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@@ -0,0 +1,86 @@
+
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+
+
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+
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+
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+
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+
+
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+
+
+SUMMARISING RUN PARAMETERS
+==========================
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+Maximum trimming error rate: 0.1 (default)
+Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp
+Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp
+
+
+cutadapt version 1.1
+Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate2
+Maximum error rate: 10.00%
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+
+=== Adapter 1 ===
+
+Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 24 times.
+
+Lengths of removed sequences
+length	count	expected
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+
+
+RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate2
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+
+Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 100
+
+Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.00%)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/paired_example_pair1_results2.fastqsanger	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -0,0 +1,396 @@
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+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1111:23624:14516/2
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+BBBBABFFFFFFGGGGGGGGGGHHCGHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGDGEHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHGGEFGHHHHHHHHBGFHHHHHHHHHHHHHHGHGGGGCEFGGCGHHHHFHHHHGHHHHFGHHHHHHGHGHGHHBCA?B-9FGFG?D;BD?9BFFFFFFF;DFFFF-.A;ADF-@=EF??A.BFFFEF>FDFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFF/FFF/BFFFFFFFBA.?@;FFBDFFF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1111:7437:24508/2
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++
+BBBBBFFBABBBGGGGGGGGFGHHHHHHHHHHHHHGHHHGFHHHHGGGGDHHHHHHHHGFHHHHHGHHHHHHGHFHGHHGGGDFGDFFGGGFFGFFGHGHHHGGC?AD-:A-AFFGGG-?9EFEFGGFFBFEFCFFFFFFFBBBFFFFFFFFFFFFFFFBBFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFBFFFFEFEFFFF;CF-FFFFFFFF/BFFFFFFFFFFFFEFBFFFB/FFFFFFF//9A..;F-
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1111:8665:25542/2
+CTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGACAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTT
++
+CCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHFHHHHCHHGDGGGGHGGHHHHHHHHGHGHHHGGGGGHFHHHHFHHHFFHHHHHFGCGGEHFHHFGGHFHGGGGGGHHFEEEAFEFFDFHGHHHHGGGGGGGHH0DGGGGCGHCC-<CCBGHHHGEFFFFHH.C/<AEGHHEG.EEA0GE0:FB0CFGF:A?FFBF??FG0B;FGGGGFGE?BBF;BFBFFFF/F/B?DDF.;.;:ADD.BA/BBFFB:BFE
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1111:9655:13916/2
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++
+ABBB>FFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHGHHHHGHHGGHHGGHGGHHHGHHHHFHHGHHAFGGGHHHHHGHHHHFHFHHHHHECGGGHGHHHEFHFHGGGGGGGGFGFFGFFEFGEGHHHGHHGGDGGGHGFGGGGGGGGE@GCGGHHHGHHHHHGHHHHFHHGEGFFEGCE.ECCECEHCGGFFE/AABFFG0CFE0BFFF9CFGG.F/BBBFFGFGGGFFFFFFBFEDAEFFFFFBFFFFFFF0;FEBF:
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1112:10272:7828/2
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++
+BBCCBFFCCCCCGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHGGGGGGHHFHGGGGGFGHGGGGGGHHHHHHHHHHFHHHHFHGFFHHGF?ECEFFFFFFHHHHHH?FHHHHHHHHHGFHHHHHHGGGFGHHHHFHHHHHHHHHHGGGFGFGCGGGGHHHHHHHHHHHGGFFHGHHHHHFFHFCGFHCCGHGHCGGHG?DGGGGGFBBFGFBFBBBGGGB0000;CD?DFFAFF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1112:9832:16531/2
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++
+BBBBBFBBBBBFGGGGGGGGGGHFHHHHHHHHHHHHHHGHHHHGHFHHHGEEGGHHHGHHHHHHHHHHHHEHGHHGGGHGGHGHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGEGCGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHGHFFGHGHHGGGDACDFFFFABFFFFFFFFFFD-BC?DA9.DFFBEA==B=?F.;ABBFBFEF-DAF/BFF9/FFFBB/9BFFFFFFF/BFBBFFFFFFF/9FEA?--B/;
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1112:9832:6701/2
+GCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATT
++
+BBBBAFFFFFFFGGGGGGGGGGFGHHHHHGHHHHHHHHHHHHCGHHHHHHHGHHHHHHDGHHGGAECHHGHHHHHHHGHHHGHGFHHHHGGHGGHHFHHHHHHFHHHHHHHHH2GHHHHGHGHHFHHGGFGGGHHGHHHHHFHHHHEFHHHHEFGFFHGEHCFGDFDFFFFFCFFFFFFFFFFFFFAFBFFDFFFFFFFFADCF?9?EFBFB9EF-A.;BFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:13532:8618/2
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++
+CDDDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHGGHHHGHHHGHHGGGGEHHGGHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHGGHHHHHFHHHHGCDCGHHHHHHHHEHHHGHGHHHGFHGGHGGHHHHHHHHFHHHFHHHGHHHHHHHHHFGGHHHHGGGEGAFHHGHHGGHHHHGHFBGFHGHGHGHGGHGGF@DAFEFBECAB=A.0BFFFEDF=A9.@D.-AAFFFA-:-..:.9/0:;0..-..0000::BFB09::
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:21679:18011/2
+TTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCTGTCTCTTATACACATCTG
++
+BCCCBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHFHHHGHHHGFGHGGHGGHHHHHHGHHHHHHHGGGGFHHHHHHEGHHHHHHHHFGGFCGEHFHFGEGHHHFGGGGGHHHGGGEHGGGGGHHHHHHGDCCCGHHHHDGGGGCD/FCC-><FGFGEHEBDF0DGFFFFGGFFHCE.;.A;CF0;BFBFFGF/9C0;0CFGGF0F09FGGGFFFBBFEFFFB0FFEF0
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:25528:14016/2
+GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTAC
++
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+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:5741:16959/2
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+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:10130:11959/2
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+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:14540:5315/2
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++
+CCCCCFFCCDCCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHGHHHHFHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGGHHHFHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHHHGGGFGHHHHHHHHFHHHHHF?1FHHGHGHGHGHHGGFFFFDBFBE;BCC.:BFFFFFFFFFFFFFF;AFFFFF-=-.AEDEFFFFF..9A;9FFFF0FFFFE00FFF0:BA
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:15066:16302/2
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++
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+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:16639:15258/2
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+CDCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGHHHHHHGGGGGHGIHHHIH5DEGHHHF?FGHGGHGGHEGGHFHHGHGEHHGGGGGFFFGHFBG2GHEBGHHGHGGEG/GFGABEDFGHEED?GGHHFFGGGCFEGD/GFHFFGEFGCGG?CC??D-EF@EEEFGCDDBBFGGGEBBFFF09090A.BFGA.9CCA0;EBAB00BBFF.@-./;BB;BFFF0:00099AAFFF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:2404:13066/2
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++
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+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:9184:6959/2
+AAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCCTGTCTCTT
++
+CCCCBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHEHIHHGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGHHFHHHHHBGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHGHHGGGGCFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.CFFFFAF=D=EAEFFF0B:0AF-DAFBFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFBFFFEFF9B900B
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+++ b/test-data/paired_example_results2.txt	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -0,0 +1,86 @@
+
+SUMMARISING RUN PARAMETERS
+==========================
+Input filename: ./input_mate1
+Trimming mode: paired-end
+Trim Galore version: 0.3.7
+Quality Phred score cutoff: 20
+Quality encoding type selected: ASCII+33
+Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC'
+Maximum trimming error rate: 0.1 (default)
+Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp
+Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp
+
+
+cutadapt version 1.1
+Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1
+Maximum error rate: 10.00%
+   Processed reads: 100
+     Trimmed reads: 20 ( 20.0%)
+   Total basepairs:        24894 (0.0 Mbp)
+ Trimmed basepairs:           26 (0.0 Mbp) (0.10% of total)
+   Too short reads: 0 (  0.0% of processed reads)
+    Too long reads: 0 (  0.0% of processed reads)
+        Total time:      0.00 s
+     Time per read:      0.02 ms
+
+=== Adapter 1 ===
+
+Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times.
+
+Lengths of removed sequences
+length	count	expected
+1	16	25.0
+2	2	6.2
+3	2	1.6
+
+
+RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate1
+=============================================
+100 sequences processed in total
+
+
+SUMMARISING RUN PARAMETERS
+==========================
+Input filename: ./input_mate2
+Trimming mode: paired-end
+Trim Galore version: 0.3.7
+Quality Phred score cutoff: 20
+Quality encoding type selected: ASCII+33
+Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC'
+Maximum trimming error rate: 0.1 (default)
+Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp
+Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp
+
+
+cutadapt version 1.1
+Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate2
+Maximum error rate: 10.00%
+   Processed reads: 100
+     Trimmed reads: 24 ( 24.0%)
+   Total basepairs:        24354 (0.0 Mbp)
+ Trimmed basepairs:           36 (0.0 Mbp) (0.15% of total)
+   Too short reads: 0 (  0.0% of processed reads)
+    Too long reads: 0 (  0.0% of processed reads)
+        Total time:      0.01 s
+     Time per read:      0.12 ms
+
+=== Adapter 1 ===
+
+Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 24 times.
+
+Lengths of removed sequences
+length	count	expected
+1	15	25.0
+2	7	6.2
+3	1	1.6
+4	1	0.4
+
+
+RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate2
+=============================================
+100 sequences processed in total
+
+Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 100
+
+Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.00%)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sanger_full_range_original_sanger.fastqsanger	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
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++
+!"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~
+@FAKE0002 Original version has PHRED scores from 93 to 0 inclusive (in that order)
+CATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCA
++
+~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876543210/.-,+*)('&%$#"!
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sanger_full_range_report_results1.txt	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -0,0 +1,40 @@
+
+SUMMARISING RUN PARAMETERS
+==========================
+Input filename: ./input_singles
+Trimming mode: single-end
+Trim Galore version: 0.3.7
+Quality Phred score cutoff: 20
+Quality encoding type selected: ASCII+33
+Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC'
+Maximum trimming error rate: 0.1 (default)
+Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp
+Minimum required sequence length before a sequence gets removed: 20 bp
+
+
+cutadapt version 1.1
+Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_singles
+Maximum error rate: 10.00%
+   Processed reads: 2
+     Trimmed reads: 1 ( 50.0%)
+   Total basepairs:          168 (0.0 Mbp)
+ Trimmed basepairs:            1 (0.0 Mbp) (0.60% of total)
+   Too short reads: 0 (  0.0% of processed reads)
+    Too long reads: 0 (  0.0% of processed reads)
+        Total time:      0.00 s
+     Time per read:      0.32 ms
+
+=== Adapter 1 ===
+
+Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 1 times.
+
+Lengths of removed sequences
+length	count	expected
+1	1	0.5
+
+
+RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_singles
+=============================================
+2 sequences processed in total
+Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of 20 bp:	0 (0.0%)
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sanger_full_range_report_results2.txt	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -0,0 +1,40 @@
+
+SUMMARISING RUN PARAMETERS
+==========================
+Input filename: ./input_mate1
+Quality Phred score cutoff: 20
+Quality encoding type selected: ASCII+33
+Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC'
+Maximum trimming error rate: 0.1 (default)
+Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp
+Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp
+
+
+cutadapt version 1.1
+Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1
+Maximum error rate: 10.00%
+   Processed reads: 100
+     Trimmed reads: 20 ( 20.0%)
+   Total basepairs:        24894 (0.0 Mbp)
+ Trimmed basepairs:           26 (0.0 Mbp) (0.10% of total)
+   Too short reads: 0 (  0.0% of processed reads)
+    Too long reads: 0 (  0.0% of processed reads)
+        Total time:      0.01 s
+     Time per read:      0.05 ms
+
+=== Adapter 1 ===
+
+Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times.
+
+Lengths of removed sequences
+length	count	expected
+1	16	25.0
+2	2	6.2
+3	2	1.6
+
+
+RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate1
+=============================================
+100 sequences processed in total
+Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of 20 bp:	0 (0.0%)
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sanger_full_range_results1.fastqsanger	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+@FAKE0001 Original version has PHRED scores from 0 to 93 inclusive (in that order)
+ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTAC
++
+!"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~
+@FAKE0002 Original version has PHRED scores from 93 to 0 inclusive (in that order)
+CATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
++
+~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sanger_full_range_results2.fastqsanger	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -0,0 +1,396 @@
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+CGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGACCCTGAAGTAGG
++
+AABBBBFFFFFFGGGFGGGGGGHHHGGHGGHHHHHHHHHHHGHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGCGDHHHHFGGHHHGGGGGFGGHGGGGHHGGGGHHHHHHGGGGGGHHGGGGDGGFGHGGFCDCHHHHGHHHHGHHFAGFGGEHFGEG.C<EGCECEFCFFHBGHE:GHHGFF0FFFB0CFGGGGAGFFF0;;FFGGGFFGFFCDD.DEFBEDD?9FFFFFFFFFFFFFFF/B./FB///;BF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:13532:8618/1
+GGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGACCCTGAAGTAGGAACCAGATGTCGGCTACAGTTCACTTTAGCTACCTCCAAGTGTTATG
++
+AA?AAFFFFFFFGGGGGFBFGGGGGGH5GHFEDHHGGGGCGFBGH?AEEHFFEEGHGHHHHGGG?0EHGHHGGGGGC?GEE/EE?GHHHGBHFHHHHHHGHHGHHHGGGCG/A@<FGGHHHHHHHFF/GFDGHHHHHHGFFFGHGGHABGHFHHHHHFHEGDGHGDDEEHHBEDDEGFGHGBFFBFFEGGGEFGFGFB000;F0F;FGGEGGEFFF;-.9//B///B9FFFFF/BFFB/:.BB//;FBFFF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:21679:18011/1
+GATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGAGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTTGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATATGTCTTTGATTCCTGCCTCTTCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAACTGTCTCTTATACACATATCCACGCCCACGAGACTAAGGCG
++
+AA>1>11F1D1DDFFFFGGG1FH3GHGHGHGHFHEC?EC0B1FBGFB1GHHH21AF2HH2FEGEHAE10AAE/>/FFHE?/E/?E1@EFFH?E@/EGGG//B11B//<@@C0F/<0<FFDGGCC?FF221<BDD11@<11@DDCGEF1<111F1<F1FBGHGHCF-CHHFA./</0CGHF<0CC/;C-:-;;09;FFBFBBFFBC0FFFGGFC0009C00090/-:--9--;-;AFFE;/99
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:25528:14016/1
+CCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGG
++
+>AAAAFFFBFFFGGGGGGGGGGHHFHGHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGHHHHFHHHHFHGHHHHGAFFEFHEGHHHHHHHHGHEHHGGFGGGHHHHHHFHHHHHGGHHHHGGGGGHFHHFF?HHGGFECEFFGHFFGFHGECDGHGBGFHGDF@@?CGFHCEGGGFD.CCC?EGHBHHHFHHFBCFFGEB/CEGGGGDAA.90C9CEBFGGBBF/9.9FBFFFBBFF//99FFFFEABF//99FFEFFFBFF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:5741:16959/1
+TAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTAT
++
+ABBBBFFFFFFFGGGFGGGGGGHHHGHHGGHBGHGAGFFCAFGHGFFGHHGFHHHHHGGGGGHGHHHHHHHHE3BFFHHHGG0EDF@GHFFGGGHGGGGGGGGGGGGGHHGGEEFHGFHHDDG@DGGGHHGDGGGGGHGG?CF?HHGHHHGHGHHHFFHGGGHHHHGGCD.;0<C;CGGGGEFF/.;0;FFFBF/0;0CFGFFB..9B/;0CBFFBBFFFFBAC?DED9;B9AD;.FFFB/B/;FBA/B
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:10130:11959/1
+CGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTCTGATCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTAAGGCGAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGCA
++
+>A33>FFFFFF@FFFGGGGFGGD4EGGGGGHHGFFGHFGGHHHFEFHECFHHHEHGAGBCCGCCEGGHGHEGFBFHFHHHHGGGHFHGHEGGGFEGEGG??@DBGHGGC-@FFGHFHFHB-??DA-DD@9:BEBG@B?E?A.ABBFBFA??F.FF/BFFB/B9B/9;BF9FF9FFFFFFFFFFFFFF?BB?;9EE;-;DDB9//;B-B@;ABFFEFFFF/-.9A.;//9/BF./
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:14540:5315/1
+CTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGGGGGCTATTTAGGTTTT
++
+AABCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHFHHHHGHHGHHGGGHGGHHHHHHHGHHHHHHGGGGGHHFHHHFGHHGGFHHHHHGGGGGHHHGHGGHHHGGGGGGHGHGGGGHHGGGGHHHHHEGDDFGFFFHHGGGGGCDAFCFGFDHHHHGGHGHHHHHHBCGEHHHHGGHG.ACGEHGG0CBFFF:A;BB0;09CGF00CFFFE0AA?//CFFFFFFFFFFFFFFFBEF;A.-=A--:BBFB90;;FE
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:15066:16302/1
+TAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAACGGTTGTTAATTAATTATT
++
+BBBBAFFBDFBFBGGGGGFGGGBGFFFHGFHHGFFFHGHHHGHHHHFFHHHGHGC?AEFFHEFBFFFGHHHHH1FDGFFHGHGHFEGCGC-<<AHHHGGGGGGGFHH0GHFCCCADGGG?.9/A-???DGGFFF.9F9/EE-;;BBBFFBFFFFFFFFFEFFFFBFFBBFFFFF/BFFBFFFFF-DBFFF;/BFF//BB//9/BEA---9:BFFFFFF/F/.;.:@9.BBFF/;BFF/;
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:16639:15258/1
+CCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGCGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTCCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAATTGTGT
++
+11>>ABFFFFFFGGCGC1BBF1GHHHBHHHHGFHGH1A100AA/GGEHGFBAA1FFD2FHHHHECG2F1BB/E0FC/A>EE/FGGFGEF1EGBBEHHCGGGHBGEHFHE0B?E--;C?CCGGG@A@GBFBBBB09?@??A-AB--ABE@=-=-9AE9A;FFFFFE=9-//;//;9FF/////;;///9B///;/B////9FFBB;--A@-;/9;9-:-/;;FFFE9BF?@;-9-99/B9F/://///99/;
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:2404:13066/1
+TCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCTGTCTATTATACACAT
++
+CCCCCFFFFCFFGGGGGGGGGGHHHHHGHHHHHHHHHFFHHHHHGGGGHHHHHHHHFHHHHHHFGGHHGGHGGHHHHHHGHHFHHHHGGGGGGHHHHHHGHHHHHHHHHHGGGGGGGHH?FGHHHGGGGGGHHGGFGGHHGGGGHHHHHFGGGGFGHGHHGGGGGGGHGGGEGGHHGHHHHHHHHHGFBFFDA0FGGGFFGG0:EFGGGGGGGG;AEBF0B0BFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:9184:6959/1
+GGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGACCCTGAAGTAGGAACCAGATGTCGGATACAGTTCACTTTCTGTCTCTT
++
+AABBBFFFCCCBFGGGGGGGGGHHHHHHHHGGGGGGHHHG3FFHHHFGFGGGHHHGGGEHHGGGGHHHHHHGGGGGGHGHGGGGGGGDEGGGGEGGFHHHHHHHHHHHHGGGFGEHHGGFDGGGDFFGFHHHHGFCFHHHHHEFHFHGGFFGHHGGGHHHHDGHHHFHHHFFFFGFGGG.EFGGGGFGEBFGGGFGFGGGGFFBFGGBBFFFFFB/FEFF?///;A::AABBFFFBFFFFFFFFFBFFFF
--- a/tool_dependencies.xml	Fri Jul 19 09:49:25 2013 -0400
+++ b/tool_dependencies.xml	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -1,26 +1,6 @@
 <?xml version="1.0"?>
 <tool_dependency>
-    <package name="cutadapt" version="1.1">
-        <install version="1.0">
-            <actions>
-                <action type="download_by_url">http://cutadapt.googlecode.com/files/cutadapt-1.1.tar.gz</action>
-                <action type="move_directory_files">
-                    <source_directory>bin</source_directory>
-                    <destination_directory>$INSTALL_DIR/bin</destination_directory>
-                </action>
-                <action type="move_directory_files">
-                    <source_directory>cutadapt</source_directory>
-                    <destination_directory>$INSTALL_DIR/cutadapt</destination_directory>
-                </action>
-                <action type="set_environment">
-                    <environment_variable name="PATH" action="prepend_to">$INSTALL_DIR/bin</environment_variable>
-                </action>
-            </actions>
-        </install>
-        <readme>
-        </readme>
+    <package name="cutadapt" version="1.8">
+        <repository changeset_revision="980a47047f57" name="package_cutadapt_1_8" owner="iuc" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
     </package>
 </tool_dependency>
-
-
-
--- a/trim_galore	Fri Jul 19 09:49:25 2013 -0400
+++ b/trim_galore	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -7,7 +7,7 @@
 use File::Basename;
 use Cwd;

-## This program is Copyright (C) 2012-13, Felix Krueger (felix.krueger@babraham.ac.uk)
+## This program is Copyright (C) 2012-14, Felix Krueger (felix.krueger@babraham.ac.uk)

 ## This program is free software: you can redistribute it and/or modify
 ## it under the terms of the GNU General Public License as published by
@@ -25,7 +25,10 @@


 ## this script is taking in FastQ sequences and trims them with Cutadapt
-## last modified on 10 April 2013
+
+## last modified on 16 July 2014
+
+

 ########################################################################

@@ -36,15 +39,15 @@

 ########################################################################

-
-my $trimmer_version = '0.2.8';
+my $trimmer_version = '0.3.7';
 my $DOWARN = 1; # print on screen warning and text by default
 BEGIN { $SIG{'__WARN__'} = sub { warn $_[0] if $DOWARN } };

-my ($cutoff,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$a2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2) = process_commandline();
+my ($cutoff,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$a2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2) = process_commandline();

 my @filenames = @ARGV;

+
 die "\nPlease provide the filename(s) of one or more FastQ file(s) to launch Trim Galore!\n
 USAGE:  'trim_galore [options] <filename(s)>'    or    'trim_galore --help'    for more options\n\n" unless (@filenames);

@@ -66,10 +69,6 @@
   $stringency = 1;
 }

-unless (defined $length_cutoff){
-  $length_cutoff = 20;
-}
-
 if ($phred_encoding == 64){
   $cutoff += 31;
 }
@@ -86,24 +85,36 @@
   my $filename = shift;

   my $output_filename = (split (/\//,$filename))[-1];
-  # warn "Here is the outputfile name: $output_filename\n";

   my $report = $output_filename;
   $report =~ s/$/_trimming_report.txt/;

   if ($no_report_file) {
     $report = File::Spec->devnull;
-    open (REPORT,'>',$report) or die "Failed to write to file: $!\n";
+    open (REPORT,'>',$report) or die "Failed to write to file '$report': $!\n";
     # warn "Redirecting report output to /dev/null\n";
   }
   else{
-    open (REPORT,'>',$output_dir.$report) or die "Failed to write to file: $!\n";
+    open (REPORT,'>',$output_dir.$report) or die "Failed to write to file '$report': $!\n";
     warn "Writing report to '$output_dir$report'\n";
   }

   warn "\nSUMMARISING RUN PARAMETERS\n==========================\nInput filename: $filename\n";
   print REPORT "\nSUMMARISING RUN PARAMETERS\n==========================\nInput filename: $filename\n";

+  if ($validate){ # paired-end mode
+    warn "Trimming mode: paired-end\n";
+    print REPORT "Trimming mode: paired-end\n";
+  }
+  else{
+    warn "Trimming mode: single-end\n";
+    print REPORT "Trimming mode: single-end\n";
+  }
+
+
+  warn "Trim Galore version: $trimmer_version\n";
+  print REPORT "Trim Galore version: $trimmer_version\n";
+
   warn "Quality Phred score cutoff: $phred_score_cutoff\n";
   print REPORT "Quality Phred score cutoff: $phred_score_cutoff\n";

@@ -193,6 +204,14 @@
     print REPORT "All Read 2 sequences will be trimmed by $clip_r2 bp from their 5' end to avoid poor qualities or biases (e.g. M-bias for BS-Seq applications)\n";
   }

+  if ($three_prime_clip_r1){
+    warn "All Read 1 sequences will be trimmed by $three_prime_clip_r1 bp from their 3' end to avoid poor qualities or biases\n";
+    print REPORT "All Read 1 sequences will be trimmed by $three_prime_clip_r1 bp from their 3' end to avoid poor qualities or biases\n";
+  }
+  if ($three_prime_clip_r2){
+    warn "All Read 2 sequences will be trimmed by $three_prime_clip_r2 bp from their 3' end to avoid poor qualities or biases\n";
+    print REPORT "All Read 2 sequences will be trimmed by $three_prime_clip_r2 bp from their 3' end to avoid poor qualities or biases\n";
+  }

   if ($fastqc){
     warn "Running FastQC on the data once trimming has completed\n";
@@ -235,8 +254,9 @@
     else{

       $temp = $filename;
+      $temp =~ s/^.*\///; # replacing optional file path information
       $temp =~ s/$/_qual_trimmed.fastq/;
-      open (TEMP,'>',$output_dir.$temp) or die "Can't write to $temp: $!";
+      open (TEMP,'>',$output_dir.$temp) or die "Can't write to '$temp': $!";

       warn "  >>> Now performing adaptive quality trimming with a Phred-score cutoff of: $cutoff <<<\n\n";
       sleep (3);
@@ -260,7 +280,7 @@
       }

       warn "\n  >>> Quality trimming completed <<<\n$qual_count sequences processed in total\n\n";
-      close QUAL or die "Unable to close filehandle: $!\n";
+      close QUAL or die "Unable to close QUAL filehandle: $!\n";
       sleep (3);

     }
@@ -284,21 +304,20 @@
   }

   if ($gzip or $filename =~ /\.gz$/){
-    unless ($dont_gzip){
-      if ($validate){
-	open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open $output_filename: $!\n"; # don't need to gzip intermediate file
-      }
-      else{
-	$output_filename .= '.gz';
-	open (OUT,"| gzip -c - > ${output_dir}${output_filename}") or die "Can't write to $output_filename: $!\n";
-      }
+    if ($dont_gzip){
+      open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open '$output_filename': $!\n"; # don't need to gzip intermediate file
     }
     else{
-      open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open $output_filename: $!\n"; # don't need to gzip intermediate file
+      ### 6 Jan 2014: had a request to also gzip intermediate files to save disk space
+      #  if ($validate){
+      # open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open '$output_filename': $!\n"; # don't need to gzip intermediate file
+      # }
+      $output_filename .= '.gz';
+      open (OUT,"| gzip -c - > ${output_dir}${output_filename}") or die "Can't write to '$output_filename': $!\n";
     }
   }
   else{
-    open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open $output_filename: $!\n";
+    open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open '$output_filename': $!\n";
   }
   warn "Writing final adapter and quality trimmed output to $output_filename\n\n";

@@ -310,6 +329,8 @@
   my $CAA = 0;
   my $CGA = 0;

+  my $pid;
+
   if ($rrbs and $cutoff != 0){

     ### optionally using 2 different adapters for read 1 and read 2
@@ -318,19 +339,19 @@
       if ( scalar(@filenames)%2 == 0){ # this is read 1 of a pair
 	warn "\n  >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$adapter' from file $temp <<< \n";
 	sleep (3);
-	open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n";
+	$pid = open (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n";
       }
       else{                            # this is read 2 of a pair
 	warn "\n  >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$a2' from file $temp <<< \n";
 	sleep (3);
-    	open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $a2 $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n";
+    	$pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $a2 $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n";
       }
     }
     ### Using the same adapter for both read 1 and read 2
     else{
       warn "\n  >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$adapter' from file $temp <<< \n";
       sleep (3);
-      open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n";
+      $pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n";
     }

     close WRITER or die $!; # not needed
@@ -424,8 +445,21 @@
       else{ # single end

 	if ($clip_r1){
-	  $seq = substr($seq,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
-	  $qual = substr($qual,$clip_r1);
+	  if (length $seq > $clip_r1){  # sequences that are already too short won't be clipped again
+	    $seq = substr($seq,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
+	    $qual = substr($qual,$clip_r1);
+	  }
+	}
+
+	if ($three_prime_clip_r1){
+
+	  if (length $seq > $three_prime_clip_r1){  # sequences that are already too short won't be clipped again
+	    # warn "seq/qual before/after trimming:\n$seq\n$qual\n";
+	    $seq = substr($seq,0,(length($seq) - $three_prime_clip_r1)); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
+	    $qual = substr($qual,0,(length($qual) - $three_prime_clip_r1 ));
+	    # warn "$seq\n$qual\n";
+	  }
+
 	}

 	if (length $seq < $length_cutoff){
@@ -448,6 +482,7 @@
     close QUAL or die "Unable to close QUAL filehandle: $!";
     close TRIM or die "Unable to close TRIM filehandle: $!";
     close OUT or die  "Unable to close OUT filehandle: $!";
+
   }
   else{

@@ -457,19 +492,19 @@
       if ( scalar(@filenames)%2 == 0){ # this is read 1 of a pair
 	warn "\n  >>> Now performing quality (cutoff $cutoff) and adapter trimming in a single pass for the adapter sequence: '$adapter' from file $filename <<< \n";
 	sleep (3);
-	open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $adapter $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!";
+	$pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $adapter $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!";
       }
       else{                            # this is read 2 of a pair
 	warn "\n  >>> Now performing quality (cutoff $cutoff) and adapter trimming in a single pass for the adapter sequence: '$a2' from file $filename <<< \n";
 	sleep (3);
-	open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $a2 $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!";
+	$pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $a2 $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!";
       }
     }
     ### Using the same adapter for both read 1 and read 2
     else{
       warn "\n  >>> Now performing quality (cutoff $cutoff) and adapter trimming in a single pass for the adapter sequence: '$adapter' from file $filename <<< \n";
       sleep (3);
-      open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $adapter $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!";
+      $pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $adapter $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!";
     }

     close WRITER or die $!; # not needed
@@ -502,12 +537,23 @@
 	print OUT "$l1$seq\n$l3$qual\n";
       }
       else{ # single end
-
+
 	if ($clip_r1){
-	  $seq = substr($seq,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
-	  $qual = substr($qual,$clip_r1);
-  	}
+	  if (length $seq > $clip_r1){ # sequences that are already too short won't be clipped again
+	    $seq = substr($seq,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
+	    $qual = substr($qual,$clip_r1);
+	  }
+	}

+	if ($three_prime_clip_r1){
+	  if (length $seq > $three_prime_clip_r1){  # sequences that are already too short won't be clipped again
+	    # warn "seq/qual before/after trimming:\n$seq\n$qual\n";
+	    $seq = substr($seq,0,(length($seq) - $three_prime_clip_r1)); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
+	    $qual = substr($qual,0,(length($qual) - $three_prime_clip_r1));
+	    # warn "$seq\n$qual\n";sleep(1);
+	  }
+	}
+
 	if (length $seq < $length_cutoff){
 	  ++$too_short;
 	  next;
@@ -530,6 +576,7 @@

   }

+
   if ($rrbs){
     unless ($keep){ # keeping the quality trimmed intermediate file for RRBS files

@@ -545,6 +592,12 @@
     }
   }

+  ### Wait and reap the child process (Cutadapt) so that it doesn't become a zombie process
+  waitpid $pid, 0;
+  unless ($? == 0){
+    die "\n\nCutadapt terminated with exit signal: '$?'.\nTerminating Trim Galore run, please check error message(s) to get an idea what went wrong...\n\n";
+  }
+
   warn "\nRUN STATISTICS FOR INPUT FILE: $filename\n";
   print REPORT "\nRUN STATISTICS FOR INPUT FILE: $filename\n";

@@ -556,14 +609,35 @@

   ###  only reporting this separately if quality and adapter trimming were performed separately
   if ($rrbs){
-    my $percentage_shortened = sprintf ("%.1f",$quality_trimmed/$count*100);
+    my $percentage_shortened;
+    if ($count){
+      $percentage_shortened = sprintf ("%.1f",$quality_trimmed/$count*100);
+      warn "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n";
+      print REPORT "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n";
+    }
+    else{
+      warn "Unable to determine percentage of reads that were shortened because 0 lines were processed\n\n";
+      print REPORT "Unable to determine percentage of reads that were shortened because 0 lines were processed\n\n";
+    }
     warn "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n";
     print REPORT "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n";
   }

-  my $percentage_too_short = sprintf ("%.1f",$too_short/$count*100);
-  warn "Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of $length_cutoff bp:\t$too_short ($percentage_too_short%)\n";
-  print REPORT "Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of $length_cutoff bp:\t$too_short ($percentage_too_short%)\n";
+  my $percentage_too_short;
+  if ($count){
+    $percentage_too_short = sprintf ("%.1f",$too_short/$count*100);
+  }
+  else{
+    $percentage_too_short = 'N/A';
+  }
+
+  if ($validate){ ### only for paired-end files
+    warn "The length threshold of paired-end sequences gets evaluated later on (in the validation step)\n";
+  }
+  else{           ### Single-end file
+    warn "Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of $length_cutoff bp:\t$too_short ($percentage_too_short%)\n";
+    print REPORT "Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of $length_cutoff bp:\t$too_short ($percentage_too_short%)\n";
+  }

   if ($rrbs){
     my $percentage_rrbs_trimmed = sprintf ("%.1f",$rrbs_trimmed/$count*100);
@@ -811,16 +885,37 @@

     chomp $seq_1;
     chomp $seq_2;
+    chomp $qual_1;
+    chomp $qual_2;

     if ($clip_r1){
-      $seq_1 = substr($seq_1,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
-      $qual_1 = substr($qual_1,$clip_r1);
+      if (length $seq_1 > $clip_r1){ # sequences that are already too short won't be trimmed again
+	$seq_1 = substr($seq_1,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
+	$qual_1 = substr($qual_1,$clip_r1);
+      }
     }
     if ($clip_r2){
-      $seq_2 = substr($seq_2,$clip_r2); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
-      $qual_2 = substr($qual_2,$clip_r2);
+      if (length $seq_2 > $clip_r2){ # sequences that are already too short won't be trimmed again
+	$seq_2 = substr($seq_2,$clip_r2); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
+	$qual_2 = substr($qual_2,$clip_r2);
+      }
     }

+    if ($three_prime_clip_r1){
+      if (length $seq_1 > $three_prime_clip_r1){  # sequences that are already too short won't be clipped again
+	$seq_1 = substr($seq_1,0,(length($seq_1) - $three_prime_clip_r1)); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
+	$qual_1 = substr($qual_1,0,(length($qual_1) - $three_prime_clip_r1));
+      }
+    }
+    if ($three_prime_clip_r2){
+      if (length $seq_2 > $three_prime_clip_r2){  # sequences that are already too short won't be clipped again
+	$seq_2 = substr($seq_2,0,(length($seq_2) - $three_prime_clip_r2)); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence
+	$qual_2 = substr($qual_2,0,(length($qual_2) - $three_prime_clip_r2));
+      }
+    }
+
+
+
     ### making sure that the reads do have a sensible length
     if ( (length($seq_1) < $length_cutoff) or (length($seq_2) < $length_cutoff) ){
       ++$sequence_pairs_removed;
@@ -830,7 +925,7 @@
 	  print UNPAIRED1 $id_1;
 	  print UNPAIRED1 "$seq_1\n";
 	  print UNPAIRED1 $l3_1;
-	  print UNPAIRED1 $qual_1;
+	  print UNPAIRED1 "$qual_1\n";
 	  ++$read_1_printed;
 	}

@@ -838,7 +933,7 @@
 	  print UNPAIRED2 $id_2;
 	  print UNPAIRED2 "$seq_2\n";
 	  print UNPAIRED2 $l3_2;
-	  print UNPAIRED2 $qual_2;
+	  print UNPAIRED2 "$qual_2\n";
 	  ++$read_2_printed;
 	}

@@ -848,18 +943,28 @@
       print R1 $id_1;
       print R1 "$seq_1\n";
       print R1 $l3_1;
-      print R1 $qual_1;
+      print R1 "$qual_1\n";

       print R2 $id_2;
       print R2 "$seq_2\n";
       print R2 $l3_2;
-      print R2 $qual_2;
+      print R2 "$qual_2\n";
     }

   }
-  my $percentage = sprintf("%.2f",$sequence_pairs_removed/$count*100);
+
+
+  my $percentage;
+
+  if ($count){
+    $percentage = sprintf("%.2f",$sequence_pairs_removed/$count*100);
+  }
+  else{
+    $percentage = 'N/A';
+  }
+
   warn "Total number of sequences analysed: $count\n\n";
-  warn "Number of sequence pairs removed: $sequence_pairs_removed ($percentage%)\n";
+  warn "Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff ($length_cutoff bp): $sequence_pairs_removed ($percentage%)\n";

   print REPORT "Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: $count\n\n";
   print REPORT "Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff ($length_cutoff bp): $sequence_pairs_removed ($percentage%)\n";
@@ -915,6 +1020,8 @@
   my $dont_gzip;
   my $clip_r1;
   my $clip_r2;
+  my $three_prime_clip_r1;
+  my $three_prime_clip_r2;

   my $command_line = GetOptions ('help|man' => \$help,
 				 'q|quality=i' => \$quality,
@@ -944,9 +1051,10 @@
 				 'dont_gzip' => \$dont_gzip,
 				 'clip_R1=i' => \$clip_r1,
 				 'clip_R2=i' => \$clip_r2,
+				 'three_prime_clip_R1=i' => \$three_prime_clip_r1,
+				 'three_prime_clip_R2=i' => \$three_prime_clip_r2,
 				);

-
   ### EXIT ON ERROR if there were errors with any of the supplied options
   unless ($command_line){
     die "Please respecify command line options\n";
@@ -968,7 +1076,7 @@
                                (powered by Cutadapt)
                                   version $trimmer_version

-                             Last update: 10 04 2013
+                             Last update: 15 04 2014

 VERSION
     exit;
@@ -1030,7 +1138,7 @@
   }

   if (defined $adapter){
-    unless ($adapter =~ /^[ACTGNactgn]+$/){
+    unless ($adapter =~ /^[ACTGNXactgnx]+$/){
       die "Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)!\n";
     }
     $adapter = uc$adapter;
@@ -1046,6 +1154,11 @@
     $adapter2 = uc$adapter2;
   }

+  ### LENGTH CUTOFF
+  unless (defined $length_cutoff){
+    $length_cutoff = 20;
+  }
+
   ### files are supposed to be paired-end files
   if ($validate){

@@ -1055,8 +1168,8 @@
     }

     ## CUTOFF FOR VALIDATED READ-PAIRS
+    if (defined $length_read_1 or defined $length_read_2){

-    if (defined $length_read_1 or defined $length_read_2){
       unless ($retain){
 	die "Please specify --keep_unpaired to alter the unpaired single-end read length cut off(s)\n\n";
       }
@@ -1066,7 +1179,7 @@
 	  die "Please select a sensible cutoff for when a read pair should be filtered out due to short length (allowed range: 15-100 bp)\n\n";
 	}
 	unless ($length_read_1 > $length_cutoff){
-	  die "The single-end unpaired read length needs to be longer than the paired-end cut-off value\n\n";
+	  die "The single-end unpaired read length needs to be longer than the paired-end cut-off value ($length_cutoff bp)\n\n";
 	}
       }

@@ -1075,7 +1188,7 @@
 	  die "Please select a sensible cutoff for when a read pair should be filtered out due to short length (allowed range: 15-100 bp)\n\n";
 	}
 	unless ($length_read_2 > $length_cutoff){
-	  die "The single-end unpaired read length needs to be longer than the paired-end cut-off value\n\n";
+	  die "The single-end unpaired read length needs to be longer than the paired-end cut-off value ($length_cutoff bp)\n\n";
 	}
       }
     }
@@ -1117,8 +1230,21 @@
     }
   }

+  ### Trimming at the 3' end
+  if (defined $three_prime_clip_r1){ # trimming 3' bases of read 1
+    unless ($three_prime_clip_r1 > 0 and $three_prime_clip_r1 < 100){
+      die "The 3' clipping value for read 1 should have a sensible value (> 0 and < read length)\n\n";
+    }
+  }

-  return ($quality,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$adapter2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2);
+  if (defined $three_prime_clip_r2){ # trimming 3' bases of read 2
+    unless ($three_prime_clip_r2 > 0 and $three_prime_clip_r2 < 100){
+      die "The 3' clipping value for read 2 should have a sensible value (> 0 and < read length)\n\n";
+    }
+  }
+
+
+  return ($quality,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$adapter2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2);
 }


@@ -1165,9 +1291,9 @@
                         option requires '--paired' to be specified as well.


--s/--stringency <INT>   Overlap with adapter sequence required to trim a sequence. Defaults to a
-                        very stringent setting of '1', i.e. even a single bp of overlapping sequence
-                        will be trimmed of the 3' end of any read.
+--stringency <INT>      Overlap with adapter sequence required to trim a sequence. Defaults to a
+                        very stringent setting of 1, i.e. even a single bp of overlapping sequence
+                        will be trimmed off from the 3' end of any read.

 -e <ERROR RATE>         Maximum allowed error rate (no. of errors divided by the length of the matching
                         region) (default: 0.1)
@@ -1205,6 +1331,15 @@
                         methylation. Please refer to the M-bias plot section in the Bismark User Guide for
                         some examples. Default: OFF.

+--three_prime_clip_R1 <int>  Instructs Trim Galore to remove <int> bp from the 3' end of read 1 (or single-end
+                        reads) AFTER adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted
+                        bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality.
+                        Default: OFF.
+
+--three_prime_clip_R2 <int>  Instructs Trim Galore to remove <int> bp from the 3' end of read 2 AFTER
+                        adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from
+                        the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality.
+                        Default: OFF.


 RRBS-specific options (MspI digested material):
@@ -1273,7 +1408,7 @@
                         Default: 35 bp.


-Last modified on 15 July 2013.
+Last modified on 16 July 2014.

 HELP
   exit;
--- a/trim_galore_wrapper.xml	Fri Jul 19 09:49:25 2013 -0400
+++ b/trim_galore_wrapper.xml	Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400
@@ -1,62 +1,63 @@
-<tool id="trim_galore" name="Trim Galore" version="0.2.8.1">
-    <!-- Wrapper compatible with Trim Galore version 0.2.8 -->
+<tool id="trim_galore" name="Trim Galore" version="0.3.7.0">
+    <!-- Wrapper compatible with Trim Galore version 0.3.7 -->
     <description>adaptive quality and adapter trimmer</description>
     <version_command interpreter="perl">trim_galore --version</version_command>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="1.1">cutadapt</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.8">cutadapt</requirement>
     </requirements>
-    <command interpreter="perl">
-        #from glob import glob
-        #import tempfile, os
+    <macros>
+        <macro name="paired_adapter_trimming">
+            <param name="trim1" type="boolean" truevalue="--trim1" falsevalue="" checked="False" label="Trims 1 bp off every read from its 3' end." help="" />
+            <param name="adapter" type="text" value="AGATCGGAAGAGC" label="Adapter sequence to be trimmed off read 1">
+                <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator>
+            </param>
+            <param name="adapter2" type="text" optional="True" value="" label="Adapter sequence to be trimmed off read 2">
+                <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator>
+            </param>

-        ##
-        ##  Creating a temporary directory where trim_galore will store all result files
-        ##
+            <param name="three_prime_clip_R1" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end of read 1">
+                <help>Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed.
+                    This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality.
+                    (--three_prime_clip_R1)</help>
+            </param>
+            <param name="three_prime_clip_R2" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end of read 1">
+                <help>Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 2 after
+                    adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from
+                    the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. (--three_prime_clip_R2)</help>
+            </param>
+        </macro>
+    </macros>
+    <command>
+<![CDATA[

-        #set $temp_dir = os.path.abspath(tempfile.mkdtemp())
-
-
-        ## trim_galore removes .fastq and .fq file extensions of input files.
-        ## That is essential if Galaxy provides links to files (these can have real extensions), but that behaviour is causing an inconsitency in output filenaming.
-        ## Fix: link every file to $TMP without file extension
+        ## trim_galore removes .fastq and .fq file extensions of input files.
+        ## This is essential if Galaxy provides links to files (with real extensions)
+        ## but that behaviour is causing an inconsitency in output filenaming.
+        ## We work around this by linking every file to cwd without file extension

         #if $singlePaired.sPaired == "single":
-            #set $input_singles_tmp_handle = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=$temp_dir )
-            #set $input_singles_tmp = $input_singles_tmp_handle.name
-            #silent $input_singles_tmp_handle.close()
-            #silent os.system("ln -s %s %s" % (str($singlePaired.input_singles), $input_singles_tmp))
+            ln -s "${singlePaired.input_singles}" ./input_singles;
+        #elif $singlePaired.sPaired == "paired":
+            ln -s "${singlePaired.input_mate1}" ./input_mate1;
+            ln -s "${singlePaired.input_mate2}" ./input_mate2;
         #else:
-            #set $input_mate1_tmp_handle = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=$temp_dir )
-            #set $input_mate2_tmp_handle = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=$temp_dir )
-
-            #set $input_mate1_tmp = $input_mate1_tmp_handle.name
-            #silent $input_mate1_tmp_handle.close()
-
-            #set $input_mate2_tmp = $input_mate2_tmp_handle.name
-            #silent $input_mate2_tmp_handle.close()
-
-            #silent os.system("ln -s %s %s" % (str($singlePaired.input_mate1), $input_mate1_tmp))
-            #silent os.system("ln -s %s %s" % (str($singlePaired.input_mate2), $input_mate2_tmp))
+            ln -s "${singlePaired.input_mate_pairs.forward}" ./input_mate1;
+            ln -s "${singlePaired.input_mate_pairs.reverse}" ./input_mate2;
         #end if

-        trim_galore
+        perl $__tool_directory__/trim_galore

-        ##
-        ##  Input parameters
-        ##
-
+        ## we only support fastqsanger
+        --phred33

         #if $params.settingsType == "custom":

             ## default 20
             --quality $params.quality
-            ## default 'AGATCGGAAGAGC'
-            #if $params.adapter.strip() != '':
-                --adapter $params.adapter
-            #end if
+
             ## default 1
             --stringency $params.stringency
-
+
             ## default 0.1
             -e $params.error_rate

@@ -66,7 +67,7 @@
             #if int($params.clip_R1) > 0:
                 --clip_R1 $params.clip_R1
             #end if
-
+
             #if int($params.clip_R2) > 0:
                 --clip_R2 $params.clip_R2
             #end if
@@ -79,128 +80,91 @@

         #end if

-        ##
         ## RBBS specific options.
-        ##
-
         #if $rrbs.settingsType == "custom":
-
             $rrbs.rrbs
             $rrbs.non_directional
+        #end if

+        --output_dir ./
+        --suppress_warn
+
+        #if $params.settingsType == "custom" and not $params.report:
+            --no_report_file
         #end if

-        --output_dir $temp_dir
-        --suppress_warn

+        ## default 'AGATCGGAAGAGC'
+        #if $singlePaired.adapter.strip() != '':
+           --adapter $singlePaired.adapter
+        #end if
+
+        #if $singlePaired.three_prime_clip_R1:
+            --three_prime_clip_R1 $singlePaired.three_prime_clip_R1
+        #end if

         #if $singlePaired.sPaired == "single":
-
-            #if $singlePaired.input_singles.ext == "fastqillumina":
-                --phred64
-            #elif $singlePaired.input_singles.ext == "fastqsanger":
-                --phred33
-            #end if
-
-            #if $params.settingsType == "custom":
-                #if not $params.report:
-                    --no_report_file
-                #end if
-            #end if
-
             ## input sequence
-            $input_singles_tmp
+            ./input_singles
         #else:
-            --paired
-            #if $singlePaired.input_mate1.ext == "fastqillumina":
-                --phred64
-            #elif $singlePaired.input_mate1.ext == "fastqsanger":
-                --phred33
-            #end if
+            --paired

             $singlePaired.trim1
-            #if $singlePaired.adapter2.strip() != '':
+
+            #if $singlePaired.adapter2 and $singlePaired.adapter2.strip() != '':
                 --adapter2 $singlePaired.adapter2
             #end if

-            #if $params.settingsType == "custom":
-                #if not $params.report:
-                    --no_report_file
-                #end if
+            #if $singlePaired.three_prime_clip_R2:
+                --three_prime_clip_R2 $singlePaired.three_prime_clip_R2
             #end if

             ## input sequences
-            $input_mate1_tmp
-            $input_mate2_tmp
+            ./input_mate1
+            ./input_mate2

         #end if

-        &amp;&amp;
-
-        ##
-        ##  Trim Galore! run is finished. Move the result files to the proper place
-        ##
-
-
-        #if $singlePaired.sPaired == "single":
-            #set $single_end_path =  os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_singles_tmp)) + '_trimmed.fq')
-            mv $single_end_path $trimmed_reads_single;
-
-            #if $params.settingsType == "custom":
-                #if $params.report:
-                    #set $report_path =  os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_singles_tmp)) + '_trimming_report.txt')
-                    mv $report_path $report_file;
-                #end if
-            #end if
+        &&

-        #else:
-            #set $paired_end_path_1 =  os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate1_tmp)) + '_val_1.fq')
-            #set $paired_end_path_2 =  os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate2_tmp)) + '_val_2.fq')
-            mv $paired_end_path_1 $trimmed_reads_pair1;
-            mv $paired_end_path_2 $trimmed_reads_pair2;
-
-            #if $params.settingsType == "custom":
-                #if $params.retain_unpaired.settingsType == "retain_unpaired_output":
-                    #set $unpaired_path_1 =  os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate1_tmp)) + '_unpaired_1.fq')
-                    #set $unpaired_path_2 =  os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate2_tmp)) + '_unpaired_2.fq')
-                    mv $unpaired_path_1 $unpaired_reads_1;
-                    mv $unpaired_path_2 $unpaired_reads_2;
-                #end if
-
-                #if $params.report:
-                    #set $report_path =  os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate1_tmp)) + '_trimming_report.txt')
-                    mv $report_path $report_file;
-                #end if
-
-            #end if
+        ##  Trim Galore! run is finished. Move the report files to the proper place
+        #if $params.settingsType == "custom" and $params.report:
+            cat ./*_trimming_report.txt > $report_file;
         #end if

-        ## delete the temp_dir
-        rm -rf $temp_dir
-
+]]>
     </command>
     <inputs>
-
         <!-- Input Parameters -->
         <conditional name="singlePaired">
-            <param name="sPaired" type="select" label="Is this library mate-paired?">
-              <option value="single">Single-end</option>
-              <option value="paired">Paired-end</option>
+            <param name="sPaired" type="select" label="Is this library paired- or single-end?">
+                <option value="single">Single-end</option>
+                <option value="paired">Paired-end</option>
+                <option value="paired_collection">Paired Collection</option>
             </param>
             <when value="single">
-                <param name="input_singles" type="data" format="fastqsanger,fastqillumina,fastq,fasta" label="FASTQ/FASTA file" help="FASTQ or FASTA files." />
+                <param name="input_singles" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" />
+                <param name="adapter" type="text" value="AGATCGGAAGAGC" label="Adapter sequence to be trimmed">
+                    <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator>
+                </param>
+                <param name="three_prime_clip_R1" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end">
+                    <help>Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed.
+                        This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality.
+                        (--three_prime_clip_R1)</help>
+                </param>
             </when>
             <when value="paired">
-                <param name="input_mate1" type="data" format="fastqsanger,fastqillumina,fastq,fasta" label="FASTQ/FASTA file" help="FASTQ or FASTA files." />
-                <param name="input_mate2" type="data" format="fastqsanger,fastqillumina,fastq,fasta" label="FASTQ/FASTA file" help="FASTQ or FASTA files." />
-                <param name="trim1" type="boolean" truevalue="--trim1" falsevalue="" checked="False" label="Trims 1 bp off every read from its 3' end." help="" />
-                <param name="adapter2" type="text" value="" label="Optional adapter sequence to be trimmed off read 2">
-                    <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator>
-                </param>
+                <param name="input_mate1" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" />
+                <param name="input_mate2" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" />
+                <expand macro="paired_adapter_trimming" />
+            </when>
+            <when value="paired_collection">
+                <param name="input_mate_pairs" format="fastqsanger" type="data_collection" collection_type="paired"
+                    label="Select a paired collection" help="See help section for an explanation of dataset collections"/>
+                <expand macro="paired_adapter_trimming" />
             </when>
         </conditional>

-
         <conditional name="params">
             <param name="settingsType" type="select" label="Trim galore! advanced settings" help="You can use the default settings or set custom values for any of Trim Galore's parameters.">
               <option value="default">Use Defaults</option>
@@ -209,16 +173,14 @@
             <when value="default" />
             <!-- Full/advanced params. -->
             <when value="custom">
-                <param name="quality" type="integer" value="20" label="Trim low-quality ends from reads in addition to adapter removal." help="For more information please see below." />
-                <param name="adapter" type="text" value="AGATCGGAAGAGC" label="Adapter sequence to be trimmed">
-                    <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator>
-                </param>
+                <param name="quality" type="integer" value="20" label="Trim low-quality ends from reads in addition to adapter removal"
+                    help="For more information please see below." />
                 <param name="stringency" type="integer" value="1" label="Overlap with adapter sequence required to trim a sequence" />
                 <param name="error_rate" type="float" value="0.1" label="Maximum allowed error rate" />
                 <param name="min_length" type="integer" value="20" label="Discard reads that became shorter than length INT" />

-                <param name="clip_R1" type="integer" value="0" label="nstructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 1" />
-                <param name="clip_R2" type="integer" value="0" label="nstructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 2" />
+                <param name="clip_R1" type="integer" value="0" label="Instructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 1" />
+                <param name="clip_R2" type="integer" value="0" label="Instructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 2" />

                 <param name="report" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" checked="False" label="Generate a report file" help="" />

@@ -246,95 +208,144 @@
             <when value="default" />
             <!-- Full/advanced params. -->
             <when value="custom">
-                <param name="rrbs" type="boolean" truevalue="--rrbs" falsevalue="" checked="True" label="Specifies that the input file was an MspI digested RRBS sample" />
-                <param name="non_directional" type="boolean" truevalue="--non_directional" falsevalue="" checked="False" label="Selecting this option for non-directional RRBS libraries" />
+                <param name="rrbs" type="boolean" truevalue="--rrbs" falsevalue="" checked="True"
+                    label="Specifies that the input file was an MspI digested RRBS sample" />
+                <param name="non_directional" type="boolean" truevalue="--non_directional" falsevalue="" checked="False"
+                    label="Selecting this option for non-directional RRBS libraries" />
             </when>  <!-- full -->
-      </conditional>  <!-- params -->
+        </conditional>  <!-- params -->

     </inputs>
     <outputs>

-        <data format="fastq" name="trimmed_reads_single" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads">
+        <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_single" from_work_dir="input_singles_trimmed.fq" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads">
           <filter>singlePaired['sPaired'] == "single"</filter>
-          <actions>
-                <action type="format">
-                  <option type="from_param" name="singlePaired.input_singles" param_attribute="ext" />
-                </action>
-          </actions>
-        </data>
-
-        <data format="fastq" name="trimmed_reads_pair1" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 1">
-            <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter>
-            <actions>
-                <action type="format">
-                    <option type="from_param" name="singlePaired.input_mate1" param_attribute="ext" />
-                </action>
-          </actions>
-        </data>
-
-        <data format="fastq" name="trimmed_reads_pair2" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 2">
-            <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter>
-            <actions>
-                <action type="format">
-                    <option type="from_param" name="singlePaired.input_mate1" param_attribute="ext" />
-                </action>
-            </actions>
         </data>

-        <data format="fastq" name="unpaired_reads_1" label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (1)">
-          <filter>
+        <collection name="trimmed_reads_paired_collection" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads">
+            <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired_collection"</filter>
+            <data name="forward" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" />
+            <data name="reverse" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" />
+        </collection>
+
+        <collection name="trimmed_reads_unpaired_collection" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads">
+            <filter>
             ((
-              params['settingsType'] == "custom" and
-              params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output"
+                params['settingsType'] == "custom" and
+                params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and
+                singlePaired['sPaired'] == "paired_collection"
             ))
-          </filter>
-          <actions>
-                <action type="format">
-                  <option type="from_param" name="singlePaired.input_mate1" param_attribute="ext" />
-                </action>
-          </actions>
+            </filter>
+            <data name="forward" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate1_unpaired_1.fq" />
+            <data name="reverse" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate2_unpaired_2.fq" />
+        </collection>
+
+
+        <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_pair1" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq"
+            label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 1">
+            <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter>
         </data>

-        <data format="fastq" name="unpaired_reads_2" label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (2)">
-          <filter>
+        <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_pair2" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq"
+            label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 2">
+            <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter>
+        </data>
+
+        <data format="fastqsanger" name="unpaired_reads_1" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq"
+            label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (1)">
+            <filter>
             ((
-              params['settingsType'] == "custom" and
-              params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output"
+                params['settingsType'] == "custom" and
+                params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and
+                singlePaired['sPaired'] == "paired"
             ))
-          </filter>
-          <actions>
-                <action type="format">
-                  <option type="from_param" name="singlePaired.input_mate1" param_attribute="ext" />
-                </action>
-          </actions>
+            </filter>
+        </data>
+
+        <data format="fastqsanger" name="unpaired_reads_2" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq"
+            label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (2)">
+            <filter>
+            ((
+                params['settingsType'] == "custom" and
+                params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and
+                singlePaired['sPaired'] == "paired"
+            ))
+            </filter>
         </data>

         <data format="txt" name="report_file" label="${tool.name} on ${on_string}: report file">
-          <filter>
+            <filter>
             ((
               params['settingsType'] == "custom" and
               params['report'] == True
             ))
-          </filter>
+            </filter>
         </data>

     </outputs>
     <tests>
-    </tests>
+        <test>
+            <!-- Trim entire sequences; keep empty reads -->
+            <param name="input_singles" value="sanger_full_range_original_sanger.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
+            <param name="sPaired" value="single" />
+            <param name="settingsType" value="custom" />
+            <param name="report" value="true" />
+            <output name="trimmed_reads_single" file="sanger_full_range_results1.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/>
+            <output name="report_file" file="sanger_full_range_report_results1.txt" ftype="txt" lines_diff="2" />
+        </test>
+
+        <test>
+            <!-- Trim entire sequences; keep empty reads -->
+            <param name="input_mate1" value="bwa-mem-fastq1.fq" ftype="fastqsanger" />
+            <param name="input_mate2" value="bwa-mem-fastq2.fq" ftype="fastqsanger" />
+            <param name="sPaired" value="paired" />
+            <param name="settingsType" value="custom" />
+            <param name="report" value="true" />
+            <output name="trimmed_reads_pair1" file="paired_example_pair1_results2.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/>
+            <output name="trimmed_reads_pair2" file="paired_example_pair2_results2.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/>
+            <output name="report_file" file="paired_example_results2.txt" ftype="txt" lines_diff="8" />
+        </test>

+        <test>
+            <!-- Trim entire sequences; keep empty reads -->
+            <param name="input_mate_pairs">
+                <collection type="paired">
+                    <element name="forward" value="bwa-mem-fastq1.fq" />
+                    <element name="reverse" value="bwa-mem-fastq2.fq" />
+                </collection>
+            </param>
+            <param name="sPaired" value="paired_collection" />
+            <param name="settingsType" value="custom" />
+            <param name="report" value="true" />
+            <param name="retain_unpaired" value="retain_unpaired_output" />
+
+            <output name="report_file" file="paired_collection_example_results3.txt" ftype="txt" lines_diff="8" />
+
+            <output_collection name="trimmed_reads_paired_collection" type="paired">
+                <element name="forward" file="paired_collection_example_pair1_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/>
+                <element name="reverse" file="paired_collection_example_pair2_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/>
+            </output_collection>
+
+            <output_collection name="trimmed_reads_unpaired_collection" type="paired">
+                <element name="forward" file="paired_collection_example_unpair1_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/>
+                <element name="reverse" file="paired_collection_example_unpair2_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/>
+            </output_collection>
+        </test>
+    </tests>
     <help>
+<![CDATA[

 **What it does**

-TrimGalore!_ is a wrapper script that makes use of the publically available
+TrimGalore_ is a wrapper script that makes use of the publically available
 adapter trimming tool Cutadapt.

+.. _TrimGalore: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/
+

-.. _TrimGalore!: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/
+It is developed by Felix Krueger at the Babraham Institute.


-It is developed by Krueger F at the Babraham Institute.
-
-
-  </help>
+]]>
+    </help>
 </tool>