Mercurial > repos > yhoogstrate > edger_with_design_matrix
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planemo upload for repository https://bitbucket.org/EMCbioinf/galaxy-tool-shed-tools/raw/master/edger_with_design_matrix commit 2700e500a4fb135a20ede7d52221a9d31f1aaa5e-dirty
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.rst Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,58 @@ +EdgeR wrapper for Galaxy +======================== + +http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html + +Implementation of EdgeR supporting quite advanced experimental +designs. + +Development +----------- + +* Repository-Maintainer: Youri Hoogstrate + +* Repository-Development: https://github.com/ErasmusMC-Bioinformatics/edger_galaxy_wrapper + +The tool wrapper has been written by Youri Hoogstrate from the Erasmus +Medical Center (Rotterdam, Netherlands) on behalf of the Translational +Research IT (TraIT) project: + +http://www.ctmm.nl/en/programmas/infrastructuren/traitprojecttranslationeleresearch + +More tools by the Translational Research IT (TraIT) project can be found in the following toolsheds: + +http://toolshed.g2.bx.psu.edu + +http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/ + +License +------- + +**R**: + +GPL (>=2): http://www.r-project.org/COPYING + +**BioConductor**: + +Artistic License 2.0: http://www.bioconductor.org/about/ + +**EdgeR**: + +GPL (>=2) + +**This wrapper**: + + Copyright (C) 2013-2015 Youri Hoogstrate + + This program is free software: you can redistribute it and/or modify + it under the terms of the GNU General Public License as published by + the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + (at your option) any later version. + + This program is distributed in the hope that it will be useful, + but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + GNU General Public License for more details. + + You should have received a copy of the GNU General Public License + along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/bin/design_matrix_creator Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,222 @@ +#!/usr/bin/env python + +import argparse, os, shutil, sys, tempfile, subprocess + +__version_info__ = ('1', '0', '0')#, 'beta') +__version__ = '.'.join(__version_info__) if (len(__version_info__) == 3) else '.'.join(__version_info__[0:3])+"-"+__version_info__[3] +__author__ = 'Youri Hoogstrate' +__homepage__ = 'https://bitbucket.org/EMCbioinf/galaxy-tool-shed-tools' +__license__ = 'GNU General Public License v3 (GPLv3)' + + +class sampleContainer: + def __init__(self): + self.samples = [] + self.treatments = {} + self.treatment_index = [] + self.treatment_types = {} + + def do_decode(self,encoded_str): + return encoded_str.decode("base64").strip().replace("\t",'') + + def add_samples(self,argument): + print " - Adding samples" + for sample in argument: + self.add_sample(self.do_decode(sample)) + + def add_sample(self,sample): + if(sample in self.samples): + sys.stderr.write("Error:\n* Non-unique sample: "+sample+"\n") + sys.exit(1) + else: + self.samples.append(sample) + print " - Added: "+sample + + def add_blocking(self,argument): + print " - Adding paired samples" + pair = [] + for block in argument: + self.add_block(block) + + def add_block(self,blocks): + blocks = blocks.split(":") + as_treatment = blocks[0] + blocks = blocks[1:] + + used_samples = [] + indexed_samples = {} + + for i in range(len(blocks)): + block = blocks[i] + samples = self.get_samples_from_block(block) + indexed_samples[i+1] = [] + for sample in samples: + if(sample in used_samples): + sys.stderr.write("Error:\n* Blocking contains multiple times the same sample: "+sample+"\n") + sys.exit(0) + else: + indexed_samples[i+1] = block + used_samples.append(sample) + + for sample in self.samples: + if(sample not in used_samples): + i = i + 1 + indexed_samples[i+1] = str(sample).encode('base64').strip() + + for index in indexed_samples.keys(): + key = str(index).encode('base64').strip() + as_treatment += ":"+key+":"+indexed_samples[index] + + self.add_treatment(as_treatment) + + def get_samples_from_block(self,decoded_block): + return [ self.do_decode(x) for x in decoded_block.split(",")] + + def add_treatments(self,argument): + print " - Adding treatments" + for treatment in argument: + self.add_treatment(treatment) + + def add_treatment(self,treatment_argument): + print " - Parsing treatment" + + + treatment_argument = treatment_argument.split(":") + name = self.do_decode(treatment_argument[0]) + treatment_argument = treatment_argument[1:] + + + treatment = {"factor_index":{},"sample_index":{}} + only_integers = True + + i = 1 + for item in treatment_argument: + if(i % 2): + factor = self.do_decode(item) + + if(treatment['factor_index'].has_key(factor)): + sys.stderr.write("Error:\n* Factor has been added multiple times to treatment: "+factor+"\n") + sys.exit(0) + else: + print " - Adding factor: "+factor + treatment["factor_index"][factor] = [] + if(not factor.isdigit()): + only_integers = False + else: + for sample in item.split(","): + sample = self.do_decode(sample) + + if(not sample in self.samples): + sys.stderr.write("Error:\n* Unknown sample: "+sample+"\n") + sys.exit(0) + + treatment["factor_index"][factor].append(sample) + if(treatment["sample_index"].has_key(sample)): + sys.stderr.write("Error:\n* Factor has been added to treatment before: "+sample+"/"+factor+", factors must be mutually exclusive!\n") + sys.exit(0) + else: + treatment["sample_index"][sample] = factor + i += 1 + + treatment_factors = sorted(treatment["factor_index"].keys()) + + if(name == None): + treatment["name"] = "_vs_".join(treatment_factors) + else: + treatment["name"] = str(name) + + if(len(treatment["sample_index"]) != len(self.samples)): + sys.stderr.write("Error:\n* The number of samples for treatment '"+treatment["name"]+"' ("+str(len(treatment["sample_index"]))+") is different from the total number of samples ("+str(len(self.samples))+").\n") + + if(only_integers): + treatment_type = "integer" + else: + treatment_type = "string" + + if(self.treatments.has_key(treatment["name"])): + sys.stderr.write("Error:\n* Treatment was already added: '"+treatment["name"]+"\n") + else: + self.treatments[treatment["name"]] = treatment + self.treatment_index.append(treatment["name"]) + self.treatment_types[treatment["name"]] = treatment_type + print " - Treatment \""+treatment["name"]+"\" of type \""+treatment_type+"\" is valid" + + def export(self,output): + # Open file stream + if(args.output == "-"): + fh = sys.stdout + else: + fh = open(args.output,"w") + + # Write header: + fh.write("sample-name\t"+"\t".join(self.treatment_index)+"\n") + + # Write body: + for sample in self.samples: + fh.write(sample) + for treatment_id in self.treatment_index: + treatment = self.treatments[treatment_id] + fh.write("\t"+treatment["sample_index"][sample]) + fh.write("\n") + + fh.close() + +if __name__=="__main__": + parser = argparse.ArgumentParser(description="Create an edgeR design matrix with read-count datasets.") + parser.add_argument("-o","--output", help="Output file, '-' for stdout.",required=True) + parser.add_argument("-c","--columns-file", nargs="?", help='Use columns of [this] file as UIDs (counting from 1)') + parser.add_argument("-s","--sample-names", nargs="*", help='Sample names (UIDs that correspond to the columns in the expression matrix)') + parser.add_argument("-t","--treatments", nargs="+", help='Treatment or conditions: "name::sample:condition& (sample-names and conditions have to be provided using Base64 encoding to avoid weird characters)',required=True) + parser.add_argument("-b","--blocking", nargs="+", help='Description of sample blocking: "blocking_condition*&sample-1-name&sample-2-name&sample-n-name"') + + args = parser.parse_args() + + columns = None + if(args.columns_file): + with open(args.columns_file, "r") as f: + listed_columns = [None] + f.readline().strip("\n").split("\t") + for i in range(1,len(listed_columns)): + listed_columns[i] = listed_columns[i].encode('base64').replace('\n','') + + s = sampleContainer() + + if(listed_columns): + columns = [] + for sample in args.sample_names: + columns.append(listed_columns[int(sample)]) + + + treatments = [] + for treatment in args.treatments: + treatment = treatment.split(":") + for i in range(1,len(treatment)): + if(i%2 == 0): + treatment_tmp = treatment[i].split(",") + for j in range(len(treatment_tmp)): + treatment_tmp[j] = listed_columns[int(treatment_tmp[j])] + treatment[i] = ",".join(treatment_tmp) + + treatments.append(":".join(treatment)) + + blockings = [] + if(args.blocking): + for blocking in args.blocking: + blocking = blocking.split(":") + for i in range(1,len(blocking)): + block = blocking[i].split(",") + for j in range(len(block)): + block[j] = listed_columns[int(block[j])] + blocking[i] = ",".join(block) + blockings.append(":".join(blocking)) + + s.add_samples(columns) + s.add_treatments(treatments) + s.add_blocking(blockings) + + else: + s.add_samples(args.sample_names) + s.add_treatments(args.treatments) + if(args.blocking): + s.add_blocking(args.blocking) + + s.export(args.output)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/bin/edger_dge_table_to_bedgraph Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,222 @@ +#!/usr/bin/env python + +import re,sys,os,os.path,argparse,textwrap,datetime + +class GTF: + def __init__(self,filename,features=["exon"],symbol="gene_id"): + self.features = features + if(re.match("^[a-zA-Z0-9_\-]+$",symbol)): + self.symbol = symbol + else: + raise ValueError('False symbol matching symbol: '+str(symbol)) + self.index = {} + self.parse(filename) + + def parse(self,filename): + with open(filename) as infile: + for line in infile: + self.parse_line(line) + + def parse_line(self,line): + line = line.strip().split("\t") + if(len(line) == 9): + if(line[2] in self.features): + gene_id = self.parse_column_9(line[8]) + if(gene_id): + if(not self.index.has_key(gene_id)): + self.index[gene_id] = [] + self.index[gene_id].append([line[0],line[3],line[4]]) + + def parse_column_9(self,line): + query = self.symbol+'[ =]+([^ ;]+)' + m = re.search(query, line) + + if(m): + return m.group(1).strip("'").strip('"') + else: + return None + + def get(self,key): + try: + return self.index[key] + except: + return False + + +class EdgeR_table: + def __init__(self,table,gtf,columns=[3,7]): + self.index = {} + self.gtf = gtf + self.columns = columns + self.parse(table) + + def parse(self,filename): + i = 0 + with open(filename) as infile: + for line in infile: + if(i == 0): + self.parse_header(line) + else: + self.parse_line(line) + i += 1 + + def parse_header(self,line): + params = line.strip().split("\t") + if(params[1].lower().find("genes") == -1): + raise ValueError('False header in file - no "genes" in 2nd colum: '+line) + if(params[2].lower().find("logfc") == -1): + raise ValueError('False header in file - no "logfc" in 3rd colum: '+line) + if(params[3].lower().find("logcpm") == -1): + raise ValueError('False header in file - no "logcpm" in 4th colum: '+line) + if(params[4].lower().find("lr") == -1): + raise ValueError('False header in file - no "lr" in 5th colum: '+line) + if(params[5].lower().find("pvalue") == -1): + raise ValueError('False header in file - no "pvalue" in 6th colum: '+line) + if(params[6].lower().find("fdr") == -1): + raise ValueError('False header in file - no "fdr" in 7th colum: '+line) + + def parse_line(self,line): + line = line.strip().split("\t") + + if(len(line) == 7): + gene_id = line[1].strip('"').strip("'") + column_data = {} + for column in self.columns: + if(column in [6,7]): + column_data[column] = str(1.0 - float(line[column-1])) + else: + column_data[column] = line[column-1] + + locations = self.gtf.get(gene_id) + if(not locations): + print "Warning: no location found for gene "+gene_id + else: + for location in locations: + self.insert(location,column_data) + + def insert(self,location,data): + chrom = location[0] + start = location[1] + end = location[2] + + if(not self.index.has_key(chrom)): + self.index[chrom] = {} + + if(not self.index[chrom].has_key(start)): + self.index[chrom][start] = {} + + if(not self.index[chrom][start].has_key(end)): + self.index[chrom][start][end] = [] + + self.index[chrom][start][end].append(data) + + def export(self,filenames={3:"log_cpm.txt",7:"fdr.txt"}): + for column in self.columns: + fh = open(filenames[column],"w") + + buf = False + + for chrom in sorted(self.index.keys()): + for start in sorted(self.index[chrom].keys()): + for end in sorted(self.index[chrom][start].keys()): + fh.write(chrom+"\t"+start+"\t"+end+"\t"+self.index[chrom][start][end][0][column]+"\n") + + fh.close() + + os.system("sort -k1,1V -k2,2g -k3,3g '"+filenames[column]+"' > '"+filenames[column]+".sorted'") + + +def remove_overlap_in_bedgraph(bedgraph_file_dirty,bedgraph_file_clean): + fh = open(bedgraph_file_clean,"w") + buf = False + + with open(bedgraph_file_dirty,"r") as f: + for line in f: + cur = line.strip().split("\t") + cur[1] = int(cur[1]) + cur[2] = int(cur[2]) + + if(not buf): + buf = cur + else: + if(cur[0] == buf[0] and cur[1] <= buf[2] ): + if(buf[1] == cur[1]): #is subset + newscore = (float(buf[3])+float(cur[3]))/2 + buf[2] = cur[2] + buf[3] = newscore + else: + c1 = buf[1] + c2 = cur[1] + c3 = min(buf[2],cur[2]) + c4 = max(buf[2],cur[2]) + + fh.write(buf[0]+"\t"+str(c1)+"\t"+str(c2-1)+"\t"+str(buf[3])+"\n") + + newscore = (float(buf[3])+float(cur[3]))/2 + #fh.write(buf[0]+"\t"+str(c2+1)+"\t"+str(c3)+"\t"+str(newscore)+"\tp2\n") + #buf = [buf[0], c3+1 , c4 , cur[3]] + + buf = [buf[0], c2 , c4 , cur[3]] + + # find if buf is a subset -> if so, merge and send to buffer + # or find the overlapping region + + # if current is overlapping with buffer; merge: + ## [ ] < buf + ## [ ] < cur + ## + ## [ ] < buf + ## [ ] < cur + ## 111112222333333 << write 1 and 2 and keep 3 in buf + else: + fh.write(buf[0]+"\t"+str(buf[1])+"\t"+str(buf[2])+"\t"+str(buf[3])+"\n") + buf=cur + + fh.write(buf[0]+"\t"+str(buf[1])+"\t"+str(buf[2])+"\t"+str(buf[3])+"\n") + fh.close() + + + +if __name__ == "__main__": + parser = argparse.ArgumentParser() + + parser = argparse.ArgumentParser(formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter,epilog="For more info please visit:\n<https://github.com/yhoogstrate/fuma>") + + parser.add_argument("-t",help="CPM table to extract columns from",nargs=1,required=True) + parser.add_argument("-g",help="GTF file used to extract genomic location",nargs=1,required=True) + + parser.add_argument("-c3",help="Output (bedgraph) for column 3 (logFC)",nargs="?",required=False) + parser.add_argument("-c4",help="Output (bedgraph) for column 4 (logCPM)",nargs="?",required=False) + parser.add_argument("-c5",help="Output (bedgraph) for column 5 (LR)",nargs="?",required=False) + parser.add_argument("-c6",help="Output (bedgraph) for column 6 (PValue)",nargs="?",required=False) + parser.add_argument("-c7",help="Output (bedgraph) for column 7 (FDR)",nargs="?",required=False) + + args = parser.parse_args() + + #files = {3:"VCAP_logFC.hg19.bedgraph",7:"VCAP_fdr.hg19.bedgraph"} + files = {} + + if(args.c3): + files[3] = args.c3 + if(args.c4): + files[4] = args.c4 + if(args.c5): + files[5] = args.c5 + if(args.c6): + files[6] = args.c6 + if(args.c7): + files[7] = args.c7 + + print "Parsing GTF file" + g = GTF(args.g[0]) + + print "Parsing EdgeR table" + e = EdgeR_table(args.t[0],g,files.keys()) + + print "Exporting raw bedgraph(s)" + e.export(files) + + print "Removing overlapping entries in bedgraph(s)" + for key in files.keys(): + remove_overlap_in_bedgraph(files[key]+".sorted",files[key]) + os.system("rm '"+files[key]+".sorted'")
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/edgeR_Concatenate_Expression_Matrices.xml Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,190 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> +<tool id="concatenate_expression_matrices" name="edgeR: Concatenate Expression Matrices" version="1.0.0"> + <description>Create a full expression matrix by selecting the desired columns from specific count tables</description> + + <macros> + <import>edgeR_macros.xml</import> + </macros> + + <command> + #set $j = 0 + #set $paste = [] + + #if $add_geneids.choice == "true": + #set $filename = str($j)+".txt" + #set paste = paste + [$filename] + + cut -f $add_geneids.column_geneids.value "$add_geneids.sample_geneids" > $filename ; + #set $j += 1 + #end if + + #for $sample in $samples: + ##echo "$sample.column_index" + ##echo "$sample.column_index.value" + + #set $column_str = ",".join([str(x).strip() for x in $sample.column_index.value]) + #set $filename = str($j)+".txt" + #set paste = paste + [$filename] + + cut -f "$column_str" "$sample.sample" > $filename ; + #set $j += 1 + #end for + + #if $add_lengths.choice == "true": + #set $filename = str($j)+".txt" + #set paste = paste + [$filename] + + cut -f $add_lengths.column_lengths.value "$add_lengths.sample_lengths" > $filename ; + #set $j += 1 + #end if + + #set $paste_str = " ".join([str(x).strip() for x in $paste]) + + paste $paste_str > $expression_matrix + </command> + + <inputs> + <conditional name="add_geneids"> + <param name="choice" type="select" label="Add a gene-IDs column at the end of the file" help="Highly recommended to select!" > + <option value="false">No</option> + <option value="true" selected="true">Yes</option> + </param> + <when value="false" /> + <when value="true"> + <param name="sample_geneids" type="data" format="tabular" label="Select Read-count dataset that contains a column for GeneIDs" help="from featureCounts/DEXSeq-count/HTSeq-count, etc." /> + <param name="column_geneids" numerical="false" use_header_names="true" label="Select GeneID column" type="data_column" data_ref="sample_geneids" multiple="false"> + <validator type="no_options" message="Please select at least one column." /> + </param> + </when> + </conditional> + + <repeat name="samples" title="Expression Table" help="E.g. a earlier concatenated table, or a HT-seq, featureCounts or DESeq-count result."> + <param name="sample" type="data" format="tabular" label="Read-count dataset that belongs to a pair" help="from featureCounts/DEXSeq-count/HTSeq-count, etc." /> + <!-- select columns --> + <param name="column_index" numerical="false" use_header_names="true" label="Select columns that are associated with this factor level" type="data_column" data_ref="sample" multiple="true" size="120" display="checkboxes"> + <validator type="no_options" message="Please select at least one column." /> + </param> + </repeat> + + <conditional name="add_lengths"> + <param name="choice" type="select" label="Add a gene-lengths column at the end of the file" help="Optional, only usefull if RPKM/FPKM calculation is desired." > + <option value="false">No</option> + <option value="true">Yes</option> + </param> + <when value="false" /> + <when value="true"> + <param name="sample_lengths" type="data" format="tabular" label="Read-count dataset that belongs to a pair" help="from featureCounts/DEXSeq-count/HTSeq-count, etc." /> + <param name="column_lengths" numerical="false" use_header_names="true" label="Select columns that are associated with this factor level" type="data_column" data_ref="sample_lengths" multiple="false" size="120"> + <validator type="no_options" message="Please select at least one column." /> + </param> + </when> + </conditional> + + <param name="remove_comment_lines" type="boolean" label="Automatically remove 'comment' lines starting with a '#'" truevale="true" falsevalue="false" selected="true" help="Some tools (incl. featureCounts) include comment lines that are not neccesairy for downstream analyis. By enabling this function, these lines will be removed." /> + + </inputs> + + <outputs> + <data format="tabular" name="expression_matrix" label="Expression matrix" /> + </outputs> + + <tests> + <test> + <conditional name="add_geneids"> + <param name="choice" value="true" /> + <param name="sample_geneids" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_GeneLengths.txt" /> + <param name="column_geneids" value="1" /> + </conditional> + + <param name="samples_0|sample" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_Control_1.txt" /> + <param name="samples_0|column_index" value="2" /> + + <conditional name="add_lengths"> + <param name="choice" value="false" /> + </conditional> + + <param name="remove_comment_lines" value="false" /> + + <output name="expression_matrix" file="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_Control_1.txt" /> + </test> + <test> + <conditional name="add_geneids"> + <param name="choice" value="true" /> + <param name="sample_geneids" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_GeneLengths.txt" /> + <param name="column_geneids" value="1" /> + </conditional> + + <!-- <repeat name="samples"> --> + <param name="samples_0|sample" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_Control_1.txt" /> + <param name="samples_0|column_index" value="2" /> + <!-- </repeat> --> + + <!-- <repeat name="samples"> --> + <param name="samples_1|sample" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_Control_2.txt" /> + <param name="samples_1|column_index" value="2" /> + <!-- </repeat> --> + + <!-- <repeat name="samples"> --> + <param name="samples_2|sample" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_Control_3.txt" /> + <param name="samples_2|column_index" value="2" /> + <!-- </repeat> --> + + <!-- <repeat name="samples"> --> + <param name="samples_3|sample" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_Control_4.txt" /> + <param name="samples_3|column_index" value="2" /> + <!-- </repeat> --> + + <!-- <repeat name="samples"> --> + <param name="samples_4|sample" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_Control_5.txt" /> + <param name="samples_4|column_index" value="2" /> + <!-- </repeat> --> + + <!-- <repeat name="samples"> --> + <param name="samples_5|sample" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_Control_6.txt" /> + <param name="samples_5|column_index" value="2" /> + <!-- </repeat> --> + + <!-- <repeat name="samples"> --> + <param name="samples_6|sample" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_Control_7.txt" /> + <param name="samples_6|column_index" value="2" /> + <!-- </repeat> --> + + <!-- <repeat name="samples"> --> + <param name="samples_7|sample" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_E2.txt" /> + <param name="samples_7|column_index" value="2,3,4,5,6,7,8" /> + <!-- </repeat> --> + + <conditional name="add_lengths"> + <param name="choice" value="true" /> + <param name="sample_lengths" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_GeneLengths.txt" /> + <param name="column_lengths" value="2" /> + </conditional> + + <param name="remove_comment_lines" value="false" /> + + <output name="expression_matrix" file="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_full.txt" /> + </test> + </tests> + + <help> +edgeR: Concatenate Expression Matrices +####################################### + +Overview +-------- + +Create subsets from or combined expression matrices. + +**Notes** + +Make sure the tables have an identical number of columns compared to the number of headers. +If you export tables using R, make sure you set: col.names=NA. Otherwise column may be swapped during concatenation. + +Input +----- + +@CONTACT@ + </help> + + <expand macro="citations" /> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/edgeR_Convert_DGE_Table_to_Bedgraph.xml Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,93 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> + <tool id="edger_dge_table_to_bedgraph" name="edgeR: Convert 'differentially expressed genes'-table to bedgraph(s)" version="1.0.0"> + <description>EdgeR's "differentially expressed genes" table to bedgraph(s)</description> + + <macros> + <import>edgeR_macros.xml</import> + </macros> + + <requirements> + <requirement type="package" version="1.0.0">edger_dge_table_to_bedgraph</requirement> + </requirements> + + <command interpreter="python"> + edger_dge_table_to_bedgraph + -t $cpm_table + -g $geneset + + #if $logfc: + -c3 $logfc + #end if + + #if $logcpm: + -c4 $logcpm + #end if + + #if $lr: + -c5 $lr + #end if + + #if $pvalue: + -c6 $pvalue + #end if + + #if $fdr: + -c7 $fdr + #end if + </command> + + <inputs> + <param format="tabular" name="cpm_table" type="data" label="'differentially expressed genes'-table as result from EdgeR" help="must have 7 columns of which the 2nd are gene names matching the GTF file" /> + <param format="gtf,gff,gff3" name="geneset" type="data" label="Geneset used for estimating expression levels prior to expression analysis" /> + + <param name="columns" type="select" label="Desired columns" multiple="true" display="checkboxes"> + <option value="c3" selected="true">logFC</option> + <option value="c4">logCPM</option> + <option value="c5">LR</option> + <option value="c6">PValue</option> + <option value="c7" selected="true">FDR</option> + </param> + </inputs> + + <outputs> + <data format="bedgraph" name="logfc" label="logFC from ${cpm_table.name}"> + <filter>"c3" in columns</filter> + </data> + + <data format="bedgraph" name="logcpm" label="logCPM from ${cpm_table.name}"> + <filter>"c4" in columns</filter> + </data> + + <data format="bedgraph" name="lr" label="LR from ${cpm_table.name}"> + <filter>"c5" in columns</filter> + </data> + + <data format="bedgraph" name="pvalue" label="PValue from ${cpm_table.name}"> + <filter>"c6" in columns</filter> + </data> + + <data format="bedgraph" name="fdr" label="FDR from ${cpm_table.name}"> + <filter>"c7" in columns</filter> + </data> + </outputs> + + <tests> + <test> + <param name="cpm_table" value="Convert_DGE_Table_to_Bedgraph/table_01.tabular.txt" /> + <param name="geneset" value="Convert_DGE_Table_to_Bedgraph/genes_01.gtf" /> + + <param name="columns" value="c3,c7" /> + + <output name="logfc" file="Convert_DGE_Table_to_Bedgraph/logFC.output.bedgraph" /> + <output name="fdr" file="Convert_DGE_Table_to_Bedgraph/FDR.output.bedgraph" /> + </test> + </tests> + + <help> + P-values and FDRs are swapped from 1 to 0, and 0 to 1, because this way the most siginificant genes will obtain the highest values which is convenient for visualisation. + + @CONTACT@ + </help> + + <expand macro="citations" /> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/edgeR_Design_from_Expression_Matrix.xml Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,141 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> +<tool id="design_from_expression_matrix" name="edgeR: Design- from Expression matrix" version="1.0.0.a"> + <description>Create design- from an expression matrix</description> + + <macros> + <import>edgeR_macros.xml</import> + </macros> + + <requirements> + <requirement type="package" version="1.0.0">design_matrix_creator</requirement> + </requirements> + + <command interpreter="python"> + design_matrix_creator + -c $expression_matrix + + #set $unique_columns = [] + #for $factor in $treatments: + #for $level in $factor.rep_factorLevel: + #for $val in $level.factorIndex.value: + #if str($val) not in $unique_columns: + #set $unique_columns = $unique_columns + [str($val)] + #end if + #end for + #end for + #end for + + #set $unique_columns = " ".join(unique_columns) + -s $unique_columns + + -t + #for $factor in $treatments: + #set $factor_str = str($factor.name).encode('base64').replace('\n','') + + #for $level in $factor.rep_factorLevel: + #set $factor_str = $factor_str+":"+str($level.factorLevel).encode('base64').replace('\n','')+":"+",".join([str(x).strip() for x in $level.factorIndex.value]) + #end for + + $factor_str + #end for + + #if $choose_blocking.choice == "true" + -b + #for blocking in $choose_blocking.blocking_repeat: + #set $blocking_str = str($blocking.blocking_name).encode('base64').replace('\n','') + + #for $block_iter in $blocking.block: + #set $block_str = ",".join([str(x).strip() for x in $block_iter.block_index.value]) + #set $blocking_str = $blocking_str+":"+$block_str + #end for + + $blocking_str + #end for + #end if + + -o $design_matrix + </command> + + <inputs> + <param format="tabular" name="expression_matrix" type="data" label="Expression matrix (read counts)" help="You can create a count matrix with the tool" /> + + <repeat name="treatments" title="Factor/Condition" min="1"> + <param name="name" type="text" value="FactorName" label="Specify a name for the factor / condition" help="e.g. 'Tumor vs. Normal', 'Timepoint' or 'DiseaseState'. Field must be non-numerical, preferably only letters!!" /> + <repeat name="rep_factorLevel" title="Factor level" min="1"> + <param name="factorLevel" type="text" value="FactorLevel" label="Specify a condition" help="e.g. Tumor or Normal; Treated, untreaded or placebo. Field must be non-numerical, preferably only letters!!" /> + <param name="factorIndex" numerical="false" use_header_names="true" label="Select columns that are associated with this factor level" type="data_column" data_ref="expression_matrix" multiple="true" size="120" display="checkboxes"> + <validator type="no_options" message="Please select at least one column." /> + </param> + </repeat> + </repeat> + + <conditional name="choose_blocking"> + <param name="choice" type="select" label="Define blocking (paired or grouped samples)" help="e.g. to remove batch effects" > + <option value="false">No</option> + <option value="true">Yes</option> + </param> + <when value="false" /> + <when value="true"> + <repeat name="blocking_repeat" title="Blocking condition" min="1"> + <param name="blocking_name" type="text" value="" label="Specify a name for a blocking condition" help="e.g.'Patients' or 'Batches'" /> + <repeat name="block" title="Block" min="2"> + <param name="block_index" label="Select columns that are associated with this factor level" type="data_column" data_ref="expression_matrix" numerical="True" multiple="true" use_header_names="true" size="120" display="checkboxes"> + <validator type="no_options" message="Please select at least one column." /> + </param> + </repeat> + </repeat> + </when> + </conditional> + </inputs> + + <outputs> + <data format="tabular" name="design_matrix" label="Design matrix" /> + </outputs> + + <tests> + <test> + <param name="expression_matrix" value="GSE51403/GSE51403_expression_matrix_full.txt" /> + + <!-- <repeat name="treatments"> --> + <param name="treatments_0|name" value="Treatment" /> + <!-- <repeat name="rep_factorLevel"> --> + <param name="treatments_0|rep_factorLevel_0|factorLevel" value="Control" /> + <param name="treatments_0|rep_factorLevel_0|factorIndex" value="2,3,4,5,6,7,8" /> + <!-- </repeat> --> + <!-- <repeat name="rep_factorLevel"> --> + <param name="treatments_0|rep_factorLevel_1|factorLevel" value="E2" /> + <param name="treatments_0|rep_factorLevel_1|factorIndex" value="9,10,11,12,13,14,15" /> + <!-- </repeat> --> + <!-- </repeat> --> + + <conditional name="choose_blocking"> + <param value="false" /> + </conditional> + + <output name="design_matrix" file="GSE51403/GSE51403_design_matrix_full_depth.txt" /> + </test> + </tests> + + <help> +edgeR: Design- from Expression matrix +##################################### + +Overview +-------- + +Create a design matrix by selecting the desired patients from an +expression matrix. + +Input +----- + +**References** + +The test data is coming from: doi: 10.1093/bioinformatics/btt688. +http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24319002 + +@CONTACT@ + </help> + + <expand macro="citations" /> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/edgeR_Differential_Gene_Expression.xml Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,639 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> +<tool id="edger_dge" name="edgeR: Differential Gene(Expression) Analysis" version="3.11.0.a"> + <description>RNA-Seq gene expression analysis using edgeR (R package)</description> + + <macros> + <import>edgeR_macros.xml</import> + </macros> + + <requirements> + <requirement type="package" version="3.11.0">edger</requirement> + </requirements> + + <stdio> + <regex match="Error in[^a-z]+contrasts" + source="both" + level="fatal" + description="Have the design- and expression-matrix been swapped?" /> + <regex match="Execution halted" + source="both" + level="fatal" /> + <regex match="Calculating library sizes from column" + source="stderr" + level="log" /> + <regex match="During startup - Warning messages" + source="stderr" + level="log" /> + <regex match="Setting LC_[^ ]+ failed" + source="stderr" + level="warning" + description="LOCALE has not been set correctly" /> + </stdio> + + <version_command>echo $(R --version | grep version | grep -v GNU) ", EdgeR version" $(R --vanilla --slave -e "library(edgeR) ; cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$edgeR\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")</version_command> + + <command> + R --vanilla --slave -f $R_script '--args + $expression_matrix + $design_matrix + $contrast + + $fdr + + $output_count_edgeR + $output_cpm + + /dev/null <!-- Calculation of FPKM/RPKM should come here --> + + #if $output_raw_counts: + $output_raw_counts + #else: + /dev/null + #end if + + #if $output_MDSplot_logFC: + $output_MDSplot_logFC + #else: + /dev/null + #end if + + #if $output_MDSplot_bcv: + $output_MDSplot_bcv + #else: + /dev/null + #end if + + #if $output_BCVplot: + $output_BCVplot + #else: + /dev/null + #end if + + #if $output_MAplot: + $output_MAplot + #else: + /dev/null + #end if + + #if $output_PValue_distribution_plot: + $output_PValue_distribution_plot + #else: + /dev/null + #end if + + #if $output_hierarchical_clustering_plot: + $output_hierarchical_clustering_plot + #else: + /dev/null + #end if + + #if $output_heatmap_plot: + $output_heatmap_plot + #else: + /dev/null + #end if + + #if $output_RData_obj: + $output_RData_obj + #else: + /dev/null + #end if + + $output_format_images + ' + #if $output_R: + > $output_R + #else: + > /dev/null + #end if + </command> + + <configfiles> + <configfile name="R_script"> +<![CDATA[ + +library(limma,quietly=TRUE) ## quietly to avoid unnecessaity stderr messages +library(edgeR,quietly=TRUE) ## quietly to avoid unnecessaity stderr messages +library(splines,quietly=TRUE)## quietly to avoid unnecessaity stderr messages + +## Fetch commandline arguments +args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) + +expression_matrix_file <- args[1] +design_matrix_file <- args[2] +contrast <- args[3] + +fdr <- args[4] + +output_count_edgeR <- args[5] +output_cpm <- args[6] + +output_xpkm <- args[7] ##FPKM file - to be implemented + +output_raw_counts <- args[8] +output_MDSplot_logFC <- args[9] +output_MDSplot_bcv <- args[10] +output_BCVplot <- args[11] +output_MAplot <- args[12] +output_PValue_distribution_plot <- args[13] +output_hierarchical_clustering_plot <- args[14] +output_heatmap_plot <- args[15] +output_RData_obj <- args[16] +output_format_images <- args[17] + + +## Obtain read-counts +expression_matrix <- read.delim(expression_matrix_file,header=T,stringsAsFactors=F,row.names=1,check.names=FALSE,na.strings=c("")) +design_matrix <- read.delim(design_matrix_file,header=T,stringsAsFactors=F,row.names=1,check.names=FALSE,na.strings=c("")) + +colnames(design_matrix) <- make.names(colnames(design_matrix)) + +for(i in 1:ncol(design_matrix)) { + old <- design_matrix[,i] + design_matrix[,i] <- make.names(design_matrix[,i]) + if(paste(design_matrix[,i],collapse="\t") != paste(old,collapse="\t")) { + print("Renaming of factors:") + print(old) + print("To:") + print(design_matrix[,i]) + } + ## The following line seems to malfunction the script: + ##design_matrix[,i] <- as.factor(design_matrix[,i]) +} + +## 1) In the expression matrix, you only want to have the samples described in the design matrix +columns <- match(rownames(design_matrix),colnames(expression_matrix)) +columns <- columns[!is.na(columns)] +read_counts <- expression_matrix[,columns] + +## 2) In the design matrix, you only want to have samples of which you really have the counts +columns <- match(colnames(read_counts),rownames(design_matrix)) +columns <- columns[!is.na(columns)] +design_matrix <- design_matrix[columns,,drop=FALSE] + +## Filter for HTSeq predifined counts: +exclude_HTSeq <- c("no_feature","ambiguous","too_low_aQual","not_aligned","alignment_not_unique") +exclude_DEXSeq <- c("_ambiguous","_empty","_lowaqual","_notaligned") + +exclude <- match(c(exclude_HTSeq, exclude_DEXSeq),rownames(read_counts)) +exclude <- exclude[is.na(exclude)==0] +if(length(exclude) != 0) { + read_counts <- read_counts[-exclude,] +} + + +## sorting expression matrix with the order of the read_counts +##order <- match(colnames(read_counts) , rownames(design_matrix)) +##read_counts_ordered <- read_counts[,order2] + +empty_samples <- apply(read_counts,2,function(x) sum(x) == 0) +if(sum(empty_samples) > 0) { + write(paste("There are ",sum(empty_samples)," empty samples found:",sep=""),stderr()) + write(colnames(read_counts)[empty_samples],stderr()) +} else { + + dge <- DGEList(counts=read_counts,genes=rownames(read_counts)) + + formula <- paste(c("~0",make.names(colnames(design_matrix))),collapse = " + ") + design_matrix_tmp <- design_matrix + colnames(design_matrix_tmp) <- make.names(colnames(design_matrix_tmp)) + design <- model.matrix(as.formula(formula),design_matrix_tmp) + rm(design_matrix_tmp) + + # Filter prefixes + prefixes = colnames(design_matrix)[attr(design,"assign")] + avoid = nchar(prefixes) == nchar(colnames(design)) + replacements = substr(colnames(design),nchar(prefixes)+1,nchar(colnames(design))) + replacements[avoid] = colnames(design)[avoid] + colnames(design) = replacements + + # Do normalization + write("Calculating normalization factors...",stdout()) + dge <- calcNormFactors(dge) + write("Estimating common dispersion...",stdout()) + dge <- estimateGLMCommonDisp(dge,design) + write("Estimating trended dispersion...",stdout()) + dge <- estimateGLMTrendedDisp(dge,design) + write("Estimating tagwise dispersion...",stdout()) + dge <- estimateGLMTagwiseDisp(dge,design) + + + if(output_MDSplot_logFC != "/dev/null") { + write("Creating MDS plot (logFC method)",stdout()) + points <- plotMDS.DGEList(dge,top=500,labels=rep("",nrow(dge\$samples)))# Get coordinates of unflexible plot + dev.off()# Kill it + + if(output_format_images == "pdf") { + pdf(output_MDSplot_logFC,height=14,width=14) + } else if(output_format_images == "svg") { + svg(output_MDSplot_logFC,height=14,width=14) + } else { + ## png(output_MDSplot_logFC) + ## png does not work out of the box in the Galaxy Toolshed Version of R due to its compile settings: https://biostar.usegalaxy.org/p/9170/ + + bitmap(output_MDSplot_logFC,type="png16m",height=14,width=14) + } + + + diff_x <- abs(max(points\$x)-min(points\$x)) + diff_y <-(max(points\$y)-min(points\$y)) + plot(c(min(points\$x),max(points\$x) + 0.45 * diff_x), c(min(points\$y) - 0.05 * diff_y,max(points\$y) + 0.05 * diff_y), main="edgeR logFC-MDS Plot on top 500 genes",type="n", xlab="Leading logFC dim 1", ylab="Leading logFC dim 2") + points(points\$x,points\$y,pch=20) + text(points\$x, points\$y,rownames(dge\$samples),cex=1.25,col="gray",pos=4) + rm(diff_x,diff_y) + + dev.off() + } + + if(output_MDSplot_bcv != "/dev/null") { + write("Creating MDS plot (bcv method)",stdout()) + + ## 1. First create a virtual plot to obtain the desired coordinates + pdf("bcvmds.pdf") + points <- plotMDS.DGEList(dge,method="bcv",top=500,labels=rep("",nrow(dge\$samples))) + dev.off()# Kill it + + ## 2. Re-plot the coordinates in a new figure with the size and settings. + if(output_format_images == "pdf") { + pdf(output_MDSplot_bcv,height=14,width=14) + } else if(output_format_images == "svg") { + svg(output_MDSplot_bcv,height=14,width=14) + } else { + ## png(output_MDSplot_bcv) + ## png does not work out of the box in the Galaxy Toolshed Version of R due to its compile settings: https://biostar.usegalaxy.org/p/9170/ + + bitmap(output_MDSplot_bcv,type="png16m",height=14,width=14) + } + + diff_x <- abs(max(points\$x)-min(points\$x)) + diff_y <- (max(points\$y)-min(points\$y)) + plot(c(min(points\$x),max(points\$x) + 0.45 * diff_x), c(min(points\$y) - 0.05 * diff_y,max(points\$y) + 0.05 * diff_y), main="edgeR BCV-MDS Plot",type="n", xlab="Leading BCV dim 1", ylab="Leading BCV dim 2") + points(points\$x,points\$y,pch=20) + text(points\$x, points\$y,rownames(dge\$samples),cex=1.25,col="gray",pos=4) + rm(diff_x,diff_y) + + dev.off() + } + + + if(output_BCVplot != "/dev/null") { + write("Creating Biological coefficient of variation plot",stdout()) + + if(output_format_images == "pdf") { + pdf(output_BCVplot) + } else if(output_format_images == "svg") { + svg(output_BCVplot) + } else { + ## png(output_BCVplot) + ## png does not work out of the box in the Galaxy Toolshed Version of R due to its compile settings: https://biostar.usegalaxy.org/p/9170/ + + bitmap(output_BCVplot,type="png16m") + } + + plotBCV(dge, cex=0.4, main="edgeR: Biological coefficient of variation (BCV) vs abundance") + dev.off() + } + + + write("Fitting GLM...",stdout()) + fit <- glmFit(dge,design) + + write(paste("Performing likelihood ratio test: ",contrast,sep=""),stdout()) + cont <- c(contrast) + cont <- makeContrasts(contrasts=cont, levels=design) + + lrt <- glmLRT(fit, contrast=cont[,1]) + write(paste("Exporting to file: ",output_count_edgeR,sep=""),stdout()) + write.table(file=output_count_edgeR,topTags(lrt,n=nrow(read_counts))\$table,sep="\t",row.names=TRUE,col.names=NA) + write.table(file=output_cpm,cpm(dge,normalized.lib.sizes=TRUE),sep="\t",row.names=TRUE,col.names=NA) + + ## todo EXPORT FPKM + write.table(file=output_raw_counts,dge\$counts,sep="\t",row.names=TRUE,col.names=NA) + + if(output_MAplot != "/dev/null" || output_PValue_distribution_plot != "/dev/null") { + etable <- topTags(lrt, n=nrow(dge))\$table + etable <- etable[order(etable\$FDR), ] + + if(output_MAplot != "/dev/null") { + write("Creating MA plot...",stdout()) + + if(output_format_images == "pdf") { + pdf(output_MAplot) + } else if(output_format_images == "svg") { + svg(output_MAplot) + } else { + ## png(output_MAplot) + ## png does not work out of the box in the Galaxy Toolshed Version of R due to its compile settings: https://biostar.usegalaxy.org/p/9170/ + + bitmap(output_MAplot,type="png16m") + } + + with(etable, plot(logCPM, logFC, pch=20, main="edgeR: Fold change vs abundance")) + with(subset(etable, FDR < fdr), points(logCPM, logFC, pch=20, col="red")) + abline(h=c(-1,1), col="blue") + dev.off() + } + + if(output_PValue_distribution_plot != "/dev/null") { + write("Creating P-value distribution plot...",stdout()) + + if(output_format_images == "pdf") { + pdf(output_PValue_distribution_plot,width=14,height=14) + } else if(output_format_images == "svg") { + svg(output_PValue_distribution_plot,width=14,height=14) + } else { + ## png(output_PValue_distribution_plot) + ## png does not work out of the box in the Galaxy Toolshed Version of R due to its compile settings: https://biostar.usegalaxy.org/p/9170/ + + bitmap(output_PValue_distribution_plot,type="png16m",width=14,height=14) + } + + expressed_genes <- subset(etable, PValue < 0.99) + h <- hist(expressed_genes\$PValue,breaks=nrow(expressed_genes)/15,main="Binned P-Values (< 0.99)") + center <- sum(h\$counts) / length(h\$counts) + lines(c(0,1),c(center,center),lty=2,col="red",lwd=2) + k <- ksmooth(h\$mid, h\$counts) + lines(k\$x,k\$y,col="red",lwd=2) + rmsd <- (h\$counts) - center + rmsd <- rmsd^2 + rmsd <- sum(rmsd) + rmsd <- sqrt(rmsd) + text(0,max(h\$counts),paste("e=",round(rmsd,2),sep=""),pos=4,col="blue") + ## change e into epsilon somehow + dev.off() + } + } + + if(output_heatmap_plot != "/dev/null") { + + if(output_format_images == "pdf") { + pdf(output_heatmap_plot,width=10.5) + } else if(output_format_images == "svg") { + svg(output_heatmap_plot,width=10.5) + } else { + ## png(output_heatmap_plot) + ## png does not work out of the box in the Galaxy Toolshed Version of R due to its compile settings: https://biostar.usegalaxy.org/p/9170/ + + bitmap(output_heatmap_plot,type="png16m",width=10.5) + } + + etable2 <- topTags(lrt, n=100)\$table + order <- rownames(etable2) + cpm_sub <- cpm(dge,normalized.lib.sizes=TRUE,log=TRUE)[as.numeric(order),] + heatmap(t(cpm_sub)) + dev.off() + } + + ##output_hierarchical_clustering_plot = args[13] + + if(output_RData_obj != "/dev/null") { + save.image(output_RData_obj) + } + + write("Done!",stdout()) +} +]]> + </configfile> + </configfiles> + + <inputs> + <param name="expression_matrix" type="data" format="tabular" label="Expression (read count) matrix" /> + <param name="design_matrix" type="data" format="tabular" label="Design matrix" help="Ensure your samplenames are identical to those in the expression matrix. Preferentially, create the contrast matrix using 'edgeR: Design- from Expression matrix'." /> + + <param name="contrast" type="text" label="Contrast (biological question)" help="e.g. 'tumor-normal' or '(G1+G2)/2-G3' using the factors chosen in the design matrix. Read the 'makeContrasts' manual from Limma package for more info: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html and http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf." /> + + <param name="fdr" type="float" min="0" max="1" value="0.05" label="False Discovery Rate (FDR)" /> + + <param name="outputs" type="select" label="Optional desired outputs" multiple="true" display="checkboxes"> + <option value="make_output_raw_counts">Raw counts table</option> + <option value="make_output_MDSplot_logFC">MDS-plot (logFC-method)</option> + <option value="make_output_MDSplot_bcv">MDS-plot (BCV-method; much slower)</option> + <option value="make_output_BCVplot">BCV-plot</option> + <option value="make_output_MAplot">MA-plot</option> + <option value="make_output_PValue_distribution_plot">P-Value distribution plot</option> + <option value="make_output_hierarchical_clustering_plot">Hierarchical custering (under contstruction)</option> + <option value="make_output_heatmap_plot">Heatmap</option> + + <option value="make_output_R_stdout">R stdout</option> + <option value="make_output_RData_obj">R Data object</option> + </param> + + <param name="output_format_images" type="select" label="Output format of images" display="radio"> + <option value="png">Portable network graphics (.png)</option> + <option value="pdf">Portable document format (.pdf)</option> + <option value="svg">Scalable vector graphics (.svg)</option> + </param> + </inputs> + + <outputs> + <data format="tabular" name="output_count_edgeR" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - differentially expressed genes" /> + <data format="tabular" name="output_cpm" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - CPM" /> + + <data format="tabular" name="output_raw_counts" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - raw counts"> + <filter>outputs and ("make_output_raw_counts" in outputs)</filter> + </data> + + <data format="png" name="output_MDSplot_logFC" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - MDS-plot (logFC method)"> + <filter>outputs and ("make_output_MDSplot_logFC" in outputs)</filter> + + <change_format> + <when input="output_format_images" value="png" format="png" /> + <when input="output_format_images" value="pdf" format="pdf" /> + <when input="output_format_images" value="svg" format="svg" /> + </change_format> + </data> + + <data format="png" name="output_MDSplot_bcv" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - MDS-plot (bcv method)"> + <filter>outputs and ("make_output_MDSplot_bcv" in outputs)</filter> + + <change_format> + <when input="output_format_images" value="png" format="png" /> + <when input="output_format_images" value="pdf" format="pdf" /> + <when input="output_format_images" value="svg" format="svg" /> + </change_format> + </data> + + <data format="png" name="output_BCVplot" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - BCV-plot"> + <filter>outputs and ("make_output_BCVplot" in outputs)</filter> + + <change_format> + <when input="output_format_images" value="png" format="png" /> + <when input="output_format_images" value="pdf" format="pdf" /> + <when input="output_format_images" value="svg" format="svg" /> + </change_format> + </data> + + <data format="png" name="output_MAplot" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - MA-plot"> + <filter>outputs and ("make_output_MAplot" in outputs)</filter> + + <change_format> + <when input="output_format_images" value="png" format="png" /> + <when input="output_format_images" value="pdf" format="pdf" /> + <when input="output_format_images" value="svg" format="svg" /> + </change_format> + </data> + + <data format="png" name="output_PValue_distribution_plot" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - P-Value distribution"> + <filter>outputs and ("make_output_PValue_distribution_plot" in outputs)</filter> + + <change_format> + <when input="output_format_images" value="png" format="png" /> + <when input="output_format_images" value="pdf" format="pdf" /> + <when input="output_format_images" value="svg" format="svg" /> + </change_format> + </data> + + <data format="png" name="output_hierarchical_clustering_plot" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - Hierarchical custering"> + <filter>outputs and ("make_output_hierarchical_clustering_plot" in outputs)</filter> + + <change_format> + <when input="output_format_images" value="png" format="png" /> + <when input="output_format_images" value="pdf" format="pdf" /> + <when input="output_format_images" value="svg" format="svg" /> + </change_format> + </data> + + <data format="png" name="output_heatmap_plot" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - Heatmap"> + <filter>outputs and ("make_output_heatmap_plot" in outputs)</filter> + + <change_format> + <when input="output_format_images" value="png" format="png" /> + <when input="output_format_images" value="pdf" format="pdf" /> + <when input="output_format_images" value="svg" format="svg" /> + </change_format> + </data> + + <data format="RData" name="output_RData_obj" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - R data object"> + <filter>outputs and ("make_output_RData_obj" in outputs)</filter> + </data> + + <data format="txt" name="output_R" label="edgeR DGE on ${design_matrix.hid}: ${design_matrix.name} - R output (debug)" > + <filter>outputs and ("make_output_R_stdout" in outputs)</filter> + </data> + </outputs> + + <tests> + <test> + <param name="expression_matrix" value="Differential_Gene_Expression/expression_matrix.tabular.txt" /> + <param name="design_matrix" value="Differential_Gene_Expression/design_matrix.tabular.txt" /> + + <param name="contrast" value="E-C"/> + + <param name="fdr" value="0.05" /> + + <param name="output_format_images" value="png" /> + + <output name="output_count_edgeR" file="Differential_Gene_Expression/differentially_expressed_genes.tabular.txt" /> + </test> + </tests> + + <help> +edgeR: Differential Gene(Expression) Analysis +############################################# + +Overview +-------- +Differential expression analysis of RNA-seq and digital gene expression profiles with biological replication. Uses empirical Bayes estimation and exact tests based on the negative binomial distribution. Also useful for differential signal analysis with other types of genome-scale count data [1]. + +For every experiment, the algorithm requires a design matrix. This matrix describes which samples belong to which groups. +More details on this are given in the edgeR manual: http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf +and the limma manual. + +Because the creation of a design matrix can be complex and time consuming, especially if no GUI is used, this package comes with an alternative tool which can help you with it. +This tool is called *edgeR Design Matrix Creator*. +If the appropriate design matrix (with corresponding links to the files) is given, +the correct contrast ( http://en.wikipedia.org/wiki/Contrast_(statistics) ) has to be given. + +If you have for example two groups, with an equal weight, you would like to compare either +"g1-g2" or "normal-cancer". + +The test function makes use of a MCF7 dataset used in a study that indicates that a higher sequencing depth is not neccesairily more important than a higher amount of replaciates[2]. + +Input +----- +Expression matrix +^^^^^^^^^^^^^^^^^ +:: + + Geneid "\t" Sample-1 "\t" Sample-2 "\t" Sample-3 "\t" Sample-4 [...] "\n" + SMURF "\t" 123 "\t" 21 "\t" 34545 "\t" 98 ... "\n" + BRCA1 "\t" 435 "\t" 6655 "\t" 45 "\t" 55 ... "\n" + LINK33 "\t" 4 "\t" 645 "\t" 345 "\t" 1 ... "\n" + SNORD78 "\t" 498 "\t" 65 "\t" 98 "\t" 27 ... "\n" + [...] + +*Note: Make sure the number of columns in the header is identical to the number of columns in the body.* + +Design matrix +^^^^^^^^^^^^^ +:: + + Sample "\t" Condition "\t" Ethnicity "\t" Patient "\t" Batch "\n" + Sample-1 "\t" Tumor "\t" European "\t" 1 "\t" 1 "\n" + Sample-2 "\t" Normal "\t" European "\t" 1 "\t" 1 "\n" + Sample-3 "\t" Tumor "\t" European "\t" 2 "\t" 1 "\n" + Sample-4 "\t" Normal "\t" European "\t" 2 "\t" 1 "\n" + Sample-5 "\t" Tumor "\t" African "\t" 3 "\t" 1 "\n" + Sample-6 "\t" Normal "\t" African "\t" 3 "\t" 1 "\n" + Sample-7 "\t" Tumor "\t" African "\t" 4 "\t" 2 "\n" + Sample-8 "\t" Normal "\t" African "\t" 4 "\t" 2 "\n" + Sample-9 "\t" Tumor "\t" Asian "\t" 5 "\t" 2 "\n" + Sample-10 "\t" Normal "\t" Asian "\t" 5 "\t" 2 "\n" + Sample-11 "\t" Tumor "\t" Asian "\t" 6 "\t" 2 "\n" + Sample-12 "\t" Normal "\t" Asian "\t" 6 "\t" 2 "\n" + +*Note: Avoid factor names that are (1) numerical, (2) contain mathematical symbols and preferebly only use letters.* + +Contrast +^^^^^^^^ +The contrast represents the biological question. There can be many questions asked, e.g.: + +- Tumor-Normal +- African-European +- 0.5*(Control+Placebo) / Treated + +Installation +------------ + +This tool requires no specific configurations. The following dependencies are installed automatically: + +- R +- limma +- edgeR + +License +------- +- R + - GPL 2 & GPL 3 +- limma + - GPL (>=2) +- edgeR + - GPL (>=2) + +References +---------- + +EdgeR +^^^^^ +**[1] edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data.** + +*Mark D. Robinson, Davis J. McCarthy and Gordon K. Smyth* - Bioinformatics (2010) 26 (1): 139-140. + +- http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/html/edgeR.html +- http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp616 +- http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html + +Test-data (MCF7) +^^^^^^^^^^^^^^^^ +**[2] RNA-seq differential expression studies: more sequence or more replication?** + +*Yuwen Liu, Jie Zhou and Kevin P. White* - Bioinformatics (2014) 30 (3): 301-304. + +- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24319002 +- http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt688 + +@CONTACT@ + </help> + + <expand macro="citations" /> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/edgeR_macros.xml Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,26 @@ +<macros> + <token name="@CONTACT@">Contact +------- + +The tool wrapper has been written by Youri Hoogstrate from the Erasmus +Medical Center (Rotterdam, Netherlands) on behalf of the Translational +Research IT (TraIT) project: + +http://www.ctmm.nl/en/programmas/infrastructuren/traitprojecttranslationeleresearch + +More tools by the Translational Research IT (TraIT) project can be found +in the following toolsheds: + +http://toolshed.g2.bx.psu.edu + +http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/ + +I would like to thank Hina Riaz - Naz Khan for her helpful contribution.</token> + + <xml name="citations"> + <citations> + <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btp616</citation> + <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btt688</citation> + </citations> + </xml> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/Convert_DGE_Table_to_Bedgraph/FDR.output.bedgraph Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +chr1 1000 1100 0.99 +chr1 2000 2100 0.98 +chr2 1000 1100 0.94 +chr2 2000 2100 0.93 +chr3 1000 1100 0.86 +chr3 2000 2100 0.65 +chrMt 1000 1100 0.34 +chrMt 2000 2100 0.19 +chrX 1000 1100 0.62 +chrX 2000 2100 0.62
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/Convert_DGE_Table_to_Bedgraph/genes_01.gtf Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +chr1 example exon 1000 1100 . . . gene_id "GENE01"; +chr1 example exon 2000 2100 . . . gene_id "GENE02"; +chr2 example exon 1000 1100 . . . gene_id "GENE03"; +chr2 example exon 2000 2100 . . . gene_id "GENE04"; +chr3 example exon 1000 1100 . . . gene_id "GENE05"; +chr3 example exon 2000 2100 . . . gene_id "GENE06"; +chrX example exon 1000 1100 . . . gene_id "GENE07"; +chrX example exon 2000 2100 . . . gene_id "GENE08"; +chrMt example exon 1000 1100 . . . gene_id "GENE09"; +chrMt example exon 2000 2100 . . . gene_id "GENE10";
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/Convert_DGE_Table_to_Bedgraph/logFC.output.bedgraph Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +chr1 1000 1100 -1.67 +chr1 2000 2100 3.30 +chr2 1000 1100 2.81 +chr2 2000 2100 2.44 +chr3 1000 1100 -1.49 +chr3 2000 2100 1.74 +chrMt 1000 1100 1.99 +chrMt 2000 2100 -1.29 +chrX 1000 1100 2.36 +chrX 2000 2100 2.01
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/Convert_DGE_Table_to_Bedgraph/table_01.tabular.txt Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,11 @@ +"" "genes" "logFC" "logCPM" "LR" "PValue" "FDR" +"5" "GENE01" -1.67 5.06 180.02 0.01 0.01 +"4" "GENE02" 3.30 4.18 175.31 0.02 0.02 +"7" "GENE03" 2.81 5.08 166.44 0.07 0.06 +"1" "GENE04" 2.44 4.92 150.61 0.08 0.07 +"6" "GENE05" -1.49 5.03 133.30 0.17 0.14 +"9" "GENE06" 1.74 4.53 131.57 0.42 0.35 +"8" "GENE07" 2.36 6.06 123.13 0.46 0.38 +"3" "GENE08" 2.01 4.55 121.05 0.46 0.38 +"10" "GENE09" 1.99 5.65 114.51 0.79 0.66 +"2" "GENE10" -1.29 4.85 110.17 0.98 0.81
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/Differential_Gene_Expression/design_matrix.tabular.txt Tue Sep 01 04:59:05 2015 -0400 @@ -0,0 +1,9 @@ +sample-name Condition +C1 C +C2 C +C3 C +C4 C +E1 E +E2 E +E3 E +E4 E
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