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0
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1 #:::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@j::::
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2 #::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E:::
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3 #:ttt:::::::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@p@;
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4 #:t:::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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5 #:t::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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6 #:::::::::::::z;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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7 #::::::::::::i@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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8 #::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@
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9 #:::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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10 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEESSE5EEEEBBM@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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11 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEEEEE35EE55E2355E5SBMB@@@@@@@@@@@@@@@@@$
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12 #::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE55533t3tttt::::::!!!!7755E755SBBMMM@@@MM
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13 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE2t3ttttt:::::::::::::::::::::::!7?5225EE
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14 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE31t::::::::::::::::::::::::::::::::3E5@
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15 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEtt:::::::::::::::::::::::::::::::::353
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16 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE1ttz::::::::::::::::::::::::::::::::35
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17 #:::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEtz1::::::::::::::::::::::::::::::::t:
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18 #:::::::::!3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt::::::::::::::::::::::::::::::::;zz
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19 #::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt:::::z;z:::::::::::::::::::::::::13
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20 #::::::::::3B@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE3tt:czzztti;:::::::::::::::::::::::3
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21 #::::ttt::::3@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE5EE25Ezt1EEEz5Etzzz;;;;:::::::::::::::::
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22 #:::::::::::I9@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE@@@@@@@@@@@@@@Ez;:::::::::::
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23 #:::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Ez::::::
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24 #::::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BE5EBB@@@@@@@@@@@@@@@EEE:::::
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25 #:::::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E1::35@@@@@@@@@@ME3MMME2::::::
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26 #:::::::::::::::?@@@@@@@@@@@@@@@@@@M@@@@@@@EE:::::3SB@@BBESEEt::::::::::::
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27 #::::::::::::::::J$@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@EE:::::::!35E33t:::::::::::::::
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28 #:::::::::::::::::3@E@@@EE5EESE5EESE@@@@@@@Et::::::::::::tz:::::::::::::::
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29 #:::::::::::::::::J@E$@EEE5133555SE@@@@@@@@Et:::::::::::::::::::::::::::::
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30 #::::::::::::::::::E@E@EEEEtt3523EEE@@@@@@@E::::::::::::::::::::::::::::::
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31 #:t::::::::::::::::JEE3@@@EEEEEEEEEE@@@@@@@E:::::::::t;:::::::::::::::::::
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32 #:t:::::::::::::::::!5ES@EEEEEEEEES@@@@@@@@@E;:::;;;:3Ez::::::::::::::::::
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33 #:t::::::::::::::::::::JE@@EEEEEEE@@@@@@@@@@@@@@@@ME!:::;:::::::::::::::::
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34 #:tz::::::::::::::::::::JE@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@EE!:::::::t::::::::::::::::
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35 #:t::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@ESBE::::::::::::::::::::::::::
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36 #:::::::::::::::::::::::::Q@@@@@@@@@@@@@@@@EE3EE;:::::zzzz::::::::::::::::
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37 #:::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@NN@@@@@@Ez:::::::::::::::
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38 #:zt:::::::::::::::::::::::3@@@@EE@@@@@@@@@@EEEEt::;z113E5t:::::::::::::::
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39 #::tt:::::::::::::::::::::::3@@@E@@@@@@@@@@@@@@@@BEt::::::::::::::::t:::::
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40 #:tt:t:::::::::::::::::::::::?S@@@@@@@@@@@BBEEE51!::::::::::::::zzzEt:::::
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41 #::::::::::::::::::::::::::::::3Q@@@@@@@BEEEEEt:::::::::::::;zz@@@EE::::::
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42 #::::::::::::::::::::::::::::::::75B@@@@@EEEtt;:::::::::;zz@@@@BEEEtz:::::
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43 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::?9@@@@@@@@@@@E2Ezg@@@@@B@@@EEEE1t::::
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44 #:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz::
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45 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt
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46 #:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt
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47 #::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@
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48 #::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@
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49 #:::::::::::::::::::::;;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEt33@@@@@@@@@@
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50 #:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
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51 #::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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52 #:::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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53 #::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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54 #
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55 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
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56 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
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57 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
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58 # This software is distributed under the terms of the GNU General
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59 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
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60
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61 #!/bin/bash
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62
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63 REG="NA"
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64 CONTROLFILE="NA"
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65 BOOTSTRAP=1
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66
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67 while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:h:d:x:y:p:b:" optionName; do
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68 case "$optionName" in
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69
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70 f) CHIPFILE="$OPTARG";;
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71 c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
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72 l) LEFTPROM="$OPTARG";;
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73 r) RIGHTPROM="$OPTARG";;
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74 o) OUTPUT="$OPTARG";;
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75 u) OUTSTAT="$OPTARG";;
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76 v) GENOME="$OPTARG";;
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77 e) REG="$OPTARG";;
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78 h) ENH="$OPTARG";;
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79 d) DOWNGENE="$OPTARG";;
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80 x) CONTROLSTAT="$OPTARG";;
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81 y) LOG="$OPTARG";;
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82 p) PDF="$OPTARG";;
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83 b) BOOTSTRAP="$OPTARG";;
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84 esac
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85 done
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86
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87 LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
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88
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89 echo "ChIP:" >$LOG
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90
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91 if [ -r $REG ]; then
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92 perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -selG $REG -o $OUTSTAT -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
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93 else
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|
94 perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -o $OUTSTAT -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
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95 fi
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96
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97
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98
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99 if [ -r $CONTROLFILE ]; then
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100 echo "" >>$LOG
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101 echo "Control:" >>$LOG
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102 #create a subset of control peaks (highest peaks, the same number as in the sample)
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103 perl $LOCAL_DIR/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o $CONTROLFILE.tmp -n $BOOTSTRAP >>$LOGTMP 2>>$LOGTMP
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104 if [ -r $REG ]; then
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|
105 perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp -selG $REG -o $CONTROLSTAT -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
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106 for (( i=2; i<=$BOOTSTRAP; i++ ))
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107 do
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108 perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp$i -selG $REG -o $CONTROLSTAT$i -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
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109 done
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110 else
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|
111 perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp -o $CONTROLSTAT -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
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|
|
112 for (( i=2; i<=$BOOTSTRAP; i++ ))
|
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|
113 do
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|
114 perl $LOCAL_DIR/geneAnnotation.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp$i -o $CONTROLSTAT$i -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG 2>>/dev/null
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115 done
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116
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117 fi
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118 cat $LOCAL_DIR/geneDist.R | R --slave --args $OUTSTAT $OUTPUT $LOG $CONTROLSTAT $PDF $BOOTSTRAP 2>>/dev/null >>/dev/null
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119 else
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|
120 cat $LOCAL_DIR/geneDist.R | R --slave --args $OUTSTAT $OUTPUT $LOG $PDF 2>>/dev/null >>/dev/null
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121 fi
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122
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|
123 if [ -r $OUTPUT.annotated ]; then
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124 rm $OUTPUT.annotated*
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125 fi
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126
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127
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|
128 if [ -r $CONTROLFILE.tmp ]; then
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|
129 rm $CONTROLFILE.tmp*
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130 fi
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131
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