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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/LICENSE Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,676 @@ + + + GNU GENERAL PUBLIC LICENSE + Version 3, 29 June 2007 + + Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc. <http://fsf.org/> + Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies + of this license document, but changing it is not allowed. + + Preamble + + The GNU General Public License is a free, copyleft license for +software and other kinds of works. + + The licenses for most software and other practical works are designed +to take away your freedom to share and change the works. By contrast, +the GNU General Public License is intended to guarantee your freedom to +share and change all versions of a program--to make sure it remains free +software for all its users. We, the Free Software Foundation, use the +GNU General Public License for most of our software; it applies also to +any other work released this way by its authors. You can apply it to +your programs, too. + + When we speak of free software, we are referring to freedom, not +price. Our General Public Licenses are designed to make sure that you +have the freedom to distribute copies of free software (and charge for +them if you wish), that you receive source code or can get it if you +want it, that you can change the software or use pieces of it in new +free programs, and that you know you can do these things. + + To protect your rights, we need to prevent others from denying you +these rights or asking you to surrender the rights. Therefore, you have +certain responsibilities if you distribute copies of the software, or if +you modify it: responsibilities to respect the freedom of others. + + For example, if you distribute copies of such a program, whether +gratis or for a fee, you must pass on to the recipients the same +freedoms that you received. You must make sure that they, too, receive +or can get the source code. And you must show them these terms so they +know their rights. + + Developers that use the GNU GPL protect your rights with two steps: +(1) assert copyright on the software, and (2) offer you this License +giving you legal permission to copy, distribute and/or modify it. + + For the developers' and authors' protection, the GPL clearly explains +that there is no warranty for this free software. For both users' and +authors' sake, the GPL requires that modified versions be marked as +changed, so that their problems will not be attributed erroneously to +authors of previous versions. + + Some devices are designed to deny users access to install or run +modified versions of the software inside them, although the manufacturer +can do so. This is fundamentally incompatible with the aim of +protecting users' freedom to change the software. The systematic +pattern of such abuse occurs in the area of products for individuals to +use, which is precisely where it is most unacceptable. Therefore, we +have designed this version of the GPL to prohibit the practice for those +products. If such problems arise substantially in other domains, we +stand ready to extend this provision to those domains in future versions +of the GPL, as needed to protect the freedom of users. + + Finally, every program is threatened constantly by software patents. +States should not allow patents to restrict development and use of +software on general-purpose computers, but in those that do, we wish to +avoid the special danger that patents applied to a free program could +make it effectively proprietary. To prevent this, the GPL assures that +patents cannot be used to render the program non-free. + + The precise terms and conditions for copying, distribution and +modification follow. + + TERMS AND CONDITIONS + + 0. Definitions. + + "This License" refers to version 3 of the GNU General Public License. + + "Copyright" also means copyright-like laws that apply to other kinds of +works, such as semiconductor masks. + + "The Program" refers to any copyrightable work licensed under this +License. Each licensee is addressed as "you". "Licensees" and +"recipients" may be individuals or organizations. + + To "modify" a work means to copy from or adapt all or part of the work +in a fashion requiring copyright permission, other than the making of an +exact copy. The resulting work is called a "modified version" of the +earlier work or a work "based on" the earlier work. + + A "covered work" means either the unmodified Program or a work based +on the Program. + + To "propagate" a work means to do anything with it that, without +permission, would make you directly or secondarily liable for +infringement under applicable copyright law, except executing it on a +computer or modifying a private copy. Propagation includes copying, +distribution (with or without modification), making available to the +public, and in some countries other activities as well. + + To "convey" a work means any kind of propagation that enables other +parties to make or receive copies. Mere interaction with a user through +a computer network, with no transfer of a copy, is not conveying. + + An interactive user interface displays "Appropriate Legal Notices" +to the extent that it includes a convenient and prominently visible +feature that (1) displays an appropriate copyright notice, and (2) +tells the user that there is no warranty for the work (except to the +extent that warranties are provided), that licensees may convey the +work under this License, and how to view a copy of this License. If +the interface presents a list of user commands or options, such as a +menu, a prominent item in the list meets this criterion. + + 1. Source Code. + + The "source code" for a work means the preferred form of the work +for making modifications to it. "Object code" means any non-source +form of a work. + + A "Standard Interface" means an interface that either is an official +standard defined by a recognized standards body, or, in the case of +interfaces specified for a particular programming language, one that +is widely used among developers working in that language. + + The "System Libraries" of an executable work include anything, other +than the work as a whole, that (a) is included in the normal form of +packaging a Major Component, but which is not part of that Major +Component, and (b) serves only to enable use of the work with that +Major Component, or to implement a Standard Interface for which an +implementation is available to the public in source code form. A +"Major Component", in this context, means a major essential component +(kernel, window system, and so on) of the specific operating system +(if any) on which the executable work runs, or a compiler used to +produce the work, or an object code interpreter used to run it. + + The "Corresponding Source" for a work in object code form means all +the source code needed to generate, install, and (for an executable +work) run the object code and to modify the work, including scripts to +control those activities. However, it does not include the work's +System Libraries, or general-purpose tools or generally available free +programs which are used unmodified in performing those activities but +which are not part of the work. For example, Corresponding Source +includes interface definition files associated with source files for +the work, and the source code for shared libraries and dynamically +linked subprograms that the work is specifically designed to require, +such as by intimate data communication or control flow between those +subprograms and other parts of the work. + + The Corresponding Source need not include anything that users +can regenerate automatically from other parts of the Corresponding +Source. + + The Corresponding Source for a work in source code form is that +same work. + + 2. Basic Permissions. + + All rights granted under this License are granted for the term of +copyright on the Program, and are irrevocable provided the stated +conditions are met. This License explicitly affirms your unlimited +permission to run the unmodified Program. The output from running a +covered work is covered by this License only if the output, given its +content, constitutes a covered work. This License acknowledges your +rights of fair use or other equivalent, as provided by copyright law. + + You may make, run and propagate covered works that you do not +convey, without conditions so long as your license otherwise remains +in force. You may convey covered works to others for the sole purpose +of having them make modifications exclusively for you, or provide you +with facilities for running those works, provided that you comply with +the terms of this License in conveying all material for which you do +not control copyright. Those thus making or running the covered works +for you must do so exclusively on your behalf, under your direction +and control, on terms that prohibit them from making any copies of +your copyrighted material outside their relationship with you. + + Conveying under any other circumstances is permitted solely under +the conditions stated below. Sublicensing is not allowed; section 10 +makes it unnecessary. + + 3. Protecting Users' Legal Rights From Anti-Circumvention Law. + + No covered work shall be deemed part of an effective technological +measure under any applicable law fulfilling obligations under article +11 of the WIPO copyright treaty adopted on 20 December 1996, or +similar laws prohibiting or restricting circumvention of such +measures. + + When you convey a covered work, you waive any legal power to forbid +circumvention of technological measures to the extent such circumvention +is effected by exercising rights under this License with respect to +the covered work, and you disclaim any intention to limit operation or +modification of the work as a means of enforcing, against the work's +users, your or third parties' legal rights to forbid circumvention of +technological measures. + + 4. Conveying Verbatim Copies. + + You may convey verbatim copies of the Program's source code as you +receive it, in any medium, provided that you conspicuously and +appropriately publish on each copy an appropriate copyright notice; +keep intact all notices stating that this License and any +non-permissive terms added in accord with section 7 apply to the code; +keep intact all notices of the absence of any warranty; and give all +recipients a copy of this License along with the Program. + + You may charge any price or no price for each copy that you convey, +and you may offer support or warranty protection for a fee. + + 5. Conveying Modified Source Versions. + + You may convey a work based on the Program, or the modifications to +produce it from the Program, in the form of source code under the +terms of section 4, provided that you also meet all of these conditions: + + a) The work must carry prominent notices stating that you modified + it, and giving a relevant date. + + b) The work must carry prominent notices stating that it is + released under this License and any conditions added under section + 7. This requirement modifies the requirement in section 4 to + "keep intact all notices". + + c) You must license the entire work, as a whole, under this + License to anyone who comes into possession of a copy. This + License will therefore apply, along with any applicable section 7 + additional terms, to the whole of the work, and all its parts, + regardless of how they are packaged. This License gives no + permission to license the work in any other way, but it does not + invalidate such permission if you have separately received it. + + d) If the work has interactive user interfaces, each must display + Appropriate Legal Notices; however, if the Program has interactive + interfaces that do not display Appropriate Legal Notices, your + work need not make them do so. + + A compilation of a covered work with other separate and independent +works, which are not by their nature extensions of the covered work, +and which are not combined with it such as to form a larger program, +in or on a volume of a storage or distribution medium, is called an +"aggregate" if the compilation and its resulting copyright are not +used to limit the access or legal rights of the compilation's users +beyond what the individual works permit. Inclusion of a covered work +in an aggregate does not cause this License to apply to the other +parts of the aggregate. + + 6. Conveying Non-Source Forms. + + You may convey a covered work in object code form under the terms +of sections 4 and 5, provided that you also convey the +machine-readable Corresponding Source under the terms of this License, +in one of these ways: + + a) Convey the object code in, or embodied in, a physical product + (including a physical distribution medium), accompanied by the + Corresponding Source fixed on a durable physical medium + customarily used for software interchange. + + b) Convey the object code in, or embodied in, a physical product + (including a physical distribution medium), accompanied by a + written offer, valid for at least three years and valid for as + long as you offer spare parts or customer support for that product + model, to give anyone who possesses the object code either (1) a + copy of the Corresponding Source for all the software in the + product that is covered by this License, on a durable physical + medium customarily used for software interchange, for a price no + more than your reasonable cost of physically performing this + conveying of source, or (2) access to copy the + Corresponding Source from a network server at no charge. + + c) Convey individual copies of the object code with a copy of the + written offer to provide the Corresponding Source. This + alternative is allowed only occasionally and noncommercially, and + only if you received the object code with such an offer, in accord + with subsection 6b. + + d) Convey the object code by offering access from a designated + place (gratis or for a charge), and offer equivalent access to the + Corresponding Source in the same way through the same place at no + further charge. You need not require recipients to copy the + Corresponding Source along with the object code. If the place to + copy the object code is a network server, the Corresponding Source + may be on a different server (operated by you or a third party) + that supports equivalent copying facilities, provided you maintain + clear directions next to the object code saying where to find the + Corresponding Source. Regardless of what server hosts the + Corresponding Source, you remain obligated to ensure that it is + available for as long as needed to satisfy these requirements. + + e) Convey the object code using peer-to-peer transmission, provided + you inform other peers where the object code and Corresponding + Source of the work are being offered to the general public at no + charge under subsection 6d. + + A separable portion of the object code, whose source code is excluded +from the Corresponding Source as a System Library, need not be +included in conveying the object code work. + + A "User Product" is either (1) a "consumer product", which means any +tangible personal property which is normally used for personal, family, +or household purposes, or (2) anything designed or sold for incorporation +into a dwelling. In determining whether a product is a consumer product, +doubtful cases shall be resolved in favor of coverage. For a particular +product received by a particular user, "normally used" refers to a +typical or common use of that class of product, regardless of the status +of the particular user or of the way in which the particular user +actually uses, or expects or is expected to use, the product. A product +is a consumer product regardless of whether the product has substantial +commercial, industrial or non-consumer uses, unless such uses represent +the only significant mode of use of the product. + + "Installation Information" for a User Product means any methods, +procedures, authorization keys, or other information required to install +and execute modified versions of a covered work in that User Product from +a modified version of its Corresponding Source. The information must +suffice to ensure that the continued functioning of the modified object +code is in no case prevented or interfered with solely because +modification has been made. + + If you convey an object code work under this section in, or with, or +specifically for use in, a User Product, and the conveying occurs as +part of a transaction in which the right of possession and use of the +User Product is transferred to the recipient in perpetuity or for a +fixed term (regardless of how the transaction is characterized), the +Corresponding Source conveyed under this section must be accompanied +by the Installation Information. But this requirement does not apply +if neither you nor any third party retains the ability to install +modified object code on the User Product (for example, the work has +been installed in ROM). + + The requirement to provide Installation Information does not include a +requirement to continue to provide support service, warranty, or updates +for a work that has been modified or installed by the recipient, or for +the User Product in which it has been modified or installed. Access to a +network may be denied when the modification itself materially and +adversely affects the operation of the network or violates the rules and +protocols for communication across the network. + + Corresponding Source conveyed, and Installation Information provided, +in accord with this section must be in a format that is publicly +documented (and with an implementation available to the public in +source code form), and must require no special password or key for +unpacking, reading or copying. + + 7. Additional Terms. + + "Additional permissions" are terms that supplement the terms of this +License by making exceptions from one or more of its conditions. +Additional permissions that are applicable to the entire Program shall +be treated as though they were included in this License, to the extent +that they are valid under applicable law. If additional permissions +apply only to part of the Program, that part may be used separately +under those permissions, but the entire Program remains governed by +this License without regard to the additional permissions. + + When you convey a copy of a covered work, you may at your option +remove any additional permissions from that copy, or from any part of +it. (Additional permissions may be written to require their own +removal in certain cases when you modify the work.) You may place +additional permissions on material, added by you to a covered work, +for which you have or can give appropriate copyright permission. + + Notwithstanding any other provision of this License, for material you +add to a covered work, you may (if authorized by the copyright holders of +that material) supplement the terms of this License with terms: + + a) Disclaiming warranty or limiting liability differently from the + terms of sections 15 and 16 of this License; or + + b) Requiring preservation of specified reasonable legal notices or + author attributions in that material or in the Appropriate Legal + Notices displayed by works containing it; or + + c) Prohibiting misrepresentation of the origin of that material, or + requiring that modified versions of such material be marked in + reasonable ways as different from the original version; or + + d) Limiting the use for publicity purposes of names of licensors or + authors of the material; or + + e) Declining to grant rights under trademark law for use of some + trade names, trademarks, or service marks; or + + f) Requiring indemnification of licensors and authors of that + material by anyone who conveys the material (or modified versions of + it) with contractual assumptions of liability to the recipient, for + any liability that these contractual assumptions directly impose on + those licensors and authors. + + All other non-permissive additional terms are considered "further +restrictions" within the meaning of section 10. If the Program as you +received it, or any part of it, contains a notice stating that it is +governed by this License along with a term that is a further +restriction, you may remove that term. If a license document contains +a further restriction but permits relicensing or conveying under this +License, you may add to a covered work material governed by the terms +of that license document, provided that the further restriction does +not survive such relicensing or conveying. + + If you add terms to a covered work in accord with this section, you +must place, in the relevant source files, a statement of the +additional terms that apply to those files, or a notice indicating +where to find the applicable terms. + + Additional terms, permissive or non-permissive, may be stated in the +form of a separately written license, or stated as exceptions; +the above requirements apply either way. + + 8. Termination. + + You may not propagate or modify a covered work except as expressly +provided under this License. Any attempt otherwise to propagate or +modify it is void, and will automatically terminate your rights under +this License (including any patent licenses granted under the third +paragraph of section 11). + + However, if you cease all violation of this License, then your +license from a particular copyright holder is reinstated (a) +provisionally, unless and until the copyright holder explicitly and +finally terminates your license, and (b) permanently, if the copyright +holder fails to notify you of the violation by some reasonable means +prior to 60 days after the cessation. + + Moreover, your license from a particular copyright holder is +reinstated permanently if the copyright holder notifies you of the +violation by some reasonable means, this is the first time you have +received notice of violation of this License (for any work) from that +copyright holder, and you cure the violation prior to 30 days after +your receipt of the notice. + + Termination of your rights under this section does not terminate the +licenses of parties who have received copies or rights from you under +this License. If your rights have been terminated and not permanently +reinstated, you do not qualify to receive new licenses for the same +material under section 10. + + 9. Acceptance Not Required for Having Copies. + + You are not required to accept this License in order to receive or +run a copy of the Program. Ancillary propagation of a covered work +occurring solely as a consequence of using peer-to-peer transmission +to receive a copy likewise does not require acceptance. However, +nothing other than this License grants you permission to propagate or +modify any covered work. These actions infringe copyright if you do +not accept this License. Therefore, by modifying or propagating a +covered work, you indicate your acceptance of this License to do so. + + 10. Automatic Licensing of Downstream Recipients. + + Each time you convey a covered work, the recipient automatically +receives a license from the original licensors, to run, modify and +propagate that work, subject to this License. You are not responsible +for enforcing compliance by third parties with this License. + + An "entity transaction" is a transaction transferring control of an +organization, or substantially all assets of one, or subdividing an +organization, or merging organizations. If propagation of a covered +work results from an entity transaction, each party to that +transaction who receives a copy of the work also receives whatever +licenses to the work the party's predecessor in interest had or could +give under the previous paragraph, plus a right to possession of the +Corresponding Source of the work from the predecessor in interest, if +the predecessor has it or can get it with reasonable efforts. + + You may not impose any further restrictions on the exercise of the +rights granted or affirmed under this License. For example, you may +not impose a license fee, royalty, or other charge for exercise of +rights granted under this License, and you may not initiate litigation +(including a cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that +any patent claim is infringed by making, using, selling, offering for +sale, or importing the Program or any portion of it. + + 11. Patents. + + A "contributor" is a copyright holder who authorizes use under this +License of the Program or a work on which the Program is based. The +work thus licensed is called the contributor's "contributor version". + + A contributor's "essential patent claims" are all patent claims +owned or controlled by the contributor, whether already acquired or +hereafter acquired, that would be infringed by some manner, permitted +by this License, of making, using, or selling its contributor version, +but do not include claims that would be infringed only as a +consequence of further modification of the contributor version. For +purposes of this definition, "control" includes the right to grant +patent sublicenses in a manner consistent with the requirements of +this License. + + Each contributor grants you a non-exclusive, worldwide, royalty-free +patent license under the contributor's essential patent claims, to +make, use, sell, offer for sale, import and otherwise run, modify and +propagate the contents of its contributor version. + + In the following three paragraphs, a "patent license" is any express +agreement or commitment, however denominated, not to enforce a patent +(such as an express permission to practice a patent or covenant not to +sue for patent infringement). To "grant" such a patent license to a +party means to make such an agreement or commitment not to enforce a +patent against the party. + + If you convey a covered work, knowingly relying on a patent license, +and the Corresponding Source of the work is not available for anyone +to copy, free of charge and under the terms of this License, through a +publicly available network server or other readily accessible means, +then you must either (1) cause the Corresponding Source to be so +available, or (2) arrange to deprive yourself of the benefit of the +patent license for this particular work, or (3) arrange, in a manner +consistent with the requirements of this License, to extend the patent +license to downstream recipients. "Knowingly relying" means you have +actual knowledge that, but for the patent license, your conveying the +covered work in a country, or your recipient's use of the covered work +in a country, would infringe one or more identifiable patents in that +country that you have reason to believe are valid. + + If, pursuant to or in connection with a single transaction or +arrangement, you convey, or propagate by procuring conveyance of, a +covered work, and grant a patent license to some of the parties +receiving the covered work authorizing them to use, propagate, modify +or convey a specific copy of the covered work, then the patent license +you grant is automatically extended to all recipients of the covered +work and works based on it. + + A patent license is "discriminatory" if it does not include within +the scope of its coverage, prohibits the exercise of, or is +conditioned on the non-exercise of one or more of the rights that are +specifically granted under this License. You may not convey a covered +work if you are a party to an arrangement with a third party that is +in the business of distributing software, under which you make payment +to the third party based on the extent of your activity of conveying +the work, and under which the third party grants, to any of the +parties who would receive the covered work from you, a discriminatory +patent license (a) in connection with copies of the covered work +conveyed by you (or copies made from those copies), or (b) primarily +for and in connection with specific products or compilations that +contain the covered work, unless you entered into that arrangement, +or that patent license was granted, prior to 28 March 2007. + + Nothing in this License shall be construed as excluding or limiting +any implied license or other defenses to infringement that may +otherwise be available to you under applicable patent law. + + 12. No Surrender of Others' Freedom. + + If conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or +otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not +excuse you from the conditions of this License. If you cannot convey a +covered work so as to satisfy simultaneously your obligations under this +License and any other pertinent obligations, then as a consequence you may +not convey it at all. For example, if you agree to terms that obligate you +to collect a royalty for further conveying from those to whom you convey +the Program, the only way you could satisfy both those terms and this +License would be to refrain entirely from conveying the Program. + + 13. Use with the GNU Affero General Public License. + + Notwithstanding any other provision of this License, you have +permission to link or combine any covered work with a work licensed +under version 3 of the GNU Affero General Public License into a single +combined work, and to convey the resulting work. The terms of this +License will continue to apply to the part which is the covered work, +but the special requirements of the GNU Affero General Public License, +section 13, concerning interaction through a network will apply to the +combination as such. + + 14. Revised Versions of this License. + + The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions of +the GNU General Public License from time to time. Such new versions will +be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to +address new problems or concerns. + + Each version is given a distinguishing version number. If the +Program specifies that a certain numbered version of the GNU General +Public License "or any later version" applies to it, you have the +option of following the terms and conditions either of that numbered +version or of any later version published by the Free Software +Foundation. If the Program does not specify a version number of the +GNU General Public License, you may choose any version ever published +by the Free Software Foundation. + + If the Program specifies that a proxy can decide which future +versions of the GNU General Public License can be used, that proxy's +public statement of acceptance of a version permanently authorizes you +to choose that version for the Program. + + Later license versions may give you additional or different +permissions. However, no additional obligations are imposed on any +author or copyright holder as a result of your choosing to follow a +later version. + + 15. Disclaimer of Warranty. + + THERE IS NO WARRANTY FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY +APPLICABLE LAW. EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT +HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY +OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, +THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR +PURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM +IS WITH YOU. SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF +ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION. + + 16. Limitation of Liability. + + IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING +WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MODIFIES AND/OR CONVEYS +THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, INCLUDING ANY +GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE +USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF +DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD +PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS), +EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF +SUCH DAMAGES. + + 17. Interpretation of Sections 15 and 16. + + If the disclaimer of warranty and limitation of liability provided +above cannot be given local legal effect according to their terms, +reviewing courts shall apply local law that most closely approximates +an absolute waiver of all civil liability in connection with the +Program, unless a warranty or assumption of liability accompanies a +copy of the Program in return for a fee. + + END OF TERMS AND CONDITIONS + + How to Apply These Terms to Your New Programs + + If you develop a new program, and you want it to be of the greatest +possible use to the public, the best way to achieve this is to make it +free software which everyone can redistribute and change under these terms. + + To do so, attach the following notices to the program. It is safest +to attach them to the start of each source file to most effectively +state the exclusion of warranty; and each file should have at least +the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found. + + {one line to give the program's name and a brief idea of what it does.} + Copyright (C) {year} {name of author} + + This program is free software: you can redistribute it and/or modify + it under the terms of the GNU General Public License as published by + the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + (at your option) any later version. + + This program is distributed in the hope that it will be useful, + but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + GNU General Public License for more details. + + You should have received a copy of the GNU General Public License + along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + +Also add information on how to contact you by electronic and paper mail. + + If the program does terminal interaction, make it output a short +notice like this when it starts in an interactive mode: + + {project} Copyright (C) {year} {fullname} + This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'. + This is free software, and you are welcome to redistribute it + under certain conditions; type `show c' for details. + +The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate +parts of the General Public License. Of course, your program's commands +might be different; for a GUI interface, you would use an "about box". + + You should also get your employer (if you work as a programmer) or school, +if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if necessary. +For more information on this, and how to apply and follow the GNU GPL, see +<http://www.gnu.org/licenses/>. + + The GNU General Public License does not permit incorporating your program +into proprietary programs. If your program is a subroutine library, you +may consider it more useful to permit linking proprietary applications with +the library. If this is what you want to do, use the GNU Lesser General +Public License instead of this License. But first, please read +<http://www.gnu.org/philosophy/why-not-lgpl.html>.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/phe/__init__.py Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,4 @@ +if __name__ == "phe": + # If this package is added as library, append extended path. + from pkgutil import extend_path + __path__ = extend_path(__path__, __name__) \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/phe/metadata/__init__.py Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,16 @@ +"""Metadata related information.""" + +import abc + +class PHEMetaData(object): + """Abstract class to provide interface for meta-data creation.""" + + __metaclass__ = abc.ABCMeta + + def __init__(self): + pass + + @abc.abstractmethod + def get_meta(self): + """Get the metadata.""" + raise NotImplementedError("get meta has not been implemented yet.")
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/phe/variant/GATKVariantCaller.py Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,126 @@ +''' +Created on 22 Sep 2015 + +@author: alex +''' +from collections import OrderedDict +import logging +import os +import subprocess + +from phe.variant import VariantCaller + + +class GATKVariantCaller(VariantCaller): + """Implemetation of the Broad institute's variant caller.""" + + name = "gatk" + """Plain text name of the variant caller.""" + + _default_options = "--sample_ploidy 2 --genotype_likelihoods_model BOTH -rf BadCigar -out_mode EMIT_ALL_SITES -nt 1" + """Default options for the variant caller.""" + + def __init__(self, cmd_options=None): + """Constructor""" + if cmd_options is None: + cmd_options = self._default_options + + super(GATKVariantCaller, self).__init__(cmd_options=cmd_options) + + self.last_command = None + + def get_info(self, plain=False): + d = {"name": "gatk", "version": self.get_version(), "command": self.last_command} + + if plain: + result = "GATK(%(version)s): %(command)s" % d + else: + result = OrderedDict(d) + + return result + + def get_version(self): + + p = subprocess.Popen(["java", "-jar", os.environ["GATK_JAR"], "-version"], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT) + (output, _) = p.communicate() + + # last character is EOL. + version = output.split("\n")[-2] + + return version + + def make_vcf(self, *args, **kwargs): + ref = kwargs.get("ref") + bam = kwargs.get("bam") + + if kwargs.get("vcf_file") is None: + kwargs["vcf_file"] = "variants.vcf" + + opts = {"ref": os.path.abspath(ref), + "bam": os.path.abspath(bam), + "gatk_jar": os.environ["GATK_JAR"], + "all_variants_file": os.path.abspath(kwargs.get("vcf_file")), + "extra_cmd_options": self.cmd_options} + +# if not self.create_aux_files(ref): +# logging.warn("Auxiliary files were not created.") +# return False + + # Call variants + # FIXME: Sample ploidy = 2? + os.environ["GATK_JAR"] + cmd = "java -XX:+UseSerialGC -jar %(gatk_jar)s -T UnifiedGenotyper -R %(ref)s -I %(bam)s -o %(all_variants_file)s %(extra_cmd_options)s" % opts + success = os.system(cmd) + + if success != 0: + logging.warn("Calling variants returned non-zero exit status.") + return False + + self.last_command = cmd + + return True + + def create_aux_files(self, ref): + """Create auxiliary files needed for this variant. + + Tools needed: samtools and picard tools. Picard tools is a Java + library that can be defined using environment variable: PICARD_JAR + specifying path to picard.jar or PICARD_TOOLS_PATH specifying path + to the directory where separate jars are (older version before jars + were merged into a single picard.jar). + Parameters: + ----------- + ref: str + Path to the reference file. + + Returns: + -------- + bool: + True if auxiliary files were created, False otherwise. + """ + + ref_name, _ = os.path.splitext(ref) + + success = os.system("samtools faidx %s" % ref) + + if success != 0: + logging.warn("Fasta index could not be created.") + return False + + d = {"ref": ref, "ref_name": ref_name} + + if os.environ.get("PICARD_TOOLS_PATH"): + d["picard_tools_path"] = os.path.join(os.environ["PICARD_TOOLS_PATH"], "CreateSequenceDictionary.jar") + elif os.environ.get("PICARD_JAR"): + # This is used in newer version of PICARD tool where multiple + # jars were merged into a single jar file. + d["picard_tools_path"] = "%s %s" % (os.environ["PICARD_JAR"], "CreateSequenceDictionary") + else: + logging.error("Picard tools are not present in the path.") + return False + + success = os.system("java -jar %(picard_tools_path)s R=%(ref)s O=%(ref_name)s.dict" % d) + + if success != 0: + logging.warn("Dictionary for the %s reference could not be created", ref) + return False
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/phe/variant/MPileupVariantCaller.py Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,96 @@ +''' +Created on 22 Sep 2015 + +@author: alex +''' +from collections import OrderedDict +import logging +import os +import subprocess +import tempfile + +from phe.variant import VariantCaller + + +class MPileupVariantCaller(VariantCaller): + """Implemetation of the Broad institute's variant caller.""" + + name = "mpileup" + """Plain text name of the variant caller.""" + + _default_options = "-m -f GQ" + """Default options for the variant caller.""" + + def __init__(self, cmd_options=None): + """Constructor""" + if cmd_options is None: + cmd_options = self._default_options + + super(MPileupVariantCaller, self).__init__(cmd_options=cmd_options) + + self.last_command = None + + def get_info(self, plain=False): + d = {"name": self.name, "version": self.get_version(), "command": self.last_command} + + if plain: + result = "mpileup(%(version)s): %(command)s" % d + else: + result = OrderedDict(d) + + return result + + def get_version(self): + + p = subprocess.Popen(["samtools", "--version"], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT) + (output, _) = p.communicate() + + # first line is the version of the samtools + version = output.split("\n")[0].split(" ")[1] + + return version + + def make_vcf(self, *args, **kwargs): + ref = kwargs.get("ref") + bam = kwargs.get("bam") + + if kwargs.get("vcf_file") is None: + kwargs["vcf_file"] = "variants.vcf" + + opts = {"ref": os.path.abspath(ref), + "bam": os.path.abspath(bam), + "all_variants_file": os.path.abspath(kwargs.get("vcf_file")), + "extra_cmd_options": self.cmd_options} + + with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".pileup") as tmp: + opts["pileup_file"] = tmp.name + cmd = "samtools mpileup -t DP,DV,DP4,DPR,SP -Auf %(ref)s %(bam)s | bcftools call %(extra_cmd_options)s > %(all_variants_file)s" % opts + print cmd + self.last_command = cmd + if os.system(cmd) != 0: + logging.warn("Pileup creation was not successful.") + return False + + return True + + def create_aux_files(self, ref): + """Index reference with faidx from samtools. + + Parameters: + ----------- + ref: str + Path to the reference file. + + Returns: + -------- + bool: + True if auxiliary files were created, False otherwise. + """ + + success = os.system("samtools faidx %s" % ref) + + if success != 0: + logging.warn("Fasta index could not be created.") + return False + + return True
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/phe/variant/__init__.py Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,288 @@ +"""Classes and methods to work with variants and such.""" +import abc +#ulf +# from collections import OrderedDict +try: + from collections import OrderedDict +except ImportError: + from ordereddict import OrderedDict + +import logging +import pickle + +from vcf import filters +import vcf +from vcf.parser import _Filter + +from phe.metadata import PHEMetaData +from phe.variant_filters import make_filters, PHEFilterBase, str_to_filters + + +class VCFTemplate(object): + """This is a small hack class for the Template used in generating + VCF file.""" + + def __init__(self, vcf_reader): + self.infos = vcf_reader.infos + self.formats = vcf_reader.formats + self.filters = vcf_reader.filters + self.alts = vcf_reader.alts + self.contigs = vcf_reader.contigs + self.metadata = vcf_reader.metadata + self._column_headers = vcf_reader._column_headers + self.samples = vcf_reader.samples + +class VariantSet(object): + """A convenient representation of set of variants. + TODO: Implement iterator and generator for the variant set. + """ + + _reader = None + + def __init__(self, vcf_in, filters=None): + """Constructor of variant set. + + Parameters: + ----------- + vcf_in: str + Path to the VCF file for loading information. + filters: str or dict, optional + Dictionary or string of the filter:threshold key value pairs. + """ + self.vcf_in = vcf_in + self._reader = vcf.Reader(filename=vcf_in) + self.out_template = VCFTemplate(self._reader) + + self.filters = [] + if filters is not None: + if isinstance(filters, str): + self.filters = str_to_filters(filters) + elif isinstance(filters, dict): + self.filters = make_filters(config=filters) + elif isinstance(filters, list): + self.filters = filters + else: + logging.warn("Could not create filters from %s", filters) + else: + reader = vcf.Reader(filename=self.vcf_in) + filters = {} + for filter_id in reader.filters: + filters.update(PHEFilterBase.decode(filter_id)) + + if filters: + self.filters = make_filters(config=filters) + + self.variants = [] + + def filter_variants(self, keep_only_snps=True): + """Create a variant """ + + if self._reader is None: + # Create a reader class from input VCF. + self._reader = vcf.Reader(filename=self.vcf_in) + + # get list of existing filters. + existing_filters = {} + removed_filters = [] + + for filter_id in self._reader.filters: + conf = PHEFilterBase.decode(filter_id) + tuple(conf.keys()) + existing_filters.update({tuple(conf.keys()):filter_id}) + + # Add each filter we are going to use to the record. + # This is needed for writing out proper #FILTER header in VCF. + for record_filter in self.filters: + # We know that each filter has short description method. + short_doc = record_filter.short_desc() + short_doc = short_doc.split('\n')[0].lstrip() + + filter_name = PHEFilterBase.decode(record_filter.filter_name()) + + # Check if the sample has been filtered for this type of filter + # in the past. If so remove is, because it is going to be refiltered. + if tuple(filter_name) in existing_filters: + logging.info("Removing existing filter: %s", existing_filters[tuple(filter_name)]) + removed_filters.append(existing_filters[tuple(filter_name)]) + del self._reader.filters[existing_filters[tuple(filter_name)]] + + self._reader.filters[record_filter.filter_name()] = _Filter(record_filter.filter_name(), short_doc) + + # For each record (POSITION) apply set of filters. + for record in self._reader: + + # If this record failed filters and we removed some, + # check is they need to be removed from record. + if isinstance(record.FILTER, list) and len(record.FILTER) > 0: + for filter_id in removed_filters: + if filter_id in record.FILTER: + record.FILTER.remove(filter_id) + + for record_filter in self.filters: + + # Call to __call__ method in each filter. + result = record_filter(record) + + # Record is KEPT if filter returns None + if result == None: + continue + + # If we got this far, then record is filtered OUT. + record.add_filter(record_filter.filter_name()) + + # After applying all filters, check if FILTER is None. + # If it is, then record PASSED all filters. + if record.FILTER is None or record.FILTER == []: + record.FILTER = 'PASS' + # FIXME: Does this work for indels? + if keep_only_snps and record.is_snp: + self.variants.append(record) + else: + self.variants.append(record) + + self.update_filters(self._reader.filters) + + return [ variant for variant in self.variants if variant.FILTER == "PASS"] + + def add_metadata(self, info): + """Add metadata to the variant set. + + Parameters: + ----------- + info: dict + Dictionary of key value pairs to be inserted into metadata. + """ + for info_key, metadata in info.items(): + self.out_template.metadata[info_key] = metadata + + def write_variants(self, vcf_out, only_snps=False, only_good=False): + """Write variants to a VCF file. + + Parameters: + ----------- + vcf_out: str + Path to the file where VCF data is written. + only_snps: bool, optional + True is *only* SNP are to be written to the output (default: False). + only_good: bool, optional + True if only those records that PASS all filters should be written + (default: False). + + Returns: + int: + Number of records written. + """ + written_variants = 0 + with open(vcf_out, "w") as out_vcf: + writer = vcf.Writer(out_vcf, self.out_template) + for record in self.variants: + + if only_snps and not record.is_snp: + continue + + if only_good and record.FILTER != "PASS" or record.FILTER is None: + continue + + writer.write_record(record) + written_variants += 1 + + return written_variants + + def _write_bad_variants(self, vcf_out): + """**PRIVATE:** Write only those records that **haven't** passed.""" + written_variants = 0 + with open(vcf_out, "w") as out_vcf: + writer = vcf.Writer(out_vcf, self.out_template) + for record in self.variants: + if record.FILTER != "PASS" and record.FILTER is not None: + writer.write_record(record) + written_variants += 1 + return written_variants + + def serialise(self, out_file): + """Save the data in this class to a file for future use/reload. + + Parameters: + ----------- + out_file: str + path to file where the data should be written to. + + Returns: + -------- + int: + Number of variants written. + """ + written_variants = 0 + with open(out_file, "w") as out_vcf: + writer = vcf.Writer(out_vcf, self.out_template) + for record in self.variants: + writer.write_record(record) + written_variants += 1 + + return written_variants + + def update_filters(self, new_filters): + """Update internal filters in the output template.""" + for new_filter, filter_data in new_filters.items(): + self.out_template.filters[new_filter] = filter_data + + +class VariantCaller(PHEMetaData): + """Abstract class used for access to the implemented variant callers.""" + + __metaclass__ = abc.ABCMeta + + def __init__(self, cmd_options=None): + """Constructor for variant caller. + + Parameters: + ----------- + cmd_options: str, optional + Command options to pass to the variant command. + """ + self.cmd_options = cmd_options + + super(VariantCaller, self).__init__() + + @abc.abstractmethod + def make_vcf(self, *args, **kwargs): + """Create a VCF from **BAM** file. + + Parameters: + ----------- + ref: str + Path to the reference file. + bam: str + Path to the indexed **BAM** file for calling variants. + vcf_file: str + path to the VCF file where data will be written to. + + Returns: + -------- + bool: + True if variant calling was successful, False otherwise. + """ + raise NotImplementedError("make_vcf is not implemented yet.") + + @abc.abstractmethod + def create_aux_files(self, ref): + """Create needed (if any) auxiliary files. + These files are required for proper functioning of the variant caller. + """ + raise NotImplementedError("create_aux_files is not implemeted.") + + @abc.abstractmethod + def get_info(self, plain=False): + """Get information about this variant caller.""" + raise NotImplementedError("Get info has not been implemented yet." + ) + def get_meta(self): + """Get the metadata about this variant caller.""" + od = self.get_info() + od["ID"] = "VariantCaller" + return OrderedDict({"PHEVariantMetaData": [od]}) + + @abc.abstractmethod + def get_version(self): + """Get the version of the underlying command used.""" + raise NotImplementedError("Get version has not been implemented yet.")
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/phe/variant/variant_factory.py Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,92 @@ +'''Classes and functions for working with variant callers. + +Created on 22 Sep 2015 + +@author: alex +''' +import glob +import inspect +import logging +import os +import sys + +from phe.variant import VariantCaller + +def dynamic_caller_loader(): + """Fancy way of dynamically importing existing variant callers. + + Returns + ------- + dict: + Available variant callers dictionary. Keys are parameters that + can be used to call variants. + """ + + # We assume the caller are in the same directory as THIS file. + variants_dir = os.path.dirname(__file__) + variants_dir = os.path.abspath(variants_dir) + + # This is populated when the module is first imported. + avail_callers = {} + + # Add this directory to the syspath. + sys.path.insert(0, variants_dir) + + # Find all "py" files. + for caller_mod in glob.glob(os.path.join(variants_dir, "*.py")): + + # Derive name of the module where caller is. + caller_mod_file = os.path.basename(caller_mod) + + # Ignore __init__ file, only base class is there. + if caller_mod_file.startswith("__init__"): + continue + + # Import the module with a caller. + mod = __import__(caller_mod_file.replace(".pyc", "").replace(".py", "")) + + # Find all the classes contained in this module. + classes = inspect.getmembers(mod, inspect.isclass) + for cls_name, cls in classes: + # For each class, if it is a sublass of VariantCaller, add it. + if cls_name != "VariantCaller" and issubclass(cls, VariantCaller): + # The name is inherited and defined within each caller. + avail_callers[cls.name] = cls + + sys.path.remove(variants_dir) + + return avail_callers + +_avail_variant_callers = dynamic_caller_loader() + +def available_callers(): + """Return list of available variant callers.""" + return _avail_variant_callers.keys() + +def factory(variant=None, custom_options=None): + """Make an instance of a variant class. + + Parameters: + ----------- + variant: str, optional + Name of the variant class to instantiate. + custom_options: str, optional + Custom options to be passed directly to the implementing class. + + Returns: + -------- + :py:class:`phe.variant.VariantCaller`: + Instance of the :py:class:`phe.variant.VariantCaller` for given + variant name, or None if one couldn't be found. + """ + if variant is not None and isinstance(variant, str): + + variant = variant.lower() + if variant in _avail_variant_callers: + return _avail_variant_callers[variant](cmd_options=custom_options) + else: + logging.error("No implementation for %s mapper.") + return None + + logging.warn("Unknown parameters. Mapper could not be initialised.") + return None
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/phe/variant_filters/__init__.py Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,209 @@ +"""Classes and functions for working with variant filters.""" + +from __builtin__ import __import__ +from abc import abstractproperty +import abc +import argparse +import glob +import inspect +import logging +import os +import re +import sys + +import vcf +import vcf.filters +from vcf.parser import _Filter + +IUPAC_CODES = {frozenset(["A", "G"]): "R", + frozenset(["C", "T"]): "Y", + frozenset(["G", "C"]): "S", + frozenset(["A", "T"]): "W", + frozenset(["G", "T"]): "K", + frozenset(["A", "C"]): "M", + frozenset(["C", "G", "T"]): "B", + frozenset(["A", "G", "T"]): "D", + frozenset(["A", "C", "T"]): "H", + frozenset(["A", "C", "G"]): "V" + } + +class PHEFilterBase(vcf.filters.Base): + """Base class for VCF filters.""" + __meta__ = abc.ABCMeta + + magic_sep = ":" + decoder_pattern = re.compile(magic_sep) + + @abc.abstractproperty + def parameter(self): + """Short name of parameter being filtered.""" + return self.parameter + + @abc.abstractproperty + def _default_threshold(self): + """Default threshold for filtering.""" + return self._default_threshold + + def __init__(self, args): + super(PHEFilterBase, self).__init__(args) + + # Change the threshold to custom gq value. + self.threshold = self._default_threshold + + if isinstance(args, dict): + self.threshold = args.get(self.parameter) + + def __str__(self): + return self.filter_name() + + @abc.abstractmethod + def short_desc(self): + """Short description of the filter (included in VCF).""" + raise NotImplementedError("Get short description is not implemented.") + + def get_config(self): + """This is used for reconstructing filter.""" + return {self.parameter: self.threshold} + + def filter_name(self): + """Create filter names by their parameter separated by magic. + E.g. if filter parameter is ad_ratio and threshold is 0.9 then + ad_ratio:0.9 if the filter name. + """ + return "%s%s%s" % (self.parameter, self.magic_sep, self.threshold) + + @staticmethod + def decode(filter_id): + """Decode name of filter.""" + conf = {} + + if PHEFilterBase.magic_sep in filter_id: + info = PHEFilterBase.decoder_pattern.split(filter_id) + assert len(info) == 2 + conf[info[0]] = info[1] + return conf + + def is_gap(self): + return False + + def is_n(self): + return True + + @staticmethod + def call_concensus(record): + extended_code = "N" + try: + sample_ad = set([str(c) for c in record.ALT] + [record.REF]) + + + for code, cov in IUPAC_CODES.items(): + if sample_ad == cov: + extended_code = code + break + except AttributeError: + extended_code = "N" + + return extended_code + +def dynamic_filter_loader(): + """Fancy way of dynamically importing existing filters. + + Returns + ------- + dict: + Available filters dictionary. Keys are parameters that + can be supplied to the filters. + """ + + # We assume the filters are in the same directory as THIS file. + filter_dir = os.path.dirname(__file__) + filter_dir = os.path.abspath(filter_dir) + + # This is populated when the module is first imported. + avail_filters = {} + + # Add this directory to the syspath. + sys.path.insert(0, filter_dir) + + # Find all "py" files. + for filter_mod in glob.glob(os.path.join(filter_dir, "*.py")): + + # Derive name of the module where filter is. + filter_mod_file = os.path.basename(filter_mod) + + # Ignore this file, obviously. + if filter_mod_file.startswith("__init__"): + continue + + # Import the module with a filter. + mod = __import__(filter_mod_file.replace(".pyc", "").replace(".py", "")) + + # Find all the classes contained in this module. + classes = inspect.getmembers(mod, inspect.isclass) + for cls_name, cls in classes: + # For each class, if it is a sublass of PHEFilterBase, add it. + if cls_name != "PHEFilterBase" and issubclass(cls, PHEFilterBase): + # The parameters are inherited and defined within each filter. + avail_filters[cls.parameter] = cls + + sys.path.remove(filter_dir) + + return avail_filters + +_avail_filters = dynamic_filter_loader() + +def available_filters(): + """Return list of available filters.""" + return _avail_filters.keys() + +def str_to_filters(filters): + """Convert from filter string to array of filters. + E.g. ad_ration:0.9,min_depth:5 + + Parameters: + ----------- + filters: str + String version of filters, separated by comma. + + Returns: + -------- + list: + List of :py:class:`phe.variant_filters.PHEFilterBase` instances. + """ + + config = {} + for kv_pair in filters.split(","): + pair = kv_pair.split(":") + assert len(pair) == 2, "Filters should be separated by ':' %s" % kv_pair + + # We don't care about casting them to correct type because Filters + # will do it for us. + config[pair[0]] = pair[1] + + return make_filters(config) + +def make_filters(config): + """Create a list of filters from *config*. + + Parameters: + ----------- + config: dict, optional + Dictionary with parameter: value pairs. For each parameter, an + appropriate Filter will be found and instanciated. + + Returns: + -------- + list: + List of :py:class:`PHEFilterBase` filters. + """ + filters = [] + + if config: + for custom_filter in config: + if custom_filter in _avail_filters: + filters.append(_avail_filters[custom_filter](config)) + else: + logging.warn("Could not find appropriate filter for %s", + custom_filter) + + return filters
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/test-data/1_short.vcf Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,50000 @@ +##fileformat=VCFv4.1 +##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification"> +##GATKCommandLine=<ID=SelectVariants,Version=2.6-5-gba531bd,Date="Thu May 22 09:24:36 BST 2014",Epoch=1400747076888,CommandLineOptions="analysis_type=SelectVariants input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/phengs/galaxy/database/tmp/tmp-gatk-lMh4vi/gatk_input.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 allow_bqsr_on_reduced_bams_despite_repeated_warnings=false validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false num_threads=2 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=(RodBinding name=variant source=/phengs/galaxy/database/tmp/tmp-gatk-lMh4vi/input_variant.vcf) discordance=(RodBinding name= source=UNBOUND) concordance=(RodBinding name= source=UNBOUND) out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sample_name=[] sample_expressions=null sample_file=null exclude_sample_name=[] exclude_sample_file=[] select_expressions=[] excludeNonVariants=false excludeFiltered=false restrictAllelesTo=ALL keepOriginalAC=false mendelianViolation=false 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/test-data/2_short.vcf Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,50000 @@ +##fileformat=VCFv4.1 +##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification"> +##GATKCommandLine=<ID=SelectVariants,Version=2.6-5-gba531bd,Date="Thu May 22 09:15:54 BST 2014",Epoch=1400746554393,CommandLineOptions="analysis_type=SelectVariants input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null 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downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 allow_bqsr_on_reduced_bams_despite_repeated_warnings=false validation_strictness=STRICT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false num_threads=2 num_cpu_threads_per_data_thread=6 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false genotype_likelihoods_model=BOTH pcr_error_rate=1.0E-4 computeSLOD=false 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p_nonref_model=EXACT_INDEPENDENT exactcallslog=null dbsnp=(RodBinding name= source=UNBOUND) comp=[] out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub debug_file=null annotation=[] excludeAnnotation=[] filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false"> +##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed"> +##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes"> +##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth; some reads may have been filtered"> +##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?"> +##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions"> +##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias"> +##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes"> +##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation"> +##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed"> +##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed"> +##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality"> +##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads"> +##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities"> +##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth"> +##INFO=<ID=RPA,Number=.,Type=Integer,Description="Number of times tandem repeat unit is repeated, for each allele (including reference)"> +##INFO=<ID=RU,Number=1,Type=String,Description="Tandem repeat unit (bases)"> +##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias"> +##INFO=<ID=STR,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is a short tandem repeat"> +##contig=<ID=gi|15829254|ref|NC_002695.1|,length=5498450> +##reference=file:///phengs/galaxy/database/tmp/tmp-gatk-4mpB9s/gatk_input.fasta +##source=SelectVariants +##INFO=<ID=BasesToClosestSNP,Number=1,Type=Integer,Description="Number of bases to the closest SNP in the file."> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT H133580170_1 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 1 . 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AN=2;DP=50;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:50 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49927 . G . 160.23 . AN=2;DP=51;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:51 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49928 . T . 160.23 . AN=2;DP=52;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:51 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49929 . C . 160.23 . AN=2;DP=51;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:51 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49930 . G . 163.23 . AN=2;DP=53;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:53 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49931 . A . 166.23 . AN=2;DP=54;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:54 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49932 . T . 169.23 . AN=2;DP=55;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:55 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49933 . G . 163.23 . AN=2;DP=51;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:50 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49934 . A . 166.23 . AN=2;DP=51;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:51 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49935 . A . 169.23 . AN=2;DP=51;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:51 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49936 . G . 169.23 . AN=2;DP=51;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:51 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49937 . A . 163.23 . AN=2;DP=50;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:50 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49938 . G . 160.23 . AN=2;DP=50;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:50 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49939 . C . 154.23 . AN=2;DP=47;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:47 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49940 . A . 151.23 . AN=2;DP=48;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:48 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49941 . T . 157.23 . AN=2;DP=49;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:49 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49942 . C . 160.23 . AN=2;DP=50;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:50 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49943 . C . 157.23 . AN=2;DP=47;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:47 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49944 . G . 157.23 . AN=2;DP=48;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:48 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49945 . C . 154.23 . AN=2;DP=47;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:47 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49946 . A . 154.23 . AN=2;DP=48;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:48 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49947 . C . 154.23 . AN=2;DP=48;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:48 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49948 . A . 151.23 . AN=2;DP=46;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:46 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49949 . T . 151.23 . AN=2;DP=46;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:46 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49950 . T . 148.23 . AN=2;DP=46;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:46 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49951 . G . 154.23 . AN=2;DP=49;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:49 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49952 . T . 157.23 . AN=2;DP=49;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:49 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49953 . T . 154.23 . AN=2;DP=49;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:49 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49954 . G . 157.23 . AN=2;DP=48;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:48 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49955 . T . 151.23 . AN=2;DP=48;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:48 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49956 . G . 154.23 . AN=2;DP=47;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:47 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49957 . A . 151.23 . AN=2;DP=47;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:47 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49958 . A . 148.23 . AN=2;DP=47;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:47 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49959 . A . 148.23 . AN=2;DP=47;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:47 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49960 . G . 145.23 . AN=2;DP=46;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:46 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49961 . C . 145.23 . AN=2;DP=46;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:46 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49962 . C . 148.23 . AN=2;DP=46;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:46 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49963 . G . 145.23 . AN=2;DP=46;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:46 +gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49964 . A . 145.23 . AN=2;DP=46;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:46
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/test-data/testresult.fa Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,6 @@ +>1_short +TTCTTCATGA +>2_short +TTTTACACGA +>reference +CCCATAGCAG
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/tool_dependencies.xml Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,21 @@ +<?xml version="1.0"?> +<tool_dependency> + <package name="python" version="2.7.10"> + <repository changeset_revision="0339c4a9b87b" name="package_python_2_7_10" owner="iuc" prior_installation_required="True" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" /> + </package> + <package name="pyvcf" version="0.6.7"> + <repository changeset_revision="f6d05f9a22bf" name="package_python_2_7_pyvcf_0_6_7" owner="ulfschaefer" prior_installation_required="True" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu"/> + </package> + <package name="pyyaml" version="3.11"> + <repository changeset_revision="99267d131c05" name="package_python_2_7_pyyaml_3_11" owner="iuc" prior_installation_required="True" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu"/> + </package> + <package name="bintrees" version="2.0.2"> + <repository changeset_revision="1d16207341c7" name="package_python_2_7_bintrees_2_0_2" owner="ulfschaefer" prior_installation_required="True" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu"/> + </package> + <package name="biopython" version="1.66"> + <repository changeset_revision="5d5355863287" name="package_python_2_7_biopython_1_66" owner="ulfschaefer" prior_installation_required="True" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu"/> + </package> + <package name="matplotlib" version="1.4"> + <repository changeset_revision="f7424e1cf115" name="package_python_2_7_matplotlib_1_4" owner="iuc" prior_installation_required="True" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu"/> + </package> +</tool_dependency>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/vcfs2fasta.py Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,415 @@ +#!/usr/bin/env python +''' +Merge SNP data from multiple VCF files into a single fasta file. + +Created on 5 Oct 2015 + +@author: alex +''' +import argparse +from collections import OrderedDict +import glob +import itertools +import logging +import os + +from Bio import SeqIO +from bintrees import FastRBTree + +# Try importing the matplotlib and numpy for stats. +try: + from matplotlib import pyplot as plt + import numpy + can_stats = True +except ImportError: + can_stats = False + +import vcf + +from phe.variant_filters import IUPAC_CODES + + +def plot_stats(pos_stats, total_samples, plots_dir="plots", discarded={}): + if not os.path.exists(plots_dir): + os.makedirs(plots_dir) + + for contig in pos_stats: + + plt.style.use('ggplot') + + x = numpy.array([pos for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, [])]) + y = numpy.array([ float(pos_stats[contig][pos]["mut"]) / total_samples for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, []) ]) + + f, (ax1, ax2, ax3, ax4) = plt.subplots(4, sharex=True, sharey=True) + f.set_size_inches(12, 15) + ax1.plot(x, y, 'ro') + ax1.set_title("Fraction of samples with SNPs") + plt.ylim(0, 1.1) + + y = numpy.array([ float(pos_stats[contig][pos]["N"]) / total_samples for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, [])]) + ax2.plot(x, y, 'bo') + ax2.set_title("Fraction of samples with Ns") + + y = numpy.array([ float(pos_stats[contig][pos]["mix"]) / total_samples for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, [])]) + ax3.plot(x, y, 'go') + ax3.set_title("Fraction of samples with mixed bases") + + y = numpy.array([ float(pos_stats[contig][pos]["gap"]) / total_samples for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, [])]) + ax4.plot(x, y, 'yo') + ax4.set_title("Fraction of samples with uncallable genotype (gap)") + + plt.savefig(os.path.join(plots_dir, "%s.png" % contig), dpi=100) + +def get_mixture(record, threshold): + mixtures = {} + try: + if len(record.samples[0].data.AD) > 1: + + total_depth = sum(record.samples[0].data.AD) + # Go over all combinations of touples. + for comb in itertools.combinations(range(0, len(record.samples[0].data.AD)), 2): + i = comb[0] + j = comb[1] + + alleles = list() + + if 0 in comb: + alleles.append(str(record.REF)) + + if i != 0: + alleles.append(str(record.ALT[i - 1])) + mixture = record.samples[0].data.AD[i] + if j != 0: + alleles.append(str(record.ALT[j - 1])) + mixture = record.samples[0].data.AD[j] + + ratio = float(mixture) / total_depth + if ratio == 1.0: + logging.debug("This is only designed for mixtures! %s %s %s %s", record, ratio, record.samples[0].data.AD, record.FILTER) + + if ratio not in mixtures: + mixtures[ratio] = [] + mixtures[ratio].append(alleles.pop()) + + elif ratio >= threshold: + try: + code = IUPAC_CODES[frozenset(alleles)] + if ratio not in mixtures: + mixtures[ratio] = [] + mixtures[ratio].append(code) + except KeyError: + logging.warn("Could not retrieve IUPAC code for %s from %s", alleles, record) + except AttributeError: + mixtures = {} + + return mixtures + +def print_stats(stats, pos_stats, total_vars): + for contig in stats: + for sample, info in stats[contig].items(): + print "%s,%i,%i" % (sample, len(info.get("n_pos", [])), total_vars) + + for contig in stats: + for pos, info in pos_stats[contig].iteritems(): + print "%s,%i,%i,%i,%i" % (contig, pos, info.get("N", "NA"), info.get("-", "NA"), info.get("mut", "NA")) + + +def get_args(): + args = argparse.ArgumentParser(description="Combine multiple VCFs into a single FASTA file.") + + group = args.add_mutually_exclusive_group(required=True) + group.add_argument("--directory", "-d", help="Path to the directory with .vcf files.") + group.add_argument("--input", "-i", type=str, nargs='+', help="List of VCF files to process.") + + args.add_argument("--out", "-o", required=True, help="Path to the output FASTA file.") + + args.add_argument("--with-mixtures", type=float, help="Specify this option with a threshold to output mixtures above this threshold.") + + args.add_argument("--column-Ns", type=float, help="Keeps columns with fraction of Ns above specified threshold.") + + args.add_argument("--sample-Ns", type=float, help="Keeps samples with fraction of Ns above specified threshold.") + + args.add_argument("--reference", type=str, help="If path to reference specified (FASTA), then whole genome will be written.") + + group = args.add_mutually_exclusive_group() + + group.add_argument("--include") + group.add_argument("--exclude") + + args.add_argument("--with-stats", help="If a path is specified, then position of the outputed SNPs is stored in this file. Requires mumpy and matplotlib.") + args.add_argument("--plots-dir", default="plots", help="Where to write summary plots on SNPs extracted. Requires mumpy and matplotlib.") + + return args.parse_args() + +def main(): + """ + Process VCF files and merge them into a single fasta file. + """ + + logging.basicConfig(level=logging.INFO) + + args = get_args() + contigs = list() + + sample_stats = dict() + + # All positions available for analysis. + avail_pos = dict() + # Stats about each position in each chromosome. + pos_stats = dict() + # Cached version of the data. + vcf_data = dict() + mixtures = dict() + + empty_tree = FastRBTree() + + exclude = False + include = False + + if args.reference: + ref_seq = OrderedDict() + with open(args.reference) as fp: + for record in SeqIO.parse(fp, "fasta"): + ref_seq[record.id] = str(record.seq) + + args.reference = ref_seq + + if args.exclude or args.include: + pos = {} + chr_pos = [] + bed_file = args.include if args.include is not None else args.exclude + + with open(bed_file) as fp: + for line in fp: + data = line.strip().split("\t") + + chr_pos += [ (i, False,) for i in xrange(int(data[1]), int(data[2]) + 1)] + + if data[0] not in pos: + pos[data[0]] = [] + + pos[data[0]] += chr_pos + + + pos = {chrom: FastRBTree(l) for chrom, l in pos.items()} + + if args.include: + include = pos + else: + exclude = pos + + + if args.directory is not None and args.input is None: + args.input = glob.glob(os.path.join(args.directory, "*.vcf")) + + # First pass to get the references and the positions to be analysed. + for vcf_in in args.input: + sample_name, _ = os.path.splitext(os.path.basename(vcf_in)) + vcf_data[vcf_in] = list() + reader = vcf.Reader(filename=vcf_in) + + for record in reader: + if include and include.get(record.CHROM, empty_tree).get(record.POS, True) or exclude and not exclude.get(record.CHROM, empty_tree).get(record.POS, True): + continue + + vcf_data[vcf_in].append(record) + + if record.CHROM not in contigs: + contigs.append(record.CHROM) + avail_pos[record.CHROM] = FastRBTree() + mixtures[record.CHROM] = {} + sample_stats[record.CHROM] = {} + + if sample_name not in mixtures[record.CHROM]: + mixtures[record.CHROM][sample_name] = FastRBTree() + + if sample_name not in sample_stats[record.CHROM]: + sample_stats[record.CHROM][sample_name] = {} + + if not record.FILTER: + if record.is_snp: + if record.POS in avail_pos[record.CHROM] and avail_pos[record.CHROM][record.POS] != record.REF: + logging.critical("SOMETHING IS REALLY WRONG because reference for the same position is DIFFERENT! %s", record.POS) + return 2 + + if record.CHROM not in pos_stats: + pos_stats[record.CHROM] = {} + + avail_pos[record.CHROM].insert(record.POS, str(record.REF)) + pos_stats[record.CHROM][record.POS] = {"N":0, "-": 0, "mut": 0, "mix": 0, "gap": 0} + + elif args.with_mixtures and record.is_snp: + mix = get_mixture(record, args.with_mixtures) + + for ratio, code in mix.items(): + for c in code: + avail_pos[record.CHROM].insert(record.POS, str(record.REF)) + if record.CHROM not in pos_stats: + pos_stats[record.CHROM] = {} + pos_stats[record.CHROM][record.POS] = {"N": 0, "-": 0, "mut": 0, "mix": 0, "gap": 0} + + if sample_name not in mixtures[record.CHROM]: + mixtures[record.CHROM][sample_name] = FastRBTree() + + mixtures[record.CHROM][sample_name].insert(record.POS, c) + + + all_data = { contig: {} for contig in contigs} + samples = [] + + for vcf_in in args.input: + + sample_seq = "" + sample_name, _ = os.path.splitext(os.path.basename(vcf_in)) + samples.append(sample_name) + + # Initialise the data for this sample to be REF positions. + for contig in contigs: + all_data[contig][sample_name] = { pos: avail_pos[contig][pos] for pos in avail_pos[contig] } + +# reader = vcf.Reader(filename=vcf_in) + for record in vcf_data[vcf_in]: + # Array of filters that have been applied. + filters = [] + + # If position is our available position. + if avail_pos.get(record.CHROM, empty_tree).get(record.POS, False): + if record.FILTER == "PASS" or not record.FILTER: + if record.is_snp: + if len(record.ALT) > 1: + logging.info("POS %s passed filters but has multiple alleles. Inserting N") + all_data[record.CHROM][sample_name][record.POS] = "N" + else: + all_data[record.CHROM][sample_name][record.POS] = record.ALT[0].sequence + pos_stats[record.CHROM][record.POS]["mut"] += 1 + else: + + # Currently we are only using first filter to call consensus. + extended_code = mixtures[record.CHROM][sample_name].get(record.POS, "N") + +# extended_code = PHEFilterBase.call_concensus(record) + + # Calculate the stats + if extended_code == "N": + pos_stats[record.CHROM][record.POS]["N"] += 1 + + if "n_pos" not in sample_stats[record.CHROM][sample_name]: + sample_stats[record.CHROM][sample_name]["n_pos"] = [] + sample_stats[record.CHROM][sample_name]["n_pos"].append(record.POS) + + elif extended_code == "-": + pos_stats[record.CHROM][record.POS]["-"] += 1 + else: + pos_stats[record.CHROM][record.POS]["mix"] += 1 +# print "Good mixture %s: %i (%s)" % (sample_name, record.POS, extended_code) + # Record if there was uncallable genoty/gap in the data. + if record.samples[0].data.GT == "./.": + pos_stats[record.CHROM][record.POS]["gap"] += 1 + + # Save the extended code of the SNP. + all_data[record.CHROM][sample_name][record.POS] = extended_code + del vcf_data[vcf_in] + + # Output the data to the fasta file. + # The data is already aligned so simply output it. + discarded = {} + + if args.reference: + # These should be in the same order as the order in reference. + contigs = args.reference.keys() + + if args.sample_Ns: + delete_samples = [] + for contig in contigs: + for sample in samples: + + # Skip if the contig not in sample_stats + if contig not in sample_stats: + continue + + sample_n_ratio = float(len(sample_stats[contig][sample]["n_pos"])) / len(avail_pos[contig]) + if sample_n_ratio > args.sample_Ns: + for pos in sample_stats[contig][sample]["n_pos"]: + pos_stats[contig][pos]["N"] -= 1 + + logging.info("Removing %s due to high Ns in sample: %s", sample , sample_n_ratio) + + delete_samples.append(sample) + + samples = [sample for sample in samples if sample not in delete_samples] + snp_positions = [] + with open(args.out, "w") as fp: + + for sample in samples: + sample_seq = "" + for contig in contigs: + if contig in avail_pos: + if args.reference: + positions = xrange(1, len(args.reference[contig]) + 1) + else: + positions = avail_pos[contig].keys() + for pos in positions: + if pos in avail_pos[contig]: + if not args.column_Ns or float(pos_stats[contig][pos]["N"]) / len(samples) < args.column_Ns and \ + float(pos_stats[contig][pos]["-"]) / len(samples) < args.column_Ns: + sample_seq += all_data[contig][sample][pos] + else: + if contig not in discarded: + discarded[contig] = [] + discarded[contig].append(pos) + elif args.reference: + sample_seq += args.reference[contig][pos - 1] + elif args.reference: + sample_seq += args.reference[contig] + + fp.write(">%s\n%s\n" % (sample, sample_seq)) + # Do the same for reference data. + ref_snps = "" + + for contig in contigs: + if contig in avail_pos: + if args.reference: + positions = xrange(1, len(args.reference[contig]) + 1) + else: + positions = avail_pos[contig].keys() + for pos in positions: + if pos in avail_pos[contig]: + if not args.column_Ns or float(pos_stats[contig][pos]["N"]) / len(samples) < args.column_Ns and \ + float(pos_stats[contig][pos]["-"]) / len(samples) < args.column_Ns: + + ref_snps += str(avail_pos[contig][pos]) + snp_positions.append((contig, pos,)) + elif args.reference: + ref_snps += args.reference[contig][pos - 1] + elif args.reference: + ref_snps += args.reference[contig] + + fp.write(">reference\n%s\n" % ref_snps) + + if can_stats and args.with_stats: + with open(args.with_stats, "wb") as fp: + fp.write("contig\tposition\tmutations\tn_frac\n") + for values in snp_positions: + fp.write("%s\t%s\t%s\t%s\n" % (values[0], + values[1], + float(pos_stats[values[0]][values[1]]["mut"]) / len(args.input), + float(pos_stats[values[0]][values[1]]["N"]) / len(args.input))) + plot_stats(pos_stats, len(samples), discarded=discarded, plots_dir=os.path.abspath(args.plots_dir)) + # print_stats(sample_stats, pos_stats, total_vars=len(avail_pos[contig])) + + total_discarded = 0 + for _, i in discarded.items(): + total_discarded += len(i) + logging.info("Discarded total of %i poor quality columns", float(total_discarded) / len(args.input)) + return 0 + +if __name__ == '__main__': + import time + +# with PyCallGraph(output=graphviz): +# T0 = time.time() + r = main() +# T1 = time.time() + +# print "Time taken: %i" % (T1 - T0) + exit(r)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/vcfs2fasta.sh Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,51 @@ +#!/bin/bash + +echo $@ + +OUTPUT=$1 +shift +WITHMIXTURES=$1 +shift +COLUMNNS=$1 +shift +SAMPLENS=$1 +shift +REFERENCE=$1 +shift +INCLUDE=$1 +shift +EXCLUDE=$1 +shift +INPUT=$@ + +DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )" +export PATH=$PATH:$DIR + +CMD="vcfs2fasta.py --out $OUTPUT --input $INPUT" + +if [ $WITHMIXTURES != "NOTTHERE" ]; then + CMD="$CMD --with-mixtures $WITHMIXTURES" +fi + +if [ $COLUMNNS != "NOTTHERE" ]; then + CMD="$CMD --column-Ns $COLUMNNS" +fi + +if [ $SAMPLENS != "NOTTHERE" ]; then + CMD="$CMD --sample-Ns $SAMPLENS" +fi + +if [ $REFERENCE != "NOTTHERE" ]; then + CMD="$CMD --reference $REFERENCE" +fi + +if [ $INCLUDE != "NOTTHERE" ]; then + CMD="$CMD --include INCLUDE" +fi + +if [ $EXCLUDE != "NOTTHERE" ]; then + CMD="$CMD --exclude EXCLUDE" +fi + +echo $CMD +eval $CMD
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/vcfs2fasta/vcfs2fasta.xml Wed Dec 16 07:21:29 2015 -0500 @@ -0,0 +1,123 @@ +<tool id="vcfs2fasta" name="VCFs to fasta" version="1.0"> + <description>Takes a set of VCF files and outputs a multi fasta file with only the variant positions.</description> + <requirements> + <requirement type="package" version="2.7.10">python</requirement> + <requirement type="package" version="0.6.7">pyvcf</requirement> + <requirement type="package" version="3.11">pyyaml</requirement> + <requirement type="package" version="2.0.2">bintrees</requirement> + <requirement type="package" version="1.66">biopython</requirement> + <requirement type="package" version="1.4">matplotlib</requirement> + </requirements> + <stdio> + <!-- Assume anything other than zero is an error --> + <exit_code range="1:" /> + <exit_code range=":-1" /> + </stdio> + <command interpreter="bash"> + vcfs2fasta.sh + $output + #if str($mix_cond.mix) == "yes": + $mix_cond.mix_value + #else + NOTTHERE + #end if + #if str($cols_cond.cols) == "yes": + $cols_cond.column_ns + #else + NOTTHERE + #end if + #if str($sample_cond.sample) == "yes": + $sample_cond.sample_ns + #else + NOTTHERE + #end if + #if str($reference_cond.reference) == "yes": + $reference_cond.ref_fa + #else + NOTTHERE + #end if + #if str($include_cond.include) == "yes": + $include_cond.in_bed + #else + NOTTHERE + #end if + #if str($exclude_cond.exclude) == "yes": + $exclude_cond.ex_bed + #else + NOTTHERE + #end if + #for $i, $input_vcf in enumerate( $input_vcfs ): + "${input_vcf}" + #end for + </command> + + <inputs> + <param name="input_vcfs" type="data" multiple="true" format="vcf" label="Input VCF file(s)" /> + <conditional name="mix_cond"> + <param name="mix" type="select" label="With Mixtures" help="Specify this option with a threshold to output mixtures above this threshold."> + <option value="yes">Specify</option> + <option value="no" selected="true">Do not specify</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="mix_value" type="float" value="0.5" label="Mixture value" /> + </when> + </conditional> + <conditional name="cols_cond"> + <param name="cols" type="select" label="Column Ns" help="Keeps columns with fraction of Ns above specified threshold."> + <option value="yes">Specify</option> + <option value="no" selected="true">Do not specify</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="column_ns" type="float" value="0.5" label="Column Ns value" /> + </when> + </conditional> + <conditional name="sample_cond"> + <param name="sample" type="select" label="Sample Ns" help="Keeps samples with fraction of Ns above specified threshold."> + <option value="yes">Specify</option> + <option value="no" selected="true">Do not specify</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="sample_ns" type="float" value="0.5" label="Sample Ns value" /> + </when> + </conditional> + <conditional name="reference_cond"> + <param name="reference" type="select" label="Reference genome file" help="If path to reference specified, then whole genome will be outputted."> + <option value="yes">Specify</option> + <option value="no" selected="true">Do not specify</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="ref_fa" type="data" format="fasta" label="Reference fasta file" help="Fasta format"/> + </when> + </conditional> + <conditional name="include_cond"> + <param name="include" type="select" label="Include region" help="Specify regions to include in a bed file."> + <option value="yes">Specify</option> + <option value="no" selected="true">Do not specify</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="in_bed" type="data" format="bed" label="Include regions bed file" help="bed format"/> + </when> + </conditional> + <conditional name="exclude_cond"> + <param name="exclude" type="select" label="Exclude region" help="Specify regions to exclude in a bed file."> + <option value="yes">Specify</option> + <option value="no" selected="true">Do not specify</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="ex_bed" type="data" format="bed" label="Exclude regions bed file" help="bed format"/> + </when> + </conditional> + </inputs> + + <outputs> + <data format="fasta" name="output" label="${tool.name} on ${on_string}: FASTA file" /> + </outputs> + <test> + <param name="input_vcfs" value="1_short.vcf" ftype="vcf" /> + <param name="input_vcfs" value="2_short.vcf" ftype="vcf" /> + <output name="output" file="testresult.fa" ftype="fasta" /> + </test> + <help> + + </help> +</tool>