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planemo upload commit 475f4d7d8442a0d75e103af326ae5881c4d2a4ac
author dereeper
date Mon, 16 Apr 2018 08:58:55 -0400
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1 ##fileformat=VCFv4.1
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2 ##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
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3 ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
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4 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
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5 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
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6 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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7 ##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
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8 ##FORMAT=<ID=PQ,Number=1,Type=Float,Description="Read-backed phasing quality">
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9 ##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
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10 ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
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11 ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
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12 ##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
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13 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth; some reads may have been filtered">
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14 ##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
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15 ##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
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16 ##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
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17 ##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
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18 ##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
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19 ##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed">
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20 ##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed">
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21 ##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
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22 ##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
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23 ##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
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24 ##INFO=<ID=PhasingInconsistent,Number=0,Type=Flag,Description="Are the reads significantly haplotype-inconsistent?">
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25 ##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
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26 ##INFO=<ID=RPA,Number=.,Type=Integer,Description="Number of times tandem repeat unit is repeated, for each allele (including reference)">
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27 ##INFO=<ID=RU,Number=1,Type=String,Description="Tandem repeat unit (bases)">
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28 ##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
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29 ##INFO=<ID=STR,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is a short tandem repeat">
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30 ##ReadBackedPhasing="analysis_type=ReadBackedPhasing input_file=[/scratch/hueber-29030/merged_bams_file.bam] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[BadCigar] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/projects/coffee_snp/coffea_cds.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 use_legacy_downsampler=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false debug=false variant=(RodBinding name=variant source=/scratch/hueber-29030/merged_bams_file.vcf) out=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter sites_only=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter bcf=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter cacheWindowSize=20000 maxPhaseSites=10 phaseQualityThresh=20.0 variantStatsFilePrefix=null min_base_quality_score=30 min_mapping_quality_score=30 sampleToPhase=null permitNoSampleOverlap=false respectPhaseInInput=false enableMergePhasedSegregatingPolymorphismsToMNP=false maxGenomicDistanceForMNP=1 outputMultipleBaseCountsFile=null filter_mismatching_base_and_quals=false"
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31 ##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/scratch/hueber-29030/merged_bams_file.bam] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[BadCigar] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/projects/coffee_snp/coffea_cds.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=250 use_legacy_downsampler=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false genotype_likelihoods_model=SNP pcr_error_rate=1.0E-4 computeSLOD=false annotateNDA=false pair_hmm_implementation=ORIGINAL min_base_quality_score=17 max_deletion_fraction=0.05 min_indel_count_for_genotyping=5 min_indel_fraction_per_sample=0.25 indel_heterozygosity=1.25E-4 indelGapContinuationPenalty=10 indelGapOpenPenalty=45 indelHaplotypeSize=80 indelDebug=false ignoreSNPAlleles=false allReadsSP=false ignoreLaneInfo=false reference_sample_calls=(RodBinding name= source=UNBOUND) reference_sample_name=null sample_ploidy=2 min_quality_score=1 max_quality_score=40 site_quality_prior=20 min_power_threshold_for_calling=0.95 min_reference_depth=100 exclude_filtered_reference_sites=false heterozygosity=0.0010 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=30.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 alleles=(RodBinding name= source=UNBOUND) max_alternate_alleles=6 p_nonref_model=EXACT_INDEPENDENT contamination_fraction_to_filter=0.05 logRemovedReadsFromContaminationFiltering=null exactcallslog=null dbsnp=(RodBinding name= source=UNBOUND) comp=[] out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub debug_file=null metrics_file=null annotation=[] excludeAnnotation=[] filter_mismatching_base_and_quals=false"
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32 ##SnpEffVersion="2.0.5d (build 2012-01-19), by Pablo Cingolani"
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33 ##SnpEffCmd="SnpEff eff -c /usr/local/bioinfo/sniplay/SnpEff/snpEff_2_0_5d/snpEff.config rice7 -i VCF -o VCF -no-downstream -no-upstream snpEff.input "
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34 ##INFO=<ID=EFF,Number=.,Type=String,Description="Predicted effects for this variant.Format: 'Effect ( Effefct_Impact | Functional_Class | Codon_Change | Amino_Acid_change | Gene_Name | Gene_BioType | Coding | Transcript | Exon [ | ERRORS | WARNINGS ] )' ">
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35 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT AZUCENA BULUPANDAK GIZA171 IAC165 KHAODAM M202 MOROBEREKAN NIPPONBARE.D 62667 63-104 ARAGUAIA ARIAS ARROZCEBADA BABER BAGANANASALAO BAKUNGH BENGALYVAKARINA BICOBRANCO BINULAWAN CAAWA/FORTUNA6 CAIAPO CANAROXA CANELADEFERRO CHALOYOE CHAPHUMA CICIHBETON CIRAD358 CIRAD392 CIRAD394 CIRAD403 CIRAD409 CIRAD488 CNA-7.BO.1.1.33-13-6-1 COLOMBIA1 CT13582-15-5-M CUBA65 CUIABANA CURINCA DAM DANGREY DAVAO DAWASANRED DINORADO DOURADOAGULHA DOURADOPRECOCE ESPERANZA FOHISOMOTRA GANIGI GEMJYAJYANAM GOGO GOGOLEMPUK GOGOLEMPAK GOMPA2 GRAZI GUARANI GUNDILKUNING HAWMOM HD1-4 IAC25 IAC47 IDSA77 IGUAPECATETO INDANE IR60080-46A IR63380-16 IR63372-08 IR65907-188-1-B IR66421-096-2-1-1 IR68704-145-1-1-B IR71525-19-1-1 IRAT104 IRAT109 IRAT112 IRAT13 IRAT144 IRAT170 IRAT177 IRAT2 IRAT212 IRAT216 IRAT234 IRAT257 IRAT335 IRAT362 IRAT364 IRAT366 IRAT380 JAOHAW JIMBRUKJOLOWORO JUMALI JUMULA2 KAKANI2 KANIRANGA KARASUKARASURANKASU KEDAYAN KENDINGA5H KETANKONIR KETANLUMBU KETANMENAH KHAOKAPXANG KINANDANGPATONG KOMOJAMANITRA KU115 KUROKA LAMBAYQUE1 LUDAN MAHAE MAINTIMOLOTSY1226 MALAGKITPIRURUTONG MANANELATRA520 MANDRIRAVINA3512 MARAVILHA MITSANGANAHIJERY MOLOK NABESHI NEPHOAVANG NHTA10 NHTA5 NPE253 NPE826 ORYZICASABANA6 OS4 OS6 P5589-1-1-3-P PACHOLINHA PADIBOENAR PADIKASALLE PALAWAN PATEBLANCMAN1 PCT11.0.0.2.BO.1.55-1-3-1 PCT4.SA.4.1.1076-2-4-1-5 PEHPINUO POENOETHITAM PULULAPA RATHAL REKETMAUN RT1031-69 SENG SPEAKER TANDUI TREMBESE TRESMESES TSIPALA89 VARYLAVA90 VARYLAVADEBETAFO VARYMADINIKA3566 VARYMALADY VARYSOMOTRASIHANAKA WAB56-125 WAB56-50 WAB706-3-4-K4-KB-1 YANCAOUSSA YANGKUMRED YUNLU7 IR47686-09-01-B-1 IR53236-275-1 IR65261-19-1-B IR65907-206-4-B IR66421-105-1-1 IR71524-44-1-1 VIETNAM1 VIETNAM3 IR47684-05-1-B PRIMAVERA CHUAN3 CHUAN4 EARLYMUTANTIAC165
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36 Chr1 4299 . G A 100 . AC=8;AF=1.00;AN=8;BaseQRankSum=0.747;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000 GT 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1
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37 Chr1 26710 . T A 100 . AC=8;AF=1.00;AN=8;BaseQRankSum=0.747;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000 GT 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0
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