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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Thu Mar 02 16:21:40 2023 +0000 @@ -0,0 +1,40 @@ +<?xml version="1.0"?> +<macros> + <token name="@TOOL_VERSION@">1.2.1</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> + <token name="@PROFILE@">21.05</token> + <xml name="biotools"> + <xrefs> + <xref type="bio.tools"> + pharokka + </xref> + </xrefs> + </xml> + <xml name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@"> + pharokka + </requirement> + <requirement type="package" version="3.0"> + zip + </requirement> + </requirements> + </xml> + <xml name="version"> + <version_command> + pharokka.py --version + </version_command> + </xml> + <xml name="citations"> + <citations> + <citation type="doi"> + 10.1093/bioinformatics/btac776 + </citation> + </citations> + </xml> + <xml name="creator"> + <creator> + <person givenName="Paul" familyName="Zierep" email="zierep@informatik.uni-freiburg.de" /> + </creator> + </xml> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/pharokka.xml Thu Mar 02 16:21:40 2023 +0000 @@ -0,0 +1,165 @@ +<tool id="pharokka" name="bacteriophage annotation" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="@PROFILE@"> + <description> + rapid standardised annotation tool for bacteriophage genomes and metagenomes + </description> + <macros> + <import>macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="biotools" /> + <expand macro="requirements" /> + <expand macro="version" /> + <command detect_errors="exit_code"> + <![CDATA[ + + ##run tool + #if str( $terminase.terminase_selector ) == 'no_terminase': + pharokka.py + -i '$fasta' + -o pharokka_output + -d '$db_cached.fields.path' + -t \${GALAXY_SLOTS:-8} + $gene_predictor + $meta + -e '$evalue' + #else: + pharokka.py + -i '$fasta' + -o pharokka_output + -d '$db_cached.fields.path' + -t \${GALAXY_SLOTS:-8} + $gene_predictor + $meta + -e '$evalue' + --terminase + --terminase_strand '$terminase.terminase_strand' + --terminase_start '$terminase.terminase_start' + #end if + + ## create output + #if $zip_output == 'true': + && zip -r out.zip pharokka_output + #end if + ]]> + </command> + <inputs> + <!-- the genome --> + <param type="data" name="fasta" format="fasta" help="Please upload an genome file of a bacteriophage in fasta format." label="Bacteriophage genome" /> + <param name="db_cached" type="select" label="Using built-in pharokka DB" help="Using built-in pharokka DB"> + <options from_data_table="pharokka_db"> + </options> + <validator type="no_options" message="A built-in pharokka DB is not available. Please ask the galaxy admins to install one on the server." /> + </param> + <param name="gene_predictor" type="select" label="User specified gene predictor"> + <option value="-g phanotate"> + Phanotate + </option> + <option value="-g prodigal"> + Prodigal + </option> + </param> + <param name="meta" type="boolean" checked="false" truevalue="--meta" falsevalue="" label="meta mode for metavirome input samples" /> + <param name="evalue" type="float" value="1E-5" min="1E-20" max="10" label="E-value threshold for mmseqs2 PHROGs database search. Defaults to 1E-05." /> + <!-- optional arguments --> + <conditional name="terminase"> + <param name="terminase_selector" type="select" label="Runs - terminase large subunit - re-orientation mode. Single genome input only and requires --terminase_strand and --terminase_start to be specified."> + <option value="no_terminase"> + Do not run 'terminase large subunit' re-orientation mode. + </option> + <option value="run_terminase"> + Runs 'terminase large subunit' re-orientation mode. + </option> + </param> + <when value="no_terminase"> + </when> + <when value="run_terminase"> + <param name="terminase_strand" type="select" label="Strand of terminase large subunit."> + <option value="pos"> + Positive + </option> + <option value="neg"> + Negative + </option> + </param> + <param name="terminase_start" type="integer" value="1" label="Start coordinate of the terminase large subunit." /> + </when> + </conditional> + <!-- optional outputs --> + <param name="zip_output" type="boolean" checked="false" truevalue="true" falsevalue="false" label="Create a Zip archive of the complete output for further investigation." /> + </inputs> + <outputs> + <data name="pharokka_gbk" format="genbank" from_work_dir="pharokka_output/pharokka.gbk" label="${tool.name} on ${on_string}: Genbank" /> + <data name="pharokka_gff" format="gff" from_work_dir="pharokka_output/pharokka.gff" label="${tool.name} on ${on_string}: GFF" /> + <data name="archive_output" format="zip" from_work_dir="out.zip" label="${tool.name} on ${on_string}: zip of the complete output" > + <filter>zip_output</filter> + </data> + + </outputs> + <tests> + <!-- test input from DB - no zip --> + <test expect_num_outputs="2"> + <param name="db_cached" value="pharokka_db" /> + <param name="fasta" value="SAOMS1.fasta" /> + <param name="zip_output" value="false" /> + <!-- check file size and text since output is non-deterministic --> + <output name="pharokka_gbk"> + <assert_contents> + <has_size value="353875" delta="10" /> + <has_text text="VERSION MW460250_1" /> + </assert_contents> + </output> + <output name="pharokka_gff"> + <assert_contents> + <has_size value="191497" delta="10" /> + <has_text text="##sequence-region MW460250_1 1 140135" /> + </assert_contents> + </output> + </test> + <!-- test input from DB --> + <test expect_num_outputs="3"> + <param name="db_cached" value="pharokka_db" /> + <param name="fasta" value="SAOMS1.fasta" /> + <param name="zip_output" value="true" /> + <!-- check file size and text since output is non-deterministic --> + <output name="pharokka_gbk"> + <assert_contents> + <has_size value="353875" delta="10" /> + <has_text text="VERSION MW460250_1" /> + </assert_contents> + </output> + <output name="pharokka_gff"> + <assert_contents> + <has_size value="191497" delta="10" /> + <has_text text="##sequence-region MW460250_1 1 140135" /> + </assert_contents> + </output> + <!-- check created zip --> + <output name="archive_output"> + <assert_contents> + <has_archive_member path=".*\/pharokka\.gff" /> + <has_archive_member path=".*\/pharokka\.gbk" /> + <has_archive_member path=".*\/pharokka.*\.log" /> + </assert_contents> + </output> + </test> + </tests> + <help> + <![CDATA[ + Pharokka is a rapid standardised annotation tool for bacteriophage genomes and metagenomes. + Pharokka identifies predicted coding sequences (CDS), transfer RNAs (tRNAs), + transfer-messenger RNAs (tmRNAs) and clustered regularly interspaced short + palindromic repeats (CRISPRs), providing functional annotation for CDS using the PHROGs database. + + Pharokka requires assembled DNA sequences in FASTA format. + For phage isolates, this usually consists of one complete contig, + but Pharokka can also annotate incomplete assemblies or metavirome samples with multiple + contigs in the multiFASTA format. + Furthermore, metagenomically assembled phage genomes and genomic contigs, + derived using programs such as Virstorter2, Hecatomb and Cenote-taker 2, + are also suitable to be annotated using Pharokka using meta mode. + + If you are looking for rapid standardised annotation of bacterial genomes, please use bakta. + ]]> + </help> + <expand macro="citations" /> + <expand macro="creator" /> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/SAOMS1.fasta Thu Mar 02 16:21:40 2023 +0000 @@ -0,0 +1,2003 @@ +>MW460250_1 +CCCCACCCCGCCATCCCCGATTCATGAGCTATGTTCTAAGTCGATACCATTTAATAAGATAGGGTCATCT +TCTTTACCTACCATATAATCAGATAGTAAGTCTGCTTCAGCTTTTTGCCCTGGTCGTGATAGTTTAGATT +TCTTAGTTTCAATACGCATAATGTGACCATTGTATTAAATAATTAGAATACTATTTTAAAAGATTCTATT +CTGTTTGGATTAATATATACTTGAGGTGAAGTTATAGCACTTTCAGTATATACTTTTATAGAGGTTTCAT +CCATTCCTCTTAACATATAATCTATATCTTGCCTATTGTAACTCTTTTCATCAGTAGATACTAAAAAGTA +TTTAGCTCCACTTGACATTGTTATTTCAATATGTTTTGACATCTACAATCTCTCCTATGCAAATTTGTTA +AAGACAAAGGATAATATAGCTCCTAGAACAAGTAAAAGAACCTTCTCAGTTGTATCCTTTTTCTCAGTAT +CCTTAGTTTTTGTACTTTCAGCAAGTTCTGAAATCTTTTCATCAAGTCTTTCTAATTGGACGTAAATTGC +TGATTGTTTTTCACTATTGACAGCTACATCTTTATCTATACTAACTATCATTTTTCTTAGTTCAGCTACC +TCAACTTCTAAATCTTTGAAAGTTCCTCTATCTATATAATTACCTTCTTGTATCTTAGACTTAATAGTTT +CTACTTGAGAAACAAGGTTGTTTATCTCCTTATCCAACTAGAATCACCTCTAAGGTCTAACCGTTTCAGA +TTCAGAATGGATATCATAATTTTCTAAGAAATCATTGATAATCTCCATATAATTATCCGTAACGACTTTT +CCGTAAGATGTTTTTGTATCAATTTCAAACCTAAGCTTACCAAAACTTTGGAGGTCTAATTCTTTTATTA +CAATATTAGGGTCATCAGAAGGAAGGTAATAATAGTCGAAGTATATAATTGAGCCATTTATTAATACTCT +GTCTATTCTATAGACGTGGAAATAGCGTCTGTCTCTTTTAAAATGGGCTAGTGCATCTTTAAACTCTAAC +TTAAGGATATCCTTATATTTAATCAAAGTGGTAACCTCCTTACTATTAATTTTTAAATTTACTTATTTTG +TGGTATAATAGTTATGATAAAGGCAGTTATTATAATTATATTAAGAATAATGATAATAATTATTTTTTCT +GAGAAAATAAGCCAAATACTAAAAACAGATAAAGCATAGATAGCTGATAGATATACTATATTAAGAGTTA +CCTTACTTTTATCTTTTCTATAGATAGAATAACCTAAAGACGTTGTAACACCACTAAGTATAAAATAATA +GAAACAAAAAAGAGGTATAGACAGAAAAAAAGATACGATAATCATTGTTAAACACCTATTTCTTTTTGAC +CTATTATTTCTAGAACTTTTAGATTACACCACTAATATAACATTAAAAGCCAGTCATAAAAGTCAATTGT +TAGATTAATAATATAATAAAAAAAGACAATAGGAGGTTAAAGTGGTTGAATAATAACATAGCTATATTCA +TATTCAAAACACTGGTTATCATTATATTCTTACTACTAATTTTGTCTGTTATTAATTCCTTGTCCCTTAT +TTACTCAATAAGACCGAGTGTAGTTATGACATACTTTATCTTTGGTGGTATTGTTTCTAATGTCGCACTT +ACTGTAACAGATAAGTTCTTACTGAAGAAAGAAGACCCCCTACCTGAATATGTTCTTAAAAAAGTAGAGA +TAAATGATAAAGAAATAAGAATAATCAAGAAAATAATAGAAAGTAATTATGGTATAACAGCAGAAGAGAT +AAAAGTTAGGGCTAAAGCACAAAGAAGAGTAGAGGAAGATAGTAAAAAGGAAGATTACAATGAAAACAAA +GAAAGAAATTAAAGAACAAAGGAAAGAACTTAAGGATGGTGCTACATCTGTTTCTTTAGTAAAAAAGGGA +GATAAGAGAATAGCTAGCCCTAGTAGAATCTGTAGTCTATGTGGTCAGCAGTTATCAGGTATGAATTACA +CTAAAGGAAAAGCATTATCAAAAGTTAATCATTTTCATTTACAGTATTCTAAGTATATTTATTTTGATAT +TTGCGCAGATATCAACAATTGTTATAAAAATTTAAGAAAACGAGGTGAAATGGATTGAGTGCAGAAAATA +TTAGAGATATAATTAACAAGAAAAAGTTAGAAGAAGAGGATACAAGAAAATATATAGCTGATGGGTTTAT +GAATGGTATCGGTAAATTAATGTACGAATTCAATAAGAAAGTAGATAACAAAGAAATAGAAGTTAAAGAC +CCGAATGATTTATACAAATTATTTGTGATATTCTCTCAAATGCAAAATATGGTCAATGAAACTTCTGAAG +GAGGAGCAATACCTCAACTATCTAGACCTCAACAGGAATTATTTGATGAGATTACAACAGAAGATAGTAA +TGGAGAATCTACAGTTGATTTACAGAAGATATCAGAAATGTCAGCGGAAGATATTACAGCAATGATTTCT +GAAAAGGAAAAAGTAATGAATGAGGAAAATTCAGAAACATTCTAAGGAGAAAGATATAAATGGATGGAAA +AGAACTAATTAAGATAGCACAAGAAACATTTCAAACTGAAAAAATAACAAGAGAACAGATAGACCATATA +ATCAATATGCTAAATCCTTCTACCTATATGCTTAAGTATCATACACTGAGAGGGCATCCTATAACTTTTA +GTATTCCTAATAGAGATAGAAGTAAAGCACAGGCTCATAGACCGTAAATTTTGTTGCGGTCTCTAAACTC +TGTTAAACGGGCATAGTAAAATAATGTATAGAAAAATAATATACTGGTAAGAAACCCTAAATCTGACTAT +ACACAGACAGTGGGAACCAACCGTGCTAAATCTGTAATTTAATTATTGACAAAATAACAATATATGATAT +AATTATATTATAGTAAAAGCCTAACGACTAAATTTCTAGTTATCTATATAAATGGATATAGTGAGAACTA +GATAAGAAAATTAACTATACTTAAAAAAACTAAAATATTTTAAAAGAGAGGTGAAAACAGTTGACATTAG +AAAAGAGAAAACAAGAATATCTTAAGAAGTTAAAGCAAATTAAAAATGATGAGTTTGAATTGCTAGGAGG +ATTTACTAAAACAAGAGAGAAAGCTTTATTTAAACATAAAGTTTGTGGTTATGAATGGTATACTACTCCT +TATAATTTATTGAAGTCTAAAGGGACAGGATGTCCTAAATGTCAATACAGAGATAAATCATATACTACTG +ATGAATTTAAAAAGAAACTTAAAGATAAATTTGGTTATGAATATGAGTTAATAGAAGGACAAGAGTATAA +AAATAGTAGAGAAAAATTATTGTTTATTCATAATAAGTGCGGTACTGAATTTAAAATTACAAGTGATAGT +TTATTTCGAAGTAAAGTACCTTGTCATAAATGTTCTAAAGAAAATAGAAAAACTAAAAAGAAAACAACAG +AACAGTTTAAAAATGAATTGTATAATAAACATAAAGATGAATATATACTTGTTGAAGGGTCAGAATATAA 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+TACAGTGGATAAATTAATGCAGAATAAAAGATACGTACAAGCACTTAAGACAAAGGATATAAGTGTTTAT +AGTACAGTAGATGATGATTTAAAAACTTTCTTAAAACATTGGCAAAATGTTGTTATTATGGATGAAGAAG +ATGAAAAAACTGGAGAAATGTACCAAGTTATCAAACGTAAAGGTGACGACCACTATGCACAAGCAAGTGT +CTACGCCTATATAGGATTAACAAGAATAAAAGAACTTCTTAAAGAAGGAAACGGTACAAGCTTTGGTTCT +ACATTTGTTTCTACTGATTACAATCAAGAAGGAAATAAACAATTCTACTTTGATGAATAGAGGTGAAATA +GACTTGACAGATAAATTATTTTATGGTACAATTAGTAATGAAGAAATTAATAAAAGTGTATTGAATTTGT +TATTGGGTGAGGAATTATCCTTAGATTATGTTTCTAAAAATAGTGATATTTTAGATGTTAAATATGAACA +TGTTTATAAATCTCTAGGATTCGATAATTTCTTTGATTGTTTTTTATATGCTAATAGAGAGCCTGAAATA +GTCCATAAAGGTGGAGATAAAAATCTTGGTGGACTAAATAAGGTTAAACGTACTGTTATTCGTAATGGTA +AAGAAATGGAAATGACAGTTTACGAAGATGGTAATAAAGAGAACGATAGTAAAGAAAAACAAGAAGGAAA +AGAAGAAGTTAGTAGAAGTGCAGTAGGAGCAAGAGCTATTTCTAATGGTGAAGAAGGAAAGGTAAACCCT +AAAAAAGTAGCAAATTCATTATCTAATTTAAGTAAAAAAGGTGTAGATGTATCCCATATTAATACAAACT +CATCATTGTATAAAGAGTTTGTTGATGATAACGGTGATACAATAGGAATTACATCTTTTAAACGAACTGA 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taaggtctaa ccgtttcaga ttcagaatgg + 781 atatcataat tttctaagaa atcattgata atctccatat aattatccgt aacgactttt + 841 ccgtaagatg tttttgtatc aatttcaaac ctaagcttac caaaactttg gaggtctaat + 901 tcttttatta caatattagg gtcatcagaa ggaaggtaat aatagtcgaa gtatataatt + 961 gagccattta ttaatactct gtctattcta tagacgtgga aatagcgtct gtctctttta + 1021 aaatgggcta gtgcatcttt aaactctaac ttaaggatat ccttatattt aatcaaagtg + 1081 gtaacctcct tactattaat ttttaaattt acttattttg tggtataata gttatgataa + 1141 aggcagttat tataattata ttaagaataa tgataataat tattttttct gagaaaataa + 1201 gccaaatact aaaaacagat aaagcataga tagctgatag atatactata ttaagagtta + 1261 ccttactttt atcttttcta tagatagaat aacctaaaga cgttgtaaca ccactaagta + 1321 taaaataata gaaacaaaaa agaggtatag acagaaaaaa agatacgata atcattgtta + 1381 aacacctatt tctttttgac ctattatttc tagaactttt agattacacc actaatataa + 1441 cattaaaagc cagtcataaa agtcaattgt tagattaata atataataaa aaaagacaat + 1501 aggaggttaa agtggttgaa taataacata gctatattca tattcaaaac actggttatc + 1561 attatattct tactactaat tttgtctgtt attaattcct tgtcccttat ttactcaata + 1621 agaccgagtg tagttatgac atactttatc tttggtggta ttgtttctaa tgtcgcactt + 1681 actgtaacag ataagttctt actgaagaaa gaagaccccc tacctgaata tgttcttaaa + 1741 aaagtagaga taaatgataa agaaataaga ataatcaaga aaataataga aagtaattat + 1801 ggtataacag cagaagagat aaaagttagg gctaaagcac aaagaagagt agaggaagat + 1861 agtaaaaagg aagattacaa tgaaaacaaa gaaagaaatt aaagaacaaa ggaaagaact + 1921 taaggatggt gctacatctg tttctttagt aaaaaaggga gataagagaa tagctagccc + 1981 tagtagaatc tgtagtctat gtggtcagca gttatcaggt atgaattaca ctaaaggaaa + 2041 agcattatca aaagttaatc attttcattt acagtattct aagtatattt attttgatat + 2101 ttgcgcagat atcaacaatt gttataaaaa tttaagaaaa cgaggtgaaa tggattgagt + 2161 gcagaaaata ttagagatat aattaacaag aaaaagttag aagaagagga tacaagaaaa + 2221 tatatagctg atgggtttat gaatggtatc ggtaaattaa tgtacgaatt caataagaaa + 2281 gtagataaca aagaaataga agttaaagac ccgaatgatt tatacaaatt atttgtgata + 2341 ttctctcaaa tgcaaaatat ggtcaatgaa acttctgaag gaggagcaat acctcaacta + 2401 tctagacctc aacaggaatt atttgatgag attacaacag aagatagtaa tggagaatct + 2461 acagttgatt tacagaagat atcagaaatg tcagcggaag atattacagc aatgatttct + 2521 gaaaaggaaa aagtaatgaa tgaggaaaat tcagaaacat tctaaggaga aagatataaa + 2581 tggatggaaa agaactaatt aagatagcac aagaaacatt tcaaactgaa aaaataacaa + 2641 gagaacagat agaccatata atcaatatgc taaatccttc tacctatatg cttaagtatc + 2701 atacactgag agggcatcct ataactttta gtattcctaa tagagataga agtaaagcac + 2761 aggctcatag accgtaaatt ttgttgcggt ctctaaactc tgttaaacgg gcatagtaaa + 2821 ataatgtata gaaaaataat atactggtaa gaaaccctaa atctgactat acacagacag + 2881 tgggaaccaa ccgtgctaaa tctgtaattt aattattgac aaaataacaa tatatgatat + 2941 aattatatta tagtaaaagc ctaacgacta aatttctagt tatctatata aatggatata + 3001 gtgagaacta gataagaaaa ttaactatac ttaaaaaaac taaaatattt taaaagagag + 3061 gtgaaaacag ttgacattag aaaagagaaa acaagaatat cttaagaagt taaagcaaat + 3121 taaaaatgat gagtttgaat tgctaggagg atttactaaa acaagagaga aagctttatt + 3181 taaacataaa gtttgtggtt atgaatggta tactactcct tataatttat tgaagtctaa + 3241 agggacagga tgtcctaaat gtcaatacag agataaatca tatactactg atgaatttaa + 3301 aaagaaactt aaagataaat ttggttatga atatgagtta atagaaggac aagagtataa + 3361 aaatagtaga gaaaaattat tgtttattca taataagtgc ggtactgaat ttaaaattac + 3421 aagtgatagt ttatttcgaa gtaaagtacc ttgtcataaa tgttctaaag aaaatagaaa + 3481 aactaaaaag aaaacaacag aacagtttaa aaatgaattg tataataaac ataaagatga + 3541 atatatactt gttgaagggt cagaatataa gacagctctt gaaaaggtta gaataattca + 3601 tacgaaatgt ggatatacat gggatgttag agcctcacat attttgcata ctagtaaatg + 3661 tcctaattgt aatgagtcta aaggtgagag tttaattaaa gacattcttg aagataataa + 3721 tttttcttat ataagagagt atacttttga agatttaaag aatgttaaaa aattaccttt + 3781 tgattttgca ctattcattg ataatgaatt agtaggttta attgaatatg atggttctca + 3841 acactttatt ccttttgaac actttggagg taaggaaaaa ttaagaaaaa ctcaatataa + 3901 cgatagaaag aaaaatgagt attgtgataa gaacagaatt ccgttaaaga gaataaagta + 3961 tgatttagat gaaaaagaag taataagaga aatagaaatg tttttaaata gtatagttaa + 4021 aagtaaagca gagagttatt aaccaaaaat agtaactatg atatagtcta atccctaagt + 4081 aaatattgag aaatcaaggg tataaatggg caagttaaaa tagtaaatga tactcatcct + 4141 aataaggctg taataaaatc acgtcagtta ggtcttagtg aaatgggtgt aatggaaatg + 4201 gttcattttg cagatatgca tagttatgct aacgcaaagt gtctgtatac attccctaca + 4261 aatgaacaaa tgaaaaaatt tgttcagtca cgtttgaacc ctgttttaga gaaagaatat + 4321 tttagagaca ttgttgattg ggataaagac tcgttaggtt ttaaaaagat aagaaactct + 4381 agtttattct ttagaacaag ttctaaagca agtaccgtag agggtgtgga tattgattat + 4441 ttatctttag atgagtatga cagggtaaac ttattagcag aatcgtctgc attagaatca + 4501 atgtcttcat caccttttaa gattgtgaga agatggagca caccttctgt acctgggatg + 4561 ggtatacaca aattatacca acaatcagac cagtggtatt acggtcatag atgtcaacat + 4621 tgtgattact taaatgaaat gagttataat gattacaacc ctgataatct tgaagaaagt + 4681 ggaaatatgt tatgtgttaa tcctgaaggt gtagatgagc aagctaaaac agtacaaaat + 4741 ggcagttacc aatttgtttg tcaaaaatgt ggtaaaccac tagatagatg gtataacggt + 4801 gagtggcatt gtaagtaccc tgagcgtaca aaaggtaata aaggggtacg 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool-data/pharokka_db.loc.sample Thu Mar 02 16:21:40 2023 +0000 @@ -0,0 +1,12 @@ +#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools +#to use a pharokka DB folder. The pharokka_db.loc +#file needs this format (longer white space is the TAB character): + +#<unique_build_id> <dbkey> <display_name> <DB_folder_path> + +# for example: + +# pharokka_db pharokka_db Pharokka Database v1.2.0 /data/pharokka_db + +# To retrieve the complete DB look at https://github.com/gbouras13/pharokka or +# use `wget "https://zenodo.org/record/7563578/files/pharokka_v1.2.0_database.tar.gz"` (14.02.2023) \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Thu Mar 02 16:21:40 2023 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ +<tables> + <!-- Location of pharokka DB file --> + <table name="pharokka_db" comment_char="#"> + <columns>value, dbkey, name, path</columns> + <file path="tool-data/pharokka_db.loc" /> + </table> +</tables> \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.test Thu Mar 02 16:21:40 2023 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ +<tables> + <!-- Location of pharokka DB file --> + <table name="pharokka_db" comment_char="#"> + <columns>value, dbkey, name, path</columns> + <file path="${__HERE__}/test-data/pharokka_db.loc" /> + </table> +</tables> \ No newline at end of file