Mercurial > repos > iuc > trimal
view test-data/example.002.AA.stats.txt @ 2:e379c0202766 draft default tip
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/trimal commit f6575973c143041bfbcb8afa12077c77e65e91a5
| author | iuc |
|---|---|
| date | Wed, 20 Nov 2024 22:30:36 +0000 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line source
| Residue % Gaps Gap Score | | Number | +----------------------------------------------+ 0 83.33333333 0.1666666667 1 83.33333333 0.1666666667 2 83.33333333 0.1666666667 3 83.33333333 0.1666666667 4 83.33333333 0.1666666667 5 83.33333333 0.1666666667 6 83.33333333 0.1666666667 7 83.33333333 0.1666666667 8 83.33333333 0.1666666667 9 83.33333333 0.1666666667 10 33.33333333 0.6666666667 11 16.66666667 0.8333333333 12 0 1 13 0 1 14 0 1 15 100 0 16 100 0 17 100 0 18 16.66666667 0.8333333333 19 0 1 20 0 1 21 83.33333333 0.1666666667 22 16.66666667 0.8333333333 23 0 1 24 0 1 25 0 1 26 0 1 27 0 1 28 0 1 29 0 1 30 100 0 31 16.66666667 0.8333333333 32 66.66666667 0.3333333333 33 16.66666667 0.8333333333 34 16.66666667 0.8333333333 35 66.66666667 0.3333333333 36 66.66666667 0.3333333333 37 16.66666667 0.8333333333 38 16.66666667 0.8333333333 39 16.66666667 0.8333333333 40 0 1 41 83.33333333 0.1666666667 42 83.33333333 0.1666666667 43 83.33333333 0.1666666667 44 83.33333333 0.1666666667 45 83.33333333 0.1666666667 46 0 1 47 0 1 48 0 1 49 0 1 50 0 1 51 0 1 52 0 1 53 0 1 54 0 1 55 0 1 56 0 1 57 0 1 58 0 1 59 0 1 | Number of | Cumulative % Cumulative | Number of Gaps % Gaps Gap Score | | Residues % Length | NumberResid. Length | per Column per Column per Column | +-------------------------------+---------------------------------------+--------------------------------------------------+ 27 45 27 45 0 0 1 9 15 36 60 1 0.1666666667 0.8333333333 1 1.666666667 37 61.66666667 2 0.3333333333 0.6666666667 3 5 40 66.66666667 4 0.6666666667 0.3333333333 16 26.66666667 56 93.33333333 5 0.8333333333 0.1666666667 4 6.666666667 60 100 6 1 0 | Residue Similarity | | Number Value | +----------------------------+ 0 0 1 0 2 0 3 0 4 0 5 0 6 0 7 0 8 0 9 0 10 5.53110965e-07 11 1.646922465e-05 12 0.0006768687163 13 1.008950312e-05 14 0.0002165469632 15 0 16 0 17 0 18 2.547356235e-05 19 3.554812429e-05 20 0.000239324916 21 0 22 1 23 0.004173502792 24 1.045452791e-05 25 0.17306979 26 1.390550642e-05 27 1 28 4.909260952e-06 29 4.015034392e-06 30 0 31 3.165722228e-05 32 4.141910495e-07 33 0.01769078523 34 0.01232499164 35 0.0001380086615 36 5.576576978e-10 37 1.25446204e-05 38 5.194381811e-05 39 1 40 0.004842269234 41 0 42 0 43 0 44 0 45 0 46 2.948553856e-06 47 0.0006762341363 48 1 49 5.273301213e-06 50 1 51 1 52 0.01518695708 53 0.2151376605 54 0.02632254921 55 0.0008615002735 56 0.0174868498 57 0.000106244057 58 0.001373802545 59 0.007171744481 | Number of | Cumulative % Cumulative | Similarity | | Residues % Length | NumberResid. Length | Value | +-------------------------------+---------------------------------------+----------------+ 6 10.00000015 6 10.00000015 1 1 1.666666754 7 11.66666672 0.2151376605 1 1.666666754 8 13.33333403 0.17306979 1 1.666666754 9 15.0000006 0.02632254921 1 1.666666754 10 16.66666716 0.01769078523 1 1.666666754 11 18.33333373 0.0174868498 1 1.666666754 12 20.0000003 0.01518695708 1 1.666666754 13 21.66666687 0.01232499164 1 1.666666754 14 23.33333343 0.007171744481 1 1.666666754 15 25 0.004842269234 1 1.666666754 16 26.66666806 0.004173502792 1 1.666666754 17 28.33333313 0.001373802545 1 1.666666754 18 30.00000119 0.0008615002735 1 1.666666754 19 31.66666627 0.0006768687163 1 1.666666754 20 33.33333433 0.0006762341363 1 1.666666754 21 34.9999994 0.000239324916 1 1.666666754 22 36.66666746 0.0002165469632 1 1.666666754 23 38.33333254 0.0001380086615 1 1.666666754 24 40.0000006 0.000106244057 1 1.666666754 25 41.66666567 5.194381811e-05 1 1.666666754 26 43.33333373 3.554812429e-05 1 1.666666754 27 44.99999881 3.165722228e-05 1 1.666666754 28 46.66666687 2.547356235e-05 1 1.666666754 29 48.33333194 1.646922465e-05 1 1.666666754 30 50 1.390550642e-05 1 1.666666754 31 51.66666508 1.25446204e-05 1 1.666666754 32 53.33333611 1.045452791e-05 1 1.666666754 33 55.00000119 1.008950312e-05 1 1.666666754 34 56.66666627 5.273301213e-06 1 1.666666754 35 58.33333135 4.909260952e-06 1 1.666666754 36 60.00000238 4.015034392e-06 1 1.666666754 37 61.66666746 2.948553856e-06 1 1.666666754 38 63.33333254 5.53110965e-07 1 1.666666754 39 64.99999762 4.141910495e-07 1 1.666666754 40 66.66666865 5.576576978e-10 20 33.33333433 60 100 0 ## MaxIdentity 0.4474 #> MaxIdentity Get the maximum identity value for any pair of sequences in the alignment ## AverageIdentity 0.3056 #> AverageIdentity Average identity between all sequences ## Identity sequences matrix Sp17 1.0000 0.2750 0.2093 0.2750 0.2683 0.2000 Sp10 0.2750 1.0000 0.4000 0.4054 0.4474 0.3269 Sp8 0.2093 0.4000 1.0000 0.2500 0.4000 0.2075 Sp33 0.2750 0.4054 0.2500 1.0000 0.3421 0.2745 Sp6 0.2683 0.4474 0.4000 0.3421 1.0000 0.3019 Sp26 0.2000 0.3269 0.2075 0.2745 0.3019 1.0000 ## AverageMostSimilarIdentity 0.3837 #> AverageMostSimilarIdentity Average identity between most similar pair-wise sequences ## Identity for most similar pair-wise sequences matrix Sp17 0.2750 Sp10 Sp10 0.4474 Sp6 Sp8 0.4000 Sp10 Sp33 0.4054 Sp10 Sp6 0.4474 Sp10 Sp26 0.3269 Sp10 ## MaxOverlap 1.0000 #> MaxOverlap Get the maximum overlap value for any pair of sequences in the alignment ## AverageOverlap 0.8723 #> AverageOverlap Average overlap between all sequences ## Overlap sequences matrix Sp17 1.0000 0.8750 0.9250 0.9000 0.9250 0.7250 Sp10 1.0000 1.0000 1.0000 0.9714 1.0000 0.7714 Sp8 0.9250 0.8750 1.0000 0.9000 0.9500 0.7750 Sp33 1.0000 0.9444 1.0000 1.0000 1.0000 0.8056 Sp6 0.9737 0.9211 1.0000 0.9474 1.0000 0.7632 Sp26 0.6591 0.6136 0.7045 0.6591 0.6591 1.0000