comparison matching.pl @ 44:0c4e11018934 draft

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43:4c0b1a94b882

	`bowtie-build $genome $genome`;
	$index="$genome";
}

### genome mapping
`bowtie -v $mis -f -p $threads -m $hits -a --best --strata $index $filein --al genome_mapped.fa --un genome_not_mapped.fa --max genome_mapped_Mlimit.fa > genome_mapped.bwt`;

#`convert_bowtie_to_blast.pl  genome_mapped.bwt genome_mapped.fa $genome > genome_mapped.bst`;

sub Time{
        my $time=time();

44:0c4e11018934

	`bowtie-build $genome $genome`;
	$index="$genome";
}

### genome mapping
`bowtie -v $mis -f -p $threads -m $hits -a --best --strata $index $filein --al genome_mapped.fa --un genome_not_mapped.fa --max genome_mapped_Mlimit.fa > genome_mapped.bwt  2> run.log`;

#`convert_bowtie_to_blast.pl  genome_mapped.bwt genome_mapped.fa $genome > genome_mapped.bst`;

sub Time{
        my $time=time();