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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/getmlst.xml Fri Nov 17 11:49:10 2017 -0500 @@ -0,0 +1,101 @@ +<tool id="getmlst" name="getmlst" version="0.1.4.1"> + <description>Download MLST datasets by species from pubmlst.org</description> + <requirements> + <requirement type="package" version="0.1.4.6">srst2</requirement> + </requirements> + <stdio> + <exit_code range="2" level="fatal" description="Please be more specific."/> + <exit_code range="1" level="fatal" description="No species matched your query."/> + </stdio> + <command><![CDATA[ + $__tool_directory__/getmlst.pl $mlst_db $mlst_defs '$species' + ]]></command> + <inputs> + <param name="species" type="text" label="The name of the genus, or genus and species that you want to download." help="Please note you will receive an error if multiple results are returned."/> + </inputs> + <outputs> + <data format="fasta" name="mlst_db" label="MLST Database"/> + <data format="tabular" name="mlst_defs" label="MLST Definitions"/> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="species" value="Listeria monocytogenes"/> + <output name="mlst_db" file="mlst_database_test.fasta" ftype="fasta"/> + <output name="mlst_defs" file="mlst_definitions_test.tabular" ftype="tabular"/> + </test> + </tests> + <help> + +**GetMLST** + +GetMLST_ downloads MLST datasets from pubmlst.org. + +Data is downloaded for a species determined by the users + + - profiles (maps STs to allele numbers) + - numbered sequences for each locus in the scheme + +In addition, the alleles are concatenated together for use with SRST2. + +.. _`GetMLST`: https://github.com/katholt/srst2 + +----- + +**What it does** + +Searches a database for a given organism and returns the MLST Database(fasta) and MLST Definitions(tabular). + +**Usage** + +Enter the genus and species of the organism to search and press Execute + +**Tips** + +1. To produce a list of all species avaialble for a specific genus, enter the genus name and press "Execute". + + - *Helicobacter* will not generate MLST Database or MLST Definition files and an error will occur however the following output will be generated: + + - *The following 3 species match your query, please be more specific:* + - Helicobacter cinaedi + - Helicobacter pylori + - Helicobacter suis + + - + +2. To return a list of all species available from a database leave the name blank and press "Execute". + + - Leaving the text field blank will not generate MLST Database or MLST Definition files and an error will occur however the following output will be generated: + + - *The following 114 species match your query, please be more specific:* + - Achromobacter spp. + - Acinetobacter baumannii#1 + - Acinetobacter baumannii#2 + - Aeromonas spp. + - Anaplasma phagocytophilum + - Arcobacter spp. + - Aspergillus fumigatus + - Bacillus cereus + - Bacillus licheniformis + - Bacillus subtilis + - Bifidobacterium + - Bordetella spp. + - Borrelia spp. + - Brachyspira hampsonii + - Brachyspira hyodysenteriae + - Brachyspira intermedia + - Brachyspira pilosicoli + - Brachyspira spp. + - Burkholderia cepacia complex + - Burkholderia pseudomallei + - Campylobacter concisus/curvus + - Campylobacter fetus + - Campylobacter helveticus + - Campylobacter hyointestinalis + - ... + + </help> + + <citations> + <citation type="doi">10.1186/s13073-014-0090-6</citation> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/mlst_database_test.fasta Fri Nov 17 11:49:10 2017 -0500 @@ -0,0 +1,15049 @@ +>abcZ_1 +AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGACTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT +TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT +ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT +GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT +GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCCCGCAAATTCGTTGAT +ATTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGTCAA +AAAATTATTATCACAAATGGCTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC +AATATCGTTAAAAACGCCACTTACAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG +ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA +>abcZ_2 +AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT +TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT +ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT +GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT 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