Mercurial > repos > devteam > bowtie_color_wrappers
changeset 1:2506bd84cc54 draft
Updated command line format per dev team standards.
| author | Dave B. <dave@bx.psu.edu> |
|---|---|
| date | Mon, 01 Apr 2013 14:30:05 -0400 |
| parents | fd0914e451c5 |
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| files | bowtie_color_wrapper.xml |
| diffstat | 1 files changed, 80 insertions(+), 80 deletions(-) [+] |
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--- a/bowtie_color_wrapper.xml Mon Nov 26 09:47:13 2012 -0500 +++ b/bowtie_color_wrapper.xml Mon Apr 01 14:30:05 2013 -0400 @@ -8,28 +8,28 @@ ## Hackish setting of number of threads --threads="4" ## Outputs - --output=$output + --output="${output}" #if str( $singlePaired.sPaired ) == "single" #if $output_unmapped_reads_l - --output_unmapped_reads=$output_unmapped_reads_l + --output_unmapped_reads="${output_unmapped_reads_l}" #end if #if $output_suppressed_reads_l - --output_suppressed_reads=$output_suppressed_reads_l + --output_suppressed_reads="${output_suppressed_reads_l}" #end if #else #if $output_unmapped_reads_l and $output_unmapped_reads_r - --output_unmapped_reads_l=$output_unmapped_reads_l - --output_unmapped_reads_r=$output_unmapped_reads_r + --output_unmapped_reads_l="${output_unmapped_reads_l}" + --output_unmapped_reads_r="${output_unmapped_reads_r}" #end if #if $output_suppressed_reads_l and $output_suppressed_reads_l - --output_suppressed_reads_l=$output_suppressed_reads_l - --output_suppressed_reads_r=$output_suppressed_reads_r + --output_suppressed_reads_l="${output_suppressed_reads_l}" + --output_suppressed_reads_r="${output_suppressed_reads_r}" #end if #end if ## Inputs --dataType="solid" - --suppressHeader=$suppressHeader - --genomeSource=$refGenomeSource.genomeSource + --suppressHeader="${suppressHeader}" + --genomeSource="${refGenomeSource.genomeSource}" #if $refGenomeSource.genomeSource == "history": ##index already exists #if $refGenomeSource.ownFile.extension.startswith( 'bowtie_' ): @@ -38,97 +38,97 @@ --do_not_build_index #else: ##build index on the fly - --ref=$refGenomeSource.ownFile - --indexSettings=$refGenomeSource.indexParams.indexSettings + --ref="${refGenomeSource.ownFile}" + --indexSettings="${refGenomeSource.indexParams.indexSettings}" #if $refGenomeSource.indexParams.indexSettings == "indexFull": - --iautoB=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB + --iautoB="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB}" #if $refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB == "set": - --ipacked=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.packed - --ibmax=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmax - --ibmaxdivn=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmaxdivn - --idcv=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.dcv + --ipacked="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.packed}" + --ibmax="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmax}" + --ibmaxdivn="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmaxdivn}" + --idcv="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.dcv}" #end if - --inodc=$refGenomeSource.indexParams.nodc - --inoref=$refGenomeSource.indexParams.noref - --ioffrate=$refGenomeSource.indexParams.offrate - --iftab=$refGenomeSource.indexParams.ftab - --intoa=$refGenomeSource.indexParams.ntoa - --iendian=$refGenomeSource.indexParams.endian - --iseed=$refGenomeSource.indexParams.seed - --icutoff=$refGenomeSource.indexParams.cutoff + --inodc="${refGenomeSource.indexParams.nodc}" + --inoref="${refGenomeSource.indexParams.noref}" + --ioffrate="${refGenomeSource.indexParams.offrate}" + --iftab="${refGenomeSource.indexParams.ftab}" + --intoa="${refGenomeSource.indexParams.ntoa}" + --iendian="${refGenomeSource.indexParams.endian}" + --iseed="${refGenomeSource.indexParams.seed}" + --icutoff="${refGenomeSource.indexParams.cutoff}" #end if #end if #else ##use pre-built index --ref="${refGenomeSource.index.fields.path}" #end if - --paired=$singlePaired.sPaired + --paired="${singlePaired.sPaired}" #if $singlePaired.sPaired == "single": - --input1=$singlePaired.sInput1 - --params=$singlePaired.sParams.sSettingsType + --input1="${singlePaired.sInput1}" + --params="${singlePaired.sParams.sSettingsType}" #if $singlePaired.sParams.sSettingsType == "full": - --skip=$singlePaired.sParams.sSkip - --alignLimit=$singlePaired.sParams.sAlignLimit - --trimH=$singlePaired.sParams.sTrimH - --trimL=$singlePaired.sParams.sTrimL - --mismatchSeed=$singlePaired.sParams.sMismatchSeed - --mismatchQual=$singlePaired.sParams.sMismatchQual - --seedLen=$singlePaired.sParams.sSeedLen - --rounding=$singlePaired.sParams.sRounding - --maqSoapAlign=$singlePaired.sParams.sMaqSoapAlign - --tryHard=$singlePaired.sParams.sTryHard - --valAlign=$singlePaired.sParams.sValAlign - --allValAligns=$singlePaired.sParams.sAllValAligns - --suppressAlign=$singlePaired.sParams.sSuppressAlign - --best=$singlePaired.sParams.sBestOption.sBest + --skip="${singlePaired.sParams.sSkip}" + --alignLimit="${singlePaired.sParams.sAlignLimit}" + --trimH="${singlePaired.sParams.sTrimH}" + --trimL="${singlePaired.sParams.sTrimL}" + --mismatchSeed="${singlePaired.sParams.sMismatchSeed}" + --mismatchQual="${singlePaired.sParams.sMismatchQual}" + --seedLen="${singlePaired.sParams.sSeedLen}" + --rounding="${singlePaired.sParams.sRounding}" + --maqSoapAlign="${singlePaired.sParams.sMaqSoapAlign}" + --tryHard="${singlePaired.sParams.sTryHard}" + --valAlign="${singlePaired.sParams.sValAlign}" + --allValAligns="${singlePaired.sParams.sAllValAligns}" + --suppressAlign="${singlePaired.sParams.sSuppressAlign}" + --best="${singlePaired.sParams.sBestOption.sBest}" #if $singlePaired.sParams.sBestOption.sBest == "doBest": - --maxBacktracks=$singlePaired.sParams.sBestOption.sdMaxBacktracks - --strata=$singlePaired.sParams.sBestOption.sdStrata + --maxBacktracks="${singlePaired.sParams.sBestOption.sdMaxBacktracks}" + --strata="${singlePaired.sParams.sBestOption.sdStrata}" #else: - --maxBacktracks=$singlePaired.sParams.sBestOption.snMaxBacktracks + --maxBacktracks="${singlePaired.sParams.sBestOption.snMaxBacktracks}" #end if - --offrate=$singlePaired.sParams.sOffrate - --seed=$singlePaired.sParams.sSeed - --snpphred=$singlePaired.sParams.sSnpphred - --snpfrac=$singlePaired.sParams.sSnpfrac - --keepends=$singlePaired.sParams.sKeepends + --offrate="${singlePaired.sParams.sOffrate}" + --seed="${singlePaired.sParams.sSeed}" + --snpphred="${singlePaired.sParams.sSnpphred}" + --snpfrac="${singlePaired.sParams.sSnpfrac}" + --keepends="${singlePaired.sParams.sKeepends}" #end if #else: - --input1=$singlePaired.pInput1 - --input2=$singlePaired.pInput2 - --maxInsert=$singlePaired.pMaxInsert - --mateOrient=$singlePaired.pMateOrient - 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--allValAligns=$singlePaired.pParams.pAllValAligns - --suppressAlign=$singlePaired.pParams.pSuppressAlign - --best=$singlePaired.pParams.pBestOption.pBest + --skip="${singlePaired.pParams.pSkip}" + --alignLimit="${singlePaired.pParams.pAlignLimit}" + --trimH="${singlePaired.pParams.pTrimH}" + --trimL="${singlePaired.pParams.pTrimL}" + --mismatchSeed="${singlePaired.pParams.pMismatchSeed}" + --mismatchQual="${singlePaired.pParams.pMismatchQual}" + --seedLen="${singlePaired.pParams.pSeedLen}" + --rounding="${singlePaired.pParams.pRounding}" + --maqSoapAlign="${singlePaired.pParams.pMaqSoapAlign}" + --minInsert="${singlePaired.pParams.pMinInsert}" + --maxAlignAttempt="${singlePaired.pParams.pMaxAlignAttempt}" + --forwardAlign="${singlePaired.pParams.pForwardAlign}" + --reverseAlign="${singlePaired.pParams.pReverseAlign}" + --tryHard="${singlePaired.pParams.pTryHard}" + --valAlign="${singlePaired.pParams.pValAlign}" + --allValAligns="${singlePaired.pParams.pAllValAligns}" + --suppressAlign="${singlePaired.pParams.pSuppressAlign}" + --best="${singlePaired.pParams.pBestOption.pBest}" #if $singlePaired.pParams.pBestOption.pBest == "doBest": - 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