Mercurial > repos > rnateam > rnasnp

comparison test-data/seq3_mode3.out @ 0:327f5721612f draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/rnasnp commit 6e51a331dbeab2786d8df5fd379ae3a63eb61d83
author rnateam
date Tue, 13 Dec 2016 12:31:56 -0500
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:327f5721612f
1 SNP w Slen GC interval d pvalue1 ewin interval d_max pvalue2
2 C18G 200 871 0.5917 7-134 0.1938 0.0521 200 8-136 0.2894 0.0300
3 G19A 200 871 0.5890 10-67 0.0779 0.2841 200 147-216 0.2377 0.0488
4 G19U 200 871 0.5890 9-67 0.1096 0.1738 200 14-78 0.2050 0.0686
5 U22G 200 871 0.5856 11-66 0.2165 0.0348 200 15-64 0.2482 0.0518
6 U22A 200 871 0.5856 17-62 0.1034 0.1982 200 15-64 0.2379 0.0572
7 U24G 200 871 0.5804 13-66 0.1306 0.1342 200 15-64 0.2300 0.0612
8 U24C 200 871 0.5804 17-62 0.2214 0.0354 200 15-64 0.3698 0.0165
9 C29G 200 871 0.5764 17-54 0.1108 0.1880 200 15-64 0.1828 0.0998
10 G47C 200 871 0.5870 27-53 0.1553 0.0924 200 13-62 0.2068 0.0970
11 A58G 200 871 0.5853 7-124 0.2689 0.0171 200 11-134 0.3584 0.0286
12 C61G 200 871 0.5862 7-124 0.2035 0.0469 200 12-67 0.2907 0.0436
13 G119C 200 871 0.5768 102-134 0.1579 0.0634 200 106-162 0.2463 0.0656
14 C123G 200 871 0.5759 104-152 0.0976 0.2067 200 106-162 0.2816 0.0527
15 C132G 200 871 0.5753 101-134 0.1489 0.0857 200 86-135 0.2334 0.0898
16 U173C 200 871 0.5791 161-205 0.2468 0.0151 200 157-206 0.2965 0.0409
17 G175A 200 871 0.5760 168-206 0.1995 0.0337 200 157-206 0.2359 0.0722
18 G175C 200 871 0.5760 159-205 0.2822 0.0084 200 157-206 0.2988 0.0400
19 G175U 200 871 0.5760 160-205 0.2448 0.0158 200 157-206 0.2590 0.0580
20 U176G 200 871 0.5771 168-210 0.2892 0.0083 200 148-211 0.3160 0.0330
21 U176A 200 871 0.5771 161-206 0.1782 0.0523 200 148-245 0.2834 0.0449
22 U177G 200 871 0.5782 168-210 0.2112 0.0275 200 148-211 0.2638 0.0535
23 U177A 200 871 0.5782 159-198 0.2630 0.0112 200 157-206 0.2751 0.0480
24 C180A 200 871 0.5816 161-198 0.3182 0.0049 200 157-206 0.2923 0.0420
25 C180G 200 871 0.5816 142-196 0.1680 0.0591 200 150-209 0.2780 0.0480
26 C183A 200 871 0.5822 168-206 0.2411 0.0148 200 157-206 0.2633 0.0557
27 C183G 200 871 0.5822 168-206 0.2123 0.0245 200 157-206 0.2418 0.0682
28 U185G 200 871 0.5844 164-196 0.2181 0.0224 200 157-206 0.2211 0.0739
29 C186G 200 871 0.5829 168-206 0.2129 0.0243 200 157-206 0.2409 0.0598
30 C190A 200 871 0.5821 168-206 0.2089 0.0342 200 157-206 0.2323 0.0781
31 C190G 200 871 0.5821 169-206 0.2357 0.0223 200 157-206 0.2500 0.0664
32 A193C 200 871 0.5852 161-198 0.1819 0.0387 200 157-206 0.2047 0.0970
33 C194A 200 871 0.5838 161-206 0.1696 0.0525 200 157-206 0.2068 0.0923
34 C194G 200 871 0.5838 169-205 0.2459 0.0140 200 157-206 0.2578 0.0570
35 C195U 200 871 0.5848 162-203 0.2574 0.0103 200 157-206 0.2341 0.0684
36 C207A 200 871 0.5835 168-210 0.2023 0.0355 200 148-211 0.2693 0.0573
37 C208G 200 871 0.5810 146-222 0.1694 0.0608 200 146-222 0.2252 0.0852
38 G211C 200 871 0.5736 168-212 0.2152 0.0287 200 148-211 0.2651 0.0594
39 A212G 200 871 0.5736 145-222 0.2256 0.0242 200 146-222 0.2624 0.0609
40 A230C 200 871 0.5786 225-245 0.1066 0.1712 200 227-304 0.2132 0.0953
41 G239A 200 871 0.5835 161-240 0.1107 0.1598 200 142-245 0.2323 0.0799
42 G239C 200 871 0.5835 154-245 0.1454 0.0903 200 142-245 0.3070 0.0411
43 A240U 200 871 0.5835 154-245 0.1253 0.1258 200 142-245 0.2684 0.0577
44 A244G 200 871 0.5810 131-248 0.0613 0.3614 200 242-441 0.2532 0.0662
45 U273G 200 871 0.5786 237-283 0.1633 0.0673 200 227-287 0.2089 0.0991
46 G277C 200 871 0.5761 238-284 0.0631 0.3506 200 317-366 0.3635 0.0253
47 A315G 200 871 0.5686 298-436 0.0863 0.2390 200 294-382 0.2233 0.0868
48 G320C 200 871 0.5661 315-358 0.0625 0.3540 200 317-366 0.2257 0.0849
49 U327G 200 871 0.5661 311-359 0.1266 0.1231 200 301-366 0.3298 0.0337
50 U327C 200 871 0.5661 315-357 0.2849 0.0092 200 316-366 0.3349 0.0323
51 U327A 200 871 0.5661 311-358 0.1683 0.0620 200 301-366 0.3630 0.0254
52 G328A 200 871 0.5661 312-359 0.1532 0.0795 200 317-366 0.3304 0.0335
53 G328C 200 871 0.5661 317-357 0.4111 0.0012 200 312-446 0.3102 0.0400
54 G328U 200 871 0.5661 317-357 0.1720 0.0583 200 312-446 0.2868 0.0490
55 G329A 200 871 0.5686 317-356 0.0696 0.3149 200 312-446 0.3310 0.0334
56 G329C 200 871 0.5686 317-357 0.1854 0.0468 200 312-361 0.2975 0.0447
57 G329U 200 871 0.5686 322-352 0.1447 0.0915 200 312-444 0.3268 0.0346
58 C330A 200 871 0.5711 315-358 0.3260 0.0047 200 317-366 0.3009 0.0433
59 C330G 200 871 0.5711 274-358 0.1931 0.0412 200 275-366 0.3970 0.0191
60 U331G 200 871 0.5686 315-357 0.2326 0.0216 200 316-365 0.3316 0.0332
61 U331C 200 871 0.5686 311-358 0.1754 0.0551 200 312-361 0.2787 0.0527
62 U331A 200 871 0.5686 315-357 0.1474 0.0874 200 317-366 0.2808 0.0517
63 C332G 200 871 0.5686 316-358 0.1638 0.0667 200 275-366 0.3982 0.0189
64 C340A 200 871 0.5611 322-356 0.2171 0.0278 200 311-360 0.3170 0.0377
65 A344C 200 871 0.5586 313-358 0.1083 0.1663 200 242-464 0.2673 0.0583
66 A344U 200 871 0.5586 316-357 0.0969 0.2007 200 242-464 0.2394 0.0749
67 G345A 200 871 0.5586 316-357 0.3970 0.0015 200 316-365 0.3770 0.0225
68 G345C 200 871 0.5586 316-357 0.3953 0.0015 200 312-361 0.3913 0.0200
69 G345U 200 871 0.5586 316-357 0.3975 0.0014 200 316-365 0.3840 0.0213
70 C346A 200 871 0.5586 315-357 0.3814 0.0019 200 312-361 0.3525 0.0278
71 C346G 200 871 0.5586 258-367 0.2138 0.0294 200 311-360 0.2124 0.0960
72 C347A 200 871 0.5611 315-357 0.2180 0.0274 200 311-360 0.2432 0.0724
73 A348C 200 871 0.5636 313-358 0.1225 0.1316 200 312-446 0.3860 0.0209
74 C349A 200 871 0.5611 311-366 0.0827 0.2537 200 317-366 0.3847 0.0211
75 C349G 200 871 0.5611 311-366 0.0857 0.2416 200 317-366 0.3848 0.0211
76 G378C 200 871 0.5711 368-435 0.1408 0.0974 200 288-383 0.2341 0.0786
77 C395G 200 871 0.5711 383-444 0.1692 0.0610 200 279-396 0.2719 0.0560
78 C445G 200 871 0.5636 436-555 0.1233 0.1299 200 435-556 0.2090 0.0990
79 A462G 200 871 0.5636 443-504 0.1476 0.0871 200 447-560 0.2724 0.0557
80 G468C 200 871 0.5711 452-484 0.1562 0.0756 200 448-561 0.3013 0.0432
81 G469C 200 871 0.5711 451-481 0.1341 0.1088 200 376-556 0.3278 0.0343
82 G470U 200 871 0.5736 461-481 0.2249 0.0245 200 448-555 0.2621 0.0611
83 A474G 200 871 0.5786 468-560 0.1339 0.1092 200 448-560 0.3886 0.0205
84 C477A 200 871 0.5786 466-486 0.1731 0.0573 200 447-560 0.2653 0.0594
85 C477G 200 871 0.5786 466-486 0.2043 0.0343 200 448-560 0.2516 0.0671
86 C478A 200 871 0.5786 461-481 0.2074 0.0326 200 447-558 0.2269 0.0839
87 C478G 200 871 0.5786 461-481 0.1727 0.0577 200 447-558 0.2257 0.0849
88 C478U 200 871 0.5786 461-531 0.2135 0.0295 200 448-558 0.2703 0.0568
89 C486G 200 871 0.5810 469-560 0.1792 0.0519 200 452-560 0.3707 0.0238
90 C486U 200 871 0.5810 442-555 0.1434 0.0933 200 437-556 0.2605 0.0619
91 A488U 200 871 0.5835 442-504 0.1024 0.1833 200 437-556 0.2591 0.0627
92 G490C 200 871 0.5810 443-504 0.1223 0.1322 200 437-556 0.2745 0.0547
93 C498G 200 871 0.5786 442-504 0.1122 0.1560 200 451-504 0.2145 0.0941
94 A500U 200 871 0.5786 443-504 0.1220 0.1329 200 435-546 0.2655 0.0592
95 U501G 200 871 0.5810 442-556 0.1350 0.1072 200 452-564 0.2959 0.0453
96 U501C 200 871 0.5810 442-556 0.0792 0.2687 200 452-564 0.2582 0.0632
97 U501A 200 871 0.5810 442-556 0.1216 0.1336 200 452-564 0.2873 0.0488
98 G502A 200 871 0.5786 442-504 0.0737 0.2944 200 448-564 0.2112 0.0970
99 G502U 200 871 0.5786 443-504 0.0872 0.2357 200 447-564 0.2088 0.0992
100 G503A 200 871 0.5761 443-504 0.1000 0.1906 200 375-556 0.2807 0.0518
101 G503C 200 871 0.5761 442-504 0.0578 0.3828 200 375-556 0.3079 0.0408
102 G503U 200 871 0.5761 439-504 0.1370 0.1037 200 375-556 0.3375 0.0316
103 C504G 200 871 0.5736 484-504 0.1543 0.0781 200 485-536 0.2287 0.0826
104 C505U 200 871 0.5736 462-531 0.1406 0.0977 200 467-531 0.2824 0.0510
105 C506A 200 871 0.5761 498-545 0.1543 0.0781 200 500-549 0.2323 0.0799
106 U507G 200 871 0.5786 501-536 0.1399 0.0988 200 487-536 0.2751 0.0544
107 U507A 200 871 0.5786 498-536 0.1579 0.0736 200 487-536 0.2953 0.0455
108 A510G 200 871 0.5786 461-531 0.1746 0.0559 200 467-531 0.2998 0.0437
109 G526C 200 871 0.5786 504-527 0.1315 0.1135 200 371-543 0.2739 0.0550
110 C528G 200 871 0.5786 484-504 0.1174 0.1433 200 448-560 0.2623 0.0610
111 U538G 200 871 0.5761 479-550 0.1485 0.0858 200 448-560 0.3685 0.0242
112 C542G 200 871 0.5761 437-556 0.1471 0.0878 200 436-556 0.2684 0.0577
113 C546G 200 871 0.5786 442-560 0.0765 0.2811 200 447-559 0.2643 0.0599
114 C546U 200 871 0.5786 436-555 0.0950 0.2071 200 437-556 0.2194 0.0900
115 A567U 200 871 0.5786 564-641 0.1412 0.0968 200 562-641 0.2266 0.0842
116 G611C 200 871 0.5711 587-637 0.4460 0.0007 200 588-637 0.4910 0.0088
117 G611U 200 871 0.5711 582-631 0.2850 0.0091 200 588-637 0.3935 0.0196
118 U615G 200 871 0.5736 580-623 0.3044 0.0066 200 575-631 0.4179 0.0160
119 G616C 200 871 0.5711 580-617 0.3617 0.0026 200 580-631 0.3970 0.0191
120 A623G 200 871 0.5586 564-636 0.1137 0.1523 200 562-636 0.2217 0.0881
121 A627C 200 871 0.5511 564-636 0.1108 0.1595 200 562-636 0.2152 0.0935
122 A629G 200 871 0.5511 565-636 0.1348 0.1076 200 562-636 0.2352 0.0778
123 U637G 200 871 0.5486 561-641 0.1374 0.1030 200 562-641 0.2370 0.0766
124 A639U 200 871 0.5486 561-641 0.1267 0.1229 200 562-641 0.2487 0.0689
125 G673C 200 871 0.5338 632-674 0.0744 0.2848 200 632-681 0.2025 0.0896
126 C678U 200 871 0.5381 670-745 0.2001 0.0314 200 632-681 0.2926 0.0412
127 G682U 200 871 0.5359 670-781 0.1327 0.1047 200 634-683 0.3026 0.0371
128 C700A 200 871 0.5323 687-734 0.3024 0.0069 200 688-737 0.2130 0.0874
129 C700G 200 871 0.5323 687-734 0.2348 0.0200 200 688-737 0.2303 0.0739
130 A702G 200 871 0.5351 670-745 0.2305 0.0204 200 677-745 0.2007 0.0987
131 G705A 200 871 0.5313 688-734 0.2973 0.0101 200 688-737 0.3114 0.0402
132 G705C 200 871 0.5313 688-734 0.3418 0.0052 200 688-737 0.3277 0.0348
133 G705U 200 871 0.5313 688-734 0.3782 0.0030 200 688-737 0.3589 0.0265
134 G706C 200 871 0.5301 688-734 0.2760 0.0092 200 688-737 0.2796 0.0480
135 G706U 200 871 0.5301 688-734 0.3926 0.0013 200 688-737 0.3664 0.0220
136 C709G 200 871 0.5289 688-734 0.2638 0.0130 200 688-737 0.2477 0.0659
137 U725G 200 871 0.5331 688-734 0.3898 0.0018 200 688-737 0.3540 0.0271
138 A729U 200 871 0.5306 700-734 0.2789 0.0089 200 681-741 0.2549 0.0618
139 G730U 200 871 0.5292 688-734 0.3585 0.0039 200 688-737 0.3104 0.0448
140 C731A 200 871 0.5279 688-734 0.4156 0.0021 200 687-736 0.3854 0.0223
141 C731G 200 871 0.5279 688-734 0.3453 0.0057 200 688-737 0.3380 0.0330
142 C732A 200 871 0.5294 688-734 0.3023 0.0076 200 686-736 0.2990 0.0407
143 U734C 200 871 0.5325 688-734 0.2446 0.0187 200 686-735 0.2282 0.0829
144 A767G 200 871 0.5213 746-771 0.0963 0.2207 200 737-786 0.2207 0.0937
145 A775U 200 871 0.5185 770-843 0.0638 0.3782 200 737-786 0.2391 0.0796
146 U787G 200 871 0.5193 770-814 0.2678 0.0135 200 757-814 0.2145 0.0946
147 G811C 200 871 0.5211 773-814 0.1850 0.0578 200 673-819 0.2061 0.0954
148 C812G 200 871 0.5192 777-814 0.3720 0.0024 200 765-814 0.2643 0.0577
149 C838U 200 871 0.5342 824-862 0.0937 0.2344 200 821-870 0.2084 0.0786
150 U855G 200 871 0.5300 812-861 0.1019 0.1781 200 813-862 0.1722 0.0971
151 A858G 200 871 0.5280 824-862 0.1187 0.1149 200 813-862 0.2035 0.0669
152 C860G 200 871 0.5283 826-863 0.1000 0.1610 200 814-863 0.1686 0.0927
153 U862G 200 871 0.5238 800-870 0.0646 0.2581 200 764-871 0.1600 0.0978
154 U862A 200 871 0.5238 830-866 0.1325 0.0769 200 770-866 0.1756 0.0819
155 U863G 200 871 0.5215 824-866 0.1291 0.0891 200 817-866 0.2549 0.0360
156 A867G 200 871 0.5171 830-871 0.1078 0.0925 200 817-871 0.1844 0.0678
157 G869C 200 871 0.5172 830-871 0.0884 0.0736 200 814-871 0.1601 0.0522
158 C870G 200 871 0.5149 823-870 0.0480 0.0976 200 817-870 0.1080 0.0490