Mercurial > repos > iuc > stacks2_kmerfilter
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,596 @@ +<?xml version="1.0"?> +<macros> + <xml name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="@STACKS_VERSION@">stacks</requirement> + <yield/> + </requirements> + </xml> + + <token name="@STACKS_VERSION@">2.4</token> + <token name="@WRAPPER_VERSION@">0</token> + <!-- fix to 18.01 since https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7032 --> + <token name="@PROFILE@">18.01</token> + + <xml name="citation"> + <citations> + <citation type="doi">10.1111/mec.12354</citation> + <citation type="doi">10.1111/mec.12330</citation> + <citation type="doi">10.1534/g3.111.000240</citation> + <citation type="doi">10.1534/genetics.111.127324</citation> + <citation type="doi">10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x</citation> + <citation type="doi">10.1073/pnas.1006538107</citation> + </citations> + </xml> + + <xml name="version_cmd"> + <version_command><![CDATA[ + process_radtags -h |& grep process_radtags | head -n 1 | cut -d" " -f 2 + ]]> + </version_command> + </xml> + + <token name="@STACKS_INFOS@"> +<![CDATA[ +-------- + +**Created by:** + +Stacks was developed by Julian Catchen with contributions from Angel Amores, Paul Hohenlohe, and Bill Cresko + +**Project links:** + +`Stacks website <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/>`_ + +`Stacks manual <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/>`_ + +`Stacks google group <http://groups.google.com/group/stacks-users>`_ +]]></token> + + <!-- enzyme list for procrad and denovo --> + <xml name="enzymes"> + <option value="">Unspecified</option> + <option value="aciI">aciI</option> + <option value="ageI">ageI</option> + <option value="aluI">aluI</option> + <option value="apaLI">apaLI</option> + <option value="apeKI">apeKI</option> + <option value="apoI">apoI</option> + <option value="aseI">aseI</option> + <option value="bamHI">bamHI</option> + <option value="bbvCI">bbvCI</option> + <option value="bfaI">bfaI</option> + <option value="bfuCI">bfuCI</option> + <option value="bgIII">bgIII</option> + <option value="bsaHI">bsaHI</option> + <option value="bspDI">bspDI</option> + <option value="bstYI">bstYI</option> + <option value="cac8I">cac8I</option> + <option value="claI">claI</option> + <option value="csp6I">csp6I</option> + <option value="ddeI">ddeI</option> + <option value="dpnII">dpnII</option> + <option value="eaeI">eaeI</option> + <option value="ecoRI">ecoRI</option> + <option value="ecoRV">ecoRV</option> + <option value="ecoT22I">ecoT22I</option> + <option value="haeIII">haeIII</option> + <option value="hindIII">hindIII</option> + <option value="hinP1I">hinP1I</option> + <option value="hpaII">hpaII</option> + <option value="kpnI">kpnI</option> + <option value="mluCI">mluCI</option> + <option value="mseI">mseI</option> + <option value="mslI">mslI</option> + <option value="mspI">mspI</option> + <option value="ncoI">ncoI</option> + <option value="ndeI">ndeI</option> + <option value="nheI">nheI</option> + <option value="nlaIII">nlaIII</option> + <option value="notI">notI</option> + <option value="nsiI">nsiI</option> + <option value="nspI">nspI</option> + <option value="pstI">pstI</option> + <option value="rsaI">rsaI</option> + <option value="sacI">sacI</option> + <option value="sau3AI">sau3AI</option> + <option value="sbfI">sbfI</option> + <option value="sexAI">sexAI</option> + <option value="sgrAI">sgrAI</option> + <option value="speI">speI</option> + <option value="sphI">sphI</option> + <option value="taqI">taqI</option> + <option value="xbaI">xbaI</option> + <option value="xhoI">xhoI</option> + </xml> + + <!-- log file handling --> + <token name="@TEE_APPEND_LOG@"><![CDATA[ + #if $output_log + 2>> '$output_log' && + #end if + ]]></token> + <token name="@CAT_LOG_TO_STDERR@"><![CDATA[ + #if $output_log + cat '$output_log' 2>&1 + #end if + ]]></token> + <xml name="in_log"> + <param name="add_log" type="boolean" checked="true" truevalue="yes" falsevalue="no" label="Add log output as dataset" /> + </xml> + <xml name="out_log"> + <data format="txt" name="output_log" label="${tool.name} on ${on_string} log file"> + <filter>add_log</filter> + </data> + </xml> + + <!-- inputs from previous pipeline steps --> + <xml name="input_stacks_macro"> + <param name="input_stacks" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Loci and polymorphism" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or ustacks" /> + </xml> + <xml name="input_cat_macro"> + <param name="input_cat" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Catalog of loci" help="output from a previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or cstacks" /> + </xml> + <xml name="input_matches_macro"> + <param name="input_matches" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Matches to the catalog" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or sstacks" /> + </xml> + <xml name="bam_input_macro"> + <param name="input_bam" format="bam" type="data" multiple="true" optional="false" label="Aligned data" help="either the matches to the catalog (bam), i.e. tsv2bam, or reads aligned to a reference" /> + </xml> + <xml name="input_aln_macro"> + <param name="input_aln" format="vcf,fasta.gz" type="data_collection" collection_type="list" label="Assembled contigs and variant sites" help="output from previous Stacks pipeline steps (e.g. gstacks, denovo_map, or refmap)" argument="-P" /> + </xml> + + <!-- code for creating links to the data sets from previous pipeline steps + - stacks (i.e ustacks outputs POP.tags.tsv, POP.alleles.tsv, POP.snps.tsv) + also stores sample names in list (samples) + - cat (cstacks catalog.tags.tsv, catalog.alleles.tsv, catalog.snps.tsv) + - matches (sstacks POP.matches.tsv) --> + <token name="@LINK_STACKS_INPUT@"><![CDATA[ + #set $samples = [] + #for $input_file in $input_stacks + #set $filename = str($input_file.element_identifier) + #if not filename.endswith('.tsv') + #set $filename = $filename + ".tsv" + #end if + #if re.search('^(?!catalog).+\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename) + ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' && + #if $filename.endswith('.tags.tsv') + $samples.append($filename[:-9]) + #end if + #end if + #end for + ]]> + </token> + <token name="@LINK_CAT_INPUT@"><![CDATA[ + #for $input_file in $input_cat + #set $filename = str($input_file.element_identifier) + #if not filename.endswith('.tsv') + #set $filename = $filename + ".tsv" + #end if + #if re.search('^catalog\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename) + ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' && + #end if + #end for + ]]></token> + <token name="@LINK_MATCHES_INPUT@"><![CDATA[ + #for $input_file in $input_matches + #set $filename = str($input_file.element_identifier) + #if not filename.endswith('.tsv') + #set $filename = $filename + ".tsv" + #end if + #if re.search('matches.tsv$', $filename) + ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' && + #end if + #end for + ]]></token> + + <!-- fastq input for process_radtags/shortreads (non-batch) and clone/kmerfilter (batch) + for batch processing chose multiple=false and paired + otherwise multiple=true and listtype=list:paired --> + <xml name="fastq_input_bc" token_multiple="false" token_listtype="paired"> + <conditional name="input_type"> + <param name="input_type_select" type="select" label="Single-end or paired-end reads"> + <option value="single" selected="True">Single-end files</option> + <option value="paired">Paired-end files</option> + </param> + <when value="single"> + <param name="fqinputs" argument="-f" type="data" format="fastqsanger,fastqsanger.gz" multiple="@MULTIPLE@" label="Singles-end reads" /> + <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location"> + <expand macro="barcode_encoding_single" type="Barcode" /> + </param> + </when> + <when value="paired"> + <param name="fqinputs" type="data_collection" collection_type="@LISTTYPE@" label="Paired-end reads" format="fastqsanger,fastqsanger.gz"/> + <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location"> + <expand macro="barcode_encoding_pair" type="Barcode" /> + </param> + </when> + </conditional> + <yield/> + </xml> + + <xml name="fastq_input_bc_file" token_multiple="false" token_listtype="paired"> + <expand macro="fastq_input_bc" multiple="@MULTIPLE@" listtype="@LISTTYPE@"> + <param name="barcode" argument="-b" type="data" format="tabular,txt" label="Barcode file" /> + </expand> + </xml> + + <!-- fastq input (used in denovomap, tsv2bam, ustacks) + - fastq_optional: makes fastq input optional (true/false) + - se_option: wording for "single end" option (for tsv2bam this is the + reverse reads for the others its the forward reads) + - help: help text --> + <xml name="fastq_input" token_fastq_optional="false" token_se_option="single end or forward reads" token_help=""> + <conditional name="input_type"> + <param name="input_type_select" type="select" label="Short read data from individuals" help="@HELP@"> + <option value="single" selected="true">@SE_OPTION@</option> + <option value="paired">(paired) dataset list</option> + </param> + <when value="single"> + <param name="fqinputs" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" type="data" label="Reads" multiple="true" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/> + </when> + <when value="paired"> + <param name="fqinputs" argument="-f" type="data_collection" collection_type="list:paired" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" label="List for forward reads or read pairs" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/> + </when> + </conditional> + </xml> + + <!-- helper functions for linking fastq data sets --> + <token name="@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@"><![CDATA[ + #from os.path import splitext + #import re + + #def clean_ext($identifier) + #while $identifier.endswith(('.1', '.2', '.fa', '.fq', '.fasta', '.fastq', '.gz', '.gzip', '.sam', '.bam')) + #set $identifier = splitext($identifier)[0] + #end while +$identifier#slurp + #end def + + #def fastq_input_foo( $sample, $read_direction="", $infix="" ) + #set $name = $clean_ext($sample.element_identifier) + #if $sample.is_collection: + #set $cur_sample=$sample[$read_direction] + #else: + #set $cur_sample=$sample + #end if + + #if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger') + #set $ext = "fastq" + #set $inputype = "fastq" + #else if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger.gz') + #set $ext = "fastq.gz" + #set $inputype = "gzfastq" + #else if $cur_sample.is_of_type('fasta') + #set $ext = "fasta" + #set $inputype = "fasta" + #else if $cur_sample.is_of_type('fasta.gz') + #set $ext = "fasta.gz" + #set $inputype = "gzfasta" + #else + #set $inputype = "UNKNOWN" + #end if + #set $data_path = "stacks_inputs/"+$name+$infix+"."+$ext + #set $link_cmd = "ln -s '%s' '%s' &&" % ($cur_sample, $data_path) + #return ($link_cmd, $data_path, $name, $inputype) + #end def + + ## fastq_input_batch determine link command, access path(s), and input type + ## for batch tools + ## + ## inputs + ## - sample data set / pair + ## - type "single" / "paired" + ## return (link_command, fwd_path, rev_path, inputype) + ## - link_command bash command(s) to link the data sets + ## - fwd_path file name of the link to the forward data set + ## - rev_path file name of the link to the forward data set (if type=paired) + ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q)) + #def fastq_input_batch($sample, $type) + #if $type == "single" + #set ($link_cmd, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "") + #return ($link_cmd, $path, "", $inputype) + #else: + #set ($fwd_link_cmd, $fwd_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", ".1") + #set ($rev_link_cmd, $rev_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", ".2") + #return ( $fwd_link_cmd+$rev_link_cmd, $fwd_path, $rev_path, $inputype) + #end if + #end def + + ## fastq_input_nonbatch determine link command, access path(s), and input type + ## for non-batch tools (procrad, shortreads, denovomap the former need R[12]_ + ## and the latter needs .[12]) + ## + ## inputs + ## - samples list of data set / pair + ## - type "single" / "paired" + ## - infix_pattern pattern for the infix of the files (needs to contain %d which is replaced by 1/2) + ## return (link_command, inputype) + ## - link_command bash command(s) to link the data sets + ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q)) + #def fastq_input_nonbatch( $samples, $type, $infix_pattern ) + #set $link_command = "" + #for $sample in $samples + #if $type == "single" + #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "") + #set link_command += lc + #else: + #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", $infix_pattern % (1)) + #set link_command += lc + #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", $infix_pattern % (2)) + #set link_command += lc + #end if + #end for + #return ($link_command, $inputype) + #end def + ]]></token> + + <!-- macro and token for BAM input, for each bam file w identifier NAME + - creates a link NAME.bam <- bam_inputs/NAME.INFIX.bam + - appends -B bam_inputs/NAME.INFIX.bam to variable bamlist + + INFIX is set to"" per default, can be set with optional variable $infix + only needed for gstacks in denovo mode which needs .matches.bam --> + <token name="@BAM_INPUT@"><![CDATA[ + #set $bamlist = "" + #for $bam in $input_bam: + #if $bam.is_of_type('bam') + #set $filename = $clean_ext($bam.element_identifier)+".bam" + ln -s '$bam' bam_inputs/$filename && + #set bamlist += " -B 'bam_inputs/"+$filename+"'" + #end if + #end for + ]]></token> + + <token name="@EXTRACT_VCF@"><![CDATA[ + ## the catalog.calls output is a gzip-ed vcf extract it + ## to make it usable in Galaxy (with the downside that we + ## need to gzip it again for downstream calls like populations) + && gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf + ]]></token> + + + + <!-- tokens and macros for gapped alignment options + the _onoff macro gives an empty conditional (which is not so nice + but allows to be used also in the full macro) --> + <token name="@GAP_OPTIONS@"><![CDATA[ + #if $gapped.use_gapped == "yes" + --max_gaps $gapped.max_gaps + --min_aln_len $gapped.min_aln_len + #else + --disable-gapped + #end if + ]]></token> + <token name="@GAP_OPTIONS_ONOFF@"><![CDATA[ + #if $gapped.use_gapped != "yes" + --disable-gapped + #end if + ]]></token> + <xml name="gap_options"> + <expand macro="gap_options_onoff"> + <param argument="--max_gaps" type="float" value="2.0" label="Number of gaps allowed between stacks before merging"/> + <param argument="--min_aln_len" type="float" value="0.8" min="0.0" max="1.0" label="Minimum length of aligned sequence in a gapped alignment"/> + </expand> + </xml> + <xml name="gap_options_onoff"> + <conditional name="gapped"> + <param name="use_gapped" argument="--disable-gapped" type="select" label="Perform gapped alignments between stacks"> + <option value="no">No</option> + <option value="yes" selected="true">Yes</option> + </param> + <when value="no"/> + <when value="yes"> + <yield/> + </when> + </conditional> + </xml> + + + <!-- ustacks outputs collection containing SAMPLE.tags.tsv, SAMPLE.snps.tsv, SAMPLE.alleles.tsv (SAMPLE!=catalog) --> + <!-- TODO tags, snps, and alleles could go to sub collections; same for other tools --> + <xml name="ustacks_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="tabs" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Loci and polymorphism"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>(?!catalog).+\.tags)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + <discover_datasets pattern="(?P<name>(?!catalog).+\.snps)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + <discover_datasets pattern="(?P<name>(?!catalog).+\.alleles)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + <!-- cstacks outputs collection containing catalog.tags.tsv, catalog.snps.tsv, catalog.alleles.tsv --> + <xml name="cstacks_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="catalog" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Catalog of loci"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>catalog\.(tags|snps|alleles))\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + <!-- sstacks outputs collection containing SAMPLE.matches.tsv --> + <xml name="sstacks_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="matches" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Matches to the catalog"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>.+\.matches)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + <!-- tsv2bam outputs collection containing SAMPLE.matches.bam --> + <xml name="tsv2bam_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="bams" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Matches to the catalog (bam)"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>.+\.matches)\.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + <!-- gstacks outputs collection containing catalog.calls.vcf and catalog.fa.gz + + optional output alignments.bam (if no popmap is given) and POP.alns.bam otherwise--> + <xml name="gstacks_outputs_full_macro" token_tooladd=""> + <expand macro="gstacks_outputs_macro"/> + <data format="txt" name="distribs" label="${tool.name} on ${on_string} log.distribs" from_work_dir="stacks_outputs/gstacks.log.distribs"> + <filter>add_log_distribs</filter> + </data> + <collection name="gstacks_alns_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignments"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>.*).alns.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" /> + <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap!=None</filter> + </collection> + <data name="gstacks_aln_out" format="bam" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignment" from_work_dir="stacks_outputs/alignments.bam"> + <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap==None</filter> + </data> + </xml> + <xml name="gstacks_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="gstacks_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Assembled contigs and variant sites"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>catalog\.calls\.vcf)$" ext="vcf" directory="stacks_outputs" /> + <discover_datasets pattern="(?P<name>catalog\.fa\.gz)$" ext="fasta.gz" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + + <!-- default output of populations --> + <xml name="populations_output_light" token_tooladd=""> + <data format="tabular" name="out_haplotypes" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Raw Genotypes/Haplotypes" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv" /> + <data format="tabular" name="out_hapstats" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Population-level haplotype summary statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.hapstats.tsv" /> + <data format="txt" name="out_populations_log_distribs" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Populations log distributions" from_work_dir="stacks_outputs/populations.log.distribs" /> + <data format="tabular" name="out_sumstats_sum" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Summary of Population-level summary statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.sumstats_summary.tsv" /> + <data format="tabular" name="out_sumstats" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Population-level summary statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.sumstats.tsv" /> + <data format="tabular" name="out_sql" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Genotyping markers" from_work_dir="stacks_outputs/populations.markers.tsv" /> + </xml> + + <xml name="populations_output_full"> + <expand macro="populations_output_light"/> + + <!-- log_fst_comp populations.fst_summary.tsv populations.phistats_summary.tsv populations.phistats.tsv--> + <data format="tabular" name="out_phistats" label="${tool.name} on ${on_string} Phi_st statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.phistats.tsv"> + <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_phistats_sum" label="${tool.name} on ${on_string} Summary of Phi_st statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.phistats_summary.tsv"> + <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_fststats_sum" label="${tool.name} on ${on_string} Summary of Fst statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fst_summary.tsv"> + <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter> + </data> + + <!-- fasta_loci populations.loci.fa + fasta_samples populations.samples.fa + fasta_samples_raw populations.samples-raw.fa--> + <data format="tabular" name="out_fasta_strict" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus consensus sequences" from_work_dir="stacks_outputs/populations.loci.fa"> + <filter>populations_output['fasta_loci']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_fasta" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus, per-haplotpye sequences" from_work_dir="stacks_outputs/populations.samples.fa"> + <filter>populations_output['fasta_samples']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_fasta_raw" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus, per-haplotpye sequences (regardless of biological plausibility)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.samples-raw.fa"> + <filter>populations_output['fasta_samples_raw']</filter> + </data> + + <!-- phylip populations.fixed.phylip populations.fixed.phylip.log + phylip_var populations.var.phylip populations.var.phylip.log--> + <data format="tabular" name="out_phylip_all_pop_fix" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip nucleotides that are fixed-within, and variant among populations" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fixed.phylip"> + <filter>populations_output['phylip']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_phylip_all_loci_fix" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip (loci) nucleotides that are fixed-within, and variant among populations" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fixed.phylip.log"> + <filter>populations_output['phylip']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_phylip_all_pop_var" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip all sequence as well as variable sites" from_work_dir="stacks_outputs/populations.var.phylip"> + <filter>populations_output['phylip_var']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_phylip_all_loci_var" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip (loci) all sequence as well as variable sites" from_work_dir="stacks_outputs/populations.var.phylip.log"> + <filter>populations_output['phylip_var']</filter> + </data> + + <!-- genepop populations.haps.genepop populations.snps.genepop --> + <data format="tabular" name="out_genepop_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in GenePop format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.genepop"> + <filter>populations_output['genepop']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_genepop_haps" label="${tool.name} on ${on_string} Haplotypes in GenePop format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.genepop"> + <filter>populations_output['genepop']</filter> + </data> + + <!-- vcf populations.haps.vcf populations.snps.vcf --> + <data format="vcf" name="out_vcf_haplotypes_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in VCF format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.vcf"> + <filter>populations_output['vcf']</filter> + </data> + <data format="vcf" name="out_vcf_haplotypes_haps" label="${tool.name} on ${on_string} Haplotypes in VCF format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.vcf"> + <filter>populations_output['vcf']</filter> + </data> + + <!--plink populations.plink.map populations.plink.ped--> + <data format="tabular" name="out_plink_markers" label="${tool.name} on ${on_string} PLINK (makers)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.plink.map"> + <filter>populations_output['plink']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_plink_genotypes" label="${tool.name} on ${on_string} PLINK format (genotypes)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.plink.ped"> + <filter>populations_output['plink']</filter> + </data> + + <!--structure populations.hzar--> + <data format="tabular" name="out_hzar" label="${tool.name} on ${on_string} hzar format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.hzar.csv"> + <filter>populations_output['hzar']</filter> + </data> + <!--structure populations.structure--> + <data format="tabular" name="out_structure" label="${tool.name} on ${on_string} Structure format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.structure"> + <filter>populations_output['structure']</filter> + </data> + + <!-- radpainter populations.haps.radpainter --> + <data format="tabular" name="out_radpainter" label="${tool.name} on ${on_string} Radpainter format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.radpainter"> + <filter>populations_output['radpainter']</filter> + </data> + + <!-- treemix populations.treemix --> + <data format="tabular" name="out_treemix" label="${tool.name} on ${on_string} Treemix format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.treemix"> + <filter>populations_output['treemix']</filter> + </data> + </xml> + + <xml name="snp_options_alpha"> + <param argument="--alpha" type="select" label="Chi square significance level required to call a heterozygote or homozygote" > + <option value="0.1">0.1</option> + <option value="0.05" selected="True">0.05</option> + <option value="0.01">0.01</option> + <option value="0.001">0.001</option> + </param> + </xml> + + <xml name="snp_options"> + <conditional name="select_model"> + <param argument="--model_type" type="select" label="Choose the model"> + <option value="snp" selected="true">SNP</option> + <option value="bounded">Bounded SNP</option> + <option value="fixed">Fixed</option> + </param> + <when value="snp"> + <expand macro="snp_options_alpha"/> + </when> + <when value="bounded"> + <param argument="--bound_low" type="float" value="0.0" min="0.0" max="1.0" label="Lower bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0"/> + <param argument="--bound_high" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0" label="Upper bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0" /> + <expand macro="snp_options_alpha"/> + </when> + <when value="fixed"> + <yield/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="snp_options_full"> + <expand macro="snp_options"> + <param argument="--bc_err_freq" type="float" value="0.1" min="0.0" max="1.0" label="Barcode error frequency" help="between 0 and 1.0"/> + </expand> + </xml> + + <!-- variant calling option for use in gstacks and denovomap + default for var_alpha is 0.01 if model == marukilow (which is the case in denovomap and refmap) + otherwise no default is is available and gstacks will output and error + "Error: No value was provided for \-\-var-alpha and there is no default for this model)" + --> + <xml name="variant_calling_options_vg" token_varalpha_default=""> + <param argument="--var-alpha" name="var_alpha" type="float" value="@VARALPHA_DEFAULT@" min="0" label="Alpha threshold for discovering SNPs" help="Default is 0.01 if the marukilow model is used (which is the case in refmap and denovomap), otherwise no default value is available." /> + <param argument="--gt-alpha" name="gt_alpha" type="float" value="0.05" min="0" label="Alpha threshold for calling genotypes" /> + </xml> + + <xml name="barcode_encoding_single" token_type=""> + <option value="--inline_null" selected="True">@TYPE@ is inline with sequence, occurs only on single-end read (--inline_null)</option> + <option value="--index_null">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i5 or i7 read) (--index_null)</option> + <yield/> + </xml> + + <xml name="barcode_encoding_pair" token_type=""> + <expand macro="barcode_encoding_single" type="@TYPE@"> + <option value="--null_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i7 read if both i5 and i7 read are provided) (--null_index)</option> + <option value="--inline_inline">@TYPE@ is inline with sequence, occurs on single and paired-end read (--inline_inline)</option> + <option value="--index_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i5 and i7 reads) (--index_index)</option> + <option value="--inline_index">@TYPE@ is inline with sequence on single-end read and occurs in FASTQ header (from either i5 or i7 read) (--inline_index)</option> + <option value="--index_inline">@TYPE@ occurs in FASTQ header (Illumina i5 or i7 read) and is inline with sequence on single-end read (if single read data) or paired-end read (if paired data) (--index_inline)</option> + </expand> + </xml> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros_process.xml Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,183 @@ +<?xml version="1.0"?> + +<!-- macros and tokens for process_radtags and process_short_reads --> + +<macros> + + <token name="@PROCESS_IOOPTIONS@"><![CDATA[ + -p stacks_inputs/ + #if $input_type.input_type_select == "paired" + --paired + #end if + -i $inputype + -b '$barcode' + $input_type.barcode_encoding + #if str( $outype ) != "auto" + -y $outype + #end if + -o stacks_outputs + ]]></token> + <xml name="process_output_types"> + <param name="outype" argument="-y" type="select" label="Output format" > + <option value="auto" selected="True">Same as input</option> + <option value="fastq">fastq</option> + <option value="fasta">fasta</option> + <option value="gzfastq">gzipped fastq</option> + <option value="gzfasta">gzipped fasta</option> + </param> + </xml> + + <xml name="discover_faqgz_output_macro" token_pattern="" token_dir=""> + <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="@PATTERN@" dir="@DIR@"/> + <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fq\.gz$" ext="fastqsanger.gz" directory="@DIR@/" /> + <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fa\.gz$" ext="fasta.gz" directory="@DIR@/" /> + </xml> + <xml name="discover_faq_output_macro" token_pattern="" token_dir=""> + <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fq$" ext="fastqsanger" directory="@DIR@/" /> + <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fa$" ext="fasta" directory="@DIR@/" /> + </xml> + + <xml name="process_outputs"> + <collection name="demultiplexed" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads"> + <filter>input_type['input_type_select'] == "single"</filter> + <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P<name>.+)" dir="stacks_outputs"/> + </collection> + <collection name="demultiplexed_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads"> + <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter> + <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P<identifier_0>.+)\.(?P<identifier_1>[^.]+)" dir="stacks_outputs"/> + </collection> + + <collection name="remaining" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Remaining orphan reads"> + <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter> + <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P<identifier_0>.+)\.rem\.(?P<identifier_1>[^.]+)" dir="stacks_outputs/remaining"/> + </collection> + + <!-- note irrespective of -y output is always named fastq and are never zipped --> + <collection name="discarded" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads"> + <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "single"</filter> + <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P<name>.*)" dir="stacks_outputs/discarded"/> + </collection> + <collection name="discarded_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads"> + <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "paired"</filter> + <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P<identifier_0>.+)\.(?P<identifier_1>[^.]+)" dir="stacks_outputs/discarded"/> + </collection> + </xml> + + <!-- FASTQ filtering options --> + <xml name="process_filter"> + <conditional name="filter_cond" > + <param name="filter_select" type="select" label="Do quality filtering"> + <option value="yes">Yes</option> + <option value="no" selected="true">No</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="sliding" type="float" value="0.15" min="0" max="1" argument="-w" label="Set the size of the sliding window as a fraction of the read length, between 0 and 1" /> + <param name="score" type="integer" value="10" min="0" max="40" argument="-s" label="Set the score limit. If the average score within the sliding window drops below this value, the read is discarded" /> + <param name="remove" type="boolean" checked="false" truevalue="-c" falsevalue="" argument="-c" label="Clean data, remove any read with an uncalled base" /> + <param name="discard" type="boolean" checked="false" truevalue="-q" falsevalue="" argument="-q" label="Discard reads with low quality scores"/> + <param argument="--filter_illumina" type="boolean" checked="false" truevalue="--filter_illumina" falsevalue="" label="Discard reads that have been marked by Illumina's chastity/purity filter as failing" /> + </when> + <when value="no"> + <param argument="--len_limit" type="integer" value="" optional="true" label="Minimum sequence length" help="useful if your data has already been trimmed"/> + </when> + </conditional> + <param name="capture" type="boolean" checked="false" truevalue="-D" falsevalue="" argument="-D" label="Capture discarded reads to a file" /> + </xml> + <token name="@PROCESS_FILTER@"><![CDATA[ + #if $filter_cond.filter_select == 'yes': + -w $filter_cond.sliding + -s $filter_cond.score + $filter_cond.remove + $filter_cond.discard + $filter_cond.filter_illumina + #else + #if str($filter_cond.len_limit) != "": + --len_limit $filter_cond.len_limit + #end if + #end if + $capture + ]]></token> + <token name="@PROCESS_FASTQ_POSTPROC@"><![CDATA[ + #if $capture: + && mkdir stacks_outputs/discarded/ + && mv stacks_outputs/*discards stacks_outputs/discarded/ + + ## fix the _R[12]_0 that was added for preparing the input + #if $input_type.input_type_select == 'paired': + && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/_R1_0/.1/; s/_R2_0/.2/;')"; done + #end if + ## also remove the gz which is added by procrad (but its uncompressed) + && find stacks_outputs/discarded/ -type f -iname "*.gz.discards" | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/.gz.discards$/.discards/;')"; done + + ## the discard files are named fastq even if the output is fasta + #if str($outype).endswith("fasta"): + && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.fastq.discards/.fa/;')"; done + #else + && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.fastq.discards/.fq/;')"; done + #end if + #end if + ## prepare paired read output for processing in galaxy + #if $input_type.input_type_select == 'paired': + && mkdir stacks_outputs/remaining + && find stacks_outputs -iregex ".*\.rem\.[12]\.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" stacks_outputs/remaining/; done + && find stacks_outputs/ -iregex ".*.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.1\./.forward./; s/\.2\./.reverse./')"; done + #end if + ]]></token> + + <!-- adapter trimming options --> + <xml name="process_adapter"> + <param argument="--adapter_1" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the first read" /> + <param argument="--adapter_2" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the paired-read" /> + <param argument="--adapter_mm" type="integer" value="" optional="true" label="Number of mismatches allowed in the adapter sequence"/> + </xml> + <token name="@PROCESS_ADAPTER@"><![CDATA[ + ## Adapter options + #if str($options_advanced.adapter_1) != "": + --adapter_1 $options_advanced.adapter_1 + #end if + #if str($options_advanced.adapter_2) != "": + --adapter_2 $options_advanced.adapter_2 + #end if + #if str($options_advanced.adapter_mm) != "": + --adapter_mm $options_advanced.adapter_mm + #end if + ]]></token> + + <!-- barcode rescue options --> + <xml name="rescue_barcode"> + <conditional name="rescue_cond"> + <param name="rescue" type="select" argument="-r" label="Rescue mutated barcodes and RAD-Tags?"> + <option value="-r">yes</option> + <option value="" selected="true">no</option> + </param> + <when value="-r"> + <param argument="--barcode_dist_1" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing first read barcodes" help="(default 1)"/> + <param argument="--barcode_dist_2" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing paired read barcodes" help="(default value for single end barcodes)"/> + </when> + <when value=""/> + </conditional> + </xml> + <token name="@RESCUE_BARCODE@"><![CDATA[ + #if str($options_advanced.rescue_cond.rescue) != "" + $options_advanced.rescue_cond.rescue + #if str($options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_1) != "": + --barcode_dist_1 $options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_1 + #end if + #if str($options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_2) != "": + --barcode_dist_2 $options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_2 + #end if + #end if + ]]></token> + + <!-- advanced options that are shared --> + <xml name="common_advanced"> + <param name="truncate" type="integer" value="" optional="True" argument="-t" label="Truncate final read length to this value" /> + <param argument="--retain_header" type="boolean" checked="false" truevalue="--retain_header" falsevalue="" label="Retain unmodified FASTQ headers in the output" /> + </xml> + <token name="@COMMON_ADVANCED@"><![CDATA[ + #if str($options_advanced.truncate) + -t $options_advanced.truncate + #end if + $options_advanced.retain_header + ]]></token> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/stacks_kmerfilter.xml Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,200 @@ +<tool id="stacks2_kmerfilter" name="Stacks2: kmer filter" profile="@PROFILE@" version="@STACKS_VERSION@+galaxy@WRAPPER_VERSION@"> +<description>Identify PCR clones</description> + <macros> + <import>macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="requirements"/> + <expand macro="version_cmd"/> + <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ +@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@ + +mkdir stacks_inputs stacks_outputs && + +#set ($link_command, $fwd_path, $rev_path, $inputype) = $fastq_input_batch($input_type.fqinputs, $input_type.input_type_select) +$link_command + +kmer_filter +#if $input_type.input_type_select == 'single': + -f '$fwd_path' +#else + -1 '$fwd_path' + -2 '$rev_path' +#end if +## TODO $options_kmer_char.read_k_freq +-i $inputype +-o stacks_outputs +$capture +-y fastq +$options_filtering.rare +$options_filtering.abundant +--k_len $options_filtering.k_len +--max_k_freq $options_advanced_filtering.max_k_freq +#if str($options_advanced_filtering.min_lim)!="": + --min_lim $options_advanced_filtering.min_lim +#end if +#if str($options_advanced_filtering.max_lim)!="": + --max_lim $options_advanced_filtering.max_lim +#end if +#if str($options_normalization.normalize)!="": + --normalize $options_normalization.normalize +#end if +#if $options_kmer_char.write_k_freq + --read_k_freq $kfreq +#end if +$options_kmer_char.k_dist +#if $options_kmer_char.k_dist + | sed 's/KmerFrequency/# KmerFrequency/' > $kfreqdist +#end if +@TEE_APPEND_LOG@ +@CAT_LOG_TO_STDERR@ + +## move outputs such that Galaxy can find them +## if filtering is on then ...filt...fq is created +## if normalization is on then ...norm...fq is created +## if both are active then both files are created, but only norm is needed +#if str($options_filtering.rare)!="" or str($options_filtering.abundant)!="" or str($options_normalization.normalize)!="": + #if str($options_normalization.normalize)!="": + #set infix="norm" + #else + #set infix="fil" + #end if + #if $capture: + #if $input_type.input_type_select == "single" + && mv stacks_outputs/*.discards.fastq '$discarded' + #else + && mv stacks_outputs/*.1.discards.fastq '$discarded_pair.forward' + && mv stacks_outputs/*.2.discards.fastq '$discarded_pair.reverse' + #end if + #end if + #if $input_type.input_type_select == "single" + && mv stacks_outputs/*.${infix}.fastq '$clean' + #else + && mv stacks_outputs/*.1.${infix}.fastq '$clean_pair.forward' + && mv stacks_outputs/*.2.${infix}.fastq '$clean_pair.reverse' + #end if +#end if + + ]]></command> + <inputs> + <expand macro="fastq_input_bc"/> + <param name="capture" type="boolean" checked="false" truevalue="-D" falsevalue="" argument="-D" label="Capture discarded reads to a file" /> + <section name="options_filtering" title="Filtering options" expanded="False"> + <param argument="--rare" type="boolean" checked="false" truevalue="--rare" falsevalue="" label="Turn on filtering based on rare k-mers" /> + <param argument="--abundant" type="boolean" checked="false" truevalue="--abundant" falsevalue="" label="Turn on filtering based on abundant k-mers" /> + <param argument="--k_len" type="integer" value="15" label="K-mer size" /> + </section> + <section name="options_advanced_filtering" title="Advanced fitering options" expanded="False"> + <param argument="--max_k_freq" type="integer" value="20000" label="Number of times a kmer must occur to be considered abundant" /> + <param argument="--min_lim" type="integer" value="" optional="true" label="Number of rare kmers occuring in a row required to discard a read" help="(default: 80% of the k-mer length)." /> + <param argument="--max_lim" type="integer" value="" optional="true" label="Number of abundant kmers required to discard a read" help="(default: 80% of the k-mers in a read)" /> + </section> + <section name="options_normalization" title="Normalization options" expanded="False"> + <param argument="--normalize" type="integer" value="" optional="true" label="Normalize read depth according to k-mer coverage" /> + </section> + <section name="options_kmer_char" title="Characterizing K-mers options" expanded="False"> + <param argument="--write_k_freq" type="boolean" checked="false" truevalue="--write_k_freq" falsevalue="" label="Write kmers along with their frequency of occurrence and exit" /> + <param argument="--k_dist" type="boolean" checked="false" truevalue="--k_dist" falsevalue="" label="Print k-mer frequency distribution and exit" /> + </section> + <!--<section name="options_advanced_input" title="Advanced input options" expanded="False"> + <param argument="\-\-read_k_freq" type="boolean" checked="false" truevalue="\-\-read_k_freq" falsevalue="" label="Read a set of kmers along with their frequencies of occurrence instead of reading raw input files" /> + </section>--> + <expand macro="in_log"/> + </inputs> + <outputs> + <expand macro="out_log"/> + <data name="clean" format="fastqsanger" label="${tool.name} on ${on_string}"> + <filter>input_type['input_type_select'] == 'single' and not options_kmer_char['k_dist']</filter> + </data> + <collection name="clean_pair" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}"> + <filter>input_type['input_type_select'] == 'paired' and not options_kmer_char['k_dist']</filter> + </collection> + <data name="discarded" format="fastqsanger" label="${tool.name} on ${on_string}: discarded reads"> + <filter>capture and input_type['input_type_select'] == 'single' and not options_kmer_char['k_dist']</filter> + </data> + <collection name="discarded_pair" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}: discarded reads"> + <filter>capture and input_type['input_type_select'] == 'paired' and not options_kmer_char['k_dist']</filter> + </collection> + <data format="tabular" name="kfreq" label="${tool.name} on ${on_string} kmer frequencies"> + <filter>options_kmer_char['write_k_freq']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="kfreqdist" label="${tool.name} on ${on_string} kmer frequency distribution"> + <filter>options_kmer_char['k_dist']</filter> + </data> + </outputs> + <tests> + <!-- default output for filtering --> + <test> + <conditional name="input_type"> + <param name="input_type_select" value="single" /> + <param name="fqinputs" ftype="fastqsanger.gz" value="clonefilter/R1_0001.1.fq.gz" /> + </conditional> + <param name="add_log" value="yes" /> + <output name="output_log" ftype="txt" file="kmerfilter/kmerfilter.log" lines_diff="8"/> + <param name="rare" value="--rare"/> + <param name="abundant" value="--abundant" /> + <param name="k_len" value="16" /> + <assert_command> + <has_text text="--rare" /> + <has_text text="--abundant" /> + <has_text text="--k_len 16" /> + </assert_command> + <output name="clean" compare="sim_size" file="clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.single.gz"/> + </test> + <test> + <conditional name="input_type"> + <param name="input_type_select" value="paired" /> + <param name="fqinputs"> + <collection type="paired"> + <element name="forward" value="clonefilter/R1_0001.1.fq.gz" /> + <element name="reverse" value="clonefilter/R2_0001.2.fq.gz" /> + </collection> + </param> + </conditional> + <param name="capture" value="-D" /> + <param name="normalize" value="1" /> + <assert_command> + <has_text text="--normalize 1" /> + </assert_command> + <output_collection name="clean_pair" type="paired"> + <element name="forward" compare="sim_size" file="clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz" /> + <element name="reverse" compare="sim_size" file="clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz" /> + </output_collection> + <output_collection name="discarded_pair" type="paired"> + <element name="forward" compare="sim_size" file="clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz" /> + <element name="reverse" compare="sim_size" file="clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz" /> + </output_collection> + </test> + <!-- kfreq output --> + <test> + <conditional name="input_type"> + <param name="input_type_select" value="single" /> + <param name="fqinputs" ftype="fastqsanger.gz" value="clonefilter/R1_0001.1.fq.gz" /> + </conditional> + <section name="options_kmer_char"> + <param name="write_k_freq" value="--write_k_freq" /> + </section> + <output name="kfreq" file="kmerfilter/kfreq.tsv"/> + </test> + <!-- kfreqdist output --> + <test> + <conditional name="input_type"> + <param name="input_type_select" value="single" /> + <param name="fqinputs" ftype="fastqsanger.gz" value="clonefilter/R1_0001.1.fq.gz" /> + </conditional> + <section name="options_kmer_char"> + <param name="k_dist" value="--k_dist" /> + </section> + <output name="kfreqdist" file="kmerfilter/kfreqdist.tsv"/> + </test> + </tests> + <help> +<![CDATA[ +.. class:: infomark + +Allows paired or single-end reads to be filtered according to the number or rare or abundant kmers they contain. Useful for both RAD datasets as well as randomly sheared genomic or transcriptomic data. + +@STACKS_INFOS@ +]]> + </help> + <expand macro="citation" /> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/clonefilter/clonefilter.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +Processing single-end data. +Searching for inline oligo on single-end read. +Found 1 input file(s). +Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq.gz] + Reading data from: + stacks_inputs/R1_0001.fastq.gz +Calculating the distribution of cloned read pairs... +5 pairs of reads input. 4 pairs of reads output, discarded 0 pairs of reads, 20.00% clone reads.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 AC 0 0 +0 1 CA 0 0
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.snps.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 33 E 0 A C - - +0 1 88 E 0 A C - -
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+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_16 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_17 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_18 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_19 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_0 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_1 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_2 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_3 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_4 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_5 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_6 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_7 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACGATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_8 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_9 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_10 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_11 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCTATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/denovo_map/denovo_map.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,309 @@ +denovo_map.pl version 2.4 started at 2019-06-18 10:34:45 +/home/berntm/miniconda3/envs/mulled-v1-2b57e7596f85ebb3b321e6c9681e8fd9250523a80d97945c46ac7743359454e7/bin/denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired + +ustacks +========== + +Sample 1 of 2 'PopA_01' +---------- +ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_01.1.fq -o stacks_outputs -i 1 --name PopA_01 +ustacks parameters selected: + Input file: 'demultiplexed/PopA_01.1.fq' + Sample ID: 1 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 66 reads; formed: + 4 stacks representing 63 primary reads (95.5%) + 3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%) + +Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) +Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. + +Sample 2 of 2 'PopA_02' +---------- +ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_02.1.fq -o stacks_outputs -i 2 --name PopA_02 +ustacks parameters selected: + Input file: 'demultiplexed/PopA_02.1.fq' + Sample ID: 2 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 60 reads; formed: + 4 stacks representing 55 primary reads (91.7%) + 5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%) + +Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) +Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. + +Depths of Coverage for Processed Samples: +PopA_01: 22.00x +PopA_02: 20.00x + +cstacks +========== +cstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +cstacks parameters selected: + Loci matched based on sequence identity. + Number of mismatches allowed between stacks: 1 + Gapped alignments: enabled +Constructing catalog from 2 samples. + +Initializing new catalog... + Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv + 3 loci were newly added to the catalog. + +Processing sample stacks_outputs/PopA_02 [2 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... + 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash. +Searching for gapped alignments... +Merging matches into catalog... + 3 loci were matched to a catalog locus. + 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments. + 0 loci were newly added to the catalog. + 0 loci matched more than one catalog locus, linking them. + 0 linked catalog loci were merged into 0 loci. + +Writing catalog in directory 'stacks_outputs/'. +Final catalog contains 3 loci. +cstacks is done. + +sstacks +========== +sstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Searching for matches by sequence identity... + Parsing stacks_outputs/catalog.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/catalog.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/catalog.alleles.tsv +Populating kmer dictionary for exact matches...done. +Populating kmer dictionary for gapped alignments...done. + +Processing sample 'stacks_outputs/PopA_01' [1 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_outputs/PopA_01.matches.tsv + +Processing sample 'stacks_outputs/PopA_02' [2 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_outputs/PopA_02.matches.tsv + +sstacks is done. + +tsv2bam +========== +tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/ + +Logging to 'stacks_outputs/tsv2bam.log'. +Configuration for this run: + Stacks directory: 'stacks_outputs/' + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Num. samples: 2 + Paired-end reads directory: 'demultiplexed/' + +Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'. +Loading the catalog... +Processing sample 'PopA_01'... +Processing sample 'PopA_02'... + +Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records. +Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records. + +tsv2bam is done. + +gstacks +========== +gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Logging to 'stacks_outputs/gstacks.log'. +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. + +Configuration for this run: + Input mode: denovo + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' + Output to: 'stacks_outputs/' + Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05) + +Reading BAM headers... +Processing all loci... +20%... +50%... +100% + +Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: + 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); + 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); + For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; + Average contig size was 204.3 bp; + 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) + Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; + Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus), + 252 were successfuly aligned (100.0%); + Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). + +Genotyped 3 loci: + effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x + mean number of sites per locus: 194.3 + a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing + +gstacks is done. + +populations +========== +populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Logging to 'stacks_outputs/populations.log'. +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +populations parameters selected: + Percent samples limit per population: 0 + Locus Population limit: 1 + Percent samples overall: 0 + Minor allele frequency cutoff: 0 + Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 + Applying Fst correction: none. + Pi/Fis kernel smoothing: off + Fstats kernel smoothing: off + Bootstrap resampling: off + +Parsing population map... +The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). +Working on 2 samples. +Working on 1 population(s): + 1: PopA_01, PopA_02 +Working on 1 group(s) of populations: + defaultgrp: 1 + +Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' +Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' +Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' +Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' + +Processing data in batches: + * load a batch of catalog loci and apply filters + * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics + * write the above statistics in the output files + * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) +More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +Now processing... +Batch 1 + +Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. +Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. +Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); + Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); +Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); + Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); +Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). + +Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): + 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 +Populations is done. +denovo_map.pl is done. + +denovo_map.pl completed at 2019-06-18 10:34:45
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +PopA_01 1 +PopA_02 1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gentest.sh Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,19 @@ +#!/usr/bin/env bash + +mkdir stacks_outputs + +denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired && +gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf +rm stacks_outputs/catalog.calls + +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.{tags,snps,alleles}.tsv ustacks/ +mv stacks_outputs/catalog.{tags,snps,alleles}.tsv cstacks/ +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.tsv sstacks/ +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.bam tsv2bam/ +mv stacks_outputs/tsv2bam.log tsv2bam/ +mv stacks_outputs/catalog.{calls.vcf,fa.gz} gstacks/ +mv stacks_outputs/gstacks.log* gstacks/ +mv stacks_outputs/populations.* populations/ +mv stacks_outputs/denovo_map.log denovo_map/ + +rmdir stacks_outputs
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/catalog.calls.vcf Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,597 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190618 +##source="Stacks v2.4" +##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . A . . . 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DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 144 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 145 . T C 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 +3 146 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 147 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 148 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 149 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 150 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 151 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 152 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 153 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 154 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 155 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 156 . T . . . DP=30;AD=29 DP 17 13 +3 157 . T G 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 +3 158 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 159 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 160 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 161 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 162 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 163 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 164 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 165 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 166 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 167 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 168 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 169 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 170 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 171 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 172 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 173 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 174 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 175 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 176 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 177 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 178 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 179 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 180 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 181 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 182 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 183 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 184 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 185 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 186 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 187 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 188 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 189 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 190 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 191 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 192 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 193 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 194 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 195 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 196 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 197 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 198 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 199 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 200 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 201 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 202 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 203 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 204 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,34 @@ +gstacks v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11) +gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. + +Configuration for this run: + Input mode: denovo + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' + Output to: 'stacks_outputs/' + Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05) + +Reading BAM headers... +Processing all loci... +20%... +50%... +100% + +Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: + 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); + 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); + For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; + Average contig size was 204.3 bp; + 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) + Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; + Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus), + 252 were successfuly aligned (100.0%); + Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). + +Genotyped 3 loci: + effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x + mean number of sites per locus: 194.3 + a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing + +gstacks is done.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,43 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract gstacks.log.distribs dist_name` + +BEGIN effective_coverages_per_sample +# For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of +# samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more). +sample n_loci n_used_fw_reads mean_cov mean_cov_ns +PopA_01 3 96 32.000 32.000 +PopA_02 3 90 30.000 30.000 +END effective_coverages_per_sample + +BEGIN phasing_rates_per_sample +sample n_gts n_multisnp_hets n_phased misphasing_rate +PopA_01 3 2 2 0.000 +PopA_02 3 3 3 0.000 +END phasing_rates_per_sample + +BEGIN clockings +Num. threads: 1 +Parallel time: 0.0 +Average thread time spent: + 0.0 reading (3.1%) + 0.0 processing (95.2%) + 0.0 pre-alignments block (72.2%) + 0.0 reformatting fw-reads (0.1%) + 0.0 assembling (22.2%) + 0.0 initializing alignments (5.4%) + 0.0 aligning (42.9%) + 0.0 merging read pairs (1.5%) + 0.0 post-alignments block (21.2%) + 0.0 filtering reads (0.0%) + 0.0 counting nucleotides (3.5%) + 0.0 genotyping (1.9%) + 0.0 haplotyping (1.0%) + 0.0 computing consensus (0.1%) + 0.0 building_fa (0.1%) + 0.0 building_vcf (14.6%) + 0.0 writing_fa (0.1%) + 0.0 writing_vcf (1.3%) + 0.0 clocking (0.2%) +Total time spent writing vcf: 0.0 (1.3%) +VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1 +END clockings
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# KmerFrequency Count +1 408 +2 136
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kmerfilter/kmerfilter.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,22 @@ +Using a kmer size of 16 +Filtering out reads by identifying rare kmers: On. + A kmer is considered rare when its coverage is at 15% or below the median kmer coverage for the read. + A read is dropped when it contains 13 or more rare kmers in a row. +Filtering out reads by identifying abundant kmers: On. + Kmer is considered abundant when it occurs 20000 or more times. + A read is dropped when it contains 80% or more abundant kmers. +Normalizing read depth: Off. +Found 1 input file(s). +Found 0 paired input file(s). +Generating kmer distribution... +Generating kmers from file 1 of 1 [R1_0001.fastq] +540 unique k-mers recorded. +Filtering reads by kmer frequency... +Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq] + 5 total reads; -0 rare k-mer reads; -0 abundant k-mer reads; 5 retained reads. +Outputing details to log: 'stacks_outputs/kmer_filter.log' + +5 total sequences; + 0 rare k-mer reads; + 0 abundant k-mer reads; +5 retained reads.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/blacklist.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ +666
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +1 0 +1 +# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019 +# Seq Pos Locus ID Column Population
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fst_summary.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ + 1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# Catalog Locus ID Cnt PopA_01 PopA_02 +1 2 AC/CA AC/CA +2 2 GG/GG AA/GG +3 2 CG/TT CG/TT
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.genepop Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019 +1,2,3 +pop +PopA_01, 0102 0102 0101 +PopA_02, 0102 0102 0102
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.radpainter Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +PopA_01 PopA_02 +AC/CA AC/CA +CG/TT CG/TT +GG AA/GG
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.vcf Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,18 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190617 +##source="Stacks v2.4" +##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . AC CA . PASS snp_columns=34,89 GT 0/1 0/1 +2 1 . CG TT . PASS snp_columns=145,157 GT 0/1 0/1 +3 1 . GG AA . PASS snp_columns=163,182 GT 0/0 0/1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.hapstats.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes +1 un 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +2 un 205 1 4 2 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AA:1;GG:3 +3 un 410 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 CG:2;TT:2
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.hzar.csv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# Stacks v2.4; HZAR v0.2-5; June 18, 2019 +Population,Distance,1_33.A,1_33.B,1_33.N,1_88.A,1_88.B,1_88.N,2_162.A,2_162.B,2_162.N,2_181.A,2_181.B,2_181.N,3_144.A,3_144.B,3_144.N,3_156.A,3_156.B,3_156.N +1,0,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4,0.75,0.25,4,0.75,0.25,4,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.loci.fa Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +# Stacks version 2.4; June 17, 2019 +>CLocus_1 +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_2 +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_3 +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,47 @@ +populations v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11) +populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +populations parameters selected: + Percent samples limit per population: 0 + Locus Population limit: 1 + Percent samples overall: 0 + Minor allele frequency cutoff: 0 + Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 + Applying Fst correction: none. + Pi/Fis kernel smoothing: off + Fstats kernel smoothing: off + Bootstrap resampling: off + +Parsing population map... +The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). +Working on 2 samples. +Working on 1 population(s): + 1: PopA_01, PopA_02 +Working on 1 group(s) of populations: + defaultgrp: 1 + +Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' +Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' +Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' +Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' + +Processing data in batches: + * load a batch of catalog loci and apply filters + * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics + * write the above statistics in the output files + * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) +More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +Now processing... +Batch 1 + +Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. +Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. +Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); + Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); +Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); + Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); +Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). + +Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): + 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 +Populations is done.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.log.distribs Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` + +BEGIN batch_progress +Batch 1: analyzed 3 loci; filtered 0 loci; 3 loci seen. +END batch_progress + +BEGIN samples_per_loc_prefilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. +n_samples n_loci +2 3 +END samples_per_loc_prefilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. +# Absent samples at locus Count +0 3 +END missing_samples_per_loc_prefilters + +BEGIN snps_per_loc_prefilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. +n_snps n_loci +2 3 +END snps_per_loc_prefilters + +BEGIN samples_per_loc_postfilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. +n_samples n_loci +2 3 +END samples_per_loc_postfilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. +# Absent samples at locus Count +0 3 +END missing_samples_per_loc_postfilters + +BEGIN snps_per_loc_postfilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). +n_snps n_loci +2 3 +END snps_per_loc_postfilters
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.markers.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map +1 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +2 2 50.00000 aa:1(50.0%);ab:1(50.0%); 0.00000 1.00000 AA:b;GG:a; +3 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 CG:a;TT:b;
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# Phi_st Means + 1 + +# Fst' Means + 1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.plink.map Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +# Stacks v2.4; PLINK v1.07; June 17, 2019 +un 1_33 0 34 +un 1_88 0 89 +un 2_144 0 349 +un 2_156 0 361 +un 3_162 0 571 +un 3_181 0 590
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.plink.ped Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# Stacks v2.4; PLINK v1.07; June 17, 2019 +1 PopA_01 0 0 0 0 A C A C C T G T G G G G +1 PopA_02 0 0 0 0 A C A C C T G T A G A G
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.samples-raw.fa Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,25 @@ +# Stacks version 2.4; June 17, 2019 +>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.samples.fa Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,25 @@ +# Stacks version 2.4; June 17, 2019 +>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.snps.genepop Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019 +1_33,1_88,2_144,2_156,3_162,3_181 +pop +PopA_01, 0102 0102 0204 0304 0303 0303 +PopA_02, 0102 0102 0204 0304 0103 0103
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.snps.vcf Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,21 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190617 +##source="Stacks v2.4" +##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 34 . A C . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07 0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54 +1 89 . A C . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07 0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54 +2 145 . C T . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29 0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39 +2 157 . G T . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29 0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39 +3 163 . G A . PASS NS=2;AF=0.250 GT:DP:AD:GQ:GL 0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45 0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99 +3 182 . G A . PASS NS=2;AF=0.250 GT:DP:AD:GQ:GL 0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45 0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.structure Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +# Stacks v2.4; Structure v2.3; June 17, 2019 + 1_33 1_88 2_144 2_156 3_162 3_181 +PopA_01 1 1 1 2 3 3 3 +PopA_01 1 2 2 4 4 3 3 +PopA_02 1 1 1 2 3 1 1 +PopA_02 1 2 2 4 4 3 3
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.sumstats.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Col Pop ID P Nuc Q Nuc N P Obs Het Obs Hom Exp Het Exp Hom Pi Smoothed Pi Smoothed Pi P-value Fis Smoothed Fis Smoothed Fis P-value HWE P-value Private +1 un 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +1 un 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +2 un 367 162 1 G A 2 0.75000000 0.50000 0.50000 0.37500 0.62500 0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +2 un 386 181 1 G A 2 0.75000000 0.50000 0.50000 0.37500 0.62500 0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +3 un 554 144 1 C T 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +3 un 566 156 1 G T 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.sumstats_summary.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +# Variant positions +# Pop ID Private Num_Indv Var StdErr P Var StdErr Obs_Het Var StdErr Obs_Hom Var StdErr Exp_Het Var StdErr Exp_Hom Var StdErr Pi Var StdErr Fis Var StdErr +1 0 2.00000 0.00000 0.00000 0.58333 0.01667 0.05270 0.83333 0.06667 0.10541 0.16667 0.06667 0.10541 0.45833 0.00417 0.02635 0.54167 0.00417 0.02635 0.61111 0.00741 0.03514 -0.33333 0.06667 0.00000 +# All positions (variant and fixed) +# Pop ID Private Sites Variant_Sites Polymorphic_Sites %Polymorphic_Loci Num_Indv Var StdErr P Var StdErr Obs_Het Var StdErr Obs_Hom Var StdErr Exp_Het Var StdErr Exp_Hom Var StdErr Pi Var StdErr Fis Var StdErr +1 0 583 6 6 1.02916 2.00000 0.00000 0.00000 0.99571 0.00191 0.00181 0.00858 0.00766 0.00362 0.99142 0.00766 0.00362 0.00472 0.00218 0.00193 0.99528 0.00218 0.00193 0.00629 0.00387 0.00258 -0.00343 0.00171 0.00000
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.haplotypes.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ +# Catalog Locus ID Cnt PopA_01 PopA_02 +1 2 consensus consensus +2 2 consensus consensus +3 2 consensus consensus +4 2 consensus consensus +5 2 consensus consensus +6 2 consensus consensus +7 2 consensus consensus +8 2 consensus consensus +9 2 consensus consensus +10 2 AC/CA AC/CA +11 2 consensus consensus +12 2 AC/CA AC/CA +13 2 AC/CA AC/CA
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.hapstats.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes +10 Contig_3091 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +12 Contig_3358 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +13 Contig_3569 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.log.distribs Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,57 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` + +BEGIN batch_progress +Contig_95: analyzed 1 loci; filtered 0 loci; 1 loci seen. + 94 genomic sites, of which 0 were covered by multiple loci (0.0%). +Contig_1381: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2103: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2644: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3015: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3253: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3569: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +END batch_progress + +BEGIN samples_per_loc_prefilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. +n_samples n_loci +2 13 +END samples_per_loc_prefilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. +# Absent samples at locus Count +0 13 +END missing_samples_per_loc_prefilters + +BEGIN snps_per_loc_prefilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_prefilters + +BEGIN samples_per_loc_postfilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. +n_samples n_loci +2 13 +END samples_per_loc_postfilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. +# Absent samples at locus Count +0 13 +END missing_samples_per_loc_postfilters + +BEGIN snps_per_loc_postfilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_postfilters
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.markers.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ +# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map +1 0 0.00000 0.00000 1.00000 +2 0 0.00000 0.00000 1.00000 +3 0 0.00000 0.00000 1.00000 +4 0 0.00000 0.00000 1.00000 +5 0 0.00000 0.00000 1.00000 +6 0 0.00000 0.00000 1.00000 +7 0 0.00000 0.00000 1.00000 +8 0 0.00000 0.00000 1.00000 +9 0 0.00000 0.00000 1.00000 +10 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +11 0 0.00000 0.00000 1.00000 +12 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +13 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b;
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.sumstats.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Col Pop ID P Nuc Q Nuc N P Obs Het Obs Hom Exp Het Exp Hom Pi Smoothed Pi Smoothed Pi P-value Fis Smoothed Fis Smoothed Fis P-value HWE P-value Private +10 Contig_3091 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +10 Contig_3091 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.sumstats_summary.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +# Variant positions +# Pop ID Private Num_Indv Var StdErr P Var StdErr Obs_Het Var StdErr Obs_Hom Var StdErr Exp_Het Var StdErr Exp_Hom Var StdErr Pi Var StdErr Fis Var StdErr +1 0 2.00000 0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 0.00000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 +# All positions (variant and fixed) +# Pop ID Private Sites Variant_Sites Polymorphic_Sites %Polymorphic_Loci Num_Indv Var StdErr P Var StdErr Obs_Het Var StdErr Obs_Hom Var StdErr Exp_Het Var StdErr Exp_Hom Var StdErr Pi Var StdErr Fis Var StdErr +1 0 1222 6 6 0.49100 2.00000 0.00000 0.00000 0.99755 0.00122 0.00100 0.00491 0.00489 0.00200 0.99509 0.00489 0.00200 0.00245 0.00122 0.00100 0.99755 0.00122 0.00100 0.00327 0.00217 0.00133 -0.00245 0.00122 0.00000
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/shortreads/PopA_01.fq Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,640 @@ +@lane1_fakedata0_0 1:N:0:/1 +ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata0_1 1:N:0:/1 +ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata0_2 1:N:0:/1 +ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata0_3 1:N:0:/1 +ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT ++ 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sstacks/sstacks.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,48 @@ +Searching for matches by sequence identity... + Parsing stacks_inputs/catalog.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/catalog.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/catalog.alleles.tsv +Populating kmer dictionary for exact matches...done. +Populating kmer dictionary for gapped alignments...done. + +Processing sample 'stacks_inputs/PopA_01' [1 of 2] + Parsing stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_inputs/PopA_01.matches.tsv + +Processing sample 'stacks_inputs/PopA_02' [2 of 2] + Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_inputs/PopA_02.matches.tsv + +sstacks is done.
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/tsv2bam/tsv2bam.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,17 @@ +tsv2bam v2.4, executed 2019-06-17 21:22:16 (zlib-1.2.11) +tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/ +Configuration for this run: + Stacks directory: 'stacks_outputs/' + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Num. samples: 2 + Paired-end reads directory: 'demultiplexed/' + +Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'. +Loading the catalog... +Processing sample 'PopA_01'... +Processing sample 'PopA_02'... + +Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records. +Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records. + +tsv2bam is done.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/ustacks/PopA_01.alleles.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# ustacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45 +1 1 AC 50.00 9 +1 1 CA 50.00 9
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/ustacks/ustacks.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400 @@ -0,0 +1,92 @@ +ustacks parameters selected: + Input file: 'stacks_inputs/PopA_01.1.fastq' + Sample ID: 1 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 66 reads; formed: + 4 stacks representing 63 primary reads (95.5%) + 3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%) + +Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) +Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. +ustacks parameters selected: + Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fastq' + Sample ID: 2 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 60 reads; formed: + 4 stacks representing 55 primary reads (91.7%) + 5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%) + +Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) +Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done.