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changeset 0:8b54f922377a draft
"planemo upload for repository https://github.com/llegregam/Isoplot/tree/main commit 091a7a9b697ca1638cdc3fc13003f0cb4430e06e"
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Run is terminated' /> + </assert_contents> + </output> + </test> + </tests> + + <help><![CDATA[ + +.. class:: warningmark + + We strongly encourage you to read the `documentation <https://isoplot.readthedocs.io/en/latest/>`_ before using Isoplot. + +Isoplot2: Plotting isotopic labelling MS data +============================================= + +**Positional arguments:** + + input_path Path to datafile + run_name Name of the current run + format Format of generated file + +**optional arguments:** + -h, --help show this help message and exit + --value Choices: "corrected_area", "isotopologue_fraction", "mean_enrichment". Select values to plot. This option can be given multiple times + + -m METABOLITE Metabolite(s) to plot. For all, type in 'all' + -c CONDITION Condition(s) to plot. For all, type in 'all' + -t TIME Time(s) to plot. For all, type in 'all' + -tp, --template TEMPLATE_PATH Path to template file + + -sa, --stacked_areaplot Create static stacked areaplot + -bp, --barplot Create static barplot + -mb, --meaned_barplot Create static barplot with meaned replicates + + -IB, --interactive_barplot Create interactive stacked barplot + -IM, --interactive_stacked_meanplot Create interactive stacked barplot with meaned replicates + -IS, --interactive_areaplot Create interactive stacked areaplot + -hm, --static_heatmap Create a static heatmap using mean enrichment data + -cm, --static_clustermap Create a static heatmap with clustering using mean enrichment data + -HM, --interactive_heatmap Create interactive heatmap using mean enrichment data + + -s, --stack Add option if barplots should be unstacked + -v, --verbose Turns logger to debug mode + -a, --annot Add option if annotations should be added on maps + + ]]></help> + <citations> + <citation type='bibtex'> + @misc{githubisoplot, + author = {Le Gregam, Loic}, + year = {2021}, + title = {isoplot}, + publisher = {GitHub}, + journal = {GitHub repository}, + url = {https://github.com/llegregam}, + }</citation> + </citations> + </tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/data_out.csv Fri Sep 03 08:01:12 2021 +0000 @@ -0,0 +1,4250 @@ +sample;metabolite;derivative;isotopologue;area;corrected_area;isotopologue_fraction;residuum;mean_enrichment;condition;condition_order;time;number_rep;normalization;corrected area normalized;ID +110419_T0_Cont_1_2;2_3-PG;0.0;0;284069.0;298441.8262;0.024289305;1.5e-05;0.970263783;Cont;1;0;1;1;298441.8262;Cont_T0_1 +110419_T0_Cont_1_2;2_3-PG;0.0;1;5121.0;0.0;0.0;-0.00041776;0.970263783;Cont;1;0;1;1;0.0;Cont_T0_1 +110419_T0_Cont_1_2;2_3-PG;0.0;2;199356.0;200778.0533;0.016340737;1.93e-17;0.970263783;Cont;1;0;1;1;200778.0533;Cont_T0_1 +110419_T0_Cont_1_2;2_3-PG;0.0;3;11583608.0;11787744.65;0.959369958;0.0;0.970263783;Cont;1;0;1;1;11787744.65;Cont_T0_1 +110419_T0_Cont_1_2;2-OHGLu;0.0;0;5520697.0;5893256.269;0.992395167;0.001383108;0.004865662;Cont;1;0;1;1;5893256.269;Cont_T0_1 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