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+++ b/nucleosome_prediction.xml	Tue Sep 27 10:02:29 2016 -0400
@@ -0,0 +1,65 @@
+<tool id="Nucleosome" name="Nucleosome Predictions" version="3.0">
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="3.0">nucleosome_prediction</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+      nucleosome_prediction.pl
+        -t Example
+        -s '$input'
+        -p predition_output
+        -tab
+        -c $c
+        -temp $temp
+        $raw_binding
+    ]]></command>
+
+    <inputs>
+        <param type="data" name="input" label="Input sequence file (.fasta format)" format="fasta" />
+        <param argument="-c" type="float" value="0.1"
+            label="Nucleosomes Concentration" help="Nucleosomes concentration: the default value = 0.1"/>
+        <param argument="-temp" type="integer" value="1"
+            label="Temperature Scaling" help="Temperature scaling: the default value = 1"/>
+        <param argument="-raw_binding" type="boolean" truevalue="-raw_binding" falsevalue=""
+            label="Raw Binding" help="Raw Binding: When 'No' (default), then the output will be the default average occupancy probabilities. When 'yes', then the output will be  the raw nucleosome binding log-ratio per basepair"/>
+    </inputs>
+
+    <outputs>
+        <data name="output" format="tabular" from_work_dir="predition_output.tab" />
+    </outputs>
+
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input" value="input.fa" ftype="fasta"/>
+            <param name="raw_binding" value="True"/>
+            <output name="output" file="npresults.tab" ftype="tabular"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="input" value="input.fa" ftype="fasta"/>
+            <param name="c" value="0.1"/>
+            <param name="temp" value="1"/>
+            <output name="output" file="npresultsf.tab" ftype="tabular"/>
+        </test>
+    </tests>
+
+    <help><![CDATA[
+
+    **What it does**
+    This tool allows you to submit a genomic sequence and to recieve a prediction of the nucleosomes positions on it, based on the nucleosome-DNA interaction model that we developed in these papers:
+    This version (version 3) is applicable to all species.
+
+    The tool takes a sequence .fasta file and finds all positions of the matrices above the background
+
+    ]]></help>
+
+    <citations>
+
+        <citation type="bibtex">
+          @MISC{10.1038/nature07667,
+                      DOI = {10.1038/nature07667},
+                      note = {The DNA-encoded nucleosome organization of a eukaryotic genome}
+                      year = "2009"
+                  }
+        </citation>
+    </citations>
+
+</tool>

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/input.fa	Tue Sep 27 10:02:29 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+>Seq1
+ACAAAGAACCTTTAGTTTTGTCATTGTCATCAGACAAGGGATGTTTTTCAACAGCCTCGACGGGAGTCAGCCTCCTGATTCCCACTGAGGAGGAAACGTTCGAGTGCAAGACCCTTTTAGGTACATTTGCATTATGATTTTCGTCATAGTTGTCGCCATCTGCCAGCATAGGCACTGGCACCAAGCCGAACTGGTTAAGGTCCAAACCTTTAAAGTTATCAGTTAACAAGCAGTTGTTGTTTTCATCACACAGAAGCAAAGCTTTCCAGAGCCAGCCTCTACTATTTTCTTTAAAGATAGAGTCATGGTAGAGTTCACCTTTCCAAATTCCCTTCTGCACCAGTTGGTCTCTTGTCTCGTAGTGGTCAATCGCCCATTGTAAGACATCCTTCATGGTTGCATAAGCGAAAAAATACAAACGCACGACAGCTAACCCTCTCTATGTATGCCAATTCTCTTGACAACTCTCCCCCATTGTTCTGAAAAAGGTAATGAAATTAAACGCTGCTGTACCGATTATGGAAAACTCAATGGAAAAATTGAAAAAAAAAAAAAAAGGAACTAGTAATGCCGTAGGAGAAGCGGGTAACATAATATCCGGTTTTCCTTTACGACCGCTTACAGGCCTAAACCAGCGCACCATCCAGTTACAATAACACTTGGAGCATGCGTACACGTGTGCGTATTCTACGGCTGGCATGGGCAAAATAAGACGTGGAATTTTTCTGTGGTCAGAACTTTGCGTCAGTAAATAATTCAAGAAAAAATAATAATTATGTCGAAAAAAAAATAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAATACTAAAAGGTGAGTGTTCAGGAAAACCGCAAGCCATGTTTGTTGATTATTCCGGACTGGAGCGTTACACGGATATAAATGCATCTTTTGGTAAGTTGGTCAACACTTACTGCTGTTTTCAGCGCTGTGAAGCCATCAGCGAACAATTGGAGATTCTGAAAAGTCTAGTACCAAAGTGCCACGACATTG

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/npresults.tab	Tue Sep 27 10:02:29 2016 -0400
@@ -0,0 +1,856 @@
+Sequence	Position	Raw Binding (log ratio)
+SEQ1	146	0.0118
+SEQ1	147	-0.729
+SEQ1	148	-1.35
+SEQ1	149	-1.9
+SEQ1	150	-2.04
+SEQ1	151	-1.76
+SEQ1	152	-1.3
+SEQ1	153	-0.709
+SEQ1	154	-0.355
+SEQ1	155	-0.361
+SEQ1	156	-0.484
+SEQ1	157	-1
+SEQ1	158	-1.21
+SEQ1	159	-1.33
+SEQ1	160	-1.33
+SEQ1	161	-1.27
+SEQ1	162	-0.436
+SEQ1	163	0.492
+SEQ1	164	0.698
+SEQ1	165	0.435
+SEQ1	166	-0.239
+SEQ1	167	-0.859
+SEQ1	168	-1.58
+SEQ1	169	-1.92
+SEQ1	170	-1.62
+SEQ1	171	-0.951
+SEQ1	172	-0.343
+SEQ1	173	0.457
+SEQ1	174	1.28
+SEQ1	175	1.72
+SEQ1	176	1.51
+SEQ1	177	0.958
+SEQ1	178	0.109
+SEQ1	179	-0.822
+SEQ1	180	-1.42
+SEQ1	181	-1.83
+SEQ1	182	-1.81
+SEQ1	183	-1.23
+SEQ1	184	-0.704
+SEQ1	185	-0.339
+SEQ1	186	-0.689
+SEQ1	187	-1.04
+SEQ1	188	-1.66
+SEQ1	189	-2.05
+SEQ1	190	-1.94
+SEQ1	191	-1.89
+SEQ1	192	-1.71
+SEQ1	193	-1.5
+SEQ1	194	-1.28
+SEQ1	195	-1.36
+SEQ1	196	-1.36
+SEQ1	197	-1.32
+SEQ1	198	-1.41
+SEQ1	199	-1.2
+SEQ1	200	-1.37
+SEQ1	201	-1.36
+SEQ1	202	-1.2
+SEQ1	203	-0.98
+SEQ1	204	-0.992
+SEQ1	205	-0.919
+SEQ1	206	-0.908
+SEQ1	207	-1.08
+SEQ1	208	-1.58
+SEQ1	209	-1.85
+SEQ1	210	-1.94
+SEQ1	211	-1.47
+SEQ1	212	-1.02
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+SEQ1	217	-1.17
+SEQ1	218	-1.46
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+SEQ1	220	-1.13
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+SEQ1	230	-0.374
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+SEQ1	232	0.375
+SEQ1	233	0.907
+SEQ1	234	0.89
+SEQ1	235	0.653
+SEQ1	236	-0.209
+SEQ1	237	-0.787
+SEQ1	238	-1.03
+SEQ1	239	-0.923
+SEQ1	240	-0.225
+SEQ1	241	0.456
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+SEQ1	243	1.47
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+SEQ1	269	-1.06
+SEQ1	270	-1.44
+SEQ1	271	-1.57
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+SEQ1	280	-1.92
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+SEQ1	284	-1.58
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+SEQ1	289	-2.64
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+SEQ1	553	-5.48
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