diff test-data/out_paired.log @ 0:418b961e0576 draft

planemo upload commit 453bb3b44d9f27908cbe2677378da88b9f77b5cf

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out_paired.log	Thu Aug 10 06:37:09 2017 -0400
@@ -0,0 +1,116 @@
+# output generated by extract --bc-pattern=NNNXXX --stdin=input_read1.gz --read2-in=input_read2.gz --stdout out1.gz --read2-out=out2.gz --log=/home/ubuntu/mount/git/temp/galaxy/database/files/000/dataset_863.dat
+# job started at Tue Aug  8 15:14:12 2017 on packer-test -- cba9bf6d-f8cd-49c4-8184-3f4a090cbc3e
+# pid: 32709, system: Linux 4.4.0-83-generic #106-Ubuntu SMP Mon Jun 26 17:54:43 UTC 2017 x86_64
+# log2stderr                              : False
+# loglevel                                : 1
+# pattern                                 : NNNXXX
+# pattern2                                : None
+# prime3                                  : False
+# quality_encoding                        : None
+# quality_filter_threshold                : None
+# random_seed                             : None
+# read2_in                                : input_read2.gz
+# read2_out                               : out2.gz
+# short_help                              : None
+# split                                   : False
+# stats                                   : True
+# stderr                                  : <_io.TextIOWrapper name='<stderr>' mode='w' encoding='UTF-8'>
+# stdin                                   : <_io.TextIOWrapper name='input_read1.gz' encoding='ascii'>
+# stdlog                                  : <_io.TextIOWrapper name='/home/ubuntu/mount/git/temp/galaxy/database/files/000/dataset_863.dat' mode='a' encoding='UTF-8'>
+# stdout                                  : <_io.TextIOWrapper name='out1.gz' encoding='ascii'>
+# timeit_file                             : None
+# timeit_header                           : None
+# timeit_name                             : all
+Barcode	UMI	Sample	Count
+AAAAGT	AAA	AGT	1
+TTTTTT	TTT	TTT	1
+TTGGTT	TTG	GTT	1
+AAGTTT	AAG	TTT	1
+ATATAA	ATA	TAA	1
+GTTTTT	GTT	TTT	4
+GTTTTA	GTT	TTA	1
+TATAGA	TAT	AGA	1
+AAGTAT	AAG	TAT	1
+TTATTT	TTA	TTT	1
+AGATGA	AGA	TGA	1
+TTTTAG	TTT	TAG	2
+GTGTTT	GTG	TTT	1
+GTATGT	GTA	TGT	1
+AGTGTT	AGT	GTT	1
+AGAAAT	AGA	AAT	1
+TATAAA	TAT	AAA	1
+TGTATC	TGT	ATC	1
+TAAAAT	TAA	AAT	1
+ATTATT	ATT	ATT	1
+ATTTAG	ATT	TAG	1
+TATATT	TAT	ATT	1
+ATTTGG	ATT	TGG	1
+AAAATA	AAA	ATA	1
+AAGTTA	AAG	TTA	1
+GTTGTA	GTT	GTA	1
+TTTGAA	TTT	GAA	1
+ATTTGA	ATT	TGA	1
+TTTATA	TTT	ATA	2
+ATACGT	ATA	CGT	1
+GGTTAG	GGT	TAG	1
+GGTGTT	GGT	GTT	1
+TGGTTG	TGG	TTG	1
+AGTTAT	AGT	TAT	1
+GAGTAG	GAG	TAG	1
+TGTGTT	TGT	GTT	1
+TGAATT	TGA	ATT	1
+TTTAGG	TTT	AGG	2
+TAGATG	TAG	ATG	1
+TTGGAT	TTG	GAT	1
+TTGGAC	TTG	GAC	1
+TGTATG	TGT	ATG	1
+AGAGTG	AGA	GTG	1
+AGAATA	AGA	ATA	1
+TTGTTT	TTG	TTT	1
+AATATA	AAT	ATA	1
+TTATTA	TTA	TTA	1
+TTAAAG	TTA	AAG	2
+AGGAGT	AGG	AGT	1
+ATAAGT	ATA	AGT	1
+TTGTGG	TTG	TGG	1
+GTATTA	GTA	TTA	1
+AGTGGA	AGT	GGA	1
+TTTGGG	TTT	GGG	1
+TAAGAG	TAA	GAG	1
+TTGGGA	TTG	GGA	1
+TATAGG	TAT	AGG	1
+TTTTTG	TTT	TTG	1
+AAGAGG	AAG	AGG	1
+GAGAGA	GAG	AGA	1
+TTGGTG	TTG	GTG	1
+TAGAGG	TAG	AGG	1
+ATTTTG	ATT	TTG	1
+TGGATG	TGG	ATG	1
+ATTTTT	ATT	TTT	1
+TTATAT	TTA	TAT	1
+TGTTTG	TGT	TTG	1
+GTTGGT	GTT	GGT	1
+TCTTTA	TCT	TTA	1
+ATTGTT	ATT	GTT	2
+ATAAGA	ATA	AGA	1
+TATCGA	TAT	CGA	1
+TTTGTT	TTT	GTT	1
+GTGTAT	GTG	TAT	1
+AGTGAA	AGT	GAA	1
+GTTGTG	GTT	GTG	1
+TAGTGA	TAG	TGA	1
+TATTGA	TAT	TGA	1
+TTAATG	TTA	ATG	1
+TTTAAA	TTT	AAA	2
+AGAAAG	AGA	AAG	1
+TTTTGT	TTT	TGT	1
+TTATAG	TTA	TAG	1
+AGGTGT	AGG	TGT	1
+TTAGTT	TTA	GTT	1
+TTTAAT	TTT	AAT	1
+AGGATG	AGG	ATG	1
+ATATAT	ATA	TAT	1
+AGAGTT	AGA	GTT	1
+GAGAAA	GAG	AAA	1
+ATATGA	ATA	TGA	1
+# job finished in 0 seconds at Tue Aug  8 15:14:12 2017 --  0.41  0.02  0.00  0.00 -- cba9bf6d-f8cd-49c4-8184-3f4a090cbc3e