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author petr-novak
date Fri, 22 Nov 2019 07:56:48 -0500
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   <title> ChIP-Seq Mapper Output </title>
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 df$"Normalized ratio Chip/(Chip+Input)"=(df$Chip_Hits/chipN)/((df$Input_Hits/inputN)+(df$Chip_Hits/chipN))
 
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-outputTable = outputTable[!is.na(outputTable$Cluster),]
+outputTable = df[df$"Normalized ratio Chip/(Chip+Input)" > threshld,
+                 ]
+outputTable = outputTable[!is.na(outputTable$Cluster),
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+                            'Normalized ratio Chip/Input','Normalized ratio Chip/(Chip+Input)')]
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-lims=range(df$"Normalized ratio Chip/Input", finite = TRUE)
-suppressWarnings(plot(df$Cluster,df$"Normalized ratio Chip/Input", xlab="Cluster Nr.", ylab="Normalize ChiP/Seq ratio", pch=20, ylim=lims))
-abline(h=1,col='#00000080', lwd = 2)
-abline(h=2,col='#FF000080', lwd = 2)
 
 suppressWarnings(plot(df$Cluster,df$"Normalized ratio Chip/(Chip+Input)", xlab="Cluster Nr.", ylab="Normalized Chip/(Chip+Input)", pch=20))
 abline(h=0.5,col='#00000080', lwd = 2)
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 if (nrow(outputTable)>0){
-    HTML(outputTable, file=filename, classtable = "dataframe", row.names=FALSE, Align='left')
+  HTML(outputTable, file=filename, classtable = "dataframe",
+       row.names=FALSE, align='left', caption="Clusters with Normalized ChIP/Input ratio > 2", captionalign="top")
 }
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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         help = "file specifying cutadapt options", default = NULL), make_option(c("-j", 
         "--chunk_size"), action = "store", type = "numeric", help = "Number of sequences processed in single step. This option affect speed of processing and memory usage [default %default]", 
-        default = 1e+06),
+        default = 1000000),
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+## adjust chunk size to make last chunk of the same size is all other
+## this is to avoid small last chunk
+CHUNK_SIZE = round(n1/number_of_chunks)
+
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     CHUNK_SIZE = n1
     number_of_chunks = 1
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-    sample_size_in_chunk = opt$sample_size/number_of_chunks
+  sample_size_in_chunk = round(opt$sample_size/number_of_chunks)
+  n_missing = opt$sample_size - sample_size_in_chunk * number_of_chunks
 } else {
-    sample_size_in_chunk = CHUNK_SIZE
+  sample_size_in_chunk = CHUNK_SIZE
+  n_missing = 0
 }
 
+cat("number chunks ", number_of_chunks, "\n")
+cat("chunks size ", CHUNK_SIZE, "\n")
 # adjust the chunk size to get exact count of sequences:
 CHUNK_SIZE = ceiling(n1/number_of_chunks)
 F_id = ifelse(opt$rename, "/1", "1")
@@ -263,11 +271,14 @@
 nucleotideFrequenciesForward = nucleotideFrequenciesReverse = matrix(0)
 while (TRUE) {
     chunk = chunk + 1
+    cat("chunk number ", chunk, "\n")
     fq1 <- yield(f1)
     fq2 <- yield(f2)
     if (length(fq1) == 0) {
         break
     }
+    cat("chunk number ", chunk, " imported\n")
+    cat("chunk size", length(fq1), "\n")
     ## rename
     chunk_id = sprintf(paste0("%0", round(log10(number_of_chunks)) + 1, "d"), chunk)
     cat("chunk id ", chunk_id, "\n")
@@ -341,7 +352,7 @@
     
 
 
-                                        # remove sequences similar to filter database (e.g. plastid DNA)
+    ## remove sequences similar to filter database (e.g. plastid DNA)
     if (!is.null(opt$filter_seq)){
       blast_results1 =  megablast(fqF1, database=opt$filter_seq)
       blast_results2 =  megablast(fqF2, database=opt$filter_seq)
@@ -374,8 +385,9 @@
     fqF2@id = BStringSet(paste0(id(fqF2), R_id))
     
     
-    if (sum(inc1) > sample_size_in_chunk) {
-        smp = sort(sample(sum(inc1), sample_size_in_chunk))
+    if (sum(inc1) > (sample_size_in_chunk + n_missing)) {
+        smp = sort(sample(sum(inc1), sample_size_in_chunk + n_missing))
+        n_missing = 0  ## this was to correct rounding error
         writeFun(fqF1[inc1][smp], file = f1out, mode = "a")
         writeFun(fqF2[inc2][smp], file = f2out, mode = "a")
         nfrq1 = alphabetByCycle(sread(fqF1[inc1][smp]))
--- a/paired_fastq_filtering.xml	Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400
+++ b/paired_fastq_filtering.xml	Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500
@@ -1,4 +1,7 @@
 <tool id="paired_fastq_filtering" name="Preprocessing of fastq paired-reads">
+  <stdio>
+     <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error" />
+  </stdio>
   <description>
     Preprocessing of paired reads fastq files
     including trimming, quality filtering, cutadapt filtering and interlacing. Broken
--- a/single_fastq_filtering.R	Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400
+++ b/single_fastq_filtering.R	Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500
@@ -201,25 +201,25 @@
 
 
 number_of_chunks=round(n1/CHUNK_SIZE)
+CHUNK_SIZE = round(n1/number_of_chunks)
+
 if (number_of_chunks==0){
 	CHUNK_SIZE=n1
 	number_of_chunks=1
 }
 if (!is.null(opt$sample_size)){
-	sample_size_in_chunk=opt$sample_size/number_of_chunks
+	sample_size_in_chunk=round(opt$sample_size/number_of_chunks)
+  n_missing = opt$sample_size - sample_size_in_chunk * number_of_chunks
 }else{
 	sample_size_in_chunk=CHUNK_SIZE
+  n_missing = 0
 }
 
 # adjust the chunk size to get exact count of sequences:
 CHUNK_SIZE = ceiling(n1/number_of_chunks)
 save.image("tmp.RData")
 
-print("--------------------------------")
-print (sample_size_in_chunk)
-print (opt$sample_size)
-print (CHUNK_SIZE)
-print("--------------------------------")
+
 f1 <- FastqStreamer(opt$fastqA, CHUNK_SIZE)
 total=0
 nucleotideFrequenciesForward = matrix(0)
@@ -291,8 +291,9 @@
 	# filter complete pairs again:
 
 	# create new id - last character must differentiate pair - for interlacig
-	if (length(fqF1)>sample_size_in_chunk){
-		smp=sort(sample(seq_along(fqF1),sample_size_in_chunk))
+	if (length(fqF1)>(sample_size_in_chunk + n_missing)){
+		smp=sort(sample(seq_along(fqF1),sample_size_in_chunk + n_missing))
+    n_missing = 0
 		writeFun(fqF1[smp],file=f1out,mode='a')
     nfrq1 = alphabetByCycle(sread(fqF1[smp]))
 
--- a/single_fastq_filtering.xml	Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400
+++ b/single_fastq_filtering.xml	Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500
@@ -1,4 +1,7 @@
 <tool id="single_fastq_filtering" name="Preprocessing of fastq reads">
+  <stdio>
+    <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error" />
+  </stdio>
   <description>
     Preprocessing of fastq files
     including trimming, quality filtering, cutadapt filtering and sampling
Binary file test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz has changed
Binary file test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz has changed
--- a/test_data/seq_C_10k	Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,30000 +0,0 @@
->2000001
-GTTTATCTGATTTGGCATGAGTATTTCATGGTGTACAATGCATTTGATGTATCTGAGAAT
-TCTCTTAGCTACAAGTATAAATTGTATGATCTTGGTTCCT
->2000002
-TGATCTACCAAATTATCTAATGAGGCTTTATAGAAGCTAGCATATAGGAAGAAGATATTG
-TTTCCTGAGAGATCTAGTTGGCAAGATCGGAAGAGCACAC
->2000003
-GTTCAATATGGTGAAGTATTGATATTTCTTTTCATCAATACCGTGAGGTATTGATCTTTC
-TTTTTCTTCAAAACCGTGAAGTATTGATCTTCCCTAGATC
->2000004
-TGCAACACTAGATCTTTTACTTGTCATATTGCGGGCTTATTAAGCAGATAGATGGAGGAA
-CCAAGATCATACAATTTATAGTTTGAGCTAAAAGATTCCT
->2000005
-CTTTTTGGTTTATTACGGTTTTGGATTTTGCTTACACGGGATTGACCTTTCAACGACTCA
-TGTTATGTAATGTAGTTCTTTGTTCATCGAGTACTGGACC
->2000006
-GAATATTGGAAGACTGAGCTACAACTTGCAGATTTTCTAACCAAGCCATCAAAGAAAACA
-AGACTTGAGGGTTTTAAAATACTTATGTAAATGAGAAGAC
->2000007
-TCCCGGTAGATTGAAAACCCGAAAGGGCAATCTAGGAAAAAGTTAGGGATTCATGGCAAG
-TAACTGCATCATAAGACTTGATCGCCCGCAACGTCGAGAT
->2000008
-TAAAGAGAACTACGTTACATAACATGAGCAGTTGAAAGGTCAATCCCAAGTAAGCAAAAT
-CAAAGCCATAATAAGCCAAAGAGAAAAGAAAGGAAGATCG
->2000009
-GACAAAGACTCAACCATAAAGAAGAAGTTGCAGAGAAAAGAAGTGCTTTACATACTATGA
-GTAGTTGAAACGTACCTTATCTGTAGACCAAATAGCTAGT
->2000010
-TATAAAATCATAAAAACGTAACGATTTGTTATCTCGTTGTCATTCTGACTTCCTCTCAAA
-CTCTGAATTGGAATAGCTAGATGCAAGATCGGAAGAGCAC
->2000011
-TGCCAAATAAGAAAAACTCAAGAAAGGGGAGGGAAATGCATATGTCTATTCTAATTCAGA
-TATAAAAGAAAGACAACATGACATGTTGCAGCCTCTAGAT
->2000012
-CTTTCTATCGAAATCTTTACTTCATTGCTTTATCGCTTTTCTTAACCTTTTTTATTGTCA
-AACTGTTCATAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAG
->2000013
-GGATGGGTAGTCGATTTATCCGCCAATTGCAATGTCATTTTTGTTGCTTTCATATCAATG
-CTCCCTAATCTTTTCACAATCGACAATAGAATCAAGTTTA
->2000014
-GACTCGTAGATGGAACCTTGTACAAGCAGATCATCAATTCACTAAAGTACATATGCAACA
-CGAGACATTATATTTGTCATAGTGTGGTCTTAGTAAGCAG
->2000015
-GTACTAGTATGATATCATGCTCGTTATTCTTGATGAAAAGAGTGTTATCAACCTGTCCTC
-CATGTAACATTTTTTCAGGCGGGAATTTAATTAAAGTGGC
->2000016
-GAGTTTTTGAAAGGATCAATCCTTATCTACCAAAGACTCAACCATAAAGAAGAAGTTGCA
-GAGAAAAGAAGTGCTTTACATACTATGAGTAGTTGAAGCG
->2000017
-GAGCCCAATTCCTATATTCCGATGAAGCTCTTCATTAGAGCTTTAATTGGAAGAGCTAAG
-ACTCATCCTCTCTCTCAACACAGATAAAAAACCACACATT
->2000018
-CTCTTTTTAACCTTTGTAACACATTCACGTCATTCCAATAAACATTATTTTTACCTTGAT
-TTCAGTCTAAGACATTATAAATTCCATGGAGTCTGTAAAA
->2000019
-ACTAAATGAAGAAAAGAAACTACATTACACAACATGAGTAGTTGAAAGGGCCAACCCTTG
-TTAATTAAAGACTTAAGCCTAGTAAACCAAAAACAGAGAA
->2000020
-CCATTCATCAAGCTACGGTACATACTTTGACTTAGCTTATAGGTAAATTCATCAAGGTAA
-CGTAGATATTTTGACTTAGTGTAAGGTCGAATCCTCAACG
->2000021
-CGTCAAAAAATGTACATTTCAACTACTCAAACTATGTAATGTACTTTCAATCCTCTTTAT
-TTGTTTTCTTATTGTTAAGTCTTTGATCAACATCGGTCAG
->2000022
-GTGATTAGGGATTTCGTCGACAAGGAAGAGACGTTTCAACTAATAAAATTATGTAAGTCA
-CTTATTTTCTCTTCATTTGCTTCTTTAAGTTTGAGTCTCT
->2000023
-TACTTAGAGTTAAGAAAATTCTCACATACATCAAATGCACTCTAGACCCTGAAATACTCA
-TGCCAAATCTGATAAACTCAAGAAGGGAAGCAAATGCATC
->2000024
-CCATGACATGATGCACAGGGAAATTGAAGTGTATGTTGATGACATGATTGCCAAATCTCG
-ATCTGAAGAGGGCCATCTTGATGATTTGTTAAAACTGTTT
->2000025
-CTGCTTGTACAAGGTTCCATCTACCCTTCTATCAATTGAGTCCTTATTCAGTTCGATTGA
-TGTTTTAATGGAATTTATAACGTCTTAGAATGAAATCGAG
->2000026
-GCCATCAAAGAAAACAAGACTTGAGGGTTTTAAAATACTTATGTAAATGAGAAGACTGGA
-TGATCCGAATTAAAATGAGTATTGGCAATGTAATTCAATT
->2000027
-AGGACATTTTGCAGGGCTTCCCGGTGGGCTTCTGAGTGCAGTAGCAAAGAGAGTATTGAT
-ATTCTAGAAGGTGTTTGTAACAGTTGATAGATCGGAAGAG
->2000028
-GTGACTTTGTGGCTTTATTTCACAAATTGAGCCAACGGAAATTAGTGAAGCTATAGTCGA
-CAAACATTGGTATCTTGCAAGATCGGAAGAGCACACGTCT
->2000029
-CTTCATTTTCTTTCTAATAATTATTAGGTCTTTCTTCATCAACATATGGATCTTTCAACT
-ACTCAAAGTATGTAATGTACTCTCTTTTATTAGATCGGAA
->2000030
-GAGATGGTGAATTGACTGGTTATCTTGGGTGACAACAATTCACAATTTGGATTCGGCCGA
-GTGAAAGCTTTGAAGAACGGTGATTTCTTGCAAAGGTGTA
->2000031
-AACTAGAGGAATGGCCTTGATAAATTTACCTTTACGTTATGTTAAAGTACATATTCTACA
-TTGATGAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA
->2000032
-GGTTTCTTTTATCTCAAAGTATAAATTGTATGATCTTGGTTCCTCCGTCTATCTGCTTAC
-TAAGCCCGCATTATGATAAATAAAAGGTCTAGATCGGAAG
->2000033
-GGATAGGTCCATCCATTCTAAACCTAATCCTAAACTATAGGAAACCAAATGAAAAGAGAG
-GAAATATTACACATGAAATGCGTAGTTGAAAGGATCAATC
->2000034
-GCTCATGGATCAGTTTGAACAGACTCAGAAGATGCTTAGGGACGAAGTAAATGTCATGTT
-TGGTAAACTTGTGGAAGCTCTCTCGAGATCGGAAGAGCAC
->2000035
-CCTAAAAGACGAAAGAAAGTACGTTACAAACTTGGAGTAGTTAAAAGGTTCATTCCTCGT
-TGAACAAAGACCTAGTAATTAAAAAACAAATGAAGAGAAA
->2000036
-TGCCAATACTCATTTTAATTCGGATCATCCAGTCTTCTCATTTCCTTAAATATTTTAAAA
-CCATCAAGTCATGTTTTCTTTGATGGCCTGGTTAGAATGT
->2000037
-CACATACATCAAATGCACTCTAGACCCTGAAATACTCATGCCAAATCTGATAAACTCAAG
-AAGGGAAGCAAATGCATCTAGCTATTCCAATTCAGAGTTT
->2000038
-GGAACCTTGTACAAGCAGATCATCGATTCCCTAAAGAACATATGAAACACTAGACCTTTT
-ATTTATCATAATGCGGGCTTAGTAAGCAGATAGACGGAGG
->2000039
-ACAATTTATAGTTTGAGCTAAAAGATTCCTCAGATAGATAAAATGCACTATAGACCTTGA
-AATAATCATGCCAAATAAGAAAAACTCATGAAAGGGGAGG
->2000040
-GGTTTTGATCATCACGAAATTGACCTTTCGACTACTCAGAGTATGTAATGTACTTTAGTT
-CCTAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACACT
->2000041
-CTTCTCATTTCCACCGATATTTTAACACCTCTAAGTTTTGTTTTCTTTAATGGTTTGGTT
-AGAATATCTGCAAGTTGTAGCTCAGTCTTGCAATAATCAA
->2000042
-TCCACAATGCTTGGTAGGTTGAATAAGAGGCTGCAACATTTTCTGCTTCACATGATGATA
-ACACCATTGTTCCTTCCTTCTTATAGCTCTATGAAATTGG
->2000043
-CAAGGTTCCATCTACCCGTCTATCATTTGAGTCCTTATTCAATTCGATTCACGTTTCAAT
-GGAGTAATTACAGGGTTGCAATTTACTCTTCTTGAGCTTC
->2000044
-GTTGCATTTTTTGAGAAAAAAAAGTTACAGTAACACGATGAAGAAGATGAAGTGGGAAAT
-CTGTTTTTTTTTTAAAAATTGATTTAATAAGATCGGAAGA
->2000045
-CTTGGTTCCTCCGTCTATCTGCTTACTAAGCCCGCATTATGATAAATAAAAGGTCTAGTG
-TTTCATAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA
->2000046
-GGTTCTATTTTTGGTGGAATGTTTATACTCGATGGTTGTAGTCTTTTGCCATTTATGGTT
-TCTAATTGTTGATTTGATGCTTAGATCGGAAGAGCACACG
->2000047
-CATCCAAGAAGAGGTATTCGTTAATTAACCTCCAGGTTTTATCAACCTCACTTTTTCAAA
-CCATGTCTTCAAGCTTAAAAAGGCACTACACGGTCTGAAA
->2000048
-AGCAGTTAGTTGTGTTGCAAGTCGTGTTGCAGGTATTAGACTTGCAATAATACTTGCAAC
-ACAACAAAATGTCACCACTGAACCATTTAAAAGTTTAGTT
->2000049
-GAAAAGAAAAGAAGAAAAAGAATAGAAAAAGACCAAAAGAAAAGAAAAGAAGAAAAAGAA
-AAGAAAAGCTTTAAAAGAAATTTGTTCAATGGTGTAACAA
->2000050
-TGTCCGACCCTTGTTTATCAAAAGACTTAACCATAAGAAACCAAATCAAGAGGAAATAAA
-GTACATTACATACTTTGATTAGTTGAAAGGTCCATTCCTT
->2000051
-AGCAAATGAAGAGAAAATGAATACATTACATAAAATTATTAGTTTAAAAGTGAACCCCTA
-TTTGATCGAAGACATAACAAGATCGGAAGAGCACACGTCT
->2000052
-GAATGACCGTCTGGTGGTGTCTCCTTTAGATATGTATTGGATGATCTTCTGTTAGTTTTC
-ATTCTTTTGGGAGATCTGCATTTTCCTGTGGAGTGTATGG
->2000053
-TGCAACACAATTAAACTGCCAATATAGTTGAATTACATTGCCAATACTCATTTTAATTCG
-GACCATCCAGTCTTCTCATTTCCATAAATATTTTAAAACC
->2000054
-TGTACCGTAGCTTGATGAATGGATATGTACACAAAGTCAAAGTATGTAATATACATTAAT
-AAATGAACCTTTATACTAAGTCAAAGTATGTATTGTACCT
->2000055
-GAACCTTTATACTAAGTCAAAGTATGTATTGTACCTTGATGATAAGAACTTTTCACTAAG
-TCGATGTATGTGGTCTAACTAGAGGAATGGCCTAGATCGG
->2000056
-GACTGGGTCATTAGTCAACAAGGAAGGTAGGTACCTTTCAAATACTCATAGAATGTAAAT
-CTCTTCCTTTCTCTTCATACGCTTCTATATGGTTGAGTCT
->2000057
-TGTCTTAGTTTTCCTTTCTTTTTATTCGGTTTATTAGTTTAATATGGTTTTGTGTTTGGT
-TTACATGGGATTGACCTTTCAACTGCTCATGTTATGTAAC
->2000058
-GGCATGTTAGAAGCAAGCATATAGAAAGAAGATATTGTTTCCCGAGAGATCTATTTGGAA
-AAAAAAGAAGTTTGAAGACTGAATATTGCACGACATTCTA
->2000059
-GTCTGACCGATGTTGATCAAAGACATAACAATAAGAAAACAAATAAAGAGGATTCAAAGT
-ACATTACATACTTTAAGTAGTTGAAATGTCTGACCGATGT
->2000060
-AGTCTTTTCATGGGTATGTTGGTCACACGGGTCTTGGTTTTGAGTTGCCTTGGATTAGAA
-CGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACACTT
->2000061
-CATTCACGTCATTCCAATAAACATTATTTTTACCTTGATTTCAGTCTAAGACATTATAAA
-TTCCATGGAGTCTGTAAAACCAAAAACAAGGAGTTTTTTT
->2000062
-GAATTACTTTAAATAATATGATTAGTTCAATCAAAGACTTAACTCTAGTAACACAAATAA
-TGGGAAAAAATAACATTACATACTACGTGTAGTTGATAGA
->2000063
-TCAACACCCAAAGTCCATTGAAATTAATGAAACTATGGATCAAACAAATCACAATTCAAG
-GAAAACAGCAAATAAGAGGTATGGATCAGAGAACAAGATC
->2000064
-GGAGTTTTTTTTCCCACTAGAAGTAATATACAAAAGATATCTTGAAGAAGTTCAAGAACA
-GTATTTGCAACCCTACAATTACTCCATTAAAACATCAATC
->2000065
-TCAACTTGTCAGTTGTTTTTCCTTAAAGAGTACGGTATAGTCAGATTCTCAAGAAGACAT
-TGACAGTAGGTCTTTGTGTTTGTAATCAGTTTGGTTATAG
->2000066
-AAGGCCTCCATCAGTAAACATTTATACTAACTCAAAGTATGTAGCGTACTTTGAGAAATG
-GCCTCGATAAATGGGCTCTTACACTCAGTCTAAGTATATA
->2000067
-ATGGTCTAGAGTGCATTTGATGTATCTGAGAATTTTCTTAACTCTAAGTATAAATTGTAT
-GATCTTGGTTCCTCCATGTATCTGCTTACTAAGACCACAC
->2000068
-AGGCTTGGTAGGTTGAATAAGAGGCCGCAACATATTCTACTTCACACGATGGATGATAAG
-ACAATTGTACCTTAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTC
->2000069
-GCTTCTTCAAGATATCTTTTGCATATTACTTCTAGTAAAAAAAAACCCCATGTTTTTTGG
-GTTGACACACTCCATGGAAGATCGGAAGAGCACACGTCTG
->2000070
-GGAGGACAGGTTGATAACACTCTTTTCATCAAGAATAACGAGCATGATATCATACTAGTA
-CAAATCTATATTGATGATATTATCTTCGGTACAGCATCGT
->2000071
-TGGCACTGTAATTCAACTATATTAGCATTTAGTTGTGTTGCAAGAATGAGACTTGCAACA
-CAACAAACTGTCACCACTGAACCATTTAAAAGAAGATCGG
->2000072
-ACATTGCCAATACTCATTTTAATTCGGATCATCCAGTCTTCTCATTTAAATAAGTATTTT
-AAAACCCTCAAGTCTTGTTTTCTTTGATGGGTTGGTTAGA
->2000073
-AGGAATTGAAGTTGATCCTGAAAAAGTCAAAGCCATTCAGGAAATGCCAACGCCCAAAAC
-TGAGAAGTAAGTAAGAATATTATTGGACCGTTTAAACTAC
->2000074
-GCAAGACTGAGCTACAACTTGCAGATATTCTAACCAAGCCATTAAAGAAAACAAGACTTG
-GAGGTGTTAAAATATCGGTGGAAATGAGAAGATTGCATGA
->2000075
-GCGGGCTTAGTAAGCAGATAGACGGAGGAACCAAGATCATACAATTTATACTTTGCGATA
-AAAGAAACCTCATATACATAAAATGCACTAGATCGGAAGA
->2000076
-GGGGATCGAGGCATAATCATCCTCATACAATGTAGGAATACCGATACACTCGCTCTAAAG
-TACAATGTACACCTCGTGAGACTTCTAGCCACGTGGAACA
->2000077
-TTGATTTTCATGGTTGCAACTTGCATCCAACGTCACGGTAAACGAAACAATAAGAAAACA
-AATTTTCCAATTTATGGCGACGCTAGACATAAATATTCAA
->2000078
-TGCCAATTTTTTTATCCAATTGCATAAAAATAGTTACAACAAAAATATAAAATATATAGT
-TTAGTAACAATTTCAACTCATATCGTTGCATCAGTAATTT
->2000079
-TGCACTCTAGACCATGAAATACTCATGCCAAATCAGATAAACTCAAGAAGGGAAGCAAAT
-GCATCTAGCTATTCCAATTCAGAGTTTGAGAGGAAGTCAG
->2000080
-ACTCAAAATCTAGTGATATCAAGTATCTTGTTCTGAATGAAATAGTTCAAGAGGAGCAGA
-ATTTGATAGAACAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTC
->2000081
-GGACTCAAATGATAGACGGGTAGATGGAACCTTGTACAAGCAGATCATCGATTCCCTAAA
-GTACATATGAAACACTAGACCTTTTATTTATCATAATGCG
->2000082
-AGATCAATACCTCCCCGTATTGAGGAAAAATAAAGATCAATACCTCACAGTATTGAAGAA
-AAGGAAAGTCAATACTTCACCGTATTGAAGAAAAGGAAAG
->2000083
-ACATTGCCAATCCTCATTTCAATTCAGATCATCCAATCTTTTCATTTCAACTGATATGTT
-AACACCTTCAAGTCTTGTTTTCTTTAATGGCTTGGTTAGA
->2000084
-TAAAGCAAATGAAGAAAATCATTACATACTACGAGTAATTGAAATGTATGACCCTCGTTG
-ATCAAAGAATTGACAATAATAAACCAAATAAAGAGGAACT
->2000085
-GCCATTTTATCATTTTCATTTGTAATTTCCTTGTTTGTTAAGTGTTATTTTCTTTTAAAA
-ATTTTGCTTTTGAATGGTAATATTAATGAAATGAAGATCG
->2000086
-GGTCGAATCTTCAACGCATAGTACATACTTCGACTTAGTATACAAGTTCATTCATCAATG
-TACAATACATACTTTTACTTAGTGTACATGTCCATAGATC
->2000087
-GGTGAAAAAAGAAGGGACCTTTATACTACTCATTGTATGTAAAGCACTGAATCTCACTTC
-AATTTCTTCTTCATGGTTGAGCCTTTGGTCGAAGATCGGA
->2000088
-TCGTATGCTTAAAGGCTTCTTCATTGATACCTATCATTTCTCTCATCTTTGTTTCCCAAG
-CTTGTTCGTAATTCCCATTTATAGTCTGCCATTTTTTTGG
->2000089
-GACCCTTGTTAATCAAAGACTTACTTACGCATAAGAAACCTAAAAGAGGAAAGAAAGTAC
-GTTACAAACTTGGAGTAGTTAAAAGGTTCATTCCTCGTTG
->2000090
-GGAAGACTGAGCTATAACTTGCAGATTTTCTAACCAAGCCATCAAAGAAAACAAGACTTG
-AGGGTTTTAAAATACTTATGTAAATGAGAAGACTGGATGA
->2000091
-GGAAGTTTAATTGTGTTGCAAGTAAGTGACTTGCAACCCAACCAAACTGTCACCACATAA
-CAATTTAAAAAGTTATTTAGTTGACTAATTATTTGGATAT
->2000092
-ACGTGAATCGAATTGAATAAGGACTCAAATGATAGACGGGTAGATGGAACCTTGTACAAG
-CAGATCATCGATTCACTAAAGTACATATGAAACACTAGAC
->2000093
-CTTTCTTTCATCTGGTTTCTTAGGACTAACTATTTGGTGAAAAAAGAAGGGACCTTTATA
-CAACTCATTGTATGTAAAGCACTGAATTTCTCTAGATCGG
->2000094
-CCTTTCTCTTCATACGCTTCTATATGGTTGAGTCTTTGGTCGATAAGAATTGATCATTTC
-AACTACTCATAGTATGTCTTAGTTTTCCTTTCTTTTTATT
->2000095
-GATTTTTGGTTAAGTCAGGCTAAAAGACTATAAAATAGCGCTACTGGGAGGCAGCCCAGA
-TTAATTTTTCTGTTTTCTAGTTTTTTTTTGTTTTTCAGGA
->2000096
-GTACATTTTTCTCTTTTTTTGGTTTACTAGGCTTAAGTCTTTAATTAACAAGGGTTGGCC
-CTTTCAACTACTCATGTTGTGTAATGTAGTTTCTTTTTTT
->2000097
-GGGGTTCACGTTTCAACTACTAACATTATGTAATGTATTTATTTTCTCTTAATTTGGTTT
-TTAATTACTAGGTCTTTGTTCAACGAGGAATGAACCTTTT
->2000098
-GAAAGACATTCTAACCAGGCCATCAAAGAAAACAAGACTTGAGGGTTTTAAAATATTTAT
-GGAAATGAGAAGACTGGATGTTCCGAATTAAAATGAGGAT
->2000099
-AGAGAGTACATTACATACTTTGAGTAGTTGAAAGATCCATATGTTGATGAACAAAGACCT
-AATAATTATTAGAAAGAAAATGAAGAGAAAATGAAGATCG
->2000100
-TCAATCGAATTTTTAAATGAAATAAAAAAGAAGTACGTAAAAGCGATAATCAAGTGTGCG
-AATTTAATTAACGTAAAGTCGTAGACTTGGACCTGGTCGC
->2000101
-GGTACAATACATATTTTGACTTTGTTTAAAGGTCCATTCATCAAGATACAATCCATAAAT
-TGACTTTTTCTGAAGATCCATTCGTCTAGGCCTTTTTTTC
->2000102
-GGAAAACGCAGATCTCCCAAAAGAATGAAAACTAACAAAAGATCATCCAATACATAATTT
-TAGTTAAGACATATCTAAAGGAGTCACCACCAGACGATTA
->2000103
-ACATAAAATACATTAGTGGTTAAAAAGAGAACCCCTTGTTTCTCAAAGACTTAATCGTAA
-GAAACCAAATAAACAAATAAGAAGTACTTTAAATAATACG
->2000104
-ACCCCTTTCTTCCCACATCTGAGGTGAGATTTGAGAAGCTGCCTGGGCTTCCTCTTTGAG
-ACGACATTCTAGCACAATTTTAGCTTTAGAGTCGATGAGT
->2000105
-CATGGAATGTAAAGCATACAAATCAATCAAATAAAACAAAGCAAGCAAAGCAATAAAAGT
-CCTAAGCTATTACAAAGTAAAGGTCCAAAGTCTCTAGTCA
->2000106
-CATTCATCAAGCTACGGTACATACTTTGACTTAGTGTATAGGTAAATTCATCAAGGTAAC
-GTAGATATTTTGACTTAGTGTAAGATCGGAAGAGCACACG
->2000107
-AAGACACTTAATATTCGATACAAATTGGACGCCACGAGCCCTAAACAATGAGGAAGGGGT
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->2000247
-GACCCCTCTATGATCTTAACATAATGCACTGACAACTCAAGTAATCTTCTCTCTGGATTA
-CCATACTAGCACAATCACAAATACACAATACAACATAAAT
->2000248
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-CTTTACACTAAGTCAAAGTATGTACCGTAGCTTGATGAAT
->2000249
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-TCATGGTTGAGTCTTTGGTCGATAAGGATTGATCCTTTCA
->2000250
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-GAAAAGTCCAGGCGTCTTTGGCCAAAGACGTAGGCATTAA
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-GAATTGAATAAGGACTCAATTGATAGAAGGGTAGATGGAA
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-TCCGTCTATCTGCTTACTAAGCCCGCATTATGATAAATAA
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-CATATGTACTTTAGTGAATTGATGATCTGCTTGTACAAGG
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-TATGTTTTTGTCAAGTAGTGTGTGCTTATAAAAAAAAAGA
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-TTTATACTAAGTCAAAGTATGTATTGTACCTTGATGATAA
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-CTTCTAATCTAGCTACAAAAGCAGAGGTTTCATCGAAATC
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-TTTTTGTTCCCCAAATTGTTAATAAAAAATAAAGGATAAA
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->2000271
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-TGTGACTTTGTGGCTTTATTTCACAAATTGAGCCAACGGA
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-176	6665	9325	0.714745308310992
-177	4657	12573	0.370396882207906
-178	2538	10016	0.253394568690096
-179	2662	9086	0.292978208232446
-180	2441	10297	0.237059337671166
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-189	2234	9201	0.242799695685252
-190	834	6610	0.126172465960666
-191	520	1629	0.319214241866176
-192	2677	10891	0.245799283812322
-193	509	805	0.632298136645963
-194	2155	4528	0.475927561837456
-195	2477	7482	0.331061213579257
-196	14445	15443	0.935375250922748
-197	3703	8763	0.42257217847769
-198	2873	28533	0.100690428626503
-199	1727	9618	0.179559159908505
-200	3448	6234	0.553095925569458
--- a/test_run1.sh	Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400
+++ b/test_run1.sh	Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500
@@ -9,7 +9,17 @@
 ./single_fastq_filtering_wrapper.sh -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test1.fasta -G tmp/test1.png -c 10 -N 0
 
 echo "single fastq filtering with with sampling"
-./single_fastq_filtering_wrapper.sh -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2.fasta -G tmp/test2.png -c 10 -N 0 -n 500
+./single_fastq_filtering_wrapper.sh -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2a.fasta -G tmp/test2a.png -c 10 -N 0 -n 500
+
+echo "single fastq filtering with with sampling"
+./single_fastq_filtering_wrapper.sh -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2b.fasta -G tmp/test2b.png -c 10 -N 0 -n 647
+
+echo "single fastq filtering with with sampling"
+./single_fastq_filtering_wrapper.sh -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2c.fasta -G tmp/test2c.png -c 10 -N 0 -n 839
+
+echo "single fastq filtering with with sampling"
+./single_fastq_filtering_wrapper.sh -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2d.fasta -G tmp/test2d.png -c 10 -N 0 -n 911
+
 
 echo "single fastq filtering with contaminant removing"
 ./single_fastq_filtering_wrapper.sh -F tool_data/organele_ref_and_phi-X174.fasta -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test3.fasta -G tmp/test3.png -c 10 -N 0 
--- a/test_run2.sh	Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400
+++ b/test_run2.sh	Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500
@@ -6,7 +6,16 @@
 ./paired_fastq_filtering_wrapper.sh -b test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2.1.fasta -G tmp/test2.1.png -c 10 -N 0
 
 echo "paired fastq filtering with with sampling"
-./paired_fastq_filtering_wrapper.sh -b test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2.2.fasta -G tmp/test2.2.png -c 10 -N 0 -n 500
+./paired_fastq_filtering_wrapper.sh -b test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2.a2.fasta -G tmp/test2.2.png -c 10 -N 0 -n 500
+
+echo "paired fastq filtering with with sampling"
+./paired_fastq_filtering_wrapper.sh -b test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2.a3.fasta -G tmp/test2.2.png -c 10 -N 0 -n 653
+
+echo "paired fastq filtering with with sampling"
+./paired_fastq_filtering_wrapper.sh -b test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2.a4.fasta -G tmp/test2.2.png -c 10 -N 0 -n 547
+
+echo "paired fastq filtering with with sampling"
+./paired_fastq_filtering_wrapper.sh -b test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2.a5.fasta -G tmp/test2.2.png -c 10 -N 0 -n 839
 
 echo "paired fastq filtering with contaminant removing"
 ./paired_fastq_filtering_wrapper.sh -F tool_data/organele_ref_and_phi-X174.fasta -b test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz -a test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz -o tmp/test2.3.fasta -G tmp/test2.3.png -c 10 -N 0
Binary file tmp.RData has changed