changeset 1:e8df16b34fec draft default tip

planemo upload for repository https://github.com/jvolkening/galaxy-tools/tree/master/tools/b2b_utils commit 9260aa02a5f703bce63d2db5b69003df9be371ac
author jvolkening
date Fri, 08 Mar 2024 00:44:37 +0000
parents c97a821e54f3
children
files macros.xml sync_reads.xml test-data/test.il.bad.fq test-data/test.il.fq test-data/test_R1.rename.fq test-data/test_R2.rename.fq
diffstat 6 files changed, 391 insertions(+), 11 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Fri Mar 08 00:44:37 2024 +0000
@@ -0,0 +1,15 @@
+<macros>
+    <xml name="version_command">
+        <version_command>@TOOL_NAME@ --version | perl -wpe 's/.+@TOOL_NAME@ v//'</version_command>
+    </xml>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="0.019">b2b-utils</requirement>
+            <yield />
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="requirement_pigz">
+        <requirement type="package" version="2.8">pigz</requirement>
+    </xml>
+    <token name="@PIPE_PIGZ@">| pigz -p ${GALAXY_SLOTS:-1} --no-name --no-time</token>
+</macros>
--- a/sync_reads.xml	Sat Mar 02 07:44:26 2024 +0000
+++ b/sync_reads.xml	Fri Mar 08 00:44:37 2024 +0000
@@ -1,16 +1,21 @@
-<tool id="b2b_sync_reads" name="Sync paired reads" version="0.005">
+<tool id="b2b_sync_reads" name="Sync paired reads"
+    version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" license="MIT" profile="21.01">
 
     <description>Synchronize trimmed/filtered read-pair set</description>
-
-    <!-- ***************************************************************** -->
-
-    <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.019">b2b-utils</requirement>
-    </requirements>
-
-    <!-- ***************************************************************** -->
-
-    <version_command>sync_reads --version | perl -wnE'print "$1\n" for /sync_reads v(.+)/g'</version_command>
+    <macros>
+        <token name="@TOOL_NAME@">sync_reads</token>
+        <token name="@TOOL_VERSION@">0.005</token>
+        <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <edam_topics>
+        <edam_topic>topic_0080</edam_topic> <!-- Sequence analysis -->
+    </edam_topics>
+    <edam_operations>
+        <edam_operation>operation_0335</edam_operation> <!-- Formatting -->
+    </edam_operations>
+    <expand macro="requirements" />
+    <expand macro="version_command" />
 
     <!-- ***************************************************************** -->
 
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test.il.bad.fq	Fri Mar 08 00:44:37 2024 +0000
@@ -0,0 +1,120 @@
+@c1-3396/1
+TCACTGTCACCGAGCAATGTCATATACGGCGCATTATCCCCTTTCATCCGATATAAGCGCATGAGCTGCTTCATTTTTTGGATATCGCCTGAGAGGCTGCTAAGTGCAAGGGCTGATGTCTTGGTGTTAATTCCATATTTAAGTGTCAGG
++
+CCABCF5FFCFFBGGAGGGGGFGGGFHGHHBHHGGHHGBGHHHHGGHFHGCHHHHHHGHHG/GFGHHA3HGHH?F1GHFFBGHHHHFGCFIIFFHHHGHHFHHHHHHGH<HHGFE3HGGHHEGHG-CGGHFHHHGGGGHHGBHHGHHE2H
+@c1-3396/2
+GTATATGCAGCAAGGTAGGGTCCAGAAGAAGTACATCCTCCACCCCGTATGCAGGAGCGCAATCCAACTCACAATCAGACAGTCTCTAGCGGTCCGCATCTTCTTGGTTAGCGAGCTTAAGAGAGGCCGCAACACGGCAGGTGGGACCTC
++
+?BABAFFCFFFFGGGGGGAGGGHHHHFHHGH1HHHHF6FHHBHGGGFFGFHGH2HHH1EHGHHEHGCHGGHFGHHHHH@GCHHHHGGGGGFIF-HHF@HHGFHHHHHHGHDHHHGFEHHHE.GG.GFFHHH0?HH-GHH1H.H?H?G0HA
+@c1-3394/1
+ATCCAGTCTCCAGCCAGCCAGGACACCTCCGATCGACAGGATAGACCAGACAAACCGCTGTCCACACCCGAGCAAGCGAGTCCGAACGACAGCCTGCCTGCCACATCCACCGACCAGCCTCCCACTCAGAACGCAGATGAAGCCAGCGAC
++
+AEEABFDBFDFAGGGGGFGGAGGGGGHGHHGGHGGGGHGFHGGFH1HGFHHFHHHHGGGFGHGEBHGGHHHGHHHHHCHHHGEGGHGHHIICFEFGHHHGGBHFHGHHHHHGHHHFFHH?GGFHHGHHHGHFGHGGB.HHHGHG0HHFHG
+@c1-3394/2
+CTGGTTCTGCGGTCTCTCTTGACTGTTCCCGCGGCTCGGTTGGCTCCCCTGTTGTTGATTCAGACGTTGGTTGTGCCCTTCCTGAGGGCTCGACCATGGGCCCTTTTTAGCATTAGATGACTTATTGCTGAGTTTATCAAGCATCGATAA
++
+ACBBBBFDFFFF#1EGGGGEGGHHGHGHHHECHHHGHGHHFFHFFEHGGHHFHAHBHFIGEDHHHBFHHHGH1G3FHHHHHFBGG2H-GIGGHHGH2HGHHHGHGGHHBHHHH/DE3HEGFHHHHGHH<<FH1HFGBDGFHF1HFEHG.2
+@c1-3392/1
+GATGGACTCATCTAGGACAATCGGGCTGTACTTTGATTCTACCCTTCCTTCTAGCAACCTGCTAGCATTCCCGATCGTCCTACAAGATACAGGAGATGGGAAGAAGCAAATCGTCCCGCAATACAGGATCCAGCGTCTTGACTCGTGGAC
++
+ABAABFFFDCBFGGGGGGAGGGHHHHHH?GHGCHGHHHHHHHHHHHHGHHHHHHH>HGHHHHIHHGHG?BFHHHHGGHHH0HHHGFHEHGIGHHGHFHHFH;FHHD1@HHHHGGHHHHHFHHHHHHGHHDHHF0GHEG3H0HGGGGHHHH
+@c1-3392/2
+ATAGTGAGGCAGGCCCTTGCCAGCTCAACAAGATCCCCGACATTCGGTACACTCCCTAGGCAGAGCATAGCAGCGGAAAGTAACTCGCGCTTGGGATTATGATTGATCATGCCGACAGTGGCTTCTTCACTCCCGACCTGACAGATGAAT
++
+>BACAFFFCFF3FGBGGFGGGGHFFHGBHFHHHHHHGGBHHHHHFHHHHHHHGB2HHGHHHGGFF0/HFAF2HH1HHHHH5FGHGGFGIBIIHGHHGHHH.HHHHHGGGFHGGG0HHGEHGEG1HGH<GGHGFH/.GGGHHFGFHGCHHG
+@c1-3390/1
+CTGGTTCTGCGGTCTCTCTTGACTCTTCCCGCGGCTCGGTTGGCTCCCCTGTTGTTGATTCAGACGTTGGTTGTGCCCTTCCTGAGGGCTCGACCATGGGCCCTTTTTAGCATTAGATGACTTATTGCTGAGTTTATCAAGCATCGATAA
++
+CBAACAFDF1FFFGGGBGGGGGHG#HHHHHEG4GHHHFFGFHHGHHCH11GHHFGHF/GHHGHHHGHFHHHHF/FHHGHHGHH/FDHGD1IIGHGEGHGHGHHHHHHH/FGGFGGGG9HHAHBHHGHH<HHGHGHH/G10HHGHHH/2HH
+@c1-3390/2
+CCGAACGACAGCCTGCCTGCCACATCCACCGACCAGCCTCCCACTCAGAACGCAGATGAAGCCAGCGACACACAGCTCAAGACCGGAGCAACTCTCTGTTATCGATGCTTGATAAACTCAGCAATAAGTCATCTAATGCTAAAAAGGGCC
++
+BBABAFFFF/FFGGFGGGGGGGGHH#BH@HHHGHFHHCFHCHHHEBHHGHHHH1EH1FHAHGHGEHHHH3H3HGH?HG0HHHHHHHHHIFIIHHFHG2GGB1G1G/B<GC/GHHFHFHHC/G2H3FGGGHHGHFGGFHGHHGCH0GGFD1
+@c1-3388/1
+GCCAGAGACCTTAAGTGCTGCAGTTGGGATCTTGTAGACGTCCTTTCTTGGCACCGCGGTCAGAGAGACAAAGTTTACTTTGTACTCTAGGGTTCCACTCCCAGGGATCTTCTCTGGGGCTCTCACGTGTTTGACTGCGTTCACCGACGA
++
+ABBCCFCFFFFFFGFGGGGFGEGHFGFHGHHHGAGHGHHGGHHGGBCBHHGDHHH/HHHGHHHHHEHHHGFHHEGCFGFHBGHHHHHHHIDGFHBHHHHHFHHHHH<EEF3FH2DHH0GGHHHHGHHGHGHHFHHBGHGGHGHGGHH2HG
+@c1-3388/2
+GTAGTGCAGGCACCCCAGGTTCTGCAAAGCTGTAGGGTTGTGGCAAACAAATACTCGTCGGTGAACGCAGTCAAACACGTGAGAGCGCCAGAGAAGATCCCTGGGAGTGGAACCCTAGAGTCCAAAGTAAACTTTGTCTCTCTGACCGTG
++
+ABCEBBF1FBDFGGGGGFGGGGDGFGHEHHHHFGHHGHHHHHGGGFH1GHH6HHGHGGHH/GHEHHHCFG0HGGGHH@HHHH/GHGE/IEIIHHHGGHGHHGGFHH1GHHFHGFD?HGBEH0HCHHG<FHHFGEGF2HH/GHHHB-1HFC
+@c1-3386/1
+TAAATGAGGATATGGCCGCCGAGCTAAAGCTAACCCCAGCAGCAAGGAGAGGCTTGGCAGCTGCTGCCCAAAGAGTGTCTGAGGAGACCAGCAGCATAGATATGCTCACCCAACAAGCCGGGGTCCTCACCGGACTCAATAACGGAGGCT
++
+CBBBBFFFFDFB#GGGG01GFGEHHHHHHHHHGFEHHHFFAHGBHHHHHHFHGGGHFGHF1GHGHBF>HGGHGHHHGHHHHHHFCGFGHIIIGG1HHFHGHBGHHGHHFGHHGHDG0GHHE@GGHGFHH?GFFHHHHHHH;GHG?/HBGG
+@c1-3386/2
+AGAGTTGGGCGCTTCTCTCATGCTATTTGCCACCGCTCTCATCAGATCCAGAAATTGGGTCTCCCCGTCCCCAGTGTCCTGTTGCCCTTGTGATCTGTTCGGTGCACCTTGGGGGGCTTGGGAGCCTCCGTTATTGAGTCCGGTGAGGAC
++
+CBAACFF5FBB3GGGG1GGGGGHGG0GHEHGHAHCHGHHFHBGAGHGGGFHHFHHHHFH5HH/HGBHHHHDHHGHGGHHHEHFGHF/HGIIGGHGHHFHGAH/>FHGHHEBHHGFHHF>2HHG@FHH1/HGBGGFHCH@HHFHHHHGF:G
+@c1-3384/1
+TGTCACTATTCTTGTACAATATAGATCCAAATCGGTCTCTATACAGTATGAGGTGTCAAGCTCTTCTATCACAGAACCGACCTGTGTCACTACCTTTGGCACAAGAGCTGAGGCAAATCCTTTAGTTGTACTTACAGACAAGGTTTCCAG
++
+ACDABFFF9BFFG1GGGGGGGGHHHGHHHHFGGFHHHHHHHGGHHHGHHHGHHHHHEFFBHGGEHHB>GHHHH4HGHH0HHGHHGHGGEIGIHHHGHAG/HHHHHHHHHHHGFFHGFEHGHFFGHEHHFHHHHHGHFBHHHHCCHHHHDG
+@c1-3384/2
+AGGTGTGGGGAATAACCAACTCAGCTCATTAATTAGTAGTGGCCTGATCACCGGCAACCCTATTCTGTATGACTCACAGACTCAACTCTTGGGTATACAGGTAATCCTACCCTCAGTCGGGAATCTAAATAATATGCGTGCCACCTATCT
++
+ABBA?FFFFFFFGGGGGEGGGGH3HH1GGFHHHEHHHGHGHGHGHHDGHHHHHGHHHH/GEHH1HH0GCHHB3HHHHHFGHHGFFGHBGIGGHGGGFHHGFHGFF/FHHHGFGHHH1GHGGEHHHGGHHFF?HHGDHH0GFFHH9GCAHH
+@c1-3382/1
+TGTGCAAAAGCACCGTTGGAGGCATACAACAGGACATTGACTACTTTGCTCACCCCTCTTGGTGATTCTATCCGTAGGATACAAGAGTCTGTGACCACGTCCGGAGGAAGAAAACAGGGACGCCTTATAGGAGCCATTATCGGTGGTGTA
++
+CAABCFFFFFFFGGGGAGFGGGHHHGCDHHHH0HDHAHGHHEGFHGHHHHGGDEFHHGHFEFHEHHH0HGHCGHG;FHHHGCGHFHHHHIIIHHHHGHHHFGHHEFHGHGFGGHHHHHGHG?HEHGHHGHHHHHHAHHGHHHHF/HHHGA
+@c1-3382/2
+TTAACAAATTGCTGCATCTTCCCAACTGCCACTGCTAGTTGTGATAATCCGTCAGTGACCTCGTGTACAGCCTCATTGGTTGCAGCAATGCTCTCTTTGAGCCGGAGGATGTTGGCAGCATTTTGATTGGCTTGTATCAAAGCCGAGGCT
++
+BBA>CFFFFFFBGGGFGGGGGGGHHGFHGHHHEHHHHGHFFHGHF2HHGGGDHHHH3HGGG1FHHEHHHDHHA@GGB?/GHGHHBGFEGIIIHHGGHH0H0HGBHHGHHGGGH0H0GEEHHHGGGHHGHH:HHGHGFGGCHHHH-GHGH3
+@c1-3380/1
+GAACCCATCTTGCACCTTGAAGGCACCAACCGGGATCCAGAATCTTCTACCCGTGTTTTTTCTAATTTGATAGACAGGCGAACTAATTATAAGTAATCAAGGCAAATCATTATTTAGTGTCATAGTGATCTGGGAAGATGGGTGGAGTGC
++
+DBCCBD3BFFBFGGGGGGGGGGHHHFHHHHHH0GHGHHHHHHHGGHHHHHHGHHBHHHFH?HGAFHHHGHH0HFGHHBHBHGGHFGHEHEI0HEBBHHHBHGCDHGHFGHGHHHHHHH?HHHHHH3HHHGHCH/FGGFHHHHHGGGGGHG
+@c1-3380/2
+CTGCGGAGTGTAAAAGTCATCATCCAAGCAGGCACCCAGCGCGCTGTTGCAGTGACCGCCGACCACGAGGTTACTTCCACCAAGCTAGAGAAGGGGCACACTATTGCCAAATACAATCCCTTCAAGAAATAGGCTACGTCTTTGAGATTG
++
+AAAACCFF@FFFCG#GGGGGBEGHHHAHBHGGBHHHHFGHFEHGHHHHFEDGGGBHBFHFHHH>GG/FHGAHGHEFHHHH.HFFGG@HIIIGHGHFHHGHHHGGGHHFGGEGGGHHHHGFHDHGHGHG->.HHGGC10GGGH/30H/HHG
+@c1-3378/1
+TTGACTACTTTGCTCACCCCTCTTGGTGATTCTATCCGTAGGATACAAGAGTCTGTGACCACGTCCGGAGGAAGAAAACAGGGACGCCTTATAGGAGCCATTATCGGTGGTGTAGCTCTCGGGGTCGCGACCGCTGCACAAATAACAGCA
++
+BCAAC>AFFFFAGGGGGGGGGGBH#FHHHHHHHHHGHHEHFHHHHFEHHHGH2GH2HGHHD>HHHH/HEEGGCEHHGHHGGHFGFHHH0IEEH2HHHHGHHHHHHHH/HGGGCHHGFDHF@4G?B0HHHFGHHGHHDHHHHHFHGHFGHC
+@c1-3378/2
+TCAGTGACCTCGTGTACAGCCTCATTGGTTGCAGCAATGCTCTCTTTGAGCCGGAGGATGTTGGCAGCATTTTGATTGGCTTGTATCAAAGCCGAGGCTGCTGTTATTTGTGCAGCGGTCGCGACCCCGAGAGCTACACCACCGATAATG
++
+B>ACADFFFFBBGGGGGGGBGGHHFFHGHHHGHHFHHDHHHH1EHGBGHHHHHGFAHHHGG?HHHHHH1GHHGH/FBBHBHDHGHHHFI3IICGHHFHHFBG@G?BHFFGGHHHGCHHGGH<G@GF2HHHH1E0GFBFHGHHFFHHGHHH
+@c1-3376/1
+GGCAGAAGAAGCAGGACAGGGTTGTCACTTGAGGTGTTGGACCTTGGGCTTGCAGAGAGGAGCTTGGTGCGGATACCGTGTGGTGTTAGGTTGGCAGGGATCTGCTGCGGGTTGCGGTGGTGATTAACCATTCAGTGCAAGGCGCTTAAT
++
+ACBBBFFFFFBFFGAGGGGGGGGHGHHHGGFHFHHHGHHHGHGHGGHHHGHH1HHGHGHHHEHHHHHFG?BHHGE1HHHHGGFGFHHHGIIIHFHHHGH<GHHH4HHHHHF1/GGFFHHGGHGHHHGHG/HHHGHH?HHHFHHG.FGF1G
+@c1-3376/2
+GATATAGGATTGGAGAAAGACACTGTCCGTGCATTGATCATGTCACGCCCTATGCACCCGAGCTCTTCAACTAAGCTCTTGAGCAAACTGGACGCAGCCGGATCGATTGAGGAAATTAGGAAAATTAAGCGCCTTGCACTGAATGGTTAA
++
+BACCAFFFDBFFGGAGGEGGGGGHFG3HHBHFHHBHHHHHBGHHHHAAHHHHHFH1HHHFHHGGGGFEGHBHFHG1HGBHFHH1CG5HDII;GGGHHHHFH:HHHEHHH/FHHHH?BHHFHHG0EHH;HHGFHFDHG?G<BH-=HHDHH<
+@c1-3374/1
+TCCTAGATCCTGGTTGTGCCAATGTTTCATCTCTAAGTGATCTACGGGCAGTTGCTCGATCCCACCCGGTTTTAATTTCTGGCCCCGGAGACCCATCTCCTTATGTGACCCAAGGAGGCGAAACGGCACTCAATAAACTCTCGCAGCCGG
++
+ADBBBCF1AFDAGGGEGGGGGGAH2HGHGH1HHHEGH5HHHHHGHHGGGHGHHGGHGHHHHHHHG3HEAGHHEHEHHHE1GGHEHFHHHIGIGG/HGHHGGHFHHGFGHGGFHAGGGFFCHHH-HHH1HGGH.HGHHHHHH<HHDEHGG0
+@c1-3374/2
+TCAATCGATCCGGCTGCGTCCAGTTTGCTCAAGAGCTTAGTTGAAGAGCTCGGGTGCATAGGGCGTGACATGATCAATGCACGGACAGTGTCTTTCTCCAATCCTATATCAGGCCCGCTTGCCATGGCAGGTTTGATCAATTCAGAGGGG
++
+B3B?>FFFFCFFEGGGGCGGGGGHGHHF#1FHBHHEBGHGHHFHHGEGHDHFHEHGHHHHHHFHHHHHFHAHGFGFHHHFHGHHGG1FIIIGGF?HEHGGGHFHHHDHGHHC3GHHHHHHGHEH2FHFEEHHH-HHHHFAHEFHHEFGC1
+@c1-3372/1
+TCAGACAGTCTCTAGCGGTCCGCATCTTCTTGGTTAGCGAGCTTAAGAGAGGCCGCAACACGGCAGGTGGGACCTCCACCTATTACAACTTGGTGGGGGATGTAGACTCATACATCAGGAACACCGGGCTCACTGCATTCTTCCTGACAC
++
+AACCBFCFCFFFGGGGGGGGGGHGGHHGGHGHHDGGHHHH?GHHHHHEHHHHGFHHHHHHFGHHGHFEGH>GEHGHFEHHHG>GHHHEGIBIFHHHGHHHHHHHHGGHGFGGHGHHBH:HHEHHHHH?FFHH.HHHHHCG0GHHHHHHFH
+@c1-337a/2
+AGTAGAGTTGTGCATACTCAGCGGGTGCAAAGCTCATCTGGTCACTGTCACCGAGCAATGTCATATACGGCGCATTATCCCCTTTCATCCGATATAAGCGCATGAGCTGCTTCATTTTTTGGATATCGCCTGAGAGGCTGCTAAGTGCAA
++
+ACBABFFBFFFBGGGFGG#GG3GHH2HAHHH1HGFGHHGBHHGHFEHBHH?FHGFGGHHFGDG1GHGAHHEGHGBHHHHHH1HHG13HIIEFHGFC1HFHGG40HEHGBH2HHHHGHHFHEGHHH@4HHFH<HHAHH1@/HCHH3GE/;G
+@c1-3370/1
+TCTCATAAGCTCGCTAACCAAGAAGATGCGGACCGCTAGAGACTGTCTGATTGTGAGTTGGATTGCGCTCCTGCATACGGGGTGGAGGATGTACTTCTTCTGGACCCTACCTTGCTGCATATACTTATTGATTCTTCTTGTTTCTGACTC
++
+BABC#FFFCFFFGGGGGAGGFGBEGGFG/HAHHHFHAHHGHHHGGHGDHHGHHGHHH11HHBFHHGHHDH?H>H/HHGHFHHHGGHEHHEIIFHHHFHHG3H/BH0HFGDGFHGHGEHGHHHHHHGHBHHGHHGHGGHHHHHHHFGHG;E
+@c1-3370/2
+TCGTCACAGCTGGGGTTGAGGGTGATGCACCAGAAGACATTACTGATACCTTGGAGAGGATCCTTTCTATCCAGGCTCAAGTATGGGTCACGGTGGCAAAGGCCATGACTGCATATGAGACAGCAGATGAGTCAGAAACAAGAAGAATCA
++
+ACADC5FFBBFFGEGGGGGG1AHHHHGHGGHHFHHBHHHBHHHHHHHAHG/HGHHAHAH5GGHHFDHFHHGHFHHHGHHG1HFGH0GHAEIIHFFHG33GHGF0G2HHHH?HHGFGGH2GHH1GHFFFGGHDHHE>H@HHH/GHGHFHGF
+@c1-3366/1
+ACCTTTGGGACAAGAGCTGAGGCAAATCCTTTAGTTGTACTTACAGACAAGGTTTCCAGATAGGTGGCACGCATATTATTTAGATTCCCGACTGAGGGTAGGATTACCTGTATACCCAAGAGTTGAGTCTGTGAGTCATACAGAATAGGG
++
+A3BADCCFBFFCGGGGGGGGGGGFHHGHHGGHGH0GAGHFHHHFFHHCH/AGHGHHGHGFCHEHGEHGGHHGHHHHHFHHEHF>FHHHGIIIGHHH/HBGGHHHHFHHGGHGFHHGGDHHHH1GHH;HHEHHHHHGHGH<HGHHHHGF?F
+@c1-3366/2
+GCCGCAAATCACTTCCCCTGCCTTAACTCAGCTGACTATCCAGGCGCTTTACAATCTAGCTGGTGGGAATATGGATTACTTGTTAACTAAGTTAGGTGTGGGGAATAACCAACTCAGCTCATTAATTAGTAGTGGCCTGATCACCGGCAA
++
+C>DCBFFFCFFBGGGEGGGGGGFFFFEHGFHFGHHHGHFHCHHGFHHACEHHG?HHFBFHGHHHHHGHHHGHGB3HHHHHHHHFHGH/IBII<GHHC3HHH@FDFGHH/HHHGC/DHHDF<HFCDHHG/H/HHFHHHHHHGGGHHG<FGF
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test.il.fq	Fri Mar 08 00:44:37 2024 +0000
@@ -0,0 +1,120 @@
+@c1-3396/1
+TCACTGTCACCGAGCAATGTCATATACGGCGCATTATCCCCTTTCATCCGATATAAGCGCATGAGCTGCTTCATTTTTTGGATATCGCCTGAGAGGCTGCTAAGTGCAAGGGCTGATGTCTTGGTGTTAATTCCATATTTAAGTGTCAGG
++
+CCABCF5FFCFFBGGAGGGGGFGGGFHGHHBHHGGHHGBGHHHHGGHFHGCHHHHHHGHHG/GFGHHA3HGHH?F1GHFFBGHHHHFGCFIIFFHHHGHHFHHHHHHGH<HHGFE3HGGHHEGHG-CGGHFHHHGGGGHHGBHHGHHE2H
+@c1-3396/2
+GTATATGCAGCAAGGTAGGGTCCAGAAGAAGTACATCCTCCACCCCGTATGCAGGAGCGCAATCCAACTCACAATCAGACAGTCTCTAGCGGTCCGCATCTTCTTGGTTAGCGAGCTTAAGAGAGGCCGCAACACGGCAGGTGGGACCTC
++
+?BABAFFCFFFFGGGGGGAGGGHHHHFHHGH1HHHHF6FHHBHGGGFFGFHGH2HHH1EHGHHEHGCHGGHFGHHHHH@GCHHHHGGGGGFIF-HHF@HHGFHHHHHHGHDHHHGFEHHHE.GG.GFFHHH0?HH-GHH1H.H?H?G0HA
+@c1-3394/1
+ATCCAGTCTCCAGCCAGCCAGGACACCTCCGATCGACAGGATAGACCAGACAAACCGCTGTCCACACCCGAGCAAGCGAGTCCGAACGACAGCCTGCCTGCCACATCCACCGACCAGCCTCCCACTCAGAACGCAGATGAAGCCAGCGAC
++
+AEEABFDBFDFAGGGGGFGGAGGGGGHGHHGGHGGGGHGFHGGFH1HGFHHFHHHHGGGFGHGEBHGGHHHGHHHHHCHHHGEGGHGHHIICFEFGHHHGGBHFHGHHHHHGHHHFFHH?GGFHHGHHHGHFGHGGB.HHHGHG0HHFHG
+@c1-3394/2
+CTGGTTCTGCGGTCTCTCTTGACTGTTCCCGCGGCTCGGTTGGCTCCCCTGTTGTTGATTCAGACGTTGGTTGTGCCCTTCCTGAGGGCTCGACCATGGGCCCTTTTTAGCATTAGATGACTTATTGCTGAGTTTATCAAGCATCGATAA
++
+ACBBBBFDFFFF#1EGGGGEGGHHGHGHHHECHHHGHGHHFFHFFEHGGHHFHAHBHFIGEDHHHBFHHHGH1G3FHHHHHFBGG2H-GIGGHHGH2HGHHHGHGGHHBHHHH/DE3HEGFHHHHGHH<<FH1HFGBDGFHF1HFEHG.2
+@c1-3392/1
+GATGGACTCATCTAGGACAATCGGGCTGTACTTTGATTCTACCCTTCCTTCTAGCAACCTGCTAGCATTCCCGATCGTCCTACAAGATACAGGAGATGGGAAGAAGCAAATCGTCCCGCAATACAGGATCCAGCGTCTTGACTCGTGGAC
++
+ABAABFFFDCBFGGGGGGAGGGHHHHHH?GHGCHGHHHHHHHHHHHHGHHHHHHH>HGHHHHIHHGHG?BFHHHHGGHHH0HHHGFHEHGIGHHGHFHHFH;FHHD1@HHHHGGHHHHHFHHHHHHGHHDHHF0GHEG3H0HGGGGHHHH
+@c1-3392/2
+ATAGTGAGGCAGGCCCTTGCCAGCTCAACAAGATCCCCGACATTCGGTACACTCCCTAGGCAGAGCATAGCAGCGGAAAGTAACTCGCGCTTGGGATTATGATTGATCATGCCGACAGTGGCTTCTTCACTCCCGACCTGACAGATGAAT
++
+>BACAFFFCFF3FGBGGFGGGGHFFHGBHFHHHHHHGGBHHHHHFHHHHHHHGB2HHGHHHGGFF0/HFAF2HH1HHHHH5FGHGGFGIBIIHGHHGHHH.HHHHHGGGFHGGG0HHGEHGEG1HGH<GGHGFH/.GGGHHFGFHGCHHG
+@c1-3390/1
+CTGGTTCTGCGGTCTCTCTTGACTCTTCCCGCGGCTCGGTTGGCTCCCCTGTTGTTGATTCAGACGTTGGTTGTGCCCTTCCTGAGGGCTCGACCATGGGCCCTTTTTAGCATTAGATGACTTATTGCTGAGTTTATCAAGCATCGATAA
++
+CBAACAFDF1FFFGGGBGGGGGHG#HHHHHEG4GHHHFFGFHHGHHCH11GHHFGHF/GHHGHHHGHFHHHHF/FHHGHHGHH/FDHGD1IIGHGEGHGHGHHHHHHH/FGGFGGGG9HHAHBHHGHH<HHGHGHH/G10HHGHHH/2HH
+@c1-3390/2
+CCGAACGACAGCCTGCCTGCCACATCCACCGACCAGCCTCCCACTCAGAACGCAGATGAAGCCAGCGACACACAGCTCAAGACCGGAGCAACTCTCTGTTATCGATGCTTGATAAACTCAGCAATAAGTCATCTAATGCTAAAAAGGGCC
++
+BBABAFFFF/FFGGFGGGGGGGGHH#BH@HHHGHFHHCFHCHHHEBHHGHHHH1EH1FHAHGHGEHHHH3H3HGH?HG0HHHHHHHHHIFIIHHFHG2GGB1G1G/B<GC/GHHFHFHHC/G2H3FGGGHHGHFGGFHGHHGCH0GGFD1
+@c1-3388/1
+GCCAGAGACCTTAAGTGCTGCAGTTGGGATCTTGTAGACGTCCTTTCTTGGCACCGCGGTCAGAGAGACAAAGTTTACTTTGTACTCTAGGGTTCCACTCCCAGGGATCTTCTCTGGGGCTCTCACGTGTTTGACTGCGTTCACCGACGA
++
+ABBCCFCFFFFFFGFGGGGFGEGHFGFHGHHHGAGHGHHGGHHGGBCBHHGDHHH/HHHGHHHHHEHHHGFHHEGCFGFHBGHHHHHHHIDGFHBHHHHHFHHHHH<EEF3FH2DHH0GGHHHHGHHGHGHHFHHBGHGGHGHGGHH2HG
+@c1-3388/2
+GTAGTGCAGGCACCCCAGGTTCTGCAAAGCTGTAGGGTTGTGGCAAACAAATACTCGTCGGTGAACGCAGTCAAACACGTGAGAGCGCCAGAGAAGATCCCTGGGAGTGGAACCCTAGAGTCCAAAGTAAACTTTGTCTCTCTGACCGTG
++
+ABCEBBF1FBDFGGGGGFGGGGDGFGHEHHHHFGHHGHHHHHGGGFH1GHH6HHGHGGHH/GHEHHHCFG0HGGGHH@HHHH/GHGE/IEIIHHHGGHGHHGGFHH1GHHFHGFD?HGBEH0HCHHG<FHHFGEGF2HH/GHHHB-1HFC
+@c1-3386/1
+TAAATGAGGATATGGCCGCCGAGCTAAAGCTAACCCCAGCAGCAAGGAGAGGCTTGGCAGCTGCTGCCCAAAGAGTGTCTGAGGAGACCAGCAGCATAGATATGCTCACCCAACAAGCCGGGGTCCTCACCGGACTCAATAACGGAGGCT
++
+CBBBBFFFFDFB#GGGG01GFGEHHHHHHHHHGFEHHHFFAHGBHHHHHHFHGGGHFGHF1GHGHBF>HGGHGHHHGHHHHHHFCGFGHIIIGG1HHFHGHBGHHGHHFGHHGHDG0GHHE@GGHGFHH?GFFHHHHHHH;GHG?/HBGG
+@c1-3386/2
+AGAGTTGGGCGCTTCTCTCATGCTATTTGCCACCGCTCTCATCAGATCCAGAAATTGGGTCTCCCCGTCCCCAGTGTCCTGTTGCCCTTGTGATCTGTTCGGTGCACCTTGGGGGGCTTGGGAGCCTCCGTTATTGAGTCCGGTGAGGAC
++
+CBAACFF5FBB3GGGG1GGGGGHGG0GHEHGHAHCHGHHFHBGAGHGGGFHHFHHHHFH5HH/HGBHHHHDHHGHGGHHHEHFGHF/HGIIGGHGHHFHGAH/>FHGHHEBHHGFHHF>2HHG@FHH1/HGBGGFHCH@HHFHHHHGF:G
+@c1-3384/1
+TGTCACTATTCTTGTACAATATAGATCCAAATCGGTCTCTATACAGTATGAGGTGTCAAGCTCTTCTATCACAGAACCGACCTGTGTCACTACCTTTGGCACAAGAGCTGAGGCAAATCCTTTAGTTGTACTTACAGACAAGGTTTCCAG
++
+ACDABFFF9BFFG1GGGGGGGGHHHGHHHHFGGFHHHHHHHGGHHHGHHHGHHHHHEFFBHGGEHHB>GHHHH4HGHH0HHGHHGHGGEIGIHHHGHAG/HHHHHHHHHHHGFFHGFEHGHFFGHEHHFHHHHHGHFBHHHHCCHHHHDG
+@c1-3384/2
+AGGTGTGGGGAATAACCAACTCAGCTCATTAATTAGTAGTGGCCTGATCACCGGCAACCCTATTCTGTATGACTCACAGACTCAACTCTTGGGTATACAGGTAATCCTACCCTCAGTCGGGAATCTAAATAATATGCGTGCCACCTATCT
++
+ABBA?FFFFFFFGGGGGEGGGGH3HH1GGFHHHEHHHGHGHGHGHHDGHHHHHGHHHH/GEHH1HH0GCHHB3HHHHHFGHHGFFGHBGIGGHGGGFHHGFHGFF/FHHHGFGHHH1GHGGEHHHGGHHFF?HHGDHH0GFFHH9GCAHH
+@c1-3382/1
+TGTGCAAAAGCACCGTTGGAGGCATACAACAGGACATTGACTACTTTGCTCACCCCTCTTGGTGATTCTATCCGTAGGATACAAGAGTCTGTGACCACGTCCGGAGGAAGAAAACAGGGACGCCTTATAGGAGCCATTATCGGTGGTGTA
++
+CAABCFFFFFFFGGGGAGFGGGHHHGCDHHHH0HDHAHGHHEGFHGHHHHGGDEFHHGHFEFHEHHH0HGHCGHG;FHHHGCGHFHHHHIIIHHHHGHHHFGHHEFHGHGFGGHHHHHGHG?HEHGHHGHHHHHHAHHGHHHHF/HHHGA
+@c1-3382/2
+TTAACAAATTGCTGCATCTTCCCAACTGCCACTGCTAGTTGTGATAATCCGTCAGTGACCTCGTGTACAGCCTCATTGGTTGCAGCAATGCTCTCTTTGAGCCGGAGGATGTTGGCAGCATTTTGATTGGCTTGTATCAAAGCCGAGGCT
++
+BBA>CFFFFFFBGGGFGGGGGGGHHGFHGHHHEHHHHGHFFHGHF2HHGGGDHHHH3HGGG1FHHEHHHDHHA@GGB?/GHGHHBGFEGIIIHHGGHH0H0HGBHHGHHGGGH0H0GEEHHHGGGHHGHH:HHGHGFGGCHHHH-GHGH3
+@c1-3380/1
+GAACCCATCTTGCACCTTGAAGGCACCAACCGGGATCCAGAATCTTCTACCCGTGTTTTTTCTAATTTGATAGACAGGCGAACTAATTATAAGTAATCAAGGCAAATCATTATTTAGTGTCATAGTGATCTGGGAAGATGGGTGGAGTGC
++
+DBCCBD3BFFBFGGGGGGGGGGHHHFHHHHHH0GHGHHHHHHHGGHHHHHHGHHBHHHFH?HGAFHHHGHH0HFGHHBHBHGGHFGHEHEI0HEBBHHHBHGCDHGHFGHGHHHHHHH?HHHHHH3HHHGHCH/FGGFHHHHHGGGGGHG
+@c1-3380/2
+CTGCGGAGTGTAAAAGTCATCATCCAAGCAGGCACCCAGCGCGCTGTTGCAGTGACCGCCGACCACGAGGTTACTTCCACCAAGCTAGAGAAGGGGCACACTATTGCCAAATACAATCCCTTCAAGAAATAGGCTACGTCTTTGAGATTG
++
+AAAACCFF@FFFCG#GGGGGBEGHHHAHBHGGBHHHHFGHFEHGHHHHFEDGGGBHBFHFHHH>GG/FHGAHGHEFHHHH.HFFGG@HIIIGHGHFHHGHHHGGGHHFGGEGGGHHHHGFHDHGHGHG->.HHGGC10GGGH/30H/HHG
+@c1-3378/1
+TTGACTACTTTGCTCACCCCTCTTGGTGATTCTATCCGTAGGATACAAGAGTCTGTGACCACGTCCGGAGGAAGAAAACAGGGACGCCTTATAGGAGCCATTATCGGTGGTGTAGCTCTCGGGGTCGCGACCGCTGCACAAATAACAGCA
++
+BCAAC>AFFFFAGGGGGGGGGGBH#FHHHHHHHHHGHHEHFHHHHFEHHHGH2GH2HGHHD>HHHH/HEEGGCEHHGHHGGHFGFHHH0IEEH2HHHHGHHHHHHHH/HGGGCHHGFDHF@4G?B0HHHFGHHGHHDHHHHHFHGHFGHC
+@c1-3378/2
+TCAGTGACCTCGTGTACAGCCTCATTGGTTGCAGCAATGCTCTCTTTGAGCCGGAGGATGTTGGCAGCATTTTGATTGGCTTGTATCAAAGCCGAGGCTGCTGTTATTTGTGCAGCGGTCGCGACCCCGAGAGCTACACCACCGATAATG
++
+B>ACADFFFFBBGGGGGGGBGGHHFFHGHHHGHHFHHDHHHH1EHGBGHHHHHGFAHHHGG?HHHHHH1GHHGH/FBBHBHDHGHHHFI3IICGHHFHHFBG@G?BHFFGGHHHGCHHGGH<G@GF2HHHH1E0GFBFHGHHFFHHGHHH
+@c1-3376/1
+GGCAGAAGAAGCAGGACAGGGTTGTCACTTGAGGTGTTGGACCTTGGGCTTGCAGAGAGGAGCTTGGTGCGGATACCGTGTGGTGTTAGGTTGGCAGGGATCTGCTGCGGGTTGCGGTGGTGATTAACCATTCAGTGCAAGGCGCTTAAT
++
+ACBBBFFFFFBFFGAGGGGGGGGHGHHHGGFHFHHHGHHHGHGHGGHHHGHH1HHGHGHHHEHHHHHFG?BHHGE1HHHHGGFGFHHHGIIIHFHHHGH<GHHH4HHHHHF1/GGFFHHGGHGHHHGHG/HHHGHH?HHHFHHG.FGF1G
+@c1-3376/2
+GATATAGGATTGGAGAAAGACACTGTCCGTGCATTGATCATGTCACGCCCTATGCACCCGAGCTCTTCAACTAAGCTCTTGAGCAAACTGGACGCAGCCGGATCGATTGAGGAAATTAGGAAAATTAAGCGCCTTGCACTGAATGGTTAA
++
+BACCAFFFDBFFGGAGGEGGGGGHFG3HHBHFHHBHHHHHBGHHHHAAHHHHHFH1HHHFHHGGGGFEGHBHFHG1HGBHFHH1CG5HDII;GGGHHHHFH:HHHEHHH/FHHHH?BHHFHHG0EHH;HHGFHFDHG?G<BH-=HHDHH<
+@c1-3374/1
+TCCTAGATCCTGGTTGTGCCAATGTTTCATCTCTAAGTGATCTACGGGCAGTTGCTCGATCCCACCCGGTTTTAATTTCTGGCCCCGGAGACCCATCTCCTTATGTGACCCAAGGAGGCGAAACGGCACTCAATAAACTCTCGCAGCCGG
++
+ADBBBCF1AFDAGGGEGGGGGGAH2HGHGH1HHHEGH5HHHHHGHHGGGHGHHGGHGHHHHHHHG3HEAGHHEHEHHHE1GGHEHFHHHIGIGG/HGHHGGHFHHGFGHGGFHAGGGFFCHHH-HHH1HGGH.HGHHHHHH<HHDEHGG0
+@c1-3374/2
+TCAATCGATCCGGCTGCGTCCAGTTTGCTCAAGAGCTTAGTTGAAGAGCTCGGGTGCATAGGGCGTGACATGATCAATGCACGGACAGTGTCTTTCTCCAATCCTATATCAGGCCCGCTTGCCATGGCAGGTTTGATCAATTCAGAGGGG
++
+B3B?>FFFFCFFEGGGGCGGGGGHGHHF#1FHBHHEBGHGHHFHHGEGHDHFHEHGHHHHHHFHHHHHFHAHGFGFHHHFHGHHGG1FIIIGGF?HEHGGGHFHHHDHGHHC3GHHHHHHGHEH2FHFEEHHH-HHHHFAHEFHHEFGC1
+@c1-3372/1
+TCAGACAGTCTCTAGCGGTCCGCATCTTCTTGGTTAGCGAGCTTAAGAGAGGCCGCAACACGGCAGGTGGGACCTCCACCTATTACAACTTGGTGGGGGATGTAGACTCATACATCAGGAACACCGGGCTCACTGCATTCTTCCTGACAC
++
+AACCBFCFCFFFGGGGGGGGGGHGGHHGGHGHHDGGHHHH?GHHHHHEHHHHGFHHHHHHFGHHGHFEGH>GEHGHFEHHHG>GHHHEGIBIFHHHGHHHHHHHHGGHGFGGHGHHBH:HHEHHHHH?FFHH.HHHHHCG0GHHHHHHFH
+@c1-3372/2
+AGTAGAGTTGTGCATACTCAGCGGGTGCAAAGCTCATCTGGTCACTGTCACCGAGCAATGTCATATACGGCGCATTATCCCCTTTCATCCGATATAAGCGCATGAGCTGCTTCATTTTTTGGATATCGCCTGAGAGGCTGCTAAGTGCAA
++
+ACBABFFBFFFBGGGFGG#GG3GHH2HAHHH1HGFGHHGBHHGHFEHBHH?FHGFGGHHFGDG1GHGAHHEGHGBHHHHHH1HHG13HIIEFHGFC1HFHGG40HEHGBH2HHHHGHHFHEGHHH@4HHFH<HHAHH1@/HCHH3GE/;G
+@c1-3370/1
+TCTCATAAGCTCGCTAACCAAGAAGATGCGGACCGCTAGAGACTGTCTGATTGTGAGTTGGATTGCGCTCCTGCATACGGGGTGGAGGATGTACTTCTTCTGGACCCTACCTTGCTGCATATACTTATTGATTCTTCTTGTTTCTGACTC
++
+BABC#FFFCFFFGGGGGAGGFGBEGGFG/HAHHHFHAHHGHHHGGHGDHHGHHGHHH11HHBFHHGHHDH?H>H/HHGHFHHHGGHEHHEIIFHHHFHHG3H/BH0HFGDGFHGHGEHGHHHHHHGHBHHGHHGHGGHHHHHHHFGHG;E
+@c1-3370/2
+TCGTCACAGCTGGGGTTGAGGGTGATGCACCAGAAGACATTACTGATACCTTGGAGAGGATCCTTTCTATCCAGGCTCAAGTATGGGTCACGGTGGCAAAGGCCATGACTGCATATGAGACAGCAGATGAGTCAGAAACAAGAAGAATCA
++
+ACADC5FFBBFFGEGGGGGG1AHHHHGHGGHHFHHBHHHBHHHHHHHAHG/HGHHAHAH5GGHHFDHFHHGHFHHHGHHG1HFGH0GHAEIIHFFHG33GHGF0G2HHHH?HHGFGGH2GHH1GHFFFGGHDHHE>H@HHH/GHGHFHGF
+@c1-3366/1
+ACCTTTGGGACAAGAGCTGAGGCAAATCCTTTAGTTGTACTTACAGACAAGGTTTCCAGATAGGTGGCACGCATATTATTTAGATTCCCGACTGAGGGTAGGATTACCTGTATACCCAAGAGTTGAGTCTGTGAGTCATACAGAATAGGG
++
+A3BADCCFBFFCGGGGGGGGGGGFHHGHHGGHGH0GAGHFHHHFFHHCH/AGHGHHGHGFCHEHGEHGGHHGHHHHHFHHEHF>FHHHGIIIGHHH/HBGGHHHHFHHGGHGFHHGGDHHHH1GHH;HHEHHHHHGHGH<HGHHHHGF?F
+@c1-3366/2
+GCCGCAAATCACTTCCCCTGCCTTAACTCAGCTGACTATCCAGGCGCTTTACAATCTAGCTGGTGGGAATATGGATTACTTGTTAACTAAGTTAGGTGTGGGGAATAACCAACTCAGCTCATTAATTAGTAGTGGCCTGATCACCGGCAA
++
+C>DCBFFFCFFBGGGEGGGGGGFFFFEHGFHFGHHHGHFHCHHGFHHACEHHG?HHFBFHGHHHHHGHHHGHGB3HHHHHHHHFHGH/IBII<GHHC3HHH@FDFGHH/HHHGC/DHHDF<HFCDHHG/H/HHFHHHHHHGGGHHG<FGF
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test_R1.rename.fq	Fri Mar 08 00:44:37 2024 +0000
@@ -0,0 +1,60 @@
+@c1-3396
+TCACTGTCACCGAGCAATGTCATATACGGCGCATTATCCCCTTTCATCCGATATAAGCGCATGAGCTGCTTCATTTTTTGGATATCGCCTGAGAGGCTGCTAAGTGCAAGGGCTGATGTCTTGGTGTTAATTCCATATTTAAGTGTCAGG
++
+CCABCF5FFCFFBGGAGGGGGFGGGFHGHHBHHGGHHGBGHHHHGGHFHGCHHHHHHGHHG/GFGHHA3HGHH?F1GHFFBGHHHHFGCFIIFFHHHGHHFHHHHHHGH<HHGFE3HGGHHEGHG-CGGHFHHHGGGGHHGBHHGHHE2H
+@c1-3394
+ATCCAGTCTCCAGCCAGCCAGGACACCTCCGATCGACAGGATAGACCAGACAAACCGCTGTCCACACCCGAGCAAGCGAGTCCGAACGACAGCCTGCCTGCCACATCCACCGACCAGCCTCCCACTCAGAACGCAGATGAAGCCAGCGAC
++
+AEEABFDBFDFAGGGGGFGGAGGGGGHGHHGGHGGGGHGFHGGFH1HGFHHFHHHHGGGFGHGEBHGGHHHGHHHHHCHHHGEGGHGHHIICFEFGHHHGGBHFHGHHHHHGHHHFFHH?GGFHHGHHHGHFGHGGB.HHHGHG0HHFHG
+@c1-3392
+GATGGACTCATCTAGGACAATCGGGCTGTACTTTGATTCTACCCTTCCTTCTAGCAACCTGCTAGCATTCCCGATCGTCCTACAAGATACAGGAGATGGGAAGAAGCAAATCGTCCCGCAATACAGGATCCAGCGTCTTGACTCGTGGAC
++
+ABAABFFFDCBFGGGGGGAGGGHHHHHH?GHGCHGHHHHHHHHHHHHGHHHHHHH>HGHHHHIHHGHG?BFHHHHGGHHH0HHHGFHEHGIGHHGHFHHFH;FHHD1@HHHHGGHHHHHFHHHHHHGHHDHHF0GHEG3H0HGGGGHHHH
+@c1-3390
+CTGGTTCTGCGGTCTCTCTTGACTCTTCCCGCGGCTCGGTTGGCTCCCCTGTTGTTGATTCAGACGTTGGTTGTGCCCTTCCTGAGGGCTCGACCATGGGCCCTTTTTAGCATTAGATGACTTATTGCTGAGTTTATCAAGCATCGATAA
++
+CBAACAFDF1FFFGGGBGGGGGHG#HHHHHEG4GHHHFFGFHHGHHCH11GHHFGHF/GHHGHHHGHFHHHHF/FHHGHHGHH/FDHGD1IIGHGEGHGHGHHHHHHH/FGGFGGGG9HHAHBHHGHH<HHGHGHH/G10HHGHHH/2HH
+@c1-3388
+GCCAGAGACCTTAAGTGCTGCAGTTGGGATCTTGTAGACGTCCTTTCTTGGCACCGCGGTCAGAGAGACAAAGTTTACTTTGTACTCTAGGGTTCCACTCCCAGGGATCTTCTCTGGGGCTCTCACGTGTTTGACTGCGTTCACCGACGA
++
+ABBCCFCFFFFFFGFGGGGFGEGHFGFHGHHHGAGHGHHGGHHGGBCBHHGDHHH/HHHGHHHHHEHHHGFHHEGCFGFHBGHHHHHHHIDGFHBHHHHHFHHHHH<EEF3FH2DHH0GGHHHHGHHGHGHHFHHBGHGGHGHGGHH2HG
+@c1-3386
+TAAATGAGGATATGGCCGCCGAGCTAAAGCTAACCCCAGCAGCAAGGAGAGGCTTGGCAGCTGCTGCCCAAAGAGTGTCTGAGGAGACCAGCAGCATAGATATGCTCACCCAACAAGCCGGGGTCCTCACCGGACTCAATAACGGAGGCT
++
+CBBBBFFFFDFB#GGGG01GFGEHHHHHHHHHGFEHHHFFAHGBHHHHHHFHGGGHFGHF1GHGHBF>HGGHGHHHGHHHHHHFCGFGHIIIGG1HHFHGHBGHHGHHFGHHGHDG0GHHE@GGHGFHH?GFFHHHHHHH;GHG?/HBGG
+@c1-3384
+TGTCACTATTCTTGTACAATATAGATCCAAATCGGTCTCTATACAGTATGAGGTGTCAAGCTCTTCTATCACAGAACCGACCTGTGTCACTACCTTTGGCACAAGAGCTGAGGCAAATCCTTTAGTTGTACTTACAGACAAGGTTTCCAG
++
+ACDABFFF9BFFG1GGGGGGGGHHHGHHHHFGGFHHHHHHHGGHHHGHHHGHHHHHEFFBHGGEHHB>GHHHH4HGHH0HHGHHGHGGEIGIHHHGHAG/HHHHHHHHHHHGFFHGFEHGHFFGHEHHFHHHHHGHFBHHHHCCHHHHDG
+@c1-3382
+TGTGCAAAAGCACCGTTGGAGGCATACAACAGGACATTGACTACTTTGCTCACCCCTCTTGGTGATTCTATCCGTAGGATACAAGAGTCTGTGACCACGTCCGGAGGAAGAAAACAGGGACGCCTTATAGGAGCCATTATCGGTGGTGTA
++
+CAABCFFFFFFFGGGGAGFGGGHHHGCDHHHH0HDHAHGHHEGFHGHHHHGGDEFHHGHFEFHEHHH0HGHCGHG;FHHHGCGHFHHHHIIIHHHHGHHHFGHHEFHGHGFGGHHHHHGHG?HEHGHHGHHHHHHAHHGHHHHF/HHHGA
+@c1-3380
+GAACCCATCTTGCACCTTGAAGGCACCAACCGGGATCCAGAATCTTCTACCCGTGTTTTTTCTAATTTGATAGACAGGCGAACTAATTATAAGTAATCAAGGCAAATCATTATTTAGTGTCATAGTGATCTGGGAAGATGGGTGGAGTGC
++
+DBCCBD3BFFBFGGGGGGGGGGHHHFHHHHHH0GHGHHHHHHHGGHHHHHHGHHBHHHFH?HGAFHHHGHH0HFGHHBHBHGGHFGHEHEI0HEBBHHHBHGCDHGHFGHGHHHHHHH?HHHHHH3HHHGHCH/FGGFHHHHHGGGGGHG
+@c1-3378
+TTGACTACTTTGCTCACCCCTCTTGGTGATTCTATCCGTAGGATACAAGAGTCTGTGACCACGTCCGGAGGAAGAAAACAGGGACGCCTTATAGGAGCCATTATCGGTGGTGTAGCTCTCGGGGTCGCGACCGCTGCACAAATAACAGCA
++
+BCAAC>AFFFFAGGGGGGGGGGBH#FHHHHHHHHHGHHEHFHHHHFEHHHGH2GH2HGHHD>HHHH/HEEGGCEHHGHHGGHFGFHHH0IEEH2HHHHGHHHHHHHH/HGGGCHHGFDHF@4G?B0HHHFGHHGHHDHHHHHFHGHFGHC
+@c1-3376
+GGCAGAAGAAGCAGGACAGGGTTGTCACTTGAGGTGTTGGACCTTGGGCTTGCAGAGAGGAGCTTGGTGCGGATACCGTGTGGTGTTAGGTTGGCAGGGATCTGCTGCGGGTTGCGGTGGTGATTAACCATTCAGTGCAAGGCGCTTAAT
++
+ACBBBFFFFFBFFGAGGGGGGGGHGHHHGGFHFHHHGHHHGHGHGGHHHGHH1HHGHGHHHEHHHHHFG?BHHGE1HHHHGGFGFHHHGIIIHFHHHGH<GHHH4HHHHHF1/GGFFHHGGHGHHHGHG/HHHGHH?HHHFHHG.FGF1G
+@c1-3374
+TCCTAGATCCTGGTTGTGCCAATGTTTCATCTCTAAGTGATCTACGGGCAGTTGCTCGATCCCACCCGGTTTTAATTTCTGGCCCCGGAGACCCATCTCCTTATGTGACCCAAGGAGGCGAAACGGCACTCAATAAACTCTCGCAGCCGG
++
+ADBBBCF1AFDAGGGEGGGGGGAH2HGHGH1HHHEGH5HHHHHGHHGGGHGHHGGHGHHHHHHHG3HEAGHHEHEHHHE1GGHEHFHHHIGIGG/HGHHGGHFHHGFGHGGFHAGGGFFCHHH-HHH1HGGH.HGHHHHHH<HHDEHGG0
+@c1-3372
+TCAGACAGTCTCTAGCGGTCCGCATCTTCTTGGTTAGCGAGCTTAAGAGAGGCCGCAACACGGCAGGTGGGACCTCCACCTATTACAACTTGGTGGGGGATGTAGACTCATACATCAGGAACACCGGGCTCACTGCATTCTTCCTGACAC
++
+AACCBFCFCFFFGGGGGGGGGGHGGHHGGHGHHDGGHHHH?GHHHHHEHHHHGFHHHHHHFGHHGHFEGH>GEHGHFEHHHG>GHHHEGIBIFHHHGHHHHHHHHGGHGFGGHGHHBH:HHEHHHHH?FFHH.HHHHHCG0GHHHHHHFH
+@c1-3370
+TCTCATAAGCTCGCTAACCAAGAAGATGCGGACCGCTAGAGACTGTCTGATTGTGAGTTGGATTGCGCTCCTGCATACGGGGTGGAGGATGTACTTCTTCTGGACCCTACCTTGCTGCATATACTTATTGATTCTTCTTGTTTCTGACTC
++
+BABC#FFFCFFFGGGGGAGGFGBEGGFG/HAHHHFHAHHGHHHGGHGDHHGHHGHHH11HHBFHHGHHDH?H>H/HHGHFHHHGGHEHHEIIFHHHFHHG3H/BH0HFGDGFHGHGEHGHHHHHHGHBHHGHHGHGGHHHHHHHFGHG;E
+@c1-3366
+ACCTTTGGGACAAGAGCTGAGGCAAATCCTTTAGTTGTACTTACAGACAAGGTTTCCAGATAGGTGGCACGCATATTATTTAGATTCCCGACTGAGGGTAGGATTACCTGTATACCCAAGAGTTGAGTCTGTGAGTCATACAGAATAGGG
++
+A3BADCCFBFFCGGGGGGGGGGGFHHGHHGGHGH0GAGHFHHHFFHHCH/AGHGHHGHGFCHEHGEHGGHHGHHHHHFHHEHF>FHHHGIIIGHHH/HBGGHHHHFHHGGHGFHHGGDHHHH1GHH;HHEHHHHHGHGH<HGHHHHGF?F
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test_R2.rename.fq	Fri Mar 08 00:44:37 2024 +0000
@@ -0,0 +1,60 @@
+@c1-3396
+GTATATGCAGCAAGGTAGGGTCCAGAAGAAGTACATCCTCCACCCCGTATGCAGGAGCGCAATCCAACTCACAATCAGACAGTCTCTAGCGGTCCGCATCTTCTTGGTTAGCGAGCTTAAGAGAGGCCGCAACACGGCAGGTGGGACCTC
++
+?BABAFFCFFFFGGGGGGAGGGHHHHFHHGH1HHHHF6FHHBHGGGFFGFHGH2HHH1EHGHHEHGCHGGHFGHHHHH@GCHHHHGGGGGFIF-HHF@HHGFHHHHHHGHDHHHGFEHHHE.GG.GFFHHH0?HH-GHH1H.H?H?G0HA
+@c1-3394
+CTGGTTCTGCGGTCTCTCTTGACTGTTCCCGCGGCTCGGTTGGCTCCCCTGTTGTTGATTCAGACGTTGGTTGTGCCCTTCCTGAGGGCTCGACCATGGGCCCTTTTTAGCATTAGATGACTTATTGCTGAGTTTATCAAGCATCGATAA
++
+ACBBBBFDFFFF#1EGGGGEGGHHGHGHHHECHHHGHGHHFFHFFEHGGHHFHAHBHFIGEDHHHBFHHHGH1G3FHHHHHFBGG2H-GIGGHHGH2HGHHHGHGGHHBHHHH/DE3HEGFHHHHGHH<<FH1HFGBDGFHF1HFEHG.2
+@c1-3392
+ATAGTGAGGCAGGCCCTTGCCAGCTCAACAAGATCCCCGACATTCGGTACACTCCCTAGGCAGAGCATAGCAGCGGAAAGTAACTCGCGCTTGGGATTATGATTGATCATGCCGACAGTGGCTTCTTCACTCCCGACCTGACAGATGAAT
++
+>BACAFFFCFF3FGBGGFGGGGHFFHGBHFHHHHHHGGBHHHHHFHHHHHHHGB2HHGHHHGGFF0/HFAF2HH1HHHHH5FGHGGFGIBIIHGHHGHHH.HHHHHGGGFHGGG0HHGEHGEG1HGH<GGHGFH/.GGGHHFGFHGCHHG
+@c1-3390
+CCGAACGACAGCCTGCCTGCCACATCCACCGACCAGCCTCCCACTCAGAACGCAGATGAAGCCAGCGACACACAGCTCAAGACCGGAGCAACTCTCTGTTATCGATGCTTGATAAACTCAGCAATAAGTCATCTAATGCTAAAAAGGGCC
++
+BBABAFFFF/FFGGFGGGGGGGGHH#BH@HHHGHFHHCFHCHHHEBHHGHHHH1EH1FHAHGHGEHHHH3H3HGH?HG0HHHHHHHHHIFIIHHFHG2GGB1G1G/B<GC/GHHFHFHHC/G2H3FGGGHHGHFGGFHGHHGCH0GGFD1
+@c1-3388
+GTAGTGCAGGCACCCCAGGTTCTGCAAAGCTGTAGGGTTGTGGCAAACAAATACTCGTCGGTGAACGCAGTCAAACACGTGAGAGCGCCAGAGAAGATCCCTGGGAGTGGAACCCTAGAGTCCAAAGTAAACTTTGTCTCTCTGACCGTG
++
+ABCEBBF1FBDFGGGGGFGGGGDGFGHEHHHHFGHHGHHHHHGGGFH1GHH6HHGHGGHH/GHEHHHCFG0HGGGHH@HHHH/GHGE/IEIIHHHGGHGHHGGFHH1GHHFHGFD?HGBEH0HCHHG<FHHFGEGF2HH/GHHHB-1HFC
+@c1-3386
+AGAGTTGGGCGCTTCTCTCATGCTATTTGCCACCGCTCTCATCAGATCCAGAAATTGGGTCTCCCCGTCCCCAGTGTCCTGTTGCCCTTGTGATCTGTTCGGTGCACCTTGGGGGGCTTGGGAGCCTCCGTTATTGAGTCCGGTGAGGAC
++
+CBAACFF5FBB3GGGG1GGGGGHGG0GHEHGHAHCHGHHFHBGAGHGGGFHHFHHHHFH5HH/HGBHHHHDHHGHGGHHHEHFGHF/HGIIGGHGHHFHGAH/>FHGHHEBHHGFHHF>2HHG@FHH1/HGBGGFHCH@HHFHHHHGF:G
+@c1-3384
+AGGTGTGGGGAATAACCAACTCAGCTCATTAATTAGTAGTGGCCTGATCACCGGCAACCCTATTCTGTATGACTCACAGACTCAACTCTTGGGTATACAGGTAATCCTACCCTCAGTCGGGAATCTAAATAATATGCGTGCCACCTATCT
++
+ABBA?FFFFFFFGGGGGEGGGGH3HH1GGFHHHEHHHGHGHGHGHHDGHHHHHGHHHH/GEHH1HH0GCHHB3HHHHHFGHHGFFGHBGIGGHGGGFHHGFHGFF/FHHHGFGHHH1GHGGEHHHGGHHFF?HHGDHH0GFFHH9GCAHH
+@c1-3382
+TTAACAAATTGCTGCATCTTCCCAACTGCCACTGCTAGTTGTGATAATCCGTCAGTGACCTCGTGTACAGCCTCATTGGTTGCAGCAATGCTCTCTTTGAGCCGGAGGATGTTGGCAGCATTTTGATTGGCTTGTATCAAAGCCGAGGCT
++
+BBA>CFFFFFFBGGGFGGGGGGGHHGFHGHHHEHHHHGHFFHGHF2HHGGGDHHHH3HGGG1FHHEHHHDHHA@GGB?/GHGHHBGFEGIIIHHGGHH0H0HGBHHGHHGGGH0H0GEEHHHGGGHHGHH:HHGHGFGGCHHHH-GHGH3
+@c1-3380
+CTGCGGAGTGTAAAAGTCATCATCCAAGCAGGCACCCAGCGCGCTGTTGCAGTGACCGCCGACCACGAGGTTACTTCCACCAAGCTAGAGAAGGGGCACACTATTGCCAAATACAATCCCTTCAAGAAATAGGCTACGTCTTTGAGATTG
++
+AAAACCFF@FFFCG#GGGGGBEGHHHAHBHGGBHHHHFGHFEHGHHHHFEDGGGBHBFHFHHH>GG/FHGAHGHEFHHHH.HFFGG@HIIIGHGHFHHGHHHGGGHHFGGEGGGHHHHGFHDHGHGHG->.HHGGC10GGGH/30H/HHG
+@c1-3378
+TCAGTGACCTCGTGTACAGCCTCATTGGTTGCAGCAATGCTCTCTTTGAGCCGGAGGATGTTGGCAGCATTTTGATTGGCTTGTATCAAAGCCGAGGCTGCTGTTATTTGTGCAGCGGTCGCGACCCCGAGAGCTACACCACCGATAATG
++
+B>ACADFFFFBBGGGGGGGBGGHHFFHGHHHGHHFHHDHHHH1EHGBGHHHHHGFAHHHGG?HHHHHH1GHHGH/FBBHBHDHGHHHFI3IICGHHFHHFBG@G?BHFFGGHHHGCHHGGH<G@GF2HHHH1E0GFBFHGHHFFHHGHHH
+@c1-3376
+GATATAGGATTGGAGAAAGACACTGTCCGTGCATTGATCATGTCACGCCCTATGCACCCGAGCTCTTCAACTAAGCTCTTGAGCAAACTGGACGCAGCCGGATCGATTGAGGAAATTAGGAAAATTAAGCGCCTTGCACTGAATGGTTAA
++
+BACCAFFFDBFFGGAGGEGGGGGHFG3HHBHFHHBHHHHHBGHHHHAAHHHHHFH1HHHFHHGGGGFEGHBHFHG1HGBHFHH1CG5HDII;GGGHHHHFH:HHHEHHH/FHHHH?BHHFHHG0EHH;HHGFHFDHG?G<BH-=HHDHH<
+@c1-3374
+TCAATCGATCCGGCTGCGTCCAGTTTGCTCAAGAGCTTAGTTGAAGAGCTCGGGTGCATAGGGCGTGACATGATCAATGCACGGACAGTGTCTTTCTCCAATCCTATATCAGGCCCGCTTGCCATGGCAGGTTTGATCAATTCAGAGGGG
++
+B3B?>FFFFCFFEGGGGCGGGGGHGHHF#1FHBHHEBGHGHHFHHGEGHDHFHEHGHHHHHHFHHHHHFHAHGFGFHHHFHGHHGG1FIIIGGF?HEHGGGHFHHHDHGHHC3GHHHHHHGHEH2FHFEEHHH-HHHHFAHEFHHEFGC1
+@c1-3372
+AGTAGAGTTGTGCATACTCAGCGGGTGCAAAGCTCATCTGGTCACTGTCACCGAGCAATGTCATATACGGCGCATTATCCCCTTTCATCCGATATAAGCGCATGAGCTGCTTCATTTTTTGGATATCGCCTGAGAGGCTGCTAAGTGCAA
++
+ACBABFFBFFFBGGGFGG#GG3GHH2HAHHH1HGFGHHGBHHGHFEHBHH?FHGFGGHHFGDG1GHGAHHEGHGBHHHHHH1HHG13HIIEFHGFC1HFHGG40HEHGBH2HHHHGHHFHEGHHH@4HHFH<HHAHH1@/HCHH3GE/;G
+@c1-3370
+TCGTCACAGCTGGGGTTGAGGGTGATGCACCAGAAGACATTACTGATACCTTGGAGAGGATCCTTTCTATCCAGGCTCAAGTATGGGTCACGGTGGCAAAGGCCATGACTGCATATGAGACAGCAGATGAGTCAGAAACAAGAAGAATCA
++
+ACADC5FFBBFFGEGGGGGG1AHHHHGHGGHHFHHBHHHBHHHHHHHAHG/HGHHAHAH5GGHHFDHFHHGHFHHHGHHG1HFGH0GHAEIIHFFHG33GHGF0G2HHHH?HHGFGGH2GHH1GHFFFGGHDHHE>H@HHH/GHGHFHGF
+@c1-3366
+GCCGCAAATCACTTCCCCTGCCTTAACTCAGCTGACTATCCAGGCGCTTTACAATCTAGCTGGTGGGAATATGGATTACTTGTTAACTAAGTTAGGTGTGGGGAATAACCAACTCAGCTCATTAATTAGTAGTGGCCTGATCACCGGCAA
++
+C>DCBFFFCFFBGGGEGGGGGGFFFFEHGFHFGHHHGHFHCHHGFHHACEHHG?HHFBFHGHHHHHGHHHGHGB3HHHHHHHHFHGH/IBII<GHHC3HHH@FDFGHH/HHHGC/DHHDF<HFCDHHG/H/HHFHHHHHHGGGHHG<FGF