040177;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:15,5:15,5 +chr11 127568678 . C CAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:11,6:2,2 +chr11 127821345 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.069764;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,4:10,4 +chr11 127940250 . G GTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,7:1,5:4,2 +chr11 130398137 . C G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.6575e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:27,20:16,14:11,6 +chr11 131080791 . A ATTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.035315;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,6:7,2 +chr11 131193574 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.014457;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:8,6:14,7 +chr11 131266416 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0013974;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,12:3,5:7,7 +chr11 131653832 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00044773;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:13,5:22,9 +chr11 131722021 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:2,3:5,2 +chr11 132764193 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=5.2009e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:11,9:15,7 +chr11 133393042 . C CTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,2:10,2 +chr11 133534575 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0003086;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:13,7:8,4 +chr11 133647801 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0062702;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:19,5:9,5 +chr11 133675445 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0069146;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,8:5,2 +chr11 134454134 . G GT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.041468;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:22,3:16,3 +chr11 134457831 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,3:7,1 +chr12 398444 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:3,2:1,1:2,1 +chr12 722069 . G GAGAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:6,4:2,2 +chr12 1501252 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.11252;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,1:10,6 +chr12 1662346 . C CCT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:0,0:6,4 +chr12 2873398 . C CAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,6:9,4:3,2 +chr12 2883504 . TATATATA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,2:3,1:1,1 +chr12 3304425 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00056062;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:10,2:17,8 +chr12 3752353 . CACGG C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.001437;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,11:18,8:7,3 +chr12 3931690 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,2:0,1:4,1 +chr12 4316865 . GTT G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0086713;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,9:22,5:12,4 +chr12 4709366 . G GT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,3:5,5 +chr12 5837205 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.074026;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,4:6,3:9,1 +chr12 6057480 . T TTTA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:5,2:5,3 +chr12 6068835 . CGTGT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0012607;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:3,3:6,6 +chr12 7257197 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,4:5,4 +chr12 7517715 . A AGAAAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,7:12,6:3,1 +chr12 7590078 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:1,1:6,3 +chr12 7827073 . C CTCTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,1:14,3 +chr12 7869465 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016558;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:21,1:14,6 +chr12 7878993 . A AC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0065359;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,10:1,6:2,4 +chr12 8050896 . C A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:0,0:5,2 +chr12 8205043 . GC G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.048024;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:20,3:19,7 +chr12 8213852 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.033008;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:19,3:16,8 +chr12 8217002 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.011994;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:17,4:19,2 +chr12 8463123 . GAACT G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.6664e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,19:7,12:8,7 +chr12 9109034 . T TTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0067749;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:6,6:10,8 +chr12 9120852 . C CATGTGTGTGT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,9:2,5:8,4 +chr12 9293180 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:1,2:9,5 +chr12 10319865 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:6,7:1,1 +chr12 10339343 . C CTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.026073;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,4:6,1 +chr12 12619615 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.058176;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:14,3:18,4 +chr12 12694188 . CTTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.13725;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:4,1:1,1 +chr12 13466979 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:3,1:1,1 +chr12 14025896 . TAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:11,1:2,3 +chr12 14308319 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,4:3,1 +chr12 16204435 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0010064;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:6,8:10,6 +chr12 16674968 . GTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0016312;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,14:3,11:1,3 +chr12 16723821 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:4,5:2,3:2,2 +chr12 16844587 . ATG A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,9:5,4:7,5 +chr12 17770160 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:7,4:0,3 +chr12 18085870 . GAGCCAC G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0028986;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:1,1:6,7 +chr12 20321544 . AT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,9:2,6:4,3 +chr12 21201550 . T A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00029349;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:17,6:19,6 +chr12 21287197 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.037551;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,4:10,1 +chr12 22175363 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,3:9,1 +chr12 24428212 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.031968;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,4:10,5 +chr12 25464080 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,3:4,5 +chr12 25870445 . C CTTTCT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025116;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:7,7:10,2 +chr12 26035438 . T TATTATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,4:3,1:2,3 +chr12 26653241 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2 +chr12 26909472 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.028073;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:12,7:1,1 +chr12 28049532 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.001508;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:13,7:16,4 +chr12 29326534 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.034034;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,1:13,4 +chr12 31083313 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19313;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:21,3:8,1 +chr12 33033991 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0011939;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:24,8:16,7 +chr12 34780417 . T C 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.048024;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:51,12:10,2:41,10 +chr12 34809155 . C T 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.02399;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:100,12:51,4:49,8 +chr12 34821905 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0021672;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:0,2:3,4 +chr12 34841473 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:22,4:0,0 +chr12 34862089 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr12 34862093 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr12 34873361 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.042219;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:5,1:17,8 +chr12 34899613 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0035972;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:11,2:15,6 +chr12 34982824 . G T 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.024753;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:90,13:57,11:33,2 +chr12 34988434 . C G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.23776;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:23,4:0,0 +chr12 35082495 . C A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:2,1:8,3 +chr12 35127510 . G C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr12 35131108 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,3:9,1 +chr12 35134509 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,1:10,3 +chr12 35134528 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.11761;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:15,4:12,1 +chr12 35135093 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 +chr12 35227415 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:26,4:0,0 +chr12 35261065 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14804;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:22,4:3,1 +chr12 35286147 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.083134;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:28,4:2,0 +chr12 35587910 . TC T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,1:2,3 +chr12 35657521 . G T 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.0024936;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:111,14:72,12:39,2 +chr12 35696775 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.085333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:22,4:14,2 +chr12 35717049 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:9,1:11,4 +chr12 35839434 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr12 35933157 . A T 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.04153;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:72,11:16,3:56,8 +chr12 35966445 . A G 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.0062073;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:82,14:26,2:56,12 +chr12 36072677 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.087004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:31,4:1,0 +chr12 36073041 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr12 36178499 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.12928;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:1,0:22,4 +chr12 36490969 . C T 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.01371;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:54,7:32,4:22,3 +chr12 36525148 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13984;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:25,3:21,1:4,2 +chr12 36609436 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:17,3:1,1 +chr12 36700884 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0024117;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:9,7:0,2 +chr12 37060803 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4 +chr12 37237277 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.074973;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:12,2:29,4 +chr12 38928697 . ATGTG A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,12:5,9:3,3 +chr12 40288421 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00022;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,5:10,4 +chr12 40294164 . T TATC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.027541;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,3:9,2 +chr12 40294176 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.027862;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2 +chr12 40296839 . GTCTTTCTC G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0094327;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:19,4:12,4 +chr12 40924881 . C CATATATATATATATAT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,3:8,1 +chr12 40925834 . G GTA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,5:7,3:7,2 +chr12 41822421 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.040848;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:14,3:21,2 +chr12 42484059 . C A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,5:3,3 +chr12 42974639 . GTGTATATATA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:2,1:2,3 +chr12 43476187 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0087567;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:2,1:4,7 +chr12 43554876 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:3,4:1,1 +chr12 43620454 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.034215;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:19,5:12,1 +chr12 44214138 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.03285;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,11:7,8:4,3 +chr12 46256636 . C CAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.010978;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,8:11,5:4,3 +chr12 46488153 . TAC T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.040535;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:10,3:4,5 +chr12 47354710 . CAT C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.033698;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:12,3:13,4 +chr12 47396025 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00091263;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:17,10:11,5 +chr12 47971844 . T TAG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1382;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,5:11,2:19,3 +chr12 48983302 . AAAAAAATATAT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:5,2:3,4 +chr12 49345559 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0010308;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:12,13:14,8 +chr12 50158060 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.02882;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,3:3,3 +chr12 50214051 . C CACACACACACACACACAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.03931;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,12:11,3:8,9 +chr12 50218910 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.49123;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:13,4:6,1:7,3 +chr12 50378577 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.076601;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,7:5,4:7,3 +chr12 51721131 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,5:8,3 +chr12 52005109 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=7.761e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:13,7:13,6 +chr12 52954857 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,3:3,2:3,1 +chr12 54202733 . CAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,4:2,1 +chr12 54323622 . C CTCTTTCTTTCTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,4:2,1:22,3 +chr12 54370136 . GT G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.02902;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:23,4:9,1 +chr12 55052474 . TTTTC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,8:2,2:10,6 +chr12 55667695 . TTG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.029488;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:17,8:6,3 +chr12 56481199 . CT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 +chr12 56658163 . T G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,2:3,1:0,1 +chr12 57100718 . GAA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.020734;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:3,4:0,0 +chr12 57656371 . GTCTAGCTCAAGGTTTGTAAACACACCAATCAGCACCCTGTA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.028809;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,3:12,4 +chr12 57675761 . C CTTTTTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046847;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:3,2:8,4 +chr12 57697934 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0046297;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,6:4,4 +chr12 59014908 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00083483;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:9,5:14,6 +chr12 59437058 . A AAAGAAAG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:4,4:0,0 +chr12 60262266 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.4873e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:12,9:11,6 +chr12 61019806 . G GTA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,3:2,1 +chr12 62211121 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0022162;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:8,4:17,5 +chr12 63045175 . G GACAC 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.032993;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,11:15,5:5,6 +chr12 64039628 . C CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.23636;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,3:7,1:4,2 +chr12 64288687 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0038864;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:23,6:6,7 +chr12 65074817 . C CAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:5,5:3,1 +chr12 65133739 . T TGGAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:12,5:13,5 +chr12 65855699 . A AGATGAT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0033988;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:9,16:5,5:4,11 +chr12 66723239 . T TCTTCCTTCCTTC 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:1,2:3,2 +chr12 67634086 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,3:3,2:0,1 +chr12 69200335 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:4,4:5,1 +chr12 69200653 . GAAGAGAT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:6,2:9,3 +chr12 69282822 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,2:6,2 +chr12 69346764 . A ATT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,3:4,6 +chr12 69361272 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.16972;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,2:11,2 +chr12 69747333 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,6:5,3:8,3 +chr12 72429338 . C CATAATA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0054686;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:15,10:6,4 +chr12 73778707 . T TA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.019411;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,14:12,10:6,4 +chr12 75379854 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,4:9,1:8,3 +chr12 76215499 . TATA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:1,5:0,1:1,4 +chr12 77722882 . AATG A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00038845;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:8,3:16,8 +chr12 77873768 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,2:0,1:3,1 +chr12 79046386 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.5976e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:12,10:12,6 +chr12 80394221 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,4:6,3:1,1 +chr12 80462236 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.021075;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:25,2:14,6 +chr12 81584908 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.070922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,3:10,1 +chr12 81927492 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.065353;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1 +chr12 83045707 . T TCA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0016775;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,3:10,5 +chr12 83360999 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:6,3:3,2:3,1 +chr12 83944936 . A ATTTTTTTTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,2:5,2 +chr12 84615815 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,1:14,4 +chr12 86152090 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00063139;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,4:10,6 +chr12 86809568 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.10224;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:13,2:14,1 +chr12 87425877 . G GGGAAATTGTAGGATACAATAAATTCCTCTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011333;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,5:6,6 +chr12 88086704 . T TATCCATCCATCCATCCATCC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0065482;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:14,3:11,8 +chr12 88703657 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.074163;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:13,2:14,2 +chr12 89393181 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017327;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,8:7,1 +chr12 90418660 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.1107e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:14,9:8,6 +chr12 90694392 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,4:4,1 +chr12 91421235 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,6:5,3 +chr12 91630884 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00028557;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:15,7:17,7 +chr12 91752587 . TTC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.079987;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:15,4:14,1 +chr12 92007252 . A ATT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,4:5,1 +chr12 92023405 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:6,4:4,1 +chr12 93496643 . T TAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:4,5:7,1 +chr12 93917083 . T TA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.015895;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,5:6,6 +chr12 94668467 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:9,3:7,2 +chr12 94941821 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.051796;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:13,3:15,2 +chr12 95029559 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:6,7:3,1 +chr12 95594665 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.21886;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:8,3:6,2 +chr12 96482765 . G GA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034961;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,11:12,9:6,2 +chr12 96902920 . CTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:5,3:2,1 +chr12 96916230 . T TTTATTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,8:4,1:5,7 +chr12 98002955 . G GA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:12,3:0,1 +chr12 98252998 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,5:13,3:5,2 +chr12 99907812 . TAA T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:3,6:4,2 +chr12 101009613 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.0981e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:10,9:9,8 +chr12 101470401 . C CT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.022272;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:11,7:11,6 +chr12 101661908 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13742;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,3:16,1 +chr12 101661912 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.068571;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,6:10,4:15,2 +chr12 101884369 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04422;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,6:3,1 +chr12 102962470 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026993;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,9:5,2:10,7 +chr12 104115579 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:7,4:1,4 +chr12 104440482 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 +chr12 104763912 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0010074;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:5,8:10,3 +chr12 105186622 . T TATGATATCG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.026928;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,5:9,2:6,3 +chr12 105361811 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00040059;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,4:7,4 +chr12 106200353 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.14936;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:10,4:13,1 +chr12 106372343 . T G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038501;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:10,4:8,2 +chr12 106935571 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025729;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,1:10,4 +chr12 106991393 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.019644;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:19,7:15,3 +chr12 107654842 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14851;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,3:11,1 +chr12 108108401 . A ATTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=9.123e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,17:6,10:4,7 +chr12 108422367 . A ATTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:4,3:5,4 +chr12 109493040 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00022263;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:11,3:12,8 +chr12 109834869 . C CTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027668;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:4,15:1,7:3,8 +chr12 109969162 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065471;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,8:7,2:6,6 +chr12 110293870 . AT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,1:4,5 +chr12 110797520 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0079921;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:10,5:3,6 +chr12 111376994 . A ATT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1 +chr12 111811827 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0027837;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:11,5:15,3 +chr12 112677377 . TCCTC T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,3:0,0:2,3 +chr12 113214507 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:10,6:0,1 +chr12 113472797 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00016475;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:9,6:24,9 +chr12 114003961 . C CACACACACACACAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,4:0,3:0,1 +chr12 114816695 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00080274;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:18,10:14,4 +chr12 114915630 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0066305;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:7,5:19,4 +chr12 115260841 . C CGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.011352;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,14:0,10:2,4 +chr12 115799482 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.18915;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:8,1:27,4 +chr12 116775261 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018762;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:9,5:5,3 +chr12 117560566 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019794;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:13,4:15,2 +chr12 117858708 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=4.5846e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:10,12:15,9 +chr12 120279628 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,2:1,1:6,1 +chr12 120301362 . C CA 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.064915;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,4:7,2:15,2 +chr12 120802397 . ATG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:6,1:7,3 +chr12 121296804 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00052641;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:9,11:5,8 +chr12 121297857 . C CTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.11096;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:4,2:13,3 +chr12 121842741 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:6,3:4,1 +chr12 121912868 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,7:5,6:5,1 +chr12 122250341 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00015414;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:10,7:15,7 +chr12 122357505 . GT G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.11998;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,1:16,3 +chr12 122499269 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:6,2:2,3 +chr12 123511963 . TCTG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:3,3:5,1 +chr12 123894082 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:7,6:4,3 +chr12 124365796 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.1151e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:10,7:16,13 +chr12 124927433 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00056247;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:6,6:11,6 +chr12 124927434 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.010309;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:6,7:12,5 +chr12 125077959 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=9.7831e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:15,8:15,10 +chr12 125204231 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035434;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:3,3:16,1 +chr12 126194711 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0077151;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:11,3:14,4 +chr12 126323039 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00011403;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,7:8,5 +chr12 127096468 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.074163;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:18,2:9,2 +chr12 128241172 . CATGT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3 +chr12 128698206 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030499;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,4:6,2 +chr12 128717041 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11371;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:19,2:9,2 +chr12 128919975 . C CCA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:1,2:0,0:1,2 +chr12 129019084 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.17398;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,1:17,3 +chr12 129205376 . GA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0062662;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,15:7,12:2,3 +chr12 130533169 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00012624;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:15,6:7,5 +chr12 131585278 . T TG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:7,3:3,3 +chr12 131585295 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.042901;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,3:4,2 +chr12 131588543 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,3:0,1 +chr12 131801480 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.051471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,3:0,1:4,2 +chr12 132136345 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,2:4,2 +chr12 132770233 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:7,2:3,1:4,1 +chr12 132830326 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0057786;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,11:6,9:5,2 +chr12 132937359 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,11:5,9:3,2 +chr13 16971208 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr13 16971209 . A T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr13 18450173 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 +chr13 18462680 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 +chr13 19353957 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,3:10,5 +chr13 20708978 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14279;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,2:8,3 +chr13 21206414 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.029105;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,5:11,3 +chr13 22384933 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,7:1,6:2,1 +chr13 22511663 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00024849;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:16,9:12,4 +chr13 22852482 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,6:12,5:2,1 +chr13 22855254 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.019346;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,4:5,4 +chr13 24468400 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0096894;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,12:3,5:4,7 +chr13 24973356 . AAC A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012176;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,4:3,5 +chr13 25835059 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0028757;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:14,8:12,8 +chr13 26768786 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=7.3464e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:7,5:12,6 +chr13 27214401 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,5:9,3:13,2 +chr13 28006728 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.018634;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,3:2,2 +chr13 28411546 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:6,7:6,1 +chr13 29073530 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:24,4:15,2:9,2 +chr13 30219405 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0021523;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:13,5:16,6 +chr13 30433665 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.052652;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:11,1:14,5 +chr13 30787963 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00011498;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:11,5:16,8 +chr13 34601288 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0040793;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:1,6:1,2:0,4 +chr13 35732109 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:19,2:10,2 +chr13 37254645 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.3615e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:22,21:10,15:12,6 +chr13 38209691 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:5,3:3,3 +chr13 38676047 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.074171;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,7:17,4:8,3 +chr13 38977750 . AT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,4:11,3:5,1 +chr13 39984753 . CTAAAATAAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01828;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,14:2,6:8,8 +chr13 41881750 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,2:5,3 +chr13 42133185 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:8,2:17,2 +chr13 42362135 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,3:6,2 +chr13 42877448 . A C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:0,0:6,2 +chr13 42882941 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,5:2,2:6,3 +chr13 43048325 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0060655;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,9:18,8:6,1 +chr13 43434941 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:9,3:11,3 +chr13 43643650 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043132;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,2:15,2 +chr13 45153976 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,6:6,1 +chr13 45435530 . CATATATATAT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.026515;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,5:1,4:1,1 +chr13 46136076 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,4:6,2:1,2 +chr13 46648338 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00016784;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,6:11,4 +chr13 47055948 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00024491;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:12,5:21,11 +chr13 47244961 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.6849e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:8,10:18,11 +chr13 48027627 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0032683;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,11:6,3:7,8 +chr13 48209639 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.09513;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:17,2:15,3 +chr13 49839205 . T TACAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.044074;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,8:6,4:12,4 +chr13 50796833 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00039186;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:8,5:14,7 +chr13 51393074 . A AT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:17,8:7,6 +chr13 53122959 . A AT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:12,1:10,5 +chr13 53122978 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.092234;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,6:3,1:6,5 +chr13 53736791 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=3.3224e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:18,21:8,9:10,12 +chr13 54365389 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0020001;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:22,7:13,5 +chr13 55329147 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,8:6,7:3,1 +chr13 56266222 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:9,4:6,1 +chr13 56726381 . AGTGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.29231;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,4:8,1:9,3 +chr13 57862275 . G GTATC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.020192;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,7:9,3 +chr13 59366834 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:4,4:6,2 +chr13 61357580 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,1:9,3 +chr13 62010071 . C CTA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 +chr13 62613024 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00012187;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,3:8,6 +chr13 62711562 . AT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:5,1:1,3 +chr13 63511422 . TCCTTTATGTCTTTCAGCCAG T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.06588;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:16,3:16,6 +chr13 63772227 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0008665;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:13,5:8,6 +chr13 63781265 . AT A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00065978;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:14,9:13,2 +chr13 63781267 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00040099;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:14,9:14,2 +chr13 64231492 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14279;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:13,2:3,3 +chr13 64714566 . A ATTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:4,1:7,3 +chr13 66198592 . T TTA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.14923;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:16,1:8,2 +chr13 67483902 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.016905;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:18,4:16,3 +chr13 67561844 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.020125;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:9,5:17,5 +chr13 69458583 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,5:7,4:6,1 +chr13 69884934 . CT C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.18687;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:21,3:13,1 +chr13 70256043 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00012866;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:11,6:13,10 +chr13 70259728 . TAGATGG T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0068286;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:16,6:12,7 +chr13 70549015 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:2,5:1,4:1,1 +chr13 70961531 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00088242;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:20,11:7,8 +chr13 71749199 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.012218;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:13,4:6,1 +chr13 72542867 . AGAGAGAT A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.03845;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,4:10,3:9,1 +chr13 72542882 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.041011;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,4:10,3:8,1 +chr13 73402909 . CACACATATATAT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,2:8,3 +chr13 73932713 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=6.8069e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:6,9:12,2 +chr13 75142489 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.022328;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,10:8,4:15,6 +chr13 76968491 . C G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=4.2063e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:20,9:11,6 +chr13 77360820 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.003096;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:2,4:1,2 +chr13 77519769 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.042521;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:0,0:20,4 +chr13 78087327 . CACTTATTAA C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0028166;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:17,5:14,4 +chr13 78087338 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0011256;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:17,5:11,4 +chr13 78191168 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.8808e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:7,8:17,6 +chr13 78822993 . A AAAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.023692;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,10:6,3:5,7 +chr13 79628093 . T TTAAATAAATAAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.019466;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:7,9:15,1 +chr13 82339780 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011976;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:5,4:7,8 +chr13 83964182 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03942;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,4:6,4 +chr13 84796800 . T TTC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0013799;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:12,6:6,9 +chr13 85340126 . AT A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:14,4:8,1:6,3 +chr13 85927534 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 +chr13 87465103 . A ATG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,5:8,2:15,3 +chr13 87465110 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.075461;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:10,3:13,4 +chr13 87782673 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0091917;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:10,4:12,4 +chr13 88317179 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,3:1,1:2,2 +chr13 88317181 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,3:1,2:2,1 +chr13 88622742 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00020063;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:13,5:18,6 +chr13 90500067 . C CT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.15576;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:22,2:15,3 +chr13 91642713 . C CTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025685;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,5:3,4 +chr13 92166958 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:3,4:3,2:0,2 +chr13 92525437 . A AGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,2:11,3 +chr13 93223019 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0084717;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,7:3,1 +chr13 93255797 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=9.6406e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:16,7:10,7 +chr13 94076640 . TTGGG T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00060001;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,3:11,7 +chr13 95302342 . A AGTGTGTGT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00095639;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:10,9:6,5 +chr13 95602909 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.4652e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:14,9:12,10 +chr13 97031769 . AAAAAAAAAAAAAAAATAATAATAATAATAATAAT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,6:6,3 +chr13 97408704 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00031477;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:11,6:11,6 +chr13 97500521 . CAA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,9:3,6:5,3 +chr13 99628396 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6063e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:8,10:11,5 +chr13 99711403 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,3:1,1 +chr13 99784451 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,3:1,1:3,2 +chr13 101526154 . TC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.15876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:13,1:11,2 +chr13 101705292 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0078247;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:6,7:1,2 +chr13 101779357 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=6.2767e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:10,8:15,5 +chr13 102136060 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.4315e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:13,6:10,6 +chr13 102323957 . ATGTGTG A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0041535;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:9,13:9,7:0,6 +chr13 102692180 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0027159;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:15,5:9,3 +chr13 102905314 . A AT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.017733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,8:7,3 +chr13 102939754 . G GTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:3,4:2,2 +chr13 103526253 . C CCACACA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.040889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:7,5:4,1 +chr13 103768251 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=8.3669e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:9,6:10,8 +chr13 104697530 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=1.6006e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:15,9:15,9 +chr13 105804138 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.01102;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:21,5:16,2 +chr13 106085301 . T TA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:6,3:5,1 +chr13 107010352 . T G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.035e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:14,8:4,8 +chr13 107736223 . ACGCG A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:27:0,5:0,3:0,2 +chr13 107888693 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.085027;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:15,1:17,5 +chr13 107959959 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.085333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:18,3:18,3 +chr13 108658859 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.7594e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:16,12:10,6 +chr13 109173980 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:5,5:0,5 +chr13 110649933 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:1,1:3,3 +chr13 110724595 . CTTT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011728;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:7,6:6,4 +chr13 112465988 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00021529;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:21,6:15,9 +chr13 113033031 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:2,3:8,7 +chr13 113786629 . ATCATCACCATCATCACTGTCGTTACCC A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:4,3:12,5 +chr13 113912799 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.6785e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:10,5:13,8 +chr13 113956341 . G GAGT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.026811;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,9:8,7:12,2 +chr13 114011410 . T TGGGCGTCCC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0057036;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:7,2:14,6 +chr13 114011427 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0026611;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,2:14,7 +chr13 114011428 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0012555;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:6,3:14,7 +chr13 114011431 . AGC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0017739;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:9,3:14,7 +chr14 18242075 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.012719;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:1,1:9,5 +chr14 18303525 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.036972;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:16,6:12,3 +chr14 18466529 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0045748;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:4,6:4,5 +chr14 18527284 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.034902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:8,5:16,5 +chr14 18977222 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.032166;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:17,1:11,8 +chr14 19003629 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3 +chr14 19008300 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.041213;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:19,6:23,3 +chr14 19023348 . CCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,6:6,4:6,2 +chr14 19050241 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.28678;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,3:14,1 +chr14 19096492 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.044777;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:37,4:3,1 +chr14 19105551 . A G 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.032429;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:90,16:56,12:34,4 +chr14 19108832 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.046541;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:13,2:19,6 +chr14 19233877 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 +chr14 19351163 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,1:4,3 +chr14 19390794 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:2,1:10,4 +chr14 19437836 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0018327;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:5,3:9,6 +chr14 19463797 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr14 19475447 . AATTT A 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.045947;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:63,10:34,6:29,4 +chr14 19510043 . A ATT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.014666;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,14:1,7:3,7 +chr14 19689768 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0063671;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:5,4:13,8 +chr14 19690605 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.018909;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:9,1:12,4 +chr14 19703569 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042412;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,3:4,1 +chr14 20506819 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.026326;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:13,5:11,2 +chr14 20975145 . G GT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,3:2,2 +chr14 21178782 . GCA G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.075568;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:20,2:15,2 +chr14 21203990 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.7569e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:15,9:10,5 +chr14 21881710 . GA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.021719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:9,7:8,5 +chr14 22665192 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00078492;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:16,4:11,7 +chr14 23887635 . A AGAAGGAAG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,7:5,3:6,4 +chr14 23890812 . AAG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018613;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:9,4:13,4 +chr14 24505174 . T TTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016422;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:11,7:5,2 +chr14 24905596 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0015312;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:9,4:9,7 +chr14 25954318 . C CTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:4,4:0,1 +chr14 26368340 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:12,3:7,1 +chr14 28510631 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.14664;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,1:12,3 +chr14 29046920 . G GTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0021846;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,11:4,5:4,6 +chr14 29522631 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0014163;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:16,7:15,4 +chr14 29990494 . TATATATACATATGTATATATAC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:3,2:8,4 +chr14 31695345 . CT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00084635;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:12,6:8,6 +chr14 32880218 . C CTTCT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:2,1:12,4 +chr14 33312488 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.012731;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:14,3:11,4 +chr14 34664149 . ATT A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,9:3,5:8,4 +chr14 35792817 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:9,3:3,1 +chr14 37302633 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0056638;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,9:3,3 +chr14 37337360 . T A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,2:2,1:3,1 +chr14 37524565 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:9,3:4,2 +chr14 37950296 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.081731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:10,2:22,2 +chr14 38857336 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.9786e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:14,9:9,4 +chr14 41218417 . ATTCTTTTT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,2:3,2 +chr14 41368412 . CCT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.016858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,2:2,3 +chr14 41401360 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21886;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:12,3:2,2 +chr14 42705264 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15091;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,5:8,1:13,4 +chr14 46648949 . C CAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.25826;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,4:3,3:7,1 +chr14 46750528 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.008238;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:2,5:6,3 +chr14 47771589 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.13168;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,6:15,2:4,4 +chr14 48462905 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=9.3592e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:9,4:5,7 +chr14 49570238 . G GA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,9:11,7:3,2 +chr14 49643082 . CAAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0041547;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,9:6,2 +chr14 49919773 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,2:2,3 +chr14 50592929 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.041383;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,7:12,2:11,5 +chr14 51077386 . G GTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:6,2:1,3 +chr14 51365694 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.022022;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,2:14,3 +chr14 53080718 . T TTCC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,6:2,1 +chr14 53229696 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011884;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,4:6,1 +chr14 53949884 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.17982;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:18,3:15,1 +chr14 54852874 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.01322;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:14,4:16,3 +chr14 55738029 . CT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,1:16,3 +chr14 55741660 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,2:0,0:4,2 +chr14 57311732 . T TC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:1,1:1,3 +chr14 62011872 . T TACACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023562;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,3:4,2 +chr14 62011928 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:16,2:6,2 +chr14 63088543 . A AAT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.01699;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:13,4:13,7 +chr14 63116699 . A AT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.004133;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,13:6,9:4,4 +chr14 63422729 . TA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:11,5:2,2 +chr14 63566276 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:4,2:9,3 +chr14 63627152 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,4:2,3:3,1 +chr14 64261239 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,9:0,8:2,1 +chr14 64463642 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013657;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,6:5,3:6,3 +chr14 64923273 . C CAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,5:6,4:11,1 +chr14 65016920 . G GT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.031946;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:13,4:5,4 +chr14 65102741 . GGC G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr14 65575579 . CCTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:2,1:10,3 +chr14 66811561 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,4:5,1:13,3 +chr14 66841011 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015732;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3 +chr14 67022567 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.025708;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,1:7,4 +chr14 67382912 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.046149;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:10,3:14,4 +chr14 68570891 . ACACACATG A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036704;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 +chr14 69879448 . C A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.6852e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:14,8:6,12 +chr14 70113003 . A ATTGTATTCTGAGGTTCTGGGTGGACTTGAAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.03818;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,3:6,2 +chr14 70709721 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00038049;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,14:12,9:14,5 +chr14 71898691 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.020985;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:8,4:14,8 +chr14 72024278 . TAACAGTA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0022884;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:21,4:8,4 +chr14 72481805 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01393;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:5,2:8,4 +chr14 72874115 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037117;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:8,10:13,6 +chr14 73278745 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.025708;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,5:5,2:6,3 +chr14 73350074 . T TACAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0079902;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,11:8,9:4,2 +chr14 73352433 . TAC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:4,2:0,3 +chr14 73385496 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,5:3,1 +chr14 73440198 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.35897;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:6,2:3,1:3,1 +chr14 74159574 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.17651;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:16,3:10,2 +chr14 74325449 . AC A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.052719;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,2:14,3 +chr14 74401689 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.9508e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:13,5:17,8 +chr14 74427118 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,2:9,4 +chr14 75235381 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,4:2,3 +chr14 76113654 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0018324;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:14,5:10,6 +chr14 76445466 . C CAA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:6,4:0,0 +chr14 76564798 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:4,2:0,0 +chr14 76926439 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0018191;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,9:6,1:7,8 +chr14 77168290 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10008;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:14,5:4,1 +chr14 79376267 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:0,1:4,1 +chr14 79803901 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,2:1,1:4,1 +chr14 80274525 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,4:8,2:8,2 +chr14 81572257 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:1,1:4,1 +chr14 83100850 . TC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.26374;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,5:1,3:6,2 +chr14 85889810 . C G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,2:1,3 +chr14 87048226 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:5,2:2,1:3,1 +chr14 88592491 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:5,4:4,2 +chr14 88759685 . T TAAAAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0084353;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:5,3:4,2 +chr14 90802969 . T TA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.014951;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:10,8:14,8 +chr14 91943401 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.064803;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:16,3:10,3 +chr14 92351236 . G GCGCGCACACACACACACACACACACA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:4,3:6,1 +chr14 92896194 . TA T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,9:10,3:2,6 +chr14 93484905 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.2103e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:13,9:7,6 +chr14 94864180 . A AAG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11053;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:1,1:4,1 +chr14 95122959 . C CAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.004158;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,4:4,3 +chr14 95744395 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0038647;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,7:1,4:6,3 +chr14 95843649 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.19282;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 +chr14 96715737 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:2,3:3,1 +chr14 97067392 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,9:4,5:7,4 +chr14 97154229 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:1,0:14,4 +chr14 97405405 . TAA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0060449;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:13,5:4,10 +chr14 97514252 . CTTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:3,1:12,3 +chr14 97788367 . A T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.032967;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:1,10:1,1:0,9 +chr14 98693319 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0012048;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:13,6:13,4 +chr14 99107972 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 +chr14 99790865 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,4:8,2:11,2 +chr14 100546780 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.062457;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,5:12,3:8,2 +chr14 100578856 . C CTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034547;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:8,6:6,1 +chr14 100770434 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00083564;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:12,1:11,7 +chr14 100843833 . GT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:3,6:4,4 +chr14 101724296 . T TC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,9:6,5:5,4 +chr14 101724298 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,8:7,5:4,3 +chr14 101724305 . C CTA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016188;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,7:7,4 +chr14 101724481 . A ATG 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00949;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,7:6,2:9,5 +chr14 101724601 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020802;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,3:5,4 +chr14 101725015 . TAC T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,1:5,3 +chr14 102228697 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,9:3,8:3,1 +chr14 102293702 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,4:4,1:5,3 +chr14 102369784 . AAC A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.017995;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,2:11,3 +chr14 103301836 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.011625;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:4,12:2,10:2,2 +chr14 103346259 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:3,6:6,2 +chr14 104049116 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,5:9,3:9,2 +chr14 104872401 . GCGTGGGTGTGC G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.074026;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,2:2,2 +chr14 105561151 . ACCCTGTC A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:1,2:19,2 +chr14 105565695 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0057362;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:32,2:7,13 +chr14 105698357 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0081718;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:8,7:12,5 +chr14 105759956 . CT C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.011402;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:21,2:22,5 +chr14 105766139 . C G 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.00011602;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:22,7:38,9 +chr14 105992391 . T TCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.031608;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,7:9,1:6,6 +chr14 106309123 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.019439;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,6:10,3:6,3 +chr14 106331794 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.029934;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:6,5:12,1 +chr15 17069468 . CT C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.012263;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:19,3:15,5 +chr15 17072076 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.01199;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:19,5:29,6 +chr15 17078615 . T A 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.03685;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:64,13:31,6:33,7 +chr15 18359793 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:12,8:0,0 +chr15 18750174 . C T 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.042611;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:51,12:11,5:40,7 +chr15 18845299 . A C 0 PASS DP=506;GPV=1;SPV=0.0098083;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:282:250,29:168,15:82,14 +chr15 19417500 . G A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.0027914;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:87,10:19,3:68,7 +chr15 19572075 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0307;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:16,5:6,1 +chr15 19904285 . CT C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.04792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:50,8:28,2:22,6 +chr15 19928272 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.032378;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:19,4:12,2 +chr15 19957403 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00091899;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:16,7:12,4 +chr15 20012291 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10008;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,2:11,4 +chr15 20037701 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11371;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,2:16,2 +chr15 20099253 . T TACA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0070608;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:11,3:19,9 +chr15 20223076 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016633;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,9:6,7:11,2 +chr15 20249734 . C T 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.030276;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:63,17:39,5:24,12 +chr15 20253720 . C CTATT 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.016793;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:58,13:25,9:33,4 +chr15 20259214 . AG A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.029347;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,9:21,5:12,4 +chr15 20280383 . G A 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.041351;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:106,25:36,15:70,10 +chr15 20286892 . A G 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.0067522;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:54,19:27,10:27,9 +chr15 20286894 . ATATG A 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.0016863;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:47,20:24,11:23,9 +chr15 20288707 . A AT 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.015652;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:51,15:27,12:24,3 +chr15 20292295 . G A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.012558;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:91,16:48,7:43,9 +chr15 20335036 . T A 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.0040471;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:62,20:19,4:43,16 +chr15 20369449 . T C 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.0020434;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:71,25:37,11:34,14 +chr15 20503316 . CT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:18,3:7,1 +chr15 20541692 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:13,4:0,0 +chr15 20550505 . T C 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.0034318;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:78,26:39,13:39,13 +chr15 20551970 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.030477;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:67,9:30,5:37,4 +chr15 20555222 . GTATATGTGTAAATA G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.041853;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:28,5:11,4 +chr15 20655655 . T C 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.0018747;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:46,19:21,10:25,9 +chr15 20742744 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,2:2,3 +chr15 20761130 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,3:4,1 +chr15 21045807 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.017873;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,5:7,1 +chr15 21046013 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020485;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,3:13,5 +chr15 21070503 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0066692;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,1:3,4 +chr15 21123418 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr15 21133616 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,1:6,2 +chr15 21143778 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.043884;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:11,3:15,3 +chr15 21181101 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 +chr15 21251752 . C G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.035464;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:18,4:18,5 +chr15 21253620 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.04887;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:18,1:11,6 +chr15 21302947 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,3:14,1 +chr15 21372850 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.045913;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:16,3:16,1 +chr15 21441761 . T C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.046139;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:55,15:27,7:28,8 +chr15 21496299 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0026985;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:11,4:8,7 +chr15 21574589 . C G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,1:5,5 +chr15 22084246 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 +chr15 22444547 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.026352;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,5:11,5 +chr15 22574358 . G GTGAAGGGTGGC 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0035182;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:15,5:16,9 +chr15 22624526 . C CAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:6,3:3,1 +chr15 22676559 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0093849;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:11,9:5,1 +chr15 22801507 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:4,4:3,2 +chr15 22930389 . C CAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:9,4:0,2 +chr15 24484100 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:8,9:7,2:1,7 +chr15 24916499 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.1103e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:7,3:15,10 +chr15 25028250 . C CAAAAAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.037457;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,9:10,8:7,1 +chr15 25977620 . TTGTGTG T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18039;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:14,1:6,3 +chr15 26142375 . CTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:1,0:14,4 +chr15 26251825 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,3:2,2:4,1 +chr15 26326358 . CAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,5:4,2 +chr15 26469181 . A AAAGAAAGG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047937;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,10:12,8:6,2 +chr15 27406472 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=6.2206e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:16,5:6,7 +chr15 28224134 . T TACACACACACAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0062312;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:11,6:5,2 +chr15 28419072 . A G 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.0051507;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:104,17:85,14:19,3 +chr15 28463372 . C CAAA 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.037801;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:42,14:19,8:23,6 +chr15 28566577 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 +chr15 28589665 . G C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.02299;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:16,1:8,5 +chr15 30141449 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,3:7,1 +chr15 30320597 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr15 30376095 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.054928;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:21,4:14,3:7,1 +chr15 30515836 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.063892;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,7:11,5:8,2 +chr15 30929816 . ATAT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,1:3,3 +chr15 31195376 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:5,3:10,8 +chr15 31697225 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031197;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:10,4:8,4 +chr15 32281297 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 +chr15 32440237 . CCCA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022707;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:2,1:21,9 +chr15 32513704 . GTTCTGGAGGCTGCCCAACTTGTGAATTGT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,3:12,1 +chr15 32877887 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.8916e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:11,4:6,9 +chr15 33794043 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 +chr15 33794044 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:8,3:9,1 +chr15 33794051 . TA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18039;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,3:11,1 +chr15 34177633 . T TAAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:3,2:2,2 +chr15 34577507 . TACACAC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:0,3:6,2 +chr15 34671303 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,5:9,1:6,4 +chr15 36015090 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=6.3972e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:12,9:13,9 +chr15 36457108 . G GCACA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:14,3:4,1 +chr15 38542913 . ATATG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,1:11,3 +chr15 39075207 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.062714;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,9:5,5:7,4 +chr15 39123538 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:2,3:8,1 +chr15 41289671 . AAATAT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,2:3,2:0,0 +chr15 42369870 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,4:9,1:2,3 +chr15 42734779 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,3:8,5 +chr15 46401794 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.043306;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:9,4:15,9 +chr15 46728037 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00080188;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,2:7,8 +chr15 48220131 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,4:8,2:9,2 +chr15 49525667 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,3:2,2:1,1 +chr15 50635685 . AAAAAAAG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,2:1,1:4,1 +chr15 50891330 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00024009;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:14,12:13,7 +chr15 51175616 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14093;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,2:10,3 +chr15 52612504 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:6,1:1,1 +chr15 54250753 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,4:7,2 +chr15 54442250 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.17984;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,10:9,9:2,1 +chr15 54842393 . CGT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01567;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:16,7:4,3 +chr15 55744263 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=1.3655e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:4,2:10,10 +chr15 55744264 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=4.2481e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:4,3:9,10 +chr15 57426612 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0050173;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:6,9:7,6 +chr15 57738279 . ATT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.048951;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,6:3,3:0,3 +chr15 58283455 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0045748;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:4,8:4,4 +chr15 59600806 . AT A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.046347;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:10,1:13,5 +chr15 59600919 . A AT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.043416;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:11,3:8,5 +chr15 60613696 . C CTGTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:5,4:2,2 +chr15 60763065 . A ATTTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 +chr15 61456541 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00069544;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:29,17:10,10:19,7 +chr15 62742024 . G T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,8:2,5:2,3 +chr15 62750256 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00018832;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:13,9:13,5 +chr15 63202277 . C CA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00093315;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,16:7,10:12,6 +chr15 63789151 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,4:6,3 +chr15 64645012 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:0,1:8,8 +chr15 64953802 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.029135;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,2:8,7 +chr15 65142928 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:8,2:3,6 +chr15 66079512 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:1,1:7,3 +chr15 66966775 . T TTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:1,2:5,2 +chr15 67045069 . C CTATTTATTTATT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:3,2:6,2 +chr15 67418577 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 +chr15 68798260 . TCTCCAGTGTTACTATTCAGA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02791;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,4:11,2 +chr15 68798282 . A AATT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.028465;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:14,4:11,1 +chr15 68798283 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.019947;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:15,4:12,2 +chr15 68883630 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.080194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,5:14,3:12,2 +chr15 68939156 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.3706e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:13,4:8,10 +chr15 69255138 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.021615;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:15,5:14,2 +chr15 70792750 . C CTTTCTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,8:2,3:8,5 +chr15 70827305 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013375;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,7:4,2 +chr15 72130557 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.22398;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:9,3:4,1 +chr15 74071858 . A C 0 PASS DP=311;GPV=1;SPV=0.040856;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:142,26:54,11:88,15 +chr15 74818014 . G GA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:14,7:6,1 +chr15 75090710 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.006192;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:1,4:3,1 +chr15 77738758 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0034214;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,7:6,3 +chr15 77743790 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02531;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,6:6,5 +chr15 77951781 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:14,4:22,5 +chr15 78909032 . G GTTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,10:2,7:3,3 +chr15 79828226 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,4:11,1:15,3 +chr15 80152658 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.54545;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:7,2:0,0 +chr15 81692901 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:9,3:3,1 +chr15 82307797 . GGTAAAGGAGTGGGAGAGCTTTCAGGGAACGGCAGAACC G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.070174;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,4:14,1 +chr15 82488442 . A AG 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.04422;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:14,7:10,5:4,2 +chr15 83229856 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.041793;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,3:9,1 +chr15 83874351 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.995e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:21,21:6,4:15,17 +chr15 83883142 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.046683;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,5:11,3:5,2 +chr15 85359195 . C CAAAAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:5,4:6,2 +chr15 86396245 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:6,4:2,1:4,3 +chr15 90374581 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.012749;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:5,5:2,1 +chr15 91655974 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.001113;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:13,11:13,7 +chr15 92162133 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,6:2,1 +chr15 92850801 . ATT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037194;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,5:5,2 +chr15 92874879 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=6.3565e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:6,5:8,8 +chr15 94213325 . TA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045366;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:10,3:8,8 +chr15 95268394 . T TTG 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0092175;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,13:10,6:6,7 +chr15 95309358 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:11,1:11,5 +chr15 95439722 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0032114;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:7,7:4,1 +chr15 95762823 . T G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0010521;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:14,8:9,6 +chr15 95796709 . A AG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18039;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:16,3:4,1 +chr15 96472595 . GA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:13,14:6,11:7,3 +chr15 97124918 . AAAAAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,6:8,3:7,3 +chr15 97336448 . T TTC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15847;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,2:11,3 +chr15 98467626 . A AAAAATGTTT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0020977;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,14:7,5:10,9 +chr15 98537039 . AAAGGGAAGGGAAGGGAAGGG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,5:7,4:1,1 +chr15 98593638 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:7,7:3,1 +chr15 99319659 . G GTT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.0636e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,21:7,10:6,11 +chr15 99973989 . C CAGAATAAAGCCTTT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.040223;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,3:16,6 +chr15 100458206 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.9336e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:9,11:12,7 +chr15 100467837 . GTA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,4:16,2:9,2 +chr15 100667845 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00016163;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:21,8:13,5 +chr15 100939255 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=8.2383e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,19:9,6:13,13 +chr15 101757944 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.059824;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,3:15,1 +chr15 101908220 . T TCC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:26:0,7:0,3:0,4 +chr16 329272 . CAAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:2,4:5,4 +chr16 837840 . TTTC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.004158;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,7:9,1 +chr16 859186 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.028067;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,5:10,4 +chr16 917480 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00072423;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:15,6:8,4 +chr16 1217108 . G A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.015797;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:27,3:21,4 +chr16 2795130 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,2:5,4 +chr16 2851650 . C CAAAAAAAAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,8:5,1 +chr16 3814215 . CTGTG C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.00070363;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:3,12:3,8:0,4 +chr16 4211669 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0264;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:6,5:10,4 +chr16 4584354 . A ATTTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:1,1:5,5 +chr16 4809188 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,9:4,8:5,1 +chr16 5203355 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:12,3:1,5 +chr16 5669422 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,12:5,10:0,2 +chr16 5718941 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0055747;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:12,8:7,6 +chr16 7341720 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,1:7,1 +chr16 8008927 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.061499;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:13,2:14,4 +chr16 10109031 . AAAAAC A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,3:8,1 +chr16 11419177 . AAAC A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0071642;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:11,4:8,10 +chr16 11831582 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:5,2:6,2 +chr16 12768867 . C CTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.02502;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,7:9,2 +chr16 12964384 . G GT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0064629;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,15:8,11:6,4 +chr16 12997410 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03942;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:10,7:6,1 +chr16 13015906 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4 +chr16 13672033 . GAC G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00010076;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:14,5:11,7 +chr16 14984027 . G T 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.030074;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:64,16:37,7:27,9 +chr16 15175445 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.016688;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:36,17:16,8:20,9 +chr16 15205476 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,1:14,3 +chr16 15354699 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.046683;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,5:6,2:10,3 +chr16 15370422 . T TCA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0079779;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:12,8:12,5 +chr16 15900355 . A ATTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:3,2:5,4 +chr16 15990816 . A ATTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,8:3,3:2,5 +chr16 16368457 . A G 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.011997;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:47,6:26,1:21,5 +chr16 17039743 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00017085;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:35,17:12,9:23,8 +chr16 17750759 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,8:2,1:4,7 +chr16 17932390 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0012439;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:18,7:18,4 +chr16 18089694 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:4,3:1,6 +chr16 18100039 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0032976;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:16,3:12,8 +chr16 18248812 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.026257;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:15,2:11,3 +chr16 19181999 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0074524;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:11,10:1,2 +chr16 20242017 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:6,3:4,1:2,2 +chr16 21587186 . A ATATAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:5,5:7,5 +chr16 21874887 . G A 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.016836;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:44,10:21,5:23,5 +chr16 22356949 . AAAAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:8,3:5,2 +chr16 22447928 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 +chr16 22541751 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.02202;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:11,6:18,5 +chr16 23040714 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:6,3:8,1 +chr16 23109841 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0013324;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,12:5,6:3,6 +chr16 23260121 . GGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:4,4:0,0 +chr16 23277615 . CAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0027387;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,8:0,7:2,1 +chr16 23437888 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0046274;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:13,2:21,8 +chr16 23553896 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.043687;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,14:12,9:7,5 +chr16 23726071 . CTG C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0086957;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:4,5:1,1 +chr16 24049257 . C A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:12,2:11,2 +chr16 24615462 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.029275;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:14,5:20,1 +chr16 25640694 . AAGTACAC A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0075593;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,4:14,2 +chr16 25828296 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:4,1:1,1 +chr16 26509225 . G GAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.023137;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,10:10,8:5,2 +chr16 26950190 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0014217;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:20,10:18,4 +chr16 27187399 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.057558;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:19,3:17,2 +chr16 27842101 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,1:7,3 +chr16 28140694 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,5:6,2:6,3 +chr16 28918068 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.016351;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,5:9,3 +chr16 28918076 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.022461;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:9,6:11,3 +chr16 29285970 . G GTTT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0084125;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,11:11,8:6,3 +chr16 29756688 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,2:4,1:3,1 +chr16 30049781 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.036325;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:18,2:12,3 +chr16 30141432 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,6:4,1 +chr16 30244008 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.042203;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:31,4:3,0 +chr16 30850209 . CA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.034541;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:10,9:12,1 +chr16 31105371 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.012926;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:30,2:3,6 +chr16 31670582 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025729;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,3:11,2 +chr16 31736517 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.040398;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:3,7:9,3 +chr16 32111730 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.022505;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:14,6:21,1 +chr16 32116657 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0042869;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:10,1:14,8 +chr16 32824134 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.025256;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:15,3:17,2 +chr16 33033898 . C A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.015731;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:56,14:35,12:21,2 +chr16 33822591 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.22398;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:8,3:5,1 +chr16 33921319 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011528;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:12,4:1,3 +chr16 34060541 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.018682;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:24,8:12,1 +chr16 34165392 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.041086;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:22,6:18,7 +chr16 34288419 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:12,1:4,3 +chr16 36093993 . G A 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.043365;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:63,7:24,1:39,6 +chr16 36106679 . T C 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.009971;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:53,18:35,10:18,8 +chr16 36678218 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.29588;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:10,1:8,2 +chr16 36750942 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:10,2:0,4 +chr16 37335382 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0013413;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:3,1:29,9 +chr16 38267947 . T C 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.038711;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:78,19:51,2:27,17 +chr16 46386931 . T C 0 PASS DP=11044;GPV=1;SPV=0.0087432;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:6613:5937,671:3513,300:2424,371 +chr16 46386999 . A G 0 PASS DP=13419;GPV=1;SPV=3.1864e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:6785:6054,731:3430,367:2624,364 +chr16 46389736 . C T 0 PASS DP=14190;GPV=1;SPV=0.013955;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7169:6353,776:3885,330:2468,446 +chr16 46391132 . T C 0 PASS DP=15216;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7698:6838,788:1845,207:4993,581 +chr16 46460236 . T C 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.019249;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:77,23:52,9:25,14 +chr16 46486268 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0010012;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,4:7,4 +chr16 46975040 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049096;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,2:9,2 +chr16 47860058 . TAC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:13,3:14,1 +chr16 49729639 . CTAT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.020181;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,5:5,5 +chr16 50108803 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0052889;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:17,8:1,1 +chr16 50417312 . A ATGCGTGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0039567;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,12:7,5:4,7 +chr16 51134127 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.032422;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:22,2:7,4 +chr16 52014585 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.035509;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:7,7:9,6 +chr16 52803772 . AAG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.071753;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,1:5,3 +chr16 54745473 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.10871;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:22,3:18,2 +chr16 55086179 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00022484;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:11,10:11,3 +chr16 55770105 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.058443;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,5:9,3:9,2 +chr16 56021703 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,4:1,1:5,3 +chr16 56256720 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,5:6,3:9,2 +chr16 56740171 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.039456;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:14,5:16,1 +chr16 56815902 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:14,2:7,3 +chr16 57030382 . A AGATGGATGGATG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.086046;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,8:5,6:13,2 +chr16 57311487 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,5:2,2:5,3 +chr16 57628903 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15091;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:9,1:12,4 +chr16 58421385 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0074921;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:16,3:11,6 +chr16 59258541 . T G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:5,6:11,4 +chr16 60007186 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,2:6,2 +chr16 60007188 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,3:6,2 +chr16 60490959 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.023295;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:17,2:14,4 +chr16 60774449 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.090497;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:14,3:9,2 +chr16 60895417 . CATTTATTT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00595;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:12,6:9,5 +chr16 60895426 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0081718;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:10,7:10,5 +chr16 60910286 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018485;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:6,9:4,1 +chr16 61960119 . ATGTG A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.046863;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:29,10:15,5:14,5 +chr16 62779476 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,3:6,1 +chr16 64575222 . GC G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00098594;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:16,5:17,6 +chr16 64625946 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:16,3:18,2 +chr16 66199028 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,3:12,1 +chr16 66384078 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:0,1:7,4 +chr16 67130346 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.023188;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,2:3,4 +chr16 67370630 . CAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0031702;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:7,11:2,3 +chr16 67794864 . A T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00055217;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:3,5:5,8 +chr16 67803650 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011437;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:9,5:3,1 +chr16 68601090 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0021563;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:6,8:3,3 +chr16 68787825 . A ATTTTTTTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.23178;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,2:16,2 +chr16 69103003 . ATGTG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,8:3,5:1,3 +chr16 69207215 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.003036;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:11,9:15,3 +chr16 69952303 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.016694;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:8,8:15,4 +chr16 70179149 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,3:10,2 +chr16 71133955 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.033359;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:18,3:16,2 +chr16 71584459 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,5:7,2:10,3 +chr16 71898370 . G GA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02882;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:10,5:4,1 +chr16 72882977 . GGT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.044074;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:13,6:5,2 +chr16 73105370 . CAT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 +chr16 73603772 . C CTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0096618;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,5:3,2 +chr16 73682940 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:12,4:3,2 +chr16 74110141 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.016839;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:12,5:11,3 +chr16 74409270 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028787;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:13,4:16,7 +chr16 74411066 . T G 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.0035276;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:78,15:39,11:39,4 +chr16 74837934 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.13122;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,3:13,2 +chr16 78010669 . A AAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.010905;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,7:6,3:10,4 +chr16 78159672 . GT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0035224;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:7,8:5,2 +chr16 78422758 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,4:7,1:4,3 +chr16 79289854 . A ATTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:4,5:6,3 +chr16 80093544 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0035775;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:10,1:12,6 +chr16 81419489 . TTAAAAA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0021827;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:11,6:9,7 +chr16 82345628 . AT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025729;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:14,2:9,3 +chr16 82627341 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.047937;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:18,10:3,6:15,4 +chr16 84051475 . G GC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16089;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,3:10,1 +chr16 85288290 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=7.7636e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:10,9:11,5 +chr16 86128278 . A ATTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:2,4:6,3 +chr16 86464582 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:2,3:3,5 +chr16 86694506 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.0638e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:8,9:15,6 +chr16 88292798 . C CAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,8:5,7:3,1 +chr16 88565653 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00010896;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:11,8:5,3 +chr16 88729697 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,4:10,3 +chr16 88729827 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.069135;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:20,2:7,2 +chr16 88794460 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.12152;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:10,5:8,1 +chr16 89677606 . G GAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:4,7:5,1 +chr16 89885002 . G GC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,3:4,4 +chr16 89976561 . G GTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.082922;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:13,5:5,1 +chr16 90120777 . T C 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.01402;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:54,13:15,5:39,8 +chr16 90120924 . CTA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:1,0:15,4 +chr16 90172845 . CAAA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.23453;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,4:15,3:10,1 +chr16 90226065 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.037715;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:13,2:18,7 +chr17 595251 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:8,4:2,4 +chr17 987235 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,4:1,3:5,1 +chr17 1415477 . CTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0055997;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,5:3,4 +chr17 1704223 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:8,3:4,1 +chr17 2217587 . AGCAAAG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0073497;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:12,4:8,5 +chr17 2217595 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01758;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,4:6,4 +chr17 2454563 . A AT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0093841;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,6:5,4 +chr17 2531534 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00079441;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:12,5:15,7 +chr17 2541168 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,3:3,4 +chr17 2825751 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.047273;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,2:8,2 +chr17 3058740 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.084679;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,2:7,3 +chr17 3254642 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.027664;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:9,6:7,4 +chr17 4652833 . G GGA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,8:5,7:3,1 +chr17 4852020 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 +chr17 4857195 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.6836e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:11,11:14,8 +chr17 5369906 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.001305;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:9,6:16,2 +chr17 5717301 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:6,2:16,2 +chr17 5856042 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0075805;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:5,3:9,2 +chr17 6482060 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,4:4,2 +chr17 6929272 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.0078e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:3,7:14,12 +chr17 6976470 . GCGAAAC G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0033765;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:13,3:11,4 +chr17 7190077 . GA G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,4:3,3 +chr17 9289793 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.053561;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:18,2:18,3 +chr17 9729234 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.010005;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:18,6:16,4 +chr17 10461933 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.011827;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:14,6:14,2 +chr17 10744042 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.077418;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:6,3:18,2 +chr17 13368851 . G GAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:3,4:4,2 +chr17 13584551 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.059571;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:13,4:4,4 +chr17 13782415 . C CAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.010217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:3,6:2,1 +chr17 14151526 . AACACACACAC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0074142;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,13:3,7:2,6 +chr17 14440191 . G GGAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:10,7:1,2 +chr17 14753594 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.09797;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:24,2:17,3 +chr17 15242251 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.01458;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:7,9:5,1 +chr17 15665402 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.018751;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,8:15,1 +chr17 15673794 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.037304;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:40,13:27,2:13,11 +chr17 16340427 . A ATTTTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:2,3:4,1 +chr17 16796879 . C CT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0037453;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,11:9,8:7,3 +chr17 17878452 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0014418;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:14,8:17,4 +chr17 18368399 . C A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.2099e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:13,8:12,10 +chr17 18398680 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.042853;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:14,6:19,7 +chr17 18661275 . CAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0069323;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,8:3,5:1,3 +chr17 18679197 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00025694;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:15,9:11,7 +chr17 18679198 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.9747e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:16,10:10,8 +chr17 21346975 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.069447;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:27,2:16,4 +chr17 21424791 . T TA 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.03763;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,10:14,7:20,3 +chr17 21432479 . AC A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.021284;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:22,3:20,9 +chr17 21626815 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,3:1,1 +chr17 21849662 . A G 0 PASS DP=251;GPV=1;SPV=0.029297;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:119,20:51,15:68,5 +chr17 21991867 . A AGGAATGGAAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0078215;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:3,4:6,4 +chr17 22149474 . CT C 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.011233;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:80,20:44,10:36,10 +chr17 22153548 . T TA 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.073628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:35,5:20,3:15,2 +chr17 22745558 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049096;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,2:8,2 +chr17 22882295 . G T 0 PASS DP=295;GPV=1;SPV=0.017626;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:142,17:96,15:46,2 +chr17 22882296 . A T 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.033148;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:143,18:95,14:48,4 +chr17 22884020 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.055873;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:15,2:35,4 +chr17 22915550 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034921;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 +chr17 22985684 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:9,3:6,2 +chr17 22997213 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,3:1,1 +chr17 23172989 . G C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0025892;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:39,15:27,13:12,2 +chr17 26577119 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041126;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:6,1:9,4 +chr17 26579154 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:2,2:3,1 +chr17 26730150 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:26,1:15,4 +chr17 26743321 . C T 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.017577;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:114,21:69,15:45,6 +chr17 27077935 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0015164;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,3:9,7 +chr17 27637752 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.031612;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:26,7:15,1 +chr17 29236531 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027027;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:5,3:11,3 +chr17 30189852 . GTATTTTT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.062192;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,2:8,4 +chr17 30439368 . C CTTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,7:4,5:1,2 +chr17 30943848 . AAAAT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.021798;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,4:5,3 +chr17 31483196 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,2:4,1:3,1 +chr17 32025030 . G GTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:5,4:4,1 +chr17 32614072 . A AT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0032037;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,12:1,10:4,2 +chr17 32948034 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.29549;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:2,3:18,1 +chr17 33094106 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.014944;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:18,4:21,4 +chr17 35963052 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,13:11,8:1,5 +chr17 35974455 . C CACCTATATATATATAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,2:10,2 +chr17 36271647 . AT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,2:17,2 +chr17 36402265 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:1,5:5,2 +chr17 37202712 . TACAC T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:0,2:0,0:0,2 +chr17 37453759 . ATTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:13,3:1,1 +chr17 37895642 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr17 37912651 . CAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,3:1,1 +chr17 38258518 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.10359;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:10,3:19,1 +chr17 39280235 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:7,7:2,1 +chr17 40501685 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0032628;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:15,2:16,6 +chr17 40640666 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=7.8889e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:10,6:13,8 +chr17 41084542 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,2:9,2 +chr17 41109461 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.035223;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:16,7:18,5 +chr17 41220267 . G GA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,4:9,4:0,0 +chr17 41310356 . A AG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0099465;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:16,5:9,6 +chr17 41719890 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,8:1,5:3,3 +chr17 42965126 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,2:1,1:2,1 +chr17 43361367 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.070897;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,2:10,3 +chr17 43842922 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1338e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:11,9:7,6 +chr17 43851133 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045694;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,6:8,5:5,1 +chr17 44652655 . A AAAAAAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0038981;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:7,5:9,2 +chr17 44729683 . T TAC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:4,4:5,2 +chr17 45035480 . T TA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:2,4:4,4 +chr17 45276823 . C CTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,5:10,3:6,2 +chr17 45619471 . TC T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029113;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:4,5:14,5 +chr17 45882230 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.016617;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:6,9:5,2 +chr17 46046840 . T TA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,8:2,6:3,2 +chr17 46775609 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,3:6,1 +chr17 46845785 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:4,3:3,1 +chr17 47530351 . GT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,8:6,5:3,3 +chr17 48089102 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,12:4,10:1,2 +chr17 48103734 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0064629;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:7,9:7,3 +chr17 48143189 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:1,6:2,1 +chr17 48213350 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0024977;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,8:7,7:4,1 +chr17 48385938 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00027241;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,5:7,5 +chr17 48728883 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,4:8,1:8,3 +chr17 49024083 . A AT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.032107;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:6,2:0,3 +chr17 49265122 . T TTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.26316;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,3:7,1:16,2 +chr17 49347736 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,2:3,1:0,1 +chr17 50442326 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:4,1:3,1 +chr17 50623263 . A AT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:5,7:5,4 +chr17 52559818 . A ATGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0070965;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,14:3,5:4,9 +chr17 52564848 . T TAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,10:6,3:1,7 +chr17 53700738 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.16084;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,5:5,3:17,2 +chr17 54632086 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,2:5,5 +chr17 56192869 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.003085;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:11,3:3,7 +chr17 56671696 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,4:1,2:2,2 +chr17 59409693 . C G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=7.7505e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:16,4:14,10 +chr17 59860012 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.049793;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:7,4:11,4 +chr17 60142207 . CAAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:5,6:2,2 +chr17 61561201 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.04108;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:21,4:14,2 +chr17 62691771 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016464;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:15,4:5,2 +chr17 62734552 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.012731;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:13,4:12,3 +chr17 62962865 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,10:4,5:1,5 +chr17 63300958 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.2361e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:11,7:12,11 +chr17 63740107 . T TATATATATATATATATACAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,4:4,3:7,1 +chr17 64929079 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:25,4:14,7 +chr17 65015662 . T TAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,9:2,1:3,8 +chr17 65031890 . G GAGAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:4,6:6,3 +chr17 66470190 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,6:4,5:5,1 +chr17 66587869 . ATG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:10,3:7,1 +chr17 67782954 . A AATATATATATATAT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.04668;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,9:5,6:15,3 +chr17 67944240 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.000638;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:21,4:13,9 +chr17 68000292 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,2:3,1:3,1 +chr17 70482847 . A AG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0041541;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,8:9,5:6,3 +chr17 71424528 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00031133;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:13,6:14,7 +chr17 71447533 . T TTATATATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:4,3:2,5 +chr17 71490902 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.5051e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,18:10,9:11,9 +chr17 71654194 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.25968;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 +chr17 71940992 . A ATTTG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.044074;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,5:9,3 +chr17 71950356 . T TTC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.056405;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,1:13,3 +chr17 72368737 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,1:10,3 +chr17 72368800 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,3:8,1 +chr17 72754051 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,8:8,2:2,6 +chr17 72882799 . T TTTTTTTTTTTTCTTTTTC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:2,3:5,3 +chr17 73320702 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0018783;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,3:14,5 +chr17 74169302 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,3:11,1 +chr17 74332218 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,10:5,6:3,4 +chr17 74515870 . G GATATATATATATAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.09062;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,3:5,1 +chr17 76298181 . A ATTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,9:3,3:2,6 +chr17 76984386 . TAAA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0021686;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:8,4:10,7 +chr17 77141369 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:2,1:7,7 +chr17 77383182 . TTCTCTCCC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11424;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:7,3:8,3 +chr17 77988752 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.11412;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:14,2:21,2 +chr17 80024394 . GAC G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033228;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,4:14,2 +chr17 80097900 . AAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0035566;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:5,2:7,7 +chr17 80634201 . CTG C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0041266;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:6,4:10,7 +chr17 80689350 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00060445;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:14,7:14,2 +chr17 81177240 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:1,8:5,1 +chr17 82471791 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:4,3:10,2 +chr17 82829999 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:3,3:1,1:2,2 +chr17 83134778 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.027763;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:18,4:11,3 +chr17 83214281 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0084599;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:9,5:4,3 +chr17 83217917 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.013798;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:4,8:23,2 +chr18 555540 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0025765;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:12,6:15,8 +chr18 599947 . C CAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020223;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,11:8,6:8,5 +chr18 608500 . AAAAC A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.025579;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:13,7:9,5 +chr18 645810 . A ATAT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:2,2:5,2 +chr18 2584287 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,9:8,5:4,4 +chr18 2678251 . CTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.059981;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,6:6,3:14,3 +chr18 2889133 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 +chr18 3598465 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0081016;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,12:8,10:3,2 +chr18 3600680 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036036;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,3:9,1 +chr18 3602593 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.019162;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,6:5,1 +chr18 7044162 . CAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,5:4,1 +chr18 7228952 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:10,4:2,1 +chr18 7746638 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00015597;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:7,7:12,8 +chr18 7985437 . GTATA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.077418;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:12,4:12,1 +chr18 8653545 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.028009;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,8:9,7:1,1 +chr18 9310495 . A ATTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,5:4,4:3,1 +chr18 9386260 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00086348;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:14,8:17,6 +chr18 10171803 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0099161;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,7:3,6:4,1 +chr18 10196534 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0088578;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:1,7:1,3:0,4 +chr18 10788427 . AAAGG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.020875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,9:3,5:6,4 +chr18 11492817 . G GTGTGT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:6,12:1,7:5,5 +chr18 11492818 . GATAGATAGATAGA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,12:1,7:5,5 +chr18 11616252 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:4,2:6,2 +chr18 12230663 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0043077;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:5,9:8,2 +chr18 12958064 . CTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,2:5,3 +chr18 13370715 . T TTTTTTTTTTTTTTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:4,1:6,3 +chr18 14722118 . G C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,2:0,3 +chr18 15363671 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.15352;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,2:18,2 +chr18 15477796 . T G 0 PASS DP=254;GPV=1;SPV=0.020836;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:146,23:6,1:140,22 +chr18 15506211 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.050152;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:1,0:19,4 +chr18 15519375 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:2,0:20,4 +chr18 15540844 . G C 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.029466;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:81,16:32,11:49,5 +chr18 15576003 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 +chr18 15608486 . A G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.04428;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:52,9:46,8:6,1 +chr18 15638824 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19365;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:33,4:0,0 +chr18 15671242 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 +chr18 15683167 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:16,4:1,0 +chr18 15721901 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.014346;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:20,5:13,8 +chr18 15872075 . T G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.037731;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:12,3:44,8 +chr18 16113970 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 +chr18 16226236 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:1,0:17,4 +chr18 16262949 . C A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:0,0:17,4 +chr18 16438479 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:0,0:22,4 +chr18 16484155 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048244;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:6,2:21,4 +chr18 16931632 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:0,0:21,4 +chr18 17213738 . G C 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.00088281;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:80,14:56,11:24,3 +chr18 17213876 . C G 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.012647;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:75,18:21,9:54,9 +chr18 17413566 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27277;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:19,4:2,0 +chr18 18124860 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.093821;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:16,1:5,6 +chr18 18693208 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:22,4:0,0 +chr18 18745300 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 +chr18 19324556 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.047782;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:23,4:0,0 +chr18 19334057 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 +chr18 19669683 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15761;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:26,2:9,2 +chr18 19921088 . C T 0 PASS DP=215;GPV=1;SPV=0.01571;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:95,18:9,5:86,13 +chr18 20081322 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16366;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:4,3:16,2 +chr18 20242118 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.056683;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:6,1:22,4 +chr18 20744710 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.05717;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:20,4:12,1 +chr18 20767030 . G A 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.038258;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:55,12:31,5:24,7 +chr18 21003903 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.1152e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:5,11:19,6 +chr18 21221838 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00013614;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,4:12,8 +chr18 21322186 . A C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.014944;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:23,2:11,4 +chr18 21389333 . G GTTTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,6:8,4:4,2 +chr18 21886258 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.051974;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,3:16,2 +chr18 24116819 . G GT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,6:2,1 +chr18 24562425 . A AATATTAAAAGATGATTTTAAAATG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.022677;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:16,4:9,2 +chr18 25996366 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,10:3,9:3,1 +chr18 26508705 . ATATTTC A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0048849;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,14:6,7:9,7 +chr18 26673929 . CAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr18 30307766 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0020937;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:12,8:16,4 +chr18 30449261 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=4.0251e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:10,3:11,9 +chr18 31352508 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:19,3:8,1 +chr18 31406903 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00029111;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:5,5:8,9 +chr18 32174185 . C CCA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.30914;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,4:16,2:5,2 +chr18 33394943 . GTATATA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,6:2,2 +chr18 34199145 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,3:3,4 +chr18 34378476 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.014587;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:9,2:13,4 +chr18 34908494 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,4:5,1 +chr18 35160497 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.004949;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,11:6,7:7,4 +chr18 35281533 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0011798;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:14,4:9,8 +chr18 35517882 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0021552;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:16,5:17,6 +chr18 36076876 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.22175;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,5:4,2:13,3 +chr18 36792027 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.010567;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,8:10,7:4,1 +chr18 37082166 . A ATT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:8,7:3,1 +chr18 37332729 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=9.9379e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,5:6,8 +chr18 37364252 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.5288e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:7,7:10,7 +chr18 37995127 . A T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:2,4:4,1 +chr18 38339263 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00010748;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:6,3:13,8 +chr18 38339635 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00031429;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:9,8:13,3 +chr18 39129371 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.036816;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:5,6:12,1 +chr18 39971006 . TTA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:11,3:13,4 +chr18 40397519 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0010058;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:15,8:14,5 +chr18 40601153 . A AT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.090128;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,6:13,2:16,4 +chr18 42312057 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00029342;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,4:6,5 +chr18 42476389 . T G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.03514;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,5:6,2:11,3 +chr18 43404148 . GTA G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:3,1:0,1 +chr18 44457096 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00043522;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,4:8,3 +chr18 44457097 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0016713;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:5,4:10,2 +chr18 47328804 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:11,2:6,3 +chr18 48457995 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,10:12,9:2,1 +chr18 49292355 . G GACACAC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,7:12,6:2,1 +chr18 49298795 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0001375;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,3:11,8 +chr18 54619461 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0081488;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:18,2:21,7 +chr18 54739456 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0027397;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,10:5,9:4,1 +chr18 56262775 . G GTATATACATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,4:5,1 +chr18 56262778 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,4:4,1 +chr18 57393915 . AAGAAAGAAAAAGAAAG A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.040114;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,6:15,3:5,3 +chr18 57949913 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=7.9781e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:11,6:10,8 +chr18 58115245 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,6:6,2 +chr18 58480510 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,6:3,4 +chr18 58905403 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0016018;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:5,7:1,2 +chr18 59248682 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=2.3802e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:4,12:3,5:1,7 +chr18 59879236 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.11202;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,1:13,4 +chr18 62444492 . C CAAAAAAAAAA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.007843;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,11:16,9:7,2 +chr18 62521989 . TAA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:3,6:4,2 +chr18 65500304 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.042547;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:13,5:6,3:7,2 +chr18 65696775 . CAAACCAA C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.5397e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:11,7:16,8 +chr18 66453549 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00015854;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:17,7:7,7 +chr18 66468026 . AT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 +chr18 66524569 . T TATATATATATAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:5,3:8,3 +chr18 67776316 . ACACACATCTATC A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.065116;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 +chr18 68114184 . T TA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:5,9:5,1 +chr18 68885588 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00066023;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,6:7,4 +chr18 69416181 . C G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.33939;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,3:5,3:0,0 +chr18 70416410 . CAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013387;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,7:5,6:3,1 +chr18 71265887 . C CACACACACACACACAT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.043302;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,13:12,6:15,7 +chr18 74029253 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.0067873;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,4:1,2 +chr18 74263146 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.028534;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,8:10,6:3,2 +chr18 75988054 . A AAAT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:20,4:13,2 +chr18 76545276 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0013797;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:3,11:3,7:0,4 +chr18 77084428 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:6,4:0,1 +chr18 77258636 . ATGG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,2:5,3 +chr18 77690521 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,2:2,2 +chr18 78513235 . A C 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.030951;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:66,9:38,6:28,3 +chr18 78818327 . TG T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13742;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,2:14,2 +chr18 78840400 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018244;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,2:2,4 +chr18 79435356 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.1253;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:18,1:14,4 +chr18 79732517 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 +chr18 79742081 . AGAGGCCTGGGGGCAGCAGAGGAGGCATGAGGTG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,3:7,1 +chr18 80033994 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:1,3:7,1 +chr19 160613 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.052773;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:7,1:25,4 +chr19 274374 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0046784;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,11:3,7:3,4 +chr19 895257 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,6:6,4 +chr19 962513 . C CTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.041461;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,7:7,5:10,2 +chr19 2321098 . GC G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.053635;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:10,3:21,2 +chr19 2605507 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:7,4:10,3 +chr19 3363275 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,3:2,1:1,2 +chr19 3954562 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1 +chr19 4475891 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=7.8301e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:8,5:3,10 +chr19 4568915 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0072004;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:9,7:4,2 +chr19 5324226 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:12,4:1,0 +chr19 5409321 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010783;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,6:10,4 +chr19 6192071 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,7:0,6:4,1 +chr19 6288169 . C CTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040535;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,7:6,1 +chr19 7036981 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048297;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,1:10,6 +chr19 7037326 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,3:4,2 +chr19 7152391 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.17768;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:11,2:18,2 +chr19 7437635 . A ATTTCTTTTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.025544;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:8,4:16,7 +chr19 7605147 . G GGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.036132;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:5,3:11,5 +chr19 7736445 . TTTCCTTCC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0071642;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:6,2:13,12 +chr19 8235007 . C CTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:1,4:1,1 +chr19 8587333 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:4,2:6,2 +chr19 8617496 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0010146;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:18,3:8,9 +chr19 8774409 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.047407;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,5:21,3:7,2 +chr19 8780062 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.073644;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:11,3:36,4 +chr19 9108117 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:3,3:2,1 +chr19 9416663 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,2:6,2 +chr19 9619920 . TC T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.036334;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:25,4:19,2 +chr19 9877543 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,2:2,1:3,1 +chr19 10253470 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026224;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,6:3,2:1,4 +chr19 10439982 . C CTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0082728;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,8:7,2 +chr19 10860840 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.036085;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:15,6:4,2 +chr19 11533899 . T TA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0061425;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:11,2:2,5 +chr19 11605080 . C CTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:6,3:2,1 +chr19 11825791 . C CTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00504;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,7:6,6:7,1 +chr19 12506933 . CAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,3:4,1 +chr19 12602081 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:18,2:8,4 +chr19 13334593 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:2,2:6,3 +chr19 14689100 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.01933;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,5:11,3 +chr19 15088907 . CAGAT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,5:5,3 +chr19 15088982 . TG T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,3:2,1 +chr19 15099150 . AAAGGG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:11,1:9,3 +chr19 16061298 . T TTTTTTTAAACAGGATC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00033903;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:9,8:4,4 +chr19 17031553 . C CGT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.063391;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:13,5:11,1 +chr19 17370001 . T TA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.040129;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:12,6:8,4 +chr19 17754131 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.9329e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:11,6:11,7 +chr19 17918501 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,2:11,2 +chr19 18222657 . TTCTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,10:0,4:5,6 +chr19 18902360 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.4482e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,5:9,7 +chr19 18937308 . T TAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0008238;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:4,7:1,1 +chr19 20163916 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010901;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:7,10:8,2 +chr19 20249584 . T TTC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.037194;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:5,4:11,3 +chr19 21482642 . C CAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:4,4:6,2 +chr19 21535437 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.29987;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,1:15,3 +chr19 21548710 . ATTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:7,3:4,2 +chr19 22783712 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00035871;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:15,11:14,7 +chr19 22991841 . TG T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,7:6,6 +chr19 23413237 . C CTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.021615;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:9,4:5,3 +chr19 24400418 . C T 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.017809;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:72,22:32,14:40,8 +chr19 24402598 . ACT A 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.0096107;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:69,18:35,9:34,9 +chr19 24435868 . C G 0 PASS DP=299;GPV=1;SPV=0.031613;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:171:148,23:41,11:107,12 +chr19 24436165 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.082694;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:6,3:39,2 +chr19 24438581 . G A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.042011;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:75,16:35,7:40,9 +chr19 26389831 . A C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 +chr19 27354774 . T C 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0043657;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:95,32:49,13:46,19 +chr19 28206805 . AAAGG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,7:2,2:6,5 +chr19 29151695 . G GAGAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.26815;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,3:9,2:9,1 +chr19 29423409 . A ATG 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.012239;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,6:7,3:9,3 +chr19 29426679 . GT G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:8,6:11,4 +chr19 31354256 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.086665;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:24,3:19,2 +chr19 31530696 . G GA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,10:6,9:13,1 +chr19 32399209 . G GA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,8:3,7:2,1 +chr19 32511717 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034367;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,4:9,1 +chr19 32591635 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.12674;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:16,4:26,1 +chr19 32591639 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.09386;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:15,5:25,1 +chr19 33618669 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1 +chr19 33876432 . C CAAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10733;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:6,5:4,1 +chr19 34101461 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.055222;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:12,3:10,1 +chr19 36253979 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0059495;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:20,5:15,5 +chr19 36281823 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:16,4:0,0 +chr19 36281824 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 +chr19 36281826 . C CAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 +chr19 36491329 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.040749;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:17,12:12,2 +chr19 37294646 . G A 0 PASS DP=1989;GPV=1;SPV=0.010233;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:1137:1016,121:301,51:715,70 +chr19 38240318 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0043101;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,4:5,3 +chr19 39102118 . T TCACACACACACA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.083787;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:14,2:8,4 +chr19 39121578 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:9,4:0,0 +chr19 39255782 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,5:5,1 +chr19 39794164 . C CAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.020557;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:7,5:3,1 +chr19 39886594 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.061837;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,5:14,3:26,2 +chr19 40183967 . CA C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0054076;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:7,6:10,7 +chr19 40317715 . C CTGTTTTTTTTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.021089;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,11:10,6:5,5 +chr19 40418215 . CT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:4,8:0,1:4,7 +chr19 40695350 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.099229;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:15,1:11,4 +chr19 40781308 . AAATG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0076667;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:6,4:2,3 +chr19 41060381 . A AAGAAAGATAGATAGATAGATAGAT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.04669;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,7:13,3:5,4 +chr19 41103469 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.13808;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:24,2:11,2 +chr19 41909699 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010119;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:11,7:18,3 +chr19 42615273 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0018992;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:8,5:12,5 +chr19 42816574 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.04391;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,11:24,6:18,5 +chr19 43393074 . G GGGAAGGAAGGAAGGAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,7:10,5:3,2 +chr19 43568977 . TA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.001098;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:7,8:5,7 +chr19 43709954 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0068571;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,3:8,3 +chr19 43786294 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:7,2:3,1:4,1 +chr19 44016948 . CTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,5:4,2 +chr19 44719936 . C CACACACAT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:0,3:0,0:0,3 +chr19 44764193 . AG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:17,4:1,0 +chr19 45325902 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.11976;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,5:12,4:4,1 +chr19 46129307 . TTG T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.038543;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:14,10:9,3 +chr19 47051638 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0048053;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:9,11:15,3 +chr19 47368298 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr19 47431677 . AAAAC A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:2,1:3,1 +chr19 47579397 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.049139;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,4:9,2 +chr19 47774924 . A AT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:3,5:6,2 +chr19 47938818 . A C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0032151;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:2,6:0,1 +chr19 47963898 . TTTTCTTTTC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.06407;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2 +chr19 48543966 . A AGC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.20757;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:14,3:1,0:13,3 +chr19 48684183 . G GA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:8,6:3,2 +chr19 48729709 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,5:2,2:0,3 +chr19 49742496 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02043;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,3:5,4 +chr19 50133090 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.086635;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:17,1:7,4 +chr19 50172889 . GA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0041488;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:7,7:7,3 +chr19 50277917 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.02275;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,6:10,3 +chr19 50641888 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0019875;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:14,5:8,3 +chr19 50786867 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.008557;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:9,6:5,6 +chr19 50918309 . T TTAGA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.019608;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,11:14,7:11,4 +chr19 51405410 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.28173;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:11,4:7,3:4,1 +chr19 51854496 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049275;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,4:7,2 +chr19 52508893 . ATTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042556;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:8,4:4,3 +chr19 52695639 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:4,3:4,4 +chr19 53111340 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:9,5:2,1 +chr19 53482722 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:5,3:6,3 +chr19 53782098 . CTCTTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 +chr19 53913785 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,9:7,7:2,2 +chr19 54004334 . TTTGTGTGTGTGTGTGTG T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 +chr19 54894564 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 +chr19 55178753 . ATTTT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:2,3:4,1 +chr19 55270937 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.001961;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:17,9:12,3 +chr19 55463403 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0010937;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:15,6:16,7 +chr19 55768578 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.10111;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:28,5:18,1 +chr19 55853883 . ATCTCTT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.09513;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:15,1:17,4 +chr19 55853907 . TTCTC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.089104;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:12,1:14,4 +chr19 56037693 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0071858;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:8,3:3,5 +chr19 56218050 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:8,4:5,1 +chr19 56850512 . G C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.00021701;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:22,6:18,9 +chr19 56947032 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,2:2,1:2,1 +chr19 56973386 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,9:5,5:5,4 +chr19 57104244 . G GGTTTTGTTTT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.025815;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,8:10,4:9,4 +chr19 57843567 . G T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:2,1:2,3 +chr19 58037161 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0016548;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:11,6:14,6 +chr19 58427343 . C CTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,8:1,1:14,7 +chr19 58427348 . TC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.26877;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,6:2,2:11,4 +chr19 58427358 . C CTCT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,5:1,1:15,4 +chr19 58427361 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:4,1:19,3 +chr19 58605246 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.014514;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,3:8,6 +chr2 238259 . T TTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0044123;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,15:6,9:2,6 +chr2 583086 . GGCC G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.029601;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:11,4:16,9 +chr2 597535 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.0089356;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:20,3:23,6 +chr2 739644 . G GA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0049268;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:13,11:11,8 +chr2 750206 . G GTTTATTTTATTTTATTTTAT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.056363;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,8:13,5:15,3 +chr2 797194 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.055492;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:45,6:27,3:18,3 +chr2 939932 . C CTA 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.033642;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:19,4:22,5 +chr2 1027475 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.026369;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:6,4:12,4 +chr2 1143750 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.24882;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:19,3:17,1 +chr2 1255843 . AAT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.21107;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,5:7,3:12,2 +chr2 1262694 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.13105;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:8,2:13,3 +chr2 1323547 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16049;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:15,1:16,4 +chr2 1509725 . G GCCCACCCTCTTTTTTCAGGGATAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.17449;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:11,2:10,3 +chr2 1706834 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.035448;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:11,9:15,3 +chr2 1780382 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:2,1:3,1 +chr2 2004320 . G T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.062714;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,3:6,3 +chr2 2561206 . C CTGTG 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016345;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:12,2:16,12 +chr2 2953278 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0039495;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:20,7:13,5 +chr2 3049625 . A AATATATATAT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,2:2,2 +chr2 3775110 . CTGAGCTAGGCAGCTGTGGCTG C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.091614;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:7,2:15,2 +chr2 4260661 . TTA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0014993;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,14:4,6:3,8 +chr2 4926342 . TTTTA T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.019292;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,16:12,5:24,11 +chr2 4974165 . GAGGGTGTTT G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.01494;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:6,2:6,6 +chr2 5561566 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.086635;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:10,2:14,3 +chr2 5652595 . G C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=7.0026e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:16,11:15,5 +chr2 6420993 . CAAA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016738;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:10,10:4,2 +chr2 6651481 . CAAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,3:4,2 +chr2 7165540 . C CAGATAGATAGATAGAT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.002598;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:11,6:10,11 +chr2 7261995 . ATT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.014003;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:13,8:5,5 +chr2 8092204 . GAAAGAAAGAAAGA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:19,2:5,2 +chr2 8324335 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00017063;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:12,11:21,7 +chr2 9254298 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034045;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,3:5,5 +chr2 9499113 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.37564;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:12,4:6,3:6,1 +chr2 9989124 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.010163;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:39,21:21,9:18,12 +chr2 9998827 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.21465;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,5:10,1:1,4 +chr2 10181750 . CTCTCTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:6,5:5,1 +chr2 10291618 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1356;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:11,3:21,3 +chr2 10809668 . A AAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,9:7,5:2,4 +chr2 10902465 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.01018;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:26,7:15,2 +chr2 12772913 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.069855;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:21,3:14,4 +chr2 14073665 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0086143;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:12,8:8,5 +chr2 14567980 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.1371;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:17,6:9,4:8,2 +chr2 16018180 . C CCT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:1,2:0,0:1,2 +chr2 16832369 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0067079;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,10:2,9:1,1 +chr2 17477961 . G GA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:5,4:3,1 +chr2 17530584 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,5:6,4:4,1 +chr2 18050699 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037585;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,15:10,11:7,4 +chr2 18755763 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,5:4,2 +chr2 19070434 . G GTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10396;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,5:20,4:5,1 +chr2 20102735 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.047734;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:23,4:8,3 +chr2 21286995 . AT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01473;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:4,2:7,12 +chr2 21353165 . G GGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.004133;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:5,8:5,4 +chr2 21895316 . G C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=5.242e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:13,11:15,10 +chr2 22517357 . ATATG A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.057585;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,7:13,1:5,6 +chr2 22743819 . GGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,5:16,3:8,2 +chr2 22747322 . CAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,6:7,2 +chr2 23120689 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.10244;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:26,8:15,7:11,1 +chr2 23640965 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.093123;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:21,3:25,3 +chr2 24106316 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.29231;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:16,4:1,0 +chr2 25632192 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.083396;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,6:16,1:4,5 +chr2 25661744 . A T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.0987e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:32,22:17,13:15,9 +chr2 25884694 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,8:4,1 +chr2 28334847 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.080744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:20,5:11,4:9,1 +chr2 28511788 . C CTTTTTTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:11,3:7,1 +chr2 30143186 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0038562;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,9:5,1 +chr2 30712644 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.17119;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,8:18,4:2,4 +chr2 32200845 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.15649;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:49,6:29,2:20,4 +chr2 32271536 . TAG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.2607;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,5:12,4:11,1 +chr2 32389989 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00014297;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:12,8:16,6 +chr2 32646557 . G GT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011343;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,16:8,10:6,6 +chr2 33244860 . T TTATCTATCTATCTATC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.082021;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:26,3:12,4 +chr2 33428495 . CTTTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.20705;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,5:7,4:9,1 +chr2 33709749 . A ATT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.048713;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,10:7,9:6,1 +chr2 34292459 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.080979;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:11,3:24,3 +chr2 35418835 . AATTG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:12,1:6,3 +chr2 37153339 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020843;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,3:5,3 +chr2 37585207 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0090365;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:15,11:6,7:9,4 +chr2 38403856 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0042182;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:7,4:7,10 +chr2 39044866 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.08134;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:20,3:20,2 +chr2 39773575 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.069699;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,6:16,3:11,3 +chr2 39841978 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11483;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:15,4:23,2 +chr2 39872346 . ATTTCTTTCTTTCTTTC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0035488;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,12:2,1:12,11 +chr2 40219875 . A AT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,4:4,1 +chr2 42076342 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038709;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:21,5:2,1 +chr2 42076351 . GAAAGAAAA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.059999;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:23,5:2,1 +chr2 42717127 . GTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:5,4:3,1 +chr2 43274998 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,6:7,3:5,3 +chr2 43635551 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.03639;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:9,2:23,7 +chr2 43724370 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=6.196e-09;SS=2;SSC=82;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:19,32:6,16:13,16 +chr2 43754869 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.024674;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,5:6,4 +chr2 43980553 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1396;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,5:19,2:5,3 +chr2 44113489 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,2:2,1:1,1 +chr2 44125392 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:6,5:5,2 +chr2 44410247 . AT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,5:3,3:3,2 +chr2 44542496 . T TACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035453;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,10:20,9:5,1 +chr2 44828126 . A ATT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0021156;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:5,8:12,3 +chr2 46855219 . C CCT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.015711;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,6:5,2 +chr2 46978562 . T TAAAAAAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091635;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,5:6,3 +chr2 47288788 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0099736;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:20,4:6,2 +chr2 47290841 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:5,9:2,1 +chr2 47323077 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.077519;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,3:9,1 +chr2 47323092 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,3:13,1 +chr2 48177831 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,4:14,2:4,2 +chr2 49110400 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.025962;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:18,2:13,8 +chr2 49604146 . A AACACAC 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0034722;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,15:15,7:13,8 +chr2 50239662 . GTATATATATATATA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,3:0,1 +chr2 50984134 . A ATT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.27607;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,4:6,2:10,2 +chr2 51504653 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:8,7:3,4:5,3 +chr2 51854925 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.024419;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,4:10,6 +chr2 51854926 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020195;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,4:11,6 +chr2 52275815 . C CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.16269;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:19,5:20,1 +chr2 52320713 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.024823;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:14,3:9,8 +chr2 52581829 . CAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.03895;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:8,5:8,4 +chr2 52585110 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=4.2445e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:16,27:6,14:10,13 +chr2 53393256 . C CTATATATA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,11:6,6:3,5 +chr2 53718203 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=4.2116e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:14,24:8,17:6,7 +chr2 54058837 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.015228;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:25,5:12,5 +chr2 55367528 . G GTTTTTTTTTTTTTTGTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,8:3,7:2,1 +chr2 56257146 . C CT 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.024868;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:27,3:18,5 +chr2 56617423 . GTA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:15,3:5,1 +chr2 56617441 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:10,4:4,1 +chr2 56617448 . TAC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:11,4:3,1 +chr2 58531968 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11157;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:20,3:17,2 +chr2 58973678 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0077789;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,9:8,3 +chr2 59401041 . G GAAGAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,4:12,3:2,1 +chr2 59590866 . C CTTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,7:5,2 +chr2 60074575 . T TTTCCTTCC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.011304;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,16:10,10:8,6 +chr2 61104483 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:4,2:3,1:1,1 +chr2 61715319 . C CTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,10:5,8:2,2 +chr2 62115832 . T TTTCTTTC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.044964;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,12:7,2:13,10 +chr2 62562855 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.021815;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:44,10:29,6:15,4 +chr2 63651474 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.018404;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:11,5:8,1:3,4 +chr2 64589944 . TGGGGG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:3,11:3,10:0,1 +chr2 64802633 . GAA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.10445;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:17,3:8,4 +chr2 65339112 . CG C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 +chr2 65339119 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,3:12,2 +chr2 65363239 . CAA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.046124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,13:15,9:5,4 +chr2 65407245 . C CTTTTTTTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.077118;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,3:8,3 +chr2 65579406 . G T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.00011122;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:45,17:17,5:28,12 +chr2 68173576 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:7,6:5,4 +chr2 68246067 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.026248;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:2,6:6,1 +chr2 68621704 . G GGGAAGGAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,5:11,4:8,1 +chr2 69395436 . CTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,5:8,2:4,3 +chr2 71411446 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.035299;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:23,2:15,6 +chr2 74707505 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.10307;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:30,7:11,1:19,6 +chr2 75813568 . C CT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.14969;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:18,2:18,3 +chr2 76299016 . TCACACACACA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,2:2,1:2,1 +chr2 76675240 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.016858;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:5,3:5,3 +chr2 76703554 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.027005;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,6:6,6 +chr2 76974139 . TAC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013698;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:7,4:10,5 +chr2 76974155 . CAT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.049965;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:4,3:15,2 +chr2 77091680 . T G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.028327;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:12,2:23,10 +chr2 77178784 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.037745;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:21,1:16,4 +chr2 78371002 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.10909;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,2:1,1:1,1 +chr2 78880794 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00051824;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:18,8:11,7 +chr2 79081401 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00034436;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:29,19:13,10:16,9 +chr2 79501965 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:8,4:6,1 +chr2 81224895 . T TAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.32408;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,3:7,1 +chr2 81976851 . C CTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:1,2:3,2 +chr2 82868644 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,4:5,3 +chr2 82868649 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0036253;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,6:3,2 +chr2 85410864 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,4:2,1:12,3 +chr2 85417477 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:7,5:0,0 +chr2 85563192 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,2:13,2 +chr2 86195416 . G C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00087116;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:26,9:18,6 +chr2 86368498 . GA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:0,4:0,4:0,0 +chr2 86424227 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.1392e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:6,10:20,4 +chr2 87177743 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:17,1:10,3 +chr2 87261110 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.040649;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:9,1:27,7 +chr2 87361199 . T C 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.036213;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:68,9:33,5:35,4 +chr2 87414607 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031197;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:12,6:6,2 +chr2 87688887 . TA T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0023953;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,7:3,2 +chr2 87706870 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,3:6,1 +chr2 87870077 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.030159;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:17,5:11,2 +chr2 87973479 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,6:5,2 +chr2 89134598 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,3:6,2 +chr2 90271018 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 +chr2 90356801 . T C 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.00099512;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:65,15:30,11:35,4 +chr2 91427296 . C T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.042733;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:90,21:46,16:44,5 +chr2 91428718 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10544;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,3:11,1 +chr2 91523483 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0055662;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,12:13,4:6,8 +chr2 91523498 . G GGTGGCTTC 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.010388;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,6:16,3:20,3 +chr2 91785317 . C G 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.034685;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:68,14:42,9:26,5 +chr2 91880349 . GTCAGATCT G 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.00074948;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:58,11:26,8:32,3 +chr2 92248969 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10169;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:34,2:1,3 +chr2 92262987 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:8,3:24,1 +chr2 92330480 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01393;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,1:6,6 +chr2 92353193 . T A 0 PASS DP=459;GPV=1;SPV=0.024517;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:277:248,29:72,6:176,23 +chr2 92353805 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.13115;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:0,2:23,3 +chr2 92398925 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr2 92471310 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.048399;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:29,7:1,0 +chr2 92758805 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.069699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:21,4:6,2 +chr2 92790806 . T G 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.016861;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:86,13:22,3:64,10 +chr2 92814334 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1 +chr2 92889070 . T A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:1,0:12,4 +chr2 92909789 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.33319;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:2,0:24,4 +chr2 92948033 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037062;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:20,4:8,2 +chr2 92970138 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.011302;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:9,2:11,7 +chr2 93179406 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 +chr2 93285132 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,1:14,3 +chr2 93480292 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.048788;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:16,5:8,3 +chr2 93567150 . A G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.037983;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:20,1:20,7 +chr2 93567311 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0069073;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:4,1:20,10 +chr2 93587754 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.072233;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,1:12,3 +chr2 93594667 . C G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.046341;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:23,6:14,3 +chr2 93641679 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.25735;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:18,3:1,0 +chr2 93672946 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.034525;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:2,1:16,3 +chr2 93852825 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.083225;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:6,4:19,1 +chr2 93953668 . G C 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.018672;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:89,14:10,7:79,7 +chr2 94141721 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.031109;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,1:5,6 +chr2 94286439 . T C 0 PASS DP=416;GPV=1;SPV=0.016109;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:242:212,30:87,15:125,15 +chr2 94636668 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00064075;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:10,5:16,5 +chr2 95041163 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.1656e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:13,9:3,6 +chr2 95291901 . CTTAAATATATATATATACGTACATATATTTA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,3:11,1 +chr2 96779508 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0020026;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,12:7,10:3,2 +chr2 97221605 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046334;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:15,3:10,3 +chr2 97793993 . CAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.016783;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,6:2,5:1,1 +chr2 97800595 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,8:2,6:1,2 +chr2 98031629 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0023617;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,11:9,5:6,6 +chr2 99510713 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.019592;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,4:11,4 +chr2 99643055 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020897;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,6:7,4 +chr2 99648934 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.14559;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,6:10,1:13,5 +chr2 99716882 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.014854;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:13,6:10,8 +chr2 101678129 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16851;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,3:11,2:8,1 +chr2 104882243 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,12:3,7:4,5 +chr2 105249282 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:11,3:4,2 +chr2 105678576 . TTCCTTCCCGTGTTAGCTCGGTCA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0015408;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,6:7,4 +chr2 106451304 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:8,3:18,1 +chr2 106466890 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.086154;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 +chr2 108769916 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00047582;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:10,5:17,10 +chr2 109066559 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0011061;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:13,4:14,5 +chr2 109075890 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.2423e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:9,7:6,5 +chr2 109794608 . C CGGCCG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:9,4:1,0 +chr2 110159886 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.037081;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:13,2:13,3 +chr2 110318236 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.032095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,5:7,1 +chr2 110360672 . T G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,3:5,1 +chr2 110619926 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:47,7:27,1:20,6 +chr2 111284730 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.015187;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:11,6:10,7 +chr2 111285290 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 +chr2 111757049 . GAAGA G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,4:6,3:4,1 +chr2 112433207 . ACC A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.080505;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:20,1:14,3 +chr2 112983898 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.025222;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:18,2:14,4 +chr2 113427302 . A T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr2 113559179 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.01507;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:42,19:25,8:17,11 +chr2 113584515 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.015143;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:19,3:20,8 +chr2 113598180 . A ACCCTGG 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.03089;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:76,11:48,6:28,5 +chr2 113615278 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.021983;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:5,7:19,2 +chr2 113615483 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,1:7,3 +chr2 113741338 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.7634e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:15,27:3,18:12,9 +chr2 113770215 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,7:3,5:3,2 +chr2 113949377 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,4:3,1 +chr2 115693550 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=8.4931e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,18:14,8:18,10 +chr2 116583705 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.043456;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:9,2:19,3 +chr2 116887745 . AGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.00081085;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,10:1,4:2,6 +chr2 117750541 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.006031;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:6,5:4,7 +chr2 118895755 . C CTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00040256;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:3,6:6,5 +chr2 119519825 . AAAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0029985;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,7:3,1 +chr2 120886159 . AGTGTGTGTGT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042556;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,4:7,3 +chr2 120945957 . T TCACACACACACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,8:7,2:2,6 +chr2 121134596 . G GGTGT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 +chr2 122220081 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.012882;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,7:5,6:4,1 +chr2 122568073 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0014541;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:10,6:14,4 +chr2 123494750 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=5.2547e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:17,26:7,14:10,12 +chr2 124029475 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0014541;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:12,3:12,7 +chr2 124232827 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00036759;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:14,7:13,5 +chr2 124419896 . T TTTTC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.061797;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:7,2:15,4 +chr2 124571525 . TTC T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,2:10,2 +chr2 124956034 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.003619;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:11,3:17,5 +chr2 125739694 . T TC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036268;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,2:10,9 +chr2 126737262 . T TGATA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.039955;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:5,3:11,4 +chr2 127787999 . T G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:2,2:3,1 +chr2 127788000 . T C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:1,3:3,1 +chr2 128221306 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00021386;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:19,9:9,3 +chr2 130129973 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,1:2,4 +chr2 130216099 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046334;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:17,5:8,1 +chr2 130762170 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.025682;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:15,4:20,1 +chr2 131023074 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.32312;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:14,1:5,3 +chr2 131223219 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,3:8,2 +chr2 131455425 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:6,2:7,2 +chr2 131688504 . CT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0052563;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:16,8:12,1 +chr2 131765473 . AGTCCCCAGGTTGATACCTG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,1:12,3 +chr2 131912638 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.017466;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:18,7:13,1 +chr2 132029651 . A ACACAC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.033527;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:14,5:6,5 +chr2 132048452 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.28797;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,4:3,1:11,3 +chr2 132049441 . G A 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.017552;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:64,8:36,7:28,1 +chr2 132258640 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00017421;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:12,3:12,10 +chr2 132264069 . A ATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,4:10,2:9,2 +chr2 133567659 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,4:9,2:8,2 +chr2 133729208 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00036473;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:16,6:19,7 +chr2 133948596 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0048347;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:15,2:10,5 +chr2 134372186 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016436;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,2:9,4 +chr2 134759427 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:7,7:7,3 +chr2 135881598 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.001019;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:9,2:13,6 +chr2 137699040 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0048714;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:12,5:14,5 +chr2 138449450 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:4,3:4,1:0,2 +chr2 139062024 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:16,2:9,2 +chr2 139277983 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00023167;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:14,3:18,10 +chr2 140107109 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.016569;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,8:10,4:17,4 +chr2 140600767 . GT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:5,4:4,1 +chr2 142478952 . G GT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:2,8:6,3 +chr2 142572908 . A AATG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,12:3,8:4,4 +chr2 142824679 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0055971;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:14,9:12,4 +chr2 143318509 . CTTTTTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,4:2,2 +chr2 143823230 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.01412;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:9,6:11,1 +chr2 144636481 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:13,4:1,0 +chr2 145609330 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,6:3,5:1,1 +chr2 146056035 . GAAA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041126;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:12,4:3,1 +chr2 146056082 . AAAG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.033555;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,3:7,1 +chr2 147049309 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054466;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,5:8,4 +chr2 147105609 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013649;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:14,4:7,4 +chr2 147820226 . CAAAAA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016596;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:9,8:7,2 +chr2 148647619 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:1,3:4,1 +chr2 149435613 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.8454e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:13,10:18,5 +chr2 149965864 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0061653;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:20,5:15,6 +chr2 150025327 . AAT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0039984;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:5,5:6,5 +chr2 150249947 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,4:9,3:8,1 +chr2 150636654 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.044663;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,2:16,3 +chr2 150930638 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,3:1,2:0,1 +chr2 151005494 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:21,2:13,2 +chr2 151132476 . A AAGGGAGAG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11921;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:11,3:20,2 +chr2 152915501 . T TACACAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:10,3:2,5 +chr2 153074663 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00014841;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,19:3,12:9,7 +chr2 154299455 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.013278;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,10:6,8:4,2 +chr2 154862380 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.054281;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,6:9,4:10,2 +chr2 155334085 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,3:8,1 +chr2 158895384 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.004257;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,9:1,8:3,1 +chr2 159025189 . T TTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,5:3,1:8,4 +chr2 159075417 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,2:2,1:1,1 +chr2 159802428 . ATT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,2:3,3 +chr2 160410221 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.064336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:6,6:11,1 +chr2 162748939 . C CCT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:2,1:3,1 +chr2 163525725 . ATT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,8:6,5:3,3 +chr2 165057743 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0015308;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:14,2:9,5 +chr2 166684335 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,4:7,1:9,3 +chr2 168788810 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.02438;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:14,3:13,2 +chr2 169522705 . ATTTTT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:6,3:4,1 +chr2 170794023 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.062277;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:9,1:15,4 +chr2 171015415 . AACACAC A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0071032;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,10:4,4:3,6 +chr2 171194818 . GGGA G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.015238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:6,8:3,1 +chr2 171234442 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,4:6,2:1,2 +chr2 171257157 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.2419;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,4:3,3:11,1 +chr2 171293140 . GA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012052;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,2:6,9 +chr2 171902833 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,2:9,3 +chr2 172190374 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4 +chr2 172441559 . T TA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,3:6,1 +chr2 172622551 . C CTCATATATT 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.072031;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,4:17,2:16,2 +chr2 172622558 . GAT G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.021294;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:19,3:18,4 +chr2 173815234 . GA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:15,3:4,1 +chr2 174720839 . T TAAAAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.033516;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:14,8:9,1 +chr2 178032621 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0037034;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:26,7:10,6 +chr2 178127994 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,2:7,3 +chr2 178157505 . G C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=1.2492e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:15,5:15,13 +chr2 178432094 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0075752;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:18,4:10,10 +chr2 178718105 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=1.012e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:10,9:9,12 +chr2 179015093 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 +chr2 179040693 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.023047;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:5,6:18,7 +chr2 183969689 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:2,3:6,7 +chr2 184213722 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:9,6:1,1 +chr2 184587718 . AAG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,6:6,1 +chr2 184912624 . TC T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0001497;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:19,5:8,7 +chr2 188066338 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.18281;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,6:9,5:9,1 +chr2 188368923 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 +chr2 189059585 . GT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,1:3,3 +chr2 190314359 . GTA G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11785;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:10,2:3,4 +chr2 190737761 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,3:6,2:0,1 +chr2 191120145 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00030992;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:10,8:14,8 +chr2 191120753 . ACAC A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.010002;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:21,4:17,4 +chr2 191120759 . TATATAAA T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0085279;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:18,3:15,4 +chr2 191383549 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:3,4:3,2 +chr2 192421667 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0002648;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:10,5:15,8 +chr2 192981193 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.029349;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,8:2,6:10,2 +chr2 194048427 . G GCATGTATACACATATATGTATATA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:5,3:10,1 +chr2 194916085 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0088413;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:2,4:2,2 +chr2 196927409 . TA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2 +chr2 197763472 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0089009;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,3:7,2 +chr2 197864800 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.2242e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:8,7:14,7 +chr2 198954354 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.7571e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:10,10:4,9 +chr2 201917376 . GCA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0066141;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,12:3,7:0,5 +chr2 202338609 . TC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:3,1:1,1 +chr2 202691649 . TTGTGTGTG T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,11:5,9:3,2 +chr2 202766061 . AAC A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.018293;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:12,6:5,2 +chr2 203209412 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,3:15,1 +chr2 203354515 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.2001e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:19,7:13,12 +chr2 206163937 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:2,1:2,1 +chr2 206386681 . CA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:22,3:3,2 +chr2 206479508 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00060836;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:12,9:18,6 +chr2 206596899 . CTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.004257;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,7:2,6:2,1 +chr2 206793248 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,6:6,4:9,2 +chr2 207521122 . AT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0018044;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:17,3:14,7 +chr2 207521134 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0062626;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:18,3:13,7 +chr2 207657123 . ACCTCGTGATTGAGGCCTCGGCCTC A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0020087;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:15,2:18,8 +chr2 207688933 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0003086;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,4:12,7 +chr2 208559894 . TTTTTC T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0309;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:17,4:12,11 +chr2 208571470 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00079602;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:12,8:14,3 +chr2 209247765 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.012812;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,6:7,5 +chr2 209312880 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,3:5,1 +chr2 209819145 . GCTAAC G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00023693;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:8,5:9,5 +chr2 211110158 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.036268;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,11:14,8:6,3 +chr2 211165683 . CGTGTGTGTGT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,8:3,7:5,1 +chr2 211296874 . T TATAC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0027957;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,8:3,2:8,6 +chr2 211414506 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:1,3:0,2:1,1 +chr2 211944181 . A ATATAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0013343;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,11:6,7:5,4 +chr2 212519717 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=7.9047e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:17,5:11,11 +chr2 212864431 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10815;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:12,1:18,5 +chr2 212897252 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.079813;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:14,3:18,2 +chr2 212964856 . A ATGTC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.32176;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,4:9,2:16,2 +chr2 213648658 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00017084;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:9,10:9,6 +chr2 215184107 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.6913e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:17,10:6,5 +chr2 215943838 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:4,4:5,1 +chr2 216263435 . AAGAG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.020223;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:12,6:4,5 +chr2 217198931 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.035372;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,3:3,3 +chr2 217198932 . A C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.018182;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,8:0,3:1,5 +chr2 217198934 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041026;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,3:4,1 +chr2 217410516 . G GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.063158;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,12:3,4:3,8 +chr2 218359341 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027524;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,7:5,1 +chr2 218433443 . GA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0057036;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:15,4:6,4 +chr2 218434197 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0034107;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,17:9,13:9,4 +chr2 220867018 . A AAAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.032462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:13,6:7,4 +chr2 222116486 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02905;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:14,5:5,1 +chr2 222116495 . GA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:13,5:4,1 +chr2 222571217 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00011169;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:13,7:8,6 +chr2 224254054 . GAC G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:10,2:9,3 +chr2 224695697 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.15766;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:18,3:10,2:8,1 +chr2 224820211 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0034183;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:14,4:13,5 +chr2 226097503 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.012731;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:16,2:9,5 +chr2 226566406 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0050608;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:18,4:14,6 +chr2 227104638 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0087495;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:3,6:4,3 +chr2 227441286 . CA C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.13148;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:20,2:19,3 +chr2 228425351 . C G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,2:4,6 +chr2 228496261 . GAA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.057143;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,2:2,1:0,1 +chr2 229092038 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,4:10,1 +chr2 229512734 . T G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00030064;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:15,6:18,11 +chr2 230089325 . A AT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,6:3,2:3,4 +chr2 231521977 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,1:8,3 +chr2 232763831 . C CA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0016269;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:10,6:10,11 +chr2 232847517 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,7:6,5:7,2 +chr2 233768582 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:2,3:3,2 +chr2 234510916 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:2,7:4,1 +chr2 236630911 . CTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.00022114;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:2,8:1,7:1,1 +chr2 236645120 . C CTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:11,5:5,1 +chr2 237516830 . AGGAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.02457;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,12:5,5:11,7 +chr2 237629467 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:3,7:4,2 +chr2 237974514 . TG T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0779;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:13,5:4,3 +chr2 238837721 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,10:5,6:1,4 +chr2 239008853 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00067124;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:15,7:10,4 +chr2 239802883 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.028662;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:14,8:5,2 +chr2 240308864 . GTGTGTCTC G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.031685;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:12,3:18,3 +chr2 242043203 . T TA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.11412;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:14,1:21,3 +chr2 242183177 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19313;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:18,1:11,3 +chr20 161991 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.017846;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:8,8:9,2 +chr20 743121 . GTC G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,7:7,4:8,3 +chr20 1248045 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.029515;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:4,6:3,1 +chr20 1766142 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.24377;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:5,1:13,2 +chr20 1766165 . ATACATATATGTG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.29565;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,3:2,1:12,2 +chr20 1900328 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.9081e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,20:13,8:12,12 +chr20 2892289 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,7:5,2 +chr20 3062830 . C CAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:3,3:4,1 +chr20 3090966 . A ATT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,5:3,2:1,3 +chr20 3829618 . ACATGACGTAGAGTATCTTTCCTATGCTTACTTGCC A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,2:13,2 +chr20 3885499 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.4315e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:9,6:14,6 +chr20 4055295 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0024499;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,6:3,4 +chr20 4085893 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.029887;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,13:6,10:13,3 +chr20 4231267 . G GTTATTATTATTATTA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:4,3:3,3 +chr20 4550398 . CTCTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,6:0,3:2,3 +chr20 5434642 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00069104;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:34,15:13,9:21,6 +chr20 5501509 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.24868;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:11,2:11,3 +chr20 5713917 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,2:1,1:0,1 +chr20 5985441 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:2,5:5,2 +chr20 6240633 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:7,1:10,4 +chr20 7961816 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0096036;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:11,9:2,4 +chr20 8031836 . GT G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.043742;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:13,2:18,5 +chr20 8114313 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.057736;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:4,3:16,4 +chr20 8229883 . TA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:12,3:9,2 +chr20 8906183 . C G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00012114;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:20,6:16,9 +chr20 9799939 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:11,3:3,1 +chr20 9991653 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0026219;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:14,5:12,2 +chr20 10438472 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.03685;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,5:6,1 +chr20 12322747 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,11:9,9:4,2 +chr20 12757177 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.050822;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:25,4:15,1 +chr20 13129774 . G C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=5.4096e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:12,8:15,7 +chr20 13588250 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:3,8:3,7:0,1 +chr20 13592397 . C CAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.013406;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:9,7:7,2 +chr20 14119159 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,2:2,3 +chr20 14215115 . C CAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.18206;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:16,1:18,4 +chr20 14857810 . G GTTTGTTTTGTTTTGT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.031683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,10:10,7:13,3 +chr20 15378182 . C CATA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00076814;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:7,10:7,9 +chr20 17137901 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.6145e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:9,7:8,7 +chr20 17769643 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00090273;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:18,4:13,11 +chr20 18486115 . A AAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,4:6,2 +chr20 20175489 . TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTG T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 +chr20 20356494 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.032848;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 +chr20 22083501 . GTATATTAATATAGACGTATATATAATATATACA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,2:10,3 +chr20 22958183 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.5037e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:12,4:7,8 +chr20 24408123 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=2.7406e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:5,15:1,3:4,12 +chr20 26242394 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=6.4318e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:16,14:8,4 +chr20 26470782 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:0,0:18,4 +chr20 26479354 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:19,4:0,0 +chr20 26489709 . A G 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.0021765;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:112,14:67,11:45,3 +chr20 26509415 . G T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.048817;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:71,10:35,1:36,9 +chr20 26579202 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:1,3:7,1 +chr20 26755353 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.29609;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:17,1:9,2 +chr20 28117242 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.21337;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,3:10,1 +chr20 28513947 . A G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.037241;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:48,10:8,1:40,9 +chr20 28514447 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.015905;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:2,7:2,1 +chr20 28515137 . G C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.017025;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:48,7:45,5:3,2 +chr20 28515216 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.022781;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:17,3:16,3 +chr20 28524338 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.093615;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:11,2:24,3 +chr20 28531086 . T A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.06863;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:19,4:26,1 +chr20 28547028 . A G 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.026138;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:64,18:57,17:7,1 +chr20 28557603 . T G 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.029213;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:108,18:63,9:45,9 +chr20 28565778 . A G 0 PASS DP=369;GPV=1;SPV=0.0096569;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:177,20:40,6:137,14 +chr20 28616398 . A C 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.011508;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:74,24:25,13:49,11 +chr20 28645739 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.21107;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:14,1:5,4 +chr20 28811966 . G A 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.0016571;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:80,28:40,15:40,13 +chr20 28910155 . A G 0 PASS DP=252;GPV=1;SPV=0.044953;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:125,23:57,13:68,10 +chr20 28910215 . T G 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.0014333;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:131,33:57,20:74,13 +chr20 28948565 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,3:4,2 +chr20 29061215 . T G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.0019957;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:79,15:29,9:50,6 +chr20 29072865 . C G 0 PASS DP=343;GPV=1;SPV=0.0075268;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:155,27:96,14:59,13 +chr20 29073075 . TA T 0 PASS DP=282;GPV=1;SPV=0.0353;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:111,22:38,4:73,18 +chr20 29113396 . A T 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.038983;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:89,13:47,10:42,3 +chr20 29295714 . T C 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:57,15:29,9:28,6 +chr20 29295725 . T G 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.0027823;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:62,12:35,7:27,5 +chr20 29350739 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0056194;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,5:3,2 +chr20 29449141 . CCTGGCTCGGCCAG C 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.02667;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:75,12:50,5:25,7 +chr20 29451370 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:0,0:24,4 +chr20 29484242 . A C 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.0086347;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:82,18:35,11:47,7 +chr20 29587475 . C CAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,3:2,1 +chr20 29731270 . GA G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0036541;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:51,17:27,5:24,12 +chr20 29828270 . C T 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.0080158;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:45,9:42,7 +chr20 29882271 . C T 0 PASS DP=523;GPV=1;SPV=0.006049;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:283:238,45:94,14:144,31 +chr20 29923169 . A T 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.044127;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:31,1:15,7 +chr20 29938133 . G C 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.011373;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:48,19:39,16:9,3 +chr20 29942344 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:1,0:10,4 +chr20 29956057 . G T 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.018085;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:52,17:45,9:7,8 +chr20 29957830 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043618;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:11,4:5,3 +chr20 29977144 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.29794;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:3,3:20,1 +chr20 29998621 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:6,1:11,5 +chr20 29999359 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.31829;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:2,2:24,1 +chr20 30010022 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10559;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:26,1:6,3 +chr20 30362776 . C T 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.045463;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:108,12:60,8:48,4 +chr20 30392740 . G A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.014505;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:70,9:35,8:35,1 +chr20 30693968 . G A 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.048604;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:92,16:35,8:57,8 +chr20 30727081 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1019;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,3:17,1 +chr20 30730187 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.083916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:4,3:1,2 +chr20 30907965 . ATTCT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.062154;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,8:3,6:12,2 +chr20 30986105 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,1:10,3 +chr20 30986106 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3 +chr20 31069965 . A C 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.049481;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:31,9:29,7 +chr20 31072670 . G A 0 PASS DP=256;GPV=1;SPV=0.015365;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:123,23:90,14:33,9 +chr20 31072734 . G T 0 PASS DP=411;GPV=1;SPV=0.0096234;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:236:211,25:155,13:56,12 +chr20 31106036 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:6,2:4,2 +chr20 31325557 . G GA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0053975;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:7,7:8,7 +chr20 31364188 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.016795;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:6,5:5,2 +chr20 32176627 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:4,1:2,2 +chr20 32470214 . A C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=3.5095e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:38,19:26,11:12,8 +chr20 32835364 . G GTTTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0071396;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,6:4,1 +chr20 33185671 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=6.5488e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:13,7:14,6 +chr20 34053383 . ATT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1 +chr20 36947405 . GGTGT G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.029515;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,6:4,1 +chr20 36977673 . AGAGAGG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,3:4,2 +chr20 36977713 . GA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.083787;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:11,3:11,3 +chr20 37690460 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 +chr20 38123637 . CCT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.011666;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,3:13,4 +chr20 38653259 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.044156;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,2:7,3 +chr20 38653297 . TG T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0044219;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:8,2:7,4 +chr20 39063527 . TTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.040008;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,9:5,6:11,3 +chr20 39347890 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=3.4813e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:16,4:9,11 +chr20 40461268 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.006186;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:21,3:6,4 +chr20 43727641 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,3:11,5 +chr20 44053540 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,5:9,4:8,1 +chr20 44125113 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0038025;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,9:6,4 +chr20 44134112 . TA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.014985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,4:1,2:1,2 +chr20 44162813 . C CACACAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:0,5:0,2:0,3 +chr20 45425137 . CTTTCTCTTTCTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:1,1:16,3 +chr20 45776658 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,2:9,2 +chr20 45776660 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.43772;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:7,2:8,2 +chr20 46117352 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.025766;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:25,6:12,3 +chr20 47403265 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:3,7:8,4 +chr20 47422211 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.009828;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:12,8:6,3:6,5 +chr20 48462068 . C CTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,9:0,6:3,3 +chr20 48510399 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,3:15,1 +chr20 48514872 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.014151;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:12,6:6,4 +chr20 48867710 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.041361;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,11:8,7:13,4 +chr20 49873771 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:6,6:2,1 +chr20 50026372 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0018932;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,5:10,4 +chr20 51718814 . CAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.37564;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,5:10,4:1,1 +chr20 51970612 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:5,4:5,1 +chr20 52074568 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0039567;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:4,10:7,4 +chr20 52424157 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 +chr20 53352777 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0010973;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,14:10,12:3,2 +chr20 53501711 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:6,6:2,2 +chr20 53885610 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13122;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,4:14,1 +chr20 54006822 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.032097;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:21,5:10,3 +chr20 54162530 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.025159;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:8,2:17,5 +chr20 54371623 . AAC A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:6,2:13,3 +chr20 55052284 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00026967;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,2:9,7 +chr20 55734036 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.029574;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:17,9:6,3 +chr20 56349267 . TG T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,5:9,1:6,4 +chr20 56993886 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0052686;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:9,5:19,3 +chr20 57212079 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.006722;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:18,5:11,3 +chr20 58196827 . CAG C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.19313;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,3:14,1 +chr20 58668684 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0017568;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,16:5,6:7,10 +chr20 58778312 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.022123;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:14,5:13,1 +chr20 59221253 . TAGGGATTCGGG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00030254;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,4:10,7 +chr20 61390651 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:12,3:6,1 +chr20 61390665 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:11,6:3,2 +chr20 62594852 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,3:10,1:13,2 +chr20 63037881 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:5,3:8,5 +chr20 63765076 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.029433;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,4:9,2:2,2 +chr20 63774676 . C CTG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031923;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:7,4:10,4 +chr21 5217576 . C A 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=0.026622;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:185:160,25:73,10:87,15 +chr21 5224758 . AG A 0 PASS DP=333;GPV=1;SPV=0.048801;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:207:181,26:89,13:92,13 +chr21 5229502 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.021774;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:51,8:30,4:21,4 +chr21 5246466 . G A 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.025054;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:79,19:42,9:37,10 +chr21 5344248 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.026837;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:48,12:23,7:25,5 +chr21 5378938 . G C 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.018278;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:64,14:31,10:33,4 +chr21 5383502 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.018636;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:7,3:16,7 +chr21 5388534 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.026376;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:17,4:6,2 +chr21 6365393 . C T 0 PASS DP=337;GPV=1;SPV=0.026886;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:188:162,26:84,17:78,9 +chr21 6367895 . G T 0 PASS DP=315;GPV=1;SPV=0.039173;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:161,21:74,12:87,9 +chr21 7225577 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.04501;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:12,4:24,6 +chr21 7240755 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,3:13,1 +chr21 7277533 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:4,8:0,1 +chr21 7288695 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:9,1:4,3 +chr21 7290397 . T C 0 PASS DP=446;GPV=1;SPV=0.014532;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:276:248,28:131,14:117,14 +chr21 7933408 . G A 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.039889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:115,21:67,12:48,9 +chr21 7942278 . T C 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.0096594;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:77,19:49,8:28,11 +chr21 7942322 . GTTCCATTCCGTTCCATTCCA G 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.036061;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:85,16:40,7:45,9 +chr21 7961874 . A G 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.029147;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:109,25:53,11:56,14 +chr21 7963862 . G C 0 PASS DP=417;GPV=1;SPV=0.020503;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:232:207,25:123,9:84,16 +chr21 8018801 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.14244;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:28,2:11,3 +chr21 8032190 . T G 0 PASS DP=301;GPV=1;SPV=0.020463;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:165,19:124,12:41,7 +chr21 8032601 . G T 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0070468;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:50,19:13,3:37,16 +chr21 8043464 . G T 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.00019823;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:119,14:56,9:63,5 +chr21 8044801 . C T 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.046271;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:82,15:65,11:17,4 +chr21 8530938 . G T 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.044154;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:121,22:64,10:57,12 +chr21 8538822 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:23,4:1,0 +chr21 8577634 . A G 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.044794;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:66,16:25,5:41,11 +chr21 8577643 . C A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.045525;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:69,19:26,7:43,12 +chr21 8660444 . G A 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=0.033238;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:53,15:21,4:32,11 +chr21 8662131 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10954;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:15,1:18,4 +chr21 8693198 . T C 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.014501;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:65,16:28,3:37,13 +chr21 8771343 . C G 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.0081245;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:91,25:42,21:49,4 +chr21 8778910 . C A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.014037;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:68,21:35,12:33,9 +chr21 8779026 . C A 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.021125;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:95,21:47,11:48,10 +chr21 8781555 . C T 0 PASS DP=283;GPV=1;SPV=0.033579;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:150,28:87,14:63,14 +chr21 8798865 . G A 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.010757;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:67,19:24,8:43,11 +chr21 8807667 . T C 0 PASS DP=566;GPV=1;SPV=0.030587;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:336:301,35:113,14:188,21 +chr21 8810006 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.011245;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:18,8:8,1 +chr21 8811166 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:18,4:0,0 +chr21 8818458 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:4,3:23,1 +chr21 8823307 . T G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:5,6:0,1 +chr21 8836406 . C A 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.048287;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:101,18:49,6:52,12 +chr21 8849019 . C T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.0054687;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:68,19:37,7:31,12 +chr21 8849824 . C T 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.049168;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:116,23:61,14:55,9 +chr21 8852441 . T A 0 PASS DP=311;GPV=1;SPV=0.043592;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:153,31:52,4:101,27 +chr21 8854470 . C A 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.048902;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:125,21:41,5:84,16 +chr21 8868313 . G A 0 PASS DP=505;GPV=1;SPV=0.037241;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:275:236,39:134,17:102,22 +chr21 8870443 . T A 0 PASS DP=292;GPV=1;SPV=0.044935;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:136,23:43,11:93,12 +chr21 9006811 . C G 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.016226;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:159,27:74,10:85,17 +chr21 9011354 . A G 0 PASS DP=377;GPV=1;SPV=0.024095;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:193:161,32:87,21:74,11 +chr21 9025010 . A G 0 PASS DP=275;GPV=1;SPV=0.019533;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:138,16:45,4:93,12 +chr21 9030942 . C G 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.039254;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:214:190,24:95,12:95,12 +chr21 9033936 . T A 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.047518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:128,22:68,14:60,8 +chr21 9044257 . C T 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.044244;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:110,22:62,10:48,12 +chr21 9056375 . GGTAA G 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.012078;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:165:137,28:85,24:52,4 +chr21 9072877 . TGGA T 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.0061354;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:126,18:59,6:67,12 +chr21 9073118 . G A 0 PASS DP=244;GPV=1;SPV=0.036973;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:104,21:55,10:49,11 +chr21 9074353 . T C 0 PASS DP=431;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:226:203,23:90,9:113,14 +chr21 9075159 . C G 0 PASS DP=450;GPV=1;SPV=0.0088953;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:223:195,28:100,16:95,12 +chr21 9075169 . C T 0 PASS DP=451;GPV=1;SPV=0.021315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:198,29:104,17:94,12 +chr21 9081112 . G A 0 PASS DP=338;GPV=1;SPV=0.046502;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:188:169,19:78,11:91,8 +chr21 9098683 . A G 0 PASS DP=379;GPV=1;SPV=0.028976;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:209:172,35:100,18:72,17 +chr21 9099661 . C G 0 PASS DP=323;GPV=1;SPV=0.00064544;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:148,29:74,10:74,19 +chr21 9101268 . A G 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.042675;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:240:215,25:42,3:173,22 +chr21 9135070 . A G 0 PASS DP=482;GPV=1;SPV=0.016766;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:242,37:121,22:121,15 +chr21 9148053 . G A 0 PASS DP=478;GPV=1;SPV=0.015643;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:254:221,33:111,17:110,16 +chr21 9151666 . T G 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.0063978;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:131,22:57,13:74,9 +chr21 9153070 . C T 0 PASS DP=589;GPV=1;SPV=0.049622;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:321:266,46:133,24:133,22 +chr21 9156546 . G A 0 PASS DP=274;GPV=1;SPV=0.046721;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:143,17:79,9:64,8 +chr21 9165973 . T C 0 PASS DP=439;GPV=1;SPV=0.032983;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:240:214,26:104,15:110,11 +chr21 9185069 . G A 0 PASS DP=457;GPV=1;SPV=0.012961;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:259:228,31:132,14:96,17 +chr21 9186142 . T C 0 PASS DP=397;GPV=1;SPV=0.015658;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:225:202,23:112,13:90,10 +chr21 9186193 . C T 0 PASS DP=389;GPV=1;SPV=0.022827;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:215:189,26:91,11:98,15 +chr21 9190875 . G A 0 PASS DP=409;GPV=1;SPV=0.045307;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:224:199,25:96,11:103,14 +chr21 9260710 . G A 0 PASS DP=590;GPV=1;SPV=0.032029;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:325:292,33:125,10:167,23 +chr21 9268737 . A T 0 PASS DP=367;GPV=1;SPV=0.041187;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:169,27:69,8:100,19 +chr21 9293655 . C T 0 PASS DP=348;GPV=1;SPV=0.023033;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:210:179,31:92,20:87,11 +chr21 9295067 . C G 0 PASS DP=254;GPV=1;SPV=0.041289;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:131,20:48,8:83,12 +chr21 9302711 . T C 0 PASS DP=467;GPV=1;SPV=0.015684;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:267:229,38:105,20:124,18 +chr21 9308811 . G A 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.035184;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:171:145,26:106,19:39,7 +chr21 9332356 . T G 0 PASS DP=478;GPV=1;SPV=0.043725;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:258:229,29:110,17:119,12 +chr21 9333921 . T A 0 PASS DP=240;GPV=1;SPV=0.026718;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:113,18:25,2:88,16 +chr21 9337912 . C T 0 PASS DP=461;GPV=1;SPV=0.029736;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:245:220,25:107,13:113,12 +chr21 9357361 . G C 0 PASS DP=412;GPV=1;SPV=0.037824;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:214:188,26:88,14:100,12 +chr21 9365733 . G A 0 PASS DP=642;GPV=1;SPV=0.010632;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:336:289,45:159,21:130,24 +chr21 9369383 . T A 0 PASS DP=463;GPV=1;SPV=0.013096;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:246:211,35:82,7:129,28 +chr21 9370023 . C T 0 PASS DP=684;GPV=1;SPV=0.0077443;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:382:333,49:165,28:168,21 +chr21 9536188 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,7:6,6:4,1 +chr21 9607113 . G GT 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.017175;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:19,3:24,3 +chr21 9612085 . A C 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.039782;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:61,15:32,8:29,7 +chr21 9627948 . A G 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0034366;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:61,15:33,9:28,6 +chr21 9655058 . G A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:83,23:53,13:30,10 +chr21 9666461 . T C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.02113;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:78,23:34,11:44,12 +chr21 9707048 . C T 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.034081;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:80,18:40,9:40,9 +chr21 9792584 . C G 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.0063498;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:72,25:34,12:38,13 +chr21 9811163 . G A 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:109,25:67,14:42,11 +chr21 9816521 . C G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.04073;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:8,1:14,6 +chr21 9824548 . A C 0 PASS DP=509;GPV=1;SPV=0.021372;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:275:245,30:106,9:139,21 +chr21 9829679 . G C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 +chr21 9850534 . C A 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.012381;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:63,20:38,12:25,8 +chr21 9874503 . A T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.0075878;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:51,17:23,5:28,12 +chr21 9881164 . C T 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.033327;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:71,16:28,6:43,10 +chr21 9883000 . C T 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.018617;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:88,20:42,7:46,13 +chr21 9887652 . A T 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.044135;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:79,17:36,8:43,9 +chr21 9898097 . G T 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.02564;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:75,21:37,13:38,8 +chr21 9917343 . G A 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.0034987;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:69,26:36,11:33,15 +chr21 9986792 . C A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.0057226;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:54,18:32,14:22,4 +chr21 10044542 . C T 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.046497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:75,18:34,9:41,9 +chr21 10105062 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.023995;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,8:8,3:21,5 +chr21 10153677 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.029773;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:25,4:13,2 +chr21 10153725 . T C 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.032698;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,6:35,4:11,2 +chr21 10162749 . C T 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.0243;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:73,15:38,8:35,7 +chr21 10326762 . T C 0 PASS DP=324;GPV=1;SPV=0.047718;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:134,22:75,16:59,6 +chr21 10327082 . C T 0 PASS DP=275;GPV=1;SPV=0.034031;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:141,20:79,10:62,10 +chr21 10329305 . C T 0 PASS DP=299;GPV=1;SPV=0.039976;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:145,21:68,6:77,15 +chr21 10342457 . G C 0 PASS DP=333;GPV=1;SPV=0.010474;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:153,27:81,12:72,15 +chr21 10351577 . G A 0 PASS DP=263;GPV=1;SPV=0.017232;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:114,22:54,6:60,16 +chr21 10424416 . A C 0 PASS DP=569;GPV=1;SPV=0.045468;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:320:273,47:127,22:146,25 +chr21 10429776 . A G 0 PASS DP=549;GPV=1;SPV=0.026308;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:309:269,40:120,24:149,16 +chr21 10440190 . G C 0 PASS DP=328;GPV=1;SPV=0.0084739;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:195:168,27:74,14:94,13 +chr21 10449909 . C A 0 PASS DP=272;GPV=1;SPV=0.034798;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:138,17:78,7:60,10 +chr21 10450507 . T C 0 PASS DP=446;GPV=1;SPV=0.010601;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:253:225,28:105,17:120,11 +chr21 10453619 . C T 0 PASS DP=197;GPV=1;SPV=0.043106;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:98,20:52,10:46,10 +chr21 10455786 . AAAT A 0 PASS DP=356;GPV=1;SPV=0.0052846;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:187:168,19:54,13:114,6 +chr21 10455856 . G A 0 PASS DP=331;GPV=1;SPV=0.01364;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:165,21:68,8:97,13 +chr21 10456762 . C A 0 PASS DP=286;GPV=1;SPV=0.049637;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:149,19:68,4:81,15 +chr21 10474414 . C A 0 PASS DP=331;GPV=1;SPV=0.043199;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:175:156,19:91,11:65,8 +chr21 10487921 . GTATCT G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.038944;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:27,6:13,1 +chr21 10556894 . A AT 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.0092117;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:51,20:28,11:23,9 +chr21 10607511 . G A 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.0043731;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:82,27:42,15:40,12 +chr21 10613891 . G C 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.0071254;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:65,22:43,10:22,12 +chr21 10633425 . C T 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.0024813;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:51,21:26,7:25,14 +chr21 10654765 . CATTCT C 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.005319;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:31,7:22,6 +chr21 10663000 . C G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.024005;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:60,7:26,4:34,3 +chr21 10701889 . A T 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.04548;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:79,20:47,9:32,11 +chr21 10722821 . C T 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.016435;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:97,24:47,9:50,15 +chr21 10733602 . AT A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.028662;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:19,10:10,5:9,5 +chr21 10735336 . T C 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.024194;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:92,23:39,10:53,13 +chr21 10804405 . T C 0 PASS DP=395;GPV=1;SPV=0.018756;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:225:195,30:101,17:94,13 +chr21 13016290 . AAAG A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.043586;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:59,13:23,5:36,8 +chr21 13020336 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.048266;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:26,6:20,3 +chr21 13100149 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.053325;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:31,2:10,4 +chr21 13131259 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.019732;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,2:11,7 +chr21 13189369 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.038776;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:24,1:20,4 +chr21 13434028 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.14744;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:12,2:23,2 +chr21 13576092 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,2:6,7 +chr21 15120296 . C CT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.11412;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:20,2:15,2 +chr21 18871297 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0030458;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:7,4:9,7 +chr21 19345800 . CTA C 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.0094826;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:47,9:25,3:22,6 +chr21 19345830 . A ATGTC 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.0073403;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:47,6:28,2:19,4 +chr21 19457333 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.5052e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:10,8:11,8 +chr21 19468054 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00085179;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:14,6:13,3 +chr21 20126646 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0053231;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:3,6:13,5 +chr21 20126650 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00041537;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:2,7:13,7 +chr21 20490603 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024751;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,7:5,4:7,3 +chr21 21655214 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0033714;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:13,4:13,6 +chr21 22113150 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019411;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:12,6:6,8 +chr21 23404392 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00057587;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:34,16:23,10:11,6 +chr21 23740006 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.01322;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:17,4:13,3 +chr21 24121385 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,8:7,4:1,4 +chr21 25228144 . A AATAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:8,4:4,1 +chr21 27347940 . AAG A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,4:7,1 +chr21 27425073 . A ATTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0062699;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:4,5:6,6 +chr21 27425120 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,5:4,2:6,3 +chr21 27656003 . GTATATATA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:3,6:3,2 +chr21 27687686 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055718;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:4,3:11,2 +chr21 28888397 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=4.965e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:13,9:5,3 +chr21 29054600 . ATTTTTT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,11:5,6:6,5 +chr21 29712085 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.026903;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,7:10,5:5,2 +chr21 31228221 . A T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:3,3:1,1 +chr21 32144203 . AGAT A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.089706;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:18,3:17,1 +chr21 32147948 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,7:4,6:1,1 +chr21 32614249 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0087567;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,12:6,11:0,1 +chr21 32672079 . AAAAAAG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.009553;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,5:5,2 +chr21 32892711 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,4:2,2:11,2 +chr21 33124400 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.008323;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:14,4:17,4 +chr21 33129288 . T TTATTTTATTA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:7,13:0,11:7,2 +chr21 33191488 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.084986;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,4:14,1 +chr21 33191496 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.004355;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,9:6,8:5,1 +chr21 33261035 . C CTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022136;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:5,4:1,3 +chr21 33890401 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00099376;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,3:9,6 +chr21 34693975 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,4:3,4 +chr21 35429426 . TC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.24577;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:20,1:11,4 +chr21 36026545 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10903;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,2:18,2 +chr21 37417537 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0090729;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:0,6:12,2 +chr21 37515456 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.02764;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:16,3:22,5 +chr21 37557089 . CAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.04053;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:7,7:5,1 +chr21 37828386 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=7.7207e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:14,7:12,9 +chr21 38808616 . GT G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.080505;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:13,2:21,2 +chr21 38808620 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.083134;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,4:11,2:19,2 +chr21 39158395 . T TAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0067968;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,11:7,9:10,2 +chr21 39249913 . G GGT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.029893;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:9,8:17,1 +chr21 39639395 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048573;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:8,1:10,5 +chr21 39639399 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,1:14,3 +chr21 41112550 . G GA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,2:5,2 +chr21 41781019 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:5,2:0,0 +chr21 41781023 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:5,2:0,0 +chr21 41814053 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:3,4:7,5 +chr21 41874521 . A ATTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,5:4,4:7,1 +chr21 42463781 . TAAA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0066039;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:7,5:7,7 +chr21 42719645 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.027697;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:8,5:17,6 +chr21 43733251 . CCA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:2,1:9,3 +chr21 43961524 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:4,7:4,2 +chr21 44257699 . AATAAAT A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.10911;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,6:11,3:8,3 +chr21 44533241 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=4.9392e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:14,9:11,6 +chr21 44533242 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=5.5913e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:16,7:12,6 +chr21 44797741 . A AT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,10:3,6:4,4 +chr21 44981815 . CG C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.21538;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:7,1:6,2 +chr21 45134235 . G GGGTGTGTGCCCGACAGT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,1:2,3 +chr21 45631776 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=4.0612e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:11,9:13,10 +chr21 45750398 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,5:12,3:7,2 +chr21 46041631 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11371;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 +chr21 46349569 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0011799;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:20,5:10,5 +chr21 46696992 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031815;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,4:8,3 +chr22 10521617 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr22 10534739 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1 +chr22 10568215 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.05384;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,3:10,2 +chr22 10573921 . G C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 +chr22 10604932 . T A 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.022475;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:69,17:41,11:28,6 +chr22 10648827 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.021526;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:18,8:8,5 +chr22 10687050 . G A 0 PASS DP=289;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:138,23:92,19:46,4 +chr22 10687167 . G T 0 PASS DP=246;GPV=1;SPV=0.018477;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:106,22:64,13:42,9 +chr22 10695790 . C G 0 PASS DP=260;GPV=1;SPV=0.035685;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:146:126,20:72,9:54,11 +chr22 10698578 . T C 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0037333;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:49,13:25,8:24,5 +chr22 10699522 . CGCG C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.029562;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:37,15:19,8:18,7 +chr22 10707152 . CTT C 0 PASS DP=398;GPV=1;SPV=0.031448;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:232:206,26:113,11:93,15 +chr22 10709799 . A T 0 PASS DP=397;GPV=1;SPV=0.033317;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:213:188,25:90,12:98,13 +chr22 10735435 . G A 0 PASS DP=528;GPV=1;SPV=0.0067305;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:289:258,31:121,22:137,9 +chr22 10750506 . G T 0 PASS DP=189;GPV=1;SPV=0.017549;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:85,22:39,10:46,12 +chr22 10755128 . A G 0 PASS DP=414;GPV=1;SPV=0.022789;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:203,24:114,15:89,9 +chr22 10755218 . T G 0 PASS DP=327;GPV=1;SPV=0.044688;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:189:163,26:73,15:90,11 +chr22 10767552 . A G 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:150,30:66,10:84,20 +chr22 10768772 . T A 0 PASS DP=373;GPV=1;SPV=0.00057237;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:213:173,40:76,13:97,27 +chr22 10773218 . A T 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.018599;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:111,14:64,9:47,5 +chr22 11025747 . CA C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.010302;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:19,10:10,4:9,6 +chr22 11025749 . A C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.018274;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:19,4:34,4 +chr22 11036708 . C T 0 PASS DP=339;GPV=1;SPV=0.035289;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:183:158,25:96,15:62,10 +chr22 11056722 . A G 0 PASS DP=317;GPV=1;SPV=0.041051;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:187:128,21:47,7:81,14 +chr22 11060602 . G A 0 PASS DP=298;GPV=1;SPV=0.0078577;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:148,18:83,12:65,6 +chr22 11066008 . A C 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.038415;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:109,15:61,10:48,5 +chr22 11284932 . C G 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.00061791;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:56,27:30,18:26,9 +chr22 11294641 . T TAAA 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.044607;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:86,18:49,9:37,9 +chr22 11356705 . G T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.039117;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:54,13:33,8:21,5 +chr22 11456711 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.13544;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,1:21,3 +chr22 11461749 . T G 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.026656;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:75,20:36,8:39,12 +chr22 11786215 . G C 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.032597;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:63,9:23,3:40,6 +chr22 11811311 . T TA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,4:9,4 +chr22 11829601 . G A 0 PASS DP=282;GPV=1;SPV=0.043352;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:148,20:90,10:58,10 +chr22 11852874 . A G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.019055;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:8,2:45,11 +chr22 11876554 . G T 0 PASS DP=302;GPV=1;SPV=0.028743;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:154,28:55,10:99,18 +chr22 11878392 . A C 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.049172;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:179:155,24:75,9:80,15 +chr22 11902643 . A G 0 PASS DP=358;GPV=1;SPV=0.039593;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:204:180,24:56,5:124,19 +chr22 11906467 . C A 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.040057;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:33,13:27,3 +chr22 11914787 . T C 0 PASS DP=472;GPV=1;SPV=0.030584;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:256:221,35:130,22:91,13 +chr22 11915942 . C A 0 PASS DP=480;GPV=1;SPV=0.045409;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:266:231,35:98,13:133,22 +chr22 11916460 . C A 0 PASS DP=550;GPV=1;SPV=0.020314;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:300:263,37:123,18:140,19 +chr22 11925198 . C T 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.023316;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:109,24:57,11:52,13 +chr22 11925199 . A G 0 PASS DP=213;GPV=1;SPV=0.011461;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:104,28:52,13:52,15 +chr22 11951633 . G T 0 PASS DP=295;GPV=1;SPV=0.018415;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:134,19:79,13:55,6 +chr22 11972915 . A C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0019044;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:38,13:18,7:20,6 +chr22 11973248 . CA C 0 PASS DP=244;GPV=1;SPV=0.013251;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:117,27:66,15:51,12 +chr22 12034084 . A T 0 PASS DP=275;GPV=1;SPV=0.0032644;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:134,23:47,9:87,14 +chr22 12038909 . A T 0 PASS DP=431;GPV=1;SPV=0.042967;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:247:216,31:99,6:117,25 +chr22 12051301 . G T 0 PASS DP=560;GPV=1;SPV=0.029679;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:307:271,36:151,19:120,17 +chr22 12051633 . A T 0 PASS DP=488;GPV=1;SPV=0.023375;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:263:235,28:68,18:167,10 +chr22 12078277 . T C 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.03677;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:112,13:59,2:53,11 +chr22 12100010 . T A 0 PASS DP=342;GPV=1;SPV=0.0097233;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:158,23:106,13:52,10 +chr22 12118817 . CT C 0 PASS DP=346;GPV=1;SPV=0.01697;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:201:158,28:93,17:65,11 +chr22 12130240 . T C 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.048024;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:69,18:27,4:42,14 +chr22 12199154 . C A 0 PASS DP=386;GPV=1;SPV=0.0045877;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:172,25:76,13:96,12 +chr22 12204165 . A T 0 PASS DP=395;GPV=1;SPV=0.00035321;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:200:175,25:97,11:78,14 +chr22 12204449 . G A 0 PASS DP=481;GPV=1;SPV=0.0026742;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:258:231,27:94,4:137,23 +chr22 12206096 . T G 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.031718;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:66,13:27,2:39,11 +chr22 12206854 . C T 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.028777;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:100,12:39,7:61,5 +chr22 12212222 . G GGT 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.024844;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:40,5:18,1:22,4 +chr22 12312303 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.031275;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,8:3,3:24,5 +chr22 12332156 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1 +chr22 12346787 . G C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.015879;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:14,9:15,4 +chr22 12379848 . C T 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.035155;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:102,22:47,8:55,14 +chr22 12499442 . G A 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.024298;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:85,20:39,8:46,12 +chr22 12591569 . TAA T 0 PASS DP=185;GPV=1;SPV=0.021065;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:84,22:51,14:33,8 +chr22 12609888 . T C 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.001808;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:101,28:53,6:48,22 +chr22 12696321 . G C 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.041682;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:111,24:58,10:53,14 +chr22 12700781 . G A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.043509;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:89,17:50,10:39,7 +chr22 12713363 . C A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.019424;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:18,3:27,5 +chr22 12783137 . A G 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.016863;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:101,13:28,4:73,9 +chr22 12806249 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.044045;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:51,12:25,8:26,4 +chr22 12814734 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.0016612;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:76,18:38,11:38,7 +chr22 12814800 . T A 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.01657;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:80,18:44,13:36,5 +chr22 12869359 . G A 0 PASS DP=530;GPV=1;SPV=0.028473;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:281:250,31:98,21:152,10 +chr22 12874093 . C T 0 PASS DP=397;GPV=1;SPV=0.032139;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:240:214,26:100,8:114,18 +chr22 12877659 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.038808;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:45,4:12,3 +chr22 14956902 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:0,0:25,4 +chr22 15449266 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.017411;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:14,5:15,3 +chr22 15470739 . G C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.022125;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,11:20,4:26,7 +chr22 15487624 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0059872;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:16,2:17,7 +chr22 15546506 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:4,2:10,2 +chr22 15579564 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.17881;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:31,4:0,0 +chr22 15631216 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.029441;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:53,15:25,8:28,7 +chr22 15706889 . CT C 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.00037632;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:34,22:9,8:25,14 +chr22 15732030 . G C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.046808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:20,4:24,5 +chr22 15753796 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13742;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:24,4:0,0 +chr22 15769648 . G C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047515;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,6:10,4 +chr22 15910749 . C G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0045524;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,6:2,1 +chr22 16433519 . G C 0 PASS DP=228;GPV=1;SPV=0.028339;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:119,17:66,10:53,7 +chr22 16457892 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.043007;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:16,3:22,5 +chr22 16669926 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=8.0594e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:15,7:13,9 +chr22 16877536 . GAAGAA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:12,1:6,3 +chr22 17250563 . T TA 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.10954;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,5:18,2:15,3 +chr22 17875682 . T TAAA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:10,13:6,9:4,4 +chr22 17959010 . G GTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.22398;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:6,3:7,1 +chr22 18196944 . G C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.015094;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:21,5:22,8 +chr22 18359171 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.041069;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:21,8:34,1 +chr22 18369572 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.054634;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,4:9,4 +chr22 18627931 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.03433;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:3,3:18,5 +chr22 18738690 . C G 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.023135;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:75,9:43,8:32,1 +chr22 18743457 . A G 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.007669;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:82,17:45,12:37,5 +chr22 18748805 . A T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:23,3:18,5 +chr22 18750670 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.058083;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:23,6:5,1 +chr22 18755626 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.044512;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:5,1:21,5 +chr22 18849248 . G A 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.0043627;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:56,18:19,10:37,8 +chr22 18852936 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:16,4:0,0 +chr22 18853870 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024656;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:11,3:1,1 +chr22 18940041 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023692;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:8,6:3,4 +chr22 18953985 . C G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00018809;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:14,6:19,6 +chr22 19087971 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.9327e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:8,10:12,9 +chr22 20170031 . T G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00051413;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:17,3:12,9 +chr22 20342730 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016864;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:6,8:15,3 +chr22 20592866 . G GAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:6,4:2,1 +chr22 20655979 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:2,2:22,2 +chr22 21165958 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0038961;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,3:9,9 +chr22 21175242 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.058895;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,1:10,4 +chr22 21225295 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.017354;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:15,6:9,8 +chr22 21248916 . T C 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.0045935;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:75,17:37,9:38,8 +chr22 21334672 . GTA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.012782;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:18,7:8,1 +chr22 21541225 . TACAC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.45e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:9,5:6,8 +chr22 21659370 . TAAA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030702;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,13:1,8:3,5 +chr22 21659377 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.044451;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,8:7,3 +chr22 22267277 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.028065;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:15,1:22,8 +chr22 22633065 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,2:9,2 +chr22 24277946 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.047016;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:14,8:18,3 +chr22 24649431 . G T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.010003;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:46,9:28,6:18,3 +chr22 24659588 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.033359;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:14,2:20,3 +chr22 25910305 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.040009;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:19,2:17,4 +chr22 27114706 . C CAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.056191;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,7:8,6:2,1 +chr22 29111617 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,2:4,1:3,1 +chr22 29906290 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,4:12,1:2,3 +chr22 30623903 . CAT C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.031173;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:23,4:13,1 +chr22 32157497 . AT A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.015097;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:20,8:13,4 +chr22 32483849 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.4486e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:16,9:11,7 +chr22 32640189 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.1989e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:12,2:8,10 +chr22 32988328 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,1:13,3 +chr22 32990403 . TCCAG T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,3:9,2 +chr22 33411588 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=7.9911e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:9,8:19,5 +chr22 33450642 . G GAT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.062714;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,6:6,4:6,2 +chr22 35602210 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.036731;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:20,5:16,6 +chr22 36718271 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:5,5:2,1 +chr22 36738070 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10931;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,4:17,2:13,2 +chr22 36896650 . GAGGA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024846;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,6:3,1 +chr22 37344235 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0057971;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,4:4,4 +chr22 37511357 . CAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:6,4:2,1 +chr22 37661331 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.013888;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,9:11,5:4,4 +chr22 37711615 . AAAACCC A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.33771;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,4:11,3:9,1 +chr22 38937568 . TGC T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.028808;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,9:13,4:15,5 +chr22 41212396 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:3,4:4,4 +chr22 42225000 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:6,2:7,3 +chr22 42445357 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:6,10:3,3 +chr22 43587233 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0053871;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:15,5:17,4 +chr22 43878682 . GCCAACTAT G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.015188;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,2:11,3 +chr22 43878694 . TCCCC T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.036704;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,1:12,3 +chr22 43878699 . G GT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.019962;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:12,2:12,3 +chr22 44602533 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:0,0:1,2 +chr22 44779100 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:14,4:6,3 +chr22 44877039 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0090442;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:14,10:9,4 +chr22 44935632 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:1,3:0,0:1,3 +chr22 46290547 . GGTGTTAGGAGGGTGGTGTGGCTGGAGGGTGA G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040021;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:7,4:10,1 +chr22 46617258 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020833;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,5:6,3 +chr22 46897640 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0041229;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,2:4,5 +chr22 47076355 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,7:8,3:5,4 +chr22 48341751 . AGACAGAAGGAGCAGGATG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:10,2:12,2 +chr22 49186056 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0099003;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,2:15,7 +chr22 49484918 . C G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3 +chr22 50002495 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:2,7:4,1 +chr22 50363568 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00077962;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,5:6,4 +chr3 129852 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.019439;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,6:9,5:7,1 +chr3 239595 . A ATAT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.026;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,10:12,7:10,3 +chr3 432797 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.3783e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:10,6:14,9 +chr3 576388 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.032698;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:23,4:23,2 +chr3 576475 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.04525;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:10,3:13,2 +chr3 576584 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.018117;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:14,2:14,9 +chr3 597332 . T C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.01228;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:11,8:16,3 +chr3 781920 . T TACACAC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 +chr3 1071316 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:2,4:6,4 +chr3 1880220 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.05832;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,2:9,4 +chr3 1894838 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00011755;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:11,10:7,9 +chr3 2519469 . C A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=4.361e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:17,6:15,10 +chr3 2632084 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 +chr3 2876362 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.9233e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:12,11:9,9 +chr3 3356760 . T TAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,9:7,7:1,2 +chr3 5150463 . A AAAGTAAATAAAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0044074;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,9:10,4:7,5 +chr3 6196996 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0072217;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:5,6:2,2 +chr3 6443726 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:4,2:2,1:2,1 +chr3 6462261 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:13,3:15,1 +chr3 6935679 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14851;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,1:15,3 +chr3 7456450 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:6,11:8,2 +chr3 8617526 . T TA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0016314;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:6,6:2,2 +chr3 9516781 . CTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,10:3,7:3,3 +chr3 10128831 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0067873;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,8:2,7:1,1 +chr3 10169014 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=4.9258e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:13,12:9,5 +chr3 11564691 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.079729;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,6:24,2:5,4 +chr3 12044200 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.087004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:21,1:11,3 +chr3 12463229 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.023079;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,4:4,1 +chr3 12518321 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.002188;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:9,4:11,4 +chr3 12533659 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:4,7:4,2 +chr3 12683372 . T TA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,5:2,3 +chr3 13191477 . ATTTT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.034996;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,6:10,4:4,2 +chr3 13486288 . AAG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:4,2:13,2 +chr3 13587158 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00086916;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,2:7,5 +chr3 13992133 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.034948;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:21,3:19,4 +chr3 14893752 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,5:4,2 +chr3 15361155 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.3183e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,10:8,3 +chr3 15777849 . T TACACAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.086046;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,8:16,4:2,4 +chr3 17003734 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.01488;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:8,4:23,2 +chr3 17082139 . G GTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:8,3:3,1 +chr3 18596694 . TA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 +chr3 18994437 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.049965;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,4:7,1 +chr3 19094960 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00020585;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:10,5:14,10 +chr3 21552466 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0060771;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:14,2:13,6 +chr3 21699535 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0010937;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:18,9:13,4 +chr3 22905849 . GTATATATA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:3,3:4,1 +chr3 23614802 . ATT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,9:5,3:4,6 +chr3 26948136 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.9786e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:13,9:10,4 +chr3 27803357 . A AATTTATTTATTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075102;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 +chr3 27823721 . C CTTTTTTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.013574;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:8,7:10,2 +chr3 28489982 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.5178e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:13,9:10,3 +chr3 28990677 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,6:4,1 +chr3 29763609 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.4451e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:9,4:6,10 +chr3 30032018 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0015169;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,5:12,3 +chr3 30255749 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.006961;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,3:11,5 +chr3 30950443 . TA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,3:4,1 +chr3 31663450 . A T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.2446e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:16,10:13,8 +chr3 32538625 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00045655;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:11,6:8,5 +chr3 32806445 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.012101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:9,3:5,9 +chr3 33740789 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:4,6:7,1 +chr3 33852925 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,4:9,3:4,1 +chr3 34704588 . G GAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:0,2:6,4 +chr3 35417627 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=7.0259e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:8,9:12,11 +chr3 35554528 . C CTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043842;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 +chr3 36780910 . G GGATAGATAGATA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:9,9:4,6:5,3 +chr3 37101683 . AAG A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.044908;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:18,4:14,2 +chr3 39585526 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.028303;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:9,4:15,5 +chr3 39678572 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:9,4:4,1:5,3 +chr3 40281294 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:1,2:0,1:1,1 +chr3 40787632 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.3618e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:13,9:13,6 +chr3 45247058 . A AATTTTATTTTATTTTATTTTATTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:4,3:8,1 +chr3 50008546 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,3:2,2 +chr3 51402566 . A ATTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.20158;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:8,2:5,3 +chr3 51543608 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:10,3:1,2 +chr3 51793343 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,5:7,1 +chr3 52577430 . CAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:15,2:2,2 +chr3 52945162 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034547;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:5,4:9,3 +chr3 52994688 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=6.8987e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:10,9:10,4 +chr3 54500519 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.092902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:10,1:15,4 +chr3 54793094 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0022088;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,4:16,5 +chr3 57037876 . A AAAAAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.009628;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:10,13:2,7:8,6 +chr3 57531767 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:5,5:5,1 +chr3 60173917 . GT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:3,2:6,3 +chr3 60206148 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,4:9,3:8,1 +chr3 60710074 . T TA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0083519;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:2,7:7,2 +chr3 62418487 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:10,4:6,2 +chr3 62525679 . A ATGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.20188;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:14,2:12,2 +chr3 62701621 . AAG A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.020482;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:18,1:6,5 +chr3 64600051 . CTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,8:4,5:1,3 +chr3 65044104 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:3,6:1,1:2,5 +chr3 65364165 . T TA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:0,4:4,3 +chr3 65514429 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.19282;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,1:16,3 +chr3 66032377 . A ATT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.045714;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,7:16,2:9,5 +chr3 66144373 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.7598e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:3,5:8,5 +chr3 66613115 . C CTTTCTTTCTTTCTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,4:1,1:5,3 +chr3 66874098 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:14,2:7,2 +chr3 67792404 . C CAGAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:12,4:3,2 +chr3 68231344 . A ATTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,7:4,1 +chr3 69018362 . AC A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,10:0,1:1,9 +chr3 69163847 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=4.8478e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:10,6:11,8 +chr3 70882485 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00023389;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:40,18:16,11:24,7 +chr3 71503601 . G GAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:10,3:0,1 +chr3 72339949 . T G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.009581;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:7,9:4,3 +chr3 73139131 . G GT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,6:6,5:5,1 +chr3 73350465 . T TGTGC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.073744;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,2:18,2 +chr3 73439820 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=6.8069e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:15,8:3,3 +chr3 74949227 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.8091e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:12,13:10,7 +chr3 75288669 . GCTCCCT G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.002963;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:17,11:10,4 +chr3 75927976 . CTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.010143;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:4,6:4,2 +chr3 76065829 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.020961;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:14,8:12,5 +chr3 76555417 . GA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.011966;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,3:3,1 +chr3 76667693 . GCAGTGATCAGACTTTTT G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.049216;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:5,4:11,4 +chr3 78238121 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.37283;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,4:16,3:3,1 +chr3 78238133 . A AGAAAG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,5:18,4:3,1 +chr3 78718782 . AGAAG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,5:3,1 +chr3 79534148 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.25926;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,3:2,1 +chr3 81199034 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.3425e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:8,10:11,4 +chr3 81230327 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=9.7028e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:33,17:12,7:21,10 +chr3 82916427 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.12269;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,1:10,4 +chr3 82916515 . ATG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.068571;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:14,2:11,4 +chr3 83264013 . A C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,4:3,4 +chr3 83343566 . A AAAAT 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0015778;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:28,21:11,12:17,9 +chr3 83802912 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0026191;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:13,8:12,4 +chr3 84459753 . A ATATAATATACTAATT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,2:8,6 +chr3 84498434 . AT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0026945;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:11,9:7,7 +chr3 84907634 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,4:6,2:1,2 +chr3 85134029 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=3.774e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:32,23:13,14:19,9 +chr3 85269762 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.9644e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:8,6:14,8 +chr3 86385093 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.010747;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:12,4:9,5 +chr3 87653922 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.01246;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,7:6,4:4,3 +chr3 87905735 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.038531;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:15,9:10,3 +chr3 88457695 . C CAAAAT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.01558;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,11:7,5:7,6 +chr3 88494803 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.024567;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:18,5:16,1 +chr3 89001840 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:4,4:16,4 +chr3 90720510 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 +chr3 90849704 . T C 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.00096455;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:80,14:32,2:48,12 +chr3 90885770 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,4:4,3 +chr3 90889498 . A T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.017728;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:87,18:24,6:63,12 +chr3 90921450 . C A 0 PASS DP=395;GPV=1;SPV=0.010297;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:232:204,28:109,17:95,11 +chr3 90934900 . C G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:0,0:20,4 +chr3 90939815 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.047994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:20,6:13,2 +chr3 90952757 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,1:1,3 +chr3 90956374 . G C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr3 90997507 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,3:8,1 +chr3 91022377 . C G 0 PASS DP=276;GPV=1;SPV=0.013225;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:145,19:41,12:104,7 +chr3 91031691 . T C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.022644;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:19,4:23,2 +chr3 91032152 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,4:0,0:22,4 +chr3 91092531 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:21,1:2,3 +chr3 91141801 . G A 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.023151;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:0,1:55,6 +chr3 91192149 . A C 0 PASS DP=427;GPV=1;SPV=0.014922;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:240:210,30:162,19:48,11 +chr3 91206664 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:23,4:1,0 +chr3 91278261 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.16867;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,3:16,1 +chr3 91278660 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.090326;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:25,3:19,2 +chr3 91676678 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:0,0:9,4 +chr3 91988313 . C T 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.028456;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:62,7:28,6:34,1 +chr3 92379478 . C G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 +chr3 93463936 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,1:6,3 +chr3 93559616 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:0,0:20,4 +chr3 93706202 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,3:2,1 +chr3 94379241 . C CTGTGTGTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018593;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,7:3,3:5,4 +chr3 96311792 . A AGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043618;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,7:5,6:11,1 +chr3 97483214 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00033054;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,3:10,7 +chr3 97539042 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:7,2:15,3 +chr3 97674296 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.9702e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:10,6:8,7 +chr3 97815678 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,3:3,6 +chr3 98839159 . CTT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.039387;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:5,1:14,5 +chr3 99509106 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,5:7,3:14,2 +chr3 99626435 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,9:4,8:0,1 +chr3 101133802 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.6357e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:5,6:12,6 +chr3 101136760 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0016781;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:14,4:12,6 +chr3 101160399 . C CGTGT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.064856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,9:9,8:6,1 +chr3 101596725 . TA T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,1:12,3 +chr3 102382738 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.046286;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:20,4:16,3 +chr3 104602297 . T G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0023706;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:19,4:19,8 +chr3 104938687 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:6,4:3,3:3,1 +chr3 105370946 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=4.5693e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:8,9:13,11 +chr3 105404675 . G GA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0027601;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:12,8:2,6 +chr3 106109796 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:1,2:13,3 +chr3 106512578 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10008;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,6:8,5:10,1 +chr3 109286729 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.4643e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:14,9:12,11 +chr3 109575163 . T TATA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.071818;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,6:9,2:13,4 +chr3 109730340 . C CAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,10:5,6:4,4 +chr3 109789964 . C A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,2:3,1:3,1 +chr3 110068619 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.047029;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:22,4:13,1 +chr3 110505831 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:7,1:4,3 +chr3 110884738 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.060034;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:9,2:15,2 +chr3 111007974 . T TATGTATATATAC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048554;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,6:12,4:9,2 +chr3 112051652 . CT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021517;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:16,3:13,6 +chr3 112199388 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.4898e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:15,8:11,7 +chr3 113119174 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:4,7:3,4 +chr3 113156313 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0052563;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,3:15,6 +chr3 113172202 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:13,2:20,2 +chr3 113191188 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.144e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:8,7:13,10 +chr3 113856547 . T G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.085668;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,3:11,1 +chr3 114362265 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00067377;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:17,21:6,14:11,7 +chr3 115169556 . G T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=3.0482e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:11,12:17,4 +chr3 115325729 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00059303;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:16,5:8,4 +chr3 115325730 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00056062;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:18,6:9,4 +chr3 116100206 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023137;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:12,10:3,4 +chr3 116160415 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,3:0,1 +chr3 116701070 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0010146;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:16,8:10,4 +chr3 118512217 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,3:9,3 +chr3 118601804 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.002981;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,11:4,8:2,3 +chr3 118633883 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,4:3,3:1,1 +chr3 121228569 . T G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.011158;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:23,5:13,1 +chr3 121764195 . A AACACACACAC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.022955;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:11,7:9,5 +chr3 123427220 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=4.2086e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,5:11,8 +chr3 125256967 . GTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:7,9:2,3 +chr3 126059282 . G GA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:10,3:8,3 +chr3 129709499 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2 +chr3 130095408 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10147;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,7:14,2:8,5 +chr3 130125033 . TG T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,1:5,5 +chr3 130302003 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.2211e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:8,5:10,6 +chr3 132763487 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.069447;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:13,5:30,1 +chr3 132798951 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.023599;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:13,3:17,4 +chr3 134051500 . TTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:3,5:7,2 +chr3 135026064 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:26,3:9,1 +chr3 135640369 . T TGATA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029113;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:11,4:7,6 +chr3 136498284 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:3,2:8,2 +chr3 136867108 . CTTTCTTTCTTTG C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,2:0,0:5,2 +chr3 138339643 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00013297;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:15,8:6,4 +chr3 139047330 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.0935e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:4,7:12,7 +chr3 141004091 . CTG C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,8:7,2:7,6 +chr3 141644602 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0013259;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:17,8:15,7 +chr3 141902597 . A C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00010642;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:20,6:7,6 +chr3 141932460 . AT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,5:6,3 +chr3 142805133 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:6,2:4,1:2,1 +chr3 144563278 . T TTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.039921;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,3:5,4 +chr3 145215163 . TC T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.5528e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:5,4:10,8 +chr3 145665509 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0086108;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:18,3:11,4 +chr3 145898362 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0096876;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:8,8:6,3 +chr3 145930969 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,5:8,4 +chr3 146212460 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.040478;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 +chr3 147546917 . A AAAATAAAT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022996;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,9:14,4:10,5 +chr3 148857063 . T TTTTTTTG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,1:5,4 +chr3 149440328 . CTATA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:0,2:0,0:0,2 +chr3 150193142 . GTT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:3,2:3,3 +chr3 150560608 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=6.785e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:13,7:14,8 +chr3 151746365 . G GT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011528;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:8,6:5,1 +chr3 152770926 . A ATGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 +chr3 153128424 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0001119;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:13,9:13,6 +chr3 153999306 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.060505;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:17,1:13,3 +chr3 160036090 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00026073;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:19,5:10,11 +chr3 160970447 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,3:9,1 +chr3 161908409 . CAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,8:2,5:3,3 +chr3 163459100 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0033421;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,11:5,5:10,6 +chr3 163494555 . C CCACTT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00034031;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:16,7:8,6 +chr3 163494556 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.5869e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:16,8:7,10 +chr3 163635704 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.055194;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:5,1:15,4 +chr3 164537161 . T TATATAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0030303;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:0,7:0,3:0,4 +chr3 165048586 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,8:7,4:2,4 +chr3 165585878 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022983;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:12,2:5,9 +chr3 165585879 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0027511;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:11,3:5,9 +chr3 166285691 . C CAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.08112;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1 +chr3 167575608 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00082104;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:9,13:17,3 +chr3 170404145 . ATTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:4,1:3,5 +chr3 171971062 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:1,2:2,1 +chr3 172737350 . A ATTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr3 172778588 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 +chr3 173830245 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00016645;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:14,24:6,9:8,15 +chr3 174107017 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,5:8,1:6,4 +chr3 176384810 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:15,2:17,2 +chr3 177263053 . CTT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.020164;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:11,7:3,3 +chr3 179743926 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:8,9:4,8:4,1 +chr3 179797605 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.19094;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,4:5,1:14,3 +chr3 181751957 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,3:0,1:4,2 +chr3 182645608 . ATTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0061246;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,8:5,3:1,5 +chr3 183531448 . T TTTTTG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:6,2:5,4 +chr3 183778111 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:5,2:8,3 +chr3 185077789 . T TG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,9:1,7:1,2 +chr3 185567814 . A C 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.039734;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:52,11:28,5:24,6 +chr3 185588050 . A ATTT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,2:4,3 +chr3 186776847 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.017733;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:13,9:4,2 +chr3 186864128 . G C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:2,2:11,6 +chr3 187892231 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.010015;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:9,4:9,6 +chr3 187892273 . TTGGATA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.002317;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:4,4:9,8 +chr3 188142604 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:2,3:3,1 +chr3 188936019 . C CTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:9,4:7,1 +chr3 189742243 . CAAAAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,11:5,7:5,4 +chr3 190748294 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.049488;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:14,4:21,2 +chr3 191259852 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:10,2:8,2 +chr3 192086733 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00030989;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:16,7:17,8 +chr3 192818078 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=9.067e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:15,8:10,7 +chr3 194325045 . CT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.18371;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:14,2:13,1 +chr3 194673961 . ACCTTAC A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10931;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,1:14,3 +chr3 194680228 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0026031;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:8,4:12,3 +chr3 195480294 . T A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.015268;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:85,11:37,6:48,5 +chr3 195482428 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:5,2:19,2 +chr3 195489285 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.024281;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:23,3:23,4 +chr3 195499352 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.0032428;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:49,9:24,6:25,3 +chr3 195500853 . A T 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.038044;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:70,8:36,3:34,5 +chr3 195619095 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.009035;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:34,17:15,14:19,3 +chr3 195627434 . T TCCACTGAA 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0066776;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:18,7:17,8 +chr3 195637214 . GGT G 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.0050154;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:63,12:22,8:41,4 +chr3 195960350 . A G 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.00044669;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:49,22:19,3:30,19 +chr3 195962048 . G T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 +chr3 195966515 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.057873;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:23,1:17,4 +chr3 196173255 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021053;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:12,2:2,6 +chr3 197658326 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.033605;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:9,7:13,1 +chr4 11120 . C A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,3:2,3 +chr4 11422 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013049;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,4:6,7 +chr4 26921 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.11412;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:32,4:3,0 +chr4 37547 . AG A 0 PASS DP=305;GPV=1;SPV=0.036501;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:170:152,18:68,7:84,11 +chr4 60317 . G A 0 PASS DP=313;GPV=1;SPV=0.030421;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:205:184,21:93,13:91,8 +chr4 64786 . T G 0 PASS DP=323;GPV=1;SPV=0.0090726;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:171,26:90,15:81,11 +chr4 1152938 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,8:2,5:3,3 +chr4 1266472 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0003248;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:4,8:14,5 +chr4 1680330 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01393;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,4:4,3 +chr4 1786308 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.3703e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:12,5:15,11 +chr4 2020796 . T TC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.074501;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,8:1,4:13,4 +chr4 2205874 . CA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.035509;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,8:6,5 +chr4 2618591 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0011112;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,6:3,1 +chr4 4253875 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,5:3,2 +chr4 4294877 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.040114;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:12,1:8,5 +chr4 4677535 . A C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:4,1:3,1 +chr4 4697798 . C CCTATCTAT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.044564;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:12,3:15,6 +chr4 6003949 . A ATGG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,6:7,5:3,1 +chr4 6694969 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:4,2:2,1:2,1 +chr4 8322525 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0011349;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:15,4:13,8 +chr4 8336314 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:1,2:1,1:0,1 +chr4 8348798 . TAAATAAAATA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:11,8:9,5 +chr4 8931584 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:10,3:3,1 +chr4 9324113 . T C 0 PASS DP=469;GPV=1;SPV=0.027626;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:310:277,33:267,32:10,1 +chr4 9524302 . CTAGATACAGAGTGCCGACTGGTG C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0014616;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:12,7:16,2 +chr4 9634595 . CAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:7,8:3,2 +chr4 9719506 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0038917;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:17,4:11,5 +chr4 10175285 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00021886;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:13,5:9,9 +chr4 11667594 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00018263;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,17:7,8:5,9 +chr4 11796214 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.039894;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,3:13,2 +chr4 12715070 . ATT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:2,3:8,3 +chr4 14491648 . T TATTTATATATAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047515;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,6:11,4 +chr4 14813881 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.019687;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:14,4:11,8 +chr4 15177559 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.022451;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:6,2:11,4 +chr4 15232096 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=2.3491e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:14,7:17,8 +chr4 16159514 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0028455;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:6,4:9,6 +chr4 16440716 . TC T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.095044;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:11,4:16,1 +chr4 16586509 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,4:12,3:5,1 +chr4 16819095 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.040165;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:19,7:11,1 +chr4 17311735 . C A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,3:3,2 +chr4 17569577 . CCACA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:5,7:13,3 +chr4 17742137 . AATATATAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010479;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:9,5:3,4 +chr4 18327173 . C CAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1 +chr4 19232748 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.07056;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:6,3:16,1 +chr4 20181645 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11923;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:20,3:16,1 +chr4 20311417 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0065171;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:15,3:16,5 +chr4 21501248 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0088608;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,7:6,4:6,3 +chr4 21750776 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0086866;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:14,4:12,3 +chr4 21924243 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,9:3,8:1,1 +chr4 21928129 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.095042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,3:11,1 +chr4 22061733 . G GTTT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0055563;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,16:12,14:8,2 +chr4 22675296 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,2:6,3 +chr4 23042370 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00018253;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:12,9:12,1 +chr4 23381713 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0011278;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,17:9,12:5,5 +chr4 23623876 . A AAAATAAAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.048514;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:5,3:9,4 +chr4 24137863 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.6311e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:10,11:9,4 +chr4 25581959 . C CAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:4,4:1,1 +chr4 25612981 . T TAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:8,3:4,1 +chr4 26851331 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0064763;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:9,4:15,13 +chr4 27571764 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0016548;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:15,4:10,8 +chr4 28055902 . AAAAAAT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0082274;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:12,7:7,5 +chr4 28055918 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0045608;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,12:10,7:5,5 +chr4 28221328 . TCTCTA T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0013843;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,3:8,4 +chr4 28806359 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,6:2,5:0,1 +chr4 29179898 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.002428;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:17,3:14,7 +chr4 29531916 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,2:8,2 +chr4 30278649 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:6,6:3,4 +chr4 32005446 . A ATTATTATTATTATTATTATTAT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.015238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,9:3,3:6,6 +chr4 32495047 . C CT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.004889;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,16:19,7:11,9 +chr4 32839548 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.15826;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:11,3:5,1:6,2 +chr4 35765386 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0001695;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:19,8:4,4 +chr4 35937283 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0013435;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:9,3:12,6 +chr4 35979284 . T TA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0051998;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,10:4,8:6,2 +chr4 38235026 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.5037e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:7,9:12,3 +chr4 38461959 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.040398;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:8,8:4,2 +chr4 39640987 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.023193;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,4:2,4 +chr4 39664216 . T TGTGTGTGCGCGC 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,12:12,7:13,5 +chr4 39796168 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.019985;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,10:3,6:6,4 +chr4 40660610 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0070519;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,11:11,8:4,3 +chr4 41350247 . C G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=4.5974e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:30,16:16,7:14,9 +chr4 41706637 . CTTATTA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,9:5,6:5,3 +chr4 42436540 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00048494;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:8,9:18,5 +chr4 45024881 . CTA C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.023494;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,8:19,3:14,5 +chr4 47195468 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:19,4:10,3:9,1 +chr4 48620601 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00025426;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:11,8:13,4 +chr4 49098215 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.045325;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,10:11,4:17,6 +chr4 49143770 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.063808;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,5:11,2:31,3 +chr4 49168402 . G T 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.013719;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:71,16:27,4:44,12 +chr4 49174541 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.046363;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:48,12:25,5:23,7 +chr4 49265281 . C T 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.038078;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:69,13:26,4:43,9 +chr4 49265909 . C T 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.031461;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:108,13:67,8:41,5 +chr4 49266927 . T A 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.040817;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:107,13:60,7:47,6 +chr4 49270687 . G T 0 PASS DP=496;GPV=1;SPV=0.035757;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:278:235,43:139,24:96,19 +chr4 49271027 . C T 0 PASS DP=521;GPV=1;SPV=0.0033901;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:299:243,56:113,32:130,24 +chr4 49271076 . C T 0 PASS DP=595;GPV=1;SPV=0.00029602;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:330:275,55:148,32:127,23 +chr4 49490706 . G A 0 PASS DP=518;GPV=1;SPV=0.0013516;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:296:250,46:135,20:115,26 +chr4 49493061 . A AT 0 PASS DP=499;GPV=1;SPV=0.031589;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:261:226,34:93,22:133,12 +chr4 49513797 . G A 0 PASS DP=4660;GPV=1;SPV=0.036427;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:2603:2324,279:771,89:1553,190 +chr4 49519726 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.015039;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,9:16,2:8,7 +chr4 49523382 . C T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.0050121;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:68,8:30,1:38,7 +chr4 49527051 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.047029;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:20,2:15,3 +chr4 49532808 . C G 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.015725;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:52,16:20,7:32,9 +chr4 49554084 . C T 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0093787;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:18,8:25,1 +chr4 49565377 . A T 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.045294;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:42,13:21,5:21,8 +chr4 49574641 . A G 0 PASS DP=576;GPV=1;SPV=0.0052595;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:308:256,52:139,26:117,26 +chr4 49591857 . T G 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.0018119;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:91,26:27,15:64,11 +chr4 49607800 . A AAC 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.0018273;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:50,13:28,6:22,7 +chr4 49612039 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.057887;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:22,4:5,1 +chr4 49653269 . G GGGAATGGAAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.031602;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:14,4:7,2 +chr4 49731167 . C A 0 PASS DP=364;GPV=1;SPV=0.013365;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:228:204,24:149,21:55,3 +chr4 49787442 . T A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.040768;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:7,1:38,4 +chr4 49792264 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:23,4:2,0 +chr4 49849709 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.037054;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:15,2:21,5 +chr4 49850379 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.067259;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:21,4:4,1 +chr4 50198909 . T C 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0014098;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,13:20,11:20,2 +chr4 50560189 . T C 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0027297;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:41,13:19,6:22,7 +chr4 50866953 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.18626;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:1,0:31,4 +chr4 51119009 . T A 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.019323;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:86,18:18,8:68,10 +chr4 51169304 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.16556;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:0,0:31,4 +chr4 51274462 . G C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 +chr4 51537779 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr4 51560944 . A T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.038098;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:59,8:30,6:29,2 +chr4 51640205 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:2,0:26,4 +chr4 52084051 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:41:1,3:0,1:1,2 +chr4 52309381 . C CAAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0067873;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:3,7:0,1 +chr4 52733556 . TATACATATAC T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.036255;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:15,6:11,3 +chr4 53417767 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,2:1,1:2,1 +chr4 53788426 . A ATGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,5:4,4:7,1 +chr4 53880669 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.002399;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,4:6,9 +chr4 54408971 . C G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0022452;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:21,9:9,3 +chr4 55535739 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:9,7:2,2 +chr4 56285267 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.010825;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:17,4:11,3 +chr4 56862339 . AAG A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.23453;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,2:13,2 +chr4 56915242 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,4:8,1 +chr4 57195392 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0019889;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:14,6:12,4 +chr4 58516672 . A AACACAC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0044583;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,2:8,8 +chr4 58780188 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.11505;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:18,2:13,2 +chr4 58849888 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0039777;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:12,7:15,2 +chr4 59244838 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.043327;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,11:8,7:6,4 +chr4 59519025 . ACC A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 +chr4 59905347 . A ATG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026928;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:10,3:5,2 +chr4 60611412 . GAGAA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014502;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,5:5,2 +chr4 61072909 . C CTATTATTAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.039018;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,12:2,5:13,7 +chr4 61215541 . ATT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:7,1:0,5 +chr4 62996598 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.002714;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:7,3:14,4 +chr4 64512497 . C CAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:5,3:4,1 +chr4 65129734 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=3.3183e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:12,7:7,6 +chr4 65365649 . C CTATA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,4:4,3:1,1 +chr4 65465456 . GA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,1:8,3 +chr4 65995025 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027424;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:8,1:9,6 +chr4 66169113 . G GT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=2.6712e-05;SS=2;SSC=45;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,14:4,9:7,5 +chr4 67121416 . T TTCTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.018904;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,1:10,7 +chr4 67439786 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.7856e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:12,7:11,8 +chr4 67635750 . T TCTTGTTGTTCAATCTAGTAATTTCTCTCTTTTCTA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034996;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,6:8,4:6,2 +chr4 69064106 . GAAAGAA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.014159;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:5,4:3,2 +chr4 70520010 . AT A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0048555;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:13,4:8,13 +chr4 71011232 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,4:4,2 +chr4 72227238 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.019351;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,12:11,5:8,7 +chr4 72667860 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0022409;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,4:9,5 +chr4 73270285 . ATT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:7,2:6,3 +chr4 73788258 . GGAGGAGGATGAGAAA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:6,5:1,3 +chr4 76646229 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.045693;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:15,2:9,3 +chr4 76928092 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.017292;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,6:6,1 +chr4 77595098 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0037259;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:9,7:5,7 +chr4 78137046 . GA G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.3094e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:21,21:7,7:14,14 +chr4 78465956 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0011625;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,5:14,4 +chr4 79547385 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=2.3532e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:10,5:9,7 +chr4 80208540 . A AACAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.032319;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:18,8:5,2 +chr4 80622916 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0026611;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,5:10,4 +chr4 80651704 . T TTGTGTGTGTG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,12:5,6:3,6 +chr4 81227215 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00017189;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:11,5:13,7 +chr4 82077994 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.24625;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,4:6,1:13,3 +chr4 82318950 . AGAAG A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,4:5,2:9,2 +chr4 82599026 . CAA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.034956;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,5:9,1:9,4 +chr4 83579077 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:2,1:3,3 +chr4 84121099 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.016437;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:16,8:20,2 +chr4 85598897 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0004646;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:11,5:12,6 +chr4 85888402 . G GA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,9:9,8:2,1 +chr4 86842707 . AAAAAG A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012802;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:4,1:9,9 +chr4 86842815 . TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,3:5,1 +chr4 87616268 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00068054;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,14:7,10:3,4 +chr4 87923765 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.038146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:13,7:4,1 +chr4 88295154 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0014004;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:11,3:13,6 +chr4 89356553 . CTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:1,2:10,7 +chr4 89356569 . TTTTC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:3,2:8,5 +chr4 89846079 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.090728;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:9,5:12,1 +chr4 89903897 . G GAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:10,7:2,1 +chr4 91496796 . AT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,1:5,3 +chr4 91974275 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.0279e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:10,7:12,10 +chr4 91997999 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00013424;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:19,8:14,7 +chr4 92083882 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00031695;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:9,5:12,7 +chr4 92646888 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.14706;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:7,8:2,3:5,5 +chr4 93870622 . C CAAAAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.1839;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,6:6,5:6,1 +chr4 95087003 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0083551;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:14,9:2,1 +chr4 95328040 . C CTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.005418;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,10:1,9:3,1 +chr4 98020050 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021382;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:7,5:11,2 +chr4 98828584 . GA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,5:1,3:2,2 +chr4 99516244 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00025356;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:8,8:13,4 +chr4 99742985 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.012389;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:14,6:9,2 +chr4 101164244 . CCAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,6:3,2 +chr4 101426865 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:2,2:3,4 +chr4 101664294 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025917;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,4:13,1 +chr4 103237571 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,1:13,3 +chr4 103799073 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=7.4062e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:17,28:5,12:12,16 +chr4 103809930 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.4578e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:4,9:13,9 +chr4 105008884 . A ATT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0052134;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:5,7:9,4 +chr4 105204234 . T TAC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.090728;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,6:10,3:11,3 +chr4 106633854 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0099771;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,12:3,2:2,10 +chr4 107775491 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0018234;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:9,3:10,5 +chr4 108409382 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.19341;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:12,1:19,3 +chr4 108448970 . A AAAAAG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:4,3:3,3 +chr4 108600907 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.030759;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,1:10,3 +chr4 108675699 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 +chr4 109314581 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0022996;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:16,6:11,4 +chr4 109328151 . G C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00082953;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:7,8:11,2 +chr4 110186820 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,7:4,4:5,3 +chr4 110256884 . C CT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.039872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,10:5,6:15,4 +chr4 110381304 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:4,3:1,1 +chr4 112052387 . GCA G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0025635;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:19,7:10,3 +chr4 112052390 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0022088;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:16,7:10,2 +chr4 112090482 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0010226;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:17,5:13,5 +chr4 113163770 . A C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,2:3,1:3,1 +chr4 113459638 . CT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.006592;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,6:4,2 +chr4 114623115 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0085883;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:18,2:12,5 +chr4 114916536 . C CTG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.028152;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,11:10,8:5,3 +chr4 118251125 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049827;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,4:10,5 +chr4 119789253 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:15,6:11,4:4,2 +chr4 119789254 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,4:11,2:5,2 +chr4 120227229 . G C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00019041;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:21,7:13,6 +chr4 120307384 . ATTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10288;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:11,4:3,2 +chr4 121017432 . AC A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.21758;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:15,2:17,2 +chr4 121635027 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,3:4,3 +chr4 122720887 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.019351;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:12,7:7,5 +chr4 124715670 . T TTATATG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0041486;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,11:7,5:3,6 +chr4 125715759 . AAAC A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.03385;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:17,4:10,1 +chr4 126584511 . A ATT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,7:5,6:2,1 +chr4 126663898 . A AAAGATATATATATAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,2:10,2 +chr4 129479178 . CTTCT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.013215;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,5:8,4 +chr4 130715213 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.002428;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:18,7:13,3 +chr4 131448941 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00094808;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:13,6:13,3 +chr4 131735926 . A T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr4 131743490 . G A 0 PASS DP=193;GPV=1;SPV=0.013808;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:94,12:61,8:33,4 +chr4 131749715 . G C 0 PASS DP=218;GPV=1;SPV=0.014927;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:107,17:54,11:53,6 +chr4 131814343 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.072687;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:25,4:19,2 +chr4 132636067 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,4:4,1 +chr4 132894907 . T TA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0014755;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,2:7,7 +chr4 132931526 . A ATTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.001806;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:2,12:0,9:2,3 +chr4 134024923 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,8:2,5:3,3 +chr4 135417094 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,3:1,1:4,2 +chr4 136148051 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.028768;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,7:19,2:21,5 +chr4 136153727 . T TTATATATATA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:3,3:0,3 +chr4 136620055 . GTATA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0030458;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:6,8:10,3 +chr4 137930087 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0018725;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:13,4:15,7 +chr4 139405226 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=9.3228e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:9,10:11,8 +chr4 140776840 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0010222;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:10,6:13,5 +chr4 141426356 . A ATCTG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0030514;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,10:4,7:7,3 +chr4 143036415 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00041078;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:16,3:16,8 +chr4 143123355 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.002428;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:14,3:17,7 +chr4 143956227 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.044088;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,2:6,2 +chr4 145835562 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0084353;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:4,3:5,2 +chr4 145835563 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.019883;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr4 145835564 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.010792;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,3:4,2 +chr4 147541067 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048055;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,4:3,1 +chr4 147621985 . C CT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0012415;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,12:6,9:12,3 +chr4 148038938 . G GTTTTGAAACTTAGTGTTAT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.042001;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,3:4,3 +chr4 149269330 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.35897;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,2:4,1:2,1 +chr4 149374997 . GT G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.037344;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:13,3:20,5 +chr4 151097439 . A ATT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0066911;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,12:11,7:8,5 +chr4 151445849 . A AATATATATATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:3,5:1,4 +chr4 151653358 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0080354;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:17,4:12,5 +chr4 151765852 . C CAGAGAGAGAG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0065492;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,7:2,6:2,1 +chr4 152617531 . A ATG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:10,3:6,1 +chr4 153117030 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0074524;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:12,12:8,7:4,5 +chr4 153346605 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0025344;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:7,7:11,3 +chr4 153390889 . A ATATGTGTGTGTG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0012716;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,11:4,3:2,8 +chr4 154875182 . A ATGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0074494;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,5:5,2 +chr4 155552235 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.018909;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:8,3:13,2 +chr4 155957237 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0035042;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:0,2:3,7 +chr4 156439096 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00027127;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:11,6:12,8 +chr4 157395225 . AGAG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.046659;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:16,6:5,2 +chr4 157665341 . T TCACACACACACACACACA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,7:2,5:5,2 +chr4 158529250 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,4:8,2:5,2 +chr4 158695714 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00015402;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,3:9,6 +chr4 159062697 . G GTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:3,2:9,2 +chr4 159385405 . TAA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0011292;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:8,3:6,10 +chr4 159808521 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0010229;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,8:5,2 +chr4 160144525 . TTTG T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,2:1,1:4,1 +chr4 160547231 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00080797;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:14,4:11,7 +chr4 160633007 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.9551e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,6:11,7 +chr4 161332099 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:5,3:2,2:3,1 +chr4 162453267 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0087152;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:13,5:12,2 +chr4 162621887 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00090285;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,4:12,7 +chr4 163448601 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:3,3:1,1:2,2 +chr4 163688370 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030474;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:9,11:8,5 +chr4 164035933 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:4,2:4,1:0,1 +chr4 164199681 . C CAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,2:2,1:1,1 +chr4 164313182 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0053975;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:14,9:1,5 +chr4 164735546 . ATTTTT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.036089;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:4,3:3,2 +chr4 165707190 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.022595;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,5:3,1 +chr4 166251139 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:1,2:1,1:0,1 +chr4 166491022 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0033127;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,7:4,3 +chr4 166603720 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.12799;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:2,4:5,1 +chr4 166603732 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:2,1:3,1 +chr4 167345604 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.010975;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,5:10,8 +chr4 168333164 . CAA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,9:7,8:5,1 +chr4 169087473 . A ATT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,8:5,5:0,3 +chr4 169233248 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:4,6:3,2 +chr4 169355377 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00031521;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:11,9:14,5 +chr4 169744966 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,1:12,3 +chr4 170102794 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.090553;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,6:6,1:17,5 +chr4 170703373 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0078314;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:15,6:19,2 +chr4 171798904 . A ATATT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.012781;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:10,7:11,4 +chr4 172057729 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:4,5:5,1 +chr4 172503526 . G GTATATATATATATA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:3,3:12,2 +chr4 174296763 . A AT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,5:4,3:5,2 +chr4 176325561 . T TAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,6:10,3:8,3 +chr4 177185005 . AAG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:23,3:5,1 +chr4 177238841 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.8646e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:11,7:10,7 +chr4 177238842 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=1.6571e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:9,7:11,7 +chr4 177417940 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,12:6,9:3,3 +chr4 178300739 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:5,5:5,1 +chr4 179137490 . G C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0055583;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:15,3:20,5 +chr4 179279208 . TTTTC T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0090372;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:17,8:13,5 +chr4 180290348 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,4:11,3:4,1 +chr4 181031797 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:10,3:10,5 +chr4 181130688 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0069381;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,4:4,4 +chr4 181280528 . T TTTTAAAATAATTGATGAAATGAGGCAGATGTG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032107;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:4,3:2,2 +chr4 181801651 . AATATAT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:3,3:1,3 +chr4 181803939 . C CAA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.005418;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,5:2,1 +chr4 182293458 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00057391;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:13,6:19,6 +chr4 183013415 . TTCCCC T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:1,6:6,5 +chr4 185031220 . G GA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0054758;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,13:9,5:7,8 +chr4 185053316 . GTT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:6,4:3,1 +chr4 185220484 . C CTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.029089;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,3:9,6 +chr4 185426879 . CAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:5,5:6,3 +chr4 185606854 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0057699;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:9,4:13,1 +chr4 186905242 . T TTC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0025855;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:8,6:8,7 +chr4 186911004 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0035252;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:12,4:9,4 +chr4 186968630 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046386;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:14,4:9,1 +chr4 187013968 . A AGT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.12376;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,6:14,4:9,2 +chr4 187024475 . C A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.028248;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,1:7,3 +chr4 188891730 . A ATTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,9:6,8:4,1 +chr4 188974981 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.40598;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,3:9,2:9,1 +chr4 189688328 . A T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.038332;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:16,4:18,1 +chr4 190032876 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0010244;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:6,11:3,2 +chr4 190097528 . T C 0 PASS DP=351;GPV=1;SPV=0.020604;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:207:181,26:89,12:92,14 +chr4 190106016 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.019271;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:46,7:9,2 +chr4 190200729 . C G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr4 190204153 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.025299;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:4,4:40,11 +chr5 89889 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.044988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:9,1:15,3 +chr5 196677 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.01531;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:7,1:12,7 +chr5 230013 . TAGAGTTA T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.023776;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:20,3:13,2 +chr5 415365 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19833;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:8,1:18,2 +chr5 814097 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 +chr5 1339870 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.046608;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:19,6:4,1 +chr5 2128134 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00083483;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:12,4:11,7 +chr5 2585334 . AGATG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.031674;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:2,5:1,4 +chr5 2928097 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.6299e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:9,4:11,14 +chr5 3117652 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,4:12,2:8,2 +chr5 3233520 . TAA T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,3:3,4 +chr5 3249463 . C CGT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0095255;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:6,10:15,6 +chr5 3324001 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.035683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:16,1:16,7 +chr5 5493008 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr5 5904762 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,2:7,3 +chr5 7113148 . ATT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0041629;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:11,8:6,6:5,2 +chr5 7281323 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.33939;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:5,3:2,2:3,1 +chr5 7633573 . T G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.010155;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:21,7:20,3 +chr5 7761147 . TC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,3:6,1 +chr5 7798584 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.37283;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,5:9,2:11,3 +chr5 8375406 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.083915;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:17,2:12,2 +chr5 10099947 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.032284;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,6:5,1 +chr5 10528489 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0036508;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,9:1,5:0,4 +chr5 10592452 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,2:2,1:2,1 +chr5 10630886 . AG A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12591;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:8,2:19,2 +chr5 11312684 . A ACACTCCCCATATACCCTCACCCTCAC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:3,3:9,2 +chr5 11541851 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018593;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:1,3:7,4 +chr5 11600705 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,8:8,7:4,1 +chr5 11933508 . A AG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.18393;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:12,3:14,1 +chr5 12071303 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0076491;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:9,5:20,3 +chr5 13610200 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.8991e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:5,9:15,11 +chr5 14548425 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037934;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,3:2,2 +chr5 15010041 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.12939;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:14,3:15,1 +chr5 15869499 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.015769;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:13,5:14,2 +chr5 16453561 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,4:3,3:4,1 +chr5 17420129 . A ATGTGTGTGTG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,5:12,3:9,2 +chr5 17521046 . C T 0 PASS DP=491;GPV=1;SPV=0.0058033;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:303:250,53:186,47:64,6 +chr5 18054923 . A ATT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011229;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:4,7:5,2 +chr5 18584175 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.045694;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,3:4,3 +chr5 19748112 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 +chr5 20847903 . TACACACAC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,6:7,3:3,3 +chr5 20864445 . T C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.0073164;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:15,9:18,5 +chr5 20864483 . C CTTAT 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0025805;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:19,8:16,3 +chr5 20942282 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00068283;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:10,7:18,7 +chr5 21026379 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.16205;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,6:14,4:8,2 +chr5 21223000 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:2,1:10,3 +chr5 21719557 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.24484;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,4:9,3:17,1 +chr5 22355524 . AT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12446;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:13,4:15,1 +chr5 22492351 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00012306;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,18:6,8:9,10 +chr5 22693655 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00079701;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:9,6:11,3 +chr5 23542017 . ATTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,2:6,5 +chr5 23753775 . T TTTATTATTATTATTA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:7,6:12,4 +chr5 24145683 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,10:7,7:4,3 +chr5 25737762 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00088019;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:17,4:7,9 +chr5 26157308 . GTTT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12799;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,5:6,3:1,2 +chr5 27044503 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00010916;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:7,9:13,6 +chr5 27713449 . TAA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.2488;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,4:4,1:8,3 +chr5 28560321 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0037594;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:3,10:0,4:3,6 +chr5 28701678 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.03791;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:13,7:10,1 +chr5 29044401 . A AT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0095255;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,16:6,9:15,7 +chr5 29489288 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:3,5:4,6 +chr5 29745481 . AAAT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0092175;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:8,6:8,7 +chr5 30112951 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0019214;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:14,8:9,3 +chr5 30489200 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.037288;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:6,6:12,3 +chr5 30818058 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045954;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:3,1:14,9 +chr5 31326677 . TA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,4:4,2 +chr5 31724557 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0016144;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:7,13:8,3 +chr5 31817965 . A ATT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:8,14:5,5:3,9 +chr5 32086843 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:10,12:5,8:5,4 +chr5 32781090 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049781;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:7,8:13,2 +chr5 32973804 . T TAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.010427;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:13,4:18,6 +chr5 33158130 . G GA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,8:6,7:2,1 +chr5 33644536 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.088082;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:20,4:17,1 +chr5 34208425 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.12392;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:15,3:19,1 +chr5 35321597 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,4:8,3:8,1 +chr5 35793759 . C CACACACACACACAT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.096154;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,7:2,2:2,5 +chr5 36386679 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0021594;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:5,8:3,3 +chr5 36952018 . C CTGTGTG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:3,6:3,2 +chr5 39176137 . GTTT G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 +chr5 39967683 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.039195;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:11,4:6,8 +chr5 40876480 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00010641;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:10,6:9,8 +chr5 41999490 . TATAC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,1:8,3 +chr5 41999496 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.14022;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:14,2:8,3 +chr5 44569420 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.04473;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:17,2:12,4 +chr5 45246386 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.3467e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:6,8:13,10 +chr5 46570859 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,2:4,5 +chr5 46583919 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03285;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:6,2:5,4 +chr5 46592559 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr5 46648171 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.030179;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:33,4:17,3 +chr5 46651839 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 +chr5 46663721 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.21008;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:15,1:23,4 +chr5 46664833 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.062457;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:9,1:11,4 +chr5 46666288 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.071484;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:13,2:22,2 +chr5 46680089 . CT C 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.035014;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:31,2:23,4 +chr5 46817927 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028335;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:9,5:1,2 +chr5 46872417 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.15567;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:0,0:33,4 +chr5 46942783 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:0,0:18,4 +chr5 47066201 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr5 47074114 . A C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr5 47134703 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031149;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:15,2:16,3 +chr5 47144442 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.014008;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:1,1:27,10 +chr5 47204182 . GA G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.010244;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:15,6:22,2 +chr5 50109937 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.043846;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:16,3:0,0 +chr5 51215492 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.13695;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,5:22,1:16,4 +chr5 52108360 . C CTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.1043;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:12,2:13,4 +chr5 52369650 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.010479;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:4,7:8,2 +chr5 52655948 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,2:4,2 +chr5 53005580 . C CAAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,8:4,6:2,2 +chr5 53391053 . G GACACACACACACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:5,6:1,1 +chr5 54992552 . AGAT A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:16,1:19,3 +chr5 55185971 . CTTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,10:4,7:3,3 +chr5 56844183 . G GTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0098105;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:5,4:2,1 +chr5 57219375 . CAAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:4,3:3,1 +chr5 57444336 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00010649;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:16,9:12,8 +chr5 58544507 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.01487;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:15,6:16,4 +chr5 60725790 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,4:4,3:4,1 +chr5 61431372 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,2:9,2 +chr5 61440360 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0017321;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:9,7:10,9 +chr5 62905829 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0073148;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:21,3:14,8 +chr5 63704518 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:37:1,3:1,1:0,2 +chr5 63823485 . A AACACACACACACACACAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.014706;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,9:3,5:1,4 +chr5 63867942 . AT A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,4:2,1 +chr5 64669872 . ATGAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.40966;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:11,2:13,1 +chr5 67274485 . ATT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,1:9,3 +chr5 67948449 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0017788;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,11:7,8:4,3 +chr5 69252494 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:3,5:3,1 +chr5 69333563 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.079426;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:18,3:18,1 +chr5 70684573 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 +chr5 70783879 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0026259;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:29,12:0,4 +chr5 71312022 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15197;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:14,2:7,4 +chr5 71330970 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:14,2:1,2 +chr5 72683085 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,2:4,2 +chr5 73494369 . CTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.023188;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,14:6,9:1,5 +chr5 74111003 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.11976;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,2:8,3 +chr5 74187781 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0017074;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:19,7:6,3 +chr5 74697727 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:14,6:3,2 +chr5 74771853 . CA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.079011;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:9,2:19,2 +chr5 75140281 . GAAAGAAAGGAAGGA G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.030049;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:14,6:6,2 +chr5 75247240 . CTTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,5:4,2 +chr5 75503842 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021189;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,4:8,5 +chr5 76237993 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019118;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 +chr5 76496729 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0054457;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:5,2:13,12 +chr5 77367532 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:1,4:0,2:1,2 +chr5 77777236 . TTTC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,3:15,1 +chr5 77794934 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,4:1,1:1,3 +chr5 78436980 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00017157;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:10,6:8,11 +chr5 78673176 . G GGTGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0033075;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:6,5:7,3 +chr5 79427731 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,3:8,1 +chr5 79823556 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011954;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:16,8:10,2:6,6 +chr5 80303728 . C CAAAAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012176;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,5:7,4 +chr5 80646105 . G GTTTTT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.02099;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:16,6:5,5 +chr5 80729857 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00013115;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:17,9:11,6 +chr5 80887094 . CTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,4:3,3 +chr5 80897781 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0042541;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:14,4:4,5 +chr5 82725386 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,4:7,3:10,1 +chr5 83202042 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.025565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,4:3,1 +chr5 84232428 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0042803;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,6:9,2 +chr5 84369243 . CAT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.074163;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,3:14,1 +chr5 84564119 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:3,4:2,2:1,2 +chr5 85217095 . GA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,7:3,1 +chr5 86291908 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.025884;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:14,8:6,5 +chr5 87001902 . AAGAAAG A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0041553;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:4,16:2,9:2,7 +chr5 87989280 . C CAAAAAAAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.071698;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,5:11,4:12,1 +chr5 88676321 . TTCCTCCTCCTCCTCC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.031813;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:2,1:8,3 +chr5 88869312 . TATAC T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.004995;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,4:0,0:0,4 +chr5 89504536 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.059933;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 +chr5 91175363 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0058487;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:13,2:17,6 +chr5 91338508 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=5.7647e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:6,5:3,6 +chr5 92113927 . GTA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,5:3,4:0,1 +chr5 92346468 . A ATG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,2:3,3 +chr5 95805833 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,4:3,3 +chr5 96752539 . AAACCTCAGGGAT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,2:8,2 +chr5 97152970 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.053676;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:18,3:12,3 +chr5 98096721 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,3:11,2 +chr5 99469264 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.026352;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:15,6:5,4 +chr5 99861268 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,3:8,1 +chr5 100470648 . C CTAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00026093;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,13:2,11:3,2 +chr5 100493009 . ATATATATTTATGTAAATATATATT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,4:7,1:8,3 +chr5 100675570 . TGTGTGTGTGTGTGCGC T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.031273;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:22,8:7,4 +chr5 100785138 . T TCTTC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,8:4,3:7,5 +chr5 100852114 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:5,2:5,3 +chr5 100875562 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00077059;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:21,6:9,7 +chr5 101471849 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=7.0935e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:20,7:15,8 +chr5 101726075 . C CAATAATAAT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,8:9,6:6,2 +chr5 102050808 . C A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,3:4,4 +chr5 102207704 . C CAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037585;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,5:6,4 +chr5 102931869 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0067248;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:10,3:14,7 +chr5 103997929 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.026779;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:12,3:21,4 +chr5 104725776 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=9.2183e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:8,8:11,7 +chr5 106207402 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0019104;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:10,4:17,5 +chr5 106249012 . T TGCTTCCTACCA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030178;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:11,6:7,4 +chr5 107131111 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,4:9,2:8,2 +chr5 108343911 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00037649;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:11,7:10,4 +chr5 110191516 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,2:1,2 +chr5 110470635 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0060413;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:22,3:15,6 +chr5 111576719 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,1:3,3 +chr5 114339631 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:14,4:10,4 +chr5 114690125 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.0437e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:14,7:9,7 +chr5 115361420 . CTTTGCA C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.001258;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:16,2:8,6 +chr5 117189659 . T TAAA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0059628;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:6,6:12,5 +chr5 118178397 . A ATTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,9:5,8:1,1 +chr5 119732025 . G GACACAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,8:5,2:2,6 +chr5 120184382 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,9:7,7:7,2 +chr5 121632513 . CAAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:4,5:3,1 +chr5 121663508 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00091899;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:15,6:13,5 +chr5 121705429 . AGG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,2:3,2 +chr5 122598863 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.458e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:8,8:6,7 +chr5 123089192 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:3,2:4,2 +chr5 123237435 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.23776;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2 +chr5 123237436 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.23776;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2 +chr5 123743329 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.013751;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:8,7:9,4 +chr5 123935002 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037117;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:9,3:12,7 +chr5 124094349 . CATATATATATATATATATAT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,2:2,2 +chr5 124662790 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0024929;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:17,6:13,4 +chr5 124762700 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0053523;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,7:3,1 +chr5 125196155 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.048897;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:12,3:7,4 +chr5 126164850 . GATAT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,8:1,5:2,3 +chr5 126270760 . CAAT C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.038208;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,8:17,4:17,4 +chr5 126543964 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0033619;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:7,6:12,3 +chr5 127828763 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00015222;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:15,22:6,11:9,11 +chr5 128000737 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr5 128897457 . GATTAGAACGCTCA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0027601;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:11,8:3,6 +chr5 129891250 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00010804;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:9,7:12,5 +chr5 130113113 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0076861;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:12,9:15,10 +chr5 130258668 . T TA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.042491;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,7:8,6:11,1 +chr5 130772958 . AAAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.17449;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,1:10,4 +chr5 130772965 . GGA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:10,2:5,3 +chr5 130942245 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15761;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:20,1:15,3 +chr5 131054508 . CAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,4:4,3 +chr5 131073212 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042462;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:8,1:16,5 +chr5 131292921 . A AC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,10:2,6:5,4 +chr5 131521840 . TACACACACACACACACACAC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011229;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:7,4:2,5 +chr5 132351276 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00037187;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:7,3:13,8 +chr5 132473012 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0054137;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,10:1,9:0,1 +chr5 132611705 . TA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.010569;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,12:7,7:5,5 +chr5 132673903 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00030577;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:10,4:12,6 +chr5 133625829 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:12,3:8,1 +chr5 134518582 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,4:5,3 +chr5 134692057 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0035559;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,10:5,7:3,3 +chr5 134906194 . A ATTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,2:2,2 +chr5 138120230 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.03835;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 +chr5 138650421 . GA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:10,7:2,2 +chr5 139233816 . CA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040959;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,9:1,8:0,1 +chr5 139560199 . AT A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:5,6:7,2 +chr5 139701878 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.04277;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:15,3:11,4 +chr5 140178441 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:2,4:4,3 +chr5 140584909 . A AT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011765;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:5,7:6,4 +chr5 140838081 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,2:4,1:3,1 +chr5 141462116 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.9715e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:18,6:7,6 +chr5 141712256 . G GT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.011195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:12,6:11,3 +chr5 141840617 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:13,8:4,1:9,7 +chr5 142188567 . AGGAAG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,3:4,2 +chr5 142439845 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=6.4422e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:11,6:16,10 +chr5 143945762 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.9123e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:5,6:12,11 +chr5 144847159 . T TTTTATTTA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.053256;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,10:7,4:20,6 +chr5 145340776 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,2:3,1:2,1 +chr5 146372283 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.095044;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,5:19,3:8,2 +chr5 147086428 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,2:5,3 +chr5 147214520 . GTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.10147;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,7:11,5:11,2 +chr5 147840621 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,6:4,1:4,5 +chr5 147873470 . GGAAATAAGGGATTGGGGCACA G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00060477;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:11,11:9,7 +chr5 148778095 . T TTCTCTC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.016422;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,6:9,3 +chr5 149127910 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0012545;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:9,4:21,8 +chr5 149939140 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00010305;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:7,7:14,7 +chr5 151282890 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.053387;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,4:12,1:17,3 +chr5 152415757 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0002749;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:5,5:11,10 +chr5 153607068 . T TATATATATATATAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.02545;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:9,4:3,3 +chr5 153826411 . CAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:9,2:7,2 +chr5 153854713 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,4:10,3:9,1 +chr5 154138321 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.028014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,7:6,1 +chr5 154149107 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0061538;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,4:3,3:2,1 +chr5 154452729 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.036325;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:13,2:17,3 +chr5 154452743 . A AGTTCTTCCCACT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.018288;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,6:12,3:12,3 +chr5 155062654 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,4:2,1 +chr5 156841324 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.016974;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:15,4:14,3 +chr5 156841325 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0091986;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:15,5:12,3 +chr5 156841326 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0089005;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:9,5:14,3 +chr5 156841327 . C CCT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.020934;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:15,4:15,3 +chr5 157054190 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024846;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:7,5:4,2 +chr5 157526173 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.069705;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:28,3:6,2 +chr5 157677668 . AAG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0038641;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:3,5:10,7 +chr5 158866861 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,2:1,1:0,1 +chr5 159466785 . TACTGCTTATATATATATAA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.05461;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,3:11,1 +chr5 160486276 . CTTTAGA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0056305;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,5:7,8 +chr5 160693403 . A AAC 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.02692;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,12:15,5:6,7 +chr5 160898706 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00056465;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:17,5:11,10 +chr5 161033663 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,3:0,1 +chr5 161463551 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1 +chr5 162065825 . T TACACACACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.017445;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,6:5,5:5,1 +chr5 163244240 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0018791;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,5:5,3 +chr5 163405314 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0018699;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:3,9:7,3 +chr5 163617971 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:3,1:9,7 +chr5 164970464 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=4.0661e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:11,6:15,11 +chr5 165094976 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.051138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,5:7,2:11,3 +chr5 165315188 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=2.2597e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:17,11:6,11 +chr5 165653669 . T A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:7,5:4,3 +chr5 165919434 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.2609e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:11,7:13,12 +chr5 166057391 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:3,4:5,1 +chr5 166683568 . ATAT A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.074732;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:16,3:9,2 +chr5 166688864 . CATAT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:5,5:1,1 +chr5 167834640 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:7,5:3,1 +chr5 168036644 . ATAT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:9,4:5,2:4,2 +chr5 168165640 . CCCCCCCAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013986;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,3:0,0:0,3 +chr5 168250104 . GTGGATGGATGGATGGA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0014108;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,11:10,6:4,5 +chr5 169202241 . T TAAATA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025432;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,12:10,6:15,6 +chr5 169635867 . ATGTATG A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.15343;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,3:20,1 +chr5 169972586 . T TA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,5:5,2:11,3 +chr5 170589783 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,3:11,1 +chr5 170599624 . GATGGACCTAGGGGTGGGGAAGAGCGAGAAGTTCCCGTGCA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011304;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:9,4:7,4 +chr5 171502913 . AGT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,3:8,6 +chr5 171878593 . A T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,2:8,2 +chr5 173699024 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:5,3:9,2 +chr5 173937019 . CTT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.028534;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,4:6,4 +chr5 174883446 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0072434;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:13,4:12,4 +chr5 175914839 . C G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.011639;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:19,5:13,7 +chr5 175941300 . T C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.037221;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:14,3:20,8 +chr5 176055594 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.014566;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:45,11:24,4:21,7 +chr5 176489248 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:5,6:5,6 +chr5 176591961 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.014656;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,3:5,5 +chr5 177695953 . TGGC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15275;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,2:11,3 +chr5 177891695 . A G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.041141;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:13,4:19,5 +chr5 178034774 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.083867;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:15,3:7,2 +chr5 178039933 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.046272;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:13,5:13,4 +chr5 178195604 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr5 178358268 . GTA G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:11,3:7,4 +chr5 180194002 . G GTGTTTGTT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.2901e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:5,19:3,9:2,10 +chr5 180945995 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:3,2:2,1:1,1 +chr5 181269984 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,2:2,3 +chr5 181475428 . G T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.016736;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:57,8:21,5:36,3 +chr6 469644 . GTCTCCCTCC G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:4,2:2,1 +chr6 1037543 . ATGTT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0001145;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:5,9:7,9 +chr6 2357977 . C CTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 +chr6 4103893 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00052709;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:1,6:4,4 +chr6 4923902 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:0,2:0,0:0,2 +chr6 5539382 . G T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,3:4,4 +chr6 5555755 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.6248e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,4:6,6 +chr6 6590118 . TAA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.012749;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:4,5:3,1 +chr6 7349944 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:1,3:6,7 +chr6 7469157 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,6:2,5:5,1 +chr6 7704987 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00035596;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:4,9:1,1 +chr6 7958136 . C CTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,3:2,2:2,1 +chr6 9010172 . A ATTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0059497;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,8:3,4:4,4 +chr6 10035301 . ATATATG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029433;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3 +chr6 10087104 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,6:4,4:3,2 +chr6 10765440 . ATTTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,6:5,5:2,1 +chr6 11935537 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:6,3:11,2 +chr6 13025671 . T TTGTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0017126;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,13:6,10:7,3 +chr6 13762086 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:6,2:3,2 +chr6 13793125 . C CA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,6:0,5:1,1 +chr6 13813884 . ATGCCGG A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=4.5018e-06;SS=2;SSC=53;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:9,8:11,7 +chr6 13813894 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=7.1318e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:10,8:8,7 +chr6 13821384 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.525e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:11,5:5,9 +chr6 14147038 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.008413;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,7:0,5:4,2 +chr6 15064967 . C CAAAAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:2,4:3,1 +chr6 15120858 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,2:0,0:3,2 +chr6 15254897 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=3.2171e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:6,5:7,11 +chr6 16480154 . C CAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.006993;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,5:1,4:1,1 +chr6 16920634 . AACACACACACAC A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0068111;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,7:5,1:0,6 +chr6 17083187 . T TACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.001857;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,2:3,6 +chr6 17474185 . CTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0039295;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:2,6:2,2 +chr6 17587037 . T TAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0054797;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,7:8,2 +chr6 17781623 . G GTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0061587;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:3,4:4,3 +chr6 17934787 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.040919;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:12,2:7,7 +chr6 19972904 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1 +chr6 20437918 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=8.868e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:9,6:3,2 +chr6 20797760 . C CTTTATTTTAT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.015843;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:6,5:3,1 +chr6 20988182 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:2,4:3,2 +chr6 22379075 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039588;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:16,4:13,1 +chr6 22481638 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:23:3,10:2,7:1,3 +chr6 22885876 . A AGTGT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0031609;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:3,4:5,3 +chr6 23797596 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,2:0,1:1,1 +chr6 23797597 . A T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:1,2:0,1:1,1 +chr6 24056447 . T TAAGAAAGAAAGA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.041104;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,10:10,7:14,3 +chr6 24442449 . T G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1 +chr6 24474946 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0019638;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,12:3,6:4,6 +chr6 25022532 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,4:3,4 +chr6 26436177 . CT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.015259;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,12:18,10:7,2 +chr6 27101011 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.047135;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:20,4:9,3 +chr6 27101021 . A AC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.21118;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:19,2:8,2 +chr6 27101029 . G GAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048435;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,7:16,4:6,3 +chr6 27561940 . T TTTTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,4:7,1:11,3 +chr6 27733493 . G GTTTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.017964;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,10:9,6:6,4 +chr6 28176823 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,3:5,2 +chr6 28594345 . C G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0011729;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:20,8:18,6 +chr6 28872465 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021382;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:13,4:5,3 +chr6 28953876 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.039879;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:42,10:21,5:21,5 +chr6 29444735 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00097272;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:42,18:24,9:18,9 +chr6 30082997 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.029887;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:10,4:9,8 +chr6 30333357 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.043889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:9,4:11,2 +chr6 30928031 . GTT G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12367;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,7:18,4:4,3 +chr6 31807582 . C CAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0066159;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,9:12,8:1,1 +chr6 32135286 . T TAAAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr6 32242474 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.031008;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:7,3:12,2 +chr6 32242510 . T TTTCC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0039984;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,9:7,5:6,4 +chr6 32632476 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.044074;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:8,6:10,2 +chr6 32746007 . C A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.082592;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:47,6:17,1:30,5 +chr6 32746050 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.10036;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:23,1:22,4 +chr6 33553143 . C CAAAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,8:5,7:3,1 +chr6 33767012 . A ACACACACG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.090199;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,8:14,4:13,4 +chr6 33847578 . A G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:14,5:8,2:6,3 +chr6 33978334 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.8714e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,16:15,8:21,8 +chr6 33989506 . T TTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0077942;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,9:11,5:8,4 +chr6 34272585 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=2.4738e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:33,20:15,9:18,11 +chr6 34428164 . C CAAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.29987;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:14,3:12,1 +chr6 35266836 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:5,4:8,9 +chr6 35415778 . C CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13907;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:19,3:7,2 +chr6 35483711 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.054338;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:15,3:18,1 +chr6 36282044 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,3:5,1 +chr6 36504898 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:7,5:2,4 +chr6 36802217 . CAA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031109;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,6:4,1 +chr6 36943963 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.35509;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,4:17,1:11,3 +chr6 37181183 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,3:8,1 +chr6 38230495 . CAAAAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.28173;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:5,4:6,1 +chr6 39149355 . TCACACACA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:4,2:6,2 +chr6 39806855 . AG A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.002106;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:24,24:13,13:11,11 +chr6 40050106 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0091964;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:21,4:18,5 +chr6 40636965 . A ATG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06862;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:13,3:11,4 +chr6 40636985 . ATG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.22567;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:14,1:11,5 +chr6 40636990 . A AACATATATTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.37843;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,4:14,1:9,3 +chr6 40674550 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.011294;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:14,7:6,4:8,3 +chr6 41663309 . T TTGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.028335;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,7:3,2:7,5 +chr6 42206237 . AAG A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.03734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:11,7:24,6 +chr6 42290741 . CTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0041535;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:4,4:5,9 +chr6 42507575 . A ATTTTTTTTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3 +chr6 43294350 . T TCAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.25735;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:8,2:11,1 +chr6 43372091 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017734;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,10:9,6:4,4 +chr6 43567150 . G C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00046557;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:23,8:15,6 +chr6 43738634 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:9,1:4,3 +chr6 43935395 . T C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.042003;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:26,6:21,2 +chr6 44391089 . C CAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.031062;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,5:10,2:12,3 +chr6 44606417 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00091899;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:15,3:13,8 +chr6 44871588 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.15731;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:25,3:14,1:11,2 +chr6 45866420 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.22017;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:16,1:15,4 +chr6 46127836 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.5202e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:18,23:7,12:11,11 +chr6 46142392 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0045935;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,2:10,8 +chr6 46831841 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:18,6:17,8 +chr6 47287307 . CAAAAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:3,6:3,2 +chr6 48147451 . T TAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014654;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,15:12,14:2,1 +chr6 48447033 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,4:11,5 +chr6 48993875 . G GATATATATAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.34759;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,2:12,2 +chr6 49226502 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.025631;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:14,8:4,5 +chr6 49394006 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0007826;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:14,7:19,5 +chr6 49394007 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0011981;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:13,7:18,5 +chr6 49394008 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0009984;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:14,7:17,5 +chr6 51507491 . AT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.035177;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:11,8:13,4 +chr6 51702201 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.18959;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:11,2:19,3 +chr6 51807459 . ATAT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,4:7,3:3,1 +chr6 52682596 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.03619;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:19,5:15,2 +chr6 53104723 . G GTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,13:6,11:2,2 +chr6 53409065 . C CTTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:4,4:5,1 +chr6 53454593 . T TCACACACACACACACACACACA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.004119;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,11:5,8:2,3 +chr6 54200624 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.058259;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:15,2:16,3 +chr6 54219369 . AC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.23178;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,1:13,3 +chr6 54616580 . T G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.047777;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:19,4:23,2 +chr6 55539859 . GAAGAAAGAAAGA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,5:4,4 +chr6 56053862 . A AGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024928;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,9:9,5:6,4 +chr6 56219216 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.084679;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:14,4:5,1 +chr6 56917018 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,4:0,2:0,2 +chr6 57866875 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.036016;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:15,1:17,4 +chr6 58040371 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00086667;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:16,5:12,9 +chr6 58452068 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=7.269e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,18:8,11:2,7 +chr6 58724009 . C A 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.00087043;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:49,23:35,18:14,5 +chr6 59314063 . G T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 +chr6 59343156 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2 +chr6 60230066 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:10,9:0,1 +chr6 60511738 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:4,6:5,4 +chr6 61540793 . GTATATATATATATATATATATATATA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:14:3,11:2,4:1,7 +chr6 62863532 . TCC T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:4,3:5,8 +chr6 63297354 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.16835;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:10,5:4,1 +chr6 63654889 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.15499;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,2:8,3 +chr6 64045383 . G GTTTATTTTAT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.04561;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,2:11,3 +chr6 64107843 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.2242e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:14,7:8,7 +chr6 64542322 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00067755;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:11,5:13,6 +chr6 64585065 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.8434e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:13,9:10,3 +chr6 65306938 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14093;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2 +chr6 69031079 . CTCT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:3,2:8,2 +chr6 69691147 . C CTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.041513;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:10,6:7,1 +chr6 70526750 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,2:9,2 +chr6 72102499 . AC A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0039481;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:13,3:8,3 +chr6 72449805 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,2:8,2 +chr6 72873552 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0018434;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:35,13:18,10:17,3 +chr6 76401975 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.021615;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:7,5:7,2 +chr6 76401982 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:6,5:10,1 +chr6 76401989 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1599;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,5:11,1 +chr6 77029361 . GCTTCATCCATGTCCCTGCAAAGGACATGAACT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.049793;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,6:9,2 +chr6 79860854 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.2008;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:19,1:17,3 +chr6 81468123 . A AAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.047286;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,6:7,1:9,5 +chr6 81665420 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0062786;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:9,9:10,1 +chr6 82659690 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.3767e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:16,8:10,6 +chr6 83277901 . A AAATAATAATAATAATAATAAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:1,1:7,3 +chr6 84274350 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0033254;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:10,2:8,4 +chr6 84310784 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.045694;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:6,5:7,1 +chr6 84989434 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.18637;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:11,2:11,1 +chr6 87851701 . AG A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00096289;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,3:13,5 +chr6 88065469 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.5661e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:12,10:11,6 +chr6 89043428 . AG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 +chr6 92442985 . C G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014243;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,1:11,7 +chr6 93937173 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.025866;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,13:11,7:12,6 +chr6 95151289 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.013929;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:13,4:14,3 +chr6 95371823 . GTTGTTT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.064595;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,3:8,2 +chr6 97192213 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.08973;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:22,2:17,3 +chr6 97481994 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 +chr6 98077054 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.17647;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:6,4:1,3 +chr6 98634212 . A ATTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0042118;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:13,11:7,4 +chr6 100608399 . TTA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.31385;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:6,1:9,2 +chr6 102523047 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0035421;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:12,5:10,3 +chr6 102933593 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00082439;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:15,9:11,3 +chr6 103023913 . TAC T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0033176;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:17,5:8,7 +chr6 103023923 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0054007;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:17,5:8,7 +chr6 104186663 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.12525;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:8,5:20,1 +chr6 104555966 . T TG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:8,3:5,2 +chr6 104555972 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,5:9,3:6,2 +chr6 104555973 . T TTCAGGATA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,5:9,3:5,2 +chr6 104876020 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0010684;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:9,3:20,8 +chr6 106439049 . TG T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:15,1:12,5 +chr6 106896891 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011004;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:12,11:3,3 +chr6 107532271 . AC A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:14,3:12,1 +chr6 110586974 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0047824;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:13,7:18,4 +chr6 110836012 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.083396;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:18,5:2,1 +chr6 111646731 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,7:3,5:2,2 +chr6 112673463 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0051975;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:14,7:9,11 +chr6 113484182 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14093;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:13,3:7,2 +chr6 116041678 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00094527;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:14,6:10,6 +chr6 116668868 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,1:15,3 +chr6 118085487 . CT C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 +chr6 118310282 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=4.1076e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:4,5:16,12 +chr6 118569343 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,2:1,1:3,1 +chr6 118709532 . C CGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.01373;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:1,4:5,1 +chr6 119529462 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.9628e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:12,5:8,12 +chr6 120099200 . CAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,5:4,4:7,1 +chr6 121044217 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.9122e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:14,25:6,13:8,12 +chr6 122652309 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 +chr6 124730414 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.012533;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:5,5:11,4 +chr6 125301484 . A ACACACACGCG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:14,5:5,5 +chr6 127049658 . ATT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2 +chr6 127434577 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049667;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,6:4,1 +chr6 128402253 . GTT G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.025525;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:22,3:12,7 +chr6 128717438 . T TAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0059497;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:5,6:2,2 +chr6 129718949 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031869;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,3:8,5 +chr6 131435804 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=3.2298e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:8,7:8,8 +chr6 133279108 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.6849e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:10,7:11,8 +chr6 133664412 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 +chr6 134155276 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.041575;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:11,4:5,2 +chr6 134717115 . CAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.00064073;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,12:1,9:4,3 +chr6 135398058 . GT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,8:7,5:2,3 +chr6 136560950 . T TATAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040415;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,4:7,4 +chr6 137454848 . C CATCT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031065;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,6:8,2 +chr6 137815658 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.082337;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,6:6,1:10,5 +chr6 138505652 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:9,8:3,1 +chr6 138518577 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0020064;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:12,6:6,4 +chr6 139693438 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:9,4:12,2 +chr6 139836339 . ACC A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:14,3:19,1 +chr6 140064260 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr6 140712153 . TTA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,2:12,3 +chr6 140713276 . GTATGTT G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,5:5,3:12,2 +chr6 140713294 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012992;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,10:6,6:11,4 +chr6 140862078 . AC A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,4:16,2:8,2 +chr6 141084311 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2 +chr6 141188441 . T TCTTCCTTC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.17622;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:0,1:5,3 +chr6 141192831 . C CAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.038078;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:6,6:7,1 +chr6 142093999 . TG T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,5:6,2 +chr6 142359203 . T TA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.11425;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,4:11,1 +chr6 142638714 . GGAAA G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026299;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,4:9,2 +chr6 144103325 . TCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTC T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.044178;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:16,6:16,2 +chr6 144470478 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0011821;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:8,7:17,4 +chr6 145235589 . CAT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:4,6:2,2 +chr6 146038052 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0014979;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,21:7,6:13,15 +chr6 146179449 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024094;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:9,9:9,7 +chr6 146819282 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,2:7,2 +chr6 147213434 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,4:9,3:5,1 +chr6 148032223 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055469;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:6,7:4,1 +chr6 148101852 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,3:2,1 +chr6 151092970 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0010743;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:23,22:15,12:8,10 +chr6 151146661 . C CAAAAAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.060632;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:13,5:16,3 +chr6 151335480 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.044278;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:13,3:14,8 +chr6 152444932 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00056465;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:16,6:12,9 +chr6 154687581 . GT G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.1208;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:22,3:10,1 +chr6 155632582 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=7.9328e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:12,9:10,5 +chr6 155823264 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:13,5:11,2 +chr6 156801196 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:3,7:1,1 +chr6 157570780 . TAC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.15567;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:20,3:13,1 +chr6 157992407 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,1:12,3 +chr6 158308141 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.012187;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:11,9:8,2 +chr6 158348173 . G GTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.017286;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:8,8:6,3 +chr6 158522390 . GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:9,3:1,2 +chr6 158681836 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=7.061e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:26,17:16,9:10,8 +chr6 158715599 . T TCACACACACACACA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 +chr6 158936948 . CAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.025586;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:9,8:2,1 +chr6 159538338 . A AAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,10:10,9:2,1 +chr6 159547632 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0088303;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:11,5:3,5 +chr6 159637653 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0027765;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,11:2,9:4,2 +chr6 160092171 . G C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,3:8,1 +chr6 160635080 . C T 0 PASS DP=342;GPV=1;SPV=0.0081003;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:185:166,19:62,6:104,13 +chr6 161315670 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.21854;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:13,4:15,1 +chr6 162645869 . T TCTC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:2,5:3,1 +chr6 164648830 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,6:0,4:0,2 +chr6 164841517 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00065827;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:14,7:6,5 +chr6 164841520 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.5647e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:13,7:4,8 +chr6 165158307 . AT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.036877;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,3:7,5 +chr6 165883553 . A AAT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.013433;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,14:7,3:14,11 +chr6 165890002 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr6 166206742 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,2:6,2 +chr6 167288451 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.23612;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:18,5:10,3:8,2 +chr6 167389686 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,3:9,1 +chr6 167389695 . CAT C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,3:8,1 +chr6 168523082 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024823;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:10,1:9,4 +chr6 168615690 . A AGG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,3:2,1 +chr6 168618422 . T TAAG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 +chr6 168842816 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.042521;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 +chr6 168932574 . T G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 +chr6 169372589 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 +chr7 75720 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0011576;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,7:9,2 +chr7 598462 . ACCCT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 +chr7 685288 . ATG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:1,3:0,1:1,2 +chr7 897704 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0011785;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:0,6:4,2 +chr7 1136379 . AATATATAAAC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029742;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,4:8,2 +chr7 1623711 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2 +chr7 2563377 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0036197;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:9,1:4,9 +chr7 3321786 . T TTCTCCC 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,2:0,0:4,2 +chr7 3321828 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,3:6,3 +chr7 4139489 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037194;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:6,4:10,3 +chr7 4139495 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:2,7:1,3:1,4 +chr7 4230039 . AGAAGGAAGGAAG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:5,3:4,1 +chr7 5009596 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,3:1,1:3,2 +chr7 5315430 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.013237;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 +chr7 6791510 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018966;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:10,5:1,1 +chr7 6810370 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.021538;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,3:3,2:2,1 +chr7 6818694 . AC A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.019243;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,6:13,4:4,2 +chr7 7678781 . ATT A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.019711;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:17,3:11,4 +chr7 8828316 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00019952;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:11,7:8,5 +chr7 9101580 . CCGAGAT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0061699;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,7:7,2 +chr7 9392156 . A AAAAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=9.7173e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,13:2,4:5,9 +chr7 10314129 . C CAAA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0034965;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,4:1,2 +chr7 10464369 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0089009;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,4:3,1 +chr7 15152600 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00016168;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:8,4:9,6 +chr7 16605673 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00761;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:2,7:1,3:1,4 +chr7 16677051 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,5:1,2 +chr7 19524984 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0021645;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,5:0,2:0,3 +chr7 20668377 . C A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.010201;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:34,2:7,4 +chr7 20944718 . TTTTTG T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0062751;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,6:6,4 +chr7 22831406 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.00084958;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:5,6:0,4 +chr7 22934226 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.19231;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,2:3,1:1,1 +chr7 23036374 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,3:3,2 +chr7 24338299 . TA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018907;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:11,2:8,4 +chr7 25488415 . C CCTCTCTCTCTCTCTCTCT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,4:7,1 +chr7 26261914 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0043971;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,2:8,4 +chr7 27510588 . TA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 +chr7 28980322 . C A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.00037084;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,8:0,7:1,1 +chr7 29396459 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012399;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 +chr7 29643558 . C CAACTGTCCTCTTCTGAAGAAGAGAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0043071;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,2:1,3 +chr7 30557312 . CT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=2.4682e-05;SS=2;SSC=46;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,17:5,10:3,7 +chr7 31586467 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,1:17,3 +chr7 32380404 . A ATTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,10:3,5:4,5 +chr7 32466943 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,5:3,2 +chr7 32466948 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0087567;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,5:3,3 +chr7 32682216 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,4:5,2:2,2 +chr7 33411011 . G T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 +chr7 34663041 . T TTCTCTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:3,3:3,2 +chr7 36417674 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,4:2,2 +chr7 36543947 . C CTTTCTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0031992;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:2,6:2,4:0,2 +chr7 37467163 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.5497e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,4:10,9 +chr7 42888090 . T TGCGC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:1,1:5,3 +chr7 43644726 . A AT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,2:1,1:1,1 +chr7 43974329 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.024248;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,1:11,4 +chr7 43986652 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.041121;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:12,8:20,2 +chr7 45711646 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:3,3:1,2:2,1 +chr7 45753114 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,6:4,4:3,2 +chr7 46062612 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.04308;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,4:4,1 +chr7 47674091 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.036101;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:8,4:5,1 +chr7 47674098 . AAAG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 +chr7 48245005 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.049827;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,2:8,7 +chr7 48475458 . ATT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,3:4,5 +chr7 48895669 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.018062;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,2:4,2 +chr7 49800848 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 +chr7 52688239 . GTATATATA G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0011717;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:9,13:13,10 +chr7 52926813 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.062087;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:10,1:9,2 +chr7 53890193 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:18,3:17,1 +chr7 53900376 . CAG C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.022272;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:10,7:12,6 +chr7 54138307 . TCTC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:16,2:5,2 +chr7 55402077 . G GC 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.1019;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:26,2:4,2 +chr7 55936265 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,2:14,2 +chr7 56574856 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:11,4:4,1 +chr7 57321339 . AAATAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 +chr7 57321345 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00015096;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,12:5,8:3,4 +chr7 58080961 . G T 0 PASS DP=302;GPV=1;SPV=0.013015;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:131,24:78,12:53,12 +chr7 58081744 . C T 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.020186;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:81,11:35,6:46,5 +chr7 60756709 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.12928;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:22,4:1,0 +chr7 60954031 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.010686;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:16,4:23,2 +chr7 60958391 . C T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.015187;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:18,6:29,6 +chr7 61133326 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.25208;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:31,4:3,0 +chr7 61395961 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,2:10,2 +chr7 61409965 . G A 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.024174;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:67,12:28,5:39,7 +chr7 62080576 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0089783;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,1:1,5 +chr7 62264353 . CT C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.023608;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:21,1:11,7 +chr7 62264369 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:19,1:15,5 +chr7 62274256 . T A 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.0075629;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:73,12:33,2:40,10 +chr7 62321093 . T A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.033331;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:51,16:26,8:25,8 +chr7 62327707 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:17,1:24,4 +chr7 62337980 . GAATGGAACCGAAAGGAATCATCATCA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.040001;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,4:12,7 +chr7 63122235 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,3:6,7 +chr7 63188033 . G GCACA 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0094129;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:17,9:3,1 +chr7 63537977 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.019369;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:13,4:16,9 +chr7 63598018 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,4:5,3 +chr7 63604438 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,4:6,1 +chr7 63758856 . G C 0 PASS DP=302;GPV=1;SPV=0.018818;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:143,25:97,16:46,9 +chr7 64337755 . G GTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0099524;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,10:8,7:9,3 +chr7 64963887 . A ATATATATATATATGTATG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:4,5:5,4 +chr7 65587022 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0049761;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:14,2:21,7 +chr7 65588278 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.019393;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:16,3:15,3 +chr7 67435582 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.034056;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:3,5:3,1 +chr7 67730634 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,3:7,1 +chr7 67827049 . GTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,3:8,1 +chr7 67956975 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,5:4,1 +chr7 68268808 . T TTC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10122;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:1,0:11,3 +chr7 68363965 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:11,2:12,2 +chr7 68545791 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,2:0,1:1,1 +chr7 68545794 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,2:0,1:1,1 +chr7 68769865 . A AACACACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.13168;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:13,4:6,2 +chr7 69542156 . CTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.077477;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:7,5:1,1 +chr7 70004169 . T TTA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.02165;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:15,4:14,2 +chr7 70873247 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,9:1,7:3,2 +chr7 71431207 . TTC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0065689;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:6,4:8,5 +chr7 71431210 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,2:2,1:5,1 +chr7 71571092 . AC A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.090497;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,2:10,3 +chr7 71947570 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=9.1194e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:8,8:9,6 +chr7 72088685 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:7,9:6,7 +chr7 72393730 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0036289;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,17:12,9:9,8 +chr7 72408270 . T TA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0045179;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,11:5,5:4,6 +chr7 73156171 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,4:8,2:15,2 +chr7 74339293 . T TTTA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.12625;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:15,4:23,1 +chr7 74528869 . AGATGGATGGATG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.014569;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,6:1,5:0,1 +chr7 74667836 . C CTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0038515;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,12:9,7:7,5 +chr7 74915735 . G C 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.036689;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:53,15:20,4:33,11 +chr7 75371230 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,2:6,2 +chr7 75500789 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.011392;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:16,2:8,3 +chr7 75611466 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.040656;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,6:9,4:6,2 +chr7 75906820 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1 +chr7 75906821 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1 +chr7 75906823 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1 +chr7 76414696 . C CT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:0,0:2,4 +chr7 76448259 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0054908;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:5,3:9,3 +chr7 76536740 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.13372;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:9,1:11,2 +chr7 76537020 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:1,4:5,1 +chr7 76606873 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr7 76652548 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,2:7,2 +chr7 76740475 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.081731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:15,2:17,2 +chr7 76991438 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.014976;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:13,6:10,5 +chr7 76993485 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,1:18,3 +chr7 77039407 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.035511;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:13,8:5,1 +chr7 77060836 . G C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.028266;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:10,1:10,5 +chr7 77334580 . T TA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,9:5,6:3,3 +chr7 77747911 . C CG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.018294;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,2:5,2 +chr7 78085583 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00022435;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:3,8:3,3:0,5 +chr7 78762144 . G GAACAAGTAGAGATTTTTGGATTAA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.018073;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,6:8,1 +chr7 78806867 . CAAAAT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0020052;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:8,7:3,5 +chr7 79442451 . A AGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,7:3,4:2,3 +chr7 80604350 . ATTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.054945;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:3,2:0,1 +chr7 80920557 . GTGTCTCAGACTCACGC G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=1.757e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:7,7:11,5 +chr7 81217947 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.031089;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:9,2:15,3 +chr7 82012254 . G GAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0064629;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:6,7:8,8 +chr7 82040452 . C CAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,7:3,6:1,1 +chr7 83539872 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,3:6,1 +chr7 84008509 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,4:1,2:2,2 +chr7 84024011 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,10:3,8:1,2 +chr7 85476603 . T TTATATATATATATATA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0011899;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:5,6:0,2 +chr7 87233899 . G GTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012821;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,10:1,9:1,1 +chr7 87924871 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00091169;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:12,4:7,5 +chr7 90074354 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00066955;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:4,13:1,2:3,11 +chr7 90791903 . C CTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,4:3,2 +chr7 91211567 . T TAA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,3:2,1 +chr7 92516053 . GAA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:1,5:4,1 +chr7 93204324 . CTCTA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.048633;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:9,4:13,5 +chr7 94076128 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00027944;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,5:11,5 +chr7 94381648 . T TTCTCTCTCTCTC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:3,4:4,2 +chr7 94557386 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0021522;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:10,1:4,5 +chr7 97363467 . G GTCTGTCTATCTATCTATCTATCTA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:9,1:10,3 +chr7 98439443 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:0,1:9,5 +chr7 99181147 . CTCCGTCTGTG C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.021073;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,3:3,2 +chr7 100325052 . A T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0090684;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:17,4:17,5 +chr7 100495714 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037021;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,4:2,1 +chr7 100911046 . C CTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:5,5:8,1 +chr7 100996823 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.03701;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:2,0:26,4 +chr7 101000294 . C T 0 PASS DP=260;GPV=1;SPV=0.017512;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:117:103,14:37,5:66,9 +chr7 101035091 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.03525;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,6:10,4 +chr7 101636212 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:4,3:1,2 +chr7 101680995 . GCA G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.01571;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:7,2:14,3 +chr7 102180904 . TTATTTTATTTTATTG T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0041421;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:8,6:9,5 +chr7 102189365 . C G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:4,1:1,1 +chr7 102497057 . G A 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.013846;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:59,15:32,8:27,7 +chr7 102520792 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0098951;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,6:4,1 +chr7 102578254 . C T 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.01884;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:81,16:33,7:48,9 +chr7 102581314 . C T 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.014308;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:65,12:28,8:37,4 +chr7 102603623 . T C 0 PASS DP=258;GPV=1;SPV=0.0050406;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:88,19:54,5:34,14 +chr7 102604828 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.018609;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:16,6:14,5 +chr7 102606201 . AC A 0 PASS DP=270;GPV=1;SPV=0.029722;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:109,16:37,8:72,8 +chr7 102613305 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr7 102653761 . G A 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.014869;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:80,21:61,15:19,6 +chr7 102667770 . C T 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.018833;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:124,20:83,9:41,11 +chr7 102679488 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0078687;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:2,2:6,5 +chr7 102737451 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.081933;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,2:7,2 +chr7 102779850 . CTTT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:4,3:1,1 +chr7 102788030 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.001713;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,1:5,8 +chr7 104258838 . C CTTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0055336;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:1,1:3,3 +chr7 104507458 . CAAGATGGATTA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0011962;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,1:2,6 +chr7 104565760 . T TA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.20161;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,2:12,2 +chr7 104841491 . G GGTGTGTGTGT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0039969;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,8:2,3:3,5 +chr7 104947086 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.04366;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:1,4:6,1 +chr7 105731748 . A AAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:4,2:3,3 +chr7 105845204 . CAAAAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,4:2,2 +chr7 106375993 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,5:2,2 +chr7 106933413 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:4,3:3,1 +chr7 107112003 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.00082523;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,5:1,4:1,1 +chr7 108706816 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,4:3,1:3,3 +chr7 109368724 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:3,2:2,1:1,1 +chr7 109379377 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.689e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:10,6:7,7 +chr7 109663678 . GATATATAGATATAGATATAGAT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0032938;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:0,3:4,3 +chr7 112058024 . A AT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,10:3,7:5,3 +chr7 113134236 . AATAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0087276;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:8,4:3,5 +chr7 114043821 . T TTTTATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,2:3,4 +chr7 115974451 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,4:1,2:4,2 +chr7 116706888 . AT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0020691;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,5:3,2 +chr7 117817362 . AT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0024902;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:0,7:3,1 +chr7 118363955 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011586;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:6,4:5,1 +chr7 120561598 . ATT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 +chr7 121047646 . TTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.026533;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 +chr7 121526189 . G GAGATATATATATATAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.00021109;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,7:1,6:1,1 +chr7 121691029 . C CAGAGAGAGAG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0085986;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:1,4:2,1 +chr7 123443670 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=1.6458e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:4,12:2,5:2,7 +chr7 123581414 . T TAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:8,4:3,5 +chr7 123808418 . C CGT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0006886;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:9,17:5,8:4,9 +chr7 124387962 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0065088;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:5,10:4,2 +chr7 124414904 . T TCA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.014666;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:4,3:0,2 +chr7 124518625 . GA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.012174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,8:3,6:3,2 +chr7 124564094 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=3.4344e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:12,4:10,6 +chr7 125478434 . TA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,5:5,2 +chr7 126218418 . GTGTACACATATA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.032107;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:6,1:0,4 +chr7 126292042 . G GA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.030651;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,4:3,1 +chr7 127422451 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034545;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,6:6,4:4,2 +chr7 128131301 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011224;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:7,1:3,7 +chr7 130119538 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,2:1,1:1,1 +chr7 130759489 . A ATT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,8:2,4:2,4 +chr7 130920160 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023452;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,2:0,2 +chr7 131868548 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.028878;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:2,3:6,2 +chr7 132955173 . G GGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.15021;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:7,4:1,1 +chr7 135192108 . GTTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011437;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,2:3,4 +chr7 135236276 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,4:10,1 +chr7 135941380 . A ACAATGGGGAATGTCATATGCATTCCCCATTGTTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045519;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,2:8,3 +chr7 136038520 . G GTA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,2:3,3 +chr7 136065677 . A AAAAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0020274;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:3,5:8,7 +chr7 136452567 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.029089;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,3:11,6 +chr7 136532076 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,1:7,3 +chr7 136760172 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027772;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 +chr7 136867784 . C CATAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,2:0,2 +chr7 136874525 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.00011908;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,10:0,3:0,7 +chr7 136987427 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0016883;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:4,1:10,5 +chr7 137056937 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0048364;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,4:3,2 +chr7 137310404 . GT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,2:3,1:1,1 +chr7 137568378 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=3.8045e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:9,6:7,5 +chr7 138682968 . C CAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0014993;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:4,7:3,1 +chr7 140186261 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0082407;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:5,7:9,3 +chr7 142970475 . C CCACACA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.040449;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 +chr7 143045562 . C CAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0027397;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,10:6,9:3,1 +chr7 143070681 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.050949;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:17,1:12,4 +chr7 143427579 . ATTATTTAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,5:4,2:10,3 +chr7 143886700 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:2,2:9,3 +chr7 144281139 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.03094;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,4:9,2 +chr7 145148983 . AAAG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0025696;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,2:4,4 +chr7 146679347 . C CTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01806;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1 +chr7 146855807 . GTATATATATATATATATATA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,9:1,6:1,3 +chr7 146855829 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:1,5:3,2 +chr7 148529630 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.027778;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,2:0,1:0,1 +chr7 148948385 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.038176;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:11,5:15,5 +chr7 148990009 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr7 149323885 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:4,1:1,1 +chr7 149981276 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=6.5514e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:5,3:6,9 +chr7 150752761 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.027778;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,2:0,1:0,1 +chr7 150962627 . C CAGAG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00030073;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,13:3,3:3,10 +chr7 152238768 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.026034;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:6,1:13,8 +chr7 152283172 . T C 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0089913;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:25,4:21,2 +chr7 152378897 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.032315;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:11,3:8,4 +chr7 152382577 . T C 0 PASS DP=260;GPV=1;SPV=0.0033915;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:109,26:84,19:25,7 +chr7 152544996 . TA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:9,4:1,1 +chr7 154051071 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0057228;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 +chr7 154059029 . G T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,6:7,3 +chr7 154817763 . C G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.019985;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:5,5:4,5 +chr7 155158292 . G GAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,5:5,2:2,3 +chr7 155158307 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,3:3,1:3,2 +chr7 155158310 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:1,2:5,2 +chr7 155520428 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:1,5:3,2 +chr7 155564150 . AAAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.023921;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4 +chr7 155655534 . C CTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:4,5:2,1 +chr7 156352452 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.6248e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:10,7:5,3 +chr7 156489572 . T C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,4:1,2 +chr7 157500116 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0031215;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,6:1,4:5,2 +chr8 82445 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 +chr8 320631 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00097095;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:18,6:9,6 +chr8 909568 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.023342;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,2:4,4 +chr8 1088941 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.011374;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:3,5:2,5 +chr8 1092551 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.5507e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:7,9:13,6 +chr8 1316402 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058443;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,1:8,4 +chr8 2367332 . GA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.020191;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,3:7,7 +chr8 2787891 . T TCATTTTTACAATGAAGGGGATCTGAGTAATGTCCCC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:8,3:4,2 +chr8 3539763 . T TAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041361;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,14:12,10:9,4 +chr8 3720623 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0095364;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:5,3:8,6 +chr8 6332561 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,3:5,4 +chr8 7407194 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:11,4:5,2 +chr8 7407195 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.048755;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,4:6,2 +chr8 7407218 . CT C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.005919;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:17,11:9,3 +chr8 8037533 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:18,3:5,1 +chr8 8072408 . T TTTC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:12,4:0,0 +chr8 8127826 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.042883;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:8,2:13,3 +chr8 8127981 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr8 8161332 . C A 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.013695;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:67,10:42,4:25,6 +chr8 8184705 . C G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.029712;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:23,6:16,3 +chr8 8191363 . G A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.033436;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:108,19:66,10:42,9 +chr8 8313737 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.034956;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,1:10,4 +chr8 8450684 . TGA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.096964;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:9,4:20,1 +chr8 8450711 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.024853;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:14,5:14,3 +chr8 8581440 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.019537;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:10,5:12,6 +chr8 8701105 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.010406;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:6,7:9,4 +chr8 8887863 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3 +chr8 8887867 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1396;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,1:10,4 +chr8 11533605 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,4:4,1:4,3 +chr8 12109141 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,4:8,4 +chr8 12211109 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0031674;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:13,4:6,7 +chr8 12433238 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:4,3:3,8 +chr8 12470177 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0031923;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:10,4:12,9 +chr8 12480417 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,2:6,3 +chr8 12484897 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036585;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:12,5:11,4 +chr8 12501672 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.24713;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,2:16,2 +chr8 12511928 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.043162;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:49,7:26,1:23,6 +chr8 12532508 . T A 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.029122;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:60,16:50,11:10,5 +chr8 12540557 . C A 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.04744;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:84,16:46,10:38,6 +chr8 12545361 . G A 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.04919;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:97,21:48,10:49,11 +chr8 12548464 . C A 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.045745;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:110,21:52,15:58,6 +chr8 12559662 . T C 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.018008;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:85,21:48,11:37,10 +chr8 12560570 . A G 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.027097;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:70,12:33,5:37,7 +chr8 12578103 . A T 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.031901;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:99,19:49,11:50,8 +chr8 12584227 . G A 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.038707;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:97,21:52,14:45,7 +chr8 12584800 . T A 0 PASS DP=219;GPV=1;SPV=0.017519;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:108,26:50,12:58,14 +chr8 12589388 . C T 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.038797;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:94,19:43,6:51,13 +chr8 12592376 . C T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.034756;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:69,14:32,3:37,11 +chr8 12608132 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.20137;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:19,2:11,2 +chr8 13042708 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.064151;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:13,4:6,2 +chr8 13553224 . ATATG A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,3:2,1:1,2 +chr8 13614857 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,7:3,3:7,4 +chr8 14326030 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0050687;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,5:8,4 +chr8 15638515 . CTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:3,3:4,1 +chr8 16414935 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,2:4,5 +chr8 16460759 . TAGAAAA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10544;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,2:18,2 +chr8 16460780 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,2:17,2 +chr8 16673028 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016081;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,4:12,3 +chr8 16708327 . TAC T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.042684;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,4:13,4 +chr8 16776799 . G GCACACA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,1:5,3 +chr8 17054738 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:8,4:2,1 +chr8 17590236 . C CAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:0,6:4,3 +chr8 17796289 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,2:3,3 +chr8 17968764 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.045061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:10,4:15,1 +chr8 18968879 . CAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.01192;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:4,5:1,1 +chr8 19102346 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr8 20082331 . C CA 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,3:1,2 +chr8 20318613 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=3.3009e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:11,17:14,4 +chr8 21182320 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0031524;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:9,7:1,4 +chr8 22759117 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00014072;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:12,6:11,7 +chr8 23631286 . CATATATATATATATATATATATAT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,2:3,3 +chr8 24938125 . G GGAAAGAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080504;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,8:12,7:8,1 +chr8 25232260 . G GTTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.24135;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,1:14,3 +chr8 25331803 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.33939;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,3:4,2:1,1 +chr8 25774803 . T TAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0042363;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,15:2,9:3,6 +chr8 26069825 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,2:4,2 +chr8 27715861 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.11275;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,5:7,3:12,2 +chr8 27730488 . A ATTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,10:1,6:2,4 +chr8 28085241 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0057147;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:7,7:6,9 +chr8 29371713 . C CATATATAT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.013985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,10:3,9:6,1 +chr8 31170775 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.016248;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:13,5:17,1 +chr8 31334164 . C CT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.030474;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,7:6,2 +chr8 34256937 . C A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:1,2:0,0:1,2 +chr8 34824883 . TC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.028586;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,12:11,8:9,4 +chr8 35043583 . T G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.22404;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,3:11,1 +chr8 35090325 . A C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.7643e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:13,5:12,10 +chr8 35615034 . G C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,3:0,2:2,1 +chr8 35615036 . G C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,2:0,1:2,1 +chr8 38028359 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017327;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:5,5:10,4 +chr8 40881282 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00081203;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:12,20:5,9:7,11 +chr8 41140138 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,3:10,1 +chr8 41803137 . A AG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.093821;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:12,5:9,2 +chr8 42070064 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,5:4,4:4,1 +chr8 43299183 . CTCTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0082367;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:9,7:11,1 +chr8 47537201 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.1107e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,10:12,5 +chr8 48254061 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.7719e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:7,6:9,7 +chr8 49207715 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013888;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:12,8:3,1 +chr8 49207716 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.029089;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:14,8:4,1 +chr8 49938598 . T TTTC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.10204;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:11,5:24,2 +chr8 49938611 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.31172;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:13,1:20,3 +chr8 51074748 . TC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.041509;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:7,6:10,7 +chr8 51957232 . A AGT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.034767;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,8:9,7:4,1 +chr8 52643697 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,2:2,1:4,1 +chr8 53563137 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.5231e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:8,7:9,6 +chr8 54002468 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.012179;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,13:16,9:5,4 +chr8 54110344 . T TGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGG 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10482;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:23,3:16,1:7,2 +chr8 54347624 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00074957;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:17,5:10,4 +chr8 54661310 . T TCA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.1208;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,4:21,2:11,2 +chr8 57052018 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.014803;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:17,3:15,6 +chr8 57206208 . G A 0 PASS DP=683;GPV=1;SPV=0.021319;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:389:342,47:105,20:237,27 +chr8 57361008 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0002055;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:13,6:9,6 +chr8 58189295 . A ATT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.026533;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2 +chr8 60419394 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.038233;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:11,6:1,1 +chr8 60868355 . TTG T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.037817;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:20,2:11,4 +chr8 61268844 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:6,2:12,2 +chr8 62031560 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=4.1304e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:20,22:6,10:14,12 +chr8 62102904 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.26692;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,3:9,1 +chr8 62345374 . CAT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,6:1,3:3,3 +chr8 62506476 . C CTTTCTTTCTTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,4:6,3:10,1 +chr8 62595382 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.17001;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,6:13,5:4,1 +chr8 63271871 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0037321;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,3:6,6 +chr8 63370298 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=3.9131e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,3:8,8 +chr8 63835824 . GA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020485;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:18,3:8,5 +chr8 64044695 . A AAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.27607;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,4:15,4:1,0 +chr8 64244709 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.064462;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:19,1:9,3 +chr8 64353844 . C CATAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:6,2:2,2 +chr8 64448512 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0014939;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:13,4:9,6 +chr8 64940741 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.3665e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:9,5:14,8 +chr8 64987657 . GC G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011528;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,3:5,4 +chr8 65520675 . G GTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:9,2:5,2 +chr8 66042597 . CTCT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0063768;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:2,1:4,7 +chr8 66669119 . TTG T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0085545;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,6:6,3 +chr8 67468626 . T TAA 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.064086;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:24,2:14,3 +chr8 68164585 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00048402;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,12:8,10:4,2 +chr8 68754470 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0097212;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:18,5:15,8 +chr8 71769341 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:6,2:13,2 +chr8 72299643 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.16587;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,5:7,4:4,1 +chr8 72491880 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.033794;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,4:0,1 +chr8 72920437 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:7,2:9,2 +chr8 73479472 . G GCACACACACACACA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,1:12,3 +chr8 73637520 . G GA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,6:1,5:1,1 +chr8 73715467 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10733;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:10,6:4,2:6,4 +chr8 73948192 . C CA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.011503;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,15:18,8:10,7 +chr8 75626547 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.088975;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:24,3:10,2 +chr8 75736176 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00032719;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:12,12:16,5 +chr8 78349627 . C CATAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,2:4,2 +chr8 78669967 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03895;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:5,7:11,2 +chr8 78687702 . TTA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,2:9,2 +chr8 80545556 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.092234;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:5,4:4,2 +chr8 81874625 . A T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.049588;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:15,5:7,3 +chr8 82014490 . CGT C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0014483;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:27,22:11,9:16,13 +chr8 82551753 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020486;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,2:6,4 +chr8 83145260 . G GTATATA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,9:3,7:3,2 +chr8 85043384 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,1:6,3 +chr8 85144402 . ATGTGTGTGTG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,2:6,2 +chr8 85647304 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:25,4:0,0 +chr8 85653372 . A T 0 PASS DP=309;GPV=1;SPV=0.047615;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:176:158,18:78,7:80,11 +chr8 85805041 . G C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.011546;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:39,14:7,3:32,11 +chr8 86799977 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00022484;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:14,3:8,10 +chr8 88701671 . C G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.1982;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:19,3:9,1:10,2 +chr8 89552310 . TTTTTA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.02678;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:9,6:16,6 +chr8 89836577 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0092864;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,7:3,3:10,4 +chr8 91576225 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0016044;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:9,4:13,5 +chr8 92496832 . C CTATATATATATATATATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:2,3:0,1 +chr8 92704790 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.01467;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:12,2:12,4 +chr8 94060351 . C CT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.018659;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,14:11,11:12,3 +chr8 94664120 . C CTTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 +chr8 96216225 . TGAGAGAGAGAGAGA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.019231;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:2,3:1,6 +chr8 96651281 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=1.9551e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:11,5:10,8 +chr8 97001721 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:8,3:3,2 +chr8 97123023 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,3:9,1 +chr8 97782279 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,5:2,4:4,1 +chr8 98306340 . TG T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0018313;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:11,6:13,2 +chr8 98306342 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0006486;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:10,7:9,2 +chr8 98731722 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.01905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,6:5,2 +chr8 99029062 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0013028;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:9,12:6,3 +chr8 99391587 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.8221e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:10,7:11,8 +chr8 99693010 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.048707;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2 +chr8 99906834 . TTTTC T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00034333;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:8,8:7,7 +chr8 100453390 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,4:3,1 +chr8 100799021 . GGTTCTGGA G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00038629;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:9,3:14,9 +chr8 100799032 . ATGAGTT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00017105;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:7,2:9,9 +chr8 100799042 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.2423e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:5,3:10,9 +chr8 100799043 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.3992e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:5,3:12,8 +chr8 101092767 . C CCTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.035315;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,10:3,1:12,9 +chr8 101350381 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00011331;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:13,8:13,8 +chr8 101350382 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00022241;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:14,6:13,9 +chr8 101435075 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,3:18,3 +chr8 101592100 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:3,7:0,1 +chr8 104730453 . T TGAGAGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,5:3,2:5,3 +chr8 104820449 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,6:12,5:3,1 +chr8 106607793 . CTTTCTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1182;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,3:9,3 +chr8 107370340 . A AAG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:1,4:1,3:0,1 +chr8 108921397 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20218;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:7,2:17,2 +chr8 109828580 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=4.6321e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,10:9,5 +chr8 109901978 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.01619;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:13,5:20,4 +chr8 110283401 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0044741;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:3,2:11,3 +chr8 111126098 . TCTTTCTTTC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,2:1,1:2,1 +chr8 112410676 . G GTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:9,3:9,2 +chr8 112697054 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0007924;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:8,10:7,4 +chr8 113683904 . C CAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.013906;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,8:6,3 +chr8 114237562 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.043486;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,5:8,4:12,1 +chr8 115900857 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,2:0,0:4,2 +chr8 116365598 . GAGAAAGAAAGAA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:16,3:0,1 +chr8 116448122 . TTG T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.021522;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:8,7:14,5 +chr8 117221960 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.032384;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,2:12,2 +chr8 117221961 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.037595;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:17,2:12,2 +chr8 117565353 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=3.7597e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:29,16:15,6:14,10 +chr8 118880173 . TTTTGG T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0071887;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:15,4:9,2 +chr8 120735001 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.418e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:10,8:7,7 +chr8 120910420 . CAAA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 +chr8 121157153 . CA C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.035018;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:12,7:21,3 +chr8 122591841 . TATC T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.11412;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:19,3:16,1 +chr8 122633191 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.003361;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:16,5:12,4 +chr8 122959716 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00094257;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:11,8:16,6 +chr8 123412602 . A AT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0077776;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:8,4:14,4 +chr8 123918684 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0032051;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:7,13:3,2 +chr8 124302728 . TTC T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.01289;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,4:11,1 +chr8 124916973 . TC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.35142;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:9,1:22,3 +chr8 125349584 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:1,2:0,1:1,1 +chr8 126143332 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:8,3:8,1 +chr8 127175345 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:20,2:8,2 +chr8 127175347 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.089909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:18,2:11,2 +chr8 129304758 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:36:0,3:0,1:0,2 +chr8 130573544 . ATCTCTCTCTC A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:5,1:13,3 +chr8 130801899 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0061246;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:2,5:4,4 +chr8 131216346 . T TATAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0071396;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,7:4,6:3,1 +chr8 131377543 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.05558;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:15,2:14,3 +chr8 131639936 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,1:10,3 +chr8 132542395 . C CAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.026907;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:10,7:2,1 +chr8 132549534 . GA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,3:9,1 +chr8 133214049 . TAG T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.029399;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:29,12:11,5:18,7 +chr8 134243262 . AAG A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:5,3:2,2 +chr8 135536997 . AGG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.32353;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:2,3:7,2 +chr8 135691995 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,4:11,2:6,2 +chr8 136228066 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:6,3:1,1:5,2 +chr8 136781865 . AAAAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047988;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,3:6,2 +chr8 136991676 . CTATA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,4:4,1 +chr8 137234263 . CTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:6,3:0,1 +chr8 137351941 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.548e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:12,10:7,8 +chr8 138488114 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00012009;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:13,6:13,8 +chr8 138692238 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:0,1:5,3 +chr8 139390447 . A AAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:5,3:3,2 +chr8 139947894 . G GTGTGTATATATATATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:3,1:7,3 +chr8 141955871 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,4:13,2:6,2 +chr8 142017388 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,4:9,2:10,2 +chr8 142184794 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.10478;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:16,3:20,3 +chr8 142509099 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=3.791e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:24,21:13,12:11,9 +chr8 142857811 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.014457;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:8,10:14,3 +chr8 143054303 . C CA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,3:1,1 +chr8 143307170 . C CAGAGA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,4:7,2:9,2 +chr8 143492777 . G C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.097509;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:6,2:13,3 +chr8 143981349 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,6:0,3:6,3 +chr8 144558818 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0036228;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:10,8:6,1 +chr8 144769254 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,2:5,1:1,1 +chr9 17614 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.064412;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:16,1:9,7 +chr9 135690 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:6,4:4,1 +chr9 150120 . TG T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.23366;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,2:5,3 +chr9 610712 . G C 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.3767e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:11,7:15,7 +chr9 631009 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=2.3898e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:10,7:5,7 +chr9 883627 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2 +chr9 1006623 . C CT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0047817;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:7,3:8,6 +chr9 1475189 . A ATTTATTTATTTATTTATTATTTATTTATTTTT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.058083;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,7:10,4:18,3 +chr9 2492304 . C CAAAATAAAATAAAATAAAAT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.050318;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:10,3:16,3 +chr9 3414735 . T TGA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.040297;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:12,4:14,4 +chr9 3499438 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0014416;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:16,7:14,6 +chr9 4867760 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.0166e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:4,6:10,8 +chr9 6627295 . CAA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.045968;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,6:12,4:4,2 +chr9 8279044 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00058098;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,18:13,11:19,7 +chr9 8678373 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00091926;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:10,5:10,3 +chr9 9398814 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0033001;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:15,6:13,12 +chr9 9533471 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=8.3077e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:18,8:10,7 +chr9 10479652 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048435;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,7:13,4:9,3 +chr9 10654810 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.22398;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:10,2:3,2 +chr9 11277229 . C T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=2.5613e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:28,20:15,11:13,9 +chr9 12477748 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19313;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,1:17,3 +chr9 12644557 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083817;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,3:14,1 +chr9 12888967 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00018187;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:16,5:13,7 +chr9 13245425 . AAG A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.11371;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,2:18,2 +chr9 14099964 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0048945;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:19,8:17,3 +chr9 15420424 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:3,5:2,3:1,2 +chr9 15490682 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:8,8:3,1 +chr9 15565387 . T G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=7.6915e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:17,11:11,3 +chr9 15847796 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00065457;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:16,4:12,7 +chr9 16780235 . C CAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,10:6,9:2,1 +chr9 17035051 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 +chr9 17554265 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:2,3:1,3 +chr9 18249138 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00058845;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:10,4:17,9 +chr9 19642986 . CTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0046784;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,10:3,8:3,2 +chr9 19690937 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.1773;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,5:23,4:20,1 +chr9 19823297 . TTG T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0026316;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:6,16:4,9:2,7 +chr9 20778089 . CAAAAAA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,6:6,2 +chr9 20839206 . ATAAGGTT A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.074614;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:19,1:7,3 +chr9 21070864 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031062;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:11,2:11,3 +chr9 23136393 . G GTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:6,1:2,3 +chr9 25239131 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010863;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,6:11,3 +chr9 25786660 . GTATATATGTGTGTA G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:3,4:2,5 +chr9 25786672 . GTA G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0079365;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,4:0,3:0,1 +chr9 25788984 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,2:0,0:0,2 +chr9 26376144 . AAATAAT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0044832;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:11,5:13,5 +chr9 28285398 . A AT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,5:3,7 +chr9 28509694 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.023333;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:15,4:8,2 +chr9 29476648 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.092709;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:16,2:16,2 +chr9 29935284 . C CTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:0,6:2,1 +chr9 32450961 . T TATCA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01362;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:6,4:10,8 +chr9 33895768 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,6:1,2:1,4 +chr9 34210733 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.10313;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:5,2:20,2 +chr9 34756282 . AG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.026993;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,1:9,8 +chr9 35767283 . G GT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.024499;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,8:3,5:3,3 +chr9 36311553 . CTTTCT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,6:7,4 +chr9 37074509 . C CAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:6,3:6,1 +chr9 38719064 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00078693;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:9,8:13,7 +chr9 38802021 . AT A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.033452;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:19,4:12,7 +chr9 38822788 . A AAATATAT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.027634;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,10:2,6:0,4 +chr9 38889913 . A AGTGT 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.024807;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:17,9:9,4:8,5 +chr9 38899476 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.070703;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:17,2:12,4 +chr9 38979322 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.092902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:1,1:24,4 +chr9 39013532 . TCTTGG T 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.022332;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:55,18:23,4:32,14 +chr9 39556183 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,3:13,1 +chr9 39606028 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.05999;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:19,5:11,1 +chr9 40107877 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.12189;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,2:12,3 +chr9 40345499 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0096036;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:10,9:3,3 +chr9 40388287 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0092175;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:7,7:9,6 +chr9 40565850 . C G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:1,1:2,5 +chr9 40705936 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0366;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:14,2:14,5 +chr9 40721859 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.028729;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:19,4:16,4 +chr9 40932869 . AAAAAAAAAAAAAACAAAAC A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:4,4:1,2 +chr9 40948837 . C T 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.0032124;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:83,24:45,13:38,11 +chr9 40956565 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.007587;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:77,9:32,1:45,8 +chr9 40996359 . C G 0 PASS DP=290;GPV=1;SPV=0.014283;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:175:151,24:53,7:98,17 +chr9 41057672 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,1:6,3 +chr9 41140582 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.011208;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:6,3:7,5 +chr9 41249409 . G GAA 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0044113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,12:16,7:14,5 +chr9 41296023 . G A 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.041703;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:71,9:26,4:45,5 +chr9 41299045 . A C 0 PASS DP=196;GPV=1;SPV=0.04204;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:88,18:39,3:49,15 +chr9 41374611 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.047669;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,1:13,7 +chr9 41442897 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.043132;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:11,3:15,1 +chr9 41654836 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.039649;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:15,3:9,7 +chr9 41781351 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.045726;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:9,1:16,6 +chr9 41805818 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029433;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0 +chr9 41931650 . T G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.016221;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:41,19:26,9:15,10 +chr9 42395473 . C G 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.040321;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:53,10:29,2:24,8 +chr9 42401563 . C G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.03885;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:15,2:29,11 +chr9 42402845 . C A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.039337;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:55,17:34,15:21,2 +chr9 42405150 . A AC 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.021276;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:48,15:20,9:28,6 +chr9 42439163 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.012793;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:11,5:16,4 +chr9 42853307 . C CTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:3,3:2,3 +chr9 43001066 . A G 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.021814;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:110,25:68,16:42,9 +chr9 43036676 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.046772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:17,3:12,2 +chr9 43757652 . A T 0 PASS DP=255;GPV=1;SPV=0.0050999;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:129,32:41,16:88,16 +chr9 44100356 . A G 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.0021853;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:69,23:17,5:52,18 +chr9 44146623 . G C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0 +chr9 44629853 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 +chr9 44695983 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr9 44945238 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,1:5,5 +chr9 45075668 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.090639;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:34,4:0,0 +chr9 45188123 . C G 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.025746;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:77,12:70,8:7,4 +chr9 61214167 . A G 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.033582;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:21,5:17,3 +chr9 61562470 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031046;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,3:8,2 +chr9 61562505 . G GAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0019167;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:9,9:4,2 +chr9 61793845 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,2:4,3 +chr9 61814971 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011236;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:3,4:13,6 +chr9 62717344 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,6:3,1 +chr9 62814849 . G T 0 PASS DP=240;GPV=1;SPV=0.014437;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:96,20:45,9:51,11 +chr9 62822122 . TAC T 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.014311;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:85,10:34,6:51,4 +chr9 62833027 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00079103;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:11,7:0,1 +chr9 62833039 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:11,6:1,1 +chr9 62848844 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.062847;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:19,5:10,1 +chr9 62848863 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.041933;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,5:9,1 +chr9 62866765 . CTACT C 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.034526;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:96,16:54,12:42,4 +chr9 62884140 . A G 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.0031077;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:50,17:30,10:20,7 +chr9 62923168 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,3:6,3 +chr9 62925388 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 +chr9 63433982 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.15567;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:20,1:13,3 +chr9 63646962 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.071233;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:22,2:14,2 +chr9 63710394 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.039935;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:20,5:23,1 +chr9 63710417 . GAA G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.013018;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:17,5:14,2 +chr9 63719863 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.067749;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:30,4:16,2 +chr9 63737243 . C G 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.014912;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:53,14:30,8:23,6 +chr9 63764708 . G T 0 PASS DP=268;GPV=1;SPV=0.044983;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:120,18:65,11:55,7 +chr9 63796180 . C G 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.026718;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:101,20:66,17:35,3 +chr9 63868747 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.049948;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:71,15:25,7:46,8 +chr9 63888826 . AT A 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.0092268;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:50,14:25,9:25,5 +chr9 63888832 . AT A 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.030182;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:43,14:22,9:21,5 +chr9 63996274 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.042222;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:44,12:20,6:24,6 +chr9 64079341 . TA T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.024638;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:28,8:16,6 +chr9 64416952 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.018733;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:10,5:2,4 +chr9 64724762 . CGATGAGATGAAATGAAAG C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.045506;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:18,3:13,1 +chr9 65577304 . A T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.022644;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:20,2:22,4 +chr9 65657817 . G A 0 PASS DP=176;GPV=1;SPV=0.0021668;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:89,24:56,13:33,11 +chr9 65661656 . T G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.017969;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:24,4:12,7 +chr9 65705007 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.033332;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:16,6:14,1 +chr9 65705611 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,1:8,3 +chr9 65705808 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3 +chr9 65711220 . C G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.041933;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:9,1:12,5 +chr9 65718033 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0031863;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:8,3:7,4 +chr9 65727083 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0013435;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,7:10,2 +chr9 65737116 . A G 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.00071876;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:51,18:28,12:23,6 +chr9 65737280 . G A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0016525;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:84,19:40,5:44,14 +chr9 65938797 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016673;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,5:6,1 +chr9 66013526 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 +chr9 66030237 . C CT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.039894;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,5:5,3:23,2 +chr9 66036762 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046334;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:9,1:16,5 +chr9 66066173 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:0,1:12,5 +chr9 66182996 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03942;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,5:10,3 +chr9 66701874 . T G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.081109;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:14,4:29,1 +chr9 66736184 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,1:9,3 +chr9 66784006 . TTTTCA T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.043181;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:29,6:19,5 +chr9 66972569 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,3:10,1 +chr9 67016723 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.13115;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:9,4:14,1 +chr9 67052196 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:10,4:4,5 +chr9 67093077 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,3:9,1 +chr9 67718107 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.041156;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:10,2:14,5 +chr9 67768365 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:2,9:7,3 +chr9 67795173 . A G 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.011526;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:59,12:52,10:7,2 +chr9 67795720 . C T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.019038;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,9:30,2:27,7 +chr9 67799872 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:13,4:0,0 +chr9 67834210 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0059543;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:9,4:1,2 +chr9 67908450 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.031136;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:11,1:18,4 +chr9 68228213 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.054928;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:4,3:17,1 +chr9 68229021 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0219;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,4:4,3 +chr9 68251080 . TAA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0032306;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,11:4,7:1,4 +chr9 68327930 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,0:10,4 +chr9 68340716 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.077337;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,2:15,2 +chr9 71421732 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0010255;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:14,6:11,4 +chr9 71504898 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.029196;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:19,1:16,4 +chr9 71896705 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,3:13,1 +chr9 72009559 . C CAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:6,3:6,1 +chr9 73341705 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=8.4162e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,7:12,4 +chr9 73515622 . A T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=5.9884e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:15,9:16,10 +chr9 74045713 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.47009;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,3:15,2:4,1 +chr9 74346766 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.06964;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:8,3:17,1 +chr9 75534913 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025116;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,8:6,1 +chr9 76246341 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03285;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:6,5:5,1 +chr9 76670533 . ACTGGGTGGAGCC A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00019486;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:7,8:18,6 +chr9 76991341 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:2,5:7,3 +chr9 77828982 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00031429;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:14,9:8,2 +chr9 78299496 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,7:3,1 +chr9 78445867 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 +chr9 78873962 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.15137;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:26,1:8,3 +chr9 79100925 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00010916;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:7,5:13,10 +chr9 79855857 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:8,5:6,1 +chr9 80543668 . T TG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:3,5:4,4 +chr9 80635888 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0037889;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,22:5,14:8,8 +chr9 81711106 . C A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.03707;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:5,5:13,2 +chr9 82017416 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,5:5,4:5,1 +chr9 82069960 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,7:2,1 +chr9 82245858 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00056109;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,6:12,5 +chr9 82426748 . T G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.012882;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,7:5,1:4,6 +chr9 82850318 . G GA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:0,4:0,4:0,0 +chr9 83144395 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.082705;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:19,3:9,2 +chr9 83207598 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.031734;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:4,4:1,2 +chr9 83283546 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:3,5:1,4:2,1 +chr9 84079103 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,2:10,2 +chr9 84833223 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00042668;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,18:7,12:3,6 +chr9 85504896 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1 +chr9 86039133 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0012814;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:15,7:13,2 +chr9 86535101 . TCTTCCCTTCCCTTCC T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.011783;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:3,1:6,4 +chr9 87097720 . T TC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.22547;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:14,3:9,2 +chr9 87260584 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.011976;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,8:6,7:6,1 +chr9 87435688 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=7.7888e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:11,6:15,9 +chr9 87684571 . C G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=2.7845e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:32,32:16,14:16,18 +chr9 87853662 . A AGATCCTATAG 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:10,3:12,7 +chr9 88493746 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016238;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,7:10,6:4,1 +chr9 88935927 . AATATATATAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,10:4,7:2,3 +chr9 89205267 . G GCA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:7,4:3,1 +chr9 89450665 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,3:3,2:1,1 +chr9 89707561 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.009628;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,10:4,1:6,9 +chr9 89749664 . G GCACA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.037551;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:16,3:8,2 +chr9 90324141 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0077399;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,9:0,8:4,1 +chr9 90418116 . AC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0038805;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:4,2:11,4 +chr9 91147616 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:7,5:2,1:5,4 +chr9 91786928 . G GA 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.8667e-06;SS=2;SSC=54;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:10,5:13,12 +chr9 92033194 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=1.57e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:12,5:6,8 +chr9 92201546 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0038917;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:5,3:2,6 +chr9 93828680 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00087744;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:15,1:8,8 +chr9 95304749 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.07313;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,4:8,1 +chr9 95740046 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.1631e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:9,10:15,8 +chr9 97330066 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:5,7:9,1 +chr9 97990814 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2 +chr9 98392958 . C CA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.02607;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,4:1,0:10,4 +chr9 98579949 . G C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00037569;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:15,2:13,8 +chr9 98648116 . T TGTGTGTGTGTGTGTATAG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,6:4,2:0,4 +chr9 99360131 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.037081;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,4:15,1 +chr9 101075382 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.7776e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:14,7:9,7 +chr9 101477235 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.040965;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:16,4:9,1 +chr9 101573773 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:4,4:6,3 +chr9 101866531 . GTT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:9,4:5,2 +chr9 101900231 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00011455;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:17,10:9,3 +chr9 102220760 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15275;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:9,3:10,2 +chr9 102220778 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15275;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,3:11,2 +chr9 103532079 . CAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,7:2,5:1,2 +chr9 104575448 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0019214;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:13,6:10,5 +chr9 104633168 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:1,3:0,1 +chr9 105162032 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.015843;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:4,3:5,3 +chr9 107242343 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,4:8,3:2,1 +chr9 107346304 . G GTC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0033467;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,6:6,2 +chr9 107561912 . CTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:6,2:9,2 +chr9 108247879 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:15,1:7,3 +chr9 108280182 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0033714;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:16,7:10,3 +chr9 108466081 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:14,3:7,1 +chr9 108867211 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026941;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:16,5:6,1 +chr9 109041453 . A ATT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,5:7,1 +chr9 110058902 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,3:14,2 +chr9 110422900 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:3,7:4,1 +chr9 110981784 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.013828;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:10,3:18,6 +chr9 111210068 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=2.7821e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:12,6:14,9 +chr9 111641635 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.046847;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,2:4,4 +chr9 111907628 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,4:13,3:8,1 +chr9 111943556 . C CTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,5:0,3:2,2 +chr9 112017294 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.18741;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:24,3:12,1 +chr9 112017298 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.05;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:0,3:0,2:0,1 +chr9 112277931 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.01027;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:7,5:6,5 +chr9 112340893 . TA T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.20119;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,5:20,1:22,4 +chr9 112784205 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.02651;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:11,4:16,3 +chr9 112784207 . CCTAGGT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:13,2:15,2 +chr9 113062716 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12395;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:16,1:10,4 +chr9 115437923 . A AACACACACACAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,12:5,8:6,4 +chr9 115818885 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.056683;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:15,1:13,4 +chr9 116816896 . A AAAATAAATAAATAAAT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0036482;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,9:3,4:3,5 +chr9 116839857 . T TA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.059705;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:5,1:16,3 +chr9 116925869 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.051196;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:13,4:21,2 +chr9 117997237 . T TTCCTCC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.036744;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,7:9,5:12,2 +chr9 118333571 . TGAC T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.22942;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,4:17,1:12,3 +chr9 118707387 . T TTCTCTTTCTTTCTTTGTTGCTTTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:8,1:7,3 +chr9 119021985 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.4732e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:5,10:13,6 +chr9 120781679 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.035079;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:16,3:14,3 +chr9 121493284 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0002735;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:12,9:7,7 +chr9 123248261 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.034921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:7,2:2,2 +chr9 123917179 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.009659;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:15,3:13,4 +chr9 124779546 . GT G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.093588;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 +chr9 124784943 . GTTTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,4:11,2:5,2 +chr9 126626846 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00014726;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:16,6:10,6 +chr9 127552684 . G GTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,3:3,1 +chr9 128528003 . C CT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:1,1:4,1 +chr9 129262777 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=2.6013e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:7,3:7,7 +chr9 129442360 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.001409;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,10:7,7:3,3 +chr9 130310435 . C G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.025523;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:22,3:22,3 +chr9 130550336 . C CAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,8:4,1 +chr9 130603369 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12981;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:5,3:6,2 +chr9 130819853 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018157;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,13:8,6:8,7 +chr9 131303479 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0067406;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:14,4:7,4 +chr9 131426337 . CAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,7:2,6:2,1 +chr9 132302681 . CAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 +chr9 132313931 . T G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.05832;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:23,6:9,3:14,3 +chr9 132953176 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.052823;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,2:14,2 +chr9 134093564 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.17768;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,3:17,1 +chr9 134104174 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:1,2:3,4 +chr9 134527759 . C CAAAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.032805;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:5,9:6,1 +chr9 134685055 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048943;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,3:5,2:4,1 +chr9 134685504 . CCAT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,1:7,3 +chr9 135860597 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,11:6,8:2,3 +chr9 136248222 . C T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.00018501;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:18,10:17,5 +chr9 136293425 . T TCACA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.025685;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,9:9,6:5,3 +chr9 136636348 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=6.7038e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,4:7,5 +chr9 136960671 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr9 137103150 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031156;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,1:12,3 +chr9 137780384 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.19298;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:9,3:5,1:4,2 +chr9 138141015 . C G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0044922;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:45,17:26,13:19,4 +chr9 138182033 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.048964;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:22,1:22,5 +chrX 2932406 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 +chrX 3315355 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 +chrX 3615011 . A ATT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,8:8,7:4,1 +chrX 3653858 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027709;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,3:11,2 +chrX 3681657 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3 +chrX 3830389 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,1:2,3 +chrX 4067356 . CTTTCT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067669;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:2,1:6,3 +chrX 4207330 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.063158;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,3:3,2:3,1 +chrX 4465393 . AAAAG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0067873;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:2,5:1,3 +chrX 4852269 . TA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.02027;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,2:6,5 +chrX 5011194 . T TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,4:4,1:8,3 +chrX 5941180 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11538;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:5,2:1,4 +chrX 6082951 . TTTTTC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,1:8,3 +chrX 8511868 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,5:10,4:7,1 +chrX 9089555 . G GGA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,6:4,3:6,3 +chrX 9523960 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:6,1:6,3 +chrX 9883121 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020485;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:16,6:10,2 +chrX 10565003 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:4,4:1,1:3,3 +chrX 12776962 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.4552e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:20,9:11,6 +chrX 13610765 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0010241;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:10,7:21,4 +chrX 14861346 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.7807e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:11,7:9,8 +chrX 15180071 . T TACACACACACAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020164;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,5:5,5 +chrX 15268331 . C CA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.3882;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:8,3:27,1 +chrX 15776338 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023323;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:13,9:1,2 +chrX 19106661 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.6849e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:13,5:8,10 +chrX 19522002 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:3,5:7,3 +chrX 19774648 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.16591;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,4:16,1:8,3 +chrX 19838902 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0050177;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:10,2:7,6 +chrX 21950433 . CTTT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.034961;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:14,6:4,7 +chrX 24047682 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.7628e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:11,3:15,11 +chrX 24452724 . GGAGGGAGATGCCAGAGTCTTTTTCACAAC G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048897;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:9,3:15,7 +chrX 25610112 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0014541;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:5,3:19,7 +chrX 26320078 . CG C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01236;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:11,4:2,6 +chrX 26320081 . G GAT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0069862;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:10,4:2,6 +chrX 26919912 . T TTATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,8:1,6:2,2 +chrX 29837300 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017591;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,4:4,3 +chrX 30223696 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00046753;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:14,9:11,2 +chrX 30553137 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0019129;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:8,4:20,5 +chrX 30553139 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016217;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:11,2:21,4 +chrX 30713440 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00017018;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:12,3:6,6 +chrX 31022361 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0029833;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:15,4:11,5 +chrX 31226184 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=8.8502e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:11,10:14,9 +chrX 31370098 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.00096843;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,11:2,9:2,2 +chrX 31716551 . C CAACAAAACAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00059181;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:8,7:8,5 +chrX 32252877 . AAAATATATAT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:4,4:2,3 +chrX 32922208 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00012796;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:6,6:20,5 +chrX 33026313 . CAAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:5,5:5,1 +chrX 33095964 . AT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,7:6,3:2,4 +chrX 33106053 . AC A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.1099;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:25,4:21,2 +chrX 33130739 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0011799;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:13,4:17,6 +chrX 33428810 . A AAT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0020896;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,15:8,5:14,10 +chrX 33921674 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0040088;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:16,8:12,3 +chrX 34144127 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,4:5,2 +chrX 34400870 . G GA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.012303;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,12:11,8:6,4 +chrX 35521982 . TATAG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00044065;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:8,9:8,6 +chrX 36560921 . TTTCC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.011224;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,8:6,1:4,7 +chrX 36584400 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:6,1:6,3 +chrX 36591613 . T C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=4.361e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:24,11:8,5 +chrX 36965370 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0016717;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:16,7:15,4 +chrX 40088412 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.1254e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:6,12:12,6 +chrX 41792237 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.014208;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:9,4:17,3 +chrX 42959423 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.026636;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:6,5:0,1 +chrX 43307955 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10147;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:15,3:7,4 +chrX 43423737 . AC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:5,8:7,2 +chrX 45334779 . AAATAT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 +chrX 45334812 . AAATAT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,3:7,3 +chrX 46395714 . C T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,1:0,3 +chrX 46827562 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:4,3:5,1 +chrX 47358091 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:9,4:9,1 +chrX 50563508 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.013669;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,2:7,3 +chrX 52009631 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0010644;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:13,3:12,6 +chrX 52424863 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0036826;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:11,7:13,3 +chrX 53012726 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.9762e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:12,7:6,8 +chrX 54708493 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0014601;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:19,9:11,2 +chrX 55573678 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00030714;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:12,8:14,4 +chrX 55864281 . TA T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,8:3,7:1,1 +chrX 60212167 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:19,4:0,0 +chrX 63743217 . C CA 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.060731;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:20,1:14,3 +chrX 66337731 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,3:7,1 +chrX 66589078 . TTG T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,1:7,4 +chrX 68317559 . GAA G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.062683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:13,2:3,3 +chrX 68383654 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0013497;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:4,4:9,6 +chrX 68452429 . ATG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:1,3:10,1 +chrX 68661970 . CTCTTTCTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.041254;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:1,1:17,5 +chrX 70273422 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0016408;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:11,5:14,4 +chrX 70296083 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.036419;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,3:5,2 +chrX 70349661 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:2,1:5,1 +chrX 70561388 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0063768;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:4,7:2,1 +chrX 72440800 . A C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=9.7732e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:14,8:14,6 +chrX 75553778 . TACAC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.038251;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:11,6:10,5 +chrX 77618075 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0014944;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:11,6:12,6 +chrX 77807724 . T TTC 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.042571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,9:9,2:19,7 +chrX 77807744 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028918;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:7,2:20,7 +chrX 78589925 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00011173;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:7,6:16,5 +chrX 78965833 . CCTTTCTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.11424;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:0,3:15,3 +chrX 79317858 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0040149;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,3:12,8 +chrX 79550326 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:8,6:0,3 +chrX 80725789 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.085385;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:18,2:16,2 +chrX 80956878 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=1.6051e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,18:7,10:8,8 +chrX 85015542 . A ATATT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.041575;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,4:7,2 +chrX 85658013 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=9.3681e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:11,9:13,6 +chrX 86703721 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0031109;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:12,5:12,3 +chrX 87107173 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,1:9,3 +chrX 87376789 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0027236;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:15,5:20,6 +chrX 87717069 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 +chrX 88212494 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11996;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,2:6,2 +chrX 88416330 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.21465;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,5:8,2:3,3 +chrX 88976499 . C T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,1:2,3 +chrX 89146034 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=8.9875e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,10:8,3 +chrX 91344255 . AAACAAAAACAAAAAACAAAC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0019452;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:5,5:1,1 +chrX 91710799 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0005553;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:6,3:10,6 +chrX 91984178 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10638;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,1:9,6 +chrX 92565528 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0078215;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,1:3,7 +chrX 92674911 . G GTATA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:10,3:4,1 +chrX 92837460 . GGAAGGAAGGAATACTTCTAAACTCATTATAATGGGTCA G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.006961;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:12,4:15,4 +chrX 92992409 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.092279;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,5:10,3:10,2 +chrX 93493539 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=2.9482e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:12,11:16,7 +chrX 96829462 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.29013;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:22,5:11,4:11,1 +chrX 97295734 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.032462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:15,6:5,4 +chrX 97583100 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00097567;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:13,5:12,6 +chrX 98058757 . C G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0043057;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:19,3:17,6 +chrX 98438684 . AT A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0034815;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:12,8:17,6 +chrX 98675715 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.040631;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:20,2:12,4 +chrX 98758324 . T TATATATATAC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,2:2,1:2,1 +chrX 99387850 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,4:9,1 +chrX 99938667 . GCCC G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.073354;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:17,3:12,1 +chrX 99938672 . GGGCGGC G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.087004;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:17,3:15,1 +chrX 99938684 . CAAAGGCTGGG C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.07299;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,3:14,1 +chrX 101158272 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16205;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:13,5:9,1 +chrX 101243201 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0046201;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:17,7:10,3 +chrX 101253540 . CTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 +chrX 102251392 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,3:8,1 +chrX 102499739 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0014749;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:18,2:11,7 +chrX 102824103 . C CTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,2:3,4 +chrX 102824504 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0002515;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,4:8,6 +chrX 103004914 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:7,8:2,4:5,4 +chrX 104225608 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:6,8:1,3 +chrX 104325992 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00096868;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:12,24:9,13:3,11 +chrX 105439451 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00023472;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:12,9:10,6 +chrX 105735028 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0020462;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:14,5:17,8 +chrX 106693399 . C CAGAG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.048755;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,6:9,4:9,2 +chrX 107275037 . A ATTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.002235;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:15,8:6,4 +chrX 108309801 . AACAC A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.072836;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,7:10,5:6,2 +chrX 108526671 . CTCTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,9:0,4:9,5 +chrX 109594739 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0040948;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,11:15,9:4,2 +chrX 110105721 . G C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,3:3,1 +chrX 110689851 . CTA C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.14864;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,6:15,2:11,4 +chrX 111404048 . T TTAAAATAAAATAAAA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0066813;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,12:6,8:12,4 +chrX 112226663 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.017517;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:11,2:8,10 +chrX 112350000 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0027255;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:13,8:14,2 +chrX 113024426 . GGTAT G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.029963;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:11,7:4,3 +chrX 113024490 . TAC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018485;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:7,5:3,6 +chrX 113836256 . G GGTGT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.017445;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:5,5:5,1 +chrX 115261952 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,2:4,1:3,1 +chrX 116797951 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00020206;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:15,6:9,8 +chrX 117792863 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.03876;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,5:12,2:8,3 +chrX 117863303 . TA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:0,4:11,6 +chrX 117879355 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00069448;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:13,6:15,7 +chrX 118378790 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10564;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:9,5:14,1 +chrX 118692381 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00011959;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,22:5,6:8,16 +chrX 118952590 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0027508;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:14,4:11,4 +chrX 119152815 . ATATCACCTG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00057277;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:12,6:6,5 +chrX 119455681 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:6,7:1,3 +chrX 119621446 . G GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.3064;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,4:8,3:7,1 +chrX 120581950 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,1:5,4 +chrX 120582031 . AG A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040008;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:13,6:3,3 +chrX 120587999 . C A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,4:5,3:5,1 +chrX 121383661 . ATAAAATAAAATAAAATAAAAT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0087027;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,9:16,7:8,2 +chrX 122148500 . T TTTTTGTTTTGTTTTG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.034367;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:7,4:15,1 +chrX 122466001 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,6:7,3:10,3 +chrX 122466025 . A AAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.13168;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,6:7,3:12,3 +chrX 123698457 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.082337;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,6:8,4:8,2 +chrX 123889997 . ATTTTTTTTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,5:7,2:3,3 +chrX 123891823 . T TA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00044917;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:9,11:14,6 +chrX 123912216 . G GAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0078247;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,9:6,8:1,1 +chrX 123921883 . AT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.075461;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:10,1:13,6 +chrX 123922946 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 +chrX 123939501 . A AACAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02457;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:6,3:10,9 +chrX 124218308 . T TACACACAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:9,4:4,3 +chrX 124437104 . ATT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.079329;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:7,4:3,2 +chrX 125117010 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.020124;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,7:4,6:3,1 +chrX 125163070 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.010975;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:5,7:13,6 +chrX 126673196 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041461;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:10,5:7,2 +chrX 127366593 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,4:6,1 +chrX 127505221 . ATAT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0015096;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,15:6,8:2,7 +chrX 127749606 . CAT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.087068;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,5:16,3:16,2 +chrX 127821614 . CTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0038232;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:6,10:9,5 +chrX 127891640 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0014939;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:10,6:12,4 +chrX 128491078 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00039908;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:26,27:12,15:14,12 +chrX 128528655 . AACACAC A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,7:5,6:4,1 +chrX 128691631 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:13,2:16,4 +chrX 128979419 . GTGTATATATATGTATATA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.037012;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:8,2:11,5 +chrX 129720126 . TCTCCA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00049102;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:6,7:15,6 +chrX 131194910 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0022407;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:9,6:19,4 +chrX 131293722 . C CTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:7,2:2,2 +chrX 131445399 . C CTCTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:1,1:12,3 +chrX 132571464 . TATAC T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,4:1,1:2,3 +chrX 133496454 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11419;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:14,1:17,5 +chrX 133498998 . CTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01391;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,2:7,5 +chrX 135123439 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01932;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:11,3:7,8 +chrX 135124763 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.032;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:9,1:8,6 +chrX 135824830 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.046334;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:18,5:7,1 +chrX 135867898 . T G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 +chrX 136109942 . AAG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.24484;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:17,1:9,3 +chrX 136473073 . GAGGGAGGAATGAAGGGAAGAA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0052134;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:7,9:7,3 +chrX 136600800 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:9,5:8,2 +chrX 136644723 . T TCAAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0062408;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,17:8,7:18,10 +chrX 136939150 . G C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.44608;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,3:9,2:2,1 +chrX 136958091 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0078314;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:15,4:19,4 +chrX 137557538 . AAAAT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,1:12,3 +chrX 138017063 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,6:14,4:4,2 +chrX 139304610 . T G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00040366;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:19,5:10,6 +chrX 139503279 . CGT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:2,7:1,1 +chrX 140188892 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.038272;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:16,7:13,4 +chrX 140215938 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.049315;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:14,4:11,5 +chrX 140723391 . T TAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.065833;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,6:8,2:13,4 +chrX 141095375 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.029349;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:10,4:2,4 +chrX 141111829 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.22206;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:18,3:8,1 +chrX 141349308 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0028525;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:11,7:23,4 +chrX 141508038 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,1:9,3 +chrX 141544104 . GAA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.19974;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:18,2:8,3 +chrX 141759742 . TAC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,1:8,3 +chrX 141791198 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.18393;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 +chrX 142171661 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011608;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4 +chrX 142340513 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00067301;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,6:8,4 +chrX 142569120 . TTTTCTTTC T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:8,1:18,3 +chrX 143206799 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.0941e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:10,7:8,7 +chrX 143865197 . ATG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,9:3,6:4,3 +chrX 144103798 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00068862;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:4,5:5,7 +chrX 144103820 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=4.7337e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:4,13:2,9:2,4 +chrX 144202168 . T TTTCCTTCC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.042336;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,2:14,3 +chrX 144475856 . T TAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.16556;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:18,2:13,2 +chrX 144724939 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0012196;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:11,9:13,1 +chrX 144800095 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,4:10,3:6,1 +chrX 145000425 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0031702;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:3,7:6,4 +chrX 145435578 . CCACGG C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.045968;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,6:8,4:8,2 +chrX 145728671 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00018161;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,4:7,6 +chrX 145841803 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:16,2:6,2 +chrX 146042763 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0012285;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,3:7,5 +chrX 146042841 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0016748;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,9:5,4:4,5 +chrX 146088948 . T TTCTTTTC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.046124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,13:14,5:6,8 +chrX 147025443 . T TAAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.16089;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,4:13,1:7,3 +chrX 147111915 . C CACACACACACACACACACAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.084679;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,5:8,2:11,3 +chrX 147226789 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.22807;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:4,1:7,3 +chrX 147509349 . A AAT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,6:6,6 +chrX 147756133 . C CCA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.019523;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:12,8:8,6 +chrX 149272569 . C CAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,4:3,3 +chrX 149935818 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.019281;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:12,3:10,2 +chrX 150132345 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.2122;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:17,1:8,3 +chrX 150385277 . T TACAC 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010569;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,12:7,9:5,3 +chrX 151092238 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.036166;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:14,3:11,3 +chrX 152182721 . G T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:2,7:2,4:0,3 +chrX 152239978 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.28876;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:16,3:9,1 +chrX 153598416 . GA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0024779;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:11,10:7,7 +chrX 153621258 . GA G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:6,7:8,1 +chrX 154104672 . CAG C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:17,3:12,1 +chrX 154106779 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,7:9,6:8,1 +chrX 154240626 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:0,0:12,4 +chrX 154519083 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:4,8:3,2 +chrY 11147442 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,3:8,5 +chrY 11163520 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031533;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,4:11,2 +chrY 11180965 . A G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.020926;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:54,6:49,5:5,1 +chrY 11189765 . T C 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.031957;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:9,1:50,6 +chrY 11203502 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.039802;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:18,1:21,4 +chrY 11203520 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.020882;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,1:17,5 +chrY 11206834 . C CAA 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.042084;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:63,10:32,4:31,6 +chrY 11260010 . A G 0 PASS DP=334;GPV=1;SPV=0.030837;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:166,30:91,13:75,17 +chrY 11284353 . T C 0 PASS DP=423;GPV=1;SPV=0.048153;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:193,36:60,21:133,15 +chrY 11409692 . G C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0054071;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:35,16:5,5:30,11 +chrY 56828952 . G T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.039467;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:69,10:33,4:36,6 +chrY 56835443 . G T 0 PASS DP=181;GPV=1;SPV=0.018332;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:90,18:44,12:46,6 +chrY 56886746 . A G 0 PASS DP=238;GPV=1;SPV=0.0035615;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:114,23:57,9:57,14
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/I.vcf Wed Sep 16 22:58:28 2020 +0000 @@ -0,0 +1,5405 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> +##reference=hg38 +##source=varscan.py +##contig=<ID=chr1,length=248956422> +##contig=<ID=chr10,length=133797422> +##contig=<ID=chr11,length=135086622> +##contig=<ID=chr12,length=133275309> +##contig=<ID=chr13,length=114364328> +##contig=<ID=chr14,length=107043718> +##contig=<ID=chr15,length=101991189> +##contig=<ID=chr16,length=90338345> +##contig=<ID=chr17,length=83257441> +##contig=<ID=chr18,length=80373285> +##contig=<ID=chr19,length=58617616> +##contig=<ID=chr2,length=242193529> +##contig=<ID=chr20,length=64444167> +##contig=<ID=chr21,length=46709983> +##contig=<ID=chr22,length=50818468> +##contig=<ID=chr3,length=198295559> +##contig=<ID=chr4,length=190214555> +##contig=<ID=chr5,length=181538259> +##contig=<ID=chr6,length=170805979> +##contig=<ID=chr7,length=159345973> +##contig=<ID=chr8,length=145138636> +##contig=<ID=chr9,length=138394717> +##contig=<ID=chrM,length=16569> +##contig=<ID=chrX,length=156040895> +##contig=<ID=chrY,length=57227415> +##filter="SOMATIC" +##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases"> +##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation"> +##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)"> +##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value"> +##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls"> +##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls"> +##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand"> +##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position"> +##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads"> +##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05"> +##FILTER=<ID=VarAvgRL,Description="Average clipped length of variant-supporting reads < 90"> +##FILTER=<ID=VarReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> +##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> +##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100"> +##FILTER=<ID=VarMapQual,Description="Average mapping quality of variant reads < 15"> +##FILTER=<ID=VarBaseQual,Description="Average base quality of variant reads < 15"> +##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01"> +##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90"> +##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1"> +##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1"> +##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15"> +##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15"> +##FILTER=<ID=RefMMQS,Description="Average mismatch quality sum for ref-supporting reads > 100"> +##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50"> +##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50"> +##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50"> +##FILTER=<ID=MaxBAQdiff,Description="Average base quality difference (ref - var) > 50"> +##FILTER=<ID=ReadLenDiff,Description="Average supporting read length difference (ref - var) > 0.25"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele"> +##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand"> +##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR +chr1 269731 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.016586;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:9,2:16,5 +chr1 271443 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0016182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:15,4:12,7 +chr1 1248267 . A AC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:6,1:17,3 +chr1 2020828 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00080797;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:13,4:12,7 +chr1 2085733 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.012493;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:16,2:18,5 +chr1 2348700 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0026931;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:5,6:9,5 +chr1 2366985 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.034197;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:13,3:13,3 +chr1 2658795 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr1 2672087 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.11845;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:12,3:17,2 +chr1 3668055 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00031346;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:10,5:9,8 +chr1 4066911 . A ACT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3 +chr1 4111429 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0011142;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:14,6:10,2 +chr1 4206589 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00094617;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:17,7:16,8 +chr1 6498731 . TACGGG T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00022147;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:13,4:12,6 +chr1 8327243 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.8465e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:11,10:13,4 +chr1 8556639 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.000154;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,3:10,6 +chr1 9108397 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.025922;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2 +chr1 10758330 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:14,4:3,3 +chr1 10791081 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:14,2:6,3 +chr1 10964151 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00022074;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:13,7:10,6 +chr1 11877601 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0019011;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:10,3:14,6 +chr1 12888921 . T TCC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2 +chr1 12938147 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.049083;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,1:16,8 +chr1 13070264 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,2:14,2 +chr1 13369246 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.045787;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:12,5:15,4 +chr1 13597732 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010783;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:14,6:7,5 +chr1 14557666 . G GTGTGGT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:14,2:13,2 +chr1 14883334 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:2,2:3,1 +chr1 15206627 . T TGTGTTTAGGAATCGGGTGAGTTTA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0062786;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:5,6:14,4 +chr1 16180433 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,2:2,1:1,1 +chr1 16356168 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.035315;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,2:4,6 +chr1 16408869 . CAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.010143;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:7,7:1,1 +chr1 16509718 . T A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.026634;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:60,17:33,8:27,9 +chr1 16509719 . C A 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.039535;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:59,17:32,8:27,9 +chr1 16512994 . A G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0097219;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:46,17:19,8:27,9 +chr1 16513547 . G A 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.044761;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:114,16:61,7:53,9 +chr1 16513636 . C T 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.010031;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:80,22:43,10:37,12 +chr1 16564382 . G C 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.037792;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:134,22:85,12:49,10 +chr1 16601216 . C A 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.018555;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:103,26:39,14:64,12 +chr1 16725350 . C T 0 PASS DP=273;GPV=1;SPV=0.0084694;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:130,27:60,9:70,18 +chr1 16934842 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.34103;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:17,4:9,3:8,1 +chr1 16947468 . C CAAT 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.041416;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:17,4:24,5 +chr1 17357944 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,1:7,3 +chr1 17444539 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,6:8,2 +chr1 17524364 . T TACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:3,5:3,1 +chr1 18060769 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.034015;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,8:7,4 +chr1 18273462 . C CTCTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:2,5:7,1 +chr1 18474502 . G GTC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.14244;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,5:16,3:23,2 +chr1 20011131 . C CA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.015316;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:9,8:16,2 +chr1 20035496 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00017262;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:12,7:13,6 +chr1 20668564 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.9655e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:9,8:14,6 +chr1 21214809 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00085614;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,15:5,11:4,4 +chr1 22069170 . CTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:2,2:2,3 +chr1 23142700 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,2:0,1:1,1 +chr1 23992096 . T TTTC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0016669;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:5,7:9,6 +chr1 24017891 . T G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1 +chr1 24196544 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:0,2:0,2:0,0 +chr1 24553122 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.021038;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2 +chr1 27489252 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,5:2,4:4,1 +chr1 27666312 . A AAT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr1 28658736 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022713;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:13,5:11,2 +chr1 30487019 . C CAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,9:5,7:4,2 +chr1 31251996 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.090497;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:3,4:20,1 +chr1 31552470 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00017822;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:19,10:8,2 +chr1 32093399 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,2:4,2 +chr1 32753269 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0057147;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:11,11:2,5 +chr1 32976485 . A AACACACACAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:6,2:2,3 +chr1 33052839 . T TG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:21,3:6,1 +chr1 33052861 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.041383;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:16,4:7,3 +chr1 33826414 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.001327;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,7:9,8 +chr1 35015945 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:6,9:5,2 +chr1 36129412 . T TA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.043842;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,4:4,2 +chr1 37078450 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:2,5:1,4:1,1 +chr1 39941007 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00031349;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:19,3:14,8 +chr1 41301699 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014318;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,6:5,3 +chr1 41506602 . T TG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:1,2:0,1:1,1 +chr1 42335809 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:2,2:0,1:2,1 +chr1 42750999 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1 +chr1 43141270 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00068429;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:10,7:13,4 +chr1 43670556 . A ATTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10577;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,5:3,1:3,4 +chr1 44844402 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.016858;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,5:6,2:3,3 +chr1 44913110 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:6,1:3,3 +chr1 45750823 . G C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0014366;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:11,5:25,6 +chr1 46241374 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:4,2:12,2 +chr1 46501126 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.02037;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:2,3:7,2 +chr1 47880999 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00072376;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:20,8:7,8 +chr1 48083307 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.062714;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,4:7,2 +chr1 48383028 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.14022;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:6,1:16,4 +chr1 50527811 . G GTCTCTC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,6:9,4:8,2 +chr1 51721990 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0011981;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:16,10:15,2 +chr1 53100726 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:9,3:9,2 +chr1 54235448 . ATTT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,3:4,2 +chr1 54539667 . CTA C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021052;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:11,3:15,4 +chr1 55252557 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.545e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:9,6:9,8 +chr1 55420073 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:10,3:5,1 +chr1 56118818 . CAAATAAAATA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014795;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,3:11,6 +chr1 57153623 . GT G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.077619;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:23,1:16,4 +chr1 58373169 . C CTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,3:4,2 +chr1 58375665 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:8,5:4,3 +chr1 58713853 . A AG 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,4:12,2:9,2 +chr1 60146729 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.038921;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:4,4:3,1 +chr1 60858389 . GGTGTGTGTGTGT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,12:8,10:2,2 +chr1 62125264 . C A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:2,4:2,1 +chr1 62324554 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.057396;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:20,3:3,2 +chr1 62465482 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:4,2:1,1:3,1 +chr1 64016839 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040129;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:11,8:9,7 +chr1 65472411 . A AACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.12189;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:6,1:14,4 +chr1 66130826 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0063293;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,5:10,4 +chr1 66675541 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0024902;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:2,2:1,6 +chr1 66892898 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,2:11,2 +chr1 67205911 . C CTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,4:5,1:16,3 +chr1 67299917 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.087902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:21,3:10,1 +chr1 67337901 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030984;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,1:9,4 +chr1 67446182 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,3:7,1 +chr1 68038858 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.014127;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:11,4:9,5 +chr1 68705885 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.11622;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,2:14,2 +chr1 68705887 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10931;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2 +chr1 69778971 . T TACACACAC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,2:4,2 +chr1 70264475 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,8:5,1 +chr1 70770214 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00023235;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:11,6:7,5 +chr1 70981320 . CTTCTTTCT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,8:0,1:9,7 +chr1 71570644 . C CTTATTA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.011427;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:7,3:10,6 +chr1 72831384 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00046753;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:11,4:14,7 +chr1 73957635 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.010972;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:30,7:5,3 +chr1 75795181 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:5,3:4,1 +chr1 75840369 . GGGACATGGATGAAATT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037594;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 +chr1 75878828 . GAA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0020556;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,14:5,8:9,6 +chr1 76123819 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.00039496;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,16:3,10:3,6 +chr1 76202268 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.070566;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:11,2:9,4 +chr1 76936953 . G GGCGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:6,4:1,1 +chr1 77423219 . T TAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:2,6:3,1 +chr1 78025354 . GA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0013772;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,15:6,12:3,3 +chr1 78400057 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,5:5,1 +chr1 79093208 . C CTGTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,4:9,3:7,1 +chr1 79919640 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010374;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,3:4,6 +chr1 80114791 . A AT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.01018;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:13,6:5,5 +chr1 81343072 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:4,5:9,1 +chr1 81557460 . A AAAGAAAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,7:7,4:6,3 +chr1 82163900 . CAATA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.008557;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:6,7:8,5 +chr1 83122032 . TTGTGTG T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:7,4:3,2 +chr1 83892925 . AAAG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,4:5,3:10,1 +chr1 84508565 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.044393;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:18,5:12,2 +chr1 85084250 . GTATA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:3,10:1,8:2,2 +chr1 85996536 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.008646;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:4,4:9,4 +chr1 88539041 . ATGTGTG A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,4:1,4:0,0 +chr1 90378989 . AC A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.049659;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,1:13,4 +chr1 90522609 . G GATAA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0008665;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,11:10,8:11,3 +chr1 90826152 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,13:4,9:8,4 +chr1 90826155 . T TACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,9:4,6:6,3 +chr1 90891794 . C CG 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,4:4,1 +chr1 91929065 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.25989;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:10,2:15,2 +chr1 91958214 . C CTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.03148;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:5,5:11,4 +chr1 92586588 . G GTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,8:2,4:2,4 +chr1 96450604 . CAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.12042;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,7:12,3:4,4 +chr1 97342390 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00051949;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,4:8,5 +chr1 97735685 . CATAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040656;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,5:7,1 +chr1 98255236 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=7.2707e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:10,6:14,9 +chr1 98492648 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045397;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:12,6:7,2 +chr1 98973303 . GGTAAATGTAGGGATTGACAGTAGGAAGAGAATACC G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.036957;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:9,4:11,3 +chr1 100843450 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr1 101521631 . C CGT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:9,7:2,2 +chr1 101814986 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.002513;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:12,4:12,6 +chr1 102494919 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.027663;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:13,3:19,3 +chr1 102839949 . GC G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=5.174e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:9,6:16,7 +chr1 103125344 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.029259;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:11,3:8,4 +chr1 104209755 . A AT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.015718;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:1,4:4,3 +chr1 105484294 . GT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00063127;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:5,4:10,6 +chr1 106356046 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0089499;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:13,3:15,5 +chr1 107319867 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.029166;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:13,4:11,2 +chr1 107813967 . AGT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0070965;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,8:5,4:2,4 +chr1 108970973 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.035079;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:17,1:13,5 +chr1 109654189 . AG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0 +chr1 109654217 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:11,7:0,1 +chr1 110568000 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0016408;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:17,5:8,4 +chr1 110800558 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00069928;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:10,4:11,7 +chr1 111065378 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.00095261;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,9:0,7:2,2 +chr1 111760000 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.29181;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:5,2:10,3 +chr1 112446195 . T TG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,10:6,3 +chr1 112839632 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0064568;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,5:4,4 +chr1 112887304 . G GT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0012521;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,18:3,9:7,9 +chr1 113329679 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0084152;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,4:15,5 +chr1 113416037 . TA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,3:13,1 +chr1 113416042 . A ATG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:8,3:13,2 +chr1 113826659 . AT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0069323;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:2,3:2,5 +chr1 114023627 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0027946;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,3:11,6 +chr1 114711520 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0018005;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,6:8,7 +chr1 115973951 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:1,2:0,1:1,1 +chr1 116760187 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0003213;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,3:8,6 +chr1 118165645 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:1,3:6,1 +chr1 118318922 . ATAACATAGATATTATATATATAAC A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.020516;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,11:14,3:10,8 +chr1 118318948 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.026312;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:21,11:13,3:8,8 +chr1 119480464 . G GGAAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 +chr1 120133006 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.026923;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:11,6:15,5 +chr1 120214625 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.041254;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:8,3:10,3 +chr1 120223626 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1 +chr1 120449349 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.042184;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:14,1:17,4 +chr1 120516328 . CTCGAACACCTGACCTCAGG C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00055646;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:5,4:8,8 +chr1 120677169 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.034767;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,6:6,2 +chr1 120808134 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.096745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,2:14,4 +chr1 120813144 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1 +chr1 120933113 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,2:5,2 +chr1 120999034 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.075059;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,2:6,4 +chr1 121014916 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:7,10:0,2 +chr1 121142206 . G GTGTTGCATCTAATGCA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.027219;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,6:3,1 +chr1 121300216 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3 +chr1 121313677 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015942;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,3:4,2 +chr1 121632493 . G C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1 +chr1 121633993 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.061867;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:22,3:22,3 +chr1 121724458 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0047006;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:16,6:1,1 +chr1 121746508 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.025099;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:5,1:26,4 +chr1 121765204 . T C 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.021678;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:19,4:25,9 +chr1 121825757 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 +chr1 122055311 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,4:2,2 +chr1 122126906 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr1 122130766 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.035683;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:0,2:32,6 +chr1 122382551 . T G 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.024134;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:77,10:45,7:32,3 +chr1 122382585 . C G 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.012337;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:68,20:37,12:31,8 +chr1 124517001 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:1,0:22,4 +chr1 124704660 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:3,2:10,2 +chr1 124803933 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.049719;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:18,4:14,2 +chr1 124815480 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:4,6:6,1 +chr1 124819793 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.25578;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:17,1:15,3 +chr1 124824574 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.062015;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:26,4:6,1 +chr1 124829879 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17496;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:2,0:23,4 +chr1 124836421 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,1:7,4 +chr1 124864443 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.034057;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:31,3:4,5 +chr1 124872309 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:4,3:10,2 +chr1 125105666 . G C 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.027872;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:103,19:65,12:38,7 +chr1 125115225 . A G 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.037748;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:60,7:43,6:17,1 +chr1 125115420 . A AC 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.013226;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:27,4:43,6 +chr1 125115460 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.016349;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:69,9:27,3:42,6 +chr1 125145353 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.14384;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:15,2:21,2 +chr1 125183528 . T C 0 PASS DP=13535;GPV=1;SPV=0.00028913;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7135:6347,761:6156,122:191,639 +chr1 143186576 . G T 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.022409;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:159,19:107,15:52,4 +chr1 143186698 . G C 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.016502;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:195,26:35,6:160,20 +chr1 143199058 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.05461;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,3:14,1 +chr1 143354257 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3 +chr1 143507941 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075102;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:4,1:21,3 +chr1 143691034 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.20161;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:22,2:6,2 +chr1 143749592 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0020871;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:7,4:17,6 +chr1 143896059 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.039302;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:12,4:18,1 +chr1 143899302 . C CAA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.056683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:18,1:10,4 +chr1 144322435 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 +chr1 144907343 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0012456;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:13,7:8,3 +chr1 145563251 . CATGGTGTA C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.034945;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:14,6:14,2 +chr1 145697763 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 +chr1 145731539 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0035718;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,3:11,5 +chr1 146008839 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,7:5,5:2,2 +chr1 146397037 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03942;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:7,6:9,2 +chr1 146969025 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.049127;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,1:13,3 +chr1 147096496 . A AATGTGTGTGTGTGTCTGTGT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:7,3:9,1 +chr1 147548979 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,6:1,2:1,4 +chr1 148239973 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:9,3:7,5 +chr1 148268790 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,5:0,2:0,3 +chr1 148444677 . C A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr1 148651160 . AAAAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021701;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,6:7,3 +chr1 148651164 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:3,3:0,2:3,1 +chr1 148884876 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,3:14,1 +chr1 148952338 . C A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.06683;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:19,3:24,2 +chr1 149080805 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0098611;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:7,6:5,4 +chr1 149110135 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,5:2,2 +chr1 149142076 . TAC T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.033332;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,7:18,6:12,1 +chr1 149158930 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 +chr1 149215311 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,3:8,1 +chr1 149309405 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.16556;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,4:13,1:18,3 +chr1 149874716 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021894;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:12,4:9,7 +chr1 150136771 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0061864;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,5:6,4 +chr1 150781906 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,3:6,2 +chr1 150905062 . CCA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,14:3,10:2,4 +chr1 151660825 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.001135;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:22,6:21,10 +chr1 151780257 . ATACTATCTATACAACCAGTCCTCAATTACTTTATATACAACCTCAGT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,2:12,3 +chr1 152156625 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.18237;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,1:9,5 +chr1 152274875 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.079329;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,6:4,5:6,1 +chr1 153785086 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.030558;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,14:13,9:8,5 +chr1 154309581 . CATAT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,4:12,1:2,3 +chr1 154322489 . C CTTCTTCTTCTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:2,7:4,1 +chr1 154937273 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.003727;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:19,5:33,5 +chr1 156640418 . T TC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:7,6:2,4:5,2 +chr1 157274150 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:9,1:4,5 +chr1 157300470 . CAT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,3:8,1 +chr1 157760686 . A AGAAAGAAGGAAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,3:7,1 +chr1 159011398 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.25968;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:20,4:9,1:11,3 +chr1 159021939 . CTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,3:3,2 +chr1 159256266 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1925e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,22:10,9:15,13 +chr1 160270143 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0096618;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,6:6,1 +chr1 160984465 . AAT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030104;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,2:7,2 +chr1 161423696 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0041082;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:18,12:5,5 +chr1 161559730 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.012728;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,16:27,9:17,7 +chr1 162108902 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.040006;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:22,4:16,4 +chr1 162519003 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0041602;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:10,8:4,4:6,4 +chr1 162825846 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00044723;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:13,5:10,8 +chr1 163059160 . T TTATATATA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,7:2,1 +chr1 163547125 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,3:6,2 +chr1 163758208 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.13498;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,1:20,3 +chr1 164079940 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.020864;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:19,4:20,4 +chr1 164563555 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0028166;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:12,7:19,2 +chr1 164773241 . G GCACACACACACA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.049992;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:19,5:10,1 +chr1 165139680 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0077332;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:18,7:19,2 +chr1 166038371 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0014163;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:21,4:10,7 +chr1 166318281 . AT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:18,4:9,1:9,3 +chr1 166327704 . GGTCAGAGAACCT G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=5.6653e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,17:12,7:13,10 +chr1 166384348 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.3344e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:15,8:13,7 +chr1 166464009 . TTA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.035929;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,12:14,6:9,6 +chr1 166598336 . TA T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0044141;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:18,8:16,4 +chr1 166887954 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,8:3,6:5,2 +chr1 167044460 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.038102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:11,2:11,3 +chr1 167177215 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,0:13,4 +chr1 167208546 . G GTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.014666;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,14:3,12:1,2 +chr1 167773894 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.18687;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:15,1:19,3 +chr1 168100235 . G C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:3,6:2,4 +chr1 168306397 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.3626e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:13,12:12,6 +chr1 169172356 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.052643;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:14,6:5,2:9,4 +chr1 171658179 . G T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,4:5,2:5,2 +chr1 171658181 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,9:5,6:5,3 +chr1 174349693 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:9,1:12,4 +chr1 174350131 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,3:9,2 +chr1 175087657 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0038636;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:18,6:22,8 +chr1 175091559 . TTTTA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.17881;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,2:18,2 +chr1 175426880 . TAAAATATA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,3:2,3 +chr1 176049178 . CAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:8,7:3,3 +chr1 176174007 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:9,3:5,1 +chr1 176275360 . CAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0040248;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,9:2,8:3,1 +chr1 177867086 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27357;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,5:9,4:5,1 +chr1 178661607 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.024305;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,8:8,3:8,5 +chr1 178673275 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00051119;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,18:3,7:12,11 +chr1 179541677 . TA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,5:13,4 +chr1 180234012 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00055105;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,17:2,6:9,11 +chr1 180473446 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0053012;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,12:8,9:4,3 +chr1 181034063 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.047407;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:11,1:17,4 +chr1 181188527 . A AAAATAAATAAAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,10:4,5:8,5 +chr1 181590418 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,5:3,3:4,2 +chr1 182075278 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:0,5:0,4:0,1 +chr1 182295503 . GA G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.070174;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:16,1:11,4 +chr1 182295508 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10837;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:18,1:13,4 +chr1 182299870 . G GGA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010097;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,12:14,8:2,4 +chr1 182476052 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.11505;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1 +chr1 182936130 . GT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043687;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:13,6:6,4 +chr1 182946992 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.065169;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,2:17,4 +chr1 183236390 . A C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:1,3:0,0:1,3 +chr1 183446701 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=3.0659e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:10,10:11,9 +chr1 183776141 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.051203;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:14,3:6,3 +chr1 184936021 . G GA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.033449;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,12:10,9:6,3 +chr1 185431986 . G GTCC 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:24,4:9,3:15,1 +chr1 186064809 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0127;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,8:8,6:7,2 +chr1 187432871 . T TGTATATATATATACAC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,8:5,3:4,5 +chr1 189093126 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0278;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:21,2:11,5 +chr1 189818494 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.064615;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,2:3,1:2,1 +chr1 190317171 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,4:8,1:1,3 +chr1 190848998 . T TATAGAG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03741;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:2,13:1,6:1,7 +chr1 191373158 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.29545;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,7:7,4:5,3 +chr1 191597193 . TTA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19365;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:19,2:14,2 +chr1 191597196 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.1253;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,5:20,2:12,3 +chr1 192098485 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0098951;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:3,4:4,11 +chr1 193564297 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.35726;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:18,4:7,2:11,2 +chr1 194191688 . CTGTGTG C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.045605;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:13,8:8,7 +chr1 195143152 . G GA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.059981;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:18,3:2,3 +chr1 195286373 . C CTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.2092;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:6,2:21,3 +chr1 196050116 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.078917;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:29,5:15,1 +chr1 196692708 . TTTTC T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046254;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:10,1:12,5 +chr1 196692716 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.048435;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:8,2:14,5 +chr1 196759125 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.057896;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:14,4:4,2 +chr1 196759861 . TTA T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.023189;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:42,15:18,3:24,12 +chr1 196773670 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.32052;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,3:18,1 +chr1 197305904 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:3,2:2,1:1,1 +chr1 201702677 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.086046;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,8:8,4:10,4 +chr1 202125153 . CAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:13,6:2,1 +chr1 202205825 . AC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.002614;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,19:13,13:2,6 +chr1 202205968 . CA C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:20,2:15,2 +chr1 202799657 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.003703;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:6,9:13,9 +chr1 203544823 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,5:2,1 +chr1 203794717 . CTTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:7,9:2,4 +chr1 203815379 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,8:7,7:6,1 +chr1 204308691 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:1,2:8,4 +chr1 204699211 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.20807;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:12,4:23,1 +chr1 205115043 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0027236;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:13,5:22,6 +chr1 205766586 . AC A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,3:9,1 +chr1 206249005 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.023333;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:10,5:13,1 +chr1 206612949 . TA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.20158;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,5:9,4:4,1 +chr1 207657873 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00033391;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:17,6:9,5 +chr1 208407255 . C CAAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,13:2,6:0,7 +chr1 210191145 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00022928;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,7:11,6 +chr1 210217114 . AAG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10706;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:15,3:14,2 +chr1 210243093 . CAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:7,7:2,1 +chr1 211222740 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0040715;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:8,4:18,5 +chr1 211535165 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,3:11,1 +chr1 211906826 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.37028;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:11,1:22,3 +chr1 212365429 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,5:3,1 +chr1 212796547 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0037474;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:13,7:7,4 +chr1 213046176 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:4,8:4,3 +chr1 213063260 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.6521e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:9,5:10,10 +chr1 213363749 . CTCTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:1,1:6,4 +chr1 213363813 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,1:9,3 +chr1 213363815 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:4,1:5,5 +chr1 213440593 . T TAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,6:1,2 +chr1 213651244 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0040715;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:17,5:9,4 +chr1 215133964 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0026644;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:6,7:11,10 +chr1 215192766 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.017844;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:13,4:18,6 +chr1 215391843 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.6905e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:21,29:13,14:8,15 +chr1 216135134 . ACTCT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:9,2:4,3 +chr1 216169734 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0028525;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:19,3:15,8 +chr1 216439725 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 +chr1 218145450 . G GTGTATATATATA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:3,3:4,1 +chr1 219170348 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,5:7,1:8,4 +chr1 219470415 . T TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,6:1,4:1,2 +chr1 219749979 . C CTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:4,4:0,1 +chr1 219927681 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017327;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,8:7,1 +chr1 221766455 . T TGTGA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010098;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,6:8,3:6,3 +chr1 221918739 . ATATATATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,2:2,1:1,1 +chr1 222488773 . CG C 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.022703;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:56,7:46,4:10,3 +chr1 223117579 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19365;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,2:21,2 +chr1 223937919 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,4:3,3 +chr1 223986360 . C CTAACTAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,3:11,1 +chr1 224128983 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,8:7,7:1,1 +chr1 224276911 . TTGACACATAAAACTAGTTTTA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,3:12,2 +chr1 224913826 . A ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:3,1:4,3 +chr1 225440291 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,6:3,1 +chr1 226169715 . AC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.16972;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 +chr1 227709976 . G GT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:2,2:4,2 +chr1 227959215 . A AT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,7:5,5:10,2 +chr1 229215269 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=7.167e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:5,8:8,5 +chr1 229421349 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:5,7:3,5 +chr1 230354076 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0089367;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:19,3:20,8 +chr1 230580340 . CTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.36477;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:11,1:4,3 +chr1 230830594 . T G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,4:4,3:2,1 +chr1 233729238 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0013699;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:9,3:7,5 +chr1 234334671 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:1,4:0,1:1,3 +chr1 234342591 . T TTAGATAGA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.037288;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,5:7,4 +chr1 234699282 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,2:1,1:4,1 +chr1 234789878 . A C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.01554;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:19,9:20,4 +chr1 234995623 . ATG A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.028928;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:15,6:16,1 +chr1 234995802 . TGTATATATAG T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.02651;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:10,2:17,5 +chr1 235788804 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0022122;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:12,4:15,4 +chr1 236669073 . T TTTCCTTCC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,9:5,5:8,4 +chr1 237077437 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.010714;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:11,6:13,3 +chr1 237180692 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.28876;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,4:10,3:15,1 +chr1 237208940 . A G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,2:2,2:0,0 +chr1 237451972 . GTGTGTGTA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:6,5:12,5 +chr1 237584647 . C CTGTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:3,3:4,2 +chr1 238337592 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.054281;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,1:11,5 +chr1 238837481 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.060295;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:14,2:13,2 +chr1 239959448 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 +chr1 241483294 . A AT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023323;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:7,5:7,6 +chr1 242385979 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0035067;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:14,5:6,3 +chr1 242475277 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=1.0723e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:12,10:11,11 +chr1 242996654 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.024218;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:14,3:7,5 +chr1 243039650 . T TAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.16219;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,1:17,3 +chr1 243275856 . GT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:11,3:3,2 +chr1 244876110 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:6,5:1,1 +chr1 246288062 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:3,5:2,1 +chr1 246787147 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010741;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:8,3:9,4 +chr1 247439061 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035086;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:15,5:7,1 +chr1 248005651 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025917;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,3:10,2 +chr1 248084006 . A C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.045183;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:22,7:17,2 +chr10 479328 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1 +chr10 1672704 . C G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:7,5:8,6 +chr10 2723863 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.011827;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:15,3:13,5 +chr10 3458378 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,6:6,1 +chr10 3466719 . G GTA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.016109;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,12:11,8:7,4 +chr10 3957167 . T TTTATTATTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010479;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:8,6:4,5 +chr10 4308075 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:4,4:3,2 +chr10 4802231 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:35:1,5:1,1:0,4 +chr10 5047200 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.008739;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:19,2:5,4 +chr10 5957593 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10134;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,5:7,1 +chr10 6392542 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0035931;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:13,2:5,5 +chr10 6707263 . T TATCC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00037514;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,11:3,6:2,5 +chr10 7817849 . GTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:7,3:4,1 +chr10 7994977 . GA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:6,3:3,1 +chr10 8007562 . TTATATATATATA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:3,2:1,2 +chr10 8335904 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:8,3:4,1 +chr10 9656343 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.044512;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:14,2:12,4 +chr10 10005606 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,3:11,1 +chr10 10747900 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010322;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:4,8:10,3 +chr10 11446557 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0060788;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:7,4:8,8 +chr10 11876574 . T TTGTGTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0060349;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:1,7:10,1 +chr10 12330746 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.003663;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,10:1,7:0,3 +chr10 12408848 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1 +chr10 12413570 . T TTGC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:6,2:8,3 +chr10 12538885 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:2,4:1,2 +chr10 12801333 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,1:10,3 +chr10 12889075 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.049052;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:15,4:13,4 +chr10 12929264 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:5,2:1,1:4,1 +chr10 13908164 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,8:3,2 +chr10 14373925 . A ATTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,11:3,2:5,9 +chr10 15644122 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0040413;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,5:13,2 +chr10 16533321 . A AT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00075779;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,9:17,6:6,3 +chr10 17102252 . C CTTAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014064;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,5:9,3 +chr10 17774798 . T TTCTCTCTC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,7:2,3:0,4 +chr10 19563250 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021448;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1 +chr10 19748703 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.8037e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:14,5:7,9 +chr10 20140405 . A AAATATCTATCTATC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,8:4,6:3,2 +chr10 20721458 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0053523;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,8:8,5:4,3 +chr10 21048697 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0017392;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:11,5:13,5 +chr10 21325974 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 +chr10 21325977 . TA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1 +chr10 21405648 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.052629;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,5:19,2:3,3 +chr10 21871118 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00038475;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:12,4:11,7 +chr10 21883251 . A AACACAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,9:5,5:3,4 +chr10 23064079 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0013903;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:18,5:10,5 +chr10 23527144 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.1723e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:12,8:13,8 +chr10 23824646 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.00065258;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,4:2,3 +chr10 23943175 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0041352;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,5:9,3 +chr10 23943176 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.012535;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:11,4:7,2 +chr10 26473999 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023692;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:6,7:5,3 +chr10 26727342 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:2,1:11,4 +chr10 27443463 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.007525;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:8,4:9,10 +chr10 27630080 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0035533;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,8:8,6 +chr10 28310020 . T TTTTTTTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,9:7,5:3,4 +chr10 29258674 . AG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:12,3:2,1 +chr10 29907575 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:4,2:12,2 +chr10 30167116 . CATTT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0015096;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:8,15:4,11:4,4 +chr10 30706505 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.044477;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:1,0:11,4 +chr10 30715886 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:4,2:2,5 +chr10 30824000 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.4893e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:7,10:15,5 +chr10 32946749 . TG T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,5:1,4:1,1 +chr10 33043272 . T TATATACA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,5:2,1:1,4 +chr10 33071607 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066077;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,3:14,2 +chr10 37040798 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0023764;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:15,5:9,3 +chr10 37556436 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00033391;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:12,3:14,8 +chr10 37632113 . GA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00024945;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:7,10:5,8 +chr10 37748973 . A ATCTCTCTC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,5:5,2 +chr10 38180750 . A ATTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094639;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:10,1:7,4 +chr10 38438433 . TAA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.072845;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:20,2:9,3 +chr10 38528669 . T C 0 PASS DP=475;GPV=1;SPV=0.0039538;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:263:218,45:100,21:118,24 +chr10 38652470 . T G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:17,1:16,3 +chr10 38665946 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.040315;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:30,2:16,4 +chr10 38744008 . AAAT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.013242;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:10,5:6,2 +chr10 38745303 . AATG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:14,1:4,3 +chr10 38745316 . AATG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.17641;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:17,1:10,3 +chr10 38807919 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,3:13,1 +chr10 38807930 . ATTTGG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,2:13,2 +chr10 38949903 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039588;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:12,4:17,1 +chr10 38966360 . C T 0 PASS DP=256;GPV=1;SPV=0.001569;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:118,26:60,7:58,19 +chr10 39156498 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0039777;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:20,4:7,5 +chr10 40065992 . G T 0 PASS DP=677;GPV=1;SPV=0.0071518;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:361:312,37:167,19:145,18 +chr10 40073709 . C A 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.03677;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:77,10:11,2:66,8 +chr10 40371463 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.015851;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,1:5,4 +chr10 40588767 . TC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.056683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:26,2:2,3 +chr10 40799584 . C G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021615;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,2:7,5 +chr10 40935692 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.19386;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:0,0:35,4 +chr10 41509751 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.021605;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:50,10:27,8:23,2 +chr10 41531607 . A C 0 PASS DP=256;GPV=1;SPV=0.04229;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:116,15:51,2:65,13 +chr10 41542758 . T C 0 PASS DP=243;GPV=1;SPV=0.032351;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:114,13:22,2:92,11 +chr10 41567788 . C T 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.008043;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:49,16:20,14:29,2 +chr10 41579978 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.030781;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:15,8:6,1 +chr10 41583893 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:13,3:3,2 +chr10 41589469 . G C 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.013577;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:62,17:48,12:14,5 +chr10 41730415 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0046915;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:24,18:12,9:12,9 +chr10 41879225 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0035252;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:7,3:14,5 +chr10 41904222 . A T 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:86,12:59,4:27,8 +chr10 41915238 . A G 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.019547;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:61,7:33,3:28,4 +chr10 42071375 . A T 0 PASS DP=1234;GPV=1;SPV=0.015828;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:715:629,77:2,2:627,75 +chr10 42130656 . A T 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.036978;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:68,17:37,9:31,8 +chr10 42841410 . G GA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.013124;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:3,6:4,2 +chr10 43107564 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.064915;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,2:10,2 +chr10 43167921 . AGT A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.018608;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:15,3:15,4 +chr10 43167929 . A ATAATAAT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.11839;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:16,2:17,2 +chr10 44720733 . GA G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0018191;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:7,4:6,5 +chr10 45341228 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.004732;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:6,8:14,6 +chr10 45617591 . GA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:10,4:1,1 +chr10 45710864 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0025336;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:12,11:12,8 +chr10 45749836 . A AAAAAAAAATATATAT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.069231;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,4:4,2:1,2 +chr10 45775938 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,3:8,3 +chr10 45836143 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,3:5,2 +chr10 45849479 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.060665;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:14,1:11,4 +chr10 45890429 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,1:6,3 +chr10 45960209 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0077158;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:10,9:4,1 +chr10 46337370 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.064086;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:14,2:24,3 +chr10 47280793 . CAAAAA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,1:2,3 +chr10 47296068 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.13742;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,2:14,2 +chr10 49599548 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0012065;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:11,4:13,5 +chr10 50186806 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019737;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:4,1:6,7 +chr10 50722818 . C CTTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034045;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,5:4,3 +chr10 51349472 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 +chr10 51480004 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0094816;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:13,8:13,11 +chr10 51542814 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0053553;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:18,7:14,4 +chr10 52166827 . ATG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,1:6,4 +chr10 52244854 . T TAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.064826;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:17,2:6,2 +chr10 52287706 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12458;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:8,1:5,2 +chr10 54006161 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0070897;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:8,7:8,6 +chr10 54389144 . GGAAAAA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:0,3:0,2:0,1 +chr10 54558235 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00052875;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:12,7:12,3 +chr10 54853440 . CATAT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:15,2:4,3 +chr10 56175689 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,3:3,2:3,1 +chr10 57693902 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,2:5,2 +chr10 58139554 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,1:6,3 +chr10 58723476 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00074243;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:17,5:12,7 +chr10 60469287 . G GTATA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:0,2:0,1:0,1 +chr10 60469371 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:4,1:7,5 +chr10 61938883 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:5,6:2,3 +chr10 63433586 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.26429;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,4:28,3:5,1 +chr10 63486152 . AAAAAAAAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024337;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,8:5,1 +chr10 64746619 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:5,6:9,2 +chr10 65077424 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:33:0,2:0,2:0,0 +chr10 65372411 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.024972;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:12,3:14,3 +chr10 65391347 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020875;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,4:5,5 +chr10 66024085 . A ATTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:4,3:3,1 +chr10 66845708 . A AAAAAAAAAAAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0047847;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:3,4:0,0 +chr10 66996649 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:7,3:4,1 +chr10 67219498 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0017936;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:11,3:17,5 +chr10 67854315 . A AAAAAAAT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.040043;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:0,4:1,1 +chr10 68203710 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.2738;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:29,3:12,2 +chr10 68760880 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:1,2:0,0:1,2 +chr10 69283124 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,4:3,3:5,1 +chr10 69632457 . CAAAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.062714;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,9:4,6:8,3 +chr10 70133098 . AAGAGAGAGAGAG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.011374;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,10:2,7:3,3 +chr10 70369605 . CAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.044272;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,6:5,5:2,1 +chr10 70813920 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.015549;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:12,5:6,5 +chr10 73006205 . T TAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:3,4:2,1 +chr10 74347106 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,10:1,8:7,2 +chr10 74695615 . GT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.24484;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:20,1:6,3 +chr10 76616929 . CAT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:3,3:1,1 +chr10 76617080 . A ATAT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:4,3:2,6 +chr10 78221462 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.014414;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:8,3:12,8 +chr10 78814818 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.055991;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:29,6:13,2:16,4 +chr10 79322195 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0081036;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:14,3:11,3 +chr10 79806583 . T TTATATATATA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,8:4,6:0,2 +chr10 79879029 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00031521;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:11,9:14,5 +chr10 82132479 . GAT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034045;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,5:8,3 +chr10 82694055 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00029546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:12,5:13,5 +chr10 82856756 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:8,7:1,1 +chr10 83255151 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0023885;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,17:7,12:4,5 +chr10 83635957 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0031185;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:7,5:11,2 +chr10 83774421 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0058487;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:14,5:16,3 +chr10 84180135 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,1:18,3 +chr10 85502876 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:2,3:4,1 +chr10 85930264 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0099148;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,5:8,3 +chr10 86491136 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:5,9:3,1 +chr10 86645884 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036089;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2 +chr10 86924514 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.060727;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:16,3:13,2 +chr10 88187197 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,4:2,1:4,3 +chr10 89997858 . C CTATCTATT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00011008;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,13:11,8:8,5 +chr10 90422967 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00016659;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,2:8,9 +chr10 90614158 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0079418;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,4:9,2 +chr10 92001971 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,2:1,1:6,1 +chr10 92331889 . G GTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.2419;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,4:8,1:6,3 +chr10 92721325 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011867;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:9,1:15,7 +chr10 93831288 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,4:1,3:3,1 +chr10 95066119 . T TGA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0059881;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:7,7:4,2 +chr10 95563605 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027592;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:6,5:15,1 +chr10 96742764 . CCGTA C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0001697;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:19,6:8,7 +chr10 97125533 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,10:7,7:6,3 +chr10 98397877 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,3:4,1 +chr10 98961345 . G T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2 +chr10 98997112 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:11,5:5,1 +chr10 99356580 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:19,1:3,3 +chr10 99953819 . A AAAAAAAAAAAAAAAG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.042547;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,2:7,3 +chr10 100822227 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00081542;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,2:8,7 +chr10 101265768 . ATATTTTT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,2:0,1:5,1 +chr10 103129579 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,3:4,2 +chr10 103909400 . ATATATATG A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.29139;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:17,1:11,3 +chr10 104438348 . G GT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,4:7,3:5,1 +chr10 105561145 . CG C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,1:13,3 +chr10 106277597 . T A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0016612;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:9,3:18,6 +chr10 107044512 . T TA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:7,7:1,3 +chr10 108848099 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0030923;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:13,5:21,4 +chr10 109675736 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=7.3489e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:13,22:8,10:5,12 +chr10 110165018 . C CTAAA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0013413;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:13,3:15,10 +chr10 110284804 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.10571;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:22,2:14,2 +chr10 111368317 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,5:12,1:10,4 +chr10 111407403 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.10049;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,2:17,4 +chr10 111666783 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.1241e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,19:8,12:12,7 +chr10 112265690 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=5.5695e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:7,6:10,4 +chr10 112300319 . G GAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.22206;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:20,3:6,1 +chr10 112546777 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.018613;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:17,4:5,4 +chr10 114638622 . TACACACACACAC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.097397;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:18,4:6,2 +chr10 115389500 . C CA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:7,4:3,4 +chr10 117191994 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03514;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,3:7,2 +chr10 117945508 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,2:7,3 +chr10 118716605 . C CTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.031249;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:7,6:9,2 +chr10 118798641 . A ATT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:2,2:2,2 +chr10 119101623 . CTCCA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.036962;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,4:11,4 +chr10 119101673 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.022365;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:20,4:8,3 +chr10 120354643 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0025519;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,10:3,9:1,1 +chr10 121090620 . CAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,9:3,6:1,3 +chr10 121781176 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.10714;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:1,2:1,2:0,0 +chr10 122634430 . TTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:4,1:1,3 +chr10 123072479 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,5:9,4:4,1 +chr10 124932281 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,5:4,4:3,1 +chr10 125352979 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00019486;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:12,7:13,7 +chr10 125894156 . C T 0 PASS DP=106;GPV=1;SPV=0.023456;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:16,2:30,8 +chr10 126216045 . C G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0011799;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:15,4:15,6 +chr10 126221389 . CAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:9,7:2,3 +chr10 126251605 . GATGGATGC G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.19313;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:12,3:17,1 +chr10 126649667 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00086088;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:10,4:13,6 +chr10 128924414 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.053114;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:11,1:17,3 +chr10 128924425 . C CATCT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.043835;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,4:7,2:15,2 +chr10 130222537 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0013769;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,5:13,5 +chr10 130226463 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0015113;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:5,5:17,3 +chr10 130790561 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.13721;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:14,2:22,3 +chr10 130815854 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020691;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,3:9,3 +chr10 133644072 . G GA 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.0019294;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:64,19:31,6:33,13 +chr10 133657666 . G A 0 PASS DP=290;GPV=1;SPV=0.025772;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:124,27:52,11:72,16 +chr10 133660260 . G A 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.039804;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:64,12:31,10:33,2 +chr10 133770603 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,2:8,2 +chr10 133770626 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.23659;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,4:11,1 +chr11 131580 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.028495;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,4:11,5 +chr11 172718 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.059999;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:11,1:14,5 +chr11 897146 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 +chr11 2018276 . T G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00055309;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:13,4:16,7 +chr11 2233897 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,1:6,5 +chr11 2233901 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,1:6,3 +chr11 2285949 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.1411e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:10,6:8,7 +chr11 2749591 . C CCT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.048755;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,2:6,4 +chr11 2878233 . C CCTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:3,5:3,1 +chr11 3094552 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.017945;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:12,4:14,5 +chr11 5202019 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=2.4825e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:6,4:12,9 +chr11 6435147 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00065175;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:17,5:8,8 +chr11 6774952 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,2:2,2 +chr11 8149017 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021743;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,4:8,2 +chr11 8330531 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,3:7,2 +chr11 9880116 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:3,3:6,5 +chr11 10310625 . C CAG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13105;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,2:10,3 +chr11 10310678 . A AGAGAGAGC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:11,1:2,4 +chr11 10562946 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,4:0,0 +chr11 11086280 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.274e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:10,5:9,10 +chr11 11923048 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016783;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,6:1,2:2,4 +chr11 12564523 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,9:3,3:3,6 +chr11 15530642 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0092761;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,4:8,1 +chr11 15639211 . A AAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.43134;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:24,2:12,2 +chr11 16479708 . AAACT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048259;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,1:9,3 +chr11 16479713 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.073744;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,1:12,3 +chr11 16906224 . T TAGGA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.046139;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:13,4:6,2 +chr11 18247346 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0016408;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:6,3:19,6 +chr11 18251982 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:1,1:5,1 +chr11 19351976 . A AGT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.020223;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,5:6,6 +chr11 20798970 . GATAAATACGGACAAAATTAAACCTAATGATAAACGTCATGGAAGAAA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,1:7,3 +chr11 21192060 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00034257;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:11,6:10,9 +chr11 21358565 . A ATTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:2,6:3,1 +chr11 21403606 . CAA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0015106;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:9,4:4,11 +chr11 21403609 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0027281;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:9,4:6,10 +chr11 22269501 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,4:7,3:5,1 +chr11 22641298 . ATATC A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03942;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,5:10,3 +chr11 24079271 . AAG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12152;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,6:8,1:10,5 +chr11 24388535 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.021839;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:4,1:8,9 +chr11 24388935 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 +chr11 24455988 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00027241;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:6,4:10,6 +chr11 24984719 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0024374;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:8,8:11,2 +chr11 25804733 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=1.7307e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:2,5:12,10 +chr11 26016983 . GAA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,8:4,3 +chr11 27436375 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:16,1:4,3 +chr11 27439901 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,8:5,5:0,3 +chr11 27731810 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0025244;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:11,4:17,5 +chr11 28181258 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:16,3:11,1 +chr11 28312566 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,2:0,0:0,2 +chr11 28455216 . CTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,5:2,2 +chr11 28799096 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0065944;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,3:17,7 +chr11 29145810 . A AAAAAAAAAAAAAAAGG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 +chr11 29504566 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,6:0,2:0,4 +chr11 30945750 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:4,2:18,3 +chr11 31518494 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029832;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,4:5,4 +chr11 32498387 . G GTCTTTCTT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.038499;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:12,3:16,5 +chr11 33118747 . TA T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.006003;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,24:10,12:15,12 +chr11 33154486 . ACTTT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,3:6,1 +chr11 34194702 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0063293;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:8,4:15,5 +chr11 34520476 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:2,3:5,5 +chr11 35002384 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:2,5:4,2 +chr11 35419998 . G C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.7727e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:13,13:15,5 +chr11 35827781 . T TAATAATAATAATAATAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,3:9,2:2,1 +chr11 36128154 . ATTAAAC A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,4:7,1 +chr11 37099828 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:2,1:4,3 +chr11 37099830 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10577;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:3,1:3,4 +chr11 37190545 . AAGAGAGAG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:8,4:2,1 +chr11 37348286 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017591;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,4:4,3 +chr11 37534487 . GTT G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3 +chr11 39574939 . GTA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.034924;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,2:5,3 +chr11 39612074 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00072552;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:8,7:2,5 +chr11 40381954 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1 +chr11 41093927 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 +chr11 41938402 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.014707;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:13,4:12,2 +chr11 41959443 . A ATATATATCTATCTATC 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0025738;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:9,3:7,3 +chr11 42383876 . TA T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.11505;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:17,2:14,2 +chr11 43705751 . CCT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0037594;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:2,5:1,3 +chr11 44065496 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,5:4,1 +chr11 44663344 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.083396;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:8,1:12,5 +chr11 44700701 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,4:8,2:11,2 +chr11 44943603 . C G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=4.2642e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:14,13:15,2 +chr11 46169560 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:12,9:2,3 +chr11 46328664 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,4:3,2:6,2 +chr11 47250805 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.0361e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:13,8:7,7 +chr11 47488306 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:12,4:12,1 +chr11 47765374 . A AAAAAGAAAAGAAAAG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:3,1:6,5 +chr11 48571931 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,4:12,2:4,2 +chr11 49406779 . GTATATATATATATATATATATCTGTA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,4:4,2:1,2 +chr11 49803343 . CTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,9:1,7:1,2 +chr11 49859015 . C CAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,8:3,7:2,1 +chr11 49885040 . A ATTTCTTTC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,4:1,2:16,2 +chr11 51157750 . A C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.011806;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:17,4:24,6 +chr11 51248292 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:15,7:14,4 +chr11 51911615 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:8,1:19,3 +chr11 52146099 . C A 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.017156;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:90,16:75,14:15,2 +chr11 52284240 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:7,1:16,3 +chr11 52341887 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:6,5:1,1 +chr11 52495354 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.048152;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:27,1:6,4 +chr11 52739176 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.098889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:21,3:11,1 +chr11 53141533 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:2,2:8,4 +chr11 53563809 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.060214;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:21,1:5,3 +chr11 54269194 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 +chr11 54371781 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:12,5:0,1 +chr11 54401653 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.2538;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,1:13,3 +chr11 54410525 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,1:9,3 +chr11 54412246 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0057488;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:15,11:1,1 +chr11 54414499 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02311;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:17,4:11,5 +chr11 55403395 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,6:1,3:0,3 +chr11 55403571 . C CTTTGCTTACTTTGACA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.032805;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:3,8:8,2 +chr11 55403572 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023692;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:3,9:8,1 +chr11 55639158 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0063358;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:10,2:13,4 +chr11 55765156 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.019042;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,8:6,2 +chr11 56497195 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.012401;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:24,2:14,6 +chr11 56756712 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,2:7,2:0,0 +chr11 56759810 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.025141;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:13,8:12,1 +chr11 57515518 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00035161;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:40,16:19,8:21,8 +chr11 57558174 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.020953;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:24,8:14,1 +chr11 57918856 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.011037;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:4,3:1,3 +chr11 57996477 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.042491;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:9,6:10,1 +chr11 58008340 . G GT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 +chr11 58677727 . TCATC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:2,1:3,1 +chr11 59195438 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,2:0,1:0,1 +chr11 60950325 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0011003;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:17,5:18,6 +chr11 61601275 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0017165;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:16,4:22,8 +chr11 63177856 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,2:0,2:0,0 +chr11 63177859 . TATATA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,2:1,2:0,0 +chr11 63382288 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00078184;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,4:9,8 +chr11 63500547 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00026014;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:8,5:14,5 +chr11 63860485 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00031973;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:8,8:12,6 +chr11 64582170 . CTCA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:3,1:8,3 +chr11 65843220 . CAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,12:5,9:2,3 +chr11 68000043 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0040978;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:15,3:12,5 +chr11 68870443 . AAG A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr11 69351971 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.04647;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:16,3:18,3 +chr11 71135483 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,3:3,2:2,1 +chr11 72079109 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00040558;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:16,9:13,5 +chr11 75318174 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,2:7,3 +chr11 75821122 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.2903e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:12,5:7,8 +chr11 76103537 . G GT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026092;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,4:8,3 +chr11 76602194 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0025828;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:16,6:13,5 +chr11 77479602 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,3:2,2 +chr11 77617367 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.43846;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,6:7,5:10,1 +chr11 77646783 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030474;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,5:8,4 +chr11 78160253 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2 +chr11 79150786 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.7558e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,3:6,10 +chr11 79164083 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:2,3:8,2 +chr11 79337046 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0061819;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:7,5:25,4 +chr11 80400038 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0007584;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:11,7:6,12 +chr11 82380028 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.014488;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:5,3:15,3 +chr11 84408706 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014243;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:15,4:12,4 +chr11 84434118 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.019899;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,6:9,5:5,1 +chr11 85500561 . T TAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,2:3,2:0,0 +chr11 85862285 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00051706;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:12,7:11,3 +chr11 86139968 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00019835;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,6:10,4 +chr11 86307577 . C A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.041764;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:15,8:22,5 +chr11 86496410 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,2:2,1:5,1 +chr11 87189112 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,1:10,3 +chr11 87690200 . T TA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,2:0,1:3,1 +chr11 87690207 . A AAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,3:1,2:2,1 +chr11 88251411 . G GTA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.027067;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,14:12,7:6,7 +chr11 89778365 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.010773;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:35,19:17,4:18,15 +chr11 90096787 . C G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.019162;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,5:8,2 +chr11 90495498 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:2,2:6,9 +chr11 90855626 . A T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,2:5,1:1,1 +chr11 91278918 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=1.2971e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:13,7:7,11 +chr11 91651351 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.013929;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:17,5:10,2 +chr11 91821128 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0021435;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:8,5:15,5 +chr11 96978545 . GTCTGTCTA G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00010656;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,8:8,6 +chr11 97056518 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0006295;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:16,8:14,5 +chr11 98285550 . GAAA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0021323;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:4,8:2,2 +chr11 98917076 . A AAAAGG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.025795;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,8:5,4:8,4 +chr11 99433372 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.17641;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,3:15,1 +chr11 99747460 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.30914;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 +chr11 99966592 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00027813;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:11,7:12,6 +chr11 100610603 . T TAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0022326;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,14:6,8:7,6 +chr11 100802424 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,5:6,1 +chr11 100891439 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,9:2,5:2,4 +chr11 101100605 . C CCACA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.006848;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,5:7,5 +chr11 102512185 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:5,4:3,2:2,2 +chr11 102919535 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:1,7:2,1 +chr11 103568084 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027878;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:11,4:8,5 +chr11 103875221 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.025087;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:15,4:8,4 +chr11 105540750 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.011697;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:13,2:18,5 +chr11 106418553 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0018599;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:11,5:9,7 +chr11 106698539 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0040737;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:24,7:9,8 +chr11 107816288 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:15,3:5,1 +chr11 110307048 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.046286;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:12,4:24,3 +chr11 110388783 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0042329;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:6,4:18,3 +chr11 112871174 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:5,5:2,4:3,1 +chr11 113980141 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0015657;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:20,7:13,4 +chr11 114330231 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0077158;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,7:8,3 +chr11 114786893 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00024383;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:14,7:15,6 +chr11 114948253 . GT G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.001548;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,5:1,2 +chr11 115053884 . A AATGG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0014606;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,10:8,4 +chr11 115694770 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0017887;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:15,8:15,5 +chr11 116434916 . C CTGTGTGTGTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:7,6:5,1 +chr11 116673394 . T TATTTA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:9,2:8,2 +chr11 117473268 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00032976;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:12,8:13,5 +chr11 117515713 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0027092;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:4,5:10,3 +chr11 118246585 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,5:8,1 +chr11 118888521 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01745;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:12,3:14,5 +chr11 118975509 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:5,2:3,1:2,1 +chr11 119805179 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0041454;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:6,2:12,4 +chr11 119848761 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:9,3:8,1 +chr11 121865084 . A ATT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02043;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,3:5,4 +chr11 122837751 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.3193;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,6:7,3:4,3 +chr11 124885580 . G GTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.025685;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,9:7,5:7,4 +chr11 125346787 . C CAGGAAGGGAGGA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.01594;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:10,7:10,5 +chr11 125726507 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0023569;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:1,9:6,1 +chr11 126551652 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0079902;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,14:8,10:4,4 +chr11 129485119 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.7374e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:13,7:11,12 +chr11 129518147 . T TAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0092505;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:4,4:6,1 +chr11 130091211 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.012389;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:10,5:13,3 +chr11 130091323 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:9,1:17,3 +chr11 130501444 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00025408;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:11,9:12,3 +chr11 131337917 . G C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.8691e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,4:7,8 +chr11 131566736 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0004313;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,4:10,5 +chr11 131873625 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,3:6,6 +chr11 132275701 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:5,3:10,3 +chr11 132867624 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021382;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,2:9,5 +chr11 133021718 . G C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,1:13,3 +chr11 133231910 . AAATGGACACATGATGTAAAAGGCTTAGGATCCTACAAGGAAGGGC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.12928;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2 +chr11 133538191 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,4:4,2 +chr11 134344730 . C G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.038105;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:48,9:26,6:22,3 +chr11 134454134 . G GT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,3:21,1 +chr12 11409 . G T 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.028618;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:75,16:26,3:49,13 +chr12 13514 . C T 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.036054;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:99,17:49,11:50,6 +chr12 187635 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,7:1,2:1,5 +chr12 580598 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,4:10,2:8,2 +chr12 964966 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.087068;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:9,2:23,3 +chr12 1121638 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024893;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,1:8,9 +chr12 1259506 . C CTCTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:10,2:6,2 +chr12 1484165 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:9,9:7,5 +chr12 1958016 . A AAT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 +chr12 2790464 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0025828;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,5:12,6 +chr12 2835159 . A ATGTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:12,5:3,3 +chr12 2842204 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0012781;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:4,5:3,8 +chr12 2883511 . ATTTTTTTT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:1,7:1,2:0,5 +chr12 3023790 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12406;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,10:3,9:5,1 +chr12 4482205 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.21888;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,2:17,2 +chr12 4835134 . A AT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0046097;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,13:4,11:11,2 +chr12 5923185 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,8:8,6:6,2 +chr12 6379933 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,4:3,3 +chr12 7300160 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0071032;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,10:4,5:3,5 +chr12 8184805 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.018137;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:18,10:8,2 +chr12 8310981 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.038906;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:19,3:11,3 +chr12 8397545 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.03877;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:38,14:17,9:21,5 +chr12 8983395 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:1,8:6,1 +chr12 9295114 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.039095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:16,2:8,4 +chr12 9296551 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.039229;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:9,7:29,1 +chr12 9311675 . C CGTT 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.049696;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,6:17,1:14,5 +chr12 9429685 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.087152;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:56,7:31,4:25,3 +chr12 11957489 . AAAAC A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:9,2:11,2 +chr12 13469811 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0012661;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:5,4:14,6 +chr12 13999732 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:4,3:1,1 +chr12 14321198 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0029872;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,6:7,2 +chr12 14745345 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0024472;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,7:7,4:1,3 +chr12 16204381 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0012775;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:7,4:11,6 +chr12 16341133 . CAT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,2:13,2 +chr12 17063515 . TTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0084291;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,1:6,5 +chr12 17346228 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,7:2,6:1,1 +chr12 17506656 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0017392;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:16,4:8,6 +chr12 19197676 . CTG C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.042556;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,7:6,5:6,2 +chr12 20112787 . G GT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.012665;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,4:9,2 +chr12 20400379 . GTTTTTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:10,5:6,1 +chr12 21933091 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:8,7:7,1 +chr12 23068157 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,5:2,3:3,2 +chr12 23086073 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,3:1,2:0,1 +chr12 23807642 . A ATT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.021659;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:15,7:1,3 +chr12 23971530 . A AATATAT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0065711;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,9:6,3 +chr12 24811355 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0022392;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,5:8,3 +chr12 24955965 . C CTTTTTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,6:1,5:0,1 +chr12 25015163 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3 +chr12 25174553 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.047937;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,10:13,2:5,8 +chr12 25487810 . G GCT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 +chr12 25591811 . C CAGAGAG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034547;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,6:5,1 +chr12 26308736 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015698;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,3:4,2 +chr12 28758041 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.082705;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:16,3:12,2 +chr12 29253263 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15731;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,3:18,2:7,1 +chr12 29960382 . GT G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:12,3:8,4 +chr12 31094748 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.088975;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:11,2:23,3 +chr12 31606167 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014699;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:12,10:10,5 +chr12 32033307 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,4:7,1:9,3 +chr12 32393794 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:6,6:2,1 +chr12 32407121 . ATT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00091984;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:6,8:1,3 +chr12 32432051 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,6:2,1:0,5 +chr12 33886040 . T TATA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr12 33996063 . T C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.038868;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:26,5:15,5 +chr12 33996090 . T C 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0015714;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:37,16:23,9:14,7 +chr12 34343706 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00055843;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:17,9:14,5 +chr12 34896723 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.09755;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:2,0:31,4 +chr12 34907276 . A AC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.054264;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,4:0,3:19,1 +chr12 34946259 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.054545;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,1:20,3 +chr12 34993583 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.085668;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:0,0:27,4 +chr12 35105084 . G C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034045;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,1:5,7 +chr12 35171982 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.047637;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:19,9:12,2 +chr12 35235849 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0432;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:2,0:19,4 +chr12 35286257 . G T 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.027638;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:82:69,13:53,11:16,2 +chr12 35560028 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13663;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:8,2:19,2 +chr12 35577468 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.052006;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:35,4:0,0 +chr12 35655158 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.029808;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:4,2:29,4 +chr12 35682353 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.0031482;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:22,5:14,2 +chr12 35759260 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:21,4:2,0 +chr12 35801570 . C G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.043079;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:6,2:39,10 +chr12 35964280 . C T 0 PASS DP=168;GPV=1;SPV=0.02841;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:73,17:62,13:11,4 +chr12 36080780 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0015009;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:6,1:13,8 +chr12 36151977 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,3:9,1 +chr12 36469140 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:1,0:32,4 +chr12 36469188 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1713;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:0,0:30,4 +chr12 36518398 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,2:9,5 +chr12 36674609 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,3:7,1 +chr12 36674944 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:1,0:16,4 +chr12 36959746 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.052652;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:7,1:18,5 +chr12 37014517 . A T 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.049161;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:92,12:66,4:26,8 +chr12 37239948 . GA G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01632;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:17,4:9,2 +chr12 37455881 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.044228;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:15,7:16,1 +chr12 37656089 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:15,2:12,3 +chr12 37784945 . AC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,2:5,3 +chr12 38058859 . CTTTCTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:2,2:12,2 +chr12 38453032 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00032936;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:12,10:13,5 +chr12 38538884 . GTGA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027067;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:10,8:8,3 +chr12 38538890 . C CATATAAAGAAGTTAAGAAG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0080824;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,11:9,8:9,3 +chr12 38636228 . A AT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0063848;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,16:11,11:6,5 +chr12 38973727 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0078484;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:8,3:18,6 +chr12 39398849 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.4853e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:12,7:7,9 +chr12 40707247 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037638;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:4,2:12,7 +chr12 40999697 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,7:4,2 +chr12 42499725 . A AATTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011728;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:8,4:5,6 +chr12 42635112 . CAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 +chr12 42966839 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,7:7,2:6,5 +chr12 43419885 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00043872;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:12,3:11,7 +chr12 44311831 . G GTA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0072523;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:8,6:16,3 +chr12 44488909 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0033344;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:6,7:2,3 +chr12 45899695 . TTA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,2:5,4 +chr12 46089197 . C CTTCTTTCT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.012102;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:5,3:6,4 +chr12 47261948 . TG T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.055233;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:21,3:13,2 +chr12 48172711 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,3:6,2 +chr12 50643045 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:9,3:17,1 +chr12 50643405 . CTGTG C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,11:4,9:7,2 +chr12 50872835 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.068288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:10,2:6,1 +chr12 51248436 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:2,4:0,3:2,1 +chr12 51522310 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.033568;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:11,6:17,4 +chr12 52002135 . C CA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr12 55266757 . A AT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.041136;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:16,6:13,1 +chr12 55930357 . G GT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:6,3:3,2 +chr12 56640232 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0098129;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,4:10,5 +chr12 56776304 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0019317;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,12:5,7:1,5 +chr12 57711038 . CAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0093911;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,8:1,7:5,1 +chr12 57795072 . C CATAT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.022117;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:8,5:10,4 +chr12 61106700 . C G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0022245;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:22,3:12,5 +chr12 62938722 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0084281;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:5,4:0,0 +chr12 63438244 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0090318;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:13,4:4,3 +chr12 63464165 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.012394;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,2:9,4 +chr12 63949081 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0045492;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,6:10,3 +chr12 64356180 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10901;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:17,4:14,3 +chr12 64540990 . AT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0059157;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:0,1:11,6 +chr12 64955122 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=4.5066e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:8,4:7,9 +chr12 64983618 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:1,2:7,2 +chr12 66227761 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034547;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:12,5:2,2 +chr12 68111401 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041126;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:13,3:2,2 +chr12 68331423 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=3.4893e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,6:12,9 +chr12 68616438 . ATT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.063892;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,7:12,6:7,1 +chr12 69595688 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013514;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:11,6:4,1 +chr12 69817653 . T TACACAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,10:5,7:4,3 +chr12 71193861 . TA T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.8197e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:11,10:11,3 +chr12 71877499 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,3:3,1:1,2 +chr12 72716379 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00031881;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,7:9,3 +chr12 73715082 . A AAAAAAAATATAT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,7:2,4:1,3 +chr12 73883284 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0016051;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:9,3:11,4 +chr12 74714924 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,3:5,6 +chr12 75507756 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0001004;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:6,4:15,7 +chr12 75905157 . A ATT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10134;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:13,5:3,1 +chr12 75993190 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.15872;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:18,4:15,1 +chr12 75999073 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,6:5,3 +chr12 76499350 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,5:5,2:12,3 +chr12 76953803 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023923;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:2,16:2,13:0,3 +chr12 79392798 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,3:3,2 +chr12 79410506 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:1,4:3,1 +chr12 80462715 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.031485;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:17,1:14,9 +chr12 80514402 . A ACACACACACTCTCT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:6,4:7,3 +chr12 82538752 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.091614;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,3:13,1 +chr12 83337241 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22807;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,4:5,2:6,2 +chr12 83506267 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0038562;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,7:6,2 +chr12 83518298 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0011889;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:10,2:9,5 +chr12 83749058 . A AACACACACACAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.038306;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:10,4:6,2 +chr12 83964438 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0048152;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,3:9,3 +chr12 84185099 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0074047;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,2:11,6 +chr12 84301493 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=4.0736e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:6,9:6,9 +chr12 84393961 . C A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:1,1:5,3 +chr12 84615985 . TAC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:5,2:5,2 +chr12 86441639 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0051557;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:18,4:7,6 +chr12 87007903 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.028995;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:13,4:15,3 +chr12 87774931 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0028652;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:11,5:14,8 +chr12 88365088 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.020419;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,7:10,3 +chr12 88992260 . ATAT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.043711;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:13,4:10,4 +chr12 89324028 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.093231;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,7:9,2:7,5 +chr12 91106690 . T TAAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0023454;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,4:1,2 +chr12 91851986 . T TGATAG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036036;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:4,2:9,2 +chr12 93017161 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1 +chr12 93729785 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022983;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,14:11,9:6,5 +chr12 94759340 . ATT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:2,2:2,7 +chr12 95813784 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 +chr12 96199480 . C CTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0025584;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,10:8,7:0,3 +chr12 98327081 . A AGTGTGTGT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0068111;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,7:4,6:1,1 +chr12 98475036 . GACACACACACACACACACAC G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:3,3:0,3 +chr12 98555416 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,6:1,1 +chr12 99730324 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:20,4:8,2:12,2 +chr12 99897852 . TA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,2:6,2 +chr12 101451303 . G GTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,6:1,4:0,2 +chr12 101591855 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.11761;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:6,1:21,4 +chr12 102996453 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0082367;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:7,5:13,3 +chr12 103385770 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.001027;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,4:8,5 +chr12 103460284 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,2:3,1:2,1 +chr12 103716625 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00076721;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:12,5:16,7 +chr12 105186673 . TG T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.18481;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:10,1:18,3 +chr12 105186676 . T TCG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.20137;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,1:19,3 +chr12 105876519 . TAAAA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:5,5:1,1 +chr12 105991252 . CTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0079365;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:0,5:0,2:0,3 +chr12 106103144 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=8.1008e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:11,6:8,6 +chr12 106125324 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.004688;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:14,7:12,1 +chr12 106770243 . C CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,5:11,1:4,4 +chr12 107452202 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049827;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:10,7:9,2 +chr12 107524073 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0074047;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,1:11,7 +chr12 108954113 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,5:4,2 +chr12 109123180 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.018165;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:6,6:9,3 +chr12 109140280 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.16319;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,1:7,3 +chr12 109979272 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,5:4,2 +chr12 111143813 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=9.7753e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:14,4:16,11 +chr12 112797944 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0011747;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:15,10:15,4 +chr12 112915265 . G C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01745;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:11,6:15,2 +chr12 113354067 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 +chr12 113496258 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.11275;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,5:11,2:8,3 +chr12 113496259 . A ATCTATC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,5:11,2:8,3 +chr12 114384744 . CA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.040224;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:14,2:13,3 +chr12 114556511 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0027454;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:20,6:10,6 +chr12 114803944 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0077151;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:14,4:11,3 +chr12 115416653 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083817;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,2:12,2 +chr12 115441810 . CTCTCTCTCTCTATATATA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.056191;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,7:4,2:6,5 +chr12 116697288 . CAAAA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,7:5,6:6,1 +chr12 117133313 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:11,3:4,1 +chr12 117265151 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=4.3702e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:15,7:15,10 +chr12 117678102 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.017137;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:11,8:10,6 +chr12 118823821 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,5:4,2:1,3 +chr12 119189302 . GGTGT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:9,17:5,11:4,6 +chr12 120174789 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:9,3:4,1 +chr12 120876808 . T TAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,7:3,3 +chr12 120899888 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,7:12,6:4,1 +chr12 120926962 . ATATATATTATATAATATGTAT A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:2,1:3,1 +chr12 121219615 . GGATA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0052134;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,11:6,6:8,5 +chr12 121219623 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:12,16:6,7:6,9 +chr12 121494999 . C CTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.028934;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:11,8:5,1 +chr12 121582304 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,5:2,1 +chr12 121604441 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.028534;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:11,7:2,1 +chr12 122267207 . C CT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.062937;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:1,4:3,1 +chr12 123246709 . ATTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,4:4,2:4,2 +chr12 123414932 . C CAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.014654;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,10:9,8:5,2 +chr12 124022613 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:2,2:0,2 +chr12 124230450 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0040457;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:13,8:13,2 +chr12 124258456 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,8:3,7:2,1 +chr12 124260258 . C CACCAGGGGCTGGGGCGAAG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049781;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:9,6:11,8 +chr12 124367275 . GGCACACACAGAGGCCCA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.020935;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:10,8:13,5 +chr12 124922325 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 +chr12 125368947 . G T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0083551;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,4:9,6 +chr12 126008544 . AT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:6,2:9,3 +chr12 126224220 . A AATTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:6,4:10,5 +chr12 126612633 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017866;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,3:9,7 +chr12 127341339 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0066425;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:5,4:17,7 +chr12 128113723 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0063642;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,7:8,2 +chr12 128242360 . T TCA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:22,3:2,1 +chr12 128775465 . TG T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:14,1:10,3 +chr12 128874124 . C CTTTCTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010836;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:0,3:4,2 +chr12 129030702 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.018421;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:20,4:6,3 +chr12 129140839 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.029963;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:10,9:5,4 +chr12 129506555 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.01088;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,7:9,3 +chr12 129623698 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0089009;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:6,4:7,1 +chr12 129654467 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00037701;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:18,8:12,7 +chr12 129942879 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=2.4555e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:22,14:17,5:5,9 +chr12 129958612 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0015169;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,4:13,4 +chr12 130905153 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.24625;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,3:5,1 +chr12 131255918 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.09062;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:2,1:15,3 +chr12 131414147 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:9,1:11,3 +chr12 131451477 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:3,7:3,1 +chr12 131574660 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.058443;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,1:10,4 +chr12 131925532 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,1:7,3 +chr12 132460047 . CT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00019001;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:3,16:1,10:2,6 +chr12 132618228 . A AAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,4:6,2:7,2 +chr12 132965125 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,5:8,3:2,2 +chr12 132981089 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,4:5,1:2,3 +chr12 133223445 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.062192;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:15,5:2,1 +chr13 18176119 . ATTGT A 0 PASS DP=349;GPV=1;SPV=0.049953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:129,19:57,11:72,8 +chr13 18196357 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.013484;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:49,7:25,3:24,4 +chr13 18242421 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00038112;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:11,6:13,6 +chr13 18349087 . TTC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:14,1:4,4 +chr13 18460379 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.14853;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,5:11,1 +chr13 20290669 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0015113;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:10,3:12,5 +chr13 20937932 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0033344;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,10:3,7:5,3 +chr13 21702976 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10931;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:10,1:20,3 +chr13 22184374 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10288;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:6,5:8,1 +chr13 22770497 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.013164;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:13,22:10,15:3,7 +chr13 23055101 . CTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,6:2,2 +chr13 23930675 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083916;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,5:2,4:3,1 +chr13 24664442 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037397;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,16:10,12:3,4 +chr13 24871958 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0088578;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,6:1,4:0,2 +chr13 25101116 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:4,5:5,1 +chr13 25159298 . G T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,2:4,3 +chr13 25310206 . ATT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:7,4:6,8 +chr13 25510222 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0061587;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,7:2,4:5,3 +chr13 25560700 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,5:5,1 +chr13 26472514 . ATATAT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,2:4,1:1,1 +chr13 26683494 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,2:1,1:1,1 +chr13 27051795 . G GATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:2,2:3,2 +chr13 28326520 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,4:5,2 +chr13 28358395 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00056171;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:14,4:14,9 +chr13 28737317 . TTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:1,2:4,3 +chr13 28772119 . GAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGA G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0015605;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:15,5:16,5 +chr13 29081781 . TTTTG T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.090553;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,2:9,4 +chr13 29195540 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018182;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:0,8:0,6:0,2 +chr13 29978615 . AAT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,4:4,3 +chr13 30101349 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00086221;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:4,16:2,12:2,4 +chr13 30474759 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,3:4,1 +chr13 30674886 . AT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:6,2:3,3 +chr13 31657376 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:3,7:6,1 +chr13 31730519 . TTGTGTGTG T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0077803;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,9:4,6:4,3 +chr13 31860415 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0014516;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,7:4,2 +chr13 32096802 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.030702;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:3,4:0,0 +chr13 32571160 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00052721;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:7,6:3,9 +chr13 32631118 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:1,5:1,2:0,3 +chr13 33499606 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,2:0,0:7,2 +chr13 34586081 . GAAAGAA G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029515;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:7,6:0,1 +chr13 34624031 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:11,4:0,3 +chr13 34752795 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=1.7354e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,19:5,12:5,7 +chr13 34760342 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.9244e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:8,9:10,9 +chr13 35298213 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:1,4:1,2:0,2 +chr13 36376549 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.027569;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:2,3:0,2:2,1 +chr13 37309075 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:3,6:1,1 +chr13 37320734 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.040224;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:15,4:12,1 +chr13 37830561 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030612;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,5:10,2 +chr13 39542096 . T TATAATAATA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,8:2,3:7,5 +chr13 39581532 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:5,7:4,2 +chr13 40176928 . AAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.03876;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4 +chr13 40368888 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,5:5,2:3,3 +chr13 40867524 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.023188;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,3:4,3 +chr13 40867542 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0046977;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,4:3,4 +chr13 41596788 . T TACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01391;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1 +chr13 41758415 . T TGGA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,5:2,1:1,4 +chr13 41758421 . T TGGA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,1:2,4 +chr13 41863360 . TTA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011229;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:2,4:7,5 +chr13 42109651 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0023411;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,4:1,1:2,3 +chr13 42420881 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00011169;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:11,3:10,10 +chr13 42735776 . CGTGT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,13:6,8:5,5 +chr13 43003290 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00043872;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:14,5:9,5 +chr13 43940611 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0084069;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:11,13:1,7:10,6 +chr13 44595734 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00020063;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:10,9:21,2 +chr13 44914001 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,2:0,2:0,0 +chr13 45191215 . C CAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,6:6,5:5,1 +chr13 45367313 . TAAA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.026533;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:6,5:3,3:3,2 +chr13 45438626 . A AC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.048951;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,4:1,3:2,1 +chr13 45958653 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1 +chr13 47126806 . TAC T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,14:5,10:2,4 +chr13 47223657 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1 +chr13 47638039 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:5,8:6,2 +chr13 48316719 . TCACACACA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,4:2,1 +chr13 50100936 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:1,8:2,1 +chr13 50298168 . T TTTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,1:4,3 +chr13 50939361 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3 +chr13 51173109 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019857;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:20,6:12,2 +chr13 51173229 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.04213;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:19,9:23,5 +chr13 52260651 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:4,6:2,1 +chr13 52269146 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00024273;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:5,6:3,6 +chr13 52273946 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,5:4,2 +chr13 52294613 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01473;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:7,5:4,4 +chr13 53138999 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00019282;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:13,5:11,6 +chr13 53306335 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,9:4,4:2,5 +chr13 53506715 . TTATA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00090577;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,15:4,10:4,5 +chr13 54937574 . G T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,2:2,2 +chr13 55469091 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:5,8:1,1 +chr13 55470460 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0088503;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,3:11,4 +chr13 55789913 . T TTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.056428;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,6:3,4:18,2 +chr13 56330838 . T TCACACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:9,7:2,3 +chr13 56885075 . TTA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,9:3,7:2,2 +chr13 56972897 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:19,2:15,2 +chr13 57819712 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0016513;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:15,2:11,7 +chr13 58487075 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,8:4,6:5,2 +chr13 58874014 . T TACACACACACACACACAC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,7:2,2:1,5 +chr13 60136954 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,4:4,1:3,3 +chr13 60274479 . C CG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.00068595;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:5,19:1,11:4,8 +chr13 60654876 . TATCTTC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0012868;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:4,5:2,5 +chr13 61352315 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0031242;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,11:5,2:3,9 +chr13 62171594 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:7,8:2,1 +chr13 63379882 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0019465;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:11,7:21,7 +chr13 63470281 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.041455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,1:9,3 +chr13 63624958 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,4:2,1 +chr13 63802967 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0087567;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:5,7:1,1 +chr13 63822620 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0065876;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:1,1:3,3 +chr13 63932648 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0071887;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:15,1:9,5 +chr13 63932654 . CACAT C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.050247;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:16,1:13,3 +chr13 64375072 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0028686;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,11:5,9:0,2 +chr13 64408293 . C CAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.092234;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:5,5:4,1 +chr13 64571486 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:3,3:3,2 +chr13 64789649 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:11,7:0,3 +chr13 64960992 . TCCC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01205;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:3,1:6,6 +chr13 65857034 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00021022;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:11,5:10,5 +chr13 66196318 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.092279;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:9,4:11,1 +chr13 66196322 . GTA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,4:10,1 +chr13 66408050 . C CTT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0010668;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,11:4,9:4,2 +chr13 67380412 . C CAAAAA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:4,4:0,0 +chr13 67650889 . GTATATATATATATA G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,8:3,4:4,4 +chr13 69719209 . TGAGAGA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.026515;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:2,5:2,1:0,4 +chr13 70336794 . GAGAGTTGCA G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.013477;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:17,4:11,2 +chr13 70366060 . G GTGTGTGTGTGTGTA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.001026;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,12:1,9:3,3 +chr13 71412339 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=4.7337e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,14:3,10:3,4 +chr13 71748962 . TTC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00022277;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,15:5,3:4,12 +chr13 72603496 . AAGAAAGAAAAAG A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020232;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:15,6:3,6 +chr13 73040203 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0068111;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:4,6:1,1 +chr13 73094185 . CAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,9:12,8:2,1 +chr13 74166087 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0053554;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,15:3,11:4,4 +chr13 74287349 . T TGAGAGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,9:6,7:5,2 +chr13 74545816 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,9:10,8:1,1 +chr13 74547840 . ATAT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,3:4,1:1,2 +chr13 75544926 . C CAAAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,8:5,7:4,1 +chr13 75915955 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:5,10:2,5 +chr13 76715899 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,2:3,1:3,1 +chr13 77360844 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0007326;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:0,11:0,8:0,3 +chr13 78558913 . C CT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,7:8,1:16,6 +chr13 79706055 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.060184;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,8:9,5:27,3 +chr13 80095207 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:1,2:15,10 +chr13 80728695 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.021073;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:10,5:6,2:4,3 +chr13 80771699 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0058774;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,15:9,13:3,2 +chr13 81039678 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0051535;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:19,5:24,6 +chr13 81457537 . T TTATATATATATATATA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:2,2:2,2 +chr13 81666746 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.052719;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,4:14,1 +chr13 81717309 . G GTATATATATA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:3,1:1,3 +chr13 82246369 . ATG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.24135;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,2:10,2 +chr13 82667206 . AT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,1:1,3 +chr13 83096328 . GAA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.28142;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:17,2:2,2 +chr13 85051181 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:5,5:4,1 +chr13 85437381 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031686;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,8:10,1 +chr13 85744942 . T TTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:11,1:11,3 +chr13 86281340 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.087004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,1:18,3 +chr13 86303868 . T TTATTATATTA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.13793;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,14:7,5:6,9 +chr13 86551900 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00025277;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:8,23:6,19:2,4 +chr13 86847055 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.099672;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:16,2:22,3 +chr13 87679835 . AGTATATATATAGTATATATAGTATATAT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021743;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,3:9,3 +chr13 87679863 . T TATA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0032306;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,7:2,2:3,5 +chr13 87807205 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,2:0,3 +chr13 87961529 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,3:4,1:2,2 +chr13 88130374 . TAAAC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:6,6:2,3:4,3 +chr13 88700035 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0019186;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:5,11:4,2 +chr13 88870847 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0024264;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:4,6:2,3 +chr13 89520126 . T TAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:8,4:5,4 +chr13 89774044 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:7,9:4,5:3,4 +chr13 89782008 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.23683;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,5:21,4:9,1 +chr13 90158149 . GT G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:4,4:1,1:3,3 +chr13 90467158 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00059141;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:16,7:20,8 +chr13 90654924 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00129;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:0,4:0,1:0,3 +chr13 90715022 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.030397;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:12,4:16,4 +chr13 90795124 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.25496;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,1:16,3 +chr13 92109061 . G GT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,9:6,6:5,3 +chr13 92264878 . C CTGTG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.021691;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:11,16:6,10:5,6 +chr13 92513552 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:6,3:1,1:5,2 +chr13 92513554 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:6,3:1,1:5,2 +chr13 92965085 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,11:6,7:3,4 +chr13 93003909 . T TA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.27368;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:4,5:7,2 +chr13 93300166 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.01564;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:22,5:25,5 +chr13 93324613 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.001548;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:4,8:3,6:1,2 +chr13 93495730 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=3.4001e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,18:3,12:5,6 +chr13 93596614 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:8,5:6,3:2,2 +chr13 94742090 . A AT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:3,4:4,4 +chr13 95264864 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,13:5,9:3,4 +chr13 95296135 . A AAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0055603;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,15:13,12:2,3 +chr13 95679199 . C CT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=1.9163e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:9,22:5,15:4,7 +chr13 97069725 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00052251;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:38,20:17,9:21,11 +chr13 97856273 . G T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0025106;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:13,6:24,6 +chr13 97869478 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00024683;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:15,10:21,4 +chr13 98419483 . T TACACACAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00056896;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:11,20:6,15:5,5 +chr13 98647913 . A ATGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.025586;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,12:3,9:8,3 +chr13 98781281 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=4.0454e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:6,19:3,10:3,9 +chr13 100043996 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:3,3:6,6 +chr13 100577456 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.14744;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,1:18,3 +chr13 100817236 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0066141;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:0,2:3,4 +chr13 101035623 . T TTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.043618;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:16,18:10,10:6,8 +chr13 101280880 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00010594;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,18:6,16:1,2 +chr13 101332397 . C CAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,11:9,10:2,1 +chr13 101360230 . CCT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0768;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:16,4:14,4 +chr13 101439208 . C CTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:4,5:3,3 +chr13 101557807 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.002945;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:16,7:11,2 +chr13 101847630 . C A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00010236;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:39,18:22,9:17,9 +chr13 101973120 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=6.4484e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:50:2,12:1,6:1,6 +chr13 102096003 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:6,6:4,4:2,2 +chr13 102378627 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:2,5:1,4:1,1 +chr13 102452868 . A C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0047061;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:44,10:22,4:22,6 +chr13 102534693 . TAA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00012397;SS=2;SSC=39;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:14,28:7,16:7,12 +chr13 103040587 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0013445;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,13:14,5:23,8 +chr13 103349821 . T A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.010634;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:45,11:29,6:16,5 +chr13 103458657 . GAT G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0062769;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:11,7:11,6 +chr13 104632370 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2 +chr13 105065149 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.030617;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:24,3:17,4 +chr13 106474855 . T C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.035139;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:34,8:21,1 +chr13 107021828 . A AG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021691;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,5:3,4:8,1 +chr13 108636367 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.063509;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,7:13,1:8,6 +chr13 108795574 . G C 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.029243;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:28,4:29,3 +chr13 109095234 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.5926e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:30,22:14,15:16,7 +chr13 111491494 . C CTCTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,12:1,8:6,4 +chr13 111859141 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:6,11:1,4:5,7 +chr13 112192625 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.19619;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:20,2:16,3 +chr13 112196519 . GTCCCCTGGTTTCCTGGT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.28142;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:4,3:15,1 +chr13 112197128 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.01549;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:14,4:5,5 +chr13 112238982 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.21542;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:7,1:29,4 +chr13 112241832 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.014654;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,10:5,5:9,5 +chr13 112296774 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.021694;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:39,18:27,4:12,14 +chr13 112440897 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=4.4228e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,12:0,8:0,4 +chr13 112598998 . C CA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.037909;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:17,3:16,4 +chr13 113089460 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.035813;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:23,3:14,3 +chr13 113142386 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0021645;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:37:0,5:0,2:0,3 +chr13 113152420 . A G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0077782;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:50,11:21,6:29,5 +chr13 113876048 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16049;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:17,3:14,2 +chr13 114020180 . T TAGC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0021876;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,16:7,15:0,1 +chr13 114028253 . C G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048875;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:4,5:11,3 +chr13 114032815 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr13 114032822 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr14 18245579 . A G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,1:9,6 +chr14 18245622 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.040398;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:1,3:11,7 +chr14 18275569 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.049732;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:19,1:7,6 +chr14 18312423 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:8,3:8,1 +chr14 18321677 . T A 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.003305;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:56,9:25,5:31,4 +chr14 18605999 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0035942;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:22,4:15,6 +chr14 18611398 . G T 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.0091195;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:60,12:22,2:38,10 +chr14 18616363 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,2:5,3 +chr14 18625668 . T C 0 PASS DP=177;GPV=1;SPV=0.014869;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:110:95,15:47,8:48,7 +chr14 18679857 . TA T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.029181;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:58,14:24,9:34,5 +chr14 18695892 . A G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.028161;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:45,8:16,7:29,1 +chr14 18876682 . A T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.017984;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:16,4:23,5 +chr14 18882906 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:0,0:21,4 +chr14 18886836 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,3:10,2 +chr14 18889655 . C T 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.0079997;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:68,10:37,7:31,3 +chr14 18953973 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:4,3:14,7 +chr14 18977294 . C T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.039232;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:12,3:43,6 +chr14 18979413 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr14 19060893 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2 +chr14 19073256 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,3:2,1 +chr14 19120520 . C A 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.041668;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:68,11:32,6:36,5 +chr14 19121026 . T G 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.045497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:55,13:30,8:25,5 +chr14 19201477 . C T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.0075608;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:50,20:21,17:29,3 +chr14 19284994 . T A 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.04268;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:107,15:71,10:36,5 +chr14 19292460 . G A 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.011417;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:105,20:46,13:59,7 +chr14 19338757 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.022851;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:23,5:4,4 +chr14 19366231 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr14 19399403 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:16,2:5,3 +chr14 19420974 . A C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.015138;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:1,1:42,11 +chr14 19432749 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:19,3:7,1 +chr14 19466921 . C CACA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,3:0,2 +chr14 19480483 . G A 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.0081832;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:55,16:28,11:27,5 +chr14 19681182 . C CA 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.015845;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:55,12:36,7:19,5 +chr14 21666700 . GTT G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0045608;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,17:5,10:10,7 +chr14 22058785 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10123;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:16,2:10,2 +chr14 22817138 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.062277;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,3:13,2 +chr14 23109669 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=5.5231e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:12,7:8,4 +chr14 24670987 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0053737;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:21,5:13,5 +chr14 24719516 . ATGTG A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0054348;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,6:3,1 +chr14 25124162 . C CAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.010217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,8:3,7:2,1 +chr14 25570574 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0002055;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:11,5:11,7 +chr14 26041553 . AACAC A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.053922;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:2,6:4,1 +chr14 26204430 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.49123;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,4:5,3:8,1 +chr14 26734958 . C CA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.010225;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:9,6:4,5 +chr14 26771706 . A ATT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0046784;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,11:4,5:2,6 +chr14 27101424 . C G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=6.057e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:35,16:17,7:18,9 +chr14 27387169 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:5,3:2,1:3,2 +chr14 27827512 . C CTTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.041509;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:12,8:5,5 +chr14 28593149 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.3064;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 +chr14 29171225 . A ATTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.16205;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,6:15,2:7,4 +chr14 30193259 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.028362;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:11,3:13,2 +chr14 31124809 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014776;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:9,10:9,2 +chr14 33024172 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077206;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:15,5:21,1 +chr14 33981523 . AAC A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:31:1,3:0,2:1,1 +chr14 34463652 . CAG C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.001388;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:4,6:13,11 +chr14 34876605 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0032683;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:4,6:9,5 +chr14 35131533 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,2:5,1:2,1 +chr14 35557098 . A ATGTGTG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,6:5,5:2,1 +chr14 35727310 . CATAT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=5.3843e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,10:2,5:1,5 +chr14 36083488 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0032051;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:3,2:7,9 +chr14 36824460 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0014372;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4 +chr14 39761386 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.10738;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:18,2:13,2 +chr14 40247215 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.035377;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:16,3:19,7 +chr14 41023865 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015886;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:11,4:20,4 +chr14 41044383 . A AAAGAAG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044901;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,5:9,2:9,3 +chr14 41079335 . CAAAAAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0032765;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,7:1,5:3,2 +chr14 41405734 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,5:4,1 +chr14 41886019 . C CAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:9,4:0,1 +chr14 44191188 . ATGTG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.009628;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,10:7,7:3,3 +chr14 47827124 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00077059;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:16,6:14,7 +chr14 49009544 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0095989;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:15,2:14,5 +chr14 49603511 . T TTTC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043382;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,2:8,2 +chr14 50023209 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,4:7,2:2,2 +chr14 50344469 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:6,4:7,1 +chr14 50945542 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,6:4,1 +chr14 50957320 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,5:6,4:4,1 +chr14 50964037 . C CAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.17217;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:5,4:4,1 +chr14 51324352 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0027568;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,5:10,4 +chr14 51932246 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0040134;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:4,5:2,1 +chr14 52104297 . G GGTGTGTGTGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0020744;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,11:6,9:7,2 +chr14 52625481 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 +chr14 52807896 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,4:5,2:7,2 +chr14 53213985 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0032284;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,6:8,3 +chr14 54085541 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,8:2,6:0,2 +chr14 54614462 . G GA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=6.3368e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:10,8:7,5 +chr14 54683675 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015088;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:12,4:17,3 +chr14 54684619 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5 +chr14 55109888 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0088413;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:4,5:0,1 +chr14 55281255 . T TAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:2,3:4,3 +chr14 55295533 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.019947;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:14,4:13,2 +chr14 56031544 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.25463;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:9,4:4,1 +chr14 59048006 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=8.0194e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:15,24:9,10:6,14 +chr14 60008136 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0040978;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,4:11,4 +chr14 60695300 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.016495;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:7,5:13,3 +chr14 61341395 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0055492;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,2:12,5 +chr14 62242991 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.010153;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,5:12,6 +chr14 62599975 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040363;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,6:9,2 +chr14 64014929 . TTATATATATATA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:5,2:1,2 +chr14 64358998 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.071698;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,3:10,2 +chr14 64359307 . T TG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:1,4:6,4 +chr14 64518904 . G GTATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 +chr14 65307895 . GT G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0029526;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:7,10:9,6 +chr14 66048070 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,10:5,7:4,3 +chr14 67506487 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00067152;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,5:9,4 +chr14 69180568 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0006809;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:13,5:18,5 +chr14 69249069 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:1,2:1,1:0,1 +chr14 69533808 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.057437;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:15,2:16,4 +chr14 72113100 . A ATG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.11505;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,3:15,1 +chr14 72148129 . TAA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.002173;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:1,6:2,3 +chr14 72664643 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020413;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:4,1:15,6 +chr14 72915303 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0033813;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:14,3:1,5 +chr14 73095606 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.013111;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,8:10,5 +chr14 74477088 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 +chr14 75494381 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0026122;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:8,6:3,8 +chr14 75636481 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0047469;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,4:10,6 +chr14 77645594 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,9:1,6:2,3 +chr14 77678087 . C CAAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,4:3,3:3,1 +chr14 78225972 . TTG T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.057853;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,3:10,4 +chr14 78225986 . T G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,1:13,3 +chr14 79119795 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00013352;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,19:8,7:8,12 +chr14 79427830 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.021798;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,7:7,5:6,2 +chr14 79515195 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0004233;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:17,6:13,6 +chr14 79624800 . TTTG T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0091926;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,16:5,7:10,9 +chr14 79629839 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,4:9,2:9,2 +chr14 81226099 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,2:4,2 +chr14 81807963 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 +chr14 82950356 . C CAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1839;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,5:7,4:5,1 +chr14 83686764 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00063544;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:16,6:5,6 +chr14 83855476 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011145;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:7,3:12,3 +chr14 84276774 . CT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:4,2:11,3 +chr14 84695017 . T TACACACAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040508;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:11,6:5,2 +chr14 85595251 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:8,3:13,3 +chr14 85927893 . T A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046683;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,2:10,3 +chr14 89392637 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 +chr14 89772721 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27277;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:1,0:20,4 +chr14 90352446 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 +chr14 91365168 . T TCCCTCAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0094957;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:19,6:12,6 +chr14 91988633 . T TA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0087645;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:13,8:3,3 +chr14 92167014 . C CTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,7:0,6:1,1 +chr14 94472507 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.028465;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,3:12,2 +chr14 94737322 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012829;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,5:5,2 +chr14 95066559 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046615;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,5:9,3 +chr14 95066560 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045954;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,5:9,3 +chr14 95242261 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.020642;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:11,7:7,3 +chr14 95479224 . CAAAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,6:4,3:2,3 +chr14 95558897 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,1:9,3 +chr14 96403114 . T TTAAATAAATAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,8:1,6:6,2 +chr14 97903510 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:5,2:4,1:1,1 +chr14 97936171 . T TTTTTC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:4,1:11,3 +chr14 98204657 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0020369;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:4,5:19,3 +chr14 98492110 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00030588;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:13,10:13,5 +chr14 98744899 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,5:2,2 +chr14 98781380 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.035372;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2 +chr14 100621256 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.032567;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:16,5:9,6 +chr14 102228700 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,2:5,1:2,1 +chr14 102315820 . TACACACACACACACACACACACACAC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:8,4:1,2 +chr14 103572787 . A AT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,5:7,4:9,1 +chr14 103952216 . ATATATTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.12821;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:3,1:0,1 +chr14 104499251 . G C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.020919;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:15,5:7,1 +chr14 104566594 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0025995;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:17,4:17,6 +chr14 104683291 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0067142;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:11,15:7,3 +chr14 104685999 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,2:2,2:0,0 +chr14 105327896 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0019162;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:26,7:13,5 +chr14 105633937 . T A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.036062;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:27,5:25,5 +chr14 105639924 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.032003;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:56,9:36,7:20,2 +chr14 105654804 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:12,1:20,3 +chr14 105699669 . A T 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.029471;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:58,15:35,9:23,6 +chr14 106220507 . TTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0023163;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:5,11:14,6 +chr14 106626217 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.7288e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:10,9:14,6 +chr15 18533186 . T G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 +chr15 19434997 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.077483;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,5:25,5:2,0 +chr15 19859576 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0024274;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,12:1,10:7,2 +chr15 19913009 . A AATGTGGTC 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.049607;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:20,2:27,6 +chr15 20019797 . C T 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.042489;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:101,17:60,8:41,9 +chr15 20142002 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015088;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:1,2:28,5 +chr15 20142988 . C T 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.021552;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:105,24:52,12:53,12 +chr15 20166342 . CA C 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.015443;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:57,8:37,6:20,2 +chr15 20183018 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.24396;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:18,3:15,1 +chr15 20273978 . G A 0 PASS DP=416;GPV=1;SPV=0.0025103;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:223:196,27:120,18:76,9 +chr15 20309395 . G A 0 PASS DP=282;GPV=1;SPV=0.037602;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:100,12:57,8:43,4 +chr15 20314793 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.016979;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:15,8:9,3 +chr15 20669457 . G C 0 PASS DP=481;GPV=1;SPV=0.040058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:240,39:109,15:131,24 +chr15 20686189 . TA T 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.035492;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:112:91,21:55,14:36,7 +chr15 20686218 . C T 0 PASS DP=188;GPV=1;SPV=0.0019526;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:75,27:46,18:29,9 +chr15 20733898 . G T 0 PASS DP=262;GPV=1;SPV=0.048201;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:129,15:78,10:51,5 +chr15 20738533 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.090639;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:0,0:34,4 +chr15 20749113 . C T 0 PASS DP=286;GPV=1;SPV=0.045336;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:121,19:68,8:53,11 +chr15 20749323 . G A 0 PASS DP=257;GPV=1;SPV=0.048639;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:125,19:38,6:87,13 +chr15 20756584 . G A 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.019754;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:129,29:84,18:45,11 +chr15 20785986 . G C 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.028546;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:115,21:53,10:62,11 +chr15 20900873 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:18,3:2,1 +chr15 20940208 . C A 0 PASS DP=345;GPV=1;SPV=0.01286;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:193:172,21:73,4:99,17 +chr15 21024854 . G A 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.033866;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:143,26:58,12:85,14 +chr15 21061789 . GA G 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.030763;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:35,7:18,1 +chr15 21069794 . A G 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.037504;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:94,19:46,12:48,7 +chr15 21122270 . A C 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.028316;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:50,9:32,5:18,4 +chr15 21266784 . C T 0 PASS DP=444;GPV=1;SPV=0.021614;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:261:222,39:100,18:122,21 +chr15 21272114 . C T 0 PASS DP=428;GPV=1;SPV=0.029006;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:235:210,25:119,18:91,7 +chr15 21310653 . G A 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.018842;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,9:20,1:37,8 +chr15 21360144 . G A 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.043197;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:83,12:47,7:36,5 +chr15 21374563 . C T 0 PASS DP=369;GPV=1;SPV=0.038401;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:218:192,26:104,14:88,12 +chr15 21431840 . G C 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.011137;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:161,21:76,7:85,14 +chr15 21482389 . C T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.007533;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:73,13:47,8:26,5 +chr15 21525853 . CA C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.023519;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:37,7:15,3:22,4 +chr15 21535775 . T TG 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.036691;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:44,5:22,3:22,2 +chr15 21550026 . C T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.0026245;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:71,19:38,4:33,15 +chr15 21562361 . A G 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.016109;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:82,19:29,6:53,13 +chr15 21586885 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.032319;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:22,9:1,1 +chr15 21657253 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012544;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:3,1:15,6 +chr15 21755344 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0012236;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:3,5:5,3 +chr15 22085514 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:12,4:2,1 +chr15 22250653 . A G 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.011067;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:103,21:51,13:52,8 +chr15 22253145 . T C 0 PASS DP=286;GPV=1;SPV=0.007382;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:123,26:67,13:56,13 +chr15 22266345 . A G 0 PASS DP=256;GPV=1;SPV=0.023147;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:123,24:60,14:63,10 +chr15 22295485 . A G 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.04268;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:107,15:50,7:57,8 +chr15 22424314 . GC G 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.02354;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:57,12:31,8:26,4 +chr15 22436984 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.053073;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:24,3:9,3 +chr15 24813200 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030898;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:15,5:6,2 +chr15 25261750 . A AAT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:1,2:0,2 +chr15 26060244 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0040413;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,6:13,1 +chr15 26510669 . T TAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021122;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,3:7,5 +chr15 26709515 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,8:2,6:3,2 +chr15 27002763 . AGG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,1:5,3 +chr15 27002769 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 +chr15 27255740 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0011386;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,4:8,5 +chr15 28513574 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036642;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:6,1:10,5 +chr15 28528140 . T TAC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 +chr15 29517443 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=6.2405e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:8,5:15,9 +chr15 30095073 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00084999;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:11,2:10,8 +chr15 30227814 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0026644;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:8,8:9,9 +chr15 30443176 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0024454;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:8,8:7,3 +chr15 30521653 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.029764;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:14,5:16,5 +chr15 30929794 . TATA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:1,4:2,2 +chr15 31144918 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.025864;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:16,2:8,4 +chr15 32187948 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.048263;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:16,3:18,7 +chr15 32567664 . G T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.078276;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:7,3:13,1 +chr15 32573700 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.025704;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:15,5:14,5 +chr15 32864382 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.022687;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:11,5:9,6 +chr15 33664591 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,3:5,3 +chr15 36916095 . G C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.012389;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:16,2:7,6 +chr15 38094375 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.079729;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,4:18,2 +chr15 39696870 . CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,3:1,1 +chr15 39916855 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.3992e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:11,7:6,4 +chr15 40143255 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01192;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:5,6:2,2:3,4 +chr15 40358260 . G A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.012197;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:36,7:23,3:13,4 +chr15 40861101 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0035182;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:14,3:11,7 +chr15 40960264 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00071485;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:11,9:10,5 +chr15 41271250 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,7:5,2 +chr15 41301970 . TAAAAAAAA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:8,4:3,3 +chr15 43510513 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.083134;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,2:15,2 +chr15 43554620 . T TAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,5:2,2 +chr15 43559845 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.013521;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:14,2:10,10 +chr15 43875367 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,2:5,2 +chr15 45724917 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0027092;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,3:6,5 +chr15 47573209 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0050608;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:14,6:18,4 +chr15 47820587 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036036;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1 +chr15 50087356 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.055494;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,1:10,3 +chr15 51177593 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.065489;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 +chr15 51418432 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00014188;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:9,5:10,8 +chr15 51584112 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:4,2:2,1 +chr15 51747017 . T TA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:11,4:2,4 +chr15 51963897 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,4:7,3:8,1 +chr15 52801334 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=4.5156e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:11,8:11,7 +chr15 53068572 . TTG T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0072753;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:5,5:10,8 +chr15 53317388 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.3107;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:16,1:11,3 +chr15 56920920 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00049463;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:16,9:10,4 +chr15 57688496 . C CTA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023342;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,6:9,3:6,3 +chr15 57723856 . C CAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:7,4:2,1 +chr15 58377542 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0071404;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:14,8:19,4 +chr15 58573125 . T TAAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,4:8,3:8,1 +chr15 59448526 . A AAGATAGATAGAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:2,4:14,4 +chr15 59448587 . G GT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:6,5:7,5 +chr15 59518117 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0030715;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:14,8:15,5 +chr15 59761668 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:1,1:16,3 +chr15 59761671 . TCTC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087777;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:1,1:20,4 +chr15 60060005 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.03809;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:16,4:2,3 +chr15 60065017 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 +chr15 60624399 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,5:4,4 +chr15 61277734 . T TC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:3,4:1,1:2,3 +chr15 61293976 . G GAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,8:0,6:2,2 +chr15 61304939 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00010991;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:18,4:8,7 +chr15 61716841 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.016244;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,10:9,5:8,5 +chr15 61914878 . TAAAAAAA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,8:3,6:0,2 +chr15 62437754 . T G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.022061;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,2:8,6 +chr15 62693955 . CTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:2,3:1,3 +chr15 62741750 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,2:4,2 +chr15 63376598 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030729;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,4:8,1 +chr15 63581459 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0044617;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,14:5,9:5,5 +chr15 65400078 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0024549;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:16,7:8,6 +chr15 65994017 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.028734;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:13,3:15,2 +chr15 69127249 . CAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030844;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,4:4,1 +chr15 69330881 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0016174;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:17,6:6,3 +chr15 69556773 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:12,1:3,3 +chr15 71391815 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.002405;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:13,7:16,5 +chr15 71459160 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,3:2,4 +chr15 72665926 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.043774;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:30,10:8,2 +chr15 74111138 . T TA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0066141;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:0,4:3,2 +chr15 74818014 . G GA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.03685;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:10,5:3,1 +chr15 74964463 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.017892;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:14,6:13,1 +chr15 77458794 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00011945;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:30,17:17,6:13,11 +chr15 77509555 . CGTGTGT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:4,3:4,2 +chr15 80030913 . TCCAA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037765;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:6,3:14,3 +chr15 80031051 . CAACCTATGCAAT C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:20,1:10,3 +chr15 82079195 . A ATTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:5,3:8,2 +chr15 82354580 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0069028;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:15,4:5,8 +chr15 82363710 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022366;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:10,8:4,1 +chr15 82369924 . CTG C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.009324;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,6:1,1:1,5 +chr15 82580413 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.029893;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:19,3:4,3 +chr15 83055658 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00096763;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:10,6:4,9 +chr15 84181735 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.001132;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:16,8:12,7 +chr15 84361182 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.01412;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:4,5:16,2 +chr15 84563456 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011374;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,10:3,7:2,3 +chr15 84708205 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:8,5:1,1 +chr15 84777695 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,8:2,5:1,3 +chr15 85351617 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0047011;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:7,5:6,9 +chr15 85896280 . G GTC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:5,3:8,6 +chr15 86143457 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0017947;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,4:10,3 +chr15 88117084 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=1.6212e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:8,8:10,6 +chr15 88944963 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.019346;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:6,6:7,5 +chr15 90444281 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.02914;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,6:8,2 +chr15 90517510 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.031264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:7,5:5,1 +chr15 90836843 . A AT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,15:3,9:0,6 +chr15 91417686 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00052;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:11,8:12,7 +chr15 91631790 . CTG C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0026899;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:11,13:4,9:7,4 +chr15 92889476 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:5,4:8,1 +chr15 92889487 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0057971;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,4:5,2 +chr15 95367844 . T TAC 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,3:3,2:0,1 +chr15 95796674 . AAAGAAAG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1 +chr15 96327526 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.12945;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,2:18,2 +chr15 97169140 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00021002;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:14,6:9,8 +chr15 98497459 . GTTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.17677;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,5:11,2:3,3 +chr15 98869434 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:10,8:3,1 +chr15 100620534 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.019346;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:10,3:3,5 +chr15 100672746 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,1:3,4 +chr15 101615634 . TGCATGCACTGTGGATGTGGCCTGCCCTCTAAGTGCC T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.046824;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:18,6:20,3 +chr15 101766901 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0031408;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:10,3:4,10 +chr15 101870043 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:5,1:11,4 +chr15 101892736 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:3,3:12,2 +chr16 12060 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0493;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:15,4:11,1 +chr16 29811 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.023415;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:23,9:10,3 +chr16 239457 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00044356;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:11,14:3,4 +chr16 382087 . C CG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:6,4:7,4 +chr16 661016 . G C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0067873;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:0,1:3,5 +chr16 665325 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.072845;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:11,2:18,3 +chr16 1267169 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:9,9:4,5 +chr16 1329545 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0013799;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:7,7:11,7 +chr16 1604274 . C CGTGTGTGT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023692;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,10:9,8:2,2 +chr16 2263435 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.233e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:16,6:10,9 +chr16 2861376 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.011419;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:14,3:15,5 +chr16 3190749 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.068571;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,6:17,3:8,3 +chr16 4181197 . TA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,5:6,3 +chr16 4197421 . C CTTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:7,3:3,2 +chr16 4262559 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=5.0036e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:10,8:14,6 +chr16 4889232 . G T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:8,2:2,3 +chr16 5010188 . CAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 +chr16 5255342 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.029934;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:5,2:13,4 +chr16 5825800 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.015558;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:12,4:7,8 +chr16 6253673 . GCA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.23992;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:9,1:12,2 +chr16 6398866 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.010118;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:23,6:19,2 +chr16 6480050 . G GA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,11:5,10:0,1 +chr16 7557619 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:3,4:1,1 +chr16 7932626 . CAT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1 +chr16 9607235 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0015608;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:3,5:2,1 +chr16 10802286 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,6:5,5:8,1 +chr16 11330221 . ATT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,8:3,7:0,1 +chr16 12019587 . T TATAG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0045492;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,5:9,4 +chr16 12075215 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0011386;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:10,4:11,5 +chr16 12851012 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0737;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:7,4:8,2 +chr16 13987297 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.010728;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3 +chr16 14329386 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,5:7,2 +chr16 14371882 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,4:10,3:8,1 +chr16 14834687 . G GT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:6,2:4,2 +chr16 14938413 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.036143;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:19,2:19,8 +chr16 14953358 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.075461;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:18,3:5,4 +chr16 15127800 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0088777;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:24,5:23,7 +chr16 15167877 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0014624;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,5:9,6 +chr16 15302112 . G GAC 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.035771;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:25,2:22,10 +chr16 15307890 . T G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4 +chr16 15360843 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0065876;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:0,0:4,4 +chr16 15472860 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.019258;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:12,9:4,2 +chr16 16261241 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.060295;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,2:12,2 +chr16 16374023 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.040223;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:13,1:13,8 +chr16 16412983 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0045524;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:9,5:1,2 +chr16 16422341 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:11,3:5,1:6,2 +chr16 16449463 . GAGAGAGAGAGACAGAGAC G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.022357;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:14,4:4,4 +chr16 16497319 . G GTTTT 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.054086;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:63,9:39,5:24,4 +chr16 16599305 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0083426;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:5,5:4,3 +chr16 16605268 . C CTTTCT 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.041446;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,10:14,2:22,8 +chr16 16657672 . TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:1,2:5,2 +chr16 16658443 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012836;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:5,8:2,4 +chr16 16779097 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:1,1:5,2 +chr16 17174040 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0012459;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:14,5:12,4 +chr16 17226704 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0074013;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:15,6:16,4 +chr16 17320482 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.002997;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,8:0,4:0,4 +chr16 17571475 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0041203;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,5:11,3 +chr16 17868664 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 +chr16 18103845 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.014881;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,4:4,1 +chr16 18348559 . A G 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.036718;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:23,7:30,4 +chr16 18702360 . GTGGTGGCA G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:2,1:4,3 +chr16 20146599 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,3:6,1 +chr16 20541679 . TTC T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038747;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,12:8,7:5,5 +chr16 21664982 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,4:7,2:12,2 +chr16 21851256 . TGGGGA T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr16 23169118 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:3,2:0,0 +chr16 23867056 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:4,1:10,4 +chr16 23981588 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,1:15,3 +chr16 24265449 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.26001;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:21,2:9,2 +chr16 25904143 . GATGGATGGATGA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.044124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:9,5:11,3 +chr16 26341276 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.024469;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:14,3:15,4 +chr16 26374868 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040129;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,5:11,5 +chr16 26766055 . TA T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.003503;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,6:7,4 +chr16 26770773 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021659;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,10:9,7:7,3 +chr16 26770775 . TAAATGATA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026993;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,9:8,6:7,3 +chr16 27855740 . AG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:4,11:5,2 +chr16 28225839 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.011625;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,3:1,3 +chr16 28579203 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0088148;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:7,5:11,3 +chr16 29343974 . TTTTTTG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2 +chr16 30219809 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.039921;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,2:9,5 +chr16 30586575 . G GT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:4,3:3,1 +chr16 31062783 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 +chr16 31268395 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00035646;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:22,8:8,4 +chr16 31716997 . GT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:6,3:4,1 +chr16 31962146 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.026412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:12,4:15,1 +chr16 32069030 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021726;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,4:7,5 +chr16 32192091 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.01768;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:10,8:20,5 +chr16 32303731 . G T 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.01064;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:53,17:25,5:28,12 +chr16 32327877 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.086635;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:12,4:12,1 +chr16 32626055 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:14,4:8,2 +chr16 32883828 . GCCACTGACTCGGGCC G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031686;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,6:11,3 +chr16 32925585 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.011252;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:21,5:16,5 +chr16 33017866 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0089143;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:3,3:17,3 +chr16 33018589 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035086;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:9,2:13,4 +chr16 33337144 . C T 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.049179;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:87,18:40,10:47,8 +chr16 33582391 . G GCAA 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.030653;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:22,9:20,7 +chr16 33625825 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.038713;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:20,3:20,7 +chr16 33727080 . CTTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,8:3,7:4,1 +chr16 33733632 . C T 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.014655;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:135,32:61,14:74,18 +chr16 33918582 . T G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.022734;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:14,2:16,11 +chr16 34014924 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,6:2,5:2,1 +chr16 34165244 . G A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.012235;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:32,6:20,1 +chr16 34174419 . C CA 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.038871;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:77,19:41,12:36,7 +chr16 34716233 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:19,2:9,2 +chr16 35478339 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00073344;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:19,4:21,6 +chr16 36100822 . CAT C 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.040003;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:92,22:50,12:42,10 +chr16 36111053 . C T 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.031943;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:64,13:27,3:37,10 +chr16 36120992 . GA G 0 PASS DP=247;GPV=1;SPV=0.0098825;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:113,15:41,8:72,7 +chr16 37989067 . G C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.044889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:20,3:16,8 +chr16 38130001 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 +chr16 38166303 . T A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr16 46743532 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00034236;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:12,5:13,5 +chr16 46780086 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00024776;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:13,6:8,4 +chr16 47675519 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046254;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:9,2:13,4 +chr16 48416181 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,2:2,1:2,1 +chr16 48772945 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr16 49099105 . CAT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,3:6,2 +chr16 49873866 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:2,4:6,2 +chr16 51288370 . AAAAGAAAGAAAG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0091476;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,7:8,4:7,3 +chr16 51644253 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038709;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:21,4:2,2 +chr16 53025955 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 +chr16 53360790 . AT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:9,4:1,1 +chr16 54074919 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,8:6,3:4,5 +chr16 54538394 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0014418;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:16,5:15,7 +chr16 54980414 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00041135;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:1,7:1,6:0,1 +chr16 55027099 . C CAA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.014369;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,6:11,4:7,2 +chr16 55920846 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0015295;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:13,4:6,8 +chr16 56256698 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.062847;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,4:18,2 +chr16 56540665 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042146;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:2,1:8,3 +chr16 56620729 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0051075;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:4,2:5,8 +chr16 56620736 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01828;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:4,2:6,6 +chr16 56755268 . G T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00076085;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:12,8:16,2 +chr16 57311441 . G GGTGTGTGT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,6:5,5:3,1 +chr16 58171984 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:4,1:2,2 +chr16 58758216 . TTATATATATA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,13:5,6:2,7 +chr16 58831783 . CTCCCTCCTTCCCTCCTTCCCTCCTTCCCTCCTTCCCTCCT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.2248;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:12,3:5,2:7,1 +chr16 60475590 . TACACAC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.059571;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:14,6:3,3 +chr16 60639011 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0022162;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:14,6:11,3 +chr16 60991226 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0018974;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:7,5:16,4 +chr16 61446059 . A AATATATATATATATAT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:8,2:10,2 +chr16 61726301 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0016045;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:13,8:16,4 +chr16 61960085 . ATATG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16193;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:16,3:9,2:7,1 +chr16 62506719 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0012998;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:13,4:9,7 +chr16 62890211 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.010225;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:4,7:9,4 +chr16 62913519 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0029833;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:13,7:13,2 +chr16 63084059 . GTGTGTGTGTA G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0038562;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,8:6,2 +chr16 63658223 . C CAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,6:4,5:7,1 +chr16 64058866 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00035192;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:7,7:16,6 +chr16 64535517 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0029614;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,9:4,5:3,4 +chr16 64738125 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr16 65060356 . G T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00042646;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:6,4:5,4 +chr16 65537057 . G GTATA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:2,2:0,3 +chr16 68456296 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0019324;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:5,5:1,2 +chr16 68609146 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1 +chr16 68743351 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023079;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:3,2:1,3 +chr16 68793930 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0016018;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,11:3,8:3,3 +chr16 69732501 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00040437;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:7,6:13,6 +chr16 69738472 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0026128;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:7,6:6,4 +chr16 72112803 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0001497;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:14,6:13,6 +chr16 73099710 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10911;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:13,9:6,1 +chr16 73753986 . A ATGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032072;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,8:7,1 +chr16 75259850 . T TAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,9:3,7:2,2 +chr16 75586220 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:14,6:8,3:6,3 +chr16 76862808 . T TAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,4:5,2 +chr16 77311504 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00011008;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:9,6:10,7 +chr16 78358866 . C CTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,3:2,2 +chr16 78481724 . A AGTGT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:6,4:2,1 +chr16 79091779 . G GT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:5,5:4,1 +chr16 79673815 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0029415;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:14,6:16,5 +chr16 80411036 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.008813;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,4:10,3 +chr16 81033591 . C CTT 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,4:0,1:1,3 +chr16 81197668 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:8,6:2,3 +chr16 81304104 . T TAAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.013049;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,11:8,5:7,6 +chr16 82298353 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:9,2:17,2 +chr16 82953245 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0030549;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:20,2:6,9 +chr16 83000574 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,6:4,3 +chr16 83286770 . G GTA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,5:3,2 +chr16 84050735 . GC G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.016523;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:11,7:27,4 +chr16 87434994 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,2:4,1:2,1 +chr16 88236683 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.04614;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:15,1:5,3 +chr16 88558660 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:2,3:12,2 +chr16 89093509 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00061107;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:16,5:7,5 +chr17 425873 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:8,4:3,1 +chr17 884247 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.044511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,8:8,6:5,2 +chr17 942690 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10134;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,5:7,1 +chr17 1062786 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.051054;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:5,3:17,1 +chr17 1098075 . CT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0031524;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:6,7:4,4 +chr17 2218028 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0047709;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:6,6:11,7 +chr17 3699052 . G GACACACACACACAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:7,2:7,3 +chr17 4640699 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.014135;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:12,5:18,5 +chr17 5226508 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,4:10,2:5,2 +chr17 5749632 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15275;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,3:11,2 +chr17 6296216 . A ATGTGTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,6:7,5:4,1 +chr17 6300670 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00046907;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:12,5:12,7 +chr17 7662623 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,5:2,2 +chr17 7754833 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=9.577e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:15,7:16,11 +chr17 7793522 . TTC T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036676;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3 +chr17 7871493 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0035252;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:10,3:11,5 +chr17 8087257 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.056596;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,2:12,2 +chr17 8339237 . GTT G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0033069;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:11,8:7,3 +chr17 8343815 . AGTGTGT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.043511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,2:8,7 +chr17 8363840 . T TC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.22332;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:7,2:8,1 +chr17 10005162 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.29013;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,5:9,3:13,2 +chr17 11294120 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0030237;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:12,2:12,5 +chr17 11350186 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3 +chr17 11727047 . CAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:6,4:5,1 +chr17 12197620 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0020908;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:17,7:14,3 +chr17 12396663 . AGT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:6,4:3,1 +chr17 12398606 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.7651e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:6,8:14,4 +chr17 12558857 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.002331;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:0,7:0,6:0,1 +chr17 12989097 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,2:6,2 +chr17 13328022 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.092532;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,4:7,2:9,2 +chr17 14544331 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:12,2:6,2 +chr17 15075577 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,3:13,1 +chr17 15543021 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016944;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:14,11:17,2 +chr17 15757702 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.26909;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:14,2:17,2 +chr17 16476732 . ATT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,5:1,2 +chr17 16848058 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0087022;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,3:5,2 +chr17 17297016 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.002945;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:15,5:12,4 +chr17 17750551 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0014199;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:10,4:16,6 +chr17 19820088 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00074174;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:8,5:6,4 +chr17 20504029 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0006045;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:12,3:9,6 +chr17 21839232 . GC G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.020857;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:47,11:21,6:26,5 +chr17 21841577 . T G 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.0024614;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:82,14:45,2:37,12 +chr17 21987800 . GTGGAATGGAA G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.049244;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:20,4:12,4 +chr17 22352507 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.003548;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:14,7:11,2 +chr17 22392478 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.036308;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:27,7:4,1 +chr17 22846601 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.083965;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:3,0:33,4 +chr17 22882404 . G A 0 PASS DP=180;GPV=1;SPV=0.004564;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:75,21:36,13:39,8 +chr17 22927792 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:6,4:2,5 +chr17 22927816 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0055231;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:7,3:2,3 +chr17 22963319 . C A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.031592;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:17,5:27,8 +chr17 23169314 . T A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0094581;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:38,6:8,3 +chr17 23169339 . G C 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.0074015;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:41,6:11,4 +chr17 23189772 . A T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.02406;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:14,4:16,2 +chr17 23209679 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17496;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:0,0:25,4 +chr17 26623519 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:0,1:21,4 +chr17 26624350 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,2:5,2 +chr17 26638376 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:9,2:10,2 +chr17 26771693 . G A 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.037516;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:19,3:28,6 +chr17 27034281 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.010988;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,5:13,3 +chr17 27981065 . GGAA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0972;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:15,3:9,2 +chr17 28000235 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0086388;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:14,3:10,5 +chr17 28001490 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0012831;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,2:9,6 +chr17 28540780 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.23366;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:9,4:5,1:4,3 +chr17 28754286 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0033988;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:9,5:0,2 +chr17 29072202 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0071032;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:6,7:1,4 +chr17 29439864 . TAAAAAAAAA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027772;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:5,13:0,6:5,7 +chr17 30221426 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,2:2,3 +chr17 32092192 . CACAT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,1:6,3 +chr17 32977656 . G T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:5,7:0,1 +chr17 33657757 . T TAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021615;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:8,6:6,1 +chr17 34732698 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0017311;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,4:9,4 +chr17 36462975 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,4:6,1 +chr17 37119589 . A AACACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.03771;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,3:5,2 +chr17 37449619 . ATT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:7,12:1,8:6,4 +chr17 37453759 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:9,3:3,2 +chr17 37812533 . TTTG T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:2,3:7,1 +chr17 37840903 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0005812;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:11,8:3,3 +chr17 37880005 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,5:3,4 +chr17 39314795 . C CTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1671;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,4:9,1 +chr17 40985156 . C A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00019486;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:18,8:7,6 +chr17 41110058 . A C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0091119;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:20,6:16,5 +chr17 41494407 . GT G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.046045;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:17,4:20,1 +chr17 41844550 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,2:4,1:3,1 +chr17 42096902 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0021297;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,3:5,5 +chr17 42668821 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,5:9,1:9,4 +chr17 42905430 . AT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028751;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:10,7:8,4 +chr17 42969401 . CTTTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,9:3,7:2,2 +chr17 42990874 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0024629;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,3:10,2 +chr17 43657006 . TTCTTTC T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.22036;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:5,2:23,2 +chr17 43719734 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0063654;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:9,1:15,7 +chr17 43835250 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,3:2,1 +chr17 43931978 . TTC T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.026941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:13,1:9,5 +chr17 44041277 . AAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:6,3:3,1 +chr17 44141903 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.9695e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:13,11:19,4 +chr17 44160573 . TA T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0010264;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:12,1:11,9 +chr17 44312367 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00053327;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:9,2:8,8 +chr17 44414145 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,1:11,3 +chr17 44657378 . CTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:5,4:5,1 +chr17 44727864 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.011706;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:7,3:11,7 +chr17 44950763 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,4:4,6 +chr17 45662311 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0001093;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:10,12:13,6 +chr17 46245030 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,2:3,2 +chr17 46688576 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.00041408;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:3,3:2,5 +chr17 47653271 . A ATT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,3:4,4 +chr17 47794116 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00066634;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,13:10,8:23,5 +chr17 48069597 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042556;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,6:7,1 +chr17 49071922 . CT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0076326;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:11,10:2,1 +chr17 49268682 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11923;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:21,2:15,2 +chr17 50128482 . TCA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0019469;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:3,9:9,1 +chr17 50530493 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.031065;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:9,3:7,5 +chr17 51455573 . G GGTGTGT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0018565;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:8,7:9,5 +chr17 52285783 . CAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:7,8:4,1 +chr17 53560037 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0059126;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,5:9,1 +chr17 54778400 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.087068;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:25,3:7,2 +chr17 55128925 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,4:2,1 +chr17 56495338 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,3:14,1 +chr17 56616510 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0052281;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:8,2:15,4 +chr17 56881321 . GTATATATATTTATATATAATATATGTATATATATATT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:4,3:2,3 +chr17 57216321 . C CTGTGTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,8:3,6:6,2 +chr17 57632941 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.015393;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:27,3:12,4 +chr17 57896767 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr17 58074121 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:11,3:9,1:2,2 +chr17 58482709 . C CAAA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 +chr17 59015364 . G C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014023;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:5,4:10,6 +chr17 59209081 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:4,3:2,1 +chr17 60102060 . GTAAT G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0019854;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,6:9,1 +chr17 60982795 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0020871;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:17,3:7,7 +chr17 61609694 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.00050078;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,14:2,11:4,3 +chr17 61613251 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.10395;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:16,2:17,2 +chr17 62122094 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.029588;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:7,8:5,2 +chr17 62356003 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00025079;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:8,6:11,3 +chr17 62913422 . A C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047988;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:7,4:14,1 +chr17 63942258 . GGTGTGTGTGT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.015475;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:4,3:7,6 +chr17 65093583 . C CTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:7,4:5,1 +chr17 65566160 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0034859;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:21,8:15,7 +chr17 66000371 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00017604;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:11,6:11,9 +chr17 66038110 . A AAAAAAAAAAAG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.002331;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:0,6:0,3:0,3 +chr17 66169282 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025287;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,3:3,3 +chr17 66411242 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.002451;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,10:0,6:1,4 +chr17 66694480 . CAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:10,3:4,1 +chr17 66965185 . CATAT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.029934;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:9,4:9,2 +chr17 68575791 . T TACACACACACACACACAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0067873;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,6:3,4:0,2 +chr17 68880247 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0041203;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,2:11,6 +chr17 68880248 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0018932;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,2:11,7 +chr17 69966706 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,2:1,1:2,1 +chr17 70472124 . T G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00059303;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:17,4:7,5 +chr17 70629593 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.074772;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:14,3:20,4 +chr17 71590803 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.014152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,5:10,5 +chr17 72809202 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:7,1:13,4 +chr17 73276046 . AT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:3,1:5,5 +chr17 74012978 . G GGAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.015103;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:6,5:0,2 +chr17 75696377 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:6,2:7,6 +chr17 75805810 . A ATGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:6,2:13,2 +chr17 76707291 . CTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,5:3,3:6,2 +chr17 77216407 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.03913;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:4,1:2,4 +chr17 77630903 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026515;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,5:1,4:1,1 +chr17 78631456 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,3:4,2 +chr17 79860195 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.043808;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:19,3:16,2 +chr17 81426445 . G T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,2:2,2 +chr17 81613127 . T TAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0011057;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:2,11:2,5:0,6 +chr17 81646679 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:3,4:3,2 +chr17 81950348 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.00089264;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:4,4:4,8 +chr17 82198650 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0081305;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,3:7,2 +chr17 82938894 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,2:4,3 +chr18 893183 . A AAT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:0,2:0,2:0,0 +chr18 897058 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0005865;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:2,9:2,3:0,6 +chr18 1962849 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,1:6,3 +chr18 2689852 . TAAAA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,6:4,5:0,1 +chr18 4034037 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,2:4,3 +chr18 5538995 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,3:1,2:1,1 +chr18 5779294 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.10777;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:10,2:8,1 +chr18 6676936 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=2.9309e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:3,6:10,7 +chr18 7160890 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.047431;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,4:0,0 +chr18 7410240 . C CAA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr18 7968241 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0084281;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 +chr18 8855725 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0084306;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:7,8:2,1 +chr18 10250784 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0046977;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,14:2,10:4,4 +chr18 10733448 . A ATTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.012217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:2,7:1,5:1,2 +chr18 11849513 . A AG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.17398;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:17,1:17,3 +chr18 12285764 . CTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.064336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,3:5,4 +chr18 12319132 . TCC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,4:4,1:8,3 +chr18 13743322 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,3:10,1 +chr18 13880126 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.26692;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,4:9,2:9,2 +chr18 14672212 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 +chr18 14689035 . G GTAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016865;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:4,5:9,3 +chr18 15317868 . CTAAT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025917;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,1:10,4 +chr18 15393025 . T TG 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.034393;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:20,4:25,9 +chr18 15519095 . A C 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.026373;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:76,11:15,2:61,9 +chr18 15521441 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.004315;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:9,10:17,3 +chr18 15530255 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,3:8,1 +chr18 15540190 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:17,4:1,0 +chr18 15601295 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0006152;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:9,6:2,3 +chr18 15662256 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:15,4:1,0 +chr18 15679441 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,2:4,2 +chr18 15691083 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043486;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:2,1:18,4 +chr18 15709768 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.16867;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:1,0:34,4 +chr18 15875759 . A C 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.025693;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:22,3:34,8 +chr18 17777501 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.24484;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:24,4:2,0 +chr18 19275617 . C G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.03903;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,11:32,7:21,4 +chr18 21434499 . ATG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.011679;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,3:5,5 +chr18 21525014 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.011224;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:7,4:3,4 +chr18 21815198 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0089978;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:8,11:5,5 +chr18 22095497 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.000471;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:8,6:20,5 +chr18 22232784 . CCATA C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,4:18,1:12,3 +chr18 22882407 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.2133e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:11,13:6,3 +chr18 23429287 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.012731;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:10,3:15,4 +chr18 24460380 . A C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.015039;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,8:9,4:7,4 +chr18 24460381 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.044901;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,5:9,4:9,1 +chr18 25113764 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:13,2:6,2 +chr18 25113765 . C G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,2:6,2 +chr18 25806054 . T TC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.2201;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,7:8,2:13,5 +chr18 25989683 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,4:5,1 +chr18 26027701 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:2,2:7,3 +chr18 26208457 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00053327;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:12,6:5,4 +chr18 26677728 . AAAG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.054106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:6,4:5,1 +chr18 29103921 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.083134;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:17,1:13,3 +chr18 29997088 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0060788;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:2,5:13,7 +chr18 29997109 . A ATGCTGACAGTGATATAAACAATGAAGTCCAGGC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016716;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:1,4:12,2 +chr18 31960484 . TG T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13025;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:3,3:10,2 +chr18 32586426 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011884;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,3:8,2 +chr18 32782481 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:0,0:4,2 +chr18 32841833 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00085567;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:15,5:7,5 +chr18 33193264 . CAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.12771;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:5,3:3,1 +chr18 33379173 . A AAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3 +chr18 33403489 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.029259;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,7:13,5:6,2 +chr18 34095251 . A ATGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:6,4:7,1 +chr18 34839177 . A C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=2.655e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:8,3:15,10 +chr18 35957482 . G GAGAGAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,6:7,4:4,2 +chr18 37186564 . CAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,9:5,7:2,2 +chr18 37391026 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00068948;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:12,5:12,8 +chr18 38275952 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0062765;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:12,2:13,8 +chr18 40365027 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00020252;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6 +chr18 40381060 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0059034;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,5:10,2 +chr18 40765834 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023838;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:3,3:7,4 +chr18 42154251 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:5,2:1,1:4,1 +chr18 42357665 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.25826;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:4,1:6,3 +chr18 43077102 . CAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,6:5,1 +chr18 44744769 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0017575;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,14:6,6:11,8 +chr18 45935610 . G GC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,4:9,2:9,2 +chr18 46112884 . GTA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:6,1:9,3 +chr18 48149805 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:4,10:1,9:3,1 +chr18 48318214 . C CA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0002648;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:17,9:8,4 +chr18 48514634 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.011726;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,3:9,2 +chr18 48891502 . CAATAAAATAAAATAAAATAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:5,2:8,3 +chr18 49202916 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:2,1:9,7 +chr18 49945762 . GA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.02545;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,5:5,2 +chr18 50325085 . TCTCCTTCCTCCTCCTTCCTC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:1,2:6,6 +chr18 50670756 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:5,3:5,1 +chr18 50689404 . TA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,2:5,4 +chr18 50786538 . A ATTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.20705;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,4:6,1 +chr18 50956895 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.035509;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,10:12,9:4,1 +chr18 51508914 . C CAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,8:10,7:1,1 +chr18 51614342 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0017532;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:10,3:15,8 +chr18 52226373 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031062;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:5,2:17,3 +chr18 53393914 . C CCTCTCTCTCTCTCT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0025253;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,10:3,5:5,5 +chr18 53546311 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=1.9941e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:7,5:10,9 +chr18 56053026 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,2:3,1:0,1 +chr18 57850556 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.080441;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:9,3:14,2 +chr18 57899019 . TGA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.011302;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,2:13,7 +chr18 58403774 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=3.1184e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:5,6:11,5 +chr18 58629563 . T TCACACACACA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,6:3,3:1,3 +chr18 58630618 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,7:9,1:11,6 +chr18 58767872 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:15,4:8,1:7,3 +chr18 58936654 . A AT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.006961;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:13,6:14,2 +chr18 58940923 . T TACACAC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,8:8,6:3,2 +chr18 60393218 . T TG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.020644;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:6,5:7,4 +chr18 60405026 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0090805;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:10,3:16,3 +chr18 61924367 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.039556;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:6,2:12,3 +chr18 61971234 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.024751;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,3:2,4 +chr18 62063292 . G T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:8,1:9,3 +chr18 62502260 . GA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:4,4:5,1 +chr18 62727227 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0087495;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:5,6:2,2 +chr18 63431086 . TGC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.030521;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:15,4:12,2 +chr18 63431089 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.044908;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:16,4:16,2 +chr18 63431090 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.079987;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:14,4:15,1 +chr18 63756804 . T TTG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0040786;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,17:4,9:2,8 +chr18 66361535 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11275;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:13,3:6,2 +chr18 67081282 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00016784;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,5:9,5 +chr18 67515903 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,2:2,1:4,1 +chr18 68469761 . G GGAGAAGAGAAGAGAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:6,4:0,0 +chr18 69335023 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00099736;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:14,10:16,5 +chr18 70444986 . GTTTTT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:7,3:4,1 +chr18 71000492 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0048426;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:10,4:11,4 +chr18 71399982 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0011743;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:18,8:14,3 +chr18 71568486 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.072331;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,4:19,1:13,3 +chr18 72630564 . C CAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.090728;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:9,4:12,2 +chr18 73093799 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016081;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:7,2:14,5 +chr18 73206219 . G GACACAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,7:4,4:1,3 +chr18 73912644 . A ATATATATATATATATACACATATG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.15197;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,6:9,2:12,4 +chr18 74843635 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0025391;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:12,7:10,4 +chr18 76611781 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.15;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:1,2:5,1 +chr18 77690391 . GTCTC G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.098889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:11,1:21,3 +chr18 79016934 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 +chr18 79356880 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,1:4,5 +chr18 79610227 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.064666;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,3:14,1 +chr18 79815441 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:4,7:3,1 +chr19 304172 . A ACAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr19 395904 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.16374;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,1:0,1 +chr19 411240 . C A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.031091;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:18,4:25,6 +chr19 650009 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.21475;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,3:14,1 +chr19 744061 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00010641;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:10,5:9,9 +chr19 1194866 . CTTTTTTTTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,3:6,1 +chr19 1339033 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.021468;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:18,9:2,1 +chr19 1727735 . T TAAAAAAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.025265;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:6,6:7,3 +chr19 1832914 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:9,3:7,1 +chr19 2817957 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,2:9,3 +chr19 2928844 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 +chr19 3595078 . T TA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.032243;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,10:10,8:12,2 +chr19 3648530 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.13255;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,4:18,1:13,3 +chr19 3885109 . T TAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:9,4:6,1 +chr19 4104265 . T TA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.013127;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:5,6:3,1 +chr19 4899765 . A T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,4:3,3:6,1 +chr19 5518924 . A AG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:1,6:6,2 +chr19 6082293 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,8:5,1 +chr19 7231304 . T G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.034112;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:15,2:12,4 +chr19 7772054 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,4:9,2:9,2 +chr19 7925704 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=5.5134e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:35,17:10,5:25,12 +chr19 8781507 . G A 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.01982;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:127,23:36,8:91,15 +chr19 8901307 . TAATAAAATAAAATAAAATAA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020884;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:9,5:7,4 +chr19 9058423 . C G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=6.6761e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:13,6:15,7 +chr19 9169265 . T TATATATATATA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,1:1,3 +chr19 10301479 . G GTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,7:1,5:2,2 +chr19 10319259 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=6.2544e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:12,9:12,5 +chr19 10676260 . GTTTGTTTTTTTTTTTTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,3:5,4 +chr19 11293076 . AT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.002331;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,7:1,4:0,3 +chr19 11414323 . TCATA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:6,1:3,3 +chr19 13340426 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0625;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,3:3,2:1,1 +chr19 13486366 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.069922;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,3:9,1 +chr19 14080097 . T TATAATAATA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,7:11,2:6,5 +chr19 14551950 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,4:0,2:6,2 +chr19 14611371 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,3:3,4 +chr19 15228503 . ATTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,3:4,2 +chr19 15650835 . T TC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,1:10,3 +chr19 15812665 . CAGGA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0 +chr19 16063886 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0030216;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:7,2:14,6 +chr19 17147672 . AT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.016499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:1,3:5,3 +chr19 17896824 . A ATT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.01246;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,7:4,4:6,3 +chr19 17967502 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.081098;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:22,3:11,1 +chr19 18111530 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,8:4,2 +chr19 20397289 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.047956;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,2:4,3 +chr19 20528117 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0004496;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:9,8:11,3 +chr19 21051790 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00057029;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:11,3:17,7 +chr19 23184370 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00089447;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:13,5:11,7 +chr19 23753601 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.011254;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:16,2:9,7 +chr19 24369075 . AAC A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.012591;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:45,15:24,8:21,7 +chr19 24386451 . G T 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.024137;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:33,5:24,2 +chr19 24441846 . C G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.081913;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:13,3:21,2 +chr19 25010777 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr19 26422867 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.081081;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:17,4:0,0 +chr19 26813246 . G C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr19 27127720 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.097906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:26,4:2,0 +chr19 27374600 . T A 0 PASS DP=186;GPV=1;SPV=0.043887;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:85,19:46,10:39,9 +chr19 28625367 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00078261;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:9,4:15,5 +chr19 29434503 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0014364;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:9,5:16,5 +chr19 33095770 . GTCAAA G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0084701;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,3:11,3 +chr19 33131273 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.019439;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,4:7,2 +chr19 33133196 . T TAGAG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.023235;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,8:9,6:10,2 +chr19 33146482 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021073;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,5:2,4:8,1 +chr19 33887997 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.087004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:19,1:13,3 +chr19 34314746 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0046499;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:13,6:25,3 +chr19 35226147 . TC T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.006186;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,5:12,2 +chr19 35359770 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.044605;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:41,14:14,3:27,11 +chr19 35444428 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03285;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,4:3,2 +chr19 35983551 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=8.4921e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,15:7,8:11,7 +chr19 36316392 . A AG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041513;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:9,4:8,3 +chr19 36365959 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:10,3:4,6 +chr19 37035408 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.075302;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:20,2:11,3 +chr19 37214962 . T TA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.008837;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:8,5:2,1 +chr19 37268475 . C CT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.02165;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:11,4:18,2 +chr19 38116538 . A AAAAAG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0031609;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,7:4,3:4,4 +chr19 38317561 . G GT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0035224;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:8,5:9,9 +chr19 38351607 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0051998;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:2,8:8,7 +chr19 38736467 . TTTGACCAAGCCCCAGGGCAGG T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,1:13,3 +chr19 39893575 . G C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.00090425;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:22,4:23,9 +chr19 41365708 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,3:5,2:1,1 +chr19 42309064 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00030325;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:15,8:13,5 +chr19 42326740 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,2:4,1:0,1 +chr19 42826320 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00068948;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:10,4:14,9 +chr19 43057377 . G T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00015269;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:7,10:20,7 +chr19 43516623 . C CTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0048821;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,7:1,6:1,1 +chr19 46060873 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00011238;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:11,5:11,8 +chr19 46846442 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,2:6,1:1,1 +chr19 47816529 . A AT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 +chr19 47884804 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:7,5:6,1 +chr19 47921144 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.037062;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,2:14,4 +chr19 47924231 . G C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:0,1:7,5 +chr19 48101126 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:3,3:2,3 +chr19 49025212 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.037233;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:18,3:13,5 +chr19 49318868 . A ATTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 +chr19 49758152 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0089139;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:14,8:13,4 +chr19 50136384 . G T 0 PASS DP=377;GPV=1;SPV=0.049534;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:211:186,24:99,15:87,9 +chr19 50170961 . CA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.016084;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:19,9:6,2 +chr19 50623613 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.013985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,10:7,8:2,2 +chr19 50993513 . CAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.023045;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,7:3,2 +chr19 51090116 . C G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0002546;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:13,5:15,7 +chr19 51120845 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04669;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:15,6:3,1 +chr19 53060604 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=9.3193e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:14,5:11,8 +chr19 53914273 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:16,4:3,1 +chr19 54914841 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0005758;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:13,7:7,3 +chr19 55082948 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.011603;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:15,4:7,2 +chr19 57179200 . TTC T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.039973;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:10,5:11,3 +chr19 58171286 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:7,1:2,5 +chr19 58349648 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0077494;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,6:3,2 +chr19 58405212 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:3,1:6,7 +chr19 58427348 . TC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,4:0,2:3,2 +chr2 686134 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=4.6765e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:8,6:8,7 +chr2 823560 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00011829;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:4,5:13,7 +chr2 868396 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:1,2:8,3 +chr2 2773501 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00024707;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:11,7:9,4 +chr2 3510143 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.040398;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:8,9:4,1 +chr2 3530344 . T TGG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:0,2:2,2 +chr2 3892603 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00082439;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:12,7:14,5 +chr2 3923534 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00053926;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:10,5:3,3 +chr2 4622211 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00044128;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:14,5:15,5 +chr2 4871563 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0002055;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,5:13,7 +chr2 5573348 . AAAT A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.040398;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,4:6,6 +chr2 6016362 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,5:9,2:3,3 +chr2 6217503 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0029154;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:15,3:15,7 +chr2 6504952 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,2:4,1:1,1 +chr2 7085270 . C CTTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,3:5,3 +chr2 7315365 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.095104;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,2:17,2 +chr2 9079486 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00083483;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:11,5:12,6 +chr2 9514674 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:9,6:2,3 +chr2 9721949 . T G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.002188;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:11,3:9,5 +chr2 10007354 . T TTACTATTATTATTACTACTAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.018762;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,8:6,4:8,4 +chr2 10206245 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01286;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,9:7,1 +chr2 10942692 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00012491;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:9,6:15,8 +chr2 11419508 . A AAAAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0044617;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,14:6,9:4,5 +chr2 12123234 . TC T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.057784;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,3:20,1 +chr2 12369609 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00068121;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:8,6:12,7 +chr2 14716789 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0048249;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:12,3:19,6 +chr2 15723517 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.12206;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:11,3:14,1 +chr2 16279194 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:16,5:5,1:11,4 +chr2 17353616 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=6.5042e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:12,9:11,9 +chr2 17839195 . TA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,5:3,1 +chr2 19144887 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0062663;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,14:9,10:7,4 +chr2 22050337 . A C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.012493;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:4,4:30,3 +chr2 22659875 . GCT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020734;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,14:1,7:2,7 +chr2 23120687 . GCGCA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0047709;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,13:11,9:6,4 +chr2 23714239 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:3,7:11,3 +chr2 23899918 . CTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:4,3:5,3 +chr2 23942967 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:5,4:5,4 +chr2 24912585 . GCA G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,4:8,1:7,3 +chr2 25224723 . TTATTA T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,13:1,8:5,5 +chr2 25625551 . ATT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.29515;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:8,3:2,3 +chr2 25728041 . A ATG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025825;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:10,6:6,3 +chr2 26995780 . G GGTGTGTGTGT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,9:9,5:3,4 +chr2 27691592 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0069071;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:4,7:6,3 +chr2 28461572 . C CAAAATAAAATAAATAAAAT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:5,3:7,11 +chr2 29717171 . C CAAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:4,3:5,1 +chr2 30681899 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.17647;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,7:5,6:2,1 +chr2 32001032 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,5:8,1 +chr2 32930451 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.031062;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,5:14,2:8,3 +chr2 33476728 . C CCT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,9:4,7:6,2 +chr2 35007269 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.028792;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:4,3:9,3 +chr2 36506181 . TCACA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,5:9,2:9,3 +chr2 37968438 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:4,5:2,1 +chr2 38164595 . C CACATATATATATATAT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:9,2:4,3 +chr2 38253252 . G GT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0025391;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:12,4:10,7 +chr2 38392479 . C CCAG 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.011868;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,10:4,9:0,1 +chr2 39010899 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021442;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:11,3:9,3 +chr2 39045273 . A AGTGTGT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,4:8,3:1,1 +chr2 39648042 . G GTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,8:9,7:2,1 +chr2 42018932 . AAAAAGAAAAG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,8:2,4:9,4 +chr2 42060586 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.030521;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:10,2:17,4 +chr2 42060587 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.092279;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4 +chr2 42409722 . AAAAAAAAT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.043423;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,2:5,3 +chr2 43046823 . ATCTCTCTCTC A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,3:11,1 +chr2 43297376 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,4:0,1 +chr2 43455520 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.031253;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,7:13,4:5,3 +chr2 44457350 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00026731;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:15,10:13,5 +chr2 45611225 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=4.6208e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:12,13:6,6 +chr2 46855243 . TCACACACACACA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,7:2,1:1,6 +chr2 48834300 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047515;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,5:9,5 +chr2 49257453 . C CTTTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,5:10,2:6,3 +chr2 50352778 . T A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:6,3:10,1 +chr2 51504651 . TGC T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,4:2,3:4,1 +chr2 51778275 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00095347;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,7:3,6:1,1 +chr2 51983544 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.011603;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:8,4:14,2 +chr2 52334968 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00031271;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:14,3:9,9 +chr2 52449055 . G GTAGTAATAATAATAATAATAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.046146;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,1:7,5 +chr2 52852312 . T TG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0035088;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,11:8,9:5,2 +chr2 54237533 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00069999;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:14,4:8,4 +chr2 54513707 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00086088;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:14,5:9,5 +chr2 55728945 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.728e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:11,6:6,9 +chr2 56430889 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00020585;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:14,6:10,9 +chr2 56450099 . G GTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:8,3:1,2 +chr2 57116261 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0045171;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:14,7:14,2 +chr2 57569891 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.001022;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:15,5:16,5 +chr2 59467199 . GTTCATGGCATC G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00092621;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:10,6:8,5 +chr2 59755611 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.001853;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:8,7:2,4 +chr2 59892090 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00046907;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:10,8:14,4 +chr2 60901148 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,2:4,3 +chr2 60901151 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,3:6,1:0,2 +chr2 61572716 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:5,4:0,2 +chr2 62357869 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,5:9,2:7,3 +chr2 65218878 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.017225;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,4:0,0 +chr2 66341454 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.093185;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,3:14,1 +chr2 66794702 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,4:8,3:6,1 +chr2 68170747 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.062714;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,6:10,5:2,1 +chr2 68760882 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.26383;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,5:9,3:11,2 +chr2 69027621 . A AGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034996;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:9,1:5,5 +chr2 69639050 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0036826;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:11,6:13,4 +chr2 70293546 . C G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=6.2443e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:13,6:11,5 +chr2 70637928 . A AAAAATAAAAT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.030455;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,7:4,4:7,3 +chr2 71097711 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,6:6,5:3,1 +chr2 71521673 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=7.7661e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:13,8:13,6 +chr2 71618566 . GTT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.16209;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:15,1:7,2 +chr2 72144081 . C G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.0019761;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:24,5:24,6 +chr2 74135948 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,9:2,8:1,1 +chr2 75813568 . C CT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.088868;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,1:16,3 +chr2 76443314 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,10:1,6:5,4 +chr2 77648462 . T G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:3,8:4,5 +chr2 78093492 . A AT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0082887;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:9,7:15,3 +chr2 78710692 . A AAAGGAAGG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,5:4,4:11,1 +chr2 79056095 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021576;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,3:7,6 +chr2 79521107 . GATATATATATATATATATATATATATATATAT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:4,1:3,3 +chr2 82053878 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0040548;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:3,8:12,5 +chr2 82182734 . TC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.042901;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,3:6,2 +chr2 82182736 . C G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.03771;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,3:7,2 +chr2 82182739 . ACTCTC A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045519;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,3:7,2 +chr2 82441284 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0037091;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,4:11,2 +chr2 82784939 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.033516;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:10,2:13,7 +chr2 85328781 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:36:1,4:0,1:1,3 +chr2 86303212 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.030556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:5,4:5,1 +chr2 86905522 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.038493;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:15,11:11,2 +chr2 87018492 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr2 87214518 . G T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0037978;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:13,9:19,7 +chr2 87222922 . GGT G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048406;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:14,2:6,6 +chr2 87236895 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,3:8,1 +chr2 87429621 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.064666;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3 +chr2 87429622 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.059209;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,2:12,3 +chr2 87430689 . AAGCC A 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.02276;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:68,15:34,5:34,10 +chr2 88983107 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.018478;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:22,3:19,3 +chr2 89592132 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00069917;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:1,3:10,7 +chr2 89617384 . AAT A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.029803;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:11,7:18,4 +chr2 89836731 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0094399;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:21,3:11,4 +chr2 89909729 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:8,8:0,1 +chr2 89919282 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20218;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 +chr2 90294162 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.043004;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:18,5:16,2 +chr2 90312003 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.002038;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:7,4:16,7 +chr2 90321917 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.046456;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:35,7:19,1:16,6 +chr2 90332248 . TTA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.057842;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 +chr2 90356850 . A ATT 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.045905;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:28,6:28,5 +chr2 90382966 . A G 0 PASS DP=217;GPV=1;SPV=0.040517;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:119:102,17:11,2:91,15 +chr2 90401914 . T A 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.028609;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:142,17:61,10:81,7 +chr2 91426791 . A G 0 PASS DP=417;GPV=1;SPV=0.027406;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:196,31:125,20:71,11 +chr2 91442435 . C A 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.024717;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:48,15:21,5:27,10 +chr2 91458943 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0053553;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:23,9:9,2 +chr2 91496251 . C CAAAAA 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.038126;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:51,8:28,7:23,1 +chr2 91516287 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.074336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,4:9,1 +chr2 91519296 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3 +chr2 91542845 . C CGT 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.032792;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,12:16,7:12,5 +chr2 91545052 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0050385;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,8:6,2 +chr2 91551347 . A C 0 PASS DP=137;GPV=1;SPV=0.0093814;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:70,8:32,4:38,4 +chr2 91675456 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.032567;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:8,5:17,6 +chr2 92132618 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.14256;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:19,1:12,3 +chr2 92249636 . A C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10559;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:6,3:26,1 +chr2 92254569 . G C 0 PASS DP=121;GPV=1;SPV=0.011495;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:57,10:28,5:29,5 +chr2 92261556 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:1,1:6,3 +chr2 92276085 . T G 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.027257;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:94,17:33,8:61,9 +chr2 92309923 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr2 92309928 . T A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.15584;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr2 92383293 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.019781;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:22,8:3,3 +chr2 92499753 . T G 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.027282;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:74,10:54,7:20,3 +chr2 92533519 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.11998;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:21,3:8,1 +chr2 92556579 . A T 0 PASS DP=268;GPV=1;SPV=0.0026044;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:133,25:101,20:32,5 +chr2 92728437 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.20161;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:2,0:26,4 +chr2 92759321 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17984;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:11,3:5,1:6,2 +chr2 92774895 . C A 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.035957;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:8,2:51,5 +chr2 92839048 . T A 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.032518;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:77,13:38,2:39,11 +chr2 92839081 . G A 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.041615;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:78,19:24,6:54,13 +chr2 92889972 . CAT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 +chr2 93001964 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.025228;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:18,6:11,1 +chr2 93009752 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.074238;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:50,6:41,5:9,1 +chr2 93039692 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:18,4:2,0 +chr2 93040550 . C G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.029623;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:20,1:25,4 +chr2 93042746 . G T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.13043;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr2 93087515 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.11326;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:16,4:25,1 +chr2 93096128 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:21,4:0,0 +chr2 93097106 . C G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr2 93100515 . T G 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.035602;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:75,12:51,7:24,5 +chr2 93151427 . T A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13971;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:1,0:17,4 +chr2 93255109 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:0,0:16,4 +chr2 93265760 . A C 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.020561;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:99:88,11:82,9:6,2 +chr2 93316463 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.17028;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:8,3:8,3:0,0 +chr2 93332537 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,1:5,3 +chr2 93473588 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:22,1:4,3 +chr2 93628626 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,1:9,3 +chr2 93641763 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:3,2:9,5 +chr2 93694069 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr2 93821099 . A G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.027524;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:13,7:2,1 +chr2 93961018 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044901;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:4,1:14,4 +chr2 93972780 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.048464;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:11,2:21,2 +chr2 94084851 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,3:14,1 +chr2 94087228 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0071633;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:20,3:11,3 +chr2 94156216 . A AG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.068436;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:8,1:6,4 +chr2 94156217 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.025213;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,1:5,5 +chr2 94156218 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,1:5,3 +chr2 94995255 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.19632;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,3:17,1:6,2 +chr2 94995261 . GC G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.096964;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,5:18,2:11,3 +chr2 94995266 . G GC 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.06862;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,7:15,3:9,4 +chr2 95543732 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.010404;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:21,5:11,3 +chr2 96060658 . T C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.016173;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:52,19:24,15:28,4 +chr2 96805418 . G GT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:9,7:0,2 +chr2 97012153 . A AAAATAAAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031844;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,8:10,1 +chr2 97588780 . A G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:2,1:4,5 +chr2 97665723 . CTCTCTCTCTCTCTCTATA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.17028;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,8:2,4:6,4 +chr2 97979503 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.015826;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:12,5:10,5 +chr2 101712903 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.019985;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:4,8:5,2 +chr2 106289319 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.06044;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:20,1:9,3 +chr2 107433356 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.083772;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,8:9,4:6,4 +chr2 108098643 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.026352;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:9,3:11,7 +chr2 108360003 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0094843;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:1,4:8,7 +chr2 108452847 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.074614;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:17,2:9,2 +chr2 108500159 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:0,2:0,2:0,0 +chr2 109185314 . T G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0030216;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:12,2:9,6 +chr2 111351928 . A AT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.036735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,9:11,5:10,4 +chr2 111639504 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.075514;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:12,2:22,3 +chr2 112167884 . TG T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,2:3,2 +chr2 112388323 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,4:12,1 +chr2 113520484 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.075302;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:18,1:13,4 +chr2 113562784 . T C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.017729;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:22,2:14,6 +chr2 113587861 . TCTGCCCTCACTGTGCAATTCCAGGAGTGTTTTTCCTTC T 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.042403;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:59,12:37,3:22,9 +chr2 113597419 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.054436;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:23,4:12,2 +chr2 113693857 . CTTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0083313;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:7,7:4,2 +chr2 116864344 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01315;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,3:7,4 +chr2 116873420 . CTGT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0027601;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:7,7:7,7 +chr2 117652617 . T G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.013487;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,2:2,4 +chr2 117652670 . A AAG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:14,3:2,1 +chr2 118620788 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01064;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,3:10,2 +chr2 119360512 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:3,4:8,4 +chr2 120680498 . C G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr2 121799626 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019794;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,4:14,2 +chr2 122793789 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.1439;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,1:13,3 +chr2 123567325 . C CAAAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,3:7,1 +chr2 124296151 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00047821;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:16,7:4,3 +chr2 124317198 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0047364;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:9,3:14,8 +chr2 125499797 . CT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0060611;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,11:5,8:6,3 +chr2 125798730 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0024512;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:24,9:8,5 +chr2 125854365 . G C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.001166;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:12,4:18,9 +chr2 125891353 . GTA G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:3,4:0,0 +chr2 125988641 . A AT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0035375;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:12,1:7,5 +chr2 127221243 . ATTTTT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.010374;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,9:4,4:5,5 +chr2 127711424 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 +chr2 128079612 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,3:4,1:1,2 +chr2 128677264 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.022564;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:8,9:19,2 +chr2 128677265 . A C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.010895;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:8,9:19,2 +chr2 129973563 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.009946;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:10,4:14,3 +chr2 130110807 . A T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.021839;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,6:3,4 +chr2 130124424 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.026369;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:7,5:11,3 +chr2 130197270 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037457;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:11,1:6,8 +chr2 130607976 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:0,1:7,4 +chr2 130622941 . T G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011854;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:8,5:13,2 +chr2 130623738 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.084757;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,2:18,2 +chr2 130648059 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.010368;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:27,4:18,5 +chr2 130781815 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 +chr2 130926008 . T TTTTCTTTC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:4,1:10,3 +chr2 131040025 . A C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.042386;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:19,4:20,1 +chr2 131264373 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.010286;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:5,2:15,7 +chr2 131602701 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.20119;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:42,5:21,1:21,4 +chr2 132591278 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.067079;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,7:1,1:8,6 +chr2 132886169 . TA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00055994;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:16,22:9,14:7,8 +chr2 133444399 . G GAT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030805;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,7:3,4:9,3 +chr2 133839416 . T TA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0044;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,10:5,7:12,3 +chr2 136566790 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.8037e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:11,5:10,9 +chr2 136709397 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088906;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,1:9,3 +chr2 137404476 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:3,1:2,1 +chr2 137729042 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.033228;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:16,1:12,5 +chr2 138089369 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00040347;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:8,9:17,5 +chr2 140112660 . G GAGAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.015385;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,10:11,6:2,4 +chr2 140696743 . C A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=8.9862e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:18,4:15,11 +chr2 142086635 . AC A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,3:4,1 +chr2 142797765 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.024846;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:8,6:3,1 +chr2 145635002 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.20979;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:4,3:2,1 +chr2 145687047 . A AT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0016822;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:11,5:15,6 +chr2 146937086 . AATGGATGGATGG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,8:5,1 +chr2 147673537 . C CT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.032095;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,6:13,5:3,1 +chr2 148176304 . GT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:14,3:4,1 +chr2 148270393 . A ATT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022676;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:14,8:7,5 +chr2 149156621 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.001804;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:9,9:5,6 +chr2 149674983 . CTA C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.055991;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:15,4:14,2 +chr2 149675019 . CTA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0083039;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:13,6:5,4 +chr2 149705978 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.17217;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,5:4,2:5,3 +chr2 150658979 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,9:3,6:5,3 +chr2 153246512 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0022088;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,6:16,3 +chr2 153719837 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.6328e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:20,12:12,5 +chr2 154620975 . TCCTTTCTC T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10935;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:3,2:21,3 +chr2 155334085 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:11,5:3,3 +chr2 155334086 . AG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016761;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,6:9,3:3,3 +chr2 155671369 . GA G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 +chr2 158216386 . CTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.047101;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:3,4:6,1 +chr2 158750164 . AGT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,11:4,7:1,4 +chr2 159874069 . TAA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,1:17,3 +chr2 159874084 . G GTA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.023496;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:8,5:14,5 +chr2 160191662 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.030011;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:17,5:16,2 +chr2 160681459 . C CTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,1:4,3 +chr2 161109807 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.029557;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:20,5:19,3 +chr2 162820033 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,3:6,1 +chr2 163102493 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,8:4,6:4,2 +chr2 163758054 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.7651e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:8,8:12,4 +chr2 165147294 . GGT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.021659;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:10,9:6,1 +chr2 166154444 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031046;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,3:10,2 +chr2 168752279 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:3,2:2,2 +chr2 169656413 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,1:13,3 +chr2 169838387 . TTG T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,6:2,4:2,2 +chr2 170160245 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:6,4:8,2 +chr2 170866189 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0040937;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:19,2:9,6 +chr2 170921192 . GTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:4,4:4,2 +chr2 171272618 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049667;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:6,4:7,3 +chr2 172709045 . TC T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.042184;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:16,3:15,2 +chr2 172911758 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,7:7,5:3,2 +chr2 173939765 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,2:4,1:3,1 +chr2 174347609 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.21107;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:14,3:5,2 +chr2 174409249 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058443;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,3:10,2 +chr2 175000137 . AT A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0055138;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:8,6:8,4 +chr2 175777946 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00025893;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:9,4:17,9 +chr2 177044292 . GACACAC G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0086042;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:13,7:5,6 +chr2 177414897 . C CGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047817;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:9,6:7,2 +chr2 177453190 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=9.674e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,17:8,8:6,9 +chr2 178016408 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.046186;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:12,3:18,2 +chr2 179332330 . AAAAAGG A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.060034;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:8,1:16,3 +chr2 179395127 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:12,3:12,4 +chr2 179427024 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.5381e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:11,5:10,8 +chr2 181301902 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,1:16,3 +chr2 181301903 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.11998;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:11,1:18,3 +chr2 182169922 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0066141;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,6:2,4:1,2 +chr2 182437546 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0057252;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:14,5:16,4 +chr2 183278919 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00031881;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:6,4:13,6 +chr2 184271914 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.7586e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:17,8:11,9 +chr2 185865597 . A C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.033768;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:21,2:8,10 +chr2 185933382 . CAATA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,7:9,3 +chr2 186007102 . T TTCTCTCTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:12,4:2,3 +chr2 186213505 . TACAC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:10,2:3,4 +chr2 186961457 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,8:3,5:2,3 +chr2 187944437 . CTTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0089783;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,11:1,7:2,4 +chr2 188424486 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0031368;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:10,7:15,1 +chr2 188466445 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,2:5,1:2,1 +chr2 188773787 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.072845;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:16,3:13,2 +chr2 189019131 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00021002;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:11,8:12,6 +chr2 190373244 . T G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.020223;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:6,4:10,7 +chr2 190953950 . A ATGTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.23366;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:4,2:5,2 +chr2 191723162 . G GGTGTGT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065471;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,7:9,6:4,1 +chr2 191743433 . AAC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:14,3:12,1 +chr2 192037614 . GAAAGAGAGAGAGGAGAGAAAGAGAGAGAA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.043842;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:6,4:6,2 +chr2 192532343 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0057103;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:10,2:11,9 +chr2 193202938 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00014249;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:9,5:7,8 +chr2 195195545 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0015408;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:5,4:15,6 +chr2 195567625 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:2,0:19,4 +chr2 196051520 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.01728;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:14,3:19,4 +chr2 196248599 . C CACAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,1:10,3 +chr2 196362318 . TACACAC T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:9,5:0,3 +chr2 198043881 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,3:1,1:3,2 +chr2 198114672 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0035421;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:7,1:15,7 +chr2 198668815 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00034628;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,18:8,12:4,6 +chr2 199256010 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=1.5662e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:14,7:6,8 +chr2 199409072 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0013049;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:17,4:17,7 +chr2 200027694 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:8,7:3,1 +chr2 200657167 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 +chr2 201247190 . CAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.028846;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,7:1,6:3,1 +chr2 202029033 . CAA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033431;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,6:8,5:7,1 +chr2 202767157 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14804;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:18,4:7,1 +chr2 205920262 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.048094;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:20,4:7,1 +chr2 208834439 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06057;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,2:8,3 +chr2 210361142 . G C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.8667e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:14,9:9,8 +chr2 210388024 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0039305;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:11,4:8,2 +chr2 213994049 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0068919;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:4,6:16,2 +chr2 215538054 . TC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.14395;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:10,1:10,3 +chr2 215538058 . T A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,1:10,3 +chr2 217528407 . A ATTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,4:4,1:4,3 +chr2 217566745 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0032397;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:16,7:11,3 +chr2 217980506 . C G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,4:6,2:6,2 +chr2 218561652 . GA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:5,3:2,4 +chr2 222407553 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.19804;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:13,4:5,1 +chr2 223266827 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,2:16,2 +chr2 224535001 . AAAATAAATAAATAAATAAATAAAT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13236;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,7:5,2:18,5 +chr2 225878815 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,5:1,2:4,3 +chr2 226242491 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00085757;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:17,8:8,4 +chr2 226706767 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,5:6,2:6,3 +chr2 226981435 . C CA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0035718;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:12,5:12,3 +chr2 227569414 . CAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.03733;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:3,3:2,3 +chr2 227660450 . T G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,2:3,1:4,1 +chr2 228203825 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00051786;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:7,4:17,5 +chr2 229308673 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:5,5:1,1 +chr2 230645163 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0016474;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:14,5:18,7 +chr2 230834879 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0066905;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,13:8,9:5,4 +chr2 231017939 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,5:6,1:9,4 +chr2 231628970 . GA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,6:3,1 +chr2 231837173 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.17925;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:13,2:7,1 +chr2 232180329 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2 +chr2 232673907 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.010538;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,10:4,9:3,1 +chr2 233494920 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.00024999;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:3,10:3,6:0,4 +chr2 233567321 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.089909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,2:16,2 +chr2 233852579 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023915;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,3:8,6 +chr2 234170428 . T TTTTTTTTG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:0,3:6,3 +chr2 235090896 . CTTCT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.082337;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,6:5,1:11,5 +chr2 236160238 . AGTGT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0055603;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,15:3,3:12,12 +chr2 236358897 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00054254;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:11,6:13,7 +chr2 236736477 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0032397;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:10,5:17,5 +chr2 236893471 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:7,2:6,1:1,1 +chr2 238780120 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.020642;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:8,7:10,3 +chr2 238783555 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.059999;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:9,5:16,1 +chr2 240479065 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0012641;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:11,5:16,4 +chr2 240516151 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,2:16,2 +chr2 240976023 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.7383e-08;SS=2;SSC=72;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:20,18:10,11:10,7 +chr2 242138000 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024789;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:3,1:5,4 +chr20 348484 . C CGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.19369;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:3,2:7,3 +chr20 850094 . T TACACACACAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.045151;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:10,6:3,1 +chr20 2842821 . GATAGACAT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:2,2:6,2 +chr20 3998574 . CAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:2,4:0,0 +chr20 4168883 . CTATTTTATTT C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.025866;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:10,3:13,10 +chr20 4971299 . A AAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.01398;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:10,4:5,5 +chr20 5583225 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:3,8:3,1 +chr20 6188805 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00060177;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:14,6:17,7 +chr20 6368317 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.011069;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:18,6:11,4 +chr20 7051087 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.067292;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:9,2:14,4 +chr20 8031594 . G GT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:10,12:2,2:8,10 +chr20 8031779 . GATGT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.045366;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:13,9:5,2 +chr20 10498679 . CTTTTCT C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.097509;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,5:11,1:8,4 +chr20 10558363 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,4:5,1:5,3 +chr20 11519528 . C CATATATATAT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.039737;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:5,4:3,1 +chr20 11945540 . C CAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,4:10,4:1,0 +chr20 12188094 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0072434;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:12,3:13,5 +chr20 12506579 . TACACACACACACAC T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0090498;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,5:3,3:0,2 +chr20 13347841 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0088148;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,8:11,7:7,1 +chr20 13655841 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00072644;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:11,6:7,5 +chr20 14854463 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0033296;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:12,3:4,4 +chr20 15713995 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:16,3:7,1 +chr20 16847421 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,3:7,3 +chr20 17164720 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.02905;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:9,5:10,1 +chr20 19758209 . TTCCTCCTCTTCCTCC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.030792;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:7,1:6,4 +chr20 19844713 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.038406;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,6:3,4:5,2 +chr20 20054014 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00062341;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,14:4,9:5,5 +chr20 20098607 . C CAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:5,6:4,1 +chr20 20594728 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,5:5,1 +chr20 21215901 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=5.8478e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:5,4:9,7 +chr20 22082830 . A ATC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,2:8,2 +chr20 22145884 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.046659;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:9,5:12,3 +chr20 22907106 . A AT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.023323;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:6,6:8,5 +chr20 23648220 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,2:2,1:3,1 +chr20 23794248 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.028266;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:9,1:11,5 +chr20 24543152 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00058827;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:11,4:10,6 +chr20 26553908 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 +chr20 26553909 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:1,0:14,4 +chr20 26558541 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.034074;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:27,5:7,4 +chr20 26558545 . A G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.046841;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:34,8:26,4:8,4 +chr20 26755238 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.013832;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:16,8:0,1 +chr20 27161441 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.083817;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:9,1:13,3 +chr20 27571425 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.27668;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:13,3:0,0 +chr20 28498801 . GA G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.047062;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:26,8:12,3 +chr20 28513354 . T C 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.018002;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:133,17:89,10:44,7 +chr20 28513906 . A G 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.024244;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:89,17:11,1:78,16 +chr20 28525782 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.045506;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:10,3:21,1 +chr20 28530574 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,1:8,3 +chr20 28764397 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0060655;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,3:12,6 +chr20 28841135 . A T 0 PASS DP=489;GPV=1;SPV=0.012388;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:274:235,39:145,24:90,15 +chr20 29048293 . G A 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.030284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:59,14:27,10:32,4 +chr20 29053060 . T G 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.01669;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:87,11:32,3:55,8 +chr20 29074228 . C T 0 PASS DP=330;GPV=1;SPV=0.011905;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:160,18:78,6:82,12 +chr20 29092153 . T A 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.0081632;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:76,16:49,7:27,9 +chr20 29484239 . C T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.0056503;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:59,20:33,4:26,16 +chr20 29484262 . T C 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.0027154;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:53,16:28,4:25,12 +chr20 29513191 . C T 0 PASS DP=269;GPV=1;SPV=0.015832;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:155:126,29:59,9:67,20 +chr20 29518883 . T A 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.044612;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:74,12:38,6:36,6 +chr20 29764762 . A T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:5,2:13,2 +chr20 29775827 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.031184;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:17,4:22,1 +chr20 29813639 . A G 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.036467;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:59,12:35,2:24,10 +chr20 29938136 . C A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.044012;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:32,11:4,1 +chr20 29993826 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1 +chr20 30019959 . C G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.040043;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,5:0,1:1,4 +chr20 30177373 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0069365;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:20,6:8,1 +chr20 30218923 . GGT G 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.038382;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:61,12:33,5:28,7 +chr20 30319291 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:18,1:15,3 +chr20 30756889 . T G 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.019521;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:71,13:23,3:48,10 +chr20 31055141 . T A 0 PASS DP=190;GPV=1;SPV=0.022857;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:80,18:44,10:36,8 +chr20 31064593 . T TGGAAA 0 PASS DP=330;GPV=1;SPV=0.0271;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:129,22:58,5:71,17 +chr20 31072067 . G GTGGAATGGAA 0 PASS DP=453;GPV=1;SPV=0.0097515;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:266:150,27:81,19:69,8 +chr20 31832757 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.003828;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:13,6:13,6 +chr20 32094705 . AAAAGAAAGAAAG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.076981;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:11,6:10,1 +chr20 32176929 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:12,1:3,3 +chr20 32683247 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049275;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 +chr20 32964005 . C CCTTCTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.18393;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:14,2:12,2 +chr20 33087753 . C CACACACACACAA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.017877;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,12:12,6:9,6 +chr20 33128672 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.035909;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,6:18,3:15,3 +chr20 33486424 . TTG T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10954;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:18,2:15,3 +chr20 34659444 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.11202;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:17,3:11,2 +chr20 34659445 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.18741;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,3:19,1 +chr20 35644636 . CTGAGAA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0029127;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:12,7:6,5 +chr20 35722427 . A AAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019548;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:5,5:5,2 +chr20 35756444 . CAAA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00096242;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,15:6,13:1,2 +chr20 37067781 . A C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,1:6,3 +chr20 37677407 . T TGAGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:4,2:2,4 +chr20 38122424 . TATATATATATATACACAC T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:4,2:3,5 +chr20 38124075 . TTA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0096618;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,3:2,4 +chr20 39546333 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0011917;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:11,7:17,3 +chr20 39944581 . C CGTGT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.018762;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:10,5:4,3 +chr20 40435661 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.071891;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:23,3:13,2 +chr20 40799508 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0017052;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:15,9:16,5 +chr20 42794816 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:2,6:5,1 +chr20 43761217 . T G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:7,3:17,2 +chr20 44352966 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10927;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:7,6:8,1 +chr20 44722467 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:4,2:6,2 +chr20 47191415 . GTGGATGGATGGATGGA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0016586;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:3,7:7,3 +chr20 47510432 . C CAAAAAAAAAA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,4:2,1 +chr20 47890678 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.023472;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,1:15,4 +chr20 48250829 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.046816;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:7,3:5,5 +chr20 48573458 . AGTTCTCATCACCAACTGCCTCATCCTGGTTTGAAGACAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0073297;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,4:2,3 +chr20 49022432 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,3:6,3 +chr20 49254660 . G C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0013432;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,17:9,11:6,6 +chr20 49323619 . TAA T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0032734;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,7:2,6:1,1 +chr20 49401268 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0047847;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,2:3,3 +chr20 50094038 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,4:4,1:5,3 +chr20 50681241 . AAG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 +chr20 50782593 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.022677;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:13,5:12,1 +chr20 51540658 . G T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:1,1:6,1 +chr20 52733811 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.04287;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:5,4:10,5 +chr20 52986401 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01441;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:6,5:7,2 +chr20 53595046 . C CA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.054945;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,3:3,3:0,0 +chr20 53670953 . A AG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0031242;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:4,6:4,7 +chr20 53853717 . GGAAGGAAGGAAAGAAA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:12,4:0,0 +chr20 54058593 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1 +chr20 55688941 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.010968;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:6,2:12,4 +chr20 55977899 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11424;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:3,4:12,2 +chr20 56735857 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0004781;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,13:0,2:6,11 +chr20 56888307 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00051706;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:7,2:16,8 +chr20 57031886 . TG T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:1,2:12,2 +chr20 57550651 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0016175;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:7,8:15,3 +chr20 57850478 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0020871;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:6,7:18,3 +chr20 57931378 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.014582;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:16,6:18,6 +chr20 58974064 . GGAGGAGGAAGAGGAAGAA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011329;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,7:6,2 +chr20 59050022 . C CTCTTTCTTTCTT 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0096894;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:7,6:2,1:5,5 +chr20 60298262 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00038112;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:14,8:10,4 +chr20 60356443 . CATATATATATAT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,5:2,1 +chr20 60937919 . TAGTC T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:3,2:6,2 +chr20 60992639 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.34103;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,4:6,2:11,2 +chr20 61242949 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0095364;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,4:7,5 +chr20 63113757 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.02916;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,7:17,4:5,3 +chr20 63550977 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00012058;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:16,7:9,5 +chr20 64201999 . CCGCGTGTCGGGAACCCCT C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.025141;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:12,6:13,3 +chr21 5221111 . C T 0 PASS DP=309;GPV=1;SPV=0.041809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:171:147,24:90,12:57,12 +chr21 5233816 . G T 0 PASS DP=368;GPV=1;SPV=0.037938;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:196,25:133,17:63,8 +chr21 5336009 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:8,2:11,2 +chr21 6439083 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,1:1,5 +chr21 7259334 . A AGGAAT 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.010542;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:66,8:31,5:35,3 +chr21 7272733 . G A 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.026258;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:53,13:32,6:21,7 +chr21 7318241 . G C 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.016977;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:76,22:38,5:38,17 +chr21 7923952 . C T 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.002962;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:67,18:32,10:35,8 +chr21 7925632 . G A 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.018535;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:73,22:36,12:37,10 +chr21 7930930 . G A 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.046012;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:102,23:47,14:55,9 +chr21 7947527 . CCCATT C 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.021582;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:67,17:30,6:37,11 +chr21 7954799 . G A 0 PASS DP=208;GPV=1;SPV=0.024987;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:95,23:46,11:49,12 +chr21 7956049 . A C 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.041181;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:85,20:38,11:47,9 +chr21 7957932 . T A 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.011693;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:63,20:32,11:31,9 +chr21 7958822 . T A 0 PASS DP=387;GPV=1;SPV=0.048533;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:217:183,34:90,15:93,19 +chr21 8233759 . GTCTC G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.010825;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:28,7:16,5:12,2 +chr21 8441992 . GGGC G 0 PASS DP=2900;GPV=1;SPV=0.042171;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:1670:1429,170:517,60:912,110 +chr21 8529040 . T C 0 PASS DP=235;GPV=1;SPV=0.0075541;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:119,17:60,12:59,5 +chr21 8563236 . AC A 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.0071452;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:50,9:19,2:31,7 +chr21 8591154 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,3:10,1 +chr21 8664871 . GAAATGATGAGACA G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.038552;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:26,3:13,7 +chr21 8683354 . C T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.0040996;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:66,19:39,11:27,8 +chr21 8700048 . G A 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.017086;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:57,16:29,10:28,6 +chr21 8770206 . T C 0 PASS DP=211;GPV=1;SPV=0.038583;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:92,21:42,13:50,8 +chr21 8783441 . G GT 0 PASS DP=237;GPV=1;SPV=0.030156;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:94,21:44,10:50,11 +chr21 8786423 . TTCC T 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.047543;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:124,22:79,15:45,7 +chr21 8798435 . C T 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.026255;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:77,18:50,8:27,10 +chr21 8806432 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0024099;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:4,3:6,8 +chr21 8819260 . C CT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0059286;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:12,8:18,3 +chr21 8824094 . T TA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11785;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:4,3:9,3 +chr21 8832187 . A C 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.0024352;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:45,17:22,8:23,9 +chr21 8850324 . C T 0 PASS DP=502;GPV=1;SPV=0.01289;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:278:250,28:132,16:118,12 +chr21 8853786 . C T 0 PASS DP=530;GPV=1;SPV=0.035337;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:287:257,30:129,11:128,19 +chr21 8855438 . T A 0 PASS DP=325;GPV=1;SPV=0.041858;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:147:130,17:93,15:37,2 +chr21 8857169 . C T 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.0012623;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:150,19:77,10:73,9 +chr21 8858565 . G C 0 PASS DP=575;GPV=1;SPV=0.031343;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:329:295,34:187,16:108,18 +chr21 8864192 . G A 0 PASS DP=447;GPV=1;SPV=0.043599;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:248:219,29:95,9:124,20 +chr21 8882912 . C G 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.031042;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:107,26:61,16:46,10 +chr21 8997035 . C T 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.00075409;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:119,26:47,13:72,13 +chr21 9020577 . G C 0 PASS DP=286;GPV=1;SPV=0.035284;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:135,25:61,15:74,10 +chr21 9061147 . G A 0 PASS DP=269;GPV=1;SPV=0.023936;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:142:123,19:54,9:69,10 +chr21 9063715 . C T 0 PASS DP=309;GPV=1;SPV=0.017066;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:144,20:68,11:76,9 +chr21 9079810 . A G 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.0018708;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:76,18:34,5:42,13 +chr21 9084776 . C T 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.036095;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:70,18:33,8:37,10 +chr21 9088617 . G A 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.0283;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:179:156,23:46,8:110,15 +chr21 9093909 . T A 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.032151;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:120:100,20:33,8:67,12 +chr21 9095993 . C G 0 PASS DP=201;GPV=1;SPV=0.01759;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:90,14:37,11:53,3 +chr21 9100763 . G A 0 PASS DP=493;GPV=1;SPV=0.011475;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:264:228,36:111,13:117,23 +chr21 9107269 . G C 0 PASS DP=240;GPV=1;SPV=0.018499;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:108,22:55,15:53,7 +chr21 9127820 . T C 0 PASS DP=480;GPV=1;SPV=0.039051;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:264:223,41:121,16:102,25 +chr21 9133399 . A G 0 PASS DP=273;GPV=1;SPV=0.032516;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:163:140,23:71,8:69,15 +chr21 9134566 . G T 0 PASS DP=405;GPV=1;SPV=0.02972;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:234:196,38:84,15:112,23 +chr21 9134738 . T TC 0 PASS DP=351;GPV=1;SPV=0.0034009;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:157,23:90,18:67,5 +chr21 9177783 . G A 0 PASS DP=401;GPV=1;SPV=0.035694;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:205:173,32:83,15:90,17 +chr21 9183977 . G T 0 PASS DP=396;GPV=1;SPV=0.0064327;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:206:169,37:85,16:84,21 +chr21 9249156 . T A 0 PASS DP=418;GPV=1;SPV=0.0014397;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:169,27:88,16:81,11 +chr21 9250971 . G A 0 PASS DP=449;GPV=1;SPV=0.049173;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:251:222,29:111,21:111,8 +chr21 9253375 . C A 0 PASS DP=569;GPV=1;SPV=0.014473;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:310:275,35:165,22:110,13 +chr21 9255185 . T A 0 PASS DP=539;GPV=1;SPV=0.012857;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:301:269,32:134,21:135,11 +chr21 9255403 . C T 0 PASS DP=512;GPV=1;SPV=0.046245;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:282:252,30:125,17:127,13 +chr21 9257802 . A T 0 PASS DP=488;GPV=1;SPV=0.047707;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:260:232,28:111,9:121,19 +chr21 9257908 . G T 0 PASS DP=608;GPV=1;SPV=0.011602;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:323:280,43:133,19:147,24 +chr21 9259952 . C A 0 PASS DP=521;GPV=1;SPV=0.010574;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:257:213,26:118,12:95,14 +chr21 9269934 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.032349;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,8:17,6:29,2 +chr21 9271680 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:29,3:1,1 +chr21 9274079 . G GA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2 +chr21 9281724 . T C 0 PASS DP=242;GPV=1;SPV=0.014968;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:121,23:79,15:42,8 +chr21 9281917 . C A 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.022598;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:137:119,18:52,10:67,8 +chr21 9290140 . T C 0 PASS DP=350;GPV=1;SPV=0.037032;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:159,18:74,7:85,11 +chr21 9296068 . T A 0 PASS DP=278;GPV=1;SPV=0.02408;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:163:138,25:52,6:86,19 +chr21 9296372 . A AG 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.013408;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:207:182,25:96,17:86,8 +chr21 9298276 . G A 0 PASS DP=340;GPV=1;SPV=0.036769;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:151,30:55,13:96,17 +chr21 9302284 . TG T 0 PASS DP=423;GPV=1;SPV=0.036025;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:223:199,24:95,11:104,13 +chr21 9302286 . T TAA 0 PASS DP=419;GPV=1;SPV=0.043678;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:219:182,24:86,9:96,15 +chr21 9302543 . G A 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.047274;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:160,24:82,7:78,17 +chr21 9305569 . A T 0 PASS DP=312;GPV=1;SPV=0.004428;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:155,25:73,11:82,14 +chr21 9307181 . T G 0 PASS DP=374;GPV=1;SPV=0.033666;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:215:190,25:82,11:108,14 +chr21 9309745 . C T 0 PASS DP=334;GPV=1;SPV=0.0012439;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:209:174,30:92,20:82,10 +chr21 9312447 . C T 0 PASS DP=423;GPV=1;SPV=0.047154;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:236:207,29:109,17:98,12 +chr21 9314168 . C G 0 PASS DP=483;GPV=1;SPV=8.5725e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:273:215,58:104,32:111,26 +chr21 9317020 . G C 0 PASS DP=263;GPV=1;SPV=0.01741;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:111,19:64,14:47,5 +chr21 9320170 . G A 0 PASS DP=407;GPV=1;SPV=0.0012808;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:180,47:65,33:115,14 +chr21 9321156 . G C 0 PASS DP=358;GPV=1;SPV=0.0034652;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:199:175,24:77,13:98,11 +chr21 9324923 . C T 0 PASS DP=345;GPV=1;SPV=0.033353;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:200:171,29:98,14:73,15 +chr21 9325560 . C T 0 PASS DP=516;GPV=1;SPV=0.022753;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:296:266,30:148,16:118,14 +chr21 9327769 . G A 0 PASS DP=361;GPV=1;SPV=0.0017408;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:194:168,26:90,16:78,10 +chr21 9327799 . G A 0 PASS DP=405;GPV=1;SPV=8.6454e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:220:189,31:92,20:97,11 +chr21 9329414 . G C 0 PASS DP=377;GPV=1;SPV=0.019855;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:171,27:76,14:95,13 +chr21 9331000 . C T 0 PASS DP=284;GPV=1;SPV=0.0013678;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:125,31:63,18:62,13 +chr21 9331071 . C T 0 PASS DP=305;GPV=1;SPV=9.4138e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:170:134,36:68,21:66,15 +chr21 9331208 . T C 0 PASS DP=326;GPV=1;SPV=0.0090971;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:199:162,37:82,17:80,20 +chr21 9333403 . A T 0 PASS DP=329;GPV=1;SPV=0.0066175;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:190:158,32:76,18:82,14 +chr21 9333753 . G A 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.0015494;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:120,34:50,17:70,17 +chr21 9335609 . T G 0 PASS DP=259;GPV=1;SPV=0.035129;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:144:121,23:70,9:51,14 +chr21 9337270 . A T 0 PASS DP=282;GPV=1;SPV=0.0053293;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:120,29:54,14:66,15 +chr21 9338092 . T C 0 PASS DP=290;GPV=1;SPV=0.00086025;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:127,32:53,15:74,17 +chr21 9340700 . G C 0 PASS DP=297;GPV=1;SPV=0.0068861;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:138,28:66,15:72,13 +chr21 9342509 . G A 0 PASS DP=342;GPV=1;SPV=0.021826;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:185:160,25:61,11:99,14 +chr21 9346496 . A T 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.036759;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:185:160,25:82,14:78,11 +chr21 9346571 . T C 0 PASS DP=392;GPV=1;SPV=0.02125;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:193:173,20:89,5:84,15 +chr21 9349138 . G GC 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.049995;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:149,20:79,10:70,10 +chr21 9350854 . C T 0 PASS DP=387;GPV=1;SPV=0.0078513;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:190,31:95,17:95,14 +chr21 9353047 . G T 0 PASS DP=341;GPV=1;SPV=0.0063786;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:182:148,34:85,19:63,15 +chr21 9354467 . C T 0 PASS DP=332;GPV=1;SPV=0.0098387;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:188:162,26:49,11:113,15 +chr21 9354918 . T G 0 PASS DP=353;GPV=1;SPV=0.046627;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:166,26:90,11:76,15 +chr21 9356868 . C T 0 PASS DP=464;GPV=1;SPV=0.021887;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:265:237,28:132,13:105,15 +chr21 9358898 . T C 0 PASS DP=352;GPV=1;SPV=0.020415;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:173:144,29:69,16:75,13 +chr21 9363273 . C T 0 PASS DP=321;GPV=1;SPV=0.012606;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:168,24:97,16:71,8 +chr21 9363641 . C T 0 PASS DP=241;GPV=1;SPV=0.045542;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:100,21:41,10:59,11 +chr21 9367042 . A G 0 PASS DP=642;GPV=1;SPV=0.0028539;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:356:318,38:167,21:151,17 +chr21 9368429 . C T 0 PASS DP=683;GPV=1;SPV=0.046887;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:380:340,40:158,21:182,19 +chr21 9369655 . G A 0 PASS DP=525;GPV=1;SPV=0.036189;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:275:240,35:130,21:110,14 +chr21 9370242 . G A 0 PASS DP=444;GPV=1;SPV=0.0022937;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:194,33:85,16:109,17 +chr21 9373504 . G GAGAT 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.019397;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:194:162,32:72,14:90,18 +chr21 9568769 . C A 0 PASS DP=153;GPV=1;SPV=0.0005032;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:60,29:34,16:26,13 +chr21 9569908 . C T 0 PASS DP=200;GPV=1;SPV=0.036987;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:82,19:46,9:36,10 +chr21 9573354 . C T 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.018604;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:56,17:29,10:27,7 +chr21 9575796 . C T 0 PASS DP=234;GPV=1;SPV=0.039889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:115,21:57,10:58,11 +chr21 9579060 . A G 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.02489;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:48,14:32,6:16,8 +chr21 9585984 . C G 0 PASS DP=249;GPV=1;SPV=0.0098747;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:98,24:49,12:49,12 +chr21 9593820 . C T 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.016174;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:76,16:24,8:52,8 +chr21 9595670 . C T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.025548;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:62,14:36,6:26,8 +chr21 9604294 . C T 0 PASS DP=144;GPV=1;SPV=0.036297;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:61,14:28,6:33,8 +chr21 9611369 . C CT 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.03177;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,12:24,8:15,4 +chr21 9622929 . C T 0 PASS DP=135;GPV=1;SPV=0.026582;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:58,16:38,6:20,10 +chr21 9644497 . G T 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.019348;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:57,18:40,8:17,10 +chr21 9653120 . A G 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.0013323;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:54,25:27,13:27,12 +chr21 9691585 . C T 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.014408;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:98:74,24:35,13:39,11 +chr21 9700317 . G T 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.035691;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:47,13:29,4:18,9 +chr21 9717066 . A G 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.03647;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:79,12:45,7:34,5 +chr21 9722947 . A G 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.022057;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:71,16:33,10:38,6 +chr21 9765078 . GTATATATATA G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0027332;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:14,10:10,8:4,2 +chr21 9806006 . G A 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.0014147;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:69,24:29,11:40,13 +chr21 9820500 . C G 0 PASS DP=414;GPV=1;SPV=0.0030957;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:218:186,28:100,18:86,10 +chr21 9820892 . C G 0 PASS DP=427;GPV=1;SPV=0.047126;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:225:181,33:92,18:89,15 +chr21 9821495 . G C 0 PASS DP=541;GPV=1;SPV=0.035867;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:316:269,47:113,25:156,22 +chr21 9824116 . C T 0 PASS DP=420;GPV=1;SPV=0.013515;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:247:210,37:131,25:79,12 +chr21 9827822 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.047138;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:19,6:11,2 +chr21 9874259 . A T 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.032088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:76,14:39,3:37,11 +chr21 9885332 . CT C 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.013025;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:68,21:36,15:32,6 +chr21 9907282 . AT A 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.018567;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:70,8:35,3:35,5 +chr21 9922536 . A T 0 PASS DP=136;GPV=1;SPV=0.00058342;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:57,10:25,7:32,3 +chr21 9983152 . A G 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.022997;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:53,16:26,8:27,8 +chr21 10002648 . C G 0 PASS DP=117;GPV=1;SPV=0.015345;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:47,17:20,11:27,6 +chr21 10334729 . C T 0 PASS DP=320;GPV=1;SPV=0.035482;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:195:167,28:88,20:79,8 +chr21 10360392 . G A 0 PASS DP=443;GPV=1;SPV=0.03335;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:238:204,34:109,15:95,19 +chr21 10369115 . C T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.032698;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:66,17:22,3:44,14 +chr21 10393398 . A C 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.049025;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:116,17:75,11:41,6 +chr21 10401605 . T C 0 PASS DP=251;GPV=1;SPV=0.016593;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:132:114,18:73,15:41,3 +chr21 10421129 . C T 0 PASS DP=199;GPV=1;SPV=0.0065045;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:87,21:39,9:48,12 +chr21 10427641 . A G 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.0011008;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:213:176,37:88,18:88,19 +chr21 10434766 . G A 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.043736;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:32,6:38,4 +chr21 10442800 . G T 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.0040681;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:106,27:58,13:48,14 +chr21 10443821 . C A 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.020561;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:89,11:44,6:45,5 +chr21 10446922 . G T 0 PASS DP=310;GPV=1;SPV=0.031393;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:162,18:96,12:66,6 +chr21 10468490 . T TGTGTGC 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.0029326;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:136,38:73,14:63,24 +chr21 10480037 . C G 0 PASS DP=351;GPV=1;SPV=0.03139;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:186:160,26:83,16:77,10 +chr21 10581802 . G A 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.023901;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:81,19:36,8:45,11 +chr21 10656340 . A C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.0083471;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:46,11:32,5:14,6 +chr21 10685060 . C G 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.006956;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:70,25:30,12:40,13 +chr21 10805196 . CA C 0 PASS DP=239;GPV=1;SPV=0.010772;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:105,28:60,18:45,10 +chr21 12979753 . G T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.035953;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:71,17:38,6:33,11 +chr21 13069293 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.076851;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,3:18,1 +chr21 13485129 . T C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.012989;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:19,11:17,3 +chr21 13885151 . A C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022967;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:1,1:2,6 +chr21 13942417 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00094846;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:6,9:7,6 +chr21 14017766 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:6,3:13,1 +chr21 16256630 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00045891;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:11,5:9,6 +chr21 16284658 . T TTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049827;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:10,6:9,3 +chr21 17365348 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0013438;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,5:9,1 +chr21 17703814 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035087;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:9,8:9,2 +chr21 18369973 . C CAAAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:3,7:1,6:2,1 +chr21 18387612 . TACACACACACAC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,12:4,5:2,7 +chr21 18705237 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=3.7005e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:10,8:9,8 +chr21 19154405 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0062692;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,3:10,6 +chr21 19345908 . A ATGTC 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.040844;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,6:16,1:5,5 +chr21 19729409 . A AT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.057692;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,6:4,5:1,1 +chr21 20488919 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:1,3:0,1:1,2 +chr21 20969566 . T TTACAATGAAAAATTCAG 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.025865;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,5:8,4 +chr21 21343352 . T TACACACACAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:3,4:6,5 +chr21 21742582 . A AT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:1,4:4,3 +chr21 24243452 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.05154;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,2:10,3 +chr21 25220910 . AT A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01828;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:13,5:10,6 +chr21 27131296 . C A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0016717;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:12,7:19,4 +chr21 27298943 . TA T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.038795;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:7,5:13,3 +chr21 27448654 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.001437;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:10,4:15,7 +chr21 27502369 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0015405;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,6:9,3 +chr21 27531878 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:4,5:2,1 +chr21 27904417 . A AAAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.090194;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,1:10,3 +chr21 27951396 . A AT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:14,8:5,2 +chr21 28179992 . C CTA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.15237;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,6:18,5:22,1 +chr21 28864900 . T TAG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.043206;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:7,6:10,1 +chr21 29296049 . CAA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.025586;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:10,11:1,1 +chr21 29519883 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.15909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,5:3,3:1,2 +chr21 29860020 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0085539;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:17,8:14,1 +chr21 29905619 . ATTTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0219;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,4:3,3 +chr21 30153223 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.048244;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:12,1:15,5 +chr21 30558081 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,9:0,5:4,4 +chr21 30826651 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:5,4:2,2 +chr21 30866484 . G GTA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0018511;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,8:2,4:0,4 +chr21 31584399 . C CTTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,4:8,1:4,3 +chr21 32652938 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.9826e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:26,20:12,12:14,8 +chr21 32892695 . CTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:0,0:9,4 +chr21 35554234 . C CT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.016968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:2,4:2,3 +chr21 35851420 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.29167;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,3:1,1:3,2 +chr21 35865916 . G C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.019153;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:22,4:13,5 +chr21 36644650 . ATATATG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.098394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2 +chr21 38329455 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:14,5:18,2 +chr21 38799741 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.022806;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:26,5:17,4 +chr21 38905139 . T TAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.18048;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,5:12,3:12,2 +chr21 38915434 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,4:6,1 +chr21 39917573 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=4.1799e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:16,24:8,14:8,10 +chr21 39974524 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038306;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,4:9,2 +chr21 40151130 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.019542;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:23,5:20,6 +chr21 40266635 . T TTATATATATATA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.29464;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:5,4:3,1 +chr21 40453040 . T TTGTGTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,5:7,2:5,3 +chr21 40765100 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.038274;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:15,4:9,2:6,2 +chr21 40856357 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.009884;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:20,8:5,3:15,5 +chr21 41041897 . AAG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,4:8,3:11,1 +chr21 41179498 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.036089;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:6,4:1,1 +chr21 41518516 . AC A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.022054;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:19,7:11,1 +chr21 41604381 . CTTTCTTTCTCTTTCTTTCTTTCT C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.011513;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:4,3:28,7 +chr21 42401381 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.051203;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:14,2:6,4 +chr21 43736629 . GTT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0054348;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,13:4,11:4,2 +chr21 43965613 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.045689;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:29,1:14,6 +chr21 44676286 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0034821;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:20,7:18,3 +chr21 44925418 . GGGAGGGAAGGAA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.013474;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:12,6:4,4 +chr21 45511088 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:7,1:7,3 +chr21 45987789 . CG C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0031242;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:2,7:6,6 +chr21 46134707 . C CAGGGTGAGGGTG 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0035197;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,11:6,7:2,4 +chr21 46135340 . CAATGTCCCCTCA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.019042;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:4,3:10,11 +chr21 46201032 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.19313;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,4:4,2:25,2 +chr21 46503681 . CTTTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041461;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:4,4:13,3 +chr21 46506724 . T TTTC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1356;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:5,2:27,4 +chr21 46523393 . AT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.018157;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,13:10,8:6,5 +chr22 10519159 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.016106;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:31,10:0,1 +chr22 10540138 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.053114;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:21,3:7,1 +chr22 10692797 . C A 0 PASS DP=249;GPV=1;SPV=0.0086306;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:108,25:61,8:47,17 +chr22 10711502 . G A 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.012888;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:84,19:42,10:42,9 +chr22 10718972 . C A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.012144;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:19,3:23,6 +chr22 10719050 . C CTCCAT 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.041973;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,7:13,2:18,5 +chr22 10730754 . CTTG C 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.030973;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:100,23:57,10:43,13 +chr22 10737681 . T A 0 PASS DP=330;GPV=1;SPV=0.047801;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:154,21:71,7:83,14 +chr22 10747004 . G T 0 PASS DP=343;GPV=1;SPV=0.016617;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:149,28:95,11:54,17 +chr22 11038491 . T C 0 PASS DP=287;GPV=1;SPV=0.015677;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:139,20:75,11:64,9 +chr22 11039319 . ATT A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.018223;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:93,17:43,11:50,6 +chr22 11043051 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.021519;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:48,10:27,7:21,3 +chr22 11048550 . T A 0 PASS DP=222;GPV=1;SPV=0.001035;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:114,16:52,4:62,12 +chr22 11048836 . T C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.0070553;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:77,12:30,3:47,9 +chr22 11050709 . G A 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.00091932;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:112,23:68,9:44,14 +chr22 11056810 . A G 0 PASS DP=292;GPV=1;SPV=4.9242e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:168:138,30:78,14:60,16 +chr22 11058156 . A T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.0096308;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:55,12:21,5:34,7 +chr22 11284131 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.034481;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,3:7,3 +chr22 11284214 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=5.846e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:11,4:7,13 +chr22 11315794 . G A 0 PASS DP=265;GPV=1;SPV=0.017106;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:145:119,26:67,13:52,13 +chr22 11617036 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.000638;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:35,15:15,6:20,9 +chr22 11617229 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.043506;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:41,14:24,3:17,11 +chr22 11691473 . A G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.026654;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:19,2:14,7 +chr22 11789412 . A C 0 PASS DP=236;GPV=1;SPV=0.02995;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:109,17:50,8:59,9 +chr22 11831534 . T C 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.038796;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:59,9:13,2:46,7 +chr22 11834556 . T C 0 PASS DP=345;GPV=1;SPV=0.029507;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:159,25:63,3:96,22 +chr22 11850005 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0068281;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:13,6:11,5 +chr22 11855791 . A G 0 PASS DP=440;GPV=1;SPV=0.045175;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:252:213,39:85,4:128,35 +chr22 11859488 . C T 0 PASS DP=191;GPV=1;SPV=0.030041;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:86,13:36,2:50,11 +chr22 11865928 . G A 0 PASS DP=232;GPV=1;SPV=0.0098825;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:113,15:71,12:42,3 +chr22 11866660 . T C 0 PASS DP=377;GPV=1;SPV=0.015796;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:192:159,33:89,12:70,21 +chr22 11869587 . T C 0 PASS DP=309;GPV=1;SPV=0.029408;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:147,17:65,10:82,7 +chr22 11869839 . G A 0 PASS DP=182;GPV=1;SPV=0.047269;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:92,15:23,4:69,11 +chr22 11890253 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.032708;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:16,3:3,1 +chr22 11890558 . T A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.046989;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:67,12:45,10:22,2 +chr22 11890603 . A T 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.0044489;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:27,5:20,7 +chr22 11892130 . C T 0 PASS DP=296;GPV=1;SPV=0.016442;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:170:143,27:87,14:56,13 +chr22 11900144 . T C 0 PASS DP=299;GPV=1;SPV=0.028786;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:163:137,26:95,10:42,16 +chr22 11902251 . C A 0 PASS DP=677;GPV=1;SPV=0.022691;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:378:333,45:181,21:152,24 +chr22 11902252 . A T 0 PASS DP=667;GPV=1;SPV=0.015515;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:375:328,47:166,21:162,26 +chr22 11911908 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.066379;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,8:8,6:10,2 +chr22 11928081 . A G 0 PASS DP=655;GPV=1;SPV=0.048726;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:375:336,39:183,20:153,19 +chr22 11936070 . A T 0 PASS DP=418;GPV=1;SPV=0.00059618;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:209:167,42:88,25:79,17 +chr22 11942334 . C G 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.021383;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:165,33:44,21:121,12 +chr22 11947623 . C A 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.0050579;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:85,10:45,3:40,7 +chr22 11950047 . A G 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.044156;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:80,10:40,6:40,4 +chr22 11950699 . TATAC T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.012602;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:10,2:28,10 +chr22 11958784 . C A 0 PASS DP=154;GPV=1;SPV=0.0042434;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:81:64,17:36,10:28,7 +chr22 12043389 . CT C 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.013846;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:77,13:42,6:35,7 +chr22 12047416 . A G 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.038584;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:52,15:21,4:31,11 +chr22 12071725 . T A 0 PASS DP=209;GPV=1;SPV=0.018587;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:110,13:59,10:51,3 +chr22 12073053 . A G 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.04415;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:82,19:39,9:43,10 +chr22 12078216 . T A 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.044888;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:85,19:40,8:45,11 +chr22 12088780 . CTT C 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.0010345;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:61,17:25,12:36,5 +chr22 12088800 . A T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.0065432;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:73,16:27,10:46,6 +chr22 12093764 . T C 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.0048439;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:92,23:51,11:41,12 +chr22 12096985 . ATTTG A 0 PASS DP=162;GPV=1;SPV=0.0042836;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:94:76,18:47,7:29,11 +chr22 12138075 . A G 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.007091;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:231:206,25:101,16:105,9 +chr22 12156723 . A C 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.041292;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:58,9:13,2:45,7 +chr22 12200447 . C T 0 PASS DP=337;GPV=1;SPV=0.041512;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:180:156,24:63,8:93,16 +chr22 12208541 . C T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.029756;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:70,17:27,7:43,10 +chr22 12213734 . G A 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.0092587;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:128,21:52,9:76,12 +chr22 12277008 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00093163;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,3:3,6 +chr22 12284638 . A G 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.020841;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:108,19:68,13:40,6 +chr22 12305907 . A G 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.047813;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:100,21:78,18:22,3 +chr22 12349893 . T G 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.044175;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:134:118,16:63,5:55,11 +chr22 12504173 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 +chr22 12592601 . G A 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.0059851;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:92,19:40,4:52,15 +chr22 12617705 . C A 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.034319;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:69,14:32,8:37,6 +chr22 12697095 . G C 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.014095;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:97:79,18:40,10:39,8 +chr22 12700082 . A T 0 PASS DP=183;GPV=1;SPV=0.025064;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:111:91,20:55,11:36,9 +chr22 12721756 . T C 0 PASS DP=220;GPV=1;SPV=0.0062308;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:94,27:37,17:57,10 +chr22 12723439 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.044668;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:42,9:14,5:28,4 +chr22 12789806 . C CAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,6:4,1 +chr22 12807011 . G C 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.022184;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:74,14:40,5:34,9 +chr22 12810751 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0027702;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:45,11:31,4:14,7 +chr22 12810923 . G GTAAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.15236;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,5:29,2:14,3 +chr22 12817696 . C A 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.040334;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:22,5:30,2 +chr22 12869391 . T C 0 PASS DP=402;GPV=1;SPV=0.0010087;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:219:193,26:72,9:121,17 +chr22 12877926 . A T 0 PASS DP=281;GPV=1;SPV=0.037111;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:136,24:77,12:59,12 +chr22 12883528 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.012287;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:22,4:6,2 +chr22 12895438 . G C 0 PASS DP=279;GPV=1;SPV=0.017536;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:161:134,27:85,13:49,14 +chr22 12897751 . C A 0 PASS DP=285;GPV=1;SPV=0.00022687;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:159:127,32:82,21:45,11 +chr22 12901664 . C A 0 PASS DP=223;GPV=1;SPV=0.011487;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:128:106,22:47,11:59,11 +chr22 12903574 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0063397;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:33,4:0,4 +chr22 12903902 . C A 0 PASS DP=328;GPV=1;SPV=0.0083562;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:161,36:75,24:86,12 +chr22 15412353 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.03885;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:22,9:22,4 +chr22 15548844 . C T 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.028064;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:34,8:12,1 +chr22 15659861 . T TA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.036709;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:0,2:22,7 +chr22 15680325 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.019548;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:1,1:9,6 +chr22 15708540 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.036782;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,2:4,3 +chr22 15731112 . G C 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.038977;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:61,13:40,11:21,2 +chr22 15794011 . TA T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr22 15797061 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.068133;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:14,3:21,2 +chr22 15837366 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14691;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:14,4:13,1 +chr22 15855606 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.19154;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:7,2:14,2 +chr22 16421475 . T G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.010599;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:16,9:23,7 +chr22 16477420 . TAA T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0076984;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:34,16:10,12:24,4 +chr22 16883577 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.066681;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:17,4:19,1 +chr22 17886804 . CAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0040786;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:6,7:1,1 +chr22 18084239 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.045694;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:8,5:5,1 +chr22 18197351 . G C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:0,0:6,3 +chr22 18204790 . T TATATA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.019827;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:16,6:9,3 +chr22 18204837 . CATATATT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15941;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,3:13,1 +chr22 18394806 . G T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr22 18508963 . CTTT C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.040005;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,10:22,9:10,1 +chr22 18817078 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.1063;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:20,3:23,2 +chr22 18850435 . C T 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.0015486;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:71,22:38,18:33,4 +chr22 18864613 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.063369;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:18,2:13,3 +chr22 18945973 . T G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.020498;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:19,2:16,12 +chr22 19761611 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0020111;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:17,6:22,5 +chr22 20336043 . TA T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045135;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:13,2:19,3 +chr22 20695805 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04045;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:14,4:25,2 +chr22 21085828 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.039018;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,5:6,5 +chr22 21178758 . C G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.019424;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:46,14:19,5:27,9 +chr22 21184688 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,2:3,2 +chr22 21218520 . G T 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.010965;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:36,6:23,1 +chr22 21223209 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.045809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:4,5:12,5 +chr22 21224952 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.015733;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:73,15:37,9:36,6 +chr22 21256883 . C T 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.022731;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:56,16:31,6:25,10 +chr22 21306870 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr22 22393137 . GA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,5:9,2:10,3 +chr22 22485355 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0012565;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:11,5:12,6 +chr22 22501019 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011299;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,8:5,1 +chr22 23953122 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.020062;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:10,5:15,3 +chr22 24251077 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.077531;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:10,4:20,1 +chr22 24611773 . TTG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0081121;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,8:3,1 +chr22 24647131 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.026665;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:14,6:25,10 +chr22 24649431 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.047266;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,12:15,5:17,7 +chr22 25499786 . TCC T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,3:2,1:0,2 +chr22 25867619 . A ATTTCTTTC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.013499;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:4,5:12,7 +chr22 25913947 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0021771;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:12,8:19,1 +chr22 26116686 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.064244;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:13,2:19,2 +chr22 26316871 . GGAAA G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.012566;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,10:14,4:4,6 +chr22 26371066 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00070453;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:3,3:15,5 +chr22 26661959 . TATAC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.31818;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,2:4,1:1,1 +chr22 26720774 . G GAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.056191;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:6,6:4,1 +chr22 27053565 . CTCTATATATA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,2:2,1:1,1 +chr22 28243174 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0055997;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,9:4,5:3,4 +chr22 29412875 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00051119;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:15,20:7,10:8,10 +chr22 29704228 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chr22 33559379 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0081203;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,4:11,1 +chr22 33597278 . GAA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0019281;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,9:4,2 +chr22 34151456 . C CAAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.012882;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:8,6:1,1 +chr22 34300459 . C CTTTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.029051;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:5,1:4,5 +chr22 35013180 . T TA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:2,1:3,4 +chr22 35117748 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:7,1:15,2 +chr22 35709064 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0012095;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:15,4:8,4 +chr22 36214791 . CTG C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,7:4,6:3,1 +chr22 36227315 . CAAAAA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.023574;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:10,13:6,11:4,2 +chr22 37079017 . G GAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:20,1:4,3 +chr22 39050030 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,2:9,8 +chr22 40149679 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0046348;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,4:3,4 +chr22 40722477 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035315;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,8:11,6:4,2 +chr22 41312439 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,6:10,1:7,5 +chr22 42024930 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0003718;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:15,6:11,6 +chr22 42055525 . G T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=5.3881e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:26,22:11,9:15,13 +chr22 42424414 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.020223;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,11:7,8:9,3 +chr22 43032297 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:8,1:4,4 +chr22 43417447 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.011166;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:2,4:6,5 +chr22 43705251 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.02165;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:14,5:15,1 +chr22 43863195 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0056305;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,5:7,8 +chr22 44347793 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00023745;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:38,15:18,3:20,12 +chr22 44408281 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0029154;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:14,7:16,3 +chr22 44637661 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=8.388e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,13:16,2:16,11 +chr22 44854024 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 +chr22 44940388 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.024567;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:14,1:20,5 +chr22 45028914 . GGTTTTGCTCCCTCTACCTC G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.008813;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,3:10,4 +chr22 45031952 . GTCAGGCATTCTAATGGAATTCAGGTATTCTAATGGAT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11126;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:17,4:9,2 +chr22 46224970 . CT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:18,1:5,3 +chr22 46941418 . A AATAT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.041497;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:15,8:7,4:8,4 +chr22 48729291 . A T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.053977;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,3:10,2 +chr22 49017619 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.038146;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:17,7:17,2 +chr22 49017662 . T TC 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.024998;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:12,11:16,3 +chr22 49031662 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00070453;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:14,4:4,4 +chr22 49149250 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.025733;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:4,7:13,3 +chr22 49700961 . C CT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0099688;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:20,4:9,4 +chr3 811946 . G GCACCA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.039018;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,5:7,5 +chr3 2658965 . GACAC G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045366;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:13,8:5,3 +chr3 2677449 . T TAGAG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,2:8,2 +chr3 2937137 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.2852e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:12,9:12,7 +chr3 3282501 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:1,3:7,4 +chr3 3284839 . T TTTCTTCTTCTTC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 +chr3 3763961 . GT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0017181;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,10:1,7:1,3 +chr3 3790537 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,2:7,3 +chr3 4255552 . CAAG C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.044074;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,5:9,3 +chr3 5827030 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0030859;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:14,5:19,5 +chr3 6338735 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.026658;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:17,6:13,1 +chr3 6802586 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:2,4:5,5 +chr3 7939348 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:9,5:6,6 +chr3 8149448 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,2:3,1:1,1 +chr3 9218606 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.001437;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:15,5:10,6 +chr3 9323802 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.02826;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:15,5:18,3 +chr3 10410412 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00021271;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:15,7:12,5 +chr3 12108899 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0043761;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:8,3:12,4 +chr3 13009209 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.015217;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:11,3:12,4 +chr3 15272630 . CAT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.049315;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:16,3:9,6 +chr3 16761247 . T TTC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,4:7,2 +chr3 16761248 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026224;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:1,5:3,1 +chr3 18084532 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:4,4:4,2 +chr3 18097749 . CTCA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,2:14,2 +chr3 18097755 . CTGA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,2:12,2 +chr3 18097762 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,2:14,2 +chr3 18097763 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,2:15,2 +chr3 18097765 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,2:16,2 +chr3 18362860 . C CAAAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:5,4:0,0 +chr3 19434174 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0062647;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:11,5:17,7 +chr3 19562991 . AACACAC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 +chr3 20061990 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,3:11,1 +chr3 21229506 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00059631;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:9,3:14,9 +chr3 21681698 . G GA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,4:4,2 +chr3 21838694 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00088019;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:15,6:9,7 +chr3 21881627 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.5681e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,19:7,12:4,7 +chr3 22697698 . G GAAAAGAAA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,3:1,2:0,1 +chr3 23102581 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:8,5:13,1 +chr3 23420498 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=7.6729e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:12,7:5,4 +chr3 23579384 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,5:3,1 +chr3 23716050 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0029924;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:5,5:3,7 +chr3 23883904 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,5:9,4:3,1 +chr3 23950902 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.01174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:5,3:6,6 +chr3 24375396 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,5:10,2:8,3 +chr3 26821412 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021052;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:9,3:17,4 +chr3 27282571 . T TTATATATA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10815;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:16,4:14,2 +chr3 28563427 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.026091;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:7,6:6,5 +chr3 29109615 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10779;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,2:11,2 +chr3 29162145 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.016632;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:9,4:6,2 +chr3 29281114 . G GT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.008413;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,11:3,2:1,9 +chr3 30297039 . G GCACACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.020174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:11,3:2,3 +chr3 31489183 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.077118;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:18,5:3,1 +chr3 31738855 . T G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0033714;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:15,6:11,4 +chr3 31856069 . T TAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.025986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,10:7,6:3,4 +chr3 33166012 . C CAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.01217;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,14:5,12:7,2 +chr3 33433365 . TA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:8,12:4,6:4,6 +chr3 33433367 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,10:3,5:4,5 +chr3 33715847 . TAA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:4,6:1,1 +chr3 33852925 . C CTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,8:2,6:1,2 +chr3 34676329 . A ATTGCACACTTGCAAATACCAGCAAGTGTGGTAT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.17768;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,2:16,2 +chr3 35057370 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=6.1031e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:7,8:12,3 +chr3 35671582 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0090318;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:6,1:11,6 +chr3 36300868 . A ATACG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,3:8,1 +chr3 36533475 . GTTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046664;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,7:6,6:3,1 +chr3 38621506 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0056191;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:16,3:10,6 +chr3 39571649 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,1:7,3 +chr3 40426107 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0043505;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,6:2,1 +chr3 42416008 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,3:3,2:2,1 +chr3 43903722 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01463;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,7:5,1 +chr3 44126691 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00014161;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:11,10:9,3 +chr3 45068384 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00057944;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:14,7:10,5 +chr3 45415809 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0063539;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:3,3:8,3 +chr3 46207649 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:6,2:3,1:3,1 +chr3 46488434 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.015626;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,1:13,6 +chr3 46759472 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,2:5,2 +chr3 47241799 . G GTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021189;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,5:5,4 +chr3 47897378 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00061829;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:11,4:15,9 +chr3 48509583 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.02835;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:9,6:5,3 +chr3 48554407 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=6.1955e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:21,10:7,6 +chr3 48665989 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11424;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,3:7,3 +chr3 49295716 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12591;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:18,2:9,2 +chr3 49849845 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:1,7:5,1 +chr3 49881334 . C A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00090214;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:17,3:10,5 +chr3 50850218 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0018631;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,4:8,5 +chr3 50948033 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020315;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:2,7:11,3 +chr3 51193800 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1713;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:18,1:12,3 +chr3 51249008 . C A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:15,3:8,1 +chr3 52283819 . TAA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:4,2:10,3 +chr3 54141061 . C CTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,6:0,3:2,3 +chr3 54910793 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.013909;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,2:12,3 +chr3 55549477 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,6:0,2:2,4 +chr3 55842076 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:14,2:16,3 +chr3 56032975 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,4:6,1 +chr3 56906975 . A ATT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:8,4:1,1 +chr3 58033635 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0039417;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:18,4:23,5 +chr3 58328961 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:1,2:0,0:1,2 +chr3 59215302 . ATATAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,4:12,1 +chr3 59797192 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0054287;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:18,6:9,3 +chr3 60038012 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0074978;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:19,4:11,4 +chr3 60614820 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:6,5:3,1 +chr3 61600173 . AAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,5:2,4:5,1 +chr3 65122609 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00064998;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,19:5,9:7,10 +chr3 67947115 . T TTTTATTTATTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:10,3:8,2 +chr3 68262307 . GTATATATATATATATATA G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,2:3,2 +chr3 68461282 . A AAAAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,5:4,2 +chr3 69225519 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,11:6,9:2,2 +chr3 69242478 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,3:2,2 +chr3 69418822 . A ATGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.029963;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:5,6:10,4 +chr3 71937988 . C CTGTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.015417;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:11,5:9,6 +chr3 72633690 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0034744;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:17,6:10,8 +chr3 73347437 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,1:8,3 +chr3 73534019 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0064143;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:19,5:16,4 +chr3 74269048 . G GA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0043101;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:9,6:5,1 +chr3 75096062 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,4:5,1 +chr3 75643476 . C T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.046603;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:61,16:36,8:25,8 +chr3 75785855 . G GA 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:76,19:36,10:40,9 +chr3 75811514 . G A 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.037707;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:72,12:30,5:42,7 +chr3 76425510 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,1:11,3 +chr3 76719798 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.020851;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:10,4:17,1 +chr3 76811818 . CTTCCTTCCTTCCTTCCTTCT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016673;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,2:7,4 +chr3 76834013 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,10:2,3:8,7 +chr3 77077386 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0004715;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,5:14,4 +chr3 77323024 . ATATAT A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.038499;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,8:19,4:9,4 +chr3 78310768 . GAAGA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.014912;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,5:6,2:4,3 +chr3 78388527 . C CATCTGCCTGTTACCCAGTTCCAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0090305;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:2,2:8,6 +chr3 78407100 . C CAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.054402;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:13,7:10,1 +chr3 78711440 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,1:5,3 +chr3 79221172 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014256;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:17,3:15,4 +chr3 79411983 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.070174;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:14,3:13,2 +chr3 80015600 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.018088;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:2,10:7,3 +chr3 80976113 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.03148;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:8,2:8,7 +chr3 80976130 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.020128;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:10,7:6,2:4,5 +chr3 83176263 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0003718;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:12,8:14,4 +chr3 86335842 . TTTTA T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.024474;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:7,3:21,6 +chr3 86995549 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:4,2:0,0 +chr3 86995551 . T TAC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,3:2,2:0,1 +chr3 87249132 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0027508;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:18,5:7,3 +chr3 88009796 . CA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.01497;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:9,6:1,3 +chr3 88324586 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0016295;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:13,6:11,3 +chr3 90140539 . ATT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,3:1,1 +chr3 90792691 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:0,1:24,3 +chr3 90793168 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.044239;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:19,4:4,2 +chr3 90794556 . G A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.03166;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:74,12:39,9:35,3 +chr3 90795159 . G C 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.028927;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:70,8:62,4:8,4 +chr3 90802407 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.070897;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:6,3:14,2 +chr3 90806554 . C A 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.014168;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:80,13:48,11:32,2 +chr3 90807066 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.11288;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:0,0:32,4 +chr3 90819164 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr3 90868586 . C G 0 PASS DP=445;GPV=1;SPV=0.018445;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:186,34:130,24:56,10 +chr3 90869777 . A T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0071078;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:2,9:26,5 +chr3 90889577 . C T 0 PASS DP=147;GPV=1;SPV=0.018335;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:65,20:12,9:53,11 +chr3 90900435 . G A 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.044262;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:81,9:15,2:66,7 +chr3 90904126 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.026131;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:4,2:25,9 +chr3 90939861 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.017899;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:24,7:7,2 +chr3 90948616 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.044393;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:6,2:21,4 +chr3 90988846 . C T 0 PASS DP=758;GPV=1;SPV=0.02669;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:431:385,46:385,45:0,1 +chr3 90999996 . A T 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.046078;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:15,3:28,8 +chr3 91019218 . C G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.043528;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,4:30,4:2,0 +chr3 91063898 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.012749;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 +chr3 91082603 . GT G 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:54,11:24,9:30,2 +chr3 91082660 . C G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0061213;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:45,9:15,7:30,2 +chr3 91128600 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0031056;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:1,8:18,1 +chr3 91141548 . A C 0 PASS DP=155;GPV=1;SPV=0.03166;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:85,10:12,4:73,6 +chr3 91179559 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.26429;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:31,4:2,0 +chr3 91187298 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr3 91222727 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:1,0:10,4 +chr3 91229920 . G T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.065277;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:14,3:0,3 +chr3 94740829 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00085567;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,2:11,8 +chr3 95832587 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0074891;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,2:1,3 +chr3 96005104 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.046272;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,8:16,1 +chr3 96317750 . G GTTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.016795;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,7:7,4:4,3 +chr3 97319442 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00059631;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:12,5:11,7 +chr3 98538904 . CTT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:6,4:3,1 +chr3 98838390 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021576;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:5,4:10,5 +chr3 99691705 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,12:4,6:4,6 +chr3 103044860 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0048152;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:7,2:14,4 +chr3 105280352 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06057;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,2:11,3 +chr3 105470134 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020691;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:15,4:8,2 +chr3 106707358 . A AT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.050426;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:5,3:8,2 +chr3 106707369 . T TA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1 +chr3 106875480 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.014512;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:18,3:13,4 +chr3 108720876 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00089447;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:12,6:12,6 +chr3 109317351 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 +chr3 111807946 . GT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:9,4:1,4 +chr3 114544406 . CTTCT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.079329;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:3,2:7,4 +chr3 116618234 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0015408;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:11,6:9,4 +chr3 116760286 . CAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:3,4:3,1 +chr3 117050840 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.22085;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 +chr3 117634731 . C CTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.016617;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,11:6,5:5,6 +chr3 118647946 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.020447;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:15,12:4,7:11,5 +chr3 120151071 . ATT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.078283;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:9,4:19,3 +chr3 121253810 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,3:2,4 +chr3 121764195 . A AACACACACAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,10:13,6:6,4 +chr3 122009324 . A AACACACACACAC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,5:0,2:4,3 +chr3 122145747 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00044867;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:9,6:9,4 +chr3 124044897 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,9:3,2:11,7 +chr3 124495729 . T TAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0071396;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:0,4:7,3 +chr3 124668043 . G GAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,11:3,4:3,7 +chr3 125813770 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00041251;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:13,7:8,3 +chr3 126336272 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,1:12,3 +chr3 127184619 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0089538;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:16,4:14,5 +chr3 127947372 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0058348;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:8,5:13,2 +chr3 131586850 . G T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00065864;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:36,17:20,5:16,12 +chr3 133003397 . A ATG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033935;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:9,6:6,3 +chr3 133044974 . T TTC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:15,1:14,5 +chr3 133091223 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00041251;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,7:9,3 +chr3 133158465 . TA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0079864;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,19:6,13:3,6 +chr3 133425913 . G GGGCAAGGGAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3 +chr3 134321577 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0057971;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,3:5,3 +chr3 134401573 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.18741;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,3:19,1 +chr3 134858009 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00021937;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:16,6:18,8 +chr3 135253682 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,2:5,7 +chr3 135390016 . C CA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.058582;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,6:13,4:15,2 +chr3 136439389 . GAC G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010741;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:14,6:3,1 +chr3 137135157 . G C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.030261;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:43,8:18,2:25,6 +chr3 140079750 . C CAAAAAAAAAAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14691;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:17,3:10,2 +chr3 140513583 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:2,5:2,1 +chr3 140654957 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0036574;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:17,5:17,7 +chr3 143284404 . A AT 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00073094;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:18,23:8,10:10,13 +chr3 144954711 . T TTTTTTTG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.013096;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,11:8,6:6,5 +chr3 144955970 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0060655;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:8,3:16,6 +chr3 147159575 . G GTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.027219;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,7:6,4:8,3 +chr3 147859108 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0010857;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:15,3:11,6 +chr3 148642510 . C CAAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.040129;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:20,15:10,13:10,2 +chr3 148822292 . CA C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.074323;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:23,7:8,5 +chr3 149184023 . TA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,2:2,1:2,1 +chr3 149853455 . GGAGAGAGAGA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0061246;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,9:4,8:2,1 +chr3 150028648 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,5:11,3:8,2 +chr3 150211910 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:3,2:1,1:2,1 +chr3 151031259 . GAT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20399;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:14,2:2,2 +chr3 151072525 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0073228;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,11:9,5:5,6 +chr3 151547425 . T TAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031932;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:9,4:17,3 +chr3 151547427 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.031946;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,8:7,5:11,3 +chr3 151850080 . GT G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00066677;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:11,12:10,8 +chr3 152104773 . TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:6,6:6,4 +chr3 153009169 . A AAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020164;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,10:11,5:3,5 +chr3 153520081 . CT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.084394;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:15,4:11,2 +chr3 154618292 . G GAGAA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0085378;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,13:9,11:5,2 +chr3 158758484 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0073874;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:13,4:18,5 +chr3 158891833 . G GTGTGTATGTA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.010989;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,4:2,3:0,1 +chr3 158923448 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0021714;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:22,5:21,8 +chr3 159818570 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.015987;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,7:22,1:20,6 +chr3 160906602 . T TAAAGAAAAAAAAGAAAAGA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.046809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,10:10,6:18,4 +chr3 161840354 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.02204;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:11,5:16,5 +chr3 162199912 . T C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,5:5,1 +chr3 162590763 . TATACAC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.083225;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,1:14,4 +chr3 163402299 . GTT G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.17207;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,6:16,4:7,2 +chr3 163502562 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0090481;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:11,3:22,6 +chr3 163604681 . A ATAT 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.023188;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,14:4,8:3,6 +chr3 164207930 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.16752;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,2:14,3 +chr3 164363535 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:9,6:4,5:5,1 +chr3 164386069 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.042571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:14,8:14,1 +chr3 164537163 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,4:2,2:4,2 +chr3 164604251 . C T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0052479;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:20,5:11,2 +chr3 165771059 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.066176;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:17,2:18,4 +chr3 165883390 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=5.8703e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:13,7:9,8 +chr3 166073224 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0030133;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:12,7:17,3 +chr3 166106743 . CTTTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0018733;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,15:4,11:2,4 +chr3 167488145 . A AAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0052134;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,12:7,9:7,3 +chr3 168370031 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.033902;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,8:6,1 +chr3 168578212 . CATTT C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00014877;SS=2;SSC=38;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,21:8,10:8,11 +chr3 168830673 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.12152;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:22,3:17,2 +chr3 169378591 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0041535;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,8:8,7:1,1 +chr3 170140627 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032608;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:10,6:7,8 +chr3 170336573 . TC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:16,1:7,3 +chr3 170382413 . A AT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.001414;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,14:8,8:3,6 +chr3 170577624 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,6:3,1 +chr3 171301124 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00053399;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:22,16:9,9:13,7 +chr3 171310223 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.035434;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,2:11,2 +chr3 171310226 . A ATATGACTCACAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.041011;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:8,2:10,2 +chr3 171310228 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.042521;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:9,2:11,2 +chr3 172504674 . CT C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0086143;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:7,9:13,8 +chr3 172701449 . C CTTTT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.010683;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,5:8,5 +chr3 172797018 . C CTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0095255;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:11,11:10,3 +chr3 173392472 . C CA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.016244;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,10:8,9:9,1 +chr3 174090019 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.020202;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:13,5:19,4 +chr3 174625059 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:12,2:3,3 +chr3 174698931 . T TTA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032608;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:4,4:13,6 +chr3 174698967 . G GTATATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.032529;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:6,4:14,4 +chr3 175061728 . A AATATATAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0085423;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:10,7:6,3 +chr3 175849410 . C CATATAT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:2,4:2,1 +chr3 176233797 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0070885;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:7,6:1,1 +chr3 177312931 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:2,8:6,4 +chr3 177819193 . C CT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0074752;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,9:3,6:3,3 +chr3 177939576 . A AAG 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.039093;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:28,2:16,4 +chr3 178163969 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.038251;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:15,6:6,5 +chr3 178517187 . CTGTG C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0023791;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,16:7,11:6,5 +chr3 178568854 . T TA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,4:10,2:7,2 +chr3 178757829 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,2:3,2 +chr3 178757830 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.12422;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:9,3:6,1:3,2 +chr3 178838570 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034981;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:10,9:9,6 +chr3 180248085 . CTTCTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.012898;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,9:6,6:7,3 +chr3 180333476 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.041472;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:19,3:14,2 +chr3 180873483 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:17,2:15,2 +chr3 181121602 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00022269;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:12,13:21,5 +chr3 181950827 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.11468;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:18,1:27,4 +chr3 182590903 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.06044;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2 +chr3 183164314 . G GTTTTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.007971;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,5:3,1 +chr3 183321454 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.22736;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:10,1:21,3 +chr3 183519895 . CAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,2:5,2 +chr3 183622530 . A AAAGG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.2649;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,4:19,3:9,1 +chr3 183957716 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,2:15,2 +chr3 184500646 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.0046257;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:45,12:17,7:28,5 +chr3 185875280 . G GTA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.015957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:12,7:12,3 +chr3 185912906 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00034897;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,14:10,8:4,6 +chr3 186995505 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:8,7:2,1 +chr3 187268547 . AAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,2:7,3 +chr3 187573591 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.008152;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:20,6:24,8 +chr3 188182772 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.046124;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,13:8,11:12,2 +chr3 189483916 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.00034436;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:11,7:23,5 +chr3 189697231 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.036146;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:10,5:3,5 +chr3 189942884 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0030392;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:15,7:19,5 +chr3 190489200 . TCTTCCTTCCTTCCTTCCTCTCTTC T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:2,1:6,9 +chr3 191216854 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.017938;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:14,2:14,4 +chr3 191619293 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040043;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:1,5:1,3:0,2 +chr3 192158675 . T TCC 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,4:0,1:0,3 +chr3 193418065 . T G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0070131;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:5,6:6,9 +chr3 194143191 . CAAAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:9,7:6,1 +chr3 194324950 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.22386;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:7,4:13,1 +chr3 194526987 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.090728;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:18,2:3,4 +chr3 194846551 . TGAA T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.055365;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:30,5:11,2 +chr3 195067358 . A ACCTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0088119;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,12:5,8:9,4 +chr3 195483671 . C T 0 PASS DP=230;GPV=1;SPV=0.0063764;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:128,28:60,12:68,16 +chr3 195491737 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.067189;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:11,3:19,3 +chr3 195502702 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.10544;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:15,1:13,3 +chr3 195502739 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.095104;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,1:15,3 +chr3 195661457 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.25076;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:19,3:10,1 +chr3 195667466 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.10935;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,1:10,4 +chr3 195750391 . AGGCCT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0069124;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:9,7:5,3 +chr3 195786809 . A T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=9.7816e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:7,7:4,6 +chr3 195812455 . C CTCAGTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.079112;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:10,1:9,3 +chr3 195866336 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00086166;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:15,8:13,5 +chr3 196462980 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0070913;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,10:4,3:2,7 +chr3 196973207 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.13598;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,6:15,2:12,4 +chr3 197513494 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045056;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:35,6:17,4:18,2 +chr3 197617964 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.076398;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:47,6:13,1:34,5 +chr3 197630964 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.072974;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:25,3:20,2 +chr3 198099324 . C A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2 +chr4 1641147 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:11,2:12,3 +chr4 1690259 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1056;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:16,4:11,1 +chr4 3522099 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=7.9857e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:14,9:10,4 +chr4 4065631 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0094013;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:9,4:8,2 +chr4 4891540 . G GGT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,12:4,3:1,9 +chr4 5762728 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,2:7,4 +chr4 6012995 . G A 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0003546;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:19,7:17,7 +chr4 7895852 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,9:1,8:2,1 +chr4 8919107 . TC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.071818;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:13,1:9,5 +chr4 9245168 . G C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.14664;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:0,0:30,4 +chr4 9253009 . T A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 +chr4 10096558 . CACTACGA C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0068367;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:9,5:19,3 +chr4 10380072 . C T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.04522;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:16,4:5,2 +chr4 10894438 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:6,5:5,1 +chr4 16303360 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,2:6,2 +chr4 17459743 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0094928;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:12,5:12,7 +chr4 18140794 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00034731;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:6,4:11,5 +chr4 18384018 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:36:1,4:1,2:0,2 +chr4 18837294 . C G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:2,3:0,1:2,2 +chr4 18851445 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0030535;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:7,1:15,7 +chr4 19416219 . T A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0076904;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:19,6:16,2 +chr4 21534948 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013492;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:18,5:12,5 +chr4 23721457 . T TG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,6:4,1:3,5 +chr4 23859780 . CAAAATAAAATAAAATAAAAT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.20158;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:5,2:8,3 +chr4 24387746 . AAGAG A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:5,2:11,2 +chr4 24416559 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00073216;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:14,3:17,10 +chr4 24503955 . A C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.016099;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:42,6:16,3:26,3 +chr4 25612012 . C CA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:4,1:1,1 +chr4 26028535 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:1,3:15,1 +chr4 26153944 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00088132;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,6:11,3 +chr4 26244403 . ATG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:11,4:3,4 +chr4 27930275 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018404;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,3:6,2 +chr4 29338563 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0020609;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:18,7:12,4 +chr4 29990623 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0049228;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:8,5:11,3 +chr4 30265706 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00014298;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:16,7:10,8 +chr4 30545108 . ATT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014318;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:11,4:2,5 +chr4 30969410 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=4.5431e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,21:5,10:6,11 +chr4 32619397 . TTA T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00064391;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:10,9:7,10 +chr4 32868624 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.009581;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:6,3:5,5 +chr4 32870349 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0064316;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:18,3:15,4 +chr4 33477438 . C CT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11157;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,5:12,2:25,3 +chr4 36484889 . AATATATATTAGTTTATATATATAAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,2:14,2 +chr4 37667875 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00037684;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,17:5,7:6,10 +chr4 37717454 . G GA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:0,4:0,4:0,0 +chr4 37846536 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00041007;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:17,8:14,5 +chr4 40440334 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0051054;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,3:11,4 +chr4 40536472 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.008555;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:16,1:7,5 +chr4 41688196 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,2:16,2 +chr4 42269487 . AT A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,3:2,1:0,2 +chr4 44068258 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0050026;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:17,6:16,5 +chr4 45463386 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0007185;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:9,8:15,4 +chr4 46482995 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0010272;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:11,8:8,2 +chr4 46880412 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016783;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,6:1,5:2,1 +chr4 47607316 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.010694;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:13,3:11,3 +chr4 48206777 . CAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:7,7:3,2 +chr4 48663336 . AT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16591;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,3:11,1 +chr4 49106475 . T A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.06273;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:46,6:18,3:28,3 +chr4 49143684 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.021804;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:14,4:11,4 +chr4 49146153 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037765;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,6:8,1:12,5 +chr4 49154652 . ATTCCATTCCATTCCG A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.0046134;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:51,12:22,4:29,8 +chr4 49176935 . C T 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.0016415;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:57,23:28,9:29,14 +chr4 49189440 . A G 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.04566;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:79,14:43,5:36,9 +chr4 49189600 . T A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.043504;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:62,7:21,3:41,4 +chr4 49191971 . T C 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.011176;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:76,11:41,8:35,3 +chr4 49247362 . A C 0 PASS DP=436;GPV=1;SPV=0.015707;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:240:213,27:110,14:103,13 +chr4 49247728 . G T 0 PASS DP=283;GPV=1;SPV=0.044397;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:130,27:43,7:87,20 +chr4 49251622 . G T 0 PASS DP=431;GPV=1;SPV=0.043034;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:233:201,32:106,16:95,16 +chr4 49258258 . G C 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.045994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:61,8:35,3:26,5 +chr4 49262059 . G T 0 PASS DP=127;GPV=1;SPV=0.046309;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:59,9:37,1:22,8 +chr4 49262142 . C G 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.037371;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:62,10:35,2:27,8 +chr4 49266887 . A T 0 PASS DP=165;GPV=1;SPV=0.036057;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:86:69,9:31,7:38,2 +chr4 49271516 . C A 0 PASS DP=514;GPV=1;SPV=0.04954;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:299:264,35:103,19:161,16 +chr4 49272320 . CAG C 0 PASS DP=318;GPV=1;SPV=0.020118;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:175:149,26:92,18:57,8 +chr4 49273776 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 +chr4 49499983 . T A 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.024194;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:76,9:34,2:42,7 +chr4 49528367 . C G 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.008798;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:75,20:42,11:33,9 +chr4 49528580 . C T 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.016846;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:71,17:38,8:33,9 +chr4 49536801 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.079421;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:25,3:16,2 +chr4 49537004 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.044663;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:27,4:6,1 +chr4 49539589 . G T 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.012202;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:133:108,25:32,6:76,19 +chr4 49542594 . T A 0 PASS DP=341;GPV=1;SPV=0.028817;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:148,19:111,14:37,5 +chr4 49556231 . G T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.023936;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:21,6:20,4 +chr4 49564230 . C T 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.023277;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:17,6:22,3 +chr4 49577931 . G A 0 PASS DP=483;GPV=1;SPV=0.016158;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:271:243,28:118,13:125,15 +chr4 49623865 . T G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.01036;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:18,5:15,2 +chr4 49623899 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.040811;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,4:16,2:15,2 +chr4 49769446 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:17,3:5,1 +chr4 49792161 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 +chr4 49811692 . A G 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.007853;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:70,8:16,4:54,4 +chr4 49851853 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.059824;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,1:12,3 +chr4 50070268 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.053977;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:3,2:13,3 +chr4 50396563 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.049522;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:2,0:25,4 +chr4 50500851 . C G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:6,5:8,1 +chr4 51168884 . AT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,2:8,2 +chr4 51168890 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,2:9,2 +chr4 51299531 . C G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17496;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:25,4:0,0 +chr4 51800205 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.027526;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:42,9:21,1:21,8 +chr4 51805358 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.091638;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:31,4:2,0 +chr4 51869177 . T TA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0065088;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:4,7:5,5 +chr4 52529341 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=5.4898e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:12,11:14,4 +chr4 52805823 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00037903;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:9,6:12,7 +chr4 54390724 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0025244;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:11,2:17,7 +chr4 54896152 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0022419;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:7,6:15,1 +chr4 55535739 . C CTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr4 57299586 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,3:8,1 +chr4 57299587 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.15645;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:18,4:8,1 +chr4 58068918 . C CTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,9:0,8:2,1 +chr4 58641958 . A ATTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,11:4,5:2,6 +chr4 58875435 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:16,3:8,1 +chr4 60180653 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.021244;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:19,5:8,4 +chr4 61040718 . A AAG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,4:4,2:4,2 +chr4 62942582 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0083613;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:9,4:13,2 +chr4 63780494 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00051624;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:10,4:17,5 +chr4 64291817 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0046664;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,2:11,5 +chr4 64834601 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 +chr4 65170525 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0031867;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,3:15,7 +chr4 65536762 . AT A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01326;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:13,2:12,4 +chr4 65867467 . C G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.017857;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:0,5:0,4:0,1 +chr4 66225901 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0022875;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:7,7:15,1 +chr4 66922720 . CAAA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:7,3:5,1 +chr4 66954819 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=2.0129e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,9:6,4 +chr4 67112889 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.02659;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:10,4:15,7 +chr4 68374231 . A AT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00061425;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:5,6:6,3 +chr4 68708239 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0072434;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:10,1:15,7 +chr4 69762151 . C G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.051532;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:13,6:21,1 +chr4 69762168 . AC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.16752;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,4:13,1 +chr4 72935056 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011854;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:11,4:10,3 +chr4 73199221 . CTG C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0022326;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:7,9:6,5 +chr4 74778829 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0089809;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:4,3:14,4 +chr4 74866501 . T TTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0065359;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:3,10:1,5:2,5 +chr4 74876177 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0051097;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:8,5:12,1 +chr4 75444380 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.012154;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:9,4:19,3 +chr4 76667972 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.35897;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,2:3,1:3,1 +chr4 79035584 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.010612;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:13,2:7,3 +chr4 79919865 . TTA T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,2:2,1:1,1 +chr4 80390934 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:9,3:13,3 +chr4 80390952 . CATGTAT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,7:3,3:4,4 +chr4 80725111 . AT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:3,3:6,1 +chr4 80847514 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0023811;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:16,4:19,8 +chr4 81944595 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:4,2:7,2 +chr4 84413977 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=7.9781e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:11,8:10,6 +chr4 84695509 . T TAG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.020979;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,4:1,3:1,1 +chr4 84909029 . T TAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0044537;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:9,10:13,7 +chr4 85227114 . GAA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:4,8:1,1 +chr4 85839849 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,2:7,3 +chr4 86191591 . T C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0021672;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:2,11:1,2:1,9 +chr4 87354111 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0002635;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,17:7,13:5,4 +chr4 87602062 . G C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00017769;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:13,8:9,5 +chr4 88325476 . A AACACACACACACACAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:5,4:3,3 +chr4 90548727 . G GAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0065711;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:8,8:5,4 +chr4 92874787 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.01289;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,1:10,4 +chr4 93398129 . G GTGTGTGTGTGTGTA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0070449;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,10:4,4:6,6 +chr4 94516508 . GTCTCTC G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0042182;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:9,6:5,8 +chr4 94659494 . ATG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:4,10:2,7:2,3 +chr4 94686504 . TGA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:13,1:2,3 +chr4 95617505 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.033048;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:9,6:28,2 +chr4 96073939 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00062529;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:16,6:19,5 +chr4 96169856 . TTA T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.024399;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:4,4:14,3 +chr4 96173079 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0010058;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:17,7:12,6 +chr4 96870642 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0055489;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:8,10:7,3 +chr4 96871087 . A G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:7,4:10,1 +chr4 97246408 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.002981;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,11:5,8:1,3 +chr4 97722964 . ATT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0018191;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,6:5,3 +chr4 97738044 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0050026;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:21,4:12,7 +chr4 98485803 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.035523;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:4,4:2,4 +chr4 101958464 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:3,5:4,3 +chr4 102539236 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,6:5,4:2,2 +chr4 103577197 . CTCTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.009884;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:4,1:16,7 +chr4 104085363 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,1:5,3 +chr4 104689672 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016449;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,16:13,5:5,11 +chr4 106340393 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.010547;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:41,11:21,4:20,7 +chr4 106340394 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0090402;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:41,11:23,4:18,7 +chr4 108099550 . GTGTGTA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018146;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:5,4:8,3 +chr4 108099560 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,2:8,2 +chr4 108807819 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,1:6,3 +chr4 109489638 . TA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.092902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:11,1:14,4 +chr4 109569497 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040508;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:7,3:9,7 +chr4 109656379 . TTTTTTTTTTTTTTG T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,3:2,3 +chr4 109947819 . G T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00040854;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:9,5:22,6 +chr4 109968707 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18558;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:14,3:16,1 +chr4 110127406 . C CAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01286;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,10:13,9:2,1 +chr4 110621822 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:2,3:0,1:2,2 +chr4 111054977 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.079663;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:19,2:16,3 +chr4 111718414 . T G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00058795;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:11,10:26,4 +chr4 111946369 . GA G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0094549;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:9,6:2,1 +chr4 112874080 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,8:3,2 +chr4 113036251 . T TA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00035427;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:8,9:6,10 +chr4 113490926 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045213;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:12,3:10,6 +chr4 114363005 . T A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:39:0,2:0,1:0,1 +chr4 114722013 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.073064;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:14,4:13,3 +chr4 114914907 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00097763;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:11,9:15,4 +chr4 117280895 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11319;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:15,2:9,4 +chr4 118299794 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,6:5,1 +chr4 118299812 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014137;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:9,5:6,1 +chr4 118566690 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.14148;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:43,5:19,2:24,3 +chr4 119065816 . A G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.029631;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:41,12:19,3:22,9 +chr4 119278889 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024163;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,4:2,3 +chr4 119380045 . ATGTGTG A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0016056;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:12,6:7,12 +chr4 121241245 . GATATAT G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:4,5:1,1 +chr4 122262148 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0031331;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,17:2,10:5,7 +chr4 122659627 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,8:4,1 +chr4 123101433 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.002347;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:19,3:12,8 +chr4 124860352 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.1153e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:27,25:12,13:15,12 +chr4 125873987 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.4736e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:7,4:20,11 +chr4 125977342 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:10,2:5,2 +chr4 127022288 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0039729;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,2:10,11 +chr4 127584099 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.097639;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:22,1:21,5 +chr4 128391550 . TTCTCAGCATC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0013772;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,7:3,5 +chr4 129093245 . C G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0002415;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:42,17:21,7:21,10 +chr4 129508436 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.2196e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:10,11:15,5 +chr4 130548217 . G GA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.19203;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:17,2:6,2 +chr4 130999757 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:7,2:5,3 +chr4 131382119 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.057437;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:14,4:17,2 +chr4 131601676 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011236;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:10,8:2,7 +chr4 131739922 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.07595;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:18,6:23,1 +chr4 132254108 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0011222;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:22,3:22,11 +chr4 133188665 . G GT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.20626;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:15,2:9,3 +chr4 133465011 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.003755;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:8,7:18,4 +chr4 133709434 . CTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,2:11,2 +chr4 134314408 . CAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:4,6:2,1 +chr4 134476372 . CT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0018803;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,9:8,6:6,3 +chr4 135175844 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.2369e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:24,21:16,12:8,9 +chr4 135338205 . T A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.00090248;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:27,7:15,7 +chr4 135389840 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0042224;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:16,8:9,4 +chr4 136581756 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,4:2,3:12,1 +chr4 137476829 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00030915;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:9,5:12,11 +chr4 137988192 . G C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:4,4:2,1:2,3 +chr4 138691868 . ATGTT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,4:1,1:5,3 +chr4 139294019 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=9.5813e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:9,22:2,12:7,10 +chr4 140482716 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=1.1051e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:19,20:14,10:5,10 +chr4 140509727 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=8.8502e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:15,11:10,8 +chr4 141195113 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0074013;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:21,8:10,2 +chr4 141365380 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.23136;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:26,3:10,1 +chr4 141367006 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,6:9,3:7,3 +chr4 141447702 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.085652;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:22,2:16,3 +chr4 141531350 . ATTTT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:17,16:12,8:5,8 +chr4 142185400 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.26323;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:11,2:22,3 +chr4 142270933 . T TTG 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00060741;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:18,21:12,11:6,10 +chr4 142658636 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6244e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:26,25:14,12:12,13 +chr4 143691301 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.015768;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:13,3:18,6 +chr4 143792778 . GTTT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.012898;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:13,5:0,4 +chr4 143884845 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.26692;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,3:5,1 +chr4 144367898 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.063391;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,6:14,2:10,4 +chr4 144396265 . GACTTCAAACTATACTACAAGACTA G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.014917;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:22,5:19,2 +chr4 145471093 . CATATAT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,2:3,2:0,0 +chr4 145514483 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.043968;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:14,3:25,3 +chr4 145693666 . A AC 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.020898;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:0,1:4,5 +chr4 146128392 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.016381;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:34,10:16,3:18,7 +chr4 147095728 . C CGT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:10,2:5,2 +chr4 147378325 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=2.4608e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,15:10,6:6,9 +chr4 149160054 . T C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.03902;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:37,6:19,3:18,3 +chr4 150112825 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0005865;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:2,11:0,4:2,7 +chr4 151435784 . CAAA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.024875;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,10:11,4:4,6 +chr4 152377598 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.022117;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:10,11:7,2 +chr4 152804089 . C CAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,2:6,3 +chr4 153203103 . CAAAAAAAAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0050173;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,15:10,7:3,8 +chr4 153387688 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.040545;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:20,1:26,6 +chr4 153470210 . CTGCAAAGTCTGGGGAATTATGG C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.030384;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:16,4:16,2 +chr4 153480517 . C CA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:11,3:7,1 +chr4 154284194 . T G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00025351;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:12,9:15,4 +chr4 154690631 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.026404;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:13,5:16,1 +chr4 157780889 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.11642;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:21,3:15,3 +chr4 158105035 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:8,5:3,3:5,2 +chr4 158435477 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,1:8,3 +chr4 159072451 . CTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.18447;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:5,3:4,1 +chr4 160299963 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.026663;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:22,5:23,5 +chr4 160619682 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0087719;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:15,7:16,3 +chr4 161036076 . TTTC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12121;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:3,3:2,1:1,2 +chr4 162279281 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.080505;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:12,1:22,3 +chr4 162453398 . A ATATATATGC 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.049459;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:23,2:9,5 +chr4 162571965 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00019467;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:10,8:23,8 +chr4 162594584 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.54715;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:16,4:4,3:12,1 +chr4 163238160 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00040665;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:10,8:23,4 +chr4 163894907 . A ACACG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:26:0,2:0,2:0,0 +chr4 165238781 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.061837;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:40,5:22,1:18,4 +chr4 165481016 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0014462;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,17:6,8:5,9 +chr4 168113386 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16157;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:24,5:12,1 +chr4 168165391 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:1,2:1,2:0,0 +chr4 168520347 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.043687;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:9,3:10,11 +chr4 168680481 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.028934;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:13,8:3,1 +chr4 168704664 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:6,5:4,3 +chr4 168878682 . T TTG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0057971;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,5:2,3 +chr4 169016051 . ATCTCTCTCTC A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:1,4:8,4 +chr4 169283846 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.011513;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:13,7:19,3 +chr4 169337332 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=4.7151e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,24:14,9:12,15 +chr4 169922477 . C CT 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.067671;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:17,3:18,1 +chr4 170573022 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:11,5:6,1:5,4 +chr4 171410940 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0076774;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,14:3,9:12,5 +chr4 171423511 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0057828;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:16,1:15,7 +chr4 172085080 . A AATACAT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=8.8502e-06;SS=2;SSC=50;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:10,12:15,7 +chr4 172487367 . C CTTCTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,5:2,3:11,2 +chr4 172887682 . G C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.7666e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:28,24:14,11:14,13 +chr4 173022078 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,1:7,3 +chr4 173074876 . AG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1713;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,2:19,2 +chr4 173799232 . CTCTCTTTCTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:2,2:7,3 +chr4 174007990 . G T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=8.4559e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:34,21:21,10:13,11 +chr4 174544193 . G GAAGAAAGAAAGAAAGA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:18,1:6,3 +chr4 174788590 . T TAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,11:5,8:3,3 +chr4 175564011 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.2509e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:24,24:13,15:11,9 +chr4 177349034 . A ATT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.008413;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,11:2,8:2,3 +chr4 178395316 . A AAT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:9,7:8,1 +chr4 178395352 . A T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00048402;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,16:6,6:6,10 +chr4 178691496 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,9:11,7:3,2 +chr4 179037015 . ATTGTTTTTTTT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,1:5,3 +chr4 179924448 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.7081e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:26,26:17,15:9,11 +chr4 180257232 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.023519;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,7:21,3:16,4 +chr4 180278694 . G GA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0013083;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,16:9,16:1,0 +chr4 180401541 . G T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,5:3,1:6,4 +chr4 180639435 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.035616;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:14,3:21,2 +chr4 180721638 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.014917;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:10,4:8,3 +chr4 181641760 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0037594;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:3,10:1,8:2,2 +chr4 181746053 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.0181e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:8,7:4,7 +chr4 182100646 . T TATACAC 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.047515;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,10:12,5:8,5 +chr4 183487423 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1 +chr4 184132818 . TACAC T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.1268;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:19,2:17,2 +chr4 184372964 . T TTA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10283;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:11,1:6,6 +chr4 184430283 . TGTCTGGCCCAGCCTTTTCCTTGTATGCCTCCTGCA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,2:8,3 +chr4 184480460 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.055176;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,8:13,6:17,2 +chr4 184546648 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10283;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:16,6:1,1 +chr4 185124123 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0056141;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:25,18:9,9:16,9 +chr4 185157455 . CA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023323;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:5,9:9,2 +chr4 185433419 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,5:10,2:7,3 +chr4 185487365 . GC G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00044052;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:9,9:10,12 +chr4 185536811 . G GTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,7:7,5:3,2 +chr4 185796509 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.19619;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:12,4:24,1 +chr4 185926555 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.056428;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:21,6:11,2:10,4 +chr4 186466671 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.18072;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:20,3:15,1 +chr4 187906580 . C CAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:14,7:3,1 +chr4 188023604 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.030216;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3 +chr4 188325903 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,1:15,4 +chr4 188411557 . TGA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:16,3:5,1 +chr4 188604588 . AGAT A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0073681;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:11,6:10,9 +chr4 189578190 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0022098;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:33,14:13,9:20,5 +chr4 189686266 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:7,4:11,1 +chr5 302652 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00072987;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:10,7:1,5 +chr5 426881 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 +chr5 434455 . TGAAAACAGAGCCAGACTCTC T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0005395;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:15,6:20,6 +chr5 434478 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00075349;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:40,12:17,6:23,6 +chr5 484383 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:1,1:5,4 +chr5 658645 . ATTTTTTTTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,4:2,1 +chr5 1061521 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.027042;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,4:7,2 +chr5 1379965 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0053746;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:4,5:6,5 +chr5 1867380 . T TG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:2,4:2,4:0,0 +chr5 3492742 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0058302;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:14,3:11,6 +chr5 3761401 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3 +chr5 4095577 . T TTC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.030499;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,1:7,5 +chr5 4095578 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.041466;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:2,1:8,5 +chr5 5385200 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.9475e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:11,10:15,6 +chr5 5725921 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00033318;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,7:10,3 +chr5 6185027 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.052107;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:8,3:4,2 +chr5 6367923 . TGA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:10,4:4,1 +chr5 6816160 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.041958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,5:2,4:2,1 +chr5 7143259 . G GTGTGTATATATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.13115;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2 +chr5 7589498 . G GAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,4:11,4:1,0 +chr5 8720398 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:9,4:1,0 +chr5 8746665 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.33333;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,2:3,1:1,1 +chr5 8972532 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.014208;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:16,5:10,2 +chr5 9593951 . G GTATATATATATATATATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:2,5:2,1 +chr5 9929839 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0019458;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:14,4:13,6 +chr5 9953576 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,11:1,8:4,3 +chr5 10418381 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.026469;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,7:12,5:2,2 +chr5 10638985 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 +chr5 11771192 . C CTTTTTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,11:6,9:3,2 +chr5 11776456 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00039776;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:7,5:7,4 +chr5 11864540 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0070909;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:13,4:7,2 +chr5 13798739 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0034395;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,9:9,4:9,5 +chr5 14812120 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:5,2:4,1:1,1 +chr5 15309583 . GAA G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15847;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:20,1:4,4 +chr5 15715489 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0028043;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,12:9,11:2,1 +chr5 16662316 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.042986;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,5:2,2:1,3 +chr5 17965702 . CATATATATATAT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,5:3,4:1,1 +chr5 18046470 . TTA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10919;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,1:11,7 +chr5 18444169 . CATGTATATATACACACATACACATAT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:4,1:16,3 +chr5 19177693 . T TAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0085139;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,10:3,4:2,6 +chr5 19392403 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=2.5801e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:6,5:9,8 +chr5 19917432 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.019651;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,3:6,2 +chr5 20617230 . G GAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0087567;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,8:5,5:1,3 +chr5 20755141 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,3:8,1 +chr5 20757924 . C A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.030818;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:15,3:18,4 +chr5 20865871 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:4,3:10,2 +chr5 21211538 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0136;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:12,2:18,4 +chr5 22999419 . C A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0020064;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:8,6:10,4 +chr5 23118340 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,6:4,2:5,4 +chr5 23671914 . ATT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:6,1:7,3 +chr5 23988366 . A ATTCT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,4:6,3:13,1 +chr5 24459502 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.008739;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:9,2:15,4 +chr5 24465506 . A G 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.2669e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:17,7:9,7 +chr5 24560220 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.064743;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,3:12,1 +chr5 24626897 . T TAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.17768;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:11,3:18,1 +chr5 24929831 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0036796;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:7,4:16,3 +chr5 26090026 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0001506;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:12,8:10,3 +chr5 26479675 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.081606;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:25,2:12,3 +chr5 26564815 . C G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0018443;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:5,3:10,6 +chr5 28107717 . TTATATATA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,4:2,1 +chr5 28581865 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0019152;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:17,3:12,6 +chr5 28818454 . A AG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,2:4,2 +chr5 28929068 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00014246;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:4,5:9,8 +chr5 28975244 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00024975;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:12,4:4,4 +chr5 29032844 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.023889;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:17,5:12,1 +chr5 29403167 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.4662e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:10,4:13,8 +chr5 29837121 . T TCTCTCTCTCTTTC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,2:0,0:0,2 +chr5 29927548 . AGTGTGTGT A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,14:7,9:4,5 +chr5 30353234 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11664;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,2:13,3 +chr5 30490627 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14851;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:17,2:10,2 +chr5 31293367 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.12943;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:16,3:16,1 +chr5 31578439 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2 +chr5 31776626 . T TTTTATTTA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.034267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:8,5:11,5 +chr5 33123422 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0045179;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:4,8:5,3 +chr5 34251894 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,3:1,1:0,2 +chr5 36171226 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0037034;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:36,13:18,7:18,6 +chr5 36322184 . T TAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.015172;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,5:4,1 +chr5 37373706 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,2:4,1:1,1 +chr5 37874339 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,4:11,1:7,3 +chr5 37964914 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0022018;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:12,4:15,5 +chr5 39619776 . TTTC T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.21118;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,3:16,1 +chr5 39967650 . CTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,7:5,1 +chr5 40018312 . GTGGGACCTTTGGGACCAGATAGTAGAACAT G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.013486;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:10,6:12,6 +chr5 40968559 . ATATATATTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,2:3,1:1,1 +chr5 42962772 . T TGAGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.14971;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:11,3:14,4 +chr5 43273910 . GTGTTTATCTTTT G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00046879;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:12,5:14,6 +chr5 44196047 . G GA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,9:4,6:1,3 +chr5 44377438 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00021022;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,6:9,4 +chr5 44852745 . C CAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,7:5,1 +chr5 45031943 . CTTTGTAAT C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.02029;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:9,4:16,2 +chr5 46366052 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0080354;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:13,7:16,2 +chr5 46648697 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.19386;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:25,1:10,3 +chr5 46708068 . T G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 +chr5 47074114 . A C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr5 47100917 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=8.135e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:17,7:11,10 +chr5 47129394 . A G 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.042795;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:75:66,9:11,1:55,8 +chr5 47130262 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11624;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,2:9,2 +chr5 47136617 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:0,0:17,4 +chr5 47296981 . A T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.027952;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:1,1:32,11 +chr5 49622546 . A G 0 PASS DP=290;GPV=1;SPV=0.04415;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:127,24:50,18:77,6 +chr5 49666505 . A G 0 PASS DP=514;GPV=1;SPV=0.033824;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:269:231,38:138,19:93,19 +chr5 50114336 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.079987;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:28,4:1,1 +chr5 50114341 . T C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.045693;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:24,4:0,1 +chr5 50137140 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.10523;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:15,2:9,2 +chr5 50140793 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.017008;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:28,4:7,5 +chr5 51400213 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,4:2,1:7,3 +chr5 51414171 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.044512;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:16,1:10,5 +chr5 52872566 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.038306;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:6,4:10,2 +chr5 53458614 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0048811;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,2:7,6 +chr5 54474179 . T TTCTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0012329;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:6,4:11,7 +chr5 56115212 . AAT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.070922;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,2:10,2 +chr5 58870530 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0050994;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:14,7:15,2 +chr5 59795974 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00012605;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:29,15:13,7:16,8 +chr5 60613826 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,2:14,3 +chr5 62224050 . AGAGTGTGTGT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2 +chr5 62248035 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045245;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:19,2:12,6 +chr5 62441496 . CTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:4,7:5,4 +chr5 62533215 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,4:6,3:9,1 +chr5 64862369 . A AAAAC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00051119;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,18:5,14:10,4 +chr5 65271376 . TA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.014832;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:3,7:5,3 +chr5 65898796 . TTTCTC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,1:10,8 +chr5 67116208 . GT G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:9,1:8,4 +chr5 67958371 . AACACACACACACAC A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.035837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,6:3,1 +chr5 68303425 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0013501;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:9,7:2,2 +chr5 69164026 . AATAT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,2:3,3 +chr5 70219857 . G A 0 PASS DP=563;GPV=1;SPV=0.019992;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:305:273,32:178,21:95,11 +chr5 70427617 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,3:7,2 +chr5 74925221 . TG T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.012101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:10,5:4,7 +chr5 77816249 . G GA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0072464;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:7,6:1,1 +chr5 78279850 . A AATAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,3:12,1 +chr5 78279867 . AAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,4:9,1 +chr5 80035844 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2 +chr5 80505749 . A ATT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:2,2:5,2 +chr5 81116837 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0045171;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,4:15,5 +chr5 81737787 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.052666;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:17,4:4,3 +chr5 82370810 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1672;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:22,2:11,2 +chr5 84864162 . AT A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.04073;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,7:9,3:13,4 +chr5 85131821 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00089348;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:14,8:17,5 +chr5 85358431 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.015895;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:7,6:8,5 +chr5 85677331 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00034555;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:9,21:3,10:6,11 +chr5 88191956 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1 +chr5 89120537 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.01328;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:10,9:11,7 +chr5 89311458 . A AAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr5 92880197 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0011799;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:13,6:17,4 +chr5 94564384 . T TTGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0030816;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,4:5,4 +chr5 96313865 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.017586;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:14,6:27,3 +chr5 97657022 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.053015;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,2:8,2 +chr5 99522765 . C G 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.041137;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:48,11:16,4:32,7 +chr5 100066701 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.018907;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:12,2:7,4 +chr5 100493719 . T C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:3,7:2,4 +chr5 100593974 . A ATATC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.098039;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,2:2,1:2,1 +chr5 105296226 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0090312;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,3:4,2 +chr5 105610844 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00013297;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:8,7:13,5 +chr5 106604048 . A AAAATATAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0045549;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:7,15:5,11:2,4 +chr5 106755918 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,2:5,1:1,1 +chr5 108772333 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:5,2:11,2 +chr5 108819179 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.023188;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,4:4,2 +chr5 110770611 . A G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=8.0653e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:24,25:10,11:14,14 +chr5 111991173 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00013948;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:14,7:13,6 +chr5 112527856 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00028322;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:18,6:14,11 +chr5 112818834 . G T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,4:9,2:4,2 +chr5 113653297 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:11,7:7,5:4,2 +chr5 114664322 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.11068;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,6:4,5:4,1 +chr5 115547919 . A ATATGTGTGTGTG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:4,2:2,2 +chr5 116333491 . CAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0072464;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,7:6,5:2,2 +chr5 116879726 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.037129;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:14,1:5,8 +chr5 117190472 . T TAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,4:12,1:8,3 +chr5 117284179 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.076651;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,2:8,3 +chr5 117689652 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.067973;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:26,3:7,1 +chr5 121657690 . T C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 +chr5 122513085 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.04669;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,5:10,2 +chr5 122544822 . AAAAAAAAATATAT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0017499;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,8:3,4:2,4 +chr5 123023807 . A AACACACACACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.039556;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,5:9,3:9,2 +chr5 123559703 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:1,2:1,1:0,1 +chr5 124029932 . A AACACAC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0014872;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,14:16,10:9,4 +chr5 124764014 . CTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:7,4:0,3 +chr5 124935723 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,7:6,2 +chr5 126576262 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:3,5:3,1 +chr5 126800951 . CTA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046584;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,3:1,1 +chr5 126800956 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:7,2:3,2 +chr5 127110306 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0010933;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:13,3:15,8 +chr5 127614711 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:3,4:3,2 +chr5 127676757 . G T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00049368;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:12,7:8,2 +chr5 127974670 . AT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014951;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,13:6,6:9,7 +chr5 128759156 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0040779;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:12,6:10,4 +chr5 129389321 . TGTC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:10,2:7,2 +chr5 131005742 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.034681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:15,5:17,3 +chr5 131240280 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00039828;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,3:10,6 +chr5 131466384 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.051054;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,1:10,3 +chr5 132433778 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057386;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:9,6:7,1 +chr5 132482663 . GT G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,10:4,8:1,2 +chr5 132726572 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=7.8617e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:8,4:7,9 +chr5 132881827 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,4:9,1:0,3 +chr5 132889001 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0031368;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:10,5:15,3 +chr5 133588185 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.15398;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,1:10,3 +chr5 135812312 . A C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.014019;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:12,2:21,5 +chr5 138777250 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.032019;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:9,4:25,2 +chr5 139155448 . T TGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:7,2:12,2 +chr5 139180058 . T TAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.014514;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,9:4,3:8,6 +chr5 139381614 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:6,6:5,1 +chr5 144179804 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00031474;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:11,9:11,6 +chr5 145219813 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00034047;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:12,2:7,7 +chr5 145964307 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.065637;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3 +chr5 146560118 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,2:4,1:2,1 +chr5 146679477 . G C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:1,0:14,4 +chr5 147717784 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0024544;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:7,5:9,2 +chr5 148068578 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,4:8,3:2,1 +chr5 148091756 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:10,2:5,3 +chr5 148476969 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0035514;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:15,4:14,6 +chr5 148615692 . TAAAG T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 +chr5 149956178 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.054545;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:1,2:0,1:1,1 +chr5 151788570 . A ATGTG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,6:9,2:4,4 +chr5 153243557 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:5,2:4,2 +chr5 153577078 . A ATGGATGGATGGG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,4:3,1 +chr5 153577162 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,2:3,1:3,1 +chr5 154586572 . G GA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:8,4:2,1 +chr5 154646237 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.026636;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:2,4:4,2 +chr5 155487913 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0001844;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,7:3,2 +chr5 155796806 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:6,3:5,1 +chr5 156416076 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0017626;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,4:9,4 +chr5 156957512 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.05132;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:7,3:6,1 +chr5 156981148 . CTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0069996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,10:1,5:5,5 +chr5 157280363 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0024977;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,3:5,5 +chr5 158163405 . T G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,2:2,1:0,1 +chr5 160202798 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,6:7,2 +chr5 160236016 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,6:2,1 +chr5 161571650 . CATAT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:1,5:5,1 +chr5 161839895 . C CTCTTTCTTTCTTTCTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,4:1,1:1,3 +chr5 162242657 . GAT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,6:5,3:4,3 +chr5 162978186 . A AACACACACACACAC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:6,6:3,2 +chr5 163001832 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0025641;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,3:2,2 +chr5 163226988 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,3:0,0:4,3 +chr5 163610852 . G C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0012326;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,5:5,2 +chr5 164402989 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.00037022;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:0,8:0,3:0,5 +chr5 166523934 . C A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00016765;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:4,2:5,6 +chr5 167288558 . C CAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.048889;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:4,3:6,1 +chr5 170243365 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0015313;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,6:3,2 +chr5 172286885 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,4:3,2 +chr5 173106732 . C CTATTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0014808;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:3,6:10,5 +chr5 173221743 . A ATG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0021778;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,8:4,5:1,3 +chr5 173338133 . GTATATATATATA G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,9:6,6:2,3 +chr5 173699017 . A ACGCGCGCG 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0038904;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,5:5,4:1,1 +chr5 173872574 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:5,3:1,1 +chr5 174689912 . C A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:5,1:0,1 +chr5 175122973 . A T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,2:3,1:4,1 +chr5 175930222 . T C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.012785;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:16,5:13,5 +chr5 175952831 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0072303;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:8,1:2,5 +chr5 175961219 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0034188;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,3:2,1 +chr5 176000359 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:6,6:8,1 +chr5 176576579 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0017828;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,11:3,9:2,2 +chr5 177048787 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.048872;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1 +chr5 177644622 . A G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,3:4,2 +chr5 177645886 . C CG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1 +chr5 177812290 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 +chr5 177871804 . CTTTT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1 +chr5 178002236 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0069323;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:2,4:2,4 +chr5 179384589 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00042646;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,5:7,3 +chr5 180954948 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,4:0,2:9,2 +chr5 181306616 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,3:5,2 +chr6 371529 . CAGG C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.091614;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,4:9,3:13,1 +chr6 851213 . C CAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:9,5:5,1 +chr6 911480 . TCTACAGACAGGTGAGGGGCCCC T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00040386;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:20,17:12,8:8,9 +chr6 3181862 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:12,2:9,2 +chr6 4258452 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.20263;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,5:13,1:8,4 +chr6 4674905 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00028843;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:11,3:6,7 +chr6 5444493 . AGAG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:1,1:1,3 +chr6 7450593 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 +chr6 8044283 . C CAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,8:1,6:4,2 +chr6 8628542 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:2,3:5,4 +chr6 8628547 . TTC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0026779;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,3:7,4 +chr6 8978319 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,1:2,4 +chr6 9516350 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0049562;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:16,5:14,4 +chr6 9752208 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.9341e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:11,7:5,5 +chr6 10563774 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,2:4,1:1,1 +chr6 11052766 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1 +chr6 11083103 . C CTTTTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.042541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:10,4:9,4 +chr6 11319730 . ACT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:10,2:3,2 +chr6 11319742 . A ACT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:7,2:3,3 +chr6 11636065 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0027473;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:0,11:0,8:0,3 +chr6 11700420 . A AATATATATAT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:2,2:1,2 +chr6 11855203 . T TTGTGTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.015843;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,1:3,5 +chr6 12065694 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.10478;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,6:14,2:22,4 +chr6 12753779 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016493;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,2:9,4 +chr6 14031306 . TAACACACA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0080824;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:12,6:6,5 +chr6 14163457 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,8:5,5:3,3 +chr6 14353495 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=6.4422e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:15,12:12,4 +chr6 14382908 . T TCTTC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.16171;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:15,3:12,1 +chr6 15094541 . A AC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:6,2:5,5 +chr6 15220872 . CGGGGGAGAGGAAAT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.010097;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,9:9,3 +chr6 15620983 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00060146;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:17,6:13,6 +chr6 16121816 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0011498;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:18,5:8,6 +chr6 16289848 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:2,1:3,3 +chr6 17020444 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0024472;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,3:2,4 +chr6 20310118 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.2066;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:10,4:7,3:3,1 +chr6 20992037 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037203;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2 +chr6 21635083 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:9,3:8,2 +chr6 22077805 . T TTAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0070729;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:9,13:4,10:5,3 +chr6 22481638 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,2:4,2 +chr6 22868282 . CAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0021831;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,8:2,7:1,1 +chr6 23276844 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0009678;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,6:8,3 +chr6 23827822 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0025987;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:13,11:12,3 +chr6 24378956 . G GA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:5,4:0,0 +chr6 24389373 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,2:0,1:1,1 +chr6 26042796 . A ATT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,1:12,4 +chr6 27045173 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.001551;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:19,5:17,4 +chr6 27221394 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.093861;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1 +chr6 27803526 . TCACACA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,8:9,3:1,5 +chr6 28080543 . A AT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.036419;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,4:6,1 +chr6 28891642 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.021198;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:13,4:9,3 +chr6 29187357 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.3665e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:11,6:12,7 +chr6 29707390 . T TACACAC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:4,3:2,1 +chr6 30415665 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0014573;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:6,9:10,8 +chr6 30515671 . CTAGA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0010237;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:11,10:4,3 +chr6 31409323 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:6,2:6,5 +chr6 31455864 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:19,3:13,1 +chr6 31682815 . AG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.00054583;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,10:1,6:1,4 +chr6 32010061 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:0,0:8,4 +chr6 32215812 . CCTTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014575;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:11,1:4,6 +chr6 32215827 . TC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.018966;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,1:2,5 +chr6 32690111 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11117;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,6:10,2 +chr6 33230722 . G GGAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0088608;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,7:4,4:8,3 +chr6 33309720 . CT C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,5:0,4:0,1 +chr6 34136563 . GAC G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,8:3,4:2,4 +chr6 34397811 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.12474;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:10,1:7,2 +chr6 35182724 . TATATATATATA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,2:0,1:1,1 +chr6 35383871 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.025813;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:16,6:15,3 +chr6 36175391 . GA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 +chr6 36549329 . CTCTTCT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.022311;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:1,3:7,3 +chr6 37044481 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045954;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:12,4:5,4 +chr6 37121230 . C CAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,10:3,9:2,1 +chr6 37959118 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0010244;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:14,5:13,5 +chr6 39724452 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0069323;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,8:3,7:1,1 +chr6 40655197 . ATG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.28876;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:15,2:10,2 +chr6 41283329 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.089909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:19,1:10,3 +chr6 41565463 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.5464e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:8,11:9,4 +chr6 42841075 . TA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,9:4,4:1,5 +chr6 43398399 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.017846;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:6,4:11,6 +chr6 44508149 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00088456;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:8,6:12,5 +chr6 45150720 . G GTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:3,4:2,2 +chr6 45318277 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.03797;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:15,4:13,3 +chr6 45866424 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,1:9,3 +chr6 47660260 . GACACACAC G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,10:3,8:2,2 +chr6 49020323 . T C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:1,2:1,1:0,1 +chr6 49721139 . G GTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:2,4:4,2 +chr6 49769054 . A AACACACACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.030049;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:10,3:10,5 +chr6 51202674 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.038803;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:8,7:13,3 +chr6 51519797 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030178;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:4,4:14,6 +chr6 51671401 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0007325;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:11,5:13,5 +chr6 52363343 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0013429;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:15,5:17,4 +chr6 52945792 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00051706;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:12,3:11,7 +chr6 53253265 . ATC A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.064915;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2 +chr6 54004937 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,7:0,6:3,1 +chr6 54305991 . T TATC 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0012439;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:20,5:16,6 +chr6 55055543 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.041422;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:20,4:8,2 +chr6 56847002 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0084817;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:8,7:3,1 +chr6 56900875 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,6:6,1 +chr6 57256745 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:3,3:10,2 +chr6 57941432 . CAAA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:3,3:7,1 +chr6 58263125 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.001881;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:10,2:10,6 +chr6 58392444 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0077272;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:12,3:15,4 +chr6 59562159 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 +chr6 59562160 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:11,4:1,0 +chr6 59828833 . C A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.17137;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:1,0:20,4 +chr6 60656011 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=1.0579e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,11:1,4:3,7 +chr6 60700140 . GTATA G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:3,3:3,3 +chr6 60807897 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00044723;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:13,6:10,7 +chr6 62166021 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0001375;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:6,7:14,4 +chr6 66768518 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1 +chr6 67152335 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.02373;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:12,4:19,4 +chr6 67662695 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,2:5,2 +chr6 68646475 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.014937;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:11,7:8,3 +chr6 69735444 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:2,2:1,1:1,1 +chr6 70227424 . T TAAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037328;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:10,5:4,2 +chr6 70938255 . GATAC G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035323;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,3:9,5 +chr6 71355521 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00013746;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:13,17:9,5:4,12 +chr6 71382249 . A AAT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.019243;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,4:7,2 +chr6 71807875 . A AC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028152;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:12,5:3,6 +chr6 72196379 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.031815;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,7:10,4:6,3 +chr6 72275120 . GTATATATATATATATATATATATATATATATA G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:2,5:1,1 +chr6 72339150 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.040704;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,3:12,1 +chr6 72500306 . AAG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.47431;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,2:10,1:4,1 +chr6 72500330 . AAG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,2:6,2 +chr6 72587312 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.041365;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2 +chr6 74165440 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.4662e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:9,5:14,7 +chr6 74797476 . C CAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:1,3:4,1 +chr6 74810977 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0041136;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:6,6:12,4 +chr6 75326112 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.041869;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:13,4:18,2 +chr6 75370340 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027357;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,1:5,4 +chr6 75563329 . C CTGTGTGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0024526;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:1,5:3,2 +chr6 76048137 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020112;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:8,3:18,3 +chr6 76687005 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:2,1:0,1 +chr6 78186375 . CAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,9:2,7:0,2 +chr6 78541340 . GAGAGAGCCAGACAGCA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0010369;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:12,6:3,4 +chr6 79461984 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0087781;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,5:11,2 +chr6 80145831 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.1889e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:12,9:9,7 +chr6 81647497 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00096111;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:21,8:11,4 +chr6 83221158 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.018671;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:8,7:5,1 +chr6 83237314 . GA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0093841;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:10,6:5,6 +chr6 83497818 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,4:7,1 +chr6 84254247 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=3.216e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,18:2,11:5,7 +chr6 85135130 . A C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,2:7,1:0,1 +chr6 85939416 . A T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.10313;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:9,1:16,3 +chr6 87128988 . C CGTATATATATGTATGTATATT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.076205;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,4:7,1:16,3 +chr6 87519184 . A ATGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.012445;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,9:1,8:10,1 +chr6 87599354 . A ATTAT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0011759;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,15:5,9:6,6 +chr6 87673155 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,4:4,1:4,3 +chr6 88860839 . C A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,2:3,1:3,1 +chr6 90100726 . CAG C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.119;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,4:14,2:12,2 +chr6 90377719 . CTTTTTTCT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,1:8,3 +chr6 90377955 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:7,5:4,1 +chr6 90613784 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,2:2,1:0,1 +chr6 92125323 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0005561;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:13,8:14,3 +chr6 92434273 . GT G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0039973;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:14,6:6,3 +chr6 93069000 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0061026;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:9,6:8,2 +chr6 93832826 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036102;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:3,5:8,2 +chr6 94052100 . C CATCT 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.039629;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:6,4:14,5 +chr6 94575966 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0066305;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:10,2:16,7 +chr6 94581085 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.070286;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:11,3:26,2 +chr6 95486242 . T C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.075302;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:16,2:15,3 +chr6 97284483 . G GCA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0067841;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:8,11:5,8:3,3 +chr6 97992099 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0096405;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:5,7:11,2 +chr6 98224506 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,2:2,1:1,1 +chr6 98609318 . C CAATAAATAAATA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.021295;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:11,6:13,4 +chr6 99097661 . ATT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0053012;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,14:5,12:7,2 +chr6 99107066 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.002821;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,1:13,6 +chr6 100608289 . TTA T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:2,3:3,4 +chr6 101681421 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.10493;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,1:14,3 +chr6 102120230 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00096111;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:21,3:11,9 +chr6 102244230 . C CAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051826;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:8,4:9,2 +chr6 103531457 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0061655;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:17,3:9,5 +chr6 103711877 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014654;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:7,4:7,6 +chr6 104444919 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.42424;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:6,2:4,1:2,1 +chr6 105906381 . GCACA G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,8:4,5:0,3 +chr6 105968316 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.015217;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,2:11,5 +chr6 106348910 . C CAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,8:2,6:2,2 +chr6 110923933 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=2.7315e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:7,9:15,8 +chr6 112312923 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0369;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,7:10,3:16,4 +chr6 114045997 . G GCACACACACACA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03726;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:11,5:4,2 +chr6 115067637 . T A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.061918;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:22,3:14,2 +chr6 115531711 . T TATAGATAG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014357;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,10:7,4:12,6 +chr6 115643130 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=6.6326e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,7:8,2 +chr6 117430681 . CAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.040724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,7:3,6:2,1 +chr6 118529612 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.35897;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,2:3,1:3,1 +chr6 120692029 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,2:5,2 +chr6 121462554 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,1:7,3 +chr6 121606531 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,8:5,5:4,3 +chr6 121928140 . CA C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01473;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:8,7:3,2 +chr6 122053984 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00047262;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:4,2:20,13 +chr6 122633975 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.024127;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:10,3:16,5 +chr6 122858018 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0021937;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:14,23:3,11:11,12 +chr6 123238249 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00054254;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:12,7:12,6 +chr6 124841840 . ATT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:14,3:4,1 +chr6 125517647 . CA C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.003791;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:18,6:4,3 +chr6 125703568 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0078821;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:9,5:16,6 +chr6 126856226 . ATTTATTTTAT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.027339;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:8,5:14,7 +chr6 129371607 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.04053;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:6,6:6,2 +chr6 132533977 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:6,2:11,2 +chr6 132973261 . T C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:3,4:4,6 +chr6 133385393 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:0,1:2,1 +chr6 134625659 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0030392;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:16,5:18,7 +chr6 135313506 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0086598;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:11,2:16,5 +chr6 135750267 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11141;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,3:14,1 +chr6 136786379 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040398;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:9,9:3,1 +chr6 137948309 . A ACT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.036089;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:3,2:4,3 +chr6 138043394 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:9,3:2,1 +chr6 138147228 . GA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.023132;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:10,5:11,5 +chr6 138819248 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.051532;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:19,5:15,2 +chr6 138955457 . A AAGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:3,1:8,3 +chr6 139384172 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.051834;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:9,1:15,3 +chr6 142204643 . ATTTAATCCTTTTATATTTAAAAGGATTTAAAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,4:10,1 +chr6 142244318 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.05418;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,9:2,8:4,1 +chr6 143580508 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.019763;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,4:3,3:3,1 +chr6 143977473 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11275;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,2:8,3 +chr6 145034839 . CTGTCA C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.000451;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:9,7:15,3 +chr6 145934473 . T TAAATAAAATAAAATA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,6:7,1 +chr6 146089679 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.015414;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:19,5:9,2 +chr6 146455122 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.039565;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:16,6:7,3 +chr6 146568404 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:3,2:3,2:0,0 +chr6 147461958 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 +chr6 147626818 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr6 147630491 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.004211;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:12,5:5,7 +chr6 147719790 . GT G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.048152;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:17,3:16,2 +chr6 147719796 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:15,3:19,2 +chr6 148368772 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,4:7,2 +chr6 148899092 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0039295;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:4,8:2,5:2,3 +chr6 149324826 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.035315;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:7,5:8,3 +chr6 149790516 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0048547;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:4,4:3,6 +chr6 150085900 . CAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,11:1,6:8,5 +chr6 150202396 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.003184;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:15,6:12,2 +chr6 150884141 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,6:5,3 +chr6 152256431 . AAAATAAAT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.2206;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:11,3:17,3 +chr6 153401835 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00077962;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:7,5:8,4 +chr6 155627833 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.019883;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,3:5,1 +chr6 155968845 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0012998;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:9,5:13,6 +chr6 162713493 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,6:3,4:6,2 +chr6 164455129 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011343;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:14,10:6,3:8,7 +chr6 164745498 . TC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.021576;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,3:2,4 +chr6 164787517 . C A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=1.7213e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:36,19:18,8:18,11 +chr6 164939524 . A AG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1396;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:12,3:12,2 +chr6 164939526 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12337;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,3:11,2 +chr6 164939530 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.10585;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2 +chr6 165398498 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.090909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:2,2:2,2:0,0 +chr6 165656258 . T A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023879;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,6:6,2:8,4 +chr6 166893252 . C A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0022056;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:11,6:11,4 +chr6 166963191 . TG T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0088769;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:7,7:5,2 +chr6 167177840 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.019711;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:16,5:12,2 +chr6 167698965 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.048018;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:19,5:14,1 +chr6 167977818 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,5:2,1 +chr6 168603242 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,8:4,4:4,4 +chr6 168618449 . G C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.073366;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:10,2:9,6 +chr6 168931505 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,2:9,2 +chr6 168976849 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.038024;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:8,2:18,2 +chr6 169724395 . C G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.14022;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:14,2:8,3 +chr6 170656349 . G C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:11,1:2,3 +chr7 404072 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:1,5:3,3 +chr7 494624 . AG A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:2,2:2,2 +chr7 735331 . C G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,3:4,2 +chr7 745433 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.027483;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:38,6:27,2:11,4 +chr7 955827 . A AC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.09755;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:14,3:19,1 +chr7 1003990 . T TGA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:19,4:2,0 +chr7 1432727 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0023389;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,8:11,3:5,5 +chr7 2946634 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0010857;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:16,6:10,3 +chr7 3554208 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0014163;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:13,4:18,7 +chr7 4680676 . C A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,10:3,9:3,1 +chr7 5184282 . C CTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:3,2:4,2 +chr7 5411515 . C CA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037732;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:7,6:1,1 +chr7 5920207 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:7,4:8,4 +chr7 5932183 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040214;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:4,4:9,3 +chr7 6092010 . TC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2 +chr7 6275849 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0066305;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:16,6:10,3 +chr7 6410880 . A AT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.19783;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,3:7,2:5,1 +chr7 6754598 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:0,0:21,4 +chr7 7429425 . CTCACATACACACACACTCTCTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016338;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,2:9,7 +chr7 9156843 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0070449;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,10:6,9:4,1 +chr7 9762027 . AAC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06523;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,3:8,1 +chr7 9762054 . ATATATATTTATAT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,3:2,1 +chr7 10795416 . C CCACACACA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.011637;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,14:11,11:6,3 +chr7 11638318 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054466;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,5:14,4 +chr7 12502281 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,4:4,4 +chr7 12888535 . T TTC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:3,1:18,3 +chr7 13324565 . T TCC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.091949;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,6:3,1:8,5 +chr7 13820734 . T TCTTC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,3:9,1 +chr7 14188044 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.035742;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:18,2:16,3 +chr7 14577572 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00029763;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:16,4:15,10 +chr7 14906441 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16366;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,3:10,2 +chr7 15432333 . T TATATATATACATAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,4:9,3:11,1 +chr7 15586829 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.014512;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:31,7:16,3:15,4 +chr7 15997975 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.011243;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:14,5:16,5 +chr7 16628905 . GT G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.039346;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:7,7:14,1 +chr7 16919988 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00086166;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:14,7:14,6 +chr7 21203931 . C CCACACACA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20979;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:3,3:3,1 +chr7 21227141 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.09755;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:21,2:12,2 +chr7 21789796 . TC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.10766;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:6,2:13,2 +chr7 23034703 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=6.6609e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:12,10:8,6 +chr7 23154355 . A AAAAC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031691;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:8,5:13,6 +chr7 24779498 . G GGTGTGTGTGT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020195;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:13,5:5,5 +chr7 24940809 . CT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0336;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 +chr7 26090458 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016673;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:11,5:3,1 +chr7 26301018 . CCAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1 +chr7 28000618 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.019346;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:9,6:4,2 +chr7 28000622 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:8,4:6,1 +chr7 28348385 . CTCTCTCTCTCTG C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.053885;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:8,2:10,2 +chr7 28624676 . G GAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:10,4:5,1 +chr7 32443079 . CAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:1,2:1,5 +chr7 33020563 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0012119;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:12,5:15,9 +chr7 33783473 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.23498;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,5:4,3:8,2 +chr7 34386872 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=9.3501e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:17,24:9,14:8,10 +chr7 35574098 . AG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:8,4:0,2 +chr7 36056071 . GCAGGA G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0035575;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:14,4:9,4 +chr7 36056080 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0022392;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:14,4:7,4 +chr7 36056083 . T TG 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0053469;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:16,3:8,4 +chr7 36056086 . T TA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0040413;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:15,3:7,4 +chr7 36198359 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:3,1:1,3 +chr7 36778301 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.003548;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:12,3:13,6 +chr7 37691045 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0029872;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:12,6:8,2 +chr7 38548054 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.027745;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:16,7:15,1 +chr7 40346934 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=1.4316e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,20:6,12:2,8 +chr7 40988895 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:1,2:1,1:0,1 +chr7 43032440 . A AAGAAG 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:5,4:3,1 +chr7 43898788 . AATTT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,6:5,4:5,2 +chr7 44085359 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,5:6,1:1,4 +chr7 45547680 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,4:3,1:3,3 +chr7 47172855 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.013178;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:12,1:12,5 +chr7 47910826 . T TTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,5:2,3:9,2 +chr7 48294442 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11905;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:2,4:1,2:1,2 +chr7 51086358 . GAAAAAAAAA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0011057;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,8:1,6:1,2 +chr7 51271899 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00028557;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:19,7:13,7 +chr7 51541412 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00053327;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:8,5:9,5 +chr7 51610845 . G GTT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,9:5,8:6,1 +chr7 52199611 . C CAA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00023911;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:9,16:3,8:6,8 +chr7 52403946 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.034956;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,2:9,3 +chr7 52445996 . ATTTTTT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,3:5,2 +chr7 53857364 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0048332;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,6:17,4 +chr7 54302829 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 +chr7 55143189 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0042512;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:10,5:15,5 +chr7 55323199 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,3:3,1:3,2 +chr7 55924515 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0036989;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:11,4:17,6 +chr7 56151217 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.22147;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:13,2:8,1 +chr7 56168398 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:1,3:1,3:0,0 +chr7 56447514 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:5,2:2,3 +chr7 56815431 . G C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:10,1:6,3 +chr7 56870617 . CT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:12,1:4,3 +chr7 57396857 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0062713;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,10:1,9:1,1 +chr7 57408800 . G GTTTTCTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0098833;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,9:0,6:3,3 +chr7 57499513 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00070765;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:13,5:7,6 +chr7 57617502 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.09126;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:21,3:20,2 +chr7 57708767 . A G 0 PASS DP=214;GPV=1;SPV=0.042999;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:103:87,16:51,5:36,11 +chr7 58074648 . G T 0 PASS DP=192;GPV=1;SPV=0.0026177;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:87,17:52,13:35,4 +chr7 58074649 . C T 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.00093139;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:105:82,23:48,19:34,4 +chr7 58081151 . C G 0 PASS DP=212;GPV=1;SPV=0.029944;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:121:100,21:48,9:52,12 +chr7 58083546 . C G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.0098911;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:52,11:29,7:23,4 +chr7 58089349 . CAA C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.029941;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,6:8,5:5,1 +chr7 58207631 . A C 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.016846;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:71,17:29,8:42,9 +chr7 59849357 . G T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.083867;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:1,4:21,1 +chr7 59967230 . T C 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.04075;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:75,9:32,3:43,6 +chr7 60443284 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0056445;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:22,8:13,1 +chr7 60938782 . AT A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.038854;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:36,9:17,8:19,1 +chr7 60945409 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.030386;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:50,7:21,4:29,3 +chr7 61002037 . T C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.13544;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:18,3:15,1 +chr7 61013469 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.040635;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:18,5:16,2 +chr7 61116195 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 +chr7 61117113 . C G 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.034069;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:80,15:49,5:31,10 +chr7 61118060 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0089809;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:3,3:15,4 +chr7 61255209 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.04;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:11,3:10,1 +chr7 61409812 . A G 0 PASS DP=253;GPV=1;SPV=0.011294;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:113,23:93,19:20,4 +chr7 61410142 . TC T 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.010722;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:93:77,16:30,6:47,10 +chr7 61527517 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.029593;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:31,6:8,3 +chr7 61764874 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.11252;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:6,6:12,1 +chr7 61804323 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0036085;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:17,5:10,3 +chr7 61839512 . T G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.24348;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:6,1:7,2 +chr7 62030363 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,2:3,5 +chr7 63564349 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,3:16,1 +chr7 63629694 . G A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,3:8,1 +chr7 63754992 . T A 0 PASS DP=268;GPV=1;SPV=0.007447;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:129,20:42,4:87,16 +chr7 63769322 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.010262;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,4:10,6 +chr7 63835793 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.049522;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,3:15,1 +chr7 64004410 . T TAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:4,4:7,2 +chr7 64097000 . T C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032916;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:12,2:8,5 +chr7 64491938 . T G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037956;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:7,6:11,4 +chr7 64847332 . A ATAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:0,5:6,5 +chr7 64963760 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:3,2:3,1:0,1 +chr7 65241850 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:8,4:0,2 +chr7 65505802 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10954;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:19,4:14,1 +chr7 66509760 . C A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:1,2:3,2 +chr7 66983916 . A AT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:4,3:5,3 +chr7 67266492 . A AT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.069853;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,3:7,2 +chr7 68029021 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:3,3:7,2 +chr7 68479343 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.021836;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:12,3:13,4 +chr7 68499365 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.25199;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:14,3:3,1 +chr7 68894513 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:41,5:17,1:24,4 +chr7 69137867 . G GA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0050212;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:19,6:6,5 +chr7 70340163 . A AACACACACACACAC 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.04484;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:7,5:5,2 +chr7 71334028 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.037817;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:16,4:15,2 +chr7 71836622 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,5:2,2 +chr7 72287435 . AT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:9,2:0,4 +chr7 73805601 . C CAAAAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,4:4,3:7,1 +chr7 73835197 . TCTCCCTCTC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:3,2:6,6 +chr7 73836216 . C T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.032901;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,1:7,5 +chr7 74547439 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,2:3,2 +chr7 75010085 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0084069;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:4,4:7,9 +chr7 75110961 . A G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,5:3,4 +chr7 76441133 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.031136;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:11,1:18,4 +chr7 76606109 . G C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.024562;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:18,3:17,7 +chr7 76958294 . T G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1 +chr7 77001029 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.039335;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,5:11,1 +chr7 77053418 . G A 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.0025089;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:51,20:24,11:27,9 +chr7 77357429 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00082439;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:18,4:8,8 +chr7 77440170 . ATTT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,3:4,5 +chr7 77998313 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00039176;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:10,10:9,7 +chr7 78004586 . CTGTGTGTGTG C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:12,11:6,5:6,6 +chr7 78083388 . GA G 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,3:2,3:0,0 +chr7 80020388 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.045175;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:20,2:19,3 +chr7 81539388 . A ATATG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,4:10,2:11,2 +chr7 83775895 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17496;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,1:11,3 +chr7 84534144 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00022237;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:14,7:7,9 +chr7 85333823 . G C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0013654;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:4,4:2,5 +chr7 86331047 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=2.1506e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:8,9:8,4 +chr7 86627560 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,5:2,1 +chr7 88053624 . GAAAGAAAGAA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0049129;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,7:6,2:1,5 +chr7 88113703 . AATATATAT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:1,4:3,1 +chr7 89375746 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10577;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,5:5,4:1,1 +chr7 89424208 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:9,2:3,2 +chr7 90100890 . A ATT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0027397;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,10:4,8:5,2 +chr7 90901691 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044901;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:4,4:14,1 +chr7 91863676 . A C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,2:0,1:3,1 +chr7 92870188 . TA T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0032575;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:3,7:1,1 +chr7 95500568 . CAAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0015076;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,9:3,1 +chr7 97702887 . C CTTAAAG 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,6:3,4:0,2 +chr7 98405344 . GCTTTCTTT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011224;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,8:7,5:3,3 +chr7 100181901 . C CAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.063246;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,4:2,1 +chr7 100697996 . CTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.01037;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,5:2,2 +chr7 101002450 . G A 0 PASS DP=291;GPV=1;SPV=0.00231;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:135:118,17:63,7:55,10 +chr7 101098714 . G C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0033765;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:15,2:9,5 +chr7 101320558 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.018182;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,3:0,1:0,2 +chr7 101342021 . T TTTC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.21569;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,3:5,1:14,2 +chr7 101355066 . TTTTTC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011229;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,4:5,5 +chr7 101946544 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.15021;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:5,4:3,1 +chr7 102060580 . CATATAT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.042412;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1 +chr7 102564422 . C CAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13663;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:22,3:5,1 +chr7 102566067 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.036714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:11,7:16,3 +chr7 102576894 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.03782;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:13,5:12,3 +chr7 102592796 . G A 0 PASS DP=159;GPV=1;SPV=0.00012025;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:56,23:27,13:29,10 +chr7 102618555 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=4.7617e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,10:7,3 +chr7 105501970 . ATAT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,2:2,1:0,1 +chr7 106586896 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=2.3666e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:6,7:3,2 +chr7 107749938 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.029646;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,1:10,8 +chr7 108692388 . A ATTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0055944;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,6:1,3:1,3 +chr7 108725935 . A AGAGAGG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:4,2:1,5 +chr7 110192628 . T A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063158;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:2,2:4,1 +chr7 110315561 . C CCT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:4,5:2,2 +chr7 110963987 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.029051;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,6:4,4:5,2 +chr7 110989531 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037021;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:6,2:0,3 +chr7 115821961 . A ATTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.004902;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:0,14:0,10:0,4 +chr7 117059807 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr7 119335917 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.027438;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,4:3,1 +chr7 120081165 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0018031;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:9,6:3,3 +chr7 120828655 . C CT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0095459;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,5:1,4:1,1 +chr7 123360172 . CTGTG C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,5:3,2:0,3 +chr7 125248961 . G GT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:5,6:2,1 +chr7 126360474 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.042184;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:11,2:20,3 +chr7 126595400 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.001998;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,5:0,3:1,2 +chr7 128188120 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.125;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,2:1,1:3,1 +chr7 129963936 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00068862;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:7,10:2,2 +chr7 130782419 . CTCTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0019985;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,3:3,5 +chr7 131983250 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.00029663;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:3,5:4,4 +chr7 132020640 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,5:5,1 +chr7 132716676 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.001026;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,10:3,8:1,2 +chr7 133227300 . TATA T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:2,1:1,1 +chr7 134371720 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00095953;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,7:7,2 +chr7 134544731 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0014954;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,1:9,5 +chr7 136452552 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.013177;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:5,1:1,4 +chr7 139490533 . CA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.00098508;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,8:0,6:1,2 +chr7 139623517 . CAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,3:2,3 +chr7 140583926 . G GA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,3:10,1 +chr7 141002399 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:3,1:1,3 +chr7 141604374 . G GTATATATATA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:2,5:4,1 +chr7 142383337 . T TTCTATAA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,2:2,2 +chr7 143208151 . A AAGTAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:6,3:2,1 +chr7 143540747 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010482;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:4,8:14,3 +chr7 144149689 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,2:0,1:2,1 +chr7 144244550 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013378;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:4,4:14,5 +chr7 144285525 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.01061;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:20,5:14,8 +chr7 145196271 . TTTTTCTTTTC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,5:7,2 +chr7 146856297 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024462;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:7,2:3,2 +chr7 147010007 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0032575;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:3,7:1,1 +chr7 147317800 . A ATATATGTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:4,2:9,2 +chr7 147995532 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,7:3,4:4,3 +chr7 147997556 . CAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.01192;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:4,5:1,1 +chr7 148737558 . G GTA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037585;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,9:6,4:11,5 +chr7 150776543 . C CAAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0053523;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,15:6,13:6,2 +chr7 151027375 . TCTCCCCATGTGATGAAATATGGCCTCGTGGGAAGGGAAAGACCTGACCGTCCC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.022869;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:10,1:6,5 +chr7 151759722 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=2.5053e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,13:6,5:2,8 +chr7 151874171 . GATGTATATGTAT G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.023174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,7:9,4:11,3 +chr7 151962609 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.030888;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:5,3:10,2 +chr7 152307195 . GAGGAAGGAAGGAAGGAAGGA G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.11779;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,4:12,2:11,2 +chr7 152674740 . A AT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,4:10,2:2,2 +chr7 152686129 . AAT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.037091;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,2:13,2 +chr7 153182612 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=2.5052e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:6,3:10,11 +chr7 153217951 . T TCACACACACACACACACA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:5,4:3,1 +chr7 154436098 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0050968;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,3:8,2 +chr7 155158263 . A G 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.023736;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:2,1:1,4 +chr7 155946844 . TTCCTTCTC T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:1,2:6,2 +chr7 156265789 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,4:2,1 +chr7 157261307 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0013986;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,8:0,4:1,4 +chr7 157827362 . C CCACAACACAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0033618;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,10:3,7:4,3 +chr7 158126119 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr7 158417950 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0095694;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 +chr8 768418 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.079329;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,6:4,4:6,2 +chr8 1130104 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.059189;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,9:12,4:13,5 +chr8 2591252 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.018203;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:11,7:2,2 +chr8 3035255 . G A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0011925;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:13,8:13,7 +chr8 3233859 . C G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0018791;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:10,4:5,4 +chr8 3926079 . CCATA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,1:6,3 +chr8 4023753 . ATTT A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:10,3:2,4 +chr8 4974183 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0026204;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:11,8:11,7 +chr8 5395533 . T TTTAC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.027862;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,5:8,1:12,4 +chr8 6223947 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.099033;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,6:9,4:11,2 +chr8 6228677 . A AACACACAC 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024017;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:8,11:6,6:2,5 +chr8 7102233 . A AAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.01905;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:8,5:8,3 +chr8 7178754 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016427;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:9,8:6,2 +chr8 7208193 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.051948;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:4,2:10,2 +chr8 7577272 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.064336;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:16,6:1,1 +chr8 7616393 . A G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097916;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,3:7,2 +chr8 7774382 . C T 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.00071446;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:2,7:2,2:0,5 +chr8 8059318 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:10,1:8,4 +chr8 8140683 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0038917;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:4,7:3,2 +chr8 8161203 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.0083882;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:37,17:20,10:17,7 +chr8 8176793 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 +chr8 8186779 . C G 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.018219;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:35,6:11,3 +chr8 8675975 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:3,6:2,1 +chr8 9627563 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.13255;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:12,1:19,3 +chr8 9657272 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:1,1:5,3 +chr8 11567367 . GCTCAGTCAATT G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.038024;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,2:11,2 +chr8 12439341 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,2:4,2 +chr8 12504320 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 +chr8 12560699 . TATAC T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.047445;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:26,3:17,4 +chr8 12560716 . ATATATACG A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.039034;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:25,2:14,5 +chr8 12739967 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:20,2:12,2 +chr8 12902624 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034045;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,5:2,3 +chr8 14471992 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00089348;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:12,3:19,10 +chr8 14507129 . C CAAACTGTCTTTTCAATTGATCGGGACAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16591;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,2:13,2 +chr8 15430011 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0037259;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:6,7:8,7 +chr8 16297238 . G GTAAGT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2 +chr8 16961661 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2 +chr8 17267469 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.050264;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:12,3:16,4 +chr8 18018899 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0072464;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,7:3,3:5,4 +chr8 18164474 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0062626;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:21,3:10,7 +chr8 18562931 . G GA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.12152;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:18,6:9,5:9,1 +chr8 18968867 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024337;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,6:6,3 +chr8 20373742 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:16,2:3,2 +chr8 20469842 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00034218;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:16,6:12,5 +chr8 20472586 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,5:2,3:3,2 +chr8 22648907 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.011282;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:10,6:12,3 +chr8 22815366 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00020424;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:10,4:18,9 +chr8 23346100 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.072845;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:20,3:9,2 +chr8 24020415 . CTG C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.052123;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:10,2:9,5 +chr8 24837126 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.22222;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:3,2:1,1:2,1 +chr8 25410974 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:2,2:8,3 +chr8 25410983 . GCACGCA G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,4:2,2:3,2 +chr8 26002932 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055469;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:3,5:7,3 +chr8 26004673 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2 +chr8 26618481 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.051469;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:13,4:4,3 +chr8 26680343 . CTCTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:4,1:9,3 +chr8 26968288 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0023514;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:7,4:13,6 +chr8 27525370 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0010271;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,5:9,5 +chr8 27865789 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,2:2,1:0,1 +chr8 28773463 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,2:7,6 +chr8 30904446 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0077494;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,6:2,2 +chr8 31452437 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00015011;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:15,7:11,7 +chr8 31903148 . C CTTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 +chr8 32293718 . C CT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,3:6,2 +chr8 32861894 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055972;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,9:2,8:5,1 +chr8 34653359 . T TACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:5,6:6,5 +chr8 34981471 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27277;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2 +chr8 35423852 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.030898;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:11,5:10,2 +chr8 35531347 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:1,2:4,6 +chr8 36989569 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.062277;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:13,1:11,4 +chr8 37293591 . C CTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01204;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:2,4:5,1 +chr8 37719760 . AAAAATCATTTTTTATAAAATGATTTAT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021554;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:5,4:12,1 +chr8 38155939 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,6:4,5:1,1 +chr8 38530230 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.20221;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,7:7,6:1,1 +chr8 38641551 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00051874;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:17,4:8,10 +chr8 38883251 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.010538;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:4,8:3,2 +chr8 38889122 . ATTTTTTTTT A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,2:0,1:0,1 +chr8 38933790 . A AAAAAAAAAAAAAAAAAAAG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,3:9,1 +chr8 39862529 . CAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:3,4:6,1 +chr8 40628239 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00056666;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:9,4:12,7 +chr8 40885450 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.001656;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,3:9,3 +chr8 41899637 . TA T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:7,2:12,2 +chr8 43080779 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00011238;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:22,13:19,5:3,8 +chr8 43299102 . CT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:4,1:14,3 +chr8 43561054 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.01309;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:10,2:13,4 +chr8 45928279 . T A 0 PASS DP=251;GPV=1;SPV=0.026298;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:140:123,17:96,13:27,4 +chr8 46948727 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.015934;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:17,8:12,6 +chr8 49391539 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.001872;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:15,7:18,5 +chr8 49706495 . GT G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:4,3:5,3 +chr8 49918516 . CAGATAATTTCTTTAGAA C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.027273;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:20,2:14,3 +chr8 50455983 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0087456;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,2:10,5 +chr8 50807212 . G T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0066036;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:11,6:11,2 +chr8 51171654 . G C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0094722;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:16,6:10,2 +chr8 51887745 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.0065492;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:3,5:1,2 +chr8 53610444 . A ACT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:3,2:8,4 +chr8 55021486 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00016802;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,16:16,9:12,7 +chr8 55213856 . CTTTT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.088235;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,2:3,2 +chr8 55213864 . T C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.047826;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr8 55730292 . T G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00032942;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:15,6:10,5 +chr8 56106846 . C G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02531;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:11,8:5,5 +chr8 56533074 . T TCACA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,9:2,7:3,2 +chr8 56848939 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0074736;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:5,2:13,4 +chr8 57210828 . G C 0 PASS DP=339;GPV=1;SPV=0.030644;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:205:181,24:126,12:55,12 +chr8 57356054 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=6.2405e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:9,5:14,9 +chr8 57527689 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,2:1,1:2,1 +chr8 58261941 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.026944;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:21,1:10,4 +chr8 59456165 . G T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,1:10,3 +chr8 59473524 . C CAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037926;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:4,10:4,10:0,0 +chr8 59756155 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0019356;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:9,4:12,4 +chr8 60874150 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00056109;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,8:12,3 +chr8 61333479 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.1152e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:9,7:15,10 +chr8 62305584 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0019076;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:9,4:17,5 +chr8 63498774 . A T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014722;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:29,10:17,3:12,7 +chr8 63579606 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:3,4:6,1 +chr8 63584605 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0021565;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:37,11:18,5:19,6 +chr8 63783492 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0014004;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:14,5:10,4 +chr8 64504827 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=5.1887e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:5,8:10,3 +chr8 65623892 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.038324;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,12:7,8:4,4 +chr8 66304830 . G GTC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:9,3:2,1 +chr8 66357348 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,4:13,2:13,2 +chr8 67475816 . TC T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033472;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:3,1:12,7 +chr8 68366059 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,1:13,3 +chr8 68789726 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0017011;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:17,3:11,9 +chr8 70242309 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00034156;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:12,3:16,12 +chr8 71712673 . T TTTTTTATATATATATATATATATA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.034172;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,10:12,2:13,8 +chr8 71908412 . T G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=5.4865e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:12,10:15,5 +chr8 71914084 . CTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:9,6:2,1 +chr8 72851888 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0064207;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:11,8:4,3 +chr8 73465197 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0084627;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:9,7:10,8 +chr8 73831632 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0059655;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:6,4:9,1 +chr8 74883479 . G A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.016974;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:16,5:13,2 +chr8 75424064 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00022212;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:9,4:10,6 +chr8 75714037 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0012364;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:12,7:10,3 +chr8 75945290 . T G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0019062;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:14,3:14,7 +chr8 76691423 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0012499;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:11,4:11,8 +chr8 78001645 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,5:10,3:4,2 +chr8 79787710 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,3:1,2:2,1 +chr8 79860397 . C CT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0057809;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:7,5:11,9 +chr8 82761960 . T TACACAC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14945;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:10,3:4,1 +chr8 83059537 . CGTGT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027219;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:12,6:2,1 +chr8 83710933 . T G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00095522;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:9,6:17,5 +chr8 84064952 . GAATTCTGA G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0040715;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:15,5:11,4 +chr8 84563053 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0018707;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,4:7,5 +chr8 84951535 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.027005;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,4:9,4 +chr8 86082779 . T TTAAAAAAAAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.058442;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:4,3:10,1 +chr8 87307263 . T G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.069705;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,5:19,2:15,3 +chr8 87323710 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027099;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,4:10,4 +chr8 87685190 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.12627;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,1:15,3 +chr8 87764539 . C CCACACACACACACACA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.19203;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:18,3:5,1 +chr8 88226876 . GTATT G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.02975;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:11,7:12,7 +chr8 88495491 . T A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2 +chr8 89215700 . AAT A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1 +chr8 90307988 . T TAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011343;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,10:5,5:9,5 +chr8 92359845 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.053561;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:21,2:15,3 +chr8 93887123 . A AG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:3,2:5,5 +chr8 94244272 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,1:10,3 +chr8 94417480 . TA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00751;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:11,7:7,7 +chr8 95080164 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.049659;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:16,1:9,4 +chr8 98209445 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.070365;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,7:13,6:7,1 +chr8 99639985 . GTAA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.091248;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,5:11,2:4,3 +chr8 100173752 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0086598;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:8,4:19,3 +chr8 102265001 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0031867;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:17,4:15,6 +chr8 102422896 . A AATAAT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0003919;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,11:14,5:11,6 +chr8 102422898 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.00014199;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:12,5:12,7 +chr8 102988780 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.05251;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,2:4,2 +chr8 103757014 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.17677;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,5:4,2:10,3 +chr8 104803651 . C CT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0 +chr8 105877643 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.10294;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:4,1:2,2 +chr8 105877656 . ATATT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.12384;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,3:4,1:3,2 +chr8 106283108 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028152;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:5,4:10,8 +chr8 106704393 . CTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,2:0,1:2,1 +chr8 106852135 . T A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27273;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:3,1:1,1 +chr8 107012898 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0003039;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:8,6:10,4 +chr8 107241914 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:20,3:12,1 +chr8 107342782 . TACACACACACACAC T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.01623;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,9:5,7:1,2 +chr8 107370725 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,1:6,1 +chr8 107681071 . TA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0029007;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:4,5:6,1 +chr8 109235877 . C CT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:8,3:4,4 +chr8 109725620 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0012739;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:14,8:4,1 +chr8 109940110 . T C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0053357;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:5,4:11,2 +chr8 110728374 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.25496;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,4:11,2:16,2 +chr8 111871255 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0027922;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:16,7:15,4 +chr8 113444374 . G C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:0,6:0,2:0,4 +chr8 113761203 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0025244;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:15,6:13,3 +chr8 114210471 . CTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,12:5,9:4,3 +chr8 116457834 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=7.4607e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:17,6:8,9 +chr8 117230448 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00054703;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:10,8:9,5 +chr8 117261582 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.092375;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:17,3:7,1:10,2 +chr8 118002381 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.030629;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:8,7:2,1 +chr8 118039557 . CAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.01093;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:4,5:2,4 +chr8 118234710 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.046295;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,9:2,8:12,1 +chr8 118366878 . AAAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0072004;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:8,4:5,5 +chr8 119161003 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.17135;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:10,4:6,1 +chr8 119706719 . TTCTA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.026393;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:5,1:8,4 +chr8 119706737 . C T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:5,4:11,1 +chr8 119858172 . C CAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:8,2:3,2 +chr8 121353652 . CTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:5,3:3,1 +chr8 122102608 . A AT 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0081097;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:12,8:8,5 +chr8 122307907 . T TCACA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.019732;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,4:8,5 +chr8 122314225 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0087456;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:13,4:11,3 +chr8 124239204 . A AAAAAAAAGAAAG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1226;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,6:4,3:7,3 +chr8 125477576 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.010154;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:12,2:7,8 +chr8 126053788 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00025694;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:12,11:14,5 +chr8 126682726 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.018909;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:13,2:8,3 +chr8 128717468 . G C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:7,3:3,2 +chr8 130467443 . CAAAAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,6:4,1 +chr8 130707431 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.8253e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:11,6:12,7 +chr8 130934253 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.5866e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:12,8:8,4 +chr8 131139943 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0035972;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:12,5:14,3 +chr8 132403016 . C CAAAAA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,4:6,3:2,1 +chr8 133214050 . AGT A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.20321;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:18,3:11,1:7,2 +chr8 133445676 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0020609;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:15,5:15,6 +chr8 134874840 . C CA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,12:2,9:5,3 +chr8 135262344 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:2,0:18,4 +chr8 135536234 . GTT G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,5:3,1 +chr8 136313794 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.034248;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:12,2:11,3 +chr8 136350316 . A AGATGTAATG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0066039;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,12:7,5:7,7 +chr8 136723179 . G GCACACACACA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.025058;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:1,6:1,5:0,1 +chr8 137214206 . GTATATATA G 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.039683;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,4:0,1:0,3 +chr8 138248823 . C CAAAAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.015968;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,8:8,7:4,1 +chr8 138613540 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=2.4756e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:12,5:14,11 +chr8 138829403 . G GTTTTT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:3,3:2,1 +chr8 143065758 . CTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:5,3:16,1 +chr8 143405337 . C G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.016594;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:16,6:7,1:9,5 +chr8 143430504 . C CCCGGCGGGGGCGGGGGGGCG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0056397;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:6,5:10,6 +chr8 144913678 . A AACACAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.051826;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:12,5:5,1 +chr9 545752 . A T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,5:1,4:6,1 +chr9 1573639 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.066411;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 +chr9 3707361 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0097742;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,6:14,2 +chr9 6790682 . A AAG 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.006192;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:2,3:3,3 +chr9 6866971 . TTGTGTG T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,5:4,3:4,2 +chr9 7029298 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.056718;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:10,4:9,1 +chr9 8353818 . ATATATGTATATATGT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:4,4:13,4 +chr9 8870687 . A AACACACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,10:7,7:1,3 +chr9 9671005 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0048714;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:13,3:13,7 +chr9 9878253 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0003601;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:16,9:11,5 +chr9 10031987 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=6.3758e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:14,23:9,13:5,10 +chr9 11379751 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.073744;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:13,1:15,3 +chr9 11778177 . C CAAAAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.057585;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,7:11,5:7,2 +chr9 12922049 . A C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054998;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:12,4:14,8 +chr9 13345168 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00019093;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,8:6,2 +chr9 13668785 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0047434;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:10,6:14,2 +chr9 14083479 . T TA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,7:0,4:1,3 +chr9 14091075 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.14145;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:16,2:18,2 +chr9 15406668 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0051722;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,5:5,2 +chr9 15774246 . TAAA T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:4,2:6,2 +chr9 15830968 . A AT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:4,5:7,8 +chr9 16779114 . T TA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1538;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,4:14,1:7,3 +chr9 16935628 . G T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00022074;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:13,7:10,6 +chr9 18735753 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0083519;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,6:5,3 +chr9 19891171 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0019011;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:15,3:9,6 +chr9 20599459 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.099099;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:18,4:9,1:9,3 +chr9 23070620 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.057736;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:18,6:2,1 +chr9 25595525 . CTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:9,5:5,3 +chr9 26249433 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00080797;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:19,4:6,7 +chr9 26369801 . C CA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,8:5,7:0,1 +chr9 26621231 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00052875;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:17,3:7,7 +chr9 26645167 . TAC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.050612;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,3:7,1 +chr9 27403516 . ATTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,10:3,4:4,6 +chr9 27444154 . A AGAAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0012598;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:11,13:8,8:3,5 +chr9 27691811 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:10,1:12,3 +chr9 27825162 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0011908;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:12,5:15,7 +chr9 29898309 . C A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00067124;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:11,7:14,4 +chr9 30518419 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0044113;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,2:10,7 +chr9 31290559 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0014939;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:14,4:8,6 +chr9 32577585 . G GT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.025825;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,9:11,7:5,2 +chr9 32769927 . C CAGAGAG 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,12:3,9:5,3 +chr9 33317433 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.01269;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:4,4:11,1 +chr9 34301987 . ATT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,1:5,3 +chr9 34636320 . A T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:4,2:0,1:4,1 +chr9 36187024 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,5:2,4:7,1 +chr9 37258757 . T TA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.14279;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,5:15,4:1,1 +chr9 37377794 . A G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.17677;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,5:7,1:7,4 +chr9 37384136 . TTTCCTTCC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0047325;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,5:7,2 +chr9 37649466 . C A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.8209e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,19:10,12:8,7 +chr9 37741450 . G GAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,6:3,4:2,2 +chr9 38983868 . C T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=0.042309;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:52,9:18,7:34,2 +chr9 38993833 . C T 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.045773;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:76,13:23,3:53,10 +chr9 39002559 . T G 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.031751;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:61,17:30,8:31,9 +chr9 39584576 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.026636;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,6:2,4:4,2 +chr9 39586459 . G T 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.0060513;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:71,9:55,5:16,4 +chr9 39625941 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.15152;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:16,2:6,1 +chr9 39776863 . G A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:13,4:0,0 +chr9 39818290 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.059274;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:13,3:5,1 +chr9 40716658 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.081606;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:23,2:14,3 +chr9 40971176 . A C 0 PASS DP=233;GPV=1;SPV=0.029454;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:104,18:47,8:57,10 +chr9 41000264 . T G 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.036965;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:84,17:39,6:45,11 +chr9 41082797 . C T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.0069784;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:63,9:24,6:39,3 +chr9 41158015 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.037533;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,2:4,5 +chr9 41184026 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.023196;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:13,6:14,1 +chr9 41234892 . C A 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.00011711;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:85,16:17,11:68,5 +chr9 41241909 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.031176;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:53,12:24,2:29,10 +chr9 41266616 . C T 0 PASS DP=114;GPV=1;SPV=0.03955;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:32,9:15,3 +chr9 41294007 . G A 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.024194;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:75,16:29,5:46,11 +chr9 41474195 . A C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.025784;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:8,2:10,5 +chr9 41697097 . C CA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.11505;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:20,1:11,3 +chr9 41803726 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.036397;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 +chr9 42158933 . CAGACTGGACT C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.8055e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:13,9:12,5 +chr9 42164810 . G T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.15576;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:16,1:21,4 +chr9 43181108 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.13544;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:16,2:17,2 +chr9 43301126 . A T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.014473;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:61,7:29,5:32,2 +chr9 43301142 . ATATT A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.013323;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:57,7:29,6:28,1 +chr9 43301203 . TTG T 0 PASS DP=134;GPV=1;SPV=0.0090494;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:68,8:34,6:34,2 +chr9 44027408 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.19203;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,3:14,1 +chr9 44030494 . G C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr9 44545523 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.07478;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:14,4:0,0 +chr9 45308796 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:0,0:10,4 +chr9 60568577 . C G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.040799;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:52,9:36,4:16,5 +chr9 60575712 . CA C 0 PASS DP=198;GPV=1;SPV=0.033306;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:108:87,15:43,9:44,6 +chr9 60575716 . G C 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.047582;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:107:92,15:40,9:52,6 +chr9 61174867 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 +chr9 61562987 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.034805;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:15,7:12,1 +chr9 61846153 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:0,0:15,4 +chr9 61915381 . T C 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.046035;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:49,9:25,8:24,1 +chr9 62307653 . A T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 +chr9 62748136 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.047306;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:10,7:14,4 +chr9 63039174 . T G 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.004644;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:1,3:4,4 +chr9 63759448 . C T 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.02963;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:103,15:39,6:64,9 +chr9 63825097 . T C 0 PASS DP=412;GPV=1;SPV=0.035766;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:242:216,26:65,5:151,21 +chr9 63885664 . C G 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.014958;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:86,10:48,5:38,5 +chr9 64082964 . TTATATATA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:7,2:0,2 +chr9 64109795 . C CAATT 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0015933;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:34,16:16,8:18,8 +chr9 64446417 . A G 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.015578;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:49,7:29,3:20,4 +chr9 64469826 . C CTTTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:2,2:5,2 +chr9 64722888 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0 +chr9 65061096 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:2,1:13,4 +chr9 65377823 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012829;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:15,5:2,2 +chr9 65514830 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.03355;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:41,8:24,6:17,2 +chr9 65551509 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.023216;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:10,7:18,6 +chr9 65554563 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.025087;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:14,1:9,7 +chr9 65650975 . C T 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.038338;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:66,18:30,16:36,2 +chr9 65770295 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.15715;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:35,5:9,1:26,4 +chr9 66160564 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.011804;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:14,7:13,5 +chr9 66261718 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.016158;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:19,6:7,1 +chr9 66369884 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.028693;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:13,7:10,1 +chr9 67085333 . AATTT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.064151;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:13,2:6,4 +chr9 67630851 . A G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.20137;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:15,2:15,2 +chr9 67787558 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.038355;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:1,1:24,10 +chr9 67798387 . C A 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.020786;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:109:86,23:33,10:53,13 +chr9 67832491 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011315;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,2:10,7 +chr9 67881117 . T A 0 PASS DP=140;GPV=1;SPV=0.0052956;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:71,9:40,8:31,1 +chr9 68287357 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.006964;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,5:8,4 +chr9 69696380 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.018392;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:12,5:11,1 +chr9 72132286 . A C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0026089;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:11,4:13,5 +chr9 74125462 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00044867;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:9,4:9,6 +chr9 74319090 . G A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0032501;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,3:9,3 +chr9 74361818 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=4.9557e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:18,5:5,9 +chr9 77048262 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=8.3349e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,15:6,7:8,8 +chr9 79695351 . T A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.028109;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:9,5:13,3 +chr9 80580189 . C G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00011357;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,7:11,6 +chr9 81013339 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00064075;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:12,8:14,2 +chr9 83008891 . C CTCATATATATAT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.14706;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,3:5,2:2,1 +chr9 83479785 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 +chr9 85700487 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.031142;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:15,1:15,4 +chr9 86510989 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00071247;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:8,8:10,4 +chr9 87239049 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0028443;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:10,3:18,5 +chr9 87518485 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.034541;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:22,17:8,11:14,6 +chr9 88112566 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:8,1:15,3 +chr9 89979293 . G GT 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.035742;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:13,6:4,2 +chr9 90429584 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:17,2:10,2 +chr9 90526339 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094934;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,2:8,2 +chr9 93023795 . CTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.026248;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:8,7:5,4:3,3 +chr9 93074431 . CAAAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 +chr9 96727745 . A AT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 +chr9 99841231 . G GA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.008316;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:8,5:5,1 +chr9 101181127 . A ATG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,4:6,3:4,1 +chr9 102099034 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00046907;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:13,7:11,5 +chr9 102208043 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00035208;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:14,8:9,6 +chr9 103543037 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0033765;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:9,3:15,4 +chr9 104528724 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00088456;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:13,5:7,6 +chr9 104944790 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:1,2:1,2:0,0 +chr9 105162046 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,10:3,6:3,4 +chr9 105654873 . CTG C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0024274;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,12:6,9:2,3 +chr9 108743292 . ATATG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034547;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,6:6,1 +chr9 110433364 . CAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,7:3,4:1,3 +chr9 111499821 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.006192;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,5:2,1 +chr9 112515042 . G C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1184;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:15,4:1,0 +chr9 113061748 . C T 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.033714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:124:99,25:32,14:67,11 +chr9 113257478 . AT A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.013999;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,7:5,4:2,3 +chr9 114660862 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:1,3:6,4 +chr9 115271886 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.004902;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:2,12:0,7:2,5 +chr9 116998569 . CCATA C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13598;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,1:17,3 +chr9 117043907 . C CAAAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0043505;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:4,5:5,2 +chr9 117067055 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:12,1:10,3 +chr9 117585579 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0039611;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:20,20:9,11:11,9 +chr9 117975199 . T A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0066857;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,5:11,2 +chr9 119366504 . G A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:4,10:2,5:2,5 +chr9 119800001 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr9 120020055 . T A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.07519;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,1:19,3 +chr9 121544139 . CATAT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:22:0,5:0,2:0,3 +chr9 121858266 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.013337;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:17,3:9,3 +chr9 122727039 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.010718;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:3,7:2,2 +chr9 126511387 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.04741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:8,7:5,1 +chr9 127021497 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=1.904e-05;SS=2;SSC=47;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,16:3,13:4,3 +chr9 127471472 . T TA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023537;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,5:2,4:5,1 +chr9 127713496 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:5,2:4,2 +chr9 128083513 . C CTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.034783;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:3,3:7,3 +chr9 130409638 . G T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0025617;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:16,4:13,4 +chr9 132105907 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0099286;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:14,5:17,4 +chr9 132188636 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=3.9192e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:18,8:18,6 +chr9 132832063 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0 +chr9 134098711 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.8301e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:13,9:14,6 +chr9 134948374 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0011495;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:12,7:15,6 +chr9 136131338 . C CGGG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:2,4:0,0 +chr9 136150424 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18039;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,1:15,3 +chr9 136725211 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.03183;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,6:6,3 +chr9 136889990 . TGA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=5.7121e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,16:3,7:5,9 +chr9 138129089 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,4:10,3:10,1 +chr9 138144598 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,1:2,3 +chr9 138214206 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.018754;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:17,1:17,6 +chr9 138237340 . AG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:8,4:1,1 +chrX 2904903 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:4,8:1,1 +chrX 3534618 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.1749e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:5,5:9,5 +chrX 3653799 . A T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.074074;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 +chrX 3740839 . A AAAAAG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:4,3:0,1 +chrX 6584770 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040303;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,1:6,4 +chrX 8498537 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.031621;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,2:0,1 +chrX 8594688 . A G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0017181;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,10:1,7:1,3 +chrX 8594703 . TATATATACAC T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.004156;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:3,6:1,3 +chrX 9404939 . C G 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.044225;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:16,6:21,3 +chrX 9405966 . G A 0 PASS DP=340;GPV=1;SPV=0.0049026;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:160:141,19:76,7:65,12 +chrX 9410334 . T C 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.035719;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:63,8:21,1:42,7 +chrX 9411980 . C A 0 PASS DP=281;GPV=1;SPV=0.0018742;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:123:107,16:49,8:58,8 +chrX 9973248 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.4015e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:19,14:8,4:11,10 +chrX 10648510 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0017074;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,3:6,4 +chrX 11411183 . T A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,3:0,0:2,3 +chrX 11412688 . C A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=2.2035e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,11:5,5:4,6 +chrX 11679886 . TTTTCTTTC T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.038233;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,3:5,4 +chrX 13600283 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1 +chrX 15059829 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00017781;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,5:5,4 +chrX 15398102 . T TG 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.00018275;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,9:1,8:2,1 +chrX 15746022 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.0091688;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,8:2,6:1,2 +chrX 16231503 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.073684;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:3,2:3,1 +chrX 16355097 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040959;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,3:1,2:0,1 +chrX 21945634 . T TCC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.011438;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:0,0:3,4 +chrX 22375511 . T TGAGAGAGA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:5,3:4,4 +chrX 22899014 . ATG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.020407;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,3:5,3 +chrX 23377575 . GGTGT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:6,3:4,4 +chrX 23500147 . T TTTTTATTTTATTTTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.033054;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:1,5:8,3 +chrX 24617371 . G GT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0064996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,9:1,7:3,2 +chrX 24660678 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0098951;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:2,4:5,3 +chrX 25828071 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.016117;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,4:4,1:3,3 +chrX 25998490 . G GCACACACACACACACACACA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0011899;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,8:3,7:2,1 +chrX 26326024 . ATGTTTGTT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.013215;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:5,5:7,4 +chrX 27975047 . TAC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00041615;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:12,16:4,10:8,6 +chrX 28969902 . AAC A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.011818;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:4,4:8,3 +chrX 28981090 . CAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:2,3:1,1 +chrX 30638324 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0021778;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,8:1,2:4,6 +chrX 32975346 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 +chrX 34423647 . C A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:3,3:2,2:1,1 +chrX 36949507 . C G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00061448;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,2:6,4 +chrX 38917230 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=1.9105e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:12,8:7,10 +chrX 40914902 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00070944;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:3,7:2,2:1,5 +chrX 41272377 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,1:11,3 +chrX 41290837 . CAA C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.022967;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,5:1,2 +chrX 42871500 . C CGTGT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.042556;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,5:5,2 +chrX 42891118 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040008;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,4:9,5 +chrX 42894141 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,5:5,3 +chrX 42972776 . T TAGAAAAACAAGATCCGAGAAG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.046756;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,9:11,4:12,5 +chrX 44594077 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.2381;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:3,3:1,2:2,1 +chrX 44803555 . G C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:6,10:8,3 +chrX 44963440 . A AGT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15083;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,4:7,3:17,1 +chrX 47579180 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.8092e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:13,6:8,6 +chrX 48529848 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=6.1566e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:19,17:12,7:7,10 +chrX 49346058 . T A 0 PASS DP=486;GPV=1;SPV=0.03642;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:278:234,43:118,26:116,17 +chrX 49619948 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.043835;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,2:14,2 +chrX 49619950 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048259;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,2:12,2 +chrX 51421220 . C A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00025408;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:12,3:11,9 +chrX 52419147 . C G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00075376;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:16,7:20,7 +chrX 53023677 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02002;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:4,4:8,5 +chrX 54226092 . AC A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.00077284;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,13:4,11:2,2 +chrX 54270399 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.029934;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:12,5:6,1 +chrX 54685643 . T TTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.040404;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:4,2:9,2 +chrX 54923568 . G C 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.6553e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:30,18:11,9:19,9 +chrX 55564766 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0071969;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:14,6:14,7 +chrX 56915260 . CAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:4,5:4,1 +chrX 57744654 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.048e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:16,3:7,10 +chrX 60240358 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0091975;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:26,6:6,2 +chrX 61341951 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.046535;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:2,1:41,5 +chrX 62741422 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0035775;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:13,3:9,4 +chrX 64611760 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00017112;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:14,6:12,7 +chrX 64699661 . G T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0011798;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:15,6:8,6 +chrX 64793574 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.002842;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:35,12:18,5:17,7 +chrX 65450670 . C CAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:6,2:3,4 +chrX 65810417 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0055487;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:11,3:20,6 +chrX 66218774 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00016675;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:8,6:11,15 +chrX 66303397 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.054139;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:10,2:22,6 +chrX 66472390 . C G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0021701;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:36,10:16,5:20,5 +chrX 67150890 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0083333;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,3:0,2:0,1 +chrX 67150912 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.49123;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:9,1:4,3 +chrX 67419912 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00064966;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:12,3:17,8 +chrX 67992259 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,8:5,7:2,1 +chrX 73061472 . T A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.000163;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:17,5:14,9 +chrX 73361697 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:5,5:0,2 +chrX 74744950 . T TC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.076628;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,4:5,2:7,2 +chrX 76790727 . C CAAAAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:9,4:0,0 +chrX 78979489 . T G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.027364;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:13,3:14,3 +chrX 79578104 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066077;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:14,4:8,1 +chrX 79748440 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00010913;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:9,7:9,6 +chrX 80039055 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00027813;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:7,3:16,10 +chrX 81140559 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11424;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,5:5,1 +chrX 81773446 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=6.6326e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:6,7:6,2 +chrX 82101828 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.002634;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:11,3:12,6 +chrX 83560970 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.048309;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,7:2,3:7,4 +chrX 85615846 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.014806;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:14,2:13,7 +chrX 86368530 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0008518;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:14,4:8,5 +chrX 86753077 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,5:10,2:8,3 +chrX 87738329 . AT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.030075;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:3,4:4,1 +chrX 87741877 . T A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0040858;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:13,5:17,3 +chrX 88399377 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00040909;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,5:9,4 +chrX 88501121 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,7:3,6:4,1 +chrX 88632183 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.000837;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:13,3:6,7 +chrX 88674609 . A T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00016223;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:5,7:10,4 +chrX 89407083 . G C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.005596;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,3:9,4 +chrX 89426842 . A ATAT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,4:5,3:6,1 +chrX 89426855 . AT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.041126;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,4:7,1 +chrX 89504923 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016081;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,4:11,3 +chrX 89755313 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00012155;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:0,4:8,7 +chrX 89783722 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=6.0385e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:2,5:5,7 +chrX 89965420 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.020544;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,9:8,3:4,6 +chrX 89965421 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:7,3:4,5 +chrX 90351880 . G T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.016081;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:5,3:16,4 +chrX 90950728 . G A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.013018;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:40,8:19,5:21,3 +chrX 93311798 . TA T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.038462;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:3,2:1,2 +chrX 93452164 . G GTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.024751;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,3:5,4 +chrX 94925670 . GAA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018634;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:6,4:1,1 +chrX 96018623 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0019356;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,8:12,6:9,2 +chrX 96980998 . C CAAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.1088;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:11,4:4,1 +chrX 97145325 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037203;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,2:9,2 +chrX 97161051 . G GT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0033;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:3,5:5,4 +chrX 99836512 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0015923;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:16,3:7,10 +chrX 100321805 . TC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,8:4,2:4,6 +chrX 101405236 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.025362;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,7:10,5:5,2 +chrX 102420569 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.013211;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:14,4:10,6 +chrX 102824103 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:4,3:8,1 +chrX 107038536 . G GAA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.30409;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,4:7,3:5,1 +chrX 108444223 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017848;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:5,4:3,4 +chrX 108775705 . ACAT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.022078;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:8,4:10,2 +chrX 109041056 . T TATA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.13283;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,3:12,1 +chrX 109057693 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.018356;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,7:8,3:5,4 +chrX 110689536 . C A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.24893;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:18,2:6,2 +chrX 110689544 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.083717;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:15,3:7,4 +chrX 111820197 . C T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.036325;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:16,2:14,3 +chrX 113914381 . TGGGGCCTCCA T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0020037;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:16,9:18,5 +chrX 115698647 . G A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:1,5:6,1 +chrX 115885482 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.049123;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chrX 116116510 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.024328;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,2:4,4 +chrX 116284047 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,4:1,1:2,3 +chrX 117233726 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.04058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:16,3:10,2 +chrX 117472419 . CAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.080632;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:5,3:7,3 +chrX 118626065 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.05132;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 +chrX 119823558 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:4,2:4,1:0,1 +chrX 120582061 . GAA G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034533;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:3,4:2,1 +chrX 120694831 . TTCTCTTTC T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:4,2:10,2 +chrX 122374580 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0028662;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:7,3:10,5 +chrX 122743892 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:5,3:2,1 +chrX 123306392 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00091169;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:10,3:9,6 +chrX 124028985 . TTA T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.029938;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,11:9,7:8,4 +chrX 124028993 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.028152;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:4,6:11,5 +chrX 124179087 . T TACACACACACACACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,3:10,2 +chrX 125697474 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0063951;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:23,4:8,5 +chrX 126030636 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0038133;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:11,2:16,11 +chrX 126477462 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=7.6729e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:11,5:6,6 +chrX 126605126 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0049682;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:5,5:13,3 +chrX 127192185 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:10,2:5,2 +chrX 127533529 . T TAAAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,2:5,2 +chrX 128447366 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=2.2678e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:8,9:6,5 +chrX 129058522 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00068429;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:10,9:13,2 +chrX 129368973 . G C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0047009;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,2:4,3 +chrX 129606990 . A AGAAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.074336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,5:12,3:10,2 +chrX 131500587 . G GAAAAGA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,3:4,2:3,1 +chrX 131861544 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00039513;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:15,3:11,8 +chrX 134571038 . T TA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0029872;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:11,4:9,4 +chrX 135523978 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0019773;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:10,3:14,4 +chrX 136904766 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.017286;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,4:7,9 +chrX 138341932 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.011374;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:1,3:4,7 +chrX 139082520 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0035775;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,5:13,2 +chrX 141695017 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.025802;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:12,3:11,5 +chrX 141790862 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.036947;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:7,1:14,5 +chrX 142118797 . A AAAAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033189;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,5:9,4 +chrX 142298163 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.3767e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:18,7:8,7 +chrX 143689782 . A ATTACCAGTTAGATAACCAAACT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0034744;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:12,6:15,8 +chrX 143689783 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.024998;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:13,6:15,8 +chrX 144486319 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.019629;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:12,3:18,7 +chrX 144516420 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0011981;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:15,7:16,5 +chrX 144668547 . TATGC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020668;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,3:8,1 +chrX 145443745 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0074736;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:9,3:9,3 +chrX 145550923 . C A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0057104;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:11,5:10,4 +chrX 145601392 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.029934;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:14,5:4,1 +chrX 147036928 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:6,6:3,1 +chrX 148704244 . TTA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:12,4:8,1 +chrX 149424245 . GCCCAGTAGCCCTACTGGGTGGCTAGA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.031869;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:11,2:6,6 +chrX 150327631 . AAAG A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.060295;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3 +chrX 151806088 . A ATGTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.031556;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,8:4,5:5,3 +chrX 154088031 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.003465;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:9,4:8,3 +chrX 154941879 . A G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0091605;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:7,2:9,4 +chrX 155470241 . T TATAA 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.025403;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:39,15:23,11:16,4 +chrY 11184593 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3 +chrY 11185093 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,3:8,2 +chrY 11188522 . A T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.039138;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:9,3:10,2 +chrY 11221710 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.074416;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:14,3:25,3 +chrY 11239989 . G A 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.043031;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:71,17:54,13:17,4 +chrY 11247437 . T C 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.024624;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:30,4:22,3 +chrY 11267878 . G T 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0041457;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:13,5:25,4 +chrY 11280293 . A T 0 PASS DP=400;GPV=1;SPV=0.015554;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:218:179,39:80,23:99,16 +chrY 56834173 . C T 0 PASS DP=160;GPV=1;SPV=0.043963;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:71,12:29,4:42,8 +chrY 56851994 . G A 0 PASS DP=275;GPV=1;SPV=0.043257;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:130,27:71,10:59,17 +chrY 56853118 . A C 0 PASS DP=271;GPV=1;SPV=0.013381;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:118,28:61,12:57,16 +chrY 56864412 . C A 0 PASS DP=533;GPV=1;SPV=0.017044;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:293:258,35:134,19:124,16 +chrY 56870747 . A G 0 PASS DP=258;GPV=1;SPV=0.03366;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:151:133,18:72,11:61,7 +chrY 56875350 . A C 0 PASS DP=581;GPV=1;SPV=0.025519;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:292:257,35:131,16:126,19 +chrY 56875498 . C T 0 PASS DP=426;GPV=1;SPV=0.0029475;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:232:201,31:107,12:94,19 +chrY 56875990 . G C 0 PASS DP=420;GPV=1;SPV=0.01275;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:219:191,28:88,15:103,13 +chrY 56886877 . C T 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.014715;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:62,11:26,6:36,5