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0
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1 ##fileformat=VCFv4.0
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2 ##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
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3 ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
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4 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
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5 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
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6 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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7 ##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic">
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8 ##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
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9 ##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
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10 ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
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11 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
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12 ##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
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13 ##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
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14 ##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
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15 ##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with two (and only two) segregating haplotypes">
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16 ##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
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17 ##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
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18 ##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
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19 ##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias">
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20 ##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[all_catura.bam] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=../NeoArabica/reajusted_reference.fa rodBind=[] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=ALLOW_UNINDEXED_BAM num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false enable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false genotype_likelihoods_model=SNP p_nonref_model=EXACT heterozygosity=0.001 pcr_error_rate=1.0E-4 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=50.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 noSLOD=false assume_single_sample_reads=null abort_at_too_much_coverage=-1 min_base_quality_score=17 min_mapping_quality_score=20 max_mismatches_in_40bp_window=3 use_reads_with_bad_mates=false max_deletion_fraction=0.05 min_indel_count_for_genotyping=5 indel_heterozygosity=1.25E-4 insertionStartProbability=0.001 insertionEndProbability=0.5 alphaDeletionProbability=0.001 indelGapContinuationPenalty=10.0 indelGapOpenPenalty=40.0 indelHaplotypeSize=80 doContextDependentGapPenalties=false indelDebug=false s1=null s2=null dovit=false newlike=false exactCalculation=LINEAR_EXPERIMENTAL output_all_callable_bases=false genotype=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub verbose_mode=null metrics_file=null annotation=[]"
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21 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT catura
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22 85-ref 25 . C T 2362.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2843;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.24;SB=-0.01;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:62:99:2396,187,0
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23 85-ref 184 . A G 651.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.5566;MQ=36.13;MQ0=0;QD=5.05;SB=-26.62;sumGLbyD=5.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,32:115:99:682,0,2813
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24 85-ref 190 . T G 683.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1354;MQ=36.18;MQ0=0;QD=5.51;SB=-26.62;sumGLbyD=5.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,32:115:99:714,0,2796
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25 85-ref 371 . G T 1898.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.67;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=31.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:53:99:1931,159,0
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26 85-ref 388 . G T 2284.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8151;MQ=36.39;MQ0=0;QD=33.10;SB=39.31;sumGLbyD=33.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:65:99:2317,156,0
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27 85-ref 425 . A G 564.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8526;MQ=35.84;MQ0=0;QD=12.83;SB=-0.01;sumGLbyD=13.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:42:99:595,0,698
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28 85-ref 445 . C T 381.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3130;MQ=35.38;MQ0=0;QD=10.03;SB=-26.62;sumGLbyD=10.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:30:99:411,0,499
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29 85-ref 453 . T C 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=35.23;MQ0=0;QD=33.00;SB=-29.63;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:32:96.29:1188,96,0
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30 85-ref 501 . A G 1092.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1520;MQ=36.43;MQ0=0;QD=12.27;SB=-36.31;sumGLbyD=12.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:81:99:1122,0,1373
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31 85-ref 513 . A G 2611.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=36.47;MQ0=0;QD=34.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:71:99:2644,214,0
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32 85-ref 781 . T G 1561.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1245;MQ=36.65;MQ0=0;QD=17.95;SB=-0.01;sumGLbyD=18.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,53:81:99:1591,0,897
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33 85-ref 809 . G A 1304.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9879;MQ=35.46;MQ0=0;QD=32.62;SB=-0.01;sumGLbyD=33.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:39:80.32:1338,80,0
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34 85-ref 832 . T G 176.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.19;MQ0=0;QD=13.60;SB=-53.24;sumGLbyD=15.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:207,0,145
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35 85-ref 838 . T C 140.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=11.69;SB=-53.24;sumGLbyD=14.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:170,0,150
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36 85-ref 847 . G C 267.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=29.71;SB=-0.01;sumGLbyD=33.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:300,27,0
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37 85-ref 851 . A G 55.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=6.95;SB=-0.01;sumGLbyD=10.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:85.58:86,0,130
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38 85-ref 876 . T G 62.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-28.84;sumGLbyD=31.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0
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39 178-ref 1706 . C A 181.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.87;MQ0=0;QD=20.12;SB=-29.50;sumGLbyD=23.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:6:18.05:214,18,0
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40 178-ref 1749 . C T 3717.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.7410;MQ=36.57;MQ0=0;QD=28.82;SB=-147.69;sumGLbyD=28.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:102:99:3660,301,0
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41 178-ref 1828 . G A 1619.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6630;MQ=36.78;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:43:99:1652,129,0
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42 178-ref 1977 . A G 4743.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7463;MQ=36.16;MQ0=0;QD=35.13;SB=-29.63;sumGLbyD=35.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:127:99:4743,382,0
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43 178-ref 1985 . G A 4000.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3549;MQ=36.16;MQ0=0;QD=32.79;SB=-29.63;sumGLbyD=32.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:109:99:4000,328,0
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44 178-ref 2060 . A G 3374.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=35.90;SB=-71.82;sumGLbyD=35.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:89:99:3375,268,0
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45 178-ref 2111 . A C 5434.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4529;MQ=34.97;MQ0=0;QD=35.75;SB=-690.42;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:149:99:5434,448,0
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46 178-ref 2121 . G T 5263.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9230;MQ=35.10;MQ0=0;QD=33.74;SB=-585.43;sumGLbyD=33.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:146:99:5226,436,0
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47 178-ref 2218 . C T 6815.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0245;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.45;SB=-0.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,181:181:99:6785,515,0
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48 178-ref 2285 . A T 3039.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5410;MQ=36.89;MQ0=0;QD=33.03;SB=-21.67;sumGLbyD=33.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:84:99:3072,250,0
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49 178-ref 2374 . T G 141.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5490;MQ=33.85;MQ0=0;QD=14.13;SB=3.29;sumGLbyD=17.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:8:35.20:171,0,35
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50 178-ref 2463 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
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51 178-ref 2471 . A G 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:53.17:74,0,53
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52 178-ref 2477 . G A 15.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=2.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:45.02:45,0,111
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53 178-ref 2479 . C T 15.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=2.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:45.02:45,0,111
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54 178-ref 2497 . T C 141.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=30.91;MQ0=0;QD=15.72;SB=3.00;sumGLbyD=19.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:69.28:171,0,69
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55 178-ref 2511 . G A 60.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=15.16;SB=-0.01;sumGLbyD=23.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:93,9,0
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56 205-ref 31 . G C 21128.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=923;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=37.5216;MQ=36.67;MQ0=0;QD=22.89;SB=-504.45;sumGLbyD=19.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:366,554:915:99:18326,0,11117
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57 205-ref 47 . G A 14802.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.1172;MQ=36.77;MQ0=0;QD=14.80;SB=-62.35;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:597,395:969:99:11803,0,19124
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58 205-ref 115 . C T 19388.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=73.2583;MQ=36.81;MQ0=0;QD=19.39;SB=6.01;sumGLbyD=16.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:385,610:856:99:16788,0,9848
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59 205-ref 196 . T C 21765.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=69.8949;MQ=35.86;MQ0=0;QD=21.77;SB=-386.76;sumGLbyD=19.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:356,635:916:99:19005,0,9010
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60 205-ref 204 . A T 21629.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=977;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=63.9684;MQ=35.90;MQ0=0;QD=22.14;SB=-245.85;sumGLbyD=19.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:352,623:905:99:18875,0,8882
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61 205-ref 272 . C G 21945.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=984;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=72.3517;MQ=36.73;MQ0=0;QD=22.30;SB=-61.66;sumGLbyD=19.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:355,626:904:99:19189,0,8707
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62 205-ref 298 . C G 81.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=320;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.6105;MQ=36.40;MQ0=0;QD=0.25;SB=33.09;sumGLbyD=0.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:288,32:273:99:111,0,8406
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63 205-ref 328 . G A 19965.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=115.2540;MQ=36.44;MQ0=0;QD=19.97;SB=-775.09;sumGLbyD=17.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:355,641:782:99:17536,0,7257
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364 363-ref 440 . C G 16.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.9618;MQ=34.22;MQ0=0;QD=2.09;SB=-0.01;sumGLbyD=5.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:8:46.61:47,0,178
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365 363-ref 531 . A T 964.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.47;MQ0=0;QD=22.96;SB=-0.01;sumGLbyD=23.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:30:90.19:997,90,0
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