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planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/main/tools/sylph commit 6ac2834ca0a21512c9986e2fb8d0dcda1c4b0e18

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.md	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,10 @@
+For Galaxy admins and local runs:
+
+The databases for sylph have associated metadata files. These files MUST be paired with the correct databases to output correctly. Here is the easiest location to download databases and metadata files:
+For databases: https://github.com/bluenote-1577/sylph/wiki/Pre%E2%80%90built-databases
+For metadata: https://github.com/bluenote-1577/sylph-utils
+
+The tool assumes the directory the data_table references to be
+<name_of_organism>
+    - database.syldb
+    - metadata.tsv.gz
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,216 @@
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">0.8.1</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
+    <token name="@LICENSE@">MIT</token>
+    <token name="@DB_SELECTOR@"><![CDATA[
+        #if $database_select.select == 'cached' or $database_select.select == 'cached_and_custom':
+            #set $databases = str($database_select.sylph_database.fields.path).split(',')
+            #for $number, $current_db in enumerate($databases):
+                #set $db_name = str($number) + "_sylph_database.syldb"
+                ln -s '$current_db' '$db_name' &&
+            #end for
+        #end if
+    
+    #if $database_select.select == 'cached'
+        #set $metadata = str($database_select.sylph_database.fields.sylph_tax_identifier).split(',')
+        #set metadata_files = ''
+        #for $number, $current_metadata in enumerate($metadata):
+            #set metadata_files = str($metadata_files) + str($current_metadata) + ' '
+        #end for
+    #end if
+
+    ]]></token>
+    <token name="@SINGLE_INPUT_FASTQ@"><![CDATA[
+        #if $sketch_reads.input.ext == 'fastqsanger'
+            #set $ext = 'fastq'
+        #else if $sketch_reads.input.ext == 'fastqsanger.gz':
+            #set $ext = 'fastq.gz'
+        #else:
+            #set $ext = str($sketch_reads.input.ext)
+        #end if
+        #if $sketch_reads.input.element_identifier.endswith('.fastq') or $sketch_reads.input.element_identifier.endswith('.fastq.gz'):
+            #set $input = re.sub(r'\s+', '_', $sketch_reads.input.element_identifier)
+        #else:
+            #set $input = re.sub(r'\s+', '_', $sketch_reads.input.element_identifier + '.' + str($ext))
+        #end if
+        ln -s '$sketch_reads.input' '$input' &&
+    ]]></token>
+    <token name="@SINGLE_GROUP_FASTQ@"><![CDATA[
+        #set input = ''
+        #for $number, $current_file in enumerate($sketch_reads.input):
+            #if $current_file.ext == 'fastqsanger'
+                #set $ext = 'fastq'
+            #else if $current_file.ext == 'fastqsanger.gz':
+                #set $ext = 'fastq.gz'
+            #else:
+                #set $ext = str($current_file.ext)
+            #end if
+            #if $current_file.element_identifier.endswith('.fastq') or $current_file.element_identifier.endswith('.fastq.gz'):
+                #set $current_input = re.sub(r'\s+', '_', $current_file.element_identifier)
+            #else:
+                #set $current_input = re.sub(r'\s+', '_', $current_file.element_identifier + '.' + str($ext))
+            #end if
+            ln -s '${current_file}' '$current_input' &&
+            #set input = str($input) + ' ' + str($current_input)
+        #end for
+    ]]></token>
+    <token name="@PAIRED@"><![CDATA[
+        #if $sketch_reads.input_1.ext == 'fastqsanger'
+                #set $ext_1 = 'fastq'
+            #else if $sketch_reads.input_1.ext == 'fastqsanger.gz':
+                #set $ext_1 = 'fastq.gz'
+            #else:
+                #set $ext_1 = str($sketch_reads.input_1.ext)
+            #end if
+
+            #if $sketch_reads.input_2.ext == 'fastqsanger'
+                #set $ext_2 = 'fastq'
+            #else if $sketch_reads.input_2.ext == 'fastqsanger.gz':
+                #set $ext_2 = 'fastq.gz'
+            #else:
+                #set $ext_2 = str($sketch_reads.input_2.ext)
+            #end if
+
+            #if $sketch_reads.input_1.element_identifier.endswith('.fastq') or $sketch_reads.input_1.element_identifier.endswith('.fastq.gz'):
+                #set $read1 = re.sub(r'\s+', '_', $sketch_reads.input_1.element_identifier)
+            #else:
+                #set $read1 = re.sub(r'\s+', '_', str($sketch_reads.input_1.element_identifier) + '.' + str($ext_1))
+            #end if
+            #if $sketch_reads.input_2.element_identifier.endswith('.fastq') or $sketch_reads.input_2.element_identifier.endswith('.fastq.gz'):
+                #set $read2 = re.sub(r'\s+', '_', $sketch_reads.input_2.element_identifier)
+            #else:
+                #set $read2 = re.sub(r'\s+', '_', str($sketch_reads.input_2.element_identifier) + '.' + str($ext_2))
+            #end if
+            ln -s '$sketch_reads.input_1' '$read1' &&
+            ln -s '$sketch_reads.input_2' '$read2' &&
+    ]]></token>
+    <token name="@PAIRED_GROUP@"><![CDATA[
+        #if $sketch_reads.input.forward.ext == 'fastqsanger'
+            #set $ext_1 = 'fastq'
+        #else if $sketch_reads.input.forward.ext == 'fastqsanger.gz':
+            #set $ext_1 = 'fastq.gz'
+        #else:
+            #set $ext_1 = str($sketch_reads.input.forward.ext)
+        #end if
+
+        #if $sketch_reads.input.reverse.ext == 'fastqsanger'
+            #set $ext_2 = 'fastq'
+        #else if $sketch_reads.input.reverse.ext == 'fastqsanger.gz':
+            #set $ext_2 = 'fastq.gz'
+        #else:
+            #set $ext_2 = str($sketch_reads.input.reverse.ext)
+        #end if
+        
+        #set $read1 = re.sub(r'\s+', '_', str($sketch_reads.input.element_identifier) + '.' + str($ext_1))
+        #set $read2 = re.sub(r'\s+', '_', str($sketch_reads.input.element_identifier) + '_r2.' + str($ext_2))
+        ln -s '$sketch_reads.input.forward' '$read1' &&
+        ln -s '$sketch_reads.input.reverse' '$read2' &&
+    ]]></token>
+    <token name="@SINGLE_INPUT_FASTA@"><![CDATA[
+        #if $sketch_fasta.input.ext == 'fasta'
+            #set $ext = 'fasta'
+        #else if $sketch_fasta.input.ext == 'fasta.gz':
+            #set $ext = 'fasta.gz'
+        #else:
+            #set $ext = str($sketch_fasta.input.ext)
+        #end if
+        #if $sketch_fasta.input.element_identifier.endswith('.fasta') or $sketch_fasta.input.element_identifier.endswith('.fasta.gz'):
+            #set $input = re.sub(r'\s+', '_', $sketch_fasta.input.element_identifier)
+        #else:
+            #set $input = re.sub(r'\s+', '_', $sketch_fasta.input.element_identifier + '.' + str($ext))
+        #end if
+        ln -s '$sketch_fasta.input' '$input' &&
+    ]]></token>
+    <token name="@SINGLE_GROUP_FASTA@"><![CDATA[
+        #set input = ''
+        #for $number, $current_file in enumerate($sketch_fasta.input):
+            #if $sketch_fasta.input.ext == 'fasta'
+                #set $ext = 'fasta'
+            #else if $sketch_fasta.input.ext == 'fasta.gz':
+                #set $ext = 'fasta.gz'
+            #else:
+                #set $ext = str($current_file.ext)
+            #end if
+            #if $current_file.element_identifier.endswith('.fasta') or $current_file.element_identifier.endswith('.fasta.gz'):
+                #set $current_input = re.sub(r'\s+', '_', $current_file.element_identifier)
+            #else:
+                #set $current_input = re.sub(r'\s+', '_', $current_file.element_identifier + '.' + str($ext))
+            #end if
+            ln -s '${current_file}' '$current_input' &&
+            #set input = str($input) + ' ' + str($current_input)
+        #end for
+    ]]></token>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">sylph</requirement>
+            <requirement type="package" version="3.11">python</requirement>
+            <requirement type="package" version="2.2">pandas</requirement>
+            <yield />
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="citation">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1038/s41587-024-02412-y</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+    <xml name="creator">
+        <creator>
+            <person givenName="Tyler" familyName="Collins"/>
+            <person givenName="Alexander" familyName="Ostrovsky"/>
+            <person givenName="Hugo" familyName="Lefeuvre"/>
+        </creator>
+    </xml>
+    <xml name="xrefs">
+        <xrefs>
+            <xref type="bio.tools">sylph</xref>
+        </xrefs>
+    </xml>
+    <xml name="input_database">
+            <when value="custom">
+                <conditional name="sketch_fasta">
+                    <param name="type_fasta" type="select" label="Select the type of fasta used">
+                        <option value="single_fasta">Individual fasta files</option>
+                        <option value="single_group_fasta">Group of fasta files</option>
+                    </param>
+                    <when value="single_fasta">
+                        <param name="input" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Fasta files"/>
+                    </when>
+                    <when value="single_group_fasta">
+                        <param name="input" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Fasta files" multiple="true"/>
+                    </when>
+                </conditional>
+                <param name="compression" type="integer" min="0" value="200" label="Compression" help="Memory/runtime scale like 1/c; higher c is faster but less sensitive at low coverage. The -c for genomes must be than >= the -c for reads (strict > is allowed) (-c)" />
+                <param name="grouped_genomes" type="boolean" checked="false" label="Creating a database of contigs or if genomes are all in one fasta file" truevalue="Yes" falsevalue="No" help="Considers every record in a fasta (i.e. contig) as a genome (-i)" />
+            </when>
+            <when value="cached_and_custom">
+                <param label="Select a sylph database" name="sylph_database" type="select" multiple="true" optional="false">
+                    <options from_data_table="sylph_databases">
+                        <filter type="static_value" value="1" column="version"/>
+                        <validator message="No Sylph databases are available" type="no_options" />
+                    </options>
+                </param>
+                <conditional name="sketch_fasta">
+                    <param name="type_fasta" type="select" label="Select the type of fasta used">
+                        <option value="single_fasta">Individual fasta files</option>
+                        <option value="single_group_fasta">Group of fasta files</option>
+                    </param>
+                    <when value="single_fasta">
+                        <param name="input" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Fasta files"/>
+                    </when>
+                    <when value="single_group_fasta">
+                        <param name="input" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Fasta files" multiple="true"/>
+                    </when>
+                </conditional>
+                <param name="compression" type="integer" min="0" value="200" label="Compression" help="Memory/runtime scale like 1/c; higher c is faster but less sensitive at low coverage. The -c for genomes must be than >= the -c for reads (strict > is allowed) (-c)" />
+                <param name="grouped_genomes" type="boolean" checked="false" label="Creating a database of contigs or if genomes are all in one fasta file" truevalue="Yes" falsevalue="No" help="Considers every record in a fasta (i.e. contig) as a genome (-i)" />
+            </when>
+    </xml>
+    <xml name="element_assert" token_name="" token_text="">
+        <element name="@NAME@">
+            <assert_contents>
+                <has_text text="@TEXT@"/>
+                <yield/>
+            </assert_contents>
+        </element>
+    </xml>
+</macros>
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sylph_query.xml	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,233 @@
+<tool id="sylph_query" name="sylph query" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="23.0">
+    <description>compare metagenome similarity to a reference genome</description>
+    <macros>
+       <import>macros.xml</import> 
+    </macros>
+    <expand macro='requirements'/>
+    <command detect_errors='exit_code'><![CDATA[
+#import re
+##SYMLINK SYLPH DB
+      ##SYMLINK SYLPH DB
+@DB_SELECTOR@
+##Single input
+        #if $sketch_reads.type_reads == 'single_fastq':
+            @SINGLE_INPUT_FASTQ@
+##Single group
+        #else if $sketch_reads.type_reads == 'single_group_fastq':
+            @SINGLE_GROUP_FASTQ@
+##Paired input
+        #else if $sketch_reads.type_reads == 'paired':
+            @PAIRED@
+##Paired  group
+        #else if $sketch_reads.type_reads == 'paired_group':
+            @PAIRED_GROUP@
+        #end if
+##SKETCHING_READS
+        sylph sketch
+        #if $sketch_reads.type_reads == 'single_fastq':
+            $input
+        #else if $sketch_reads.type_reads == 'single_group_fastq':
+            -r $input
+        #else if $sketch_reads.type_reads == 'paired': 
+            -1 $read1
+            -2 $read2
+        #else if $sketch_reads.type_reads == 'paired_group': 
+            -1 $read1
+            -2 $read2
+        #end if
+        -t \${GALAXY_SLOTS:-4}
+        -d sylph_sketches &&
+
+##Single fasta input
+    #if $database_select.select == 'custom':
+        #if $database_select.type_fasta == 'single_fasta':
+            @SINGLE_INPUT_FASTA@
+##Single fasta group
+        #else if $database_select.type_fasta == 'single_group_fasta':
+            @SINGLE_GROUP_FASTA@
+        #end if
+##SKETCHING_FASTA
+        sylph sketch
+        #if $database_select.type_fasta == 'single_fasta':
+            $input
+        #else if $database_select.type_fasta == 'single_group_fasta':
+            -r $input
+        #end if
+        -t \${GALAXY_SLOTS:-4}
+        -c $compression
+        #if str($database_select.grouped_genomes) == 'Yes':
+            -i
+        #end if
+        -o custom_database &&
+    #end if
+##QUERY COMMAND
+        sylph query
+        -t \${GALAXY_SLOTS:-4}
+        #if $database_select.select == 'cached':
+            cached_database.syldb
+        #else if $database_select.select == 'custom':
+            custom_database.syldb
+        #end if        
+        sylph_sketches/*.sylsp
+        -o '$output'
+
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <conditional name="sketch_reads">
+            <param name="type_reads" type="select" label="Select the type of reads used">
+                <option value="single_fastq">Individual single-end reads</option>
+                <option value="single_group_fastq">Group of single-ended reads</option>
+                <option value="paired">One set of paired-end reads</option>
+                <option value="paired_group"> Group of paired-ended reads</option>
+            </param>
+        <!-- Only permitting fastq as tool input only allows fastq and fastq.gz as file ext -->
+            <when value="single_fastq">
+                <param name="input" type="data" format="fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz" label="Single-end input reads"/>
+            </when>
+            <when value="single_group_fastq">
+                <param name="input" type="data" format="fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz" label="Single-end input reads" multiple="true"/>
+            </when>            
+            <when value="paired">
+                <param name="input_1" type="data" format="fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz" label="Paired-end input reads 1"/>
+                <param name="input_2" type="data" format="fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz" label="Paired-end input reads 2"/>
+            </when>
+            <when value="paired_group">
+                <param name="input" type="data_collection" format="fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz" label="Paired-end input reads" collection_type="paired"/>
+            </when>
+        </conditional>
+        <conditional name="database_select">
+            <param name="select" type="select" label="Choose the source for databases and metadata">
+                <option value="cached">Cached data</option>
+                <option value="custom">Custom</option>
+                <option value="cached_and_custom">Cached and custom databases</option>
+            </param>
+            <when value="cached">
+                <param label="Select a sylph database" name="sylph_database" type="select" multiple="true" optional="false">
+                    <options from_data_table="sylph_databases">
+                        <filter type="static_value" value="1" column="version"/>
+                        <validator message="No Sylph databases are available" type="no_options" />
+                    </options>
+                </param>
+            </when>
+            <expand macro="input_database"/>
+        </conditional>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="tabular" name="output" label="${tool.name} on ${on_string}"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <!-- Test 1 Single-end Read ANI -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <conditional name="database_select">
+                <param name="select" value="custom"/>
+                    <conditional name="sketch_fasta">
+                        <param name="type_fasta" value="single_fasta"/>
+                        <param name="input" location="https://zenodo.org/records/15348961/files/e.coli-o157.fasta.gz" ftype="fasta"/>
+                    </conditional>
+            </conditional>            
+            <conditional name="sketch_reads">
+                <param name="type_reads" value="single_fastq"/>
+                <param name="input" value="single_1.fastq.gz" ftype="fastq"/>
+            </conditional>
+            <output name="output" value="output_query_1.tabular"/>
+        </test>
+        <!-- Test 2 Group of single Read ANI -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <conditional name="database_select">
+                <param name="select" value="custom"/>
+                    <conditional name="sketch_fasta">
+                        <param name="type_fasta" value="single_fasta"/>
+                        <param name="input" location="https://zenodo.org/records/15348961/files/e.coli-o157.fasta.gz" ftype="fasta"/>
+                    </conditional>
+            </conditional>
+            <conditional name="sketch_reads">
+                <param name="type_reads" value="single_group_fastq"/>
+                <param name="input" value="single_1.fastq.gz,single_2.fastq.gz" ftype="fastq"/>
+            </conditional>
+            <output name="output" value="output_query_2.tabular" compare="sim_size"/>
+        </test>
+        <!-- 3 and 4 have the same generated command and output, it's testing if the wrapper is handling data properly. -->
+        <!-- Test 3 paired-end Read ANI -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <conditional name="database_select">
+                <param name="select" value="custom"/>
+                    <conditional name="sketch_fasta">
+                        <param name="type_fasta" value="single_fasta"/>
+                        <param name="input" location="https://zenodo.org/records/15348961/files/e.coli-o157.fasta.gz" ftype="fasta"/>
+                    </conditional>
+            </conditional>            
+            <conditional name="sketch_reads">
+                <param name="type_reads" value="paired"/>
+                <param name="input_1" value="test_R1.fq" ftype="fastq"/>
+                <param name="input_2" value="test_R2.fq" ftype="fastqsanger"/>
+            </conditional>
+            <output name="output" value="output_query_3_4.tabular"/>
+        </test>
+        <!-- Test 4 paired-end collection read ANI -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <conditional name="database_select">
+                <param name="select" value="custom"/>
+                    <conditional name="sketch_fasta">
+                        <param name="type_fasta" value="single_fasta"/>
+                        <param name="input" location="https://zenodo.org/records/15348961/files/e.coli-o157.fasta.gz" ftype="fasta"/>
+                    </conditional>
+            </conditional>            
+            <conditional name="sketch_reads">
+                <param name="type_reads" value="paired_group"/>
+                <param name="input">
+                    <collection type="paired" name="test_R1.fq">
+                        <element name="forward" ftype="fastq" value="test_R1.fq"/>
+                        <element name="reverse" ftype="fastq" value="test_R2.fq"/>
+                    </collection>
+                </param>
+            </conditional>
+            <output name="output" value="output_query_3_4.tabular"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+**What is sylph?**
+
+Sylph is an extremely fast and memory efficient program for profiling and searching metagenomic samples against databases. It is 10-100x faster than other popular software such as MetaPhlAn or Kraken and more memory efficient too. 
+
+**What can sylph do?**
+
+- Profile metagenomes: sylph can calculate the abundances of genomes in a sample using a reference database. This is the same type of output as Kraken or MetaPhlAn. 
+- Search genomes against metagenomes: sylph can check if a genome is contained in your sample (e.g. is this E. coli genome in my sample?).
+- ANI querying: sylph can estimate the containment average nucleotide identity (ANI) of a reference genome to the genomes in your sample.
+- Use custom reference databases: Eukaryotes, viruses, and any collections of fasta files are ok.
+- Long-reads are usable: sylph is primarily optimized for short-reads, but it can utilize nanopore or PacBio reads with high precision.
+- Calculate coverage: sylph can estimate the coverage (not just the abundance) of genomes in your database.
+
+`[See here for more information on what sylph can and can not do]. <https://github.com/bluenote-1577/sylph/wiki/Introduction:-what-is-sylph-and-how-does-it-work%3F>`_
+
+----
+
+**Output**
+
+Sylph Query outputs a TSV (tab-separated values) file. Each row is one genome detected in the metagenome sample.
+    - Sample_file: the filename of the reads/sample.
+    - Genome_file: the filename of the detected genome.
+    - Adjusted_ANI: adjusted containment ANI estimate.
+        - If coverage adjustment is possible (cov is < 3x cov): returns coverage-adjusted ANI
+        - If coverage is too low/high: returns Naive_ANI (see below)
+    - Eff_cov/True_cov: an estimate of the effective, or if -u specified, the true coverage. Always a decimal number.
+    - ANI_5-95_percentile: [5%,95%] confidence intervals. Not always a decimal number.
+        - If coverage adjustment is possible: float-float e.g. 98.52-99.55
+        - If coverage is too low/high: NA-NA is given.
+    - Eff_lambda: estimate of the effective coverage parameter. Not always a decimal number.
+        - If coverage adjustment is possible: lambda estimate is given
+        - If coverage is too low/high: LOW or HIGH is output
+    - Lambda_5-95_percentile: [5%, 95%] confidence intervals for lambda. Same format rules as ANI_5-95_percentile.
+    - Median_cov: median k-mer multiplicity for k-mers with >= 1 multiplicity.
+    - Mean_cov_geq1: mean k-mer multiplicity for k-mers with >= 1 multiplicity.
+    - Containment_ind: int/int showing the containment index (number of k-mers found in sample divided by total k-mers), e.g. 959/1053.
+    - Naive_ANI: containment ANI without coverage adjustment.
+    - Contig_name: name of the first contig in the genome
+
+Additional files are able to be output. The metaphlan-style output is formatted similarly to that output by the `[Metaphlan <toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/metaphlan/metaphlan/4.1.1+galaxy3>`_ 
+This output is *NOT* compatible with Krona directly. For that, please select the Krona-style output option.
+
+
+    ]]></help>
+    <expand macro="citation"/>
+</tool>

Binary file test-data/OceanDNA-c200-v0.3.syldb has changed

Binary file test-data/cached_database.syldb has changed

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_profile_1.tsv	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+Sample_file	Genome_file	Taxonomic_abundance	Sequence_abundance	Adjusted_ANI	Eff_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	kmers_reassigned	Contig_name
+single_1.fastq.gz	e.coli-o157.fasta.gz	100.0000	100.0000	99.95	0.047	98.64-101.22	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_profile_2.tsv	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,3 @@
+Sample_file	Genome_file	Taxonomic_abundance	Sequence_abundance	Adjusted_ANI	Eff_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	kmers_reassigned	Contig_name
+single_1.fastq.gz	e.coli-o157.fasta	100.0000	100.0000	99.88	0.047	98.57-101.14	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome
+single_2.fastq.gz	e.coli-o157.fasta	100.0000	100.0000	99.88	0.047	98.57-101.14	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_profile_3.tsv	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+Sample_file	Genome_file	Taxonomic_abundance	Sequence_abundance	Adjusted_ANI	Eff_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	kmers_reassigned	Contig_name
+test_R1.fq.fastq	e.coli-o157.fasta.gz	100.0000	100.0000	97.09	0.031	94.99-97.93	0.031	0.02-0.06	1	1.015	265/21899	86.73	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_profile_4_6.tsv	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+Sample_file	Genome_file	Taxonomic_abundance	Sequence_abundance	Adjusted_ANI	True_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	kmers_reassigned	Contig_name
+test.fastq	e.coli-o157.fasta.gz	100.0000	98.4299	97.09	0.063	94.99-97.93	0.031	0.02-0.06	1	1.015	265/21899	86.73	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_profile_5.tsv	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,3 @@
+Sample_file	Genome_file	Taxonomic_abundance	Sequence_abundance	Adjusted_ANI	True_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	kmers_reassigned	Contig_name
+test.fastq	e.coli-o157.fasta.gz	50.0000	50.0000	97.09	0.063	94.99-97.93	0.031	0.02-0.06	1	1.015	265/21899	86.73	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome
+test.fastq	e.coli-o157.fasta.gz	50.0000	50.0000	97.09	0.063	94.99-97.93	0.031	0.02-0.06	1	1.015	265/21899	86.73	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_profile_7.tsv	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+Sample_file	Genome_file	Taxonomic_abundance	Sequence_abundance	Adjusted_ANI	Eff_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	kmers_reassigned	Contig_name
+single_1.fastq.gz	e.coli-o157.fasta.gz	100.0000	100.0000	99.95	0.047	98.64-101.22	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_profile_8.tsv	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,5 @@
+Sample_file	Genome_file	Taxonomic_abundance	Sequence_abundance	Adjusted_ANI	Eff_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	kmers_reassigned	Contig_name
+single_1.fastq.gz	e.coli-o157.fasta.gz	50.0000	50.0000	99.95	0.047	98.64-101.22	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome
+single_1.fastq.gz	e.coli-o157.fasta.gz	50.0000	50.0000	99.95	0.047	98.64-101.22	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome
+single_2.fastq.gz	e.coli-o157.fasta.gz	50.0000	50.0000	99.95	0.047	98.64-101.22	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome
+single_2.fastq.gz	e.coli-o157.fasta.gz	50.0000	50.0000	99.95	0.047	98.64-101.22	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	0	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_query_1.tabular	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+Sample_file	Genome_file	Adjusted_ANI	Eff_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	Contig_name
+single_1.fastq.gz	e.coli-o157.fasta.gz	99.95	0.047	98.64-101.22	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_query_2.tabular	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,3 @@
+Sample_file	Genome_file	Adjusted_ANI	Eff_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	Contig_name
+single_1.fastq.gz	e.coli-o157.fasta	99.88	0.047	98.57-101.14	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome
+single_2.fastq.gz	e.coli-o157.fasta	99.88	0.047	98.57-101.14	0.047	0.03-0.07	1	1.023	996/21899	90.51	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_query_3_4.tabular	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+Sample_file	Genome_file	Adjusted_ANI	Eff_cov	ANI_5-95_percentile	Eff_lambda	Lambda_5-95_percentile	Median_cov	Mean_cov_geq1	Containment_ind	Naive_ANI	Contig_name
+test_R1.fq.fastq	e.coli-o157.fasta.gz	97.09	0.031	94.99-97.93	0.031	0.02-0.06	1	1.015	265/21899	86.73	NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_tax-merge_7.tsv	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+clade_name	single_1.fastq.gz
+d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Enterobacteriaceae|g__Escherichia|s__Escherichia flexneri|t__e.coli-o157.fasta.gz	99.95

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_tax-merge_8.tsv	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+clade_name	single_1.fastq.gz	single_2.fastq.gz
+d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Enterobacteriaceae|g__Escherichia|s__Escherichia flexneri|t__e.coli-o157.fasta.gz	99.95	99.95

Binary file test-data/single_1.fastq.gz has changed

Binary file test-data/single_2.fastq.gz has changed

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sylph_databases.loc	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+sylph_db	sylph db	${__HERE__}/cached_database.syldb	prokaryote	${__HERE__}/sylph_tax_metadata_1.2.0/taxonomy.tsv	1
+sylph_downloaded_08042025_OceanDNA-c200-v0.3.syldb	sylph database OceanDNA-c200-v0.3.syldb	${__HERE__}/OceanDNA-c200-v0.3.syldb	prokaryote	OceanDNA	1
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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@@ -0,0 +1,1 @@
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++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_1259434_1259958_1:0:0_0:0:0_9b8/2
+TTCTTTGGTTATACTTCGCGAGTCACTCTTGGAGGCGAAGATGTCCGCCTGTTAGTCCCGACTACATTTA
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_833021_833463_0:0:0_0:0:0_9b9/2
+CCAATATTGTGGCATTTTTCGGTTTTCAGGGGTAATGGTTTTTCTGTTTCTGGAAAGCGGCTCGCAATAA
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_3582421_3582932_3:0:0_1:0:0_9ba/2
+TTCCAGCATAATGACTCTCCCCTTTTTCCGGGCAAGATCATACTGAACTTATCGGAACAGTAAAGCGTAA
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_4331672_4332053_2:0:0_0:0:0_9bb/2
+CTGCTTTCATGGTACCGACAATTGCAAGCACCATTTCCAGTCGGGAAATTTTACGCAACTCATTATTCAG
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_2898611_2899169_1:0:0_1:0:0_9bc/2
+GCTTACAAATACCGGCATTGTTAACCAGAATATCAACTGTACCGAAACGCTCACAGCAAGCCGCGATAAT
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_1789722_1790222_0:0:0_4:0:0_9bd/2
+TACCGTATCGCGAGTTCGGGGGGCGTTACCAGGCTGTCAATACGCGCAGTACGTAGTTCGTCAGTTCTGT
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_1161657_1162156_1:0:0_1:0:0_9be/2
+ACACTGAATGCCACCCACTCTGAAGTCGAATTTGACAGCAAAATGATGTATGTCGATGCCTATGTAACCA
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_244738_245194_1:0:0_1:0:0_9bf/2
+CTTTGAGCAAACCCGTAAGCCACCAACCGTTTCTGTGTTCAATGGTCGTTACGTGGTCAGCAAGCCGTTA
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_357217_357699_3:0:0_3:0:0_9c0/2
+ACAGGAACTGGGGTCGGGTCAACGGGCGATTCATGATGTTGCCGATCTGACGCGAGGATCGGTGCGTATC
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_1958826_1959263_2:0:0_1:0:0_9c1/2
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++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_1481280_1481763_2:0:0_0:0:0_9c2/2
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++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@NC_007779.1_4536676_4537125_0:0:0_1:0:0_9c3/2
+GCCCGGTAACAACAGGTTCCCGGTATTTCTGGCTGGCAATATCGAGGCTTTACCTTTGCTTTGATCTGAT
++
+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/sylph_databases.loc.sample	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,9 @@
+# Expect four columns, tab separated, as follows:
+# - value (Galaxy records this in the Galaxy DB)
+# - name (Galaxy shows this in the UI)
+# - path (folder name containing directory containing the Sylph DB and associated metadata file)
+# - version (identifying version string to the admin)
+
+#
+# e.g.
+# plants2018<tab>Plant genomes (2018)<tab>/path/to/sylphDB/<[syldb, metdata file]><tab>version_string
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/sylph_tax_database.loc.sample	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,9 @@
+# Expect four columns, tab separated, as follows:
+# - value (Galaxy records this in the Galaxy DB)
+# - name (Galaxy shows this in the UI)
+# - path (folder name containing directory containing the Sylph DB and associated metadata file)
+# - version (identifying version string to the admin)
+
+#
+# e.g.
+# plants2018<tab>Plant genomes (2018)<tab>/path/to/sylphDB/<[syldb, metdata file]><tab>version_string
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,13 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tables>
+    <!-- Locations of Sylph database in the required format -->
+    <table name="sylph_databases" comment_char="#">
+        <columns>value, name, path, clade, sylph_tax_identifier, version</columns>
+        <file path="sylph_databases.loc"/>
+    </table>
+    <!-- Locations of Sylph taxonomy metadata files -->
+    <table name="sylph_tax_database" comment_char="#">
+        <columns>value, name, path, version</columns>
+        <file path="sylph_tax_database.loc"/>
+    </table>
+</tables>
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.test	Fri May 23 09:49:04 2025 +0000
@@ -0,0 +1,13 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tables>
+    <!-- Locations of Sylph database in the required format -->
+    <table name="sylph_databases" comment_char="#">
+        <columns>value, name, path, clade, sylph_tax_identifier, version</columns>
+        <file path="${__HERE__}/test-data/sylph_databases.loc"/>
+    </table>
+    <!-- Locations of Sylph taxonomy metadata files -->
+    <table name="sylph_tax_database" comment_char="#">
+        <columns>value, name, path, version</columns>
+        <file path="${__HERE__}/test-data/sylph_tax_database.loc"/>
+    </table>
+</tables>
\ No newline at end of file