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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/references/13-tree-mafft.log	Thu Feb 28 10:14:49 2019 -0500
@@ -0,0 +1,33 @@
+## Application
+Software :/home/maria/workspace/git/FROGS/FROGS_master/test/../app/tree.py (version : 3.1)
+Command : /home/maria/workspace/git/FROGS/FROGS_master/test/../app/tree.py --nb-cpus 4 --input-otu res/04-filters.fasta --biomfile res/06-affiliation.biom --out-tree res/13-tree-mafft.nwk --html res/13-tree-mafft.html --log-file res/13-tree-mafft.log
+
+Number of input OTUs sequences: 86
+
+########################################################################################################
+# Mafft multiple alignment. (mafft version : v7.407)
+Command:
+	mafft --maxiterate 1000 --globalpair --thread 4 res/04-filters.fasta > res/1550052877.76_4235_mafft_aligned.fasta 2> res/1550052877.76_4235_mafft.stderr
+
+Execution:
+	start: 13 Feb 2019 11:14:37
+	end:   13 Feb 2019 11:15:14
+
+########################################################################################################
+# reconstruction a phylogenetic tree (FastTree version : 2.1.10)
+Command:
+	FastTree -nt -gtr res/1550052877.76_4235_mafft_aligned.fasta > res/1550052877.76_4235_fasttree.nwk 2> res/1550052877.76_4235_fasttree.stderr
+
+Execution:
+	start: 13 Feb 2019 11:15:14
+	end:   13 Feb 2019 11:15:19
+
+########################################################################################################
+# root newick tree with phangorn R package midpoint function. (root_tree.R version : 1.0.0)
+Command:
+	root_tree.R res/1550052877.76_4235_fasttree.nwk res/13-tree-mafft.nwk
+
+Execution:
+	start: 13 Feb 2019 11:15:23
+	end:   13 Feb 2019 11:15:25
+