annotate test-data/example.002.AA.stats.txt @ 2:e379c0202766 draft default tip

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/trimal commit f6575973c143041bfbcb8afa12077c77e65e91a5

| Residue	  % Gaps 	   Gap Score   |
| Number 	         	               |
+----------------------------------------------+
      0		83.33333333	0.1666666667
      1		83.33333333	0.1666666667
      2		83.33333333	0.1666666667
      3		83.33333333	0.1666666667
      4		83.33333333	0.1666666667
      5		83.33333333	0.1666666667
      6		83.33333333	0.1666666667
      7		83.33333333	0.1666666667
      8		83.33333333	0.1666666667
      9		83.33333333	0.1666666667
     10		33.33333333	0.6666666667
     11		16.66666667	0.8333333333
     12		         0	      1
     13		         0	      1
     14		         0	      1
     15		       100	      0
     16		       100	      0
     17		       100	      0
     18		16.66666667	0.8333333333
     19		         0	      1
     20		         0	      1
     21		83.33333333	0.1666666667
     22		16.66666667	0.8333333333
     23		         0	      1
     24		         0	      1
     25		         0	      1
     26		         0	      1
     27		         0	      1
     28		         0	      1
     29		         0	      1
     30		       100	      0
     31		16.66666667	0.8333333333
     32		66.66666667	0.3333333333
     33		16.66666667	0.8333333333
     34		16.66666667	0.8333333333
     35		66.66666667	0.3333333333
     36		66.66666667	0.3333333333
     37		16.66666667	0.8333333333
     38		16.66666667	0.8333333333
     39		16.66666667	0.8333333333
     40		         0	      1
     41		83.33333333	0.1666666667
     42		83.33333333	0.1666666667
     43		83.33333333	0.1666666667
     44		83.33333333	0.1666666667
     45		83.33333333	0.1666666667
     46		         0	      1
     47		         0	      1
     48		         0	      1
     49		         0	      1
     50		         0	      1
     51		         0	      1
     52		         0	      1
     53		         0	      1
     54		         0	      1
     55		         0	      1
     56		         0	      1
     57		         0	      1
     58		         0	      1
     59		         0	      1

| Number of	        	|	 Cumulative 	% Cumulative	|	Number of Gaps	  % Gaps  	Gap Score  |
| Residues 	% Length	|	NumberResid.	   Length   	|	  per Column  	per Column	per Column |
+-------------------------------+---------------------------------------+--------------------------------------------------+
  27		45        		27		45        		0		0         	1         
  9		15        		36		60        		1		0.1666666667	0.8333333333
  1		1.666666667		37		61.66666667		2		0.3333333333	0.6666666667
  3		5         		40		66.66666667		4		0.6666666667	0.3333333333
  16		26.66666667		56		93.33333333		5		0.8333333333	0.1666666667
  4		6.666666667		60		100       		6		1         	0         

| Residue	 Similarity  |
| Number 	    Value    |
+----------------------------+
  0    		0      
  1    		0      
  2    		0      
  3    		0      
  4    		0      
  5    		0      
  6    		0      
  7    		0      
  8    		0      
  9    		0      
  10   		5.53110965e-07
  11   		1.646922465e-05
  12   		0.0006768687163
  13   		1.008950312e-05
  14   		0.0002165469632
  15   		0      
  16   		0      
  17   		0      
  18   		2.547356235e-05
  19   		3.554812429e-05
  20   		0.000239324916
  21   		0      
  22   		1      
  23   		0.004173502792
  24   		1.045452791e-05
  25   		0.17306979
  26   		1.390550642e-05
  27   		1      
  28   		4.909260952e-06
  29   		4.015034392e-06
  30   		0      
  31   		3.165722228e-05
  32   		4.141910495e-07
  33   		0.01769078523
  34   		0.01232499164
  35   		0.0001380086615
  36   		5.576576978e-10
  37   		1.25446204e-05
  38   		5.194381811e-05
  39   		1      
  40   		0.004842269234
  41   		0      
  42   		0      
  43   		0      
  44   		0      
  45   		0      
  46   		2.948553856e-06
  47   		0.0006762341363
  48   		1      
  49   		5.273301213e-06
  50   		1      
  51   		1      
  52   		0.01518695708
  53   		0.2151376605
  54   		0.02632254921
  55   		0.0008615002735
  56   		0.0174868498
  57   		0.000106244057
  58   		0.001373802545
  59   		0.007171744481

| Number of	        	|	 Cumulative 	% Cumulative	|   Similarity   |
| Residues 	% Length	|	NumberResid.	   Length   	|     Value      |
+-------------------------------+---------------------------------------+----------------+
  6		10.00000015		6		10.00000015	1              
  1		1.666666754		7		11.66666672	0.2151376605   
  1		1.666666754		8		13.33333403	0.17306979     
  1		1.666666754		9		15.0000006	0.02632254921  
  1		1.666666754		10		16.66666716	0.01769078523  
  1		1.666666754		11		18.33333373	0.0174868498   
  1		1.666666754		12		20.0000003	0.01518695708  
  1		1.666666754		13		21.66666687	0.01232499164  
  1		1.666666754		14		23.33333343	0.007171744481 
  1		1.666666754		15		25        	0.004842269234 
  1		1.666666754		16		26.66666806	0.004173502792 
  1		1.666666754		17		28.33333313	0.001373802545 
  1		1.666666754		18		30.00000119	0.0008615002735
  1		1.666666754		19		31.66666627	0.0006768687163
  1		1.666666754		20		33.33333433	0.0006762341363
  1		1.666666754		21		34.9999994	0.000239324916 
  1		1.666666754		22		36.66666746	0.0002165469632
  1		1.666666754		23		38.33333254	0.0001380086615
  1		1.666666754		24		40.0000006	0.000106244057 
  1		1.666666754		25		41.66666567	5.194381811e-05
  1		1.666666754		26		43.33333373	3.554812429e-05
  1		1.666666754		27		44.99999881	3.165722228e-05
  1		1.666666754		28		46.66666687	2.547356235e-05
  1		1.666666754		29		48.33333194	1.646922465e-05
  1		1.666666754		30		50        	1.390550642e-05
  1		1.666666754		31		51.66666508	1.25446204e-05 
  1		1.666666754		32		53.33333611	1.045452791e-05
  1		1.666666754		33		55.00000119	1.008950312e-05
  1		1.666666754		34		56.66666627	5.273301213e-06
  1		1.666666754		35		58.33333135	4.909260952e-06
  1		1.666666754		36		60.00000238	4.015034392e-06
  1		1.666666754		37		61.66666746	2.948553856e-06
  1		1.666666754		38		63.33333254	5.53110965e-07 
  1		1.666666754		39		64.99999762	4.141910495e-07
  1		1.666666754		40		66.66666865	5.576576978e-10
  20		33.33333433		60		100       	0              

## MaxIdentity	0.4474
#> MaxIdentity	Get the maximum identity value for any pair of sequences in the alignment

## AverageIdentity	0.3056
#> AverageIdentity	Average identity between all sequences

## Identity sequences matrix
Sp17  	1.0000    	0.2750    	0.2093    	0.2750    	0.2683    	0.2000    	
Sp10  	0.2750    	1.0000    	0.4000    	0.4054    	0.4474    	0.3269    	
Sp8   	0.2093    	0.4000    	1.0000    	0.2500    	0.4000    	0.2075    	
Sp33  	0.2750    	0.4054    	0.2500    	1.0000    	0.3421    	0.2745    	
Sp6   	0.2683    	0.4474    	0.4000    	0.3421    	1.0000    	0.3019    	
Sp26  	0.2000    	0.3269    	0.2075    	0.2745    	0.3019    	1.0000    	

## AverageMostSimilarIdentity	0.3837
#> AverageMostSimilarIdentity	 Average identity between most similar pair-wise sequences

## Identity for most similar pair-wise sequences matrix
Sp17  	0.2750	Sp10
Sp10  	0.4474	Sp6
Sp8   	0.4000	Sp10
Sp33  	0.4054	Sp10
Sp6   	0.4474	Sp10
Sp26  	0.3269	Sp10

## MaxOverlap	1.0000
#> MaxOverlap	Get the maximum overlap value for any pair of sequences in the alignment

## AverageOverlap	0.8723
#> AverageOverlap	Average overlap between all sequences

## Overlap sequences matrix
Sp17  	1.0000    	0.8750    	0.9250    	0.9000    	0.9250    	0.7250    	
Sp10  	1.0000    	1.0000    	1.0000    	0.9714    	1.0000    	0.7714    	
Sp8   	0.9250    	0.8750    	1.0000    	0.9000    	0.9500    	0.7750    	
Sp33  	1.0000    	0.9444    	1.0000    	1.0000    	1.0000    	0.8056    	
Sp6   	0.9737    	0.9211    	1.0000    	0.9474    	1.0000    	0.7632    	
Sp26  	0.6591    	0.6136    	0.7045    	0.6591    	0.6591    	1.0000