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changeset 28:fdc981664a43

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author Matt Shirley <mdshw5@gmail.com>
date Wed, 01 Apr 2015 12:35:38 -0400
parents 8be4f23d1018
children ce2bb7841f17
files LICENSE README.md README.txt bam_dump.xml fastq_dump.xml sam_dump.xml sra_pileup.xml test-data/bam_dump_result.bam test-data/sam_dump_result.sam test-data/sra_pileup_result.pileup
diffstat 10 files changed, 10518 insertions(+), 90 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/LICENSE	Wed Apr 01 12:35:38 2015 -0400
@@ -0,0 +1,60 @@
+CONTENTS
+
+  Public Domain Notice
+  Exceptions (for bundled 3rd-party code)
+  Copyright F.A.Q.
+
+
+==============================================================
+                     PUBLIC DOMAIN NOTICE
+         National Center for Biotechnology Information
+
+With the exception of certain third-party files summarized below, this
+software is a "United States Government Work" under the terms of the
+United States Copyright Act.  It was written as part of the authors'
+official duties as United States Government employees and thus cannot
+be copyrighted.  This software is freely available to the public for
+use. The National Library of Medicine and the U.S. Government have not
+placed any restriction on its use or reproduction.
+
+Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
+and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
+Government do not and cannot warrant the performance or results that
+may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
+Government disclaim all warranties, express or implied, including
+warranties of performance, merchantability or fitness for any
+particular purpose.
+
+Please cite the authors in any work or product based on this material.
+
+
+==============================================================
+Copyright F.A.Q.
+
+
+--------------------------------------------------------------
+Q. Our product makes use of the NCBI source code, and we made changes
+   and additions to that version of the NCBI code to better fit it to
+   our needs. Can we copyright the code, and how?
+
+A. You can copyright only the *changes* or the *additions* you made to the
+   NCBI source code. You should identify unambiguously those sections of
+   the code that were modified, e.g. by commenting any changes you made
+   in the code you distribute. Therefore, your license has to make clear
+   to users that your product is a combination of code that is public domain
+   within the U.S. (but may be subject to copyright by the U.S. in foreign
+   countries) and code that has been created or modified by you.
+
+--------------------------------------------------------------
+Q. Can we (re)license all or part of the NCBI source code?
+
+A. No, you cannot license or relicense the source code written by NCBI
+   since you cannot claim any copyright in the software that was developed
+   at NCBI as a 'government work' and consequently is in the public domain
+   within the U.S.
+
+--------------------------------------------------------------
+Q. What if these copyright guidelines are not clear enough or are not
+   applicable to my particular case?
+
+A. Contact us. Send your questions to 'sra-tools@ncbi.nlm.nih.gov'.
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.md	Wed Apr 01 12:35:38 2015 -0400
@@ -0,0 +1,30 @@
+[![Build Status](https://travis-ci.org/mdshw5/sra-tools-galaxy.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/mdshw5/sra-tools-galaxy)
+
+The Galaxy tool wrappers contained in this tool shed repository rely on software developed by
+the NCBI: http://github.com/ncbi/sra-tools.
+
+# INSTALLATION
+
+This software release was designed to install using the Galaxy toolshed under Linux and MacOS operating systems on Intel x86-compatible 32/64 bit architectures.
+
+*Build Requirements*
+
+- bash
+- git
+- make
+- gcc
+- g++
+- perl
+- libxml2
+
+On a Debian OS use:
+
+    apt-get install build-essential libxml2-dev git
+
+On a Mac with [command line tools](https://developer.apple.com/downloads/index.action) installed:
+
+    brew install git libxml2
+
+CONTROLLED-ACCESS DATA
+
+Encrypted, controlled-access data is not supported.
--- a/README.txt	Mon Mar 30 22:40:59 2015 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,39 +0,0 @@
-The Galaxy tool wrappers contained in this tool shed repository rely on software developed by 
-the NCBI Sequence Read Archive: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. 
-Use of SRA Toolkit software herin should comply with the GPL v2 or greater.
-
-Copyright (C) 2013  Matthew Shirley
-
-    This program is free software: you can redistribute it and/or modify
-    it under the terms of the GNU General Public License as published by
-    the Free Software Foundation, either version 2 of the License, or
-    (at your option) any later version.
-
-    This program is distributed in the hope that it will be useful,
-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-    GNU General Public License for more details.
-
-    You should have received a copy of the GNU General Public License
-    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
-    
-INSTALLATION
-
-This software release was designed to run under Linux, MacOSX operating systems on Intel x86-compatible 64 bit architectures.
-
-Build Requirements:
-  ar 
-  bash
-  make
-  gcc, g++
-  libxml2
-  libcurl4
-  zlib
-  
-On a debian based Linux OS use:
-
-  apt-get install build-essential libxml2-dev libcurl4-openssl-dev zlib-dev
-  
-CONTROLLED-ACCESS DATA
-
-Encrypted, controlled-access data is not supported in this version of the SRA Toolkit Galaxy tool shed.
\ No newline at end of file
--- a/bam_dump.xml	Mon Mar 30 22:40:59 2015 -0400
+++ b/bam_dump.xml	Wed Apr 01 12:35:38 2015 -0400
@@ -1,7 +1,7 @@
 <tool id="bam_dump" name="Extract reads" version="1.1.2">
   <description> in BAM format from NCBI SRA.</description>
   <command>
-    sam-dump --log-level fatal
+    sam-dump --log-level fatal --disable-multithreading
     #if str( $region ) != "":
       --aligned-region $region
     #end if
@@ -11,7 +11,7 @@
     #if str( $minMapq ) != "":
       --minmapq $minMapq
     #end if
-    #if $header == "yes":
+    #if str( $header ) == "yes":
       --header
     #else:
       --no-header
@@ -29,10 +29,8 @@
       $input.file
     #elif $input.input_select == "accession_number":
       $input.accession
-    #elif $input.input_select == "text":
-      `cat $input.text`
     #end if
-    | samtools view -Sb - > $output
+    | samtools view -Sb - 2> /dev/null > $output
   </command>
   <version_string>sam-dump --version</version_string>
   <inputs>
@@ -40,7 +38,6 @@
       <param name="input_select" type="select" label="select input type">
         <option value="accession_number">SRR accession</option>
         <option value="file">SRA archive in current history</option>
-        <option value="text">text file containing SRR accession</option>
       </param>
       <when value="file">
         <param format="sra" name="file" type="data" label="sra archive"/>
@@ -48,12 +45,9 @@
       <when value="accession_number">
         <param format="text" name="accession" type="text" label="accession"/>
       </when>
-      <when value="text">
-        <param format="txt" name="text" type="data" label="text file"/>
-      </when>
     </conditional>
-    <param format="text" name="region" type="text" label="aligned region"/>
-    <param format="text" name="matepairDist" type="text" label="mate-pair distance (from-to|unknown)"/>
+    <param format="text" name="region" type="text" label="aligned region (chr:start-end)"/>
+    <param format="text" name="matepairDist" type="text" label="mate-pair distance (from-to)"/>
     <param format="text" name="header" type="select" value="yes">
       <label>output BAM header</label>
       <option value="yes">Yes</option>
@@ -75,14 +69,25 @@
   <outputs>
     <data name="output" format="bam"/>
   </outputs>
+  <stdio>
+    <exit_code range="127" level="fatal" description="Could not locate sam-dump and/or samtools binary"/>
+  </stdio>
   <requirements>
     <requirement type="package" version="2.4.5">sra_toolkit</requirement>
     <requirement type="package" version="1.2">samtools</requirement>
   </requirements>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input_select" value="accession_number"/>
+      <param name="accession" value="SRR925743"/>
+      <param name="region" value="17:41243452-41277500"/>
+      <output name="output" file="bam_dump_result.bam" ftype="bam" />
+    </test>
+  </tests>
   <help>
-    This tool extracts reads from sra archives using sam-dump.
-    Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies.
-    The sam-dump program is developed at NCBI, and is available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software.
-    Contact Matt Shirley at mdshw5@gmail.com for support and bug reports.
+      This tool extracts reads from sra archives using sam-dump.
+      Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies.
+      The sam-dump program is developed at NCBI, and is available at: http://github.com/ncbi/sra-tools
+      Please submit inquiries and bug reports to http://github.com/mdshw5/sra-tools-galaxy.
   </help>
 </tool>
--- a/fastq_dump.xml	Mon Mar 30 22:40:59 2015 -0400
+++ b/fastq_dump.xml	Wed Apr 01 12:35:38 2015 -0400
@@ -1,5 +1,5 @@
 <tool id="fastq_dump" name="Extract reads" version="1.1.2">
-  <description> from NCBI SRA.</description>
+  <description> in FASTQ/A format from NCBI SRA.</description>
   <command>
     fastq-dump --log-level fatal
     #if $input.input_select == "file":
@@ -123,9 +123,9 @@
     </test>
   </tests>
   <help>
-    This tool extracts reads from SRA archives using fastq-dump.
-    Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies.
-    The fastq-dump program is developed at NCBI, and is available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software.
-    Contact Matt Shirley at mdshw5@gmail.com for support and bug reports.
+      This tool extracts reads from sra archives using sam-dump.
+      Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies.
+      The sam-dump program is developed at NCBI, and is available at: http://github.com/ncbi/sra-tools
+      Please submit inquiries and bug reports to http://github.com/mdshw5/sra-tools-galaxy.
   </help>
 </tool>
--- a/sam_dump.xml	Mon Mar 30 22:40:59 2015 -0400
+++ b/sam_dump.xml	Wed Apr 01 12:35:38 2015 -0400
@@ -1,7 +1,7 @@
 <tool id="sam_dump" name="Extract reads" version="1.1.2">
   <description> in SAM format from NCBI SRA.</description>
   <command>
-    sam-dump --log-level fatal
+    sam-dump --log-level fatal --disable-multithreading
     #if str( $region ) != "":
       --aligned-region $region
     #end if
@@ -11,7 +11,7 @@
     #if str( $minMapq ) != "":
       --minmapq $minMapq
     #end if
-    #if $header == "yes":
+    #if str( $header ) == "yes":
       --header
     #else:
       --no-header
@@ -25,15 +25,10 @@
     #if (str( $primary ) == "yes") and (str ( $alignments != "unaligned") ):
       --primary
     #end if
-    #if str( $fastq ) == "yes":
-      --fastq
-    #end if
     #if $input.input_select == "file":
       $input.file
     #elif $input.input_select == "accession_number":
       $input.accession
-    #elif $input.input_select == "text":
-      `cat $input.text`
     #end if
     > $output
   </command>
@@ -43,7 +38,6 @@
       <param name="input_select" type="select" label="select input type">
         <option value="accession_number">SRR accession</option>
         <option value="file">SRA archive in current history</option>
-        <option value="text">text file containing SRR accession</option>
       </param>
       <when value="file">
         <param format="sra" name="file" type="data" label="sra archive"/>
@@ -51,12 +45,9 @@
       <when value="accession_number">
         <param format="text" name="accession" type="text" label="accession"/>
       </when>
-      <when value="text">
-        <param format="txt" name="text" type="data" label="text file"/>
-      </when>
     </conditional>
-    <param format="text" name="region" type="text" label="aligned region"/>
-    <param format="text" name="matepairDist" type="text" label="mate-pair distance (from-to|unknown)"/>
+    <param format="text" name="region" type="text" label="aligned region (chr:start-end)"/>
+    <param format="text" name="matepairDist" type="text" label="mate-pair distance (from-to)"/>
     <param format="text" name="header" type="select" value="yes">
       <label>output SAM header</label>
       <option value="yes">Yes</option>
@@ -74,26 +65,25 @@
       <option value="yes">Yes</option>
     </param>
     <param format="text" name="minMapq" type="text" label="minimum mapping quality"/>
-    <param format="text" name="fastq" type="select" value="no">
-      <label>output fastq</label>
-      <option value="no">No</option>
-      <option value="yes">Yes</option>
-    </param>
   </inputs>
   <outputs>
-    <data name="output" format="sam">
-      <change_format>
-        <when input="fastq" value="yes" format="fastq"/>
-      </change_format>
-    </data>
+    <data name="output" format="sam"/>
   </outputs>
   <requirements>
     <requirement type="package" version="2.4.5">sra_toolkit</requirement>
   </requirements>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input_select" value="accession_number"/>
+      <param name="accession" value="SRR925743"/>
+      <param name="region" value="17:41243452-41277500"/>
+      <output name="output" file="sam_dump_result.sam" ftype="sam" />
+    </test>
+  </tests>
   <help>
-    This tool extracts reads from sra archives using sam-dump.
-    Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies.
-    The sam-dump program is developed at NCBI, and is available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software.
-    Contact Matt Shirley at mdshw5@gmail.com for support and bug reports.
+      This tool extracts reads from sra archives using sam-dump.
+      Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies.
+      The sam-dump program is developed at NCBI, and is available at: http://github.com/ncbi/sra-tools
+      Please submit inquiries and bug reports to http://github.com/mdshw5/sra-tools-galaxy.
   </help>
 </tool>
--- a/sra_pileup.xml	Mon Mar 30 22:40:59 2015 -0400
+++ b/sra_pileup.xml	Wed Apr 01 12:35:38 2015 -0400
@@ -42,10 +42,18 @@
   <requirements>
     <requirement type="package" version="2.4.5">sra_toolkit</requirement>
   </requirements>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input_select" value="accession_number"/>
+      <param name="accession" value="SRR925743"/>
+      <param name="region" value="17:41243452-41277500"/>
+      <output name="output" file="sra_pileup_result.pileup" ftype="pileup" />
+    </test>
+  </tests>
   <help>
-    This tool produces pileup format from sra archives using sra-pileup.
-    Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies.
-    The sra-pileup program is developed at NCBI, and is available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software.
-    Contact Matt Shirley at mdshw5@gmail.com for support and bug reports.
+      This tool extracts reads from sra archives using sam-dump.
+      Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies.
+      The sam-dump program is developed at NCBI, and is available at: http://github.com/ncbi/sra-tools
+      Please submit inquiries and bug reports to http://github.com/mdshw5/sra-tools-galaxy.
   </help>
 </tool>
Binary file test-data/bam_dump_result.bam has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sam_dump_result.sam	Wed Apr 01 12:35:38 2015 -0400
@@ -0,0 +1,3025 @@
+@HD	VN:1.3
+@SQ	SN:1	AS:CM000663.1	LN:249250621
+@SQ	SN:2	AS:CM000664.1	LN:243199373
+@SQ	SN:3	AS:CM000665.1	LN:198022430
+@SQ	SN:4	AS:CM000666.1	LN:191154276
+@SQ	SN:5	AS:CM000667.1	LN:180915260
+@SQ	SN:6	AS:CM000668.1	LN:171115067
+@SQ	SN:7	AS:CM000669.1	LN:159138663
+@SQ	SN:8	AS:CM000670.1	LN:146364022
+@SQ	SN:9	AS:CM000671.1	LN:141213431
+@SQ	SN:10	AS:CM000672.1	LN:135534747
+@SQ	SN:11	AS:CM000673.1	LN:135006516
+@SQ	SN:12	AS:CM000674.1	LN:133851895
+@SQ	SN:13	AS:CM000675.1	LN:115169878
+@SQ	SN:14	AS:CM000676.1	LN:107349540
+@SQ	SN:15	AS:CM000677.1	LN:102531392
+@SQ	SN:16	AS:CM000678.1	LN:90354753
+@SQ	SN:17	AS:CM000679.1	LN:81195210
+@SQ	SN:18	AS:CM000680.1	LN:78077248
+@SQ	SN:19	AS:CM000681.1	LN:59128983
+@SQ	SN:20	AS:CM000682.1	LN:63025520
+@SQ	SN:21	AS:CM000683.1	LN:48129895
+@SQ	SN:22	AS:CM000684.1	LN:51304566
+@SQ	SN:X	AS:CM000685.1	LN:155270560
+@SQ	SN:Y	AS:CM000686.1	LN:59373566
+@SQ	SN:M	AS:J01415.2	LN:16569
+@SQ	SN:1_gl000191_random	AS:NT_113878.1	LN:106433
+@SQ	SN:4_gl000193_random	AS:NT_113885.1	LN:189789
+@SQ	SN:4_gl000194_random	AS:NT_113888.1	LN:191469
+@SQ	SN:Un_gl000218	AS:NT_113889.1	LN:161147
+@SQ	SN:6_cox_hap2	AS:NT_113891.2	LN:4795371
+@SQ	SN:7_gl000195_random	AS:NT_113901.1	LN:182896
+@SQ	SN:8_gl000197_random	AS:NT_113907.1	LN:37175
+@SQ	SN:8_gl000196_random	AS:NT_113909.1	LN:38914
+@SQ	SN:9_gl000201_random	AS:NT_113911.1	LN:36148
+@SQ	SN:9_gl000198_random	AS:NT_113914.1	LN:90085
+@SQ	SN:9_gl000200_random	AS:NT_113915.1	LN:187035
+@SQ	SN:9_gl000199_random	AS:NT_113916.2	LN:169874
+@SQ	SN:11_gl000202_random	AS:NT_113921.2	LN:40103
+@SQ	SN:Un_gl000212	AS:NT_113923.1	LN:186858
+@SQ	SN:17_gl000205_random	AS:NT_113930.1	LN:174588
+@SQ	SN:17_gl000203_random	AS:NT_113941.1	LN:37498
+@SQ	SN:17_gl000204_random	AS:NT_113943.1	LN:81310
+@SQ	SN:17_gl000206_random	AS:NT_113945.1	LN:41001
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