Mercurial > repos > workflow4metabolomics > influx_si
view test-data/e_coli_i.ftbl @ 1:4e3d4318113b draft
planemo upload for repository https://github.com/workflow4metabolomics/tools-metabolomics/blob/master/tools/influx_si/ commit e9183269ad5b2e8f4551f301dc736df330aa73c6
| author | workflow4metabolomics |
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| date | Wed, 13 Sep 2023 19:52:44 +0000 |
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PROJECT NAME VERSION FORMAT DATE COMMENT K12_MG1655.ftbl 1 101109 modele E coli K12 MG1655 WT avec voies centrales completes et voies biomasse simplifiees NETWORK FLUX_NAME EDUCT_1 EDUCT_2 PRODUCT_1 PRODUCT_2 // Glycolyse. // PPP // TCA // voies anaplerotiques: pepc. enz malique // voie glyoxylate // avec pool interne unique de CO2 provenant soit du metabolisme soit de l'exterieur (CO2upt laisse libre) // saisie differentielle des substrats marques // Uptake substrats Glucupt_1 Gluc_1 Glc6P // fehlt bei wolfgang #ABCDEF #ABCDEF // fehlt bei wolfgang Glucupt_U Gluc_U Glc6P // fehlt bei wolfgang #ABCDEF #ABCDEF // fehlt bei wolfgang // CO2upt CO2_ext CO2 // entree de CO2 non marque // #A #A // ce flux est a laisser libre // FTHF0 FTHF_0 FTHF // prise en charge de FTHF non marque // #A #A // FTHF1 FTHF_1 FTHF // prise en charge de FTHF marque // #a #a // Embden Meyerhof Parnas Pathway pgi Glc6P Fru6P #ABCDEF #ABCDEF pfk Fru6P FruBP #ABCDEF #ABCDEF ald FruBP GA3P GA3P #ABCDEF #CBA #DEF // tpi DHAP GA3P // #ABC #CBA pgk GA3P PGA #ABC #ABC eno PGA PEP #ABC #ABC pyk PEP Pyr #ABC #ABC // Methylglyoxal Pathway // mgs DHAP Pyr // #ABC #ABC // Pentose Phosphate Pathway zwf Glc6P Gnt6P #ABCDEF #ABCDEF gnd Gnt6P CO2 Rib5P #ABCDEF #A #BCDEF edd Gnt6P Pyr GA3P #ABCDEF #ABC #DEF // ta Ery4P Fru6P GA3P Sed7P // #ABCD #abcdef #def #abcABCD // tk1 GA3P Sed7P Rib5P Rib5P // #ABC #abcdefg #abABC #cdefg // tk2 GA3P Fru6P Rib5P Ery4P // #ABC #abcdef #abABC #cdef ta GA3P Sed7P Ery4P Fru6P #ABC #abcdefg #defg #abcABC tk1 Rib5P Rib5P GA3P Sed7P #ABCDE #abcde #CDE #ABabcde tk2 Rib5P Ery4P GA3P Fru6P #ABCDE #abcd #CDE #ABabcd // Tricarboxylic Acid Cycle pdh Pyr AcCoA CO2 #ABC #BC #A citsynth AcCoA OAA ICit #AB #abcd #dcbaBA idh ICit AKG CO2 #ABCDEF #ABCEF #D akgdh AKG Suc CO2 #ABCDE #BCDE #A fum_a Suc Mal #ABCD #ABCD fum_b Suc Mal #ABCD #DCBA maldh Mal OAA #ABCD #ABCD // Glyoxylate Shunt // gs1 ICit GlyOx Suc // #ABCDEF #AB #DCEF // gs2 GlyOx AcCoA OAA // #AB #ab #ABba // Anaplerotic Reactions ppc PEP CO2 OAA // PEPcarboxylase #ABC #a #ABCa mae Mal Pyr CO2 // enzyme malique #ABCD #ABC #D // pck OAA PEP CO2 // PEP carboxykinase // #ABCD #ABC #D // Biosynthetic Pathways // Glucose-6-Phosphate Family bs_glc6P Glc6P BM_Glc6P #ABCDEF #ABCDEF // Fructose-6-Phosphate Family bs_fru6P Fru6P BM_Fru6P // sortie de Fru6P pour biomasse #ABCDEF #ABCDEF // Phosphoglycerate Family bs_pga PGA BM_PGA #ABC #ABC bs_pga_aux BM_PGA PGA_Aux #ABC #ABC bs_pga1 BM_PGA Ser #ABC #ABC bs_pga1_aux Ser Ser_Aux #ABC #ABC bs_pga2 Ser Cys // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly #ABC #ABC bs_pga2_aux Cys Cys_Aux // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly #ABC #ABC bs_pga3 Ser Gly FTHF // formation de gly pour biomasse #ABC #AB #C // ce flux est reversible bs_pga3_aux Gly Gly_Aux // pour conserver Gly comme metabolite intracellulaire #AB #AB // TrioseP Family bs_DHAP GA3P Glp // formation glycerolP pour lipides #ABC #ABC // Pyruvate Family bs_pyr Pyr BM_Pyr #ABC #ABC bs_pyr1 BM_Pyr Ala #ABC #ABC bs_pyr1_aux Ala Ala_Aux // pour conserver Ala comme metabolite intracellulaire #ABC #ABC bs_pyr2 BM_Pyr BM_Pyr AKV CO2 // AKV et Val ont le meme squelette C #ABC #abc #ABbcC #a // cette reaction permet d'utiliser eventuellement les donnees obtenues sur Val bs_pyr4 AKV Val // permet de tenir compte de la sortie de Val #ABCDE #ABCDE bs_pyr4_aux Val Val_Aux // permet de tenir compte de la sortie de Val #ABCDE #ABCDE bs_pyr3 AKV BM_AcCoA Leu CO2 #ABCDE #ab #abBCDE #A bs_pyr3_aux Leu Leu_Aux // pour conserver Leu comme metabolite intracellulaire #ABCDEF #ABCDEF // Erythrose-4-Phosphate Family bs_e4p Ery4P BM_Ery4P // pour utiliser les donnees sur Ery4P #ABCD #ABCD // bs_e4p_aux BM_Ery4P Ery4P_aux // pour utiliser les donnees sur Ery4P // #ABCD #ABCD // Ribose-5-Phosphate Family bs_rib5p Rib5P BM_Rib5P // pour utiliser les donnees sur Rib5P #ABCDE #ABCDE bs_rib5p1 BM_Rib5P FTHF His // pour utiliser les donnees sur Rib5P #ABCDE #a #EDCBAa bs_rib5p1_aux His His_Aux // sortie pour conserver His comme metabolite intracellulaire #ABCDEF #ABCDEF bs_rib5p2 BM_Rib5P Ri5P_Aux // sortie de Ri5P pour autres besoins que His #ABCDE #ABCDE // ce flux est important pour ne pas imposer de fausses contraintes sur FTHF si on considerait His comme seule sortie // Aromatic Amino Acids bs_pep PEP BM_PEP #ABC #ABC bs_pep1 BM_PEP BM_Ery4P DAHP #ABC #abcd #ABCabcd bs_pep2 BM_PEP DAHP Chor #ABC #abcdefg #ABCabcdefg bs_pep3a Chor Phe CO2 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D bs_pep3b Chor Phe CO2 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D bs_pep3_aux Phe Phe_Aux #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ bs_pep4a Chor Tyr CO2 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D bs_pep4b Chor Tyr CO2 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D bs_pep4_aux Tyr Tyr_Aux #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ bs_pep5 BM_PEP PEP_Aux #ABC #ABC bs_pep6 Chor BM_Rib5P Trp PyrCO2 #ABCDEFGHIJ #abcde #edcbaJEFGHI #ABCD bs_pep6_aux Trp Trp_Aux #ABCDEFGHIJK #ABCDEFGHIJK bs_pep7 PyrCO2 Pyr CO2 #ABCD #ABC #D // Acetyl-CoA bs_accoa AcCoA BM_AcCoA #AB #AB bs_accoa_aux BM_AcCoA AcCoA_Aux #AB #AB // Alpha-Ketoglutarate Family bs_akg AKG BM_AKG // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG #ABCDE #ABCDE bs_akg1 BM_AKG Glu // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG #ABCDE #ABCDE bs_akg2 Glu Pro // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG #ABCDE #ABCDE bs_akg3 Glu Gln // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG #ABCDE #ABCDE bs_akg4 Glu CO2 Arg // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG #ABCDE #a #ABCDEa bs_akg4_aux Arg Arg_Aux // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG #ABCDEF #ABCDEF // Oxaloacetate Family bs_oaa OAA BM_OAA #ABCD #ABCD bs_oaa1 BM_OAA Asp #ABCD #ABCD bs_oaa1_aux Asp Asp_Aux #ABCD #ABCD bs_oaa2 Thr BM_Pyr Ile CO2 #ABCD #abc #ABbCDc #a bs_oaa2_aux Ile Ile_Aux #ABCDEF #ABCDEF bs_oaa3a BM_OAA BM_Pyr Lys CO2 #ABCD #abc #ABCDcb #a bs_oaa3b BM_OAA BM_Pyr Lys CO2 #ABCD #abc #abcDCB #A bs_oaa3_aux Lys Lys_Aux #ABCDEF #ABCDEF bs_oaa4 BM_OAA OAA_Aux #ABCD #ABCD bs_oaa5 BM_OAA Thr #ABCD #ABCD bs_oaa5_aux Thr Thr_Aux #ABCD #ABCD bs_oaa6 BM_OAA FTHF Met #ABCD #a #ABCDa bs_oaa6_aux Met Met_Aux #ABCDE #ABCDE bs_oaa7 BM_OAA Asn #ABCD #ABCD bs_oaa7_aux Asn Asn_Aux #ABCD #ABCD // Flux de sortie out_co2 CO2 CO2_out // Sortie de CO2 #A #A out_Ac AcCoA Acetate // Sortie d'acetate #AB #AB out_FTHF FTHF FTHF_out #A #A FLUXES NET NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F) Glucupt_1 F 0.7 //0.807194 Glucupt_U D // CO2upt F 0.669589 // FTHF0 F 0.00224836 // FTHF1 F 0.001 pgi D pfk D ald D // tpi D pgk D eno D pyk F 1.4 zwf F 0.2 gnd F 0.15062 edd D ta D tk1 D tk2 D pdh D citsynth D idh D akgdh D fum_a D fum_b D maldh D // gs1 C 0 // gs2 D ppc D mae D // pck D // flux de biomasse bs_glc6P C 0.0109 // sortie de G6P bs_fru6P C 0.0038 // sortie de F6P bs_pga C 0.0791 // sortie de PGA pour formation de biomasse bs_pga_aux D // sortie de PGA pour formation de biomasse bs_pga1 D // conversion PGA donne ser bs_pga1_aux C 0.0109 // conversion PGA donne ser bs_pga2 D bs_pga2_aux C 0.0046 // conversion PGA donne Cys bs_pga3 D // reaction de synthese de Gly bs_pga3_aux C 0.0308 // sortie de Gly bs_DHAP C 0.0068 // formation de glycerolP pour lipides bs_pyr C 0.1501 // avant : 0.1547 // sortie de Pyr pour formation de biomasse bs_pyr1 D // formation d'Ala bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Leu bs_pyr2 D // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr bs_pyr4 D bs_pyr4_aux C 0.0213 // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse bs_pyr3 D // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes) bs_pyr3_aux C 0.0227 // sortie de Leu bs_e4p D // sortie d'Ery4p pour biomasse // bs_e4p_aux C 0 // sortie d'Ery4p pour Trp bs_rib5p C 0.0476 // synthese d'His bs_rib5p1 D // synthese d'His bs_rib5p1_aux C 0.0048 // sortie d'His bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His bs_pep C 0.0381 // sortie de PEP bs_pep1 D // sortie de PEP bs_pep2 D bs_pep3a D bs_pep3b D bs_pep3_aux C 0.0093 bs_pep4a D bs_pep4b D bs_pep4_aux C 0.0069 bs_pep5 C 0.0027 bs_pep6 D bs_pep6_aux D bs_pep7 D bs_accoa C 0.1565 // sortie d'AcCoA pour biomasse bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu bs_akg C 0.0571 // sortie d'AKG bs_akg1 D bs_akg2 C 0.0111 bs_akg3 C 0.0132 bs_akg4 D bs_akg4_aux D bs_oaa C 0.0947 // sortie d'OAA pour formation de biomasse bs_oaa1 D // sortie d'OAA pour Asp bs_oaa1_aux C 0.0121 // sortie d'Asp bs_oaa2 D // synthese d'Ile bs_oaa2_aux C 0.0146 // sortie d'Ile bs_oaa3a D bs_oaa3b D bs_oaa3_aux C 0.0173 bs_oaa4 D bs_oaa5 D bs_oaa5_aux C 0.0128 bs_oaa6 D bs_oaa6_aux C 0.0077 bs_oaa7 D bs_oaa7_aux C 0.0121 // Flux de sortie out_co2 D // sortie de CO2 out_Ac F 0.213 // sortie d'acetate out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF XCH NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F) Glucupt_1 D Glucupt_U D // CO2upt D // FTHF0 D // FTHF1 D pgi C 0.752386 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option pfk C 0 ald F 0.413926 // tpi F 0.5 pgk C 0.984718 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option eno F 0.800962 pyk C 0.0109591 // 2010-10-01 ssg: was F => unresolved if co2 uptake is unlimited zwf C 0 gnd C 0 edd C 0 ta F 0.359468 tk1 F 0.166316 tk2 F 2.11559e-03 pdh C 0.0322745 // 2010-10-02 ssg: was F, otherwise unsolvable in monte-carlo citsynth C 0 idh C 0 akgdh C 0 fum_a F 0.395958 fum_b D maldh C 0.647115 //********************************************** C pour analyse de sensibilite, F pour minimisation // gs1 C 0 // gs2 C 0 ppc F 0.256772 mae C 0 // pck C 0 bs_glc6P D // sortie de G6P bs_fru6P D // sortie de F6P bs_pga C 0 // conversion PGA donne Ser bs_pga_aux D // conversion PGA donne Ser bs_pga1 C 0 // conversion PGA donne Ser bs_pga1_aux D // conversion PGA donne Ser bs_pga2 C 0 // ser donne Cys. correspond a la sortie de PGA pour biomasse autre que formation Gly bs_pga2_aux D bs_pga3 C 0.011799 // reaction de synthese de Gly. cette reaction est reversible bs_pga3_aux D // sortie de Gly bs_DHAP D // formation de glycerolP pour lipides bs_pyr C 0 // formation d'Ala bs_pyr1 C 0 // formation d'Ala bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Ile bs_pyr2 C 0 // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr bs_pyr4 C 0 bs_pyr4_aux D // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse bs_pyr3 C 0 // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes) bs_pyr3_aux D // sortie de Leu bs_e4p C 0 // sortie d'Ery4p // bs_e4p_aux D // sortie d'Ery4p pour Trp bs_rib5p C 0 // synthese d'His bs_rib5p1 C 0 // synthese d'His bs_rib5p1_aux D // sortie d'His bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His bs_accoa C 0 // sortie d'AcCoA pour biomasse bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu bs_pep C 0 // sortie de PEP bs_pep1 C 0 // sortie de PEP bs_pep2 C 0 bs_pep3a C 0 bs_pep3b C 0 bs_pep3_aux D bs_pep4a C 0 bs_pep4b C 0 bs_pep4_aux D bs_pep5 D bs_pep6 C 0 bs_pep6_aux D bs_pep7 C 0 bs_akg C 0 // sortie d'AKG bs_akg1 C 0 bs_akg2 D bs_akg3 D bs_akg4 C 0 bs_akg4_aux D bs_oaa C 0 bs_oaa1 C 0 // sortie d'OAA autres que Met bs_oaa1_aux D // sortie d'OAA autres que Met bs_oaa2 C 0 // synthese de Met bs_oaa2_aux D // sortie de Met bs_oaa3a C 0 bs_oaa3b C 0 bs_oaa3_aux D bs_oaa4 D bs_oaa5 C 0 bs_oaa5_aux D bs_oaa6 C 0 bs_oaa6_aux D bs_oaa7 C 0 bs_oaa7_aux D // Flux de sortie out_co2 D // sortie de CO2 out_Ac D // sortie d'acetate out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF EQUALITIES NET VALUE FORMULA 0 fum_a-fum_b // scrambling reaction 1 Glucupt_1+Glucupt_U 0 bs_oaa3a-bs_oaa3b 0 bs_pep3a-bs_pep3b 0 bs_pep4a-bs_pep4b XCH VALUE FORMULA 0 fum_a-fum_b INEQUALITIES NET VALUE COMP FORMULA // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically 1 <= pyk 0.0001 <= edd 0.0001 <= gnd 0.0001 <= zwf 0.0001 <= ppc 0.0001 <= mae // 2 >= CO2upt // 2010-08-18 too high value makes jacobian rank deficient XCH VALUE COMP FORMULA // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically METAB VALUE COMP FORMULA // 1.2 >= AKG FLUX_MEASUREMENTS FLUX_NAME VALUE DEVIATION // Val Dev out_Ac 0.213 0.0001 LABEL_INPUT META_NAME ISOTOPOMER VALUE Gluc_U #111111 1 #000000 0. Gluc_1 #100000 1. #000000 0. // CO2_ext #0 0.989 // #1 0.011 // FTHF_0 #0 1 // FTHF_1 #1 1 LABEL_MEASUREMENTS META_NAME CUM_GROUP VALUE DEVIATION CUM_CONSTRAINTS // Example PEAK_MEASUREMENTS META_NAME PEAK_NO VALUE_S VALUE_D- VALUE_D+ VALUE_DD VALUE_T DEVIATION_S DEVIATION_D- DEVIATION_D+ DEVIATION_DD/T MASS_SPECTROMETRY META_NAME FRAGMENT WEIGHT VALUE DEVIATION // Deviation fixee a 0.02 // correction inoc 0.062 Suc 1,2,3,4 1 0.371605319 0.01 2 0.360829749 0.01 3 0.208425325 0.01 4 0.059139607 0.01 // Mal 1,2,3,4 0 0.164619329483 0.02 // 1 0.110072868518 0.02 // 2 0.637801316225333 0.02 // 3 0.0863461044204333 0.02 // 4 0.00116038135315367 0.02 ICit 1,2,3,4,5,6 0 0.131864539419667 0.02 1 0.225857638569 0.02 2 0.256421170949333 0.02 3 0.209230210478667 0.02 4 0.116863585449667 0.02 5 0.0457727744643333 0.02 6 0.0139900806697867 0.02 PEP 1,2,3 0 0.421359839367667 0.01 1 0.358998301162333 0.01 2 0.0348521859365667 0.01 3 0.184789673534 0.01 PGA 1,2,3 0 0.434335785072667 0.01 1 0.352829683224667 0.01 2 0.0323479804176 0.01 3 0.180486551285333 0.01 FruBP 1,2,3,4,5,6 0 0.0738121029259333 0.01 1 0.454450017158667 0.01 2 0.160823529969333 0.01 3 0.0944468077710667 0.01 4 0.105281338489667 0.01 5 0.0155016033633 0.01 6 0.0956846003217333 0.01 Glc6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0160587173349 0.01 1 0.673510772480667 0.01 2 0.0930110047641 0.01 3 0.0280359937297 0.01 4 0.0397315614067667 0.01 5 0.0145524520950667 0.01 6 0.135099498189 0.01 Fru6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0235029951295 0.01 1 0.624253565357667 0.01 2 0.113068441282333 0.01 3 0.0456605631765 0.01 4 0.0516089447155667 0.01 5 0.0185881765378333 0.01 6 0.123317313800333 0.01 Rib5P 1,2,3,4,5 0 0.341615670498667 0.01 1 0.25454117519 0.01 2 0.159027180368333 0.01 3 0.113789577528667 0.01 4 0.0615266612553333 0.01 5 0.0694997351590667 0.01 Gnt6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0249552273874 0.01 1 0.672556163913 0.01 2 0.0866890773125333 0.01 3 0.0313987199704333 0.01 4 0.0314691889898667 0.01 5 0.0138168327362333 0.01 6 0.139114789690333 0.01 // Ery4P 1,2,3,4 0 0.178453461108 0.01 // 1 0.412398433968333 0.01 // 2 0.273694508221667 0.01 // 3 0.116142498670667 0.01 // 4 0.0193110980315 0.01 METABOLITE_POOLS META_NAME META_SIZE AKG -1 AKV 1 AcCoA 1 Ala 1 Arg 1 Asn 1 Asp 1 BM_AKG 1 BM_AcCoA 1 BM_Ery4P 1 BM_OAA 1 BM_PEP 1 BM_PGA 1 BM_Pyr 1 BM_Rib5P 1 CO2 1 Chor 1 Cys 1 DAHP 1 Ery4P -1 FTHF 1 Fru6P -1 FruBP -1 GA3P -1 Glc6P 1 Glu 1 Gly 1 Gnt6P -1 His 1 ICit -1 Ile 1 Leu 1 Lys 1 Mal 1 Met 1 OAA -1 PEP -1 PGA -1 Phe 1 Pyr -1 PyrCO2 1 Rib5P -1 Sed7P -1 Ser 1 Suc -1 Thr 1 Trp 1 Tyr 1 Val 1 METAB_MEASUREMENTS META_NAME VALUE DEVIATION Fru6P 0.4263681348074568 0.01 GA3P 0.469998855791378 0.01 FruBP 1.860001398406723 0.01 PEP 0.1099999780931608 0.01 Rib5P 0.01933825682263468 0.01 Sed7P 0.05727159999541005 0.01 OPTIONS OPT_NAME OPT_VALUE dt 1 nsubdiv_dt 4 //tmax 10 file_labcin e_coli_msen.txt commandArgs --noscale --TIMEIT --time_order=2 --zc=0 --clowp 1.e-9 optctrl_errx 1.e-3 optctrl_maxit 50 optctrl_btmaxit 16 optctrl_btstart 1 optctrl_btfrac 0.5 //optctrl_history 1 optctrl_adaptbt 1 optctrl_monotone 1 posttreat_R plot_imass.R