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"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit def3e8d4a983ab47ceedde678f585b54c79bb8d1"
author chemteam
date Thu, 27 Jan 2022 17:18:33 +0000
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[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
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 o        o           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100
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[ moleculetype ]
;name            nrexcl
 base             3

[ atoms ]
;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
     1   c2     1   MOL     C    1    -0.311000     12.01000 ; qtot -0.311
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     4   ce     1   MOL    C1    4     0.022900     12.01000 ; qtot -0.069
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     8   os     1   MOL    O2    8    -0.351900     16.00000 ; qtot -1.188
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    17   ha     1   MOL    H5   17     0.104000      1.00800 ; qtot -1.244
    18   c3     1   MOL    C8   18     0.131300     12.01000 ; qtot -1.113
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    20   oh     1   MOL    O3   20    -0.614800     16.00000 ; qtot -1.576
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    23    o     1   MOL    O4   23    -0.587000     16.00000 ; qtot -1.413
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[ bonds ]
;   ai     aj funct   r             k
     1      2   1    1.0879e-01    2.8711e+05 ;      C - H     
     1      3   1    1.0879e-01    2.8711e+05 ;      C - H1    
     1      4   1    1.3461e-01    4.5798e+05 ;      C - C1    
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     5      7   1    1.2183e-01    5.3363e+05 ;     C2 - O1    
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    11     13   1    1.3461e-01    4.5798e+05 ;     C4 - C5    
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    22     24   1    1.2183e-01    5.3363e+05 ;     C9 - O5    

[ pairs ]
;   ai     aj    funct
     1      6      1 ;      C - O     
     1      7      1 ;      C - O1    
     1      9      1 ;      C - C3    
     2      5      1 ;      H - C2    
     2      8      1 ;      H - O2    
     3      5      1 ;     H1 - C2    
     3      8      1 ;     H1 - O2    
     4     10      1 ;     C1 - H2    
     4     11      1 ;     C1 - C4    
     4     18      1 ;     C1 - C8    
     5      9      1 ;     C2 - C3    
     6      8      1 ;      O - O2    
     7      8      1 ;     O1 - O2    
     8     12      1 ;     O2 - H3    
     8     13      1 ;     O2 - C5    
     8     16      1 ;     O2 - C7    
     8     19      1 ;     O2 - H6    
     8     20      1 ;     O2 - O3    
     9     14      1 ;     C3 - C6    
     9     17      1 ;     C3 - H5    
     9     21      1 ;     C3 - H7    
     9     22      1 ;     C3 - C9    
    10     12      1 ;     H2 - H3    
    10     13      1 ;     H2 - C5    
    10     16      1 ;     H2 - C7    
    10     19      1 ;     H2 - H6    
    10     20      1 ;     H2 - O3    
    11     15      1 ;     C4 - H4    
    11     16      1 ;     C4 - C7    
    11     19      1 ;     C4 - H6    
    11     20      1 ;     C4 - O3    
    11     23      1 ;     C4 - O4    
    11     24      1 ;     C4 - O5    
    12     14      1 ;     H3 - C6    
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    14     19      1 ;     C6 - H6    
    14     20      1 ;     C6 - O3    
    14     23      1 ;     C6 - O4    
    14     24      1 ;     C6 - O5    
    15     17      1 ;     H4 - H5    
    15     18      1 ;     H4 - C8    
    15     22      1 ;     H4 - C9    
    16     21      1 ;     C7 - H7    
    16     22      1 ;     C7 - C9    
    17     19      1 ;     H5 - H6    
    17     20      1 ;     H5 - O3    
    19     21      1 ;     H6 - H7    

[ angles ]
;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
     1      4      5      1    1.2042e+02    5.4810e+02 ;      C - C1     - C2    
     1      4      8      1    1.2370e+02    5.8660e+02 ;      C - C1     - O2    
     2      1      3      1    1.1690e+02    3.1882e+02 ;      H - C      - H1    
     2      1      4      1    1.2045e+02    4.1422e+02 ;      H - C      - C1    
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     4      5      7      1    1.2320e+02    5.7572e+02 ;     C1 - C2     - O1    
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     5      4      8      1    1.1467e+02    5.7404e+02 ;     C2 - C1     - O2    
     6      5      7      1    1.3025e+02    6.5187e+02 ;      O - C2     - O1    
     8      9     10      1    1.0978e+02    4.2509e+02 ;     O2 - C3     - H2    
     8      9     11      1    1.0856e+02    5.7321e+02 ;     O2 - C3     - C4    
     8      9     18      1    1.0797e+02    5.6902e+02 ;     O2 - C3     - C8    
     9     11     12      1    1.1568e+02    3.8409e+02 ;     C3 - C4     - H3    
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     9     18     20      1    1.1019e+02    5.6484e+02 ;     C3 - C8     - O3    
    10      9     11      1    1.0996e+02    3.9413e+02 ;     H2 - C3     - C4    
    10      9     18      1    1.0956e+02    3.8828e+02 ;     H2 - C3     - C8    
    11      9     18      1    1.1156e+02    5.3053e+02 ;     C4 - C3     - C8    
    11     13     14      1    1.2326e+02    5.4727e+02 ;     C4 - C5     - C6    
    11     13     22      1    1.2042e+02    5.4810e+02 ;     C4 - C5     - C9    
    12     11     13      1    1.2045e+02    4.1422e+02 ;     H3 - C4     - C5    
    13     14     15      1    1.1665e+02    3.9497e+02 ;     C5 - C6     - H4    
    13     14     16      1    1.2326e+02    5.4727e+02 ;     C5 - C6     - C7    
    13     22     23      1    1.2320e+02    5.7572e+02 ;     C5 - C9     - O4    
    13     22     24      1    1.2320e+02    5.7572e+02 ;     C5 - C9     - O5    
    14     13     22      1    1.2098e+02    5.2802e+02 ;     C6 - C5     - C9    
    14     16     17      1    1.2045e+02    4.1422e+02 ;     C6 - C7     - H5    
    14     16     18      1    1.2315e+02    5.3555e+02 ;     C6 - C7     - C8    
    15     14     16      1    1.1994e+02    4.1505e+02 ;     H4 - C6     - C7    
    16     18     19      1    1.0996e+02    3.9413e+02 ;     C7 - C8     - H6    
    16     18     20      1    1.1035e+02    5.7070e+02 ;     C7 - C8     - O3    
    17     16     18      1    1.1568e+02    3.8409e+02 ;     H5 - C7     - C8    
    18     20     21      1    1.0726e+02    3.9664e+02 ;     C8 - O3     - H7    
    19     18     20      1    1.1026e+02    4.2593e+02 ;     H6 - C8     - O3    
    23     22     24      1    1.3025e+02    6.5187e+02 ;     O4 - C9     - O5    

[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     1      4      5      6      9   180.00   9.10020   2 ;      C-    C1-    C2-     O
     1      4      5      7      9   180.00   9.10020   2 ;      C-    C1-    C2-    O1
     1      4      8      9      9   180.00   4.39320   2 ;      C-    C1-    O2-    C3
     2      1      4      5      9   180.00  27.82360   2 ;      H-     C-    C1-    C2
     2      1      4      8      9   180.00  27.82360   2 ;      H-     C-    C1-    O2
     3      1      4      5      9   180.00  27.82360   2 ;     H1-     C-    C1-    C2
     3      1      4      8      9   180.00  27.82360   2 ;     H1-     C-    C1-    O2
     4      8      9     10      9     0.00   1.60387   3 ;     C1-    O2-    C3-    H2
     4      8      9     11      9     0.00   1.60387   3 ;     C1-    O2-    C3-    C4
     4      8      9     18      9     0.00   1.60387   3 ;     C1-    O2-    C3-    C8
     5      4      8      9      9   180.00   4.39320   2 ;     C2-    C1-    O2-    C3
     6      5      4      8      9   180.00   9.10020   2 ;      O-    C2-    C1-    O2
     7      5      4      8      9   180.00   9.10020   2 ;     O1-    C2-    C1-    O2
     8      9     11     12      9     0.00   0.00000   0 ;     O2-    C3-    C4-    H3
     8      9     11     13      9     0.00   0.00000   0 ;     O2-    C3-    C4-    C5
     8      9     18     16      9     0.00   0.65084   3 ;     O2-    C3-    C8-    C7
     8      9     18     19      9     0.00   0.00000   0 ;     O2-    C3-    C8-    H6
     8      9     18     19      9     0.00   1.04600   1 ;     O2-    C3-    C8-    H6
     8      9     18     20      9     0.00   0.60250   3 ;     O2-    C3-    C8-    O3
     8      9     18     20      9     0.00   4.91620   2 ;     O2-    C3-    C8-    O3
     9     11     13     14      9   180.00  27.82360   2 ;     C3-    C4-    C5-    C6
     9     11     13     22      9   180.00  27.82360   2 ;     C3-    C4-    C5-    C9
     9     18     16     14      9     0.00   0.00000   0 ;     C3-    C8-    C7-    C6
     9     18     16     17      9     0.00   0.00000   0 ;     C3-    C8-    C7-    H5
     9     18     20     21      9     0.00   0.66944   3 ;     C3-    C8-    O3-    H7
     9     18     20     21      9     0.00   1.04600   1 ;     C3-    C8-    O3-    H7
    10      9     11     12      9     0.00   0.00000   0 ;     H2-    C3-    C4-    H3
    10      9     11     13      9     0.00   0.00000   0 ;     H2-    C3-    C4-    C5
    10      9     18     16      9     0.00   0.65084   3 ;     H2-    C3-    C8-    C7
    10      9     18     19      9     0.00   0.65084   3 ;     H2-    C3-    C8-    H6
    10      9     18     20      9     0.00   0.00000   0 ;     H2-    C3-    C8-    O3
    10      9     18     20      9     0.00   1.04600   1 ;     H2-    C3-    C8-    O3
    11      9     18     16      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-    C3-    C8-    C7
    11      9     18     19      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-    C3-    C8-    H6
    11      9     18     20      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-    C3-    C8-    O3
    11     13     14     15      9   180.00   4.18400   2 ;     C4-    C5-    C6-    H4
    11     13     14     16      9   180.00   4.18400   2 ;     C4-    C5-    C6-    C7
    11     13     22     23      9   180.00   9.10020   2 ;     C4-    C5-    C9-    O4
    11     13     22     24      9   180.00   9.10020   2 ;     C4-    C5-    C9-    O5
    12     11      9     18      9     0.00   0.00000   0 ;     H3-    C4-    C3-    C8
    12     11     13     14      9   180.00  27.82360   2 ;     H3-    C4-    C5-    C6
    12     11     13     22      9   180.00  27.82360   2 ;     H3-    C4-    C5-    C9
    13     11      9     18      9     0.00   0.00000   0 ;     C5-    C4-    C3-    C8
    13     14     16     17      9   180.00  27.82360   2 ;     C5-    C6-    C7-    H5
    13     14     16     18      9   180.00  27.82360   2 ;     C5-    C6-    C7-    C8
    14     13     22     23      9   180.00   9.10020   2 ;     C6-    C5-    C9-    O4
    14     13     22     24      9   180.00   9.10020   2 ;     C6-    C5-    C9-    O5
    14     16     18     19      9     0.00   0.00000   0 ;     C6-    C7-    C8-    H6
    14     16     18     20      9     0.00   0.00000   0 ;     C6-    C7-    C8-    O3
    15     14     13     22      9   180.00   4.18400   2 ;     H4-    C6-    C5-    C9
    15     14     16     17      9   180.00  27.82360   2 ;     H4-    C6-    C7-    H5
    15     14     16     18      9   180.00  27.82360   2 ;     H4-    C6-    C7-    C8
    16     14     13     22      9   180.00   4.18400   2 ;     C7-    C6-    C5-    C9
    16     18     20     21      9     0.00   0.69733   3 ;     C7-    C8-    O3-    H7
    17     16     18     19      9     0.00   0.00000   0 ;     H5-    C7-    C8-    H6
    17     16     18     20      9     0.00   0.00000   0 ;     H5-    C7-    C8-    O3
    19     18     20     21      9     0.00   0.69733   3 ;     H6-    C8-    O3-    H7

[ dihedrals ] ; impropers
; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     3      1      2      4      4   180.00   4.60240   2 ;     H1-     C-     H-    C1
     4      6      5      7      4   180.00   4.60240   2 ;     C1-     O-    C2-    O1
     5      1      4      8      4   180.00   4.60240   2 ;     C2-     C-    C1-    O2
     9     13     11     12      4   180.00   4.60240   2 ;     C3-    C5-    C4-    H3
    13     23     22     24      4   180.00   4.60240   2 ;     C5-    O4-    C9-    O5
    16     13     14     15      4   180.00   4.60240   2 ;     C7-    C5-    C6-    H4
    18     14     16     17      4   180.00   4.60240   2 ;     C8-    C6-    C7-    H5
    22     11     13     14      4   180.00   4.60240   2 ;     C9-    C4-    C5-    C6