annotate test-data/testdata1_f @ 0:a1574aada200 draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/structure commit b4d0a8f3dfee920840c77befdf626c52a5d617cb

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STRUCTURE by Pritchard, Stephens and Donnelly (2000)
     and Falush, Stephens and Pritchard (2003)
       Code by Pritchard, Falush and Hubisz
             Version 2.3.4 (Jul 2012)
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Command line arguments:   structure -i /tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat -o outfile -m /tmp/tmpd8muoH/job_working_directory/000/2/tmpKOW8yP -e /tmp/tmpd8muoH/job_working_directory/000/2/tmpLDe27N 
Input File:    /tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat

Run parameters:
   200 individuals
   5 loci
   2 populations assumed
   10000 Burn-in period
   20000 Reps
RANDOMIZE turned off


--------------------------------------------
Proportion of membership of each pre-defined
 population in each of the 2 clusters

Given    Inferred Clusters       Number of
 Pop       1      2             Individuals

  1:     0.033  0.967             100
  2:     0.961  0.039             100
--------------------------------------------

Allele-freq. divergence among pops (Net nucleotide distance),
computed using point estimates of P.

      1       2      
 1      -    0.0691  
 2   0.0691     -    

Average distances (expected heterozygosity) between individuals in same cluster:
cluster  1  : 0.8378 
cluster  2  : 0.8195 

--------------------------------------------
Estimated Ln Prob of Data   = -3966.7
Mean value of ln likelihood = -3924.5
Variance of ln likelihood   = 84.4
Mean value of alpha         = 0.0428

Mean value of Fst_1         = 0.0712
Mean value of Fst_2         = 0.0966


Inferred ancestry of individuals:
        Label (%Miss) Pop:  Inferred clusters
  1        1    (0)    1 :  0.016 0.984 
  2        2    (0)    1 :  0.011 0.989 
  3        3    (0)    1 :  0.010 0.990 
  4        4    (0)    1 :  0.008 0.992 
  5        5    (0)    1 :  0.044 0.956 
  6        6    (0)    1 :  0.009 0.991 
  7        7    (0)    1 :  0.011 0.989 
  8        8    (0)    1 :  0.021 0.979 
  9        9    (0)    1 :  0.036 0.964 
 10       10    (0)    1 :  0.009 0.991 
 11       11    (0)    1 :  0.047 0.953 
 12       12    (0)    1 :  0.016 0.984 
 13       13    (0)    1 :  0.008 0.992 
 14       14    (0)    1 :  0.009 0.991 
 15       15    (0)    1 :  0.012 0.988 
 16       16    (0)    1 :  0.008 0.992 
 17       17    (0)    1 :  0.012 0.988 
 18       18    (0)    1 :  0.012 0.988 
 19       19    (0)    1 :  0.009 0.991 
 20       20    (0)    1 :  0.040 0.960 
 21       21    (0)    1 :  0.007 0.993 
 22       22    (0)    1 :  0.048 0.952 
 23       23    (0)    1 :  0.010 0.990 
 24       24    (0)    1 :  0.012 0.988 
 25       25    (0)    1 :  0.041 0.959 
 26       26    (0)    1 :  0.006 0.994 
 27       27    (0)    1 :  0.008 0.992 
 28       28    (0)    1 :  0.024 0.976 
 29       29    (0)    1 :  0.051 0.949 
 30       30    (0)    1 :  0.007 0.993 
 31       31    (0)    1 :  0.009 0.991 
 32       32    (0)    1 :  0.019 0.981 
 33       33    (0)    1 :  0.013 0.987 
 34       34    (0)    1 :  0.022 0.978 
 35       35    (0)    1 :  0.006 0.994 
 36       36    (0)    1 :  0.173 0.827 
 37       37    (0)    1 :  0.008 0.992 
 38       38    (0)    1 :  0.010 0.990 
 39       39    (0)    1 :  0.062 0.938 
 40       40    (0)    1 :  0.044 0.956 
 41       41    (0)    1 :  0.006 0.994 
 42       42    (0)    1 :  0.030 0.970 
 43       43    (0)    1 :  0.050 0.950 
 44       44    (0)    1 :  0.008 0.992 
 45       45    (0)    1 :  0.026 0.974 
 46       46    (0)    1 :  0.006 0.994 
 47       47    (0)    1 :  0.027 0.973 
 48       48    (0)    1 :  0.018 0.982 
 49       49    (0)    1 :  0.014 0.986 
 50       50    (0)    1 :  0.046 0.954 
 51       51    (0)    1 :  0.007 0.993 
 52       52    (0)    1 :  0.010 0.990 
 53       53    (0)    1 :  0.036 0.964 
 54       54    (0)    1 :  0.024 0.976 
 55       55    (0)    1 :  0.019 0.981 
 56       56    (0)    1 :  0.008 0.992 
 57       57    (0)    1 :  0.007 0.993 
 58       58    (0)    1 :  0.131 0.869 
 59       59    (0)    1 :  0.016 0.984 
 60       60    (0)    1 :  0.187 0.813 
 61       61    (0)    1 :  0.099 0.901 
 62       62    (0)    1 :  0.032 0.968 
 63       63    (0)    1 :  0.008 0.992 
 64       64    (0)    1 :  0.138 0.862 
 65       65    (0)    1 :  0.017 0.983 
 66       66    (0)    1 :  0.025 0.975 
 67       67    (0)    1 :  0.026 0.974 
 68       68    (0)    1 :  0.006 0.994 
 69       69    (0)    1 :  0.078 0.922 
 70       70    (0)    1 :  0.014 0.986 
 71       71    (0)    1 :  0.252 0.748 
 72       72    (0)    1 :  0.008 0.992 
 73       73    (0)    1 :  0.011 0.989 
 74       74    (0)    1 :  0.079 0.921 
 75       75    (0)    1 :  0.014 0.986 
 76       76    (0)    1 :  0.012 0.988 
 77       77    (0)    1 :  0.009 0.991 
 78       78    (0)    1 :  0.008 0.992 
 79       79    (0)    1 :  0.007 0.993 
 80       80    (0)    1 :  0.147 0.853 
 81       81    (0)    1 :  0.015 0.985 
 82       82    (0)    1 :  0.032 0.968 
 83       83    (0)    1 :  0.007 0.993 
 84       84    (0)    1 :  0.265 0.735 
 85       85    (0)    1 :  0.008 0.992 
 86       86    (0)    1 :  0.006 0.994 
 87       87    (0)    1 :  0.013 0.987 
 88       88    (0)    1 :  0.090 0.910 
 89       89    (0)    1 :  0.011 0.989 
 90       90    (0)    1 :  0.007 0.993 
 91       91    (0)    1 :  0.036 0.964 
 92       92    (0)    1 :  0.053 0.947 
 93       93    (0)    1 :  0.021 0.979 
 94       94    (0)    1 :  0.008 0.992 
 95       95    (0)    1 :  0.069 0.931 
 96       96    (0)    1 :  0.017 0.983 
 97       97    (0)    1 :  0.008 0.992 
 98       98    (0)    1 :  0.017 0.983 
 99       99    (0)    1 :  0.008 0.992 
100      100    (0)    1 :  0.012 0.988 
101      101    (0)    2 :  0.991 0.009 
102      102    (0)    2 :  0.343 0.657 
103      103    (0)    2 :  0.979 0.021 
104      104    (0)    2 :  0.959 0.041 
105      105    (0)    2 :  0.929 0.071 
106      106    (0)    2 :  0.988 0.012 
107      107    (0)    2 :  0.931 0.069 
108      108    (0)    2 :  0.984 0.016 
109      109    (0)    2 :  0.979 0.021 
110      110    (0)    2 :  0.977 0.023 
111      111    (0)    2 :  0.986 0.014 
112      112    (0)    2 :  0.726 0.274 
113      113    (0)    2 :  0.903 0.097 
114      114    (0)    2 :  0.977 0.023 
115      115    (0)    2 :  0.983 0.017 
116      116    (0)    2 :  0.970 0.030 
117      117    (0)    2 :  0.992 0.008 
118      118    (0)    2 :  0.992 0.008 
119      119    (0)    2 :  0.965 0.035 
120      120    (0)    2 :  0.986 0.014 
121      121    (0)    2 :  0.983 0.017 
122      122    (0)    2 :  0.992 0.008 
123      123    (0)    2 :  0.989 0.011 
124      124    (0)    2 :  0.977 0.023 
125      125    (0)    2 :  0.991 0.009 
126      126    (0)    2 :  0.993 0.007 
127      127    (0)    2 :  0.993 0.007 
128      128    (0)    2 :  0.982 0.018 
129      129    (0)    2 :  0.991 0.009 
130      130    (0)    2 :  0.976 0.024 
131      131    (0)    2 :  0.986 0.014 
132      132    (0)    2 :  0.985 0.015 
133      133    (0)    2 :  0.936 0.064 
134      134    (0)    2 :  0.897 0.103 
135      135    (0)    2 :  0.987 0.013 
136      136    (0)    2 :  0.992 0.008 
137      137    (0)    2 :  0.940 0.060 
138      138    (0)    2 :  0.992 0.008 
139      139    (0)    2 :  0.989 0.011 
140      140    (0)    2 :  0.994 0.006 
141      141    (0)    2 :  0.976 0.024 
142      142    (0)    2 :  0.978 0.022 
143      143    (0)    2 :  0.993 0.007 
144      144    (0)    2 :  0.983 0.017 
145      145    (0)    2 :  0.986 0.014 
146      146    (0)    2 :  0.993 0.007 
147      147    (0)    2 :  0.960 0.040 
148      148    (0)    2 :  0.991 0.009 
149      149    (0)    2 :  0.990 0.010 
150      150    (0)    2 :  0.980 0.020 
151      151    (0)    2 :  0.990 0.010 
152      152    (0)    2 :  0.665 0.335 
153      153    (0)    2 :  0.993 0.007 
154      154    (0)    2 :  0.991 0.009 
155      155    (0)    2 :  0.733 0.267 
156      156    (0)    2 :  0.984 0.016 
157      157    (0)    2 :  0.983 0.017 
158      158    (0)    2 :  0.955 0.045 
159      159    (0)    2 :  0.986 0.014 
160      160    (0)    2 :  0.992 0.008 
161      161    (0)    2 :  0.970 0.030 
162      162    (0)    2 :  0.972 0.028 
163      163    (0)    2 :  0.984 0.016 
164      164    (0)    2 :  0.981 0.019 
165      165    (0)    2 :  0.992 0.008 
166      166    (0)    2 :  0.981 0.019 
167      167    (0)    2 :  0.984 0.016 
168      168    (0)    2 :  0.991 0.009 
169      169    (0)    2 :  0.994 0.006 
170      170    (0)    2 :  0.965 0.035 
171      171    (0)    2 :  0.992 0.008 
172      172    (0)    2 :  0.991 0.009 
173      173    (0)    2 :  0.993 0.007 
174      174    (0)    2 :  0.879 0.121 
175      175    (0)    2 :  0.974 0.026 
176      176    (0)    2 :  0.987 0.013 
177      177    (0)    2 :  0.985 0.015 
178      178    (0)    2 :  0.984 0.016 
179      179    (0)    2 :  0.993 0.007 
180      180    (0)    2 :  0.989 0.011 
181      181    (0)    2 :  0.974 0.026 
182      182    (0)    2 :  0.973 0.027 
183      183    (0)    2 :  0.981 0.019 
184      184    (0)    2 :  0.991 0.009 
185      185    (0)    2 :  0.987 0.013 
186      186    (0)    2 :  0.969 0.031 
187      187    (0)    2 :  0.989 0.011 
188      188    (0)    2 :  0.991 0.009 
189      189    (0)    2 :  0.952 0.048 
190      190    (0)    2 :  0.993 0.007 
191      191    (0)    2 :  0.951 0.049 
192      192    (0)    2 :  0.920 0.080 
193      193    (0)    2 :  0.981 0.019 
194      194    (0)    2 :  0.963 0.037 
195      195    (0)    2 :  0.990 0.010 
196      196    (0)    2 :  0.987 0.013 
197      197    (0)    2 :  0.953 0.047 
198      198    (0)    2 :  0.821 0.179 
199      199    (0)    2 :  0.987 0.013 
200      200    (0)    2 :  0.989 0.011 


Estimated Allele Frequencies in each cluster
First column gives estimated ancestral frequencies


Locus 1 : 
9 alleles
0.0% missing data
   0   (0.115) 0.049 0.191 
   1   (0.219) 0.245 0.208 
  -1   (0.160) 0.077 0.357 
   3   (0.065) 0.018 0.041 
  -2   (0.099) 0.189 0.015 
   2   (0.133) 0.088 0.144 
  -3   (0.125) 0.206 0.039 
  -4   (0.052) 0.112 0.002 
  -5   (0.032) 0.016 0.001 

Locus 2 : 
12 alleles
0.0% missing data
   1   (0.117) 0.170 0.060 
  -1   (0.082) 0.033 0.123 
   2   (0.241) 0.330 0.306 
   5   (0.083) 0.042 0.091 
  -2   (0.046) 0.009 0.030 
   3   (0.141) 0.112 0.216 
   6   (0.038) 0.003 0.073 
   0   (0.064) 0.033 0.031 
   7   (0.031) 0.002 0.025 
   4   (0.033) 0.002 0.035 
  -3   (0.068) 0.112 0.008 
  -4   (0.056) 0.153 0.003 

Locus 3 : 
11 alleles
0.0% missing data
   3   (0.167) 0.173 0.200 
  -1   (0.081) 0.021 0.187 
   2   (0.117) 0.065 0.208 
   0   (0.174) 0.157 0.236 
   4   (0.122) 0.175 0.056 
   1   (0.155) 0.309 0.071 
   5   (0.065) 0.045 0.019 
  -3   (0.025) 0.002 0.005 
  -2   (0.029) 0.002 0.015 
   7   (0.036) 0.040 0.002 
   6   (0.028) 0.011 0.001 

Locus 4 : 
14 alleles
0.0% missing data
   8   (0.074) 0.015 0.168 
   7   (0.108) 0.061 0.140 
   6   (0.120) 0.145 0.067 
   9   (0.075) 0.022 0.080 
   2   (0.036) 0.002 0.049 
  10   (0.046) 0.004 0.224 
   5   (0.155) 0.208 0.112 
  14   (0.109) 0.123 0.073 
   4   (0.055) 0.011 0.052 
  13   (0.033) 0.003 0.024 
   3   (0.042) 0.069 0.002 
  15   (0.057) 0.149 0.004 
  17   (0.050) 0.140 0.002 
  16   (0.039) 0.049 0.002 

Locus 5 : 
15 alleles
0.0% missing data
   9   (0.037) 0.003 0.082 
  -3   (0.131) 0.181 0.116 
   7   (0.131) 0.078 0.312 
   8   (0.043) 0.003 0.215 
   6   (0.085) 0.066 0.071 
   3   (0.046) 0.013 0.021 
   5   (0.106) 0.105 0.082 
  -2   (0.117) 0.226 0.041 
  -1   (0.083) 0.080 0.042 
   4   (0.055) 0.108 0.006 
  -4   (0.050) 0.085 0.005 
  -5   (0.024) 0.005 0.002 
   1   (0.037) 0.030 0.002 
   2   (0.028) 0.011 0.001 
   0   (0.025) 0.006 0.001 

Values of parameters used in structure:
DATAFILE=/tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat,	OUTFILE=outfile,	NUMINDS=200,	NUMLOCI=5,	MISSING=-999,	LABEL=1,	POPDATA=1,	POPFLAG=0,	PHENOTYPE=0,	EXTRACOLS=0,	MAXPOPS=2,	BURNIN=10000,	NUMREPS=20000,	USEPOPINFO=0,	INFERALPHA=1,	INFERLAMBDA=0,	POPSPECIFICLAMBDA=0,	POPALPHAS=0,	COMPUTEPROB=1,	NOADMIX=0,	ADMBURNIN=500,	UPDATEFREQ=100,	PRINTLIKES=0,	INTERMEDSAVE=0,	PRINTKLD=0,	PRINTNET=1,	PRINTLAMBDA=1,	ANCESTDIST=0,	NUMBOXES=1000,	ANCESTPINT=0.90000,	GENSBACK=2,	MIGRPRIOR=0.01000,	PRINTQHAT=0,	PRINTQSUM=1,	ALPHA=1.0000,	FREQSCORR=1,	FPRIORMEAN=0.0100,	FPRIORSD=0.0500,	ONEFST=0,	LAMBDA=1.0000,	UNIFPRIORALPHA=1,	ALPHAMAX=10.0000,	ALPHAPRIORA=1.0000,	ALPHAPRIORB=2.0000,	ALPHAPROPSD=0.0250,	STARTATPOPINFO=0,	RANDOMIZE=0,	LINKAGE=0,	METROFREQ=10,	REPORTHITRATE=0,	MARKOVPHASE=0,	PHASED=0,	PLOIDY=2,	PHASEINFO=0	LOCPRIOR=0, 	LOCPRIORINIT=1.000000, 	LOCDATA=1, 	LOCISPOP=1, 	LOCPRIORSTEP=0.100000, 	MAXLOCPRIOR=20.000000, 	SEED=2245,	
[STRAT parameters]:    NUMSIMSTATS=1000,	PHENOTYPECOL=-9,	POOLFREQ=10,	LOCUSxONLY=0,	EMERROR=0.00100,	MISSINGPHENO=-9,