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planemo upload for repository https://github.com/goeckslab/trfBig commit 97fd3895fbafc69df1a1c4092f261ba23fc0bd0b-dirty
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/trfBig.xml Mon May 01 17:34:42 2017 -0400 @@ -0,0 +1,26 @@ +<tool id="trfBig" name="TrfBig" version="0.1.0"> + <description>trfBig - Mask tandem repeats on a big sequence file</description> + <requirements> + <requirement type="package" version="4.07b">trf</requirement> + <!--<requirement type="package" version="324">ucsc-trfbig</requirement>--> + <requirement type="package" version="1.0">trfBig</requirement> + </requirements> + <stdio> + <exit_code range="1:" /> + </stdio> + <command> + trfBig -bedAt=$output $input /dev/null + </command> + <inputs> + <param format="fasta" name="input" type="data" /> + </inputs> + <outputs> + <data format="bed" name="output" /> + </outputs> + <help> + This will repeatedly run trf to mask tandem repeats in infile + and put masked results in outFile. inFile and outFile can be .fa + or .nib format. Outfile can be .bed as well. Sequence output is hard + masked, lowercase. + </help> +</tool>