view test-data/input_zc_vcf.vcf @ 7:57bd5b859e86 draft default tip

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/vsnp commit c38fd63f7980c70390d104a73ba4c72b266444c3
author iuc
date Fri, 10 Jun 2022 06:10:23 +0000
parents e3016c6c5994
children
line wrap: on
line source

##fileformat=VCFv4.2
##fileDate=20190125
##source=freeBayes v1.2.0-dirty
##reference=/scratch/analysis_staging/a_script/vcf_test_files_sra_downloaded_2019-01-23/SRR1791698/NC_002945v4.fasta
##contig=<ID=NC_002945.4,length=4349904>
##phasing=none
##commandline="freebayes -E -1 -e 1 -u --strict-vcf -f /scratch/analysis_staging/a_script/vcf_test_files_sra_downloaded_2019-01-23/SRR1791698/NC_002945v4.fasta /scratch/analysis_staging/a_script/vcf_test_files_sra_downloaded_2019-01-23/SRR1791698/SRR1791698-nodup.bam --region NC_002945.4:0-100000
##filter="QUAL > 20
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	SRR1791698
NC_002945.4	1057	.	A	G	7624.7	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=262;CIGAR=1X;DP=265;DPB=265;DPRA=0;EPP=4.20378;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQ=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=363.221;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8526;QR=12;RO=1;RPL=140;RPP=5.69563;RPPR=5.18177;RPR=122;RUN=1;SAF=139;SAP=5.13204;SAR=123;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:265:1,262:1:12:262:8526:-766.088,-78.0909,0
NC_002945.4	4480	.	T	C	4142.4	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=144;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=3.07062;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQ=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=204.232;PAIRED=0.993056;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4647;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=5.96592;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=72;SAP=3.0103;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:145:0,144:0:0:144:4647:-418.074,-43.3483,0
NC_002945.4	8741	.	T	C	5252.19	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=184;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=16.6528;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQ=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=259.683;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5901;QR=0;RO=0;RPL=81;RPP=8.72222;RPPR=0;RPR=103;RUN=1;SAF=98;SAP=4.70971;SAR=86;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:186:0,184:0:0:184:5901:-531.016,-55.3895,0
NC_002945.4	29061	.	C	T	4714.63	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=163;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=3.1302;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQ=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=230.571;PAIRED=0.969325;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5311;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=29.9872;RPPR=0;RPR=104;RUN=1;SAF=83;SAP=3.1302;SAR=80;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:164:0,163:0:0:163:5311:-477.817,-49.0679,0
NC_002945.4	29471	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29472	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29473	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29474	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29475	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29476	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29477	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29478	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29479	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29480	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29481	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29482	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29483	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29484	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29485	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29486	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29487	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29488	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29489	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29490	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29491	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29492	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29493	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29494	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29495	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29496	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29497	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29498	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29499	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29500	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29501	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29502	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29503	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29504	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29505	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29506	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29507	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29508	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29509	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29510	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29511	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29512	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29513	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29514	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29515	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29516	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29517	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29518	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29519	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	29520	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	334320	.	T	C	2194.66	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=79;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=3.69747;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQ=53.4051;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=114.122;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2577;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.25768;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=46;SAP=7.6556;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:80:0,79:0:0:79:2577:-223.164,-23.7814,0
NC_002945.4	334323	.	T	C	2171.15	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=5.23675;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQ=53.4051;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=114.122;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2540;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=3.03779;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=45;SAP=6.33623;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:79:0,79:0:0:79:2540:-220.812,-23.7814,0
NC_002945.4	339406	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	339407	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	339408	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	339409	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	339410	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	339411	.	N	.	.	.	.	GT	./.
NC_002945.4	340088	.	G	A	2525.17	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=81;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=17.1919;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQ=58.5062;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=116.895;PAIRED=0.987654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2863;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=39;SAP=3.25157;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:82:0,81:0:0:81:2863:-257.146,-24.3834,0
NC_002945.4	340090	.	C	T	2327.84	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=18.6449;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQ=58.4;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=115.509;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2643;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=38;SAP=3.44459;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:80:0,80:0:0:80:2643:-237.547,-24.0824,0
NC_002945.4	340091	.	G	A	2328.64	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=16.1477;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQ=58.4;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=115.509;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2649;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.11887;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=38;SAP=3.44459;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:80:0,80:0:0:80:2649:-237.385,-24.0824,0
NC_002945.4	340092	.	G	C	2407.91	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=79;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=17.5509;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQ=58.8228;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=114.122;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2733;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.69747;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=3.69747;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:80:0,79:0:0:79:2733:-245.528,-23.7814,0
NC_002945.4	340097	.	C	G	2471.31	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=16.8502;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQ=58.4578;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=119.668;PAIRED=0.987952;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2802;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.24576;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=3.24576;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:83:0,83:0:0:83:2802:-251.74,-24.9855,0
NC_002945.4	362818	.	T	C	400.106	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQ=58.6667;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.15506;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=3;SAP=14.7363;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:15:0,15:0:0:15:483:-43.6129,-4.51545,0
NC_002945.4	364560	.	A	G	6594.02	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=209;CIGAR=1X;DP=209;DPB=209;DPRA=0;EPP=14.3248;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQ=59.9234;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=294.341;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7388;QR=0;RO=0;RPL=116;RPP=8.50651;RPPR=0;RPR=93;RUN=1;SAF=103;SAP=3.10381;SAR=106;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:209:0,209:0:0:209:7388:-664.866,-62.9153,0
NC_002945.4	364804	.	T	C	5622.3	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=193;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=7.97206;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQ=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=272.16;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6321;QR=0;RO=0;RPL=119;RPP=25.7939;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=90;SAP=4.91174;SAR=103;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:193:0,193:0:0:193:6321:-568.925,-58.0988,0
NC_002945.4	366022	.	T	C	4678.56	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=159;CIGAR=1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=3.35173;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQ=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=225.026;PAIRED=0.987421;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5277;QR=0;RO=0;RPL=103;RPP=33.1787;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=89;SAP=7.9405;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:159:0,159:0:0:159:5277:-475.022,-47.8638,0
NC_002945.4	402148	.	G	T	85.8237	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQ=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1503;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=136;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:4:0,4:0:0:4:136:-12.1947,-1.20412,0
NC_002945.4	407246	.	C	G	2433.98	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=91;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=7.04303;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQ=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=130.758;PAIRED=0.989011;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2860;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.17955;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=14;SAP=97.7199;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:93:0,91:0:0:91:2860:-257.436,-27.3937,0