changeset 0:9e7a369eec58 draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/featurecounts commit 03f64004f90ac0a7be67ecfc355a7b361f3c3314
author iuc
date Wed, 21 Sep 2016 07:24:39 -0400
parents
children c7bd0cc53524
files README.rst featurecounts.xml test-data/featureCounts_guide.gff test-data/featureCounts_input1.bam test-data/featureCounts_input2.bam test-data/output_1_full.tab test-data/output_1_medium.tab test-data/output_1_short.tab test-data/output_1_summary.tab test-data/output_2_full.tab test-data/output_2_medium.tab test-data/output_2_short.tab test-data/output_2_summary.tab test-data/output_feature_lengths.tab tool_dependencies.xml
diffstat 15 files changed, 1189 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,25 @@
+FeatureCounts wrapper for Galaxy
+================================
+
+* http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/
+* http://subread.sourceforge.net/
+
+FeatureCounts as part of the SUBREAD package is "a highly efficient and
+accurate read summarization program".
+
+Installation
+------------
+
+This wrapper requires Galaxy 16.04 to be fully functional because
+of the following commits:
+
+* https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/961
+* https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/1714
+
+License
+-------
+
+**featureCounts**:
+
+GPL (>=3)
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/featurecounts.xml	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,442 @@
+<tool id="featurecounts" name="featureCounts" version="1.4.6.p5" profile="16.04">
+    <description>Measure gene expression in RNA-Seq experiments from SAM or BAM files.</description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="1.4.6p5">subread</requirement>
+    </requirements>
+
+    <version_command>featureCounts -v 2&gt;&amp;1 | grep .</version_command>
+    <command><![CDATA[
+        ## Check whether all alignments are from the same type (bam || sam)
+        featureCounts
+            -a "$reference_gene_sets"
+            -o "output"
+            -T \${GALAXY_SLOTS:-2}
+
+            -t "$extended_parameters.gff_feature_type"
+            -g "$extended_parameters.gff_feature_attribute"
+                $extended_parameters.summarization_level
+                $extended_parameters.contribute_to_multiple_features
+            -s  $extended_parameters.strand_specificity
+                $extended_parameters.multimapping_enabled.multimapping_counts
+
+                #if str($extended_parameters.multimapping_enabled.multimapping_counts) == " -M"
+                    $extended_parameters.multimapping_enabled.fraction
+                #end if
+
+            -Q  $extended_parameters.mapping_quality
+                $extended_parameters.largest_overlap
+  --minOverlap  $extended_parameters.min_overlap
+                $extended_parameters.read_reduction
+                $extended_parameters.primary
+                $extended_parameters.ignore_dup
+
+                #if str($extended_parameters.read_extension_5p) != "0"
+                    --readExtension5 $extended_parameters.read_extension_5p
+                #end if
+
+                #if str($extended_parameters.read_extension_3p) != "0"
+                    --readExtension3 $extended_parameters.read_extension_3p
+                #end if
+
+                $pe_parameters.fragment_counting_enabled.fragment_counting
+                #if str($pe_parameters.fragment_counting_enabled.fragment_counting) == " -p"
+                    $pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.check_distance
+                    #if str($pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.check_distance) == " -P"
+                        -d $pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.minimum_fragment_length
+                        -D $pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.maximum_fragment_length
+                    #end if
+                #end if
+
+                $pe_parameters.only_both_ends
+            -S  $pe_parameters.orientation
+                $pe_parameters.exclude_chimerics
+
+        "${alignment}"
+
+        ## Removal of comment and column-header line
+        && grep -v "^#" "output" | tail -n+2 > body.txt
+
+        ## Set the right columns for the tabular formats
+        #if $format.value == "tabdel_medium"
+            && cut -f 1,7 body.txt > expression_matrix.txt
+
+            ## Paste doesn't allow a non ordered list of columns: -f 1,7,8,6 will only return columns 1,7 and 8
+            ## Thus the gene length column (last column) has to be added separately
+            && cut -f 6 body.txt > gene_lengths.txt
+            && paste expression_matrix.txt gene_lengths.txt > expression_matrix.txt.bak
+            && mv -f expression_matrix.txt.bak "${output_medium}"
+        #elif $format.value == "tabdel_short"
+            && cut -f 1,7 body.txt > "${output_short}"
+        #else
+            && cp body.txt "${output_full}"
+        #end if
+        
+
+        #if str($include_feature_length_file) == "true"
+            && cut -f 1,6 body.txt > "${output_feature_lengths}"
+        #end if
+
+        && tail -n+2 "output.summary" > "${output_summary}"
+
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="alignment"
+               type="data"
+               multiple="false"
+               format="bam,sam"
+               label="Alignment file"
+               help="The input alignment file(s) where the gene expression has to be counted. The file can have a SAM or BAM format; but ALL files must be in the same format" />
+        
+        <param name="reference_gene_sets"
+               format="gff,gtf,gff3"
+               type="data"
+               label="Gene annotation file"
+               help="The program assumes that the provided annotation file is in GTF format. Make sure that the gene annotation file corresponds to the same reference genome as used for the alignment" />
+        
+        <param name="format"
+               type="select"
+               label="Output format"
+               help="The output format will be tabular, select the preferred columns here">
+            <option value="tabdel_short" selected="true">Gene-ID "\t" read-count (DESeq2 IUC wrapper compatible)</option>
+            <option value="tabdel_medium">Gene-ID "\t" read-count "\t" gene-length</option>
+            <option value="tabdel_full">featureCounts 1.4.0+ default (includes regions provided by the GTF file)</option>
+        </param>
+        
+        <param name="include_feature_length_file"
+               type="boolean"
+               truevalue="true"
+               falsevalue="false"
+               selected="false"
+               label="Create gene-length file"
+               help="Creates a tabular file that contains the effective (nucleotides used for counting reads) length of the feature; might be useful for estimating FPKM/RPKM" />
+
+
+        <section name="pe_parameters" title="Options for paired-end reads">
+            <conditional name="fragment_counting_enabled">
+
+                <param name="fragment_counting"
+                       type="select"
+                       argument="-p"
+                       checked="true"
+                       label="Count fragments instead of reads"
+                       help="If specified, fragments (or templates) will be counted instead of reads.">
+                    <option value="" selected="true">Disabled; all reads/mates will be counted individually</option>
+                    <option value=" -p">Enabled; fragments (or templates) will be counted instead of reads</option>
+                </param>
+
+                <when value=" -p">
+                    <conditional name="check_distance_enabled">
+                        <param name="check_distance"
+                            type="boolean"
+                            truevalue=" -P"
+                            falsevalue=""
+                            argument="-P"
+                            label="Check paired-end distance"
+                            help="If specified, paired-end distance will be checked when assigning fragments to meta-features or features. This option is only applicable when -p (Count fragments instead of reads) is specified. The distance thresholds should be specified using -d and -D (minimum and maximum fragment/template length) options." />
+                        <when value=" -P">
+                            <param name="minimum_fragment_length"
+                                   type="integer"
+                                   value="50"
+                                   argument="-d"
+                                   label="Minimum fragment/template length." />
+                            <param name="maximum_fragment_length"
+                                   type="integer"
+                                   value="600"
+                                   argument="-D"
+                                   label="Maximum fragment/template length." />
+                        </when>
+                        <when value="" />
+                    </conditional>
+                </when>
+                <when value="" />
+            </conditional>
+            
+            <param name="only_both_ends"
+                   type="boolean"
+                   truevalue=" -B"
+                   falsevalue=""
+                   argument="-B"
+                   label="Only allow fragments with both reads aligned"
+                   help="If specified, only fragments that have both ends successfully aligned will be considered for summarization. This option is only applicable for paired-end reads." />
+
+            <param name="orientation"
+                   type="select"
+                   label="Orientation of the two read from the same pair"
+                   argument="-S"
+                   help="Default is 'fr'">
+                <option value="fr" selected="true">Forward, Reverse (fr)</option>
+                <option value="ff">Forward, Forward (ff)</option>
+                <option value="rf">Reverse, Forward (rf)</option>
+            </param>
+
+            <param name="exclude_chimerics"
+                type="boolean"
+                truevalue=" -C"
+                falsevalue=""
+                argument="-C"
+                checked="true"
+                label="Exclude chimeric fragments"
+                help="If specified, the chimeric fragments (those fragments that have their two ends aligned to different chromosomes) will NOT be included for summarization. This option is only applicable for paired-end read data." />
+        </section>
+        
+        <section name="extended_parameters" title="Advanced options">
+            <param name="gff_feature_type"
+                type="text"
+                value="exon"
+                argument="-t"
+                label="GFF feature type filter"
+                help="Specify the feature type. Only rows which have the matched matched feature type in the provided GTF annotation file will be included for read counting. `exon' by default." />
+
+            <param name="gff_feature_attribute"
+                type="text"
+                value="gene_id"
+                argument="-g"
+                label="GFF gene identifier"
+                help="Specify the attribute type used to group features (eg. exons) into meta-features (eg. genes), when GTF annotation is provided. `gene_id' by default. This attribute type is usually the gene identifier. This argument is useful for the meta-feature level summarization." />
+
+            <param name="summarization_level"
+                type="boolean"
+                truevalue=" -f"
+                falsevalue=""
+                argument="-f"
+                label="On feature level"
+                help="If specified, read summarization will be performed at the feature level. By default (-f is not specified), the read summarization is performed at the meta-feature level." />
+
+            <param name ="contribute_to_multiple_features"
+                type="boolean"
+                truevalue=" -O"
+                falsevalue=""
+                argument="-O"
+                label="Allow read to contribute to multiple features"
+                help="If specified, reads (or fragments if -p is specified) will be allowed to be assigned to more than one matched meta- feature (or matched feature if -f is specified)" />
+
+            <param name="strand_specificity"
+                   type="select"
+                   label="Strand specificity of the protocol"
+                   argument="-s"
+                   help="Indicate if strand-specific read counting should be performed.">
+                <option value="0" selected="true">Unstranded</option>
+                <option value="1">Stranded (forwards)</option>
+                <option value="2">Stranded (reverse)</option>
+            </param>
+
+            <conditional name="multimapping_enabled">
+                <param name="multimapping_counts"
+                       type="select"
+                       argument="-M"
+                       label="Count multi-mapping reads/fragments"
+                       help="If specified, multi-mapping reads/fragments will be counted (ie. a multi-mapping read will be counted up to N times if it has N reported mapping locations). The program uses the `NH' tag to find multi-mapping reads.">
+                    <option value="" selected="true">Disabled; multi-mapping reads are excluded (default)</option>
+                    <option value=" -M">Enabled; multi-mapping reads are included</option>
+                </param>
+                <when value=" -M">
+                    <param name="fraction"
+                           type="boolean"
+                           truevalue="--fraction"
+                           falsevalue=""
+                           argument="--fraction"
+                           label="Assign fractions to multimapping reads"
+                           help="If specified, a fractional count 1/n will be generated for each multi-mapping read, where n is the number of alignments (indica- ted by 'NH' tag) reported for the read. This option must be used together with the '-M' option." />
+                </when>
+                <when value="" />
+            </conditional>
+
+            <param name="mapping_quality"
+                   type="integer"
+                   value="12"
+                   argument="-Q"
+                   label="Minimum mapping quality per read"
+                   help="The minimum mapping quality score a read must satisfy in order to be counted. For paired-end reads, at least one end should satisfy this criteria. 12 by default." />
+
+            <param name="largest_overlap"
+                   type="boolean"
+                   truevalue=" --largestOverlap"
+                   falsevalue=""
+                   argument="--largestOverlap"
+                   label="Largest overlap"
+                   help="If specified, reads (or fragments) will be assigned to the target that has the largest number of overlapping bases" />
+
+            <param name="min_overlap"
+                   type="integer"
+                   value="1"
+                   argument="--minOverlap"
+                   label="Minimum overlap"
+                   help="Specify the minimum required number of overlapping bases between a read (or a fragment) and a feature. 1 by default. If a negative value is provided, the read will be extended from both ends." />
+
+            <param name="read_extension_5p"
+                   type="integer"
+                   value="0"
+                   argument="--readExtension5"
+                   label="Read 5' extension"
+                   help="Reads are extended upstream by ... bases from their 5' end" />
+
+            <param name="read_extension_3p"
+                   type="integer"
+                   value="0"
+                   argument="--readExtension3"
+                   label="Read 3' extension"
+                   help="Reads are extended upstream by ... bases from their 3' end" />
+
+            <param name="read_reduction"
+                   type="select"
+                   label="Reduce read to single position"
+                   argument="--read2pos"
+                   help="The read is reduced to its 5' most base or 3'most base. Read summarization is then performed based on thesingle base which the read is reduced to.">
+                <option value="" selected="true">Leave the read as it is</option>
+                <option value="--read2pos 5">Reduce it to the 5' end</option>
+                <option value="--read2pos 3">Reduce it to the 3' end</option>
+            </param>
+            
+            <param name="primary"
+                   type="boolean"
+                   truevalue=" --primary"
+                   falsevalue=""
+                   argument="--primary"
+                   label="Only count primary alignments"
+                   help="If specified, only primary alignments will be counted. Primaryand secondary alignments are identified using bit 0x100 in theFlag field of SAM/BAM files. All primary alignments in a datasetwill be counted no matter they are from multi-mapping reads ornot ('-M' is ignored)." />
+            
+            <param name="ignore_dup"
+                   type="boolean"
+                   truevalue=" --ignoreDup"
+                   falsevalue=""
+                   argument="--ignoreDup"
+                   label="Ignore reads marked as duplicate"
+                   help="If specified, reads that were marked asduplicates will be ignored. Bit Ox400 in FLAG field of SAM/BAMfile is used for identifying duplicate reads. In paired enddata, the entire read pair will be ignored if at least one endis found to be a duplicate read." />
+            
+            <param name="count_split_alignments_only"
+                   type="boolean"
+                   truevalue=" --countSplitAlignmentsOnly"
+                   falsevalue=""
+                   argument="--countSplitAlignmentsOnly"
+                   label="Ignore reads marked as duplicate"
+                   help="If specified, only split alignments (CIGARstrings containing letter `N') will be counted. All the otheralignments will be ignored. An example of split alignments isthe exon-spanning reads in RNA-seq data." />
+        </section>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="tabular"
+              name="output_medium"
+              label="${tool.name} on ${on_string}">
+            <filter>format == "tabdel_medium"</filter>
+            <actions>
+                <action name="column_names" type="metadata" default="Geneid,${alignment.name},Length" />
+            </actions>
+        </data>
+
+        <data format="tabular"
+              name="output_short"
+              label="${tool.name} on ${on_string}">
+            <filter>format == "tabdel_short"</filter>
+            <actions>
+                <action name="column_names" type="metadata" default="Geneid,${alignment.name}" />
+            </actions>
+        </data>
+
+        <data format="tabular"
+              name="output_full"
+              label="${tool.name} on ${on_string}: count table">
+            <filter>format == "tabdel_full"</filter>
+            <actions>
+                <action name="column_names" type="metadata" default="Geneid,Chr,Start,End,Strand,Length,${alignment.name}" />
+            </actions>
+        </data>
+
+        <data format="tabular"
+              name="output_summary"
+              hidden="true"
+              label="${tool.name} on ${on_string}: summary">
+            <actions>
+                <action name="column_names" type="metadata" default="Status,${alignment.name}" />
+            </actions>
+        </data>
+
+        <data format="tabular"
+              name="output_feature_lengths"
+              label="${tool.name} on ${on_string}: feature lengths">
+              <filter>include_feature_length_file</filter>
+            <actions>
+                <action name="column_names" type="metadata" default="Feature,Length" />
+            </actions>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />
+            <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />
+            <param name="format" value="tabdel_short" />
+            <param name="include_feature_length_file" value="true"/>
+            <output name="output" file="output_1_short.tab"/>
+            <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />
+            <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />
+            <param name="format" value="tabdel_medium" />
+            <param name="include_feature_length_file" value="true"/>
+            <output name="output" file="output_1_medium.tab"/>
+            <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />
+            <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />
+            <param name="format" value="tabdel_full" />
+            <param name="include_feature_length_file" value="true"/>
+            <output name="output" file="output_1_full.tab"/>
+            <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"/>
+            <output name="output_feature_lengths" file="output_feature_lengths.tab"/>
+        </test>
+        
+        <test>
+            <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />
+            <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />
+            <param name="format" value="tabdel_short" />
+            <param name="include_feature_length_file" value="true"/>
+            <output name="output" file="output_2_short.tab"/>
+            <output name="output_summary" file="output_2_summary.tab"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />
+            <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />
+            <param name="format" value="tabdel_medium" />
+            <param name="include_feature_length_file" value="true"/>
+            <output name="output" file="output_2_medium.tab"/>
+            <output name="output_summary" file="output_2_summary.tab"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />
+            <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />
+            <param name="format" value="tabdel_full" />
+            <param name="include_feature_length_file" value="true"/>
+            <output name="output" file="output_2_full.tab"/>
+            <output name="output_summary" file="output_2_summary.tab"/>
+            <output name="output_feature_lengths" file="output_feature_lengths.tab"/>
+        </test>
+    </tests>
+    
+    <help><![CDATA[
+featureCounts
+#############
+
+Overview
+--------
+FeatureCounts is a light-weight read counting program written entirely in the C programming language. It can be used to count both gDNA-seq and RNA-seq reads for genomic features in in SAM/BAM files.
+
+Input formats
+-------------
+Alignments should be provided in either:
+
+ - SAM format, http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml#5
+ - BAM format
+
+Gene regions should be provided in the GFF/GTF format:
+
+ - http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format3
+ - http://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html
+
+Output format
+-------------
+FeatureCounts produces a table containing the counted reads, per gene, per row. Optionally the last column can be set to be the effective gene-length. These tables are compatible with the DESeq2 Galaxy wrapper by IUC.
+    ]]></help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btt656</citation>
+    </citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/featureCounts_guide.gff	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,680 @@
+X	FlyBase	exon	30948	31447	.	+	.	ID=FBti0062706;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	32172	32671	.	+	.	ID=FBti0062706;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	51312	51811	.	+	.	ID=FBti0062715;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	52318	52817	.	+	.	ID=FBti0062715;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	53883	54382	.	-	.	ID=FBti0062719;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	55280	55779	.	-	.	ID=FBti0062719;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	64215	64714	.	+	.	ID=FBti0062738;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	65335	65834	.	+	.	ID=FBti0062738;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	77479	77978	.	-	.	ID=FBti0063571;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	78341	78840	.	-	.	ID=FBti0063571;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	79405	79904	.	-	.	ID=FBti0063569;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	80154	80653	.	-	.	ID=FBti0063569;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	82402	82901	.	-	.	ID=FBti0063568;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	83164	83663	.	-	.	ID=FBti0063568;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	90012	90511	.	+	.	ID=FBti0062762;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	90918	91417	.	+	.	ID=FBti0062762;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	92326	92825	.	+	.	ID=FBti0062765;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	93238	93737	.	+	.	ID=FBti0062765;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	168410	168909	.	+	.	ID=FBti0062766;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	169363	169862	.	+	.	ID=FBti0062766;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	184346	184845	.	-	.	ID=FBti0062772;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	185123	185622	.	-	.	ID=FBti0062772;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	186159	186658	.	-	.	ID=FBti0019520;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	187028	187527	.	-	.	ID=FBti0019520;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	189437	189936	.	-	.	ID=FBti0019521;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	197509	198008	.	-	.	ID=FBti0019521;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	200157	200656	.	-	.	ID=FBti0062785;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	200936	201435	.	-	.	ID=FBti0062785;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	212059	212558	.	+	.	ID=FBti0019522;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	217588	218087	.	+	.	ID=FBti0019522;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	230841	231340	.	-	.	ID=FBti0062869;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	231571	232070	.	-	.	ID=FBti0062869;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	322007	322506	.	+	.	ID=FBti0019523;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	328634	329133	.	+	.	ID=FBti0019523;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	445010	445509	.	+	.	ID=FBti0019524;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	453015	453514	.	+	.	ID=FBti0019524;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	539893	540392	.	+	.	ID=FBti0063323;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	540801	541300	.	+	.	ID=FBti0063323;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	558910	559409	.	-	.	ID=FBti0063324;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	559791	560290	.	-	.	ID=FBti0063324;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	577936	578435	.	+	.	ID=FBti0063326;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	578752	579251	.	+	.	ID=FBti0063326;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	587701	588200	.	+	.	ID=FBti0063332;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	588492	588991	.	+	.	ID=FBti0063332;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	598742	599241	.	+	.	ID=FBti0063335;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	599600	600099	.	+	.	ID=FBti0063335;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	604149	604648	.	+	.	ID=FBti0063337;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	605153	605652	.	+	.	ID=FBti0063337;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	615232	615731	.	+	.	ID=FBti0063351;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	616141	616640	.	+	.	ID=FBti0063351;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	705855	706354	.	+	.	ID=FBti0019525;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	711929	712428	.	+	.	ID=FBti0019525;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	721190	721689	.	+	.	ID=FBti0019526;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	729424	729923	.	+	.	ID=FBti0019526;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	800289	800788	.	+	.	ID=FBti0019527;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	802523	803022	.	+	.	ID=FBti0019527;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	915767	916266	.	+	.	ID=FBti0019528;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	916539	917038	.	+	.	ID=FBti0019528;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	926940	927439	.	+	.	ID=FBti0019531;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	935016	935515	.	+	.	ID=FBti0019531;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	957344	957843	.	+	.	ID=FBti0019532;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	966580	967079	.	+	.	ID=FBti0019532;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	1407723	1408222	.	+	.	ID=FBti0019536;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	1408486	1408985	.	+	.	ID=FBti0019536;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	1461250	1461749	.	-	.	ID=FBti0019537;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	1463477	1463976	.	-	.	ID=FBti0019537;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	1521562	1522061	.	-	.	ID=FBti0019538;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	1529473	1529972	.	-	.	ID=FBti0019538;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	1630699	1631198	.	-	.	ID=FBti0019539;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	1640306	1640805	.	-	.	ID=FBti0019539;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	1712287	1712786	.	-	.	ID=FBti0063525;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	1713042	1713541	.	-	.	ID=FBti0063525;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	1714165	1714664	.	+	.	ID=FBti0063527;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	1714987	1715486	.	+	.	ID=FBti0063527;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	1824125	1824624	.	-	.	ID=FBti0019540;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	1832140	1832639	.	-	.	ID=FBti0019540;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	1848474	1848973	.	-	.	ID=FBti0019541;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	1856857	1857356	.	-	.	ID=FBti0019541;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2025638	2026137	.	+	.	ID=FBti0019542;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2027584	2028083	.	+	.	ID=FBti0019542;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2202381	2202880	.	-	.	ID=FBti0019543;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2211408	2211907	.	-	.	ID=FBti0019543;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2293426	2293925	.	+	.	ID=FBti0019544;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2302221	2302720	.	+	.	ID=FBti0019544;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2319538	2320037	.	+	.	ID=FBti0063994;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2320468	2320967	.	+	.	ID=FBti0063994;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2503973	2504472	.	-	.	ID=FBti0019545;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2511533	2512032	.	-	.	ID=FBti0019545;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2557975	2558474	.	-	.	ID=FBti0019546;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2559561	2560060	.	-	.	ID=FBti0019546;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2717376	2717875	.	-	.	ID=FBti0019547;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2726366	2726865	.	-	.	ID=FBti0019547;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2738488	2738987	.	-	.	ID=FBti0019548;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2746341	2746840	.	-	.	ID=FBti0019548;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2951607	2952106	.	-	.	ID=FBti0019549;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2952293	2952792	.	-	.	ID=FBti0019549;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2963803	2964302	.	-	.	ID=FBti0019550;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2967374	2967873	.	-	.	ID=FBti0019550;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	2969222	2969721	.	+	.	ID=FBti0019551;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	2974971	2975470	.	+	.	ID=FBti0019551;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3072054	3072553	.	+	.	ID=FBti0019552;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3080162	3080661	.	+	.	ID=FBti0019552;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3112094	3112593	.	-	.	ID=FBti0019553;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3121685	3122184	.	-	.	ID=FBti0019553;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3308606	3309105	.	-	.	ID=FBti0019554;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3315233	3315732	.	-	.	ID=FBti0019554;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3357795	3358294	.	-	.	ID=FBti0019555;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3359641	3360140	.	-	.	ID=FBti0019555;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3386680	3387179	.	-	.	ID=FBti0019556;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3396281	3396780	.	-	.	ID=FBti0019556;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3556511	3557010	.	-	.	ID=FBti0059983;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3557209	3557708	.	-	.	ID=FBti0059983;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3647008	3647507	.	-	.	ID=FBti0019563;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3655006	3655505	.	-	.	ID=FBti0019563;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3679400	3679899	.	-	.	ID=FBti0019564;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3680089	3680588	.	-	.	ID=FBti0019564;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3689927	3690426	.	-	.	ID=FBti0060049;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3690843	3691342	.	-	.	ID=FBti0060049;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3735908	3736407	.	-	.	ID=FBti0019565;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3736594	3737093	.	-	.	ID=FBti0019565;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3833560	3834059	.	+	.	ID=FBti0060050;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3834334	3834833	.	+	.	ID=FBti0060050;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	3880451	3880950	.	-	.	ID=FBti0019566;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	3888527	3889026	.	-	.	ID=FBti0019566;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4051480	4051979	.	+	.	ID=FBti0019567;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4058958	4059457	.	+	.	ID=FBti0019567;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4178048	4178547	.	-	.	ID=FBti0019568;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4183693	4184192	.	-	.	ID=FBti0019568;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4524542	4525041	.	+	.	ID=FBti0060466;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4525317	4525816	.	+	.	ID=FBti0060466;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4581901	4582400	.	+	.	ID=FBti0060479;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4582662	4583161	.	+	.	ID=FBti0060479;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4593999	4594498	.	-	.	ID=FBti0019569;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4594766	4595265	.	-	.	ID=FBti0019569;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4625418	4625917	.	-	.	ID=FBti0019570;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4630936	4631435	.	-	.	ID=FBti0019570;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4656840	4657339	.	+	.	ID=FBti0019571;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4657771	4658270	.	+	.	ID=FBti0019571;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4683101	4683600	.	-	.	ID=FBti0019572;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4684795	4685294	.	-	.	ID=FBti0019572;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4685985	4686484	.	-	.	ID=FBti0019573;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4686835	4687334	.	-	.	ID=FBti0019573;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4721556	4722055	.	-	.	ID=FBti0019574;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4729370	4729869	.	-	.	ID=FBti0019574;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	4989861	4990360	.	-	.	ID=FBti0019578;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	4997871	4998370	.	-	.	ID=FBti0019578;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	5232315	5232814	.	-	.	ID=FBti0019579;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	5233988	5234487	.	-	.	ID=FBti0019579;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	5283350	5283849	.	-	.	ID=FBti0019580;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	5286897	5287396	.	-	.	ID=FBti0019580;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	5374647	5375146	.	+	.	ID=FBti0019581;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	5379034	5379533	.	+	.	ID=FBti0019581;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	5418429	5418928	.	+	.	ID=FBti0019582;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	5422735	5423234	.	+	.	ID=FBti0019582;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	5620971	5621470	.	+	.	ID=FBti0019583;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	5626192	5626691	.	+	.	ID=FBti0019583;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	5767200	5767699	.	-	.	ID=FBti0061115;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	5767900	5768399	.	-	.	ID=FBti0061115;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	5820682	5821181	.	-	.	ID=FBti0019586;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	5826329	5826828	.	-	.	ID=FBti0019586;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6065171	6065670	.	-	.	ID=FBti0019587;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6073047	6073546	.	-	.	ID=FBti0019587;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6228798	6229297	.	+	.	ID=FBti0019588;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6231752	6232251	.	+	.	ID=FBti0019588;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6286459	6286958	.	+	.	ID=FBti0019589;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6291656	6292155	.	+	.	ID=FBti0019589;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6323576	6324075	.	-	.	ID=FBti0019590;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6329246	6329745	.	-	.	ID=FBti0019590;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6338891	6339390	.	-	.	ID=FBti0019591;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6345092	6345591	.	-	.	ID=FBti0019591;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6456406	6456905	.	-	.	ID=FBti0019592;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6465332	6465831	.	-	.	ID=FBti0019592;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6499064	6499563	.	-	.	ID=FBti0019593;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6502529	6503028	.	-	.	ID=FBti0019593;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6649313	6649812	.	+	.	ID=FBti0019594;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6650237	6650736	.	+	.	ID=FBti0019594;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6908350	6908849	.	-	.	ID=FBti0061617;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6909099	6909598	.	-	.	ID=FBti0061617;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	6917189	6917688	.	+	.	ID=FBti0019596;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	6925022	6925521	.	+	.	ID=FBti0019596;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	7018834	7019333	.	+	.	ID=FBti0019597;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	7028435	7028934	.	+	.	ID=FBti0019597;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	7374377	7374876	.	-	.	ID=FBti0019598;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	7376310	7376809	.	-	.	ID=FBti0019598;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	7596495	7596994	.	+	.	ID=FBti0019599;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	7597374	7597873	.	+	.	ID=FBti0019599;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	7677833	7678332	.	-	.	ID=FBti0019600;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	7678566	7679065	.	-	.	ID=FBti0019600;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	7739314	7739813	.	-	.	ID=FBti0019601;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	7741247	7741746	.	-	.	ID=FBti0019601;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	7925028	7925527	.	-	.	ID=FBti0019602;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	7929763	7930262	.	-	.	ID=FBti0019602;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	8186836	8187335	.	+	.	ID=FBti0019603;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	8190317	8190816	.	+	.	ID=FBti0019603;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	8206413	8206912	.	+	.	ID=FBti0062566;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	8207205	8207704	.	+	.	ID=FBti0062566;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	8258438	8258937	.	+	.	ID=FBti0019604;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	8259269	8259768	.	+	.	ID=FBti0019604;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	8353372	8353871	.	-	.	ID=FBti0019605;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	8354476	8354975	.	-	.	ID=FBti0019605;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	8815918	8816417	.	+	.	ID=FBti0019606;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	8816778	8817277	.	+	.	ID=FBti0019606;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	8842347	8842846	.	+	.	ID=FBti0019608;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	8850299	8850798	.	+	.	ID=FBti0019608;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	9401726	9402225	.	+	.	ID=FBti0019609;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	9403665	9404164	.	+	.	ID=FBti0019609;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	9469379	9469878	.	+	.	ID=FBti0019610;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	9470146	9470645	.	+	.	ID=FBti0019610;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	9692111	9692610	.	-	.	ID=FBti0019611;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	9699606	9700105	.	-	.	ID=FBti0019611;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	10031803	10032302	.	+	.	ID=FBti0019614;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	10039744	10040243	.	+	.	ID=FBti0019614;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	10160891	10161390	.	-	.	ID=FBti0019615;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	10170483	10170982	.	-	.	ID=FBti0019615;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	10242387	10242886	.	+	.	ID=FBti0019616;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	10250397	10250896	.	+	.	ID=FBti0019616;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	10339131	10339630	.	-	.	ID=FBti0063412;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	10339856	10340355	.	-	.	ID=FBti0063412;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	10418659	10419158	.	+	.	ID=FBti0019617;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	10426155	10426654	.	+	.	ID=FBti0019617;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	10444444	10444943	.	+	.	ID=FBti0019618;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	10446350	10446849	.	+	.	ID=FBti0019618;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	10579639	10580138	.	-	.	ID=FBti0019619;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	10585218	10585717	.	-	.	ID=FBti0019619;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	10989586	10990085	.	+	.	ID=FBti0019620;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	10997131	10997630	.	+	.	ID=FBti0019620;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11077839	11078338	.	-	.	ID=FBti0019621;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11083358	11083857	.	-	.	ID=FBti0019621;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11134085	11134584	.	+	.	ID=FBti0019623;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11134999	11135498	.	+	.	ID=FBti0019623;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11162151	11162650	.	+	.	ID=FBti0019624;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11164086	11164585	.	+	.	ID=FBti0019624;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11205652	11206151	.	-	.	ID=FBti0019625;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11213441	11213940	.	-	.	ID=FBti0019625;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11428629	11429128	.	-	.	ID=FBti0019626;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11435542	11436041	.	-	.	ID=FBti0019626;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11465040	11465539	.	+	.	ID=FBti0019627;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11465726	11466225	.	+	.	ID=FBti0019627;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11499223	11499722	.	+	.	ID=FBti0064037;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11500111	11500610	.	+	.	ID=FBti0064037;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11527005	11527504	.	-	.	ID=FBti0019628;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11534518	11535017	.	-	.	ID=FBti0019628;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11637155	11637654	.	+	.	ID=FBti0019630;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11644744	11645243	.	+	.	ID=FBti0019630;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	11799400	11799899	.	-	.	ID=FBti0064040;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	11800359	11800858	.	-	.	ID=FBti0064040;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	12057077	12057576	.	+	.	ID=FBti0059925;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	12057840	12058339	.	+	.	ID=FBti0059925;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	12061726	12062225	.	+	.	ID=FBti0019631;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	12067596	12068095	.	+	.	ID=FBti0019631;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	12195551	12196050	.	-	.	ID=FBti0019632;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	12197292	12197791	.	-	.	ID=FBti0019632;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	12275459	12275958	.	-	.	ID=FBti0019633;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	12279804	12280303	.	-	.	ID=FBti0019633;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	12639971	12640470	.	+	.	ID=FBti0060433;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	12640732	12641231	.	+	.	ID=FBti0060433;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	12824166	12824665	.	-	.	ID=FBti0019635;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	12831723	12832222	.	-	.	ID=FBti0019635;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	13295077	13295576	.	+	.	ID=FBti0019045;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	13295869	13296368	.	+	.	ID=FBti0019045;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	13323052	13323551	.	+	.	ID=FBti0019046;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	13324640	13325139	.	+	.	ID=FBti0019046;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	13357233	13357732	.	+	.	ID=FBti0019047;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	13363253	13363752	.	+	.	ID=FBti0019047;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	13831569	13832068	.	-	.	ID=FBti0019048;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	13835275	13835774	.	-	.	ID=FBti0019048;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	13924339	13924838	.	+	.	ID=FBti0019050;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	13929368	13929867	.	+	.	ID=FBti0019050;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	13998611	13999110	.	+	.	ID=FBti0019051;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14008204	14008703	.	+	.	ID=FBti0019051;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14051181	14051680	.	-	.	ID=FBti0019052;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14057281	14057780	.	-	.	ID=FBti0019052;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14197670	14198169	.	+	.	ID=FBti0019053;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14204324	14204823	.	+	.	ID=FBti0019053;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14309904	14310403	.	-	.	ID=FBti0019054;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14315102	14315601	.	-	.	ID=FBti0019054;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14445232	14445731	.	-	.	ID=FBti0019055;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14453336	14453835	.	-	.	ID=FBti0019055;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14476735	14477234	.	-	.	ID=FBti0061060;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14477470	14477969	.	-	.	ID=FBti0061060;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14483263	14483762	.	+	.	ID=FBti0019056;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14483949	14484448	.	+	.	ID=FBti0019056;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14530058	14530557	.	-	.	ID=FBti0019057;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14535929	14536428	.	-	.	ID=FBti0019057;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14612714	14613213	.	+	.	ID=FBti0061076;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14613704	14614203	.	+	.	ID=FBti0061076;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14660004	14660503	.	-	.	ID=FBti0061085;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14660980	14661479	.	-	.	ID=FBti0061085;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14664006	14664505	.	+	.	ID=FBti0061087;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14664761	14665260	.	+	.	ID=FBti0061087;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14671630	14672129	.	-	.	ID=FBti0019058;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14676851	14677350	.	-	.	ID=FBti0019058;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14709104	14709603	.	-	.	ID=FBti0061103;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14709807	14710306	.	-	.	ID=FBti0061103;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14712353	14712852	.	-	.	ID=FBti0019059;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14717999	14718498	.	-	.	ID=FBti0019059;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14830448	14830947	.	+	.	ID=FBti0019060;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14840147	14840646	.	+	.	ID=FBti0019060;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14916699	14917198	.	+	.	ID=FBti0061129;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14917704	14918203	.	+	.	ID=FBti0061129;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14927680	14928179	.	+	.	ID=FBti0019061;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14935650	14936149	.	+	.	ID=FBti0019061;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14941525	14942024	.	-	.	ID=FBti0019636;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14942635	14943134	.	-	.	ID=FBti0019636;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	14970356	14970855	.	+	.	ID=FBti0019062;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	14971399	14971898	.	+	.	ID=FBti0019062;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15167294	15167793	.	-	.	ID=FBti0019637;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15168901	15169400	.	-	.	ID=FBti0019637;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15220273	15220772	.	+	.	ID=FBti0019063;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15220961	15221460	.	+	.	ID=FBti0019063;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15306642	15307141	.	+	.	ID=FBti0019064;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15311368	15311867	.	+	.	ID=FBti0019064;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15315507	15316006	.	-	.	ID=FBti0019065;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15317463	15317962	.	-	.	ID=FBti0019065;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15326753	15327252	.	-	.	ID=FBti0061584;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15327674	15328173	.	-	.	ID=FBti0061584;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15329260	15329759	.	+	.	ID=FBti0019066;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15330136	15330635	.	+	.	ID=FBti0019066;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15375323	15375822	.	+	.	ID=FBti0061582;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15376160	15376659	.	+	.	ID=FBti0061582;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15448269	15448768	.	-	.	ID=FBti0061585;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15449038	15449537	.	-	.	ID=FBti0061585;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15449888	15450387	.	-	.	ID=FBti0061588;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15450644	15451143	.	-	.	ID=FBti0061588;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15468199	15468698	.	-	.	ID=FBti0061589;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15468936	15469435	.	-	.	ID=FBti0061589;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15469456	15469955	.	-	.	ID=FBti0061590;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15470210	15470709	.	-	.	ID=FBti0061590;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15730527	15731026	.	+	.	ID=FBti0061604;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15731253	15731752	.	+	.	ID=FBti0061604;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	15734786	15735285	.	+	.	ID=FBti0061606;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	15735653	15736152	.	+	.	ID=FBti0061606;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	16116366	16116865	.	-	.	ID=FBti0019067;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	16125158	16125657	.	-	.	ID=FBti0019067;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	16234256	16234755	.	-	.	ID=FBti0019068;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	16243855	16244354	.	-	.	ID=FBti0019068;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	16386234	16386733	.	-	.	ID=FBti0019069;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	16392254	16392753	.	-	.	ID=FBti0019069;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	16435015	16435514	.	+	.	ID=FBti0062240;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	16436011	16436510	.	+	.	ID=FBti0062240;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	16441298	16441797	.	+	.	ID=FBti0062241;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	16442176	16442675	.	+	.	ID=FBti0062241;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	16829597	16830096	.	+	.	ID=FBti0019070;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	16830437	16830936	.	+	.	ID=FBti0019070;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	16951522	16952021	.	-	.	ID=FBti0019071;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	16952208	16952707	.	-	.	ID=FBti0019071;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17007337	17007836	.	-	.	ID=FBti0019072;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17013408	17013907	.	-	.	ID=FBti0019072;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17088792	17089291	.	-	.	ID=FBti0019073;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17094321	17094820	.	-	.	ID=FBti0019073;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17125391	17125890	.	+	.	ID=FBti0062273;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17126253	17126752	.	+	.	ID=FBti0062273;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17141025	17141524	.	-	.	ID=FBti0062274;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17141719	17142218	.	-	.	ID=FBti0062274;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17155869	17156368	.	-	.	ID=FBti0019074;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17156585	17157084	.	-	.	ID=FBti0019074;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17174503	17175002	.	-	.	ID=FBti0062286;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17175194	17175693	.	-	.	ID=FBti0062286;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17324955	17325454	.	-	.	ID=FBti0019075;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17325723	17326222	.	-	.	ID=FBti0019075;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17450531	17451030	.	+	.	ID=FBti0019076;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17451476	17451975	.	+	.	ID=FBti0019076;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17686539	17687038	.	+	.	ID=FBti0019077;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17690280	17690779	.	+	.	ID=FBti0019077;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	17787185	17787684	.	-	.	ID=FBti0019078;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	17790414	17790913	.	-	.	ID=FBti0019078;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18024852	18025351	.	-	.	ID=FBti0019639;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18026037	18026536	.	-	.	ID=FBti0019639;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18087657	18088156	.	-	.	ID=FBti0019079;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18088631	18089130	.	-	.	ID=FBti0019079;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18213198	18213697	.	-	.	ID=FBti0062998;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18213981	18214480	.	-	.	ID=FBti0062998;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18250193	18250692	.	+	.	ID=FBti0062977;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18251156	18251655	.	+	.	ID=FBti0062977;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18308377	18308876	.	+	.	ID=FBti0063008;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18309258	18309757	.	+	.	ID=FBti0063008;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18323082	18323581	.	+	.	ID=FBti0019080;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18328836	18329335	.	+	.	ID=FBti0019080;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18448967	18449466	.	+	.	ID=FBti0019081;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18450931	18451430	.	+	.	ID=FBti0019081;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18513283	18513782	.	-	.	ID=FBti0063024;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18514106	18514605	.	-	.	ID=FBti0063024;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18647925	18648424	.	+	.	ID=FBti0059782;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18652033	18652532	.	+	.	ID=FBti0059782;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18677415	18677914	.	-	.	ID=FBti0019082;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18679822	18680321	.	-	.	ID=FBti0019082;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18706010	18706509	.	+	.	ID=FBti0063036;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18706909	18707408	.	+	.	ID=FBti0063036;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18850658	18851157	.	-	.	ID=FBti0019083;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18859763	18860262	.	-	.	ID=FBti0019083;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	18954002	18954501	.	-	.	ID=FBti0019084;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	18959220	18959719	.	-	.	ID=FBti0019084;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19001351	19001850	.	-	.	ID=FBti0019085;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19003021	19003520	.	-	.	ID=FBti0019085;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19015489	19015988	.	-	.	ID=FBti0063617;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19016439	19016938	.	-	.	ID=FBti0063617;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19030140	19030639	.	+	.	ID=FBti0019086;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19037502	19038001	.	+	.	ID=FBti0019086;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19085704	19086203	.	-	.	ID=FBti0063635;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19086396	19086895	.	-	.	ID=FBti0063635;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19224162	19224661	.	-	.	ID=FBti0063656;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19224877	19225376	.	-	.	ID=FBti0063656;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19250578	19251077	.	-	.	ID=FBti0059696;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19252457	19252956	.	-	.	ID=FBti0059696;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19265090	19265589	.	-	.	ID=FBti0063669;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19265851	19266350	.	-	.	ID=FBti0063669;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19273743	19274242	.	-	.	ID=FBti0019087;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19274429	19274928	.	-	.	ID=FBti0019087;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19330858	19331357	.	-	.	ID=FBti0019088;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19338819	19339318	.	-	.	ID=FBti0019088;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19365718	19366217	.	-	.	ID=FBti0019089;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19366720	19367219	.	-	.	ID=FBti0019089;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19396008	19396507	.	+	.	ID=FBti0063678;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19397006	19397505	.	+	.	ID=FBti0063678;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19489665	19490164	.	-	.	ID=FBti0063729;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19490703	19491202	.	-	.	ID=FBti0063729;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19559764	19560263	.	+	.	ID=FBti0063712;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19560880	19561379	.	+	.	ID=FBti0063712;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19567246	19567745	.	-	.	ID=FBti0063694;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19568106	19568605	.	-	.	ID=FBti0063694;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19588853	19589352	.	+	.	ID=FBti0019090;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19590977	19591476	.	+	.	ID=FBti0019090;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19603659	19604158	.	-	.	ID=FBti0019091;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19605890	19606389	.	-	.	ID=FBti0019091;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19690936	19691435	.	-	.	ID=FBti0019646;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19698692	19699191	.	-	.	ID=FBti0019646;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19703442	19703941	.	-	.	ID=FBti0063736;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19704288	19704787	.	-	.	ID=FBti0063736;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19766215	19766714	.	-	.	ID=FBti0063738;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19767103	19767602	.	-	.	ID=FBti0063738;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19819597	19820096	.	-	.	ID=FBti0062904;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19820338	19820837	.	-	.	ID=FBti0062904;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19829825	19830324	.	-	.	ID=FBti0062915;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19830834	19831333	.	-	.	ID=FBti0062915;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19854295	19854794	.	-	.	ID=FBti0062889;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19854979	19855478	.	-	.	ID=FBti0062889;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19892332	19892831	.	-	.	ID=FBti0062891;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19893117	19893616	.	-	.	ID=FBti0062891;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19926904	19927403	.	+	.	ID=FBti0019648;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19930967	19931466	.	+	.	ID=FBti0019648;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19986996	19987495	.	-	.	ID=FBti0062899;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19987927	19988426	.	-	.	ID=FBti0062899;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19990109	19990608	.	+	.	ID=FBti0062945;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19990790	19991289	.	+	.	ID=FBti0062945;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	19993521	19994020	.	-	.	ID=FBti0019649;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	19997026	19997525	.	-	.	ID=FBti0019649;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20004574	20005073	.	+	.	ID=FBti0062946;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20005534	20006033	.	+	.	ID=FBti0062946;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20033920	20034419	.	-	.	ID=FBti0062979;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20034692	20035191	.	-	.	ID=FBti0062979;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20037228	20037727	.	+	.	ID=FBti0062965;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20038171	20038670	.	+	.	ID=FBti0062965;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20073287	20073786	.	+	.	ID=FBti0019650;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20075498	20075997	.	+	.	ID=FBti0019650;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20081159	20081658	.	+	.	ID=FBti0019651;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20083385	20083884	.	+	.	ID=FBti0019651;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20088846	20089345	.	+	.	ID=FBti0019652;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20091057	20091556	.	+	.	ID=FBti0019652;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20096706	20097205	.	+	.	ID=FBti0019653;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20098932	20099431	.	+	.	ID=FBti0019653;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20129221	20129720	.	+	.	ID=FBti0062966;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20130117	20130616	.	+	.	ID=FBti0062966;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20214636	20215135	.	-	.	ID=FBti0062995;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20215401	20215900	.	-	.	ID=FBti0062995;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20235565	20236064	.	+	.	ID=FBti0063000;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20236412	20236911	.	+	.	ID=FBti0063000;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20238464	20238963	.	+	.	ID=FBti0063502;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20239208	20239707	.	+	.	ID=FBti0063502;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20247900	20248399	.	+	.	ID=FBti0019654;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20249806	20250305	.	+	.	ID=FBti0019654;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20267464	20267963	.	-	.	ID=FBti0019656;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20269069	20269568	.	-	.	ID=FBti0019656;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20316429	20316928	.	+	.	ID=FBti0063003;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20317218	20317717	.	+	.	ID=FBti0063003;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20331167	20331666	.	-	.	ID=FBti0063472;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20331922	20332421	.	-	.	ID=FBti0063472;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20351467	20351966	.	-	.	ID=FBti0063476;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20352275	20352774	.	-	.	ID=FBti0063476;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20374707	20375206	.	+	.	ID=FBti0019657;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20376670	20377169	.	+	.	ID=FBti0019657;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20397489	20397988	.	+	.	ID=FBti0063522;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20398465	20398964	.	+	.	ID=FBti0063522;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20446575	20447074	.	+	.	ID=FBti0063531;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20447556	20448055	.	+	.	ID=FBti0063531;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20485359	20485858	.	-	.	ID=FBti0063532;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20486219	20486718	.	-	.	ID=FBti0063532;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20503414	20503913	.	-	.	ID=FBti0063542;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20504167	20504666	.	-	.	ID=FBti0063542;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20676657	20677156	.	-	.	ID=FBti0063596;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20677500	20677999	.	-	.	ID=FBti0063596;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20707308	20707807	.	+	.	ID=FBti0019658;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20715353	20715852	.	+	.	ID=FBti0019658;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20727409	20727908	.	-	.	ID=FBti0063600;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20728116	20728615	.	-	.	ID=FBti0063600;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20750652	20751151	.	-	.	ID=FBti0063602;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20751646	20752145	.	-	.	ID=FBti0063602;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20765308	20765807	.	-	.	ID=FBti0063606;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20766073	20766572	.	-	.	ID=FBti0063606;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20811305	20811804	.	-	.	ID=FBti0019659;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20813211	20813710	.	-	.	ID=FBti0019659;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20872979	20873478	.	+	.	ID=FBti0063639;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20873960	20874459	.	+	.	ID=FBti0063639;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20874984	20875483	.	-	.	ID=FBti0063640;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20875962	20876461	.	-	.	ID=FBti0063640;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20876509	20877008	.	-	.	ID=FBti0063641;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20877360	20877859	.	-	.	ID=FBti0063641;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20904331	20904830	.	+	.	ID=FBti0019664;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20905526	20906025	.	+	.	ID=FBti0019664;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20907486	20907985	.	+	.	ID=FBti0063642;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20908317	20908816	.	+	.	ID=FBti0063642;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20932446	20932945	.	-	.	ID=FBti0019665;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20933374	20933873	.	-	.	ID=FBti0019665;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20956729	20957228	.	-	.	ID=FBti0019666;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20958184	20958683	.	-	.	ID=FBti0019666;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20970376	20970875	.	+	.	ID=FBti0064085;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20971290	20971789	.	+	.	ID=FBti0064085;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	20996038	20996537	.	+	.	ID=FBti0064087;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	20996897	20997396	.	+	.	ID=FBti0064087;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21019641	21020140	.	-	.	ID=FBti0019669;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21020880	21021379	.	-	.	ID=FBti0019669;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21046284	21046783	.	+	.	ID=FBti0064103;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21047030	21047529	.	+	.	ID=FBti0064103;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21047881	21048380	.	-	.	ID=FBti0064157;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21049038	21049537	.	-	.	ID=FBti0064157;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21051404	21051903	.	-	.	ID=FBti0064105;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21052363	21052862	.	-	.	ID=FBti0064105;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21061792	21062291	.	+	.	ID=FBti0064107;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21062834	21063333	.	+	.	ID=FBti0064107;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21086568	21087067	.	-	.	ID=FBti0064109;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21087529	21088028	.	-	.	ID=FBti0064109;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21125285	21125784	.	+	.	ID=FBti0019677;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21126313	21126812	.	+	.	ID=FBti0019677;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21153965	21154464	.	+	.	ID=FBti0064194;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21154739	21155238	.	+	.	ID=FBti0064194;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21171043	21171542	.	+	.	ID=FBti0064205;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21171792	21172291	.	+	.	ID=FBti0064205;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21180050	21180549	.	-	.	ID=FBti0064206;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21181012	21181511	.	-	.	ID=FBti0064206;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21185984	21186483	.	-	.	ID=FBti0064207;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21186897	21187396	.	-	.	ID=FBti0064207;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21291889	21292388	.	+	.	ID=FBti0064220;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21292891	21293390	.	+	.	ID=FBti0064220;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21304742	21305241	.	-	.	ID=FBti0064222;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21305490	21305989	.	-	.	ID=FBti0064222;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21322696	21323195	.	+	.	ID=FBti0064223;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21323624	21324123	.	+	.	ID=FBti0064223;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21329282	21329781	.	-	.	ID=FBti0019678;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21335152	21335651	.	-	.	ID=FBti0019678;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21339280	21339779	.	+	.	ID=FBti0064224;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21339991	21340490	.	+	.	ID=FBti0064224;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21344984	21345483	.	+	.	ID=FBti0019679;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21345795	21346294	.	+	.	ID=FBti0019679;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21376449	21376948	.	+	.	ID=FBti0060042;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21377583	21378082	.	+	.	ID=FBti0060042;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21455828	21456327	.	+	.	ID=FBti0019697;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21456886	21457385	.	+	.	ID=FBti0019697;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21457944	21458443	.	-	.	ID=FBti0060048;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21458705	21459204	.	-	.	ID=FBti0060048;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21474559	21475058	.	-	.	ID=FBti0060061;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21475408	21475907	.	-	.	ID=FBti0060061;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21494393	21494892	.	-	.	ID=FBti0060088;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21495636	21496135	.	-	.	ID=FBti0060088;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21497479	21497978	.	+	.	ID=FBti0019699;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21499277	21499776	.	+	.	ID=FBti0019699;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21685998	21686497	.	+	.	ID=FBti0060594;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21687344	21687843	.	+	.	ID=FBti0060594;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21860031	21860530	.	+	.	ID=FBti0019720;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21861994	21862493	.	+	.	ID=FBti0019720;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21874192	21874691	.	+	.	ID=FBti0019721;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21875323	21875822	.	+	.	ID=FBti0019721;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21877985	21878484	.	-	.	ID=FBti0061140;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21879005	21879504	.	-	.	ID=FBti0061140;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21886041	21886540	.	+	.	ID=FBti0061141;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21886904	21887403	.	+	.	ID=FBti0061141;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21887574	21888073	.	+	.	ID=FBti0061142;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21888567	21889066	.	+	.	ID=FBti0061142;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21889900	21890399	.	-	.	ID=FBti0019722;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21890892	21891391	.	-	.	ID=FBti0019722;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21891428	21891927	.	-	.	ID=FBti0061299;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21892197	21892696	.	-	.	ID=FBti0061299;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21895770	21896269	.	+	.	ID=FBti0061144;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21896836	21897335	.	+	.	ID=FBti0061144;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21907764	21908263	.	+	.	ID=FBti0061147;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21908793	21909292	.	+	.	ID=FBti0061147;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21909599	21910098	.	-	.	ID=FBti0061148;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21910516	21911015	.	-	.	ID=FBti0061148;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21912243	21912742	.	-	.	ID=FBti0061150;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21913162	21913661	.	-	.	ID=FBti0061150;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21914659	21915158	.	+	.	ID=FBti0061152;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21915445	21915944	.	+	.	ID=FBti0061152;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21946675	21947174	.	+	.	ID=FBti0061166;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21947617	21948116	.	+	.	ID=FBti0061166;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21966395	21966894	.	+	.	ID=FBti0019733;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21971918	21972417	.	+	.	ID=FBti0019733;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21974809	21975308	.	-	.	ID=FBti0061271;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21976502	21977001	.	-	.	ID=FBti0061271;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21987500	21987999	.	-	.	ID=FBti0061169;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21988186	21988685	.	-	.	ID=FBti0061169;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21993503	21994002	.	-	.	ID=FBti0061171;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21994450	21994949	.	-	.	ID=FBti0061171;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	21997723	21998222	.	-	.	ID=FBti0061189;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	21998648	21999147	.	-	.	ID=FBti0061189;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22001309	22001808	.	-	.	ID=FBti0061190;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22002053	22002552	.	-	.	ID=FBti0061190;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22003324	22003823	.	+	.	ID=FBti0061191;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22004349	22004848	.	+	.	ID=FBti0061191;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22021878	22022377	.	+	.	ID=FBti0019735;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22028589	22029088	.	+	.	ID=FBti0019735;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22030491	22030990	.	+	.	ID=FBti0061193;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22031375	22031874	.	+	.	ID=FBti0061193;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22034624	22035123	.	+	.	ID=FBti0061194;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22035583	22036082	.	+	.	ID=FBti0061194;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22036925	22037424	.	+	.	ID=FBti0061195;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22038220	22038719	.	+	.	ID=FBti0061195;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22039357	22039856	.	-	.	ID=FBti0061196;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22040352	22040851	.	-	.	ID=FBti0061196;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22043411	22043910	.	-	.	ID=FBti0061198;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22044257	22044756	.	-	.	ID=FBti0061198;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22048433	22048932	.	+	.	ID=FBti0061330;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22049279	22049778	.	+	.	ID=FBti0061330;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22057124	22057623	.	+	.	ID=FBti0061333;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22057985	22058484	.	+	.	ID=FBti0061333;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22082873	22083372	.	+	.	ID=FBti0019737;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22090779	22091278	.	+	.	ID=FBti0019737;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22095242	22095741	.	-	.	ID=FBti0061335;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22096103	22096602	.	-	.	ID=FBti0061335;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22131802	22132301	.	-	.	ID=FBti0019743;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22133042	22133541	.	-	.	ID=FBti0019743;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22139935	22140434	.	+	.	ID=FBti0019744;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22140885	22141384	.	+	.	ID=FBti0019744;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22143032	22143531	.	-	.	ID=FBti0061353;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22144129	22144628	.	-	.	ID=FBti0061353;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22145369	22145868	.	-	.	ID=FBti0061354;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22146581	22147080	.	-	.	ID=FBti0061354;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22158980	22159479	.	-	.	ID=FBti0060518;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22159740	22160239	.	-	.	ID=FBti0060518;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22177427	22177926	.	-	.	ID=FBti0061357;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22178135	22178634	.	-	.	ID=FBti0061357;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22181659	22182158	.	-	.	ID=FBti0061667;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22182560	22183059	.	-	.	ID=FBti0061667;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22185911	22186410	.	-	.	ID=FBti0019746;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22186943	22187442	.	-	.	ID=FBti0019746;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22190019	22190518	.	-	.	ID=FBti0061670;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22191085	22191584	.	-	.	ID=FBti0061670;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22195806	22196305	.	+	.	ID=FBti0061671;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22196925	22197424	.	+	.	ID=FBti0061671;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22223174	22223673	.	+	.	ID=FBti0061781;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22225997	22226496	.	+	.	ID=FBti0061781;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22234403	22234902	.	-	.	ID=FBti0060517;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22235245	22235744	.	-	.	ID=FBti0060517;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22239374	22239873	.	+	.	ID=FBti0061674;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22240389	22240888	.	+	.	ID=FBti0061674;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22243264	22243763	.	+	.	ID=FBti0019748;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22245337	22245836	.	+	.	ID=FBti0019748;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22250617	22251116	.	-	.	ID=FBti0061812;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22251644	22252143	.	-	.	ID=FBti0061812;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22256814	22257313	.	-	.	ID=FBti0061813;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22257959	22258458	.	-	.	ID=FBti0061813;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22271776	22272275	.	-	.	ID=FBti0061846;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22272465	22272964	.	-	.	ID=FBti0061846;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22276936	22277435	.	+	.	ID=FBti0061848;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22277765	22278264	.	+	.	ID=FBti0061848;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22283375	22283874	.	+	.	ID=FBti0062474;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22285380	22285879	.	+	.	ID=FBti0062474;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22289776	22290275	.	+	.	ID=FBti0062436;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22290575	22291074	.	+	.	ID=FBti0062436;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22326110	22326609	.	-	.	ID=FBti0062440;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22327885	22328384	.	-	.	ID=FBti0062440;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22336396	22336895	.	-	.	ID=FBti0062416;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22337937	22338436	.	-	.	ID=FBti0062416;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22339332	22339831	.	+	.	ID=FBti0061912;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22340231	22340730	.	+	.	ID=FBti0061912;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22385377	22385876	.	+	.	ID=FBti0061942;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22386134	22386633	.	+	.	ID=FBti0061942;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22397699	22398198	.	+	.	ID=FBti0062347;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22405375	22405874	.	+	.	ID=FBti0062347;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22406838	22407337	.	+	.	ID=FBti0062442;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22408770	22409269	.	+	.	ID=FBti0062442;gene_id=right
+X	FlyBase	exon	22412656	22413155	.	-	.	ID=FBti0061946;gene_id=left
+X	FlyBase	exon	22413523	22414022	.	-	.	ID=FBti0061946;gene_id=right
Binary file test-data/featureCounts_input1.bam has changed
Binary file test-data/featureCounts_input2.bam has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_1_full.tab	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+left	X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X	30948;51312;64215;90012;92326;168410;212059;322007;445010;539893;577936;587701;598742;604149;615232;705855;721190;800289;915767;926940;957344;1407723;1714165;2025638;2293426;2319538;2969222;3072054;3833560;4051480;4524542;4581901;4656840;5374647;5418429;5620971;6228798;6286459;6649313;6917189;7018834;7596495;8186836;8206413;8258438;8815918;8842347;9401726;9469379;10031803;10242387;10418659;10444444;10989586;11134085;11162151;11465040;11499223;11637155;12057077;12061726;12639971;13295077;13323052;13357233;13924339;13998611;14197670;14483263;14612714;14664006;14830448;14916699;14927680;14970356;15220273;15306642;15329260;15375323;15730527;15734786;16435015;16441298;16829597;17125391;17450531;17686539;18250193;18308377;18323082;18448967;18647925;18706010;19030140;19396008;19559764;19588853;19926904;19990109;20004574;20037228;20073287;20081159;20088846;20096706;20129221;20235565;20238464;20247900;20316429;20374707;20397489;20446575;20707308;20872979;20904331;20907486;20970376;20996038;21046284;21061792;21125285;21153965;21171043;21291889;21322696;21339280;21344984;21376449;21455828;21497479;21685998;21860031;21874192;21886041;21887574;21895770;21907764;21914659;21946675;21966395;22003324;22021878;22030491;22034624;22036925;22048433;22057124;22082873;22139935;22195806;22223174;22239374;22243264;22276936;22283375;22289776;22339332;22385377;22397699;22406838;53883;77479;79405;82402;184346;186159;189437;200157;230841;558910;1461250;1521562;1630699;1712287;1824125;1848474;2202381;2503973;2557975;2717376;2738488;2951607;2963803;3112094;3308606;3357795;3386680;3556511;3647008;3679400;3689927;3735908;3880451;4178048;4593999;4625418;4683101;4685985;4721556;4989861;5232315;5283350;5767200;5820682;6065171;6323576;6338891;6456406;6499064;6908350;7374377;7677833;7739314;7925028;8353372;9692111;10160891;10339131;10579639;11077839;11205652;11428629;11527005;11799400;12195551;12275459;12824166;13831569;14051181;14309904;14445232;14476735;14530058;14660004;14671630;14709104;14712353;14941525;15167294;15315507;15326753;15448269;15449888;15468199;15469456;16116366;16234256;16386234;16951522;17007337;17088792;17141025;17155869;17174503;17324955;17787185;18024852;18087657;18213198;18513283;18677415;18850658;18954002;19001351;19015489;19085704;19224162;19250578;19265090;19273743;19330858;19365718;19489665;19567246;19603659;19690936;19703442;19766215;19819597;19829825;19854295;19892332;19986996;19993521;20033920;20214636;20267464;20331167;20351467;20485359;20503414;20676657;20727409;20750652;20765308;20811305;20874984;20876509;20932446;20956729;21019641;21047881;21051404;21086568;21180050;21185984;21304742;21329282;21457944;21474559;21494393;21877985;21889900;21891428;21909599;21912243;21974809;21987500;21993503;21997723;22001309;22039357;22043411;22095242;22131802;22143032;22145369;22158980;22177427;22181659;22185911;22190019;22234403;22250617;22256814;22271776;22326110;22336396;22412656	31447;51811;64714;90511;92825;168909;212558;322506;445509;540392;578435;588200;599241;604648;615731;706354;721689;800788;916266;927439;957843;1408222;1714664;2026137;2293925;2320037;2969721;3072553;3834059;4051979;4525041;4582400;4657339;5375146;5418928;5621470;6229297;6286958;6649812;6917688;7019333;7596994;8187335;8206912;8258937;8816417;8842846;9402225;9469878;10032302;10242886;10419158;10444943;10990085;11134584;11162650;11465539;11499722;11637654;12057576;12062225;12640470;13295576;13323551;13357732;13924838;13999110;14198169;14483762;14613213;14664505;14830947;14917198;14928179;14970855;15220772;15307141;15329759;15375822;15731026;15735285;16435514;16441797;16830096;17125890;17451030;17687038;18250692;18308876;18323581;18449466;18648424;18706509;19030639;19396507;19560263;19589352;19927403;19990608;20005073;20037727;20073786;20081658;20089345;20097205;20129720;20236064;20238963;20248399;20316928;20375206;20397988;20447074;20707807;20873478;20904830;20907985;20970875;20996537;21046783;21062291;21125784;21154464;21171542;21292388;21323195;21339779;21345483;21376948;21456327;21497978;21686497;21860530;21874691;21886540;21888073;21896269;21908263;21915158;21947174;21966894;22003823;22022377;22030990;22035123;22037424;22048932;22057623;22083372;22140434;22196305;22223673;22239873;22243763;22277435;22283874;22290275;22339831;22385876;22398198;22407337;54382;77978;79904;82901;184845;186658;189936;200656;231340;559409;1461749;1522061;1631198;1712786;1824624;1848973;2202880;2504472;2558474;2717875;2738987;2952106;2964302;3112593;3309105;3358294;3387179;3557010;3647507;3679899;3690426;3736407;3880950;4178547;4594498;4625917;4683600;4686484;4722055;4990360;5232814;5283849;5767699;5821181;6065670;6324075;6339390;6456905;6499563;6908849;7374876;7678332;7739813;7925527;8353871;9692610;10161390;10339630;10580138;11078338;11206151;11429128;11527504;11799899;12196050;12275958;12824665;13832068;14051680;14310403;14445731;14477234;14530557;14660503;14672129;14709603;14712852;14942024;15167793;15316006;15327252;15448768;15450387;15468698;15469955;16116865;16234755;16386733;16952021;17007836;17089291;17141524;17156368;17175002;17325454;17787684;18025351;18088156;18213697;18513782;18677914;18851157;18954501;19001850;19015988;19086203;19224661;19251077;19265589;19274242;19331357;19366217;19490164;19567745;19604158;19691435;19703941;19766714;19820096;19830324;19854794;19892831;19987495;19994020;20034419;20215135;20267963;20331666;20351966;20485858;20503913;20677156;20727908;20751151;20765807;20811804;20875483;20877008;20932945;20957228;21020140;21048380;21051903;21087067;21180549;21186483;21305241;21329781;21458443;21475058;21494892;21878484;21890399;21891927;21910098;21912742;21975308;21987999;21994002;21998222;22001808;22039856;22043910;22095741;22132301;22143531;22145868;22159479;22177926;22182158;22186410;22190518;22234902;22251116;22257313;22272275;22326609;22336895;22413155	+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-	170000	92
+right	X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X	32172;52318;65335;90918;93238;169363;217588;328634;453015;540801;578752;588492;599600;605153;616141;711929;729424;802523;916539;935016;966580;1408486;1714987;2027584;2302221;2320468;2974971;3080162;3834334;4058958;4525317;4582662;4657771;5379034;5422735;5626192;6231752;6291656;6650237;6925022;7028435;7597374;8190317;8207205;8259269;8816778;8850299;9403665;9470146;10039744;10250397;10426155;10446350;10997131;11134999;11164086;11465726;11500111;11644744;12057840;12067596;12640732;13295869;13324640;13363253;13929368;14008204;14204324;14483949;14613704;14664761;14840147;14917704;14935650;14971399;15220961;15311368;15330136;15376160;15731253;15735653;16436011;16442176;16830437;17126253;17451476;17690280;18251156;18309258;18328836;18450931;18652033;18706909;19037502;19397006;19560880;19590977;19930967;19990790;20005534;20038171;20075498;20083385;20091057;20098932;20130117;20236412;20239208;20249806;20317218;20376670;20398465;20447556;20715353;20873960;20905526;20908317;20971290;20996897;21047030;21062834;21126313;21154739;21171792;21292891;21323624;21339991;21345795;21377583;21456886;21499277;21687344;21861994;21875323;21886904;21888567;21896836;21908793;21915445;21947617;21971918;22004349;22028589;22031375;22035583;22038220;22049279;22057985;22090779;22140885;22196925;22225997;22240389;22245337;22277765;22285380;22290575;22340231;22386134;22405375;22408770;55280;78341;80154;83164;185123;187028;197509;200936;231571;559791;1463477;1529473;1640306;1713042;1832140;1856857;2211408;2511533;2559561;2726366;2746341;2952293;2967374;3121685;3315233;3359641;3396281;3557209;3655006;3680089;3690843;3736594;3888527;4183693;4594766;4630936;4684795;4686835;4729370;4997871;5233988;5286897;5767900;5826329;6073047;6329246;6345092;6465332;6502529;6909099;7376310;7678566;7741247;7929763;8354476;9699606;10170483;10339856;10585218;11083358;11213441;11435542;11534518;11800359;12197292;12279804;12831723;13835275;14057281;14315102;14453336;14477470;14535929;14660980;14676851;14709807;14717999;14942635;15168901;15317463;15327674;15449038;15450644;15468936;15470210;16125158;16243855;16392254;16952208;17013408;17094321;17141719;17156585;17175194;17325723;17790414;18026037;18088631;18213981;18514106;18679822;18859763;18959220;19003021;19016439;19086396;19224877;19252457;19265851;19274429;19338819;19366720;19490703;19568106;19605890;19698692;19704288;19767103;19820338;19830834;19854979;19893117;19987927;19997026;20034692;20215401;20269069;20331922;20352275;20486219;20504167;20677500;20728116;20751646;20766073;20813211;20875962;20877360;20933374;20958184;21020880;21049038;21052363;21087529;21181012;21186897;21305490;21335152;21458705;21475408;21495636;21879005;21890892;21892197;21910516;21913162;21976502;21988186;21994450;21998648;22002053;22040352;22044257;22096103;22133042;22144129;22146581;22159740;22178135;22182560;22186943;22191085;22235245;22251644;22257959;22272465;22327885;22337937;22413523	32671;52817;65834;91417;93737;169862;218087;329133;453514;541300;579251;588991;600099;605652;616640;712428;729923;803022;917038;935515;967079;1408985;1715486;2028083;2302720;2320967;2975470;3080661;3834833;4059457;4525816;4583161;4658270;5379533;5423234;5626691;6232251;6292155;6650736;6925521;7028934;7597873;8190816;8207704;8259768;8817277;8850798;9404164;9470645;10040243;10250896;10426654;10446849;10997630;11135498;11164585;11466225;11500610;11645243;12058339;12068095;12641231;13296368;13325139;13363752;13929867;14008703;14204823;14484448;14614203;14665260;14840646;14918203;14936149;14971898;15221460;15311867;15330635;15376659;15731752;15736152;16436510;16442675;16830936;17126752;17451975;17690779;18251655;18309757;18329335;18451430;18652532;18707408;19038001;19397505;19561379;19591476;19931466;19991289;20006033;20038670;20075997;20083884;20091556;20099431;20130616;20236911;20239707;20250305;20317717;20377169;20398964;20448055;20715852;20874459;20906025;20908816;20971789;20997396;21047529;21063333;21126812;21155238;21172291;21293390;21324123;21340490;21346294;21378082;21457385;21499776;21687843;21862493;21875822;21887403;21889066;21897335;21909292;21915944;21948116;21972417;22004848;22029088;22031874;22036082;22038719;22049778;22058484;22091278;22141384;22197424;22226496;22240888;22245836;22278264;22285879;22291074;22340730;22386633;22405874;22409269;55779;78840;80653;83663;185622;187527;198008;201435;232070;560290;1463976;1529972;1640805;1713541;1832639;1857356;2211907;2512032;2560060;2726865;2746840;2952792;2967873;3122184;3315732;3360140;3396780;3557708;3655505;3680588;3691342;3737093;3889026;4184192;4595265;4631435;4685294;4687334;4729869;4998370;5234487;5287396;5768399;5826828;6073546;6329745;6345591;6465831;6503028;6909598;7376809;7679065;7741746;7930262;8354975;9700105;10170982;10340355;10585717;11083857;11213940;11436041;11535017;11800858;12197791;12280303;12832222;13835774;14057780;14315601;14453835;14477969;14536428;14661479;14677350;14710306;14718498;14943134;15169400;15317962;15328173;15449537;15451143;15469435;15470709;16125657;16244354;16392753;16952707;17013907;17094820;17142218;17157084;17175693;17326222;17790913;18026536;18089130;18214480;18514605;18680321;18860262;18959719;19003520;19016938;19086895;19225376;19252956;19266350;19274928;19339318;19367219;19491202;19568605;19606389;19699191;19704787;19767602;19820837;19831333;19855478;19893616;19988426;19997525;20035191;20215900;20269568;20332421;20352774;20486718;20504666;20677999;20728615;20752145;20766572;20813710;20876461;20877859;20933873;20958683;21021379;21049537;21052862;21088028;21181511;21187396;21305989;21335651;21459204;21475907;21496135;21879504;21891391;21892696;21911015;21913661;21977001;21988685;21994949;21999147;22002552;22040851;22044756;22096602;22133541;22144628;22147080;22160239;22178634;22183059;22187442;22191584;22235744;22252143;22258458;22272964;22328384;22338436;22414022	+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-	170000	66
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_1_medium.tab	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+left	92	170000
+right	66	170000
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_1_short.tab	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+left	92
+right	66
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_1_summary.tab	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,11 @@
+Assigned	158
+Unassigned_Ambiguity	0
+Unassigned_MultiMapping	0
+Unassigned_NoFeatures	6078
+Unassigned_Unmapped	0
+Unassigned_MappingQuality	0
+Unassigned_FragmentLength	0
+Unassigned_Chimera	0
+Unassigned_Secondary	0
+Unassigned_Nonjunction	0
+Unassigned_Duplicate	0
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_2_full.tab	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+left	X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X	30948;51312;64215;90012;92326;168410;212059;322007;445010;539893;577936;587701;598742;604149;615232;705855;721190;800289;915767;926940;957344;1407723;1714165;2025638;2293426;2319538;2969222;3072054;3833560;4051480;4524542;4581901;4656840;5374647;5418429;5620971;6228798;6286459;6649313;6917189;7018834;7596495;8186836;8206413;8258438;8815918;8842347;9401726;9469379;10031803;10242387;10418659;10444444;10989586;11134085;11162151;11465040;11499223;11637155;12057077;12061726;12639971;13295077;13323052;13357233;13924339;13998611;14197670;14483263;14612714;14664006;14830448;14916699;14927680;14970356;15220273;15306642;15329260;15375323;15730527;15734786;16435015;16441298;16829597;17125391;17450531;17686539;18250193;18308377;18323082;18448967;18647925;18706010;19030140;19396008;19559764;19588853;19926904;19990109;20004574;20037228;20073287;20081159;20088846;20096706;20129221;20235565;20238464;20247900;20316429;20374707;20397489;20446575;20707308;20872979;20904331;20907486;20970376;20996038;21046284;21061792;21125285;21153965;21171043;21291889;21322696;21339280;21344984;21376449;21455828;21497479;21685998;21860031;21874192;21886041;21887574;21895770;21907764;21914659;21946675;21966395;22003324;22021878;22030491;22034624;22036925;22048433;22057124;22082873;22139935;22195806;22223174;22239374;22243264;22276936;22283375;22289776;22339332;22385377;22397699;22406838;53883;77479;79405;82402;184346;186159;189437;200157;230841;558910;1461250;1521562;1630699;1712287;1824125;1848474;2202381;2503973;2557975;2717376;2738488;2951607;2963803;3112094;3308606;3357795;3386680;3556511;3647008;3679400;3689927;3735908;3880451;4178048;4593999;4625418;4683101;4685985;4721556;4989861;5232315;5283350;5767200;5820682;6065171;6323576;6338891;6456406;6499064;6908350;7374377;7677833;7739314;7925028;8353372;9692111;10160891;10339131;10579639;11077839;11205652;11428629;11527005;11799400;12195551;12275459;12824166;13831569;14051181;14309904;14445232;14476735;14530058;14660004;14671630;14709104;14712353;14941525;15167294;15315507;15326753;15448269;15449888;15468199;15469456;16116366;16234256;16386234;16951522;17007337;17088792;17141025;17155869;17174503;17324955;17787185;18024852;18087657;18213198;18513283;18677415;18850658;18954002;19001351;19015489;19085704;19224162;19250578;19265090;19273743;19330858;19365718;19489665;19567246;19603659;19690936;19703442;19766215;19819597;19829825;19854295;19892332;19986996;19993521;20033920;20214636;20267464;20331167;20351467;20485359;20503414;20676657;20727409;20750652;20765308;20811305;20874984;20876509;20932446;20956729;21019641;21047881;21051404;21086568;21180050;21185984;21304742;21329282;21457944;21474559;21494393;21877985;21889900;21891428;21909599;21912243;21974809;21987500;21993503;21997723;22001309;22039357;22043411;22095242;22131802;22143032;22145369;22158980;22177427;22181659;22185911;22190019;22234403;22250617;22256814;22271776;22326110;22336396;22412656	31447;51811;64714;90511;92825;168909;212558;322506;445509;540392;578435;588200;599241;604648;615731;706354;721689;800788;916266;927439;957843;1408222;1714664;2026137;2293925;2320037;2969721;3072553;3834059;4051979;4525041;4582400;4657339;5375146;5418928;5621470;6229297;6286958;6649812;6917688;7019333;7596994;8187335;8206912;8258937;8816417;8842846;9402225;9469878;10032302;10242886;10419158;10444943;10990085;11134584;11162650;11465539;11499722;11637654;12057576;12062225;12640470;13295576;13323551;13357732;13924838;13999110;14198169;14483762;14613213;14664505;14830947;14917198;14928179;14970855;15220772;15307141;15329759;15375822;15731026;15735285;16435514;16441797;16830096;17125890;17451030;17687038;18250692;18308876;18323581;18449466;18648424;18706509;19030639;19396507;19560263;19589352;19927403;19990608;20005073;20037727;20073786;20081658;20089345;20097205;20129720;20236064;20238963;20248399;20316928;20375206;20397988;20447074;20707807;20873478;20904830;20907985;20970875;20996537;21046783;21062291;21125784;21154464;21171542;21292388;21323195;21339779;21345483;21376948;21456327;21497978;21686497;21860530;21874691;21886540;21888073;21896269;21908263;21915158;21947174;21966894;22003823;22022377;22030990;22035123;22037424;22048932;22057623;22083372;22140434;22196305;22223673;22239873;22243763;22277435;22283874;22290275;22339831;22385876;22398198;22407337;54382;77978;79904;82901;184845;186658;189936;200656;231340;559409;1461749;1522061;1631198;1712786;1824624;1848973;2202880;2504472;2558474;2717875;2738987;2952106;2964302;3112593;3309105;3358294;3387179;3557010;3647507;3679899;3690426;3736407;3880950;4178547;4594498;4625917;4683600;4686484;4722055;4990360;5232814;5283849;5767699;5821181;6065670;6324075;6339390;6456905;6499563;6908849;7374876;7678332;7739813;7925527;8353871;9692610;10161390;10339630;10580138;11078338;11206151;11429128;11527504;11799899;12196050;12275958;12824665;13832068;14051680;14310403;14445731;14477234;14530557;14660503;14672129;14709603;14712852;14942024;15167793;15316006;15327252;15448768;15450387;15468698;15469955;16116865;16234755;16386733;16952021;17007836;17089291;17141524;17156368;17175002;17325454;17787684;18025351;18088156;18213697;18513782;18677914;18851157;18954501;19001850;19015988;19086203;19224661;19251077;19265589;19274242;19331357;19366217;19490164;19567745;19604158;19691435;19703941;19766714;19820096;19830324;19854794;19892831;19987495;19994020;20034419;20215135;20267963;20331666;20351966;20485858;20503913;20677156;20727908;20751151;20765807;20811804;20875483;20877008;20932945;20957228;21020140;21048380;21051903;21087067;21180549;21186483;21305241;21329781;21458443;21475058;21494892;21878484;21890399;21891927;21910098;21912742;21975308;21987999;21994002;21998222;22001808;22039856;22043910;22095741;22132301;22143531;22145868;22159479;22177926;22182158;22186410;22190518;22234902;22251116;22257313;22272275;22326609;22336895;22413155	+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-	170000	92
+right	X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X	32172;52318;65335;90918;93238;169363;217588;328634;453015;540801;578752;588492;599600;605153;616141;711929;729424;802523;916539;935016;966580;1408486;1714987;2027584;2302221;2320468;2974971;3080162;3834334;4058958;4525317;4582662;4657771;5379034;5422735;5626192;6231752;6291656;6650237;6925022;7028435;7597374;8190317;8207205;8259269;8816778;8850299;9403665;9470146;10039744;10250397;10426155;10446350;10997131;11134999;11164086;11465726;11500111;11644744;12057840;12067596;12640732;13295869;13324640;13363253;13929368;14008204;14204324;14483949;14613704;14664761;14840147;14917704;14935650;14971399;15220961;15311368;15330136;15376160;15731253;15735653;16436011;16442176;16830437;17126253;17451476;17690280;18251156;18309258;18328836;18450931;18652033;18706909;19037502;19397006;19560880;19590977;19930967;19990790;20005534;20038171;20075498;20083385;20091057;20098932;20130117;20236412;20239208;20249806;20317218;20376670;20398465;20447556;20715353;20873960;20905526;20908317;20971290;20996897;21047030;21062834;21126313;21154739;21171792;21292891;21323624;21339991;21345795;21377583;21456886;21499277;21687344;21861994;21875323;21886904;21888567;21896836;21908793;21915445;21947617;21971918;22004349;22028589;22031375;22035583;22038220;22049279;22057985;22090779;22140885;22196925;22225997;22240389;22245337;22277765;22285380;22290575;22340231;22386134;22405375;22408770;55280;78341;80154;83164;185123;187028;197509;200936;231571;559791;1463477;1529473;1640306;1713042;1832140;1856857;2211408;2511533;2559561;2726366;2746341;2952293;2967374;3121685;3315233;3359641;3396281;3557209;3655006;3680089;3690843;3736594;3888527;4183693;4594766;4630936;4684795;4686835;4729370;4997871;5233988;5286897;5767900;5826329;6073047;6329246;6345092;6465332;6502529;6909099;7376310;7678566;7741247;7929763;8354476;9699606;10170483;10339856;10585218;11083358;11213441;11435542;11534518;11800359;12197292;12279804;12831723;13835275;14057281;14315102;14453336;14477470;14535929;14660980;14676851;14709807;14717999;14942635;15168901;15317463;15327674;15449038;15450644;15468936;15470210;16125158;16243855;16392254;16952208;17013408;17094321;17141719;17156585;17175194;17325723;17790414;18026037;18088631;18213981;18514106;18679822;18859763;18959220;19003021;19016439;19086396;19224877;19252457;19265851;19274429;19338819;19366720;19490703;19568106;19605890;19698692;19704288;19767103;19820338;19830834;19854979;19893117;19987927;19997026;20034692;20215401;20269069;20331922;20352275;20486219;20504167;20677500;20728116;20751646;20766073;20813211;20875962;20877360;20933374;20958184;21020880;21049038;21052363;21087529;21181012;21186897;21305490;21335152;21458705;21475408;21495636;21879005;21890892;21892197;21910516;21913162;21976502;21988186;21994450;21998648;22002053;22040352;22044257;22096103;22133042;22144129;22146581;22159740;22178135;22182560;22186943;22191085;22235245;22251644;22257959;22272465;22327885;22337937;22413523	32671;52817;65834;91417;93737;169862;218087;329133;453514;541300;579251;588991;600099;605652;616640;712428;729923;803022;917038;935515;967079;1408985;1715486;2028083;2302720;2320967;2975470;3080661;3834833;4059457;4525816;4583161;4658270;5379533;5423234;5626691;6232251;6292155;6650736;6925521;7028934;7597873;8190816;8207704;8259768;8817277;8850798;9404164;9470645;10040243;10250896;10426654;10446849;10997630;11135498;11164585;11466225;11500610;11645243;12058339;12068095;12641231;13296368;13325139;13363752;13929867;14008703;14204823;14484448;14614203;14665260;14840646;14918203;14936149;14971898;15221460;15311867;15330635;15376659;15731752;15736152;16436510;16442675;16830936;17126752;17451975;17690779;18251655;18309757;18329335;18451430;18652532;18707408;19038001;19397505;19561379;19591476;19931466;19991289;20006033;20038670;20075997;20083884;20091556;20099431;20130616;20236911;20239707;20250305;20317717;20377169;20398964;20448055;20715852;20874459;20906025;20908816;20971789;20997396;21047529;21063333;21126812;21155238;21172291;21293390;21324123;21340490;21346294;21378082;21457385;21499776;21687843;21862493;21875822;21887403;21889066;21897335;21909292;21915944;21948116;21972417;22004848;22029088;22031874;22036082;22038719;22049778;22058484;22091278;22141384;22197424;22226496;22240888;22245836;22278264;22285879;22291074;22340730;22386633;22405874;22409269;55779;78840;80653;83663;185622;187527;198008;201435;232070;560290;1463976;1529972;1640805;1713541;1832639;1857356;2211907;2512032;2560060;2726865;2746840;2952792;2967873;3122184;3315732;3360140;3396780;3557708;3655505;3680588;3691342;3737093;3889026;4184192;4595265;4631435;4685294;4687334;4729869;4998370;5234487;5287396;5768399;5826828;6073546;6329745;6345591;6465831;6503028;6909598;7376809;7679065;7741746;7930262;8354975;9700105;10170982;10340355;10585717;11083857;11213940;11436041;11535017;11800858;12197791;12280303;12832222;13835774;14057780;14315601;14453835;14477969;14536428;14661479;14677350;14710306;14718498;14943134;15169400;15317962;15328173;15449537;15451143;15469435;15470709;16125657;16244354;16392753;16952707;17013907;17094820;17142218;17157084;17175693;17326222;17790913;18026536;18089130;18214480;18514605;18680321;18860262;18959719;19003520;19016938;19086895;19225376;19252956;19266350;19274928;19339318;19367219;19491202;19568605;19606389;19699191;19704787;19767602;19820837;19831333;19855478;19893616;19988426;19997525;20035191;20215900;20269568;20332421;20352774;20486718;20504666;20677999;20728615;20752145;20766572;20813710;20876461;20877859;20933873;20958683;21021379;21049537;21052862;21088028;21181511;21187396;21305989;21335651;21459204;21475907;21496135;21879504;21891391;21892696;21911015;21913661;21977001;21988685;21994949;21999147;22002552;22040851;22044756;22096602;22133541;22144628;22147080;22160239;22178634;22183059;22187442;22191584;22235744;22252143;22258458;22272964;22328384;22338436;22414022	+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-	170000	66
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_2_medium.tab	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+left	92	170000
+right	66	170000
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_2_short.tab	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+left	92
+right	66
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_2_summary.tab	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,11 @@
+Assigned	158
+Unassigned_Ambiguity	0
+Unassigned_MultiMapping	0
+Unassigned_NoFeatures	6078
+Unassigned_Unmapped	0
+Unassigned_MappingQuality	0
+Unassigned_FragmentLength	0
+Unassigned_Chimera	0
+Unassigned_Secondary	0
+Unassigned_Nonjunction	0
+Unassigned_Duplicate	0
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_feature_lengths.tab	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+left	170000
+right	170000
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml	Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+    <package name="subread" version="1.4.6.p5">
+        <repository changeset_revision="3645871df985" name="package_subread_1_4_6_p5" owner="iuc" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+</tool_dependency>