Mercurial > repos > pharaohs_son > tags_in_fasta
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author | pharaohs_son |
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date | Fri, 19 Jun 2020 18:05:36 -0400 |
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files | tag.py |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tag.py Fri Jun 19 18:05:36 2020 -0400 @@ -0,0 +1,29 @@ +# _*_ coding: utf-8 _*_ +from Bio import SeqIO # importar a função de análise de sequências da biblioteca do Biopython +import os +import sys +if sys.argv[1] == "-h": + print('Algoritmo para adicionar tags à sequências fasta\n\n' + '\n Infome o arquivo com os grupos seguido da tag correspondente') +else: + + + def write(l, arq): # função para escrever + result = open("result_tag" + str(cont)+"_fasta", "a") # onde será escrito o resultado + result.write(str(l)) # indica a linha (l) onde a str será escrita + result.write("\n") + result.close() + + + inputs = [] + for valor in sys.argv: + inputs.append(valor) + + cont = 0 + for valor in range(1, len(inputs), 2): + cont += 1 + for seq_record in SeqIO.parse(sys.argv[valor], "fasta"): + header = seq_record.description.split(" ") # quebrando o header de acordo com o | + desc = header[0] # pegar o segundo termo do array (nome/espécie) + write(">" + inputs[valor+1] + "|" + desc, cont) # escrever no arquivo + write(seq_record.seq, cont)