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planemo upload for repository https://github.com/ogotoh/spaln commit af52c6b4c904f6291953881111d415d5b86ee4d6
author iuc
date Fri, 11 Jan 2019 18:15:21 -0500
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children 37b5e1f0b544
files spaln.xml test-data/genome.fasta test-data/output1.bed12 test-data/output1.tabular test-data/output1_gff_genes.gff3 test-data/output1_gff_matches.gff3 test-data/query.fasta
diffstat 7 files changed, 1229 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
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+++ b/spaln.xml	Fri Jan 11 18:15:21 2019 -0500
@@ -0,0 +1,84 @@
+<tool id="spaln" name="Spaln: align cDNA or Protein to genome" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0">
+    <description>Maps and aligns a set of cDNA or protein sequences onto a whole genomic sequence.</description>
+    <macros>
+        <token name="@TOOL_VERSION@">2.3.2</token>
+    </macros>
+    <edam_topics>
+        <edam_topic>topic_3512</edam_topic>
+    </edam_topics>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">spaln</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
+	    spaln -t\${GALAXY_SLOTS:-1} -O$format -o '$output1' '$genome' '$query'
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param type="data" name="genome" format="fasta" label="Genome sequence to search (FASTA format)" />
+        <param type="data" name="query" format="fasta" label="Query sequence(s) (protein or cDNA)" />
+	<param argument="-O" type="select" name="format" label="Output format">
+	    <option value="0">GFF3 format genes</option>
+	    <option value="2">GFF3 format matches</option>
+	    <option value="3">BED format</option>
+	    <option value="4">Tabular format exon information</option>
+        </param>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output1" format="tabular">
+	    <change_format>
+            <!-- these values correspond with the format options of the spaln command, not all of which are current supported -->
+            <when input="format" value="0" format="gff3" />
+            <when input="format" value="2" format="gff3" />
+            <when input="format" value="3" format="bed12" />
+            <when input="format" value="4" format="tabular" />
+	    </change_format>
+	    <!-- <actions> .. <conditional> .. <when> .. <action> current does not work in Galaxy,
+		 something that https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7197 is addressing, so this is
+                 commented out till that is merged 
+	    <actions>
+	        <conditional name="format">
+		    <when value="4">
+                        <action type="metadata" name="column_names" default="rID,gID,%id,ExonL,MisMch,Unpair,ref_l,ref_r,tgt_l,tgt_r,eScore,IntrnL,iScore,Sig3/I,Sig5/T  # -  X P DiNuc" />
+		    </when>
+		</conditional>
+	    </actions>
+            -->
+	</data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" />
+            <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" />
+            <param name="format" value="0"/>
+	        <output name="output1" value="output1_gff_genes.gff3" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" />
+            <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" />
+            <param name="format" value="2"/>
+	        <output name="output1" value="output1_gff_matches.gff3" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" />
+            <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" />
+            <param name="format" value="3"/>
+	        <output name="output1" value="output1.bed12" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" />
+            <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" />
+            <param name="format" value="4"/>
+	        <output name="output1" value="output1.tabular" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+        Spaln_ (space-efficient spliced alignment) is a stand-alone program that maps and aligns a set of cDNA or
+        protein sequences onto a whole genomic sequence in a single job. 
+
+        This Galaxy wrapper currently only supports the default (i.e. *-O3*) algorithm for Spaln with default parameters.
+
+        .. _Spaln: http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/spaln/
+    ]]></help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">0.1093/nar/gkn105</citation>
+    </citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genome.fasta	Fri Jan 11 18:15:21 2019 -0500
@@ -0,0 +1,1000 @@
+>scaffold_1
+TGCTTTTCTGAGATTTATGTCAGCTCCCCATTGGGAGATACAGGAGAATCCAATATATTC
+CTGTCTCGCTTCTTTTATATTTATCCTTTCTACACCTGACATCCTCAGTGATTGAAGTGA
+CAAAAAGTGGAGCGCACGCAGTGGTCATTACCCTCCAATGGTACTTCTAATTAAGGAAAG
+ATTTTTTGCATTCACTGAGCAAAACACTTATTTGCATGAATGGAAAATCATAAATGAGGG
+GTCCATTAAACAAATTTCCTAATTGTTTGCTTTTTTTTCTTCCTACTTCACCATCCCTCT
+AAAGCTATTACTCTCTATTCTACCCCATTATCGAGTGCACAAACACCAGCCCCAAATTGT
+CTTATCTCTGCTTTGATAAATGATATTTTTTTCTCTTATAATTGTGTTTCTCTCTAGATG
+TGCGGTGTCCATCAAGACACTGGATGTCACGTGGTCACTCCTGTGAAGAGCGAACTGTGT
+GGAACCCGAAGTACTGTGTGGTTGCTGACTGTCAGATGCTGCTTCTGAATGAGGAGGAGG
+TGGTGAGAGCAGACAGCACAATCTCTTGTCTGGCATGTTCCTCTGTGTCACCATTGTCTC
+TCTCATCTGCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCTTGTCAATGTCATTACACAATTTATG
+TTGGTGCACTGCATGTCAGAGTCTGAACTTTGTTGGACATCTACTTTCTGTCACCTGATA
+CCTCATACTTTACACTCTAATCCCTTTTTCCTTTCTAACTGCTGCTGTGTTAAGCTGTCA
+TATTAATATACTAAATAATGATAATATTAATTCTAATAATGATAGTGAATGGAGATTCAC
+AATGAAGAAACACAAGGTCCAGACTGAACCCCTGTGCTGTGTGAAGAGTTCACTCTACAT
+TTACATTCATCCCACATCAGAGACCAGCAATAGCCAGGTTAAGCAGAGCAAGGCTGAGTC
+TGGCTCTTTGCCTCTGTTGTTTTGATTAGTGTCACACTGGATTATGCTAGTTTGTGTGAG
+ATTAGAGGTCCTGTTGTTACGAGCAAATCAGCAGTCAGCAGGGTAATCTAAATTACATTG
+TTCTGTCGGCAATATCCTCTCCTCGCTCAACAGCTTTGTGTGAGCTCATATTTAAAGCCC
+CCACAGTAGTGCAGTGCATAAAATCATGCAGATACAGATCAGAAGCTTCAGGTAATGTTT
+ACATCAAACATCAGGGGGAAAATGTGATCTCAGTGCCTCTGACCGTGGTGTGATTGTTGG
+TGCCGGACAGGCTGGTTTGAGTATTTCTAAAACTGCTGATCTCCTGGGATTTTCACACAC
+GGCATTCTCTAGAGTTTACTCAGAACGGTGTGGAAAGCAAAAAAACATCCCGCGAGCTGC
+AATCCTGCGGATGGAAACACCTTGTTGATGGGATATGTCAGAGGAATGGCCAGGCTGGAT
+CAATCTGACAGAAAGGCGGTAACTCAGATAAGCACTCTCTACAACTGTGGTGAGCAGAAA
+AGCGTTCTCAGAATGCACAACACGTTCAACCTTGAGGAAGATGTTGCTACAGCAGCAGAT
+GAAGACCACGTCTGGTTCCACTCCTGTCAGCCAAGAACATCTCAGACTGCACAGGACACC
+AAAACAAAAACACATCCTGTTTTCTACTGGTGGTAGAGTCACAATTTGGCAATAAGATAA
+ATCCATGGACCCAACTTGCCTTGTGTCAATAGACCAAGCTGCTGGTGGTCTTGGGGAATG
+TTTTCTTTACACTTTCACACTATCGGCCTATATAAAATCCTATTATAAACTGCTGTACAG
+TGCATTGGGTTTGATAAGCCCTCTAAGTCTGTATATCATGATCTCATTGATACCTGCGGC
+AATACACCCCCACAAACGCAGCTCCCTGCATTTTAAGTATTATAGAGAGTAATTTCACTG
+TCCATGTCTTTTTTGATCATAAAGCAGGTCTAGGTGCTGTATACAACACTGTATTGAAAT
+GCTGAAGCAGGTCTAGGTGCTGTATACAACACTGTATTGAAATGCTGAAGCCAATATATC
+AATCTATCTGTCTATATTTTATGAAATATCAGAGCATTTTAGTCCAAATTTGTCTGTTTT
+GTTCATTGCAATGCTGACTGCTTAACATTTTCCTCAGTGGTGGCCATCACCACAGCATTT
+ACTGGTGAGTTTTACCAAGCTACAGTGGGCCACAATGAGTTACCTGTTATTGGCCTGGCT
+CTATGGCATGCAGAAAACAGTCAGCCAATCAGAGGACAGACTCAGAGACAGACACAAAGT
+GCCCTGTTCTTGTTAGAGCAGAGATAAATGAGACAGAGGAGATGTAAAACTATACTGAGA
+TGGTTTTTTGGTTCTTAAAACCACAAATATATTGTATTACGGATATCAAAACTTCAAATA
+AAACCAGTAAAGTGTAAAACATGGGACCTCTAAATGAAGGGCTGTTTTGTTTCGTAGTTC
+TAGATTATGTCACTATGTGGCCTCGGTCTCTGTCTGCGTAAAGCGGCTACATGTAGAATT
+TGACCCACTTTGGTGCCCACATATGGTAACTAAAACACTACAGACAGTATGCACTCCAAC
+CCTATATAATTTATGTCCTTCAGTGAAGCCTACAAAATGTGCAGCATGATTTGCTATGAT
+TAATACCTAGAATTATATTAAATTTTAGAAGTTTAGAGAGATGGCTTATACCTTTTTCTG
+AGCATGGAGTCATCTCATGTAATTTGTCACATACCTTTGGCCAGCTTAAACCTGGTCATT
+CCAGTGAGAGCTGCTCACCCAAATGTTTCTGTATGCACCTCCTGCTGTGGGTGCCAATAG
+CTCATGCAAGTTGGTGTCTTTCAACTAAGGCCACTATGTGAGGACCATCAGCAGCAAATT
+AAATTAGAAGTGCCTTGGAGTTTCTCAGGCCCTCTTCTATGATCATTAAGGTCTCAGTGA
+CAGAACAGTGCCCCTTTGAGGGACTATGGCATCTTGAGCACTTAAGTTGGCCGAATGTTT
+GATCTCAAATATGAGTGCACTGTTTCAAAGTCACAAAAGCCTCTGGACAAGGCATAGTTA
+CTGGGCTTGGTTAACCTTTTTTTCATACCGGCGTGACTGCTGGAACTTGGAACATGTAGC
+CTAAGTTTCCCTTTGTCTGCAATTACTGAGGTATGCCATGTTGAAATAGAACAATAATTG
+CAGGGAGGAATTATTCCAATCGACCCATCGGCAGGCTTTCCAATACAGTGCTTTTTGTTT
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+AAATGGATCAGAGCATCAACTGCTGTGAACAAGCAATCACACGGTCAAGGTCAAACATTT
+ACACTTCTGAGAGATCTGGAGAGTATGTCATGGCAGTATTGCTTTTCAGTTATTTCAGTA
+ACTGATTACGCCTTGTACTTAGTCTCAGAATTAGTGATTTGATTCAAAGTGTTTTATATA
+TGTATATTTCAAAGCAAAAATACAGCTTAGGTAAAGCTCCTTAGACTCATGCAGCCTAAT
+TTACTGTAGACATTCCTCCATGTACAGTACTGTGCAAATGTTTTAGGCAGTTTTAGGCAC
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+GAAGTGTAGTAAACAGAAAAAACCTAAATCAGATCAGTATTTCTTATGACCCCCCTCCCC
+TACCACCCATCTTTAAAACAGCTCCAGTTCTCCTCAATCCCCCTGTACTTAGGTAGTTTT
+TTTCTAGCGTCTTGGAGAAGTTGCCTCAGTTCTTCTGTGGATTTTAGGCTGTCTCTGTGT
+CTTCTGTCTCCTCATGTATTCTCAGACTGACTCCATGATGTTGAGATCAGGGCTCTGTGG
+TGGGGGGGTCAGACCATCTGTTGCGGGACTCCTTGTTCTTCTTGTCTCTGAGGATAGTTC
+TTTATGATGCTGACTGTGTGATTGGACTCATTGTCCTGCTGCAGAATTAATCTGGGACTG
+ATCAGACATCTCCCTGATTGTACTGACAAAGGATAAGAGCAAAAACCTGTAGACTGCCTA
+AAACTTCTGCACAGTACTGCACAATACTGTATGTATGTGTGATAATACTCAGAAGTGATA
+TAGAGTGGTTCAGGAGAAGCCTTAACTTACTTGTTCTTCTTTTCCCTATGATGCAATTTC
+TCTCCAAGCAAACAGTACATAATGAAATATGTCTAAGAAAACACTAGCTGTTTGTCTTTT
+TGAAACACATTTAATAATTCAGATTTAGCCACAAATTAAAAATGAGCTTATACTTTGAAC
+TTGCCCATTGGTTTTGATGTATGAAGCTGACAGATTTAGTCCACTGCATACTGCACTTTT
+TTGGATAGTGAAATAAATTAATTTATTATGCAGCATTTAAGCATATTGCTGTTATCTAGA
+ATTTTATATATTAATAGGTATATATTATATTAACTCTTCATTTGCTTAAATTTGGCCTGT
+ATATTCCTCCATTTTATACAACCTTTAGAAAACACTGGAGTGAACAAAAATGTGAGGTTC
+AAAAGTGAGAGGAAAGAAAAATCAGTGTGTGCAGCAAGACTGTAAGAGTCCCTGAACAAA
+AGTGTTGATTTATTGTTGGCTGTGAAAGTTTTTGCTGCAGGGGTTTTTGTAAACAGTGAC
+TCTTCTTTATGTCTTTGTTTCTATCTTTTTGTGTTTTCTTTTTTCATCTTATTCTATTTT
+TCTCTCTCTCTCTTCGGTCAGTTTCTCTTCTTCTCCTCCTCATACTCATGCTTCTCTTTT
+ACTCTAATGGAAAACATAGAATTGAGGTGCAGTATCACTGAGAACAGCCAATGCTGATAC
+TGTCATTTGTTATAGGATGTTTACTTAAGAAATGATTGTGGCCTTATTTGCCAAAGACGA
+TTAGGCCCTGAGCCATTTGTACAGCCAATGTGACACCTCCGTAACCATAAGAAAAATTAT
+GCTTCCACAAACAGAAAGAGAGACAAATACAGACAGTGAAAGCAAAACTATGAGAGAAGG
+GATAGCCATCTCAGCATTCAGCCAGTGTGTCACATGTCCAGAGGGCTGCAATATGAAGCC
+AATAAACTGAGAGAAAGGTGTGATTCCAGAGGGCTTTCCGGACTTTAAACTTTTCTCATT
+TTCACCTTCAGCTCGTTGTGAAGCCTTCAATTGTTCCTTGGTCACATGAAGCCCCCTGTG
+TGTAAAATTGACATTCAGCTTATTACTCTCATCTACATCTCTAAAGTTGCACATGACTGC
+CAGTAGAGGGTGCTCATGATTTGAGACAAGTAACTTTTCTGTGCTTGTGTCAACAGTTAA
+AAATTCCCTATGGATACTTGAAAGAAATGCACCAGTGTTTAAATTTAGACTCAGTCCAAG
+TAGGCTTTGCCATTTGCTTTACTGTTGTAATCAAATCAGTGCTCACAGTACATCAGTGGC
+AAAAGCAATTAGCTTAATTGAGTTAGTAGGGAGTGAAAAGATAGATCACTATTTCCTGGC
+AGCGATATATTTTTCTCAGTTAACCTTCTCACAGAAAATTAGTTAGATGAGTTTCTTATC
+TCATTAGAACCATTGTTGTTTATTATTTAAACCTGACCTTTATCCAGAGAATGTTTTTCA
+CAGTAAGCATGTGTTTCACTCCAGCTCATACAGACACACCTTGTGGCCAGTCAGGGAATG
+TGCATTAAAACTAATGTTCTCTCTGGTAGAGCCATTCTGCCTATTCTGTTATTCACCAAA
+ACTTTCCTGCCCAGATTTTTCCATCTAGTCAGGGGACTTTTTCCTCAGCTGAACTGTCAG
+TAGCCAGCTGCTCTGACCTTTACTCACCTCAGAGATTACTCATTCAAGTTATTTTACCAA
+TGATGGAATAAAGTGAATACACACATCGTGACTTCATCATACTTTCCCTCCTTTACCGTA
+CTTTCCTAACATCAGTTAGCAAATTATACACTTAAATATGCTAAAATAGAGATTTGTTTC
+AAATTGAAGAGCAACACAGGACACATTTGCTTACACAAGTGACTCTATCTTATTTTTTAA
+GTGGCTGTCATCCTCAATATCATCAATATTTTAGGCATGTGAATGTAGGTAATGAGTATT
+ACTAATTAATAATTGGATGAGTTTATGAATTCATCATTAAATAAGATTATTATGATAAAG
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+GTACATATCACTGTCACTACAAATTGTTTCAGTGAGGCTCAGATTACAGCTCATCTTGCT
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+GCTGTCCTTAAAACCAAGTCCCATGAGGCAAGTAAAGAGGTGACTCGCTGAGAGGATCAG
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+CATGGTGACCAGAATAGCCACAGCAAAATAAATAACGGGCCTCTGTGACTATTGTATGTG
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+TATCTGCCTACGTTGTATCTGTGCCTTTTGTTAAATTCATTCAGCCTTTTATCTGTCTTG
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+AGTGGAAACACAGTTTCCAGAACTCCATAGCCAGCTGTCCACTGAGAGCGGTGAGTAGCC
+TGAGGACATGCCTCTGCTGTGATTAGCATGCATCATTATTTCCATACACACACTGGAAAT
+CTTTTAATCGTTTTTCTTGACACAATTTAATTAATTTAAATAATTAATAACATTGAAATC
+AACTGTTAAACACTTGTTCAACATGGTTGTGGACAAAATCATCATAATGACTGTGGAGAC
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+TTTGTGTGTGCAGTGCTGCTAAACATCATCTTAGTCAGAGTCAAACTTGAGCACTCATGC
+AGATGCTTGTTCTATTCAGTGGTCAAATGGGCAGTGTAGCTTAGGAGAAGCACTTCTTTC
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+TCCAGTGTACTTGGAATGTTTCATCATAACCACTAAGGCAGACATTGATAAAGGCTTCGG
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+AAAGATGGAGCGCCACAGTGAAAACTGTTTTGAGTCTGTGAGGGGAAAACACAGCATCAG
+TCACAGTGAAACACTAGGTGGCACTCAGGTTTGACATTCAAGCATTTGTATCCCACAGTT
+ACTGTTGCTGGGTTGTTGGCTGGCATGCAACTTAATATGATCTATCTTTAAATCAGTGTG
+TGCAGTGGTTATTTAGTTTAAGTGCTTTTTAATGATGTCACAACATTATTTTGTCTACAC
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+TGTTGTGTAAGCAGTGTTGTGTAAGCTTTTTTAACCAAAATGCTCTCATGTTTCTTTGTT
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+CCACATCTGTTTAAACAGTGATTTTCACATCTGTCTGTAACTGAGTCAGTCAGTTTGTGG
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+CAATAGTCAGTCACTGTTGCATTCAGTCTGCCCCTCCAGCATGAAAGGATGAAGAAGTAC
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+ACCCCTGCAACTCTGCCAATGACATTCTGAAACTTTTCCATGACTATTATGTAAGATAAT
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