Mercurial > repos > iuc > trycycler_partition

changeset 0:8fcec9049d68 draft

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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/trycycler commit 9d7c4277b0f96aacd466f2d497e08edcca3fa238"
author iuc
date Thu, 11 Feb 2021 19:23:50 +0000
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children 4688ae3b49b5
files macros.xml test-data/aligned_cluster_01.fasta test-data/aligned_cluster_02.fasta test-data/aligned_cluster_03.fasta test-data/aligned_cluster_04.fasta test-data/aligned_cluster_05.fasta test-data/aligned_cluster_06.fasta test-data/assembly_00.fasta.gz test-data/assembly_01.fasta.gz test-data/assembly_02.fasta.gz test-data/assembly_03.fasta.gz test-data/cluster_01.fasta test-data/cluster_02.fasta test-data/cluster_03.fasta test-data/cluster_04.fasta test-data/consensus_sequence_01.fasta test-data/consensus_sequence_02.fasta test-data/consensus_sequence_03.fasta test-data/consensus_sequence_04.fasta test-data/contigs.newick test-data/contigs.phylip test-data/contigs_01.newick test-data/contigs_01.phylip test-data/contigs_02.newick test-data/contigs_02.phylip test-data/contigs_03.newick test-data/contigs_03.phylip test-data/contigs_04.newick test-data/contigs_04.phylip test-data/partition_01.fastq test-data/partition_02.fastq test-data/partition_03.fastq test-data/partition_04.fastq test-data/reads.fastq.gz test-data/reconciled_cluster_01.fasta test-data/reconciled_cluster_02.fasta test-data/reconciled_cluster_03.fasta test-data/reconciled_cluster_04.fasta test-data/reconciled_cluster_05.fasta test-data/reconciled_cluster_06.fasta test-data/sample_01_01.fastq test-data/sample_01_02.fastq test-data/sample_01_03.fastq test-data/sample_01_04.fastq test-data/sample_02_01.fastq test-data/sample_02_02.fastq test-data/sample_02_03.fastq test-data/sample_02_04.fastq test-data/sample_03_01.fastq test-data/sample_03_02.fastq test-data/sample_03_03.fastq test-data/sample_03_04.fastq test-data/sample_04_01.fastq test-data/sample_04_02.fastq test-data/sample_04_03.fastq test-data/sample_04_04.fastq test-data/sample_05_02.fastq test-data/sample_05_03.fastq test-data/sample_05_04.fastq test-data/sample_06_02.fastq test-data/sample_06_04.fastq test-data/sample_07_04.fastq test-data/sample_08_04.fastq test-data/sample_09_04.fastq test-data/sample_10_04.fastq test-data/sample_11_04.fastq test-data/sample_12_04.fastq trycycler.py trycycler_partition.xml
diffstat 69 files changed, 8752 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Thu Feb 11 19:23:50 2021 +0000
@@ -0,0 +1,46 @@
+<macros>
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+**Trycycler pipeline**                                                                                  
+                                                                                                        
+    ::                                                                                                  
+                                                                                                        
+        Trycycler subsample: make maximally-independent read subsets of an appropriate depth.           
+                ⬇                                                                                       
+        Trycycler cluster: carries out complete-linkage clustering of all contig sequences.             
+                ⬇                                                                                       
+        Trycycler reconcile/msa: reconcile the contigs within each cluster and perform a multiple sequence alignment.
+                ⬇                                                                                       
+        Trycycler partition: split the reads between the different clusters.                            
+                ⬇                                                                                       
+        Trycycler consensus: generate a consensus contig sequence for each cluster.                     
+          
+    </token>
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+        </edam_operations>
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+                @misc{githubTrycycler,                                                                   
+                author = {Ryan, Wick},                                                    
+                year = {2020},                                                                 
+                title = {Trycycler},                                                        
+                publisher = {GitHub},
+                journal = {GitHub repository},                                               
+                url = {https://github.com/rrwick/Trycycler},                        
+                }                                                                    
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+>A_contig_2
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+>B_contig_2
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0(.-62,2-.+1045.0/:+&'-+*))$&-.(2$(()26//7+&6.2:'40(,86*3;./<)6-1:69/.4+9/,1/+($+3)&(&%$%&-+432016*816-249*84-)6<,/1.7-547/0-,(/983,4)981.5449*/212+&1'0/-.+1'):/2,-.)38*(4'7)-*+:9**74).268&93+8050)**-+&-3+16%,',0*/139719175(:715+548/'&:,)%.10-)/%3.,*-+137-,:6<*465++2;+09,09%-</.-.917:-.*$/32+,0.7.3,6:,5'$*+1.(:,5373.*-$642;*,-16112.873*,;/..,;451960--,+-*'&+%192,19&6#&%1**(9/:)&0*163*')0/'05;2031'.,%27),.*+(2()-/'8/7)-5*19+3.151//+0+**9-1.58+-/*,3)'%&.0,.&,/-/0*.*+39.6<;0,36*;0,2&48*/4(2<5)$),+24/..;587(:7/8/0/-/252.88-/'++201355/+-)./'367209*-)&,')%(.%&+415%4-1-&1)1)3+-0677-;39.1:3+<1173-358.0*<1+(,*/.%48.,+&.0/1/3/%5456+<+/%-&54<9*-.+%(9)#5%*75+)-4810;84,26</6&(,/*.-0%+*(3-:-2-9,8+(1#:&+4586.(/,/7-6+3':111-*+.,;(-;*2.69..14.:803<*0/%-'3)(.8+02,0.**6;4*(030,/8/9:27(467)2:)&.$*)(,-2..4*'3,('+/**+5/4:/08//*.6*/,/265503*10)(02),'()'(.#(.)%/,/3323/3+))2;&*(/-7.917/6:8,,6780946386,+,&2*&)04+;+.3,1,/5-//:,4.80--)2'(4(89-$10+(%3*-80/*-+.+5&(*;+;-*+4//),231'$$(,'&.+;+;2(50(7/332,(+#-+((0%++0-5,6'(()'2+5(%'+))-770;55&.'+6(.077,/6+5('/:.19:,.3657<1+9)522%14.(*%7(</',$.4%.2(<.51*..)0&,*(-,%0(*&(,$,/,/');2/+'-,):,00()3.7<.3)772);'&-42:.(,3/7,*,11*1-0/(30:)-'09/(-)&$0+*25.+&3%*)%+:7,05-;724&.4.'51688,2(-8+(3',(*)&17*&34323292*94/)*:(0-423-&'(.542(*.%705$*+21,6-*61(-;258-&.1;+$+45,6-9,..3()(-/)4%.6494-*.6.01))+:'4;::8;./,)-19.:2.%*,./365815&-0'3-3*(+*)73/6.*0,-*,;71-&(++4.:1%,$$..-6-84:;944)/$,/.06)'*+&'-/5)<0-/211.3$*(+&&%5-;,%)1,2++)*,(0;:.+*(%2/,*:.)63+36,6/05-,.1<+7040;.')5(-+70/1'463)<1&$''+/254+769-.84.7&1+;04-2<<-/)3,5,/'$)43/0-1(2,)&2/)5./33,),,66%,921,1$-)2-(:(:*-**')4'*030141),+-11:509,,64%),4-6787831253*:&49(3'704/1,/2*53./.,).$&*(;1/*-$4%&,*/,((3*24&%1-2,3.2.,,7407.19,:+52()'&%-&,,-90(58.///&((,+/(2(2.(*0&&14778,.*:47402++*-2-8/,<;$;7;0*.%(/+.#.*2'7.'6/4.*;+970$301264*-1,94397;,+-+48:91074$2/+*&.'&+3'10;3%-/.<)-15199.,(65*8,5:1'/53*7*35;4/516'.7*.*1-.85-,3,(+'0.22*+43/,24323'03)2/+7-702413%7%&+6-360830-++&,0./+/1823015555*'*/6+2,2.00+-3%)((-+(</4&,0,2)060-66204.4,0:<-2&+'5./3.*&)$',()&023+65;4).0,$-(*+-1&7*/6&3,;50;//01+2.(10-36-2,*0,;+,/9-:0($2&$.$%/*84),:'%*(4)0./87,22/4(1.(*705/,-+580+2)),%(,'-'+&1&60,16+.,&1*2;176*714/'7-%'+072/*')+08(+)03(../.5.,)5**(0*&&2).,10,$592.7;-)90,$/'.$-*$&1))(5/2..6-6/8.0%,.*&//%/++'**+(#(;,/6*1'/3-5)/)/*9/(1360749<(+%5-'.,2.2'*1)*3,.),&+.()/0+**+)&5%(/'0-+)'2/:5-9180..80**,0&*5(()&-0'+)8%)/*1%80*0/23..;17.9*)-/18.*5./.*73-;32'(''(9('&*/59*'-)'1:+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/trycycler.py	Thu Feb 11 19:23:50 2021 +0000
@@ -0,0 +1,40 @@
+#!/usr/bin/env python3
+
+from os import path, walk
+from sys import argv
+
+
+def cluster(output_folder):
+    counter = 1
+    for root, dir, files in walk(output_folder):
+        if root.endswith('1_contigs'):
+            output_path = path.join(output_folder, f"cluster_0{counter}.fasta")
+            with open(output_path, "a") as out_cluster:
+                for fasta in files:
+                    fasta_path = path.join(root, fasta)
+                    fasta = open(fasta_path).read()
+                    out_cluster.write(fasta)
+            counter += 1
+
+
+def reconcile(input_file):
+    number_cluster = [x for x in input_file[-1:0:-1] if x.isdigit()][0]
+    full_path = f"selected_cluster/cluster_0{number_cluster}/1_contigs/"
+    with open(input_file) as tmp:
+        for line in tmp:
+            if ">" in line:
+                filename = line[1:].strip()
+                output_fasta = f"{full_path}{filename}.fasta"
+            with open(output_fasta, "a") as handle:
+                handle.write(line)
+
+
+def main():
+    if argv[1] == "cluster":
+        cluster(argv[2])
+    if argv[1] == "reconcile":
+        reconcile(argv[2])
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    main()
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/trycycler_partition.xml	Thu Feb 11 19:23:50 2021 +0000
@@ -0,0 +1,120 @@
+<tool id='trycycler_partition' name='Trycycler partition' version='@TOOL_VERSION@' profile='21.01'>
+    <description>assign the reads to the clusters</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro='edam_ontology'/>
+    <expand macro='requirements'/>
+    <version_command>trycycler --version</version_command>
+    <command detect_errors='exit_code'><![CDATA[
+        mkdir -p 'partitions'
+        #for $i in $input_cluster
+            #set $name = str($i.element_identifier)
+            #set $number = (str($name).split('_')[-1]).strip('.fasta')
+            #set $fullpath = '_'.join(['selected_cluster/cluster',str($number)])
+            mkdir -p $fullpath/ &&
+            ln -s '${i}' '$fullpath/2_all_seqs.fasta' &&
+        #end for
+        trycycler partition --cluster_dir 'selected_cluster'/cluster_*
+                --reads '$reads'
+                --min_aligned_len $min_aligned_len
+                --min_read_cov $min_read_cov
+                --threads \${GALAXY_SLOTS:-2} &&
+        #for $i in $input_cluster
+            #set $name = str($i.element_identifier)
+            #set $number = (str($name).split('_')[-1]).strip('.fasta')
+            #set $fullpath = '_'.join(['selected_cluster/cluster',str($number)])
+            mv '$fullpath/4_reads.fastq' 'partitions/partition_${number}.fastq' &&
+        #end for
+        echo 'bye!'
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name='input_cluster' type='data' 
+            format='fasta' multiple='true' label='Cluster datasets' 
+            help='Clustered contigs (multiple FASTA files)' />
+        <param name='reads' type='data' 
+            format='fastq,fastq.gz' label='Long-read datasets' 
+            help='Long reads (FASTQ format) used to generate the assemblies' />
+        <param argument='--min_aligned_len' type='integer' min='500' max='3500' 
+            value='1000' label='Min bases aligned' 
+            help='Reads with less than this many bases aligned (default = 1000) will be ignored.' />
+        <param argument='--min_read_cov' type='integer' min='0' max='100' 
+            value='90' label='Min read length covered by alignments' 
+            help='Reads with less than this percentage of their length covered by alignments (default = 90.0) will be ignored.' />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <collection name='partitions' type='list' label='${tool.name} on ${on_string}'>
+            <discover_datasets pattern='__designation_and_ext__' format='fastq' directory='partitions'/>        
+        </collection>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name='input_cluster' value='reconciled_cluster_01.fasta'/>
+            <param name='reads' value='reads.fastq.gz'/>
+            <param name='min_aligned_len' value='1000'/>
+            <param name='min_read_cov' value='90'/>
+            <output_collection name='partitions' type='list' count='1'>
+                <element name='partition_01' file='partition_01.fastq' ftype='fastq'/>
+            </output_collection>
+        </test>
+        <test>
+            <param name='input_cluster' value='reconciled_cluster_01.fasta'/>
+            <param name='reads' value='reads.fastq.gz'/>
+            <param name='min_aligned_len' value='1200'/>
+            <param name='min_read_cov' value='95'/>
+            <output_collection name='partitions' type='list' count='1'>
+                <element name='partition_01' file='partition_02.fastq' ftype='fastq'/>
+            </output_collection>
+        </test>
+        <test>
+            <param name='input_cluster' value='reconciled_cluster_01.fasta'/>
+            <param name='reads' value='reads.fastq.gz'/>
+            <param name='min_aligned_len' value='900'/>
+            <param name='min_read_cov' value='93'/>
+            <output_collection name='partitions' type='list' count='1'>
+                <element name='partition_01' file='partition_03.fastq' ftype='fastq'/>
+            </output_collection>
+        </test>
+        <test>
+            <param name='input_cluster' value='reconciled_cluster_01.fasta'/>
+            <param name='reads' value='reads.fastq.gz'/>
+            <param name='min_aligned_len' value='1000'/>
+            <param name='min_read_cov' value='90'/>
+            <output_collection name='partitions' type='list' count='1'>
+                <element name='partition_01' file='partition_04.fastq' ftype='fastq'/>
+            </output_collection>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+
+.. class:: infomark
+
+**Purpose**
+                    
+The *Trycycler partition* split the reads between the different clusters, i.e. each read will be assigned to whichever cluster it best aligns and saved into a file for that cluster. This step is run once for your entire genome (i.e. not on a per-cluster basis).
+
+----
+                    
+.. class:: infomark
+                    
+**Input**
+
+This tool requires as input the set of clustered considered valuable, and the long-read dataset used previously.
+
+----
+                    
+.. class:: infomark
+                    
+**Output**
+                    
+After **Trycycler partition** completes, if will generate a file per cluster, each of which contains its share of the total reads.
+
+
+----                                                                                                    
+                                                                                                        
+.. class:: infomark
+
+@PIPELINE@
+    ]]></help>
+    <expand macro='citations'/>
+</tool>