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author pharaohs_son
date Fri, 19 Jun 2020 18:05:36 -0400
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files tag.py
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line diff
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+++ b/tag.py	Fri Jun 19 18:05:36 2020 -0400
@@ -0,0 +1,29 @@
+# _*_ coding: utf-8 _*_
+from Bio import SeqIO   # importar a função de análise de sequências da biblioteca do Biopython
+import os
+import sys
+if sys.argv[1] == "-h":
+    print('Algoritmo para adicionar tags à sequências fasta\n\n'
+          '\n Infome o arquivo com os grupos seguido da tag correspondente')
+else:
+
+
+    def write(l, arq):   # função para escrever
+        result = open("result_tag" + str(cont)+"_fasta", "a")   # onde será escrito o resultado
+        result.write(str(l))   # indica a linha (l) onde a str será escrita
+        result.write("\n")
+        result.close()
+
+
+    inputs = []
+    for valor in sys.argv:
+        inputs.append(valor)
+
+    cont = 0
+    for valor in range(1, len(inputs), 2):
+	cont += 1
+        for seq_record in SeqIO.parse(sys.argv[valor], "fasta"):
+            header = seq_record.description.split(" ")   # quebrando o header de acordo com o |
+            desc = header[0]   # pegar o segundo termo do array (nome/espécie)
+            write(">" + inputs[valor+1] + "|" + desc, cont)   # escrever no arquivo
+            write(seq_record.seq, cont)