Mercurial > repos > devteam > bowtie_wrappers
changeset 1:e1c59c194b7b draft
Updated command line format per dev team standards.
| author | Dave B. <dave@bx.psu.edu> |
|---|---|
| date | Mon, 01 Apr 2013 14:36:33 -0400 |
| parents | 0c7e4eadfb3c |
| children | 42c4463baaad |
| files | bowtie_wrapper.xml |
| diffstat | 1 files changed, 74 insertions(+), 74 deletions(-) [+] |
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--- a/bowtie_wrapper.xml Mon Nov 26 09:43:28 2012 -0500 +++ b/bowtie_wrapper.xml Mon Apr 01 14:36:33 2013 -0400 @@ -9,30 +9,30 @@ ## Hackish setting of number of threads --threads="4" ## Outputs - --output=$output + --output="${output}" #if str( $singlePaired.sPaired ) == "single" #if $output_unmapped_reads_l - --output_unmapped_reads=$output_unmapped_reads_l + --output_unmapped_reads="${output_unmapped_reads_l}" #end if #if $output_suppressed_reads_l - --output_suppressed_reads=$output_suppressed_reads_l + --output_suppressed_reads="${output_suppressed_reads_l}" #end if --galaxy_input_format="${singlePaired.sInput1.ext}" #else #if $output_unmapped_reads_l and $output_unmapped_reads_r - --output_unmapped_reads_l=$output_unmapped_reads_l - --output_unmapped_reads_r=$output_unmapped_reads_r + --output_unmapped_reads_l="${output_unmapped_reads_l}" + --output_unmapped_reads_r="${output_unmapped_reads_r}" #end if #if $output_suppressed_reads_l and $output_suppressed_reads_l - --output_suppressed_reads_l=$output_suppressed_reads_l - --output_suppressed_reads_r=$output_suppressed_reads_r + --output_suppressed_reads_l="${output_suppressed_reads_l}" + --output_suppressed_reads_r="${output_suppressed_reads_r}" #end if --galaxy_input_format="${singlePaired.pInput1.ext}" #end if ## Inputs --dataType="solexa" ##this indicates that nucleotide base space is used in the wrapper - --suppressHeader=$suppressHeader - --genomeSource=$refGenomeSource.genomeSource + --suppressHeader="${suppressHeader}" + --genomeSource="${refGenomeSource.genomeSource}" #if $refGenomeSource.genomeSource == "history": ##index already exists #if $refGenomeSource.ownFile.extension.startswith( 'bowtie_' ): @@ -41,91 +41,91 @@ --do_not_build_index #else: ##build index on the fly - --ref=$refGenomeSource.ownFile - --indexSettings=$refGenomeSource.indexParams.indexSettings + --ref="${refGenomeSource.ownFile}" + --indexSettings="${refGenomeSource.indexParams.indexSettings}" #if $refGenomeSource.indexParams.indexSettings == "indexFull": - --iautoB=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB + --iautoB="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB}" #if $refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB == "set": - --ipacked=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.packed - --ibmax=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmax - --ibmaxdivn=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmaxdivn - --idcv=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.dcv + --ipacked="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.packed}" + --ibmax="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmax}" + --ibmaxdivn="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmaxdivn}" + --idcv="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.dcv}" #end if - --inodc=$refGenomeSource.indexParams.nodc - --inoref=$refGenomeSource.indexParams.noref - --ioffrate=$refGenomeSource.indexParams.offrate - --iftab=$refGenomeSource.indexParams.ftab - --intoa=$refGenomeSource.indexParams.ntoa - --iendian=$refGenomeSource.indexParams.endian - --iseed=$refGenomeSource.indexParams.seed - --icutoff=$refGenomeSource.indexParams.cutoff + --inodc="${refGenomeSource.indexParams.nodc}" + --inoref="${refGenomeSource.indexParams.noref}" + --ioffrate="${refGenomeSource.indexParams.offrate}" + --iftab="${refGenomeSource.indexParams.ftab}" + --intoa="${refGenomeSource.indexParams.ntoa}" + --iendian="${refGenomeSource.indexParams.endian}" + --iseed="${refGenomeSource.indexParams.seed}" + --icutoff="${refGenomeSource.indexParams.cutoff}" #end if #end if #else ##use pre-built index --ref="${refGenomeSource.index.fields.path}" #end if - --paired=$singlePaired.sPaired + --paired="${singlePaired.sPaired}" #if $singlePaired.sPaired == "single": - --input1=$singlePaired.sInput1 - --params=$singlePaired.sParams.sSettingsType + --input1="${singlePaired.sInput1}" + --params="${singlePaired.sParams.sSettingsType}" #if $singlePaired.sParams.sSettingsType == "full": - --skip=$singlePaired.sParams.sSkip - --alignLimit=$singlePaired.sParams.sAlignLimit - --trimH=$singlePaired.sParams.sTrimH - --trimL=$singlePaired.sParams.sTrimL - --mismatchSeed=$singlePaired.sParams.sMismatchSeed - --mismatchQual=$singlePaired.sParams.sMismatchQual - --seedLen=$singlePaired.sParams.sSeedLen - --rounding=$singlePaired.sParams.sRounding - --maqSoapAlign=$singlePaired.sParams.sMaqSoapAlign - --tryHard=$singlePaired.sParams.sTryHard - --valAlign=$singlePaired.sParams.sValAlign - --allValAligns=$singlePaired.sParams.sAllValAligns - --suppressAlign=$singlePaired.sParams.sSuppressAlign - --best=$singlePaired.sParams.sBestOption.sBest + --skip="${singlePaired.sParams.sSkip}" + --alignLimit="${singlePaired.sParams.sAlignLimit}" + --trimH="${singlePaired.sParams.sTrimH}" + --trimL="${singlePaired.sParams.sTrimL}" + --mismatchSeed="${singlePaired.sParams.sMismatchSeed}" + --mismatchQual="${singlePaired.sParams.sMismatchQual}" + --seedLen="${singlePaired.sParams.sSeedLen}" + --rounding="${singlePaired.sParams.sRounding}" + --maqSoapAlign="${singlePaired.sParams.sMaqSoapAlign}" + --tryHard="${singlePaired.sParams.sTryHard}" + --valAlign="${singlePaired.sParams.sValAlign}" + --allValAligns="${singlePaired.sParams.sAllValAligns}" + --suppressAlign="${singlePaired.sParams.sSuppressAlign}" + --best="${singlePaired.sParams.sBestOption.sBest}" #if $singlePaired.sParams.sBestOption.sBest == "doBest": - --maxBacktracks=$singlePaired.sParams.sBestOption.sdMaxBacktracks - --strata=$singlePaired.sParams.sBestOption.sdStrata + --maxBacktracks="${singlePaired.sParams.sBestOption.sdMaxBacktracks}" + --strata="${singlePaired.sParams.sBestOption.sdStrata}" #else: - --maxBacktracks=$singlePaired.sParams.sBestOption.snMaxBacktracks + --maxBacktracks="${singlePaired.sParams.sBestOption.snMaxBacktracks}" #end if - --offrate=$singlePaired.sParams.sOffrate - --seed=$singlePaired.sParams.sSeed + --offrate="${singlePaired.sParams.sOffrate}" + --seed="${singlePaired.sParams.sSeed}" #end if #else: - --input1=$singlePaired.pInput1 - --input2=$singlePaired.pInput2 - --maxInsert=$singlePaired.pMaxInsert - --mateOrient=$singlePaired.pMateOrient - --params=$singlePaired.pParams.pSettingsType + --input1="${singlePaired.pInput1}" + --input2="${singlePaired.pInput2}" + --maxInsert="${singlePaired.pMaxInsert}" + --mateOrient="${singlePaired.pMateOrient}" + --params="${singlePaired.pParams.pSettingsType}" #if $singlePaired.pParams.pSettingsType == "full": - --skip=$singlePaired.pParams.pSkip - --alignLimit=$singlePaired.pParams.pAlignLimit - --trimH=$singlePaired.pParams.pTrimH - --trimL=$singlePaired.pParams.pTrimL - --mismatchSeed=$singlePaired.pParams.pMismatchSeed - --mismatchQual=$singlePaired.pParams.pMismatchQual - --seedLen=$singlePaired.pParams.pSeedLen - --rounding=$singlePaired.pParams.pRounding - --maqSoapAlign=$singlePaired.pParams.pMaqSoapAlign - --minInsert=$singlePaired.pParams.pMinInsert - --maxAlignAttempt=$singlePaired.pParams.pMaxAlignAttempt - --forwardAlign=$singlePaired.pParams.pForwardAlign - --reverseAlign=$singlePaired.pParams.pReverseAlign - --tryHard=$singlePaired.pParams.pTryHard - --valAlign=$singlePaired.pParams.pValAlign - --allValAligns=$singlePaired.pParams.pAllValAligns - --suppressAlign=$singlePaired.pParams.pSuppressAlign - --best=$singlePaired.pParams.pBestOption.pBest + --skip="${singlePaired.pParams.pSkip}" + --alignLimit="${singlePaired.pParams.pAlignLimit}" + --trimH="${singlePaired.pParams.pTrimH}" + --trimL="${singlePaired.pParams.pTrimL}" + --mismatchSeed="${singlePaired.pParams.pMismatchSeed}" + --mismatchQual="${singlePaired.pParams.pMismatchQual}" + --seedLen="${singlePaired.pParams.pSeedLen}" + --rounding="${singlePaired.pParams.pRounding}" + --maqSoapAlign="${singlePaired.pParams.pMaqSoapAlign}" + --minInsert="${singlePaired.pParams.pMinInsert}" + --maxAlignAttempt="${singlePaired.pParams.pMaxAlignAttempt}" + --forwardAlign="${singlePaired.pParams.pForwardAlign}" + --reverseAlign="${singlePaired.pParams.pReverseAlign}" + --tryHard="${singlePaired.pParams.pTryHard}" + --valAlign="${singlePaired.pParams.pValAlign}" + --allValAligns="${singlePaired.pParams.pAllValAligns}" + --suppressAlign="${singlePaired.pParams.pSuppressAlign}" + --best="${singlePaired.pParams.pBestOption.pBest}" #if $singlePaired.pParams.pBestOption.pBest == "doBest": - --maxBacktracks=$singlePaired.pParams.pBestOption.pdMaxBacktracks - --strata=$singlePaired.pParams.pBestOption.pdStrata + --maxBacktracks="${singlePaired.pParams.pBestOption.pdMaxBacktracks}" + --strata="${singlePaired.pParams.pBestOption.pdStrata}" #else: - --maxBacktracks=$singlePaired.pParams.pBestOption.pnMaxBacktracks + --maxBacktracks="${singlePaired.pParams.pBestOption.pnMaxBacktracks}" #end if - --offrate=$singlePaired.pParams.pOffrate - --seed=$singlePaired.pParams.pSeed + --offrate="${singlePaired.pParams.pOffrate}" + --seed="${singlePaired.pParams.pSeed}" #end if #end if </command>