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##INFO=<ID=PR,Number=0,Type=Flag,Description="Provisional reference allele, may not be based on real reference genome">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##SnpEffVersion="4.3t (build 2017-11-24 10:18), by Pablo Cingolani"
##SnpEffCmd="SnpEff  -o vcf -no-downstream -no-upstream myspecies -s ... ... "
##INFO=<ID=ANN,Number=.,Type=String,Description="Functional annotations: 'Allele | Annotation | Annotation_Impact | Gene_Name | Gene_ID | Feature_Type | Feature_ID | Transcript_BioType | Rank | HGVS.c | HGVS.p | cDNA.pos / cDNA.length | CDS.pos / CDS.length | AA.pos / AA.length | Distance | ERRORS / WARNINGS / INFO' ">
##INFO=<ID=LOF,Number=.,Type=String,Description="Predicted loss of function effects for this variant. Format: 'Gene_Name | Gene_ID | Number_of_transcripts_in_gene | Percent_of_transcripts_affected'">
##INFO=<ID=NMD,Number=.,Type=String,Description="Predicted nonsense mediated decay effects for this variant. Format: 'Gene_Name | Gene_ID | Number_of_transcripts_in_gene | Percent_of_transcripts_affected'">
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3	15067704	SNP-3.15066350.	A	G	.	.	PR;ANN=G|missense_variant|MODERATE|LOC_Os03g26350|LOC_Os03g26350|transcript|LOC_Os03g26350.1|protein_coding|5/9|c.632A>G|p.Pro211Arg|632/2523|632/2523|211/840||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	0/1	0/0	0/0	1/1	0/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/1	0/1	0/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/1	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0
3	15067776	SNP-3.15066422.	A	G	.	.	PR;ANN=G|missense_variant|MODERATE|LOC_Os03g26350|LOC_Os03g26350|transcript|LOC_Os03g26350.1|protein_coding|5/9|c.704A>G|p.Val235Gly|704/2523|704/2523|235/840||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	./.	0/0	0/1	./.	./.	./.	./.	1/1	./.	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	0/1	1/1	./.	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	./.	0/0	0/0	./.	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	./.	1/1	./.	0/0	0/0	./.	1/1	./.	./.	1/1	0/1	0/0	1/1	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/1	./.	./.	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	./.	./.	./.	1/1	./.	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	./.	0/0	0/0	1/1
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3	15225273	SNP-3.15223919.	A	G	.	.	PR;ANN=G|missense_variant|MODERATE|LOC_Os03g26650|LOC_Os03g26650|transcript|LOC_Os03g26650.1|protein_coding|3/3|c.466A>G|p.Leu156Val|615/953|466/474|156/157||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,G|missense_variant|MODERATE|LOC_Os03g26650|LOC_Os03g26650|transcript|LOC_Os03g26650.2|protein_coding|2/2|c.466A>G|p.Leu156Val|1112/1450|466/474|156/157||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	./.	./.	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	./.	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	./.	./.	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	./.	./.	1/1	1/1	./.	./.	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	./.	./.	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	./.	0/0	1/1
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3	15329912	SNP-3.15328558.	A	G	.	.	PR;ANN=G|intron_variant|MODIFIER|LOC_Os03g26870|LOC_Os03g26870|transcript|LOC_Os03g26870.1|protein_coding|1/9|c.-116-20A>G||||||,G|intron_variant|MODIFIER|LOC_Os03g26870|LOC_Os03g26870|transcript|LOC_Os03g26870.2|protein_coding|1/8|c.-1641-20A>G||||||	GT	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/1	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	./.	./.	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/1	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	0/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	./.	1/1	0/0	./.
3	15331834	SNP-3.15330480.	A	G	.	.	PR;ANN=G|5_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g26870|LOC_Os03g26870|transcript|LOC_Os03g26870.2|protein_coding|4/9|c.-1077A>G|||||1077|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,G|intron_variant|MODIFIER|LOC_Os03g26870|LOC_Os03g26870|transcript|LOC_Os03g26870.1|protein_coding|4/9|c.252+197A>G||||||	GT	./.	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	./.	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	./.	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	./.
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3	15333774	SNP-3.15332420.	A	G	.	.	PR;ANN=G|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g26870|LOC_Os03g26870|transcript|LOC_Os03g26870.1|protein_coding|9/10|c.720A>G|p.Leu240Leu|1029/2055|720/1209|240/402||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,G|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g26870|LOC_Os03g26870|transcript|LOC_Os03g26870.2|protein_coding|8/9|c.498A>G|p.Leu166Leu|2332/3358|498/987|166/328||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/1	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	0/1	0/1	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0
3	15333798	SNP-3.15332444.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g26870|LOC_Os03g26870|transcript|LOC_Os03g26870.1|protein_coding|9/10|c.744C>A|p.Ser248Ser|1053/2055|744/1209|248/402||,A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g26870|LOC_Os03g26870|transcript|LOC_Os03g26870.2|protein_coding|8/9|c.522C>A|p.Ser174Ser|2356/3358|522/987|174/328||	GT	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	./.	./.	0/0	0/0	./.	1/1	./.	0/0	./.	./.	1/1	./.	./.	./.	./.	./.	1/1	1/1	./.	./.	1/1	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	./.	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	1/1	./.	./.	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	0/1	0/0	0/0	./.	./.	0/0	1/1	./.	./.	0/0	0/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0
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3	15824185	SNP-3.15822831.	C	A	.	.	PR;ANN=A|3_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g27590|LOC_Os03g27590|transcript|LOC_Os03g27590.1|protein_coding|12/12|c.*27G>T|||||27|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,A|3_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g27590|LOC_Os03g27590|transcript|LOC_Os03g27590.2|protein_coding|12/12|c.*960G>T|||||1505|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,A|3_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g27590|LOC_Os03g27590|transcript|LOC_Os03g27590.3|protein_coding|8/8|c.*969G>T|||||1964|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	1/1	./.	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	./.	./.	./.	./.	./.	./.	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	./.	./.	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	./.	./.	0/0	./.	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	./.	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	./.	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0
3	15824804	SNP-3.15823450.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g27590|LOC_Os03g27590|transcript|LOC_Os03g27590.1|protein_coding|11/12|c.1281G>T|p.Thr427Thr|1318/1999|1281/1413|427/470||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,A|3_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g27590|LOC_Os03g27590|transcript|LOC_Os03g27590.2|protein_coding|11/12|c.*801G>T|||||886|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,A|3_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g27590|LOC_Os03g27590|transcript|LOC_Os03g27590.3|protein_coding|8/8|c.*350G>T|||||1345|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	./.	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/1	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/1	0/1	./.	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	./.	./.	1/1	0/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	0/1	0/0	0/0	1/1	0/1	0/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/1	1/1	0/1	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/1	./.	0/0	1/1	0/0
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3	16112054	SNP-3.16110700.	C	A	.	.	PR;ANN=A|intergenic_region|MODIFIER|LOC_Os03g28020-LOC_Os03g28030|LOC_Os03g28020-LOC_Os03g28030|intergenic_region|LOC_Os03g28020-LOC_Os03g28030|||n.16112054C>A||||||	GT	0/1	0/0	0/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	./.	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/1	./.	0/1	0/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	0/1	0/0	./.	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/1	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	./.	0/0	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	./.	0/1	0/0	./.	0/1	0/0	0/0	0/0
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3	16353769	SNP-3.16352415.	C	A	.	.	PR;ANN=A|stop_gained|HIGH|LOC_Os03g28380|LOC_Os03g28380|transcript|LOC_Os03g28380.1|protein_coding|3/4|c.1531G>T|p.Lys511*|1531/2115|1531/2115|511/704||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME;LOF=(LOC_Os03g28380|LOC_Os03g28380|1|1.00);NMD=(LOC_Os03g28380|LOC_Os03g28380|1|1.00)	GT	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	./.	./.	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	./.	1/1	./.	./.	0/0	./.	./.	./.	0/0	./.	0/0	./.	0/0	./.	0/0	./.	./.	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	./.	./.	./.	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	./.	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	./.	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0
3	16356870	SNP-3.16355516.	A	G	.	.	PR;ANN=G|intergenic_region|MODIFIER|LOC_Os03g28380-LOC_Os03g28389|LOC_Os03g28380-LOC_Os03g28389|intergenic_region|LOC_Os03g28380-LOC_Os03g28389|||n.16356870A>G||||||	GT	./.	0/1	0/0	./.	0/0	0/1	0/0	0/1	./.	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/1	1/1	./.	./.	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	./.	1/1	1/1	0/0	0/1	1/1	./.	1/1	0/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	./.	./.	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/1	0/0	1/1	./.	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	./.	./.	./.	0/1	./.	1/1	0/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/1	0/1	1/1	./.	0/1	./.	0/0	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	0/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	0/1
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3	16516237	SNP-3.16514881.	C	A	.	.	PR;ANN=A|intergenic_region|MODIFIER|LOC_Os03g29065-LOC_Os03g29075|LOC_Os03g29065-LOC_Os03g29075|intergenic_region|LOC_Os03g29065-LOC_Os03g29075|||n.16516237C>A||||||	GT	./.	1/1	./.	1/1	./.	0/0	./.	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	./.	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	./.	1/1	0/0	0/0	./.	./.	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	1/1	./.	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	1/1	./.	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	1/1	./.	./.	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	./.	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	1/1
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3	16876766	SNP-3.16875639.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g29600|LOC_Os03g29600|transcript|LOC_Os03g29600.1|protein_coding|9/9|c.2185C>A|p.Thr729Thr|2185/2397|2185/2397|729/798||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	1/1	./.	./.	0/0	1/1	0/0	./.	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/1	0/1	./.	1/1	1/1	./.	0/0	1/1	1/1	0/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0
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3	16908694	SNP-3.16907567.	A	G	.	.	PR;ANN=G|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g29650|LOC_Os03g29650|transcript|LOC_Os03g29650.1|protein_coding|6/7|c.3500A>G|p.Gly1167Gly|3500/4980|3500/4980|1167/1659||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	0/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	0/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	0/1	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	./.	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	./.	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	./.	./.	./.	0/1	0/0	1/1	./.	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	./.	./.	0/1	0/1	./.	1/1	./.	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	./.	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	./.	./.
3	16911094	SNP-3.16909967.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g29660|LOC_Os03g29660|transcript|LOC_Os03g29660.1|protein_coding|6/7|c.1983G>T|p.Leu661Leu|1983/2472|1983/2472|661/823||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	0/1	0/1	0/0	1/1	./.	1/1	0/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/1	0/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	0/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0
3	16912862	SNP-3.16911735.	A	G	.	.	PR;ANN=G|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g29660|LOC_Os03g29660|transcript|LOC_Os03g29660.1|protein_coding|1/7|c.594T>C|p.Ala198Ala|594/2472|594/2472|198/823||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	0/0	1/1	0/0	./.	./.	./.	./.	0/0	./.	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	1/1	./.	1/1	./.	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	1/1	./.	1/1	./.	0/0	./.	./.	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	./.	./.	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	./.	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	./.	./.	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0
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3	16966140	SNP-3.16965013.	A	G	.	.	PR;ANN=G|intron_variant|MODIFIER|LOC_Os03g29760|LOC_Os03g29760|transcript|LOC_Os03g29760.1|protein_coding|1/6|c.-42+732A>G||||||,G|intron_variant|MODIFIER|LOC_Os03g29760|LOC_Os03g29760|transcript|LOC_Os03g29760.3|protein_coding|1/6|c.-37+732A>G||||||	GT	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	./.	0/0	./.	./.	0/0	./.	0/0	./.	./.	./.	./.	1/1	0/0	./.	./.	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	./.	./.	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	./.	0/0	./.	./.	./.	1/1	0/0	./.	0/0	./.	./.	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	./.	./.	./.	./.	./.	./.	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0
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3	17023931	SNP-3.17022804.	A	G	.	.	PR;ANN=G|intergenic_region|MODIFIER|LOC_Os03g29864-LOC_Os03g29880|LOC_Os03g29864-LOC_Os03g29880|intergenic_region|LOC_Os03g29864-LOC_Os03g29880|||n.17023931A>G||||||	GT	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	0/1	0/1	1/1	0/1	./.	./.	1/1	1/1	0/1	1/1	./.	0/1	./.	1/1	./.	0/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/1	0/1	./.	./.	0/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	0/1	0/0	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	0/1	./.	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/1	./.	0/0	0/1	1/1	./.	./.	0/1	1/1	./.	./.	0/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/1	1/1	./.	1/1	0/1	0/0	0/1
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3	17180994	SNP-3.17179803.	A	G	.	.	PR;ANN=G|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g30100|LOC_Os03g30100|transcript|LOC_Os03g30100.1|protein_coding|6/8|c.1590A>G|p.Leu530Leu|1590/1866|1590/1866|530/621||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	./.	./.	1/1	./.	./.	0/0	./.	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	./.	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	./.	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	./.	./.	1/1	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	./.	1/1
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3	17312803	SNP-3.17311612.	C	A	.	.	PR;ANN=A|missense_variant|MODERATE|LOC_Os03g30360|LOC_Os03g30360|transcript|LOC_Os03g30360.1|protein_coding|1/5|c.101C>A|p.Val34Glu|101/1884|101/1884|34/627||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	./.	0/0	1/1	0/1	0/0	0/0	./.	0/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	./.	0/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	0/1	0/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	./.	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	./.	0/1	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0
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3	17407646	SNP-3.17406455.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g30510|LOC_Os03g30510|transcript|LOC_Os03g30510.1|protein_coding|7/11|c.1569C>A|p.Glu523Glu|1569/2442|1569/2442|523/813||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	0/1	0/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0
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3	17412479	SNP-3.17411288.	C	A	.	.	PR;ANN=A|splice_region_variant&synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g30519|LOC_Os03g30519|transcript|LOC_Os03g30519.1|protein_coding|1/2|c.450G>T|p.Ala150Ala|476/2739|450/477|150/158||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,A|splice_region_variant&synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g30519|LOC_Os03g30519|transcript|LOC_Os03g30519.2|protein_coding|1/3|c.450G>T|p.Ala150Ala|476/1622|450/477|150/158||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	./.	./.	0/0	./.	./.	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	./.	./.	1/1	0/0	./.	1/1	./.	./.	./.	0/0	./.	0/0	./.	./.	./.	0/0	./.	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	./.	./.	./.	0/0	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0
3	17415865	SNP-3.17414646.	C	A	.	.	PR;ANN=A|intergenic_region|MODIFIER|LOC_Os03g30519-LOC_Os03g30530|LOC_Os03g30519-LOC_Os03g30530|intergenic_region|LOC_Os03g30519-LOC_Os03g30530|||n.17415865C>A||||||	GT	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	1/1	./.	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	1/1	./.	./.	./.	0/0	./.	1/1	0/0	./.	./.	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	./.	0/0	1/1	./.	0/0	./.	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	./.	0/0	./.	0/0	./.	1/1	./.	./.	./.	./.	./.	./.	./.	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0
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3	17457271	SNP-3.17456052.	C	A	.	.	PR;ANN=A|intergenic_region|MODIFIER|LOC_Os03g30580-LOC_Os03g30590|LOC_Os03g30580-LOC_Os03g30590|intergenic_region|LOC_Os03g30580-LOC_Os03g30590|||n.17457271C>A||||||	GT	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/1	0/0	1/1	0/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	./.	0/1	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	./.	0/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	./.	0/1	0/0	0/1	0/0	./.	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0
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3	17676214	SNP-3.17674995.	C	A	.	.	PR;ANN=A|5_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g31026|LOC_Os03g31026|transcript|LOC_Os03g31026.1|protein_coding|2/4|c.-484C>A|||||484|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,A|5_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g31026|LOC_Os03g31026|transcript|LOC_Os03g31026.2|protein_coding|2/3|c.-484C>A|||||484|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	0/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	0/0	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/1	0/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/1	1/1	0/0	1/1	0/1	0/0	0/1	1/1	0/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0
3	17676653	SNP-3.17675434.	A	G	.	.	PR;ANN=G|5_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g31026|LOC_Os03g31026|transcript|LOC_Os03g31026.1|protein_coding|2/4|c.-45A>G|||||45|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,G|5_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g31026|LOC_Os03g31026|transcript|LOC_Os03g31026.2|protein_coding|2/3|c.-45A>G|||||45|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	./.	0/1	1/1	0/1	0/1	0/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	./.	./.	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/1	./.	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	1/1	1/1	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	0/1	0/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	./.	1/1	0/0	1/1
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3	17698502	SNP-3.17697283.	C	A	.	.	PR;ANN=A|missense_variant|MODERATE|LOC_Os03g31060|LOC_Os03g31060|transcript|LOC_Os03g31060.1|protein_coding|6/7|c.999C>A|p.Phe333Leu|999/1857|999/1857|333/618||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0
3	17698841	SNP-3.17697622.	C	A	.	.	PR;ANN=A|stop_gained|HIGH|LOC_Os03g31060|LOC_Os03g31060|transcript|LOC_Os03g31060.1|protein_coding|6/7|c.1338C>A|p.Tyr446*|1338/1857|1338/1857|446/618||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME;LOF=(LOC_Os03g31060|LOC_Os03g31060|1|1.00);NMD=(LOC_Os03g31060|LOC_Os03g31060|1|1.00)	GT	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/1	0/1	0/1	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	./.	0/0	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/1	1/1	1/1	0/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/1	0/0	0/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0
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3	18158943	SNP-3.18157724.	C	A	.	.	PR;ANN=A|5_prime_UTR_variant|MODIFIER|LOC_Os03g31750|LOC_Os03g31750|transcript|LOC_Os03g31750.2|protein_coding|1/17|c.-75G>T|||||343|WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME,A|intron_variant|MODIFIER|LOC_Os03g31750|LOC_Os03g31750|transcript|LOC_Os03g31750.3|protein_coding|2/17|c.475-340G>T||||||,A|intron_variant|MODIFIER|LOC_Os03g31750|LOC_Os03g31750|transcript|LOC_Os03g31750.1|protein_coding|2/17|c.475-340G>T||||||	GT	0/0	0/0	1/1	./.	./.	0/0	./.	0/0	./.	./.	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	./.	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	1/1	./.	./.	0/0	./.	./.	./.	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	./.	./.	1/1	./.	0/0	0/0	./.	0/0	./.	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	./.	./.	0/0	./.	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	./.	./.	0/0	./.	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	./.	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	./.	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0
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3	18435790	SNP-3.18434571.	C	A	.	.	PR;ANN=A|intergenic_region|MODIFIER|LOC_Os03g32220-LOC_Os03g32230|LOC_Os03g32220-LOC_Os03g32230|intergenic_region|LOC_Os03g32220-LOC_Os03g32230|||n.18435790C>A||||||	GT	0/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0
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3	18759891	SNP-3.18758650.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g32770|LOC_Os03g32770|transcript|LOC_Os03g32770.1|protein_coding|3/3|c.880C>A|p.Thr294Thr|880/1431|880/1431|294/476||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	./.	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	1/1	0/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/1	0/1	0/0	./.	0/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/1	1/1	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/1	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	./.	1/1	0/0	0/1	0/0	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	./.	1/1	1/1	0/0
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3	18779415	SNP-3.18778174.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g32820|LOC_Os03g32820|transcript|LOC_Os03g32820.1|protein_coding|2/2|c.282C>A|p.Ser94Ser|282/828|282/828|94/275||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	./.	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/1	0/1	1/1	1/1	0/1	0/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/1	0/1	0/1	1/1	0/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/1	./.	./.	./.	0/0	1/1	0/0	./.	./.	0/1	0/0	0/1	0/0	0/1	./.	./.	1/1	0/1	0/0	0/0	./.	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	./.	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	./.	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	./.	0/0	0/0	1/1	0/0
3	18779525	SNP-3.18778284.	A	G	.	.	PR;ANN=G|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g32820|LOC_Os03g32820|transcript|LOC_Os03g32820.1|protein_coding|2/2|c.392A>G|p.Trp131Trp|392/828|392/828|131/275||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	./.	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	./.	./.	1/1	1/1	./.	./.	./.	./.	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	./.	./.	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	0/0	./.	./.	0/0	0/0	./.	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	./.	1/1	./.	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	./.	./.	0/0	./.	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	./.	./.	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1
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3	18967396	SNP-3.18966155.	A	G	.	.	PR;ANN=G|missense_variant|MODERATE|LOC_Os03g33160|LOC_Os03g33160|transcript|LOC_Os03g33160.1|protein_coding|4/6|c.891T>C|p.Lys297Asn|891/1938|891/1938|297/645||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/1	0/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1
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3	18968191	SNP-3.18966950.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g33160|LOC_Os03g33160|transcript|LOC_Os03g33160.1|protein_coding|3/6|c.275G>T|p.Ile92Ile|275/1938|275/1938|92/645||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/1	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	./.	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0
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3	19129577	SNP-3.19128336.	C	A	.	.	PR;ANN=A|splice_region_variant&synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g33490|LOC_Os03g33490|transcript|LOC_Os03g33490.1|protein_coding|1/2|c.201G>T|p.Thr67Thr|201/357|201/357|67/118||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	./.	1/1	1/1	./.	./.	./.	0/0	0/0	./.	./.	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	./.	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	./.	1/1	0/0
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3	19417344	SNP-3.19415854.	C	A	.	.	PR;ANN=A|intergenic_region|MODIFIER|LOC_Os03g34040-LOC_Os03g34070|LOC_Os03g34040-LOC_Os03g34070|intergenic_region|LOC_Os03g34040-LOC_Os03g34070|||n.19417344C>A||||||	GT	./.	1/1	0/0	1/1	./.	./.	./.	./.	1/1	1/1	./.	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	./.	1/1	0/0	./.	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	./.	0/0	./.	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	./.	./.	1/1	./.	./.	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	0/0	./.	1/1	./.	0/0	./.	1/1	0/0	./.	./.	1/1	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	./.	1/1	./.	1/1	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	./.	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	./.	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0
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3	19631305	SNP-3.19629815.	C	A	.	.	PR;ANN=A|splice_acceptor_variant&intron_variant|HIGH|LOC_Os03g35400|LOC_Os03g35400|transcript|LOC_Os03g35400.1|protein_coding|4/8|c.644-2G>T||||||;LOF=(LOC_Os03g35400|LOC_Os03g35400|1|1.00)	GT	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/1	./.	0/0	0/1	1/1	./.	0/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1
3	19632687	SNP-3.19631197.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g35400|LOC_Os03g35400|transcript|LOC_Os03g35400.1|protein_coding|1/9|c.24G>T|p.Ile8Ile|24/1653|24/1653|8/550||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	1/1	./.	1/1	./.	./.	./.	./.	./.	1/1	0/0	./.	./.	./.	./.	./.	./.	./.	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	./.	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/1	0/0	1/1	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	0/0	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0
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3	19656379	SNP-3.19654889.	C	A	.	.	PR;ANN=A|synonymous_variant|LOW|LOC_Os03g35454|LOC_Os03g35454|transcript|LOC_Os03g35454.1|protein_coding|11/11|c.3275G>T|p.Leu1092Leu|3275/3633|3275/3633|1092/1210||WARNING_REF_DOES_NOT_MATCH_GENOME	GT	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0
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3	19778078	SNP-3.19776588.	C	A	.	.	PR;ANN=A|stop_gained|HIGH|LOC_Os03g35710|LOC_Os03g35710|transcript|LOC_Os03g35710.1|protein_coding|4/8|c.700G>T|p.Glu234*|700/1521|700/1521|234/506||;LOF=(LOC_Os03g35710|LOC_Os03g35710|1|1.00);NMD=(LOC_Os03g35710|LOC_Os03g35710|1|1.00)	GT	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/0	./.	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/1	0/1	0/1	0/1	0/0	0/0	0/0	./.	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	./.	./.	0/0	./.	0/0	0/1	0/0	./.	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	1/1	0/0	1/1	./.	./.	1/1	0/1	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	./.	./.	1/1	./.	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	./.	./.	./.	./.	0/0	./.	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	./.	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	./.	0/0	0/0	./.	./.	0/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	./.	./.	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	./.	0/1	0/1	./.	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	./.	0/0	./.	./.	0/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	0/0	0/0	./.	0/0	0/0	./.	./.	./.	0/0	./.	./.	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	./.	1/1	1/1	0/0	0/1	0/0	0/0	1/1	0/1
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