view test-data/integronfinder2/results.summary @ 4:ea93df4b3df2 draft default tip

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/tooldistillator commit 301f4d78613f8f6e120b5ed8b56bd5e084e99b13
author iuc
date Thu, 17 Oct 2024 08:00:15 +0000
parents 6e868bf6c38e
children
line wrap: on
line source

# cmd: integron_finder --cpu 4 --local-max --eagle-eyes --promoter-attI --pdf --gbk --keep-tmp --outdir /storage/scratch/piemari/60579123/integronfinder/integronfinder_10_Enterococcus_faecalis_S17_L001 /storage/scratch/piemari/60579123/integronfinder/10_Enterococcus_faecalis_S17_L001.fasta
ID_replicon	CALIN	complete	In0	topology	size
contig00001	0	0	0	lin	436224
contig00002	0	0	0	lin	252900
contig00003	0	0	0	lin	206370
contig00004	0	0	0	lin	168397
contig00005	0	0	0	lin	132811
contig00006	0	0	0	lin	115359
contig00007	0	0	0	lin	113419
contig00008	0	0	0	lin	99915
contig00009	0	0	0	lin	97190
contig00010	0	0	0	lin	92075
contig00011	0	0	0	lin	86662
contig00012	0	0	0	lin	82418
contig00013	0	0	0	lin	81741
contig00014	0	0	0	lin	81694
contig00015	0	0	0	lin	71911
contig00016	0	0	0	lin	66886
contig00017	1	0	0	lin	64537
contig00018	0	0	0	lin	62649
contig00019	0	0	0	lin	55461
contig00020	0	0	0	lin	52826
contig00021	0	0	0	lin	48115
contig00022	0	0	0	lin	47790
contig00023	0	0	0	lin	45935
contig00024	0	0	0	lin	44497
contig00025	0	0	0	lin	35306
contig00026	0	0	0	lin	35051
contig00027	0	0	0	lin	29358
contig00028	0	0	0	lin	27780
contig00029	0	0	0	lin	24296
contig00030	0	0	0	lin	23952
contig00031	0	0	0	lin	18776
contig00032	0	0	0	lin	17346
contig00033	0	0	0	lin	16026
contig00034	0	0	0	lin	15602
contig00035	0	0	0	lin	15587
contig00036	0	0	0	lin	15306
contig00037	0	0	0	lin	13750
contig00038	0	0	0	lin	13168
contig00039	0	0	0	lin	12357
contig00040	0	0	0	lin	12074
contig00041	0	0	0	lin	11206
contig00042	0	0	0	lin	9892
contig00043	0	0	0	lin	8939
contig00044	0	0	0	lin	7812
contig00045	0	0	0	lin	6929
contig00046	0	0	0	lin	6828
contig00047	0	0	0	lin	5969
contig00048	0	0	0	lin	5336
contig00049	0	0	0	lin	3276
contig00050	0	0	0	lin	2262
contig00051	0	0	0	lin	2083
contig00052	0	0	0	lin	1817
contig00053	0	0	0	lin	1775
contig00055	0	0	0	lin	1578
contig00056	0	0	0	lin	1526
contig00057	0	0	0	lin	1515
contig00058	0	0	0	lin	1299
contig00059	0	0	0	lin	652
contig00060	0	0	0	lin	607
contig00061	0	0	0	lin	534
contig00062	0	0	0	lin	525
contig00063	0	0	0	lin	442
contig00065	0	0	0	lin	405
contig00066	0	0	0	lin	398
contig00067	0	0	0	lin	378
contig00068	0	0	0	lin	372
contig00070	0	0	0	lin	332
contig00074	0	0	0	lin	256
contig00075	0	0	0	lin	255
contig00076	0	0	0	lin	255
contig00077	0	0	0	lin	255
contig00078	0	0	0	lin	255
contig00079	0	0	0	lin	255
contig00080	0	0	0	lin	255
contig00081	0	0	0	lin	255
contig00082	0	0	0	lin	255
contig00083	0	0	0	lin	255
contig00084	0	0	0	lin	255
contig00085	0	0	0	lin	255
contig00086	0	0	0	lin	254
contig00088	0	0	0	lin	253
contig00089	0	0	0	lin	252
contig00090	0	0	0	lin	250
contig00091	0	0	0	lin	246
contig00092	0	0	0	lin	235
contig00093	0	0	0	lin	231
contig00094	0	0	0	lin	206
contig00095	0	0	0	lin	205
contig00096	0	0	0	lin	161
contig00097	0	0	0	lin	151
contig00098	0	0	0	lin	138