view test-data/plasmidfinder/genome_hit.fasta @ 4:ea93df4b3df2 draft default tip

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/tooldistillator commit 301f4d78613f8f6e120b5ed8b56bd5e084e99b13
author iuc
date Thu, 17 Oct 2024 08:00:15 +0000
parents 6e868bf6c38e
children
line wrap: on
line source

>repUS12:WARNING ID:100.0% COV:88.01% Best_match:contig00051 len=2083 cov=17.5 corr=0 origname=NODE_51_length_2083_cov_17.526074_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:127..897:repUS12_2_repB(SAP014A)_GQ900379:88.013699
ATGTGTCCTAATAGTAGCATTTATTCAGATGAAAAATCAAGGGTTTTAGTGGACAAGACA
AAAAGTGGAAAAGTGAGACCATGGAGAGAAAAGAAAATCGCTAATGTTGATTACTTTGAA
CTTCTGCATATTCTTGAATTTAAAAAGGCTGAAAGAGTAAAAGATTGTGCTGAAATATTA
GAGTATAAACAAAATCGTGAAACAGGCGAAAGAAAGTTGTATCGAGTGTGGTTTTGTAAA
TCCAGGCTTTGTCCAATGTGCAACTGGAGGAGAGCAATGAAACATGGCATTCAGTCACAA
AAGGTTGTTGCTGAAGTTATTAAACAAAAGCCAACAGTTCGTTGGTTGTTTCTCACATTA
ACAGTTAAAAATGTTTATGATGGCGAAGAATTAAATAAGAGTTTGTCAGATATGGCTCAA
GGATTTCGCCGAATGATGCAATATAAAAAAATTAATAAAAATCTTGTTGGTTTTATGCGT
GCAACGGAAGTGACAATAAATAATAAAGATAATTCTTATAATCAGCACATGCATGTATTG
GTATGTGTGGAACCAACTTATTTTAAGAATACAGAAAACTACGTGAATCAAAAACAATGG
ATTCAATTTTGGAAAAAGGCAATGAAATTAGACTATGATCCAAATGTAAAAGTTCAAATG
ATTCGACCGAAAAATAAATATAAATCGGATATACAATCGGCAATTGACGAAACTGCAAAA
TATCCTGTAAAGGATACGGATTTTATGACCGATGATGAAGAAAAGAATTTGGGTTCTGTT
GCAAAGTTTTAAATAAAGAATAAAATCCCTTACGGTATCTATGATTTAAGCTGGGATTCC
CAATAATACCTTGATTTCAGTACAGACCGAAAACCC
>repUS40:WARNING ID:100.0% COV:100.0% Best_match:contig00026 len=35051 cov=66.2 corr=0 origname=NODE_26_length_35051_cov_66.162954_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:21156..22313:repUS40_1_repB(pE394)_KP399637:100.000000
ATGCTCAATTCTAGTATATCACGAAAGGTACTTATGATGAATGACATTCAAAACAAAAAA
ATAGTTCAAGACAATGATTTAATTGTAAGTGTCGCAAAAATGGATAAGACACCCATGAAA
TTTTTTGAATTAGCAGTCGCCAGTTTAGATATTAAGAATATTCCTGCTGATCGAACTGTT
CATGTTTCTAAAGAATTATTGTATTCCTTCTTTGACGCAAAAAGTGAAAATAAACATACA
CGCTTTAAAGACGCTGTTCTAACTGTTCATGAGCAAGCAGTGTTTCTAATGCGAGAATTA
AATGAGCGCAAAGGAAAATATGAATATCAAGTGATTAGTCCATTGGAAAGAACTTCTTGG
AATGATTATGAAGATATTGTTTCTTTTAAGTTTACTGAATCTATTTTTCCGTATCTGATA
GATTTAAAAGGAACATACACGCAATATTTATTGTCAGACATTGCACAACTAAATAGCAAG
TATTCCATCATTATTTATAAATGGTTAAGCATGAATTATAACCAGTATGACTATTATAAT
GCAAAAGGTGGGCGCAGAGAAAAACAGTTAAATGAATATAAAAATCCAATTATTCCGATT
GAAGAATTACGAAGAATAACTGATACAGAAAAAGAGTATTTAAAATTTTCCAATTTTGAA
GCAAGAGTTTTAAAAAAAGCTGTTGAAGAAATCAACCAATTTACAGTTTTAAATGCGACG
TATGAAAAAATAAAAAAAGGAAACCGAATTGGTTCGATTCAGTTCCATATTACGAAAAAA
CAAATTGCTCCTAATCCTTCTTACAAAATTGGCGATTCTGTGTATGAAGCGCAACAAGCA
GAAAAAGAACAAAATCAAATTACTTTATTTGCGCAGGCAATGCAAAGTCAATACACTACC
ATTTTGATGGAAAATATGTTGATTGGGTACAAAGATATGCAAGATATTGAATTAATGGCA
AGCTTGCAAGAAATGGTTTATCCCTTGTATGACGAGTTGAAAACTCTTAGAGGATTAGAC
GGTGTGAGAAATCACTTAGAATACGTTTCAAGAAAACAAATAGGCTATTCTAAAACTAAT
ATTGTCAAGTATTTAAAAACAGCTATCACACAATATTTGCCAACGGTAAAAATGATGGAT
ATGGATAATAGAGTGTAA
>rep9b:WARNING ID:100.0% COV:100.0% Best_match:contig00023 len=45935 cov=46.6 corr=0 origname=NODE_23_length_45935_cov_46.624847_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:3630..4643:rep9b_2_prgW(EF62pC)_CP002494:100.000000
ATGAACGATTTTCAATTTATTTCAGCTAATGAAACCTATAGAAATTTGTATTACCAATTA
CCTAAAGTACTTTTTACATCAGAATTTTATAAGACTATGTCTAATGATAGTAAAATAGCT
TACGCAATGTTGCAAGACCGATGTGAATATTCAATACAAAATAATTGGATTGATCAAGAT
GGGCATATATATTTTATCTTTACACGAAATGAACTGATGGATATTTTAGGGTGTAAAGAA
AATAAAATTGCAAAAATAAAAAAAGAATTAAAAGACAAAAATTTACTTTATGAAAAACGT
ATTCCTCCGAAAAAACTCTCTACTGGTGAATTCAAAAACTATCCAAACAGATTGTATTTA
GGTAAGCTGGAAGTTTCAGCAACAGATGTTTACGCCATCAGTAATGCTAGCTATACAAAT
GAGTTTCCCGAAAGTGGGAAAAACCAACCTTCGGATAAACATGATAAAATCGGCATTTCT
TTCGAAAGTGGGAAAAACCAACGTCCAGAAGAATCCAATAATACCAGTACTTTGTTCGAA
AGTGGGAAAAACCAACCCAATCTATATCTAACTAATTCTTTAGATACAATAGATACAATA
GATACTGAAAAAGAACGATTGCAACAACAATTATTGCTCGATCAATTTTCAGAAGTTCAA
GAGCATACATTTCTTAGCAAAAATAGCTTAAAATTTATTGCTGCCTTTTCTGATACTATT
CAAGAAGCACATGAAATGGTTGGAACAATTATTCGTGCTAAAACTAAAGTAGAAAAAGAA
TACAATATCGTTCTAATTGGTGAAGATTATCAAGAAGAAATAGACAAATGTTTGCGTCGT
GTGATGCATAAAATCAAGACAGATTCTACTGTAAAAAGTCCAAAAGGCCTATTCTACAAG
TCGTTTTACAATTTATTTGTTGAATGTACAATAGAGAAAAAAAGTCATTTAAATAAAAAT
AGTACGGACAACACCCCAGAAATAACTACACATAACTGGATTGAGTATCAATAA
>rep7a:WARNING ID:100.0% COV:100.0% Best_match:contig00048 len=5336 cov=19.5 corr=0 origname=NODE_48_length_5336_cov_19.468228_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:3276..4214:rep7a_8_ORF11(pRE25)_X92945:100.000000
ATGAAGAAAATTGATGAAAAATTAGCTGCAGAAATCTCACTAAAAAAACCGGCCGTCTCT
AATAGCCGGTTAAGTAATAGCCGGTTAAGTGGTCAAACTTTGGGAAAATCTCAACCCGCA
TTAAGTTTTGATGCCATGACAATCGTTGGAAATTTGAACAAAACTAATGCTAAAAAGCTA
TCTGACTTTATGAGTGTAGAGCCACAAATACGACTTTGGGATATACTTCAAACAAAGTTT
AAAGCTAAGGCACTTCAAGAAAAAGTTTATATCGAATATGACAAAGTAAAAGCAGATACT
TGGGATAGACGTAATATGCGTGTTGAATTTAATCCCAATAAACTCACACATGAAGAAATG
ATTTGGTTAAAACAAAATATTATCGACTACATGGAAGATGACGGTTTTACAAGATTAGAC
TTAGCTTTTGATTTTGAAGATGATTTGAGCGATTACTATGCAATGACTGATAAAGCAGTT
AAGAAAACTGTTTTTTATGGTCGTAATGGCAAGCCAGAAACAAAATATTTTGGTGTCCGT
GATAGTGATAGATTTATTAGAATTTATAATAAAAAACAAGAACGTAAAGATAACGCAGAT
GTTGAAGTTGTGTCTGAACATTTATGGCGTGTAGAAGTTGAATTAAAAAGAGATATGGTT
GATTACTGGAATGATTGTTTTAATGATTTACACATCTTGAAACCTGCGTGGGCTACTTTA
GAAAAAATTAATGAGCAAGCTATGGTTTATACTTTGTTGCATGAAGAAAGTATGTGGGGA
AAGCTAAGTAAGAATACTAAGACTAAATTTAAAAAATTGATTAGAGAAATATCTCCAATT
GATTTAACGGAATTAATGAAATCGACTTTAAAAGCGAACGAAAAACAATTGCAAAAGCAG
ATTGATTTTTGGCAACGTGAATTTAGGTTTTGGAAGTAA
>repUS43:WARNING ID:100.0% COV:100.0% Best_match:contig00040 len=12074 cov=69.2 corr=0 origname=NODE_40_length_12074_cov_69.205993_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:8225..9430:repUS43_1_CDS12738(DOp1)_CP003584:100.000000
TTGGAGGGATTTTTACTGAATGAACAAACTTGGTTACAGCATTTAAAAGAAAAACGCTTG
GCTTATGGACTATCTCAAAACCGTTTAGCTGTTGCGACTGGTATTACAAGGCAGTATCTA
AGCGATATTGAAACAGGAAAAGTCAAGCCATCAGAGGATTTACAGCAGTCCCTTTGGGAA
GCTCTGGAACGCTTCAATCCCGACGCTCCCCTTGAAATGCTGTTTGATTATGTAAGAATT
CGCTTTCCGACAACAGACGTACAGCAGGTGGTCGAAAACATCTTACAACTGAAACTGTCC
TATTTTCTTCATGAGGACTATGGTTTCTATTCTTATTCAGAGCATTATGCTTTAGGCGAC
ATATTCGTCCTTTGCTCCCATGAACTGGACAAAGGAGTTCTGGTGGAATTGAAAGGTCGT
GGGTGCAGACAATTTGAAAGCTATCTTCTGGCACAACAAAGAAGCTGGTATGAGTTCTTT
ATGGACGTTTTGGTGGCTGGCGGTGTGATGAAACGCCTTGACCTTGCCATTAACGATAAG
ACAGGGATTTTAAATATCCCTGTACTCACTGAAAAGTGCCAACAGGAAGAATGTATCTCC
GTCTTCCGCAGTTTTAAAAGCTATCGCAGTGGCGAACTGGTACGCAAAGAGGAAAAGGAA
TGTATGGGAAACACCCTCTATATCGGTTCATTACAAAGTGAAGTTTATTTCTGTATCTAT
GAAAAGGACTACGAGCAGTACAAGAAAAATGATATTCCCATTGAAGACGCAGAAGTAAAA
AACCGTTTTGAGATTCGATTGAAAAATGAGCGTGCCTATTATGCAGTCCGTGATTTACTC
GTCTATGACAATCCAGAGCATACCGCCTTTAAAATTATCAATCGGTATATCCGTTTTGTA
GATAAAGACGATTCCAAACCTCGTTCTGATTGGAAACTGAATGAAGAATGGGCTTGGTTT
ATTGGGAACAATCGTGAACGATTAAAACTAACCACAAAACCAGAGCCTTACTCCTTCCAA
AGGACGCTGAACTGGCTATCTCATCAAGTTGCCCCGACCTTAAAGGTTGCGATTAAACTT
GATGAAATCAACCAGACGCAGGTTGTAAAAGACATTCTCGACCATGCGAAACTGACAGAC
CGACACAAGCAGATTTTGAAGCAACAGTCAGTAAAAGAACAGGACGTGATAACAACAAAA
AAATAA