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view test_data/diploid_vs_polyploid/polyploid.vcf @ 0:e94de0ea3351 draft default tip
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| author | dereeper |
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| date | Wed, 11 Sep 2013 09:08:15 -0400 |
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##fileformat=VCFv4.0 ##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality"> ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed"> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)"> ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality"> ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> ##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic"> ##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed"> ##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed"> ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes"> ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> ##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?"> ##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions"> ##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction"> ##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with two (and only two) segregating haplotypes"> ##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality"> ##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads"> ##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth"> ##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias"> ##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[all_catura.bam] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=../NeoArabica/reajusted_reference.fa rodBind=[] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=ALLOW_UNINDEXED_BAM num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false enable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false genotype_likelihoods_model=SNP p_nonref_model=EXACT heterozygosity=0.001 pcr_error_rate=1.0E-4 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=50.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 noSLOD=false assume_single_sample_reads=null abort_at_too_much_coverage=-1 min_base_quality_score=17 min_mapping_quality_score=20 max_mismatches_in_40bp_window=3 use_reads_with_bad_mates=false max_deletion_fraction=0.05 min_indel_count_for_genotyping=5 indel_heterozygosity=1.25E-4 insertionStartProbability=0.001 insertionEndProbability=0.5 alphaDeletionProbability=0.001 indelGapContinuationPenalty=10.0 indelGapOpenPenalty=40.0 indelHaplotypeSize=80 doContextDependentGapPenalties=false indelDebug=false s1=null s2=null dovit=false newlike=false exactCalculation=LINEAR_EXPERIMENTAL output_all_callable_bases=false genotype=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub verbose_mode=null metrics_file=null annotation=[]" #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT catura 85-ref 25 . 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A G 564.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8526;MQ=35.84;MQ0=0;QD=12.83;SB=-0.01;sumGLbyD=13.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:42:99:595,0,698 85-ref 445 . C T 381.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3130;MQ=35.38;MQ0=0;QD=10.03;SB=-26.62;sumGLbyD=10.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:30:99:411,0,499 85-ref 453 . T C 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=35.23;MQ0=0;QD=33.00;SB=-29.63;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:32:96.29:1188,96,0 85-ref 501 . A G 1092.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1520;MQ=36.43;MQ0=0;QD=12.27;SB=-36.31;sumGLbyD=12.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:81:99:1122,0,1373 85-ref 513 . A G 2611.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=36.47;MQ0=0;QD=34.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:71:99:2644,214,0 85-ref 781 . T G 1561.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1245;MQ=36.65;MQ0=0;QD=17.95;SB=-0.01;sumGLbyD=18.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,53:81:99:1591,0,897 85-ref 809 . G A 1304.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9879;MQ=35.46;MQ0=0;QD=32.62;SB=-0.01;sumGLbyD=33.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:39:80.32:1338,80,0 85-ref 832 . T G 176.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.19;MQ0=0;QD=13.60;SB=-53.24;sumGLbyD=15.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:207,0,145 85-ref 838 . T C 140.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=11.69;SB=-53.24;sumGLbyD=14.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:170,0,150 85-ref 847 . G C 267.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=29.71;SB=-0.01;sumGLbyD=33.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:300,27,0 85-ref 851 . A G 55.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=6.95;SB=-0.01;sumGLbyD=10.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:85.58:86,0,130 85-ref 876 . T G 62.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-28.84;sumGLbyD=31.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0 178-ref 1706 . C A 181.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.87;MQ0=0;QD=20.12;SB=-29.50;sumGLbyD=23.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:6:18.05:214,18,0 178-ref 1749 . C T 3717.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.7410;MQ=36.57;MQ0=0;QD=28.82;SB=-147.69;sumGLbyD=28.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:102:99:3660,301,0 178-ref 1828 . G A 1619.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6630;MQ=36.78;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:43:99:1652,129,0 178-ref 1977 . A G 4743.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7463;MQ=36.16;MQ0=0;QD=35.13;SB=-29.63;sumGLbyD=35.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:127:99:4743,382,0 178-ref 1985 . G A 4000.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3549;MQ=36.16;MQ0=0;QD=32.79;SB=-29.63;sumGLbyD=32.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:109:99:4000,328,0 178-ref 2060 . A G 3374.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=35.90;SB=-71.82;sumGLbyD=35.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:89:99:3375,268,0 178-ref 2111 . A C 5434.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4529;MQ=34.97;MQ0=0;QD=35.75;SB=-690.42;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:149:99:5434,448,0 178-ref 2121 . G T 5263.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9230;MQ=35.10;MQ0=0;QD=33.74;SB=-585.43;sumGLbyD=33.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:146:99:5226,436,0 178-ref 2218 . C T 6815.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0245;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.45;SB=-0.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,181:181:99:6785,515,0 178-ref 2285 . A T 3039.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5410;MQ=36.89;MQ0=0;QD=33.03;SB=-21.67;sumGLbyD=33.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:84:99:3072,250,0 178-ref 2374 . T G 141.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5490;MQ=33.85;MQ0=0;QD=14.13;SB=3.29;sumGLbyD=17.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:8:35.20:171,0,35 178-ref 2463 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 178-ref 2471 . A G 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:53.17:74,0,53 178-ref 2477 . G A 15.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=2.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:45.02:45,0,111 178-ref 2479 . C T 15.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=2.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:45.02:45,0,111 178-ref 2497 . T C 141.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=30.91;MQ0=0;QD=15.72;SB=3.00;sumGLbyD=19.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:69.28:171,0,69 178-ref 2511 . G A 60.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=15.16;SB=-0.01;sumGLbyD=23.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:93,9,0 205-ref 31 . G C 21128.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=923;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=37.5216;MQ=36.67;MQ0=0;QD=22.89;SB=-504.45;sumGLbyD=19.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:366,554:915:99:18326,0,11117 205-ref 47 . 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C G 81.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=320;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.6105;MQ=36.40;MQ0=0;QD=0.25;SB=33.09;sumGLbyD=0.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:288,32:273:99:111,0,8406 205-ref 328 . G A 19965.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=115.2540;MQ=36.44;MQ0=0;QD=19.97;SB=-775.09;sumGLbyD=17.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:355,641:782:99:17536,0,7257 205-ref 377 . G A 26897.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=902;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.8531;MQ=36.52;MQ0=0;QD=29.82;SB=-239.82;sumGLbyD=29.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,880:760:99:26814,2243,0 205-ref 499 . C T 22888.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=100.7082;MQ=36.38;MQ0=0;QD=22.89;SB=-23.62;sumGLbyD=19.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:364,630:956:99:19805,0,10044 205-ref 534 . C A 21125.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=41.6248;MQ=36.69;MQ0=0;QD=21.13;SB=-53.24;sumGLbyD=18.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:387,611:917:99:18325,0,10366 205-ref 625 . C T 10881.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=85.1076;MQ=36.78;MQ0=0;QD=10.88;SB=-129.62;sumGLbyD=8.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:674,325:888:99:8206,0,19899 205-ref 730 . G A 15258.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.9028;MQ=34.85;MQ0=0;QD=15.26;SB=-150.68;sumGLbyD=12.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:526,469:944:99:12412,0,15704 205-ref 733 . C A 14237.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=993;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=61.0983;MQ=34.92;MQ0=0;QD=14.34;SB=-147.68;sumGLbyD=11.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:549,441:904:99:11512,0,15772 205-ref 745 . G A 10475.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=926;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=75.1791;MQ=35.33;MQ0=0;QD=11.31;SB=-196.60;sumGLbyD=8.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:478,418:742:99:7977,0,13628 205-ref 748 . C G 13418.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=99.9570;MQ=35.61;MQ0=0;QD=13.42;SB=-229.27;sumGLbyD=11.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:450,538:781:99:11001,0,12074 205-ref 839 . 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G T 598.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=522;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=50.2705;MQ=36.75;MQ0=0;QD=1.15;SB=-0.01;sumGLbyD=1.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:390,130:234:99:628,0,4755 205-ref 1103 . G C 275.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=290;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=84.3316;MQ=36.12;MQ0=0;QD=0.95;SB=80.45;sumGLbyD=1.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,96:103:99:305,0,2649 205-ref 1132 . A G 15171.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=148.2644;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.17;SB=-57.97;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:338,628:588:99:13224,0,4654 205-ref 1297 . C T 1296.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=718;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.3613;MQ=35.99;MQ0=0;QD=1.81;SB=-14.60;sumGLbyD=1.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:619,96:665:99:1326,0,18705 205-ref 1300 . A G 24304.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=706;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.8613;MQ=36.03;MQ0=0;QD=34.43;SB=-99.26;sumGLbyD=34.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,706:667:99:24300,2007,0 205-ref 1312 . C T 22779.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=662;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.8508;MQ=36.12;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=34.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,660:620:99:22736,1825,0 205-ref 1330 . C T 1128.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=607;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.1737;MQ=36.52;MQ0=0;QD=1.86;SB=-118.92;sumGLbyD=1.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:514,91:569:99:1159,0,16261 205-ref 1374 . G C 21846.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=980;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.9441;MQ=36.79;MQ0=0;QD=22.29;SB=-0.01;sumGLbyD=19.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:391,587:931:99:19020,0,10970 205-ref 1411 . A G 1809.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=48.1846;MQ=36.13;MQ0=0;QD=12.84;SB=3.00;sumGLbyD=13.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,62:137:99:1840,0,2531 205-ref 1415 . T A 478.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=47.6541;MQ=36.17;MQ0=0;QD=3.54;SB=-0.01;sumGLbyD=3.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,23:133:99:508,0,3455 205-ref 1428 . C G 258.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9340;MQ=36.22;MQ0=0;QD=6.62;SB=-0.01;sumGLbyD=7.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:37:99:288,0,907 205-ref 1431 . A G 49.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4670;MQ=36.22;MQ0=0;QD=3.81;SB=-0.01;sumGLbyD=6.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:13:79.55:80,0,230 213-ref 52 . C T 437.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.21;MQ0=0;QD=29.16;SB=-0.01;sumGLbyD=31.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:13:39.11:470,39,0 213-ref 59 . G A 553.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9279;MQ=36.17;MQ0=0;QD=9.07;SB=-0.01;sumGLbyD=9.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:60:99:583,0,1279 213-ref 177 . T G 288.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6115;MQ=35.22;MQ0=0;QD=1.61;SB=-101.55;sumGLbyD=1.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,30:168:99:318,0,4766 213-ref 180 . 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C T 320.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=29.14;SB=-0.01;sumGLbyD=32.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.08:353,30,0 312-ref 149 . C T 440.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.46;SB=-0.01;sumGLbyD=33.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.11:473,39,0 312-ref 180 . G T 192.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=21.44;SB=-0.01;sumGLbyD=24.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:8:12.92:223,0,13 312-ref 181 . T G 11.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4685;MQ=36.27;MQ0=0;QD=0.80;SB=-0.01;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,2:13:40.90:41,0,357 312-ref 228 . G A 1122.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.9941;MQ=36.01;MQ0=0;QD=15.59;SB=-26.62;sumGLbyD=16.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:72:99:1152,0,706 312-ref 247 . G A 801.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.1958;MQ=35.81;MQ0=0;QD=13.36;SB=-35.57;sumGLbyD=13.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:53:99:831,0,701 312-ref 261 . A T 182.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=7.1788;MQ=36.47;MQ0=0;QD=1.90;SB=-37.00;sumGLbyD=2.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,17:79:99:213,0,2163 312-ref 319 . G T 2461.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4418;MQ=36.50;MQ0=0;QD=12.07;SB=3.00;sumGLbyD=12.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,82:201:99:2491,0,3965 312-ref 339 . A C 4139.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=12.5266;MQ=36.18;MQ0=0;QD=33.39;SB=-29.63;sumGLbyD=33.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:114:99:4102,340,0 312-ref 352 . C A 1489.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9686;MQ=36.43;MQ0=0;QD=10.42;SB=-0.01;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,61:116:99:1520,0,2012 312-ref 379 . C G 1101.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=227;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.1254;MQ=36.73;MQ0=0;QD=4.85;SB=-0.01;sumGLbyD=4.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,54:207:99:1131,0,5343 312-ref 435 . A T 1881.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9321;MQ=35.79;MQ0=0;QD=20.23;SB=-0.01;sumGLbyD=20.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,61:87:99:1911,0,741 312-ref 441 . A G 909.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7147;MQ=34.97;MQ0=0;QD=17.84;SB=-0.01;sumGLbyD=18.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:940,0,556 312-ref 450 . T G 40.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9991;MQ=33.26;MQ0=0;QD=2.37;SB=-0.01;sumGLbyD=4.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:16:70.36:70,0,395 312-ref 451 . G C 40.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ=33.71;MQ0=0;QD=2.52;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:16:70.38:70,0,383 312-ref 466 . C T 17.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3460;MQ=34.82;MQ0=0;QD=0.94;SB=34.04;sumGLbyD=2.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:12:47.84:48,0,289 312-ref 492 . T A 129.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9144;MQ=36.01;MQ0=0;QD=4.18;SB=-53.24;sumGLbyD=5.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:26:99:160,0,648 312-ref 505 . A C 153.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3263;MQ=34.66;MQ0=0;QD=3.83;SB=-25.65;sumGLbyD=4.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,9:36:99:183,0,865 312-ref 514 . G A 93.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4063;MQ=34.66;MQ0=0;QD=2.34;SB=6.01;sumGLbyD=3.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,8:39:99:123,0,1061 312-ref 523 . C A 191.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8705;MQ=34.88;MQ0=0;QD=4.36;SB=6.00;sumGLbyD=5.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:37:99:222,0,867 312-ref 540 . G C 520.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4551;MQ=35.11;MQ0=0;QD=8.68;SB=-53.24;sumGLbyD=9.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:54:99:551,0,1047 312-ref 552 . C A 1466.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9190;MQ=35.87;MQ0=0;QD=14.81;SB=-23.68;sumGLbyD=15.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:89:99:1496,0,1288 312-ref 564 . C T 44.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2920;MQ=36.08;MQ0=0;QD=0.40;SB=3.00;sumGLbyD=0.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,11:109:74.91:75,0,3408 312-ref 611 . A G 2263.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3327;MQ=35.76;MQ0=0;QD=18.25;SB=-0.01;sumGLbyD=18.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,73:115:99:2293,0,1187 312-ref 615 . T C 2026.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9105;MQ=35.45;MQ0=0;QD=17.03;SB=-0.01;sumGLbyD=17.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,69:112:99:2056,0,1205 312-ref 638 . C G 1174.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.4752;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.70;SB=-0.01;sumGLbyD=4.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,54:206:99:1205,0,4793 312-ref 648 . T C 4385.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=63.8226;MQ=34.75;MQ0=0;QD=17.00;SB=-0.01;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,135:243:99:3626,0,3733 312-ref 663 . G C 4616.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=284;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.5205;MQ=35.00;MQ0=0;QD=16.25;SB=-0.01;sumGLbyD=13.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,134:279:99:3775,0,4739 312-ref 678 . A T 5080.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=303;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1835;MQ=35.44;MQ0=0;QD=16.77;SB=-0.01;sumGLbyD=13.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,142:294:99:4194,0,4816 312-ref 706 . G A 6361.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=272;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.7650;MQ=34.51;MQ0=0;QD=23.39;SB=-37.00;sumGLbyD=20.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,205:243:99:5629,0,1571 312-ref 730 . G T 2813.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=281;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.3205;MQ=34.48;MQ0=0;QD=10.01;SB=-0.01;sumGLbyD=10.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,117:259:99:2843,0,4715 312-ref 751 . T C 4168.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=292;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=74.8728;MQ=34.43;MQ0=0;QD=14.28;SB=-26.62;sumGLbyD=11.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,129:271:99:3351,0,4522 312-ref 758 . C G 7050.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=89.7073;MQ=34.60;MQ0=0;QD=24.65;SB=-72.97;sumGLbyD=21.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,201:275:99:6221,0,1979 312-ref 775 . G C 1779.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=307;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.6841;MQ=36.21;MQ0=0;QD=5.80;SB=3.00;sumGLbyD=5.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,77:288:99:1809,0,7068 312-ref 849 . C T 4670.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.3358;MQ=36.38;MQ0=0;QD=16.74;SB=-26.62;sumGLbyD=13.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,131:264:99:3875,0,4378 312-ref 881 . G A 913.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0328;MQ=34.99;MQ0=0;QD=6.82;SB=-26.62;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,42:119:99:944,0,2498 312-ref 894 . G A 3045.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=13.5530;MQ=34.34;MQ0=0;QD=28.73;SB=-0.01;sumGLbyD=29.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:90:99:3079,271,0 312-ref 896 . C G 371.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.0554;MQ=34.32;MQ0=0;QD=3.54;SB=-0.01;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,23:93:99:402,0,2227 312-ref 908 . C T 343.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7510;MQ=35.27;MQ0=0;QD=3.40;SB=-53.24;sumGLbyD=3.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,20:89:99:373,0,2327 312-ref 972 . G A 482.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.5997;MQ=36.13;MQ0=0;QD=6.90;SB=-0.01;sumGLbyD=7.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,21:64:99:513,0,1459 312-ref 977 . 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A G 1302.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2482;MQ=35.09;MQ0=0;QD=5.62;SB=-0.01;sumGLbyD=5.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,64:223:99:1333,0,5239 312-ref 1083 . G T 3044.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0337;MQ=35.47;MQ0=0;QD=18.12;SB=3.00;sumGLbyD=18.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,106:157:99:3074,0,1537 312-ref 1128 . C T 710.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.5790;MQ=34.13;MQ0=0;QD=5.73;SB=6.01;sumGLbyD=5.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,34:112:99:740,0,2590 312-ref 1131 . C T 1457.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.4276;MQ=34.08;MQ0=0;QD=11.95;SB=-23.61;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:110:99:1488,0,1698 312-ref 1137 . C T 489.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.2914;MQ=33.90;MQ0=0;QD=3.52;SB=3.00;sumGLbyD=3.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,31:121:99:520,0,2902 312-ref 1149 . T C 2010.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.5416;MQ=33.98;MQ0=0;QD=12.89;SB=-26.62;sumGLbyD=13.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,77:147:99:2041,0,2268 312-ref 1191 . C T 825.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9241;MQ=34.11;MQ0=0;QD=8.78;SB=-23.61;sumGLbyD=9.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:89:99:855,0,1777 312-ref 1194 . A G 747.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9268;MQ=33.91;MQ0=0;QD=8.80;SB=-23.62;sumGLbyD=9.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,31:84:99:778,0,1700 312-ref 1210 . G A 38.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.8094;MQ=35.22;MQ0=0;QD=0.75;SB=-0.01;sumGLbyD=1.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,7:46:68.98:69,0,1324 312-ref 1212 . A G 184.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2251;MQ=34.62;MQ0=0;QD=3.84;SB=-0.01;sumGLbyD=4.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,11:44:99:214,0,1045 312-ref 1221 . 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A C 1068.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.0041;MQ=33.11;MQ0=0;QD=9.80;SB=-0.01;sumGLbyD=10.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,45:100:99:1098,0,1804 312-ref 1334 . G A 2021.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.5349;MQ=33.14;MQ0=0;QD=18.38;SB=-0.01;sumGLbyD=18.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,74:102:99:2052,0,917 312-ref 1376 . A C 671.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.2032;MQ=35.94;MQ0=0;QD=7.72;SB=-0.01;sumGLbyD=8.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,29:83:99:702,0,1830 312-ref 1411 . T C 215.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8853;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.59;SB=-0.01;sumGLbyD=4.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,13:52:99:245,0,1283 312-ref 1416 . G A 66.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7705;MQ=34.86;MQ0=0;QD=1.06;SB=-25.65;sumGLbyD=1.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,8:53:96.63:97,0,1488 312-ref 1419 . 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T C 1102.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7791;MQ=20.00;MQ0=0;QD=23.97;SB=-345.59;sumGLbyD=24.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1135,138,0 324-ref 97 . T G 170.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.3221;MQ=36.82;MQ0=0;QD=0.99;SB=-0.01;sumGLbyD=1.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,20:161:99:201,0,4877 324-ref 154 . C T 9356.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=487;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=22.2786;MQ=36.81;MQ0=0;QD=19.21;SB=-23.62;sumGLbyD=16.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:234,253:472:99:7935,0,7028 324-ref 325 . G T 10641.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.9886;MQ=36.54;MQ0=0;QD=34.78;SB=-29.63;sumGLbyD=34.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,301:284:99:10611,825,0 324-ref 889 . C T 2392.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.2811;MQ=36.78;MQ0=0;QD=12.66;SB=-0.01;sumGLbyD=12.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,88:167:99:2423,0,2878 324-ref 1470 . G A 2868.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=48.8828;MQ=36.79;MQ0=0;QD=11.90;SB=-105.11;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,100:225:99:2898,0,4130 324-ref 1564 . G C 11375.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0799;MQ=36.94;MQ0=0;QD=36.58;SB=-226.91;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,310:298:99:11374,897,0 324-ref 1672 . G A 688.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9939;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.34;SB=-0.01;sumGLbyD=14.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:46:99:718,0,798 360-ref 50 . A G 6802.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3460;MQ=34.48;MQ0=0;QD=34.35;SB=-36.99;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,195:189:99:6801,569,0 360-ref 65 . G A 8004.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=9.7039;MQ=34.85;MQ0=0;QD=33.92;SB=-0.01;sumGLbyD=33.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,233:222:99:8003,668,0 360-ref 92 . G T 163.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.8898;MQ=36.47;MQ0=0;QD=0.84;SB=-32.25;sumGLbyD=1.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,21:181:99:194,0,5405 360-ref 115 . C G 8013.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=298;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.9406;MQ=36.54;MQ0=0;QD=26.89;SB=-23.61;sumGLbyD=24.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,249:255:99:7186,0,488 360-ref 134 . G C 1356.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=322;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9894;MQ=36.47;MQ0=0;QD=4.21;SB=3.00;sumGLbyD=4.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:256,65:308:99:1387,0,8128 360-ref 178 . C T 6860.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.4384;MQ=36.48;MQ0=0;QD=34.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,187:193:99:6474,292,0 360-ref 236 . T G 88.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5595;MQ=34.62;MQ0=0;QD=1.24;SB=37.87;sumGLbyD=1.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,11:70:99:118,0,1859 360-ref 239 . G C 11.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8001;MQ=34.92;MQ0=0;QD=0.18;SB=61.52;sumGLbyD=0.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,8:65:41.46:41,0,1891 360-ref 257 . T A 108.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5487;MQ=35.36;MQ0=0;QD=3.30;SB=-47.14;sumGLbyD=4.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:30:99:139,0,672 360-ref 258 . T G 70.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5531;MQ=35.89;MQ0=0;QD=2.34;SB=15.04;sumGLbyD=3.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:25:99:100,0,616 360-ref 313 . C T 39.03 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.0108;MQ=36.14;MQ0=0;QD=0.40;SB=9.01;sumGLbyD=0.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,15:82:69.02:69,0,2415 360-ref 315 . C T 1363.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.6916;MQ=36.46;MQ0=0;QD=8.74;SB=-73.36;sumGLbyD=8.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,66:120:99:1393,0,2211 360-ref 336 . C G 817.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.7600;MQ=36.49;MQ0=0;QD=3.16;SB=3.00;sumGLbyD=3.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,45:239:99:848,0,6645 360-ref 364 . T C 8904.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=325;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7650;MQ=35.12;MQ0=0;QD=27.40;SB=-0.01;sumGLbyD=24.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,247:321:99:7937,0,1904 360-ref 404 . G A 487.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9962;MQ=31.20;MQ0=0;QD=5.88;SB=-36.31;sumGLbyD=6.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,22:79:99:518,0,1510 360-ref 405 . G A 1510.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9910;MQ=31.93;MQ0=0;QD=15.73;SB=6.01;sumGLbyD=16.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,60:89:99:1541,0,799 360-ref 406 . A T 1184.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8566;MQ=33.08;MQ0=0;QD=9.71;SB=6.00;sumGLbyD=9.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:98:99:1214,0,1407 360-ref 407 . 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G A 2787.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=7.4676;MQ=33.40;MQ0=0;QD=28.73;SB=-29.63;sumGLbyD=29.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:87:99:2820,152,0 463-ref 20 . A G 972.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9364;MQ=33.59;MQ0=0;QD=9.26;SB=-50.23;sumGLbyD=9.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:95:99:1002,0,1682 463-ref 38 . A C 5529.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.3411;MQ=35.26;MQ0=0;QD=16.36;SB=-31.35;sumGLbyD=13.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,179:294:99:4643,0,4176 463-ref 75 . C T 25102.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=746;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.7137;MQ=35.93;MQ0=0;QD=33.65;SB=-242.51;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,733:695:99:24716,1846,0 463-ref 87 . A T 15118.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=85.9494;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.12;SB=-329.16;sumGLbyD=12.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:560,435:920:99:12327,0,17136 463-ref 1257 . C A 15384.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=919;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.7933;MQ=36.64;MQ0=0;QD=16.74;SB=-69.92;sumGLbyD=13.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:493,422:884:99:12635,0,14997 463-ref 1265 . C T 14973.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=904;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.7313;MQ=36.59;MQ0=0;QD=16.56;SB=-69.90;sumGLbyD=13.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:489,412:858:99:12352,0,14883 463-ref 1354 . G A 8971.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=56.0059;MQ=36.89;MQ0=0;QD=8.97;SB=-99.34;sumGLbyD=6.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:739,248:913:99:6129,0,22428 463-ref 1636 . C G 11.11 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9610;MQ=33.41;MQ0=0;QD=0.69;SB=-8.58;sumGLbyD=2.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:40.75:41,0,418 463-ref 1640 . T C 349.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.9459;MQ=28.00;MQ0=0;QD=11.65;SB=36.75;sumGLbyD=12.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:23:99:380,0,226 463-ref 1661 . A T 173.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.57;MQ0=0;QD=15.81;SB=-0.01;sumGLbyD=18.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:60.61:204,0,61 463-ref 1872 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 493-ref 38 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 493-ref 246 . G A 974.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=31.7158;MQ=36.31;MQ0=0;QD=5.08;SB=5.98;sumGLbyD=5.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,46:167:99:1005,0,3845 493-ref 251 . A C 101.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=98.4041;MQ=36.33;MQ0=0;QD=0.48;SB=6.01;sumGLbyD=0.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,21:160:99:131,0,4468 493-ref 363 . 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C T 458.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=244;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2094;MQ=35.44;MQ0=0;QD=1.88;SB=-0.01;sumGLbyD=2.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,48:211:99:488,0,5966 710-ref 987 . A T 1142.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1438;MQ=35.60;MQ0=0;QD=4.21;SB=-0.01;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,65:255:99:1172,0,6684 710-ref 1020 . T C 2788.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.2839;MQ=36.23;MQ0=0;QD=13.22;SB=-0.01;sumGLbyD=13.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,99:185:99:2819,0,2809 710-ref 1041 . T A 6033.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=386;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.2538;MQ=36.55;MQ0=0;QD=15.63;SB=-29.24;sumGLbyD=13.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,182:335:99:5024,0,5238 710-ref 1078 . G T 6743.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=387;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6951;MQ=36.77;MQ0=0;QD=17.42;SB=-26.62;sumGLbyD=14.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,186:376:99:5610,0,6468 710-ref 1128 . 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A G 12523.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=346;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.2077;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.20;SB=-70.11;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,342:332:99:12454,966,0 789-ref 630 . G A 4109.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.0934;MQ=36.81;MQ0=0;QD=15.16;SB=-99.59;sumGLbyD=12.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,115:257:99:3335,0,4916 789-ref 682 . A G 16475.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=484;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.6794;MQ=36.60;MQ0=0;QD=34.04;SB=-0.01;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,481:444:99:16473,1336,0 789-ref 723 . C T 20086.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=573;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.6332;MQ=36.58;MQ0=0;QD=35.06;SB=-29.63;sumGLbyD=34.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,569:540:99:20004,1545,0 789-ref 760 . C T 9484.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=494;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.0016;MQ=36.43;MQ0=0;QD=19.20;SB=9.01;sumGLbyD=16.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,273:468:99:8047,0,6559 789-ref 796 . A G 10973.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=725;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=46.3934;MQ=36.64;MQ0=0;QD=15.14;SB=-37.00;sumGLbyD=12.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:404,314:661:99:8982,0,11501 789-ref 806 . A G 14171.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=736;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.3321;MQ=36.64;MQ0=0;QD=19.26;SB=6.01;sumGLbyD=16.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:336,400:698:99:12069,0,10005 789-ref 847 . A T 25968.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=775;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.0782;MQ=36.79;MQ0=0;QD=33.51;SB=-37.80;sumGLbyD=33.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,766:711:99:25780,1992,0 789-ref 902 . T A 13479.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=852;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.6994;MQ=36.86;MQ0=0;QD=15.82;SB=-23.64;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:479,372:787:99:11071,0,13491 789-ref 997 . C T 13456.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=822;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.6206;MQ=36.13;MQ0=0;QD=16.37;SB=-0.01;sumGLbyD=13.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:437,385:781:99:11103,0,13084 789-ref 1004 . 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A G 11452.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.9693;MQ=34.79;MQ0=0;QD=33.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,335:316:99:11395,945,0 789-ref 1374 . G T 1869.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=23.85;MQ0=0;QD=12.22;SB=3.00;sumGLbyD=12.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,84:148:99:1899,0,1351 789-ref 1464 . T C 49.05 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.74;MQ0=0;QD=0.56;SB=69.22;sumGLbyD=0.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,9:87:79.05:79,0,2658 789-ref 1686 . A G 2169.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5888;MQ=36.81;MQ0=0;QD=13.47;SB=-26.62;sumGLbyD=13.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,75:153:99:2199,0,2719 789-ref 1730 . G A 518.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8628;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.65;SB=-0.01;sumGLbyD=14.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:549,0,620 789-ref 1732 . 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G T 23.25 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.9102;MQ=36.81;MQ0=0;QD=0.45;SB=6.01;sumGLbyD=1.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,6:50:53.23:53,0,1532 845-ref 594 . G T 40.13 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9940;MQ=35.98;MQ0=0;QD=4.01;SB=-0.01;sumGLbyD=7.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:70.12:70,0,223 845-ref 595 . T A 37.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9940;MQ=35.98;MQ0=0;QD=3.72;SB=-0.01;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:67.22:67,0,220 845-ref 757 . G A 63.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=12.78;SB=-0.01;sumGLbyD=18.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.76:94,0,63 845-ref 769 . A G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=15.52;SB=-0.01;sumGLbyD=22.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:5:9.03:110,9,0 845-ref 789 . C T 392.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8660;MQ=36.52;MQ0=0;QD=18.70;SB=-0.01;sumGLbyD=20.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,16:18:99:423,0,134 845-ref 915 . G T 8835.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=611;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.2328;MQ=36.80;MQ0=0;QD=14.46;SB=-26.62;sumGLbyD=11.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:367,241:580:99:7088,0,11455 845-ref 957 . A C 330.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5396;MQ=36.95;MQ0=0;QD=1.57;SB=3.00;sumGLbyD=1.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,24:197:99:361,0,6134 845-ref 969 . C G 6123.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1141;MQ=36.60;MQ0=0;QD=34.99;SB=-59.25;sumGLbyD=34.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,173:163:99:6123,490,0 845-ref 1028 . C A 419.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.3371;MQ=36.39;MQ0=0;QD=4.19;SB=-0.01;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,22:91:99:449,0,2271 845-ref 1030 . A T 458.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=41.7434;MQ=36.43;MQ0=0;QD=4.32;SB=-0.01;sumGLbyD=4.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,24:90:99:488,0,2183 845-ref 1080 . G A 221.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8894;MQ=36.71;MQ0=0;QD=1.57;SB=-0.01;sumGLbyD=1.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,17:130:99:251,0,3967 845-ref 1117 . G A 2508.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.41;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:68:99:2541,205,0 958-ref 55 . A T 29.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.97;SB=-20.61;sumGLbyD=19.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:60,0,31 958-ref 71 . C T 20.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.49;SB=3.00;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:50.89:51,0,125 958-ref 100 . A G 62.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9556;MQ=32.41;MQ0=0;QD=4.48;SB=-33.99;sumGLbyD=6.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:12:92.78:93,0,258 958-ref 103 . A C 16.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9556;MQ=32.41;MQ0=0;QD=1.20;SB=3.00;sumGLbyD=3.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:46.76:47,0,342 958-ref 105 . C A 351.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9552;MQ=32.30;MQ0=0;QD=21.96;SB=12.92;sumGLbyD=23.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:16:24.52:381,0,25 958-ref 130 . A G 2906.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2357;MQ=36.01;MQ0=0;QD=35.45;SB=-29.63;sumGLbyD=35.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:79:99:2940,208,0 958-ref 207 . G A 4988.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=374;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.4787;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.34;SB=3.00;sumGLbyD=10.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,145:345:99:3949,0,6542 958-ref 240 . A G 5595.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.4312;MQ=36.83;MQ0=0;QD=23.31;SB=-28.55;sumGLbyD=20.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,160:208:99:4969,0,1693 958-ref 315 . T C 3188.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.1491;MQ=36.24;MQ0=0;QD=14.36;SB=-0.01;sumGLbyD=14.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,120:181:99:3219,0,2088 958-ref 353 . C T 3537.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6642;MQ=36.33;MQ0=0;QD=37.23;SB=-64.70;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:92:99:3537,277,0 958-ref 361 . C A 69.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8423;MQ=36.19;MQ0=0;QD=0.64;SB=-0.01;sumGLbyD=0.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,11:103:99:100,0,3160 958-ref 629 . C T 15746.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=447;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3817;MQ=36.18;MQ0=0;QD=35.23;SB=-32.51;sumGLbyD=35.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,442:425:99:15744,1279,0 958-ref 639 . C T 14832.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=437;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4678;MQ=36.07;MQ0=0;QD=33.94;SB=-55.31;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,435:406:99:14830,1221,0 958-ref 692 . C T 9566.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=573;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.6246;MQ=36.72;MQ0=0;QD=16.70;SB=-37.00;sumGLbyD=13.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:293,275:532:99:7963,0,8261 958-ref 792 . A G 6256.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=743;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.0430;MQ=36.85;MQ0=0;QD=8.42;SB=3.00;sumGLbyD=5.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:569,172:678:99:4213,0,16903 958-ref 959 . C T 36.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6644;MQ=35.21;MQ0=0;QD=1.58;SB=-24.42;sumGLbyD=2.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:23:66.37:66,0,631 1012-ref 35 . G A 3793.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6803;MQ=31.56;MQ0=0;QD=21.55;SB=-466.47;sumGLbyD=18.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,114:173:99:3271,0,1579 1012-ref 36 . C G 3201.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=186;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.5469;MQ=31.21;MQ0=0;QD=17.21;SB=-408.62;sumGLbyD=17.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,116:179:99:3232,0,1672 1012-ref 59 . A G 219.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.4194;MQ=31.00;MQ0=0;QD=1.22;SB=54.06;sumGLbyD=1.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,27:173:99:250,0,4241 1012-ref 74 . G A 3036.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.01;HRun=3;HaplotypeScore=18.2408;MQ=29.83;MQ0=0;QD=21.09;SB=-425.11;sumGLbyD=21.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,113:137:99:3067,0,442 1012-ref 85 . A C 196.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.5945;MQ=28.40;MQ0=0;QD=1.89;SB=18.01;sumGLbyD=2.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,17:96:99:227,0,2160 1012-ref 92 . C G 1267.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=24.77;MQ0=0;QD=19.50;SB=-112.94;sumGLbyD=19.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,54:63:99:1298,0,151 1012-ref 94 . C T 49.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=24.25;MQ0=0;QD=0.78;SB=12.01;sumGLbyD=1.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,9:61:79.43:79,0,1301 1012-ref 95 . A G 29.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4025;MQ=24.17;MQ0=0;QD=0.47;SB=12.01;sumGLbyD=0.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,8:60:59.76:60,0,1269 1012-ref 208 . C A 5634.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.8978;MQ=36.01;MQ0=0;QD=35.89;SB=-450.23;sumGLbyD=35.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,154:153:99:5554,417,0 1012-ref 214 . G A 4528.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9303;MQ=35.52;MQ0=0;QD=34.05;SB=-480.82;sumGLbyD=31.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,123:130:74.05:4210,74,0 1012-ref 253 . C A 6966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6643;MQ=35.69;MQ0=0;QD=30.29;SB=-399.27;sumGLbyD=27.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,210:211:55:6386,55,0 1012-ref 274 . 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A T 3762.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1587;MQ=35.22;MQ0=0;QD=24.75;SB=-526.33;sumGLbyD=22.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,115:125:99:3386,0,369 1012-ref 363 . G A 236.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8144;MQ=35.32;MQ0=0;QD=1.82;SB=-111.11;sumGLbyD=2.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,23:121:99:266,0,3313 1012-ref 365 . A T 283.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2501;MQ=35.43;MQ0=0;QD=2.04;SB=-123.58;sumGLbyD=2.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,23:119:99:313,0,3153 1012-ref 401 . A G 1086.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0196;MQ=36.20;MQ0=0;QD=6.17;SB=-86.29;sumGLbyD=6.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,48:163:99:1116,0,3878 1012-ref 475 . A G 947.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8033;MQ=36.05;MQ0=0;QD=22.03;SB=-0.01;sumGLbyD=22.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:30:34.93:980,35,0 1012-ref 544 . T C 4996.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.0764;MQ=36.53;MQ0=0;QD=36.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:132:99:4971,372,0 1012-ref 562 . G A 6423.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.3706;MQ=36.60;MQ0=0;QD=36.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,171:171:99:6383,475,0 1012-ref 732 . G T 3128.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.4943;MQ=36.83;MQ0=0;QD=13.15;SB=-0.01;sumGLbyD=13.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,109:226:99:3159,0,3852 1012-ref 771 . G A 3191.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.0400;MQ=35.06;MQ0=0;QD=27.28;SB=3.00;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,102:115:99:3222,0,186 1012-ref 776 . T C 116.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0496;MQ=35.12;MQ0=0;QD=1.06;SB=3.00;sumGLbyD=1.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,13:97:99:147,0,2681 1012-ref 778 . C G 74.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0496;MQ=35.11;MQ0=0;QD=0.68;SB=3.00;sumGLbyD=0.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,11:102:99:104,0,2992 1012-ref 799 . C T 3185.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.56;MQ0=0;QD=32.50;SB=-0.01;sumGLbyD=32.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:92:99:3218,277,0 1012-ref 811 . C T 2583.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:73:99:2616,220,0 1012-ref 850 . A G 834.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.78;SB=-0.01;sumGLbyD=36.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.20:868,72,0 1012-ref 875 . A G 685.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:719,57,0 1012-ref 905 . G A 339.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.92;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:372,30,0 1012-ref 984 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 1012-ref 985 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 1012-ref 1251 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 1012-ref 1275 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 1015-ref 27 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 1015-ref 48 . G A 181.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=12.2971;MQ=33.85;MQ0=0;QD=3.62;SB=3.00;sumGLbyD=4.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:48:99:211,0,1219 1015-ref 53 . G T 254.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8635;MQ=33.96;MQ0=0;QD=4.10;SB=-23.62;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,16:55:99:284,0,1272 1015-ref 71 . A G 8650.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=29.1419;MQ=35.70;MQ0=0;QD=34.06;SB=-66.61;sumGLbyD=32.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,241:239:99:8208,504,0 1015-ref 89 . G T 7313.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=755;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=70.1393;MQ=36.54;MQ0=0;QD=9.69;SB=-71.21;sumGLbyD=6.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:512,241:705:99:5113,0,15770 1015-ref 287 . C T 9252.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=602;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.5564;MQ=36.51;MQ0=0;QD=15.37;SB=6.01;sumGLbyD=12.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:348,252:581:99:7479,0,11013 1015-ref 305 . C T 31330.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=909;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.5399;MQ=36.22;MQ0=0;QD=34.47;SB=-40.01;sumGLbyD=34.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,901:841:99:31109,2339,0 1015-ref 356 . T C 28364.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=824;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9008;MQ=35.45;MQ0=0;QD=34.42;SB=-29.63;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,821:788:99:28281,2292,0 1015-ref 369 . C T 23198.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=734;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.8950;MQ=34.43;MQ0=0;QD=31.61;SB=-29.63;sumGLbyD=31.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,724:659:99:23076,1865,0 1015-ref 399 . A G 11877.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=371;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.3549;MQ=32.90;MQ0=0;QD=32.01;SB=-40.01;sumGLbyD=31.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,368:347:99:11794,964,0 1015-ref 411 . T C 10598.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=309;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5146;MQ=32.68;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=34.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,309:303:99:10596,911,0 1015-ref 442 . C T 6935.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3716;MQ=35.82;MQ0=0;QD=36.31;SB=-86.91;sumGLbyD=35.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,184:187:99:6767,475,0 1015-ref 457 . T C 1202.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.6142;MQ=36.71;MQ0=0;QD=8.59;SB=-53.24;sumGLbyD=8.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,50:127:99:1232,0,2741 1015-ref 533 . T G 1136.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9935;MQ=35.54;MQ0=0;QD=22.72;SB=-37.00;sumGLbyD=23.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,36:50:99:1166,0,344 1015-ref 538 . G A 604.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=10.9965;MQ=34.32;MQ0=0;QD=30.24;SB=-40.00;sumGLbyD=31.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:19:27.54:638,28,0 1066-ref 151 . G A 793.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=36.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:827,66,0 1066-ref 169 . C T 17.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9996;MQ=35.91;MQ0=0;QD=0.63;SB=-0.01;sumGLbyD=1.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,4:27:47.64:48,0,793 1066-ref 170 . T C 14.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=35.91;MQ0=0;QD=0.53;SB=-0.01;sumGLbyD=1.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,4:28:44.65:45,0,815 1066-ref 207 . A G 188.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.94;MQ0=0;QD=6.50;SB=-0.01;sumGLbyD=7.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:24:99:219,0,491 1066-ref 267 . T A 1211.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1717;MQ=31.81;MQ0=0;QD=16.15;SB=-0.01;sumGLbyD=16.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,50:71:99:1241,0,677 1066-ref 271 . 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A G 11.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.86;SB=-0.01;sumGLbyD=3.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:40.90:41,0,372 1108-ref 52 . T C 1566.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2344;MQ=34.78;MQ0=0;QD=15.99;SB=2.98;sumGLbyD=16.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,70:75:99:1597,0,567 1108-ref 57 . C T 496.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8604;MQ=35.18;MQ0=0;QD=4.17;SB=-26.62;sumGLbyD=4.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,29:98:99:526,0,2398 1108-ref 62 . T C 470.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8714;MQ=35.25;MQ0=0;QD=3.48;SB=-26.62;sumGLbyD=3.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,27:120:99:500,0,3078 1108-ref 78 . T A 631.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3930;MQ=35.52;MQ0=0;QD=4.13;SB=-0.01;sumGLbyD=4.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,37:138:99:661,0,3589 1108-ref 79 . G A 696.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3089;MQ=35.63;MQ0=0;QD=4.22;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,37:155:99:726,0,3996 1108-ref 188 . G A 2465.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1151;MQ=36.83;MQ0=0;QD=10.27;SB=3.00;sumGLbyD=10.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,97:220:99:2495,0,4293 1108-ref 234 . A G 2735.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2209;MQ=36.90;MQ0=0;QD=12.72;SB=-0.01;sumGLbyD=12.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,99:197:99:2766,0,3479 1108-ref 296 . G A 1975.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6181;MQ=36.76;MQ0=0;QD=11.97;SB=-0.01;sumGLbyD=12.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,67:153:99:2006,0,2763 1108-ref 304 . C T 1797.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3450;MQ=36.72;MQ0=0;QD=12.66;SB=-0.01;sumGLbyD=12.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,60:130:99:1828,0,2186 1108-ref 405 . A C 1182.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0769;MQ=36.00;MQ0=0;QD=7.73;SB=3.00;sumGLbyD=7.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,47:144:99:1213,0,3114 1108-ref 409 . C T 1193.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6203;MQ=36.01;MQ0=0;QD=7.75;SB=2.99;sumGLbyD=7.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,47:147:99:1224,0,3335 1108-ref 410 . A G 1163.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=9.6205;MQ=36.01;MQ0=0;QD=7.55;SB=3.00;sumGLbyD=7.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,47:146:99:1193,0,3314 1108-ref 471 . T C 4913.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7200;MQ=36.85;MQ0=0;QD=35.87;SB=-0.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:131:99:4913,394,0 1108-ref 557 . C T 1367.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0953;MQ=36.68;MQ0=0;QD=10.69;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,51:118:99:1398,0,2312 1108-ref 581 . T C 2025.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.4386;MQ=36.65;MQ0=0;QD=14.07;SB=-0.01;sumGLbyD=14.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,68:136:99:2056,0,2246 1108-ref 781 . G T 2649.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=190;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4638;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.95;SB=-23.61;sumGLbyD=14.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,90:178:99:2680,0,2943 1108-ref 839 . G T 1275.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1884;MQ=35.63;MQ0=0;QD=8.45;SB=-67.43;sumGLbyD=8.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,51:144:99:1306,0,3075 1108-ref 854 . T C 374.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8527;MQ=35.83;MQ0=0;QD=2.05;SB=-21.66;sumGLbyD=2.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,29:174:99:404,0,4810 1108-ref 860 . G A 255.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6792;MQ=35.68;MQ0=0;QD=1.43;SB=6.01;sumGLbyD=1.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,26:176:99:285,0,5210 1108-ref 868 . A T 178.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.6852;MQ=35.80;MQ0=0;QD=1.17;SB=3.00;sumGLbyD=1.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,21:147:99:209,0,4156 1119-ref 25 . C G 35.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.85;SB=-26.23;sumGLbyD=21.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:66,0,30 1119-ref 53 . T C 27.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9944;MQ=36.27;MQ0=0;QD=1.94;SB=3.51;sumGLbyD=4.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:57.14:57,0,360 1119-ref 112 . A G 46.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=3.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:13:76.44:76,0,345 1119-ref 189 . G A 4339.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5853;MQ=36.27;MQ0=0;QD=26.14;SB=-23.62;sumGLbyD=23.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,120:161:99:3832,0,1113 1119-ref 195 . T G 3968.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1280;MQ=36.22;MQ0=0;QD=25.28;SB=-26.62;sumGLbyD=22.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,115:147:99:3526,0,1041 1119-ref 234 . G A 1999.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5554;MQ=36.37;MQ0=0;QD=20.62;SB=-0.01;sumGLbyD=20.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,66:89:99:2030,0,748 1119-ref 395 . A C 54.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8743;MQ=35.43;MQ0=0;QD=0.92;SB=-0.01;sumGLbyD=1.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,9:56:84.30:84,0,1556 1119-ref 397 . C T 49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.7225;MQ=35.68;MQ0=0;QD=0.70;SB=6.01;sumGLbyD=1.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,9:62:78.99:79,0,1669 1119-ref 398 . C G 964.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.4759;MQ=35.75;MQ0=0;QD=11.76;SB=-68.56;sumGLbyD=12.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:67:99:994,0,1027 1119-ref 431 . G C 5552.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1613;MQ=36.75;MQ0=0;QD=23.33;SB=-0.01;sumGLbyD=20.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,153:225:99:4874,0,2288 1119-ref 515 . C A 11887.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=767;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.9730;MQ=36.86;MQ0=0;QD=15.50;SB=9.02;sumGLbyD=12.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:428,337:723:99:9709,0,13148 1119-ref 623 . C A 13144.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=844;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.3120;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.57;SB=-74.34;sumGLbyD=12.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:468,371:762:99:10790,0,13281 1119-ref 677 . C T 11157.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=603;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.4091;MQ=36.82;MQ0=0;QD=18.50;SB=-26.62;sumGLbyD=15.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:294,306:571:99:9374,0,8735 1119-ref 1005 . T A 6280.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=460;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.4493;MQ=36.89;MQ0=0;QD=13.65;SB=-26.62;sumGLbyD=11.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:240,214:382:99:5108,0,5439 1119-ref 1127 . A G 1418.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1021;MQ=36.85;MQ0=0;QD=10.35;SB=3.00;sumGLbyD=10.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,51:128:99:1448,0,2674 1119-ref 1595 . A C 2307.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.3504;MQ=36.86;MQ0=0;QD=15.59;SB=-0.01;sumGLbyD=15.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,77:141:99:2338,0,2179 1119-ref 1668 . A G 3129 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6690;MQ=36.72;MQ0=0;QD=17.19;SB=5.98;sumGLbyD=17.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,109:163:99:3159,0,1924 1119-ref 1726 . T C 2749.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=186;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.3740;MQ=36.12;MQ0=0;QD=14.78;SB=-19.69;sumGLbyD=14.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,96:170:99:2779,0,2458 1119-ref 2026 . T G 350.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.2392;MQ=36.74;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=1.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,34:158:99:380,0,4313 1119-ref 2426 . 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T C 223.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9329;MQ=34.83;MQ0=0;QD=3.61;SB=3.00;sumGLbyD=4.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,14:61:99:254,0,1564 1119-ref 2727 . C A 165.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.08;MQ0=0;QD=3.85;SB=3.00;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,12:41:99:196,0,1044 1119-ref 2735 . C T 1097.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.71;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.23:1130,96,0 1119-ref 2816 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 1154-ref 148 . A G 23.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7219;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.52;SB=-0.01;sumGLbyD=1.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,5:44:53.38:53,0,1348 1154-ref 222 . C T 214.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2141;MQ=36.69;MQ0=0;QD=3.30;SB=-0.01;sumGLbyD=3.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,12:51:99:245,0,1309 1154-ref 225 . A G 89.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.0168;MQ=36.71;MQ0=0;QD=1.29;SB=-0.01;sumGLbyD=1.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,8:58:99:119,0,1714 1154-ref 252 . A G 172.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2824;MQ=36.75;MQ0=0;QD=2.15;SB=-26.62;sumGLbyD=2.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,12:74:99:202,0,2092 1154-ref 385 . C T 11.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.86;SB=-0.01;sumGLbyD=3.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:40.89:41,0,385 1154-ref 398 . G A 10.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.82;SB=-0.01;sumGLbyD=3.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:40.19:40,0,390 1154-ref 429 . T C 74.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.86;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0 1154-ref 510 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.3075;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:1:1.76:40,3,0 1154-ref 568 . T C 72.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.22;SB=-0.01;sumGLbyD=35.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:105,9,0 1154-ref 747 . A T 395.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:429,33,0 1154-ref 787 . A G 217.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=21.77;SB=-0.01;sumGLbyD=24.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:47.72:248,0,48 1154-ref 800 . C T 124.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9994;MQ=34.01;MQ0=0;QD=17.80;SB=-0.01;sumGLbyD=22.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.95:155,0,59 1154-ref 801 . T C 34.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=2.9994;MQ=33.02;MQ0=0;QD=4.35;SB=-0.01;sumGLbyD=8.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:64.80:65,0,175 1154-ref 802 . T A 31.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9989;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.53;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:61.79:62,0,198 1154-ref 810 . A G 74.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9973;MQ=34.39;MQ0=0;QD=4.63;SB=-0.01;sumGLbyD=6.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:15:99:104,0,337 1154-ref 839 . T C 151.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=33.91;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:16:99:182,0,291 1154-ref 857 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.26;MQ0=0;QD=25.82;SB=-0.01;sumGLbyD=27.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:17:28.88:469,0,29 1154-ref 861 . T G 452.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=28.28;SB=-0.01;sumGLbyD=30.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:8.12:484,8,0 1154-ref 878 . T A 409.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.22;MQ0=0;QD=29.25;SB=-0.01;sumGLbyD=31.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.09:443,39,0 1154-ref 899 . T C 185.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ=35.28;MQ0=0;QD=15.45;SB=-0.01;sumGLbyD=17.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:215,0,134 1154-ref 902 . C G 14.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9997;MQ=36.15;MQ0=0;QD=1.17;SB=-0.01;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:43.90:44,0,336 1154-ref 977 . A G 213.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.07;MQ0=0;QD=19.39;SB=-0.01;sumGLbyD=22.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:10:88.49:243,0,88 1154-ref 1019 . C T 569.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.15:602,48,0 1154-ref 1063 . G C 756.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=32.91;SB=-0.01;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:29.21:790,29,0 1154-ref 1111 . C A 595.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.85;MQ0=0;QD=28.35;SB=-0.01;sumGLbyD=29.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:19:57.14:628,57,0 1154-ref 1120 . A C 15.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9648;MQ=32.11;MQ0=0;QD=0.72;SB=-0.01;sumGLbyD=2.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,3:12:45.73:46,0,282 1154-ref 1131 . T C 201.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.19;MQ0=0;QD=15.49;SB=-0.01;sumGLbyD=17.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:231,0,106 1154-ref 1137 . G T 210.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3457;MQ=32.49;MQ0=0;QD=11.06;SB=-0.01;sumGLbyD=12.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:12:78.05:240,0,78 1154-ref 1138 . G C 248.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9213;MQ=32.73;MQ0=0;QD=12.40;SB=-0.01;sumGLbyD=13.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:12:37.84:278,0,38 1154-ref 1215 . G A 44.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.73;MQ0=0;QD=1.21;SB=-0.01;sumGLbyD=2.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,5:37:74.59:75,0,1103 1154-ref 1297 . C G 720.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.02;SB=-0.01;sumGLbyD=25.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,22:30:99:751,0,212 1154-ref 1319 . A G 17.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.93;SB=-0.01;sumGLbyD=5.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:47.27:47,0,248 1154-ref 1349 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 1154-ref 1422 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 1154-ref 1433 . G C 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 1154-ref 1436 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 1286-ref 44 . 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A G 3132.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=12.2156;MQ=34.92;MQ0=0;QD=21.02;SB=-26.62;sumGLbyD=21.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,110:136:99:3163,0,774 1286-ref 225 . A T 5942.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.0276;MQ=34.27;MQ0=0;QD=21.00;SB=-71.89;sumGLbyD=18.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,176:270:99:5129,0,2924 1286-ref 248 . T A 21877.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=990;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=142.9450;MQ=35.09;MQ0=0;QD=22.10;SB=-232.24;sumGLbyD=19.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:350,632:947:99:18886,0,9834 1286-ref 279 . G T 35142.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.8888;MQ=35.55;MQ0=0;QD=35.14;SB=-256.09;sumGLbyD=35.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,995:952:99:35043,2796,0 1286-ref 294 . G A 20809.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=987;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.2645;MQ=35.46;MQ0=0;QD=21.08;SB=-103.23;sumGLbyD=18.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:380,605:952:99:17865,0,10688 1286-ref 335 . T G 157.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=249.7250;MQ=36.32;MQ0=0;QD=0.16;SB=24.05;sumGLbyD=0.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:904,89:803:99:188,0,24900 1286-ref 364 . T C 7005.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.3733;MQ=34.95;MQ0=0;QD=7.01;SB=-926.87;sumGLbyD=4.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:763,234:976:99:4000,0,25759 1286-ref 376 . C A 11648.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.1718;MQ=34.93;MQ0=0;QD=11.65;SB=-295.69;sumGLbyD=8.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:651,343:988:99:8489,0,21659 1286-ref 520 . G C 3044.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=761;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=78.7312;MQ=36.31;MQ0=0;QD=4.00;SB=380.24;sumGLbyD=4.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:443,314:537:99:3075,0,13131 1286-ref 599 . G A 23680.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=81.0653;MQ=36.46;MQ0=0;QD=23.68;SB=-158.38;sumGLbyD=20.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:336,654:916:99:20794,0,7954 1286-ref 644 . G A 15308 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=128.1747;MQ=36.10;MQ0=0;QD=15.31;SB=-955.83;sumGLbyD=12.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:535,441:840:99:12755,0,13134 1286-ref 663 . C G 1561.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=776;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=135.3665;MQ=35.55;MQ0=0;QD=2.01;SB=398.68;sumGLbyD=2.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:646,123:637:99:1591,0,16675 1286-ref 685 . T G 11891.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=239.0777;MQ=36.45;MQ0=0;QD=11.89;SB=-414.33;sumGLbyD=8.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:678,317:960:99:8924,0,20947 1286-ref 694 . A C 26466.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=61.9197;MQ=36.88;MQ0=0;QD=26.47;SB=-204.25;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:299,696:965:99:23434,0,7928 1286-ref 814 . A G 21589.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=73.7027;MQ=36.60;MQ0=0;QD=21.59;SB=-18.65;sumGLbyD=18.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:372,623:920:99:18754,0,9957 1286-ref 892 . T A 2000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0764;MQ=24.49;MQ0=0;QD=22.73;SB=-38.58;sumGLbyD=23.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:73:99:2033,219,0 1286-ref 931 . A T 362.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9577;MQ=27.12;MQ0=0;QD=13.96;SB=3.00;sumGLbyD=15.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:24:99:393,0,156 1286-ref 1140 . A T 13781.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=944;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=64.9162;MQ=35.65;MQ0=0;QD=14.60;SB=-79.72;sumGLbyD=12.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:522,420:761:99:11453,0,11729 1286-ref 1149 . T C 13691.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=947;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=77.1990;MQ=35.54;MQ0=0;QD=14.46;SB=-153.10;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:523,414:763:99:11391,0,11145 1286-ref 1172 . G T 10115.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=701;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=64.2638;MQ=35.07;MQ0=0;QD=14.43;SB=-228.50;sumGLbyD=11.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:392,309:603:99:8296,0,9104 1286-ref 1186 . G A 804.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.3356;MQ=35.55;MQ0=0;QD=4.37;SB=-50.23;sumGLbyD=4.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,44:165:99:834,0,4176 1286-ref 1188 . A T 716.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9195;MQ=35.94;MQ0=0;QD=4.14;SB=-17.69;sumGLbyD=4.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,40:156:99:746,0,3956 1288-ref 57 . A G 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 1288-ref 275 . T G 175.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6637;MQ=36.35;MQ0=0;QD=3.73;SB=-0.01;sumGLbyD=4.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,10:46:99:205,0,1205 1288-ref 280 . T C 227.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6637;MQ=36.40;MQ0=0;QD=4.45;SB=-0.01;sumGLbyD=5.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,11:48:99:257,0,1231 1288-ref 331 . C T 107.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3296;MQ=36.84;MQ0=0;QD=0.56;SB=-0.01;sumGLbyD=0.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,20:188:99:138,0,5470 1288-ref 340 . T A 6105.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=185;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1876;MQ=36.84;MQ0=0;QD=33.00;SB=-0.01;sumGLbyD=29.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,166:182:35.10:5520,0,35 1288-ref 343 . G C 47.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1871;MQ=36.83;MQ0=0;QD=0.26;SB=-0.01;sumGLbyD=0.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,19:168:77.24:77,0,4867 1288-ref 410 . T C 1281.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=558;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.2720;MQ=36.93;MQ0=0;QD=2.30;SB=-0.01;sumGLbyD=2.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:475,83:516:99:1312,0,14853 1288-ref 489 . T G 2727.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=514;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.3512;MQ=36.38;MQ0=0;QD=5.31;SB=-0.01;sumGLbyD=5.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:391,121:489:99:2757,0,12739 1288-ref 503 . G C 2060.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=491;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=52.8375;MQ=36.13;MQ0=0;QD=4.20;SB=-20.60;sumGLbyD=4.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:391,99:438:99:2091,0,11396 1288-ref 526 . C T 1535.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=444;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=68.7956;MQ=35.62;MQ0=0;QD=3.46;SB=-17.60;sumGLbyD=3.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:353,87:380:99:1566,0,9772 1288-ref 548 . A G 5196.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=623;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.7580;MQ=35.38;MQ0=0;QD=8.34;SB=-287.16;sumGLbyD=5.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:468,154:591:99:3380,0,14970 1288-ref 565 . T A 5013.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=532;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.6977;MQ=35.50;MQ0=0;QD=9.42;SB=-454.46;sumGLbyD=6.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:379,152:511:99:3447,0,12152 1288-ref 589 . G A 14472.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=425;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.2750;MQ=35.56;MQ0=0;QD=34.05;SB=-861.80;sumGLbyD=33.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,418:403:99:14316,1096,0 1288-ref 664 . 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C G 9654.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=609;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.4361;MQ=36.63;MQ0=0;QD=15.85;SB=-0.01;sumGLbyD=13.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:329,275:562:99:7933,0,9392 1288-ref 950 . A G 5607.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.2070;MQ=36.69;MQ0=0;QD=15.58;SB=-0.01;sumGLbyD=13.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,165:301:99:4701,0,4695 1288-ref 1174 . A C 1762.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.0465;MQ=36.32;MQ0=0;QD=7.40;SB=-0.01;sumGLbyD=7.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,68:218:99:1792,0,5069 1288-ref 1198 . G A 564.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.3551;MQ=35.56;MQ0=0;QD=3.44;SB=-53.97;sumGLbyD=3.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,34:145:99:595,0,3754 1288-ref 1214 . C A 876.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=12.7226;MQ=35.24;MQ0=0;QD=5.15;SB=-292.42;sumGLbyD=5.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,47:153:99:906,0,3654 1288-ref 1216 . A G 5984.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.0233;MQ=35.42;MQ0=0;QD=32.88;SB=-601.72;sumGLbyD=32.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,177:168:99:5844,366,0 1288-ref 1324 . A G 11947.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=994;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=161.9345;MQ=36.79;MQ0=0;QD=12.02;SB=-117.87;sumGLbyD=9.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:595,392:655:99:9918,0,10465 1288-ref 1678 . G T 11110.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=763;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=58.1844;MQ=36.20;MQ0=0;QD=14.56;SB=-275.45;sumGLbyD=12.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:392,369:646:99:9164,0,10652 1311-ref 246 . G A 13525.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=71.0361;MQ=36.84;MQ0=0;QD=13.53;SB=-53.24;sumGLbyD=10.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:576,422:874:99:10891,0,16348 1311-ref 468 . T G 8331.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=518;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.0371;MQ=36.24;MQ0=0;QD=16.08;SB=3.00;sumGLbyD=13.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:286,231:510:99:6795,0,9227 1311-ref 489 . T C 3158.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=329;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.3811;MQ=35.66;MQ0=0;QD=9.60;SB=-26.62;sumGLbyD=9.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,121:321:99:3189,0,6765 1311-ref 500 . T A 2068.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.8516;MQ=35.22;MQ0=0;QD=9.67;SB=-0.01;sumGLbyD=9.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,81:209:99:2099,0,4215 1311-ref 509 . C A 1910.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=196;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.4784;MQ=35.37;MQ0=0;QD=9.75;SB=-0.01;sumGLbyD=9.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,83:176:99:1941,0,3146 1311-ref 684 . C G 4942.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.6622;MQ=36.47;MQ0=0;QD=13.73;SB=-0.01;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,155:313:99:3999,0,5731 1311-ref 723 . A G 5615.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=354;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.6801;MQ=36.43;MQ0=0;QD=15.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,159:338:99:4597,0,6046 1311-ref 738 . C T 5903.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=390;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.4911;MQ=36.43;MQ0=0;QD=15.14;SB=-0.01;sumGLbyD=12.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:222,168:378:99:4765,0,7124 1311-ref 774 . A G 7024.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=464;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.0338;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.14;SB=-0.01;sumGLbyD=12.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:257,202:434:99:5680,0,7960 1311-ref 870 . T G 4764.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=331;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.0013;MQ=36.60;MQ0=0;QD=14.40;SB=-90.24;sumGLbyD=11.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,137:299:99:3864,0,5463 1311-ref 963 . G A 5073.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=349;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.9160;MQ=36.77;MQ0=0;QD=14.54;SB=-0.01;sumGLbyD=11.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,140:335:99:4038,0,6491 1311-ref 1182 . C T 4504.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=291;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4286;MQ=36.78;MQ0=0;QD=15.48;SB=-18.69;sumGLbyD=12.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,129:274:99:3678,0,4753 1311-ref 1502 . G T 3816.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6158;MQ=35.34;MQ0=0;QD=34.39;SB=-1352.50;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:106:99:3752,313,0 1311-ref 1537 . T C 138.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=26.01;MQ0=0;QD=7.72;SB=-0.01;sumGLbyD=9.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:16:99:169,0,220 1323-ref 11 . G A 30.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.78;SB=-20.53;sumGLbyD=5.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:6:60.53:61,0,120 1323-ref 62 . A G 205.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ=36.79;MQ0=0;QD=4.28;SB=-0.01;sumGLbyD=4.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,10:48:99:236,0,1296 1323-ref 91 . C A 322.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.2709;MQ=35.64;MQ0=0;QD=4.60;SB=165.34;sumGLbyD=5.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:56:99:352,0,1240 1323-ref 273 . A G 4423.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=275;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.3977;MQ=36.74;MQ0=0;QD=16.08;SB=3.00;sumGLbyD=13.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,126:254:99:3658,0,4298 1323-ref 545 . G A 8466.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=449;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=28.7665;MQ=36.84;MQ0=0;QD=18.86;SB=3.00;sumGLbyD=15.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,232:430:99:7170,0,6541 1323-ref 624 . T A 6346.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3956;MQ=32.27;MQ0=0;QD=30.37;SB=-0.01;sumGLbyD=30.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:188:99:6315,562,0 1323-ref 629 . A C 5666.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6591;MQ=31.24;MQ0=0;QD=31.84;SB=-29.63;sumGLbyD=31.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:171:99:5636,511,0 1323-ref 633 . C T 1215.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9319;MQ=30.57;MQ0=0;QD=11.80;SB=-51.28;sumGLbyD=12.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:99:99:1246,0,1430 1323-ref 664 . T A 1573.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=27.71;MQ0=0;QD=30.26;SB=-59.25;sumGLbyD=30.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:1606,153,0 1323-ref 675 . T G 440.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.56;SB=-29.63;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.09:474,48,0 1323-ref 694 . C G 862.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.49;MQ0=0;QD=28.74;SB=-0.01;sumGLbyD=29.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.17:895,90,0 1323-ref 699 . T A 1417.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=29.46;MQ0=0;QD=28.94;SB=-38.58;sumGLbyD=29.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1451,103,0 1323-ref 729 . A G 6073.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=35.52;SB=-0.01;sumGLbyD=35.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:167:99:6073,502,0 1323-ref 737 . 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C T 3803.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.83;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=29.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,103:113:99:3463,0,141 1345-ref 688 . C T 1852.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=435;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.8786;MQ=36.91;MQ0=0;QD=4.26;SB=3.00;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:343,92:376:99:1883,0,9986 1345-ref 976 . A G 2345.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4375;MQ=36.71;MQ0=0;QD=33.51;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:62:99:2379,187,0 1345-ref 994 . G A 414.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5848;MQ=36.90;MQ0=0;QD=3.94;SB=-0.01;sumGLbyD=4.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,23:102:99:444,0,2837 1345-ref 1013 . A G 2817.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7034;MQ=36.91;MQ0=0;QD=25.84;SB=-0.01;sumGLbyD=26.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,87:102:99:2847,0,384 1345-ref 1057 . T G 292.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4136;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.71;SB=-0.01;sumGLbyD=2.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,18:97:99:322,0,2640 1345-ref 1236 . T G 1014.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.5982;MQ=36.71;MQ0=0;QD=6.67;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,40:144:99:1044,0,3469 1345-ref 1300 . C T 543.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.4607;MQ=36.65;MQ0=0;QD=4.77;SB=-0.01;sumGLbyD=5.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,26:96:99:573,0,2463 1345-ref 1319 . A G 645.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4079;MQ=36.62;MQ0=0;QD=4.03;SB=-0.01;sumGLbyD=4.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,30:144:99:675,0,3711 1345-ref 1351 . G A 8392.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5264;MQ=36.49;MQ0=0;QD=35.56;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,235:226:99:8391,680,0 1345-ref 1477 . G A 8153.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=822;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.2382;MQ=36.95;MQ0=0;QD=9.92;SB=-0.01;sumGLbyD=7.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:581,233:759:99:5811,0,17621 1345-ref 1556 . G C 1403.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=332;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.7971;MQ=36.97;MQ0=0;QD=4.23;SB=6.01;sumGLbyD=4.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:263,68:314:99:1433,0,8586 1345-ref 1657 . G A 800.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3006;MQ=36.82;MQ0=0;QD=3.59;SB=3.00;sumGLbyD=3.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,41:217:99:830,0,6132 1345-ref 1700 . G A 905.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.5736;MQ=36.72;MQ0=0;QD=6.38;SB=-0.01;sumGLbyD=6.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,38:128:99:935,0,3013 1345-ref 1773 . G A 713.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.4651;MQ=36.96;MQ0=0;QD=2.96;SB=-0.01;sumGLbyD=3.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,42:224:99:743,0,6291 1345-ref 1785 . 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C G 2065.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0950;MQ=36.62;MQ0=0;QD=19.49;SB=3.00;sumGLbyD=19.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,69:98:99:2096,0,937 1378-ref 1816 . G A 1767.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ=36.80;MQ0=0;QD=35.35;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:49:99:1801,147,0 1378-ref 1911 . T C 751.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=35.81;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:785,63,0 1378-ref 1933 . G A 320.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9305;MQ=35.72;MQ0=0;QD=20.06;SB=-0.01;sumGLbyD=21.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:99:351,0,140 1378-ref 1940 . T G 340.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.53;MQ0=0;QD=24.31;SB=-0.01;sumGLbyD=26.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:77.89:370,0,78 1396-ref 17 . 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T G 2127.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6983;MQ=36.15;MQ0=0;QD=10.43;SB=-26.62;sumGLbyD=10.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,75:201:99:2158,0,4235 1396-ref 1557 . C G 1308.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.0201;MQ=36.88;MQ0=0;QD=15.04;SB=2.99;sumGLbyD=15.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:77:99:1338,0,1057 1396-ref 1639 . T C 583.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.24;SB=-0.01;sumGLbyD=19.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:31:99:614,0,383 1423-ref 66 . A G 34.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.87;SB=-0.01;sumGLbyD=7.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:8:64.80:65,0,168 1423-ref 73 . A G 31.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.54;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:61.81:62,0,189 1423-ref 100 . 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T A 2081.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7671;MQ=35.89;MQ0=0;QD=17.35;SB=-0.01;sumGLbyD=17.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,69:117:99:2112,0,1519 1423-ref 405 . G A 2028.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2295;MQ=36.21;MQ0=0;QD=15.60;SB=-0.01;sumGLbyD=15.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,71:127:99:2058,0,1858 1423-ref 462 . A G 1690.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.1398;MQ=35.78;MQ0=0;QD=11.20;SB=-0.01;sumGLbyD=11.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,64:130:99:1721,0,2124 1423-ref 478 . A C 1684.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4327;MQ=35.47;MQ0=0;QD=8.96;SB=-0.01;sumGLbyD=9.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,74:166:99:1715,0,3461 1423-ref 486 . T C 1795.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.0640;MQ=35.30;MQ0=0;QD=9.55;SB=-0.01;sumGLbyD=9.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,71:175:99:1825,0,3453 1423-ref 504 . 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G T 782.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=569;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=76.9735;MQ=36.60;MQ0=0;QD=1.38;SB=9.48;sumGLbyD=1.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:493,66:527:99:813,0,15827 1423-ref 1183 . T G 1148.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=572;DS;Dels=0.02;HRun=3;HaplotypeScore=77.7792;MQ=36.60;MQ0=0;QD=2.01;SB=15.45;sumGLbyD=2.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:484,76:514:99:1179,0,13654 1423-ref 1345 . A T 2293.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.2912;MQ=36.64;MQ0=0;QD=13.57;SB=30.07;sumGLbyD=13.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,77:161:99:2323,0,2660 1423-ref 1346 . A C 2931.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.7604;MQ=36.64;MQ0=0;QD=17.34;SB=-390.76;sumGLbyD=17.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,92:162:99:2961,0,2198 1423-ref 1376 . A G 2047.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6255;MQ=35.86;MQ0=0;QD=17.65;SB=-0.01;sumGLbyD=17.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,67:107:99:2078,0,1275 1423-ref 1395 . 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T G 4586.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=220;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.0418;MQ=28.66;MQ0=0;QD=20.85;SB=-47.23;sumGLbyD=17.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,155:219:99:3925,0,1627 1432-ref 90 . A G 4648.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.9632;MQ=28.52;MQ0=0;QD=21.42;SB=-47.23;sumGLbyD=18.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,157:214:99:3975,0,1398 1432-ref 98 . C T 312.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.9396;MQ=28.59;MQ0=0;QD=1.72;SB=6.00;sumGLbyD=1.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,25:179:99:342,0,4243 1432-ref 109 . G T 56.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.51;MQ0=0;QD=0.91;SB=3.00;sumGLbyD=1.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,8:60:86.29:86,0,1836 1432-ref 111 . G C 123.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.58;MQ0=0;QD=1.72;SB=3.00;sumGLbyD=2.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,13:61:99:154,0,1758 1432-ref 143 . 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A C 24654.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=752;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.7707;MQ=34.95;MQ0=0;QD=32.78;SB=133.00;sumGLbyD=30.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,698:724:99:22606,134,0 1432-ref 240 . C T 13555.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=407;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5628;MQ=34.17;MQ0=0;QD=33.31;SB=-86.91;sumGLbyD=33.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,406:392:99:13552,1179,0 1432-ref 258 . A G 11282.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=362;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.8851;MQ=34.71;MQ0=0;QD=31.17;SB=-59.25;sumGLbyD=29.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,339:332:99:10701,419,0 1432-ref 397 . A G 7851.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8055;MQ=36.07;MQ0=0;QD=33.99;SB=-69.63;sumGLbyD=31.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,213:221:99:7290,140,0 1432-ref 408 . A G 7311.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6154;MQ=36.03;MQ0=0;QD=36.56;SB=-59.25;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,200:193:99:7311,581,0 1432-ref 424 . A G 96.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.6418;MQ=36.16;MQ0=0;QD=0.42;SB=-47.24;sumGLbyD=0.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,22:218:99:126,0,6622 1432-ref 473 . G A 4698.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=463;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.4657;MQ=36.41;MQ0=0;QD=10.15;SB=3.00;sumGLbyD=7.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:330,133:424:99:3421,0,10018 1432-ref 490 . C T 16677.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=633;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.9001;MQ=36.38;MQ0=0;QD=26.35;SB=-36.31;sumGLbyD=23.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,505:552:99:15014,0,2369 1432-ref 532 . C T 24836.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=854;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.7762;MQ=36.57;MQ0=0;QD=29.08;SB=-35.57;sumGLbyD=26.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,758:744:99:22547,0,303 1432-ref 599 . G T 22809.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=696;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.7574;MQ=36.81;MQ0=0;QD=32.77;SB=20.65;sumGLbyD=32.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,681:624:99:22532,1632,0 1432-ref 662 . A C 9203.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=321;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9988;MQ=35.46;MQ0=0;QD=28.67;SB=3.00;sumGLbyD=25.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,269:298:99:8278,0,581 1432-ref 678 . A G 5743.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4924;MQ=34.45;MQ0=0;QD=25.08;SB=-112.92;sumGLbyD=22.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,169:221:99:5077,0,1421 1432-ref 700 . C T 859.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=2.8822;MQ=32.46;MQ0=0;QD=7.74;SB=-85.48;sumGLbyD=8.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,46:100:99:889,0,1867 1432-ref 701 . A G 1051.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8822;MQ=32.25;MQ0=0;QD=9.31;SB=-76.91;sumGLbyD=9.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:107:99:1082,0,1896 1432-ref 713 . A C 4365.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.7453;MQ=34.61;MQ0=0;QD=18.58;SB=-53.24;sumGLbyD=16.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,164:187:99:3801,0,1585 1432-ref 727 . A G 1046.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=322;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.7702;MQ=34.54;MQ0=0;QD=3.25;SB=15.02;sumGLbyD=3.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:264,55:288:99:1076,0,7206 1432-ref 729 . G T 804.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=341;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=117.4277;MQ=34.56;MQ0=0;QD=2.36;SB=15.02;sumGLbyD=2.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:288,53:312:99:834,0,8358 1432-ref 738 . C G 4934.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=354;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=76.8799;MQ=34.80;MQ0=0;QD=13.94;SB=9.01;sumGLbyD=11.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,154:336:99:3901,0,5819 1432-ref 746 . C T 142.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=362;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.2331;MQ=34.88;MQ0=0;QD=0.39;SB=6.01;sumGLbyD=0.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:328,34:338:99:172,0,9917 1432-ref 759 . C G 10187.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=323;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3356;MQ=35.31;MQ0=0;QD=31.54;SB=-244.01;sumGLbyD=29.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,303:298:99:9595,306,0 1432-ref 785 . A G 16091.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=458;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=34.9223;MQ=35.92;MQ0=0;QD=35.13;SB=-653.89;sumGLbyD=34.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,441:444:99:15656,902,0 1432-ref 838 . C T 13806.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=450;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.1725;MQ=32.71;MQ0=0;QD=30.68;SB=-0.01;sumGLbyD=30.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,442:412:99:13674,1166,0 1432-ref 870 . G T 18335.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=635;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.4539;MQ=32.55;MQ0=0;QD=28.88;SB=-0.01;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,620:548:99:18239,1607,0 1432-ref 878 . A G 20234.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=629;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.8369;MQ=32.20;MQ0=0;QD=32.17;SB=-0.01;sumGLbyD=32.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,626:592:99:20228,1780,0 1432-ref 916 . A G 13199.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=444;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.2170;MQ=31.15;MQ0=0;QD=29.73;SB=-29.63;sumGLbyD=29.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,438:395:99:13099,1091,0 1432-ref 955 . A C 17063.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=573;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3454;MQ=27.16;MQ0=0;QD=29.78;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,570:564:99:16970,1636,0 1473-ref 5 . A G 84.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0 1473-ref 32 . G C 1583.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8759;MQ=36.81;MQ0=0;QD=25.96;SB=3.02;sumGLbyD=26.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,51:54:44.53:1614,0,45 1473-ref 89 . C A 390.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.0370;MQ=36.73;MQ0=0;QD=5.13;SB=-0.01;sumGLbyD=5.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,17:74:99:420,0,1922 1473-ref 125 . C G 2889.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7046;MQ=36.89;MQ0=0;QD=30.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:84:99:2923,173,0 1473-ref 164 . 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A G 168.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5566;MQ=35.94;MQ0=0;QD=5.83;SB=3.00;sumGLbyD=6.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:199,0,727 1509-ref 694 . T C 383.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9369;MQ=36.63;MQ0=0;QD=14.19;SB=-0.01;sumGLbyD=15.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:25:99:413,0,326 1509-ref 696 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9369;MQ=36.61;MQ0=0;QD=13.81;SB=-0.01;sumGLbyD=14.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:24:99:389,0,380 1509-ref 855 . A C 343.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.62;SB=-0.01;sumGLbyD=31.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.91:373,0,4 1509-ref 883 . T C 132.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.13;SB=-0.01;sumGLbyD=27.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:163,0,22 1511-ref 20 . A G 126.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7261;MQ=35.01;MQ0=0;QD=2.43;SB=-60.62;sumGLbyD=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,11:50:99:156,0,1337 1511-ref 32 . T C 2410.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3234;MQ=35.14;MQ0=0;QD=13.62;SB=-26.62;sumGLbyD=13.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,93:151:99:2440,0,2059 1511-ref 38 . G T 11232.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=354;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6885;MQ=35.96;MQ0=0;QD=31.73;SB=-92.55;sumGLbyD=31.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,350:313:99:11190,902,0 1511-ref 64 . C T 11395.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=521;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.4467;MQ=36.44;MQ0=0;QD=21.87;SB=-0.01;sumGLbyD=19.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,328:480:99:9949,0,4888 1511-ref 165 . C G 10506.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=590;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9730;MQ=36.17;MQ0=0;QD=17.81;SB=-26.62;sumGLbyD=14.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:301,289:571:99:8786,0,9119 1511-ref 168 . 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T G 3794.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9558;MQ=31.17;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=32.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:114:99:3793,343,0 1511-ref 993 . A T 233.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.96;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.05:267,27,0 1515-ref 26 . G C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8151;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.20;SB=-0.01;sumGLbyD=14.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:3:30.98:71,0,31 1515-ref 138 . G A 6305.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=721;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.3616;MQ=36.79;MQ0=0;QD=8.74;SB=6.01;sumGLbyD=6.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:514,201:603:99:4487,0,13658 1515-ref 175 . G C 5219.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=553;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.7775;MQ=36.84;MQ0=0;QD=9.44;SB=-72.62;sumGLbyD=6.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:411,141:531:99:3620,0,13621 1515-ref 302 . 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C T 2154.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=17.4745;MQ=36.80;MQ0=0;QD=14.36;SB=-0.01;sumGLbyD=14.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,68:138:99:2184,0,2285 1598-ref 800 . A G 5440.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=313;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.1917;MQ=36.90;MQ0=0;QD=17.38;SB=-0.01;sumGLbyD=14.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,158:293:99:4557,0,4447 1598-ref 869 . C T 7008.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=459;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.4267;MQ=36.80;MQ0=0;QD=15.27;SB=3.00;sumGLbyD=12.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,213:391:99:5830,0,6496 1598-ref 1095 . T G 6845.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=7.2854;MQ=36.95;MQ0=0;QD=34.93;SB=-0.01;sumGLbyD=34.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,194:180:99:6845,542,0 1598-ref 1140 . A G 6682.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=396;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.9298;MQ=36.58;MQ0=0;QD=16.88;SB=-1133.19;sumGLbyD=13.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,180:381:99:5535,0,6414 1598-ref 1187 . G A 18811.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=574;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.2778;MQ=36.59;MQ0=0;QD=32.77;SB=-40.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,562:519:99:18705,1480,0 1598-ref 1232 . C T 22760.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=670;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.1795;MQ=36.58;MQ0=0;QD=33.97;SB=-58.28;sumGLbyD=33.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,662:614:99:22688,1804,0 1598-ref 1388 . A C 12426.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=962;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.6573;MQ=36.64;MQ0=0;QD=12.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:588,362:855:99:9629,0,16708 1598-ref 1400 . C A 13519.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=960;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.0959;MQ=36.67;MQ0=0;QD=14.08;SB=-70.99;sumGLbyD=11.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:587,371:920:99:10748,0,18446 1598-ref 1636 . A T 9355 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=482;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=42.1866;MQ=36.81;MQ0=0;QD=19.41;SB=6.01;sumGLbyD=16.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,267:443:99:7845,0,6073 1598-ref 1744 . G A 3215.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=331;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.2479;MQ=36.91;MQ0=0;QD=9.72;SB=-63.62;sumGLbyD=9.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,124:294:99:3246,0,5690 1598-ref 1806 . C T 9407.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=260;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7770;MQ=36.81;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,258:249:99:9337,716,0 1598-ref 1887 . G A 4652.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3182;MQ=36.92;MQ0=0;QD=37.52;SB=-40.01;sumGLbyD=37.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:123:99:4652,370,0 1598-ref 1955 . C A 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67.28:68,0,67 1598-ref 1957 . T A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0 1598-ref 1958 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0 1610-ref 137 . G A 10927.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=318;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8755;MQ=36.68;MQ0=0;QD=34.36;SB=-106.78;sumGLbyD=34.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,317:296:99:10925,890,0 1610-ref 278 . C T 2381.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6665;MQ=36.76;MQ0=0;QD=19.05;SB=-0.01;sumGLbyD=19.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,77:121:99:2412,0,1396 1610-ref 971 . C T 849.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.79;MQ0=0;QD=31.48;SB=-0.01;sumGLbyD=32.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.18:883,81,0 1610-ref 975 . G A 714.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.80;MQ0=0;QD=31.05;SB=-0.01;sumGLbyD=32.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.15:747,69,0 1610-ref 996 . T A 618.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=24.76;MQ0=0;QD=24.75;SB=-0.01;sumGLbyD=26.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:22:66.12:652,66,0 1610-ref 1002 . C T 647.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.13:680,69,0 1610-ref 1022 . G A 346.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.63;SB=-0.01;sumGLbyD=29.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.06:379,39,0 1610-ref 1040 . A G 358.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.12;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=30.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.08:392,39,0 1694-ref 150 . A T 6596.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=517;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=66.6332;MQ=36.55;MQ0=0;QD=12.76;SB=-104.43;sumGLbyD=9.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:332,180:502:99:4941,0,10669 1694-ref 172 . C T 8671.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=749;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=45.3453;MQ=36.80;MQ0=0;QD=11.58;SB=-17.66;sumGLbyD=8.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:467,280:659:99:6685,0,13684 1694-ref 448 . C A 7964.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=603;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.2043;MQ=36.58;MQ0=0;QD=13.21;SB=6.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:380,222:577:99:6226,0,12028 1694-ref 457 . T A 22065.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=632;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.8222;MQ=36.63;MQ0=0;QD=34.91;SB=-29.63;sumGLbyD=34.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,631:591:99:22063,1778,0 1694-ref 748 . T C 17246.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=921;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.8776;MQ=36.74;MQ0=0;QD=18.73;SB=-0.01;sumGLbyD=15.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:436,482:867:99:14574,0,12238 1694-ref 782 . A G 20547.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=985;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.3235;MQ=36.84;MQ0=0;QD=20.86;SB=-34.79;sumGLbyD=17.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:414,570:925:99:17723,0,11609 1694-ref 947 . T A 8541.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=533;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.7469;MQ=35.64;MQ0=0;QD=16.02;SB=-0.01;sumGLbyD=12.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:274,250:508:99:6783,0,8459 1694-ref 949 . G C 8505.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=542;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.6153;MQ=35.66;MQ0=0;QD=15.69;SB=3.00;sumGLbyD=12.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:282,255:500:99:6871,0,7763 1694-ref 976 . A G 9949.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=594;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.0389;MQ=36.00;MQ0=0;QD=16.75;SB=-67.29;sumGLbyD=13.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:313,281:571:99:8228,0,9060 1694-ref 1245 . A G 7725.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=606;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=28.5353;MQ=36.81;MQ0=0;QD=12.75;SB=-0.01;sumGLbyD=9.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:372,231:554:99:6056,0,11194 1694-ref 1258 . G A 10054.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=666;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.3706;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.10;SB=-48.31;sumGLbyD=12.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:391,274:624:99:8147,0,11237 1694-ref 1535 . 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A G 14784.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=983;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.1508;MQ=36.87;MQ0=0;QD=15.04;SB=3.00;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:564,417:926:99:11994,0,17498 1694-ref 2191 . G A 12112.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.9227;MQ=36.93;MQ0=0;QD=12.13;SB=3.00;sumGLbyD=9.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:661,334:943:99:9180,0,21070 1694-ref 2281 . T C 5044.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=331;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=45.9233;MQ=36.26;MQ0=0;QD=15.24;SB=-805.07;sumGLbyD=12.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,146:295:99:4120,0,4840 1694-ref 2308 . A G 8048.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=453;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.3667;MQ=36.40;MQ0=0;QD=17.77;SB=-263.17;sumGLbyD=15.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,240:408:99:6819,0,5982 1694-ref 2354 . A G 9800.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=552;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.3345;MQ=36.80;MQ0=0;QD=17.75;SB=-33.99;sumGLbyD=14.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:278,273:534:99:8191,0,8783 1694-ref 2435 . G A 9796.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=589;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.5410;MQ=36.88;MQ0=0;QD=16.63;SB=-35.57;sumGLbyD=13.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:292,296:535:99:8184,0,8489 1694-ref 2538 . A G 4931.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=303;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.0682;MQ=36.83;MQ0=0;QD=16.28;SB=-246.01;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,138:285:99:4045,0,4753 1694-ref 2611 . C T 5409.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=389;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.1381;MQ=36.69;MQ0=0;QD=13.91;SB=3.00;sumGLbyD=11.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,159:368:99:4301,0,7217 1694-ref 2776 . A G 18021.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.6110;MQ=36.59;MQ0=0;QD=18.02;SB=-20.60;sumGLbyD=15.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:515,483:973:99:15090,0,16026 1694-ref 2778 . C A 18007.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=987;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=27.7646;MQ=36.59;MQ0=0;QD=18.24;SB=-20.60;sumGLbyD=15.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:506,479:969:99:15052,0,16174 1694-ref 2911 . A C 1615.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=667;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.5937;MQ=36.74;MQ0=0;QD=2.42;SB=-30.98;sumGLbyD=2.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:569,96:656:99:1646,0,19121 1694-ref 2912 . T G 669.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=612;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.7348;MQ=36.74;MQ0=0;QD=1.09;SB=-30.99;sumGLbyD=1.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:542,68:594:99:700,0,18190 1694-ref 2928 . A T 5677.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=497;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.5801;MQ=36.92;MQ0=0;QD=11.42;SB=-54.48;sumGLbyD=8.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:338,153:465:99:4166,0,10422 1694-ref 2976 . G A 14720.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=34.8370;MQ=36.90;MQ0=0;QD=14.72;SB=-0.01;sumGLbyD=11.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:594,399:961:99:11763,0,19531 1694-ref 3310 . T C 13327.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.5152;MQ=35.23;MQ0=0;QD=13.33;SB=-20.60;sumGLbyD=10.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:596,404:948:99:10470,0,18161 1694-ref 3337 . C T 25279.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=795;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.1883;MQ=31.90;MQ0=0;QD=31.80;SB=-57.29;sumGLbyD=31.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,789:758:99:25242,2276,0 1694-ref 3356 . C G 19746.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=638;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1881;MQ=28.59;MQ0=0;QD=30.95;SB=-110.54;sumGLbyD=30.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,636:624:99:19714,1873,0 1694-ref 3361 . C G 18389.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=612;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3477;MQ=27.76;MQ0=0;QD=30.05;SB=-118.50;sumGLbyD=29.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,609:591:99:18352,1774,0 1694-ref 3380 . C T 28004.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=902;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.6895;MQ=31.55;MQ0=0;QD=31.05;SB=-180.59;sumGLbyD=30.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,893:847:99:27879,2506,0 1694-ref 3406 . G A 34885.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.1148;MQ=34.47;MQ0=0;QD=34.89;SB=-121.98;sumGLbyD=34.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,997:965:99:34839,2900,0 1694-ref 3429 . A T 27840.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=898;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.3394;MQ=34.97;MQ0=0;QD=31.00;SB=-98.57;sumGLbyD=30.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,875:811:99:27427,2240,0 1694-ref 3457 . A T 22154.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=754;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.7503;MQ=34.04;MQ0=0;QD=29.38;SB=-27.67;sumGLbyD=29.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,739:650:99:22028,1945,0 1694-ref 3488 . A T 28226.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=888;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.4135;MQ=34.20;MQ0=0;QD=31.79;SB=-663.94;sumGLbyD=31.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,880:809:99:28181,2430,0 1694-ref 3495 . C T 27447.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=835;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.1225;MQ=34.18;MQ0=0;QD=32.87;SB=-555.92;sumGLbyD=32.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,833:785:99:27441,2361,0 1694-ref 3549 . C G 28038.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=802;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.5462;MQ=36.57;MQ0=0;QD=34.96;SB=-1971.87;sumGLbyD=34.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,796:757:99:27962,2269,0 1694-ref 3955 . 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C G 1168.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.7258;MQ=36.61;MQ0=0;QD=9.06;SB=21.06;sumGLbyD=9.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,48:113:99:1198,0,2221 1777-ref 1098 . T C 1650.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4022;MQ=36.74;MQ0=0;QD=13.98;SB=-268.26;sumGLbyD=14.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:112:99:1680,0,1925 1777-ref 1111 . C T 1129.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8871;MQ=36.74;MQ0=0;QD=9.74;SB=-47.23;sumGLbyD=10.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,40:111:99:1160,0,2382 1777-ref 1156 . C A 1224.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8136;MQ=36.73;MQ0=0;QD=33.08;SB=-40.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:34:99:1257,102,0 1795-ref 28 . C T 4803.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6253;MQ=36.69;MQ0=0;QD=36.95;SB=-102.13;sumGLbyD=36.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:4693,373,0 1795-ref 185 . T A 9035.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=502;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.4801;MQ=36.80;MQ0=0;QD=18.00;SB=-35.57;sumGLbyD=15.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,281:434:99:7690,0,5792 1795-ref 215 . C T 4713.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=331;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0981;MQ=36.57;MQ0=0;QD=14.24;SB=-26.62;sumGLbyD=11.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,129:325:99:3734,0,6675 1795-ref 245 . T C 8254.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6843;MQ=34.91;MQ0=0;QD=35.43;SB=-35.26;sumGLbyD=35.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,232:224:99:8214,671,0 1795-ref 265 . C G 9846.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.5186;MQ=34.71;MQ0=0;QD=34.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,284:271:99:9804,775,0 1795-ref 298 . G T 5804.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=383;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9677;MQ=35.47;MQ0=0;QD=15.16;SB=-0.01;sumGLbyD=12.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,174:369:99:4692,0,6410 1795-ref 307 . C T 5129.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=321;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3348;MQ=35.66;MQ0=0;QD=15.98;SB=-0.01;sumGLbyD=13.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,156:289:99:4221,0,4205 1795-ref 359 . C T 12845.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=377;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5732;MQ=36.65;MQ0=0;QD=34.07;SB=-0.01;sumGLbyD=34.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,376:347:99:12844,1044,0 1795-ref 380 . A T 6696.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=378;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.5818;MQ=36.63;MQ0=0;QD=17.72;SB=-30.97;sumGLbyD=14.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,195:341:99:5632,0,5091 1795-ref 465 . G A 2539.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=247;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.0503;MQ=36.51;MQ0=0;QD=10.28;SB=-26.62;sumGLbyD=10.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,88:236:99:2569,0,4784 1795-ref 484 . C T 1833.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=9.8733;MQ=36.60;MQ0=0;QD=7.97;SB=-0.01;sumGLbyD=8.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,78:208:99:1863,0,4588 1795-ref 601 . G T 11350.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=315;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.9030;MQ=36.94;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=35.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,314:303:99:11309,872,0 1795-ref 714 . G A 6186.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=444;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.1469;MQ=36.84;MQ0=0;QD=13.93;SB=-23.62;sumGLbyD=11.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:266,177:417:99:4895,0,8326 1795-ref 814 . T C 6624.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=322;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.3603;MQ=36.87;MQ0=0;QD=20.57;SB=-0.01;sumGLbyD=17.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,193:292:99:5682,0,3306 1795-ref 875 . T A 7210.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=358;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.0449;MQ=36.49;MQ0=0;QD=20.14;SB=6.01;sumGLbyD=17.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,214:325:99:6230,0,3726 1795-ref 908 . C T 12810.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=356;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8653;MQ=35.82;MQ0=0;QD=35.99;SB=-0.01;sumGLbyD=35.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,355:343:99:12781,1029,0 1795-ref 912 . G A 5652.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=361;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.1237;MQ=35.84;MQ0=0;QD=15.66;SB=-26.62;sumGLbyD=12.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,160:352:99:4565,0,6426 1795-ref 929 . T A 2539.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.2845;MQ=35.69;MQ0=0;QD=8.79;SB=-26.62;sumGLbyD=8.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,105:262:99:2570,0,5501 1795-ref 956 . C G 7607.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.2543;MQ=36.12;MQ0=0;QD=33.08;SB=-0.01;sumGLbyD=32.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,227:211:99:7578,632,0 1795-ref 1013 . C T 6490.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=274;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4664;MQ=36.93;MQ0=0;QD=23.69;SB=-0.01;sumGLbyD=20.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,183:261:99:5704,0,2501 1795-ref 1274 . C T 5468.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=328;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.5927;MQ=36.82;MQ0=0;QD=16.67;SB=-26.62;sumGLbyD=13.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,162:300:99:4536,0,4899 1795-ref 1356 . C G 2325.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8541;MQ=36.35;MQ0=0;QD=12.37;SB=-0.01;sumGLbyD=12.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,80:180:99:2356,0,3388 1795-ref 1358 . T C 6664.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8541;MQ=36.33;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:177:99:6663,533,0 1795-ref 1693 . A G 8177.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=394;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.4137;MQ=36.66;MQ0=0;QD=20.76;SB=-0.01;sumGLbyD=17.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,221:374:99:7051,0,4973 1795-ref 1733 . C T 5923.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=388;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.0666;MQ=36.77;MQ0=0;QD=15.27;SB=-0.01;sumGLbyD=12.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:218,168:371:99:4783,0,6585 1795-ref 1759 . A G 4893.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.5522;MQ=36.35;MQ0=0;QD=31.17;SB=-68.94;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,151:137:99:4855,374,0 1795-ref 1777 . G A 4901.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=343;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.5966;MQ=36.68;MQ0=0;QD=14.29;SB=-0.01;sumGLbyD=11.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,165:278:99:4064,0,4547 1795-ref 1805 . A C 8027.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=471;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.1909;MQ=36.76;MQ0=0;QD=17.04;SB=-0.01;sumGLbyD=14.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,244:424:99:6712,0,6388 1795-ref 1856 . C T 1686.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.3871;MQ=36.37;MQ0=0;QD=11.55;SB=9.02;sumGLbyD=11.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,56:145:99:1717,0,2703 1795-ref 1866 . A G 1671.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5432;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:48:99:1704,115,0 1795-ref 1886 . G T 113.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8089;MQ=26.19;MQ0=0;QD=5.39;SB=6.00;sumGLbyD=6.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:14:99:143,0,228 1795-ref 1887 . A T 90.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8089;MQ=25.53;MQ0=0;QD=4.55;SB=6.00;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:13:99:121,0,203 1795-ref 1916 . T G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 1795-ref 1919 . A G 54.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.29;SB=-0.01;sumGLbyD=29.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:87,9,0 1844-ref 30 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3460;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:1:1.76:40,3,0 1844-ref 32 . G A 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8101;MQ=36.32;MQ0=0;QD=2.33;SB=-0.01;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:8:64.96:65,0,101 1844-ref 33 . 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C T 23753.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.4128;MQ=36.38;MQ0=0;QD=23.75;SB=-20.61;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:339,660:955:99:20876,0,9390 1844-ref 511 . G A 21376.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=68.2234;MQ=36.49;MQ0=0;QD=21.38;SB=-135.48;sumGLbyD=18.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:339,658:879:99:18728,0,8371 1844-ref 595 . C T 17495.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=65.1752;MQ=36.76;MQ0=0;QD=17.50;SB=-97.11;sumGLbyD=14.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:507,487:938:99:14669,0,15231 1844-ref 622 . T C 11562.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=995;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=150.1866;MQ=36.88;MQ0=0;QD=11.62;SB=-23.61;sumGLbyD=9.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:540,447:694:99:9471,0,12327 1844-ref 699 . C A 5243.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.1562;MQ=36.15;MQ0=0;QD=19.21;SB=24.03;sumGLbyD=16.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,144:249:99:4493,0,3437 1844-ref 864 . A G 19611.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.0434;MQ=36.84;MQ0=0;QD=19.61;SB=-26.62;sumGLbyD=16.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:454,544:936:99:16791,0,12996 1844-ref 1003 . C G 1084.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4268;MQ=36.62;MQ0=0;QD=10.14;SB=-0.01;sumGLbyD=10.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,39:103:99:1115,0,2098 1844-ref 1020 . C G 182.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7084;MQ=36.52;MQ0=0;QD=4.36;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:41:99:213,0,1094 1844-ref 1083 . C T 59.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.99;SB=-0.01;sumGLbyD=8.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:89.92:90,0,245 1953-ref 78 . C G 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 1953-ref 79 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 1953-ref 175 . G C 1615.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.0106;MQ=36.50;MQ0=0;QD=4.68;SB=-63.21;sumGLbyD=4.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,74:334:99:1646,0,8954 1953-ref 177 . G C 1641.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=352;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0100;MQ=36.51;MQ0=0;QD=4.66;SB=-57.58;sumGLbyD=4.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,76:342:99:1671,0,9099 1953-ref 200 . G A 4480.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=402;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6963;MQ=36.57;MQ0=0;QD=11.15;SB=3.00;sumGLbyD=8.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,122:394:99:3294,0,8965 1953-ref 267 . G A 6035.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=489;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.6454;MQ=36.54;MQ0=0;QD=12.34;SB=-26.62;sumGLbyD=9.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:305,183:456:99:4661,0,9432 1953-ref 280 . C G 7652.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=532;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.5933;MQ=36.51;MQ0=0;QD=14.38;SB=9.02;sumGLbyD=11.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,222:501:99:6033,0,9586 1953-ref 337 . C T 6411.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=665;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.4127;MQ=35.93;MQ0=0;QD=9.64;SB=-23.62;sumGLbyD=6.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:472,193:605:99:4588,0,13662 1953-ref 343 . C T 20821.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=631;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.1312;MQ=35.88;MQ0=0;QD=33.00;SB=-69.63;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,630:583:99:20817,1754,0 1953-ref 364 . G T 2562.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=828;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.7195;MQ=35.15;MQ0=0;QD=3.10;SB=-34.00;sumGLbyD=3.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:659,167:778:99:2593,0,20935 1953-ref 372 . G A 2199.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=909;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.5877;MQ=35.30;MQ0=0;QD=2.42;SB=-23.62;sumGLbyD=2.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:740,163:830:99:2229,0,22648 1953-ref 391 . C T 3091.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.7317;MQ=35.63;MQ0=0;QD=3.09;SB=-20.61;sumGLbyD=3.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:801,197:959:99:3122,0,26508 1953-ref 397 . T C 6844.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=988;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=52.3598;MQ=35.60;MQ0=0;QD=6.93;SB=-26.55;sumGLbyD=4.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:761,225:924:99:4059,0,23864 1953-ref 440 . A G 12493.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=660;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.8524;MQ=36.48;MQ0=0;QD=18.93;SB=-0.01;sumGLbyD=16.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:311,345:591:99:10676,0,8081 1953-ref 466 . T C 14975.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=969;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=99.8139;MQ=36.36;MQ0=0;QD=15.45;SB=-32.57;sumGLbyD=12.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:484,477:803:99:12480,0,11789 1953-ref 508 . A T 12179.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=838;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=60.9805;MQ=34.64;MQ0=0;QD=14.53;SB=-226.42;sumGLbyD=11.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:457,377:777:99:9818,0,13401 1953-ref 538 . C T 11989.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=939;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.1984;MQ=34.53;MQ0=0;QD=12.77;SB=-21.95;sumGLbyD=10.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:543,387:834:99:9421,0,14519 1953-ref 552 . G A 11955.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=934;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.2031;MQ=34.34;MQ0=0;QD=12.80;SB=-121.14;sumGLbyD=9.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:551,369:863:99:9304,0,15973 1953-ref 553 . G T 11387.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=934;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=46.0996;MQ=34.37;MQ0=0;QD=12.19;SB=-127.14;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:570,363:866:99:8776,0,16615 1953-ref 598 . C T 931.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=580;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.5384;MQ=35.94;MQ0=0;QD=1.61;SB=-50.23;sumGLbyD=1.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:496,84:528:99:962,0,15454 1953-ref 617 . C T 153.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=619;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=69.0174;MQ=36.03;MQ0=0;QD=0.25;SB=-20.61;sumGLbyD=0.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:553,63:560:99:184,0,16895 1953-ref 619 . T C 155.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=610;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.7166;MQ=36.05;MQ0=0;QD=0.25;SB=-20.61;sumGLbyD=0.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:543,62:548:99:185,0,16650 1953-ref 632 . A G 1920.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=646;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.1382;MQ=36.37;MQ0=0;QD=2.97;SB=3.00;sumGLbyD=3.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:528,116:593:99:1950,0,15863 1953-ref 823 . A G 12332.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=776;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=47.6142;MQ=36.75;MQ0=0;QD=15.89;SB=3.00;sumGLbyD=12.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:441,334:753:99:10043,0,13960 1953-ref 908 . T C 7210.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=694;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=48.2389;MQ=35.96;MQ0=0;QD=10.39;SB=2.99;sumGLbyD=7.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:479,208:655:99:5042,0,14955 1953-ref 926 . T G 16043 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=614;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.2617;MQ=35.36;MQ0=0;QD=26.13;SB=-31.78;sumGLbyD=23.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,432:595:99:14250,0,4082 1953-ref 935 . 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C T 2753.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.4451;MQ=36.08;MQ0=0;QD=13.05;SB=-33.99;sumGLbyD=13.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,105:176:99:2783,0,2536 1953-ref 1075 . C T 2177.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.8029;MQ=35.13;MQ0=0;QD=10.13;SB=-53.24;sumGLbyD=10.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,88:192:99:2207,0,3370 1953-ref 1077 . G A 1964.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.2922;MQ=35.11;MQ0=0;QD=9.01;SB=-51.28;sumGLbyD=9.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,87:185:99:1995,0,3251 1953-ref 1105 . A G 2011.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.3754;MQ=35.66;MQ0=0;QD=8.75;SB=-62.64;sumGLbyD=8.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,75:202:99:2042,0,4164 1953-ref 1126 . A C 182.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1828;MQ=35.21;MQ0=0;QD=2.43;SB=60.75;sumGLbyD=2.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,14:72:99:213,0,1962 1953-ref 1148 . C T 5401.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4440;MQ=36.40;MQ0=0;QD=35.77;SB=-29.63;sumGLbyD=35.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:141:99:5401,424,0 1953-ref 1379 . T C 179.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=33.85;MQ0=0;QD=17.95;SB=-26.62;sumGLbyD=20.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:9:44.75:209,0,45 1953-ref 1393 . A T 151.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=33.48;MQ0=0;QD=16.87;SB=-26.62;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:65.07:182,0,65 1953-ref 1411 . C A 51.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.53;SB=-0.01;sumGLbyD=13.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:81.20:81,0,94 1953-ref 1674 . C T 524.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=14.99;SB=-0.01;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:32:99:555,0,450 1953-ref 1704 . G C 213.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4669;MQ=35.87;MQ0=0;QD=4.74;SB=-0.01;sumGLbyD=5.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,11:44:99:243,0,1130 1953-ref 1828 . G A 117.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.23;MQ0=0;QD=3.35;SB=-29.50;sumGLbyD=4.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,8:34:99:147,0,899 1953-ref 1845 . C A 51.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1339;MQ=35.28;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=2.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:34:81.08:81,0,934 1953-ref 1949 . G A 925.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6643;MQ=35.48;MQ0=0;QD=34.27;SB=-29.63;sumGLbyD=35.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.19:958,81,0 1953-ref 1957 . T C 140.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9992;MQ=35.35;MQ0=0;QD=5.64;SB=3.00;sumGLbyD=6.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:99:171,0,575 1953-ref 2103 . C A 2923.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9853;MQ=36.39;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=35.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:81:99:2957,244,0 1953-ref 2152 . T C 61.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.8455;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.92;SB=-0.01;sumGLbyD=4.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:20:91.41:91,0,519 1953-ref 2159 . G T 58.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.64;SB=-0.01;sumGLbyD=5.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:16:88.19:88,0,401 1965-ref 93 . G A 2617.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4821;MQ=36.58;MQ0=0;QD=17.93;SB=-21.70;sumGLbyD=18.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,96:125:99:2648,0,1140 1965-ref 134 . T C 2004.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.6296;MQ=36.00;MQ0=0;QD=9.37;SB=-0.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,79:200:99:2034,0,4130 1965-ref 142 . T C 1661.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5432;MQ=36.08;MQ0=0;QD=7.16;SB=-23.62;sumGLbyD=7.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,80:195:99:1691,0,3754 1965-ref 228 . G T 6716.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=419;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.9045;MQ=36.95;MQ0=0;QD=16.03;SB=-0.01;sumGLbyD=13.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,208:338:99:5677,0,4649 1965-ref 371 . C T 953.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1680;MQ=36.92;MQ0=0;QD=7.81;SB=-35.57;sumGLbyD=8.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,37:116:99:983,0,2682 1965-ref 452 . A G 2433.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3244;MQ=36.77;MQ0=0;QD=13.75;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,85:163:99:2463,0,2799 1965-ref 516 . C A 5790.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.2044;MQ=36.84;MQ0=0;QD=18.27;SB=-0.01;sumGLbyD=15.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,164:300:99:4887,0,4547 1965-ref 602 . T C 6023.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=399;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.6713;MQ=36.75;MQ0=0;QD=15.10;SB=-0.01;sumGLbyD=12.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,171:380:99:4878,0,6772 1965-ref 623 . G A 14834.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=432;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9941;MQ=36.79;MQ0=0;QD=34.34;SB=-0.01;sumGLbyD=34.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,431:401:99:14793,1167,0 1965-ref 704 . T C 5466.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7739;MQ=36.89;MQ0=0;QD=19.32;SB=-20.70;sumGLbyD=16.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,153:266:99:4665,0,3801 1965-ref 806 . A T 4717.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=374;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.9951;MQ=36.92;MQ0=0;QD=12.61;SB=-26.62;sumGLbyD=9.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:230,143:340:99:3656,0,6857 1965-ref 930 . A G 1987.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1939;MQ=36.95;MQ0=0;QD=10.19;SB=-0.01;sumGLbyD=10.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,77:168:99:2018,0,3245 1965-ref 969 . C A 4693.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=337;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7573;MQ=36.79;MQ0=0;QD=13.93;SB=-62.62;sumGLbyD=11.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,137:305:99:3774,0,5705 1965-ref 1033 . G A 598.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8135;MQ=36.76;MQ0=0;QD=7.04;SB=-46.31;sumGLbyD=7.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,33:74:99:629,0,1591 1973-ref 135 . A T 2513.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=12.5449;MQ=36.38;MQ0=0;QD=25.13;SB=-57.29;sumGLbyD=25.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,94:76:72.53:2546,73,0 1973-ref 203 . C A 1442.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.3971;MQ=36.83;MQ0=0;QD=4.89;SB=-61.33;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:231,62:284:99:1473,0,7724 1973-ref 233 . A T 7736.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=368;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.2388;MQ=36.59;MQ0=0;QD=21.02;SB=-70.99;sumGLbyD=18.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,213:354:99:6669,0,4428 1973-ref 278 . 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A G 18243.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.6194;MQ=36.85;MQ0=0;QD=18.24;SB=-72.57;sumGLbyD=15.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:490,505:910:99:15465,0,13490 1973-ref 983 . A G 13728.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=96.4074;MQ=36.02;MQ0=0;QD=13.73;SB=3.00;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:553,436:828:99:11179,0,13923 1973-ref 1010 . G A 13946.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=994;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.7127;MQ=36.00;MQ0=0;QD=14.03;SB=-34.00;sumGLbyD=11.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:578,414:932:99:11074,0,17431 1973-ref 1031 . C T 15864.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=78.1165;MQ=36.19;MQ0=0;QD=15.86;SB=-132.40;sumGLbyD=13.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:494,495:895:99:13081,0,14168 1973-ref 1113 . A T 18032.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=67.2333;MQ=36.85;MQ0=0;QD=18.03;SB=-37.00;sumGLbyD=15.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:508,489:970:99:15044,0,16374 1973-ref 1179 . A C 13979.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=68.2353;MQ=36.95;MQ0=0;QD=13.98;SB=9.02;sumGLbyD=11.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:530,462:826:99:11490,0,13732 1973-ref 1379 . A G 11952.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=797;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.8030;MQ=36.86;MQ0=0;QD=15.00;SB=6.00;sumGLbyD=12.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:454,343:719:99:9786,0,12979 1973-ref 1427 . T A 17833.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.2012;MQ=36.91;MQ0=0;QD=17.83;SB=-0.01;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:532,461:984:99:14648,0,17097 1973-ref 1515 . A G 16921.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.0663;MQ=36.82;MQ0=0;QD=16.92;SB=-61.41;sumGLbyD=14.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:471,526:855:99:14345,0,12304 1973-ref 1541 . A T 17663.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=64.2442;MQ=36.86;MQ0=0;QD=17.66;SB=-36.31;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:476,516:904:99:14766,0,12632 1973-ref 1609 . C T 31817.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.3323;MQ=36.77;MQ0=0;QD=31.82;SB=-40.01;sumGLbyD=31.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,992:863:99:31772,2556,0 1973-ref 1717 . A T 16040.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=958;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=57.2587;MQ=36.88;MQ0=0;QD=16.74;SB=-37.00;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:479,475:868:99:13401,0,12804 1973-ref 1728 . G A 15973.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=110.8782;MQ=36.92;MQ0=0;QD=15.97;SB=-0.01;sumGLbyD=13.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:483,509:785:99:13570,0,10405 1973-ref 1810 . T C 10029.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=820;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.8815;MQ=36.82;MQ0=0;QD=12.23;SB=-98.32;sumGLbyD=9.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:549,270:765:99:7725,0,16793 1973-ref 1883 . T C 1198.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=998;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=72.2455;MQ=36.92;MQ0=0;QD=1.20;SB=-353.89;sumGLbyD=1.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:871,123:907:99:1228,0,26765 1973-ref 1951 . C T 4278.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.5879;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:112:99:4238,297,0 1973-ref 1960 . T A 342.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.27;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:376,30,0 1974-ref 234 . C T 30559.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=827;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.0580;MQ=36.74;MQ0=0;QD=36.95;SB=-108.21;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,826:811:99:30556,2440,0 1974-ref 289 . G A 11902.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.6032;MQ=36.53;MQ0=0;QD=11.90;SB=6.01;sumGLbyD=9.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:627,372:915:99:9145,0,19068 1974-ref 297 . C G 12747.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.6059;MQ=36.55;MQ0=0;QD=12.75;SB=-58.73;sumGLbyD=9.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:636,362:956:99:9842,0,19907 1974-ref 399 . G T 31073.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=948;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=56.6315;MQ=36.62;MQ0=0;QD=32.78;SB=-0.01;sumGLbyD=32.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,939:833:99:31041,2503,0 1974-ref 425 . C T 13465.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=951;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.5462;MQ=36.67;MQ0=0;QD=14.16;SB=-29.50;sumGLbyD=11.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:534,412:844:99:10903,0,15131 1974-ref 633 . A T 8456.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=635;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.6127;MQ=36.73;MQ0=0;QD=13.32;SB=-27.29;sumGLbyD=10.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:373,260:574:99:6705,0,10962 1974-ref 854 . C T 25666.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=688;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.7436;MQ=36.39;MQ0=0;QD=37.31;SB=-29.63;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,686:680:99:25597,2013,0 1974-ref 1033 . T G 1800.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=307;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7599;MQ=35.45;MQ0=0;QD=5.87;SB=8.17;sumGLbyD=5.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:224,82:272:99:1831,0,6439 1974-ref 1034 . T A 1727.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7597;MQ=35.40;MQ0=0;QD=5.57;SB=-46.12;sumGLbyD=5.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,80:290:99:1758,0,7057 1974-ref 1044 . T C 2003.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=323;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8950;MQ=35.46;MQ0=0;QD=6.20;SB=-321.61;sumGLbyD=6.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:235,88:313:99:2033,0,7540 1974-ref 1085 . A T 12885.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=399;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.4581;MQ=36.03;MQ0=0;QD=32.30;SB=-3045.30;sumGLbyD=31.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,389:350:99:12680,995,0 1975-ref 38 . G A 621.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5966;MQ=36.25;MQ0=0;QD=9.13;SB=-0.01;sumGLbyD=9.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:55:99:651,0,1027 1975-ref 52 . G A 132.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8627;MQ=36.25;MQ0=0;QD=2.45;SB=-0.01;sumGLbyD=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,9:42:99:162,0,1036 1975-ref 80 . A C 806.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.1694;MQ=32.51;MQ0=0;QD=8.67;SB=13.42;sumGLbyD=9.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:80:99:837,0,1375 1975-ref 83 . C T 779.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.5769;MQ=32.99;MQ0=0;QD=7.36;SB=33.51;sumGLbyD=7.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,40:90:99:810,0,1656 1975-ref 104 . G A 1813.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.7015;MQ=32.61;MQ0=0;QD=9.20;SB=-131.05;sumGLbyD=9.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,111:137:99:1843,0,1870 1975-ref 109 . T C 3103.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1091;MQ=32.70;MQ0=0;QD=14.71;SB=-108.99;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,132:171:99:3133,0,1629 1975-ref 164 . G C 4501.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.3188;MQ=32.47;MQ0=0;QD=19.24;SB=-26.62;sumGLbyD=16.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,143:219:99:3804,0,2214 1975-ref 165 . 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T C 10379.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=520;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=135.7590;MQ=36.63;MQ0=0;QD=19.96;SB=-26.62;sumGLbyD=17.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,306:454:99:8984,0,4928 2013-ref 641 . A G 532.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=503;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.0744;MQ=36.40;MQ0=0;QD=1.06;SB=-0.01;sumGLbyD=1.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:441,59:466:99:563,0,13912 2013-ref 712 . T C 11881.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=994;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.0169;MQ=36.75;MQ0=0;QD=11.95;SB=3.00;sumGLbyD=9.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:648,340:894:99:9160,0,17858 2013-ref 768 . A G 12680.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=779;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.0124;MQ=35.30;MQ0=0;QD=16.28;SB=3.00;sumGLbyD=13.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:414,363:725:99:10496,0,11554 2013-ref 780 . A C 7256.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=610;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=87.5168;MQ=34.65;MQ0=0;QD=11.90;SB=3.00;sumGLbyD=9.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:392,217:574:99:5526,0,11709 2013-ref 781 . A G 569 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=609;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=89.1817;MQ=34.65;MQ0=0;QD=0.93;SB=3.00;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:542,67:576:99:599,0,16820 2013-ref 782 . C T 13452.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=558;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.7449;MQ=34.64;MQ0=0;QD=24.11;SB=-37.00;sumGLbyD=21.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,388:504:99:11933,0,3184 2013-ref 788 . C T 5303.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=550;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.8359;MQ=34.62;MQ0=0;QD=9.64;SB=-23.61;sumGLbyD=6.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:383,167:530:99:3706,0,12366 2013-ref 812 . C T 1823.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=404;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.6345;MQ=34.77;MQ0=0;QD=4.51;SB=15.02;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,98:400:99:1853,0,10480 2013-ref 845 . T C 241.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=85.5787;MQ=35.31;MQ0=0;QD=3.96;SB=24.07;sumGLbyD=4.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,14:61:99:272,0,1585 2013-ref 846 . T C 160.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=77.6086;MQ=35.25;MQ0=0;QD=2.73;SB=24.06;sumGLbyD=3.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,12:55:99:191,0,1518 2013-ref 863 . C T 312.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=36.21;MQ0=0;QD=5.69;SB=-138.27;sumGLbyD=6.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,13:51:99:343,0,1248 2013-ref 877 . G C 221.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.52;MQ0=0;QD=5.27;SB=15.04;sumGLbyD=5.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:38:99:251,0,904 2013-ref 910 . C T 1054.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.39;MQ0=0;QD=31.96;SB=-0.01;sumGLbyD=32.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:41.01:1088,41,0 2013-ref 956 . G A 60.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8928;MQ=35.66;MQ0=0;QD=2.64;SB=-0.01;sumGLbyD=3.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:23:90.82:91,0,628 2013-ref 967 . A C 590.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=35.66;MQ0=0;QD=25.66;SB=-0.01;sumGLbyD=26.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,20:22:50.11:620,0,50 2013-ref 974 . A C 678.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9213;MQ=35.82;MQ0=0;QD=26.10;SB=-0.01;sumGLbyD=27.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,23:25:42.61:709,0,43 2013-ref 1038 . C T 1889.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2158;MQ=33.14;MQ0=0;QD=12.27;SB=-43.51;sumGLbyD=12.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,81:132:99:1920,0,1757 2013-ref 1046 . C G 2651.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=244;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.3552;MQ=33.36;MQ0=0;QD=10.87;SB=-208.91;sumGLbyD=10.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,104:208:99:2682,0,3254 2013-ref 1050 . C T 5710.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=29.2114;MQ=33.71;MQ0=0;QD=18.36;SB=-49.93;sumGLbyD=15.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,178:288:99:4805,0,3616 2013-ref 1087 . G A 7186.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=406;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.4970;MQ=33.26;MQ0=0;QD=17.70;SB=-35.19;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,225:394:99:5998,0,5426 2013-ref 1088 . A G 7610.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=417;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.0950;MQ=33.18;MQ0=0;QD=18.25;SB=-35.19;sumGLbyD=15.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,236:400:99:6404,0,5115 2013-ref 1111 . A G 5628.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=624;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.1377;MQ=34.08;MQ0=0;QD=9.02;SB=33.02;sumGLbyD=6.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:459,163:602:99:3813,0,13964 2013-ref 1123 . C T 13877.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=555;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9067;MQ=35.15;MQ0=0;QD=25.00;SB=-1229.09;sumGLbyD=22.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,424:509:99:12342,0,2706 2013-ref 1129 . G A 14067.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=566;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.0425;MQ=35.36;MQ0=0;QD=24.85;SB=-1320.80;sumGLbyD=22.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,419:527:99:12479,0,3527 2013-ref 1191 . A G 13933.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=655;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.7571;MQ=34.67;MQ0=0;QD=21.27;SB=-0.01;sumGLbyD=18.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:247,407:629:99:12037,0,6915 2013-ref 1204 . A C 13429.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=661;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.2593;MQ=33.39;MQ0=0;QD=20.32;SB=-26.62;sumGLbyD=17.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,418:624:99:11548,0,6776 2013-ref 1216 . A G 12142.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=606;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5233;MQ=32.89;MQ0=0;QD=20.04;SB=-26.62;sumGLbyD=17.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,379:586:99:10375,0,6382 2013-ref 1245 . T C 6918.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=398;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.3440;MQ=31.81;MQ0=0;QD=17.38;SB=-17.69;sumGLbyD=14.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,229:380:99:5699,0,4696 2013-ref 1248 . G A 4399.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=301;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.9785;MQ=33.46;MQ0=0;QD=14.62;SB=3.00;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,143:281:99:3552,0,4554 2013-ref 1281 . 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A G 19793.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=932;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.6425;MQ=36.79;MQ0=0;QD=21.24;SB=-58.40;sumGLbyD=18.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:373,558:872:99:17166,0,10625 2026-ref 866 . C A 13108.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=890;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=51.6053;MQ=36.81;MQ0=0;QD=14.73;SB=-51.03;sumGLbyD=11.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:522,366:842:99:10535,0,16097 2026-ref 929 . G A 17491.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.2452;MQ=36.94;MQ0=0;QD=17.49;SB=-33.98;sumGLbyD=14.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:519,478:943:99:14577,0,15580 2026-ref 977 . C T 12642.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=135.5107;MQ=36.17;MQ0=0;QD=12.64;SB=-28.78;sumGLbyD=10.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:508,478:723:99:10361,0,10872 2026-ref 1027 . T C 17415.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.2127;MQ=36.54;MQ0=0;QD=17.42;SB=-50.24;sumGLbyD=14.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:506,490:949:99:14529,0,15053 2026-ref 1034 . C T 12844.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=934;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=59.1264;MQ=36.48;MQ0=0;QD=13.75;SB=-109.97;sumGLbyD=11.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:491,423:820:99:10322,0,14267 2026-ref 1096 . C T 17213.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.1585;MQ=35.88;MQ0=0;QD=17.21;SB=-23.62;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:513,485:922:99:14398,0,14053 2026-ref 1113 . C T 13071.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.7611;MQ=36.31;MQ0=0;QD=13.07;SB=-103.47;sumGLbyD=10.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:630,370:976:99:10131,0,21027 2026-ref 1135 . A G 34589.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=49.3873;MQ=36.48;MQ0=0;QD=34.59;SB=-131.65;sumGLbyD=34.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,985:924:99:34184,2515,0 2026-ref 1191 . C A 14264.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=57.7986;MQ=36.81;MQ0=0;QD=14.26;SB=-0.01;sumGLbyD=11.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:563,434:885:99:11598,0,15884 2026-ref 1216 . C T 14878.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=60.3262;MQ=36.81;MQ0=0;QD=14.88;SB=-36.31;sumGLbyD=12.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:552,439:919:99:12079,0,16525 2026-ref 1279 . T C 15475.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=936;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=66.2508;MQ=36.84;MQ0=0;QD=16.53;SB=-0.01;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:472,461:838:99:12916,0,13376 2026-ref 1600 . A G 27939.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=906;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=64.0275;MQ=36.80;MQ0=0;QD=30.84;SB=-69.63;sumGLbyD=30.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,896:766:99:27935,2304,0 2026-ref 1693 . A G 32828.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=960;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=83.6939;MQ=36.59;MQ0=0;QD=34.20;SB=-149.50;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,943:870:99:32476,2369,0 2026-ref 1699 . T A 16456.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=888;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.2701;MQ=36.58;MQ0=0;QD=18.53;SB=-59.76;sumGLbyD=15.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:386,488:766:99:14012,0,9685 2026-ref 1781 . G A 7527.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=678;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.1842;MQ=36.79;MQ0=0;QD=11.10;SB=-0.01;sumGLbyD=8.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:454,221:608:99:5695,0,13210 2026-ref 1805 . A T 21250.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=908;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.9929;MQ=36.84;MQ0=0;QD=23.40;SB=-73.31;sumGLbyD=20.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,603:833:99:18707,0,6975 2026-ref 1962 . G T 5473.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=296;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0780;MQ=35.62;MQ0=0;QD=18.49;SB=-346.85;sumGLbyD=15.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,159:279:99:4633,0,3831 2026-ref 1965 . T C 5158.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=288;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.0776;MQ=35.61;MQ0=0;QD=17.91;SB=-209.94;sumGLbyD=15.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,150:277:99:4323,0,4047 2026-ref 2002 . G A 3077.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.0276;MQ=36.49;MQ0=0;QD=12.93;SB=-26.62;sumGLbyD=13.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,111:220:99:3107,0,3705 2026-ref 2100 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0 2052-ref 29 . T G 797.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5406;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=14.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:51:99:828,0,774 2052-ref 637 . A C 5467.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=288;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9121;MQ=36.97;MQ0=0;QD=18.98;SB=-0.01;sumGLbyD=16.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,163:262:99:4678,0,3525 2052-ref 874 . C T 2280.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.8282;MQ=36.93;MQ0=0;QD=15.62;SB=3.00;sumGLbyD=15.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,74:143:99:2311,0,2255 2052-ref 1762 . C T 7448.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.9882;MQ=36.83;MQ0=0;QD=20.69;SB=-50.23;sumGLbyD=17.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,219:329:99:6457,0,3865 2052-ref 1929 . A C 8272.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=542;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.8878;MQ=36.93;MQ0=0;QD=15.26;SB=-0.01;sumGLbyD=12.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,229:510:99:6502,0,9374 2052-ref 2014 . C T 8550.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=452;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6965;MQ=36.93;MQ0=0;QD=18.92;SB=-0.01;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,241:422:99:7279,0,6034 2052-ref 2186 . C G 2440.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9457;MQ=36.81;MQ0=0;QD=15.25;SB=-0.01;sumGLbyD=15.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,80:157:99:2470,0,2547 2052-ref 2299 . A T 8600.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=508;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.4970;MQ=36.60;MQ0=0;QD=16.93;SB=-21.28;sumGLbyD=14.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:251,256:449:99:7248,0,6753 2052-ref 2334 . T C 8698.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=454;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.1337;MQ=36.78;MQ0=0;QD=19.16;SB=3.00;sumGLbyD=16.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,246:427:99:7412,0,6146 2052-ref 2572 . A T 12427.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=642;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.5577;MQ=36.91;MQ0=0;QD=19.36;SB=3.00;sumGLbyD=16.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:272,365:581:99:10618,0,7735 2052-ref 2707 . C T 958.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2556;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.39;SB=-0.01;sumGLbyD=28.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:28:84.19:992,84,0 2052-ref 2779 . T G 91.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.32;SB=-0.01;sumGLbyD=11.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:121,0,246 2052-ref 2784 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0 2054-ref 15 . G A 2638.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1510;MQ=36.89;MQ0=0;QD=28.68;SB=-68.21;sumGLbyD=29.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:73:99:2672,220,0 2054-ref 233 . 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T C 2732.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=208;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7790;MQ=36.27;MQ0=0;QD=13.14;SB=-0.01;sumGLbyD=13.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,104:186:99:2762,0,2995 2054-ref 501 . T C 11368.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=662;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.1951;MQ=34.58;MQ0=0;QD=17.17;SB=-60.62;sumGLbyD=14.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:326,335:644:99:9427,0,9832 2054-ref 522 . C T 7008.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=528;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.8613;MQ=34.04;MQ0=0;QD=13.27;SB=-54.58;sumGLbyD=10.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:307,221:504:99:5489,0,9282 2054-ref 525 . T C 5378.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=457;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5027;MQ=33.78;MQ0=0;QD=11.77;SB=3.00;sumGLbyD=8.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:278,178:439:99:4054,0,8684 2054-ref 536 . G A 2852.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=378;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.4850;MQ=34.58;MQ0=0;QD=7.55;SB=3.00;sumGLbyD=7.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:246,129:350:99:2882,0,7250 2054-ref 640 . G A 5301.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=331;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.9486;MQ=36.79;MQ0=0;QD=16.02;SB=3.00;sumGLbyD=13.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,148:317:99:4346,0,5780 2054-ref 667 . C T 5005.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.2857;MQ=36.55;MQ0=0;QD=16.97;SB=-26.62;sumGLbyD=14.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,150:270:99:4192,0,4138 2054-ref 712 . C G 7974.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6140;MQ=36.05;MQ0=0;QD=33.79;SB=-28.66;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,235:216:99:7943,619,0 2054-ref 726 . A G 7790.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9131;MQ=36.02;MQ0=0;QD=32.60;SB=-53.31;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,236:211:99:7789,635,0 2054-ref 862 . T G 7051.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=677;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=62.7204;MQ=36.46;MQ0=0;QD=10.42;SB=-23.61;sumGLbyD=7.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:470,205:624:99:5108,0,13661 2054-ref 864 . G A 6770.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=659;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=64.9494;MQ=36.45;MQ0=0;QD=10.27;SB=-23.61;sumGLbyD=7.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:467,189:632:99:4797,0,14736 2054-ref 871 . G A 21469.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=634;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.1492;MQ=36.39;MQ0=0;QD=33.86;SB=-0.01;sumGLbyD=33.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,627:593:99:21210,1586,0 2054-ref 908 . G A 12602.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.4459;MQ=36.87;MQ0=0;QD=12.60;SB=-0.01;sumGLbyD=9.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:627,372:922:99:9786,0,19010 2054-ref 1122 . A G 14668.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=904;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=130.1844;MQ=36.46;MQ0=0;QD=16.23;SB=-0.01;sumGLbyD=13.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:437,458:798:99:12263,0,11684 2054-ref 1195 . A C 14137.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=865;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=61.0881;MQ=36.83;MQ0=0;QD=16.34;SB=-0.01;sumGLbyD=13.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:465,398:789:99:11723,0,13369 2054-ref 1332 . G C 5790.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8505;MQ=35.89;MQ0=0;QD=28.66;SB=-0.01;sumGLbyD=25.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,160:185:99:5196,0,587 2054-ref 1345 . A G 5694.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.3431;MQ=34.85;MQ0=0;QD=31.99;SB=-0.01;sumGLbyD=30.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,164:166:99:5413,219,0 2054-ref 1393 . A G 729.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.8328;MQ=35.33;MQ0=0;QD=3.12;SB=-0.01;sumGLbyD=3.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,45:199:99:760,0,5112 2054-ref 1397 . G A 472.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.4240;MQ=35.31;MQ0=0;QD=2.03;SB=-26.62;sumGLbyD=2.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,40:201:99:502,0,5625 2054-ref 1403 . C A 22.74 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.7832;MQ=35.79;MQ0=0;QD=0.10;SB=-23.10;sumGLbyD=0.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,24:207:52.71:53,0,6156 2054-ref 1415 . G A 25.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7721;MQ=36.39;MQ0=0;QD=0.11;SB=-23.68;sumGLbyD=0.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,32:208:55.70:56,0,6333 2054-ref 1422 . T C 733.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3312;MQ=36.78;MQ0=0;QD=3.15;SB=-201.87;sumGLbyD=3.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,46:220:99:764,0,6056 2054-ref 1484 . A G 5224.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=302;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3599;MQ=36.83;MQ0=0;QD=17.30;SB=-0.01;sumGLbyD=14.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,155:276:99:4393,0,4358 2054-ref 1499 . A G 5022.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6991;MQ=36.86;MQ0=0;QD=18.00;SB=-0.01;sumGLbyD=15.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,136:273:99:4200,0,4479 2054-ref 1570 . T A 817.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2889;MQ=36.58;MQ0=0;QD=8.43;SB=-101.68;sumGLbyD=8.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,30:93:99:847,0,2155 2054-ref 1587 . G T 76.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7709;MQ=36.64;MQ0=0;QD=1.36;SB=-0.01;sumGLbyD=1.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,7:54:99:106,0,1582 2054-ref 1593 . G A 19.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.60;MQ0=0;QD=0.38;SB=-0.01;sumGLbyD=0.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,5:50:49.57:50,0,1558 2054-ref 1668 . C T 127.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9993;MQ=36.32;MQ0=0;QD=8.48;SB=-0.01;sumGLbyD=10.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:14:99:157,0,317 2054-ref 1673 . G T 123.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:153,0,269 2077-ref 76 . T C 270.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4454;MQ=34.08;MQ0=0;QD=6.30;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:37:99:301,0,777 2077-ref 92 . A G 839.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8151;MQ=31.20;MQ0=0;QD=17.87;SB=-0.01;sumGLbyD=18.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:26:78.15:873,78,0 2077-ref 111 . C A 507 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=29.93;MQ0=0;QD=11.52;SB=-0.01;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:35:99:537,0,330 2077-ref 124 . G A 1217.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.44;MQ0=0;QD=30.43;SB=-38.58;sumGLbyD=31.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1250,117,0 2077-ref 149 . C T 447.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8938;MQ=29.79;MQ0=0;QD=15.97;SB=-105.71;sumGLbyD=17.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:28:24.47:480,24,0 2181-ref 75 . A T 29.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.97;SB=-0.01;sumGLbyD=19.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:60,0,31 2181-ref 106 . G A 77.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.78;SB=-0.01;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:8:99:108,0,121 2181-ref 109 . A G 79.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.91;SB=-0.01;sumGLbyD=10.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:8:99:109,0,133 2181-ref 142 . G A 148.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.38;SB=-37.00;sumGLbyD=14.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:179,0,196 2181-ref 191 . C T 203.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.54;SB=-0.01;sumGLbyD=21.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:234,0,120 2181-ref 294 . A C 524.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1954;MQ=36.64;MQ0=0;QD=18.72;SB=-0.01;sumGLbyD=19.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,21:23:99:554,0,162 2181-ref 333 . 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A C 299.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.96;SB=-0.01;sumGLbyD=33.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.08:333,27,0 2181-ref 559 . T C 54.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.15;MQ0=0;QD=4.56;SB=-0.01;sumGLbyD=7.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:11:84.71:85,0,265 2181-ref 615 . T C 523.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=36.37;MQ0=0;QD=32.75;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.13:557,45,0 2181-ref 669 . C T 93.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.79;MQ0=0;QD=8.46;SB=-0.01;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:10:99:123,0,155 2181-ref 724 . G C 360.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.77;SB=-0.01;sumGLbyD=27.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:75.76:391,0,76 2181-ref 765 . 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T A 169.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=36.22;MQ0=0;QD=2.60;SB=-0.01;sumGLbyD=3.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,11:62:99:199,0,1629 2196-ref 1337 . T G 637.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.9997;MQ=36.93;MQ0=0;QD=4.65;SB=-0.01;sumGLbyD=4.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,29:132:99:668,0,3552 2228-ref 70 . G A 1801.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2875;MQ=35.97;MQ0=0;QD=13.85;SB=3.00;sumGLbyD=14.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,70:112:99:1831,0,1517 2228-ref 80 . T C 1934.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3461;MQ=35.57;MQ0=0;QD=13.62;SB=6.01;sumGLbyD=13.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,75:124:99:1965,0,1758 2228-ref 113 . C T 476.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8137;MQ=34.75;MQ0=0;QD=6.90;SB=-0.01;sumGLbyD=7.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:59:99:506,0,1250 2228-ref 126 . 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G C 1761.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4572;MQ=36.59;MQ0=0;QD=11.74;SB=-89.23;sumGLbyD=11.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,58:148:99:1792,0,2972 2228-ref 1071 . G A 1632.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9375;MQ=36.47;MQ0=0;QD=9.55;SB=-92.25;sumGLbyD=9.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,56:169:99:1663,0,3751 2228-ref 1074 . A C 4258.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9375;MQ=36.47;MQ0=0;QD=24.91;SB=-202.38;sumGLbyD=21.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,115:169:99:3750,0,1676 2228-ref 1144 . A T 2277.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4637;MQ=36.80;MQ0=0;QD=19.14;SB=-278.87;sumGLbyD=19.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,84:105:99:2307,0,915 2228-ref 1174 . A G 1252.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9132;MQ=36.75;MQ0=0;QD=7.12;SB=30.05;sumGLbyD=7.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,51:154:99:1282,0,3489 2228-ref 1353 . C A 2309.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=32.07;MQ0=0;QD=32.53;SB=-139.26;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:68:99:2342,204,0 2228-ref 1632 . T A 3044.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=219;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=12.1181;MQ=33.67;MQ0=0;QD=13.90;SB=6.00;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,117:200:99:3075,0,2656 2228-ref 1641 . T C 4091.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7379;MQ=32.89;MQ0=0;QD=17.94;SB=-20.61;sumGLbyD=15.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,130:218:99:3434,0,2764 2228-ref 1665 . G T 4784.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3525;MQ=33.17;MQ0=0;QD=18.99;SB=-376.02;sumGLbyD=16.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,149:236:99:4073,0,2620 2228-ref 1675 . A T 3055.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=199;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7799;MQ=32.71;MQ0=0;QD=15.35;SB=-319.86;sumGLbyD=15.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,117:190:99:3085,0,2268 2228-ref 1692 . G A 2412.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8147;MQ=34.90;MQ0=0;QD=18.85;SB=-313.99;sumGLbyD=19.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,84:119:99:2443,0,1084 2228-ref 1853 . T A 1096.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3971;MQ=36.49;MQ0=0;QD=16.86;SB=-0.01;sumGLbyD=17.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,41:59:99:1126,0,710 2228-ref 1866 . C A 714.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7040;MQ=36.88;MQ0=0;QD=8.22;SB=-0.01;sumGLbyD=8.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,26:85:99:745,0,2009 2228-ref 1871 . G A 667.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7039;MQ=36.89;MQ0=0;QD=7.25;SB=-0.01;sumGLbyD=7.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,26:87:99:697,0,2103 2228-ref 1917 . C T 1090.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.42;MQ0=0;QD=31.15;SB=-40.01;sumGLbyD=32.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:30:90.27:1123,90,0 2228-ref 1933 . A G 223.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9380;MQ=36.27;MQ0=0;QD=7.97;SB=3.00;sumGLbyD=9.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:25:99:253,0,511 2230-ref 47 . G A 2781.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4736;MQ=36.40;MQ0=0;QD=14.87;SB=-0.01;sumGLbyD=15.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,96:173:99:2811,0,2547 2230-ref 68 . A G 5213.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=313;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.8786;MQ=36.58;MQ0=0;QD=16.66;SB=3.00;sumGLbyD=13.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,154:285:99:4354,0,4392 2230-ref 127 . A T 8923.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=481;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.4582;MQ=36.98;MQ0=0;QD=18.55;SB=-0.01;sumGLbyD=15.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,250:456:99:7512,0,6586 2230-ref 215 . A G 14487.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=777;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.9400;MQ=36.89;MQ0=0;QD=18.65;SB=-26.62;sumGLbyD=15.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:354,422:688:99:12414,0,8530 2230-ref 317 . G A 8903.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=425;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.5827;MQ=36.43;MQ0=0;QD=20.95;SB=3.00;sumGLbyD=18.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,251:409:99:7671,0,5202 2230-ref 342 . A G 9088.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=407;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2048;MQ=36.43;MQ0=0;QD=22.33;SB=-33.31;sumGLbyD=19.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,248:391:99:7837,0,4362 2230-ref 368 . A G 10199.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7164;MQ=36.72;MQ0=0;QD=35.66;SB=-29.63;sumGLbyD=35.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,286:272:99:10198,818,0 2230-ref 438 . T G 10467.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=550;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.2338;MQ=36.84;MQ0=0;QD=19.03;SB=-62.19;sumGLbyD=16.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:245,304:510:99:8931,0,7141 2230-ref 506 . T C 9484.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=462;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.7572;MQ=36.74;MQ0=0;QD=20.53;SB=-37.00;sumGLbyD=17.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,255:437:99:8025,0,5344 2230-ref 614 . G T 19094.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=527;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.0676;MQ=36.94;MQ0=0;QD=36.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,525:497:99:19061,1463,0 2230-ref 715 . G C 564.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=354;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.8152;MQ=36.80;MQ0=0;QD=1.60;SB=3.00;sumGLbyD=1.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:308,45:334:99:595,0,9919 2230-ref 923 . T C 11654.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=575;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9593;MQ=36.74;MQ0=0;QD=20.27;SB=-21.70;sumGLbyD=17.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:261,314:558:99:9973,0,8089 2230-ref 939 . G A 11118.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=578;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.6702;MQ=36.77;MQ0=0;QD=19.24;SB=-26.62;sumGLbyD=16.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:268,309:553:99:9452,0,8124 2230-ref 1042 . T A 5014.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=18.7575;MQ=36.71;MQ0=0;QD=19.44;SB=3.00;sumGLbyD=16.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,150:230:99:4284,0,2802 2230-ref 1171 . 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C T 10770.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=314;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.3992;MQ=36.81;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,310:289:99:10700,863,0 2230-ref 1403 . A G 6110.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=357;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.9093;MQ=36.89;MQ0=0;QD=17.11;SB=3.00;sumGLbyD=14.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,171:341:99:5045,0,5429 2230-ref 1554 . C G 1544.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.8108;MQ=36.63;MQ0=0;QD=8.17;SB=-0.01;sumGLbyD=8.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,62:147:99:1575,0,2712 2230-ref 1651 . T A 38.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.7737;MQ=36.64;MQ0=0;QD=1.37;SB=-0.01;sumGLbyD=2.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,4:27:68.39:68,0,817 2230-ref 1652 . T C 405.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.7741;MQ=36.61;MQ0=0;QD=15.59;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:26:99:435,0,353 2230-ref 1675 . 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T C 5300.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=561;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=73.7308;MQ=36.68;MQ0=0;QD=9.45;SB=3.00;sumGLbyD=7.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:324,219:368:99:4138,0,7122 2308-ref 349 . G A 13024.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=715;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.9679;MQ=36.77;MQ0=0;QD=18.22;SB=-26.62;sumGLbyD=15.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:337,377:644:99:11084,0,9314 2308-ref 647 . A G 5260.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=270;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6229;MQ=36.93;MQ0=0;QD=19.48;SB=-0.01;sumGLbyD=16.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,148:253:99:4499,0,3600 2308-ref 806 . T C 3145.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5728;MQ=36.79;MQ0=0;QD=16.47;SB=-0.01;sumGLbyD=16.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,109:174:99:3175,0,2364 2308-ref 857 . T C 11726.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=605;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.5971;MQ=36.88;MQ0=0;QD=19.38;SB=-53.24;sumGLbyD=16.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:293,311:597:99:9909,0,9191 2308-ref 938 . T C 11017.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=684;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.0169;MQ=36.94;MQ0=0;QD=16.11;SB=3.00;sumGLbyD=13.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:353,324:613:99:9171,0,10166 2308-ref 1067 . G A 6905.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=406;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=54.3097;MQ=36.90;MQ0=0;QD=17.01;SB=-398.52;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,191:387:99:5740,0,6616 2308-ref 1172 . A G 154.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.9604;MQ=36.55;MQ0=0;QD=1.73;SB=6.00;sumGLbyD=2.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,13:89:99:184,0,2682 2308-ref 1176 . C T 735.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.85;MQ0=0;QD=10.97;SB=-72.57;sumGLbyD=11.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:765,0,1434 2331-ref 73 . G A 1721.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9836;MQ=36.94;MQ0=0;QD=10.90;SB=-0.01;sumGLbyD=11.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,59:157:99:1751,0,3342 2331-ref 126 . G T 1799.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3839;MQ=36.70;MQ0=0;QD=13.33;SB=3.00;sumGLbyD=13.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,64:127:99:1829,0,2148 2331-ref 143 . T A 1487.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3586;MQ=36.59;MQ0=0;QD=12.19;SB=3.00;sumGLbyD=12.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:118:99:1517,0,2137 2331-ref 260 . T C 22.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.4195;MQ=36.45;MQ0=0;QD=0.23;SB=-0.01;sumGLbyD=0.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,10:81:52.31:52,0,2452 2331-ref 284 . A G 2593.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8948;MQ=36.60;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:70:99:2627,211,0 2331-ref 315 . A G 13.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.4606;MQ=36.65;MQ0=0;QD=0.23;SB=-0.01;sumGLbyD=0.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,6:57:43.34:43,0,1760 2331-ref 318 . T C 798.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0467;MQ=36.83;MQ0=0;QD=13.30;SB=-0.01;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:57:99:828,0,964 2331-ref 382 . G A 640.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0428;MQ=36.93;MQ0=0;QD=4.39;SB=-0.01;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,29:140:99:671,0,3653 2331-ref 416 . G A 380.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.1015;MQ=36.15;MQ0=0;QD=3.52;SB=-33.31;sumGLbyD=3.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,21:105:99:410,0,2911 2331-ref 443 . A G 239.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.7939;MQ=36.30;MQ0=0;QD=2.35;SB=-30.99;sumGLbyD=2.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,16:101:99:269,0,2929 2331-ref 448 . G A 212.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.3966;MQ=36.30;MQ0=0;QD=2.11;SB=-30.99;sumGLbyD=2.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,15:98:99:243,0,2875 2331-ref 453 . C T 730.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.3967;MQ=36.32;MQ0=0;QD=8.12;SB=-23.61;sumGLbyD=8.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,29:88:99:761,0,2024 2331-ref 471 . C T 679.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5594;MQ=36.55;MQ0=0;QD=6.07;SB=-26.62;sumGLbyD=6.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,29:104:99:710,0,2665 2331-ref 578 . G A 745.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6361;MQ=35.24;MQ0=0;QD=4.72;SB=-0.01;sumGLbyD=4.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,38:141:99:776,0,3447 2331-ref 584 . T C 749.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8124;MQ=34.93;MQ0=0;QD=5.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,38:127:99:779,0,3061 2331-ref 593 . T C 595.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.96;MQ0=0;QD=4.69;SB=-0.01;sumGLbyD=4.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,32:119:99:626,0,2935 2331-ref 602 . 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G A 372.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.7632;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.65;SB=-0.01;sumGLbyD=7.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:53:99:403,0,1084 2331-ref 759 . G T 109.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7551;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.80;SB=-0.01;sumGLbyD=2.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,9:55:99:140,0,1572 2331-ref 787 . T A 471.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=6.3035;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.02;SB=-0.01;sumGLbyD=5.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,23:87:99:502,0,2177 2331-ref 884 . G T 854.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6950;MQ=36.80;MQ0=0;QD=8.55;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,34:93:99:885,0,1932 2331-ref 920 . G T 217.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.0353;MQ=36.31;MQ0=0;QD=3.68;SB=-0.01;sumGLbyD=4.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,11:51:99:247,0,1304 2331-ref 953 . 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T C 4947.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5989;MQ=33.18;MQ0=0;QD=27.04;SB=-49.33;sumGLbyD=24.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,158:164:99:4453,0,248 2407-ref 707 . A T 288.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9523;MQ=33.01;MQ0=0;QD=1.67;SB=6.00;sumGLbyD=1.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,24:161:99:319,0,4118 2407-ref 861 . C A 87.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=16.8829;MQ=36.33;MQ0=0;QD=0.71;SB=-0.01;sumGLbyD=0.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,13:110:99:117,0,3329 2407-ref 868 . A G 471.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.0486;MQ=36.37;MQ0=0;QD=3.60;SB=-0.01;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,26:121:99:501,0,3137 2407-ref 878 . A C 84.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.7440;MQ=36.26;MQ0=0;QD=0.44;SB=-0.01;sumGLbyD=0.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,18:169:99:115,0,5092 2407-ref 896 . 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G T 2021.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.9443;MQ=35.89;MQ0=0;QD=8.12;SB=-0.01;sumGLbyD=8.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,79:242:99:2052,0,5201 2407-ref 1246 . A G 2162.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.9942;MQ=35.79;MQ0=0;QD=9.16;SB=-0.01;sumGLbyD=9.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,86:230:99:2193,0,4888 2407-ref 1256 . T G 1148.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8402;MQ=35.83;MQ0=0;QD=5.74;SB=-35.57;sumGLbyD=5.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,61:182:99:1179,0,4476 2407-ref 1283 . G T 2220.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.6915;MQ=36.41;MQ0=0;QD=11.75;SB=-0.01;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,82:175:99:2250,0,3195 2407-ref 1310 . A C 2677.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.1750;MQ=36.52;MQ0=0;QD=10.63;SB=-18.69;sumGLbyD=10.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,90:232:99:2708,0,4585 2407-ref 1364 . C G 462.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.5971;MQ=36.54;MQ0=0;QD=2.35;SB=-26.62;sumGLbyD=2.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,30:184:99:492,0,5259 2407-ref 1365 . A G 324.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.0683;MQ=36.52;MQ0=0;QD=1.72;SB=-26.62;sumGLbyD=1.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,25:173:99:354,0,5050 2407-ref 1395 . C T 81.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0913;MQ=36.50;MQ0=0;QD=0.67;SB=-0.01;sumGLbyD=0.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,12:102:99:111,0,3096 2407-ref 1475 . A G 1853.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=54.5796;MQ=36.81;MQ0=0;QD=11.51;SB=-0.01;sumGLbyD=11.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,63:150:99:1883,0,2874 2407-ref 1481 . A G 1378.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=329;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=66.0334;MQ=36.78;MQ0=0;QD=4.19;SB=-0.01;sumGLbyD=4.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:259,67:312:99:1408,0,8471 2407-ref 1482 . G A 8451.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=64.7525;MQ=36.78;MQ0=0;QD=25.85;SB=-0.01;sumGLbyD=22.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,232:308:99:7473,0,2353 2407-ref 1590 . A G 955.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8928;MQ=36.88;MQ0=0;QD=11.52;SB=-448.24;sumGLbyD=11.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:74:99:986,0,1322 2407-ref 1593 . T G 1247.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9953;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.51;SB=-177.67;sumGLbyD=14.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:76:99:1278,0,1072 2407-ref 1603 . A G 1301.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8601;MQ=36.50;MQ0=0;QD=12.76;SB=-603.29;sumGLbyD=13.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:95:99:1331,0,1745 2407-ref 1629 . A G 1828.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.1559;MQ=35.87;MQ0=0;QD=13.55;SB=-657.06;sumGLbyD=13.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,66:122:99:1859,0,1982 2407-ref 1665 . 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G A 1256.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.8458;MQ=35.31;MQ0=0;QD=17.21;SB=-26.62;sumGLbyD=17.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:51:99:1286,0,293 2409-ref 145 . A C 943.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4402;MQ=35.36;MQ0=0;QD=13.68;SB=-26.62;sumGLbyD=14.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:48:99:974,0,475 2409-ref 184 . T G 875.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2721;MQ=35.66;MQ0=0;QD=6.04;SB=-106.47;sumGLbyD=6.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,39:132:99:906,0,3138 2409-ref 200 . C T 509.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9228;MQ=35.46;MQ0=0;QD=3.47;SB=-101.55;sumGLbyD=3.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,30:138:99:540,0,3759 2409-ref 212 . A G 6349.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8488;MQ=35.57;MQ0=0;QD=32.90;SB=-3.82;sumGLbyD=30.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,181:182:99:5981,217,0 2409-ref 229 . A T 629.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6275;MQ=34.90;MQ0=0;QD=2.56;SB=6.01;sumGLbyD=2.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,42:237:99:659,0,6599 2409-ref 249 . A G 6735.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=294;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.0791;MQ=34.74;MQ0=0;QD=22.91;SB=-0.01;sumGLbyD=19.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,201:273:99:5850,0,2065 2409-ref 261 . G T 12436.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=377;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3286;MQ=35.11;MQ0=0;QD=32.99;SB=-0.01;sumGLbyD=32.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,373:345:99:12395,1035,0 2409-ref 264 . A G 5773 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=431;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.2664;MQ=35.40;MQ0=0;QD=13.39;SB=-0.01;sumGLbyD=10.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:247,182:385:99:4612,0,6988 2409-ref 288 . A C 6893.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=512;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.8115;MQ=36.35;MQ0=0;QD=13.46;SB=-63.62;sumGLbyD=10.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:305,206:450:99:5537,0,8176 2409-ref 357 . C A 13044.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.3754;MQ=36.58;MQ0=0;QD=36.24;SB=-0.01;sumGLbyD=36.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,355:343:99:12991,1006,0 2409-ref 396 . A G 640.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.2001;MQ=35.22;MQ0=0;QD=7.91;SB=-76.85;sumGLbyD=8.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,27:73:99:671,0,1369 2409-ref 401 . C G 173.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9039;MQ=34.52;MQ0=0;QD=2.76;SB=-29.78;sumGLbyD=3.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,13:60:99:204,0,1522 2409-ref 424 . C T 804.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7680;MQ=35.17;MQ0=0;QD=10.18;SB=-116.04;sumGLbyD=10.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:76:99:834,0,1471 2409-ref 442 . T C 1082.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.7219;MQ=35.58;MQ0=0;QD=8.33;SB=3.00;sumGLbyD=8.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,47:123:99:1113,0,2621 2409-ref 481 . A G 1896.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3824;MQ=33.70;MQ0=0;QD=11.22;SB=-0.01;sumGLbyD=11.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,80:151:99:1926,0,2497 2409-ref 487 . C T 5570.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3479;MQ=33.66;MQ0=0;QD=32.77;SB=-0.01;sumGLbyD=32.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:158:99:5570,475,0 2409-ref 512 . T G 3644.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4515;MQ=32.83;MQ0=0;QD=30.37;SB=38.57;sumGLbyD=30.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:109:99:3605,289,0 2409-ref 520 . A G 1374.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1168;MQ=33.18;MQ0=0;QD=10.99;SB=3.00;sumGLbyD=11.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,58:110:99:1404,0,1733 2409-ref 561 . A G 5326.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=8.1392;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.88;SB=-56.24;sumGLbyD=32.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,159:155:99:5296,436,0 2409-ref 573 . G A 1494.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7523;MQ=33.81;MQ0=0;QD=8.39;SB=-23.61;sumGLbyD=8.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,67:172:99:1524,0,3491 2409-ref 587 . T C 1605.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7147;MQ=34.11;MQ0=0;QD=8.36;SB=-23.61;sumGLbyD=8.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,74:177:99:1636,0,3489 2409-ref 595 . C G 5535.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.0157;MQ=34.35;MQ0=0;QD=32.00;SB=-0.01;sumGLbyD=31.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,170:156:99:5535,469,0 2409-ref 624 . C G 4011.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.1302;MQ=36.61;MQ0=0;QD=15.55;SB=3.00;sumGLbyD=12.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,114:242:99:3282,0,4111 2409-ref 694 . T C 8222.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=468;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8366;MQ=36.46;MQ0=0;QD=17.57;SB=-23.62;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:245,223:454:99:6855,0,7605 2409-ref 697 . G T 8233.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=485;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.7418;MQ=36.48;MQ0=0;QD=16.98;SB=-50.23;sumGLbyD=14.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:255,230:466:99:6829,0,8134 2409-ref 800 . G C 9716.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=543;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.2861;MQ=36.68;MQ0=0;QD=17.89;SB=3.00;sumGLbyD=15.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:239,302:480:99:8234,0,6413 2409-ref 841 . A T 16949.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=819;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.6430;MQ=36.79;MQ0=0;QD=20.70;SB=3.00;sumGLbyD=17.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:349,468:781:99:14596,0,10259 2409-ref 980 . G A 312.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=422;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.5156;MQ=36.54;MQ0=0;QD=0.74;SB=3.00;sumGLbyD=0.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:376,45:397:99:343,0,11990 2409-ref 981 . G A 216.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=425;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.2770;MQ=36.52;MQ0=0;QD=0.51;SB=6.00;sumGLbyD=0.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:378,42:395:99:246,0,11892 2409-ref 982 . G A 168.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=428;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=37.2767;MQ=36.50;MQ0=0;QD=0.39;SB=6.00;sumGLbyD=0.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:387,39:400:99:198,0,11808 2409-ref 1089 . G A 14071.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=80.8019;MQ=36.88;MQ0=0;QD=14.07;SB=-0.01;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:576,419:898:99:11316,0,16230 2409-ref 1175 . G C 12809.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=703;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.3996;MQ=36.80;MQ0=0;QD=18.22;SB=-121.37;sumGLbyD=15.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:346,357:663:99:10812,0,10371 2409-ref 1241 . T C 732.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9312;MQ=36.15;MQ0=0;QD=15.25;SB=3.00;sumGLbyD=15.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:46:99:762,0,724 2409-ref 1254 . T G 16.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=1.12;SB=-17.13;sumGLbyD=3.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:14:46.75:47,0,374 2474-ref 34 . C A 3083.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=359;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.0192;MQ=36.89;MQ0=0;QD=8.59;SB=-0.01;sumGLbyD=8.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:224,135:302:99:3113,0,6345 2474-ref 105 . T C 16257.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.2689;MQ=36.91;MQ0=0;QD=16.26;SB=-33.99;sumGLbyD=13.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:561,433:939:99:13355,0,16427 2474-ref 574 . T C 10608.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=93.6093;MQ=36.85;MQ0=0;QD=10.61;SB=-57.53;sumGLbyD=7.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:682,311:900:99:7826,0,20584 2474-ref 664 . T C 14564.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.1733;MQ=36.50;MQ0=0;QD=14.56;SB=-54.21;sumGLbyD=11.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:595,402:940:99:11708,0,17601 2474-ref 673 . G A 12417.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=85.5389;MQ=36.69;MQ0=0;QD=12.42;SB=-20.61;sumGLbyD=9.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:610,374:853:99:9722,0,16008 2474-ref 927 . 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C G 7294.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=745;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=58.3118;MQ=36.77;MQ0=0;QD=9.79;SB=-23.55;sumGLbyD=7.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:525,220:675:99:5261,0,16021 2474-ref 1425 . T A 5173.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=536;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=46.2975;MQ=36.83;MQ0=0;QD=9.65;SB=-62.34;sumGLbyD=6.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:389,144:506:99:3609,0,11902 2474-ref 1445 . C T 7671.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=720;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.4792;MQ=36.54;MQ0=0;QD=10.66;SB=-665.54;sumGLbyD=7.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:495,224:648:99:5719,0,14630 2474-ref 1493 . A C 6070.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=742;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.1542;MQ=36.20;MQ0=0;QD=8.18;SB=-517.98;sumGLbyD=5.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:573,168:705:99:3946,0,17901 2474-ref 1498 . C T 5689.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=706;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.8154;MQ=36.15;MQ0=0;QD=8.06;SB=-550.33;sumGLbyD=5.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:548,158:667:99:3679,0,17292 2474-ref 1513 . 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G A 296.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=34.68;MQ0=0;QD=4.43;SB=-0.01;sumGLbyD=4.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,17:62:99:327,0,1505 2474-ref 1630 . A G 231.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3543;MQ=34.44;MQ0=0;QD=3.80;SB=-0.01;sumGLbyD=4.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,15:59:99:262,0,1447 2474-ref 1642 . C T 138.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2775;MQ=34.85;MQ0=0;QD=2.61;SB=-0.01;sumGLbyD=3.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:50:99:169,0,1325 2474-ref 1742 . C T 502.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9651;MQ=36.84;MQ0=0;QD=4.05;SB=-0.01;sumGLbyD=4.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,24:113:99:532,0,2959 2474-ref 1748 . G A 548.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6633;MQ=36.83;MQ0=0;QD=4.73;SB=-0.01;sumGLbyD=4.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,25:110:99:578,0,2933 2491-ref 19 . T C 198.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7269;MQ=34.69;MQ0=0;QD=6.19;SB=-50.23;sumGLbyD=7.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:17:99:228,0,250 2491-ref 33 . A G 726.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7224;MQ=35.45;MQ0=0;QD=13.71;SB=-177.44;sumGLbyD=14.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:36:99:757,0,293 2491-ref 51 . C T 724.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.5498;MQ=36.41;MQ0=0;QD=8.43;SB=-0.01;sumGLbyD=8.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:54:99:755,0,815 2491-ref 442 . A C 1515.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6122;MQ=36.71;MQ0=0;QD=14.30;SB=-60.59;sumGLbyD=14.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:89:99:1546,0,1249 2491-ref 633 . G T 4860.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=299;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.1200;MQ=36.80;MQ0=0;QD=16.26;SB=-36.31;sumGLbyD=13.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,132:291:99:3951,0,5184 2491-ref 665 . C T 11518.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=363;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.3725;MQ=36.81;MQ0=0;QD=31.73;SB=-40.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,359:311:99:11517,936,0 2491-ref 698 . A C 8307.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=436;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4091;MQ=36.86;MQ0=0;QD=19.05;SB=-29.50;sumGLbyD=16.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,264:396:99:7113,0,4693 2491-ref 779 . A C 23061.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=651;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9260;MQ=36.49;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,635:633:99:22511,1357,0 2491-ref 781 . A G 23093.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=638;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.8193;MQ=36.51;MQ0=0;QD=36.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,633:624:99:22893,1718,0 2491-ref 1133 . T A 4765.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=290;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.5509;MQ=36.83;MQ0=0;QD=16.43;SB=-37.00;sumGLbyD=13.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,133:274:99:3940,0,4869 2491-ref 1182 . C T 19079.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=535;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.0603;MQ=35.50;MQ0=0;QD=35.66;SB=-37.80;sumGLbyD=35.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,534:517:99:19051,1552,0 2491-ref 1204 . C T 17888.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=542;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3897;MQ=35.43;MQ0=0;QD=33.01;SB=-0.01;sumGLbyD=32.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,538:499:99:17786,1428,0 2491-ref 1214 . A T 9961.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=516;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.0742;MQ=35.45;MQ0=0;QD=19.31;SB=-23.62;sumGLbyD=16.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:234,282:499:99:8458,0,6778 2491-ref 1250 . G A 7238.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=572;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.5963;MQ=35.72;MQ0=0;QD=12.66;SB=-46.30;sumGLbyD=9.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:348,224:515:99:5686,0,9928 2491-ref 1261 . C G 18760.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=585;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.9798;MQ=35.83;MQ0=0;QD=32.07;SB=-59.25;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,579:516:99:18757,1552,0 2491-ref 1274 . 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T G 537.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.26;MQ0=0;QD=23.36;SB=-0.01;sumGLbyD=24.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:19:57.11:570,57,0 2519-ref 24 . T G 563.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9887;MQ=27.92;MQ0=0;QD=9.38;SB=126.73;sumGLbyD=9.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:56:99:593,0,779 2519-ref 27 . A G 455.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9887;MQ=29.44;MQ0=0;QD=6.61;SB=114.26;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,23:65:99:486,0,1168 2519-ref 58 . A T 1701.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.07;MQ0=0;QD=31.50;SB=-99.95;sumGLbyD=32.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:51:99:1734,153,0 2519-ref 64 . G A 1272.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.07;MQ0=0;QD=23.56;SB=9.00;sumGLbyD=24.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,43:52:99:1302,0,194 2519-ref 122 . T C 301.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.53;SB=-24.67;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:331,0,104 2519-ref 133 . A G 43.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9979;MQ=36.07;MQ0=0;QD=1.96;SB=3.00;sumGLbyD=3.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:21:73.06:73,0,561 2519-ref 158 . A T 468.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.24;MQ0=0;QD=12.67;SB=-0.01;sumGLbyD=13.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:499,0,523 2519-ref 169 . A G 59.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9944;MQ=32.93;MQ0=0;QD=1.76;SB=-0.01;sumGLbyD=2.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:31:89.66:90,0,747 2519-ref 174 . T G 272.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9944;MQ=32.51;MQ0=0;QD=8.80;SB=-0.01;sumGLbyD=9.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:29:99:303,0,495 2519-ref 181 . G A 186.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.47;MQ0=0;QD=7.16;SB=-0.01;sumGLbyD=8.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:25:99:216,0,448 2519-ref 204 . G A 237.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.66;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:270,24,0 2519-ref 234 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 2519-ref 241 . G A 94.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.83;SB=-0.01;sumGLbyD=25.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:4:12.02:127,12,0 2519-ref 390 . G A 94.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.1343;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.51;SB=-36.31;sumGLbyD=4.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:23:99:125,0,612 2519-ref 412 . G A 20.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.87;SB=-0.01;sumGLbyD=2.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,4:23:50.82:51,0,698 2519-ref 447 . C T 103.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4544;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=5.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:20:99:134,0,495 2519-ref 491 . T C 23.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8096;MQ=36.52;MQ0=0;QD=1.12;SB=-0.01;sumGLbyD=2.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,3:20:53.49:53,0,580 2519-ref 526 . T A 217.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=31.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:250,21,0 2519-ref 527 . T C 232.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.21;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:265,21,0 2532-ref 25 . G T 706.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.1027;MQ=36.81;MQ0=0;QD=13.59;SB=-0.01;sumGLbyD=14.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:46:99:737,0,723 2532-ref 80 . G T 1273.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.3272;MQ=34.91;MQ0=0;QD=18.20;SB=-0.01;sumGLbyD=18.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:67:99:1304,0,645 2532-ref 96 . A G 789.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.7691;MQ=34.49;MQ0=0;QD=14.63;SB=3.00;sumGLbyD=15.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:51:99:820,0,642 2532-ref 97 . G T 678.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2383;MQ=34.59;MQ0=0;QD=12.12;SB=3.00;sumGLbyD=12.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:48:99:709,0,721 2532-ref 185 . T A 1033.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8541;MQ=36.69;MQ0=0;QD=15.66;SB=-0.01;sumGLbyD=16.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:54:99:1063,0,494 2532-ref 196 . G T 1057.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7105;MQ=36.38;MQ0=0;QD=16.27;SB=-37.00;sumGLbyD=16.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:63:99:1087,0,832 2532-ref 225 . G A 1219.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8579;MQ=36.73;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=16.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:67:99:1249,0,856 2532-ref 244 . C G 598.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3800;MQ=36.75;MQ0=0;QD=7.30;SB=-0.01;sumGLbyD=7.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,27:66:99:629,0,1414 2532-ref 290 . A G 8435.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9103;MQ=36.45;MQ0=0;QD=35.29;SB=-153.46;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,238:223:99:8434,671,0 2532-ref 329 . A G 4622.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=346;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.6082;MQ=36.24;MQ0=0;QD=13.36;SB=-0.01;sumGLbyD=10.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,157:287:99:3757,0,4971 2532-ref 362 . C G 4427.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=309;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.8569;MQ=36.54;MQ0=0;QD=14.33;SB=3.00;sumGLbyD=11.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,133:274:99:3602,0,4842 2532-ref 631 . A G 4756.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=401;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=43.6658;MQ=36.82;MQ0=0;QD=11.86;SB=-0.01;sumGLbyD=9.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,177:318:99:3797,0,5462 2532-ref 906 . T C 8363.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=469;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.2988;MQ=36.94;MQ0=0;QD=17.83;SB=-20.60;sumGLbyD=15.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,258:410:99:7128,0,5583 2532-ref 1029 . T G 4779.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6968;MQ=36.69;MQ0=0;QD=20.69;SB=-0.01;sumGLbyD=17.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,132:215:99:4132,0,2644 2532-ref 1032 . A G 4837.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4182;MQ=36.70;MQ0=0;QD=20.24;SB=-0.01;sumGLbyD=17.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,135:217:99:4183,0,2582 2532-ref 1136 . A G 2107.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3725;MQ=36.72;MQ0=0;QD=19.16;SB=-37.00;sumGLbyD=19.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,67:106:99:2138,0,1239 2532-ref 1158 . G C 1550.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.0308;MQ=36.31;MQ0=0;QD=35.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:42:99:1584,126,0 2610-ref 8 . A G 119.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7199;MQ=36.27;MQ0=0;QD=2.86;SB=-0.01;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,9:30:99:150,0,676 2610-ref 40 . C T 4449.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=6.4860;MQ=36.00;MQ0=0;QD=33.71;SB=-75.27;sumGLbyD=33.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:120:99:4449,361,0 2610-ref 80 . G T 851.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.2399;MQ=35.80;MQ0=0;QD=4.16;SB=3.00;sumGLbyD=4.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,45:196:99:882,0,5081 2610-ref 84 . G C 6350.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3561;MQ=35.98;MQ0=0;QD=27.73;SB=-26.62;sumGLbyD=24.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,175:217:99:5632,0,959 2610-ref 91 . G C 957.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5048;MQ=36.04;MQ0=0;QD=3.91;SB=3.00;sumGLbyD=4.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,52:228:99:988,0,6002 2610-ref 97 . G T 968.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.1746;MQ=36.34;MQ0=0;QD=3.73;SB=3.00;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,62:231:99:999,0,6046 2610-ref 426 . T G 404.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=13.1471;MQ=36.47;MQ0=0;QD=2.63;SB=-0.01;sumGLbyD=2.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,29:146:99:435,0,4014 2610-ref 470 . C G 4257.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8767;MQ=36.92;MQ0=0;QD=16.96;SB=-0.01;sumGLbyD=14.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,119:229:99:3568,0,3662 2610-ref 665 . 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C G 1830.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.8719;MQ=33.86;MQ0=0;QD=14.41;SB=-0.01;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,66:126:99:1860,0,1828 2610-ref 1103 . T A 4454.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=10.6168;MQ=36.51;MQ0=0;QD=23.20;SB=-35.57;sumGLbyD=20.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,119:187:99:3891,0,2163 2610-ref 1370 . A G 2673.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=304;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.7476;MQ=36.77;MQ0=0;QD=8.80;SB=-26.62;sumGLbyD=8.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,121:248:99:2704,0,4825 2610-ref 1529 . C T 4198.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.0375;MQ=36.40;MQ0=0;QD=13.72;SB=-0.01;sumGLbyD=10.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,119:281:99:3352,0,5516 2610-ref 1550 . C T 3011.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2082;MQ=36.27;MQ0=0;QD=10.80;SB=-0.01;sumGLbyD=10.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,109:266:99:3042,0,5352 2610-ref 1568 . A T 2362.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5733;MQ=36.24;MQ0=0;QD=9.84;SB=-25.65;sumGLbyD=9.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,89:233:99:2392,0,4917 2610-ref 1592 . G T 1363.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1551;MQ=35.84;MQ0=0;QD=12.86;SB=-26.62;sumGLbyD=13.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:96:99:1393,0,1449 2610-ref 1822 . G A 4810.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.6010;MQ=36.90;MQ0=0;QD=15.72;SB=-0.01;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,136:288:99:3916,0,5125 2610-ref 2081 . A T 5444.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=367;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.4285;MQ=36.89;MQ0=0;QD=14.84;SB=-0.01;sumGLbyD=12.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,172:333:99:4441,0,5725 2610-ref 2213 . C G 5669.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=369;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.6493;MQ=36.84;MQ0=0;QD=15.37;SB=-0.01;sumGLbyD=12.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,162:340:99:4645,0,5754 2610-ref 2222 . C T 5210.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=354;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.4773;MQ=36.83;MQ0=0;QD=14.72;SB=-0.01;sumGLbyD=12.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,157:313:99:4267,0,5518 2610-ref 2477 . T C 4540.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=319;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.2448;MQ=36.84;MQ0=0;QD=14.23;SB=-26.62;sumGLbyD=11.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,141:277:99:3705,0,4981 2610-ref 2510 . C T 5269.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=318;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7124;MQ=36.78;MQ0=0;QD=16.57;SB=-0.01;sumGLbyD=13.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,142:304:99:4353,0,5259 2610-ref 2591 . C T 6116.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=312;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.2080;MQ=36.81;MQ0=0;QD=19.61;SB=-0.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,169:296:99:5225,0,4196 2610-ref 2618 . T C 5105.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6881;MQ=36.86;MQ0=0;QD=18.30;SB=-0.01;sumGLbyD=15.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,148:257:99:4332,0,3736 2610-ref 2675 . T C 7242.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=348;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.4550;MQ=36.80;MQ0=0;QD=20.81;SB=-0.01;sumGLbyD=18.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,206:320:99:6278,0,3721 2610-ref 2720 . A T 8858.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=394;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9955;MQ=36.68;MQ0=0;QD=22.48;SB=-23.62;sumGLbyD=19.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,233:387:99:7639,0,4703 2610-ref 2801 . T C 6287.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=299;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.2868;MQ=36.76;MQ0=0;QD=21.03;SB=-26.62;sumGLbyD=18.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,177:274:99:5462,0,3261 2610-ref 2890 . A G 7867.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0847;MQ=32.10;MQ0=0;QD=33.76;SB=-29.63;sumGLbyD=33.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,232:229:99:7828,686,0 2610-ref 2893 . A C 8404.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5533;MQ=32.32;MQ0=0;QD=33.62;SB=-88.87;sumGLbyD=33.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,250:244:99:8402,734,0 2610-ref 2898 . T C 1642.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=257;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2338;MQ=32.23;MQ0=0;QD=6.39;SB=-20.61;sumGLbyD=6.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,83:242:99:1672,0,5046 2610-ref 2903 . T G 9214.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5811;MQ=32.89;MQ0=0;QD=31.24;SB=-81.93;sumGLbyD=31.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,292:269:99:9213,809,0 2610-ref 2967 . A G 16011.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=462;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2555;MQ=35.85;MQ0=0;QD=34.66;SB=-0.01;sumGLbyD=34.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,459:434:99:16009,1306,0 2610-ref 2968 . A T 15799.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=465;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.3460;MQ=35.86;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,461:426:99:15729,1276,0 2610-ref 3042 . G A 9447.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=578;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.8510;MQ=35.78;MQ0=0;QD=16.35;SB=-23.62;sumGLbyD=13.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:295,282:532:99:7818,0,8824 2610-ref 3043 . T C 9663.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=584;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.8510;MQ=35.77;MQ0=0;QD=16.55;SB=-23.62;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:294,290:533:99:8057,0,8455 2610-ref 3073 . A G 18454.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=524;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.0057;MQ=35.93;MQ0=0;QD=35.22;SB=-29.63;sumGLbyD=35.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,524:501:99:18452,1507,0 2610-ref 3107 . A C 20430.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=592;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.0792;MQ=36.23;MQ0=0;QD=34.51;SB=-88.87;sumGLbyD=34.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,589:553:99:20400,1636,0 2610-ref 3161 . G A 6967.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=411;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.3963;MQ=36.71;MQ0=0;QD=16.95;SB=-17.60;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,186:404:99:5750,0,7178 2610-ref 3204 . A G 5224.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=325;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.6855;MQ=36.81;MQ0=0;QD=16.08;SB=-0.01;sumGLbyD=13.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,159:280:99:4381,0,4373 2610-ref 3269 . G C 15723.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=914;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.1857;MQ=36.91;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=14.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:471,441:875:99:13087,0,14222 2610-ref 3312 . G C 14683.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=970;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=57.3880;MQ=36.92;MQ0=0;QD=15.14;SB=-53.24;sumGLbyD=12.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:516,448:852:99:12079,0,14494 2610-ref 3422 . C T 6448.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=397;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.3424;MQ=36.46;MQ0=0;QD=16.24;SB=-23.62;sumGLbyD=13.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,183:369:99:5336,0,6222 2610-ref 3467 . T C 9996.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=296;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.9733;MQ=36.62;MQ0=0;QD=33.77;SB=-59.25;sumGLbyD=33.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,293:270:99:9933,806,0 2610-ref 3530 . T G 12455.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=803;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9692;MQ=36.86;MQ0=0;QD=15.51;SB=-0.01;sumGLbyD=12.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:470,333:782:99:10100,0,14769 2610-ref 3533 . 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G T 2914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.01;MQ0=0;QD=35.54;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:78:99:2947,235,0 2610-ref 3768 . C A 2414.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.80;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=36.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:67:99:2448,202,0 2610-ref 3802 . A G 439.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8710;MQ=35.28;MQ0=0;QD=24.43;SB=37.92;sumGLbyD=26.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:15:5.12:471,5,0 2625-ref 17 . A T 324.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.8768;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.25;SB=-0.01;sumGLbyD=17.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:10:30.08:358,30,0 2625-ref 106 . A G 133.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1480;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.92;SB=-0.01;sumGLbyD=4.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:28:99:163,0,533 2625-ref 305 . G T 211.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.83;SB=-0.01;sumGLbyD=7.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:31:99:242,0,726 2625-ref 371 . G A 506.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8621;MQ=36.73;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=7.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,20:71:99:537,0,1699 2625-ref 451 . C T 967.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1958;MQ=36.83;MQ0=0;QD=8.06;SB=-0.01;sumGLbyD=8.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,39:106:99:998,0,2185 2625-ref 458 . G T 917.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2984;MQ=36.77;MQ0=0;QD=10.31;SB=-0.01;sumGLbyD=10.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:77:99:947,0,1453 2625-ref 499 . G T 1612.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9580;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.72;SB=-0.01;sumGLbyD=18.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,64:75:99:1642,0,648 2625-ref 542 . A C 814.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4583;MQ=36.87;MQ0=0;QD=10.31;SB=-0.01;sumGLbyD=10.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:76:99:845,0,1650 2625-ref 550 . G A 914.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.1889;MQ=36.85;MQ0=0;QD=13.85;SB=-0.01;sumGLbyD=14.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:63:99:944,0,1075 2625-ref 656 . T C 424.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5855;MQ=36.88;MQ0=0;QD=4.99;SB=-0.01;sumGLbyD=5.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,22:75:99:455,0,1943 2625-ref 1172 . T A 1383.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8929;MQ=36.64;MQ0=0;QD=9.88;SB=-0.01;sumGLbyD=10.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,52:123:99:1414,0,2581 2625-ref 1249 . A G 2043.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2233;MQ=36.05;MQ0=0;QD=27.24;SB=-245.41;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:59:99:2076,177,0 2625-ref 1302 . A G 1022.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.5487;MQ=36.66;MQ0=0;QD=8.66;SB=-36.31;sumGLbyD=8.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,40:109:99:1052,0,2319 2625-ref 1364 . G C 1113.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.89;MQ0=0;QD=12.11;SB=-0.01;sumGLbyD=12.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:86:99:1144,0,1600 2625-ref 1478 . A T 807.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2557;MQ=36.83;MQ0=0;QD=13.25;SB=-0.01;sumGLbyD=13.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:60:99:838,0,1059 2625-ref 1605 . A G 978.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9328;MQ=36.76;MQ0=0;QD=11.65;SB=-26.62;sumGLbyD=12.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:81:99:1009,0,1579 2625-ref 1610 . G T 862.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.76;MQ0=0;QD=10.39;SB=-26.62;sumGLbyD=10.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:79:99:892,0,1640 2625-ref 1746 . T C 197.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.92;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:230,18,0 2635-ref 2 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 2635-ref 4 . G T 182.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.80;SB=-0.01;sumGLbyD=26.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:52.91:212,0,53 2635-ref 93 . T G 226.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=447;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=27.0437;MQ=36.88;MQ0=0;QD=0.51;SB=6.01;sumGLbyD=0.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:362,83:365:99:256,0,10926 2635-ref 104 . T C 5591.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=614;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.0612;MQ=36.85;MQ0=0;QD=9.11;SB=12.02;sumGLbyD=6.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:446,168:547:99:3944,0,13475 2635-ref 225 . C T 9529.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=968;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.7158;MQ=36.56;MQ0=0;QD=9.84;SB=-33.30;sumGLbyD=7.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:691,275:898:99:6823,0,21117 2635-ref 258 . C A 10435.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=996;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.0515;MQ=36.19;MQ0=0;QD=10.48;SB=9.00;sumGLbyD=7.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:681,311:933:99:7623,0,20953 2635-ref 303 . G C 12151.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=993;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=112.8656;MQ=36.27;MQ0=0;QD=12.24;SB=-1033.00;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:629,363:923:99:9369,0,18907 2635-ref 304 . C G 11937.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=101.5562;MQ=36.30;MQ0=0;QD=11.94;SB=-977.67;sumGLbyD=9.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:635,358:917:99:9110,0,18947 2635-ref 373 . T C 8899.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=874;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.5963;MQ=36.01;MQ0=0;QD=10.18;SB=-3086.37;sumGLbyD=7.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:627,244:833:99:6351,0,18637 2635-ref 397 . C G 5770.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=593;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.5448;MQ=35.76;MQ0=0;QD=9.73;SB=-725.16;sumGLbyD=6.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:435,157:577:99:4031,0,13842 2635-ref 465 . G A 778.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.4883;MQ=27.30;MQ0=0;QD=3.00;SB=-0.01;sumGLbyD=3.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,55:242:99:809,0,5066 2635-ref 606 . C T 7840.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=988;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=56.7627;MQ=36.75;MQ0=0;QD=7.94;SB=-80.58;sumGLbyD=5.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:769,217:952:99:4936,0,25688 2635-ref 753 . A G 7081.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=931;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=175.5061;MQ=36.21;MQ0=0;QD=7.61;SB=-71.03;sumGLbyD=5.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:698,225:770:99:4760,0,18326 2635-ref 794 . G T 8723.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=61.6770;MQ=36.79;MQ0=0;QD=8.72;SB=12.02;sumGLbyD=6.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:727,270:880:99:5999,0,20989 2635-ref 898 . T C 7153.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=190.3668;MQ=35.54;MQ0=0;QD=7.15;SB=12.49;sumGLbyD=4.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:771,221:889:99:4378,0,22224 2635-ref 900 . C T 2491.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=177.1577;MQ=35.55;MQ0=0;QD=2.49;SB=42.11;sumGLbyD=2.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:835,160:866:99:2522,0,23703 2635-ref 942 . C T 24346.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=775;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.4987;MQ=35.86;MQ0=0;QD=31.42;SB=-29.63;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,754:688:99:24112,2045,0 2635-ref 963 . A G 18059.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=936;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.7198;MQ=35.73;MQ0=0;QD=19.29;SB=-35.57;sumGLbyD=16.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:387,546:848:99:15504,0,10586 2635-ref 983 . C T 33807.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.9676;MQ=36.31;MQ0=0;QD=33.81;SB=-39.32;sumGLbyD=33.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,998:906:99:33773,2723,0 2635-ref 1009 . 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G A 4036.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.0064;MQ=36.77;MQ0=0;QD=18.10;SB=-14.68;sumGLbyD=15.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,119:201:99:3431,0,2658 2663-ref 489 . G A 721.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2791;MQ=36.35;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=15.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:43:99:752,0,595 2663-ref 495 . G A 894.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4024;MQ=36.42;MQ0=0;QD=17.21;SB=-0.01;sumGLbyD=17.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:48:99:925,0,578 2663-ref 672 . C G 1283.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.0388;MQ=35.62;MQ0=0;QD=34.68;SB=-0.01;sumGLbyD=35.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1316,108,0 2663-ref 676 . T G 17.74 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4608;MQ=35.48;MQ0=0;QD=0.66;SB=-0.01;sumGLbyD=1.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,4:27:47.66:48,0,796 2663-ref 682 . 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A C 6867.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6108;MQ=36.84;MQ0=0;QD=35.22;SB=33.43;sumGLbyD=35.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,194:185:99:6833,523,0 2663-ref 1292 . C G 2875.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4794;MQ=36.93;MQ0=0;QD=19.56;SB=-34.79;sumGLbyD=19.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,97:137:99:2906,0,1328 2663-ref 1349 . A T 2304.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7090;MQ=36.67;MQ0=0;QD=10.87;SB=-0.01;sumGLbyD=11.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,78:204:99:2334,0,4163 2663-ref 1364 . A G 2559.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.7144;MQ=36.52;MQ0=0;QD=12.25;SB=-0.01;sumGLbyD=12.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,89:203:99:2590,0,3635 2663-ref 1544 . C T 2400.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7176;MQ=36.81;MQ0=0;QD=11.16;SB=-0.01;sumGLbyD=11.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,102:181:99:2430,0,3056 2663-ref 1583 . G T 4169.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7222;MQ=36.65;MQ0=0;QD=18.05;SB=3.00;sumGLbyD=15.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,124:212:99:3493,0,2978 2663-ref 1595 . C G 5805.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=282;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0349;MQ=36.71;MQ0=0;QD=20.59;SB=-23.61;sumGLbyD=17.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,153:271:99:4989,0,3787 2663-ref 1685 . T C 1716.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8542;MQ=36.94;MQ0=0;QD=10.53;SB=-0.01;sumGLbyD=10.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,62:127:99:1747,0,2112 2663-ref 1736 . T A 2769.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.19;MQ0=0;QD=36.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:74:99:2803,223,0 2663-ref 1747 . G T 1587.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=35.60;MQ0=0;QD=36.08;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:43:99:1620,129,0 2663-ref 1756 . C T 309.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.12;MQ0=0;QD=14.05;SB=-0.01;sumGLbyD=15.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:21:99:339,0,328 2672-ref 119 . G A 24595.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=668;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.6468;MQ=36.77;MQ0=0;QD=36.82;SB=-88.87;sumGLbyD=36.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,666:643:99:24565,1932,0 2672-ref 177 . C T 7965.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=590;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.6516;MQ=36.83;MQ0=0;QD=13.50;SB=-50.23;sumGLbyD=10.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:355,234:542:99:6332,0,10714 2672-ref 254 . T C 8602.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=612;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.1611;MQ=36.84;MQ0=0;QD=14.06;SB=-14.67;sumGLbyD=11.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:359,246:556:99:6793,0,10192 2672-ref 301 . G A 9475.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=568;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.0733;MQ=36.82;MQ0=0;QD=16.68;SB=6.01;sumGLbyD=13.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:296,267:520:99:7882,0,8256 2672-ref 323 . 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T G 12707.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=880;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.8852;MQ=36.56;MQ0=0;QD=14.44;SB=6.01;sumGLbyD=11.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:510,363:835:99:9975,0,16032 2672-ref 688 . A G 16760.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=893;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=51.0906;MQ=36.49;MQ0=0;QD=18.77;SB=-143.15;sumGLbyD=15.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:409,482:851:99:14196,0,12399 2672-ref 702 . T A 16280.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=905;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=34.9518;MQ=36.59;MQ0=0;QD=17.99;SB=-175.78;sumGLbyD=15.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:405,494:817:99:13818,0,11562 2672-ref 903 . A C 530.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9325;MQ=36.80;MQ0=0;QD=10.40;SB=-32.57;sumGLbyD=10.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:49:99:560,0,994 2672-ref 911 . C G 530.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9639;MQ=36.77;MQ0=0;QD=12.06;SB=3.00;sumGLbyD=12.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:561,0,826 2672-ref 919 . 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G C 22.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.3508;MQ=36.14;MQ0=0;QD=0.19;SB=255.15;sumGLbyD=0.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,16:106:52.01:52,0,3191 2714-ref 385 . C T 5833.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=393;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.8190;MQ=36.77;MQ0=0;QD=14.84;SB=-0.01;sumGLbyD=12.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,177:360:99:4749,0,6161 2714-ref 512 . G T 13654.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=74.0302;MQ=36.74;MQ0=0;QD=13.65;SB=-26.62;sumGLbyD=11.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:541,455:837:99:11101,0,14387 2714-ref 538 . C G 17634.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=946;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=84.2372;MQ=36.72;MQ0=0;QD=18.64;SB=12.01;sumGLbyD=15.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:451,495:887:99:14962,0,13212 2714-ref 1087 . A G 14571.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=978;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=87.5607;MQ=36.85;MQ0=0;QD=14.90;SB=6.00;sumGLbyD=12.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:542,430:884:99:11834,0,15804 2714-ref 1173 . A G 15101.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=970;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=85.9254;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.57;SB=-75.59;sumGLbyD=12.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:515,448:871:99:12431,0,15209 2714-ref 1430 . A T 15885.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=942;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.8338;MQ=36.69;MQ0=0;QD=16.86;SB=-22.64;sumGLbyD=14.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:485,451:864:99:13256,0,14048 2714-ref 1434 . C G 17405.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=997;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.9766;MQ=36.70;MQ0=0;QD=17.46;SB=-23.62;sumGLbyD=14.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:523,473:935:99:14589,0,15216 2714-ref 1649 . G T 13048.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=717;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.3896;MQ=36.63;MQ0=0;QD=18.20;SB=-20.61;sumGLbyD=15.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:336,378:685:99:10923,0,9916 2714-ref 1683 . T G 3099.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=483;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.1328;MQ=36.52;MQ0=0;QD=6.42;SB=3.00;sumGLbyD=6.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:351,131:447:99:3130,0,10190 2714-ref 1832 . T G 10.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.18;MQ0=0;QD=0.76;SB=-0.01;sumGLbyD=2.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:14:40.23:40,0,320 2763-ref 112 . G A 1252.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.80;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1286,105,0 2763-ref 334 . A T 19628.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=952;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=84.1370;MQ=36.46;MQ0=0;QD=20.62;SB=-37.00;sumGLbyD=17.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:375,572:862:99:16977,0,9579 2763-ref 353 . G A 15184.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.7052;MQ=36.33;MQ0=0;QD=15.18;SB=-26.62;sumGLbyD=11.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:580,404:947:99:11892,0,17487 2763-ref 363 . T C 12702.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.0542;MQ=36.55;MQ0=0;QD=12.70;SB=-76.85;sumGLbyD=10.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:612,383:883:99:10041,0,17285 2763-ref 422 . A T 12647.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=66.3051;MQ=36.79;MQ0=0;QD=12.66;SB=9.02;sumGLbyD=9.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:637,360:935:99:9772,0,19738 2763-ref 467 . C G 33897.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=64.5385;MQ=36.69;MQ0=0;QD=33.90;SB=-29.63;sumGLbyD=33.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,992:914:99:33730,2620,0 2763-ref 507 . C T 31223.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=65.0130;MQ=36.53;MQ0=0;QD=31.22;SB=-109.64;sumGLbyD=31.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,976:852:99:31178,2560,0 2763-ref 551 . C T 31007.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.3498;MQ=36.75;MQ0=0;QD=31.01;SB=-86.91;sumGLbyD=30.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,978:877:99:30751,2597,0 2763-ref 737 . G T 12273.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=95.2555;MQ=36.92;MQ0=0;QD=12.27;SB=-30.99;sumGLbyD=9.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:541,447:782:99:9688,0,12522 2763-ref 782 . T C 15969.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.9839;MQ=36.35;MQ0=0;QD=15.97;SB=3.00;sumGLbyD=13.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:485,511:875:99:13333,0,13898 2763-ref 822 . A G 10358.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=659;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.9699;MQ=35.92;MQ0=0;QD=15.72;SB=-131.13;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:336,321:587:99:8538,0,9360 2763-ref 836 . A G 25298.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=720;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.1163;MQ=35.91;MQ0=0;QD=35.14;SB=-55.31;sumGLbyD=23.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,480:682:99:17059,1264,0 2763-ref 947 . A T 13890.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.1938;MQ=36.90;MQ0=0;QD=13.89;SB=-0.01;sumGLbyD=11.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:588,410:918:99:11124,0,17115 2763-ref 1025 . A G 14895.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.5715;MQ=36.89;MQ0=0;QD=14.90;SB=-18.66;sumGLbyD=12.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:597,401:950:99:11996,0,18375 2763-ref 1329 . G A 14192.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=89.4209;MQ=36.94;MQ0=0;QD=14.19;SB=3.00;sumGLbyD=11.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:530,467:787:99:11820,0,11658 2763-ref 1494 . G C 16995.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=523;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.3486;MQ=34.08;MQ0=0;QD=32.50;SB=-75.60;sumGLbyD=32.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,521:479:99:16922,1371,0 2763-ref 1516 . A G 7762.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=437;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8806;MQ=33.22;MQ0=0;QD=17.76;SB=-129.16;sumGLbyD=15.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,241:400:99:6556,0,4861 2763-ref 1527 . C T 12083.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=384;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1956;MQ=32.78;MQ0=0;QD=31.47;SB=-269.44;sumGLbyD=31.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,379:350:99:11960,1044,0 2763-ref 1540 . G A 12293.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1663;MQ=32.92;MQ0=0;QD=34.15;SB=-540.92;sumGLbyD=34.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,358:350:99:12239,1019,0 2763-ref 1587 . A G 3136.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9028;MQ=36.75;MQ0=0;QD=19.73;SB=-0.01;sumGLbyD=19.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,108:147:99:3167,0,1441 2763-ref 1644 . A G 1113.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8940;MQ=36.71;MQ0=0;QD=31.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:34:24.50:1147,25,0 2763-ref 1673 . A C 34.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.60;SB=-0.01;sumGLbyD=21.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:65,0,31 2848-ref 344 . T G 1607.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3316;MQ=35.10;MQ0=0;QD=32.81;SB=-0.01;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:45:99:1641,135,0 2848-ref 346 . T G 1576.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3316;MQ=35.06;MQ0=0;QD=32.85;SB=-0.01;sumGLbyD=33.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:44:99:1610,132,0 2848-ref 399 . C G 3612.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7518;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:97:99:3612,292,0 2848-ref 505 . G A 131.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9990;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.45;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:7:52.77:162,0,53 2848-ref 507 . T G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.40;SB=-0.01;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.03:110,9,0 2848-ref 510 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 2848-ref 683 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 2872-ref 149 . 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G A 58.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9642;MQ=30.83;MQ0=0;QD=3.65;SB=3.00;sumGLbyD=5.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:88.42:88,0,184 2872-ref 319 . A C 341.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.08;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:375,30,0 2872-ref 339 . A G 22.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ=34.93;MQ0=0;QD=1.51;SB=-20.61;sumGLbyD=3.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:52.69:53,0,411 2872-ref 367 . C T 530.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=35.37;SB=-29.63;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:564,45,0 2872-ref 372 . G A 13.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=0.93;SB=14.25;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:43.74:44,0,400 2872-ref 425 . T C 219.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.38;SB=-0.01;sumGLbyD=31.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.05:252,21,0 2872-ref 811 . A C 165.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.03;SB=-0.01;sumGLbyD=39.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0 2872-ref 834 . A C 14.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.37;SB=16.80;sumGLbyD=7.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:44.07:44,0,138 2872-ref 903 . C T 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4689;MQ=34.39;MQ0=0;QD=7.65;SB=-26.62;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:30.29:61,0,30 2872-ref 986 . T C 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=1.65;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:41.19:41,0,142 2872-ref 1106 . G T 353.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.49;SB=-0.01;sumGLbyD=32.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.08:387,33,0 2872-ref 1216 . G T 375.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.09:408,33,0 2872-ref 1316 . G T 380.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.73;SB=-0.01;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.10:414,33,0 2872-ref 1568 . C A 43.53 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 2872-ref 1583 . A G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0 2872-ref 1587 . A T 43.53 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 2872-ref 1770 . A G 304.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:337,27,0 2872-ref 1953 . T G 142.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.77;SB=-0.01;sumGLbyD=29.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:175,15,0 2872-ref 2023 . A T 429.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:462,36,0 2872-ref 2153 . A G 547.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.24;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:45.14:581,45,0 2872-ref 2193 . G T 663.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:696,54,0 2872-ref 2277 . A G 258.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:292,24,0 2872-ref 2316 . T G 734.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.52;MQ0=0;QD=34.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:768,60,0 2872-ref 2346 . A T 1117.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.68;MQ0=0;QD=34.93;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:30:90.27:1151,90,0 2872-ref 2394 . A T 1299.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.47;MQ0=0;QD=34.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:36:99:1333,108,0 2872-ref 2420 . A T 1142.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.97;MQ0=0;QD=36.87;SB=-27.67;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.29:1176,93,0 2872-ref 2493 . T G 389.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=25.97;SB=-0.01;sumGLbyD=28.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:12:36.09:423,36,0 2872-ref 2527 . C T 310.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=25.86;SB=-0.01;sumGLbyD=28.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:10:30.08:343,30,0 2872-ref 2532 . A G 381.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=31.76;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:414,36,0 2939-ref 214 . G A 2013.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4622;MQ=36.37;MQ0=0;QD=15.61;SB=3.00;sumGLbyD=15.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:115:99:2043,0,1532 2939-ref 227 . G T 2195.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=10.9812;MQ=36.43;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=15.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,79:122:99:2225,0,1579 2939-ref 294 . T A 1485.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5592;MQ=36.77;MQ0=0;QD=17.08;SB=-36.31;sumGLbyD=17.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,54:73:99:1516,0,763 2939-ref 346 . A C 1023.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.72;MQ0=0;QD=14.41;SB=-0.01;sumGLbyD=14.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:67:99:1053,0,1094 2939-ref 419 . G A 1238.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9601;MQ=36.86;MQ0=0;QD=17.69;SB=-0.01;sumGLbyD=18.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:69:99:1268,0,925 2939-ref 599 . C T 2552.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5994;MQ=36.84;MQ0=0;QD=19.05;SB=-0.01;sumGLbyD=19.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,79:132:99:2583,0,1679 2939-ref 759 . C G 9384.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=285;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.0966;MQ=36.72;MQ0=0;QD=32.93;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,285:257:99:9382,773,0 2939-ref 824 . C T 11218.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=590;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.1244;MQ=36.86;MQ0=0;QD=19.01;SB=-50.24;sumGLbyD=16.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:275,313:556:99:9506,0,7946 2939-ref 958 . C T 20377.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=572;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=25.6335;MQ=36.82;MQ0=0;QD=35.62;SB=-0.01;sumGLbyD=35.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,568:542:99:20345,1628,0 2939-ref 1141 . T C 6772.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=333;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5939;MQ=36.73;MQ0=0;QD=20.34;SB=-26.62;sumGLbyD=17.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,185:319:99:5811,0,4247 2939-ref 1187 . T C 1987.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=167;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6532;MQ=36.45;MQ0=0;QD=11.90;SB=-0.01;sumGLbyD=12.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,78:148:99:2018,0,2446 2939-ref 1198 . 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G A 4476.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.2446;MQ=36.14;MQ0=0;QD=17.98;SB=-0.01;sumGLbyD=15.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,121:245:99:3738,0,3958 2939-ref 1730 . C G 4657.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=16.69;SB=-0.01;sumGLbyD=13.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,130:270:99:3844,0,4794 2939-ref 1841 . T C 1140.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.9995;MQ=36.79;MQ0=0;QD=5.88;SB=-243.48;sumGLbyD=6.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,57:168:99:1170,0,3715 2939-ref 1886 . T G 45.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.3102;MQ=36.75;MQ0=0;QD=0.56;SB=6.01;sumGLbyD=0.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,7:53:75.85:76,0,1509 2939-ref 2000 . T C 869.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=36.26;MQ0=0;QD=21.20;SB=3.00;sumGLbyD=21.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:40:99:899,0,362 2939-ref 2033 . T A 1017.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.83;MQ0=0;QD=16.69;SB=-0.01;sumGLbyD=17.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:1048,0,888 2939-ref 2091 . A C 638.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.1304;MQ=36.07;MQ0=0;QD=11.61;SB=-0.01;sumGLbyD=12.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:53:99:669,0,976 2939-ref 2110 . A G 283.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.05;MQ0=0;QD=6.58;SB=-0.01;sumGLbyD=7.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,12:41:99:313,0,934 2939-ref 2116 . C T 138.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7335;MQ=35.95;MQ0=0;QD=3.55;SB=-0.01;sumGLbyD=4.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,8:38:99:168,0,1027 2939-ref 2121 . A G 901.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7334;MQ=35.83;MQ0=0;QD=25.77;SB=-0.01;sumGLbyD=26.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,28:34:99:932,0,133 2954-ref 39 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 2954-ref 40 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:1:1.76:40,3,0 2954-ref 80 . T C 346.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5566;MQ=35.89;MQ0=0;QD=7.53;SB=-20.62;sumGLbyD=8.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:44:99:376,0,969 2954-ref 92 . A T 635.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4965;MQ=36.14;MQ0=0;QD=10.77;SB=-44.28;sumGLbyD=11.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:57:99:665,0,1065 2954-ref 164 . C G 9964.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=523;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.2482;MQ=36.82;MQ0=0;QD=19.05;SB=-0.01;sumGLbyD=16.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:249,271:507:99:8400,0,7566 2954-ref 374 . G A 8349.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=699;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=77.5717;MQ=36.74;MQ0=0;QD=11.95;SB=-35.57;sumGLbyD=9.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:444,254:618:99:6487,0,12522 2954-ref 419 . A G 8456.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=737;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=59.4339;MQ=36.89;MQ0=0;QD=11.47;SB=-20.60;sumGLbyD=8.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:472,264:636:99:6503,0,13543 2954-ref 488 . G A 19750.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=910;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.7698;MQ=36.73;MQ0=0;QD=21.70;SB=-33.99;sumGLbyD=18.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:333,577:848:99:17194,0,8835 2954-ref 533 . A G 2330.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=342;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.9276;MQ=36.35;MQ0=0;QD=6.81;SB=-0.01;sumGLbyD=6.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:247,95:311:99:2360,0,7140 2954-ref 539 . T C 2365.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=358;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=27.6273;MQ=36.38;MQ0=0;QD=6.61;SB=-0.01;sumGLbyD=6.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:258,99:308:99:2395,0,7080 2954-ref 575 . C T 16781.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=462;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3355;MQ=36.61;MQ0=0;QD=36.32;SB=-29.63;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,462:442:99:16780,1330,0 2954-ref 602 . T A 6240.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=489;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=29.8848;MQ=36.73;MQ0=0;QD=12.76;SB=9.02;sumGLbyD=9.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:314,174:457:99:4863,0,9215 2954-ref 662 . C A 10381.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=620;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.8048;MQ=36.77;MQ0=0;QD=16.74;SB=3.00;sumGLbyD=13.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:320,300:574:99:8652,0,9406 2954-ref 668 . T C 11410.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=656;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.2985;MQ=36.80;MQ0=0;QD=17.39;SB=-26.62;sumGLbyD=14.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:328,328:617:99:9551,0,9906 2954-ref 909 . G T 9288.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=940;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.6466;MQ=35.18;MQ0=0;QD=9.88;SB=3.00;sumGLbyD=6.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:653,285:897:99:6549,0,20820 2954-ref 916 . G A 8558.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=962;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.8546;MQ=35.12;MQ0=0;QD=8.90;SB=3.00;sumGLbyD=6.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:692,268:916:99:5797,0,21930 2954-ref 919 . T A 8369.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=969;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.1750;MQ=35.02;MQ0=0;QD=8.64;SB=2.99;sumGLbyD=5.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:702,266:892:99:5649,0,20546 2954-ref 947 . G A 23398.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=680;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.5033;MQ=34.79;MQ0=0;QD=34.41;SB=-63.00;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,679:653:99:23359,1929,0 2954-ref 982 . G A 22.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=373;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.0172;MQ=36.37;MQ0=0;QD=0.06;SB=-0.01;sumGLbyD=0.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:340,33:343:52.68:53,0,10371 2954-ref 1000 . G A 15977.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=490;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.5228;MQ=36.86;MQ0=0;QD=32.61;SB=230.95;sumGLbyD=31.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,471:441:99:15429,780,0 2954-ref 1095 . C T 3587.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=8.2591;MQ=36.55;MQ0=0;QD=32.03;SB=-0.01;sumGLbyD=32.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:100:99:3586,301,0 2954-ref 1121 . T C 14.13 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5423;MQ=36.82;MQ0=0;QD=0.13;SB=27.90;sumGLbyD=0.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,10:105:43.95:44,0,3271 2954-ref 1224 . C G 147.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9328;MQ=36.27;MQ0=0;QD=10.55;SB=-0.01;sumGLbyD=12.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:178,0,270 2999-ref 3 . A C 31.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.57;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.98:62,0,115 2999-ref 147 . T C 4532.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=253;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.4090;MQ=36.64;MQ0=0;QD=17.91;SB=3.00;sumGLbyD=15.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,127:231:99:3836,0,3482 2999-ref 666 . A G 3887.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2609;MQ=36.90;MQ0=0;QD=19.44;SB=-0.01;sumGLbyD=16.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,109:189:99:3296,0,2591 2999-ref 705 . A G 7567.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1996;MQ=36.51;MQ0=0;QD=36.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,205:202:99:7566,608,0 2999-ref 717 . G T 1893.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8091;MQ=36.46;MQ0=0;QD=11.27;SB=-0.01;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,70:160:99:1923,0,3081 2999-ref 818 . T C 5966.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=329;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.9053;MQ=36.57;MQ0=0;QD=18.13;SB=-65.55;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,162:313:99:4887,0,4982 2999-ref 881 . C T 3156.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.0740;MQ=36.90;MQ0=0;QD=16.02;SB=-0.01;sumGLbyD=16.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,110:185:99:3186,0,2480 2999-ref 935 . 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C T 4326.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.7090;MQ=36.85;MQ0=0;QD=16.58;SB=-0.01;sumGLbyD=13.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,132:245:99:3588,0,3978 2999-ref 1341 . C T 4096.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.8891;MQ=36.77;MQ0=0;QD=18.88;SB=-0.01;sumGLbyD=15.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,112:212:99:3458,0,3358 2999-ref 1357 . G A 1215.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.79;SB=-0.01;sumGLbyD=16.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1246,0,1261 2999-ref 1374 . G A 607.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8659;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=35.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.16:641,51,0 2999-ref 1382 . T C 21.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9992;MQ=34.93;MQ0=0;QD=2.15;SB=-0.01;sumGLbyD=5.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:10:51.51:52,0,222 3005-ref 3 . A T 61.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.27;SB=3.00;sumGLbyD=15.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:90.89:92,0,91 3005-ref 13 . T A 4249.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=10.3436;MQ=35.95;MQ0=0;QD=35.42;SB=-40.01;sumGLbyD=35.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:113:99:4220,337,0 3005-ref 40 . A G 134.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.6912;MQ=35.68;MQ0=0;QD=0.67;SB=-0.01;sumGLbyD=0.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,30:174:99:165,0,5115 3005-ref 54 . A T 13768.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=696;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.1734;MQ=36.34;MQ0=0;QD=19.78;SB=-23.61;sumGLbyD=16.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,383:660:99:11571,0,8785 3005-ref 87 . G A 8277.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=763;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=41.5460;MQ=36.39;MQ0=0;QD=10.85;SB=-26.49;sumGLbyD=8.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:528,233:702:99:6162,0,15458 3005-ref 132 . T G 1283.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=675;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.4960;MQ=36.05;MQ0=0;QD=1.90;SB=-19.68;sumGLbyD=1.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:515,154:518:99:1314,0,14627 3005-ref 169 . C T 6334.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=645;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=47.1245;MQ=35.29;MQ0=0;QD=9.82;SB=-0.01;sumGLbyD=7.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:426,219:558:99:4652,0,12052 3005-ref 176 . A G 7189.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=642;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.8670;MQ=35.25;MQ0=0;QD=11.20;SB=-0.01;sumGLbyD=8.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:421,220:552:99:5525,0,11166 3005-ref 194 . C T 12393.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=480;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.2193;MQ=35.53;MQ0=0;QD=25.82;SB=-29.56;sumGLbyD=22.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,352:459:99:11011,0,3143 3005-ref 205 . A C 891.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=404;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1925;MQ=35.66;MQ0=0;QD=2.21;SB=-63.62;sumGLbyD=2.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:343,61:382:99:922,0,10991 3005-ref 227 . C T 11252.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=313;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.5947;MQ=36.29;MQ0=0;QD=35.95;SB=-69.61;sumGLbyD=35.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,305:301:99:11065,756,0 3005-ref 362 . T C 4576.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4593;MQ=34.58;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:126:99:4418,332,0 3005-ref 372 . T C 4840.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8072;MQ=34.54;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=32.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,139:136:99:4687,256,0 3005-ref 378 . C T 5169.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=4.2974;MQ=34.66;MQ0=0;QD=36.40;SB=-59.25;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:139:99:5169,418,0 3005-ref 445 . C A 4429.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.74;MQ0=0;QD=36.31;SB=-27.67;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:118:99:4429,355,0 3028-ref 6 . G A 1149.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.9021;MQ=36.44;MQ0=0;QD=10.65;SB=-540.61;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:88:99:1180,0,1506 3028-ref 16 . T C 7409.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=332;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=77.7250;MQ=36.21;MQ0=0;QD=22.32;SB=-345.45;sumGLbyD=19.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,213:306:99:6460,0,3021 3028-ref 17 . G A 1938.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=358;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=91.7582;MQ=36.24;MQ0=0;QD=5.41;SB=-321.38;sumGLbyD=5.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:269,87:322:99:1968,0,8024 3028-ref 73 . G C 5246.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=591;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.8399;MQ=32.65;MQ0=0;QD=8.88;SB=50.24;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:435,155:577:99:3473,0,13026 3028-ref 82 . A G 8502.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=450;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=123.2175;MQ=31.29;MQ0=0;QD=18.90;SB=-47.22;sumGLbyD=15.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,267:435:99:7171,0,4554 3028-ref 85 . A G 12800.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=468;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=96.7590;MQ=30.87;MQ0=0;QD=27.35;SB=-93.63;sumGLbyD=25.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,434:420:99:11880,372,0 3028-ref 106 . G T 13284.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=94.5223;MQ=33.44;MQ0=0;QD=13.28;SB=15.00;sumGLbyD=10.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:587,412:893:99:10564,0,14974 3028-ref 112 . A C 15796.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=994;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=199.2264;MQ=33.96;MQ0=0;QD=15.89;SB=-71.00;sumGLbyD=13.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:477,517:896:99:13094,0,12750 3028-ref 121 . C T 11617.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=134.8575;MQ=34.40;MQ0=0;QD=11.62;SB=51.14;sumGLbyD=8.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:656,343:914:99:8862,0,18317 3028-ref 130 . A T 18418.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=190.2217;MQ=34.77;MQ0=0;QD=18.42;SB=-365.53;sumGLbyD=15.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:449,544:953:99:15379,0,13051 3028-ref 137 . A C 18682.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=118.4850;MQ=34.99;MQ0=0;QD=18.68;SB=-417.28;sumGLbyD=15.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:475,525:962:99:15783,0,13637 3028-ref 139 . C A 378.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=124.8942;MQ=35.07;MQ0=0;QD=0.38;SB=9.49;sumGLbyD=0.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:901,97:968:99:408,0,29213 3028-ref 172 . G T 338.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=643;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=132.1362;MQ=35.56;MQ0=0;QD=0.53;SB=42.10;sumGLbyD=0.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:570,68:612:99:368,0,18412 3028-ref 180 . A G 5909.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=768;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=150.8742;MQ=35.37;MQ0=0;QD=7.69;SB=156.47;sumGLbyD=5.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:591,174:671:99:3862,0,16247 3028-ref 214 . C T 25991.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=750;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.5736;MQ=33.98;MQ0=0;QD=34.66;SB=-2180.65;sumGLbyD=34.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,735:734:99:25545,1766,0 3028-ref 230 . A C 23452.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=677;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6163;MQ=33.80;MQ0=0;QD=34.64;SB=-2319.46;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,664:667:99:23042,1601,0 3028-ref 240 . C T 20674.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=610;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5526;MQ=33.64;MQ0=0;QD=33.89;SB=-2276.77;sumGLbyD=33.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,594:603:99:20194,1391,0 3028-ref 265 . C T 1147.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.74;MQ0=0;QD=22.51;SB=-0.01;sumGLbyD=23.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,46:50:23.31:1178,0,23 3028-ref 277 . C T 1888.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8754;MQ=31.89;MQ0=0;QD=25.52;SB=-0.01;sumGLbyD=25.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:56:99:1921,168,0 3028-ref 279 . A G 2395.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8754;MQ=33.00;MQ0=0;QD=25.76;SB=-0.01;sumGLbyD=26.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:70:99:2429,211,0 3028-ref 308 . A T 7853.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.5013;MQ=33.88;MQ0=0;QD=32.86;SB=-0.01;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,231:223:99:7662,480,0 3028-ref 347 . A G 7796.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3084;MQ=34.46;MQ0=0;QD=33.90;SB=9.69;sumGLbyD=32.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,222:227:99:7488,376,0 3028-ref 359 . A G 6347.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=5.9111;MQ=34.19;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=32.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,180:185:99:6077,287,0 3028-ref 373 . A G 103.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=34.74;MQ0=0;QD=0.99;SB=-0.01;sumGLbyD=1.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,13:104:99:134,0,2931 3028-ref 413 . G C 989.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8927;MQ=33.59;MQ0=0;QD=26.05;SB=43.60;sumGLbyD=26.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,32:37:99:1020,0,101 3028-ref 416 . C T 574.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9986;MQ=32.13;MQ0=0;QD=22.97;SB=32.20;sumGLbyD=24.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,20:25:95.67:604,0,96 3028-ref 422 . A G 37.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=33.02;MQ0=0;QD=4.73;SB=9.02;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:67.81:68,0,126 3028-ref 463 . C G 1074.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3633;MQ=31.71;MQ0=0;QD=21.07;SB=12.03;sumGLbyD=21.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,39:50:99:1104,0,267 3028-ref 478 . T C 19.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9819;MQ=30.85;MQ0=0;QD=0.38;SB=6.00;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,5:50:49.01:49,0,1297 3028-ref 488 . G A 256.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9050;MQ=30.98;MQ0=0;QD=5.03;SB=2.97;sumGLbyD=5.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,15:48:99:286,0,951 3028-ref 503 . G C 476.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.8854;MQ=30.86;MQ0=0;QD=10.36;SB=-0.01;sumGLbyD=11.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:46:99:507,0,641 3028-ref 506 . A G 13.11 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.8776;MQ=31.41;MQ0=0;QD=0.36;SB=-0.01;sumGLbyD=1.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,5:36:42.89:43,0,935 3028-ref 514 . C T 118.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9919;MQ=34.69;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=16.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:149,0,106 3028-ref 516 . G A 71.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.88;SB=-0.01;sumGLbyD=16.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:89.52:101,0,90 3028-ref 617 . A G 188.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8660;MQ=34.39;MQ0=0;QD=23.54;SB=-31.43;sumGLbyD=27.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:6:18.05:221,18,0 3028-ref 722 . C T 61.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=32.22;MQ0=0;QD=6.83;SB=-33.43;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:91.42:91,0,156 3028-ref 724 . A G 61.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=32.22;MQ0=0;QD=6.82;SB=-33.43;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:91.42:91,0,169 3028-ref 820 . A T 71.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6769;MQ=34.29;MQ0=0;QD=2.65;SB=9.00;sumGLbyD=3.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:25:99:102,0,594 3028-ref 827 . A G 421.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3721;MQ=34.82;MQ0=0;QD=11.09;SB=-151.79;sumGLbyD=11.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:36:99:451,0,615 3028-ref 843 . G A 561.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.8627;MQ=32.10;MQ0=0;QD=7.11;SB=-132.32;sumGLbyD=7.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,22:77:99:591,0,1574 3028-ref 845 . G T 147.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.8607;MQ=32.00;MQ0=0;QD=1.76;SB=-63.91;sumGLbyD=2.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,13:80:99:177,0,2005 3028-ref 858 . T C 1520.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.8385;MQ=31.76;MQ0=0;QD=14.62;SB=-741.39;sumGLbyD=14.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:104:99:1551,0,1278 3028-ref 863 . T C 1638.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.4743;MQ=31.67;MQ0=0;QD=15.31;SB=-828.03;sumGLbyD=15.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:104:99:1668,0,1193 3028-ref 866 . A G 102.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.4743;MQ=31.83;MQ0=0;QD=0.95;SB=-19.15;sumGLbyD=1.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,14:107:99:132,0,2883 3028-ref 895 . C G 70.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.9030;MQ=31.23;MQ0=0;QD=0.66;SB=-9.40;sumGLbyD=0.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,12:105:99:101,0,2807 3028-ref 902 . A G 883.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.8330;MQ=30.50;MQ0=0;QD=9.92;SB=-322.40;sumGLbyD=10.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:86:99:913,0,1158 3028-ref 923 . C T 418.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8803;MQ=31.85;MQ0=0;QD=9.96;SB=3.00;sumGLbyD=10.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:40:99:449,0,669 3028-ref 926 . A T 341.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=32.73;MQ0=0;QD=8.54;SB=3.00;sumGLbyD=9.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:371,0,728 3028-ref 938 . A G 19.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.75;MQ0=0;QD=0.84;SB=3.00;sumGLbyD=2.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:23:49.29:49,0,649 3028-ref 960 . G A 32.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4407;MQ=35.17;MQ0=0;QD=1.36;SB=10.34;sumGLbyD=2.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,4:20:62.62:63,0,488 3028-ref 970 . G A 39.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8672;MQ=31.83;MQ0=0;QD=1.29;SB=-17.62;sumGLbyD=2.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,6:26:69.96:70,0,625 3028-ref 990 . T G 583.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.02;HRun=2;HaplotypeScore=2.3826;MQ=31.30;MQ0=0;QD=10.61;SB=-100.61;sumGLbyD=11.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:52:99:613,0,815 3028-ref 1028 . G A 459.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2479;MQ=32.85;MQ0=0;QD=7.78;SB=-0.01;sumGLbyD=8.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:56:99:489,0,1026 3028-ref 1030 . C G 437.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.7777;MQ=32.92;MQ0=0;QD=7.29;SB=3.00;sumGLbyD=7.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:58:99:467,0,1178 3028-ref 1031 . G A 430.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.7772;MQ=32.73;MQ0=0;QD=7.18;SB=3.00;sumGLbyD=7.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:56:99:461,0,1161 3028-ref 1032 . A G 24.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.7829;MQ=32.52;MQ0=0;QD=0.44;SB=-24.38;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,6:54:53.99:54,0,1463 3028-ref 1060 . C T 420.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5774;MQ=33.45;MQ0=0;QD=8.76;SB=3.00;sumGLbyD=9.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:44:99:450,0,799 3028-ref 1098 . G A 462.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.9219;MQ=33.31;MQ0=0;QD=10.75;SB=-0.01;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:42:99:492,0,756 3028-ref 1103 . G A 542.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.4460;MQ=33.09;MQ0=0;QD=14.28;SB=-0.01;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:37:99:573,0,510 3028-ref 1104 . A G 106.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.4460;MQ=33.20;MQ0=0;QD=2.74;SB=-0.01;sumGLbyD=3.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,7:36:99:137,0,915 3028-ref 1105 . G A 187.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.9768;MQ=33.09;MQ0=0;QD=4.94;SB=-0.01;sumGLbyD=5.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:36:99:218,0,819 3028-ref 1110 . A T 12.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9995;MQ=35.53;MQ0=0;QD=0.59;SB=-0.01;sumGLbyD=2.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,3:19:42.08:42,0,554 3028-ref 1138 . A G 503.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.49;MQ0=0;QD=17.36;SB=-77.90;sumGLbyD=18.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:28:99:533,0,330 3028-ref 1140 . G C 660.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4559;MQ=35.68;MQ0=0;QD=20.02;SB=-77.90;sumGLbyD=20.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:691,0,310 3028-ref 1187 . T G 1533.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2484;MQ=36.45;MQ0=0;QD=27.88;SB=-19.69;sumGLbyD=28.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,50:52:42.17:1563,0,42 3028-ref 1218 . 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T A 19.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.3622;MQ=36.51;MQ0=0;QD=0.31;SB=-0.01;sumGLbyD=0.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,7:55:49.43:49,0,1698 3028-ref 1475 . A T 776.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=32.37;SB=-0.01;sumGLbyD=33.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:39.57:810,40,0 3058-ref 16 . C T 162.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9355;MQ=33.02;MQ0=0;QD=20.30;SB=-19.79;sumGLbyD=24.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:7:8.57:192,0,9 3058-ref 31 . A G 50.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7926;MQ=35.46;MQ0=0;QD=2.54;SB=-12.37;sumGLbyD=4.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:16:80.74:81,0,395 3058-ref 44 . C A 96.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=5.8295;MQ=35.42;MQ0=0;QD=2.48;SB=9.01;sumGLbyD=3.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,6:34:99:127,0,883 3058-ref 65 . G A 318.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.7664;MQ=36.29;MQ0=0;QD=4.49;SB=3.00;sumGLbyD=4.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,17:63:99:349,0,1587 3058-ref 86 . T C 562.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.7844;MQ=36.19;MQ0=0;QD=7.50;SB=-63.62;sumGLbyD=7.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,23:68:99:593,0,1490 3058-ref 134 . G T 163.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8550;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.11;SB=-0.01;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:24:99:194,0,523 3058-ref 249 . C T 1061.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.5593;MQ=36.50;MQ0=0;QD=4.74;SB=-0.01;sumGLbyD=4.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,48:192:99:1092,0,4755 3058-ref 250 . T C 1173.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=227;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.2629;MQ=36.51;MQ0=0;QD=5.17;SB=-0.01;sumGLbyD=5.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,53:190:99:1204,0,4568 3058-ref 254 . C T 1195.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9996;MQ=36.43;MQ0=0;QD=5.15;SB=-0.01;sumGLbyD=5.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,54:198:99:1226,0,4839 3058-ref 521 . G A 1340.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.7839;MQ=36.48;MQ0=0;QD=9.64;SB=-0.01;sumGLbyD=9.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,51:129:99:1370,0,2674 3058-ref 569 . T C 1123.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.4003;MQ=35.87;MQ0=0;QD=8.85;SB=-0.01;sumGLbyD=9.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,44:120:99:1154,0,2570 3058-ref 581 . T C 1231.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8948;MQ=36.00;MQ0=0;QD=9.26;SB=-0.01;sumGLbyD=9.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,47:122:99:1262,0,2449 3058-ref 711 . C A 919.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.3357;MQ=36.92;MQ0=0;QD=6.97;SB=-0.01;sumGLbyD=7.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,40:110:99:950,0,2417 3058-ref 818 . C T 803.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7266;MQ=36.89;MQ0=0;QD=9.03;SB=-0.01;sumGLbyD=9.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,30:84:99:834,0,1856 3058-ref 893 . C G 1423.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1573;MQ=36.63;MQ0=0;QD=10.55;SB=-0.01;sumGLbyD=10.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,50:118:99:1454,0,2238 3058-ref 907 . T G 11.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2104;MQ=36.56;MQ0=0;QD=0.12;SB=-0.01;sumGLbyD=0.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,9:78:41.03:41,0,2397 3058-ref 932 . A T 836.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=36.72;MQ0=0;QD=7.61;SB=3.00;sumGLbyD=7.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,33:102:99:867,0,2342 3058-ref 1116 . A G 1678.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9074;MQ=36.86;MQ0=0;QD=11.74;SB=-0.01;sumGLbyD=11.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,61:122:99:1708,0,2153 3058-ref 1219 . T C 255.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8151;MQ=36.78;MQ0=0;QD=5.55;SB=-0.01;sumGLbyD=6.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:36:99:285,0,785 3058-ref 1280 . A G 1006.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1467;MQ=36.82;MQ0=0;QD=8.91;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,37:106:99:1036,0,2310 3058-ref 1407 . G A 4584.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2440;MQ=36.70;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=33.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:125:99:4584,376,0 3058-ref 1485 . A G 948.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.8325;MQ=36.13;MQ0=0;QD=5.42;SB=-0.01;sumGLbyD=5.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,43:164:99:978,0,3976 3058-ref 1489 . G C 5851.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=7.0617;MQ=36.05;MQ0=0;QD=34.02;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:159:99:5812,475,0 3058-ref 1509 . T C 325.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3401;MQ=35.83;MQ0=0;QD=2.33;SB=-23.61;sumGLbyD=2.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,22:132:99:356,0,3567 3058-ref 1524 . C A 1201.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=28.1548;MQ=36.18;MQ0=0;QD=5.72;SB=-20.60;sumGLbyD=5.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,55:187:99:1232,0,4537 3058-ref 1528 . A G 1726.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=270;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.2836;MQ=36.40;MQ0=0;QD=6.39;SB=6.01;sumGLbyD=6.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,71:246:99:1757,0,5785 3058-ref 1562 . G A 6263.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=461;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=12.5565;MQ=36.72;MQ0=0;QD=13.59;SB=-17.60;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,181:440:99:4938,0,8913 3058-ref 1713 . A T 1458.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.14;SB=-0.01;sumGLbyD=33.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:40:99:1491,120,0 3058-ref 1767 . G A 402.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.60;SB=-0.01;sumGLbyD=39.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:436,33,0 3081-ref 149 . G C 151.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0106;MQ=36.18;MQ0=0;QD=4.10;SB=-0.01;sumGLbyD=4.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:31:99:182,0,770 3081-ref 159 . G A 931.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.9566;MQ=36.49;MQ0=0;QD=11.65;SB=-0.01;sumGLbyD=12.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:73:99:962,0,1288 3081-ref 344 . A G 5004.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=220;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0629;MQ=36.77;MQ0=0;QD=22.75;SB=-55.25;sumGLbyD=19.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,139:209:99:4374,0,2249 3081-ref 511 . T C 1566.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5422;MQ=36.53;MQ0=0;QD=14.51;SB=-98.95;sumGLbyD=14.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:99:99:1597,0,1444 3081-ref 627 . 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T C 1288.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.31;SB=-0.01;sumGLbyD=24.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,39:50:99:1318,0,302 3081-ref 1495 . G T 315.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.30;SB=-0.01;sumGLbyD=26.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:80.20:346,0,80 3081-ref 1506 . A G 205.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.14;SB=-0.01;sumGLbyD=19.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:11:99:236,0,119 3081-ref 1532 . T C 1453.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.60;SB=-0.01;sumGLbyD=32.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:39:99:1486,117,0 3081-ref 1581 . G T 1354.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.24;SB=-0.01;sumGLbyD=33.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:41:43.33:1387,43,0 3084-ref 7 . G C 194.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9274;MQ=35.77;MQ0=0;QD=7.78;SB=-63.13;sumGLbyD=8.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:24:99:224,0,542 3084-ref 36 . A G 1746.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=36.33;MQ0=0;QD=11.49;SB=-163.12;sumGLbyD=11.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,61:144:99:1776,0,2771 3084-ref 50 . A C 2111.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2143;MQ=36.44;MQ0=0;QD=11.73;SB=-37.00;sumGLbyD=11.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,75:168:99:2141,0,2985 3084-ref 66 . C T 8292.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=253;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.0961;MQ=36.35;MQ0=0;QD=32.78;SB=-106.99;sumGLbyD=32.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,251:223:99:8262,668,0 3084-ref 111 . G T 10068.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4890;MQ=36.64;MQ0=0;QD=29.79;SB=-38.58;sumGLbyD=29.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,338:290:99:10066,872,0 3084-ref 176 . A G 5692.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.5540;MQ=36.88;MQ0=0;QD=21.98;SB=3.00;sumGLbyD=19.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,165:232:99:4969,0,2318 3084-ref 225 . A G 6665.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=403;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9868;MQ=36.27;MQ0=0;QD=16.54;SB=-23.62;sumGLbyD=13.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,197:367:99:5559,0,5751 3084-ref 253 . C T 8124.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=454;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.1436;MQ=35.74;MQ0=0;QD=17.90;SB=-26.62;sumGLbyD=15.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,233:430:99:6829,0,6598 3084-ref 261 . T A 6307.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=401;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.9077;MQ=35.67;MQ0=0;QD=15.73;SB=-26.62;sumGLbyD=13.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,192:346:99:5236,0,4664 3084-ref 286 . T C 8213.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=507;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.1922;MQ=36.26;MQ0=0;QD=16.20;SB=-74.00;sumGLbyD=13.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:260,245:467:99:6753,0,7817 3084-ref 333 . T C 10701.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=657;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.0467;MQ=35.97;MQ0=0;QD=16.29;SB=-90.92;sumGLbyD=13.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:347,309:620:99:8832,0,9777 3084-ref 354 . A G 9706.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=560;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.7551;MQ=35.53;MQ0=0;QD=17.33;SB=6.01;sumGLbyD=14.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:278,281:536:99:8091,0,8125 3084-ref 374 . A C 16382.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=985;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.7347;MQ=35.81;MQ0=0;QD=16.63;SB=6.01;sumGLbyD=13.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:487,497:860:99:13753,0,12183 3084-ref 378 . T C 16194.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.3942;MQ=35.79;MQ0=0;QD=16.19;SB=-33.99;sumGLbyD=13.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:496,499:869:99:13516,0,12331 3084-ref 384 . A G 17109.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=990;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=57.9621;MQ=36.27;MQ0=0;QD=17.28;SB=3.00;sumGLbyD=14.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:456,529:859:99:14429,0,11639 3084-ref 445 . T C 33156.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=979;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.7648;MQ=36.53;MQ0=0;QD=33.87;SB=-61.18;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,974:893:99:33079,2681,0 3084-ref 481 . C T 30837.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=990;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.0881;MQ=36.64;MQ0=0;QD=31.15;SB=-0.01;sumGLbyD=30.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,963:857:99:30628,2560,0 3084-ref 505 . A T 15113.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=59.7565;MQ=36.76;MQ0=0;QD=15.13;SB=-0.01;sumGLbyD=12.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:526,465:885:99:12381,0,14275 3084-ref 609 . T C 14197.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=887;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.8686;MQ=36.68;MQ0=0;QD=16.01;SB=-33.99;sumGLbyD=13.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:487,395:832:99:11610,0,14318 3084-ref 651 . C T 16100.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=867;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=65.1721;MQ=36.50;MQ0=0;QD=18.57;SB=6.01;sumGLbyD=15.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:422,437:812:99:13564,0,11617 3084-ref 662 . A C 25385.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=744;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.1222;MQ=36.48;MQ0=0;QD=34.12;SB=-29.63;sumGLbyD=33.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,740:682:99:25236,2004,0 3084-ref 738 . A G 22136.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=621;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.3172;MQ=35.44;MQ0=0;QD=35.65;SB=-29.63;sumGLbyD=35.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,620:595:99:22134,1790,0 3084-ref 759 . T A 25677.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=720;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.1106;MQ=35.47;MQ0=0;QD=35.66;SB=-59.25;sumGLbyD=35.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,715:702:99:25527,2063,0 3084-ref 765 . T A 12406.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=717;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.8862;MQ=35.66;MQ0=0;QD=17.30;SB=-50.23;sumGLbyD=14.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:369,344:694:99:10241,0,11005 3084-ref 883 . G A 17012.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=968;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.1014;MQ=36.54;MQ0=0;QD=17.58;SB=-37.00;sumGLbyD=14.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:508,459:926:99:14223,0,15376 3084-ref 924 . C T 20829.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=583;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5027;MQ=36.13;MQ0=0;QD=35.73;SB=-180.62;sumGLbyD=35.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,581:566:99:20787,1663,0 3084-ref 928 . C A 9811.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=596;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.8150;MQ=36.13;MQ0=0;QD=16.46;SB=-163.46;sumGLbyD=13.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:310,286:570:99:8094,0,9499 3084-ref 981 . A C 9537.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=675;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.7569;MQ=34.76;MQ0=0;QD=14.13;SB=-33.98;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:380,294:617:99:7642,0,10510 3084-ref 1004 . C G 20621.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=592;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.5235;MQ=34.34;MQ0=0;QD=34.83;SB=-146.75;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,592:574:99:20617,1727,0 3084-ref 1016 . T C 2893.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=502;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3216;MQ=34.04;MQ0=0;QD=5.76;SB=-41.30;sumGLbyD=5.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:353,145:478:99:2923,0,11115 3084-ref 1017 . 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C T 15648.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.9669;MQ=35.66;MQ0=0;QD=15.65;SB=-20.61;sumGLbyD=12.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:540,457:944:99:12703,0,16805 3084-ref 1185 . A G 13557.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=892;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.0224;MQ=36.05;MQ0=0;QD=15.20;SB=-141.14;sumGLbyD=12.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:511,381:853:99:10987,0,15803 3084-ref 1297 . A C 16572.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=992;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=65.1146;MQ=36.75;MQ0=0;QD=16.71;SB=-100.07;sumGLbyD=13.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:526,458:914:99:13781,0,15235 3084-ref 1369 . A G 16485.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=932;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.9079;MQ=36.61;MQ0=0;QD=17.69;SB=-28.34;sumGLbyD=14.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:487,442:878:99:13817,0,14290 3084-ref 1386 . C T 13125.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=833;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.1600;MQ=36.51;MQ0=0;QD=15.76;SB=-37.00;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:467,366:803:99:10706,0,14491 3084-ref 1447 . C T 18131.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=53.5162;MQ=36.81;MQ0=0;QD=18.13;SB=-50.74;sumGLbyD=15.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:482,515:953:99:15260,0,14692 3084-ref 1507 . C T 14610 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.8560;MQ=36.64;MQ0=0;QD=14.61;SB=9.01;sumGLbyD=12.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:561,434:864:99:12006,0,14560 3084-ref 1530 . C T 12877.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=914;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.9572;MQ=36.75;MQ0=0;QD=14.09;SB=9.01;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:562,352:884:99:10215,0,18115 3084-ref 1596 . A G 6362.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=954;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.1379;MQ=35.31;MQ0=0;QD=6.67;SB=-0.01;sumGLbyD=3.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:750,203:904:99:3637,0,23517 3084-ref 1607 . C T 2341.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=966;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=72.8774;MQ=35.26;MQ0=0;QD=2.42;SB=-0.01;sumGLbyD=2.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:793,171:907:99:2372,0,24577 3084-ref 1614 . T C 26736.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=929;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=441.9751;MQ=35.25;MQ0=0;QD=28.78;SB=-40.01;sumGLbyD=28.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:148,781:742:99:26120,1619,0 3084-ref 1616 . G C 1561.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=910;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.9800;MQ=35.23;MQ0=0;QD=1.72;SB=6.01;sumGLbyD=1.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:766,141:860:99:1591,0,24369 3084-ref 1619 . G T 1074.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=994;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=56.3133;MQ=35.37;MQ0=0;QD=1.08;SB=6.01;sumGLbyD=1.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:862,127:860:99:1104,0,24587 3084-ref 1650 . T C 18591.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=572;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.7213;MQ=36.40;MQ0=0;QD=32.50;SB=108.09;sumGLbyD=31.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,541:523:99:17806,828,0 3084-ref 1687 . C A 2558.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=529;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.5283;MQ=36.21;MQ0=0;QD=4.84;SB=-0.01;sumGLbyD=4.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:406,121:495:99:2589,0,12847 3084-ref 1710 . G A 5924.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=456;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.4448;MQ=34.75;MQ0=0;QD=12.99;SB=-0.01;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:272,184:428:99:4635,0,8356 3084-ref 1732 . G A 4549.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=392;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.2513;MQ=34.34;MQ0=0;QD=11.60;SB=-0.01;sumGLbyD=8.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:249,143:375:99:3419,0,7803 3084-ref 1744 . C T 1737.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=301;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.4334;MQ=33.53;MQ0=0;QD=5.77;SB=-26.62;sumGLbyD=5.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,90:281:99:1768,0,6238 3084-ref 1754 . G A 9390.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.7011;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.83;SB=-54.31;sumGLbyD=31.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,294:274:99:9388,824,0 3084-ref 1810 . G T 4965.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.4707;MQ=36.42;MQ0=0;QD=31.83;SB=-0.01;sumGLbyD=31.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:134:99:4965,403,0 3084-ref 1883 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 3085-ref 34 . A G 10219.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=722;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.9543;MQ=36.89;MQ0=0;QD=14.15;SB=-33.98;sumGLbyD=11.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:320,388:543:99:8546,0,7031 3085-ref 139 . G C 5608.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=316;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.1356;MQ=36.94;MQ0=0;QD=17.75;SB=6.01;sumGLbyD=14.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,167:291:99:4732,0,4461 3085-ref 238 . G A 11760.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=369;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=31.3810;MQ=36.53;MQ0=0;QD=31.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,364:321:99:11678,923,0 3085-ref 244 . T C 5840.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=392;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.1315;MQ=36.56;MQ0=0;QD=14.90;SB=-0.01;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,162:361:99:4716,0,6603 3085-ref 312 . C T 11387.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=342;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6432;MQ=36.76;MQ0=0;QD=33.30;SB=-0.01;sumGLbyD=33.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,340:314:99:11316,875,0 3085-ref 367 . G A 9588.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=537;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.5020;MQ=36.64;MQ0=0;QD=17.86;SB=-18.69;sumGLbyD=15.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:258,279:499:99:8085,0,7510 3085-ref 385 . C T 15874.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=454;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.5549;MQ=36.60;MQ0=0;QD=34.97;SB=-0.01;sumGLbyD=34.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,451:432:99:15753,1217,0 3085-ref 710 . C G 131.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3783;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.71;SB=-0.01;sumGLbyD=2.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,20:33:99:162,0,801 3085-ref 737 . C T 1893.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2828;MQ=36.60;MQ0=0;QD=9.28;SB=3.00;sumGLbyD=9.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,72:191:99:1924,0,4050 3085-ref 792 . G A 1199.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1646;MQ=36.83;MQ0=0;QD=6.70;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,48:162:99:1229,0,3821 3085-ref 874 . A G 21.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=1.14;SB=-0.01;sumGLbyD=2.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:18:51.56:52,0,498 3091-ref 94 . C T 7727.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=441;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.5342;MQ=36.93;MQ0=0;QD=17.52;SB=-31.35;sumGLbyD=14.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,219:415:99:6413,0,6224 3091-ref 275 . A C 18183.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.5569;MQ=36.89;MQ0=0;QD=18.18;SB=-23.61;sumGLbyD=15.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:484,514:943:99:15342,0,14557 3091-ref 410 . T A 10535.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=636;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=61.6059;MQ=36.92;MQ0=0;QD=16.56;SB=-26.62;sumGLbyD=13.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:279,337:526:99:8819,0,6778 3091-ref 589 . 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T C 27217.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=742;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.3253;MQ=36.67;MQ0=0;QD=36.68;SB=-29.63;sumGLbyD=36.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,738:714:99:27142,2076,0 3091-ref 1660 . C T 4657.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=394;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.4682;MQ=36.82;MQ0=0;QD=11.82;SB=3.00;sumGLbyD=9.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:249,141:342:99:3564,0,6943 3091-ref 1711 . C T 10363.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=546;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.1431;MQ=36.89;MQ0=0;QD=18.98;SB=-0.01;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:265,280:522:99:8790,0,7874 3091-ref 1921 . T C 33210.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=69.7504;MQ=36.78;MQ0=0;QD=33.24;SB=-88.74;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,991:879:99:33102,2576,0 3091-ref 2002 . A G 18545.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=957;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=100.6865;MQ=36.67;MQ0=0;QD=19.38;SB=-95.99;sumGLbyD=16.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:463,491:941:99:15610,0,14486 3091-ref 2096 . G A 31583.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.5447;MQ=36.88;MQ0=0;QD=31.58;SB=-0.01;sumGLbyD=31.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,996:856:99:31579,2575,0 3091-ref 2296 . T G 6105.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=819;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=53.4178;MQ=36.08;MQ0=0;QD=7.45;SB=6.01;sumGLbyD=4.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:635,183:744:99:3827,0,19106 3091-ref 2297 . T G 162.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=726;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.8870;MQ=36.07;MQ0=0;QD=0.22;SB=6.00;sumGLbyD=0.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:640,84:652:99:192,0,19686 3091-ref 2380 . A G 521.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=497;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=57.9766;MQ=36.88;MQ0=0;QD=1.05;SB=-0.01;sumGLbyD=1.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:446,49:402:99:551,0,12045 3091-ref 2657 . A T 5402.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=564;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9723;MQ=36.75;MQ0=0;QD=9.58;SB=-432.86;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:421,143:535:99:3791,0,13300 3091-ref 2663 . G A 21631.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=642;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8904;MQ=36.02;MQ0=0;QD=33.69;SB=-304.60;sumGLbyD=33.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,636:581:99:21629,1748,0 3091-ref 2671 . C A 6244.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=656;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.3676;MQ=36.08;MQ0=0;QD=9.52;SB=-189.20;sumGLbyD=6.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:469,186:612:99:4400,0,14576 3091-ref 2726 . T G 27.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=583;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=146.5581;MQ=36.04;MQ0=0;QD=0.05;SB=-14.59;sumGLbyD=0.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:528,55:534:57.53:58,0,16498 3091-ref 2748 . G C 13275.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=684;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.7763;MQ=36.51;MQ0=0;QD=19.41;SB=-24.67;sumGLbyD=16.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:299,380:620:99:11371,0,8162 3091-ref 2791 . A G 10342.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=590;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2523;MQ=36.09;MQ0=0;QD=17.53;SB=-20.61;sumGLbyD=14.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:295,294:565:99:8640,0,9083 3091-ref 2805 . T C 2560.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=347;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.1496;MQ=35.46;MQ0=0;QD=7.38;SB=6.01;sumGLbyD=7.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,105:332:99:2590,0,7465 3091-ref 2810 . A T 9162.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6778;MQ=35.17;MQ0=0;QD=33.20;SB=-69.63;sumGLbyD=32.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,272:261:99:9000,662,0 3091-ref 2811 . C A 915.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=269;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.6786;MQ=35.12;MQ0=0;QD=3.40;SB=6.01;sumGLbyD=3.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,53:259:99:946,0,6816 3188-ref 114 . G A 470.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.44;SB=-0.01;sumGLbyD=21.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:21:99:500,0,173 3188-ref 180 . T A 324.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9577;MQ=36.40;MQ0=0;QD=9.54;SB=-0.01;sumGLbyD=10.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:31:99:354,0,614 3188-ref 189 . T C 252.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=10.96;SB=-0.01;sumGLbyD=12.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:20:99:282,0,328 3188-ref 226 . T A 69.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4689;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.31;SB=-0.01;sumGLbyD=4.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:19:99:100,0,465 3188-ref 262 . A G 386.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2140;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.06;SB=-0.01;sumGLbyD=8.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:40:99:417,0,839 3188-ref 321 . G A 294.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1360;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.36;SB=-35.57;sumGLbyD=5.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,13:51:99:325,0,1290 3188-ref 397 . C T 719.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9416;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.12;SB=-0.01;sumGLbyD=14.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:47:99:750,0,674 3188-ref 462 . A G 330.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.76;SB=-0.01;sumGLbyD=15.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:360,0,432 3259-ref 36 . T C 97.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.42;SB=-0.01;sumGLbyD=7.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:128,0,441 3259-ref 40 . A C 95.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9371;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.82;SB=-0.01;sumGLbyD=5.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:24:99:126,0,635 3259-ref 50 . A T 128.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9371;MQ=36.37;MQ0=0;QD=4.03;SB=-0.01;sumGLbyD=4.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,7:28:99:159,0,743 3259-ref 54 . C A 279.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.54;MQ0=0;QD=6.36;SB=-0.01;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,12:40:99:310,0,963 3259-ref 104 . T C 412.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=36.47;MQ0=0;QD=10.85;SB=3.00;sumGLbyD=11.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:442,0,790 3259-ref 116 . C T 326.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9995;MQ=36.52;MQ0=0;QD=7.76;SB=3.00;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:40:99:356,0,930 3259-ref 233 . G A 2032.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=185;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.2820;MQ=36.45;MQ0=0;QD=10.99;SB=-0.01;sumGLbyD=11.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,76:171:99:2063,0,3345 3259-ref 254 . G A 1750.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9377;MQ=36.52;MQ0=0;QD=11.91;SB=-0.01;sumGLbyD=12.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,62:142:99:1781,0,2630 3259-ref 298 . T C 93.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2405;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.17;SB=3.00;sumGLbyD=2.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,6:31:99:123,0,794 3259-ref 393 . A G 1713.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6256;MQ=36.91;MQ0=0;QD=14.90;SB=-0.01;sumGLbyD=15.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:110:99:1743,0,1780 3259-ref 509 . T A 114.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=9.54;SB=-0.01;sumGLbyD=12.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:144,0,242 3259-ref 513 . A C 24.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.58:55,0,102 3259-ref 516 . T C 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.43;SB=-0.01;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:70,0,30 3259-ref 518 . G T 41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:25.32:71,0,25 3259-ref 519 . 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G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 3259-ref 609 . C G 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0 3340-ref 7 . T G 19.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.92:50,0,266 3340-ref 46 . G A 832.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7845;MQ=35.31;MQ0=0;QD=9.68;SB=15.04;sumGLbyD=10.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,32:81:99:862,0,1657 3340-ref 104 . C T 13485.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=431;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.7313;MQ=36.69;MQ0=0;QD=31.29;SB=-226.89;sumGLbyD=30.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,408:379:99:12944,601,0 3340-ref 133 . T C 1709.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=699;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=66.7714;MQ=36.79;MQ0=0;QD=2.45;SB=-68.58;sumGLbyD=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:575,120:588:99:1739,0,16217 3340-ref 219 . A G 5960.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=364;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=26.9023;MQ=36.47;MQ0=0;QD=16.37;SB=-100.47;sumGLbyD=13.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,159:351:99:4902,0,5940 3340-ref 287 . A G 1971.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=29.2061;MQ=36.96;MQ0=0;QD=8.18;SB=3.00;sumGLbyD=8.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,92:175:99:2002,0,3334 3340-ref 527 . C T 20895.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=594;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.8385;MQ=36.93;MQ0=0;QD=35.18;SB=-27.67;sumGLbyD=35.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,591:563:99:20853,1691,0 3340-ref 693 . C G 1220.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5916;MQ=36.38;MQ0=0;QD=7.49;SB=-57.60;sumGLbyD=7.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,49:156:99:1250,0,3583 3340-ref 709 . A T 3077.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7402;MQ=34.99;MQ0=0;QD=29.88;SB=-139.26;sumGLbyD=30.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:88:99:3110,265,0 3340-ref 725 . C T 184.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.4986;MQ=35.46;MQ0=0;QD=1.46;SB=-59.92;sumGLbyD=1.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,15:114:99:215,0,2773 3340-ref 749 . G A 8974.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=397;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.3446;MQ=36.64;MQ0=0;QD=22.61;SB=-60.61;sumGLbyD=19.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,241:381:99:7790,0,4469 3340-ref 826 . C T 35063.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.4131;MQ=36.70;MQ0=0;QD=35.10;SB=-168.98;sumGLbyD=34.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,992:935:99:34950,2767,0 3340-ref 919 . A C 10620.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=694;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=84.5199;MQ=36.32;MQ0=0;QD=15.30;SB=-1541.75;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:267,425:520:99:9017,0,5577 3340-ref 934 . A C 14695.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=903;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=114.8656;MQ=36.33;MQ0=0;QD=16.27;SB=-1661.42;sumGLbyD=13.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:406,486:675:99:12426,0,7669 3340-ref 964 . G C 16474.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.4301;MQ=36.76;MQ0=0;QD=16.47;SB=-367.30;sumGLbyD=13.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:505,492:878:99:13829,0,14084 3340-ref 1040 . C T 7663.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=464;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.6398;MQ=36.76;MQ0=0;QD=16.52;SB=-76.52;sumGLbyD=13.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:241,222:430:99:6344,0,7223 3340-ref 1148 . G A 16421.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=106.8686;MQ=36.81;MQ0=0;QD=16.42;SB=3.00;sumGLbyD=13.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:495,502:864:99:13818,0,12778 3340-ref 1187 . A G 19028.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.9879;MQ=36.82;MQ0=0;QD=19.03;SB=3.00;sumGLbyD=15.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:477,515:953:99:15953,0,14509 3340-ref 1332 . T A 11542.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.9043;MQ=36.24;MQ0=0;QD=11.54;SB=-0.01;sumGLbyD=8.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:650,344:915:99:8730,0,19879 3340-ref 1345 . A G 11557.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=996;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=57.8881;MQ=36.27;MQ0=0;QD=11.60;SB=-36.31;sumGLbyD=8.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:670,322:966:99:8558,0,22060 3340-ref 1391 . G T 563.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=380;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=83.2708;MQ=36.41;MQ0=0;QD=1.48;SB=-36.24;sumGLbyD=1.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:331,42:302:99:594,0,8028 3340-ref 1405 . C T 4617.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=455;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=82.6451;MQ=36.69;MQ0=0;QD=10.15;SB=-493.53;sumGLbyD=8.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:293,159:290:99:3743,0,4965 3340-ref 1476 . A G 5225.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=322;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.0661;MQ=34.32;MQ0=0;QD=16.23;SB=-773.30;sumGLbyD=13.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,166:303:99:4275,0,4834 3340-ref 1499 . G A 1019.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.9331;MQ=34.58;MQ0=0;QD=7.39;SB=-386.85;sumGLbyD=7.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,46:113:99:1050,0,2104 3340-ref 1504 . T C 1182.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.7894;MQ=34.87;MQ0=0;QD=8.69;SB=-234.94;sumGLbyD=8.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,52:108:99:1212,0,1795 3340-ref 1532 . C G 30285.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=872;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.8554;MQ=36.69;MQ0=0;QD=34.73;SB=-68.21;sumGLbyD=34.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,867:799:99:30283,2404,0 3340-ref 1673 . C T 9912.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=689;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.7559;MQ=36.53;MQ0=0;QD=14.39;SB=-56.17;sumGLbyD=11.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:381,301:631:99:7965,0,11631 3340-ref 1685 . A G 5811.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=401;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=30.5574;MQ=36.20;MQ0=0;QD=14.49;SB=6.00;sumGLbyD=11.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:234,164:376:99:4642,0,6809 3340-ref 1740 . G T 402.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=36.21;MQ0=0;QD=9.59;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:41:99:433,0,810 3340-ref 1877 . G A 9568.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=69.4495;MQ=30.69;MQ0=0;QD=9.57;SB=-0.01;sumGLbyD=6.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:696,300:902:99:6844,0,16274 3340-ref 1912 . A C 19497.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=65.0103;MQ=36.50;MQ0=0;QD=19.50;SB=-105.32;sumGLbyD=16.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:447,553:934:99:16683,0,12939 3340-ref 1954 . G A 433.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=440;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.1462;MQ=36.38;MQ0=0;QD=0.99;SB=15.02;sumGLbyD=1.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:379,60:422:99:463,0,12908 3362-ref 273 . T C 2681.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0053;MQ=36.74;MQ0=0;QD=17.53;SB=-0.01;sumGLbyD=17.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,89:128:99:2712,0,1268 3362-ref 317 . G A 2265.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.7849;MQ=35.19;MQ0=0;QD=13.25;SB=-0.01;sumGLbyD=13.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,81:164:99:2296,0,2785 3362-ref 326 . G A 1537.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1748;MQ=34.65;MQ0=0;QD=10.83;SB=-0.01;sumGLbyD=11.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,64:135:99:1567,0,2425 3362-ref 347 . C T 617.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8829;MQ=33.27;MQ0=0;QD=7.02;SB=-26.62;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:81:99:648,0,1540 3362-ref 349 . T C 531.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8494;MQ=33.48;MQ0=0;QD=6.11;SB=-26.62;sumGLbyD=6.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:79:99:561,0,1690 3362-ref 367 . A C 1200.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4357;MQ=35.17;MQ0=0;QD=13.34;SB=-0.01;sumGLbyD=13.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:87:99:1231,0,1403 3362-ref 379 . 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C T 13281.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=757;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=66.9602;MQ=36.77;MQ0=0;QD=17.54;SB=-33.99;sumGLbyD=15.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:342,415:629:99:11385,0,7494 3362-ref 868 . G A 7631.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=434;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.4300;MQ=36.81;MQ0=0;QD=17.58;SB=-60.61;sumGLbyD=14.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,221:388:99:6463,0,5948 3362-ref 941 . T A 2228.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7153;MQ=36.17;MQ0=0;QD=15.16;SB=-27.96;sumGLbyD=15.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,89:129:99:2258,0,1595 3362-ref 980 . G A 2306.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9279;MQ=35.49;MQ0=0;QD=17.47;SB=-36.31;sumGLbyD=17.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,82:105:99:2337,0,723 3362-ref 997 . C T 2098.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.2913;MQ=35.76;MQ0=0;QD=14.09;SB=-0.01;sumGLbyD=14.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,76:132:99:2129,0,1855 3362-ref 1003 . G T 2474.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.3096;MQ=36.36;MQ0=0;QD=9.74;SB=-0.01;sumGLbyD=9.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,104:211:99:2504,0,4048 3362-ref 1087 . T A 10516.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=583;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.4725;MQ=36.41;MQ0=0;QD=18.04;SB=-0.01;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:282,298:546:99:8788,0,8372 3362-ref 1105 . C T 12802.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=715;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.7033;MQ=36.40;MQ0=0;QD=17.91;SB=-18.69;sumGLbyD=15.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:366,349:677:99:10762,0,10578 3362-ref 1185 . G A 310.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.1275;MQ=36.92;MQ0=0;QD=0.86;SB=220.29;sumGLbyD=0.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:316,43:319:99:340,0,9558 3362-ref 1212 . C T 2899.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=431;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.1359;MQ=36.88;MQ0=0;QD=6.73;SB=-1187.97;sumGLbyD=6.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:313,117:406:99:2929,0,9754 3362-ref 1278 . G T 1343.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.0295;MQ=36.52;MQ0=0;QD=12.79;SB=-0.01;sumGLbyD=13.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:101:99:1373,0,1721 3362-ref 1316 . T C 183.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9748;MQ=34.66;MQ0=0;QD=6.12;SB=-0.01;sumGLbyD=7.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:29:99:214,0,676 3362-ref 1329 . A G 491.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=35.98;MQ0=0;QD=24.58;SB=-77.81;sumGLbyD=26.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:19:42.12:525,42,0 3362-ref 1330 . A T 92.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=35.98;MQ0=0;QD=4.60;SB=6.01;sumGLbyD=6.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:122,0,446 3362-ref 1363 . C T 374.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=1.9992;MQ=36.18;MQ0=0;QD=10.13;SB=3.00;sumGLbyD=10.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:33:99:405,0,584 3362-ref 1414 . T C 1233.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.0304;MQ=36.09;MQ0=0;QD=22.03;SB=-33.98;sumGLbyD=22.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,40:52:99:1264,0,330 3362-ref 1454 . T G 17.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9342;MQ=35.77;MQ0=0;QD=0.69;SB=-0.01;sumGLbyD=1.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,3:22:47.25:47,0,642 3362-ref 1466 . T G 71.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=35.82;MQ0=0;QD=2.76;SB=-0.01;sumGLbyD=3.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:22:99:102,0,541 3362-ref 1494 . C G 1168.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1954;MQ=35.83;MQ0=0;QD=33.40;SB=-0.01;sumGLbyD=34.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:33:99:1202,99,0 3387-ref 131 . A T 177.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=33.53;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=30.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:7:18.04:211,18,0 3387-ref 191 . T C 299.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.94;SB=-0.01;sumGLbyD=27.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:11:5.49:329,0,5 3387-ref 343 . C G 275.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.49;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:309,24,0 3387-ref 350 . G A 395.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.93;SB=-0.01;sumGLbyD=38.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:428,33,0 3387-ref 413 . T C 318.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=26.55;SB=-0.01;sumGLbyD=29.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:32.54:349,0,33 3387-ref 414 . T A 321.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=26.75;SB=-0.01;sumGLbyD=29.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:11:6.90:351,0,7 3387-ref 443 . G T 323.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9962;MQ=35.53;MQ0=0;QD=23.12;SB=6.80;sumGLbyD=25.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:62.59:354,0,63 3387-ref 477 . C T 190.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:224,18,0 3387-ref 809 . G A 170.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2253;MQ=36.80;MQ0=0;QD=3.42;SB=-0.01;sumGLbyD=4.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,9:47:99:201,0,1300 3387-ref 849 . C T 292.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2516;MQ=36.39;MQ0=0;QD=5.85;SB=-0.01;sumGLbyD=6.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:48:99:322,0,1198 3387-ref 853 . T A 221.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7209;MQ=36.35;MQ0=0;QD=4.71;SB=-0.01;sumGLbyD=5.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,11:45:99:251,0,1116 3387-ref 880 . 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G C 2551.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.6548;MQ=35.88;MQ0=0;QD=13.94;SB=3.00;sumGLbyD=14.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,91:165:99:2582,0,2405 3387-ref 1018 . G C 4082.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=282;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.4086;MQ=36.46;MQ0=0;QD=14.48;SB=3.00;sumGLbyD=11.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,120:263:99:3290,0,5015 3387-ref 1072 . G A 1603.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.5557;MQ=36.36;MQ0=0;QD=11.29;SB=-0.01;sumGLbyD=11.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,66:126:99:1634,0,2114 3387-ref 1105 . T C 1863.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3039;MQ=36.18;MQ0=0;QD=13.70;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,65:134:99:1893,0,2244 3387-ref 1194 . C T 1170.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4688;MQ=35.35;MQ0=0;QD=14.45;SB=-0.01;sumGLbyD=14.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:77:99:1200,0,1144 3387-ref 1200 . 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C T 2483.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6229;MQ=30.41;MQ0=0;QD=32.26;SB=-0.01;sumGLbyD=32.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:76:99:2517,229,0 3591-ref 131 . A G 1799.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.0921;MQ=30.34;MQ0=0;QD=24.66;SB=-0.01;sumGLbyD=25.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,65:70:60.48:1830,0,60 3591-ref 143 . C T 177.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.2685;MQ=34.18;MQ0=0;QD=2.81;SB=6.01;sumGLbyD=3.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,12:57:99:207,0,1531 3591-ref 196 . C G 2947.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1264.93;sumGLbyD=35.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:82:99:2980,247,0 3591-ref 216 . G A 2684.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9330;MQ=35.96;MQ0=0;QD=30.85;SB=-1298.87;sumGLbyD=31.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:87:24.73:2717,25,0 3591-ref 279 . A C 1385.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9989;MQ=32.67;MQ0=0;QD=19.24;SB=-221.95;sumGLbyD=19.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,48:72:99:1415,0,636 3591-ref 282 . A T 568.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9994;MQ=32.25;MQ0=0;QD=8.61;SB=27.02;sumGLbyD=9.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,23:66:99:598,0,1242 3591-ref 290 . A T 482.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9991;MQ=29.95;MQ0=0;QD=10.50;SB=-221.95;sumGLbyD=11.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:513,0,654 3591-ref 291 . C G 549.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9325;MQ=29.59;MQ0=0;QD=12.50;SB=27.02;sumGLbyD=13.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:42:99:580,0,515 3591-ref 307 . G A 852.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=34.29;MQ0=0;QD=31.59;SB=-0.01;sumGLbyD=32.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:41.21:886,41,0 3591-ref 345 . T G 411.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8634;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.55;SB=-28.55;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:23:99:442,0,264 3591-ref 356 . C A 429.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.1607;MQ=36.00;MQ0=0;QD=8.42;SB=3.00;sumGLbyD=9.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:37:99:459,0,337 3591-ref 413 . T C 425.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4895;MQ=33.84;MQ0=0;QD=9.67;SB=15.02;sumGLbyD=10.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:40:99:455,0,730 3591-ref 419 . A G 60.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.4469;MQ=31.85;MQ0=0;QD=2.89;SB=-0.01;sumGLbyD=4.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:18:90.61:91,0,397 3591-ref 430 . A G 423.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.6046;MQ=32.60;MQ0=0;QD=12.47;SB=-117.52;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:32:99:454,0,418 3591-ref 435 . T C 121.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.8995;MQ=33.11;MQ0=0;QD=4.05;SB=21.05;sumGLbyD=5.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:29:99:151,0,677 3591-ref 452 . A G 140.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9320;MQ=33.48;MQ0=0;QD=5.87;SB=-23.61;sumGLbyD=7.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:22:99:171,0,465 3591-ref 467 . C T 36.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6182;MQ=35.22;MQ0=0;QD=1.27;SB=-0.01;sumGLbyD=2.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,5:27:66.91:67,0,708 3591-ref 501 . G A 237.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6956;MQ=35.28;MQ0=0;QD=6.60;SB=-25.65;sumGLbyD=7.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:32:99:267,0,691 3591-ref 509 . A C 1735.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1922;MQ=32.60;MQ0=0;QD=20.41;SB=-84.58;sumGLbyD=20.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,61:84:99:1765,0,612 3591-ref 524 . 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A G 27.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.8306;MQ=31.32;MQ0=0;QD=1.55;SB=3.00;sumGLbyD=3.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:17:57.82:58,0,425 3591-ref 761 . C G 2246.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7712;MQ=29.76;MQ0=0;QD=29.17;SB=-0.01;sumGLbyD=29.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:75:99:2279,159,0 3591-ref 762 . A C 2781.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7712;MQ=30.24;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=31.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:89:99:2815,201,0 3591-ref 781 . C T 4779.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.1073;MQ=31.73;MQ0=0;QD=30.64;SB=-0.01;sumGLbyD=30.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,151:142:99:4739,387,0 3591-ref 793 . A T 373.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9958;MQ=31.60;MQ0=0;QD=2.25;SB=3.00;sumGLbyD=2.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,28:159:99:404,0,3974 3591-ref 809 . C A 299.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4274;MQ=32.46;MQ0=0;QD=1.95;SB=3.00;sumGLbyD=2.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,26:149:99:330,0,3755 3591-ref 824 . C T 130.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.0931;MQ=31.70;MQ0=0;QD=1.11;SB=24.00;sumGLbyD=1.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,16:113:99:161,0,2986 3591-ref 831 . T C 77.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.0727;MQ=31.15;MQ0=0;QD=0.61;SB=-23.22;sumGLbyD=0.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,16:121:99:107,0,3175 3591-ref 840 . G A 3641.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.4399;MQ=30.68;MQ0=0;QD=31.67;SB=-415.83;sumGLbyD=31.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:111:99:3640,334,0 3591-ref 841 . T A 674.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4399;MQ=30.77;MQ0=0;QD=5.97;SB=-292.40;sumGLbyD=6.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,35:106:99:704,0,2165 3591-ref 859 . G T 1473.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9993;MQ=30.24;MQ0=0;QD=19.64;SB=-428.00;sumGLbyD=20.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,56:74:99:1503,0,476 3591-ref 880 . G A 316.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.37;MQ0=0;QD=5.97;SB=51.04;sumGLbyD=6.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,16:53:99:347,0,1040 3591-ref 895 . C T 632.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.30;MQ0=0;QD=31.63;SB=-0.01;sumGLbyD=33.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.13:666,57,0 3591-ref 908 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 3610-ref 48 . G T 1682.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.5279;MQ=36.82;MQ0=0;QD=15.44;SB=-0.01;sumGLbyD=15.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:98:99:1712,0,1391 3610-ref 94 . G C 96.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.8593;MQ=36.82;MQ0=0;QD=0.87;SB=3.00;sumGLbyD=1.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,15:96:99:127,0,2811 3610-ref 891 . C T 597.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4161;MQ=36.45;MQ0=0;QD=6.50;SB=3.00;sumGLbyD=6.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,32:62:99:628,0,1194 3610-ref 1027 . A G 384.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4186;MQ=36.07;MQ0=0;QD=11.66;SB=-0.01;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:30:99:415,0,452 3610-ref 1035 . G T 766.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9459;MQ=35.48;MQ0=0;QD=14.20;SB=-0.01;sumGLbyD=14.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:52:99:797,0,762 3610-ref 1120 . G A 1728.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5450;MQ=36.48;MQ0=0;QD=29.80;SB=-0.01;sumGLbyD=30.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:51:99:1761,113,0 3610-ref 1160 . T A 1299.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6665;MQ=36.90;MQ0=0;QD=13.54;SB=-24.67;sumGLbyD=13.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:88:99:1330,0,1359 3610-ref 1239 . G A 3199.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4074;MQ=36.89;MQ0=0;QD=33.68;SB=-29.63;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:86:99:3232,259,0 3610-ref 1317 . A G 669.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.63;SB=-0.01;sumGLbyD=11.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:58:99:699,0,1057 3610-ref 1428 . T C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9883;MQ=34.39;MQ0=0;QD=10.25;SB=-0.01;sumGLbyD=17.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:4:30.98:71,0,31 3610-ref 1440 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 3679-ref 89 . T C 3158.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.0130;MQ=36.93;MQ0=0;QD=20.65;SB=-37.00;sumGLbyD=20.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,102:146:99:3189,0,1312 3679-ref 152 . C A 1758.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.4208;MQ=36.40;MQ0=0;QD=8.58;SB=3.00;sumGLbyD=8.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,69:196:99:1789,0,4330 3679-ref 153 . A G 4978.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.2196;MQ=36.40;MQ0=0;QD=24.28;SB=-26.62;sumGLbyD=21.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,136:198:99:4382,0,1892 3679-ref 269 . G C 1476.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.1501;MQ=36.33;MQ0=0;QD=12.10;SB=-0.01;sumGLbyD=12.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,65:102:99:1507,0,1548 3679-ref 276 . G A 1695.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0568;MQ=36.34;MQ0=0;QD=13.79;SB=-0.01;sumGLbyD=14.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,67:108:99:1726,0,1583 3679-ref 361 . A G 1674.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8107;MQ=35.61;MQ0=0;QD=28.38;SB=-0.01;sumGLbyD=28.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:47:99:1707,141,0 3679-ref 410 . A G 4878.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1390;MQ=35.90;MQ0=0;QD=32.97;SB=-38.58;sumGLbyD=32.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,146:134:99:4798,323,0 3679-ref 421 . T G 2632.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.1210;MQ=35.94;MQ0=0;QD=14.46;SB=-0.01;sumGLbyD=14.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,96:163:99:2662,0,2177 3679-ref 463 . C G 8472.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=454;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.2960;MQ=36.58;MQ0=0;QD=18.66;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,243:418:99:7177,0,5550 3679-ref 514 . A C 2957.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.2726;MQ=36.47;MQ0=0;QD=14.08;SB=-26.62;sumGLbyD=14.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,109:185:99:2987,0,2600 3679-ref 538 . T C 1801.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.8605;MQ=36.70;MQ0=0;QD=10.85;SB=-26.62;sumGLbyD=11.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,76:143:99:1831,0,2567 3679-ref 643 . T A 3196.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0249;MQ=36.43;MQ0=0;QD=12.84;SB=3.00;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,113:234:99:3226,0,4053 3679-ref 669 . A G 1858.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3929;MQ=36.01;MQ0=0;QD=12.91;SB=2.99;sumGLbyD=13.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,64:138:99:1888,0,2439 3679-ref 670 . T C 1617.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3929;MQ=35.99;MQ0=0;QD=12.35;SB=3.00;sumGLbyD=12.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,56:126:99:1648,0,2298 3907-ref 130 . G T 2760.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7289;MQ=36.88;MQ0=0;QD=11.08;SB=-0.01;sumGLbyD=11.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,103:228:99:2790,0,4362 3907-ref 197 . 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G C 15035.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=839;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.0780;MQ=36.35;MQ0=0;QD=17.92;SB=-37.00;sumGLbyD=14.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:435,404:822:99:12559,0,13794 3907-ref 674 . G A 13856.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=433;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.1192;MQ=36.53;MQ0=0;QD=32.00;SB=-29.63;sumGLbyD=31.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,427:378:99:13639,947,0 3907-ref 713 . T A 22430.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=628;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=24.5246;MQ=36.61;MQ0=0;QD=35.72;SB=-0.01;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,624:599:99:22406,1799,0 3907-ref 852 . A C 715.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.07;SB=-0.01;sumGLbyD=35.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:57.19:749,57,0 3907-ref 872 . C T 224.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=15.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:254,0,272 3921-ref 82 . T C 7799.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=459;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.3980;MQ=36.85;MQ0=0;QD=16.99;SB=3.00;sumGLbyD=14.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:245,214:432:99:6498,0,7151 3921-ref 339 . A G 6079.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=341;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.0350;MQ=36.76;MQ0=0;QD=17.83;SB=-0.01;sumGLbyD=14.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,171:318:99:5097,0,5051 3921-ref 343 . A G 6705.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=352;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.0649;MQ=36.83;MQ0=0;QD=19.05;SB=-0.01;sumGLbyD=15.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,178:338:99:5573,0,5061 3921-ref 437 . G T 6172.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=368;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.3400;MQ=36.89;MQ0=0;QD=16.77;SB=3.00;sumGLbyD=14.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,205:296:99:5280,0,3678 3921-ref 790 . T C 5504.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=444;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.3369;MQ=36.93;MQ0=0;QD=12.40;SB=-0.01;sumGLbyD=9.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:258,184:378:99:4343,0,7302 3921-ref 908 . G A 2557.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.9662;MQ=36.91;MQ0=0;QD=11.02;SB=3.00;sumGLbyD=11.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,97:215:99:2587,0,4080 3921-ref 1052 . C T 9996.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=487;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.9991;MQ=36.77;MQ0=0;QD=20.53;SB=-55.63;sumGLbyD=17.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,281:454:99:8591,0,5783 3921-ref 1424 . G T 7315.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=432;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.0523;MQ=36.86;MQ0=0;QD=16.93;SB=-0.01;sumGLbyD=14.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,212:399:99:6113,0,6437 3930-ref 22 . G A 413.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=29.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:16.04:444,0,16 3930-ref 24 . A G 11.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=0.62;SB=-0.01;sumGLbyD=2.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,4:18:41.46:41,0,519 3930-ref 64 . C T 1217.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.66;MQ0=0;QD=26.46;SB=-0.01;sumGLbyD=27.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,39:43:96.53:1247,0,97 3930-ref 66 . A G 33.11 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.66;MQ0=0;QD=0.72;SB=-0.01;sumGLbyD=1.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,6:45:63.11:63,0,1334 3930-ref 86 . T A 15.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9934;MQ=35.47;MQ0=0;QD=0.33;SB=-20.61;sumGLbyD=0.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,6:44:45.36:45,0,1276 3930-ref 164 . A C 35.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.78;SB=-0.01;sumGLbyD=21.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:65,0,30 3930-ref 165 . C A 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:61,0,30 3930-ref 187 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 3930-ref 222 . C T 178.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=29.79;SB=-74.20;sumGLbyD=35.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:212,18,0 3930-ref 238 . C T 289.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.14;MQ0=0;QD=26.29;SB=-0.01;sumGLbyD=29.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.07:322,27,0 3930-ref 281 . C T 785.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4057;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.06;SB=-29.63;sumGLbyD=29.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:24:69.18:819,69,0 3930-ref 326 . G C 444.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=29.62;SB=-0.01;sumGLbyD=31.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:15.50:477,16,0 3930-ref 348 . T C 131.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=21.90;SB=15.14;sumGLbyD=26.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:11.58:161,0,12 3938-ref 438 . C T 144.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.04;SB=-0.01;sumGLbyD=9.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:16:99:175,0,329 3938-ref 578 . G A 411.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.70;SB=-0.01;sumGLbyD=14.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:25:99:441,0,347 3938-ref 651 . A C 395.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8097;MQ=36.53;MQ0=0;QD=9.21;SB=-0.01;sumGLbyD=9.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:39:99:426,0,805 3938-ref 678 . A C 179.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3460;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.28;SB=-0.01;sumGLbyD=5.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:36:99:210,0,938 3938-ref 701 . C T 359.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.02;MQ0=0;QD=7.65;SB=-26.62;sumGLbyD=8.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:46:99:390,0,986 3938-ref 716 . C T 353.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=34.78;MQ0=0;QD=8.41;SB=-26.62;sumGLbyD=9.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:39:99:383,0,735 3938-ref 735 . T G 282.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8972;MQ=36.05;MQ0=0;QD=8.84;SB=-0.01;sumGLbyD=9.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:31:99:313,0,669 3938-ref 818 . C T 173.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=36.54;MQ0=0;QD=7.90;SB=-0.01;sumGLbyD=9.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:21:99:204,0,471 3938-ref 848 . A G 19.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.99;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:9:49.90:50,0,246 3938-ref 908 . A G 263.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.16;SB=-0.01;sumGLbyD=14.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:17:99:293,0,260 3938-ref 1091 . A G 40.64 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=35.72;MQ0=0;QD=5.08;SB=-0.01;sumGLbyD=8.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:7:70.63:71,0,123 3938-ref 1159 . T C 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.27:105,0,64 3943-ref 7 . T C 169.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.12;SB=-0.01;sumGLbyD=16.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:7:21.03:202,21,0 3943-ref 40 . C G 1213.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.37;MQ0=0;QD=27.58;SB=-40.01;sumGLbyD=28.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:31.35:1246,31,0 3943-ref 51 . 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A G 756.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.69;MQ0=0;QD=22.25;SB=-26.64;sumGLbyD=23.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,31:33:19.40:786,0,19 3943-ref 192 . G A 10.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=2.67;SB=10.76;sumGLbyD=10.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:40.29:40,0,62 3943-ref 194 . T C 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=10.77;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,49 3943-ref 251 . G A 3167.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.57;MQ0=0;QD=34.05;SB=-1291.85;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:90:99:3200,195,0 3943-ref 256 . G A 3441.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.57;MQ0=0;QD=36.23;SB=-1379.93;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:93:99:3366,205,0 3943-ref 272 . C T 9221.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.96;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1838.49;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,258:241:99:9221,725,0 3943-ref 495 . T G 36664.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.0604;MQ=36.76;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,994:971:99:36577,2839,0 3943-ref 908 . A T 1963.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3851;MQ=35.59;MQ0=0;QD=33.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:57:99:1996,171,0 3943-ref 928 . T C 328.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=2.9713;MQ=34.25;MQ0=0;QD=17.27;SB=-0.01;sumGLbyD=18.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:358,0,158 3943-ref 932 . C T 34.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.87;SB=-0.01;sumGLbyD=7.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:8:64.81:65,0,156 3974-ref 522 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 3974-ref 931 . A C 33.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.51;SB=-24.44;sumGLbyD=32.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:64,6,0 3998-ref 45 . T A 1316.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.2239;MQ=36.50;MQ0=0;QD=10.88;SB=3.00;sumGLbyD=11.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,47:112:99:1347,0,2081 3998-ref 48 . A G 183.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=34.8657;MQ=35.80;MQ0=0;QD=1.20;SB=3.00;sumGLbyD=1.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,21:144:99:213,0,4044 3998-ref 389 . A G 2284.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7065;MQ=34.62;MQ0=0;QD=17.44;SB=-52.13;sumGLbyD=17.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,76:131:99:2315,0,1614 3998-ref 392 . T A 1496.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.9725;MQ=34.30;MQ0=0;QD=12.47;SB=-18.69;sumGLbyD=12.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:117:99:1526,0,1916 3998-ref 394 . G T 1355.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.9725;MQ=34.16;MQ0=0;QD=11.89;SB=-20.67;sumGLbyD=12.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,50:113:99:1386,0,1891 3998-ref 404 . T A 1209.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=33.56;MQ0=0;QD=13.59;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:86:99:1239,0,1225 3998-ref 426 . A C 743.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9659;MQ=34.24;MQ0=0;QD=14.02;SB=-59.92;sumGLbyD=14.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:48:99:773,0,654 3998-ref 431 . T C 776.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6026;MQ=34.80;MQ0=0;QD=16.51;SB=-62.19;sumGLbyD=17.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:41:99:806,0,412 3998-ref 572 . A G 2223.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7353;MQ=36.88;MQ0=0;QD=13.47;SB=-0.01;sumGLbyD=13.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,75:160:99:2253,0,2871 3998-ref 600 . C T 664.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.6749;MQ=36.60;MQ0=0;QD=8.86;SB=3.00;sumGLbyD=9.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:73:99:694,0,1623 3998-ref 845 . A T 2108.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1971;MQ=36.71;MQ0=0;QD=11.98;SB=3.00;sumGLbyD=12.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,75:167:99:2138,0,3119 3998-ref 877 . G C 1025.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.5382;MQ=36.42;MQ0=0;QD=11.65;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:77:99:1055,0,1278 3998-ref 950 . G A 624.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1001;MQ=36.82;MQ0=0;QD=3.67;SB=-37.00;sumGLbyD=3.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,38:148:99:654,0,3831 3998-ref 992 . G T 7683.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.5826;MQ=35.59;MQ0=0;QD=34.00;SB=-0.01;sumGLbyD=33.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,224:210:99:7682,632,0 3998-ref 1009 . G T 8838.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8889;MQ=35.56;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,241:238:99:8798,676,0 3998-ref 1026 . A G 2008.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4923;MQ=35.71;MQ0=0;QD=9.70;SB=-37.00;sumGLbyD=9.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,77:198:99:2038,0,4098 3998-ref 1188 . A T 2460.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=186;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4376;MQ=36.89;MQ0=0;QD=13.23;SB=-0.01;sumGLbyD=13.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,83:178:99:2490,0,3015 3998-ref 1261 . T A 1258.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.5461;MQ=36.57;MQ0=0;QD=13.39;SB=-23.62;sumGLbyD=13.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:83:99:1289,0,1185 3998-ref 1337 . C T 2109.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.2120;MQ=36.94;MQ0=0;QD=12.86;SB=-0.01;sumGLbyD=13.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,76:151:99:2140,0,2500 3998-ref 1400 . G A 3853.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8139;MQ=36.81;MQ0=0;QD=36.01;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:102:99:3853,307,0 3998-ref 1433 . A G 369.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4689;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.02;SB=-0.01;sumGLbyD=9.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:37:99:400,0,780 3998-ref 1482 . G A 687.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5167;MQ=36.73;MQ0=0;QD=18.59;SB=-110.30;sumGLbyD=19.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,29:28:99:718,0,141 3998-ref 1518 . T C 803.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.67;MQ0=0;QD=25.92;SB=-74.00;sumGLbyD=26.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,24:31:99:833,0,162 3998-ref 1552 . A G 17.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9462;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=3.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:11:46.92:47,0,305 3999-ref 6 . G A 12.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=1.4688;MQ=36.07;MQ0=0;QD=1.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:9:42.56:43,0,239 3999-ref 184 . A G 7985.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1144;MQ=36.74;MQ0=0;QD=34.87;SB=-32.51;sumGLbyD=34.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,229:212:99:7985,638,0 3999-ref 333 . A G 9155.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.4062;MQ=36.80;MQ0=0;QD=36.04;SB=-29.63;sumGLbyD=35.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,251:245:99:9058,728,0 3999-ref 413 . T A 12217.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=352;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.7719;MQ=36.31;MQ0=0;QD=34.71;SB=-0.01;sumGLbyD=34.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,347:330:99:12216,993,0 3999-ref 414 . 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G A 321.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.9559;MQ=36.83;MQ0=0;QD=1.81;SB=432.05;sumGLbyD=1.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,37:164:99:351,0,4678 3999-ref 1301 . T C 1429.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=31.77;SB=-0.01;sumGLbyD=32.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1463,135,0 3999-ref 1307 . G T 1315.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.84;MQ0=0;QD=31.32;SB=-0.01;sumGLbyD=32.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1348,123,0 3999-ref 1332 . A G 1309.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.65;MQ0=0;QD=31.95;SB=-29.63;sumGLbyD=32.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1343,123,0 3999-ref 1341 . T C 529.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.89;SB=-29.63;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.11:563,57,0 3999-ref 1751 . 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T C 1502.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6372;MQ=36.39;MQ0=0;QD=18.10;SB=-31.35;sumGLbyD=18.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:73:99:1532,0,781 4016-ref 476 . T A 1398.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9389;MQ=36.30;MQ0=0;QD=19.16;SB=-34.79;sumGLbyD=19.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,47:68:99:1428,0,706 4016-ref 524 . C A 165.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6918;MQ=34.50;MQ0=0;QD=6.61;SB=-0.01;sumGLbyD=7.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:22:99:195,0,466 4016-ref 538 . G C 240.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=31.18;MQ0=0;QD=16.04;SB=-0.01;sumGLbyD=18.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:13:83.92:271,0,84 4016-ref 566 . C T 66.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=30.07;MQ0=0;QD=2.78;SB=-0.01;sumGLbyD=4.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:24:96.71:97,0,552 4016-ref 576 . 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G C 1902.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.9325;MQ=34.03;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=32.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:54:99:1936,162,0 4016-ref 718 . C T 326.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9325;MQ=33.87;MQ0=0;QD=5.72;SB=-0.01;sumGLbyD=6.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,16:50:99:356,0,1099 4016-ref 723 . T C 1788.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9606;MQ=34.13;MQ0=0;QD=28.84;SB=-0.01;sumGLbyD=29.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:56:88.41:1821,88,0 4016-ref 837 . G A 1231.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8710;MQ=35.50;MQ0=0;QD=30.03;SB=-0.01;sumGLbyD=30.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:35:99:1264,105,0 4016-ref 840 . A G 69.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8045;MQ=35.38;MQ0=0;QD=1.82;SB=3.00;sumGLbyD=2.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,6:34:99:99,0,935 4016-ref 861 . 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A G 4557.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0851;MQ=36.83;MQ0=0;QD=18.99;SB=-62.93;sumGLbyD=16.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,128:219:99:3897,0,3030 4079-ref 506 . C A 2946.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.0268;MQ=36.56;MQ0=0;QD=14.30;SB=-0.01;sumGLbyD=14.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,106:189:99:2976,0,2839 4079-ref 511 . C G 4210.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=12.6509;MQ=36.64;MQ0=0;QD=16.58;SB=-0.01;sumGLbyD=13.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,124:235:99:3466,0,3861 4079-ref 731 . G A 1658.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1298;MQ=36.74;MQ0=0;QD=10.84;SB=-0.01;sumGLbyD=11.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,60:147:99:1688,0,2930 4079-ref 780 . A G 3006.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2127;MQ=36.64;MQ0=0;QD=12.03;SB=-0.01;sumGLbyD=12.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,105:226:99:3036,0,3978 4079-ref 819 . T G 2688.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.8498;MQ=35.51;MQ0=0;QD=12.17;SB=-79.86;sumGLbyD=12.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,101:212:99:2719,0,3753 4079-ref 822 . C T 7269.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.6357;MQ=35.58;MQ0=0;QD=31.47;SB=-59.25;sumGLbyD=30.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,222:203:99:7151,572,0 4079-ref 892 . G A 9089.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=503;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.0461;MQ=36.93;MQ0=0;QD=18.07;SB=6.01;sumGLbyD=15.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:239,262:459:99:7706,0,6731 4079-ref 1063 . G A 3061.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7233;MQ=36.70;MQ0=0;QD=15.08;SB=-34.79;sumGLbyD=15.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,106:187:99:3092,0,2787 4116-ref 2 . G A 39.51 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9857;MQ=34.81;MQ0=0;QD=1.07;SB=-0.01;sumGLbyD=1.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,4:24:69.51:70,0,590 4116-ref 4 . T C 1131.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3839;MQ=35.14;MQ0=0;QD=23.09;SB=-0.01;sumGLbyD=23.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:35:99:1164,105,0 4116-ref 73 . G A 8313.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=821;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=46.5275;MQ=35.57;MQ0=0;QD=10.13;SB=-26.62;sumGLbyD=7.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:545,275:768:99:5998,0,16984 4116-ref 90 . A G 2407.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=692;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.3276;MQ=35.43;MQ0=0;QD=3.48;SB=-26.62;sumGLbyD=3.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:549,142:660:99:2437,0,17757 4116-ref 91 . A C 1222.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=634;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.8584;MQ=35.40;MQ0=0;QD=1.93;SB=-0.01;sumGLbyD=1.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:526,106:595:99:1253,0,16785 4116-ref 94 . T G 1309.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=654;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.6864;MQ=35.32;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=2.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:538,115:578:99:1339,0,15401 4116-ref 117 . G C 1902.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=739;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.4289;MQ=36.12;MQ0=0;QD=2.57;SB=-0.01;sumGLbyD=2.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:603,131:649:99:1932,0,17739 4116-ref 150 . A C 6222.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=696;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.0366;MQ=35.07;MQ0=0;QD=8.94;SB=-53.24;sumGLbyD=6.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:489,204:608:99:4390,0,13393 4116-ref 163 . T C 6070.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=670;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.9343;MQ=35.04;MQ0=0;QD=9.06;SB=-103.47;sumGLbyD=6.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:476,186:605:99:4211,0,13852 4116-ref 181 . C T 1387.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=405;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.3390;MQ=34.61;MQ0=0;QD=3.43;SB=-127.08;sumGLbyD=3.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:314,91:381:99:1418,0,10164 4116-ref 187 . C T 1214.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=349;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9256;MQ=34.62;MQ0=0;QD=3.48;SB=-100.46;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,77:331:99:1245,0,8682 4116-ref 202 . C T 202.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=13.1121;MQ=36.02;MQ0=0;QD=0.72;SB=-20.61;sumGLbyD=0.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:238,42:251:99:232,0,7606 4116-ref 214 . A T 737.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=244;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.7447;MQ=35.83;MQ0=0;QD=3.02;SB=-76.85;sumGLbyD=3.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,50:220:99:768,0,5770 4116-ref 247 . A C 4181.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.2708;MQ=36.54;MQ0=0;QD=13.44;SB=-62.19;sumGLbyD=10.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,118:293:99:3298,0,6017 4116-ref 327 . A T 4323.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.2885;MQ=36.93;MQ0=0;QD=14.96;SB=6.00;sumGLbyD=12.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,129:256:99:3552,0,4406 4116-ref 479 . G A 4995.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=248;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6897;MQ=36.51;MQ0=0;QD=20.14;SB=3.00;sumGLbyD=17.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,150:232:99:4297,0,2946 4116-ref 517 . T C 6701.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=342;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.9203;MQ=36.53;MQ0=0;QD=19.60;SB=-20.61;sumGLbyD=16.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,187:326:99:5719,0,4446 4116-ref 535 . T G 6330.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=332;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.5374;MQ=36.57;MQ0=0;QD=19.07;SB=-20.61;sumGLbyD=16.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,181:312:99:5390,0,4146 4116-ref 540 . A G 5583.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=339;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.2721;MQ=36.64;MQ0=0;QD=16.47;SB=3.00;sumGLbyD=13.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,158:323:99:4590,0,5433 4116-ref 1027 . T C 1197.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.6802;MQ=36.70;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=9.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,61:92:99:1228,0,1522 4116-ref 1081 . C T 2676.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.8309;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.38;SB=-37.00;sumGLbyD=13.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,89:194:99:2707,0,3450 4228-ref 79 . G C 284.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=8.90;SB=-0.01;sumGLbyD=9.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:30:99:315,0,638 4228-ref 87 . T G 335.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.27;MQ0=0;QD=7.99;SB=-0.01;sumGLbyD=8.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:41:99:366,0,958 4228-ref 140 . A C 1966.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7269;MQ=36.26;MQ0=0;QD=20.49;SB=-0.01;sumGLbyD=20.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:90:99:2000,165,0 4228-ref 152 . A C 1696.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4689;MQ=36.43;MQ0=0;QD=19.06;SB=-0.01;sumGLbyD=19.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,56:83:99:1726,0,903 4228-ref 241 . G A 1464.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.4601;MQ=36.04;MQ0=0;QD=17.23;SB=-0.01;sumGLbyD=17.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,52:80:99:1495,0,956 4228-ref 268 . C T 1484.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.14;MQ0=0;QD=17.89;SB=-0.01;sumGLbyD=18.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:72:99:1515,0,712 4228-ref 282 . G C 1512.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.14;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=18.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:76:99:1543,0,745 4228-ref 341 . A G 1536.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2170;MQ=36.21;MQ0=0;QD=19.95;SB=-24.67;sumGLbyD=20.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,55:69:99:1566,0,524 4228-ref 379 . A G 331.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.7318;MQ=35.69;MQ0=0;QD=7.05;SB=-34.00;sumGLbyD=7.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:45:99:361,0,1004 4228-ref 397 . C A 51.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9875;MQ=28.48;MQ0=0;QD=6.40;SB=-0.01;sumGLbyD=10.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:7:44.21:81,0,44 4228-ref 398 . 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C T 31.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.22;SB=-0.01;sumGLbyD=12.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:61.09:61,0,103 4231-ref 358 . A G 155.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:188,15,0 4231-ref 361 . A G 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.60;SB=-0.01;sumGLbyD=13.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:4:62.74:68,0,63 4231-ref 969 . A G 5158.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3021;MQ=36.85;MQ0=0;QD=18.69;SB=2.99;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,145:260:99:4374,0,3776 4231-ref 1272 . C G 8820.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8937;MQ=36.64;MQ0=0;QD=35.00;SB=-206.77;sumGLbyD=35.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,252:237:99:8820,713,0 4231-ref 1589 . A G 3173.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4970;MQ=36.79;MQ0=0;QD=13.33;SB=-37.00;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,117:208:99:3203,0,3086 4231-ref 1635 . T C 1873.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.2721;MQ=36.64;MQ0=0;QD=16.88;SB=-0.01;sumGLbyD=17.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:109:99:1903,0,1550 4231-ref 1699 . G C 168.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9993;MQ=35.87;MQ0=0;QD=18.69;SB=3.00;sumGLbyD=22.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:82.55:198,0,83 4231-ref 1738 . T C 36.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8232;MQ=34.66;MQ0=0;QD=7.31;SB=-0.01;sumGLbyD=13.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:4:66.54:67,0,68 4319-ref 21 . A G 390.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2651;MQ=36.84;MQ0=0;QD=6.20;SB=-0.01;sumGLbyD=6.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:46:99:421,0,866 4319-ref 90 . T C 891.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2869;MQ=36.84;MQ0=0;QD=4.84;SB=-20.61;sumGLbyD=5.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,41:163:99:921,0,4021 4319-ref 150 . G C 255.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2442;MQ=36.89;MQ0=0;QD=2.69;SB=-34.79;sumGLbyD=3.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,17:82:99:286,0,2268 4319-ref 249 . T G 598.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.0247;MQ=36.61;MQ0=0;QD=4.60;SB=-0.01;sumGLbyD=4.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,29:105:99:628,0,2539 4319-ref 270 . G C 591.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4526;MQ=36.72;MQ0=0;QD=4.13;SB=-0.01;sumGLbyD=4.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,33:115:99:621,0,2849 4319-ref 364 . G A 716.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=219;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=21.5613;MQ=36.86;MQ0=0;QD=3.27;SB=6.01;sumGLbyD=3.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,41:196:99:746,0,5291 4319-ref 432 . G A 1224.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=304;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.1027;MQ=36.97;MQ0=0;QD=4.03;SB=-0.01;sumGLbyD=4.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:244,58:289:99:1254,0,7792 4319-ref 495 . C G 23.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3834;MQ=36.64;MQ0=0;QD=0.42;SB=-0.01;sumGLbyD=0.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,6:54:53.73:54,0,1695 4319-ref 507 . G C 10.25 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3166;MQ=36.68;MQ0=0;QD=0.16;SB=-0.01;sumGLbyD=0.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,6:58:39.81:40,0,1767 4319-ref 530 . C G 18.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0428;MQ=36.51;MQ0=0;QD=0.29;SB=-0.01;sumGLbyD=0.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,6:54:48.02:48,0,1678 4319-ref 631 . A G 402.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4638;MQ=36.53;MQ0=0;QD=4.63;SB=3.00;sumGLbyD=4.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,19:83:99:433,0,2163 4319-ref 670 . A G 3084.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3355;MQ=36.35;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:85:99:3118,256,0 4319-ref 674 . C T 1869.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.34;MQ0=0;QD=20.32;SB=-0.01;sumGLbyD=20.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,64:82:99:1900,0,581 4319-ref 754 . A G 516.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9363;MQ=36.78;MQ0=0;QD=5.68;SB=-0.01;sumGLbyD=6.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,23:84:99:547,0,2150 4319-ref 768 . G A 255.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2840;MQ=36.84;MQ0=0;QD=4.13;SB=-0.01;sumGLbyD=4.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,12:57:99:286,0,1553 4319-ref 789 . C T 6080.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7271;MQ=36.88;MQ0=0;QD=36.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:158:99:6080,475,0 4319-ref 1013 . A G 753.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9169;MQ=36.80;MQ0=0;QD=7.32;SB=-0.01;sumGLbyD=7.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,29:101:99:784,0,2432 4319-ref 1118 . A G 5826.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7623;MQ=36.59;MQ0=0;QD=23.78;SB=-0.01;sumGLbyD=20.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,164:234:99:5121,0,2229 4319-ref 1148 . A T 4793.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=9.6930;MQ=36.39;MQ0=0;QD=24.21;SB=-0.01;sumGLbyD=21.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,138:182:99:4219,0,1422 4319-ref 1173 . A G 8458.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=309;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8571;MQ=36.64;MQ0=0;QD=27.37;SB=-0.01;sumGLbyD=24.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,225:298:99:7560,0,1987 4319-ref 1220 . C T 985.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6604;MQ=36.89;MQ0=0;QD=5.38;SB=-0.01;sumGLbyD=5.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,49:166:99:1015,0,4015 4319-ref 1304 . C T 1101.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=186;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5512;MQ=36.67;MQ0=0;QD=5.92;SB=-0.01;sumGLbyD=6.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,47:180:99:1131,0,4622 4319-ref 1312 . T C 1028.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.7995;MQ=36.65;MQ0=0;QD=7.09;SB=-0.01;sumGLbyD=7.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,41:135:99:1058,0,3131 4319-ref 1408 . A G 5865.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.1343;MQ=36.71;MQ0=0;QD=34.10;SB=-0.01;sumGLbyD=34.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:158:99:5864,475,0 4319-ref 1424 . T A 804.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8331;MQ=36.79;MQ0=0;QD=5.70;SB=-0.01;sumGLbyD=5.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,35:126:99:834,0,3015 4319-ref 1499 . C T 973.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1782;MQ=35.45;MQ0=0;QD=5.41;SB=-0.01;sumGLbyD=5.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,47:173:99:1004,0,4336 4319-ref 1523 . T C 249.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.0964;MQ=35.37;MQ0=0;QD=1.58;SB=6.01;sumGLbyD=1.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,26:150:99:280,0,4093 4319-ref 1529 . T C 246.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.4216;MQ=35.38;MQ0=0;QD=1.62;SB=6.01;sumGLbyD=1.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,24:147:99:277,0,4175 4319-ref 1538 . G A 238.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9891;MQ=35.48;MQ0=0;QD=1.60;SB=6.01;sumGLbyD=1.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,22:140:99:268,0,3921 4319-ref 1730 . C T 12825.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=427;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.8506;MQ=36.95;MQ0=0;QD=30.04;SB=-0.01;sumGLbyD=27.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,349:411:99:11588,0,1631 4319-ref 1811 . A T 5691.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.1168;MQ=36.83;MQ0=0;QD=23.91;SB=-26.62;sumGLbyD=21.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,184:210:99:5058,0,1305 4319-ref 1836 . 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A T 161.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.52;SB=-0.01;sumGLbyD=4.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,9:42:99:192,0,1063 4319-ref 2164 . A G 497.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:530,42,0 4319-ref 2173 . C T 346.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.63;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:379,30,0 4319-ref 2185 . A G 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0 4389-ref 27 . T C 90.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3902;MQ=34.08;MQ0=0;QD=1.14;SB=-24.67;sumGLbyD=1.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,9:58:99:121,0,1476 4389-ref 179 . C T 20088.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=998;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=83.7689;MQ=36.12;MQ0=0;QD=20.13;SB=12.03;sumGLbyD=17.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:392,601:911:99:17262,0,10177 4389-ref 195 . C T 110.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=897;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=110.9267;MQ=35.72;MQ0=0;QD=0.12;SB=15.03;sumGLbyD=0.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:819,77:829:99:141,0,25015 4389-ref 201 . T C 8503.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=939;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=351.5271;MQ=35.64;MQ0=0;QD=9.06;SB=18.05;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:667,269:880:99:5792,0,21330 4389-ref 210 . A G 10322.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=966;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=277.5955;MQ=35.65;MQ0=0;QD=10.69;SB=-17.21;sumGLbyD=7.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:680,285:903:99:7601,0,19994 4389-ref 237 . G A 18949.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=761;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=252.4193;MQ=35.27;MQ0=0;QD=24.90;SB=-234.72;sumGLbyD=21.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:230,531:738:99:16725,0,5842 4389-ref 241 . G C 7664.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=747;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=251.5528;MQ=35.24;MQ0=0;QD=10.26;SB=-75.76;sumGLbyD=5.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:520,185:722:99:4203,0,16737 4389-ref 326 . A G 19.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.1250;MQ=36.75;MQ0=0;QD=0.12;SB=3.00;sumGLbyD=0.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,12:133:49.55:50,0,4062 4389-ref 364 . C T 8193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=8.4685;MQ=36.63;MQ0=0;QD=33.72;SB=-174.52;sumGLbyD=32.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,232:226:99:7887,401,0 4389-ref 427 . C A 21563.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=827;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.6098;MQ=36.70;MQ0=0;QD=26.07;SB=-345.24;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,603:780:99:19176,0,5401 4389-ref 459 . A G 9187.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=908;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=69.5216;MQ=36.71;MQ0=0;QD=10.12;SB=-557.60;sumGLbyD=7.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:646,259:828:99:6670,0,18791 4389-ref 563 . G A 1429.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=561;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=83.1110;MQ=36.07;MQ0=0;QD=2.55;SB=-70.83;sumGLbyD=2.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:468,92:542:99:1459,0,15525 4389-ref 564 . C T 3126.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=559;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=80.5959;MQ=36.09;MQ0=0;QD=5.59;SB=-108.19;sumGLbyD=5.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:419,137:527:99:3157,0,13391 4389-ref 589 . A G 1449.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.8386;MQ=35.75;MQ0=0;QD=5.07;SB=-26.62;sumGLbyD=5.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,72:251:99:1480,0,6103 4389-ref 591 . C T 1023.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=269;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.9059;MQ=35.82;MQ0=0;QD=3.80;SB=-26.62;sumGLbyD=3.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,59:240:99:1054,0,6352 4389-ref 744 . T C 2735.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=513;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=69.0490;MQ=36.70;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=5.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:380,123:470:99:2766,0,11562 4389-ref 760 . G C 2287.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=447;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.2472;MQ=36.75;MQ0=0;QD=5.12;SB=-0.01;sumGLbyD=5.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:346,101:433:99:2318,0,11503 4389-ref 826 . G A 589.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=300;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6680;MQ=36.63;MQ0=0;QD=1.97;SB=2.99;sumGLbyD=2.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:255,45:279:99:620,0,8205 4389-ref 841 . G T 10685.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=315;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7043;MQ=35.96;MQ0=0;QD=33.92;SB=-0.01;sumGLbyD=33.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,314:289:99:10684,869,0 4389-ref 848 . T C 851.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9790;MQ=36.00;MQ0=0;QD=2.47;SB=-0.01;sumGLbyD=2.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:287,57:330:99:882,0,9445 4389-ref 867 . C T 1936.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=324;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.8145;MQ=35.90;MQ0=0;QD=5.98;SB=-0.01;sumGLbyD=6.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:243,78:310:99:1967,0,7494 4389-ref 879 . A G 1050.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=371;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.2753;MQ=35.93;MQ0=0;QD=2.83;SB=6.01;sumGLbyD=2.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:305,64:341:99:1080,0,9530 4389-ref 898 . C A 890.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=396;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.3027;MQ=35.97;MQ0=0;QD=2.25;SB=6.01;sumGLbyD=2.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:335,61:367:99:920,0,10315 4389-ref 905 . C A 499.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=376;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.2416;MQ=35.97;MQ0=0;QD=1.33;SB=6.01;sumGLbyD=1.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:324,51:346:99:529,0,10151 4389-ref 931 . G A 5704.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=382;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.6220;MQ=36.42;MQ0=0;QD=14.93;SB=-23.62;sumGLbyD=12.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,169:349:99:4625,0,6275 4389-ref 941 . T G 200.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=364;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.5321;MQ=36.38;MQ0=0;QD=0.55;SB=-20.61;sumGLbyD=0.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:325,38:342:99:230,0,10602 4389-ref 971 . C T 4110.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.5472;MQ=36.54;MQ0=0;QD=17.06;SB=-31.35;sumGLbyD=14.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,115:226:99:3393,0,3586 4389-ref 1041 . G C 2169.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.0124;MQ=36.17;MQ0=0;QD=12.26;SB=-181.65;sumGLbyD=12.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,78:160:99:2199,0,2738 4389-ref 1083 . A G 898.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.3161;MQ=36.08;MQ0=0;QD=3.94;SB=-41.88;sumGLbyD=4.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,46:197:99:928,0,4937 4389-ref 1128 . G C 492.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=284;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=76.8356;MQ=36.04;MQ0=0;QD=1.74;SB=-84.83;sumGLbyD=1.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:244,39:271:99:523,0,7792 4389-ref 1133 . C T 5251.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=350;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=82.9315;MQ=36.05;MQ0=0;QD=15.01;SB=-205.11;sumGLbyD=11.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,147:341:99:4113,0,6369 4389-ref 1152 . T A 2298.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=670;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.7651;MQ=36.50;MQ0=0;QD=3.43;SB=21.05;sumGLbyD=3.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:543,126:625:99:2329,0,17275 4389-ref 1188 . T C 3206.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=827;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.5101;MQ=36.65;MQ0=0;QD=3.88;SB=24.03;sumGLbyD=3.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:665,160:777:99:3237,0,21050 4389-ref 1212 . T C 1878.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=729;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.0443;MQ=33.56;MQ0=0;QD=2.58;SB=9.01;sumGLbyD=2.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:612,115:652:99:1908,0,16849 4389-ref 1315 . A G 43.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.4397;MQ=35.84;MQ0=0;QD=0.31;SB=36.34;sumGLbyD=0.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,14:126:73.34:73,0,3766 4389-ref 1332 . C T 25.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2651;MQ=35.92;MQ0=0;QD=0.22;SB=60.39;sumGLbyD=0.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,13:100:55.29:55,0,2961 4389-ref 1333 . 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A T 752.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.96;MQ0=0;QD=20.33;SB=-0.01;sumGLbyD=21.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,33:32:2.76:781,1,0 4389-ref 1458 . T A 749.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.96;MQ0=0;QD=20.26;SB=-0.01;sumGLbyD=21.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,33:32:17.50:780,0,18 4389-ref 1488 . C G 1576.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3739;MQ=34.03;MQ0=0;QD=21.30;SB=-33.98;sumGLbyD=21.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,58:68:99:1606,0,337 4389-ref 1499 . A G 1331.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.15;MQ0=0;QD=17.29;SB=-37.00;sumGLbyD=17.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:73:99:1361,0,837 4389-ref 1524 . T C 841.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.5145;MQ=36.61;MQ0=0;QD=10.79;SB=-37.00;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:73:99:872,0,1431 4389-ref 1526 . 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G T 58.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.55;SB=-0.01;sumGLbyD=22.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:88,0,27 4395-ref 117 . A G 698.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2901;MQ=35.57;MQ0=0;QD=18.38;SB=-0.01;sumGLbyD=19.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:35:99:728,0,380 4395-ref 129 . T G 98.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3013;MQ=33.25;MQ0=0;QD=6.59;SB=-0.01;sumGLbyD=8.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:13:99:129,0,242 4395-ref 134 . G T 46.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.48;MQ0=0;QD=3.88;SB=-0.01;sumGLbyD=6.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:11:76.53:77,0,275 4395-ref 146 . A C 99.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4024;MQ=35.06;MQ0=0;QD=6.24;SB=-0.01;sumGLbyD=8.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:13:99:130,0,267 4395-ref 148 . G T 64.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4024;MQ=35.18;MQ0=0;QD=3.80;SB=-0.01;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:12:94.58:95,0,244 4395-ref 293 . G C 99.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.78;SB=-0.01;sumGLbyD=3.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:34:99:130,0,963 4395-ref 342 . T C 1889.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6686;MQ=36.69;MQ0=0;QD=14.42;SB=-0.01;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,64:125:99:1919,0,1943 4395-ref 414 . A T 1737.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=36.6837;MQ=35.41;MQ0=0;QD=13.47;SB=-0.01;sumGLbyD=13.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,67:108:99:1768,0,1426 4395-ref 421 . C T 2018.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.8476;MQ=35.21;MQ0=0;QD=16.68;SB=-0.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,69:103:99:2048,0,1034 4395-ref 457 . G T 121.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.0175;MQ=36.37;MQ0=0;QD=1.08;SB=-60.11;sumGLbyD=1.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,15:107:99:152,0,3092 4395-ref 458 . C T 142.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.9456;MQ=36.25;MQ0=0;QD=1.17;SB=-47.22;sumGLbyD=1.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,19:113:99:172,0,3292 4395-ref 505 . C G 4565.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9209;MQ=34.02;MQ0=0;QD=22.27;SB=-26.62;sumGLbyD=19.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,134:202:99:3956,0,2063 4395-ref 529 . G A 3820.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1963;MQ=32.94;MQ0=0;QD=22.09;SB=-47.31;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,120:165:99:3323,0,1293 4395-ref 539 . A T 321.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.8269;MQ=31.76;MQ0=0;QD=1.97;SB=-20.60;sumGLbyD=2.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,23:157:99:352,0,3958 4395-ref 547 . A T 4673.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.3588;MQ=30.01;MQ0=0;QD=26.26;SB=-23.62;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,153:174:99:4128,0,378 4395-ref 552 . T A 2712.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.9170;MQ=29.94;MQ0=0;QD=15.24;SB=-63.62;sumGLbyD=15.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,116:167:99:2742,0,1673 4395-ref 578 . G T 2728.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6243;MQ=31.50;MQ0=0;QD=16.44;SB=-37.00;sumGLbyD=16.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,105:160:99:2758,0,1569 4395-ref 593 . A G 1538.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6607;MQ=32.07;MQ0=0;QD=9.93;SB=3.00;sumGLbyD=10.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,67:147:99:1569,0,2484 4395-ref 612 . T C 469.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.3955;MQ=32.84;MQ0=0;QD=3.82;SB=-0.01;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,26:118:99:500,0,2817 4395-ref 621 . T G 294.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.9948;MQ=34.43;MQ0=0;QD=3.47;SB=-0.01;sumGLbyD=3.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,18:81:99:325,0,2113 4395-ref 622 . G A 269.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=42.9945;MQ=34.49;MQ0=0;QD=3.10;SB=-0.01;sumGLbyD=3.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,17:83:99:300,0,2093 4395-ref 627 . A G 60.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4145;MQ=34.63;MQ0=0;QD=0.76;SB=3.00;sumGLbyD=1.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,11:76:90.30:90,0,2167 4395-ref 691 . A G 436.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.7295;MQ=36.27;MQ0=0;QD=10.38;SB=-0.01;sumGLbyD=11.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:466,0,845 4395-ref 703 . C A 1673.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=36.17;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:77.80:1707,78,0 4395-ref 704 . A G 1849.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=36.19;MQ0=0;QD=36.99;SB=-0.01;sumGLbyD=37.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1882,150,0 4395-ref 803 . A G 4155.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9777;MQ=36.46;MQ0=0;QD=37.11;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:110:99:4117,292,0 4395-ref 854 . T C 162.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.2579;MQ=34.52;MQ0=0;QD=7.74;SB=-66.95;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:193,0,392 4395-ref 872 . T C 146.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.71;MQ0=0;QD=9.15;SB=-77.90;sumGLbyD=11.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:15:99:176,0,249 4395-ref 881 . G T 183.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=26.17;SB=-0.01;sumGLbyD=30.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.05:216,18,0 4395-ref 886 . 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C T 2184.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=519;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.6898;MQ=35.36;MQ0=0;QD=4.21;SB=-0.01;sumGLbyD=4.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:405,114:488:99:2214,0,12676 4409-ref 295 . A C 689.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.7998;MQ=35.29;MQ0=0;QD=4.92;SB=-272.85;sumGLbyD=5.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,34:127:99:719,0,2993 4409-ref 303 . G C 1895.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.9550;MQ=35.46;MQ0=0;QD=14.69;SB=20.97;sumGLbyD=14.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,69:118:99:1925,0,1565 4409-ref 307 . C G 2367.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6197;MQ=35.44;MQ0=0;QD=16.33;SB=-1156.91;sumGLbyD=16.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,81:135:99:2397,0,1709 4409-ref 333 . G A 7923.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=425;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.0295;MQ=36.62;MQ0=0;QD=18.64;SB=-62.19;sumGLbyD=15.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,210:420:99:6658,0,6863 4409-ref 415 . T C 17438.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=990;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=78.8363;MQ=36.84;MQ0=0;QD=17.61;SB=-26.62;sumGLbyD=15.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:406,568:824:99:14870,0,9231 4409-ref 446 . G C 20317.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=990;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.0436;MQ=36.91;MQ0=0;QD=20.52;SB=-68.76;sumGLbyD=17.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:414,571:911:99:17443,0,11241 4409-ref 581 . A G 17113.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.9969;MQ=36.91;MQ0=0;QD=17.11;SB=-56.69;sumGLbyD=14.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:465,530:870:99:14491,0,12496 4409-ref 758 . A G 9260.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=438;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.4008;MQ=34.82;MQ0=0;QD=21.14;SB=-0.01;sumGLbyD=18.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,269:417:99:8003,0,4410 4409-ref 763 . G A 9221.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=443;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.7567;MQ=34.80;MQ0=0;QD=20.82;SB=-26.62;sumGLbyD=17.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,269:426:99:7900,0,4771 4409-ref 770 . G C 9536.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=452;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.2732;MQ=34.89;MQ0=0;QD=21.10;SB=-26.62;sumGLbyD=18.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,273:433:99:8231,0,4825 4409-ref 893 . A G 7493.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=336;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.6868;MQ=36.73;MQ0=0;QD=22.30;SB=-20.68;sumGLbyD=19.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,197:328:99:6479,0,4098 4409-ref 975 . C T 8987.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=287;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.7304;MQ=36.08;MQ0=0;QD=31.32;SB=-40.01;sumGLbyD=31.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,280:249:99:8946,709,0 4409-ref 1007 . C T 6579.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.1165;MQ=36.03;MQ0=0;QD=21.50;SB=-33.98;sumGLbyD=18.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,190:282:99:5730,0,2975 4409-ref 1031 . C T 9553.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=433;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.2822;MQ=36.30;MQ0=0;QD=22.06;SB=-0.01;sumGLbyD=19.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,283:385:99:8393,0,3643 4409-ref 1113 . A G 9478.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=263;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2806;MQ=36.30;MQ0=0;QD=36.04;SB=-39.32;sumGLbyD=36.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,262:250:99:9477,752,0 4409-ref 1160 . C T 6745.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=397;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.7932;MQ=36.39;MQ0=0;QD=16.99;SB=-26.62;sumGLbyD=14.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,209:370:99:5592,0,5213 4409-ref 1172 . T G 7096.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=358;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.6849;MQ=36.35;MQ0=0;QD=19.82;SB=-26.62;sumGLbyD=16.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,199:338:99:5977,0,4203 4409-ref 1232 . G A 2454.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=336;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7518;MQ=35.06;MQ0=0;QD=7.30;SB=-0.01;sumGLbyD=7.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,106:312:99:2484,0,6747 4409-ref 1241 . C T 1962.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=355;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.6565;MQ=35.17;MQ0=0;QD=5.53;SB=-0.01;sumGLbyD=5.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:262,93:343:99:1993,0,8248 4409-ref 1254 . T C 914.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3750;MQ=35.11;MQ0=0;QD=2.88;SB=9.01;sumGLbyD=2.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:257,60:305:99:944,0,8446 4409-ref 1259 . T C 10626.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=297;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1369;MQ=35.09;MQ0=0;QD=35.78;SB=-88.87;sumGLbyD=35.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,297:290:99:10625,872,0 4409-ref 1271 . G A 211.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=265;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.4743;MQ=36.73;MQ0=0;QD=0.80;SB=9.01;sumGLbyD=0.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:237,28:256:99:241,0,7863 4409-ref 1358 . T C 6950.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=359;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.1436;MQ=36.46;MQ0=0;QD=19.36;SB=-0.01;sumGLbyD=16.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,188:356:99:5850,0,5394 4409-ref 1376 . C T 2533.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.7810;MQ=36.21;MQ0=0;QD=14.08;SB=2.99;sumGLbyD=14.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,85:176:99:2564,0,2950 4461-ref 15 . C T 204.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9709;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.75;SB=-0.01;sumGLbyD=12.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:8:24.01:237,24,0 4461-ref 122 . T G 232.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.56;SB=-0.01;sumGLbyD=16.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:14:99:263,0,175 4461-ref 162 . T C 297.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.80;MQ0=0;QD=11.89;SB=-0.01;sumGLbyD=13.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:24:99:327,0,354 4461-ref 210 . A T 878.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9289;MQ=35.46;MQ0=0;QD=21.96;SB=-0.01;sumGLbyD=22.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,30:38:99:908,0,273 4461-ref 220 . A T 410.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3375;MQ=35.69;MQ0=0;QD=8.73;SB=-0.01;sumGLbyD=9.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:45:99:440,0,933 4461-ref 265 . A G 973.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4596;MQ=36.80;MQ0=0;QD=19.09;SB=-0.01;sumGLbyD=19.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:48:99:1003,0,544 4461-ref 267 . T G 149.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.4589;MQ=36.81;MQ0=0;QD=2.83;SB=-0.01;sumGLbyD=3.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,10:51:99:180,0,1420 4461-ref 306 . C A 323.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5520;MQ=36.48;MQ0=0;QD=5.58;SB=-0.01;sumGLbyD=6.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:57:99:354,0,1394 4461-ref 335 . A C 196.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2531;MQ=36.04;MQ0=0;QD=3.71;SB=-0.01;sumGLbyD=4.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:52:99:226,0,1365 4461-ref 344 . T C 27.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=35.95;MQ0=0;QD=0.71;SB=-0.01;sumGLbyD=1.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,6:34:57.77:58,0,967 4461-ref 361 . C T 766.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ=36.05;MQ0=0;QD=23.97;SB=-61.41;sumGLbyD=24.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,26:30:89.17:797,0,89 4461-ref 362 . G T 730.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ=36.35;MQ0=0;QD=23.58;SB=-55.67;sumGLbyD=24.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,25:29:99:761,0,106 4461-ref 428 . G C 40.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.8754;MQ=27.44;MQ0=0;QD=4.54;SB=3.00;sumGLbyD=7.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:8:70.83:71,0,71 4690-ref 30 . G T 26172.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=62.9842;MQ=36.61;MQ0=0;QD=26.17;SB=-59.25;sumGLbyD=26.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,991:752:99:26166,2262,0 4690-ref 39 . G T 13601.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=57.4104;MQ=36.68;MQ0=0;QD=13.60;SB=3.00;sumGLbyD=10.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:588,412:872:99:10973,0,15638 4690-ref 67 . 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T A 1624.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=614;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=221.8179;MQ=35.96;MQ0=0;QD=2.65;SB=21.03;sumGLbyD=2.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:493,109:524:99:1655,0,13252 4690-ref 708 . G A 21328.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=712;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.8210;MQ=36.10;MQ0=0;QD=29.96;SB=-161.02;sumGLbyD=29.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,703:592:99:21245,1701,0 4690-ref 720 . T A 6677.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=728;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.4959;MQ=36.05;MQ0=0;QD=9.17;SB=-84.22;sumGLbyD=6.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:515,206:599:99:4844,0,13084 4690-ref 750 . C T 2597.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=707;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.0091;MQ=35.90;MQ0=0;QD=3.67;SB=-59.10;sumGLbyD=3.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:548,152:619:99:2628,0,16594 4690-ref 774 . C A 2864.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=650;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3319;MQ=35.71;MQ0=0;QD=4.41;SB=-78.39;sumGLbyD=4.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:507,142:628:99:2894,0,16712 4690-ref 777 . A G 15897.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=571;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.6607;MQ=35.64;MQ0=0;QD=27.84;SB=-30.30;sumGLbyD=24.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,432:552:99:14234,0,3029 4690-ref 801 . A G 2659.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=387;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=19.2247;MQ=34.56;MQ0=0;QD=6.87;SB=-44.21;sumGLbyD=6.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:265,118:358:99:2690,0,7378 4690-ref 813 . C A 2232.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=292;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.0625;MQ=33.30;MQ0=0;QD=7.65;SB=-20.60;sumGLbyD=7.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,106:288:99:2263,0,5956 4690-ref 827 . C G 958.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.9007;MQ=30.53;MQ0=0;QD=8.88;SB=-0.01;sumGLbyD=9.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:101:99:989,0,1688 4690-ref 837 . A C 392.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.8729;MQ=29.79;MQ0=0;QD=5.61;SB=-0.01;sumGLbyD=6.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:62:99:423,0,1260 4690-ref 840 . C A 1024.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8696;MQ=32.28;MQ0=0;QD=15.29;SB=-0.01;sumGLbyD=15.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:60:99:1054,0,719 4690-ref 870 . T A 3213.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.5858;MQ=34.25;MQ0=0;QD=14.09;SB=-626.93;sumGLbyD=14.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,124:218:99:3243,0,3058 4690-ref 883 . A G 6860.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2151;MQ=33.52;MQ0=0;QD=33.30;SB=-801.70;sumGLbyD=32.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,204:202:99:6791,539,0 4690-ref 901 . A G 4725.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.5876;MQ=34.02;MQ0=0;QD=35.27;SB=-59.25;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:131:99:4685,354,0 4690-ref 936 . A C 10908.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=335;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7148;MQ=32.32;MQ0=0;QD=32.56;SB=-2566.30;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,333:323:99:10869,968,0 4690-ref 945 . T C 6464.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6349;MQ=31.22;MQ0=0;QD=27.39;SB=-2551.55;sumGLbyD=27.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,234:209:99:6462,628,0 4690-ref 999 . C T 3901.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.7343;MQ=36.34;MQ0=0;QD=15.93;SB=-52.94;sumGLbyD=13.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,136:187:99:3292,0,2482 4690-ref 1149 . T A 14463.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=79.4333;MQ=36.93;MQ0=0;QD=14.46;SB=-225.14;sumGLbyD=11.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:528,452:841:99:11652,0,13371 4690-ref 1286 . T C 2486.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=275;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=33.9015;MQ=36.63;MQ0=0;QD=9.04;SB=-37.00;sumGLbyD=9.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,97:239:99:2517,0,4690 4690-ref 1303 . A T 1974.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.1845;MQ=36.66;MQ0=0;QD=8.33;SB=-0.01;sumGLbyD=8.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,77:217:99:2004,0,4593 4690-ref 1364 . G A 2178.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9240;MQ=36.64;MQ0=0;QD=15.45;SB=-36.31;sumGLbyD=15.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,78:131:99:2208,0,1911 4690-ref 1496 . A G 1953.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5027;MQ=36.63;MQ0=0;QD=14.16;SB=-59.92;sumGLbyD=14.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:132:99:1984,0,2155 4690-ref 1584 . C T 10936.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=297;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.4140;MQ=36.69;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,292:286:99:10860,855,0 4690-ref 1638 . T A 4475.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=262;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.2590;MQ=36.81;MQ0=0;QD=17.08;SB=-0.01;sumGLbyD=14.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,137:248:99:3728,0,3964 4755-ref 53 . C T 4485.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.0273;MQ=36.93;MQ0=0;QD=32.74;SB=-0.01;sumGLbyD=32.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:125:99:4485,376,0 4755-ref 140 . G C 2020.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9099;MQ=36.54;MQ0=0;QD=11.48;SB=-0.01;sumGLbyD=11.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,71:168:99:2050,0,3234 4755-ref 170 . C T 1954.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7680;MQ=36.55;MQ0=0;QD=12.45;SB=-27.59;sumGLbyD=12.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,68:153:99:1985,0,2830 4755-ref 233 . C T 917.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1886;MQ=36.00;MQ0=0;QD=12.93;SB=-0.01;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:55:99:948,0,753 4755-ref 269 . T C 361.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.97;SB=-50.23;sumGLbyD=11.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:392,0,570 4755-ref 272 . A C 1244.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6328;MQ=33.58;MQ0=0;QD=33.64;SB=-145.17;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1278,108,0 4755-ref 282 . T A 1393.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1681;MQ=35.28;MQ0=0;QD=19.36;SB=-122.24;sumGLbyD=19.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,48:67:99:1424,0,552 4755-ref 374 . G T 1521.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8039;MQ=36.94;MQ0=0;QD=9.63;SB=-0.01;sumGLbyD=9.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,56:149:99:1551,0,3105 4755-ref 402 . G A 4713 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=199;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7077;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.68;SB=-0.01;sumGLbyD=20.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,134:182:99:4165,0,1548 4755-ref 605 . T C 2440.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9956;MQ=34.88;MQ0=0;QD=14.27;SB=-0.01;sumGLbyD=14.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,89:164:99:2470,0,2530 4755-ref 615 . G C 2272.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7291;MQ=34.53;MQ0=0;QD=14.57;SB=-0.01;sumGLbyD=14.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,80:152:99:2303,0,2324 4755-ref 620 . C T 5067.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=34.39;MQ0=0;QD=36.19;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:139:99:5066,418,0 4755-ref 671 . G A 10004.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5894;MQ=35.57;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=35.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,279:269:99:10003,809,0 4755-ref 679 . G A 8563.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=288;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.5062;MQ=35.58;MQ0=0;QD=29.73;SB=-0.01;sumGLbyD=29.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,284:249:99:8561,749,0 4755-ref 713 . C G 6890.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8139;MQ=35.34;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,192:191:99:6890,575,0 4816-ref 43 . T G 10145.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=557;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.5295;MQ=36.84;MQ0=0;QD=18.21;SB=-29.24;sumGLbyD=15.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:239,317:451:99:8785,0,4792 4816-ref 191 . 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C T 20142.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=953;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.2685;MQ=36.67;MQ0=0;QD=21.14;SB=-37.00;sumGLbyD=18.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:420,532:944:99:17275,0,13343 4816-ref 1592 . C T 2582.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0240;MQ=36.70;MQ0=0;QD=15.10;SB=-0.01;sumGLbyD=15.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,93:157:99:2613,0,2238 4816-ref 1697 . A G 4306.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.1517;MQ=36.73;MQ0=0;QD=22.90;SB=-0.01;sumGLbyD=20.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,121:180:99:3764,0,1953 4816-ref 1741 . T C 2766.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4252;MQ=35.80;MQ0=0;QD=16.18;SB=3.00;sumGLbyD=16.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,103:143:99:2796,0,1479 4816-ref 1768 . T C 1926.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9783;MQ=35.52;MQ0=0;QD=13.86;SB=-53.24;sumGLbyD=14.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,74:126:99:1957,0,1872 4816-ref 1777 . A G 2089.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=35.52;MQ0=0;QD=15.83;SB=-70.99;sumGLbyD=16.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,70:129:99:2119,0,1883 4816-ref 1826 . C A 6163.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.2397;MQ=36.70;MQ0=0;QD=36.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:164:99:6162,493,0 4816-ref 2001 . A G 7329.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=420;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.5191;MQ=36.90;MQ0=0;QD=17.45;SB=-0.01;sumGLbyD=14.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,218:382:99:6144,0,5711 4816-ref 2036 . A T 7558.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=434;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.4750;MQ=36.91;MQ0=0;QD=17.42;SB=-0.01;sumGLbyD=14.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,222:397:99:6362,0,6008 4816-ref 2143 . G C 6355.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=300;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.7436;MQ=36.90;MQ0=0;QD=21.18;SB=6.01;sumGLbyD=18.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,169:287:99:5491,0,3694 4816-ref 2346 . A G 7367.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=377;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.1749;MQ=35.72;MQ0=0;QD=19.54;SB=-59.92;sumGLbyD=16.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,211:352:99:6307,0,4564 4816-ref 2361 . A T 8044.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=413;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1283;MQ=35.46;MQ0=0;QD=19.48;SB=3.00;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,231:389:99:6871,0,4555 4816-ref 2396 . G A 6433.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=341;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.6170;MQ=35.12;MQ0=0;QD=18.87;SB=-59.92;sumGLbyD=15.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,190:322:99:5413,0,4207 4816-ref 2405 . A G 8826.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.4869;MQ=34.61;MQ0=0;QD=33.82;SB=-29.63;sumGLbyD=33.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,260:249:99:8824,749,0 4816-ref 2453 . A T 9347.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=481;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.7161;MQ=35.96;MQ0=0;QD=19.43;SB=-26.62;sumGLbyD=16.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,283:446:99:7982,0,5795 4816-ref 2467 . C G 1375.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=263;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8082;MQ=35.32;MQ0=0;QD=5.23;SB=6.01;sumGLbyD=5.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,66:259:99:1405,0,6558 4816-ref 2485 . G A 7735.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.03;HRun=0;HaplotypeScore=10.6383;MQ=36.37;MQ0=0;QD=33.78;SB=-97.30;sumGLbyD=33.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,221:206:99:7734,620,0 4816-ref 2618 . G T 469.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1257;MQ=35.28;MQ0=0;QD=5.59;SB=-0.01;sumGLbyD=5.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,23:82:99:499,0,1972 4816-ref 2619 . G C 480.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1257;MQ=35.26;MQ0=0;QD=5.79;SB=-0.01;sumGLbyD=6.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,23:80:99:511,0,1866 4816-ref 2620 . A T 383.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3918;MQ=35.20;MQ0=0;QD=4.80;SB=3.00;sumGLbyD=5.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,20:74:99:414,0,1763 4816-ref 2621 . A T 2019.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=18.4508;MQ=35.33;MQ0=0;QD=25.24;SB=-66.25;sumGLbyD=25.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,60:68:99:2049,0,100 4816-ref 2626 . A T 82.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4586;MQ=35.34;MQ0=0;QD=1.33;SB=6.01;sumGLbyD=1.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,10:61:99:113,0,1756 4816-ref 2672 . C T 334.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.8647;MQ=33.24;MQ0=0;QD=10.80;SB=15.04;sumGLbyD=11.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:365,0,400 4816-ref 2675 . C T 134.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.4036;MQ=33.59;MQ0=0;QD=3.97;SB=-55.34;sumGLbyD=4.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:32:99:165,0,777 4816-ref 2711 . G A 1547.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1210;MQ=33.72;MQ0=0;QD=10.46;SB=-23.62;sumGLbyD=10.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,63:143:99:1578,0,2664 4816-ref 2726 . 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T G 2797.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=293;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4105;MQ=36.93;MQ0=0;QD=9.55;SB=-20.60;sumGLbyD=9.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,107:251:99:2827,0,4915 4890-ref 374 . G T 1784.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.1240;MQ=36.73;MQ0=0;QD=15.79;SB=-0.01;sumGLbyD=16.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:108:99:1814,0,1605 4890-ref 426 . C T 944.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1299;MQ=36.79;MQ0=0;QD=9.64;SB=-0.01;sumGLbyD=9.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:89:99:974,0,1860 4890-ref 666 . T G 10267.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.7825;MQ=36.80;MQ0=0;QD=33.55;SB=-0.01;sumGLbyD=18.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,169:275:99:5769,463,0 4890-ref 789 . C A 2904.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=297;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1773;MQ=36.90;MQ0=0;QD=9.78;SB=-0.01;sumGLbyD=9.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,106:275:99:2934,0,5720 4890-ref 933 . T C 4220.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6876;MQ=36.72;MQ0=0;QD=19.54;SB=-26.62;sumGLbyD=16.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,125:192:99:3642,0,2443 4890-ref 972 . G A 29873.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=807;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.8876;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.02;SB=-68.94;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,806:783:99:29871,2356,0 4890-ref 1015 . G C 12362.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=774;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.8551;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.97;SB=-0.01;sumGLbyD=12.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:423,349:760:99:10013,0,13344 4890-ref 1067 . C T 456.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=711;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=40.1799;MQ=36.84;MQ0=0;QD=0.64;SB=-0.01;sumGLbyD=0.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:638,73:658:99:487,0,19851 4890-ref 1170 . T C 6804.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=403;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.6079;MQ=36.90;MQ0=0;QD=16.88;SB=-0.01;sumGLbyD=14.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,191:375:99:5674,0,6233 4890-ref 1256 . 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T C 812.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8760;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.38;SB=-0.01;sumGLbyD=8.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,30:91:99:843,0,2111 4890-ref 1524 . G A 271.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.63;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:40:99:302,0,975 4979-ref 67 . A G 117.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.66;MQ0=0;QD=2.93;SB=-0.01;sumGLbyD=3.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,9:39:99:147,0,1032 4979-ref 71 . A G 139.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.52;MQ0=0;QD=3.33;SB=-0.01;sumGLbyD=4.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,10:42:99:170,0,1081 4979-ref 90 . G T 432.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1963;MQ=35.42;MQ0=0;QD=6.65;SB=-0.01;sumGLbyD=7.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:55:99:463,0,1155 4979-ref 140 . T A 2219.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9745;MQ=36.86;MQ0=0;QD=15.41;SB=-0.01;sumGLbyD=15.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,82:125:99:2249,0,1694 4979-ref 449 . C G 1165.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2397;MQ=36.50;MQ0=0;QD=5.25;SB=-0.01;sumGLbyD=5.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,53:213:99:1196,0,5517 4979-ref 460 . T C 1460.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1504;MQ=36.48;MQ0=0;QD=6.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,62:229:99:1491,0,5830 4979-ref 465 . A T 1545.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1329;MQ=36.44;MQ0=0;QD=7.09;SB=-0.01;sumGLbyD=7.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,61:216:99:1575,0,5342 4979-ref 670 . A G 9804.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=403;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.7810;MQ=36.85;MQ0=0;QD=24.33;SB=-27.67;sumGLbyD=24.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,399:267:99:9763,763,0 4979-ref 825 . G C 8502.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=407;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.0225;MQ=35.44;MQ0=0;QD=20.89;SB=-53.24;sumGLbyD=17.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,239:383:99:7294,0,4490 4979-ref 833 . G A 7395.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=368;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.8612;MQ=35.41;MQ0=0;QD=20.10;SB=-53.24;sumGLbyD=17.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,211:347:99:6350,0,4341 4979-ref 958 . C T 15665.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=700;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.0273;MQ=36.90;MQ0=0;QD=22.38;SB=-0.01;sumGLbyD=19.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,421:662:99:13567,0,7725 4979-ref 1072 . C G 11293.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=541;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.7974;MQ=36.85;MQ0=0;QD=20.88;SB=-26.62;sumGLbyD=17.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,318:511:99:9733,0,6365 4979-ref 1212 . A G 6279.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=346;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.4412;MQ=36.59;MQ0=0;QD=18.15;SB=-0.01;sumGLbyD=15.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,177:318:99:5321,0,4726 4979-ref 1255 . T C 5568.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=320;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8123;MQ=36.27;MQ0=0;QD=17.40;SB=-26.62;sumGLbyD=14.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,155:303:99:4656,0,4885 4979-ref 1265 . T C 7976.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=418;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8696;MQ=36.42;MQ0=0;QD=19.08;SB=-63.62;sumGLbyD=16.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,225:393:99:6755,0,5462 4979-ref 1371 . C T 5479.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=325;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.0139;MQ=36.88;MQ0=0;QD=16.86;SB=-0.01;sumGLbyD=13.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,161:292:99:4529,0,4469 4979-ref 1480 . T A 7695.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=420;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.8824;MQ=36.66;MQ0=0;QD=18.32;SB=-16.62;sumGLbyD=15.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,211:396:99:6503,0,6008 4979-ref 1673 . C G 5528.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=357;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.5263;MQ=36.94;MQ0=0;QD=15.49;SB=-0.01;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,151:346:99:4486,0,6472 4979-ref 1695 . A G 11547.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=504;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.3115;MQ=36.76;MQ0=0;QD=22.91;SB=-0.01;sumGLbyD=20.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,325:473:99:10085,0,4768 4979-ref 1735 . C A 12018.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=551;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.4518;MQ=36.76;MQ0=0;QD=21.81;SB=-32.25;sumGLbyD=19.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,346:509:99:10485,0,5584 4979-ref 1820 . A G 7557.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=416;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.5641;MQ=36.64;MQ0=0;QD=18.17;SB=-89.84;sumGLbyD=15.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,210:397:99:6362,0,6278 4979-ref 1836 . A C 4862.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=302;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=13.2165;MQ=36.50;MQ0=0;QD=16.10;SB=-33.99;sumGLbyD=12.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,132:268:99:3856,0,4431 4979-ref 1844 . A G 4177.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1651;MQ=36.52;MQ0=0;QD=15.30;SB=-34.00;sumGLbyD=12.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,116:254:99:3412,0,4526 4979-ref 1877 . 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C T 522.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.6091;MQ=32.38;MQ0=0;QD=4.18;SB=-145.18;sumGLbyD=4.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,35:120:99:553,0,2800 5139-ref 376 . T C 95.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=19.9525;MQ=35.50;MQ0=0;QD=0.73;SB=305.28;sumGLbyD=0.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,21:115:99:125,0,3418 5139-ref 419 . A G 4964.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4630;MQ=35.27;MQ0=0;QD=28.70;SB=-156.54;sumGLbyD=28.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:141:99:4963,424,0 5139-ref 420 . A T 4724.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9312;MQ=35.29;MQ0=0;QD=27.00;SB=-157.07;sumGLbyD=26.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,172:140:99:4653,379,0 5139-ref 471 . G A 12200.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=349;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.8065;MQ=36.39;MQ0=0;QD=34.96;SB=-144.71;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,349:331:99:12198,996,0 5139-ref 530 . T A 833.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9382;MQ=36.40;MQ0=0;QD=24.50;SB=-0.01;sumGLbyD=25.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:27:51.55:866,52,0 5139-ref 539 . A T 846.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4060;MQ=36.37;MQ0=0;QD=26.47;SB=-0.01;sumGLbyD=27.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:26:48.58:880,49,0 5139-ref 578 . T G 125.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7542;MQ=35.96;MQ0=0;QD=2.91;SB=-59.92;sumGLbyD=3.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,9:41:99:155,0,1130 5139-ref 595 . G T 222.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9049;MQ=36.07;MQ0=0;QD=6.73;SB=3.00;sumGLbyD=7.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:99:252,0,794 5139-ref 624 . G T 165.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=3.3010;MQ=35.42;MQ0=0;QD=6.35;SB=3.00;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:21:99:195,0,438 5139-ref 625 . T A 54.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3345;MQ=35.42;MQ0=0;QD=2.08;SB=-0.01;sumGLbyD=3.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:18:84.20:84,0,419 5139-ref 632 . G A 725.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3353;MQ=35.16;MQ0=0;QD=25.90;SB=-0.01;sumGLbyD=27.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:23:39.54:758,40,0 5139-ref 664 . A G 769.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=35.81;MQ0=0;QD=17.88;SB=-37.00;sumGLbyD=18.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:36:99:799,0,329 5139-ref 675 . A T 696.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9216;MQ=35.72;MQ0=0;QD=17.41;SB=-35.57;sumGLbyD=18.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:35:99:727,0,325 5139-ref 726 . G A 2539.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9382;MQ=36.86;MQ0=0;QD=34.32;SB=-78.59;sumGLbyD=34.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:68:99:2572,205,0 5139-ref 808 . C A 1722.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9290;MQ=36.81;MQ0=0;QD=15.95;SB=-0.01;sumGLbyD=16.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,58:94:99:1752,0,1209 5139-ref 984 . G T 41.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7781;MQ=35.47;MQ0=0;QD=0.88;SB=3.00;sumGLbyD=1.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,6:47:71.31:71,0,1358 5139-ref 988 . T G 1509.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7672;MQ=35.33;MQ0=0;QD=35.10;SB=-40.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1542,126,0 5139-ref 998 . A G 460.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4622;MQ=34.25;MQ0=0;QD=12.13;SB=3.00;sumGLbyD=12.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:491,0,636 5139-ref 1031 . T C 192.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8533;MQ=34.83;MQ0=0;QD=5.67;SB=3.00;sumGLbyD=6.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:32:99:223,0,717 5139-ref 1040 . 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G A 1531.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3609;MQ=34.39;MQ0=0;QD=13.20;SB=-26.62;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:110:99:1561,0,1656 5139-ref 1169 . G T 1477.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4898;MQ=36.24;MQ0=0;QD=18.47;SB=-26.62;sumGLbyD=18.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,50:77:99:1508,0,875 5139-ref 1194 . C T 1113.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7113;MQ=36.65;MQ0=0;QD=19.20;SB=2.97;sumGLbyD=19.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:55:99:1144,0,436 5139-ref 1351 . A C 967.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.5209;MQ=35.41;MQ0=0;QD=16.68;SB=-0.01;sumGLbyD=17.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:51:99:997,0,506 5139-ref 1353 . C A 1051.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9901;MQ=35.49;MQ0=0;QD=17.24;SB=-0.01;sumGLbyD=17.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:55:99:1082,0,573 5139-ref 1355 . 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C T 506.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:539,42,0 5183-ref 666 . T C 185.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=10.90;SB=-0.01;sumGLbyD=12.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:16:99:215,0,285 5183-ref 760 . G A 152.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.98;MQ0=0;QD=15.24;SB=-0.01;sumGLbyD=18.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:182,0,129 5183-ref 792 . A G 98.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.91;SB=-0.01;sumGLbyD=14.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:8:99:128,0,124 5183-ref 858 . G A 36.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.3851;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.32;SB=-0.01;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:9:66.56:67,0,185 5183-ref 906 . A C 326.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.52;MQ0=0;QD=15.56;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:16:99:357,0,136 5183-ref 947 . C T 230.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.28;MQ0=0;QD=10.01;SB=-0.01;sumGLbyD=11.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:21:99:260,0,361 5183-ref 962 . G A 344.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=17.21;SB=-0.01;sumGLbyD=18.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:374,0,233 5183-ref 965 . C A 131.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=8.23;SB=-0.01;sumGLbyD=10.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:162,0,308 5183-ref 968 . T G 139.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=8.73;SB=-0.01;sumGLbyD=10.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:170,0,306 5195-ref 33 . C T 2732.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.5137;MQ=36.92;MQ0=0;QD=11.38;SB=-0.01;sumGLbyD=11.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,122:195:99:2762,0,3280 5195-ref 108 . G C 4283.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=352;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=38.6764;MQ=36.68;MQ0=0;QD=12.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,136:302:99:3373,0,5688 5195-ref 192 . C T 21261.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=578;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.9123;MQ=36.67;MQ0=0;QD=36.78;SB=-29.63;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,572:560:99:21111,1641,0 5195-ref 315 . C A 5165.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=386;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=58.2037;MQ=36.76;MQ0=0;QD=13.38;SB=-24.67;sumGLbyD=10.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:230,153:337:99:4117,0,6185 5195-ref 384 . G T 2430.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9671;MQ=36.60;MQ0=0;QD=19.45;SB=9.02;sumGLbyD=19.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,78:120:99:2461,0,1270 5195-ref 431 . C T 1309.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.78;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=9.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,46:131:99:1339,0,2799 5195-ref 450 . C G 1173.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4022;MQ=36.80;MQ0=0;QD=7.72;SB=-0.01;sumGLbyD=7.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,45:146:99:1203,0,3322 5195-ref 516 . A G 1271.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5172;MQ=36.63;MQ0=0;QD=6.62;SB=-0.01;sumGLbyD=6.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,50:186:99:1301,0,4562 5195-ref 524 . A T 7165.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3572;MQ=36.63;MQ0=0;QD=37.13;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,193:189:99:7165,569,0 5195-ref 683 . T C 271.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9434;MQ=36.56;MQ0=0;QD=11.80;SB=-0.01;sumGLbyD=13.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:22:99:301,0,377 5195-ref 685 . T C 14.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.17;SB=-0.01;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:43.90:44,0,325 5205-ref 33 . T C 501.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0725;MQ=36.23;MQ0=0;QD=3.80;SB=-24.67;sumGLbyD=4.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,29:118:99:532,0,3080 5205-ref 37 . C A 596.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.0725;MQ=36.17;MQ0=0;QD=4.42;SB=-26.62;sumGLbyD=4.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,31:121:99:627,0,3142 5205-ref 89 . C T 320.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.0447;MQ=36.18;MQ0=0;QD=2.17;SB=3.00;sumGLbyD=2.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,23:144:99:351,0,4211 5205-ref 93 . G C 126.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.5141;MQ=35.94;MQ0=0;QD=1.09;SB=3.00;sumGLbyD=1.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,16:109:99:157,0,3172 5205-ref 105 . T G 2786.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.1067;MQ=34.44;MQ0=0;QD=22.11;SB=-0.01;sumGLbyD=22.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:97:99:2819,203,0 5205-ref 151 . A G 4402.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.4795;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.01;SB=-25.69;sumGLbyD=30.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:132:99:4379,394,0 5205-ref 162 . G A 6025.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=29.29;MQ0=0;QD=30.90;SB=-0.01;sumGLbyD=30.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,195:188:99:6023,565,0 5205-ref 179 . C T 4847.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.66;MQ0=0;QD=29.74;SB=-29.63;sumGLbyD=29.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:155:99:4845,466,0 5205-ref 192 . T C 4631.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9311;MQ=27.50;MQ0=0;QD=30.27;SB=-29.63;sumGLbyD=30.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,152:150:99:4597,418,0 5205-ref 226 . C G 2839.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=30.46;MQ0=0;QD=25.13;SB=-0.01;sumGLbyD=25.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,104:105:45.40:2872,45,0 5205-ref 230 . C A 3842.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9304;MQ=31.86;MQ0=0;QD=30.99;SB=-0.01;sumGLbyD=30.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:114:99:3805,307,0 5205-ref 252 . G A 9928.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.3431;MQ=35.14;MQ0=0;QD=35.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,283:272:99:9927,818,0 5205-ref 290 . T C 10550.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=308;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4852;MQ=36.44;MQ0=0;QD=34.26;SB=-143.46;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,289:300:99:9923,277,0 5205-ref 315 . G A 6738.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6060;MQ=35.64;MQ0=0;QD=30.91;SB=-195.24;sumGLbyD=28.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,195:207:99:6114,0,161 5205-ref 350 . T C 3812.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=33.02;MQ0=0;QD=28.04;SB=-161.20;sumGLbyD=25.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,111:132:99:3415,0,416 5205-ref 363 . G A 2834.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9318;MQ=30.29;MQ0=0;QD=31.85;SB=-99.26;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2868,265,0 5205-ref 369 . G A 1967.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.33;MQ0=0;QD=29.36;SB=-29.63;sumGLbyD=29.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:64:99:2000,192,0 5205-ref 391 . T C 515.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.25;MQ0=0;QD=27.12;SB=-29.63;sumGLbyD=28.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.10:548,54,0 5205-ref 407 . G T 279.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=23.25;SB=-0.01;sumGLbyD=26.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:10:30.05:312,30,0 5205-ref 408 . 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C T 305.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.97;MQ0=0;QD=10.54;SB=-0.01;sumGLbyD=11.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:336,0,385 5205-ref 533 . C T 649.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.95;MQ0=0;QD=29.51;SB=-0.01;sumGLbyD=31.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.14:682,66,0 5205-ref 535 . A G 590.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.14;MQ0=0;QD=29.53;SB=-0.01;sumGLbyD=31.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.12:624,60,0 5205-ref 555 . G A 26.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.37;SB=-0.01;sumGLbyD=9.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:49.90:56,0,50 5205-ref 588 . A G 759.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.91;MQ0=0;QD=27.13;SB=-0.01;sumGLbyD=28.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,25:27:14.39:789,0,14 5205-ref 609 . G A 1010.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2030;MQ=36.15;MQ0=0;QD=28.08;SB=-0.01;sumGLbyD=28.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,33:33:15.96:1041,0,16 5205-ref 674 . T C 1489.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2349;MQ=36.80;MQ0=0;QD=29.21;SB=29.62;sumGLbyD=29.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:46:99:1523,103,0 5205-ref 736 . T G 1109.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8410;MQ=35.12;MQ0=0;QD=33.63;SB=-29.63;sumGLbyD=34.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:31:93.26:1143,93,0 5205-ref 741 . G A 1108.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=35.00;MQ0=0;QD=35.75;SB=-29.63;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.26:1141,93,0 5205-ref 755 . C T 343.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9468;MQ=35.12;MQ0=0;QD=15.59;SB=-0.01;sumGLbyD=16.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:21:99:373,0,286 5205-ref 760 . A C 714.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4687;MQ=35.28;MQ0=0;QD=29.78;SB=-0.01;sumGLbyD=31.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:22:36.57:748,37,0 5205-ref 814 . C T 879.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.22;MQ0=0;QD=30.34;SB=-0.01;sumGLbyD=31.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:26:78.20:913,78,0 5205-ref 840 . T C 743.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.83;MQ0=0;QD=32.31;SB=-0.01;sumGLbyD=33.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.16:776,69,0 5205-ref 848 . T C 63.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.24;MQ0=0;QD=3.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:93.98:94,0,395 5205-ref 852 . T C 40.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.83;MQ0=0;QD=2.52;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:16:70.37:70,0,369 5205-ref 872 . A G 459.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=28.70;SB=-157.81;sumGLbyD=30.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.10:492,48,0 5205-ref 886 . A G 348.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.78;SB=-173.73;sumGLbyD=29.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.07:381,39,0 5205-ref 894 . G C 290.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.44;SB=-118.43;sumGLbyD=29.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:324,33,0 5205-ref 920 . T C 266.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.46;MQ0=0;QD=9.53;SB=-138.53;sumGLbyD=10.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:24:99:297,0,364 5205-ref 934 . G C 488.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=33.30;MQ0=0;QD=11.10;SB=-125.41;sumGLbyD=11.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:36:99:518,0,531 5205-ref 963 . T A 674.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.54;MQ0=0;QD=12.72;SB=-150.77;sumGLbyD=13.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:49:99:704,0,690 5205-ref 975 . C T 1780.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.40;MQ0=0;QD=32.96;SB=-517.52;sumGLbyD=33.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:53:99:1813,159,0 5205-ref 993 . G A 835.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.15;SB=-374.58;sumGLbyD=33.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.17:869,78,0 5205-ref 1007 . A T 107.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.88;SB=-38.12;sumGLbyD=23.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:6:12.03:140,12,0 5205-ref 1042 . A G 123.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=13.76;SB=15.28;sumGLbyD=17.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:6:21.26:154,0,21 5205-ref 1069 . G A 184.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=34.55;MQ0=0;QD=10.87;SB=-0.01;sumGLbyD=12.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:15:99:215,0,236 5205-ref 1074 . C T 172.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=35.12;MQ0=0;QD=7.84;SB=-0.01;sumGLbyD=9.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:21:99:202,0,408 5205-ref 1086 . A G 651.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.18;MQ0=0;QD=19.17;SB=-0.01;sumGLbyD=20.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:682,0,365 5205-ref 1106 . A G 170.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.6298;MQ=35.28;MQ0=0;QD=5.68;SB=-0.01;sumGLbyD=6.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:28:99:200,0,629 5205-ref 1115 . C G 42.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7351;MQ=33.48;MQ0=0;QD=4.74;SB=-0.01;sumGLbyD=8.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:5:38.30:73,0,38 5205-ref 1131 . T C 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0 5205-ref 1135 . T A 26.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.31;SB=-0.01;sumGLbyD=11.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:56.51:57,0,104 5205-ref 1140 . A C 70.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4688;MQ=35.72;MQ0=0;QD=8.82;SB=-0.01;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:6:78.26:101,0,78 5205-ref 1185 . G C 54.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.03;HRun=0;HaplotypeScore=14.8420;MQ=36.73;MQ0=0;QD=1.43;SB=-26.62;sumGLbyD=2.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,5:35:84.31:84,0,1052 5205-ref 1186 . G A 59.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.03;HRun=0;HaplotypeScore=15.8418;MQ=36.73;MQ0=0;QD=1.57;SB=-26.62;sumGLbyD=2.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,5:33:89.65:90,0,958 5205-ref 1221 . C T 1260.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5187;MQ=35.38;MQ0=0;QD=16.58;SB=3.00;sumGLbyD=16.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:71:99:1290,0,859 5205-ref 1238 . G T 735.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8952;MQ=33.97;MQ0=0;QD=6.46;SB=-0.01;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,35:108:99:766,0,2340 5205-ref 1247 . G A 768.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9046;MQ=33.61;MQ0=0;QD=6.51;SB=-0.01;sumGLbyD=6.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,34:116:99:798,0,2542 5205-ref 1281 . C G 159.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3633;MQ=32.50;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=2.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,15:43:99:190,0,1036 5205-ref 1289 . G T 951.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8189;MQ=31.80;MQ0=0;QD=18.30;SB=-0.01;sumGLbyD=18.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:49:99:982,0,368 5205-ref 1293 . 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A G 627.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=32.48;MQ0=0;QD=13.94;SB=-0.01;sumGLbyD=14.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:44:99:657,0,561 5205-ref 1393 . G T 1282.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=32.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1315,114,0 5205-ref 1423 . T C 231.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.45;MQ0=0;QD=6.25;SB=-0.01;sumGLbyD=7.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,10:37:99:261,0,895 5205-ref 1424 . T A 1361.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.45;MQ0=0;QD=36.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1394,111,0 5205-ref 1442 . A G 321.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=36.73;MQ0=0;QD=8.45;SB=-0.01;sumGLbyD=9.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:99:351,0,895 5205-ref 1514 . T C 215.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.1343;MQ=36.83;MQ0=0;QD=3.65;SB=-0.01;sumGLbyD=4.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,11:57:99:245,0,1579 5205-ref 1575 . G T 286.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8045;MQ=34.69;MQ0=0;QD=6.37;SB=2.99;sumGLbyD=7.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:41:99:317,0,918 5205-ref 1577 . G C 264.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3353;MQ=34.75;MQ0=0;QD=5.74;SB=9.02;sumGLbyD=6.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:42:99:294,0,964 5205-ref 1590 . C T 2052.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.31;MQ0=0;QD=33.65;SB=-350.21;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:58:99:2086,174,0 5205-ref 1621 . A T 1812.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8314;MQ=36.11;MQ0=0;QD=31.80;SB=-494.74;sumGLbyD=32.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:55:55.86:1845,56,0 5214-ref 58 . T A 796.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.51;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:41:99:826,0,477 5214-ref 156 . T C 26.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2226;MQ=36.74;MQ0=0;QD=0.12;SB=-26.59;sumGLbyD=0.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,21:213:56.21:56,0,6751 5214-ref 261 . A T 7075.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=401;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.9073;MQ=36.82;MQ0=0;QD=17.64;SB=2.99;sumGLbyD=14.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,199:371:99:5958,0,5793 5214-ref 545 . G A 4892.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=288;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.6650;MQ=36.86;MQ0=0;QD=16.99;SB=-0.01;sumGLbyD=14.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,136:271:99:4038,0,4468 5214-ref 547 . A T 4951.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=305;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.1174;MQ=36.87;MQ0=0;QD=16.23;SB=-0.01;sumGLbyD=13.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,143:270:99:4101,0,4297 5214-ref 582 . A T 4743.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=242;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0353;MQ=36.71;MQ0=0;QD=19.60;SB=-0.01;sumGLbyD=16.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,128:232:99:4045,0,3355 5214-ref 634 . A T 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.04;MQ0=0;QD=33.12;SB=-370.36;sumGLbyD=33.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:68:99:2484,205,0 5214-ref 651 . A G 500.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8211;MQ=36.19;MQ0=0;QD=6.67;SB=9.47;sumGLbyD=7.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,20:70:99:530,0,1599 5214-ref 663 . A G 62.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5406;MQ=36.65;MQ0=0;QD=0.72;SB=27.06;sumGLbyD=1.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,9:75:92.17:92,0,2201 5214-ref 710 . T A 2642.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.5539;MQ=36.62;MQ0=0;QD=12.46;SB=-0.01;sumGLbyD=12.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,93:193:99:2672,0,3480 5214-ref 747 . C T 2201.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4724;MQ=36.39;MQ0=0;QD=14.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,81:136:99:2231,0,1904 5263-ref 85 . G C 227.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.98;MQ0=0;QD=22.71;SB=-0.01;sumGLbyD=25.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:49.93:257,0,50 5263-ref 86 . G A 234.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9377;MQ=36.15;MQ0=0;QD=19.55;SB=-0.01;sumGLbyD=22.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:11:49.92:265,0,50 5263-ref 148 . A G 1477.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1511,117,0 5263-ref 173 . C G 26.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4476;MQ=35.62;MQ0=0;QD=0.71;SB=59.79;sumGLbyD=1.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,5:34:56.19:56,0,996 5263-ref 198 . C A 47.12 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9297;MQ=36.78;MQ0=0;QD=1.02;SB=-0.01;sumGLbyD=1.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,6:44:77.11:77,0,1322 5263-ref 222 . A G 1307.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.77;MQ0=0;QD=29.71;SB=-0.01;sumGLbyD=30.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,39:44:62.47:1337,0,62 5263-ref 232 . C T 1278.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=29.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,38:43:67.77:1309,0,68 5263-ref 283 . C T 567.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.93;MQ0=0;QD=22.72;SB=-0.01;sumGLbyD=23.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,23:21:16.85:598,0,17 5263-ref 303 . A T 645.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=35.21;MQ0=0;QD=28.05;SB=-0.01;sumGLbyD=29.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:22:5.38:675,0,5 5263-ref 305 . A T 652.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=35.21;MQ0=0;QD=28.36;SB=-0.01;sumGLbyD=29.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:22:2.33:681,1,0 5263-ref 387 . T C 729.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=34.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60.18:763,60,0 5263-ref 432 . G C 414.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.26;MQ0=0;QD=24.40;SB=-0.01;sumGLbyD=26.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:16:19.62:445,0,20 5263-ref 440 . C G 330.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.73;MQ0=0;QD=22.06;SB=-0.01;sumGLbyD=24.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:14:35.79:361,0,36 5263-ref 462 . A C 328.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.26;SB=-0.01;sumGLbyD=19.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:359,0,144 5263-ref 470 . 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T A 1699.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8410;MQ=34.39;MQ0=0;QD=23.60;SB=-26.62;sumGLbyD=24.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,60:65:99:1729,0,162 5263-ref 801 . G A 1816.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=34.47;MQ0=0;QD=24.55;SB=-23.62;sumGLbyD=24.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,59:72:99:1847,0,323 5263-ref 812 . T G 1870.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4499;MQ=34.85;MQ0=0;QD=24.29;SB=3.00;sumGLbyD=24.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,61:74:99:1900,0,361 5263-ref 816 . T C 265.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8716;MQ=34.85;MQ0=0;QD=3.45;SB=-36.31;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,15:74:99:296,0,1937 5263-ref 914 . T C 1247.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8109;MQ=36.83;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=22.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,47:48:99:1277,0,215 5263-ref 949 . A C 2613.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9329;MQ=36.71;MQ0=0;QD=34.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:71:99:2646,214,0 5263-ref 1040 . T A 219.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=36.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:253,21,0 5263-ref 1042 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 5263-ref 1049 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 5375-ref 219 . A G 1635.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3707;MQ=36.59;MQ0=0;QD=33.38;SB=-36.99;sumGLbyD=34.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:44:99:1669,132,0 5375-ref 583 . G A 1108.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7007;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.17;SB=-0.01;sumGLbyD=10.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:96:99:1138,0,1773 5375-ref 701 . T C 1935.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=17.8849;MQ=36.37;MQ0=0;QD=13.35;SB=9.00;sumGLbyD=13.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,69:116:99:1966,0,1456 5375-ref 728 . T A 9727.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=299;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.4312;MQ=36.63;MQ0=0;QD=32.53;SB=-69.63;sumGLbyD=32.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,297:261:99:9726,785,0 5375-ref 780 . G C 3135.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.0899;MQ=36.92;MQ0=0;QD=12.49;SB=3.00;sumGLbyD=12.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,109:222:99:3166,0,3588 5375-ref 830 . T A 2975.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.0092;MQ=36.89;MQ0=0;QD=15.83;SB=-0.01;sumGLbyD=15.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,96:182:99:3005,0,2864 5375-ref 893 . T C 1056.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4512;MQ=36.75;MQ0=0;QD=13.20;SB=3.00;sumGLbyD=13.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:77:99:1086,0,1379 5375-ref 928 . C G 1585.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.23;SB=-0.01;sumGLbyD=18.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,50:80:99:1616,0,949 5375-ref 1002 . T G 3447.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.45;MQ0=0;QD=37.48;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3447,277,0 5375-ref 1008 . G A 868.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9987;MQ=36.17;MQ0=0;QD=8.86;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,33:98:99:898,0,2164 5375-ref 1010 . G A 981.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9987;MQ=36.19;MQ0=0;QD=9.81;SB=-0.01;sumGLbyD=10.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:99:99:1011,0,2078 5375-ref 1046 . A C 168.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=34.02;MQ0=0;QD=7.66;SB=6.00;sumGLbyD=9.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:21:99:199,0,368 5434-ref 23 . T G 29.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=9.74;SB=-0.01;sumGLbyD=19.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:59,0,21 5434-ref 43 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=29.55;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:59,6,0 5434-ref 93 . C T 112.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.58;SB=-36.32;sumGLbyD=28.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:19.31:143,0,19 5434-ref 140 . G A 228.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.87;MQ0=0;QD=25.34;SB=-0.01;sumGLbyD=29.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:21.06:261,21,0 5434-ref 155 . C T 342.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.22;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=28.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:10:30.09:375,30,0 5434-ref 244 . A G 118.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.65;SB=-0.01;sumGLbyD=37.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0 5434-ref 312 . G A 172.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=24.65;SB=-0.01;sumGLbyD=28.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:203,0,19 5434-ref 349 . G A 57.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.31;SB=-0.01;sumGLbyD=21.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:87,0,28 5434-ref 368 . A G 29.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.39;MQ0=0;QD=7.30;SB=-0.01;sumGLbyD=14.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:3:29.55:59,0,30 5434-ref 384 . A G 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.39;MQ0=0;QD=7.65;SB=-0.01;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:30.29:61,0,30 5439-ref 38 . T C 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 5439-ref 120 . T A 532.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.9562;MQ=36.81;MQ0=0;QD=5.07;SB=-0.01;sumGLbyD=5.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,25:96:99:562,0,2419 5439-ref 234 . T C 6555.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=515;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.1232;MQ=35.04;MQ0=0;QD=12.73;SB=3.00;sumGLbyD=10.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:287,222:408:99:5324,0,6223 5439-ref 256 . C A 6656.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=561;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.1333;MQ=35.09;MQ0=0;QD=11.87;SB=-138.26;sumGLbyD=9.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:357,203:505:99:5100,0,10002 5439-ref 268 . C T 6073.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=737;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=81.0185;MQ=35.31;MQ0=0;QD=8.24;SB=-106.47;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:526,209:643:99:4100,0,15389 5439-ref 277 . A C 2886.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=717;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=95.7044;MQ=35.47;MQ0=0;QD=4.03;SB=-50.23;sumGLbyD=4.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:534,182:605:99:2917,0,15170 5439-ref 330 . T C 11830.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=964;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.2250;MQ=35.51;MQ0=0;QD=12.27;SB=-47.23;sumGLbyD=9.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:611,349:875:99:9157,0,17280 5439-ref 332 . C T 11097.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=931;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=49.4196;MQ=35.43;MQ0=0;QD=11.92;SB=-47.25;sumGLbyD=9.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:590,338:858:99:8474,0,17444 5439-ref 353 . A C 9437.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=825;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=53.2531;MQ=35.67;MQ0=0;QD=11.44;SB=-109.02;sumGLbyD=8.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:543,280:773:99:7109,0,16867 5439-ref 381 . 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G A 3940.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.80;MQ0=0;QD=29.62;SB=-59.25;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:120:99:3939,361,0 5439-ref 1563 . A C 8852.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=280;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4974;MQ=32.85;MQ0=0;QD=31.62;SB=-29.63;sumGLbyD=31.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,279:254:99:8851,764,0 5439-ref 1588 . T C 2897.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7572;MQ=33.35;MQ0=0;QD=11.10;SB=-53.24;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,116:249:99:2927,0,4155 5439-ref 1593 . G T 7232.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.0030;MQ=33.41;MQ0=0;QD=34.11;SB=-94.50;sumGLbyD=34.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,212:207:99:7230,623,0 5439-ref 1627 . C A 1259.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2874;MQ=35.49;MQ0=0;QD=9.76;SB=-0.01;sumGLbyD=9.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,52:114:99:1289,0,2223 5439-ref 1704 . 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T A 98.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.2392;MQ=33.43;MQ0=0;QD=4.28;SB=-35.57;sumGLbyD=5.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:19:99:128,0,398 5510-ref 441 . C T 114.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5403;MQ=34.20;MQ0=0;QD=3.95;SB=-61.41;sumGLbyD=4.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:23:99:144,0,552 5510-ref 463 . A G 98.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8001;MQ=33.19;MQ0=0;QD=1.48;SB=9.46;sumGLbyD=1.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,15:59:99:129,0,1592 5510-ref 487 . C T 727.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.6825;MQ=32.39;MQ0=0;QD=9.10;SB=-160.87;sumGLbyD=9.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,28:76:99:758,0,1381 5510-ref 492 . C T 425.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.6854;MQ=32.43;MQ0=0;QD=5.45;SB=-55.19;sumGLbyD=5.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,23:76:99:455,0,1694 5510-ref 511 . C T 400.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8330;MQ=31.65;MQ0=0;QD=8.18;SB=-142.50;sumGLbyD=8.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:47:99:431,0,830 5510-ref 528 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9981;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.80;SB=-28.38;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.02:70,6,0 5510-ref 604 . G A 448.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=34.49;SB=-29.63;sumGLbyD=37.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:481,39,0 5510-ref 626 . A G 1268.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1415;MQ=36.48;MQ0=0;QD=21.87;SB=6.01;sumGLbyD=22.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,42:54:99:1298,0,447 5510-ref 722 . T A 620.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=324;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.5027;MQ=35.45;MQ0=0;QD=1.92;SB=9.01;sumGLbyD=2.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:275,45:280:99:651,0,7851 5510-ref 724 . C A 658.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=320;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.1951;MQ=35.32;MQ0=0;QD=2.06;SB=9.01;sumGLbyD=2.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:273,45:285:99:689,0,7842 5510-ref 962 . C T 50.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=16.99;SB=-0.01;sumGLbyD=27.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:83,9,0 5510-ref 1030 . T C 17848.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=595;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=28.6734;MQ=36.42;MQ0=0;QD=30.00;SB=2.99;sumGLbyD=27.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,509:559:99:16131,0,1173 5510-ref 1093 . A G 2931.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=880;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=82.1043;MQ=36.45;MQ0=0;QD=3.33;SB=3.00;sumGLbyD=3.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:680,195:751:99:2961,0,20264 5510-ref 1111 . G A 25479.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=84.3248;MQ=35.76;MQ0=0;QD=25.48;SB=-33.99;sumGLbyD=22.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:278,718:944:99:22512,0,6584 5510-ref 1152 . A G 14198 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=631;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.4100;MQ=34.53;MQ0=0;QD=22.50;SB=6.01;sumGLbyD=19.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,411:603:99:12380,0,5560 5510-ref 1157 . T G 12383.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=631;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.1682;MQ=34.53;MQ0=0;QD=19.62;SB=-47.22;sumGLbyD=16.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:240,388:565:99:10643,0,5680 5510-ref 1170 . A C 13109.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=663;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3957;MQ=35.50;MQ0=0;QD=19.77;SB=-90.24;sumGLbyD=17.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:263,400:608:99:11277,0,7196 5510-ref 1263 . C A 8739.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=390;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.0108;MQ=35.93;MQ0=0;QD=22.41;SB=-53.24;sumGLbyD=19.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,245:374:99:7612,0,3967 5510-ref 1265 . A G 8206.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=366;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.9753;MQ=35.86;MQ0=0;QD=22.42;SB=-53.24;sumGLbyD=19.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,229:352:99:7146,0,3569 5510-ref 1276 . C T 916.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.1097;MQ=35.82;MQ0=0;QD=4.25;SB=-23.62;sumGLbyD=4.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,49:195:99:947,0,4831 5510-ref 1283 . T C 11627.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=688;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=131.6322;MQ=35.90;MQ0=0;QD=16.90;SB=-20.61;sumGLbyD=13.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:362,323:653:99:9614,0,10751 5510-ref 1285 . C T 9583.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=726;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=89.0062;MQ=36.00;MQ0=0;QD=13.20;SB=-20.61;sumGLbyD=10.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:454,271:681:99:7532,0,13888 5510-ref 1328 . C G 14450.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=53.2124;MQ=36.26;MQ0=0;QD=14.45;SB=-152.08;sumGLbyD=11.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:592,406:952:99:11561,0,17696 5510-ref 1349 . C T 22063.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=991;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.4436;MQ=35.17;MQ0=0;QD=22.26;SB=-26.62;sumGLbyD=19.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:348,640:956:99:19155,0,9491 5510-ref 1369 . G T 20647.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=898;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.5026;MQ=34.04;MQ0=0;QD=22.99;SB=-116.54;sumGLbyD=22.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,840:665:99:20357,1762,0 5510-ref 1377 . A G 13541.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.3003;MQ=34.75;MQ0=0;QD=13.54;SB=-53.11;sumGLbyD=10.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:582,418:942:99:10701,0,16627 5510-ref 1382 . A T 19330.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.8767;MQ=34.72;MQ0=0;QD=19.33;SB=-23.61;sumGLbyD=16.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:423,569:937:99:16505,0,10648 5510-ref 1411 . G A 2801.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=702;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.5527;MQ=34.66;MQ0=0;QD=3.99;SB=-44.22;sumGLbyD=4.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:543,155:654:99:2831,0,16482 5510-ref 1423 . G T 18651.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=616;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.0396;MQ=34.38;MQ0=0;QD=30.28;SB=-233.53;sumGLbyD=30.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,608:552:99:18592,1627,0 5510-ref 1448 . G T 31617.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.2224;MQ=34.80;MQ0=0;QD=31.62;SB=-36.14;sumGLbyD=31.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,984:898:99:31559,2676,0 5510-ref 1459 . T G 34130.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=994;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4249;MQ=34.92;MQ0=0;QD=34.34;SB=-209.81;sumGLbyD=34.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,993:935:99:34095,2810,0 5510-ref 1507 . T C 23453.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=691;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9705;MQ=32.22;MQ0=0;QD=33.94;SB=-535.29;sumGLbyD=33.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,691:678:99:23448,2039,0 5510-ref 1537 . C A 15681.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=551;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4833;MQ=26.82;MQ0=0;QD=28.46;SB=-0.01;sumGLbyD=28.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,549:520:99:15674,1563,0 5510-ref 1544 . A T 15951.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=530;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6537;MQ=26.37;MQ0=0;QD=30.10;SB=-88.87;sumGLbyD=29.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,528:527:99:15864,1541,0 5510-ref 1552 . A T 12727.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=449;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3633;MQ=25.10;MQ0=0;QD=28.35;SB=-182.75;sumGLbyD=28.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,447:432:99:12721,1298,0 5510-ref 1567 . G T 6502.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8939;MQ=25.27;MQ0=0;QD=29.16;SB=-97.83;sumGLbyD=27.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,208:220:99:6055,590,0 5510-ref 1589 . G T 41.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.62;MQ0=0;QD=8.38;SB=-18.86;sumGLbyD=14.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:26.56:72,0,27 5510-ref 1597 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 5510-ref 1608 . A T 329.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.21;MQ0=0;QD=27.43;SB=-174.66;sumGLbyD=30.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.07:362,36,0 5510-ref 1622 . 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C T 5367.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2369;MQ=36.55;MQ0=0;QD=21.47;SB=3.00;sumGLbyD=18.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,147:239:99:4621,0,2808 5556-ref 1217 . C T 4473.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.6109;MQ=33.40;MQ0=0;QD=17.14;SB=3.00;sumGLbyD=14.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,144:248:99:3725,0,3282 5556-ref 1225 . G T 4041.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=243;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9527;MQ=33.07;MQ0=0;QD=16.63;SB=3.00;sumGLbyD=13.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,130:230:99:3347,0,3188 5556-ref 1233 . G A 2573.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.0498;MQ=32.65;MQ0=0;QD=11.64;SB=-23.61;sumGLbyD=11.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,105:213:99:2604,0,3435 5556-ref 1242 . C T 2457.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.7635;MQ=32.95;MQ0=0;QD=11.27;SB=-26.62;sumGLbyD=11.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,110:198:99:2488,0,3002 5556-ref 1289 . 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G T 11973.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=759;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=54.2271;MQ=36.69;MQ0=0;QD=15.78;SB=-50.23;sumGLbyD=12.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:424,317:723:99:9293,0,13044 5561-ref 456 . C A 14764.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=53.3047;MQ=36.84;MQ0=0;QD=14.76;SB=-0.01;sumGLbyD=11.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:603,396:979:99:11790,0,19657 5561-ref 592 . T C 13635.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=678;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.1364;MQ=36.78;MQ0=0;QD=20.11;SB=-532.32;sumGLbyD=17.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:308,369:642:99:11702,0,8903 5561-ref 619 . A C 768.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=949;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=232.5269;MQ=36.78;MQ0=0;QD=0.81;SB=105.32;sumGLbyD=0.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:847,97:921:99:798,0,28545 5561-ref 749 . A T 13128.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=731;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.1082;MQ=36.86;MQ0=0;QD=17.96;SB=-508.52;sumGLbyD=15.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:367,361:691:99:10982,0,10164 5561-ref 788 . 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G A 27734.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=786;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.7692;MQ=36.69;MQ0=0;QD=35.29;SB=-158.50;sumGLbyD=35.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,784:742:99:27702,2229,0 5606-ref 1589 . G T 19589.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.2537;MQ=36.76;MQ0=0;QD=19.59;SB=6.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:415,582:882:99:16931,0,10430 5606-ref 1616 . T C 21440.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.0412;MQ=36.80;MQ0=0;QD=21.44;SB=-64.96;sumGLbyD=18.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:406,594:955:99:18563,0,11764 5606-ref 1691 . T C 18649.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=853;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.5673;MQ=36.71;MQ0=0;QD=21.86;SB=-21.66;sumGLbyD=19.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:331,520:780:99:16274,0,8341 5606-ref 1723 . C A 11237.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=633;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.8581;MQ=36.70;MQ0=0;QD=17.75;SB=6.01;sumGLbyD=14.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:330,296:605:99:9156,0,9921 5606-ref 1844 . C T 12576.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=765;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.7114;MQ=36.67;MQ0=0;QD=16.44;SB=-0.01;sumGLbyD=13.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:382,379:681:99:10501,0,10629 5606-ref 1877 . T C 9914.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=552;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.0773;MQ=36.45;MQ0=0;QD=17.96;SB=-148.12;sumGLbyD=14.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:275,274:516:99:8264,0,8153 5606-ref 1913 . T C 19006.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=543;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.4027;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.00;SB=-111.55;sumGLbyD=34.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,538:512:99:18866,1528,0 5606-ref 1949 . C G 9067.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=654;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.0279;MQ=35.24;MQ0=0;QD=13.86;SB=9.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:379,271:626:99:7143,0,11920 5606-ref 1967 . T C 6818.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=659;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.8060;MQ=35.20;MQ0=0;QD=10.35;SB=-68.88;sumGLbyD=7.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:448,210:641:99:4887,0,14751 5606-ref 1972 . C G 6868.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=657;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=38.9320;MQ=35.48;MQ0=0;QD=10.45;SB=-73.84;sumGLbyD=7.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:452,202:634:99:4904,0,14687 5606-ref 2015 . A G 16526.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=939;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.3031;MQ=36.77;MQ0=0;QD=17.60;SB=-68.76;sumGLbyD=15.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:433,489:808:99:14090,0,10190 5606-ref 2072 . G A 19214.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=953;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=84.3514;MQ=36.89;MQ0=0;QD=20.16;SB=-456.60;sumGLbyD=17.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:414,538:893:99:16487,0,12261 5606-ref 2147 . C G 19232.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=984;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.9501;MQ=36.58;MQ0=0;QD=19.54;SB=-23.61;sumGLbyD=16.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:413,566:869:99:16589,0,10125 5606-ref 2187 . C T 17161.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=958;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.7248;MQ=36.45;MQ0=0;QD=17.91;SB=-37.00;sumGLbyD=15.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:473,485:887:99:14488,0,13274 5606-ref 2204 . C G 18262.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=965;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.5487;MQ=36.30;MQ0=0;QD=18.93;SB=6.01;sumGLbyD=16.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:466,499:917:99:15500,0,13910 5606-ref 2249 . G A 19787.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=541;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.5321;MQ=35.79;MQ0=0;QD=36.58;SB=3.80;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,538:530:99:19672,1481,0 5606-ref 2252 . G T 10400.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=633;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=14.9052;MQ=35.95;MQ0=0;QD=16.43;SB=6.01;sumGLbyD=13.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:350,282:625:99:8480,0,11266 5606-ref 2288 . T C 10678.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=686;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.8794;MQ=36.51;MQ0=0;QD=15.57;SB=3.00;sumGLbyD=12.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:392,293:664:99:8659,0,12328 5606-ref 2292 . A G 14084.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=679;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.6342;MQ=36.49;MQ0=0;QD=20.74;SB=-32.25;sumGLbyD=17.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:297,382:662:99:12090,0,8772 5606-ref 2343 . C T 10780.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=745;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.9324;MQ=36.76;MQ0=0;QD=14.47;SB=3.00;sumGLbyD=11.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:418,326:630:99:8882,0,10516 5606-ref 2351 . G A 10607.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=740;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.0623;MQ=36.75;MQ0=0;QD=14.33;SB=3.00;sumGLbyD=11.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:417,322:674:99:8541,0,11780 5606-ref 2419 . C T 476.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.96;SB=-0.01;sumGLbyD=5.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,20:94:99:506,0,2571 5606-ref 2422 . A T 421.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4672;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.39;SB=-0.01;sumGLbyD=4.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,19:96:99:451,0,2654 5606-ref 2426 . T A 320.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4062;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.52;SB=-0.01;sumGLbyD=3.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,16:89:99:350,0,2496 5606-ref 2557 . A G 543.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:576,45,0 5606-ref 2566 . T G 497.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=35.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:531,42,0 5606-ref 2606 . T C 35.98 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0 5606-ref 2608 . C T 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0 5682-ref 92 . A G 1144.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.27:1177,93,0 5682-ref 135 . 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G A 182.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=67.6190;MQ=30.85;MQ0=0;QD=0.84;SB=9.01;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,24:210:99:213,0,5333 5698-ref 88 . G A 86.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=65.0983;MQ=31.10;MQ0=0;QD=0.38;SB=6.01;sumGLbyD=0.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,22:217:99:116,0,5605 5698-ref 97 . G A 1828.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.2399;MQ=32.10;MQ0=0;QD=7.62;SB=9.01;sumGLbyD=7.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,96:225:99:1858,0,4278 5698-ref 125 . A G 571.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.6894;MQ=36.46;MQ0=0;QD=2.51;SB=6.00;sumGLbyD=2.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,37:207:99:602,0,5707 5698-ref 170 . G A 602.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.0363;MQ=36.14;MQ0=0;QD=4.13;SB=-0.01;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,31:134:99:633,0,3397 5698-ref 180 . A C 172.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.6552;MQ=33.25;MQ0=0;QD=1.39;SB=-0.01;sumGLbyD=1.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,16:109:99:202,0,2817 5698-ref 208 . G T 2287.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8328;MQ=28.99;MQ0=0;QD=14.75;SB=-190.99;sumGLbyD=14.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,91:143:99:2317,0,1306 5698-ref 230 . T C 2889.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=78.1339;MQ=28.36;MQ0=0;QD=22.05;SB=-434.05;sumGLbyD=22.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,113:125:99:2919,0,224 5698-ref 232 . G A 2505.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=77.1346;MQ=28.31;MQ0=0;QD=19.42;SB=-431.36;sumGLbyD=19.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,103:122:99:2535,0,565 5698-ref 235 . C T 163.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=81.1213;MQ=27.99;MQ0=0;QD=1.23;SB=-63.14;sumGLbyD=1.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,20:131:99:194,0,3089 5698-ref 240 . C A 1489.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=81.1213;MQ=28.20;MQ0=0;QD=11.46;SB=-215.59;sumGLbyD=11.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:126:99:1519,0,1497 5698-ref 274 . T C 670.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.0340;MQ=30.57;MQ0=0;QD=11.37;SB=3.43;sumGLbyD=11.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:58:99:701,0,806 5698-ref 282 . C G 202.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.1381;MQ=31.59;MQ0=0;QD=4.94;SB=6.01;sumGLbyD=5.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:40:99:233,0,833 5698-ref 284 . C A 225.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.3062;MQ=30.92;MQ0=0;QD=6.44;SB=-23.61;sumGLbyD=7.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:34:99:255,0,636 5698-ref 291 . G A 53.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.4582;MQ=31.79;MQ0=0;QD=1.98;SB=-0.01;sumGLbyD=3.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:26:83.32:83,0,582 5698-ref 300 . C T 238.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9651;MQ=32.95;MQ0=0;QD=11.37;SB=3.00;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:269,0,327 5698-ref 305 . G A 114.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9748;MQ=31.12;MQ0=0;QD=8.78;SB=-0.01;sumGLbyD=11.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:144,0,210 5698-ref 321 . A T 61.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=7.69;SB=-0.01;sumGLbyD=11.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:91.49:91,0,131 5698-ref 354 . G T 76.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=31.58;MQ0=0;QD=12.82;SB=-0.01;sumGLbyD=18.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:3:9.03:109,9,0 5698-ref 372 . C T 213.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=30.58;MQ0=0;QD=17.79;SB=-0.01;sumGLbyD=20.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:11:55.79:243,0,56 5698-ref 397 . T G 239.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9005;MQ=30.19;MQ0=0;QD=18.44;SB=-0.01;sumGLbyD=20.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:78.42:270,0,78 5698-ref 427 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 5698-ref 428 . G A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 5698-ref 527 . G A 46.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.79;MQ0=0;QD=15.65;SB=-0.01;sumGLbyD=26.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:79,9,0 5698-ref 587 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 5698-ref 610 . C T 172.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9994;MQ=29.09;MQ0=0;QD=14.37;SB=-0.01;sumGLbyD=16.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:202,0,115 5698-ref 656 . G T 170.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.37;MQ0=0;QD=18.89;SB=-0.01;sumGLbyD=22.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:8:3.62:199,0,4 5698-ref 660 . T A 147.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.70;MQ0=0;QD=21.13;SB=-0.01;sumGLbyD=25.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:6.62:177,0,7 5698-ref 663 . T G 81.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.27;SB=-0.01;sumGLbyD=28.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:114,12,0 5714-ref 526 . A G 97.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.8425;MQ=36.56;MQ0=0;QD=1.41;SB=3.00;sumGLbyD=1.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,10:63:99:127,0,1864 5714-ref 867 . C A 3169.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7951;MQ=36.63;MQ0=0;QD=16.77;SB=-0.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,102:179:99:3200,0,2442 5714-ref 904 . T G 651.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=12.9427;MQ=36.55;MQ0=0;QD=4.86;SB=-0.01;sumGLbyD=5.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,30:119:99:681,0,2959 5714-ref 1110 . G A 1321.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4659;MQ=36.37;MQ0=0;QD=16.32;SB=-0.01;sumGLbyD=16.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:77:99:1352,0,1120 5714-ref 1112 . A G 2803.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4034;MQ=36.26;MQ0=0;QD=34.19;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:76:99:2837,226,0 5714-ref 1398 . A G 12654.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=564;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.3231;MQ=36.87;MQ0=0;QD=22.44;SB=-30.98;sumGLbyD=19.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,359:505:99:11096,0,4609 5714-ref 1496 . T G 5899.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.4896;MQ=36.16;MQ0=0;QD=23.14;SB=-36.31;sumGLbyD=20.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,166:237:99:5186,0,2283 5714-ref 1523 . T C 4190.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7285;MQ=36.05;MQ0=0;QD=20.64;SB=-96.23;sumGLbyD=17.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,123:188:99:3624,0,2051 5714-ref 1536 . A T 6205.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1205;MQ=36.05;MQ0=0;QD=36.29;SB=-59.25;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:166:99:6205,499,0 5714-ref 1541 . G A 1894.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6647;MQ=36.15;MQ0=0;QD=11.28;SB=-23.62;sumGLbyD=11.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,68:160:99:1925,0,3152 5714-ref 1737 . A T 848.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.48;SB=-0.01;sumGLbyD=12.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:879,0,1335 5714-ref 1774 . 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G A 3162.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8019;MQ=36.81;MQ0=0;QD=14.64;SB=6.01;sumGLbyD=14.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,101:206:99:3193,0,3375 5725-ref 721 . C G 1050.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4986;MQ=36.62;MQ0=0;QD=7.84;SB=-0.01;sumGLbyD=8.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,53:114:99:1081,0,2396 5725-ref 730 . A G 2356.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8151;MQ=36.52;MQ0=0;QD=18.70;SB=-0.01;sumGLbyD=18.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,77:120:99:2386,0,1216 5725-ref 741 . C T 2454.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3652;MQ=36.54;MQ0=0;QD=18.60;SB=-0.01;sumGLbyD=18.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,80:123:99:2485,0,1361 5725-ref 891 . A G 947.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2024;MQ=36.77;MQ0=0;QD=10.77;SB=-0.01;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,32:85:99:978,0,1750 5725-ref 1054 . T A 786.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4915;MQ=36.81;MQ0=0;QD=15.13;SB=-0.01;sumGLbyD=15.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:47:99:817,0,692 5725-ref 1296 . C A 738.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2677;MQ=36.88;MQ0=0;QD=9.01;SB=-0.01;sumGLbyD=9.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:71:99:769,0,1460 5725-ref 1476 . G A 82.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3311;MQ=33.85;MQ0=0;QD=8.23;SB=-0.01;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:8:99:112,0,135 5725-ref 1478 . G T 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4677;MQ=32.41;MQ0=0;QD=3.94;SB=-0.01;sumGLbyD=8.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:6:57.59:58,0,68 5725-ref 1479 . A T 24.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.4632;MQ=32.41;MQ0=0;QD=3.51;SB=-0.01;sumGLbyD=7.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:5:54.58:55,0,105 5725-ref 1480 . T G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,67 5738-ref 8 . G A 101.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9650;MQ=24.71;MQ0=0;QD=6.78;SB=-0.01;sumGLbyD=8.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:14:99:132,0,192 5738-ref 12 . C T 123.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9650;MQ=24.61;MQ0=0;QD=7.71;SB=-0.01;sumGLbyD=9.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:153,0,210 5738-ref 45 . G A 115.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=25.10;MQ0=0;QD=4.80;SB=-71.74;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:22:99:145,0,365 5738-ref 59 . C G 432.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8811;MQ=30.72;MQ0=0;QD=30.89;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.09:465,42,0 5738-ref 69 . G A 350.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8945;MQ=30.52;MQ0=0;QD=20.59;SB=-0.01;sumGLbyD=22.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:17:33.09:383,33,0 5738-ref 92 . A T 24.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.19;MQ0=0;QD=1.89;SB=9.02;sumGLbyD=4.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:54.52:55,0,269 5738-ref 96 . T A 190.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.77;MQ0=0;QD=17.36;SB=-96.90;sumGLbyD=20.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:57.72:221,0,58 5738-ref 99 . T C 188.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=30.37;MQ0=0;QD=12.59;SB=-86.15;sumGLbyD=14.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:13:99:219,0,126 5738-ref 103 . C G 103.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.97;MQ0=0;QD=6.87;SB=18.04;sumGLbyD=8.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:14:99:133,0,271 5738-ref 106 . A G 1366.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3828;MQ=29.49;MQ0=0;QD=29.07;SB=-319.39;sumGLbyD=29.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:44:99:1399,132,0 5738-ref 122 . T C 7149.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=385;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4489;MQ=29.05;MQ0=0;QD=18.57;SB=-203.41;sumGLbyD=15.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,226:360:99:6063,0,3312 5738-ref 136 . A G 9841.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=503;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.4426;MQ=28.13;MQ0=0;QD=19.57;SB=-201.39;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,324:469:99:8425,0,3568 5738-ref 143 . G C 15398.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=556;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.6899;MQ=29.02;MQ0=0;QD=27.70;SB=-578.69;sumGLbyD=26.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,537:499:99:14849,984,0 5738-ref 186 . C T 12888.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=429;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.7198;MQ=31.65;MQ0=0;QD=30.04;SB=-50.24;sumGLbyD=27.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,372:423:99:11612,0,230 5738-ref 188 . A C 13008.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=418;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7211;MQ=31.80;MQ0=0;QD=31.12;SB=-97.05;sumGLbyD=28.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,375:414:87.28:11847,87,0 5738-ref 218 . G A 7111.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4154;MQ=33.44;MQ0=0;QD=31.47;SB=-534.04;sumGLbyD=31.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,225:208:99:7109,625,0 5738-ref 247 . A G 3501.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=34.40;MQ0=0;QD=31.27;SB=38.57;sumGLbyD=29.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:108:99:3306,130,0 5738-ref 260 . G T 940.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8806;MQ=34.49;MQ0=0;QD=6.82;SB=-262.63;sumGLbyD=7.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,36:135:99:971,0,3150 5738-ref 277 . A T 9330.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=332;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.3556;MQ=35.05;MQ0=0;QD=28.10;SB=-474.54;sumGLbyD=25.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,281:301:99:8376,0,671 5738-ref 330 . C T 13127.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=389;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0398;MQ=34.18;MQ0=0;QD=33.75;SB=-2104.90;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,388:380:99:13094,1140,0 5738-ref 345 . G C 10292.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2169;MQ=31.50;MQ0=0;QD=28.59;SB=-2262.33;sumGLbyD=28.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,357:316:99:10289,950,0 5738-ref 346 . G A 10276.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=355;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6861;MQ=31.37;MQ0=0;QD=28.95;SB=-2353.97;sumGLbyD=28.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,349:316:99:10213,917,0 5738-ref 397 . T C 7745.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=257;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5558;MQ=30.34;MQ0=0;QD=30.14;SB=-167.79;sumGLbyD=29.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,248:248:99:7461,464,0 5738-ref 403 . T A 7427.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8887;MQ=29.83;MQ0=0;QD=31.47;SB=-238.51;sumGLbyD=31.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,236:232:99:7425,697,0 5738-ref 416 . G A 4059.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=30.75;MQ0=0;QD=29.63;SB=-204.72;sumGLbyD=27.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,130:134:99:3834,179,0 5738-ref 431 . G T 823.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.49;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=28.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:87.16:856,87,0 5738-ref 520 . T A 425.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9947;MQ=34.58;MQ0=0;QD=19.35;SB=-53.62;sumGLbyD=20.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:21:99:456,0,169 5738-ref 526 . G A 681.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9947;MQ=35.04;MQ0=0;QD=25.23;SB=-57.42;sumGLbyD=26.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,21:27:99:711,0,107 5738-ref 527 . G C 25.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9947;MQ=35.04;MQ0=0;QD=0.96;SB=-6.97;sumGLbyD=2.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,4:27:55.90:56,0,768 5738-ref 553 . 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T C 2084.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.7751;MQ=35.62;MQ0=0;QD=31.11;SB=-0.01;sumGLbyD=31.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:59:99:2117,174,0 5738-ref 677 . C T 4984.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3405;MQ=36.63;MQ0=0;QD=30.21;SB=-474.86;sumGLbyD=30.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:134:99:4984,403,0 5774-ref 135 . T C 392.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.37;MQ0=0;QD=8.17;SB=3.00;sumGLbyD=8.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:47:99:422,0,1057 5774-ref 138 . G C 1768.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.35;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1801,141,0 5774-ref 189 . A T 554.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8657;MQ=36.80;MQ0=0;QD=11.09;SB=-0.01;sumGLbyD=11.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:40:99:585,0,680 5774-ref 281 . 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T C 2410.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.2858;MQ=36.34;MQ0=0;QD=9.80;SB=3.00;sumGLbyD=9.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,86:236:99:2441,0,4840 5774-ref 702 . G A 10205.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=301;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9619;MQ=36.80;MQ0=0;QD=33.90;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,300:273:99:10168,785,0 5774-ref 822 . T A 4753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7096;MQ=36.85;MQ0=0;QD=36.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:127:99:4753,382,0 5774-ref 890 . G C 1028.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9988;MQ=36.72;MQ0=0;QD=14.29;SB=-0.01;sumGLbyD=14.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:70:99:1059,0,1175 5774-ref 920 . G C 1739.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9381;MQ=36.66;MQ0=0;QD=17.75;SB=-0.01;sumGLbyD=18.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,58:92:99:1769,0,1182 5774-ref 1059 . 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C T 219 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.69;SB=-0.01;sumGLbyD=15.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:14:99:249,0,198 5863-ref 51 . G C 1077.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3032;MQ=36.67;MQ0=0;QD=17.66;SB=-26.62;sumGLbyD=18.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:58:99:1107,0,764 5863-ref 69 . C T 819.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0207;MQ=36.85;MQ0=0;QD=12.23;SB=-0.01;sumGLbyD=12.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:63:99:849,0,1127 5863-ref 119 . C G 807.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=36.65;MQ0=0;QD=14.17;SB=-26.62;sumGLbyD=14.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:54:99:838,0,813 5863-ref 191 . C G 589.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.7584;MQ=36.23;MQ0=0;QD=4.47;SB=-0.01;sumGLbyD=4.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,30:127:99:619,0,3312 5863-ref 200 . T C 447.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.1415;MQ=36.04;MQ0=0;QD=3.52;SB=-0.01;sumGLbyD=3.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,25:126:99:477,0,3296 5863-ref 216 . A G 56.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.5190;MQ=36.06;MQ0=0;QD=0.43;SB=-0.01;sumGLbyD=0.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,19:118:86:86,0,3431 5863-ref 227 . C T 235.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1339;MQ=36.29;MQ0=0;QD=1.83;SB=-0.01;sumGLbyD=2.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,21:119:99:266,0,3351 5863-ref 247 . G A 561.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.1981;MQ=36.56;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=5.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,27:95:99:591,0,2301 5863-ref 355 . C T 683.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7254;MQ=34.14;MQ0=0;QD=11.59;SB=3.00;sumGLbyD=12.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:55:99:714,0,877 5863-ref 361 . G C 416.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9376;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.68;SB=-0.01;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:38:99:447,0,682 5863-ref 362 . T C 39.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9880;MQ=35.01;MQ0=0;QD=1.53;SB=-0.01;sumGLbyD=2.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:26:69.88:70,0,754 5863-ref 416 . C G 1036.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9479;MQ=36.75;MQ0=0;QD=12.63;SB=-0.01;sumGLbyD=13.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:69:99:1066,0,993 5863-ref 465 . G A 1944.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.5463;MQ=36.53;MQ0=0;QD=14.96;SB=-0.01;sumGLbyD=15.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,66:121:99:1975,0,1917 5863-ref 500 . T C 1013.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=36.67;MQ0=0;QD=16.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:59:99:1044,0,836 5863-ref 602 . 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T A 505.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9144;MQ=36.79;MQ0=0;QD=10.54;SB=-0.01;sumGLbyD=11.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:47:99:536,0,980 5863-ref 1014 . A G 4377.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3007;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.71;SB=-0.01;sumGLbyD=15.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,124:215:99:3730,0,2871 5863-ref 1102 . T G 2439.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.2957;MQ=35.73;MQ0=0;QD=17.81;SB=3.00;sumGLbyD=18.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,79:132:99:2469,0,1693 5863-ref 1134 . A G 1500.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2318;MQ=35.41;MQ0=0;QD=10.57;SB=-0.01;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,59:132:99:1530,0,2496 5863-ref 1141 . C T 2512.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3379;MQ=35.31;MQ0=0;QD=18.75;SB=-0.01;sumGLbyD=18.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,80:127:99:2543,0,1315 5863-ref 1143 . 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A G 3806.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5764;MQ=35.40;MQ0=0;QD=34.93;SB=-38.58;sumGLbyD=34.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:105:99:3806,316,0 5863-ref 1583 . T C 1635.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6821;MQ=34.36;MQ0=0;QD=19.71;SB=3.00;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,55:81:99:1666,0,771 5863-ref 1601 . A G 2020.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2799;MQ=32.51;MQ0=0;QD=32.60;SB=-88.87;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:60:99:2054,180,0 5863-ref 1605 . A T 273.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4912;MQ=32.20;MQ0=0;QD=4.88;SB=-20.61;sumGLbyD=5.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,14:54:99:303,0,1210 5863-ref 1635 . T A 550.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.96;MQ0=0;QD=28.99;SB=-0.01;sumGLbyD=30.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.12:584,57,0 5863-ref 1653 . 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G C 827.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=27.57;SB=-0.01;sumGLbyD=28.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:26:78.17:860,78,0 5863-ref 1722 . T C 1053.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=33.97;MQ0=0;QD=27.72;SB=-0.01;sumGLbyD=28.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:31:93.25:1087,93,0 5863-ref 1748 . A T 80.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.34;SB=-0.01;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:23:99:110,0,612 5863-ref 1756 . G C 601.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2032;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=35.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:16:48.16:634,48,0 5863-ref 1797 . C T 744.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0966;MQ=36.50;MQ0=0;QD=12.21;SB=-0.01;sumGLbyD=12.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:56:99:775,0,995 5863-ref 1820 . T C 3195.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3239;MQ=35.57;MQ0=0;QD=34.37;SB=34.35;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:91:99:3229,239,0 5863-ref 1863 . G C 1815.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=33.61;SB=-27.67;sumGLbyD=34.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:53:99:1848,159,0 5863-ref 1870 . A G 1239.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.62;SB=-25.69;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1273,114,0 5863-ref 1887 . T A 620.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2552;MQ=30.46;MQ0=0;QD=22.97;SB=-0.01;sumGLbyD=24.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:21:63.12:653,63,0 5863-ref 1907 . G T 11.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.7748;MQ=32.30;MQ0=0;QD=0.69;SB=-0.01;sumGLbyD=2.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:40.75:41,0,403 5863-ref 1935 . T C 373.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=33.98;SB=-29.62;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:407,33,0 5863-ref 1946 . G C 282.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.21;SB=-57.24;sumGLbyD=31.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.07:315,27,0 5863-ref 1987 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 5863-ref 2016 . T A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:70,6,0 5863-ref 2033 . T G 156.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9658;MQ=34.39;MQ0=0;QD=13.01;SB=-0.01;sumGLbyD=15.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:10:56.88:186,0,57 5863-ref 2044 . 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C G 699.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=20.1738;MQ=36.93;MQ0=0;QD=4.92;SB=18.05;sumGLbyD=5.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,28:118:99:729,0,3049 5872-ref 817 . G A 2860.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=264;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.3694;MQ=36.92;MQ0=0;QD=10.84;SB=-0.01;sumGLbyD=10.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,114:212:99:2891,0,3624 5872-ref 967 . C T 8595.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=544;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.5830;MQ=36.76;MQ0=0;QD=15.80;SB=-26.62;sumGLbyD=13.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:284,258:497:99:7074,0,8220 5872-ref 1022 . C A 10986.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=721;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=58.4984;MQ=36.86;MQ0=0;QD=15.24;SB=-0.01;sumGLbyD=12.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:371,349:597:99:9159,0,9130 5872-ref 1169 . A T 11655.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=761;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.6872;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.32;SB=-42.30;sumGLbyD=12.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:400,356:685:99:9523,0,11526 5872-ref 1276 . T G 1882.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.8024;MQ=35.38;MQ0=0;QD=14.94;SB=3.00;sumGLbyD=15.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,63:122:99:1912,0,1917 5872-ref 1279 . T A 594.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.7609;MQ=35.11;MQ0=0;QD=5.78;SB=3.00;sumGLbyD=6.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,25:101:99:625,0,2465 5872-ref 1280 . C A 520.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.7592;MQ=35.16;MQ0=0;QD=5.21;SB=3.00;sumGLbyD=5.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,23:98:99:551,0,2520 5872-ref 1282 . T G 666.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.2677;MQ=35.19;MQ0=0;QD=8.55;SB=3.00;sumGLbyD=8.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:76:99:697,0,1652 5872-ref 1288 . T G 920.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.9760;MQ=35.38;MQ0=0;QD=16.15;SB=-50.23;sumGLbyD=16.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:57:99:951,0,726 5872-ref 1291 . T A 64.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.4586;MQ=35.03;MQ0=0;QD=1.54;SB=6.00;sumGLbyD=2.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:40:94.55:95,0,1081 5872-ref 1294 . T G 66.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4674;MQ=35.53;MQ0=0;QD=1.91;SB=-16.05;sumGLbyD=2.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,6:34:96.93:97,0,969 5872-ref 1313 . C T 837.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6458;MQ=36.37;MQ0=0;QD=10.34;SB=-85.80;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:70:99:867,0,1192 5872-ref 1355 . T G 4797.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9052;MQ=36.86;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=33.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,143:129:99:4797,388,0 5872-ref 1451 . T G 40.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.7726;MQ=36.39;MQ0=0;QD=0.48;SB=15.04;sumGLbyD=0.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,9:71:70.57:71,0,2133 5872-ref 1470 . A C 853.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4161;MQ=36.84;MQ0=0;QD=13.55;SB=-195.83;sumGLbyD=14.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:55:99:884,0,806 5872-ref 1606 . T C 39.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:70,0,31 5918-ref 85 . A G 547.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4010;MQ=36.42;MQ0=0;QD=15.65;SB=-0.01;sumGLbyD=16.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:31:99:578,0,404 5918-ref 110 . A C 356.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9387;MQ=36.72;MQ0=0;QD=9.91;SB=3.00;sumGLbyD=10.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:387,0,704 5918-ref 304 . A C 2503.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.0880;MQ=36.45;MQ0=0;QD=8.49;SB=-26.62;sumGLbyD=8.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,93:286:99:2534,0,6560 5918-ref 312 . C A 9339.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7483;MQ=36.24;MQ0=0;QD=36.63;SB=-29.63;sumGLbyD=36.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,254:247:99:9339,743,0 5918-ref 347 . T A 6893.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=5.3117;MQ=36.08;MQ0=0;QD=34.47;SB=-0.01;sumGLbyD=34.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,199:185:99:6855,520,0 5918-ref 371 . T A 3842.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6043;MQ=36.46;MQ0=0;QD=18.56;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,118:189:99:3273,0,2560 5918-ref 452 . C G 4176.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6453;MQ=36.87;MQ0=0;QD=26.77;SB=-0.01;sumGLbyD=23.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,111:151:99:3721,0,1130 5918-ref 586 . A G 4012.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3506;MQ=36.68;MQ0=0;QD=21.46;SB=-23.61;sumGLbyD=18.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,119:177:99:3479,0,1979 5918-ref 658 . 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A G 39.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.68;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0 5962-ref 209 . T G 110.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.1883;MQ=34.84;MQ0=0;QD=4.59;SB=-0.01;sumGLbyD=5.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:21:99:140,0,412 5962-ref 211 . G C 65.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1885;MQ=34.52;MQ0=0;QD=3.11;SB=3.00;sumGLbyD=4.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:21:95.33:95,0,521 5962-ref 302 . G C 152.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6013;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.75;SB=-0.01;sumGLbyD=5.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:29:99:182,0,740 5962-ref 367 . G A 4171.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3313;MQ=36.77;MQ0=0;QD=31.13;SB=29.62;sumGLbyD=30.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:112:99:4102,304,0 5962-ref 420 . A T 4231.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.2574;MQ=34.41;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=22.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,124:158:99:3755,0,938 5962-ref 434 . C T 3057.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4552;MQ=34.00;MQ0=0;QD=19.48;SB=-0.01;sumGLbyD=19.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,103:153:99:3088,0,1333 5962-ref 453 . A G 9265.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=274;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9890;MQ=31.23;MQ0=0;QD=33.81;SB=-0.01;sumGLbyD=33.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,274:272:99:9263,818,0 5962-ref 455 . C T 6929.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=272;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9890;MQ=31.36;MQ0=0;QD=25.48;SB=-0.01;sumGLbyD=22.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,214:265:99:6104,0,1264 5962-ref 485 . C G 8585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3145;MQ=34.66;MQ0=0;QD=30.77;SB=-358.84;sumGLbyD=30.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,277:248:99:8583,746,0 5962-ref 527 . 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A G 7728.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.0204;MQ=33.25;MQ0=0;QD=27.12;SB=-0.01;sumGLbyD=24.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,224:276:99:6859,0,1008 5962-ref 683 . T G 5478.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3596;MQ=30.39;MQ0=0;QD=31.85;SB=-0.01;sumGLbyD=31.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:167:99:5476,502,0 5962-ref 703 . T A 3987.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=30.28;MQ0=0;QD=30.67;SB=-0.01;sumGLbyD=30.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:124:99:3986,373,0 5962-ref 705 . C G 3515.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.04;MQ0=0;QD=31.39;SB=-0.01;sumGLbyD=31.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:107:99:3514,322,0 5962-ref 742 . C A 2267.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.60;MQ0=0;QD=34.89;SB=-0.01;sumGLbyD=35.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2301,193,0 5962-ref 788 . C T 520.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=23.00;MQ0=0;QD=23.65;SB=-27.67;sumGLbyD=25.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:20:60.06:553,60,0 5962-ref 852 . G T 84.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.18;MQ0=0;QD=21.21;SB=-0.01;sumGLbyD=29.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:117,12,0 5984-ref 29 . A C 990.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4062;MQ=35.80;MQ0=0;QD=29.14;SB=-0.01;sumGLbyD=30.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:29:84.24:1024,84,0 5984-ref 48 . C T 137.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9254;MQ=34.99;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=2.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,13:70:99:168,0,1937 5984-ref 57 . C G 118.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6680;MQ=35.24;MQ0=0;QD=1.34;SB=3.00;sumGLbyD=1.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,13:83:99:148,0,2302 5984-ref 68 . C T 96.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.4334;MQ=35.27;MQ0=0;QD=1.01;SB=3.00;sumGLbyD=1.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,13:92:99:126,0,2685 5984-ref 79 . C T 273.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6642;MQ=34.60;MQ0=0;QD=2.85;SB=-23.62;sumGLbyD=3.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,19:93:99:304,0,2529 5984-ref 97 . G T 2109.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8496;MQ=33.64;MQ0=0;QD=22.68;SB=-17.61;sumGLbyD=23.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,70:88:99:2139,0,453 5984-ref 109 . A G 170.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.3795;MQ=30.91;MQ0=0;QD=2.28;SB=-79.86;sumGLbyD=2.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,13:65:99:201,0,1510 5984-ref 112 . A T 374.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.9514;MQ=29.98;MQ0=0;QD=5.35;SB=-105.50;sumGLbyD=5.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,20:67:99:404,0,1266 5984-ref 122 . A T 100.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.9356;MQ=29.49;MQ0=0;QD=1.59;SB=15.01;sumGLbyD=2.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,11:58:99:130,0,1284 5984-ref 136 . A G 494.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4049;MQ=26.62;MQ0=0;QD=9.34;SB=-9.67;sumGLbyD=9.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:51:99:525,0,691 6011-ref 60 . C T 567.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.38;SB=-33.44;sumGLbyD=30.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:17:51.14:601,51,0 6011-ref 88 . A G 634.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.2365;MQ=35.12;MQ0=0;QD=14.42;SB=7.28;sumGLbyD=15.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,23:39:21.33:665,0,21 6011-ref 103 . A T 555.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.24;MQ0=0;QD=13.90;SB=-0.01;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:39:99:586,0,647 6011-ref 136 . C A 1249.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9911;MQ=35.47;MQ0=0;QD=10.08;SB=-0.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,48:120:99:1280,0,2478 6011-ref 164 . G T 951.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5847;MQ=34.34;MQ0=0;QD=7.73;SB=21.04;sumGLbyD=7.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,40:113:99:981,0,2330 6011-ref 166 . A C 1101.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.2464;MQ=34.00;MQ0=0;QD=8.88;SB=27.06;sumGLbyD=9.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,48:116:99:1131,0,2183 6011-ref 187 . G A 533.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.3915;MQ=35.08;MQ0=0;QD=2.49;SB=-130.08;sumGLbyD=2.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,33:211:99:563,0,5763 6011-ref 190 . T C 695.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.5245;MQ=35.12;MQ0=0;QD=3.19;SB=-168.66;sumGLbyD=3.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,38:213:99:726,0,5781 6011-ref 205 . C A 1684.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1431;MQ=35.32;MQ0=0;QD=8.18;SB=21.04;sumGLbyD=8.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,72:198:99:1715,0,4266 6011-ref 209 . G A 1509.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4678;MQ=35.44;MQ0=0;QD=7.74;SB=21.04;sumGLbyD=7.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,63:192:99:1539,0,4273 6011-ref 243 . C T 127.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.6108;MQ=33.19;MQ0=0;QD=1.12;SB=48.03;sumGLbyD=1.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,15:107:99:157,0,2814 6011-ref 267 . G T 1994.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.0706;MQ=32.08;MQ0=0;QD=28.49;SB=-385.10;sumGLbyD=28.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:62:99:2027,186,0 6011-ref 268 . T A 1891.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0706;MQ=32.00;MQ0=0;QD=27.42;SB=-385.10;sumGLbyD=27.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:59:99:1925,177,0 6011-ref 298 . T G 904.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3851;MQ=32.91;MQ0=0;QD=21.55;SB=12.02;sumGLbyD=22.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,32:41:99:935,0,189 6011-ref 334 . C T 262.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4675;MQ=35.09;MQ0=0;QD=3.24;SB=-116.68;sumGLbyD=3.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,17:69:99:292,0,1766 6011-ref 341 . G A 266.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1182;MQ=34.90;MQ0=0;QD=3.60;SB=-91.63;sumGLbyD=4.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,17:67:99:296,0,1730 6011-ref 646 . C A 113.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.6919;MQ=23.00;MQ0=0;QD=4.73;SB=-0.01;sumGLbyD=5.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:15:99:144,0,176 6011-ref 730 . A G 674.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.88;MQ0=0;QD=26.99;SB=-0.01;sumGLbyD=28.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.08:708,75,0 6011-ref 853 . C T 1875.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.77;MQ0=0;QD=21.08;SB=3.00;sumGLbyD=21.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,57:89:99:1906,0,948 6011-ref 872 . A C 2165.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1713;MQ=36.68;MQ0=0;QD=22.56;SB=-0.01;sumGLbyD=22.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,66:94:99:2196,0,821 6011-ref 964 . G A 1134.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ=36.03;MQ0=0;QD=13.34;SB=-420.47;sumGLbyD=13.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:82:99:1164,0,1305 6011-ref 967 . G A 1149.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ=36.01;MQ0=0;QD=13.68;SB=-414.94;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:83:99:1179,0,1319 6011-ref 1021 . G T 207.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9965;MQ=36.04;MQ0=0;QD=17.27;SB=-0.01;sumGLbyD=19.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:237,0,135 6011-ref 1129 . 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T C 585.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=24.82;MQ0=0;QD=26.60;SB=-0.01;sumGLbyD=28.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.11:618,63,0 6011-ref 1230 . A T 523.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.80;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=29.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.10:557,57,0 6011-ref 1425 . G T 612.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.17;MQ0=0;QD=23.57;SB=-0.01;sumGLbyD=24.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:18:54.15:646,54,0 6011-ref 1467 . G A 41.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=8.3635;MQ=35.72;MQ0=0;QD=0.57;SB=-0.01;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,8:55:71.57:72,0,1523 6011-ref 1514 . G T 430.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2690;MQ=36.18;MQ0=0;QD=4.95;SB=-58.40;sumGLbyD=5.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,20:83:99:460,0,2177 6011-ref 1521 . 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T G 695.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9650;MQ=30.63;MQ0=0;QD=12.20;SB=-26.62;sumGLbyD=12.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:54:99:725,0,724 6017-ref 59 . A T 1268.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9924;MQ=31.77;MQ0=0;QD=13.93;SB=-23.62;sumGLbyD=14.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:1298,0,1225 6017-ref 66 . T C 3023.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7266;MQ=32.03;MQ0=0;QD=17.89;SB=-43.35;sumGLbyD=18.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,122:155:99:3053,0,1185 6017-ref 78 . C T 5638.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.7433;MQ=33.11;MQ0=0;QD=22.64;SB=-50.23;sumGLbyD=19.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,194:220:99:4946,0,1248 6017-ref 80 . A G 570.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=263;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.0616;MQ=33.24;MQ0=0;QD=2.17;SB=-20.61;sumGLbyD=2.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,35:236:99:600,0,6190 6017-ref 109 . A G 6637.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=381;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.4431;MQ=34.20;MQ0=0;QD=17.42;SB=-0.01;sumGLbyD=14.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,209:354:99:5570,0,4806 6017-ref 134 . A T 18800.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=649;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.5437;MQ=35.34;MQ0=0;QD=28.97;SB=-23.62;sumGLbyD=26.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,565:599:99:16952,0,767 6017-ref 143 . A G 24608.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=786;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=35.6817;MQ=35.89;MQ0=0;QD=31.31;SB=-23.62;sumGLbyD=28.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,697:742:99:22372,0,712 6017-ref 145 . A C 714.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=789;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.9947;MQ=35.95;MQ0=0;QD=0.91;SB=-23.62;sumGLbyD=0.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:702,86:755:99:744,0,22708 6017-ref 170 . G T 588.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=669;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.2994;MQ=36.62;MQ0=0;QD=0.88;SB=6.01;sumGLbyD=0.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:597,72:658:99:619,0,20181 6017-ref 271 . C G 12181.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=687;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=50.9366;MQ=36.64;MQ0=0;QD=17.73;SB=18.04;sumGLbyD=14.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:342,345:633:99:10274,0,9651 6017-ref 561 . G A 1359.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9226;MQ=35.03;MQ0=0;QD=32.37;SB=-0.01;sumGLbyD=33.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:48.55:1393,49,0 6017-ref 562 . T A 1299.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9226;MQ=35.03;MQ0=0;QD=30.95;SB=-0.01;sumGLbyD=31.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:40.34:1333,40,0 6017-ref 564 . T A 1246.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9226;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.16;SB=-0.01;sumGLbyD=31.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:37.32:1279,37,0 6017-ref 566 . T C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.78:50,0,29 6017-ref 620 . G A 25.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.41;SB=-0.01;sumGLbyD=13.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:55.64:56,0,68 6046-ref 15 . A T 51.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=17.31;SB=-0.01;sumGLbyD=28.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:84,9,0 6046-ref 17 . A T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 6046-ref 62 . G T 3353.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4892;MQ=35.93;MQ0=0;QD=31.94;SB=-0.01;sumGLbyD=31.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:94:99:3352,283,0 6046-ref 82 . G T 3934.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3156;MQ=35.99;MQ0=0;QD=35.45;SB=-0.01;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:107:99:3934,322,0 6046-ref 120 . C T 2464.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=36.42;MQ0=0;QD=35.20;SB=-72.94;sumGLbyD=35.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:68:99:2497,205,0 6046-ref 151 . T G 110.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.30;MQ0=0;QD=1.90;SB=6.01;sumGLbyD=2.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,8:57:99:140,0,1567 6046-ref 157 . G C 1481.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.09;MQ0=0;QD=27.43;SB=-69.54;sumGLbyD=27.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,48:54:76.90:1511,0,77 6046-ref 165 . C T 1063.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8308;MQ=33.39;MQ0=0;QD=25.94;SB=-73.31;sumGLbyD=26.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,36:41:76.73:1093,0,77 6046-ref 175 . T C 859.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8308;MQ=32.14;MQ0=0;QD=27.71;SB=-74.37;sumGLbyD=28.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:26:78.20:892,78,0 6046-ref 208 . 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G T 414.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=29.61;SB=29.15;sumGLbyD=31.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:12.50:447,12,0 6046-ref 336 . A T 31.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.85;SB=-0.01;sumGLbyD=15.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:61.40:61,0,62 6046-ref 396 . G A 663.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9330;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.59;SB=-0.01;sumGLbyD=33.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.16:696,60,0 6046-ref 411 . T G 743.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3009;MQ=30.96;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=26.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:25:45.54:776,46,0 6046-ref 439 . T C 3155.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.93;MQ0=0;QD=33.57;SB=-0.01;sumGLbyD=33.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:90:99:3188,271,0 6046-ref 440 . T G 3138.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.93;MQ0=0;QD=33.39;SB=-0.01;sumGLbyD=33.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:90:99:3172,271,0 6046-ref 527 . T C 2572.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.37;MQ0=0;QD=31.37;SB=-0.01;sumGLbyD=31.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:72:99:2605,217,0 6046-ref 553 . T A 1786.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=34.83;MQ0=0;QD=28.82;SB=-0.01;sumGLbyD=29.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:61:3.78:1817,4,0 6046-ref 568 . C A 1267.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9233;MQ=33.39;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=31.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:40:90.66:1300,91,0 6046-ref 575 . T A 111.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9235;MQ=30.58;MQ0=0;QD=9.30;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:142,0,189 6046-ref 595 . A G 65.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.97;SB=-36.31;sumGLbyD=15.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:64.97:96,0,65 6084-ref 123 . C T 1036.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1908;MQ=36.35;MQ0=0;QD=13.29;SB=-35.57;sumGLbyD=13.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:75:99:1067,0,1246 6084-ref 162 . C G 666.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1626;MQ=36.31;MQ0=0;QD=11.29;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:56:99:696,0,1016 6084-ref 201 . C T 1227.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.23;SB=-0.01;sumGLbyD=30.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:37:68.31:1261,68,0 6084-ref 279 . A G 429.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9996;MQ=36.52;MQ0=0;QD=10.22;SB=-26.62;sumGLbyD=10.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:41:99:459,0,777 6084-ref 323 . G A 349.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9041;MQ=36.67;MQ0=0;QD=11.27;SB=-0.01;sumGLbyD=12.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:27:99:379,0,493 6084-ref 336 . G T 354.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3109;MQ=36.15;MQ0=0;QD=9.84;SB=3.00;sumGLbyD=10.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:29:99:384,0,497 6084-ref 498 . T C 708.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0099;MQ=36.71;MQ0=0;QD=6.81;SB=-0.01;sumGLbyD=7.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,27:99:99:738,0,2479 6084-ref 626 . G T 38.03 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3017;MQ=36.48;MQ0=0;QD=0.98;SB=-0.01;sumGLbyD=1.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,5:36:68.03:68,0,1082 6084-ref 761 . A T 2629.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.7936;MQ=36.74;MQ0=0;QD=11.14;SB=-0.01;sumGLbyD=11.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,93:222:99:2660,0,4331 6084-ref 889 . C T 1873.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.9223;MQ=36.79;MQ0=0;QD=12.74;SB=-0.01;sumGLbyD=12.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,70:117:99:1903,0,1675 6084-ref 949 . C T 1589.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8766;MQ=36.42;MQ0=0;QD=18.06;SB=-0.01;sumGLbyD=18.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:83:99:1619,0,1049 6084-ref 954 . A T 841.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4070;MQ=36.44;MQ0=0;QD=11.68;SB=-0.01;sumGLbyD=12.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:68:99:871,0,1330 6084-ref 1036 . T C 437.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.44;MQ0=0;QD=24.33;SB=-0.01;sumGLbyD=25.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:93.09:468,0,93 6084-ref 1051 . C A 18.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=3.80;SB=-0.01;sumGLbyD=9.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:48.93:49,0,104 6139-ref 21 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6139-ref 24 . A C 38.13 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.71;SB=7.77;sumGLbyD=22.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:68,0,31 6139-ref 30 . C T 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=10.3329;MQ=36.67;MQ0=0;QD=24.19;SB=-171.06;sumGLbyD=24.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:50:81.38:1533,81,0 6139-ref 48 . A G 2220.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.3106;MQ=36.50;MQ0=0;QD=13.79;SB=-1006.71;sumGLbyD=13.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,95:137:99:2250,0,1719 6139-ref 107 . A G 2675.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8515;MQ=35.83;MQ0=0;QD=30.76;SB=-29.63;sumGLbyD=31.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:83:51.22:2709,51,0 6139-ref 139 . A T 611.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6274;MQ=35.22;MQ0=0;QD=21.08;SB=-0.01;sumGLbyD=22.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:99:641,0,254 6139-ref 152 . G T 573.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:607,51,0 6196-ref 96 . G A 400.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.12;MQ0=0;QD=30.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.10:434,36,0 6196-ref 460 . A G 773.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.13;MQ0=0;QD=24.16;SB=-27.67;sumGLbyD=25.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:29:87.09:806,87,0 6196-ref 476 . C T 3165.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3453;MQ=22.50;MQ0=0;QD=25.74;SB=-27.67;sumGLbyD=26.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:119:99:3199,354,0 6196-ref 545 . C G 2725.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9459;MQ=21.01;MQ0=0;QD=22.52;SB=-0.01;sumGLbyD=22.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:112:99:2758,272,0 6196-ref 548 . C A 2556.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8028;MQ=20.97;MQ0=0;QD=22.42;SB=-0.01;sumGLbyD=22.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:104:99:2589,284,0 6196-ref 629 . A G 353.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.3358;MQ=32.90;MQ0=0;QD=3.88;SB=-86.21;sumGLbyD=4.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,21:89:99:383,0,2150 6196-ref 638 . C T 1565.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.0622;MQ=34.15;MQ0=0;QD=12.23;SB=-290.55;sumGLbyD=12.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:120:99:1595,0,1952 6196-ref 668 . T C 631.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.4234;MQ=35.96;MQ0=0;QD=4.97;SB=-101.95;sumGLbyD=5.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,29:120:99:661,0,3032 6196-ref 715 . A T 562.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9932;MQ=35.37;MQ0=0;QD=8.92;SB=-0.01;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,21:61:99:592,0,1275 6196-ref 734 . C A 91.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=35.63;MQ0=0;QD=6.13;SB=-0.01;sumGLbyD=8.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:122,0,324 6235-ref 142 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6235-ref 152 . A G 330.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.01;SB=28.94;sumGLbyD=32.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:2.15:359,0,2 6235-ref 227 . T G 484.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:518,45,0 6235-ref 237 . C A 189.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=27.06;SB=-0.01;sumGLbyD=31.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.02:222,21,0 6235-ref 239 . T C 95.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=19.14;SB=-0.01;sumGLbyD=25.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.03:128,12,0 6235-ref 592 . G A 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0 6235-ref 1053 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 6235-ref 1069 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:59,6,0 6235-ref 1178 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 6235-ref 1187 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 6235-ref 1248 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 6235-ref 1260 . A C 4083.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9984;MQ=35.15;MQ0=0;QD=34.90;SB=-29.63;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:112:99:3976,256,0 6235-ref 1280 . A G 5307.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=374;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6721;MQ=31.42;MQ0=0;QD=14.19;SB=-57.60;sumGLbyD=11.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:230,144:364:99:4210,0,5899 6235-ref 1305 . G A 6864.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=358;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.9011;MQ=30.98;MQ0=0;QD=19.18;SB=3.00;sumGLbyD=16.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,226:356:99:5790,0,3711 6235-ref 1308 . G A 10783.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=351;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.8990;MQ=30.85;MQ0=0;QD=30.72;SB=29.62;sumGLbyD=30.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,347:334:99:10718,972,0 6235-ref 1325 . C G 4931.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=220;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0007;MQ=28.48;MQ0=0;QD=22.42;SB=-0.01;sumGLbyD=19.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,170:214:99:4286,0,1056 6235-ref 1333 . G A 4077.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=26.48;MQ0=0;QD=27.93;SB=-0.01;sumGLbyD=27.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:138:99:4075,415,0 6235-ref 1468 . A G 161.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.88;SB=-55.93;sumGLbyD=32.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:194,18,0 6235-ref 1477 . G T 24.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=12.04;SB=-24.44;sumGLbyD=28.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:55,6,0 6235-ref 1585 . T C 73.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=14.71;SB=12.47;sumGLbyD=20.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:15.56:103,0,16 6235-ref 1590 . T A 41.94 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=8.39;SB=9.96;sumGLbyD=14.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:21.42:72,0,21 6235-ref 1681 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6281-ref 23 . A T 246.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4429;MQ=36.42;MQ0=0;QD=7.05;SB=6.00;sumGLbyD=7.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:26:99:277,0,520 6281-ref 94 . G A 1354.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7334;MQ=35.97;MQ0=0;QD=11.38;SB=3.00;sumGLbyD=11.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,49:112:99:1384,0,2135 6281-ref 106 . C T 4838.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=35.95;MQ0=0;QD=35.31;SB=-57.29;sumGLbyD=35.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:130:99:4837,391,0 6281-ref 147 . G C 1658.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7150;MQ=36.87;MQ0=0;QD=10.77;SB=-36.31;sumGLbyD=10.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,58:147:99:1689,0,3001 6281-ref 213 . G T 3661.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.90;MQ0=0;QD=37.36;SB=-39.32;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:96:99:3661,289,0 6281-ref 231 . G C 1467.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=3.2963;MQ=35.84;MQ0=0;QD=33.35;SB=-52.36;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:41:99:1500,123,0 6281-ref 256 . G C 465.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9993;MQ=34.16;MQ0=0;QD=6.65;SB=-86.54;sumGLbyD=7.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,21:70:99:495,0,1563 6281-ref 285 . G T 5757.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3493;MQ=30.23;MQ0=0;QD=31.46;SB=-0.01;sumGLbyD=31.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:179:99:5756,538,0 6281-ref 308 . T C 5390.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.76;MQ0=0;QD=30.11;SB=-681.32;sumGLbyD=30.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:174:99:5388,523,0 6281-ref 309 . T C 5485.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.83;MQ0=0;QD=30.64;SB=-747.07;sumGLbyD=30.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:176:99:5483,529,0 6378-ref 150 . T A 100.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=16.76;SB=-0.01;sumGLbyD=21.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:6.66:130,0,7 6378-ref 159 . A G 155.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:188,18,0 6378-ref 189 . G A 71.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=0;QD=7.98;SB=-43.83;sumGLbyD=11.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:102,0,121 6378-ref 197 . A G 244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=0;QD=27.11;SB=-59.20;sumGLbyD=30.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.05:277,27,0 6378-ref 204 . G C 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-59.15;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0 6378-ref 228 . C G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 6378-ref 338 . T C 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0 6378-ref 339 . C T 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0 6399-ref 17 . G A 274.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.37;SB=-39.98;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:308,24,0 6399-ref 76 . A C 1218.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9746;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.37;SB=-0.01;sumGLbyD=21.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,40:53:99:1248,0,464 6399-ref 118 . T C 3928.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4150;MQ=36.50;MQ0=0;QD=24.40;SB=-53.24;sumGLbyD=21.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,106:157:99:3455,0,1407 6399-ref 207 . C G 253.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4157;MQ=36.77;MQ0=0;QD=2.95;SB=-0.01;sumGLbyD=3.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,14:82:99:284,0,2329 6399-ref 236 . A G 253.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2747;MQ=36.78;MQ0=0;QD=5.52;SB=-0.01;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:43:99:284,0,1070 6399-ref 279 . C T 553.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.77;SB=-0.01;sumGLbyD=32.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.12:587,51,0 6399-ref 316 . C T 685.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=31.15;SB=-0.01;sumGLbyD=32.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.15:718,63,0 6399-ref 318 . A G 648.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.85;MQ0=0;QD=30.86;SB=-0.01;sumGLbyD=32.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.15:681,60,0 6465-ref 120 . G C 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:108,0,27 6465-ref 243 . A T 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.90;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:58,0,67 6465-ref 245 . T A 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:61,0,31 6465-ref 271 . T C 101.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=16.93;SB=-0.01;sumGLbyD=21.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:51.58:132,0,52 6465-ref 348 . T A 1317.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=35.98;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=33.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:37:99:1351,111,0 6465-ref 349 . A G 311.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=35.98;MQ0=0;QD=7.80;SB=-0.01;sumGLbyD=8.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:37:99:342,0,755 6465-ref 362 . C A 365.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8100;MQ=35.44;MQ0=0;QD=11.08;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:30:99:396,0,508 6465-ref 393 . T C 129.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=9.95;SB=-0.01;sumGLbyD=12.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:12:99:159,0,197 6499-ref 35 . A C 35.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.78;SB=-0.01;sumGLbyD=33.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0 6499-ref 36 . A T 38.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 6499-ref 74 . T A 39.62 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.21;SB=-0.01;sumGLbyD=23.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:71,6,0 6499-ref 78 . A G 85.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.31;SB=-0.01;sumGLbyD=19.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:3:9.03:118,9,0 6499-ref 191 . A G 101.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.52;SB=-0.01;sumGLbyD=18.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:6:60.53:132,0,61 6499-ref 227 . G C 121.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=11.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:151,0,235 6499-ref 324 . C T 25.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9957;MQ=35.72;MQ0=0;QD=3.24;SB=3.00;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.94:56,0,203 6499-ref 745 . A G 28.71 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.34;MQ0=0;QD=4.10;SB=-0.01;sumGLbyD=8.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:2:6:60,6,0 6499-ref 925 . A G 8484.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=692;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.4608;MQ=36.97;MQ0=0;QD=12.26;SB=3.00;sumGLbyD=9.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:448,242:628:99:6592,0,13211 6499-ref 1038 . G T 2400.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5544;MQ=36.70;MQ0=0;QD=10.35;SB=-26.62;sumGLbyD=10.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,84:217:99:2431,0,4498 6499-ref 1196 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6499-ref 1198 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6502-ref 29 . C G 81.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.6909;MQ=36.54;MQ0=0;QD=3.71;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:12:99:112,0,258 6502-ref 138 . G A 10767.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4505;MQ=34.38;MQ0=0;QD=34.73;SB=-29.63;sumGLbyD=34.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,309:300:99:10766,902,0 6502-ref 151 . T G 5090.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0788;MQ=33.42;MQ0=0;QD=17.80;SB=-26.62;sumGLbyD=14.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,151:270:99:4276,0,3359 6502-ref 165 . G T 2294.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3307;MQ=32.73;MQ0=0;QD=9.77;SB=3.00;sumGLbyD=9.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,101:222:99:2325,0,3829 6502-ref 166 . C T 2344.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3300;MQ=32.73;MQ0=0;QD=9.98;SB=3.00;sumGLbyD=10.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,100:224:99:2374,0,3830 6502-ref 186 . C T 4797.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.3918;MQ=34.61;MQ0=0;QD=26.95;SB=-39.32;sumGLbyD=26.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,168:145:99:4706,365,0 6502-ref 197 . A G 4131.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=272;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5966;MQ=35.84;MQ0=0;QD=15.19;SB=-0.01;sumGLbyD=12.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,135:227:99:3447,0,3175 6502-ref 372 . T G 2124.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.0486;MQ=36.21;MQ0=0;QD=9.20;SB=-0.01;sumGLbyD=9.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,99:174:99:2155,0,3029 6502-ref 402 . T G 1867.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3749;MQ=35.38;MQ0=0;QD=11.32;SB=-59.92;sumGLbyD=11.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,69:161:99:1897,0,3130 6502-ref 420 . A G 156.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.4293;MQ=35.75;MQ0=0;QD=1.60;SB=-0.01;sumGLbyD=1.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,15:85:99:187,0,2328 6502-ref 423 . A G 350.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8441;MQ=35.10;MQ0=0;QD=3.58;SB=-26.62;sumGLbyD=3.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,22:89:99:381,0,2193 6502-ref 435 . T C 1215.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3409;MQ=34.66;MQ0=0;QD=9.80;SB=-26.62;sumGLbyD=10.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,52:118:99:1246,0,2208 6502-ref 480 . A G 6847.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=325;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.8461;MQ=36.28;MQ0=0;QD=21.07;SB=3.00;sumGLbyD=18.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,193:309:99:5859,0,3824 6502-ref 482 . C G 8203.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=402;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.0297;MQ=36.42;MQ0=0;QD=20.41;SB=3.00;sumGLbyD=17.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,233:387:99:7011,0,5164 6502-ref 580 . A T 5301.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=379;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.8276;MQ=36.17;MQ0=0;QD=13.99;SB=-26.62;sumGLbyD=11.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,185:260:99:4517,0,3082 6502-ref 586 . A G 4696.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=366;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.4331;MQ=36.11;MQ0=0;QD=12.83;SB=-96.98;sumGLbyD=10.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,169:262:99:3907,0,3635 6502-ref 699 . G C 4407.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3853;MQ=36.78;MQ0=0;QD=18.91;SB=-0.01;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,125:218:99:3750,0,3075 6502-ref 894 . T C 11728.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=676;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.0913;MQ=36.60;MQ0=0;QD=17.35;SB=-20.61;sumGLbyD=14.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:336,340:633:99:9821,0,9655 6502-ref 905 . C T 9670.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=585;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.1034;MQ=36.59;MQ0=0;QD=16.53;SB=-0.01;sumGLbyD=13.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:296,287:532:99:8067,0,7801 6502-ref 1008 . G A 2229.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6882;MQ=36.70;MQ0=0;QD=12.67;SB=-26.62;sumGLbyD=12.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,82:159:99:2259,0,2739 6502-ref 1077 . 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A T 2317.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2617;MQ=34.73;MQ0=0;QD=9.05;SB=3.00;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,88:232:99:2348,0,4206 6502-ref 1305 . G T 4819.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=9.5443;MQ=34.65;MQ0=0;QD=20.17;SB=-26.62;sumGLbyD=17.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,153:226:99:4138,0,2286 6502-ref 1320 . G A 2463.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6406;MQ=34.53;MQ0=0;QD=11.05;SB=-0.01;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,118:179:99:2494,0,2567 6502-ref 1326 . G A 2853.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.1938;MQ=34.70;MQ0=0;QD=12.63;SB=-0.01;sumGLbyD=12.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,121:193:99:2884,0,2844 6502-ref 1358 . G T 9601.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1028;MQ=36.03;MQ0=0;QD=33.57;SB=-29.63;sumGLbyD=33.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,284:263:99:9600,791,0 6502-ref 1398 . 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C G 6248.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.7571;MQ=33.92;MQ0=0;QD=32.21;SB=29.62;sumGLbyD=22.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,128:179:99:4347,293,0 6502-ref 1812 . T A 1780.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2409;MQ=35.24;MQ0=0;QD=7.74;SB=-61.66;sumGLbyD=7.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,78:211:99:1810,0,4535 6502-ref 1869 . G A 6420.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=408;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.5867;MQ=34.13;MQ0=0;QD=15.74;SB=-0.01;sumGLbyD=13.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,210:367:99:5314,0,5484 6502-ref 1901 . G A 7015.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=472;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.3926;MQ=34.00;MQ0=0;QD=14.86;SB=3.00;sumGLbyD=12.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:254,217:436:99:5664,0,6960 6502-ref 1910 . C A 6171.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=460;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.0025;MQ=33.82;MQ0=0;QD=13.42;SB=3.00;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:260,200:425:99:4889,0,7470 6502-ref 1918 . T G 5121.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=419;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9622;MQ=34.36;MQ0=0;QD=12.22;SB=-27.96;sumGLbyD=9.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:251,165:392:99:3918,0,7544 6502-ref 1978 . C T 8482.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=424;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.0195;MQ=36.69;MQ0=0;QD=20.01;SB=3.00;sumGLbyD=17.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,243:400:99:7277,0,5119 6502-ref 2025 . G A 9813.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=298;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.5018;MQ=35.59;MQ0=0;QD=32.93;SB=-29.63;sumGLbyD=32.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,296:269:99:9753,750,0 6502-ref 2039 . C G 2831 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=291;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3391;MQ=35.18;MQ0=0;QD=9.73;SB=-0.01;sumGLbyD=9.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,110:274:99:2861,0,5354 6502-ref 2062 . A G 1091.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.8270;MQ=34.65;MQ0=0;QD=4.85;SB=-0.01;sumGLbyD=4.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,58:208:99:1121,0,5029 6502-ref 2064 . A G 5568.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7469;MQ=34.61;MQ0=0;QD=25.08;SB=-0.01;sumGLbyD=22.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,168:198:99:4971,0,839 6502-ref 2068 . A G 821.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8089;MQ=34.59;MQ0=0;QD=3.80;SB=-91.03;sumGLbyD=3.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,50:190:99:851,0,4597 6502-ref 2094 . G C 1983.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7723;MQ=35.65;MQ0=0;QD=8.70;SB=-213.46;sumGLbyD=8.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,84:186:99:2013,0,3496 6502-ref 2096 . C T 2150.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3026;MQ=35.70;MQ0=0;QD=9.39;SB=-189.98;sumGLbyD=9.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,86:189:99:2180,0,3373 6502-ref 2211 . A T 19831.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=892;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.0546;MQ=36.84;MQ0=0;QD=22.23;SB=-0.01;sumGLbyD=19.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:315,573:807:99:17326,0,7839 6502-ref 2370 . 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G A 991.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7633;MQ=36.79;MQ0=0;QD=10.22;SB=-0.01;sumGLbyD=10.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:93:99:1021,0,1983 6686-ref 681 . C T 1190.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7121;MQ=36.90;MQ0=0;QD=11.68;SB=-0.01;sumGLbyD=11.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:100:99:1221,0,1821 6686-ref 742 . G A 2316.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.5964;MQ=36.80;MQ0=0;QD=15.55;SB=-0.01;sumGLbyD=15.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,76:141:99:2347,0,2143 6686-ref 945 . G A 2018.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.0782;MQ=36.90;MQ0=0;QD=19.60;SB=-0.01;sumGLbyD=19.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,61:100:99:2048,0,1195 6686-ref 1135 . C T 201.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9313;MQ=36.44;MQ0=0;QD=11.18;SB=-37.00;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:14:99:231,0,206 6686-ref 1275 . A G 2874.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8962;MQ=36.63;MQ0=0;QD=35.05;SB=-0.01;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:79:99:2907,198,0 6686-ref 1310 . T C 1583.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8764;MQ=36.83;MQ0=0;QD=12.98;SB=-0.01;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,56:113:99:1613,0,2015 6686-ref 1323 . A G 2328.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.0472;MQ=36.93;MQ0=0;QD=15.52;SB=-0.01;sumGLbyD=15.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,79:142:99:2358,0,2027 6686-ref 1444 . C T 2752.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2393;MQ=36.59;MQ0=0;QD=15.82;SB=-37.00;sumGLbyD=15.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,89:168:99:2782,0,2568 6686-ref 1459 . A G 7104.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9700;MQ=36.53;MQ0=0;QD=36.43;SB=-39.32;sumGLbyD=36.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,192:189:99:7027,493,0 6686-ref 1680 . T C 2628.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2462;MQ=36.69;MQ0=0;QD=13.28;SB=-0.01;sumGLbyD=13.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,90:189:99:2659,0,3294 6686-ref 1707 . T C 8746.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4561;MQ=36.72;MQ0=0;QD=34.84;SB=-0.01;sumGLbyD=34.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,251:233:99:8745,701,0 6686-ref 1820 . T A 9177.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.9229;MQ=36.53;MQ0=0;QD=32.89;SB=-0.01;sumGLbyD=32.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,272:248:99:9101,740,0 6686-ref 1852 . C A 393.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=219;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.4994;MQ=36.54;MQ0=0;QD=1.80;SB=9.02;sumGLbyD=1.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,30:195:99:424,0,5544 6686-ref 1854 . T C 65.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=19.9176;MQ=36.53;MQ0=0;QD=0.31;SB=9.01;sumGLbyD=0.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,23:190:95.85:96,0,5590 6686-ref 1866 . C T 2493.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6362;MQ=36.94;MQ0=0;QD=14.17;SB=-62.68;sumGLbyD=14.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,94:154:99:2524,0,2241 6686-ref 1968 . A T 309.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.43;SB=-0.01;sumGLbyD=38.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:343,27,0 6686-ref 1980 . A T 191.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:224,18,0 6686-ref 1995 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 6714-ref 66 . C A 66.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=9.51;SB=-0.01;sumGLbyD=13.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:6:58.10:97,0,58 6714-ref 76 . C G 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=34.01;MQ0=0;QD=1.65;SB=3.00;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:41.19:41,0,137 6714-ref 103 . G A 45.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.39;MQ0=0;QD=5.65;SB=-0.01;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:75.16:75,0,132 6714-ref 141 . T C 87.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=35.98;MQ0=0;QD=8.75;SB=-0.01;sumGLbyD=11.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:117,0,177 6714-ref 144 . G A 47.74 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.5211;MQ=35.98;MQ0=0;QD=4.77;SB=-0.01;sumGLbyD=7.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:7:77.73:78,0,127 6714-ref 233 . C G 30.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.09;SB=-0.01;sumGLbyD=10.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:60.53:61,0,125 6714-ref 234 . T A 25.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.23;SB=-0.01;sumGLbyD=9.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:55.39:55,0,123 6714-ref 348 . C A 107.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4131;MQ=35.63;MQ0=0;QD=7.14;SB=-0.01;sumGLbyD=9.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:14:99:137,0,285 6714-ref 369 . T C 213.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.93;MQ0=0;QD=11.24;SB=-0.01;sumGLbyD=12.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:18:99:243,0,309 6714-ref 414 . C T 59.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8768;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.00;SB=-0.01;sumGLbyD=7.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:10:89.94:90,0,224 6714-ref 415 . G T 59.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.99;SB=-0.01;sumGLbyD=7.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:10:89.92:90,0,240 6714-ref 595 . A T 21.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.61;SB=-0.01;sumGLbyD=8.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:51.64:52,0,100 6714-ref 615 . C G 174.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.87;MQ0=0;QD=9.71;SB=-0.01;sumGLbyD=11.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:15:99:205,0,264 6714-ref 652 . A T 782.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.66;MQ0=0;QD=34.03;SB=-0.01;sumGLbyD=35.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.19:816,66,0 6714-ref 673 . C T 70.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=34.60;MQ0=0;QD=5.40;SB=-0.01;sumGLbyD=7.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:100,0,293 6714-ref 676 . C T 99.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=6.64;SB=-0.01;sumGLbyD=8.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:130,0,319 6714-ref 720 . T C 270.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.56;MQ0=0;QD=11.78;SB=-0.01;sumGLbyD=13.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:19:99:301,0,290 6714-ref 751 . C T 219.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.87;MQ0=0;QD=12.17;SB=-0.01;sumGLbyD=13.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:16:99:249,0,233 6714-ref 763 . G C 165.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.93;MQ0=0;QD=8.73;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:17:99:196,0,296 6714-ref 778 . T C 53.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5777;MQ=35.42;MQ0=0;QD=4.13;SB=-0.01;sumGLbyD=6.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:12:83.74:84,0,270 6714-ref 833 . T C 99.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.98;MQ0=0;QD=9.92;SB=-0.01;sumGLbyD=12.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:9:99:129,0,156 6714-ref 844 . 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T C 360.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8315;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.02;SB=-0.01;sumGLbyD=9.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:391,0,916 6714-ref 1081 . T C 750.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.70;MQ0=0;QD=22.08;SB=3.00;sumGLbyD=22.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:32:99:781,0,233 6714-ref 1090 . T C 140.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4684;MQ=36.63;MQ0=0;QD=5.19;SB=-24.67;sumGLbyD=6.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:24:99:170,0,566 6714-ref 1112 . G A 16.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=1.20;SB=-0.01;sumGLbyD=3.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:46.75:47,0,373 6714-ref 1150 . A T 19.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.60;MQ0=0;QD=1.52;SB=-0.01;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:49.76:50,0,342 6714-ref 1160 . C T 19.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=1.52;SB=-0.01;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:49.76:50,0,335 6714-ref 1164 . T C 259.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=21.61;SB=-22.69;sumGLbyD=24.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:52.79:289,0,53 6714-ref 1370 . A T 539.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8924;MQ=35.38;MQ0=0;QD=28.40;SB=-15.96;sumGLbyD=30.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,17:18:5.08:569,0,5 6769-ref 169 . C G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0 6769-ref 222 . G T 35.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.91;SB=-0.01;sumGLbyD=22.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:67,6,0 6769-ref 264 . G C 20.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=4.03;SB=-0.01;sumGLbyD=10.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:3:20.61:50,0,21 6769-ref 276 . T C 24.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.59:55,0,91 6769-ref 277 . C T 139.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:172,15,0 6818-ref 49 . A G 964.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=549;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.5221;MQ=36.63;MQ0=0;QD=1.76;SB=6.00;sumGLbyD=1.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:473,75:506:99:994,0,14792 6818-ref 57 . G C 25397.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=729;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.1290;MQ=36.68;MQ0=0;QD=34.84;SB=-88.87;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,723:689:99:25251,1957,0 6818-ref 167 . A G 913.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=756;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=62.0487;MQ=36.70;MQ0=0;QD=1.21;SB=12.02;sumGLbyD=1.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:664,88:704:99:944,0,20936 6818-ref 420 . T C 108.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.8480;MQ=36.59;MQ0=0;QD=0.89;SB=-0.01;sumGLbyD=1.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,14:120:99:138,0,3496 6818-ref 423 . A T 114.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.8822;MQ=36.71;MQ0=0;QD=1.64;SB=-0.01;sumGLbyD=2.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,9:68:99:145,0,1807 6818-ref 424 . A G 45.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.8829;MQ=36.63;MQ0=0;QD=0.84;SB=-0.01;sumGLbyD=1.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,6:53:75.27:75,0,1498 6818-ref 465 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6818-ref 466 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6818-ref 467 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6828-ref 280 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6828-ref 290 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6853-ref 5 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.3460;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:1:1.76:40,3,0 6853-ref 55 . G A 165.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9331;MQ=33.63;MQ0=0;QD=3.31;SB=-0.01;sumGLbyD=3.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,11:46:99:195,0,1102 6853-ref 65 . A G 1057.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=33.48;MQ0=0;QD=20.73;SB=-0.01;sumGLbyD=21.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,37:51:99:1087,0,347 6853-ref 66 . T G 1116 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.41;MQ0=0;QD=21.06;SB=-0.01;sumGLbyD=21.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,38:52:99:1146,0,343 6853-ref 92 . A C 1408.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8237;MQ=34.35;MQ0=0;QD=22.36;SB=-0.01;sumGLbyD=22.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,47:62:99:1439,0,390 6853-ref 104 . G C 273.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=35.11;MQ0=0;QD=3.51;SB=-0.01;sumGLbyD=3.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,16:75:99:304,0,1967 6853-ref 121 . G A 2790.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=309;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=10.6584;MQ=36.42;MQ0=0;QD=9.03;SB=-0.01;sumGLbyD=9.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,101:306:99:2821,0,7015 6853-ref 403 . G A 1329.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=768;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=129.5966;MQ=25.87;MQ0=0;QD=1.73;SB=-156.57;sumGLbyD=1.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:624,136:618:99:1360,0,12444 6853-ref 696 . G A 16.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=5.48;SB=-0.01;sumGLbyD=15.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:18.66:46,0,19 6853-ref 1012 . C G 1334.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0805;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.39;SB=-0.01;sumGLbyD=8.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,51:157:99:1365,0,3348 6853-ref 1026 . A G 70.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3120;MQ=35.42;MQ0=0;QD=5.45;SB=-19.69;sumGLbyD=7.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:10:99:101,0,193 6853-ref 1086 . A T 76.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.0132;MQ=36.73;MQ0=0;QD=0.34;SB=-0.01;sumGLbyD=0.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,17:183:99:106,0,5344 6853-ref 1090 . C G 364.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.5551;MQ=36.80;MQ0=0;QD=1.43;SB=-0.01;sumGLbyD=1.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,28:213:99:394,0,6084 6853-ref 1161 . G A 349.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.3522;MQ=36.11;MQ0=0;QD=2.19;SB=2.99;sumGLbyD=2.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,25:156:99:380,0,4473 6853-ref 1168 . G A 404.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1403;MQ=35.77;MQ0=0;QD=2.43;SB=3.00;sumGLbyD=2.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,29:160:99:434,0,4549 6853-ref 1202 . A G 10082.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=313;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5976;MQ=36.16;MQ0=0;QD=32.21;SB=29.62;sumGLbyD=32.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,311:284:99:10050,825,0 6853-ref 1213 . G C 954.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1600;MQ=36.22;MQ0=0;QD=3.07;SB=-0.01;sumGLbyD=3.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:255,56:296:99:985,0,8181 6853-ref 1228 . A G 10600.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=287;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9911;MQ=36.26;MQ0=0;QD=36.93;SB=-26.68;sumGLbyD=36.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,287:281:99:10599,846,0 6853-ref 1274 . G A 316.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:349,27,0 6853-ref 1286 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6896-ref 143 . T A 1788.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8812;MQ=36.81;MQ0=0;QD=16.72;SB=-22.69;sumGLbyD=17.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,60:99:99:1819,0,1296 6896-ref 194 . C T 3062.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3460;MQ=36.69;MQ0=0;QD=31.57;SB=-30.60;sumGLbyD=31.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:90:99:3095,194,0 6896-ref 251 . T G 1899.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0432;MQ=36.82;MQ0=0;QD=16.81;SB=-0.01;sumGLbyD=17.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,61:110:99:1930,0,1565 6896-ref 536 . C T 664.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.7267;MQ=36.51;MQ0=0;QD=8.11;SB=6.01;sumGLbyD=8.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,27:79:99:695,0,1777 6896-ref 710 . T C 267.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=36.44;MQ0=0;QD=14.89;SB=-0.01;sumGLbyD=16.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:18:99:298,0,211 6896-ref 728 . A G 138.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=23.01;SB=-0.01;sumGLbyD=28.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.08:168,0,18 6896-ref 729 . A T 95.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=19.01;SB=-0.01;sumGLbyD=25.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.09:125,0,21 6927-ref 7 . A G 711.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4551;MQ=36.66;MQ0=0;QD=11.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:742,0,1160 6927-ref 63 . T A 11958.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5344;MQ=36.34;MQ0=0;QD=36.57;SB=-29.63;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,327:317:99:11957,954,0 6927-ref 169 . T A 4496.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=436;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.5977;MQ=34.74;MQ0=0;QD=10.31;SB=33.03;sumGLbyD=7.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:297,139:398:99:3296,0,7942 6927-ref 192 . T G 1850.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.8600;MQ=34.15;MQ0=0;QD=10.95;SB=15.03;sumGLbyD=11.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,73:159:99:1881,0,2392 6927-ref 193 . G A 882.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8600;MQ=33.71;MQ0=0;QD=6.01;SB=18.04;sumGLbyD=6.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,50:137:99:913,0,2924 6927-ref 339 . C T 1312.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2836;MQ=35.58;MQ0=0;QD=11.93;SB=-0.01;sumGLbyD=12.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,48:99:99:1343,0,1640 6927-ref 423 . T C 23603.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=959;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=48.9899;MQ=36.91;MQ0=0;QD=24.61;SB=-62.93;sumGLbyD=21.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:330,626:944:99:20669,0,9200 6927-ref 460 . G A 21294.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=953;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=57.9136;MQ=36.84;MQ0=0;QD=22.34;SB=-0.01;sumGLbyD=19.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:335,609:846:99:18705,0,7028 6927-ref 524 . G C 435.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=305;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.4414;MQ=36.66;MQ0=0;QD=1.43;SB=-142.50;sumGLbyD=1.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:260,44:274:99:466,0,8167 6927-ref 596 . T C 4253.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.0068;MQ=36.02;MQ0=0;QD=16.36;SB=-0.01;sumGLbyD=13.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,116:253:99:3464,0,4416 6927-ref 629 . C G 13141.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=373;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7878;MQ=36.23;MQ0=0;QD=35.23;SB=29.62;sumGLbyD=34.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,370:357:99:13048,1038,0 6927-ref 633 . A C 5462.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=373;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.4363;MQ=36.35;MQ0=0;QD=14.64;SB=3.00;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,157:352:99:4401,0,6321 6927-ref 737 . C T 2455.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3487;MQ=36.94;MQ0=0;QD=13.56;SB=-216.10;sumGLbyD=13.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,81:177:99:2485,0,3112 6927-ref 856 . A C 1017.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.1689;MQ=36.51;MQ0=0;QD=11.56;SB=3.00;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:85:99:1048,0,1478 6927-ref 859 . C A 727.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=14.1719;MQ=36.24;MQ0=0;QD=12.76;SB=3.00;sumGLbyD=13.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:56:99:757,0,874 6927-ref 863 . C A 50.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=12.57;SB=9.97;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.95:80,0,25 6941-ref 46 . T C 31.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=3.00;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.95:62,0,136 6941-ref 74 . C G 28.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.62;SB=-0.01;sumGLbyD=7.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:7:58.97:59,0,149 6941-ref 134 . A G 146.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.97;SB=-0.01;sumGLbyD=25.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:6:21.95:177,0,22 6941-ref 206 . C T 335.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.60;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:369,30,0 6941-ref 307 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 6941-ref 386 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 6941-ref 515 . C G 92.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=9.26;SB=-0.01;sumGLbyD=12.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:9:99:123,0,160 6944-ref 72 . T G 1989.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3602;MQ=36.66;MQ0=0;QD=33.17;SB=39.31;sumGLbyD=33.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:55:99:2023,126,0 6944-ref 164 . T C 1052.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7787;MQ=36.81;MQ0=0;QD=19.49;SB=-0.01;sumGLbyD=20.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,36:47:99:1082,0,378 6944-ref 207 . A G 2794.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.31;MQ0=0;QD=37.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2828,223,0 6944-ref 225 . C T 670.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9954;MQ=35.96;MQ0=0;QD=11.37;SB=-0.01;sumGLbyD=11.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:701,0,1096 6944-ref 244 . G C 362.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9914;MQ=34.93;MQ0=0;QD=14.48;SB=6.00;sumGLbyD=15.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:392,0,370 6944-ref 247 . C A 13.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9914;MQ=34.93;MQ0=0;QD=0.87;SB=3.00;sumGLbyD=2.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:14:42.85:43,0,359 6944-ref 250 . A T 186.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.98;MQ0=0;QD=18.69;SB=-26.62;sumGLbyD=21.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:89.24:217,0,89 6944-ref 256 . C G 282.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=31.42;SB=-29.61;sumGLbyD=35.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:316,27,0 6944-ref 327 . C G 407.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4684;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=31.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:36.09:440,36,0 6944-ref 398 . G A 1386.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8099;MQ=35.66;MQ0=0;QD=20.10;SB=-0.01;sumGLbyD=20.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,46:65:99:1417,0,582 6944-ref 425 . T C 730.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.8523;MQ=34.78;MQ0=0;QD=17.39;SB=-0.01;sumGLbyD=18.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:42:99:760,0,479 6944-ref 428 . 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A G 87.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9837;MQ=29.31;MQ0=0;QD=5.17;SB=6.00;sumGLbyD=6.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:16:99:118,0,299 6985-ref 44 . T A 251.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.9797;MQ=29.31;MQ0=0;QD=14.82;SB=6.00;sumGLbyD=16.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:282,0,157 6985-ref 50 . A G 75.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.9883;MQ=27.64;MQ0=0;QD=2.91;SB=6.00;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:24:99:106,0,511 6985-ref 51 . G T 299.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9883;MQ=27.64;MQ0=0;QD=11.51;SB=6.00;sumGLbyD=12.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:25:99:329,0,211 6985-ref 88 . G A 166.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.78;SB=-0.01;sumGLbyD=28.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.01:199,21,0 6985-ref 97 . T C 140.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.13;SB=-0.01;sumGLbyD=24.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.03:174,18,0 6985-ref 104 . C A 172.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.64;SB=-0.01;sumGLbyD=29.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:205,21,0 6985-ref 371 . A C 73.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.47;SB=-0.01;sumGLbyD=26.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:106,9,0 6985-ref 377 . A G 161.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=34.39;MQ0=0;QD=20.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:7:17.52:192,0,18 6985-ref 383 . G A 12.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=35.42;MQ0=0;QD=0.98;SB=3.00;sumGLbyD=3.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:12:42.48:42,0,322 6985-ref 429 . G T 2111.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.8475;MQ=35.47;MQ0=0;QD=19.19;SB=-169.25;sumGLbyD=19.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,88:84:99:2141,0,404 6985-ref 439 . A G 204.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.3827;MQ=35.53;MQ0=0;QD=1.78;SB=-88.19;sumGLbyD=2.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,17:103:99:235,0,2973 6985-ref 470 . T G 3363.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=37.37;SB=-0.01;sumGLbyD=37.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:86:99:3363,259,0 6985-ref 481 . A G 11.14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3346;MQ=35.18;MQ0=0;QD=0.21;SB=-0.01;sumGLbyD=0.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,5:49:40.78:41,0,1509 6985-ref 502 . G A 227.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=32.23;MQ0=0;QD=25.29;SB=-0.01;sumGLbyD=28.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:21.06:261,21,0 6985-ref 511 . G A 137.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=29.93;MQ0=0;QD=12.52;SB=-0.01;sumGLbyD=15.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:9:86.81:168,0,87 6985-ref 547 . C T 285.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9918;MQ=25.96;MQ0=0;QD=20.40;SB=-0.01;sumGLbyD=22.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:12:6.45:317,6,0 6985-ref 574 . G C 203.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.38;SB=-0.01;sumGLbyD=29.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:236,24,0 6985-ref 575 . A G 153.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=19.16;SB=-0.01;sumGLbyD=23.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:2.84:182,0,0 6985-ref 586 . T C 144.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ=27.04;MQ0=0;QD=20.68;SB=-0.01;sumGLbyD=25.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:6:18.03:178,18,0 6985-ref 602 . G A 36.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9441;MQ=34.93;MQ0=0;QD=7.31;SB=-0.01;sumGLbyD=13.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:53.81:67,0,54 6985-ref 608 . G A 70.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9972;MQ=33.86;MQ0=0;QD=14.10;SB=-0.01;sumGLbyD=20.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:24.09:100,0,24 6985-ref 763 . A G 100.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=20.05;SB=-0.01;sumGLbyD=26.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.03:133,12,0 6985-ref 799 . C T 240.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=26.67;SB=-0.01;sumGLbyD=30.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.06:273,24,0 6985-ref 815 . T C 203.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=18.51;SB=-34.79;sumGLbyD=21.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:10:69.17:234,0,69 6985-ref 826 . C G 54.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.54;MQ0=0;QD=4.57;SB=3.00;sumGLbyD=7.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:84.85:85,0,243 6985-ref 835 . T C 68.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9977;MQ=30.37;MQ0=0;QD=6.88;SB=3.00;sumGLbyD=9.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:98.80:99,0,179 6985-ref 861 . G A 150.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.08;SB=-0.01;sumGLbyD=30.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:183,18,0 6985-ref 889 . G C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 6985-ref 893 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 7036-ref 15 . A T 146.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.8649;MQ=34.01;MQ0=0;QD=20.97;SB=18.31;sumGLbyD=25.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:38.18:177,0,38 7036-ref 36 . G A 12934.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=500;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=128.4262;MQ=36.84;MQ0=0;QD=25.87;SB=-315.62;sumGLbyD=25.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,396:341:99:12784,953,0 7036-ref 118 . A T 12612.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=684;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.2328;MQ=36.68;MQ0=0;QD=18.44;SB=-44.09;sumGLbyD=15.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,363:633:99:10668,0,9244 7036-ref 172 . T C 6978.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=415;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.9948;MQ=36.56;MQ0=0;QD=16.81;SB=-61.80;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,203:368:99:5869,0,5433 7036-ref 333 . G A 4020.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.5692;MQ=35.88;MQ0=0;QD=16.34;SB=-23.62;sumGLbyD=13.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,131:225:99:3342,0,3358 7036-ref 340 . G A 4898.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5727;MQ=36.12;MQ0=0;QD=17.75;SB=-23.62;sumGLbyD=14.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,143:265:99:4100,0,4050 7036-ref 515 . G A 23752.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=722;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.3763;MQ=36.83;MQ0=0;QD=32.90;SB=-121.24;sumGLbyD=32.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,713:644:99:23639,1902,0 7036-ref 583 . T A 15746.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=771;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=64.8963;MQ=36.75;MQ0=0;QD=20.42;SB=-68.78;sumGLbyD=17.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:292,475:658:99:13764,0,6855 7036-ref 710 . C G 22157.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=997;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.1872;MQ=36.87;MQ0=0;QD=22.22;SB=-26.62;sumGLbyD=19.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:325,668:885:99:19464,0,8102 7036-ref 765 . A G 11949.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=792;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=124.4199;MQ=36.60;MQ0=0;QD=15.09;SB=-29.56;sumGLbyD=13.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:323,433:533:99:10304,0,4892 7036-ref 804 . 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T G 4703.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=503;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.1371;MQ=34.90;MQ0=0;QD=9.35;SB=3.00;sumGLbyD=6.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:349,153:463:99:3274,0,10311 7036-ref 1023 . T A 2651.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=448;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.4561;MQ=34.94;MQ0=0;QD=5.92;SB=3.00;sumGLbyD=5.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:313,134:428:99:2681,0,10373 7036-ref 1032 . C A 10028 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=436;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.0573;MQ=35.99;MQ0=0;QD=23.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,288:395:99:8837,0,3178 7036-ref 1038 . C T 5145.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=444;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.1005;MQ=36.45;MQ0=0;QD=11.59;SB=-0.01;sumGLbyD=8.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:270,174:400:99:3940,0,8212 7036-ref 1053 . C T 8054.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=517;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6417;MQ=36.57;MQ0=0;QD=15.58;SB=-0.01;sumGLbyD=12.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,238:472:99:6558,0,8257 7036-ref 1118 . A G 5419.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=353;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=33.7862;MQ=36.60;MQ0=0;QD=15.35;SB=3.00;sumGLbyD=12.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,150:328:99:4383,0,6020 7036-ref 1146 . G T 14985.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=399;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.4591;MQ=36.47;MQ0=0;QD=37.56;SB=-286.35;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,392:395:99:14770,1171,0 7036-ref 1191 . T G 15202 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=658;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1180;MQ=36.68;MQ0=0;QD=23.10;SB=-26.62;sumGLbyD=20.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,430:607:99:13373,0,5416 7036-ref 1216 . G A 16881.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=722;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.0395;MQ=36.31;MQ0=0;QD=23.38;SB=-0.01;sumGLbyD=20.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:226,495:661:99:14868,0,5371 7036-ref 1267 . T G 11927.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=597;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8199;MQ=35.94;MQ0=0;QD=19.98;SB=-79.86;sumGLbyD=17.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:251,346:560:99:10239,0,7083 7036-ref 1270 . T A 19808.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=585;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.3062;MQ=35.92;MQ0=0;QD=33.86;SB=-88.87;sumGLbyD=33.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,579:550:99:19805,1654,0 7036-ref 1314 . C T 4777.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9901;MQ=36.25;MQ0=0;QD=27.14;SB=-0.01;sumGLbyD=24.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,129:173:99:4256,0,1232 7036-ref 1334 . C G 665.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=35.22;MQ0=0;QD=22.96;SB=-26.62;sumGLbyD=23.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,22:28:99:696,0,186 7036-ref 1343 . A T 65.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.8263;MQ=36.03;MQ0=0;QD=3.11;SB=3.00;sumGLbyD=4.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:19:95.35:95,0,496 7036-ref 1346 . G C 434.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8263;MQ=35.87;MQ0=0;QD=24.16;SB=-26.62;sumGLbyD=25.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,15:17:65.84:465,0,66 7036-ref 1377 . C T 76.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.15;SB=-0.01;sumGLbyD=26.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:107,0,28 7036-ref 1396 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 7064-ref 258 . T A 136.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.18;SB=-0.01;sumGLbyD=8.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:166,0,458 7064-ref 425 . G A 710.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8851;MQ=36.68;MQ0=0;QD=22.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,25:27:92.35:740,0,92 7064-ref 478 . T C 96.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9995;MQ=36.27;MQ0=0;QD=3.45;SB=-0.01;sumGLbyD=4.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:28:99:127,0,759 7064-ref 491 . G A 40.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.10;MQ0=0;QD=1.70;SB=3.00;sumGLbyD=2.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,4:24:70.70:71,0,617 7064-ref 510 . G T 348.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=29.08;SB=-0.01;sumGLbyD=31.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.05:382,33,0 7064-ref 563 . T C 400.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5167;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.67;SB=-30.43;sumGLbyD=17.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:22:99:430,0,193 7064-ref 646 . A C 11.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6542;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.33;SB=6.01;sumGLbyD=4.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:8:41.66:42,0,166 7141-ref 34 . T C 241.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4354;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.94;SB=-0.01;sumGLbyD=24.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:49.23:271,0,49 7141-ref 82 . G A 2287.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7044;MQ=36.72;MQ0=0;QD=29.32;SB=-0.01;sumGLbyD=29.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:64:99:2320,190,0 7141-ref 154 . G A 855.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4441;MQ=36.32;MQ0=0;QD=11.41;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:70:99:886,0,1307 7141-ref 159 . C A 731.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3934;MQ=36.18;MQ0=0;QD=9.89;SB=-0.01;sumGLbyD=10.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:68:99:762,0,1304 7141-ref 200 . C G 1060.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.52;MQ0=0;QD=15.83;SB=-0.01;sumGLbyD=16.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:66:99:1090,0,864 7141-ref 201 . T A 648.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.31;MQ0=0;QD=10.45;SB=-0.01;sumGLbyD=10.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:60:99:678,0,1083 7141-ref 225 . C T 1766.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9663;MQ=33.95;MQ0=0;QD=32.12;SB=-0.01;sumGLbyD=32.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:52:99:1799,156,0 7141-ref 230 . T G 964.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=33.91;MQ0=0;QD=18.91;SB=-0.01;sumGLbyD=19.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:51:87.23:997,87,0 7141-ref 243 . A C 266.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=33.60;MQ0=0;QD=8.61;SB=-0.01;sumGLbyD=9.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:297,0,564 7141-ref 261 . A C 165.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.61;SB=-33.13;sumGLbyD=7.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:22:99:195,0,513 7141-ref 277 . C A 1117.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.04;SB=-24.69;sumGLbyD=31.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:32:96.25:1150,96,0 7141-ref 320 . A G 650.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9890;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.08;SB=-37.00;sumGLbyD=18.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:31:99:681,0,328 7141-ref 394 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 7275-ref 4 . G A 66.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.08;SB=-0.01;sumGLbyD=32.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:98,9,0 7275-ref 18 . C G 453.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.31;MQ0=0;QD=28.33;SB=-95.87;sumGLbyD=30.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:14:42.08:486,42,0 7275-ref 114 . C T 1644.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=272;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=6.4292;MQ=36.67;MQ0=0;QD=6.04;SB=-485.52;sumGLbyD=6.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,68:263:99:1674,0,6572 7275-ref 141 . 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A C 891.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=754;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=70.4129;MQ=36.84;MQ0=0;QD=1.18;SB=6.00;sumGLbyD=1.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:665,88:677:99:922,0,19946 7275-ref 670 . C A 1245.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=810;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.8209;MQ=33.73;MQ0=0;QD=1.54;SB=-0.01;sumGLbyD=1.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:705,105:787:99:1275,0,21517 7275-ref 1030 . C T 610.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=510;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.5148;MQ=34.78;MQ0=0;QD=1.20;SB=9.02;sumGLbyD=1.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:445,64:474:99:640,0,13663 7275-ref 1106 . T C 1296.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=719;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.7391;MQ=36.80;MQ0=0;QD=1.80;SB=12.01;sumGLbyD=1.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:611,86:577:99:1327,0,16238 7275-ref 1208 . A G 502.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2215;MQ=36.82;MQ0=0;QD=4.37;SB=-0.01;sumGLbyD=4.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,22:110:99:532,0,2817 7289-ref 619 . T C 35387.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.5943;MQ=36.78;MQ0=0;QD=35.39;SB=-146.83;sumGLbyD=35.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1000:933:99:35385,2808,0 7289-ref 815 . G T 7015.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3762;MQ=36.83;MQ0=0;QD=36.35;SB=-259.62;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,188:189:99:6840,393,0 7289-ref 849 . G T 2870.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.0265;MQ=36.95;MQ0=0;QD=14.72;SB=3.00;sumGLbyD=14.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,97:186:99:2900,0,3042 7289-ref 995 . C T 420.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=23.2033;MQ=34.45;MQ0=0;QD=9.35;SB=-0.01;sumGLbyD=10.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:44:99:451,0,778 7289-ref 998 . T C 74.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.9073;MQ=34.66;MQ0=0;QD=1.53;SB=-0.01;sumGLbyD=2.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,7:46:99:105,0,1246 7289-ref 1003 . C T 138.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=10.1796;MQ=34.96;MQ0=0;QD=2.47;SB=-0.01;sumGLbyD=3.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,11:49:99:168,0,1241 7289-ref 1035 . G A 81.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.81;SB=12.01;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,6:25:99:111,0,664 7332-ref 252 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 7332-ref 355 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 7332-ref 370 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 7332-ref 379 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 7375-ref 320 . A G 25.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.00;MQ0=0;QD=8.58;SB=7.73;sumGLbyD=18.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:18.66:56,0,19 7375-ref 1135 . A T 263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:296,30,0 7375-ref 1140 . G C 255.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.53;SB=-0.01;sumGLbyD=28.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.03:288,30,0 7401-ref 106 . T A 580.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7269;MQ=36.25;MQ0=0;QD=12.61;SB=-0.01;sumGLbyD=13.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:41:99:610,0,637 7401-ref 352 . T A 5493.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.0367;MQ=36.74;MQ0=0;QD=23.68;SB=-65.34;sumGLbyD=20.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,154:222:99:4824,0,2052 7401-ref 537 . C A 1517.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.80;MQ0=0;QD=29.75;SB=-0.01;sumGLbyD=30.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:43:99:1550,100,0 7401-ref 698 . T C 110.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.42;SB=-0.01;sumGLbyD=23.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.95:141,0,62 7427-ref 130 . A G 2200.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.13;MQ0=0;QD=28.58;SB=39.31;sumGLbyD=29.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2234,192,0 7427-ref 134 . T C 3513.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8659;MQ=26.12;MQ0=0;QD=30.03;SB=40.00;sumGLbyD=29.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:3472,312,0 7427-ref 161 . A G 5685.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7366;MQ=29.29;MQ0=0;QD=30.57;SB=-2366.60;sumGLbyD=30.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,185:179:99:5653,508,0 7427-ref 171 . G A 2559.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7411;MQ=27.45;MQ0=0;QD=26.38;SB=-814.94;sumGLbyD=26.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:92:99:2592,179,0 7427-ref 183 . C G 82.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.52;SB=-0.01;sumGLbyD=28.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:115,12,0 7429-ref 90 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 7429-ref 96 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 7429-ref 363 . G A 194.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=19.35;MQ0=0;QD=8.09;SB=-49.32;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:9:26.97:227,27,0 7429-ref 372 . A T 316.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9979;MQ=20.40;MQ0=0;QD=10.54;SB=-24.61;sumGLbyD=11.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:15:20.29:349,20,0 7439-ref 1 . G C 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 7439-ref 35 . T C 258.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.54;MQ0=0;QD=28.75;SB=-0.01;sumGLbyD=32.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.06:292,24,0 7439-ref 99 . A G 22.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4073;MQ=35.95;MQ0=0;QD=2.09;SB=-0.01;sumGLbyD=4.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:9:52.93:53,0,234 7439-ref 449 . G A 4456.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6946;MQ=36.31;MQ0=0;QD=27.34;SB=-77.81;sumGLbyD=27.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:127:99:4455,382,0 7491-ref 7 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 7491-ref 158 . T A 197.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9994;MQ=36.44;MQ0=0;QD=10.97;SB=-0.01;sumGLbyD=12.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:227,0,319 7491-ref 160 . T G 230.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9994;MQ=36.44;MQ0=0;QD=12.79;SB=-0.01;sumGLbyD=14.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:260,0,283 7491-ref 173 . A G 109.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1415;MQ=35.03;MQ0=0;QD=5.20;SB=-0.01;sumGLbyD=6.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:18:99:139,0,417 7491-ref 225 . 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C T 1001.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4597;MQ=36.55;MQ0=0;QD=22.25;SB=-0.01;sumGLbyD=22.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,33:40:99:1031,0,174 7491-ref 380 . C T 683.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.80;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=14.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:46:99:714,0,740 7491-ref 422 . A T 430.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1412;MQ=34.93;MQ0=0;QD=14.34;SB=-0.01;sumGLbyD=15.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:24:99:460,0,261 7491-ref 441 . T C 202.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9990;MQ=33.97;MQ0=0;QD=6.32;SB=-34.00;sumGLbyD=7.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:31:99:232,0,651 7491-ref 464 . A T 46.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=2.9349;MQ=35.17;MQ0=0;QD=1.04;SB=-0.01;sumGLbyD=1.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,6:38:76.82:77,0,1052 7491-ref 496 . T A 2615.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8662;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.14;SB=-0.01;sumGLbyD=31.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:81:99:2649,144,0 7491-ref 530 . T A 1520.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.97;MQ0=0;QD=31.03;SB=-0.01;sumGLbyD=31.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1553,144,0 7491-ref 532 . T C 988.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.43;MQ0=0;QD=26.70;SB=-0.01;sumGLbyD=27.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:34:99:1021,99,0 7491-ref 544 . A G 639.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=26.63;SB=-0.01;sumGLbyD=28.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:36.89:672,37,0 7491-ref 560 . A G 823.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.94;MQ0=0;QD=28.41;SB=-0.01;sumGLbyD=29.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:24:72.19:857,72,0 7491-ref 734 . T A 1569.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8531;MQ=36.53;MQ0=0;QD=10.33;SB=3.00;sumGLbyD=10.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,57:148:99:1600,0,3121 7491-ref 743 . G C 1441.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2362;MQ=36.58;MQ0=0;QD=10.01;SB=3.00;sumGLbyD=10.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,52:140:99:1471,0,2987 7491-ref 892 . T A 691.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2236;MQ=36.27;MQ0=0;QD=12.35;SB=5.99;sumGLbyD=12.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:55:99:721,0,924 7491-ref 903 . C A 80.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5432;MQ=36.69;MQ0=0;QD=2.43;SB=-4.12;sumGLbyD=3.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,6:32:99:110,0,848 7491-ref 939 . A G 810.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5281;MQ=36.02;MQ0=0;QD=9.77;SB=-0.01;sumGLbyD=10.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:66:99:841,0,1068 7491-ref 975 . A C 1103.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8659;MQ=34.54;MQ0=0;QD=11.86;SB=-26.62;sumGLbyD=12.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:90:99:1133,0,1586 7491-ref 988 . T A 920.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7739;MQ=34.62;MQ0=0;QD=9.59;SB=-26.62;sumGLbyD=9.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,38:92:99:951,0,1801 7491-ref 1003 . T A 381.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=34.24;MQ0=0;QD=5.30;SB=-0.01;sumGLbyD=5.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,21:67:99:412,0,1590 7491-ref 1007 . T C 290.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9992;MQ=34.56;MQ0=0;QD=4.53;SB=-0.01;sumGLbyD=5.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,17:61:99:320,0,1516 7491-ref 1141 . G A 14.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=2.9273;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.60;SB=-0.01;sumGLbyD=4.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:44.25:44,0,242 7491-ref 1147 . A T 149.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.99;SB=-0.01;sumGLbyD=30.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:10.59:180,0,11 7492-ref 394 . A G 21.94 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9646;MQ=24.80;MQ0=0;QD=1.83;SB=3.00;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:12:51.91:52,0,201 7492-ref 492 . C T 20397.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.9062;MQ=36.45;MQ0=0;QD=20.40;SB=-0.01;sumGLbyD=17.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:422,576:949:99:17538,0,12162 7492-ref 657 . G A 20482.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=62.2036;MQ=36.83;MQ0=0;QD=20.48;SB=-37.00;sumGLbyD=17.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:344,652:832:99:17938,0,7949 7492-ref 671 . G A 21944.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=68.8075;MQ=36.76;MQ0=0;QD=21.94;SB=-24.67;sumGLbyD=19.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:337,656:880:99:19224,0,8172 7492-ref 744 . C T 18380.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.9080;MQ=36.29;MQ0=0;QD=18.38;SB=-82.45;sumGLbyD=15.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:398,596:870:99:15732,0,10958 7492-ref 771 . T C 17674.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=117.9694;MQ=36.70;MQ0=0;QD=17.67;SB=-24.96;sumGLbyD=15.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:400,596:764:99:15372,0,8024 7492-ref 795 . T C 22557.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=39.8939;MQ=36.80;MQ0=0;QD=22.56;SB=-95.69;sumGLbyD=19.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:331,660:892:99:19795,0,8099 7492-ref 1275 . C T 18141.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=103.4369;MQ=36.82;MQ0=0;QD=18.14;SB=-44.14;sumGLbyD=15.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:457,537:886:99:15434,0,12567 7492-ref 1362 . T C 13220.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=112.9042;MQ=36.93;MQ0=0;QD=13.22;SB=3.00;sumGLbyD=11.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:426,566:616:99:11299,0,6927 7492-ref 1443 . C T 22353.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=66.2790;MQ=36.33;MQ0=0;QD=22.35;SB=-151.06;sumGLbyD=19.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:346,649:925:99:19420,0,9093 7492-ref 1471 . T C 13848.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=126.8113;MQ=36.80;MQ0=0;QD=13.85;SB=-37.00;sumGLbyD=11.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:425,563:631:99:11947,0,7261 7492-ref 1689 . C G 17700.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=58.8142;MQ=36.81;MQ0=0;QD=17.70;SB=-81.82;sumGLbyD=14.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:500,485:918:99:14727,0,14113 7492-ref 1763 . C G 27909.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.2991;MQ=36.84;MQ0=0;QD=27.91;SB=-72.94;sumGLbyD=27.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,983:763:99:27851,2289,0 7492-ref 1830 . T C 20706.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=72.4476;MQ=36.88;MQ0=0;QD=20.71;SB=-47.22;sumGLbyD=18.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:388,605:859:99:18044,0,9013 7492-ref 1936 . A G 17272.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.7775;MQ=36.11;MQ0=0;QD=17.27;SB=-6330.85;sumGLbyD=14.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:500,500:883:99:14611,0,11887 7492-ref 1941 . A G 32504.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.9465;MQ=36.23;MQ0=0;QD=32.50;SB=-8617.02;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,991:898:99:32385,2619,0 7492-ref 1954 . C A 17967.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=107.1945;MQ=36.81;MQ0=0;QD=17.97;SB=-1390.59;sumGLbyD=15.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,685:740:99:15672,0,6018 7492-ref 1993 . G T 2498.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=117.6182;MQ=36.83;MQ0=0;QD=2.50;SB=-79.01;sumGLbyD=2.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:832,165:721:99:2529,0,19175 7492-ref 2054 . C G 34243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=960;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3578;MQ=35.41;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1539.07;sumGLbyD=35.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,959:937:99:34237,2819,0 7492-ref 2071 . 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G A 6896.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=397;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.7156;MQ=36.36;MQ0=0;QD=17.37;SB=-61.41;sumGLbyD=14.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,195:364:99:5635,0,5496 7555-ref 482 . A G 6147.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=333;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=33.8247;MQ=36.33;MQ0=0;QD=18.46;SB=-0.01;sumGLbyD=15.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,176:312:99:5207,0,4583 7555-ref 514 . C A 417.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=400;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.8091;MQ=36.64;MQ0=0;QD=1.04;SB=-0.01;sumGLbyD=1.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:342,57:356:99:448,0,10429 7555-ref 566 . G A 7728.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=377;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.1334;MQ=36.68;MQ0=0;QD=20.50;SB=-26.62;sumGLbyD=17.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,218:337:99:6686,0,4093 7555-ref 797 . G A 4030.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.6605;MQ=36.89;MQ0=0;QD=19.76;SB=-33.13;sumGLbyD=16.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,127:188:99:3463,0,2258 7555-ref 908 . C G 9535.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=580;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.8052;MQ=36.88;MQ0=0;QD=16.44;SB=-0.01;sumGLbyD=13.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:291,285:512:99:7968,0,7869 7555-ref 951 . G A 10659.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=602;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.9086;MQ=36.83;MQ0=0;QD=17.71;SB=-84.50;sumGLbyD=14.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:304,296:553:99:8994,0,8792 7555-ref 1035 . A G 332.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=65.3615;MQ=35.25;MQ0=0;QD=1.53;SB=-0.01;sumGLbyD=1.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,34:194:99:363,0,5513 7555-ref 1037 . G A 2119.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=30.9343;MQ=35.10;MQ0=0;QD=9.51;SB=-0.01;sumGLbyD=9.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,87:209:99:2150,0,4254 7555-ref 1066 . A C 646.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.1475;MQ=35.90;MQ0=0;QD=2.49;SB=-0.01;sumGLbyD=2.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,43:251:99:676,0,7026 7555-ref 1067 . C T 533.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2713;MQ=35.84;MQ0=0;QD=2.09;SB=-26.62;sumGLbyD=2.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,40:248:99:563,0,7134 7555-ref 1073 . A G 565.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8636;MQ=35.84;MQ0=0;QD=2.30;SB=-26.62;sumGLbyD=2.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,40:237:99:595,0,6800 7555-ref 1295 . A C 6663.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=478;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.1686;MQ=36.76;MQ0=0;QD=13.94;SB=-20.61;sumGLbyD=10.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:294,182:464:99:5229,0,9441 7555-ref 1301 . T G 10663.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=474;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3922;MQ=36.76;MQ0=0;QD=22.50;SB=-20.61;sumGLbyD=19.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,289:461:99:9275,0,5449 7555-ref 1605 . T C 155.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.99;SB=-37.00;sumGLbyD=14.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:186,0,231 7615-ref 34 . 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C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 7686-ref 127 . G A 5184.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=147.2017;MQ=23.67;MQ0=0;QD=5.18;SB=-0.01;sumGLbyD=3.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:639,319:548:99:3326,0,8242 7686-ref 311 . C T 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9680;MQ=23.00;MQ0=0;QD=4.82;SB=-0.01;sumGLbyD=11.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:2:6.01:55,6,0 7686-ref 415 . C T 212.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=26.64;MQ0=0;QD=16.38;SB=-0.01;sumGLbyD=18.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:9:27.01:246,27,0 7686-ref 427 . C T 343.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.64;MQ0=0;QD=26.46;SB=-0.01;sumGLbyD=29.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.05:377,39,0 7686-ref 438 . T C 361.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.64;MQ0=0;QD=27.79;SB=-0.01;sumGLbyD=30.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.07:394,39,0 7686-ref 473 . C A 43.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=4.9987;MQ=26.31;MQ0=0;QD=2.89;SB=6.00;sumGLbyD=4.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:73.41:73,0,290 7686-ref 476 . A T 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-26.62;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.28:74,0,64 7708-ref 46 . T C 240.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=102.9088;MQ=35.93;MQ0=0;QD=2.48;SB=-50.26;sumGLbyD=2.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,23:62:99:271,0,1415 7708-ref 49 . C A 5264.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=350;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=157.4913;MQ=36.59;MQ0=0;QD=15.04;SB=-1482.04;sumGLbyD=12.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,237:229:99:4338,0,1932 7708-ref 93 . C G 36806.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.9692;MQ=36.66;MQ0=0;QD=36.81;SB=-17562.67;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,988:981:99:36477,2919,0 7708-ref 119 . C T 1414.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=3.9210;MQ=36.29;MQ0=0;QD=31.43;SB=-57.29;sumGLbyD=32.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:99:1448,120,0 7708-ref 121 . T A 754.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=35.91;SB=-29.63;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:787,63,0 7708-ref 137 . C T 16552.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=463;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.6563;MQ=35.06;MQ0=0;QD=35.75;SB=-684.02;sumGLbyD=34.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,448:458:99:16021,950,0 7708-ref 140 . C A 30580.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=856;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=101.0388;MQ=35.62;MQ0=0;QD=35.73;SB=-688.44;sumGLbyD=34.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,825:828:99:29705,1988,0 7708-ref 415 . A G 34439.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=53.3616;MQ=36.27;MQ0=0;QD=34.44;SB=-0.01;sumGLbyD=34.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,985:907:99:34163,2594,0 7708-ref 512 . G A 21017.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=80.9365;MQ=36.84;MQ0=0;QD=21.02;SB=-425.63;sumGLbyD=18.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:299,695:778:99:18674,0,5989 7708-ref 745 . C T 14472.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=154.0397;MQ=36.65;MQ0=0;QD=14.47;SB=-29.24;sumGLbyD=11.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:459,514:764:99:11715,0,10927 7708-ref 792 . G A 12625.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=161.0645;MQ=36.73;MQ0=0;QD=12.63;SB=-303.91;sumGLbyD=10.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:462,522:633:99:10683,0,9041 7708-ref 880 . T C 20588.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=85.1643;MQ=36.44;MQ0=0;QD=20.59;SB=-0.01;sumGLbyD=17.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:407,573:889:99:17817,0,10990 7708-ref 946 . T C 11770.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=198.8772;MQ=36.74;MQ0=0;QD=11.77;SB=-35.19;sumGLbyD=9.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:505,485:682:99:9645,0,10759 7708-ref 1006 . A T 11979.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=94.3651;MQ=36.77;MQ0=0;QD=11.98;SB=-141.52;sumGLbyD=9.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:559,425:738:99:9645,0,12547 7708-ref 1030 . A G 28813.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.7641;MQ=36.73;MQ0=0;QD=28.81;SB=-83.36;sumGLbyD=25.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,809:918:99:25960,0,3313 7708-ref 1248 . T A 551.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9981;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.06;SB=-0.01;sumGLbyD=26.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,17:22:99:581,0,121 7745-ref 283 . C G 72.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=18.04;SB=-0.01;sumGLbyD=26.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:104,9,0 7745-ref 292 . C T 115.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0 7745-ref 456 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 7761-ref 386 . T A 12.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9946;MQ=23.05;MQ0=0;QD=0.45;SB=9.01;sumGLbyD=1.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,3:13:41.80:42,0,288 7761-ref 419 . C T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 7761-ref 478 . C T 264.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.04;SB=-34.33;sumGLbyD=37.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:297,24,0 7761-ref 545 . T G 115.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.80;SB=-0.01;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:21:99:145,0,494 7761-ref 617 . G A 575.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=33.87;SB=-0.01;sumGLbyD=35.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.15:609,48,0 7761-ref 636 . C A 109.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.68;MQ0=0;QD=5.79;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:140,0,434 7761-ref 661 . A G 124.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9956;MQ=31.04;MQ0=0;QD=11.31;SB=-0.01;sumGLbyD=14.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:154,0,142 7761-ref 670 . G C 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,68 7761-ref 672 . A C 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,68 7761-ref 677 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 7761-ref 723 . A T 129.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.44;SB=15.00;sumGLbyD=22.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:6:8.64:159,0,9 7761-ref 801 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 7761-ref 803 . C G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 7761-ref 830 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 7767-ref 397 . A C 16.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4066;MQ=35.04;MQ0=0;QD=0.55;SB=16.77;sumGLbyD=1.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:6:45.95:46,0,93 7767-ref 398 . G C 127.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.8089;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.86;SB=-37.47;sumGLbyD=4.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,23:10:80.63:157,0,81 7767-ref 506 . T G 25.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9976;MQ=23.00;MQ0=0;QD=2.17;SB=-0.01;sumGLbyD=4.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:12:55.97:56,0,139 7767-ref 628 . T A 6444.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=458;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.5123;MQ=36.87;MQ0=0;QD=14.07;SB=-0.01;sumGLbyD=11.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:262,195:396:99:5251,0,7066 7767-ref 679 . C A 6512.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=365;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.3973;MQ=36.58;MQ0=0;QD=17.84;SB=-0.01;sumGLbyD=14.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,176:360:99:5428,0,6171 7832-ref 340 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 7860-ref 38 . C A 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67.97:68,0,68 7860-ref 294 . C T 953.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7403;MQ=36.85;MQ0=0;QD=7.28;SB=6.01;sumGLbyD=7.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,36:124:99:983,0,3000 7860-ref 352 . A G 1088.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2588;MQ=36.94;MQ0=0;QD=6.85;SB=-0.01;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,48:152:99:1119,0,3598 7860-ref 483 . A G 55.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.49;MQ0=0;QD=2.80;SB=-0.01;sumGLbyD=4.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:18:85.95:86,0,422 7860-ref 506 . T A 259.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3977;MQ=35.51;MQ0=0;QD=4.72;SB=-0.01;sumGLbyD=5.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,12:50:99:290,0,1258 7860-ref 537 . T G 297.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.05;MQ0=0;QD=5.61;SB=-0.01;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,13:51:99:327,0,1215 7860-ref 573 . A C 281.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=20.11;SB=-0.01;sumGLbyD=22.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:13:33.84:311,0,34 7860-ref 574 . G A 243.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.28;SB=-0.01;sumGLbyD=22.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:34.22:273,0,34 7860-ref 576 . C T 159.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=17.78;SB=-0.01;sumGLbyD=21.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:50.05:190,0,50 7860-ref 577 . C T 123.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=15.46;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:52.32:154,0,52 7860-ref 620 . A T 24.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.18;SB=-0.01;sumGLbyD=13.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:54.69:55,0,67 7860-ref 1329 . C T 150.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.10;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.92:181,0,19 7860-ref 1330 . A T 151.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.22;SB=-0.01;sumGLbyD=30.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.26:181,0,21 7860-ref 1358 . G T 151.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.22;SB=-0.01;sumGLbyD=30.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:181,0,22 7860-ref 1431 . T C 107.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.89;SB=-0.01;sumGLbyD=35.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:140,12,0 8030-ref 54 . A G 252.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.2817;MQ=35.72;MQ0=0;QD=3.95;SB=33.08;sumGLbyD=4.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,13:63:99:283,0,1638 8030-ref 56 . T G 259.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=45.2574;MQ=35.90;MQ0=0;QD=3.50;SB=-16.14;sumGLbyD=3.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,16:68:99:289,0,1734 8030-ref 63 . A G 523.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=83.2306;MQ=36.86;MQ0=0;QD=3.64;SB=-17.65;sumGLbyD=3.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,26:133:99:554,0,3628 8030-ref 137 . C A 6604.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=530;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=52.1023;MQ=36.67;MQ0=0;QD=12.46;SB=77.37;sumGLbyD=9.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:328,201:474:99:5140,0,9317 8030-ref 165 . C T 3023.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4249;MQ=36.70;MQ0=0;QD=12.54;SB=156.44;sumGLbyD=12.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,105:229:99:3053,0,4100 8030-ref 207 . A G 25.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=6.41;SB=-21.66;sumGLbyD=13.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:55.64:56,0,68 8030-ref 530 . C G 13390.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=490;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.8280;MQ=24.89;MQ0=0;QD=27.33;SB=-0.01;sumGLbyD=27.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,488:469:99:13380,1409,0 8030-ref 779 . C T 1457.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=23.3295;MQ=25.59;MQ0=0;QD=19.43;SB=-0.01;sumGLbyD=19.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:57:91.17:1491,91,0 8030-ref 825 . C T 8229.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=481;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.2731;MQ=28.50;MQ0=0;QD=17.11;SB=9.01;sumGLbyD=14.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,307:425:99:6921,0,3286 8030-ref 863 . T C 9219 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=441;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4795;MQ=29.39;MQ0=0;QD=20.90;SB=3.00;sumGLbyD=17.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,285:434:99:7908,0,3368 8030-ref 901 . G A 2193.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.68;MQ0=0;QD=28.12;SB=-0.01;sumGLbyD=28.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:77:99:2227,231,0 8062-ref 283 . T G 55.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.62;SB=-0.01;sumGLbyD=29.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:88,9,0 8062-ref 298 . A T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 8071-ref 51 . G A 81.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0 8071-ref 109 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 8071-ref 195 . G A 28.98 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.49;SB=-0.01;sumGLbyD=30.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:60,6,0 8071-ref 216 . C A 144.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=24.05;SB=-0.01;sumGLbyD=29.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:177,15,0 8071-ref 233 . T C 134.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=26.89;SB=-0.01;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:167,15,0 8071-ref 256 . C G 99.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.73;MQ0=0;QD=19.91;SB=-0.01;sumGLbyD=26.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.03:132,12,0 8071-ref 305 . C G 34.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.27:64,0,104 8071-ref 310 . T C 76.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.14;SB=-0.01;sumGLbyD=26.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:107,0,27 8071-ref 344 . C T 76.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.54;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:109,9,0 8095-ref 193 . C T 4500.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:120:99:4500,361,0 8095-ref 320 . A G 1769.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.85;MQ0=0;QD=24.93;SB=-0.01;sumGLbyD=25.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,57:67:99:1800,0,340 8095-ref 337 . A T 2127.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=34.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:61:99:2161,147,0 8095-ref 338 . A T 2145.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:59:99:2179,178,0 8095-ref 361 . C A 254 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.1175;MQ=36.52;MQ0=0;QD=4.03;SB=-0.01;sumGLbyD=4.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,12:49:99:284,0,1212 8095-ref 410 . A G 1848.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.4044;MQ=36.86;MQ0=0;QD=25.32;SB=3.00;sumGLbyD=25.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,59:67:99:1878,0,199 8095-ref 467 . G C 668.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5183;MQ=36.42;MQ0=0;QD=5.44;SB=-0.01;sumGLbyD=5.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,29:119:99:699,0,2985 8095-ref 483 . C T 381.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.5092;MQ=36.07;MQ0=0;QD=3.47;SB=-0.01;sumGLbyD=3.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,22:104:99:412,0,2748 8095-ref 490 . A G 359.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1220;MQ=35.94;MQ0=0;QD=3.74;SB=-0.01;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,19:89:99:389,0,2146 8095-ref 505 . T A 340.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3919;MQ=36.08;MQ0=0;QD=3.41;SB=-0.01;sumGLbyD=3.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,19:87:99:371,0,2259 8095-ref 533 . T G 470.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5668;MQ=36.63;MQ0=0;QD=4.28;SB=-0.01;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,23:100:99:500,0,2560 8095-ref 558 . G T 449.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=36.90;MQ0=0;QD=4.49;SB=-0.01;sumGLbyD=4.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,21:97:99:479,0,2572 8095-ref 662 . G A 162.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=36.22;MQ0=0;QD=4.17;SB=-0.01;sumGLbyD=4.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,9:37:99:193,0,955 8095-ref 689 . A C 171.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3213;MQ=36.52;MQ0=0;QD=4.09;SB=-0.01;sumGLbyD=4.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,9:41:99:202,0,1058 8095-ref 755 . T C 39.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1239;MQ=36.13;MQ0=0;QD=0.85;SB=-26.62;sumGLbyD=1.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,6:41:69.82:70,0,1172 8095-ref 756 . T G 36.67 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6653;MQ=36.13;MQ0=0;QD=0.78;SB=-24.67;sumGLbyD=1.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,6:41:66.66:67,0,1175 8095-ref 788 . T C 1658.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0738;MQ=36.70;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=24.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,58:59:99:1688,0,171 8095-ref 816 . T G 1895.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8849;MQ=36.74;MQ0=0;QD=24.61;SB=-0.01;sumGLbyD=25.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,60:72:99:1925,0,411 8095-ref 852 . C T 306.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7584;MQ=36.74;MQ0=0;QD=3.93;SB=-0.01;sumGLbyD=4.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,17:76:99:337,0,1981 8095-ref 876 . A G 841.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0487;MQ=35.03;MQ0=0;QD=6.90;SB=6.01;sumGLbyD=7.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,40:115:99:872,0,2578 8095-ref 881 . T G 3029.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6541;MQ=35.21;MQ0=0;QD=22.61;SB=-49.19;sumGLbyD=22.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,95:128:99:3059,0,806 8095-ref 909 . T C 862.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9311;MQ=35.30;MQ0=0;QD=5.71;SB=3.00;sumGLbyD=5.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,44:141:99:892,0,3298 8095-ref 910 . G A 844.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9311;MQ=35.30;MQ0=0;QD=5.59;SB=3.00;sumGLbyD=5.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,43:141:99:875,0,3428 8095-ref 940 . T C 848.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4466;MQ=36.03;MQ0=0;QD=5.05;SB=-34.79;sumGLbyD=5.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,40:155:99:879,0,3887 8095-ref 1015 . G C 574.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9754;MQ=35.65;MQ0=0;QD=5.42;SB=-0.01;sumGLbyD=5.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,29:99:99:604,0,2502 8095-ref 1018 . C T 570.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9754;MQ=35.73;MQ0=0;QD=5.44;SB=-0.01;sumGLbyD=5.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,27:100:99:601,0,2522 8095-ref 1040 . T C 122.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6036;MQ=35.77;MQ0=0;QD=1.48;SB=-29.50;sumGLbyD=1.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,12:75:99:153,0,2148 8095-ref 1050 . A T 47.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=4.0576;MQ=35.91;MQ0=0;QD=0.57;SB=-37.00;sumGLbyD=0.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,10:79:77.88:78,0,2361 8095-ref 1141 . A G 1878.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.0544;MQ=36.82;MQ0=0;QD=11.05;SB=-0.01;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,66:163:99:1908,0,3270 8095-ref 1176 . T A 1935.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4817;MQ=36.34;MQ0=0;QD=12.57;SB=-0.01;sumGLbyD=12.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,68:144:99:1966,0,2547 8095-ref 1218 . A T 2302.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=35.01;MQ0=0;QD=27.74;SB=36.97;sumGLbyD=28.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:71:99:2335,137,0 8095-ref 1219 . A T 2244.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=35.01;MQ0=0;QD=27.04;SB=32.49;sumGLbyD=27.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:69:99:2277,135,0 8095-ref 1243 . A G 993.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4084;MQ=36.17;MQ0=0;QD=11.55;SB=3.00;sumGLbyD=11.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:80:99:1023,0,1484 8095-ref 1367 . C A 334.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4545;MQ=36.57;MQ0=0;QD=7.12;SB=-0.01;sumGLbyD=7.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:44:99:365,0,1044 8095-ref 1383 . G A 309.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.74;MQ0=0;QD=7.93;SB=-0.01;sumGLbyD=8.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:339,0,924 8095-ref 1438 . A G 299.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0943;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.99;SB=-0.01;sumGLbyD=5.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,17:55:99:329,0,1343 8095-ref 1444 . C G 257.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9859;MQ=35.31;MQ0=0;QD=4.22;SB=-0.01;sumGLbyD=4.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,17:53:99:287,0,1331 8095-ref 1488 . A G 188.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4553;MQ=35.85;MQ0=0;QD=2.65;SB=-0.01;sumGLbyD=3.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,13:70:99:218,0,1982 8095-ref 1492 . T C 193.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9219;MQ=35.87;MQ0=0;QD=2.69;SB=-0.01;sumGLbyD=3.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,13:68:99:223,0,1833 8095-ref 1585 . T A 670.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.5646;MQ=36.77;MQ0=0;QD=7.79;SB=-0.01;sumGLbyD=8.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,24:78:99:700,0,1793 8095-ref 1604 . T G 132.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6028;MQ=36.86;MQ0=0;QD=1.82;SB=-0.01;sumGLbyD=2.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,10:67:99:163,0,1883 8095-ref 1608 . A G 1888.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8536;MQ=36.87;MQ0=0;QD=24.85;SB=-0.01;sumGLbyD=25.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,63:67:99:1919,0,164 8095-ref 1642 . C T 39.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4569;MQ=36.69;MQ0=0;QD=0.60;SB=24.30;sumGLbyD=1.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,7:59:69.42:69,0,1778 8095-ref 1680 . T A 303.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=36.86;MQ0=0;QD=4.33;SB=-18.56;sumGLbyD=4.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,15:69:99:333,0,1848 8095-ref 1705 . T G 219.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=36.79;MQ0=0;QD=4.58;SB=-0.01;sumGLbyD=5.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,11:46:99:250,0,1198 8095-ref 1727 . G T 476.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=29.76;SB=-11.00;sumGLbyD=31.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:20.47:509,20,0 8132-ref 3 . G C 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.96:65,0,105 8132-ref 50 . A G 418.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7159;MQ=36.50;MQ0=0;QD=2.89;SB=-0.01;sumGLbyD=3.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,23:135:99:448,0,3847 8132-ref 69 . C A 391.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1323;MQ=36.43;MQ0=0;QD=2.43;SB=-0.01;sumGLbyD=2.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,26:146:99:422,0,4012 8132-ref 103 . A T 84.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.9408;MQ=35.90;MQ0=0;QD=0.90;SB=-0.01;sumGLbyD=1.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,12:91:99:115,0,2634 8132-ref 105 . G T 35.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.8527;MQ=35.70;MQ0=0;QD=0.45;SB=-0.01;sumGLbyD=0.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,10:75:65.75:66,0,2164 8132-ref 111 . 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G A 94.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=24.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:22.76:124,0,23 8132-ref 273 . A T 94.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=18.86;SB=-0.01;sumGLbyD=24.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:15.55:124,0,16 8132-ref 316 . A G 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 8132-ref 322 . C T 27.04 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:58,6,0 8132-ref 413 . G T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 8132-ref 419 . A T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 8132-ref 454 . A G 120.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.11;SB=-38.13;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0 8132-ref 530 . T G 441.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=33.95;SB=-38.58;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:474,39,0 8132-ref 536 . C G 374.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.07;SB=-39.32;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:408,33,0 8158-ref 415 . T C 108.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2843;MQ=35.67;MQ0=0;QD=10.90;SB=-0.01;sumGLbyD=13.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:7:98.95:139,0,99 8158-ref 421 . 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A C 7387.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=120.3134;MQ=36.96;MQ0=0;QD=7.39;SB=-211.28;sumGLbyD=5.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:473,496:577:99:5628,0,11352 8189-ref 600 . G A 21913.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=989;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=112.5420;MQ=36.87;MQ0=0;QD=22.16;SB=-1581.98;sumGLbyD=19.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:356,628:930:99:19088,0,9255 8189-ref 640 . A G 5429.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4984;MQ=36.52;MQ0=0;QD=27.99;SB=222.16;sumGLbyD=24.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,144:193:99:4811,0,1247 8189-ref 641 . A G 1367.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7231;MQ=36.42;MQ0=0;QD=10.86;SB=183.95;sumGLbyD=11.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,47:122:99:1398,0,2387 8189-ref 644 . A T 777.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=124.8474;MQ=36.65;MQ0=0;QD=6.65;SB=15.57;sumGLbyD=6.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,31:116:99:808,0,2799 8189-ref 647 . 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G T 27192.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=37.9431;MQ=35.43;MQ0=0;QD=27.19;SB=-8482.97;sumGLbyD=24.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,780:964:99:24287,0,4934 8294-ref 643 . A G 35508.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=995;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.2865;MQ=35.41;MQ0=0;QD=35.69;SB=-13220.22;sumGLbyD=35.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,991:972:99:35438,2859,0 8294-ref 681 . T G 502.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=438;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=75.5187;MQ=35.76;MQ0=0;QD=1.15;SB=336.93;sumGLbyD=1.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:389,49:434:99:532,0,13114 8314-ref 72 . C A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 8314-ref 85 . G A 82.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.52;SB=-0.01;sumGLbyD=28.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:115,12,0 8314-ref 101 . T G 49.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=16.63;SB=-0.01;sumGLbyD=27.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:82,9,0 8318-ref 42 . A G 33.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.73;SB=-0.01;sumGLbyD=32.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0 8318-ref 77 . C T 164.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.7077;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.46;SB=-0.01;sumGLbyD=19.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:9:80.66:195,0,81 8318-ref 119 . G C 655.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=29.64;MQ0=0;QD=20.49;SB=-0.01;sumGLbyD=21.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,25:31:99:686,0,121 8318-ref 139 . G T 854.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=26.91;MQ0=0;QD=18.98;SB=-0.01;sumGLbyD=19.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,38:42:72.66:884,0,73 8318-ref 389 . T A 349.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1339;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.37;SB=-0.01;sumGLbyD=19.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,15:16:92.73:379,0,93 8318-ref 544 . G C 2278.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2613;MQ=31.42;MQ0=0;QD=21.29;SB=3.00;sumGLbyD=21.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,88:97:99:2308,0,267 8318-ref 614 . C T 4530.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4588;MQ=36.43;MQ0=0;QD=36.54;SB=-302.31;sumGLbyD=36.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:121:99:4481,315,0 8318-ref 718 . T G 168.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0849;MQ=20.56;MQ0=0;QD=2.08;SB=-0.01;sumGLbyD=2.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:25:99:199,0,270 8318-ref 784 . C G 6880.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=346;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.2394;MQ=21.03;MQ0=0;QD=19.89;SB=-0.01;sumGLbyD=16.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,278:339:99:5832,0,796 8318-ref 846 . G T 105.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=21.12;SB=-0.01;sumGLbyD=27.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:138,15,0 8318-ref 1036 . G C 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0 8328-ref 307 . G C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:70,6,0 8328-ref 316 . A G 152.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:185,15,0 8328-ref 351 . A G 185.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:218,18,0 8328-ref 388 . G C 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.58;SB=-0.01;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:114,9,0 8328-ref 415 . G C 80.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.97;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0 8328-ref 431 . G C 36.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:68,6,0 8328-ref 511 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 8328-ref 512 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 8403-ref 36 . C T 52.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.7518;MQ=35.38;MQ0=0;QD=1.39;SB=-17.61;sumGLbyD=2.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,9:25:82.77:83,0,649 8403-ref 52 . A G 2144.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3422;MQ=36.25;MQ0=0;QD=22.57;SB=-103.57;sumGLbyD=22.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,71:88:99:2174,0,543 8403-ref 63 . A T 1042.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.2951;MQ=36.52;MQ0=0;QD=5.55;SB=-44.23;sumGLbyD=5.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,47:180:99:1073,0,4503 8403-ref 152 . G C 20401.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.1316;MQ=35.94;MQ0=0;QD=20.40;SB=-170.65;sumGLbyD=17.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:430,558:919:99:17457,0,11757 8403-ref 191 . C T 15573.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=89.0866;MQ=36.36;MQ0=0;QD=15.57;SB=-304.87;sumGLbyD=13.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:516,479:819:99:13079,0,12266 8403-ref 214 . C T 11834.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=98.3763;MQ=36.56;MQ0=0;QD=11.83;SB=-33.25;sumGLbyD=9.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:565,423:770:99:9430,0,14209 8403-ref 229 . C A 6883.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=164.2061;MQ=36.70;MQ0=0;QD=6.88;SB=3.00;sumGLbyD=5.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:577,410:440:99:5359,0,7962 8403-ref 298 . G C 29095.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=950;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=69.5229;MQ=32.52;MQ0=0;QD=30.63;SB=-1024.44;sumGLbyD=30.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,943:885:99:28865,2489,0 8403-ref 309 . G C 746.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=883;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=752.1122;MQ=29.12;MQ0=0;QD=0.85;SB=-168.15;sumGLbyD=0.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:636,245:704:99:777,0,17787 8403-ref 313 . C G 378.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=290.2089;MQ=28.73;MQ0=0;QD=0.38;SB=621.56;sumGLbyD=0.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:911,86:761:99:408,0,18748 8403-ref 315 . G A 11134.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=964;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=250.1410;MQ=28.62;MQ0=0;QD=11.55;SB=-2058.93;sumGLbyD=9.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:578,378:746:99:8860,0,9760 8403-ref 316 . C T 12454.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=988;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=223.3783;MQ=28.60;MQ0=0;QD=12.61;SB=-2440.89;sumGLbyD=9.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:555,388:772:99:9221,0,9298 8403-ref 352 . G T 28538.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6420;MQ=35.14;MQ0=0;QD=28.54;SB=-1965.81;sumGLbyD=28.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,982:807:99:28533,2427,0 8403-ref 355 . A G 28237.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.1080;MQ=35.23;MQ0=0;QD=28.24;SB=-1293.29;sumGLbyD=28.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,992:804:99:28126,2340,0 8403-ref 433 . T C 8993.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=93.5240;MQ=34.72;MQ0=0;QD=8.99;SB=-70.84;sumGLbyD=6.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:629,344:706:99:6813,0,13475 8403-ref 442 . 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C T 18780.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=66.8231;MQ=36.82;MQ0=0;QD=18.78;SB=-35.57;sumGLbyD=15.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:469,527:915:99:15913,0,13502 8403-ref 1096 . T C 36136.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.2342;MQ=36.84;MQ0=0;QD=36.14;SB=9.69;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,989:940:99:36031,2783,0 8403-ref 1161 . T C 19303.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=121.5097;MQ=36.78;MQ0=0;QD=19.30;SB=-53.98;sumGLbyD=16.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:246,678:642:99:16897,0,2636 8403-ref 1258 . G A 13066.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=97.8892;MQ=36.85;MQ0=0;QD=13.07;SB=-161.49;sumGLbyD=11.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:428,550:674:99:11007,0,8819 8403-ref 1364 . A T 22752.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.2644;MQ=36.36;MQ0=0;QD=22.75;SB=-100.46;sumGLbyD=19.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:335,656:927:99:19711,0,9244 8403-ref 1371 . C T 22535 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.0899;MQ=36.46;MQ0=0;QD=22.54;SB=-114.71;sumGLbyD=19.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:335,656:934:99:19663,0,9048 8403-ref 1419 . A G 5307.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=60.1994;MQ=36.86;MQ0=0;QD=5.31;SB=3.00;sumGLbyD=3.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:837,158:621:99:3434,0,14521 8403-ref 1421 . A T 8199.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.0939;MQ=36.85;MQ0=0;QD=8.20;SB=3.00;sumGLbyD=6.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:646,328:602:99:6324,0,10284 8403-ref 1435 . C T 20698.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.4110;MQ=36.77;MQ0=0;QD=20.70;SB=-140.81;sumGLbyD=17.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:370,629:904:99:17974,0,10348 8403-ref 1445 . A G 10963.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=79.6713;MQ=36.77;MQ0=0;QD=10.96;SB=-161.63;sumGLbyD=8.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:683,312:875:99:8297,0,18790 8403-ref 1523 . T C 21999.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.7796;MQ=36.88;MQ0=0;QD=22.00;SB=-121.13;sumGLbyD=19.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:340,658:887:99:19327,0,8242 8403-ref 1588 . T A 6266.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=515;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.3802;MQ=34.64;MQ0=0;QD=12.17;SB=9.00;sumGLbyD=9.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:326,185:438:99:4946,0,7836 8403-ref 1635 . T C 8847.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=277;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4940;MQ=29.76;MQ0=0;QD=31.94;SB=-29.63;sumGLbyD=31.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,274:273:99:8778,815,0 8403-ref 1637 . T A 7545.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4949;MQ=28.78;MQ0=0;QD=30.80;SB=-29.63;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,241:238:99:7383,629,0 8403-ref 1638 . G A 7093.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4955;MQ=28.42;MQ0=0;QD=30.06;SB=29.62;sumGLbyD=28.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,227:231:99:6815,446,0 8403-ref 1648 . C T 3613.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.12;MQ0=0;QD=29.62;SB=-0.01;sumGLbyD=29.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:3612,367,0 8403-ref 1702 . G T 109.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.37;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:142,12,0 8403-ref 1708 . A T 99.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.99;SB=-0.01;sumGLbyD=33.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:132,12,0 8624-ref 3 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 8624-ref 26 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 8624-ref 35 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 8624-ref 190 . G T 6027.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=528;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.6575;MQ=24.44;MQ0=0;QD=11.41;SB=-91.63;sumGLbyD=8.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:307,209:496:99:4367,0,6639 8624-ref 211 . T C 15200.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=974;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.5114;MQ=25.81;MQ0=0;QD=15.61;SB=-332.06;sumGLbyD=12.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:471,501:919:99:12423,0,9208 8624-ref 220 . C T 14164.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=902;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.7548;MQ=25.96;MQ0=0;QD=15.70;SB=-53.24;sumGLbyD=12.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:446,453:873:99:11508,0,9248 8624-ref 586 . T G 16371.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=625;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8044;MQ=23.39;MQ0=0;QD=26.20;SB=-0.01;sumGLbyD=26.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,617:588:99:16311,1739,0 8624-ref 601 . G A 24719.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=938;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7526;MQ=24.78;MQ0=0;QD=26.35;SB=-0.01;sumGLbyD=26.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,937:867:99:24674,2576,0 8624-ref 610 . C T 23961.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.6472;MQ=25.06;MQ0=0;QD=23.96;SB=-27.67;sumGLbyD=23.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,980:848:99:23874,2476,0 8624-ref 803 . C T 15841.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=118.9744;MQ=36.65;MQ0=0;QD=15.84;SB=-904.64;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:374,585:714:99:13462,0,7671 8624-ref 832 . T C 30815.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.4586;MQ=33.93;MQ0=0;QD=30.82;SB=3.00;sumGLbyD=27.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,850:986:99:27661,0,2218 8624-ref 835 . A G 23580.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=50.4737;MQ=36.74;MQ0=0;QD=23.58;SB=3.00;sumGLbyD=20.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:375,617:972:99:20387,0,10756 8624-ref 913 . T C 12255.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.1426;MQ=36.88;MQ0=0;QD=12.26;SB=3.00;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:458,537:640:99:10325,0,8237 8624-ref 1027 . C T 11564.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=111.4390;MQ=36.74;MQ0=0;QD=11.56;SB=-717.10;sumGLbyD=8.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:544,433:774:99:8983,0,14107 8624-ref 1075 . C T 11806.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=124.4237;MQ=36.52;MQ0=0;QD=11.81;SB=6.01;sumGLbyD=9.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:650,343:780:99:9392,0,15213 8624-ref 1123 . T C 9907.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.6964;MQ=36.55;MQ0=0;QD=9.91;SB=-73.93;sumGLbyD=7.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:661,332:885:99:7203,0,20304 8624-ref 1129 . T C 9905.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=72.4517;MQ=36.62;MQ0=0;QD=9.91;SB=-202.35;sumGLbyD=7.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:635,350:886:99:7141,0,20120 8624-ref 1195 . 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A G 8612.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=52.5395;MQ=36.00;MQ0=0;QD=8.61;SB=-156.01;sumGLbyD=5.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:738,255:895:99:5760,0,20564 8624-ref 1593 . G T 895.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=250.2116;MQ=35.07;MQ0=0;QD=0.90;SB=2226.25;sumGLbyD=0.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:866,127:933:99:926,0,26585 8624-ref 1605 . C T 508.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=91.8075;MQ=35.75;MQ0=0;QD=0.51;SB=580.32;sumGLbyD=0.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:899,100:936:99:538,0,27691 8624-ref 1717 . A T 12017.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=61.5575;MQ=36.38;MQ0=0;QD=12.02;SB=-48.58;sumGLbyD=9.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:643,356:908:99:9281,0,18966 8624-ref 1740 . C T 10928.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=70.2364;MQ=36.08;MQ0=0;QD=10.93;SB=30.05;sumGLbyD=8.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:651,349:817:99:8465,0,16206 8624-ref 1767 . G A 13156.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.3718;MQ=36.35;MQ0=0;QD=13.16;SB=6.01;sumGLbyD=10.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:616,382:911:99:10410,0,17547 8624-ref 1802 . G C 23464.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=629;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.0342;MQ=36.27;MQ0=0;QD=37.30;SB=-789.40;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,629:617:99:23462,1857,0 8624-ref 1810 . G A 1694.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=612;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=144.6151;MQ=36.25;MQ0=0;QD=2.77;SB=72.21;sumGLbyD=2.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:516,96:600:99:1725,0,17368 8624-ref 1818 . C T 1392.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.8097;MQ=36.16;MQ0=0;QD=6.03;SB=-9.93;sumGLbyD=6.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,59:230:99:1422,0,5958 8624-ref 1827 . A G 39.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.6043;MQ=36.04;MQ0=0;QD=0.27;SB=-21.28;sumGLbyD=0.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,14:146:69.84:70,0,4464 8624-ref 1838 . C A 393.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9944;MQ=34.01;MQ0=0;QD=28.12;SB=29.15;sumGLbyD=30.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:12.47:426,12,0 8624-ref 1841 . C A 33.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9944;MQ=31.58;MQ0=0;QD=8.25;SB=7.75;sumGLbyD=15.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:4:20.60:63,0,21 8769-ref 19 . G T 726.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8769;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.06;SB=39.98;sumGLbyD=30.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:24:26.20:759,26,0 8769-ref 35 . G T 20202.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=668;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.1331;MQ=36.74;MQ0=0;QD=30.24;SB=-63.06;sumGLbyD=30.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,662:559:99:20172,1655,0 8769-ref 97 . G T 11847.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=846;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=74.8533;MQ=36.82;MQ0=0;QD=14.00;SB=-81.58;sumGLbyD=11.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:452,394:720:99:9677,0,12586 8769-ref 204 . T C 17255.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.6623;MQ=36.88;MQ0=0;QD=17.26;SB=-26.62;sumGLbyD=14.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:510,484:936:99:14387,0,15181 8769-ref 279 . G C 31099.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=910;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.1363;MQ=36.64;MQ0=0;QD=34.17;SB=-442.68;sumGLbyD=17.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,474:825:99:16050,1252,0 8769-ref 531 . T C 83.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.6634;MQ=23.00;MQ0=0;QD=1.98;SB=-0.01;sumGLbyD=2.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:41:99:113,0,664 8769-ref 782 . G A 7831.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=364;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.4394;MQ=36.37;MQ0=0;QD=21.51;SB=-88.08;sumGLbyD=18.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,220:341:99:6767,0,3892 8769-ref 866 . T G 2343.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.2631;MQ=33.89;MQ0=0;QD=13.87;SB=-67.39;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,84:167:99:2373,0,2362 8769-ref 885 . A T 2822.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6740;MQ=31.17;MQ0=0;QD=32.07;SB=-519.73;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:86:99:2855,259,0 8769-ref 886 . A T 2550.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6740;MQ=31.02;MQ0=0;QD=29.66;SB=-472.32;sumGLbyD=30.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:78:99:2583,235,0 8769-ref 887 . A T 2620.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6740;MQ=30.95;MQ0=0;QD=30.83;SB=-496.59;sumGLbyD=31.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:81:99:2654,244,0 8769-ref 957 . C G 559.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.47;MQ0=0;QD=29.44;SB=14.46;sumGLbyD=31.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,17:19:22.84:589,0,23 8826-ref 192 . G A 6618.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=507;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.1570;MQ=23.06;MQ0=0;QD=13.05;SB=-0.01;sumGLbyD=10.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:245,260:456:99:5189,0,4597 8826-ref 274 . G A 14481.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=992;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=98.4797;MQ=32.62;MQ0=0;QD=14.60;SB=-0.01;sumGLbyD=12.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:497,489:821:99:11980,0,10476 8826-ref 332 . C A 14779.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.4099;MQ=36.80;MQ0=0;QD=14.78;SB=-18.69;sumGLbyD=12.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:548,444:851:99:12151,0,15005 8826-ref 396 . G C 33904.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.0068;MQ=36.58;MQ0=0;QD=33.90;SB=-80.02;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,993:899:99:33832,2699,0 8826-ref 504 . C T 6704.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=710;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=48.5816;MQ=35.81;MQ0=0;QD=9.44;SB=-15.68;sumGLbyD=7.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:502,208:526:99:5118,0,10533 8826-ref 506 . T C 6559.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=702;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.6574;MQ=35.76;MQ0=0;QD=9.34;SB=-20.62;sumGLbyD=7.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:494,202:535:99:4947,0,11249 8826-ref 518 . T C 7753.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=496;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.1990;MQ=35.30;MQ0=0;QD=15.63;SB=-88.81;sumGLbyD=13.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,356:329:99:6760,0,2286 8826-ref 525 . A T 2272.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=465;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=54.7456;MQ=35.21;MQ0=0;QD=4.89;SB=3.00;sumGLbyD=4.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:340,121:349:99:2303,0,7938 8826-ref 550 . C T 5368.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=514;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.6385;MQ=35.22;MQ0=0;QD=10.44;SB=-486.97;sumGLbyD=7.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:337,168:474:99:3913,0,10759 8826-ref 585 . A T 4859.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=364;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.6071;MQ=36.44;MQ0=0;QD=13.35;SB=-0.01;sumGLbyD=10.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,143:338:99:3841,0,6570 8826-ref 619 . T G 2592.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.0642;MQ=36.13;MQ0=0;QD=11.12;SB=3.00;sumGLbyD=11.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,93:224:99:2622,0,4223 8826-ref 643 . C T 98.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8337;MQ=36.43;MQ0=0;QD=0.93;SB=3.00;sumGLbyD=1.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,12:89:99:129,0,2639 8826-ref 705 . A G 1026.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.64;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.24:1059,84,0 8983-ref 78 . T G 1438.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3138;MQ=36.42;MQ0=0;QD=8.27;SB=3.00;sumGLbyD=8.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,60:156:99:1469,0,3380 8983-ref 98 . G T 5690.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.3096;MQ=36.47;MQ0=0;QD=37.20;SB=-29.63;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:150:99:5652,448,0 8983-ref 105 . T C 1898.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=219;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7576;MQ=36.72;MQ0=0;QD=8.67;SB=-0.01;sumGLbyD=8.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,65:210:99:1928,0,4800 8983-ref 177 . C T 9387.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=570;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.1231;MQ=36.75;MQ0=0;QD=16.47;SB=-59.92;sumGLbyD=13.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:291,275:531:99:7762,0,8623 8983-ref 301 . T C 8123.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.3639;MQ=36.62;MQ0=0;QD=37.44;SB=22.67;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,215:215:99:8100,624,0 8983-ref 319 . T C 3981.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.6700;MQ=36.77;MQ0=0;QD=18.26;SB=-0.01;sumGLbyD=15.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,112:211:99:3346,0,3289 8983-ref 485 . T A 2628.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4745;MQ=36.75;MQ0=0;QD=10.69;SB=-0.01;sumGLbyD=10.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,101:228:99:2659,0,4223 8983-ref 500 . G A 2046.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.3557;MQ=36.62;MQ0=0;QD=10.89;SB=-0.01;sumGLbyD=11.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,80:165:99:2077,0,2995 8983-ref 532 . A C 10317.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=461;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.3769;MQ=36.58;MQ0=0;QD=22.38;SB=6.00;sumGLbyD=19.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,317:413:99:9073,0,3270 8983-ref 610 . G C 2861.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.3996;MQ=36.61;MQ0=0;QD=13.63;SB=-37.00;sumGLbyD=13.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,93:202:99:2891,0,3477 8983-ref 655 . A G 3069.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.8553;MQ=36.84;MQ0=0;QD=16.68;SB=-26.62;sumGLbyD=16.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,105:175:99:3100,0,2373 8983-ref 738 . C T 2792.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=14.8289;MQ=35.89;MQ0=0;QD=33.64;SB=34.35;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:81:99:2825,169,0 8983-ref 765 . T C 1346.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8644;MQ=35.52;MQ0=0;QD=16.22;SB=-140.46;sumGLbyD=16.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1376,0,1205 8983-ref 766 . C T 3027.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9963;MQ=35.55;MQ0=0;QD=35.62;SB=-151.55;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:83:99:3061,250,0 8983-ref 949 . C A 2211.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.8342;MQ=36.79;MQ0=0;QD=15.47;SB=-0.01;sumGLbyD=15.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,71:135:99:2242,0,2052 8983-ref 973 . C T 8571.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9776;MQ=36.77;MQ0=0;QD=36.95;SB=-0.01;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,232:226:99:8570,680,0 8983-ref 1219 . A C 4015.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.2576;MQ=36.91;MQ0=0;QD=36.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:106:99:3938,242,0 9022-ref 117 . T C 846.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.20;MQ0=0;QD=22.26;SB=-0.01;sumGLbyD=23.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:35:99:876,0,220 9022-ref 133 . G T 804 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.9469;MQ=35.98;MQ0=0;QD=20.10;SB=-26.62;sumGLbyD=20.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:834,0,470 9022-ref 136 . G T 422.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=35.63;MQ0=0;QD=14.07;SB=-26.62;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:452,0,451 9022-ref 287 . A G 475.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:508,39,0 9022-ref 316 . T C 191.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.72;SB=-0.01;sumGLbyD=17.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:221,0,180 9022-ref 441 . G A 123.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.95;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0 9075-ref 145 . A G 49.97 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.3956;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.49;SB=-0.01;sumGLbyD=20.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.01:82,9,0 9075-ref 147 . A G 19.19 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=23.00;MQ0=0;QD=3.84;SB=-0.01;sumGLbyD=10.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:2:5.99:50,6,0 9075-ref 169 . C T 526.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.21;MQ0=0;QD=27.72;SB=-37.80;sumGLbyD=29.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.10:560,54,0 9075-ref 178 . T G 591.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=28.52;MQ0=0;QD=25.73;SB=-92.80;sumGLbyD=27.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:22:38.45:625,38,0 9075-ref 247 . G T 225.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9975;MQ=35.72;MQ0=0;QD=25.08;SB=-95.44;sumGLbyD=28.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:11.50:256,0,12 9079-ref 9 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 9079-ref 58 . T C 85.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9974;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.78;SB=-0.01;sumGLbyD=1.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,11:108:99:116,0,3377 9079-ref 114 . T C 6229.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=752;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.9038;MQ=36.95;MQ0=0;QD=8.28;SB=-0.01;sumGLbyD=5.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:577,172:728:99:4036,0,19009 9079-ref 367 . T C 1269.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=14.4734;MQ=36.57;MQ0=0;QD=6.75;SB=3.00;sumGLbyD=6.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,52:177:99:1299,0,4308 9079-ref 368 . G A 1223.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=186;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.1385;MQ=36.57;MQ0=0;QD=6.58;SB=6.00;sumGLbyD=6.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,49:181:99:1253,0,4374 9079-ref 403 . G A 1549.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.4198;MQ=36.74;MQ0=0;QD=6.62;SB=6.00;sumGLbyD=6.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,65:216:99:1580,0,5265 9079-ref 535 . T A 1040.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.5080;MQ=36.44;MQ0=0;QD=8.26;SB=6.01;sumGLbyD=8.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,40:120:99:1070,0,2659 9079-ref 542 . C T 215.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=48.8676;MQ=35.47;MQ0=0;QD=4.60;SB=-0.01;sumGLbyD=5.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,11:46:99:246,0,1116 9079-ref 543 . T A 85.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.8681;MQ=35.33;MQ0=0;QD=1.99;SB=-0.01;sumGLbyD=2.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:42:99:115,0,999 9079-ref 545 . T G 82.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.9424;MQ=35.94;MQ0=0;QD=2.83;SB=-0.01;sumGLbyD=3.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,5:29:99:112,0,757 9079-ref 546 . A C 35.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9569;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.30;SB=-0.01;sumGLbyD=2.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,4:26:65.05:65,0,696 9079-ref 582 . T G 163.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.84;MQ0=0;QD=6.82;SB=-0.01;sumGLbyD=8.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:194,0,542 9079-ref 594 . T G 61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=34.25;MQ0=0;QD=3.21;SB=-0.01;sumGLbyD=4.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:90.99:91,0,456 9079-ref 600 . G C 94.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=34.52;MQ0=0;QD=4.52;SB=-0.01;sumGLbyD=5.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:125,0,521 9079-ref 628 . G C 37.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=4.16;SB=-0.01;sumGLbyD=7.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:67.43:67,0,186 9114-ref 22 . 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T G 3102.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6639;MQ=23.32;MQ0=0;QD=26.52;SB=-1500.80;sumGLbyD=26.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:115:99:3136,345,0 9114-ref 304 . G A 30.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9495;MQ=21.93;MQ0=0;QD=0.14;SB=97.24;sumGLbyD=0.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,23:165:60.40:60,0,3185 9114-ref 317 . C T 104.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=45.1037;MQ=22.01;MQ0=0;QD=0.58;SB=-31.61;sumGLbyD=0.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,29:134:99:135,0,2503 9114-ref 319 . C T 727.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=47.9188;MQ=22.08;MQ0=0;QD=4.16;SB=-306.15;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,69:135:99:757,0,1928 9114-ref 330 . A G 29.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.9371;MQ=24.36;MQ0=0;QD=3.63;SB=-0.01;sumGLbyD=7.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:7:59.03:59,0,76 9114-ref 331 . A G 13.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9923;MQ=25.78;MQ0=0;QD=2.71;SB=-0.01;sumGLbyD=8.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:5:29.57:43,0,30 9114-ref 569 . T C 784.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=31.39;SB=-118.59;sumGLbyD=32.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:22:66.19:818,66,0 9114-ref 572 . C T 51.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=1.91;SB=9.02;sumGLbyD=3.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:27:81.64:82,0,763 9114-ref 681 . A T 38.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.48;SB=-0.01;sumGLbyD=11.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:68.88:69,0,79 9114-ref 682 . T A 20.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.35;MQ0=0;QD=6.77;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:18.65:50,0,19 9114-ref 683 . A G 20.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.35;MQ0=0;QD=6.77;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:18.65:50,0,19 9114-ref 748 . G T 12932.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=978;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=47.7800;MQ=24.47;MQ0=0;QD=13.22;SB=-23.61;sumGLbyD=10.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:461,515:830:99:10421,0,7892 9114-ref 771 . T C 11590.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.2525;MQ=24.28;MQ0=0;QD=11.59;SB=-0.01;sumGLbyD=8.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:527,466:872:99:8953,0,10179 9133-ref 1 . G C 150.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:183,15,0 9133-ref 64 . T G 5146.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=340;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3680;MQ=36.61;MQ0=0;QD=15.14;SB=-0.01;sumGLbyD=12.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,140:328:99:4158,0,6224 9133-ref 80 . C A 5447.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=445;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.0308;MQ=36.64;MQ0=0;QD=12.24;SB=-0.01;sumGLbyD=9.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:286,158:425:99:4167,0,9048 9133-ref 198 . G C 5002.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=381;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.8366;MQ=36.79;MQ0=0;QD=13.13;SB=3.00;sumGLbyD=10.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:238,141:361:99:3914,0,7495 9133-ref 217 . T G 2934.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=287;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.5156;MQ=36.68;MQ0=0;QD=10.23;SB=-108.79;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,105:279:99:2965,0,6002 9133-ref 308 . G A 2476.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6085;MQ=36.87;MQ0=0;QD=11.00;SB=-26.62;sumGLbyD=11.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,93:204:99:2506,0,3697 9133-ref 517 . A G 3011.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=574;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.1434;MQ=36.96;MQ0=0;QD=5.25;SB=-0.01;sumGLbyD=5.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:431,139:507:99:3041,0,12582 9133-ref 616 . G A 1403.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9414;MQ=36.77;MQ0=0;QD=10.55;SB=-0.01;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,54:120:99:1433,0,2326 9133-ref 724 . A G 464.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.5951;MQ=36.58;MQ0=0;QD=6.45;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:55:99:495,0,1099 9133-ref 736 . T C 779.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7925;MQ=36.56;MQ0=0;QD=11.30;SB=-0.01;sumGLbyD=11.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:810,0,1384 9183-ref 197 . G C 4111.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8148;MQ=36.91;MQ0=0;QD=37.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:109:99:4076,293,0 9183-ref 298 . A G 6700.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6915;MQ=36.45;MQ0=0;QD=36.22;SB=-70.60;sumGLbyD=36.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,185:177:99:6700,533,0 9183-ref 299 . G A 6060.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6915;MQ=36.44;MQ0=0;QD=33.67;SB=-69.17;sumGLbyD=33.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:165:99:6060,496,0 9183-ref 368 . T C 3414.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8954;MQ=36.79;MQ0=0;QD=33.15;SB=-0.01;sumGLbyD=32.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:91:99:3378,238,0 9183-ref 767 . A G 3442.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3322;MQ=36.59;MQ0=0;QD=34.78;SB=-40.01;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:92:99:3406,241,0 9183-ref 1005 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 9224-ref 1 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 9224-ref 223 . T G 5445.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.3550;MQ=36.71;MQ0=0;QD=31.66;SB=-0.01;sumGLbyD=31.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,169:148:99:5444,445,0 9224-ref 312 . A G 2127.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.6623;MQ=36.80;MQ0=0;QD=13.82;SB=-0.01;sumGLbyD=14.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,68:153:99:2158,0,2744 9224-ref 812 . C G 2714.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.7729;MQ=36.66;MQ0=0;QD=18.34;SB=-23.61;sumGLbyD=18.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,84:141:99:2745,0,1791 9224-ref 982 . G T 3206.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4783;MQ=36.05;MQ0=0;QD=12.43;SB=-26.62;sumGLbyD=12.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,116:245:99:3236,0,4460 9224-ref 989 . A G 3027.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=262;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6755;MQ=36.03;MQ0=0;QD=11.56;SB=-53.24;sumGLbyD=11.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,106:245:99:3058,0,4547 9224-ref 1021 . C G 2726.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.4832;MQ=36.49;MQ0=0;QD=9.88;SB=-0.01;sumGLbyD=9.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,103:238:99:2756,0,4390 9224-ref 1072 . G A 2794.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7761;MQ=36.92;MQ0=0;QD=11.22;SB=-0.01;sumGLbyD=11.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,101:228:99:2825,0,4307 9224-ref 1181 . A G 1151.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.9941;MQ=36.66;MQ0=0;QD=13.09;SB=3.00;sumGLbyD=13.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:84:99:1182,0,1473 9224-ref 1205 . G C 927.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6907;MQ=36.61;MQ0=0;QD=12.04;SB=3.00;sumGLbyD=12.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:70:99:957,0,1328 9224-ref 1309 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 9339-ref 2 . 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T A 849.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7568;MQ=35.08;MQ0=0;QD=24.27;SB=-83.00;sumGLbyD=25.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:26:75.19:883,75,0 9339-ref 381 . A C 526.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8141;MQ=36.48;MQ0=0;QD=23.93;SB=-0.01;sumGLbyD=25.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:16:48.13:560,48,0 9339-ref 519 . A C 599.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.36;MQ0=0;QD=33.33;SB=-0.01;sumGLbyD=35.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.15:633,51,0 9339-ref 715 . C T 7529.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.4780;MQ=36.68;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,218:203:99:7431,513,0 9339-ref 760 . T A 94.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.3657;MQ=35.90;MQ0=0;QD=0.41;SB=222.37;sumGLbyD=0.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,26:224:99:124,0,6924 9339-ref 839 . T G 8578.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=35.81;MQ0=0;QD=36.98;SB=-29.63;sumGLbyD=36.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,232:228:99:8577,686,0 9339-ref 841 . A T 8423.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=35.82;MQ0=0;QD=36.15;SB=-29.63;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,232:226:99:8382,640,0 9339-ref 944 . G T 12818.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=358;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.2557;MQ=36.32;MQ0=0;QD=35.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,357:341:99:12817,1026,0 9339-ref 968 . C T 11883.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=340;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3901;MQ=36.25;MQ0=0;QD=34.95;SB=-116.31;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,339:319:99:11882,960,0 9339-ref 979 . T C 1605.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1713;MQ=36.18;MQ0=0;QD=6.83;SB=-0.01;sumGLbyD=6.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,72:221:99:1635,0,5261 9339-ref 1047 . A G 4576.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9382;MQ=36.69;MQ0=0;QD=35.48;SB=-0.01;sumGLbyD=35.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:121:99:4576,364,0 9339-ref 1108 . G T 2850.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9426;MQ=36.73;MQ0=0;QD=19.00;SB=-0.01;sumGLbyD=19.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,96:140:99:2881,0,1443 9339-ref 1296 . T C 360.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.7038;MQ=35.81;MQ0=0;QD=6.01;SB=18.01;sumGLbyD=6.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,15:58:99:391,0,1364 9339-ref 1297 . T C 890.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.9595;MQ=35.95;MQ0=0;QD=15.35;SB=-55.95;sumGLbyD=15.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:54:99:920,0,707 9339-ref 1330 . G C 3602.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4081;MQ=36.81;MQ0=0;QD=33.99;SB=0.68;sumGLbyD=33.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:97:99:3562,252,0 9339-ref 1397 . A G 814.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9646;MQ=36.88;MQ0=0;QD=9.36;SB=3.00;sumGLbyD=9.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,32:80:99:844,0,1599 9339-ref 1430 . A T 2237.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.2427;MQ=36.81;MQ0=0;QD=21.51;SB=-37.00;sumGLbyD=21.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,72:98:99:2267,0,794 9339-ref 1567 . C T 785.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.20;SB=-0.01;sumGLbyD=27.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,25:28:99:816,0,107 9370-ref 130 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 9370-ref 145 . A C 81.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.85;MQ0=0;QD=20.27;SB=-0.01;sumGLbyD=28.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:114,12,0 9370-ref 173 . C G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 9376-ref 122 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 9376-ref 128 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 9376-ref 166 . A G 31.82 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.91;SB=-0.01;sumGLbyD=32.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:63,6,0 9376-ref 314 . C T 39.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.23;SB=7.70;sumGLbyD=23.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:15.67:70,0,16 9377-ref 99 . A G 17.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=4.33;SB=-17.61;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:43.31:47,0,43 9377-ref 179 . C T 1713.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.24;MQ0=0;QD=27.20;SB=-151.79;sumGLbyD=27.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:60:99:1746,180,0 9377-ref 189 . A G 2192.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5773;MQ=25.55;MQ0=0;QD=27.40;SB=-338.01;sumGLbyD=27.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:78:99:2225,199,0 9377-ref 204 . G C 262.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.23;SB=-28.64;sumGLbyD=29.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.05:295,30,0 9377-ref 390 . G A 742.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.36;MQ0=0;QD=23.94;SB=-0.01;sumGLbyD=25.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:92.88:775,93,0 9377-ref 410 . A T 29142.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=954;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1720;MQ=35.75;MQ0=0;QD=30.55;SB=-2026.59;sumGLbyD=30.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,939:822:99:28860,2223,0 9377-ref 411 . A C 30505.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=958;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1720;MQ=35.76;MQ0=0;QD=31.84;SB=-2266.84;sumGLbyD=31.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,941:849:99:30198,2352,0 9377-ref 472 . G T 7795.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=275;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.9221;MQ=35.15;MQ0=0;QD=28.35;SB=629.08;sumGLbyD=23.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,210:272:99:6560,0,1247 9377-ref 473 . G T 913.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.9218;MQ=35.08;MQ0=0;QD=3.51;SB=718.17;sumGLbyD=3.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,44:258:99:943,0,6882 9377-ref 475 . G C 891.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.9945;MQ=32.35;MQ0=0;QD=9.90;SB=227.69;sumGLbyD=10.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:90:99:921,0,1652 9377-ref 477 . C G 1740.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.68;SB=-0.01;sumGLbyD=39.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1773,135,0 9377-ref 530 . G T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9085;MQ=33.00;MQ0=0;QD=14.66;SB=-0.01;sumGLbyD=20.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,3:3:9.03:120,9,0 9378-ref 286 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 9378-ref 288 . C A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 9399-ref 106 . A G 529.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.5886;MQ=23.01;MQ0=0;QD=3.01;SB=-24.67;sumGLbyD=3.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,43:137:99:560,0,2378 9399-ref 112 . 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C G 5518.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8198;MQ=36.48;MQ0=0;QD=35.60;SB=-29.63;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:149:99:5517,448,0 9399-ref 749 . T A 1284.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3831;MQ=36.68;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:1315,0,1524 9399-ref 829 . A G 2555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.1343;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.17;SB=-32.51;sumGLbyD=31.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:74:99:2589,223,0 9399-ref 850 . T A 815.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6313;MQ=36.63;MQ0=0;QD=10.07;SB=-33.30;sumGLbyD=10.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,28:76:99:846,0,1557 9399-ref 1010 . A T 36.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.80;MQ0=0;QD=0.63;SB=6.01;sumGLbyD=1.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,6:56:66.05:66,0,1791 9399-ref 1056 . A G 90.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=11.29;SB=-0.01;sumGLbyD=15.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:120,0,120 9399-ref 1074 . T C 115.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9968;MQ=34.93;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=14.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:145,0,162 9399-ref 1091 . G A 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.90;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:58,0,68 9400-ref 147 . C A 55.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=3.06;SB=-0.01;sumGLbyD=4.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:85.09:85,0,496 9400-ref 167 . C G 64.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.72;MQ0=0;QD=4.01;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:15:94.12:94,0,377 9400-ref 176 . G A 67.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9370;MQ=35.72;MQ0=0;QD=4.20;SB=-0.01;sumGLbyD=6.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:14:97.15:97,0,307 9400-ref 553 . C T 2268.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4321;MQ=24.47;MQ0=0;QD=27.00;SB=-27.67;sumGLbyD=27.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2301,246,0 9400-ref 660 . T C 512.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9717;MQ=35.81;MQ0=0;QD=7.54;SB=-37.00;sumGLbyD=7.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,23:49:99:542,0,853 9400-ref 749 . T C 642.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4359;MQ=36.01;MQ0=0;QD=20.71;SB=-0.01;sumGLbyD=21.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:30:99:672,0,216 9400-ref 777 . C G 986.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=36.64;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.23:1019,81,0 9400-ref 804 . T G 275.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.19;MQ0=0;QD=11.01;SB=3.00;sumGLbyD=12.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:22:99:305,0,385 9400-ref 814 . G T 415.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.12;MQ0=0;QD=18.08;SB=-26.62;sumGLbyD=19.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:22:99:446,0,249 9445-ref 495 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 9518-ref 57 . G A 238.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.85;MQ0=0;QD=23.84;SB=-0.01;sumGLbyD=26.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:9:11.50:268,0,11 9518-ref 71 . C A 606.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=31.92;SB=-0.01;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:17.85:639,18,0 9518-ref 167 . G C 644.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.8919;MQ=31.76;MQ0=0;QD=25.78;SB=-316.90;sumGLbyD=26.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,22:25:24.81:675,0,25 9518-ref 228 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 9518-ref 232 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 9518-ref 338 . T C 85.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=17.09;SB=-0.01;sumGLbyD=23.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.60:115,0,15 9518-ref 350 . C T 138.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=27.78;SB=-0.01;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.02:172,15,0 9518-ref 673 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 9541-ref 86 . T C 942.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9375;MQ=35.59;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=33.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:81.20:976,81,0 9541-ref 99 . A T 131.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.0417;MQ=34.86;MQ0=0;QD=2.98;SB=-32.04;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,11:36:99:161,0,931 9541-ref 630 . C T 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-28.38;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0 9555-ref 89 . G C 6083.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2581;MQ=30.45;MQ0=0;QD=28.83;SB=-0.01;sumGLbyD=28.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,210:184:99:6042,514,0 9555-ref 193 . C G 1364.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.3102;MQ=30.92;MQ0=0;QD=7.14;SB=-153.87;sumGLbyD=7.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,67:155:99:1394,0,2648 9555-ref 220 . C T 7576.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=288;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.8967;MQ=34.71;MQ0=0;QD=26.31;SB=-193.54;sumGLbyD=26.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,285:221:99:7573,664,0 9555-ref 258 . A T 6192.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.5719;MQ=36.44;MQ0=0;QD=18.94;SB=-26.62;sumGLbyD=16.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,167:307:99:5267,0,4208 9555-ref 291 . C T 225.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1951;MQ=35.41;MQ0=0;QD=1.95;SB=-0.01;sumGLbyD=2.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,17:108:99:256,0,2997 9555-ref 292 . G T 239.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1951;MQ=35.41;MQ0=0;QD=2.06;SB=-0.01;sumGLbyD=2.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,18:105:99:269,0,2918 9555-ref 373 . T C 343.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8628;MQ=33.91;MQ0=0;QD=3.91;SB=-12.66;sumGLbyD=4.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,18:84:99:374,0,2149 9555-ref 384 . C A 1196.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8778;MQ=34.55;MQ0=0;QD=25.46;SB=-27.67;sumGLbyD=26.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:38:86.59:1229,87,0 9555-ref 436 . G A 126.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.41;MQ0=0;QD=25.28;SB=-0.01;sumGLbyD=31.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:159,15,0 9591-ref 30 . C A 21.25 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=7.08;SB=-0.01;sumGLbyD=17.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:51,0,21 9591-ref 49 . G C 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-88.04;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0 9591-ref 97 . 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T C 2527.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.73;SB=-40.01;sumGLbyD=38.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:66:99:2561,199,0 9591-ref 574 . C T 1088.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9142;MQ=36.70;MQ0=0;QD=32.02;SB=-0.01;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:32:57.71:1122,58,0 9591-ref 675 . T G 22.05 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.2473;MQ=36.65;MQ0=0;QD=0.39;SB=-22.39;sumGLbyD=0.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,9:52:52.01:52,0,1593 9591-ref 710 . G A 192.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.8542;MQ=36.86;MQ0=0;QD=0.87;SB=-11.58;sumGLbyD=1.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,26:205:99:223,0,6359 9591-ref 774 . T A 2129.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.0233;MQ=35.74;MQ0=0;QD=12.52;SB=-0.01;sumGLbyD=12.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,78:156:99:2159,0,2508 9591-ref 780 . 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C T 1669.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.4205;MQ=36.40;MQ0=0;QD=14.03;SB=-0.01;sumGLbyD=14.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:105:99:1699,0,1558 9591-ref 1114 . A T 1554.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5754;MQ=36.12;MQ0=0;QD=13.51;SB=-0.01;sumGLbyD=13.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:102:99:1584,0,1611 9591-ref 1177 . G T 263.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.4474;MQ=35.85;MQ0=0;QD=4.25;SB=-0.01;sumGLbyD=4.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,13:61:99:293,0,1400 9591-ref 1178 . C T 261.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=18.2795;MQ=35.81;MQ0=0;QD=4.36;SB=-0.01;sumGLbyD=4.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,13:57:99:291,0,1388 9591-ref 1212 . T C 321.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8184;MQ=36.23;MQ0=0;QD=6.07;SB=-0.01;sumGLbyD=6.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,15:51:99:352,0,1248 9591-ref 1240 . 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A T 1306.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.5557;MQ=31.12;MQ0=0;QD=5.91;SB=3.00;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,55:213:99:1337,0,4462 9591-ref 1321 . A G 96.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8685;MQ=32.91;MQ0=0;QD=1.24;SB=-23.61;sumGLbyD=1.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,11:73:99:126,0,2011 9591-ref 1332 . G A 114.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.0083;MQ=32.94;MQ0=0;QD=2.08;SB=-19.68;sumGLbyD=2.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,9:51:99:144,0,1264 9591-ref 1339 . A G 245.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.0202;MQ=33.09;MQ0=0;QD=6.47;SB=3.00;sumGLbyD=7.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:31:99:276,0,578 9591-ref 1340 . T C 361.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.5510;MQ=32.91;MQ0=0;QD=9.27;SB=-23.62;sumGLbyD=10.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:31:99:391,0,452 9591-ref 1351 . 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A C 1670.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4017;MQ=35.12;MQ0=0;QD=16.88;SB=-26.62;sumGLbyD=17.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:97:99:1701,0,1278 9591-ref 1584 . T C 4343.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9993;MQ=34.95;MQ0=0;QD=35.89;SB=-29.63;sumGLbyD=35.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:118:99:4343,355,0 9591-ref 1614 . A G 1760.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0680;MQ=35.64;MQ0=0;QD=11.66;SB=3.00;sumGLbyD=11.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,65:144:99:1790,0,2639 9591-ref 1626 . G A 1520.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7902;MQ=35.87;MQ0=0;QD=9.87;SB=3.00;sumGLbyD=10.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,57:140:99:1551,0,2800 9591-ref 1726 . T C 31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4024;MQ=35.75;MQ0=0;QD=0.63;SB=-0.01;sumGLbyD=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,7:45:60.99:61,0,1342 9591-ref 1761 . C T 1057.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.66;MQ0=0;QD=34.12;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.25:1091,90,0 9591-ref 1768 . G A 835.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.80;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.19:868,72,0 9591-ref 1898 . A T 631.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.55;SB=-0.01;sumGLbyD=33.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.15:664,54,0 9591-ref 1933 . G A 656.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=34.57;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.17:690,54,0 9594-ref 47 . A G 175.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=26.69;MQ0=0;QD=16.00;SB=-89.96;sumGLbyD=18.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:10:33.99:206,0,34 9594-ref 60 . A T 202.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.26;SB=-116.06;sumGLbyD=29.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:235,24,0 9594-ref 258 . T G 46.65 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=15.55;SB=-0.01;sumGLbyD=26.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.02:78,6,0 9594-ref 278 . T C 153.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9130;MQ=20.80;MQ0=0;QD=6.67;SB=-0.01;sumGLbyD=7.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:8:14.53:183,0,15 9594-ref 289 . T C 210.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.78;MQ0=0;QD=9.57;SB=-55.38;sumGLbyD=11.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,10:10:6.36:242,6,0 9594-ref 298 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.62;MQ0=0;QD=17.20;SB=-58.00;sumGLbyD=23.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.02:118,12,0 9659-ref 3 . A T 17.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9677;MQ=23.56;MQ0=0;QD=0.69;SB=8.30;sumGLbyD=1.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:20:47.78:48,0,294 9659-ref 198 . C A 11547.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=885;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.6075;MQ=36.77;MQ0=0;QD=13.05;SB=3.00;sumGLbyD=10.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:533,351:733:99:9338,0,13165 9659-ref 216 . G A 11568.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=881;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=45.8181;MQ=36.77;MQ0=0;QD=13.13;SB=-30.97;sumGLbyD=10.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:523,350:770:99:9248,0,14861 9659-ref 277 . C G 2125.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7797;MQ=36.65;MQ0=0;QD=12.36;SB=-28.55;sumGLbyD=12.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,69:168:99:2155,0,3232 9659-ref 295 . A T 161.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=14.9856;MQ=36.33;MQ0=0;QD=2.12;SB=-0.01;sumGLbyD=2.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,12:74:99:191,0,2086 9659-ref 305 . A T 1528.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9822;MQ=35.90;MQ0=0;QD=23.51;SB=-0.01;sumGLbyD=23.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,46:65:99:1558,0,511 9659-ref 319 . A G 1196.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.34;MQ0=0;QD=17.60;SB=-0.01;sumGLbyD=18.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:63:99:1227,0,743 9659-ref 335 . C T 2246.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.31;MQ0=0;QD=33.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:63:99:2279,190,0 9659-ref 361 . A G 461.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=35.72;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=8.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:56:99:491,0,1271 9659-ref 375 . A T 1246.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=3.9366;MQ=36.26;MQ0=0;QD=22.66;SB=-110.30;sumGLbyD=23.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,41:52:99:1276,0,301 9659-ref 399 . G T 871.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4671;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.35;SB=-110.30;sumGLbyD=23.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:37:99:902,0,320 9659-ref 413 . G A 298.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.5585;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.87;SB=-64.28;sumGLbyD=8.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:36:99:329,0,840 9659-ref 420 . G A 379.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.0894;MQ=36.77;MQ0=0;QD=8.62;SB=-59.84;sumGLbyD=9.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:42:99:409,0,938 9659-ref 436 . C G 132.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.3010;MQ=36.46;MQ0=0;QD=1.64;SB=76.96;sumGLbyD=2.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,13:78:99:163,0,2161 9659-ref 491 . T G 102.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=89.6316;MQ=19.09;MQ0=0;QD=0.10;SB=27.03;sumGLbyD=0.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:966,22:43:99:132,0,958 9659-ref 492 . A G 107.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=103.7294;MQ=19.09;MQ0=0;QD=0.11;SB=27.01;sumGLbyD=0.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:979,9:45:99:138,0,964 9741-ref 40 . T G 527.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5854;MQ=36.03;MQ0=0;QD=11.47;SB=-0.01;sumGLbyD=12.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:41:99:558,0,650 9741-ref 187 . A C 1329.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.3906;MQ=29.12;MQ0=0;QD=6.21;SB=-0.01;sumGLbyD=6.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,60:205:99:1360,0,3828 9741-ref 198 . T A 5775.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.2445;MQ=32.33;MQ0=0;QD=16.74;SB=-0.01;sumGLbyD=13.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,180:308:99:4809,0,3657 9741-ref 229 . A T 166.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=499;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.8153;MQ=34.48;MQ0=0;QD=0.33;SB=6.01;sumGLbyD=0.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:448,50:481:99:196,0,14077 9741-ref 241 . C G 13396.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=502;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.1587;MQ=35.08;MQ0=0;QD=26.69;SB=6.00;sumGLbyD=23.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,391:470:99:11980,0,1859 9741-ref 262 . G A 10097.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=429;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=86.2932;MQ=35.15;MQ0=0;QD=23.54;SB=-26.62;sumGLbyD=20.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,286:408:99:8814,0,3177 9741-ref 263 . G A 1214.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=420;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=89.2927;MQ=35.21;MQ0=0;QD=2.89;SB=3.00;sumGLbyD=2.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:345,73:402:99:1244,0,10535 9741-ref 272 . T G 5960.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=333;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=74.6236;MQ=35.05;MQ0=0;QD=17.90;SB=-23.62;sumGLbyD=15.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,184:291:99:5083,0,3374 9741-ref 291 . G A 386.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8971;MQ=35.24;MQ0=0;QD=1.70;SB=-70.83;sumGLbyD=1.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,37:212:99:417,0,6008 9741-ref 346 . 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G C 44.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9286;MQ=30.44;MQ0=0;QD=2.81;SB=-0.01;sumGLbyD=4.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:14:74.90:75,0,299 9741-ref 665 . G T 341.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9406;MQ=27.76;MQ0=0;QD=24.40;SB=-0.01;sumGLbyD=26.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:12.46:374,12,0 9741-ref 696 . C G 385.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=29.66;SB=-181.62;sumGLbyD=32.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:419,39,0 9741-ref 697 . C T 391.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=30.11;SB=-187.41;sumGLbyD=32.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:424,39,0 9741-ref 698 . A G 444.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.47;MQ0=0;QD=29.61;SB=-184.89;sumGLbyD=31.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.09:477,45,0 9741-ref 818 . A G 185.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.23;SB=-0.01;sumGLbyD=27.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:6:18.06:219,18,0 9741-ref 887 . A G 861.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.57;MQ0=0;QD=30.76;SB=-0.01;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:25:75.17:894,75,0 9741-ref 1181 . G A 10.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.94;SB=-0.01;sumGLbyD=3.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:39.94:40,0,315 9741-ref 1212 . T G 176.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.62;SB=-0.01;sumGLbyD=22.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:92.93:207,0,93 9741-ref 1390 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 9741-ref 1447 . G T 198.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.53;MQ0=0;QD=28.43;SB=-0.01;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:232,18,0 9785-ref 156 . A G 139.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.14;MQ0=0;QD=27.92;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:172,15,0 9785-ref 180 . C A 312.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3775;MQ=27.71;MQ0=0;QD=15.61;SB=-167.04;sumGLbyD=17.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:15:14.19:342,0,14 9785-ref 211 . T A 723.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.3999;MQ=24.43;MQ0=0;QD=20.11;SB=-264.99;sumGLbyD=21.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:31:50.75:757,51,0 9804-ref 7 . A G 91.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=6.8802;MQ=24.74;MQ0=0;QD=4.83;SB=3.00;sumGLbyD=6.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:122,0,288 9804-ref 51 . A G 3921.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4916;MQ=29.42;MQ0=0;QD=30.40;SB=-1139.31;sumGLbyD=30.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:123:99:3920,370,0 9804-ref 55 . A G 4342.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5755;MQ=29.44;MQ0=0;QD=30.58;SB=-1135.86;sumGLbyD=30.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:135:99:4340,406,0 9804-ref 56 . T C 73.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0447;MQ=29.67;MQ0=0;QD=0.51;SB=-0.66;sumGLbyD=0.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,14:136:99:104,0,3414 9804-ref 77 . A G 220.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=624;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=51.6196;MQ=29.95;MQ0=0;QD=0.35;SB=72.64;sumGLbyD=0.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:552,70:547:99:251,0,13930 9804-ref 94 . C T 310.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=729;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=43.6972;MQ=28.86;MQ0=0;QD=0.43;SB=35.16;sumGLbyD=0.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:653,76:687:99:341,0,17015 9804-ref 99 . G A 20086.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=678;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=101.3072;MQ=28.45;MQ0=0;QD=29.63;SB=-187.00;sumGLbyD=29.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,673:648:99:20025,1914,0 9804-ref 108 . C T 1080.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=645;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.5846;MQ=28.56;MQ0=0;QD=1.68;SB=15.02;sumGLbyD=1.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:528,112:593:99:1110,0,13509 9804-ref 146 . T G 1616.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=150.8057;MQ=26.09;MQ0=0;QD=7.45;SB=-34.00;sumGLbyD=7.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,76:202:99:1646,0,3035 9804-ref 148 . C T 385.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=122.6295;MQ=25.48;MQ0=0;QD=2.05;SB=3.00;sumGLbyD=2.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,32:179:99:416,0,3528 9804-ref 155 . C T 3508.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=85.1837;MQ=24.58;MQ0=0;QD=24.03;SB=-27.67;sumGLbyD=24.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:126:99:3505,378,0 9804-ref 165 . G T 1380.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.8878;MQ=24.73;MQ0=0;QD=8.91;SB=3.00;sumGLbyD=9.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,68:138:99:1411,0,1661 9804-ref 220 . A G 1712.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.6321;MQ=24.88;MQ0=0;QD=13.81;SB=-346.24;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,74:119:99:1743,0,947 9804-ref 227 . C T 1863.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8267;MQ=23.01;MQ0=0;QD=20.71;SB=-372.00;sumGLbyD=21.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,80:88:12.39:1893,0,12 9804-ref 279 . C T 29.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=22.28;MQ0=0;QD=4.85;SB=-0.01;sumGLbyD=9.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:4:17.64:59,0,18 9804-ref 328 . C T 469.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8317;MQ=29.15;MQ0=0;QD=8.10;SB=-175.86;sumGLbyD=8.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:45:99:500,0,588 9804-ref 343 . G C 1572.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6940;MQ=30.65;MQ0=0;QD=15.42;SB=-302.93;sumGLbyD=15.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,69:81:99:1603,0,564 9804-ref 346 . A G 493.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.7733;MQ=31.09;MQ0=0;QD=4.29;SB=33.04;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,28:89:99:523,0,1926 9804-ref 357 . A G 201.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6422;MQ=30.49;MQ0=0;QD=1.46;SB=30.03;sumGLbyD=1.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,22:117:99:231,0,2864 9804-ref 501 . T C 10895.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=648;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.9877;MQ=27.50;MQ0=0;QD=16.81;SB=-346.91;sumGLbyD=13.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:248,396:592:99:9049,0,4932 9804-ref 509 . C T 7087.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=697;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=87.5171;MQ=28.15;MQ0=0;QD=10.17;SB=-457.86;sumGLbyD=7.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:452,245:644:99:5140,0,10557 9804-ref 565 . A G 22134.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=685;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.7689;MQ=32.47;MQ0=0;QD=32.31;SB=-1124.97;sumGLbyD=32.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,680:656:99:22087,1932,0 9804-ref 585 . A G 16453.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=475;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.6354;MQ=36.03;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1234.99;sumGLbyD=34.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,471:440:99:16388,1283,0 9804-ref 668 . C A 554.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8202;MQ=36.43;MQ0=0;QD=27.74;SB=-206.29;sumGLbyD=29.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,17:20:46.63:585,0,47 9804-ref 669 . A C 526.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8202;MQ=36.40;MQ0=0;QD=27.74;SB=-171.41;sumGLbyD=29.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:19:50.51:557,0,51 9804-ref 670 . C A 74.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8202;MQ=34.66;MQ0=0;QD=14.99;SB=-0.01;sumGLbyD=21.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.02:107,9,0 9804-ref 697 . T C 75.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9875;MQ=30.92;MQ0=0;QD=5.40;SB=15.01;sumGLbyD=7.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:106,0,248 9804-ref 727 . A G 87.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9804;MQ=35.13;MQ0=0;QD=4.59;SB=-8.50;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:18:99:117,0,344 9804-ref 738 . C T 130.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.15;SB=-0.01;sumGLbyD=32.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:163,15,0 9804-ref 739 . T A 142.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.42;SB=-0.01;sumGLbyD=34.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:175,15,0 9840-ref 592 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 9840-ref 921 . T C 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.71;SB=-0.01;sumGLbyD=15.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:5:64.96:105,0,65 9840-ref 1032 . G T 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:71,0,30 9840-ref 1315 . T C 42.20 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0 9901-ref 115 . C G 146.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:180,15,0 9901-ref 141 . A C 186.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.15;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:220,18,0 9901-ref 177 . G A 66.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.73;SB=-0.01;sumGLbyD=24.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:97,0,27 9901-ref 324 . G C 324.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.47;SB=-0.01;sumGLbyD=32.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:27.09:357,27,0 9901-ref 363 . C G 522.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9957;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.13;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,17:18:15.18:553,0,15 9901-ref 414 . G A 366.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.37;SB=-0.01;sumGLbyD=22.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:397,0,166 9901-ref 448 . C G 245.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.32;SB=-0.01;sumGLbyD=25.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:80.83:276,0,81 9901-ref 483 . C T 270.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:304,24,0 9901-ref 615 . A T 294.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.80;SB=-0.01;sumGLbyD=29.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:46.90:325,0,47 9901-ref 837 . G A 98.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.71;SB=-0.01;sumGLbyD=25.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.28:129,0,24 9901-ref 867 . C G 125.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=20.92;SB=-0.01;sumGLbyD=25.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:8.63:155,0,9 9901-ref 873 . C T 75.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.65;SB=-0.01;sumGLbyD=17.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:53.78:106,0,54 9901-ref 885 . T C 33.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=4.79;SB=-0.01;sumGLbyD=9.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:5:63.54:64,0,77 9901-ref 896 . G A 70.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=11.74;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:58.33:100,0,58 9901-ref 900 . C T 163.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.25;SB=-0.01;sumGLbyD=32.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:196,18,0 9901-ref 921 . G A 76.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=15.27;SB=-0.01;sumGLbyD=21.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:106,0,25 9901-ref 960 . C T 144.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3696;MQ=30.58;MQ0=0;QD=12.05;SB=-26.65;sumGLbyD=14.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:7:16.75:175,0,17 9901-ref 966 . A G 249 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3696;MQ=30.58;MQ0=0;QD=20.75;SB=-26.62;sumGLbyD=23.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:38.30:279,0,38 9901-ref 1221 . A G 80.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0 9901-ref 1248 . G A 65.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9990;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.27;SB=-0.01;sumGLbyD=23.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:17.59:95,0,18 9901-ref 1314 . C T 211.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=17.59;SB=-0.01;sumGLbyD=20.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:11:68.60:241,0,69 9901-ref 1320 . G A 249.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.28;MQ0=0;QD=20.78;SB=-0.01;sumGLbyD=23.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:46.92:279,0,47 9901-ref 1423 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 9901-ref 1461 . C T 60.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.21;SB=-0.01;sumGLbyD=31.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:93,9,0 9901-ref 1530 . C T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 9901-ref 1554 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 9901-ref 1580 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 9907-ref 12 . T C 818.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5592;MQ=36.44;MQ0=0;QD=15.15;SB=-0.01;sumGLbyD=15.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:46:99:848,0,578 9907-ref 167 . A G 279.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2371;MQ=36.63;MQ0=0;QD=3.40;SB=3.00;sumGLbyD=3.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,14:78:99:309,0,2268 9907-ref 184 . C A 2065.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4056;MQ=36.72;MQ0=0;QD=18.95;SB=-72.57;sumGLbyD=19.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,66:103:99:2096,0,1208 9907-ref 189 . C T 1976.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8742;MQ=36.75;MQ0=0;QD=16.07;SB=-67.43;sumGLbyD=16.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,67:112:99:2006,0,1610 9907-ref 262 . G A 16932.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=705;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.0055;MQ=36.67;MQ0=0;QD=24.02;SB=-1189.16;sumGLbyD=21.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:241,463:690:99:14826,0,6651 9907-ref 321 . T C 369.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=14.77;SB=3.00;sumGLbyD=15.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:399,0,352 10036-ref 66 . G A 145.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.44;MQ0=0;QD=4.04;SB=-0.01;sumGLbyD=4.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,9:21:99:176,0,398 10036-ref 98 . T A 118.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.24;MQ0=0;QD=2.97;SB=-0.01;sumGLbyD=3.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,7:35:99:149,0,948 10036-ref 132 . C T 12.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4687;MQ=35.72;MQ0=0;QD=0.51;SB=3.00;sumGLbyD=1.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:19:42.09:42,0,536 10036-ref 341 . G T 1086.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.68;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.25:1120,93,0 10036-ref 342 . A G 633.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.68;MQ0=0;QD=20.42;SB=-0.01;sumGLbyD=21.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:31:99:663,0,293 10036-ref 356 . A G 138.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=35.94;MQ0=0;QD=4.77;SB=-26.62;sumGLbyD=5.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:28:99:168,0,648 10036-ref 359 . A T 84.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=36.64;MQ0=0;QD=3.02;SB=-26.62;sumGLbyD=4.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:25:99:114,0,642 10036-ref 385 . A T 547.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.96;SB=-0.01;sumGLbyD=10.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:48:99:578,0,889 10036-ref 495 . T A 71.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9382;MQ=36.47;MQ0=0;QD=1.89;SB=-25.54;sumGLbyD=2.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,6:37:99:102,0,1087 10036-ref 617 . T C 270.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3851;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.19;SB=-0.01;sumGLbyD=9.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:30:99:300,0,695 10036-ref 634 . C T 301.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.18;SB=-0.01;sumGLbyD=12.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:332,0,516 10036-ref 682 . A G 19.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4686;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.82;SB=-0.01;sumGLbyD=4.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:10:49.92:50,0,279 10036-ref 683 . A G 324.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.40;SB=-0.01;sumGLbyD=35.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:357,27,0 10036-ref 689 . G T 23.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.65;SB=-0.01;sumGLbyD=5.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:8:53.81:54,0,207 10036-ref 692 . T A 19.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.81;SB=-0.01;sumGLbyD=4.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.91:50,0,283 10036-ref 855 . T C 371.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.61;SB=-0.01;sumGLbyD=31.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:11:33.09:405,33,0 10036-ref 914 . T C 152.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.49;SB=-0.01;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:183,0,397 10036-ref 972 . T G 19.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.93:50,0,262 10048-ref 26 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10048-ref 133 . C T 50.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:80.88:81,0,300 10048-ref 220 . C T 42.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=1.62;SB=-0.01;sumGLbyD=2.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,4:25:72.21:72,0,700 10048-ref 223 . T G 111.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=4.64;SB=-0.01;sumGLbyD=5.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:22:99:141,0,530 10048-ref 262 . A G 44.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6723;MQ=36.40;MQ0=0;QD=1.30;SB=-0.01;sumGLbyD=2.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:33:74.33:74,0,954 10091-ref 19 . C A 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0 10091-ref 62 . C T 55.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=14.00;SB=-0.01;sumGLbyD=21.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:86,0,28 10091-ref 64 . T C 24.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.02;SB=-0.01;sumGLbyD=18.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:54,0,31 10091-ref 87 . G A 158.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=19.82;SB=-0.01;sumGLbyD=23.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:7:18.95:188,0,19 10091-ref 91 . T A 289.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.28;MQ0=0;QD=24.09;SB=-0.01;sumGLbyD=26.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.07:322,27,0 10091-ref 122 . G A 1509.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.58;MQ0=0;QD=31.45;SB=-0.01;sumGLbyD=32.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:42:99:1543,126,0 10091-ref 220 . C A 2753.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.92;MQ0=0;QD=32.39;SB=-0.01;sumGLbyD=32.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:84:99:2786,223,0 10091-ref 247 . G A 1302.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8243;MQ=26.29;MQ0=0;QD=28.93;SB=-59.25;sumGLbyD=29.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1335,132,0 10091-ref 251 . T C 1041.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9312;MQ=25.36;MQ0=0;QD=25.41;SB=-0.01;sumGLbyD=26.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:39:84.59:1075,85,0 10091-ref 254 . T C 1026.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9312;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.66;SB=-0.01;sumGLbyD=26.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:38:84.58:1060,85,0 10091-ref 291 . A G 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=28.48;MQ0=0;QD=16.80;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.02:99,9,0 10091-ref 325 . T C 99.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=24.81;SB=-0.01;sumGLbyD=33.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:132,12,0 10091-ref 332 . C T 143.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.73;SB=-0.01;sumGLbyD=35.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:176,15,0 10091-ref 377 . G T 1015.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3602;MQ=35.58;MQ0=0;QD=28.20;SB=-0.01;sumGLbyD=29.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:33:30.34:1048,30,0 10091-ref 393 . G A 1446.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.44;SB=-0.01;sumGLbyD=35.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:86.37:1479,86,0 10091-ref 438 . A G 20.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.61:50,0,21 10091-ref 440 . G A 20.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.61:50,0,21 10091-ref 475 . A G 223.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=27.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:257,24,0 10091-ref 525 . C A 318.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.24;MQ0=0;QD=17.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:349,0,145 10091-ref 528 . T G 295.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=20.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:99:326,0,110 10091-ref 529 . T A 464.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=29.02;SB=-0.01;sumGLbyD=31.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.11:497,45,0 10091-ref 554 . T C 649.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=25.97;SB=-0.01;sumGLbyD=27.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,23:24:7.84:679,0,8 10091-ref 563 . G A 617.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=30.89;SB=-0.01;sumGLbyD=32.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:57.15:651,57,0 10091-ref 601 . C G 251.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=35.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:284,24,0 10091-ref 603 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 10094-ref 95 . G A 168.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=34.69;MQ0=0;QD=18.77;SB=-0.01;sumGLbyD=22.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:18.03:202,18,0 10094-ref 151 . A T 393.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.77;SB=-0.01;sumGLbyD=35.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.11:426,33,0 10094-ref 237 . A G 1226.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.05;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1260,105,0 10094-ref 239 . T G 1108.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.39;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.25:1142,96,0 10094-ref 260 . A T 610.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=27.77;SB=-0.01;sumGLbyD=29.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:19:57.14:644,57,0 10094-ref 271 . A G 1348.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.84;MQ0=0;QD=32.89;SB=-0.01;sumGLbyD=33.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:39:99:1381,117,0 10094-ref 284 . A G 3124.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=34.86;MQ0=0;QD=35.91;SB=-68.21;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:86:99:3157,259,0 10094-ref 290 . C T 950.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4689;MQ=35.60;MQ0=0;QD=10.01;SB=-57.43;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:86:99:981,0,1594 10094-ref 378 . C A 3116.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4914;MQ=35.64;MQ0=0;QD=11.13;SB=-0.01;sumGLbyD=11.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,114:266:99:3146,0,4938 10094-ref 383 . C G 7719.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7892;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.61;SB=-38.58;sumGLbyD=34.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,220:213:99:7693,638,0 10094-ref 423 . A G 8035.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=34.59;MQ0=0;QD=35.09;SB=-0.01;sumGLbyD=35.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,229:220:99:8034,662,0 10094-ref 441 . A G 7109.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7064;MQ=34.25;MQ0=0;QD=34.68;SB=-29.63;sumGLbyD=34.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,204:198:99:7109,596,0 10094-ref 465 . A G 5436.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3348;MQ=35.18;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:147:99:5436,442,0 10094-ref 546 . A G 5589.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5937;MQ=31.41;MQ0=0;QD=31.22;SB=-34.36;sumGLbyD=31.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:171:99:5587,514,0 10094-ref 568 . A G 5766.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=30.81;MQ0=0;QD=32.21;SB=-36.99;sumGLbyD=32.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:175:99:5765,526,0 10094-ref 572 . A G 5762.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9265;MQ=30.81;MQ0=0;QD=32.19;SB=-39.32;sumGLbyD=32.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:176:99:5760,529,0 10094-ref 585 . C T 4217.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1478;MQ=31.78;MQ0=0;QD=29.09;SB=-37.80;sumGLbyD=28.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,141:131:99:4099,314,0 10094-ref 777 . G C 1687.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0021;MQ=36.82;MQ0=0;QD=14.80;SB=-0.01;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:111:99:1717,0,1865 10094-ref 819 . A G 1230.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0038;MQ=36.72;MQ0=0;QD=16.85;SB=-0.01;sumGLbyD=17.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:68:99:1260,0,866 10094-ref 882 . G C 260.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9368;MQ=35.03;MQ0=0;QD=3.83;SB=-0.01;sumGLbyD=4.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,17:65:99:290,0,1688 10094-ref 887 . T C 266.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4676;MQ=34.96;MQ0=0;QD=4.04;SB=-0.01;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,16:64:99:296,0,1663 10094-ref 895 . C T 89.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4151;MQ=35.08;MQ0=0;QD=1.52;SB=-26.62;sumGLbyD=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,11:58:99:120,0,1636 10094-ref 899 . T C 164.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9455;MQ=35.04;MQ0=0;QD=2.83;SB=-26.62;sumGLbyD=3.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,12:57:99:194,0,1580 10144-ref 198 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10144-ref 347 . A T 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7143;MQ=28.48;MQ0=0;QD=5.07;SB=-20.61;sumGLbyD=12.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:50,0,30 10144-ref 348 . G A 43.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=3.7143;MQ=27.82;MQ0=0;QD=8.77;SB=-23.63;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:47.98:74,0,48 10144-ref 745 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10185-ref 43 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10223-ref 52 . C T 2542.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.25;SB=-1036.79;sumGLbyD=28.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:87:99:2575,261,0 10223-ref 53 . C G 2603.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.93;SB=-1066.41;sumGLbyD=29.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:89:99:2636,267,0 10223-ref 56 . A G 2980.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.66;MQ0=0;QD=28.66;SB=-1475.81;sumGLbyD=28.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:100:99:3013,298,0 10223-ref 57 . A T 3002.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.66;MQ0=0;QD=28.87;SB=-1505.29;sumGLbyD=29.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:100:99:3036,301,0 10223-ref 111 . A G 327.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1259;MQ=36.51;MQ0=0;QD=1.98;SB=5.98;sumGLbyD=2.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,22:143:99:357,0,3923 10223-ref 145 . T C 209.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=201;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7052;MQ=35.73;MQ0=0;QD=1.04;SB=-0.01;sumGLbyD=1.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,28:186:99:239,0,5480 10223-ref 146 . G A 188.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.0180;MQ=35.72;MQ0=0;QD=0.94;SB=-0.01;sumGLbyD=1.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,26:184:99:218,0,5432 10223-ref 165 . A G 919.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.4793;MQ=35.94;MQ0=0;QD=3.66;SB=-0.01;sumGLbyD=3.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,49:235:99:950,0,6298 10223-ref 166 . C T 855.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.4880;MQ=35.94;MQ0=0;QD=3.41;SB=-0.01;sumGLbyD=3.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,48:239:99:886,0,6644 10223-ref 250 . A G 4799.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=321;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.0392;MQ=36.84;MQ0=0;QD=14.95;SB=2.99;sumGLbyD=12.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,143:281:99:3931,0,4532 10223-ref 295 . C G 6403.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=417;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.9025;MQ=36.78;MQ0=0;QD=15.36;SB=-26.62;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,198:354:99:5336,0,5651 10223-ref 424 . C T 9824.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=590;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.6106;MQ=36.67;MQ0=0;QD=16.65;SB=-33.31;sumGLbyD=13.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:317,272:556:99:8149,0,9078 10223-ref 474 . T C 15632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=467;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.0120;MQ=35.82;MQ0=0;QD=33.47;SB=-22.66;sumGLbyD=33.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,462:435:99:15453,1169,0 10223-ref 492 . G C 12705.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=350;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2294;MQ=35.40;MQ0=0;QD=36.30;SB=-59.25;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,349:343:99:12664,993,0 10223-ref 514 . C T 6857.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=379;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.5690;MQ=36.01;MQ0=0;QD=18.09;SB=-57.60;sumGLbyD=15.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,202:357:99:5762,0,5129 10223-ref 574 . A G 1613.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.1087;MQ=36.13;MQ0=0;QD=9.84;SB=-0.01;sumGLbyD=10.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,57:147:99:1643,0,2642 10223-ref 601 . T A 901.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2278;MQ=33.69;MQ0=0;QD=25.75;SB=-0.01;sumGLbyD=26.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:35:81.21:934,81,0 10223-ref 602 . G A 562 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3957;MQ=33.37;MQ0=0;QD=17.56;SB=9.02;sumGLbyD=18.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:592,0,256 10223-ref 603 . G A 249.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3957;MQ=31.58;MQ0=0;QD=8.89;SB=9.02;sumGLbyD=9.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:279,0,469 10223-ref 604 . G T 40.64 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8033;MQ=31.72;MQ0=0;QD=0.99;SB=6.01;sumGLbyD=1.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,6:33:70.64:71,0,824 10223-ref 616 . T C 511.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2123;MQ=32.81;MQ0=0;QD=9.14;SB=-134.60;sumGLbyD=9.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:49:99:542,0,847 10223-ref 631 . T C 1173.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8729;MQ=34.49;MQ0=0;QD=10.11;SB=-26.62;sumGLbyD=10.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,49:100:99:1203,0,1739 10223-ref 644 . T C 4023.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1290;MQ=35.66;MQ0=0;QD=18.80;SB=3.00;sumGLbyD=15.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,115:201:99:3418,0,2746 10223-ref 650 . T C 4080.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4876;MQ=35.75;MQ0=0;QD=15.63;SB=-34.00;sumGLbyD=12.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,117:242:99:3351,0,4105 10223-ref 667 . T C 6991.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=332;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.4492;MQ=36.02;MQ0=0;QD=21.06;SB=-0.01;sumGLbyD=18.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,206:310:99:5984,0,3581 10223-ref 707 . G A 1450 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5103;MQ=36.44;MQ0=0;QD=5.75;SB=-0.01;sumGLbyD=5.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,61:238:99:1480,0,5917 10223-ref 713 . T G 1390.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9346;MQ=35.99;MQ0=0;QD=6.56;SB=-0.01;sumGLbyD=6.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,58:193:99:1420,0,4598 10223-ref 740 . T G 32.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6140;MQ=35.78;MQ0=0;QD=0.14;SB=-0.01;sumGLbyD=0.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,25:207:62.52:63,0,6349 10223-ref 746 . G T 22.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=15.3800;MQ=35.77;MQ0=0;QD=0.09;SB=3.00;sumGLbyD=0.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,24:209:52.50:52,0,6408 10223-ref 751 . A T 40.90 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1398;MQ=35.81;MQ0=0;QD=0.17;SB=-4.37;sumGLbyD=0.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,25:228:70.90:71,0,6969 10223-ref 807 . A G 309.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9941;MQ=36.15;MQ0=0;QD=8.60;SB=15.04;sumGLbyD=9.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:339,0,809 10223-ref 814 . A T 68.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.9683;MQ=36.18;MQ0=0;QD=1.85;SB=-8.19;sumGLbyD=2.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:37:98.43:98,0,1062 10223-ref 1012 . T A 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.37;SB=-0.01;sumGLbyD=31.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.04:159,12,0 10228-ref 263 . T C 10421.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=604;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1726;MQ=36.81;MQ0=0;QD=17.25;SB=-33.99;sumGLbyD=14.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:312,290:575:99:8665,0,9594 10228-ref 296 . G A 6993.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=400;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.4221;MQ=36.82;MQ0=0;QD=17.48;SB=-0.01;sumGLbyD=14.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,191:385:99:5834,0,6450 10228-ref 365 . A G 31650.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=851;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.2338;MQ=36.86;MQ0=0;QD=37.19;SB=-29.63;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,850:828:99:31647,2492,0 10228-ref 450 . C T 15883.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=947;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.7060;MQ=36.71;MQ0=0;QD=16.77;SB=-94.60;sumGLbyD=13.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:516,429:922:99:13083,0,16289 10228-ref 504 . G C 850.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0584;MQ=36.39;MQ0=0;QD=4.62;SB=-37.00;sumGLbyD=4.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,39:174:99:881,0,4549 10228-ref 506 . T C 117.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9141;MQ=36.33;MQ0=0;QD=0.77;SB=-0.01;sumGLbyD=0.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,17:141:99:147,0,4123 10228-ref 554 . T A 98.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.7301;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.67;SB=3.00;sumGLbyD=3.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:37:99:129,0,1044 10228-ref 609 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10228-ref 612 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10271-ref 48 . T G 120.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0 10271-ref 194 . T G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 10271-ref 200 . T G 138.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9875;MQ=23.62;MQ0=0;QD=15.44;SB=-29.50;sumGLbyD=19.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:6:18.02:172,18,0 10271-ref 211 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9916;MQ=22.46;MQ0=0;QD=11.37;SB=-28.84;sumGLbyD=17.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,3:3:9.02:89,9,0 10283-ref 11 . C T 636.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9962;MQ=32.11;MQ0=0;QD=28.95;SB=-118.50;sumGLbyD=30.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:21:33.54:670,34,0 10283-ref 13 . T A 633.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9935;MQ=32.06;MQ0=0;QD=26.40;SB=-156.68;sumGLbyD=27.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,21:24:27.06:664,0,27 10283-ref 21 . A C 78.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.9957;MQ=32.35;MQ0=0;QD=2.61;SB=-40.44;sumGLbyD=3.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:99:108,0,771 10283-ref 64 . C T 2331.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0963;MQ=35.48;MQ0=0;QD=26.49;SB=-88.87;sumGLbyD=26.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:68:99:2364,205,0 10283-ref 85 . A C 5370.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4359;MQ=36.69;MQ0=0;QD=20.58;SB=-36.31;sumGLbyD=17.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,154:239:99:4650,0,2981 10283-ref 167 . A G 2875.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.3347;MQ=36.65;MQ0=0;QD=12.50;SB=-0.01;sumGLbyD=12.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,107:199:99:2906,0,3230 10283-ref 201 . G A 5767.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=400;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.2947;MQ=36.65;MQ0=0;QD=14.42;SB=-246.99;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,184:333:99:4763,0,5474 10283-ref 232 . G T 12826.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=799;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4351;MQ=36.79;MQ0=0;QD=16.05;SB=3.00;sumGLbyD=13.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:441,357:760:99:10537,0,13788 10283-ref 281 . G A 5752.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=378;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=46.7308;MQ=36.81;MQ0=0;QD=15.22;SB=-129.16;sumGLbyD=12.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,167:344:99:4716,0,5945 10283-ref 498 . C G 1289.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1251;MQ=36.14;MQ0=0;QD=10.93;SB=-243.83;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,44:112:99:1320,0,2104 10283-ref 517 . G T 4424.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.5206;MQ=28.55;MQ0=0;QD=27.83;SB=-350.70;sumGLbyD=27.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,156:144:99:4422,433,0 10283-ref 612 . A G 60.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=33.42;MQ0=0;QD=6.08;SB=-0.01;sumGLbyD=9.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:10:90.82:91,0,184 10283-ref 614 . C T 89.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9997;MQ=29.41;MQ0=0;QD=17.82;SB=-0.01;sumGLbyD=24.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.02:122,12,0 10283-ref 730 . T C 21.15 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=10.57;SB=-0.01;sumGLbyD=26.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:52,6,0 10302-ref 210 . C G 145.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.24;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:5:15.04:179,15,0 10302-ref 583 . G A 275.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:309,24,0 10364-ref 1 . G A 383.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7904;MQ=36.54;MQ0=0;QD=17.44;SB=-0.01;sumGLbyD=18.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,19:15:2.75:412,1,0 10364-ref 46 . G A 17133.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=498;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=28.0542;MQ=36.79;MQ0=0;QD=34.40;SB=-182.62;sumGLbyD=34.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,495:456:99:17055,1329,0 10364-ref 136 . A T 4281.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.6850;MQ=35.78;MQ0=0;QD=17.06;SB=-73.12;sumGLbyD=14.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,137:229:99:3536,0,3005 10364-ref 146 . A C 2194.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.8567;MQ=35.55;MQ0=0;QD=11.08;SB=-31.35;sumGLbyD=11.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,92:166:99:2224,0,2634 10364-ref 208 . G A 4714.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=302;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5352;MQ=36.26;MQ0=0;QD=15.61;SB=-0.01;sumGLbyD=12.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,130:285:99:3856,0,5302 10364-ref 221 . C G 2975.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=284;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=21.4931;MQ=36.10;MQ0=0;QD=10.48;SB=-0.01;sumGLbyD=10.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,105:262:99:3005,0,5094 10364-ref 241 . G C 1873.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=247;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.9058;MQ=36.14;MQ0=0;QD=7.58;SB=-0.01;sumGLbyD=7.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,77:228:99:1903,0,5173 10364-ref 272 . A G 422.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=319;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.7344;MQ=36.42;MQ0=0;QD=1.32;SB=-5.56;sumGLbyD=1.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:279,39:291:99:452,0,8530 10364-ref 375 . G T 1051.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=196;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=32.7578;MQ=36.59;MQ0=0;QD=5.36;SB=-60.89;sumGLbyD=5.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,46:181:99:1081,0,4631 10364-ref 384 . A G 2718.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.2835;MQ=36.66;MQ0=0;QD=30.89;SB=-39.32;sumGLbyD=31.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:79:99:2752,123,0 10364-ref 408 . T G 43.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4649;MQ=36.73;MQ0=0;QD=1.13;SB=3.00;sumGLbyD=1.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,5:35:73.04:73,0,1033 10364-ref 423 . T C 666.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4689;MQ=36.56;MQ0=0;QD=28.99;SB=-26.81;sumGLbyD=30.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:22:7.24:696,0,7 10364-ref 426 . T C 84.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4689;MQ=36.60;MQ0=0;QD=3.39;SB=3.00;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:25:99:115,0,693 10389-ref 72 . A G 116.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.49;SB=-0.01;sumGLbyD=8.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:16:99:147,0,370 10389-ref 361 . A G 343.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=31.21;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:376,30,0 10389-ref 368 . T G 285.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=25.92;SB=-0.01;sumGLbyD=28.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.07:318,27,0 10389-ref 424 . G C 87.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.65;SB=-0.01;sumGLbyD=4.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:24:99:118,0,637 10389-ref 481 . T G 686.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8605;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.60;SB=-0.01;sumGLbyD=29.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,21:24:46.36:716,0,46 10389-ref 637 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 10409-ref 61 . G C 155.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9960;MQ=34.19;MQ0=0;QD=25.97;SB=-67.83;sumGLbyD=31.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:5:15.05:189,15,0 10409-ref 63 . C T 188.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9573;MQ=29.11;MQ0=0;QD=10.47;SB=6.01;sumGLbyD=12.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:17:99:218,0,210 10409-ref 70 . A G 181.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9564;MQ=25.78;MQ0=4;QD=7.57;SB=6.00;sumGLbyD=8.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:18:99:212,0,222 10409-ref 100 . C A 200.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8662;MQ=22.90;MQ0=5;QD=10.55;SB=6.75;sumGLbyD=12.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:12:67.91:231,0,68 10409-ref 115 . A T 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0 10409-ref 411 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 10409-ref 412 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 10448-ref 67 . T C 85.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4586;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.03;SB=81.25;sumGLbyD=2.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,7:41:99:115,0,1177 10448-ref 68 . T A 148.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4584;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.17;SB=59.69;sumGLbyD=3.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,9:47:99:179,0,1282 10448-ref 73 . T G 892.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.9034;MQ=36.50;MQ0=0;QD=8.84;SB=42.07;sumGLbyD=9.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:91:99:923,0,1808 10448-ref 140 . T G 17732.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=482;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7764;MQ=36.71;MQ0=0;QD=36.79;SB=-31.56;sumGLbyD=36.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,480:465:99:17731,1399,0 10448-ref 167 . T C 8872.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7242;MQ=36.59;MQ0=0;QD=35.92;SB=-118.64;sumGLbyD=35.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,247:234:99:8871,704,0 10448-ref 221 . T C 758.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.97;MQ0=0;QD=36.12;SB=-40.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.18:792,63,0 10448-ref 299 . A C 3780.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=32.78;MQ0=0;QD=32.31;SB=-0.01;sumGLbyD=32.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:108:99:3780,325,0 10448-ref 314 . T C 4302.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9434;MQ=32.66;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:125:99:4301,376,0 10448-ref 330 . G C 2959.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=30.78;MQ0=0;QD=32.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:89:99:2993,268,0 10448-ref 343 . T C 2301.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=29.89;MQ0=0;QD=31.96;SB=-0.01;sumGLbyD=32.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:71:99:2334,213,0 10448-ref 385 . A G 380.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.20;SB=-0.01;sumGLbyD=29.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.08:414,42,0 10448-ref 387 . C G 345.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.55;SB=-0.01;sumGLbyD=29.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.06:378,39,0 10448-ref 389 . A T 236.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=19.70;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:11:3.44:267,3,0 10448-ref 411 . T C 25.07 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=12.54;SB=-0.01;sumGLbyD=28.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:56,6,0 10448-ref 428 . T C 1110.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.09;MQ0=0;QD=32.65;SB=-0.01;sumGLbyD=33.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1143,99,0 10448-ref 433 . C G 1595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=32.89;MQ0=0;QD=32.57;SB=-27.67;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:47:99:1629,141,0 10448-ref 492 . A T 5882.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7883;MQ=32.87;MQ0=0;QD=34.01;SB=-0.01;sumGLbyD=34.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,173:170:99:5881,511,0 10448-ref 498 . A G 4971.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=32.21;MQ0=0;QD=33.59;SB=-40.01;sumGLbyD=33.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:146:99:4970,439,0 10448-ref 515 . A G 2590.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=29.99;MQ0=0;QD=30.84;SB=-0.01;sumGLbyD=31.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:82:99:2623,247,0 10448-ref 520 . T G 2143.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=29.67;MQ0=0;QD=30.62;SB=-0.01;sumGLbyD=31.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:68:99:2176,204,0 10448-ref 542 . G A 1094.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.25:1128,93,0 10480-ref 46 . T G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 10480-ref 89 . A T 166.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9991;MQ=36.32;MQ0=0;QD=11.07;SB=-0.01;sumGLbyD=13.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:15:99:196,0,130 10480-ref 90 . G A 119.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9991;MQ=36.32;MQ0=0;QD=7.98;SB=-0.01;sumGLbyD=9.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:150,0,338 10480-ref 133 . G A 76.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4650;MQ=36.32;MQ0=0;QD=5.11;SB=-0.01;sumGLbyD=7.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:13:99:107,0,286 10480-ref 160 . C T 67.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.65;SB=-0.01;sumGLbyD=13.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:97.57:98,0,131 10519-ref 245 . T C 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.79;SB=-0.01;sumGLbyD=23.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:4:12.03:139,12,0 10519-ref 261 . T C 142.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=20.35;SB=-0.01;sumGLbyD=25.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:5:15.04:175,15,0 10519-ref 268 . T C 120.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=20.14;SB=-0.01;sumGLbyD=25.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.02:154,15,0 10519-ref 313 . C G 467.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9749;MQ=35.63;MQ0=0;QD=31.19;SB=-0.01;sumGLbyD=33.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:15.51:501,16,0 10519-ref 427 . A T 34.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0 10519-ref 439 . G C 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0 10519-ref 449 . A T 73.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.38;SB=-36.19;sumGLbyD=35.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:105,9,0 10571-ref 160 . G A 2928.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.0771;MQ=36.77;MQ0=0;QD=13.08;SB=-18.65;sumGLbyD=13.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,123:168:99:2959,0,2140 10571-ref 234 . C T 11814.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=624;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=43.1962;MQ=36.85;MQ0=0;QD=18.93;SB=-34.00;sumGLbyD=16.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:291,331:590:99:10037,0,8704 10571-ref 653 . A G 97.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.44;SB=-0.01;sumGLbyD=5.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:22:99:128,0,586 10571-ref 658 . A T 72.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.01;SB=-0.01;sumGLbyD=5.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:99:102,0,488 10660-ref 167 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 10660-ref 298 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 10660-ref 299 . T G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 10660-ref 454 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 10660-ref 464 . T C 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-29.38;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 10660-ref 479 . T C 150.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.14;MQ0=0;QD=13.64;SB=-26.62;sumGLbyD=16.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:10:99:180,0,118 10660-ref 492 . G A 370.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.39;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.09:404,33,0 10660-ref 508 . G A 141.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=8.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:15:99:171,0,296 10660-ref 515 . A G 608.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=33.80;SB=-0.01;sumGLbyD=35.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.13:641,54,0 10660-ref 550 . C A 454.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=36.63;MQ0=0;QD=16.84;SB=-0.01;sumGLbyD=17.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:26:99:485,0,300 10660-ref 596 . T G 16.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2579;MQ=34.84;MQ0=0;QD=0.68;SB=69.71;sumGLbyD=1.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,4:24:46.28:46,0,695 10660-ref 615 . G A 22.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.32;MQ0=0;QD=1.50;SB=-0.01;sumGLbyD=3.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:13:52.44:52,0,338 10660-ref 619 . T A 481.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=32.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.12:514,42,0 10660-ref 646 . C G 197.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=36.22;MQ0=0;QD=15.17;SB=-0.01;sumGLbyD=17.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:86.90:227,0,87 10660-ref 668 . A G 42.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.74;SB=-0.01;sumGLbyD=8.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:72.62:73,0,188 10660-ref 701 . A G 60.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.72;SB=-0.01;sumGLbyD=10.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:7:90.50:90,0,138 10660-ref 716 . A T 91.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9321;MQ=34.39;MQ0=0;QD=7.65;SB=-0.01;sumGLbyD=10.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:122,0,240 10660-ref 725 . A T 22.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9303;MQ=33.77;MQ0=0;QD=1.76;SB=3.00;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:12:52.79:53,0,278 10660-ref 740 . C T 323.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=20.23;SB=3.00;sumGLbyD=22.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:14:71.55:354,0,72 10660-ref 765 . T A 73.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7705;MQ=34.55;MQ0=0;QD=4.34;SB=-0.01;sumGLbyD=6.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:16:99:104,0,365 10660-ref 781 . C T 323.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3010;MQ=33.82;MQ0=0;QD=13.46;SB=-0.01;sumGLbyD=14.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:21:99:353,0,268 10660-ref 795 . G A 83.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3436;MQ=34.94;MQ0=0;QD=2.04;SB=-0.01;sumGLbyD=2.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,8:34:99:114,0,915 10660-ref 887 . A G 737.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6805;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.48;SB=-0.01;sumGLbyD=21.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,25:35:99:767,0,300 10660-ref 935 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10660-ref 1293 . T A 47.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.48;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=11.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:64.97:77,0,65 10660-ref 1323 . T A 110.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.30;MQ0=0;QD=10.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:141,0,112 10660-ref 1344 . A T 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0 10660-ref 1357 . C T 73.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=14.70;SB=-0.01;sumGLbyD=20.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:17.47:103,0,17 10660-ref 1371 . G A 46.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.74;SB=-0.01;sumGLbyD=19.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:12.67:77,0,13 10660-ref 1523 . A T 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-33.11;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0 10660-ref 1551 . A T 40.99 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0 10660-ref 1562 . A T 34.75 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.38;SB=-0.01;sumGLbyD=33.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0 10660-ref 1580 . G A 81.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0 10660-ref 1680 . C T 20.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9990;MQ=34.01;MQ0=0;QD=2.99;SB=-0.01;sumGLbyD=7.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:50.88:51,0,142 10660-ref 1689 . C G 18.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.10;SB=-0.01;sumGLbyD=8.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:48.55:49,0,142 10660-ref 1742 . T G 347.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.30;SB=-0.01;sumGLbyD=20.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:377,0,192 10683-ref 282 . A C 2257.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2284;MQ=36.02;MQ0=0;QD=14.47;SB=-0.01;sumGLbyD=14.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,77:151:99:2288,0,2503 10683-ref 304 . A T 1240.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=16.54;SB=-0.01;sumGLbyD=16.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1270,0,1015 10683-ref 322 . C T 1074.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0892;MQ=35.38;MQ0=0;QD=14.14;SB=3.00;sumGLbyD=14.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:70:99:1105,0,953 10683-ref 326 . C G 2845.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0892;MQ=35.75;MQ0=0;QD=31.61;SB=39.31;sumGLbyD=31.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:82:99:2878,207,0 10683-ref 468 . T C 3949.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.0540;MQ=36.90;MQ0=0;QD=20.57;SB=-37.00;sumGLbyD=17.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,107:183:99:3398,0,2422 10683-ref 581 . C A 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9411;MQ=36.41;MQ0=0;QD=0.37;SB=9.02;sumGLbyD=0.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,11:102:67.97:68,0,3170 10683-ref 607 . T C 49.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9456;MQ=36.27;MQ0=0;QD=3.53;SB=18.05;sumGLbyD=5.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:14:79.47:79,0,336 10683-ref 620 . C T 51.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=25;HaplotypeScore=28.8170;MQ=29.44;MQ0=0;QD=1.55;SB=13.31;sumGLbyD=2.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,4:27:81.21:81,0,604 10683-ref 643 . T A 14.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ=25.12;MQ0=0;QD=2.06;SB=3.00;sumGLbyD=6.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:5:44.22:44,0,80 10683-ref 651 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.01:59,6,0 10683-ref 653 . A T 20.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.61:50,0,21 10722-ref 157 . G A 44.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0 10722-ref 415 . T A 187.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=23.42;SB=-0.01;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.02:220,24,0 10764-ref 262 . A G 16.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9377;MQ=24.02;MQ0=0;QD=4.11;SB=-0.01;sumGLbyD=11.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:20.61:46,0,21 10764-ref 556 . T A 25946.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=50.7827;MQ=23.76;MQ0=0;QD=25.95;SB=-29.63;sumGLbyD=25.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,988:933:99:25870,2771,0 10764-ref 854 . T G 278.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.1714;MQ=33.73;MQ0=0;QD=5.16;SB=-0.01;sumGLbyD=5.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:49:99:309,0,1129 10764-ref 952 . G T 3637.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4297;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.37;SB=-0.01;sumGLbyD=36.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:97:99:3637,292,0 10764-ref 968 . C T 245.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3133;MQ=36.88;MQ0=0;QD=3.03;SB=-0.01;sumGLbyD=3.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,19:61:99:275,0,1565 10764-ref 1033 . C A 4102.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1639;MQ=33.69;MQ0=0;QD=33.08;SB=-0.01;sumGLbyD=32.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:121:99:4038,300,0 10764-ref 1034 . G A 4101.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1639;MQ=33.69;MQ0=0;QD=33.08;SB=-37.80;sumGLbyD=32.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:119:99:4064,322,0 10764-ref 1060 . T C 1333.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9862;MQ=27.50;MQ0=0;QD=26.14;SB=-59.25;sumGLbyD=26.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:49:99:1366,114,0 10764-ref 1065 . C T 942.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.42;MQ0=0;QD=26.93;SB=-29.63;sumGLbyD=27.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:33:99:975,99,0 10764-ref 1083 . G T 1107.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.62;MQ0=0;QD=29.93;SB=-29.63;sumGLbyD=30.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:32:96.25:1140,96,0 10764-ref 1092 . C T 1455.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.82;MQ0=0;QD=28.00;SB=-29.63;sumGLbyD=28.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:42:99:1489,126,0 10764-ref 1155 . T C 1288.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.22;SB=-0.01;sumGLbyD=33.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:37:99:1322,111,0 10764-ref 1161 . A G 855.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9997;MQ=35.16;MQ0=0;QD=30.54;SB=-0.01;sumGLbyD=31.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:27:41.21:888,41,0 10764-ref 1182 . G T 858.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.76;SB=-39.32;sumGLbyD=37.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.20:891,72,0 10764-ref 1234 . G A 677.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:19:57.17:710,57,0 10764-ref 1236 . A G 706.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=32.09;SB=-0.01;sumGLbyD=33.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:20:60.18:739,60,0 10764-ref 1259 . T G 114.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9380;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.01;SB=-0.01;sumGLbyD=7.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:16:99:144,0,377 10764-ref 1311 . C T 443.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.73;SB=-0.01;sumGLbyD=18.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:24:99:473,0,267 10764-ref 1339 . G C 246.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.58;SB=-0.01;sumGLbyD=23.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:277,0,124 10764-ref 1397 . A G 81.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0 10793-ref 58 . T C 978.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.0351;MQ=36.77;MQ0=0;QD=22.75;SB=-74.00;sumGLbyD=23.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,32:41:99:1008,0,302 10793-ref 100 . C G 261.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.9416;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.70;SB=-0.01;sumGLbyD=9.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:28:99:291,0,591 10793-ref 105 . T G 85.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9307;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.52;SB=3.00;sumGLbyD=3.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,6:33:99:116,0,894 10793-ref 107 . T G 600.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9307;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.02;SB=-30.29;sumGLbyD=15.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:39:99:631,0,591 10793-ref 128 . A G 302.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.9352;MQ=36.22;MQ0=0;QD=4.15;SB=-56.97;sumGLbyD=4.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,15:65:99:333,0,1630 10793-ref 216 . G T 5260.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=343;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.3890;MQ=36.11;MQ0=0;QD=15.34;SB=3.00;sumGLbyD=12.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,157:317:99:4305,0,5283 10793-ref 218 . C G 6457.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=347;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.8252;MQ=36.09;MQ0=0;QD=18.61;SB=-26.62;sumGLbyD=15.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,184:324:99:5444,0,4559 10793-ref 244 . G A 7790.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=370;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6066;MQ=35.92;MQ0=0;QD=21.06;SB=3.00;sumGLbyD=18.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,220:352:99:6730,0,4241 10793-ref 262 . T G 15929.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=460;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.4409;MQ=36.14;MQ0=0;QD=34.63;SB=-137.83;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,456:425:99:15865,1273,0 10793-ref 320 . A G 16144.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=470;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1338;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.35;SB=-79.33;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,469:436:99:16143,1312,0 10793-ref 345 . A G 12006.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=337;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1517;MQ=35.38;MQ0=0;QD=35.63;SB=-29.63;sumGLbyD=35.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,337:326:99:12005,981,0 10793-ref 347 . A G 13130.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=369;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1475;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.58;SB=-29.63;sumGLbyD=35.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,367:355:99:13128,1068,0 10793-ref 439 . T C 3225.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.2819;MQ=36.75;MQ0=0;QD=16.13;SB=-0.01;sumGLbyD=16.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,116:180:99:3255,0,2218 10793-ref 507 . C T 4690.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1598;MQ=36.86;MQ0=0;QD=33.27;SB=-0.01;sumGLbyD=33.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:123:99:4690,370,0 10793-ref 571 . G C 3524.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7184;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:94:99:3524,283,0 10793-ref 608 . G T 4196.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1190;MQ=36.12;MQ0=0;QD=36.18;SB=-29.63;sumGLbyD=36.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:113:99:4196,340,0 10793-ref 634 . A G 4123.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5220;MQ=36.39;MQ0=0;QD=30.77;SB=-29.63;sumGLbyD=30.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:115:99:4122,346,0 10793-ref 657 . G A 2067.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5770;MQ=36.71;MQ0=0;QD=15.09;SB=-0.01;sumGLbyD=15.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,68:129:99:2098,0,2041 10793-ref 995 . G C 1755.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=402;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=26.7793;MQ=36.80;MQ0=0;QD=4.37;SB=-0.01;sumGLbyD=4.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:304,96:326:99:1785,0,7886 10793-ref 1177 . T A 221.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9367;MQ=36.40;MQ0=0;QD=13.04;SB=-0.01;sumGLbyD=14.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:16:99:252,0,259 10810-ref 207 . C T 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 10810-ref 219 . C A 114.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=22.88;SB=-0.01;sumGLbyD=29.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:147,15,0 10810-ref 317 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10810-ref 344 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10810-ref 351 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10848-ref 76 . A G 39.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.68;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0 10848-ref 110 . G T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 10848-ref 280 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 10848-ref 281 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 10848-ref 343 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10848-ref 373 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10848-ref 490 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10856-ref 36 . T C 7864.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=419;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.7056;MQ=36.49;MQ0=0;QD=18.77;SB=6.00;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,212:400:99:6659,0,6038 10856-ref 1021 . A C 969.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.0576;MQ=36.60;MQ0=0;QD=12.92;SB=-35.57;sumGLbyD=13.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:71:99:999,0,1304 10856-ref 1131 . T C 867.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2837;MQ=36.67;MQ0=0;QD=14.22;SB=-0.01;sumGLbyD=14.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:54:99:897,0,840 10856-ref 1146 . G A 650.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8763;MQ=36.67;MQ0=0;QD=10.49;SB=-0.01;sumGLbyD=10.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:57:99:680,0,1163 10856-ref 1156 . T A 624.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9169;MQ=36.53;MQ0=0;QD=9.76;SB=-26.62;sumGLbyD=10.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:61:99:655,0,1254 10856-ref 1290 . A C 61.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.7512;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.23;SB=86.64;sumGLbyD=1.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,7:46:91.72:92,0,1281 10856-ref 1359 . C T 3025.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.35;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:79:99:3058,238,0 10856-ref 1389 . T C 1025 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9656;MQ=36.71;MQ0=0;QD=14.86;SB=-0.01;sumGLbyD=15.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:1055,0,1153 10856-ref 1404 . C T 1386.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9524;MQ=36.68;MQ0=0;QD=14.75;SB=-0.01;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:91:99:1417,0,1463 10856-ref 1560 . G A 672.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9118;MQ=36.50;MQ0=0;QD=11.03;SB=-28.55;sumGLbyD=11.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:56:99:703,0,1031 10856-ref 1561 . G T 775.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9118;MQ=36.67;MQ0=0;QD=12.71;SB=-28.55;sumGLbyD=13.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:56:99:806,0,941 10856-ref 1633 . T C 936.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4470;MQ=36.79;MQ0=0;QD=9.55;SB=2.99;sumGLbyD=9.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,35:95:99:966,0,2061 10856-ref 1654 . T C 222.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5333;MQ=36.85;MQ0=0;QD=3.23;SB=-103.42;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,12:66:99:253,0,1868 10856-ref 1666 . T G 160.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.1414;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.91;SB=-92.98;sumGLbyD=3.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,10:51:99:190,0,1461 10856-ref 1728 . C G 2543.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1811;MQ=36.27;MQ0=0;QD=16.52;SB=-0.01;sumGLbyD=16.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,85:144:99:2574,0,1986 10856-ref 1743 . C A 2517.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5102;MQ=36.15;MQ0=0;QD=17.60;SB=-0.01;sumGLbyD=17.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,82:140:99:2547,0,1886 10856-ref 1766 . T C 1141.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.9981;MQ=35.77;MQ0=0;QD=15.22;SB=-0.01;sumGLbyD=15.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:73:99:1172,0,1110 10856-ref 1802 . A C 342.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.26;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:376,30,0 10856-ref 1814 . A C 14.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.17;SB=-0.01;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:43.92:44,0,324 10856-ref 1826 . T C 17.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.22;MQ0=0;QD=1.31;SB=-0.01;sumGLbyD=3.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:11:46.91:47,0,299 10856-ref 1884 . T A 55.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=11.00;SB=9.98;sumGLbyD=17.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:27.28:85,0,27 10856-ref 1910 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 10900-ref 85 . C A 62.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0 10962-ref 50 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 10962-ref 56 . A T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:120,9,0 10962-ref 69 . T C 30.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.04;SB=-0.01;sumGLbyD=10.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:60.21:60,0,104 10962-ref 107 . C T 334.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.49;SB=-37.79;sumGLbyD=36.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:368,30,0 10962-ref 272 . C T 2085.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6834;MQ=36.83;MQ0=0;QD=35.35;SB=-0.01;sumGLbyD=35.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:56:99:2119,169,0 10962-ref 486 . A T 10622.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=293;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.1266;MQ=36.93;MQ0=0;QD=36.25;SB=-39.32;sumGLbyD=35.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,289:280:99:10499,831,0 10962-ref 732 . G T 5363.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2451;MQ=36.82;MQ0=0;QD=32.71;SB=-40.01;sumGLbyD=32.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,159:149:99:5363,448,0 10963-ref 102 . A T 62.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=3.4661;MQ=35.63;MQ0=0;QD=4.15;SB=-0.01;sumGLbyD=6.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:92.17:92,0,371 10963-ref 115 . T C 243.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=22.14;SB=-0.01;sumGLbyD=24.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:86.22:274,0,86 10970-ref 513 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 10983-ref 31 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 10983-ref 32 . G T 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-28.84;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0 10983-ref 165 . A G 10187.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6466;MQ=36.89;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,276:266:99:10186,800,0 10983-ref 281 . C T 7751.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3637;MQ=33.13;MQ0=0;QD=34.45;SB=-29.63;sumGLbyD=34.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,224:223:99:7710,631,0 10983-ref 290 . C G 6752.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=32.56;MQ0=0;QD=34.63;SB=-59.25;sumGLbyD=34.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,195:194:99:6751,583,0 10983-ref 301 . C T 5054.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4024;MQ=32.19;MQ0=0;QD=31.40;SB=-134.51;sumGLbyD=31.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:151:99:5053,454,0 10983-ref 317 . A C 468.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8835;MQ=27.57;MQ0=0;QD=10.65;SB=6.00;sumGLbyD=11.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:41:99:499,0,537 10983-ref 319 . A G 205.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8835;MQ=25.00;MQ0=0;QD=7.35;SB=-53.24;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:236,0,413 10983-ref 330 . A G 410.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=25.65;SB=-0.01;sumGLbyD=27.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:14:42.07:443,42,0 10983-ref 332 . A C 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3741;MQ=36.17;MQ0=0;QD=30.75;SB=-0.01;sumGLbyD=31.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:41:99:1540,123,0 10983-ref 382 . C T 15605.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=456;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6345;MQ=36.73;MQ0=0;QD=34.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,452:425:99:15603,1279,0 10983-ref 439 . C T 8299.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=260;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.1822;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.92;SB=-0.01;sumGLbyD=31.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,260:230:99:8298,692,0 10983-ref 446 . T A 2651.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=244;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3275;MQ=34.79;MQ0=0;QD=10.87;SB=-0.01;sumGLbyD=10.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,101:238:99:2682,0,4544 10983-ref 481 . G A 2400.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.2569;MQ=34.68;MQ0=0;QD=9.56;SB=3.00;sumGLbyD=9.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,97:240:99:2430,0,4669 10983-ref 489 . G A 3070.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.7356;MQ=35.07;MQ0=0;QD=10.62;SB=3.00;sumGLbyD=10.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,121:274:99:3101,0,5179 10983-ref 665 . A G 5234.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=351;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.8961;MQ=36.65;MQ0=0;QD=14.91;SB=-60.61;sumGLbyD=12.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,151:324:99:4258,0,6044 10983-ref 714 . G T 6375.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=405;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=26.6539;MQ=36.88;MQ0=0;QD=15.74;SB=6.01;sumGLbyD=12.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,177:375:99:5245,0,6585 10999-ref 28 . T A 295.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.90;MQ0=0;QD=29.58;SB=-81.95;sumGLbyD=32.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:329,30,0 10999-ref 37 . T C 307.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.05;MQ0=0;QD=25.65;SB=-78.92;sumGLbyD=28.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:8.41:340,8,0 10999-ref 54 . C G 487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9376;MQ=31.89;MQ0=0;QD=27.11;SB=-82.59;sumGLbyD=28.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:21.49:521,21,0 10999-ref 95 . A C 331.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=32.30;MQ0=0;QD=23.70;SB=-20.71;sumGLbyD=25.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:13:18.20:362,0,18 10999-ref 123 . C T 200.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=28.67;SB=-0.01;sumGLbyD=33.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:234,21,0 10999-ref 138 . C T 198.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.19;MQ0=0;QD=15.24;SB=-26.62;sumGLbyD=17.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:11:75.87:228,0,76 10999-ref 153 . A G 141.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=15.72;SB=-26.62;sumGLbyD=19.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:72.19:171,0,72 10999-ref 154 . T A 259.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=28.86;SB=-29.61;sumGLbyD=32.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:293,27,0 10999-ref 173 . C G 10.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=30.00;MQ0=0;QD=1.00;SB=2.99;sumGLbyD=3.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:39.58:40,0,218 10999-ref 178 . C T 66.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9759;MQ=30.51;MQ0=0;QD=7.43;SB=3.00;sumGLbyD=10.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:96.89:97,0,136 10999-ref 203 . T G 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=28.48;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,47 10999-ref 250 . T A 212.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9990;MQ=31.83;MQ0=0;QD=19.34;SB=-85.12;sumGLbyD=22.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:10:39.55:243,0,40 10999-ref 259 . C T 222.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4662;MQ=31.14;MQ0=0;QD=15.91;SB=-123.75;sumGLbyD=18.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:12:36.57:253,0,37 10999-ref 315 . G T 137.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=23.59;MQ0=0;QD=19.58;SB=-0.01;sumGLbyD=24.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.02:170,18,0 10999-ref 316 . G C 137.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5810;MQ=23.59;MQ0=0;QD=19.58;SB=-0.01;sumGLbyD=24.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:170,18,0 10999-ref 321 . A C 119.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5810;MQ=23.77;MQ0=0;QD=14.90;SB=-0.01;sumGLbyD=18.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:8.59:149,0,9 10999-ref 334 . G A 324.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9384;MQ=28.11;MQ0=0;QD=18.01;SB=-114.52;sumGLbyD=19.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:12:36.06:357,36,0 10999-ref 338 . T G 347.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=28.39;MQ0=0;QD=17.36;SB=-146.56;sumGLbyD=19.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:15:15.44:380,15,0 10999-ref 354 . C T 196.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9963;MQ=26.57;MQ0=0;QD=5.46;SB=-8.59;sumGLbyD=6.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:33:99:227,0,569 10999-ref 360 . G C 168.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9959;MQ=26.61;MQ0=0;QD=4.80;SB=-11.59;sumGLbyD=5.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:32:99:198,0,565 10999-ref 374 . T G 472.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=26.40;MQ0=0;QD=26.24;SB=-88.87;sumGLbyD=28.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:51.08:505,51,0 10999-ref 375 . T C 399.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=26.40;MQ0=0;QD=22.20;SB=-103.12;sumGLbyD=23.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,16:18:5.15:429,0,5 10999-ref 615 . 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C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 11222-ref 52 . C T 123.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.76;SB=-0.01;sumGLbyD=31.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:157,15,0 11222-ref 53 . C A 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0 11222-ref 54 . T A 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0 11222-ref 78 . A C 198.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9310;MQ=34.39;MQ0=0;QD=4.96;SB=-0.01;sumGLbyD=5.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:35:99:228,0,751 11222-ref 107 . A C 354.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.11;MQ0=0;QD=4.66;SB=3.00;sumGLbyD=5.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,21:70:99:384,0,1633 11222-ref 112 . G C 2826.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.27;MQ0=0;QD=33.65;SB=-40.01;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:80:99:2860,241,0 11222-ref 127 . C T 197.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4623;MQ=34.81;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=2.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,17:82:99:227,0,2237 11222-ref 131 . A G 77.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9933;MQ=35.40;MQ0=0;QD=1.01;SB=-0.01;sumGLbyD=1.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,12:76:99:108,0,2207 11222-ref 173 . G A 1878.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3081;MQ=34.56;MQ0=0;QD=29.35;SB=-0.01;sumGLbyD=29.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:57:99:1911,131,0 11222-ref 188 . G A 2189.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=34.75;MQ0=0;QD=31.73;SB=-0.01;sumGLbyD=32.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:64:99:2223,192,0 11222-ref 215 . G A 1059.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6379;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.79;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,53:131:99:1090,0,3028 11222-ref 294 . T C 1269.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.2609;MQ=35.91;MQ0=0;QD=9.07;SB=3.00;sumGLbyD=9.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,49:133:99:1299,0,2933 11222-ref 308 . T C 703.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9672;MQ=34.96;MQ0=0;QD=8.68;SB=3.00;sumGLbyD=9.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:74:99:733,0,1500 11222-ref 316 . C T 434.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7913;MQ=34.68;MQ0=0;QD=6.48;SB=3.00;sumGLbyD=6.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,20:62:99:464,0,1373 11222-ref 346 . A C 183.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1242;MQ=34.86;MQ0=0;QD=3.17;SB=-0.01;sumGLbyD=3.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,13:56:99:214,0,1385 11222-ref 378 . A T 1089.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.7338;MQ=36.59;MQ0=0;QD=6.30;SB=-21.70;sumGLbyD=6.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,50:153:99:1120,0,3838 11222-ref 445 . T G 358.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4803;MQ=36.69;MQ0=0;QD=2.21;SB=-26.62;sumGLbyD=2.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,25:139:99:389,0,3909 11222-ref 449 . G A 112.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2729;MQ=36.69;MQ0=0;QD=0.69;SB=-23.68;sumGLbyD=0.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,17:142:99:143,0,4246 11222-ref 585 . T C 525.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9655;MQ=36.72;MQ0=0;QD=7.20;SB=-0.01;sumGLbyD=7.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,23:71:99:556,0,1687 11222-ref 613 . 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G A 959.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4676;MQ=36.77;MQ0=0;QD=10.78;SB=-0.01;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,33:86:99:989,0,1680 11365-ref 414 . G A 988.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6376;MQ=36.43;MQ0=0;QD=9.33;SB=-194.21;sumGLbyD=9.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,41:93:99:1019,0,1818 11365-ref 444 . A G 2912.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8657;MQ=36.71;MQ0=0;QD=14.14;SB=-0.01;sumGLbyD=14.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,97:194:99:2942,0,3015 11365-ref 602 . G C 5515.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.7815;MQ=36.82;MQ0=0;QD=19.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,150:272:99:4696,0,4015 11365-ref 891 . C T 5143.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=386;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.3951;MQ=36.89;MQ0=0;QD=13.32;SB=-193.85;sumGLbyD=10.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,178:311:99:4205,0,4959 11365-ref 1013 . A T 4887.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.5287;MQ=36.93;MQ0=0;QD=16.91;SB=-0.01;sumGLbyD=14.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,135:270:99:4074,0,4352 11365-ref 1129 . C T 325.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4684;MQ=36.83;MQ0=0;QD=5.34;SB=-0.01;sumGLbyD=5.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,16:60:99:355,0,1428 11365-ref 1131 . C T 1441.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4684;MQ=36.79;MQ0=0;QD=30.03;SB=-0.01;sumGLbyD=30.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:45:99:1474,129,0 11375-ref 165 . T C 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0 11375-ref 187 . A C 72.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.05;SB=-0.01;sumGLbyD=34.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:104,9,0 11375-ref 221 . T A 19.69 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.28;SB=-21.98;sumGLbyD=8.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:49.64:50,0,112 11407-ref 74 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0 11407-ref 115 . G T 75.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0 11407-ref 131 . T A 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9649;MQ=29.37;MQ0=0;QD=1.28;SB=16.79;sumGLbyD=4.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:6:41.20:41,0,130 11407-ref 203 . A T 39.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:70,0,31 11407-ref 209 . G A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31 11407-ref 263 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=14;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 11407-ref 278 . G A 56.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=14;HaplotypeScore=3.9984;MQ=30.24;MQ0=0;QD=6.23;SB=19.00;sumGLbyD=9.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:7:86.05:86,0,97 11407-ref 280 . G A 54.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9984;MQ=30.24;MQ0=0;QD=6.08;SB=19.00;sumGLbyD=9.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:7:84.71:85,0,97 11407-ref 281 . G C 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9984;MQ=30.24;MQ0=0;QD=1.60;SB=13.78;sumGLbyD=4.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:44.21:44,0,81 11407-ref 348 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 11407-ref 414 . G T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 11407-ref 421 . T A 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:61,0,31 11407-ref 546 . G A 365.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=33.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:399,33,0 11407-ref 562 . C G 397.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=30.57;SB=-0.01;sumGLbyD=33.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.10:430,36,0 11407-ref 588 . G T 225.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=22.51;SB=-0.01;sumGLbyD=25.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.25:255,0,9 11407-ref 597 . A T 99.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=16.52;SB=-0.01;sumGLbyD=21.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:17.22:129,0,17 11422-ref 568 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 11470-ref 85 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 11490-ref 5 . T C 11.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.62;SB=3.00;sumGLbyD=2.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,2:13:40.88:41,0,396 11490-ref 10 . A G 36.14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7524;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.66;SB=3.00;sumGLbyD=1.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,7:42:66.13:66,0,1316 11490-ref 88 . G A 2422.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9082;MQ=36.16;MQ0=0;QD=11.76;SB=3.00;sumGLbyD=11.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,92:196:99:2452,0,3465 11490-ref 91 . G A 2294.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.1757;MQ=35.42;MQ0=0;QD=10.67;SB=-263.52;sumGLbyD=10.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,93:199:99:2325,0,3683 11490-ref 101 . T C 2402 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;DS;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=70.4609;MQ=35.85;MQ0=0;QD=8.43;SB=-797.11;sumGLbyD=8.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,98:249:99:2432,0,5004 11490-ref 176 . T G 5523.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=446;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.0672;MQ=36.86;MQ0=0;QD=12.38;SB=-26.62;sumGLbyD=9.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:274,170:400:99:4245,0,8193 11490-ref 297 . G T 12.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=24.2291;MQ=36.12;MQ0=0;QD=0.18;SB=-0.01;sumGLbyD=0.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,7:65:42.07:42,0,1824 11490-ref 299 . T G 709.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.4765;MQ=36.38;MQ0=0;QD=10.92;SB=-0.01;sumGLbyD=11.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:62:99:740,0,1140 11490-ref 395 . T A 260.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=12;HaplotypeScore=2.4833;MQ=35.53;MQ0=0;QD=10.03;SB=-0.01;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:24:99:291,0,454 11490-ref 408 . G A 18.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=12;HaplotypeScore=7.0285;MQ=33.22;MQ0=0;QD=0.75;SB=-23.62;sumGLbyD=1.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,3:20:48.77:49,0,561 11490-ref 446 . C G 64.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.28;SB=-0.01;sumGLbyD=6.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:94.13:94,0,368 11490-ref 552 . 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G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 11512-ref 241 . C T 490.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:524,42,0 11512-ref 278 . T C 159.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=22.81;SB=-0.01;sumGLbyD=27.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.03:193,18,0 11512-ref 307 . T A 95.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=23.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:128,12,0 11512-ref 312 . G A 96.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=24.22;SB=-0.01;sumGLbyD=32.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0 11512-ref 323 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:59,6,0 11512-ref 414 . A T 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0 11512-ref 426 . G A 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0 11512-ref 445 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:80,6,0 11512-ref 509 . A T 539.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=36.32;MQ0=0;QD=35.97;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:573,45,0 11512-ref 511 . A T 31.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=36.37;MQ0=0;QD=1.97;SB=-0.01;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:61.48:61,0,460 11522-ref 161 . G T 506.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.1461;MQ=36.90;MQ0=0;QD=2.56;SB=-0.01;sumGLbyD=2.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,32:182:99:537,0,5258 11522-ref 304 . T C 4342.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=313;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.7302;MQ=36.74;MQ0=0;QD=13.88;SB=-0.01;sumGLbyD=10.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,122:295:99:3428,0,5875 11522-ref 347 . T C 4318.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=325;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.7513;MQ=36.88;MQ0=0;QD=13.29;SB=-33.13;sumGLbyD=10.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,114:311:99:3381,0,6532 11522-ref 389 . G A 1375.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.2847;MQ=36.86;MQ0=0;QD=6.31;SB=-0.01;sumGLbyD=6.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,58:198:99:1405,0,4820 11522-ref 401 . T C 12.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=20.6990;MQ=36.74;MQ0=0;QD=0.08;SB=-0.01;sumGLbyD=0.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,12:139:42.59:43,0,4216 11522-ref 530 . C T 503.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.68;MQ0=0;QD=8.00;SB=-0.01;sumGLbyD=8.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,21:60:99:534,0,1400 11522-ref 551 . T G 353.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6096;MQ=36.53;MQ0=0;QD=8.22;SB=-0.01;sumGLbyD=8.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:41:99:383,0,897 11522-ref 601 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 11601-ref 75 . T C 13158.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=69.1577;MQ=36.69;MQ0=0;QD=13.16;SB=-479.54;sumGLbyD=10.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:597,401:902:99:10368,0,16608 11601-ref 117 . A T 172.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=271.8686;MQ=36.01;MQ0=0;QD=0.17;SB=-0.01;sumGLbyD=0.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:528,191:127:99:202,0,2413 11601-ref 155 . C T 18691.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=52.6331;MQ=36.34;MQ0=0;QD=18.69;SB=-41.21;sumGLbyD=16.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:397,593:846:99:16123,0,9899 11601-ref 157 . C T 19425.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=54.2375;MQ=36.33;MQ0=0;QD=19.43;SB=-94.45;sumGLbyD=16.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:393,604:857:99:16843,0,9778 11601-ref 281 . G A 8867.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=590;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.2513;MQ=32.89;MQ0=0;QD=15.03;SB=-125.75;sumGLbyD=12.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:305,284:569:99:7151,0,9103 11601-ref 287 . A T 7132.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=549;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.1043;MQ=32.56;MQ0=0;QD=12.99;SB=-44.22;sumGLbyD=9.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:301,240:517:99:5453,0,8871 11601-ref 297 . C T 8440.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=673;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=42.2849;MQ=32.10;MQ0=0;QD=12.54;SB=-533.59;sumGLbyD=9.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:370,301:628:99:6546,0,10991 11601-ref 299 . T C 9932.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=714;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=40.1967;MQ=32.19;MQ0=0;QD=13.91;SB=-1729.34;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:364,347:664:99:7930,0,10480 11601-ref 331 . T C 9073.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=721;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=123.0960;MQ=35.82;MQ0=0;QD=12.58;SB=-1352.26;sumGLbyD=10.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:351,367:491:99:7593,0,6899 11658-ref 305 . T C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 11658-ref 320 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 11658-ref 364 . T C 50.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.97;SB=-0.01;sumGLbyD=27.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:83,9,0 11667-ref 263 . A G 16.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.44;MQ0=0;QD=5.48;SB=-0.01;sumGLbyD=15.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:18.66:46,0,19 11667-ref 331 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 11893-ref 67 . G T 420.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.4019;MQ=36.05;MQ0=0;QD=13.15;SB=-0.01;sumGLbyD=14.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:25:99:451,0,348 11893-ref 177 . C T 10302.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=592;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.2600;MQ=36.80;MQ0=0;QD=17.40;SB=-17.61;sumGLbyD=14.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:305,287:573:99:8576,0,9502 11893-ref 298 . T C 11071.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=348;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4004;MQ=36.71;MQ0=0;QD=31.82;SB=3.00;sumGLbyD=28.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,300:332:99:10071,0,498 11893-ref 350 . G A 9491.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1016;MQ=36.61;MQ0=0;QD=36.37;SB=-0.01;sumGLbyD=36.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,259:254:99:9450,724,0 11893-ref 410 . A T 4846.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.1113;MQ=36.10;MQ0=0;QD=19.39;SB=-26.62;sumGLbyD=16.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,140:233:99:4124,0,3021 11893-ref 414 . T A 4581.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3259;MQ=36.02;MQ0=0;QD=18.33;SB=-26.62;sumGLbyD=15.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,133:219:99:3898,0,2749 11893-ref 452 . G A 4185.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=244;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3521;MQ=36.38;MQ0=0;QD=17.15;SB=-0.01;sumGLbyD=14.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,121:230:99:3492,0,3531 11893-ref 527 . 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C T 5121.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=318;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.7291;MQ=36.78;MQ0=0;QD=16.11;SB=-37.00;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,139:305:99:4203,0,5628 11932-ref 6 . A G 186.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.93;MQ0=0;QD=18.69;SB=-0.01;sumGLbyD=21.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:18.05:220,18,0 11932-ref 37 . T G 280.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7267;MQ=35.53;MQ0=0;QD=13.36;SB=-26.62;sumGLbyD=14.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:19:99:311,0,270 11932-ref 71 . C T 566.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.0476;MQ=35.06;MQ0=0;QD=14.91;SB=-5.57;sumGLbyD=15.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:35:99:597,0,449 11932-ref 107 . T C 19.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8906;MQ=34.68;MQ0=0;QD=1.38;SB=24.06;sumGLbyD=3.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:49.33:49,0,368 11932-ref 279 . 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G A 1426.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2770;MQ=36.41;MQ0=0;QD=13.85;SB=3.00;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:99:99:1456,0,1663 11947-ref 680 . T A 5345.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2691;MQ=36.65;MQ0=0;QD=35.17;SB=-29.63;sumGLbyD=34.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,150:144:99:5308,396,0 11947-ref 808 . C T 2336.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6352;MQ=36.40;MQ0=0;QD=17.31;SB=-0.01;sumGLbyD=17.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,74:129:99:2367,0,1635 11947-ref 826 . A G 1698.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3880;MQ=36.51;MQ0=0;QD=11.80;SB=-0.01;sumGLbyD=12.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,60:139:99:1729,0,2721 11947-ref 905 . A G 389.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3798;MQ=36.86;MQ0=0;QD=5.33;SB=3.00;sumGLbyD=5.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:57:99:419,0,1346 11947-ref 911 . 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C T 668.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9953;MQ=32.11;MQ0=0;QD=30.39;SB=-98.55;sumGLbyD=31.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:36.55:702,37,0 11961-ref 355 . C T 271.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=24.65;SB=29.58;sumGLbyD=27.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.23:301,0,6 11993-ref 105 . G A 331.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.4688;MQ=35.98;MQ0=0;QD=33.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:364,30,0 11993-ref 111 . T C 194.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9993;MQ=35.72;MQ0=0;QD=11.42;SB=-0.01;sumGLbyD=13.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:15:99:224,0,210 11993-ref 163 . T A 652.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4577;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.36;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:56:99:682,0,1030 11993-ref 178 . 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A G 4629.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=253;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.8345;MQ=36.24;MQ0=0;QD=18.30;SB=-0.01;sumGLbyD=15.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,126:245:99:3869,0,3867 12077-ref 505 . G A 4344.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5103;MQ=36.40;MQ0=0;QD=18.26;SB=-34.00;sumGLbyD=15.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,122:225:99:3667,0,3373 12077-ref 527 . A G 4323.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=268;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.9682;MQ=36.74;MQ0=0;QD=16.13;SB=-23.62;sumGLbyD=13.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,127:240:99:3601,0,3973 12077-ref 606 . C T 3153.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=253;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=36.5737;MQ=36.76;MQ0=0;QD=12.47;SB=-0.01;sumGLbyD=12.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,118:226:99:3184,0,3609 12077-ref 798 . A G 4131.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4556;MQ=36.07;MQ0=0;QD=31.54;SB=2.99;sumGLbyD=28.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,116:125:63.96:3754,0,64 12077-ref 799 . C G 4399.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9242;MQ=36.04;MQ0=0;QD=34.65;SB=-34.36;sumGLbyD=34.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:119:99:4321,352,0 12077-ref 816 . C T 1846.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=278;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1236;MQ=36.58;MQ0=0;QD=6.64;SB=3.00;sumGLbyD=6.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,84:258:99:1876,0,6237 12077-ref 934 . A G 3123.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0730;MQ=36.92;MQ0=0;QD=13.18;SB=3.00;sumGLbyD=13.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,105:230:99:3154,0,4236 12077-ref 967 . T C 4451.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.6273;MQ=36.81;MQ0=0;QD=20.70;SB=-0.01;sumGLbyD=17.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,129:196:99:3861,0,2216 12077-ref 988 . T C 3133.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1907;MQ=36.67;MQ0=0;QD=20.61;SB=-0.01;sumGLbyD=20.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,108:137:99:3163,0,1177 12077-ref 1043 . 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C G 903.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9083;MQ=36.30;MQ0=0;QD=14.57;SB=-258.98;sumGLbyD=15.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:933,0,967 12117-ref 823 . A G 2430.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.16;MQ0=0;QD=27.94;SB=-0.01;sumGLbyD=28.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:83:99:2464,249,0 12117-ref 845 . A T 2511.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.16;MQ0=0;QD=28.87;SB=-0.01;sumGLbyD=29.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:86:99:2545,258,0 12117-ref 847 . A G 2407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=25.44;MQ0=0;QD=28.65;SB=-0.01;sumGLbyD=29.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:82:99:2440,246,0 12117-ref 849 . C T 2154.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=25.75;MQ0=0;QD=27.62;SB=-0.01;sumGLbyD=28.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:74:99:2187,222,0 12117-ref 900 . 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A C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 12117-ref 1423 . G T 80.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.02;SB=-0.01;sumGLbyD=28.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:113,12,0 12117-ref 1529 . T C 963.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9894;MQ=25.95;MQ0=0;QD=9.74;SB=-0.01;sumGLbyD=10.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,61:66:99:994,0,467 12117-ref 1612 . C T 6723.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=406;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=25.8443;MQ=36.84;MQ0=0;QD=16.56;SB=-0.01;sumGLbyD=13.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,185:360:99:5639,0,5918 12117-ref 1655 . C A 11655.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=781;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.7592;MQ=36.99;MQ0=0;QD=14.92;SB=3.00;sumGLbyD=12.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:414,366:691:99:9573,0,11677 12117-ref 1803 . A G 80.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8717;MQ=36.48;MQ0=0;QD=0.69;SB=-26.62;sumGLbyD=0.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,12:105:99:111,0,3085 12117-ref 1828 . T G 859.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3880;MQ=36.23;MQ0=0;QD=6.51;SB=2.99;sumGLbyD=6.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,43:112:99:890,0,2429 12117-ref 1853 . C G 1484.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5675;MQ=36.31;MQ0=0;QD=10.10;SB=-37.00;sumGLbyD=10.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,54:142:99:1514,0,2968 12117-ref 1876 . A T 1378.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.6218;MQ=36.64;MQ0=0;QD=9.71;SB=-0.01;sumGLbyD=9.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,50:134:99:1409,0,2852 12117-ref 1919 . C T 1129.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.26;SB=-0.01;sumGLbyD=15.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:71:99:1159,0,1111 12117-ref 1972 . G A 1145.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9837;MQ=36.88;MQ0=0;QD=14.15;SB=-26.62;sumGLbyD=14.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:79:99:1176,0,1342 12117-ref 2016 . T C 199.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.30;SB=-0.01;sumGLbyD=15.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:14:99:229,0,225 12117-ref 2018 . A G 467.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.14;SB=-0.01;sumGLbyD=33.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.09:500,42,0 12146-ref 2 . C A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 12146-ref 3 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 12146-ref 215 . A G 2254.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=32.59;MQ0=0;QD=31.75;SB=-0.01;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:65:99:2287,195,0 12146-ref 253 . C T 3092.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5575;MQ=24.51;MQ0=0;QD=25.99;SB=-0.01;sumGLbyD=26.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:112:99:3126,330,0 12146-ref 699 . A T 31.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.97;SB=7.76;sumGLbyD=15.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:22.53:62,0,23 12146-ref 750 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 12200-ref 321 . T C 2280.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4499;MQ=36.90;MQ0=0;QD=11.76;SB=-36.31;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,85:180:99:2311,0,3344 12200-ref 370 . C T 4539.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=305;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.5158;MQ=36.86;MQ0=0;QD=14.88;SB=-30.97;sumGLbyD=12.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,130:288:99:3672,0,5553 12200-ref 475 . C T 11909.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=319;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2791;MQ=36.52;MQ0=0;QD=37.34;SB=-716.28;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,318:314:99:11909,945,0 12200-ref 674 . G T 13311.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=495;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.6451;MQ=36.77;MQ0=0;QD=26.89;SB=-0.01;sumGLbyD=26.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,477:393:99:13070,1019,0 12200-ref 864 . T G 797.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.96;SB=-0.01;sumGLbyD=39.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.21:830,63,0 12229-ref 108 . T G 8394.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=576;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.2404;MQ=36.45;MQ0=0;QD=14.57;SB=-0.01;sumGLbyD=11.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:328,247:525:99:6779,0,9545 12229-ref 131 . T C 19409.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=553;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.2235;MQ=36.45;MQ0=0;QD=35.10;SB=-145.32;sumGLbyD=35.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,551:522:99:19407,1571,0 12229-ref 375 . C T 7323.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=383;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.7573;MQ=36.60;MQ0=0;QD=19.12;SB=-0.01;sumGLbyD=16.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,222:342:99:6229,0,4171 12229-ref 555 . C T 6123.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.6040;MQ=36.61;MQ0=0;QD=26.51;SB=-27.42;sumGLbyD=23.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,189:201:99:5518,0,721 12229-ref 624 . T A 736.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4045;MQ=36.87;MQ0=0;QD=9.20;SB=-0.01;sumGLbyD=9.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,28:67:99:766,0,1331 12229-ref 684 . C T 2921.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=199;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.4060;MQ=36.90;MQ0=0;QD=14.68;SB=-26.62;sumGLbyD=14.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,92:195:99:2951,0,3392 12229-ref 795 . G A 1990.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6530;MQ=36.77;MQ0=0;QD=9.13;SB=3.00;sumGLbyD=9.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,74:208:99:2020,0,4495 12229-ref 828 . G A 1677.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.1443;MQ=36.79;MQ0=0;QD=8.65;SB=-0.01;sumGLbyD=8.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,63:185:99:1707,0,4155 12248-ref 51 . A C 7695.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.6786;MQ=36.72;MQ0=0;QD=35.79;SB=-117.81;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,215:204:99:7694,614,0 12248-ref 150 . G A 5012.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=388;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.7488;MQ=36.82;MQ0=0;QD=12.92;SB=6.01;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,175:295:99:4124,0,4979 12248-ref 526 . G A 4158.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6271;MQ=36.42;MQ0=0;QD=21.77;SB=-57.60;sumGLbyD=18.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,125:181:99:3612,0,1847 12248-ref 609 . 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G A 7335.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=500;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.8922;MQ=36.82;MQ0=0;QD=14.67;SB=-332.69;sumGLbyD=11.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:264,232:442:99:5984,0,7442 12401-ref 448 . C A 23112.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=679;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=47.2708;MQ=36.79;MQ0=0;QD=34.04;SB=-28.65;sumGLbyD=33.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,672:627:99:22955,1805,0 12401-ref 504 . C T 12332.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=702;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.1147;MQ=36.39;MQ0=0;QD=17.57;SB=-26.62;sumGLbyD=14.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:357,341:679:99:10138,0,11079 12401-ref 512 . T G 23811.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=658;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=25.5008;MQ=36.35;MQ0=0;QD=36.19;SB=-27.67;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,656:634:99:23734,1868,0 12401-ref 607 . G A 5259.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6098;MQ=36.87;MQ0=0;QD=16.97;SB=-0.01;sumGLbyD=14.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,155:276:99:4428,0,4172 12401-ref 720 . 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C A 10927.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=298;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.5990;MQ=36.59;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,295:288:99:10821,858,0 12401-ref 1133 . T C 9654.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=298;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3374;MQ=30.04;MQ0=0;QD=32.40;SB=-86.91;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,297:295:99:9651,887,0 12401-ref 1134 . C A 9423.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=293;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3374;MQ=29.94;MQ0=0;QD=32.16;SB=-88.87;sumGLbyD=32.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,293:288:99:9421,866,0 12401-ref 1157 . A G 7764.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=29.32;MQ0=0;QD=31.44;SB=-59.25;sumGLbyD=31.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,247:241:99:7762,725,0 12401-ref 1160 . A G 7387.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.17;MQ0=0;QD=31.17;SB=-59.25;sumGLbyD=30.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,235:233:99:7345,661,0 12458-ref 18 . C A 149.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9814;MQ=35.46;MQ0=0;QD=7.48;SB=3.00;sumGLbyD=8.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:180,0,446 12458-ref 38 . C G 599.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.5510;MQ=35.48;MQ0=0;QD=11.10;SB=-214.73;sumGLbyD=11.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:46:99:629,0,777 12458-ref 69 . A G 1314.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6874;MQ=36.75;MQ0=0;QD=10.86;SB=3.00;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,47:113:99:1344,0,2229 12458-ref 143 . C T 7325.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8333;MQ=36.77;MQ0=0;QD=33.76;SB=-38.58;sumGLbyD=33.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,216:202:99:7324,608,0 12458-ref 258 . A G 6005.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2502;MQ=36.78;MQ0=0;QD=33.00;SB=-0.01;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:159:99:6004,478,0 12458-ref 543 . A G 2835.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5341;MQ=36.90;MQ0=0;QD=13.97;SB=-0.01;sumGLbyD=14.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,101:181:99:2866,0,2797 12458-ref 650 . A G 11767.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=359;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0729;MQ=34.15;MQ0=0;QD=32.78;SB=-0.01;sumGLbyD=32.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,358:330:99:11765,993,0 12458-ref 657 . A G 7046.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=355;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2545;MQ=33.87;MQ0=0;QD=19.85;SB=-0.01;sumGLbyD=17.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,211:331:99:6048,0,3692 12458-ref 705 . A G 11789.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=341;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4782;MQ=33.50;MQ0=0;QD=34.57;SB=-29.63;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,339:333:99:11758,972,0 12458-ref 711 . G T 11232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.8776;MQ=33.45;MQ0=0;QD=34.35;SB=-29.63;sumGLbyD=34.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,326:320:99:11231,962,0 12458-ref 729 . A G 2164.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=257;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7297;MQ=36.17;MQ0=0;QD=8.42;SB=-0.01;sumGLbyD=8.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,89:225:99:2194,0,4531 12458-ref 906 . A C 1039.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.2502;MQ=36.50;MQ0=0;QD=17.04;SB=-23.61;sumGLbyD=17.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:59:99:1069,0,735 12518-ref 47 . G A 5642.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=130.4646;MQ=36.37;MQ0=0;QD=5.64;SB=-0.01;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:577,390:362:99:4550,0,5051 12518-ref 64 . G A 5024.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=82.6209;MQ=32.78;MQ0=0;QD=5.02;SB=-0.01;sumGLbyD=3.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:621,360:410:99:3736,0,6133 12518-ref 89 . C G 33106.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.2469;MQ=33.27;MQ0=0;QD=33.11;SB=-486.48;sumGLbyD=32.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,980:950:99:32683,2815,0 12518-ref 130 . C T 6420.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=556;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=660.4259;MQ=31.27;MQ0=0;QD=11.55;SB=213.10;sumGLbyD=7.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:361,182:529:99:4410,0,9485 12518-ref 133 . A T 2265.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=500;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=416.2716;MQ=31.04;MQ0=0;QD=4.53;SB=252.39;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:375,111:480:99:2295,0,10361 12518-ref 193 . A G 17.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.18;MQ0=0;QD=1.08;SB=-0.01;sumGLbyD=2.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:47.26:47,0,337 12518-ref 410 . C T 38.51 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9440;MQ=32.97;MQ0=0;QD=0.96;SB=5.32;sumGLbyD=1.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:36:68.50:69,0,924 12518-ref 418 . G T 873.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.9208;MQ=32.97;MQ0=0;QD=21.83;SB=15.03;sumGLbyD=22.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,30:39:99:903,0,212 12557-ref 91 . 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T A 947.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7921;MQ=36.27;MQ0=0;QD=22.56;SB=-0.01;sumGLbyD=23.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,32:35:82.82:978,0,83 12596-ref 142 . C G 1021.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4996;MQ=36.26;MQ0=0;QD=24.91;SB=-0.01;sumGLbyD=25.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,35:36:87.83:1051,0,88 12596-ref 179 . T C 1851.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9373;MQ=36.57;MQ0=0;QD=26.44;SB=-173.92;sumGLbyD=26.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,58:67:99:1881,0,225 12596-ref 341 . A T 29241.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=69.5979;MQ=36.84;MQ0=0;QD=29.24;SB=-69.63;sumGLbyD=29.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,991:793:99:29237,2386,0 12596-ref 671 . T C 24535.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=890;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=160.0121;MQ=36.61;MQ0=0;QD=27.57;SB=-300.50;sumGLbyD=27.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,862:703:99:24117,1778,0 12596-ref 738 . C T 35376.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.6559;MQ=36.76;MQ0=0;QD=35.38;SB=-212.61;sumGLbyD=35.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,990:945:99:35262,2797,0 12596-ref 813 . C T 34794.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=996;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.5221;MQ=36.60;MQ0=0;QD=34.93;SB=-29.63;sumGLbyD=34.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,979:939:99:34328,2363,0 12596-ref 819 . A T 32829.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=984;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.1981;MQ=36.60;MQ0=0;QD=33.36;SB=-29.63;sumGLbyD=32.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,958:904:99:32278,2236,0 12596-ref 919 . C T 30378.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=878;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.0435;MQ=36.26;MQ0=0;QD=34.60;SB=-99.26;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,869:828:99:30212,2414,0 12596-ref 944 . G A 29869.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=943;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=59.1846;MQ=36.41;MQ0=0;QD=31.68;SB=-235.71;sumGLbyD=31.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,932:824:99:29741,2377,0 12596-ref 1067 . C G 27193.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=753;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.3028;MQ=35.79;MQ0=0;QD=36.11;SB=-99.26;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,750:735:99:27160,2208,0 12596-ref 1070 . T G 23592.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=653;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.3402;MQ=35.62;MQ0=0;QD=36.13;SB=-99.26;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,647:638:99:23427,1851,0 12596-ref 1119 . C T 33527.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.0665;MQ=36.66;MQ0=0;QD=33.53;SB=-0.01;sumGLbyD=33.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,982:924:99:33352,2764,0 12596-ref 1181 . A G 25168.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=685;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.4585;MQ=36.82;MQ0=0;QD=36.74;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,684:669:99:25166,2013,0 12596-ref 1211 . T G 119.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.0627;MQ=36.53;MQ0=0;QD=0.93;SB=3.00;sumGLbyD=1.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,13:127:99:150,0,3466 12636-ref 372 . C T 1311.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=315;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.8732;MQ=36.84;MQ0=0;QD=4.16;SB=6.01;sumGLbyD=4.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:248,66:285:99:1341,0,7534 12636-ref 718 . A T 90.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.08;SB=-0.01;sumGLbyD=12.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:121,0,190 12636-ref 719 . A T 25.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.16;SB=-0.01;sumGLbyD=6.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.25:55,0,197 12636-ref 802 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 12701-ref 15 . G A 60.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=11.9260;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.54;SB=-0.01;sumGLbyD=11.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:90.29:90,0,175 12701-ref 16 . A C 10170.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=296;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.3608;MQ=35.58;MQ0=0;QD=34.36;SB=-26.62;sumGLbyD=30.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,265:293:52.36:9140,0,52 12701-ref 19 . A G 34523.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=296.2174;MQ=36.13;MQ0=0;QD=34.52;SB=-29.24;sumGLbyD=31.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,908:989:99:31384,0,197 12701-ref 20 . A G 19523.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=290.1221;MQ=36.26;MQ0=0;QD=19.52;SB=-39.92;sumGLbyD=14.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:472,452:981:99:14066,0,15020 12701-ref 22 . T C 6675.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=252.9431;MQ=36.84;MQ0=0;QD=6.68;SB=15.01;sumGLbyD=3.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:826,167:990:99:3519,0,28730 12701-ref 32 . T A 287.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=211.0628;MQ=36.57;MQ0=0;QD=0.29;SB=71.99;sumGLbyD=0.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:856,84:978:99:318,0,29157 12701-ref 82 . G A 6692.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=136.4871;MQ=31.06;MQ0=0;QD=6.69;SB=-111.30;sumGLbyD=4.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:691,245:603:99:4830,0,8607 12701-ref 124 . C G 130.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=197.6694;MQ=36.75;MQ0=0;QD=0.13;SB=412.16;sumGLbyD=0.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:891,80:586:99:160,0,17610 12701-ref 137 . A C 21793.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=125.6368;MQ=28.36;MQ0=0;QD=21.79;SB=2025.92;sumGLbyD=19.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:251,730:826:99:19162,0,1074 12701-ref 142 . C G 14628.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=242.1649;MQ=31.55;MQ0=0;QD=14.63;SB=1200.79;sumGLbyD=12.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:461,528:755:99:12138,0,7906 12701-ref 144 . C T 12677.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=189.0306;MQ=36.09;MQ0=0;QD=12.68;SB=-4264.63;sumGLbyD=10.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:310,638:547:99:10811,0,5395 12701-ref 145 . T C 16349.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=140.2625;MQ=36.21;MQ0=0;QD=16.35;SB=-4227.45;sumGLbyD=14.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,829:510:99:14728,0,169 12701-ref 155 . A C 561.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=393.1408;MQ=36.23;MQ0=0;QD=0.56;SB=135.86;sumGLbyD=0.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:852,62:451:99:591,0,10947 12701-ref 159 . A T 923.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=390.1507;MQ=36.25;MQ0=0;QD=0.92;SB=-50.77;sumGLbyD=0.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:836,66:396:99:953,0,8989 12701-ref 160 . T C 1723.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=326.1353;MQ=36.06;MQ0=0;QD=1.72;SB=-736.20;sumGLbyD=1.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:841,131:410:99:1753,0,9626 12701-ref 162 . T C 348.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=303.5814;MQ=36.45;MQ0=0;QD=0.35;SB=-79.09;sumGLbyD=0.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:707,257:338:99:379,0,8882 12701-ref 174 . T C 534.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=313.5428;MQ=36.58;MQ0=0;QD=0.53;SB=179.26;sumGLbyD=0.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:789,201:259:99:565,0,7009 12701-ref 175 . T C 130.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=310.1338;MQ=36.44;MQ0=0;QD=0.13;SB=-56.28;sumGLbyD=0.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:929,54:492:99:160,0,14534 12701-ref 176 . A T 92.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=295.9645;MQ=36.37;MQ0=0;QD=0.09;SB=125.76;sumGLbyD=0.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:803,85:409:99:123,0,10426 12701-ref 187 . T C 64.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=241.7078;MQ=25.85;MQ0=0;QD=0.06;SB=-43.98;sumGLbyD=0.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:852,120:901:94.17:94,0,19780 12701-ref 213 . T A 12098.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=252.7789;MQ=23.62;MQ0=0;QD=12.10;SB=5.99;sumGLbyD=8.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:388,403:784:99:8619,0,7575 12701-ref 216 . A G 96.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=351.6326;MQ=23.78;MQ0=0;QD=0.10;SB=5.99;sumGLbyD=0.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:649,45:364:99:127,0,6558 12701-ref 224 . C A 13184.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=108.0143;MQ=23.45;MQ0=0;QD=13.18;SB=-34.31;sumGLbyD=10.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:513,475:919:99:10183,0,9758 12701-ref 249 . A T 27493.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1033.5690;MQ=34.20;MQ0=0;QD=27.49;SB=-940.76;sumGLbyD=15.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,457:857:99:15238,0,2089 12701-ref 252 . C G 20072.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=170.3506;MQ=31.99;MQ0=0;QD=20.07;SB=-95.53;sumGLbyD=16.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:386,584:895:99:16517,0,7883 12701-ref 255 . A G 232.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=404.1113;MQ=34.82;MQ0=0;QD=0.23;SB=-25.07;sumGLbyD=0.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:629,60:617:99:262,0,17122 12701-ref 257 . C T 325.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=197.9061;MQ=27.55;MQ0=0;QD=0.33;SB=873.80;sumGLbyD=0.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:907,89:802:99:356,0,20314 12701-ref 258 . A G 13080.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=114.4865;MQ=31.20;MQ0=0;QD=13.08;SB=0.70;sumGLbyD=9.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:622,318:922:99:9035,0,15215 12701-ref 263 . A C 2720.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=259.4576;MQ=30.55;MQ0=0;QD=2.72;SB=-41.43;sumGLbyD=2.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:670,184:935:99:2751,0,18562 12701-ref 281 . A C 352.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=289.0922;MQ=34.27;MQ0=0;QD=0.35;SB=793.19;sumGLbyD=0.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:869,89:941:99:383,0,26841 12701-ref 283 . T C 11494.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=340.7809;MQ=35.67;MQ0=0;QD=11.49;SB=-119.82;sumGLbyD=7.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:644,306:862:99:7838,0,18145 12701-ref 285 . A G 18931.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=461.9711;MQ=35.84;MQ0=0;QD=18.93;SB=-61.02;sumGLbyD=7.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:485,272:981:99:7820,0,15762 12701-ref 288 . A G 3035.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=393.9780;MQ=35.95;MQ0=0;QD=3.04;SB=-29.81;sumGLbyD=3.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:674,148:980:99:3066,0,22512 12701-ref 303 . T C 317.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=219.1844;MQ=34.52;MQ0=0;QD=0.32;SB=45.44;sumGLbyD=0.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:767,169:494:99:347,0,13585 12701-ref 309 . A G 2972.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=222.4784;MQ=35.73;MQ0=0;QD=2.97;SB=-129.82;sumGLbyD=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:724,141:735:99:3003,0,17695 12701-ref 314 . A C 10427.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=294.6870;MQ=36.40;MQ0=0;QD=10.43;SB=-152.80;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:483,396:610:99:4491,0,11123 12701-ref 320 . T C 25209.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=83.6868;MQ=34.03;MQ0=0;QD=25.21;SB=-3688.94;sumGLbyD=22.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:254,730:841:99:22482,0,2418 12701-ref 332 . T C 1150.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=255.3343;MQ=35.82;MQ0=0;QD=1.15;SB=-132.54;sumGLbyD=1.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:854,107:810:99:1181,0,23190 12701-ref 333 . G A 10999.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=167.2856;MQ=36.39;MQ0=0;QD=11.00;SB=-2108.23;sumGLbyD=7.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:607,308:730:99:7240,0,14535 12701-ref 338 . A C 14594.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=329.9619;MQ=36.18;MQ0=0;QD=14.59;SB=-30.40;sumGLbyD=4.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:599,207:958:99:4947,0,19286 12701-ref 351 . T C 839.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=332.7205;MQ=23.01;MQ0=0;QD=0.84;SB=104.95;sumGLbyD=0.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:809,135:950:99:870,0,17711 12701-ref 354 . G A 839.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=588.1576;MQ=23.62;MQ0=0;QD=0.84;SB=1769.87;sumGLbyD=0.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:833,122:947:99:869,0,18312 12701-ref 355 . G C 1398.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=411.6018;MQ=23.77;MQ0=0;QD=1.40;SB=348.23;sumGLbyD=1.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:851,129:789:99:1429,0,15695 12701-ref 356 . T C 19195.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=293.8098;MQ=29.90;MQ0=0;QD=19.20;SB=-974.40;sumGLbyD=16.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:465,513:902:99:16081,0,8008 12701-ref 357 . G A 13144.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=182.2301;MQ=23.47;MQ0=0;QD=13.14;SB=-313.84;sumGLbyD=8.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:482,425:860:99:8193,0,8648 12701-ref 362 . A C 2300.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=211.8934;MQ=24.86;MQ0=0;QD=2.30;SB=-169.88;sumGLbyD=2.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:681,227:824:99:2331,0,13696 12701-ref 384 . A G 2716.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=395.8845;MQ=23.80;MQ0=0;QD=2.72;SB=-498.72;sumGLbyD=2.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:595,180:903:99:2747,0,13574 12701-ref 387 . A G 1640.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=314.0844;MQ=32.27;MQ0=0;QD=1.64;SB=-592.75;sumGLbyD=1.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:755,119:968:99:1670,0,23047 12701-ref 407 . T C 152.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=297.3075;MQ=35.50;MQ0=0;QD=0.15;SB=32.79;sumGLbyD=0.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:880,77:724:99:183,0,21152 12701-ref 408 . G C 221.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=206.9418;MQ=35.83;MQ0=0;QD=0.22;SB=-122.12;sumGLbyD=0.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:824,76:987:99:251,0,28247 12701-ref 413 . A C 10052.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=440.7590;MQ=35.46;MQ0=0;QD=10.05;SB=-861.92;sumGLbyD=3.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:637,241:757:99:3859,0,15989 12701-ref 431 . A C 291.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=280.3575;MQ=28.75;MQ0=0;QD=0.29;SB=502.80;sumGLbyD=0.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:888,74:772:99:321,0,18355 12701-ref 433 . T C 2758.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=300.3108;MQ=33.36;MQ0=0;QD=2.76;SB=-1269.71;sumGLbyD=2.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:781,163:697:99:2789,0,16675 12701-ref 435 . A G 15809.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=452.6261;MQ=35.73;MQ0=0;QD=15.81;SB=-1622.14;sumGLbyD=5.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:570,194:977:99:5147,0,18560 12701-ref 438 . A G 1013.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=382.4742;MQ=35.97;MQ0=0;QD=1.01;SB=-243.45;sumGLbyD=1.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:783,94:923:99:1044,0,24928 12701-ref 450 . T C 35.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=128.7971;MQ=34.45;MQ0=0;QD=0.04;SB=383.91;sumGLbyD=0.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:688,301:630:65.05:65,0,18431 12701-ref 458 . 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C T 19496.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.6380;MQ=23.97;MQ0=0;QD=19.50;SB=-1728.74;sumGLbyD=16.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:310,690:984:99:16521,0,5458 12701-ref 934 . G A 14092.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=546;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.3419;MQ=24.78;MQ0=0;QD=25.81;SB=-895.70;sumGLbyD=23.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,497:519:99:12993,495,0 12701-ref 941 . G C 2586.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9984;MQ=25.15;MQ0=0;QD=20.21;SB=-303.02;sumGLbyD=20.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,103:126:99:2616,0,296 12701-ref 954 . G A 241.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8093;MQ=27.73;MQ0=0;QD=9.67;SB=-71.88;sumGLbyD=10.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:272,0,350 12728-ref 72 . A G 31.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9371;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.00;SB=-0.01;sumGLbyD=7.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:61.95:62,0,138 12728-ref 74 . A C 282.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.8722;MQ=36.54;MQ0=0;QD=12.86;SB=-0.01;sumGLbyD=14.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:20:77.85:313,0,78 12728-ref 75 . G C 126.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.7297;MQ=36.61;MQ0=0;QD=4.88;SB=-0.01;sumGLbyD=6.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:24:99:157,0,618 12728-ref 77 . T C 130.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.8411;MQ=36.84;MQ0=0;QD=2.04;SB=3.00;sumGLbyD=2.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,7:40:99:161,0,1040 12728-ref 150 . G A 15366.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=869;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.5458;MQ=36.71;MQ0=0;QD=17.68;SB=-84.20;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:379,482:754:99:13094,0,10654 12728-ref 207 . C A 18057.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=777;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.9425;MQ=36.84;MQ0=0;QD=23.24;SB=6.01;sumGLbyD=20.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:284,491:748:99:15773,0,8324 12728-ref 292 . C T 34606.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.2963;MQ=36.52;MQ0=0;QD=34.61;SB=-29.63;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,994:936:99:34563,2777,0 12728-ref 309 . T C 14668.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=935;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=46.8757;MQ=36.15;MQ0=0;QD=15.69;SB=-237.49;sumGLbyD=12.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:521,410:869:99:12023,0,14968 12728-ref 348 . A G 12148.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=838;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.4894;MQ=35.89;MQ0=0;QD=14.50;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:444,387:739:99:9898,0,12525 12728-ref 362 . G T 9705.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=834;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.1147;MQ=35.96;MQ0=0;QD=11.64;SB=-26.62;sumGLbyD=9.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:453,381:629:99:7809,0,10923 12728-ref 527 . T C 18855.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=70.7505;MQ=35.29;MQ0=0;QD=18.86;SB=-0.01;sumGLbyD=16.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:397,589:886:99:16038,0,9815 12728-ref 557 . A G 16766.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=998;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.4680;MQ=34.41;MQ0=0;QD=16.80;SB=-129.95;sumGLbyD=13.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:477,520:934:99:13951,0,13576 12728-ref 565 . A C 16892.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=995;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.3378;MQ=34.69;MQ0=0;QD=16.98;SB=-115.42;sumGLbyD=14.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:471,521:916:99:14131,0,13189 12728-ref 587 . C T 19663.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.0497;MQ=35.91;MQ0=0;QD=19.66;SB=-26.62;sumGLbyD=16.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:414,582:920:99:16834,0,11690 12728-ref 849 . A G 15139.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.7430;MQ=36.85;MQ0=0;QD=15.14;SB=-264.94;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:598,402:977:99:12196,0,19089 12728-ref 886 . A G 31523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=917;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.8493;MQ=36.86;MQ0=0;QD=34.38;SB=-700.12;sumGLbyD=34.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,910:856:99:31478,2535,0 12728-ref 899 . T A 13838.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=991;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=36.6642;MQ=36.80;MQ0=0;QD=13.96;SB=-143.55;sumGLbyD=11.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:553,435:877:99:11195,0,15383 12728-ref 916 . C G 14163.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=77.4544;MQ=36.85;MQ0=0;QD=14.16;SB=-136.92;sumGLbyD=11.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:554,445:869:99:11544,0,15100 12728-ref 1091 . G C 28695.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=812;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.3610;MQ=36.06;MQ0=0;QD=35.34;SB=-0.01;sumGLbyD=21.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,495:778:99:17248,1371,0 12728-ref 1118 . A G 23780.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=644;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.2621;MQ=35.66;MQ0=0;QD=36.93;SB=-109.64;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,643:634:99:23738,1905,0 12728-ref 1121 . G T 7902.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=558;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.9041;MQ=35.62;MQ0=0;QD=14.16;SB=-20.60;sumGLbyD=11.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:331,226:544:99:6227,0,10636 12728-ref 1235 . A G 1738.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.0628;MQ=36.63;MQ0=0;QD=7.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,65:202:99:1768,0,4705 12728-ref 1261 . G C 669.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.9333;MQ=36.34;MQ0=0;QD=3.89;SB=-131.04;sumGLbyD=4.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,32:161:99:700,0,4401 12728-ref 1271 . A G 5282.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.5755;MQ=36.65;MQ0=0;QD=23.17;SB=15.01;sumGLbyD=20.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,164:192:99:4704,0,1285 12728-ref 1309 . A C 1089.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3439;MQ=36.79;MQ0=0;QD=7.46;SB=-0.01;sumGLbyD=7.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,44:137:99:1119,0,3159 12728-ref 1403 . T A 186.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9930;MQ=36.22;MQ0=0;QD=14.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:13:99:217,0,155 12728-ref 1404 . T A 120.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9930;MQ=36.22;MQ0=0;QD=9.27;SB=-0.01;sumGLbyD=11.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:151,0,259 12728-ref 1405 . T A 15.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=1.88;SB=-0.01;sumGLbyD=5.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:44.86:45,0,216 12728-ref 1418 . C G 25.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.58;SB=-0.01;sumGLbyD=7.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:55.07:55,0,167 12761-ref 70 . G A 1119.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.7346;MQ=36.94;MQ0=0;QD=6.58;SB=-25.65;sumGLbyD=6.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,67:135:99:1149,0,3027 12761-ref 131 . A G 16971.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=811;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.1433;MQ=36.86;MQ0=0;QD=20.93;SB=-30.99;sumGLbyD=18.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:342,469:780:99:14621,0,9778 12761-ref 273 . 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C T 3148.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.1553;MQ=36.62;MQ0=0;QD=13.06;SB=-0.01;sumGLbyD=13.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,113:229:99:3178,0,3860 12761-ref 734 . G T 10241.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=322;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.4451;MQ=36.78;MQ0=0;QD=31.81;SB=-40.01;sumGLbyD=31.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,319:277:99:10240,833,0 12761-ref 849 . G A 8791.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=687;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=81.2405;MQ=36.81;MQ0=0;QD=12.80;SB=9.01;sumGLbyD=9.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:434,249:649:99:6835,0,13352 12761-ref 914 . G T 13626.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=973;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=97.4691;MQ=36.84;MQ0=0;QD=14.00;SB=-0.01;sumGLbyD=11.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:548,421:869:99:11008,0,15704 12761-ref 982 . C T 31894.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=932;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.3455;MQ=36.81;MQ0=0;QD=34.22;SB=-59.25;sumGLbyD=34.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,920:854:99:31828,2563,0 12761-ref 1048 . A G 4560.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=65.6337;MQ=35.04;MQ0=0;QD=26.99;SB=-93.85;sumGLbyD=24.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,148:147:26.38:4091,0,26 12761-ref 1076 . G C 4006.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.5276;MQ=35.88;MQ0=0;QD=17.57;SB=-720.93;sumGLbyD=14.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,137:187:99:3324,0,2162 12761-ref 1099 . A T 6019.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=399;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.6247;MQ=36.85;MQ0=0;QD=15.09;SB=-27.98;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:232,166:382:99:4868,0,7405 12761-ref 1163 . A C 1005.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=7.1596;MQ=36.91;MQ0=0;QD=9.14;SB=-0.01;sumGLbyD=9.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,36:99:99:1035,0,2023 12761-ref 1173 . A T 1159.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.5942;MQ=36.88;MQ0=0;QD=6.86;SB=-0.01;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,54:138:99:1190,0,2858 12761-ref 1250 . A G 29.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9960;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=2.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:21:59.83:60,0,583 12795-ref 54 . A G 15.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.1886;MQ=36.37;MQ0=0;QD=0.08;SB=-0.01;sumGLbyD=0.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,20:180:45.83:46,0,5563 12795-ref 62 . A C 529.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.8107;MQ=36.18;MQ0=0;QD=2.36;SB=3.00;sumGLbyD=2.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,36:215:99:560,0,6056 12795-ref 67 . A G 1323.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=270;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=46.3206;MQ=36.32;MQ0=0;QD=4.90;SB=3.00;sumGLbyD=5.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,64:248:99:1353,0,6255 12795-ref 389 . T C 34009.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=984;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.5710;MQ=36.69;MQ0=0;QD=34.56;SB=-0.01;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,983:904:99:34006,2720,0 12795-ref 405 . T G 9927.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=829;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=54.6696;MQ=36.76;MQ0=0;QD=11.97;SB=3.00;sumGLbyD=9.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:539,286:770:99:7570,0,16223 12795-ref 512 . G A 22318.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=643;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.6334;MQ=36.62;MQ0=0;QD=34.71;SB=-126.67;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,638:606:99:22275,1783,0 12795-ref 528 . T G 7843.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=501;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.9020;MQ=36.60;MQ0=0;QD=15.66;SB=-76.85;sumGLbyD=12.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:293,206:492:99:6324,0,9475 12795-ref 600 . T C 4064.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=19.8651;MQ=36.19;MQ0=0;QD=14.73;SB=-0.01;sumGLbyD=12.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,122:236:99:3324,0,3737 12795-ref 640 . G T 3011.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=270;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=14.0028;MQ=36.06;MQ0=0;QD=11.15;SB=3.00;sumGLbyD=11.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,110:259:99:3041,0,5005 12795-ref 648 . G A 2912.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0622;MQ=36.06;MQ0=0;QD=11.20;SB=-0.01;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,103:257:99:2943,0,5212 12795-ref 663 . G A 552.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9844;MQ=36.26;MQ0=0;QD=4.49;SB=-0.01;sumGLbyD=4.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,27:120:99:582,0,3182 12795-ref 885 . C T 300.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.02;SB=-0.01;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:23:99:331,0,353 12795-ref 901 . A G 25.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9848;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.94:56,0,194 12795-ref 1090 . T C 66.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5619;MQ=36.27;MQ0=0;QD=4.73;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:96.21:96,0,338 12807-ref 6 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 12807-ref 13 . A T 64.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=21.42;SB=-0.01;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:96,9,0 12807-ref 70 . T A 233.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9992;MQ=35.42;MQ0=0;QD=4.49;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:49:99:264,0,1225 12807-ref 90 . C G 391.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4643;MQ=32.83;MQ0=0;QD=8.51;SB=-100.46;sumGLbyD=9.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:46:99:421,0,866 12807-ref 91 . G A 292.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9972;MQ=30.54;MQ0=0;QD=10.09;SB=-100.46;sumGLbyD=11.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:28:99:323,0,440 12807-ref 253 . A T 12661.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=654;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0494;MQ=35.03;MQ0=0;QD=19.36;SB=-53.24;sumGLbyD=16.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:291,362:640:99:10696,0,8790 12807-ref 260 . C G 20096.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=569;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.2614;MQ=34.74;MQ0=0;QD=35.32;SB=-59.25;sumGLbyD=35.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,564:555:99:20093,1670,0 12807-ref 304 . C T 5189.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=294;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.1872;MQ=36.76;MQ0=0;QD=17.65;SB=-0.01;sumGLbyD=15.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,173:225:99:4511,0,2479 12807-ref 379 . A G 20689.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=601;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.9596;MQ=36.55;MQ0=0;QD=34.42;SB=-32.51;sumGLbyD=34.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,597:556:99:20608,1594,0 12807-ref 395 . C G 12125.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=333;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6335;MQ=36.20;MQ0=0;QD=36.41;SB=-29.63;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,332:321:99:12085,963,0 12807-ref 562 . A T 5971.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=430;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=37.7558;MQ=36.72;MQ0=0;QD=13.89;SB=6.00;sumGLbyD=11.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:238,189:363:99:4854,0,6168 12807-ref 571 . C T 6158.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=382;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.8202;MQ=36.63;MQ0=0;QD=16.12;SB=-29.56;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,182:351:99:5101,0,5841 12807-ref 631 . T C 4066.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=18.4262;MQ=36.62;MQ0=0;QD=19.00;SB=-48.02;sumGLbyD=15.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,106:209:99:3327,0,3235 12807-ref 681 . T A 16.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.29;SB=9.02;sumGLbyD=6.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:45.92:46,0,167 12965-ref 125 . C T 185.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.60;MQ0=0;QD=14.29;SB=-0.01;sumGLbyD=16.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:11:99:216,0,118 12965-ref 132 . 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C T 85.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0 12965-ref 330 . A T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=15.78;SB=-0.01;sumGLbyD=26.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.02:79,6,0 12965-ref 350 . A T 46.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=31.58;MQ0=0;QD=7.81;SB=-0.01;sumGLbyD=12.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:23.23:77,0,23 12965-ref 387 . G T 518.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=35.63;MQ0=0;QD=34.57;SB=-0.01;sumGLbyD=36.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:552,45,0 12965-ref 428 . C G 54.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.96;SB=3.00;sumGLbyD=3.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,5:25:84.85:85,0,672 12965-ref 445 . T C 126.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.26;SB=-0.01;sumGLbyD=6.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:24:99:156,0,609 12965-ref 475 . C T 362.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.86;MQ0=0;QD=12.49;SB=-0.01;sumGLbyD=13.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:25:99:392,0,366 12965-ref 502 . C G 57.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9897;MQ=30.19;MQ0=0;QD=4.45;SB=-0.01;sumGLbyD=6.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:87.83:88,0,253 12965-ref 515 . G A 249.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=19.20;SB=-0.01;sumGLbyD=21.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:78.74:280,0,79 12965-ref 531 . A C 164.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=31.97;MQ0=0;QD=10.96;SB=-0.01;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:194,0,219 12965-ref 535 . T A 110.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=9.22;SB=-0.01;sumGLbyD=11.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:141,0,183 12965-ref 541 . G C 168.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=21.12;SB=-0.01;sumGLbyD=24.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:35.19:199,0,35 12965-ref 556 . C G 160.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:193,15,0 12965-ref 557 . G A 150.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:183,15,0 12965-ref 622 . G A 391.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.2579;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:31:99:421,0,545 12965-ref 636 . A T 539.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.87;SB=-0.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:33:99:570,0,478 12965-ref 637 . T C 508.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.96;SB=-0.01;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:539,0,522 12965-ref 687 . T A 1720.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.5948;MQ=36.67;MQ0=0;QD=18.50;SB=-0.01;sumGLbyD=18.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:90:99:1751,0,1035 12965-ref 698 . A C 862.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.79;MQ0=0;QD=9.08;SB=-0.01;sumGLbyD=9.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,32:89:99:892,0,1898 12965-ref 718 . T G 563.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6152;MQ=36.65;MQ0=0;QD=6.48;SB=-0.01;sumGLbyD=6.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,26:76:99:593,0,1722 12965-ref 751 . G A 656.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.10;MQ0=0;QD=8.31;SB=-0.01;sumGLbyD=8.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:71:99:687,0,1487 12965-ref 767 . C A 863.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.92;MQ0=0;QD=13.08;SB=-0.01;sumGLbyD=13.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:61:99:893,0,979 12965-ref 792 . A G 757.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.35;MQ0=0;QD=12.22;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:57:99:788,0,1046 12965-ref 878 . C T 111.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:58.08:142,0,58 12981-ref 69 . T A 489.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=376;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=25.7874;MQ=36.65;MQ0=0;QD=1.30;SB=338.60;sumGLbyD=1.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:329,44:333:99:520,0,9728 12981-ref 82 . T C 19139.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=586;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.8854;MQ=36.67;MQ0=0;QD=32.66;SB=-1397.60;sumGLbyD=32.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,583:520:99:19137,1564,0 12981-ref 209 . A G 15978.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=670;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.5512;MQ=34.28;MQ0=0;QD=23.85;SB=6.00;sumGLbyD=20.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,449:651:99:13801,0,5030 12981-ref 347 . C T 1338.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.9958;MQ=22.60;MQ0=0;QD=4.68;SB=-0.01;sumGLbyD=4.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,85:275:99:1368,0,4308 12981-ref 356 . C G 4711.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=298;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.7545;MQ=22.63;MQ0=0;QD=15.81;SB=-70.99;sumGLbyD=12.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,183:279:99:3847,0,1977 12981-ref 389 . A C 2017.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.9988;MQ=24.63;MQ0=0;QD=8.41;SB=-157.66;sumGLbyD=8.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,100:202:99:2047,0,2301 12981-ref 613 . C G 12979.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=72.0369;MQ=30.09;MQ0=0;QD=12.98;SB=-11.59;sumGLbyD=10.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:636,363:962:99:10040,0,14922 12981-ref 618 . A G 16148.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=66.5649;MQ=30.70;MQ0=0;QD=16.15;SB=-146.24;sumGLbyD=13.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:442,556:960:99:13226,0,12297 12981-ref 638 . G C 13767.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=795;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.3629;MQ=32.78;MQ0=0;QD=17.32;SB=15.03;sumGLbyD=14.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:390,403:744:99:11523,0,9634 12981-ref 679 . A G 7440.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=400;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9881;MQ=33.66;MQ0=0;QD=18.60;SB=-76.85;sumGLbyD=15.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,222:392:99:6258,0,5099 12981-ref 687 . T G 12783.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=369;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.7794;MQ=33.49;MQ0=0;QD=34.64;SB=-88.87;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,366:363:99:12753,1064,0 12981-ref 698 . G A 7365.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2277;MQ=32.23;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=33.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,220:216:99:7336,622,0 12991-ref 17 . T A 147.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8929;MQ=32.96;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=5.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:29:99:178,0,642 12991-ref 18 . T G 627 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8929;MQ=32.96;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=21.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,22:30:99:657,0,167 12991-ref 37 . G A 67.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9700;MQ=32.30;MQ0=0;QD=2.59;SB=-0.01;sumGLbyD=3.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:25:97.43:97,0,512 12991-ref 59 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 12991-ref 90 . 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A G 9033.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=910;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.4449;MQ=35.28;MQ0=0;QD=9.93;SB=-0.01;sumGLbyD=7.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:644,265:812:99:6558,0,17519 12991-ref 442 . C T 24214.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=794;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=38.6244;MQ=34.95;MQ0=0;QD=30.50;SB=-29.63;sumGLbyD=30.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,781:690:99:23986,1990,0 12991-ref 446 . C A 510.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=768;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.3104;MQ=34.91;MQ0=0;QD=0.67;SB=-49.26;sumGLbyD=0.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:674,93:719:99:541,0,21441 12991-ref 448 . C T 526.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=768;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.8856;MQ=34.91;MQ0=0;QD=0.69;SB=-71.25;sumGLbyD=0.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:673,94:730:99:556,0,21595 12991-ref 456 . A G 24864.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=767;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.0725;MQ=34.99;MQ0=0;QD=32.42;SB=-269.24;sumGLbyD=29.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,680:744:99:22623,0,334 12991-ref 514 . 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A G 12598.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=976;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.6001;MQ=35.49;MQ0=0;QD=12.91;SB=-41.21;sumGLbyD=10.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:604,369:941:99:9763,0,19339 13064-ref 1740 . C G 9922.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=645;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.9202;MQ=36.86;MQ0=0;QD=15.38;SB=-22.64;sumGLbyD=12.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:355,290:581:99:8171,0,10097 13064-ref 1775 . G T 5903.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=448;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.3130;MQ=36.70;MQ0=0;QD=13.18;SB=-59.92;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:279,168:423:99:4629,0,8581 13064-ref 1851 . C T 1293.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.1948;MQ=36.49;MQ0=0;QD=6.54;SB=-0.01;sumGLbyD=6.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,54:186:99:1324,0,4401 13064-ref 1855 . T A 1234.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.3225;MQ=36.45;MQ0=0;QD=6.08;SB=-0.01;sumGLbyD=6.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,54:196:99:1265,0,4727 13064-ref 1872 . A C 1160.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.8769;MQ=36.63;MQ0=0;QD=4.25;SB=-0.01;sumGLbyD=4.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,64:231:99:1190,0,5787 13064-ref 1961 . A G 898.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9323;MQ=36.32;MQ0=0;QD=9.98;SB=-0.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:88:99:929,0,1869 13064-ref 1974 . G A 628.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4056;MQ=36.06;MQ0=0;QD=6.48;SB=-0.01;sumGLbyD=6.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,27:91:99:658,0,2165 13064-ref 1979 . A G 3191.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3433;MQ=36.25;MQ0=0;QD=33.59;SB=-0.01;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:86:99:3224,259,0 13064-ref 2013 . T G 161.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=36.26;MQ0=0;QD=2.94;SB=-0.01;sumGLbyD=3.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,10:54:99:192,0,1533 13083-ref 91 . A G 12495.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=787;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.2152;MQ=36.81;MQ0=0;QD=15.88;SB=-20.61;sumGLbyD=12.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:444,341:759:99:10143,0,13498 13083-ref 265 . C T 277.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=25.20;SB=-0.01;sumGLbyD=27.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:37.50:307,0,38 13083-ref 271 . A T 156.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8582;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.07;SB=-31.35;sumGLbyD=14.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:13:99:187,0,195 13083-ref 272 . C G 195.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8578;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.05;SB=-32.25;sumGLbyD=15.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:14:99:226,0,199 13083-ref 591 . T G 2886.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.4708;MQ=29.81;MQ0=0;QD=12.08;SB=-0.01;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,121:214:99:2917,0,2476 13083-ref 678 . C T 2662.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7805;MQ=36.04;MQ0=0;QD=15.21;SB=-0.01;sumGLbyD=15.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,91:168:99:2692,0,2370 13083-ref 1041 . T G 426.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2126;MQ=27.77;MQ0=0;QD=8.20;SB=-0.01;sumGLbyD=8.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:42:99:456,0,524 13083-ref 1064 . G A 492.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2171;MQ=34.32;MQ0=0;QD=6.16;SB=-34.79;sumGLbyD=6.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:52:99:523,0,961 13083-ref 1099 . C T 11136.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=339;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.6761;MQ=36.53;MQ0=0;QD=32.85;SB=-102.93;sumGLbyD=32.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,338:300:99:11135,903,0 13083-ref 1216 . A C 4182.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=13.3592;MQ=36.74;MQ0=0;QD=35.44;SB=-45.53;sumGLbyD=35.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:113:99:4137,296,0 13083-ref 1226 . T C 13.67 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=11.8915;MQ=36.36;MQ0=0;QD=0.22;SB=12.01;sumGLbyD=0.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,6:55:43.47:43,0,1526 13083-ref 1261 . C A 153.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:186,15,0 13168-ref 105 . C A 64.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ=35.21;MQ0=0;QD=2.80;SB=4.75;sumGLbyD=4.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:23:94.46:94,0,563 13168-ref 109 . C G 617.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=34.82;MQ0=0;QD=32.50;SB=-213.69;sumGLbyD=34.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.13:651,57,0 13168-ref 110 . T C 464.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=35.03;MQ0=0;QD=22.13;SB=-56.62;sumGLbyD=23.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,17:19:88.76:495,0,89 13168-ref 187 . T A 46.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.2309;MQ=30.51;MQ0=0;QD=1.93;SB=24.03;sumGLbyD=3.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:16:76.40:76,0,335 13168-ref 195 . A T 46.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.4434;MQ=31.58;MQ0=0;QD=2.11;SB=21.01;sumGLbyD=3.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:17:76.36:76,0,343 13168-ref 283 . T A 4909.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9181;MQ=36.76;MQ0=0;QD=19.72;SB=-0.01;sumGLbyD=16.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,136:236:99:4199,0,3315 13168-ref 324 . T G 1820.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6298;MQ=36.59;MQ0=0;QD=14.45;SB=-58.64;sumGLbyD=14.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,70:106:99:1851,0,1342 13168-ref 349 . G A 4459.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=243;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3022;MQ=36.54;MQ0=0;QD=18.35;SB=-0.01;sumGLbyD=15.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,129:221:99:3793,0,3062 13168-ref 352 . C G 5332.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=301;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8944;MQ=36.63;MQ0=0;QD=17.72;SB=-0.01;sumGLbyD=14.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,145:285:99:4474,0,4611 13168-ref 395 . A C 7964 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=472;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.1870;MQ=36.79;MQ0=0;QD=16.87;SB=-27.42;sumGLbyD=14.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:239,232:436:99:6650,0,7028 13168-ref 559 . T A 2351.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.4071;MQ=36.75;MQ0=0;QD=11.47;SB=-0.01;sumGLbyD=11.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,89:178:99:2381,0,3210 13168-ref 674 . G A 1344.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9995;MQ=36.90;MQ0=0;QD=13.31;SB=-0.01;sumGLbyD=13.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:100:99:1375,0,1890 13168-ref 845 . T C 2095.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2852;MQ=36.20;MQ0=0;QD=10.32;SB=9.01;sumGLbyD=10.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,72:195:99:2126,0,3976 13168-ref 869 . 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C T 1021.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.7760;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.57;SB=-0.01;sumGLbyD=7.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,44:120:99:1052,0,2674 13168-ref 1323 . G A 769.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7365;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.66;SB=-0.01;sumGLbyD=12.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:56:99:800,0,1012 13168-ref 1536 . A T 5777.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=406;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.6207;MQ=36.78;MQ0=0;QD=14.23;SB=-0.01;sumGLbyD=11.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:247,158:388:99:4609,0,7810 13168-ref 1637 . C A 1356.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.5415;MQ=36.90;MQ0=0;QD=13.43;SB=-0.01;sumGLbyD=13.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:90:99:1387,0,1434 13168-ref 1725 . C G 1640.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7849;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.52;SB=-0.01;sumGLbyD=12.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,65:115:99:1670,0,1806 13168-ref 2023 . 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G A 16235.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=863;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.7772;MQ=35.38;MQ0=0;QD=18.81;SB=-53.24;sumGLbyD=16.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:362,497:768:99:13920,0,9446 13247-ref 434 . T C 17314.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=882;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=31.8501;MQ=35.40;MQ0=0;QD=19.63;SB=-125.11;sumGLbyD=16.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:378,502:819:99:14847,0,10481 13247-ref 466 . T G 8141.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=474;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.0855;MQ=35.75;MQ0=0;QD=17.18;SB=-45.18;sumGLbyD=14.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:240,234:462:99:6749,0,7559 13247-ref 498 . A T 1290.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8756;MQ=36.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=18.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:67:99:1321,0,812 13247-ref 554 . C T 683.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=31.18;MQ0=0;QD=15.19;SB=-0.01;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:44:99:713,0,492 13247-ref 572 . 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A C 17.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.2620;MQ=36.07;MQ0=0;QD=0.33;SB=-18.24;sumGLbyD=0.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,13:48:47.86:48,0,1394 13291-ref 433 . C G 896.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9055;MQ=36.61;MQ0=0;QD=11.64;SB=-34.00;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:64:99:927,0,990 13291-ref 453 . C T 1387.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9985;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.01;SB=5.99;sumGLbyD=11.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,54:111:99:1417,0,2016 13291-ref 517 . C T 2128.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6303;MQ=36.88;MQ0=0;QD=12.23;SB=-26.62;sumGLbyD=12.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,81:152:99:2159,0,2572 13291-ref 1111 . G A 3095.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=35.0496;MQ=30.31;MQ0=0;QD=19.47;SB=-432.89;sumGLbyD=19.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,122:148:99:3125,0,762 13291-ref 1113 . A G 1771.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.5341;MQ=28.63;MQ0=0;QD=15.54;SB=-0.01;sumGLbyD=15.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,75:112:99:1801,0,816 13291-ref 1114 . C G 1326.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.7160;MQ=29.52;MQ0=0;QD=14.42;SB=-0.01;sumGLbyD=14.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,59:89:99:1357,0,952 13291-ref 1115 . G C 1009.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.7248;MQ=30.45;MQ0=0;QD=13.28;SB=-0.01;sumGLbyD=13.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:75:99:1039,0,962 13291-ref 1119 . G T 178.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.64;MQ0=0;QD=6.39;SB=-0.01;sumGLbyD=7.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:99:209,0,677 13291-ref 1126 . C T 198.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=9.02;SB=-0.01;sumGLbyD=10.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:228,0,459 13291-ref 1145 . T G 125.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8938;MQ=36.49;MQ0=0;QD=6.26;SB=-0.01;sumGLbyD=7.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:18:99:155,0,400 13291-ref 1189 . C A 783.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.04;HRun=1;HaplotypeScore=8.8034;MQ=34.29;MQ0=0;QD=14.51;SB=-48.31;sumGLbyD=15.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:48:99:813,0,593 13291-ref 1191 . G A 1546.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=9.3054;MQ=34.76;MQ0=0;QD=18.41;SB=-82.73;sumGLbyD=18.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,62:71:99:1576,0,543 13291-ref 1242 . G A 19920.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.9686;MQ=36.58;MQ0=0;QD=19.92;SB=-84.22;sumGLbyD=16.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:467,532:973:99:16954,0,14405 13291-ref 1254 . T A 19557.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=990;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.0961;MQ=36.58;MQ0=0;QD=19.76;SB=-99.53;sumGLbyD=16.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:453,536:937:99:16735,0,13358 13291-ref 1378 . C G 2808.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=301;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.2713;MQ=35.88;MQ0=0;QD=9.33;SB=-777.26;sumGLbyD=9.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,104:295:99:2839,0,6246 13291-ref 1390 . A G 2807.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=528;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=27.4932;MQ=36.46;MQ0=0;QD=5.32;SB=-679.37;sumGLbyD=5.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:398,125:505:99:2838,0,13021 13291-ref 1407 . C T 7684.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=711;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.9724;MQ=36.80;MQ0=0;QD=10.81;SB=-738.26;sumGLbyD=7.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:494,214:681:99:5611,0,16214 13291-ref 1466 . C T 2707.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=447;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.9281;MQ=36.95;MQ0=0;QD=6.06;SB=-181.29;sumGLbyD=6.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:342,105:378:99:2738,0,9107 13291-ref 1533 . C G 1099.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=430;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.0551;MQ=36.72;MQ0=0;QD=2.56;SB=-193.29;sumGLbyD=2.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:363,65:410:99:1129,0,11791 13291-ref 1548 . C T 2706.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6722;MQ=36.80;MQ0=0;QD=8.70;SB=-69.61;sumGLbyD=8.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,103:292:99:2736,0,6620 13291-ref 1617 . T C 10596.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=513;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.1122;MQ=36.70;MQ0=0;QD=20.66;SB=-148.63;sumGLbyD=17.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:224,288:473:99:9171,0,5835 13311-ref 61 . C T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 13311-ref 70 . T G 40.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.44;SB=-0.01;sumGLbyD=24.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:72,6,0 13311-ref 208 . G A 105.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.12;SB=-0.01;sumGLbyD=27.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:136,0,25 13311-ref 213 . T C 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:108,0,28 13311-ref 219 . A T 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31 13311-ref 321 . T G 204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=29.28;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:238,18,0 13311-ref 343 . C A 339.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=33.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:372,30,0 13311-ref 346 . A T 346.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.68;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:380,30,0 13311-ref 596 . T C 640.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7872;MQ=36.54;MQ0=0;QD=29.12;SB=-0.01;sumGLbyD=30.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,19:22:3.49:670,0,3 13360-ref 140 . G T 2175.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.1182;MQ=24.47;MQ0=0;QD=13.94;SB=-18.69;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,100:148:99:2205,0,1089 13360-ref 158 . T G 1511.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6019;MQ=24.86;MQ0=0;QD=14.67;SB=-0.01;sumGLbyD=14.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,67:100:99:1541,0,728 13360-ref 215 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 13360-ref 431 . A G 36.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=23.00;MQ0=0;QD=2.26;SB=-0.01;sumGLbyD=4.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:4:15.67:66,0,16 13360-ref 452 . C T 651.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1948;MQ=31.11;MQ0=0;QD=15.16;SB=-0.01;sumGLbyD=15.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,27:37:99:682,0,214 13360-ref 473 . A C 149.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.7346;MQ=32.24;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=2.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,13:65:99:180,0,1600 13360-ref 476 . C T 206.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9305;MQ=32.08;MQ0=0;QD=2.69;SB=-0.01;sumGLbyD=3.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,15:68:99:237,0,1649 13360-ref 501 . C G 177.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8295;MQ=32.90;MQ0=0;QD=1.89;SB=-0.01;sumGLbyD=2.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,16:88:99:207,0,2281 13360-ref 519 . T C 172.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8649;MQ=35.35;MQ0=0;QD=1.72;SB=-0.01;sumGLbyD=2.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,16:85:99:202,0,2280 13360-ref 535 . 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A C 1172.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4063;MQ=34.35;MQ0=0;QD=10.66;SB=-30.43;sumGLbyD=10.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:107:99:1203,0,1928 13360-ref 697 . G A 1226.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9313;MQ=34.79;MQ0=0;QD=10.05;SB=-16.69;sumGLbyD=10.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:108:99:1256,0,1954 13360-ref 763 . T A 2981.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9419;MQ=36.85;MQ0=0;QD=15.13;SB=-52.13;sumGLbyD=15.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,99:190:99:3011,0,2943 13360-ref 812 . A G 591.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9361;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.39;SB=3.00;sumGLbyD=21.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:621,0,273 13407-ref 100 . G A 2046.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0689;MQ=36.77;MQ0=0;QD=9.52;SB=-0.01;sumGLbyD=9.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,73:213:99:2076,0,4736 13407-ref 163 . A G 531.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.8303;MQ=30.43;MQ0=0;QD=2.48;SB=-176.52;sumGLbyD=2.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,37:183:99:562,0,4052 13407-ref 235 . T A 5831.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=478;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.5833;MQ=28.87;MQ0=0;QD=12.20;SB=-206.78;sumGLbyD=9.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:261,215:444:99:4468,0,6297 13407-ref 273 . T C 5457.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6317;MQ=30.48;MQ0=0;QD=19.08;SB=-212.45;sumGLbyD=16.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,170:280:99:4611,0,2675 13407-ref 296 . A G 858.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.5281;MQ=33.23;MQ0=0;QD=6.92;SB=-15.69;sumGLbyD=7.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,35:121:99:888,0,2638 13407-ref 307 . C T 700.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1323;MQ=29.38;MQ0=0;QD=13.48;SB=-21.70;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:47:99:731,0,449 13407-ref 324 . A T 42.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2756;MQ=29.74;MQ0=0;QD=8.59;SB=-0.01;sumGLbyD=14.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:22.33:73,0,22 13473-ref 37 . A G 94.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6035;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.96;SB=-0.01;sumGLbyD=6.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:16:99:124,0,366 13473-ref 115 . G A 578 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7276;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.06;SB=-0.01;sumGLbyD=16.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:34:99:608,0,433 13473-ref 228 . C G 662.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4494;MQ=35.95;MQ0=0;QD=16.99;SB=-0.01;sumGLbyD=17.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:37:99:692,0,441 13473-ref 351 . C G 967.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.68;SB=-0.01;sumGLbyD=17.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:56:99:997,0,749 13473-ref 372 . T C 885.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.25;SB=-0.01;sumGLbyD=19.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:45:99:916,0,520 13511-ref 590 . A G 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 13559-ref 49 . T A 206.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.07;MQ0=0;QD=18.74;SB=-0.01;sumGLbyD=21.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:236,0,117 13559-ref 50 . T C 43.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=35.53;MQ0=0;QD=3.11;SB=-0.01;sumGLbyD=5.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:12:73.53:74,0,299 13559-ref 55 . A G 32.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8759;MQ=35.72;MQ0=0;QD=2.06;SB=-0.01;sumGLbyD=3.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:14:62.94:63,0,384 13559-ref 64 . G T 321.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4068;MQ=35.60;MQ0=0;QD=14.62;SB=-0.01;sumGLbyD=15.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:20:99:352,0,239 13559-ref 91 . A T 888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3516;MQ=35.06;MQ0=0;QD=18.52;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:45:78.21:922,78,0 13559-ref 138 . G A 10.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9962;MQ=35.63;MQ0=0;QD=0.24;SB=12.03;sumGLbyD=0.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,6:45:40.39:40,0,1366 13559-ref 139 . G C 67.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9970;MQ=35.50;MQ0=0;QD=1.64;SB=-27.97;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,7:40:97.38:97,0,1150 13626-ref 55 . T C 88.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=6.84;SB=-46.30;sumGLbyD=9.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:12:99:119,0,215 13626-ref 56 . C T 93.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=7.20;SB=-50.23;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:124,0,244 13626-ref 79 . T C 32.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.3467;MQ=35.94;MQ0=0;QD=0.56;SB=3.00;sumGLbyD=1.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,7:55:62.62:63,0,1681 13626-ref 83 . T C 94.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7704;MQ=36.21;MQ0=0;QD=1.48;SB=3.00;sumGLbyD=1.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,9:61:99:125,0,1856 13626-ref 113 . A G 303.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3217;MQ=35.73;MQ0=0;QD=2.68;SB=-0.01;sumGLbyD=2.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,23:106:99:333,0,2912 13626-ref 127 . T G 2176.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4559;MQ=36.19;MQ0=0;QD=15.77;SB=-0.01;sumGLbyD=15.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,74:131:99:2207,0,1839 13626-ref 139 . C A 5072.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.3880;MQ=36.61;MQ0=0;QD=21.87;SB=-0.01;sumGLbyD=19.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,154:208:99:4446,0,2062 13626-ref 202 . G T 1362.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4008;MQ=35.37;MQ0=0;QD=11.36;SB=-26.62;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:113:99:1393,0,2028 13626-ref 204 . A C 1426.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.2949;MQ=35.34;MQ0=0;QD=12.09;SB=-59.74;sumGLbyD=12.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,55:112:99:1457,0,1842 13626-ref 232 . C A 1189.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8992;MQ=34.93;MQ0=0;QD=18.30;SB=-0.01;sumGLbyD=18.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,41:62:99:1220,0,664 13626-ref 275 . T G 1365.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=35.38;MQ0=0;QD=35.92;SB=-0.01;sumGLbyD=36.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1398,114,0 13626-ref 276 . T A 1336.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=35.38;MQ0=0;QD=35.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1369,114,0 13626-ref 361 . T A 115.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.2666;MQ=36.57;MQ0=0;QD=0.96;SB=3.00;sumGLbyD=1.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,20:105:99:146,0,3023 13626-ref 367 . T C 783.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.5766;MQ=36.51;MQ0=0;QD=4.64;SB=3.00;sumGLbyD=4.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,44:131:99:814,0,3156 13626-ref 380 . G A 4229.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.4339;MQ=34.94;MQ0=0;QD=18.71;SB=-67.96;sumGLbyD=16.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,145:199:99:3629,0,2321 13626-ref 421 . T C 8846.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2429;MQ=33.11;MQ0=0;QD=24.57;SB=-50.23;sumGLbyD=21.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,267:348:99:7798,0,2332 13626-ref 437 . 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G T 498.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4350;MQ=35.03;MQ0=0;QD=3.66;SB=-156.17;sumGLbyD=3.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,32:118:99:528,0,3012 13626-ref 550 . G T 1544.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1378;MQ=33.80;MQ0=0;QD=10.23;SB=-58.87;sumGLbyD=10.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,64:140:99:1575,0,2549 13626-ref 583 . C G 850.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.7018;MQ=32.06;MQ0=0;QD=5.06;SB=12.00;sumGLbyD=5.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,43:160:99:881,0,3484 13626-ref 584 . T A 5250.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.7032;MQ=31.93;MQ0=0;QD=32.02;SB=-118.50;sumGLbyD=32.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:155:99:5249,466,0 13626-ref 592 . G C 1304.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.7156;MQ=31.54;MQ0=0;QD=8.64;SB=-103.53;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,59:145:99:1335,0,2702 13626-ref 605 . G T 79.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.50;MQ0=0;QD=1.06;SB=-0.01;sumGLbyD=1.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,11:72:99:109,0,1890 13626-ref 613 . G A 1993.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.02;MQ0=0;QD=31.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:63:99:2026,189,0 13626-ref 622 . C T 1805.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.63;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:56:99:1839,168,0 13638-ref 201 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 13638-ref 402 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 13638-ref 626 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 13659-ref 71 . T A 75.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.00;MQ0=0;QD=25.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:108,9,0 13659-ref 75 . T C 75.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.00;MQ0=0;QD=25.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:108,9,0 13659-ref 359 . C A 40.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.38;SB=-32.19;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0 13659-ref 390 . G T 116.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=23.29;SB=-0.01;sumGLbyD=29.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.04:149,12,0 13659-ref 404 . C A 382.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:415,33,0 13659-ref 446 . T A 416.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=34.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:449,36,0 13659-ref 471 . A G 300.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=33.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:333,27,0 13792-ref 6 . T A 32.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9310;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.92;SB=3.00;sumGLbyD=3.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:14:62.72:63,0,344 13792-ref 89 . G C 79.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.9363;MQ=34.60;MQ0=0;QD=6.09;SB=-0.01;sumGLbyD=8.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:12:99:109,0,206 13792-ref 176 . T C 581.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4319;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.22;SB=-0.01;sumGLbyD=13.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:36:99:612,0,355 13792-ref 242 . G T 623.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1627;MQ=36.50;MQ0=0;QD=10.22;SB=-0.01;sumGLbyD=10.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:58:99:654,0,1168 13792-ref 340 . T C 529.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7380;MQ=36.04;MQ0=0;QD=6.22;SB=-0.01;sumGLbyD=6.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,24:79:99:559,0,1887 13792-ref 366 . G A 485.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.5924;MQ=35.88;MQ0=0;QD=6.65;SB=-0.01;sumGLbyD=7.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,21:72:99:515,0,1652 13792-ref 376 . A C 632.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=35.77;MQ0=0;QD=10.91;SB=-0.01;sumGLbyD=11.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:53:99:663,0,896 13792-ref 422 . T C 221.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4664;MQ=36.68;MQ0=0;QD=6.93;SB=-33.99;sumGLbyD=7.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:29:99:252,0,565 13792-ref 431 . G C 38.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.6912;MQ=35.60;MQ0=0;QD=1.74;SB=3.00;sumGLbyD=3.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,3:13:68.38:68,0,313 13792-ref 481 . C T 1645.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.7685;MQ=35.98;MQ0=0;QD=9.68;SB=-20.61;sumGLbyD=9.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,61:152:99:1676,0,3074 13792-ref 513 . A G 912.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.6438;MQ=36.25;MQ0=0;QD=3.98;SB=-25.34;sumGLbyD=4.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,50:198:99:942,0,5064 13792-ref 583 . A C 1932.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4670;MQ=36.47;MQ0=0;QD=16.81;SB=-0.01;sumGLbyD=17.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,62:113:99:1963,0,1640 13792-ref 938 . C T 7497.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=534;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.6884;MQ=36.94;MQ0=0;QD=14.04;SB=-0.01;sumGLbyD=11.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:317,216:484:99:6039,0,9147 13792-ref 1209 . A G 2124.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9261;MQ=36.79;MQ0=0;QD=14.75;SB=-0.01;sumGLbyD=14.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,69:132:99:2155,0,2029 13792-ref 1527 . G T 2306.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=264;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.9114;MQ=36.77;MQ0=0;QD=8.74;SB=-30.98;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,82:259:99:2337,0,5972 13792-ref 1535 . C T 2379.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=264;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.2940;MQ=36.96;MQ0=0;QD=9.02;SB=-30.98;sumGLbyD=9.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,88:253:99:2410,0,5477 13792-ref 1555 . G A 1069.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4745;MQ=36.66;MQ0=0;QD=12.16;SB=-61.41;sumGLbyD=12.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:71:99:1100,0,1090 13792-ref 1738 . G A 448.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.58;SB=-0.01;sumGLbyD=14.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:478,0,543 13798-ref 269 . G A 201.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.52;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:234,18,0 13798-ref 277 . G A 31.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=10.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.26:61,0,136 13798-ref 486 . A G 466.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=15.57;SB=-26.62;sumGLbyD=16.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:29:99:497,0,412 13798-ref 494 . T G 467.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.65;MQ0=0;QD=16.13;SB=-0.01;sumGLbyD=17.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:27:99:498,0,352 13798-ref 537 . G A 292.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.44;MQ0=0;QD=16.23;SB=-0.01;sumGLbyD=17.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:17:99:322,0,225 13985-ref 33 . A G 33.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:64,6,0 13985-ref 333 . T C 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.78;SB=-0.01;sumGLbyD=26.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:79,6,0 13985-ref 558 . G T 129.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=23.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:5:15.01:162,15,0 13985-ref 578 . T A 146.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:180,15,0 13985-ref 718 . G C 81.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.41;SB=-0.01;sumGLbyD=28.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:114,9,0 13985-ref 850 . G T 123.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.73;SB=-0.01;sumGLbyD=31.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:156,12,0 13985-ref 927 . G A 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0 13985-ref 945 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 14057-ref 194 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14057-ref 212 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14057-ref 284 . T C 609.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7336;MQ=22.25;MQ0=0;QD=10.70;SB=115.58;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:56:99:640,0,519 14057-ref 293 . T C 611.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.14;MQ0=0;QD=23.53;SB=-0.01;sumGLbyD=24.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:69.06:645,69,0 14057-ref 310 . A G 413.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9985;MQ=27.14;MQ0=0;QD=20.67;SB=-53.24;sumGLbyD=22.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,17:20:58.46:443,0,58 14057-ref 311 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9985;MQ=27.37;MQ0=0;QD=13.11;SB=-52.27;sumGLbyD=14.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,15:14:76.54:266,0,77 14057-ref 420 . G A 204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:238,18,0 14057-ref 434 . C T 150.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.04;SB=-0.01;sumGLbyD=30.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:183,15,0 14057-ref 503 . A C 104.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.94;MQ0=0;QD=11.66;SB=-46.36;sumGLbyD=14.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:8:94.54:135,0,95 14057-ref 528 . G A 103.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=29.16;MQ0=0;QD=12.95;SB=-0.01;sumGLbyD=16.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:7:58.96:134,0,59 14057-ref 545 . A G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,68 14067-ref 110 . A G 31.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9973;MQ=33.48;MQ0=0;QD=5.32;SB=-0.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:6:61.94:62,0,95 14067-ref 114 . A G 1078.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.0000;MQ=25.92;MQ0=0;QD=8.76;SB=-0.01;sumGLbyD=9.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:98:99:1108,0,1063 14067-ref 160 . G C 9277.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=701;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.2339;MQ=24.63;MQ0=0;QD=13.23;SB=-21.66;sumGLbyD=10.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:365,336:668:99:7257,0,7652 14067-ref 212 . T C 4841.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=324;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9821;MQ=36.07;MQ0=0;QD=14.94;SB=-0.01;sumGLbyD=12.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,135:297:99:3946,0,5237 14067-ref 222 . A G 9192.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=449;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3414;MQ=36.24;MQ0=0;QD=20.47;SB=-0.01;sumGLbyD=17.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,260:428:99:7902,0,5458 14067-ref 231 . T G 22360.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=639;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.7571;MQ=36.42;MQ0=0;QD=34.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,633:604:99:22330,1789,0 14067-ref 300 . A C 15771.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=829;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.7059;MQ=36.87;MQ0=0;QD=19.03;SB=-71.79;sumGLbyD=16.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:385,444:765:99:13466,0,10673 14067-ref 397 . G A 9704.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=640;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.6449;MQ=36.66;MQ0=0;QD=15.16;SB=-26.62;sumGLbyD=12.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:355,281:599:99:7874,0,10568 14067-ref 415 . C G 29787.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=814;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.1975;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.59;SB=-0.01;sumGLbyD=20.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,449:783:99:16411,1300,0 14067-ref 482 . G A 9565.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0469;MQ=36.64;MQ0=0;QD=37.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,253:249:99:9524,709,0 14067-ref 505 . C T 2438.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.7038;MQ=35.92;MQ0=0;QD=36.95;SB=-39.32;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:65:99:2472,196,0 14067-ref 515 . A T 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.37;MQ0=0;QD=3.46;SB=-0.01;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:5:47.21:47,0,68 14067-ref 516 . T C 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0 14067-ref 531 . G C 312.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=28.39;SB=-69.61;sumGLbyD=31.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.07:345,30,0 14067-ref 546 . C T 930.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.22;MQ0=0;QD=32.07;SB=-169.45;sumGLbyD=33.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:27:81.23:963,81,0 14067-ref 582 . A G 545.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7202;MQ=35.78;MQ0=0;QD=12.98;SB=-0.01;sumGLbyD=13.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:34:99:575,0,399 14093-ref 25 . G A 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-39.55;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0 14093-ref 153 . T A 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 14114-ref 6 . C T 774.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3013;MQ=35.87;MQ0=0;QD=24.97;SB=-27.67;sumGLbyD=26.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:22:66.18:807,66,0 14114-ref 40 . A T 11842.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=474;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.8824;MQ=36.87;MQ0=0;QD=24.98;SB=-58.87;sumGLbyD=22.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,343:437:99:10525,0,3246 14114-ref 420 . A T 5623.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=538;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3738;MQ=36.75;MQ0=0;QD=10.45;SB=-58.65;sumGLbyD=7.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:383,155:518:99:4063,0,12517 14114-ref 473 . C T 1700.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8633;MQ=36.35;MQ0=0;QD=21.25;SB=3.00;sumGLbyD=21.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,55:78:99:1730,0,676 14114-ref 495 . T C 292.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=20.89;SB=-0.01;sumGLbyD=23.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:322,0,118 14114-ref 496 . T C 76.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0 14119-ref 32 . G T 81.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=25.58;MQ0=0;QD=9.03;SB=-0.01;sumGLbyD=12.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:111,0,100 14119-ref 42 . A G 31.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=25.58;MQ0=0;QD=3.54;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:61.83:62,0,147 14119-ref 45 . A G 31.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=25.58;MQ0=0;QD=3.54;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:61.83:62,0,147 14119-ref 69 . T C 24.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=25.52;MQ0=0;QD=2.49;SB=-0.01;sumGLbyD=5.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:54.89:55,0,178 14119-ref 146 . C G 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0 14119-ref 165 . G A 52.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.69;MQ0=0;QD=17.64;SB=-0.01;sumGLbyD=28.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:85,9,0 14119-ref 197 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 14119-ref 198 . T A 22.10 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=11.05;SB=-22.44;sumGLbyD=27.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:53,6,0 14120-ref 267 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14120-ref 268 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14120-ref 416 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=24.68;MQ0=0;QD=9.47;SB=-0.01;sumGLbyD=14.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:3:9.02:89,9,0 14120-ref 462 . T C 199.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.76;MQ0=0;QD=24.89;SB=-0.01;sumGLbyD=29.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:232,24,0 14120-ref 463 . C T 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0 14120-ref 469 . G A 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0 14120-ref 493 . G A 46.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=29.25;MQ0=0;QD=9.39;SB=-0.01;sumGLbyD=15.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:3:9:79,9,0 14120-ref 520 . C A 207.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4676;MQ=27.58;MQ0=0;QD=14.81;SB=-0.01;sumGLbyD=16.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:11:24.24:237,0,24 14120-ref 524 . A G 27.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4676;MQ=27.41;MQ0=0;QD=1.84;SB=-0.01;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:12:57.55:58,0,232 14120-ref 527 . G A 22.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4676;MQ=27.27;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=3.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:13:52.68:53,0,259 14120-ref 549 . T C 297.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9766;MQ=27.65;MQ0=0;QD=18.57;SB=-26.64;sumGLbyD=20.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:14:17.16:327,0,17 14120-ref 565 . T C 171.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9775;MQ=26.06;MQ0=0;QD=14.33;SB=-23.62;sumGLbyD=16.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:11:60.36:202,0,60 14120-ref 585 . T G 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-26.42;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0 14120-ref 732 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14120-ref 739 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14121-ref 1061 . G T 61.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8984;MQ=24.67;MQ0=0;QD=5.59;SB=3.00;sumGLbyD=8.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:9:91.44:91,0,126 14121-ref 1114 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 14121-ref 1151 . T A 850.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.63;MQ0=0;QD=34.01;SB=-0.01;sumGLbyD=35.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.19:883,75,0 14121-ref 1184 . T C 541.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.30;MQ0=0;QD=27.07;SB=-0.01;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.12:574,54,0 14121-ref 1199 . A C 221.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=27.72;SB=-0.01;sumGLbyD=31.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:255,24,0 14121-ref 1207 . G A 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 14121-ref 1323 . T A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:70,6,0 14121-ref 1361 . G A 73.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.36;MQ0=0;QD=18.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:105,9,0 14121-ref 1409 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 14121-ref 1450 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14122-ref 193 . A G 157.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.21;MQ0=0;QD=15.77;SB=-0.01;sumGLbyD=19.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:7:21.01:191,21,0 14122-ref 251 . C T 128.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9753;MQ=24.89;MQ0=0;QD=2.11;SB=-74.93;sumGLbyD=2.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,9:32:99:159,0,545 14122-ref 253 . G C 1148.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9667;MQ=24.89;MQ0=0;QD=18.83;SB=-305.47;sumGLbyD=19.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,49:60:99:1179,0,185 14122-ref 265 . A G 800.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3851;MQ=25.94;MQ0=0;QD=18.19;SB=-366.67;sumGLbyD=18.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,33:43:99:831,0,172 14122-ref 267 . A T 888.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8543;MQ=27.99;MQ0=0;QD=18.13;SB=-365.44;sumGLbyD=18.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,37:45:99:918,0,175 14122-ref 268 . C T 1223.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8543;MQ=29.57;MQ0=0;QD=21.10;SB=-361.72;sumGLbyD=21.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,45:54:99:1254,0,151 14122-ref 283 . C G 73.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.0606;MQ=31.06;MQ0=0;QD=1.31;SB=23.39;sumGLbyD=1.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,10:52:99:103,0,1315 14122-ref 323 . G A 488.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=17.46;SB=-0.01;sumGLbyD=18.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:27:99:519,0,307 14122-ref 336 . T A 225.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.75;MQ0=0;QD=9.81;SB=-0.01;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:18:99:256,0,286 14122-ref 339 . T C 191.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.91;MQ0=0;QD=11.26;SB=-0.01;sumGLbyD=13.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:16:99:221,0,223 14122-ref 340 . G A 91.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.54;MQ0=0;QD=7.62;SB=-0.01;sumGLbyD=10.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:121,0,220 14122-ref 341 . A C 91.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=8.32;SB=-0.01;sumGLbyD=11.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:121,0,192 14122-ref 386 . A C 58.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9960;MQ=27.82;MQ0=0;QD=5.84;SB=6.00;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:88.43:88,0,167 14122-ref 391 . G C 236.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9960;MQ=30.19;MQ0=0;QD=18.17;SB=-53.24;sumGLbyD=20.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:79.40:266,0,79 14122-ref 405 . A G 380.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1341;MQ=32.83;MQ0=0;QD=16.56;SB=-50.23;sumGLbyD=17.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:22:99:411,0,186 14122-ref 423 . T C 106.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=34.11;MQ0=0;QD=3.67;SB=-0.01;sumGLbyD=4.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:26:99:137,0,595 14122-ref 427 . C T 79.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=34.49;MQ0=0;QD=2.73;SB=-0.01;sumGLbyD=3.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,6:26:99:109,0,642 14122-ref 428 . G A 76.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=34.21;MQ0=0;QD=2.56;SB=-0.01;sumGLbyD=3.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:26:99:107,0,650 14122-ref 496 . G C 1053.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.8959;MQ=35.33;MQ0=0;QD=16.46;SB=-0.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:1083,0,814 14122-ref 501 . G T 269.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8125;MQ=34.67;MQ0=0;QD=4.35;SB=-0.01;sumGLbyD=4.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,13:61:99:300,0,1510 14122-ref 519 . C T 454.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9974;MQ=30.85;MQ0=0;QD=21.64;SB=-0.01;sumGLbyD=23.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,17:21:85.92:484,0,86 14122-ref 528 . T G 18.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.66;SB=-0.01;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:48.56:49,0,172 14122-ref 573 . C T 90.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:4:12.02:123,12,0 14122-ref 583 . T G 547.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7825;MQ=33.63;MQ0=0;QD=21.92;SB=-0.01;sumGLbyD=23.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:20:20.12:581,20,0 14122-ref 607 . C G 720.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9992;MQ=33.48;MQ0=0;QD=26.67;SB=11.22;sumGLbyD=27.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,24:27:25.04:750,0,25 14122-ref 621 . G A 606.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=34.28;MQ0=0;QD=26.39;SB=25.85;sumGLbyD=27.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:23:8.66:637,0,9 14123-ref 57 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14123-ref 94 . A T 30.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.44;MQ0=0;QD=6.10;SB=3.03;sumGLbyD=12.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:45.26:60,0,45 14123-ref 105 . G A 54.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.44;MQ0=0;QD=10.99;SB=3.06;sumGLbyD=16.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:42.26:85,0,42 14123-ref 108 . C T 36.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.06;MQ0=0;QD=6.15;SB=-26.62;sumGLbyD=11.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:66.91:67,0,98 14123-ref 216 . A G 174.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=28.05;MQ0=0;QD=21.78;SB=-23.62;sumGLbyD=25.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.02:207,21,0 14123-ref 227 . C G 323.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.19;MQ0=0;QD=23.08;SB=-68.93;sumGLbyD=25.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:11:33.07:356,33,0 14123-ref 272 . A G 970.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7145;MQ=31.30;MQ0=0;QD=29.41;SB=-369.82;sumGLbyD=30.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:32:66.61:1004,67,0 14123-ref 274 . T G 991.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9155;MQ=31.98;MQ0=0;QD=28.32;SB=-352.73;sumGLbyD=29.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:32:72.52:1024,73,0 14123-ref 316 . C T 1731.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.30;MQ0=0;QD=34.63;SB=-670.80;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:48:99:1765,144,0 14123-ref 329 . T C 212.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9952;MQ=35.66;MQ0=0;QD=4.62;SB=24.53;sumGLbyD=5.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,10:45:99:242,0,1161 14123-ref 331 . T C 137.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9379;MQ=35.47;MQ0=0;QD=2.93;SB=-55.49;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,8:44:99:168,0,1234 14123-ref 340 . G A 96.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=35.90;MQ0=0;QD=2.60;SB=-53.05;sumGLbyD=3.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:34:99:126,0,975 14123-ref 374 . G A 111.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7165;MQ=34.09;MQ0=0;QD=6.19;SB=6.01;sumGLbyD=7.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:17:99:141,0,348 14123-ref 382 . T C 131.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7854;MQ=32.54;MQ0=0;QD=10.98;SB=6.01;sumGLbyD=13.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:162,0,182 14123-ref 395 . G A 138.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9969;MQ=32.11;MQ0=0;QD=12.58;SB=-0.01;sumGLbyD=15.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:9:92.95:168,0,93 14123-ref 399 . G T 97.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9969;MQ=32.11;MQ0=0;QD=8.87;SB=-0.01;sumGLbyD=11.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:9:99:128,0,132 14123-ref 443 . A C 37.41 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.47;SB=-0.01;sumGLbyD=23.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:69,6,0 14281-ref 101 . C A 35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.50;SB=-0.01;sumGLbyD=33.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0 14282-ref 69 . G A 94.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.72;MQ0=0;QD=5.90;SB=-0.01;sumGLbyD=7.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:14:99:124,0,285 14282-ref 78 . A G 68.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8237;MQ=35.87;MQ0=0;QD=2.53;SB=-0.01;sumGLbyD=3.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:20:98.33:98,0,436 14282-ref 103 . T G 1193.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.16;SB=-29.63;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:34:99:1227,102,0 14282-ref 114 . G C 176.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=35.95;MQ0=0;QD=4.53;SB=3.00;sumGLbyD=5.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:37:99:207,0,948 14282-ref 162 . T C 645.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.55;SB=-0.01;sumGLbyD=20.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:32:99:675,0,357 14282-ref 188 . C G 788.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2742;MQ=36.79;MQ0=0;QD=16.43;SB=-0.01;sumGLbyD=17.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:43:99:819,0,543 14282-ref 267 . G C 840.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.51;SB=-0.01;sumGLbyD=11.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:68:99:871,0,1320 14282-ref 335 . A C 1181.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4405;MQ=35.42;MQ0=0;QD=18.18;SB=-0.01;sumGLbyD=18.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:64:99:1212,0,720 14282-ref 354 . T C 718.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9533;MQ=34.93;MQ0=0;QD=15.97;SB=-0.01;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:45:99:749,0,574 14282-ref 380 . G A 949.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=33.70;MQ0=0;QD=18.63;SB=-276.77;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,35:47:99:980,0,393 14282-ref 383 . T C 1036.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.0472;MQ=33.69;MQ0=0;QD=19.19;SB=-283.76;sumGLbyD=19.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,36:51:99:1066,0,388 14282-ref 447 . G C 1279.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.9058;MQ=33.39;MQ0=0;QD=16.20;SB=-0.01;sumGLbyD=16.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:72:99:1310,0,801 14282-ref 455 . G T 570.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8496;MQ=33.48;MQ0=0;QD=6.79;SB=-0.01;sumGLbyD=7.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,25:79:99:601,0,1685 14282-ref 456 . A T 1568.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8003;MQ=33.53;MQ0=0;QD=19.12;SB=-0.01;sumGLbyD=19.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,58:76:99:1598,0,566 14282-ref 473 . 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C T 194.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7350;MQ=36.87;MQ0=0;QD=2.60;SB=-0.01;sumGLbyD=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,12:70:99:225,0,1875 14282-ref 681 . G C 744.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6171;MQ=35.28;MQ0=0;QD=7.76;SB=-0.01;sumGLbyD=8.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,31:86:99:775,0,1812 14282-ref 694 . T G 1237.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7242;MQ=34.44;MQ0=0;QD=10.14;SB=-58.87;sumGLbyD=10.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,49:117:99:1267,0,2227 14282-ref 716 . G T 1119.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9238;MQ=34.35;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=9.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,47:111:99:1150,0,2130 14282-ref 727 . T G 373.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2595;MQ=34.42;MQ0=0;QD=3.70;SB=-0.01;sumGLbyD=4.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,25:90:99:404,0,2221 14282-ref 800 . 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G C 4434.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8246;MQ=36.59;MQ0=0;QD=36.35;SB=-29.63;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:116:99:4434,349,0 14335-ref 263 . T C 2055.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6540;MQ=36.49;MQ0=0;QD=34.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:56:99:2089,168,0 14335-ref 286 . A C 15.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9263;MQ=36.69;MQ0=0;QD=0.48;SB=-0.01;sumGLbyD=1.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,4:33:45.74:46,0,995 14335-ref 317 . G T 885.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.04;SB=-0.01;sumGLbyD=27.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:31:93.17:918,93,0 14335-ref 327 . T C 967.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.45;SB=-0.01;sumGLbyD=29.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1000,102,0 14335-ref 333 . A T 943.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.75;SB=-0.01;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:977,99,0 14335-ref 337 . C T 1105.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.52;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=29.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1139,114,0 14335-ref 392 . C T 497.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=33.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:531,42,0 14335-ref 424 . G T 173.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=34.22;MQ0=0;QD=21.70;SB=-0.01;sumGLbyD=25.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:43.60:204,0,44 14390-ref 15 . G T 209.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=29.94;SB=-24.62;sumGLbyD=34.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:243,21,0 14390-ref 16 . G T 454.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.46;SB=-29.63;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.12:487,39,0 14390-ref 57 . T C 1957.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=460;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.6327;MQ=36.65;MQ0=0;QD=4.25;SB=6.00;sumGLbyD=4.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:362,93:377:99:1987,0,9514 14390-ref 78 . G T 2480.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=580;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.4040;MQ=36.72;MQ0=0;QD=4.28;SB=-27.30;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:459,120:542:99:2511,0,14444 14390-ref 291 . G A 32929.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=944;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=38.5872;MQ=36.57;MQ0=0;QD=34.88;SB=-29.63;sumGLbyD=34.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,939:883:99:32845,2577,0 14390-ref 321 . G C 6560.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=814;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.6966;MQ=36.90;MQ0=0;QD=8.06;SB=6.01;sumGLbyD=5.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:634,179:782:99:4204,0,20462 14390-ref 390 . C G 2125.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=379;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.1935;MQ=36.84;MQ0=0;QD=5.61;SB=-27.99;sumGLbyD=5.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,94:346:99:2156,0,8712 14390-ref 438 . G T 1975.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.1535;MQ=36.93;MQ0=0;QD=6.93;SB=9.02;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,83:252:99:2005,0,5990 14390-ref 538 . A C 796.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4678;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.17;SB=-0.01;sumGLbyD=5.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,33:153:99:826,0,4170 14390-ref 560 . G T 3759.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2429;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:98:99:3719,255,0 14390-ref 576 . T C 25.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8945;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.42;SB=-0.01;sumGLbyD=0.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,6:59:55.42:55,0,1844 14390-ref 588 . A G 41.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.62;SB=-0.01;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:71.87:72,0,446 14390-ref 656 . G A 24.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9049;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.20;SB=-0.01;sumGLbyD=13.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:55,0,31 14394-ref 37 . A G 81.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=6.24;SB=-0.01;sumGLbyD=8.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:10:99:111,0,162 14394-ref 48 . T G 141.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=9.45;SB=-0.01;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:14:99:172,0,241 14410-ref 386 . A T 96.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6754;MQ=34.72;MQ0=0;QD=0.72;SB=-24.30;sumGLbyD=0.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,27:116:99:126,0,3374 14410-ref 426 . 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T C 1559.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.1650;MQ=36.79;MQ0=0;QD=15.92;SB=-0.01;sumGLbyD=16.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:91:99:1590,0,1347 14488-ref 320 . C T 2535.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1673;MQ=36.38;MQ0=0;QD=19.35;SB=-0.01;sumGLbyD=19.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,85:122:99:2565,0,1205 14488-ref 360 . A G 1969.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9813;MQ=36.13;MQ0=0;QD=15.39;SB=3.00;sumGLbyD=15.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,67:121:99:1999,0,1833 14488-ref 385 . G A 1859.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3683;MQ=36.23;MQ0=0;QD=15.62;SB=-33.98;sumGLbyD=15.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,71:103:99:1889,0,1275 14488-ref 404 . A G 1063.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.6387;MQ=35.75;MQ0=0;QD=11.82;SB=-0.01;sumGLbyD=12.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:87:99:1094,0,1604 14488-ref 407 . C T 836.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7446;MQ=35.59;MQ0=0;QD=10.46;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:79:99:867,0,1485 14488-ref 422 . G A 1085.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.91;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=11.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:1116,0,1856 14488-ref 493 . G C 379.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4383;MQ=36.41;MQ0=0;QD=5.50;SB=-26.62;sumGLbyD=5.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,17:67:99:409,0,1614 14488-ref 494 . G A 354.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4383;MQ=36.40;MQ0=0;QD=5.22;SB=-26.62;sumGLbyD=5.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,17:60:99:385,0,1408 14488-ref 580 . A T 722.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8802;MQ=36.35;MQ0=0;QD=9.27;SB=-0.01;sumGLbyD=9.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:75:99:753,0,1510 14488-ref 582 . 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C T 33.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.71;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:63.53:64,0,97 14493-ref 343 . T A 168.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=16.89;SB=-0.01;sumGLbyD=19.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:199,0,126 14493-ref 371 . A T 28.94 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.13;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:58.93:59,0,142 14493-ref 489 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14493-ref 509 . A T 158.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.47;SB=-0.01;sumGLbyD=31.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:192,15,0 14493-ref 566 . T C 122.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.46;SB=-0.01;sumGLbyD=31.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:155,15,0 14493-ref 611 . T C 239.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.19;MQ0=0;QD=9.60;SB=-0.01;sumGLbyD=10.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:19:99:270,0,310 14493-ref 613 . T G 482.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7705;MQ=36.13;MQ0=0;QD=13.79;SB=-26.62;sumGLbyD=14.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:25:99:512,0,245 14493-ref 720 . G A 13764.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=384;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9345;MQ=36.23;MQ0=0;QD=35.84;SB=-29.63;sumGLbyD=35.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,382:363:99:13763,1092,0 14493-ref 752 . A G 3160.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.3906;MQ=36.10;MQ0=0;QD=10.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,120:293:99:3190,0,6043 14493-ref 769 . C T 7410.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.5811;MQ=35.61;MQ0=0;QD=34.63;SB=-27.67;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,211:206:99:7379,590,0 14493-ref 793 . C A 112.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.3291;MQ=34.93;MQ0=0;QD=1.88;SB=-35.57;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,8:49:99:143,0,1371 14493-ref 808 . G A 1590.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.09;MQ0=0;QD=29.45;SB=-0.01;sumGLbyD=30.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:46:99:1623,138,0 14493-ref 827 . A G 1745.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8937;MQ=34.67;MQ0=0;QD=35.62;SB=-131.11;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1778,147,0 14493-ref 882 . A T 156.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.02;SB=3.00;sumGLbyD=15.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:11:99:186,0,145 14493-ref 972 . 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C A 35371.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.8484;MQ=34.81;MQ0=0;QD=35.37;SB=-4597.16;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,998:974:99:35305,2899,0 14594-ref 49 . T C 970.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.1691;MQ=34.84;MQ0=0;QD=0.97;SB=2266.27;sumGLbyD=1.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:864,132:922:99:1000,0,25626 14594-ref 77 . T G 1217.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=77.5419;MQ=34.82;MQ0=0;QD=1.22;SB=1865.84;sumGLbyD=1.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:862,137:796:99:1248,0,21546 14594-ref 78 . C T 1349.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=87.0429;MQ=34.83;MQ0=0;QD=1.35;SB=1775.29;sumGLbyD=1.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:856,138:768:99:1380,0,20223 14594-ref 89 . A G 15433.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=823;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=86.9120;MQ=36.16;MQ0=0;QD=18.75;SB=-376.70;sumGLbyD=18.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,807:445:99:15323,1232,0 14594-ref 93 . 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A G 40.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.16;SB=-30.31;sumGLbyD=36.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0 14597-ref 354 . A C 35.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=36.27;MQ0=0;QD=2.51;SB=-0.01;sumGLbyD=4.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:11:65.18:65,0,286 14597-ref 363 . C A 13.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8600;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.22;SB=3.00;sumGLbyD=3.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:43.19:43,0,311 14597-ref 388 . G A 55.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.9433;MQ=34.69;MQ0=0;QD=6.18;SB=-0.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:9:85.57:86,0,153 14597-ref 390 . G A 68.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.9567;MQ=34.69;MQ0=0;QD=7.59;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:98.26:98,0,119 14597-ref 391 . G C 191.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.4269;MQ=35.42;MQ0=0;QD=14.75;SB=-0.01;sumGLbyD=17.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:222,0,188 14597-ref 398 . A C 57.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.3636;MQ=32.88;MQ0=0;QD=2.76;SB=57.39;sumGLbyD=4.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:20:87.97:88,0,488 14597-ref 399 . C A 51.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.9262;MQ=33.42;MQ0=0;QD=2.16;SB=63.41;sumGLbyD=3.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:22:81.94:82,0,561 14597-ref 612 . T C 2841.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.9292;MQ=25.15;MQ0=0;QD=12.09;SB=-957.29;sumGLbyD=12.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,207:104:99:2874,260,0 14597-ref 756 . G A 9109.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=668;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=111.1613;MQ=31.92;MQ0=0;QD=13.64;SB=-32.56;sumGLbyD=10.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:396,269:583:99:7278,0,9740 14597-ref 822 . T G 11119.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=698;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.0045;MQ=36.15;MQ0=0;QD=15.93;SB=-1099.29;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:393,304:687:99:9049,0,12222 14597-ref 911 . T C 45.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.03;HRun=1;HaplotypeScore=69.2159;MQ=36.07;MQ0=0;QD=0.59;SB=6.01;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,7:70:75.63:76,0,2001 14597-ref 912 . A C 40.64 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=59.2794;MQ=36.13;MQ0=0;QD=0.58;SB=3.00;sumGLbyD=1.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,8:62:70.63:71,0,1817 14597-ref 919 . A C 57.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.2860;MQ=35.94;MQ0=0;QD=1.99;SB=3.00;sumGLbyD=3.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,4:26:87.79:88,0,703 14597-ref 923 . T A 10.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.9313;MQ=35.72;MQ0=0;QD=0.66;SB=-0.01;sumGLbyD=2.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:13:40.20:40,0,374 14597-ref 925 . C G 108.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.9929;MQ=35.53;MQ0=0;QD=7.78;SB=-0.01;sumGLbyD=9.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:11:97.52:139,0,98 14597-ref 926 . C G 12.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9951;MQ=34.69;MQ0=0;QD=1.36;SB=-0.01;sumGLbyD=4.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:42:42,0,171 14597-ref 927 . C T 54.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9983;MQ=32.73;MQ0=0;QD=10.86;SB=-0.01;sumGLbyD=16.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:5:27.98:84,0,28 14597-ref 928 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0 14597-ref 929 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14602-ref 36 . G C 278.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=30.98;MQ0=0;QD=13.94;SB=-0.01;sumGLbyD=15.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:19:99:309,0,206 14602-ref 46 . A T 218.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4687;MQ=32.33;MQ0=0;QD=9.48;SB=-0.01;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:19:99:248,0,291 14602-ref 48 . A G 243.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.33;MQ0=0;QD=10.57;SB=-0.01;sumGLbyD=11.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:21:99:273,0,316 14602-ref 49 . G C 249.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.02;MQ0=0;QD=10.41;SB=-0.01;sumGLbyD=11.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:22:99:280,0,363 14602-ref 95 . T C 114.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9805;MQ=33.73;MQ0=0;QD=4.26;SB=-26.62;sumGLbyD=5.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:25:99:145,0,562 14602-ref 165 . A T 440.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=31.14;MQ0=0;QD=12.94;SB=-36.31;sumGLbyD=13.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:32:99:470,0,401 14602-ref 191 . A T 857.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=30.84;MQ0=0;QD=16.82;SB=-35.57;sumGLbyD=17.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:50:99:888,0,453 14602-ref 205 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.16;MQ0=0;QD=12.58;SB=3.00;sumGLbyD=13.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:30:99:445,0,327 14602-ref 214 . G A 259.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=30.80;MQ0=0;QD=11.28;SB=3.00;sumGLbyD=12.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:22:99:289,0,299 14602-ref 235 . C A 43.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9993;MQ=33.43;MQ0=0;QD=2.71;SB=-0.01;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:15:73.36:73,0,370 14602-ref 308 . A T 91.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8664;MQ=33.66;MQ0=0;QD=4.00;SB=3.00;sumGLbyD=5.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:22:99:122,0,529 14602-ref 333 . G A 5165.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9779;MQ=32.09;MQ0=0;QD=29.18;SB=-23.61;sumGLbyD=26.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,154:176:99:4635,0,336 14602-ref 359 . T A 5681.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=24.7849;MQ=31.39;MQ0=0;QD=28.69;SB=-26.62;sumGLbyD=25.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,175:194:99:5069,0,177 14602-ref 367 . G T 811.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.3666;MQ=31.02;MQ0=0;QD=4.22;SB=-0.01;sumGLbyD=4.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,48:185:99:841,0,3992 14602-ref 377 . G A 5034.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.9887;MQ=30.91;MQ0=0;QD=27.97;SB=-0.01;sumGLbyD=25.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,158:177:99:4501,0,288 14602-ref 393 . T C 345.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7076;MQ=32.08;MQ0=0;QD=9.88;SB=-0.01;sumGLbyD=10.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:376,0,410 14602-ref 400 . A G 211.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3244;MQ=33.48;MQ0=0;QD=6.41;SB=-0.01;sumGLbyD=7.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:28:99:242,0,531 14602-ref 427 . A G 241.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.2991;MQ=33.26;MQ0=0;QD=4.83;SB=-21.66;sumGLbyD=5.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,15:45:99:272,0,1008 14643-ref 26 . T C 1381.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7346;MQ=36.39;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=21.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,46:61:99:1412,0,500 14643-ref 58 . A G 1844.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0723;MQ=36.81;MQ0=0;QD=11.32;SB=-37.00;sumGLbyD=11.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,63:158:99:1875,0,3191 14643-ref 200 . 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G A 1795.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1428;MQ=36.72;MQ0=0;QD=16.32;SB=-0.01;sumGLbyD=16.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:103:99:1826,0,1464 14643-ref 668 . C A 3906.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=201;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4849;MQ=36.85;MQ0=0;QD=19.43;SB=-0.01;sumGLbyD=16.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,111:186:99:3319,0,2403 14643-ref 807 . G C 953.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9370;MQ=36.31;MQ0=0;QD=12.89;SB=-37.00;sumGLbyD=13.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:67:99:984,0,1154 14643-ref 845 . C T 2953.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3647;MQ=36.23;MQ0=0;QD=28.13;SB=-0.01;sumGLbyD=28.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:86:99:2987,222,0 14643-ref 870 . T C 2528.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0435;MQ=36.35;MQ0=0;QD=20.39;SB=-26.62;sumGLbyD=20.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,81:117:99:2559,0,1062 14643-ref 876 . 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A G 67.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9359;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.87;SB=-0.01;sumGLbyD=2.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:35:97.41:97,0,978 14694-ref 70 . G T 149.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.99;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:183,15,0 14694-ref 105 . A T 88.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.3880;MQ=36.73;MQ0=0;QD=0.60;SB=-0.01;sumGLbyD=0.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,14:142:99:118,0,3906 14694-ref 116 . G A 14700.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=704;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=37.3098;MQ=36.78;MQ0=0;QD=20.88;SB=-36.31;sumGLbyD=17.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:310,392:687:99:12604,0,9801 14694-ref 205 . G T 31567.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=962;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=56.4940;MQ=36.09;MQ0=0;QD=32.81;SB=-59.25;sumGLbyD=32.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,940:852:99:31477,2513,0 14694-ref 240 . A T 9980.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=617;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.9911;MQ=35.70;MQ0=0;QD=16.18;SB=-0.01;sumGLbyD=13.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:343,274:609:99:8145,0,11102 14694-ref 242 . T A 9506.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=581;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.2428;MQ=35.65;MQ0=0;QD=16.36;SB=-0.01;sumGLbyD=13.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:318,262:575:99:7773,0,10275 14694-ref 340 . T A 36.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=3.29;SB=3.00;sumGLbyD=6.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:66.16:66,0,266 14694-ref 342 . A C 26.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9900;MQ=30.95;MQ0=0;QD=1.21;SB=30.04;sumGLbyD=2.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,4:21:56.57:57,0,393 14694-ref 405 . C A 92.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0464;MQ=25.73;MQ0=0;QD=1.97;SB=-0.01;sumGLbyD=2.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,9:42:99:123,0,849 14694-ref 411 . 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G T 497.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.9923;MQ=35.87;MQ0=0;QD=18.42;SB=-0.01;sumGLbyD=19.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:27:42.13:530,42,0 14723-ref 327 . C A 9119.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=267;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1686;MQ=35.38;MQ0=0;QD=34.15;SB=-577.20;sumGLbyD=32.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,252:258:99:8677,362,0 14723-ref 328 . A C 9335.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=267;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1686;MQ=35.38;MQ0=0;QD=34.96;SB=-682.62;sumGLbyD=33.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,255:260:99:8969,417,0 14723-ref 871 . C G 622.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.0676;MQ=34.05;MQ0=0;QD=14.14;SB=-46.95;sumGLbyD=14.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:31:99:652,0,277 14723-ref 960 . G A 15615.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=850;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.6707;MQ=33.71;MQ0=0;QD=18.37;SB=6.01;sumGLbyD=15.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:384,465:823:99:13134,0,10764 14723-ref 975 . 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A G 169.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4606;MQ=35.28;MQ0=0;QD=9.44;SB=-0.01;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:17:99:200,0,308 14764-ref 160 . T C 23.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.97;SB=-0.01;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:53.72:54,0,209 14764-ref 167 . A T 52.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.84;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:82.56:83,0,197 14764-ref 211 . A T 386.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.39;SB=-0.01;sumGLbyD=19.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:20:99:416,0,211 14764-ref 239 . C A 947.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.71;SB=-0.01;sumGLbyD=29.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:28:44.24:981,44,0 14764-ref 275 . C T 279.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.7700;MQ=36.19;MQ0=0;QD=4.44;SB=-26.62;sumGLbyD=4.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,14:59:99:310,0,1446 14764-ref 276 . A T 954.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=31.1158;MQ=35.97;MQ0=0;QD=9.64;SB=-88.52;sumGLbyD=9.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:92:99:985,0,1467 14764-ref 277 . C T 302.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.7497;MQ=36.15;MQ0=0;QD=2.54;SB=-112.01;sumGLbyD=2.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,20:113:99:332,0,3113 14764-ref 320 . T C 15087.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=41.5969;MQ=36.85;MQ0=0;QD=15.09;SB=-23.61;sumGLbyD=12.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:555,440:918:99:12321,0,16562 14764-ref 527 . T A 17607.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.7198;MQ=36.38;MQ0=0;QD=17.61;SB=-89.48;sumGLbyD=14.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:530,469:985:99:14603,0,17032 14764-ref 555 . T C 13164.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=399;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.0641;MQ=35.85;MQ0=0;QD=32.99;SB=-62.64;sumGLbyD=29.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,347:397:99:11894,0,684 14764-ref 557 . A T 453.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=78.4047;MQ=35.14;MQ0=0;QD=6.30;SB=-0.01;sumGLbyD=6.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:70:99:483,0,1601 14764-ref 558 . T G 314.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.5702;MQ=35.26;MQ0=0;QD=4.84;SB=-0.01;sumGLbyD=5.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,16:63:99:345,0,1582 14764-ref 559 . A G 339.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.4560;MQ=36.22;MQ0=0;QD=6.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,14:50:99:370,0,1115 14764-ref 564 . C G 53.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.4478;MQ=35.67;MQ0=0;QD=0.99;SB=3.30;sumGLbyD=1.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,8:53:83.53:84,0,1564 14764-ref 568 . C T 1299.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.3903;MQ=35.60;MQ0=0;QD=13.68;SB=-198.89;sumGLbyD=14.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:94:99:1330,0,1556 14764-ref 608 . C T 18235.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=966;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.8806;MQ=36.30;MQ0=0;QD=18.88;SB=-67.29;sumGLbyD=15.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:462,494:932:99:15390,0,14236 14764-ref 626 . G A 36577.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.1643;MQ=36.36;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1358.40;sumGLbyD=36.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,992:978:99:36272,2751,0 14764-ref 722 . G A 16096.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=905;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.1611;MQ=36.56;MQ0=0;QD=17.79;SB=-50.23;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:387,506:784:99:13707,0,10184 14764-ref 755 . T C 17594.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=919;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.8590;MQ=36.71;MQ0=0;QD=19.14;SB=-57.19;sumGLbyD=16.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:429,485:853:99:14987,0,11885 14764-ref 881 . G A 16918.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=988;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=70.0200;MQ=36.65;MQ0=0;QD=17.12;SB=-23.61;sumGLbyD=14.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:518,465:939:99:14052,0,15794 14764-ref 1106 . C T 11693.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=637;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.7820;MQ=36.74;MQ0=0;QD=18.36;SB=-0.01;sumGLbyD=15.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:298,336:593:99:9907,0,8704 14764-ref 1343 . T C 6778.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=473;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.8185;MQ=36.65;MQ0=0;QD=14.33;SB=-60.53;sumGLbyD=11.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:278,191:449:99:5387,0,8550 14764-ref 1361 . T C 5357.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=461;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.1211;MQ=34.46;MQ0=0;QD=11.62;SB=-193.08;sumGLbyD=8.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,179:416:99:4103,0,8150 14764-ref 1384 . C T 16270.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=996;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.5344;MQ=34.88;MQ0=0;QD=16.34;SB=-53.24;sumGLbyD=13.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:516,477:952:99:13362,0,15392 14764-ref 1385 . A G 16608.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.5830;MQ=34.93;MQ0=0;QD=16.61;SB=-53.24;sumGLbyD=13.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:517,480:949:99:13718,0,14872 14764-ref 1434 . T C 12860.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.4807;MQ=36.19;MQ0=0;QD=12.86;SB=-0.01;sumGLbyD=10.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:604,390:917:99:10097,0,18380 14764-ref 1443 . G T 9919.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.5365;MQ=36.47;MQ0=0;QD=9.92;SB=-18.69;sumGLbyD=7.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:704,291:942:99:7017,0,22770 14764-ref 1542 . C A 9150.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.0345;MQ=36.17;MQ0=0;QD=35.47;SB=-113.41;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,248:251:99:8863,667,0 14764-ref 1554 . T C 274.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=18.30;SB=-0.01;sumGLbyD=20.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:305,0,188 14765-ref 65 . T C 70.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.2759;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.34;SB=-2.56;sumGLbyD=3.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,5:29:99:100,0,831 14765-ref 106 . C T 513.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9312;MQ=36.58;MQ0=0;QD=3.54;SB=-0.01;sumGLbyD=3.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,25:119:99:544,0,3219 14765-ref 169 . A G 430.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7199;MQ=36.34;MQ0=0;QD=1.85;SB=-95.17;sumGLbyD=1.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,33:204:99:460,0,5880 14765-ref 179 . C T 397.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.4884;MQ=36.25;MQ0=0;QD=1.82;SB=-26.62;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,33:190:99:427,0,5420 14765-ref 197 . A G 7207.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9960;MQ=36.25;MQ0=0;QD=31.20;SB=-0.01;sumGLbyD=28.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,197:223:99:6535,0,442 14765-ref 347 . G A 2190.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.7135;MQ=36.42;MQ0=0;QD=11.47;SB=-0.01;sumGLbyD=11.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,76:183:99:2221,0,3421 14765-ref 389 . C G 2896.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=368;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1539;MQ=35.49;MQ0=0;QD=7.87;SB=3.00;sumGLbyD=7.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:249,119:347:99:2926,0,7806 14765-ref 398 . C A 2648.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=380;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3930;MQ=35.52;MQ0=0;QD=6.97;SB=3.00;sumGLbyD=7.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:266,114:336:99:2679,0,7576 14765-ref 409 . A G 2428.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=362;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.9853;MQ=35.32;MQ0=0;QD=6.71;SB=-23.61;sumGLbyD=6.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:244,110:302:99:2458,0,6566 14765-ref 461 . C A 2230.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=307;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.2865;MQ=35.22;MQ0=0;QD=7.26;SB=3.00;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,95:289:99:2260,0,6458 14765-ref 471 . 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G A 1579.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=190;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.2179;MQ=36.84;MQ0=0;QD=8.32;SB=-0.01;sumGLbyD=8.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,72:124:99:1610,0,2008 14765-ref 849 . T C 1545.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=12.6852;MQ=36.92;MQ0=0;QD=11.80;SB=-0.01;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,58:117:99:1576,0,1996 14765-ref 1062 . G A 116.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.7758;MQ=35.35;MQ0=0;QD=4.65;SB=-0.01;sumGLbyD=5.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:99:146,0,581 14765-ref 1063 . A T 65.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.7801;MQ=35.60;MQ0=0;QD=2.97;SB=-0.01;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:21:95.32:95,0,487 14765-ref 1065 . C G 102.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7950;MQ=35.93;MQ0=0;QD=5.42;SB=-0.01;sumGLbyD=7.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:17:99:133,0,347 14765-ref 1067 . 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G T 263.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9315;MQ=34.93;MQ0=0;QD=5.86;SB=3.00;sumGLbyD=6.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:42:99:294,0,976 14849-ref 361 . A T 169.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.82;MQ0=0;QD=4.47;SB=-0.01;sumGLbyD=5.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:37:99:200,0,916 14849-ref 364 . G T 96.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.69;MQ0=0;QD=2.69;SB=-0.01;sumGLbyD=3.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:35:99:127,0,940 14849-ref 365 . C T 1027.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.73;MQ0=0;QD=32.11;SB=-0.01;sumGLbyD=33.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.22:1061,93,0 14849-ref 397 . G A 723.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.4625;MQ=36.78;MQ0=0;QD=16.09;SB=6.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:44:99:754,0,641 14849-ref 407 . T A 435.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4625;MQ=36.75;MQ0=0;QD=10.90;SB=-74.00;sumGLbyD=11.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:38:99:466,0,775 14849-ref 411 . A G 236.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.72;MQ0=0;QD=6.56;SB=-74.00;sumGLbyD=7.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:34:99:266,0,825 14849-ref 424 . A G 414.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.74;MQ0=0;QD=10.62;SB=-74.00;sumGLbyD=11.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:444,0,797 14849-ref 459 . T C 49.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.17;SB=-0.01;sumGLbyD=1.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,5:40:79:79,0,1194 14849-ref 464 . T A 45.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.08;SB=-0.01;sumGLbyD=1.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,5:40:75.20:75,0,1229 14849-ref 483 . A T 1333.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:37:99:1367,111,0 14892-ref 56 . G T 76.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0 14892-ref 64 . T C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 14892-ref 137 . A C 200.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8188;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.90;SB=-0.01;sumGLbyD=3.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,11:68:99:230,0,2005 14892-ref 191 . A T 3126.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9470;MQ=36.92;MQ0=0;QD=24.62;SB=-37.00;sumGLbyD=24.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,97:121:99:3156,0,630 14892-ref 261 . A G 5592.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4918;MQ=36.12;MQ0=0;QD=26.76;SB=-33.98;sumGLbyD=23.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,154:201:99:4987,0,1431 14892-ref 281 . G A 3688.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6653;MQ=36.01;MQ0=0;QD=23.95;SB=-0.01;sumGLbyD=21.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,107:140:99:3266,0,1068 14892-ref 391 . C T 4420.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=167;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9672;MQ=36.52;MQ0=0;QD=26.47;SB=-0.01;sumGLbyD=23.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,121:162:99:3932,0,1074 14892-ref 401 . C T 3934.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9956;MQ=36.53;MQ0=0;QD=26.06;SB=-0.01;sumGLbyD=23.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,110:145:99:3497,0,1010 14892-ref 512 . T G 5299.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.0717;MQ=36.80;MQ0=0;QD=26.10;SB=-0.01;sumGLbyD=23.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,155:187:99:4736,0,1024 14892-ref 572 . A G 8602.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=297;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.4207;MQ=36.93;MQ0=0;QD=28.96;SB=-0.01;sumGLbyD=26.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,242:282:99:7752,0,941 14892-ref 689 . A G 8701.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4557;MQ=36.49;MQ0=0;QD=25.74;SB=-0.01;sumGLbyD=22.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,247:319:99:7740,0,2287 14892-ref 693 . G T 8355 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=362;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.9863;MQ=36.52;MQ0=0;QD=23.08;SB=-0.01;sumGLbyD=20.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,258:324:99:7349,0,2424 14892-ref 758 . T A 11571.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=404;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=20.1157;MQ=36.88;MQ0=0;QD=28.64;SB=-0.01;sumGLbyD=25.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,323:374:99:10420,0,1576 14892-ref 929 . T C 7080.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=213;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.3041;MQ=36.54;MQ0=0;QD=33.24;SB=-712.01;sumGLbyD=30.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,192:211:97.72:6444,0,98 14907-ref 19 . 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C T 1535.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1616;MQ=36.31;MQ0=0;QD=6.12;SB=6.01;sumGLbyD=6.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,65:243:99:1565,0,6067 14907-ref 253 . C A 1915.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.3462;MQ=36.20;MQ0=0;QD=8.91;SB=3.00;sumGLbyD=9.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,73:204:99:1945,0,4404 14907-ref 374 . C T 7084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.0177;MQ=36.10;MQ0=0;QD=36.52;SB=27.66;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,187:188:99:6898,526,0 14907-ref 445 . G A 5347.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=266;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9962;MQ=36.89;MQ0=0;QD=20.11;SB=-30.12;sumGLbyD=17.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,144:257:99:4574,0,3643 14907-ref 457 . T C 1801.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9153;MQ=36.81;MQ0=0;QD=11.05;SB=-23.61;sumGLbyD=11.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,65:157:99:1831,0,3197 14907-ref 481 . T A 219.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9978;MQ=35.86;MQ0=0;QD=11.54;SB=-0.01;sumGLbyD=13.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:249,0,336 14914-ref 1 . G T 640.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8533;MQ=34.69;MQ0=0;QD=23.73;SB=-0.01;sumGLbyD=24.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,20:27:0.42:669,0,0 14914-ref 2 . G C 1608.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.8179;MQ=35.38;MQ0=0;QD=28.22;SB=-0.01;sumGLbyD=28.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,50:56:30.68:1638,0,31 14914-ref 5 . A G 1040.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=18.5232;MQ=35.12;MQ0=0;QD=8.60;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,39:110:99:1070,0,2231 14914-ref 21 . G C 7866.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=407;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.1823;MQ=36.14;MQ0=0;QD=19.33;SB=-24.67;sumGLbyD=16.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,206:401:99:6623,0,6225 14914-ref 45 . C G 6821.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=365;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7794;MQ=36.38;MQ0=0;QD=18.69;SB=-0.01;sumGLbyD=15.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,191:354:99:5755,0,5008 14914-ref 289 . G A 87.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.55;MQ0=0;QD=10.94;SB=-0.01;sumGLbyD=14.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:118,0,119 14914-ref 368 . T C 138.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8050;MQ=36.12;MQ0=0;QD=6.00;SB=-0.01;sumGLbyD=7.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:20:99:168,0,453 14914-ref 387 . C G 51.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3355;MQ=34.60;MQ0=0;QD=3.96;SB=-0.01;sumGLbyD=6.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:12:81.42:81,0,269 14914-ref 426 . T C 178.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=29.80;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:212,18,0 14914-ref 493 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 14975-ref 310 . A G 667.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=36.32;MQ0=0;QD=14.84;SB=-0.01;sumGLbyD=15.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:43:99:698,0,676 14975-ref 332 . T C 299.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7998;MQ=36.19;MQ0=0;QD=11.98;SB=-0.01;sumGLbyD=13.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:329,0,441 14975-ref 349 . T C 159.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=14.51;SB=-0.01;sumGLbyD=17.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:10:99:190,0,115 14979-ref 19 . T G 211.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4668;MQ=36.44;MQ0=0;QD=11.72;SB=-0.01;sumGLbyD=13.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:241,0,340 14979-ref 102 . C A 1241.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7349;MQ=36.24;MQ0=0;QD=13.35;SB=-0.01;sumGLbyD=13.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:87:99:1271,0,1470 14979-ref 112 . C T 3029.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8662;MQ=36.04;MQ0=0;QD=35.65;SB=-29.63;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:83:99:3063,250,0 14979-ref 126 . T C 784.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.10;MQ0=0;QD=9.93;SB=-26.62;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:77:99:814,0,1584 14979-ref 171 . G A 349.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.45;MQ0=0;QD=6.60;SB=-26.62;sumGLbyD=7.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:50:99:380,0,1101 14979-ref 173 . T C 337.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=34.21;MQ0=0;QD=7.51;SB=-26.62;sumGLbyD=8.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:43:99:368,0,863 14979-ref 361 . G A 648.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8084;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.81;SB=6.01;sumGLbyD=8.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,51:36:99:679,0,357 14979-ref 616 . A G 1839.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8416;MQ=36.65;MQ0=0;QD=21.14;SB=3.00;sumGLbyD=21.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,55:86:99:1869,0,922 14979-ref 745 . C T 2081.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9307;MQ=36.70;MQ0=0;QD=19.83;SB=-0.01;sumGLbyD=20.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,68:101:99:2112,0,1074 14979-ref 843 . G A 5900.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=14.2697;MQ=36.49;MQ0=0;QD=18.62;SB=-71.79;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,172:291:99:5024,0,4050 14979-ref 881 . A G 10301.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.3957;MQ=36.25;MQ0=0;QD=33.12;SB=-29.63;sumGLbyD=33.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,308:284:99:10300,854,0 14979-ref 899 . T G 4896.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7846;MQ=36.16;MQ0=0;QD=16.94;SB=-26.62;sumGLbyD=14.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,140:275:99:4068,0,4623 14979-ref 976 . C T 3964.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.1403;MQ=36.58;MQ0=0;QD=18.27;SB=3.00;sumGLbyD=15.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,126:193:99:3308,0,2424 14979-ref 991 . C T 3031.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.8310;MQ=36.43;MQ0=0;QD=13.13;SB=6.00;sumGLbyD=13.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,119:194:99:3062,0,2664 14979-ref 1048 . G A 4653.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.01;HRun=5;HaplotypeScore=21.3666;MQ=35.88;MQ0=0;QD=16.44;SB=-0.01;sumGLbyD=13.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,135:262:99:3864,0,4148 14979-ref 1060 . A C 5158.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=307;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.0784;MQ=35.87;MQ0=0;QD=16.80;SB=-0.01;sumGLbyD=13.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,146:289:99:4287,0,4679 14979-ref 1066 . A T 4389.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=300;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1327;MQ=36.05;MQ0=0;QD=14.63;SB=3.00;sumGLbyD=11.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,129:277:99:3555,0,5182 14979-ref 1229 . C T 5703.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.68;MQ0=0;QD=35.87;SB=-0.01;sumGLbyD=35.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:154:99:5662,460,0 14979-ref 1267 . C T 502.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8419;MQ=35.86;MQ0=0;QD=4.02;SB=-0.01;sumGLbyD=4.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,27:117:99:532,0,3133 14979-ref 1296 . C G 1109 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8164;MQ=35.68;MQ0=0;QD=8.94;SB=-20.70;sumGLbyD=9.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,43:114:99:1139,0,2306 14979-ref 1299 . A G 1206.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8219;MQ=35.77;MQ0=0;QD=9.66;SB=-24.67;sumGLbyD=9.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,48:117:99:1237,0,2329 14979-ref 1345 . 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C T 418.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=10.47;SB=-0.01;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:37:99:449,0,747 15024-ref 51 . G T 2305.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6339;MQ=36.21;MQ0=0;QD=14.87;SB=-0.01;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,85:134:99:2335,0,1767 15024-ref 156 . A G 1968.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1996;MQ=36.86;MQ0=0;QD=13.77;SB=3.00;sumGLbyD=13.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,66:131:99:1999,0,2142 15024-ref 376 . C A 372.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2283;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.17;SB=-0.01;sumGLbyD=7.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:99:403,0,1143 15069-ref 53 . A G 1704.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8319;MQ=24.19;MQ0=0;QD=27.05;SB=-347.55;sumGLbyD=27.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:61:99:1737,183,0 15069-ref 66 . 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G A 6784.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=477;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.7243;MQ=36.08;MQ0=0;QD=14.22;SB=-20.61;sumGLbyD=11.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:256,219:421:99:5478,0,7411 15124-ref 233 . A C 10573.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=700;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=46.8445;MQ=36.33;MQ0=0;QD=15.10;SB=-44.28;sumGLbyD=13.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:299,390:466:99:9166,0,4075 15124-ref 271 . T A 12718.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=621;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.1466;MQ=36.77;MQ0=0;QD=20.48;SB=-0.01;sumGLbyD=17.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:248,372:559:99:11034,0,6627 15124-ref 400 . A G 1478.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.3369;MQ=36.32;MQ0=0;QD=14.08;SB=-0.01;sumGLbyD=14.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:99:99:1509,0,1401 15124-ref 490 . G C 4564.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.7349;MQ=36.68;MQ0=0;QD=20.56;SB=-29.55;sumGLbyD=17.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,126:215:99:3917,0,2936 15124-ref 532 . C T 3131.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6424;MQ=36.69;MQ0=0;QD=15.82;SB=-0.01;sumGLbyD=15.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,110:183:99:3161,0,2599 15124-ref 586 . C T 2292.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2065;MQ=36.37;MQ0=0;QD=15.70;SB=-0.01;sumGLbyD=15.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,84:125:99:2322,0,1346 15124-ref 590 . C T 2317.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.5248;MQ=36.37;MQ0=0;QD=15.98;SB=-0.01;sumGLbyD=16.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,83:124:99:2347,0,1311 15124-ref 634 . C A 1796.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1476;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=15.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:104:99:1826,0,1443 15124-ref 698 . C G 62.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.0333;MQ=36.52;MQ0=0;QD=0.99;SB=-0.01;sumGLbyD=1.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,11:55:92.50:93,0,1616 15124-ref 708 . A T 2440.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7009;MQ=36.84;MQ0=0;QD=19.06;SB=-0.01;sumGLbyD=19.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,79:120:99:2470,0,1396 15124-ref 1005 . T G 29.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.4026;MQ=36.78;MQ0=0;QD=0.21;SB=-0.01;sumGLbyD=0.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,22:96:59.85:60,0,2846 15124-ref 1013 . A G 1269.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0185;MQ=36.83;MQ0=0;QD=10.67;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,48:83:99:1299,0,1117 15124-ref 1082 . T C 2346.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=265;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.6502;MQ=36.81;MQ0=0;QD=8.86;SB=-0.01;sumGLbyD=8.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,88:243:99:2377,0,5431 15124-ref 1140 . T G 519.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.9798;MQ=36.10;MQ0=0;QD=2.70;SB=9.01;sumGLbyD=2.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,46:178:99:549,0,4673 15124-ref 1155 . 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T G 4742.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9965;MQ=36.85;MQ0=0;QD=24.07;SB=-0.01;sumGLbyD=21.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,134:188:99:4176,0,1554 15124-ref 1477 . T G 2980.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6687;MQ=36.65;MQ0=0;QD=17.03;SB=-37.00;sumGLbyD=17.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,97:170:99:3010,0,2438 15124-ref 1590 . G A 6288.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.78;MQ0=0;QD=34.18;SB=-29.63;sumGLbyD=34.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,184:173:99:6287,520,0 15124-ref 1603 . G C 6511.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2298;MQ=33.58;MQ0=0;QD=34.09;SB=-29.63;sumGLbyD=34.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,191:184:99:6510,553,0 15124-ref 1624 . C T 7062.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6257;MQ=33.89;MQ0=0;QD=29.92;SB=-79.33;sumGLbyD=29.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,236:202:99:7061,608,0 15124-ref 1645 . 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A G 6175.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.8570;MQ=36.30;MQ0=0;QD=19.48;SB=-124.94;sumGLbyD=17.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,200:254:99:5409,0,2131 15124-ref 2049 . T A 2697.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.5065;MQ=36.64;MQ0=0;QD=10.42;SB=-0.01;sumGLbyD=10.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,97:250:99:2728,0,5180 15124-ref 2081 . A G 1080.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.0054;MQ=36.29;MQ0=0;QD=8.37;SB=-23.68;sumGLbyD=8.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,41:126:99:1110,0,2845 15124-ref 2083 . C T 2474.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5373;MQ=36.41;MQ0=0;QD=20.62;SB=3.00;sumGLbyD=20.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,79:116:99:2505,0,1140 15124-ref 2106 . G C 316.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:350,27,0 15124-ref 2136 . T C 277.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.73;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:311,24,0 15129-ref 43 . A T 100.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7458;MQ=36.39;MQ0=0;QD=3.05;SB=3.00;sumGLbyD=3.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,6:30:99:131,0,788 15129-ref 49 . T A 90.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.0470;MQ=36.45;MQ0=0;QD=2.44;SB=3.00;sumGLbyD=3.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,8:32:99:120,0,876 15129-ref 68 . C A 1442.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.24;MQ0=0;QD=36.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1476,117,0 15129-ref 119 . T A 58.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=34.84;MQ0=0;QD=2.44;SB=-0.01;sumGLbyD=3.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:23:88.63:89,0,580 15129-ref 124 . A C 58.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=34.75;MQ0=0;QD=2.54;SB=-0.01;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:22:88.37:88,0,597 15129-ref 128 . G A 28.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7705;MQ=34.52;MQ0=0;QD=1.35;SB=-0.01;sumGLbyD=2.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:20:58.32:58,0,550 15129-ref 185 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 15135-ref 83 . C A 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0 15135-ref 94 . T A 128.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=12.89;SB=-0.01;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:159,0,138 15135-ref 102 . T C 417.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=32.08;SB=-0.01;sumGLbyD=34.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:450,39,0 15135-ref 122 . T A 118.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=34.82;MQ0=0;QD=6.21;SB=-0.01;sumGLbyD=7.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:18:99:148,0,391 15135-ref 148 . C T 286.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.9556;MQ=36.75;MQ0=0;QD=7.00;SB=3.00;sumGLbyD=7.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:39:99:317,0,947 15135-ref 183 . A C 1609.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3298;MQ=36.20;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=18.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:86:99:1643,132,0 15135-ref 209 . C T 677.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.27;MQ0=0;QD=9.68;SB=-0.01;sumGLbyD=10.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:67:99:708,0,1252 15135-ref 222 . C A 1265.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.03;HRun=1;HaplotypeScore=2.6971;MQ=36.22;MQ0=0;QD=32.44;SB=-37.80;sumGLbyD=33.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:36:99:1298,108,0 15135-ref 227 . A G 11.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6965;MQ=35.98;MQ0=0;QD=0.55;SB=3.00;sumGLbyD=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:19:40.68:41,0,507 15135-ref 234 . T C 398.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.93;SB=-27.96;sumGLbyD=26.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:3.55:429,4,0 15135-ref 286 . G A 604.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=33.48;MQ0=0;QD=28.76;SB=-0.01;sumGLbyD=30.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.15:637,54,0 15135-ref 300 . G T 586.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.57;SB=-0.01;sumGLbyD=34.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.14:619,54,0 15135-ref 310 . G C 426.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=30.49;SB=-0.01;sumGLbyD=32.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:460,42,0 15135-ref 322 . C G 165.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:199,18,0 15135-ref 327 . T C 380.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:413,33,0 15135-ref 419 . A G 324.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.01;SB=-0.01;sumGLbyD=29.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.07:357,33,0 15135-ref 431 . T G 275.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.77;MQ0=0;QD=25.01;SB=-0.01;sumGLbyD=28.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.05:308,30,0 15135-ref 439 . G A 276.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=25.17;SB=-0.01;sumGLbyD=28.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.04:310,30,0 15135-ref 440 . A C 268.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=27.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.07:301,27,0 15135-ref 497 . A G 496.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=31.01;SB=-0.01;sumGLbyD=33.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.10:529,48,0 15135-ref 510 . T C 197.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=28.22;SB=-0.01;sumGLbyD=32.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:231,21,0 15135-ref 519 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 15150-ref 163 . A T 23.09 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.64;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:54,6,0 15150-ref 184 . G A 180.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=22.51;SB=-0.01;sumGLbyD=26.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.04:213,21,0 15150-ref 190 . A T 173.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.68;SB=-0.01;sumGLbyD=25.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:7:21.04:206,21,0 15150-ref 203 . G C 182.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=18.29;SB=-0.01;sumGLbyD=21.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:9:10.76:213,0,11 15150-ref 225 . T A 40.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=8.19;SB=-0.01;sumGLbyD=14.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:27.30:71,0,27 15150-ref 230 . 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C A 331.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=27.04;MQ0=0;QD=23.64;SB=-0.01;sumGLbyD=26.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36.07:364,36,0 15150-ref 332 . A G 233.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.96;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.05:267,27,0 15150-ref 384 . G A 113.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=22.68;SB=-0.01;sumGLbyD=29.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:146,15,0 15150-ref 388 . A T 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 15150-ref 451 . C A 263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-118.37;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:296,30,0 15150-ref 483 . A G 1209.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6120;MQ=25.97;MQ0=0;QD=26.88;SB=-344.56;sumGLbyD=27.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:44:93.66:1243,94,0 15150-ref 487 . C T 1186.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6120;MQ=25.67;MQ0=0;QD=26.96;SB=-352.53;sumGLbyD=27.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:41:99:1219,123,0 15150-ref 508 . T C 1190.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.36;MQ0=0;QD=29.05;SB=-443.37;sumGLbyD=29.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1224,123,0 15150-ref 517 . T C 551.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.26;SB=-29.63;sumGLbyD=27.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.09:584,60,0 15150-ref 568 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 15150-ref 580 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 15150-ref 608 . T A 100.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.11;SB=-0.01;sumGLbyD=33.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:133,12,0 15150-ref 620 . G A 1582.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.00;MQ0=0;QD=28.77;SB=-0.01;sumGLbyD=29.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:53:99:1615,159,0 15150-ref 650 . T C 3092.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.64;MQ0=0;QD=30.62;SB=-0.01;sumGLbyD=30.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:100:99:3126,301,0 15150-ref 668 . A C 2954.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.18;MQ0=0;QD=30.15;SB=-0.01;sumGLbyD=30.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:97:99:2988,292,0 15150-ref 674 . A G 2675.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.64;MQ0=0;QD=30.40;SB=-0.01;sumGLbyD=30.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2708,265,0 15150-ref 815 . A C 294.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.34;MQ0=0;QD=24.53;SB=-0.01;sumGLbyD=27.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:30.07:327,30,0 15150-ref 842 . A G 809.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.34;MQ0=0;QD=28.92;SB=-0.01;sumGLbyD=30.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:56.51:843,57,0 15150-ref 844 . T C 833.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8649;MQ=29.34;MQ0=0;QD=29.78;SB=-0.01;sumGLbyD=30.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:27:81.16:867,81,0 15150-ref 869 . A G 271.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.29;MQ0=0;QD=15.08;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:301,0,124 15150-ref 872 . C G 164.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.37;MQ0=0;QD=11.78;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:195,0,136 15150-ref 881 . G A 104.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.26;MQ0=0;QD=8.06;SB=-0.01;sumGLbyD=10.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:135,0,166 15150-ref 887 . A G 293.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.65;MQ0=0;QD=26.65;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.05:326,33,0 15150-ref 926 . A G 21.15 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=10.57;SB=-0.01;sumGLbyD=26.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:52,6,0 15150-ref 980 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:59,6,0 15150-ref 988 . C T 16.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=5.48;SB=-16.71;sumGLbyD=15.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:18.66:46,0,19 15150-ref 993 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 15150-ref 1007 . T C 210.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=19.14;SB=-81.87;sumGLbyD=21.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:55.79:241,0,56 15150-ref 1016 . A T 22.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=1.90;SB=-8.58;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:52.78:53,0,268 15150-ref 1019 . A T 40.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=6.81;SB=-20.60;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:65.91:71,0,66 15150-ref 1025 . G A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-58.00;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 15150-ref 1035 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-29.17;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 15224-ref 90 . T C 2424.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6517;MQ=36.70;MQ0=0;QD=14.35;SB=-26.62;sumGLbyD=14.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,78:160:99:2455,0,2736 15304-ref 6 . A G 26.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9632;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.35;SB=-0.01;sumGLbyD=2.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:18:56.91:57,0,531 15304-ref 52 . G A 5294.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8788;MQ=34.00;MQ0=0;QD=31.90;SB=-178.04;sumGLbyD=31.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,165:155:99:5266,439,0 15304-ref 191 . A G 3138.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.0015;MQ=36.16;MQ0=0;QD=20.92;SB=-30.12;sumGLbyD=21.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,125:119:99:3169,0,373 15304-ref 199 . G A 293.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.0015;MQ=36.31;MQ0=0;QD=1.78;SB=-33.99;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,25:130:99:324,0,3411 15304-ref 266 . G C 1486.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.46;MQ0=0;QD=37.17;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1520,120,0 15304-ref 284 . A G 20.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=34.54;MQ0=0;QD=2.23;SB=-0.01;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:50.03:50,0,225 15304-ref 433 . C T 99.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=18.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.83:129,0,97 15359-ref 99 . C T 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0 15359-ref 104 . C T 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0 15359-ref 157 . C T 48.98 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.69;MQ0=0;QD=16.33;SB=-0.01;sumGLbyD=27.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:81,9,0 15359-ref 630 . G C 215.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=24.00;SB=-0.01;sumGLbyD=27.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.03:249,27,0 15359-ref 635 . A G 133.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=22.19;SB=-0.01;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:166,18,0 15359-ref 636 . G C 133.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=22.19;SB=-0.01;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:166,18,0 15407-ref 104 . C T 915.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=463;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=57.9218;MQ=36.84;MQ0=0;QD=1.98;SB=9.02;sumGLbyD=2.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:371,90:301:99:945,0,8074 15407-ref 348 . C A 14016.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=111.6418;MQ=36.86;MQ0=0;QD=14.02;SB=3.00;sumGLbyD=11.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:492,504:737:99:11768,0,10804 15407-ref 736 . A G 12398.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=765;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.6387;MQ=36.59;MQ0=0;QD=16.21;SB=-50.16;sumGLbyD=13.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:408,357:744:99:10156,0,11863 15407-ref 782 . T A 39.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3903;MQ=34.39;MQ0=0;QD=2.46;SB=-0.01;sumGLbyD=4.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:16:69.43:69,0,378 15419-ref 1 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 15419-ref 21 . G C 6130.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.7141;MQ=36.42;MQ0=0;QD=29.33;SB=-422.20;sumGLbyD=29.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,206:172:99:6105,514,0 15419-ref 111 . G A 899.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9826;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.68;SB=-31.35;sumGLbyD=12.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:76:99:929,0,1564 15429-ref 81 . T C 174.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.51;SB=-0.01;sumGLbyD=17.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:11:99:204,0,151 15429-ref 84 . C G 99.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.27;SB=-0.01;sumGLbyD=10.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:10:99:129,0,206 15429-ref 183 . T G 52.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=5.26;SB=-0.01;sumGLbyD=8.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:9:82.55:83,0,199 15429-ref 192 . A T 165.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0 15448-ref 73 . A C 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,61 15448-ref 75 . T C 36.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.93;MQ0=0;QD=3.65;SB=-0.01;sumGLbyD=6.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:10:66.53:67,0,185 15448-ref 122 . G A 7332.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=264;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=9.6967;MQ=36.62;MQ0=0;QD=27.78;SB=-0.01;sumGLbyD=24.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,198:257:99:6558,0,1673 15478-ref 105 . A G 2709.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.5978;MQ=36.89;MQ0=0;QD=28.82;SB=-0.01;sumGLbyD=29.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,84:90:85.33:2739,0,85 15478-ref 146 . A C 3961.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.9259;MQ=36.54;MQ0=0;QD=34.75;SB=-0.01;sumGLbyD=34.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:106:99:3961,319,0 15478-ref 268 . T C 10280.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=292;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9827;MQ=36.93;MQ0=0;QD=35.21;SB=-0.01;sumGLbyD=35.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,290:273:99:10243,784,0 15478-ref 379 . A G 15530.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=982;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.7514;MQ=36.91;MQ0=0;QD=15.82;SB=3.00;sumGLbyD=12.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:556,425:932:99:12685,0,16943 15478-ref 550 . T C 12615.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=871;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=53.2740;MQ=36.03;MQ0=0;QD=14.48;SB=3.00;sumGLbyD=11.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:496,371:823:99:10081,0,15244 15478-ref 567 . C T 11568.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=940;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.5531;MQ=35.96;MQ0=0;QD=12.31;SB=-76.85;sumGLbyD=9.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:569,366:832:99:9042,0,16148 15478-ref 568 . A G 12082.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=953;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.6847;MQ=35.97;MQ0=0;QD=12.68;SB=-79.86;sumGLbyD=9.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:575,374:854:99:9460,0,16690 15478-ref 664 . G A 9633.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=492;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.4712;MQ=35.69;MQ0=0;QD=19.58;SB=-25.65;sumGLbyD=16.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,280:468:99:8156,0,5915 15478-ref 668 . A G 16728.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=483;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.1354;MQ=35.66;MQ0=0;QD=34.63;SB=-29.63;sumGLbyD=34.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,481:460:99:16695,1381,0 15478-ref 689 . T C 8687.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=549;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.3316;MQ=35.87;MQ0=0;QD=15.82;SB=-136.46;sumGLbyD=13.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:260,284:467:99:7279,0,6622 15478-ref 735 . G A 2922.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=294;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.2137;MQ=35.57;MQ0=0;QD=9.94;SB=-0.01;sumGLbyD=10.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,113:265:99:2952,0,4745 15478-ref 750 . T C 1711.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.6803;MQ=34.14;MQ0=0;QD=8.82;SB=-343.81;sumGLbyD=8.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,73:184:99:1741,0,3687 15478-ref 751 . T C 1522.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.8050;MQ=34.08;MQ0=0;QD=8.32;SB=-400.06;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,65:172:99:1553,0,3365 15566-ref 88 . G A 58.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.73;SB=-0.01;sumGLbyD=17.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.77:89,0,63 15566-ref 114 . A C 371.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=19.54;SB=-0.01;sumGLbyD=21.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:401,0,197 15566-ref 153 . C G 1198.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4252;MQ=36.29;MQ0=0;QD=16.89;SB=-0.01;sumGLbyD=17.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:68:99:1229,0,818 15566-ref 192 . G A 1229.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.8276;MQ=35.79;MQ0=0;QD=7.68;SB=-0.01;sumGLbyD=7.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,53:155:99:1259,0,3541 15566-ref 209 . C T 5860.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=6.2709;MQ=35.37;MQ0=0;QD=34.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:164:99:5860,493,0 15566-ref 232 . G A 6328.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=20.1883;MQ=35.93;MQ0=0;QD=33.31;SB=-0.01;sumGLbyD=32.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,186:178:99:6215,457,0 15566-ref 282 . G A 1328.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=257;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9907;MQ=35.28;MQ0=0;QD=5.17;SB=-26.62;sumGLbyD=5.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,64:239:99:1358,0,5901 15566-ref 310 . T A 1062.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8224;MQ=34.36;MQ0=0;QD=6.40;SB=-0.01;sumGLbyD=6.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,49:158:99:1093,0,3528 15566-ref 311 . C A 1013.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.8224;MQ=34.29;MQ0=0;QD=6.25;SB=-0.01;sumGLbyD=6.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,47:156:99:1043,0,3494 15566-ref 320 . A G 415.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=23.5609;MQ=33.14;MQ0=0;QD=3.92;SB=-0.01;sumGLbyD=4.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,26:99:99:446,0,2284 15566-ref 324 . A G 46.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.8092;MQ=33.91;MQ0=0;QD=0.45;SB=6.01;sumGLbyD=0.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,9:94:76.61:77,0,2678 15566-ref 328 . A G 1624.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=73.2171;MQ=34.29;MQ0=0;QD=12.79;SB=9.02;sumGLbyD=13.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:118:99:1654,0,1838 15566-ref 330 . 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G A 1213.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7619;MQ=36.73;MQ0=0;QD=10.65;SB=-0.01;sumGLbyD=10.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,45:106:99:1244,0,2133 15577-ref 435 . A G 2698.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3527;MQ=36.89;MQ0=0;QD=14.43;SB=-0.01;sumGLbyD=14.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,97:171:99:2729,0,2564 15604-ref 40 . G A 32.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.37;SB=-0.01;sumGLbyD=32.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:64,6,0 15604-ref 93 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 15604-ref 105 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 15604-ref 669 . A T 42.20 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0 15605-ref 213 . G C 2358.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5168;MQ=36.94;MQ0=0;QD=13.47;SB=-0.01;sumGLbyD=13.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,78:171:99:2388,0,3045 15611-ref 73 . C G 6189.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=478;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.7154;MQ=36.94;MQ0=0;QD=12.95;SB=-0.01;sumGLbyD=10.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:291,187:412:99:4948,0,7596 15611-ref 210 . T A 1552.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1945;MQ=36.87;MQ0=0;QD=10.08;SB=-0.01;sumGLbyD=10.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,55:149:99:1582,0,3145 15611-ref 405 . A G 292.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5041;MQ=36.74;MQ0=0;QD=1.90;SB=-65.08;sumGLbyD=2.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,20:144:99:322,0,4105 15611-ref 410 . G C 5493.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1195;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.87;SB=-255.57;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:145:99:5493,436,0 15611-ref 466 . G A 70.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9411;MQ=35.28;MQ0=0;QD=11.76;SB=3.00;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:90.60:101,0,91 15611-ref 471 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 15618-ref 42 . G T 1493.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=290;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8412;MQ=36.51;MQ0=0;QD=5.15;SB=-609.88;sumGLbyD=5.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,69:283:99:1523,0,7385 15618-ref 43 . C A 1752.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9302;MQ=36.50;MQ0=0;QD=5.73;SB=-779.13;sumGLbyD=5.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:230,75:293:99:1783,0,7323 15618-ref 44 . C T 1787.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=316;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.2665;MQ=36.52;MQ0=0;QD=5.66;SB=-789.21;sumGLbyD=5.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:238,78:302:99:1818,0,7605 15618-ref 96 . C G 13649.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.3611;MQ=36.74;MQ0=0;QD=13.65;SB=-171.53;sumGLbyD=10.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:590,407:917:99:10886,0,17879 15618-ref 264 . T G 10210.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=750;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.2955;MQ=36.80;MQ0=0;QD=13.61;SB=-17.61;sumGLbyD=10.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:443,303:650:99:8227,0,11861 15618-ref 735 . A G 6952.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=511;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=52.2357;MQ=36.86;MQ0=0;QD=13.61;SB=-0.01;sumGLbyD=10.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:309,198:473:99:5528,0,9200 15618-ref 831 . A G 39.13 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9993;MQ=30.40;MQ0=0;QD=3.01;SB=-0.01;sumGLbyD=5.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:69.12:69,0,287 15618-ref 1194 . C G 581.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4062;MQ=36.56;MQ0=0;QD=12.65;SB=-0.01;sumGLbyD=13.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:46:99:612,0,806 15618-ref 1231 . T A 28.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:58.95:59,0,167 15618-ref 1403 . T A 2846.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=5.3268;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.49;SB=-35.26;sumGLbyD=33.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:76:99:2880,229,0 15618-ref 1461 . G C 367.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9370;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.12;SB=-21.70;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:31:99:397,0,611 15643-ref 39 . C A 182.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=5.2978;MQ=35.33;MQ0=0;QD=4.25;SB=-0.01;sumGLbyD=4.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:39:99:213,0,928 15643-ref 40 . T C 145.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.2978;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.46;SB=-0.01;sumGLbyD=4.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,9:36:99:175,0,878 15643-ref 58 . G C 4720.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0108;MQ=28.00;MQ0=0;QD=16.00;SB=-646.73;sumGLbyD=13.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,233:214:99:4074,0,1324 15643-ref 71 . G T 17625.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=829;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9974;MQ=32.62;MQ0=0;QD=21.26;SB=-926.80;sumGLbyD=18.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,733:621:99:15699,0,437 15643-ref 90 . C G 30788.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.3944;MQ=34.61;MQ0=0;QD=30.79;SB=-334.93;sumGLbyD=29.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,945:911:99:29120,1100,0 15643-ref 109 . T G 34897.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.8685;MQ=35.47;MQ0=0;QD=34.90;SB=-206.77;sumGLbyD=33.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,956:976:99:33419,1499,0 15643-ref 182 . T G 30099.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=998;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1148;MQ=31.53;MQ0=0;QD=30.16;SB=-266.61;sumGLbyD=27.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:91,907:966:99:27568,382,0 15643-ref 183 . T G 29604.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=997;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.7730;MQ=31.51;MQ0=0;QD=29.69;SB=-364.12;sumGLbyD=27.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,912:958:99:27137,423,0 15643-ref 208 . C A 16115.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=603;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5027;MQ=29.08;MQ0=0;QD=26.73;SB=-572.70;sumGLbyD=23.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,532:584:99:14321,0,705 15643-ref 212 . T A 12911.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=516;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0126;MQ=32.07;MQ0=0;QD=25.02;SB=-939.52;sumGLbyD=24.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,505:419:99:12854,1227,0 15643-ref 232 . T C 18533.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=662;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.4621;MQ=33.42;MQ0=0;QD=28.00;SB=-2140.90;sumGLbyD=25.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,580:607:99:16703,0,874 15643-ref 264 . 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C G 14132.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=430;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4305;MQ=36.17;MQ0=0;QD=32.87;SB=-0.01;sumGLbyD=32.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,426:401:99:14036,1197,0 15643-ref 499 . A T 2073.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9311;MQ=32.22;MQ0=0;QD=32.91;SB=-0.01;sumGLbyD=33.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:62:99:2106,186,0 15643-ref 500 . G T 1181.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.89;MQ0=0;QD=30.28;SB=-0.01;sumGLbyD=31.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1214,114,0 15643-ref 501 . G T 760.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.18;SB=-0.01;sumGLbyD=29.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.14:794,81,0 15643-ref 513 . C A 36.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.06;SB=-0.01;sumGLbyD=16.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:66,0,31 15643-ref 518 . T A 1209.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.02;HRun=2;HaplotypeScore=6.6867;MQ=36.76;MQ0=0;QD=28.79;SB=-100.86;sumGLbyD=29.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:37:68.28:1242,68,0 15643-ref 673 . G A 73.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1123;MQ=36.70;MQ0=0;QD=1.08;SB=-0.01;sumGLbyD=1.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,8:66:99:104,0,1929 15643-ref 675 . C T 2182.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6431;MQ=36.70;MQ0=0;QD=32.57;SB=-0.01;sumGLbyD=33.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:64:99:2215,130,0 15663-ref 57 . G A 2904.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5435;MQ=36.82;MQ0=0;QD=12.68;SB=-0.01;sumGLbyD=12.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,100:203:99:2935,0,3358 15663-ref 106 . G A 2955.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6185;MQ=36.69;MQ0=0;QD=11.37;SB=-24.67;sumGLbyD=11.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,108:238:99:2986,0,4517 15663-ref 260 . G A 4568.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5127;MQ=36.97;MQ0=0;QD=14.74;SB=-0.01;sumGLbyD=11.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,129:297:99:3674,0,5570 15663-ref 500 . A G 2725.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2922;MQ=36.91;MQ0=0;QD=12.06;SB=-132.68;sumGLbyD=12.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,94:216:99:2755,0,4097 15663-ref 623 . T C 114.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.86;SB=-0.01;sumGLbyD=28.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:144,0,25 15663-ref 640 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 15697-ref 36 . G C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 15697-ref 50 . A G 330.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3851;MQ=36.79;MQ0=0;QD=7.02;SB=-0.01;sumGLbyD=7.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:37:99:360,0,772 15697-ref 52 . A C 374.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1184;MQ=36.67;MQ0=0;QD=6.14;SB=-0.01;sumGLbyD=6.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,17:54:99:404,0,1256 15697-ref 138 . G C 4087.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8817;MQ=36.84;MQ0=0;QD=21.29;SB=-0.01;sumGLbyD=18.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,111:188:99:3522,0,2438 15697-ref 207 . C A 2286.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2236;MQ=36.88;MQ0=0;QD=14.12;SB=-53.24;sumGLbyD=14.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,74:157:99:2317,0,2708 15697-ref 247 . A G 405.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.50;SB=-0.01;sumGLbyD=15.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:27:99:436,0,446 15711-ref 132 . T A 536.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=33.56;SB=-0.01;sumGLbyD=35.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.12:570,48,0 15711-ref 138 . T C 118.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9914;MQ=34.93;MQ0=0;QD=7.90;SB=-0.01;sumGLbyD=9.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:14:99:149,0,249 15711-ref 350 . C T 177.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9827;MQ=36.52;MQ0=0;QD=8.44;SB=-0.01;sumGLbyD=9.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:20:99:207,0,382 15711-ref 414 . G C 145.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.12;MQ0=0;QD=6.31;SB=-0.01;sumGLbyD=7.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:22:99:175,0,493 15711-ref 419 . T C 152.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=6.91;SB=-0.01;sumGLbyD=8.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:182,0,501 15711-ref 635 . A G 143.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9960;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.46;SB=-0.01;sumGLbyD=10.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:174,0,342 15711-ref 795 . A G 452.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9515;MQ=36.49;MQ0=0;QD=22.64;SB=-0.01;sumGLbyD=24.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:20:99:483,0,141 15792-ref 78 . A G 7587.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=403;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.8122;MQ=36.88;MQ0=0;QD=18.83;SB=3.00;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,203:393:99:6404,0,6364 15792-ref 211 . G T 721.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.7367;MQ=36.13;MQ0=0;QD=6.16;SB=6.01;sumGLbyD=6.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,30:110:99:751,0,2740 15792-ref 212 . C T 736.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7366;MQ=36.13;MQ0=0;QD=6.30;SB=6.01;sumGLbyD=6.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,30:110:99:767,0,2727 15792-ref 229 . C T 79.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7703;MQ=36.37;MQ0=0;QD=0.98;SB=-0.01;sumGLbyD=1.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,10:79:99:109,0,2298 15792-ref 264 . T A 152.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3162;MQ=36.28;MQ0=0;QD=3.31;SB=-83.31;sumGLbyD=3.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,11:43:99:182,0,1177 15792-ref 378 . T A 23.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9975;MQ=36.65;MQ0=0;QD=0.82;SB=-0.01;sumGLbyD=1.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,3:25:53.83:54,0,628 15792-ref 401 . G C 252.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1201;MQ=36.07;MQ0=0;QD=11.46;SB=-0.01;sumGLbyD=12.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:21:99:282,0,375 15796-ref 72 . T G 110.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3967;MQ=34.78;MQ0=0;QD=2.63;SB=-0.01;sumGLbyD=3.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,7:42:99:140,0,1127 15796-ref 112 . 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G A 181.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.69;SB=-0.01;sumGLbyD=26.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:46.52:212,0,47 15908-ref 55 . C T 624.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4684;MQ=36.64;MQ0=0;QD=11.15;SB=-0.01;sumGLbyD=11.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:54:99:655,0,1074 15908-ref 355 . T C 4832.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2126;MQ=34.53;MQ0=0;QD=30.78;SB=-29.63;sumGLbyD=30.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,155:143:99:4802,400,0 15908-ref 391 . C T 1101.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1332;MQ=33.17;MQ0=0;QD=11.35;SB=-0.01;sumGLbyD=11.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:92:99:1131,0,1461 15908-ref 394 . C T 3025.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4681;MQ=33.00;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=32.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:89:99:3058,268,0 15908-ref 413 . 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G A 176.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9879;MQ=35.85;MQ0=0;QD=17.67;SB=-0.01;sumGLbyD=20.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:10:45.56:207,0,46 15994-ref 345 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 15994-ref 399 . G A 40.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.80;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.82:71,0,97 15994-ref 408 . A G 40.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.80;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.82:71,0,96 16009-ref 22 . A T 37.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5858;MQ=34.75;MQ0=0;QD=0.77;SB=-2.56;sumGLbyD=1.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,7:47:67.48:67,0,1397 16009-ref 23 . 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G T 17029.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=60.2931;MQ=36.67;MQ0=0;QD=17.03;SB=-69.56;sumGLbyD=13.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:548,447:984:99:13939,0,17714 16040-ref 134 . G T 34.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.9121;MQ=36.89;MQ0=0;QD=0.39;SB=6.01;sumGLbyD=0.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,14:78:64.67:65,0,2376 16040-ref 139 . A G 693.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=49.8726;MQ=36.53;MQ0=0;QD=3.99;SB=-74.00;sumGLbyD=4.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,39:144:99:724,0,3689 16040-ref 140 . G C 2086.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.8390;MQ=36.50;MQ0=0;QD=11.40;SB=6.01;sumGLbyD=11.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,88:154:99:2116,0,2675 16040-ref 162 . G A 11749.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=787;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=206.5613;MQ=36.66;MQ0=0;QD=14.93;SB=3.00;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:453,334:713:99:9601,0,12843 16040-ref 167 . G A 7143.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=894;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=247.1661;MQ=36.53;MQ0=0;QD=7.99;SB=-37.00;sumGLbyD=5.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:670,216:816:99:4651,0,20713 16040-ref 218 . G A 10951.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=946;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=148.8674;MQ=36.46;MQ0=0;QD=11.58;SB=-79.86;sumGLbyD=8.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:617,317:818:99:8313,0,16710 16040-ref 236 . T A 10707.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=957;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=76.8241;MQ=36.49;MQ0=0;QD=11.19;SB=-23.62;sumGLbyD=8.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:552,386:817:99:8224,0,15752 16040-ref 321 . T G 6419.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=591;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=118.3281;MQ=36.71;MQ0=0;QD=10.86;SB=3.00;sumGLbyD=8.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:405,185:535:99:4807,0,11718 16040-ref 366 . A G 6687.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=782;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.1993;MQ=36.85;MQ0=0;QD=8.55;SB=-62.19;sumGLbyD=5.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:598,179:747:99:4301,0,19203 16040-ref 431 . T C 10635.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=523;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.7307;MQ=35.43;MQ0=0;QD=20.33;SB=-53.24;sumGLbyD=17.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,330:489:99:9071,0,5638 16040-ref 444 . A G 2953.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=484;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3771;MQ=35.17;MQ0=0;QD=6.10;SB=-192.40;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:359,125:471:99:2984,0,11550 16040-ref 467 . A G 2848.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=90.2153;MQ=34.49;MQ0=0;QD=8.71;SB=3.00;sumGLbyD=8.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,121:313:99:2879,0,6383 16040-ref 468 . A G 6471.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=324;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=95.4799;MQ=34.43;MQ0=0;QD=19.98;SB=-22.69;sumGLbyD=17.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,195:313:99:5528,0,3838 16040-ref 489 . C A 1204 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8691;MQ=34.56;MQ0=0;QD=4.21;SB=-400.32;sumGLbyD=4.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,58:267:99:1234,0,6582 16040-ref 509 . A G 1922.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.1633;MQ=32.94;MQ0=0;QD=12.02;SB=-33.98;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,79:143:99:1953,0,1998 16040-ref 512 . A G 68.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.1890;MQ=32.78;MQ0=0;QD=0.44;SB=6.01;sumGLbyD=0.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,16:146:98.06:98,0,3888 16040-ref 527 . G C 1620.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.4358;MQ=31.94;MQ0=0;QD=12.47;SB=-26.62;sumGLbyD=12.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,67:125:99:1651,0,1868 16040-ref 529 . C T 2092.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.5262;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.95;SB=-26.62;sumGLbyD=15.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,87:130:99:2122,0,1508 16040-ref 535 . G T 50.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.1860;MQ=32.06;MQ0=0;QD=0.35;SB=3.00;sumGLbyD=0.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,19:134:80.72:81,0,3695 16040-ref 547 . T C 279.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3444;MQ=33.35;MQ0=0;QD=2.41;SB=-0.01;sumGLbyD=2.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,22:104:99:309,0,2730 16040-ref 559 . G T 10.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9209;MQ=33.66;MQ0=0;QD=0.11;SB=6.00;sumGLbyD=0.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,9:92:40.38:40,0,2622 16040-ref 563 . T G 1512.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2214;MQ=33.91;MQ0=0;QD=13.50;SB=-49.31;sumGLbyD=13.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,61:99:99:1542,0,1433 16040-ref 569 . T C 1709.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.6288;MQ=33.75;MQ0=0;QD=15.55;SB=-53.24;sumGLbyD=15.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,62:104:99:1740,0,1270 16040-ref 611 . C T 1331.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4891;MQ=35.08;MQ0=0;QD=13.72;SB=-63.62;sumGLbyD=14.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:84:99:1361,0,1045 16040-ref 678 . T A 3068.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1929;MQ=36.54;MQ0=0;QD=20.05;SB=-0.01;sumGLbyD=20.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,96:149:99:3098,0,1640 16040-ref 717 . C T 1710.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1862;MQ=36.67;MQ0=0;QD=14.02;SB=-0.01;sumGLbyD=14.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,60:113:99:1740,0,1818 16040-ref 782 . T G 2666.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3986;MQ=36.65;MQ0=0;QD=18.26;SB=-0.01;sumGLbyD=18.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,85:142:99:2697,0,1829 16040-ref 811 . T C 846.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9984;MQ=36.01;MQ0=0;QD=10.32;SB=-53.24;sumGLbyD=10.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:81:99:877,0,1655 16040-ref 812 . T A 698.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9981;MQ=35.94;MQ0=0;QD=9.07;SB=-53.24;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:76:99:728,0,1608 16051-ref 30 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 16051-ref 65 . T A 154.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=19.35;SB=-0.01;sumGLbyD=23.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:51.19:185,0,51 16051-ref 66 . T G 154.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=20.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:8:50.29:185,0,50 16051-ref 85 . T A 320.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=22.88;SB=-0.01;sumGLbyD=25.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:13:37.87:350,0,38 16051-ref 117 . G A 381.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=24.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:16:99:411,0,106 16051-ref 573 . 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C T 19102.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=59.0157;MQ=36.81;MQ0=0;QD=19.10;SB=-83.61;sumGLbyD=16.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:360,632:838:99:16536,0,9340 16051-ref 990 . G A 15338.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=138.2605;MQ=36.86;MQ0=0;QD=15.34;SB=-69.56;sumGLbyD=13.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:412,583:738:99:13042,0,9480 16051-ref 1228 . C A 17139.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=493;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.2216;MQ=33.93;MQ0=0;QD=34.77;SB=-666.01;sumGLbyD=34.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,492:480:99:17136,1444,0 16051-ref 1239 . C A 14249.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=402;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.8259;MQ=33.67;MQ0=0;QD=35.45;SB=-385.10;sumGLbyD=34.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,390:400:99:13887,932,0 16107-ref 119 . T A 60.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.06;SB=-0.01;sumGLbyD=7.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:90.72:91,0,260 16107-ref 230 . 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T C 637.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8882;MQ=36.27;MQ0=0;QD=15.17;SB=-0.01;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:667,0,610 16300-ref 22 . A C 363.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=335;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=28.5869;MQ=35.90;MQ0=0;QD=1.09;SB=708.90;sumGLbyD=1.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,54:310:99:394,0,9115 16300-ref 179 . C A 4679.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=419;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.8787;MQ=29.18;MQ0=0;QD=11.17;SB=-190.20;sumGLbyD=7.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:255,158:408:99:3346,0,7110 16300-ref 209 . T C 5815.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=516;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=69.2731;MQ=28.08;MQ0=0;QD=11.27;SB=3.00;sumGLbyD=8.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:310,204:466:99:4381,0,7174 16300-ref 218 . G T 278.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.0031;MQ=30.01;MQ0=0;QD=1.55;SB=-0.01;sumGLbyD=1.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,29:149:99:308,0,3425 16300-ref 223 . C G 2346.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.6682;MQ=31.13;MQ0=0;QD=27.29;SB=-0.01;sumGLbyD=27.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,71:72:99:2380,213,0 16300-ref 311 . C A 8184.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=959;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.2846;MQ=26.35;MQ0=0;QD=8.53;SB=-45.28;sumGLbyD=5.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:662,297:854:99:5602,0,13975 16300-ref 365 . T C 2474.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=347;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.9097;MQ=23.61;MQ0=0;QD=7.13;SB=-350.11;sumGLbyD=7.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:218,126:335:99:2504,0,4790 16300-ref 425 . A G 521.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8455;MQ=23.42;MQ0=0;QD=10.86;SB=-0.01;sumGLbyD=11.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:46:99:552,0,427 16300-ref 440 . G C 19.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7201;MQ=24.95;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:49.94:50,0,172 16300-ref 824 . 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T G 956.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4024;MQ=36.36;MQ0=0;QD=15.18;SB=-0.01;sumGLbyD=15.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:62:99:987,0,921 16405-ref 165 . T A 609.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0633;MQ=36.37;MQ0=0;QD=12.70;SB=3.00;sumGLbyD=13.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:45:99:639,0,632 16405-ref 262 . C G 1122.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=9.0656;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.20;SB=-0.01;sumGLbyD=12.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:85:99:1152,0,1420 16405-ref 378 . G T 2887.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=284;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7612;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.17;SB=-0.01;sumGLbyD=10.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,112:256:99:2917,0,5043 16405-ref 423 . A C 6362.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=296;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.1991;MQ=36.93;MQ0=0;QD=21.49;SB=-30.98;sumGLbyD=18.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,169:288:99:5468,0,3820 16411-ref 43 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 16411-ref 113 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 16411-ref 140 . G A 225.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0 16411-ref 219 . C T 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0 16411-ref 273 . C G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 16411-ref 314 . C T 1180.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.38;MQ0=0;QD=31.07;SB=-0.01;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:33:99:1214,99,0 16411-ref 331 . A G 243.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1910;MQ=34.86;MQ0=0;QD=3.87;SB=-0.01;sumGLbyD=4.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,18:57:99:274,0,1441 16411-ref 365 . C T 3106.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2856;MQ=34.82;MQ0=0;QD=29.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,95:107:99:3136,0,114 16411-ref 367 . T C 602.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.3697;MQ=34.75;MQ0=0;QD=5.79;SB=-0.01;sumGLbyD=6.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,29:102:99:633,0,2440 16411-ref 396 . T C 15.69 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=1.96;SB=-0.01;sumGLbyD=5.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:45.56:46,0,197 16424-ref 417 . G T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 16452-ref 80 . C G 16557.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=173.0309;MQ=36.84;MQ0=0;QD=16.56;SB=-0.01;sumGLbyD=14.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:373,615:612:99:14713,0,3461 16452-ref 169 . A G 20026.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.03;HRun=0;HaplotypeScore=140.9531;MQ=36.86;MQ0=0;QD=20.03;SB=-88.69;sumGLbyD=15.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:393,529:901:99:15830,0,10917 16452-ref 321 . G C 2423.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.1533;MQ=36.35;MQ0=0;QD=11.12;SB=-30.98;sumGLbyD=11.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,90:202:99:2453,0,3818 16452-ref 360 . T C 2095.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.9159;MQ=33.99;MQ0=0;QD=8.84;SB=-0.01;sumGLbyD=8.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,98:193:99:2126,0,3572 16452-ref 366 . A C 2600.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1255;MQ=33.97;MQ0=0;QD=10.44;SB=-0.01;sumGLbyD=10.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,111:221:99:2631,0,3798 16452-ref 396 . A G 4257.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=287;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2393;MQ=34.35;MQ0=0;QD=14.83;SB=6.01;sumGLbyD=11.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,129:274:99:3431,0,4752 16452-ref 409 . T C 2728.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=277;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.6806;MQ=34.40;MQ0=0;QD=9.85;SB=6.01;sumGLbyD=9.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,116:261:99:2759,0,4882 16452-ref 455 . T C 2472.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.4029;MQ=36.07;MQ0=0;QD=18.73;SB=-0.01;sumGLbyD=18.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,81:121:99:2503,0,1282 16452-ref 459 . G A 2441.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9337;MQ=36.01;MQ0=0;QD=19.85;SB=-0.01;sumGLbyD=20.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,78:116:99:2472,0,1228 16452-ref 477 . G A 771.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4900;MQ=36.31;MQ0=0;QD=7.49;SB=-0.01;sumGLbyD=7.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,31:97:99:801,0,2294 16452-ref 519 . T C 1082.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8320;MQ=35.87;MQ0=0;QD=20.04;SB=-0.01;sumGLbyD=20.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:51:99:1112,0,460 16452-ref 526 . C T 1030.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.75;MQ0=0;QD=21.03;SB=-0.01;sumGLbyD=21.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,36:47:99:1061,0,353 16452-ref 560 . C T 793.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9973;MQ=36.15;MQ0=0;QD=22.04;SB=-0.01;sumGLbyD=22.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,26:35:99:824,0,283 16452-ref 594 . C G 412.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.12;MQ0=0;QD=18.74;SB=-0.01;sumGLbyD=20.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:442,0,209 16452-ref 630 . C T 337.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=21.10;SB=-0.01;sumGLbyD=22.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:94.03:368,0,94 16452-ref 638 . T C 219.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=24.35;SB=-0.01;sumGLbyD=27.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:6.36:249,0,6 16465-ref 168 . G C 1703.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.3147;MQ=36.79;MQ0=0;QD=6.79;SB=-0.01;sumGLbyD=6.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,69:237:99:1733,0,5656 16465-ref 266 . A C 66.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.09;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:59.73:97,0,60 16465-ref 336 . C T 11.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=8.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:41.26:41,0,101 16465-ref 1082 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 16465-ref 1294 . A C 13.32 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=6.66;SB=-0.01;sumGLbyD=22.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:5.97:44,6,0 16485-ref 24 . C T 1294 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0326;MQ=35.87;MQ0=0;QD=10.19;SB=-26.62;sumGLbyD=10.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,46:124:99:1324,0,2612 16485-ref 26 . G C 1302.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0326;MQ=35.91;MQ0=0;QD=9.94;SB=3.00;sumGLbyD=10.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,46:127:99:1333,0,2686 16485-ref 55 . G A 1905.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9867;MQ=36.25;MQ0=0;QD=9.34;SB=3.00;sumGLbyD=9.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,72:190:99:1936,0,4008 16485-ref 148 . 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T G 6436.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9716;MQ=36.71;MQ0=0;QD=36.37;SB=-0.01;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:172:99:6436,517,0 16485-ref 244 . G A 33.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=328;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2431;MQ=36.54;MQ0=0;QD=0.10;SB=-5.45;sumGLbyD=0.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:296,32:319:63.37:63,0,10054 16485-ref 271 . C G 12558.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=340;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7644;MQ=36.34;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=36.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,339:332:99:12557,999,0 16485-ref 277 . T C 2222.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=351;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6135;MQ=36.04;MQ0=0;QD=6.33;SB=-0.01;sumGLbyD=6.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:252,98:336:99:2253,0,8290 16485-ref 317 . G C 3148.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=461;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.2867;MQ=35.67;MQ0=0;QD=6.83;SB=-0.01;sumGLbyD=6.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:324,135:416:99:3178,0,9551 16485-ref 346 . T A 1648.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=508;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.7918;MQ=35.53;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=3.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:407,99:481:99:1678,0,12997 16485-ref 347 . G C 1539.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=512;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3226;MQ=35.56;MQ0=0;QD=3.01;SB=-0.01;sumGLbyD=3.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:415,97:486:99:1570,0,13518 16485-ref 365 . A C 1237.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=529;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.6273;MQ=35.55;MQ0=0;QD=2.34;SB=-0.01;sumGLbyD=2.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:435,93:517:99:1268,0,14562 16485-ref 372 . C T 2233.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=514;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.3384;MQ=35.82;MQ0=0;QD=4.34;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:397,115:501:99:2263,0,13482 16485-ref 508 . T C 7715.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=506;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.2809;MQ=36.07;MQ0=0;QD=15.25;SB=-0.01;sumGLbyD=12.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:252,252:449:99:6342,0,7008 16485-ref 513 . G T 7908.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=476;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.8330;MQ=36.04;MQ0=0;QD=16.62;SB=-0.01;sumGLbyD=13.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,247:430:99:6612,0,6291 16485-ref 539 . G A 10350.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=550;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.0156;MQ=36.39;MQ0=0;QD=18.82;SB=-99.19;sumGLbyD=16.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:234,314:467:99:8906,0,5567 16485-ref 685 . T C 9072.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=559;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.8588;MQ=36.89;MQ0=0;QD=16.23;SB=-0.01;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,255:534:99:7464,0,9446 16485-ref 761 . G A 5548.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=372;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.5928;MQ=36.26;MQ0=0;QD=14.92;SB=-44.31;sumGLbyD=12.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,155:353:99:4485,0,6462 16485-ref 767 . A G 5094.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=315;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=34.3699;MQ=36.16;MQ0=0;QD=16.17;SB=-53.24;sumGLbyD=13.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,142:290:99:4169,0,4649 16485-ref 839 . C A 14387.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=889;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.9842;MQ=36.85;MQ0=0;QD=16.18;SB=-30.30;sumGLbyD=13.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:484,404:858:99:11802,0,15266 16485-ref 881 . T C 29418.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=832;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.0758;MQ=36.85;MQ0=0;QD=35.36;SB=-29.63;sumGLbyD=35.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,829:792:99:29414,2383,0 16485-ref 980 . A C 8101.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.0040;MQ=35.57;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,223:220:99:8100,662,0 16485-ref 997 . C T 5801.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9723;MQ=34.85;MQ0=0;QD=36.49;SB=-59.25;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:158:99:5801,475,0 16485-ref 998 . A G 5807.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9193;MQ=34.88;MQ0=0;QD=36.07;SB=-29.63;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:159:99:5777,475,0 16485-ref 1160 . C A 21.69 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.34;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:51.66:52,0,81 16485-ref 1161 . A G 33.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.71;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:63.53:64,0,97 16485-ref 1164 . C A 28.64 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.73;SB=-0.01;sumGLbyD=11.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:58.62:59,0,93 16491-ref 126 . A G 2211.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2166;MQ=36.68;MQ0=0;QD=8.81;SB=3.00;sumGLbyD=8.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,79:234:99:2242,0,5256 16491-ref 127 . T C 2142.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=281;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.1159;MQ=36.68;MQ0=0;QD=7.63;SB=3.00;sumGLbyD=7.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,80:270:99:2173,0,6434 16491-ref 146 . C A 1990.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=288;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6205;MQ=36.75;MQ0=0;QD=6.91;SB=-0.01;sumGLbyD=7.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,79:273:99:2020,0,6627 16491-ref 208 . T C 2242.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0714;MQ=36.73;MQ0=0;QD=20.20;SB=-0.01;sumGLbyD=20.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,74:104:99:2272,0,1088 16491-ref 226 . T G 1805.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9262;MQ=36.53;MQ0=0;QD=27.78;SB=-0.01;sumGLbyD=28.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,54:62:99:1836,0,206 16491-ref 227 . A T 209.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.53;MQ0=0;QD=3.22;SB=-0.01;sumGLbyD=3.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,11:62:99:239,0,1792 16491-ref 228 . T C 167.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.53;MQ0=0;QD=2.61;SB=-0.01;sumGLbyD=3.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,10:63:99:197,0,1836 16491-ref 229 . A C 133.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.50;MQ0=0;QD=2.18;SB=-0.01;sumGLbyD=2.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,9:59:99:163,0,1754 16516-ref 42 . A C 431.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8915;MQ=17.96;MQ0=0;QD=3.20;SB=-113.55;sumGLbyD=3.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:15:45.08:465,45,0 16516-ref 67 . C T 40.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9778;MQ=27.46;MQ0=0;QD=2.13;SB=-11.59;sumGLbyD=3.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:17:70.40:70,0,341 16516-ref 70 . C A 43.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.9329;MQ=25.16;MQ0=0;QD=2.29;SB=-11.62;sumGLbyD=3.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,4:15:73.44:73,0,270 16516-ref 72 . G C 205.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.8826;MQ=27.69;MQ0=0;QD=9.35;SB=-96.68;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:17:99:236,0,207 16516-ref 75 . C G 541.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=70.8208;MQ=27.96;MQ0=0;QD=12.59;SB=-11.22;sumGLbyD=13.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:28:99:571,0,239 16516-ref 114 . C G 44.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0031;MQ=33.01;MQ0=0;QD=0.65;SB=-29.77;sumGLbyD=1.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,10:62:74.29:74,0,1686 16516-ref 136 . A C 290.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4611;MQ=34.97;MQ0=0;QD=13.81;SB=-0.01;sumGLbyD=15.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:19:99:320,0,228 16516-ref 138 . G C 127.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4611;MQ=34.78;MQ0=0;QD=9.10;SB=-0.01;sumGLbyD=11.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:157,0,228 16516-ref 139 . G A 58.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4611;MQ=34.39;MQ0=0;QD=4.86;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:11:88.32:88,0,182 16516-ref 141 . A G 36.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4611;MQ=35.12;MQ0=0;QD=3.29;SB=-0.01;sumGLbyD=6.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:10:66.14:66,0,216 16548-ref 47 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 16548-ref 50 . A G 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,47 16548-ref 65 . T G 534.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.52;MQ0=0;QD=31.45;SB=-0.01;sumGLbyD=33.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.12:568,51,0 16548-ref 81 . G A 1008.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=33.38;MQ0=0;QD=28.81;SB=-0.01;sumGLbyD=29.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:31:93.19:1041,93,0 16548-ref 119 . G C 567.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.91;MQ0=0;QD=16.69;SB=-0.01;sumGLbyD=17.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:33:99:597,0,369 16548-ref 120 . C G 550.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.91;MQ0=0;QD=16.18;SB=-0.01;sumGLbyD=17.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:33:99:580,0,375 16548-ref 154 . T C 190.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3122;MQ=34.84;MQ0=0;QD=7.94;SB=-26.62;sumGLbyD=9.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:23:99:221,0,421 16548-ref 162 . G A 60.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.52;MQ0=0;QD=2.90;SB=-26.62;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:19:90.96:91,0,474 16548-ref 177 . T A 572.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9947;MQ=36.07;MQ0=0;QD=26.01;SB=-0.01;sumGLbyD=27.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,19:21:46.46:602,0,46 16548-ref 223 . G C 335.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.57;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:369,30,0 16548-ref 232 . A G 71.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=5.92;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:101,0,259 16548-ref 246 . A G 124.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=9.58;SB=-0.01;sumGLbyD=11.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:12:99:155,0,214 16548-ref 254 . G C 172.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=11.50;SB=-0.01;sumGLbyD=13.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:13:99:203,0,169 16548-ref 259 . C A 333.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=19.61;SB=-0.01;sumGLbyD=21.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:363,0,148 16548-ref 301 . A G 229.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=12.74;SB=-37.00;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:259,0,304 16548-ref 369 . A G 1300.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4005;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.41;SB=-37.00;sumGLbyD=19.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,43:62:99:1330,0,627 16548-ref 470 . G A 366.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.3221;MQ=35.98;MQ0=0;QD=12.20;SB=-0.01;sumGLbyD=13.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:27:99:396,0,441 16548-ref 482 . G A 267.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.91;MQ0=0;QD=9.55;SB=-0.01;sumGLbyD=10.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:21:99:297,0,338 16548-ref 484 . A C 321.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.91;MQ0=0;QD=11.50;SB=-0.01;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:23:99:352,0,348 16548-ref 515 . C A 10.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.89;SB=-0.01;sumGLbyD=3.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:11:40.34:40,0,313 16548-ref 566 . G A 156.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.55;MQ0=0;QD=9.22;SB=-0.01;sumGLbyD=10.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:187,0,342 16548-ref 580 . C G 74.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=34.39;MQ0=0;QD=4.67;SB=-0.01;sumGLbyD=6.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:15:99:105,0,310 16548-ref 591 . T A 466.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=34.01;MQ0=0;QD=33.33;SB=-0.01;sumGLbyD=35.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:500,42,0 16548-ref 593 . G A 25.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=33.48;MQ0=0;QD=2.15;SB=-0.01;sumGLbyD=4.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:12:55.78:56,0,270 16548-ref 634 . T C 28.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.05;SB=-0.01;sumGLbyD=4.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:13:58.72:59,0,329 16548-ref 679 . G A 176.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.98;MQ0=0;QD=17.63;SB=-0.01;sumGLbyD=20.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:9:80.43:206,0,80 16548-ref 689 . T C 41.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3407;MQ=36.32;MQ0=0;QD=2.79;SB=-0.01;sumGLbyD=4.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:11:71.79:72,0,261 16548-ref 802 . G C 338.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.60;MQ0=0;QD=15.39;SB=-0.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:368,0,280 16548-ref 833 . T C 349.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=13.98;SB=-0.01;sumGLbyD=15.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:380,0,358 16548-ref 850 . T C 126.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=7.89;SB=-23.61;sumGLbyD=9.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:156,0,265 16548-ref 851 . C T 105.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=7.04;SB=-23.61;sumGLbyD=9.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:14:99:136,0,238 16548-ref 870 . G A 110.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=9.24;SB=-0.01;sumGLbyD=11.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:11:99:141,0,194 16548-ref 921 . G C 359.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.01;MQ0=0;QD=13.82;SB=-0.01;sumGLbyD=14.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:22:99:389,0,278 16548-ref 938 . G C 27.51 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.15;SB=29.33;sumGLbyD=2.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,4:23:57.49:57,0,588 16548-ref 939 . G C 26.69 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.11;SB=30.15;sumGLbyD=2.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,4:23:56.67:57,0,605 16548-ref 950 . C T 211.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.95;MQ0=0;QD=10.06;SB=12.02;sumGLbyD=11.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:20:99:241,0,329 16548-ref 965 . T A 135.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.51;SB=-33.31;sumGLbyD=5.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:28:99:165,0,669 16548-ref 979 . A G 16.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3654;MQ=35.48;MQ0=0;QD=0.61;SB=-0.01;sumGLbyD=1.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,4:24:46.32:46,0,655 16548-ref 1070 . G C 282.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=35.42;MQ0=0;QD=21.77;SB=-0.01;sumGLbyD=24.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:11:26.15:313,0,26 16548-ref 1104 . G C 416.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5416;MQ=35.38;MQ0=0;QD=21.90;SB=-0.01;sumGLbyD=23.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:16:2.08:446,2,0 16548-ref 1157 . A T 292.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.47;MQ0=0;QD=15.41;SB=-0.01;sumGLbyD=16.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:18:99:323,0,246 16548-ref 1187 . G A 266.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=36.47;MQ0=0;QD=14.05;SB=-0.01;sumGLbyD=15.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:297,0,279 16548-ref 1334 . G A 176.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.08;SB=-0.01;sumGLbyD=18.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:207,0,167 16548-ref 1364 . C A 207.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.11;SB=-0.01;sumGLbyD=26.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:50.81:238,0,51 16548-ref 1419 . 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C T 31.90 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.32;MQ0=0;QD=2.13;SB=-0.01;sumGLbyD=4.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:14:61.89:62,0,342 16548-ref 1674 . C A 35.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9380;MQ=34.69;MQ0=0;QD=1.96;SB=-0.01;sumGLbyD=3.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:14:65.30:65,0,376 16548-ref 1675 . A G 65.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9380;MQ=34.69;MQ0=0;QD=3.65;SB=-0.01;sumGLbyD=5.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:14:95.70:96,0,344 16548-ref 1677 . A C 294.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9380;MQ=34.69;MQ0=0;QD=16.38;SB=-0.01;sumGLbyD=18.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:16:99:325,0,145 16548-ref 1691 . T A 19.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9787;MQ=33.71;MQ0=0;QD=1.24;SB=-20.15;sumGLbyD=3.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:13:49.76:50,0,322 16548-ref 1698 . G A 176.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7492;MQ=33.68;MQ0=0;QD=9.29;SB=-53.24;sumGLbyD=10.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:207,0,246 16548-ref 1715 . A G 212.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4648;MQ=33.80;MQ0=0;QD=9.23;SB=-47.29;sumGLbyD=10.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:17:99:242,0,239 16548-ref 1726 . A T 217.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.84;MQ0=0;QD=9.08;SB=-37.00;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:20:99:248,0,351 16548-ref 1758 . T A 103.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.72;MQ0=0;QD=4.31;SB=-0.01;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:23:99:134,0,563 16548-ref 1762 . C T 98.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.60;MQ0=0;QD=4.49;SB=-0.01;sumGLbyD=5.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:21:99:129,0,518 16548-ref 1812 . C T 63.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=12.78;SB=-0.01;sumGLbyD=18.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.11:94,0,62 16548-ref 1819 . C T 76.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0 16548-ref 1841 . C A 275.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:308,24,0 16548-ref 1893 . A G 164.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.68;SB=-0.01;sumGLbyD=16.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:194,0,198 16548-ref 1924 . G A 354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.27;MQ0=0;QD=25.29;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.08:387,33,0 16548-ref 1949 . G A 401.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=30.87;SB=-0.01;sumGLbyD=33.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.10:434,36,0 16548-ref 1989 . T C 131.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=14.56;SB=-0.01;sumGLbyD=17.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:89.92:161,0,90 16548-ref 1990 . A C 104.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=11.60;SB=-0.01;sumGLbyD=14.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:8:95.26:134,0,95 16548-ref 1994 . A G 61.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=6.84;SB=-0.01;sumGLbyD=10.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:91.57:92,0,158 16548-ref 2012 . C T 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0 16548-ref 2031 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 16683-ref 54 . G C 454.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.0727;MQ=36.63;MQ0=0;QD=8.27;SB=-0.01;sumGLbyD=8.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:44:99:485,0,887 16683-ref 74 . A G 571.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9947;MQ=36.35;MQ0=0;QD=9.21;SB=3.00;sumGLbyD=9.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:59:99:601,0,1270 16683-ref 106 . A G 448.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6640;MQ=36.44;MQ0=0;QD=6.14;SB=-0.01;sumGLbyD=6.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:69:99:478,0,1639 16683-ref 137 . A G 447.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1407;MQ=35.80;MQ0=0;QD=6.58;SB=-0.01;sumGLbyD=7.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,22:56:99:477,0,1051 16683-ref 156 . T C 1290.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5693;MQ=34.80;MQ0=0;QD=13.73;SB=-0.01;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:83:99:1321,0,996 16683-ref 163 . G A 1318.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2349;MQ=34.62;MQ0=0;QD=13.73;SB=-26.62;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:90:99:1348,0,1249 16683-ref 204 . C A 833 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1901;MQ=35.01;MQ0=0;QD=10.68;SB=-0.01;sumGLbyD=11.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:61:99:863,0,894 16683-ref 216 . G A 1043.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4074;MQ=36.15;MQ0=0;QD=10.87;SB=-0.01;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:86:99:1073,0,1536 16683-ref 257 . A T 1835.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.0072;MQ=36.72;MQ0=0;QD=12.93;SB=-37.00;sumGLbyD=13.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,64:138:99:1866,0,2475 16683-ref 379 . G C 10303.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=602;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.9199;MQ=36.31;MQ0=0;QD=17.11;SB=-20.60;sumGLbyD=14.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:316,285:578:99:8529,0,9688 16683-ref 405 . G A 13599.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=855;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.2178;MQ=36.41;MQ0=0;QD=15.91;SB=-23.61;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:473,381:826:99:11110,0,15006 16683-ref 432 . G A 13609.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=755;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.8968;MQ=36.44;MQ0=0;QD=18.03;SB=3.00;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:381,374:720:99:11440,0,11239 16683-ref 495 . G A 6369.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=656;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=71.2225;MQ=36.07;MQ0=0;QD=9.71;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:470,185:593:99:4583,0,13623 16683-ref 496 . C A 6880.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=681;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=74.6898;MQ=36.10;MQ0=0;QD=10.10;SB=-0.01;sumGLbyD=7.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:472,201:594:99:4968,0,12813 16683-ref 497 . C T 7044.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=703;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=78.4786;MQ=36.13;MQ0=0;QD=10.02;SB=-0.01;sumGLbyD=7.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:492,206:633:99:5080,0,14152 16683-ref 834 . C G 1782.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.6206;MQ=33.06;MQ0=0;QD=28.74;SB=29.62;sumGLbyD=29.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:62:76.25:1815,76,0 16683-ref 835 . C T 760.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.8944;MQ=30.24;MQ0=0;QD=21.12;SB=15.82;sumGLbyD=21.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,29:35:9.81:790,0,10 16683-ref 836 . C T 320.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.9018;MQ=28.94;MQ0=0;QD=15.26;SB=7.17;sumGLbyD=16.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,14:19:21.51:350,0,22 16683-ref 837 . A G 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9918;MQ=26.80;MQ0=0;QD=18.11;SB=-0.01;sumGLbyD=22.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:8:18.03:178,18,0 16751-ref 3 . 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T G 16260.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=121.3796;MQ=36.10;MQ0=0;QD=16.26;SB=-2760.81;sumGLbyD=13.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:485,509:765:99:13843,0,8147 16751-ref 402 . C T 18138.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=87.5258;MQ=36.28;MQ0=0;QD=18.14;SB=-5031.24;sumGLbyD=15.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:456,544:874:99:15504,0,11434 16751-ref 426 . C T 18474.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=997;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.1890;MQ=36.53;MQ0=0;QD=18.53;SB=-3871.79;sumGLbyD=15.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:478,517:934:99:15660,0,13617 16751-ref 489 . C T 19144.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=62.5377;MQ=35.73;MQ0=0;QD=19.14;SB=-26.62;sumGLbyD=16.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:450,542:959:99:16181,0,13915 16751-ref 508 . T C 18143.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.0887;MQ=34.62;MQ0=0;QD=18.16;SB=-23.62;sumGLbyD=15.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:472,527:979:99:15193,0,14780 16751-ref 553 . C T 10580.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=828;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=30.0494;MQ=32.73;MQ0=0;QD=12.78;SB=-0.01;sumGLbyD=9.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:470,357:783:99:8194,0,13728 16751-ref 557 . C G 9838.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=831;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.9675;MQ=32.78;MQ0=0;QD=11.84;SB=-0.01;sumGLbyD=8.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:498,332:785:99:7437,0,14591 16751-ref 560 . A G 7721.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=712;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.7691;MQ=33.03;MQ0=0;QD=10.85;SB=-51.28;sumGLbyD=8.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:445,267:670:99:5701,0,13238 16751-ref 579 . C T 14187.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=59.5698;MQ=34.78;MQ0=0;QD=14.19;SB=-32.25;sumGLbyD=11.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:502,495:857:99:11602,0,12891 16751-ref 624 . T C 14992.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=900;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.8279;MQ=35.08;MQ0=0;QD=16.66;SB=-197.90;sumGLbyD=13.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:476,424:892:99:12305,0,15437 16751-ref 628 . G A 15073.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=856;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.3905;MQ=35.10;MQ0=0;QD=17.61;SB=-197.90;sumGLbyD=14.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:432,423:849:99:12481,0,14058 16751-ref 640 . T C 2786.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.9349;MQ=31.52;MQ0=0;QD=13.79;SB=6.01;sumGLbyD=13.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,111:201:99:2816,0,2887 16751-ref 779 . A G 336.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5644;MQ=36.74;MQ0=0;QD=8.63;SB=3.00;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:30:99:367,0,556 16751-ref 805 . C A 4598.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.3994;MQ=36.26;MQ0=0;QD=28.04;SB=3.00;sumGLbyD=25.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,137:149:99:4149,0,526 16751-ref 840 . T C 5106.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.00;MQ0=0;QD=29.52;SB=-0.01;sumGLbyD=26.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,137:170:99:4594,0,779 16751-ref 873 . C A 64.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3411;MQ=34.93;MQ0=0;QD=1.60;SB=-26.62;sumGLbyD=2.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,8:37:94.10:94,0,989 16751-ref 875 . G A 21.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5897;MQ=35.33;MQ0=0;QD=0.59;SB=-22.27;sumGLbyD=1.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:32:51.89:52,0,847 16751-ref 940 . C T 585.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4614;MQ=35.21;MQ0=0;QD=12.74;SB=-0.01;sumGLbyD=13.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:41:99:616,0,569 16751-ref 971 . A G 415.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9463;MQ=30.98;MQ0=0;QD=10.38;SB=-0.01;sumGLbyD=11.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:39:99:445,0,625 16751-ref 975 . C T 427.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9994;MQ=30.63;MQ0=0;QD=11.24;SB=-0.01;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:35:99:457,0,496 16751-ref 977 . A G 408.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.43;MQ0=0;QD=11.05;SB=3.00;sumGLbyD=11.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:24:99:439,0,234 16751-ref 985 . A C 397.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.05;MQ0=0;QD=11.68;SB=3.00;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:22:99:427,0,162 16751-ref 987 . T C 1077.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.84;MQ0=0;QD=29.92;SB=-29.63;sumGLbyD=30.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1110,105,0 16751-ref 996 . G A 467.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9859;MQ=30.77;MQ0=0;QD=12.65;SB=-26.62;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:31:99:498,0,337 16751-ref 1022 . G C 668.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.23;MQ0=0;QD=19.10;SB=-0.01;sumGLbyD=19.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:32:99:699,0,276 16751-ref 1041 . G T 856.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.81;MQ0=0;QD=19.92;SB=-0.01;sumGLbyD=20.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,30:37:99:886,0,233 16751-ref 1077 . G A 821.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5418;MQ=36.79;MQ0=0;QD=17.12;SB=-0.01;sumGLbyD=17.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:40:99:852,0,332 16751-ref 1157 . G A 65.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.37;SB=-0.01;sumGLbyD=23.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:95,0,26 16786-ref 110 . T G 3233.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=292;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.7265;MQ=36.78;MQ0=0;QD=11.07;SB=5.99;sumGLbyD=11.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,118:282:99:3262,0,5671 16786-ref 209 . C T 2813.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9107;MQ=36.87;MQ0=0;QD=18.15;SB=-0.01;sumGLbyD=18.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,95:143:99:2843,0,1606 16786-ref 278 . T A 4615.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8549;MQ=36.83;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:122:99:4615,367,0 16786-ref 359 . C T 3804.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=15.5089;MQ=36.48;MQ0=0;QD=22.25;SB=-0.01;sumGLbyD=19.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,105:160:99:3289,0,1822 16786-ref 407 . C T 1394.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0705;MQ=36.82;MQ0=0;QD=8.51;SB=3.00;sumGLbyD=8.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,55:156:99:1425,0,3587 16786-ref 545 . T C 7059.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1293;MQ=36.77;MQ0=0;QD=31.80;SB=-0.01;sumGLbyD=31.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,220:190:99:7029,542,0 16786-ref 635 . T C 5081.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6654;MQ=36.87;MQ0=0;QD=33.43;SB=-29.63;sumGLbyD=33.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:140:99:5080,421,0 16786-ref 761 . C T 15450.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=761;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.8161;MQ=36.88;MQ0=0;QD=20.30;SB=-0.01;sumGLbyD=17.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:314,444:714:99:13279,0,8608 16786-ref 1101 . G A 5192.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=262;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.5684;MQ=36.77;MQ0=0;QD=19.82;SB=-0.01;sumGLbyD=17.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,167:232:99:4494,0,2589 16786-ref 1133 . T C 1055.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0078;MQ=36.62;MQ0=0;QD=7.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,42:129:99:1086,0,2935 16786-ref 1149 . G A 996.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5363;MQ=36.52;MQ0=0;QD=11.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:81:99:1026,0,1482 16786-ref 1364 . 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G C 2779.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1165;MQ=36.74;MQ0=0;QD=14.11;SB=-0.01;sumGLbyD=14.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,99:182:99:2810,0,2789 16786-ref 1883 . T C 2905.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2164;MQ=36.90;MQ0=0;QD=14.17;SB=-0.01;sumGLbyD=14.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,98:190:99:2936,0,3118 16786-ref 1946 . C T 2521.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.4065;MQ=36.87;MQ0=0;QD=14.32;SB=3.00;sumGLbyD=14.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,86:170:99:2551,0,2766 16786-ref 2120 . T C 2197.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.1572;MQ=36.67;MQ0=0;QD=14.55;SB=-37.00;sumGLbyD=14.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,76:136:99:2227,0,1878 16786-ref 2141 . A G 2493.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6376;MQ=36.60;MQ0=0;QD=14.17;SB=-0.01;sumGLbyD=14.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,84:163:99:2523,0,2539 16786-ref 2216 . 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C T 1053.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=36.25;MQ0=0;QD=19.51;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:52:99:1084,0,489 16890-ref 166 . A C 377.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.99;SB=-0.01;sumGLbyD=9.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:41:99:408,0,854 16890-ref 185 . T C 91.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8515;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.09;SB=-0.01;sumGLbyD=2.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,7:42:99:122,0,1151 16890-ref 274 . C T 2190.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.0315;MQ=36.90;MQ0=0;QD=10.48;SB=3.00;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,79:197:99:2221,0,4099 16890-ref 331 . C T 1389.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.01;HRun=5;HaplotypeScore=8.3539;MQ=36.77;MQ0=0;QD=10.77;SB=-0.01;sumGLbyD=11.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,51:123:99:1420,0,2343 16890-ref 346 . 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A G 1072.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.2234;MQ=36.39;MQ0=0;QD=32.50;SB=-0.01;sumGLbyD=33.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:31:53.28:1105,53,0 16916-ref 248 . T G 1030.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8171;MQ=36.75;MQ0=0;QD=8.66;SB=3.00;sumGLbyD=8.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,40:111:99:1060,0,2446 16916-ref 447 . C T 2032.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9328;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.15;SB=-0.01;sumGLbyD=18.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,68:101:99:2063,0,1061 16916-ref 512 . G C 894.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7945;MQ=36.85;MQ0=0;QD=6.62;SB=-35.57;sumGLbyD=6.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,36:128:99:924,0,3149 16916-ref 582 . A T 1562.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8059;MQ=36.62;MQ0=0;QD=14.74;SB=-0.01;sumGLbyD=15.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:101:99:1592,0,1555 16916-ref 633 . G T 1386.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.2556;MQ=36.78;MQ0=0;QD=15.23;SB=-0.01;sumGLbyD=15.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,55:73:99:1416,0,847 16916-ref 710 . G A 592.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4686;MQ=36.76;MQ0=0;QD=14.10;SB=-0.01;sumGLbyD=14.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:37:99:622,0,564 16916-ref 756 . A T 567.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ=36.65;MQ0=0;QD=19.55;SB=-0.01;sumGLbyD=20.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:597,0,300 16916-ref 1022 . G C 3109.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5728;MQ=36.83;MQ0=0;QD=17.28;SB=3.00;sumGLbyD=17.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,101:174:99:3140,0,2460 16916-ref 1116 . A C 3994.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5776;MQ=36.89;MQ0=0;QD=21.13;SB=3.00;sumGLbyD=18.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,112:178:99:3458,0,2146 16916-ref 1271 . G A 1111.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2575;MQ=36.54;MQ0=0;QD=16.12;SB=-0.01;sumGLbyD=16.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:64:99:1142,0,840 16916-ref 1414 . C A 1257.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.1674;MQ=36.71;MQ0=0;QD=18.23;SB=-0.01;sumGLbyD=18.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:61:99:1288,0,590 16916-ref 1608 . G A 855.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3918;MQ=34.64;MQ0=0;QD=3.41;SB=-345.05;sumGLbyD=3.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,56:244:99:885,0,6504 16916-ref 1614 . A T 3069.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6458;MQ=34.16;MQ0=0;QD=9.68;SB=-717.46;sumGLbyD=9.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,126:309:99:3100,0,6021 16916-ref 1635 . A T 7998.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=346;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9096;MQ=29.24;MQ0=0;QD=23.12;SB=-2318.24;sumGLbyD=20.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,274:318:99:7039,0,1169 16916-ref 1648 . T C 5602.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3972;MQ=27.82;MQ0=0;QD=22.50;SB=-2038.67;sumGLbyD=19.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,197:232:99:4901,0,760 16916-ref 1656 . C A 348.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.6893;MQ=35.02;MQ0=0;QD=2.79;SB=-180.10;sumGLbyD=3.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,23:79:99:379,0,1858 16916-ref 1720 . T C 1142.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1617;MQ=35.41;MQ0=0;QD=4.22;SB=-147.58;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,62:257:99:1172,0,6669 16916-ref 1734 . A G 1438.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.7245;MQ=34.52;MQ0=0;QD=8.36;SB=-213.39;sumGLbyD=8.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,63:162:99:1468,0,3381 16916-ref 1749 . G T 327.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3460;MQ=34.53;MQ0=0;QD=3.37;SB=-26.62;sumGLbyD=3.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,23:88:99:357,0,2262 16916-ref 1853 . 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A C 74.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.74;SB=-0.01;sumGLbyD=26.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:23.21:105,0,23 16955-ref 554 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 16994-ref 105 . G C 266.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4685;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.33;SB=-0.01;sumGLbyD=14.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:16:99:297,0,210 16994-ref 109 . G A 348.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4685;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.86;SB=-0.01;sumGLbyD=17.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:20:99:379,0,226 16994-ref 147 . T C 693.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.9964;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.79;SB=-0.01;sumGLbyD=18.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:36:99:724,0,420 16994-ref 188 . T C 232.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7154;MQ=36.60;MQ0=0;QD=9.29;SB=-0.01;sumGLbyD=10.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:24:99:262,0,488 16994-ref 218 . C G 448.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9571;MQ=36.74;MQ0=0;QD=11.49;SB=-0.01;sumGLbyD=12.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:33:99:478,0,520 16994-ref 315 . G A 247.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.36;SB=-0.01;sumGLbyD=13.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:19:99:277,0,327 16994-ref 606 . C G 2114.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.22;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=33.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:59:99:2148,177,0 16994-ref 654 . G C 1590.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3290;MQ=36.61;MQ0=0;QD=15.29;SB=-0.01;sumGLbyD=15.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:97:99:1620,0,1417 16994-ref 714 . A G 3346.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1963;MQ=36.81;MQ0=0;QD=31.57;SB=-0.01;sumGLbyD=31.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:90:99:3346,271,0 16994-ref 954 . T C 4035.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8938;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.36;SB=-39.32;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:106:99:4036,319,0 16994-ref 1006 . G T 213.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=29.93;MQ0=0;QD=19.44;SB=-0.01;sumGLbyD=22.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:43.91:244,0,44 16994-ref 1007 . G T 148.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=28.11;MQ0=0;QD=16.48;SB=-0.01;sumGLbyD=19.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:45.45:178,0,45 16994-ref 1009 . A C 126.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=18.11;SB=-0.01;sumGLbyD=22.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:15.94:157,0,16 16994-ref 1014 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 17004-ref 34 . A G 186.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.2478;MQ=36.38;MQ0=0;QD=3.67;SB=-0.01;sumGLbyD=4.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:31:99:217,0,714 17004-ref 56 . G A 2232.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3810;MQ=35.89;MQ0=0;QD=31.89;SB=-27.67;sumGLbyD=32.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:63:99:2265,189,0 17004-ref 98 . T A 350.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.7366;MQ=36.83;MQ0=0;QD=5.95;SB=9.02;sumGLbyD=6.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:49:99:381,0,1104 17024-ref 111 . C T 210.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.84;MQ0=0;QD=3.34;SB=-0.01;sumGLbyD=3.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,11:62:99:240,0,1740 17024-ref 164 . G C 25.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.93:56,0,210 17024-ref 198 . C T 340.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:373,30,0 17024-ref 268 . C T 264.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:298,24,0 17024-ref 324 . A G 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=7.65;SB=-0.01;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:26.23:61,0,26 17024-ref 339 . C T 127.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=15.89;SB=-0.01;sumGLbyD=19.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:6:18.08:157,0,18 17024-ref 361 . C T 240.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=26.73;SB=-0.01;sumGLbyD=30.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.04:274,24,0 17024-ref 362 . G T 54.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=6.08;SB=-0.01;sumGLbyD=9.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:7:84.69:85,0,135 17024-ref 427 . T C 103.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.54;SB=-0.01;sumGLbyD=14.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:8:99:134,0,127 17024-ref 435 . A G 100.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=35.87;MQ0=0;QD=11.12;SB=3.00;sumGLbyD=14.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:130,0,153 17024-ref 446 . G T 68.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.53;MQ0=0;QD=9.75;SB=2.99;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:98.27:98,0,111 17024-ref 497 . C G 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:62.53:68,0,63 17024-ref 518 . A G 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:64.95:68,0,65 17024-ref 550 . G A 69.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.45;SB=-0.01;sumGLbyD=25.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:102,9,0 17058-ref 108 . T C 1173.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8980;MQ=35.53;MQ0=0;QD=18.63;SB=-37.00;sumGLbyD=19.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:62:99:1204,0,727 17058-ref 145 . C G 1071.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1654;MQ=35.51;MQ0=0;QD=9.75;SB=-24.97;sumGLbyD=10.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,41:107:99:1102,0,2156 17058-ref 147 . G A 2035.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1654;MQ=35.53;MQ0=0;QD=18.18;SB=-116.83;sumGLbyD=18.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,68:106:99:2066,0,1077 17058-ref 170 . G A 847.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.6760;MQ=35.40;MQ0=0;QD=9.42;SB=3.00;sumGLbyD=9.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:79:99:878,0,1481 17058-ref 213 . C T 925.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5130;MQ=34.83;MQ0=0;QD=21.53;SB=2.97;sumGLbyD=22.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,33:41:99:956,0,219 17058-ref 233 . A T 174.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9095;MQ=33.66;MQ0=0;QD=4.25;SB=-88.33;sumGLbyD=4.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:39:99:204,0,893 17058-ref 238 . A G 168.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9285;MQ=34.17;MQ0=0;QD=4.56;SB=-73.84;sumGLbyD=5.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,10:37:99:199,0,857 17058-ref 280 . 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A C 749.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.5621;MQ=35.73;MQ0=0;QD=6.19;SB=-20.61;sumGLbyD=6.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,34:106:99:779,0,2480 17058-ref 684 . A G 596.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.1447;MQ=35.65;MQ0=0;QD=5.23;SB=-47.22;sumGLbyD=5.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,30:103:99:626,0,2596 17058-ref 694 . T C 450.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6304;MQ=36.01;MQ0=0;QD=3.66;SB=-20.61;sumGLbyD=3.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,35:100:99:480,0,2514 17058-ref 796 . G A 4941.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9120;MQ=36.92;MQ0=0;QD=36.88;SB=-38.58;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:132:99:4941,397,0 17058-ref 829 . T C 149.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2833;MQ=35.98;MQ0=0;QD=2.49;SB=-0.01;sumGLbyD=2.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,10:50:99:179,0,1376 17058-ref 841 . T C 96.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7366;MQ=36.25;MQ0=0;QD=1.41;SB=-0.01;sumGLbyD=1.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,9:59:99:126,0,1746 17058-ref 862 . G T 465.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2215;MQ=36.25;MQ0=0;QD=4.91;SB=-108.19;sumGLbyD=5.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,21:86:99:496,0,2156 17058-ref 889 . G A 439.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=36.75;MQ0=0;QD=5.36;SB=-0.01;sumGLbyD=5.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,19:80:99:469,0,2095 17058-ref 979 . T C 2081.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8758;MQ=36.90;MQ0=0;QD=14.16;SB=3.00;sumGLbyD=14.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,76:137:99:2111,0,2261 17058-ref 1019 . T C 875.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9608;MQ=36.90;MQ0=0;QD=8.34;SB=-0.01;sumGLbyD=8.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:80:99:905,0,1455 17058-ref 1071 . C G 1466.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4419;MQ=36.79;MQ0=0;QD=10.04;SB=-0.01;sumGLbyD=10.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,54:133:99:1497,0,2695 17058-ref 1153 . G T 5535.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=414;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.2624;MQ=35.74;MQ0=0;QD=13.37;SB=3.00;sumGLbyD=10.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:240,174:391:99:4357,0,7523 17058-ref 1162 . C T 6581.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=464;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.4068;MQ=35.86;MQ0=0;QD=14.18;SB=3.00;sumGLbyD=11.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:268,196:429:99:5288,0,8012 17058-ref 1187 . T C 7809.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=559;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.1853;MQ=36.29;MQ0=0;QD=13.97;SB=-0.01;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:311,239:483:99:6274,0,8278 17058-ref 1238 . T C 6980.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=462;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.4695;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.11;SB=-0.01;sumGLbyD=12.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:255,202:426:99:5663,0,7805 17058-ref 1328 . A C 9772.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=284;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8369;MQ=36.32;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,283:261:99:9771,785,0 17058-ref 1329 . G A 5179.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.8369;MQ=36.31;MQ0=0;QD=18.30;SB=-0.01;sumGLbyD=15.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,147:264:99:4361,0,3888 17058-ref 1544 . C T 6059.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=305;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2660;MQ=35.24;MQ0=0;QD=19.87;SB=-0.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,173:297:99:5164,0,3907 17058-ref 1558 . T G 5338.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=284;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3917;MQ=34.85;MQ0=0;QD=18.80;SB=-0.01;sumGLbyD=15.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,154:275:99:4474,0,3960 17058-ref 1571 . A T 2552.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3264;MQ=33.74;MQ0=0;QD=13.87;SB=-0.01;sumGLbyD=14.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,97:180:99:2582,0,2639 17058-ref 1582 . G T 1040.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=32.50;MQ0=0;QD=9.73;SB=-0.01;sumGLbyD=10.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:106:99:1071,0,1894 17058-ref 1609 . T A 238.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.60;MQ0=0;QD=7.69;SB=-0.01;sumGLbyD=8.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:28:99:268,0,568 17060-ref 83 . G C 1796.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ=36.74;MQ0=0;QD=23.33;SB=3.00;sumGLbyD=23.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,60:72:99:1826,0,437 17060-ref 120 . G A 717 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4675;MQ=36.35;MQ0=0;QD=23.13;SB=-0.01;sumGLbyD=24.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,22:31:99:747,0,265 17060-ref 158 . A G 219.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.49;SB=-0.01;sumGLbyD=31.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.24:250,0,15 17060-ref 176 . G C 33.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.15;SB=-0.01;sumGLbyD=21.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:65,6,0 17068-ref 34 . T G 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.07;SB=7.77;sumGLbyD=12.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:29.56:50,0,30 17068-ref 115 . G A 35.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=34.93;MQ0=0;QD=7.14;SB=-0.01;sumGLbyD=13.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:3:20.60:66,0,21 17152-ref 5 . A T 27.04 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:58,6,0 17152-ref 41 . A C 1322.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.7502;MQ=36.81;MQ0=0;QD=12.25;SB=-25.65;sumGLbyD=12.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:105:99:1353,0,2078 17152-ref 68 . A G 3967.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.89;MQ0=0;QD=22.54;SB=-73.31;sumGLbyD=19.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,108:171:99:3452,0,1940 17152-ref 133 . C T 6993.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5822;MQ=36.95;MQ0=0;QD=32.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,210:190:99:6953,569,0 17152-ref 221 . A G 7494.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=408;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.0201;MQ=36.65;MQ0=0;QD=18.37;SB=-23.62;sumGLbyD=15.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,203:398:99:6295,0,6248 17152-ref 279 . G T 1461.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=208;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.9090;MQ=35.32;MQ0=0;QD=7.02;SB=-84.23;sumGLbyD=7.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,65:191:99:1491,0,4069 17152-ref 288 . G A 853.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=185;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.1930;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.61;SB=-130.09;sumGLbyD=4.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,47:164:99:883,0,3776 17152-ref 289 . A G 742.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.8301;MQ=35.08;MQ0=0;QD=4.19;SB=-130.09;sumGLbyD=4.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,42:150:99:772,0,3487 17152-ref 393 . A T 5012.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=331;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.8512;MQ=35.67;MQ0=0;QD=15.14;SB=-26.62;sumGLbyD=12.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,156:269:99:4164,0,3726 17152-ref 413 . T G 6795.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=481;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.5200;MQ=35.66;MQ0=0;QD=14.13;SB=-168.66;sumGLbyD=11.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:270,211:423:99:5521,0,7440 17152-ref 416 . C T 6468.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=478;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.0558;MQ=35.82;MQ0=0;QD=13.53;SB=-106.47;sumGLbyD=10.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,202:421:99:5199,0,7471 17152-ref 461 . A G 7816.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=542;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.2454;MQ=36.46;MQ0=0;QD=14.42;SB=-75.92;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:312,226:505:99:6294,0,9174 17152-ref 772 . 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G A 503.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=15.8809;MQ=36.29;MQ0=0;QD=8.54;SB=-26.62;sumGLbyD=9.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:56:99:534,0,1306 17216-ref 42 . G A 410.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.4110;MQ=36.05;MQ0=0;QD=2.24;SB=-0.01;sumGLbyD=2.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,33:157:99:440,0,4226 17216-ref 65 . T A 466.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=274;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9728;MQ=35.76;MQ0=0;QD=1.70;SB=-0.01;sumGLbyD=1.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:226,45:224:99:496,0,6065 17216-ref 78 . T C 750.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=277;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1100;MQ=35.82;MQ0=0;QD=2.71;SB=-0.01;sumGLbyD=2.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,47:243:99:780,0,6510 17216-ref 98 . G C 1374.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=314;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.3657;MQ=35.86;MQ0=0;QD=4.38;SB=-71.10;sumGLbyD=4.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:234,77:275:99:1404,0,7055 17216-ref 129 . C T 2877.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7528;MQ=36.70;MQ0=0;QD=12.04;SB=3.00;sumGLbyD=12.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,99:219:99:2907,0,3973 17216-ref 165 . C G 2107.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.3816;MQ=36.52;MQ0=0;QD=8.36;SB=-11.58;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,81:232:99:2137,0,5228 17216-ref 199 . G A 2398.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7319;MQ=35.62;MQ0=0;QD=18.04;SB=-144.27;sumGLbyD=18.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,77:131:99:2429,0,1652 17216-ref 211 . T C 2317.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9445;MQ=35.92;MQ0=0;QD=35.11;SB=-0.01;sumGLbyD=35.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2351,193,0 17216-ref 230 . A G 52.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9993;MQ=36.07;MQ0=0;QD=2.40;SB=-0.01;sumGLbyD=3.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:22:82.76:83,0,607 17216-ref 234 . C A 43.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.22;MQ0=0;QD=3.35;SB=-0.01;sumGLbyD=5.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:12:73.53:74,0,304 17216-ref 253 . A G 64.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.69;MQ0=0;QD=1.62;SB=3.00;sumGLbyD=2.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:34:94.78:95,0,941 17216-ref 267 . A G 2656.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.9209;MQ=35.62;MQ0=0;QD=29.51;SB=-69.63;sumGLbyD=29.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:79:99:2689,208,0 17216-ref 301 . T C 135.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.5713;MQ=36.45;MQ0=0;QD=0.99;SB=9.02;sumGLbyD=1.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,16:132:99:165,0,3894 17216-ref 312 . G T 2170.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.1459;MQ=36.74;MQ0=0;QD=14.19;SB=6.01;sumGLbyD=14.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,75:146:99:2200,0,2253 17216-ref 386 . T C 2150.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3578;MQ=35.93;MQ0=0;QD=32.10;SB=-126.63;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:64:99:2183,134,0 17216-ref 396 . A T 394.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4248;MQ=35.18;MQ0=0;QD=11.61;SB=-24.97;sumGLbyD=12.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:29:99:425,0,379 17216-ref 426 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0 17291-ref 24 . T C 608.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.89;SB=-0.01;sumGLbyD=17.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:32:99:638,0,405 17291-ref 54 . C G 1818.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4685;MQ=36.52;MQ0=0;QD=31.91;SB=-0.01;sumGLbyD=32.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:53:99:1852,122,0 17291-ref 124 . C T 11662.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=590;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.9271;MQ=36.84;MQ0=0;QD=19.77;SB=3.00;sumGLbyD=16.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:274,315:563:99:9966,0,8249 17291-ref 250 . T C 16257.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=922;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.6885;MQ=35.99;MQ0=0;QD=17.63;SB=-0.01;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:453,462:850:99:13696,0,12906 17291-ref 251 . G A 16534.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=929;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.6883;MQ=35.99;MQ0=0;QD=17.80;SB=-0.01;sumGLbyD=15.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:460,467:857:99:13952,0,12935 17291-ref 291 . G T 14541.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.9702;MQ=36.17;MQ0=0;QD=14.54;SB=-0.01;sumGLbyD=11.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:580,415:950:99:11517,0,17989 17291-ref 313 . A G 36469.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.1645;MQ=36.33;MQ0=0;QD=36.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,998:973:99:36425,2888,0 17291-ref 482 . C G 27.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.2776;MQ=36.50;MQ0=0;QD=0.13;SB=3.00;sumGLbyD=0.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,17:191:57:57,0,5497 17291-ref 485 . A G 27.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.7232;MQ=36.46;MQ0=0;QD=0.18;SB=6.01;sumGLbyD=0.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,13:141:57.34:57,0,4011 17317-ref 36 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 17317-ref 71 . G C 216.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.03;SB=-0.01;sumGLbyD=27.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:51.49:246,0,51 17317-ref 189 . G A 1786.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.76;MQ0=0;QD=27.07;SB=-0.01;sumGLbyD=27.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,60:63:46.14:1817,0,46 17317-ref 201 . A G 1725.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7653;MQ=35.68;MQ0=0;QD=27.83;SB=-0.01;sumGLbyD=28.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,57:59:13.36:1756,0,13 17317-ref 251 . T A 1000.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.71;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=29.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,31:33:11.31:1030,0,11 17317-ref 512 . G C 1617.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7523;MQ=36.72;MQ0=0;QD=22.47;SB=-0.01;sumGLbyD=22.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,60:62:99:1648,0,273 17335-ref 69 . C T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 17335-ref 71 . A C 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 17335-ref 168 . G T 190.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4024;MQ=36.32;MQ0=0;QD=12.73;SB=-26.62;sumGLbyD=14.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:14:99:221,0,212 17335-ref 235 . A G 1611.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5190;MQ=36.66;MQ0=0;QD=10.74;SB=-0.01;sumGLbyD=10.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,55:141:99:1641,0,2761 17335-ref 237 . G A 1511.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.9871;MQ=36.67;MQ0=0;QD=9.88;SB=-0.01;sumGLbyD=10.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,56:140:99:1542,0,2802 17335-ref 436 . C G 5228.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.8253;MQ=36.83;MQ0=0;QD=22.06;SB=-22.64;sumGLbyD=19.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,154:193:99:4647,0,1343 17335-ref 457 . A G 7870.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=335;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.5847;MQ=36.79;MQ0=0;QD=23.50;SB=-0.01;sumGLbyD=20.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,231:279:99:7030,0,1490 17335-ref 526 . 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T A 7756.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=529;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.9903;MQ=36.83;MQ0=0;QD=14.66;SB=-0.01;sumGLbyD=11.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:323,201:515:99:6030,0,10196 17335-ref 934 . T A 6853.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=614;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.5271;MQ=36.78;MQ0=0;QD=11.16;SB=3.00;sumGLbyD=8.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:419,192:560:99:5128,0,11819 17335-ref 952 . G A 10320.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=818;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=62.2135;MQ=36.69;MQ0=0;QD=12.62;SB=-76.00;sumGLbyD=9.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:534,281:783:99:7960,0,16445 17335-ref 1128 . C T 6184.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=264;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3338;MQ=36.85;MQ0=0;QD=23.42;SB=-0.01;sumGLbyD=20.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,186:234:99:5479,0,1957 17335-ref 1333 . T C 7351.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.1750;MQ=36.04;MQ0=0;QD=34.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,213:199:99:7351,599,0 17335-ref 1341 . 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G A 978.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=32.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.20:1011,87,0 17442-ref 252 . C T 1087.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.61;MQ0=0;QD=20.91;SB=-0.01;sumGLbyD=21.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:47:99:1117,0,293 17442-ref 262 . A T 1245.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=36.71;MQ0=0;QD=35.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1278,105,0 17442-ref 319 . A G 1056.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2052;MQ=36.60;MQ0=0;QD=21.13;SB=3.00;sumGLbyD=21.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,35:46:99:1087,0,365 17442-ref 379 . A G 355.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9302;MQ=36.78;MQ0=0;QD=7.73;SB=-0.01;sumGLbyD=8.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:42:99:385,0,863 17442-ref 416 . T C 568.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.23;SB=-0.01;sumGLbyD=18.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:30:99:598,0,308 17442-ref 458 . G T 1154.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.56;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:58:99:1184,0,717 17442-ref 478 . G A 595.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.2947;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.60;SB=-0.01;sumGLbyD=10.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:52:99:625,0,995 17442-ref 641 . G A 1254.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2180;MQ=36.68;MQ0=0;QD=13.06;SB=-0.01;sumGLbyD=13.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:88:99:1284,0,1440 17442-ref 643 . G A 1316.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3356;MQ=36.67;MQ0=0;QD=14.16;SB=-0.01;sumGLbyD=14.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:83:99:1347,0,1221 17442-ref 688 . C T 2006.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9112;MQ=36.42;MQ0=0;QD=28.66;SB=-0.01;sumGLbyD=29.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,61:68:99:2036,0,118 17442-ref 766 . C A 346.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.74;SB=-105.63;sumGLbyD=26.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:13:31.95:376,0,32 17659-ref 58 . C T 13398.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=711;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.0235;MQ=36.64;MQ0=0;QD=18.84;SB=-15.68;sumGLbyD=16.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:326,384:653:99:11397,0,8707 17659-ref 150 . T C 9611.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=672;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.7671;MQ=36.72;MQ0=0;QD=14.30;SB=-169.37;sumGLbyD=11.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:396,274:618:99:7729,0,11850 17659-ref 192 . G C 8869.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=566;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.0950;MQ=36.77;MQ0=0;QD=15.67;SB=3.00;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:309,256:509:99:7336,0,8689 17688-ref 104 . T C 2162.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=16.3394;MQ=36.75;MQ0=0;QD=10.92;SB=12.02;sumGLbyD=11.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,84:180:99:2192,0,3181 17688-ref 245 . G A 562.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8884;MQ=34.13;MQ0=0;QD=24.48;SB=19.89;sumGLbyD=25.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:21:0.11:591,0,0 17688-ref 248 . T G 278.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=30.70;MQ0=0;QD=25.28;SB=23.58;sumGLbyD=28.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:8.38:310,8,0 17688-ref 249 . A G 73.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.24;MQ0=0;QD=12.28;SB=12.29;sumGLbyD=17.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:5:9.67:103,0,10 17688-ref 250 . T A 100.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.24;MQ0=0;QD=16.76;SB=14.83;sumGLbyD=21.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:6.66:130,0,7 17698-ref 99 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 17698-ref 601 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 17698-ref 1098 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=28.48;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.02:89,9,0 17698-ref 1110 . C T 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0 17733-ref 8 . A G 11.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4660;MQ=35.44;MQ0=0;QD=0.36;SB=2.97;sumGLbyD=1.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,4:26:41.45:41,0,570 17733-ref 9 . C T 51.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.4660;MQ=35.58;MQ0=0;QD=1.43;SB=3.00;sumGLbyD=2.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:29:81.63:82,0,791 17733-ref 93 . C T 62.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.8599;MQ=36.68;MQ0=0;QD=0.38;SB=-0.01;sumGLbyD=0.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,15:154:92.68:93,0,4656 17733-ref 94 . A G 5200.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.8631;MQ=36.68;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=28.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,143:155:99:4603,0,150 17733-ref 202 . A G 450.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.37;MQ0=0;QD=28.16;SB=-0.01;sumGLbyD=30.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,14:16:23.41:480,0,23 17733-ref 205 . A C 62.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=32.44;MQ0=0;QD=12.40;SB=-0.01;sumGLbyD=18.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:15.64:92,0,16 17785-ref 86 . C T 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=33.48;MQ0=0;QD=2.88;SB=-17.60;sumGLbyD=7.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:4:47.21:47,0,68 17785-ref 420 . A G 138.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7122;MQ=28.03;MQ0=0;QD=7.31;SB=-0.01;sumGLbyD=8.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:18:99:169,0,252 17785-ref 422 . C T 191.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7122;MQ=28.03;MQ0=0;QD=10.06;SB=-0.01;sumGLbyD=11.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:221,0,219 17785-ref 678 . T C 622.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.3722;MQ=28.96;MQ0=0;QD=10.92;SB=3.00;sumGLbyD=11.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:47:99:652,0,505 17785-ref 682 . T A 365.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.3860;MQ=29.11;MQ0=0;QD=6.30;SB=-22.69;sumGLbyD=6.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:52:99:395,0,879 17785-ref 688 . 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T C 1780.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1619;MQ=23.12;MQ0=0;QD=26.19;SB=-0.01;sumGLbyD=26.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1814,176,0 17861-ref 84 . T C 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0 17867-ref 362 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 17867-ref 472 . A C 1105.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.92;MQ0=0;QD=31.57;SB=-54.31;sumGLbyD=32.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1138,105,0 17867-ref 483 . T G 1057.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.30;MQ0=0;QD=32.04;SB=-29.63;sumGLbyD=33.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1090,99,0 17867-ref 517 . G A 428.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=23.83;SB=39.03;sumGLbyD=25.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:14.77:462,15,0 17867-ref 528 . T G 226.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.32;MQ0=0;QD=20.60;SB=29.62;sumGLbyD=23.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.96:256,0,7 17867-ref 880 . A G 40.99 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0 17867-ref 965 . G A 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,58 17867-ref 979 . T C 89.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=22.35;SB=-0.01;sumGLbyD=30.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:122,12,0 17867-ref 980 . G A 57.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=14.32;SB=-0.01;sumGLbyD=21.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:17.60:87,0,18 17898-ref 199 . A G 233.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9667;MQ=23.62;MQ0=0;QD=11.65;SB=-106.47;sumGLbyD=13.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:17:99:263,0,110 17898-ref 208 . T C 246.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.0753;MQ=28.86;MQ0=0;QD=7.04;SB=12.02;sumGLbyD=7.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:32:99:276,0,489 17898-ref 209 . C T 225.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.03;HRun=1;HaplotypeScore=16.0753;MQ=28.86;MQ0=0;QD=6.45;SB=12.02;sumGLbyD=7.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:33:99:256,0,490 17898-ref 212 . T C 27.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.6017;MQ=30.81;MQ0=0;QD=0.56;SB=12.02;sumGLbyD=1.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,6:46:57.79:58,0,1003 17898-ref 214 . T C 687.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.9619;MQ=32.39;MQ0=0;QD=8.82;SB=-12.65;sumGLbyD=9.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:70:99:718,0,1146 17898-ref 246 . G A 3061.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4085;MQ=36.69;MQ0=0;QD=13.61;SB=-26.62;sumGLbyD=13.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,113:207:99:3092,0,3359 17898-ref 334 . T C 367.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=268;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.3971;MQ=36.39;MQ0=0;QD=1.37;SB=9.01;sumGLbyD=1.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:233,33:262:99:398,0,7768 17898-ref 348 . T C 1430.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=17.3966;MQ=36.71;MQ0=0;QD=10.15;SB=9.02;sumGLbyD=10.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,55:137:99:1461,0,2728 17898-ref 362 . T C 247.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=27.52;SB=23.03;sumGLbyD=30.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:2.54:277,0,3 17905-ref 68 . T C 492.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1627;MQ=36.72;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=14.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:34:99:522,0,531 17905-ref 276 . T C 320.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.52;SB=-0.01;sumGLbyD=6.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,13:54:99:350,0,1376 17905-ref 283 . T C 194.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.53;SB=-0.01;sumGLbyD=4.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,10:52:99:224,0,1421 17905-ref 326 . C T 90.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3851;MQ=36.34;MQ0=0;QD=1.96;SB=3.00;sumGLbyD=2.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,8:43:99:120,0,1239 17905-ref 354 . G A 170.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8149;MQ=36.14;MQ0=0;QD=2.90;SB=3.00;sumGLbyD=3.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,10:43:99:201,0,1090 17905-ref 414 . G A 31.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.1355;MQ=36.74;MQ0=0;QD=0.40;SB=-0.01;sumGLbyD=0.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,8:72:61.52:62,0,2262 17905-ref 429 . T C 258.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2152;MQ=36.77;MQ0=0;QD=2.97;SB=3.00;sumGLbyD=3.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,15:84:99:289,0,2335 17905-ref 469 . C A 256.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5447;MQ=36.22;MQ0=0;QD=6.58;SB=-0.01;sumGLbyD=7.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:37:99:287,0,805 17905-ref 470 . T A 48.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.5447;MQ=36.10;MQ0=0;QD=1.43;SB=-0.01;sumGLbyD=2.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:30:78.52:79,0,861 17905-ref 488 . T G 221.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4069;MQ=36.68;MQ0=0;QD=6.92;SB=-0.01;sumGLbyD=7.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:26:99:251,0,569 17905-ref 540 . G T 895.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2164;MQ=34.10;MQ0=0;QD=8.87;SB=-0.01;sumGLbyD=9.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:89:99:925,0,1715 17905-ref 563 . C T 517.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.7504;MQ=33.57;MQ0=0;QD=6.02;SB=3.00;sumGLbyD=6.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,26:81:99:547,0,1804 17905-ref 564 . T C 600.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.2236;MQ=33.81;MQ0=0;QD=6.74;SB=-0.01;sumGLbyD=7.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,28:80:99:630,0,1752 17905-ref 571 . T C 530.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7000;MQ=34.06;MQ0=0;QD=6.47;SB=-0.01;sumGLbyD=6.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,26:75:99:561,0,1617 17905-ref 627 . C T 933.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7271;MQ=36.53;MQ0=0;QD=14.58;SB=-0.01;sumGLbyD=15.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:62:99:963,0,1009 17905-ref 645 . T C 747.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0395;MQ=36.43;MQ0=0;QD=14.10;SB=-0.01;sumGLbyD=14.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:52:99:777,0,830 17905-ref 718 . A G 772.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0005;MQ=36.86;MQ0=0;QD=10.59;SB=3.00;sumGLbyD=11.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:68:99:803,0,1344 17905-ref 876 . C T 522.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.5259;MQ=36.43;MQ0=0;QD=7.36;SB=-0.01;sumGLbyD=7.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,23:65:99:552,0,1490 17905-ref 992 . A G 733.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8136;MQ=36.57;MQ0=0;QD=10.32;SB=-0.01;sumGLbyD=10.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:68:99:763,0,1371 17905-ref 1029 . T G 601.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3916;MQ=36.63;MQ0=0;QD=7.34;SB=-0.01;sumGLbyD=7.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,24:79:99:632,0,1879 17905-ref 1044 . A G 537.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.6055;MQ=36.86;MQ0=0;QD=7.26;SB=-0.01;sumGLbyD=7.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,23:71:99:567,0,1668 17907-ref 45 . G A 2229.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3706;MQ=36.52;MQ0=0;QD=17.55;SB=-53.24;sumGLbyD=17.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,74:116:99:2259,0,1366 17907-ref 53 . A G 6697.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7178;MQ=36.46;MQ0=0;QD=32.36;SB=-59.25;sumGLbyD=32.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,204:178:99:6657,533,0 17907-ref 681 . C T 9035.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=372;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.7827;MQ=36.78;MQ0=0;QD=24.29;SB=-37.00;sumGLbyD=21.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,237:361:99:7884,0,3660 17907-ref 1569 . A G 131.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=350;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=52.5964;MQ=35.97;MQ0=0;QD=0.38;SB=6.01;sumGLbyD=0.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:304,42:312:99:161,0,9256 17907-ref 1572 . A C 504.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=368;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.4382;MQ=35.78;MQ0=0;QD=1.37;SB=6.01;sumGLbyD=1.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:298,68:303:99:535,0,8258 17907-ref 1803 . A T 7705.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=967;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=53.2024;MQ=36.76;MQ0=0;QD=7.97;SB=-110.45;sumGLbyD=5.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:743,219:872:99:5016,0,22132 17907-ref 1879 . C T 154.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=5.6620;MQ=34.38;MQ0=0;QD=5.95;SB=-0.01;sumGLbyD=7.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:25:99:185,0,508 17907-ref 1880 . T C 131.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6620;MQ=34.27;MQ0=0;QD=5.27;SB=-0.01;sumGLbyD=6.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:23:99:162,0,451 17907-ref 1881 . T C 66.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6620;MQ=34.02;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=4.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:21:96.18:96,0,432 17934-ref 24 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 17934-ref 49 . T A 162.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.14;SB=-0.01;sumGLbyD=32.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:196,15,0 17986-ref 29 . A G 36.55 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0 17986-ref 79 . G A 108.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=21.67;SB=-0.01;sumGLbyD=28.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.03:141,12,0 17986-ref 112 . C G 202.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=25.31;SB=-0.01;sumGLbyD=29.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.05:235,21,0 17986-ref 176 . C G 212.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9983;MQ=32.54;MQ0=0;QD=17.73;SB=3.00;sumGLbyD=20.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:82.40:243,0,82 17986-ref 187 . A C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 17986-ref 189 . C G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 17986-ref 200 . C G 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 17986-ref 201 . A G 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 17986-ref 225 . G T 124.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:157,15,0 17986-ref 226 . G C 120.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.02;SB=-0.01;sumGLbyD=30.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:153,15,0 17986-ref 249 . T A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:89,9,0 17986-ref 272 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 17986-ref 321 . C G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=14.33;SB=-0.01;sumGLbyD=19.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:4:12.02:118,12,0 17986-ref 336 . C G 501.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.09;MQ0=0;QD=26.40;SB=-0.01;sumGLbyD=28.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:16:48.10:535,48,0 17986-ref 350 . G A 720.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.04;SB=-0.01;sumGLbyD=31.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.14:754,69,0 17986-ref 380 . A G 712.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.38;SB=-0.01;sumGLbyD=33.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.16:745,66,0 17986-ref 405 . C A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.02:118,12,0 17986-ref 411 . G C 85.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.26;SB=-0.01;sumGLbyD=29.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 17986-ref 434 . T G 356.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.84;MQ0=0;QD=25.49;SB=-0.01;sumGLbyD=27.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:3.52:387,4,0 17986-ref 436 . T C 461.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=30.79;SB=-0.01;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.10:495,45,0 17986-ref 481 . G A 611.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.27;MQ0=0;QD=24.45;SB=-0.01;sumGLbyD=25.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:19:57.13:644,57,0 17986-ref 493 . G T 121.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=24.27;SB=-0.01;sumGLbyD=30.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:154,15,0 17986-ref 681 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 17986-ref 858 . C T 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.37;SB=-0.01;sumGLbyD=25.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:74,6,0 17986-ref 964 . G C 25.70 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.34;MQ0=0;QD=8.57;SB=-0.01;sumGLbyD=18.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.56:56,0,30 17989-ref 179 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 18056-ref 216 . A G 207.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=9.43;SB=3.00;sumGLbyD=10.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:21:99:237,0,370 18056-ref 224 . C G 278.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.28;MQ0=0;QD=12.11;SB=-0.01;sumGLbyD=13.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:22:99:309,0,365 18056-ref 229 . C G 334.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=12.86;SB=-0.01;sumGLbyD=14.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:364,0,416 18056-ref 254 . C T 350.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.01;MQ0=0;QD=13.47;SB=-0.01;sumGLbyD=14.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:25:99:380,0,375 18056-ref 344 . C A 43.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=7.3797;MQ=36.80;MQ0=0;QD=0.86;SB=-0.01;sumGLbyD=1.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,7:44:73.82:74,0,1259 18056-ref 765 . T C 2017.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1949;MQ=36.70;MQ0=0;QD=19.97;SB=-0.01;sumGLbyD=20.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,68:92:99:2047,0,872 18056-ref 990 . T A 2540.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9983;MQ=36.46;MQ0=0;QD=15.12;SB=-0.01;sumGLbyD=15.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,82:165:99:2571,0,2667 18056-ref 1007 . C T 833.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=24.3276;MQ=35.06;MQ0=0;QD=9.81;SB=-0.01;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:75:99:863,0,1390 18056-ref 1165 . A T 58.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9954;MQ=35.98;MQ0=0;QD=5.89;SB=-0.01;sumGLbyD=8.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:8:88.86:89,0,167 18143-ref 27 . A T 251.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.1343;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.95;SB=-0.01;sumGLbyD=20.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:10:49.92:281,0,50 18143-ref 61 . C G 509.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9216;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.14;SB=-0.01;sumGLbyD=23.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,18:20:91.39:539,0,91 18143-ref 102 . T C 11.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.3832;MQ=36.61;MQ0=0;QD=0.44;SB=3.00;sumGLbyD=1.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,4:13:40.99:41,0,298 18143-ref 188 . A C 711.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.47;SB=-0.01;sumGLbyD=29.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,21:25:81.88:742,0,82 18143-ref 323 . C T 963.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.9990;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.21;SB=-0.01;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:44.25:996,44,0 18143-ref 443 . T A 3731.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7029;MQ=36.38;MQ0=0;QD=32.73;SB=-0.01;sumGLbyD=32.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:105:99:3731,316,0 18143-ref 484 . C T 2050.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7086;MQ=36.58;MQ0=0;QD=21.36;SB=-0.01;sumGLbyD=21.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,85:70:39.50:2080,0,39 18143-ref 567 . T G 240.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.72;MQ0=0;QD=15.05;SB=-0.01;sumGLbyD=16.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:14:99:271,0,127 18143-ref 572 . T C 41.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.69;MQ0=0;QD=4.59;SB=-0.01;sumGLbyD=7.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:8:71.31:71,0,158 18143-ref 636 . C T 2383 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.0170;MQ=36.46;MQ0=0;QD=25.62;SB=-0.01;sumGLbyD=25.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,79:84:99:2413,0,202 18143-ref 678 . A C 672.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.89;MQ0=0;QD=24.93;SB=-0.01;sumGLbyD=26.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,24:25:44.82:703,0,45 18143-ref 684 . G A 910.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=25.30;SB=-26.62;sumGLbyD=26.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,31:34:95.55:941,0,96 18143-ref 690 . G C 977.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.54;MQ0=0;QD=25.72;SB=-54.25;sumGLbyD=26.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,32:37:99:1007,0,117 18143-ref 745 . C T 188.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6577;MQ=35.06;MQ0=0;QD=11.77;SB=-0.01;sumGLbyD=13.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:12:99:218,0,116 18202-ref 532 . A C 263.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.63;MQ0=0;QD=17.57;SB=-96.78;sumGLbyD=19.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:14:99:293,0,124 18202-ref 533 . A G 49.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.72;MQ0=0;QD=3.11;SB=12.03;sumGLbyD=4.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:16:79.67:80,0,346 18202-ref 534 . A T 14.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.72;MQ0=0;QD=0.91;SB=12.03;sumGLbyD=2.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:44.43:44,0,418 18202-ref 535 . T A 12.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.4690;MQ=35.87;MQ0=0;QD=0.71;SB=12.00;sumGLbyD=2.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:42.48:42,0,435 18202-ref 972 . A G 674.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.34;SB=-0.01;sumGLbyD=30.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:22:13.11:705,0,13 18220-ref 113 . G A 3865.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.0036;MQ=36.79;MQ0=0;QD=19.92;SB=-0.01;sumGLbyD=17.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,102:188:99:3299,0,2693 18245-ref 143 . C T 623.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:656,51,0 18245-ref 180 . C T 934.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.17;MQ0=0;QD=35.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.21:967,78,0 18245-ref 219 . A G 1600.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=36.37;SB=-73.45;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1633,132,0 18245-ref 238 . T C 1614.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=2.8340;MQ=36.57;MQ0=0;QD=34.34;SB=-79.33;sumGLbyD=35.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:44:99:1647,132,0 18245-ref 293 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=21.94;SB=-0.01;sumGLbyD=23.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:16:41.20:403,0,41 18273-ref 24 . C T 896.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1126;MQ=36.73;MQ0=0;QD=11.80;SB=-0.01;sumGLbyD=12.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:60:99:926,0,924 18273-ref 80 . T C 1565.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6063;MQ=36.49;MQ0=0;QD=13.15;SB=-0.01;sumGLbyD=13.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:105:99:1595,0,1693 18273-ref 114 . A T 878.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.7478;MQ=36.60;MQ0=0;QD=11.56;SB=-37.00;sumGLbyD=11.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:70:99:909,0,1279 18273-ref 399 . G A 2304.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.2087;MQ=36.84;MQ0=0;QD=12.06;SB=-0.01;sumGLbyD=12.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,76:167:99:2334,0,2911 18273-ref 413 . A G 2182.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=17.4708;MQ=36.83;MQ0=0;QD=9.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,91:205:99:2213,0,4238 18273-ref 464 . A C 6091.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=396;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.9942;MQ=36.80;MQ0=0;QD=15.38;SB=6.01;sumGLbyD=12.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:224,171:376:99:4958,0,6812 18296-ref 24 . A G 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0 18296-ref 34 . T C 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0 18296-ref 48 . A T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 18296-ref 68 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 18296-ref 83 . G T 224.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=24.89;SB=-0.01;sumGLbyD=28.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:8:10.28:254,0,10 18296-ref 126 . A T 601.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8765;MQ=36.20;MQ0=0;QD=11.80;SB=-0.01;sumGLbyD=12.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:47:99:632,0,718 18296-ref 140 . T C 1079.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.46;MQ0=0;QD=14.39;SB=-0.01;sumGLbyD=14.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:69:99:1109,0,998 18296-ref 204 . C T 2255.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.5608;MQ=36.16;MQ0=0;QD=20.69;SB=-59.74;sumGLbyD=20.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,90:87:99:2286,0,223 18296-ref 254 . A C 727.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0736;MQ=36.43;MQ0=0;QD=6.86;SB=-84.99;sumGLbyD=7.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,29:102:99:757,0,2448 18296-ref 278 . C G 1374.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3844;MQ=35.43;MQ0=0;QD=16.17;SB=-37.00;sumGLbyD=16.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:79:99:1405,0,976 18296-ref 287 . A G 1060.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4563;MQ=34.49;MQ0=0;QD=12.19;SB=-72.57;sumGLbyD=12.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:78:99:1091,0,1240 18296-ref 297 . T A 730.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.5233;MQ=34.16;MQ0=0;QD=7.94;SB=3.00;sumGLbyD=8.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,32:86:99:760,0,1769 18296-ref 312 . 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G A 693.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=281;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1399;MQ=36.53;MQ0=0;QD=2.47;SB=3.00;sumGLbyD=2.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:238,43:273:99:723,0,7744 18296-ref 801 . G C 5600.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=319;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.3260;MQ=36.78;MQ0=0;QD=17.56;SB=-0.01;sumGLbyD=14.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,157:292:99:4720,0,4431 18296-ref 899 . A C 13261.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=777;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.2021;MQ=36.92;MQ0=0;QD=17.07;SB=-23.68;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:412,364:756:99:10984,0,12999 18296-ref 1178 . T G 3058.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2849;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.24;SB=-33.31;sumGLbyD=13.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,106:216:99:3088,0,3549 18296-ref 1534 . G A 6017.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=656;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.7286;MQ=36.80;MQ0=0;QD=9.17;SB=-0.01;sumGLbyD=6.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:480,174:614:99:4167,0,15091 18296-ref 1610 . G A 870.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=425;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7946;MQ=36.91;MQ0=0;QD=2.05;SB=6.01;sumGLbyD=2.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:365,60:417:99:900,0,12533 18296-ref 1661 . C T 1198.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.9849;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.85;SB=-0.01;sumGLbyD=3.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:247,62:272:99:1228,0,7286 18296-ref 1855 . T C 7056.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=498;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.2452;MQ=36.90;MQ0=0;QD=14.17;SB=6.01;sumGLbyD=11.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:314,184:486:99:5592,0,9998 18300-ref 142 . T C 483.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.4836;MQ=34.48;MQ0=0;QD=14.66;SB=-0.01;sumGLbyD=15.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:31:99:514,0,341 18300-ref 145 . G T 208.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4842;MQ=34.48;MQ0=0;QD=6.31;SB=-0.01;sumGLbyD=7.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:25:99:238,0,419 18300-ref 146 . A C 34.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9534;MQ=34.73;MQ0=0;QD=1.07;SB=-0.01;sumGLbyD=2.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,4:21:64.37:64,0,454 18300-ref 147 . A G 37.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4293;MQ=35.00;MQ0=0;QD=1.20;SB=-0.01;sumGLbyD=2.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,4:17:67.35:67,0,440 18300-ref 194 . T A 2389.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6359;MQ=36.32;MQ0=0;QD=17.57;SB=-275.95;sumGLbyD=17.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,75:135:99:2419,0,1849 18300-ref 223 . C T 2003.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2542;MQ=36.27;MQ0=0;QD=10.27;SB=-0.01;sumGLbyD=10.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,73:185:99:2033,0,3832 18300-ref 226 . G C 2085.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=196;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2561;MQ=36.33;MQ0=0;QD=10.64;SB=-0.01;sumGLbyD=10.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,74:187:99:2115,0,3787 18300-ref 290 . C G 1176.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8596;MQ=36.23;MQ0=0;QD=11.10;SB=-0.01;sumGLbyD=11.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:103:99:1207,0,1851 18300-ref 312 . C A 218.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.25;SB=-27.12;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:2.55:247,0,3 18300-ref 313 . C G 65.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.67;SB=-28.84;sumGLbyD=32.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:97,9,0 18368-ref 53 . A T 587.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9975;MQ=36.35;MQ0=0;QD=23.49;SB=-37.00;sumGLbyD=24.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,19:23:88.17:617,0,88 18368-ref 86 . C T 1969.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8885;MQ=35.97;MQ0=0;QD=16.55;SB=-37.00;sumGLbyD=16.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,85:100:99:2000,0,810 18368-ref 125 . G A 2977.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.0819;MQ=35.27;MQ0=0;QD=22.73;SB=-0.01;sumGLbyD=22.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,99:126:99:3007,0,650 18368-ref 143 . C T 2804.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8937;MQ=35.03;MQ0=0;QD=26.71;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,88:101:99:2834,0,183 18368-ref 161 . A G 1720.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4675;MQ=34.71;MQ0=0;QD=29.15;SB=-0.01;sumGLbyD=29.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,53:59:50.09:1750,0,50 18368-ref 191 . C A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 18440-ref 2 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 18440-ref 3 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 18440-ref 196 . T A 39.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7868;MQ=36.37;MQ0=0;QD=2.45;SB=-0.01;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:15:69.23:69,0,405 18440-ref 212 . G C 271.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=36.40;MQ0=0;QD=15.97;SB=-0.01;sumGLbyD=17.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:16:99:302,0,200 18440-ref 269 . A T 208.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9729;MQ=36.70;MQ0=0;QD=6.14;SB=-0.01;sumGLbyD=7.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:30:99:239,0,638 18440-ref 337 . A G 3929.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7497;MQ=36.64;MQ0=0;QD=17.46;SB=-0.01;sumGLbyD=14.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,109:215:99:3282,0,3436 18440-ref 431 . T A 2048.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=11.3952;MQ=36.84;MQ0=0;QD=15.76;SB=-27.98;sumGLbyD=15.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,71:120:99:2079,0,1647 18440-ref 514 . A C 1155.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7663;MQ=36.74;MQ0=0;QD=5.93;SB=-144.27;sumGLbyD=6.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,49:173:99:1186,0,4140 18440-ref 530 . T A 920.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=201;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2955;MQ=36.90;MQ0=0;QD=4.58;SB=9.02;sumGLbyD=4.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,44:189:99:951,0,4930 18440-ref 545 . G C 1894.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.0206;MQ=36.57;MQ0=0;QD=8.13;SB=-74.00;sumGLbyD=8.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,69:222:99:1924,0,5137 18440-ref 584 . G A 1828.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1219;MQ=36.42;MQ0=0;QD=11.65;SB=-0.01;sumGLbyD=11.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,68:151:99:1859,0,2706 18440-ref 619 . C T 1335.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9598;MQ=35.09;MQ0=0;QD=10.77;SB=-0.01;sumGLbyD=11.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:110:99:1365,0,1657 18440-ref 646 . C T 2202.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.7138;MQ=33.95;MQ0=0;QD=14.88;SB=-26.62;sumGLbyD=15.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,81:142:99:2233,0,1867 18440-ref 656 . A G 1935.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.7628;MQ=33.95;MQ0=0;QD=13.08;SB=-0.01;sumGLbyD=13.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,75:137:99:1966,0,2030 18440-ref 679 . T C 1488.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.8523;MQ=35.40;MQ0=0;QD=11.03;SB=-0.01;sumGLbyD=11.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,58:123:99:1519,0,2194 18440-ref 724 . T A 15592.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=433;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.7039;MQ=36.41;MQ0=0;QD=36.01;SB=-29.63;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,429:416:99:15561,1249,0 18440-ref 836 . 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A G 2744.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.3153;MQ=34.28;MQ0=0;QD=17.04;SB=-41.89;sumGLbyD=17.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,95:156:99:2774,0,1887 18440-ref 1058 . C A 5194.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=33.78;MQ0=0;QD=34.63;SB=-236.99;sumGLbyD=34.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:146:99:5193,439,0 18440-ref 1067 . C T 5901.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7554;MQ=34.60;MQ0=0;QD=33.92;SB=-173.80;sumGLbyD=33.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,173:164:99:5860,453,0 18440-ref 1137 . T C 2190.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1899;MQ=35.64;MQ0=0;QD=11.65;SB=-26.62;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,83:176:99:2221,0,3141 18440-ref 1153 . C T 2716.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=267;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.5688;MQ=36.01;MQ0=0;QD=10.17;SB=-26.62;sumGLbyD=10.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,107:249:99:2746,0,4909 18440-ref 1191 . 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C T 891.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2397;MQ=36.69;MQ0=0;QD=9.00;SB=-36.31;sumGLbyD=9.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,33:93:99:921,0,2068 18440-ref 1691 . A G 4436.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3104;MQ=36.71;MQ0=0;QD=25.35;SB=-0.01;sumGLbyD=22.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,118:172:99:3881,0,1511 18440-ref 2002 . T C 133.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=36.00;MQ0=0;QD=4.17;SB=-0.01;sumGLbyD=5.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,6:25:99:163,0,627 18440-ref 2015 . G A 1552.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=36.08;MQ0=0;QD=22.83;SB=-0.01;sumGLbyD=23.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,49:65:99:1582,0,513 18440-ref 2042 . C T 966.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5947;MQ=35.44;MQ0=0;QD=6.58;SB=-0.01;sumGLbyD=6.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,45:137:99:997,0,3233 18440-ref 2077 . C T 4354.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3059;MQ=34.71;MQ0=0;QD=32.02;SB=-134.03;sumGLbyD=31.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,134:125:99:4324,346,0 18440-ref 2083 . A G 711.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3287;MQ=34.92;MQ0=0;QD=5.12;SB=-41.21;sumGLbyD=5.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,36:125:99:741,0,2966 18440-ref 2105 . T C 1003.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0851;MQ=34.25;MQ0=0;QD=6.60;SB=-23.62;sumGLbyD=6.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,48:142:99:1033,0,3049 18440-ref 2111 . G A 1056.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5106;MQ=34.30;MQ0=0;QD=7.18;SB=-23.62;sumGLbyD=7.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,48:138:99:1086,0,2998 18440-ref 2187 . G A 1392.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.3271;MQ=36.94;MQ0=0;QD=8.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,67:139:99:1422,0,2743 18444-ref 4 . C T 18.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.66;SB=-0.01;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:48.56:49,0,179 18444-ref 87 . A G 2026.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2318;MQ=36.67;MQ0=0;QD=11.20;SB=-27.42;sumGLbyD=11.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,72:167:99:2057,0,3217 18444-ref 116 . C T 1393.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1074;MQ=36.75;MQ0=0;QD=8.50;SB=-28.35;sumGLbyD=8.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,55:144:99:1423,0,3078 18444-ref 186 . C A 10060.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=282;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4525;MQ=36.82;MQ0=0;QD=35.68;SB=-0.01;sumGLbyD=35.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,280:268:99:10019,766,0 18444-ref 235 . C A 1776.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8889;MQ=35.89;MQ0=0;QD=10.70;SB=-0.01;sumGLbyD=10.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,71:144:99:1806,0,2490 18444-ref 278 . 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G A 781.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8713;MQ=36.70;MQ0=0;QD=5.75;SB=18.05;sumGLbyD=5.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,35:116:99:811,0,2838 18444-ref 501 . C A 3152.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1578;MQ=36.93;MQ0=0;QD=20.60;SB=-33.98;sumGLbyD=20.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,100:145:99:3182,0,1377 18444-ref 521 . T C 1215.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2046;MQ=36.92;MQ0=0;QD=9.96;SB=-0.01;sumGLbyD=10.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,44:118:99:1245,0,2484 18444-ref 547 . G T 705.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2523;MQ=36.88;MQ0=0;QD=8.40;SB=-0.01;sumGLbyD=8.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,27:80:99:736,0,1800 18444-ref 568 . A T 1630.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7269;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.30;SB=-0.01;sumGLbyD=26.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,53:57:99:1660,0,136 18444-ref 605 . 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T G 9766.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=401;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4589;MQ=36.92;MQ0=0;QD=24.35;SB=3.00;sumGLbyD=21.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,265:380:99:8510,0,3592 18492-ref 306 . G A 9325.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=532;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.0375;MQ=36.22;MQ0=0;QD=17.53;SB=-50.23;sumGLbyD=14.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:283,249:503:99:7810,0,8245 18492-ref 312 . T A 9045.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=515;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.7592;MQ=36.31;MQ0=0;QD=17.56;SB=-47.23;sumGLbyD=14.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:264,241:474:99:7566,0,7004 18492-ref 381 . C G 1069.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8327;MQ=35.95;MQ0=0;QD=15.72;SB=-30.30;sumGLbyD=16.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:58:99:1099,0,611 18536-ref 38 . T C 906.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=34.85;SB=-0.01;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.23:939,75,0 18536-ref 250 . A G 1690.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2730;MQ=36.45;MQ0=0;QD=22.85;SB=-250.30;sumGLbyD=23.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,54:69:99:1721,0,363 18536-ref 257 . C A 1645.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.6508;MQ=36.78;MQ0=0;QD=35.76;SB=-270.16;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1678,138,0 18549-ref 277 . A C 96.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.4315;MQ=33.67;MQ0=0;QD=0.61;SB=375.90;sumGLbyD=0.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,16:151:99:127,0,4335 18549-ref 278 . C T 5294.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1654;MQ=33.67;MQ0=0;QD=33.51;SB=-966.02;sumGLbyD=33.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:150:99:5267,448,0 18549-ref 346 . A G 7542.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=358;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.5842;MQ=36.77;MQ0=0;QD=21.07;SB=-58.87;sumGLbyD=18.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,246:303:99:6629,0,2705 18549-ref 425 . A G 5209.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.6991;MQ=36.48;MQ0=0;QD=24.23;SB=-26.62;sumGLbyD=21.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,150:200:99:4580,0,1551 18549-ref 459 . T G 6229.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=263;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=31.1934;MQ=36.42;MQ0=0;QD=23.69;SB=-53.24;sumGLbyD=20.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,176:240:99:5398,0,1894 18549-ref 556 . C T 16666.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=692;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3411;MQ=36.47;MQ0=0;QD=24.08;SB=3.00;sumGLbyD=21.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,475:647:99:14716,0,5222 18549-ref 578 . C T 15273.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=654;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=31.9046;MQ=36.38;MQ0=0;QD=23.35;SB=-23.61;sumGLbyD=20.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,454:603:99:13456,0,4667 18549-ref 610 . A G 13757.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=612;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.9985;MQ=36.47;MQ0=0;QD=22.48;SB=-37.00;sumGLbyD=19.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,409:546:99:12113,0,4939 18549-ref 703 . C T 9076.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=399;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.3899;MQ=36.31;MQ0=0;QD=22.75;SB=-0.01;sumGLbyD=19.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,252:383:99:7922,0,4082 18549-ref 726 . T A 7677.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=381;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6429;MQ=35.46;MQ0=0;QD=20.15;SB=-0.01;sumGLbyD=17.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,238:354:99:6610,0,3857 18549-ref 742 . C T 6027.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=384;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.6844;MQ=35.31;MQ0=0;QD=15.70;SB=-0.01;sumGLbyD=12.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,162:364:99:4819,0,6194 18549-ref 751 . A C 7607.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=415;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.7526;MQ=35.19;MQ0=0;QD=18.33;SB=-17.60;sumGLbyD=15.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,228:391:99:6429,0,5410 18549-ref 768 . A C 7580.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=415;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3426;MQ=35.42;MQ0=0;QD=18.27;SB=-18.48;sumGLbyD=15.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,227:390:99:6405,0,5405 18549-ref 832 . A G 2755.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.7670;MQ=36.25;MQ0=0;QD=20.26;SB=-135.94;sumGLbyD=20.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,86:132:99:2786,0,1306 18549-ref 838 . C T 2373.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7911;MQ=36.28;MQ0=0;QD=21.01;SB=-96.28;sumGLbyD=21.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,74:110:99:2404,0,996 18641-ref 46 . G C 3032.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6033;MQ=36.88;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:80:99:3066,241,0 18641-ref 148 . C G 5355.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6383;MQ=36.39;MQ0=0;QD=35.94;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:140:99:5355,421,0 18641-ref 184 . C G 348.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5459;MQ=35.80;MQ0=0;QD=3.71;SB=-0.01;sumGLbyD=4.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,20:93:99:378,0,2499 18641-ref 186 . C T 344.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0151;MQ=35.88;MQ0=0;QD=3.79;SB=-0.01;sumGLbyD=4.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,19:89:99:375,0,2419 18641-ref 390 . A T 3086.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.7432;MQ=36.74;MQ0=0;QD=13.36;SB=-35.57;sumGLbyD=13.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,113:211:99:3116,0,3138 18641-ref 430 . G T 5158.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5906;MQ=35.90;MQ0=0;QD=33.50;SB=-48.37;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,153:143:99:5158,430,0 18641-ref 458 . C T 1128.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9854;MQ=35.47;MQ0=0;QD=16.85;SB=-26.62;sumGLbyD=17.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:1159,0,870 18641-ref 470 . G T 24.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.15;SB=-0.01;sumGLbyD=13.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:54.57:55,0,68 18643-ref 56 . 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A C 6178.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=428;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.5527;MQ=36.78;MQ0=0;QD=14.44;SB=-53.24;sumGLbyD=11.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:258,170:409:99:4946,0,7772 18666-ref 936 . A G 4777.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4373;MQ=36.85;MQ0=0;QD=17.50;SB=-0.01;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,133:258:99:4000,0,4266 18666-ref 1117 . G A 3178.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.1993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.21;SB=-0.01;sumGLbyD=15.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,104:204:99:3209,0,3360 18666-ref 1351 . T C 5545.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9360;MQ=36.91;MQ0=0;QD=16.41;SB=-0.01;sumGLbyD=13.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,147:330:99:4552,0,6090 18666-ref 1570 . G A 2842.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8281;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.53;SB=-0.01;sumGLbyD=15.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,94:181:99:2872,0,2804 18666-ref 1621 . T G 517.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.6833;MQ=36.72;MQ0=0;QD=4.83;SB=-0.01;sumGLbyD=5.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,30:93:99:547,0,2255 18666-ref 1652 . G C 3055.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5145;MQ=36.85;MQ0=0;QD=23.15;SB=-14.58;sumGLbyD=23.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,93:127:99:3085,0,1007 18666-ref 1706 . C G 88.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1334;MQ=36.51;MQ0=0;QD=1.43;SB=6.01;sumGLbyD=1.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,8:56:99:118,0,1621 18666-ref 1811 . A T 1575.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.7608;MQ=36.88;MQ0=0;QD=18.53;SB=-30.43;sumGLbyD=18.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:83:99:1605,0,1092 18666-ref 1896 . C T 966.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.70;MQ0=0;QD=14.43;SB=-0.01;sumGLbyD=14.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:65:99:997,0,983 18666-ref 1904 . T C 930.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.67;MQ0=0;QD=15.25;SB=-0.01;sumGLbyD=15.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:60:99:960,0,913 18666-ref 1987 . G T 652.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6035;MQ=36.81;MQ0=0;QD=12.55;SB=-0.01;sumGLbyD=13.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:48:99:682,0,859 18680-ref 65 . A G 36.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:62.32:67,0,62 18680-ref 222 . G A 118.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=167;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.0142;MQ=36.09;MQ0=0;QD=0.71;SB=9.01;sumGLbyD=0.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,19:161:99:148,0,4780 18680-ref 269 . T A 694.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=67.5163;MQ=35.25;MQ0=0;QD=6.95;SB=-49.38;sumGLbyD=7.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,31:93:99:725,0,1861 18680-ref 270 . G A 420.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.5209;MQ=35.09;MQ0=0;QD=4.58;SB=24.04;sumGLbyD=4.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,21:85:99:451,0,1981 18680-ref 271 . C A 26.13 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=33.6180;MQ=35.15;MQ0=0;QD=0.34;SB=21.05;sumGLbyD=0.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,9:70:56.12:56,0,1927 18680-ref 279 . C T 488.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9368;MQ=36.10;MQ0=0;QD=7.18;SB=18.03;sumGLbyD=7.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,21:61:99:518,0,1342 18680-ref 281 . A C 504.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.11;MQ0=0;QD=8.85;SB=15.03;sumGLbyD=9.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:54:99:535,0,1169 18680-ref 298 . T G 506.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0903;MQ=36.12;MQ0=0;QD=8.72;SB=-0.01;sumGLbyD=9.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:49:99:536,0,939 18680-ref 345 . G A 1053.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.0456;MQ=35.00;MQ0=0;QD=7.86;SB=-139.73;sumGLbyD=8.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,42:131:99:1084,0,2772 18680-ref 351 . T A 1032.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.0446;MQ=34.72;MQ0=0;QD=8.75;SB=-149.68;sumGLbyD=9.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,42:116:99:1062,0,2205 18680-ref 410 . C T 81.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9377;MQ=29.97;MQ0=0;QD=3.89;SB=3.00;sumGLbyD=5.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:18:99:112,0,329 18680-ref 411 . G A 78.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4685;MQ=29.57;MQ0=0;QD=3.91;SB=3.00;sumGLbyD=5.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:18:99:108,0,336 18680-ref 438 . A G 180.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2843;MQ=36.74;MQ0=0;QD=4.63;SB=-0.01;sumGLbyD=5.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,10:27:99:211,0,634 18680-ref 527 . C G 51.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2517;MQ=35.59;MQ0=0;QD=1.78;SB=-0.01;sumGLbyD=2.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,5:27:81.70:82,0,707 18680-ref 530 . A G 714.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.3354;MQ=35.53;MQ0=0;QD=25.51;SB=-0.01;sumGLbyD=26.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,24:24:1.91:744,3,0 18680-ref 564 . C T 4664.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1757;MQ=36.79;MQ0=0;QD=32.62;SB=-0.01;sumGLbyD=32.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,138:130:99:4664,391,0 18680-ref 614 . A G 2968.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7453;MQ=36.86;MQ0=0;QD=21.20;SB=-0.01;sumGLbyD=21.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,101:130:99:2998,0,1001 18680-ref 718 . A C 206.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.1128;MQ=35.77;MQ0=0;QD=1.16;SB=306.71;sumGLbyD=1.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,30:169:99:237,0,4913 18680-ref 885 . T C 19.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.91:50,0,279 18711-ref 159 . G C 712.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.75;MQ0=0;QD=17.81;SB=-0.01;sumGLbyD=18.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:39:99:742,0,492 18711-ref 216 . G A 473.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.75;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=12.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:36:99:503,0,613 18711-ref 229 . A C 622.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4678;MQ=35.81;MQ0=0;QD=14.49;SB=-21.70;sumGLbyD=15.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:40:99:653,0,542 18711-ref 280 . T A 1271.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0135;MQ=35.35;MQ0=0;QD=12.72;SB=-0.01;sumGLbyD=13.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:93:99:1302,0,1556 18711-ref 286 . T C 1326.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8318;MQ=35.33;MQ0=0;QD=12.63;SB=-0.01;sumGLbyD=12.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:100:99:1357,0,1716 18711-ref 348 . C T 1201.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1776;MQ=36.77;MQ0=0;QD=13.81;SB=-0.01;sumGLbyD=14.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:77:99:1231,0,1092 18711-ref 507 . A G 1542.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.2726;MQ=36.46;MQ0=0;QD=16.59;SB=3.00;sumGLbyD=16.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:92:99:1573,0,1325 18711-ref 572 . T C 1139.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3391;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.24;SB=-0.01;sumGLbyD=14.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:71:99:1170,0,1032 18711-ref 757 . G A 1068.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.2579;MQ=36.87;MQ0=0;QD=13.35;SB=-37.00;sumGLbyD=13.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:76:99:1098,0,1311 18711-ref 803 . T G 1298.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3645;MQ=36.16;MQ0=0;QD=17.79;SB=-0.01;sumGLbyD=18.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:67:99:1328,0,797 18711-ref 820 . C T 1105.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2049;MQ=35.35;MQ0=0;QD=16.75;SB=12.02;sumGLbyD=17.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:60:99:1135,0,644 18711-ref 926 . G A 1254.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3144;MQ=36.63;MQ0=0;QD=15.30;SB=-0.01;sumGLbyD=15.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1285,0,1255 18726-ref 1 . G A 110.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=18.37;SB=-35.68;sumGLbyD=23.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:4:12.03:143,12,0 18726-ref 23 . T C 1105.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=437;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.1160;MQ=34.70;MQ0=0;QD=2.53;SB=923.65;sumGLbyD=2.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:349,87:400:99:1135,0,10478 18726-ref 26 . C G 9692.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=824;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.3603;MQ=35.49;MQ0=0;QD=11.76;SB=1546.72;sumGLbyD=9.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:528,295:735:99:7449,0,13732 18726-ref 38 . C T 19617.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.01;HRun=4;HaplotypeScore=48.9094;MQ=34.92;MQ0=0;QD=19.62;SB=-3482.81;sumGLbyD=16.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:373,616:867:99:16939,0,8718 18726-ref 43 . C T 31737.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=66.3507;MQ=35.54;MQ0=0;QD=31.74;SB=-2079.63;sumGLbyD=31.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,989:868:99:31395,2410,0 18726-ref 177 . A G 18892.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=141.3898;MQ=36.23;MQ0=0;QD=18.89;SB=-0.01;sumGLbyD=15.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:415,565:838:99:15864,0,10237 18726-ref 209 . G C 25959.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.2221;MQ=36.79;MQ0=0;QD=25.96;SB=-95.17;sumGLbyD=23.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:294,702:958:99:23047,0,8087 18797-ref 16 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 18797-ref 117 . G A 1271.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.51;MQ0=0;QD=31.01;SB=-0.01;sumGLbyD=31.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:38:74.30:1304,74,0 18797-ref 136 . C T 2588.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9582;MQ=36.24;MQ0=0;QD=32.35;SB=-0.01;sumGLbyD=32.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:79:75.44:2621,75,0 18797-ref 220 . C G 4292.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7195;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.52;SB=44.03;sumGLbyD=29.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:126:14.53:3905,15,0 18797-ref 254 . C G 740.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8152;MQ=36.81;MQ0=0;QD=3.41;SB=-67.96;sumGLbyD=3.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,42:193:99:770,0,5323 18797-ref 284 . C T 1172.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=201;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.3020;MQ=36.88;MQ0=0;QD=5.83;SB=-132.25;sumGLbyD=5.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,50:185:99:1202,0,4684 18797-ref 297 . A G 806.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3904;MQ=36.88;MQ0=0;QD=4.58;SB=-59.37;sumGLbyD=4.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,39:167:99:837,0,4432 18797-ref 423 . A C 3012.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.6559;MQ=36.51;MQ0=0;QD=29.25;SB=29.62;sumGLbyD=29.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:89:99:3045,180,0 18797-ref 434 . G A 3328.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2170;MQ=36.40;MQ0=0;QD=32.63;SB=-59.25;sumGLbyD=32.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:91:99:3288,271,0 18797-ref 474 . A G 373.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9049;MQ=36.42;MQ0=0;QD=4.25;SB=3.00;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,18:85:99:404,0,2307 18797-ref 515 . C A 251.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=25.13;SB=-0.01;sumGLbyD=28.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:29.16:281,0,29 18849-ref 31 . T A 581.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=1.8716;MQ=26.89;MQ0=0;QD=22.36;SB=-0.01;sumGLbyD=23.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:21:63.08:614,63,0 18849-ref 128 . T A 405.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9723;MQ=33.94;MQ0=0;QD=9.66;SB=-0.01;sumGLbyD=10.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:36:99:436,0,606 18849-ref 152 . C T 865.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=3.2618;MQ=35.10;MQ0=0;QD=10.42;SB=-0.01;sumGLbyD=10.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:78:99:895,0,1455 18849-ref 153 . T G 930.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2618;MQ=35.13;MQ0=0;QD=11.08;SB=-0.01;sumGLbyD=11.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:81:99:961,0,1484 18849-ref 203 . T C 246.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9983;MQ=33.77;MQ0=0;QD=18.98;SB=-0.01;sumGLbyD=21.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:11:46.92:277,0,47 18849-ref 206 . G C 46.46 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9993;MQ=32.41;MQ0=0;QD=6.64;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:7:76.45:76,0,96 18869-ref 450 . C A 8211.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=415;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.1023;MQ=36.85;MQ0=0;QD=19.79;SB=-0.01;sumGLbyD=16.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,243:378:99:7019,0,4777 18869-ref 705 . G A 4065.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3601;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.83;SB=-0.01;sumGLbyD=16.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,110:198:99:3468,0,2722 18869-ref 781 . G A 6092.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2047;MQ=36.84;MQ0=0;QD=24.27;SB=-0.01;sumGLbyD=21.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,163:246:99:5352,0,2389 18869-ref 992 . A T 4485.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5767;MQ=36.90;MQ0=0;QD=23.36;SB=-74.00;sumGLbyD=20.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,124:178:99:3876,0,1629 18869-ref 1063 . G A 905.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=20.0215;MQ=36.63;MQ0=0;QD=4.06;SB=27.04;sumGLbyD=4.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,44:210:99:936,0,5404 18869-ref 1265 . G A 3690.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8461;MQ=35.40;MQ0=0;QD=33.86;SB=-29.63;sumGLbyD=33.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:104:99:3660,310,0 18869-ref 1269 . A G 4208.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8580;MQ=35.50;MQ0=0;QD=34.21;SB=-29.63;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:115:99:4208,346,0 18869-ref 1301 . C T 5775.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=314;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.8912;MQ=36.39;MQ0=0;QD=18.39;SB=3.00;sumGLbyD=15.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,163:299:99:4875,0,4554 18869-ref 1351 . T C 1664.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1536;MQ=35.64;MQ0=0;QD=11.02;SB=-20.60;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,67:124:99:1695,0,2148 18869-ref 1362 . C T 3562.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3578;MQ=34.61;MQ0=0;QD=28.28;SB=-171.07;sumGLbyD=27.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:99:99:3493,265,0 18869-ref 1373 . A T 1394.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3750;MQ=34.21;MQ0=0;QD=13.28;SB=6.00;sumGLbyD=13.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:91:99:1424,0,1221 18869-ref 1395 . T C 1240.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4074;MQ=34.97;MQ0=0;QD=10.51;SB=-0.01;sumGLbyD=10.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,59:102:99:1270,0,1678 18869-ref 1411 . G C 2540.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.4986;MQ=35.35;MQ0=0;QD=13.16;SB=3.00;sumGLbyD=13.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,92:176:99:2571,0,2875 18869-ref 1415 . T G 2616.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9592;MQ=35.65;MQ0=0;QD=15.04;SB=3.00;sumGLbyD=15.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,90:169:99:2646,0,2525 18869-ref 1457 . A T 2819.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2236;MQ=36.67;MQ0=0;QD=18.43;SB=-0.01;sumGLbyD=18.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,90:147:99:2850,0,1768 18869-ref 1475 . G A 1212.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3551;MQ=36.24;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=13.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:89:99:1242,0,1452 18869-ref 1489 . C G 1188.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.12;MQ0=0;QD=17.23;SB=-0.01;sumGLbyD=17.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:67:99:1219,0,832 18869-ref 1536 . A G 2089.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4637;MQ=35.41;MQ0=0;QD=24.87;SB=-26.62;sumGLbyD=25.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,72:78:99:2119,0,228 18869-ref 1544 . G T 3039.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8824;MQ=35.57;MQ0=0;QD=32.68;SB=-29.63;sumGLbyD=33.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:85:99:3073,256,0 18869-ref 1608 . C A 5152.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.4707;MQ=36.64;MQ0=0;QD=20.45;SB=-26.62;sumGLbyD=17.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,143:242:99:4423,0,3018 18869-ref 1623 . T C 3004.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.4063;MQ=36.60;MQ0=0;QD=13.35;SB=3.00;sumGLbyD=13.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,101:214:99:3035,0,3656 18869-ref 1629 . A G 3089.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.5318;MQ=36.51;MQ0=0;QD=14.93;SB=-24.67;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,109:197:99:3120,0,2971 18869-ref 1712 . C T 804.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.6639;MQ=36.82;MQ0=0;QD=14.36;SB=-37.00;sumGLbyD=14.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:834,0,945 18922-ref 1 . T C 16.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=36.12;MQ0=0;QD=1.24;SB=-0.01;sumGLbyD=3.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:7:45.94:46,0,145 18922-ref 73 . T C 9805.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=761;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.2076;MQ=36.91;MQ0=0;QD=12.88;SB=-81.21;sumGLbyD=9.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:502,259:750:99:7546,0,16638 18922-ref 145 . C T 664.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.68;MQ0=0;QD=10.55;SB=-0.01;sumGLbyD=11.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:61:99:695,0,1297 18922-ref 196 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 18956-ref 149 . T C 2428.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.0127;MQ=36.44;MQ0=0;QD=20.58;SB=-421.03;sumGLbyD=20.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,79:112:99:2459,0,1055 19035-ref 32 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 19035-ref 48 . G T 12.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.27;SB=-2.41;sumGLbyD=4.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:42.41:42,0,272 19035-ref 84 . T A 97.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9748;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.91;SB=-0.01;sumGLbyD=2.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,8:50:99:127,0,1516 19035-ref 139 . A T 300.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1448;MQ=36.25;MQ0=0;QD=11.12;SB=-23.62;sumGLbyD=12.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:14:67.55:330,0,68 19035-ref 173 . G T 584.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8677;MQ=36.38;MQ0=0;QD=9.00;SB=-0.01;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:51:99:615,0,929 19035-ref 206 . A G 210.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8045;MQ=36.84;MQ0=0;QD=3.40;SB=3.00;sumGLbyD=3.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,12:59:99:241,0,1634 19035-ref 245 . C A 53.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.83;SB=-0.01;sumGLbyD=7.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:9:83.07:83,0,173 19035-ref 253 . G C 17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.4072;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.00;SB=-0.01;sumGLbyD=2.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:11:46.91:47,0,297 19035-ref 292 . A G 876.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3908;MQ=36.77;MQ0=0;QD=19.92;SB=-0.01;sumGLbyD=20.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:38:99:907,0,294 19035-ref 318 . A G 146.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.75;MQ0=0;QD=3.66;SB=-0.01;sumGLbyD=4.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,8:36:99:176,0,957 19035-ref 362 . C A 431.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.75;SB=-0.01;sumGLbyD=30.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39.09:464,39,0 19035-ref 552 . G T 627.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:660,51,0 19035-ref 647 . T G 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-79.31;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0 19035-ref 685 . A C 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-28.38;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 19035-ref 751 . C G 82.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=9.13;SB=-0.01;sumGLbyD=12.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:112,0,168 19035-ref 779 . C T 328.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=32.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:361,30,0 19035-ref 781 . G A 82.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=9.13;SB=-0.01;sumGLbyD=12.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:112,0,163 19056-ref 103 . G T 24.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.6587;MQ=36.59;MQ0=0;QD=0.50;SB=-0.01;sumGLbyD=1.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,5:45:54.27:54,0,1341 19056-ref 141 . C T 941.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.8846;MQ=36.85;MQ0=0;QD=14.27;SB=-0.01;sumGLbyD=14.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:61:99:971,0,968 19056-ref 221 . T C 1142.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4017;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.31;SB=-29.50;sumGLbyD=17.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:63:99:1172,0,849 19056-ref 273 . G A 441.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6898;MQ=34.57;MQ0=0;QD=4.09;SB=-0.01;sumGLbyD=4.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,28:101:99:472,0,2520 19056-ref 282 . A C 315.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1573;MQ=34.72;MQ0=0;QD=2.74;SB=-0.01;sumGLbyD=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,23:111:99:345,0,2996 19056-ref 287 . C T 314.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8382;MQ=34.76;MQ0=0;QD=2.69;SB=-0.01;sumGLbyD=2.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,23:112:99:344,0,3069 19056-ref 296 . T C 434.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7805;MQ=35.01;MQ0=0;QD=3.59;SB=-0.01;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,27:113:99:464,0,2954 19056-ref 374 . A G 2002.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0678;MQ=36.94;MQ0=0;QD=11.51;SB=-0.01;sumGLbyD=11.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,72:158:99:2032,0,2921 19056-ref 464 . C T 1396 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4491;MQ=36.61;MQ0=0;QD=13.30;SB=-0.01;sumGLbyD=13.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:94:99:1426,0,1495 19056-ref 465 . C G 1375.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4491;MQ=36.62;MQ0=0;QD=12.86;SB=-0.01;sumGLbyD=13.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:97:99:1406,0,1552 19056-ref 598 . G A 944.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0931;MQ=36.88;MQ0=0;QD=11.37;SB=-0.01;sumGLbyD=11.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:75:99:974,0,1413 19056-ref 665 . G C 1383.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5678;MQ=36.56;MQ0=0;QD=10.10;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,50:135:99:1413,0,2889 19056-ref 671 . G T 1193.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9198;MQ=36.49;MQ0=0;QD=10.03;SB=-0.01;sumGLbyD=10.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,43:116:99:1223,0,2476 19056-ref 689 . T G 137.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9988;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.59;SB=-0.01;sumGLbyD=5.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:30:99:168,0,616 19067-ref 434 . A G 18.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9610;MQ=35.72;MQ0=0;QD=2.33;SB=-0.01;sumGLbyD=6.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:7:48.57:49,0,169 19067-ref 438 . T G 15.70 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8994;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.57;SB=-0.01;sumGLbyD=4.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:8:45.57:46,0,183 19067-ref 441 . T C 21.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8994;MQ=35.98;MQ0=0;QD=2.16;SB=-0.01;sumGLbyD=5.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:7:51.58:52,0,124 19067-ref 717 . G C 34.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.71;SB=-0.01;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:64.27:64,0,104 19067-ref 718 . G C 30.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.36;SB=3.00;sumGLbyD=8.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:60.52:61,0,136 19067-ref 781 . G A 40.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.44;SB=-0.01;sumGLbyD=23.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:25.32:70,0,25 19071-ref 166 . A T 6911.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=525;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.7847;MQ=35.65;MQ0=0;QD=13.17;SB=-26.62;sumGLbyD=10.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:320,204:505:99:5390,0,10089 19071-ref 174 . G A 10412.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=671;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=16.9966;MQ=35.73;MQ0=0;QD=15.52;SB=-53.24;sumGLbyD=12.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:367,303:638:99:8489,0,10976 19071-ref 192 . A G 12421.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=727;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.0948;MQ=36.02;MQ0=0;QD=17.09;SB=-26.62;sumGLbyD=14.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:373,352:690:99:10341,0,10867 19071-ref 312 . A T 16439.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=978;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.6532;MQ=36.84;MQ0=0;QD=16.81;SB=-138.33;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:502,474:890:99:13729,0,14402 19071-ref 588 . A G 7449.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=465;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.3650;MQ=36.69;MQ0=0;QD=16.02;SB=-0.01;sumGLbyD=13.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:257,207:447:99:6102,0,7643 19071-ref 629 . G T 5203.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=420;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.3614;MQ=36.66;MQ0=0;QD=12.39;SB=-0.01;sumGLbyD=9.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,143:403:99:3989,0,8562 19071-ref 662 . A G 4707.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=403;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.5289;MQ=36.60;MQ0=0;QD=11.68;SB=-0.01;sumGLbyD=8.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:275,127:385:99:3548,0,8813 19071-ref 678 . G A 261.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.2111;MQ=36.08;MQ0=0;QD=2.14;SB=-0.01;sumGLbyD=2.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,25:98:99:291,0,2616 19071-ref 746 . A G 83.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=26.7027;MQ=33.65;MQ0=0;QD=3.79;SB=-0.01;sumGLbyD=5.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:21:99:113,0,403 19071-ref 747 . G A 26.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.7072;MQ=33.22;MQ0=0;QD=1.91;SB=-0.01;sumGLbyD=4.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:11:56.75:57,0,257 19071-ref 748 . T A 60.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9711;MQ=30.91;MQ0=0;QD=6.69;SB=-0.01;sumGLbyD=10.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:8:53.90:90,0,54 19071-ref 749 . C G 109.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9711;MQ=30.91;MQ0=0;QD=12.15;SB=-0.01;sumGLbyD=15.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:8:12.03:142,12,0 19071-ref 750 . C A 64.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9850;MQ=31.58;MQ0=0;QD=10.70;SB=-0.01;sumGLbyD=16.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:5:9.02:96,9,0 19071-ref 751 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9764;MQ=29.55;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.01:59,6,0 19097-ref 37 . A G 797.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2922;MQ=34.91;MQ0=0;QD=22.16;SB=-26.62;sumGLbyD=23.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,31:30:32.80:828,0,33 19097-ref 97 . A T 100.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=16.69;SB=-0.01;sumGLbyD=21.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:16.32:130,0,16 19097-ref 99 . C G 100.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=16.68;SB=-0.01;sumGLbyD=21.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.97:130,0,22 19097-ref 100 . A G 100.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=16.68;SB=-0.01;sumGLbyD=21.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:20.54:130,0,21 19097-ref 163 . A C 122.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=15.34;SB=-0.01;sumGLbyD=19.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:6:21.96:153,0,22 19097-ref 164 . A G 102.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=12.82;SB=-0.01;sumGLbyD=16.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:6:21.98:133,0,22 19097-ref 229 . C T 441.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=33.97;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.12:475,36,0 19097-ref 253 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 19097-ref 255 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 19113-ref 12 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 19113-ref 66 . C T 658.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:34.48:692,34,0 19113-ref 235 . A T 640.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:18:54.17:674,54,0 19113-ref 318 . T C 1011.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.12;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.23:1044,84,0 19113-ref 385 . T C 623.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.69;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.14:657,54,0 19113-ref 412 . G T 126.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=25.35;SB=-0.01;sumGLbyD=31.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:159,15,0 19113-ref 437 . A T 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0 19127-ref 11 . C A 66.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.54;SB=-34.79;sumGLbyD=13.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:96.74:97,0,138 19127-ref 48 . C A 2135.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9380;MQ=36.25;MQ0=0;QD=12.87;SB=-37.00;sumGLbyD=13.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,71:158:99:2166,0,2887 19127-ref 72 . T G 114.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5980;MQ=35.51;MQ0=0;QD=1.66;SB=-0.01;sumGLbyD=2.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:44:99:145,0,1056 19127-ref 129 . A C 5065.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=352;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5846;MQ=36.89;MQ0=0;QD=14.39;SB=-37.00;sumGLbyD=11.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,131:341:99:4038,0,6922 19127-ref 163 . C T 16920.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=754;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=23.3537;MQ=36.93;MQ0=0;QD=22.44;SB=-34.00;sumGLbyD=19.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,472:722:99:14709,0,7908 19417-ref 38 . C G 7491.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=578;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.9647;MQ=36.76;MQ0=0;QD=12.96;SB=3.00;sumGLbyD=10.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:317,255:466:99:6086,0,8090 19417-ref 57 . G C 12284 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=648;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.0570;MQ=36.70;MQ0=0;QD=18.96;SB=-26.62;sumGLbyD=16.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:305,343:620:99:10416,0,9399 19417-ref 91 . A G 11225.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=601;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.5564;MQ=36.75;MQ0=0;QD=18.68;SB=-69.56;sumGLbyD=15.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:297,303:584:99:9466,0,8801 19417-ref 106 . A T 6598.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=433;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.7208;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.24;SB=-0.01;sumGLbyD=12.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:230,197:401:99:5222,0,6539 19417-ref 260 . C T 68.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.9586;MQ=36.10;MQ0=0;QD=1.37;SB=15.04;sumGLbyD=1.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,7:44:98.46:98,0,1272 19417-ref 463 . T C 153.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.61;SB=-0.01;sumGLbyD=11.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:184,0,335 19417-ref 526 . T C 23.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.9835;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.99;SB=3.00;sumGLbyD=8.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:6:53.89:54,0,97 19474-ref 9 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 19474-ref 203 . 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A C 1521.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9369;MQ=31.58;MQ0=0;QD=21.74;SB=-0.01;sumGLbyD=22.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,55:70:99:1552,0,293 19474-ref 576 . G T 1201.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9369;MQ=30.78;MQ0=0;QD=20.02;SB=-0.01;sumGLbyD=20.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,45:60:99:1231,0,366 19474-ref 577 . G A 706.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4680;MQ=29.74;MQ0=0;QD=16.43;SB=-0.01;sumGLbyD=17.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:42:99:736,0,367 19524-ref 160 . A C 1152.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.75;MQ0=0;QD=28.80;SB=-0.01;sumGLbyD=29.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:38:5.67:1183,6,0 19524-ref 203 . C T 1390.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.76;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=33.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:39:99:1424,117,0 19524-ref 339 . T A 19.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=3.98;SB=-0.01;sumGLbyD=9.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:49.83:50,0,93 19524-ref 340 . T A 21.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.32;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:51.56:52,0,104 19524-ref 396 . T C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 19535-ref 25 . C A 427.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.55;SB=-0.01;sumGLbyD=32.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:12:36.10:461,36,0 19535-ref 82 . C T 231.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6478;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.62;SB=-0.01;sumGLbyD=15.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:14:99:262,0,157 19535-ref 156 . 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C G 602.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9995;MQ=36.66;MQ0=0;QD=20.07;SB=-36.31;sumGLbyD=21.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:632,0,320 19535-ref 516 . T C 504 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.55;MQ0=0;QD=11.20;SB=-0.01;sumGLbyD=11.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:42:99:534,0,777 19535-ref 526 . T C 1239.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8530;MQ=36.47;MQ0=0;QD=32.62;SB=-0.01;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:35:99:1273,105,0 19535-ref 541 . C T 224.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2025;MQ=36.74;MQ0=0;QD=5.74;SB=-0.01;sumGLbyD=6.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:36:99:254,0,876 19535-ref 587 . G C 424.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.6803;MQ=36.67;MQ0=0;QD=13.68;SB=-0.01;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:29:99:454,0,464 19535-ref 606 . C G 726.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6711;MQ=36.24;MQ0=0;QD=18.17;SB=-0.01;sumGLbyD=18.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:37:99:757,0,321 19535-ref 640 . G C 319.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.0264;MQ=36.76;MQ0=0;QD=7.60;SB=-0.01;sumGLbyD=8.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:41:99:349,0,931 19535-ref 802 . A C 2353.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0633;MQ=36.27;MQ0=0;QD=33.62;SB=-22.68;sumGLbyD=34.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:66:99:2386,199,0 19535-ref 811 . T C 880.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.6271;MQ=36.45;MQ0=0;QD=16.00;SB=-0.01;sumGLbyD=16.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:49:99:910,0,609 19535-ref 841 . T C 356.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.75;MQ0=0;QD=4.35;SB=3.00;sumGLbyD=4.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,17:78:99:387,0,2102 19535-ref 877 . C T 369.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9583;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.59;SB=-0.01;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,19:60:99:399,0,1403 19535-ref 907 . T C 751.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8714;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.12;SB=-0.01;sumGLbyD=12.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:55:99:782,0,953 19535-ref 1007 . G A 464.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.04;HRun=0;HaplotypeScore=2.5700;MQ=36.27;MQ0=0;QD=16.59;SB=-0.01;sumGLbyD=17.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:25:99:494,0,299 19535-ref 1024 . A G 639.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4659;MQ=35.39;MQ0=0;QD=17.76;SB=3.00;sumGLbyD=18.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:34:99:669,0,388 19535-ref 1115 . C G 1839.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.89;MQ0=0;QD=33.44;SB=-0.01;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:51:99:1872,153,0 19535-ref 1137 . A G 696.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.7430;MQ=35.83;MQ0=0;QD=11.43;SB=-0.01;sumGLbyD=11.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:57:99:727,0,1087 19535-ref 1148 . G A 2935.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2977;MQ=35.92;MQ0=0;QD=34.54;SB=-0.01;sumGLbyD=34.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:81:99:2969,241,0 19535-ref 1265 . T A 3008.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=36.64;MQ0=0;QD=35.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:81:99:3042,244,0 19535-ref 1288 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8150;MQ=36.63;MQ0=0;QD=7.52;SB=-0.01;sumGLbyD=7.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,24:81:99:654,0,1909 19535-ref 1294 . A G 436.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8064;MQ=36.52;MQ0=0;QD=5.20;SB=-0.01;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,23:75:99:467,0,1842 19535-ref 1346 . C T 174.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.5932;MQ=36.45;MQ0=0;QD=4.71;SB=3.00;sumGLbyD=5.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,8:35:99:204,0,921 19545-ref 80 . T C 6617.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=333;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7704;MQ=36.30;MQ0=0;QD=19.87;SB=-0.01;sumGLbyD=17.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,187:309:99:5686,0,3880 19545-ref 125 . T G 3131.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=265;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5547;MQ=33.83;MQ0=0;QD=11.82;SB=-0.01;sumGLbyD=11.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,124:255:99:3162,0,4379 19545-ref 130 . T G 2422.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0246;MQ=33.53;MQ0=0;QD=9.85;SB=-0.01;sumGLbyD=9.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,102:241:99:2452,0,4546 19545-ref 140 . G A 2942.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.0333;MQ=33.37;MQ0=0;QD=11.49;SB=-21.70;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,122:251:99:2972,0,4384 19545-ref 158 . 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G A 7142.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=515;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.1373;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.87;SB=-0.01;sumGLbyD=11.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:292,220:451:99:5783,0,8387 19545-ref 372 . G A 9807.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=602;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.9475;MQ=36.68;MQ0=0;QD=16.29;SB=-23.62;sumGLbyD=13.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:317,280:564:99:8072,0,9720 19545-ref 393 . A G 7222.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=400;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.6519;MQ=36.62;MQ0=0;QD=18.06;SB=-53.24;sumGLbyD=15.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,210:357:99:6113,0,5129 19545-ref 563 . C T 834.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.21:868,69,0 19545-ref 574 . C T 360.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=32.78;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:394,33,0 19545-ref 581 . G A 330.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=33.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:364,30,0 19545-ref 590 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 19599-ref 40 . T G 10923.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=73.4650;MQ=36.76;MQ0=0;QD=10.92;SB=-12.67;sumGLbyD=8.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:676,321:905:99:8169,0,20159 19599-ref 152 . T A 9238.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=616;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.2529;MQ=36.89;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=12.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:362,254:603:99:7421,0,11346 19599-ref 292 . C A 571.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=9.4923;MQ=36.84;MQ0=0;QD=9.21;SB=2.97;sumGLbyD=9.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:58:99:601,0,1108 19736-ref 79 . C T 181.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.12;SB=-0.01;sumGLbyD=21.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:70.15:211,0,70 19736-ref 119 . T C 299.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.37;MQ0=0;QD=18.73;SB=-0.01;sumGLbyD=20.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:15:99:330,0,152 19736-ref 122 . C A 119.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.37;MQ0=0;QD=7.49;SB=-0.01;sumGLbyD=9.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:150,0,331 19736-ref 135 . A G 161.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.22;MQ0=0;QD=12.41;SB=-0.01;sumGLbyD=14.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:13:99:191,0,195 19781-ref 182 . T C 269.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.98;SB=-0.01;sumGLbyD=30.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:6.89:299,0,7 19833-ref 70 . G C 652.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=323;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3592;MQ=35.24;MQ0=0;QD=2.02;SB=-0.01;sumGLbyD=2.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:265,58:316:99:683,0,9132 19833-ref 78 . T G 849.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8869;MQ=35.09;MQ0=0;QD=2.60;SB=-46.36;sumGLbyD=2.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:262,64:321:99:880,0,8935 19833-ref 114 . A C 2744.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5186;MQ=32.54;MQ0=0;QD=9.30;SB=-20.61;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,123:276:99:2774,0,4887 19833-ref 119 . T C 2438.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.6852;MQ=33.07;MQ0=0;QD=7.84;SB=-17.60;sumGLbyD=7.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,117:285:99:2469,0,5593 19833-ref 137 . T G 1187.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=270;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.3777;MQ=34.29;MQ0=0;QD=4.40;SB=-14.60;sumGLbyD=4.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,68:243:99:1217,0,5813 19833-ref 145 . T G 1181.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2518;MQ=34.59;MQ0=0;QD=4.56;SB=-20.61;sumGLbyD=4.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,66:243:99:1212,0,5952 19833-ref 195 . A G 3940.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7256;MQ=36.72;MQ0=0;QD=36.15;SB=-0.01;sumGLbyD=36.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:105:99:3940,316,0 19833-ref 243 . T C 4371.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=11.1810;MQ=36.19;MQ0=0;QD=34.15;SB=-536.93;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:120:99:4344,358,0 19833-ref 312 . T A 3968.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1619;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.34;SB=-0.01;sumGLbyD=32.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:110:99:3850,214,0 19833-ref 361 . C T 2502.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.0885;MQ=35.77;MQ0=0;QD=33.37;SB=-35.26;sumGLbyD=33.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:68:99:2535,205,0 19833-ref 410 . T C 721.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=30.80;MQ0=0;QD=31.37;SB=-0.01;sumGLbyD=32.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.16:755,66,0 19833-ref 412 . A G 669.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.14;MQ0=0;QD=31.89;SB=-0.01;sumGLbyD=33.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.15:703,63,0 19833-ref 418 . T C 270.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=26.32;MQ0=0;QD=24.61;SB=-0.01;sumGLbyD=27.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:10:30.06:304,30,0 19839-ref 37 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 19839-ref 42 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 19839-ref 141 . G A 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0 19839-ref 157 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 19839-ref 360 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 19896-ref 30 . A G 183.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.07;MQ0=0;QD=16.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:8:49.36:214,0,49 19896-ref 64 . C T 500.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.63;MQ0=0;QD=18.55;SB=-0.01;sumGLbyD=19.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:24:99:531,0,209 19896-ref 174 . A G 1334.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5764;MQ=36.57;MQ0=0;QD=14.35;SB=-0.01;sumGLbyD=14.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:88:99:1364,0,1282 19896-ref 217 . G T 1857.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3106;MQ=36.71;MQ0=0;QD=13.36;SB=-0.01;sumGLbyD=13.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,66:128:99:1887,0,2086 19896-ref 291 . G A 963.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4011;MQ=36.63;MQ0=0;QD=11.90;SB=3.00;sumGLbyD=12.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:77:99:994,0,1396 19924-ref 20 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 19924-ref 72 . T A 207.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.15;MQ0=0;QD=17.29;SB=-0.01;sumGLbyD=19.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:10:86.21:237,0,86 19924-ref 170 . A T 331.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.6208;MQ=35.72;MQ0=0;QD=20.74;SB=-0.01;sumGLbyD=22.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:14:73.44:362,0,73 19924-ref 191 . A G 24.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.58:55,0,105 20071-ref 53 . T C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 20071-ref 138 . G A 196.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.82;SB=-0.01;sumGLbyD=20.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:226,0,124 20123-ref 156 . T G 346.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9278;MQ=35.23;MQ0=0;QD=9.90;SB=6.01;sumGLbyD=10.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:32:99:377,0,549 20123-ref 171 . T C 290.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3313;MQ=32.41;MQ0=0;QD=20.74;SB=-0.01;sumGLbyD=22.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:13:20.18:320,0,20 20131-ref 41 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 20131-ref 82 . T A 107.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4632;MQ=36.13;MQ0=0;QD=2.29;SB=-0.01;sumGLbyD=2.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,8:46:99:138,0,1236 20131-ref 83 . C A 109.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.4632;MQ=36.19;MQ0=0;QD=2.19;SB=-0.01;sumGLbyD=2.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,8:46:99:139,0,1267 20131-ref 135 . A G 2482.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4117;MQ=36.67;MQ0=0;QD=13.71;SB=-26.62;sumGLbyD=13.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,89:171:99:2512,0,2792 20131-ref 149 . G C 2412.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4669;MQ=36.71;MQ0=0;QD=13.95;SB=3.00;sumGLbyD=14.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,94:152:99:2443,0,2087 20131-ref 155 . C G 1849.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6677;MQ=36.51;MQ0=0;QD=11.14;SB=-26.62;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,78:146:99:1879,0,2373 20131-ref 214 . T C 1259.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8016;MQ=35.74;MQ0=0;QD=9.13;SB=-26.62;sumGLbyD=9.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,48:128:99:1290,0,2571 20131-ref 222 . G C 4513.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0290;MQ=35.50;MQ0=0;QD=36.69;SB=-59.25;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:121:99:4513,364,0 20131-ref 234 . T C 571.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.5921;MQ=35.92;MQ0=0;QD=5.06;SB=-53.24;sumGLbyD=5.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,31:99:99:602,0,2433 20131-ref 416 . T C 431.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7880;MQ=36.48;MQ0=0;QD=11.06;SB=-0.01;sumGLbyD=11.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:37:99:461,0,669 20131-ref 767 . A C 984.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.1645;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.39;SB=-0.01;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:59:99:1015,0,780 20131-ref 893 . G C 4081.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8494;MQ=36.65;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:110:99:4081,331,0 20131-ref 944 . G A 2789.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.0674;MQ=36.77;MQ0=0;QD=31.34;SB=-0.01;sumGLbyD=31.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:77:99:2822,232,0 20131-ref 962 . G A 1027.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9647;MQ=36.80;MQ0=0;QD=10.08;SB=-0.01;sumGLbyD=10.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,40:94:99:1058,0,1946 20131-ref 1385 . A G 570.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.98;SB=-0.01;sumGLbyD=11.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:48:99:601,0,885 20131-ref 1447 . G A 2835.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=36.61;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:75:99:2869,226,0 20131-ref 1535 . G A 2541.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2742;MQ=36.05;MQ0=0;QD=33.89;SB=-0.01;sumGLbyD=34.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:68:99:2575,205,0 20131-ref 1569 . T C 2287.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6591;MQ=35.66;MQ0=0;QD=33.15;SB=-29.63;sumGLbyD=33.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:65:99:2321,173,0 20131-ref 1577 . T G 765.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.2006;MQ=35.74;MQ0=0;QD=13.43;SB=-26.62;sumGLbyD=13.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:56:99:795,0,949 20131-ref 1621 . C T 620.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9943;MQ=35.12;MQ0=0;QD=28.21;SB=36.95;sumGLbyD=29.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:21:26.19:654,26,0 20131-ref 1628 . C T 41.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=10.48;SB=9.97;sumGLbyD=17.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.56:72,0,27 20131-ref 1629 . T G 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=9.98;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.55:77,0,27 20209-ref 39 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 20209-ref 141 . C A 367.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=35.60;MQ0=0;QD=16.69;SB=-0.01;sumGLbyD=18.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:19:99:397,0,172 20209-ref 163 . A C 328.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9990;MQ=35.63;MQ0=0;QD=10.96;SB=-0.01;sumGLbyD=11.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:28:99:359,0,534 20209-ref 179 . A C 681.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6608;MQ=35.76;MQ0=0;QD=10.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:64:99:712,0,1288 20209-ref 206 . A T 1340.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9114;MQ=36.44;MQ0=0;QD=10.55;SB=-0.01;sumGLbyD=10.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:121:99:1370,0,2441 20209-ref 264 . G A 3147.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=10.1093;MQ=36.83;MQ0=0;QD=17.88;SB=-0.01;sumGLbyD=18.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,103:155:99:3178,0,1760 20209-ref 373 . A G 158.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.90;SB=-0.01;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:15:99:188,0,189 20209-ref 376 . A G 103.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8300;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.52;SB=-0.01;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:6:30.32:134,0,30 20284-ref 36 . A C 699.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5573;MQ=36.88;MQ0=0;QD=8.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,29:80:99:730,0,1781 20284-ref 38 . G A 846.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1160;MQ=36.89;MQ0=0;QD=9.01;SB=-0.01;sumGLbyD=9.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,31:88:99:877,0,1925 20302-ref 315 . A T 2238.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9117;MQ=36.51;MQ0=0;QD=11.84;SB=3.00;sumGLbyD=12.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,80:176:99:2268,0,3237 20302-ref 340 . C T 1862.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6664;MQ=36.44;MQ0=0;QD=9.17;SB=3.00;sumGLbyD=9.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,71:200:99:1892,0,4214 20302-ref 363 . C T 1895.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.3751;MQ=36.50;MQ0=0;QD=9.34;SB=3.00;sumGLbyD=9.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,68:194:99:1925,0,4186 20302-ref 405 . C T 1435.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.5450;MQ=36.57;MQ0=0;QD=10.18;SB=-0.01;sumGLbyD=10.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,54:130:99:1465,0,2447 20302-ref 533 . C T 2318.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=186;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0650;MQ=36.78;MQ0=0;QD=12.47;SB=-0.01;sumGLbyD=12.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,81:179:99:2349,0,3349 20302-ref 642 . C A 1859.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.0240;MQ=36.79;MQ0=0;QD=12.74;SB=-0.01;sumGLbyD=12.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,66:133:99:1889,0,2230 20302-ref 766 . T A 763.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.52;SB=-0.01;sumGLbyD=13.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:60:99:794,0,1169 20302-ref 818 . 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G T 1199.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=213;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2368;MQ=35.65;MQ0=0;QD=5.63;SB=-0.01;sumGLbyD=5.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,61:191:99:1230,0,4390 20302-ref 1036 . A T 1302.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.7059;MQ=35.59;MQ0=0;QD=6.39;SB=-0.01;sumGLbyD=6.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,61:189:99:1333,0,4345 20302-ref 1214 . A T 2358.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5467;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.33;SB=-0.01;sumGLbyD=13.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,86:164:99:2389,0,2773 20302-ref 1510 . A C 778.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9630;MQ=36.32;MQ0=0;QD=12.98;SB=-0.01;sumGLbyD=13.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:56:99:809,0,888 20302-ref 1549 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:70,6,0 20355-ref 85 . A G 72.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:104,9,0 20355-ref 229 . G A 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 20356-ref 41 . G C 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.46;SB=-0.01;sumGLbyD=23.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.03:119,9,0 20356-ref 42 . G T 29.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.96;SB=-0.01;sumGLbyD=9.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:59.75:60,0,130 20356-ref 66 . G A 716.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7333;MQ=36.34;MQ0=0;QD=15.58;SB=-0.01;sumGLbyD=16.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:42:99:747,0,572 20356-ref 88 . C T 1050.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4688;MQ=36.58;MQ0=0;QD=14.39;SB=-0.01;sumGLbyD=14.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:68:99:1080,0,1022 20356-ref 431 . G T 10564.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=303;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.5009;MQ=36.97;MQ0=0;QD=34.87;SB=-38.58;sumGLbyD=34.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,302:285:99:10523,817,0 20356-ref 492 . A T 4529.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5601;MQ=36.31;MQ0=0;QD=19.11;SB=-0.01;sumGLbyD=16.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,130:216:99:3879,0,2753 20356-ref 493 . A G 4693.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5601;MQ=36.32;MQ0=0;QD=19.56;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,133:224:99:4018,0,2913 20356-ref 542 . A G 4216.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.5903;MQ=36.32;MQ0=0;QD=20.08;SB=-37.00;sumGLbyD=17.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,122:194:99:3632,0,2339 20356-ref 574 . G A 1298.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4532;MQ=35.66;MQ0=0;QD=14.11;SB=-26.62;sumGLbyD=14.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:77:99:1328,0,993 20356-ref 589 . A G 1026.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0241;MQ=35.38;MQ0=0;QD=13.50;SB=-26.62;sumGLbyD=13.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:62:99:1056,0,743 20356-ref 613 . A T 1773.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9664;MQ=36.32;MQ0=0;QD=17.05;SB=-0.01;sumGLbyD=17.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,58:96:99:1803,0,1205 20356-ref 673 . T C 1491.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2736;MQ=36.41;MQ0=0;QD=12.22;SB=-61.66;sumGLbyD=12.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,54:114:99:1521,0,2038 20356-ref 707 . A C 2864.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6162;MQ=36.38;MQ0=0;QD=12.56;SB=-0.01;sumGLbyD=12.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,100:217:99:2894,0,3855 20356-ref 712 . T G 3228.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1873;MQ=36.44;MQ0=0;QD=12.66;SB=-32.25;sumGLbyD=12.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,112:245:99:3258,0,4372 20356-ref 823 . T C 787.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.7300;MQ=36.23;MQ0=0;QD=3.51;SB=6.00;sumGLbyD=3.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,42:205:99:817,0,5533 20356-ref 832 . A G 1486.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=272;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.0377;MQ=36.25;MQ0=0;QD=5.47;SB=9.01;sumGLbyD=5.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,64:250:99:1517,0,6249 20356-ref 835 . A T 1565.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.3106;MQ=36.26;MQ0=0;QD=5.67;SB=9.01;sumGLbyD=5.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,65:254:99:1596,0,6398 20356-ref 917 . C G 6537.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=343;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.5283;MQ=36.50;MQ0=0;QD=19.06;SB=-37.00;sumGLbyD=16.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,185:317:99:5559,0,4343 20356-ref 926 . G T 6304.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=379;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.1991;MQ=36.57;MQ0=0;QD=16.63;SB=-0.01;sumGLbyD=13.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,199:334:99:5213,0,4976 20356-ref 1060 . T A 966.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4157;MQ=36.86;MQ0=0;QD=13.23;SB=-70.97;sumGLbyD=13.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:67:99:996,0,1135 20399-ref 9 . T A 104.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.04;MQ0=0;QD=20.97;SB=-0.01;sumGLbyD=27.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:9.65:135,0,10 20399-ref 10 . A G 129.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=21.62;SB=-0.01;sumGLbyD=26.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:6.65:159,0,7 20399-ref 61 . G C 194.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.09;MQ0=0;QD=7.21;SB=-0.01;sumGLbyD=8.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:225,0,576 20399-ref 72 . G A 280.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.46;MQ0=0;QD=7.02;SB=-0.01;sumGLbyD=7.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:40:99:311,0,917 20399-ref 113 . G A 668.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9993;MQ=36.11;MQ0=0;QD=11.73;SB=-0.01;sumGLbyD=12.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:699,0,1037 20399-ref 117 . C T 677.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9993;MQ=36.26;MQ0=0;QD=9.82;SB=-0.01;sumGLbyD=10.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:68:99:707,0,1440 20399-ref 129 . A C 59.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.5685;MQ=36.92;MQ0=0;QD=0.45;SB=-0.01;sumGLbyD=0.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,12:129:89.01:89,0,4088 20399-ref 130 . C A 316.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.5685;MQ=36.92;MQ0=0;QD=2.44;SB=-0.01;sumGLbyD=2.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,19:129:99:347,0,3792 20399-ref 194 . A G 1548.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=266;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.1097;MQ=36.39;MQ0=0;QD=5.82;SB=-0.01;sumGLbyD=5.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,69:259:99:1578,0,6248 20399-ref 219 . G T 534.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.0669;MQ=35.48;MQ0=0;QD=5.19;SB=-0.01;sumGLbyD=5.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,26:100:99:565,0,2406 20399-ref 220 . A G 570.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.1498;MQ=35.44;MQ0=0;QD=6.07;SB=-0.01;sumGLbyD=6.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,26:93:99:600,0,2127 20399-ref 222 . A C 155.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.4187;MQ=35.67;MQ0=0;QD=1.96;SB=-0.01;sumGLbyD=2.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,13:77:99:185,0,2081 20399-ref 223 . T A 1897.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=16.4453;MQ=35.65;MQ0=0;QD=27.11;SB=-0.01;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,61:70:40.77:1928,0,41 20399-ref 247 . C T 45.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=35.87;MQ0=0;QD=5.09;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:9:75.81:76,0,158 20399-ref 253 . G A 92.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.8610;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=20.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:15.55:122,0,16 20399-ref 260 . T A 254.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.69;MQ0=0;QD=7.08;SB=3.00;sumGLbyD=7.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:30:99:285,0,627 20399-ref 287 . G A 3025.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6590;MQ=34.92;MQ0=0;QD=34.77;SB=-37.80;sumGLbyD=35.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:82:99:3058,247,0 20399-ref 300 . C T 160.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4633;MQ=35.38;MQ0=0;QD=1.46;SB=-32.25;sumGLbyD=1.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,18:103:99:191,0,2936 20399-ref 324 . A T 272.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3188;MQ=36.25;MQ0=0;QD=1.83;SB=-0.01;sumGLbyD=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,23:136:99:302,0,4001 20399-ref 329 . T C 284.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6104;MQ=36.33;MQ0=0;QD=2.09;SB=-0.01;sumGLbyD=2.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,20:129:99:315,0,3652 20399-ref 343 . T C 724.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.9627;MQ=36.32;MQ0=0;QD=6.09;SB=-0.01;sumGLbyD=6.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,33:111:99:755,0,2738 20399-ref 377 . A G 230.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.1794;MQ=36.61;MQ0=0;QD=1.26;SB=-0.01;sumGLbyD=1.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,20:152:99:261,0,4427 20399-ref 401 . C T 176.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.6188;MQ=36.40;MQ0=0;QD=0.75;SB=6.01;sumGLbyD=0.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,25:221:99:207,0,6635 20399-ref 421 . T A 335.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=74.7062;MQ=35.79;MQ0=0;QD=1.37;SB=3.00;sumGLbyD=1.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,30:237:99:365,0,6925 20399-ref 423 . T C 467.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=243;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=73.7224;MQ=35.69;MQ0=0;QD=1.92;SB=3.00;sumGLbyD=2.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,35:234:99:497,0,6754 20399-ref 426 . A G 1039.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=76.2986;MQ=35.62;MQ0=0;QD=4.38;SB=3.00;sumGLbyD=4.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,57:219:99:1069,0,5458 20399-ref 463 . T A 5234.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4010;MQ=32.09;MQ0=0;QD=30.97;SB=-0.01;sumGLbyD=30.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:157:99:5203,469,0 20399-ref 464 . T G 6091.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4010;MQ=32.28;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=26.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:178:99:4723,412,0 20399-ref 479 . G T 281.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.8976;MQ=32.31;MQ0=0;QD=1.65;SB=-0.01;sumGLbyD=1.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,26:166:99:311,0,4264 20399-ref 486 . C A 116.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.8166;MQ=32.43;MQ0=0;QD=0.78;SB=-0.01;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,19:148:99:146,0,3993 20399-ref 492 . C A 602.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.9210;MQ=31.10;MQ0=0;QD=6.92;SB=-0.01;sumGLbyD=7.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:84:99:632,0,1571 20399-ref 494 . G A 59.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.9235;MQ=31.31;MQ0=0;QD=0.89;SB=-0.01;sumGLbyD=1.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,10:57:89.45:89,0,1342 20399-ref 506 . C G 571.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.09;MQ0=0;QD=30.10;SB=-0.01;sumGLbyD=31.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.12:605,57,0 20399-ref 522 . A C 295.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.62;SB=-0.01;sumGLbyD=27.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.01:328,33,0 20399-ref 528 . T C 204.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=22.71;SB=-29.56;sumGLbyD=26.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:21.04:237,21,0 20399-ref 533 . C T 483.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8768;MQ=35.82;MQ0=0;QD=18.61;SB=-29.63;sumGLbyD=19.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:14:42.12:517,42,0 20399-ref 556 . A T 265.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2498;MQ=34.97;MQ0=0;QD=3.02;SB=-45.30;sumGLbyD=3.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,17:71:99:296,0,1795 20399-ref 579 . C T 618.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.1439;MQ=34.93;MQ0=0;QD=3.44;SB=-0.01;sumGLbyD=3.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,38:146:99:648,0,3606 20399-ref 592 . G A 472.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1677;MQ=34.97;MQ0=0;QD=2.58;SB=-23.61;sumGLbyD=2.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,35:170:99:502,0,4444 20399-ref 602 . A G 121.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.7454;MQ=35.40;MQ0=0;QD=0.76;SB=-54.39;sumGLbyD=0.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,21:154:99:152,0,4516 20399-ref 608 . T C 3199.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.6496;MQ=35.31;MQ0=0;QD=23.87;SB=-119.85;sumGLbyD=24.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,114:117:99:3229,0,150 20399-ref 646 . C T 27.50 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2296;MQ=33.28;MQ0=0;QD=0.64;SB=12.02;sumGLbyD=1.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,6:43:57.48:57,0,1103 20399-ref 652 . A G 59.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4647;MQ=31.51;MQ0=0;QD=1.65;SB=3.00;sumGLbyD=2.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:32:89.25:89,0,770 20399-ref 672 . T C 205.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9987;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.55;SB=25.14;sumGLbyD=23.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:2.80:234,0,0 20399-ref 674 . C T 204.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.45;SB=25.14;sumGLbyD=23.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:2.80:233,0,0 20399-ref 675 . G C 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=19.38;SB=-0.01;sumGLbyD=23.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:9:21.04:207,21,0 20399-ref 684 . G T 48.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.24;MQ0=0;QD=1.22;SB=-0.01;sumGLbyD=1.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,5:30:78.71:79,0,725 20399-ref 699 . G C 1241.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4683;MQ=36.10;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=28.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:39:52.10:1274,52,0 20399-ref 704 . T C 1414.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6713;MQ=36.30;MQ0=0;QD=24.39;SB=-32.25;sumGLbyD=24.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,48:50:93.20:1445,0,93 20399-ref 745 . C T 1262.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=277;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=90.7495;MQ=36.34;MQ0=0;QD=4.56;SB=-27.30;sumGLbyD=4.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,60:262:99:1293,0,6914 20399-ref 751 . C T 3012.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=87.0369;MQ=36.30;MQ0=0;QD=10.92;SB=-120.58;sumGLbyD=11.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,104:263:99:3043,0,5264 20399-ref 776 . G A 1009.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.3839;MQ=35.90;MQ0=0;QD=4.70;SB=-18.98;sumGLbyD=4.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,48:204:99:1040,0,5099 20432-ref 113 . A G 533.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.27;MQ0=0;QD=19.06;SB=3.00;sumGLbyD=20.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:26:99:564,0,269 20432-ref 120 . A T 676 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=36.35;MQ0=0;QD=21.81;SB=-0.01;sumGLbyD=22.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,22:30:99:706,0,226 20432-ref 166 . C A 820.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.20;MQ0=0;QD=21.60;SB=-0.01;sumGLbyD=22.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,27:34:99:851,0,181 20432-ref 193 . A T 909.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6643;MQ=36.80;MQ0=0;QD=18.18;SB=-0.01;sumGLbyD=18.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:48:99:939,0,568 20432-ref 222 . A T 833.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.81;MQ0=0;QD=15.43;SB=-0.01;sumGLbyD=15.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:51:99:863,0,767 20432-ref 249 . T A 516.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5316;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.92;SB=-0.01;sumGLbyD=13.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:547,0,709 20432-ref 309 . G A 731.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7477;MQ=36.81;MQ0=0;QD=13.80;SB=-0.01;sumGLbyD=14.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:52:99:761,0,824 20432-ref 467 . T G 974.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8589;MQ=36.87;MQ0=0;QD=12.82;SB=-0.01;sumGLbyD=13.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:71:99:1004,0,1254 20432-ref 471 . G C 1186.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8645;MQ=36.86;MQ0=0;QD=16.95;SB=-0.01;sumGLbyD=17.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:65:99:1216,0,801 20511-ref 141 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 20511-ref 205 . G A 77.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0 20511-ref 234 . G A 20.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.57;SB=-0.01;sumGLbyD=6.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:50.49:50,0,209 20511-ref 305 . T C 84.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8271;MQ=35.72;MQ0=0;QD=5.30;SB=-0.01;sumGLbyD=7.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:13:99:115,0,260 20511-ref 335 . G C 14.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4286;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.01;SB=-0.01;sumGLbyD=3.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,2:12:43.91:44,0,331 20511-ref 374 . T C 1250.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-0.01;sumGLbyD=38.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1284,99,0 20529-ref 37 . C T 146.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9013;MQ=36.37;MQ0=0;QD=9.15;SB=-0.01;sumGLbyD=11.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:176,0,273 20529-ref 62 . A T 540.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6439;MQ=36.75;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=14.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:39:99:571,0,640 20529-ref 149 . G A 1485.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.4818;MQ=36.74;MQ0=0;QD=19.30;SB=-35.57;sumGLbyD=19.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,49:74:99:1516,0,771 20529-ref 191 . T C 665.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.4665;MQ=36.54;MQ0=0;QD=10.09;SB=3.00;sumGLbyD=10.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:63:99:696,0,1245 20529-ref 217 . A T 156.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3653;MQ=36.58;MQ0=0;QD=6.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:22:99:187,0,462 20529-ref 250 . T C 1067.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4737;MQ=36.42;MQ0=0;QD=12.14;SB=-57.88;sumGLbyD=12.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:82:99:1098,0,1360 20529-ref 324 . T C 1162.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4363;MQ=36.91;MQ0=0;QD=8.13;SB=-476.64;sumGLbyD=8.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,44:122:99:1193,0,2550 20529-ref 401 . G A 3980.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.0430;MQ=35.02;MQ0=0;QD=19.61;SB=-53.74;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,118:193:99:3398,0,2283 20529-ref 428 . T C 4695.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=312;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=54.6841;MQ=35.52;MQ0=0;QD=15.05;SB=-107.83;sumGLbyD=12.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,142:290:99:3785,0,4484 20529-ref 438 . T C 2476.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=281;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=37.3270;MQ=35.87;MQ0=0;QD=8.81;SB=-79.00;sumGLbyD=8.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,100:257:99:2507,0,5090 20529-ref 544 . A C 6261.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=422;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.5244;MQ=36.47;MQ0=0;QD=14.84;SB=-1496.51;sumGLbyD=11.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:244,177:395:99:5035,0,7404 20529-ref 648 . A C 7459.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=417;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.0668;MQ=36.78;MQ0=0;QD=17.89;SB=6.01;sumGLbyD=15.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,216:380:99:6315,0,5674 20529-ref 727 . A G 7212.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=478;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=55.3624;MQ=36.73;MQ0=0;QD=15.09;SB=3.00;sumGLbyD=12.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:266,208:446:99:5804,0,7881 20529-ref 855 . C T 15710.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=888;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=65.1755;MQ=36.89;MQ0=0;QD=17.69;SB=-23.61;sumGLbyD=14.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:412,470:790:99:13310,0,11261 20529-ref 1334 . G A 13941.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=800;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.8309;MQ=36.76;MQ0=0;QD=17.43;SB=-0.01;sumGLbyD=14.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:399,400:758:99:11657,0,12229 20529-ref 1615 . T C 137.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.7411;MQ=35.68;MQ0=0;QD=4.42;SB=-0.01;sumGLbyD=5.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:28:99:167,0,507 20529-ref 1616 . A G 548.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.9736;MQ=35.28;MQ0=0;QD=22.86;SB=-0.01;sumGLbyD=24.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,18:24:99:579,0,131 20529-ref 1617 . G A 270.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9754;MQ=34.21;MQ0=0;QD=18.03;SB=-0.01;sumGLbyD=20.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:300,0,111 20529-ref 1618 . G A 161.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9754;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.44;SB=-0.01;sumGLbyD=15.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:11:99:191,0,112 20529-ref 1620 . G C 11.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9754;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.21:41,0,123 20529-ref 1797 . T G 23.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.80;SB=-0.01;sumGLbyD=10.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:4:53.96:54,0,65 20529-ref 1841 . G A 105.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.57;SB=-0.01;sumGLbyD=22.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:48.63:135,0,49 20529-ref 1862 . T A 66.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.28;MQ0=0;QD=11.11;SB=-0.01;sumGLbyD=16.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:86.83:97,0,87 20655-ref 20 . C T 58.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=32.73;MQ0=0;QD=5.84;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:88.41:88,0,210 20655-ref 38 . C A 718.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=17.10;SB=-0.01;sumGLbyD=17.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:41:99:748,0,508 20655-ref 46 . T C 1386.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.26;MQ0=0;QD=19.53;SB=-0.01;sumGLbyD=19.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:1416,0,782 20655-ref 70 . A T 2210.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4688;MQ=36.20;MQ0=0;QD=21.67;SB=-37.00;sumGLbyD=21.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,69:99:99:2241,0,845 20655-ref 138 . A T 75.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=10.84;SB=-0.01;sumGLbyD=15.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:92.96:106,0,93 20655-ref 139 . C T 45.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=7.59;SB=-0.01;sumGLbyD=12.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:75.55:76,0,86 20655-ref 142 . T A 75.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9931;MQ=34.39;MQ0=0;QD=18.87;SB=-0.01;sumGLbyD=27.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.03:108,9,0 20709-ref 1 . G C 321.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.24;SB=-0.01;sumGLbyD=32.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.09:355,27,0 20709-ref 49 . T C 2699.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6290;MQ=36.68;MQ0=0;QD=28.41;SB=-0.01;sumGLbyD=28.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:74:99:2732,223,0 20709-ref 208 . C T 933.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4317;MQ=36.84;MQ0=0;QD=14.82;SB=-0.01;sumGLbyD=15.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:59:99:964,0,920 20709-ref 279 . T A 1241.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6723;MQ=36.84;MQ0=0;QD=19.10;SB=-0.01;sumGLbyD=19.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:60:99:1272,0,649 20709-ref 516 . T C 1386.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7272;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:83:99:1417,0,1207 20731-ref 158 . A C 2727.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4024;MQ=36.66;MQ0=0;QD=30.99;SB=-0.01;sumGLbyD=31.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,78:87:63.25:2757,0,63 20731-ref 167 . 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T C 1660.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.1355;MQ=32.86;MQ0=0;QD=23.06;SB=-73.31;sumGLbyD=23.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,60:63:50.41:1690,0,50 20731-ref 289 . G A 434.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.9352;MQ=32.76;MQ0=0;QD=5.96;SB=-73.31;sumGLbyD=6.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,22:63:99:465,0,1261 20731-ref 299 . C A 1086.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.0527;MQ=32.70;MQ0=0;QD=13.58;SB=6.01;sumGLbyD=13.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:70:99:1116,0,866 20731-ref 334 . C A 351.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.06;MQ0=0;QD=6.64;SB=9.02;sumGLbyD=7.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:49:99:382,0,1032 20731-ref 349 . C G 244.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3754;MQ=33.96;MQ0=0;QD=4.15;SB=-0.01;sumGLbyD=4.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,17:56:99:275,0,1415 20731-ref 352 . C T 214.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3756;MQ=34.20;MQ0=0;QD=3.83;SB=-0.01;sumGLbyD=4.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,14:54:99:244,0,1383 20731-ref 371 . C A 526.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.4658;MQ=34.12;MQ0=0;QD=8.92;SB=-254.36;sumGLbyD=9.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:53:99:556,0,981 20731-ref 374 . A C 476.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4042;MQ=34.14;MQ0=0;QD=7.95;SB=-238.42;sumGLbyD=8.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:57:99:507,0,1113 20731-ref 409 . T C 27.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.57;MQ0=0;QD=0.64;SB=-0.01;sumGLbyD=1.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,6:40:57.41:57,0,1128 20731-ref 461 . G A 1930.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3355;MQ=35.98;MQ0=0;QD=19.70;SB=-0.01;sumGLbyD=20.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,64:94:99:1961,0,948 20731-ref 469 . T C 4259.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=9.6876;MQ=36.35;MQ0=0;QD=27.84;SB=-0.01;sumGLbyD=25.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,119:143:99:3829,0,683 20731-ref 582 . T C 365.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=426;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.7512;MQ=36.83;MQ0=0;QD=0.86;SB=3.00;sumGLbyD=0.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:375,49:382:99:395,0,10196 20731-ref 667 . T C 12788.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=621;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.5484;MQ=36.76;MQ0=0;QD=20.59;SB=-68.09;sumGLbyD=17.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:270,347:596:99:10929,0,8027 20731-ref 768 . A G 5302.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.5311;MQ=36.44;MQ0=0;QD=19.42;SB=3.00;sumGLbyD=16.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,147:258:99:4525,0,3616 20731-ref 819 . C A 1963.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.6959;MQ=35.17;MQ0=0;QD=21.82;SB=-26.62;sumGLbyD=22.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,64:82:99:1994,0,567 20731-ref 824 . T C 1499.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.9709;MQ=34.59;MQ0=0;QD=21.73;SB=-24.67;sumGLbyD=22.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,50:65:99:1529,0,426 20731-ref 834 . T C 392.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9468;MQ=35.75;MQ0=0;QD=8.01;SB=3.00;sumGLbyD=8.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:48:99:422,0,1103 20731-ref 852 . T C 19.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9991;MQ=36.07;MQ0=0;QD=1.82;SB=-0.01;sumGLbyD=4.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:10:49.92:50,0,266 20731-ref 854 . A G 22.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9990;MQ=35.98;MQ0=0;QD=2.30;SB=-0.01;sumGLbyD=5.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:9:52.94:53,0,228 20772-ref 57 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 20772-ref 94 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 20772-ref 109 . T G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 20772-ref 174 . A C 18.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.11;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.30:48,0,30 20772-ref 213 . A G 18.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.12;SB=-0.01;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.61:48,0,21 20788-ref 391 . G C 8091.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=558;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.7517;MQ=36.87;MQ0=0;QD=14.50;SB=-25.34;sumGLbyD=11.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,251:493:99:6605,0,8669 20788-ref 881 . G A 3061.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=287;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.7673;MQ=36.79;MQ0=0;QD=10.67;SB=3.00;sumGLbyD=10.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,123:238:99:3092,0,4329 20788-ref 915 . C T 9697.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=631;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4059;MQ=36.87;MQ0=0;QD=15.37;SB=-37.00;sumGLbyD=12.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:367,264:618:99:7836,0,11788 20788-ref 987 . G C 13550.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=924;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.4532;MQ=36.79;MQ0=0;QD=14.67;SB=-63.62;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:497,421:801:99:11078,0,13328 20806-ref 192 . C T 19330.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=741;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.6224;MQ=36.88;MQ0=0;QD=26.09;SB=-60.61;sumGLbyD=23.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,585:658:99:17326,0,2918 20806-ref 408 . A G 11424.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=441;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.7424;MQ=35.01;MQ0=0;QD=25.91;SB=3.00;sumGLbyD=22.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,321:428:99:10102,0,2653 20806-ref 409 . T A 10772.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=430;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=22.9985;MQ=34.96;MQ0=0;QD=25.05;SB=3.00;sumGLbyD=22.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,316:413:99:9526,0,2582 20806-ref 410 . G T 10723.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=429;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=22.8665;MQ=34.95;MQ0=0;QD=25.00;SB=3.00;sumGLbyD=22.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,317:409:99:9490,0,2634 20806-ref 471 . T A 17332.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=689;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.1316;MQ=35.47;MQ0=0;QD=25.16;SB=-0.01;sumGLbyD=22.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,499:660:99:15343,0,4735 20806-ref 492 . G A 17265.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=684;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.3149;MQ=35.21;MQ0=0;QD=25.24;SB=-48.28;sumGLbyD=22.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,505:649:99:15310,0,4507 20806-ref 511 . G C 18783.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=713;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=101.1756;MQ=35.36;MQ0=0;QD=26.34;SB=-114.82;sumGLbyD=23.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,544:666:99:16654,0,3579 20806-ref 654 . T C 2939.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=720;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.7900;MQ=36.65;MQ0=0;QD=4.08;SB=-26.62;sumGLbyD=4.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:581,137:665:99:2969,0,18396 20806-ref 690 . A G 2574.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=547;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.7060;MQ=36.35;MQ0=0;QD=4.71;SB=6.01;sumGLbyD=4.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:431,115:539:99:2604,0,14539 20806-ref 691 . T G 19791.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=528;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.2370;MQ=36.32;MQ0=0;QD=37.48;SB=-67.68;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,528:521:99:19790,1568,0 20806-ref 742 . A T 24841.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=776;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.8512;MQ=36.73;MQ0=0;QD=32.01;SB=-0.01;sumGLbyD=31.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,762:686:99:24798,2061,0 20806-ref 784 . G T 24355.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=733;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.8171;MQ=36.72;MQ0=0;QD=33.23;SB=-64.65;sumGLbyD=33.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,727:659:99:24352,1983,0 20806-ref 849 . 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A C 14968.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=573;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.4239;MQ=36.04;MQ0=0;QD=26.12;SB=-37.00;sumGLbyD=23.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,450:518:99:13370,0,2500 20806-ref 1134 . C T 16051.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=580;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3435;MQ=36.05;MQ0=0;QD=27.68;SB=-66.49;sumGLbyD=24.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,462:540:99:14424,0,2248 20806-ref 1248 . T C 2555.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1559;MQ=35.18;MQ0=0;QD=18.79;SB=-0.01;sumGLbyD=19.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,88:128:99:2586,0,1227 20806-ref 1256 . G C 1688.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9338;MQ=34.80;MQ0=0;QD=14.94;SB=-0.01;sumGLbyD=15.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,64:107:99:1718,0,1439 20806-ref 1268 . A C 1017.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=6.5781;MQ=34.64;MQ0=0;QD=11.57;SB=-0.01;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:83:99:1048,0,1447 20806-ref 1280 . A G 174.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8927;MQ=34.79;MQ0=0;QD=2.86;SB=-53.24;sumGLbyD=3.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,13:60:99:205,0,1584 20806-ref 1331 . C G 104.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.35;MQ0=0;QD=4.17;SB=57.28;sumGLbyD=5.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:20:99:134,0,456 20866-ref 230 . G A 206.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.50;SB=-0.01;sumGLbyD=34.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:239,18,0 20896-ref 3 . T G 116.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=23.29;SB=-0.01;sumGLbyD=29.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:149,12,0 20896-ref 32 . G C 1176.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9951;MQ=36.55;MQ0=0;QD=17.31;SB=-26.62;sumGLbyD=17.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:63:99:1207,0,724 20896-ref 38 . G A 2643.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6208;MQ=36.63;MQ0=0;QD=31.85;SB=-29.63;sumGLbyD=32.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:77:99:2677,192,0 20896-ref 196 . C G 1186.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7885;MQ=36.82;MQ0=0;QD=21.18;SB=-0.01;sumGLbyD=21.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,39:54:99:1216,0,450 20896-ref 207 . T C 850.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=34.03;SB=-0.01;sumGLbyD=35.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.18:884,72,0 20896-ref 305 . T A 344.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=20.25;SB=-0.01;sumGLbyD=22.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:16:99:374,0,107 20896-ref 374 . C T 202.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=22.46;SB=-37.00;sumGLbyD=25.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:52.93:232,0,53 21013-ref 81 . T A 463.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4689;MQ=36.81;MQ0=0;QD=8.92;SB=-0.01;sumGLbyD=9.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:51:99:494,0,1164 21013-ref 135 . A C 11.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3623;MQ=36.60;MQ0=0;QD=0.45;SB=-0.01;sumGLbyD=1.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,3:22:40.92:41,0,626 21013-ref 260 . A T 1315.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.7527;MQ=36.72;MQ0=0;QD=18.28;SB=-0.01;sumGLbyD=18.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,50:59:99:1346,0,396 21013-ref 306 . G A 1489.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.39;MQ0=0;QD=22.23;SB=-26.62;sumGLbyD=22.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,47:65:99:1519,0,537 21013-ref 357 . G A 901.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=36.79;MQ0=0;QD=18.39;SB=-0.01;sumGLbyD=19.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:931,0,612 21013-ref 443 . C T 287.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.52;MQ0=0;QD=6.84;SB=-0.01;sumGLbyD=7.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:35:99:317,0,721 21013-ref 479 . T C 694.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2481;MQ=36.74;MQ0=0;QD=17.80;SB=-0.01;sumGLbyD=18.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:38:99:724,0,489 21013-ref 732 . C T 1877.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9978;MQ=36.14;MQ0=0;QD=31.83;SB=-0.01;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:54:99:1911,119,0 21013-ref 840 . A T 1177.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.5661;MQ=36.44;MQ0=0;QD=21.80;SB=-0.01;sumGLbyD=22.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,36:52:99:1207,0,467 21013-ref 843 . C T 1117.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7314;MQ=36.43;MQ0=0;QD=21.08;SB=-0.01;sumGLbyD=21.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,35:52:99:1147,0,492 21013-ref 914 . G A 88.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=8.08;SB=-0.01;sumGLbyD=10.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:10:99:119,0,210 21013-ref 917 . G T 86.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.15;MQ0=0;QD=7.21;SB=-0.01;sumGLbyD=9.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:11:99:117,0,246 21013-ref 920 . C T 315.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.98;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.08:348,27,0 21013-ref 981 . T A 1020.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.74;SB=-0.01;sumGLbyD=24.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,33:40:99:1051,0,267 21013-ref 1049 . G T 812.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=36.73;MQ0=0;QD=21.95;SB=-0.01;sumGLbyD=22.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:842,0,352 21013-ref 1055 . C G 841.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8212;MQ=36.74;MQ0=0;QD=21.57;SB=-0.01;sumGLbyD=22.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:871,0,358 21013-ref 1119 . T C 388.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1412;MQ=35.84;MQ0=0;QD=8.82;SB=-0.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:43:99:418,0,857 21013-ref 1145 . A T 59.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9721;MQ=34.99;MQ0=0;QD=1.66;SB=-0.01;sumGLbyD=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:32:89.74:90,0,847 21013-ref 1154 . G A 81.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9673;MQ=34.93;MQ0=0;QD=2.73;SB=-0.01;sumGLbyD=3.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:30:99:112,0,747 21026-ref 38 . A C 5434.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=367;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.3677;MQ=36.89;MQ0=0;QD=14.81;SB=3.00;sumGLbyD=12.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,163:313:99:4468,0,5424 21026-ref 390 . T C 10242.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=762;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.7101;MQ=36.54;MQ0=0;QD=13.44;SB=-47.22;sumGLbyD=10.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:457,303:691:99:8122,0,12654 21026-ref 413 . G T 14391.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=976;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=85.4925;MQ=36.67;MQ0=0;QD=14.75;SB=3.00;sumGLbyD=11.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:549,423:892:99:11640,0,16421 21026-ref 509 . A T 8454.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=538;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.4259;MQ=36.53;MQ0=0;QD=15.71;SB=-20.60;sumGLbyD=13.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:279,258:481:99:7005,0,7994 21026-ref 528 . C T 8023.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=426;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.0268;MQ=36.40;MQ0=0;QD=18.83;SB=-55.86;sumGLbyD=16.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,233:385:99:6863,0,5053 21026-ref 648 . A C 1584.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5842;MQ=36.25;MQ0=0;QD=10.71;SB=-0.01;sumGLbyD=10.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,56:139:99:1615,0,2689 21026-ref 649 . 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T A 148.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:181,15,0 21050-ref 23 . G A 817.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.01;SB=-33.98;sumGLbyD=19.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:37:99:847,0,343 21050-ref 28 . A G 440.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9382;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.17;SB=3.00;sumGLbyD=9.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:44:99:470,0,879 21050-ref 360 . C T 384.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9992;MQ=36.60;MQ0=0;QD=15.38;SB=-0.01;sumGLbyD=16.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:414,0,374 21050-ref 380 . G A 186.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=11.68;SB=-0.01;sumGLbyD=13.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:15:99:217,0,256 21050-ref 418 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0 21084-ref 63 . T C 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0 21084-ref 106 . T A 340.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.33;SB=-0.01;sumGLbyD=31.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:10:30.07:373,30,0 21084-ref 150 . T C 563.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.82;MQ0=0;QD=29.65;SB=-0.01;sumGLbyD=31.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:17:51.13:596,51,0 21084-ref 172 . A G 561.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5658;MQ=34.84;MQ0=0;QD=23.38;SB=-0.01;sumGLbyD=24.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,20:21:53.20:591,0,53 21084-ref 202 . T G 598.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=35.21;MQ0=0;QD=26.01;SB=-0.01;sumGLbyD=27.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,19:22:24.51:628,0,25 21084-ref 315 . A G 557.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.35;SB=-0.01;sumGLbyD=31.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:16:48.14:591,48,0 21084-ref 450 . G A 999.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.61;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.23:1032,84,0 21084-ref 635 . A T 959.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.99;SB=-0.01;sumGLbyD=33.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:27:81.21:993,81,0 21084-ref 770 . C A 798.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=3.0436;MQ=36.19;MQ0=0;QD=31.93;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:66.20:831,66,0 21084-ref 885 . G A 214.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9991;MQ=32.58;MQ0=0;QD=7.40;SB=78.20;sumGLbyD=8.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:245,0,545 21084-ref 890 . C T 347.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=10.86;SB=-54.66;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:31:99:377,0,514 21084-ref 898 . A T 1309.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9980;MQ=34.10;MQ0=0;QD=20.15;SB=-290.84;sumGLbyD=20.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,44:62:99:1340,0,427 21084-ref 933 . T C 1937.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=34.18;MQ0=0;QD=21.77;SB=-256.34;sumGLbyD=22.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,69:84:99:1968,0,460 21084-ref 961 . A G 48.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6577;MQ=34.51;MQ0=0;QD=1.06;SB=-0.01;sumGLbyD=1.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,6:43:78.95:79,0,1140 21084-ref 968 . A C 519.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9516;MQ=33.79;MQ0=0;QD=14.43;SB=-0.01;sumGLbyD=15.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:35:99:549,0,462 21084-ref 969 . A C 105.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.9204;MQ=33.02;MQ0=0;QD=4.39;SB=-0.01;sumGLbyD=5.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:22:99:135,0,467 21084-ref 970 . T G 56.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9645;MQ=34.39;MQ0=0;QD=2.80;SB=-0.01;sumGLbyD=4.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:19:86.05:86,0,470 21084-ref 999 . A C 51.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=5.12;SB=-0.01;sumGLbyD=8.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:9:81.17:81,0,192 21084-ref 1007 . C G 106.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.37;MQ0=0;QD=6.63;SB=-0.01;sumGLbyD=8.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:15:99:136,0,334 21084-ref 1089 . T A 61.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.9418;MQ=29.50;MQ0=0;QD=1.08;SB=51.15;sumGLbyD=1.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,9:57:91.36:91,0,1367 21084-ref 1093 . T C 990.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4110;MQ=29.50;MQ0=0;QD=17.38;SB=168.31;sumGLbyD=17.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,40:57:99:1021,0,462 21084-ref 1101 . T A 1087.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=28.89;MQ0=0;QD=19.42;SB=165.30;sumGLbyD=19.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,43:56:99:1117,0,314 21084-ref 1125 . G A 38.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7675;MQ=29.17;MQ0=0;QD=0.55;SB=63.15;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,9:67:68.75:69,0,1636 21084-ref 1146 . A T 43.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2961;MQ=33.05;MQ0=0;QD=1.19;SB=-34.32;sumGLbyD=2.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:30:73.88:74,0,816 21084-ref 1158 . G A 31.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3758;MQ=34.64;MQ0=0;QD=1.42;SB=-26.62;sumGLbyD=2.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:20:61.19:61,0,552 21084-ref 1172 . T C 279.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8934;MQ=35.64;MQ0=0;QD=17.46;SB=-0.01;sumGLbyD=19.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:14:99:309,0,100 21084-ref 1201 . T C 205.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.1645;MQ=32.02;MQ0=0;QD=5.86;SB=-36.27;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:32:99:235,0,650 21084-ref 1205 . G A 172.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.8460;MQ=31.67;MQ0=0;QD=4.02;SB=21.02;sumGLbyD=4.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,9:40:99:203,0,888 21084-ref 1229 . A G 113.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.48;MQ0=0;QD=3.45;SB=-26.62;sumGLbyD=4.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:31:99:144,0,758 21084-ref 1236 . T A 67.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4338;MQ=35.34;MQ0=0;QD=2.19;SB=-30.97;sumGLbyD=3.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,6:29:97.83:98,0,806 21084-ref 1329 . A T 336.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=36.49;MQ0=0;QD=16.81;SB=-0.01;sumGLbyD=18.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:19:99:366,0,237 21084-ref 1407 . G A 65.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.04;MQ0=0;QD=8.14;SB=-0.01;sumGLbyD=11.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:92:95,0,92 21084-ref 1511 . T C 63.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=10.51;SB=-0.01;sumGLbyD=15.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:4:23.22:93,0,23 21084-ref 1533 . T G 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0 21084-ref 1549 . 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A G 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=4.33;SB=3.00;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,56 21084-ref 1755 . G C 24.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.10;SB=-0.01;sumGLbyD=9.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:54.58:55,0,101 21114-ref 138 . G A 32.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.85;SB=-0.01;sumGLbyD=20.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:63,0,21 21114-ref 151 . G C 40.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0 21114-ref 214 . A G 31.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.53;SB=-0.01;sumGLbyD=20.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24.41:62,0,24 21114-ref 370 . T A 51.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7271;MQ=32.73;MQ0=0;QD=10.26;SB=-0.01;sumGLbyD=16.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:26.56:81,0,27 21114-ref 388 . C T 17.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7878;MQ=32.73;MQ0=0;QD=3.47;SB=-0.01;sumGLbyD=9.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:4:47.24:47,0,47 21114-ref 389 . A G 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=32.73;MQ0=0;QD=3.46;SB=-0.01;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:4:47.22:47,0,49 21114-ref 487 . A G 40.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.48;SB=-0.01;sumGLbyD=23.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:12.66:70,0,13 21114-ref 532 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.47;SB=-0.01;sumGLbyD=15.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:4:6.02:79,6,0 21114-ref 570 . A G 19.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.80;SB=-0.01;sumGLbyD=7.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:49.52:50,0,135 21114-ref 626 . C G 268.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:301,24,0 21114-ref 654 . A T 79.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0 21134-ref 110 . C G 896.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.21;SB=-0.01;sumGLbyD=34.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:26:38.24:930,38,0 21134-ref 186 . A C 35.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4662;MQ=35.12;MQ0=0;QD=3.22;SB=-0.01;sumGLbyD=5.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:65.46:65,0,263 21134-ref 195 . G A 169 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=28.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:199,0,19 21134-ref 199 . A G 756.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9986;MQ=36.70;MQ0=0;QD=22.25;SB=-0.01;sumGLbyD=23.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,23:34:99:787,0,196 21134-ref 200 . C G 1681.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9984;MQ=36.83;MQ0=0;QD=28.50;SB=3.00;sumGLbyD=29.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,49:59:99:1712,0,184 21134-ref 363 . T C 10252.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=755;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.4567;MQ=36.75;MQ0=0;QD=13.58;SB=3.00;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:474,281:719:99:8086,0,14471 21134-ref 376 . C T 8649.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=726;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.5175;MQ=36.60;MQ0=0;QD=11.91;SB=3.00;sumGLbyD=9.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:482,242:686:99:6546,0,15219 21134-ref 418 . C G 11416.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=884;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.4329;MQ=36.66;MQ0=0;QD=12.91;SB=3.00;sumGLbyD=10.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:557,323:823:99:8867,0,16862 21134-ref 436 . G A 12147.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=868;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=46.0357;MQ=36.69;MQ0=0;QD=13.99;SB=-23.62;sumGLbyD=11.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:528,339:819:99:9650,0,16297 21134-ref 517 . C A 307.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=442;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.6878;MQ=36.57;MQ0=0;QD=0.70;SB=-26.62;sumGLbyD=0.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:392,48:409:99:338,0,12576 21134-ref 538 . A G 562.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=550;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=56.0214;MQ=35.96;MQ0=0;QD=1.02;SB=-47.23;sumGLbyD=1.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:482,67:496:99:593,0,13987 21134-ref 549 . T C 3049.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=731;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.3589;MQ=36.00;MQ0=0;QD=4.17;SB=-80.52;sumGLbyD=4.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:579,150:683:99:3079,0,17938 21134-ref 577 . A G 667.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=601;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.7765;MQ=36.15;MQ0=0;QD=1.11;SB=3.00;sumGLbyD=1.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:520,80:567:99:698,0,16161 21134-ref 592 . A G 7281.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=853;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.3532;MQ=35.87;MQ0=0;QD=8.54;SB=-47.22;sumGLbyD=5.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:641,201:826:99:4457,0,21055 21134-ref 593 . T C 8002.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=867;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=46.1027;MQ=35.88;MQ0=0;QD=9.23;SB=-47.22;sumGLbyD=6.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:636,229:837:99:5480,0,20654 21134-ref 643 . T A 13654.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=997;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.3333;MQ=36.84;MQ0=0;QD=13.70;SB=2.98;sumGLbyD=11.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:559,433:879:99:10976,0,15165 21134-ref 726 . G A 13264.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=951;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.4927;MQ=36.09;MQ0=0;QD=13.95;SB=-267.83;sumGLbyD=10.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:581,370:941:99:10429,0,19134 21134-ref 738 . C T 10641.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=757;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=65.6681;MQ=35.91;MQ0=0;QD=14.06;SB=-127.07;sumGLbyD=11.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:456,297:739:99:8357,0,14238 21134-ref 757 . C T 2320.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=369;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=57.0024;MQ=35.40;MQ0=0;QD=6.29;SB=-603.52;sumGLbyD=6.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:265,103:358:99:2351,0,8489 21134-ref 773 . C G 330.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=297;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.8448;MQ=35.94;MQ0=0;QD=1.11;SB=-17.60;sumGLbyD=1.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:258,38:281:99:360,0,8318 21134-ref 776 . T C 255.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=290;DS;Dels=0.01;HRun=3;HaplotypeScore=28.8948;MQ=36.16;MQ0=0;QD=0.88;SB=6.00;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,34:271:99:285,0,8177 21134-ref 797 . T C 12499.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=416;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.8546;MQ=36.29;MQ0=0;QD=30.05;SB=-72.57;sumGLbyD=27.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,355:393:99:11315,0,940 21134-ref 833 . G T 610.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=302;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.0634;MQ=35.99;MQ0=0;QD=2.02;SB=-0.01;sumGLbyD=2.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,48:293:99:641,0,8193 21134-ref 850 . T C 467.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2998;MQ=35.73;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=2.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,33:196:99:498,0,5404 21134-ref 854 . T A 380.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9859;MQ=35.56;MQ0=0;QD=2.22;SB=-0.01;sumGLbyD=2.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,29:169:99:410,0,4679 21134-ref 873 . G C 634.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.7103;MQ=34.88;MQ0=0;QD=14.42;SB=12.03;sumGLbyD=15.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:40:99:664,0,534 21134-ref 875 . C G 398.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.8489;MQ=34.88;MQ0=0;QD=10.23;SB=12.00;sumGLbyD=11.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:429,0,570 21134-ref 876 . 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T C 153.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9947;MQ=36.47;MQ0=0;QD=8.09;SB=-0.01;sumGLbyD=9.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:17:99:184,0,381 21149-ref 173 . A C 366.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.29;SB=-0.01;sumGLbyD=20.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:397,0,184 21149-ref 221 . T C 239.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3978;MQ=34.93;MQ0=0;QD=15.96;SB=-0.01;sumGLbyD=17.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:12:80.20:269,0,80 21149-ref 242 . T C 134.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9973;MQ=34.60;MQ0=0;QD=10.37;SB=-26.62;sumGLbyD=12.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:12:99:165,0,161 21149-ref 244 . C G 177.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9973;MQ=34.39;MQ0=0;QD=14.80;SB=-26.62;sumGLbyD=17.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:11:99:208,0,116 21149-ref 250 . G A 43.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.9986;MQ=35.42;MQ0=0;QD=3.35;SB=3.00;sumGLbyD=5.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:12:73.53:74,0,298 21149-ref 311 . T C 548.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8712;MQ=36.65;MQ0=0;QD=18.90;SB=-0.01;sumGLbyD=19.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:26:99:578,0,212 21149-ref 314 . C T 431.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6598;MQ=36.67;MQ0=0;QD=13.92;SB=-0.01;sumGLbyD=14.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:27:99:462,0,333 21149-ref 358 . A G 295.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3356;MQ=36.30;MQ0=0;QD=10.18;SB=-0.01;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:27:99:325,0,541 21149-ref 389 . T A 233.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7338;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.98;SB=-0.01;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:264,0,259 21149-ref 405 . T G 72.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9877;MQ=32.22;MQ0=0;QD=4.00;SB=-0.01;sumGLbyD=5.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:17:99:102,0,348 21149-ref 414 . C T 116.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9878;MQ=31.97;MQ0=0;QD=7.73;SB=-0.01;sumGLbyD=9.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:14:99:146,0,245 21149-ref 415 . C T 198.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9878;MQ=31.97;MQ0=0;QD=13.26;SB=-0.01;sumGLbyD=15.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:229,0,172 21149-ref 426 . T C 14.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9985;MQ=33.14;MQ0=0;QD=1.29;SB=-0.01;sumGLbyD=4.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:44.02:44,0,278 21149-ref 428 . C G 253.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=32.73;MQ0=0;QD=25.31;SB=-0.01;sumGLbyD=28.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.24:283,0,9 21149-ref 488 . T C 269.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=15.85;SB=-0.01;sumGLbyD=17.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:16:99:299,0,211 21149-ref 517 . A T 550.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.73;SB=-0.01;sumGLbyD=38.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:584,45,0 21149-ref 532 . A C 157.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.63;MQ0=0;QD=10.50;SB=-0.01;sumGLbyD=12.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:14:99:188,0,276 21149-ref 577 . T G 124.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=17.82;SB=-0.01;sumGLbyD=22.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:7:12.04:157,12,0 21149-ref 649 . G C 94.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=23.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:127,12,0 21149-ref 676 . A G 64.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.05;SB=-0.01;sumGLbyD=24.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:96,9,0 21149-ref 677 . A C 64.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.07;SB=-0.01;sumGLbyD=24.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:96,9,0 21149-ref 686 . G A 45.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=34.01;MQ0=0;QD=6.57;SB=-0.01;sumGLbyD=10.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:75.98:76,0,129 21149-ref 715 . C A 31.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.32;SB=-0.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:61.94:62,0,98 21149-ref 770 . G A 26.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.55;SB=-0.01;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:56.17:56,0,58 21149-ref 793 . C T 80.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=27.82;MQ0=0;QD=16.01;SB=-0.01;sumGLbyD=22.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.59:110,0,15 21149-ref 798 . A G 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9993;MQ=27.82;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,84 21149-ref 819 . A C 73.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.32;SB=-0.01;sumGLbyD=17.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:60.56:104,0,61 21149-ref 846 . T C 136.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=15.18;SB=-0.01;sumGLbyD=18.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:92.95:167,0,93 21149-ref 859 . T C 18.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.86;SB=-0.01;sumGLbyD=4.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:48.50:49,0,255 21149-ref 876 . C T 29.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.44;SB=-0.01;sumGLbyD=4.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:59.21:59,0,309 21149-ref 883 . A G 30.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9984;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.15;SB=-0.01;sumGLbyD=4.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:13:60.16:60,0,317 21149-ref 900 . T C 60.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9904;MQ=34.21;MQ0=0;QD=4.02;SB=3.00;sumGLbyD=6.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:90.24:90,0,345 21149-ref 915 . A G 91.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=5.08;SB=-0.01;sumGLbyD=6.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:121,0,439 21149-ref 929 . T C 138.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=8.13;SB=-0.01;sumGLbyD=9.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:168,0,356 21149-ref 935 . G A 513.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.20;SB=-0.01;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:546,45,0 21149-ref 953 . C T 592.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:626,51,0 21149-ref 1009 . T A 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=17.46;SB=-0.01;sumGLbyD=23.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9.03:119,9,0 21149-ref 1019 . A G 115.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:148,12,0 21149-ref 1029 . A G 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8153;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.60;SB=-0.01;sumGLbyD=9.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:4:57.59:58,0,68 21149-ref 1030 . G C 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8179;MQ=34.93;MQ0=0;QD=8.06;SB=-0.01;sumGLbyD=14.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:3:30.98:70,0,31 21149-ref 1109 . A G 258.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:291,24,0 21149-ref 1169 . A G 94.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.52;MQ0=0;QD=4.48;SB=-0.01;sumGLbyD=5.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:20:99:124,0,503 21149-ref 1182 . T G 718.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.17:752,60,0 21149-ref 1201 . C A 70.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9990;MQ=35.06;MQ0=0;QD=4.38;SB=-0.01;sumGLbyD=6.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:13:99:100,0,285 21149-ref 1209 . T C 79.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=5.70;SB=-0.01;sumGLbyD=7.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:13:99:110,0,298 21149-ref 1230 . C T 130.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.42;MQ0=0;QD=10.02;SB=-0.01;sumGLbyD=12.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:160,0,211 21149-ref 1244 . C A 232.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=19.39;SB=-0.01;sumGLbyD=21.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:11:80.86:263,0,81 21149-ref 1273 . C T 37.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=5.40;SB=-0.01;sumGLbyD=9.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:67.81:68,0,137 21149-ref 1291 . C T 37.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=5.40;SB=-0.01;sumGLbyD=9.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:67.81:68,0,132 21149-ref 1310 . C A 176.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.34;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:209,18,0 21149-ref 1319 . T A 102.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=33.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:135,12,0 21149-ref 1349 . G A 24.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.58:55,0,104 21149-ref 1355 . A T 23.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.78;SB=-0.01;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:53.89:54,0,104 21149-ref 1398 . C T 25.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.11;SB=-0.01;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:55.55:56,0,104 21149-ref 1478 . T C 98.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.43;SB=-0.01;sumGLbyD=21.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.96:129,0,62 21149-ref 1496 . T C 55.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.95;SB=-0.01;sumGLbyD=10.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:85.56:86,0,162 21149-ref 1525 . G C 128.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=14.32;SB=-0.01;sumGLbyD=17.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:159,0,110 21149-ref 1585 . T A 63.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=7.94;SB=-0.01;sumGLbyD=11.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:6:90.64:93,0,91 21149-ref 1596 . T A 19.70 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=2.46;SB=-0.01;sumGLbyD=6.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:6:49.65:50,0,110 21149-ref 1607 . C G 186.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.12;SB=-0.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:220,18,0 21149-ref 1612 . T C 132.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=18.90;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:6:18.93:162,0,19 21149-ref 1697 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0 21149-ref 1754 . A C 14.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.07;MQ0=0;QD=1.28;SB=-0.01;sumGLbyD=3.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:43.92:44,0,270 21149-ref 1786 . G A 14.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.48;SB=-0.01;sumGLbyD=4.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:44.69:45,0,265 21149-ref 1814 . A G 33.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.31;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:61.40:63,0,61 21149-ref 1815 . A T 28.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.10;SB=-0.01;sumGLbyD=14.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:58.38:58,0,66 21149-ref 1974 . G T 35.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.96;SB=-0.01;sumGLbyD=5.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:11:65.46:65,0,269 21149-ref 2083 . A C 130.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.66;SB=-0.01;sumGLbyD=9.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:16:99:160,0,291 21149-ref 2144 . A T 63.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.98;SB=-0.01;sumGLbyD=11.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:93.82:94,0,171 21149-ref 2213 . C T 34.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.85;SB=-0.01;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:4:64.26:64,0,66 21149-ref 2320 . T G 109.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:43.62:139,0,44 21149-ref 2392 . T C 191.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=32.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.05:224,18,0 21149-ref 2397 . G A 50.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=7.19;SB=-0.01;sumGLbyD=11.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:6:80.31:80,0,102 21149-ref 2442 . C T 271.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9991;MQ=34.69;MQ0=0;QD=30.22;SB=-0.01;sumGLbyD=33.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:24.07:305,24,0 21149-ref 2504 . T C 109.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.13;SB=-0.01;sumGLbyD=11.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:140,0,230 21262-ref 242 . A T 226.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=28.37;SB=-0.01;sumGLbyD=32.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:260,24,0 21262-ref 244 . C T 188.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=26.94;SB=-0.01;sumGLbyD=31.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:221,21,0 21262-ref 246 . C A 82.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.52;SB=-0.01;sumGLbyD=28.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:115,12,0 21262-ref 247 . T G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 21262-ref 670 . A T 201.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.0059;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.05;SB=-0.01;sumGLbyD=9.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:24:99:231,0,498 21298-ref 70 . A C 153.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.54;SB=-0.01;sumGLbyD=31.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:186,15,0 21298-ref 128 . G A 41.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.69;SB=-0.01;sumGLbyD=23.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:15.67:71,0,16 21298-ref 202 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 21298-ref 204 . G A 31.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.72;SB=-0.01;sumGLbyD=31.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:63,6,0 21298-ref 393 . C T 1009.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.05;MQ0=0;QD=31.56;SB=-0.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:28:84.25:1043,84,0 21298-ref 404 . A G 1351.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.01;MQ0=0;QD=32.95;SB=-29.63;sumGLbyD=33.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:37:99:1384,111,0 21298-ref 406 . C T 205.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.03;MQ0=0;QD=4.89;SB=-26.62;sumGLbyD=5.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:40:99:236,0,1001 21298-ref 483 . C T 3995.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8716;MQ=36.91;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:108:99:3995,325,0 21298-ref 561 . C T 1024.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.6012;MQ=36.49;MQ0=0;QD=12.97;SB=-0.01;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:76:99:1055,0,1348 21298-ref 635 . A G 916.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.0460;MQ=36.74;MQ0=0;QD=11.90;SB=-0.01;sumGLbyD=12.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:71:99:946,0,1331 21298-ref 665 . A T 639.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.60;MQ0=0;QD=12.78;SB=-0.01;sumGLbyD=13.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:49:99:669,0,904 21298-ref 695 . G A 508.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=31.75;SB=-0.01;sumGLbyD=33.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.12:541,45,0 21298-ref 730 . T C 37.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=34.39;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:51.94:68,0,52 21298-ref 736 . G T 64.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:95,0,28 21298-ref 746 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 21304-ref 39 . G A 73.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.74;MQ0=0;QD=1.90;SB=-0.01;sumGLbyD=2.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,6:39:99:104,0,1147 21304-ref 298 . A G 11269.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=423;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.9742;MQ=36.81;MQ0=0;QD=26.64;SB=3.00;sumGLbyD=23.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,323:386:99:10070,0,1908 21304-ref 508 . A G 14715.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=598;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.7002;MQ=36.66;MQ0=0;QD=24.61;SB=-22.64;sumGLbyD=21.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,405:574:99:12949,0,5338 21304-ref 571 . T C 9947.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=448;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.8230;MQ=36.53;MQ0=0;QD=22.20;SB=-26.62;sumGLbyD=19.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,297:396:99:8754,0,3557 21304-ref 595 . T C 12072.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=332;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.0594;MQ=36.42;MQ0=0;QD=36.36;SB=-68.71;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,331:324:99:12031,935,0 21304-ref 638 . A G 1452.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8344;MQ=36.42;MQ0=0;QD=9.25;SB=21.05;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,52:150:99:1482,0,3155 21304-ref 721 . T G 168.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.69;MQ0=0;QD=18.70;SB=-0.01;sumGLbyD=22.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:52.95:198,0,53 21304-ref 734 . T G 94.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9987;MQ=32.73;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=24.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:124,0,25 21304-ref 740 . C A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 21304-ref 741 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 21304-ref 742 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 21321-ref 147 . A G 31.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.96:62,0,128 21321-ref 209 . A T 64.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.07;SB=-0.01;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:21:94.39:94,0,554 21321-ref 266 . A G 335.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1415;MQ=35.34;MQ0=0;QD=4.93;SB=-0.01;sumGLbyD=5.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,17:61:99:365,0,1433 21321-ref 273 . A G 321.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6107;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.87;SB=-0.01;sumGLbyD=5.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,17:60:99:352,0,1400 21321-ref 290 . A G 177.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3731;MQ=35.08;MQ0=0;QD=3.02;SB=-0.01;sumGLbyD=3.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,13:55:99:208,0,1346 21321-ref 307 . G C 82.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1339;MQ=35.48;MQ0=0;QD=1.52;SB=-0.01;sumGLbyD=2.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,11:44:99:112,0,1159 21321-ref 350 . A C 409.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8540;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.19;SB=-0.01;sumGLbyD=7.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:49:99:440,0,1099 21321-ref 425 . C T 361.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4517;MQ=36.64;MQ0=0;QD=12.91;SB=-0.01;sumGLbyD=13.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:26:99:391,0,415 21321-ref 481 . T C 201.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9025;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.39;SB=-0.01;sumGLbyD=9.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:231,0,494 21321-ref 490 . G C 699.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:733,57,0 21321-ref 522 . A G 391.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9982;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.79;SB=-0.01;sumGLbyD=10.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:39:99:422,0,803 21321-ref 548 . G T 1698.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1732,138,0 21321-ref 576 . T C 975.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8316;MQ=36.61;MQ0=0;QD=18.76;SB=-26.62;sumGLbyD=19.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:48:99:1006,0,476 21321-ref 615 . C T 1378.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8151;MQ=36.05;MQ0=0;QD=32.07;SB=-29.63;sumGLbyD=32.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:38:99:1412,114,0 21321-ref 647 . A G 635.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6300;MQ=36.39;MQ0=0;QD=19.25;SB=-0.01;sumGLbyD=20.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,23:30:99:665,0,296 21321-ref 679 . G A 75.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0 21358-ref 23 . G T 25.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4642;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.50;SB=-27.42;sumGLbyD=1.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,6:45:55.04:55,0,1360 21358-ref 117 . G A 640.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.8688;MQ=33.79;MQ0=0;QD=10.85;SB=-0.01;sumGLbyD=11.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:670,0,992 21358-ref 128 . C T 481.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9772;MQ=33.93;MQ0=0;QD=8.30;SB=-0.01;sumGLbyD=8.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:56:99:511,0,1157 21358-ref 137 . T A 279.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5080;MQ=33.75;MQ0=0;QD=5.09;SB=-0.01;sumGLbyD=5.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:52:99:310,0,1210 21358-ref 141 . C A 359.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9007;MQ=34.26;MQ0=0;QD=5.89;SB=-0.01;sumGLbyD=6.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:58:99:389,0,1287 21358-ref 149 . A G 348.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7439;MQ=36.64;MQ0=0;QD=6.22;SB=-0.01;sumGLbyD=6.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:50:99:378,0,1192 21358-ref 222 . C A 4536.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9633;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.90;SB=-0.01;sumGLbyD=34.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:124:99:4536,373,0 21358-ref 225 . 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C T 1789.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5888;MQ=36.90;MQ0=0;QD=17.21;SB=-0.01;sumGLbyD=17.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:100:99:1820,0,1300 21358-ref 618 . G A 1143.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1791;MQ=35.66;MQ0=0;QD=13.61;SB=-0.01;sumGLbyD=13.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:79:99:1173,0,1256 21358-ref 625 . C T 1032.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4964;MQ=35.50;MQ0=0;QD=12.59;SB=-0.01;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:81:99:1062,0,1429 21358-ref 637 . T C 1140.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8022;MQ=35.76;MQ0=0;QD=12.54;SB=-0.01;sumGLbyD=12.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:88:99:1171,0,1497 21358-ref 679 . A T 468.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9382;MQ=34.52;MQ0=0;QD=11.16;SB=-0.01;sumGLbyD=11.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:499,0,701 21358-ref 680 . 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A T 12436.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.5495;MQ=36.70;MQ0=0;QD=12.44;SB=-0.01;sumGLbyD=9.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:652,347:939:99:9607,0,20127 21538-ref 139 . C T 9547.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=84.1358;MQ=36.77;MQ0=0;QD=9.55;SB=-0.01;sumGLbyD=7.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:654,335:759:99:7260,0,16261 21538-ref 306 . G A 9506.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=636;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.6780;MQ=36.75;MQ0=0;QD=14.95;SB=6.01;sumGLbyD=12.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:365,269:594:99:7643,0,10970 21538-ref 342 . C G 8657.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=43.4007;MQ=36.83;MQ0=0;QD=8.66;SB=3.00;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:752,240:947:99:5558,0,24793 21538-ref 364 . T G 7963.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.8131;MQ=36.90;MQ0=0;QD=7.96;SB=-0.01;sumGLbyD=5.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:772,227:956:99:5084,0,25509 21538-ref 430 . 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G A 9232.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=966;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=30.4640;MQ=36.76;MQ0=0;QD=9.56;SB=21.04;sumGLbyD=6.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:708,257:940:99:6400,0,23237 21538-ref 1283 . T C 2285.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=731;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.0262;MQ=36.66;MQ0=0;QD=3.13;SB=12.02;sumGLbyD=3.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:607,122:701:99:2315,0,19997 21538-ref 1409 . C G 17136.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=475;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.6942;MQ=36.79;MQ0=0;QD=36.08;SB=-29.63;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,468:461:99:17000,1338,0 21538-ref 1488 . A G 27282.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=56.9829;MQ=36.53;MQ0=0;QD=27.28;SB=-0.01;sumGLbyD=24.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,814:892:99:24529,0,2951 21538-ref 1517 . T A 1454.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=940;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.5141;MQ=36.67;MQ0=0;QD=1.55;SB=-0.01;sumGLbyD=1.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:816,116:839:99:1485,0,24312 21538-ref 1521 . A C 1260.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=985;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.6741;MQ=36.60;MQ0=0;QD=1.28;SB=-0.01;sumGLbyD=1.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:862,118:892:99:1290,0,25654 21538-ref 1524 . C T 1277.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=965;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.3499;MQ=36.60;MQ0=0;QD=1.32;SB=-64.49;sumGLbyD=1.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:847,117:907:99:1307,0,27061 21538-ref 1596 . A G 19539.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=610;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.5451;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.03;SB=-71.99;sumGLbyD=29.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,557:590:36.38:17724,0,36 21538-ref 1597 . A G 19603.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=603;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.8464;MQ=34.35;MQ0=0;QD=32.51;SB=-80.07;sumGLbyD=29.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,553:592:9.33:17819,0,9 21538-ref 1620 . A T 14096.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=469;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8620;MQ=34.05;MQ0=0;QD=30.06;SB=-96.23;sumGLbyD=28.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,439:430:99:13132,359,0 21538-ref 1626 . A G 10335.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.1430;MQ=34.06;MQ0=0;QD=28.71;SB=-57.30;sumGLbyD=26.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,332:321:99:9568,201,0 21544-ref 31 . T A 4762.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=13.5237;MQ=36.75;MQ0=0;QD=29.58;SB=-0.01;sumGLbyD=29.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,157:130:99:4728,357,0 21544-ref 538 . G T 12021.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=376;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.3120;MQ=36.79;MQ0=0;QD=31.97;SB=-0.01;sumGLbyD=31.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,368:331:99:11755,805,0 21544-ref 813 . G A 2308.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4503;MQ=36.84;MQ0=0;QD=37.24;SB=-29.63;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:61:99:2342,184,0 21568-ref 217 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 21574-ref 30 . G A 270.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1415;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.28;SB=-37.00;sumGLbyD=13.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:19:99:300,0,321 21574-ref 110 . T C 2405.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0025;MQ=36.94;MQ0=0;QD=13.29;SB=-0.01;sumGLbyD=13.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,80:175:99:2435,0,3152 21574-ref 167 . C T 1655.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2400;MQ=35.68;MQ0=0;QD=11.27;SB=-0.01;sumGLbyD=11.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,67:129:99:1686,0,2129 21574-ref 179 . A T 4792.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3633;MQ=35.55;MQ0=0;QD=33.99;SB=-29.63;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:130:99:4792,391,0 21574-ref 191 . A C 1366.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8038;MQ=35.59;MQ0=0;QD=10.43;SB=-26.62;sumGLbyD=10.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,52:119:99:1396,0,2299 21574-ref 293 . G A 666.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.88;SB=-0.01;sumGLbyD=14.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:45:99:696,0,719 21584-ref 62 . C T 40.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.44;SB=-0.01;sumGLbyD=24.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0 21584-ref 83 . C G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0 21584-ref 93 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 21584-ref 188 . C T 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=13.79;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,97 21584-ref 200 . C G 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.92;SB=16.79;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.20:41,0,130 21584-ref 294 . A C 63.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.09;SB=-0.01;sumGLbyD=13.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:93.64:94,0,134 21584-ref 342 . G T 21.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.37;SB=-0.01;sumGLbyD=10.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:51.81:52,0,100 21584-ref 389 . T G 11.25 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.80;SB=-0.01;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,2:13:40.90:41,0,357 21584-ref 463 . T C 51.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4341;MQ=35.31;MQ0=0;QD=1.34;SB=10.27;sumGLbyD=2.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:33:81.10:81,0,875 21584-ref 688 . A C 1060.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9466;MQ=36.33;MQ0=0;QD=11.66;SB=-0.01;sumGLbyD=11.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:88:99:1091,0,1678 21584-ref 712 . A G 659.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9372;MQ=36.30;MQ0=0;QD=9.03;SB=-35.57;sumGLbyD=9.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:61:99:690,0,1139 21584-ref 766 . T C 612.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8956;MQ=36.62;MQ0=0;QD=7.75;SB=3.00;sumGLbyD=8.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,25:75:99:642,0,1644 21584-ref 789 . A G 446.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.84;MQ0=0;QD=8.43;SB=-0.01;sumGLbyD=8.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:53:99:477,0,1135 21584-ref 793 . G T 434.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.80;MQ0=0;QD=8.53;SB=-0.01;sumGLbyD=9.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:49:99:465,0,1025 21604-ref 45 . 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C A 2745.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=321;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=19.4385;MQ=34.60;MQ0=0;QD=8.55;SB=-23.62;sumGLbyD=8.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,116:305:99:2775,0,6401 21604-ref 272 . G A 1999.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1196;MQ=36.82;MQ0=0;QD=9.01;SB=-0.01;sumGLbyD=9.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,79:198:99:2029,0,4299 21676-ref 48 . G A 2158.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1961;MQ=36.63;MQ0=0;QD=15.99;SB=-0.01;sumGLbyD=16.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,76:119:99:2188,0,1484 21676-ref 301 . A T 1055.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8798;MQ=36.86;MQ0=0;QD=14.66;SB=-0.01;sumGLbyD=15.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:68:99:1086,0,962 21676-ref 370 . T C 895.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.6056;MQ=36.89;MQ0=0;QD=9.63;SB=-0.01;sumGLbyD=9.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:78:99:925,0,1467 21697-ref 628 . A G 50.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=16.99;SB=-0.01;sumGLbyD=27.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:83,9,0 21716-ref 3 . C T 33.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.01;SB=-24.44;sumGLbyD=21.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.01:64,6,0 21716-ref 180 . C G 4294.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6946;MQ=36.82;MQ0=0;QD=18.75;SB=3.00;sumGLbyD=15.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,119:215:99:3647,0,3177 21716-ref 232 . G C 4379.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.0298;MQ=36.92;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=15.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,124:216:99:3729,0,3073 21716-ref 285 . G A 6170.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=366;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.2642;MQ=36.95;MQ0=0;QD=16.86;SB=-0.01;sumGLbyD=14.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,172:336:99:5158,0,5502 21716-ref 382 . A T 9212.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=537;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.4668;MQ=36.68;MQ0=0;QD=17.15;SB=-24.96;sumGLbyD=14.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,265:512:99:7669,0,8068 21716-ref 555 . C A 3977.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.3689;MQ=36.87;MQ0=0;QD=16.64;SB=-0.01;sumGLbyD=13.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,113:213:99:3336,0,3437 21716-ref 629 . T A 5344.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0087;MQ=36.85;MQ0=0;QD=19.36;SB=-97.97;sumGLbyD=16.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,146:262:99:4536,0,3723 21716-ref 705 . C T 4980.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=373;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5577;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.35;SB=-0.01;sumGLbyD=10.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:232,140:352:99:3920,0,7361 21716-ref 726 . T C 6816.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=520;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.6584;MQ=36.84;MQ0=0;QD=13.11;SB=3.00;sumGLbyD=10.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:331,187:489:99:5321,0,9952 21716-ref 882 . A G 1308.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=305;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.4043;MQ=36.70;MQ0=0;QD=4.29;SB=6.01;sumGLbyD=4.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:237,68:250:99:1339,0,6036 21743-ref 31 . A T 2399.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2970;MQ=36.89;MQ0=0;QD=13.64;SB=-0.01;sumGLbyD=13.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,79:164:99:2430,0,2763 21743-ref 210 . T C 3087.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5447;MQ=36.81;MQ0=0;QD=14.36;SB=-26.62;sumGLbyD=14.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,102:211:99:3118,0,3513 21743-ref 297 . G A 1899.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.4625;MQ=36.79;MQ0=0;QD=13.28;SB=-0.01;sumGLbyD=13.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,64:137:99:1929,0,2352 21743-ref 339 . C A 1335.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1703;MQ=36.24;MQ0=0;QD=14.20;SB=-37.00;sumGLbyD=14.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:89:99:1365,0,1257 21743-ref 341 . A G 1266.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7011;MQ=36.23;MQ0=0;QD=13.77;SB=3.00;sumGLbyD=14.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:90:99:1297,0,1389 21743-ref 383 . T C 1518.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7844;MQ=35.71;MQ0=0;QD=15.99;SB=-0.01;sumGLbyD=16.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:85:99:1549,0,1105 21743-ref 390 . C G 1369.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.0721;MQ=35.66;MQ0=0;QD=14.89;SB=-0.01;sumGLbyD=15.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:85:99:1400,0,1239 21743-ref 499 . G A 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0 21784-ref 71 . C T 774.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5867;MQ=36.36;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=9.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:72:99:805,0,1469 21784-ref 125 . G A 670.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0716;MQ=36.14;MQ0=0;QD=9.45;SB=-0.01;sumGLbyD=9.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:61:99:701,0,1156 21784-ref 162 . A G 681.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3599;MQ=36.14;MQ0=0;QD=9.61;SB=-0.01;sumGLbyD=10.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:67:99:712,0,1358 21784-ref 168 . A G 2526.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8907;MQ=36.30;MQ0=0;QD=35.09;SB=-0.01;sumGLbyD=35.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:68:99:2559,205,0 21784-ref 224 . C T 553.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5167;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.29;SB=-0.01;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:41:99:583,0,709 21784-ref 238 . A C 519.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6168;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.44;SB=-0.01;sumGLbyD=15.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:30:99:550,0,377 21784-ref 247 . A G 143.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0662;MQ=36.69;MQ0=0;QD=4.36;SB=-26.62;sumGLbyD=5.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:27:99:174,0,671 21784-ref 282 . G A 20.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8050;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.62;SB=-0.01;sumGLbyD=1.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,4:29:50.55:51,0,818 21784-ref 318 . C T 671.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.21;SB=37.76;sumGLbyD=30.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:25.39:705,25,0 21784-ref 369 . C G 1243.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.28;MQ0=0;QD=31.09;SB=-0.01;sumGLbyD=31.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:38:99:1277,114,0 21784-ref 378 . C T 321.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=30.98;MQ0=0;QD=8.04;SB=-0.01;sumGLbyD=8.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:39:99:351,0,678 21784-ref 400 . C T 1203.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.95;MQ0=0;QD=31.67;SB=-0.01;sumGLbyD=32.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:37:99:1236,111,0 21784-ref 401 . A C 399.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.77;MQ0=0;QD=10.80;SB=-0.01;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:430,0,561 21784-ref 404 . T C 484.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=30.72;MQ0=0;QD=13.84;SB=-0.01;sumGLbyD=14.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:32:99:514,0,362 21784-ref 415 . C G 486.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=32.84;MQ0=0;QD=11.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:36:99:516,0,457 21784-ref 490 . A G 731.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6210;MQ=36.26;MQ0=0;QD=17.84;SB=-0.01;sumGLbyD=18.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:38:99:762,0,464 21784-ref 495 . 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G T 1400.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=36.87;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1434,114,0 21824-ref 138 . G C 105.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.49;MQ0=0;QD=1.06;SB=-0.01;sumGLbyD=1.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,11:98:99:135,0,2965 21824-ref 272 . A T 12459.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=341;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.2594;MQ=36.23;MQ0=0;QD=36.54;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,338:335:99:12379,929,0 21824-ref 285 . C T 9342.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=302;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2814;MQ=36.23;MQ0=0;QD=30.93;SB=-0.01;sumGLbyD=30.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,295:272:99:9217,769,0 21824-ref 324 . A C 3193.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.0972;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.30;SB=-485.82;sumGLbyD=31.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:92:99:3226,277,0 21824-ref 345 . A G 7679.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3792;MQ=36.15;MQ0=0;QD=33.83;SB=-1210.13;sumGLbyD=33.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,223:210:99:7569,559,0 21824-ref 373 . T C 11217.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=8.7479;MQ=36.80;MQ0=0;QD=36.66;SB=-2978.89;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,301:296:99:11190,888,0 21824-ref 448 . G A 14015.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=389;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9365;MQ=36.19;MQ0=0;QD=36.03;SB=-108.95;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,389:376:99:14013,1131,0 21824-ref 468 . T C 753.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=31.6410;MQ=35.85;MQ0=0;QD=2.23;SB=-23.61;sumGLbyD=2.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:275,56:312:99:783,0,8526 21824-ref 490 . G T 618.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2310;MQ=35.35;MQ0=0;QD=2.47;SB=-33.30;sumGLbyD=2.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,45:243:99:648,0,6848 21824-ref 502 . C T 824.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.8316;MQ=34.56;MQ0=0;QD=3.80;SB=-23.61;sumGLbyD=3.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,50:205:99:855,0,5146 21824-ref 518 . G T 986.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9727;MQ=34.21;MQ0=0;QD=5.74;SB=-26.62;sumGLbyD=5.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,49:163:99:1017,0,3759 21824-ref 526 . C A 1036.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.1516;MQ=34.65;MQ0=0;QD=7.10;SB=-0.01;sumGLbyD=7.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,46:140:99:1066,0,3126 21824-ref 603 . C T 21.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5156;MQ=35.50;MQ0=0;QD=0.15;SB=-0.01;sumGLbyD=0.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,15:111:51.15:51,0,3359 21824-ref 607 . G A 25.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.8152;MQ=35.50;MQ0=0;QD=0.20;SB=-0.01;sumGLbyD=0.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,14:106:55.34:55,0,3174 21824-ref 622 . C G 5047.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=324;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.6798;MQ=36.37;MQ0=0;QD=15.58;SB=-0.01;sumGLbyD=12.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,134:306:99:4094,0,5553 21824-ref 649 . G A 24148.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=654;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5455;MQ=36.35;MQ0=0;QD=36.92;SB=-221.91;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,652:638:99:24105,1880,0 21824-ref 691 . G A 779.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7062;MQ=34.55;MQ0=0;QD=8.21;SB=-251.26;sumGLbyD=8.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,33:95:99:810,0,1996 21824-ref 700 . C T 506.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.07;MQ0=0;QD=6.33;SB=-257.13;sumGLbyD=6.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,25:78:99:537,0,1743 21824-ref 709 . A G 183.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.70;MQ0=0;QD=3.28;SB=-75.94;sumGLbyD=3.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,12:55:99:214,0,1409 21824-ref 871 . T C 265.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=3.1984;MQ=35.38;MQ0=0;QD=4.92;SB=6.01;sumGLbyD=5.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,13:49:99:296,0,1157 21824-ref 879 . T A 187.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.4232;MQ=35.87;MQ0=0;QD=2.16;SB=6.01;sumGLbyD=2.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,14:81:99:218,0,2308 21824-ref 1149 . C T 7395.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=482;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.5217;MQ=36.75;MQ0=0;QD=15.34;SB=-20.60;sumGLbyD=12.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:263,217:462:99:6002,0,8040 21824-ref 1313 . T C 1865.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.5765;MQ=23.57;MQ0=0;QD=9.71;SB=3.00;sumGLbyD=9.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,95:182:99:1895,0,2098 21824-ref 1350 . C A 376.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.6964;MQ=23.92;MQ0=0;QD=3.30;SB=3.00;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,28:112:99:407,0,1984 21824-ref 1351 . C T 370.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.5707;MQ=23.97;MQ0=0;QD=3.53;SB=3.00;sumGLbyD=3.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,26:104:99:401,0,1914 21824-ref 1352 . A G 455.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=29.5670;MQ=24.02;MQ0=0;QD=4.55;SB=3.00;sumGLbyD=4.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,27:95:99:485,0,1592 21824-ref 1532 . T C 24.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9990;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.92;SB=6.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.58:55,0,105 21824-ref 1555 . A G 96.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.44;MQ0=0;QD=8.08;SB=-37.00;sumGLbyD=10.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:11:99:127,0,161 21824-ref 1591 . T C 137.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8232;MQ=30.75;MQ0=0;QD=6.86;SB=3.00;sumGLbyD=8.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:18:99:167,0,316 21824-ref 1598 . A G 68.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8220;MQ=32.54;MQ0=0;QD=2.53;SB=3.00;sumGLbyD=3.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:27:98.40:98,0,641 21824-ref 1612 . A G 538.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9914;MQ=31.29;MQ0=0;QD=25.65;SB=-0.01;sumGLbyD=27.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,19:21:6.49:568,0,6 21824-ref 1614 . T G 526.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9914;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=27.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,18:20:9.48:556,0,9 21824-ref 1635 . G C 358.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2113;MQ=35.06;MQ0=0;QD=11.22;SB=-0.01;sumGLbyD=12.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:26:99:389,0,326 21824-ref 1666 . T C 97.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1191;MQ=36.40;MQ0=0;QD=1.43;SB=-0.01;sumGLbyD=1.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,11:56:99:128,0,1512 21824-ref 1696 . A C 1706.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4857;MQ=36.44;MQ0=0;QD=23.69;SB=-0.01;sumGLbyD=24.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,59:64:99:1736,0,203 21834-ref 95 . A G 1999.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4536;MQ=36.51;MQ0=0;QD=12.19;SB=-0.01;sumGLbyD=12.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,67:154:99:2030,0,2883 21834-ref 103 . G A 3062.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3912;MQ=36.60;MQ0=0;QD=20.14;SB=-0.01;sumGLbyD=20.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,99:146:99:3092,0,1548 21834-ref 216 . T C 6936.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9194;MQ=36.79;MQ0=0;QD=34.86;SB=-68.94;sumGLbyD=34.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:186:99:6935,560,0 21834-ref 332 . C T 6062.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5579;MQ=36.45;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:161:99:6062,484,0 21834-ref 352 . 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A G 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0 21846-ref 19 . G A 1070.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3285;MQ=36.18;MQ0=0;QD=14.46;SB=3.00;sumGLbyD=14.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:66:99:1100,0,936 21846-ref 20 . C A 1134.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3285;MQ=36.19;MQ0=0;QD=15.13;SB=3.00;sumGLbyD=15.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:67:99:1165,0,889 21846-ref 52 . T C 1666.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.5665;MQ=35.96;MQ0=0;QD=12.08;SB=6.00;sumGLbyD=12.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,60:133:99:1697,0,2391 21846-ref 73 . G C 3923.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9640;MQ=35.51;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:106:99:3923,319,0 21846-ref 106 . A T 636.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.56;MQ0=0;QD=12.74;SB=-0.01;sumGLbyD=13.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:48:99:667,0,784 21846-ref 109 . C T 1474.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.36;MQ0=0;QD=33.51;SB=-0.01;sumGLbyD=34.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:41:99:1507,123,0 21846-ref 122 . C A 289.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.44;MQ0=0;QD=8.78;SB=-0.01;sumGLbyD=9.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:32:99:320,0,646 21846-ref 158 . G T 173.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=6.42;SB=-0.01;sumGLbyD=7.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:27:99:203,0,605 21846-ref 182 . G A 908.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.22;MQ0=0;QD=31.32;SB=-29.63;sumGLbyD=32.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:26:78.20:941,78,0 21846-ref 194 . C T 883.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=29.46;SB=-0.01;sumGLbyD=30.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:27:42.65:917,43,0 21846-ref 212 . C T 1032.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=35.68;MQ0=0;QD=33.31;SB=-0.01;sumGLbyD=34.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:29:87.23:1066,87,0 21846-ref 277 . A G 56.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.09;SB=-0.01;sumGLbyD=7.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:9:86.03:86,0,195 21846-ref 349 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 21967-ref 80 . A G 388.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:421,33,0 21967-ref 101 . C G 955.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:988,75,0 21967-ref 146 . A G 1556.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.45;SB=-0.01;sumGLbyD=12.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,52:120:99:1587,0,2257 21967-ref 359 . T A 357.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8928;MQ=35.72;MQ0=0;QD=8.93;SB=-0.01;sumGLbyD=9.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:36:99:387,0,661 21967-ref 367 . G A 328.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9987;MQ=35.87;MQ0=0;QD=7.29;SB=-0.01;sumGLbyD=7.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:41:99:358,0,818 21967-ref 457 . T C 794.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3582;MQ=36.79;MQ0=0;QD=16.21;SB=-0.01;sumGLbyD=16.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:43:99:824,0,559 21967-ref 926 . A G 497.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.7947;MQ=36.71;MQ0=0;QD=7.10;SB=-0.01;sumGLbyD=7.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,23:64:99:527,0,1489 21967-ref 1039 . A T 398.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4069;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.43;SB=-0.01;sumGLbyD=6.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,18:60:99:429,0,1498 21967-ref 1170 . T C 1088.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0962;MQ=36.69;MQ0=0;QD=11.10;SB=3.00;sumGLbyD=11.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,38:86:99:1118,0,1442 21967-ref 1216 . C A 601.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0006;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.02;SB=-0.01;sumGLbyD=6.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,31:88:99:632,0,1961 21967-ref 1318 . G T 819.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8871;MQ=36.93;MQ0=0;QD=5.90;SB=-0.01;sumGLbyD=6.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,37:135:99:850,0,3488 21967-ref 1371 . C G 3854.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0269;MQ=36.61;MQ0=0;QD=24.71;SB=-0.01;sumGLbyD=21.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,113:145:99:3417,0,1079 21967-ref 1372 . G T 1013.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0269;MQ=36.61;MQ0=0;QD=6.46;SB=-0.01;sumGLbyD=6.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,43:148:99:1044,0,3548 21967-ref 1600 . A G 4014.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.8538;MQ=36.45;MQ0=0;QD=33.46;SB=-24.69;sumGLbyD=33.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:110:99:3991,328,0 21967-ref 1624 . A T 3083.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8595;MQ=36.68;MQ0=0;QD=11.91;SB=-17.60;sumGLbyD=12.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,108:251:99:3114,0,4792 21967-ref 1737 . C A 1959.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.7808;MQ=36.77;MQ0=0;QD=8.82;SB=6.01;sumGLbyD=8.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,72:218:99:1989,0,4953 21967-ref 1795 . G T 195.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2080;MQ=35.39;MQ0=0;QD=2.03;SB=3.00;sumGLbyD=2.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,17:93:99:225,0,2629 21967-ref 1798 . A T 227.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2610;MQ=35.43;MQ0=0;QD=2.32;SB=2.99;sumGLbyD=2.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,19:95:99:257,0,2641 21967-ref 1805 . C T 2324.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5172;MQ=36.47;MQ0=0;QD=30.58;SB=-0.01;sumGLbyD=31.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:66:99:2357,199,0 22097-ref 57 . A G 98.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=16.49;SB=-0.01;sumGLbyD=21.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.96:129,0,62 22097-ref 69 . C T 62.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.86;SB=-0.01;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:92.91:93,0,175 22097-ref 130 . A T 93.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5781;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.49;SB=-0.01;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:123,0,218 22097-ref 574 . A G 133.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=23.00;MQ0=0;QD=14.79;SB=-0.01;sumGLbyD=18.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:6:18.02:166,18,0 22097-ref 740 . G A 1584.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.87;MQ0=0;QD=31.07;SB=-57.93;sumGLbyD=31.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:47:99:1617,114,0 22097-ref 757 . A G 809.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4687;MQ=35.19;MQ0=0;QD=17.23;SB=-0.01;sumGLbyD=17.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:840,0,478 22252-ref 97 . G T 766.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.20:799,63,0 22252-ref 139 . 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G C 912.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9827;MQ=35.83;MQ0=0;QD=26.06;SB=-72.62;sumGLbyD=26.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,28:34:99:942,0,109 22252-ref 246 . G A 210.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9349;MQ=35.58;MQ0=0;QD=5.83;SB=66.17;sumGLbyD=6.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:35:99:240,0,767 22252-ref 265 . C T 1161.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8509;MQ=35.95;MQ0=0;QD=17.09;SB=-472.06;sumGLbyD=17.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:63:99:1192,0,738 22252-ref 266 . A C 1311.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8509;MQ=35.98;MQ0=0;QD=18.74;SB=-541.97;sumGLbyD=19.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,45:65:99:1341,0,680 22252-ref 338 . G T 261.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.9311;MQ=35.36;MQ0=0;QD=2.54;SB=9.01;sumGLbyD=2.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,17:96:99:292,0,2571 22252-ref 339 . C G 217.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.9307;MQ=35.46;MQ0=0;QD=2.13;SB=9.01;sumGLbyD=2.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,15:96:99:247,0,2497 22252-ref 340 . A T 38.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.9309;MQ=35.49;MQ0=0;QD=0.39;SB=9.01;sumGLbyD=0.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,10:89:68.40:68,0,2617 22252-ref 400 . A G 483.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.5129;MQ=36.41;MQ0=0;QD=4.69;SB=6.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,23:98:99:513,0,2559 22252-ref 410 . C T 392.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3383;MQ=35.85;MQ0=0;QD=4.00;SB=3.00;sumGLbyD=4.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,22:90:99:422,0,2364 22252-ref 416 . G T 1921.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.3466;MQ=35.57;MQ0=0;QD=22.09;SB=-33.98;sumGLbyD=22.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,64:80:99:1952,0,466 22252-ref 459 . A G 705.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.9340;MQ=32.77;MQ0=0;QD=6.53;SB=-29.50;sumGLbyD=6.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,41:100:99:736,0,2168 22252-ref 469 . G T 1148.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2096;MQ=32.14;MQ0=0;QD=9.90;SB=-71.88;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:111:99:1179,0,1912 22252-ref 501 . C A 6263.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=257;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=92.8567;MQ=29.92;MQ0=0;QD=24.37;SB=-91.94;sumGLbyD=19.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,186:245:99:4899,0,966 22252-ref 504 . G A 4361.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=92.8755;MQ=29.99;MQ0=0;QD=17.10;SB=-24.42;sumGLbyD=13.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,138:248:99:3488,0,2812 22252-ref 541 . G A 750.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=562;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=143.7106;MQ=33.99;MQ0=0;QD=1.34;SB=3.00;sumGLbyD=1.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:477,84:516:99:781,0,14370 22252-ref 542 . A G 2493.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=601;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=148.9630;MQ=34.19;MQ0=0;QD=4.15;SB=-26.62;sumGLbyD=4.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:456,144:552:99:2523,0,13535 22252-ref 559 . T C 17442.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=601;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.9810;MQ=34.98;MQ0=0;QD=29.02;SB=-466.99;sumGLbyD=26.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,500:571:99:15721,0,1725 22252-ref 612 . G A 8586.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=423;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.5832;MQ=33.26;MQ0=0;QD=20.30;SB=-643.04;sumGLbyD=17.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,255:412:99:7343,0,4587 22252-ref 622 . T C 4645.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=324;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=65.3093;MQ=32.15;MQ0=0;QD=14.34;SB=-725.33;sumGLbyD=11.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,132:320:99:3643,0,5391 22252-ref 623 . G A 5234.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=321;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=75.2772;MQ=32.22;MQ0=0;QD=16.31;SB=-608.31;sumGLbyD=13.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,153:310:99:4300,0,4598 22283-ref 105 . G A 6933.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=407;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.8538;MQ=36.65;MQ0=0;QD=17.04;SB=-26.62;sumGLbyD=14.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,196:363:99:5803,0,5521 22283-ref 117 . T A 7008.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=454;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.6654;MQ=36.76;MQ0=0;QD=15.44;SB=-0.01;sumGLbyD=12.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:255,198:402:99:5760,0,6732 22283-ref 182 . C T 4728.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=326;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3468;MQ=36.13;MQ0=0;QD=14.50;SB=3.00;sumGLbyD=11.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,138:303:99:3778,0,5457 22283-ref 192 . T C 4801.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=323;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.9615;MQ=36.05;MQ0=0;QD=14.87;SB=3.00;sumGLbyD=12.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,141:294:99:3915,0,5103 22283-ref 219 . T C 16133.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=478;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.6408;MQ=36.41;MQ0=0;QD=33.75;SB=-40.01;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,473:435:99:16009,1276,0 22283-ref 273 . C T 5413.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3532;MQ=36.75;MQ0=0;QD=18.99;SB=3.00;sumGLbyD=16.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,148:264:99:4618,0,3764 22283-ref 416 . T C 3810.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8915;MQ=36.36;MQ0=0;QD=18.50;SB=-26.62;sumGLbyD=15.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,112:180:99:3269,0,2346 22283-ref 419 . A G 3956.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.8907;MQ=36.39;MQ0=0;QD=18.40;SB=-26.62;sumGLbyD=15.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,112:193:99:3339,0,2770 22283-ref 527 . G A 4151.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.8407;MQ=36.75;MQ0=0;QD=14.88;SB=-26.62;sumGLbyD=12.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,118:256:99:3380,0,4719 22283-ref 562 . G T 1451.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=213;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.8293;MQ=35.99;MQ0=0;QD=6.82;SB=-0.01;sumGLbyD=6.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,62:199:99:1482,0,4527 22283-ref 584 . A T 614.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6653;MQ=34.93;MQ0=0;QD=3.61;SB=-0.01;sumGLbyD=3.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,37:163:99:644,0,4263 22283-ref 594 . C G 495.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9274;MQ=34.91;MQ0=0;QD=2.95;SB=-0.01;sumGLbyD=3.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,34:162:99:525,0,4315 22283-ref 603 . G A 374.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6977;MQ=34.89;MQ0=0;QD=2.55;SB=-26.62;sumGLbyD=2.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,31:140:99:404,0,3796 22283-ref 614 . C T 604.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=10.6659;MQ=36.21;MQ0=0;QD=4.26;SB=-26.62;sumGLbyD=4.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,31:132:99:634,0,3408 22283-ref 738 . A C 11271.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=680;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.4436;MQ=36.87;MQ0=0;QD=16.58;SB=-60.59;sumGLbyD=13.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:367,312:646:99:9325,0,11237 22283-ref 768 . 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G A 8842.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=559;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=30.0442;MQ=36.71;MQ0=0;QD=15.82;SB=3.00;sumGLbyD=13.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,283:485:99:7381,0,7720 22283-ref 1023 . A G 10515.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=566;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.6584;MQ=36.63;MQ0=0;QD=18.58;SB=3.00;sumGLbyD=15.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,294:533:99:8909,0,7805 22283-ref 1059 . C T 13452.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=694;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.7248;MQ=36.65;MQ0=0;QD=19.38;SB=-33.99;sumGLbyD=16.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:323,371:662:99:11458,0,9543 22283-ref 1122 . A T 7072.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=332;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.7198;MQ=36.88;MQ0=0;QD=21.30;SB=-33.99;sumGLbyD=18.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,218:295:99:6146,0,2995 22283-ref 1179 . G A 16902 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=976;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=46.5127;MQ=36.89;MQ0=0;QD=17.32;SB=-67.97;sumGLbyD=14.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:478,496:911:99:14127,0,14358 22283-ref 1218 . C G 7313.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=466;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.5565;MQ=36.85;MQ0=0;QD=15.69;SB=-33.98;sumGLbyD=12.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:249,214:435:99:6003,0,7501 22283-ref 1314 . T C 3185.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5761;MQ=36.34;MQ0=0;QD=12.21;SB=3.00;sumGLbyD=12.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,111:240:99:3216,0,4335 22283-ref 1316 . A C 3172.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.4426;MQ=36.29;MQ0=0;QD=12.25;SB=3.00;sumGLbyD=12.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,113:231:99:3203,0,4055 22283-ref 1389 . A T 8573.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=457;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.5408;MQ=36.71;MQ0=0;QD=18.76;SB=-0.01;sumGLbyD=15.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,236:442:99:7205,0,6775 22283-ref 1434 . A C 6056.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=707;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.6344;MQ=36.35;MQ0=0;QD=8.57;SB=-30.99;sumGLbyD=5.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:523,179:652:99:4065,0,15431 22283-ref 1458 . A C 1887.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=598;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.6417;MQ=36.12;MQ0=0;QD=3.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:483,114:573:99:1918,0,15668 22283-ref 1470 . A G 837.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=475;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.5147;MQ=36.06;MQ0=0;QD=1.76;SB=-0.01;sumGLbyD=1.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:406,68:440:99:868,0,12506 22283-ref 1545 . A G 8381.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=504;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.1849;MQ=36.62;MQ0=0;QD=16.63;SB=-60.61;sumGLbyD=13.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:268,234:478:99:6907,0,7833 22283-ref 1563 . T C 6884.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=385;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6666;MQ=36.44;MQ0=0;QD=17.88;SB=-64.85;sumGLbyD=14.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,189:375:99:5754,0,6170 22283-ref 1614 . T C 1844.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=47.1924;MQ=36.61;MQ0=0;QD=11.31;SB=-53.97;sumGLbyD=11.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,64:158:99:1874,0,3171 22283-ref 1626 . A G 242.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.9710;MQ=36.56;MQ0=0;QD=1.69;SB=15.04;sumGLbyD=1.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,20:143:99:273,0,4193 22286-ref 53 . A G 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 22286-ref 56 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 22286-ref 113 . C G 411.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:445,36,0 22286-ref 146 . G A 160.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0 22286-ref 194 . G C 787.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=34.24;SB=-29.63;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.20:821,66,0 22302-ref 34 . C T 1066.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.25;MQ0=0;QD=13.17;SB=-0.01;sumGLbyD=13.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:73:99:1097,0,1228 22302-ref 43 . T C 3673.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8710;MQ=36.37;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:98:99:3674,295,0 22302-ref 101 . T C 4500.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=329;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.4400;MQ=36.54;MQ0=0;QD=13.68;SB=-223.40;sumGLbyD=10.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,130:300:99:3565,0,5785 22302-ref 140 . C A 23615.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=748;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=60.0516;MQ=36.76;MQ0=0;QD=31.57;SB=-1740.60;sumGLbyD=31.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,739:641:99:23533,1871,0 22302-ref 265 . C G 7856.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.4792;MQ=36.45;MQ0=0;QD=36.54;SB=-107.43;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,215:208:99:7856,626,0 22302-ref 290 . T G 1318.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.21;MQ0=0;QD=12.55;SB=-26.62;sumGLbyD=12.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:104:99:1348,0,1897 22302-ref 336 . A T 1477.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9476;MQ=36.49;MQ0=0;QD=12.41;SB=-0.01;sumGLbyD=12.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,52:106:99:1507,0,1763 22302-ref 412 . G C 8210.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.5282;MQ=36.68;MQ0=0;QD=32.71;SB=-29.63;sumGLbyD=32.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,249:223:99:8209,671,0 22302-ref 443 . C G 7403.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.3439;MQ=36.78;MQ0=0;QD=23.35;SB=-0.01;sumGLbyD=20.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,204:302:99:6466,0,3146 22302-ref 533 . A T 3062.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1010;MQ=36.94;MQ0=0;QD=18.12;SB=-0.01;sumGLbyD=18.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,98:166:99:3092,0,2123 22302-ref 710 . A G 19310.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=594;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.2967;MQ=36.23;MQ0=0;QD=32.51;SB=-99.26;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,588:536:99:19237,1606,0 22302-ref 715 . C T 179.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=449;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=38.5877;MQ=36.18;MQ0=0;QD=0.40;SB=6.01;sumGLbyD=0.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:399,48:379:99:209,0,11277 22302-ref 764 . C G 12026.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=647;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.6511;MQ=36.83;MQ0=0;QD=18.59;SB=-33.30;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:308,336:587:99:10258,0,8597 22320-ref 144 . A C 1060.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.05;MQ0=0;QD=28.66;SB=-0.01;sumGLbyD=29.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,33:37:36.67:1090,0,37 22320-ref 162 . A G 1483.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.18;MQ0=0;QD=29.09;SB=-0.01;sumGLbyD=29.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,46:49:34.93:1514,0,35 22320-ref 214 . G A 808.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.35;MQ0=0;QD=25.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,28:30:21.11:838,0,21 22320-ref 226 . T G 657.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=33.61;MQ0=0;QD=23.49;SB=-0.01;sumGLbyD=24.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,23:27:99:688,0,101 22320-ref 252 . C T 451.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.25;SB=-0.01;sumGLbyD=34.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:484,42,0 22320-ref 256 . T G 34.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.85;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=6.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:8:64.81:65,0,149 22320-ref 265 . 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A G 603.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9918;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.35;SB=-0.01;sumGLbyD=23.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,22:24:99:634,0,121 22320-ref 445 . T C 458.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2579;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.10;SB=-0.01;sumGLbyD=20.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,18:20:99:488,0,122 22320-ref 531 . G A 521.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.99;SB=-0.01;sumGLbyD=30.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,16:18:12.08:552,0,12 22320-ref 535 . A G 562.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.61;SB=-0.01;sumGLbyD=31.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,17:19:2.66:592,0,3 22320-ref 607 . A C 248.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9863;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.14;SB=-0.01;sumGLbyD=21.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:279,0,139 22320-ref 614 . G C 236.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9852;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.91;SB=-0.01;sumGLbyD=19.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:267,0,180 22320-ref 718 . T A 840.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.25;SB=-0.01;sumGLbyD=27.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,28:31:63.06:870,0,63 22320-ref 831 . C T 1209.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3013;MQ=35.54;MQ0=0;QD=27.49;SB=-0.01;sumGLbyD=28.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:39:7.71:1242,8,0 22320-ref 840 . A G 991.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.35;MQ0=0;QD=25.43;SB=-0.01;sumGLbyD=26.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,36:33:4.70:1021,0,5 22320-ref 906 . C G 728.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.07;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:20:60.19:762,60,0 22320-ref 1006 . C G 1736.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8282;MQ=36.11;MQ0=0;QD=30.46;SB=-0.01;sumGLbyD=31.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:54:43.88:1769,44,0 22320-ref 1117 . A C 1219.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.5782;MQ=36.44;MQ0=0;QD=33.87;SB=-0.01;sumGLbyD=34.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:68.31:1252,68,0 22320-ref 1133 . T A 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=35.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.20:856,69,0 22320-ref 1151 . C T 11.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=34.55;MQ0=0;QD=0.65;SB=-0.01;sumGLbyD=2.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:17:40.73:41,0,454 22320-ref 1152 . C A 43.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=34.55;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=4.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:15:73.36:73,0,393 22360-ref 9 . A T 110.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.80;SB=-0.01;sumGLbyD=20.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:6:44.44:141,0,44 22360-ref 116 . C G 183.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=11.50;SB=-36.31;sumGLbyD=13.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:214,0,281 22383-ref 43 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 22383-ref 47 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 22383-ref 84 . A G 23.09 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.64;MQ0=0;QD=11.55;SB=-23.45;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:54,6,0 22383-ref 113 . G C 28.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.41;MQ0=0;QD=2.05;SB=9.02;sumGLbyD=4.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:13:58.72:59,0,318 22383-ref 124 . A G 371.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.03;MQ0=0;QD=28.54;SB=-111.81;sumGLbyD=31.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.09:404,36,0 22383-ref 142 . G A 46.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.27;MQ0=0;QD=3.09;SB=9.02;sumGLbyD=5.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:14:76.39:76,0,312 22383-ref 146 . T C 397.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.06;MQ0=0;QD=30.58;SB=-80.02;sumGLbyD=33.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:430,39,0 22422-ref 170 . G A 1617.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3546;MQ=36.86;MQ0=0;QD=10.85;SB=-0.01;sumGLbyD=11.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,55:146:99:1647,0,3035 22422-ref 195 . T C 2272.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6461;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2305,187,0 22440-ref 89 . G A 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0 22440-ref 90 . G T 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0 22440-ref 91 . T C 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0 22440-ref 311 . G T 146.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=24.34;SB=15.07;sumGLbyD=29.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:9.61:176,0,10 22475-ref 155 . A G 135.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.7425;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.09;SB=-0.01;sumGLbyD=5.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:31:99:165,0,802 22475-ref 217 . G A 1464.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4347;MQ=36.53;MQ0=0;QD=12.96;SB=2.98;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:111:99:1494,0,2018 22475-ref 391 . G A 13767.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=397;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.0080;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.68;SB=-33.44;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,387:377:99:13547,1080,0 22475-ref 405 . G A 7272.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=475;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.8101;MQ=36.17;MQ0=0;QD=15.31;SB=-37.00;sumGLbyD=12.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:243,221:419:99:5965,0,6916 22475-ref 452 . C T 8415.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=452;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.9076;MQ=34.37;MQ0=0;QD=18.62;SB=-197.14;sumGLbyD=15.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,254:428:99:7125,0,5335 22475-ref 466 . C T 14392.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=422;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0227;MQ=33.68;MQ0=0;QD=34.10;SB=-351.01;sumGLbyD=21.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,269:408:99:9097,752,0 22475-ref 476 . A G 10149.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=296;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5644;MQ=32.71;MQ0=0;QD=34.29;SB=-293.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,295:294:99:10107,844,0 22475-ref 479 . G C 1448.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=270;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0159;MQ=32.65;MQ0=0;QD=5.36;SB=27.06;sumGLbyD=5.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,71:265:99:1478,0,6038 22475-ref 489 . C T 963.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.8929;MQ=32.55;MQ0=0;QD=4.50;SB=-15.26;sumGLbyD=4.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,60:186:99:993,0,4276 22475-ref 521 . G A 5329.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4634;MQ=32.93;MQ0=0;QD=31.35;SB=-48.52;sumGLbyD=30.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,168:157:99:5265,436,0 22475-ref 525 . C T 5054.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.5328;MQ=33.01;MQ0=0;QD=30.63;SB=-59.25;sumGLbyD=30.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:147:99:4984,400,0 22475-ref 568 . G A 10057.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=547;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.4053;MQ=36.33;MQ0=0;QD=18.39;SB=-0.01;sumGLbyD=15.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:274,273:528:99:8467,0,8180 22475-ref 580 . C G 13420.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=723;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=33.1741;MQ=36.14;MQ0=0;QD=18.56;SB=-0.01;sumGLbyD=15.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:352,368:709:99:11228,0,11070 22475-ref 611 . C T 12517.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=740;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.6879;MQ=35.91;MQ0=0;QD=16.92;SB=-0.01;sumGLbyD=13.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:394,345:712:99:10347,0,11083 22475-ref 625 . C T 2875.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=541;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.5696;MQ=35.71;MQ0=0;QD=5.32;SB=3.00;sumGLbyD=5.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:400,140:495:99:2906,0,11935 22475-ref 636 . G A 639.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=434;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.9621;MQ=35.41;MQ0=0;QD=1.47;SB=-0.01;sumGLbyD=1.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:358,76:392:99:669,0,11279 22475-ref 637 . A G 931.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=420;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=30.4500;MQ=35.38;MQ0=0;QD=2.22;SB=2.99;sumGLbyD=2.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:344,74:378:99:961,0,10190 22475-ref 663 . T A 476.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=339;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9676;MQ=36.28;MQ0=0;QD=1.41;SB=-49.31;sumGLbyD=1.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:289,48:308:99:507,0,8357 22475-ref 688 . G A 1162.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=48.0949;MQ=36.40;MQ0=0;QD=4.02;SB=-97.71;sumGLbyD=4.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,73:227:99:1192,0,5794 22475-ref 729 . G T 6349.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=483;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5909;MQ=36.64;MQ0=0;QD=13.15;SB=12.02;sumGLbyD=10.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:307,174:465:99:4911,0,9741 22475-ref 771 . C T 10899.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=660;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.8226;MQ=36.49;MQ0=0;QD=16.51;SB=-0.01;sumGLbyD=13.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:350,306:643:99:8899,0,10992 22475-ref 790 . G A 25198.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=682;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.1045;MQ=36.45;MQ0=0;QD=36.95;SB=-0.01;sumGLbyD=36.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,681:672:99:25169,1995,0 22475-ref 817 . T C 10079.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=579;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.7886;MQ=36.60;MQ0=0;QD=17.41;SB=3.00;sumGLbyD=14.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:294,284:547:99:8432,0,8750 22475-ref 890 . T C 25579.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=703;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.5257;MQ=36.50;MQ0=0;QD=36.39;SB=29.62;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,699:679:99:25518,2010,0 22475-ref 911 . T C 9241.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=515;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.9841;MQ=36.43;MQ0=0;QD=17.94;SB=-23.61;sumGLbyD=15.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:258,257:489:99:7768,0,7760 22475-ref 953 . T C 6187.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=300;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.3147;MQ=36.56;MQ0=0;QD=20.62;SB=-0.01;sumGLbyD=17.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,164:290:99:5280,0,3979 22475-ref 1096 . C T 2947.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.5877;MQ=36.58;MQ0=0;QD=15.19;SB=-23.61;sumGLbyD=15.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,101:179:99:2977,0,2625 22475-ref 1405 . A G 12752.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=714;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.4404;MQ=36.70;MQ0=0;QD=17.86;SB=-0.01;sumGLbyD=14.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:373,339:694:99:10662,0,11725 22475-ref 1519 . A C 7448.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=365;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.9677;MQ=36.44;MQ0=0;QD=20.41;SB=-60.44;sumGLbyD=17.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,202:345:99:6346,0,4553 22475-ref 1766 . G A 684.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.0107;MQ=36.74;MQ0=0;QD=2.96;SB=-0.01;sumGLbyD=3.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,41:205:99:714,0,5591 22475-ref 2011 . C T 11457.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=320;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.3810;MQ=36.78;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=35.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,318:305:99:11376,875,0 22475-ref 2100 . G C 1451.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.20;SB=-0.01;sumGLbyD=12.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,56:106:99:1482,0,1718 22475-ref 2128 . T C 1965 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.8695;MQ=36.85;MQ0=0;QD=14.45;SB=-0.01;sumGLbyD=14.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,68:115:99:1995,0,1472 22475-ref 2408 . C A 4992.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=304;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2942;MQ=36.43;MQ0=0;QD=16.42;SB=-0.01;sumGLbyD=13.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,146:276:99:4161,0,4257 22475-ref 2413 . A T 5437.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=321;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.6625;MQ=36.43;MQ0=0;QD=16.94;SB=-0.01;sumGLbyD=14.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,161:296:99:4545,0,4530 22475-ref 2419 . C T 6079.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=344;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.7222;MQ=36.44;MQ0=0;QD=17.67;SB=-0.01;sumGLbyD=14.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,169:324:99:5103,0,4924 22475-ref 2431 . C T 5394.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=328;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.3585;MQ=36.48;MQ0=0;QD=16.45;SB=-0.01;sumGLbyD=13.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,166:304:99:4478,0,4859 22475-ref 2475 . T C 2583.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.1521;MQ=36.61;MQ0=0;QD=14.12;SB=-0.01;sumGLbyD=14.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,88:176:99:2613,0,2904 22475-ref 2561 . G A 2698.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.8237;MQ=36.76;MQ0=0;QD=12.79;SB=-0.01;sumGLbyD=12.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,102:175:99:2728,0,2556 22475-ref 2623 . G A 4533.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2191;MQ=36.82;MQ0=0;QD=19.80;SB=-62.93;sumGLbyD=16.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,120:220:99:3871,0,3228 22475-ref 2670 . G C 1685.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.2611;MQ=36.87;MQ0=0;QD=10.73;SB=-0.01;sumGLbyD=10.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,64:149:99:1715,0,2913 22475-ref 2750 . C A 1618.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8060;MQ=36.66;MQ0=0;QD=13.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,53:114:99:1648,0,1932 22475-ref 2760 . T G 1276.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8497;MQ=36.51;MQ0=0;QD=12.40;SB=-0.01;sumGLbyD=12.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:98:99:1307,0,1733 22489-ref 57 . G A 25.09 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=12.54;SB=-0.01;sumGLbyD=28.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:56,6,0 22605-ref 740 . C G 37.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9970;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.32;SB=-0.01;sumGLbyD=16.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67.28:67,0,67 22605-ref 741 . C T 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9970;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67.28:68,0,67 22605-ref 901 . T A 20.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.28;SB=-0.01;sumGLbyD=5.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:8:50.49:50,0,200 22605-ref 964 . T A 50.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.54;MQ0=0;QD=2.29;SB=-0.01;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:22:80.42:80,0,602 22605-ref 969 . T C 58.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.52;MQ0=0;QD=2.80;SB=-0.01;sumGLbyD=4.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:21:88.77:89,0,542 22605-ref 1071 . C T 178.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.48;SB=-0.01;sumGLbyD=29.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:17.51:208,0,18 22605-ref 1104 . 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C A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27.95:71,0,28 22713-ref 89 . A T 305.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.73;SB=-0.01;sumGLbyD=9.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:33:99:336,0,727 22713-ref 90 . A G 339.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.43;SB=-0.01;sumGLbyD=10.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:370,0,792 22713-ref 215 . T A 866.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5655;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.40;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:74:99:896,0,1513 22713-ref 229 . T C 1464.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7907;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.27;SB=-0.01;sumGLbyD=16.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:88:99:1495,0,1371 22713-ref 249 . G A 2385.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4322;MQ=36.84;MQ0=0;QD=18.35;SB=-0.01;sumGLbyD=18.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,75:125:99:2415,0,1524 22713-ref 328 . A G 10207.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=278;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.7883;MQ=36.71;MQ0=0;QD=36.72;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,278:266:99:10206,800,0 22713-ref 396 . T C 2151.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0071;MQ=36.57;MQ0=0;QD=11.50;SB=3.00;sumGLbyD=11.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,83:166:99:2181,0,2779 22713-ref 484 . T A 1943.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1763;MQ=36.91;MQ0=0;QD=16.47;SB=-0.01;sumGLbyD=16.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:113:99:1974,0,1588 22713-ref 627 . G A 4227.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.7856;MQ=36.91;MQ0=0;QD=18.14;SB=6.01;sumGLbyD=15.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,132:203:99:3616,0,2669 22713-ref 693 . A G 2596.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.0352;MQ=36.66;MQ0=0;QD=17.43;SB=-0.01;sumGLbyD=17.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,82:142:99:2627,0,1895 22713-ref 975 . T C 798.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9892;MQ=35.06;MQ0=0;QD=16.64;SB=-26.62;sumGLbyD=17.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:829,0,615 22713-ref 978 . G C 1626.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9892;MQ=34.93;MQ0=0;QD=36.14;SB=-29.63;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1659,135,0 22800-ref 136 . C T 10837.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=492;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.0814;MQ=36.49;MQ0=0;QD=22.03;SB=-36.31;sumGLbyD=19.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,305:473:99:9349,0,5250 22800-ref 160 . C T 8500.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=395;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=47.9773;MQ=36.27;MQ0=0;QD=21.52;SB=-26.62;sumGLbyD=18.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,253:362:99:7409,0,3743 22800-ref 223 . T C 12257.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=467;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.9573;MQ=36.70;MQ0=0;QD=26.25;SB=-0.01;sumGLbyD=23.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,325:459:99:10851,0,3819 22800-ref 239 . G A 12488.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=486;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9696;MQ=36.59;MQ0=0;QD=25.70;SB=-0.01;sumGLbyD=22.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,350:462:99:11096,0,3421 22800-ref 302 . T G 16304.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=607;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.6300;MQ=36.87;MQ0=0;QD=26.86;SB=-122.45;sumGLbyD=24.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,455:573:99:14578,0,3665 22800-ref 371 . T A 10496.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=383;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.1901;MQ=36.76;MQ0=0;QD=27.41;SB=3.00;sumGLbyD=24.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,282:371:99:9306,0,2438 22800-ref 434 . C T 8470.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=343;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.2516;MQ=35.69;MQ0=0;QD=24.70;SB=-0.01;sumGLbyD=21.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,231:334:99:7437,0,2822 22800-ref 456 . C T 4320.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.9434;MQ=34.89;MQ0=0;QD=18.78;SB=-17.67;sumGLbyD=15.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,126:215:99:3672,0,2743 22800-ref 457 . A G 4216.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.9437;MQ=34.87;MQ0=0;QD=18.33;SB=-50.23;sumGLbyD=15.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,125:213:99:3538,0,2766 22800-ref 723 . T C 654.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5394;MQ=36.02;MQ0=0;QD=12.59;SB=-37.00;sumGLbyD=13.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:52:99:684,0,797 22800-ref 724 . G A 637.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.2382;MQ=35.98;MQ0=0;QD=12.75;SB=-37.00;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:47:99:667,0,813 22800-ref 745 . C T 975.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.68;MQ0=0;QD=15.49;SB=-37.00;sumGLbyD=15.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:62:99:1006,0,920 22800-ref 805 . C T 762.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=27.56;MQ0=0;QD=14.95;SB=-0.01;sumGLbyD=15.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:45:99:793,0,294 22800-ref 917 . G C 693.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9900;MQ=35.10;MQ0=0;QD=14.15;SB=-0.01;sumGLbyD=14.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:45:99:723,0,600 22800-ref 950 . C T 919.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7984;MQ=33.78;MQ0=0;QD=13.14;SB=-98.50;sumGLbyD=13.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:66:99:950,0,961 22800-ref 988 . A T 2030.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.1251;MQ=35.85;MQ0=0;QD=14.82;SB=-29.50;sumGLbyD=15.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,76:128:99:2061,0,1861 22801-ref 107 . G T 6755.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=268;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=18.7381;MQ=36.24;MQ0=0;QD=25.21;SB=-20.70;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,189:254:99:5990,0,2048 22801-ref 119 . T C 4754.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.8111;MQ=36.12;MQ0=0;QD=22.97;SB=-26.62;sumGLbyD=20.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,136:188:99:4167,0,1594 22801-ref 149 . G A 1937.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=11.0526;MQ=36.26;MQ0=0;QD=12.92;SB=-51.28;sumGLbyD=13.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,76:137:99:1968,0,2092 22817-ref 5 . T A 37.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=5.5745;MQ=36.82;MQ0=0;QD=0.69;SB=6.01;sumGLbyD=1.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,6:43:67.83:68,0,1291 22817-ref 77 . T C 11088.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=548;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.1448;MQ=36.67;MQ0=0;QD=20.24;SB=-26.62;sumGLbyD=17.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,327:506:99:9504,0,6073 22817-ref 82 . C G 10747.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=502;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.2979;MQ=36.62;MQ0=0;QD=21.41;SB=-26.62;sumGLbyD=18.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,302:471:99:9292,0,5360 22817-ref 263 . C T 10425.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=521;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.0332;MQ=36.67;MQ0=0;QD=20.01;SB=-29.56;sumGLbyD=17.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:224,292:490:99:8920,0,6573 22817-ref 512 . G A 4565.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.6796;MQ=36.91;MQ0=0;QD=19.68;SB=-26.62;sumGLbyD=16.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,133:211:99:3903,0,2722 22817-ref 671 . G A 593.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8634;MQ=35.66;MQ0=0;QD=25.79;SB=3.05;sumGLbyD=27.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,19:22:42.79:623,0,43 22817-ref 672 . T A 257.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.6505;MQ=34.78;MQ0=0;QD=18.36;SB=3.25;sumGLbyD=20.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:11:33.89:287,0,34 22817-ref 673 . G A 55.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.3293;MQ=33.48;MQ0=0;QD=6.21;SB=3.00;sumGLbyD=9.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:7:53.90:86,0,54 22817-ref 677 . C T 139.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4551;MQ=34.39;MQ0=0;QD=17.47;SB=-25.44;sumGLbyD=21.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:5:15.03:172,15,0 22817-ref 690 . A G 639.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5782;MQ=35.53;MQ0=0;QD=30.45;SB=-59.25;sumGLbyD=32.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:19:57.15:673,57,0 22817-ref 717 . G A 195.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.1808;MQ=35.33;MQ0=0;QD=2.44;SB=-0.01;sumGLbyD=2.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,14:75:99:225,0,2034 22817-ref 744 . C T 382.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9927;MQ=34.48;MQ0=0;QD=11.60;SB=-30.30;sumGLbyD=12.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:29:99:413,0,380 22817-ref 755 . G A 406.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9890;MQ=32.83;MQ0=0;QD=17.67;SB=-12.67;sumGLbyD=18.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:436,0,215 22817-ref 763 . C T 28.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.9857;MQ=32.14;MQ0=0;QD=1.58;SB=-3.92;sumGLbyD=3.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:17:58.51:59,0,424 22817-ref 767 . A C 146.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9964;MQ=32.14;MQ0=0;QD=8.13;SB=-79.24;sumGLbyD=9.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:176,0,324 22817-ref 772 . C T 19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9868;MQ=31.48;MQ0=0;QD=1.19;SB=-17.61;sumGLbyD=3.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:48.94:49,0,379 22817-ref 849 . T C 33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.00;SB=-0.01;sumGLbyD=21.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26.23:63,0,26 22817-ref 905 . T C 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0 22817-ref 917 . G C 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0 22853-ref 140 . C T 1950.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.0110;MQ=36.84;MQ0=0;QD=31.46;SB=-0.01;sumGLbyD=31.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:52:99:1983,156,0 22853-ref 232 . C T 3389.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4024;MQ=35.63;MQ0=0;QD=34.94;SB=-0.01;sumGLbyD=34.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:93:99:3389,280,0 22853-ref 239 . G C 3340.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.63;MQ0=0;QD=34.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:91:99:3340,274,0 22853-ref 251 . T C 3745.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.4690;MQ=35.94;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=35.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:100:99:3745,301,0 22853-ref 335 . C T 2465.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9049;MQ=36.41;MQ0=0;QD=35.74;SB=-0.01;sumGLbyD=36.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:67:99:2499,202,0 22853-ref 365 . T C 1568.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3292;MQ=36.19;MQ0=0;QD=31.37;SB=-75.27;sumGLbyD=32.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:43:99:1602,129,0 22853-ref 512 . C G 1653.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.59;MQ0=0;QD=33.75;SB=-60.22;sumGLbyD=34.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:47:99:1687,141,0 22853-ref 554 . A C 594.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.4558;MQ=32.58;MQ0=0;QD=10.25;SB=62.14;sumGLbyD=10.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,40:43:99:624,0,408 22853-ref 575 . T C 1634.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.50;MQ0=0;QD=32.68;SB=-796.68;sumGLbyD=33.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:49:99:1667,147,0 22853-ref 942 . A G 1728.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4683;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.32;SB=-0.01;sumGLbyD=30.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:49:99:1761,107,0 22853-ref 1022 . A T 917.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=36.79;MQ0=0;QD=18.73;SB=-37.00;sumGLbyD=19.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:48:99:948,0,596 22861-ref 12 . A T 191.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.29;SB=-0.01;sumGLbyD=32.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:224,18,0 22861-ref 174 . C G 429.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.1343;MQ=36.77;MQ0=0;QD=10.00;SB=-0.01;sumGLbyD=10.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:39:99:460,0,774 22861-ref 183 . A G 585.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.01;SB=-0.01;sumGLbyD=15.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:38:99:616,0,609 22861-ref 270 . T C 27.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.06;SB=-0.01;sumGLbyD=6.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:7:57.51:58,0,175 22886-ref 9 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 22886-ref 103 . T C 43.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:73.47:73,0,390 22886-ref 106 . C A 43.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:73.44:73,0,417 22886-ref 150 . G T 348.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.72;SB=-0.01;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.08:382,30,0 22886-ref 245 . T C 412.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=34.39;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=18.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:443,0,304 22886-ref 251 . T G 329.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.28;MQ0=0;QD=14.31;SB=-0.01;sumGLbyD=15.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:21:99:359,0,280 22886-ref 278 . T A 334.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=30.44;SB=-0.01;sumGLbyD=33.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:368,33,0 22886-ref 281 . G A 386.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.54;MQ0=0;QD=32.19;SB=-0.01;sumGLbyD=34.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:419,36,0 22886-ref 332 . G A 443.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.12;SB=-0.01;sumGLbyD=36.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:477,39,0 22886-ref 443 . C T 187.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.63;MQ0=0;QD=6.95;SB=-0.01;sumGLbyD=8.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:27:99:218,0,608 22886-ref 572 . G A 102.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.36;SB=-0.01;sumGLbyD=14.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:132,0,170 22886-ref 592 . G A 244.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.89;SB=-0.01;sumGLbyD=39.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:277,21,0 22892-ref 68 . T C 175.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=21.96;SB=-0.01;sumGLbyD=25.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:35.18:206,0,35 22892-ref 113 . G C 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,67 22903-ref 163 . G T 400.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.96;MQ0=0;QD=12.52;SB=-0.01;sumGLbyD=13.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:431,0,596 22903-ref 210 . A C 636.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.44;MQ0=0;QD=17.67;SB=-0.01;sumGLbyD=18.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:666,0,435 22903-ref 211 . G T 189.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.12;MQ0=0;QD=8.23;SB=-0.01;sumGLbyD=9.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:219,0,499 22903-ref 333 . C T 337.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.78;SB=-0.01;sumGLbyD=20.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:17:99:368,0,172 22903-ref 417 . A C 80.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0 22903-ref 427 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 22917-ref 67 . C G 168.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=24.02;SB=-0.01;sumGLbyD=28.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.04:201,18,0 22917-ref 80 . G A 56.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9373;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.47;SB=-0.01;sumGLbyD=14.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:63.54:87,0,64 22917-ref 82 . A G 31.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9362;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:61.94:62,0,87 22917-ref 193 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 22917-ref 194 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 22917-ref 218 . A T 278.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9574;MQ=34.93;MQ0=0;QD=18.56;SB=-0.01;sumGLbyD=20.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:13:58.73:308,0,59 22917-ref 219 . A T 210.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9896;MQ=35.18;MQ0=0;QD=12.41;SB=-0.01;sumGLbyD=14.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:14:99:241,0,130 22917-ref 229 . C G 226.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9264;MQ=35.47;MQ0=0;QD=4.81;SB=3.00;sumGLbyD=5.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,12:43:99:256,0,1061 22917-ref 296 . T C 1900.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.3458;MQ=34.54;MQ0=0;QD=16.67;SB=-0.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,65:109:99:1930,0,1301 22917-ref 304 . A G 1734.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.5035;MQ=34.19;MQ0=0;QD=16.68;SB=-0.01;sumGLbyD=16.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,61:100:99:1764,0,1208 22917-ref 308 . G A 35.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.8791;MQ=34.16;MQ0=0;QD=0.35;SB=3.00;sumGLbyD=0.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,13:99:65.83:66,0,2925 22917-ref 311 . A G 38.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.8784;MQ=34.10;MQ0=0;QD=0.38;SB=3.00;sumGLbyD=0.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,12:99:68.08:68,0,2857 22917-ref 324 . T G 1003.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.2843;MQ=35.63;MQ0=0;QD=16.73;SB=-0.01;sumGLbyD=17.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:58:99:1034,0,691 22917-ref 325 . T G 68.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.2843;MQ=35.56;MQ0=0;QD=1.20;SB=-0.01;sumGLbyD=1.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,7:55:98.26:98,0,1555 22917-ref 377 . C T 4134.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7769;MQ=35.91;MQ0=0;QD=27.56;SB=-37.00;sumGLbyD=24.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,115:146:99:3694,0,870 22917-ref 385 . A T 707.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2359;MQ=36.05;MQ0=0;QD=4.72;SB=3.00;sumGLbyD=4.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,34:147:99:738,0,3725 22917-ref 387 . G A 4102.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.2393;MQ=36.10;MQ0=0;QD=27.91;SB=-33.13;sumGLbyD=24.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,114:141:99:3604,0,604 22920-ref 1 . A C 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=34.93;MQ0=0;QD=6.12;SB=-0.01;sumGLbyD=12.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:5:29.55:61,0,30 22920-ref 2 . A T 189.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9981;MQ=35.70;MQ0=0;QD=9.97;SB=3.00;sumGLbyD=11.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:18:99:219,0,228 22920-ref 43 . G T 6565.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=277;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.0836;MQ=36.34;MQ0=0;QD=23.70;SB=-0.01;sumGLbyD=23.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,256:211:99:6478,550,0 22920-ref 140 . C A 6546.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=600;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5319;MQ=36.78;MQ0=0;QD=10.91;SB=-0.01;sumGLbyD=7.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:420,180:586:99:4781,0,13937 22920-ref 347 . A G 1473.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5619;MQ=36.59;MQ0=0;QD=15.03;SB=3.00;sumGLbyD=15.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:96:99:1503,0,1511 22935-ref 60 . T A 364.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.40;SB=-0.01;sumGLbyD=11.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:394,0,759 22935-ref 81 . C G 863.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7565;MQ=36.25;MQ0=0;QD=12.70;SB=-0.01;sumGLbyD=13.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:57:99:894,0,874 22935-ref 119 . T C 885.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.27;MQ0=0;QD=10.66;SB=-0.01;sumGLbyD=11.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:74:99:915,0,1359 22935-ref 123 . G C 951.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3407;MQ=36.29;MQ0=0;QD=11.07;SB=-0.01;sumGLbyD=11.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:75:99:982,0,1380 22935-ref 187 . G T 1826.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.70;MQ0=0;QD=18.08;SB=-0.01;sumGLbyD=18.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,62:94:99:1856,0,1157 22935-ref 299 . C T 1256.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3017;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.74;SB=-0.01;sumGLbyD=9.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,45:120:99:1286,0,2539 22935-ref 362 . G T 362.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3931;MQ=36.07;MQ0=0;QD=8.23;SB=-0.01;sumGLbyD=8.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:37:99:392,0,733 22935-ref 370 . T C 211.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4688;MQ=36.03;MQ0=0;QD=5.04;SB=-0.01;sumGLbyD=5.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,10:40:99:242,0,980 22935-ref 422 . A C 50.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.5621;MQ=35.74;MQ0=0;QD=0.25;SB=-0.01;sumGLbyD=0.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,23:199:80.78:81,0,5910 22935-ref 428 . C T 281.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5807;MQ=35.40;MQ0=0;QD=1.33;SB=-0.01;sumGLbyD=1.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,33:202:99:311,0,5673 22935-ref 452 . A G 908.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.4223;MQ=35.89;MQ0=0;QD=4.11;SB=-26.62;sumGLbyD=4.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,49:191:99:938,0,4749 22935-ref 458 . A G 1201.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.8301;MQ=35.92;MQ0=0;QD=5.32;SB=-26.62;sumGLbyD=5.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,58:200:99:1231,0,4742 22935-ref 496 . T A 4150.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=272;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7625;MQ=36.63;MQ0=0;QD=15.26;SB=3.00;sumGLbyD=12.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,116:256:99:3379,0,4773 22935-ref 581 . A G 740.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6628;MQ=36.83;MQ0=0;QD=12.14;SB=-0.01;sumGLbyD=12.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:57:99:771,0,1036 22935-ref 629 . A C 443.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8600;MQ=36.38;MQ0=0;QD=9.06;SB=-0.01;sumGLbyD=9.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:48:99:474,0,1036 22935-ref 663 . C T 67.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=6.79;SB=-0.01;sumGLbyD=9.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:97.86:98,0,183 22935-ref 664 . A T 39.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=4.35;SB=-0.01;sumGLbyD=7.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:69.15:69,0,189 22935-ref 665 . A C 29.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=3.29;SB=-0.01;sumGLbyD=6.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:59.56:60,0,183 22935-ref 688 . T C 29.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.79;SB=-0.01;sumGLbyD=19.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24.41:59,0,24 22946-ref 91 . G A 481.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3621;MQ=34.46;MQ0=0;QD=8.31;SB=-9.65;sumGLbyD=8.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:52:99:512,0,1059 22946-ref 105 . G C 2180.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.90;MQ0=0;QD=34.06;SB=-99.26;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:61:99:2213,184,0 22946-ref 145 . A C 651.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1211;MQ=35.93;MQ0=0;QD=3.79;SB=-0.01;sumGLbyD=3.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,36:169:99:681,0,4539 22946-ref 151 . 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G A 7521.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4414;MQ=35.85;MQ0=0;QD=31.34;SB=-140.22;sumGLbyD=31.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,236:212:99:7519,638,0 22946-ref 344 . C G 1379.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=284;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.3203;MQ=36.14;MQ0=0;QD=4.86;SB=-101.51;sumGLbyD=4.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,67:251:99:1410,0,6393 22946-ref 402 . T G 2781.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5594;MQ=36.61;MQ0=0;QD=11.99;SB=-16.68;sumGLbyD=12.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,101:223:99:2811,0,4152 22946-ref 430 . C A 4375.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.6185;MQ=36.59;MQ0=0;QD=17.86;SB=-0.01;sumGLbyD=15.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,128:227:99:3691,0,3369 22946-ref 466 . A T 4174.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=287;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.7868;MQ=36.36;MQ0=0;QD=14.55;SB=-21.66;sumGLbyD=11.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,123:264:99:3342,0,4863 22946-ref 502 . T C 4186.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=309;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.4111;MQ=36.51;MQ0=0;QD=13.55;SB=9.01;sumGLbyD=10.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,125:286:99:3299,0,5587 22946-ref 521 . A C 5427.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=371;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.0141;MQ=36.64;MQ0=0;QD=14.63;SB=-14.60;sumGLbyD=11.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,157:351:99:4370,0,6743 22946-ref 572 . A G 5748.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.8545;MQ=36.86;MQ0=0;QD=20.60;SB=-0.01;sumGLbyD=17.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,168:258:99:4971,0,3055 22946-ref 596 . T C 5736.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.6175;MQ=36.62;MQ0=0;QD=19.45;SB=-23.68;sumGLbyD=16.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,171:268:99:4929,0,3325 22946-ref 649 . A C 3044.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=316;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.3802;MQ=35.87;MQ0=0;QD=9.63;SB=-26.62;sumGLbyD=9.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,116:294:99:3075,0,5856 22946-ref 652 . G C 2988.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=308;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9085;MQ=35.81;MQ0=0;QD=9.70;SB=-26.62;sumGLbyD=9.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,112:298:99:3018,0,6218 22946-ref 684 . T C 2613.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.4991;MQ=35.79;MQ0=0;QD=10.29;SB=-24.67;sumGLbyD=10.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,97:238:99:2644,0,4719 22946-ref 713 . C T 1641.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.03;HRun=0;HaplotypeScore=20.6204;MQ=36.32;MQ0=0;QD=11.02;SB=-0.01;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,59:135:99:1672,0,2377 22946-ref 717 . A T 2168.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.0295;MQ=36.50;MQ0=0;QD=15.16;SB=3.00;sumGLbyD=15.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,76:130:99:2198,0,1761 22946-ref 800 . C G 702.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9977;MQ=36.07;MQ0=0;QD=15.97;SB=-25.65;sumGLbyD=16.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:42:99:733,0,605 22946-ref 832 . C T 576.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.2032;MQ=35.72;MQ0=0;QD=18.02;SB=-0.01;sumGLbyD=18.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:28:99:607,0,272 22946-ref 840 . C A 540.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6723;MQ=35.63;MQ0=0;QD=18.03;SB=-0.01;sumGLbyD=19.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:28:99:571,0,252 22946-ref 875 . G T 45.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=4.56;SB=-0.01;sumGLbyD=7.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:75.61:76,0,232 22946-ref 889 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 23029-ref 1 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 23029-ref 2 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 23029-ref 86 . G T 1214.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2526;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.49;SB=-0.01;sumGLbyD=23.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,40:50:99:1244,0,346 23029-ref 120 . G A 1562.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=9.5648;MQ=36.77;MQ0=0;QD=18.17;SB=-0.01;sumGLbyD=18.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:80:99:1592,0,856 23029-ref 215 . G A 307.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=328;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.3875;MQ=36.68;MQ0=0;QD=0.94;SB=42.09;sumGLbyD=1.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:287,40:316:99:338,0,9335 23029-ref 302 . A G 1420.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8938;MQ=33.51;MQ0=0;QD=34.64;SB=-420.99;sumGLbyD=35.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1453,123,0 23046-ref 369 . C T 9766.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=752;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.3697;MQ=36.88;MQ0=0;QD=12.99;SB=9.01;sumGLbyD=10.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:470,282:709:99:7629,0,14314 23092-ref 10 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 23092-ref 12 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 23092-ref 135 . A G 669.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.82;MQ0=0;QD=12.16;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:50:99:699,0,798 23092-ref 142 . T A 654 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9986;MQ=36.82;MQ0=0;QD=11.68;SB=3.00;sumGLbyD=12.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:51:99:684,0,861 23092-ref 221 . T C 14.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.4689;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.55;SB=-0.01;sumGLbyD=1.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,3:25:44.83:45,0,724 23092-ref 270 . A C 853.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8826;MQ=36.79;MQ0=0;QD=17.79;SB=3.00;sumGLbyD=18.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:45:99:884,0,555 23092-ref 371 . G A 7591.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=391;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.9528;MQ=36.86;MQ0=0;QD=19.42;SB=-0.01;sumGLbyD=16.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,218:368:99:6445,0,4860 23092-ref 390 . A G 8252.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=433;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1738;MQ=36.93;MQ0=0;QD=19.06;SB=-0.01;sumGLbyD=16.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,224:412:99:7011,0,6067 23092-ref 485 . C T 565.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.1991;MQ=36.95;MQ0=0;QD=2.87;SB=3.00;sumGLbyD=3.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,43:178:99:595,0,4881 23092-ref 1123 . T C 9257.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=508;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.9821;MQ=36.82;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=15.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:247,261:469:99:7844,0,7008 23092-ref 1296 . G A 1450.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.5840;MQ=36.74;MQ0=0;QD=9.48;SB=-0.01;sumGLbyD=9.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,49:140:99:1481,0,3041 23092-ref 1327 . T C 612.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3981;MQ=36.51;MQ0=0;QD=4.98;SB=-77.90;sumGLbyD=5.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,28:116:99:643,0,3033 23092-ref 1336 . G A 650.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1532;MQ=36.58;MQ0=0;QD=5.38;SB=-79.86;sumGLbyD=5.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,30:115:99:681,0,3064 23092-ref 1442 . T G 25.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9382;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.33;SB=20.60;sumGLbyD=0.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,7:69:55.13:55,0,2081 23092-ref 1480 . 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C T 227 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5782;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.37;SB=-72.57;sumGLbyD=4.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,12:50:99:257,0,1315 23092-ref 1574 . A G 1589.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0897;MQ=36.64;MQ0=0;QD=14.07;SB=-0.01;sumGLbyD=14.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:104:99:1620,0,1698 23092-ref 1614 . G A 1978.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7356;MQ=36.70;MQ0=0;QD=14.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,68:130:99:2009,0,2112 23092-ref 1636 . A C 19.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.5595;MQ=36.76;MQ0=0;QD=0.12;SB=-0.01;sumGLbyD=0.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,14:157:49.43:49,0,4945 23092-ref 1684 . A C 3161.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.0887;MQ=36.84;MQ0=0;QD=12.45;SB=-0.01;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,108:236:99:3192,0,4227 23092-ref 1707 . T C 4039.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0196;MQ=36.78;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=14.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,115:217:99:3386,0,3392 23092-ref 1754 . G C 4873.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=265;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.9262;MQ=36.89;MQ0=0;QD=18.39;SB=-33.98;sumGLbyD=15.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,135:252:99:4114,0,3875 23092-ref 1819 . A T 770.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1758;MQ=36.63;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=14.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:51:99:801,0,762 23100-ref 75 . C G 4896.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.1099;MQ=36.63;MQ0=0;QD=22.16;SB=-0.01;sumGLbyD=19.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,138:201:99:4291,0,2041 23100-ref 181 . C T 2201.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.2612;MQ=34.77;MQ0=0;QD=8.95;SB=3.00;sumGLbyD=9.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,96:214:99:2232,0,4093 23100-ref 190 . G A 1912.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.1694;MQ=34.53;MQ0=0;QD=8.24;SB=3.00;sumGLbyD=8.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,84:200:99:1943,0,3823 23100-ref 202 . A G 2118.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.2210;MQ=34.47;MQ0=0;QD=10.28;SB=-114.90;sumGLbyD=10.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,92:165:99:2148,0,2577 23100-ref 212 . A G 3021.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=25.5250;MQ=35.73;MQ0=0;QD=10.46;SB=-79.86;sumGLbyD=10.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,133:222:99:3052,0,3337 23100-ref 308 . T C 12320.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=704;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.3354;MQ=36.83;MQ0=0;QD=17.50;SB=-33.99;sumGLbyD=14.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:319,377:589:99:10545,0,7533 23100-ref 441 . A G 766.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.4098;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.34;SB=-0.01;sumGLbyD=8.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,31:86:99:797,0,1766 23103-ref 36 . C A 993.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1904;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.52;SB=-0.01;sumGLbyD=15.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:62:99:1023,0,993 23131-ref 63 . C T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 23131-ref 127 . T C 400.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:433,33,0 23131-ref 207 . C G 13.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0126;MQ=36.27;MQ0=0;QD=0.47;SB=3.00;sumGLbyD=1.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,3:23:43.04:43,0,674 23131-ref 244 . C T 1998.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9997;MQ=36.66;MQ0=0;QD=33.31;SB=-29.63;sumGLbyD=33.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:56:99:2032,128,0 23131-ref 321 . T C 2226.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.84;MQ0=0;QD=34.80;SB=-0.01;sumGLbyD=35.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:59:99:2260,178,0 23131-ref 417 . A G 607.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.00;SB=-0.01;sumGLbyD=33.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.12:641,54,0 23131-ref 491 . C T 964.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4622;MQ=35.34;MQ0=0;QD=31.12;SB=-0.01;sumGLbyD=32.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:27:81.24:998,81,0 23131-ref 556 . C T 799.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.18:833,69,0 23131-ref 752 . T C 610 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6223;MQ=35.88;MQ0=0;QD=7.44;SB=-0.01;sumGLbyD=7.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,25:82:99:640,0,1940 23131-ref 772 . T C 3862.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9290;MQ=34.75;MQ0=0;QD=36.44;SB=-0.01;sumGLbyD=36.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:105:99:3862,316,0 23131-ref 776 . A G 950.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3981;MQ=34.89;MQ0=0;QD=8.41;SB=-0.01;sumGLbyD=8.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,41:110:99:981,0,2400 23131-ref 825 . G A 512.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.3232;MQ=36.49;MQ0=0;QD=4.34;SB=-0.01;sumGLbyD=4.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,29:103:99:543,0,2589 23131-ref 961 . C A 579.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8830;MQ=36.37;MQ0=0;QD=7.15;SB=-0.01;sumGLbyD=7.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,23:74:99:609,0,1742 23131-ref 1003 . T A 1923.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=36.32;MQ0=0;QD=32.05;SB=-0.01;sumGLbyD=32.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:55:99:1956,106,0 23131-ref 1030 . A T 1246.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4059;MQ=36.01;MQ0=0;QD=30.41;SB=-35.26;sumGLbyD=31.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:36:78.68:1280,79,0 23161-ref 258 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 23161-ref 533 . G T 150.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2462;MQ=36.19;MQ0=0;QD=2.00;SB=164.18;sumGLbyD=2.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,16:67:99:180,0,1827 23161-ref 596 . G C 43.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.6391;MQ=35.35;MQ0=0;QD=0.54;SB=190.05;sumGLbyD=0.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,10:74:73.68:74,0,2053 23161-ref 601 . C T 163.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8340;MQ=35.00;MQ0=0;QD=2.63;SB=70.55;sumGLbyD=3.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,12:54:99:193,0,1426 23161-ref 801 . T G 185.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7298;MQ=28.05;MQ0=0;QD=23.20;SB=-0.01;sumGLbyD=27.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:7:21.04:219,21,0 23161-ref 802 . G C 48.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7290;MQ=28.05;MQ0=0;QD=6.03;SB=-0.01;sumGLbyD=9.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:8:78.22:78,0,89 23161-ref 803 . A C 48.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.7284;MQ=28.46;MQ0=0;QD=6.98;SB=-0.01;sumGLbyD=11.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:54.60:79,0,55 23211-ref 70 . T G 2068.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3774;MQ=36.83;MQ0=0;QD=13.70;SB=-0.01;sumGLbyD=13.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,74:130:99:2099,0,2021 23211-ref 305 . C T 2921.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=31.1864;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.76;SB=-0.01;sumGLbyD=14.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,105:178:99:2952,0,2643 23211-ref 371 . 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G T 379.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=7.02;SB=-0.01;sumGLbyD=7.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:50:99:409,0,1199 23276-ref 29 . G A 418.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.67;MQ0=0;QD=6.75;SB=-0.01;sumGLbyD=7.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:55:99:449,0,1263 23276-ref 72 . T C 2814.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.7099;MQ=36.84;MQ0=0;QD=15.30;SB=-0.01;sumGLbyD=15.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,106:164:99:2845,0,2203 23276-ref 144 . G A 1331.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.6632;MQ=36.91;MQ0=0;QD=12.22;SB=-0.01;sumGLbyD=12.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,45:105:99:1361,0,1939 23276-ref 204 . G A 2515.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4684;MQ=33.66;MQ0=0;QD=29.59;SB=-0.01;sumGLbyD=29.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:76:99:2548,223,0 23276-ref 240 . A G 1429.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8808;MQ=33.29;MQ0=0;QD=14.74;SB=-0.01;sumGLbyD=15.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:93:99:1460,0,1206 23276-ref 246 . T C 1157.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2443;MQ=32.97;MQ0=0;QD=13.31;SB=-0.01;sumGLbyD=13.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:85:99:1188,0,1244 23276-ref 248 . G T 1047.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3502;MQ=32.84;MQ0=0;QD=12.78;SB=-0.01;sumGLbyD=13.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:81:99:1078,0,1193 23276-ref 288 . T C 362.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2175;MQ=35.01;MQ0=0;QD=6.97;SB=-0.01;sumGLbyD=7.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:37:99:392,0,609 23276-ref 308 . A G 1422.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.0461;MQ=34.59;MQ0=0;QD=14.98;SB=-0.01;sumGLbyD=15.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:93:99:1453,0,1325 23276-ref 312 . T A 1292.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7271;MQ=34.75;MQ0=0;QD=14.05;SB=-0.01;sumGLbyD=14.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:88:99:1322,0,1265 23276-ref 362 . C T 691.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4669;MQ=33.90;MQ0=0;QD=15.72;SB=-0.01;sumGLbyD=16.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:42:99:722,0,520 23276-ref 369 . G A 538.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4679;MQ=33.69;MQ0=0;QD=15.38;SB=-0.01;sumGLbyD=16.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:34:99:568,0,418 23276-ref 387 . C T 132.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.03;MQ0=0;QD=6.30;SB=-0.01;sumGLbyD=7.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:18:99:162,0,395 23276-ref 543 . T A 34.51 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.0059;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=3.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:15:64.50:65,0,397 23304-ref 40 . G A 17.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4625;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.78;SB=-10.72;sumGLbyD=4.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:10:47.69:48,0,233 23304-ref 139 . A T 1145.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.6567;MQ=35.78;MQ0=0;QD=10.51;SB=-0.01;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:102:99:1176,0,1916 23304-ref 148 . A C 1177.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3824;MQ=35.84;MQ0=0;QD=11.11;SB=-0.01;sumGLbyD=11.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,43:101:99:1207,0,1822 23304-ref 170 . C T 216.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8308;MQ=35.12;MQ0=0;QD=6.56;SB=-0.01;sumGLbyD=7.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:32:99:246,0,679 23329-ref 159 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 23329-ref 189 . A G 30.88 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=15.44;SB=-0.01;sumGLbyD=31.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:62,6,0 23329-ref 215 . A G 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0 23329-ref 233 . C T 120.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0 23329-ref 448 . G A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 23329-ref 479 . G A 11.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.21:41,0,118 23329-ref 485 . T C 61.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.14;SB=-0.01;sumGLbyD=9.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:9:91.43:91,0,143 23329-ref 493 . C A 190.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=17.35;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:81.28:221,0,81 23329-ref 530 . A T 707.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.31;MQ0=0;QD=22.81;SB=-0.01;sumGLbyD=23.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,23:31:99:737,0,207 23329-ref 546 . G A 616.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=35.28;MQ0=0;QD=20.56;SB=-0.01;sumGLbyD=21.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:29:99:647,0,219 23329-ref 632 . G C 19.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9380;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.82;SB=-0.01;sumGLbyD=7.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:5:49.66:50,0,97 23460-ref 7 . A C 22.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4686;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.86;SB=3.00;sumGLbyD=4.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:11:52.23:52,0,251 23460-ref 157 . C T 5713.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=466;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6015;MQ=36.82;MQ0=0;QD=12.26;SB=-0.01;sumGLbyD=9.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:313,153:452:99:4351,0,10166 23460-ref 355 . A T 10593.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=742;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.6014;MQ=36.86;MQ0=0;QD=14.28;SB=-26.62;sumGLbyD=11.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:445,294:697:99:8467,0,13663 23460-ref 538 . T C 15142.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=996;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.6877;MQ=36.79;MQ0=0;QD=15.20;SB=-24.67;sumGLbyD=12.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:575,420:945:99:12258,0,17536 23460-ref 646 . A T 13103.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=116.6259;MQ=36.87;MQ0=0;QD=13.10;SB=-0.01;sumGLbyD=10.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:582,412:831:99:10539,0,15065 23460-ref 1076 . A G 18572.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=914;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=83.4635;MQ=36.66;MQ0=0;QD=20.32;SB=-0.01;sumGLbyD=17.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:402,510:867:99:15960,0,11501 23460-ref 1114 . G T 14675.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=45.3727;MQ=36.78;MQ0=0;QD=14.68;SB=-26.62;sumGLbyD=12.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:532,459:878:99:11999,0,15268 23460-ref 1204 . C T 12741.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=854;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.8331;MQ=36.85;MQ0=0;QD=14.92;SB=-31.35;sumGLbyD=12.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:515,339:829:99:10244,0,16392 23465-ref 40 . G A 49.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=9.86;SB=-0.01;sumGLbyD=15.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.55:79,0,64 23465-ref 62 . A C 326.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.03;MQ0=0;QD=15.56;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:19:99:357,0,240 23465-ref 104 . 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T A 3106.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=313;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.3993;MQ=35.96;MQ0=0;QD=9.93;SB=6.01;sumGLbyD=10.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,110:298:99:3137,0,6282 23465-ref 332 . C G 3112.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=284;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=61.8679;MQ=35.85;MQ0=0;QD=10.96;SB=3.00;sumGLbyD=11.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,108:270:99:3143,0,5254 23465-ref 336 . C A 4170.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=54.7620;MQ=35.71;MQ0=0;QD=16.42;SB=3.00;sumGLbyD=13.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,112:239:99:3352,0,4005 23465-ref 495 . C T 6570.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=376;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=22.2602;MQ=36.87;MQ0=0;QD=17.48;SB=-0.01;sumGLbyD=14.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,177:365:99:5434,0,6204 23465-ref 528 . G A 791.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.3550;MQ=35.56;MQ0=0;QD=3.18;SB=730.77;sumGLbyD=3.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,49:244:99:822,0,6171 23465-ref 550 . A G 2685.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.1275;MQ=34.85;MQ0=0;QD=17.44;SB=-828.55;sumGLbyD=17.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,99:143:99:2715,0,1468 23465-ref 569 . A G 433.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7156;MQ=36.12;MQ0=0;QD=4.09;SB=-28.00;sumGLbyD=4.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,22:93:99:464,0,2359 23465-ref 574 . T C 666.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7879;MQ=36.11;MQ0=0;QD=5.85;SB=-20.61;sumGLbyD=6.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,28:104:99:696,0,2489 23465-ref 576 . T A 3218.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2124;MQ=36.12;MQ0=0;QD=23.32;SB=-96.37;sumGLbyD=23.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,102:133:99:3249,0,912 23465-ref 582 . T C 2030.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.7408;MQ=36.00;MQ0=0;QD=11.10;SB=-189.74;sumGLbyD=11.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,71:177:99:2061,0,3505 23465-ref 629 . T A 6609.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=390;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9867;MQ=36.87;MQ0=0;QD=16.95;SB=-0.01;sumGLbyD=13.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,173:378:99:5397,0,6873 23465-ref 746 . A C 30333.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=844;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.9571;MQ=36.82;MQ0=0;QD=35.94;SB=-21.67;sumGLbyD=35.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,842:800:99:30291,2404,0 23465-ref 815 . A G 9264.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=501;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=40.2655;MQ=36.39;MQ0=0;QD=18.49;SB=-0.01;sumGLbyD=15.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:238,261:478:99:7787,0,7199 23465-ref 843 . T G 12775.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=586;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.7495;MQ=36.36;MQ0=0;QD=21.80;SB=-37.00;sumGLbyD=18.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,343:578:99:10998,0,7251 23465-ref 866 . A G 4591.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=219;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4686;MQ=36.12;MQ0=0;QD=20.97;SB=3.00;sumGLbyD=18.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,147:195:99:3966,0,1725 23465-ref 917 . A T 1547.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=244;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9582;MQ=36.46;MQ0=0;QD=6.34;SB=-20.61;sumGLbyD=6.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,67:229:99:1577,0,5472 23465-ref 953 . G T 1777.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.2471;MQ=35.81;MQ0=0;QD=11.54;SB=-133.09;sumGLbyD=11.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,62:146:99:1807,0,2656 23465-ref 957 . C A 1929.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.0431;MQ=35.86;MQ0=0;QD=11.98;SB=-133.09;sumGLbyD=12.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,68:150:99:1959,0,2716 23465-ref 1100 . T C 2988.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=27.5585;MQ=36.84;MQ0=0;QD=11.86;SB=-0.01;sumGLbyD=11.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,107:214:99:3019,0,3661 23487-ref 105 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 23502-ref 14 . A T 324.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=8.8367;MQ=35.68;MQ0=0;QD=9.82;SB=3.00;sumGLbyD=10.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:27:99:354,0,464 23502-ref 26 . T G 715.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4053;MQ=36.21;MQ0=0;QD=13.00;SB=-36.31;sumGLbyD=13.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:51:99:745,0,846 23502-ref 101 . A G 2322.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2116;MQ=36.96;MQ0=0;QD=9.97;SB=-0.01;sumGLbyD=10.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,83:215:99:2352,0,4433 23502-ref 282 . T A 1521.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6197;MQ=36.75;MQ0=0;QD=12.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,54:122:99:1551,0,2359 23502-ref 594 . G T 334.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4665;MQ=36.48;MQ0=0;QD=5.48;SB=-151.92;sumGLbyD=5.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,17:58:99:365,0,1407 23502-ref 650 . G T 263.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:296,24,0 23504-ref 55 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 23504-ref 85 . G C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0 23504-ref 90 . A G 94.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.54;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:127,12,0 23504-ref 110 . T C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=16.80;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:99,9,0 23504-ref 130 . T C 100.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=33.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:133,12,0 23504-ref 132 . G A 196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.50;MQ0=0;QD=28.00;SB=-57.10;sumGLbyD=32.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:229,21,0 23504-ref 154 . C T 472.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.78;MQ0=0;QD=26.26;SB=-194.59;sumGLbyD=28.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.07:506,51,0 23504-ref 182 . C G 160.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7874;MQ=29.22;MQ0=0;QD=5.75;SB=-18.27;sumGLbyD=6.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:26:99:191,0,487 23504-ref 199 . A G 506.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9463;MQ=29.09;MQ0=0;QD=28.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.05:539,54,0 23504-ref 200 . G T 231.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9463;MQ=29.41;MQ0=0;QD=13.60;SB=-0.01;sumGLbyD=15.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:261,0,169 23504-ref 209 . T A 141.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=31.97;MQ0=0;QD=12.82;SB=-0.01;sumGLbyD=15.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:10:90.96:171,0,91 23504-ref 216 . G A 50.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=5.60;SB=-0.01;sumGLbyD=8.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:80.39:80,0,166 23504-ref 248 . T G 125.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.54;MQ0=0;QD=13.95;SB=-33.24;sumGLbyD=17.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:7:35.25:156,0,35 23504-ref 271 . G A 876.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=36.52;SB=-39.32;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.20:909,72,0 23504-ref 322 . 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T G 28.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=38.2440;MQ=36.15;MQ0=0;QD=0.20;SB=9.01;sumGLbyD=0.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,18:127:58.43:58,0,3727 23526-ref 1 . A T 841.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.56;MQ0=0;QD=36.58;SB=-71.34;sumGLbyD=38.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.21:874,69,0 23526-ref 79 . T C 2007.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2593;MQ=36.64;MQ0=0;QD=14.14;SB=-0.01;sumGLbyD=14.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,70:128:99:2038,0,1938 23526-ref 284 . G A 2990.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5968;MQ=36.55;MQ0=0;QD=16.62;SB=-0.01;sumGLbyD=16.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,103:162:99:3021,0,2082 23526-ref 318 . C T 2394.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9398;MQ=36.43;MQ0=0;QD=15.06;SB=-25.65;sumGLbyD=15.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,80:153:99:2424,0,2400 23720-ref 21 . G T 598.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9967;MQ=36.49;MQ0=0;QD=14.97;SB=-33.13;sumGLbyD=15.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:629,0,515 23720-ref 154 . A T 10923.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=581;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.3637;MQ=36.79;MQ0=0;QD=18.80;SB=6.01;sumGLbyD=16.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:256,319:520:99:9334,0,6684 23720-ref 163 . G T 7811.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=525;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.4584;MQ=36.73;MQ0=0;QD=14.88;SB=-99.19;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:292,230:487:99:6252,0,8942 23720-ref 181 . A G 8931.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=514;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.1812;MQ=36.51;MQ0=0;QD=17.38;SB=-167.28;sumGLbyD=14.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:267,246:483:99:7476,0,8021 23720-ref 308 . G T 197.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=386;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.0895;MQ=36.79;MQ0=0;QD=0.51;SB=95.87;sumGLbyD=0.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:345,40:366:99:228,0,11498 23720-ref 365 . G A 8950.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=356;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.9154;MQ=35.18;MQ0=0;QD=25.14;SB=-0.01;sumGLbyD=22.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,255:348:99:7902,0,2598 23720-ref 367 . A C 11478.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=331;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.9154;MQ=35.03;MQ0=0;QD=34.68;SB=-0.01;sumGLbyD=34.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,329:319:99:11396,954,0 23720-ref 469 . T G 7452.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=379;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.9378;MQ=35.51;MQ0=0;QD=19.66;SB=-26.62;sumGLbyD=17.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,221:331:99:6455,0,3843 23720-ref 481 . A G 7608.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=457;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.4731;MQ=35.36;MQ0=0;QD=16.65;SB=3.00;sumGLbyD=13.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:230,227:424:99:6330,0,6721 23720-ref 510 . A T 5553.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=402;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.1111;MQ=35.10;MQ0=0;QD=13.82;SB=3.00;sumGLbyD=10.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:245,157:382:99:4403,0,7352 23720-ref 522 . C A 11798.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=349;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7209;MQ=34.71;MQ0=0;QD=33.81;SB=40.00;sumGLbyD=33.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,345:325:99:11727,935,0 23720-ref 530 . T C 6428.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=292;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1739;MQ=34.65;MQ0=0;QD=22.02;SB=-0.01;sumGLbyD=19.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,183:271:99:5611,0,2598 23720-ref 580 . C T 156.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=17.9893;MQ=33.97;MQ0=0;QD=4.13;SB=-50.23;sumGLbyD=4.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,9:38:99:187,0,974 23720-ref 582 . T G 159.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9893;MQ=33.97;MQ0=0;QD=4.19;SB=-50.23;sumGLbyD=4.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,9:38:99:189,0,975 23720-ref 592 . A T 392.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.37;SB=-0.01;sumGLbyD=17.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:423,0,314 23720-ref 594 . T A 837.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.90;SB=-0.01;sumGLbyD=36.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.19:870,72,0 23720-ref 609 . A G 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=3.00;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,104 23720-ref 612 . T A 139.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=27.97;SB=-39.07;sumGLbyD=34.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:173,15,0 23720-ref 627 . C T 153.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:187,15,0 23720-ref 630 . T C 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:64.96:65,0,96 23720-ref 674 . G C 69.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.51;SB=-0.01;sumGLbyD=16.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:99,0,102 23839-ref 39 . T C 20.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=0.91;SB=-0.01;sumGLbyD=2.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,3:23:50.81:51,0,698 23839-ref 72 . A G 1441.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.78;MQ0=0;QD=21.51;SB=-0.01;sumGLbyD=21.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,46:67:99:1471,0,577 23839-ref 83 . A G 1673.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8055;MQ=35.74;MQ0=0;QD=22.93;SB=-0.01;sumGLbyD=23.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,53:71:99:1704,0,508 23839-ref 97 . C G 2540.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:69:99:2574,208,0 23839-ref 103 . G T 317.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.36;MQ0=0;QD=5.05;SB=-0.01;sumGLbyD=5.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,16:60:99:348,0,1476 23839-ref 149 . T C 1612.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1732;MQ=36.37;MQ0=0;QD=19.90;SB=-0.01;sumGLbyD=20.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:77:99:1642,0,766 23839-ref 188 . C A 1036.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8315;MQ=35.73;MQ0=0;QD=13.64;SB=-0.01;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:72:99:1067,0,995 23839-ref 200 . G T 413.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=10;HaplotypeScore=5.9845;MQ=34.60;MQ0=0;QD=12.91;SB=-0.01;sumGLbyD=13.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:30:99:443,0,398 23839-ref 201 . G T 20.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9483;MQ=34.33;MQ0=0;QD=0.82;SB=-0.01;sumGLbyD=2.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,4:21:50.43:50,0,504 23853-ref 368 . C T 243.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=39.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:276,21,0 23864-ref 16 . T G 489.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9380;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.81;SB=-0.01;sumGLbyD=30.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:14:42.12:523,42,0 23864-ref 52 . G A 121.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8101;MQ=36.81;MQ0=0;QD=2.25;SB=-0.01;sumGLbyD=2.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,9:49:99:152,0,1385 23864-ref 90 . C T 457.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9980;MQ=36.12;MQ0=0;QD=9.94;SB=3.00;sumGLbyD=10.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:44:99:487,0,847 23864-ref 176 . C A 945.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.9735;MQ=36.90;MQ0=0;QD=9.65;SB=-0.01;sumGLbyD=9.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,33:94:99:975,0,2027 23864-ref 362 . G A 323.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.23;SB=-0.01;sumGLbyD=22.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:99:354,0,137 23891-ref 506 . A C 12681.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=74.6108;MQ=36.80;MQ0=0;QD=12.68;SB=-60.23;sumGLbyD=9.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:650,346:960:99:9669,0,20378 23891-ref 559 . G A 11562.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.4837;MQ=36.86;MQ0=0;QD=11.56;SB=-0.01;sumGLbyD=8.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:679,320:966:99:8615,0,22122 23891-ref 673 . A G 11123.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.8565;MQ=36.81;MQ0=0;QD=11.12;SB=3.00;sumGLbyD=8.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:691,306:960:99:8194,0,22252 23891-ref 931 . C G 8790.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=556;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.0120;MQ=36.89;MQ0=0;QD=15.81;SB=6.01;sumGLbyD=12.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:318,238:540:99:7163,0,10059 23891-ref 1021 . T C 17779.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=513;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9280;MQ=36.80;MQ0=0;QD=34.66;SB=-29.63;sumGLbyD=34.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,513:466:99:17778,1402,0 23891-ref 1078 . C T 6318.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=474;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=48.0604;MQ=36.89;MQ0=0;QD=13.33;SB=-28.34;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:291,182:425:99:5038,0,8401 23891-ref 1114 . C T 8250.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=601;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.0656;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.73;SB=-63.62;sumGLbyD=10.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:375,224:580:99:6450,0,11821 23891-ref 1258 . T C 6001.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=506;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.6420;MQ=35.99;MQ0=0;QD=11.86;SB=3.00;sumGLbyD=9.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:330,176:457:99:4624,0,9144 23891-ref 1264 . T C 5954.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=530;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.6102;MQ=35.96;MQ0=0;QD=11.24;SB=3.00;sumGLbyD=8.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:344,180:470:99:4516,0,9501 23891-ref 1265 . G A 5896.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=535;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.6802;MQ=35.97;MQ0=0;QD=11.02;SB=3.00;sumGLbyD=8.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:347,180:489:99:4342,0,10196 23902-ref 65 . A T 110.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.3359;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.53;SB=-0.01;sumGLbyD=8.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:16:99:141,0,352 23902-ref 128 . A C 1233.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-36.31;sumGLbyD=23.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,38:53:99:1264,0,428 23902-ref 137 . G A 1211.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9380;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.44;SB=-0.01;sumGLbyD=23.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,43:46:99:1242,0,251 23902-ref 192 . A G 882.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.50;SB=-0.01;sumGLbyD=25.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,29:33:99:912,0,158 23902-ref 240 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 23965-ref 19 . T G 110.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=20.1226;MQ=33.85;MQ0=0;QD=11.05;SB=-0.01;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:8:62.87:141,0,63 23965-ref 23 . T G 55.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=24.7490;MQ=34.78;MQ0=0;QD=3.94;SB=-0.01;sumGLbyD=6.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:10:85.21:85,0,188 23965-ref 214 . A G 276.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5101;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.91;SB=-0.01;sumGLbyD=8.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:29:99:307,0,649 23965-ref 269 . C T 884.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.55;MQ0=0;QD=13.01;SB=-0.01;sumGLbyD=13.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:914,0,1278 23965-ref 270 . A G 2486.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.55;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=37.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:66:99:2520,199,0 23965-ref 500 . A T 38.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.25;SB=-0.01;sumGLbyD=4.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:16:68.22:68,0,458 23965-ref 541 . G A 80.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.4686;MQ=35.53;MQ0=0;QD=5.72;SB=-30.97;sumGLbyD=7.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:110,0,329 24032-ref 2 . C T 64.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.09;SB=-0.01;sumGLbyD=23.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:16.62:94,0,17 24032-ref 18 . A G 379.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.73;MQ0=0;QD=10.26;SB=-0.01;sumGLbyD=11.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:34:99:410,0,655 24032-ref 60 . A G 1252.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5901;MQ=35.12;MQ0=0;QD=16.27;SB=-0.01;sumGLbyD=16.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:74:99:1283,0,982 24032-ref 67 . A T 1165.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=2.3225;MQ=35.10;MQ0=0;QD=15.33;SB=-0.01;sumGLbyD=15.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:71:99:1195,0,964 24032-ref 75 . T G 1402.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3225;MQ=35.16;MQ0=0;QD=16.69;SB=-0.01;sumGLbyD=17.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:79:99:1432,0,944 24032-ref 93 . G A 2896.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5164;MQ=35.36;MQ0=0;QD=30.82;SB=-29.63;sumGLbyD=31.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:83:99:2930,250,0 24032-ref 107 . T G 1309.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.4094;MQ=36.19;MQ0=0;QD=8.73;SB=-26.62;sumGLbyD=8.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,49:133:99:1339,0,2744 24032-ref 186 . G A 1786.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9917;MQ=36.85;MQ0=0;QD=13.14;SB=3.00;sumGLbyD=13.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,65:113:99:1817,0,1638 24032-ref 195 . A G 1884.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3318;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.45;SB=-36.31;sumGLbyD=15.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:113:99:1915,0,1555 24032-ref 198 . G A 1502.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7432;MQ=36.85;MQ0=0;QD=11.38;SB=6.01;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,56:115:99:1532,0,1992 24032-ref 247 . G T 1006.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2735;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.57;SB=-33.98;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:83:99:1036,0,1628 24032-ref 248 . T C 1658.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2735;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.06;SB=3.00;sumGLbyD=19.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:81:99:1688,0,948 24100-ref 288 . G A 18.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.69;SB=-0.01;sumGLbyD=4.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:10:48.52:49,0,249 24100-ref 311 . T C 201.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9911;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=25.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:8:15.95:232,0,16 24100-ref 417 . T C 23.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7421;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.33;SB=-0.01;sumGLbyD=5.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:7:53.30:53,0,154 24100-ref 525 . T G 366.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.6255;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.90;SB=9.02;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:396,0,742 24100-ref 647 . C T 511.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.06;SB=3.00;sumGLbyD=18.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:542,0,407 24100-ref 799 . G C 59.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.48;SB=-0.01;sumGLbyD=11.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:89.85:90,0,170 24100-ref 887 . C G 293.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.22;MQ0=0;QD=22.59;SB=-0.01;sumGLbyD=24.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:77.20:324,0,77 24100-ref 924 . T A 52.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.15;MQ0=0;QD=4.37;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:82.48:82,0,300 24178-ref 193 . A G 698.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6025;MQ=35.74;MQ0=0;QD=12.25;SB=-0.01;sumGLbyD=12.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:50:99:728,0,832 24178-ref 200 . C G 874.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4683;MQ=35.42;MQ0=0;QD=13.46;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:61:99:905,0,951 24178-ref 216 . T C 1104.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.52;MQ0=0;QD=14.53;SB=-0.01;sumGLbyD=14.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:73:99:1134,0,1071 24178-ref 247 . C G 1506.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8469;MQ=35.66;MQ0=0;QD=14.08;SB=-0.01;sumGLbyD=14.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:101:99:1536,0,1516 24178-ref 261 . G A 3009.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.30;MQ0=0;QD=33.07;SB=-0.01;sumGLbyD=33.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:85:99:3043,256,0 24178-ref 263 . C T 1328.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.34;MQ0=0;QD=14.29;SB=-0.01;sumGLbyD=14.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:89:99:1359,0,1373 24178-ref 295 . G T 873.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.1193;MQ=36.44;MQ0=0;QD=12.13;SB=-0.01;sumGLbyD=12.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:67:99:903,0,1183 24178-ref 332 . T C 741.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5402;MQ=36.88;MQ0=0;QD=8.52;SB=-0.01;sumGLbyD=8.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,27:84:99:771,0,1908 24178-ref 382 . C A 97.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9993;MQ=36.31;MQ0=0;QD=2.22;SB=79.69;sumGLbyD=2.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:38:99:128,0,971 24178-ref 468 . C T 464.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4232;MQ=36.53;MQ0=0;QD=10.81;SB=3.00;sumGLbyD=11.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:42:99:495,0,819 24178-ref 567 . T G 331.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.68;SB=-37.00;sumGLbyD=11.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:30:99:361,0,598 24178-ref 581 . C A 308.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.03;SB=-0.01;sumGLbyD=12.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:27:99:339,0,469 24178-ref 611 . T C 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.94:96,0,166 24178-ref 624 . T G 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.96:65,0,100 24178-ref 625 . G T 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.96:65,0,100 24206-ref 40 . C T 1583.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=25.29;MQ0=0;QD=27.30;SB=-209.40;sumGLbyD=27.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:56:99:1616,168,0 24206-ref 55 . G C 792.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.33;MQ0=0;QD=13.90;SB=-108.37;sumGLbyD=14.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:56:99:822,0,447 24206-ref 70 . G C 1316.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.11;MQ0=0;QD=26.87;SB=-209.40;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1349,144,0 24206-ref 156 . C T 52.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.69;MQ0=0;QD=17.64;SB=-0.01;sumGLbyD=28.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:85,9,0 24206-ref 201 . C T 16.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=29.26;MQ0=0;QD=2.09;SB=3.00;sumGLbyD=5.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:46.63:47,0,130 24206-ref 264 . T C 1941.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9342;MQ=23.26;MQ0=0;QD=25.21;SB=-27.67;sumGLbyD=25.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:71:99:1974,213,0 24206-ref 338 . C T 10465.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=647;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.2362;MQ=36.37;MQ0=0;QD=16.18;SB=-29.56;sumGLbyD=13.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:353,293:614:99:8578,0,10648 24206-ref 413 . T A 41.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=36.21;MQ0=0;QD=2.33;SB=-0.01;sumGLbyD=3.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:71.86:72,0,460 24227-ref 13 . A G 187.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.52;MQ0=0;QD=8.91;SB=-0.01;sumGLbyD=10.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:14:99:217,0,225 24227-ref 43 . G A 24.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9320;MQ=36.27;MQ0=0;QD=0.89;SB=63.16;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,4:27:54.79:55,0,742 24227-ref 44 . G C 687.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9320;MQ=36.52;MQ0=0;QD=16.37;SB=-188.56;sumGLbyD=17.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:40:99:718,0,544 24227-ref 114 . A T 347.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9461;MQ=34.69;MQ0=0;QD=12.88;SB=-26.62;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:26:99:378,0,320 24227-ref 119 . A T 289.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=34.15;MQ0=0;QD=13.17;SB=-26.62;sumGLbyD=14.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:320,0,283 24227-ref 165 . C A 125.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6644;MQ=35.77;MQ0=0;QD=5.03;SB=-33.98;sumGLbyD=6.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:24:99:156,0,567 24227-ref 200 . C T 115.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9132;MQ=35.12;MQ0=0;QD=5.26;SB=-60.61;sumGLbyD=6.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:20:99:146,0,454 24227-ref 216 . T C 28.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.14;MQ0=0;QD=2.62;SB=-26.62;sumGLbyD=5.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:10:58.81:59,0,214 24227-ref 371 . C T 234.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.27;SB=-0.01;sumGLbyD=33.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.07:267,21,0 24227-ref 393 . C G 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0 24305-ref 34 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 24305-ref 68 . A G 2745.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.9362;MQ=35.54;MQ0=0;QD=27.45;SB=-0.01;sumGLbyD=27.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,89:92:44.88:2775,0,45 24305-ref 124 . G C 20762.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=617;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.3760;MQ=34.94;MQ0=0;QD=33.65;SB=-59.25;sumGLbyD=32.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,594:590:99:20018,1035,0 24305-ref 126 . G A 21097.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=613;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.7258;MQ=34.91;MQ0=0;QD=34.42;SB=-58.28;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,613:589:99:21093,1772,0 24305-ref 152 . G C 6359.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2190;MQ=32.52;MQ0=0;QD=26.61;SB=-90.51;sumGLbyD=23.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,216:212:8.19:5720,0,8 24305-ref 159 . T A 7513.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=409;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.5616;MQ=33.54;MQ0=0;QD=18.37;SB=-59.25;sumGLbyD=18.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,391:236:99:7453,652,0 24305-ref 186 . C A 27862.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=841;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=31.3175;MQ=35.84;MQ0=0;QD=33.13;SB=-0.01;sumGLbyD=30.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,775:811:99:25564,145,0 24305-ref 222 . T C 31583.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=868;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.6649;MQ=35.91;MQ0=0;QD=36.39;SB=-61.67;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,863:840:99:31500,2447,0 24305-ref 251 . T C 8054.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.8867;MQ=36.44;MQ0=0;QD=29.72;SB=-124.59;sumGLbyD=26.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,228:262:99:7244,0,743 24333-ref 118 . A G 4798.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=529;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.6777;MQ=36.75;MQ0=0;QD=9.07;SB=-50.23;sumGLbyD=6.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:390,137:497:99:3274,0,12220 24333-ref 178 . A C 5730.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=780;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=64.3993;MQ=36.86;MQ0=0;QD=7.35;SB=6.01;sumGLbyD=4.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:598,177:693:99:3469,0,18253 24333-ref 313 . T C 20476.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=982;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.8653;MQ=36.88;MQ0=0;QD=20.85;SB=-47.31;sumGLbyD=18.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:389,591:908:99:17718,0,10839 24333-ref 494 . C A 10885.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=710;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=91.7464;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.33;SB=-505.08;sumGLbyD=12.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:427,283:687:99:8815,0,13433 24333-ref 513 . T C 1050.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.1286;MQ=36.65;MQ0=0;QD=5.20;SB=-0.01;sumGLbyD=5.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,42:185:99:1080,0,4794 24333-ref 536 . 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G T 98.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=3.28;SB=-0.01;sumGLbyD=4.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:99:128,0,825 24368-ref 663 . C A 522.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9971;MQ=35.87;MQ0=0;QD=29.04;SB=-0.01;sumGLbyD=30.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:24.50:556,25,0 24368-ref 679 . A G 56.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.09;SB=-0.01;sumGLbyD=3.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:24:86.39:86,0,669 24368-ref 689 . G C 629.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.67;MQ0=0;QD=20.32;SB=-0.01;sumGLbyD=21.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,23:27:99:660,0,178 24368-ref 690 . A C 82.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.67;MQ0=0;QD=2.65;SB=-0.01;sumGLbyD=3.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:26:99:112,0,707 24368-ref 753 . A G 862.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3013;MQ=36.54;MQ0=0;QD=19.61;SB=-0.01;sumGLbyD=20.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:41:99:893,0,403 24368-ref 754 . G C 824.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3013;MQ=36.55;MQ0=0;QD=18.31;SB=-0.01;sumGLbyD=18.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:39:99:854,0,359 24368-ref 823 . T G 1339.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7382;MQ=36.77;MQ0=0;QD=30.45;SB=-0.01;sumGLbyD=31.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:39:78.75:1373,79,0 24368-ref 917 . A T 146.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=36.39;MQ0=0;QD=4.44;SB=-0.01;sumGLbyD=5.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:31:99:176,0,812 24368-ref 920 . C T 1126.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=36.40;MQ0=0;QD=33.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:31:93.25:1159,93,0 24368-ref 958 . A C 456.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.42;SB=-0.01;sumGLbyD=32.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.12:487,5,0 24368-ref 985 . G C 112.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:145,12,0 24424-ref 169 . C T 272.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9882;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.64;SB=-0.01;sumGLbyD=15.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:20:99:303,0,286 24424-ref 234 . A C 617.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=36.01;MQ0=0;QD=19.93;SB=-0.01;sumGLbyD=20.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:648,0,315 24424-ref 255 . A G 386.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6783;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.12;SB=-29.50;sumGLbyD=17.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:417,0,314 24424-ref 280 . T C 88.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.58;MQ0=0;QD=8.80;SB=-53.24;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:118,0,156 24424-ref 291 . T C 64.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=8.05;SB=-36.44;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:94.43:94,0,132 24424-ref 308 . A C 150.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.18;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:184,15,0 24424-ref 346 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 24532-ref 51 . G A 108.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=21.62;SB=12.46;sumGLbyD=27.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.58:138,0,15 24532-ref 53 . C A 97.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=19.53;SB=12.23;sumGLbyD=25.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:8.66:127,0,9 24532-ref 132 . G C 623.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7336;MQ=36.03;MQ0=0;QD=29.69;SB=-0.01;sumGLbyD=31.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:18:54.15:656,54,0 24532-ref 172 . C T 1155.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.76;MQ0=0;QD=35.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:32:96.28:1189,96,0 24532-ref 224 . A G 902.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8572;MQ=36.60;MQ0=0;QD=17.71;SB=-26.62;sumGLbyD=18.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:43:99:933,0,383 24532-ref 283 . T C 610.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4685;MQ=36.79;MQ0=0;QD=12.99;SB=-37.00;sumGLbyD=13.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:41:99:640,0,688 24532-ref 326 . T C 2847.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9342;MQ=36.75;MQ0=0;QD=35.15;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:78:99:2880,235,0 24532-ref 378 . G T 2061.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.2903;MQ=34.99;MQ0=0;QD=30.77;SB=39.31;sumGLbyD=31.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:60:99:2095,141,0 24532-ref 410 . C G 2793.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2827,232,0 24532-ref 419 . C T 3711.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.48;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:100:99:3711,301,0 24532-ref 466 . C G 1842.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3240;MQ=36.72;MQ0=0;QD=12.79;SB=-0.01;sumGLbyD=13.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,60:142:99:1872,0,2694 24532-ref 544 . T A 41.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0 24532-ref 602 . A G 553.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9967;MQ=27.04;MQ0=0;QD=26.37;SB=29.61;sumGLbyD=27.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:33.51:587,34,0 24532-ref 613 . T C 548.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.14;MQ0=0;QD=27.43;SB=-0.01;sumGLbyD=29.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.11:582,57,0 24532-ref 624 . C T 533.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=29.62;SB=-0.01;sumGLbyD=31.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.11:566,54,0 24532-ref 631 . A G 410.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.69;MQ0=0;QD=27.39;SB=-0.01;sumGLbyD=29.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.09:444,42,0 24532-ref 639 . T C 54.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.19;SB=-0.01;sumGLbyD=3.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,4:25:84.82:85,0,660 24532-ref 724 . T A 4934.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2103;MQ=36.63;MQ0=0;QD=30.28;SB=-0.01;sumGLbyD=30.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:136:99:4934,409,0 24532-ref 775 . T C 6418.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8590;MQ=36.27;MQ0=0;QD=35.66;SB=40.00;sumGLbyD=35.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,179:174:99:6377,483,0 24532-ref 798 . T C 1439.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6592;MQ=35.99;MQ0=0;QD=11.90;SB=-0.01;sumGLbyD=12.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:120:99:1469,0,2226 24532-ref 832 . T C 2144.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8181;MQ=36.84;MQ0=0;QD=33.51;SB=-40.01;sumGLbyD=34.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:59:99:2177,178,0 24532-ref 886 . 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A G 4538.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=33.72;MQ0=0;QD=32.89;SB=-0.01;sumGLbyD=32.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:128:99:4537,385,0 24532-ref 1138 . T C 963.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=186;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3940;MQ=36.01;MQ0=0;QD=5.18;SB=-0.01;sumGLbyD=5.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,48:173:99:994,0,4269 24532-ref 1175 . A G 179.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.9646;MQ=35.08;MQ0=0;QD=2.30;SB=-0.01;sumGLbyD=2.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,12:71:99:209,0,1926 24532-ref 1190 . C T 1834.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9907;MQ=35.50;MQ0=0;QD=31.62;SB=-0.01;sumGLbyD=32.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:55:99:1867,122,0 24532-ref 1207 . G A 1207.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.8303;MQ=35.62;MQ0=0;QD=32.64;SB=-0.01;sumGLbyD=33.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:35:99:1241,105,0 24532-ref 1253 . A C 235.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:268,21,0 24532-ref 1261 . T C 153.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0 24654-ref 88 . A G 109.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:142,12,0 24654-ref 165 . A G 53.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=34.57;MQ0=0;QD=1.78;SB=-25.49;sumGLbyD=2.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:83.48:83,0,824 24654-ref 168 . G T 56.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4559;MQ=34.66;MQ0=0;QD=1.82;SB=-28.54;sumGLbyD=2.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,6:30:86.53:87,0,781 24654-ref 170 . T A 67.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4559;MQ=34.39;MQ0=0;QD=2.11;SB=-39.49;sumGLbyD=3.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,6:27:97.49:97,0,684 24654-ref 226 . T C 152.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=34.06;MQ0=0;QD=3.72;SB=12.11;sumGLbyD=4.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,10:35:99:183,0,830 24654-ref 255 . G A 188.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=33.18;MQ0=0;QD=7.23;SB=4.50;sumGLbyD=8.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:25:99:218,0,481 24663-ref 39 . A G 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9152;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.50;SB=3.02;sumGLbyD=17.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:56.77:105,0,57 24663-ref 127 . T A 56.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=2.8916;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.24;SB=-0.01;sumGLbyD=3.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:23:86.05:86,0,676 24663-ref 184 . C T 27.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6647;MQ=36.42;MQ0=0;QD=0.78;SB=-0.01;sumGLbyD=1.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:35:57.29:57,0,1032 24663-ref 221 . T A 658.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.77;MQ0=0;QD=26.34;SB=-27.83;sumGLbyD=27.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,23:23:1.85:688,3,0 24663-ref 303 . C T 54.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.29;SB=-0.01;sumGLbyD=3.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,4:24:84.91:85,0,677 24663-ref 386 . C T 188.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9725;MQ=36.80;MQ0=0;QD=3.76;SB=-0.01;sumGLbyD=4.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:48:99:218,0,1234 24663-ref 406 . G A 68.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.0613;MQ=35.52;MQ0=0;QD=1.90;SB=-0.01;sumGLbyD=2.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:31:98.27:98,0,832 24663-ref 407 . A G 1013.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.0627;MQ=35.99;MQ0=0;QD=28.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:29:87.24:1046,87,0 24663-ref 467 . G A 1414.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7020;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.44;SB=-0.01;sumGLbyD=32.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:42:99:1448,123,0 24676-ref 89 . C T 147.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.59;SB=-0.01;sumGLbyD=29.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:178,0,22 24676-ref 116 . C T 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.94:96,0,175 24676-ref 164 . A G 273.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.32;MQ0=0;QD=18.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:303,0,177 24676-ref 185 . A G 11.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=0.86;SB=3.00;sumGLbyD=3.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:40.90:41,0,371 24676-ref 196 . T C 73.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=6.10;SB=-26.62;sumGLbyD=8.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:103,0,266 24676-ref 198 . A G 76.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=6.35;SB=-26.62;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:11:99:106,0,231 24754-ref 19 . G A 31.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.53;SB=-23.61;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:61.79:62,0,204 24754-ref 26 . G T 25.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8665;MQ=33.85;MQ0=0;QD=2.59;SB=-20.67;sumGLbyD=5.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:55.84:56,0,239 24754-ref 41 . G A 31.14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6384;MQ=36.22;MQ0=0;QD=1.20;SB=-0.01;sumGLbyD=2.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,4:25:61.13:61,0,725 24754-ref 43 . G C 62.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.1675;MQ=36.30;MQ0=0;QD=2.16;SB=-33.13;sumGLbyD=3.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,5:28:92.73:93,0,740 24754-ref 106 . T G 818.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.30;SB=36.01;sumGLbyD=31.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,25:27:2.44:847,1,0 24754-ref 155 . A C 66.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8763;MQ=35.98;MQ0=0;QD=3.30;SB=-0.01;sumGLbyD=4.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:16:96.07:96,0,378 24754-ref 160 . T A 332.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.87;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=20.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:15:84.48:363,0,84 24754-ref 177 . G A 66.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=3.93;SB=-0.01;sumGLbyD=5.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:16:96.76:97,0,391 24754-ref 190 . T C 97.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=34.93;MQ0=0;QD=6.48;SB=-26.62;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:127,0,326 24785-ref 10 . T C 152.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9860;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.33;SB=-0.01;sumGLbyD=30.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.92:182,0,19 24785-ref 20 . C G 556.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.0713;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.89;SB=-0.01;sumGLbyD=20.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,23:21:84.50:587,0,85 24785-ref 129 . G A 20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9995;MQ=35.98;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.94:50,0,252 24785-ref 172 . 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A G 3919.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1876;MQ=36.25;MQ0=0;QD=24.20;SB=-0.01;sumGLbyD=21.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,110:155:99:3426,0,1375 24812-ref 158 . T G 1505.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=375;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.7879;MQ=36.41;MQ0=0;QD=4.02;SB=3.00;sumGLbyD=4.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:299,76:344:99:1536,0,9165 24812-ref 162 . G A 1396.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=371;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.4413;MQ=36.40;MQ0=0;QD=3.76;SB=3.00;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:297,72:349:99:1426,0,9389 24812-ref 171 . A G 1723.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=373;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.0673;MQ=36.43;MQ0=0;QD=4.62;SB=3.00;sumGLbyD=4.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:293,80:362:99:1754,0,9433 24812-ref 244 . T C 7253.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=370;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8562;MQ=36.42;MQ0=0;QD=19.60;SB=-0.01;sumGLbyD=16.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,209:339:99:6231,0,4380 24812-ref 246 . G A 7194.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=384;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.2818;MQ=36.45;MQ0=0;QD=18.73;SB=-0.01;sumGLbyD=15.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,215:347:99:6129,0,4558 24812-ref 287 . C T 5146.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8053;MQ=36.10;MQ0=0;QD=19.72;SB=-57.05;sumGLbyD=16.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,144:252:99:4387,0,3545 24812-ref 323 . C T 2318.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=33.77;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2352,196,0 24812-ref 332 . G A 634.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.08;MQ0=0;QD=13.79;SB=-26.62;sumGLbyD=14.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:665,0,673 24812-ref 345 . G C 320.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.78;MQ0=0;QD=10.70;SB=-0.01;sumGLbyD=11.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:28:99:351,0,420 24812-ref 350 . C T 220.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.27;MQ0=0;QD=9.60;SB=-21.70;sumGLbyD=10.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:251,0,362 24812-ref 365 . A G 92.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.19;SB=-0.01;sumGLbyD=31.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:125,12,0 24812-ref 395 . T C 591.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.49;MQ0=0;QD=29.57;SB=-0.01;sumGLbyD=31.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:17:51.14:624,51,0 24812-ref 456 . G T 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.38;MQ0=0;QD=34.66;SB=-0.01;sumGLbyD=35.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1246,105,0 24812-ref 463 . T A 944.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=33.73;SB=-29.63;sumGLbyD=34.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.22:977,84,0 24812-ref 467 . G A 1030.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.21;SB=-29.63;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.24:1064,93,0 24812-ref 484 . T C 279.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=33.74;MQ0=0;QD=9.63;SB=-0.01;sumGLbyD=10.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:23:99:309,0,377 24812-ref 506 . A G 132.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=33.18;MQ0=0;QD=5.32;SB=-0.01;sumGLbyD=6.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:21:99:163,0,421 24812-ref 511 . A T 372.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=33.18;MQ0=0;QD=14.91;SB=-0.01;sumGLbyD=16.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:24:99:403,0,266 24812-ref 522 . T A 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=33.04;SB=-21.67;sumGLbyD=34.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.15:892,78,0 24812-ref 557 . C T 36.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=31.58;MQ0=0;QD=9.07;SB=-0.01;sumGLbyD=16.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:4:20.60:66,0,21 24812-ref 578 . G A 123.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.76;SB=-39.55;sumGLbyD=31.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:156,12,0 24812-ref 596 . G A 76.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=8.48;SB=-4.67;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:8:99:106,0,103 24812-ref 612 . T C 120.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=9.28;SB=12.03;sumGLbyD=11.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:12:99:151,0,190 24812-ref 613 . A G 356.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=27.43;SB=-148.92;sumGLbyD=29.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.08:390,36,0 24812-ref 654 . G A 73.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6428;MQ=27.04;MQ0=0;QD=10.50;SB=12.52;sumGLbyD=14.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:24.97:103,0,25 24812-ref 659 . A G 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-29.38;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 24814-ref 116 . T A 827 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4163;MQ=35.93;MQ0=0;QD=8.53;SB=-152.55;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,35:88:99:857,0,1849 24814-ref 135 . A G 33.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=6.2627;MQ=36.25;MQ0=0;QD=0.62;SB=3.00;sumGLbyD=1.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,10:42:63.53:64,0,1176 24814-ref 235 . G A 6789.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=405;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.9890;MQ=36.80;MQ0=0;QD=16.76;SB=3.00;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,197:364:99:5692,0,5710 24814-ref 390 . T C 2921.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.1054;MQ=36.94;MQ0=0;QD=16.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,104:161:99:2951,0,2063 24814-ref 484 . T A 80.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0 24814-ref 499 . A G 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.43;SB=-0.01;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:70,0,30 24816-ref 79 . C T 3553.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6513;MQ=35.57;MQ0=0;QD=35.53;SB=-688.79;sumGLbyD=35.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:98:99:3553,295,0 24816-ref 101 . A G 481.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=34.59;MQ0=0;QD=6.98;SB=-246.58;sumGLbyD=7.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,21:65:99:512,0,1381 24816-ref 113 . A C 1070.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.71;MQ0=0;QD=26.10;SB=-308.01;sumGLbyD=26.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:34:99:1103,102,0 24816-ref 131 . C A 914.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.97;MQ0=0;QD=31.53;SB=-118.49;sumGLbyD=32.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:50.26:947,50,0 24816-ref 139 . A G 1171.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=33.46;SB=-118.50;sumGLbyD=34.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1204,102,0 24816-ref 148 . C T 1205.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.38;MQ0=0;QD=34.45;SB=-112.56;sumGLbyD=35.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1239,105,0 24816-ref 197 . G A 609.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8237;MQ=30.35;MQ0=0;QD=30.47;SB=-0.01;sumGLbyD=32.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.12:642,60,0 24816-ref 218 . T C 50.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=16.99;SB=-0.01;sumGLbyD=27.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:83,9,0 24816-ref 623 . G A 879.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.4072;MQ=23.09;MQ0=0;QD=19.55;SB=-0.01;sumGLbyD=20.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:37:55.78:913,56,0 24816-ref 653 . C T 997.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0332;MQ=23.08;MQ0=0;QD=7.67;SB=-0.01;sumGLbyD=7.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,51:128:99:1027,0,1752 24816-ref 690 . C T 1503.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8402;MQ=23.33;MQ0=0;QD=8.64;SB=-0.01;sumGLbyD=8.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,77:163:99:1534,0,2022 24816-ref 707 . C T 1314.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9367;MQ=25.02;MQ0=0;QD=9.07;SB=-0.01;sumGLbyD=9.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,66:140:99:1345,0,1835 24816-ref 727 . T C 1144.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.6558;MQ=30.00;MQ0=0;QD=10.31;SB=9.01;sumGLbyD=10.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:108:99:1174,0,1660 24816-ref 740 . C A 287.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.9010;MQ=31.67;MQ0=0;QD=2.82;SB=-57.46;sumGLbyD=3.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,18:89:99:318,0,2184 24816-ref 746 . C T 135.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.9634;MQ=33.37;MQ0=0;QD=1.01;SB=75.87;sumGLbyD=1.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,19:132:99:166,0,3694 24816-ref 750 . T G 150.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=95.7881;MQ=33.43;MQ0=0;QD=1.05;SB=61.26;sumGLbyD=1.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,21:136:99:180,0,3817 24816-ref 753 . G C 663.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=130.2424;MQ=33.21;MQ0=0;QD=3.86;SB=-326.83;sumGLbyD=4.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,38:163:99:694,0,4070 24816-ref 754 . T A 932.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=132.3068;MQ=33.28;MQ0=0;QD=5.33;SB=-406.55;sumGLbyD=5.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,44:158:99:963,0,3617 24816-ref 759 . T C 4116.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=251;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=177.1050;MQ=33.43;MQ0=0;QD=16.40;SB=-142.31;sumGLbyD=13.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,112:225:99:3438,0,3246 24816-ref 760 . T C 40.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=235.2035;MQ=33.72;MQ0=0;QD=0.14;SB=215.26;sumGLbyD=0.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:255,29:262:70.22:70,0,7747 24816-ref 764 . T G 5106.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=297;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=206.3416;MQ=33.36;MQ0=0;QD=17.19;SB=-167.80;sumGLbyD=14.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,143:276:99:4275,0,3838 24816-ref 768 . C T 1521.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=294;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=166.6990;MQ=33.47;MQ0=0;QD=5.17;SB=-521.56;sumGLbyD=5.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,73:285:99:1551,0,6717 24816-ref 770 . T C 654.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=303;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=168.1448;MQ=33.25;MQ0=0;QD=2.16;SB=-291.18;sumGLbyD=2.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:249,50:285:99:685,0,7589 24816-ref 806 . T C 10569.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=325;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.7966;MQ=33.83;MQ0=0;QD=32.52;SB=-924.11;sumGLbyD=32.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,323:301:99:10545,883,0 24816-ref 839 . G A 5910.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.1236;MQ=34.27;MQ0=0;QD=33.78;SB=-37.80;sumGLbyD=33.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:164:99:5910,493,0 24816-ref 846 . A G 1639.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8463;MQ=34.41;MQ0=0;QD=10.71;SB=3.00;sumGLbyD=10.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,61:148:99:1669,0,2834 24816-ref 863 . A G 29.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9990;MQ=33.58;MQ0=0;QD=0.39;SB=-0.01;sumGLbyD=0.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,9:69:59.07:59,0,1923 24816-ref 868 . T C 2239.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9883;MQ=33.77;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:63:99:2273,187,0 24816-ref 878 . T A 1591.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9892;MQ=33.61;MQ0=0;QD=28.42;SB=-0.01;sumGLbyD=29.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:54:15.25:1624,15,0 24816-ref 911 . T A 70.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:102,9,0 24863-ref 90 . T C 29.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.97;SB=-0.01;sumGLbyD=19.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:60,0,31 24863-ref 112 . G C 24.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.02;SB=-0.01;sumGLbyD=18.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:54,0,31 24863-ref 158 . A G 87.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.31;SB=-0.01;sumGLbyD=9.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:118,0,278 24863-ref 200 . G A 85.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.79;SB=-0.01;sumGLbyD=10.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:116,0,237 24863-ref 229 . C A 15.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.63;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:5.98:46,6,0 24881-ref 41 . C A 404.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=31.15;SB=28.74;sumGLbyD=33.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:9.50:437,9,0 24881-ref 49 . T A 472.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=31.52;SB=29.38;sumGLbyD=33.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:15.51:506,16,0 24881-ref 96 . G C 550.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=35.98;MQ0=0;QD=27.51;SB=-0.01;sumGLbyD=29.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:18:14.84:583,15,0 24881-ref 128 . G T 30.88 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=15.44;SB=-0.01;sumGLbyD=31.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:62,6,0 24897-ref 39 . C T 3999.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=219;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.2980;MQ=36.12;MQ0=0;QD=18.26;SB=3.00;sumGLbyD=15.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,116:208:99:3352,0,2919 24897-ref 53 . G C 10169.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=277;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2891;MQ=36.30;MQ0=0;QD=36.71;SB=-69.63;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,276:269:99:10168,809,0 24897-ref 256 . G C 17826.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=546;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.1290;MQ=36.38;MQ0=0;QD=32.65;SB=-0.01;sumGLbyD=32.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,542:485:99:17755,1453,0 24897-ref 313 . G A 13136.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=541;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.8770;MQ=36.27;MQ0=0;QD=24.28;SB=3.00;sumGLbyD=21.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,365:525:99:11554,0,4927 24897-ref 343 . C A 3760.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7718;MQ=35.55;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=21.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,110:149:99:3280,0,1268 24897-ref 353 . G T 979.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9970;MQ=34.23;MQ0=0;QD=19.98;SB=-0.01;sumGLbyD=20.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,34:48:99:1009,0,415 24943-ref 59 . G A 111.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.87;SB=3.00;sumGLbyD=7.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:141,0,465 24943-ref 73 . C A 353.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3633;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.09;SB=-0.01;sumGLbyD=14.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:25:99:383,0,363 24943-ref 117 . C T 1403.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7434;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.93;SB=-0.01;sumGLbyD=22.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,51:57:99:1434,0,289 24943-ref 174 . C T 1983.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.83;MQ0=0;QD=34.21;SB=-0.01;sumGLbyD=34.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:55:99:2017,165,0 24943-ref 261 . C G 337.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3066;MQ=36.72;MQ0=0;QD=9.36;SB=-0.01;sumGLbyD=10.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:30:99:367,0,526 24943-ref 265 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3402;MQ=36.71;MQ0=0;QD=10.60;SB=-0.01;sumGLbyD=11.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:28:99:401,0,428 24943-ref 272 . T C 270.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8710;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.47;SB=-0.01;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:31:99:301,0,662 24943-ref 369 . 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A G 263.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.57;SB=-0.01;sumGLbyD=14.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:294,0,315 25032-ref 97 . C A 246.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.78;SB=-0.01;sumGLbyD=34.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:279,24,0 25032-ref 167 . T A 505.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:539,42,0 25032-ref 177 . C T 205.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0 25032-ref 182 . C G 62.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.53;SB=-0.01;sumGLbyD=18.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.97:93,0,65 25033-ref 70 . C G 852.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3259;MQ=34.57;MQ0=0;QD=27.51;SB=-54.44;sumGLbyD=28.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:29:13.80:886,14,0 25033-ref 73 . A T 781.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=2.3259;MQ=34.76;MQ0=0;QD=26.96;SB=-53.99;sumGLbyD=28.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:27:11.59:814,12,0 25033-ref 125 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 25033-ref 150 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 25033-ref 267 . A G 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0 25033-ref 314 . A G 308.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9987;MQ=36.07;MQ0=0;QD=28.02;SB=29.60;sumGLbyD=30.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.22:338,0,6 25033-ref 394 . C T 293.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=26.65;SB=25.17;sumGLbyD=29.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:10:2.78:322,0,0 25033-ref 416 . C A 182.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.48;SB=-0.01;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:216,18,0 25033-ref 443 . C T 73.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:106,9,0 25033-ref 465 . A C 76.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.54;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:109,9,0 25033-ref 488 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 25049-ref 62 . A T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 25049-ref 68 . T A 37.29 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.64;SB=-0.01;sumGLbyD=34.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 25049-ref 77 . G T 34.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0 25049-ref 121 . C G 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0 25049-ref 138 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:120,9,0 25049-ref 288 . G A 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0 25049-ref 297 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 25065-ref 54 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 25125-ref 4 . G A 11.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9995;MQ=34.01;MQ0=0;QD=1.65;SB=-0.01;sumGLbyD=5.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:7:41.21:41,0,127 25125-ref 70 . T C 1083.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=25.1201;MQ=35.84;MQ0=0;QD=10.52;SB=-75.95;sumGLbyD=10.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:89:99:1114,0,1707 25125-ref 140 . G A 1696.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4267;MQ=36.69;MQ0=0;QD=17.14;SB=-54.04;sumGLbyD=17.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:92:99:1727,0,1188 25125-ref 247 . G A 3058.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7532;MQ=36.79;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=32.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:83:99:3091,247,0 25125-ref 393 . G C 2156.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0822;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=17.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,69:117:99:2187,0,1515 25125-ref 481 . A G 2312.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5965;MQ=36.60;MQ0=0;QD=18.36;SB=-0.01;sumGLbyD=18.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,75:116:99:2343,0,1305 25125-ref 507 . T A 2721.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1331;MQ=36.49;MQ0=0;QD=17.12;SB=-31.35;sumGLbyD=17.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,93:148:99:2752,0,1736 25125-ref 569 . C T 1565.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.6714;MQ=35.65;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=17.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:84:99:1595,0,934 25125-ref 592 . A G 2135.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3287;MQ=35.72;MQ0=0;QD=17.79;SB=-26.62;sumGLbyD=18.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,70:112:99:2165,0,1335 25125-ref 603 . A C 1316.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.53;MQ0=0;QD=13.43;SB=-0.01;sumGLbyD=13.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:87:99:1346,0,1247 25125-ref 631 . G T 1591.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.61;MQ0=0;QD=16.58;SB=-0.01;sumGLbyD=16.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:86:99:1621,0,981 25125-ref 670 . C T 1316.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.5483;MQ=32.57;MQ0=0;QD=18.81;SB=-0.01;sumGLbyD=19.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,47:60:99:1347,0,343 25125-ref 688 . A G 1019.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3460;MQ=31.09;MQ0=0;QD=16.71;SB=-0.01;sumGLbyD=17.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,41:52:99:1049,0,298 25125-ref 696 . A G 794.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2729;MQ=30.82;MQ0=0;QD=14.45;SB=-0.01;sumGLbyD=15.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:46:99:825,0,346 25125-ref 710 . C A 892.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3970;MQ=31.47;MQ0=0;QD=16.23;SB=3.00;sumGLbyD=16.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:52:99:923,0,520 25125-ref 743 . T A 545.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=22.74;SB=-0.01;sumGLbyD=23.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,18:24:99:576,0,151 25125-ref 801 . T C 107.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.92;SB=-0.01;sumGLbyD=22.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:55.90:138,0,56 25235-ref 48 . A C 1570.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.3501;MQ=36.53;MQ0=0;QD=4.55;SB=-0.01;sumGLbyD=4.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:267,74:326:99:1600,0,8550 25235-ref 110 . G A 7592.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=626;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=62.5192;MQ=36.55;MQ0=0;QD=12.13;SB=6.00;sumGLbyD=9.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:401,225:606:99:5765,0,12586 25235-ref 167 . T G 19.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=15.8296;MQ=36.15;MQ0=0;QD=0.54;SB=-0.01;sumGLbyD=1.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,4:30:49.26:49,0,689 25235-ref 168 . G A 146.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8469;MQ=36.67;MQ0=0;QD=4.73;SB=-0.01;sumGLbyD=5.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:30:99:177,0,728 25408-ref 3 . T G 149.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.7782;MQ=18.31;MQ0=0;QD=1.58;SB=9.01;sumGLbyD=1.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,8:19:99:180,0,279 25408-ref 13 . A T 27699.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.1107;MQ=25.12;MQ0=0;QD=27.70;SB=-3850.74;sumGLbyD=27.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,985:951:99:27534,2707,0 25408-ref 22 . G A 21325.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.3119;MQ=25.13;MQ0=0;QD=21.35;SB=-3849.88;sumGLbyD=21.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,978:784:99:21003,2095,0 25408-ref 40 . A T 6023.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=329;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.2793;MQ=25.19;MQ0=0;QD=18.31;SB=-1444.59;sumGLbyD=17.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,282:219:99:5896,535,0 25408-ref 41 . A G 9400.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=329;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.1190;MQ=25.19;MQ0=0;QD=28.57;SB=-1493.99;sumGLbyD=28.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,324:322:99:9308,881,0 25408-ref 61 . C T 21.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=72.3999;MQ=20.35;MQ0=0;QD=0.31;SB=-20.61;sumGLbyD=0.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,5:32:51.95:52,0,710 25408-ref 63 . C T 5702.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.3579;MQ=24.22;MQ0=0;QD=23.28;SB=-227.66;sumGLbyD=20.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,192:217:73.90:4994,0,74 25408-ref 70 . A T 19257.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=746;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.6842;MQ=26.46;MQ0=0;QD=25.81;SB=-2709.33;sumGLbyD=25.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,721:622:99:18947,1594,0 25408-ref 88 . G A 5230.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=85.1215;MQ=24.60;MQ0=0;QD=19.30;SB=-1666.13;sumGLbyD=16.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,189:230:99:4516,0,831 25408-ref 98 . G T 283.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.6828;MQ=25.37;MQ0=0;QD=5.35;SB=-142.70;sumGLbyD=5.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:41:99:314,0,664 25408-ref 109 . G T 28.74 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=79.3039;MQ=26.17;MQ0=0;QD=0.42;SB=2.37;sumGLbyD=0.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,7:16:58.73:59,0,324 25408-ref 112 . T G 42.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.01;HRun=5;HaplotypeScore=40.1301;MQ=23.94;MQ0=0;QD=0.45;SB=44.98;sumGLbyD=0.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,11:39:72.89:73,0,625 25408-ref 121 . C T 119.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.2428;MQ=21.43;MQ0=0;QD=0.74;SB=27.36;sumGLbyD=0.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,13:71:99:150,0,1486 25446-ref 129 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2227;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0 25446-ref 139 . T C 68.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:101,9,0 25446-ref 185 . C T 66.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.7840;MQ=35.28;MQ0=0;QD=11.15;SB=9.97;sumGLbyD=16.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:4:22.32:97,0,22 25446-ref 266 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 25446-ref 448 . T C 69.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9291;MQ=31.58;MQ0=0;QD=11.52;SB=-0.01;sumGLbyD=16.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,4:3:9.02:101,9,0 25446-ref 454 . A T 47.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4502;MQ=31.58;MQ0=0;QD=7.94;SB=-0.01;sumGLbyD=12.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.66:78,0,15 25446-ref 463 . C T 10.67 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4037;MQ=30.37;MQ0=0;QD=2.13;SB=-0.01;sumGLbyD=8.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:40.28:40,0,87 25446-ref 466 . A G 21.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9458;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.31;SB=-0.01;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:51,0,30 25623-ref 36 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 25623-ref 69 . T A 298.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.07;MQ0=0;QD=27.09;SB=-0.01;sumGLbyD=30.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:27.07:331,27,0 25623-ref 252 . G A 997.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.90;MQ0=0;QD=31.18;SB=-0.01;sumGLbyD=32.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.18:1031,93,0 25623-ref 385 . T A 150.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=25.06;SB=-0.01;sumGLbyD=30.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:183,15,0 25623-ref 418 . T G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 25623-ref 419 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 25623-ref 568 . A T 1195.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2032;MQ=31.69;MQ0=0;QD=18.12;SB=-70.99;sumGLbyD=18.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,46:64:99:1226,0,537 25623-ref 588 . G A 948.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2243;MQ=32.85;MQ0=0;QD=12.16;SB=-66.57;sumGLbyD=12.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:74:99:979,0,1155 25623-ref 596 . C T 932.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.3924;MQ=33.47;MQ0=0;QD=10.97;SB=-30.29;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:81:99:962,0,1422 25623-ref 599 . T C 2953.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.82;MQ0=0;QD=32.82;SB=-115.61;sumGLbyD=33.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:85:99:2987,256,0 25623-ref 636 . T C 3793.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=34.93;MQ0=0;QD=32.99;SB=-0.01;sumGLbyD=32.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:107:99:3753,282,0 25623-ref 637 . G A 1547.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.93;MQ0=0;QD=13.46;SB=-0.01;sumGLbyD=13.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:115:99:1578,0,1889 25623-ref 648 . C T 1737.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.70;MQ0=0;QD=15.80;SB=-0.01;sumGLbyD=16.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:106:99:1768,0,1502 25623-ref 696 . T G 1693.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.6972;MQ=36.71;MQ0=0;QD=16.28;SB=-0.01;sumGLbyD=16.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:96:99:1723,0,1291 25623-ref 728 . C T 1967.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1259;MQ=35.86;MQ0=0;QD=15.74;SB=-0.01;sumGLbyD=15.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,72:113:99:1997,0,1426 25623-ref 756 . T C 1214.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.10;MQ0=0;QD=12.39;SB=-0.01;sumGLbyD=12.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:97:99:1244,0,1677 25623-ref 761 . C T 905.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=11.18;SB=-0.01;sumGLbyD=11.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:76:99:936,0,1300 25623-ref 765 . G A 1295.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=17.05;SB=-0.01;sumGLbyD=17.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:71:99:1326,0,742 25623-ref 767 . C T 1146.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.54;MQ0=0;QD=15.08;SB=-0.01;sumGLbyD=15.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,49:65:99:1176,0,712 25623-ref 850 . T A 126.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7653;MQ=36.64;MQ0=0;QD=2.26;SB=-0.01;sumGLbyD=2.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,8:53:99:157,0,1504 25623-ref 866 . G T 866.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8255;MQ=35.03;MQ0=0;QD=13.76;SB=-0.01;sumGLbyD=14.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:58:99:897,0,839 25623-ref 870 . G A 1977.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.57;MQ0=0;QD=32.96;SB=-0.01;sumGLbyD=33.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:57:99:2011,171,0 25623-ref 904 . G A 1361.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.6181;MQ=34.50;MQ0=0;QD=17.24;SB=-0.01;sumGLbyD=17.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:78:99:1392,0,951 25623-ref 924 . G A 442.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3913;MQ=34.01;MQ0=0;QD=7.03;SB=-0.01;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:63:99:473,0,1325 25623-ref 929 . G C 2076.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=34.21;MQ0=0;QD=34.60;SB=-0.01;sumGLbyD=35.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2109,180,0 25623-ref 936 . A G 12.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0723;MQ=35.72;MQ0=0;QD=0.26;SB=-0.01;sumGLbyD=0.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,7:45:42.35:42,0,1316 25623-ref 968 . G A 1208.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1484;MQ=36.90;MQ0=0;QD=12.58;SB=-0.01;sumGLbyD=12.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:74:99:1238,0,1022 25623-ref 969 . C T 1319.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1484;MQ=36.90;MQ0=0;QD=13.60;SB=-0.01;sumGLbyD=13.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:79:99:1350,0,1005 25623-ref 1023 . C T 1906.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=293;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.5643;MQ=36.76;MQ0=0;QD=6.51;SB=-0.01;sumGLbyD=6.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,80:267:99:1937,0,6343 25623-ref 1068 . C T 1735.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=196;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.9283;MQ=36.59;MQ0=0;QD=8.86;SB=-37.00;sumGLbyD=9.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,66:191:99:1766,0,4012 25623-ref 1089 . C A 1095.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.9028;MQ=36.64;MQ0=0;QD=9.69;SB=-0.01;sumGLbyD=9.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,45:106:99:1125,0,1989 25623-ref 1122 . G T 401.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9981;MQ=36.47;MQ0=0;QD=10.56;SB=3.00;sumGLbyD=11.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:36:99:431,0,685 25623-ref 1148 . A T 630.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3421;MQ=36.80;MQ0=0;QD=12.35;SB=-0.01;sumGLbyD=12.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:50:99:660,0,961 25623-ref 1164 . C A 337.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9977;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.18;SB=-0.01;sumGLbyD=7.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:47:99:368,0,1095 25623-ref 1174 . A G 349.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.5757;MQ=36.78;MQ0=0;QD=7.60;SB=-0.01;sumGLbyD=8.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:44:99:380,0,960 25623-ref 1222 . T A 138.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6827;MQ=35.68;MQ0=0;QD=4.48;SB=3.00;sumGLbyD=5.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:30:99:169,0,745 25623-ref 1223 . G T 61.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9989;MQ=35.12;MQ0=0;QD=2.79;SB=3.00;sumGLbyD=4.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:19:91.27:91,0,437 25623-ref 1269 . A C 200.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9574;MQ=36.07;MQ0=0;QD=9.12;SB=-0.01;sumGLbyD=10.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:231,0,429 25623-ref 1273 . G T 29.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9543;MQ=35.63;MQ0=0;QD=1.94;SB=-0.01;sumGLbyD=3.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:13:59.16:59,0,336 25623-ref 1274 . G A 134.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9537;MQ=35.28;MQ0=0;QD=11.18;SB=-0.01;sumGLbyD=13.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:10:99:164,0,111 25623-ref 1276 . C A 21.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9969;MQ=34.01;MQ0=0;QD=3.09;SB=-0.01;sumGLbyD=7.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:51.59:52,0,112 25623-ref 1281 . G A 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9969;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.56:50,0,30 25623-ref 1293 . T C 110.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.62;SB=-0.01;sumGLbyD=35.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:143,12,0 25623-ref 1301 . T C 115.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0 25623-ref 1385 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 25626-ref 31 . G T 312.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8716;MQ=36.15;MQ0=0;QD=26.02;SB=-0.01;sumGLbyD=28.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:10:30.07:345,30,0 25626-ref 210 . G T 13.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2353;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.17;SB=-0.01;sumGLbyD=0.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,8:79:43.60:44,0,2434 25626-ref 264 . C T 15.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3492;MQ=36.75;MQ0=0;QD=0.40;SB=-0.01;sumGLbyD=1.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,4:37:45.83:46,0,1135 25626-ref 296 . G C 50.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4573;MQ=36.15;MQ0=0;QD=4.17;SB=3.00;sumGLbyD=6.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:11:80.04:80,0,269 25626-ref 424 . T C 45.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.27;MQ0=0;QD=3.26;SB=-0.01;sumGLbyD=5.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:13:75.59:76,0,356 25626-ref 455 . T C 93.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=5.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:124,0,394 25626-ref 480 . A G 86.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9994;MQ=35.42;MQ0=0;QD=6.66;SB=-0.01;sumGLbyD=8.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:117,0,234 25654-ref 132 . A T 68.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.75;SB=-0.01;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:98.26:98,0,129 25654-ref 133 . C A 71.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.18;SB=-0.01;sumGLbyD=14.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:99:101,0,101 25733-ref 67 . A G 178.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.77;SB=-0.01;sumGLbyD=9.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:22:99:209,0,530 25733-ref 79 . C T 706.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4073;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.13;SB=-0.01;sumGLbyD=14.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:40:99:736,0,538 25733-ref 192 . A G 448.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9950;MQ=35.17;MQ0=0;QD=9.96;SB=3.00;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:44:99:478,0,876 25733-ref 210 . G A 381.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3683;MQ=34.55;MQ0=0;QD=11.21;SB=3.00;sumGLbyD=12.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:33:99:411,0,596 25733-ref 229 . G C 332.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3339;MQ=34.57;MQ0=0;QD=11.08;SB=-0.01;sumGLbyD=12.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:28:99:362,0,459 25733-ref 231 . C T 324.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3339;MQ=34.87;MQ0=0;QD=9.54;SB=-0.01;sumGLbyD=10.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:30:99:354,0,549 25733-ref 255 . A C 628.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5167;MQ=36.79;MQ0=0;QD=13.36;SB=-0.01;sumGLbyD=14.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:43:99:658,0,706 25733-ref 278 . C T 735.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4024;MQ=36.64;MQ0=0;QD=13.13;SB=-0.01;sumGLbyD=13.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:53:99:765,0,948 25733-ref 316 . G T 907.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2537;MQ=36.38;MQ0=0;QD=13.96;SB=6.01;sumGLbyD=14.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:55:99:937,0,723 25733-ref 327 . T C 1319.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.41;MQ0=0;QD=19.12;SB=-0.01;sumGLbyD=19.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:67:99:1350,0,725 25733-ref 343 . G C 514.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=36.49;MQ0=0;QD=8.72;SB=-0.01;sumGLbyD=9.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:55:99:544,0,1201 25733-ref 348 . C T 535.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.0476;MQ=36.49;MQ0=0;QD=8.92;SB=-0.01;sumGLbyD=9.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:57:99:565,0,1256 25733-ref 534 . G A 145.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.26;SB=3.00;sumGLbyD=8.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:18:99:175,0,414 25733-ref 578 . A G 20.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4608;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.50;SB=-0.01;sumGLbyD=8.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:50.95:51,0,96 25733-ref 586 . T C 24.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=34.54;MQ0=0;QD=2.77;SB=-24.67;sumGLbyD=6.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:54.94:55,0,190 25789-ref 37 . A G 1650.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9979;MQ=34.71;MQ0=0;QD=17.37;SB=3.00;sumGLbyD=17.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,57:93:99:1680,0,1144 25789-ref 72 . C T 7846.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=537;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.3211;MQ=33.75;MQ0=0;QD=14.61;SB=3.00;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:294,243:534:99:6237,0,9645 25789-ref 88 . G C 8270.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=612;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9409;MQ=33.43;MQ0=0;QD=13.51;SB=6.01;sumGLbyD=10.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:341,271:598:99:6468,0,10924 25789-ref 99 . C T 8885.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=613;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3334;MQ=33.27;MQ0=0;QD=14.49;SB=3.00;sumGLbyD=11.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:330,283:601:99:7073,0,10263 25789-ref 124 . G T 8395.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=677;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.5003;MQ=33.90;MQ0=0;QD=12.40;SB=-0.01;sumGLbyD=9.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:403,271:645:99:6413,0,11829 25789-ref 147 . T C 11434.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=845;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.7837;MQ=35.32;MQ0=0;QD=13.53;SB=-73.84;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:483,356:756:99:9155,0,13283 25789-ref 154 . G T 13414.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=977;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.8174;MQ=35.86;MQ0=0;QD=13.73;SB=-73.84;sumGLbyD=11.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:556,416:859:99:10825,0,14694 25789-ref 265 . C T 7114.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=399;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=47.6263;MQ=36.26;MQ0=0;QD=17.83;SB=3.00;sumGLbyD=14.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,211:376:99:5946,0,5188 25789-ref 301 . T C 2818.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.1211;MQ=35.78;MQ0=0;QD=14.68;SB=-63.62;sumGLbyD=14.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,99:182:99:2849,0,2492 25789-ref 326 . T G 778.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5299;MQ=35.58;MQ0=0;QD=10.81;SB=-0.01;sumGLbyD=11.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:66:99:809,0,1175 25789-ref 342 . T C 255.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9864;MQ=35.12;MQ0=0;QD=11.62;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:22:99:286,0,275 25859-ref 67 . G A 430.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3013;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.74;SB=-0.01;sumGLbyD=6.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,20:73:99:460,0,1934 25859-ref 70 . G C 511.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3013;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.56;SB=-0.01;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,22:75:99:542,0,1917 25859-ref 130 . A G 751.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2360;MQ=36.08;MQ0=0;QD=7.52;SB=-0.01;sumGLbyD=7.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,31:94:99:782,0,2086 25859-ref 169 . T C 3366.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=35.80;MQ0=0;QD=35.81;SB=-29.63;sumGLbyD=35.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:91:99:3366,274,0 25859-ref 182 . T G 737.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.0848;MQ=35.80;MQ0=0;QD=8.67;SB=-26.62;sumGLbyD=9.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,31:76:99:767,0,1506 25859-ref 300 . G A 882.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.5097;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.39;SB=-0.01;sumGLbyD=9.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,33:87:99:913,0,1681 25859-ref 351 . A G 1073.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.0312;MQ=36.65;MQ0=0;QD=9.33;SB=-0.01;sumGLbyD=9.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,39:92:99:1103,0,1769 25859-ref 359 . C A 1082.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8826;MQ=36.65;MQ0=0;QD=9.25;SB=-0.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,40:99:99:1112,0,2002 25859-ref 406 . A G 1089.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.83;MQ0=0;QD=17.87;SB=-33.13;sumGLbyD=18.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:60:99:1120,0,837 25859-ref 432 . G T 605.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.47;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:17:51.15:639,51,0 25859-ref 454 . T G 262.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=23.85;SB=-0.01;sumGLbyD=26.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:8:24.07:295,24,0 25859-ref 513 . G T 277.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:311,24,0 25859-ref 585 . A G 45.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=9.15;SB=-26.62;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:44.22:76,0,44 25859-ref 594 . A G 27.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=27.82;MQ0=0;QD=5.52;SB=-0.01;sumGLbyD=11.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:47.22:58,0,47 25859-ref 603 . T G 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=27.82;MQ0=0;QD=2.88;SB=3.00;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,84 25859-ref 609 . G A 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=28.48;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,50 25859-ref 615 . T C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 25859-ref 643 . T C 96.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=16.03;SB=-0.01;sumGLbyD=21.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:51.58:126,0,52 25859-ref 655 . A T 92.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=18.52;SB=-0.01;sumGLbyD=24.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.59:123,0,15 25859-ref 709 . C T 105.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:138,12,0 25859-ref 711 . G C 94.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=23.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:127,12,0 25859-ref 719 . A G 20.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:25.33:50,0,25 25859-ref 723 . C T 33.76 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.25;SB=-0.01;sumGLbyD=21.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:65,6,0 25859-ref 729 . A G 166.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.77;SB=-0.01;sumGLbyD=28.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:11.44:196,0,11 25859-ref 876 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 25881-ref 90 . C T 706.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.88;MQ0=0;QD=11.40;SB=-0.01;sumGLbyD=11.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:58:99:737,0,896 25881-ref 104 . A G 920.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=32.56;MQ0=0;QD=14.16;SB=3.00;sumGLbyD=14.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:55:99:950,0,536 25881-ref 125 . A C 1063.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3950;MQ=33.04;MQ0=0;QD=15.88;SB=3.00;sumGLbyD=16.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:64:99:1094,0,771 25881-ref 140 . A T 1194.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=33.43;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=17.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:67:99:1224,0,766 25881-ref 206 . 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C T 310.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=30.37;MQ0=0;QD=15.53;SB=-0.01;sumGLbyD=17.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:18:99:341,0,138 25911-ref 24 . A G 485.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.01;MQ0=0;QD=6.93;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,23:70:99:515,0,1520 25911-ref 41 . A G 668.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=10.6725;MQ=34.29;MQ0=0;QD=8.16;SB=-0.01;sumGLbyD=8.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:81:99:699,0,1672 25911-ref 77 . G A 1208.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9896;MQ=35.42;MQ0=0;QD=23.23;SB=-26.62;sumGLbyD=23.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,44:48:97.97:1238,0,98 25911-ref 96 . T C 826.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.1972;MQ=35.22;MQ0=0;QD=9.51;SB=3.00;sumGLbyD=9.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:78:99:857,0,1477 25911-ref 130 . T C 1600.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.5942;MQ=35.69;MQ0=0;QD=10.26;SB=-209.94;sumGLbyD=10.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,58:148:99:1631,0,2910 25911-ref 137 . T C 6226.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.0820;MQ=35.51;MQ0=0;QD=34.78;SB=-341.18;sumGLbyD=34.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,177:171:99:6145,434,0 25911-ref 138 . G A 803.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.0818;MQ=35.45;MQ0=0;QD=4.46;SB=-89.38;sumGLbyD=4.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,40:171:99:833,0,4367 25911-ref 188 . A C 133.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=23.9108;MQ=35.51;MQ0=0;QD=0.96;SB=9.01;sumGLbyD=1.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,19:135:99:163,0,3856 25911-ref 192 . G A 613.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=25.6478;MQ=35.42;MQ0=0;QD=4.69;SB=-0.01;sumGLbyD=4.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,33:131:99:644,0,3285 25911-ref 208 . 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G T 2000.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4680;MQ=35.51;MQ0=0;QD=32.26;SB=-246.03;sumGLbyD=32.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:59:99:2033,118,0 25911-ref 373 . G A 373.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9647;MQ=35.16;MQ0=0;QD=5.83;SB=-168.59;sumGLbyD=6.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,17:62:99:403,0,1430 25911-ref 380 . T C 353.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8852;MQ=35.51;MQ0=0;QD=5.70;SB=-168.59;sumGLbyD=6.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,17:59:99:384,0,1335 25911-ref 412 . A G 159.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5366;MQ=35.58;MQ0=0;QD=2.46;SB=-0.01;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,12:61:99:190,0,1629 25911-ref 413 . T C 140.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5366;MQ=35.72;MQ0=0;QD=2.19;SB=-0.01;sumGLbyD=2.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,11:61:99:170,0,1723 25911-ref 447 . T A 1114.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.6672;MQ=34.82;MQ0=0;QD=14.66;SB=-312.05;sumGLbyD=15.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:71:99:1144,0,985 25911-ref 458 . G A 2204.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.0288;MQ=34.47;MQ0=0;QD=31.50;SB=-345.45;sumGLbyD=31.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:63:99:2238,189,0 25911-ref 468 . T A 558.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3407;MQ=34.26;MQ0=0;QD=9.16;SB=-6.89;sumGLbyD=9.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:55:99:588,0,1067 25911-ref 496 . C T 188.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7745;MQ=34.42;MQ0=0;QD=3.30;SB=-3.90;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,12:56:99:218,0,1492 25911-ref 497 . A G 221.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7745;MQ=34.42;MQ0=0;QD=3.88;SB=-3.90;sumGLbyD=4.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,13:55:99:251,0,1404 25911-ref 500 . A T 89.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7745;MQ=34.37;MQ0=0;QD=1.60;SB=36.10;sumGLbyD=2.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,8:56:99:119,0,1535 25911-ref 539 . T C 316.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6187;MQ=34.79;MQ0=0;QD=6.45;SB=-0.01;sumGLbyD=7.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,14:47:99:346,0,1038 25911-ref 553 . T A 41.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7334;MQ=35.46;MQ0=0;QD=1.04;SB=-0.01;sumGLbyD=1.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:38:71.58:72,0,1080 25911-ref 563 . A G 248.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6904;MQ=35.40;MQ0=0;QD=5.51;SB=-0.01;sumGLbyD=6.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,12:43:99:278,0,1048 25911-ref 565 . G T 215.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6904;MQ=35.44;MQ0=0;QD=4.68;SB=-0.01;sumGLbyD=5.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,11:45:99:245,0,1117 25911-ref 602 . T A 1089.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3723;MQ=36.33;MQ0=0;QD=9.39;SB=-0.01;sumGLbyD=9.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,42:105:99:1119,0,2204 25911-ref 638 . T C 2410.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3050;MQ=36.21;MQ0=0;QD=11.43;SB=-0.01;sumGLbyD=11.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,85:206:99:2441,0,4051 25911-ref 674 . A G 76.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=247;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.5047;MQ=35.99;MQ0=0;QD=0.31;SB=-0.01;sumGLbyD=0.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,34:232:99:106,0,6911 25911-ref 683 . T C 40.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=242;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2351;MQ=35.77;MQ0=0;QD=0.17;SB=-26.62;sumGLbyD=0.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,28:229:70.71:71,0,6839 25911-ref 697 . A G 1219.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=272;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.1394;MQ=36.14;MQ0=0;QD=4.48;SB=-33.13;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,65:223:99:1249,0,5472 25911-ref 707 . C A 23.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=82.6594;MQ=35.84;MQ0=0;QD=0.08;SB=40.04;sumGLbyD=0.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:286,31:271:53.78:54,0,8165 25911-ref 713 . A G 240.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.3662;MQ=35.70;MQ0=0;QD=0.76;SB=-88.28;sumGLbyD=0.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:273,39:269:99:270,0,7667 25911-ref 755 . C T 13060.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=398;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.3223;MQ=34.67;MQ0=0;QD=32.81;SB=-30.60;sumGLbyD=32.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,392:374:99:12999,1067,0 25911-ref 758 . G C 4969.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=381;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1245;MQ=34.71;MQ0=0;QD=13.04;SB=-73.87;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:231,150:364:99:3872,0,6906 25911-ref 776 . C A 5056.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=305;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.8688;MQ=35.07;MQ0=0;QD=16.58;SB=3.00;sumGLbyD=13.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,151:282:99:4206,0,3960 25911-ref 780 . 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T A 6451.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=405;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=35.4362;MQ=36.80;MQ0=0;QD=15.93;SB=-244.60;sumGLbyD=13.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,192:346:99:5371,0,5304 25941-ref 5 . A G 14.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3451;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.88;SB=3.00;sumGLbyD=2.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,2:11:43.88:44,0,316 25941-ref 7 . G C 65.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1585;MQ=36.67;MQ0=0;QD=2.11;SB=3.00;sumGLbyD=3.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,5:22:95.39:95,0,610 25941-ref 9 . A G 17.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.6274;MQ=36.70;MQ0=0;QD=0.51;SB=3.00;sumGLbyD=1.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,3:25:47.09:47,0,759 25941-ref 98 . C G 6888.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=570;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.6317;MQ=36.77;MQ0=0;QD=12.08;SB=-0.01;sumGLbyD=9.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:371,195:526:99:5240,0,11269 25941-ref 119 . G A 7413.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=674;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.6170;MQ=36.72;MQ0=0;QD=11.00;SB=-0.01;sumGLbyD=8.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:453,218:596:99:5586,0,12989 25941-ref 154 . T C 12475.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=504;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.9083;MQ=36.36;MQ0=0;QD=24.75;SB=-86.23;sumGLbyD=21.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,336:493:99:10954,0,4577 25941-ref 159 . T C 5247.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=445;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.7860;MQ=36.24;MQ0=0;QD=11.79;SB=9.02;sumGLbyD=8.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,142:440:99:3921,0,9864 25941-ref 196 . T C 3505.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8441;MQ=34.81;MQ0=0;QD=32.16;SB=-0.01;sumGLbyD=30.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:103:99:3375,266,0 25941-ref 197 . G A 817.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8456;MQ=34.93;MQ0=0;QD=8.17;SB=-0.01;sumGLbyD=8.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,36:97:99:847,0,1943 25941-ref 206 . T C 611.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8477;MQ=31.79;MQ0=0;QD=22.65;SB=-0.01;sumGLbyD=23.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:23:29.80:644,30,0 25967-ref 9 . T A 519.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=5.3531;MQ=36.46;MQ0=0;QD=12.98;SB=-33.13;sumGLbyD=13.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:36:99:549,0,539 25967-ref 20 . C A 936.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4064;MQ=36.43;MQ0=0;QD=16.72;SB=3.00;sumGLbyD=17.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:52:99:966,0,650 25967-ref 37 . T C 535.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.8710;MQ=36.65;MQ0=0;QD=8.78;SB=3.00;sumGLbyD=9.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:58:99:565,0,1248 25967-ref 354 . G A 129.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.7372;MQ=36.29;MQ0=0;QD=1.47;SB=-26.62;sumGLbyD=1.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,12:85:99:160,0,2555 25967-ref 416 . T G 753.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2749;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.81;SB=3.00;sumGLbyD=3.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,39:182:99:784,0,5076 25967-ref 581 . T C 1738.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=263;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5702;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.61;SB=-0.01;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,67:246:99:1768,0,5992 25967-ref 717 . C T 288.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=10;HaplotypeScore=12.6864;MQ=35.94;MQ0=0;QD=3.75;SB=3.00;sumGLbyD=4.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,15:72:99:319,0,1875 25967-ref 788 . C A 749.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9859;MQ=36.25;MQ0=0;QD=6.87;SB=-0.01;sumGLbyD=7.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,32:98:99:779,0,2293 25967-ref 832 . T C 333.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4524;MQ=35.84;MQ0=0;QD=6.28;SB=-26.62;sumGLbyD=6.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,15:51:99:363,0,1241 25967-ref 835 . C T 305.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9216;MQ=35.77;MQ0=0;QD=6.12;SB=-26.62;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,14:48:99:336,0,1168 25967-ref 845 . G A 429 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.85;MQ0=0;QD=6.92;SB=-0.01;sumGLbyD=7.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:55:99:459,0,1235 25967-ref 938 . T C 1338.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=35.85;MQ0=0;QD=21.59;SB=-26.62;sumGLbyD=22.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,43:61:99:1368,0,517 25967-ref 946 . C T 1184.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5998;MQ=35.59;MQ0=0;QD=23.23;SB=-26.62;sumGLbyD=23.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,37:50:99:1215,0,304 25967-ref 992 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 25979-ref 58 . A T 1746.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2254;MQ=36.83;MQ0=0;QD=14.32;SB=-0.01;sumGLbyD=14.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:113:99:1777,0,1804 25979-ref 92 . G C 1916.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.5569;MQ=36.82;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=11.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,69:151:99:1947,0,2887 25979-ref 234 . T G 586.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=243;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=26.7794;MQ=36.66;MQ0=0;QD=2.41;SB=3.00;sumGLbyD=2.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,45:227:99:616,0,6440 25979-ref 301 . C T 4854.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=321;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.9938;MQ=36.91;MQ0=0;QD=15.12;SB=-0.01;sumGLbyD=12.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,135:302:99:3945,0,5372 25979-ref 348 . T A 2693.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9713;MQ=36.32;MQ0=0;QD=10.60;SB=-0.01;sumGLbyD=10.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,107:232:99:2723,0,4555 25979-ref 363 . C G 4817.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8639;MQ=36.44;MQ0=0;QD=16.67;SB=-0.01;sumGLbyD=13.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,134:272:99:3999,0,4652 25979-ref 510 . C G 2210.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.3566;MQ=35.14;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=9.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,91:225:99:2241,0,4424 25979-ref 511 . T G 61.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.8871;MQ=34.77;MQ0=0;QD=0.32;SB=-0.01;sumGLbyD=0.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,39:159:91.62:92,0,4714 25979-ref 715 . G A 1371.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9011;MQ=36.66;MQ0=0;QD=14.90;SB=-62.93;sumGLbyD=15.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:89:99:1401,0,1436 25994-ref 164 . A C 24.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.10;SB=-0.01;sumGLbyD=9.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:54.59:55,0,88 25994-ref 235 . G C 387.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8650;MQ=36.81;MQ0=0;QD=7.45;SB=-0.01;sumGLbyD=8.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:52:99:418,0,1240 25994-ref 275 . T C 69.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9373;MQ=36.32;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=3.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:27:99:100,0,746 26037-ref 7 . G A 108.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2757;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.83;SB=-37.00;sumGLbyD=12.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:6:59.83:138,0,60 26037-ref 37 . G A 2715.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1963;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.12;SB=-40.01;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:74:99:2749,223,0 26037-ref 122 . G A 5483.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.90;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:158:99:5482,475,0 26037-ref 140 . 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T G 2716.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.6056;MQ=36.95;MQ0=0;QD=14.22;SB=-0.01;sumGLbyD=14.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,89:184:99:2746,0,3085 26037-ref 406 . G T 5402.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.3986;MQ=36.76;MQ0=0;QD=25.37;SB=-0.01;sumGLbyD=24.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,205:160:99:5313,393,0 26037-ref 418 . T C 4595.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5284;MQ=36.78;MQ0=0;QD=19.89;SB=-24.67;sumGLbyD=17.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,130:214:99:3950,0,2928 26037-ref 481 . C T 1757.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8811;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.02;SB=-0.01;sumGLbyD=13.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,60:132:99:1787,0,2344 26037-ref 517 . C T 1944.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.36;MQ0=0;QD=15.31;SB=-0.01;sumGLbyD=15.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,68:118:99:1975,0,1644 26037-ref 537 . A C 1209.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.30;MQ0=0;QD=11.74;SB=-0.01;sumGLbyD=12.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:98:99:1240,0,1715 26037-ref 541 . G A 1065.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=4.9215;MQ=35.30;MQ0=0;QD=10.34;SB=-0.01;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:100:99:1095,0,1754 26037-ref 568 . A G 1678.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2285;MQ=35.89;MQ0=0;QD=10.69;SB=-0.01;sumGLbyD=10.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,68:144:99:1708,0,2631 26037-ref 580 . C T 10106.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4672;MQ=36.17;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,276:268:99:10105,806,0 26044-ref 121 . C G 330.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.43;SB=-0.01;sumGLbyD=21.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:15:99:360,0,102 26044-ref 355 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 26068-ref 49 . G T 1244.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.72;MQ0=0;QD=34.57;SB=-0.01;sumGLbyD=35.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:34:99:1278,102,0 26068-ref 91 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0 26075-ref 104 . G A 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 26075-ref 108 . G C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 26075-ref 165 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 26076-ref 44 . A T 24.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9994;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.07;SB=-0.01;sumGLbyD=6.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:54.51:55,0,205 26076-ref 62 . T C 329.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.87;MQ0=0;QD=18.29;SB=-0.01;sumGLbyD=19.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:359,0,203 26076-ref 84 . G A 372.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.91;MQ0=0;QD=13.30;SB=-0.01;sumGLbyD=14.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:26:99:403,0,370 26076-ref 101 . T A 330.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.94;MQ0=0;QD=11.39;SB=-0.01;sumGLbyD=12.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:27:99:360,0,462 26076-ref 144 . T C 196.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.52;SB=-0.01;sumGLbyD=9.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:21:99:226,0,436 26076-ref 162 . C T 294.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9987;MQ=36.40;MQ0=0;QD=17.33;SB=3.00;sumGLbyD=19.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:325,0,206 26076-ref 229 . G A 1987.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.6687;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=11.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,67:168:99:2017,0,3415 26082-ref 153 . C A 17.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.55;SB=-0.01;sumGLbyD=4.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:46.91:47,0,299 26082-ref 193 . G C 117.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.89;SB=-0.01;sumGLbyD=6.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:24:99:147,0,607 26082-ref 212 . C T 126.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=36.27;MQ0=0;QD=4.53;SB=-0.01;sumGLbyD=5.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:28:99:157,0,729 26082-ref 225 . A T 12.03 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.35;MQ0=0;QD=0.39;SB=-0.01;sumGLbyD=1.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,4:30:41.74:42,0,898 26082-ref 233 . C A 34.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=36.47;MQ0=0;QD=0.92;SB=-0.01;sumGLbyD=1.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,5:38:64.92:65,0,1143 26082-ref 244 . A G 187.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4559;MQ=36.59;MQ0=0;QD=3.83;SB=-0.01;sumGLbyD=4.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,10:47:99:218,0,1216 26185-ref 157 . T C 13153.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=655;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=56.0023;MQ=36.61;MQ0=0;QD=20.08;SB=-330.00;sumGLbyD=17.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:285,369:637:99:11207,0,8348 26207-ref 243 . T A 1431.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.0082;MQ=23.94;MQ0=0;QD=10.23;SB=-83.64;sumGLbyD=10.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,71:126:99:1462,0,1313 26207-ref 268 . T C 1626.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6751;MQ=23.73;MQ0=0;QD=10.30;SB=-20.63;sumGLbyD=10.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,77:150:99:1657,0,1644 26207-ref 270 . G A 1875.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6645;MQ=23.77;MQ0=0;QD=10.84;SB=-20.62;sumGLbyD=11.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,87:167:99:1905,0,1764 26207-ref 282 . G A 309.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.7252;MQ=23.52;MQ0=0;QD=1.39;SB=-21.67;sumGLbyD=1.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,37:213:99:339,0,4248 26207-ref 340 . C T 699.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6897;MQ=23.25;MQ0=0;QD=14.27;SB=-0.01;sumGLbyD=14.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,39:40:98.33:729,0,98 26207-ref 350 . G A 88.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9634;MQ=30.88;MQ0=0;QD=6.77;SB=-0.01;sumGLbyD=9.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:10:99:118,0,157 26207-ref 351 . A G 106.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9634;MQ=31.36;MQ0=0;QD=7.62;SB=-0.01;sumGLbyD=9.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:13:99:137,0,216 26207-ref 396 . G A 861.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.94;SB=-0.01;sumGLbyD=24.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,26:35:99:892,0,241 26207-ref 415 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=35.91;MQ0=0;QD=3.94;SB=3.00;sumGLbyD=4.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,10:50:99:239,0,1284 26207-ref 522 . A C 1666.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.91;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=27.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:59:99:1700,150,0 26207-ref 574 . 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G C 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 26364-ref 40 . T C 153.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=30.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:186,15,0 26364-ref 73 . C T 105.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:138,12,0 26364-ref 129 . A C 249.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=31.23;SB=-0.01;sumGLbyD=35.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:283,24,0 26364-ref 140 . T C 253.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=31.72;SB=-0.01;sumGLbyD=35.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:287,24,0 26412-ref 65 . C A 6579.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8782;MQ=36.68;MQ0=0;QD=34.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,189:176:99:6544,494,0 26412-ref 77 . T C 4246.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.1220;MQ=36.72;MQ0=0;QD=19.48;SB=-28.55;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,126:197:99:3653,0,2492 26412-ref 143 . T C 6665.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=309;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.0799;MQ=36.74;MQ0=0;QD=21.57;SB=-26.62;sumGLbyD=18.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,187:296:99:5751,0,3500 26412-ref 194 . T G 5909.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=336;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.1014;MQ=36.73;MQ0=0;QD=17.59;SB=-0.01;sumGLbyD=14.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,187:297:99:4977,0,3954 26412-ref 264 . C A 5550.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=354;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.7760;MQ=36.97;MQ0=0;QD=15.68;SB=-0.01;sumGLbyD=12.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,150:336:99:4479,0,6160 26412-ref 404 . C A 2981.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.8517;MQ=36.75;MQ0=0;QD=14.76;SB=-0.01;sumGLbyD=14.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,102:174:99:3012,0,2444 26412-ref 489 . G T 16388.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=824;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.2749;MQ=36.78;MQ0=0;QD=19.89;SB=-26.62;sumGLbyD=16.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:379,442:796:99:13935,0,11250 26412-ref 628 . G A 165.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=481;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.4316;MQ=36.73;MQ0=0;QD=0.34;SB=3.00;sumGLbyD=0.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:427,41:453:99:196,0,13537 26412-ref 643 . T C 222.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.7288;MQ=36.71;MQ0=0;QD=0.65;SB=-0.01;sumGLbyD=0.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:305,39:320:99:253,0,9395 26412-ref 677 . A G 6015.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=292;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3136;MQ=36.79;MQ0=0;QD=20.60;SB=-0.01;sumGLbyD=17.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,160:286:99:5153,0,3936 26450-ref 97 . G A 1361.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1296;MQ=35.33;MQ0=0;QD=31.67;SB=26.67;sumGLbyD=32.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:40:93.64:1395,94,0 26450-ref 124 . C T 740.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.58;MQ0=0;QD=33.68;SB=-27.67;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.17:774,66,0 26450-ref 131 . C T 122.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.02;MQ0=0;QD=7.67;SB=-0.01;sumGLbyD=9.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:15:99:153,0,283 26450-ref 144 . T G 130.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.2577;MQ=32.91;MQ0=0;QD=10.08;SB=-0.01;sumGLbyD=12.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:12:99:161,0,188 26450-ref 174 . C T 68.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.44;SB=-0.01;sumGLbyD=16.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:61.94:99,0,62 26481-ref 154 . G T 11.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9367;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.49;SB=-3.96;sumGLbyD=1.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,3:22:40.93:41,0,620 26481-ref 266 . A G 546.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.87;SB=-0.01;sumGLbyD=23.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:24:99:577,0,204 26481-ref 341 . T A 39.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.68;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0 26481-ref 346 . G C 42.20 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0 26511-ref 69 . G T 730.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9469;MQ=36.39;MQ0=0;QD=11.07;SB=-23.61;sumGLbyD=11.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:65:99:761,0,1264 26511-ref 84 . G C 60.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9832;MQ=36.15;MQ0=0;QD=1.67;SB=6.01;sumGLbyD=2.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:34:90.03:90,0,984 26511-ref 105 . C T 90.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9373;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.49;SB=-0.01;sumGLbyD=8.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:13:99:121,0,311 26511-ref 133 . G A 357.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.92;SB=-0.01;sumGLbyD=12.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:28:99:388,0,483 26511-ref 190 . T G 991.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.3105;MQ=36.52;MQ0=0;QD=15.74;SB=-0.01;sumGLbyD=16.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:61:99:1022,0,867 26511-ref 197 . T C 1156.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9922;MQ=36.55;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=17.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:65:99:1187,0,822 26511-ref 292 . G A 782.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.63;MQ0=0;QD=14.50;SB=-0.01;sumGLbyD=15.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:51:99:813,0,726 26511-ref 478 . G A 190.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.94;MQ0=0;QD=6.56;SB=3.00;sumGLbyD=7.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:28:99:220,0,632 26511-ref 490 . A T 256.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.13;MQ0=0;QD=7.32;SB=-0.01;sumGLbyD=8.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:32:99:286,0,691 26511-ref 527 . C A 1619.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2202;MQ=36.59;MQ0=0;QD=13.17;SB=3.00;sumGLbyD=13.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:119:99:1649,0,2074 26511-ref 619 . G A 1379.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3805;MQ=36.80;MQ0=0;QD=8.96;SB=-61.41;sumGLbyD=9.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,54:143:99:1409,0,3023 26511-ref 696 . T G 197.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:230,18,0 26532-ref 92 . G C 94.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.24;SB=-0.01;sumGLbyD=9.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:11:99:124,0,240 26532-ref 94 . G C 87.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.70;SB=-0.01;sumGLbyD=9.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:12:99:117,0,255 26532-ref 109 . G C 147.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.31;SB=-0.01;sumGLbyD=13.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:12:99:177,0,168 26532-ref 204 . T C 99.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.60;MQ0=0;QD=5.86;SB=45.24;sumGLbyD=7.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:16:99:130,0,324 26532-ref 206 . C T 136.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.09;MQ0=0;QD=7.20;SB=45.15;sumGLbyD=8.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:16:99:167,0,290 26541-ref 49 . A C 182.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=12.18;SB=-50.23;sumGLbyD=14.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:213,0,231 26541-ref 54 . A G 1070.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.74;MQ0=0;QD=34.53;SB=-94.50;sumGLbyD=35.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.24:1103,93,0 26541-ref 85 . C A 1534.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.0147;MQ=34.89;MQ0=0;QD=10.30;SB=-23.34;sumGLbyD=10.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,57:134:99:1564,0,2548 26541-ref 98 . G A 4881.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=296;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.5705;MQ=34.44;MQ0=0;QD=16.49;SB=-682.46;sumGLbyD=13.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,148:281:99:3981,0,4442 26541-ref 124 . A G 5846.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=503;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.4651;MQ=35.09;MQ0=0;QD=11.62;SB=-185.19;sumGLbyD=8.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:319,183:471:99:4427,0,9656 26541-ref 153 . A G 541.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=669;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.4208;MQ=35.86;MQ0=0;QD=0.81;SB=-0.01;sumGLbyD=0.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:585,82:633:99:571,0,18506 26541-ref 194 . T C 1531.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=646;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.2503;MQ=36.63;MQ0=0;QD=2.37;SB=-144.84;sumGLbyD=2.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:547,98:622:99:1562,0,17397 26541-ref 231 . G A 18222.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=86.4160;MQ=36.58;MQ0=0;QD=18.22;SB=-35.57;sumGLbyD=15.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:470,528:918:99:15397,0,13542 26541-ref 369 . A T 17225.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=987;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.2445;MQ=36.33;MQ0=0;QD=17.45;SB=-26.62;sumGLbyD=14.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:491,492:911:99:14393,0,13846 26541-ref 379 . G A 17385.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=997;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.9454;MQ=36.35;MQ0=0;QD=17.44;SB=-55.17;sumGLbyD=14.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:506,489:927:99:14570,0,14349 26541-ref 476 . A G 11022.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=837;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=67.7810;MQ=36.75;MQ0=0;QD=13.17;SB=-0.01;sumGLbyD=10.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:478,351:740:99:8677,0,13724 26541-ref 482 . G A 17396.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=956;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=70.5147;MQ=36.78;MQ0=0;QD=18.20;SB=3.00;sumGLbyD=15.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:442,506:869:99:14747,0,12273 26755-ref 39 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 26755-ref 57 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.61;SB=-0.01;sumGLbyD=10.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:1:1.76:40,3,0 26755-ref 100 . A G 70.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.03;SB=-0.01;sumGLbyD=14.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:5:64.27:100,0,64 26755-ref 110 . T C 31.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=10.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.28:61,0,112 26777-ref 86 . A G 34.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.16;SB=-0.01;sumGLbyD=4.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:15:64.48:64,0,402 26783-ref 29 . C A 71.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.88;SB=-0.01;sumGLbyD=16.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:101,0,102 26783-ref 82 . T C 2193.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2226,180,0 26783-ref 93 . A G 787.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.92;SB=-0.01;sumGLbyD=12.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:817,0,1299 26783-ref 123 . T C 665.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2264;MQ=36.27;MQ0=0;QD=8.02;SB=-0.01;sumGLbyD=8.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,28:80:99:695,0,1800 26783-ref 133 . G A 663.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2197;MQ=36.12;MQ0=0;QD=8.19;SB=-0.01;sumGLbyD=8.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,27:77:99:694,0,1720 26783-ref 186 . A G 262.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9970;MQ=34.39;MQ0=0;QD=7.29;SB=-0.01;sumGLbyD=8.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:34:99:293,0,717 26783-ref 189 . A G 26.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9970;MQ=34.24;MQ0=0;QD=0.77;SB=-0.01;sumGLbyD=1.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:33:56.21:56,0,926 26783-ref 206 . T A 121.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9963;MQ=34.11;MQ0=0;QD=4.19;SB=-0.01;sumGLbyD=5.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:152,0,693 26783-ref 207 . A C 121.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9963;MQ=34.11;MQ0=0;QD=4.20;SB=-0.01;sumGLbyD=5.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:152,0,678 26783-ref 223 . A T 696.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=33.19;SB=-0.01;sumGLbyD=34.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.15:730,60,0 26783-ref 248 . A G 30.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9379;MQ=34.93;MQ0=0;QD=1.03;SB=19.91;sumGLbyD=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,5:27:60.98:61,0,745 26783-ref 324 . C G 1708.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=36.57;MQ0=0;QD=36.34;SB=-0.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1741,141,0 26783-ref 345 . C G 675.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9863;MQ=36.12;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=30.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:22:37.51:709,38,0 26825-ref 41 . G A 1352.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3836;MQ=36.91;MQ0=0;QD=11.76;SB=-0.01;sumGLbyD=12.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:95:99:1383,0,1526 26825-ref 145 . A G 2745.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5877;MQ=36.67;MQ0=0;QD=30.17;SB=-0.01;sumGLbyD=30.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,81:89:75.28:2775,0,75 26825-ref 156 . A C 2547.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8176;MQ=36.65;MQ0=0;QD=21.78;SB=-0.01;sumGLbyD=22.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,83:112:99:2578,0,857 26825-ref 230 . A C 5850.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9147;MQ=32.94;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=33.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,172:169:99:5819,479,0 26825-ref 249 . A G 5205.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.2579;MQ=32.29;MQ0=0;QD=32.13;SB=-29.63;sumGLbyD=32.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:154:99:5204,463,0 26825-ref 252 . G A 1830.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=32.44;MQ0=0;QD=12.37;SB=-26.62;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,74:143:99:1861,0,2150 26825-ref 259 . G C 1809.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6804;MQ=33.72;MQ0=0;QD=13.71;SB=9.01;sumGLbyD=13.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:124:99:1840,0,1816 26825-ref 274 . C T 1797.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8150;MQ=35.39;MQ0=0;QD=15.49;SB=-59.45;sumGLbyD=15.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:104:99:1827,0,1358 26825-ref 308 . A G 1158.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3633;MQ=36.57;MQ0=0;QD=9.90;SB=-37.00;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,44:112:99:1188,0,2333 26825-ref 332 . G T 1531.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7871;MQ=36.36;MQ0=0;QD=19.38;SB=3.00;sumGLbyD=19.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,51:76:99:1561,0,755 26825-ref 349 . C T 167.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9983;MQ=35.53;MQ0=0;QD=7.99;SB=-0.01;sumGLbyD=9.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:20:99:198,0,420 26825-ref 350 . T A 54.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9912;MQ=35.18;MQ0=0;QD=3.23;SB=-0.01;sumGLbyD=5.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:16:84.94:85,0,412 26825-ref 360 . G A 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.94:96,0,162 26838-ref 285 . G A 663.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4811;MQ=36.90;MQ0=0;QD=6.77;SB=-0.01;sumGLbyD=7.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,26:93:99:694,0,2234 26838-ref 411 . 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T G 960.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3631;MQ=36.78;MQ0=0;QD=7.01;SB=-20.68;sumGLbyD=7.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,43:116:99:990,0,2683 26849-ref 79 . G A 225.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4689;MQ=36.74;MQ0=0;QD=5.78;SB=-0.01;sumGLbyD=6.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:37:99:255,0,894 26849-ref 80 . T C 315.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9380;MQ=36.76;MQ0=0;QD=7.52;SB=-0.01;sumGLbyD=8.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:36:99:346,0,808 26849-ref 149 . T G 852.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0779;MQ=36.55;MQ0=0;QD=9.58;SB=-0.01;sumGLbyD=9.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:72:99:882,0,1267 26849-ref 180 . T C 1281.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3817;MQ=36.37;MQ0=0;QD=13.21;SB=-0.01;sumGLbyD=13.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:91:99:1311,0,1529 26849-ref 213 . G C 1207.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4988;MQ=36.09;MQ0=0;QD=15.47;SB=-0.01;sumGLbyD=15.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:76:99:1237,0,1122 26849-ref 236 . A G 398.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=35.93;MQ0=0;QD=10.49;SB=-54.04;sumGLbyD=11.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:429,0,760 26849-ref 381 . T G 388.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3092;MQ=36.48;MQ0=0;QD=9.97;SB=-0.01;sumGLbyD=10.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:37:99:419,0,768 26849-ref 410 . G A 176.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.2342;MQ=36.71;MQ0=0;QD=5.05;SB=-0.01;sumGLbyD=5.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:32:99:207,0,814 26849-ref 454 . C T 427.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=8.39;SB=-0.01;sumGLbyD=8.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:47:99:458,0,978 26849-ref 472 . C G 641.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3011;MQ=36.23;MQ0=0;QD=9.72;SB=-0.01;sumGLbyD=10.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:58:99:672,0,1113 26849-ref 505 . G C 703.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5590;MQ=35.67;MQ0=0;QD=14.66;SB=-0.01;sumGLbyD=15.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:46:99:734,0,632 26849-ref 524 . G T 392.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9989;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.35;SB=-0.01;sumGLbyD=17.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:422,0,298 26849-ref 539 . C A 19.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.94:50,0,251 26949-ref 110 . A G 2328.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6006;MQ=36.13;MQ0=0;QD=16.64;SB=3.00;sumGLbyD=16.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,79:134:99:2359,0,1778 26949-ref 130 . C T 2566.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7755;MQ=36.23;MQ0=0;QD=16.25;SB=-0.01;sumGLbyD=16.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,86:156:99:2597,0,2209 26949-ref 353 . A G 2266.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3423;MQ=36.88;MQ0=0;QD=13.25;SB=-0.01;sumGLbyD=13.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,82:154:99:2296,0,2563 26949-ref 432 . C T 2450.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.1429;MQ=36.83;MQ0=0;QD=13.85;SB=3.00;sumGLbyD=14.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,91:160:99:2481,0,2560 26949-ref 543 . A T 952.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5192;MQ=36.77;MQ0=0;QD=10.95;SB=-0.01;sumGLbyD=11.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:78:99:982,0,1415 26949-ref 648 . G A 37.05 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.4675;MQ=35.42;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=2.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,4:24:67.04:67,0,687 26949-ref 653 . T G 25.90 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9367;MQ=35.42;MQ0=0;QD=1.00;SB=-0.01;sumGLbyD=2.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,4:25:55.88:56,0,678 26949-ref 657 . C G 62.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9367;MQ=35.48;MQ0=0;QD=2.31;SB=-0.01;sumGLbyD=3.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:23:92.48:92,0,615 26977-ref 15 . C T 244.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=24.47;SB=-0.01;sumGLbyD=27.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:9:2.54:274,0,3 26977-ref 26 . C G 257.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3415;MQ=35.98;MQ0=0;QD=8.58;SB=-0.01;sumGLbyD=9.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:27:99:288,0,531 26977-ref 44 . T C 1835.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0028;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.85;SB=-0.01;sumGLbyD=26.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,60:63:99:1866,0,145 26986-ref 91 . T G 163.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0 27059-ref 35 . G A 737.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.05;SB=-0.01;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.17:770,63,0 27059-ref 159 . C G 75.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9983;MQ=36.22;MQ0=0;QD=2.89;SB=-0.01;sumGLbyD=4.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:25:99:105,0,668 27059-ref 167 . T C 63.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9975;MQ=35.87;MQ0=0;QD=3.53;SB=-0.01;sumGLbyD=5.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:17:93.52:94,0,424 27176-ref 141 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 27176-ref 176 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 27176-ref 192 . C G 41.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.75;SB=-32.19;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0 27195-ref 3 . A T 93.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6583;MQ=36.27;MQ0=0;QD=6.71;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:13:99:124,0,263 27195-ref 4 . T A 196.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.6583;MQ=36.32;MQ0=0;QD=13.12;SB=-0.01;sumGLbyD=15.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:15:99:227,0,216 27195-ref 207 . G C 2805.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=335;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.5093;MQ=36.88;MQ0=0;QD=8.37;SB=-0.01;sumGLbyD=8.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,132:270:99:2836,0,5268 27195-ref 258 . C T 6743.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=401;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.2783;MQ=36.82;MQ0=0;QD=16.82;SB=-26.62;sumGLbyD=14.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,206:361:99:5655,0,5644 27195-ref 384 . C G 148.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8521;MQ=36.88;MQ0=0;QD=1.62;SB=-0.01;sumGLbyD=1.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,12:84:99:179,0,2375 27195-ref 601 . T C 6214.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=314;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.5604;MQ=36.81;MQ0=0;QD=19.79;SB=3.00;sumGLbyD=16.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,170:300:99:5274,0,4249 27208-ref 34 . G T 55.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=18.62;SB=-0.01;sumGLbyD=29.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:88,9,0 27208-ref 67 . C T 882.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.69;MQ0=0;QD=16.34;SB=-0.01;sumGLbyD=16.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:912,0,569 27208-ref 82 . T G 1743.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9380;MQ=33.33;MQ0=0;QD=17.79;SB=-32.25;sumGLbyD=18.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,62:97:99:1774,0,1029 27208-ref 100 . C T 2373.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1411;MQ=34.43;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=17.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,86:126:99:2404,0,1276 27208-ref 112 . C T 2549.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3411;MQ=34.73;MQ0=0;QD=18.61;SB=-0.01;sumGLbyD=18.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,90:133:99:2580,0,1317 27208-ref 237 . A T 5712.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5682;MQ=36.55;MQ0=0;QD=25.62;SB=-37.00;sumGLbyD=22.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,163:210:99:5043,0,1398 27208-ref 312 . C T 5867.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.8769;MQ=36.76;MQ0=0;QD=27.94;SB=-81.64;sumGLbyD=25.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,171:185:99:5310,0,386 27208-ref 371 . G A 5584.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=220;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4806;MQ=36.40;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=22.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,157:209:99:4955,0,1659 27208-ref 381 . A G 7709.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.4276;MQ=36.62;MQ0=0;QD=26.68;SB=-0.01;sumGLbyD=23.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,210:274:99:6884,0,1885 27208-ref 428 . C T 11369.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=501;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4044;MQ=36.82;MQ0=0;QD=22.69;SB=-26.62;sumGLbyD=19.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,331:475:99:9937,0,4416 27208-ref 497 . C T 3849.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.7032;MQ=36.10;MQ0=0;QD=17.11;SB=-0.01;sumGLbyD=14.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,128:186:99:3289,0,2458 27208-ref 500 . C T 3085.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.2679;MQ=36.05;MQ0=0;QD=14.35;SB=-26.62;sumGLbyD=14.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,124:171:99:3116,0,2143 27208-ref 544 . A G 7268.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=271;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.0932;MQ=36.74;MQ0=0;QD=26.82;SB=-101.19;sumGLbyD=26.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,269:204:99:7267,614,0 27208-ref 587 . T C 9880.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=349;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1632;MQ=36.71;MQ0=0;QD=28.31;SB=-37.00;sumGLbyD=25.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,270:339:99:8859,0,1835 27208-ref 621 . A G 9625.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=356;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4273;MQ=36.63;MQ0=0;QD=27.04;SB=-0.01;sumGLbyD=24.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,271:329:99:8634,0,1950 27208-ref 659 . C T 9214.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=353;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.1692;MQ=36.14;MQ0=0;QD=26.10;SB=-0.01;sumGLbyD=23.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,269:321:99:8247,0,1662 27208-ref 671 . A G 901.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9357;MQ=35.86;MQ0=0;QD=3.61;SB=3.00;sumGLbyD=3.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,51:242:99:931,0,6370 27208-ref 704 . C T 2040.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9963;MQ=34.01;MQ0=0;QD=19.43;SB=-23.61;sumGLbyD=19.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,71:102:99:2071,0,912 27208-ref 708 . A G 646.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9940;MQ=32.91;MQ0=0;QD=8.29;SB=-15.65;sumGLbyD=8.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,25:78:99:677,0,1465 27208-ref 711 . C T 1034.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9959;MQ=31.95;MQ0=0;QD=16.69;SB=-47.22;sumGLbyD=17.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,41:61:99:1065,0,609 27208-ref 720 . A G 11.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4673;MQ=31.42;MQ0=0;QD=0.30;SB=6.00;sumGLbyD=1.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,5:39:41.21:41,0,1048 27208-ref 727 . G A 185.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4685;MQ=30.91;MQ0=0;QD=10.30;SB=-26.62;sumGLbyD=11.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:215,0,265 27236-ref 39 . G T 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=3.9986;MQ=28.48;MQ0=0;QD=4.33;SB=10.77;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,58 27280-ref 8 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 27280-ref 9 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 27280-ref 65 . G A 559.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.5275;MQ=36.81;MQ0=0;QD=3.31;SB=-0.01;sumGLbyD=3.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,30:168:99:589,0,4655 27280-ref 135 . T C 5432.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2180;MQ=36.73;MQ0=0;QD=28.90;SB=-77.90;sumGLbyD=26.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,151:180:99:4890,0,696 27280-ref 179 . T C 6803.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3030;MQ=36.57;MQ0=0;QD=35.81;SB=-69.63;sumGLbyD=35.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,187:183:99:6725,509,0 27280-ref 206 . C A 8528.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6718;MQ=36.74;MQ0=0;QD=36.76;SB=-40.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,232:225:99:8528,677,0 27280-ref 241 . T G 1257.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.5489;MQ=36.83;MQ0=0;QD=5.42;SB=3.00;sumGLbyD=5.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,52:216:99:1287,0,5494 27280-ref 295 . A T 12183.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=363;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1577;MQ=36.64;MQ0=0;QD=33.56;SB=-29.63;sumGLbyD=33.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,361:330:99:12154,990,0 27280-ref 363 . C G 328.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=167;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.8470;MQ=36.70;MQ0=0;QD=1.97;SB=-0.01;sumGLbyD=2.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,24:161:99:358,0,4718 27280-ref 470 . C T 3126.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8093;MQ=33.80;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:90:99:3160,271,0 27280-ref 483 . G T 2224.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=32.36;MQ0=0;QD=33.20;SB=-29.63;sumGLbyD=33.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:66:99:2257,198,0 27280-ref 488 . C T 1754.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=32.46;MQ0=0;QD=26.58;SB=-29.63;sumGLbyD=27.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:61:41.18:1787,41,0 27280-ref 577 . A G 3189.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8665;MQ=36.46;MQ0=0;QD=28.48;SB=-0.01;sumGLbyD=28.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,96:109:99:3220,0,241 27280-ref 616 . C T 2935.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=35.91;MQ0=0;QD=26.21;SB=-0.01;sumGLbyD=26.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,94:110:99:2966,0,316 27280-ref 630 . A G 3174.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8716;MQ=35.50;MQ0=0;QD=35.27;SB=-0.01;sumGLbyD=35.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:87:99:3207,262,0 27280-ref 644 . A C 306.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8039;MQ=36.03;MQ0=0;QD=2.66;SB=-0.01;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,21:103:99:336,0,2906 27280-ref 648 . C T 243.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8043;MQ=36.14;MQ0=0;QD=2.28;SB=-0.01;sumGLbyD=2.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,18:100:99:274,0,2838 27280-ref 649 . G A 2679.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8326;MQ=36.12;MQ0=0;QD=25.76;SB=-0.01;sumGLbyD=26.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,86:96:99:2710,0,288 27280-ref 701 . T A 2914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8917;MQ=36.51;MQ0=0;QD=35.54;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:78:99:2947,235,0 27280-ref 746 . A T 865.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=33.29;SB=-0.01;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:24:72.22:899,72,0 27387-ref 51 . T A 155.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:188,18,0 27387-ref 59 . T G 100.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=16.68;SB=-0.01;sumGLbyD=21.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.97:130,0,22 27387-ref 108 . T C 118.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=13.20;SB=-0.01;sumGLbyD=16.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:8:53.85:149,0,54 27387-ref 109 . G A 143.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=15.94;SB=-0.01;sumGLbyD=19.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:52.97:173,0,53 27387-ref 111 . 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T A 576.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8154;MQ=35.00;MQ0=0;QD=3.60;SB=3.00;sumGLbyD=3.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,36:159:99:607,0,4338 27390-ref 164 . T G 392.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8154;MQ=34.93;MQ0=0;QD=2.53;SB=6.00;sumGLbyD=2.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,30:155:99:422,0,4373 27390-ref 197 . A G 184.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.72;SB=-29.50;sumGLbyD=36.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:217,18,0 27415-ref 55 . G A 511.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=31.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:14:42.13:545,42,0 27415-ref 58 . T A 539.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=33.72;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:573,45,0 27415-ref 141 . C G 174.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3861;MQ=36.80;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=4.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,9:45:99:204,0,1146 27415-ref 186 . T C 1406.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8787;MQ=36.53;MQ0=0;QD=21.98;SB=-0.01;sumGLbyD=22.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,47:59:99:1437,0,441 27415-ref 191 . C G 401.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0276;MQ=36.61;MQ0=0;QD=5.22;SB=-0.01;sumGLbyD=5.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,17:72:99:432,0,1870 27415-ref 262 . C A 173.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4611;MQ=36.67;MQ0=0;QD=0.82;SB=-0.01;sumGLbyD=0.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,22:187:99:204,0,5675 27415-ref 306 . C T 910.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=272;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.7631;MQ=36.67;MQ0=0;QD=3.35;SB=-23.61;sumGLbyD=3.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,50:252:99:940,0,7026 27415-ref 353 . A C 1137.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.1946;MQ=36.82;MQ0=0;QD=3.37;SB=-0.01;sumGLbyD=3.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:274,61:303:99:1168,0,8071 27415-ref 368 . A G 1475.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=314;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1725;MQ=36.74;MQ0=0;QD=4.70;SB=9.02;sumGLbyD=4.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:245,69:298:99:1505,0,7890 27422-ref 12 . C T 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4067;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.60;SB=-0.01;sumGLbyD=9.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:4:57.59:58,0,68 27422-ref 118 . G A 1057.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2178;MQ=36.79;MQ0=0;QD=10.91;SB=-0.01;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:91:99:1088,0,1724 27424-ref 97 . A T 749.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6839;MQ=36.74;MQ0=0;QD=9.61;SB=-0.01;sumGLbyD=10.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:73:99:780,0,1422 27424-ref 177 . T G 130.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.02;SB=-0.01;sumGLbyD=12.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:160,0,256 27424-ref 200 . C A 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.96:65,0,104 27432-ref 51 . C T 908.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.84;SB=-38.58;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:941,72,0 27432-ref 115 . A G 489.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.37;MQ0=0;QD=30.58;SB=-0.01;sumGLbyD=32.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:14:42.12:522,42,0 27432-ref 143 . C G 530.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.37;MQ0=0;QD=33.15;SB=-0.01;sumGLbyD=35.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:563,45,0 27432-ref 210 . A G 547.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=32.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.10:581,51,0 27432-ref 224 . C A 5393.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.8809;MQ=30.53;MQ0=0;QD=26.18;SB=-0.01;sumGLbyD=25.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,201:169:99:5289,462,0 27432-ref 249 . G C 7360.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=379;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.7494;MQ=32.20;MQ0=0;QD=19.42;SB=3.00;sumGLbyD=16.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,203:364:99:6263,0,4223 27432-ref 251 . C G 12032.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=387;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.7494;MQ=32.28;MQ0=0;QD=31.09;SB=-27.67;sumGLbyD=28.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,360:376:99:11008,109,0 27432-ref 273 . A C 326.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=480;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=125.5422;MQ=32.61;MQ0=0;QD=0.68;SB=-14.60;sumGLbyD=0.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:423,57:466:99:357,0,13018 27432-ref 275 . A G 1721.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=476;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=126.3461;MQ=32.62;MQ0=0;QD=3.62;SB=-76.85;sumGLbyD=3.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:368,108:457:99:1752,0,11231 27432-ref 279 . G C 299.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=461;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=123.4338;MQ=32.64;MQ0=0;QD=0.65;SB=-17.61;sumGLbyD=0.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:403,54:445:99:329,0,12344 27432-ref 284 . A G 1444.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=445;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=65.4904;MQ=32.71;MQ0=0;QD=3.25;SB=-42.30;sumGLbyD=3.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:348,95:435:99:1474,0,11051 27432-ref 307 . G T 6254.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7315;MQ=34.48;MQ0=0;QD=34.37;SB=-148.59;sumGLbyD=34.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:179:99:6253,538,0 27432-ref 313 . G A 475.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4655;MQ=34.66;MQ0=0;QD=3.83;SB=-74.93;sumGLbyD=4.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,30:120:99:505,0,3049 27432-ref 337 . A T 224.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=32.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:257,24,0 27432-ref 339 . C A 156.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.08;SB=-0.01;sumGLbyD=31.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:189,18,0 27432-ref 340 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 27432-ref 371 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:89,9,0 27432-ref 377 . A G 423.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=35.24;MQ0=0;QD=10.34;SB=-29.63;sumGLbyD=11.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:14:42.07:457,42,0 27432-ref 403 . C T 4365.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.8371;MQ=32.16;MQ0=0;QD=26.78;SB=-20.62;sumGLbyD=24.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,141:150:99:3913,0,183 27432-ref 431 . G C 7390.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8429;MQ=30.66;MQ0=0;QD=31.18;SB=-66.25;sumGLbyD=28.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,213:232:99:6655,325,0 27432-ref 453 . T C 4235.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.9872;MQ=28.84;MQ0=0;QD=26.81;SB=-28.65;sumGLbyD=25.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,149:144:99:4015,214,0 27432-ref 463 . T A 3052.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=26.49;MQ0=0;QD=28.53;SB=-0.01;sumGLbyD=28.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:106:99:3085,259,0 27432-ref 469 . C T 2183.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.99;MQ0=0;QD=27.64;SB=-0.01;sumGLbyD=28.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:76:99:2217,169,0 27432-ref 527 . C A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 27432-ref 539 . A G 306.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.01;MQ0=0;QD=27.86;SB=-54.29;sumGLbyD=30.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:5.42:338,5,0 27432-ref 548 . C G 13.94 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9994;MQ=30.73;MQ0=0;QD=0.87;SB=12.02;sumGLbyD=2.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:15:43.75:44,0,381 27432-ref 564 . T A 11.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6960;MQ=27.33;MQ0=0;QD=0.33;SB=78.15;sumGLbyD=1.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:33:41.05:41,0,765 27432-ref 566 . T A 694.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6981;MQ=27.45;MQ0=0;QD=20.42;SB=29.50;sumGLbyD=21.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,28:33:99:724,0,101 27432-ref 586 . G A 791.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.97;MQ0=0;QD=26.39;SB=-29.63;sumGLbyD=27.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:55.80:825,56,0 27432-ref 601 . C T 764.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.33;SB=-0.01;sumGLbyD=29.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.15:798,81,0 27432-ref 606 . A C 695.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.83;SB=-0.01;sumGLbyD=29.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.11:729,75,0 27432-ref 633 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.01:59,6,0 27432-ref 638 . G A 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9989;MQ=30.37;MQ0=0;QD=4.05;SB=7.77;sumGLbyD=10.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:3:30.98:50,0,31 27432-ref 645 . A C 27.64 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9726;MQ=30.37;MQ0=0;QD=5.53;SB=-17.63;sumGLbyD=11.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:39.28:58,0,39 27432-ref 668 . T A 44.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=4.45;SB=-0.01;sumGLbyD=7.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:8:74.51:75,0,146 27432-ref 669 . T C 38.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=3.83;SB=-0.01;sumGLbyD=6.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:9:68.32:68,0,174 27432-ref 687 . G A 253.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8917;MQ=34.78;MQ0=0;QD=9.04;SB=-23.61;sumGLbyD=10.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:27:99:283,0,511 27432-ref 695 . G C 708 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8917;MQ=34.93;MQ0=0;QD=23.60;SB=3.00;sumGLbyD=24.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,25:28:79.45:738,0,79 27432-ref 736 . T A 37.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9983;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.73;SB=9.06;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:67.82:68,0,121 27432-ref 739 . T C 49.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8307;MQ=30.37;MQ0=0;QD=9.89;SB=-29.22;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54.59:79,0,55 27432-ref 829 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 27432-ref 831 . C T 38.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=7.78;SB=-15.85;sumGLbyD=13.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.99:69,0,65 27432-ref 832 . C T 391.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9953;MQ=33.48;MQ0=0;QD=26.11;SB=-53.25;sumGLbyD=28.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:24.51:422,0,25 27432-ref 900 . C T 264.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7950;MQ=31.32;MQ0=0;QD=22.05;SB=-0.01;sumGLbyD=24.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:10:30.04:298,30,0 27432-ref 901 . C T 242.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7950;MQ=31.97;MQ0=0;QD=22.02;SB=-0.01;sumGLbyD=25.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:10:30:275,30,0 27432-ref 903 . C T 42.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7961;MQ=27.47;MQ0=0;QD=8.59;SB=-0.01;sumGLbyD=14.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:5:22.33:73,0,22 27444-ref 8 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 27449-ref 434 . A G 1886.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.42;SB=-0.01;sumGLbyD=30.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:56:90.61:1919,91,0 27449-ref 454 . T C 324.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.7948;MQ=36.77;MQ0=0;QD=3.69;SB=-0.01;sumGLbyD=4.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,17:86:99:355,0,2356 27449-ref 459 . G A 885.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1992;MQ=36.82;MQ0=0;QD=8.12;SB=-0.01;sumGLbyD=8.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,34:105:99:915,0,2462 27449-ref 564 . C G 792.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.8693;MQ=36.32;MQ0=0;QD=7.41;SB=-0.01;sumGLbyD=7.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,31:100:99:823,0,2230 27449-ref 580 . T G 432.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8305;MQ=36.46;MQ0=0;QD=5.77;SB=-0.01;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,19:73:99:463,0,1865 27467-ref 58 . T A 1411.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4378;MQ=36.67;MQ0=0;QD=11.38;SB=-0.01;sumGLbyD=11.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,54:112:99:1441,0,1925 27467-ref 178 . C T 1633.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=35.61;MQ0=0;QD=20.17;SB=-0.01;sumGLbyD=20.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,51:81:99:1664,0,908 27467-ref 179 . A G 2962.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9494;MQ=35.50;MQ0=0;QD=36.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2995,213,0 27467-ref 206 . G A 10.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.0893;MQ=35.38;MQ0=0;QD=0.14;SB=-0.01;sumGLbyD=0.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,8:67:40.60:41,0,1977 27467-ref 207 . T A 19.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.0893;MQ=35.36;MQ0=0;QD=0.26;SB=-0.01;sumGLbyD=0.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,8:64:49.72:50,0,1814 27467-ref 234 . T A 1887.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.13;MQ0=0;QD=17.98;SB=-0.01;sumGLbyD=18.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,63:102:99:1918,0,1301 27467-ref 235 . A G 1836.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.13;MQ0=0;QD=17.49;SB=-0.01;sumGLbyD=17.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,63:101:99:1866,0,1289 27467-ref 276 . C T 1633.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.9186;MQ=36.85;MQ0=0;QD=12.28;SB=-0.01;sumGLbyD=12.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,60:118:99:1664,0,1946 27467-ref 345 . G A 1892.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.7845;MQ=36.65;MQ0=0;QD=16.45;SB=-0.01;sumGLbyD=16.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,62:108:99:1922,0,1502 27467-ref 376 . A G 1592.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5979;MQ=36.57;MQ0=0;QD=17.12;SB=-37.00;sumGLbyD=17.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:93:99:1622,0,1334 27467-ref 412 . T C 686.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1516;MQ=36.71;MQ0=0;QD=9.95;SB=-0.01;sumGLbyD=10.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:67:99:717,0,1355 27467-ref 553 . G A 1764.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.6627;MQ=36.55;MQ0=0;QD=12.98;SB=3.00;sumGLbyD=13.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,56:132:99:1795,0,2229 27506-ref 50 . A T 225.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9988;MQ=33.77;MQ0=0;QD=17.34;SB=-0.01;sumGLbyD=19.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:255,0,121 27506-ref 57 . C T 203.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9993;MQ=34.01;MQ0=0;QD=14.52;SB=-0.01;sumGLbyD=16.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:233,0,185 27506-ref 76 . T A 37.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=5.40;SB=-0.01;sumGLbyD=9.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:67.81:68,0,137 27506-ref 77 . T A 37.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=5.40;SB=-0.01;sumGLbyD=9.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:67.81:68,0,136 27506-ref 98 . T A 61.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.53;SB=-0.01;sumGLbyD=31.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0 27519-ref 36 . A G 107.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.57;MQ0=0;QD=17.91;SB=-0.01;sumGLbyD=22.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:5:23.53:137,0,24 27519-ref 141 . G A 312.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.41;SB=-0.01;sumGLbyD=11.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:342,0,522 27519-ref 152 . A T 985.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9945;MQ=33.83;MQ0=0;QD=15.64;SB=-0.01;sumGLbyD=16.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:61:99:1016,0,778 27519-ref 166 . A G 960.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.08;MQ0=0;QD=15.75;SB=-0.01;sumGLbyD=16.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:991,0,852 27519-ref 191 . G C 746.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8646;MQ=34.47;MQ0=0;QD=13.82;SB=-0.01;sumGLbyD=14.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:53:99:776,0,756 27519-ref 266 . T C 46.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1184;MQ=36.62;MQ0=0;QD=0.52;SB=-0.01;sumGLbyD=0.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,10:84:76.08:76,0,2569 27519-ref 436 . T C 1904.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0840;MQ=33.19;MQ0=0;QD=22.95;SB=-0.01;sumGLbyD=23.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,64:79:99:1935,0,323 27519-ref 450 . G A 1611.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1322;MQ=32.60;MQ0=0;QD=23.02;SB=-0.01;sumGLbyD=23.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,55:67:99:1641,0,259 27519-ref 486 . C A 1090.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3457;MQ=31.15;MQ0=0;QD=19.47;SB=-0.01;sumGLbyD=20.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,43:50:99:1120,0,194 27519-ref 528 . A T 1762.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=31.82;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=24.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,61:73:99:1792,0,249 27519-ref 531 . G T 1743.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=31.81;MQ0=0;QD=23.24;SB=-26.62;sumGLbyD=23.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,62:75:99:1773,0,261 27519-ref 540 . G A 1495.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=32.24;MQ0=0;QD=21.37;SB=-26.62;sumGLbyD=21.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,56:66:99:1526,0,343 27585-ref 68 . G A 740.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5914;MQ=36.77;MQ0=0;QD=17.22;SB=3.00;sumGLbyD=17.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:42:99:770,0,503 27585-ref 101 . C A 1280.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3845;MQ=36.86;MQ0=0;QD=18.04;SB=-0.01;sumGLbyD=18.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:70:99:1311,0,888 27585-ref 149 . A C 2455.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1021;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.46;SB=-0.01;sumGLbyD=20.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,79:116:99:2485,0,1187 27585-ref 696 . C T 1059.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8801;MQ=36.70;MQ0=0;QD=15.81;SB=-0.01;sumGLbyD=16.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:66:99:1089,0,1007 27585-ref 725 . G C 1185.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4701;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.52;SB=-0.01;sumGLbyD=18.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:63:99:1215,0,796 27585-ref 860 . T C 7073.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9916;MQ=36.33;MQ0=0;QD=35.72;SB=-33.44;sumGLbyD=35.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:189:99:7072,569,0 27585-ref 874 . C A 2121.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3670;MQ=36.16;MQ0=0;QD=13.43;SB=-60.61;sumGLbyD=13.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,78:154:99:2152,0,2635 27610-ref 35 . T C 31.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=4.57;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:61.96:62,0,129 27610-ref 42 . T A 91.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=9.19;SB=-0.01;sumGLbyD=12.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:9:99:122,0,167 27610-ref 47 . A G 116.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=11.62;SB=-0.01;sumGLbyD=14.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:146,0,153 27610-ref 118 . T C 343.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=35.48;MQ0=0;QD=12.74;SB=-0.01;sumGLbyD=13.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:25:99:374,0,353 27610-ref 139 . T A 151.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2587;MQ=36.15;MQ0=0;QD=6.31;SB=-0.01;sumGLbyD=7.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:23:99:181,0,524 27610-ref 267 . G A 9992.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=307;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.0910;MQ=35.50;MQ0=0;QD=32.55;SB=-0.01;sumGLbyD=32.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,305:278:99:9991,836,0 27610-ref 273 . A G 4727.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=282;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.5862;MQ=35.25;MQ0=0;QD=16.76;SB=-0.01;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,140:259:99:3946,0,3737 27610-ref 293 . C T 2880.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=196;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0058;MQ=34.34;MQ0=0;QD=14.69;SB=-0.01;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,102:191:99:2910,0,2862 27610-ref 320 . T C 991.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0823;MQ=32.73;MQ0=0;QD=8.26;SB=-0.01;sumGLbyD=8.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,46:118:99:1021,0,2352 27610-ref 342 . C G 699.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1847;MQ=33.22;MQ0=0;QD=12.48;SB=-23.62;sumGLbyD=13.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:50:99:729,0,696 27610-ref 343 . G A 1583.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1847;MQ=33.20;MQ0=0;QD=29.87;SB=-29.63;sumGLbyD=30.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:48:99:1616,115,0 27610-ref 352 . C A 480.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=33.41;MQ0=0;QD=9.61;SB=-85.80;sumGLbyD=10.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:44:99:510,0,774 27610-ref 367 . G T 463.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6462;MQ=35.03;MQ0=0;QD=8.74;SB=-26.62;sumGLbyD=9.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:45:99:493,0,858 27610-ref 391 . G C 656.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9785;MQ=36.05;MQ0=0;QD=10.26;SB=3.00;sumGLbyD=10.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:62:99:687,0,1227 27610-ref 429 . A G 402.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8914;MQ=35.83;MQ0=0;QD=11.49;SB=-0.01;sumGLbyD=12.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:33:99:432,0,541 27610-ref 450 . C T 406.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.58;MQ0=0;QD=15.62;SB=-0.01;sumGLbyD=16.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:24:99:436,0,220 27610-ref 477 . G A 916.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8432;MQ=34.71;MQ0=0;QD=11.90;SB=-0.01;sumGLbyD=12.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:68:99:946,0,1065 27610-ref 486 . A G 960.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6403;MQ=34.68;MQ0=0;QD=12.64;SB=-0.01;sumGLbyD=13.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:66:99:990,0,970 27610-ref 515 . A C 536.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2432;MQ=34.99;MQ0=0;QD=14.89;SB=-0.01;sumGLbyD=15.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:31:99:566,0,318 27610-ref 553 . T C 513.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0718;MQ=36.59;MQ0=0;QD=10.49;SB=-0.01;sumGLbyD=11.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:40:99:544,0,720 27610-ref 603 . A G 1161.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4662;MQ=36.68;MQ0=0;QD=18.43;SB=3.00;sumGLbyD=18.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:62:99:1191,0,712 27610-ref 732 . T C 46.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=31.58;MQ0=0;QD=7.79;SB=-26.62;sumGLbyD=12.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:54.59:77,0,55 27610-ref 753 . A G 24.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=32.73;MQ0=0;QD=4.92;SB=3.00;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.59:55,0,88 27630-ref 28 . G C 1141.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3254;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.07;SB=-0.01;sumGLbyD=16.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:67:99:1171,0,966 27630-ref 101 . A C 2285.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9870;MQ=36.63;MQ0=0;QD=14.02;SB=-0.01;sumGLbyD=14.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,73:161:99:2316,0,2810 27630-ref 112 . 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G A 964.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9005;MQ=36.49;MQ0=0;QD=9.64;SB=-0.01;sumGLbyD=9.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:97:99:994,0,1943 27630-ref 390 . C G 12.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.5659;MQ=36.91;MQ0=0;QD=0.12;SB=-0.01;sumGLbyD=0.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,9:105:42.74:43,0,3347 27630-ref 420 . C T 1380.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.24;MQ0=0;QD=11.51;SB=-0.01;sumGLbyD=11.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:113:99:1411,0,2166 27630-ref 467 . C G 629.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.5114;MQ=35.89;MQ0=0;QD=6.23;SB=-0.01;sumGLbyD=6.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,30:95:99:659,0,2227 27630-ref 476 . G A 451.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.5251;MQ=36.17;MQ0=0;QD=2.84;SB=-0.01;sumGLbyD=3.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,28:158:99:481,0,4451 27630-ref 484 . A T 425.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6886;MQ=36.38;MQ0=0;QD=2.37;SB=-0.01;sumGLbyD=2.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,34:171:99:456,0,4982 27630-ref 521 . G T 6539.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.7021;MQ=36.40;MQ0=0;QD=27.83;SB=3.00;sumGLbyD=24.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,176:230:99:5846,0,1427 27630-ref 540 . C T 4082.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4538;MQ=36.24;MQ0=0;QD=18.99;SB=6.00;sumGLbyD=16.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,113:213:99:3440,0,3186 27630-ref 576 . G A 287.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2424;MQ=34.48;MQ0=0;QD=4.35;SB=-0.01;sumGLbyD=4.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,20:60:99:317,0,1350 27630-ref 577 . T A 321.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2424;MQ=34.39;MQ0=0;QD=5.02;SB=-0.01;sumGLbyD=5.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,18:61:99:351,0,1335 27646-ref 49 . G A 93.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.70;SB=-0.01;sumGLbyD=24.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:123,0,25 27646-ref 109 . G A 360.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.28;MQ0=0;QD=20.03;SB=-0.01;sumGLbyD=21.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:16:98.19:390,0,98 27646-ref 121 . G C 229.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4024;MQ=34.60;MQ0=0;QD=17.66;SB=-0.01;sumGLbyD=19.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:12:93.10:260,0,93 27646-ref 157 . G C 588.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=30.96;SB=-0.01;sumGLbyD=32.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:17:51.15:621,51,0 27686-ref 100 . G A 1759.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.0933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.29;SB=9.02;sumGLbyD=16.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:100:99:1790,0,1339 27686-ref 665 . A G 45.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.9181;MQ=36.65;MQ0=0;QD=0.40;SB=-0.01;sumGLbyD=0.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,10:109:75.06:75,0,3414 27686-ref 675 . G C 787.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4047;MQ=36.85;MQ0=0;QD=11.93;SB=-0.01;sumGLbyD=12.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:60:99:817,0,1090 27686-ref 824 . C T 4503.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=39.2063;MQ=36.83;MQ0=0;QD=12.51;SB=-0.01;sumGLbyD=9.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,141:303:99:3590,0,5912 27686-ref 1103 . T G 1016.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0508;MQ=36.48;MQ0=0;QD=12.71;SB=-36.31;sumGLbyD=13.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:73:99:1047,0,1132 27705-ref 24 . G A 162.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=27.13;SB=-0.01;sumGLbyD=32.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:196,18,0 27705-ref 187 . C A 93.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=18.72;SB=-0.01;sumGLbyD=24.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:16.51:124,0,17 27705-ref 188 . C T 91.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=18.24;SB=-0.01;sumGLbyD=24.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:20.21:121,0,20 27705-ref 190 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 27705-ref 191 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 27710-ref 31 . T G 218.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4651;MQ=36.15;MQ0=0;QD=18.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:9:7.29:248,0,7 27710-ref 98 . G C 119.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7882;MQ=36.68;MQ0=0;QD=3.74;SB=-0.01;sumGLbyD=4.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,6:30:99:150,0,794 27710-ref 151 . C G 348.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0695;MQ=36.86;MQ0=0;QD=4.77;SB=-0.01;sumGLbyD=5.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,17:69:99:378,0,1746 27710-ref 169 . A G 231.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8048;MQ=36.85;MQ0=0;QD=3.40;SB=-0.01;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,16:56:99:261,0,1457 27710-ref 281 . A G 291.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4965;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.20;SB=-0.01;sumGLbyD=6.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:45:99:321,0,1066 27710-ref 323 . C G 433.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9327;MQ=36.74;MQ0=0;QD=5.56;SB=-0.01;sumGLbyD=5.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,20:75:99:463,0,1911 27710-ref 439 . T A 142.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7483;MQ=36.35;MQ0=0;QD=4.58;SB=-0.01;sumGLbyD=5.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:28:99:172,0,696 27710-ref 457 . C T 205.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.35;MQ0=0;QD=8.21;SB=-0.01;sumGLbyD=9.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:24:99:235,0,491 27710-ref 461 . G A 214.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=8.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:244,0,496 27710-ref 487 . A T 114.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.72;MQ0=0;QD=4.78;SB=-0.01;sumGLbyD=6.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:22:99:145,0,525 27790-ref 39 . G A 782.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.13;MQ0=0;QD=15.35;SB=3.00;sumGLbyD=15.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:49:99:813,0,656 27790-ref 50 . A G 2341.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.43;MQ0=0;QD=32.97;SB=-116.43;sumGLbyD=33.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:66:99:2374,199,0 27790-ref 84 . A T 923.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ=31.45;MQ0=0;QD=9.62;SB=-0.01;sumGLbyD=9.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:89:99:954,0,1459 27790-ref 88 . T G 2993.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=30.83;MQ0=0;QD=31.18;SB=-0.01;sumGLbyD=31.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:93:99:3026,280,0 27790-ref 106 . G A 2474.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=28.40;MQ0=0;QD=30.17;SB=-0.01;sumGLbyD=30.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:80:99:2507,237,0 27790-ref 129 . G T 2701.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.14;MQ0=0;QD=29.05;SB=-40.01;sumGLbyD=29.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:86:99:2734,259,0 27790-ref 139 . 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T C 544.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9688;MQ=36.84;MQ0=0;QD=8.50;SB=-0.01;sumGLbyD=8.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,21:62:99:574,0,1416 27838-ref 83 . A T 741.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.72;SB=-0.01;sumGLbyD=14.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:48:99:771,0,755 27918-ref 17 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 27918-ref 20 . A C 203.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0 27918-ref 107 . G C 3565.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3819;MQ=36.29;MQ0=0;QD=35.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:95:99:3565,286,0 27918-ref 196 . G A 1577.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.78;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:43:99:1611,129,0 27959-ref 14 . A G 149.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8760;MQ=36.40;MQ0=0;QD=4.16;SB=-88.98;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:27:99:180,0,652 27959-ref 63 . A C 1448.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.1234;MQ=36.22;MQ0=0;QD=11.06;SB=12.01;sumGLbyD=11.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,55:113:99:1478,0,1994 27959-ref 172 . T C 2286.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.2303;MQ=36.16;MQ0=0;QD=13.45;SB=-37.00;sumGLbyD=13.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,83:154:99:2316,0,2444 27959-ref 174 . A C 2248.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.1240;MQ=36.21;MQ0=0;QD=13.38;SB=3.00;sumGLbyD=13.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,80:157:99:2278,0,2574 27959-ref 332 . C T 6324.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=371;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.1821;MQ=36.56;MQ0=0;QD=17.05;SB=3.00;sumGLbyD=14.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,167:364:99:5201,0,6382 27959-ref 364 . T C 7602.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=530;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.4365;MQ=36.79;MQ0=0;QD=14.34;SB=3.00;sumGLbyD=11.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,222:486:99:6101,0,9129 27959-ref 563 . A T 12153.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=355;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.5444;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.24;SB=-36.99;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,352:337:99:12082,944,0 27959-ref 593 . A T 9814.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=380;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6759;MQ=35.24;MQ0=0;QD=25.83;SB=-57.47;sumGLbyD=22.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,267:375:99:8624,0,2934 27959-ref 606 . A T 2569.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.4543;MQ=36.71;MQ0=0;QD=10.71;SB=-73.31;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,93:220:99:2600,0,4363 27959-ref 791 . G C 5504.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0943;MQ=36.94;MQ0=0;QD=33.16;SB=-29.63;sumGLbyD=33.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:144:99:5504,433,0 27959-ref 995 . C T 25274.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=763;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.3829;MQ=36.91;MQ0=0;QD=33.13;SB=-0.01;sumGLbyD=33.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,748:691:99:25195,2070,0 27959-ref 1045 . G T 33452.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=989;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.9441;MQ=36.83;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=33.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,981:901:99:33448,2711,0 27959-ref 1160 . A G 21932.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=673;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.8655;MQ=36.72;MQ0=0;QD=32.59;SB=-73.67;sumGLbyD=32.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,666:598:99:21894,1764,0 27959-ref 1242 . T G 15.90 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=268;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=25.9656;MQ=36.92;MQ0=0;QD=0.06;SB=-0.01;sumGLbyD=0.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:235,26:228:45.78:46,0,6801 27959-ref 1388 . T C 4391.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5434;MQ=36.68;MQ0=0;QD=34.31;SB=-0.01;sumGLbyD=33.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:121:99:4350,361,0 27959-ref 1488 . T G 3419.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3543;MQ=35.40;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=33.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:95:99:3419,286,0 27959-ref 1514 . T G 75.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.3540;MQ=36.17;MQ0=0;QD=0.41;SB=-0.01;sumGLbyD=0.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,21:154:99:106,0,4422 27959-ref 1644 . C T 5739.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5815;MQ=36.94;MQ0=0;QD=37.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:151:99:5739,454,0 27959-ref 1752 . G T 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9991;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:65.76:68,0,66 27976-ref 10 . A G 3139.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.3486;MQ=36.07;MQ0=0;QD=22.11;SB=-0.01;sumGLbyD=22.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,96:137:99:3170,0,1179 27976-ref 50 . T C 9113.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=494;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.6057;MQ=36.57;MQ0=0;QD=18.45;SB=-0.01;sumGLbyD=15.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:232,260:460:99:7691,0,6616 27976-ref 164 . T C 13372.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=762;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=43.3705;MQ=36.78;MQ0=0;QD=17.55;SB=-23.61;sumGLbyD=14.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:381,376:731:99:11070,0,11768 27976-ref 296 . G A 7153.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=336;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=30.1830;MQ=36.58;MQ0=0;QD=21.29;SB=-35.57;sumGLbyD=18.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,200:318:99:6168,0,3790 27976-ref 345 . C G 5906.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=382;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.2113;MQ=36.15;MQ0=0;QD=15.46;SB=-26.62;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,175:367:99:4800,0,6392 27976-ref 359 . C A 7145.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=493;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.1723;MQ=36.03;MQ0=0;QD=14.49;SB=-26.62;sumGLbyD=11.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:267,224:429:99:5825,0,6915 27976-ref 391 . T A 6926.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=477;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.8137;MQ=36.32;MQ0=0;QD=14.52;SB=-0.01;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:284,192:453:99:5540,0,8540 27976-ref 417 . T C 6679.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=478;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.7996;MQ=35.95;MQ0=0;QD=13.97;SB=-41.30;sumGLbyD=11.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:286,192:448:99:5329,0,8503 27976-ref 448 . G A 6755.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=416;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.0023;MQ=35.06;MQ0=0;QD=16.24;SB=3.00;sumGLbyD=13.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,198:395:99:5454,0,6277 27976-ref 465 . C T 7327.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=424;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.1486;MQ=34.93;MQ0=0;QD=17.28;SB=-21.70;sumGLbyD=14.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,214:406:99:6077,0,6214 27976-ref 478 . C A 6830.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=421;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5996;MQ=35.21;MQ0=0;QD=16.23;SB=-92.75;sumGLbyD=13.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,201:403:99:5616,0,6441 27976-ref 514 . T C 9029.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=513;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=36.1749;MQ=36.49;MQ0=0;QD=17.60;SB=3.00;sumGLbyD=14.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:255,256:486:99:7565,0,7687 27976-ref 592 . A G 16811.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.4417;MQ=36.57;MQ0=0;QD=16.81;SB=-47.22;sumGLbyD=13.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:509,487:942:99:13972,0,15597 27976-ref 644 . A G 18482.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=74.0223;MQ=36.40;MQ0=0;QD=18.48;SB=-88.81;sumGLbyD=15.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:467,527:910:99:15677,0,12265 27976-ref 646 . C A 17457.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=995;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=73.7702;MQ=36.39;MQ0=0;QD=17.54;SB=-86.54;sumGLbyD=14.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:488,504:910:99:14681,0,13250 27976-ref 730 . 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C A 441.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2041;MQ=36.63;MQ0=0;QD=8.17;SB=-0.01;sumGLbyD=8.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:48:99:471,0,943 27976-ref 1179 . C A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 27997-ref 24 . G A 25.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.25;SB=-15.68;sumGLbyD=13.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:27.96:55,0,28 27997-ref 36 . A T 30.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.3593;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.67;SB=3.00;sumGLbyD=3.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:14:60.01:60,0,367 27997-ref 41 . G A 331.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.57;SB=-37.00;sumGLbyD=18.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:18:99:361,0,214 27997-ref 116 . 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G T 200.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3896;MQ=36.49;MQ0=0;QD=3.34;SB=-0.01;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,13:53:99:230,0,1314 28142-ref 54 . T G 963.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=8.0900;MQ=36.69;MQ0=0;QD=9.93;SB=-0.01;sumGLbyD=10.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:74:99:994,0,1116 28142-ref 112 . C G 2649.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.7820;MQ=36.58;MQ0=0;QD=11.93;SB=3.00;sumGLbyD=12.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,96:214:99:2679,0,3863 28142-ref 198 . C A 795.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4445;MQ=35.22;MQ0=0;QD=6.86;SB=-0.01;sumGLbyD=7.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:88:99:825,0,1530 28142-ref 216 . C G 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=33.16;MQ0=0;QD=31.64;SB=-0.01;sumGLbyD=32.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:66:99:2216,198,0 28142-ref 218 . C T 1004.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=33.03;MQ0=0;QD=14.35;SB=-0.01;sumGLbyD=14.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:54:99:1037,99,0 28142-ref 242 . A G 497.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4583;MQ=33.87;MQ0=0;QD=8.72;SB=2.99;sumGLbyD=9.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:50:99:527,0,875 28142-ref 246 . T A 409.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4689;MQ=33.89;MQ0=0;QD=7.59;SB=-0.01;sumGLbyD=8.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:50:99:440,0,880 28234-ref 57 . T C 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0 28234-ref 73 . C T 81.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=20.45;SB=-0.01;sumGLbyD=28.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:114,9,0 28234-ref 94 . T G 30.64 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=10.21;SB=7.75;sumGLbyD=20.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:61,0,21 28245-ref 26 . T A 1372.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.12;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1405,114,0 28263-ref 60 . T G 1617.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=334;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.2348;MQ=30.40;MQ0=0;QD=4.84;SB=21.00;sumGLbyD=4.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,77:305:99:1648,0,6207 28263-ref 70 . G A 7177.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=341;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.3564;MQ=29.79;MQ0=0;QD=21.05;SB=-108.01;sumGLbyD=18.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,230:334:99:6170,0,2619 28263-ref 74 . G A 9262.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=307;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.4042;MQ=28.61;MQ0=0;QD=30.17;SB=-149.65;sumGLbyD=30.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,306:294:99:9229,854,0 28263-ref 101 . T C 828.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6889;MQ=27.28;MQ0=0;QD=5.83;SB=-33.99;sumGLbyD=6.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,45:132:99:858,0,2362 28263-ref 103 . G A 3981.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6891;MQ=26.77;MQ0=0;QD=29.06;SB=-0.01;sumGLbyD=28.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:132:99:3950,394,0 28263-ref 115 . T C 2672.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.31;MQ0=0;QD=27.84;SB=-85.94;sumGLbyD=28.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:91:99:2705,273,0 28263-ref 134 . T A 1469.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.93;MQ0=0;QD=28.27;SB=-114.58;sumGLbyD=28.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:1503,153,0 28263-ref 138 . C G 1080.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.51;MQ0=0;QD=29.20;SB=-161.60;sumGLbyD=30.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1113,111,0 28263-ref 164 . C T 85.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.93;MQ0=0;QD=7.78;SB=-54.58;sumGLbyD=10.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:116,0,145 28263-ref 165 . C T 120.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=13.41;SB=-50.23;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:60.84:151,0,61 28263-ref 171 . T G 55.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.62;SB=-28.84;sumGLbyD=29.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:88,9,0 28263-ref 190 . A C 32.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=8.14;SB=10.77;sumGLbyD=15.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:63,0,47 28263-ref 195 . G A 12.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=3.14;SB=10.77;sumGLbyD=10.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:42.29:42,0,65 28263-ref 199 . G A 37.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=7.58;SB=12.98;sumGLbyD=13.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56.79:68,0,57 28263-ref 207 . G A 2391.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7534;MQ=26.80;MQ0=0;QD=22.99;SB=-89.85;sumGLbyD=23.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:94:65.77:2424,66,0 28263-ref 212 . T C 6717.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.3699;MQ=31.85;MQ0=0;QD=28.58;SB=-230.04;sumGLbyD=28.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,232:203:99:6651,546,0 28263-ref 263 . G C 13860.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=450;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4196;MQ=30.21;MQ0=0;QD=30.80;SB=-0.01;sumGLbyD=30.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,447:427:99:13826,1254,0 28263-ref 264 . A C 14245.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=448;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4194;MQ=30.23;MQ0=0;QD=31.80;SB=-0.01;sumGLbyD=31.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,446:437:99:14240,1314,0 28263-ref 284 . 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T C 7765.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6705;MQ=32.90;MQ0=0;QD=34.36;SB=-29.63;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,226:225:99:7764,677,0 28263-ref 407 . C A 7079.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9523;MQ=32.66;MQ0=0;QD=33.08;SB=-29.63;sumGLbyD=33.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,213:207:99:7077,622,0 28263-ref 425 . T A 2692.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8938;MQ=28.03;MQ0=0;QD=30.59;SB=-0.01;sumGLbyD=30.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:2725,262,0 28263-ref 428 . C T 1770.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.55;SB=-0.01;sumGLbyD=29.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1803,183,0 28263-ref 436 . T G 171.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.03:204,21,0 28263-ref 454 . T C 277.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=27.77;SB=-0.01;sumGLbyD=31.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:311,30,0 28263-ref 486 . C A 210.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9867;MQ=27.82;MQ0=0;QD=21.07;SB=25.74;sumGLbyD=24.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:1.49:239,0,1 28263-ref 499 . C T 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0 28263-ref 527 . G A 389.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=22.93;SB=-0.01;sumGLbyD=24.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:12:36.10:423,36,0 28263-ref 528 . T A 417.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=21.99;SB=-0.01;sumGLbyD=23.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:13:39.10:451,39,0 28263-ref 580 . T A 3871.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.84;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=33.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:104:99:3871,313,0 28263-ref 612 . A G 2163.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.97;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=36.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:59:99:2196,178,0 28263-ref 624 . A G 1542.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.33;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=36.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1575,129,0 28305-ref 160 . T A 428.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.60;SB=-0.01;sumGLbyD=32.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:14:2.08:458,2,0 28305-ref 231 . G A 328.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7687;MQ=35.63;MQ0=0;QD=10.94;SB=-0.01;sumGLbyD=11.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:358,0,527 28305-ref 232 . C T 315.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7687;MQ=35.63;MQ0=0;QD=10.52;SB=-0.01;sumGLbyD=11.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:29:99:346,0,533 28305-ref 253 . C A 343.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=15.63;SB=-0.01;sumGLbyD=17.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:21:99:374,0,277 28305-ref 300 . A G 106.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9317;MQ=36.15;MQ0=0;QD=2.95;SB=3.00;sumGLbyD=3.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:34:99:136,0,912 28305-ref 348 . G A 261.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.18;SB=-0.01;sumGLbyD=9.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:28:99:292,0,568 28305-ref 365 . G C 661.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4022;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.25;SB=-0.01;sumGLbyD=12.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:49:99:692,0,875 28305-ref 407 . A G 883.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.81;MQ0=0;QD=16.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:52:99:913,0,767 28305-ref 532 . A G 578.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.75;MQ0=0;QD=14.47;SB=-0.01;sumGLbyD=15.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:36:99:609,0,526 28305-ref 543 . C T 763.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6572;MQ=36.62;MQ0=0;QD=14.41;SB=-0.01;sumGLbyD=14.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:50:99:794,0,788 28305-ref 603 . C T 1535.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9440;MQ=36.26;MQ0=0;QD=13.96;SB=-0.01;sumGLbyD=14.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:105:99:1565,0,1647 28305-ref 611 . T C 1942.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5948;MQ=36.35;MQ0=0;QD=15.54;SB=3.00;sumGLbyD=15.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,65:120:99:1973,0,1839 28305-ref 705 . A G 1243.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0448;MQ=36.39;MQ0=0;QD=12.44;SB=-0.01;sumGLbyD=12.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:79:99:1274,0,1145 28305-ref 715 . A G 1535.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0547;MQ=36.45;MQ0=0;QD=13.84;SB=-0.01;sumGLbyD=14.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:100:99:1566,0,1657 28305-ref 865 . T C 2000.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7917;MQ=36.56;MQ0=0;QD=14.61;SB=3.00;sumGLbyD=14.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,68:125:99:2031,0,1901 28305-ref 913 . T A 1695.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3013;MQ=36.02;MQ0=0;QD=14.88;SB=-0.01;sumGLbyD=15.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,57:111:99:1726,0,1776 28305-ref 920 . T G 1448.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.88;MQ0=0;QD=14.49;SB=-0.01;sumGLbyD=14.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:97:99:1479,0,1591 28305-ref 954 . A T 942.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8099;MQ=36.14;MQ0=0;QD=13.28;SB=-0.01;sumGLbyD=13.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:60:99:973,0,867 28305-ref 966 . A G 952.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3327;MQ=35.98;MQ0=0;QD=13.61;SB=-0.01;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:62:99:982,0,888 28305-ref 1085 . C T 80.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.92;SB=-0.01;sumGLbyD=12.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:8:99:110,0,128 28305-ref 1089 . G A 84.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.58;SB=-0.01;sumGLbyD=14.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:115,0,120 28306-ref 14 . G C 29.67 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.42;SB=-0.01;sumGLbyD=14.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:3:30.98:60,0,31 28306-ref 61 . A G 397.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.49;MQ0=0;QD=19.88;SB=-0.01;sumGLbyD=21.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,15:18:99:428,0,145 28321-ref 56 . A C 209.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.06;SB=-0.01;sumGLbyD=21.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:10:62.08:240,0,62 28321-ref 67 . A G 12.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.05;SB=-0.01;sumGLbyD=3.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:11:42.36:42,0,286 28391-ref 22 . T A 90.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.28;MQ0=0;QD=7.54;SB=-53.24;sumGLbyD=10.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:6:45.66:121,0,46 28391-ref 23 . A G 216.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=35.42;MQ0=0;QD=16.63;SB=-97.15;sumGLbyD=19.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:7:21.06:249,21,0 28391-ref 60 . 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T A 17.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.58;SB=-0.01;sumGLbyD=4.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:9:47.27:47,0,247 28427-ref 884 . A G 376.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9569;MQ=36.15;MQ0=0;QD=15.68;SB=-0.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:406,0,323 28427-ref 886 . T A 202.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9571;MQ=35.93;MQ0=0;QD=10.67;SB=-0.01;sumGLbyD=12.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:233,0,333 28427-ref 888 . T G 60.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.53;MQ0=0;QD=4.30;SB=-0.01;sumGLbyD=6.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:90.20:90,0,326 28471-ref 67 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 28471-ref 68 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 28471-ref 76 . G C 137.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=19.62;SB=17.87;sumGLbyD=23.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:8.58:167,0,9 28471-ref 85 . T C 286.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=23.88;SB=26.83;sumGLbyD=26.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:11:3.46:317,3,0 28471-ref 115 . A G 1021.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6623;MQ=32.30;MQ0=0;QD=31.92;SB=-136.32;sumGLbyD=32.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:93.22:1054,93,0 28471-ref 132 . T C 150.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.5011;MQ=32.66;MQ0=0;QD=4.70;SB=3.00;sumGLbyD=5.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:28:99:180,0,603 28471-ref 137 . T C 48.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6344;MQ=33.07;MQ0=0;QD=1.81;SB=-26.62;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:23:78.97:79,0,534 28471-ref 138 . G T 51.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.1652;MQ=33.07;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=3.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:23:81.95:82,0,535 28471-ref 140 . G C 276.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2397;MQ=35.42;MQ0=0;QD=10.62;SB=-0.01;sumGLbyD=11.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:22:99:306,0,331 28471-ref 167 . G A 326.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8756;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.60;SB=-0.01;sumGLbyD=10.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:31:99:356,0,593 28471-ref 380 . A G 2140.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.2314;MQ=36.90;MQ0=0;QD=10.34;SB=-0.01;sumGLbyD=10.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,76:194:99:2171,0,3976 28471-ref 448 . G A 2894.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.5999;MQ=36.89;MQ0=0;QD=10.34;SB=3.00;sumGLbyD=10.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,116:243:99:2925,0,4573 28471-ref 644 . C T 2291.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1700;MQ=36.71;MQ0=0;QD=15.07;SB=-29.24;sumGLbyD=15.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,77:139:99:2321,0,2041 28471-ref 726 . T C 7103.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=386;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.3672;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.40;SB=-0.01;sumGLbyD=15.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,197:367:99:5998,0,5719 28471-ref 876 . T C 2732.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9214;MQ=36.73;MQ0=0;QD=18.46;SB=3.00;sumGLbyD=18.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,84:144:99:2762,0,1877 28471-ref 896 . G A 3370.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.3946;MQ=36.51;MQ0=0;QD=32.40;SB=-0.01;sumGLbyD=32.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:92:99:3370,277,0 28471-ref 946 . G C 1039.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9964;MQ=36.35;MQ0=0;QD=22.11;SB=-0.01;sumGLbyD=22.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,32:47:99:1069,0,448 28471-ref 947 . C T 349.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9964;MQ=36.29;MQ0=0;QD=8.12;SB=-0.01;sumGLbyD=8.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,13:41:99:379,0,949 28492-ref 73 . C T 12.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.0126;MQ=36.69;MQ0=0;QD=0.10;SB=-13.13;sumGLbyD=0.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,12:117:42.75:43,0,3666 28492-ref 85 . A T 4247.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7705;MQ=36.84;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:115:99:4247,346,0 28492-ref 170 . G A 1443.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1787;MQ=36.68;MQ0=0;QD=6.45;SB=-0.01;sumGLbyD=6.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,58:203:99:1474,0,4942 28492-ref 213 . T G 3793.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.7814;MQ=36.20;MQ0=0;QD=22.99;SB=-50.23;sumGLbyD=20.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,110:153:99:3305,0,1367 28492-ref 219 . A C 2865.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4398;MQ=36.10;MQ0=0;QD=21.22;SB=-47.24;sumGLbyD=21.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,91:129:99:2895,0,1079 28492-ref 335 . C G 98.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9968;MQ=34.93;MQ0=0;QD=19.75;SB=12.50;sumGLbyD=25.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:17.46:129,0,17 28503-ref 8 . A G 999.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0114;MQ=33.87;MQ0=0;QD=14.91;SB=-15.68;sumGLbyD=15.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:55:99:1029,0,513 28503-ref 17 . C A 1934.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1267;MQ=34.62;MQ0=0;QD=14.65;SB=-23.61;sumGLbyD=14.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,85:102:99:1964,0,1014 28503-ref 48 . G C 5288.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.0479;MQ=34.78;MQ0=0;QD=18.89;SB=-25.65;sumGLbyD=16.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,169:252:99:4502,0,3062 28503-ref 81 . T C 10028.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=652;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.7053;MQ=35.63;MQ0=0;QD=15.38;SB=-35.57;sumGLbyD=12.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:336,315:576:99:8292,0,9212 28503-ref 111 . A T 9939.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=597;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.3649;MQ=35.54;MQ0=0;QD=16.65;SB=-20.61;sumGLbyD=13.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:317,280:579:99:8194,0,9662 28503-ref 112 . A T 9840.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=594;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.1744;MQ=35.57;MQ0=0;QD=16.57;SB=-20.61;sumGLbyD=13.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:310,282:569:99:8126,0,9173 28503-ref 164 . G C 1477.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9992;MQ=35.40;MQ0=0;QD=32.83;SB=-0.01;sumGLbyD=33.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:42:99:1510,126,0 28503-ref 202 . A C 189.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7719;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=11.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:220,0,303 28521-ref 16 . C T 91.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=9.11;SB=-0.01;sumGLbyD=12.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:8:77.94:121,0,78 28521-ref 18 . A C 187.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=15;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.03;MQ0=0;QD=14.40;SB=-0.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:11:18.05:220,18,0 28521-ref 51 . G A 278.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1287;MQ=35.69;MQ0=0;QD=7.15;SB=-0.01;sumGLbyD=7.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:37:99:309,0,818 28521-ref 69 . G A 322.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1891;MQ=36.19;MQ0=0;QD=6.44;SB=-0.01;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,14:48:99:352,0,1127 28521-ref 230 . G C 28.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.13;SB=-0.01;sumGLbyD=2.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,4:17:58.20:58,0,484 28521-ref 241 . C T 104.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8729;MQ=36.30;MQ0=0;QD=1.81;SB=-0.01;sumGLbyD=2.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,9:51:99:135,0,1515 28521-ref 242 . A G 137.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.8729;MQ=36.33;MQ0=0;QD=2.25;SB=-0.01;sumGLbyD=2.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,13:50:99:167,0,1420 28521-ref 355 . T G 1680.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.2069;MQ=36.85;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=8.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,68:190:99:1711,0,4164 28521-ref 535 . T C 717.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.2931;MQ=35.68;MQ0=0;QD=8.44;SB=-0.01;sumGLbyD=8.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,30:82:99:747,0,1786 28521-ref 544 . A G 777.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3633;MQ=35.65;MQ0=0;QD=10.23;SB=-0.01;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:75:99:808,0,1515 28521-ref 726 . G C 5922.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=451;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.3297;MQ=36.96;MQ0=0;QD=13.13;SB=-0.01;sumGLbyD=10.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:275,174:419:99:4631,0,8068 28527-ref 18 . A G 740.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.39;MQ0=0;QD=5.57;SB=-26.62;sumGLbyD=5.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,32:132:99:771,0,3424 28527-ref 23 . G A 8956.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3356;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.26;SB=-29.63;sumGLbyD=36.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,246:239:99:8915,679,0 28527-ref 43 . T C 13027.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=534;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.1916;MQ=36.64;MQ0=0;QD=24.40;SB=3.00;sumGLbyD=21.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,357:511:99:11456,0,4821 28593-ref 20 . C G 227.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4683;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.79;SB=-0.01;sumGLbyD=25.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:9:9.90:258,0,10 28593-ref 220 . C T 1171.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6028;MQ=36.68;MQ0=0;QD=18.60;SB=-0.01;sumGLbyD=19.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,40:58:99:1202,0,621 28593-ref 263 . G C 1298.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.52;MQ0=0;QD=20.61;SB=-29.24;sumGLbyD=21.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,44:60:99:1329,0,481 28595-ref 10 . G C 385.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.25;MQ0=0;QD=13.29;SB=-24.67;sumGLbyD=14.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:25:99:415,0,366 28595-ref 41 . C T 1848.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1979;MQ=36.16;MQ0=0;QD=16.36;SB=-26.62;sumGLbyD=16.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,63:108:99:1879,0,1480 28595-ref 155 . T A 573.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6541;MQ=36.46;MQ0=0;QD=10.25;SB=3.00;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:54:99:604,0,1074 28595-ref 157 . T G 161.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.6537;MQ=36.49;MQ0=0;QD=4.05;SB=-35.57;sumGLbyD=4.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:35:99:192,0,815 28595-ref 213 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 28595-ref 214 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 28595-ref 215 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 28620-ref 32 . A T 19967.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=579;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=15.3543;MQ=36.77;MQ0=0;QD=34.49;SB=-733.29;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,577:541:99:19965,1628,0 28620-ref 125 . T C 6092.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=364;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=37.1071;MQ=36.39;MQ0=0;QD=16.74;SB=3.00;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,167:342:99:5025,0,5368 28620-ref 133 . T G 8480.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=457;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.7817;MQ=36.40;MQ0=0;QD=18.56;SB=-17.60;sumGLbyD=15.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,261:407:99:7143,0,5215 28620-ref 161 . G A 4800.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=478;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.2837;MQ=36.53;MQ0=0;QD=10.04;SB=-34.00;sumGLbyD=7.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:334,144:450:99:3444,0,10638 28620-ref 177 . G T 2976.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=455;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=26.4843;MQ=36.60;MQ0=0;QD=6.54;SB=-30.99;sumGLbyD=6.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:321,134:425:99:3007,0,10285 28620-ref 268 . G A 1720.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.8831;MQ=36.73;MQ0=0;QD=11.70;SB=-26.62;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,64:133:99:1751,0,2123 28620-ref 536 . T A 4033.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.5455;MQ=36.16;MQ0=0;QD=19.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,118:193:99:3452,0,2505 28620-ref 578 . A G 4128.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5755;MQ=36.45;MQ0=0;QD=14.96;SB=-26.62;sumGLbyD=12.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,117:258:99:3351,0,4608 28620-ref 581 . A T 4413.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=281;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5758;MQ=36.46;MQ0=0;QD=15.71;SB=-26.62;sumGLbyD=12.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,125:268:99:3605,0,4687 28674-ref 58 . C T 518.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:8.15:551,8,0 28674-ref 80 . G A 823.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.42;SB=-0.01;sumGLbyD=38.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:856,66,0 28674-ref 209 . T A 28.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=1.9974;MQ=33.16;MQ0=0;QD=1.68;SB=8.98;sumGLbyD=3.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:15:58.59:59,0,340 28731-ref 16 . T G 145.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9885;MQ=34.78;MQ0=0;QD=10.39;SB=3.00;sumGLbyD=12.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:13:99:175,0,215 28731-ref 31 . T A 605.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3503;MQ=35.84;MQ0=0;QD=13.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:38:99:636,0,526 28731-ref 63 . T A 682.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3257;MQ=35.87;MQ0=0;QD=12.64;SB=-0.01;sumGLbyD=13.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:51:99:713,0,887 28731-ref 98 . C G 69.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9930;MQ=35.72;MQ0=0;QD=2.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:23:99:100,0,585 28732-ref 105 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 28732-ref 123 . A G 83.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.76;SB=-29.17;sumGLbyD=28.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:116,12,0 28732-ref 141 . T C 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0 28732-ref 213 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 28732-ref 241 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 28732-ref 411 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 28732-ref 681 . G A 219.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:253,21,0 28732-ref 696 . C T 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.42;SB=-0.01;sumGLbyD=29.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:179,15,0 28732-ref 738 . C A 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0 28732-ref 739 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 28732-ref 877 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0 28739-ref 2 . G A 581.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:615,48,0 28739-ref 63 . T A 11174.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=636;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=18.3208;MQ=36.16;MQ0=0;QD=17.57;SB=-0.01;sumGLbyD=14.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:309,326:611:99:9333,0,9737 28739-ref 74 . G A 11756.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=644;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.5873;MQ=36.10;MQ0=0;QD=18.25;SB=6.01;sumGLbyD=15.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:318,322:635:99:9805,0,10011 28739-ref 128 . C A 1257.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.1197;MQ=35.30;MQ0=0;QD=6.02;SB=6.01;sumGLbyD=6.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,68:191:99:1288,0,3924 28739-ref 134 . A C 1381.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.2850;MQ=34.10;MQ0=0;QD=19.46;SB=-31.78;sumGLbyD=19.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,49:63:99:1412,0,331 28739-ref 140 . A C 429.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9236;MQ=32.96;MQ0=0;QD=17.91;SB=3.00;sumGLbyD=19.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:21:87.81:460,0,88 28775-ref 163 . C A 116.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:149,12,0 28775-ref 239 . T G 33.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.31;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:63.22:63,0,68 28775-ref 240 . T A 36.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.15;SB=-0.01;sumGLbyD=16.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:66.59:67,0,67 28775-ref 366 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 28818-ref 22 . A T 74.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.83;SB=-37.79;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0 28818-ref 84 . C G 86.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.34;SB=-0.01;sumGLbyD=23.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.98:117,0,25 28818-ref 118 . G T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:70,6,0 28836-ref 23 . T C 618.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8031;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.44;SB=-32.25;sumGLbyD=14.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:34:99:648,0,401 28836-ref 150 . A G 2166.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1448;MQ=35.98;MQ0=0;QD=19.69;SB=-32.25;sumGLbyD=19.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,68:105:99:2196,0,1050 28836-ref 161 . C T 2169.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.0458;MQ=35.99;MQ0=0;QD=19.54;SB=-0.01;sumGLbyD=19.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,73:106:99:2199,0,1077 28836-ref 193 . C T 1773.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4081;MQ=35.23;MQ0=0;QD=17.91;SB=-0.01;sumGLbyD=18.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,63:92:99:1803,0,971 28836-ref 220 . G T 1378.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.01;MQ0=0;QD=17.67;SB=-36.31;sumGLbyD=18.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,50:71:99:1408,0,667 28836-ref 239 . C T 1299.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.64;MQ0=0;QD=19.69;SB=-73.31;sumGLbyD=20.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,45:63:99:1330,0,530 28836-ref 271 . G C 321.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9905;MQ=33.26;MQ0=0;QD=18.94;SB=-73.31;sumGLbyD=20.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:352,0,143 28836-ref 272 . T C 67.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9905;MQ=33.26;MQ0=0;QD=3.94;SB=6.01;sumGLbyD=5.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:17:97.04:97,0,371 28836-ref 298 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 28862-ref 1 . C G 33.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=4.19;SB=-0.01;sumGLbyD=7.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:63.53:64,0,105 28862-ref 3 . T C 79.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.9023;MQ=35.38;MQ0=0;QD=3.80;SB=-23.61;sumGLbyD=5.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:19:99:110,0,459 28862-ref 57 . G A 1222.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.2020;MQ=35.91;MQ0=0;QD=6.50;SB=-69.83;sumGLbyD=6.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,56:179:99:1253,0,4028 28862-ref 65 . G T 1210.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.2360;MQ=35.42;MQ0=0;QD=6.21;SB=-306.39;sumGLbyD=6.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,57:189:99:1241,0,4409 28862-ref 73 . A T 494.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1553;MQ=35.57;MQ0=0;QD=2.64;SB=-257.15;sumGLbyD=2.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,37:180:99:525,0,4908 28862-ref 108 . T G 586.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.3464;MQ=35.59;MQ0=0;QD=3.22;SB=-103.47;sumGLbyD=3.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,36:150:99:616,0,3690 28862-ref 127 . C T 5435.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=418;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.9370;MQ=36.27;MQ0=0;QD=13.00;SB=-163.35;sumGLbyD=10.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:243,165:367:99:4287,0,6763 28862-ref 156 . A G 11801.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.7312;MQ=36.69;MQ0=0;QD=11.80;SB=3.00;sumGLbyD=8.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:675,325:954:99:8928,0,21566 28862-ref 197 . G A 2665.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=503;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.9835;MQ=36.80;MQ0=0;QD=5.30;SB=3.00;sumGLbyD=5.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:357,143:408:99:2695,0,9726 28862-ref 233 . G C 21472.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.0184;MQ=36.91;MQ0=0;QD=21.47;SB=-0.01;sumGLbyD=18.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:353,647:877:99:18830,0,8981 28862-ref 340 . A G 12239.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=973;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=82.7790;MQ=36.72;MQ0=0;QD=12.58;SB=-63.62;sumGLbyD=9.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:629,342:917:99:9449,0,19550 28862-ref 434 . T G 7683.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=822;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.0842;MQ=36.77;MQ0=0;QD=9.35;SB=-90.70;sumGLbyD=6.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:603,217:760:99:5361,0,18451 28862-ref 456 . A G 1374.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=716;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=65.5352;MQ=36.43;MQ0=0;QD=1.92;SB=-23.62;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:580,124:569:99:1405,0,15429 28862-ref 476 . G A 15875.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=600;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6743;MQ=35.55;MQ0=0;QD=26.46;SB=-33.98;sumGLbyD=23.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,453:546:99:14229,0,2387 28862-ref 491 . T C 5809.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=796;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.1920;MQ=35.21;MQ0=0;QD=7.30;SB=-23.61;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:600,194:733:99:3574,0,18495 28862-ref 510 . C A 7101.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=839;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=31.8894;MQ=35.30;MQ0=0;QD=8.46;SB=-90.24;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:610,227:796:99:4666,0,19810 28862-ref 529 . G A 7146.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=763;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.7496;MQ=35.37;MQ0=0;QD=9.37;SB=-23.61;sumGLbyD=6.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:538,223:732:99:4941,0,17717 28862-ref 539 . T A 6651.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=758;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.9483;MQ=35.47;MQ0=0;QD=8.78;SB=-26.49;sumGLbyD=5.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:548,209:733:99:4442,0,18224 28862-ref 708 . A G 6113.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=405;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.5548;MQ=36.71;MQ0=0;QD=15.09;SB=-149.21;sumGLbyD=12.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,183:354:99:5046,0,5706 28862-ref 808 . T C 19014.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=874;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.7058;MQ=36.83;MQ0=0;QD=21.76;SB=-50.23;sumGLbyD=18.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:336,537:833:99:16482,0,9468 28862-ref 854 . C T 1334.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7336;MQ=36.52;MQ0=0;QD=15.88;SB=-0.01;sumGLbyD=16.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:83:99:1364,0,1176 28891-ref 165 . A C 47.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.53;SB=-21.70;sumGLbyD=15.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:22.33:78,0,22 28922-ref 105 . A G 260.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3343;MQ=35.87;MQ0=0;QD=9.67;SB=-23.61;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:22:99:291,0,392 28987-ref 273 . T C 339.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:372,30,0 29126-ref 692 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 29175-ref 53 . C T 575.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8759;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.86;SB=-0.01;sumGLbyD=11.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:47:99:606,0,880 29175-ref 98 . C T 857.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8825;MQ=35.82;MQ0=0;QD=4.96;SB=-0.01;sumGLbyD=5.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,42:168:99:888,0,4398 29175-ref 101 . T A 886.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6650;MQ=35.89;MQ0=0;QD=5.06;SB=-0.01;sumGLbyD=5.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,44:168:99:916,0,4395 29175-ref 131 . A G 1145.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7555;MQ=36.18;MQ0=0;QD=6.62;SB=-0.01;sumGLbyD=6.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,47:168:99:1175,0,3956 29175-ref 140 . C G 1125.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7288;MQ=36.17;MQ0=0;QD=7.66;SB=-0.01;sumGLbyD=7.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,46:139:99:1156,0,3165 29175-ref 203 . T C 2268.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=10.7877;MQ=36.58;MQ0=0;QD=11.81;SB=-0.01;sumGLbyD=11.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,82:172:99:2298,0,3068 29175-ref 212 . G A 2183.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0009;MQ=36.57;MQ0=0;QD=11.62;SB=-0.01;sumGLbyD=11.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,78:176:99:2214,0,3379 29175-ref 251 . T C 2755.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.8869;MQ=36.40;MQ0=0;QD=23.35;SB=-36.31;sumGLbyD=23.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,84:115:99:2785,0,898 29331-ref 141 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 29357-ref 107 . T C 2612.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1952;MQ=36.62;MQ0=0;QD=12.21;SB=-0.01;sumGLbyD=12.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,92:206:99:2642,0,3824 29357-ref 124 . G C 2832.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4731;MQ=36.72;MQ0=0;QD=12.99;SB=-0.01;sumGLbyD=13.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,94:209:99:2862,0,3719 29357-ref 175 . A G 2074.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5440;MQ=36.54;MQ0=0;QD=11.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,82:153:99:2105,0,2464 29357-ref 188 . T C 1945.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4736;MQ=36.64;MQ0=0;QD=11.58;SB=-0.01;sumGLbyD=11.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,74:151:99:1975,0,2550 29357-ref 258 . C G 2262.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0634;MQ=36.11;MQ0=0;QD=14.14;SB=-0.01;sumGLbyD=14.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,79:152:99:2292,0,2384 29357-ref 260 . G A 2198.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4668;MQ=36.14;MQ0=0;QD=14.37;SB=-0.01;sumGLbyD=14.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,74:147:99:2228,0,2362 29357-ref 303 . G A 3599.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6092;MQ=36.40;MQ0=0;QD=35.64;SB=-0.01;sumGLbyD=35.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:96:99:3599,289,0 29357-ref 351 . A G 923.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9270;MQ=35.88;MQ0=0;QD=14.43;SB=-26.62;sumGLbyD=14.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:62:99:953,0,920 29357-ref 372 . T C 186.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=33.94;MQ0=0;QD=8.86;SB=-26.62;sumGLbyD=10.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:216,0,379 29395-ref 48 . A T 684.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.46;MQ0=0;QD=34.22;SB=-0.01;sumGLbyD=35.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.15:717,57,0 29395-ref 110 . A G 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=4.9853;MQ=32.22;MQ0=0;QD=26.67;SB=-0.01;sumGLbyD=28.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:21.48:513,21,0 29395-ref 111 . A G 513.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9853;MQ=32.22;MQ0=0;QD=28.50;SB=-0.01;sumGLbyD=30.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:24.50:546,24,0 29395-ref 119 . G C 469.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9761;MQ=32.22;MQ0=0;QD=26.11;SB=-0.01;sumGLbyD=27.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:21.49:503,21,0 29395-ref 159 . G A 1904.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9982;MQ=36.81;MQ0=0;QD=35.27;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:51:99:1938,150,0 29395-ref 322 . C A 153.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.5698;MQ=30.37;MQ0=0;QD=15.34;SB=-0.01;sumGLbyD=18.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:8:45.57:183,0,46 29395-ref 323 . C T 143.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5738;MQ=28.48;MQ0=0;QD=17.98;SB=17.87;sumGLbyD=21.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:8:8.58:174,0,9 29395-ref 325 . A C 146.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=1.9973;MQ=28.94;MQ0=0;QD=20.90;SB=17.87;sumGLbyD=25.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:8.57:176,0,9 29395-ref 328 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 29469-ref 106 . C G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 29469-ref 122 . T C 158.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.45;SB=-58.87;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:192,18,0 29469-ref 141 . G A 111.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=22.29;SB=-29.38;sumGLbyD=28.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.02:144,15,0 29469-ref 146 . C G 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=7.77;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.56:50,0,30 29469-ref 327 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 29469-ref 328 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 29584-ref 38 . T C 323.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=36.07;MQ0=0;QD=29.41;SB=-0.01;sumGLbyD=32.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.21:353,0,6 29584-ref 39 . C T 382.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=36.22;MQ0=0;QD=29.39;SB=-0.01;sumGLbyD=31.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:0.90:411,0,1 29584-ref 106 . T G 538.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6335;MQ=35.28;MQ0=0;QD=22.42;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,19:22:64.63:568,0,65 29584-ref 137 . G A 521.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9996;MQ=35.62;MQ0=0;QD=14.09;SB=-0.01;sumGLbyD=14.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:32:99:551,0,393 29584-ref 159 . T C 545.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9298;MQ=36.17;MQ0=0;QD=11.14;SB=-0.01;sumGLbyD=11.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:47:99:576,0,883 29584-ref 223 . T G 446.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.07;MQ0=0;QD=17.85;SB=-0.01;sumGLbyD=19.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:476,0,255 29584-ref 227 . A T 403.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.07;MQ0=0;QD=16.13;SB=-0.01;sumGLbyD=17.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:23:99:433,0,229 29584-ref 252 . T G 248.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.68;MQ0=0;QD=13.08;SB=-0.01;sumGLbyD=14.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:278,0,293 29584-ref 271 . T A 66.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9971;MQ=33.85;MQ0=0;QD=6.66;SB=-0.01;sumGLbyD=9.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:96.60:97,0,178 29623-ref 8 . T C 107.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9989;MQ=35.93;MQ0=0;QD=5.67;SB=-0.01;sumGLbyD=7.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:17:99:138,0,411 29623-ref 14 . C T 413.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9989;MQ=36.19;MQ0=0;QD=16.54;SB=-0.01;sumGLbyD=17.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:24:99:443,0,323 29623-ref 94 . T C 1041 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.5175;MQ=34.79;MQ0=0;QD=6.35;SB=66.19;sumGLbyD=6.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,50:153:99:1071,0,3234 29623-ref 104 . C A 845.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.4343;MQ=34.65;MQ0=0;QD=5.64;SB=63.16;sumGLbyD=5.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,44:143:99:876,0,3193 29623-ref 108 . A T 627.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.4234;MQ=34.72;MQ0=0;QD=4.45;SB=63.17;sumGLbyD=4.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,34:133:99:657,0,3210 29623-ref 115 . T C 467.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.7977;MQ=34.25;MQ0=0;QD=5.14;SB=66.16;sumGLbyD=5.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,27:88:99:498,0,1853 29623-ref 135 . C T 193.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.17;SB=-69.23;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:226,18,0 29652-ref 90 . C T 165.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9380;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.64;SB=-0.01;sumGLbyD=7.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:22:99:196,0,508 29652-ref 288 . A G 432.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4161;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.80;SB=-0.01;sumGLbyD=20.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:19:99:462,0,139 29652-ref 332 . C T 538.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.55;SB=-0.01;sumGLbyD=22.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:24:99:569,0,155 29652-ref 511 . A T 1577.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.35;SB=-0.01;sumGLbyD=18.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,52:81:99:1608,0,1002 29652-ref 553 . C G 863.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.34;SB=-0.01;sumGLbyD=24.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,26:37:99:893,0,324 29742-ref 125 . T C 20.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=6.77;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:18.65:50,0,19 29742-ref 126 . G C 20.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.61:50,0,21 29742-ref 155 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 29745-ref 19 . A C 14.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.08;SB=6.01;sumGLbyD=3.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:12:43.90:44,0,344 29745-ref 50 . C T 410.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.70;MQ0=0;QD=12.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:440,0,613 29745-ref 123 . A G 2523.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1910;MQ=36.72;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:67:99:2557,202,0 29745-ref 294 . T C 2814.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.1728;MQ=36.45;MQ0=0;QD=9.54;SB=3.00;sumGLbyD=9.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,118:251:99:2845,0,4475 29745-ref 314 . T C 5545.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=381;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4776;MQ=36.68;MQ0=0;QD=14.56;SB=-0.01;sumGLbyD=11.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:226,155:357:99:4470,0,6771 29745-ref 348 . A G 4964.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=373;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.0996;MQ=36.62;MQ0=0;QD=13.31;SB=-26.62;sumGLbyD=10.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,154:311:99:4026,0,5125 29745-ref 409 . C T 2217.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.7129;MQ=36.70;MQ0=0;QD=13.20;SB=-0.01;sumGLbyD=13.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,79:155:99:2248,0,2547 29745-ref 411 . G A 2689.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2876;MQ=36.65;MQ0=0;QD=15.46;SB=-0.01;sumGLbyD=15.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,90:164:99:2719,0,2373 29745-ref 424 . T A 6525.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.57;MQ0=0;QD=34.90;SB=-0.01;sumGLbyD=34.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:176:99:6525,530,0 29745-ref 493 . A T 4390.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9452;MQ=36.96;MQ0=0;QD=16.95;SB=-0.01;sumGLbyD=13.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,114:256:99:3619,0,4765 29745-ref 599 . A G 144.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2757;MQ=29.43;MQ0=0;QD=6.30;SB=-0.01;sumGLbyD=7.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:22:99:175,0,384 29745-ref 615 . A G 82.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8662;MQ=26.64;MQ0=0;QD=5.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:12:99:113,0,175 29745-ref 727 . G A 1120.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5909;MQ=36.63;MQ0=0;QD=8.12;SB=-93.91;sumGLbyD=8.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,43:137:99:1151,0,3113 29745-ref 764 . T A 1749.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.3530;MQ=36.60;MQ0=0;QD=11.51;SB=-0.01;sumGLbyD=11.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,61:135:99:1779,0,2384 29745-ref 829 . G C 361.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.8919;MQ=36.77;MQ0=0;QD=8.41;SB=3.00;sumGLbyD=9.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:99:392,0,965 29745-ref 838 . C G 20.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.31;SB=-0.01;sumGLbyD=5.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:50.72:51,0,215 29774-ref 15 . T C 554.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9134;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=13.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:39:99:584,0,684 29774-ref 117 . C T 713.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.5923;MQ=36.65;MQ0=0;QD=8.30;SB=-32.57;sumGLbyD=8.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:46:99:744,0,554 29774-ref 243 . T G 2841.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1113;MQ=36.46;MQ0=0;QD=16.71;SB=3.00;sumGLbyD=16.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,92:165:99:2871,0,2354 29774-ref 300 . C T 4432.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.3570;MQ=36.56;MQ0=0;QD=20.52;SB=-30.12;sumGLbyD=17.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,135:202:99:3824,0,2281 29774-ref 366 . G C 4421.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2794;MQ=36.51;MQ0=0;QD=17.69;SB=-35.57;sumGLbyD=14.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,119:245:99:3683,0,4162 29774-ref 390 . C G 1818.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9204;MQ=36.34;MQ0=0;QD=11.88;SB=-26.62;sumGLbyD=12.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,63:149:99:1848,0,2874 29774-ref 511 . G A 287.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4664;MQ=36.23;MQ0=0;QD=4.36;SB=-23.62;sumGLbyD=4.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,14:63:99:318,0,1698 29774-ref 517 . G C 269.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9980;MQ=36.05;MQ0=0;QD=4.09;SB=-23.62;sumGLbyD=4.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,15:63:99:300,0,1700 29774-ref 552 . C T 975.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1611;MQ=36.73;MQ0=0;QD=8.79;SB=-26.62;sumGLbyD=9.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,43:98:99:1005,0,2126 29774-ref 847 . A G 5722.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.0543;MQ=36.76;MQ0=0;QD=16.59;SB=-0.01;sumGLbyD=13.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,168:307:99:4797,0,4600 29774-ref 909 . T C 4640.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=288;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.5941;MQ=36.93;MQ0=0;QD=16.11;SB=-67.11;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,140:243:99:3844,0,3581 29832-ref 80 . T C 234.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8050;MQ=35.28;MQ0=0;QD=7.82;SB=-0.01;sumGLbyD=8.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:27:99:265,0,572 29832-ref 94 . A C 307.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9352;MQ=35.72;MQ0=0;QD=9.62;SB=-0.01;sumGLbyD=10.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:28:99:338,0,502 29832-ref 190 . T C 1026.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4430;MQ=36.47;MQ0=0;QD=18.01;SB=-0.01;sumGLbyD=18.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:56:99:1056,0,663 29832-ref 204 . A G 587.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=36.48;MQ0=0;QD=15.07;SB=-0.01;sumGLbyD=15.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:37:99:618,0,532 29832-ref 298 . T C 759.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=36.06;MQ0=0;QD=11.69;SB=3.00;sumGLbyD=12.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:64:99:790,0,1180 29832-ref 301 . T A 706.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9683;MQ=36.06;MQ0=0;QD=10.86;SB=3.00;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:59:99:736,0,1035 29832-ref 350 . C A 1438.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3402;MQ=36.45;MQ0=0;QD=15.63;SB=-0.01;sumGLbyD=15.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:86:99:1468,0,1237 29832-ref 361 . A G 1633.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.3231;MQ=36.50;MQ0=0;QD=16.17;SB=-0.01;sumGLbyD=16.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:93:99:1663,0,1292 29832-ref 426 . G A 1526.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.1302;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.62;SB=-0.01;sumGLbyD=12.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:108:99:1557,0,1820 29832-ref 497 . C T 1400.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8916;MQ=36.56;MQ0=0;QD=12.18;SB=3.00;sumGLbyD=12.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:109:99:1431,0,1982 29832-ref 509 . T C 1870.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4181;MQ=36.59;MQ0=0;QD=15.21;SB=-34.00;sumGLbyD=15.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:115:99:1900,0,1709 29832-ref 699 . T G 613.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=5.4467;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.95;SB=-0.01;sumGLbyD=11.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:49:99:643,0,843 29832-ref 769 . C G 13.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3618;MQ=36.06;MQ0=0;QD=0.26;SB=3.00;sumGLbyD=0.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,6:51:43.63:44,0,1524 29832-ref 814 . C T 1469.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8686;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.29;SB=3.00;sumGLbyD=17.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:81:99:1500,0,1103 29838-ref 10 . C T 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0 29838-ref 47 . G A 21.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.61;SB=-0.01;sumGLbyD=8.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:51.62:52,0,107 29838-ref 63 . C T 244.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=30.56;SB=-0.01;sumGLbyD=34.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:277,24,0 29838-ref 82 . C T 34.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:64.97:65,0,92 29838-ref 127 . T C 30.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.04;SB=-0.01;sumGLbyD=12.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:54.65:60,0,55 29847-ref 139 . A G 270.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4566;MQ=35.93;MQ0=0;QD=14.24;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:18:99:300,0,237 29921-ref 76 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 29955-ref 14 . C T 971.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.7192;MQ=36.43;MQ0=0;QD=6.79;SB=-0.01;sumGLbyD=7.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,40:119:99:1001,0,2654 29955-ref 30 . A G 1432.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0732;MQ=36.48;MQ0=0;QD=6.66;SB=-0.01;sumGLbyD=6.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,55:199:99:1462,0,4852 29955-ref 58 . G C 1360.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=27.5439;MQ=35.62;MQ0=0;QD=5.36;SB=-0.01;sumGLbyD=5.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,67:208:99:1390,0,4727 29955-ref 85 . C T 714.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=266;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.0137;MQ=35.26;MQ0=0;QD=2.68;SB=-0.01;sumGLbyD=2.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,44:226:99:744,0,5982 29955-ref 98 . C A 106.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.8487;MQ=35.60;MQ0=0;QD=0.31;SB=-0.01;sumGLbyD=0.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:312,33:271:99:137,0,7939 29955-ref 111 . C G 5151.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=315;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=140.6929;MQ=36.06;MQ0=0;QD=16.35;SB=-0.01;sumGLbyD=13.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,156:276:99:4300,0,4121 29955-ref 112 . T C 1173.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=312;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=143.0118;MQ=36.15;MQ0=0;QD=3.76;SB=-0.01;sumGLbyD=3.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,57:273:99:1203,0,7024 29955-ref 117 . C G 871.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=141.0152;MQ=36.17;MQ0=0;QD=2.96;SB=3.00;sumGLbyD=3.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:232,48:281:99:902,0,7374 29955-ref 177 . A C 1302.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.2718;MQ=36.53;MQ0=0;QD=6.08;SB=-30.29;sumGLbyD=6.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,58:191:99:1332,0,4628 29955-ref 249 . G A 1266.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.3583;MQ=36.10;MQ0=0;QD=12.42;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:97:99:1297,0,1715 29955-ref 260 . T C 20.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=9.9039;MQ=36.23;MQ0=0;QD=0.32;SB=-0.01;sumGLbyD=0.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,6:62:50.77:51,0,1757 29955-ref 282 . G A 12.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6573;MQ=36.53;MQ0=0;QD=0.29;SB=-0.01;sumGLbyD=0.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,4:41:42:42,0,1169 29955-ref 293 . A T 1135.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.69;SB=-0.01;sumGLbyD=28.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,35:40:52.86:1165,0,53 29955-ref 338 . C A 338.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9230;MQ=36.44;MQ0=0;QD=18.79;SB=-0.01;sumGLbyD=20.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:16:99:368,0,126 29955-ref 354 . C A 298.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7849;MQ=34.82;MQ0=0;QD=15.71;SB=-26.62;sumGLbyD=17.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:16:99:328,0,144 29955-ref 409 . C T 34.75 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.38;SB=-0.01;sumGLbyD=33.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0 29987-ref 15 . C T 38.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=7.76;SB=-0.01;sumGLbyD=13.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:3:30.29:69,0,30 29987-ref 28 . C T 28.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.72;SB=-0.01;sumGLbyD=9.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:58.32:58,0,129 29987-ref 174 . C T 92.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=13.28;SB=-0.01;sumGLbyD=17.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:6:59.75:123,0,60 29987-ref 221 . T G 156.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.72;MQ0=0;QD=19.54;SB=-0.01;sumGLbyD=23.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:55.95:186,0,56 29987-ref 226 . T A 95.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.53;MQ0=0;QD=13.71;SB=-0.01;sumGLbyD=17.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:6:61.96:126,0,62 29987-ref 305 . A T 101.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.96;SB=-0.01;sumGLbyD=21.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:60.53:132,0,61 29987-ref 347 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 29987-ref 366 . A G 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=16.80;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.02:99,9,0 29987-ref 385 . A C 215.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.75;SB=-0.01;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:248,21,0 29987-ref 404 . A T 212.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=15.15;SB=-0.01;sumGLbyD=17.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:13:99:242,0,158 29987-ref 434 . A C 333.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=15.86;SB=-0.01;sumGLbyD=17.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:363,0,277 29987-ref 464 . T A 288.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.52;MQ0=0;QD=13.75;SB=-0.01;sumGLbyD=15.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:18:99:319,0,228 29987-ref 505 . A C 61.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.9976;MQ=35.53;MQ0=0;QD=8.80;SB=-0.01;sumGLbyD=13.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:6:91.58:92,0,101 29987-ref 509 . T C 58.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.9976;MQ=35.53;MQ0=0;QD=8.37;SB=-0.01;sumGLbyD=12.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:88.57:89,0,136 30063-ref 383 . G T 47.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9986;MQ=33.85;MQ0=0;QD=4.79;SB=-0.01;sumGLbyD=7.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:8:77.91:78,0,117 30072-ref 85 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 30083-ref 56 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 30083-ref 208 . C A 248.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4689;MQ=34.39;MQ0=0;QD=20.70;SB=-0.01;sumGLbyD=23.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:11:36.56:278,0,37 30083-ref 231 . G A 397.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.09;SB=-0.01;sumGLbyD=35.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:430,36,0 30083-ref 264 . T C 325.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=25.03;SB=-0.01;sumGLbyD=27.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:40.22:355,0,40 30083-ref 306 . C G 332.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:366,30,0 30083-ref 307 . C T 283.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.35;SB=-0.01;sumGLbyD=31.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.06:316,27,0 30083-ref 499 . T A 429.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=36.07;MQ0=0;QD=19.52;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:21:99:459,0,168 30083-ref 516 . T A 444.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1677;MQ=36.03;MQ0=0;QD=21.17;SB=-0.01;sumGLbyD=22.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:19:96.44:475,0,96 30118-ref 9 . A G 22.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.09;SB=-0.01;sumGLbyD=4.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:9:52.95:53,0,218 30118-ref 10 . C T 13.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.89;SB=-0.01;sumGLbyD=2.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,2:12:43.21:43,0,334 30118-ref 177 . G A 1057.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2579;MQ=36.26;MQ0=0;QD=15.33;SB=-0.01;sumGLbyD=15.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:68:99:1088,0,907 30118-ref 220 . T A 19.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5105;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.93;SB=3.00;sumGLbyD=4.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.24:49,0,265 30129-ref 43 . T A 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=34.93;MQ0=0;QD=23.43;SB=-0.01;sumGLbyD=29.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.04:150,12,0 30129-ref 113 . A G 709.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=35.47;SB=-40.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.16:742,60,0 30129-ref 142 . A C 1177.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.70;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1211,99,0 30129-ref 156 . A G 1038.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.72;MQ0=0;QD=28.84;SB=39.31;sumGLbyD=29.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:31:53.97:1071,54,0 30129-ref 275 . T C 1258.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.35;SB=-0.01;sumGLbyD=28.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,39:45:99:1288,0,122 30129-ref 309 . A G 31.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.27;SB=-0.01;sumGLbyD=4.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:13:61.75:62,0,281 30129-ref 332 . T G 67.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.49;SB=-0.01;sumGLbyD=33.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:100,9,0 30176-ref 15 . A C 46.12 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4074;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.81;SB=-0.01;sumGLbyD=1.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,6:54:76.12:76,0,1668 30179-ref 70 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 30179-ref 71 . T G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 30179-ref 203 . A C 26.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.36;SB=13.79;sumGLbyD=11.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:56.77:57,0,103 30179-ref 256 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9233;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 30179-ref 259 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9233;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 30179-ref 274 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9952;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0 30179-ref 309 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:70,6,0 30179-ref 324 . C T 74.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.86;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0 30179-ref 342 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 30179-ref 394 . A C 111.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.97;SB=-0.01;sumGLbyD=36.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:144,12,0 30179-ref 407 . C T 73.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.57;SB=-0.01;sumGLbyD=35.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:106,9,0 30179-ref 597 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 30179-ref 606 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 30179-ref 635 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 30179-ref 741 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0 30179-ref 743 . A T 113.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:146,12,0 30179-ref 829 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 30179-ref 830 . T A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 30184-ref 56 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 30184-ref 86 . G A 145.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.02;SB=-67.50;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:178,15,0 30184-ref 90 . C T 143.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.70;SB=-65.90;sumGLbyD=35.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:176,15,0 30203-ref 16 . A C 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 30203-ref 115 . C G 516.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.32;MQ0=0;QD=11.22;SB=-0.01;sumGLbyD=11.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:45:99:546,0,736 30203-ref 118 . C T 506.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.05;MQ0=0;QD=11.79;SB=-0.01;sumGLbyD=12.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:42:99:537,0,647 30203-ref 136 . C T 445.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7268;MQ=33.08;MQ0=0;QD=9.68;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:42:99:475,0,677 30203-ref 140 . C G 553.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2420;MQ=33.41;MQ0=0;QD=11.07;SB=-0.01;sumGLbyD=11.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:46:99:583,0,716 30203-ref 222 . C A 1274.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.5665;MQ=36.79;MQ0=0;QD=13.42;SB=-0.01;sumGLbyD=13.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:89:99:1305,0,1531 30203-ref 233 . T C 593.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2625;MQ=36.75;MQ0=0;QD=7.24;SB=-0.01;sumGLbyD=7.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,23:77:99:623,0,1813 30203-ref 234 . T C 556.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2632;MQ=36.75;MQ0=0;QD=6.95;SB=-0.01;sumGLbyD=7.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,22:77:99:586,0,1756 30203-ref 387 . C T 2335.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.8918;MQ=36.73;MQ0=0;QD=15.89;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,80:138:99:2366,0,1978 30205-ref 58 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 30205-ref 65 . G A 55.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.96;SB=-0.01;sumGLbyD=22.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:88,9,0 30205-ref 100 . T C 247.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=24.73;SB=-0.01;sumGLbyD=28.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.06:280,27,0 30205-ref 107 . A G 156.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.54;MQ0=0;QD=13.02;SB=-0.01;sumGLbyD=15.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:9:43.43:186,0,43 30205-ref 139 . G A 265.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.55;MQ0=0;QD=15.61;SB=-0.01;sumGLbyD=17.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:16:99:295,0,170 30205-ref 145 . A C 578.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=32.13;SB=-0.01;sumGLbyD=33.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.14:611,51,0 30205-ref 169 . A G 255.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.53;MQ0=0;QD=12.17;SB=-0.01;sumGLbyD=13.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:20:99:285,0,315 30205-ref 288 . G C 519.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=24.72;SB=-0.01;sumGLbyD=26.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,16:21:99:549,0,110 30205-ref 345 . A C 13.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.7994;MQ=36.22;MQ0=0;QD=1.04;SB=-0.01;sumGLbyD=3.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:10:43.34:43,0,278 30205-ref 350 . T C 762.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.3302;MQ=35.21;MQ0=0;QD=33.16;SB=-0.01;sumGLbyD=34.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.18:796,66,0 30205-ref 369 . G A 785.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.19:818,66,0 30205-ref 400 . T C 33.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.63;MQ0=0;QD=2.20;SB=-23.61;sumGLbyD=4.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:14:63.05:63,0,382 30211-ref 158 . T G 267.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.77;SB=-0.01;sumGLbyD=33.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:301,24,0 30211-ref 248 . G A 148.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.53;MQ0=0;QD=21.15;SB=-0.01;sumGLbyD=25.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:181,15,0 30211-ref 259 . G T 54.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.07;MQ0=0;QD=4.98;SB=-0.01;sumGLbyD=7.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:84.72:85,0,251 30211-ref 314 . G T 371.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.62;SB=-0.01;sumGLbyD=22.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:17:99:401,0,101 30211-ref 366 . T C 174.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.49;MQ0=0;QD=8.75;SB=-0.01;sumGLbyD=10.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:205,0,429 30211-ref 367 . G T 175.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.49;MQ0=0;QD=8.80;SB=-0.01;sumGLbyD=10.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:206,0,442 30211-ref 454 . G T 90.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=13.00;SB=-0.01;sumGLbyD=17.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:91.44:121,0,91 30211-ref 461 . G A 23.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=4.64;SB=-0.01;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:53.16:53,0,81 30211-ref 517 . C T 82.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9943;MQ=29.55;MQ0=0;QD=13.75;SB=-26.66;sumGLbyD=18.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:5:14.59:112,0,15 30211-ref 521 . A G 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9985;MQ=29.55;MQ0=0;QD=7.31;SB=-26.62;sumGLbyD=12.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:6:51.57:74,0,52 30211-ref 536 . G A 314.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.95;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:348,27,0 30211-ref 645 . G C 226.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=14.16;SB=-0.01;sumGLbyD=16.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:257,0,246 30211-ref 682 . C A 40.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=3.71;SB=3.00;sumGLbyD=6.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:10:70.76:71,0,238 30211-ref 704 . T A 352.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.28;MQ0=0;QD=29.34;SB=-40.01;sumGLbyD=32.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.09:385,33,0 30231-ref 74 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 30244-ref 13 . C G 164.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.37;SB=-29.50;sumGLbyD=32.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:197,18,0 30244-ref 16 . A G 412.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.84;MQ0=0;QD=29.43;SB=-29.63;sumGLbyD=31.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.08:445,42,0 30244-ref 34 . G T 114.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=22.88;SB=-0.01;sumGLbyD=29.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:147,15,0 30244-ref 112 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 30244-ref 113 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 30249-ref 84 . G C 5276.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=290;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.5371;MQ=36.65;MQ0=0;QD=18.20;SB=-26.62;sumGLbyD=15.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,142:283:99:4424,0,4510 30249-ref 120 . G C 1485 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=41.1129;MQ=36.25;MQ0=0;QD=13.75;SB=-26.62;sumGLbyD=14.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:107:99:1515,0,1669 30249-ref 142 . T C 37.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9995;MQ=34.93;MQ0=0;QD=7.46;SB=-0.01;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:5:57.59:67,0,58 30262-ref 50 . T A 497.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.82;MQ0=0;QD=19.12;SB=-0.01;sumGLbyD=20.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:24:99:527,0,183 30262-ref 81 . G C 541.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4688;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.92;SB=-0.01;sumGLbyD=17.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:29:99:571,0,309 30262-ref 106 . A G 679.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=34.33;MQ0=0;QD=15.81;SB=-0.01;sumGLbyD=16.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:710,0,605 30262-ref 113 . A T 939.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9156;MQ=33.81;MQ0=0;QD=16.78;SB=-0.01;sumGLbyD=17.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:55:99:970,0,661 30262-ref 129 . T A 2752.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.2623;MQ=35.73;MQ0=0;QD=21.34;SB=-0.01;sumGLbyD=21.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,89:122:99:2782,0,1006 30262-ref 186 . C T 2982.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=21.77;SB=-0.01;sumGLbyD=21.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,98:131:99:3013,0,948 30262-ref 209 . C T 870.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0280;MQ=34.44;MQ0=0;QD=6.13;SB=-0.01;sumGLbyD=6.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,39:134:99:900,0,3061 30262-ref 219 . C T 2619.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.8622;MQ=34.06;MQ0=0;QD=19.84;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,91:129:99:2649,0,1159 30262-ref 246 . C T 2170.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4191;MQ=32.51;MQ0=0;QD=16.83;SB=-21.70;sumGLbyD=17.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,81:127:99:2201,0,1430 30262-ref 273 . C T 930.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7825;MQ=32.16;MQ0=0;QD=12.93;SB=-22.69;sumGLbyD=13.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:69:99:961,0,950 30262-ref 274 . A G 892.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ=32.36;MQ0=0;QD=12.74;SB=-30.43;sumGLbyD=13.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:69:99:922,0,988 30262-ref 295 . A G 189.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.18;MQ0=0;QD=5.12;SB=3.00;sumGLbyD=5.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:28:99:219,0,588 30262-ref 483 . C A 300.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=31.94;MQ0=0;QD=9.40;SB=-0.01;sumGLbyD=10.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:31:99:331,0,525 30262-ref 486 . T G 332.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=32.11;MQ0=0;QD=10.06;SB=-0.01;sumGLbyD=10.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:362,0,531 30262-ref 489 . A C 325.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=32.11;MQ0=0;QD=9.85;SB=-0.01;sumGLbyD=10.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:355,0,529 30262-ref 500 . G C 925.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.84;SB=-0.01;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.18:958,87,0 30262-ref 522 . C T 754.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.64;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:22:63.19:787,63,0 30262-ref 621 . A C 514.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3506;MQ=27.27;MQ0=0;QD=5.66;SB=-0.01;sumGLbyD=5.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,27:85:99:545,0,1476 30262-ref 639 . C G 2343.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=26.65;MQ0=0;QD=26.63;SB=-168.32;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:82:99:2376,246,0 30262-ref 799 . A T 11.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=23.00;MQ0=0;QD=0.59;SB=-0.01;sumGLbyD=2.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:14:40.95:41,0,262 30262-ref 853 . C T 923.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9323;MQ=23.61;MQ0=0;QD=7.82;SB=-0.01;sumGLbyD=8.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,46:116:99:953,0,1565 30262-ref 905 . T C 110.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.62;SB=-62.41;sumGLbyD=35.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:143,12,0 30262-ref 928 . G A 471.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4526;MQ=25.20;MQ0=0;QD=16.85;SB=-69.43;sumGLbyD=17.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,22:25:63.25:502,0,63 30262-ref 972 . T C 240.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8660;MQ=23.87;MQ0=0;QD=5.86;SB=-0.01;sumGLbyD=6.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:39:99:270,0,595 30395-ref 28 . C A 48.46 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=1.47;SB=-0.01;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,6:33:78.46:78,0,928 30395-ref 31 . C T 85.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.37;SB=-0.01;sumGLbyD=3.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:34:99:115,0,936 30395-ref 54 . T C 342.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.84;MQ0=0;QD=7.78;SB=-0.01;sumGLbyD=8.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:42:99:372,0,910 30395-ref 76 . G A 568.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4270;MQ=36.23;MQ0=0;QD=8.61;SB=-0.01;sumGLbyD=9.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:62:99:598,0,1264 30395-ref 154 . T C 966.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4119;MQ=36.56;MQ0=0;QD=10.50;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,34:92:99:996,0,1850 30499-ref 124 . G T 670.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.2659;MQ=36.65;MQ0=0;QD=11.76;SB=-0.01;sumGLbyD=12.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:54:99:700,0,896 30521-ref 26 . T C 139.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8874;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.94;SB=-0.01;sumGLbyD=16.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:8:91.19:169,0,91 30521-ref 55 . C A 348.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0827;MQ=36.09;MQ0=0;QD=6.23;SB=-0.01;sumGLbyD=6.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:48:99:379,0,1111 30521-ref 82 . C A 35.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7832;MQ=35.66;MQ0=0;QD=1.55;SB=-0.01;sumGLbyD=2.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:21:65.56:66,0,568 30521-ref 160 . T C 1645.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7013;MQ=33.04;MQ0=0;QD=27.90;SB=-29.63;sumGLbyD=28.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:50:99:1679,150,0 30521-ref 166 . G A 574.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1510;MQ=33.48;MQ0=0;QD=7.97;SB=-26.62;sumGLbyD=8.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:61:99:604,0,1025 30521-ref 178 . C G 980.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2841;MQ=34.27;MQ0=0;QD=11.14;SB=-0.01;sumGLbyD=11.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:78:99:1010,0,1207 30521-ref 207 . T C 2093.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3172;MQ=35.68;MQ0=0;QD=14.95;SB=-26.62;sumGLbyD=15.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,79:126:99:2123,0,1675 30521-ref 333 . G T 532.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.3633;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.78;SB=-0.01;sumGLbyD=15.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:34:99:562,0,535 30521-ref 431 . T G 910.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=36.57;MQ0=0;QD=19.37;SB=-0.01;sumGLbyD=20.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:940,0,516 30521-ref 447 . G A 1628.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4669;MQ=35.94;MQ0=0;QD=33.92;SB=29.62;sumGLbyD=34.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1661,112,0 30521-ref 485 . C T 2880.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2843;MQ=36.31;MQ0=0;QD=32.74;SB=-0.01;sumGLbyD=33.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:76:99:2914,229,0 30521-ref 735 . C T 379.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.2032;MQ=36.35;MQ0=0;QD=8.08;SB=-0.01;sumGLbyD=8.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:42:99:410,0,863 30521-ref 737 . G A 1493.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2032;MQ=36.35;MQ0=0;QD=31.77;SB=-0.01;sumGLbyD=32.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:42:99:1526,126,0 30521-ref 750 . C T 525.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.27;MQ0=0;QD=12.51;SB=-0.01;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:40:99:555,0,629 30521-ref 860 . 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T C 1389.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1319;MQ=36.82;MQ0=0;QD=12.75;SB=-0.01;sumGLbyD=13.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:108:99:1420,0,2064 30521-ref 1147 . A G 2681.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2567;MQ=36.85;MQ0=0;QD=19.71;SB=-22.69;sumGLbyD=19.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,83:132:99:2711,0,1368 30521-ref 1192 . C T 2760.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.0206;MQ=36.75;MQ0=0;QD=17.15;SB=-0.01;sumGLbyD=17.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,93:144:99:2791,0,1644 30521-ref 1260 . C T 4104.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.5683;MQ=36.27;MQ0=0;QD=19.54;SB=-26.62;sumGLbyD=16.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,114:198:99:3508,0,2673 30521-ref 1265 . G T 3154.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.4861;MQ=36.24;MQ0=0;QD=15.62;SB=-26.62;sumGLbyD=15.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,109:183:99:3185,0,2490 30522-ref 2 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0 30522-ref 82 . T A 2029.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7046;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.40;SB=-0.01;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:73.57:2063,74,0 30522-ref 221 . A C 2113.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6646;MQ=36.57;MQ0=0;QD=30.19;SB=-0.01;sumGLbyD=30.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:63:81.38:2146,81,0 30551-ref 163 . C T 40.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0 30551-ref 234 . T C 11.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.46;MQ0=0;QD=0.56;SB=-11.13;sumGLbyD=2.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:16:40.74:41,0,437 30551-ref 237 . C T 13.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.28;MQ0=0;QD=0.77;SB=-14.12;sumGLbyD=2.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:15:43.74:44,0,415 30551-ref 260 . A C 327.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.29;SB=-0.01;sumGLbyD=21.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,14:14:52.49:358,0,52 30551-ref 263 . T G 421.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.82;SB=-0.01;sumGLbyD=26.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,14:16:69.74:452,0,70 30551-ref 268 . T C 12.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9988;MQ=36.03;MQ0=0;QD=0.59;SB=-0.01;sumGLbyD=2.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,3:19:42.08:42,0,559 30551-ref 276 . C T 91.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.75;MQ0=0;QD=4.00;SB=-0.01;sumGLbyD=5.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:22:99:122,0,563 30551-ref 311 . G A 711.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8521;MQ=29.60;MQ0=0;QD=16.16;SB=-87.21;sumGLbyD=16.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,34:37:99:741,0,222 30551-ref 320 . A G 871.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4669;MQ=30.51;MQ0=0;QD=15.57;SB=-161.06;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:55:99:902,0,589 30551-ref 338 . T A 1292.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ=30.85;MQ0=0;QD=19.58;SB=-246.93;sumGLbyD=20.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,48:66:99:1322,0,474 30551-ref 356 . G A 1355.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=32.52;MQ0=0;QD=31.52;SB=-36.99;sumGLbyD=32.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:41:99:1388,123,0 30551-ref 380 . A G 44.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9966;MQ=32.41;MQ0=0;QD=6.40;SB=-0.01;sumGLbyD=10.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:5:54.60:75,0,55 30551-ref 383 . C A 71.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:104,9,0 30551-ref 455 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 30591-ref 58 . G A 27.04 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:58,6,0 30591-ref 79 . T C 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 30591-ref 217 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 30620-ref 8 . G C 315.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3654;MQ=34.84;MQ0=0;QD=13.16;SB=7.70;sumGLbyD=14.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,20:15:71.33:346,0,71 30620-ref 46 . T C 1169.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7767;MQ=36.29;MQ0=0;QD=13.60;SB=-26.62;sumGLbyD=13.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:71:99:1200,0,911 30620-ref 60 . A T 1765.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2072;MQ=36.20;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=15.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:104:99:1795,0,1313 30620-ref 90 . T A 1578.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9993;MQ=36.65;MQ0=0;QD=18.35;SB=3.00;sumGLbyD=18.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1608,0,1148 30620-ref 117 . G A 519.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9466;MQ=36.01;MQ0=0;QD=16.74;SB=-0.01;sumGLbyD=17.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:549,0,446 30620-ref 118 . A G 524.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9466;MQ=36.01;MQ0=0;QD=16.93;SB=-0.01;sumGLbyD=17.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:555,0,425 30620-ref 129 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 30739-ref 99 . T C 333.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.65;SB=-0.01;sumGLbyD=28.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:11:33.07:366,33,0 30739-ref 183 . G T 21.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.02;SB=-0.01;sumGLbyD=7.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:51.11:51,0,143 30745-ref 23 . T C 310.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4689;MQ=34.93;MQ0=0;QD=20.73;SB=-0.01;sumGLbyD=22.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:13:79.47:341,0,79 30745-ref 68 . A T 1855.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.8814;MQ=34.10;MQ0=0;QD=28.54;SB=-0.01;sumGLbyD=29.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,58:65:59.52:1885,0,60 30745-ref 75 . A G 2038.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8844;MQ=33.98;MQ0=0;QD=30.88;SB=-0.01;sumGLbyD=31.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:62:99:2071,177,0 30745-ref 89 . C T 2054.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9216;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.09;SB=-29.63;sumGLbyD=32.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:59:99:2087,177,0 30745-ref 144 . T C 1881.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1678;MQ=35.42;MQ0=0;QD=18.10;SB=-0.01;sumGLbyD=18.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,69:91:99:1912,0,872 30745-ref 179 . A G 1545.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9969;MQ=33.15;MQ0=0;QD=16.98;SB=-0.01;sumGLbyD=17.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:84:99:1575,0,702 30745-ref 191 . 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C A 150.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=15.07;SB=-0.01;sumGLbyD=18.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:181,0,124 30752-ref 12 . T G 648.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=35.77;MQ0=0;QD=25.95;SB=-0.01;sumGLbyD=27.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:18:54.16:682,54,0 30752-ref 162 . G A 1120.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7270;MQ=36.84;MQ0=0;QD=17.50;SB=-0.01;sumGLbyD=17.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,43:59:99:1150,0,540 30752-ref 189 . G A 1890.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.67;MQ0=0;QD=35.01;SB=-33.44;sumGLbyD=35.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:52:99:1923,156,0 30752-ref 221 . A T 55.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.67;MQ0=0;QD=1.02;SB=3.00;sumGLbyD=1.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,8:52:85.25:85,0,1528 30752-ref 279 . G T 102.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.52;SB=-0.01;sumGLbyD=33.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:135,12,0 30871-ref 173 . G C 39.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4658;MQ=36.65;MQ0=0;QD=1.36;SB=-2.48;sumGLbyD=2.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,4:24:69.42:69,0,687 30871-ref 176 . G C 111.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4656;MQ=36.64;MQ0=0;QD=3.99;SB=-58.87;sumGLbyD=5.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:24:99:142,0,613 30871-ref 183 . A C 80.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=16.0475;MQ=36.72;MQ0=0;QD=2.22;SB=1.88;sumGLbyD=3.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,7:33:99:110,0,849 30871-ref 212 . A C 17.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.25;MQ0=0;QD=0.58;SB=19.50;sumGLbyD=1.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,4:30:47.78:48,0,847 30871-ref 216 . C G 16.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4681;MQ=36.02;MQ0=0;QD=0.69;SB=-16.27;sumGLbyD=1.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:21:46.55:47,0,585 30891-ref 86 . T C 197.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.89;SB=-39.19;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:230,18,0 30891-ref 91 . A C 156.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0 30891-ref 151 . G T 313.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.07;MQ0=0;QD=28.51;SB=-0.01;sumGLbyD=31.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.08:347,27,0 30891-ref 185 . T C 223.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9381;MQ=34.39;MQ0=0;QD=18.62;SB=-0.01;sumGLbyD=21.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:10:9.95:253,0,10 30891-ref 233 . C T 277.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.81;SB=-0.01;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:310,27,0 30891-ref 240 . G A 367.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=30.64;SB=-0.01;sumGLbyD=33.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.10:401,33,0 30891-ref 276 . G C 464.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=33.21;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:498,42,0 30891-ref 350 . A C 358.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=29.84;SB=28.01;sumGLbyD=32.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:6.49:389,6,0 30891-ref 617 . A T 630 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9389;MQ=36.82;MQ0=0;QD=9.84;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:60:99:660,0,1236 30891-ref 722 . T G 467.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=10.4297;MQ=36.57;MQ0=0;QD=9.95;SB=-0.01;sumGLbyD=10.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:44:99:498,0,847 30891-ref 728 . C T 281.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.3682;MQ=36.20;MQ0=0;QD=7.40;SB=-0.01;sumGLbyD=8.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:35:99:311,0,759 30891-ref 736 . T C 182.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8617;MQ=36.42;MQ0=0;QD=5.22;SB=-0.01;sumGLbyD=6.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,8:31:99:213,0,786 30891-ref 792 . C T 1215.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.45;MQ0=0;QD=32.85;SB=29.62;sumGLbyD=33.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:36:78.68:1249,79,0 30891-ref 807 . A G 368.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3017;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.46;SB=-0.01;sumGLbyD=10.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:34:99:399,0,649 30891-ref 851 . A C 271.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3054;MQ=36.61;MQ0=0;QD=5.23;SB=-33.98;sumGLbyD=5.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:48:99:302,0,1194 30891-ref 915 . T C 441.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3449;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,17:50:99:471,0,1086 30891-ref 938 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1341;MQ=36.84;MQ0=0;QD=8.92;SB=-37.00;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,21:61:99:592,0,1343 30891-ref 1009 . A G 315.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.52;SB=-0.01;sumGLbyD=9.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:35:99:345,0,701 30891-ref 1028 . A G 275.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.67;MQ0=0;QD=8.89;SB=-0.01;sumGLbyD=9.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:30:99:305,0,644 30891-ref 1201 . C G 211.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:245,21,0 30891-ref 1224 . C G 141.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.85;MQ0=0;QD=14.11;SB=-60.90;sumGLbyD=17.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:171,0,116 30891-ref 1354 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 31010-ref 29 . C T 73.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9939;MQ=29.55;MQ0=0;QD=4.87;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:103,0,296 31010-ref 42 . T C 72.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.84;MQ0=0;QD=4.01;SB=-0.01;sumGLbyD=5.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:102,0,355 31010-ref 54 . A G 515.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9972;MQ=28.11;MQ0=0;QD=28.65;SB=-0.01;sumGLbyD=30.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.10:549,54,0 31010-ref 61 . C T 96.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9972;MQ=28.11;MQ0=0;QD=5.37;SB=-0.01;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:17:99:127,0,285 31010-ref 63 . T C 366.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9972;MQ=27.50;MQ0=0;QD=21.58;SB=-0.01;sumGLbyD=23.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:17:20.45:397,0,20 31010-ref 70 . C T 48.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3833;MQ=28.32;MQ0=0;QD=2.30;SB=-0.01;sumGLbyD=3.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:19:78.20:78,0,405 31010-ref 85 . C A 29.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8315;MQ=28.65;MQ0=0;QD=1.55;SB=-0.01;sumGLbyD=3.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,4:19:59.46:59,0,403 31010-ref 191 . G A 131.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.40;SB=-0.01;sumGLbyD=20.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:70.57:161,0,71 31010-ref 215 . G A 49.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=4.50;SB=-0.01;sumGLbyD=7.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:10:79.54:80,0,242 31010-ref 290 . G A 652.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9425;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.63;SB=-0.01;sumGLbyD=18.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:36:99:682,0,476 31010-ref 336 . T A 758.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.13;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:792,63,0 31130-ref 175 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 31130-ref 176 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 31165-ref 155 . C T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 31165-ref 232 . T A 122.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0 31165-ref 253 . T C 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0 31248-ref 17 . C T 290.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3654;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.35;SB=-37.00;sumGLbyD=21.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:12:82.47:320,0,82 31248-ref 91 . T G 7147.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.0647;MQ=36.02;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,207:192:99:7147,578,0 31248-ref 97 . T G 72.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.0031;MQ=35.89;MQ0=0;QD=0.46;SB=-0.01;sumGLbyD=0.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,48:107:99:102,0,2930 31248-ref 171 . T A 4538.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.8292;MQ=36.96;MQ0=0;QD=19.07;SB=-0.01;sumGLbyD=15.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,123:229:99:3789,0,3295 31248-ref 299 . T A 1268.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7219;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:34:99:1302,102,0 31257-ref 32 . G A 369.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=33.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:402,33,0 31257-ref 133 . A T 807.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.20:840,69,0 31257-ref 163 . T C 1639.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=32.41;MQ0=0;QD=33.46;SB=-29.63;sumGLbyD=34.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1673,144,0 31257-ref 188 . C T 2016.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.35;MQ0=0;QD=33.60;SB=-59.25;sumGLbyD=34.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:59:99:2049,177,0 31257-ref 207 . A G 878.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.1343;MQ=29.28;MQ0=0;QD=27.44;SB=-59.25;sumGLbyD=28.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:30:90.14:911,90,0 31257-ref 225 . G A 328.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.23;MQ0=0;QD=25.30;SB=-0.01;sumGLbyD=27.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.05:362,36,0 31257-ref 244 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 31257-ref 310 . C T 969.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=35.92;SB=-40.01;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.24:1003,81,0 31257-ref 347 . C A 1626.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1659,129,0 31405-ref 1 . T G 165.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.74;SB=-0.01;sumGLbyD=24.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:8:15.05:199,15,0 31405-ref 2 . T G 1254.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.76;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=27.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,40:43:99:1284,0,139 31405-ref 149 . T C 5245.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=377;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.2469;MQ=36.76;MQ0=0;QD=13.91;SB=-135.89;sumGLbyD=11.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:232,145:361:99:4157,0,7010 31405-ref 195 . G A 142.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3428;MQ=36.09;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=3.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,10:51:99:173,0,1371 31405-ref 196 . T G 69.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3428;MQ=36.09;MQ0=0;QD=1.24;SB=-0.01;sumGLbyD=1.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,10:47:99:99,0,1260 31405-ref 197 . G A 10.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3426;MQ=36.04;MQ0=0;QD=0.19;SB=-0.01;sumGLbyD=0.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,6:48:39.83:40,0,1410 31405-ref 256 . C G 188.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4083;MQ=36.45;MQ0=0;QD=5.08;SB=3.00;sumGLbyD=5.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:37:99:218,0,962 31405-ref 301 . G T 248.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.42;MQ0=0;QD=4.52;SB=-26.62;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,13:49:99:279,0,1222 31405-ref 330 . T A 970.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3216;MQ=36.27;MQ0=0;QD=10.00;SB=6.00;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,37:95:99:1000,0,1912 31558-ref 107 . A G 248.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9231;MQ=28.35;MQ0=0;QD=7.30;SB=-0.01;sumGLbyD=8.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:278,0,549 31558-ref 129 . C T 324.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7885;MQ=34.66;MQ0=0;QD=10.81;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:28:99:354,0,465 31558-ref 153 . G T 504.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4638;MQ=36.41;MQ0=0;QD=9.00;SB=-0.01;sumGLbyD=9.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:52:99:534,0,1111 31558-ref 512 . G T 216.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.02;HRun=2;HaplotypeScore=7.6673;MQ=35.30;MQ0=0;QD=5.29;SB=-0.01;sumGLbyD=6.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:32:99:247,0,703 31558-ref 553 . C T 875.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.0078;MQ=36.23;MQ0=0;QD=6.08;SB=6.01;sumGLbyD=6.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,38:136:99:905,0,3313 31558-ref 784 . T C 705.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9268;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.39;SB=-0.01;sumGLbyD=15.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:48:99:735,0,806 31624-ref 5 . C T 136.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4625;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.76;SB=-0.01;sumGLbyD=11.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:9:99:167,0,124 31624-ref 132 . G A 2194.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8676;MQ=33.83;MQ0=0;QD=17.42;SB=-49.33;sumGLbyD=17.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,79:121:99:2225,0,1268 31624-ref 138 . G T 1974.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3348;MQ=33.65;MQ0=0;QD=15.67;SB=-24.67;sumGLbyD=15.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,80:111:99:2004,0,1057 31624-ref 187 . C T 1440.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=9.5743;MQ=35.63;MQ0=0;QD=12.86;SB=-24.67;sumGLbyD=13.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:102:99:1471,0,1664 31624-ref 237 . C G 1840.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.2541;MQ=36.76;MQ0=0;QD=10.96;SB=-0.01;sumGLbyD=11.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,72:141:99:1870,0,2366 31624-ref 299 . T C 2556.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.7207;MQ=36.83;MQ0=0;QD=14.69;SB=3.00;sumGLbyD=14.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,91:153:99:2586,0,2291 31624-ref 332 . G A 2895.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9719;MQ=36.66;MQ0=0;QD=19.43;SB=-0.01;sumGLbyD=19.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,99:140:99:2926,0,1363 31624-ref 387 . 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C T 65.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.75;SB=-0.01;sumGLbyD=32.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:97,9,0 31638-ref 239 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 31675-ref 16 . A C 912.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9381;MQ=36.65;MQ0=0;QD=31.48;SB=-35.26;sumGLbyD=32.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:25:75.23:946,75,0 31675-ref 79 . G C 7362.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.5635;MQ=36.91;MQ0=0;QD=34.73;SB=-38.58;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,211:194:99:7362,584,0 31675-ref 147 . C G 11806.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=344;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.8649;MQ=34.68;MQ0=0;QD=34.32;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,342:333:99:11731,996,0 31675-ref 163 . C A 10310.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=292;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2684;MQ=33.98;MQ0=0;QD=35.31;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,292:291:99:10308,875,0 31675-ref 203 . C T 2742.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.76;MQ0=0;QD=29.81;SB=-0.01;sumGLbyD=30.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:90:99:2775,268,0 31675-ref 207 . G T 1838.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.72;SB=-0.01;sumGLbyD=29.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1871,192,0 31675-ref 214 . G T 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0 31675-ref 219 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 31675-ref 272 . A G 1701.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.21;MQ0=0;QD=30.39;SB=-0.01;sumGLbyD=30.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:54:99:1735,162,0 31675-ref 293 . C A 1276.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.26;MQ0=0;QD=29.02;SB=-0.01;sumGLbyD=29.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:43:99:1310,129,0 31675-ref 298 . T G 911.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.17:945,96,0 31675-ref 421 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 31767-ref 3 . C T 1062.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.95;SB=-70.87;sumGLbyD=39.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1096,84,0 31767-ref 84 . A G 5260.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=304;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9821;MQ=36.77;MQ0=0;QD=17.30;SB=-0.01;sumGLbyD=14.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,141:291:99:4383,0,4658 31767-ref 377 . C T 11722.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=341;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=19.0409;MQ=36.73;MQ0=0;QD=34.38;SB=-29.63;sumGLbyD=34.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,341:313:99:11721,942,0 31767-ref 455 . A T 5204.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=291;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.7779;MQ=36.90;MQ0=0;QD=17.88;SB=-37.00;sumGLbyD=14.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,137:278:99:4267,0,4456 31767-ref 563 . A G 1123.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.3204;MQ=34.04;MQ0=0;QD=11.34;SB=-0.01;sumGLbyD=11.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:84:99:1153,0,1195 31767-ref 570 . G A 1051.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5685;MQ=33.41;MQ0=0;QD=11.07;SB=-0.01;sumGLbyD=11.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:82:99:1082,0,1282 31767-ref 594 . G A 1665.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3603;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.74;SB=-23.61;sumGLbyD=9.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,72:164:99:1695,0,3138 31767-ref 605 . A T 1604.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8416;MQ=34.08;MQ0=0;QD=8.97;SB=-23.61;sumGLbyD=9.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,70:171:99:1635,0,3298 31767-ref 633 . A G 2535.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1864;MQ=36.17;MQ0=0;QD=10.83;SB=-33.98;sumGLbyD=10.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,98:214:99:2565,0,3911 31767-ref 761 . G A 20712.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=973;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.0169;MQ=36.79;MQ0=0;QD=21.29;SB=-0.01;sumGLbyD=18.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:404,564:920:99:17887,0,11082 31767-ref 936 . A T 5027.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3674;MQ=36.84;MQ0=0;QD=20.52;SB=3.00;sumGLbyD=17.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,137:234:99:4265,0,2797 31775-ref 268 . G A 4278.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=242;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=16.3056;MQ=36.67;MQ0=0;QD=17.68;SB=3.00;sumGLbyD=14.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,122:218:99:3601,0,3135 31775-ref 330 . T G 596.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9447;MQ=36.51;MQ0=0;QD=7.18;SB=-0.01;sumGLbyD=7.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,25:83:99:626,0,2035 31775-ref 341 . G C 1061.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9778;MQ=36.63;MQ0=0;QD=19.66;SB=-26.62;sumGLbyD=20.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:53:99:1092,0,647 31794-ref 2 . G C 707.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.75;SB=-0.01;sumGLbyD=32.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:21:23.20:740,23,0 31794-ref 79 . G A 448.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0155;MQ=35.36;MQ0=0;QD=5.10;SB=-0.01;sumGLbyD=5.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,21:74:99:479,0,1796 31794-ref 83 . C A 373.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.8346;MQ=35.33;MQ0=0;QD=4.34;SB=-0.01;sumGLbyD=4.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,19:68:99:404,0,1658 31794-ref 160 . C T 3145.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7914;MQ=36.35;MQ0=0;QD=13.44;SB=-26.62;sumGLbyD=13.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,103:228:99:3176,0,4026 31794-ref 190 . T C 2651.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.7306;MQ=34.88;MQ0=0;QD=34.00;SB=-29.63;sumGLbyD=34.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:75:99:2685,226,0 31794-ref 196 . G C 1001.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=34.35;MQ0=0;QD=14.95;SB=-77.90;sumGLbyD=15.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:62:99:1032,0,758 31794-ref 205 . T C 861.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.74;MQ0=0;QD=15.66;SB=-47.31;sumGLbyD=16.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:54:99:892,0,737 31794-ref 301 . G A 12967.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=380;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.5792;MQ=36.76;MQ0=0;QD=34.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,379:352:99:12966,1059,0 31794-ref 363 . A G 13849.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=413;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.4935;MQ=35.23;MQ0=0;QD=33.53;SB=-0.01;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,410:386:99:13825,1139,0 31794-ref 370 . C T 5159.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=409;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7009;MQ=35.19;MQ0=0;QD=12.62;SB=-0.01;sumGLbyD=9.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:259,150:390:99:3984,0,7780 31794-ref 385 . A T 13065.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=365;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8510;MQ=35.11;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,238:355:99:8673,670,0 31794-ref 415 . C T 9376.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=281;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.5070;MQ=35.26;MQ0=0;QD=33.37;SB=-38.58;sumGLbyD=32.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,273:264:99:9074,494,0 31794-ref 439 . 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G C 60.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.68;SB=-0.01;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:90.75:91,0,138 31840-ref 9 . G T 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67.97:68,0,68 31840-ref 33 . G A 482.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9858;MQ=35.59;MQ0=0;QD=16.62;SB=-0.01;sumGLbyD=17.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:512,0,418 31840-ref 60 . T C 996.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4069;MQ=35.98;MQ0=0;QD=14.24;SB=-0.01;sumGLbyD=14.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:66:99:1027,0,1044 31840-ref 182 . C T 4460.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=220;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3416;MQ=36.49;MQ0=0;QD=20.28;SB=-63.62;sumGLbyD=17.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,124:214:99:3816,0,2950 31840-ref 191 . G A 4017.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.9847;MQ=36.53;MQ0=0;QD=18.60;SB=-22.64;sumGLbyD=15.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,113:205:99:3377,0,2908 31840-ref 349 . C G 770.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7338;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.79;SB=-34.79;sumGLbyD=19.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:801,0,503 31854-ref 49 . A G 1104.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3462;MQ=35.97;MQ0=0;QD=16.01;SB=-0.01;sumGLbyD=16.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:64:99:1135,0,860 31854-ref 55 . C T 1942.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3489;MQ=36.23;MQ0=0;QD=18.50;SB=-0.01;sumGLbyD=18.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,64:99:99:1973,0,1155 31854-ref 106 . G A 7094.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=354;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.5251;MQ=36.23;MQ0=0;QD=20.04;SB=-0.01;sumGLbyD=17.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,210:330:99:6099,0,4018 31854-ref 124 . G T 15896.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=435;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7689;MQ=36.51;MQ0=0;QD=36.54;SB=-0.01;sumGLbyD=21.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,254:420:99:9352,709,0 31854-ref 349 . G A 11552.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=469;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.5579;MQ=36.76;MQ0=0;QD=24.63;SB=-0.01;sumGLbyD=21.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,314:453:99:10188,0,4162 31854-ref 388 . G T 14745.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=651;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.3017;MQ=36.78;MQ0=0;QD=22.65;SB=-0.01;sumGLbyD=19.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,420:606:99:12849,0,6236 31854-ref 453 . A T 18318.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=870;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.0212;MQ=36.15;MQ0=0;QD=21.06;SB=3.00;sumGLbyD=18.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:284,573:740:99:15946,0,6099 31854-ref 472 . G A 20785.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=818;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.2957;MQ=35.71;MQ0=0;QD=25.41;SB=3.00;sumGLbyD=22.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:240,572:790:99:18230,0,5983 31854-ref 501 . A G 21967.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=860;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.5679;MQ=35.26;MQ0=0;QD=25.54;SB=-39.25;sumGLbyD=22.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:248,610:844:99:19424,0,6634 31854-ref 524 . A T 12345.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=546;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.1670;MQ=35.36;MQ0=0;QD=22.61;SB=-77.90;sumGLbyD=19.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,365:495:99:10624,0,4093 31854-ref 537 . A G 10938.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=516;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.7112;MQ=35.55;MQ0=0;QD=21.20;SB=-23.62;sumGLbyD=18.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,334:467:99:9445,0,4684 31854-ref 625 . T C 12970.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=467;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.0779;MQ=36.73;MQ0=0;QD=27.77;SB=-35.57;sumGLbyD=24.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,344:452:99:11572,0,2961 31854-ref 747 . A T 269.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.95;SB=-0.01;sumGLbyD=30.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:6.04:299,0,6 31910-ref 25 . G A 93.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.48;SB=-0.01;sumGLbyD=11.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:123,0,221 31910-ref 36 . G A 210.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.17;SB=-0.01;sumGLbyD=21.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:241,0,123 31910-ref 121 . C A 1060.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4055;MQ=36.47;MQ0=0;QD=18.60;SB=-31.35;sumGLbyD=19.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:55:99:1090,0,568 31910-ref 160 . G A 2286.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7113;MQ=36.85;MQ0=0;QD=33.14;SB=-0.01;sumGLbyD=33.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:62:99:2319,187,0 31910-ref 204 . T C 2121.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0395;MQ=36.79;MQ0=0;QD=14.43;SB=-0.01;sumGLbyD=14.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,74:137:99:2151,0,2058 31910-ref 345 . G A 353.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.22;SB=-0.01;sumGLbyD=27.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:41.24:383,0,41 31937-ref 106 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 31937-ref 216 . G T 45.91 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.96;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0 31944-ref 133 . T C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 31944-ref 143 . G A 71.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:104,9,0 31949-ref 232 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 32021-ref 186 . A G 699.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7338;MQ=36.25;MQ0=0;QD=10.28;SB=6.00;sumGLbyD=10.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:65:99:729,0,1298 32021-ref 200 . G A 214.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=35.60;MQ0=0;QD=4.88;SB=15.04;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,11:41:99:245,0,1042 32021-ref 206 . T A 1360.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=5.9984;MQ=35.38;MQ0=0;QD=35.80;SB=-215.00;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1393,114,0 32021-ref 229 . C T 638.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6498;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.60;SB=-119.33;sumGLbyD=35.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.16:671,54,0 32038-ref 6 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 32038-ref 20 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0 32038-ref 26 . A G 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.96:65,0,100 32038-ref 52 . A G 30.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.62;SB=-0.01;sumGLbyD=15.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:60.47:60,0,65 32038-ref 83 . G T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 32038-ref 85 . G C 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:61,0,31 32038-ref 202 . G A 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=4.48;SB=-0.01;sumGLbyD=7.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:70.30:70,0,198 32038-ref 218 . C A 183.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=26.25;SB=-0.01;sumGLbyD=30.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.05:217,18,0 32047-ref 150 . G A 1249.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9352;MQ=36.22;MQ0=0;QD=32.05;SB=25.68;sumGLbyD=32.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:37:82.64:1283,83,0 32047-ref 196 . A G 935.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8157;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.33;SB=-26.62;sumGLbyD=15.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:57:99:965,0,809 32047-ref 333 . C T 260.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3407;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.41;SB=-0.01;sumGLbyD=13.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:17:99:291,0,248 32073-ref 10 . C A 34.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.47;SB=-0.01;sumGLbyD=21.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:64,0,31 32073-ref 16 . A G 28.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9996;MQ=34.01;MQ0=0;QD=4.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:58.95:59,0,152 32073-ref 30 . A C 10.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.62;MQ0=0;QD=0.64;SB=-0.01;sumGLbyD=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:15:39.83:40,0,388 32073-ref 61 . C A 84.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4972;MQ=34.78;MQ0=0;QD=6.00;SB=-0.01;sumGLbyD=8.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:13:99:114,0,260 32073-ref 104 . C T 73.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=36.40;MQ0=0;QD=4.32;SB=3.00;sumGLbyD=6.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:17:99:103,0,421 32073-ref 118 . T A 180.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.03;HRun=9;HaplotypeScore=3.9657;MQ=36.67;MQ0=0;QD=5.83;SB=3.00;sumGLbyD=6.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:30:99:211,0,628 32073-ref 124 . C A 912.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8601;MQ=36.65;MQ0=0;QD=31.47;SB=-39.32;sumGLbyD=32.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:28:44.23:946,44,0 32073-ref 136 . A T 249.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6807;MQ=36.30;MQ0=0;QD=8.05;SB=6.01;sumGLbyD=9.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:30:99:280,0,616 32073-ref 162 . A G 240.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9984;MQ=36.54;MQ0=0;QD=10.95;SB=-72.57;sumGLbyD=12.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:21:99:271,0,381 32073-ref 168 . A C 103.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4674;MQ=36.49;MQ0=0;QD=5.20;SB=-37.00;sumGLbyD=6.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:20:99:134,0,504 32073-ref 213 . A G 36.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.15;MQ0=0;QD=3.02;SB=3.00;sumGLbyD=5.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:66.29:66,0,276 32073-ref 215 . T C 42.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9945;MQ=36.07;MQ0=0;QD=3.84;SB=3.00;sumGLbyD=6.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:10:72.28:72,0,229 32073-ref 233 . C T 31.68 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.84;SB=-0.01;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:63,6,0 32086-ref 15 . A G 639.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4009;MQ=34.64;MQ0=0;QD=29.07;SB=-144.02;sumGLbyD=30.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:19:57.15:673,57,0 32086-ref 43 . T G 408.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0055;MQ=35.00;MQ0=0;QD=6.58;SB=3.00;sumGLbyD=7.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:56:99:438,0,1235 32086-ref 45 . C G 98.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=6.9172;MQ=35.16;MQ0=0;QD=1.75;SB=3.00;sumGLbyD=2.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,9:46:99:128,0,1268 32086-ref 76 . A G 1743.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.8339;MQ=36.83;MQ0=0;QD=14.29;SB=3.00;sumGLbyD=14.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:106:99:1774,0,1617 32086-ref 98 . A C 1900.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.2087;MQ=36.84;MQ0=0;QD=15.33;SB=-34.79;sumGLbyD=15.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,71:109:99:1931,0,1328 32086-ref 221 . G A 1065.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.23;MQ0=0;QD=16.15;SB=-26.62;sumGLbyD=16.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:60:99:1096,0,786 32086-ref 240 . C T 2228.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=3.8615;MQ=36.21;MQ0=0;QD=34.82;SB=-29.63;sumGLbyD=35.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:62:99:2262,183,0 32086-ref 350 . A G 401.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.47;SB=-0.01;sumGLbyD=18.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:21:99:432,0,251 32086-ref 455 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0 32152-ref 75 . C T 970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.24:1004,78,0 32152-ref 94 . A C 668.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2251;MQ=36.47;MQ0=0;QD=11.72;SB=3.00;sumGLbyD=12.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:53:99:698,0,955 32152-ref 150 . C G 373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.88;MQ0=0;QD=19.68;SB=-0.01;sumGLbyD=21.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:16:8.06:406,8,0 32169-ref 108 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 32169-ref 114 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 32169-ref 120 . G T 93.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8646;MQ=27.82;MQ0=0;QD=18.67;SB=-29.17;sumGLbyD=25.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:4:12.03:126,12,0 32169-ref 123 . T A 76.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=15.28;SB=-26.66;sumGLbyD=21.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.59:106,0,15 32169-ref 156 . G A 116.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.27;MQ0=0;QD=19.33;SB=-0.01;sumGLbyD=24.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:11.58:146,0,12 32176-ref 10 . T C 86.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=12.40;SB=-0.01;sumGLbyD=16.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:95.93:117,0,96 32176-ref 31 . T C 119.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8017;MQ=33.85;MQ0=0;QD=11.98;SB=-33.31;sumGLbyD=14.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:8:69.83:150,0,70 32176-ref 38 . C T 94.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8017;MQ=34.69;MQ0=0;QD=10.46;SB=3.00;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:8:99:124,0,104 32176-ref 79 . G A 32.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.69;SB=-0.01;sumGLbyD=5.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:11:62.28:62,0,269 32176-ref 90 . A T 32.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=2.94;SB=-0.01;sumGLbyD=5.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:62.29:62,0,261 32176-ref 106 . C T 241.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=33.48;MQ0=0;QD=20.16;SB=3.00;sumGLbyD=22.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:82.39:272,0,82 32176-ref 107 . G A 52.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=33.48;MQ0=0;QD=4.37;SB=-26.62;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:82.41:82,0,260 32176-ref 108 . A G 55.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=33.14;MQ0=0;QD=5.04;SB=-26.62;sumGLbyD=7.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:85.43:85,0,220 32176-ref 147 . C A 55.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.93;SB=-0.01;sumGLbyD=10.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:85.41:85,0,173 32176-ref 183 . C A 181.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.91;SB=-93.40;sumGLbyD=30.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.03:214,18,0 32196-ref 10 . C T 481.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3569;MQ=36.35;MQ0=0;QD=15.52;SB=-0.01;sumGLbyD=16.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:24:99:511,0,231 32196-ref 46 . T G 1264.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4681;MQ=36.82;MQ0=0;QD=11.19;SB=-0.01;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:87:99:1294,0,1213 32196-ref 208 . T C 3307.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8640;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.58;SB=-79.33;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:87:99:3307,262,0 32196-ref 252 . G A 22.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9948;MQ=36.49;MQ0=0;QD=1.12;SB=-0.01;sumGLbyD=2.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:19:52.34:52,0,518 32253-ref 119 . T C 64.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=21.42;SB=-0.01;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:96,9,0 32253-ref 210 . G A 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 32253-ref 223 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0 32381-ref 2 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 32396-ref 84 . T A 125.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.50;SB=-0.01;sumGLbyD=13.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:156,0,220 32396-ref 129 . C T 11.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4357;MQ=36.54;MQ0=0;QD=0.51;SB=-0.01;sumGLbyD=1.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,3:21:40.81:41,0,614 32396-ref 147 . T G 671.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9374;MQ=36.64;MQ0=0;QD=23.98;SB=-0.01;sumGLbyD=25.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,23:25:74.41:701,0,74 32396-ref 155 . T G 220.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2817;MQ=36.22;MQ0=0;QD=8.47;SB=3.00;sumGLbyD=9.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:23:99:250,0,462 32396-ref 236 . T A 287.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.70;SB=-0.01;sumGLbyD=15.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:19:99:318,0,282 32396-ref 258 . T C 170.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.40;SB=-0.01;sumGLbyD=8.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:21:99:200,0,440 32396-ref 416 . T C 500.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4586;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.82;SB=-0.01;sumGLbyD=25.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,16:18:54.52:530,0,55 32396-ref 487 . G A 623.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6826;MQ=34.80;MQ0=0;QD=18.90;SB=-0.01;sumGLbyD=19.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:99:654,0,371 32396-ref 516 . G A 72.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9606;MQ=33.80;MQ0=0;QD=3.16;SB=-0.01;sumGLbyD=4.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:21:99:103,0,497 32396-ref 521 . T A 254.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9603;MQ=32.95;MQ0=0;QD=12.13;SB=-0.01;sumGLbyD=13.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:20:99:285,0,283 32396-ref 525 . T C 136.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.8985;MQ=33.48;MQ0=0;QD=5.69;SB=-0.01;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:20:99:167,0,402 32396-ref 537 . C T 34.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.4679;MQ=34.09;MQ0=0;QD=1.91;SB=-0.01;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:64.35:64,0,458 32396-ref 718 . C G 40.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.03;SB=-0.01;sumGLbyD=7.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:8:70.26:70,0,155 32396-ref 734 . G T 297.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.74;SB=-0.01;sumGLbyD=33.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:330,30,0 32396-ref 735 . C T 313.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=34.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:347,30,0 32412-ref 23 . G T 475.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4688;MQ=36.30;MQ0=0;QD=16.41;SB=24.52;sumGLbyD=17.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,26:19:62.86:506,0,63 32412-ref 107 . C T 48.69 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4944;MQ=35.80;MQ0=0;QD=2.86;SB=-0.01;sumGLbyD=4.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:78.69:79,0,344 32412-ref 205 . A T 74.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.86;SB=-0.01;sumGLbyD=20.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.27:104,0,64 32412-ref 232 . A T 61.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9326;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.81;SB=-0.01;sumGLbyD=13.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:91.69:92,0,137 32412-ref 332 . T C 384.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9992;MQ=35.42;MQ0=0;QD=29.61;SB=28.74;sumGLbyD=32.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:9.49:417,9,0 32412-ref 370 . A T 60.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=3.01;SB=-0.01;sumGLbyD=4.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:18:90.19:90,0,454 32412-ref 380 . C T 71.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.95;SB=-0.01;sumGLbyD=5.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:99:101,0,449 32412-ref 449 . C G 35.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.98;SB=-0.01;sumGLbyD=5.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:65.72:66,0,295 32466-ref 202 . G A 943.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4558;MQ=36.86;MQ0=0;QD=12.75;SB=-0.01;sumGLbyD=13.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:71:99:974,0,1278 32594-ref 230 . A G 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:61,0,30 32594-ref 251 . G A 58.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8991;MQ=32.73;MQ0=0;QD=11.73;SB=-0.01;sumGLbyD=17.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54.60:89,0,55 32594-ref 264 . G C 24.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.58:55,0,104 32594-ref 267 . A T 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.90;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:58,0,67 32638-ref 28 . A G 1201.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.8186;MQ=35.78;MQ0=0;QD=15.41;SB=-30.30;sumGLbyD=15.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:75:99:1232,0,1094 32638-ref 48 . C T 2974.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.6451;MQ=35.63;MQ0=0;QD=18.14;SB=-31.78;sumGLbyD=18.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,101:152:99:3004,0,1738 32638-ref 88 . T C 5264.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7718;MQ=35.93;MQ0=0;QD=20.40;SB=12.00;sumGLbyD=17.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,152:243:99:4532,0,2668 32638-ref 97 . A G 5216.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=266;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.5944;MQ=35.85;MQ0=0;QD=19.61;SB=-37.00;sumGLbyD=16.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,144:238:99:4499,0,2787 32638-ref 162 . C T 209.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3589;MQ=36.15;MQ0=0;QD=1.75;SB=6.01;sumGLbyD=2.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,18:115:99:239,0,3352 32638-ref 213 . C A 910.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.5438;MQ=36.61;MQ0=0;QD=8.28;SB=-0.01;sumGLbyD=8.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,62:58:99:941,0,634 32638-ref 287 . C A 3850.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.7535;MQ=36.22;MQ0=0;QD=28.74;SB=-0.01;sumGLbyD=25.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,107:127:99:3468,0,466 32638-ref 330 . T C 2015.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.88;MQ0=0;QD=24.29;SB=-30.43;sumGLbyD=24.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,62:82:99:2046,0,446 32638-ref 346 . G C 357.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.09;MQ0=0;QD=13.25;SB=-0.01;sumGLbyD=14.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:26:99:388,0,365 32725-ref 155 . A T 28.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=7.17;SB=-0.01;sumGLbyD=14.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:3:30.98:59,0,31 32725-ref 192 . A C 134.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=6.13;SB=60.13;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:21:99:165,0,395 32725-ref 203 . T A 140.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9865;MQ=33.14;MQ0=0;QD=6.40;SB=63.17;sumGLbyD=7.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:171,0,425 32725-ref 269 . G A 73.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.74;MQ0=0;QD=1.90;SB=-37.44;sumGLbyD=2.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,7:37:99:104,0,1091 32725-ref 330 . C A 1587.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1415;MQ=36.45;MQ0=0;QD=28.86;SB=-0.01;sumGLbyD=29.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:44:99:1621,132,0 32725-ref 378 . A C 955.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8764;MQ=36.38;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=20.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:986,0,544 32725-ref 473 . C T 204.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.79;SB=-0.01;sumGLbyD=12.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:235,0,334 32725-ref 482 . T C 304.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.02;SB=-0.01;sumGLbyD=17.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:334,0,266 32725-ref 603 . A T 329.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=17.36;SB=-0.01;sumGLbyD=18.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:18:99:360,0,188 32725-ref 605 . G T 640.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.14:673,54,0 32725-ref 608 . T C 204.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=11.34;SB=-0.01;sumGLbyD=13.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:17:99:234,0,284 32725-ref 659 . G T 241.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.55;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:275,21,0 32725-ref 743 . G A 39.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:70,0,21 32807-ref 438 . G A 1871.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1185;MQ=36.70;MQ0=0;QD=10.94;SB=-0.01;sumGLbyD=11.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,76:156:99:1901,0,2944 32807-ref 553 . C A 343.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=12.7509;MQ=36.63;MQ0=0;QD=4.14;SB=-0.01;sumGLbyD=4.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,16:75:99:373,0,2029 32807-ref 574 . T A 358.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.75;MQ0=0;QD=8.75;SB=-0.01;sumGLbyD=9.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:389,0,881 32807-ref 624 . T A 2178.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=36.68;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=22.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,66:98:99:2209,0,828 32807-ref 664 . T C 2286.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7261;MQ=36.73;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=15.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,75:142:99:2317,0,2174 32807-ref 750 . T C 1919.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6109;MQ=36.42;MQ0=0;QD=15.61;SB=-0.01;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,72:111:99:1950,0,1343 32807-ref 773 . A C 884.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.8415;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.50;SB=-0.01;sumGLbyD=30.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:54.58:918,55,0 32863-ref 17 . T G 96.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.82;SB=-0.01;sumGLbyD=18.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:81.67:127,0,82 32863-ref 128 . C G 584.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=17.19;SB=-0.01;sumGLbyD=18.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:33:99:614,0,450 32863-ref 133 . G C 600.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.83;MQ0=0;QD=17.15;SB=-0.01;sumGLbyD=18.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:33:99:630,0,416 32863-ref 160 . A G 303.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.15;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=30.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.91:333,0,7 32879-ref 2 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 32879-ref 76 . A C 84.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9970;MQ=34.93;MQ0=0;QD=8.41;SB=-0.01;sumGLbyD=11.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:114,0,177 32879-ref 151 . G A 126.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.02;SB=-0.01;sumGLbyD=17.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:156,0,132 32879-ref 192 . C T 72.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:105,9,0 32910-ref 17 . A G 264.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3156;MQ=36.68;MQ0=0;QD=8.28;SB=-0.01;sumGLbyD=9.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:26:99:295,0,514 32910-ref 71 . A C 1326.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.2226;MQ=36.76;MQ0=0;QD=10.61;SB=6.01;sumGLbyD=10.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,46:111:99:1356,0,2169 32910-ref 139 . C G 1376.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.1412;MQ=36.79;MQ0=0;QD=14.04;SB=-26.62;sumGLbyD=14.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:92:99:1406,0,1560 32910-ref 199 . C T 1118.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2297;MQ=35.44;MQ0=0;QD=14.15;SB=-0.01;sumGLbyD=14.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:78:99:1148,0,1217 32910-ref 211 . G A 962.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9398;MQ=35.40;MQ0=0;QD=12.50;SB=-0.01;sumGLbyD=12.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:74:99:992,0,1269 32910-ref 214 . T A 962.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0325;MQ=35.52;MQ0=0;QD=11.60;SB=-0.01;sumGLbyD=11.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:75:99:993,0,1268 32910-ref 328 . G A 1889.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.5829;MQ=36.90;MQ0=0;QD=18.52;SB=-30.43;sumGLbyD=18.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,63:95:99:1919,0,1024 33001-ref 223 . T A 2833.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=167;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9253;MQ=35.90;MQ0=0;QD=16.96;SB=-0.01;sumGLbyD=17.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,99:157:99:2863,0,1897 33001-ref 239 . T C 2787.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.0423;MQ=35.90;MQ0=0;QD=18.83;SB=-37.00;sumGLbyD=19.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,93:135:99:2817,0,1191 33001-ref 255 . C A 2575.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.6572;MQ=36.40;MQ0=0;QD=16.94;SB=-0.01;sumGLbyD=17.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,88:135:99:2605,0,1658 33001-ref 348 . G A 4939.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.8272;MQ=36.65;MQ0=0;QD=24.33;SB=-53.24;sumGLbyD=21.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,134:198:99:4316,0,1893 33001-ref 419 . A T 1782.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6806;MQ=36.92;MQ0=0;QD=14.37;SB=-0.01;sumGLbyD=14.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,61:114:99:1812,0,1848 33001-ref 477 . G A 737.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8907;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.41;SB=-27.59;sumGLbyD=20.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:37:99:767,0,427 33030-ref 53 . G A 236.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.84;MQ0=0;QD=16.87;SB=-0.01;sumGLbyD=19.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:266,0,106 33030-ref 62 . C G 60.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.88;MQ0=0;QD=3.21;SB=-0.01;sumGLbyD=4.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:90.97:91,0,442 33030-ref 69 . T C 140.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.08;MQ0=0;QD=5.87;SB=-0.01;sumGLbyD=7.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:22:99:171,0,456 33030-ref 70 . G A 445.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.08;MQ0=0;QD=18.56;SB=-0.01;sumGLbyD=19.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:23:99:475,0,168 33030-ref 81 . C T 173.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.32;MQ0=0;QD=7.54;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:21:99:203,0,347 33030-ref 110 . A G 176.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6723;MQ=32.86;MQ0=0;QD=9.78;SB=-0.01;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:14:99:206,0,179 33030-ref 128 . T C 303.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3356;MQ=35.66;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=14.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:22:99:333,0,341 33030-ref 217 . A G 48.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9972;MQ=34.15;MQ0=0;QD=4.37;SB=3.00;sumGLbyD=7.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:10:78.07:78,0,147 33030-ref 218 . G T 54.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9984;MQ=33.85;MQ0=0;QD=5.41;SB=-0.01;sumGLbyD=8.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:84.14:84,0,151 33039-ref 154 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 33039-ref 155 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 33039-ref 178 . G A 33.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.59;SB=-0.01;sumGLbyD=10.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:63.54:64,0,95 33039-ref 189 . T C 814.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:848,66,0 33039-ref 252 . A G 323.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8472;MQ=36.70;MQ0=0;QD=9.53;SB=-0.01;sumGLbyD=10.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:27:99:354,0,394 33039-ref 318 . G A 510.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.33;SB=-0.01;sumGLbyD=25.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:17:51.07:544,51,0 33039-ref 329 . G A 201.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.40;MQ0=0;QD=9.14;SB=-21.70;sumGLbyD=10.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:231,0,479 33039-ref 356 . T A 28.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:8:58.25:58,0,169 33039-ref 373 . G C 103.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.79;SB=-0.01;sumGLbyD=19.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.09:134,0,96 33039-ref 375 . G A 216.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.96;SB=-0.01;sumGLbyD=35.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:250,21,0 33039-ref 419 . G A 98.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.93;SB=-0.01;sumGLbyD=14.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:128,0,160 33039-ref 516 . A G 397.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4559;MQ=36.60;MQ0=0;QD=15.92;SB=-0.01;sumGLbyD=17.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:23:99:428,0,311 33039-ref 530 . A C 80.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=6.20;SB=-0.01;sumGLbyD=8.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:111,0,296 33039-ref 575 . C A 64.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.8102;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.46;SB=-0.01;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:8:94.56:95,0,171 33039-ref 583 . T C 339.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.89;SB=-0.01;sumGLbyD=33.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.08:373,30,0 33039-ref 618 . A G 125.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.95;SB=-0.01;sumGLbyD=8.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:14:99:155,0,283 33039-ref 694 . C A 229 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3709;MQ=36.47;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=13.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:16:99:259,0,206 33039-ref 784 . C G 93.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7019;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.81;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:7:93.51:124,0,94 33039-ref 821 . G T 61.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.68;SB=-0.01;sumGLbyD=11.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:91.46:91,0,120 33039-ref 894 . C T 227.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3631;MQ=36.13;MQ0=0;QD=6.49;SB=-0.01;sumGLbyD=7.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:33:99:257,0,683 33039-ref 981 . A G 199.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.99;SB=3.00;sumGLbyD=9.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:24:99:230,0,544 33039-ref 993 . G A 243.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.53;SB=-0.01;sumGLbyD=15.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:274,0,298 33039-ref 1055 . A C 45.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.52;SB=-0.01;sumGLbyD=7.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:8:75.19:75,0,161 33039-ref 1059 . A G 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=1.44;SB=-0.01;sumGLbyD=5.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:6:41.19:41,0,141 33039-ref 1078 . G A 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.48;MQ0=0;QD=2.40;SB=-0.01;sumGLbyD=7.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:44.20:44,0,100 33039-ref 1201 . G A 58.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.73;SB=-0.01;sumGLbyD=17.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:53.50:89,0,54 33039-ref 1228 . A G 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:108,0,28 33039-ref 1245 . G C 61.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.31;SB=-0.01;sumGLbyD=22.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:91,0,28 33191-ref 58 . A G 109.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=27.47;SB=-0.01;sumGLbyD=35.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:142,12,0 33191-ref 272 . C A 1727.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.0437;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.79;SB=-0.01;sumGLbyD=26.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,55:64:99:1758,0,262 33191-ref 339 . A G 792.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9956;MQ=35.80;MQ0=0;QD=23.30;SB=-0.01;sumGLbyD=24.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,24:34:99:822,0,256 33191-ref 344 . G A 697.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9339;MQ=34.75;MQ0=0;QD=30.33;SB=29.61;sumGLbyD=31.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:21:33.57:731,34,0 33191-ref 345 . G C 453.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.35;MQ0=0;QD=18.16;SB=-0.01;sumGLbyD=19.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:23:99:484,0,249 33191-ref 363 . C T 349.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=34.52;MQ0=0;QD=16.64;SB=-0.01;sumGLbyD=18.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:19:99:379,0,203 33191-ref 420 . T C 748.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.52;MQ0=0;QD=31.20;SB=-0.01;sumGLbyD=32.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:22:66.17:782,66,0 33191-ref 511 . A G 420.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9977;MQ=36.27;MQ0=0;QD=30.03;SB=29.15;sumGLbyD=32.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:12.50:453,12,0 33260-ref 62 . T A 1359.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3332;MQ=35.85;MQ0=0;QD=13.87;SB=3.00;sumGLbyD=14.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:95:99:1390,0,1397 33260-ref 63 . G C 1468.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3332;MQ=35.83;MQ0=0;QD=15.30;SB=3.00;sumGLbyD=15.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:94:99:1499,0,1313 33260-ref 103 . A G 755.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2999;MQ=36.42;MQ0=0;QD=14.53;SB=3.00;sumGLbyD=15.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:45:99:786,0,525 33260-ref 153 . 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T G 836.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.64;MQ0=0;QD=29.89;SB=-0.01;sumGLbyD=31.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:24:72.20:870,72,0 33315-ref 208 . A G 1370.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:37:99:1403,111,0 33315-ref 256 . A G 548.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.47;MQ0=0;QD=28.87;SB=-28.65;sumGLbyD=30.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:16:48.14:582,48,0 33315-ref 398 . C T 1716.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=29.60;SB=-0.01;sumGLbyD=30.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,52:57:59.83:1747,0,60 33315-ref 399 . A G 2020.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=35.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:55:99:2054,165,0 33315-ref 718 . 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G C 93.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.77;SB=-0.01;sumGLbyD=10.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:123,0,274 33353-ref 326 . C T 11.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.87;SB=-0.01;sumGLbyD=3.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:40.91:41,0,376 33353-ref 338 . G T 336.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.86;SB=-169.71;sumGLbyD=28.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.02:369,39,0 33353-ref 347 . T C 350.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.93;SB=-177.67;sumGLbyD=29.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.07:383,39,0 33394-ref 44 . T A 70.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=34.39;MQ0=0;QD=17.52;SB=-0.01;sumGLbyD=25.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:102,9,0 33394-ref 48 . C T 412.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.51;SB=-0.01;sumGLbyD=29.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:15.49:445,15,0 33394-ref 91 . T A 291.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9656;MQ=31.29;MQ0=0;QD=6.94;SB=-0.01;sumGLbyD=7.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:322,0,816 33394-ref 104 . T G 1476.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9904;MQ=29.02;MQ0=0;QD=30.76;SB=-0.01;sumGLbyD=31.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1509,144,0 33394-ref 114 . A T 42.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9901;MQ=27.37;MQ0=0;QD=1.01;SB=-0.01;sumGLbyD=1.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,6:36:72.52:73,0,791 33394-ref 115 . A G 898.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9968;MQ=27.94;MQ0=0;QD=20.89;SB=-0.01;sumGLbyD=21.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,36:41:57.49:928,0,57 33394-ref 127 . G A 1500.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9980;MQ=30.04;MQ0=0;QD=29.42;SB=-29.63;sumGLbyD=30.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:49:99:1534,118,0 33394-ref 131 . A C 83.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9976;MQ=30.37;MQ0=0;QD=1.51;SB=6.00;sumGLbyD=2.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,9:51:99:113,0,1218 33394-ref 150 . T G 4320.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.4076;MQ=34.95;MQ0=0;QD=32.98;SB=-29.63;sumGLbyD=32.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:119:99:4320,358,0 33394-ref 165 . A C 1962.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.6480;MQ=35.59;MQ0=0;QD=11.22;SB=-0.01;sumGLbyD=11.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,73:162:99:1993,0,3018 33394-ref 173 . C G 399.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.0659;MQ=36.37;MQ0=0;QD=2.07;SB=-0.01;sumGLbyD=2.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,28:170:99:430,0,4798 33394-ref 194 . T A 1071.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.2147;MQ=36.70;MQ0=0;QD=4.62;SB=3.00;sumGLbyD=4.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,52:208:99:1102,0,5312 33394-ref 200 . C G 871.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.2172;MQ=36.73;MQ0=0;QD=3.89;SB=3.00;sumGLbyD=4.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,45:205:99:901,0,5423 33394-ref 256 . C G 590.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9661;MQ=36.79;MQ0=0;QD=6.08;SB=-0.01;sumGLbyD=6.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,25:93:99:620,0,2266 33394-ref 290 . T A 30.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6610;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.80;SB=3.00;sumGLbyD=3.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:60.52:61,0,487 33434-ref 12 . G T 1382.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:37:99:1415,111,0 33434-ref 14 . C T 1685.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.35;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:45:99:1718,135,0 33434-ref 60 . G T 1817.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.1500;MQ=36.90;MQ0=0;QD=8.83;SB=-36.31;sumGLbyD=8.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,67:194:99:1848,0,4396 33456-ref 23 . C T 73.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=34.04;MQ0=0;QD=18.36;SB=-0.01;sumGLbyD=26.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:105,9,0 33456-ref 50 . G C 551.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9648;MQ=35.77;MQ0=0;QD=22.07;SB=-26.62;sumGLbyD=23.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,19:24:99:582,0,141 33456-ref 86 . G C 1838.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:50:99:1872,150,0 33456-ref 156 . 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C A 108.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=358;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=112.4500;MQ=36.69;MQ0=0;QD=0.30;SB=-17.60;sumGLbyD=0.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:322,34:347:99:139,0,10876 33537-ref 238 . A T 921.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2026;MQ=35.15;MQ0=0;QD=4.73;SB=-0.01;sumGLbyD=4.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,50:180:99:951,0,4265 33537-ref 239 . C G 649.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2026;MQ=35.08;MQ0=0;QD=3.46;SB=-0.01;sumGLbyD=3.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,44:178:99:680,0,4544 33537-ref 244 . T C 439.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1407;MQ=34.93;MQ0=0;QD=2.58;SB=-0.01;sumGLbyD=2.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,35:166:99:469,0,4516 33537-ref 245 . G T 387.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=167;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.6708;MQ=34.96;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=2.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,33:155:99:418,0,4252 33537-ref 308 . A G 2524.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9327;MQ=36.71;MQ0=0;QD=18.43;SB=-0.01;sumGLbyD=18.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,81:132:99:2554,0,1636 33537-ref 373 . C T 1267.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9948;MQ=36.46;MQ0=0;QD=9.67;SB=-0.01;sumGLbyD=9.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,49:123:99:1297,0,2546 33537-ref 413 . T A 7092.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=363;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.1138;MQ=36.22;MQ0=0;QD=19.54;SB=-0.01;sumGLbyD=16.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,189:358:99:6013,0,5332 33537-ref 442 . C T 14975.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=511;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=24.3504;MQ=36.28;MQ0=0;QD=29.31;SB=-0.01;sumGLbyD=29.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,496:438:99:14880,1308,0 33537-ref 466 . G T 12016.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=624;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.1314;MQ=36.38;MQ0=0;QD=19.26;SB=-0.01;sumGLbyD=16.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:294,329:610:99:10178,0,8798 33537-ref 540 . C G 6027.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=375;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.3352;MQ=36.57;MQ0=0;QD=16.07;SB=-0.01;sumGLbyD=13.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,165:358:99:4923,0,6406 33537-ref 610 . C G 61.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.52;SB=-0.01;sumGLbyD=31.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0 33537-ref 611 . C T 27.04 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:58,6,0 33558-ref 120 . C T 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0 33605-ref 63 . A G 943.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8134;MQ=36.85;MQ0=0;QD=14.29;SB=-0.01;sumGLbyD=14.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:60:99:973,0,850 33605-ref 117 . T C 640.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=3.8361;MQ=36.27;MQ0=0;QD=11.45;SB=-37.00;sumGLbyD=11.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:47:99:671,0,815 33605-ref 393 . T C 1129.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.5774;MQ=36.90;MQ0=0;QD=10.86;SB=-0.01;sumGLbyD=11.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:80:99:1160,0,1126 33605-ref 710 . A T 5000.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.77;MQ0=0;QD=37.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:131:99:5000,394,0 33605-ref 779 . T C 1217.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1850;MQ=36.83;MQ0=0;QD=10.50;SB=-32.56;sumGLbyD=10.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:93:99:1248,0,1631 33605-ref 1420 . A G 522.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3966;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.75;SB=-0.01;sumGLbyD=13.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:32:99:553,0,380 33605-ref 1487 . C G 1522.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5586;MQ=36.77;MQ0=0;QD=35.41;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1556,129,0 33649-ref 7 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 33654-ref 45 . A C 52.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4438;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.77;SB=-0.01;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:9:82.52:83,0,180 33654-ref 80 . T A 123.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=36.15;MQ0=0;QD=10.30;SB=-0.01;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:11:99:154,0,201 33654-ref 128 . C T 194.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.49;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:228,18,0 33654-ref 147 . C T 70.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.11;SB=-0.01;sumGLbyD=20.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:101,0,65 33654-ref 156 . G T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0 33655-ref 343 . A C 800.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0541;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.32;SB=-0.01;sumGLbyD=12.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:61:99:831,0,1068 33655-ref 364 . G A 785.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.82;MQ0=0;QD=13.78;SB=-0.01;sumGLbyD=14.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:55:99:816,0,887 33655-ref 381 . G A 450.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9353;MQ=36.78;MQ0=0;QD=10.02;SB=-0.01;sumGLbyD=10.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:36:99:481,0,632 33655-ref 391 . A G 614.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.0703;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=14.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:38:99:645,0,465 33655-ref 496 . C A 410.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.10;SB=-37.00;sumGLbyD=18.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:23:99:440,0,275 33655-ref 615 . T G 163.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.65;SB=-0.01;sumGLbyD=16.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:194,0,200 33730-ref 42 . G A 460.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.40;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:493,39,0 33730-ref 143 . G A 508.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.3253;MQ=36.71;MQ0=0;QD=14.54;SB=-0.01;sumGLbyD=15.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:28:99:539,0,355 33730-ref 196 . G A 2001.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9512;MQ=36.33;MQ0=0;QD=16.54;SB=-0.01;sumGLbyD=16.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,66:118:99:2031,0,1683 33730-ref 204 . G A 2310.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.0688;MQ=36.50;MQ0=0;QD=16.39;SB=-0.01;sumGLbyD=16.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,74:139:99:2341,0,2091 33730-ref 311 . A G 12.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.58;SB=-0.01;sumGLbyD=5.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:42.37:42,0,216 33730-ref 314 . C A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9994;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.25;SB=-0.01;sumGLbyD=17.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:4:30.98:71,0,31 33748-ref 3 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8141;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:1:1.76:40,3,0 33748-ref 204 . C G 834.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=36.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:69.21:868,69,0 33748-ref 221 . G C 94.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9997;MQ=35.28;MQ0=0;QD=15.78;SB=-0.01;sumGLbyD=20.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:60.53:125,0,61 33748-ref 258 . G A 70.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.13;SB=-0.01;sumGLbyD=20.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:3:9.02:103,9,0 33748-ref 310 . G A 551.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=34.49;SB=-0.01;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:585,48,0 33748-ref 344 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 33904-ref 84 . C A 1863.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.9726;MQ=36.71;MQ0=0;QD=17.75;SB=-0.01;sumGLbyD=18.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,66:87:99:1894,0,717 33904-ref 122 . C A 5630.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.6264;MQ=36.92;MQ0=0;QD=15.64;SB=-23.61;sumGLbyD=12.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,171:326:99:4648,0,5576 33904-ref 139 . A G 6285.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.3792;MQ=36.97;MQ0=0;QD=18.22;SB=-72.57;sumGLbyD=15.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,175:332:99:5286,0,5146 33904-ref 216 . G C 4164.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=8.9563;MQ=36.63;MQ0=0;QD=36.53;SB=-40.01;sumGLbyD=35.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:108:99:4094,319,0 33904-ref 288 . A T 2961.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5551;MQ=36.73;MQ0=0;QD=13.22;SB=-23.61;sumGLbyD=13.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,105:205:99:2992,0,3346 33904-ref 408 . C T 15096.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=740;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=80.0087;MQ=36.70;MQ0=0;QD=20.40;SB=69.20;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:319,400:698:99:12393,0,8984 33904-ref 467 . C G 12945 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=749;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.3808;MQ=36.42;MQ0=0;QD=17.28;SB=3.00;sumGLbyD=14.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:393,356:734:99:10733,0,12569 33904-ref 468 . A G 12386.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=738;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.5487;MQ=36.41;MQ0=0;QD=16.78;SB=3.00;sumGLbyD=13.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:388,350:712:99:10241,0,12035 33933-ref 30 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.19;SB=-0.01;sumGLbyD=20.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:2:6.02:80,6,0 33933-ref 108 . A G 341.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=5.9560;MQ=36.01;MQ0=0;QD=7.11;SB=-0.01;sumGLbyD=7.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,13:37:99:371,0,718 33979-ref 68 . A G 437.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9357;MQ=36.77;MQ0=0;QD=9.93;SB=-0.01;sumGLbyD=10.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:42:99:467,0,738 33979-ref 98 . C T 779.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.5208;MQ=36.79;MQ0=0;QD=16.59;SB=-0.01;sumGLbyD=17.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:46:99:810,0,645 33979-ref 160 . A G 1225.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5999;MQ=36.79;MQ0=0;QD=5.22;SB=-0.01;sumGLbyD=5.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,52:222:99:1256,0,5865 33979-ref 229 . C T 2235.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=220;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.8976;MQ=36.26;MQ0=0;QD=10.16;SB=3.00;sumGLbyD=10.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,87:209:99:2266,0,4121 33979-ref 242 . C T 1154.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=191;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8713;MQ=36.26;MQ0=0;QD=6.04;SB=-36.31;sumGLbyD=6.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,53:162:99:1184,0,3690 33979-ref 251 . C T 1687.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=244;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3604;MQ=36.42;MQ0=0;QD=6.91;SB=-0.01;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,79:213:99:1717,0,4772 33979-ref 264 . T A 9121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9257;MQ=36.57;MQ0=0;QD=32.69;SB=-40.01;sumGLbyD=32.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,278:247:99:9081,703,0 33979-ref 360 . C G 3441.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.55;MQ0=0;QD=38.23;SB=-39.32;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:89:99:3441,268,0 33979-ref 521 . C T 1694.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.9911;MQ=36.86;MQ0=0;QD=7.43;SB=-0.01;sumGLbyD=7.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,64:221:99:1725,0,5393 33979-ref 581 . A C 4603.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=405;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.7311;MQ=36.37;MQ0=0;QD=11.37;SB=3.00;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:269,135:383:99:3412,0,8252 33979-ref 599 . G A 3199.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=377;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6151;MQ=36.27;MQ0=0;QD=8.49;SB=-39.68;sumGLbyD=8.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:249,128:354:99:3229,0,7726 33979-ref 611 . A T 2659.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=323;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9006;MQ=36.21;MQ0=0;QD=8.23;SB=-73.52;sumGLbyD=8.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:222,101:319:99:2689,0,7260 33979-ref 659 . A G 68.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8934;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.14;SB=39.12;sumGLbyD=3.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:32:98.55:99,0,887 34080-ref 96 . T C 31.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.96:62,0,128 34100-ref 100 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 34100-ref 158 . A G 110.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.5446;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.79;SB=-0.01;sumGLbyD=7.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:140,0,452 34100-ref 229 . C T 25.64 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8646;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.27;SB=-0.01;sumGLbyD=9.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:55.62:56,0,119 34139-ref 52 . C T 177.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=9.84;SB=-0.01;sumGLbyD=11.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:207,0,342 34139-ref 70 . C A 294.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.60;MQ0=0;QD=11.33;SB=-0.01;sumGLbyD=12.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:325,0,462 34139-ref 113 . C T 205.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=33.68;MQ0=0;QD=10.79;SB=-0.01;sumGLbyD=12.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:235,0,324 34139-ref 114 . A G 209.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=33.68;MQ0=0;QD=11.05;SB=-0.01;sumGLbyD=12.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:240,0,320 34139-ref 128 . T C 99.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6807;MQ=34.60;MQ0=0;QD=7.68;SB=-0.01;sumGLbyD=9.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:130,0,227 34208-ref 38 . C A 27.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8293;MQ=33.02;MQ0=0;QD=3.40;SB=-21.95;sumGLbyD=7.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:7:57.19:57,0,84 34208-ref 177 . A T 5469.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5981;MQ=34.37;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=14.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,169:299:99:4568,0,4281 34208-ref 178 . C G 5735.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=333;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4886;MQ=34.44;MQ0=0;QD=17.22;SB=-0.01;sumGLbyD=14.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,175:317:99:4780,0,4739 34208-ref 211 . C T 4882.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=300;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2786;MQ=34.11;MQ0=0;QD=16.28;SB=-26.62;sumGLbyD=13.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,149:292:99:3972,0,4680 34208-ref 221 . A G 4432.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=278;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6583;MQ=34.41;MQ0=0;QD=15.94;SB=-26.62;sumGLbyD=13.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,141:265:99:3633,0,4281 34208-ref 251 . C T 11706.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=359;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.1834;MQ=36.52;MQ0=0;QD=32.61;SB=-76.99;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,354:319:99:11627,882,0 34208-ref 417 . C T 10622.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=305;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5324;MQ=36.54;MQ0=0;QD=34.83;SB=-29.63;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,304:288:99:10621,866,0 34208-ref 465 . G C 2170.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9002;MQ=35.81;MQ0=0;QD=14.00;SB=-0.01;sumGLbyD=14.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,76:146:99:2200,0,2364 34208-ref 512 . T C 3656.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5413;MQ=34.75;MQ0=0;QD=34.50;SB=-0.01;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:103:99:3586,304,0 34208-ref 514 . T C 241.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1178;MQ=34.74;MQ0=0;QD=2.39;SB=-0.01;sumGLbyD=2.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,19:97:99:271,0,2554 34208-ref 515 . A G 170.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1178;MQ=34.80;MQ0=0;QD=1.72;SB=-0.01;sumGLbyD=2.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,17:92:99:200,0,2503 34208-ref 528 . C T 2945.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.4687;MQ=35.57;MQ0=0;QD=34.25;SB=-0.01;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:84:99:2979,213,0 34208-ref 541 . G T 584.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3443;MQ=36.67;MQ0=0;QD=4.71;SB=-0.01;sumGLbyD=4.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,25:117:99:614,0,3116 34208-ref 582 . G A 7327.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7786;MQ=36.54;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,199:195:99:7327,587,0 34208-ref 619 . A C 4625.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0256;MQ=36.34;MQ0=0;QD=25.14;SB=-0.01;sumGLbyD=22.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,136:167:99:4122,0,1010 34208-ref 639 . T G 1167.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2977;MQ=36.06;MQ0=0;QD=6.75;SB=-0.01;sumGLbyD=6.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,47:165:99:1197,0,3963 34208-ref 641 . C T 4405.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.2956;MQ=36.02;MQ0=0;QD=24.89;SB=-0.01;sumGLbyD=21.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,124:169:99:3870,0,1413 34208-ref 653 . T C 1443.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8290;MQ=36.24;MQ0=0;QD=8.34;SB=-0.01;sumGLbyD=8.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,54:170:99:1473,0,3826 34208-ref 682 . G C 1349.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.8367;MQ=36.20;MQ0=0;QD=9.71;SB=-0.01;sumGLbyD=9.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,51:137:99:1379,0,2960 34208-ref 711 . T C 975.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9577;MQ=36.43;MQ0=0;QD=18.41;SB=-0.01;sumGLbyD=18.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,35:50:99:1006,0,542 34208-ref 743 . A G 422.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2965;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.41;SB=-0.01;sumGLbyD=12.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:32:99:452,0,553 34235-ref 10 . A T 158.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=22.62;SB=-0.01;sumGLbyD=27.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.02:191,18,0 34235-ref 40 . T C 203.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.1343;MQ=35.72;MQ0=0;QD=25.45;SB=-0.01;sumGLbyD=29.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:6:18.06:236,18,0 34271-ref 231 . G C 59.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.73;SB=-0.01;sumGLbyD=30.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 34294-ref 26 . A T 18.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=32.73;MQ0=0;QD=3.79;SB=-19.68;sumGLbyD=9.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:48.91:49,0,56 34294-ref 28 . G T 100.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9975;MQ=34.39;MQ0=0;QD=12.53;SB=-23.61;sumGLbyD=16.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:6:50.15:130,0,50 34294-ref 114 . G A 73.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=2.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,6:41:99:103,0,1262 34294-ref 136 . A G 428.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:461,36,0 34294-ref 145 . T C 17.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.46;SB=-0.01;sumGLbyD=6.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:47.13:47,0,178 34341-ref 106 . G A 113.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=36.40;MQ0=0;QD=6.65;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:15:99:143,0,351 34350-ref 33 . T C 1092.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.4628;MQ=35.66;MQ0=0;QD=7.14;SB=-59.18;sumGLbyD=7.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,46:138:99:1122,0,3054 34350-ref 77 . A G 236.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0757;MQ=36.01;MQ0=0;QD=1.03;SB=6.01;sumGLbyD=1.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,30:213:99:266,0,6034 34350-ref 118 . T A 4229.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9538;MQ=36.62;MQ0=0;QD=14.63;SB=-53.24;sumGLbyD=11.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,120:266:99:3401,0,4672 34350-ref 132 . T A 5236.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2257;MQ=36.53;MQ0=0;QD=18.77;SB=-26.62;sumGLbyD=15.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,144:269:99:4426,0,4053 34350-ref 225 . G A 2610.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.7788;MQ=36.23;MQ0=0;QD=19.48;SB=-0.01;sumGLbyD=19.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,87:121:99:2641,0,1121 34350-ref 271 . G C 1718.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0346;MQ=31.46;MQ0=0;QD=15.08;SB=3.00;sumGLbyD=15.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,68:108:99:1749,0,1208 34350-ref 281 . A G 1308.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9532;MQ=31.87;MQ0=0;QD=11.09;SB=3.00;sumGLbyD=11.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:109:99:1338,0,1677 34350-ref 284 . C T 1368.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4224;MQ=31.92;MQ0=0;QD=11.50;SB=3.00;sumGLbyD=11.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:114:99:1398,0,1738 34350-ref 288 . A C 1287.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4850;MQ=31.93;MQ0=0;QD=11.19;SB=3.00;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:109:99:1317,0,1729 34350-ref 354 . T G 2171.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4689;MQ=36.91;MQ0=0;QD=19.39;SB=-0.01;sumGLbyD=19.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,72:101:99:2201,0,1027 34350-ref 551 . C A 12.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9834;MQ=35.12;MQ0=0;QD=1.13;SB=-0.01;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:11:42.15:42,0,259 34350-ref 552 . C G 121.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9834;MQ=35.12;MQ0=0;QD=11.07;SB=-0.01;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:152,0,176 34350-ref 553 . C G 85.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7183;MQ=34.39;MQ0=0;QD=10.65;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:115,0,115 34350-ref 554 . A G 100.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7183;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.79;SB=-0.01;sumGLbyD=21.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:6:23.53:131,0,24 34368-ref 56 . G T 918.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.5246;MQ=36.89;MQ0=0;QD=9.77;SB=3.00;sumGLbyD=10.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:74:99:949,0,1313 34368-ref 148 . T G 691.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.1956;MQ=36.89;MQ0=0;QD=7.68;SB=-0.01;sumGLbyD=8.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,26:87:99:722,0,2049 34368-ref 416 . G A 1314.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.3589;MQ=36.74;MQ0=0;QD=11.34;SB=-0.01;sumGLbyD=11.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:106:99:1345,0,1934 34368-ref 457 . G A 1419.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=10.8694;MQ=36.79;MQ0=0;QD=9.86;SB=-0.01;sumGLbyD=10.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,56:136:99:1449,0,2786 34368-ref 508 . T C 119.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.99;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:99:150,0,855 34368-ref 512 . G C 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0 34368-ref 513 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0 34452-ref 131 . A T 88.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=17.70;SB=-0.01;sumGLbyD=23.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.94:118,0,22 34452-ref 172 . T C 164.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4689;MQ=34.39;MQ0=0;QD=20.56;SB=-0.01;sumGLbyD=24.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:55.94:195,0,56 34452-ref 232 . 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C A 3089.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.0671;MQ=36.73;MQ0=0;QD=16.43;SB=-0.01;sumGLbyD=16.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,100:187:99:3120,0,2693 34469-ref 75 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.03:120,9,0 34469-ref 197 . G A 118.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.60;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0 34469-ref 203 . G T 72.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=25.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:103,0,27 34469-ref 256 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 34494-ref 84 . G A 69.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.38;SB=-0.01;sumGLbyD=24.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:100,0,27 34494-ref 435 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 34516-ref 63 . A T 99.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8653;MQ=35.06;MQ0=0;QD=6.24;SB=-0.01;sumGLbyD=8.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:14:99:130,0,295 34516-ref 81 . C T 969.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=33.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:27:81.24:1003,81,0 34516-ref 82 . A G 402.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=13.40;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:26:99:432,0,380 34516-ref 86 . T C 354.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=11.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:29:99:384,0,539 34516-ref 133 . T C 98.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.06;SB=-0.01;sumGLbyD=2.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,6:37:99:129,0,1071 34516-ref 134 . C A 86.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.81;SB=-0.01;sumGLbyD=2.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,6:41:99:117,0,1167 34516-ref 191 . G A 872.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.46;MQ0=0;QD=15.58;SB=-32.25;sumGLbyD=16.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:54:99:902,0,790 34516-ref 385 . C G 33.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9245;MQ=33.65;MQ0=0;QD=3.03;SB=3.00;sumGLbyD=5.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:10:63.36:63,0,217 34527-ref 37 . A C 109.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=32.41;MQ0=0;QD=15.61;SB=-34.80;sumGLbyD=20.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:4:12.03:142,12,0 34527-ref 73 . A G 178.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9977;MQ=32.22;MQ0=0;QD=19.79;SB=24.09;sumGLbyD=23.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:34.63:208,0,35 34527-ref 82 . T C 151.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9994;MQ=32.22;MQ0=0;QD=16.79;SB=6.29;sumGLbyD=20.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:63.50:181,0,63 34538-ref 112 . A C 172.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.64;SB=-0.01;sumGLbyD=29.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:205,21,0 34538-ref 116 . C A 263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:296,30,0 34538-ref 132 . G C 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9615;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.12:74,0,62 34538-ref 201 . A T 127.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=15.94;SB=17.30;sumGLbyD=19.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:7:3.66:157,0,4 34538-ref 211 . A C 167.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.93;SB=-0.01;sumGLbyD=28.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.02:200,21,0 34553-ref 10 . G A 16.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.9187;MQ=35.48;MQ0=0;QD=0.61;SB=-0.01;sumGLbyD=1.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,4:24:46.29:46,0,673 34553-ref 27 . G T 425.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3470;MQ=34.58;MQ0=0;QD=5.39;SB=-37.00;sumGLbyD=5.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:72:99:456,0,1724 34553-ref 38 . G A 79.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2909;MQ=35.18;MQ0=0;QD=1.17;SB=-0.01;sumGLbyD=1.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,10:62:99:110,0,1804 34553-ref 40 . C G 68.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.60;MQ0=0;QD=1.37;SB=-0.01;sumGLbyD=1.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,7:38:98.56:99,0,1016 34553-ref 45 . A C 1633.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.35;MQ0=0;QD=34.75;SB=-0.01;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:44:99:1666,132,0 34553-ref 67 . T C 1639.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5192;MQ=36.62;MQ0=0;QD=15.33;SB=3.00;sumGLbyD=15.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:96:99:1670,0,1427 34553-ref 124 . C G 15360.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=434;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.5135;MQ=36.64;MQ0=0;QD=35.39;SB=-168.89;sumGLbyD=35.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,431:408:99:15291,1186,0 34553-ref 186 . A C 2116.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.6021;MQ=35.00;MQ0=0;QD=9.53;SB=-263.53;sumGLbyD=9.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,87:209:99:2146,0,3654 34553-ref 200 . T G 2154.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.2537;MQ=33.49;MQ0=0;QD=14.86;SB=-614.23;sumGLbyD=15.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,84:135:99:2184,0,1510 34553-ref 201 . A G 324.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.2832;MQ=33.70;MQ0=0;QD=2.35;SB=-47.16;sumGLbyD=2.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,21:123:99:354,0,3036 34599-ref 7 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 34655-ref 1 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 34655-ref 102 . G A 150.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7878;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.90;SB=-0.01;sumGLbyD=9.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:16:99:180,0,311 34655-ref 106 . T G 344.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8938;MQ=36.60;MQ0=0;QD=13.76;SB=-0.01;sumGLbyD=14.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:374,0,413 34655-ref 120 . A T 261.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.12;MQ0=0;QD=11.35;SB=-0.01;sumGLbyD=12.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:291,0,436 34698-ref 113 . C T 376.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.01;HRun=3;HaplotypeScore=6.1943;MQ=36.90;MQ0=0;QD=3.62;SB=6.01;sumGLbyD=3.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,18:96:99:407,0,2683 34698-ref 116 . C T 369.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.3915;MQ=36.81;MQ0=0;QD=3.55;SB=-20.60;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,19:101:99:399,0,2767 34698-ref 135 . 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G C 897.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7269;MQ=35.59;MQ0=0;QD=5.86;SB=-0.01;sumGLbyD=6.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,40:136:99:927,0,3232 34698-ref 436 . C T 1186.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2822;MQ=35.75;MQ0=0;QD=6.02;SB=-26.62;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,54:187:99:1216,0,4570 34698-ref 462 . A T 9373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=273;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9458;MQ=36.56;MQ0=0;QD=34.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,272:254:99:9342,761,0 34698-ref 511 . C T 2689.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=298;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.5042;MQ=36.66;MQ0=0;QD=9.02;SB=-61.58;sumGLbyD=9.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,118:266:99:2719,0,5260 34698-ref 547 . C T 17394.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=501;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.1569;MQ=36.43;MQ0=0;QD=34.72;SB=-146.75;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,501:467:99:17392,1405,0 34698-ref 595 . A G 5798.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=330;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.7695;MQ=36.60;MQ0=0;QD=17.57;SB=-50.23;sumGLbyD=14.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,164:319:99:4838,0,5077 34698-ref 661 . G A 9490.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=427;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6290;MQ=36.60;MQ0=0;QD=22.23;SB=-20.60;sumGLbyD=19.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,259:403:99:8276,0,4578 34698-ref 714 . G C 4804.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=312;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.6413;MQ=36.45;MQ0=0;QD=15.40;SB=3.00;sumGLbyD=12.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,135:299:99:3867,0,5547 34698-ref 717 . A G 3222.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.2162;MQ=36.43;MQ0=0;QD=11.39;SB=3.00;sumGLbyD=11.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,115:272:99:3252,0,5113 34698-ref 802 . T C 6894.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=440;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=54.6898;MQ=36.91;MQ0=0;QD=15.67;SB=-0.01;sumGLbyD=13.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,213:355:99:5768,0,5211 34736-ref 395 . T G 444.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=39.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:478,36,0 34736-ref 396 . A T 435.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:469,36,0 34857-ref 72 . T C 2374.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6648;MQ=36.02;MQ0=0;QD=15.22;SB=-0.01;sumGLbyD=15.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,82:143:99:2405,0,2004 34857-ref 73 . A T 2653.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.6648;MQ=36.07;MQ0=0;QD=16.18;SB=3.00;sumGLbyD=16.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,88:155:99:2684,0,2151 34857-ref 116 . C G 6350.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=364;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0126;MQ=36.69;MQ0=0;QD=17.45;SB=-0.01;sumGLbyD=14.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,172:357:99:5275,0,6094 34857-ref 254 . G A 2138 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9318;MQ=36.93;MQ0=0;QD=15.27;SB=-0.01;sumGLbyD=15.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,68:139:99:2168,0,2387 34857-ref 273 . C T 1506.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5360;MQ=36.52;MQ0=0;QD=14.21;SB=-549.85;sumGLbyD=14.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:102:99:1536,0,1750 34857-ref 367 . G A 49.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.94;SB=-0.01;sumGLbyD=7.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:10:79.37:79,0,202 34900-ref 130 . T C 126.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=18.08;SB=-0.01;sumGLbyD=22.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.95:157,0,59 34900-ref 160 . T C 38.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.73;SB=-0.01;sumGLbyD=17.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:3:17.66:69,0,18 34900-ref 322 . C T 268.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.21;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=9.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:26:99:298,0,441 34900-ref 344 . T G 220.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.47;MQ0=0;QD=10.04;SB=6.00;sumGLbyD=11.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:251,0,372 34900-ref 352 . A T 647.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.71;MQ0=0;QD=30.81;SB=-103.81;sumGLbyD=32.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.15:680,60,0 34900-ref 373 . C T 722.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.70;MQ0=0;QD=31.41;SB=-99.67;sumGLbyD=32.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.15:755,66,0 34900-ref 436 . C T 339.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.08:372,30,0 34900-ref 441 . G A 719.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9838;MQ=30.97;MQ0=0;QD=14.69;SB=-26.62;sumGLbyD=15.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:47:99:750,0,467 34900-ref 448 . T C 9455.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=368;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6827;MQ=26.86;MQ0=0;QD=25.69;SB=-132.36;sumGLbyD=23.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,349:334:99:8771,352,0 34900-ref 475 . T C 1789.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=948;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.2712;MQ=29.72;MQ0=0;QD=1.89;SB=24.05;sumGLbyD=1.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:782,162:888:99:1819,0,21250 34900-ref 484 . G A 27687.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=910;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.7025;MQ=29.62;MQ0=0;QD=30.43;SB=-86.91;sumGLbyD=30.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,906:862:99:27652,2588,0 34900-ref 497 . G T 26412.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=868;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.9945;MQ=29.60;MQ0=0;QD=30.43;SB=-0.01;sumGLbyD=29.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,835:840:99:25463,1585,0 34900-ref 498 . G C 26841.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=866;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0787;MQ=29.59;MQ0=0;QD=31.00;SB=-0.01;sumGLbyD=29.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,836:851:99:25918,1644,0 34900-ref 530 . G A 356.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.5432;MQ=32.18;MQ0=0;QD=7.12;SB=-24.67;sumGLbyD=7.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:43:99:386,0,802 34900-ref 531 . C T 179.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.5432;MQ=32.58;MQ0=0;QD=3.83;SB=-24.67;sumGLbyD=4.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:39:99:210,0,930 34900-ref 534 . C A 409.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.9280;MQ=31.41;MQ0=0;QD=8.04;SB=3.00;sumGLbyD=8.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:48:99:440,0,869 34900-ref 571 . A G 371.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7123;MQ=31.62;MQ0=0;QD=7.91;SB=-21.66;sumGLbyD=8.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:402,0,859 34900-ref 578 . G C 826.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=31.95;MQ0=0;QD=18.38;SB=3.00;sumGLbyD=19.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:42:99:857,0,335 34900-ref 616 . G C 149.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.85;MQ0=0;QD=14.92;SB=-0.01;sumGLbyD=17.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:9:78.70:179,0,79 34900-ref 620 . G C 162.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=27.13;SB=-0.01;sumGLbyD=32.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:196,18,0 34900-ref 633 . G A 108.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=14.41;sumGLbyD=23.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:3.65:138,0,4 34900-ref 652 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.02:70,6,0 35015-ref 255 . 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C G 976.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9911;MQ=32.97;MQ0=0;QD=10.28;SB=273.66;sumGLbyD=10.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:92:99:1007,0,1658 35043-ref 38 . G A 3042.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.0560;MQ=36.07;MQ0=0;QD=19.76;SB=-371.21;sumGLbyD=19.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,103:126:99:3073,0,804 35043-ref 115 . A G 2549.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=62.6440;MQ=36.55;MQ0=0;QD=9.41;SB=-0.01;sumGLbyD=9.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,93:254:99:2580,0,4627 35043-ref 121 . C T 110.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=60.8379;MQ=36.51;MQ0=0;QD=0.45;SB=3.00;sumGLbyD=0.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,24:231:99:141,0,7277 35043-ref 139 . T C 159.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=281;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=29.9288;MQ=36.57;MQ0=0;QD=0.57;SB=-20.62;sumGLbyD=0.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:251,27:248:99:190,0,7351 35043-ref 199 . C T 4775.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=333;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=83.3498;MQ=36.64;MQ0=0;QD=14.34;SB=-49.31;sumGLbyD=11.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,138:305:99:3856,0,5588 35043-ref 202 . C T 9014.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=335;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=86.1258;MQ=36.61;MQ0=0;QD=26.91;SB=-23.64;sumGLbyD=24.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,261:312:99:8075,0,1668 35043-ref 249 . G T 694.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=27.2026;MQ=36.80;MQ0=0;QD=2.24;SB=3.00;sumGLbyD=2.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:261,48:269:99:724,0,7456 35043-ref 316 . T A 7317.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=411;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=74.6129;MQ=35.06;MQ0=0;QD=17.81;SB=-48.31;sumGLbyD=14.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,217:393:99:6106,0,5567 35043-ref 318 . A G 364.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=408;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=76.0119;MQ=35.05;MQ0=0;QD=0.89;SB=3.00;sumGLbyD=0.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:354,51:387:99:395,0,11084 35043-ref 325 . A C 7028.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=417;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=85.4814;MQ=34.96;MQ0=0;QD=16.86;SB=-26.62;sumGLbyD=13.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,205:400:99:5823,0,6259 35043-ref 353 . T C 4500.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=352;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.0676;MQ=34.18;MQ0=0;QD=12.79;SB=-51.28;sumGLbyD=9.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,140:345:99:3424,0,6802 35043-ref 367 . A G 2680.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=268;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.9096;MQ=32.66;MQ0=0;QD=10.00;SB=-53.24;sumGLbyD=10.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,118:262:99:2710,0,4656 35043-ref 384 . A G 4241.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7346;MQ=32.14;MQ0=0;QD=17.75;SB=-0.01;sumGLbyD=14.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,143:225:99:3536,0,2719 35043-ref 394 . A T 4909.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=242;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.5963;MQ=32.72;MQ0=0;QD=20.29;SB=-26.62;sumGLbyD=17.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,156:233:99:4170,0,2457 35043-ref 420 . A G 6513.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=331;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4509;MQ=34.71;MQ0=0;QD=19.68;SB=-37.00;sumGLbyD=16.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,190:317:99:5536,0,4009 35043-ref 433 . G A 6057.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=394;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.5891;MQ=35.16;MQ0=0;QD=15.37;SB=-60.97;sumGLbyD=12.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,186:371:99:4939,0,6216 35043-ref 463 . T C 9808.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=368;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.7382;MQ=35.05;MQ0=0;QD=26.65;SB=-23.61;sumGLbyD=23.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,287:350:99:8716,0,1887 35043-ref 500 . G T 13002.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=835;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=185.9432;MQ=34.07;MQ0=0;QD=15.57;SB=-23.61;sumGLbyD=12.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:434,395:796:99:10603,0,13159 35043-ref 502 . A G 10268.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=839;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=159.2931;MQ=34.03;MQ0=0;QD=12.24;SB=-55.86;sumGLbyD=9.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:520,318:794:99:7848,0,15773 35043-ref 523 . A C 2641.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=707;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=81.6281;MQ=34.08;MQ0=0;QD=3.74;SB=-5.50;sumGLbyD=3.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:546,161:637:99:2672,0,15512 35043-ref 541 . C G 6940.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=474;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=92.0817;MQ=35.99;MQ0=0;QD=14.64;SB=-98.34;sumGLbyD=8.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:252,166:424:99:3996,0,7328 35043-ref 563 . T A 641.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=852;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=100.0406;MQ=36.74;MQ0=0;QD=0.75;SB=-15.94;sumGLbyD=0.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:746,92:698:99:672,0,20493 35043-ref 614 . G T 11860.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=886;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=79.7422;MQ=36.81;MQ0=0;QD=13.39;SB=6.01;sumGLbyD=10.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:571,315:868:99:9246,0,18952 35043-ref 627 . A C 6187.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=431;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=73.3035;MQ=36.46;MQ0=0;QD=14.36;SB=3.00;sumGLbyD=11.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,172:397:99:4846,0,7290 35043-ref 668 . G A 76.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.4431;MQ=36.00;MQ0=0;QD=0.30;SB=9.01;sumGLbyD=0.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:231,25:250:99:106,0,7649 35043-ref 690 . G A 5856.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=42.7010;MQ=35.48;MQ0=0;QD=21.45;SB=-156.09;sumGLbyD=18.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,170:260:99:5073,0,2851 35043-ref 710 . G A 4717.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.1096;MQ=34.88;MQ0=0;QD=21.94;SB=-154.45;sumGLbyD=19.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,142:207:99:4094,0,2015 35051-ref 21 . C T 291.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2843;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.11;SB=-35.57;sumGLbyD=7.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:28:99:321,0,559 35051-ref 139 . C A 1439.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7957;MQ=36.91;MQ0=0;QD=12.20;SB=-0.01;sumGLbyD=12.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,55:106:99:1469,0,1863 35051-ref 219 . G A 1261.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.05;SB=-0.01;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1295,102,0 35051-ref 234 . T C 174.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.48;SB=-0.01;sumGLbyD=20.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:205,0,114 35062-ref 60 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 35153-ref 198 . T G 69.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.49;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:19:99:100,0,488 35153-ref 295 . G A 1145.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9993;MQ=36.62;MQ0=0;QD=21.61;SB=-0.01;sumGLbyD=22.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,35:52:99:1175,0,482 35153-ref 327 . A C 1577.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.62;MQ0=0;QD=19.96;SB=-0.01;sumGLbyD=20.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:78:99:1607,0,914 35153-ref 351 . C T 805.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8664;MQ=36.37;MQ0=0;QD=8.31;SB=-0.01;sumGLbyD=8.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,32:92:99:836,0,1967 35153-ref 362 . T C 2766.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3545;MQ=36.19;MQ0=0;QD=31.44;SB=-0.01;sumGLbyD=31.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:77:99:2800,232,0 35153-ref 414 . A G 854.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9932;MQ=34.01;MQ0=0;QD=34.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.20:888,75,0 35153-ref 424 . T C 26.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=5.8657;MQ=34.78;MQ0=0;QD=1.87;SB=-0.01;sumGLbyD=4.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:13:56.13:56,0,349 35153-ref 429 . 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T G 492.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9689;MQ=35.06;MQ0=0;QD=10.26;SB=-25.54;sumGLbyD=10.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:44:99:522,0,830 35447-ref 58 . G C 171.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.3761;MQ=35.19;MQ0=0;QD=3.00;SB=-24.67;sumGLbyD=3.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,12:49:99:201,0,1248 35447-ref 69 . G A 143.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.34;MQ0=0;QD=2.11;SB=-0.01;sumGLbyD=2.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,12:63:99:173,0,1721 35447-ref 83 . G T 163.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.23;MQ0=0;QD=2.34;SB=3.00;sumGLbyD=2.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,13:70:99:194,0,1971 35447-ref 100 . T C 1034.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.86;MQ0=0;QD=17.84;SB=-37.00;sumGLbyD=18.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:57:99:1065,0,632 35447-ref 137 . A G 193.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9639;MQ=35.12;MQ0=0;QD=17.58;SB=-0.01;sumGLbyD=20.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:223,0,116 35447-ref 138 . A G 58.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9639;MQ=34.39;MQ0=0;QD=7.32;SB=-0.01;sumGLbyD=11.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:88.57:89,0,129 35542-ref 46 . G A 65.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.3320;MQ=36.22;MQ0=0;QD=2.53;SB=7.99;sumGLbyD=3.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:26:95.88:96,0,729 35542-ref 96 . G A 19.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9992;MQ=35.87;MQ0=0;QD=2.22;SB=-0.01;sumGLbyD=5.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:49.93:50,0,204 35690-ref 59 . C T 24.51 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.50;SB=-0.01;sumGLbyD=7.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:54.49:54,0,173 35690-ref 210 . T C 332.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.33;SB=-0.01;sumGLbyD=13.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:24:99:363,0,429 35690-ref 370 . A T 56.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9336;MQ=36.15;MQ0=0;QD=4.74;SB=-0.01;sumGLbyD=7.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:11:86.91:87,0,285 35690-ref 374 . G A 431.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9336;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.95;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:464,36,0 35690-ref 377 . T C 173.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9336;MQ=35.87;MQ0=0;QD=19.29;SB=-0.01;sumGLbyD=22.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:55.94:204,0,56 35690-ref 583 . T C 98.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9862;MQ=27.37;MQ0=0;QD=16.36;SB=15.26;sumGLbyD=21.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:20.54:128,0,21 35690-ref 598 . G A 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9650;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=3.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.10:74,0,61 35701-ref 21 . A G 442.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=35.90;MQ0=0;QD=11.96;SB=-26.62;sumGLbyD=12.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:35:99:473,0,641 35701-ref 23 . T A 485.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9894;MQ=35.90;MQ0=0;QD=13.11;SB=-26.62;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:515,0,668 35701-ref 54 . T C 1196.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9982;MQ=36.69;MQ0=0;QD=12.21;SB=-0.01;sumGLbyD=12.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:96:99:1226,0,1832 35702-ref 61 . G A 5183.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.6390;MQ=36.83;MQ0=0;QD=29.29;SB=-59.25;sumGLbyD=29.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,174:146:99:5145,436,0 35702-ref 181 . C A 443.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=34.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:477,39,0 35887-ref 70 . G A 3795.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.79;MQ0=0;QD=36.49;SB=-66.98;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:99:99:3795,298,0 35887-ref 126 . A T 2110.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.2730;MQ=36.90;MQ0=0;QD=10.45;SB=-29.50;sumGLbyD=10.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,82:167:99:2141,0,3028 35887-ref 183 . T C 4148.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=247;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.1335;MQ=36.01;MQ0=0;QD=16.80;SB=-26.62;sumGLbyD=13.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,117:235:99:3441,0,3962 35887-ref 191 . T G 752.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.6738;MQ=35.37;MQ0=0;QD=5.97;SB=3.00;sumGLbyD=6.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,35:115:99:783,0,2680 35887-ref 293 . C T 6384 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=352;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.8071;MQ=36.89;MQ0=0;QD=18.14;SB=-33.31;sumGLbyD=15.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,180:332:99:5384,0,5278 35887-ref 349 . T C 1715.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.7970;MQ=36.72;MQ0=0;QD=7.66;SB=-0.01;sumGLbyD=7.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,66:206:99:1746,0,4739 35887-ref 359 . C A 5108.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.0733;MQ=36.80;MQ0=0;QD=24.32;SB=-32.25;sumGLbyD=21.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,145:200:99:4505,0,1730 35887-ref 426 . C T 11416.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5207;MQ=36.90;MQ0=0;QD=36.83;SB=-29.63;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,310:302:99:11415,909,0 35887-ref 542 . A G 2970.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4475;MQ=36.93;MQ0=0;QD=20.77;SB=-0.01;sumGLbyD=20.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,95:135:99:3000,0,1280 35887-ref 575 . G A 1753.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.5317;MQ=36.65;MQ0=0;QD=15.38;SB=-0.01;sumGLbyD=15.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:107:99:1784,0,1603 35887-ref 605 . C T 1586.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3424;MQ=36.37;MQ0=0;QD=16.03;SB=3.00;sumGLbyD=16.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:87:99:1617,0,1033 35887-ref 653 . T G 2710.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7236;MQ=36.77;MQ0=0;QD=15.40;SB=3.00;sumGLbyD=15.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,92:162:99:2741,0,2347 35887-ref 711 . C T 2796.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6714;MQ=36.69;MQ0=0;QD=17.16;SB=-0.01;sumGLbyD=17.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,89:159:99:2826,0,2250 35887-ref 717 . G A 2586.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0783;MQ=36.70;MQ0=0;QD=15.58;SB=-0.01;sumGLbyD=15.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,88:152:99:2617,0,2158 35887-ref 750 . G C 1894.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.7358;MQ=36.76;MQ0=0;QD=11.41;SB=-0.01;sumGLbyD=11.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,70:154:99:1925,0,2914 35887-ref 864 . T C 8722.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=267;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.0558;MQ=36.85;MQ0=0;QD=32.67;SB=-0.01;sumGLbyD=32.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,265:235:99:8653,664,0 35887-ref 924 . A T 1897.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.4812;MQ=36.74;MQ0=0;QD=16.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,59:114:99:1927,0,1775 35892-ref 19 . C T 261.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8847;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.69;SB=-0.01;sumGLbyD=10.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:26:99:292,0,547 35892-ref 70 . T C 2020.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8592;MQ=36.71;MQ0=0;QD=19.43;SB=-0.01;sumGLbyD=19.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,65:98:99:2050,0,1048 35892-ref 91 . A C 2819.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2310;MQ=36.76;MQ0=0;QD=16.98;SB=3.00;sumGLbyD=17.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,91:162:99:2849,0,2356 35892-ref 186 . C T 581.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.03;HRun=2;HaplotypeScore=10.6199;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.63;SB=-0.01;sumGLbyD=18.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:612,0,381 35922-ref 4 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 35922-ref 22 . C T 119.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.48;MQ0=0;QD=19.94;SB=-0.01;sumGLbyD=25.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:4:12.04:152,12,0 35922-ref 70 . C T 272.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=22.68;SB=-0.01;sumGLbyD=25.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:10:30.06:305,30,0 35922-ref 80 . C T 226.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=22.67;SB=-0.01;sumGLbyD=25.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.03:260,27,0 35922-ref 85 . T C 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0 35922-ref 86 . G A 273.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=27.36;SB=-0.01;sumGLbyD=30.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:307,30,0 35929-ref 163 . T C 1785.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.7085;MQ=36.58;MQ0=0;QD=12.32;SB=-55.86;sumGLbyD=12.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,72:117:99:1816,0,1704 35939-ref 3 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0 35939-ref 34 . T C 418.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.86;SB=-0.01;sumGLbyD=37.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:451,36,0 35939-ref 92 . C T 239.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.42;SB=-0.01;sumGLbyD=20.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:11:83.04:269,0,83 35965-ref 31 . G T 656.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.0993;MQ=36.67;MQ0=0;QD=7.06;SB=-0.01;sumGLbyD=7.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,34:71:99:686,0,1490 35965-ref 40 . C G 1248.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4359;MQ=36.73;MQ0=0;QD=11.04;SB=-30.43;sumGLbyD=11.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:101:99:1278,0,1912 35965-ref 196 . A C 4772.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7767;MQ=36.85;MQ0=0;QD=22.51;SB=3.00;sumGLbyD=19.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,141:192:99:4194,0,1811 35965-ref 260 . A G 2782.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1000;MQ=35.94;MQ0=0;QD=20.61;SB=-63.62;sumGLbyD=20.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,89:134:99:2813,0,1327 35965-ref 295 . A G 1485.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9908;MQ=35.30;MQ0=0;QD=16.33;SB=-0.01;sumGLbyD=16.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:89:99:1516,0,1188 35965-ref 296 . A G 1272.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9908;MQ=35.11;MQ0=0;QD=15.51;SB=-0.01;sumGLbyD=15.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:78:99:1302,0,953 36057-ref 82 . T A 18991.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=575;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.8180;MQ=36.40;MQ0=0;QD=33.03;SB=-282.89;sumGLbyD=32.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,574:514:99:18956,1543,0 36057-ref 115 . C T 2562.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.0599;MQ=35.79;MQ0=0;QD=14.98;SB=42.10;sumGLbyD=15.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,95:149:99:2592,0,2102 36057-ref 147 . G A 5063.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=297;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.6792;MQ=36.56;MQ0=0;QD=17.05;SB=3.00;sumGLbyD=14.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,158:260:99:4279,0,3604 36057-ref 166 . A C 4965.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=275;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7670;MQ=36.74;MQ0=0;QD=18.06;SB=-103.40;sumGLbyD=15.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,137:262:99:4176,0,4169 36057-ref 265 . C A 129.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=21.61;SB=-0.01;sumGLbyD=26.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.26:160,0,21 36057-ref 266 . C G 99.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=19.83;SB=-0.01;sumGLbyD=25.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:129,0,25 36060-ref 5 . G A 443.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.9859;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.86;SB=-0.01;sumGLbyD=10.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,36:23:99:474,0,130 36060-ref 111 . G C 11552.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=699;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.7847;MQ=36.84;MQ0=0;QD=16.53;SB=6.01;sumGLbyD=13.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:363,331:643:99:9564,0,10667 36060-ref 234 . C T 606.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4496;MQ=35.23;MQ0=0;QD=17.33;SB=-0.01;sumGLbyD=18.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:33:99:637,0,315 36060-ref 238 . T G 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9982;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:58.07:74,0,58 36097-ref 38 . T A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 36097-ref 45 . A T 53.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=17.96;SB=-0.01;sumGLbyD=28.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:86,9,0 36097-ref 161 . G T 358.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=4.1011;MQ=23.00;MQ0=0;QD=8.53;SB=-0.01;sumGLbyD=9.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:26:99:388,0,166 36097-ref 179 . T G 2881.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.7573;MQ=23.10;MQ0=0;QD=15.75;SB=3.00;sumGLbyD=15.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,138:154:99:2911,0,414 36097-ref 232 . G T 2693.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.3559;MQ=23.32;MQ0=0;QD=11.92;SB=42.03;sumGLbyD=12.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,125:221:99:2724,0,2093 36097-ref 244 . G A 120.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.4359;MQ=23.63;MQ0=0;QD=1.40;SB=39.03;sumGLbyD=1.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,14:84:99:151,0,1681 36131-ref 154 . A G 1746.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.5510;MQ=36.82;MQ0=0;QD=9.60;SB=3.00;sumGLbyD=9.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,62:175:99:1776,0,3734 36131-ref 290 . A T 1125.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.8450;MQ=36.18;MQ0=0;QD=15.21;SB=-0.01;sumGLbyD=15.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:69:99:1156,0,959 36131-ref 301 . T A 51.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4603;MQ=36.20;MQ0=0;QD=1.35;SB=-0.01;sumGLbyD=2.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,5:37:81.32:81,0,1049 36131-ref 376 . A G 188.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9730;MQ=36.28;MQ0=0;QD=11.76;SB=-0.01;sumGLbyD=13.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:218,0,246 36158-ref 203 . T A 16.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8245;MQ=33.22;MQ0=0;QD=1.21;SB=21.05;sumGLbyD=3.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:46.79:47,0,314 36158-ref 210 . A C 87.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=12;HaplotypeScore=24.4430;MQ=32.11;MQ0=0;QD=7.98;SB=24.57;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:9:99:118,0,134 36210-ref 102 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 36247-ref 30 . T A 226.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.98;MQ0=0;QD=22.62;SB=-0.01;sumGLbyD=25.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:9:12.93:256,0,13 36247-ref 211 . A T 541.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7046;MQ=36.63;MQ0=0;QD=20.04;SB=-0.01;sumGLbyD=21.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:24:99:571,0,191 36316-ref 75 . A G 34.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:6:64.97:65,0,92 36316-ref 127 . G A 78.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=6.57;SB=-0.01;sumGLbyD=9.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:109,0,268 36316-ref 293 . T G 200.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.72;SB=-0.01;sumGLbyD=19.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:231,0,144 36316-ref 330 . A T 102.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9360;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.30;SB=-0.01;sumGLbyD=12.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:9:99:132,0,162 36316-ref 436 . A G 51.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=12.84;SB=-22.69;sumGLbyD=20.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:81,0,28 36316-ref 447 . T C 149.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.88;SB=-29.38;sumGLbyD=36.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:182,15,0 36316-ref 526 . G A 167.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4581;MQ=35.72;MQ0=0;QD=9.85;SB=-0.01;sumGLbyD=11.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:15:99:197,0,231 36316-ref 544 . A C 148.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8295;MQ=36.27;MQ0=0;QD=10.63;SB=-0.01;sumGLbyD=12.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:13:99:179,0,236 36316-ref 808 . A G 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:64.10:68,0,64 36316-ref 812 . T G 35.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=16.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:65.76:66,0,68 36316-ref 843 . C A 43.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:73.92:74,0,211 36316-ref 1020 . C A 141.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7839;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.60;SB=-0.01;sumGLbyD=28.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:11.57:171,0,12 36316-ref 1030 . A T 69.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7423;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.63;SB=-0.01;sumGLbyD=16.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:89.37:100,0,89 36316-ref 1213 . T C 71.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:104,9,0 36386-ref 111 . C G 69.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.91;SB=-0.01;sumGLbyD=19.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:58.39:100,0,58 36386-ref 234 . T A 177.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.9989;MQ=35.53;MQ0=0;QD=25.31;SB=-78.21;sumGLbyD=30.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:7:18.04:210,18,0 36386-ref 236 . T A 67.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.98;SB=9.95;sumGLbyD=24.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:17.59:98,0,18 36413-ref 2 . G C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 36413-ref 156 . C A 65.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.28;MQ0=0;QD=10.96;SB=-0.01;sumGLbyD=15.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:85.53:96,0,86 36464-ref 69 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 36536-ref 154 . A G 139.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9912;MQ=36.74;MQ0=0;QD=3.59;SB=-0.01;sumGLbyD=4.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,8:39:99:170,0,1028 36536-ref 183 . C G 245.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=7.0836;MQ=36.53;MQ0=0;QD=5.70;SB=-0.01;sumGLbyD=6.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:42:99:275,0,1006 36536-ref 225 . G T 166.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3348;MQ=35.72;MQ0=0;QD=5.22;SB=3.00;sumGLbyD=6.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:28:99:197,0,590 36536-ref 232 . G A 223.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3348;MQ=35.72;MQ0=0;QD=6.99;SB=-26.62;sumGLbyD=7.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:28:99:254,0,580 36536-ref 271 . T A 317.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9645;MQ=36.54;MQ0=0;QD=14.45;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:348,0,356 36536-ref 307 . G A 793.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.19;MQ0=0;QD=31.72;SB=-0.01;sumGLbyD=33.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:22:66.20:826,66,0 36536-ref 335 . A G 291.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.32;MQ0=0;QD=8.33;SB=-0.01;sumGLbyD=9.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:32:99:321,0,624 36536-ref 347 . A C 205.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7136;MQ=33.58;MQ0=0;QD=5.55;SB=3.00;sumGLbyD=6.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:34:99:235,0,747 36536-ref 372 . A G 559.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3476;MQ=34.74;MQ0=0;QD=10.18;SB=-0.01;sumGLbyD=10.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:54:99:590,0,1029 36536-ref 381 . G A 592.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.3473;MQ=35.04;MQ0=0;QD=10.22;SB=-0.01;sumGLbyD=10.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:623,0,1081 36536-ref 414 . A G 321.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=12.86;SB=-0.01;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:351,0,411 36605-ref 37 . G A 59.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=14.81;SB=-0.01;sumGLbyD=22.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:89,0,28 36605-ref 192 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 36607-ref 152 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 36607-ref 175 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 36632-ref 58 . T G 47.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.69;SB=-0.01;sumGLbyD=39.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 36680-ref 292 . G T 2391.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.68;MQ0=0;QD=37.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:63:99:2424,190,0 36785-ref 76 . T A 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 36785-ref 108 . G C 71.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:104,9,0 36785-ref 119 . C T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 36810-ref 22 . A G 201.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7705;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.47;SB=-0.01;sumGLbyD=8.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:19:99:232,0,372 36810-ref 90 . A G 1017.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9022;MQ=35.63;MQ0=0;QD=16.96;SB=-33.13;sumGLbyD=17.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:55:99:1047,0,607 36810-ref 124 . T C 2507.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8917;MQ=35.61;MQ0=0;QD=24.34;SB=-20.61;sumGLbyD=24.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,77:103:99:2537,0,668 36810-ref 136 . A G 2554.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.5810;MQ=35.60;MQ0=0;QD=23.22;SB=-23.61;sumGLbyD=23.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,84:105:99:2584,0,690 36810-ref 176 . G T 5645.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4774;MQ=36.81;MQ0=0;QD=27.01;SB=-0.01;sumGLbyD=24.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,157:196:99:5055,0,1123 36810-ref 292 . A C 2967.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2226;MQ=36.21;MQ0=0;QD=15.30;SB=-0.01;sumGLbyD=15.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,101:187:99:2997,0,2812 36810-ref 294 . G A 6574.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.1384;MQ=36.16;MQ0=0;QD=34.07;SB=-0.01;sumGLbyD=34.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,193:178:99:6574,535,0 36810-ref 331 . C T 391.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7810;MQ=33.43;MQ0=0;QD=13.05;SB=-0.01;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:25:99:422,0,229 36908-ref 68 . A T 606.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=35.98;MQ0=0;QD=30.34;SB=38.51;sumGLbyD=31.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:21.58:640,22,0 36908-ref 90 . T C 21.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.18;SB=-0.01;sumGLbyD=2.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:16:51.13:51,0,450 36908-ref 108 . C T 90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.8658;MQ=36.03;MQ0=0;QD=4.29;SB=-35.57;sumGLbyD=5.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:19:99:120,0,452 36908-ref 270 . A T 646.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=34.01;SB=-0.01;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.15:679,57,0 36908-ref 274 . T G 661.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=31.51;SB=-0.01;sumGLbyD=33.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:23.18:695,23,0 36908-ref 285 . C G 688.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.21;MQ0=0;QD=29.94;SB=-0.01;sumGLbyD=31.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:23:57.17:722,57,0 36908-ref 311 . A G 229.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7005;MQ=35.91;MQ0=0;QD=8.20;SB=-0.01;sumGLbyD=9.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:260,0,603 36908-ref 325 . T C 961.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.66;MQ0=0;QD=32.04;SB=-0.01;sumGLbyD=33.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:27:81.23:994,81,0 36908-ref 370 . C T 965.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.67;MQ0=0;QD=31.16;SB=-0.01;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:27:81.22:999,81,0 36908-ref 422 . T C 280.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9328;MQ=35.87;MQ0=0;QD=15.60;SB=-0.01;sumGLbyD=17.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:17:99:311,0,204 36908-ref 435 . C G 172.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5983;MQ=35.98;MQ0=0;QD=8.64;SB=-0.01;sumGLbyD=10.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:18:99:203,0,357 36908-ref 499 . A C 102.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=16.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:7:68.83:132,0,69 36908-ref 507 . T A 24.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.59:55,0,91 36927-ref 44 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 36927-ref 46 . G A 73.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.55;SB=-0.01;sumGLbyD=35.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:106,9,0 36927-ref 113 . C A 513.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.37;MQ0=0;QD=32.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:14:42.14:546,42,0 36927-ref 154 . C T 506.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.80;MQ0=0;QD=29.77;SB=-0.01;sumGLbyD=31.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.08:539,48,0 36927-ref 178 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 36928-ref 61 . T C 37.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.42;SB=-0.01;sumGLbyD=22.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:67,0,30 36928-ref 80 . T C 67.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.47;SB=-0.01;sumGLbyD=19.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:50.58:97,0,51 36928-ref 96 . C T 98.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.46;SB=-0.01;sumGLbyD=21.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:58.93:129,0,59 36928-ref 261 . T A 330.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.81;SB=-0.01;sumGLbyD=12.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:361,0,528 36928-ref 279 . G A 640.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.04;SB=-0.01;sumGLbyD=33.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.17:674,54,0 36928-ref 359 . C T 584.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=32.47;SB=-0.01;sumGLbyD=34.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.13:617,51,0 36928-ref 483 . C T 123.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9250;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.30;SB=-0.01;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:10:99:154,0,165 36928-ref 547 . G A 1434.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=32.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:40:99:1468,120,0 36928-ref 626 . T G 803.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9825;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.77;SB=-0.01;sumGLbyD=27.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,25:29:87.82:833,0,88 36928-ref 693 . T A 362.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=28.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:59.89:392,0,60 36928-ref 745 . T A 40.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=5.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:12:70.36:70,0,285 36928-ref 753 . T C 268.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7873;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=21.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:299,0,141 36928-ref 761 . G A 187.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7873;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.40;SB=-0.01;sumGLbyD=16.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:217,0,174 36928-ref 835 . G T 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:64.95:68,0,65 36928-ref 951 . C G 219.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.93;SB=-0.01;sumGLbyD=22.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:10:89.92:249,0,90 36928-ref 1002 . A C 68.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.66;SB=-0.01;sumGLbyD=10.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:7:98.95:99,0,139 36928-ref 1091 . T C 541.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:575,45,0 36928-ref 1107 . T C 244.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.21;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:85.48:274,0,85 36928-ref 1146 . A G 110.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.80;SB=-0.01;sumGLbyD=7.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:15:99:140,0,334 36928-ref 1221 . C T 269.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=34.88;MQ0=0;QD=10.00;SB=-26.62;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:24:99:300,0,376 36928-ref 1252 . T C 544.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=25.91;SB=27.55;sumGLbyD=27.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,18:20:27.73:574,0,28 36978-ref 90 . T A 17.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.46;SB=-0.01;sumGLbyD=6.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:47.13:47,0,177 36978-ref 96 . G A 238 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=36.07;MQ0=0;QD=21.64;SB=-0.01;sumGLbyD=24.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:10:49.23:268,0,49 36978-ref 112 . G A 788.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=34.28;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.19:821,66,0 36978-ref 166 . T G 389.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=21.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:19:99:420,0,169 37006-ref 163 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 37006-ref 177 . T G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 37063-ref 12 . A G 62.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.28;MQ0=0;QD=10.48;SB=-0.01;sumGLbyD=15.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:4:16.62:93,0,17 37063-ref 13 . T G 10.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9375;MQ=35.28;MQ0=0;QD=0.83;SB=-0.01;sumGLbyD=3.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:10:39.55:40,0,253 37063-ref 33 . G A 1546.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.7852;MQ=36.62;MQ0=0;QD=29.18;SB=-68.21;sumGLbyD=29.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:45:93.08:1580,93,0 37063-ref 111 . A G 46.11 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9828;MQ=35.75;MQ0=0;QD=0.94;SB=-0.01;sumGLbyD=1.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,5:42:76.11:76,0,1104 37063-ref 120 . A T 411.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.46;SB=36.98;sumGLbyD=29.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:6.54:443,7,0 37063-ref 121 . G T 409.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.30;SB=36.98;sumGLbyD=29.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:6.54:441,7,0 37063-ref 122 . A T 343.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.03;MQ0=0;QD=26.44;SB=33.50;sumGLbyD=28.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:2.08:373,2,0 37063-ref 123 . A T 15.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=3.85;SB=3.02;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:45.26:45,0,57 37099-ref 16 . A G 38.13 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.71;SB=7.77;sumGLbyD=22.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:68,0,31 37099-ref 27 . T C 80.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0 37099-ref 61 . G A 219.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.1931;MQ=35.98;MQ0=0;QD=21.94;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:9:42.54:249,0,43 37118-ref 41 . A G 777.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=36.61;MQ0=0;QD=29.91;SB=-0.01;sumGLbyD=31.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,23:26:29.96:808,0,30 37118-ref 83 . C A 796.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.30;MQ0=0;QD=27.48;SB=-0.01;sumGLbyD=28.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,25:29:37.78:827,0,38 37118-ref 123 . G A 313 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9990;MQ=36.61;MQ0=0;QD=12.04;SB=-0.01;sumGLbyD=13.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:343,0,399 37118-ref 129 . C G 335.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.41;SB=-0.01;sumGLbyD=14.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:23:99:365,0,369 37131-ref 96 . C A 28.94 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.13;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:58.93:59,0,141 37131-ref 200 . C T 88.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.02;SB=-0.01;sumGLbyD=10.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:10:99:118,0,205 37131-ref 278 . C T 278.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4296;MQ=36.54;MQ0=0;QD=12.66;SB=-0.01;sumGLbyD=14.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:309,0,351 37131-ref 280 . C A 89.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4296;MQ=36.52;MQ0=0;QD=4.27;SB=-0.01;sumGLbyD=5.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:21:99:120,0,513 37131-ref 288 . T C 20.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.7305;MQ=36.40;MQ0=0;QD=1.22;SB=-0.01;sumGLbyD=2.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:50.64:51,0,448 37131-ref 323 . C T 188.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.49;SB=-0.01;sumGLbyD=7.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:28:99:218,0,672 37138-ref 73 . G A 312.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4688;MQ=33.02;MQ0=0;QD=19.53;SB=-0.01;sumGLbyD=21.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,14:13:40.91:342,0,41 37138-ref 101 . T C 463.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=28.97;SB=-0.01;sumGLbyD=31.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:11.15:496,11,0 37138-ref 108 . A G 408.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=29.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:10.75:441,11,0 37273-ref 41 . A C 99.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:130,0,195 37273-ref 93 . T C 195.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.30;SB=-0.01;sumGLbyD=18.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:226,0,135 37273-ref 136 . T C 91.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3215;MQ=36.07;MQ0=0;QD=8.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:9:99:122,0,156 37273-ref 181 . G A 51.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.53;SB=-26.62;sumGLbyD=13.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:81.20:81,0,101 37273-ref 182 . A T 51.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.53;SB=-26.62;sumGLbyD=13.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:81.20:81,0,102 37273-ref 205 . G T 74.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.12;MQ0=0;QD=6.79;SB=-26.62;sumGLbyD=9.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:9:99:105,0,159 37273-ref 240 . A G 384.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=32.04;SB=-0.01;sumGLbyD=34.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:417,36,0 37273-ref 393 . C G 263.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9992;MQ=35.93;MQ0=0;QD=13.88;SB=3.00;sumGLbyD=15.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:294,0,283 37273-ref 408 . A G 193.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=13.80;SB=-0.01;sumGLbyD=15.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:223,0,205 37273-ref 422 . T C 20.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=2.02;SB=-0.01;sumGLbyD=5.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:6:50.15:50,0,130 37273-ref 439 . G C 273.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.33;SB=-0.01;sumGLbyD=30.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:306,24,0 37273-ref 495 . A G 25.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.71;SB=-0.01;sumGLbyD=7.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:55.93:56,0,164 37314-ref 53 . T C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 37314-ref 68 . C G 35.44 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.72;SB=-0.01;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0 37314-ref 128 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37314-ref 172 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37413-ref 55 . T C 8270.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.8091;MQ=36.06;MQ0=0;QD=33.62;SB=-27.67;sumGLbyD=33.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,244:232:99:8232,695,0 37413-ref 89 . T C 613.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.07;MQ0=0;QD=7.22;SB=9.00;sumGLbyD=7.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,27:85:99:644,0,1794 37413-ref 90 . C T 265.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.81;MQ0=0;QD=3.54;SB=9.00;sumGLbyD=3.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,17:72:99:295,0,1749 37413-ref 91 . T G 67.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.73;MQ0=0;QD=1.00;SB=9.00;sumGLbyD=1.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,10:66:97.76:98,0,1782 37413-ref 110 . G A 79.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0 37454-ref 23 . C T 740.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=26.60;MQ0=0;QD=27.43;SB=-0.01;sumGLbyD=28.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.13:774,78,0 37454-ref 45 . A G 532.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8561;MQ=27.04;MQ0=0;QD=19.02;SB=-0.01;sumGLbyD=20.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,22:27:99:563,0,101 37454-ref 49 . C T 558.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8561;MQ=26.97;MQ0=0;QD=19.25;SB=-0.01;sumGLbyD=20.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,24:28:99:588,0,100 37454-ref 55 . T C 559.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=27.31;MQ0=0;QD=18.64;SB=-24.67;sumGLbyD=19.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,24:29:99:589,0,132 37462-ref 66 . G A 117.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.64;SB=-0.01;sumGLbyD=24.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:19.75:148,0,20 37462-ref 68 . C A 168.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.00;SB=-0.01;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:201,18,0 37462-ref 103 . G A 721.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=32.54;MQ0=0;QD=30.05;SB=-0.01;sumGLbyD=31.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.14:754,69,0 37462-ref 121 . C G 18.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4680;MQ=32.81;MQ0=0;QD=0.66;SB=-0.01;sumGLbyD=1.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,4:26:48.48:48,0,667 37462-ref 134 . C G 20.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8664;MQ=33.77;MQ0=0;QD=0.80;SB=-10.67;sumGLbyD=1.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,4:26:50.67:51,0,708 37462-ref 135 . G C 729.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8664;MQ=33.77;MQ0=0;QD=28.07;SB=-37.09;sumGLbyD=29.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,23:26:10.65:760,0,11 37462-ref 141 . A G 850.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=35.42;MQ0=0;QD=32.70;SB=-40.01;sumGLbyD=33.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:24:72.21:883,72,0 37462-ref 174 . T C 42.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9152;MQ=35.12;MQ0=0;QD=1.29;SB=-12.00;sumGLbyD=2.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,5:31:72.60:73,0,848 37462-ref 195 . C A 541.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4629;MQ=34.01;MQ0=0;QD=19.34;SB=-23.61;sumGLbyD=20.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:25:99:572,0,200 37462-ref 206 . T G 251.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9341;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.39;SB=3.00;sumGLbyD=9.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:29:99:282,0,566 37462-ref 214 . A G 160.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.4565;MQ=33.48;MQ0=0;QD=6.67;SB=-0.01;sumGLbyD=7.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:23:99:190,0,488 37462-ref 216 . A G 165.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=42.4447;MQ=33.65;MQ0=0;QD=7.51;SB=-0.01;sumGLbyD=8.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:21:99:195,0,433 37462-ref 217 . G A 28.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.9890;MQ=33.85;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:20:58.43:58,0,540 37462-ref 223 . T G 25.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9958;MQ=34.15;MQ0=0;QD=2.34;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:55.78:56,0,270 37462-ref 227 . G A 63.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.60;SB=-0.01;sumGLbyD=15.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:64.97:94,0,65 37462-ref 278 . T C 56.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9577;MQ=34.01;MQ0=0;QD=4.05;SB=-0.01;sumGLbyD=6.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:86.75:87,0,335 37462-ref 288 . T G 784.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9982;MQ=29.45;MQ0=0;QD=18.24;SB=-26.62;sumGLbyD=18.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:41:99:814,0,267 37462-ref 291 . G C 2151.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9838;MQ=31.64;MQ0=0;QD=23.14;SB=-26.62;sumGLbyD=23.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,72:92:99:2182,0,357 37462-ref 310 . C A 140.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=244;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.9056;MQ=34.44;MQ0=0;QD=0.58;SB=3.00;sumGLbyD=0.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,27:235:99:170,0,6871 37462-ref 342 . C G 7801.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0094;MQ=33.97;MQ0=0;QD=34.67;SB=-252.21;sumGLbyD=33.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,218:221:99:7587,620,0 37462-ref 346 . T A 6989.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6825;MQ=33.86;MQ0=0;QD=32.66;SB=-277.68;sumGLbyD=31.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,207:205:99:6808,474,0 37462-ref 374 . A G 401.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.9221;MQ=31.34;MQ0=0;QD=8.03;SB=30.07;sumGLbyD=8.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:49:99:431,0,899 37462-ref 376 . C G 663.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.9233;MQ=30.24;MQ0=0;QD=18.43;SB=-287.33;sumGLbyD=19.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,26:36:99:693,0,276 37462-ref 386 . A C 570.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4516;MQ=30.32;MQ0=0;QD=11.90;SB=-50.30;sumGLbyD=12.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:45:99:601,0,418 37462-ref 404 . A G 896.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9025;MQ=29.91;MQ0=0;QD=14.94;SB=-200.67;sumGLbyD=15.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:58:99:926,0,629 37462-ref 417 . G A 1235.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8675;MQ=30.04;MQ0=0;QD=17.40;SB=-247.98;sumGLbyD=17.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,55:59:99:1266,0,303 37462-ref 440 . T G 1072.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.0331;MQ=30.87;MQ0=0;QD=16.25;SB=-184.19;sumGLbyD=16.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,41:62:99:1102,0,356 37462-ref 464 . T C 970.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8764;MQ=29.81;MQ0=0;QD=14.70;SB=-20.62;sumGLbyD=15.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:59:99:1001,0,560 37462-ref 476 . G A 121.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3015;MQ=30.42;MQ0=0;QD=2.07;SB=6.01;sumGLbyD=2.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,14:51:99:152,0,1194 37462-ref 495 . G A 135.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3738;MQ=27.14;MQ0=0;QD=4.83;SB=-0.01;sumGLbyD=5.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:26:99:165,0,437 37462-ref 499 . T G 25.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.9980;MQ=27.23;MQ0=0;QD=1.16;SB=-0.01;sumGLbyD=2.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:22:55.43:55,0,427 37506-ref 50 . G T 200.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.92;SB=-0.01;sumGLbyD=7.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:231,0,730 37506-ref 127 . A G 618.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.92;SB=-0.01;sumGLbyD=32.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:17:51.16:651,51,0 37506-ref 152 . G A 35.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9380;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.16;SB=-0.01;sumGLbyD=2.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,6:25:65.90:66,0,730 37506-ref 272 . G A 229.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8732;MQ=36.84;MQ0=0;QD=3.27;SB=3.00;sumGLbyD=3.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,12:65:99:259,0,1794 37506-ref 357 . T C 39.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9049;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.00;SB=-0.01;sumGLbyD=1.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:38:69.82:70,0,1031 37506-ref 462 . C T 91.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9374;MQ=36.40;MQ0=0;QD=2.68;SB=3.00;sumGLbyD=3.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,6:32:99:121,0,858 37506-ref 492 . T C 78.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.62;MQ0=0;QD=1.49;SB=-0.01;sumGLbyD=2.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,7:51:99:109,0,1469 37506-ref 849 . T C 96.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.08;SB=-32.05;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:129,12,0 37506-ref 989 . T C 75.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=18.79;SB=-0.01;sumGLbyD=26.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:15.63:105,0,16 37506-ref 1079 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7535;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 37506-ref 1080 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7535;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 37506-ref 1273 . G A 31.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.95:62,0,141 37510-ref 147 . T A 34.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0 37510-ref 387 . A T 23.09 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:54,6,0 37510-ref 414 . G C 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4066;MQ=34.39;MQ0=0;QD=11.64;SB=-0.01;sumGLbyD=19.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:2:6.02:78,6,0 37510-ref 436 . A C 224.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.03;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:257,21,0 37510-ref 441 . C T 189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:222,18,0 37523-ref 81 . G A 111.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.9098;MQ=34.78;MQ0=0;QD=7.99;SB=3.00;sumGLbyD=10.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:142,0,227 37523-ref 82 . A G 30.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.9098;MQ=34.60;MQ0=0;QD=2.33;SB=3.00;sumGLbyD=4.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:13:60.33:60,0,283 37523-ref 83 . G A 61.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.8656;MQ=33.85;MQ0=0;QD=6.13;SB=3.00;sumGLbyD=9.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:91.25:91,0,174 37523-ref 86 . C A 112.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.8802;MQ=34.39;MQ0=0;QD=14.04;SB=-18.69;sumGLbyD=17.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:69.56:142,0,70 37523-ref 94 . T C 33.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=11.00;SB=-0.01;sumGLbyD=21.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:63,0,21 37523-ref 261 . G T 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0 37523-ref 286 . G A 197.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:231,18,0 37523-ref 307 . A G 158.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:192,15,0 37523-ref 324 . A G 81.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0 37550-ref 18 . A G 225.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.16;SB=-0.01;sumGLbyD=32.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.05:258,21,0 37550-ref 107 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37568-ref 53 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37568-ref 129 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37568-ref 141 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37568-ref 155 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37604-ref 299 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 37624-ref 16 . G A 45.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=11.47;SB=-0.01;sumGLbyD=18.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:76,0,28 37624-ref 73 . C T 255.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.93;MQ0=0;QD=25.52;SB=25.16;sumGLbyD=28.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:2.79:284,0,0 37624-ref 238 . T C 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.81;SB=-0.01;sumGLbyD=28.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:115,9,0 37624-ref 258 . T A 123.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0 37624-ref 309 . C T 71.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.75;SB=-0.01;sumGLbyD=34.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0 37624-ref 316 . G A 64.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=21.42;SB=-0.01;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:96,9,0 37659-ref 5 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 37659-ref 19 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 37662-ref 124 . G A 1806.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.69;SB=-0.01;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:55:91.48:1839,91,0 37662-ref 271 . T C 1604.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4492;MQ=36.68;MQ0=0;QD=25.46;SB=-26.62;sumGLbyD=25.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,55:56:99:1634,0,117 37662-ref 348 . C T 14.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=36.60;MQ0=0;QD=0.57;SB=-0.01;sumGLbyD=1.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,3:25:44.09:44,0,751 37662-ref 369 . C T 26.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9995;MQ=35.53;MQ0=0;QD=3.79;SB=-0.01;sumGLbyD=8.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:7:56.51:57,0,136 37662-ref 399 . T C 265.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.03;HRun=0;HaplotypeScore=89.5409;MQ=30.10;MQ0=0;QD=8.58;SB=-0.01;sumGLbyD=9.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:28:99:296,0,432 37663-ref 12 . A T 1254.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.41;MQ0=0;QD=18.18;SB=-146.62;sumGLbyD=18.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,45:64:99:1285,0,684 37663-ref 15 . A G 774.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.52;MQ0=0;QD=9.11;SB=-215.89;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,28:79:99:804,0,1649 37663-ref 35 . G A 1058.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3659;MQ=36.70;MQ0=0;QD=7.84;SB=-503.42;sumGLbyD=8.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,41:122:99:1088,0,2706 37663-ref 64 . C T 1274.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.5054;MQ=36.68;MQ0=0;QD=5.69;SB=-392.99;sumGLbyD=5.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,63:196:99:1305,0,4689 37663-ref 104 . A T 1637.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4682;MQ=36.78;MQ0=0;QD=8.95;SB=9.02;sumGLbyD=9.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,59:174:99:1667,0,3984 37663-ref 187 . A T 1590.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6976;MQ=36.95;MQ0=0;QD=7.61;SB=-0.01;sumGLbyD=7.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,67:179:99:1621,0,3807 37691-ref 72 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37691-ref 193 . G T 40.99 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=24.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.02:72,6,0 37727-ref 161 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37727-ref 207 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 37730-ref 32 . C A 50.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.32;MQ0=0;QD=3.39;SB=-0.01;sumGLbyD=5.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:13:80.90:81,0,325 37730-ref 33 . G A 47.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.37;MQ0=0;QD=2.95;SB=-0.01;sumGLbyD=4.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:14:77.21:77,0,364 37730-ref 116 . C A 128.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.3042;MQ=36.48;MQ0=0;QD=3.30;SB=-0.01;sumGLbyD=4.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,8:36:99:159,0,908 37730-ref 126 . T C 58.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1463;MQ=36.47;MQ0=0;QD=1.54;SB=-0.01;sumGLbyD=2.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:29:88.51:89,0,766 37730-ref 128 . A G 47.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1463;MQ=36.47;MQ0=0;QD=1.26;SB=-0.01;sumGLbyD=2.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:33:77.89:78,0,893 37730-ref 183 . G A 107.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.69;SB=-0.01;sumGLbyD=5.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:16:99:138,0,356 37730-ref 225 . T G 237.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=34.69;MQ0=0;QD=26.34;SB=-42.51;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:12.93:267,0,13 37730-ref 255 . A G 146.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.22;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0 37761-ref 220 . T C 190.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.37;MQ0=0;QD=21.14;SB=-0.01;sumGLbyD=24.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:21.04:223,21,0 37761-ref 230 . A G 881.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.35;MQ0=0;QD=30.41;SB=-0.01;sumGLbyD=31.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:26:78.21:915,78,0 37761-ref 240 . T C 1975.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2126;MQ=35.06;MQ0=0;QD=32.92;SB=-36.99;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:56:99:2008,165,0 37761-ref 277 . A T 3628.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9625;MQ=35.84;MQ0=0;QD=37.41;SB=-37.80;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3628,292,0 37761-ref 315 . T A 56.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.48;SB=-37.00;sumGLbyD=14.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:58.92:87,0,59 37804-ref 13 . A T 81.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=6.82;SB=-0.01;sumGLbyD=9.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:9:99:112,0,168 37804-ref 177 . G A 665.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9975;MQ=36.53;MQ0=0;QD=10.24;SB=-0.01;sumGLbyD=10.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:64:99:696,0,1344 37804-ref 205 . A G 324.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4641;MQ=35.53;MQ0=0;QD=4.63;SB=-0.01;sumGLbyD=5.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,17:64:99:354,0,1527 37804-ref 214 . G T 173.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0275;MQ=35.47;MQ0=0;QD=2.58;SB=-0.01;sumGLbyD=3.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,13:62:99:203,0,1566 37804-ref 227 . A G 399.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4024;MQ=35.80;MQ0=0;QD=5.87;SB=-0.01;sumGLbyD=6.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,19:65:99:429,0,1572 37804-ref 233 . C T 511.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4024;MQ=35.80;MQ0=0;QD=7.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,21:66:99:542,0,1482 38010-ref 13 . A G 301.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.9860;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.51;SB=-35.57;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:14:75.25:331,0,75 38010-ref 112 . G A 2001.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1809;MQ=36.70;MQ0=0;QD=14.71;SB=-0.01;sumGLbyD=14.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,70:127:99:2031,0,2015 38010-ref 239 . C G 2172.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.23;MQ0=0;QD=18.25;SB=-0.01;sumGLbyD=18.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,69:114:99:2202,0,1446 38010-ref 240 . C T 1406.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.29;MQ0=0;QD=12.23;SB=-0.01;sumGLbyD=12.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,49:112:99:1437,0,2100 38010-ref 248 . T C 3538.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.06;MQ0=0;QD=36.48;SB=-29.63;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:94:99:3538,283,0 38010-ref 259 . T A 976.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7764;MQ=36.13;MQ0=0;QD=13.95;SB=-26.62;sumGLbyD=14.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:66:99:1006,0,1078 38010-ref 517 . T C 297.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.95;SB=-0.01;sumGLbyD=14.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:22:99:328,0,342 38010-ref 529 . A G 353.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.60;MQ0=0;QD=14.13;SB=-0.01;sumGLbyD=15.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:23:99:383,0,283 38010-ref 580 . G A 312.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.56;SB=-0.01;sumGLbyD=12.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:26:99:342,0,497 38010-ref 610 . T C 338.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4689;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.26;SB=-0.01;sumGLbyD=11.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:29:99:369,0,588 38010-ref 701 . T C 1499.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.88;SB=-0.01;sumGLbyD=35.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:41:99:1533,123,0 38010-ref 772 . T C 3500.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9993;MQ=36.90;MQ0=0;QD=36.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:93:99:3464,243,0 38010-ref 862 . G A 4188.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5592;MQ=36.85;MQ0=0;QD=31.73;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:114:99:4188,343,0 38010-ref 872 . G C 3798.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8325;MQ=36.74;MQ0=0;QD=33.03;SB=-0.01;sumGLbyD=32.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:104:99:3769,283,0 38010-ref 1012 . C G 1346.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6617;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:37:99:1379,111,0 38010-ref 1063 . A T 1712.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1745,138,0 38010-ref 1107 . A G 35.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.78;SB=-0.01;sumGLbyD=21.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:65,0,30 38084-ref 163 . C T 34.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.27:64,0,98 38255-ref 10 . T A 89.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.21;SB=-0.01;sumGLbyD=14.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:6:39.91:120,0,40 38255-ref 56 . T A 1544.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8241;MQ=36.56;MQ0=0;QD=16.97;SB=-0.01;sumGLbyD=17.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:85:99:1574,0,1044 38255-ref 122 . T G 152.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9726;MQ=36.15;MQ0=0;QD=12.69;SB=-0.01;sumGLbyD=15.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:182,0,148 38255-ref 136 . G A 103.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.69;SB=-0.01;sumGLbyD=26.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:133,0,25 38301-ref 88 . G A 36.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:68,6,0 38301-ref 97 . A C 36.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:68,6,0 38317-ref 659 . A C 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 38317-ref 665 . T C 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=19.23;SB=-0.01;sumGLbyD=24.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:15.03:148,15,0 38348-ref 85 . A C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.02:70,6,0 38348-ref 109 . G T 32.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.85;SB=-0.01;sumGLbyD=20.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:63,0,29 38376-ref 67 . G C 990.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0713;MQ=35.62;MQ0=0;QD=13.39;SB=-0.01;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:72:99:1021,0,1208 38376-ref 86 . G C 1103.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6641;MQ=35.63;MQ0=0;QD=13.45;SB=-0.01;sumGLbyD=13.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:76:99:1133,0,1241 38376-ref 87 . C T 1161.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9990;MQ=35.61;MQ0=0;QD=14.34;SB=-0.01;sumGLbyD=14.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:76:99:1192,0,1180 38376-ref 136 . A G 713.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8593;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.19;SB=-0.01;sumGLbyD=10.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:68:99:743,0,1431 38376-ref 174 . C T 1073.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4530;MQ=36.85;MQ0=0;QD=11.30;SB=-0.01;sumGLbyD=11.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:87:99:1104,0,1620 38376-ref 242 . C T 1408.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4673;MQ=36.66;MQ0=0;QD=15.83;SB=-0.01;sumGLbyD=16.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:83:99:1439,0,1209 38376-ref 250 . A G 1157.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6718;MQ=36.77;MQ0=0;QD=13.01;SB=3.00;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:86:99:1188,0,1520 38376-ref 274 . C A 858.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9368;MQ=36.70;MQ0=0;QD=12.81;SB=6.01;sumGLbyD=13.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:63:99:888,0,1092 38376-ref 323 . T A 103.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.95;SB=-0.01;sumGLbyD=3.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,6:34:99:133,0,934 38376-ref 371 . C T 34.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0057;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.57;SB=-0.01;sumGLbyD=1.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,6:58:64.86:65,0,1744 38376-ref 421 . G A 106.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.84;MQ0=0;QD=1.72;SB=-0.01;sumGLbyD=2.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,8:56:99:137,0,1611 38376-ref 443 . A T 97.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8766;MQ=36.76;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=3.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,7:34:99:127,0,902 38376-ref 474 . T C 49.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0828;MQ=36.20;MQ0=0;QD=1.30;SB=-0.01;sumGLbyD=2.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,5:36:79.23:79,0,1037 38376-ref 480 . T A 47.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.6378;MQ=36.45;MQ0=0;QD=1.28;SB=-0.01;sumGLbyD=2.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,5:36:77.52:78,0,1034 38376-ref 530 . C T 168.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.04;HRun=6;HaplotypeScore=2.8381;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.23;SB=-0.01;sumGLbyD=7.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:22:99:198,0,487 38376-ref 548 . C T 641.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.93;SB=-0.01;sumGLbyD=24.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:28:99:672,0,226 38376-ref 618 . A T 1297.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.01;HRun=3;HaplotypeScore=4.8170;MQ=36.93;MQ0=0;QD=8.54;SB=-0.01;sumGLbyD=8.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,47:146:99:1328,0,3469 38376-ref 685 . T A 32.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.59;MQ0=0;QD=10.91;SB=-0.01;sumGLbyD=21.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:64,6,0 38450-ref 3 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 38450-ref 113 . G A 263.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9992;MQ=36.39;MQ0=0;QD=3.99;SB=-0.01;sumGLbyD=4.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,14:66:99:293,0,1751 38450-ref 114 . C T 241.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9992;MQ=36.36;MQ0=0;QD=3.83;SB=-0.01;sumGLbyD=4.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,13:63:99:271,0,1674 38450-ref 139 . T G 310.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=36.23;MQ0=0;QD=5.85;SB=-0.01;sumGLbyD=6.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:99:340,0,1313 38450-ref 199 . C T 216.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4868;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.08;SB=3.00;sumGLbyD=4.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:52:99:246,0,1411 38450-ref 202 . T C 212.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4252;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.94;SB=3.00;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,11:52:99:243,0,1372 38450-ref 227 . T G 186.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.7625;MQ=36.83;MQ0=0;QD=3.21;SB=-0.01;sumGLbyD=3.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,14:50:99:216,0,1309 38450-ref 276 . T C 513.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.79;MQ0=0;QD=10.48;SB=-0.01;sumGLbyD=11.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:47:99:543,0,996 38450-ref 287 . T A 166.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.93;SB=-0.01;sumGLbyD=8.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:22:99:196,0,505 38450-ref 361 . A C 779.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9918;MQ=36.86;MQ0=0;QD=10.67;SB=3.00;sumGLbyD=11.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:71:99:809,0,1378 38450-ref 420 . T A 93.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.34;SB=-0.01;sumGLbyD=4.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:25:99:123,0,701 38450-ref 435 . G C 63.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.75;SB=-0.01;sumGLbyD=4.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:22:93.16:93,0,601 38523-ref 60 . C T 75.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.51;SB=-0.01;sumGLbyD=17.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:4:27.97:105,0,28 38523-ref 92 . G A 108.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9382;MQ=36.40;MQ0=0;QD=6.36;SB=-0.01;sumGLbyD=8.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:14:99:138,0,263 38523-ref 135 . G A 322.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=16.11;SB=3.00;sumGLbyD=17.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:18:99:352,0,168 38523-ref 153 . C T 26.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.8945;MQ=35.52;MQ0=0;QD=1.63;SB=3.00;sumGLbyD=3.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:56.08:56,0,407 38614-ref 20 . A T 2602.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=267;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9330;MQ=36.58;MQ0=0;QD=9.75;SB=-24.95;sumGLbyD=9.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,100:241:99:2632,0,5084 38614-ref 74 . T G 9790.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=751;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=52.8240;MQ=36.72;MQ0=0;QD=13.04;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:447,300:668:99:7746,0,12844 38614-ref 113 . A T 34364.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=966;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.3537;MQ=36.70;MQ0=0;QD=35.57;SB=1.72;sumGLbyD=35.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,956:919:99:34131,2620,0 38614-ref 187 . T G 7401.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=472;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1907;MQ=36.79;MQ0=0;QD=15.68;SB=-0.01;sumGLbyD=12.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:267,205:458:99:6022,0,8491 38614-ref 205 . T C 7100.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=425;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.5210;MQ=36.76;MQ0=0;QD=16.71;SB=-0.01;sumGLbyD=14.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,229:348:99:6051,0,4450 38614-ref 227 . C T 4707.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.0177;MQ=36.52;MQ0=0;QD=13.93;SB=-30.30;sumGLbyD=11.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,140:306:99:3786,0,5886 38614-ref 278 . T C 12828.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=340;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.3376;MQ=36.64;MQ0=0;QD=37.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,339:335:99:12828,1008,0 38614-ref 362 . 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A G 541.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0407;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.22;SB=-0.01;sumGLbyD=10.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:50:99:572,0,902 38645-ref 120 . G C 65.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.99;SB=-0.01;sumGLbyD=32.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:98,9,0 38645-ref 149 . C T 31.68 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.84;SB=-0.01;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:63,6,0 38747-ref 90 . T C 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6919;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.52;SB=-0.01;sumGLbyD=26.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:78,6,0 38747-ref 100 . C T 219.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.71;SB=-34.79;sumGLbyD=17.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:250,0,181 38747-ref 122 . G A 689.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.76;SB=-37.00;sumGLbyD=24.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,24:27:99:719,0,104 38754-ref 23 . T C 215.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4074;MQ=36.81;MQ0=0;QD=4.00;SB=-33.99;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,11:47:99:246,0,1276 38754-ref 26 . T A 1357.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8766;MQ=36.67;MQ0=0;QD=22.25;SB=-33.99;sumGLbyD=22.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,46:54:99:1387,0,342 38754-ref 70 . A G 1125.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1223;MQ=36.53;MQ0=0;QD=6.55;SB=-30.99;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,48:157:99:1156,0,3755 38754-ref 80 . T C 4132.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.0768;MQ=36.51;MQ0=0;QD=24.89;SB=-26.62;sumGLbyD=22.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,119:157:99:3659,0,1143 38754-ref 94 . G A 754.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.3880;MQ=36.49;MQ0=0;QD=5.47;SB=3.00;sumGLbyD=5.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,40:125:99:785,0,3009 38830-ref 49 . T A 3110.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8480;MQ=33.68;MQ0=0;QD=32.74;SB=-0.01;sumGLbyD=33.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:93:99:3143,250,0 38830-ref 51 . G T 1255.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5801;MQ=33.82;MQ0=0;QD=12.69;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:95:99:1286,0,1400 38830-ref 86 . C G 1211.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8807;MQ=34.13;MQ0=0;QD=13.31;SB=-0.01;sumGLbyD=13.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:88:99:1241,0,1363 38830-ref 101 . G C 946.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3724;MQ=34.75;MQ0=0;QD=11.40;SB=-0.01;sumGLbyD=11.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:70:99:976,0,1080 38830-ref 255 . C A 2955.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7295;MQ=36.04;MQ0=0;QD=17.39;SB=-33.30;sumGLbyD=17.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,98:163:99:2986,0,2119 38830-ref 270 . C A 2063.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7490;MQ=35.70;MQ0=0;QD=15.40;SB=3.00;sumGLbyD=15.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,79:120:99:2094,0,1561 38830-ref 271 . T C 2551.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=7.7490;MQ=35.76;MQ0=0;QD=19.33;SB=3.00;sumGLbyD=19.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,88:122:99:2582,0,1067 38830-ref 341 . A T 2397.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.8681;MQ=36.46;MQ0=0;QD=18.16;SB=-26.62;sumGLbyD=18.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,85:112:99:2427,0,976 38830-ref 410 . C T 7649.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.4431;MQ=36.27;MQ0=0;QD=25.00;SB=-0.01;sumGLbyD=22.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,220:290:99:6776,0,2349 38830-ref 411 . A C 7727.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=303;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.6436;MQ=36.30;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=22.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,215:291:99:6851,0,2385 38830-ref 460 . C T 5143.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.7534;MQ=36.76;MQ0=0;QD=24.85;SB=-0.01;sumGLbyD=22.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,155:182:99:4595,0,1092 38830-ref 505 . G A 5615.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8334;MQ=36.43;MQ0=0;QD=26.49;SB=-36.31;sumGLbyD=23.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,153:200:99:5013,0,1192 38830-ref 561 . T C 2727.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4729;MQ=35.53;MQ0=0;QD=11.86;SB=-63.62;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,95:225:99:2757,0,4218 38830-ref 566 . G A 4611.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1753;MQ=35.41;MQ0=0;QD=19.79;SB=6.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,136:221:99:3945,0,2737 38830-ref 569 . T C 4598.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8664;MQ=35.33;MQ0=0;QD=20.17;SB=6.01;sumGLbyD=17.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,130:218:99:3942,0,2678 38830-ref 587 . C T 1844.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.1051;MQ=35.48;MQ0=0;QD=10.48;SB=-0.01;sumGLbyD=10.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,80:150:99:1875,0,2640 38830-ref 601 . T C 1131.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0002;MQ=34.97;MQ0=0;QD=10.10;SB=-53.24;sumGLbyD=10.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,47:102:99:1161,0,1785 38830-ref 612 . G T 579.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3352;MQ=35.83;MQ0=0;QD=6.04;SB=-106.47;sumGLbyD=6.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,32:86:99:609,0,1964 38830-ref 616 . C T 748.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6815;MQ=36.17;MQ0=0;QD=6.80;SB=-106.47;sumGLbyD=7.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,39:96:99:778,0,1952 38830-ref 690 . C T 1710.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2948;MQ=36.40;MQ0=0;QD=16.93;SB=-0.01;sumGLbyD=17.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:98:99:1740,0,1343 38830-ref 695 . G C 1510.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8329;MQ=36.36;MQ0=0;QD=15.90;SB=-0.01;sumGLbyD=16.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:86:99:1540,0,1189 38830-ref 722 . A G 1570.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3680;MQ=36.70;MQ0=0;QD=11.63;SB=3.00;sumGLbyD=11.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,52:125:99:1601,0,2377 38830-ref 811 . T C 2643.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1304;MQ=36.13;MQ0=0;QD=16.22;SB=-0.01;sumGLbyD=16.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,92:154:99:2674,0,1984 38830-ref 830 . G A 3034.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6274;MQ=34.41;MQ0=0;QD=16.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,113:165:99:3064,0,1877 38830-ref 847 . G C 2877.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8769;MQ=33.81;MQ0=0;QD=18.57;SB=-0.01;sumGLbyD=18.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,103:140:99:2908,0,1108 38830-ref 874 . T C 2197.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3516;MQ=33.66;MQ0=0;QD=17.44;SB=-0.01;sumGLbyD=17.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,77:123:99:2227,0,1357 38830-ref 889 . C G 1667.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=33.22;MQ0=0;QD=17.02;SB=-0.01;sumGLbyD=17.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,62:92:99:1698,0,930 38830-ref 907 . T C 2185.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8756;MQ=36.27;MQ0=0;QD=31.22;SB=-0.01;sumGLbyD=31.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:64:99:2218,150,0 38830-ref 964 . G A 540.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.16;MQ0=0;QD=19.31;SB=-0.01;sumGLbyD=20.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:571,0,264 38830-ref 985 . 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C T 178.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:212,18,0 38839-ref 103 . G A 246.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.77;SB=-0.01;sumGLbyD=34.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:279,24,0 38898-ref 107 . G T 542.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.89;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:575,45,0 38974-ref 213 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0 39077-ref 89 . T C 7151.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9317;MQ=35.86;MQ0=0;QD=33.26;SB=40.00;sumGLbyD=30.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,198:208:88.71:6613,89,0 39077-ref 121 . C T 4256.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8759;MQ=35.26;MQ0=0;QD=34.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:116:99:4216,346,0 39077-ref 139 . C T 143.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8579;MQ=35.08;MQ0=0;QD=1.47;SB=-0.01;sumGLbyD=1.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,15:96:99:173,0,2764 39077-ref 143 . A G 2627.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8579;MQ=34.98;MQ0=0;QD=27.09;SB=-0.01;sumGLbyD=27.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,79:96:99:2657,0,258 39077-ref 159 . G T 84.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3011;MQ=35.06;MQ0=0;QD=1.06;SB=-0.01;sumGLbyD=1.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,12:78:99:115,0,2263 39077-ref 175 . C T 41.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6099;MQ=34.93;MQ0=0;QD=0.76;SB=-0.01;sumGLbyD=1.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,8:55:71.54:72,0,1542 39077-ref 184 . G C 1611.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.89;MQ0=0;QD=32.89;SB=-0.01;sumGLbyD=33.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:45:99:1644,135,0 39077-ref 213 . G A 46.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4062;MQ=36.39;MQ0=0;QD=0.70;SB=-0.01;sumGLbyD=1.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,9:58:76.23:76,0,1739 39077-ref 261 . G C 6175.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8413;MQ=36.32;MQ0=0;QD=31.67;SB=-26.62;sumGLbyD=28.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,172:187:99:5612,0,279 39077-ref 263 . T C 6894.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8413;MQ=36.32;MQ0=0;QD=35.36;SB=-29.63;sumGLbyD=35.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,195:183:99:6894,551,0 39077-ref 284 . G T 162.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=253;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.3590;MQ=36.56;MQ0=0;QD=0.64;SB=3.00;sumGLbyD=0.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,25:235:99:193,0,7258 39077-ref 286 . T G 195.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.6209;MQ=36.61;MQ0=0;QD=0.76;SB=-0.01;sumGLbyD=0.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,26:230:99:226,0,6805 39077-ref 334 . C T 1990.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=253;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.6083;MQ=36.68;MQ0=0;QD=7.87;SB=-50.23;sumGLbyD=7.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,80:228:99:2020,0,5029 39077-ref 378 . T G 462.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5074;MQ=36.75;MQ0=0;QD=2.31;SB=-174.47;sumGLbyD=2.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,30:196:99:493,0,5642 39117-ref 2 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 39232-ref 7 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 39232-ref 147 . T G 24.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.91;SB=-0.01;sumGLbyD=10.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.52:55,0,100 39232-ref 166 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:80,6,0 39232-ref 386 . A G 167.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=14.00;SB=-0.01;sumGLbyD=16.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:11:99:198,0,152 39232-ref 458 . A G 80.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.17;SB=-0.01;sumGLbyD=8.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:12:99:110,0,245 39232-ref 553 . T C 174.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.04:207,18,0 39269-ref 4 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 39269-ref 38 . C T 946.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9250;MQ=36.68;MQ0=0;QD=29.57;SB=-28.65;sumGLbyD=30.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:27:81.20:979,81,0 39269-ref 41 . A T 177.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9250;MQ=36.70;MQ0=0;QD=5.22;SB=-0.01;sumGLbyD=6.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:27:99:207,0,620 39269-ref 83 . C G 3597.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.90;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:94:99:3597,283,0 39269-ref 148 . C T 466.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.0469;MQ=36.55;MQ0=0;QD=6.96;SB=-0.01;sumGLbyD=7.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:58:99:497,0,1317 39405-ref 2 . T C 100.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6723;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.20;SB=-0.01;sumGLbyD=9.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:9:99:131,0,145 39405-ref 21 . T A 255.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8211;MQ=36.66;MQ0=0;QD=2.14;SB=-0.01;sumGLbyD=2.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,16:86:99:285,0,2356 39405-ref 50 . A G 1909.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.6295;MQ=36.54;MQ0=0;QD=5.84;SB=-0.01;sumGLbyD=5.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,84:275:99:1939,0,6711 39405-ref 97 . T A 2214.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=274;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=178.8425;MQ=36.33;MQ0=0;QD=8.08;SB=-20.61;sumGLbyD=8.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,82:269:99:2244,0,6427 39405-ref 100 . C T 2692.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=267;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=171.5087;MQ=36.35;MQ0=0;QD=10.09;SB=-20.61;sumGLbyD=10.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,93:262:99:2723,0,5664 39405-ref 107 . A C 1473.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=128.0541;MQ=36.27;MQ0=0;QD=7.02;SB=-20.61;sumGLbyD=7.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,57:204:99:1504,0,4931 39405-ref 232 . C T 337.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.1940;MQ=36.53;MQ0=0;QD=2.61;SB=6.01;sumGLbyD=2.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,21:127:99:367,0,3642 39405-ref 233 . A G 2117.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.7252;MQ=36.52;MQ0=0;QD=16.67;SB=-25.54;sumGLbyD=16.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,70:121:99:2147,0,1624 39405-ref 262 . A C 135.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5699;MQ=35.48;MQ0=0;QD=2.51;SB=-21.66;sumGLbyD=3.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,11:51:99:165,0,1311 39405-ref 269 . G T 149.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.8827;MQ=35.14;MQ0=0;QD=2.99;SB=6.01;sumGLbyD=3.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,10:46:99:180,0,1107 39405-ref 279 . G A 201.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9420;MQ=35.20;MQ0=0;QD=5.04;SB=-0.01;sumGLbyD=5.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:99:231,0,931 39405-ref 299 . G A 49.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9750;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.13;SB=-0.01;sumGLbyD=9.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:79.07:79,0,129 39532-ref 11 . G A 93.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.38;MQ0=0;QD=4.91;SB=-0.01;sumGLbyD=6.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:16:99:123,0,379 39532-ref 51 . T G 398.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.30;MQ0=0;QD=3.95;SB=-0.01;sumGLbyD=4.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,20:96:99:429,0,2623 39532-ref 58 . A G 401.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.30;MQ0=0;QD=3.94;SB=-0.01;sumGLbyD=4.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,20:98:99:432,0,2670 39532-ref 81 . G A 573.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9051;MQ=36.40;MQ0=0;QD=4.22;SB=3.00;sumGLbyD=4.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,29:122:99:603,0,3147 39532-ref 94 . T C 4087.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.4612;MQ=36.62;MQ0=0;QD=25.87;SB=-32.25;sumGLbyD=23.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,117:143:99:3657,0,766 39532-ref 134 . G A 4660.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5072;MQ=36.84;MQ0=0;QD=37.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:121:99:4661,364,0 39532-ref 202 . A G 243.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5901;MQ=35.28;MQ0=0;QD=6.77;SB=-102.50;sumGLbyD=7.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:274,0,784 39532-ref 203 . C A 252.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5901;MQ=35.28;MQ0=0;QD=7.01;SB=-102.49;sumGLbyD=7.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:282,0,789 39533-ref 40 . A G 110.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=22.12;SB=-0.01;sumGLbyD=28.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:7.65:140,0,8 39533-ref 77 . T G 416.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=35.42;MQ0=0;QD=32.04;SB=-0.01;sumGLbyD=34.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.08:449,39,0 39533-ref 134 . A T 71.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8583;MQ=27.40;MQ0=0;QD=8.91;SB=-0.01;sumGLbyD=12.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:7:73.61:101,0,74 39630-ref 147 . C G 3233.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.8718;MQ=36.80;MQ0=0;QD=21.85;SB=27.08;sumGLbyD=22.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,103:140:99:3265,0,1228 39630-ref 289 . A G 5054.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=319;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.1867;MQ=36.59;MQ0=0;QD=15.84;SB=-26.62;sumGLbyD=13.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,149:278:99:4190,0,4324 39630-ref 439 . C T 3059.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=298;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.0166;MQ=36.93;MQ0=0;QD=10.27;SB=-0.01;sumGLbyD=10.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,117:287:99:3089,0,5830 39739-ref 166 . G A 1087.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.97;MQ0=0;QD=24.16;SB=-498.28;sumGLbyD=24.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:43:49.89:1120,50,0 39739-ref 177 . G C 2397.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4665;MQ=27.52;MQ0=0;QD=28.54;SB=-1019.97;sumGLbyD=28.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:82:99:2430,206,0 39739-ref 190 . T A 400.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.86;MQ0=0;QD=23.56;SB=-196.60;sumGLbyD=25.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:11.09:433,11,0 39933-ref 35 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 39933-ref 40 . T C 10.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.4060;MQ=34.21;MQ0=0;QD=0.67;SB=-0.01;sumGLbyD=2.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:12:39.54:40,0,263 39933-ref 51 . T C 478.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8753;MQ=34.97;MQ0=0;QD=7.84;SB=-0.01;sumGLbyD=8.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:48:99:508,0,866 39933-ref 68 . T C 1307.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.07;MQ0=0;QD=17.44;SB=3.00;sumGLbyD=17.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,49:67:99:1338,0,635 39933-ref 71 . C A 532.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.07;MQ0=0;QD=7.10;SB=-21.70;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,26:66:99:563,0,1392 39933-ref 103 . A C 640.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5673;MQ=35.11;MQ0=0;QD=9.02;SB=-0.01;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:69:99:670,0,1436 39933-ref 119 . A T 138.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9932;MQ=32.86;MQ0=0;QD=7.69;SB=24.06;sumGLbyD=9.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:168,0,348 39933-ref 120 . G C 107 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9932;MQ=32.60;MQ0=0;QD=6.29;SB=24.06;sumGLbyD=8.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:137,0,332 39933-ref 121 . G C 70.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.9842;MQ=32.30;MQ0=0;QD=4.38;SB=24.02;sumGLbyD=6.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:100,0,334 39933-ref 138 . A C 68.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.68;SB=-37.00;sumGLbyD=19.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56.51:98,0,57 39933-ref 170 . G C 23.46 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6196;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.69;SB=3.00;sumGLbyD=10.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:53.43:53,0,60 39933-ref 179 . G A 58.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=2.9357;MQ=35.98;MQ0=0;QD=2.91;SB=-0.01;sumGLbyD=4.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:17:88.10:88,0,456 39933-ref 202 . A G 552 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.64;MQ0=0;QD=9.86;SB=-37.00;sumGLbyD=10.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:49:99:582,0,954 39933-ref 266 . C T 4951.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.2801;MQ=36.61;MQ0=0;QD=17.13;SB=-17.67;sumGLbyD=14.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,149:256:99:4180,0,3847 39933-ref 307 . C T 3203.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.8373;MQ=36.47;MQ0=0;QD=18.52;SB=3.00;sumGLbyD=18.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,104:170:99:3234,0,1943 39933-ref 310 . G T 91.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.9049;MQ=36.41;MQ0=0;QD=0.89;SB=3.00;sumGLbyD=1.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,14:97:99:122,0,2745 39933-ref 324 . G A 139.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.74;SB=-0.01;sumGLbyD=10.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:170,0,336 39964-ref 12 . G A 98.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4477;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.86;SB=-29.50;sumGLbyD=12.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:8:93.65:129,0,94 39964-ref 122 . A G 265.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.62;SB=-0.01;sumGLbyD=18.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:296,0,231 40014-ref 67 . A G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,65 40014-ref 117 . A G 27.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9658;MQ=34.78;MQ0=0;QD=1.94;SB=-0.01;sumGLbyD=4.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:57.13:57,0,363 40014-ref 131 . T A 22.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=1.48;SB=-0.01;sumGLbyD=3.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:52.17:52,0,406 40014-ref 220 . C A 25.05 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.52;SB=-0.01;sumGLbyD=28.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:56,6,0 40043-ref 27 . T C 85.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=21.47;SB=-0.01;sumGLbyD=29.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:118,9,0 40043-ref 46 . G A 159.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.28;MQ0=0;QD=26.55;SB=-0.01;sumGLbyD=32.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:192,15,0 40043-ref 104 . G A 221.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.65;SB=-0.01;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:254,21,0 40043-ref 136 . C T 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:4:67.28:68,0,67 40043-ref 145 . T C 29.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.30;SB=-0.01;sumGLbyD=14.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:58.56:59,0,59 40043-ref 172 . C T 102.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.68;SB=-0.01;sumGLbyD=18.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:6:60.57:133,0,61 40043-ref 205 . A G 59.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.78;SB=-0.01;sumGLbyD=30.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:91,9,0 40056-ref 125 . C T 71.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.75;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0 40056-ref 158 . C T 24.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.44;SB=-0.01;sumGLbyD=28.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:56,6,0 40056-ref 335 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 40056-ref 356 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 40056-ref 373 . G T 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0 40056-ref 422 . A G 47.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=11.88;SB=-0.01;sumGLbyD=19.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.99:78,0,28 40056-ref 431 . C T 56.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=14.24;SB=-0.01;sumGLbyD=21.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:87,0,28 40056-ref 434 . T C 36.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=9.13;SB=-0.01;sumGLbyD=16.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:3:30.98:67,0,31 40067-ref 145 . T A 70.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:101,0,102 40100-ref 85 . A G 713.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2016;MQ=36.84;MQ0=0;QD=11.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:58:99:744,0,1079 40100-ref 119 . A G 1812.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5155;MQ=36.89;MQ0=0;QD=19.49;SB=-0.01;sumGLbyD=19.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,58:85:99:1843,0,822 40116-ref 94 . G A 101.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9969;MQ=36.60;MQ0=0;QD=2.03;SB=-24.68;sumGLbyD=2.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,7:47:99:131,0,1349 40116-ref 180 . G A 309.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.54;MQ0=0;QD=8.59;SB=-26.62;sumGLbyD=9.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:35:99:339,0,655 40116-ref 182 . C T 449.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=33.02;MQ0=0;QD=11.23;SB=-26.62;sumGLbyD=11.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:38:99:479,0,624 40116-ref 207 . A G 491.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.65;MQ0=0;QD=14.90;SB=-21.70;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:522,0,393 40116-ref 240 . A G 524.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=26.21;SB=-0.01;sumGLbyD=27.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:20.12:557,20,0 40155-ref 24 . G T 102.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=1.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.23;SB=-36.31;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:9:99:132,0,171 40155-ref 93 . C T 114.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.30;MQ0=0;QD=3.96;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:28:99:145,0,709 40155-ref 128 . G A 1803.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.45;MQ0=0;QD=34.02;SB=-0.01;sumGLbyD=34.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:49:99:1836,147,0 40155-ref 139 . C T 2183.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.56;MQ0=0;QD=34.11;SB=-0.01;sumGLbyD=34.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:61:99:2216,144,0 40155-ref 163 . C G 2237.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2271,184,0 40155-ref 199 . A G 559.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8598;MQ=36.48;MQ0=0;QD=14.36;SB=-0.01;sumGLbyD=15.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:37:99:590,0,553 40155-ref 241 . T A 406.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6481;MQ=36.67;MQ0=0;QD=6.56;SB=-0.01;sumGLbyD=7.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:56:99:437,0,1302 40155-ref 280 . A T 777.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.57;MQ0=0;QD=11.10;SB=-0.01;sumGLbyD=11.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:69:99:807,0,1382 40155-ref 315 . A T 502.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6214;MQ=36.53;MQ0=0;QD=10.93;SB=-0.01;sumGLbyD=11.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:43:99:533,0,804 40155-ref 376 . A T 831.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.8184;MQ=36.88;MQ0=0;QD=9.89;SB=3.00;sumGLbyD=10.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,31:82:99:861,0,1727 40155-ref 445 . A G 3079.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9118;MQ=36.94;MQ0=0;QD=19.01;SB=-36.31;sumGLbyD=19.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,100:153:99:3109,0,1708 40155-ref 466 . C G 1669.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.1566;MQ=36.65;MQ0=0;QD=9.77;SB=6.01;sumGLbyD=9.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,62:144:99:1700,0,2608 40155-ref 500 . T A 2029.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0467;MQ=36.68;MQ0=0;QD=10.41;SB=6.01;sumGLbyD=10.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,78:174:99:2060,0,3355 40155-ref 627 . C T 8300.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=268;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.1278;MQ=36.17;MQ0=0;QD=30.97;SB=-0.01;sumGLbyD=30.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,267:234:99:8299,704,0 40155-ref 655 . A G 1148.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4600;MQ=35.88;MQ0=0;QD=4.67;SB=-0.01;sumGLbyD=4.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,56:238:99:1178,0,6166 40155-ref 676 . C T 6666.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2561;MQ=35.32;MQ0=0;QD=35.09;SB=38.57;sumGLbyD=34.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,188:182:99:6587,506,0 40155-ref 677 . G A 618.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7872;MQ=35.31;MQ0=0;QD=3.27;SB=3.00;sumGLbyD=3.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,41:178:99:649,0,4875 40155-ref 702 . C T 968.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8511;MQ=35.35;MQ0=0;QD=11.96;SB=-0.01;sumGLbyD=12.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:76:99:999,0,1300 40155-ref 734 . T C 569.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4671;MQ=34.66;MQ0=0;QD=18.36;SB=-0.01;sumGLbyD=19.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:30:99:599,0,294 40155-ref 790 . G A 460.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:494,39,0 40155-ref 806 . C G 157.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=35.72;MQ0=0;QD=19.70;SB=-0.01;sumGLbyD=23.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:42.64:188,0,43 40172-ref 4 . C G 34.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.28:64,0,92 40172-ref 127 . A G 1085.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5216;MQ=36.77;MQ0=0;QD=11.67;SB=3.00;sumGLbyD=12.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:86:99:1116,0,1519 40172-ref 159 . C T 1237.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.0302;MQ=36.81;MQ0=0;QD=7.78;SB=6.01;sumGLbyD=7.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,50:150:99:1267,0,3494 40172-ref 202 . G A 1299.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8164;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.25;SB=3.00;sumGLbyD=12.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:1329,0,1954 40174-ref 1027 . T A 109.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:142,12,0 40174-ref 1039 . C T 128.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4689;MQ=35.53;MQ0=0;QD=9.15;SB=3.00;sumGLbyD=11.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:11:99:158,0,170 40174-ref 1087 . T G 119.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.0727;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.91;SB=-0.01;sumGLbyD=3.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:39:99:149,0,1076 40174-ref 1136 . A G 1842.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0216;MQ=36.25;MQ0=0;QD=34.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:50:99:1876,150,0 40174-ref 1145 . A G 555.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9018;MQ=36.15;MQ0=0;QD=11.57;SB=-0.01;sumGLbyD=12.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:46:99:585,0,799 40174-ref 1188 . G T 1324.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6279;MQ=35.96;MQ0=0;QD=27.04;SB=-0.01;sumGLbyD=27.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,43:47:55.68:1355,0,56 40174-ref 1228 . T C 292.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3524;MQ=36.35;MQ0=0;QD=4.71;SB=-0.01;sumGLbyD=5.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,15:60:99:322,0,1471 40174-ref 1258 . A G 1535.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7334;MQ=35.54;MQ0=0;QD=30.11;SB=-67.68;sumGLbyD=30.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:48:55.53:1569,56,0 40174-ref 1285 . T A 693.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.52;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=34.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.16:726,63,0 40359-ref 76 . C T 337.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=30.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.90:366,0,4 40359-ref 139 . A T 362.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.96;SB=-38.57;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:396,30,0 40359-ref 179 . C T 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:58.56:68,0,59 40374-ref 56 . T A 1264.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5721;MQ=36.77;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=14.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:84:99:1295,0,1419 40374-ref 404 . C T 5401.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1650;MQ=36.76;MQ0=0;QD=32.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,158:149:99:5277,378,0 40374-ref 449 . G A 2811.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.9900;MQ=36.84;MQ0=0;QD=14.88;SB=-0.01;sumGLbyD=15.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,96:166:99:2842,0,2415 40384-ref 216 . G T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 40384-ref 218 . G A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 40393-ref 120 . T G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 40402-ref 8 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 40402-ref 117 . G A 57.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.60;SB=-0.01;sumGLbyD=17.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.52:88,0,61 40402-ref 135 . G T 29.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.34;SB=-0.01;sumGLbyD=14.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:59.35:59,0,64 40402-ref 144 . A G 39.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:70,0,29 40402-ref 158 . C T 138.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=27.60;SB=-0.01;sumGLbyD=34.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:171,15,0 40402-ref 215 . G A 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0 40402-ref 216 . T G 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0 40402-ref 251 . T A 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0 40402-ref 261 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 40402-ref 323 . T C 171.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8055;MQ=36.15;MQ0=0;QD=14.31;SB=-0.01;sumGLbyD=16.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:202,0,192 40402-ref 433 . T A 398.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.54;MQ0=0;QD=18.12;SB=-128.44;sumGLbyD=19.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:20:99:429,0,205 40402-ref 437 . A C 131.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.52;MQ0=0;QD=6.26;SB=24.07;sumGLbyD=7.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:161,0,485 40420-ref 57 . T C 33.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9927;MQ=23.13;MQ0=0;QD=6.80;SB=-23.60;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:44.24:64,0,44 40420-ref 60 . G T 13.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=23.13;MQ0=0;QD=2.69;SB=-20.62;sumGLbyD=8.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:43.26:43,0,64 40452-ref 50 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 40452-ref 57 . G A 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0 40452-ref 170 . T A 106.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.74;SB=-38.86;sumGLbyD=34.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0 40452-ref 182 . G A 161.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.23;SB=3.09;sumGLbyD=23.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:51.19:192,0,51 40452-ref 232 . T C 182.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.12;SB=-0.01;sumGLbyD=30.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:213,0,19 40452-ref 251 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 40452-ref 323 . G T 62.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=20.86;SB=-28.84;sumGLbyD=31.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:95,9,0 40452-ref 338 . A C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-28.84;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 40452-ref 356 . G A 75.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.07;SB=-27.86;sumGLbyD=35.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0 40517-ref 276 . G A 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 40517-ref 387 . T G 16.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.67;SB=-0.01;sumGLbyD=7.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:45.93:46,0,124 40517-ref 390 . C T 92.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=13.27;SB=-0.01;sumGLbyD=17.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:85.55:123,0,86 40517-ref 397 . A T 63.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=12.64;SB=-0.01;sumGLbyD=18.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.97:93,0,65 40517-ref 446 . G A 138.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=13.87;SB=-0.01;sumGLbyD=16.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:169,0,115 40517-ref 463 . G A 46.46 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.01;MQ0=0;QD=6.64;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:76.46:76,0,79 40517-ref 469 . A C 85.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.69;MQ0=0;QD=9.47;SB=-0.01;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:8:99:115,0,124 40517-ref 470 . G C 121.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.93;MQ0=0;QD=12.15;SB=-0.01;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:9:99:151,0,124 40517-ref 475 . A G 125.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=11.40;SB=-0.01;sumGLbyD=14.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:155,0,184 40517-ref 557 . C T 18.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.82;SB=-0.01;sumGLbyD=4.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:8:48.17:48,0,196 40517-ref 646 . T C 1679.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=14.36;SB=-0.01;sumGLbyD=14.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:111:99:1710,0,1767 40517-ref 706 . A T 755.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0284;MQ=35.89;MQ0=0;QD=16.43;SB=9.01;sumGLbyD=17.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:43:99:786,0,516 40517-ref 756 . C T 1465.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.7718;MQ=36.38;MQ0=0;QD=17.88;SB=-0.01;sumGLbyD=18.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:75:99:1496,0,868 40517-ref 877 . C A 26.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.75;MQ0=0;QD=4.47;SB=2.99;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:56.78:57,0,87 40517-ref 880 . A C 54.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.75;MQ0=0;QD=9.03;SB=2.99;sumGLbyD=14.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:84.19:84,0,87 40629-ref 43 . C T 19.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=2.9132;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.61;SB=-0.01;sumGLbyD=4.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:10:49.23:49,0,261 40629-ref 46 . A T 50.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9132;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.21;SB=-0.01;sumGLbyD=6.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:11:80.57:81,0,281 40629-ref 95 . G C 482.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.83;SB=-0.01;sumGLbyD=28.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:14:42.11:516,42,0 40647-ref 261 . A G 1203.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9572;MQ=36.90;MQ0=0;QD=12.53;SB=-0.01;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:94:99:1233,0,1771 40659-ref 28 . A G 190.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.27;MQ0=0;QD=13.59;SB=-26.62;sumGLbyD=15.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:12:99:220,0,160 40659-ref 31 . T C 190.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.40;MQ0=0;QD=11.22;SB=-26.62;sumGLbyD=12.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:13:99:221,0,194 40659-ref 149 . T G 26.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9968;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.92;SB=-0.01;sumGLbyD=18.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26.23:57,0,26 40725-ref 270 . C G 18.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8934;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.10;SB=-0.01;sumGLbyD=8.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:48.55:49,0,127 40725-ref 474 . T G 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0 40757-ref 19 . T G 214.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.60;MQ0=0;QD=19.49;SB=29.23;sumGLbyD=22.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:3.94:244,0,4 40757-ref 97 . A G 76.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.61;SB=-0.01;sumGLbyD=36.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0 40841-ref 27 . C T 1767.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4433;MQ=36.37;MQ0=0;QD=27.62;SB=-0.01;sumGLbyD=28.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,53:62:99:1798,0,166 40841-ref 30 . T C 172.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4433;MQ=36.45;MQ0=0;QD=2.33;SB=-0.01;sumGLbyD=2.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,15:67:99:203,0,1781 40841-ref 49 . G C 2334.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8766;MQ=36.58;MQ0=0;QD=19.61;SB=-0.01;sumGLbyD=19.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,83:102:99:2364,0,751 40841-ref 74 . G A 1670.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.7631;MQ=36.76;MQ0=0;QD=10.12;SB=-0.01;sumGLbyD=10.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,61:158:99:1700,0,3191 40841-ref 127 . T A 4120.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=201;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8619;MQ=36.95;MQ0=0;QD=20.50;SB=-32.25;sumGLbyD=17.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,111:192:99:3542,0,2639 40841-ref 177 . C G 3656.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6054;MQ=36.82;MQ0=0;QD=33.55;SB=-0.01;sumGLbyD=33.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:98:99:3656,295,0 40841-ref 233 . C T 1425.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3619;MQ=36.60;MQ0=0;QD=14.12;SB=-0.01;sumGLbyD=14.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:93:99:1456,0,1494 40841-ref 251 . A C 2522.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5750;MQ=36.72;MQ0=0;QD=34.55;SB=-0.01;sumGLbyD=35.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:69:99:2555,168,0 40841-ref 327 . A T 797.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9864;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.29;SB=-0.01;sumGLbyD=13.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:58:99:827,0,1040 40841-ref 378 . T C 359.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.37;MQ0=0;QD=11.25;SB=6.01;sumGLbyD=12.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:30:99:390,0,533 40841-ref 411 . T C 37.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.38;SB=-0.01;sumGLbyD=6.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:10:67.18:67,0,231 40853-ref 124 . G T 2270.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4716;MQ=36.73;MQ0=0;QD=14.94;SB=-0.01;sumGLbyD=15.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,85:133:99:2301,0,1695 40853-ref 277 . G A 37.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:27.95:68,0,28 40854-ref 20 . C T 224.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:258,24,0 40854-ref 26 . T C 226.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.36;SB=-0.01;sumGLbyD=32.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:260,24,0 40854-ref 81 . C T 124.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:157,15,0 40854-ref 85 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 40854-ref 111 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 40854-ref 130 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 40897-ref 248 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 40897-ref 291 . T C 58.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9912;MQ=35.87;MQ0=0;QD=6.50;SB=-0.01;sumGLbyD=9.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:88.48:88,0,200 40897-ref 317 . T C 178.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.84;SB=-0.01;sumGLbyD=23.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:87.69:209,0,88 40897-ref 338 . G C 113.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9848;MQ=34.15;MQ0=0;QD=10.33;SB=3.00;sumGLbyD=13.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:11:99:144,0,132 40897-ref 396 . C A 23.88 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.94;SB=-0.01;sumGLbyD=28.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:5.99:55,6,0 40906-ref 43 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 40906-ref 101 . T G 42.20 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0 40932-ref 32 . T C 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,105 40932-ref 61 . A G 12.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.03;MQ0=0;QD=0.59;SB=-0.01;sumGLbyD=2.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,3:19:42.09:42,0,555 40932-ref 62 . C T 15.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.03;MQ0=0;QD=0.73;SB=-0.01;sumGLbyD=2.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:19:45.09:45,0,521 40932-ref 73 . A G 72.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=36.19;MQ0=0;QD=2.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:24:99:102,0,638 40932-ref 124 . A G 111.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3374;MQ=36.65;MQ0=0;QD=3.37;SB=-0.01;sumGLbyD=4.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:31:99:141,0,775 40932-ref 148 . T C 792.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8763;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.64;SB=-0.01;sumGLbyD=23.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,30:28:60.28:822,0,60 40932-ref 231 . A G 436.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.4657;MQ=35.14;MQ0=0;QD=6.83;SB=-32.56;sumGLbyD=7.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,19:61:99:467,0,1383 40932-ref 240 . C T 978.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5577;MQ=35.02;MQ0=0;QD=16.31;SB=-94.71;sumGLbyD=16.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:58:99:1008,0,777 40932-ref 270 . A C 681.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6925;MQ=34.30;MQ0=0;QD=10.16;SB=-100.39;sumGLbyD=10.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:62:99:711,0,1126 40932-ref 277 . T G 618.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7063;MQ=33.91;MQ0=0;QD=10.48;SB=-131.45;sumGLbyD=10.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:53:99:649,0,883 40932-ref 288 . A T 293.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.1343;MQ=34.07;MQ0=0;QD=6.25;SB=-72.19;sumGLbyD=6.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:43:99:324,0,913 40954-ref 111 . G C 105.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.57;MQ0=0;QD=2.24;SB=-0.01;sumGLbyD=2.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,7:44:99:135,0,1257 40954-ref 150 . T C 27.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9981;MQ=36.57;MQ0=0;QD=0.59;SB=-0.01;sumGLbyD=1.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,5:42:57.91:58,0,1248 40954-ref 249 . G C 248.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=36.39;MQ0=0;QD=7.53;SB=87.28;sumGLbyD=8.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:30:99:279,0,688 40954-ref 505 . A G 89.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9985;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.97;SB=-0.01;sumGLbyD=7.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:13:99:119,0,272 40986-ref 38 . C T 1132.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=35.68;MQ0=0;QD=16.18;SB=-26.62;sumGLbyD=16.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:65:99:1163,0,841 40986-ref 46 . A G 1360.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.7641;MQ=35.93;MQ0=0;QD=10.23;SB=-22.69;sumGLbyD=10.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,57:108:99:1390,0,1854 40986-ref 102 . A G 8277.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9946;MQ=36.41;MQ0=0;QD=34.49;SB=-40.01;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,238:224:99:8276,674,0 40986-ref 113 . A C 3227.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=220;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9245;MQ=36.40;MQ0=0;QD=14.67;SB=3.00;sumGLbyD=14.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,109:213:99:3257,0,3360 40986-ref 170 . C A 3184.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5585;MQ=36.46;MQ0=0;QD=15.53;SB=-0.01;sumGLbyD=15.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,107:198:99:3215,0,2976 40986-ref 172 . A G 3892.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4049;MQ=36.50;MQ0=0;QD=19.17;SB=-0.01;sumGLbyD=16.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,106:197:99:3299,0,2899 41002-ref 40 . T C 453.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1347;MQ=36.48;MQ0=0;QD=5.60;SB=-0.01;sumGLbyD=5.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,24:68:99:484,0,1583 41002-ref 66 . G A 517.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2578;MQ=35.54;MQ0=0;QD=8.63;SB=-0.01;sumGLbyD=9.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:55:99:548,0,1155 41002-ref 94 . G C 1005.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=34.16;MQ0=0;QD=32.42;SB=-0.01;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:53.24:1038,53,0 41002-ref 105 . C T 11.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.40;MQ0=0;QD=0.33;SB=-0.01;sumGLbyD=1.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:32:40.99:41,0,915 41002-ref 193 . C T 1116.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.68;MQ0=0;QD=36.03;SB=-88.87;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.27:1150,93,0 41002-ref 207 . C T 86.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.7480;MQ=36.12;MQ0=0;QD=1.88;SB=129.45;sumGLbyD=2.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,7:44:99:116,0,1287 41002-ref 217 . T C 86.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.92;SB=129.43;sumGLbyD=2.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,8:44:99:117,0,1253 41002-ref 219 . G A 86.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=1.88;SB=129.46;sumGLbyD=2.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,8:44:99:116,0,1290 41002-ref 243 . G A 1189.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7830;MQ=35.26;MQ0=0;QD=18.29;SB=24.05;sumGLbyD=18.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:61:99:1219,0,675 41002-ref 255 . T C 53.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.2467;MQ=35.45;MQ0=0;QD=0.58;SB=109.71;sumGLbyD=0.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,11:84:83.51:84,0,2453 41002-ref 270 . A G 135.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.0383;MQ=34.24;MQ0=0;QD=1.22;SB=49.53;sumGLbyD=1.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,16:95:99:166,0,2588 41002-ref 285 . G C 588.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.3352;MQ=34.00;MQ0=0;QD=5.55;SB=23.11;sumGLbyD=5.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,26:101:99:618,0,2282 41002-ref 329 . A G 786.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7504;MQ=33.32;MQ0=0;QD=24.58;SB=-21.49;sumGLbyD=25.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,28:31:41.98:817,0,42 41002-ref 339 . G T 555.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8934;MQ=33.85;MQ0=0;QD=27.79;SB=-0.01;sumGLbyD=29.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:19:17.15:589,17,0 41002-ref 361 . G T 213.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=21.34;SB=-0.01;sumGLbyD=24.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:9:7.28:243,0,7 41002-ref 376 . C A 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=8.69;SB=-0.01;sumGLbyD=19.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:57,6,0 41002-ref 381 . G C 57.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.31;SB=-0.01;sumGLbyD=21.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:87,0,28 41002-ref 392 . T C 436.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=29.12;SB=-72.99;sumGLbyD=31.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.11:468,5,0 41002-ref 419 . C T 658.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-120.02;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:691,54,0 41017-ref 58 . T G 71.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.25;SB=-0.01;sumGLbyD=20.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.53:101,0,64 41017-ref 123 . G A 397.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.41;SB=-0.01;sumGLbyD=30.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:13:0.19:426,0,0 41017-ref 145 . A G 391.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.13;SB=-0.01;sumGLbyD=32.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:11:33.10:425,33,0 41017-ref 203 . T C 330.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7814;MQ=32.31;MQ0=0;QD=15.04;SB=3.00;sumGLbyD=16.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:18:99:361,0,146 41017-ref 213 . G T 104.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7883;MQ=30.72;MQ0=0;QD=14.91;SB=15.12;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:6:11.60:134,0,12 41019-ref 44 . G A 1520.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3758;MQ=35.89;MQ0=0;QD=33.06;SB=-69.63;sumGLbyD=33.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:41:99:1554,123,0 41043-ref 136 . T C 28.71 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.74;MQ0=0;QD=14.35;SB=-0.01;sumGLbyD=30.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:60,6,0 41244-ref 85 . A G 1844.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2648;MQ=36.91;MQ0=0;QD=16.93;SB=-0.01;sumGLbyD=17.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,66:100:99:1875,0,1136 41244-ref 154 . G T 1149.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.2723;MQ=36.71;MQ0=0;QD=8.15;SB=-0.01;sumGLbyD=8.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,50:131:99:1179,0,2950 41244-ref 287 . A G 2456.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5155;MQ=35.06;MQ0=0;QD=13.96;SB=-0.01;sumGLbyD=14.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,88:169:99:2486,0,2655 41244-ref 293 . G C 2451.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3924;MQ=34.91;MQ0=0;QD=14.59;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,84:168:99:2481,0,2683 41244-ref 294 . G A 5878.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3886;MQ=34.85;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=35.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:161:99:5877,484,0 41244-ref 323 . C T 47.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6622;MQ=32.97;MQ0=0;QD=1.63;SB=-0.01;sumGLbyD=2.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:27:77.30:77,0,650 41244-ref 331 . G T 733.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=6.6536;MQ=30.01;MQ0=0;QD=27.16;SB=-0.01;sumGLbyD=28.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:25:45.53:766,46,0 41244-ref 334 . T A 277.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9942;MQ=29.22;MQ0=0;QD=10.69;SB=-0.01;sumGLbyD=11.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:23:99:308,0,286 41244-ref 355 . T A 291.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9990;MQ=27.82;MQ0=0;QD=14.55;SB=-0.01;sumGLbyD=16.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:19:99:321,0,160 41244-ref 360 . G C 224.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9990;MQ=27.04;MQ0=0;QD=16.01;SB=-0.01;sumGLbyD=18.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:96.48:254,0,96 41244-ref 375 . G C 12.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=26.60;MQ0=0;QD=1.35;SB=-0.01;sumGLbyD=4.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:41.88:42,0,180 41244-ref 392 . A T 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0 41248-ref 100 . A C 55.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.95;SB=-0.01;sumGLbyD=21.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:86,0,27 41248-ref 111 . A C 18.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.11;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.99:48,0,31 41248-ref 273 . T G 142.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=23.79;SB=-0.01;sumGLbyD=29.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:176,18,0 41248-ref 279 . G A 52.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=8.75;SB=-0.01;sumGLbyD=13.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:4:16.62:82,0,17 41248-ref 282 . G A 81.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.27;SB=-0.01;sumGLbyD=28.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:114,12,0 41248-ref 329 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 41385-ref 40 . G T 1272.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3011;MQ=36.88;MQ0=0;QD=15.33;SB=-0.01;sumGLbyD=15.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:77:99:1303,0,1115 41385-ref 89 . C G 2106.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8160;MQ=36.78;MQ0=0;QD=23.15;SB=-0.01;sumGLbyD=23.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,66:87:99:2136,0,635 41385-ref 205 . C T 6732.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=316;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0003;MQ=36.84;MQ0=0;QD=21.31;SB=-0.01;sumGLbyD=18.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,198:293:99:5849,0,3225 41385-ref 253 . T C 5699 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.8263;MQ=35.87;MQ0=0;QD=20.88;SB=-61.66;sumGLbyD=17.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,163:261:99:4875,0,3217 41385-ref 271 . G A 6769.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=270;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4226;MQ=35.94;MQ0=0;QD=25.07;SB=3.00;sumGLbyD=22.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,190:259:99:5989,0,2062 41385-ref 513 . G C 14618.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=602;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.9179;MQ=36.14;MQ0=0;QD=24.28;SB=-31.79;sumGLbyD=21.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,411:590:99:12840,0,5321 41385-ref 559 . G A 4561.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=299;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.9907;MQ=34.78;MQ0=0;QD=15.25;SB=3.00;sumGLbyD=12.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,146:263:99:3737,0,3695 41385-ref 566 . A G 2244.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2569;MQ=33.96;MQ0=0;QD=9.72;SB=-50.24;sumGLbyD=9.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,101:203:99:2275,0,3452 41385-ref 567 . A G 1908.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.8546;MQ=33.82;MQ0=0;QD=8.75;SB=-53.24;sumGLbyD=8.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,91:182:99:1938,0,3121 41385-ref 636 . G T 89.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9981;MQ=36.44;MQ0=0;QD=0.78;SB=60.15;sumGLbyD=1.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,12:113:99:119,0,3513 41385-ref 657 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 41403-ref 26 . C T 279.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.02;SB=-0.01;sumGLbyD=34.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:312,24,0 41403-ref 123 . G A 809.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=33.75;SB=-0.01;sumGLbyD=35.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.18:843,69,0 41403-ref 128 . C A 780.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.18:813,66,0 41403-ref 166 . A G 34.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.00;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.97:65,0,83 41442-ref 185 . G A 148.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.72;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:181,15,0 41442-ref 189 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 41494-ref 14 . 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T C 9994.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=636;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.2345;MQ=36.28;MQ0=0;QD=15.71;SB=-82.62;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:341,292:593:99:8171,0,10330 41494-ref 336 . T C 6193.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=378;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.5475;MQ=35.89;MQ0=0;QD=16.39;SB=-0.01;sumGLbyD=13.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,179:351:99:5136,0,5573 41494-ref 357 . C A 5289.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=349;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.0656;MQ=35.08;MQ0=0;QD=15.16;SB=-0.01;sumGLbyD=12.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,160:327:99:4304,0,5685 41494-ref 361 . C T 5291.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=361;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.1155;MQ=35.14;MQ0=0;QD=14.66;SB=-0.01;sumGLbyD=11.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,165:328:99:4303,0,5783 41494-ref 398 . A G 2350.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=243;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9109;MQ=35.44;MQ0=0;QD=9.67;SB=-24.67;sumGLbyD=9.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,94:222:99:2381,0,4312 41494-ref 412 . A G 2536.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.9907;MQ=35.79;MQ0=0;QD=9.99;SB=-22.69;sumGLbyD=10.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,102:231:99:2566,0,4409 41494-ref 454 . T C 1742.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0700;MQ=36.49;MQ0=0;QD=12.63;SB=-26.62;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,58:136:99:1773,0,2569 41494-ref 526 . C G 101.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.87;MQ0=0;QD=5.64;SB=-0.01;sumGLbyD=7.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:131,0,396 41535-ref 4 . C T 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,104 41535-ref 38 . T C 776.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=35.78;MQ0=0;QD=11.59;SB=-0.01;sumGLbyD=12.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:66:99:807,0,1273 41535-ref 39 . G A 741.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6006;MQ=35.92;MQ0=0;QD=11.23;SB=-0.01;sumGLbyD=11.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:65:99:771,0,1295 41535-ref 80 . G A 1267.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.6636;MQ=36.59;MQ0=0;QD=10.22;SB=-0.01;sumGLbyD=10.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,53:110:99:1297,0,1943 41535-ref 142 . A G 55.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9516;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.50;SB=-0.01;sumGLbyD=3.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:22:85.08:85,0,558 41549-ref 34 . T A 366.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8319;MQ=35.87;MQ0=0;QD=20.34;SB=-0.01;sumGLbyD=22.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:396,0,166 41549-ref 68 . G T 953.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9210;MQ=36.62;MQ0=0;QD=17.99;SB=-0.01;sumGLbyD=18.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:49:99:983,0,537 41549-ref 120 . C A 1753.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.9325;MQ=36.88;MQ0=0;QD=21.39;SB=-0.01;sumGLbyD=21.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,54:79:99:1784,0,751 41597-ref 37 . C G 346.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.78;MQ0=0;QD=24.78;SB=-0.01;sumGLbyD=26.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:13:30.51:377,0,31 41597-ref 64 . C T 465.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=27.38;SB=-0.01;sumGLbyD=29.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:17:17.05:495,0,17 41597-ref 86 . A T 251.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=22.91;SB=-0.01;sumGLbyD=25.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.02:285,27,0 41597-ref 110 . A G 45.91 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.96;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0 41597-ref 156 . C T 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9965;MQ=27.82;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54.60:74,0,55 41597-ref 164 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 41597-ref 210 . T A 198.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.29;SB=-0.01;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:231,18,0 41597-ref 211 . T G 191.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.35;SB=-0.01;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:6:18.05:224,18,0 41597-ref 235 . C T 839.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=35.64;MQ0=0;QD=29.96;SB=-140.73;sumGLbyD=31.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:26:50.52:872,51,0 41597-ref 358 . T A 579.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.09;SB=-0.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.15:612,48,0 41618-ref 111 . G T 420.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=23.35;SB=-0.01;sumGLbyD=25.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:95.49:450,0,95 41618-ref 130 . C T 257.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=21.48;SB=-0.01;sumGLbyD=23.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:82.48:288,0,82 41618-ref 190 . G A 261.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.4658;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.76;SB=-0.01;sumGLbyD=26.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:46.23:291,0,46 41626-ref 12 . A C 135.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.6354;MQ=35.43;MQ0=0;QD=3.22;SB=3.00;sumGLbyD=3.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,10:24:99:165,0,528 41626-ref 41 . C G 2432.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.8179;MQ=36.43;MQ0=0;QD=15.21;SB=6.01;sumGLbyD=15.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,85:139:99:2463,0,1871 41626-ref 74 . A G 7731.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3707;MQ=36.53;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,214:208:99:7730,626,0 41635-ref 160 . G C 1623.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7885;MQ=35.98;MQ0=0;QD=23.19;SB=-37.00;sumGLbyD=23.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,50:70:99:1654,0,568 41635-ref 178 . G A 1416.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2999;MQ=35.76;MQ0=0;QD=21.46;SB=-0.01;sumGLbyD=21.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,47:63:99:1446,0,501 41635-ref 222 . A C 344.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9977;MQ=34.21;MQ0=0;QD=23.00;SB=-0.01;sumGLbyD=25.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:15:64.45:375,0,64 41635-ref 225 . T C 241.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=33.14;MQ0=0;QD=21.98;SB=-0.01;sumGLbyD=24.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:11:6.90:271,0,7 41635-ref 244 . C A 149.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9971;MQ=28.10;MQ0=0;QD=12.49;SB=3.00;sumGLbyD=14.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:9:72.19:180,0,72 41635-ref 303 . A G 80.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9990;MQ=35.42;MQ0=0;QD=6.19;SB=-0.01;sumGLbyD=8.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:111,0,300 41635-ref 329 . A G 46.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=36.07;MQ0=0;QD=4.23;SB=-0.01;sumGLbyD=6.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:76.53:77,0,273 41635-ref 332 . C A 33.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=36.07;MQ0=0;QD=3.04;SB=-0.01;sumGLbyD=5.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:63.38:63,0,261 41635-ref 437 . G C 115.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4686;MQ=35.42;MQ0=0;QD=8.87;SB=-0.01;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:12:99:145,0,227 41635-ref 488 . G A 248.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=16.55;SB=3.00;sumGLbyD=18.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:14:99:278,0,153 41635-ref 530 . T A 93.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=15.52;SB=-0.01;sumGLbyD=20.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.27:123,0,61 41635-ref 532 . A G 99.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.56;SB=-0.01;sumGLbyD=21.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.27:129,0,61 41636-ref 33 . T C 33.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.73;SB=-0.01;sumGLbyD=32.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0 41636-ref 145 . A C 65.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=28.48;MQ0=0;QD=16.25;SB=-0.01;sumGLbyD=24.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.02:97,9,0 41636-ref 152 . T C 89.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=30.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:122,12,0 41636-ref 163 . C A 51.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=17.30;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:84,9,0 41650-ref 31 . T C 554.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=34.69;MQ0=0;QD=30.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:16:48.14:588,48,0 41650-ref 56 . G A 2389.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8756;MQ=35.74;MQ0=0;QD=36.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:64:99:2423,193,0 41650-ref 86 . A G 4222.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.2576;MQ=35.83;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:113:99:4222,340,0 41650-ref 150 . C T 160.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.4338;MQ=36.39;MQ0=0;QD=0.97;SB=3.00;sumGLbyD=1.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,18:158:99:190,0,4694 41650-ref 187 . C T 5896.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=36.31;MQ0=0;QD=36.17;SB=-0.01;sumGLbyD=36.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:159:99:5895,478,0 41650-ref 245 . G T 4806.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.5516;MQ=36.55;MQ0=0;QD=26.85;SB=-26.62;sumGLbyD=23.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,135:172:99:4288,0,1065 41650-ref 303 . G A 643.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=318;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=65.9698;MQ=28.28;MQ0=0;QD=2.02;SB=-21.70;sumGLbyD=2.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:270,48:312:99:673,0,6901 41650-ref 310 . G A 2867.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=289;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.8376;MQ=28.67;MQ0=0;QD=9.92;SB=2.99;sumGLbyD=10.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,132:280:99:2897,0,4016 41650-ref 332 . C G 2515.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9881;MQ=35.62;MQ0=0;QD=19.96;SB=2.99;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,80:126:99:2545,0,1371 41668-ref 7 . A T 381.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.2599;MQ=34.85;MQ0=0;QD=3.02;SB=-0.01;sumGLbyD=3.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,26:113:99:411,0,2962 41668-ref 16 . A T 2842.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.4935;MQ=35.27;MQ0=0;QD=16.43;SB=-0.01;sumGLbyD=16.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,106:156:99:2873,0,1667 41668-ref 92 . C A 570.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=321;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.8466;MQ=36.72;MQ0=0;QD=1.78;SB=-29.50;sumGLbyD=1.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,49:287:99:600,0,8433 41668-ref 154 . G A 5282.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=637;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=162.2767;MQ=36.27;MQ0=0;QD=8.29;SB=3.00;sumGLbyD=5.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:490,146:613:99:3435,0,15825 41668-ref 155 . A G 1015.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=632;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=162.2979;MQ=36.26;MQ0=0;QD=1.61;SB=3.00;sumGLbyD=1.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:550,81:590:99:1046,0,17421 41668-ref 182 . G T 2115.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=356;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=63.8449;MQ=36.08;MQ0=0;QD=5.94;SB=-34.79;sumGLbyD=6.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:265,91:337:99:2145,0,8409 41668-ref 219 . A G 877.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=450;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.7900;MQ=36.43;MQ0=0;QD=1.95;SB=6.00;sumGLbyD=2.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:384,63:420:99:908,0,11840 41668-ref 230 . C A 907.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=458;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=59.3315;MQ=36.57;MQ0=0;QD=1.98;SB=9.01;sumGLbyD=2.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:391,66:445:99:938,0,12891 41668-ref 285 . A C 939.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.3652;MQ=36.77;MQ0=0;QD=7.01;SB=-0.01;sumGLbyD=7.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,37:130:99:969,0,3020 41668-ref 295 . A G 712.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.4257;MQ=36.87;MQ0=0;QD=9.26;SB=-0.01;sumGLbyD=9.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:73:99:743,0,1497 41674-ref 51 . T C 193.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3864;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.79;SB=-0.01;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:19:99:223,0,336 41794-ref 32 . T A 27.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.08;SB=-0.01;sumGLbyD=19.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:57,0,30 41794-ref 92 . T G 300.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=30.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.08:333,27,0 41801-ref 19 . T A 173.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9894;MQ=28.48;MQ0=0;QD=21.65;SB=-0.01;sumGLbyD=25.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:5.57:203,0,6 41801-ref 39 . G A 96.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.73;MQ0=0;QD=6.03;SB=3.00;sumGLbyD=7.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:126,0,289 41801-ref 54 . A T 172.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.56;MQ0=0;QD=7.83;SB=3.00;sumGLbyD=9.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:202,0,425 41801-ref 63 . T A 721.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=34.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.16:755,63,0 41801-ref 71 . G T 29.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.39;MQ0=0;QD=1.47;SB=-0.01;sumGLbyD=2.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:18:59.41:59,0,483 41801-ref 102 . G A 386.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.74;SB=-0.01;sumGLbyD=32.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:2.75:415,1,0 41801-ref 183 . C T 221.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.17;SB=-0.01;sumGLbyD=22.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:8:8.42:252,0,8 41801-ref 191 . T C 208.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9333;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.39;SB=-0.01;sumGLbyD=19.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:11:99:239,0,116 41801-ref 225 . C T 36.74 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9956;MQ=36.40;MQ0=0;QD=2.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:66.73:67,0,492 41801-ref 243 . C A 305.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=32.91;MQ0=0;QD=11.74;SB=-0.01;sumGLbyD=12.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:335,0,420 41801-ref 255 . G A 231.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8930;MQ=32.51;MQ0=0;QD=7.46;SB=-0.01;sumGLbyD=8.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:261,0,615 41801-ref 256 . C A 267.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6817;MQ=32.51;MQ0=0;QD=8.63;SB=-0.01;sumGLbyD=9.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:30:99:298,0,574 41801-ref 267 . T A 427.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=33.94;MQ0=0;QD=17.81;SB=-0.01;sumGLbyD=19.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:458,0,221 41801-ref 344 . T G 692.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4969;MQ=35.45;MQ0=0;QD=23.89;SB=-0.01;sumGLbyD=24.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,23:28:99:723,0,130 41801-ref 357 . A G 822.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8305;MQ=31.72;MQ0=0;QD=13.26;SB=-0.01;sumGLbyD=13.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:61:99:852,0,760 41801-ref 360 . C G 932.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9924;MQ=31.72;MQ0=0;QD=15.04;SB=-0.01;sumGLbyD=15.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:60:99:963,0,629 41801-ref 369 . A G 300.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9779;MQ=31.12;MQ0=0;QD=3.95;SB=-0.01;sumGLbyD=4.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,16:74:99:331,0,1607 41801-ref 393 . C T 639.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.12;MQ0=0;QD=19.39;SB=-0.01;sumGLbyD=20.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,30:28:23.63:670,0,24 41801-ref 408 . A G 72.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.30;MQ0=0;QD=5.15;SB=-0.01;sumGLbyD=7.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:102,0,295 41801-ref 409 . T C 75.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.30;MQ0=0;QD=5.36;SB=-0.01;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:105,0,279 41919-ref 123 . C A 384.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.73;SB=-0.01;sumGLbyD=14.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:26:99:415,0,422 41919-ref 168 . C A 336.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2032;MQ=36.70;MQ0=0;QD=9.89;SB=-0.01;sumGLbyD=10.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:32:99:366,0,658 41919-ref 315 . A G 658.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3652;MQ=36.67;MQ0=0;QD=10.79;SB=-0.01;sumGLbyD=11.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:55:99:688,0,1005 41919-ref 490 . G A 11.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9328;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.75;SB=-0.01;sumGLbyD=2.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,2:13:40.89:41,0,382 41931-ref 57 . A T 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0337;MQ=33.53;MQ0=0;QD=33.96;SB=-287.25;sumGLbyD=34.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1697,144,0 41931-ref 66 . T A 326.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9967;MQ=32.43;MQ0=0;QD=4.73;SB=-160.52;sumGLbyD=5.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,19:67:99:356,0,1571 41931-ref 95 . A G 2527.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7166;MQ=31.25;MQ0=0;QD=32.82;SB=-29.63;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:76:99:2560,229,0 41931-ref 110 . A G 301.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=30.68;MQ0=0;QD=4.43;SB=-0.01;sumGLbyD=4.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,18:67:99:332,0,1404 41931-ref 117 . C T 928.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=29.85;MQ0=0;QD=29.02;SB=-0.01;sumGLbyD=30.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.16:962,93,0 41931-ref 124 . C A 435.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=25.86;MQ0=0;QD=25.59;SB=-0.01;sumGLbyD=27.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:16:48.08:468,48,0 41931-ref 131 . A G 153.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=26.60;MQ0=0;QD=17.02;SB=-0.01;sumGLbyD=20.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:32.19:183,0,32 41931-ref 146 . C T 3801.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=26.80;MQ0=0;QD=29.70;SB=-29.63;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:125:99:3800,376,0 41931-ref 153 . C T 5707.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=28.17;MQ0=0;QD=31.53;SB=-29.63;sumGLbyD=31.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:180:99:5705,541,0 41931-ref 189 . T C 5374.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9705;MQ=27.55;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=29.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,181:176:99:5307,464,0 41931-ref 194 . C T 5276.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8026;MQ=27.54;MQ0=0;QD=30.50;SB=-0.01;sumGLbyD=30.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,171:171:99:5235,475,0 41931-ref 217 . C T 838.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9983;MQ=25.67;MQ0=0;QD=23.95;SB=-0.01;sumGLbyD=24.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:33:59.18:871,59,0 41931-ref 218 . G A 228.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9983;MQ=25.73;MQ0=0;QD=7.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:30:99:258,0,454 41931-ref 229 . C T 3729.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.19;MQ0=0;QD=29.83;SB=-0.01;sumGLbyD=29.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:107:99:3688,282,0 41931-ref 237 . C T 7486.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6606;MQ=36.30;MQ0=0;QD=31.59;SB=-21.67;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,231:207:99:7372,546,0 41931-ref 271 . G A 698 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=710;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=37.5528;MQ=35.77;MQ0=0;QD=0.98;SB=-76.86;sumGLbyD=1.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:631,78:680:99:728,0,20594 41931-ref 301 . T C 23763.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=768;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=85.7731;MQ=34.27;MQ0=0;QD=30.94;SB=-289.65;sumGLbyD=29.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,731:713:99:22699,1170,0 41931-ref 318 . G A 11405.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=530;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.2156;MQ=33.09;MQ0=0;QD=21.52;SB=2.65;sumGLbyD=18.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,343:521:99:9726,0,4893 41931-ref 319 . T C 9168.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=462;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.0343;MQ=32.51;MQ0=0;QD=19.84;SB=-3.93;sumGLbyD=16.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,276:456:99:7793,0,5002 41931-ref 341 . A G 802.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=243;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=151.7361;MQ=31.41;MQ0=0;QD=3.30;SB=-23.61;sumGLbyD=3.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,42:239:99:833,0,5677 41931-ref 342 . C T 5660.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=150.7891;MQ=31.35;MQ0=0;QD=23.68;SB=-37.00;sumGLbyD=20.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,176:234:99:4954,0,1463 41931-ref 344 . A C 1655.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=150.7891;MQ=31.40;MQ0=0;QD=7.10;SB=5.99;sumGLbyD=7.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,68:220:99:1685,0,4330 41931-ref 348 . A G 20.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=149.2543;MQ=31.79;MQ0=0;QD=0.10;SB=6.01;sumGLbyD=0.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,23:201:50.95:51,0,5460 41968-ref 29 . G T 91.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=22.83;SB=-0.01;sumGLbyD=31.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:124,12,0 41968-ref 30 . T A 138.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=27.63;SB=-0.01;sumGLbyD=34.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:171,15,0 41968-ref 78 . G A 239.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=26.63;SB=-0.01;sumGLbyD=30.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.06:273,24,0 41968-ref 94 . C T 243.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.39;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:276,24,0 41968-ref 132 . G A 63.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.02;SB=-0.01;sumGLbyD=31.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:95,9,0 41968-ref 144 . G A 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 41999-ref 60 . G A 88.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.18;MQ0=0;QD=22.07;SB=-0.01;sumGLbyD=30.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:121,12,0 41999-ref 111 . C G 36.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.14;SB=-0.01;sumGLbyD=22.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:68,6,0 41999-ref 156 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 41999-ref 196 . C T 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0 41999-ref 197 . A G 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0 41999-ref 208 . C A 85.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.26;SB=-0.01;sumGLbyD=29.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 42032-ref 98 . A T 133.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.73;SB=-0.01;sumGLbyD=33.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:166,15,0 42032-ref 151 . T A 46.65 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0 42033-ref 36 . C T 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.90;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0 42083-ref 76 . A G 354.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4524;MQ=36.35;MQ0=0;QD=11.45;SB=-0.01;sumGLbyD=12.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:28:99:385,0,483 42083-ref 81 . G A 439.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4524;MQ=36.39;MQ0=0;QD=13.32;SB=-0.01;sumGLbyD=14.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:30:99:470,0,491 42083-ref 123 . G C 295.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:19:99:325,0,279 42083-ref 151 . A G 78.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.04;SB=-0.01;sumGLbyD=8.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:12:99:109,0,252 42083-ref 158 . A G 46.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.86;SB=-0.01;sumGLbyD=6.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:76.29:76,0,311 42109-ref 6 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42109-ref 50 . A G 127.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=8.47;SB=-0.01;sumGLbyD=10.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:157,0,284 42109-ref 87 . A T 391.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.29;MQ0=0;QD=9.11;SB=-0.01;sumGLbyD=9.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:35:99:422,0,623 42109-ref 157 . G C 80.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.75;MQ0=0;QD=1.97;SB=-0.01;sumGLbyD=2.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,6:39:99:111,0,1123 42109-ref 158 . C G 77.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9973;MQ=36.76;MQ0=0;QD=1.85;SB=-0.01;sumGLbyD=2.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,6:40:99:108,0,1162 42109-ref 187 . T G 270.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.89;SB=-0.01;sumGLbyD=17.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:300,0,257 42308-ref 2 . T C 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.60;SB=-0.01;sumGLbyD=13.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:67.97:68,0,68 42308-ref 16 . A G 921.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=36.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.23:955,75,0 42308-ref 25 . T A 196.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.48;MQ0=0;QD=5.05;SB=-0.01;sumGLbyD=5.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:33:99:227,0,807 42308-ref 75 . T G 1181.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.60;MQ0=0;QD=23.63;SB=-0.01;sumGLbyD=24.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,36:50:99:1212,0,327 42308-ref 106 . G T 87.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.1600;MQ=36.74;MQ0=0;QD=2.23;SB=-0.01;sumGLbyD=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,6:35:99:117,0,963 42308-ref 195 . C T 1287.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8308;MQ=36.39;MQ0=0;QD=23.85;SB=-24.67;sumGLbyD=24.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,41:52:99:1318,0,351 42308-ref 218 . A C 1067.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2583;MQ=36.78;MQ0=0;QD=23.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,35:44:99:1097,0,239 42308-ref 229 . A G 113.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9614;MQ=36.77;MQ0=0;QD=2.58;SB=-0.01;sumGLbyD=3.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,8:43:99:144,0,1160 42383-ref 84 . C T 121.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1407;MQ=36.86;MQ0=0;QD=1.64;SB=-0.01;sumGLbyD=2.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,13:68:99:152,0,2014 42383-ref 125 . A G 212.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8309;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.79;SB=-0.01;sumGLbyD=4.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,11:53:99:242,0,1417 42383-ref 231 . T C 517.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6919;MQ=35.17;MQ0=0;QD=6.55;SB=3.00;sumGLbyD=6.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,26:69:99:547,0,1579 42383-ref 254 . C A 543.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5894;MQ=34.08;MQ0=0;QD=8.00;SB=-26.62;sumGLbyD=8.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:63:99:574,0,1289 42383-ref 255 . C T 596.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1202;MQ=34.03;MQ0=0;QD=8.90;SB=-25.65;sumGLbyD=9.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:64:99:626,0,1269 42383-ref 282 . G A 425.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9560;MQ=35.76;MQ0=0;QD=6.45;SB=-69.25;sumGLbyD=6.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,21:61:99:456,0,1412 42383-ref 306 . C T 562.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1010;MQ=36.46;MQ0=0;QD=7.50;SB=-0.01;sumGLbyD=7.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,22:72:99:592,0,1615 42383-ref 485 . C G 1107.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=219;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.2740;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.05;SB=-0.01;sumGLbyD=5.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,57:167:99:1137,0,3887 42383-ref 587 . T C 821.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9931;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.40;SB=-0.01;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:73:99:852,0,1395 42383-ref 912 . A C 1086.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2739;MQ=36.84;MQ0=0;QD=8.76;SB=-0.01;sumGLbyD=9.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,41:115:99:1116,0,2578 42383-ref 1011 . G T 919.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8050;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.88;SB=-0.01;sumGLbyD=10.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,33:93:99:949,0,2008 42383-ref 1093 . T C 1289.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0329;MQ=36.81;MQ0=0;QD=7.91;SB=-0.01;sumGLbyD=8.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,50:148:99:1320,0,3256 42383-ref 1339 . A C 1937.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=219;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9796;MQ=36.91;MQ0=0;QD=8.85;SB=-0.01;sumGLbyD=8.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,74:192:99:1968,0,4131 42383-ref 1402 . A T 2788.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1187;MQ=36.60;MQ0=0;QD=10.94;SB=-37.00;sumGLbyD=11.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,99:249:99:2819,0,5141 42383-ref 1438 . G A 1352.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.9785;MQ=36.64;MQ0=0;QD=11.96;SB=-0.01;sumGLbyD=12.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:105:99:1382,0,1966 42383-ref 1452 . T C 1144.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.6893;MQ=36.72;MQ0=0;QD=10.70;SB=-35.57;sumGLbyD=10.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,43:88:99:1175,0,1575 42383-ref 1521 . G C 299.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9986;MQ=36.68;MQ0=0;QD=9.37;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:330,0,707 42383-ref 1573 . G A 789.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.34;MQ0=0;QD=7.31;SB=-0.01;sumGLbyD=7.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,31:108:99:819,0,2651 42383-ref 1587 . T C 1141.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8015;MQ=36.46;MQ0=0;QD=10.20;SB=-0.01;sumGLbyD=10.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,41:108:99:1172,0,2304 42383-ref 1620 . T C 1059.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7255;MQ=36.57;MQ0=0;QD=7.46;SB=-0.01;sumGLbyD=7.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,47:126:99:1090,0,2722 42383-ref 1731 . G A 419.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.7271;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.87;SB=-37.00;sumGLbyD=5.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,20:78:99:449,0,2087 42394-ref 125 . A G 195.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9984;MQ=34.69;MQ0=0;QD=21.74;SB=-0.01;sumGLbyD=25.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:49.91:226,0,50 42394-ref 149 . A C 29.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.97;SB=-0.01;sumGLbyD=19.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:60,0,31 42401-ref 2 . C T 18.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.05;SB=-0.01;sumGLbyD=16.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:16.69:48,0,17 42401-ref 72 . C A 169.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=34.99;MQ0=0;QD=4.70;SB=3.00;sumGLbyD=5.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,10:31:99:199,0,723 42401-ref 78 . A G 229.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8716;MQ=33.91;MQ0=0;QD=6.75;SB=-0.01;sumGLbyD=7.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:24:99:259,0,470 42401-ref 83 . T C 322.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3393;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.95;SB=3.00;sumGLbyD=9.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:27:99:352,0,436 42401-ref 114 . G C 179.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2409;MQ=33.22;MQ0=0;QD=6.40;SB=-0.01;sumGLbyD=7.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:26:99:209,0,571 42401-ref 120 . G A 550.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7719;MQ=33.11;MQ0=0;QD=18.34;SB=-0.01;sumGLbyD=19.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:29:99:580,0,251 42401-ref 150 . T G 197.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=31.58;MQ0=0;QD=8.96;SB=-26.62;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:227,0,394 42401-ref 151 . G A 190.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=31.58;MQ0=0;QD=8.65;SB=-26.62;sumGLbyD=10.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:220,0,387 42401-ref 161 . C T 582.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.86;MQ0=0;QD=32.35;SB=-0.01;sumGLbyD=34.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.14:615,54,0 42401-ref 177 . G A 217.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=33.85;MQ0=0;QD=10.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:19:99:247,0,327 42463-ref 84 . T C 1911.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.0500;MQ=36.55;MQ0=0;QD=10.74;SB=-59.18;sumGLbyD=10.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,68:168:99:1942,0,3318 42463-ref 118 . G A 1318.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.2662;MQ=36.31;MQ0=0;QD=12.80;SB=-20.70;sumGLbyD=13.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:97:99:1349,0,1465 42463-ref 219 . A G 1950.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0154;MQ=36.75;MQ0=0;QD=15.86;SB=-0.01;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:120:99:1981,0,1851 42463-ref 256 . A G 5171.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7591;MQ=36.87;MQ0=0;QD=33.15;SB=-0.01;sumGLbyD=33.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:139:99:5170,418,0 42463-ref 351 . A T 665.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7124;MQ=36.90;MQ0=0;QD=6.72;SB=-0.01;sumGLbyD=7.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,27:99:99:695,0,2394 42463-ref 387 . C A 678.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.77;SB=-0.01;sumGLbyD=11.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:58:99:709,0,1097 42463-ref 390 . G A 739.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8853;MQ=36.84;MQ0=0;QD=11.74;SB=-0.01;sumGLbyD=12.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:57:99:770,0,978 42463-ref 502 . C T 50.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9949;MQ=36.22;MQ0=0;QD=3.85;SB=-0.01;sumGLbyD=6.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:12:80.03:80,0,306 42493-ref 124 . T C 2592.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1905;MQ=36.82;MQ0=0;QD=14.40;SB=-0.01;sumGLbyD=14.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,96:165:99:2622,0,2671 42493-ref 275 . C G 2561.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.3357;MQ=36.77;MQ0=0;QD=11.75;SB=-548.53;sumGLbyD=11.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,88:216:99:2591,0,4106 42493-ref 298 . G C 16.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.0432;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.88;SB=-0.01;sumGLbyD=2.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:12:46.58:47,0,234 42510-ref 11 . T A 41.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.42;MQ0=0;QD=3.19;SB=-0.01;sumGLbyD=5.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:7:71.48:71,0,130 42510-ref 14 . C T 87.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.80;MQ0=0;QD=5.12;SB=-0.01;sumGLbyD=6.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:12:99:117,0,219 42510-ref 73 . A T 1961.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.48;MQ0=0;QD=14.32;SB=-23.62;sumGLbyD=14.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,65:137:99:1991,0,2354 42510-ref 119 . A T 2026.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=34.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:57:99:2059,171,0 42510-ref 141 . G A 181.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.23;SB=-0.01;sumGLbyD=35.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:214,18,0 42560-ref 36 . T C 14.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9894;MQ=28.48;MQ0=0;QD=3.61;SB=10.77;sumGLbyD=11.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:44.28:44,0,47 42560-ref 120 . C T 488.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3851;MQ=35.06;MQ0=0;QD=30.52;SB=-0.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:14:42.12:521,42,0 42560-ref 162 . T C 247.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=34.78;MQ0=0;QD=17.66;SB=-0.01;sumGLbyD=19.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:12:82.49:277,0,82 42560-ref 174 . G T 70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=33.09;MQ0=0;QD=3.68;SB=-0.01;sumGLbyD=5.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,4:18:99:100,0,429 42560-ref 187 . T C 884.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.31;MQ0=0;QD=23.27;SB=-0.01;sumGLbyD=24.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,32:38:99:914,0,117 42560-ref 214 . A G 1844.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=31.68;MQ0=0;QD=32.35;SB=-0.01;sumGLbyD=32.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:56:99:1877,168,0 42560-ref 223 . C T 1705.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.59;SB=-0.01;sumGLbyD=32.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:51:99:1739,153,0 42560-ref 243 . T G 22.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=1.75;SB=-0.01;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:12:52.76:53,0,312 42560-ref 252 . T C 344.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:377,30,0 42565-ref 83 . T C 42.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.14;SB=-33.11;sumGLbyD=24.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:74,6,0 42565-ref 87 . G A 64.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.01;SB=-19.85;sumGLbyD=23.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:17.59:94,0,18 42565-ref 89 . C G 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4057;MQ=31.58;MQ0=0;QD=0.96;SB=6.01;sumGLbyD=3.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:6:41.20:41,0,122 42565-ref 117 . G A 447.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.8634;MQ=32.05;MQ0=0;QD=9.73;SB=-0.01;sumGLbyD=10.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:42:99:477,0,699 42565-ref 120 . C G 988.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3326;MQ=31.92;MQ0=0;QD=21.04;SB=-0.01;sumGLbyD=21.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,36:42:99:1019,0,150 42565-ref 147 . C T 75.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6799;MQ=32.27;MQ0=0;QD=1.29;SB=-0.01;sumGLbyD=1.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,8:54:99:106,0,1321 42565-ref 157 . A C 467.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.5066;MQ=30.76;MQ0=0;QD=10.62;SB=-0.01;sumGLbyD=11.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:39:99:497,0,516 42565-ref 161 . T C 937.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6195;MQ=30.45;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=30.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.19:971,93,0 42565-ref 168 . G T 73.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=25.00;MQ0=0;QD=12.26;SB=-0.01;sumGLbyD=17.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:6:14.59:103,0,15 42565-ref 170 . G T 46.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=11.72;SB=-0.01;sumGLbyD=19.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:17.60:77,0,18 42607-ref 8 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 42607-ref 30 . T C 65.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.42;SB=-0.01;sumGLbyD=13.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:95.92:96,0,136 42669-ref 43 . A G 1018.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9964;MQ=31.94;MQ0=0;QD=31.83;SB=-0.01;sumGLbyD=32.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:66.62:1051,67,0 42669-ref 48 . G A 747.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9964;MQ=31.58;MQ0=0;QD=20.77;SB=-26.62;sumGLbyD=21.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,27:36:99:778,0,205 42669-ref 51 . T G 168.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9964;MQ=32.03;MQ0=0;QD=4.33;SB=6.00;sumGLbyD=5.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,8:38:99:199,0,888 42669-ref 65 . C T 867.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.28;MQ0=0;QD=21.70;SB=-0.01;sumGLbyD=22.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,32:38:99:898,0,155 42669-ref 78 . A G 962.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.28;MQ0=0;QD=30.08;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.20:995,93,0 42669-ref 110 . T C 37.65 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6439;MQ=31.00;MQ0=0;QD=1.21;SB=3.00;sumGLbyD=2.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:31:67.64:68,0,784 42669-ref 124 . A G 562.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-26.62;sumGLbyD=21.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,21:27:99:592,0,117 42669-ref 127 . C T 881.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.29;MQ0=0;QD=31.47;SB=-29.63;sumGLbyD=32.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.19:914,84,0 42669-ref 134 . T C 179.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=32.60;MQ0=0;QD=5.29;SB=-0.01;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:30:99:210,0,663 42669-ref 135 . G A 684.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=33.30;MQ0=0;QD=17.11;SB=-0.01;sumGLbyD=17.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,28:35:99:714,0,283 42669-ref 145 . G A 410.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9160;MQ=35.63;MQ0=0;QD=5.47;SB=-0.01;sumGLbyD=5.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,18:72:99:440,0,1795 42669-ref 179 . G A 134.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.1520;MQ=34.52;MQ0=0;QD=2.45;SB=-0.01;sumGLbyD=2.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,10:47:99:165,0,1148 42669-ref 231 . T C 504.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6931;MQ=35.08;MQ0=0;QD=8.55;SB=-0.01;sumGLbyD=9.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:51:99:534,0,829 42669-ref 242 . A C 1467.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2797;MQ=34.81;MQ0=0;QD=28.21;SB=-0.01;sumGLbyD=28.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:48:45.82:1500,46,0 42669-ref 270 . G T 403.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6493;MQ=33.31;MQ0=0;QD=9.39;SB=-25.65;sumGLbyD=10.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:434,0,758 42669-ref 277 . G A 325.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4164;MQ=33.28;MQ0=0;QD=7.57;SB=3.00;sumGLbyD=8.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:42:99:355,0,873 42669-ref 286 . G A 953.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.3633;MQ=31.48;MQ0=0;QD=12.39;SB=-26.62;sumGLbyD=12.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:984,0,1111 42669-ref 295 . A G 2986.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2797;MQ=32.24;MQ0=0;QD=33.94;SB=-29.63;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:87:99:3020,262,0 42669-ref 313 . T C 392.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4521;MQ=33.91;MQ0=0;QD=2.56;SB=-0.01;sumGLbyD=2.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,28:139:99:422,0,3617 42669-ref 324 . G A 4405.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.5164;MQ=33.71;MQ0=0;QD=27.54;SB=-0.01;sumGLbyD=24.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,132:151:99:3950,0,390 42669-ref 327 . C G 373.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=33.78;MQ0=0;QD=2.33;SB=-0.01;sumGLbyD=2.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,28:156:99:403,0,4193 42669-ref 351 . G T 811.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4467;MQ=35.21;MQ0=0;QD=11.77;SB=-0.01;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:64:99:842,0,1040 42669-ref 380 . T G 1059.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9998;MQ=31.23;MQ0=0;QD=31.16;SB=-0.01;sumGLbyD=32.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1093,102,0 42669-ref 386 . G A 523.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=28.18;MQ0=0;QD=23.79;SB=-0.01;sumGLbyD=25.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:21:33.46:556,33,0 42670-ref 55 . A G 33.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.16;SB=-0.01;sumGLbyD=21.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:63,0,31 42670-ref 122 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42694-ref 25 . A G 737.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.52;SB=-0.01;sumGLbyD=30.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:21:63.15:771,63,0 42694-ref 102 . A G 789.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.15;MQ0=0;QD=10.96;SB=-0.01;sumGLbyD=11.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:69:99:819,0,1258 42694-ref 110 . T G 1068.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9944;MQ=36.16;MQ0=0;QD=14.63;SB=-0.01;sumGLbyD=15.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:71:99:1098,0,1120 42694-ref 112 . A G 1132.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9943;MQ=36.18;MQ0=0;QD=15.30;SB=-36.31;sumGLbyD=15.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1162,0,1197 42694-ref 184 . G A 4911.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4405;MQ=36.80;MQ0=0;QD=19.96;SB=-0.01;sumGLbyD=17.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,137:233:99:4209,0,3059 42694-ref 199 . A C 2746.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5705;MQ=36.68;MQ0=0;QD=14.61;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,96:167:99:2777,0,2379 42694-ref 208 . A G 1410.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.4847;MQ=36.50;MQ0=0;QD=9.86;SB=-0.01;sumGLbyD=10.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,66:107:99:1440,0,1753 42694-ref 250 . A G 2908.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5948;MQ=36.68;MQ0=0;QD=18.29;SB=3.00;sumGLbyD=18.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,91:154:99:2939,0,1978 42694-ref 280 . A T 1759.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7798;MQ=36.59;MQ0=0;QD=17.77;SB=-0.01;sumGLbyD=18.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,57:99:99:1789,0,1300 42694-ref 300 . G A 89.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.37;MQ0=0;QD=17.80;SB=-0.01;sumGLbyD=24.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.01:122,12,0 42694-ref 301 . T A 24.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=29.55;MQ0=0;QD=8.03;SB=-0.01;sumGLbyD=18.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6:55,6,0 42697-ref 20 . A G 824.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.64;MQ0=0;QD=29.44;SB=-0.01;sumGLbyD=30.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:24:72.18:857,72,0 42697-ref 60 . T A 349.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9156;MQ=36.37;MQ0=0;QD=4.36;SB=-36.31;sumGLbyD=4.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,18:74:99:379,0,1900 42697-ref 78 . T C 3116.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3298;MQ=36.17;MQ0=0;QD=36.24;SB=-68.21;sumGLbyD=36.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:84:99:3149,253,0 42697-ref 111 . A C 75.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4034;MQ=36.44;MQ0=0;QD=1.40;SB=12.03;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,7:51:99:106,0,1494 42697-ref 165 . A C 22.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9837;MQ=35.93;MQ0=0;QD=1.20;SB=-18.49;sumGLbyD=2.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:17:52.84:53,0,457 42697-ref 181 . G A 461.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.73;MQ0=0;QD=12.47;SB=3.00;sumGLbyD=13.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:32:99:491,0,493 42697-ref 224 . G C 1326.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.00;MQ0=0;QD=21.75;SB=-69.56;sumGLbyD=22.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,44:59:99:1357,0,435 42697-ref 231 . A G 2494.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6638;MQ=35.91;MQ0=0;QD=33.26;SB=-79.33;sumGLbyD=33.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:69:99:2527,208,0 42697-ref 260 . G C 4965.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0278;MQ=35.86;MQ0=0;QD=35.98;SB=-79.33;sumGLbyD=35.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,137:135:99:4925,366,0 42697-ref 308 . C A 40.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9992;MQ=35.85;MQ0=0;QD=0.65;SB=-0.01;sumGLbyD=1.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,8:62:70.52:71,0,1759 42697-ref 311 . C A 11.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.72;MQ0=0;QD=0.24;SB=-0.01;sumGLbyD=0.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,6:45:41.44:41,0,1258 42697-ref 317 . A G 765.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.80;SB=-0.01;sumGLbyD=36.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.19:799,66,0 42709-ref 23 . T G 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.00;SB=-0.01;sumGLbyD=9.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:5:64.96:65,0,100 42709-ref 43 . G C 231.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.77;SB=-0.01;sumGLbyD=20.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:11:85.51:261,0,86 42709-ref 139 . C T 318.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:352,27,0 42709-ref 178 . A G 140.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.39;SB=-0.01;sumGLbyD=28.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.26:170,0,21 42709-ref 180 . G A 189.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:222,18,0 42709-ref 286 . T G 175.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=25.01;SB=-29.50;sumGLbyD=29.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:7:18.05:208,18,0 42709-ref 290 . T G 169.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=28.17;SB=-29.50;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:202,18,0 42709-ref 334 . G A 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0 42778-ref 56 . T C 236.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.92;SB=12.03;sumGLbyD=15.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:267,0,265 42778-ref 135 . A T 26.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.41;SB=-0.01;sumGLbyD=2.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:18:56.71:57,0,502 42778-ref 139 . C T 32.14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.69;SB=-0.01;sumGLbyD=3.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:18:62.13:62,0,520 42778-ref 212 . T C 720.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.79;MQ0=0;QD=25.74;SB=-0.01;sumGLbyD=26.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,22:26:60.83:751,0,61 42778-ref 214 . T C 31.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.79;MQ0=0;QD=1.11;SB=-0.01;sumGLbyD=2.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:26:61.03:61,0,766 42778-ref 224 . G A 1107.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=36.37;MQ0=0;QD=34.59;SB=-0.01;sumGLbyD=35.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:30:90.27:1140,90,0 42778-ref 295 . A T 54.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.37;SB=-0.01;sumGLbyD=3.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:23:84.47:84,0,649 42846-ref 105 . T A 419.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9970;MQ=36.27;MQ0=0;QD=29.93;SB=-0.01;sumGLbyD=32.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.09:452,39,0 42846-ref 108 . T C 38.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9970;MQ=36.40;MQ0=0;QD=2.25;SB=-0.01;sumGLbyD=4.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:68.18:68,0,455 42846-ref 187 . T C 285.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0 42846-ref 193 . C T 78.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0 42866-ref 51 . A G 42.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.21;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0 42866-ref 217 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42866-ref 235 . T A 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0 42866-ref 289 . G A 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 42866-ref 297 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 42866-ref 330 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42866-ref 359 . A G 37.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.66;SB=7.75;sumGLbyD=22.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:68,0,21 42866-ref 509 . T A 36.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:68,6,0 42866-ref 550 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42866-ref 746 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42866-ref 747 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42866-ref 1005 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42899-ref 52 . G A 1364.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.3516;MQ=36.44;MQ0=0;QD=14.99;SB=-0.01;sumGLbyD=15.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:81:99:1394,0,1103 42899-ref 129 . A G 126.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7610;MQ=36.02;MQ0=0;QD=0.87;SB=-53.24;sumGLbyD=1.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,15:128:99:157,0,3794 42899-ref 150 . C A 3656.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7206;MQ=35.85;MQ0=0;QD=31.79;SB=-0.01;sumGLbyD=31.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:101:99:3575,298,0 42899-ref 159 . G A 3770.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.0726;MQ=35.89;MQ0=0;QD=25.65;SB=-62.54;sumGLbyD=22.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,109:133:99:3370,0,806 42899-ref 205 . T A 1334.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0795;MQ=35.38;MQ0=0;QD=10.51;SB=-0.01;sumGLbyD=10.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,49:117:99:1365,0,2274 42899-ref 221 . C T 3434.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0860;MQ=35.08;MQ0=0;QD=33.67;SB=-0.01;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:95:99:3433,286,0 42899-ref 256 . A T 1874.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6551;MQ=35.11;MQ0=0;QD=31.25;SB=-88.87;sumGLbyD=31.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:55:99:1908,165,0 42899-ref 280 . C T 618.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.3382;MQ=36.70;MQ0=0;QD=6.12;SB=-0.01;sumGLbyD=6.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,28:93:99:648,0,2309 42899-ref 399 . C T 1633.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.4074;MQ=36.30;MQ0=0;QD=16.01;SB=-0.01;sumGLbyD=16.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:96:99:1664,0,1301 42899-ref 452 . C T 1964.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4877;MQ=34.66;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:56:99:1997,168,0 42899-ref 472 . T C 3186.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.76;MQ0=0;QD=35.01;SB=-40.01;sumGLbyD=35.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:89:99:3219,233,0 42899-ref 484 . C T 1202.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7541;MQ=36.01;MQ0=0;QD=11.68;SB=-0.01;sumGLbyD=11.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:93:99:1233,0,1626 42899-ref 519 . G C 1929.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7108;MQ=35.48;MQ0=0;QD=15.07;SB=-36.31;sumGLbyD=15.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,68:121:99:1959,0,1745 42899-ref 559 . T G 783.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3636;MQ=35.28;MQ0=0;QD=11.87;SB=-17.60;sumGLbyD=12.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:62:99:813,0,1036 42899-ref 567 . G C 1968.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.02;HRun=2;HaplotypeScore=13.8348;MQ=35.01;MQ0=0;QD=34.53;SB=-134.57;sumGLbyD=35.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:55:99:2001,165,0 42899-ref 572 . T C 282.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9181;MQ=35.12;MQ0=0;QD=5.13;SB=9.02;sumGLbyD=5.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,14:54:99:312,0,1281 42899-ref 603 . G T 1056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.59;MQ0=0;QD=36.45;SB=-66.73;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.26:1090,87,0 42899-ref 621 . G C 604.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=30.23;SB=-71.32;sumGLbyD=31.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,18:20:9.44:634,0,9 42902-ref 10 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42902-ref 66 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42902-ref 77 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 42902-ref 185 . A T 35.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.97;MQ0=0;QD=8.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:20.50:65,0,20 42902-ref 262 . G A 322.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.07:355,36,0 42902-ref 264 . A T 322.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.07:355,36,0 42931-ref 173 . G A 36.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.12;MQ0=0;QD=3.29;SB=-0.01;sumGLbyD=6.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:66.15:66,0,284 42931-ref 185 . T C 53.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=32.73;MQ0=0;QD=10.71;SB=-0.01;sumGLbyD=16.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.97:84,0,65 42934-ref 31 . A C 16.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.79;SB=-0.01;sumGLbyD=7.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:46.63:47,0,100 43067-ref 61 . G A 239.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=26.60;SB=-38.55;sumGLbyD=30.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.06:272,24,0 43067-ref 63 . T C 135.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.93;SB=-0.01;sumGLbyD=21.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:8:15.04:168,15,0 43067-ref 92 . G C 73.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.38;SB=-36.19;sumGLbyD=35.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:105,9,0 43103-ref 151 . G C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 43103-ref 174 . A G 138.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.00;SB=-0.01;sumGLbyD=28.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:19.74:168,0,20 43103-ref 201 . A G 21.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.65;SB=-0.01;sumGLbyD=6.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:51.19:51,0,197 43103-ref 232 . G A 28.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.04;SB=-0.01;sumGLbyD=8.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:58.25:58,0,170 43103-ref 404 . C T 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-38.53;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 43121-ref 9 . G A 26.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9886;MQ=35.53;MQ0=0;QD=1.87;SB=-5.65;sumGLbyD=4.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:14:56.14:56,0,321 43121-ref 38 . T C 135.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=19.38;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.95:166,0,59 43163-ref 63 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 43234-ref 1 . T C 31.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.25;SB=-0.01;sumGLbyD=12.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:61.25:61,0,94 43256-ref 33 . G A 231.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4586;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.59;SB=-0.01;sumGLbyD=15.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:16:99:261,0,259 43256-ref 96 . T G 561.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7209;MQ=36.77;MQ0=0;QD=13.06;SB=-0.01;sumGLbyD=13.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:40:99:592,0,679 43256-ref 106 . A G 503.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2172;MQ=36.73;MQ0=0;QD=13.26;SB=-0.01;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:36:99:534,0,628 43309-ref 153 . C T 27.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.90;SB=3.02;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:46.24:58,0,46 43309-ref 163 . G A 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-26.62;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.52:74,0,61 43309-ref 175 . G T 11.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.92;SB=-11.59;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.21:41,0,117 43309-ref 227 . T C 37.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=9.50;SB=10.78;sumGLbyD=17.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:68,0,47 43309-ref 243 . T C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=7.77;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 43309-ref 244 . T C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-39.22;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0 43309-ref 257 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 43309-ref 258 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 43399-ref 417 . T C 933.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=35.18;MQ0=0;QD=25.23;SB=-0.01;sumGLbyD=26.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,29:37:99:963,0,170 43491-ref 37 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 43512-ref 45 . G A 265.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7587;MQ=36.84;MQ0=0;QD=4.28;SB=3.00;sumGLbyD=4.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,12:53:99:295,0,1411 43512-ref 99 . A G 213.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8562;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.29;SB=3.00;sumGLbyD=3.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,13:57:99:244,0,1523 43512-ref 102 . G A 143.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3880;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.39;SB=-0.01;sumGLbyD=2.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,12:54:99:173,0,1554 43527-ref 4 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3433;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:1:1.76:40,3,0 43527-ref 10 . T C 21.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3460;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.54;SB=7.77;sumGLbyD=8.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:3:29.56:51,0,30 43626-ref 27 . T C 296.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8099;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.62;SB=-0.01;sumGLbyD=17.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:15:99:327,0,140 43626-ref 61 . T C 489.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9854;MQ=36.73;MQ0=0;QD=13.23;SB=-26.62;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:32:99:520,0,526 43626-ref 125 . C T 440.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4522;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.15;SB=-0.01;sumGLbyD=8.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:53:99:470,0,1249 43626-ref 147 . C T 167.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.70;MQ0=0;QD=4.93;SB=-0.01;sumGLbyD=5.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:33:99:198,0,850 43626-ref 150 . T C 210.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.65;MQ0=0;QD=7.27;SB=-0.01;sumGLbyD=8.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:99:241,0,649 43626-ref 155 . C A 520.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.61;MQ0=0;QD=20.01;SB=-0.01;sumGLbyD=21.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,18:25:99:550,0,214 43670-ref 50 . A T 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0 43670-ref 355 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 43683-ref 104 . A G 525.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9350;MQ=36.81;MQ0=0;QD=9.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:50:99:556,0,979 43683-ref 124 . A G 970.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9649;MQ=36.81;MQ0=0;QD=18.32;SB=-0.01;sumGLbyD=18.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:52:99:1001,0,681 43683-ref 202 . T A 701 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9837;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.48;SB=-0.01;sumGLbyD=14.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:45:99:731,0,687 43683-ref 296 . G C 387.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.83;SB=6.01;sumGLbyD=14.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:417,0,492 43760-ref 39 . C T 42.20 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.07;SB=-0.01;sumGLbyD=24.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0 43760-ref 120 . C T 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.07;SB=-0.01;sumGLbyD=17.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:30.98:70,0,31 43858-ref 101 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 43858-ref 103 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 43858-ref 126 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 43858-ref 190 . G A 123.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=20.56;SB=15.14;sumGLbyD=25.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:11.58:153,0,12 43858-ref 199 . C A 94.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9881;MQ=33.48;MQ0=0;QD=15.74;SB=12.34;sumGLbyD=20.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:5:10.65:124,0,11 43858-ref 211 . A G 56.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.14;SB=9.98;sumGLbyD=21.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.95:87,0,25 43880-ref 198 . T A 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:65.76:68,0,66 43882-ref 18 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 43892-ref 94 . C T 287.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.50;SB=-0.01;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:22:99:317,0,412 43892-ref 158 . A G 92.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=20.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.96:122,0,62 43911-ref 2 . C A 147.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.9384;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.44;SB=-0.01;sumGLbyD=22.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:7:18.95:177,0,19 43911-ref 31 . T C 1263.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.21;MQ0=0;QD=16.41;SB=-0.01;sumGLbyD=16.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:76:99:1294,0,1092 43911-ref 43 . T C 1865.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8716;MQ=36.31;MQ0=0;QD=18.12;SB=-0.01;sumGLbyD=18.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:99:99:1896,0,1278 43911-ref 156 . A T 1579.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8490;MQ=35.96;MQ0=0;QD=32.23;SB=-0.01;sumGLbyD=32.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:46:99:1613,138,0 43911-ref 160 . C A 311.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=34.52;MQ0=0;QD=14.81;SB=-0.01;sumGLbyD=16.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:20:99:341,0,234 43911-ref 161 . A C 77.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=5.57;SB=-0.01;sumGLbyD=7.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:108,0,284 43911-ref 162 . C T 49.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=3.80;SB=-0.01;sumGLbyD=6.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:79.39:79,0,293 43911-ref 166 . T C 161.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0 43911-ref 167 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 43945-ref 191 . C T 4317.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1729;MQ=36.87;MQ0=0;QD=18.30;SB=3.00;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,117:223:99:3575,0,3368 43945-ref 257 . G T 5860.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8038;MQ=36.43;MQ0=0;QD=32.92;SB=-67.43;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,177:156:99:5860,469,0 43945-ref 280 . T G 2571.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4086;MQ=36.45;MQ0=0;QD=17.37;SB=-33.98;sumGLbyD=17.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,85:138:99:2601,0,1741 43945-ref 310 . A G 1850.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.3098;MQ=36.45;MQ0=0;QD=14.46;SB=-26.62;sumGLbyD=14.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,62:117:99:1881,0,1834 43945-ref 555 . G T 5995.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=331;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9328;MQ=36.63;MQ0=0;QD=18.11;SB=3.00;sumGLbyD=15.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,167:309:99:5064,0,4784 43945-ref 562 . G A 10515.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=293;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9769;MQ=36.55;MQ0=0;QD=35.89;SB=-73.67;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,293:279:99:10514,840,0 43945-ref 617 . C T 4563.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7845;MQ=36.59;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:120:99:4563,361,0 43945-ref 672 . A G 599.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.22;SB=-0.01;sumGLbyD=23.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:26:99:630,0,176 43957-ref 38 . C G 48.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4258;MQ=36.09;MQ0=0;QD=0.72;SB=-0.01;sumGLbyD=1.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,8:60:78.33:78,0,1779 43957-ref 41 . A G 35.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.3917;MQ=36.19;MQ0=0;QD=0.48;SB=-0.01;sumGLbyD=0.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,8:66:65.91:66,0,2013 43957-ref 42 . G A 20.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3917;MQ=36.31;MQ0=0;QD=0.28;SB=-0.01;sumGLbyD=0.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,7:61:50.54:51,0,1826 43957-ref 82 . C T 593.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.5182;MQ=36.86;MQ0=0;QD=2.58;SB=-0.01;sumGLbyD=2.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,35:224:99:623,0,6545 43957-ref 116 . C G 9470.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=315;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8034;MQ=36.87;MQ0=0;QD=30.06;SB=-53.24;sumGLbyD=27.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,249:312:99:8530,0,1563 43957-ref 230 . C G 756.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.9812;MQ=35.21;MQ0=0;QD=10.96;SB=6.01;sumGLbyD=11.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:787,0,1371 43957-ref 231 . G T 464.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=91.9591;MQ=34.93;MQ0=0;QD=7.75;SB=6.01;sumGLbyD=8.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:495,0,1382 43957-ref 232 . T G 437.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.9832;MQ=34.78;MQ0=0;QD=7.80;SB=6.01;sumGLbyD=8.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:99:467,0,1255 43957-ref 233 . G C 122.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=56.9657;MQ=34.62;MQ0=0;QD=2.56;SB=6.01;sumGLbyD=3.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,10:48:99:153,0,1305 44074-ref 67 . G A 694.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=28.94;SB=-0.01;sumGLbyD=30.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:20:60.17:728,60,0 44074-ref 94 . T C 243.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=14.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:274,0,246 44074-ref 97 . G A 213.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=12.58;SB=-0.01;sumGLbyD=14.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:244,0,287 44074-ref 109 . A C 148.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=10.64;SB=-0.01;sumGLbyD=12.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:179,0,252 44074-ref 114 . T A 255.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=15.02;SB=-0.01;sumGLbyD=16.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:285,0,256 44074-ref 194 . A G 27.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4671;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.20;SB=-0.01;sumGLbyD=19.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:58,0,31 44167-ref 55 . C A 151.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.98;MQ0=0;QD=15.17;SB=-0.01;sumGLbyD=18.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:5:15.04:184,15,0 44167-ref 143 . T A 143.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:176,15,0 44167-ref 164 . G A 137.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=19.60;SB=-0.01;sumGLbyD=23.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:51.44:167,0,51 44167-ref 190 . C T 151.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:185,15,0 44295-ref 39 . A C 691.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3460;MQ=36.63;MQ0=0;QD=25.60;SB=-29.63;sumGLbyD=26.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:19:57.18:724,57,0 44295-ref 40 . C T 22.12 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=36.25;MQ0=0;QD=0.76;SB=-22.47;sumGLbyD=1.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,6:22:52.09:52,0,634 44295-ref 120 . A G 719.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1065;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.60;SB=-0.01;sumGLbyD=10.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:66:99:750,0,1343 44295-ref 169 . A G 41.03 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5876;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.00;SB=-0.01;sumGLbyD=1.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:38:71.03:71,0,1121 44295-ref 202 . T C 1162.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9263;MQ=36.75;MQ0=0;QD=14.18;SB=-0.01;sumGLbyD=14.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:71:99:1193,0,1086 44295-ref 229 . G T 1208.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5389;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.28;SB=-0.01;sumGLbyD=13.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:84:99:1239,0,1411 44295-ref 320 . C T 397.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.29;SB=-0.01;sumGLbyD=18.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:428,0,326 44300-ref 28 . A C 12.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=4.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:42.55:43,0,225 44300-ref 55 . T C 340.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.46;MQ0=0;QD=17.02;SB=-0.01;sumGLbyD=18.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:19:99:370,0,180 44300-ref 60 . A C 149.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=7.12;SB=-0.01;sumGLbyD=8.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:20:99:180,0,432 44300-ref 82 . A G 117.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.03;MQ0=0;QD=5.59;SB=-0.01;sumGLbyD=7.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:19:99:147,0,410 44300-ref 92 . A G 121.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2579;MQ=34.39;MQ0=0;QD=7.58;SB=-0.01;sumGLbyD=9.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:14:99:151,0,253 44300-ref 117 . C T 356.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=23.79;SB=-0.01;sumGLbyD=25.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:15:53.33:387,0,53 44300-ref 157 . T C 158.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.68;SB=-0.01;sumGLbyD=27.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.03:192,18,0 44333-ref 15 . G C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 44333-ref 63 . A G 60.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=8.70;SB=-0.01;sumGLbyD=12.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:90.89:91,0,93 44333-ref 67 . C T 55.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=7.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:85.01:85,0,88 44333-ref 120 . A G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-17.60;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,65 44389-ref 54 . C T 59.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.07;MQ0=0;QD=5.39;SB=-0.01;sumGLbyD=8.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:10:89.23:89,0,235 44389-ref 161 . C T 882.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9308;MQ=36.78;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=19.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:45:99:913,0,485 44389-ref 169 . G A 994.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8660;MQ=36.78;MQ0=0;QD=21.63;SB=-0.01;sumGLbyD=22.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,32:45:99:1025,0,332 44389-ref 213 . G A 365.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=24.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:15:34.90:396,0,35 44389-ref 237 . T A 474.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=19.78;SB=-110.30;sumGLbyD=21.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:505,0,234 44389-ref 252 . C A 505.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=14.04;SB=-0.01;sumGLbyD=14.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:35:99:536,0,537 44389-ref 348 . A G 60.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.04;SB=-0.01;sumGLbyD=18.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:21.41:90,0,21 44538-ref 120 . A T 2611.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.0039;MQ=36.88;MQ0=0;QD=16.12;SB=3.00;sumGLbyD=16.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,90:155:99:2641,0,2164 44544-ref 113 . T A 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.37;SB=-0.01;sumGLbyD=25.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:74,6,0 44544-ref 200 . G A 85.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.36;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0 44603-ref 54 . A G 161.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.08;SB=-0.01;sumGLbyD=11.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:191,0,318 44603-ref 68 . G A 189.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8320;MQ=36.03;MQ0=0;QD=9.05;SB=-0.01;sumGLbyD=10.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:20:99:220,0,378 44603-ref 75 . G A 53.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8320;MQ=36.12;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=3.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:22:83.46:83,0,584 44603-ref 116 . G A 249.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.32;MQ0=0;QD=8.33;SB=-0.01;sumGLbyD=9.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:280,0,663 44603-ref 130 . G A 305.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=8.97;SB=-0.01;sumGLbyD=9.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:33:99:335,0,711 44603-ref 151 . T C 619.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:35:99:650,0,474 44740-ref 255 . C A 41.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0 44740-ref 296 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 44784-ref 155 . C T 52.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4629;MQ=35.72;MQ0=0;QD=6.56;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:82.47:82,0,163 44794-ref 193 . G C 14901.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=98.1936;MQ=36.56;MQ0=0;QD=14.90;SB=-34.00;sumGLbyD=12.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:509,486:816:99:12442,0,12775 44794-ref 227 . A T 15078.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.4147;MQ=35.77;MQ0=0;QD=15.08;SB=-59.74;sumGLbyD=12.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:565,435:953:99:12207,0,17594 44794-ref 260 . A G 11861.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=841;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=87.0594;MQ=35.23;MQ0=0;QD=14.10;SB=-81.59;sumGLbyD=11.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:484,352:774:99:9438,0,13655 44794-ref 272 . C A 9702.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=875;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=75.4679;MQ=35.50;MQ0=0;QD=11.09;SB=-17.60;sumGLbyD=8.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:564,305:793:99:7275,0,16732 44794-ref 282 . A C 10307.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=893;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.7265;MQ=35.65;MQ0=0;QD=11.54;SB=9.02;sumGLbyD=8.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:563,329:785:99:7915,0,15841 44794-ref 325 . T C 12746.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=771;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.2324;MQ=36.62;MQ0=0;QD=16.53;SB=-41.21;sumGLbyD=13.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:435,336:751:99:10484,0,13622 44794-ref 488 . A G 8643.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=974;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.4847;MQ=36.36;MQ0=0;QD=8.87;SB=-0.01;sumGLbyD=5.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:711,258:931:99:5812,0,23169 44794-ref 562 . G A 222.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=577;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.7710;MQ=36.65;MQ0=0;QD=0.39;SB=-23.61;sumGLbyD=0.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:509,68:504:99:253,0,15726 44794-ref 592 . A T 2747.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=416;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.4463;MQ=36.44;MQ0=0;QD=6.60;SB=-508.11;sumGLbyD=6.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:298,118:381:99:2777,0,8733 44794-ref 655 . G A 1289.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=179;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7264;MQ=36.77;MQ0=0;QD=7.20;SB=-0.01;sumGLbyD=7.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,55:173:99:1319,0,3883 44800-ref 28 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 44800-ref 58 . C T 149.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:182,15,0 44800-ref 79 . A G 145.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.17;SB=-0.01;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0 44802-ref 24 . A G 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.43;SB=-0.01;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:70,0,29 44802-ref 82 . A G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,60 44802-ref 84 . A G 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.23:47,0,51 44809-ref 47 . C T 208.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.91;MQ0=0;QD=29.84;SB=-0.01;sumGLbyD=34.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:242,21,0 44809-ref 70 . T C 171.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=28.54;SB=-0.01;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:204,18,0 44809-ref 75 . C T 166.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=27.69;SB=-0.01;sumGLbyD=33.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:199,18,0 44838-ref 60 . C T 104.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=14.91;SB=12.06;sumGLbyD=19.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:5:6.65:134,0,7 44838-ref 73 . A G 154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.99;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:188,15,0 44851-ref 15 . A C 32.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8931;MQ=35.61;MQ0=0;QD=0.55;SB=2.98;sumGLbyD=1.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,6:53:62.17:62,0,1528 44851-ref 501 . G A 5449.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=298;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1026;MQ=36.80;MQ0=0;QD=18.29;SB=-0.01;sumGLbyD=15.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,164:270:99:4598,0,3781 44851-ref 544 . T C 5506.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=301;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.6823;MQ=36.83;MQ0=0;QD=18.29;SB=-37.00;sumGLbyD=15.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,170:251:99:4723,0,3037 44851-ref 681 . A T 1956.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5329;MQ=36.58;MQ0=0;QD=20.38;SB=-0.01;sumGLbyD=20.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,62:95:99:1987,0,1001 44858-ref 1 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 44858-ref 101 . A G 6492.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=359;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.8444;MQ=36.89;MQ0=0;QD=18.08;SB=-0.01;sumGLbyD=15.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,178:334:99:5467,0,5001 44865-ref 44 . A C 491.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0262;MQ=36.35;MQ0=0;QD=14.90;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:27:99:522,0,286 44919-ref 31 . G A 291.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.38;MQ0=0;QD=15.37;SB=-0.01;sumGLbyD=16.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:17:99:322,0,211 44919-ref 47 . C T 691.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.16:725,60,0 44919-ref 72 . T G 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.14:706,60,0 44919-ref 89 . A T 195.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3585;MQ=34.69;MQ0=0;QD=10.85;SB=-0.01;sumGLbyD=12.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:14:99:225,0,182 44919-ref 103 . C T 302.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=16.79;SB=-0.01;sumGLbyD=18.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:17:99:332,0,182 44919-ref 143 . A T 227.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9692;MQ=35.72;MQ0=0;QD=14.22;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:15:99:258,0,199 44919-ref 158 . T G 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,104 44919-ref 159 . C G 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,104 44997-ref 67 . T C 496.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.47;SB=-0.01;sumGLbyD=37.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:530,42,0 44997-ref 68 . G C 495.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:529,42,0 44997-ref 88 . C T 269.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.65;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:302,24,0 44999-ref 12 . T A 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 44999-ref 21 . A G 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0 44999-ref 34 . A C 87.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=12.51;SB=-26.62;sumGLbyD=16.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:79.95:118,0,80 44999-ref 50 . C G 383.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.03;MQ0=0;QD=18.26;SB=-26.62;sumGLbyD=19.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:20:99:413,0,207 44999-ref 87 . T G 535.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.63;MQ0=0;QD=17.85;SB=-0.01;sumGLbyD=18.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:29:99:566,0,340 44999-ref 108 . G A 995.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.94;MQ0=0;QD=34.34;SB=-0.01;sumGLbyD=35.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.24:1029,84,0 44999-ref 121 . G A 203.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=36.19;MQ0=0;QD=8.13;SB=-0.01;sumGLbyD=9.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:24:99:233,0,498 44999-ref 149 . T C 180.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7005;MQ=35.12;MQ0=0;QD=16.37;SB=-0.01;sumGLbyD=19.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:9:51.52:210,0,52 45036-ref 93 . T G 450.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=36.22;MQ0=0;QD=34.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:483,39,0 45081-ref 38 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-28.38;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 45081-ref 51 . A G 28.98 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.49;SB=-28.38;sumGLbyD=30.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:60,6,0 45081-ref 139 . A T 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0 45081-ref 211 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 45081-ref 222 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 45178-ref 21 . A G 226.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6035;MQ=35.60;MQ0=0;QD=10.29;SB=-70.83;sumGLbyD=11.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:18:99:256,0,276 45178-ref 25 . G C 538.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8714;MQ=36.05;MQ0=0;QD=16.84;SB=-135.12;sumGLbyD=17.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:28:99:569,0,251 45178-ref 117 . T C 9601.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.9971;MQ=35.93;MQ0=0;QD=34.79;SB=-0.01;sumGLbyD=34.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,273:260:99:9501,747,0 45178-ref 123 . C T 7985.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3339;MQ=35.85;MQ0=0;QD=32.07;SB=-31.56;sumGLbyD=30.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,234:237:99:7476,205,0 45178-ref 190 . G T 167.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9970;MQ=34.09;MQ0=0;QD=9.29;SB=-0.01;sumGLbyD=10.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:18:99:197,0,275 45178-ref 191 . G T 77.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9970;MQ=34.21;MQ0=0;QD=5.18;SB=-0.01;sumGLbyD=7.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:108,0,330 45178-ref 192 . G C 291.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9970;MQ=33.77;MQ0=0;QD=22.44;SB=-0.01;sumGLbyD=24.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:11:2.73:320,1,0 45252-ref 25 . C T 1065.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.4330;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.43;SB=-0.01;sumGLbyD=9.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,43:99:99:1096,0,1922 45252-ref 126 . C G 3817.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3787;MQ=36.91;MQ0=0;QD=34.71;SB=-0.01;sumGLbyD=33.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:107:99:3674,178,0 45252-ref 160 . G A 601.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9863;MQ=36.80;MQ0=0;QD=12.03;SB=-0.01;sumGLbyD=12.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:632,0,942 45283-ref 129 . A G 1021.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=322;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=182.3563;MQ=35.01;MQ0=0;QD=3.17;SB=9.00;sumGLbyD=3.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:254,62:271:99:1051,0,6189 45283-ref 133 . G A 3118.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=129.7003;MQ=33.01;MQ0=0;QD=20.93;SB=6.00;sumGLbyD=21.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,119:134:99:3149,0,285 45283-ref 134 . C G 2852.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=90.9605;MQ=31.98;MQ0=0;QD=24.59;SB=92.53;sumGLbyD=24.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,96:111:47.13:2885,47,0 45283-ref 135 . C A 595.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.4304;MQ=28.55;MQ0=0;QD=10.82;SB=9.68;sumGLbyD=11.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,30:48:83.64:625,0,84 45283-ref 136 . C G 460.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4228;MQ=25.94;MQ0=0;QD=18.43;SB=6.02;sumGLbyD=19.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,19:25:69.09:491,0,69 45283-ref 137 . C A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8604;MQ=28.72;MQ0=0;QD=6.83;SB=-16.90;sumGLbyD=11.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:25.78:71,0,26 45289-ref 20 . T A 1002.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6719;MQ=36.84;MQ0=0;QD=15.43;SB=-60.61;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:61:99:1033,0,877 45289-ref 161 . A G 4604.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7111;MQ=36.86;MQ0=0;QD=21.12;SB=-37.00;sumGLbyD=18.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,124:211:99:3969,0,2801 45384-ref 28 . G A 94.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=18.86;SB=-0.01;sumGLbyD=24.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:124,0,25 45384-ref 60 . T C 28.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9669;MQ=35.53;MQ0=0;QD=4.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:58.95:59,0,162 45418-ref 175 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 45424-ref 320 . T G 608.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.02;SB=-0.01;sumGLbyD=16.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:36:99:639,0,455 45493-ref 6 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 45493-ref 104 . T C 389.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.05;MQ0=0;QD=12.19;SB=-0.01;sumGLbyD=13.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:31:99:420,0,552 45493-ref 106 . T A 1164.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.05;MQ0=0;QD=36.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.29:1197,96,0 45493-ref 133 . G T 1822.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.92;MQ0=0;QD=36.46;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1856,150,0 45493-ref 163 . G T 590.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4675;MQ=36.26;MQ0=0;QD=14.41;SB=-0.01;sumGLbyD=15.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:38:99:621,0,519 45496-ref 36 . A T 118.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4479;MQ=35.16;MQ0=0;QD=4.23;SB=-0.01;sumGLbyD=5.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:25:99:149,0,590 45496-ref 47 . C T 190.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.4690;MQ=34.75;MQ0=0;QD=4.14;SB=3.00;sumGLbyD=4.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:44:99:220,0,1011 45496-ref 63 . A T 1688.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.90;MQ0=0;QD=19.19;SB=-50.30;sumGLbyD=19.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,65:75:99:1719,0,287 45496-ref 67 . T C 3327.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=31.07;MQ0=0;QD=31.69;SB=-67.43;sumGLbyD=31.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:99:99:3327,298,0 45496-ref 90 . T C 601.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4570;MQ=32.41;MQ0=0;QD=4.52;SB=3.00;sumGLbyD=4.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,33:115:99:632,0,2470 45496-ref 102 . G A 2846.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3758;MQ=32.50;MQ0=0;QD=20.63;SB=-63.62;sumGLbyD=20.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,102:128:99:2876,0,737 45496-ref 116 . G C 3855.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0130;MQ=33.11;MQ0=0;QD=29.43;SB=-29.63;sumGLbyD=29.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:113:99:3855,340,0 45496-ref 124 . G A 610.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0982;MQ=33.83;MQ0=0;QD=4.49;SB=3.00;sumGLbyD=4.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,34:113:99:641,0,2564 45496-ref 229 . G A 365.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.5091;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.63;SB=-0.01;sumGLbyD=6.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,16:59:99:396,0,1468 45556-ref 51 . G A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 45591-ref 6 . A G 68.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=9.85;SB=-0.01;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:98.96:99,0,126 45591-ref 51 . T A 1844.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.74;MQ0=0;QD=33.54;SB=-0.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:53:99:1878,159,0 45591-ref 52 . A G 1997.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=34.71;MQ0=0;QD=33.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2030,171,0 45591-ref 86 . A G 996.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.6413;MQ=34.42;MQ0=0;QD=8.23;SB=-0.01;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,44:113:99:1026,0,2223 45591-ref 100 . G C 1329.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4147;MQ=33.94;MQ0=0;QD=9.23;SB=-0.01;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,56:128:99:1360,0,2208 45591-ref 115 . A C 1065.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3910;MQ=34.44;MQ0=0;QD=8.20;SB=3.00;sumGLbyD=8.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,45:124:99:1096,0,2536 45620-ref 319 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 45724-ref 52 . A G 390.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2229;MQ=35.77;MQ0=0;QD=7.82;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:47:99:421,0,1030 45724-ref 85 . A T 287.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8028;MQ=35.94;MQ0=0;QD=4.95;SB=-0.01;sumGLbyD=5.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:55:99:317,0,1381 45724-ref 96 . C G 237.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8044;MQ=35.49;MQ0=0;QD=3.89;SB=-0.01;sumGLbyD=4.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,13:55:99:267,0,1448 45724-ref 110 . G A 80.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2960;MQ=35.46;MQ0=0;QD=2.02;SB=-0.01;sumGLbyD=2.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,7:39:99:111,0,1107 45724-ref 147 . G C 176.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8714;MQ=36.22;MQ0=0;QD=4.54;SB=-0.01;sumGLbyD=5.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,9:38:99:207,0,960 45724-ref 156 . T C 142.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.8712;MQ=36.07;MQ0=0;QD=4.31;SB=-0.01;sumGLbyD=5.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:31:99:172,0,705 45724-ref 232 . G C 714.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=36.72;MQ0=0;QD=19.84;SB=-0.01;sumGLbyD=20.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,25:34:99:744,0,291 45724-ref 272 . A C 499.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0052;MQ=36.30;MQ0=0;QD=8.61;SB=-0.01;sumGLbyD=9.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:57:99:530,0,1207 45724-ref 300 . A G 317.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6120;MQ=35.75;MQ0=0;QD=6.47;SB=-0.01;sumGLbyD=7.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:48:99:347,0,1117 45724-ref 315 . G A 132.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7468;MQ=35.65;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=4.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,8:35:99:162,0,903 45724-ref 321 . T C 100.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.44;MQ0=0;QD=3.04;SB=-0.01;sumGLbyD=3.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:32:99:130,0,825 45846-ref 149 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 45935-ref 16 . C G 65.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.4020;MQ=35.72;MQ0=0;QD=8.16;SB=-0.01;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:95.24:95,0,123 45935-ref 46 . T C 219.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=34.52;MQ0=0;QD=10.44;SB=-0.01;sumGLbyD=11.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:20:99:249,0,347 45935-ref 73 . T C 382.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=34.06;MQ0=0;QD=11.94;SB=-0.01;sumGLbyD=12.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:31:99:412,0,517 45935-ref 76 . A G 412.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=34.06;MQ0=0;QD=12.88;SB=-0.01;sumGLbyD=13.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:31:99:442,0,471 45935-ref 91 . C T 413.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4673;MQ=35.10;MQ0=0;QD=10.89;SB=-0.01;sumGLbyD=11.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:33:99:444,0,538 45935-ref 156 . G A 321.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9655;MQ=36.68;MQ0=0;QD=10.03;SB=-0.01;sumGLbyD=10.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:29:99:351,0,482 45935-ref 179 . C T 295.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=35.72;MQ0=0;QD=12.31;SB=-0.01;sumGLbyD=13.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:325,0,417 45935-ref 192 . A G 166.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=10.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:197,0,402 45935-ref 217 . G A 335.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:368,30,0 45979-ref 39 . C T 147.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4690;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.29;SB=-0.01;sumGLbyD=14.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:7:56.73:178,0,57 46035-ref 45 . T C 166.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=20.82;SB=-37.15;sumGLbyD=24.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:7:8.56:196,0,9 46035-ref 54 . T G 698.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.25;MQ0=0;QD=25.87;SB=-195.84;sumGLbyD=27.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:21:63.16:732,63,0 46035-ref 71 . T G 430.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3599;MQ=31.86;MQ0=0;QD=5.38;SB=-61.81;sumGLbyD=5.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:70:99:460,0,1479 46035-ref 106 . G A 540.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=67.9201;MQ=29.82;MQ0=0;QD=4.36;SB=-64.82;sumGLbyD=4.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,32:119:99:571,0,2600 46035-ref 107 . A G 514.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=67.9201;MQ=29.82;MQ0=0;QD=4.15;SB=-64.82;sumGLbyD=4.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,31:119:99:544,0,2627 46035-ref 108 . A G 681.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.9201;MQ=29.82;MQ0=0;QD=5.50;SB=24.05;sumGLbyD=5.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,40:120:99:712,0,2446 46035-ref 121 . C T 2300.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6611;MQ=29.23;MQ0=0;QD=20.18;SB=9.01;sumGLbyD=20.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,80:112:99:2331,0,617 46035-ref 125 . T C 1673.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6590;MQ=27.65;MQ0=0;QD=17.25;SB=9.01;sumGLbyD=17.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,64:95:99:1703,0,638 46035-ref 136 . T C 107.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6631;MQ=26.30;MQ0=0;QD=1.89;SB=-51.12;sumGLbyD=2.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,10:53:99:138,0,1150 46035-ref 159 . C A 1002.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.84;MQ0=0;QD=28.63;SB=-69.63;sumGLbyD=29.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1035,105,0 46035-ref 167 . T C 65.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=16.43;SB=-0.01;sumGLbyD=23.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:14.65:96,0,15 46126-ref 1 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 46126-ref 48 . G T 756.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7967;MQ=36.67;MQ0=0;QD=12.20;SB=-51.28;sumGLbyD=12.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:59:99:787,0,1043 46126-ref 89 . A G 792.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5557;MQ=36.31;MQ0=0;QD=9.01;SB=-26.62;sumGLbyD=9.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:78:99:823,0,1577 46126-ref 133 . G A 171.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9309;MQ=32.73;MQ0=0;QD=17.15;SB=-0.01;sumGLbyD=20.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:10:47.71:201,0,48 46126-ref 134 . T C 133.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9309;MQ=32.73;MQ0=0;QD=13.40;SB=-0.01;sumGLbyD=16.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:164,0,116 46126-ref 135 . A T 98.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9316;MQ=32.22;MQ0=0;QD=10.93;SB=-0.01;sumGLbyD=14.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:128,0,116 46126-ref 138 . T A 20.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27.96:50,0,28 46221-ref 139 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 46221-ref 429 . G A 38.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 46221-ref 780 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 46256-ref 38 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 46256-ref 310 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 46256-ref 762 . C T 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:77,0,28 46256-ref 770 . A G 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 46265-ref 107 . G A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=27.82;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:4:12.02:118,12,0 46265-ref 119 . T A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=28.48;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.02:89,9,0 46265-ref 121 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=28.48;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.02:89,9,0 46265-ref 123 . C T 83.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.98;SB=-0.01;sumGLbyD=18.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:24.97:114,0,25 46265-ref 142 . T C 959.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.39;MQ0=0;QD=29.08;SB=14.13;sumGLbyD=30.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,30:31:12.70:990,0,13 46265-ref 210 . C T 1154.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9978;MQ=35.12;MQ0=0;QD=26.23;SB=-29.63;sumGLbyD=26.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:41:49.40:1187,49,0 46265-ref 213 . A G 1472.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9989;MQ=34.58;MQ0=0;QD=34.25;SB=-29.63;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1506,126,0 46265-ref 226 . G A 156.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6191;MQ=36.24;MQ0=0;QD=1.68;SB=-0.01;sumGLbyD=2.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,13:91:99:187,0,2748 46265-ref 288 . A G 188.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.90;SB=-0.01;sumGLbyD=31.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:218,0,19 46299-ref 170 . T C 69.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=11.65;SB=-0.01;sumGLbyD=16.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:88.93:100,0,89 46344-ref 57 . C T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0 46344-ref 73 . A G 161.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0 46344-ref 89 . C G 758.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.20:791,60,0 46344-ref 132 . T C 1520.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=36.52;MQ0=0;QD=36.20;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1553,123,0 46344-ref 165 . G A 1225.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.71;MQ0=0;QD=35.03;SB=-0.01;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1259,102,0 46344-ref 173 . T A 788.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.48;MQ0=0;QD=29.19;SB=-0.01;sumGLbyD=30.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:25:38.22:821,38,0 46344-ref 192 . A C 1079.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.62;MQ0=0;QD=27.68;SB=-0.01;sumGLbyD=28.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:33:99:1112,99,0 46344-ref 222 . T C 1521.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.58;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:46:99:1555,138,0 46344-ref 231 . A G 1546.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.86;MQ0=0;QD=30.93;SB=-0.01;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:47:99:1579,141,0 46344-ref 257 . G A 1361.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=31.04;MQ0=0;QD=30.93;SB=-0.01;sumGLbyD=31.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:41:99:1394,123,0 46344-ref 275 . T C 1022.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.95;SB=-0.01;sumGLbyD=32.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.23:1055,93,0 46344-ref 309 . A G 659.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=36.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:692,54,0 46344-ref 335 . A T 25.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6643;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.60;SB=-0.01;sumGLbyD=5.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:8:55.93:56,0,215 46344-ref 349 . A G 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0 46344-ref 435 . T C 973.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9979;MQ=35.98;MQ0=0;QD=32.45;SB=29.62;sumGLbyD=33.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:29:57.62:1007,58,0 46344-ref 610 . T C 1012.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.64;MQ0=0;QD=36.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.25:1046,81,0 46344-ref 671 . 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A C 1314.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9967;MQ=34.88;MQ0=0;QD=33.71;SB=-0.01;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:87.71:1348,88,0 46344-ref 1104 . G A 1353.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=36.77;MQ0=0;QD=30.75;SB=-0.01;sumGLbyD=31.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:38:99:1386,114,0 46344-ref 1282 . G A 358.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=35.28;MQ0=0;QD=29.88;SB=-0.01;sumGLbyD=32.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:33.08:392,33,0 46344-ref 1287 . C G 373.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=33.94;SB=-0.01;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:406,33,0 46344-ref 1416 . C T 932.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.87;SB=-0.01;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.24:966,75,0 46344-ref 1437 . A G 880.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=35.87;MQ0=0;QD=32.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:25:75.21:914,75,0 46344-ref 1504 . A G 615.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9896;MQ=35.38;MQ0=0;QD=32.38;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:19:51.15:648,51,0 46344-ref 1505 . T C 509.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8929;MQ=35.06;MQ0=0;QD=31.86;SB=-0.01;sumGLbyD=33.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:42.13:543,42,0 46344-ref 1578 . A T 743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=35.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.17:777,63,0 46344-ref 1583 . T C 592.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=34.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:625,51,0 46369-ref 121 . T C 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0 46369-ref 145 . T C 57.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.31;SB=-0.01;sumGLbyD=21.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:87,0,27 46369-ref 185 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 46369-ref 189 . G A 80.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.02;SB=-0.01;sumGLbyD=28.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:113,12,0 46369-ref 198 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 46369-ref 209 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 46369-ref 223 . T G 71.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.84;SB=-0.01;sumGLbyD=34.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:104,9,0 46425-ref 122 . A G 256.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0014;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.66;SB=-0.01;sumGLbyD=13.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:19:99:286,0,314 46471-ref 67 . G A 10.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.77;SB=-0.01;sumGLbyD=6.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:40.22:40,0,119 46474-ref 119 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 46474-ref 196 . T G 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 46474-ref 202 . A C 45.05 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0 46528-ref 35 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 46528-ref 42 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 46528-ref 86 . A T 123.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0 46528-ref 133 . A G 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0 46528-ref 162 . C T 66.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=33.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0 46528-ref 183 . G C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 46528-ref 189 . C T 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 46528-ref 242 . T C 178.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=25.44;SB=-0.01;sumGLbyD=29.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:11.44:208,0,11 46528-ref 271 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 46535-ref 47 . G A 1177.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.55;SB=-0.01;sumGLbyD=24.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,37:48:99:1208,0,289 46535-ref 70 . T A 1533.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.56;SB=-0.01;sumGLbyD=26.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,46:58:99:1564,0,335 46535-ref 97 . G A 449.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.56;SB=-0.01;sumGLbyD=20.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:480,0,268 46535-ref 157 . A G 310.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1008;MQ=36.61;MQ0=0;QD=11.95;SB=-0.01;sumGLbyD=13.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:22:99:341,0,335 46535-ref 330 . C T 3931.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5114;MQ=36.82;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=35.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:106:99:3891,279,0 46535-ref 438 . C G 2575.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.78;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:70:99:2609,211,0 46639-ref 181 . T C 1524.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.91;MQ0=0;QD=29.31;SB=-0.01;sumGLbyD=29.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:1557,153,0 46639-ref 183 . G A 1041.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.91;MQ0=0;QD=20.03;SB=-0.01;sumGLbyD=20.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,41:52:99:1071,0,240 46639-ref 226 . C G 1161.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=26.28;MQ0=0;QD=22.77;SB=-24.67;sumGLbyD=23.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,45:51:46.86:1191,0,47 46639-ref 243 . G C 778.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9971;MQ=24.95;MQ0=0;QD=22.24;SB=-0.01;sumGLbyD=23.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,31:35:11.35:808,0,11 46639-ref 252 . C A 46.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.52;MQ0=0;QD=11.73;SB=-0.01;sumGLbyD=19.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:15.64:77,0,16 46810-ref 111 . C T 32.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9995;MQ=34.93;MQ0=0;QD=3.26;SB=-0.01;sumGLbyD=6.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:62.60:63,0,225 46810-ref 115 . A G 12.13 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9995;MQ=35.12;MQ0=0;QD=1.10;SB=-0.01;sumGLbyD=3.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:41.85:42,0,249 46836-ref 38 . C A 22.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=5.55;SB=-0.01;sumGLbyD=13.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:30.29:52,0,30 46836-ref 104 . G A 119.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.87;SB=-0.01;sumGLbyD=25.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:4:12.04:152,12,0 46948-ref 72 . A G 1293.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4683;MQ=36.48;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=34.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:36:78.71:1327,79,0 46948-ref 99 . A C 323.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.47;MQ0=0;QD=17.05;SB=-0.01;sumGLbyD=18.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:18:99:354,0,207 46948-ref 289 . T C 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:64.96:65,0,97 46948-ref 519 . G C 34.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:4:64.95:65,0,65 46948-ref 729 . C T 206.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=22.96;SB=-0.01;sumGLbyD=26.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:8:15.93:237,0,16 46948-ref 885 . T G 167.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=20.92;SB=-0.01;sumGLbyD=24.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:49.60:197,0,50 47008-ref 48 . T G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-29.17;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 47008-ref 62 . T A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=17.20;SB=-29.17;sumGLbyD=23.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.02:118,12,0 47008-ref 152 . G A 64.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9998;MQ=29.92;MQ0=0;QD=5.36;SB=-0.01;sumGLbyD=7.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:9:94.26:94,0,150 47008-ref 164 . T A 956.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=21.9339;MQ=25.95;MQ0=0;QD=15.95;SB=-0.01;sumGLbyD=16.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,50:50:99:987,0,186 47008-ref 171 . G T 183.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4641;MQ=25.80;MQ0=0;QD=2.97;SB=-0.01;sumGLbyD=3.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,14:55:99:214,0,1078 47008-ref 190 . A G 1301.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9915;MQ=26.28;MQ0=0;QD=27.68;SB=-95.87;sumGLbyD=28.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:45:99:1334,135,0 47008-ref 222 . C A 609.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.8901;MQ=27.14;MQ0=0;QD=16.04;SB=9.00;sumGLbyD=16.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:38:99:639,0,273 47008-ref 232 . A G 234.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8903;MQ=30.07;MQ0=0;QD=14.63;SB=-0.01;sumGLbyD=16.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:15:3.06:263,0,3 47047-ref 10 . T C 401.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.43;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.11:434,33,0 47047-ref 48 . G C 4187.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2944;MQ=36.86;MQ0=0;QD=14.96;SB=-0.01;sumGLbyD=12.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,111:273:99:3365,0,5303 47047-ref 189 . T G 1106.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.4169;MQ=36.76;MQ0=0;QD=8.78;SB=-31.35;sumGLbyD=9.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,51:104:99:1136,0,1994 47047-ref 237 . G A 5763.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8478;MQ=36.79;MQ0=0;QD=30.65;SB=-0.01;sumGLbyD=30.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:161:99:5762,484,0 47047-ref 424 . A C 244.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6977;MQ=36.15;MQ0=0;QD=10.17;SB=6.47;sumGLbyD=11.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:23:99:274,0,408 47157-ref 63 . A G 1972.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.02;SB=-0.01;sumGLbyD=27.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,61:70:99:2002,0,258 47159-ref 75 . C T 681.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.1350;MQ=36.00;MQ0=0;QD=13.36;SB=-0.01;sumGLbyD=13.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:48:99:712,0,717 47159-ref 140 . A C 821.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=13.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:851,0,1201 47159-ref 271 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 47159-ref 272 . C G 27.04 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:58,6,0 47193-ref 38 . A G 599.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9783;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=13.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:44:99:630,0,818 47246-ref 76 . T C 380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.67;SB=-0.01;sumGLbyD=34.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.10:413,33,0 47246-ref 173 . T C 683.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:717,57,0 47250-ref 121 . C G 69.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=34.93;MQ0=0;QD=13.87;SB=3.00;sumGLbyD=19.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:52.63:99,0,53 47250-ref 146 . A G 137.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.96;SB=-0.01;sumGLbyD=27.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:20.52:168,0,21 47379-ref 52 . G A 982.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6598;MQ=36.57;MQ0=0;QD=14.04;SB=-0.01;sumGLbyD=14.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:65:99:1013,0,1051 47379-ref 57 . A T 2570.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.62;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=32.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:74:99:2603,223,0 47379-ref 133 . T C 1276.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=27.6112;MQ=36.47;MQ0=0;QD=8.29;SB=-0.01;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,50:115:99:1306,0,2113 47379-ref 146 . C G 1467.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.2537;MQ=36.34;MQ0=0;QD=6.86;SB=3.00;sumGLbyD=7.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,61:202:99:1497,0,4793 47379-ref 173 . A C 4252.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=290;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.3566;MQ=36.01;MQ0=0;QD=14.66;SB=9.02;sumGLbyD=11.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,118:281:99:3405,0,5428 47379-ref 205 . C T 2280.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.0315;MQ=35.83;MQ0=0;QD=11.69;SB=6.00;sumGLbyD=11.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,85:189:99:2310,0,3432 47379-ref 241 . C G 286.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9659;MQ=34.78;MQ0=0;QD=20.45;SB=-0.01;sumGLbyD=22.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:14:73.41:316,0,73 47379-ref 242 . C G 99.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9726;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.64;SB=-0.01;sumGLbyD=21.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:6:24.96:130,0,25 47379-ref 243 . C G 30.67 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9726;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.22;SB=-0.01;sumGLbyD=20.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:16.67:61,0,17 47379-ref 244 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 47379-ref 245 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 47391-ref 26 . G A 33.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ=34.39;MQ0=0;QD=8.31;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:63,0,58 47391-ref 53 . C T 289.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=28.97;SB=-0.01;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:323,30,0 47391-ref 68 . C T 340.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.35;SB=-0.01;sumGLbyD=31.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.08:373,33,0 47391-ref 75 . C T 272.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=24.81;SB=-0.01;sumGLbyD=27.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.07:306,27,0 47391-ref 126 . A G 41.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0 47400-ref 73 . T C 4203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8914;MQ=36.82;MQ0=0;QD=36.56;SB=-29.63;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:112:99:4203,337,0 47400-ref 190 . C A 581.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.47;MQ0=0;QD=15.31;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:36:99:612,0,514 47400-ref 205 . G C 554.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.26;MQ0=0;QD=13.51;SB=-0.01;sumGLbyD=14.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:40:99:584,0,686 47400-ref 207 . A G 612 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=36.26;MQ0=0;QD=14.93;SB=-0.01;sumGLbyD=15.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:40:99:642,0,632 47432-ref 31 . T G 63.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.09;SB=-0.01;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:95,9,0 47432-ref 35 . T C 556.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=30.90;SB=-105.18;sumGLbyD=32.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.13:589,51,0 47432-ref 82 . A C 8169.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=253;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.8055;MQ=34.44;MQ0=0;QD=32.29;SB=-432.59;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,253:232:99:8168,698,0 47432-ref 91 . C G 9187.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=277;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1829;MQ=34.64;MQ0=0;QD=33.17;SB=-300.04;sumGLbyD=31.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,262:266:99:8682,296,0 47432-ref 131 . A G 3890.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.2102;MQ=35.68;MQ0=0;QD=33.25;SB=20.01;sumGLbyD=31.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:114:82.47:3630,82,0 47474-ref 5 . T C 352.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.47;SB=-0.01;sumGLbyD=25.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:13:39.07:385,39,0 47474-ref 31 . G A 3618.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.87;MQ0=0;QD=31.74;SB=-82.93;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:103:99:3618,310,0 47474-ref 40 . C T 3594.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.83;MQ0=0;QD=30.98;SB=-118.50;sumGLbyD=30.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:105:99:3593,316,0 47474-ref 71 . T C 4110.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.61;MQ0=0;QD=35.74;SB=-146.16;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:4110,346,0 47474-ref 95 . A G 317.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.43;SB=-143.11;sumGLbyD=26.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:36.06:351,36,0 47474-ref 96 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 47474-ref 102 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 47474-ref 192 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 47625-ref 91 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 47625-ref 96 . A T 15.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9872;MQ=28.11;MQ0=0;QD=1.71;SB=-0.01;sumGLbyD=5.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:8:45.21:45,0,123 47625-ref 105 . T A 64.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9693;MQ=27.82;MQ0=0;QD=6.45;SB=-0.01;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:10:94.44:94,0,94 47625-ref 107 . A G 64.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9722;MQ=27.82;MQ0=0;QD=6.44;SB=-0.01;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:10:94.44:94,0,105 47637-ref 25 . A G 123.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.19;SB=-0.01;sumGLbyD=7.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:154,0,461 47746-ref 1 . A C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4062;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.20;SB=-0.01;sumGLbyD=14.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:3:30.98:71,0,31 47746-ref 10 . G A 1248.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3457;MQ=36.83;MQ0=0;QD=21.17;SB=-0.01;sumGLbyD=21.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:57:99:1279,0,585 47746-ref 56 . G A 7273.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=473;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.1440;MQ=36.66;MQ0=0;QD=15.38;SB=-26.62;sumGLbyD=12.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:263,209:420:99:6008,0,7176 47746-ref 85 . C T 8451.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=570;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.9861;MQ=36.73;MQ0=0;QD=14.83;SB=-59.18;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:323,245:523:99:6857,0,9589 47746-ref 189 . G C 13256.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=833;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.9423;MQ=36.77;MQ0=0;QD=15.91;SB=-31.78;sumGLbyD=12.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:477,353:814:99:10779,0,15045 47862-ref 94 . T C 40.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0 47862-ref 120 . C T 104.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.39;SB=-0.01;sumGLbyD=22.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.26:134,0,61 47862-ref 129 . T A 15.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:45.02:45,0,107 47893-ref 20 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 47893-ref 118 . G A 201.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.17;SB=-0.01;sumGLbyD=23.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:86.21:232,0,86 47893-ref 136 . A T 31.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.57;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:61.96:62,0,130 47977-ref 2 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 47977-ref 77 . G A 674.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.84;MQ0=0;QD=10.71;SB=-0.01;sumGLbyD=11.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:61:99:705,0,1254 47977-ref 115 . G A 3147.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=220;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9618;MQ=36.77;MQ0=0;QD=14.31;SB=-26.62;sumGLbyD=14.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,105:210:99:3178,0,3454 47977-ref 128 . G A 4223.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7968;MQ=36.82;MQ0=0;QD=18.69;SB=3.00;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,121:210:99:3591,0,2871 47977-ref 213 . T A 41.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.68;SB=-0.01;sumGLbyD=23.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:17.65:71,0,18 47994-ref 133 . T C 8177.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=466;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.7262;MQ=36.78;MQ0=0;QD=17.55;SB=6.01;sumGLbyD=14.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:231,235:436:99:6864,0,6656 47994-ref 160 . T A 5230.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=293;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.3258;MQ=36.79;MQ0=0;QD=17.85;SB=3.00;sumGLbyD=15.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,150:271:99:4414,0,4178 47994-ref 301 . G C 960.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6479;MQ=36.87;MQ0=0;QD=12.47;SB=-29.50;sumGLbyD=12.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:73:99:990,0,1231 47994-ref 330 . C T 1579.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2997;MQ=36.88;MQ0=0;QD=18.58;SB=-0.01;sumGLbyD=18.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:81:99:1609,0,974 47999-ref 258 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 48012-ref 213 . G T 92.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.72;SB=-0.01;sumGLbyD=10.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:11:99:123,0,220 48018-ref 78 . G A 66.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.30;SB=-0.01;sumGLbyD=19.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.97:97,0,65 48018-ref 88 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.60;SB=-0.01;sumGLbyD=24.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:5:9.03:120,9,0 48018-ref 170 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 48080-ref 31 . C T 653.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.58;MQ0=0;QD=29.69;SB=-0.01;sumGLbyD=31.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.12:686,63,0 48080-ref 62 . G A 199.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=22.18;SB=24.12;sumGLbyD=25.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:32.17:230,0,32 48080-ref 78 . G A 442.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=2.6005;MQ=36.22;MQ0=0;QD=34.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:476,39,0 48132-ref 25 . C T 594.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9977;MQ=27.45;MQ0=0;QD=23.79;SB=-63.06;sumGLbyD=25.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:23:39.47:628,39,0 48132-ref 32 . A G 297.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9452;MQ=27.47;MQ0=0;QD=12.38;SB=6.01;sumGLbyD=13.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:22:99:327,0,203 48132-ref 55 . G C 150.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8389;MQ=27.03;MQ0=0;QD=7.52;SB=-59.19;sumGLbyD=9.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:180,0,307 48152-ref 62 . G A 274.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=27.41;SB=-0.01;sumGLbyD=30.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:5.39:305,5,0 48152-ref 108 . G C 450.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=32.14;MQ0=0;QD=25.04;SB=-0.01;sumGLbyD=26.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:14:42.10:484,42,0 48152-ref 133 . A G 1257.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3633;MQ=33.48;MQ0=0;QD=29.95;SB=-0.01;sumGLbyD=30.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:39:78.70:1291,79,0 48152-ref 166 . C T 1917.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7878;MQ=32.29;MQ0=0;QD=26.27;SB=-29.63;sumGLbyD=26.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:67:49.22:1951,49,0 48152-ref 177 . C A 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.5115;MQ=32.24;MQ0=0;QD=26.66;SB=-28.11;sumGLbyD=27.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:68:4.45:1897,4,0 48152-ref 200 . C T 1547.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.08;MQ0=0;QD=33.63;SB=-0.01;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1580,138,0 48152-ref 249 . T C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 48152-ref 250 . G T 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 48152-ref 251 . C G 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 48170-ref 130 . C T 253.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=23.08;SB=-37.00;sumGLbyD=25.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:46.92:284,0,47 48183-ref 12 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 48183-ref 47 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 48183-ref 101 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 48183-ref 102 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0 48183-ref 115 . G A 40.57 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0 48183-ref 155 . C T 78.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.09;SB=-31.71;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 48379-ref 42 . C T 675.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.7356;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:42:99:705,0,649 48379-ref 81 . T G 4638.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.9783;MQ=36.70;MQ0=0;QD=16.99;SB=-50.10;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,133:260:99:3818,0,4103 48379-ref 153 . C T 916.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6884;MQ=36.42;MQ0=0;QD=10.53;SB=-0.01;sumGLbyD=10.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:85:99:946,0,1591 48379-ref 155 . T C 874.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.6901;MQ=36.19;MQ0=0;QD=9.94;SB=-51.28;sumGLbyD=10.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:85:99:905,0,1633 48379-ref 174 . A T 172.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=0.9967;MQ=35.62;MQ0=0;QD=4.55;SB=-87.21;sumGLbyD=5.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:38:99:203,0,974 48379-ref 175 . T A 732.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9967;MQ=35.35;MQ0=0;QD=22.90;SB=9.01;sumGLbyD=23.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:763,0,236 48415-ref 42 . G A 782.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=35.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.19:815,66,0 48415-ref 64 . C G 2223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.67;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:2256,147,0 48442-ref 338 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 48480-ref 242 . T C 81.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.07;MQ0=0;QD=7.40;SB=-0.01;sumGLbyD=10.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:10:99:111,0,194 48480-ref 244 . C T 74.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.07;MQ0=0;QD=6.78;SB=-0.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:9:99:105,0,149 48498-ref 105 . A G 2029.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7502;MQ=36.84;MQ0=0;QD=15.73;SB=3.00;sumGLbyD=15.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,70:116:99:2059,0,1573 48498-ref 174 . G A 2001.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9917;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.01;SB=-0.01;sumGLbyD=16.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:119:99:2031,0,1767 48498-ref 308 . T C 6984.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=324;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0826;MQ=36.81;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=18.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,190:310:99:6051,0,3754 48498-ref 429 . T C 2015.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5478;MQ=36.43;MQ0=0;QD=19.02;SB=3.00;sumGLbyD=19.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,66:101:99:2046,0,1102 48504-ref 53 . G A 39.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.20;SB=-0.01;sumGLbyD=3.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:16:69.65:70,0,452 48504-ref 268 . G C 512.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:545,45,0 48504-ref 303 . C A 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,97 48616-ref 36 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 48616-ref 85 . G T 64.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.18;SB=-0.01;sumGLbyD=23.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:95,0,25 48616-ref 101 . G A 115.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0 48616-ref 104 . C T 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0 48616-ref 126 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 48616-ref 133 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 48680-ref 11 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 48680-ref 106 . A G 268.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.9463;MQ=34.15;MQ0=0;QD=24.37;SB=3.21;sumGLbyD=27.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:36.53:298,0,37 48680-ref 110 . T G 16.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9473;MQ=33.48;MQ0=0;QD=2.68;SB=-0.01;sumGLbyD=7.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:45.99:46,0,101 48690-ref 50 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 48690-ref 110 . T C 179.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.70;SB=-0.01;sumGLbyD=29.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:210,0,19 48690-ref 233 . T C 85.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.76;SB=-0.01;sumGLbyD=10.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:115,0,233 48773-ref 105 . C T 175.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=29.17;SB=-0.01;sumGLbyD=34.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:208,18,0 48773-ref 117 . A T 20.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.78;SB=7.70;sumGLbyD=16.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:15.68:50,0,16 48773-ref 118 . G T 20.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.78;SB=7.71;sumGLbyD=16.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:16.67:50,0,17 48773-ref 119 . A G 20.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.78;SB=7.71;sumGLbyD=16.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:16.67:50,0,17 48798-ref 39 . T A 11.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9150;MQ=34.93;MQ0=0;QD=1.15;SB=-0.01;sumGLbyD=4.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:9:41.14:41,0,212 48798-ref 99 . G A 52.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.38;SB=-0.01;sumGLbyD=6.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:9:82.57:83,0,185 48798-ref 105 . C T 87.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.22;MQ0=0;QD=6.73;SB=-0.01;sumGLbyD=9.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:9:99:117,0,154 48828-ref 17 . A G 363.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.29;SB=-0.01;sumGLbyD=32.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.89:393,0,4 48828-ref 72 . T G 554.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.52;MQ0=0;QD=26.42;SB=-0.01;sumGLbyD=27.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,18:20:44.47:585,0,44 48828-ref 99 . T C 121.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=15.22;SB=-0.01;sumGLbyD=18.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:7:50.95:152,0,51 48828-ref 101 . G A 112.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=14.12;SB=-0.01;sumGLbyD=17.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:7:41.10:143,0,41 48828-ref 137 . G T 285.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.94;SB=-0.01;sumGLbyD=28.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:46.21:315,0,46 48829-ref 137 . C T 1102.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.8297;MQ=36.48;MQ0=0;QD=10.40;SB=-45.81;sumGLbyD=10.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,42:89:99:1133,0,1582 48855-ref 46 . T A 606.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=30.32;SB=-0.01;sumGLbyD=31.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.14:639,54,0 48855-ref 57 . T A 3542.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.5805;MQ=35.71;MQ0=0;QD=31.92;SB=-0.01;sumGLbyD=30.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:95:99:3373,271,0 48855-ref 59 . T C 515.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.5805;MQ=35.74;MQ0=0;QD=4.52;SB=-0.01;sumGLbyD=4.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,26:101:99:545,0,2613 48855-ref 87 . G T 609.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=27.5888;MQ=36.54;MQ0=0;QD=3.08;SB=-0.01;sumGLbyD=3.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,36:183:99:640,0,5110 48855-ref 162 . C A 630.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.7864;MQ=36.82;MQ0=0;QD=11.46;SB=-0.01;sumGLbyD=12.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:54:99:660,0,1040 48855-ref 174 . G A 110.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=6.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:140,0,387 48908-ref 178 . T A 1189.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8680;MQ=36.39;MQ0=0;QD=17.75;SB=-0.01;sumGLbyD=18.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,42:65:99:1219,0,691 48908-ref 179 . T A 235.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9759;MQ=35.90;MQ0=0;QD=6.36;SB=-0.01;sumGLbyD=7.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:265,0,775 48908-ref 180 . C T 51.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=14.9661;MQ=35.35;MQ0=0;QD=2.04;SB=-0.01;sumGLbyD=3.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:25:81.06:81,0,687 48908-ref 181 . A T 95.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9680;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.99;SB=-0.01;sumGLbyD=5.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:24:99:126,0,505 48923-ref 12 . G C 451.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.69;SB=-140.46;sumGLbyD=14.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:29:99:482,0,333 48923-ref 25 . T G 93.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.3904;MQ=34.43;MQ0=0;QD=1.28;SB=6.01;sumGLbyD=1.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,9:66:99:123,0,1675 48923-ref 53 . C A 1266.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.9072;MQ=35.20;MQ0=0;QD=14.72;SB=-26.62;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:80:99:1296,0,1065 48923-ref 55 . A G 822.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9106;MQ=35.03;MQ0=0;QD=9.24;SB=3.00;sumGLbyD=9.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,32:81:99:852,0,1509 48923-ref 74 . C G 412.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.0918;MQ=35.61;MQ0=0;QD=2.92;SB=-0.01;sumGLbyD=3.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,27:123:99:442,0,3325 48923-ref 112 . T A 681.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.5050;MQ=36.00;MQ0=0;QD=5.08;SB=-0.01;sumGLbyD=5.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,32:130:99:711,0,3323 48923-ref 125 . T C 558.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.7123;MQ=35.91;MQ0=0;QD=4.23;SB=-0.01;sumGLbyD=4.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,27:129:99:589,0,3427 48923-ref 164 . T C 152.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8318;MQ=35.12;MQ0=0;QD=1.74;SB=-26.62;sumGLbyD=2.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,13:87:99:183,0,2426 48923-ref 180 . G T 194.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6549;MQ=35.18;MQ0=0;QD=4.24;SB=-26.62;sumGLbyD=4.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,11:45:99:225,0,1088 49051-ref 57 . C T 2821.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2565;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.50;SB=-0.01;sumGLbyD=15.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,93:172:99:2852,0,2639 49051-ref 165 . A G 22.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.55;SB=15.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:52.96:53,0,210 49071-ref 21 . G T 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.52;SB=-0.01;sumGLbyD=26.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:78,6,0 49071-ref 88 . C G 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0 49071-ref 140 . G T 77.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.77;SB=-0.01;sumGLbyD=36.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0 49088-ref 21 . A G 309.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.40;MQ0=0;QD=18.21;SB=-0.01;sumGLbyD=19.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:14:99:340,0,116 49088-ref 66 . G A 440.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4681;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.00;SB=-0.01;sumGLbyD=11.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:470,0,832 49088-ref 89 . T A 545.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.7875;MQ=36.55;MQ0=0;QD=12.12;SB=3.00;sumGLbyD=12.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:42:99:576,0,686 49088-ref 142 . C T 719.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4688;MQ=34.75;MQ0=0;QD=15.64;SB=-0.01;sumGLbyD=16.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:43:99:749,0,565 49088-ref 149 . T A 499.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4648;MQ=34.69;MQ0=0;QD=11.11;SB=-0.01;sumGLbyD=11.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:36:99:530,0,510 49088-ref 187 . T C 644.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.20;MQ0=0;QD=16.12;SB=-0.01;sumGLbyD=16.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:38:99:675,0,461 49088-ref 189 . T C 661.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.28;MQ0=0;QD=15.75;SB=-0.01;sumGLbyD=16.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:40:99:692,0,517 49111-ref 13 . T C 231.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.17;SB=-0.01;sumGLbyD=26.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.05:265,27,0 49111-ref 15 . T C 206.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.77;SB=-0.01;sumGLbyD=21.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:10:2.80:235,0,0 49111-ref 43 . C T 221.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.5029;MQ=28.69;MQ0=0;QD=14.75;SB=6.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:14:99:251,0,105 49111-ref 127 . T C 442.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=36.56;MQ0=0;QD=19.24;SB=-0.01;sumGLbyD=20.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:472,0,264 49111-ref 138 . A G 111.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=36.60;MQ0=0;QD=4.48;SB=-0.01;sumGLbyD=5.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:23:99:142,0,564 49111-ref 162 . C G 94.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=4.11;SB=-0.01;sumGLbyD=5.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:23:99:124,0,596 49111-ref 181 . G C 373.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=23.31;SB=3.00;sumGLbyD=25.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:99:403,0,107 49111-ref 184 . T C 339.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=26.09;SB=-0.01;sumGLbyD=28.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:34.55:369,0,35 49111-ref 194 . C A 140.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.80;MQ0=0;QD=20.13;SB=-27.42;sumGLbyD=24.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:5:15.04:174,15,0 49136-ref 20 . C T 25.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.62;SB=-26.24;sumGLbyD=18.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:56,0,30 49136-ref 51 . T G 607.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=35.73;SB=-62.13;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:640,51,0 49136-ref 67 . G A 253.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3633;MQ=36.54;MQ0=0;QD=11.53;SB=3.00;sumGLbyD=12.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:21:99:284,0,382 49136-ref 117 . C T 779.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1075;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.64;SB=-0.01;sumGLbyD=22.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,26:34:99:809,0,243 49137-ref 79 . T A 1168.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.2254;MQ=36.79;MQ0=0;QD=6.05;SB=3.00;sumGLbyD=6.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,47:186:99:1198,0,4618 49137-ref 149 . G A 145.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9298;MQ=36.15;MQ0=0;QD=12.14;SB=-37.00;sumGLbyD=14.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:176,0,173 49173-ref 88 . G C 562.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.83;MQ0=0;QD=16.06;SB=-0.01;sumGLbyD=16.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:592,0,517 49173-ref 108 . C A 262.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9909;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.38;SB=-0.01;sumGLbyD=18.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:15:99:292,0,153 49173-ref 130 . G T 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0 49173-ref 139 . T A 25.07 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=12.54;SB=-0.01;sumGLbyD=28.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:56,6,0 49341-ref 83 . T A 261.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.88;SB=-0.01;sumGLbyD=12.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:22:99:291,0,416 49341-ref 93 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4573;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.95;SB=-0.01;sumGLbyD=13.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:20:99:293,0,344 49341-ref 109 . G A 214.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9994;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=10.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:23:99:245,0,514 49341-ref 189 . T G 652.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.63;MQ0=0;QD=24.15;SB=-0.01;sumGLbyD=25.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,20:27:99:682,0,161 49341-ref 192 . G C 164.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.61;MQ0=0;QD=6.32;SB=-0.01;sumGLbyD=7.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:25:99:194,0,619 49342-ref 140 . A G 84.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.09;SB=-38.53;sumGLbyD=38.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0 49342-ref 154 . A G 176.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=29.43;SB=-30.47;sumGLbyD=34.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:209,18,0 49342-ref 185 . T C 16.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=3.25;SB=-0.01;sumGLbyD=9.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:46.13:46,0,102 49342-ref 203 . A G 94.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.72;MQ0=0;QD=11.86;SB=-0.01;sumGLbyD=15.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:125,0,121 49342-ref 213 . C T 374.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:407,33,0 49342-ref 238 . T C 166.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=11.10;SB=-0.01;sumGLbyD=13.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:14:99:197,0,267 49342-ref 321 . A T 466.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=35.66;MQ0=0;QD=20.28;SB=3.00;sumGLbyD=21.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:496,0,194 49342-ref 349 . G T 304.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.08:337,27,0 49342-ref 351 . T C 304.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=33.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:337,27,0 49380-ref 90 . T G 1498.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:40:99:1532,120,0 49380-ref 162 . T C 425.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=8.69;SB=3.00;sumGLbyD=9.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:47:99:456,0,1015 49380-ref 164 . G A 387.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3851;MQ=35.50;MQ0=0;QD=8.08;SB=3.00;sumGLbyD=8.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:45:99:418,0,973 49380-ref 176 . C G 287 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.6428;MQ=35.69;MQ0=0;QD=7.36;SB=3.00;sumGLbyD=8.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:36:99:317,0,763 49380-ref 205 . C A 15.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9943;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.42;SB=2.99;sumGLbyD=4.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:45.49:45,0,285 49470-ref 122 . T G 108.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=21.66;SB=-0.01;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.58:138,0,15 49470-ref 233 . C T 161.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4608;MQ=36.32;MQ0=0;QD=10.75;SB=3.00;sumGLbyD=12.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:14:99:191,0,266 49470-ref 271 . A G 389.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.25;MQ0=0;QD=20.51;SB=3.00;sumGLbyD=22.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:18:99:420,0,121 49470-ref 293 . A G 319.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9598;MQ=33.48;MQ0=0;QD=17.73;SB=3.00;sumGLbyD=19.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:349,0,166 49470-ref 306 . C T 11.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9662;MQ=30.72;MQ0=0;QD=1.65;SB=3.00;sumGLbyD=5.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:41.21:41,0,118 49491-ref 68 . T C 496.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.49;SB=-0.01;sumGLbyD=37.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:530,42,0 49491-ref 113 . C T 86.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.58;SB=-0.01;sumGLbyD=12.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:8:99:116,0,131 49491-ref 116 . C T 124.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.36;SB=-0.01;sumGLbyD=14.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:10:99:155,0,163 49512-ref 129 . C T 156.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:189,15,0 49535-ref 17 . G T 490.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=23.37;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:18:42.11:524,42,0 49535-ref 34 . A G 1370.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7112;MQ=36.14;MQ0=0;QD=14.43;SB=-0.01;sumGLbyD=14.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:80:99:1401,0,1202 49535-ref 83 . A T 1889.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0791;MQ=36.08;MQ0=0;QD=15.48;SB=3.00;sumGLbyD=15.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,70:104:99:1919,0,1279 49535-ref 103 . T C 1503.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9033;MQ=36.15;MQ0=0;QD=13.92;SB=-20.70;sumGLbyD=14.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:100:99:1533,0,1574 49607-ref 22 . A T 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0 49607-ref 101 . T A 38.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 49607-ref 122 . G A 78.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.09;SB=-0.01;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0 49607-ref 174 . G T 18.67 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7872;MQ=33.80;MQ0=0;QD=2.67;SB=6.01;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:48.60:49,0,131 49702-ref 172 . T C 34.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.49;SB=-0.01;sumGLbyD=2.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:22:64.17:64,0,633 49747-ref 97 . T G 52.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=8.71;SB=-0.01;sumGLbyD=13.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:61.95:82,0,62 49753-ref 61 . T C 8644.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=531;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.9958;MQ=36.29;MQ0=0;QD=16.28;SB=-23.62;sumGLbyD=13.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:282,244:489:99:7171,0,8072 49753-ref 65 . T G 9232.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=561;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.6880;MQ=36.28;MQ0=0;QD=16.46;SB=-53.11;sumGLbyD=13.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:296,263:535:99:7584,0,9309 49753-ref 177 . G T 10465.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=496;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.7662;MQ=36.57;MQ0=0;QD=21.10;SB=-47.24;sumGLbyD=18.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,280:486:99:9001,0,6442 49753-ref 200 . G C 2807.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5997;MQ=36.15;MQ0=0;QD=18.11;SB=-53.24;sumGLbyD=18.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,90:154:99:2837,0,1857 49764-ref 33 . C T 835.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.71;MQ0=0;QD=23.87;SB=-0.01;sumGLbyD=24.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,27:34:99:865,0,211 49764-ref 44 . T A 1431 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=36.83;MQ0=0;QD=24.67;SB=-0.01;sumGLbyD=25.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,45:55:99:1461,0,326 49764-ref 80 . G A 2417.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3221;MQ=36.89;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=27.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,75:85:99:2448,0,228 49764-ref 199 . G A 83.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.88;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0 49764-ref 204 . A G 86.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 49977-ref 30 . A G 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.65;SB=-0.01;sumGLbyD=23.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:3:9.03:115,9,0 49977-ref 34 . T G 201.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.54;SB=-0.01;sumGLbyD=39.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:234,18,0 49977-ref 105 . A G 14.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7705;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.24;SB=-0.01;sumGLbyD=3.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:10:44.70:45,0,256 50008-ref 133 . C T 905.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9457;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.91;SB=-0.01;sumGLbyD=11.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:935,0,1754 50105-ref 30 . A G 11.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.80;SB=-0.01;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,2:13:40.89:41,0,387 50105-ref 99 . T G 238.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8149;MQ=36.82;MQ0=0;QD=4.19;SB=3.00;sumGLbyD=4.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,13:48:99:269,0,1234 50105-ref 191 . C A 70.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5991;MQ=36.22;MQ0=0;QD=1.81;SB=-0.01;sumGLbyD=2.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,6:36:99:100,0,968 50317-ref 49 . C T 139.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=19.87;SB=-0.01;sumGLbyD=24.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:8.58:169,0,9 50317-ref 72 . G A 39.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9891;MQ=30.37;MQ0=0;QD=7.98;SB=-0.01;sumGLbyD=13.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:53.17:70,0,53 50317-ref 78 . T C 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=30.37;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,88 50317-ref 79 . C A 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=30.37;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,92 50317-ref 92 . C T 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0 50317-ref 102 . A C 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 50355-ref 195 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 50455-ref 120 . G A 83.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.88;SB=-0.01;sumGLbyD=29.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:116,9,0 50464-ref 57 . G A 775.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.5405;MQ=36.36;MQ0=0;QD=9.82;SB=-0.01;sumGLbyD=10.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:74:99:806,0,1489 50464-ref 101 . G A 3967.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2307;MQ=36.12;MQ0=0;QD=19.17;SB=-37.00;sumGLbyD=16.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,117:192:99:3389,0,2556 50464-ref 123 . A C 249.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6465;MQ=36.15;MQ0=0;QD=1.22;SB=-0.01;sumGLbyD=1.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,27:184:99:279,0,5322 50464-ref 162 . A C 2425.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.1073;MQ=36.61;MQ0=0;QD=13.26;SB=-53.24;sumGLbyD=13.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,89:162:99:2456,0,2524 50500-ref 79 . A T 31.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.28;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.96:62,0,129 50500-ref 107 . C T 260.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9976;MQ=35.98;MQ0=0;QD=26.00;SB=-0.01;sumGLbyD=29.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:10:12.92:290,0,13 50500-ref 164 . G T 38.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 50517-ref 28 . A G 52.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.87;SB=-0.01;sumGLbyD=9.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:82.82:83,0,212 50517-ref 121 . A T 281.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:315,27,0 50517-ref 157 . A T 25.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.93:56,0,208 50573-ref 258 . T C 833.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8595;MQ=36.40;MQ0=0;QD=16.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:49:99:864,0,691 50596-ref 65 . T G 120.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=13.41;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:90.75:151,0,91 50596-ref 73 . T A 114.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=10.42;SB=-0.01;sumGLbyD=13.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:145,0,160 50596-ref 125 . G C 90.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.97;SB=18.56;sumGLbyD=17.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.52:121,0,98 50802-ref 108 . A C 613.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.3880;MQ=29.49;MQ0=0;QD=5.63;SB=3.00;sumGLbyD=5.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,26:105:99:643,0,2159 50802-ref 141 . G T 3387.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9990;MQ=27.41;MQ0=0;QD=30.24;SB=-128.88;sumGLbyD=29.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:3356,307,0 50802-ref 144 . G T 2672.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=26.42;MQ0=0;QD=26.20;SB=-118.50;sumGLbyD=26.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:91:99:2706,273,0 50802-ref 159 . A T 1154.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.66;SB=-0.01;sumGLbyD=26.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:42:99:1188,126,0 50808-ref 414 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 50808-ref 455 . T C 117.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.31;SB=-0.01;sumGLbyD=37.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0 50808-ref 480 . C T 118.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.58;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0 50808-ref 492 . C T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 50808-ref 563 . C T 18.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.35;MQ0=0;QD=6.12;SB=7.74;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.61:48,0,21 50808-ref 629 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 50808-ref 641 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 50816-ref 26 . G T 256.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.62;SB=-0.01;sumGLbyD=28.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:8:24.07:289,24,0 50816-ref 60 . C T 352.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=29.34;SB=-0.01;sumGLbyD=32.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.08:385,33,0 50816-ref 99 . T C 185.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=15.50;SB=-0.01;sumGLbyD=18.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:11:22.30:216,0,22 50816-ref 124 . C A 1233.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5043;MQ=23.39;MQ0=0;QD=23.72;SB=-0.01;sumGLbyD=24.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:46:99:1266,138,0 50816-ref 174 . G A 3350.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7209;MQ=24.06;MQ0=0;QD=26.38;SB=40.00;sumGLbyD=26.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:120:99:3308,320,0 50816-ref 206 . A G 2693.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=23.98;MQ0=0;QD=26.93;SB=-0.01;sumGLbyD=27.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:97:99:2726,291,0 50816-ref 279 . C G 10.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=23.00;MQ0=0;QD=2.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:40.31:40,0,68 50816-ref 471 . C A 165.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8768;MQ=31.26;MQ0=0;QD=11.02;SB=-0.01;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:7:21.01:198,21,0 50816-ref 499 . G A 992.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4658;MQ=34.18;MQ0=0;QD=30.08;SB=-0.01;sumGLbyD=31.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:30:90.21:1026,90,0 50816-ref 546 . A G 2061.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9838;MQ=34.66;MQ0=0;QD=32.21;SB=-38.58;sumGLbyD=32.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:62:99:2094,101,0 50816-ref 830 . C T 197.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3322;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.44;SB=-0.01;sumGLbyD=18.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:227,0,139 50816-ref 849 . A G 454.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.94;SB=-24.69;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:487,39,0 50816-ref 1389 . T G 82.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.55;MQ0=0;QD=10.32;SB=-37.00;sumGLbyD=14.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:6:55.62:113,0,56 50816-ref 1405 . C G 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2175;MQ=36.64;MQ0=0;QD=24.25;SB=-40.01;sumGLbyD=24.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:44:99:1561,132,0 50816-ref 1473 . T C 7990.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=366;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8696;MQ=35.71;MQ0=0;QD=21.83;SB=-23.61;sumGLbyD=18.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,221:350:99:6936,0,3986 50816-ref 1485 . 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T G 2186.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=266.1288;MQ=34.28;MQ0=0;QD=2.19;SB=-9.68;sumGLbyD=2.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:799,198:857:99:2216,0,21254 50838-ref 620 . T C 14366.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=738;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.6600;MQ=36.49;MQ0=0;QD=19.47;SB=-86.15;sumGLbyD=16.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:340,395:716:99:12209,0,10173 50838-ref 625 . A G 13212.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=712;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=22.6049;MQ=36.45;MQ0=0;QD=18.56;SB=-52.85;sumGLbyD=15.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:334,377:688:99:11139,0,10011 50838-ref 668 . T A 63.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.97;SB=-0.01;sumGLbyD=11.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:93.73:94,0,158 50878-ref 566 . G A 34.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0 50880-ref 8 . A T 14.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.08;SB=-0.01;sumGLbyD=3.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:13:43.90:44,0,352 50880-ref 111 . C T 15460.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=423;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1599;MQ=36.88;MQ0=0;QD=36.55;SB=-116.31;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,421:409:99:15458,1231,0 50880-ref 292 . A G 32992.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=989;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.6649;MQ=36.52;MQ0=0;QD=33.36;SB=-38.58;sumGLbyD=33.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,980:907:99:32926,2722,0 50880-ref 331 . C G 1330.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=490;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=364.5905;MQ=35.85;MQ0=0;QD=2.72;SB=3.00;sumGLbyD=2.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:406,83:413:99:1360,0,11197 50880-ref 395 . C A 35828.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=958;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.7911;MQ=36.74;MQ0=0;QD=37.40;SB=-236.85;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,957:948:99:35790,2818,0 50915-ref 109 . T C 2639.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8490;MQ=36.74;MQ0=0;QD=31.80;SB=-79.04;sumGLbyD=32.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:74:99:2672,183,0 50915-ref 271 . T C 296.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=23.57;MQ0=0;QD=16.50;SB=-0.01;sumGLbyD=18.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:12:36.03:330,36,0 50915-ref 308 . A G 611.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3421;MQ=26.48;MQ0=0;QD=16.08;SB=6.00;sumGLbyD=16.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:34:99:641,0,176 50915-ref 316 . G A 300.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8620;MQ=27.03;MQ0=0;QD=6.68;SB=-51.28;sumGLbyD=7.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:43:99:331,0,678 50915-ref 328 . A G 984.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9892;MQ=30.21;MQ0=0;QD=15.15;SB=5.99;sumGLbyD=15.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:63:99:1015,0,646 50915-ref 454 . G T 288.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.08;SB=-0.01;sumGLbyD=12.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:25:99:318,0,499 51001-ref 4 . T A 83.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7982;MQ=36.75;MQ0=0;QD=2.08;SB=-0.01;sumGLbyD=2.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:31:99:113,0,808 51001-ref 7 . C T 139.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=13.2337;MQ=36.65;MQ0=0;QD=2.41;SB=-0.01;sumGLbyD=2.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,12:45:99:170,0,1243 51001-ref 19 . C T 2435.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=31.2427;MQ=36.45;MQ0=0;QD=15.32;SB=-31.80;sumGLbyD=15.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,88:133:99:2465,0,1429 51001-ref 67 . T C 29231.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=842;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.3324;MQ=36.24;MQ0=0;QD=34.72;SB=-156.94;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,837:797:99:29166,2392,0 51001-ref 90 . A G 32543.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=989;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.5791;MQ=36.31;MQ0=0;QD=32.91;SB=-126.92;sumGLbyD=32.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,984:893:99:32499,2647,0 51001-ref 130 . T G 17443.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=877;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=294.5695;MQ=36.01;MQ0=0;QD=19.89;SB=-0.01;sumGLbyD=9.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:392,268:848:99:7928,0,12418 51001-ref 143 . C G 10866.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=91.1098;MQ=36.10;MQ0=0;QD=10.87;SB=-54.59;sumGLbyD=8.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:671,325:923:99:8012,0,20503 51001-ref 156 . T C 7772.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=929;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.3412;MQ=35.25;MQ0=0;QD=8.37;SB=-189.01;sumGLbyD=5.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:686,242:909:99:5033,0,22847 51001-ref 170 . G A 9604.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=814;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.2309;MQ=35.09;MQ0=0;QD=11.80;SB=-454.73;sumGLbyD=8.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:524,289:773:99:7274,0,16100 51001-ref 368 . C A 14785.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=128.0665;MQ=36.90;MQ0=0;QD=14.79;SB=-131.79;sumGLbyD=12.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:494,504:747:99:12534,0,10304 51001-ref 503 . C T 5819.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=248;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.5595;MQ=36.67;MQ0=0;QD=23.47;SB=-220.38;sumGLbyD=20.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,165:235:99:5112,0,2350 51001-ref 565 . G A 15093.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=692;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.7602;MQ=36.88;MQ0=0;QD=21.81;SB=-0.01;sumGLbyD=19.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:266,425:635:99:13181,0,7075 51001-ref 588 . G C 13219.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=630;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.9006;MQ=36.86;MQ0=0;QD=20.98;SB=-26.62;sumGLbyD=17.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:270,358:605:99:11326,0,8047 51001-ref 690 . C T 9656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=274;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8479;MQ=36.52;MQ0=0;QD=35.24;SB=-78.64;sumGLbyD=35.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,273:263:99:9655,791,0 51001-ref 723 . A T 153.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9531;MQ=35.87;MQ0=0;QD=8.51;SB=-0.01;sumGLbyD=10.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:16:99:183,0,291 51001-ref 725 . T A 60.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=34.69;MQ0=0;QD=6.71;SB=-0.01;sumGLbyD=10.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:90.36:90,0,159 51001-ref 726 . G T 20.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26.23:50,0,26 51028-ref 419 . C T 209.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.92;MQ0=0;QD=23.29;SB=-0.01;sumGLbyD=26.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.03:243,24,0 51115-ref 2 . A T 680.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=39.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:714,54,0 51115-ref 3 . G T 677.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.65;SB=-0.01;sumGLbyD=39.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:711,54,0 51115-ref 4 . G T 680.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.79;SB=-0.01;sumGLbyD=39.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:713,54,0 51115-ref 450 . T C 299.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9380;MQ=24.70;MQ0=0;QD=9.65;SB=-0.01;sumGLbyD=10.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:26:99:329,0,253 51201-ref 388 . A G 5364.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.6908;MQ=35.05;MQ0=0;QD=25.67;SB=-88.77;sumGLbyD=25.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,205:153:99:5363,460,0 51201-ref 502 . C G 12313.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=556;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.1805;MQ=36.73;MQ0=0;QD=22.15;SB=-24.67;sumGLbyD=19.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,336:534:99:10704,0,6494 51284-ref 4 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 51284-ref 93 . C G 105.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=69.8305;MQ=29.84;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=2.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,7:40:99:135,0,1023 51284-ref 94 . T C 53.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=69.8305;MQ=29.69;MQ0=0;QD=0.99;SB=-0.01;sumGLbyD=1.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,6:38:83.53:84,0,1010 51284-ref 165 . A C 30.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=139.2954;MQ=11.13;MQ0=0;QD=0.26;SB=37.02;sumGLbyD=0.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,5:13:60.18:60,0,278 51284-ref 175 . G A 17.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9595;MQ=24.38;MQ0=0;QD=2.17;SB=-0.01;sumGLbyD=5.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:42.29:47,0,42 51412-ref 195 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 51412-ref 239 . A G 29.86 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=14.93;SB=-0.01;sumGLbyD=31.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:61,6,0 51412-ref 746 . A T 1527.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=236;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.2988;MQ=34.17;MQ0=0;QD=6.47;SB=-0.01;sumGLbyD=6.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,126:107:99:1557,0,1233 51412-ref 812 . A G 19367.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=989;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.6368;MQ=35.77;MQ0=0;QD=19.58;SB=3.00;sumGLbyD=16.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:466,523:962:99:16469,0,13505 51412-ref 832 . C G 18624.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=607;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=74.6539;MQ=35.21;MQ0=0;QD=30.68;SB=-0.01;sumGLbyD=30.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,560:537:99:18524,1544,0 51412-ref 858 . G C 2600.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=248;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.5405;MQ=31.64;MQ0=0;QD=10.48;SB=-0.01;sumGLbyD=10.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,116:192:99:2630,0,2575 51412-ref 910 . T C 6233.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=402;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5972;MQ=23.08;MQ0=0;QD=15.51;SB=-40.35;sumGLbyD=12.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,226:400:99:4996,0,3657 51412-ref 920 . A G 4922.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=411;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8201;MQ=23.08;MQ0=0;QD=11.98;SB=-113.26;sumGLbyD=9.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,182:402:99:3706,0,4974 51412-ref 943 . C G 138.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9296;MQ=25.13;MQ0=0;QD=12.60;SB=-0.01;sumGLbyD=15.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:9:32.21:169,0,32 51460-ref 521 . A C 88.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9963;MQ=27.37;MQ0=0;QD=14.73;SB=-0.01;sumGLbyD=19.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:11.62:118,0,12 51460-ref 531 . G A 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54.60:74,0,55 51460-ref 677 . A T 5139.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9532;MQ=34.74;MQ0=0;QD=34.96;SB=-29.63;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:144:99:5139,433,0 51460-ref 678 . T A 4868.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.1047;MQ=34.68;MQ0=0;QD=34.04;SB=-29.63;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:137:99:4867,412,0 51460-ref 691 . T A 3133.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6517;MQ=34.14;MQ0=0;QD=32.98;SB=-0.01;sumGLbyD=33.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:89:99:3166,268,0 51487-ref 20 . G T 1154.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=36.71;MQ0=0;QD=32.98;SB=-0.01;sumGLbyD=33.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:33:69.68:1187,70,0 51487-ref 28 . G A 73.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9989;MQ=36.78;MQ0=0;QD=1.63;SB=-0.01;sumGLbyD=2.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,6:45:99:103,0,1361 51487-ref 32 . T C 1947.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9985;MQ=36.66;MQ0=0;QD=32.46;SB=40.00;sumGLbyD=33.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:56:98.88:1981,99,0 51487-ref 86 . A T 1437.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1603;MQ=36.54;MQ0=0;QD=13.19;SB=3.00;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,48:102:99:1468,0,1717 51487-ref 112 . G A 6274.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.1062;MQ=36.57;MQ0=0;QD=29.88;SB=-0.01;sumGLbyD=29.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,206:177:99:6174,497,0 51487-ref 129 . C G 948.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=208;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3239;MQ=36.61;MQ0=0;QD=4.56;SB=-0.01;sumGLbyD=4.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,44:194:99:978,0,5199 51487-ref 175 . T C 2959.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=97.0463;MQ=35.93;MQ0=0;QD=11.89;SB=-17.67;sumGLbyD=12.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,101:243:99:2990,0,4360 51487-ref 176 . G A 2338.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=266;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=98.1300;MQ=35.92;MQ0=0;QD=8.79;SB=9.02;sumGLbyD=8.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,85:261:99:2368,0,5828 51487-ref 226 . T C 4682.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7132;MQ=35.63;MQ0=0;QD=35.48;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:129:99:4643,385,0 51487-ref 237 . A G 2471.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6742;MQ=35.14;MQ0=0;QD=35.31;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2505,211,0 51487-ref 250 . A T 281.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.18;MQ0=0;QD=28.15;SB=-134.76;sumGLbyD=31.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.03:314,30,0 51487-ref 262 . C T 68.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.14;SB=-0.01;sumGLbyD=25.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:101,9,0 51487-ref 276 . C T 135.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.03;SB=-37.55;sumGLbyD=33.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:168,15,0 51487-ref 336 . A G 18.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9623;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.11;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.78:48,0,29 51487-ref 354 . G C 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.43;SB=7.77;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:70,0,31 51487-ref 364 . G A 103.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9970;MQ=34.47;MQ0=0;QD=10.32;SB=27.29;sumGLbyD=13.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:133,0,142 51487-ref 365 . A G 35.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9972;MQ=34.47;MQ0=0;QD=3.56;SB=15.03;sumGLbyD=6.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:9:65.60:66,0,185 51487-ref 382 . T G 547.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.93;MQ0=0;QD=34.25;SB=-221.61;sumGLbyD=36.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.12:581,48,0 51487-ref 425 . T C 52.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.70;MQ0=0;QD=3.73;SB=-12.63;sumGLbyD=5.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:82.15:82,0,332 51487-ref 439 . G A 76.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9290;MQ=34.39;MQ0=0;QD=19.23;SB=-0.01;sumGLbyD=27.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:109,9,0 51529-ref 11 . A T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0 51529-ref 12 . C A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0 51529-ref 13 . C T 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0 51529-ref 396 . C G 1241.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=26.72;MQ0=0;QD=26.98;SB=-29.63;sumGLbyD=27.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:44:99:1274,129,0 51529-ref 446 . C T 230.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.99;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=14.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:260,0,135 51600-ref 299 . T C 24.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=12.04;SB=-0.01;sumGLbyD=28.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:55,6,0 51600-ref 302 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 51600-ref 507 . G A 202.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.79;SB=-0.01;sumGLbyD=39.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0 51600-ref 523 . G A 202.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0 51600-ref 546 . G A 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0 51602-ref 166 . T A 1280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.75;MQ0=0;QD=32.02;SB=-0.01;sumGLbyD=32.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:38:99:1314,114,0 51602-ref 184 . C A 969.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.25:1003,78,0 51602-ref 315 . A G 737.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=33.53;SB=-0.01;sumGLbyD=35.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:20:60.19:771,60,0 51602-ref 372 . T A 216.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.06;SB=-30.84;sumGLbyD=27.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:8:3.59:246,0,4 51602-ref 394 . T C 202.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.50;SB=21.06;sumGLbyD=25.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:8:15.24:232,0,15 51602-ref 432 . A G 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0 51602-ref 456 . A G 200.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0 51602-ref 478 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0 51602-ref 603 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 51602-ref 613 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 51602-ref 617 . G A 23.09 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:54,6,0 51602-ref 630 . G A 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0 51688-ref 119 . T G 11.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.2871;MQ=27.95;MQ0=0;QD=0.72;SB=-0.01;sumGLbyD=2.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,2:7:41.23:41,0,91 51688-ref 120 . C T 30.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.3197;MQ=27.95;MQ0=0;QD=1.93;SB=-0.01;sumGLbyD=3.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:8:60.92:61,0,118 51688-ref 131 . A C 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=82.9549;MQ=30.22;MQ0=0;QD=2.61;SB=-0.01;sumGLbyD=5.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:2:6.01:57,6,0 51688-ref 136 . T C 240.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5365;MQ=32.22;MQ0=0;QD=26.78;SB=-0.01;sumGLbyD=30.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:8:24.06:274,24,0 51688-ref 293 . T A 589.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:623,51,0 51688-ref 331 . G A 45.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3460;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.06;SB=-0.01;sumGLbyD=3.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:17:75.36:75,0,453 51688-ref 379 . C A 416.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.85;SB=-0.01;sumGLbyD=21.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:20:99:447,0,209 51688-ref 606 . T G 747.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.78;MQ0=0;QD=16.24;SB=-26.62;sumGLbyD=16.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:777,0,676 51750-ref 101 . A G 378.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.69;MQ0=0;QD=5.74;SB=-0.01;sumGLbyD=6.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,20:59:99:409,0,1422 51750-ref 107 . G A 1475.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9353;MQ=36.70;MQ0=0;QD=22.02;SB=-0.01;sumGLbyD=22.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,45:64:99:1505,0,500 51750-ref 194 . A G 1467.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9022;MQ=36.20;MQ0=0;QD=20.97;SB=-37.00;sumGLbyD=21.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,50:66:99:1498,0,522 51750-ref 242 . A G 869.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3860;MQ=26.82;MQ0=0;QD=17.75;SB=-37.00;sumGLbyD=18.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,36:48:99:900,0,226 51750-ref 423 . C T 306.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2791;MQ=24.47;MQ0=0;QD=12.76;SB=-24.67;sumGLbyD=14.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:17:31.94:336,0,32 51798-ref 1 . G C 290.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.06;MQ0=0;QD=24.20;SB=-127.99;sumGLbyD=26.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.94:320,0,4 51798-ref 2 . A G 397.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4608;MQ=32.34;MQ0=0;QD=26.47;SB=-142.21;sumGLbyD=28.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39.08:430,39,0 51798-ref 72 . A G 21047.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=617;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.0785;MQ=33.20;MQ0=0;QD=34.11;SB=-1743.95;sumGLbyD=34.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,614:599:99:20975,1770,0 51798-ref 95 . T G 26611.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=910;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5056;MQ=26.79;MQ0=0;QD=29.24;SB=-438.47;sumGLbyD=29.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,910:885:99:26598,2660,0 51798-ref 118 . A G 24013.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=828;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=25.39;MQ0=0;QD=29.00;SB=-176.76;sumGLbyD=28.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,827:810:99:24002,2434,0 51798-ref 123 . C G 22912.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=781;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.17;MQ0=0;QD=29.34;SB=-148.12;sumGLbyD=29.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,781:774:99:22901,2326,0 51798-ref 139 . G A 16438.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=579;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=25.18;MQ0=0;QD=28.39;SB=-0.01;sumGLbyD=28.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,578:559:99:16391,1641,0 51798-ref 190 . T A 15771.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=585;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6018;MQ=25.20;MQ0=0;QD=26.96;SB=-611.38;sumGLbyD=25.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,563:556:99:15167,1150,0 51798-ref 198 . G T 23978.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=845;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.1794;MQ=27.55;MQ0=0;QD=28.38;SB=-5026.35;sumGLbyD=28.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,815:790:99:23687,2121,0 51798-ref 215 . C G 29953.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=976;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.1877;MQ=28.04;MQ0=0;QD=30.69;SB=-9567.39;sumGLbyD=30.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,975:962:99:29911,2889,0 51798-ref 239 . A G 28611.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=941;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.3088;MQ=27.99;MQ0=0;QD=30.40;SB=-8805.03;sumGLbyD=30.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,938:917:99:28569,2727,0 51798-ref 271 . C A 3822.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6100;MQ=25.06;MQ0=0;QD=27.31;SB=-467.65;sumGLbyD=26.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:133:99:3751,393,0 51800-ref 362 . G A 15.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1165;MQ=27.74;MQ0=0;QD=2.57;SB=7.75;sumGLbyD=7.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:3:25.34:45,0,25 51800-ref 413 . C T 123.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.00;MQ0=0;QD=20.61;SB=-50.17;sumGLbyD=25.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:9.62:153,0,10 51811-ref 224 . T C 255.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.2672;MQ=31.57;MQ0=0;QD=17.05;SB=-50.94;sumGLbyD=19.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:68.61:286,0,69 51811-ref 226 . C G 41.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.7688;MQ=30.36;MQ0=0;QD=1.67;SB=2.29;sumGLbyD=2.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:23:71.75:72,0,417 51832-ref 74 . C T 31.25 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.74;MQ0=0;QD=15.62;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:62,6,0 51846-ref 27 . C T 66.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3914;MQ=30.30;MQ0=0;QD=2.79;SB=3.00;sumGLbyD=4.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:21:96.91:97,0,458 51846-ref 39 . A G 714.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.1976;MQ=28.84;MQ0=0;QD=11.16;SB=-24.67;sumGLbyD=11.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:64:99:744,0,830 51846-ref 286 . T C 366.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.75;MQ0=0;QD=28.19;SB=-0.01;sumGLbyD=30.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:14.41:399,14,0 51846-ref 287 . T G 359.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.54;MQ0=0;QD=29.95;SB=-0.01;sumGLbyD=32.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.09:392,33,0 51846-ref 288 . T C 382.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.54;MQ0=0;QD=31.89;SB=-0.01;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:416,36,0 51846-ref 337 . A C 41.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=4.15;SB=-0.01;sumGLbyD=7.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:71.54:72,0,236 51846-ref 346 . G A 49.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9164;MQ=36.15;MQ0=0;QD=4.13;SB=34.06;sumGLbyD=6.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:79.58:80,0,297 51846-ref 348 . T G 21.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=36.32;MQ0=0;QD=1.46;SB=28.02;sumGLbyD=3.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:10:51.81:52,0,224 51846-ref 358 . T G 14.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3116;MQ=36.32;MQ0=0;QD=0.45;SB=12.03;sumGLbyD=1.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,3:26:44.09:44,0,755 51846-ref 359 . T G 44.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3118;MQ=36.64;MQ0=0;QD=1.39;SB=12.03;sumGLbyD=2.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,4:28:74.38:74,0,829 51846-ref 442 . A G 666.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9378;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.68;SB=-0.01;sumGLbyD=25.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,20:26:99:696,0,161 51846-ref 498 . T A 74.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=1.4161;MQ=36.32;MQ0=0;QD=4.97;SB=-0.01;sumGLbyD=6.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:104,0,345 51846-ref 524 . A G 457.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=28.57;SB=-0.01;sumGLbyD=30.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,14:16:31.86:487,0,32 51846-ref 584 . T C 928.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.09;SB=-0.01;sumGLbyD=25.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,32:31:66.73:958,0,67 51846-ref 679 . G T 737.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5398;MQ=36.19;MQ0=0;QD=29.50;SB=-0.01;sumGLbyD=30.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:30.63:770,31,0 51943-ref 121 . C T 104.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9055;MQ=27.03;MQ0=0;QD=4.00;SB=9.01;sumGLbyD=5.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:19:99:134,0,330 51943-ref 143 . G T 101.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8481;MQ=27.16;MQ0=0;QD=6.79;SB=-40.30;sumGLbyD=8.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:14:99:132,0,156 52007-ref 44 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 52007-ref 78 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 52007-ref 95 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 52007-ref 256 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 52007-ref 260 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=33.00;MQ0=0;QD=3.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,1:1:1.76:40,3,0 52035-ref 17 . G A 528.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.45;MQ0=0;QD=13.56;SB=-26.62;sumGLbyD=14.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:39:99:559,0,680 52035-ref 36 . A C 2840.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4674;MQ=36.42;MQ0=0;QD=22.72;SB=-49.39;sumGLbyD=22.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,84:125:99:2870,0,1135 52035-ref 84 . A T 1344.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.1334;MQ=34.94;MQ0=0;QD=6.79;SB=-175.38;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,53:196:99:1374,0,4369 52035-ref 122 . G C 2663.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.9538;MQ=33.76;MQ0=0;QD=15.85;SB=-386.60;sumGLbyD=16.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,103:161:99:2694,0,1821 52035-ref 131 . T C 2816 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0890;MQ=33.43;MQ0=0;QD=16.47;SB=-414.11;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,101:169:99:2846,0,1933 52035-ref 171 . A G 5550.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6613;MQ=34.31;MQ0=0;QD=21.68;SB=-2326.27;sumGLbyD=18.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,159:254:99:4785,0,2889 52035-ref 179 . G A 5201.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6387;MQ=34.75;MQ0=0;QD=21.23;SB=-2050.82;sumGLbyD=18.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,146:242:99:4419,0,2933 52035-ref 260 . A G 715.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9118;MQ=36.15;MQ0=0;QD=18.33;SB=-353.81;sumGLbyD=19.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:745,0,451 52035-ref 321 . A C 42.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=10.73;SB=-14.92;sumGLbyD=18.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.99:73,0,28 52035-ref 324 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=7.00;SB=-0.01;sumGLbyD=15.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6.01:59,6,0 52035-ref 415 . C G 85.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9300;MQ=36.27;MQ0=0;QD=6.07;SB=-0.01;sumGLbyD=8.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:115,0,341 52035-ref 432 . G A 1256.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=40.9747;MQ=35.37;MQ0=0;QD=11.53;SB=-23.62;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,45:108:99:1286,0,2103 52035-ref 433 . G A 735.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.9747;MQ=35.23;MQ0=0;QD=6.57;SB=6.00;sumGLbyD=6.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,29:110:99:765,0,2687 52035-ref 488 . T C 176.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9993;MQ=33.72;MQ0=0;QD=3.60;SB=-0.01;sumGLbyD=4.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,10:46:99:207,0,1015 52035-ref 494 . A G 20.14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9981;MQ=33.70;MQ0=0;QD=0.53;SB=-0.01;sumGLbyD=1.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,5:37:50.09:50,0,1004 52035-ref 504 . C A 129.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9990;MQ=31.83;MQ0=0;QD=11.76;SB=-0.01;sumGLbyD=14.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:8:40.85:159,0,41 52035-ref 505 . T A 144.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.66;MQ0=0;QD=28.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:177,15,0 52194-ref 69 . C G 870.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4440;MQ=36.40;MQ0=0;QD=24.18;SB=-182.78;sumGLbyD=25.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,28:32:99:900,0,102 52194-ref 108 . G T 13.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=14;HaplotypeScore=0.9987;MQ=34.24;MQ0=0;QD=0.39;SB=36.07;sumGLbyD=1.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,4:34:43.69:44,0,929 52194-ref 125 . G T 558.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.88;SB=-269.22;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.14:592,48,0 52194-ref 132 . A G 392.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.66;SB=-196.19;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:425,33,0 52497-ref 25 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 52497-ref 179 . T G 32.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.11;SB=-0.01;sumGLbyD=16.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:2:6:64,6,0 52497-ref 305 . C G 76.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=7.68;SB=-0.01;sumGLbyD=10.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:107,0,203 52497-ref 338 . C T 52.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=5.26;SB=-0.01;sumGLbyD=8.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:9:82.56:83,0,194 52497-ref 355 . A G 14.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8937;MQ=36.07;MQ0=0;QD=1.36;SB=-0.01;sumGLbyD=4.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:44.80:45,0,294 52497-ref 384 . C A 18.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9661;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.86;SB=-0.01;sumGLbyD=4.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:48.49:48,0,279 52497-ref 547 . A G 401.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.32;SB=-0.01;sumGLbyD=23.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:432,0,116 52497-ref 565 . G T 69.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.08;SB=-0.01;sumGLbyD=5.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:16:99:99,0,408 52497-ref 611 . T C 253.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.54;SB=-0.01;sumGLbyD=12.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:284,0,370 52497-ref 628 . C T 269.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.46;SB=-0.01;sumGLbyD=14.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:19:99:299,0,317 52639-ref 1 . G T 31.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.71;SB=-0.01;sumGLbyD=31.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:63,6,0 52639-ref 54 . G A 960.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9326;MQ=31.20;MQ0=0;QD=30.00;SB=-29.63;sumGLbyD=31.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:58.42:993,58,0 52639-ref 86 . A C 734.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7284;MQ=27.73;MQ0=0;QD=23.69;SB=-0.01;sumGLbyD=24.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:30:10.17:766,10,0 52639-ref 88 . G T 686.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7284;MQ=27.37;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=23.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:29:8.58:718,9,0 52639-ref 89 . T A 655.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7284;MQ=26.97;MQ0=0;QD=22.61;SB=-0.01;sumGLbyD=23.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:28:4.15:686,4,0 52639-ref 110 . G A 1232.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5664;MQ=33.79;MQ0=0;QD=30.07;SB=-0.01;sumGLbyD=30.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:39:77.26:1266,77,0 52639-ref 471 . A T 41.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=16;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.67;SB=7.75;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:71,0,21 52639-ref 530 . A G 149.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:182,15,0 52639-ref 586 . A G 24.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.48;SB=-0.01;sumGLbyD=28.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:56,6,0 52652-ref 20 . G A 4103.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.7611;MQ=36.69;MQ0=0;QD=14.35;SB=-0.01;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,116:260:99:3320,0,5100 52652-ref 94 . A G 8222.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=609;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.9816;MQ=35.44;MQ0=0;QD=13.50;SB=-392.33;sumGLbyD=10.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:366,242:582:99:6467,0,11105 52652-ref 101 . G T 7026.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=542;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.2076;MQ=35.27;MQ0=0;QD=12.96;SB=-389.21;sumGLbyD=10.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:329,213:512:99:5483,0,9853 52652-ref 114 . G C 13364.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=384;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.2994;MQ=34.70;MQ0=0;QD=34.80;SB=-436.20;sumGLbyD=34.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,376:374:99:13199,962,0 52652-ref 245 . T C 27.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=33.00;MQ0=0;QD=9.32;SB=-0.01;sumGLbyD=19.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:58,0,31 52652-ref 420 . C T 36.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.08;SB=-0.01;sumGLbyD=22.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:66,0,30 52652-ref 524 . A G 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0 52652-ref 540 . A T 114.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0 52656-ref 26 . G A 50.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4682;MQ=35.28;MQ0=0;QD=4.20;SB=-0.01;sumGLbyD=6.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:10:80.43:80,0,202 52656-ref 44 . G A 107.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.80;MQ0=0;QD=6.33;SB=-0.01;sumGLbyD=8.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:14:99:138,0,301 52656-ref 60 . A C 770.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.19;MQ0=0;QD=30.81;SB=-0.01;sumGLbyD=32.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:22:66.19:803,66,0 52656-ref 80 . C T 85.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.56;MQ0=0;QD=3.71;SB=-0.01;sumGLbyD=5.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:21:99:115,0,510 52656-ref 148 . A T 559.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:593,48,0 52656-ref 155 . A G 532.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=35.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:566,45,0 52656-ref 176 . C T 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 52656-ref 189 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 52751-ref 8 . G T 23.09 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:54,6,0 52751-ref 37 . A G 403.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:436,36,0 52751-ref 53 . A G 707.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=35.37;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.17:740,60,0 52751-ref 93 . C T 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 52751-ref 94 . A G 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0 52751-ref 101 . A T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 52751-ref 118 . C T 27.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2843;MQ=32.41;MQ0=0;QD=3.98;SB=-0.01;sumGLbyD=8.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:3:27.95:58,0,28 52751-ref 153 . T C 1053.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.91;SB=-29.63;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:29:87.26:1086,87,0 52751-ref 173 . G A 1256.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=36.96;SB=-29.63;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1290,102,0 52751-ref 216 . G A 748.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9663;MQ=36.60;MQ0=0;QD=29.96;SB=-0.01;sumGLbyD=31.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,23:25:4.10:778,0,4 52751-ref 240 . A G 650.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=30.96;SB=-0.01;sumGLbyD=32.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:19:57.16:683,57,0 52751-ref 255 . G A 627.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.25;MQ0=0;QD=33.01;SB=-0.01;sumGLbyD=34.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.16:660,54,0 52751-ref 304 . A C 1086.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.24;MQ0=0;QD=31.95;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:31:93.25:1119,93,0 52751-ref 315 . C T 1061.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.96;MQ0=0;QD=34.24;SB=-29.63;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.26:1094,90,0 52751-ref 345 . C T 1245.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=35.72;MQ0=0;QD=31.14;SB=-0.01;sumGLbyD=31.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:35:99:1278,102,0 52751-ref 388 . A G 4591.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.64;MQ0=0;QD=34.79;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:128:99:4555,349,0 52751-ref 393 . G A 4745.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=34.61;MQ0=0;QD=35.15;SB=-0.01;sumGLbyD=34.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:131:99:4704,354,0 52751-ref 423 . C T 3486.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=33.91;MQ0=0;QD=34.19;SB=-0.01;sumGLbyD=34.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:100:99:3486,301,0 52751-ref 452 . G T 1213.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6639;MQ=30.49;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=28.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:41:83.95:1247,84,0 52751-ref 472 . C T 550.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=22.95;SB=-0.01;sumGLbyD=24.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:22:26.12:584,26,0 52751-ref 478 . G T 513.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.70;MQ0=0;QD=24.46;SB=-0.01;sumGLbyD=26.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:23.11:547,23,0 52751-ref 487 . G A 284.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.12;MQ0=0;QD=21.92;SB=-0.01;sumGLbyD=24.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:0.93:313,0,1 52751-ref 498 . C T 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=9.37;SB=-26.63;sumGLbyD=15.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:27.98:77,0,28 52751-ref 513 . A T 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0 52751-ref 541 . C G 1315.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.93;MQ0=0;QD=27.99;SB=-28.65;sumGLbyD=28.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1348,138,0 52751-ref 544 . G A 1273.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.19;MQ0=0;QD=25.99;SB=-58.28;sumGLbyD=26.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:44:99:1306,132,0 52751-ref 575 . C G 4247.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.37;MQ0=0;QD=28.70;SB=-29.63;sumGLbyD=28.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:142:99:4246,427,0 52751-ref 578 . A G 4260.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.29;MQ0=0;QD=29.18;SB=-29.63;sumGLbyD=29.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:144:99:4259,433,0 52751-ref 592 . A G 4433.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=186;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=26.25;MQ0=0;QD=23.84;SB=-76.85;sumGLbyD=20.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,156:178:99:3896,0,370 52751-ref 600 . T A 5980.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1100;MQ=29.07;MQ0=0;QD=28.08;SB=-88.87;sumGLbyD=27.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,209:192:99:5909,545,0 52751-ref 632 . T C 14332.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=415;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8050;MQ=35.19;MQ0=0;QD=34.54;SB=-0.01;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,415:397:99:14330,1194,0 52751-ref 645 . C T 14841.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=405;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9717;MQ=35.38;MQ0=0;QD=36.65;SB=-75.56;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,405:397:99:14840,1194,0 52792-ref 561 . T C 5179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7450;MQ=35.23;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:146:99:5155,436,0 52792-ref 569 . A T 5121.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4258;MQ=31.65;MQ0=0;QD=31.04;SB=-0.01;sumGLbyD=31.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:150:99:5120,451,0 52792-ref 593 . G T 3316.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=28.14;MQ0=0;QD=30.99;SB=-0.01;sumGLbyD=30.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:105:99:3315,316,0 52792-ref 610 . A C 2518.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=26.12;MQ0=0;QD=27.68;SB=-29.63;sumGLbyD=28.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:85:99:2552,255,0 52792-ref 623 . A T 2056.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=26.44;MQ0=0;QD=27.42;SB=-58.27;sumGLbyD=27.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:72:99:2089,182,0 52792-ref 642 . G A 4575.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.23;MQ0=0;QD=34.66;SB=-26.68;sumGLbyD=34.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:129:99:4575,388,0 52792-ref 643 . G T 4636.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.34;MQ0=0;QD=34.86;SB=-36.14;sumGLbyD=34.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:130:99:4636,391,0 52792-ref 669 . A G 7395.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5841;MQ=35.55;MQ0=0;QD=33.77;SB=-77.90;sumGLbyD=33.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,217:200:99:7373,599,0 52792-ref 732 . T G 8598.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2470;MQ=34.86;MQ0=0;QD=33.20;SB=-29.63;sumGLbyD=33.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,257:245:99:8597,737,0 52792-ref 750 . A G 5325.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4268;MQ=33.28;MQ0=0;QD=31.15;SB=-74.55;sumGLbyD=28.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,158:165:99:4922,127,0 52792-ref 758 . T C 3787.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=32.23;MQ0=0;QD=30.54;SB=-127.45;sumGLbyD=27.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,113:121:38.05:3461,38,0 52801-ref 93 . T C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=7.77;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31 52801-ref 107 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 52801-ref 283 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 52801-ref 411 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 52801-ref 611 . C A 34.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0 52801-ref 632 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 52801-ref 641 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 52801-ref 684 . C T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.78;SB=-0.01;sumGLbyD=26.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:79,6,0 52861-ref 297 . C A 5535.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=429;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.0435;MQ=23.22;MQ0=0;QD=12.90;SB=-0.01;sumGLbyD=10.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,227:384:99:4373,0,3859 52881-ref 25 . T C 578.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=27.12;MQ0=0;QD=16.54;SB=-0.01;sumGLbyD=17.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,27:28:62.04:609,0,62 52881-ref 37 . T C 2482.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.57;MQ0=0;QD=32.66;SB=-0.01;sumGLbyD=33.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:75:99:2515,225,0 52881-ref 57 . A T 4400.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6647;MQ=28.62;MQ0=0;QD=30.14;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:141:99:4399,424,0 52881-ref 515 . T C 22.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.8844;MQ=30.89;MQ0=0;QD=0.92;SB=27.08;sumGLbyD=2.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,3:20:52.89:53,0,539 52965-ref 2 . 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C A 2699.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=19.6308;MQ=36.34;MQ0=0;QD=25.23;SB=-29.63;sumGLbyD=25.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:84:99:2733,180,0 53021-ref 305 . C T 2809.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6692;MQ=36.53;MQ0=0;QD=32.29;SB=-0.01;sumGLbyD=32.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:85:99:2842,119,0 53021-ref 326 . C G 2744.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.0881;MQ=36.77;MQ0=0;QD=31.55;SB=-0.01;sumGLbyD=31.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:76:99:2778,191,0 53328-ref 21 . T C 1172.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.2026;MQ=35.56;MQ0=0;QD=7.15;SB=15.01;sumGLbyD=7.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,50:157:99:1202,0,3687 53328-ref 31 . T G 2057.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3123;MQ=34.41;MQ0=0;QD=7.88;SB=-8.57;sumGLbyD=8.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,85:249:99:2088,0,5244 53328-ref 41 . G T 13618.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=407;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9541;MQ=34.07;MQ0=0;QD=33.46;SB=-213.62;sumGLbyD=33.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,407:395:99:13614,1188,0 53328-ref 71 . C A 5837.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=368;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.5293;MQ=32.94;MQ0=0;QD=15.86;SB=-48.28;sumGLbyD=12.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,194:353:99:4772,0,4923 53328-ref 84 . C A 2606.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.4340;MQ=32.39;MQ0=0;QD=10.47;SB=-0.01;sumGLbyD=10.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,115:228:99:2636,0,3425 53328-ref 107 . G A 491.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4671;MQ=35.32;MQ0=0;QD=24.57;SB=-0.01;sumGLbyD=26.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:51.08:524,51,0 53328-ref 111 . C G 344.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=34.16;MQ0=0;QD=28.72;SB=-0.01;sumGLbyD=31.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.06:378,36,0 53329-ref 1 . C T 1055.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6463;MQ=33.69;MQ0=0;QD=15.53;SB=-74.93;sumGLbyD=15.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,41:58:99:1086,0,554 53329-ref 3 . G C 1854.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=59.7138;MQ=30.28;MQ0=0;QD=15.99;SB=-48.31;sumGLbyD=16.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,76:90:89.85:1885,0,90 53329-ref 79 . C A 69.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6130;MQ=20.96;MQ0=0;QD=0.94;SB=-0.01;sumGLbyD=1.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,13:74:99:99,0,1305 53349-ref 129 . G A 1267.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:36:70.54:1301,71,0 53349-ref 148 . G T 1456.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8379;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.68;SB=-0.01;sumGLbyD=19.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:71:99:1487,0,806 53388-ref 126 . G T 66.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.54;SB=-0.01;sumGLbyD=24.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:96,0,27 53388-ref 139 . C T 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0 53388-ref 355 . G A 21.15 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.57;SB=-0.01;sumGLbyD=26.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:52,6,0 53388-ref 362 . C T 45.05 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0 53388-ref 377 . G A 37.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.72;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0 53414-ref 5 . C A 13.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.4795;MQ=36.28;MQ0=0;QD=0.09;SB=12.02;sumGLbyD=0.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,16:128:43.46:43,0,4081 53414-ref 20 . G C 26965.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=887;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=72.8879;MQ=35.97;MQ0=0;QD=30.40;SB=-506.05;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,758:842:99:24428,0,2094 53414-ref 42 . T C 31504.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=102.0844;MQ=33.64;MQ0=0;QD=31.50;SB=-207.05;sumGLbyD=28.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,919:962:99:28832,303,0 53414-ref 142 . A G 11125.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=961;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=133.1854;MQ=32.04;MQ0=0;QD=11.58;SB=39.08;sumGLbyD=8.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:574,381:886:99:8264,0,16330 53414-ref 199 . G C 31734.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=998;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=68.6281;MQ=36.57;MQ0=0;QD=31.80;SB=-0.01;sumGLbyD=31.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,973:873:99:31604,2577,0 53414-ref 354 . G A 17886.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=597;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.2100;MQ=31.84;MQ0=0;QD=29.96;SB=-0.01;sumGLbyD=29.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,588:550:99:17791,1565,0 53414-ref 385 . G C 13372.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=416;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3454;MQ=29.40;MQ0=0;QD=32.15;SB=-91.75;sumGLbyD=32.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,415:413:99:13368,1242,0 53414-ref 386 . A C 13054.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=407;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3454;MQ=29.28;MQ0=0;QD=32.08;SB=-59.25;sumGLbyD=31.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,404:404:99:12987,1188,0 53414-ref 388 . A G 6907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=25.06;MQ0=0;QD=28.78;SB=-0.01;sumGLbyD=27.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,233:240:99:6697,514,0 53414-ref 389 . C G 91.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=10.12;SB=-0.01;sumGLbyD=13.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:89.48:121,0,89 53414-ref 392 . G A 1905.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.22;MQ0=0;QD=28.02;SB=-935.06;sumGLbyD=28.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1938,198,0 53414-ref 395 . A C 4997.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.11;MQ0=0;QD=32.88;SB=-1394.46;sumGLbyD=32.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:149:99:4996,448,0 53414-ref 423 . C T 32569.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=958;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6899;MQ=35.69;MQ0=0;QD=34.00;SB=-8417.73;sumGLbyD=33.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,956:890:99:32564,2677,0 53414-ref 437 . G C 33702.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.9717;MQ=35.60;MQ0=0;QD=33.70;SB=-7701.11;sumGLbyD=33.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,996:925:99:33697,2783,0 53414-ref 493 . T C 28207.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=975;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.6477;MQ=30.58;MQ0=0;QD=28.93;SB=-8628.82;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,962:882:99:28004,2464,0 53414-ref 498 . C T 28798.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=147.8028;MQ=29.90;MQ0=0;QD=28.80;SB=-8613.62;sumGLbyD=27.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,957:925:99:27820,2290,0 53414-ref 587 . G A 506.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=74.4935;MQ=20.42;MQ0=0;QD=0.51;SB=3.00;sumGLbyD=0.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:865,129:785:99:537,0,14144 53414-ref 617 . T C 1235.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.9276;MQ=25.50;MQ0=0;QD=1.24;SB=-0.01;sumGLbyD=1.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:846,153:915:99:1265,0,18046 53414-ref 662 . C T 7187.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.5760;MQ=35.74;MQ0=0;QD=23.19;SB=-18.69;sumGLbyD=20.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,196:303:99:6275,0,3208 53414-ref 664 . G T 7147.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=308;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.1135;MQ=35.82;MQ0=0;QD=23.21;SB=-24.67;sumGLbyD=20.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,194:301:99:6213,0,3192 53414-ref 687 . A C 192.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7920;MQ=35.26;MQ0=0;QD=2.16;SB=-0.01;sumGLbyD=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,15:89:99:222,0,2567 53414-ref 703 . T C 17.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.9315;MQ=34.01;MQ0=0;QD=1.22;SB=-0.01;sumGLbyD=3.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:12:46.92:47,0,284 53414-ref 706 . C A 40.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9884;MQ=32.41;MQ0=0;QD=5.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:70.83:71,0,88 53414-ref 707 . T A 17.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9873;MQ=32.41;MQ0=0;QD=2.48;SB=-0.01;sumGLbyD=6.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:6:47.24:47,0,48 53414-ref 708 . T A 40.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9940;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.81;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.83:71,0,79 53439-ref 95 . G A 1000.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9779;MQ=36.00;MQ0=0;QD=15.63;SB=-385.58;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:63:99:1031,0,939 53439-ref 1055 . T C 510.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9380;MQ=25.14;MQ0=0;QD=5.15;SB=-0.01;sumGLbyD=5.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,28:98:99:540,0,1694 53460-ref 309 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 53460-ref 442 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 53460-ref 492 . A T 74.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=14.82;SB=-0.01;sumGLbyD=20.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23.55:104,0,24 53460-ref 526 . A C 44.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=41.5012;MQ=28.08;MQ0=0;QD=2.00;SB=12.01;sumGLbyD=3.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:15:74.04:74,0,277 53460-ref 635 . A T 83.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.84;SB=-37.79;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0 53460-ref 648 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-38.76;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 53472-ref 118 . G C 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0 53472-ref 125 . G A 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0 53472-ref 175 . T C 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:77,0,28 53472-ref 187 . A T 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:77,0,28 53472-ref 191 . G A 42.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.00;MQ0=0;QD=8.58;SB=-0.01;sumGLbyD=14.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49.67:73,0,50 53472-ref 203 . A G 40.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.96;MQ0=0;QD=6.81;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.85:71,0,71 53472-ref 230 . A G 32.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.00;MQ0=0;QD=8.06;SB=-0.01;sumGLbyD=15.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:11.70:62,0,12 53491-ref 236 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 53595-ref 309 . G C 75.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4630;MQ=36.03;MQ0=0;QD=3.58;SB=3.00;sumGLbyD=5.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:18:99:105,0,420 53595-ref 341 . T A 50.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.9986;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.86;SB=3.00;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:80.20:80,0,350 53595-ref 344 . A C 13.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.12;SB=3.00;sumGLbyD=3.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:43.22:43,0,343 53595-ref 704 . A C 58.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.29;MQ0=0;QD=3.07;SB=-0.01;sumGLbyD=4.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:17:88.25:88,0,301 53595-ref 718 . G A 107.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=19.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.96:137,0,59 53595-ref 729 . A G 40.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.80;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.82:71,0,102 53595-ref 740 . G A 41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:25.32:71,0,25 53595-ref 756 . A C 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:55.53:68,0,56 53595-ref 810 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 53595-ref 828 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 53595-ref 882 . T C 53.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=10.65;SB=-27.59;sumGLbyD=16.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:27.98:83,0,28 53595-ref 883 . G C 56.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=11.25;SB=-0.01;sumGLbyD=17.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:27.98:86,0,28 53595-ref 887 . T C 96.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=19.32;SB=-35.58;sumGLbyD=25.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.09:127,0,21 53603-ref 200 . T C 2371.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=35.76;MQ0=0;QD=32.04;SB=-0.01;sumGLbyD=32.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:69:99:2404,207,0 53603-ref 214 . A G 1572.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6654;MQ=35.18;MQ0=0;QD=30.84;SB=-0.01;sumGLbyD=31.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:45:99:1606,135,0 53603-ref 256 . C T 816.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.32;MQ0=0;QD=31.41;SB=-0.01;sumGLbyD=32.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:23:69.20:850,69,0 53603-ref 564 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 53603-ref 565 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 53628-ref 23 . G A 120.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.52;SB=-0.01;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:14:99:150,0,266 53628-ref 99 . A G 5882.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6504;MQ=36.33;MQ0=0;QD=34.81;SB=-0.01;sumGLbyD=34.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:160:99:5882,481,0 53628-ref 118 . A G 2529.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9722;MQ=36.16;MQ0=0;QD=13.38;SB=2.99;sumGLbyD=13.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,85:175:99:2560,0,2822 53628-ref 169 . G C 282.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3407;MQ=31.92;MQ0=0;QD=7.06;SB=-0.01;sumGLbyD=7.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:35:99:313,0,710 53628-ref 206 . G A 620.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8768;MQ=23.23;MQ0=0;QD=10.01;SB=-0.01;sumGLbyD=10.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:54:99:651,0,528 53628-ref 231 . G A 826.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9329;MQ=24.03;MQ0=0;QD=9.72;SB=-0.01;sumGLbyD=10.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:81:99:857,0,924 53628-ref 253 . T C 499.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1494;MQ=25.34;MQ0=0;QD=5.81;SB=-0.01;sumGLbyD=6.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,27:76:99:530,0,1179 53628-ref 294 . A G 569.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.13;MQ0=0;QD=16.74;SB=-0.01;sumGLbyD=17.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:34:99:599,0,206 53638-ref 124 . C G 2936.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=266;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4478;MQ=35.14;MQ0=0;QD=11.04;SB=-88.81;sumGLbyD=11.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,112:233:99:2967,0,4009 53638-ref 142 . C G 4243.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.2662;MQ=35.01;MQ0=0;QD=13.65;SB=-186.32;sumGLbyD=10.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,131:284:99:3352,0,5195 53638-ref 144 . A G 2707.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.3280;MQ=35.33;MQ0=0;QD=9.18;SB=-156.70;sumGLbyD=9.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,115:274:99:2737,0,5638 53638-ref 186 . T C 4203.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.5578;MQ=36.08;MQ0=0;QD=16.23;SB=-20.60;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,125:237:99:3456,0,3801 53638-ref 231 . C T 10040.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=560;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.4446;MQ=35.40;MQ0=0;QD=17.93;SB=-23.61;sumGLbyD=14.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:275,285:552:99:8377,0,8748 53638-ref 233 . C G 9989.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=570;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.8596;MQ=35.41;MQ0=0;QD=17.53;SB=-23.62;sumGLbyD=14.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,289:556:99:8314,0,8835 53638-ref 282 . G T 11202.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=993;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=58.8797;MQ=34.48;MQ0=0;QD=11.28;SB=6.00;sumGLbyD=8.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:607,381:904:99:8477,0,18324 53638-ref 292 . G T 9873 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.8818;MQ=34.60;MQ0=0;QD=9.87;SB=-32.57;sumGLbyD=7.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:572,424:765:99:7564,0,13501 53638-ref 325 . G C 11648.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=813;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.5331;MQ=34.73;MQ0=0;QD=14.33;SB=9.02;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:447,362:755:99:9309,0,13051 53638-ref 326 . G A 11721.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=798;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.9539;MQ=34.71;MQ0=0;QD=14.69;SB=9.00;sumGLbyD=11.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:436,359:739:99:9493,0,12428 53638-ref 417 . A G 4140.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.0640;MQ=36.66;MQ0=0;QD=17.18;SB=-63.62;sumGLbyD=14.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,109:239:99:3397,0,4072 53638-ref 423 . G T 866.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0983;MQ=36.59;MQ0=0;QD=7.10;SB=-0.01;sumGLbyD=7.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,37:108:99:897,0,2147 53638-ref 432 . T C 1489.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3112;MQ=36.52;MQ0=0;QD=23.64;SB=-0.01;sumGLbyD=24.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,49:61:99:1519,0,283 53650-ref 7 . A T 32.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.34;MQ0=0;QD=8.02;SB=-0.01;sumGLbyD=15.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.80:62,0,26 53650-ref 111 . T C 137.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.8420;MQ=27.19;MQ0=0;QD=10.57;SB=-23.62;sumGLbyD=12.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:13:99:167,0,117 53650-ref 112 . G C 15931.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=544;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.2656;MQ=25.11;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=28.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,537:544:99:15709,1447,0 53650-ref 115 . G C 26193.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=107.4312;MQ=23.89;MQ0=0;QD=26.19;SB=-3752.04;sumGLbyD=25.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,962:944:99:25448,2423,0 53650-ref 116 . G T 22574.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=192.1609;MQ=24.62;MQ0=0;QD=22.57;SB=-3296.70;sumGLbyD=20.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:104,818:840:99:20123,1323,0 53650-ref 124 . T C 692.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.0835;MQ=21.26;MQ0=0;QD=0.69;SB=-25.52;sumGLbyD=0.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:947,50:248:99:722,0,5757 53650-ref 146 . T C 21655.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=78.4485;MQ=25.16;MQ0=0;QD=21.66;SB=-4013.92;sumGLbyD=18.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:254,740:871:99:18919,0,1998 53650-ref 152 . T G 15045.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=427.2205;MQ=29.03;MQ0=0;QD=15.05;SB=710.30;sumGLbyD=7.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:482,335:958:99:7529,0,13549 53650-ref 155 . T A 20177.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=413.0702;MQ=28.47;MQ0=0;QD=20.18;SB=39.46;sumGLbyD=10.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:326,466:962:99:10801,0,8146 53650-ref 158 . A G 13084.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.8931;MQ=25.56;MQ0=0;QD=13.08;SB=-38.07;sumGLbyD=9.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:557,428:990:99:9721,0,13345 53650-ref 176 . G A 25827.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=133.0989;MQ=24.29;MQ0=0;QD=25.83;SB=-8117.36;sumGLbyD=21.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:93,828:969:99:21490,576,0 53650-ref 227 . G A 11107.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=685;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9779;MQ=26.91;MQ0=0;QD=16.22;SB=-767.79;sumGLbyD=13.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:256,426:629:99:9170,0,6047 53650-ref 243 . C A 8114.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=676;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.1643;MQ=28.18;MQ0=0;QD=12.00;SB=-349.38;sumGLbyD=9.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:382,293:650:99:6150,0,10066 53650-ref 245 . C G 7345.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=642;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.3604;MQ=28.60;MQ0=0;QD=11.44;SB=-32.51;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:386,256:629:99:5446,0,10511 53650-ref 248 . C T 2800.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=583;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.7810;MQ=29.23;MQ0=0;QD=4.80;SB=12.71;sumGLbyD=4.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:417,164:556:99:2830,0,11379 53650-ref 271 . A C 888.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=827;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=489.1464;MQ=30.88;MQ0=0;QD=1.07;SB=573.09;sumGLbyD=1.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:701,119:682:99:919,0,17423 53650-ref 272 . C T 2385.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=827;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=480.6533;MQ=30.88;MQ0=0;QD=2.88;SB=-127.44;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:676,143:728:99:2415,0,17051 53650-ref 275 . A G 212.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=782;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=455.4631;MQ=31.25;MQ0=0;QD=0.27;SB=450.99;sumGLbyD=0.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:702,78:704:99:243,0,18781 53650-ref 288 . G A 160.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=510;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.3579;MQ=32.03;MQ0=0;QD=0.31;SB=674.03;sumGLbyD=0.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:457,53:485:99:190,0,13018 53703-ref 6 . C G 567.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=30.49;MQ0=0;QD=25.78;SB=-67.76;sumGLbyD=27.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:20:60.08:600,60,0 53703-ref 49 . A G 895.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2117;MQ=28.96;MQ0=0;QD=6.94;SB=-0.01;sumGLbyD=7.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,44:126:99:925,0,2236 53703-ref 58 . C A 3676.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=6.0870;MQ=28.71;MQ0=0;QD=28.95;SB=29.62;sumGLbyD=28.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,125:119:99:3646,328,0 53703-ref 62 . C A 3933.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2203;MQ=28.61;MQ0=0;QD=30.97;SB=-0.01;sumGLbyD=30.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3902,376,0 53703-ref 77 . C T 2351.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.56;MQ0=0;QD=25.01;SB=-0.01;sumGLbyD=25.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:83:99:2384,180,0 53703-ref 87 . C A 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=0;QD=28.18;SB=-59.25;sumGLbyD=28.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:76:99:2316,228,0 53703-ref 110 . C G 1854.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=27.98;MQ0=0;QD=28.10;SB=-163.44;sumGLbyD=28.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:64:99:1888,163,0 53703-ref 122 . C G 2832.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=27.65;MQ0=0;QD=29.50;SB=-311.63;sumGLbyD=29.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:93:99:2865,280,0 53703-ref 123 . A G 1792.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=27.65;MQ0=0;QD=18.67;SB=-82.42;sumGLbyD=18.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,72:94:99:1822,0,512 53703-ref 168 . C A 190.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=27.20;SB=-69.44;sumGLbyD=31.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:223,21,0 53703-ref 172 . C A 73.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=14.69;SB=12.52;sumGLbyD=20.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:103,0,25 53703-ref 180 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 53871-ref 219 . C T 11.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9960;MQ=21.81;MQ0=0;QD=1.28;SB=6.00;sumGLbyD=4.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:6:41.22:41,0,97 53871-ref 438 . G T 16066.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=662;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.5524;MQ=23.01;MQ0=0;QD=24.27;SB=-0.01;sumGLbyD=24.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,650:584:99:16027,1727,0 53871-ref 518 . A C 4536.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.6490;MQ=23.38;MQ0=0;QD=27.66;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:163:99:4533,489,0 53923-ref 96 . G T 374.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=24.76;MQ0=0;QD=18.75;SB=-27.67;sumGLbyD=20.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:15:45.02:408,45,0 53923-ref 155 . G T 16.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.44;MQ0=0;QD=5.47;SB=7.76;sumGLbyD=15.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.99:46,0,31 53923-ref 164 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 53923-ref 224 . G A 2900.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.7475;MQ=30.01;MQ0=0;QD=30.53;SB=-67.68;sumGLbyD=30.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:92:99:2933,276,0 53923-ref 235 . T C 3095.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.5368;MQ=30.63;MQ0=0;QD=31.91;SB=-104.34;sumGLbyD=32.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:96:99:3129,289,0 53923-ref 254 . A G 980.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4064;MQ=34.64;MQ0=0;QD=13.07;SB=-26.25;sumGLbyD=13.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:69:99:1011,0,975 53923-ref 329 . G A 11.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9135;MQ=32.44;MQ0=0;QD=1.14;SB=-0.01;sumGLbyD=4.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:8:41.06:41,0,172 53923-ref 333 . G A 32.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.9725;MQ=32.83;MQ0=0;QD=4.11;SB=-0.01;sumGLbyD=7.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:62.85:63,0,171 53923-ref 334 . C T 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9986;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.19:41,0,141 53923-ref 336 . G C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0 53923-ref 412 . T G 57.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.71;SB=-0.01;sumGLbyD=8.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:87.06:87,0,242 53923-ref 450 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0 53923-ref 510 . G A 113.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.37;MQ0=0;QD=7.07;SB=-0.01;sumGLbyD=8.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:15:99:143,0,337 53923-ref 520 . A G 89.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.40;MQ0=0;QD=5.28;SB=-0.01;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:16:99:120,0,367 53923-ref 549 . T A 48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8835;MQ=36.07;MQ0=0;QD=4.36;SB=-0.01;sumGLbyD=7.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:9:77.99:78,0,197 53923-ref 562 . T G 130.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=35.53;MQ0=0;QD=18.59;SB=-0.01;sumGLbyD=22.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:6:11.57:160,0,12 53923-ref 575 . G A 236.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.56;SB=-0.01;sumGLbyD=33.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.02:269,24,0 53923-ref 588 . C T 23.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:53.27:53,0,138 53923-ref 602 . C A 28.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:58.95:59,0,165 53950-ref 43 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 53950-ref 44 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 53950-ref 177 . C T 393.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.8465;MQ=31.02;MQ0=0;QD=5.18;SB=-23.49;sumGLbyD=5.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,18:72:99:423,0,1506 53950-ref 188 . A T 439.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=23.6470;MQ=33.89;MQ0=0;QD=8.30;SB=6.01;sumGLbyD=8.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,18:49:99:470,0,943 53950-ref 200 . T G 543.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9981;MQ=36.74;MQ0=0;QD=13.94;SB=-37.00;sumGLbyD=14.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:574,0,566 53950-ref 230 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 54031-ref 111 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 54050-ref 106 . T C 43.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9562;MQ=36.81;MQ0=0;QD=0.80;SB=113.68;sumGLbyD=1.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,6:52:73.06:73,0,1529 54050-ref 167 . G C 518.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0230;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.03;SB=-0.01;sumGLbyD=11.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:39:99:548,0,688 54050-ref 274 . C A 1161.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.7912;MQ=36.71;MQ0=0;QD=11.06;SB=-0.01;sumGLbyD=11.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,42:96:99:1191,0,1837 54050-ref 475 . T C 149.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1339;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.26;SB=9.02;sumGLbyD=2.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,11:65:99:179,0,1902 54050-ref 477 . A C 1832.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.1343;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.77;SB=-105.74;sumGLbyD=28.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,56:64:99:1863,0,189 54222-ref 12 . A G 255.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9993;MQ=34.54;MQ0=0;QD=14.17;SB=-17.59;sumGLbyD=15.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:285,0,262 54222-ref 36 . T G 247.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=14.55;SB=-17.59;sumGLbyD=16.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:277,0,238 54237-ref 299 . G A 116.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=24.60;MQ0=0;QD=10.62;SB=-0.01;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:10:78.64:147,0,79 54237-ref 434 . T C 75.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.04;MQ0=0;QD=18.91;SB=-0.01;sumGLbyD=27.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:108,9,0 54237-ref 470 . A G 35.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.28;MQ0=0;QD=2.23;SB=-0.01;sumGLbyD=4.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:14:65.67:66,0,356 54237-ref 496 . T C 557.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.82;SB=-0.01;sumGLbyD=34.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.14:591,48,0 54251-ref 97 . T G 42.72 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0 54251-ref 188 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 54312-ref 47 . A G 2323.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5491;MQ=23.62;MQ0=0;QD=24.71;SB=-83.00;sumGLbyD=25.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:86:99:2356,258,0 54312-ref 112 . A G 572.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=31.81;SB=-0.01;sumGLbyD=33.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.12:606,54,0 54312-ref 119 . T A 220.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=14.68;SB=-0.01;sumGLbyD=16.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:250,0,147 54312-ref 507 . T C 5335.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=33.78;MQ0=0;QD=35.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:148:99:5334,445,0 54312-ref 531 . G A 4896.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4449;MQ=33.81;MQ0=0;QD=32.64;SB=-21.67;sumGLbyD=32.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,148:144:99:4830,368,0 54312-ref 578 . T G 37228.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.6725;MQ=36.70;MQ0=0;QD=37.23;SB=-14970.76;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,998:974:99:37185,2891,0 54312-ref 701 . A T 18043.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=988;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.5289;MQ=33.04;MQ0=0;QD=18.26;SB=-4169.38;sumGLbyD=15.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:481,507:981:99:15085,0,13866 54312-ref 703 . T A 18037.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=985;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.0066;MQ=33.00;MQ0=0;QD=18.31;SB=-4134.66;sumGLbyD=15.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:477,506:981:99:15054,0,13807 54369-ref 13 . C T 116.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4050;MQ=30.94;MQ0=0;QD=8.30;SB=12.02;sumGLbyD=10.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:12:99:146,0,176 54369-ref 15 . C A 268.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4050;MQ=32.88;MQ0=0;QD=13.43;SB=-26.96;sumGLbyD=14.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:15:83.83:299,0,84 54369-ref 28 . A T 54.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0357;MQ=34.58;MQ0=0;QD=0.83;SB=27.06;sumGLbyD=1.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,8:54:84.02:84,0,1411 54369-ref 30 . A T 49.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0357;MQ=34.66;MQ0=0;QD=0.73;SB=27.04;sumGLbyD=1.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,8:56:79:79,0,1465 54369-ref 32 . T A 1257.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0364;MQ=34.66;MQ0=0;QD=18.76;SB=-282.60;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,55:53:99:1287,0,125 54369-ref 90 . A G 19.69 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8127;MQ=35.70;MQ0=0;QD=0.32;SB=-0.01;sumGLbyD=0.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,5:50:49.64:50,0,1428 54450-ref 73 . C T 98.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9728;MQ=33.84;MQ0=0;QD=3.65;SB=3.00;sumGLbyD=4.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:27:99:129,0,674 54450-ref 94 . C T 912.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=34.19;MQ0=0;QD=35.09;SB=-0.01;sumGLbyD=36.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.22:945,78,0 54450-ref 97 . G A 179.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6647;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.42;SB=-0.01;sumGLbyD=7.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:210,0,647 54450-ref 110 . A T 544.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.19;MQ0=0;QD=20.96;SB=-0.01;sumGLbyD=22.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,20:23:99:575,0,119 54450-ref 121 . A G 62.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=3.11;SB=-0.01;sumGLbyD=4.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:20:92.20:92,0,508 54450-ref 205 . G A 565.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2688;MQ=34.39;MQ0=0;QD=12.86;SB=-46.33;sumGLbyD=13.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:40:99:596,0,572 54450-ref 213 . C T 51.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6041;MQ=31.62;MQ0=0;QD=1.14;SB=9.00;sumGLbyD=1.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,7:40:81.32:81,0,1025 54450-ref 233 . T A 20.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9310;MQ=29.92;MQ0=0;QD=0.54;SB=-0.01;sumGLbyD=1.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,5:36:50.92:51,0,903 54450-ref 301 . A T 1534.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7606;MQ=36.09;MQ0=0;QD=15.66;SB=-0.01;sumGLbyD=15.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:94:99:1565,0,1257 54450-ref 414 . G A 1827.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9025;MQ=31.79;MQ0=0;QD=32.63;SB=-0.01;sumGLbyD=33.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1860,168,0 54450-ref 450 . A G 351.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3951;MQ=36.60;MQ0=0;QD=14.06;SB=-0.01;sumGLbyD=15.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:22:99:381,0,273 54450-ref 519 . G T 922.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ=35.04;MQ0=0;QD=31.82;SB=-32.66;sumGLbyD=32.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:28:47.26:956,47,0 54450-ref 588 . A T 2274.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8716;MQ=35.68;MQ0=0;QD=33.95;SB=-761.95;sumGLbyD=34.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:66:99:2308,122,0 54450-ref 627 . A G 2417.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.3740;MQ=36.01;MQ0=0;QD=30.60;SB=-904.72;sumGLbyD=31.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:67:99:2450,202,0 54450-ref 727 . C T 199.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0 54495-ref 98 . G C 35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=17.50;SB=-0.01;sumGLbyD=33.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0 54495-ref 387 . T G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 54495-ref 391 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 54495-ref 422 . T A 113.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.69;MQ0=0;QD=12.59;SB=-0.01;sumGLbyD=16.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:4:12.03:146,12,0 54495-ref 457 . G A 838.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.94;MQ0=0;QD=34.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.20:871,72,0 54495-ref 473 . G A 782.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=33.94;MQ0=0;QD=32.60;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.19:815,69,0 54495-ref 501 . G A 116.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=27.82;MQ0=0;QD=23.27;SB=-0.01;sumGLbyD=29.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:149,15,0 54668-ref 20 . A T 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0 54668-ref 44 . A C 14.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9215;MQ=22.57;MQ0=0;QD=0.94;SB=-0.01;sumGLbyD=2.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:43.89:44,0,265 54668-ref 45 . A C 1933.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=92.6298;MQ=26.18;MQ0=0;QD=17.91;SB=-0.01;sumGLbyD=18.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,73:108:99:1964,0,233 54668-ref 54 . A G 25503.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=191.2056;MQ=23.08;MQ0=0;QD=25.50;SB=-157.99;sumGLbyD=23.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,897:964:99:23127,2429,0 54668-ref 98 . C T 23256.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=919;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.1959;MQ=21.14;MQ0=0;QD=25.31;SB=-24.69;sumGLbyD=25.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,918:914:99:23194,2714,0 54668-ref 112 . T C 23.09 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.64;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:54,6,0 54668-ref 129 . T G 73.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.7809;MQ=25.00;MQ0=0;QD=8.17;SB=12.45;sumGLbyD=11.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:8:14.59:103,0,15 54668-ref 130 . A T 86.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.7835;MQ=24.81;MQ0=0;QD=8.61;SB=-17.61;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:116,0,110 54668-ref 131 . T C 55.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.7893;MQ=24.70;MQ0=0;QD=4.27;SB=1.38;sumGLbyD=6.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:13:85.45:85,0,165 54668-ref 148 . C T 30.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.7939;MQ=24.76;MQ0=0;QD=0.69;SB=-8.60;sumGLbyD=1.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,6:39:60.56:61,0,823 54668-ref 171 . T C 50.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9308;MQ=30.06;MQ0=0;QD=3.34;SB=-12.64;sumGLbyD=5.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:14:80.07:80,0,284 54668-ref 174 . T C 95.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=69.2078;MQ=19.96;MQ0=0;QD=1.41;SB=24.05;sumGLbyD=1.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,52:18:99:126,0,311 54668-ref 192 . T C 127.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4494;MQ=15.93;MQ0=0;QD=0.75;SB=33.02;sumGLbyD=0.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,8:23:99:157,0,375 54668-ref 194 . T C 86.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4479;MQ=15.25;MQ0=0;QD=0.75;SB=-39.57;sumGLbyD=1.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,105:15:99:116,0,210 54668-ref 196 . C T 26.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.4458;MQ=23.74;MQ0=0;QD=2.45;SB=-26.62;sumGLbyD=5.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:9:56.91:57,0,141 54668-ref 203 . A C 20.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=25.00;MQ0=0;QD=5.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:4:20.61:50,0,21 54668-ref 241 . T C 36.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.13;SB=-0.01;sumGLbyD=16.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:3:29.55:67,0,30 54668-ref 255 . T C 164.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9987;MQ=29.55;MQ0=0;QD=10.99;SB=-78.90;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:15:99:195,0,165 54668-ref 269 . C T 198.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9951;MQ=27.36;MQ0=0;QD=8.26;SB=-107.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:17:99:228,0,190 54668-ref 295 . C T 31.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.49;SB=-0.01;sumGLbyD=20.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27.95:61,0,28 54668-ref 302 . A G 18.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9980;MQ=30.07;MQ0=0;QD=2.33;SB=12.03;sumGLbyD=6.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:7:48.59:49,0,122 54668-ref 306 . T C 377.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.2822;MQ=27.93;MQ0=0;QD=15.74;SB=3.00;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:22:99:408,0,139 54668-ref 308 . T A 392.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.2869;MQ=28.55;MQ0=0;QD=9.57;SB=5.99;sumGLbyD=10.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,22:36:99:422,0,131 54668-ref 332 . A T 1243.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.1939;MQ=26.30;MQ0=0;QD=14.81;SB=-23.61;sumGLbyD=15.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,52:70:99:1274,0,406 54668-ref 335 . C T 953.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.7599;MQ=26.23;MQ0=0;QD=15.64;SB=-0.01;sumGLbyD=16.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,38:51:99:984,0,225 54668-ref 355 . C T 671.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.4313;MQ=26.91;MQ0=0;QD=12.21;SB=-34.22;sumGLbyD=12.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:54:99:702,0,564 54668-ref 356 . G A 1283.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.2664;MQ=26.00;MQ0=0;QD=14.26;SB=-64.75;sumGLbyD=14.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,66:71:99:1314,0,283 54668-ref 359 . T A 5448.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=718;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=123.3276;MQ=25.02;MQ0=0;QD=7.59;SB=-237.39;sumGLbyD=5.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:461,242:368:99:4101,0,4313 54668-ref 362 . A T 7104.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=135.1345;MQ=23.49;MQ0=0;QD=7.10;SB=-42.49;sumGLbyD=5.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:744,255:466:99:5675,0,5734 54668-ref 378 . G A 1992.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=603;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.1616;MQ=19.79;MQ0=0;QD=3.30;SB=-431.31;sumGLbyD=3.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,580:83:96.46:2023,0,96 54701-ref 330 . G A 28122.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6715;MQ=25.35;MQ0=0;QD=28.12;SB=-11730.10;sumGLbyD=27.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,993:985:99:27992,2889,0 54701-ref 331 . G A 28103.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9129;MQ=25.76;MQ0=0;QD=28.10;SB=-11562.10;sumGLbyD=27.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,991:985:99:27886,2827,0 54701-ref 333 . G C 29264.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.1083;MQ=28.58;MQ0=0;QD=29.26;SB=-11961.67;sumGLbyD=29.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,996:977:99:29124,2897,0 54701-ref 382 . G T 27840.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=970;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.0123;MQ=27.05;MQ0=0;QD=28.70;SB=-5507.59;sumGLbyD=28.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,965:930:99:27758,2754,0 54701-ref 400 . G A 21158.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=764;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.2772;MQ=24.12;MQ0=0;QD=27.69;SB=-480.24;sumGLbyD=27.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,754:747:99:21000,2161,0 54701-ref 401 . T G 20756.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=753;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.1071;MQ=23.98;MQ0=0;QD=27.56;SB=-155.56;sumGLbyD=27.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,747:738:99:20574,2086,0 54701-ref 457 . T A 17225.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.8126;MQ=22.10;MQ0=0;QD=17.23;SB=-608.91;sumGLbyD=14.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:299,692:899:99:14375,0,3640 54701-ref 468 . G C 17737.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=66.4362;MQ=22.89;MQ0=0;QD=17.74;SB=-561.35;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:309,689:944:99:14851,0,4563 54701-ref 499 . A G 21130.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=914;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.4335;MQ=20.54;MQ0=0;QD=23.12;SB=-241.92;sumGLbyD=23.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,914:838:99:21095,2511,0 54745-ref 37 . A G 99.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=16.65;SB=-16.70;sumGLbyD=21.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:5:14.58:130,0,15 54745-ref 39 . A G 89.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=14.94;SB=-10.78;sumGLbyD=19.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:5:14.60:120,0,15 54745-ref 73 . A T 2100.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8853;MQ=36.06;MQ0=0;QD=35.01;SB=-69.63;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:57:99:2134,171,0 54745-ref 188 . G A 1461.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1494,117,0 54745-ref 204 . T C 974.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.22;MQ0=0;QD=37.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1008,78,0 54745-ref 229 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0 54745-ref 337 . A G 218.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.22;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:251,21,0 54745-ref 360 . A C 120.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.16;SB=-0.01;sumGLbyD=30.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.02:154,15,0 54745-ref 392 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 54745-ref 393 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0 54745-ref 411 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 54745-ref 517 . G T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0 54745-ref 671 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 54766-ref 281 . C T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 54841-ref 23 . A C 38.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.3027;MQ=34.21;MQ0=0;QD=2.57;SB=-20.61;sumGLbyD=4.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:12:68.48:68,0,218 54841-ref 97 . C G 11968.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=99.6693;MQ=30.52;MQ0=0;QD=11.97;SB=90.11;sumGLbyD=8.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:656,322:893:99:8614,0,15015 54841-ref 102 . C T 1533.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=140.8663;MQ=32.67;MQ0=0;QD=1.53;SB=9.42;sumGLbyD=1.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:653,279:562:99:1564,0,13763 54841-ref 103 . A G 363.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=154.7396;MQ=33.53;MQ0=0;QD=0.36;SB=33.05;sumGLbyD=0.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:838,75:791:99:394,0,21362 54841-ref 111 . A C 35877.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=81.3697;MQ=35.02;MQ0=0;QD=35.88;SB=-290.81;sumGLbyD=35.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,967:979:99:35282,2509,0 54841-ref 128 . T C 897.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=138.0311;MQ=35.77;MQ0=0;QD=0.90;SB=-79.91;sumGLbyD=0.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:890,101:979:99:927,0,29752 54841-ref 130 . A G 17015.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=157.1559;MQ=33.34;MQ0=0;QD=17.02;SB=-100.07;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:474,413:969:99:10309,0,14832 54841-ref 149 . G C 28000.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.5635;MQ=28.93;MQ0=0;QD=28.00;SB=-10487.06;sumGLbyD=27.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,991:884:99:27805,2496,0 54841-ref 163 . T C 73.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.6146;MQ=35.32;MQ0=0;QD=0.07;SB=-16.27;sumGLbyD=0.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:908,91:891:99:104,0,23413 54841-ref 176 . A G 30068.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=279.2848;MQ=35.39;MQ0=0;QD=30.07;SB=-6875.65;sumGLbyD=27.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,881:934:99:27189,997,0 54841-ref 203 . A T 1080.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.7965;MQ=30.16;MQ0=0;QD=12.00;SB=46.51;sumGLbyD=12.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:68:99:1110,0,364 54841-ref 223 . T C 27.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9986;MQ=28.48;MQ0=0;QD=6.90;SB=3.02;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:58,0,47 54841-ref 304 . A C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9981;MQ=23.62;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:4:12.02:118,12,0 54841-ref 306 . A C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9981;MQ=23.62;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:4:12.02:118,12,0 54971-ref 103 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 54971-ref 119 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 54971-ref 396 . A G 39.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:70,0,21 55010-ref 60 . T C 113.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.30;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:146,12,0 55010-ref 90 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 55010-ref 159 . A C 34.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.48;SB=-0.01;sumGLbyD=22.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:66,6,0 55010-ref 226 . G A 31.11 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.1964;MQ=36.31;MQ0=0;QD=0.14;SB=6.00;sumGLbyD=0.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,19:211:61.10:61,0,6481 55010-ref 254 . A T 29.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.3013;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.36;SB=-0.01;sumGLbyD=2.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,3:19:59.94:60,0,539 55010-ref 290 . C T 902.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.03;HRun=5;HaplotypeScore=4.3734;MQ=35.36;MQ0=0;QD=27.34;SB=59.21;sumGLbyD=28.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:28:25:935,25,0 55044-ref 243 . A G 27.04 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:58,6,0 55044-ref 257 . C G 7433.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9613;MQ=23.07;MQ0=0;QD=26.93;SB=-299.35;sumGLbyD=26.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,275:269:99:7427,808,0 55044-ref 423 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9847;MQ=24.57;MQ0=0;QD=6.32;SB=-0.01;sumGLbyD=9.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,4:3:9.02:89,9,0 55044-ref 452 . T A 201.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.13;SB=-29.60;sumGLbyD=29.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:234,24,0 55044-ref 482 . C G 73.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=24.68;MQ0=0;QD=12.26;SB=12.45;sumGLbyD=17.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:14.59:103,0,15 55066-ref 3 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4563;MQ=24.46;MQ0=0;QD=6.40;SB=-0.01;sumGLbyD=11.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,2:2:6.02:70,6,0 55088-ref 170 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 55088-ref 249 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 55088-ref 418 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 55088-ref 422 . A T 13.50 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=4.50;SB=7.75;sumGLbyD=14.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:31:43,0,31 55088-ref 647 . A G 152.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.37;SB=-0.01;sumGLbyD=30.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:185,18,0 55088-ref 659 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0 55236-ref 9 . A T 111.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=28.46;MQ0=0;QD=15.92;SB=-0.01;sumGLbyD=20.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.02:144,15,0 55236-ref 30 . C T 160.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=26.05;MQ0=0;QD=6.43;SB=-0.01;sumGLbyD=7.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:20:99:191,0,244 55236-ref 60 . A G 57.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.2978;MQ=26.94;MQ0=0;QD=2.86;SB=-0.01;sumGLbyD=4.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:17:87.18:87,0,324 55236-ref 98 . T A 252.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=25.14;MQ0=0;QD=25.29;SB=-0.01;sumGLbyD=28.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.03:286,30,0 55236-ref 246 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 55236-ref 335 . T C 193.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.18;SB=-0.01;sumGLbyD=28.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:6:18.06:226,18,0 55236-ref 388 . G A 629.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.6030;MQ=35.61;MQ0=0;QD=6.42;SB=15.04;sumGLbyD=6.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,27:94:99:659,0,2199 55236-ref 443 . A T 400.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5566;MQ=31.99;MQ0=0;QD=2.14;SB=3.00;sumGLbyD=2.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,32:178:99:431,0,4120 55236-ref 474 . G A 998.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.7384;MQ=26.51;MQ0=0;QD=6.13;SB=-0.01;sumGLbyD=6.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,60:148:99:1029,0,2469 55236-ref 524 . C G 6970.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=821;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=244.3101;MQ=27.92;MQ0=0;QD=8.49;SB=9.01;sumGLbyD=5.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:569,251:784:99:4601,0,14650 55236-ref 529 . G A 10946.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=857;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=336.2828;MQ=28.10;MQ0=0;QD=12.77;SB=-18.65;sumGLbyD=9.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:486,371:824:99:8457,0,11794 55236-ref 586 . C G 795.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=506;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.2267;MQ=29.99;MQ0=0;QD=1.57;SB=-0.01;sumGLbyD=1.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:441,64:448:99:826,0,10889 55236-ref 598 . T G 6552.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=467;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=59.8444;MQ=29.92;MQ0=0;QD=14.03;SB=-0.01;sumGLbyD=11.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,237:437:99:5210,0,6205 55236-ref 603 . 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A C 803.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4032;MQ=36.40;MQ0=0;QD=15.75;SB=3.00;sumGLbyD=16.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:48:99:833,0,698 55279-ref 326 . A G 1542.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1651;MQ=36.69;MQ0=0;QD=15.28;SB=-0.01;sumGLbyD=15.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:93:99:1573,0,1325 55279-ref 520 . C G 4542.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.1799;MQ=36.74;MQ0=0;QD=21.73;SB=-0.01;sumGLbyD=18.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,137:184:99:3965,0,1628 55279-ref 587 . G A 5853.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.3806;MQ=36.79;MQ0=0;QD=19.84;SB=-589.96;sumGLbyD=16.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,162:285:99:4995,0,4030 55279-ref 631 . T G 529.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9549;MQ=35.87;MQ0=0;QD=19.61;SB=-20.61;sumGLbyD=20.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:27:99:560,0,202 55279-ref 633 . 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C T 85.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4689;MQ=35.87;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=12.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:115,0,117 55505-ref 39 . G T 244.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9329;MQ=33.82;MQ0=0;QD=5.68;SB=3.00;sumGLbyD=6.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:41:99:274,0,910 55505-ref 42 . G C 191.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9320;MQ=33.82;MQ0=0;QD=4.45;SB=3.00;sumGLbyD=5.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,12:42:99:221,0,989 55505-ref 61 . T C 104.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7317;MQ=34.73;MQ0=0;QD=3.25;SB=-20.61;sumGLbyD=4.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:32:99:134,0,743 55505-ref 78 . G A 745.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.0801;MQ=36.20;MQ0=0;QD=11.46;SB=-44.21;sumGLbyD=11.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:60:99:775,0,998 55505-ref 201 . C T 5517.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=379;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.4751;MQ=31.77;MQ0=0;QD=14.56;SB=-1069.41;sumGLbyD=11.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,172:362:99:4376,0,5139 55505-ref 270 . G A 684.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8672;MQ=23.62;MQ0=0;QD=7.87;SB=-85.55;sumGLbyD=8.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:715,0,1205 55505-ref 395 . C T 4564.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=336;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9055;MQ=22.48;MQ0=0;QD=13.58;SB=-1104.63;sumGLbyD=10.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,171:332:99:3558,0,3352 55505-ref 596 . C T 8748.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=503;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.7207;MQ=36.96;MQ0=0;QD=17.39;SB=-1964.79;sumGLbyD=14.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:270,232:495:99:7220,0,8592 55505-ref 690 . C T 14340.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=691;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.2294;MQ=36.88;MQ0=0;QD=20.75;SB=-4465.47;sumGLbyD=17.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:297,393:680:99:12270,0,9049 55505-ref 863 . C G 13053.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=68.3480;MQ=36.87;MQ0=0;QD=13.05;SB=310.00;sumGLbyD=10.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:609,386:905:99:10305,0,17920 55505-ref 951 . A G 30905.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=859;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=33.2031;MQ=36.65;MQ0=0;QD=35.98;SB=-76.99;sumGLbyD=35.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,857:822:99:30844,2467,0 55505-ref 1015 . C T 11829.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=724;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.3240;MQ=36.41;MQ0=0;QD=16.34;SB=-2232.14;sumGLbyD=13.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:402,322:643:99:9891,0,10179 55505-ref 1041 . A G 22115.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=622;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9976;MQ=35.55;MQ0=0;QD=35.55;SB=-150.54;sumGLbyD=35.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,622:599:99:22112,1802,0 55505-ref 1045 . C G 23183.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=642;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.0316;MQ=35.55;MQ0=0;QD=36.11;SB=-161.62;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,642:622:99:23181,1871,0 55505-ref 1080 . C A 13851.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=389;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4473;MQ=34.84;MQ0=0;QD=35.61;SB=-287.45;sumGLbyD=27.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,294:381:99:10658,878,0 55505-ref 1104 . T G 5508.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=332;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3827;MQ=36.24;MQ0=0;QD=16.59;SB=-343.92;sumGLbyD=13.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,165:301:99:4601,0,4535 55505-ref 1119 . T A 505.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.6465;MQ=36.61;MQ0=0;QD=1.63;SB=75.23;sumGLbyD=1.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:270,39:293:99:536,0,8725 55519-ref 13 . T G 42.20 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.07;SB=-0.01;sumGLbyD=24.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:73,6,0 55519-ref 14 . T G 150.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.06;SB=-0.01;sumGLbyD=18.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:6:15.04:183,15,0 55519-ref 23 . G A 384.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.4166;MQ=35.72;MQ0=0;QD=4.81;SB=-147.10;sumGLbyD=5.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,19:75:99:415,0,1846 55519-ref 24 . C G 308.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.4166;MQ=35.78;MQ0=0;QD=3.67;SB=-141.14;sumGLbyD=4.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,19:77:99:338,0,1946 55519-ref 53 . C G 9106.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1878;MQ=36.53;MQ0=0;QD=34.89;SB=-3434.24;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,259:249:99:9026,671,0 55519-ref 135 . A T 10110.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=650;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=46.6187;MQ=33.88;MQ0=0;QD=15.55;SB=-3240.20;sumGLbyD=12.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:353,297:632:99:8204,0,10211 55519-ref 182 . C T 16271.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.4794;MQ=30.98;MQ0=0;QD=16.27;SB=-3086.89;sumGLbyD=13.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:490,508:980:99:13263,0,12605 55519-ref 801 . 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C A 14222.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=939;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.7253;MQ=34.96;MQ0=0;QD=15.15;SB=-2383.22;sumGLbyD=12.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:525,411:926:99:11404,0,16949 55607-ref 256 . C T 13686.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=959;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.9884;MQ=35.05;MQ0=0;QD=14.27;SB=-1986.10;sumGLbyD=11.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:553,404:935:99:10868,0,17836 55607-ref 318 . A G 5892.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6506;MQ=35.85;MQ0=0;QD=33.67;SB=-248.16;sumGLbyD=33.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:163:99:5892,490,0 55607-ref 489 . C T 12732.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=368;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8721;MQ=36.36;MQ0=0;QD=34.60;SB=-142.24;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,367:353:99:12704,1059,0 55607-ref 524 . C T 7926.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=568;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.8401;MQ=36.55;MQ0=0;QD=13.96;SB=-135.10;sumGLbyD=11.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:343,225:512:99:6384,0,9487 55607-ref 557 . C T 23386.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=660;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.0165;MQ=36.08;MQ0=0;QD=35.43;SB=-318.48;sumGLbyD=35.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,656:636:99:23382,1913,0 55607-ref 599 . C T 1095.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8503;MQ=35.99;MQ0=0;QD=8.17;SB=-158.88;sumGLbyD=8.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,51:109:99:1125,0,2277 55607-ref 638 . C G 8828.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.6427;MQ=35.77;MQ0=0;QD=35.60;SB=-185.10;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,247:241:99:8827,725,0 55607-ref 658 . C T 7908.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.9454;MQ=35.71;MQ0=0;QD=36.44;SB=-88.87;sumGLbyD=36.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,217:212:99:7907,638,0 55607-ref 695 . C G 2870.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2875;MQ=36.08;MQ0=0;QD=29.29;SB=-24.69;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:85:99:2903,256,0 55607-ref 754 . C A 1254.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4690;MQ=36.22;MQ0=0;QD=6.90;SB=-17.60;sumGLbyD=7.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,51:173:99:1285,0,4032 55607-ref 767 . C T 4742.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.6391;MQ=35.34;MQ0=0;QD=23.95;SB=-120.15;sumGLbyD=21.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,143:186:99:4181,0,1167 55607-ref 794 . A T 11557.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=453;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.8360;MQ=35.99;MQ0=0;QD=25.51;SB=-43.35;sumGLbyD=22.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,320:435:99:10227,0,3211 55607-ref 815 . T C 10320.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=415;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8890;MQ=36.14;MQ0=0;QD=24.87;SB=-59.92;sumGLbyD=21.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,283:407:99:9094,0,3715 55607-ref 854 . A G 173.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.6662;MQ=36.45;MQ0=0;QD=1.58;SB=-13.66;sumGLbyD=1.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,16:97:99:203,0,2735 55607-ref 860 . T C 1705.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.4115;MQ=36.00;MQ0=0;QD=15.23;SB=-124.20;sumGLbyD=15.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,61:100:99:1736,0,1323 55607-ref 861 . C A 341.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.6810;MQ=35.70;MQ0=0;QD=2.55;SB=-14.58;sumGLbyD=2.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,28:115:99:371,0,3149 55607-ref 863 . A G 1368.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=48.7373;MQ=35.60;MQ0=0;QD=10.37;SB=-99.68;sumGLbyD=10.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,49:108:99:1399,0,1859 55607-ref 887 . T A 4958.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1828;MQ=35.88;MQ0=0;QD=17.52;SB=-35.20;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,150:258:99:4147,0,3699 55607-ref 895 . G A 5399.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.0316;MQ=35.92;MQ0=0;QD=17.36;SB=-35.18;sumGLbyD=14.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,170:279:99:4559,0,3876 55607-ref 911 . T C 1011.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=337;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.1678;MQ=36.19;MQ0=0;QD=3.00;SB=-66.93;sumGLbyD=3.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,61:320:99:1042,0,8486 55607-ref 1021 . A T 5970.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=302;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.8920;MQ=33.83;MQ0=0;QD=19.77;SB=-97.19;sumGLbyD=16.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,182:279:99:5128,0,2843 55607-ref 1034 . T A 10532.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=307;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8459;MQ=36.50;MQ0=0;QD=34.31;SB=-231.00;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,305:281:99:10504,842,0 55607-ref 1127 . T C 1468.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=301;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.6569;MQ=35.99;MQ0=0;QD=4.88;SB=-6.61;sumGLbyD=4.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,72:273:99:1498,0,6744 55607-ref 1148 . T G 2056.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=388;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.8880;MQ=36.20;MQ0=0;QD=5.30;SB=-18.66;sumGLbyD=5.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:277,109:321:99:2087,0,7610 55607-ref 1195 . C T 2947.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=313;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6210;MQ=36.84;MQ0=0;QD=9.42;SB=-0.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,106:300:99:2978,0,6618 55607-ref 1301 . A G 2614.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.4049;MQ=36.90;MQ0=0;QD=8.54;SB=-53.00;sumGLbyD=8.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,119:260:99:2645,0,5273 55607-ref 1595 . C T 1998.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.3953;MQ=36.81;MQ0=0;QD=9.21;SB=-0.01;sumGLbyD=9.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,77:203:99:2028,0,4483 55607-ref 1639 . T C 2620.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2384;MQ=36.78;MQ0=0;QD=9.36;SB=3.00;sumGLbyD=9.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,99:270:99:2651,0,5881 55607-ref 1693 . T G 927.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3979;MQ=36.03;MQ0=0;QD=22.09;SB=-0.01;sumGLbyD=22.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,32:38:99:958,0,199 55607-ref 1724 . 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A G 16615.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=994;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=95.7214;MQ=36.85;MQ0=0;QD=16.72;SB=-29.55;sumGLbyD=14.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:482,505:855:99:14020,0,12800 55657-ref 527 . C G 2137.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=627;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=43.5608;MQ=35.53;MQ0=0;QD=3.41;SB=6.01;sumGLbyD=3.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:494,129:594:99:2167,0,16153 55657-ref 529 . G C 1330.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=885;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=49.4112;MQ=35.95;MQ0=0;QD=1.50;SB=-20.61;sumGLbyD=1.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:755,125:856:99:1361,0,25497 55657-ref 530 . G A 1125.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=899;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.6919;MQ=35.97;MQ0=0;QD=1.25;SB=6.01;sumGLbyD=1.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:773,120:860:99:1155,0,25735 55657-ref 744 . G A 15114.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=56.4697;MQ=36.90;MQ0=0;QD=15.11;SB=-0.01;sumGLbyD=12.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:558,438:887:99:12441,0,15685 55657-ref 870 . C T 17591.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.7939;MQ=36.97;MQ0=0;QD=17.59;SB=-440.86;sumGLbyD=14.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:509,488:927:99:14797,0,13794 55657-ref 910 . A T 8444.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=590;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.7146;MQ=36.88;MQ0=0;QD=14.31;SB=-50.66;sumGLbyD=11.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:343,246:548:99:6793,0,10575 55657-ref 940 . T A 11005.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=610;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.8621;MQ=36.87;MQ0=0;QD=18.04;SB=-25.34;sumGLbyD=15.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:287,319:572:99:9213,0,8607 55657-ref 990 . G C 16756.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.2655;MQ=36.89;MQ0=0;QD=16.76;SB=-41.37;sumGLbyD=13.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:553,444:978:99:13736,0,17858 55657-ref 1118 . G T 33616.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.0208;MQ=33.71;MQ0=0;QD=33.62;SB=-29.63;sumGLbyD=33.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,995:937:99:33580,2815,0 55657-ref 1120 . G T 34139.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.6276;MQ=33.81;MQ0=0;QD=34.14;SB=-54.31;sumGLbyD=34.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,997:954:99:34133,2870,0 55657-ref 1151 . C G 13164.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=404;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3243;MQ=30.96;MQ0=0;QD=32.59;SB=-78.59;sumGLbyD=32.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,399:391:99:13029,1127,0 55657-ref 1162 . G T 8838.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=285;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5946;MQ=30.03;MQ0=0;QD=31.01;SB=-29.63;sumGLbyD=30.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,280:271:99:8796,775,0 55657-ref 1192 . G T 10869.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.7289;MQ=34.25;MQ0=0;QD=32.16;SB=-0.01;sumGLbyD=32.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,333:313:99:10867,941,0 55657-ref 1201 . C G 10085.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=317;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3387;MQ=34.54;MQ0=0;QD=31.81;SB=-0.01;sumGLbyD=31.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,316:281:99:10083,845,0 55657-ref 1231 . G A 9539.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=537;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.3702;MQ=36.32;MQ0=0;QD=17.76;SB=-1097.67;sumGLbyD=14.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:277,259:531:99:7939,0,8801 55657-ref 1270 . A G 6381.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=390;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.8362;MQ=36.66;MQ0=0;QD=16.36;SB=-1669.09;sumGLbyD=13.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,169:385:99:5221,0,7138 55657-ref 1366 . A T 34703.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=995;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.5809;MQ=36.13;MQ0=0;QD=34.88;SB=-68.69;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,984:937:99:34382,2613,0 55657-ref 1399 . A G 25490.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=753;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.1835;MQ=34.77;MQ0=0;QD=33.85;SB=-29.63;sumGLbyD=33.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,750:697:99:25486,2097,0 55657-ref 1400 . A C 11127.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=755;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.6101;MQ=34.78;MQ0=0;QD=14.74;SB=-26.62;sumGLbyD=11.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:415,340:702:99:9011,0,12311 55657-ref 1431 . A C 30584.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=995;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.2106;MQ=34.48;MQ0=0;QD=30.74;SB=-65.76;sumGLbyD=30.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,993:882:99:30576,2652,0 55657-ref 1455 . A T 31410.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.3221;MQ=34.89;MQ0=0;QD=31.41;SB=-207.36;sumGLbyD=31.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,996:895:99:31403,2692,0 55657-ref 1476 . A G 33252.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=38.8244;MQ=35.65;MQ0=0;QD=33.25;SB=-576.85;sumGLbyD=33.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,991:914:99:33042,2595,0 55657-ref 1570 . G A 12871.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=735;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.4616;MQ=36.79;MQ0=0;QD=17.51;SB=-1434.79;sumGLbyD=14.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:363,369:679:99:10788,0,10476 55657-ref 1682 . C G 19334.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.6564;MQ=36.84;MQ0=0;QD=19.33;SB=-53.24;sumGLbyD=16.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:440,559:928:99:16539,0,12755 55657-ref 1916 . G A 18630.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.1470;MQ=36.73;MQ0=0;QD=18.63;SB=-25.65;sumGLbyD=15.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:464,533:938:99:15730,0,13865 55657-ref 1931 . G A 17951.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=61.9383;MQ=36.78;MQ0=0;QD=17.95;SB=3.00;sumGLbyD=15.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:475,519:932:99:15069,0,13952 55657-ref 2160 . T C 15273.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.4277;MQ=36.80;MQ0=0;QD=15.27;SB=-27.11;sumGLbyD=12.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:539,460:873:99:12643,0,14874 55657-ref 2192 . G A 16413.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=62.1967;MQ=36.72;MQ0=0;QD=16.41;SB=-157.10;sumGLbyD=13.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:506,483:887:99:13741,0,13786 55657-ref 2236 . A T 9812.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=808;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=13.5394;MQ=36.89;MQ0=0;QD=12.14;SB=-416.29;sumGLbyD=9.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:538,268:782:99:7456,0,17328 55657-ref 2262 . A G 7855.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=683;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.3563;MQ=36.91;MQ0=0;QD=11.50;SB=-110.99;sumGLbyD=8.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:473,209:661:99:5827,0,15298 55657-ref 2274 . T G 11412.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=523;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.8267;MQ=36.75;MQ0=0;QD=21.82;SB=-181.44;sumGLbyD=18.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,312:487:99:9881,0,5576 55657-ref 2362 . C G 14447.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=998;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=127.5690;MQ=36.78;MQ0=0;QD=14.48;SB=-58.66;sumGLbyD=11.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:565,428:897:99:11708,0,16806 55657-ref 2530 . G A 6904.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=462;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.0527;MQ=36.83;MQ0=0;QD=14.94;SB=-29.55;sumGLbyD=12.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,191:432:99:5603,0,8321 55657-ref 2807 . G C 440.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9811;MQ=35.62;MQ0=0;QD=11.90;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:37:99:470,0,634 55657-ref 2810 . G A 410.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4499;MQ=35.69;MQ0=0;QD=10.52;SB=-0.01;sumGLbyD=11.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:32:99:440,0,524 55657-ref 2821 . T G 257.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9378;MQ=35.28;MQ0=0;QD=7.16;SB=-0.01;sumGLbyD=7.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:31:99:288,0,646 55657-ref 2923 . T C 66.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=2.9170;MQ=36.32;MQ0=0;QD=2.07;SB=3.00;sumGLbyD=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:30:96.10:96,0,814 55657-ref 2925 . G T 16.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9172;MQ=35.97;MQ0=0;QD=0.55;SB=6.01;sumGLbyD=1.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,4:29:46.85:47,0,838 55657-ref 2947 . 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A G 154.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.82;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0 55819-ref 10 . C G 189.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:222,18,0 55819-ref 68 . G A 55.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.25;SB=-0.01;sumGLbyD=14.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:85.49:85,0,101 55819-ref 73 . C G 28.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.76;SB=-0.01;sumGLbyD=11.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:58.78:59,0,104 55819-ref 170 . T A 53.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9950;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.98;SB=-21.94;sumGLbyD=9.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:83.82:84,0,206 55819-ref 176 . C G 12.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8656;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.16;SB=-14.52;sumGLbyD=3.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:42.46:42,0,293 55819-ref 344 . G T 4156.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9315;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.78;SB=-1536.75;sumGLbyD=36.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:4155,340,0 55819-ref 630 . G T 7003.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7432;MQ=36.79;MQ0=0;QD=36.47;SB=-1037.08;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,189:184:99:6936,548,0 55819-ref 677 . A G 8333.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4561;MQ=36.57;MQ0=0;QD=35.16;SB=-330.62;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,232:229:99:8184,541,0 55819-ref 705 . C T 182.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ=36.12;MQ0=0;QD=2.26;SB=12.03;sumGLbyD=2.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,14:81:99:213,0,2351 55819-ref 706 . G T 2334.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9155;MQ=36.11;MQ0=0;QD=29.18;SB=-143.24;sumGLbyD=29.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,67:79:99:2364,0,155 55819-ref 707 . G T 84.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=36.09;MQ0=0;QD=1.08;SB=12.03;sumGLbyD=1.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,11:78:99:114,0,2374 55819-ref 721 . C A 217.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.14;SB=-0.01;sumGLbyD=35.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:251,21,0 55827-ref 61 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 55827-ref 63 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0 55827-ref 64 . T G 105.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:138,12,0 55827-ref 65 . G T 257.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.22;SB=-0.01;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:291,24,0 55827-ref 123 . C A 5481.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=428;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=13.0629;MQ=36.76;MQ0=0;QD=12.81;SB=-317.79;sumGLbyD=9.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,151:416:99:4228,0,9054 55827-ref 152 . A C 7338.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=538;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.8346;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.64;SB=-503.64;sumGLbyD=10.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:341,197:489:99:5865,0,9238 55827-ref 162 . A G 11399.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=563;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.4336;MQ=36.80;MQ0=0;QD=20.25;SB=-517.97;sumGLbyD=17.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,349:507:99:9871,0,5417 55827-ref 180 . G A 5124.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=423;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.3293;MQ=36.83;MQ0=0;QD=12.11;SB=-330.29;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:270,153:372:99:4003,0,7483 55827-ref 240 . T A 10106.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=681;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.2248;MQ=36.78;MQ0=0;QD=14.84;SB=-1862.01;sumGLbyD=11.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:396,282:660:99:8085,0,12611 55827-ref 673 . C G 9089.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=257;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.1584;MQ=36.64;MQ0=0;QD=35.37;SB=-3590.47;sumGLbyD=35.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,253:246:99:9022,734,0 55827-ref 755 . A G 905.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9976;MQ=34.87;MQ0=0;QD=8.46;SB=294.73;sumGLbyD=8.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,34:99:99:935,0,2041 55827-ref 760 . C T 1970.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9978;MQ=34.36;MQ0=0;QD=23.74;SB=243.67;sumGLbyD=24.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,63:82:99:2001,0,464 55827-ref 771 . A T 434.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3957;MQ=33.83;MQ0=0;QD=6.90;SB=-2.46;sumGLbyD=7.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,18:63:99:465,0,1395 55827-ref 775 . A G 78.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=14.1733;MQ=34.11;MQ0=0;QD=1.35;SB=30.08;sumGLbyD=1.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,12:55:99:108,0,1531 55827-ref 811 . G C 6063.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=340;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.4811;MQ=36.85;MQ0=0;QD=17.83;SB=-884.40;sumGLbyD=14.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,173:325:99:5083,0,4789 55827-ref 860 . A G 6081.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.5593;MQ=36.60;MQ0=0;QD=17.99;SB=-550.87;sumGLbyD=14.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,158:332:99:5054,0,5573 55827-ref 921 . C T 2082.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4679;MQ=35.49;MQ0=0;QD=30.62;SB=-130.48;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:61:99:2115,154,0 55827-ref 938 . G A 392.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8683;MQ=35.83;MQ0=0;QD=6.44;SB=6.00;sumGLbyD=6.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,18:55:99:423,0,1257 55877-ref 161 . A G 419.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.0585;MQ=36.37;MQ0=0;QD=1.86;SB=-31.78;sumGLbyD=2.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,36:216:99:450,0,6226 55877-ref 173 . T C 964.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.8948;MQ=36.38;MQ0=0;QD=3.69;SB=6.01;sumGLbyD=3.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,49:253:99:994,0,6781 55877-ref 202 . C T 1991.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=389;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.4247;MQ=36.71;MQ0=0;QD=5.12;SB=-251.48;sumGLbyD=5.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,86:339:99:2022,0,8690 55877-ref 369 . G C 16390.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=986;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=71.5614;MQ=36.92;MQ0=0;QD=16.62;SB=-26.62;sumGLbyD=13.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:483,495:889:99:13674,0,13588 55877-ref 567 . T A 17330.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=93.1350;MQ=36.90;MQ0=0;QD=17.33;SB=-41.28;sumGLbyD=14.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:499,490:905:99:14200,0,13680 55877-ref 892 . G C 15537.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.5916;MQ=36.84;MQ0=0;QD=15.54;SB=-62.93;sumGLbyD=12.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:514,480:846:99:12942,0,12871 55877-ref 909 . T A 13779.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=66.4959;MQ=36.87;MQ0=0;QD=13.78;SB=-26.62;sumGLbyD=11.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:535,456:844:99:11236,0,14174 55877-ref 1308 . G A 12313.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=723;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.9521;MQ=36.80;MQ0=0;QD=17.03;SB=-26.62;sumGLbyD=14.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:363,357:683:99:10229,0,11285 55877-ref 1365 . A C 14253.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=945;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=83.7486;MQ=36.66;MQ0=0;QD=15.08;SB=3.00;sumGLbyD=12.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:493,450:821:99:11757,0,13236 55877-ref 1392 . 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T A 120.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.58;MQ0=0;QD=20.12;SB=-0.01;sumGLbyD=25.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:3.65:150,0,4 55877-ref 1949 . C G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8675;MQ=28.48;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.02:89,9,0 55877-ref 1951 . A T 110.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7326;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.76;SB=-0.01;sumGLbyD=17.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:6:14.46:140,0,14 55877-ref 1957 . G A 1251.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1807;MQ=34.88;MQ0=0;QD=28.44;SB=-0.01;sumGLbyD=29.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:37:71.32:1284,71,0 55877-ref 2005 . A G 9416.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=555;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9131;MQ=36.05;MQ0=0;QD=16.97;SB=-2723.13;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:296,258:549:99:7762,0,9292 55877-ref 2008 . A G 20984.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=578;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0918;MQ=36.08;MQ0=0;QD=36.31;SB=-8285.45;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,577:571:99:20946,1715,0 55877-ref 2071 . C T 19194.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=51.5447;MQ=36.81;MQ0=0;QD=19.21;SB=-7262.12;sumGLbyD=16.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:462,537:967:99:16280,0,13564 55877-ref 2187 . A C 18476.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=983;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=40.4934;MQ=36.87;MQ0=0;QD=18.80;SB=-5797.79;sumGLbyD=15.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:468,514:956:99:15572,0,13995 55877-ref 2251 . A G 36646.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.1727;MQ=36.86;MQ0=0;QD=36.65;SB=-10169.43;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1000:979:99:36642,2945,0 55877-ref 2365 . C T 16584.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=41.4115;MQ=36.29;MQ0=0;QD=16.58;SB=-31.78;sumGLbyD=13.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:526,472:919:99:13816,0,15216 55877-ref 2393 . A G 27462.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=42.5917;MQ=31.12;MQ0=0;QD=27.46;SB=-29.63;sumGLbyD=27.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,981:813:99:27328,2318,0 55877-ref 2431 . T C 31369.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=964;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4101;MQ=31.76;MQ0=0;QD=32.54;SB=-92.29;sumGLbyD=32.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,961:925:99:31331,2752,0 55877-ref 2443 . T C 32315.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.1503;MQ=31.55;MQ0=0;QD=32.32;SB=-169.86;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,995:951:99:32277,2830,0 55877-ref 2446 . A G 30359.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=951;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.5686;MQ=31.48;MQ0=0;QD=31.92;SB=-219.99;sumGLbyD=31.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,950:896:99:30351,2694,0 55877-ref 2486 . T C 25400.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=708;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.0670;MQ=35.39;MQ0=0;QD=35.88;SB=-135.62;sumGLbyD=35.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,706:683:99:25365,2023,0 55877-ref 2502 . C T 9948.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=748;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.2013;MQ=35.60;MQ0=0;QD=13.30;SB=-223.42;sumGLbyD=10.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:430,316:698:99:7844,0,13061 55877-ref 2528 . T C 20134.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=620;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.4771;MQ=35.65;MQ0=0;QD=32.48;SB=-112.41;sumGLbyD=32.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,619:577:99:20129,1735,0 55877-ref 2585 . T C 35994.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.4202;MQ=36.79;MQ0=0;QD=35.99;SB=-964.32;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,999:945:99:35991,2844,0 55877-ref 2665 . A T 8025.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=549;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=55.7590;MQ=36.65;MQ0=0;QD=14.62;SB=-11.58;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:318,230:512:99:6483,0,9607 55877-ref 2710 . G T 8584.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=512;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.1130;MQ=36.64;MQ0=0;QD=16.77;SB=6.01;sumGLbyD=13.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:260,251:495:99:7070,0,8230 55877-ref 2736 . T G 6943.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=375;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.1744;MQ=36.08;MQ0=0;QD=18.52;SB=-0.01;sumGLbyD=15.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,221:326:99:5961,0,4188 55877-ref 2750 . A G 2537.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.0268;MQ=35.88;MQ0=0;QD=10.32;SB=-0.01;sumGLbyD=10.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,98:222:99:2568,0,4235 55877-ref 2766 . A G 1424.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6793;MQ=35.37;MQ0=0;QD=9.01;SB=-0.01;sumGLbyD=9.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,52:152:99:1454,0,3188 55877-ref 2796 . A G 2306.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8134;MQ=34.39;MQ0=0;QD=21.36;SB=-0.01;sumGLbyD=21.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,73:107:99:2337,0,946 55877-ref 2798 . A G 1948.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7584;MQ=34.09;MQ0=0;QD=20.09;SB=-0.01;sumGLbyD=20.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,63:96:99:1979,0,956 55877-ref 2961 . T G 73.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=10.44;SB=6.02;sumGLbyD=14.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:87.15:103,0,87 55877-ref 2962 . C A 40.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.81;SB=6.00;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.83:71,0,78 55877-ref 2963 . T A 40.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.81;SB=6.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.83:71,0,90 55877-ref 2964 . T G 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=2.88;SB=6.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,92 55877-ref 3050 . C T 617.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=12.3995;MQ=36.92;MQ0=0;QD=4.82;SB=3.00;sumGLbyD=5.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,28:116:99:647,0,3006 55877-ref 3164 . G T 383.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3164;MQ=36.71;MQ0=0;QD=2.23;SB=-0.01;sumGLbyD=2.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,30:156:99:413,0,4532 55877-ref 3188 . G A 404.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8489;MQ=36.76;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=3.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,24:118:99:435,0,3229 55877-ref 3206 . A T 671.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6885;MQ=36.74;MQ0=0;QD=5.74;SB=-0.01;sumGLbyD=5.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,29:106:99:701,0,2588 55877-ref 3270 . G A 2595.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=36.87;MQ0=0;QD=33.71;SB=-0.01;sumGLbyD=34.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:72:99:2628,214,0 55877-ref 3295 . T C 41.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5505;MQ=36.79;MQ0=0;QD=0.87;SB=-0.01;sumGLbyD=1.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,5:39:71.75:72,0,1095 55877-ref 3358 . G T 46.67 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.06;SB=-0.01;sumGLbyD=1.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,5:41:76.66:77,0,1236 55877-ref 3436 . A T 38.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.93;SB=-0.01;sumGLbyD=22.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27.95:69,0,28 55877-ref 3437 . A T 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=10;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0 55889-ref 135 . A C 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.51:105,0,61 55889-ref 224 . 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C T 23.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=313;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.3391;MQ=36.64;MQ0=0;QD=0.07;SB=50.09;sumGLbyD=0.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,30:292:53.17:53,0,8820 55889-ref 342 . A T 1548.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4688;MQ=35.66;MQ0=0;QD=24.19;SB=-67.82;sumGLbyD=24.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,53:59:99:1578,0,167 55889-ref 345 . T A 1074.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4688;MQ=35.54;MQ0=0;QD=20.67;SB=-24.67;sumGLbyD=21.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,42:44:99:1105,0,177 55889-ref 381 . C A 549.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7336;MQ=32.24;MQ0=0;QD=9.98;SB=-0.01;sumGLbyD=10.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:54:99:579,0,906 55889-ref 389 . C T 1219.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.8110;MQ=32.73;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=16.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,48:73:99:1249,0,787 55889-ref 392 . G T 1089.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=28.8049;MQ=33.44;MQ0=0;QD=12.24;SB=-0.01;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:84:99:1119,0,758 55889-ref 396 . A G 543.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.8049;MQ=33.75;MQ0=0;QD=5.61;SB=-0.01;sumGLbyD=5.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,25:92:99:574,0,2051 55889-ref 443 . A T 1582.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8314;MQ=35.89;MQ0=0;QD=15.66;SB=-0.01;sumGLbyD=15.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:92:99:1612,0,1142 55889-ref 472 . T A 2002.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0988;MQ=32.41;MQ0=0;QD=13.00;SB=-0.01;sumGLbyD=13.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,81:149:99:2033,0,2146 55889-ref 481 . G C 1811.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.0349;MQ=32.04;MQ0=0;QD=11.92;SB=-26.62;sumGLbyD=12.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,76:146:99:1842,0,2254 55889-ref 483 . T A 1757.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.2678;MQ=31.66;MQ0=0;QD=12.56;SB=-26.62;sumGLbyD=12.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,75:130:99:1788,0,1770 55889-ref 527 . C T 2198.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.0373;MQ=31.42;MQ0=0;QD=29.71;SB=-0.01;sumGLbyD=30.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:67:99:2231,201,0 55889-ref 542 . G C 2078.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=29.43;MQ0=0;QD=18.73;SB=-53.24;sumGLbyD=19.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,81:109:99:2109,0,734 55889-ref 544 . G A 2009.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=29.40;MQ0=0;QD=17.94;SB=-53.24;sumGLbyD=18.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,81:109:99:2039,0,781 55889-ref 568 . G A 5189.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=208;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.3626;MQ=33.55;MQ0=0;QD=24.95;SB=-0.01;sumGLbyD=21.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,154:206:99:4568,0,1311 55889-ref 599 . A G 6897.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.2998;MQ=34.92;MQ0=0;QD=24.37;SB=-36.31;sumGLbyD=21.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,197:277:99:6062,0,2334 55889-ref 609 . C G 243.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=269;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.7842;MQ=35.43;MQ0=0;QD=0.91;SB=-23.62;sumGLbyD=1.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:241,27:247:99:274,0,7334 55889-ref 629 . A G 349.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.5152;MQ=36.38;MQ0=0;QD=1.63;SB=-0.01;sumGLbyD=1.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,28:185:99:379,0,5326 55889-ref 640 . T A 1053.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.4158;MQ=36.12;MQ0=0;QD=8.30;SB=-26.62;sumGLbyD=8.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,51:105:99:1084,0,2100 55889-ref 645 . G C 474.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5311;MQ=35.93;MQ0=0;QD=4.99;SB=-24.67;sumGLbyD=5.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,22:85:99:504,0,2038 55889-ref 661 . G A 245.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9299;MQ=35.75;MQ0=0;QD=2.99;SB=-0.01;sumGLbyD=3.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,15:76:99:275,0,2092 55889-ref 672 . A C 231.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.2886;MQ=35.38;MQ0=0;QD=3.05;SB=-0.01;sumGLbyD=3.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,15:71:99:262,0,1814 55889-ref 673 . T A 55.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=10.5900;MQ=35.44;MQ0=0;QD=0.70;SB=-0.01;sumGLbyD=1.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,10:72:85.62:86,0,2039 55889-ref 674 . T A 120.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=11.4841;MQ=35.48;MQ0=0;QD=1.49;SB=-0.01;sumGLbyD=1.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,12:76:99:151,0,2125 55889-ref 729 . T A 5417.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=242;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=57.3964;MQ=34.06;MQ0=0;QD=22.39;SB=-26.62;sumGLbyD=16.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,141:233:99:4074,0,2230 55889-ref 744 . T C 7007.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=319;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.3191;MQ=33.49;MQ0=0;QD=21.97;SB=-26.62;sumGLbyD=19.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,212:308:99:6079,0,2910 55889-ref 751 . G T 7606.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=350;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.2666;MQ=33.69;MQ0=0;QD=21.73;SB=-0.01;sumGLbyD=18.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,237:338:99:6587,0,3182 55889-ref 796 . T C 1579.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=307;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.9867;MQ=34.17;MQ0=0;QD=5.14;SB=3.00;sumGLbyD=5.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,75:287:99:1609,0,6818 55889-ref 797 . C T 7540.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=32.5175;MQ=34.13;MQ0=0;QD=24.32;SB=-78.88;sumGLbyD=21.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,223:292:99:6660,0,1929 55889-ref 803 . A G 5351.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=30.1626;MQ=35.15;MQ0=0;QD=22.30;SB=-48.28;sumGLbyD=19.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,158:225:99:4673,0,2011 55889-ref 921 . T G 10068.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=340;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3470;MQ=36.73;MQ0=0;QD=29.61;SB=-0.01;sumGLbyD=26.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,273:329:99:9077,0,1341 55889-ref 962 . G A 6691.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.6431;MQ=36.33;MQ0=0;QD=29.35;SB=-0.01;sumGLbyD=26.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,182:222:99:6023,0,948 55889-ref 992 . C A 4105.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=14.2652;MQ=36.53;MQ0=0;QD=23.73;SB=-418.49;sumGLbyD=21.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,146:137:99:3692,0,477 55889-ref 1034 . T C 164.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6766;MQ=36.81;MQ0=0;QD=1.04;SB=23.30;sumGLbyD=1.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,19:135:99:195,0,3979 55889-ref 1051 . C A 7360.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4195;MQ=36.64;MQ0=0;QD=31.59;SB=-2705.76;sumGLbyD=28.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,205:218:99:6703,0,203 55889-ref 1224 . T C 2651.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7860;MQ=36.92;MQ0=0;QD=22.28;SB=-535.92;sumGLbyD=22.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,82:117:99:2682,0,1036 55889-ref 1353 . C T 7532.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.8043;MQ=36.56;MQ0=0;QD=29.42;SB=-2954.01;sumGLbyD=26.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,213:246:99:6764,0,701 55889-ref 1461 . C T 7618.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=277;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.0314;MQ=36.89;MQ0=0;QD=27.50;SB=-3221.30;sumGLbyD=24.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,209:270:99:6778,0,1701 55889-ref 1534 . A G 323.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=14.4480;MQ=36.35;MQ0=0;QD=2.52;SB=186.49;sumGLbyD=2.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,29:112:99:353,0,2989 55889-ref 1685 . G T 3404.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4608;MQ=36.29;MQ0=0;QD=34.05;SB=-0.01;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:93:99:3404,280,0 55889-ref 1695 . 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T C 1392.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2496;MQ=36.22;MQ0=0;QD=8.87;SB=-0.01;sumGLbyD=9.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,52:152:99:1422,0,3316 55889-ref 2223 . C T 6380.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4529;MQ=36.24;MQ0=0;QD=36.88;SB=-40.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,173:170:99:6380,512,0 55889-ref 2272 . A C 1896.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9275;MQ=36.66;MQ0=0;QD=9.03;SB=-0.01;sumGLbyD=9.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,69:194:99:1927,0,4139 55889-ref 2290 . C G 8297.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5314;MQ=36.74;MQ0=0;QD=36.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,229:225:99:8296,677,0 55889-ref 2346 . A C 490.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.09;MQ0=0;QD=6.29;SB=-26.62;sumGLbyD=6.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,20:75:99:521,0,1903 55889-ref 2348 . G A 2669.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9384;MQ=36.01;MQ0=0;QD=37.08;SB=-29.63;sumGLbyD=37.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:71:99:2703,214,0 55889-ref 2352 . A C 945.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.05;MQ0=0;QD=29.54;SB=3.05;sumGLbyD=30.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,28:32:42.97:975,0,43 55938-ref 217 . C G 520.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=26.38;MQ0=0;QD=24.81;SB=-0.01;sumGLbyD=26.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:19:57.09:554,57,0 55938-ref 218 . T C 1232.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=31.44;MQ0=0;QD=28.66;SB=-0.01;sumGLbyD=29.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:38:99:1266,114,0 55938-ref 222 . T G 2512.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6385;MQ=34.66;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1037.98;sumGLbyD=22.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:81:99:2545,203,0 55938-ref 253 . A T 10702.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=320;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=15.9168;MQ=35.75;MQ0=0;QD=33.45;SB=-1691.79;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,316:296:99:10639,884,0 55938-ref 314 . A G 607.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=35.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:641,51,0 55938-ref 316 . T C 76.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0 56072-ref 1 . G C 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.13;SB=-36.53;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0 56072-ref 38 . G A 2013.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4687;MQ=36.24;MQ0=0;QD=34.13;SB=-434.92;sumGLbyD=34.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:57:99:2046,142,0 56072-ref 237 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0 56072-ref 613 . G A 14.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9896;MQ=36.44;MQ0=0;QD=0.80;SB=-0.01;sumGLbyD=2.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:18:44.15:44,0,381 56072-ref 658 . G A 11054.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=964;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=48.1753;MQ=34.66;MQ0=0;QD=11.47;SB=-3009.06;sumGLbyD=8.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:623,341:942:99:8215,0,20021 56072-ref 693 . C A 6543.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=855;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.5759;MQ=34.51;MQ0=0;QD=7.65;SB=352.67;sumGLbyD=4.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:635,218:839:99:3951,0,21130 56072-ref 696 . T C 6155.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=836;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.0970;MQ=34.42;MQ0=0;QD=7.36;SB=181.75;sumGLbyD=4.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:630,206:833:99:3644,0,21340 56072-ref 697 . C G 29807.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=842;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0970;MQ=34.43;MQ0=0;QD=35.40;SB=-10198.77;sumGLbyD=35.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,841:829:99:29772,2491,0 56072-ref 721 . A T 6921.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=494;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.8052;MQ=36.61;MQ0=0;QD=14.01;SB=-390.12;sumGLbyD=10.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,189:490:99:5381,0,9874 56072-ref 810 . T G 11230.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=701;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.0976;MQ=36.47;MQ0=0;QD=16.02;SB=-1505.06;sumGLbyD=12.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:405,294:691:99:9086,0,12987 56130-ref 253 . T C 236.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.48;MQ0=0;QD=21.49;SB=-27.79;sumGLbyD=24.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:5.53:266,0,6 56130-ref 268 . C A 49.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9279;MQ=32.41;MQ0=0;QD=7.02;SB=-23.61;sumGLbyD=11.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:79.17:79,0,117 56130-ref 283 . G C 104.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5777;MQ=28.48;MQ0=0;QD=13.06;SB=-47.65;sumGLbyD=16.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:64.24:134,0,64 56130-ref 313 . A G 244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=24.40;SB=-29.61;sumGLbyD=27.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.05:277,27,0 56130-ref 314 . C T 272.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=27.29;SB=-59.23;sumGLbyD=30.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:306,30,0 56130-ref 332 . A T 236.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=14.79;SB=-47.22;sumGLbyD=16.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:267,0,160 56130-ref 365 . G A 243.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=30.38;SB=-130.33;sumGLbyD=34.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:276,24,0 56130-ref 387 . C A 94.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.53;MQ0=0;QD=13.55;SB=-56.91;sumGLbyD=17.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:92.38:125,0,92 56130-ref 390 . T C 25.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.53;MQ0=0;QD=3.71;SB=9.02;sumGLbyD=7.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:55.95:56,0,151 56130-ref 392 . A G 80.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.72;MQ0=0;QD=10.07;SB=-46.65;sumGLbyD=13.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:111,0,135 56130-ref 410 . G A 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9995;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.92;SB=3.00;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.19:41,0,141 56130-ref 439 . C G 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.90;SB=3.02;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:51.03:58,0,51 56130-ref 457 . A G 193.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=27.68;SB=-97.38;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:227,21,0 56130-ref 464 . G A 195.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=27.88;SB=-98.81;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:228,21,0 56130-ref 498 . A T 179.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.87;MQ0=0;QD=22.46;SB=-58.59;sumGLbyD=26.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:3.61:209,0,4 56130-ref 555 . T C 98.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=34.68;MQ0=0;QD=7.05;SB=-63.73;sumGLbyD=9.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:129,0,282 56130-ref 570 . G A 19.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.25;MQ0=0;QD=1.17;SB=-8.59;sumGLbyD=2.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:49.83:50,0,426 56130-ref 571 . G C 399.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.25;MQ0=0;QD=23.49;SB=-184.43;sumGLbyD=25.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:16:39.07:432,39,0 56130-ref 598 . C G 234.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8331;MQ=32.44;MQ0=0;QD=11.73;SB=-69.31;sumGLbyD=13.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:265,0,292 56130-ref 612 . G A 264.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ=31.38;MQ0=0;QD=11.03;SB=-118.04;sumGLbyD=12.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:21:99:295,0,263 56130-ref 642 . A G 558.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9139;MQ=33.39;MQ0=0;QD=13.63;SB=-158.76;sumGLbyD=14.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:589,0,625 56130-ref 654 . T C 312.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8556;MQ=32.11;MQ0=0;QD=9.48;SB=9.44;sumGLbyD=10.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:343,0,539 56130-ref 657 . T C 321.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9995;MQ=33.09;MQ0=0;QD=16.91;SB=-78.18;sumGLbyD=18.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:18:99:351,0,152 56130-ref 672 . C T 360.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9447;MQ=29.55;MQ0=0;QD=15.02;SB=-29.63;sumGLbyD=16.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:24:39.07:394,39,0 56130-ref 679 . C T 236.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.9309;MQ=29.73;MQ0=0;QD=10.28;SB=-47.90;sumGLbyD=11.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:21:99:267,0,263 56130-ref 691 . A G 832.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9836;MQ=32.52;MQ0=0;QD=19.37;SB=-265.94;sumGLbyD=20.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:42:99:863,0,334 56130-ref 697 . G A 77.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=20.7917;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.52;SB=-46.72;sumGLbyD=2.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,7:49:99:108,0,1326 56130-ref 705 . 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