Mercurial > repos > devteam > fasta_formatter

changeset 0:8f0ae92440b8

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Uploaded tool tarball.
author devteam
date Wed, 25 Sep 2013 10:55:39 -0400
parents
children 1dbb5181c327
files fasta_formatter.xml test-data/fasta_formatter1.fasta test-data/fasta_formatter1.out test-data/fasta_formatter2.out tool_dependencies.xml
diffstat 5 files changed, 289 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/fasta_formatter.xml	Wed Sep 25 10:55:39 2013 -0400
@@ -0,0 +1,89 @@
+<tool id="cshl_fasta_formatter" version="1.0.0" name="FASTA Width">
+	<description>formatter</description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="0.0.13">fastx_toolkit</requirement>
+    </requirements>
+	<!--
+		Note:
+			fasta_formatter also has a tabular output mode (-t),
+			but Galaxy already contains such a tool, so no need
+			to offer the user a duplicated tool.
+
+			So this XML tool only changes the width (line-wrapping) of a
+			FASTA file.
+	-->
+	<command>zcat -f '$input' | fasta_formatter -w $width -o $output</command>
+	<inputs>
+		<param format="fasta" version="1.0.0" name="input" type="data" label="Library to re-format" />
+
+		<param version="1.0.0" name="width" type="integer" value="0" label="New width for nucleotides strings" help="Use 0 for single line out." />
+	</inputs>
+
+	<tests>
+		<test>
+			<!-- Re-format a FASTA file into a single line -->
+			<param version="1.0.0" name="input" value="fasta_formatter1.fasta" /> 
+			<param version="1.0.0" name="width" value="0" />
+			<output version="1.0.0" name="output" file="fasta_formatter1.out" />
+		</test>
+		<test>
+			<!-- Re-format a FASTA file into multiple lines wrapping at 60 charactes -->
+			<param version="1.0.0" name="input" value="fasta_formatter1.fasta" />
+			<param version="1.0.0" name="width" value="60" />
+			<output version="1.0.0" name="output" file="fasta_formatter2.out" />
+		</test>
+	</tests>
+
+	<outputs>
+		<data format="input" version="1.0.0" name="output" metadata_source="input" />
+	</outputs>
+
+<help>
+**What it does**
+
+This tool re-formats a FASTA file, changing the width of the nucleotides lines.
+  
+**TIP:** Outputting a single line (with **width = 0**) can be useful for scripting (with **grep**, **awk**, and **perl**). Every odd line is a sequence identifier, and every even line is a nucleotides line.
+
+--------
+
+**Example**
+
+Input FASTA file (each nucleotides line is 50 characters long)::
+
+    >Scaffold3648
+    AGGAATGATGACTACAATGATCAACTTAACCTATCTATTTAATTTAGTTC
+    CCTAATGTCAGGGACCTACCTGTTTTTGTTATGTTTGGGTTTTGTTGTTG
+    TTGTTTTTTTAATCTGAAGGTATTGTGCATTATATGACCTGTAATACACA
+    ATTAAAGTCAATTTTAATGAACATGTAGTAAAAACT
+    >Scaffold9299
+    CAGCATCTACATAATATGATCGCTATTAAACTTAAATCTCCTTGACGGAG
+    TCTTCGGTCATAACACAAACCCAGACCTACGTATATGACAAAGCTAATAG
+    aactggtctttacctTTAAGTTG
+
+
+Output FASTA file (with width=80)::
+
+    >Scaffold3648
+    AGGAATGATGACTACAATGATCAACTTAACCTATCTATTTAATTTAGTTCCCTAATGTCAGGGACCTACCTGTTTTTGTT
+    ATGTTTGGGTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAATCTGAAGGTATTGTGCATTATATGACCTGTAATACACAATTAAAGTCA
+    ATTTTAATGAACATGTAGTAAAAACT
+    >Scaffold9299
+    CAGCATCTACATAATATGATCGCTATTAAACTTAAATCTCCTTGACGGAGTCTTCGGTCATAACACAAACCCAGACCTAC
+    GTATATGACAAAGCTAATAGaactggtctttacctTTAAGTTG
+
+Output FASTA file (with width=0 => single line)::
+
+    >Scaffold3648
+    AGGAATGATGACTACAATGATCAACTTAACCTATCTATTTAATTTAGTTCCCTAATGTCAGGGACCTACCTGTTTTTGTTATGTTTGGGTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAATCTGAAGGTATTGTGCATTATATGACCTGTAATACACAATTAAAGTCAATTTTAATGAACATGTAGTAAAAACT
+    >Scaffold9299
+    CAGCATCTACATAATATGATCGCTATTAAACTTAAATCTCCTTGACGGAGTCTTCGGTCATAACACAAACCCAGACCTACGTATATGACAAAGCTAATAGaactggtctttacctTTAAGTTG
+
+------
+
+This tool is based on `FASTX-toolkit`__ by Assaf Gordon.
+
+ .. __: http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
+ 
+</help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/fasta_formatter1.fasta	Wed Sep 25 10:55:39 2013 -0400
@@ -0,0 +1,100 @@
+>Scaffold3648
+AGGAATGATGACTACAATGATCAACTTAACCTATCTATTTAATTTAGTTC
+CCTAATGTCAGGGACCTACCTGTTTTTGTTATGTTTGGGTTTTGTTGTTG
+TTGTTTTTTTAATCTGAAGGTATTGTGCATTATATGACCTGTAATACACA
+GTATAACTTTTCAAATACTTTTGTTTTACAACTTTTCTCTCTGGACTTAT
+ATTAAAGTCAATTTTAATGAACATGTAGTAAAAACTAATACATGTACATC
+TACAGTTTATTTATTTTTTTCTTCTTCTTTTTGTATTTCTTGTGTTACAT
+TATTTCACTTCACGTTCATGTTACCAACCTTGCCCCCTTGCTTTCCATGC
+AAAAAAAGAAAAAAAAGAAGCAATACTTACACTTACCCTTGAGATATCTT
+GATCTGAATGCTTTAACATTCTATATGTACAATAAATTTTTGTATCTATA
+GCCTATTATTATATATGTTGCTATGTCAGGCACATTGACAACATTCTCAG
+AAGGTTAGAAGATGGTATTGTTCTGAAATGCCTGGAATGCCTTGTGAACT
+AAGATGATTACTCATGTCATTAAAGTCCCCTAACCCAGGTATTTCCTCCT
+TCCCATGACGAAAACAGTCCATTTAAACTTCACCCCACTTTGGACCCGAA
+AGTGGGGTGCATTTTGGTGGTAAGCTCACCACAGAGCAAGAGAGAGTTAG
+AGTCCCTAATCTGCAGTGTAAACAAACTTTGCCAGGACATCACCAGCCCA
+ACCTTGATAAGTACTGCTTGGAACTCCTCCATGATGTTCTAGTCTTATTC
+GCAGTCTCATATAGGTTCGGATTTTGTCCATTCTCATAGCTACCAGTATA
+CATGGGAGATGCCAGTTTCATCTTCCTTGCTTCACTTTATAAGCATAGTT
+ATATCANGAACTTCCTGGTTATAATTATGTTCCTTTCAAGTTTCATCATA
+ATTGTCTAGTTCGATATAGTACATGGACACAATTAAATATGATATTGTCT
+>Scaffold9299
+CAGCATCTACATAATATGATCGCTATTAAACTTAAATCTCCTTGACGGAG
+TCTTCGGTCATAACACAAACCCAGACCTACGTATATGACAAAGCTAATAG
+GAAAAGCATCCTTGTTTGTTTCACTATGCTTTTTAATGGTTGACGTTAAa
+ggtaaagaccagtattggaaacgccccaatttcaaaaaatgaaatggaag
+ctctcattaccaatcatgtgaaagaatatgttttgactaatacatgatga
+taaaaaaattgccgggaaaccgcctactaattcatatatttagtaaattt
+gtttctctcatggtctgtgagagatatagggtagtcccatatacatcttt
+ctgtgtatagtgcttgtaactttacgaagaatgggccaaatttcttatca
+ttttgatgattccagaaccttgcagatgcgagatggtagatgatcaacct
+tttctgatcgattccataacgtttctttcacaatgcaatcgcatgaccat
+aactggtctttacctTTAAGTTGTAGGTCTTAATTGATAACACTATATAG
+TTTTTTTCTTTTTACTGTTTTTATTAATGACCTCTGTAATTTGCCCTATT
+GTGAAAATACTAAAATATGTTTATACGCCGATGATGCGGCAATATTTTGC
+CAAGGCAAAGAAATTGCCCTTGTTGAGAAAACTCTTAAATGTGAGTTTAA
+AAAAATAGTTGATCACATTGAAAAAGATGACTTAATGTTGAATATCAAGA
+AGTGTAAGATCATGTTATTTGGGACAAGAAAACGAATCAAAAATCAAAGT
+GTACGCTTGATTTACAGAGATAATGTTATCGAAGTTGTAAATGAATTTAA
+ATATCTTGGTGTATTATTTGATAATTATTTAAAGTGGGATATACATATAT
+CGAAAACTGCCTCCAAAATATCTAGAACCATATCATGTATAAAACGAATT
+AAATATTATTTGCCGAAAAGAATTTTAAAATTGTTATATGATAGTTTGAT
+ATTGTCACATATTGACTACGGTATTGTTTTGTGGGGATGTTCAGCAAAGT
+GTCATTTGGAAAAGTTACAAAAGTTACAAAATCGTTATGCCCGTTTAATA
+CTAAACGTAGATATTTTGACACCTCGTATTATATTATTATCCTCTCTAAG
+ATGGCAATCAGTTGTTCAGAGAGTGCAATACCAA
+>Scaffold9309
+GAAGGAAGAAGAGGAAAATAATGATGAATTTGTAGAATTTCTATAACGTA
+TGAAAACATAAACAACATGAAAAAGTATGAACCGACAGAAGAATGAAAAT
+TTCAATCATATAACATGTCATTCACTTCTCTTCTCTGACTGTCAAGTATT
+AGGTATTCCTTTTTATTTCCTCTTAAAATGATCATAGTTTCCTATTTCTT
+TTACACCATTGGGAAGGGAATTCCAATGTTTTATGGCATTGTAATAAAAC
+GAATTTCCAATACTACCTACTCTTTCTGGTAAGTTAAAGTTGAATCGGCT
+ATTTCTTGTATTATAATCATGTACGTCAGTAACAAGATCGAAGTTGGATC
+GAATATAATGATTCGACCTAGTATGATATATTTTATGCACGTGATGCAAT
+ACGAGTTGTTTTGATCTTTGGTCGACTTCAAGAAAACCAGCTTTAGAAAG
+TTCGCTGTAGCCAACATGAGTTCTTGCCTTGGACTAGAACAGTTGATAAA
+TCTCACCATTTTGTTCTTTAAGATGGGTAGAAGAATCCCTGCAATCTAAA
+TGGTCAATTACTGTGAAGTTATTTTTACTGGATGCACCCAATAttttttt
+gataatttttttttctttgataatttttttctttttctttaataaatttt
+ttggataatttttttttggataaatagttcttttttgataattctaataa
+tttttttatttattttttttttttctataattttttttaaaaaatttatt
+aatttttaattaaaaaaaaaataaGAGTTAACAGATTAAGGGAAACTGAC
+AATTCAAAAAAAAAAAAAA
+>Scaffold9310
+GCGGGGGCTGGGGAGGAAGGGGTGGCGTTATTTCACTTCCGATCTAATAC
+GCTTTCTTAAGACACTGAAATATCAGTAGGTATTGGTATAGAGAATTACT
+TTTTATTTTTAATTAAAACATTATCGAAATGAAGATACAGAGAAAAACGA
+TGAGATGTAAGAAGTGCGCGTATTTAtgtgtgtgggtgcgtgtgtgtgtg
+tgtgtgtgtgttgtgtgcgtgcgtgtgtgtggtggtgtgtACTAATTTTG
+ATGTGTGTTGTGGCACAATTGCAATCATCAGTATCTTCATGAAAATGATA
+ACCAGAAGCACAAAAAGGAGGgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtttagtgt
+gcgtgcgtgtgagggtgtttaagtgtgtatgtCGGAAATGTGGCACAATT
+GCAATCATCTGTATCTTCATGAAAATGATAACCAGAAGAACAAAAAAAAA
+AAACATTGAGAGAACATGTTTTTTTGATGGAAGACAAGAAGTTCTCGTAA
+CGTAGGATCTCCGAGACATGATGGGGTCAACTTAAAAAGAGAGCAGTGAG
+AGGCATTTATATCGAAGGTCAGGGAAAGGCAAACAAAGAAAGAAAAAAAA
+AAGGCTCACAGGAGAACGAAAACACGGGCCAAAATAATAAACAGGAGCAA
+GTGAACGGGCAGTTTGGTAGCTACTTCATTTACCGGCTTTTAAaggtact
+atgtcccatttgcaggtcaaaaaaaatgaaaaagttaaattccaactgca
+tttgaaagataatactaatttacaacttccctaaaaaaggtggggcttga
+aaatgtcttcaagtgcggaaaataacgactattagttgtcaaatcgactt
+tagggCTATAGAGCCCAAAAGTAATAGTCTTGA
+>Scaffold11911
+TTCTTGGCACCCCCCCCCCCCCCACACTCCTGCACTGAAGAACTACTCAA
+GTTTAAACTTTGCATTGCTTTTCTTTCTTTTTCAGTATTTTTTGCTTGGT
+ACATGTTTCTCTTAATATCTGTCGTATAGatttttaatatttttatttat
+atCTACGTCAATCTGGCTGttctttttcttgtcttctttttttttctctc
+tcttttttttcctcgtattttGTATTGATCCTTACCCTAGTTTTTGAACT
+TGAACAGCAATTTGCAGCACTCAAATTTCTTTAAAATTACCTTCTCTTAT
+TTGtctctgttcccctctccccccctctctctctctctctctctctctct
+ctctctctctttcATCTCCCATATCATAATTTGAAGTACCATCTATGGTG
+TTTTCAGATTGATCTTTCTTGCTTTCCCCACCCTCCCCCTTTATGCAGTT
+AATTTTCAGTCTATTTGTGTTTTCTGTGGTTGATTCTAATCATATTCTAA
+CTCTTATTTTACATTTTACTTCACTAACAACTGGTTTATTATATTTGTTA
+CTAATTTTGAATTAAACTATTTACCATTCTGAACGAACTGAAAGATTAAA
+GATCAAACTATCTATGAATAGAATGGTATTTCTTCAATTTATTCAAATTT
+CTCTCTCTTTAACCCCCTTTTTCTGCTTGCATTTTTATCCCTTTGCCGTG
+GACTTCACTGGATATTTTGCTTTGATGCCAATCCAACAATTTTGCATATA
+TTA
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/fasta_formatter1.out	Wed Sep 25 10:55:39 2013 -0400
@@ -0,0 +1,10 @@
+>Scaffold3648
+AGGAATGATGACTACAATGATCAACTTAACCTATCTATTTAATTTAGTTCCCTAATGTCAGGGACCTACCTGTTTTTGTTATGTTTGGGTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAATCTGAAGGTATTGTGCATTATATGACCTGTAATACACAGTATAACTTTTCAAATACTTTTGTTTTACAACTTTTCTCTCTGGACTTATATTAAAGTCAATTTTAATGAACATGTAGTAAAAACTAATACATGTACATCTACAGTTTATTTATTTTTTTCTTCTTCTTTTTGTATTTCTTGTGTTACATTATTTCACTTCACGTTCATGTTACCAACCTTGCCCCCTTGCTTTCCATGCAAAAAAAGAAAAAAAAGAAGCAATACTTACACTTACCCTTGAGATATCTTGATCTGAATGCTTTAACATTCTATATGTACAATAAATTTTTGTATCTATAGCCTATTATTATATATGTTGCTATGTCAGGCACATTGACAACATTCTCAGAAGGTTAGAAGATGGTATTGTTCTGAAATGCCTGGAATGCCTTGTGAACTAAGATGATTACTCATGTCATTAAAGTCCCCTAACCCAGGTATTTCCTCCTTCCCATGACGAAAACAGTCCATTTAAACTTCACCCCACTTTGGACCCGAAAGTGGGGTGCATTTTGGTGGTAAGCTCACCACAGAGCAAGAGAGAGTTAGAGTCCCTAATCTGCAGTGTAAACAAACTTTGCCAGGACATCACCAGCCCAACCTTGATAAGTACTGCTTGGAACTCCTCCATGATGTTCTAGTCTTATTCGCAGTCTCATATAGGTTCGGATTTTGTCCATTCTCATAGCTACCAGTATACATGGGAGATGCCAGTTTCATCTTCCTTGCTTCACTTTATAAGCATAGTTATATCANGAACTTCCTGGTTATAATTATGTTCCTTTCAAGTTTCATCATAATTGTCTAGTTCGATATAGTACATGGACACAATTAAATATGATATTGTCT
+>Scaffold9299
+CAGCATCTACATAATATGATCGCTATTAAACTTAAATCTCCTTGACGGAGTCTTCGGTCATAACACAAACCCAGACCTACGTATATGACAAAGCTAATAGGAAAAGCATCCTTGTTTGTTTCACTATGCTTTTTAATGGTTGACGTTAAaggtaaagaccagtattggaaacgccccaatttcaaaaaatgaaatggaagctctcattaccaatcatgtgaaagaatatgttttgactaatacatgatgataaaaaaattgccgggaaaccgcctactaattcatatatttagtaaatttgtttctctcatggtctgtgagagatatagggtagtcccatatacatctttctgtgtatagtgcttgtaactttacgaagaatgggccaaatttcttatcattttgatgattccagaaccttgcagatgcgagatggtagatgatcaaccttttctgatcgattccataacgtttctttcacaatgcaatcgcatgaccataactggtctttacctTTAAGTTGTAGGTCTTAATTGATAACACTATATAGTTTTTTTCTTTTTACTGTTTTTATTAATGACCTCTGTAATTTGCCCTATTGTGAAAATACTAAAATATGTTTATACGCCGATGATGCGGCAATATTTTGCCAAGGCAAAGAAATTGCCCTTGTTGAGAAAACTCTTAAATGTGAGTTTAAAAAAATAGTTGATCACATTGAAAAAGATGACTTAATGTTGAATATCAAGAAGTGTAAGATCATGTTATTTGGGACAAGAAAACGAATCAAAAATCAAAGTGTACGCTTGATTTACAGAGATAATGTTATCGAAGTTGTAAATGAATTTAAATATCTTGGTGTATTATTTGATAATTATTTAAAGTGGGATATACATATATCGAAAACTGCCTCCAAAATATCTAGAACCATATCATGTATAAAACGAATTAAATATTATTTGCCGAAAAGAATTTTAAAATTGTTATATGATAGTTTGATATTGTCACATATTGACTACGGTATTGTTTTGTGGGGATGTTCAGCAAAGTGTCATTTGGAAAAGTTACAAAAGTTACAAAATCGTTATGCCCGTTTAATACTAAACGTAGATATTTTGACACCTCGTATTATATTATTATCCTCTCTAAGATGGCAATCAGTTGTTCAGAGAGTGCAATACCAA
+>Scaffold9309
+GAAGGAAGAAGAGGAAAATAATGATGAATTTGTAGAATTTCTATAACGTATGAAAACATAAACAACATGAAAAAGTATGAACCGACAGAAGAATGAAAATTTCAATCATATAACATGTCATTCACTTCTCTTCTCTGACTGTCAAGTATTAGGTATTCCTTTTTATTTCCTCTTAAAATGATCATAGTTTCCTATTTCTTTTACACCATTGGGAAGGGAATTCCAATGTTTTATGGCATTGTAATAAAACGAATTTCCAATACTACCTACTCTTTCTGGTAAGTTAAAGTTGAATCGGCTATTTCTTGTATTATAATCATGTACGTCAGTAACAAGATCGAAGTTGGATCGAATATAATGATTCGACCTAGTATGATATATTTTATGCACGTGATGCAATACGAGTTGTTTTGATCTTTGGTCGACTTCAAGAAAACCAGCTTTAGAAAGTTCGCTGTAGCCAACATGAGTTCTTGCCTTGGACTAGAACAGTTGATAAATCTCACCATTTTGTTCTTTAAGATGGGTAGAAGAATCCCTGCAATCTAAATGGTCAATTACTGTGAAGTTATTTTTACTGGATGCACCCAATAtttttttgataatttttttttctttgataatttttttctttttctttaataaattttttggataatttttttttggataaatagttcttttttgataattctaataatttttttatttattttttttttttctataattttttttaaaaaatttattaatttttaattaaaaaaaaaataaGAGTTAACAGATTAAGGGAAACTGACAATTCAAAAAAAAAAAAAA
+>Scaffold9310
+GCGGGGGCTGGGGAGGAAGGGGTGGCGTTATTTCACTTCCGATCTAATACGCTTTCTTAAGACACTGAAATATCAGTAGGTATTGGTATAGAGAATTACTTTTTATTTTTAATTAAAACATTATCGAAATGAAGATACAGAGAAAAACGATGAGATGTAAGAAGTGCGCGTATTTAtgtgtgtgggtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtgcgtgcgtgtgtgtggtggtgtgtACTAATTTTGATGTGTGTTGTGGCACAATTGCAATCATCAGTATCTTCATGAAAATGATAACCAGAAGCACAAAAAGGAGGgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtttagtgtgcgtgcgtgtgagggtgtttaagtgtgtatgtCGGAAATGTGGCACAATTGCAATCATCTGTATCTTCATGAAAATGATAACCAGAAGAACAAAAAAAAAAAACATTGAGAGAACATGTTTTTTTGATGGAAGACAAGAAGTTCTCGTAACGTAGGATCTCCGAGACATGATGGGGTCAACTTAAAAAGAGAGCAGTGAGAGGCATTTATATCGAAGGTCAGGGAAAGGCAAACAAAGAAAGAAAAAAAAAAGGCTCACAGGAGAACGAAAACACGGGCCAAAATAATAAACAGGAGCAAGTGAACGGGCAGTTTGGTAGCTACTTCATTTACCGGCTTTTAAaggtactatgtcccatttgcaggtcaaaaaaaatgaaaaagttaaattccaactgcatttgaaagataatactaatttacaacttccctaaaaaaggtggggcttgaaaatgtcttcaagtgcggaaaataacgactattagttgtcaaatcgactttagggCTATAGAGCCCAAAAGTAATAGTCTTGA
+>Scaffold11911
+TTCTTGGCACCCCCCCCCCCCCCACACTCCTGCACTGAAGAACTACTCAAGTTTAAACTTTGCATTGCTTTTCTTTCTTTTTCAGTATTTTTTGCTTGGTACATGTTTCTCTTAATATCTGTCGTATAGatttttaatatttttatttatatCTACGTCAATCTGGCTGttctttttcttgtcttctttttttttctctctcttttttttcctcgtattttGTATTGATCCTTACCCTAGTTTTTGAACTTGAACAGCAATTTGCAGCACTCAAATTTCTTTAAAATTACCTTCTCTTATTTGtctctgttcccctctccccccctctctctctctctctctctctctctctctctctctttcATCTCCCATATCATAATTTGAAGTACCATCTATGGTGTTTTCAGATTGATCTTTCTTGCTTTCCCCACCCTCCCCCTTTATGCAGTTAATTTTCAGTCTATTTGTGTTTTCTGTGGTTGATTCTAATCATATTCTAACTCTTATTTTACATTTTACTTCACTAACAACTGGTTTATTATATTTGTTACTAATTTTGAATTAAACTATTTACCATTCTGAACGAACTGAAAGATTAAAGATCAAACTATCTATGAATAGAATGGTATTTCTTCAATTTATTCAAATTTCTCTCTCTTTAACCCCCTTTTTCTGCTTGCATTTTTATCCCTTTGCCGTGGACTTCACTGGATATTTTGCTTTGATGCCAATCCAACAATTTTGCATATATTA
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/fasta_formatter2.out	Wed Sep 25 10:55:39 2013 -0400
@@ -0,0 +1,84 @@
+>Scaffold3648
+AGGAATGATGACTACAATGATCAACTTAACCTATCTATTTAATTTAGTTCCCTAATGTCA
+GGGACCTACCTGTTTTTGTTATGTTTGGGTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAATCTGAAGG
+TATTGTGCATTATATGACCTGTAATACACAGTATAACTTTTCAAATACTTTTGTTTTACA
+ACTTTTCTCTCTGGACTTATATTAAAGTCAATTTTAATGAACATGTAGTAAAAACTAATA
+CATGTACATCTACAGTTTATTTATTTTTTTCTTCTTCTTTTTGTATTTCTTGTGTTACAT
+TATTTCACTTCACGTTCATGTTACCAACCTTGCCCCCTTGCTTTCCATGCAAAAAAAGAA
+AAAAAAGAAGCAATACTTACACTTACCCTTGAGATATCTTGATCTGAATGCTTTAACATT
+CTATATGTACAATAAATTTTTGTATCTATAGCCTATTATTATATATGTTGCTATGTCAGG
+CACATTGACAACATTCTCAGAAGGTTAGAAGATGGTATTGTTCTGAAATGCCTGGAATGC
+CTTGTGAACTAAGATGATTACTCATGTCATTAAAGTCCCCTAACCCAGGTATTTCCTCCT
+TCCCATGACGAAAACAGTCCATTTAAACTTCACCCCACTTTGGACCCGAAAGTGGGGTGC
+ATTTTGGTGGTAAGCTCACCACAGAGCAAGAGAGAGTTAGAGTCCCTAATCTGCAGTGTA
+AACAAACTTTGCCAGGACATCACCAGCCCAACCTTGATAAGTACTGCTTGGAACTCCTCC
+ATGATGTTCTAGTCTTATTCGCAGTCTCATATAGGTTCGGATTTTGTCCATTCTCATAGC
+TACCAGTATACATGGGAGATGCCAGTTTCATCTTCCTTGCTTCACTTTATAAGCATAGTT
+ATATCANGAACTTCCTGGTTATAATTATGTTCCTTTCAAGTTTCATCATAATTGTCTAGT
+TCGATATAGTACATGGACACAATTAAATATGATATTGTCT
+>Scaffold9299
+CAGCATCTACATAATATGATCGCTATTAAACTTAAATCTCCTTGACGGAGTCTTCGGTCA
+TAACACAAACCCAGACCTACGTATATGACAAAGCTAATAGGAAAAGCATCCTTGTTTGTT
+TCACTATGCTTTTTAATGGTTGACGTTAAaggtaaagaccagtattggaaacgccccaat
+ttcaaaaaatgaaatggaagctctcattaccaatcatgtgaaagaatatgttttgactaa
+tacatgatgataaaaaaattgccgggaaaccgcctactaattcatatatttagtaaattt
+gtttctctcatggtctgtgagagatatagggtagtcccatatacatctttctgtgtatag
+tgcttgtaactttacgaagaatgggccaaatttcttatcattttgatgattccagaacct
+tgcagatgcgagatggtagatgatcaaccttttctgatcgattccataacgtttctttca
+caatgcaatcgcatgaccataactggtctttacctTTAAGTTGTAGGTCTTAATTGATAA
+CACTATATAGTTTTTTTCTTTTTACTGTTTTTATTAATGACCTCTGTAATTTGCCCTATT
+GTGAAAATACTAAAATATGTTTATACGCCGATGATGCGGCAATATTTTGCCAAGGCAAAG
+AAATTGCCCTTGTTGAGAAAACTCTTAAATGTGAGTTTAAAAAAATAGTTGATCACATTG
+AAAAAGATGACTTAATGTTGAATATCAAGAAGTGTAAGATCATGTTATTTGGGACAAGAA
+AACGAATCAAAAATCAAAGTGTACGCTTGATTTACAGAGATAATGTTATCGAAGTTGTAA
+ATGAATTTAAATATCTTGGTGTATTATTTGATAATTATTTAAAGTGGGATATACATATAT
+CGAAAACTGCCTCCAAAATATCTAGAACCATATCATGTATAAAACGAATTAAATATTATT
+TGCCGAAAAGAATTTTAAAATTGTTATATGATAGTTTGATATTGTCACATATTGACTACG
+GTATTGTTTTGTGGGGATGTTCAGCAAAGTGTCATTTGGAAAAGTTACAAAAGTTACAAA
+ATCGTTATGCCCGTTTAATACTAAACGTAGATATTTTGACACCTCGTATTATATTATTAT
+CCTCTCTAAGATGGCAATCAGTTGTTCAGAGAGTGCAATACCAA
+>Scaffold9309
+GAAGGAAGAAGAGGAAAATAATGATGAATTTGTAGAATTTCTATAACGTATGAAAACATA
+AACAACATGAAAAAGTATGAACCGACAGAAGAATGAAAATTTCAATCATATAACATGTCA
+TTCACTTCTCTTCTCTGACTGTCAAGTATTAGGTATTCCTTTTTATTTCCTCTTAAAATG
+ATCATAGTTTCCTATTTCTTTTACACCATTGGGAAGGGAATTCCAATGTTTTATGGCATT
+GTAATAAAACGAATTTCCAATACTACCTACTCTTTCTGGTAAGTTAAAGTTGAATCGGCT
+ATTTCTTGTATTATAATCATGTACGTCAGTAACAAGATCGAAGTTGGATCGAATATAATG
+ATTCGACCTAGTATGATATATTTTATGCACGTGATGCAATACGAGTTGTTTTGATCTTTG
+GTCGACTTCAAGAAAACCAGCTTTAGAAAGTTCGCTGTAGCCAACATGAGTTCTTGCCTT
+GGACTAGAACAGTTGATAAATCTCACCATTTTGTTCTTTAAGATGGGTAGAAGAATCCCT
+GCAATCTAAATGGTCAATTACTGTGAAGTTATTTTTACTGGATGCACCCAATAttttttt
+gataatttttttttctttgataatttttttctttttctttaataaattttttggataatt
+tttttttggataaatagttcttttttgataattctaataatttttttatttatttttttt
+ttttctataattttttttaaaaaatttattaatttttaattaaaaaaaaaataaGAGTTA
+ACAGATTAAGGGAAACTGACAATTCAAAAAAAAAAAAAA
+>Scaffold9310
+GCGGGGGCTGGGGAGGAAGGGGTGGCGTTATTTCACTTCCGATCTAATACGCTTTCTTAA
+GACACTGAAATATCAGTAGGTATTGGTATAGAGAATTACTTTTTATTTTTAATTAAAACA
+TTATCGAAATGAAGATACAGAGAAAAACGATGAGATGTAAGAAGTGCGCGTATTTAtgtg
+tgtgggtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtgcgtgcgtgtgtgtggtggtgtgt
+ACTAATTTTGATGTGTGTTGTGGCACAATTGCAATCATCAGTATCTTCATGAAAATGATA
+ACCAGAAGCACAAAAAGGAGGgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtttagtgtgcgtgcgtgt
+gagggtgtttaagtgtgtatgtCGGAAATGTGGCACAATTGCAATCATCTGTATCTTCAT
+GAAAATGATAACCAGAAGAACAAAAAAAAAAAACATTGAGAGAACATGTTTTTTTGATGG
+AAGACAAGAAGTTCTCGTAACGTAGGATCTCCGAGACATGATGGGGTCAACTTAAAAAGA
+GAGCAGTGAGAGGCATTTATATCGAAGGTCAGGGAAAGGCAAACAAAGAAAGAAAAAAAA
+AAGGCTCACAGGAGAACGAAAACACGGGCCAAAATAATAAACAGGAGCAAGTGAACGGGC
+AGTTTGGTAGCTACTTCATTTACCGGCTTTTAAaggtactatgtcccatttgcaggtcaa
+aaaaaatgaaaaagttaaattccaactgcatttgaaagataatactaatttacaacttcc
+ctaaaaaaggtggggcttgaaaatgtcttcaagtgcggaaaataacgactattagttgtc
+aaatcgactttagggCTATAGAGCCCAAAAGTAATAGTCTTGA
+>Scaffold11911
+TTCTTGGCACCCCCCCCCCCCCCACACTCCTGCACTGAAGAACTACTCAAGTTTAAACTT
+TGCATTGCTTTTCTTTCTTTTTCAGTATTTTTTGCTTGGTACATGTTTCTCTTAATATCT
+GTCGTATAGatttttaatatttttatttatatCTACGTCAATCTGGCTGttctttttctt
+gtcttctttttttttctctctcttttttttcctcgtattttGTATTGATCCTTACCCTAG
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