|
2
|
1 #!/bin/bash
|
|
|
2
|
|
|
3 tool_path=$(dirname $0)
|
|
|
4
|
|
|
5 filein=$1
|
|
3
|
6 fileout_label=$(date "+%Y%m%d%H%M%S")
|
|
|
7 fileout_annot=$2
|
|
|
8 fileout_het=$3
|
|
|
9 fileout_imiss=$4
|
|
|
10 fileout_sum=$5
|
|
|
11 filelog=$6
|
|
2
|
12
|
|
|
13
|
|
|
14
|
|
|
15 perl $tool_path/VCFToolsStats.pl --input $filein --out $fileout_label
|
|
|
16
|
|
|
17 cp $fileout_label.annotation $fileout_annot ; rm $fileout_label.annotation
|
|
|
18 cp $fileout_label.het $fileout_het ; rm $fileout_label.het
|
|
|
19 cp $fileout_label.imiss $fileout_imiss ; rm $fileout_label.imiss
|
|
|
20 cp $fileout_label.TsTv.summary $fileout_sum ; rm $fileout_label.TsTv.summary
|
|
|
21
|
|
|
22 cp vcftools.log $filelog
|
|
|
23 rm vcftools.log
|
